Han gjorde uttalandet i en video för den skotska kyrkan.
Salmond, som nu är ledamot av SNP för Gordon, sade också att han ansåg att alla samfund hade en nyckelroll att spela i samhället.
Det skotska Secular Society sa att politikerns kommentar var "kontroversiell och splittrande".
Men en talesman för Salmond klargjorde senare att den tidigare förste ministern hade "pratat om tro, inte religion".
Salmond, som är SNP:s talesman för utrikesfrågor vid Westminster, deltog i videon tillsammans med pastor Stuart MacQuarrie, den skotska kyrkans präst vid universitetet i Glasgow.
Prästen hade varit på Holyrood för att leverera den första "tiden för eftertanke" av det nya parlamentariska året.
Salmond erinrade om att han var förkämpe för kammarevenemanget med religiösa och humanistiska talare.
Han talade under den tre minuter långa videon och sade: " Jag är naturligtvis partisk, eftersom jag är en kyrka i Skottland anhängare och jag föredrar människor med tro framför människor utan tro eller människor som har förlorat sin tro.
"Alla samfund har en nyckelroll att spela i samhället och vi är mycket lyckligt lottade i Skottland eftersom vi har en enorm förmåga, bland religioner och samfund, att komma samman och stödja goda orsaker."
Ordföranden för Scottish Secular Society, Spencer Fildes, sade att han var missnöjd med Salmonds kommentar.
Han sade: " För Alex Salmond att säga att han föredrar människor av tro är en kontroversiell kommentar att göra.
"Med en mening har han separerat den religiösa och ingen religiös, ger särskild plats för den religiösa i sin egen världsbild; föredrar den ena halvan av landet framför den andra.
"Det är en otroligt illa genomtänkt och splittrande kommentar att göra."
Gordon MacRae, chef för Humanist Society Scotland, sade också att han ansåg att Salmonds kommentarer hade varit "djupt innaproprierade".
Han tillade: Icke-religiösa människor i Skottland utgör en större grupp än någon enskild religiös samfund, och icke-religiösa humanistiska bröllop ceremonier är nu ett av de mest populära sätten för par i Skottland att fira sin kärlek."
Skottlands före detta förste minister Alex Salmond har avslöjat att han föredrar "troende framför människor utan tro eller människor som har förlorat sin tro".