Sarah Pond sa att en medlem av personalen i Staffordshires temapark sa: "Du måste kliva av, du har en hand."
"Aldrig i mitt liv har jag blivit tilltalad så här", sa miss Pond. "Jag blev inte erbjuden en anledning till varför när jag förklarade att jag har varit på den här åkturen ungefär 10 gånger."
Alton Towers sa att det hade bett miss Pond om ursäkt. Han fick inte åka berg-och dalbana av säkerhetsskäl.
Mer om denna berättelse och uppdateringar från Stoke & Staffordshire
"Vi är i kontakt med henne direkt och kommer att sträva efter att nå en lösning," temaparken sade i ett uttalande.
Miss Pond blev utestängd från Smiler- berg-och-dalbanan, där flera personer skadades allvarligt förra året.
I ett Facebook-inlägg sa ms Pond, 33, från Shrewsbury, att hon hade blivit "förbluffad" för att se en tjej med armen i ett gipsgjutet som tilläts på resan.
Hon skrev: " Jag läste reglerna för färden. Du måste kunna gå 25m utan hjälp. Och klättra upp för en stege. Jag kan försäkra er att det inte är något fel på mina ben!"
Hon tillade: " Jag är fortfarande arg och upprörd. Aldrig under mina 33 år i livet har jag blivit behandlad med sådan diskriminering över att ha fötts utan min hand.
"Jag är inte registrerad handikappad eftersom jag är för kraftfull och därför inte kan kräva några förmåner."
En talesman för temaparken sade: " Vid ankomsten till ridingången rådde vår personal till att hon av säkerhetsskäl inte skulle vara berättigad att rida på Smiler.
"Vi strävar efter att se till att funktionshindrade gäster behandlas med respekt och på ett sätt som är lämpligt för deras behov, samtidigt som vi upprätthåller jämlikhet för alla våra besökare."
Miss Pond sa att det hade avskräckt henne från att åka till Alton Towers igen och bestred påståendet hon fick höra vid infarten att hon inte kunde åka berg-och dalbana.
Alton Towers ägare, Merlin Attractions, står inför en stor böter till följd av Smilerkraschen i juni förra året.
Förra månaden erkände Merlin ett brott mot hälsa och säkerhet, vilket resulterade i att två kvinnor fick ben amputationer.
En enhänt kvinna som utestängdes från en berg-och-dalbana i Alton Towers har anklagat platsen för diskriminering.