The Daily Telegraph spelade in Paul Jerram och Omar Ali som en del av en utredning av anklagelserna.
Jerram, chef för läkemedelshanteringen vid Isle of Wight Clinical Commissioning Group (CCG), har avbrutits.
Surrey och Sussex Hospital Trust sa att Ali har avgått.
Båda männen hade anklagats för att acceptera betalning för att inrätta möten mellan läkemedelsföretag och "rådgivande styrelser" ansvariga för att besluta vilka läkemedel som används av allmänläkare och sjukhus.
En talesman för CCG sade: " Vi erkänner att detta är allvarliga anklagelser. Vi genomför en intern utredning och kommer att slutföra en grundlig granskning."
"Den här utredningen är på gång och vi har avbrutit chefen för läkemedelshanteringen.
– Detta är en neutral handling som skyddar både individen och organisationen.
"Med tanke på utredningen skulle det vara olämpligt att kommentera ytterligare vid denna tidpunkt."
Michael Wilson, verkställande direktör för Surrey och Sussex Healthcare NHS Trust, sade Mr Ali avgick på torsdag.
"Mr Ali har arbetat deltid för Trust i tio år och har korrekt förklarat sin oberoende verksamhet med oss," sade han.
"Vi har inte kunskap om arbete som han utför i sin egen personliga tid."
En Department of Health (DoH) talesman sade påståendena, om sant, utgör en "missbruk av förtroende" placeras i NHS av patienter.
NHS bedrägeriskyddsorgan har inlett en "brådskande utredning" av påståendena, sade de.
Ali sade att han, förutom att arbeta deltid för NHS, också driver ett "konsultföretag för marknadstillträde" som har rådgivande nämnder för NHS-experter och kommersiella organisationer.
Han sade att han hade "gjort allt enligt boken" och "alltid gjort alla lämpliga operativa förklaringar för mitt konsultarbete i enlighet med de vanliga NHS styrningsprocesserna".
"Jag lät aldrig mitt NHS-arbete påverkas av mina andra aktiviteter", tillade han.
"En ordentlig granskning av den bredare debatten om detta område av NHS skulle vara till enorm nytta, och skulle kunna bidra till att informera om bästa praxis för framtiden."
En NHS chef har blivit avstängd och en annan har avgått över fordringar senior personal betalades av läkemedelsföretag för att hjälpa till att främja sina produkter.