Wydad var 1-0 vinnare över 10-man Zanaco i Zambia att flytta toppen av gruppen, med rekord åtta gånger mästare Al Ahly slog Kameruns Coton Sport 3-1.
Det satte Ahly nivå på punkter med Zanaco, och med identiska huvud mot huvud, gick Ahly igenom, ovanför zambierna, på målskillnad.
Zanaco visste att en punkt i Casablanca skulle ha varit tillräckligt för att sätta dem i de sista åtta, men de omintetgjordes av en 68-minuters mål från Wydads Achraf Bencharki framför 80 000 kapacitet stadion.
Bencharki mål kom nio minuter efter Zanaco försvarare Taonga Bwenbya skickades iväg efter att ha gulkortats en andra gång.
Det var den första Champions League förlust led av Zanaco denna säsong och bara det tredje målet de hade medgett efter fyra segrar och fem dragningar i kval- och gruppmatcher.
Al Ahly, som började sin match mot Coton Sport veta bara en seger skulle ta dem till knockout scenen för första gången sedan 2013, drabbades av ett tidigt bakslag.
De föll efter på Borg El Arab Stadium i Alexandria efter 12 minuter när veteran försvarare Ahmed Fathy medgav ett eget mål.
Amr Gamal kom till Ahlys räddning med en equalizer och han gjorde också det tredje Ahly mål efter Abdallah El Said hade gett Kairo klubben en 2-1 halvtid ledning.
Det betyder att fyra nordafrikanska klubbar nu har nått Champions League kvartsfinal, med Esperance och Etoile Sahel i Tunisien redan igenom.
Det kommer också att finnas minst två kvartsfinalister från södra Afrika - försvarare Mamelodi Sundowns i Sydafrika och Ferroviario Beira i Moçambique som gick igenom efter Al Hilal och Al Merreikh diskvalificerades efter Sudans globala Fifa-förbud.
Al Ahly av Egypten och Wydad Casablanca av Marocko säkrade sin plats i African Champions League kvartsfinaler på lördag som nordafrikanska klubbarna segrade i den slutliga Grupp D matcher.