Paret, klädda i Team GB träningsoveraller och klädda i plastmedaljer, medgav att Sky News de "bländade" sig fram till flottören och anslöt sig till firandet.
Flytten bar Storbritanniens guldmedaljvinnande damhockeylag och idrottare från den moderna femkampen.
BOA sa: "Det förstörde inte någons glädje av en underbar händelse."
"Vi är medvetna om saken och är besvikna någon skulle vilja förringa från idrottarnas firande," det tillade.
Fyra hundra idrottare deltog i Manchesterfirandet med mer än 150 000 människor på gatorna.
En andra parad är att äga rum på Trafalgar Square i London från 13:00 BST varefter idrottarna kommer att besöka Buckingham Palace.
Större Manchesterpolisen sade att det inte gav säkerhet för flottorna och hade inte fått några rapporter om händelsen.
Manchesters kommunfullmäktige har ännu inte kommenterat detta.
Team GB satte ett olympiskt rekord i Rio 2016 genom att vinna 67 medaljer - två fler än de lyckades med i London 2012.
Paralympianerna slog också sin tidigare föreställning med 147 medaljer - 27 mer än fyra år sedan.
Två bedragare smög sig på en flottör under firande Rio 2016 paraden i Manchester, har British Olympic Association (BOA) bekräftat.