Briber på mellan 1.000 och 5.000 dollar (800 pund; 4.000 pund) har betalats ut, sade general Nur Farah Jimale.
BBC har också fått reda på att vissa kandidater har erbjudit mutor på upp till 1,3 miljoner dollar (1 miljoner pund) för att säkra röster.
Indirekta val har ägt rum sedan oktober eftersom landet fortfarande är för osäkert för en nationell omröstning.
En stor del av landet kontrolleras fortfarande av den islamistiska militanta gruppen al-Shabab, som är knuten till al-Qaida.
Gen Nur berättade för BBC somaliska tjänsten att vissa platser bör köras på nytt eftersom pengar hade använts för att "utmana" andra kandidater, i vissa fall, vilket innebär att alla utom en kandidat hade dragit sig tillbaka.
Han sade att även fall av statliga medel som används i valet har dokumenterats.
Valet finansieras av Förenta nationerna som också stöder den regering som är baserad i huvudstaden Mogadishu.
Somalia har inte haft någon fungerande nationell regering sedan dess f.d. ledare Mohamed Siad Barre avskrevs 1991.
Massiva fall av korruption och hot mot väljarna har skadat de pågående parlamentsvalen i Somalia, har revisorn berättat för BBC.