30-åringen har spelat 27 test för Black Caps och hade en trollformel med Lancashire i sommar.
Han tog 32 Championship Wickets för Red Rose, inklusive 6-66 på sin debut mot Nottinghamshire.
Han kommer att ersättas av Pakistans Mohammad Amir vid nyligen främjad Essex halvvägs till nästa sommar.
Wagner motsvarade också ett världsrekord genom att ta fem wickets i en sex-boll första klass över, för Otago mot Wellington 2011.
Essex har tecknat Nya Zeeland snabb bowler Neil Wagner för första halvan av 2017 County Championship säsongen och En-Day Cup.