I ett uttalande sades att alla anställda som var inblandade i industriella åtgärder skulle låsas ute från måndag kväll och flygningar som utegångsförbud från 0600 GMT på lördag.
Flygplan som för närvarande är i luften kommer att slutföra sina flygningar, men det kommer inte att bli några ytterligare avgångar.
Verkställande direktör Alan Joyce kallade sitt beslut "otroligt".
Fair Work Australien, den nationella industridomstolen, ajournerade en förhandling om tvisten i Qantas på lördag kväll. Domstolen - som har befogenhet att avbryta eller avsluta industriella åtgärder - kommer att återkomma senare på söndag.
Australiens premiärminister Julia Gillard har varnat för att tvisten kan ha "konsekvenser" för den nationella ekonomin.
Flygbolaget har drabbats av en rad kostsamma strejker. Bagagehanterare, ingenjörer och piloter har varit inblandade i den åtgärd som företaget säger kostar A$15m (US$16m) i veckan.
Flygbolaget utfärdade ett uttalande på sin Facebook-sida om att kunder som bokas på Qantas flygningar inte bör gå till flygplatsen förrän vidare. Flygbolaget sa att de drabbade skulle få full återbetalning.
Förbindelserna mellan fackföreningarna och Qantas ledning började försämras i augusti efter att flygbolaget meddelade planer för omstrukturering och flytta vissa verksamheter till Asien.
Av Phil MercerBBC News i Sydney
Kärnan i tvisten är oron över löner och anställningstrygghet tillsammans med kostnadsnedskärningar och underentreprenad av arbete utomlands som Qantas vill inrätta nya flygbolag i Asien och avskeda hundratals anställda för att återuppliva sina gungande internationella förmögenheter.
På Sydneys internationella flygplats svängde känslorna mellan ilska och frustration bland strandsatta passagerare.
Qantas beslut att dra hela sin internationella och inhemska flottor från himlen kommer under en av Australiens mest trafikerade resehelger, med tiotusentals människor konvergerar på den enormt populära Melbourne Cup hästkapplöpning, en händelse som stoppar nationen för några, korta minuter.
Ilska och bestörtning på Qantas flytta
Qantas utegångsförbud: Dina berättelser
Qantas har en 65% andel av den inhemska australiska marknaden, men har gjort stora förluster på sina internationella flygningar.
Omstruktureringen förväntas innebära att 1 000 arbetstillfällen går förlorade från dess 35 000 anställda.
Störningen av flygningarna har också påverkat ett möte mellan samväldets regeringschefer i Perth, med rapporter om att medlemmar från 17 delegationer har strandsatts i staden på grund av tvisten. Det kommer på en hektisk resa helg, bara dagar innan landets största hästkapplöpning, Melbourne Cup.
Den australiske transportministern, Anthony Albanese, sade att regeringen skulle vidta åtgärder för att ingripa i tvisten.
"Vi är mycket oroade över Qantas åtgärder, som vi meddelades endast mitten av eftermiddagen, utan förvarning från Qantas i något skede", sade han.
Qantas hemsida
Qantas chef riskerar allt för Asien
På bild: Qantas grundflyg
"Regeringen gör en brådskande ansökan till Fair Work Australien att avsluta alla industriella åtgärder på Qantas. Detta kommer att inriktas både på fackliga åtgärder och på Qantas ledning."
Qantas verkställande direktör Alan Joyce meddelade att flygbolaget på lördagen fick utegångsförbud: "Lufttrafikföretaget kommer att få utegångsförbud så länge det krävs för att nå en slutsats om detta."
Han sade att han inte skulle ta "den enkla vägen ut" och gå med på fackets krav. "Det skulle förstöra Qantas på lång sikt."
"Jag tar faktiskt det djärva beslutet, ett otroligt beslut, ett mycket svårt beslut, att ge flygbolaget utegångsförbud."
Joyce sade att han fattade beslutet tidigt på lördagen och fick sedan Qantas styrelses godkännande.
"Vi låser ut tills fackföreningarna drar tillbaka sina extrema anspråk och nå en överenskommelse med oss", sade Joyce. "Detta är det snabbaste sättet att se till att flygbolaget kommer tillbaka i luften."
"De förstör vår strategi och vårt varumärke", sade han.
"De måste bestämma sig för hur illa de vill skada Qantas, deras medlemmar... och den resande allmänheten."
Den australiska pilotföreningen kritiserade grundandet.
"Det är aldrig tidigare skådat och egentligen har det kapat nationen. Det har verkligen lagt alla på meddelande och... det tvingar regeringen hand på detta," Barry Jackson i Australian och International Pilots Association berättade Sky News.
"Vi måste ta itu med detta förr snarare än senare och få tillbaka flygplanet i luften."
Qantas sade från och med kl. 04.00 GMT på lördagen, det fanns 64 flygplan i luften - 36 inhemska och 28 internationella - med mer än 7.000 passagerare. Totalt 108 flygplan kommer att få utegångsförbud på 22 flygplatser runt om i världen.
Flygbolaget sade 13,305 passagerare bokades att resa på Qantas flygplan från utländska flygplatser till Australien inom de närmaste 24 timmarna. Omkring 1 310 internationella passagerare kan vara på internationella flygplatser och nu vänta på att deras flygningar ska avgå.
Det australiska flygbolaget Qantas har utegångsförbud för alla internationella och inhemska flygningar med omedelbar verkan på grund av en arbetskonflikt.