Begonia elachista upptäcktes vid mynningen av en kalkstensgrotta i en nationalpark i centrala Peru.
Parkmyndigheterna vill bygga en turistrutt till grottan - ett drag som kan hota arten.
Personalen på den botaniska trädgården hoppas att deras arbete kommer att informera bevarandeinsatser för de nya arter som har klassats som kritiskt hotade.
Den peruanska grottan är den enda platsen botaniker vet att begonia växer i det vilda, men Royal Botanic Garden Edinburgh (RBGE) sade att det var "inte en säker fristad" för anläggningen som fler turister börjar anlända
RBGE:s personal arbetar nu med partner i Peru och USA för att försöka rädda den.
Peter Moonlight, en tropisk forskare inom biologisk mångfald vid RBGE, sade att begonian inte förtjänade sitt rykte som "repulsivt ful" - som Monty Don en gång stämplade dem.
"Många är fortfarande dåligt förstådda även om de spelar en avgörande roll i tropiska ekosystem och är av stor betydelse som miljöindikator arter," sade han.
"I många fall har de också en stark roll att spela inom trädgårdsnäringen och som en livsmedelskälla, medicin eller andra produkter till nytta.
"Artupptäcktsprogrammet på RBGE ger tidigare dolda ädelstenar - inklusive begonia elachista - en röst på det globala bevarandestadiet."
Den nyaste och minsta art av begonia som någonsin hittats har börjat blomma i Edinburghs kungliga botaniska trädgård.