Förra månaden fann man i en rapport att South Ribble Council saknade medvetenhet om att säkerställa passagerarnas säkerhet i samband med ansökningar om taxitillstånd.
Tory fullmäktigeledamot Margaret Smith hade mött samtal för henne att sluta från sin egen parti över hanteringen av taxi licens raden.
Ett möte i rådet informerades om att hon avgick på grund av "ohälsa".
Smith, som har varit chef för myndigheten under de senaste nio åren, var inte närvarande vid mötet i Leyland.
Hennes avskedsbrev lästes upp av verkställande direktören Mike Nuttall och var "med omedelbar verkan".
En granskning av ansökningar om taxikörkort i december hade visat att lämpliga bakgrundskontroller inte hade utförts i förhållande till 40 arbetande taxiförare i South Ribble.
En oberoende rapport, som skrevs av advokaterna Wilkin Chapman LLP i juni, avslutade de frågor som gällde ansökningar om taxitillstånd, så det var inte nödvändigt att lämna några ytterligare rekommendationer.
Tidigare i veckan avgick fyra av Smiths konservativa kolleger från gruppen och sade att de inte kunde stödja ledarskapet på grund av "pågående omständigheter och misslyckanden".
Rådet står nu inte under någon övergripande kontroll för första gången på nästan ett decennium.
Ledamot Colin Clark röstades enhälligt in som tillfällig ledare för myndigheten vid mötet på onsdag.
Ledamot Cliff Hughes, som har arbetat med Smith i över 30 år, sade att hon var "hård och en "god kollega" som "fortsätter med hela gruppen".
Han sa att en av de "stora styrkorna" i rådet var att "största partierna är olika, vi faktiskt träffas och fattar beslut tillsammans och jag tror att det är för att Margaret ledde oss in i det".
Ledaren för ett råd i mitten av anspråk barn utnyttjades sexuellt av taxichaufförer har avgått.