De som hölls i en rad räder i huvudstaden Kuala Lumpur var huvudsakligen från Bangladesh, Indien och Pakistan, sade tjänstemän.
Maskiner för att göra falska pass och för att förfalska malaysiska invandringsdokument var bland de föremål som beslagtogs.
Säkerheten i staden skärps inför de sydostasiatiska spelen, som börjar om drygt en vecka.
Måndagens räder såg polisen bryta ner dörrar och leda bort massor av människor i handbojor till väntande bussar. De fördes till polisstationer för utredning och screening.
Myndigheterna sa att de riktade in sig på alla som saknades eller bedrägliga resehandlingar eller som tros vara knutna till terrorgrupper i Syrien och Irak.
"Vi kommer att upptäcka och vidta åtgärder mot utlänningar som misstänks ha kopplingar till terrorister, särskilt de som är inblandade i aktiviteter i Syrien," polisen mot terrorism officiella Ayob Khan Mydin Pitchay, sade, citeras av Free Malaysia Today.
Officerare var också utrustade med anordningar för att upptäcka radioaktiva material, sade polisen, även om inga sådana objekt hittades.
Mer än 400 personer har fängslats i en terroristbekämpningsoperation i Malaysia, säger myndigheterna.