De tidigare Manchester United spelarna säger att deras St Michael utveckling skulle förvandla Jacksons Row nära Manchester Town Hall.
Deras 200m förslag inkluderar ett fem-stjärnigt hotell, lägenheter, kontor och restauranger.
Planer förväntas läggas fram för kommunfullmäktige senare i år.
Giggs och Neville avslöjade detaljer om deras föreslagna utveckling i juli.
En synagoga skulle byggas upp, men 1800-talets sir Ralph Abercromby pub och den tidigare Bootle Street polisstationen skulle rivas.
I online-ansökan hävdas att två tornblock i mitten av systemet är "mycket olämpliga för denna plats".
"De reflekterar inte, reagerar på eller respekterar sin omgivning", fortsätter petitionen. "De är på fel plats, oproportionerligt och överväldiga allt runt omkring dem, inklusive stadshuset, centralbiblioteket och både gamla och nya byggnader i stadens centrum."
Stretford bosatt Paul Moore, som har undertecknat petitionen, sade: "Jag arbetar och umgås i Manchester centrum och tror att historien och unikheten i staden går förlorad av dessa glas själlösa torn. Att riva historiska byggnader för att bana väg för dessa är ett brott."
Matt Harby sa: "Jag är inte emot designen i sig (jag har sett mycket värre), men detta är helt fel plats för det."
Neville och Giggs var involverade i utvecklingen av Hotel Football, nära deras tidigare klubb Old Trafford stadion.
De gör också Manchester Stock Exchange till ett lyxhotell.
Innan renoveringen inleddes tidigare i år tillät de hemlösa att stanna i byggnaden.
Mer än 1 500 personer har undertecknat en petition mot Gary Neville och Ryan Giggs "ganska olämpliga" planer på att omutveckla en del av centrala Manchester.