Omkring 200 personer har dödats i protesterna sedan november, sade Human Rights Watch (HRW).
Oroligheterna började med regeringens planer på att utvidga huvudstadens administrativa kontroll till regionen.
Regeringen lade senare ned planen, men demonstranterna avfärdade beslutet som "för lite för sent".
Oromia är Etiopiens största region, som omger huvudstaden, Addis Abeba.
Många människor i regionen klagar över att de är politiskt och ekonomiskt marginaliserade i ett land där den etiopiska folkrevolutionära demokratiska fronten (EFRS) har härskat sedan 1991.
New York-baserade HRW sade i en rapport att protesterna mot regeringen hade minskat under de senaste veckorna, men "knäckningen fortsätter".
"Nästan dagligen konton över mord och godtyckliga arresteringar har rapporterats till Human Rights Watch sedan 2016 började," det tillade.
HRW sa att tusentals människor hade hållits fängslade utan åtal sedan november.
Men Etiopiens kommunikationsminister, Getachew Reda, berättade för BBC att det var ett "slag av magi" för HRW att släppa en rapport "från halva vägen över världen".
Han erkände att det hade varit problem, men sade att attacker mot offentliga byggnader utfördes av beväpnade gäng "som försöker väcka känslor hos allmänheten".
Getachew sade att HRW har hållit på med en rapport efter rapport om Etiopien utan närvaro i landet, och dess anklagelser mot säkerhetsstyrkorna var en "absolut lögn".
Vid den senaste folkräkningen 2007 utgjordes Etiopiens största etniska grupp av omkring 25 miljoner människor av en befolkning vid tiden för närmare 74 miljoner.
Etiopien har avfärdat anklagelserna om att det våldsamt undertrycker protesterna i sin restiverande Oromia-region som en "absolut lögn".