Quantum Pharma Plc sade NuPharm skulle upphöra med handeln på Deeside Industrial Park i slutet av december på grund av "betydande kontantförluster".
Byrån tog över NuPharm i juli förra året.
Det sade trots fortsatta investeringar, NuPharm var "inte kapabel att bli ett resultathöjande företag", och nedläggning var det enda alternativet.
I ett uttalande sades det: " Andra alternativ undersöktes men ansågs inte vara genomförbara.
"Styrelsen anser att det bästa tillgängliga tillvägagångssättet är att påbörja en avveckling av verksamheten på ett ordnat sätt."
NuPharm tillverkar produkter för läkemedelsindustrin och hälso- och sjukvården.
Ett läkemedelsföretag i Flintshire kommer att avsluta med 66 förlorade arbetstillfällen.