Ovidio Gonzalez led av dödlig halscancer och sade att han hade lidit outhärdlig smärta.
Colombias katolska kyrka har sagt att eutanasi är moraliskt oacceptabelt och att den har hotat att stänga sina sjukhus i hela landet.
Colombia är ett av de få länderna i världen, och det enda i Latinamerika, där dödshjälp är tillåtet.
Självmordshjälp godkändes av författningsdomstolen på 1990-talet. Inga förfaranden hade dock genomförts eftersom åtgärden inte hade reglerats.
Det var först i maj som hälsovårdsministeriet ingrep och utfärdade en uppsättning riktlinjer för sjukhusen.
Gonzalez dog på en klinik i den västra staden Pereira efter en rättslig strid.
Hans son Julio Cesar är serietecknare med en av Colombias bästa tidningar, El Tiempo.
"Min far fick nyheten [att förfarandet hade godkänts] med lättnad", sade Mr Gonzalez, mer känd genom sin penna namn Matador, eller The Killer.
"Det är synd att det måste vara så. Min pappa förtjänade att gå med mindre publicitet, "tillade han.
Dödshjälpen är mycket kontroversiell i det övervägande romersk - katolska landet.
Kritiker påpekar också att åtgärden inte har röstats igenom av kongressen.
En 79-årig colombiansk man har blivit den första i landet att dö lagligt av dödshjälp.