Tidningen sa att det rättat felet innan dess andra upplaga.
Times kritiserades tillsammans med solen, som också lämnade nyheter om förhörsdomarna utanför sin första sida.
The Sun publicerade en artikel med titeln "Sanningen" dagar efter tragedin 1989, hävdar fans var att skylla - men förhörsjuryn rentvåde Liverpool supportrar.
The Times and the Sun - som båda täckte historien med dubbelsidiga spridningar inuti - är en del av News UK, som ägs av Rupert Murdoch's News Corp-grupp.
Det nämndes inget om förhöret på Suns Facebook-sida, men folk använde kommentarstrådar på andra berättelser för att ventilera sin ilska.
En av de mest delade tweetsen var från skådespelaren Stephen Mangan, som skrev: "Vänta - varken The Sun eller Times nämner Hillsborough på deras förstasidor?"
Han beskrev dem "förhatliga" och "försiktiga".
Fotboll kommentator Gary Lineker sade att det var "så äckligt som det är föga förvånande".
Liverpool fans förnyade sin uppmaning till en bojkott av solen.
Folk har använt hashtaggar som #dont buythesun #shutthesun och #shutthesundown för att visa sin ilska på Twitter.
Skådespelare Jamie Lee-Hill var bland dem som föreslog att folk skulle bojkotta medieföretag som ägdes av Murdoch.
Dokumentet bad om ursäkt för sin täckning 2004 och 2012 igen.
I sin tisdagsutgåva sade The Sun: "Vi bad om ursäkt för 12 år sedan, återigen för fyra år sedan på förstasidan, och gör det förbehållslöst igen nu."
Solens första sida fyra dagar efter tragedin inkluderade citat av en anonym polis som påstod att fans hade "plockat fickor av offer" och "urinerade på poliser".
När jag talade med BBC på onsdagen, sade då Suns redaktör Kelvin MacKenzie: " Önskar jag Gud att jag aldrig hade gjort den första sidan? Det gör jag verkligen, men jag blev lurad."
Han frågade om resultaten från Hillsborough-utredningen borde ha tagits med på förstasidan och sade: " Det är inget beslut för mig.
"Jag är inte redaktör för Sun. Han [Sunens chefredaktör Tony Gallagher] är en mycket framgångsrik kille, tidigare redaktör för Daily Telegraph. Han fattar ganska bra beslut."
Suns politiska redaktör, Tom Newton Dunn, sa att han kunde förstå om folk fortfarande var arga över att hans tidning rapporterade om katastrofen.
"Vi förtjänar allt som kastas åt vårt håll", sa han till Sky News.
The Times ändrade onsdagens förstasida i en andra upplaga som innehöll ett fotografi av offrens familjer utanför Warringtons domstolsrum.
Times fotbollsskribent Tony Barrett har bett om ursäkt till sina Twitter-anhängare. Han syftar tydligen på ilskan över tidningens förstasida.
Efter att ha hört mer än två års bevis avslutade juryn på tisdagen fansen i katastrofen 1989 olagligt dödades.
Juryn fann att Ch Supt David Duckenfield var ansvarig för dråp på grund av grov vårdslöshet.
The Times säger att det gjorde ett "misstag" att inte ha Hillsborough utslag på första sidan av sin första upplaga.