"Det är helt klart företag där de har diskretion över investeringar, där de kan vänta, gör det - du kan förstå varför.
"De väntar på mer klarhet om hur de framtida förbindelserna med Europa kommer att se ut", sade han.
Den andra omgången av Brexit-förhandlingarna äger rum i Bryssel på måndag.
Hammonds kommentarer kom som en undersökning av Confederation of British Industry (CBI) tyder på att 42 % av de brittiska företagen anser att Brexit har skadat deras investeringsplaner.
CBI uppmanade regeringen att snabbt säkra ett framtida handelsavtal med EU.
Barclays ögon Dublin expansion efter Brexit
Vad vill företagen ha av artikel 50-samtalen?
Handelsförklarare: Den inre marknaden och tullunionen
Verklighetskontroll: "Röda linjer" på Brexit
Filip Hammond sade att regeringsministrarna blev alltmer övertygade om behovet av övergångsbestämmelser för att minska störningarna när Förenade kungariket lämnar EU.
"För fem veckor sedan idén om en övergångsperiod var ett helt nytt koncept, jag tror att nu skulle du finna att i stort sett alla runt skåpet bordet accepterar att det kommer att finnas någon form av övergång," sade han.
"Vi är inne i en verklig process nu med början av förhandlingarna och jag tror att du kommer att hitta kabinettet samlas kring en position som maximerar vår förhandlingskraft och får bästa möjliga affär för Storbritannien."
Han sade att ett övergångsarrangemang var "rätt och förnuftigt både för Förenade kungariket och EU" och att det skulle kunna ta flera år".
Analys: Joe Lynam, affärskorrespondent för BBC
När företag gör en stor investering, tenderar de att göra ett stort plask om det. Pressmeddelanden utgivna, börser råd och ministervälsignelser förvärvade.
Men när företag bestämmer sig för att INTE investera i ny personal, en ny produktionslinje eller ens en ny produkt, får vi sällan höra talas om det.  Företag som gör uppehåll eller avbryter investeringar - oavsett anledning - är kontrafaktiska.
Så undersökningar och anonyma val är det näst bästa sättet att mäta företagsstämningen.
Även om vissa Brexiters betraktar CBI som en EU-vänlig vasall, är dess undersökning som visar att två femtedelar av företagen gör uppehåll i sina investeringsplaner på grund av att Brexit inte är en utomjording. Det stämmer med liknande rapporter från de brittiska handelskamrarna, Deloitte och Institute of Directors.
Och vem skulle klandra företag för att hålla sig borta? Om deras största marknad snart skulle kunna komma in eller ut ur den inre marknaden, inom eller utanför tullunionen, och ta hänsyn till EG-domstolen eller inte, spelar det roll för deras framtida investeringsplaner.
Brexit-minister David Davis ska till Bryssel i måndags för nästa samtalsrunda med EU:s tjänstemän.
Ministrarna har talat om en övergångsperiod efter det att Förenade kungariket lämnat EU för att undvika ett scenario med "cliff edge", men längden och de exakta arrangemangen har ännu inte fastställts.
På BBC:s söndagspolitiska utställning sade den internationella handelsministern Liam Fox att en övergångsperiod borde vara "mycket tidsbegränsad", och att den borde tillåta Storbritannien att ingå nya handelsavtal - något som man inte kan göra som en del av EU:s tullunion.
Fox accepterade att det inte var klart om Förenade kungariket skulle ha befogenhet att slutföra avtal under denna period.
Han pressade på om Storbritannien ens kunde förhandla under övergången, sade han: "Ja, jag hoppas att vi skulle kunna göra det och jag hoppas att det är ett av de villkor vi skulle ställa."
Han tillade: "Det är verkligen något jag skulle vilja se eftersom det annars gör det mycket svårare för oss att utnyttja de möjligheter som Brexit själv skulle producera."
Rain Newton-Smith, chefsekonom vid CBI:s lobbygrupp, sade: "För att hjälpa brittiska företag att förbli optimistiska och hålla osäkerheten i schack, måste regeringen arbeta snabbt för att komma överens om villkoren för [Brexit] övergången och framtida handelsordningar.
"Det är därför CBI har föreslagit att stanna kvar på den inre marknaden och en tullunion tills en slutlig överenskommelse träder i kraft.
"Detta är det enklaste sättet att se till att företag inte möter en skadlig klippkant och att handelsflödena kan fortsätta utan störningar."
Labour säger att det skulle försöka bevara alla fördelar med den inre marknaden och tullunionen om det ledde förhandlingarna.
Skugga affärssekreterare Rebecca Long-Bailey berättade söndagspolitiken att Labour kunde försöka behålla fullt medlemskap i båda organen.
Men hon medgav att det var "sannolikt osannolikt" att man skulle kunna komma överens om att samtidigt ge Labour kontroll över lagar och gränser.
"Om vi kunde förhandla fram ett avtal om att stanna kvar på den inre marknaden som behandlade alla dessa frågor, då skulle det vara fantastiskt", sade hon.
"Oavsett om det är troligt att det återstår att se.
"Vi vill behålla de fördelar som vi för närvarande har inom tullunionen. Vi vill ha vår kaka och äta den - liksom de flesta fester i Westminster - när det gäller att kunna förhandla om våra egna handelsavtal."
Kansler Philip Hammond har berättat för BBC:s Andrew Marr Show att företag avhåller sig från att investera i Storbritannien på grund av osäkerhet om Brexit.