En man greps efter bränderna i Wasserstein och polisen misstänkte mordbrand. Ingen på vandrarhemmet var svårt skadad.
Mer än en miljon flyktingar och migranter har anlänt till Tyskland i år, och för de flesta har deras första stopp varit i Bayern.
President Joachim Gauck ägnade sitt julbudskap åt den senaste tidens tillströmning.
"Vi har visat vad vi är kapabla till, i termer av god vilja och professionalism, men också i konsten att improvisation", sade han och prisade medtyskarna för deras svar på krisen.
Men han krävde också att lagens fulla kraft skulle användas mot alla som använder våld mot de nyanlända.
"Arson och attacker på försvarslösa människor förtjänar vårt förakt och förtjänar straff", sade presidenten.
Flykting vandrarhem i Tyskland har kommit under mer än 200 attacker i år ensam, enligt forskning av Die Zeit tidningen, men myndigheterna har säkrat fällande domar mot endast en handfull angripare.
Migrantkrisen förklaras i kartor och grafik
Tysklands "historiska test" - Merkel
Rapporter om Merkels död är mycket överdrivna
Migrantåret - en kris till skillnad från alla andra
Kansler Angela Merkel lovade förra veckan att Tyskland skulle "tydligen minska antalet flyktingar" som svar på kritik från sitt CDU-parti i mitten-högern.
Upp till 40 procent av de som anländer till Tyskland kommer från Balkanländer som Albanien och Kosovo som anses vara säkra. De flesta av de andra som anländer är flyktingar från Syrien, Irak och Afghanistan.
De europeiska länderna har kämpat för att klara av det stora antalet människor som når EU:s kuster. Den här veckan sade internationella migrationstjänstemän att mer än en miljon "oregelbundna" migranter och flyktingar hade kommit till land och till sjöss, den stora majoriteten via Grekland.
Tjeckiens premiärminister Bohuslav Sobotka pekade ut Angela Merkel som ansvarig för att ha sänt ut en signal över Mellanöstern och Afrika som "stimulerade olaglig migration till Europa".
FN:s flyktingtjänstemän säger att 3 716 människor dog eller försvann i år när de försökte ta sig över till Europa.
Men det fanns goda nyheter för en afghansk familj som fruktade att deras 10-årige son hade drunknat utanför den turkiska kusten.
Familjen Rabani, som sedan dess har kommit till den tyska delstaten Niedersachsen, blev skild från sin son när de gick ombord på en båt i Turkiet. Hans båt kapsejsade och många av dem ombord drunknade.
En tysk Röda Kors tjänsteman lyckades så småningom spåra barnet, som hittades vistas på en flykting vandrarhem i Schweiz. Familjen hoppas bli återförenad om några veckor.
I en separat utveckling har en ung palestinsk flykting som fick rubriker i juli när hon grät inför Angela Merkel enligt uppgift fått höra av de tyska invandringstjänstemännen att hon och hennes familj kommer att kunna stanna kvar i landet fram till 2017.
Reem Sahwil, 14, hade berättat för kanslern på live-TV att hon ville gå på universitetet men hon brast i tårar när kanslern förklarade att inte alla invandrare kunde stanna i Tyskland och att politik "kan vara tuff".
Mrs Merkel försökte trösta flickan genom att smeka hennes huvud.
Tolv personer skadades, däribland sju tonåringar, när bränder bröt ut vid två angränsande flyktingläger i den sydtyska regionen Bayern.