Saharahövdingen greps i fredags efter att han inte infann sig inför domarna i samband med ett bedrägerifall.
Två Sahara-företag fick i uppdrag att betala tillbaka 240 miljarder rupier (3,9 miljarder dollar, 2,3 miljarder pund) till investerare som marknadstillsynsmyndigheterna sade att de hade tagit upp olagligt.
I tisdags kastade en demonstranter bläck på Roys ansikte när han kom till domstolen.
Subrata Roy är en tjuv. Han har lurat och rånat oss, skrek angriparen. Mannen, som identifierades som advokat av indiska TV - kanaler, fördes bort av polisen.
Typ: Subrata Roy
Det var inte omedelbart klart om affärsmannen nu skulle sättas i fängelse. Sedan han greps har han varit instängd i regeringens gästhus.
Högsta domstolen beslutade om nästa förhandling den 11 mars.
I tisdags bad Roy domstolen om ursäkt och sade att hans skäl för att inte inställa sig inför domarna i onsdags var "äkta".
Han sade att Sahara skulle sälja sina tillgångar och betala tillbaka investerarna och bad domarna att ge honom mer tid.
Men domstolen avvisade hans förslag att säga "vi är inte intresserade av att sälja fastigheterna, du har sagt oss de senaste två åren, det är din huvudvärk, du borde ha gjort det".
Domarna beordrade också polisen att gripa två andra direktörer i Sahara och hålla dem kvar till nästa förhör.
Målet mot Roy sträcker sig tillbaka till augusti 2012, då domstolen beordrade de två Saharaföretagen att återbetala pengar till 22 miljoner små investerare inom 90 dagar och med 15 % ränta.
I december 2012 gav domstolen företagen mer tid att betala tillbaka.
I februari förra året frös marknadstillsynsmyndigheterna företagens bankkonton och sade att de hade misslyckats med att återbetala pengarna.
Men Sahara ifrågasätter det belopp som det borde betala tillbaka och säger att dess ansvar inte bör vara mer än de 51,2 miljarder rupier som det redan har betalat tillbaka.
Mr Roy är ett familjenamn i Indien.
Hans grupp, värd 11 miljarder dollar, har företag som sträcker sig från finansiering, bostäder och tillverkning till luftfart och media.
Den har också intressen utomlands - den äger New Yorks landmärke Plaza Hotel och Londons ikoniska Grosvenor House.
Sahara sponsrar också det indiska hockeylaget och äger en andel i Formel One racing team, Force India.
Med mer än 1,1 miljoner arbetstagare är koncernen Indiens största arbetsgivare inom den privata sektorn.
Indiens högsta domstol har beordrat fortsatt häktning av affärsmannen Subrata Roy och bett hans firma att komma med en plan för att betala tillbaka sina investerare.