Dess bedömning följer Nordkoreas publicering av bilder som visar dess ledare Kim Jong-un observerar en missil test uppskjutning från en ubåt förra veckan.
Sydkorea säger att testet är "mycket allvarligt" men att tekniken fortfarande befinner sig i ett "elementärt skede".
Nordkorea har sagt att det håller på att utveckla kärnvapenstridsspetsar.
Efter uppskjutningen sade Kim att hans land nu hade ett "strategiskt vapen på världsnivå som kan slå till och utplåna de fientliga krafter som kränker [Nordkorea] suveränitet och värdighet", rapporterade statsmedierna.
På måndagen uppmanade Sydkoreas försvarsministerie talesman Kim Min-seok Nordkorea att sluta utveckla vapnen.
"Vi bedömer Nordkoreas undervattenstest-avfyrning av en ubåt-avfyrad ballistisk missil att vara mycket allvarlig och en fråga av oro. Vi uppmanar Nordkorea att omedelbart upphöra med att utveckla SLBM (submarinavfyrade ballistiska robotar) som hindrar stabiliteten på Koreahalvön och nordöstra Asien."
Sydkorea tar teststarten på allvar.
Det och USA överväger att installera en missilförsvarssköld till en enorm kostnad, men detta skulle vara ineffektivt om ubåtsavfyrade missiler kunde komma under den.
Det är inte klart om några missiler skulle bli kärnvapendämpade, även om Nordkorea har sagt att det håller på att utveckla kärnvapenstridsspetsar.
Ubåtstestet visar att den rör sig snabbare än man tidigare trott i sitt sökande efter potenta vapen som kan slå till med mycket kort varsel.
I april hävdade en amerikansk tankesmedja att satellitbilder togs tidigare i år tyder på att Nordkorea kan ha startat om en av sina kärnreaktorer.
Institutet för vetenskap och internationell säkerhet säger bilder av Yongbyon anläggningen visar mönster av smältande snö som tyder på ny aktivitet.
Yongbyons reaktor stängdes 2007 men startades om 2013.
Den sydkoreanska regeringen har sagt att Nordkorea kan ha en ubåtsflotta som kan avfyra missiler på mindre än fem år.