Swansea University analyserade uppgifter från närmare 360.000 barn i åldern 6–18 år mellan 2003 och 2013.
Det följde en hälsovarning 2003 om att barn inte bör ges de flesta antidepressiva.
Den opublicerade forskningen utlöste en walesiska regeringen cirkulär säger andra metoder bör prövas först.
Den 30-procentiga ökningen skedde trots en betydande minskning under 2003-4 till följd av hälsovarningar om självmordsrisken hos ungdomar.
Rapporten, som inte har publicerats, visade också att läkemedlet citalopram rutinmässigt ordinerades trots att det inte var tillåtet för användning till barn.
Den walesiska regeringen skrev till hälso- och sjukvårdspersonal att endast fluoxetin (Prozac) har visat sig vara effektivt hos ungdomar.
En walesiska regeringens talesman sade att man förväntade sig att GPs skulle använda sin kliniska bedömning vid beslut om behandling, och att använda NICE riktlinjer som rekommenderar psykosociala interventioner bör betraktas som ett alternativ till antidepressiva.
I rapporten sades att siffrorna skulle kunna återspegla bättre tillgång till behandling och en positiv övergång till att hjälpa människor att ta itu med psykiska hälsoproblem i yngre ålder.
Men den tillade: " Å andra sidan kan detta innebära en ökande tendens att förskriva läkemedel, där andra behandlingsalternativ såsom psykologiska terapier är begränsade eller inte finns tillgängliga på primärvårdsnivå.
"Detta kan vara en särskild fråga i mer eftersatta områden där förekomsten är nästan dubbelt så stor som i mer välbärgade områden."
Det kommer som forskning har visat en 54-procentig ökning av antalet barn och ungdomar ordinerade antidepressiva medel i Storbritannien mellan 2005 och 2012.
George Watkins, 20 år, från Cardiff, upplevde biverkningar efter att ha ordinerats antidepressiva som tonåring.
"Jag brukade öppna ögonen på morgonen, jag får fortfarande mardrömmar om detta, om att vakna upp varje morgon stirrandes i taket och undrade om detta var den dag då jag skulle känna mig klarhårig.
"Det var ett mycket bråttom möte, det var fem minuter, 'beskriv vad du känner'.
"Jag var fortfarande på den medicin som jag ordinerades när jag var 14 eller 15 november, när jag hade precis fyllt 20," sade han.
Barnkommissionären för Wales Sally Holland berättade för BBC Wales att långtidseffekterna av antidepressiva läkemedel hos barn egentligen inte var kända.
"NICE riktlinjer är mycket tydliga: barn och ungdomar måste ha medicin som en sista utväg", sade hon.
"Det bör finnas en månad av noggrann vaksamhet och sedan bör de erbjudas psykologiska terapier och de bör endast erbjudas medicinering längs sidan psykologiska terapier om terapin inte fungerar.
"Det verkar sorgligt att George inte har haft det."
Det har skett en 30% ökning av antalet barn i Wales ordinerade antidepressiva medel under 10 år, siffror som erhållits av BBC har visat.