Deacon efterträder Ian McKay när han avgår som ordförande vid IoD Scotland-konferensen på fredag.
Hon valdes 1999 till Labour MSP för Edinburgh East och Musselburgh och tjänstgjorde som Skottlands första hälsominister efter delegeringen.
António Deacon avstod från sitt mandat 2007.
Hon har sedan dess arbetat inom den privata, offentliga och tredje sektorn och är för närvarande professor vid universitetet i Edinburgh.
Ms Deacon är även direktör för Scottish Power Ltd, Lothian Buses Ltd och Institute of Occupational Medicine.
McKay sade: "Framtiden för IoD är i utmärkta händer med Susan vid rodret.
"Hennes varierande erfarenhet och sätt att hantera ledarskap kommer att vara till verklig nytta för IoD vid en tidpunkt då styrelserna i allt högre grad tar emot förändringar."
I en kommentar till utnämningen gav António Deacon signaler om sin avsikt att bygga vidare på IoD Scotland:s arbete för att främja ett starkt ledarskap och styrelseformer.
Hon sa: "Framgångsrika organisationer behöver effektiva ledare - det är så enkelt.
"Om Skottland ska fortsätta att växa och blomstra på en världsscen måste vi stödja dagens ledare och växa morgondagens ledare.
– Även våra styrelserum måste inom dem ha ett brett utbud av kompetens och erfarenhet och fungera till högsta möjliga standard.
"Jag är mycket stolt över att ta på mig rollen som ordförande för IoD Scotland, en organisation som har gått i bräschen för att främja höga standarder för ledarskap och styrning."
Den före detta skotske hälsovårdsministern Susan Deacon kommer att bli den första kvinnan som leder institutet för direktörer i Skottland.