En reducerad service gick mellan Chester och Llandudno Junction med bussar som kompletterade tjänsterna.
Bussarna ersatte tågen mellan Llandudno Junction och Blaenau Ffestiniog.
Det fanns också en varning om att tjänster mellan Llandudno Junction och Holyhead kunde ha påverkats av arbetet.
Tjänsterna har återupptagits på norra Wales kust huvudlinje och Blaenau Ffestiniog grenlinje efter tidigare avbrott på måndagen när ingenjörsarbete overran.