Militären är den sista turkiska institution som ser till att förbudet avskaffas. Den har länge betraktats som väktare av Turkiets sekulära konstitution.
Under 1980-talet förbjöds att bära huvuddukar i offentliga institutioner.
Men Turkiets islamistiske president, Recep Tayyip Erdogan, hävdar att förbudet är ett illiberalt spår av det förflutna.
Frågan har varit kontroversiell i Turkiet i många år.
Sekularisterna betraktar huvudduken som en symbol för religiös konservatism och har anklagat president Erdogan för att driva på en islamistisk agenda och omvandlat många offentliga skolor till religiösa som en del av hans löfte att höja "en from generation".
Under det senaste årtiondet har förbudet tagits bort för skolor, universitet, offentlig förvaltning och i augusti för polisen.
BBC:s Mark Lowen i Istanbul säger att Turkiets sekulära sida nu till stor del känner sig utfryst och anklagar Erdogan för att styra bara för sin konservativa, religiösa stödbas.
De konservativa svarar att de länge betraktades som andra klassens medborgare och huvudduken är ett uttryck för individuella friheter.
Vår korrespondent säger att Turkiets religiösa och sekulära klyfta är lika gammal som republiken själv, men nu är utan tvekan djupare än någonsin.
Vittne: Turkiets huvudduksrad
De nya reglerna gäller för reguljära kvinnliga officerare, icke-besatta officerare och kvinnliga kadetter. De kommer att få bära en huvudduk under sina mössor eller baskrar så länge de har samma färg som sina uniformer och inte är mönstrade, rapporterade Hurriyet Daily News.
Militärens motstånd mot regeringens agerande har försvagats efter det att president Erdogans anhängare förstärkt sin makt över de väpnade styrkorna efter den misslyckade kuppen den 15 juli förra året.
Ändringarna kommer att träda i kraft när de publiceras i den officiella tidningen.
Turkiet har haft en sekulär konstitution utan statsreligion sedan 1920.
De flesta människor i Turkiet är sunnimuslimer.
Ett förbud mot kvinnliga arméofficerare i Turkiet som bär den muslimska huvudduken har lyfts av regeringen.