Första Great Western ställde in ett antal lördag morgon tåg inklusive flera till London Paddington.
South West Trains sade att ingenjörer hade arbetat hela natten för att undvika ytterligare förseningar efter fredagens problem.
Blixtnedslag och signalfel hade lett till en rad inställda.
Första Great Western inställd 10 tjänster planerade för lördag morgon på grund av "dåliga väderförhållanden tidigare".
Det varnade också kunderna ytterligare avbrott förväntades på sina tjänster mellan Paddington och Bristol fram till 13:30 BST, även om alla linjer har nu återupptagits.
Det blev förseningar men inga inställda eftermiddagstjänster på grund av skador på signalutrustningen på grund av vädret.
Företaget sade förändringar i sina långdistanstjänster bör förväntas eftersom många av dess tåg var "inte i rätt läge".
Den har dock lovat att hedra biljetter som hålls över från inställda tjänster på fredag för användning på lördag.
I fredags åkte tågpassagerare till sociala medier för att klaga.
Barry Kirby twittrade: "Paddington är en absolut röra, ingen verklig hjälp, begränsad hjälp och brist på tillförlitlig information @fgw - varför är allt så bräckligt?"
Paul Swaddle tweetade: "@FGW pendlare förstår att det kan finnas problem men total brist på kommunikation på #paddington är helt oacceptabelt."
Tåg som går mellan London Paddington och Reading, Swindon, Bristol och södra Wales drabbades av en blixtnedslag i Twyford i Berkshire, omkring 16:00 BST.
En strejk i Surbitonområdet i sydvästra London orsakade problem för servicen från London Waterloo till Surrey och Exeter.
BBC väderprognos Darren Bett sade en hel del regn föll på en kort tid på fredag med stormar över sydöstra England orsakar resestörningar.
Stormen bleknade senare bort från södra England, södra Wales och södra Midlands.
På lördagen skulle det finnas soliga trollformler i England och Wales medan stigande temperaturer kunde utlösa några duschar, sade han.
Områden öster om London kunde se åskväder senare på dagen.
Järnvägspassagerare i delar av södra England och Wales står inför ytterligare reseproblem efter stormigt väder som orsakade "stora störningar" på fredag.