Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
City, obesegrad i WSL 2016, slå Chelsea 2-0 på söndag för att vinna titeln med ett spel att spela.
Houghton, 28, anslöt sig till City med England lagkamrater Jill Scott, Karen Bardsley och Toni Duggan före 2014 säsongen.
"Det var en stor risk för mig att komma hit. Under det första året var det lite av en okänd," berättade hon BBC Sport.
"Vi tog den risken och vi har sett klubben växa."
Defender Houghton gick City från Arsenal som de kontroversiellt introducerades till WSL för 2014 säsongen.
De placerades i toppdivisionen då tävlingen utvidgades till två nivåer efter en budgivningsprocess, i ett drag som såg Doncaster Rovers Belles degraderas till WSL 2.
Staden vann Continental Cup i sitt första år, var tvåa i ligan 2015 och på söndag, säkrade sin första nationella titel framför en klubb-rekord publik på 4,096 på Academy Stadium.
"Det är vad jag gick med i klubben för - Jag visste att det skulle handla om att vinna troféer och att vara ambitiös," Houghton tillade på BBC Radio 5 live sporter extra.
"Vi förtjänar det här. Vi har varit fantastiska hela säsongen och alla spelare och medarbetare har varit fantastiska."
Staden har hållit 16 rena lakan i sina 21 matcher i alla tävlingar hittills i 2016 och kommer att försöka vinna en annan trofé när de möter Birmingham City i Continental Cup finalen den 2 oktober.
Deras start line-up mot Chelsea bestod helt av brittiska spelare - nio engelska och två skotska.
Stadens seger tog dem 10 poäng bort från andra plats Chelsea, som vann ligan och FA Cup dubbel 2015.
"Jag är verkligen glad att vi har vunnit titeln - det är vad vi föresatt oss att göra," sade stadschefen Nick Cushing.
"Men jag är mer nöjd med föreställningen idag. Särskilt under andra halvan var vi dominerande defensivt och offensivt."
BBC TV kommentator Jonathan Pearce på BBC Radio 5 live sport extra:
"På grund av den investering de har lagt in i laget - de har verkligen backat upp kvinnors fotboll i Manchester City - det var oundvikligt att de skulle vinna titeln, oavsett om det var den här säsongen eller nästa.
"De har varit väldigt, väldigt starka. De har en riktig kärngrupp av spelare med England också och det hjälper, eftersom de håller ihop med klubb och land.
"Det handlar om pengar, investeringar och tro. Jag tror Chelsea kommer tillbaka slåss och de kommer att ha spelare med poäng för att bevisa vem som kommer tillbaka mycket, mycket starkt.
"Men, om inte de andra klubbarna gör något anmärkningsvärt, kommer det att vara de stora tre - och jag är inte med Liverpool i det. Om inte Liverpool verkligen arbetar hårt när det gäller investeringar, då deras dagar att vinna WSL har gått, tror jag, ett tag. "
England kapten Steph Houghton tror att hennes "riskiga" flytta till Manchester City har motiverats av deras första Women's Super League titel.