Andrew Boyces sena equalizer hade avbokat Sido Jomatis känsliga frikick, men hemmet tjänade alla tre poäng i stopptid.
Wycombe försvarare Joe Jacobsons frispark på 13 minuter drog en anständig räddning från James McKeuwn.
Garry Thompson hade ännu en bra chans för värdarna på 50 minuter, men slösaktigt flammade hans halvvolley bred från 25 meter.
Men Wycombe ledde fem minuter senare. Luke Summerfield tog ner Jacobson på kanten av lådan, och Jombati steg upp för att placera bollen bortom McKeuwn för hemmasidans första mål i 112 dagar.
Cameron Dawson tvingades in i en skarp dubbelspara efter 69 minuter, dyka till höger för att stoppa Summerfields våldsamma skott, och sedan rädda Kayden Jacksons uppföljning med benen.
Tio minuter senare utjämnades dock Grimsby välförtjänt när Boyce passerade bollen bortom Dawson efter att Wycombe misslyckats med att rensa ett hörn.
Men Stewart dök upp för att knacka hem från två meter efter att ersätta Adebayo Akinfenwa s flick-on studsade av båda inläggen för Wycombes första poäng för säsongen.
Rapport från Pressföreningen.
Matchen slutar, Wycombe Wanderers 2, Grimsby Town 1.
Andra halvlek, Wycombe Wanderers 2, Grimsby Town 1.
Joe Jacobson (Wycombe Wanderers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Kayden Jackson (Grimsby stad).
Försök blockerat. Ashley Chambers (Grimsby Town) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad.
Mål!  Wycombe Wanderers 2, Grimsby stad 1. Anthony Stewart (Wycombe Wanderers) vänster fotade skott från mycket nära håll till mitten av målet.
Adebayo Akinfenwa (Wycombe Wanderers) träffar vänster inlägg med en rubrik från mitten av rutan.
Substitution, Grimsby stad. Rhys Browne ersätter Tom Bolarinwa.
James Berrett (Grimsby stad) visas det gula kortet för en dålig foul.
Joe Jacobson (Wycombe Wanderers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av James Berrett (Grimsby stad).
Substitution, Wycombe Wanderers. Nick Freeman ersätter Matt Bloomfield.
Hörnet, Wycombe Wanderers. Förföljd av James McKeown.
Försöket räddades. Garry Thompson (Wycombe Wanderers) höger fotade skott från höger sida av lådan sparas i nedre högra hörnet.
Sam Wood (Wycombe Wanderers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Kayden Jackson (Grimsby stad).
Foul av Matt Bloomfield (Wycombe Wanderers).
James Berrett (Grimsby Town) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök missade. Sam Wood (Wycombe Wanderers) vänster fotade skott från utsidan av lådan missar till vänster.
Mål!  Wycombe Wanderers 1, Grimsby stad 1. Andrew Boyce (Grimsby Town) vänster fotade skott från vänster sida av lådan till nedre högra hörnet efter ett hörn.
Hörnet, Grimsby Town. Förföljd av Aaron Pierre.
Försök blockerat. Kayden Jackson (Grimsby Town) höger fotad skott från mitten av lådan är blockerad.
Försöket räddades. Omar Bogle (Grimsby Town) huvud från mitten av rutan sparas i toppen av målet.
Hörnet, Grimsby Town. Förföljd av Anthony Stewart.
Hörnet, Grimsby Town. Förföljd av Dan Rowe.
Försök blockerat. Omar Bogle (Grimsby stad) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad.
Substitution, Grimsby stad. Ashley Chambers ersätter Sean McAllister.
Substitution, Wycombe Wanderers. Dan Rowe ersätter Stephen McGinn.
Foul av Adebayo Akinfenwa (Wycombe Wanderers).
Luke Summerfield (Grimsby Town) vinner en frispark på högerkanten.
Anthony Stewart (Wycombe Wanderers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Kayden Jackson (Grimsby stad).
Försök missade. Tom Bolarinwa (Grimsby stad) höger fotade skott från mitten av lådan är nära, men missar till höger.
Foul av Matt Bloomfield (Wycombe Wanderers).
James Berrett (Grimsby stad) vinner en frispark i defensiva halvan.
Substitution, Grimsby stad. Omar Bogle ersätter Scott Vernon.
Försök missade. Tom Bolarinwa (Grimsby Town) huvudet från mitten av lådan är för högt.
Försöket räddades. Josh Gowling (Grimsby Town) vänster fotade skott från utsidan boxen sparas i toppen av målet.
Substitution, Wycombe Wanderers. Adebayo Akinfenwa ersätter Dayle Southwell.
Handboll av Matt Bloomfield (Wycombe Wanderers).
Anthony Stewart gjorde en skada-tid vinnare mot Grimsby för att tjäna Wycombe Wanderers sin första seger sedan mars.