Förutom den tekniska jätten centrerar undersökningen på Hachette Livre, Penguin, Harper Collins, Simon & Schuster och Verlagsgruppen Georg von Holzbrinck.
Kommissionen sade att den skulle inrikta sig på påstådda olagliga avtal som begränsar konkurrensen inom EU.
Förenade kungarikets kontor för rättvis handel har redan genomfört en liknande undersökning.
Den typ av avtal som företagen ingått med byråer skall undersökas för överträdelser av EU:s regler om karteller, sade kommissionen.
Kontoret för rättvis handel har nu avslutat sin egen undersökning, men fortsätter att ha ett nära samarbete med kommissionen, som utvidgar undersökningens räckvidd över hela Europa.
Kommissionen genomförde "oanmälda inspektioner" på företagen i mars 2011 som en del av sina undersökningar på plats i flera europeiska länder.
Apples iBook butik, som levererar e-böcker till företagets iPad tablet dator och iPhone, kommer sannolikt att granskas.
EU tillkännagav i november en undersökning av Google om potentiellt konkurrensbegränsande beteende.
Apple och fem förlag ska utredas över konkurrensbegränsande metoder på e-boksmarknaden, säger EU:s anti-trust-vakthund.