Man tror att päronträdet i Cubbington har växt nära byn Warwickshire i mer än 250 år.
Woodland Trust, som drev årets trädundersökning, har krävt att den ska bevaras på grund av sin ålder.
HS2-tjänstemän säger att trädets ihåliga stam innebär att det måste fällas, med plantor planterade i närheten.
Den föreslagna höghastighetslinjen kommer att koppla samman London med Birmingham, men har fått kritik på grund av dess kostnader och planerade rutt genom landsbygdsområden.
Peter Delow, ordförande i Cubbington Stop HS2 Action Group, nominerade trädet till utmärkelsen och sa att vinsten skickade "ett tydligt budskap" till politiker för att bevara landets naturarv.
"De som röstade på vårt träd bryr sig tydligt om skyddet av vår naturliga miljö," sade han.
"Det skulle vara helt möjligt att bygga HS2 utan att förstöra vårt träd och många andra."
Cubbingtons päronträd valdes ut efter att ha lockat mer än en tredjedel av 10.000 röster till Englands bästa träd och slagit nio andra finalister till titeln.
Bland löpare fanns Tolpuddle Martyrträdet i Dorset, Glastonburys Heliga Thorn och Boscobeleken i Shropshire, en avkomling av trädet där den blivande kung Karl II gömde sig efter det engelska inbördeskrigets sista strid.
Årets träd i Förenade kungariket
Beccy Speight, chef för Woodland Trust, sade att allmänhetens tillgivenhet för Cubbington päronträd - en av 20 inom bygggränserna för HS2:s första fas - visade betydelsen av naturen för landet.
"Tyvärr många ikoniska träd inte har de nivåer av skydd de förtjänar," sade hon.
Ben Ruse, talesman för HS2, sade att yngre träd skulle planteras i området kring Cubbington för att kompensera förlusten av det historiska päronträdet.
"Vi har alltid insett trädets betydelse och kommer att göra allt vi kan för att se till att vilda päronträd fortsätter att vara en del av landsbygden runt Cubbington", sade han.
Ett uråldrigt päronträd som ska huggas ner för att bana väg för höghastighetsjärnvägen HS2 har valts till det bästa trädet i England.