George Monteith, 59 år, sågs senast i sitt hem i Tillydroneområdet i staden på torsdag.
Formell identifiering av organet måste fortfarande ske, men mr Monteiths familj har informerats.
Döden behandlas för närvarande som oförklarlig och förfrågningar fortsätter. En talesman för Police Scotland sa att en rapport kommer att läggas fram för procurator fiskal.
Polisen som letar efter en försvunnen man i Aberdeen har hittat en kropp.