I en attack, beväpnade män maskerade som soldater sköt mot en folksamling i en kyrka, sade den lokala riksdagsledamoten Peter Biye.
Han sade att han hade varnat armén för att området var i fara efter det att trupper som var stationerade i närheten drogs tillbaka för tre månader sedan.
De senaste attackerna kom när armén förnekade att flera generaler hade befunnits skyldiga till att ha hjälpt militanterna.
Nigerianska medier rapporterade på tisdagen att 10 generaler och fem andra högre militärofficerare hade ställts inför rätta för att ha levererat vapen och information till den islamistiska militanta gruppen.
Men en militär talesman kallade rapporterna "falskhet".
Detta motsade inrikesminister Abba Moro som i en BBC-intervju på tisdag sade att det var "goda nyheter" att armén hade identifierat soldater som underminerade kampen mot rebellerna, och att det sände ett starkt budskap till andra tjänare officerare.
Boko Haram har fört en alltmer blodig uppror sedan 2009 i ett försök att skapa en islamisk stat i Nigeria.
BBC: s Will Ross i Nigeria säger attackerna mot sex byar under de senaste dagarna har varit nära Mandarabergen - ett känt Boko Haram gömställe vid gränsen till Kamerun.
Invånare som lyckades fly Attagara sade att deras bykyrka först anfölls på söndagen, när enligt uppgift 20 personer dog.
Byborna hämnades och några militanter påstods ha dödats.
Detta verkade framkalla en hämndattack på tisdagen när militanter klädda som soldater låtsades att de hade kommit för att skydda byn, sade Biye.
"De kom i massa i militäruniform med cirka 200 motorcyklarâ € € de sade att de kom för att rädda dem [och] de bör inte springa iväg", berättade han BBC: s Newsday program.
Byborna uppmanades att komma till kyrkan, och folk samlades för att tro att det var militären, sade riksdagsledamoten.
"De omringade dem - de började skjuta dem," Mr Biye sade, tillade att skyttarna sedan brände många byggnader.
De som hade flytt till närliggande kullar rapporterade att de sett många döda kroppar, sade han.
När trupperna var stationerade i byn Chinene i närheten var området lugnt, men sedan de drog sig tillbaka för tre månader sedan hade området blivit rebellernas "bas", sade Biye.
Nigerias regering har utsatts för allt större påtryckningar både hemma och utomlands för att göra mer för att ta itu med gruppen och få ut mer än 200 skolflickor som kidnappats av gruppen i april.
Nigerias president Goodluck Jonathan förklarade ett undantagstillstånd i maj 2013 i de tre nordliga staterna där Boko Haram är mest aktiv - Borno, Adamawa och Yobe.
Boko Haram gav igen genom att intensifiera sin bombkampanj i städerna och inleda massattacker mot små städer och byar.
Korrespondenterna säger att sedan kidnappningen av flickorna har attackerna blivit en nästan daglig händelse.
Vilka är Boko Haram?
Typ: Boko Haram ledare Abubakar Shekau
Varför Nigeria inte har besegrat Boko Haram
Misstänkta Boko Haram militanta har dödat dussintals bybor i nya attacker i Borno staten i nordöstra Nigeria, har BBC lärt sig.