ÄR "avfyrad på allt som rörde sig" efter att ha kommit in på torsdag, sade Syriens observatorium för mänskliga rättigheter.
En separat IS-attack mot den nordöstra staden Hassakeh har fördrivit 60.000 människor, säger FN.
Kobane blev en symbol för kurdiskt motstånd i januari efter att en IS belägring som varade i flera månader avvisades.
IS startade en skenbart tvådelad offensiv på torsdag efter att kurdiska soldater från folkskyddsenheter (YPG) avskärmat en av militanternas viktigaste försörjningsvägar nära Raqqa.
Raqqa är de facto huvudstad i IS "kalifat", vars skapelse IS meddelade för ett år sedan efter att den fångade stora stråk av norra och västra Irak och delar av Syrien.
"Enligt medicinska källor och Kobane invånare, 120 civila avrättades av IS i sina hem eller dödades av gruppens raketer eller krypskyttar," sade Rami Abdel Rahman, som leder den brittiska-baserade observatoriet.
Han sade att kvinnor och barn fanns bland kropparna inne i husen och på gatorna i staden, som ligger nära gränsen till Turkiet.
Han beskrev det som en av de största massakrerna av gruppen i landet sedan dess offensiv började förra sommaren.
De militanta tog staden med överraskning när de inledde sin attack på torsdag, fem månader efter IS togs bort av kurdiska soldater backas upp av USA-ledda koalitionsstrejker.
Anfallet i gryningen på torsdag började när militanter detonerade en bilbomb, följt av ytterligare två bombningar.
Enligt rapporter kan några av de militanta ha gömt sig bland återvändande flyktingar och maskerat sig genom att bära kurdiska milisuniformer.
I en närbelägen by uppges IS ha skjutit ihjäl minst 20 civila, däribland kvinnor och barn.
Aktivister säger att konflikter mellan vissa IS-aktivister och de kurdiska YPG-styrkorna fortsätter i staden.
På fredagen sade FN att uppskattningsvis 50.000 människor hade fördrivits inom staden Hassakeh efter ytterligare en IS-offensiv där. Ytterligare 10.000 har flytt norrut mot en stad nära den turkiska gränsen, tillade den.
Hassakeh, omkring 270 km öster om Kobane, har varit under kontroll av både regeringsstyrkor och kurdiska soldater, och IS-militanter har försökt fånga den i månader.
Under fyra års väpnade konflikter i Syrien har över 200.000 människor förlorat livet och över 11 miljoner andra har tvingats lämna sina hem.
Islamic State (IS) militanter har dödat mer än 120 civila sedan de inledde en ny attack mot den syriska gränsstaden Kobane, säger aktivister.