Förste minister Nicola Sturgeon beskrev fallet som "shoking" efter Moray SNP MSP Richard Lochhead tog upp frågan tidigare denna månad.
Han sade att väljare på landsbygden har blivit "flyktiga" med sådana avgifter.
Halfords sa att avgiften var exceptionell för en exklusiv online-produkt men att en £ 2,99 avgift nu skulle debiteras.
Halfords sade i ett uttalande: " Vid beställning från Halfords.com gäller normala transportkostnader till högländerna och öarna i mer än 95 procent av fallen.
" Undantaget till detta var om en kund köpte en exklusiv online-produkt på Halfords Marketplace som är en online-plattform som Halfords är värd för mindre oberoende återförsäljare som levererar direkt.
"Vi håller med om att den tidigare avgiften inte var meningsfull om en Marketplace-kund beställde en vara till en liten kostnad och efter att ha genomfört en översyn har vi minskat transportkostnaderna till en standard £2.99.
"Alla leverantörer har blivit anmälda. Halfords kommer att subventionera skillnaden när transportkostnaden är högre. Vi vill be om ursäkt för den frustration som denna avgift har orsakat för våra Marketplace-kunder."
Moray SNP MP Angus Robertson hade ursprungligen skrivit direkt till Halfords verkställande direktör Jill McDonald.
Han sade: "Halfords beslut att snabbt se över och ändra sin policy för leveransavgifter så att ett schablonbelopp nu gäller oavsett var kunden bor är en mycket välkommen förändring av hjärtat.
"Denna åtgärd av Halfords visar hur viktigt det är att utmana stora och små företag på deras leveranspolicyer till områden som Moray och Highlands."
Lochhead välkomnade nyheten och sade: " Överdrivna leveransavgifter är en enorm frustration för människor i Moray och i hela Skottland.
"Halfords beslut att nu tillämpa samma avgift över hela linjen är välkommet och jag vill se andra företag följa detta exempel.
"Det finns många leveransalternativ tillgängliga för företag, inklusive Royal Mail och det finns helt enkelt ingen ursäkt för företag att diskriminera konsumenter i Skottland.
"Till dess att företag slutar behandla kunder på landsbygden i Skottland med förakt när det gäller leveransavgifter kommer vi att fortsätta att ta en hård linje om att namnge och skäm ut dem."
I en studie som genomfördes av medborgarrådgivningsbyrån 2015 konstaterades det att konsumenterna i högländerna och på öarna betalade betydligt mer för leveransavgifter.
Halfords har reviderat leveransavgifterna för norra Skottland efter en leveransavgift på £ 50 för att skicka handdukar som kostar £ 5.99 till Speyside kritiserades.