Pacquiao utsågs enhälligt i Brisbane förra veckan som 29-årige Horn vann sin första världstitel.
Den filippinska, 38, uppmanade det styrande organet WBO att se över ett "orättvist beslut och officiation".
Den bad fem domare att analysera matchen och de hittade "Pacquiao vann fem ronder medan Horn vann sju ronder".
De fem "anonyma, kompetenta domarna från olika länder" tittade på kampen utan ljud, tillade den.
WBO betonade att analysen gjordes för "transparens" eftersom den inte hade befogenhet att upphäva det ursprungliga beslutet.
"Det kan endast återkallas när bedrägeri eller lagöverträdelse har inträffat, vilket inte är relevant i detta fall", sade en talesperson.
Tidigare welterviktsmästare Manny Pacquiaos kontroversiella förlust för Jeff Horn har uppmärksammats av WBO-domare - som nådde samma resultat.