Under de senaste fyra åren har sammanlagt 165 individer på North Uist, South Uist och Benbecula diagnostiserats med sjukdomen.
Under samma period har Lewis och Harris bara spelat in ett fall och Barra tre.
NHS Western Isles utvecklar en informationskampanj för Uist.
Lyme sjukdom kan orsaka artrit och neurologiska problem om obehandlad. Infektionen kan överföras till människor genom ett bett från en fästing.
Siffrorna för förekomsten av borrelia på de västra öarna tillhandahölls av medicinska metoder över öarna.
Orsaken till de högre talen på Uist måste fortfarande till fullo förstås. NHS Western Isles och andra grupper undersöker.
Lyme sjukdom och fästingar
Lyme sjukdom är en bakteriell infektion som sprids till människor av infekterade fästingar.
Influensaliknande symtom och trötthet är ofta de första märkbara tecknen på infektion. Ett obehandlat bett visar sig ofta som ett distinkt rött cirkelliknande märke på en persons hud.
Diagnostiserade fall av borrelia kan behandlas med antibiotika, men, om lämnas obehandlad, neurologiska problem och ledvärk kan utvecklas månader eller år senare.
Ticks är små leddjur relaterade till spindlar, kvalster och skorpioner och Storbritannien har ett antal olika arter.
Människor är mest benägna att stöta på får fästingar, som livnär sig på däggdjur och fåglar, i öppna utrymmen med långt gräs eller bracken.
Hillwalkers och klättrare organisation, Mountaineering Skottland, ger regelbundet råd om hur man undviker och hanterar fästingar.
Det antyder att människor kan skydda sig bättre genom att stoppa in byxor i strumpor eller bära gångjärn, och också genom att göra noggranna kontroller av sina kroppar en gång hemma. Kommittén rekommenderar att dessa kontroller upprepas under flera dagar.
Om en fästing hittas fäst vid en persons hud, kan den tas bort med en fästingkrok. Om du är osäker, rådfråga då en läkare, säger Mountaineering Scotland.
NHS Western Isles sade: " Vi är medvetna om skillnaderna i prevalens mellan öarna, och som geografiskt åtskilda öar är vi inte förvånade över att mönstren är annorlunda.
"Det finns olika markanvändning i norra och södra Uist i motsats till Benbecula och detta kan vara relaterat.
"Vi vet att en del människor har uttryckt sin oro och sina åsikter om de förändrade mönster av rådjur som strövar omkring, och överlappningen i vissa områden av rådjur och torpdjur."
Hälsostyrelsen stöder redan insatser för att öka medvetenheten om fästingar, deras närvaro och hur man tar bort och behandlar dem.
Men en taleskvinna tillade: "Men vi håller på att utveckla en riktad kampanj för Uister som kommer att fokusera på förebyggande av bett, fästingborttagning och identifiering och behandling av fästingrelaterade sjukdomar hos människor.
"Eftersom fästingbett tenderar att minska i frekvens på vintern, kommer detta att vara på plats innan våren ökningen av fästing prevalens."
Scottish Natural Heritage, ett offentligt organ med ansvar för att hantera vilda hjortar, sade att man också var medveten om öbornas oro över kopplingen mellan fästingar och red rådjur.
En talesman sade: " Vi inser att hjortbeståndet i Uist har ökat och gradvis har använt jordbruksmark mer och flyttat in i byar och trädgårdar.
"Det är en stor värd och, till skillnad från inhemska bestånd, de är obehandlade, därför de spelar en betydande roll för att sprida fästingar till bebodda områden.
"Under 2015 samlade vi intressenter för att inrätta en frivillig Uist Deer Management Group. Vi har stött gruppen för att ta fram en förvaltningsplan för hjortar som tar hänsyn till de olika intressena, inklusive de allmänna fördelarna.
"Detta inkluderar att minska jordbruksskadorna, och en strävan att minska fästingbördan, och även borrelia, i jordbruks- / bebodda områden i Uists."
Landägare, North Uist Estate Trust, sade att det var viktigt att orsaken till det stora antalet förekomsten av sjukdomen förstods på rätt sätt.
En talesman sade: " Vi har också märkt en ökning av förekomsten av borrelia under de senaste fem åren, och detta är av stor betydelse för oss, eftersom våra förföljare och viltvårdare är i särskilt stor fara.
"Om man skall tro att de senaste rapporterna har ökat i många delar av Skottland och det är viktigt att de bakomliggande orsakerna förstås på rätt sätt, eftersom vi uppmuntrar fler människor till landsbygden varje år.
"Deer spelar en viktig roll i spridningen av fästingar och vår lokala hjortgrupp har beställt en hjortplan som förespråkar en betydande minskning av antalet hjortar.
"Vi arbetar för närvarande för att uppnå det mål som rekommenderas i hjortplanen."
Förekomsten av borrelia på Uist är mycket större än på närliggande öar, enligt siffror som samlats in av BBC Gaelic News.