Det sade undersökningen efter klagomål från prisjämförelse webbplatser hade misslyckats med att förstå "verkligheten" av online shopping.
Det skyllde en minskning i trafiken för prisjämförelse webbplatser på Amazon och andra.
EU:s konkurrenskommissionär anklagade först företaget för att missbruka sin dominerande ställning i sökandet i april 2015 och gjorde ytterligare anspråk i juli 2016.
Googles shoppingresultat visas som en låda med bilder och länkar som visas tillsammans med andra sökresultat.
Under 2015 hävdade EU:s konkurrenskommissionär att dessa resultat gav en framträdande plats åt Googles egna tjänster och annonser, till nackdel för webbplatser för prisjämförelser, som kan ha förlorat besökare.
Google svarade att EU hade underlåtit att ta hänsyn till betydelsen av online shopping jättar som Amazon, som det sade också konkurrerade mot prisjämförelse webbplatser.
I sitt uppdaterade påstående ansåg EU att Amazon inte kunde betraktas som en konkurrent till webbplatser för prisjämförelser, eftersom det ibland betalade sådana webbplatser för att ingå i sökresultaten.
Googles senaste svar säger webbplatser som Amazon får en "liten bråkdel" av sina besökare från prisjämförelse webbplatser, "inte tillräckligt för att stödja idén att de inte konkurrerar" med varandra.
Kommissionen konstaterar också att Amazon erbjuder sina egna prisjämförelseverktyg för sina kunder.
"Kommissionens reviderade fall vilar fortfarande på en teori som helt enkelt inte passar verkligheten i hur de flesta människor handlar på nätet", sade företaget i en blogg.
"Det är inte förvånande att när Amazon och andra nya konkurrenter kom till europeiska länder, minskade trafiken till platser som endast erbjuder prisjämförelser."
Företaget sade att det skulle "se fram emot" att fortsätta diskussionerna med kommissionen.
FairSearch Europe - en lobbygrupp som var en av de klagande mot Google - sade Googles åtgärder var "anti-konsument".
I ett uttalande sade gruppen: "Vi anser att det är Europeiska kommissionen som har konsumenternas intressen i åtanke, inte ett privat företag som tjänar pengar genom att använda sin marknadsmakt för att ta ut höga priser för annonsörer.
"När konsumenter tittar på Google annonser de inte får de bästa, mest relevanta resultat. Istället får de resultat från annonsörer som är villiga att betala Google mest pengar."
Google har återigen avvisat EU:s invändningar mot hur det visar shopping länkar i sina sökresultat.