Mer än 10 000 elever var frånvarande från gymnasiet under mer än 25 dagar 2015-16, vilket motsvarar fem veckors ledighet.
Under tiden hade nästan 15 000 studenter i Wales inga lediga dagar alls förra året - den högsta registrerade.
Den totala frånvaronivån i gymnasierna var nere på sin lägsta nivå sedan 2006–2007.
Men antalet elever på gymnasie- och mellanstadiet som reser på otillåtna helgdagar under terminstiden har ökat.
I Wales är familjer tillåtna upp till 10 dagar av termin semester efter huvudets gottfinnande.
Förra året var 3,6% av alla frånvaror på grund av semestrar som inte hade avtalats av skolor - en ökning från 3,0% under 2014-15.
Utbildningssekreterare Kirsty Williams sade att den fallande frånvarofrekvensen var ett "test till engagemanget" av lärare, föräldrar och råd.
Hon sade: " Det gläder mig verkligen att se att den totala frånvaron i gymnasierna fortsätter att sjunka och nu ligger på sin lägsta nivå i tio år.
"Detta är ett bevis på engagemanget och engagemanget hos föräldrar, lärare och lokala myndigheter i hela Wales som hjälper våra ungdomar att förstå att om de ska kunna uppfylla sin potential, är regelbunden skolgång avgörande."
Sjukdomen är fortfarande den främsta orsaken till att 11–16-åringar tar ledigt från skolan och står för 60,7 % av alla frånvaror.
Samtidigt minskade den andel frånvaro på grund av familjesemestrar som skolan kom överens om från 5,9 % 2011-12 till 1,8 % 2015-16.
Tidigare i år skrev utbildningsminister Huw Lewis till råden för att säga att det var fel att be rektorer att förbjuda all ledighet.
Hans ingripande följde på en petition från föräldrarna förra året mot böter för semester under terminstid.
South East Wales hade det högsta antalet 11-16-åringar som saknades skolklasser förra året, medan North Wales hade det lägsta.
Newport noterade den högsta frånvarofrekvensen med barn som saknades 6,8 % halva skoldagarna, medan Gwynedd och Glamorgans Vale hade den lägsta andelen på 5,0 %.
Flintshire hade den lägsta andelen otillåten frånvaro på 0,4%, med Newport inspelning den högsta på 2,1%.
Den otillåtna frånvarofrekvensen i Wales har legat kvar på 1,3 % under de senaste åren.
Siffrorna visar Wrexham, Flintshire, Powys, Pembrokeshire, Swansea, Neath Port Talbot, Rhondda Cynon Taf, Merthyr Tydfil och Monmouthshire alla såg små ökningar i otillåten frånvaro förra året,
Siffrorna visar också att elever som är berättigade till gratis skolmåltider oftare missar lektioner, medan flickor oftare missar skolan än pojkar.
Antalet barn som går miste om skolan i Wales har sjunkit till en rekordlåg statsstatistik.