Dylann Roof, 21 år, stod inför rätta i Charleston för nio mordanmälningar.
Han visade inga känslor, eftersom offrens släktingar riktade sig direkt till honom. "Jag förlåter dig" sa ett offers dotter, kämpar tillbaka tårar.
Polisen behandlar morden i den afroamerikanska kyrkan på onsdag kväll som ett hatbrott.
Justitiedepartementet säger att det undersöker om det kan ha varit en inhemsk terrorism.
Det sades i ett uttalande, skjutandet var "utformad för att slå rädsla och terror i detta samhälle", och avdelningen övervägde alla möjligheter.
På en idrottsarena i Charleston samlades tusentals människor på fredagskvällen för att minnas offren med böner och sånger.
Även på fredag släppte familjen Roof ett uttalande genom sin advokat.
"Ord kan inte uttrycka vår chock, sorg och misstro över vad som hände den natten. Vi är förkrossade och bedrövade över det som hände, skrev familjen. "Vi har alla berörts av de gripande orden från offrens familjer som erbjuder Guds förlåtelse och kärlek inför ett så fruktansvärt lidande."
I rätten i Charleston på fredag eftermiddag, Mr Roof talade för att bekräfta hans namn, ålder och adress och sade att han var arbetslös.
Sedan inbjöd domaren släktingarna att träda fram och tala.
En kvinna som identifierade sig som Ethel Lances dotter sade: " Du tog något mycket värdefullt från mig. Jag ska aldrig mer prata med henne.
"Jag kommer aldrig att kunna hålla henne igen, men jag förlåter dig. Och [må Gud] förbarma sig över din själ."
Anthony Thompson, en släkting till Myra Thompson, bad mr Roof att ångra sig och vända sig till Jesus Kristus.
"Jag förlåter dig och min familj förlåter dig", sa han.
Även i rätten talade Felecia Sanders, som överlevde attacken på onsdag kväll genom att spela död. Hennes son, Tywanza, blev dödligt skadad.
"Vi välkomnade dig onsdag kväll i vårt bibelstudium med öppna armar. Du har dödat några av de vackraste människor jag känner. Varje fiber i min kropp gör ont... och jag kommer aldrig att bli samma", sade hon till Mr Roof, som dök upp via en videoflöde.
Offren för Charleston-skjutningen.
Under tiden berättade en av Mr Roofs vänner, Christon Scriven, för BBC:s Rajini Vaidyanatan att Mr Roof hade betraktat ett universitet som ett potentiellt mål.
Mr Scriven sa att Mr Roof ville skjuta upp skolan vid UCA University of Charleston. Det är 3 miles upp på gatan från den kyrkan".
Men Scriven, som är svart, trodde inte att Roof faktiskt skulle fullfölja det.
"Hur tar man det på allvar?" sade han. "Hur många vänner har du i ditt liv som har dödat någon?"
Domstolshandlingarna har avslöjat nya detaljer om skottlossningen.
Mr Roof gick in i kyrkan strax efter 20:00 lokal tid (01:00 BST) på onsdag kväll och stannade hos tillbedjarna i nästan en timme innan han startade sin attack.
Alla offer träffades flera gånger, sade dokumenten.
Innan han gick stod Mr Roof över en person som inte blev skjuten och "smutsade ut ett rasistiskt inflammatoriskt uttalande". Den personen har inte namngetts, och har bara beskrivits som en "vittne" i domstolshandlingarna.
Domaren satte Mr Roof's obligation till $ 1m (Â £ 630,000) för vapeninnehav anklagelse men kunde inte sätta en obligation på mord anklagelser på grund av en juridisk teknikalitet och Mr Roof kommer att förbli i fängelse.
"Racist skottlossning väcker upp Amerikas värsta spöken", skriver Spaniens El Pais.
De amerikanska händelserna är "så chockerande att de är outsägliga", skriver Italiens La Stampa.
"Smärta, rädsla och ilska har uppslukat Amerika efter skottlossningen och förvärrat rasdemonerna i ett djupt splittrat samhälle", säger Frederic Autran, New York-korrespondenten för Frankrikes befrielse.
Melor Sturua skriver dagligen i Rysslands populära Moskovskiy Komsomolets och anklagar Barack Obama för att ducka för den verkliga frågan genom att välja att beskriva morden som "senseless" snarare än "rasist".
I Iran säger den konservativa Fars News Agency att "rasism är ett mörkt fenomen som har sina rötter i hjärtat av det amerikanska samhället".
Den officiella Xinhua-byrån i Kina sade att våldet "beundrar den amerikanska regeringens passivitet mot våldsamt vapenvåld och det växande rashatet i landet".
Källor: BBC-övervakning, AP
Släktingar till några av de nio kyrkobesökare som sköts döda i South Carolina har vänt sig till den misstänkte revolvermannen i rätten och sagt att de förlåter honom.