De senaste striderna rapporteras vara i Boniskogen, som korsar gränsen till Somalia.
Tre poliser bekräftas döda och en allvarligt skadad, enligt ett uttalande som släppts av den kenyanska polisen.
Al-Shabab har tagit på sig ansvaret.
Tidningen Daily Nation rapporterar att omkring 200 angripare var inblandade i striderna.
Den citerar en lokal tjänsteman som säger att ett okänt antal bybor också saknas.
En lokal kommunikationsmast har förstörts, vilket gör det svårt att få exakt information från området.
Al-Shabab har attackerat Kenya flera gånger de senaste åren.
Kenyanska säkerhetsstyrkor har bekämpat misstänkta al-Shabab-militanter i mer än 10 timmar efter att de iscensatt en gryningsattack på en polisstation nära kuststaden Lamu.