"Om du är korrupt, Jag kommer att hämta dig med hjälp av en helikopter till Manila och jag kommer att kasta ut dig", sade Mr Duterte, som för krig mot korruption och droger.
Det är presidentens senaste påstående att han personligen har utfört utomrättsliga mord.
Hans talesman spelade ner kommentarerna, som han beskrev som "stadslegenden".
Tidigare denna månad sade en annan talesman Martin Andanar att hans trubbiga chef skulle tas "allvarligt men inte bokstavligt" när han sade att han hade skjutit döda tre män medan borgmästare i Davao.
Senatorn som vågar trotsa Duterte
Duterte drogkrig: Manilas brutala nattskift
Kvinnan som dödar langare för sitt levebröd
Daniel Duterte gjorde sina senaste kommentarer i ett tal till offren för en tyfon i centrala Filippinerna på tisdag. Ett videoklipp på hans kommentarer publicerades av hans kontor.
Han hotade helikopterstraffet för alla som kunde stjäla den ekonomiska hjälp han lovade.
"Jag har gjort det här förut, varför skulle jag inte göra det igen?" sa han till applåderna.
Han föreslog att offret eller offren var kidnappare som hade mördat en gisslan.  Det är oklart när eller var händelsen ägde rum.
På torsdag verkade presidenten distansera sig från sina tidigare kommentarer.
"Helikopter att kasta en person? Och om det är sant, Jag kommer inte att erkänna det, "sade han i en intervju med ABS-CBN nyheter.
Presidenten har gjort liknande påståenden tidigare - och har en historia av motstridigheter.
Den 16 december berättade han för BBC att han hade skjutit ihjäl tre kriminella misstänkta medan han var borgmästare i Davao.
"Jag dödade tre av dem... Jag vet inte hur många kulor från min pistol som gick in i deras kroppar. Det hände och jag kan inte ljuga om det."
Han gjorde ett liknande anspråk på företagsledare i Manila några dagar tidigare, när han sade att han brukade kryssning Davao på en motorcykel "sökande efter en konfrontation så att jag kunde döda."
Mr Duterte var borgmästare i den södra staden Davao i två decennier, presiderade över ett stort brottsfall men också anklagas för att sponsra dödspatruller.
Som president har han lovat att utrota narkotika och korruption i Filippinerna, till priset av miljontals liv om det behövs.
Nästan 6.000 personer sägs ha dödats av poliser, medborgargardister och legosoldater i Filippinerna sedan Duterte inledde ett krig mot narkotika efter att ha valts i maj.
Oppositionspolitiker och människorättsgrupper har krävt hans åtal, men han är fortfarande mycket populär bland väljare som vill att han ska städa upp i landet.
Förra veckan sa Filippinernas oberoende människorättsvakt att den skulle undersöka president Dutertes påståenden om att han personligen dödade misstänkta för narkotikabrott.
Philippine president Rodrigo Duterte har hotat att kasta korrupta tjänstemän från helikoptrar mitt i luften, säger att han har gjort det tidigare.