Luther Burrell ersätter Farrell på insidan, medan Marland Yarde plockas på vingen framför Jack Nowell, som namnges som ersättare.
Före detta kapten Chris Robshaw är tillbaka på blindsidan efter att ha missat Wales-vinsten.
Coach Eddie Jones har valt att börja med samma pack som började den sista Six Nations match mot Frankrike.
England säkrade Grand Slam med en 31-21 seger i Paris, men de har aldrig vunnit en Test serie i Australien, vinna bara tre av 17 Tests ner under.
"Det är viktigt att vi får en positiv start och vi kommer fram redo att spela fysisk och aggressiv rugby," sade Jones.
"Vi har en ung trupp med en medelålder på 24 år, så vi håller fortfarande på att utvecklas och förbättras. Det blir en stor utmaning för oss."
Kapten Dylan Hartley var dock mer tjurig.
"Om vi inte förväntar oss att vinna, jag ser inte ens poängen med att gå ombord på planet," 30-årige berättade BBC Sport.
"Vi förväntar oss att vinna, vi tror att vi kan vinna, vi är här för att vinna."
England flyga halva Ford, 23, missade sex av sju sparkar på mål under den 27-13 uppvärmning seger över Wales.
Den föreställningen, i kombination med Farrells lysande form för titelvinnande saracens, verkar ha påverkat tränarens beslut.
Det hade funnits förslag Maro Itoje skulle kunna flytta från lås till blind sida flanker i stället för Robshaw, som missade Wales matchen för att delta i sin brors bröllop, med Joe Launchbury kommer in i den andra raden.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Wasps lock Launchbury - man av matchen mot Wales - måste dock nöja sig med en plats på bänken tillsammans med Northampton andra raden Courtney Lawes.
Alex Goode, den nykrydda Aviva Premiership spelare av säsongen, har utelämnats från den 23, medan full-back Mike Brown är redo att vinna sin 50: e keps.
Australien har utsett tre debutanter - centrum Samu Kerevi, lås Rory Arnold och ytter Dane Haylett-Petty - som de bulk upp sin sida.
BBC Radio 5 live rugby reporter Chris Jones:
Jones har länge talat om det första testet som en fysisk strid - och valet av Burrell i mitten av fältet stöder verkligen den utsikten.
Med Jones ivrig för en boll bärare på nummer 12, Ford var alltid sannolikt att vara den att göra vägen, särskilt med Farrell i form av sin karriär.
Nowells nedflyttning till bänken är en chock. Jones säger att Exeter mannen är "inte riktigt vass" medan Yarde är "i en lila lapp".
Med två lås på bänken - Launchbury och Lawes - Itoje kommer sannolikt att flytta till flanken i andra halvan.
Det kan vara en tre-Test serie, men budskapet från England lägret här i Brisbane är att lördagens spel är en "must-win".
England: 15 år. Mike Brown; 14. Anthony Watson, 13 år. Jonathan Joseph, 12 år. Luther Burrell, 11 år. Marland Yarde, 10. Owen Farrell, 9. Ben Youngs; 1. Mako Vunipola, 2. Dylan Hartley, tre. Dan Cole, fyra. Maro Itoje, fem. George Kruis, klockan sex. Chris Robshaw, sju. James Haskell, 8. Det är Billy Vunipola.
Ersättningar: 16. Luke Cowan-Dickie, 17 år. Matt Mullan, 18 år. Paul Hill, 19 år. Joe Launchbury, 20. Rättegångsjuridik, 21. Danny Care, 22 år. George Ford, 23 år. Det är Jack Nowell.
Prenumerera på BBC Sport nyhetsbrev för att få vårt tips på nyheter, funktioner och video skickas till din inkorg.
Owen Farrell kommer att börja på flyghalva för England i lördags första Test mot Australien i Brisbane med George Ford faller till bänken.