Phillips, en del av Wales trupp för November Tests, drabbades skada i Scarlets förlust till Ospreys på lördag.
Den 27-årige, som satt på taket tre gånger, stod på bänken i Wales historiska seger mot Sydafrika.
Men Scarlets scrum-halv Gareth Davies passar igen efter en knäskada.
En gång i tiden kunde Davies möta Ospreys i Pro12 på lördagen efter att ha spelat i Llanelli RFC:s 58-21 Welsh Premiership seger över Bridgend förra helgen.
Davies skadades i Scarlets 26-13 Pro12 seger över Newport Gwent Dragons söndagen den 5 oktober, utesluter honom från Wales November Tests.
Den 24-årige gjorde sin Wales debut som ersättare på sin juni 2014 turné till Sydafrika efter att ha lyst för västra Wales regionen förra säsongen.
Wales börjar sin Six Nations kampanj hemma i England fredagen den 6 februari, innan de avslutar turneringen bort till Italien lördagen den 21 mars.
Phillips var en oanvänd ersättare mot Springboks och Fiji under höstens kampanj och vann sitt sista internationella tak mot Tonga i november 2013.
Han kommer att opereras på sin högra axel fredagen den 2 januari efter att ha ersatts strax före heltid i 17-15 nederlaget på Liberty Stadium.
Fellow Scarlets hora Ken Owens, som var ställföreträdande för då skadade Richard Hibbard i Sydafrika, är ännu inte tillbaka efter att ha genomgått halskirurgi i september.
"Ken är fortfarande några veckor bort - vi sätter inte en deadline på det", säger Scarlets huvudtränare Wayne Pivac.
Gloucester's Hibbard kunde inte spela i Wales november seger mot Springboks eftersom spelet spelades utanför World Rugby's Test fönster.
Det gav Ospreys fnask Scott Baldwin chansen att spela i 12-6 seger.
Scarlets fnask Emyr Phillips kommer troligen att missa Wales Six Nations kampanj när han förbereder sig för att genomgå en operation på en ur led axel, vilket kommer att ställa honom åt sidan i upp till 12 veckor.