Spelet den 5 juni ställdes in trots en omröstning för att det skulle gå framåt.
Av nästan 12.000 fans, 52% var för och 48% mot idén, en insamling för damer laget sade.
Klubben sa att den svarade på supporters kommentarer och supporterfeedback på sociala medier.
Hammers flyttar till Olympiastadion efter 112 år på Upton Park.
Klubben sade i ett uttalande: "West Ham Ladies spelade under ljuset på Boleyn Ground redan i mars när de mötte Tottenham Ladies och dialogen förblir öppen mellan West Ham Ladies och klubben när det gäller värd för framtida fixturer."
Matchen, mellan West Ham Ladies och ett West Ham 'All Stars' team, var hjärnbarn till Jack Sullivan, son till West Ham medordförande David.
West Ham Ladies Joint-Chairman Stephen Hunt sa: "Tydligen är damerna besvikna men jag och Jack Sullivan kommer att träffas över sommaren för att se vad vi kan göra i framtiden."
West Ham slog Manchester United 3-2 tisdagen den 10 maj och höll sedan en 45-minuters fest efter heltid, med fyrverkerier och tidigare spelare.
Eastenders skådespelare Danny-Boy Hatchard, som spelar Lee Carter i BBC One tvåloperan, var bland dem som stöder damernas spel.
En West Ham Ladies match har avblåsts så att herrarnas seger över Manchester United kan förbli som den sista offentliga fixturen som spelas på Upton Park.