Mohammed Rafik Naji, 37, hade uttryckt stöd för en attack på Times Square, enligt ett kriminellt klagomål.
37-åringen, som bor i Brooklyn, åtalades på måndag, sa en talesman för FBI.
Times Square var platsen för ett misslyckat bilbombförsök 2010 som utfördes av en 30-årig Connecticut invånare.
En avlönad polisinformatör tog kontakt med Naji i augusti 2015.
Misstankar hade väckts efter att han flög till Turkiet med den påstådda ambitionen att ansluta sig till Islamiska staten i Jemen.
Han hade mejlat sin flickvän medan han var borta, bett henne om pengar och skickat en "själv" av sig själv i svarta kläder med en bepansrad väst, enligt domstolshandlingar.
När han flög tillbaka till New York senare i 2015, förblev han i kontakt med informatören och en inspelad konversation fem dagar efter Nice attackerna ledde till att han åtalades.
I det samtalet uttryckte Naji sitt stöd för en liknande attack - 84 personer dödades i Frankrike av en lastbil som körde in i folkmassor som firade Bastilledagen - på New Yorks Times Square, säger åklagare.
"De vill ha en operation i Times Square, spaning grupp redan sätta ut en scen, Islamiska staten redan sätta upp scener av Times Square, du förstår," Mr Naji sade, enligt domstolshandlingarna.
"Jag sa att det var en indikation för den som är smart att veta."
En jemenisk man som bor i New York har anklagats för att försöka ge stöd till den islamiska statsgruppen, säger amerikanska myndigheter.