Läkemedlet Perjeta kan minska behovet av mastektomier hos bröstcancerpatienter.
Men Scottish Medicines Consortium (SMC) rekommenderade att det inte rutinmässigt användes av NHS bland farhågor om långsiktiga överlevnadsfördelar.
Kampanjörer stämplade flytten "det ultimata postkod lotteriet".
Läkemedlet, som också kallas pertuzumab, kan behandla en aggressiv typ av bröstcancer som kallas HER2-positiv.
Cirka 15 % av de personer som diagnostiserats med bröstcancer i tidig fas har HER2-positiva tumörer.
Perjeta godkändes för användning i England och Wales i september 2015, där det används för att krympa och kontrollera tumörer före operation.
Efter att ha meddelat sitt beslut sade SMC att det skulle möta läkemedelsföretaget bakom läkemedlet, Roche, för att diskutera "nästa steg".
Nicolas White från bröstcancervården berättade för BBC Radio Scotland att drogen kunde ha gynnat omkring 400 personer i Skottland.
När det gäller programmet Good Morning Scotland sade han att tillsynsmyndighetens beslut var "försämrande och förvirrande".
"Om du diagnostiseras med denna typ av bröstcancer och du bor i Gretna, skulle du inte dra nytta av denna behandling," tillade han.
"Ändå bara några kilometer längs vägen i Carlisle, om du fick samma diagnos, skulle du dra nytta av denna behandling.
"Det är den ultimata postkod lotteri, verkligen, en gränsöverskridande postkod lotteri."
Det följer ett liknande kontroversiellt beslut i september 2014, då SMC beslutade att inte godkänna Kadcyla, ett annat läkemedel mot bröstcancer.
Mer än 3.400 kvinnor i England har använt Perjeta och Kadclya via Cancer Drugs Fund, enligt Roche.
Läkemedelsbolagets chef Richard Ewin sade: " Dagens beslut är ett förödande slag mot kvinnor i Skottland med denna mycket aggressiva form av bröstcancer.
"Detta innebär att dessa kvinnor kommer att nekas denna tidiga behandling som gör det möjligt att reducera stora tumörer till en storlek som är operabel, potentiellt möjliggör bröstvård kirurgi i stället för mastektomier."
Perjeta var ett av fyra läkemedel som SMC avvisade för rutinmässig användning på NHS, även om det gjorde tillbaka en ny behandling Jevtana - även känd som cabazitaxel - för patienter med avancerad prostatacancer.
SMC ordförande Professor Jonathan Fox sade att han visste att vissa beslut skulle vara "hårda för patientgrupper och kliniker".
"Men när vi övervägde alla bevis framför oss, det var inte tillräckligt stark för oss att kunna acceptera dessa läkemedel för rutinmässig användning," tillade han.
Jevtana avvisades ursprungligen av SMC 2011 och återigen tidigare i år.
Flytten välkomnades av Prostate Cancer UK, som har kämpat för att ge män i Skottland tillgång till drogen.
Heather Blake, välgörenhetens ledare för stöd och påverkan, sade: " Dagens godkännande av cabazitaxelkemoterapi är välkomna nyheter och utgör en viktig milstolpe för män med prostatacancer i Skottland.
"Detta är det sista i en rad droger som vi har varit tvungna att kämpa för att bli tillgängliga i hela Storbritannien för dem som skulle gynnas.
"Det betyder att män i Skottland nu rutinmässigt kommer att erbjudas samma svit av behandlingar som de i andra delar av Storbritannien, vilket gör slut på variationen i tillgång som har varit en pågående orättvisa i åratal."
Bröstcancersjuka i Skottland har nekats rutinmässig tillgång till en behandling som är tillgänglig för patienter söder om gränsen.