De två högre tjänstemännen vid universitetets marknadsförings- och studentrekryteringsavdelning avskedades i december förra året.
De hade tidigare uttryckt oro över planerna på att omstrukturera avdelningen.
Universitetet sa att det försökte lösa problemet med paret och blev besviken på strejken.
Tvisten gäller avskedandet av två anställda, Helen Ghaly och Sam Bowker, en fackföreningstjänsteman.
– Ingen institution ska tillåtas rida över överenskomna förfaranden och bryta mot sina anställdas rättigheter på detta sätt, säger UCU:s regionala tjänsteman Martyn Moss.
UCU tror att paret kan ha blivit måltavla på grund av sin roll i facket och har också lämnat in ett klagomål från arbetslöshetsdomstolen för deras räkning.
Unionen säger att omkring 75 procent av de anställda som deltog i omröstningen röstade för strejken.
I ett uttalande sade en talesman för universitetet i Salford: " Vi har försökt lösa denna tvist med de berörda personerna och är därför besvikna över att en dag för strejk har kallats.
"Vi förväntar oss att alla studentföreläsningar ska löpa som vanligt på torsdag.
"Vi hoppas att en resolution kan hittas, men eftersom detta är en pågående rättslig fråga kan vi inte kommentera ytterligare."
Personalen vid universitetet i Salford förväntas strejka på torsdag till stöd för två avskedade kollegor.