Polisen sa att 26-årige Bamilola Kazim överfölls av Mohammed Gafoor efter en rad på onsdag.
Mr Kazim behandlades för sår på ett lokalt sjukhus och släpptes.
Förra veckan misshandlades en elev från Demokratiska republiken Kongo till döds av en grupp indianer efter ett gräl i Delhi.
Två män har gripits i samband med mordet på den kongolesiska mannen.
Indiska utrikesministern talesman Vikas Swarup twittrade på fredag att utrikesminister Sushma Swaraj "hade brådskande sökt rapport" på onsdagens incident från den lokala regeringen "och övervakar fallet".
Polisen sa att mr Kazim parkerade bilen framför mr Gafoors hus och attackerades med en järnstav av den senare efter ett gräl.
"Vi har arresterat den anklagade och saken är nu i domstol," Hyderabad polis K Krishnaiah berättade BBC Hindi's Imran Qureshi.
Gideon Omodowale från den lokala nigerianska studentföreningen sa att det var en "rasfråga".
"Om han var amerikansk medborgare eller indian hade han inte blivit attackerad. Senare kom några människor från samhället och han [Gafoor] bad om ursäkt. Vi är redo att släppa fallet eftersom vi inte vill att det ska påverka andra afrikaner," sade han BBC.
Det finns mer än 4.000 elever från afrikanska länder i Hyderabad.
Efter förra veckans dödande av en afrikansk student i Delhi hade en grupp afrikanska ambassader sagt att de inte ville delta i Afrikadagens firande på torsdag på grund av upprepade attacker mot afrikanska studenter i Indien.
De gav efter efter det att Swaraj lovat att garantera säkerheten för afrikanska studenter i Indien.
Swarup sade att den indiska regeringen hade fått nyheter från sin ambassad i Kinshasa, huvudstaden i Demokratiska republiken Kongo, att vissa "indiska inrättningar och butiker attackerades den 23 och 25 maj som en reaktion kanske på mordet på den kongolesiska medborgaren" i Delhi.
"Det har rapporterats att på onsdag har saker lugnat ner," Mr Swarup citerades som sagt av Hindu tidningen.
Myndigheterna i Demokratiska republiken Kongo har ännu inte kommenterat kommentarerna.
I februari blev en tanzanisk student överfallen och delvis plundrad av en pöbelhop i den södra staden Bangalore.
Indiens utrikesdepartement säger att det undersöker en påstådd attack på en nigeriansk student av en lokal man i den södra staden Hyderabad.