En domare hade avskrivit målet mot PT Bumi Mekar Hijau (BMH) och sade att det inte fanns tillräckliga bevis för att företaget inte kunde förhindra återkommande bränder.
Fara från skogsbränder i Indonesien drabbade Sydostasien i månader.
BMH levererar till Asien Pulp och Paper, ett av världens största sådana företag.
De $565m i skadestånd från stämningen skulle ha varit den största ekonomiska belöningen någonsin tas ut mot ett sådant företag.
Regeringen hävdar BMH misslyckades med att förhindra återkommande bränder 2014 och i år på cirka 20.000 hektar mark i en region Sumatra.
Men ordförande Parlas Nababan i en domstol i South Sumatra sade: "Rättegången mot PT Bumi Mekar Hijau avvisas eftersom bevisen inte är bevisade."
Chefen för brottsbekämpning på miljöministeriet, Rasio Ridho Sani berättade för BBC regeringen undersöker sina rättsliga alternativ nu och företag måste hållas ansvariga för bränderna i sina områden även om de inte orsakades direkt av företaget.
Skogs- och torvmarksbränderna, som orsakade farliga föroreningsnivåer i stora delar av Sydostasien under andra halvåret, låg till stor del på öarna Sumatra och Borneo.
Den indonesiska regeringen har sagt att den kommer att överklaga ett domstolsbeslut som avvisade en stämning på 565 miljoner pund (381 miljoner pund) mot ett plantagebolag anklagat för att orsaka skogsbränder.