Företaget sade att personal som går ut i den pågående dispyten om rollen som ledare skulle betalas pengar när industriella åtgärder kom till ett slut.
RMT-facket beskrev det som "en annan skandalös och mobbande attack mot personal som kämpar för allmän säkerhet".
Generalsekreteraren Mick Cash sa att personalen "signerar bort grundläggande mänskliga rättigheter".
Passagerare i sydlig trafik har drabbats av månader av förseningar och störningar till följd av de industriella åtgärderna i samband med införandet av endast lokförare.
Nästa 48-timmars promenad äger rum nästa vecka, med ytterligare strejker planeras i upptakten till jul och under det nya året.
Michael Cash sade att det var "förkastligt" att södra "känner det nödvändigt att försöka lura personalen" att underteckna ett avtal med "solens syfte att stoppa lagliga industriella åtgärder".
I ett uttalande i Southern sades det: " Passengers har varit tvungna att uthärda 17 dagars strejker hittills med 11 fler att komma, vilket har orsakat elände och svårigheter för människors arbete och familjeliv.
"Vi känner att vi inte kan göra dessa betalningar till ledare som planerar att vidta industriella åtgärder.
"De kommer att få betalt när de industriella åtgärderna är över."
Södra järnvägen har anklagats för mobbning efter att ha bett personalen att underteckna ett löfte att inte strejka i utbyte mot att få tillbakadaterade semesterlöner tidigt.