Turisterna återupptogs på 99-3 men halkade till 148-8 som fem wickets föll för 15 körningar, Junior Dala tar 5-34.
Ben Stokes "brisk 27 hjälpte England till 190 alla ut, sätter värdarna en nominell 473 för att vinna, men de var 5-0 efter två overs när regnet kom.
England börjar det första testet mot Sydafrika i Durban på boxningsdagen.
Besökarna hade dominerat de första två dagarna av denna öppning uppvärmning spel, men Zambia-födda sjöman Dala stod för natten fladdermöss Joe Root (39) och Gary Ballance (25) som lagt 50 för den fjärde wicket.
Väktare Jonny Bairstow fångades bakom för en första-boll anka av vänster-armer Dieter Klein i andra änden, innan Moeen Ali (20) och Stokes, slag vid 10, stabiliserade fartyget.
Men det var spektakulära åska och blixtar som slutligen förnekade dem möjligheten att försöka bowla ut värdarna och tvinga seger.
Englands sista uppvärmning innan testerna är ytterligare tre dagars match mot Sydafrika A på Pietermaritzburg, börjar på söndag.
Englands uppvärmningsmatch mot Sydafrika Inbjudan XI övergavs som en dragning när tunga stormar förstörde den tredje och sista dagen i Potchefstroom.