Passagerare som har bokat flyg på rutten tas för närvarande med buss till Edinburghs flygplats.
Flygbolaget sade att beslutet berodde på en "pågående översyn" av dess verksamhet på Dundee flygplats.
Tjänsten, Dundee Airports första icke-befraktade internationella rutt, lanserades i maj.
Den har omdirigerats via Edinburgh sedan den 10 november.
Dundee West MP Chris Law sade vid den tidpunkten att han var optimistisk om att omdirigering flygningarna var en kortsiktig fråga.
En talesman för FlyBe sade: " På grund av den pågående översynen av Flybes verksamhet på Dundee flygplats kommer flygningarna till Amsterdam Schiphols flygplats att fortsätta att bedrivas via Edinburghs flygplats tills vidare.
"Passagerare kontaktas och informeras om de arrangemang som införts för att underlätta deras överföring mellan de två flygplatserna.
"Flyg uppriktigt be kunderna om ursäkt för eventuella olägenheter till följd av denna störning.
"Lufttrafikföretaget fortsätter att arbeta med Dundee flygplats för att lösa detta så snabbt som möjligt."
Rutten är FlyBe fjärde under den brittiska regeringens 7 miljoner svenska kronor regionala luftkonnektivitet fond.
Flygbolaget meddelade tidigare att trafiken skulle starta på lördagar från november på grund av folklig efterfrågan.
FlyBes nya dagliga Dundee till Amsterdam har omdirigerats "tills vidare", flygbolaget har bekräftat.