Bekräftelse på hans avresa gjordes i ett e-postmeddelande till personalen på tisdag.
Den 57-årige, som har lett nyhetsverksamheten sedan juni 2011, kommer att ersättas av interimschef Peter MacRae.
Mr Boothman har varit med BBC i 30 år och nyligen övervakade allmänna val och skotsk självständighet folkomröstning täckning.
I ett e-postmeddelande till personalen sade BBC Scotland Director Ken McQuarrie: "Vi går nu in i den viktigaste arbetsperioden före de kommande diskussionerna Charter Review när vi utformar våra planer för framtiden för BBC Skottland.
"Jag skriver för att berätta att John Boothman, chef för nyheter och aktuella ärenden kommer att delta i teamet som arbetar med Skottlands förslag till översyn av stadgan.
"Han arbetar för Bruce Malcolm och kommer att spela en viktig roll med fokus på serviceutveckling för Skottland, inklusive vårt nyhetserbjudande för publik för den nya Charterperioden.
"Pete MacRae kommer att ta på sig rollen som chef för nyheter och aktuella ärenden på interimsbasis tills en permanent utnämning har gjorts."
John Boothman ska lämna sin position som BBC Scotland's chef för nyheter och aktuella frågor för att arbeta med företagets Charter förnyelse bud.