Justitieministern säger att 129 kroppar har återfunnits från gravarna.
Ingen av kvarlevorna har kopplats till eleverna som försvann i Iguala.
Informationen lämnades efter en begäran om informationsfrihet från Associated Press.
Majoriteten av kropparna är män, men kvarlevorna av omkring 20 kvinnor hittades också.
De omärkta gravarna upptäcktes under den enorma utredningen av de 43 elevernas försvinnande.
Antalet massgravar som hittades från oktober till maj kunde vara högre eftersom den information som lämnades till AP endast omfattar fall där specialister blev inblandade.
Eleverna, från en lärarhögskola i Guerrero, hade rest till Iguala och som en del av en protest beslagtog de ett antal bussar.
Regeringen säger att de 43 blev tillfångatagna av polisen och överlämnades till medlemmar av ett narkotikagäng som dödade dem och brände deras kroppar.
Gängmedlemmar erkände att de dödade eleverna och brände deras kroppar efter att de av misstag hade fått höra att de tillhörde ett rivaliserande gäng.
De svårt brända resterna av en elev har hittats vid en soptipp, men många familjer av de återstående 42 vägrar att tro att eleverna är döda.
Korrespondenterna säger att fallet har belyst det enorma antal människor som har försvunnit i mexikanska stater där narkotikavåld är utbrett.
Sextio massgravar har hittats i den södra mexikanska staten Guerrero under ett sökande efter 43 studentlärare bortförda i september förra året, officiella dokument har avslöjat.