Howard, som kan spela på vingen eller i mitten, anslöt sig till Saints från Western Province i april 2015.
Den 24-årige spelade för stormarna i Super Rugby och hade också en trollformel med Munster förra säsongen.
"Jag ser verkligen fram emot att återvända för att spela i Pro12," sade Howard, som vann Junior World Championship med Sydafrika 2012.
"Jag är säker på att det finns goda tider framåt med en ung och spännande trupp som samlas och jag ser fram emot att göra flytten till Wales."
Dragons huvudtränare Kingsley Jones sa att regionen hade övervakat Howards framsteg i 18 månader.
"Han är en farlig angripande spelare med både styrka och tempo, och hans fysiska karaktär av att spela kommer att öka vår ungdomliga backline," Jones sade.
Northamptons sydafrikanska verktyg tillbaka Pat Howard kommer att gå Newport Gwent Dragons för 2016-17 säsongen.