Efter en mållös första halvlek gick Fleetwood framför när Bobby Grants fantastiska långdistansinsats flög bortom målvakten Daniel Bentley.
Adam Barretts huvud och Jack Paynes 18-yardsstrejk såg ut att ha förseglat en Southend comeback, men McLaughlins närområdesrubrik jämnade ut poängen.
Dragningen flyttade torskarmén en punkt från botten fyra i League One.
Men alla chanser till en sen play-off push nu ser ut att vara över för Phil Brown's Southend, som faller till 11: e, nio poäng bakom sjätte plats Walsall.
Conor McLaughlins sena header räddade en värdefull punkt för delegation-hotade Fleetwood i Southend.