Det sades att informationen om de nya förarstyrda (DOO) tjänsterna kom från passagerare och tågarbetare.
Southern sade industriella åtgärder och ett förbud mot övertid för förare hade fördrivit sina övervakare ombord "vid tillfällen".
En 24-timmars promenad ut av RMT ledare på det södra nätverket över förändringar i deras roller är på gång.
Söderut ersätter ledare med fordonsövervakare (OBS) som inte längre skulle ha ansvaret för att stänga tågdörrar.
Företaget har sagt att de förändringar det gör är "små" och "säkra".
Men RMT tror att allmänhetens säkerhet är i fara.  Det står också att en andra anställd på tåg är kritisk.
Enligt facket skulle 0,06 % av tågen köras utan OBS, vilket motsvarar en tjänst, varannan dag.
Men RMT sade att information som tillhandahållits för fem dagar - 9, 12, 14, 15 och 18 januari - föreslog 15 tåg som reste utan ett. Det sades att detta var minst sex gånger fler tåg än utlovat.
RMT generalsekreterare Mick Cash sade facket ansåg att förekomsten av tåg som går utan en andra person var "mycket mer utbredd och kommer att snabbt och avsevärt öka".
En sydlig talesman sade: "Sista minuten förändringar av vissa tjänster som orsakas av den industriella aktionen och förarnas övertid förbud har fördrivit den ombord chef så att, vid tillfällen, de inte har kunnat gå med i tåget.
"Tidigare skulle detta tåg ha ställts in men vi kan nu köra tjänsten och undvika att störa hundratals passagerare."
Många fler södra tåg än utlovat reser utan en andra anställd, har RMT facket hävdat.