17-åringen fick sparken på skolbussen 2012.
Det var hennes straff för att hon fört en skriven dagbok om sitt liv under talibanernas styre, som sändes av BBC.
Efter att ha återhämtat sig från sina skador tog hon sin kampanj över hela världen.
Hon ansåg att flickor hade rätt att stanna kvar i skolan för att utbildas, vilket talibanerna var emot.
"Mitt budskap för barn runt om i världen är att de ska stå upp för sina rättigheter," Malala Yousafzai berättade en presskonferens i Birmingham.
Hon avslöjade också att hon gick i kemiklass när en lärare berättade att hon hade vunnit priset.
Det prestigefyllda Nobelpriset är den högsta utmärkelsen i den akademiska världen, skapad 1901 av svensk uppfinnare och tillverkare Alfred Nobel.
I år delar Malala priset med den indiska barnrättskämpen Kailash Satyarthi.
Nobelpriset bestäms av en kommitté bestående av fem personer i Norge.
Tusentals människor nomineras varje år och listan är lång och ofta hemlighetsfull.
Priset har vunnits av USA:s presidenter, världskampanjer och till och med EU:s vann det.
Före Malala var den yngsta personen som fick Nobelpriset Sir William Lawrence Bragg vid 25 års ålder för fysik 1915.
Bragg och hans far, Sir William Henry Bragg, vann priset tillsammans för sitt arbete med röntgenspektra, röntgendiffraktion och kristallstruktur.
Malala, som nu bor i Birmingham, har blivit välkänd för sitt utbildningsarbete.
Hon tillbringade sin 16-årsdag med att hålla ett tal till FN och Angelina Jolie inrättade en Malalafond som en välgörenhetsorganisation för att hjälpa flickor i utbildning.
Tonåringen har ägnat sig åt sitt arbete och har tidigare sagt att hon inte använder sociala medier så att hon kan fokusera på sina studier.
Skolvänner till Malala, Shazia Ramzan och Kainat Riaz, som också skadades i pistolkorseld på skolbussen i Pakistan, sade till Newsbeat: "Vi är mycket stolta över priset."
De unga kvinnorna, som nu studerar i Storbritannien, talade om den frihet de nu åtnjuter och hur Malala "gillar att spela tennis, läsa böcker och lyssna på långsam, klassisk musik".
Shazia Ramzan tillade: "I min stad [i Pakistan] flickor utbildning förbättras på grund av Malala."
Nobels fredspris är en av fem priser; de andra kategorierna är kemi, fysik, fysiologi eller medicin och litteratur.
Följ @BBCNewsbeat på Twitter och Radio1Newsbeat på YouTube
Teenager Malala Yousafzai från Pakistan, som sköts i huvudet av talibanerna, har blivit den yngsta person som någonsin vunnit Nobels fredspris.