Familj och vänner till ett ungt par hade hyrt båten för en förlovningsfest och seglade norr om Kairo hit, enligt ögonvittnen.
I ett uttalande från inrikesministeriet stod det att 15 kroppar hade hittats och att sex personer fortfarande saknades.
Lastbåtens kapten har gripits. Fem människor räddades, men minst två barn dog.
Det är inte klart om paret trodde att de firade sin förlovning var bland de döda, sade AFP nyhetsbyrå.
Trafiken hade varit tung längs Nilen, där många egyptier hade firat slutet på den heliga månaden Ramadan.
Minst 15 personer har dödats i en krasch mellan ett lastfartyg och en passagerarbåt på Egyptens flod Nile.