Hyslop ska genomföra "en intensiv vecka av verksamhet" med fokus på näringsliv, handel, turism, utbildning och kultur.
Hon kommer att träffa företagsledare i Tokyo och Nagasaki för att främja Skottland som en plats att investera och göra affärer.
Ministern sa att Japan var "en mycket viktig internationell partner för Skottland".
Den skotska regeringen sade att Japan var en av de 20 främsta destinationerna för skotsk export, och var den sjunde största källan till utländska direktinvesteringar med japanska företag som sysselsätter 6 250 personer i Skottland.
Hyslop, som tidigare besökte Japan 2015, kommer att träffa ledande personer från företag som redan investerar i Skottland, såsom Mitsubishi, biovetenskapsbyrån Kyowa Hakko Kirin och läkarfirman Reprocell.
Hon sade: "Skottland och Japan har mycket gemensamt - en rikedom av expertis, en passion för innovation, en högt utbildad och kvalificerad arbetskraft, och en önskan om ökat internationellt samarbete inom alla sektorer.
"Det kommer att finnas mycket att dela och mycket att diskutera under min tid där, bland annat genom att försäkra att Skottland, trots Storbritanniens röst att lämna EU, förblir ett progressivt, utåtriktadt internationalistiskt land som är öppet för företag och mogna för investeringar.
"Jag är säker på att vår dialog kommer att ge ömsesidiga fördelar."
Scottish External Affairs Sekreterare Fiona Hyslop är att resa till Japan för att främja budskapet att Skottland är "öppet för affärer".