Broncos behövde förbättra Salfords resultat på Batley för att hålla sina förhoppningar om en Super League tillbaka levande, men Red Devils vann 42-14 för att avsluta femte.
Rhys Williams gjorde tre av Londons nio försök mot Featherstone, som förlorade alla sju matcher i Qualifiers.
Båda klubbarna kommer att spela i mästerskapet igen 2017.
London Broncos krossade Featherstone i sin slutliga kvalmatch men Salfords seger innebar att de missade en plats i Million Pound Game.