Räddningstjänst kallades till platsen nära Knockmore industrifastighet på cirka 06:45 GMT på torsdag.
Ingen blev skadad. Tåget evakuerades och passagerarna förflyttades till bussar.
Translink och arbetsmiljöverket har inlett utredningar och linjen kommer att förbli stängd hela dagen.
Transportbyråns talesman sade: "Vi hoppas kunna återuppta en full tågtjänst från och med i morgon [fredag] morgon."
På torsdag eftermiddag fick tågpassagerare veta att en bussersättning kommer att bedrivas mellan Moira och Lisbun fram till 18:30 GMT till "accommodate peak time pendlartrafik".
Efter rusningstiden kommer en bussersättning att ske mellan Portadown och Lisburn och gränsöverskridande passagerare kommer att bussas mellan Belfast och Newry under resten av dagen.
Translinks uttalande tillade: "Säkerhet är vår högsta prioritet och en utredning pågår för närvarande.
"Vi vidtar nu åtgärder för att få linjen rensad; våra ingenjörer har varit på plats och kommer att arbeta hela natten för att få servicen tillbaka till det normala för våra kunder."
Företaget sade att det kommer att arbeta med Rail Occident Inquirement Branch och polisen i Nordirland (PSNI) under utredningarna.
Translink har bett sina kunder om ursäkt för besväret.
Knockmore Road, som var stängd mellan Moira Road och Ballinderry Road, har nu öppnats igen.
Ett tåg träffade en bit byggutrustning på järnvägslinjen nära Lisburn, County Antrim, en Translink talesperson har sagt.