Det var inte omedelbart klart vad som hade hänt, med talesman Heather Nauert säger att det inte fanns några "definitiva svar om källan eller orsaken".
Men Nauert vägrade att dra vidare på vilka symptomen var.
Men en källa berättade för nyhetsbyrån Associated Press att de rapporterade symtomen innefattade hörselnedsättning.
Man föreslog att hörselnedsättningen kunde ha orsakats av någon slags ljudapparat som placerats utanför diplomaternas hem och som avger ohörbara ljudvågor som kan orsaka dövhet.
Personalen började klaga över de märkliga symptomen i slutet av förra året, sade Nauert.
Även om de inte var livshotande, avslöjade hon att ett antal människor hade förts hem till USA som ett resultat av detta.
Maureen Nauert sade att regeringen tar det "mycket allvarligt, och det pågår en utredning för närvarande".
Det är underförstått att de två utvisade kubanska diplomaterna lämnade Washington DC i maj, BBC: s Will Grant rapporter från Havanna.
Hittills har deras regering inte svarat på rapporterna.
Washington och Havanna återupprättade endast banden under 2015, efter 50 års fientligheter mellan de två länderna.
Washington har relegerat två kubanska diplomater efter att USA: s ambassadpersonal i Havanna drabbats av mystiska fysiska symptom, sade den amerikanska UD.