Disney Pixar filmen tog $ 73,2m (54,6m), medan Independence Day uppföljaren tog en besvikelse $ 41,6m (31m).
Blake Livelys hajthriller The Shallows gjorde bättre än väntat och tog 16,7 miljoner pund.
Filmat i Australien kom det i fjärde och kostade bara 12,7 miljoner kronor att göra.
På sin öppningshelg, Finding Nemo uppföljare Finding Dory hade den mest framgångsrika lanseringen för en animerad film i USA box kontor historia, tar $ 136.2m (93.3m).
Det är redan den sjätte bäst säljande filmen 2016 efter tio dagar med totala intag på $ 285,6m (214m).
Denna siffra är mindre än 100 miljoner pund (74,9 miljoner pund) mindre än den slutliga summan som Hitta Nemo gjorde.
Will Smith återvände inte för att slåss mot utomjordingarna andra gången i Independence Day-uppföljaren men Roland Emmerich var tillbaka i regissörens stol.
Bill Pullman, Vivica Fox och Jeff Goldblum reprised sina karaktärer, tillsammans med nya skådespelare Liam Hemsworth och Jessie Usher.
Det kostar 125 miljoner pund att göra och kommer att behöva en stark internationell biljettförsäljning för att bli lönsam.
Det har tagit $ 102m (76,4m) från 57 olika marknader sedan lanseringen.
På tredje plats var Kevin Hart, Dwayne Johnson action komedi Central Intelligence.
Det tog 18,7 miljoner kronor i sin andra vecka och har nu stigit 69 miljoner kronor (51,7 miljoner pund) på 10 dagar.
Sony distribution chef Rory Bruer sade sociala medier surr hjälpte filmen, vilket handlar om Livelys karaktär kämpar för överlevnad i en haj matar marken.
"Vi kunde förmedla att detta är en film som har dig på kanten av din plats och är både roligt och skrämmande", sade han.
Samtidigt tog Matthew McConaugheys historiska drama Free State of Jones femte plats.
Filmen, där McConaughey spelar ledare för ett uppror mot konfederationen, tog 7,8 miljoner pund, vilket var under förväntningarna.
Det kostade 50 miljoner pund (37,4 miljoner pund) att göra.
Hitta Dory har stannat på toppen av den amerikanska biljettkontoret för en andra vecka, som självständighetsdagen: Återuppståndelsen kom på andra plats.