UK universitet gör också mycket lägre tabeller, med 18 i topp 100 och 10 från London ensam i topp 400.
John O'Leary, en del av styrelsen som sammanställt den senaste rankingen och redaktören för Times Good University Guide, säger att en större betoning på forskning har bidragit till att göra världsslagare av en handfull brittiska universitet.
O'Leary sade till BBC News: " De brittiska universiteten förbättrar effektiviteten i sin forskning. Alla utom tre av Storbritanniens främsta universitet uppnådde högre citeringstal än förra året, även om de fortfarande följer de stora amerikanska institutionerna som Harvard, Stanford och Massachusetts Institute of Technology.
"Det finns nu tre uppsättningar av internationella rankningar för universitet - alla använder citeringar bland sina viktigaste åtgärder. Ledande universitet blir alltmer medvetna om sin internationella position och akademiker vill alltid producera forskning som citeras av andra. Amerikanska akademiker brukar citera andra amerikaner, vilket ger dem en fördel.
"Att öka antalet akademiska citeringar är ett av de sätt som brittiska universitet har förbättrat i år, men de gör också mycket bra i de flesta av de andra åtgärderna, inklusive deras rykte bland andra akademiker.
"Storbritannien universitet har verkligen ett mycket högt rykte över hela världen."
Cambridge University, nu på andra plats, var topp på hela tabellen under de två föregående åren. University College London (UCL) steg från sjunde till fjärde plats under det senaste året.
Prof Malcolm Grant, chef för UCL, sa att rangordningen skulle hjälpa till att bekräfta Londons position som en global ledare i något annat än banker.
"Högre utbildning, vetenskap, forskning, teknik och hälsa är alla anmärkningsvärda styrkor i London, lika starka som finansiella tjänster", sade han.
"Det som är anmärkningsvärt för London är att vara den enda staden i världen med två topp 10 universitet.
O'Leary sade särskilt att UCL hade gjort mycket bättre ifrån sig än tidigare år när det gäller antalet gånger dess forskning har citerats i akademiska tidskrifter.
Han sade att UCL: s ökande fokus på forskning följde en massiv ökning av antalet doktorander vid universitetet under de senaste åren.
År 1995-6 fanns det 4270 doktorander vid UCL. År 2011-12 att antalet hade vuxit till 11.000, ett drag Mr O'Leary sade skulle ha fört in fler internationella studenter och ökade både universitetets inkomster och effektiviteten i sin forskning.
O'Leary sade att undervisning på engelska också gav brittiska universitet en stor fördel, särskilt när det gäller att locka internationella studenter. Han tillade: "Per dollar, Storbritannien har för någon gång haft det mest produktiva universitetssystemet i världen."
Doktor Wendy Piatt, generaldirektör för Russell Group of research universities, sade: " Det är viktigt att vårda ledande forskningsuniversitet inom ett verkligt varierat utbildningssystem där en rad institutioner med olika uppdrag och starka sidor främjas.
– Landet behöver inte - och har absolut inte råd - alla universitet för att vara forskningsintensiva.
"I dessa svåra ekonomiska tider har våra institutioner arbetat hårt med varje pund. Mot oddsen, med 1 procent av världens befolkning, kommer 14 procent av världens mest citerade artiklar från brittisk forskning.
– Vi kan stärka denna effekt genom att prioritera forskningsfinansiering där den kommer att få störst effekt.
Förenade kungariket slår över sin vikt när det gäller det internationella ryktet för sina universitet, med fyra i topp sex av de senaste rankingen från QS.