Austin Okwor uppges vara en del av ett team som utreder korruption inom rättsväsendet. Han behandlas på sjukhus för sina sår.
Angreppet inträffade i Port Harcourt på lördag kväll, sade den ekonomiska och finansiella brottskommissionen.
Förra året arresterades flera domare som misstänktes för korruption i en landsomfattande stingoperation.
President Muhammedu Buhari har prioriterat kampen mot korruption, men kritiker säger att hans administration bara har riktat in sig på hans politiska rivaler.
Okwor var omgiven av ett gäng som öppnade eld mot honom, rapporterar Nigeria Bulletin.
Den ekonomiska och finansiella brottskommissionens talesman Wilson Uwujaren sade att Okwor hade fått hotfulla textmeddelanden under de senaste månaderna.
"Denna händelse understryker de risker som kommissionens agenter dagligen utsätts för vid fullgörandet av sina uppgifter", sade Uwujaren i ett uttalande.
I april beordrade president Buharis kontor en utredning efter det att chefen för den nationella underrättelsetjänsten hade avbrutits på grund av korruptionsanklagelser.
Presidenten agerade efter anti-korruptionsofficerare hittade mer än $ 43m (Â £ 34m) i en lägenhet i huvudstaden, Lagos.
En ledande korruptionsutredare i Nigeria har överlevt flera gånger.