Yemenska tjänstemän sade soldater var överfallna av al-Qaida upprorsmän, medan så kallade Islamiska Statens (IS) Yemen gren sade att det genomförde attacken.
Minst 12 soldater och 15 militanter dödades i en vapenstrid och självmordsbombning nära Shibam i Hadramawtprovinsen, enligt rapporter.
Jemen har i månader varit instängt i ett krig som förvärrats av militanta attacker.
Stora delar av Hadramawt, Jemens största provins, kontrolleras av al-Qaida på Arabiska halvön (AQAP).
Yemenska säkerhetstjänstemän sa att maskerade män öppnade eld på regeringsvänliga trupper och detonerade en självmordsbomb vid en vägspärr på fredag morgon.
Strider rapporteras ha pågått i flera timmar efteråt.
Yemenska tjänstemän sade att AQAP hade genomfört attacken. Men IS-flygeln i Jemen - en rival till al-Qaida - sade att den låg bakom angreppet, som man sade hade dödat 50 soldater.
IS har genomfört en rad bombningar och attacker sedan gruppen uppstod i Jemen i slutet av 2014.
En saudisk koalition har bekämpat Houthi-rebeller och dess allierade i Jemen sedan regeringen tvingades i exil i mars av ett Houthi-revolt.
Sedan dess har minst 5700 människor dött i striderna, ungefär hälften av dem civila, säger FN.
Dussintals trupper och militanter har dödats i sammandrabbningar i östra Jemen, säger Yemens säkerhetskällor.