Missilen avfyrades på måndagen från Tongchang-ri regionen, nära nordens gräns mot Kina, sade den sydkoreanska militären.
Förra månaden sade Nordkorea att det framgångsrikt hade testat en ny typ av ballistisk missil i en uppskjutning övervakas av ledare Kim Jong-un.
Nationen är förbjuden av FN från alla tester av missil eller kärnteknik.
Testet i februari fördömdes av FN, USA, Sydkorea och Japan.
En sydkoreansk militärtjänsteman sade att den senaste lanseringen, som ägde rum kl 07:36 lokal tid måndag (22:36 GMT söndag), undersöktes för att bestämma vilken typ av projektil som användes.
Nordkorea har upprepade gånger sagt att rymdprogrammet är fredligt, men man tror att det utvecklar en interkontinental ballistisk missil som skulle kunna drabba USA.
Man tror också att man arbetar för att göra kärnvapenstridsspetsar tillräckligt små för att passa på en missil.
Nordkorea har avfyrat en oidentifierad missil som föll ner i Japans hav, säger Sydkorea.