Den förste ministerns talesman sade att "skillnader återstår". De två ledarna gick med på att hålla ytterligare samtal.
Mötet kom efter det att Labour AMs röstade emot ett resolutionsförslag om att stödja "fullständigt medlemskap" i EU:s inre marknad.
Labour hade ställt sig på UKIP:s och Tories sida i omröstningen på onsdag kväll.
Plaid sade att Labours flytt utgjorde ett stöd för en så kallad "hård Brexit".
Men Jones sade att han konsekvent hade krävt att Storbritannien skulle behålla "tillgången" till marknaden sedan folkomröstningsresultatet.
De två partierna är redan involverade i diskussioner om budgeten, befogenheter för församlingen och lagstiftning - en del av ett avtal som gör det möjligt för Labour att återfå makten efter valet i maj.
Men det har förekommit arga utbyten mellan deras partier sedan Wales röstade för att lämna landet, med Plaid som anklagar den förste ministern för att ändra sin ståndpunkt om vad som ska hända härnäst.
Den inre marknaden är EU:s frihandelsområde.
Jones och Evelyne Wood förespråkade en omröstning sida vid sida i folkomröstningen i juni.
Den förste ministerns talesman sade: "Det finns fortfarande skillnader mellan de två ledarna och deras respektive parter, men båda har gått med på att diskutera de utmaningar som Wales står inför ytterligare."
Carwyn Jones träffade Leanne Wood för att diskutera Brexit på torsdag, efter att deras partier sammandrabbade över den walesiska regeringens svar på EU:s folkomröstning.