Ben, från Sheffield, var 21 månader gammal när han försvann den 24 juli 1991.
Detektiver sa att de skulle "lyfta hela jorden" på den andra platsen, 750m från där han senast sågs och nära där utgrävningen började förra månaden.
De undersöker påståenden Ben kan ha råkat köras över av en grävling förare 25 år sedan.
Officerare arbetar med teorin att Konstantinos Barkas, som dog i cancer 2015, kan vara ansvarig för Bens död.
Ben försvann från en bondgård, som hans farfar höll på att renovera, i byn Iraklis.
Fortsatta sökningar nära gården var på väg mot ett slut och resten av laget kommer att fokusera sina ansträngningar på den andra platsen, sade polisen.
Det Insp Jon Cousins sade att det fanns komprimerat material deponerade under de senaste 30 åren och laget "kommer att ta bort detta lager i samma [sätt] de grävde den första platsen".
Cousins sade: "Jag har fattat ett beslut om att förlänga vår vistelse här.
"Vi kommer att göra detta för att ge mig självförtroendet att jag har gjort allt jag kan.
Teamet ligger 100 % bakom det här. Och varenda en av dem, inklusive de frivilliga, är orubblig att de stannar under denna tidsperiod. Det måste göras."
Laget skulle stanna på plats i "minst två eller tre dagar", sade han.
En grupp på 19 poliser i South Yorkshire, rättsmedicinska specialister och en arkeolog har grävt ut området i nästan två veckor till följd av en TV-appellation i maj, vilket gjorde att teorin om Barkas uppmärksammades på styrkan.
Polisen söker efter saknade småbarn Ben Needham på den grekiska ön Kos har sagt att de utökar sin vistelse för att fortsätta utforska en andra plats.