Transportförbindelser och vatten- och kraftförsörjning i staden på 10 miljoner människor drabbas hårt, och en del invånare är fångade i sina hem.
Översvämningar har dödat mer än 180 människor och orsakat kaos i hela Kina.
Polisen i grannprovinsen Anhui varnade till och med för att alligatorer från en gård där hade rymt på grund av översvämningarna.
Källa: Kontoret för statens översvämningskontroll och torkande hjälphögkvarter, siffror korrekta från och med den 3 juli
Wuhans meteorologiska kontor släppte det röda larmet på onsdag. Man sade att man skulle förvänta sig vind och regn och översvämningar i både stads- och landsbygdsområden.
Kinesiska medier rapporterar att mer än 560mm (1,8ft) regn har fallit under den senaste veckan, den tyngsta någonsin i historien om staden, som är på Yangtze floden.
Vägar och tunnelbanestationer översvämmades av vatten, och tågen ställdes in.
Den sista etappen av resan hem för vissa människor som lämnar Wuhan tågstationen ikväll är till fots, vadar genom vattnet.
En handfull par passerade mig när jag stod, nästan upp till knäna i den, vid trafikljusen under motorvägens överfart vid järnvägsstationen. Några bussar klarade sig genom den tillfälliga dammen, liksom några lastbilar. Men det var ingen rusningstrafik i de värsta hit förorterna ikväll.
Det finns lite respit; regnet har stannat för tillfället. Men när jag skriver detta finns det fortfarande bilar som kör fel väg ner för en motorväg slip väg eftersom regnet har blockerat deras rutt.
Vattenförsörjningen har skurits av i vissa områden, och ett bostadsområde upplevde en total strömavbrott, enligt lokala medier.
Kinas premiärminister Li Keqiang är i Wuhan, huvudstaden i Hubei-provinsen, för att övervaka undsättnings- och räddningsoperationer.
Samtidigt har Kinas president Xi Jinping beordrat armén att öka sina hjälpinsatser över hela landet.
Under krisen har officiella siffror för antalet döda varierat. På onsdagen satte stats-TV den totala avgiften på cirka 170.
Sociala medier är full av bilder av vattenströmmar som dundrar genom tunnelbanestationer, bilar och byggnader under vatten, och brandmän som räddar strandsatta människor från andra floder som tidigare hade varit bostadsgator.
Polisen i Anhui delade ett meddelande från Wuhu County turistbyrå, som sade att alligatorer hade rymt från en gård på grund av översvämningarna. Enligt meddelandet försökte folk fortfarande kontrollera hur många alligatorer som hade rymt.
Det är inte den enda djurhistorien som har fångat allmänhetens uppmärksamhet. På tisdagen räddade ett räddningsteam 6.000 grisar som hade blivit strandsatta på sin gård.
Foton av jordbrukare som känslomässigt bjöd djuren farväl hade delats i stor utsträckning på sociala medier.
Den kinesiska staden Wuhan är på röd beredskap för mer kraftig nederbörd, efter skyfall över natten lämnade delar av staden under vatten.