President Salva Kiirs talesman sade till BBC Machar "har ingen plats här", och bör inte återvända till landet före valet 2018.
Makar, som hade blivit vice president som en del av ett fredsavtal, flydde landet efter hårda strider i huvudstaden Juba i juli.
Men på måndagen lovade han att återvända.
När han talade med BBC från Sydafrika sade Makar att hans rebellfraktion fortfarande kunde förhandla fram ett fredsavtal med president Kiir.
I juli kämpade Makars livvakter och president Salva Kiirs presidentvakter mot varandra, vilket gav upphov till våldsdagar.
Hundratals människor dog och mer än 100.000 flydde över gränsen.
Striderna bröt ut mindre än ett år efter att ett fredsavtal undertecknats för att bilda en enhetsregering och avsluta inbördeskriget.
Riek Makar profilerad
På tisdagen sade president Kiirs talesman Ateny Wek Ateny till BBC att Makar "kommer att leta efter sin plats som medborgare i Sydsudan, men inte som politisk ledare".
Med hänvisning till det val som planerats för 2018 sa Wek: "Jag tror inte att han (Riek Makar) ens kan tänka att komma (tillbaka) innan det."
"Det är bättre att Riek Makar håller sig borta från Sydsudan politiska scener", tillade talesmannen.
Både president Kiirs och Riek Makars anhängare har anklagats för att ha begått illdåd under landets bittra inbördeskrig.
Över 2,5 miljoner människor i Sydsudan har fördrivits sedan december 2013.
Mer om Sydsudans kris:
Sydsudans avskedade vicepresident Riek Makar har inte längre någon roll att spela som politisk ledare i landet, säger ordförandeskapet.