Men regeringen gick med på att Labour förslag om 13 nya villkor som ska uppfyllas innan skiffergas utvinning kan äga rum.
Under en allmän debatt lovade ministrarna också ett "rättvist förbud" mot fracking i nationalparker.
Tidigare efterlyste en kommitté bestående av parlamentsledamöter ett moratorium för praxis med motiveringen att den skulle kunna spåra ur insatserna för att ta itu med klimatförändringarna.
Miljörevisionskommittén varnade också för att det fanns "höga osäkerheter" om miljöpåverkan av fracking.
Protester ägde rum i Westminster som parlamentsledamöter samlades för en slutlig Commons debatt om fracking lagstiftning i regeringens infrastruktur lagförslag.
I Commons stödde utskottsordföranden Joan Walley ett ändringsförslag som lagts fram av en partiöverskridande grupp parlamentsledamöter och som kräver att fracking ska avbrytas i upp till 30 månader medan en bedömning görs.
Vad är fracking?
Men åtgärden fick inget stöd från frontbenet och besegrades med 308 röster mot 52.
Ett labourändringsförslag lades till i lagförslaget, till högt jubel från oppositionsbänkar, som skulle införa 13 tester som skulle uppfyllas innan fracking.
Dessa omfattar slutförandet av en miljöbedömning och behovet av att samråda med de boende på individuell basis.
Ett förbud mot borrning i nationalparker var ett annat av förslagen i miljörevisionskommitténs rapport.
Efter att Labour och andra parlamentsledamöter lagt fram ändringsförslag för att göra det möjligt att ändra, sade energiminister Amber Rudd till parlamentet att regeringen skulle ta bort bestämmelsen om att utforskning av skiffergas skulle tillåtas i sådana områden under "exceptionella omständigheter".
Hon sade senare att det skulle finnas ett direkt förbud i "nationella parker, platser av särskilt intresse och områden av nationell skönhet".
Parlamentsledamöter har med överväldigande majoritet avvisat ett försök att avbryta fracking för skiffergas.