Kapten Jerry Kyd hyllade ett "verkligt avgörande ögonblick för Skottland" när han tog befälet över det framtida flaggskeppet på Rosyth Dockyard i Fife.
Fartyget på 65 000 ton kommer att vara baserat vid Portsmouth Naval Base.
HMS Queen Elizabeth är ett av de största ytskepp som någonsin konstruerats för Storbritannien.
Ett andra hangarfartyg, HMS Prince of Wales, är fortfarande under uppbyggnad i Rosyth.
Kapten Kyd sa att drottningen Elizabeth kommer att få i uppdrag att "skydda brittisk sjöfartsmakt runt om i världen varhelst regeringen behöver det".
Han sade maritima krig har "förändrats mycket lite" sedan slaget vid Jylland, för 100 år sedan nästa vecka, när Royal Navy strid kryssare satte ut för att genomdriva en brittisk blockad under första världskriget.
Men drottningen Elizabeth kommer att vara utrustad för att hantera framtida hot, inklusive obemannade flygplan, robotik och cyberattacker.
Han tillade: "Som marinofficer vill jag alltid ha fler fartyg och fler hangarfartyg, men jag kan inte se att det inom överskådlig framtid byggs ytterligare två fartyg i denna skala i Förenade kungariket."
HMS Queen Elizabeths nya befälhavare har tagit kontroll över vad han förväntar sig är ett av de sista stora hangarfartygen som byggts i Storbritannien.