Säkerhetsutrustning hade enligt uppgift förbigåtts på Tangmere-loket vilket innebar att det passerade en signal i fara i Wiltshire tidigare i år.
De rättsliga förfarandena har inletts av järnvägs- och vägmyndigheten (ORR).
Det sades att dess undersökning visade att ett höghastighetståg hade passerat över korsningen ungefär en minut tidigare.
Både West Coast Railway Company och lokföraren har debiterats enligt arbetsmiljölagen.
Föraren har laddats över "påstådd avsiktlig missbruk av tågskydd och varningssystem utrustning", ORR sade.
Företaget står inför liknande avgifter, sade kontoret, "på grund av dess påstådda underlåtenhet att genomföra ledningskontroller, förfaranden, utbildning och övervakning för att förhindra personal stänga av TPWS utrustning".
Båda har beordrats att inställa sig inför domare i Swindon i januari.
Ian Prosser, HM Chief Inspector of Railways vid ORR, sade: " Säkerheten för personal, volontärer, passagerare och allmänheten är vår absoluta prioritet.
"Britains järnvägar har goda säkerhetsresultat. Det har dock förekommit ett antal incidenter under det senaste året med tåg från West Coast Railway Company (WCRC).
"Händelsen vid Wootton Bassett korsning, där ett WCRC tåg passerade en signal i fara, orsakades av påstådd avsiktlig missbruk av ett viktigt säkerhetssystem. Detta kunde lätt ha lett till en katastrofal tågkollision.
"ORR-inspektörer arbetar med järnvägsindustrin, särskilt den viktigaste kulturarvssektorn, för att se till att lärdomar dras och att den allmänna säkerheten inte äventyras."
Vid tidpunkten för händelsen, WCRC - som är baserad i Carnforth, Lancashire - körde ångtåget som en chartertjänst.
En taleskvinna sade "säkerhet förblir vår främsta prioritet" och företaget hade "arbetat hårt för att se till att vi har lärt oss läxan för att förbättra vår säkerhetsprestanda".
"Vid den här tiden har vi inte fått några papper från ORR i samband med åtalet och därför kan vi inte kommentera förfarandet", tillade hon.
En ångloksförare och deras arbetsgivare har debiteras för en nära miss där ett lokomotiv stannade över en trafikerad järnvägskorsning.