Bland offren för Sudans konflikt var 27.000 pojkar föräldralösa av striderna. Några var kända som de förlorade pojkarna och tvingades slåss som barnsoldater, medan andra flydde och blev flyktingar.
Uppskattningsvis 1,5 miljoner människor dödades och ytterligare fyra miljoner blev fördrivna i det som blev Afrikas längsta pågående konflikt.
Flyktingarna flydde till läger i Etiopien och andra grannländer.  Det var en farlig resa - många drunknade eller dog av hunger. Andra dödades av vilda djur. Några av dem som överlevde hamnade långt borta, i länder som USA.
Mer än två decennier av strider slutade i ett fredsavtal 2005 som ledde till att folket i Sydsudan röstade för utbrytning i en folkomröstning.
När den nya nationen börjar bygga sin framtid, tre av dessa förlorade pojkar har berättat sina historier till BBC Two's This World, talar om vad oberoende betyder för dem och deras förhoppningar för framtiden.
Tillsammans med omkring 4.000 andra förlorade pojkar återbosattes Kuol Awan i USA år 2000.
32-åringen har bott i Arizona och drivit Arizona Lost Boys' Centre. Det är det största centret i sitt slag och hjälper dess 600 medlemmar att anpassa sig till livet i USA.
Oberoende för Sydsudan gav Awan en chans att återvända till sitt födelseland.
Han ville besöka byn som var hans hem till åtta års ålder och som han inte hade sett sedan dess. Han var angelägen om att söka efter släktingar som kunde ha stannat kvar.
Men mycket hade förändrats. Strax efter det att han hade lämnat byn brändes den ner och människor har bara nyligen återvänt för att bygga upp sina hem igen.
"Det brukade vara en mycket nära by. Sättet jag lämnade det på är inte som det är nu, säger han.
Mr Awan försökte besöka sin mors grav för att hedra honom, men den hade begravts i sanden och han kunde inte hitta den.
"Det är svårt att föreställa sig. Där jag brukade spela och se min familj, nu är ingen här, sa han.
"Jag känner mig som någon som varit hemifrån länge."
Han anser att självständigheten utlovar en ny start och en chans att göra landet fredligt och välmående.
Lam Tungwar rekryterades till den sudanesiska folkets befrielsearmé (SPLA) när han var sju år gammal. Han blev lovad en utbildning, men istället fick han lära sig att slåss.
"Jag visste inte varför jag slogs. Ingen kunde svara mig", sade Tungwar. "Jag lärde mig en annan läxa, en lektion om krig, en lektion om döden, en lektion om att döda människor."
Idag är han en av Sydsudans största popstjärnor. Han var mycket engagerad i att organisera några av de kulturevenemang som anordnades för att fira självständigheten.
Han vill lägga sitt eget förflutna bakom sig och anser att landet bör göra detsamma.
"Vi är trötta på att bli förtryckta. Vi är trötta på att vår värdighet inte erkänns. Vi har fortfarande mycket att göra framöver, för att visa vår glädje för världen."
Tungwar är optimistisk om att utbrytningen kommer att medföra nya ansvarsområden och möjligheter, en möjlighet för landet att definiera sig självt.
"Vi måste börja jobba. Hela världen kommer inte att hjälpa oss."
"Vi kanske blir Afrikas matkorg, eller så blir vi det goda exemplet för demokraterna i Afrika."
Paul Manyok har bott i exil i Nashville i Tennessee, där han hjälpte till att transportera sjukhuspatienter för medicinska tester. Han arbetade också i en cafeteria och som försäljare.
Han fick amerikanskt medborgarskap när han kom, men känner att han är både amerikansk och sudanesisk. Liksom Awan är han involverad i ett gemenskapscenter för försvunna pojkar och vill hålla Sudans muntliga historia och kultur vid liv.
Men han är fortfarande hemsökt av den dag hans by blev attackerad.
"När de kom, brände de hus, många av mina släktingar dödades", sade han.
"Folk springer som galna, vi kunde höra folk gråta överallt."
Med en examen i statsvetenskap och bibelstudier vill Mr Manyok ge något tillbaka till sitt nya land, Sydsudan.
"Jag skulle gärna vilja överföra den kompetens, kunskap, värderingar och attityd som jag har lärt mig i fredsbyggande och konfliktlösning.
"Jag tror med att jag kan ge lite respekt till södra Sudan", sade han, "och naturligtvis, en ung nation kommer att kräva unga ledare som kan hjälpa den generation som har offrat så mycket."
BBC Two's This World: Return of the Lost Boys of Sudan kommer att sändas måndagen den 12 december 2011 klockan 19:00 GMT. Eller titta på online (endast Storbritannien) via BBC iPlayer på ovanstående länk.
När Sydsudan skapades som ett självständigt land i juli, erbjöd det ett nytt hopp och möjligheter för en hel generation vars barndom var fördärvad av inbördeskrig.