Raikkonen lämnades irriterad efter att han ledde de tidiga varven från stolpen men Vettel passerade honom med hjälp av en senare depåstopp.
En talesman för Ferrari sade: " Förarna är fria att tävla. Det fanns ingen som helst plan för att få Sebastian framåt."
Vettel sade: " Det fanns ingen plan för några lagorder. Jag förstår att Kimi inte är glad. Jag skulle känna likadant."
Vettel gick in i loppet ledande Mercedes förare Lewis Hamilton i mästerskapet med sex poäng och kom ut ur det med en 25-punkts ledning - en tydlig ras seger - när Briton kunde avsluta endast sjunde efter start 13th.
Raikkonen fällde fem varv före Vettel och kom ut bakom långsammare bilar, som han var tvungen att passera. Under tiden, på en tydlig bana, började Vettel sätta snabbaste tider och när han stannade han hade gjort upp tillräckligt med tid för att komma fram i ledningen.
Ferrari sade att Raikkonen körde på en förplanerad strategi för att stanna runt varv 34 och sade att även om de visste att han skulle komma ut bland långsammare bilar, det var oundvikligt som skulle hända någon gång.
Raikkonen sade: " Jag blev inkallad, och det är allt. Det gick inte så bra för mig, men bortsett från det, spelar det ingen roll, eller hur?
"Det är så mycket jag kan säga om det just nu. Jag fick den dåliga slutet av historien idag. Det är fortfarande andra plats men självklart räknas det inte mycket i min bok åtminstone."
Han frågade om han visste varför Ferrari då hade kallat in honom och sade: " Jag har ingen aning. De har skäl att göra det de gör. Det är inte upp till mig."
Han sa att han skulle be laget att förklara besluten för honom.
"Vi är ett team och om du inte tror på vad du har fått höra då kommer det att bli mycket komplicerat någon gång," Raikkonen sade.
"I dag, som ett team, ville vi ha en-två. Det hände. Vad gäller mig själv, kunde det ha varit bättre men vi har just avslutat loppet och vem vet?
"Vi ska prata om det och jag antar att det finns några skäl till allt som hände. Som förare kan jag göra vad jag vill, men det är inte så vi jobbar som ett team."
Vettel, allmänt tros vara Ferrari s kontrakt nummer ett förare, tillfrågades om han och laget hade diskuterat om de skulle försöka använda en möjlighet att få honom före Raikkonen om man uppstod.
Han svarade: " Egentligen inte. Vi pratade om loppet förut. Huvudvagnen har normalt prioritet.
"Om jag hade valet, att gå i groparna först är kanske vad du gillar att göra.
"Det är en av de sällsynta tillfällen när overcut [stopp efter en förare du följer] bestämmer positionen, men ur lagets synvinkel fanns det ingen plan för några lagbeställningar.
"Idag fungerade det till min fördel och jag tar det, men vi är ett team och jag kan se Kimi är inte glad."
Sebastian Vettel och Ferrari förnekade att de manipulerade Monaco Grand Prix för att säkerställa den tyska lagkamraten Kimi Raikkonen.