Rektorn för Saint Ignatius College i norra Sydneys förort Riverview har informerat tidigare och nuvarande elever om anklagelserna.
Paul Hine sade i sitt brev att anklagelserna gällde "barns sexuella övergrepp för över 30 år sedan".
Den romersk - katolska högskolan är en av landets främsta privatskolor.
Mr Hine sade att högskolan hjälpte New South Wales polisen med klagomålet, som gjordes till standardkontoret i Australian Province of the Society of Jesuits, ägarna av skolan.
I ett uttalande sade Hine: " College och jesuiterna vill i starkast möjliga ordalag uttrycka sin avsky för sexuella övergrepp eller någon form av övergrepp mot barn.
"Vi vill reagera på tidigare övergrepp och lidande med ett engagemang för helande, öppenhet och ansvarighet."
Hans Hine uppmuntrade också alla som "anade att de var skadade" medan han var i skolans vård att komma i kontakt med dem.
Förutom Abbott deltog Barnaby Joyce, jordbruksministern, och Anthony Fisher, som är ärkebiskop av Sydney.
1997 tog Peter Bohrsmann, en 57-årig lärare på skolan, sitt eget liv på skolområdet efter att ha anklagats för sexuella övergrepp. Bohrsmann hade förnekat anklagelserna.
Australiens kungliga kommission undersöker för närvarande anklagelser om sexuella övergrepp mot barn vid en mängd olika institutioner, däribland skolor, kyrkor och barnhem.
Kommissionens undersökning inleddes 2013 av den f.d. premiärministern Julia Gillard.
Polisen i Australien har fått anklagelser om sexuella övergrepp vid en skola där den australiske premiärministern Tony Abbott var närvarande.