"Jag är ledsen för skandalen," VD Kwon Oh-hyun sade på företagets årsmöte i Seoul.
Samsung Group boss Jay Y. Lee anklagas för att muta en vän till den tidigare presidenten i utbyte mot statligt stöd i ett avtal.
Mr Lee sitter i fängelse i väntan på rättegång.
Samsung har sagt att det inte betalar mutor i form av donationer, men har lovat att förbättra sin bolagsstyrning.
Världens största smartphone-maker tog också upp nedfallet från förra årets misslyckande av Galaxy Note 7.
Samsung var tvungen att överge produktionen av smartphone efter ett antal av dem fångade eld.
"Jag ber än en gång om ursäkt för misstaget med not 7 förra året. Det var ett misslyckande som uppstod av att prova ny teknik, sade Kwon.
Debacle uppskattas ha kostat Samsung cirka $6 miljarder.
Samsung Electronics meddelade också på fredagens möte att det inte skulle ändra sin företagsstruktur för att använda ett holdingbolag.
Bolaget har varit pressat av investerare att förenkla sin ägarstruktur.
"Det finns negativa effekter som skulle uppstå från övergången till ett holdingbolag så det verkar inte vara lätt att göra det för närvarande," Mr Kwon sade.
Samsung Electronics har bett aktieägarna om ursäkt för sin roll i ett korruptionsfall som ledde till att Sydkoreas president åtalades.