Professor Graham Upton, som var vicekansler vid Oxford Brookes University och Cumbria University, kommer att ta upp rollen från och med måndagen.
Hans föregångare Prof Michael Scott lämnar formellt i mars, men avgick den 1 januari för att göra forskning.
Glyndwr har genomgått en operativ och akademisk omstrukturering under de senaste månaderna.
I juni förra året avbröts universitetet från att rekrytera utländska studenter efter en inrikesministeriet utredning om påstådda visumbedrägerier.
Dess rätt att sponsra utländska studenter återinfördes i november.
Glyndwr University har utsett en tillförordnad rektor tre veckor efter att hans föregångare lämnat rollen.