Nordöstra länet har degraderats efter att ha accepterat ett finansiellt biståndspaket på 3,8 miljoner pund från ECB.
"ECB måste hålla upp sina händer och titta på det system de har skapat", säger Vaughan.
För närvarande måste grevskapen bjuda på internationella matcher på sina marker.
Durham lär ha betalat 923 000 pund för att iscensätta Englands testmatch mot Sri Lanka i maj, som slutade i seger för hemmasidan.
Men de har nu förlorat rätten till scen Test cricket vid Riverside och kommer att starta nästa säsong med en 48-punkts avdrag.
Durham slutade på fjärde plats i division ett förra året och deras nedflyttning innebär att Hampshire, som var näst längst ner, har återinsatts.
"Beslutet har kommit", Vaughan, som också representerade Yorkshire, berättade BBC Radio 5 live. "Under många år har det funnits några grevskap som gått igenom ekonomiska svårigheter.
"Dessa grevskap utsätts för så mycket press att bjuda på rätt för en Test match och en dag spel.
"I det här fallet har Durham haft svårt att hitta investeringar. Det här kan vara mycket värre för dem. ECB betalade borgen för dem."
Vaughan sa att han "aldrig gillat" processen av counties budgivning för att vara värd för internationella matcher.
"Jag förstod det aldrig", sa han. "Det var att ta pengar ur potten och sätta grevskapen under för stor återhållsamhet och press för att sälja biljetter."
I ett uttalande sade ECB att den hade hjälpt Durham på grund av det "oförutsedda allvaret" i deras situation.
Före detta Durham och England snabb bowler Steve Harmison sade "ingen kommer ut ur detta ser mycket bra ut".
Han tillade: "Jag tror inte att ECB har hjälpt Durham under de senaste 12-18 månaderna och det har förekommit misshushållning ur Durhams synvinkel."
Lancashire chef för cricket Ashley Giles, Englands tidigare T20 och ODI coach, sade ECB: s politik att försöka "skapa konkurrens" för att sprida Test cricket i hela landet hade "backfired lite".
Durhams nedflyttning till division två i County Championship är en varning till andra, men England och Wales Cricket Board är också fel, säger före detta England kapten Michael Vaughan.