Under ett besök i County Down i juni, Theresa May sade en ledighet röst skulle avsluta en öppen nord-sydlig gräns.
Hon sade också att det var otänkbart att föreslå en omröstning om ledighet inte skulle ha någon negativ inverkan på gränsen.
Hon sade dock att hon inte vill se någon återgång till gammaldags gränskontroller.
I sin första intervju som premiärminister med en journalist från Nordirland sade hon att hon vill se fri rörlighet.
Som inrikesminister besökte May County Down i juni och sade till BBC: "Om vi är ut ur Europeiska unionen med tullar på export av varor till EU måste det finnas något att erkänna detta mellan Nordirland och Irland.
"Och om du drog dig ur EU och kom ut ur den fria rörligheten, hur skulle du då kunna ha en situation där det fanns en öppen gräns mot ett land som var i EU och hade tillgång till fri rörlighet?"
Men när hon talade med BBC News NI på Downing Street på fredag sade May att hon höll med den irländska regeringen och Nordirlands exekutiv om att inte se en "återvändelse till det förflutnas gränser".
Hon skulle arbeta "nära" tillsammans med dem för att garantera fri rörlighet över gränsen, tillade hon.
May förnekade att hon hade ändrat åsikt.
"Vad jag sade var naturligtvis att om vi lämnar och det finns en landgräns med ett land inom Europeiska unionen, som gör det till en förändring av den relationen över gränsen", sade hon.
"Alla parter är tydliga om avsikten och viljan att se till att vi har ett arrangemang som inte är en återgång till det förflutnas gränser."
I en fråga om hur gränsen skulle bevakas eller kontrolleras efter Brexit sade May: "Vi diskuterar just nu med den irländska regeringen hur vi kan utveckla dessa idéer på ett sätt som garanterar att vi lever upp till alla parters avsikter."
En av Majs första akter som premiärminister var att besöka Belfast, och hon har lovat att Nordirlands verkställande organ skulle vara fullt delaktigt i Brexit-diskussionerna.
"Vi kommer att göra en framgång för Brexit, det finns verkliga möjligheter för Storbritannien", sade hon.
"Vi måste ta vara på dessa möjligheter runt om i världen, men de decentraliserade förvaltningarna kommer alla att vara - och regeringen i Belfast kommer att vara - engagerade och fullt engagerade i de diskussioner vi för."
Det är 100 dagar sedan EU-omröstningen och resultatet har förändrat det politiska landskapet.
Frågan om Brexit kommer sannolikt att dominera den konservativa partikonferens som inleds i helgen.
Den årliga sammankomsten i Birmingham markerar Theresa Mays första som ledare och hon kommer att göra sin huvudtal nästa onsdag.
Även om Storbritannien röstade för att lämna Europeiska unionen röstade 56 procent av människorna i Nordirland för att stanna kvar.
Premiärministern tycks ha längtat tillbaka till sina kommentarer under EU:s folkomröstningskampanj om att det skulle kunna finnas irländska gränskontroller om Storbritannien lämnade EU.