Den hyperbariska kammaren, som behandlar dykare med "böjarna", drevs av St Johns Ambulance på donationsbasis tills den bröts i april 2014.
Hälsoavdelningen ersatte den 2015 men säger att den måste "balansera böckerna".
Dykinstruktören Steve Bougourd sa att han var "gobsmackad".
"Jag är bara orolig för att denna typ av kostnad kommer att stoppa människor från att faktiskt gå till [sjukhuset] och meddela dem om de misstänker ett problem", sade han.
"Vi kanske tycker att det kommer att bli dyrt att få ut dykare försäkrade."
I Storbritannien omfattas hyperbarisk syrebehandling av NHS, men Guernsey har sitt eget hälso- och sjukvårdssystem.
Källa: NHS
Biträdande direktör på Guernseys hälso- och socialavdelning (HSC) Ed Freestone sa att hyra kammaren kostade regeringen 60 000 pund per år.
Han sade att avdelningen inte skulle göra någon vinst på de nya avgifterna, som baserades på "den genomsnittliga användning som vi kunde identifiera under de senaste åren".
Förutom att betala för utbildning av personal och underhåll av en 24 timmars tjänst, måste departementet finansiera planer för att köpa sin egen kammare för omkring 250.000 pund, sade Mr Freestone.
Kommersiella dykare betalar redan en anmälningsavgift på £150 för dyk vilket höjer cirka £100.000 per år, enligt HSC.
Det är ett rättsligt krav att tillhandahålla en hyperbarisk kammare för kommersiell dykningsverksamhet inom Guernseys gräns på 12 sjömil.
Divers i Guernsey kommer att drabbas av en £ 30 000 laddning om de kräver behandling för dekompression sjukdom, regeringen har bekräftat.