Tyskland, Frankrike och Spanien skulle få flest migranter enligt kommissionens senaste plan.
Idén om att använda kvoter för att vidarebosätta dem som har tagit sig till Europa har lett till stridigheter i vissa EU-stater.
Den brittiska regeringen säger att den inte kommer att delta i ett sådant system.
Frankrike, Spanien, Ungern, Slovakien och Estland har också uttryckt oro, och ett slutligt beslut kommer att fattas av EU:s regeringar efter en omröstning av parlamentsledamöterna.
Danmark har rätt att avstå från planen medan Irland och Förenade kungariket kan besluta om de vill delta.
Planen gäller syriska och eritreanska medborgare som anländer till Italien eller Grekland efter den 15 april 2015. Kommissionen sade att den också skulle kunna tillämpas på Malta om den också råkade ut för en plötslig tillströmning av migranter.
Detta är utöver de åtgärder som EU tidigare denna månad tillkännagav för ett frivilligt system för att lösa 20 000 flyktingar som flyr från konflikter som för närvarande lever utanför EU.
Av de 40 000 migranter som anses vara "i klart behov av internationellt skydd" säger kommissionen:
Dimitris Avramopoulos, kommissionsledamot med ansvar för inrikes frågor, sade att man inte föreslog "fastställande av kvoter... för migration i allmänhet" och att det var "upp till varje medlem att besluta hur många flyktingar de ska bevilja flyktingstatus [till]".
"Vi föreslår bara - och vi insisterar på det - en rättvis fördelning av ett konkret antal invandrare i tydligt behov av internationellt skydd i hela EU", sade han.
Länder skulle få 6,000 â ¬ (4 250 pund) för varje person som omlokaliserats på sitt territorium enligt det senaste förslaget, sade kommissionen.
Mer än 1 800 migranter har dött i Medelhavet 2015 - en 20-faldig ökning under samma period 2014.
Omkring 60.000 människor har redan försökt göra den farliga passagen i år, enligt FN:s beräkningar.
Många försöker komma undan konflikter eller fattigdom i länder som Syrien, Eritrea, Nigeria och Somalia.
Kommissionen sade att Italien och Grekland står inför en exceptionell migrationsnivå, där Italien ser en ökning med 277 % av antalet irreguljära gränspassager från 2013 till 2014 och Grekland ser en ökning med 153 %.
FN:s chef Ban Ki-moon har också uppmanat Europa att göra mer för att hjälpa migranterna genom att kräva att sök- och räddningsinsatserna i Medelhavsområdet "stärks ytterligare".
"Jag uppmanar de europeiska ledarna att ta itu med denna fråga på ett mer övergripande och kollektivt sätt", sade han och tillade att roten till problemet i ursprungsländerna också måste tas upp.
Men Storbritanniens internationella utvecklingsminister Justine Greening har förkastat Europeiska kommissionens idé om obligatoriska kvoter eftersom hon sade att det skulle kunna fungera som en "pull för fler invandrare".
Den franske premiärministern Manuel Valls sade denna månad att asyl bör vara en rättighet, inte omfattas av kvoter.
Tidigare denna månad stödde EU:s ministrar planer på att inrätta en marin styrka för att bekämpa smugglingsgäng, om nödvändigt med militär styrka, inom Libyens territorialvatten.
Europeiska kommissionen har uppmanat EU:s medlemsstater att ta emot 40 000 asylsökande från Syrien och Eritrea som landar i Italien och Grekland under de kommande två åren.