Sex fall orsakade av en bakterie som liknar Mycobacterium lepromatosis har bekräftats hos ekorrarna sedan 2006.
Det är första gången sjukdomen har påträffats hos arten och föga är känt om spridningen av den potentiellt dödliga sjukdomen.
Men naturvårdare säger att det finns andra mer betydande hot mot röda ekorrar som ekorre.
Forskare uppmanar allmänheten att rapportera iakttagelser av ekorrar som kan lida av spetälska.
De sa att informationen skulle hjälpa dem att bygga upp en mer detaljerad förståelse av sjukdomen.
Det finns ingen antydan om någon risk för människors hälsa.
Smittade djur har hittats från Dumfries och Galloway till Moray Firth.
Symtomen inkluderar håravfall och kraftig svullnad till nosen, ögonlock, öron och fötter.
Professor Anna Meredith vid Royal Dick School of Veterinary Studies vid Edinburgh University leder forskningen.
Hon sade till BBC Scotland: "Vi misstänker att denna sjukdom är mer utbredd än de sex fall vi har bekräftat.
"Röda ekorrar är på tillbakagång. De hotas av den grå ekorren och står redan inför det stora hotet från ekorrpoxviruset.
"Det här är det sista de behöver - en annan sjukdom som kan hota befolkningen."
Men naturvårdare från Rädda Skottlands röda ekorrar sade spetälska infektionen verkade vara extremt sällsynt och skulle inte vara ett stort hot mot den bredare befolkningen.
Projektledare för Mel Tonkin, sade: "Mycket mer av ett hot är ekorrpox virus som är nästan alltid dödlig för röda ekorrar, men hittar en reservoar i grå ekorrar.
– Forskning tyder på att ekorrekoppor är orsaken till att grå ekorrar har ersatt röda ekorrar i större delen av England och Wales.
"Bevarandesamhället har dock visat att röda ekorrar kan skyddas mitt bland grå ekorrar som bär på viruset genom att hålla den grå ekorrns befolkningstäthet på en mycket låg nivå."
Forskare i Edinburgh som undersökte spetälskainfektionen sade att döda röda ekorrar kunde skickas till dem med post under förutsättning att de var lämpligt förpackade.
Men de rådde allmänheten att följa grundläggande hygienregler före och efter hanteringen av döda ekorrar.
Närmare information finns på denna webbsida under avsnittet om "vägledning efter döden".
Skottlands röda ekorrar står inför ett nytt hot från en form av spetälska, enligt vetenskapsmän i Edinburgh.