Domen hotar Apples förmåga att erbjuda sin röststyrda virtuella assistent, Siri, i landet.
Shanghai-baserade Zhizhen Network Technology har försökt blockera Apple från att sälja produkter med appen installerad, säger att det bröt mot sina rättigheter.
Apple sa att det skulle överklaga till Pekings högsta folkdomstol.
"Apple tror djupt på att skydda innovation, och vi tar immateriella rättigheter på stort allvar", sade en talesman.
"Apple skapade Siri för att förse kunderna med sin egen personliga assistent genom att använda sin röst.
"Tyvärr kände vi inte till Zhizhens patent innan vi introducerade Siri, och vi tror inte att vi använder detta patent.
"Medan en separat domstol överväger denna fråga, förblir vi öppna för förnuftiga diskussioner med Zhizhen."
Det kinesiska företaget kunde inte nås för synpunkter.
Zhizhen erbjuder sin egen röststyrda tjänst, vid namn Xiao i Robot, som startade livet 2003, som en textbaserad chatbot som körde på andras snabbmeddelandeverktyg.
Det utvecklades senare till call-center programvara som används av den kinesiska regeringen och flera företag.
Dessutom har Zhizhen utvecklat röststyrd programvara för smarta TV-apparater, bilar och smartphones - inklusive en iPhone-app som gör det möjligt för användare att hitta restauranger, tågtider och aktiepriser.
I juni 2012 anklagade Zhizhen Apple för intrång i immateriella rättigheter efter att det amerikanska företaget vid utvecklarkonferensen meddelade att mandarin och kantonesiska lades till i listan över Siris språk som stöds.
Zhizhen konstaterade att företaget hade ansökt om de immateriella rättigheterna till den underliggande tekniken 2004 och att det hade beviljats patent två år senare.
Apple svarade att Siri använde en annan process för att driva sin röst-erkännande teknik - en domstol har ännu inte avgöra detta påstående.
Apple försökte också blockera ärendet genom att be Kinas statliga immaterialrättsmyndighet att ogiltigförklara patentet, men vägrades.
Den ifrågasatte sedan detta beslut, som stämde både patentmyndigheten och Zhizhen - men omintetgjordes på tisdagen när Pekings första mellandomstol avgjorde det.
Kina Mobile Internet Industry Alliance tidigare berättade Xinhua nyhetsbyrån att det inte trodde att fallet skulle resultera i Apple dra sina produkter från Kina, men tillade att det amerikanska företaget kan behöva söka en ekonomisk uppgörelse.
Apple har misslyckats med sitt försök att få ett kinesiskt företags röstigenkänningspatent ogiltigförklarat.