Brown och Barclay har vunnit 107 kapsyler mellan dem men har utelämnats från Vern Cotters 32-mannapool.
"Vi verkar främja spelare som har kommit in från Nya Zeeland på bekostnad av John Barclay och Kelly Brown.
"Dina chanser att spela för Skottland ökar kraftigt genom att spela för Edinburgh och Glasgow," sade Nicol.
Edinburgh flanker Hugh Blake har kallats in i truppen för första gången, i stället för både Brown och Barclay.
Blake kvalificerar sig för att spela för landslaget genom sina skotska morföräldrar.
Brown, 32, ledde Skottland in i förra årets sex nationer som kapten, bara för att släppas från truppen för hem nederlaget till England sedan återkallade som kapten för förlusten till Frankrike i Murrayfield.
Han förbisågs för urval för de tre höstproven mot Argentina, Nya Zeeland och Tonga.
Barclay har utmärkt sig i back-row för walesiska sidan Scarlets denna säsong och, vid 28, är sannolikt att ha flera säsonger kvar på toppnivå.
Tidigare Bath och Glasgow scrum-halv Nicol säger att gynna spelare som spelar sin rugby i Skottland är inte nödvändigtvis fel, men att i slutändan beslutet bör komma ner till förmåga.
"Det har inte funnits någon uttalad policy om att inte plocka spelare som spelar i Skottland," Nicol fortsatte.
"Det finns ett antal spelare (i gruppen) som spelar ute med Skottland, men jag tror att det är mycket tydligt att dina chanser att spela för Skottland ökar kraftigt genom att spela för Edinburgh och Glasgow.
"Det kan vara rätt sak att göra, missförstå mig inte.
"Jag tror bara att, om du väljer dina bästa spelare för denna Six Nations, och glömma VM, eftersom om de är tillräckligt bra för Six Nations då du är tillräckligt bra för VM, du väljer dina bästa spelare och jag skulle ha trott Kelly Brown och John Barclay i synnerhet är två som skulle komma in där."
Trots reservationer om utelämnandet av några erfarna spelare, Nicol är positiv till Skottlands chanser i Six Nations.
"Jag är ganska exalterad över vad som kunde hända", sade han. "Det var en bra höstserie.
"En mycket bra prestation mot Argentina, bra igen mot det bästa laget i världen, Nya Zeeland, och sedan avslutade det väl mot Tonga.
"Så det finns en hel del förtroende för gruppen.
"Edinburgh har förbättrats markant sedan hösten tester och det återspeglas i fler spelare som kommer in från Edinburgh.
"Det är ett bra tecken. Dessa spelare kommer att vara lite mer säker på att komma in i Six Nations."
Kelly Brown och John Barclay är bland Skottlands bästa spelare och bör vara i gruppen för Six Nations, enligt tidigare kapten Andy Nicol.