De brände upp tälten i lägret i Brezice för att protestera mot den långsamma processen att registrera dem och flytta dem till den österrikiska gränsen, sade vittnena.
De har också klagat över brist på mat, vatten och filtar i lägret.
Under tiden letar den grekiska kustbevakningen efter en flyttbåt som tros ha kapsejsat med 14 ombord nära ön Samos mitt i kraftigt regn.
Samos, där 69.000 människor har anlänt under det senaste året, tar emot flest invandrare från alla grekiska öar förutom Lesbos.
Tusentals migranter fortsätter att strömma genom västra Balkan och ledarna för dessa länder har kallats till ett särskilt EU-möte.
Europeiska kommissionen sade att ordförande Jean-Claude Juncker hade kallat till söndagens möte eftersom "det finns ett behov av mycket större samarbete, mer omfattande samråd och omedelbara operativa åtgärder" för att hantera det som den kallade "den framväxande nödsituationen".
EU:s svar: EU:s lösning verkar inte vara i sikte
Ingenmansland: Gränsnedläggningar lämnar tusentals strandsatta
Lång vinter in: EU:s stift hoppas på sämre väder
Merkel under press: Kanslerns invandrarpolitik kritiseras hemma
Kris i grafik: Migrationsnummer förklarade
Förra veckan stängde Ungern sin gräns mot Kroatien och Serbien och vägrade att låta fler migranter passera, med hänvisning till säkerhetsproblem. Till följd av detta har migranterna avletts till Slovenien på väg till Västeuropa.
Slovenien säger att det har överväldigats av de nästan 20.000 invandrare som har anlänt sedan fredag. Man hade sagt att det bara kunde ta 2 500 migranter per dag.
Den slovenska armén och polisen arbetar för att hantera flödet, men biståndsorganen har varnat för svåra förhållanden när flaskhalsar uppstår vid gränsövergångar längs vägen, precis som temperaturen börjar sjunka.
Men det finns inga tecken på att antalet invandrare och flyktingar minskar.
Ett antal båtar med omkring 140 personer, däribland barn, anlände till RAF-basen vid Akrotiri på Cypern på onsdag morgon.
Många av migranterna på väg genom västra Balkan försöker nå Tyskland, som förutspår en tillströmning av minst 800 000 asylsökande i år. Enligt vissa beräkningar uppgår antalet till över en miljon.
Många av dessa kommer att få sina asylanbud förkastade och en talesman för regeringen bekräftade på onsdagen att man övervägde att använda militära flygplan för att påskynda utvisningsprocessen.
Försvarsminister Ursula von der Leyen sade att militära transportplan skulle användas, men bara om civila flygplan inte var tillgängliga.
Kansler Angela Merkels inhemska popularitet har minskat de senaste veckorna på grund av tillströmningen till Tyskland.
I en opinionsundersökning på onsdag sades det att andelen tyskar som var mycket oroade över situationen hade ökat från 40 procent i augusti till 54 procent.
En separat undersökning av ledamöterna i Angela Merkels konservativa CDU-parti visade dock att 82 procent var nöjda med henne som deras ledare.
En anmärkning om terminologi: BBC använder termen migrant för att hänvisa till alla personer på resande fot som ännu inte har avslutat den rättsliga processen för att ansöka om asyl. Denna grupp omfattar människor som flyr krigshärjade länder som Syrien, som sannolikt kommer att beviljas flyktingstatus, liksom människor som söker jobb och bättre liv, som regeringar sannolikt kommer att härska över är ekonomiska invandrare.
Tält har bränts i ett transitläger i Slovenien, enligt uppgift av invandrare som är arga på hur de behandlas.