Backbench Tory MP Chris Davies hade frågat walesiska sekreterare om den brittiska regeringen borde ha befogenhet att sätta den walesiska regeringen i särskilda åtgärder.
Ledaren sa att det inte var hans policy.
Dai Lloyd, en Plaid Cymru AM, föreslog att devolution var under attack efter EU:s folkomröstning.
Andrew RT Davies berättade för en nyhetskonferens: " Jag håller inte med om Chris kommentarer, helt och hållet.
"Det Chris förespråkar är från en backbenchers ståndpunkt i Westminster av en åsikt som han hör uttryckas i sin valkrets på regelbunden basis.
"Det är inte regeringens politik, det är inte walesisk konservativ politik."
"Vår politik är mycket tydlig. Decentraliseringen måste respekteras. Den är här. Det är permanent här, sa han.
"Vi är regeringen i Westminster som levererar Wales Bill som kommer att se en enorm överföring av ansvar," sade han.
Han tillade: " Naturligtvis bör denna plats inte sättas i särskilda åtgärder. I slutändan är det upp till de politiker som är demokratiskt valda här att faktiskt vara ansvariga inför folket i Wales, vare sig de är regeringsmedlemmar eller församlingsmedlemmar.
Chris Davies frågade den walesiske utrikesministern Alun Cairns vid det walesiska utskottet för frågor i måndags: " Önskar ni inte att det skulle finnas en mekanism där för att ta makten tillbaka till denna plats för att kunna reda ut, precis som den walesiska församlingen har befogenheter att sätta lokala myndigheter under särskilda åtgärder och sjukhus i särskilda åtgärder.
"Tycker du inte att det borde finnas en möjlighet för oss att göra samma sak?"
Men Cairns sade att folk skulle kunna säga sitt vid valet till församlingen om den decentraliserade frågan.
Chris Davies, som talade på BBC Radio Wales, sade att han tycker att utbildning "bör" upplösas från devolution.
Han berättade för Good Morning Wales-programmet att "vi måste vara försiktiga" och titta på majs val.
"Vi hade ett parti, ett parti som jag inte stöder, det walesiska församlingens parti, som började från ingenting, från ingenstans.
"På bara några veckor tog de 4,5 % av rösterna", sade han.
"Vi måste vara försiktiga där ute, för strax innan vi vet ordet av kan det bli en massiv flodvåg över Wales som bestämmer sig för att de inte vill ha monteringen längre."
Dai Lloyd, från Plaid Cymru, kallade Chris Davies förslag om att brittiska ministrar skulle kunna engagera sig i utbildning i Wales för en "krassidé" och ett "konservativt försök att rulla tillbaka makten från denna plats till London".
"Vi är under attack från alla platser nu, post-Brexit", sade han.
"Vi har Andrew RT Davies säger att vi inte klarar av jordbruket här, hålla det där uppe. Nu har vi Chris Davies... som också antyder något lika löjligt."
"Folk säger hela tiden att vi måste respektera resultatet av folkomröstningen," Mr Lloyd sade.
"Den logiska konsekvensen av detta är att vi måste respektera resultatet av varje folkomröstning, särskilt inom ramen för denna plats."
Vale från Clwyds konservativa parlamentsledamot James Davies försökte bredda debatten i måndags och föreslog i en tweet att den brittiska regeringen kanske borde ingripa i den walesiska hälsovården också.
Som svar på en tweet om Chris Davies kommentarer sade Chris Davies: "Hur är det med NHS prestanda?
"Jag har väljare i förtvivlan de flesta dagar i veckan över ojämlikheten mellan Wales och England."
Kommentarer som antyder att brittiska ministrar borde kunna ingripa i utbildning i Wales har förkastats av den walesiska konservativa ledaren Andrew RT Davies.