SNP:s regering i Edinburgh vill att flottan tas bort från sin bas på Skottlands västkust.
Vid den aktuella tidpunkten i Senedd föreslog Jones att avskräckningen skulle kunna komma till Pembrokeshire om han tvingades leta efter ett hem någon annanstans.
Men den brittiska regeringen sa att den inte hade några planer på att flytta från HM Naval Base Clyde.
Denna vecka tilldelade den ett kontrakt på 1,1 miljarder pund för reaktorkärnor.
Storbritannien har fyra Royal Navy Vanguard ubåtar, baserade vid Faslane marinbas på Clyde, som kan sända ut Trident ballistiska missiler som bär kärnvapenstridsspetsar.
Jones, som kommer att vara i Skottland för ett möte med brittiska och irländska ministrar på fredag, tillfrågades om möjligheterna att investera i walesiska hamnar.
Han sade: "Jag lade märke till att den skotska regeringen inte längre vill ha atomubåtbasen i Faslane, den vill inte längre hysa den brittiska flottan av kärnvapen.
"Det kommer att finnas mer än ett välkomnande för den flottan och jobben i Milford Haven."
Milford Haven är en naturlig djupvattenhamn som hanterar omkring en femtedel av Storbritanniens energi genom olje- och gasimport.
I helgen sade den skotska regeringen att den var "starkt engagerad i att så snart som möjligt dra tillbaka Trident från Skottland".
Det sades att oberoende är det enda konstitutionella alternativ som skulle ge det befogenhet att avlägsna Trident från skotska vatten.
Den walesiska regeringen sade senare att Jones kommentarer inte hade något att göra med SNP:s folkomröstning om skotskt oberoende och att han var en "stark anhängare" av unionen.
En talesman sade: " Den förste ministern erkänner de betydande ekonomiska fördelarna med att flytta Storbritanniens atomubåt till västra Wales.
"Det skulle vara mer än välkommet i Wales för denna typ av ekonomiskt uppsving, vilket skulle ge tusentals högkvalitativa, välbetalda jobb i området.
"Den förste ministern är av den åsikten att han skulle försumma sin plikt att göra vad han kan för att öka den walesiska ekonomin han var att avfärda möjligheten att föra dessa jobb till Wales."
Det fanns ett argt svar på hans förslag från Plaid Cymru politiker och aktivister.
Plaid AM Jonathan Edwards skrev på Twitter: " Detta är en oerhört betydelsefull utveckling.
"Milford är en enorm energiportal. LPG (förvätskad petroleumgas) och kärnvapen passar inte ihop."
Den brittiska regeringen insisterar på ett slutligt beslut om att ersätta Trident kärnvapenavskräckning kommer inte att fattas förrän 2016 - efter nästa allmänna val.
Försvarsministeriet säger att reaktorkärnkontraktet på 1,1 miljarder pund nyligen säkrar 300 jobb på Rolls-Royce och kommer att finansiera en 11-årig renovering av anläggningen i Raynesway i Derby.
Som svar på Jones förslag att flytta atomubåterna till Wales sade en talesman för MoD: "Regeringen är tydlig med att Skottland drar nytta av att vara en del av Storbritannien och Storbritannien drar nytta av att ha Skottland inom sig.
"Det görs inga planer på självständighet eftersom regeringen är övertygad om att människor i Skottland kommer att fortsätta att stödja Storbritannien i alla folkomröstningar.
"Vi planerar därför inte att flytta kärnvapenavskräckningen från HM Naval Base Clyde.
"Regeringen har åtagit sig att upprätthålla en kontinuerlig kärnvapenavskräckning baserad på ubåtar och har påbörjat arbetet med att ersätta våra befintliga ubåtar."
Storbritanniens kärnvapenbeväpnade ubåtar skulle vara "mer än välkomna" i Wales om de lämnade Skottland, har förste minister Carwyn Jones sagt.