Bassel Khartabils fru sa att han dödades i oktober 2015 efter att ha fått en dödsdom.
"Ord är svåra att komma förbi", skrev hon. "Tack för att du dödade min älskare."
Wikipedias bidragsgivare och grundare av Creative Commons Syrien fängslades för första gången i mars 2012.
Efter nio månaders inkommunicerande internering flyttades han till Adrafängelset i Damaskus, där hans familj tilläts besöka honom.
Men han flyttades från fängelset till en okänd destination i oktober 2015, och anhängare hade fram tills nu visat hopp om att han skulle vara vid liv.
Strax efter hans försvinnande i 2015, hans fru Noura Ghazi Safadi sade hon inte visste om han var levande eller död.
Men hon sade att hon hade blivit kontaktad av självdeklarerade syriska regeringsinsiders som berättade för henne att han hade dömts till döden.
Bassel Khartabil, en syrisk-palestinier, utsågs 2012 till Top Global Thinker av Foreign Policy magazine och fick utmärkelsen Digital Freedom Award av Index on Censorship 2013.
Under 2013 beskrevs han av två europeiska parlamentariker som "krediterad med att öppna internet i Syrien - ett land med ett ökänt rekord av onlinecensur - och omfattande utöka onlinetillgång och kunskap till det syriska folket".
Noura Ghazi Safadi beskrev sin man som "otroligt romantisk" i en intervju 2015 med Electronic Intifada news website, och tillade att han "inte var en typisk internetnörd".
"Han brukade ge mig en röd ros varje dag sedan vi blev älskare till hans fängelsedag", sade hon.
Khartabil, en webbutvecklare med öppen källkod, hade medgrundat #NewPalmyra-projektet, som skapar digitala rekonstruktioner av den gamla syriska staden.
Wikipedia grundaren Jimmy Wales sade på Twitter att han var "försagd och upprörd i lika hög grad" för att lära sig om avrättningen.
En syrisk frihetsaktivist avrättades strax efter att han försvann från fängelset i slutet av 2015, hans fru och supportrar säger att de har lärt sig.