Powys Council sade att den senaste fasen av arbetet i Talgarth för att hjälpa till att skydda 19 fastigheter skulle starta i mars.
De säger dock att en enda invändning har försenat den process som har lett till att finansieringen gått förlorad.
Rådsledamot John Brunt sade: "Vi är oerhört besvikna och söker aktivt en lösning på invändningen."
Arbetet med översvämningsskydd i Powys har stoppats på grund av en invändare till systemet.