Habyarimana Mucebo, en ledande medlem av den rwandiska rebellgruppen FDLR, tillfångatogs i Rutshuru i nordöstra Demokratiska republiken Kongo.
Ledamöter av FDLR flydde till Demokratiska republiken Kongo efter folkmordet i Rwanda 1994.
Slakten av omkring 800.000 etniska tutsier och måttliga hutuser utlöste år av oro i regionen.
Mr Mucebo, FDLR:s underrättelsechef, har gripits för förhör, säger armén.
De flesta ledande personerna i gruppen är efterlysta av Rwanda för sin påstådda roll i morden 1994.
Mucebos arrestering är inte kopplad till folkmordsanklagelser, vilket ursprungligen rapporterades.
FDLR anklagades för att ha kopplingar till illdåd.
Under många år hade hutu-rebellerna blivit en källa till instabilitet i norra Kivuprovinsen i Demokratiska republiken Kongo.
Rwanda har skickat trupper och miliser till Demokratiska republiken Kongo vid flera tillfällen sedan folkmordet och sagt att de var ute efter FDLR.
En Rwandan Hutu-rebeller som efterlysts för illdåd som begåtts på kongolesisk mark har arresterats i östra Demokratiska republiken Kongo.