Den nord Shields-baserade räkbåten var i kollision med den skotska vikingan utanför Berwickshires kust strax före 2000 BST på torsdag.
Två fiskare, som är bröder, var ombord på trålaren. En av dem, som var 20 år, drogs i säkerhet av en annan båt.
Sökandet efter den andra brodern, som tros vara 16, har avbrutits.
Fred Caygill från sjö- och kustbevakningen (MCA) berättade för BBC en besättningsman från ett annat fartyg hade sett den saknade pojken i vattnet på 2025 BST på torsdag, men han sedan halkade ur sikte.
MCA bekräftade att sökningen avslutades kl 1400 BST på fredag, ett beslut som hade följt 17 timmar av sökning, när förväntad överlevnad hade överskridits.
Caygill sade att det var oklart om den saknade pojken, eller hans bror, bar flytvästar, men två hittades i flottsam.
Han sade: " Överlevnadstiden för någon i vattnet har gått.
"Olika faktorer påverkar olika människors chanser att överleva, men det har varit en lång tid."
Mer än 20 fiskefartyg och livbåtar var inblandade i sökandet, som sträckte sig över ett område på mer än 30 kvadratkilometer utanför St Abs huvud.
Den skotska vikingafärjan, som reste mellan Rosyth och Zeebrugge, drivs av det nederländska företaget Norfolkline, som ägs av DFDS Seaways.
Byrån sa att fartyget chartrades av Norfolkline från italienska byrån Visentini, och förväntades anlända till Belgien på fredag eftermiddag.
En talesman för DFDS Seaways sade: " Vi är djupt oroade över detta och det kommer nu att följa en utredning från myndigheterna som vi fullt ut kommer att bistå med.
"Vi har också pratat med Visentini som kommer att undersöka saken fullt ut."
Haveriutredningen kommer att undersöka hur kollisionen inträffade.
En talesman sade: "Vi genomför en preliminär undersökning för tillfället."
Lotian och Borders polisen sa att officerare hjälpte kustbevakningen.
En undersökning pågår om en kollision mellan en färja och en trålare som har lämnat en tonårig fiskare förlorad i Nordsjön.