Amber Rudd hävdade att avslöjandet av hemliga dokument vid förhöret i Surrey skulle skada allmänhetens intresse.
Förhöret måste avgöra om Alexander Perepilichnyy dog av naturliga orsaker eller blev olagligt dödad.
Han kollapsade utanför sitt Weybridge hem 2012. Spår av en kemikalie kopplad till växtgift hittades i hans mage.
Påståenden har gjorts vid förundersökningsförhör om att han kunde ha dödats avsiktligt för att ha hjälpt till att avslöja ett stort bedrägeri.
Fordringarna kommer från finansiella företag Hermitage Capital Management och Legal & General.
Justitieminister Cranston sade: "Enligt uppgifter från Perepilichnyy till schweiziska åklagare före hans död användes Hermitage av höga ryska tjänstemän för att begå ett skattebedrägeri på flera miljoner dollar mot den ryska statskassan och Hermitage.
"Rättsliga och allmänna intressen är att den utfärdade en betydande livförsäkring till Perepilichnyy strax före hans död.
"Både Hermitage och Legal och General har föreslagit att Perepilichnyy kan ha blivit mördad, möjligen av agenter i den ryska staten."
Överläkare Richard Travers hade bett hemsekreteraren och utrikesministern att ta fram relevant material, men en del av det var känsligt och Travers hade inte säkerhetstillstånd för att se det, hörde Högsta domstolen.
"Därmed beslutade han att han inte var i stånd att besluta utrikesministerns ansökan att det inte skulle offentliggöras och beordrade statssekreteraren att göra en ansökan om immunitet av allmänt intresse (PII) till High Court", sade domaren.
Han sade att han hade "ingen tvekan" att hitta balansen kom ner till förmån för non-disclosure och styrde inrikesministern hade rätt till ett PII certifikat.
Han tillade att det inte fanns några tvingande skäl till att avvisa hennes åsikt "att det skulle bli en verklig och betydande skada för den nationella säkerheten genom avslöjandet".
Domen innebär att allmänheten, Perepilichnyys familj, och familjeadvokater utan tillstånd kommer att nekas tillgång till handlingarna.
Domaren sade också att Travers ställningstagande var "oavlåtligt" eftersom han inte hade den nödvändiga behörigheten och en ersättare skulle behöva hittas.
Den ersättande rättsläkaren skulle behöva hålla PII-frågan under granskning, och överväga "om en offentlig utredning behövs", tillade han.
Utredningen inleddes 2014 men har drabbats av en rad förseningar.
Det har gjorts 12 förhandsrecensioner och omkring 5 000 sidor dokument har samlats in.
En utfrågning hörde Mr Perepilichny död hade paralleller med mordet på den tidigare ryska spionen Alexander Litvinenko.
En fullständig utfrågning förväntas äga rum i mars.
Känsligt material kommer inte att avslöjas vid ett förhör om en rysk visselblåsares död efter att hemsekreteraren vunnit ett domstolsbeslut.