Invånarna har sagt att kanalerna skulle stanna utanför Surrey-staden och att vattnet skulle kunna dras mot dem.
Miljöbyrån sa att Sunbury skulle se fördelar från floden Thames 256 miljoner pund och riskerna skulle inte öka.
Talaren David Murphy sa att kanalerna skulle transportera vatten i en kanal istället för på flodslätten.
Sunbury bosatt Kevin Ella sa att ingen skulle vilja bo i stan.
"Husen kommer inte att vara värt några pengar eftersom folk vet att vi är i slutet av en översvämning lättnad," sade han.
Jeff Dormer, som bodde hos honom, tillade: " [Det är] mycket troligt att [översvämningarna] kommer att inträffa igen. Det finns ingen framtid för oss här."
BBC reporter Gareth Furby sade i närheten Dachet skulle se översvämningsnivåerna falla med tre fjärdedelar av en meter och Wraysbury skulle se översvämningsnivåerna falla med en tredjedel av en meter, men Sunbury hade ingen minimal minskning och en maximal fördel på ca 15 cm, enligt planen.
Murphy sade att hela systemet skulle gynna mer än 15 000 fastigheter längs Themsen.
Han sade: " River Thames - programmet omfattar alla samhällen från Datchet ner till Teddington och det inkluderar Sunbury.
"Sunbury kommer att se fördelar med systemet även om dessa fördelar kommer att vara mindre än andra samhällen."
Han sade att det fanns förslag om att utveckla systemet för att öka kapaciteten hos tre dylikt och minska översvämningsnivåerna i Sunbury.
"[Men] den mängd som vi kan minska vattennivåerna är begränsad på grund av flodens storlek när den går ner genom Sunbury ner till Teddington", betonade han.
Omkring 1.000 hem i Surrey översvämmades under vintern efter att Themsen nått sin högsta nivå på 60 år.
Bostadsägare har uttryckt oro över att ett översvämningsskyddssystem för Themsen skulle kunna öka risken för deras fastigheter i Sunbury.