"Paramedics hittade kropparna av tre personer som ligger inuti flygplanet," ER24 medicinsk service berättade News24 webbplats.
Planet störtade in i skjul i Benoni, omkring 40 kilometer öster om staden.
I sociala medier visas räddningstjänster som tar kroppar från olycksplatsen.
BBC: s Pumza Fihlani i staden säger att händelser som detta är inte vanliga i Sydafrika.
Landet har mycket goda resultat när det gäller flygsäkerheten, tillägger hon.
Ett lätt flygplan har kraschat i den sydafrikanska staden Johannesburg och dödat alla tre ombord, har räddningstjänsten sagt.