Alibaba togs bort från listan för fyra år sedan, men amerikanska myndigheter säger att företagets online-plattform Taobao används för att sälja "höga nivåer" av falska varor.
Företaget har avvisat anklagelserna och insisterat på att det ska övervaka sin marknadsplats bättre än tidigare.
Byrån föreslog också det "aktuella politiska klimatet" i USA kan vara varför de är tillbaka på listan.
Den amerikanske presidenten Donald Trump hade under sin kampanj flera gånger anklagat kinesiska företag för att stjäla immateriella rättigheter.
Alibaba Groups ordförande Michael Evans sade att han var "nedslagen" av beslutet och ifrågasatte om det var "baserat på faktiska fakta eller påverkades av det rådande politiska klimatet".
Den kinesiska online-återförsäljaren och dess marknadsplats Taobao har länge anklagats för att vara en plattform för förfalskade varor.
Taobao sade tidigare i år att den hade skärpt kontrollen av sin försäljning av lyxvaror, vilket krävde att försäljarna skulle visa äkthetsbevis.
I maj dock, Alibaba var avstängd från den internationella anti förfalskning koalition (IACC) vakthund över piratkopiering oro.
Några medlemmar, däribland Gucci America och Michael Kors, hade hotat att lämna IACC i protest mot Alibabas medlemskap.
Alibaba - den överlägset största online-återförsäljaren - flöt på New York Stock Exchange i september 2014 och bröt rekord genom att samla $25 miljarder.
Kinesiska e-handel jätte Alibaba är tillbaka på USA: s "kända marknader" lista över förfalskade varor försäljning.