Ministrarna säger att processen är "föråldrad" och att avsluta den skulle ge arbetstagarna mer kontroll och spara mer än 6 miljoner pund per år genom att skära ner på arbetsgivarnas förvaltning.
Men fackföreningarna skulle kunna förlora medel och säga att det är en "bestridande politisk attack" som kommer att "förgifta relationerna mellan arbetsmarknadens parter".
Arbetsmarknadsledare uttalade sig emot förslaget.
Den följer planerna för reformer av de fackliga lagarna, inklusive strängare strejkregler.
Tjänstemän, lärare och sjuksköterskor är bland de fackliga medlemmar som måste se till att avgifterna tas ut från deras bankkonton genom autogiro enligt förslagen om uppdatering av lagstiftningen i fackföreningslagen.
Regeringen säger att det så kallade check-off-systemet för att ta ut fackliga avgifter genom löner infördes vid en tidpunkt då många arbetare inte hade bankkonton.
Det sades att det nu var en "skattefinansierad administrativ börda" för arbetsgivarna.
Ministern för kansliet Matthew Hancock sade: " Under 2000-talets era av autogireringar och digitala betalningar bör offentliga medel inte användas för att stödja insamlingen av fackliga prenumerationer.
"Vi skapar större öppenhet för de anställda - vilket gör det lättare för dem att välja om de ska betala abonnemang eller inte och vilken fackförening de ska gå med i."
Arbetarledarskap hoppfull Andy Burnham sade flytten verkade vara "övertygande", och var "en del av en pågående kampanj för demonisering mot fackföreningar".
Yvette Cooper sade att många människor fann det nuvarande systemet "lätt att använda och bekvämt", och tillade att regeringens "övergrepp på arbetstagarnas rättigheter" skulle leda till fler arbetskonflikter.
Liz Kendall tillade: "Torska regeringar undergräver alltid fackliga rättigheter - jag skulle motsätta mig dessa attacker och upphäva dem i regeringen."
TUC sade att regeringen var "fast besluten att ombalansera makten på arbetsplatsen, så att arbetarna förlorar sin röst och sina rättigheter".
TUC:s biträdande generalsekreterare Paul Nowak sade: " Om löneutbetalningarna för medlemskap i facket var föråldrade, skulle det inte vara populärt med så många av Storbritanniens största privata företag med positiva fackliga förbindelser.
"I stället för att gå ur vägen för att förgifta relationerna mellan arbetsmarknadens parter bör regeringen engagera sig positivt med arbetarna och deras representanter för de offentliga tjänsternas och ekonomins bästa."
Affärsminister Lord Maude sade att det var "defeatistiskt" att föreslå att fackföreningar skulle förlora medlemmar till följd av reformen.
På BBC Radio 4's The World at One tillade han: "Folk vill se en ordentlig uppsättning lagar där du vet att det kommer att finnas ett minimum valdeltagande i strejken och en minimal röst för en strejk, och att människor inte kan få sina liv störda på det sätt som vi alltför ofta ser."
PCS facket, som representerar arbetstagare i Whitehall och runt om i Storbritannien i arbetsförmedlingar, skattekontor, domstolar och invandring, sade att planerna var "onödiga och hämndlystna".
Den representerar arbetare vid statliga departement, inklusive inrikesministeriet, HMRC och DWP som redan har avslutat automatiska avdrag av fackliga abonnemang.
Men en PCS talesman sade att facket kunde hamna starkare som ett resultat eftersom det skulle veta att dess medlemmar var absolut engagerade i att behålla sitt medlemskap och facket skulle ha mer kontakt med dem.
Regeringen har lagt fram planer för att hindra den offentliga sektorns arbetstagare från att automatiskt betala abonnemang till fackföreningarna genom sina löner.