Teodoro Locsin Jr, eller "Teddy", twittrade till synes pro-nazi kommentarer, med hänvisningar till Auschwitz och den "slutliga lösningen".
Locsin bad senare om ursäkt för tweetsen och tog bort flera av dem.
67-åringen är journalist och före detta kongressman.
Hans tweets upprepar de senaste kommentarerna från Philippine President Rodrigo Duterte, som väckte upprördhet genom att hänvisa till Förintelsen och säga att han skulle vara "lycklig att slakta" tre miljoner narkomaner.
Mer än 3.000 personer med påstådda kopplingar till narkotikamissbruk eller narkotikahandel har dödats sedan Duterte kom till makten i juni.
Locsin började få uppmärksamhet på den sociala plattformen efter att ha lagt ut flera kontroversiella tweets.
"Jag tror att droghotet är så stort att det behöver en SLUTLIG LÖSNING som nazisterna adopterade. Det tror jag. INGEN REHAB," twittrade han den 21 augusti.
I en annan tweet hänvisade han till Auschwitz, koncentrationslägret som drivs av nazisterna där nästan en miljon judar dödades.
Petitionen, riktad till FN, krävde att Locsins utnämning skulle nekas och sade att "hans uppenbara rättfärdigande av antisemitiska språk gör honom till rasist och tydligt visar hans fördomar mot det judiska folket".
Reaktionen på Locsin var snabb, och några på Twitter kallade honom en skam.
"Du får det här landet att se galet ut", kommenterade en användare.
"Jag trodde att ambassadörer skulle utbildas. Jag antar att FN hoppade över den processen när man utsåg Teddy Locsin." en annan sade.
"Du är en skamlig FN-ambassadör i landet", tillade en.
Men Locsin hade också sin del av anhängare, och ett av dem sade att "många av oss vill ha er i FN precis som ni är - sarkasm och alla".
Locsin, som tjänstgjorde som lokal politiker i nästan tio år, har accepterat posten som ständig representant för Filippinerna i FN, men väntar på officiell regeringsbekräftelse.
Efter att ha reagerat på hans kommentarer sade Locsin att hans döttrar hade sagt åt honom att "hålla sig borta från Twitter", och tillade att han inte fick twittra någonting, "inte ens trevligheter".
Han bad också om ursäkt för sina tweets.
"Jag är ledsen för mitt starka språk, men det är oundvikligt med tanke på de jag kämpar mot. Jag kan inte vara annat än mig själv, " Mr Locsin twittrade på fredag." Jag ber om Guds och det judiska samfundets förlåtelse, men bara deras."
Locsin berättade också för CNN att hans tweets hade skickats för "chock value", och var "delvis ett privat skämt" mellan honom och en vän som arbetade i det judiska regeringsdistriktet.
Den filippinska delegationens kontor i FN avböjde att kommentera frågan.
En petition för att avvisa den kontroversiella kandidaten till Philippines ambassadör i FN har nått mer än 10 000 underskrifter, efter att han sågs använda antisemitiskt språk på Twitter.