Han var tidningen Spectators redaktör, när den bar på en artikel där det stod att "dränkta fans" hade "aktlöst försökt kämpa sig in i marken".
Be om ursäkt, han sa att han var glad att en rapport "lägger för att vila den falska anklagelsen" om fans beteende
Hillsborough Families Support Group sa att det var "för lite, för sent".
John Johnson sade: "Jag var mycket, mycket ledsen för att Spectator 2004 hade en ledarartikel som delvis upprepade dessa anklagelser, jag bad om ursäkt då och jag ber om ursäkt nu.
"Jag hoppas att familjerna till de 96 offren kommer att få lite tröst av denna rapport och att de kan nå någon form av avslut."
Spectator artikeln, som inte undertecknades, skrevs i kölvattnet av den brittiska gisslan Ken Bigley i Irak, men fortsatte att kritisera "drunkna" Liverpool fans på Hillsborough.
John Johnson bad då om ursäkt och gick till Liverpool för att upprepa sin ursäkt.
Men Margaret Aspinall, ordförande för Hillsborough Families Support Group, som förlorade sin son James, 18 år, sade i tragedin: " Vad han har fått att förstå är att vi talade sanning i 23 år och ursäkter har bara börjat komma från dem idag på grund av gårdagen.
"Det är för lite, för sent.
"Det är okej att be om ursäkt efteråt. De vill bara inte att deras namn ska vara mer lömska. Nej, hans ursäkt betyder inget för mig."
London Mayor Boris Johnson har sagt att han var "mycket, mycket ledsen" för kommentarer som gjordes 2004 om Liverpool fans i Hillsborough katastrofen.