Saintfiet sade Adebayor och två andra Togo spelare - Kosti Agassa och Floyd Ayite - hade visat en brist på disciplin efter att de misslyckats med att gå med i gruppen i tid som de förberedde för sin öppning Africa Cup of Nations kval nästa helg.
"Jag har inga problem med spelarna som individer," Saintfiet berättade BBC Sport från Accra.
För närvarande är de inte en del av det, men de har inte blivit avstängda och jag har inga problem med dem. Dörrarna är aldrig stängda för mig eftersom dessa är spelare med exceptionell kvalitet
"Det är deras val att inte komma till hotellet, inte att vara en del av gruppen, och det gör valet för mig mycket lätt att säga dessa spelare är nu inte kan vara en del av det nationella laget.
"Vi ber bara att vara som ett lag tillsammans, att förbereda oss för dessa viktiga spel," Saintfiet förklarade.
Togo ta sig an Liberia i Lome söndagen den 14 juni i en grupp A-fixtur som markerar starten av deras kvalkampanj för 2017 års Nations Cup-final.
Fästningen mot Ghana på måndag kommer att vara ett stort test för Togo mot den senaste Nations Cup löpare-up när de förbereder sig för Liberia matchen.
Frånvaron av Tottenham strejker Adebayor, Stade de Reims målvakt Agassa och Bastia mittfälter Ayite kommer att vara en stor förlust för Togo men Saintfiet hävdar att han var kvar med lite val säger alla tre spelarna var frånvarande för mycket av förra veckan.
"Floyd Ayite och [Kossi] Agassa var bara en gång i träning och Emmanuel [Adebayor] kom två gånger, men för resten av tiden såg jag honom aldrig.
"Så jag är mycket ledsen över att eftersom dessa tre spelare var i min trupp av 23, de är viktiga spelare för landet och jag såg fram emot att arbeta med dem.
"Men om de inte kan vara en del av det och engagera sig i det nationella laget som alla andra spelare - och vi har många fler spelare som spelar i Europa - så är reglerna desamma för alla."
Trots att ta bort alla tre spelarna från gruppen, Saintfiet - som tidigare coachade Etiopien, Namibia och Malawi - insisterar trion inte har stängts av och kan fortfarande ha en framtid med Togo.
"För tillfället är de inte en del av det, men de har inte blivit avstängda och jag har inga problem med dem. Dörrarna är aldrig stängda för mig eftersom dessa är spelare med exceptionell kvalitet.
Adebayors klubb Tottenham Hotspur gav honom medkännande ledighet två gånger förra säsongen för att återvända till Afrika för att ta itu med en personlig familjefejd som strejkaren har diskuterat på sociala medier.
Saintfiet, som utsågs förra månaden som tränare för den västafrikanska nationen, erkände Adebayors betydelse för Togo uppsättningen.
"En spelare som Emmanuel Adebayor är unik i Togolese fotboll med sin kvalitet och han är en mycket stark spelare.
"Men igen, om en spelare vill vara en del av laget, han måste vara med laget, följa reglerna i laget."
New Togo coach Tom Saintfiet har avlägsnat kapten Emmanuel Adebayor från truppen för att möta Ghana i en internationell vänlig på måndag.