Hon kan fortsätta att utöva vissa funktioner, men hennes roll kommer att vara mycket begränsad.
Sinn FÃ©in har sju dagar på sig att omnämna en ny vice minister till följd av McGuinness avgång.
Men partiet är orubbligt att det inte kommer att ersätta honom.
Från och med måndagen den 16 januari går stafettpinnen över till Nordirlands sekreterare James Brokenshire. Lagen säger att han ska kalla till val.
Den vanliga tidsperioden för en valkampanj är sex veckor. Om Brokenshire flyttade omedelbart skulle väljarna i Nordirland gå till omröstningarna om sju veckor.
Ett tidigare rättsfall visade dock att Nordirlands sekreterare inte nödvändigtvis behövde kalla till val till församlingen omedelbart, utan inom en rimlig tidsperiod.
Brokenshire skulle kunna använda denna flexibilitet för att möjliggöra fler förhandlingar.
Vad han inte kan göra som lagen ser ut är att stänga av Stormonts församling och exekutiv.
Denna makt användes av tidigare regeringar vid ett antal tillfällen, men den togs bort från lagboken som en del av 2006 års St Andrews-avtal.
Det skulle kräva en ny nödlag som antas av Westminster för avstängning för att användas igen i framtiden.
Under 2015 års kris i fråga om social reform och IRA:s verksamhet var Nordirlands kontor orubbligt att det i händelse av ett sammanbrott inte skulle försöka få tillbaka avstängningsbefogenheterna, utan tillåta nya val.
Myndigheternas källor visar att tänkandet inte har förändrats, även om en potentiellt polariserande kampanj kanske inte gör det lättare att återställa decentraliseringen på våren.
Sinn FÃ©in säger att deras spricka med DUP är mycket bredare än den senaste Renewable Heat Incitament skandal.
Men medan Stormontpartierna går in i valläge verkar det osannolikt att det kommer att bli några framsteg med att antingen ta tillbaka de potentiella RHI-förlusterna, eller komma överens om en oberoende utredning av affären.
När Martin McGuinness avgång träder i kraft, enligt de gemensamma protokollen som styr Stormonts maktdelningsregering, förlorar även förste minister Arlene Foster sitt kontor.