En KPMG-rapport, som läcktes till Northern Echo, avslöjade siffrorna inklusive £ 7500.000 osålda varor.
Välkommen till Yorkshires Sir Gary Verity sa att underskottet uppvägdes av "102 miljoner punds ekonomiska nytta" för regionen.
Han sade att han betraktade förlusten som en "investering" i Yorkshires ekonomi.
Efter att London avböjt chansen att vara värd för 2017 händelsen, tillade Mr Verity att han skulle "älska" loppet att återvända till länet till 2020.
Det var för tidigt för Yorkshire att bjuda för 2017 Grand Depart, sade Sir Gary, men han var "mycket upphetsad" av utsikten att det kommer tillbaka snart.
"Tour de France, i sin 112-åriga historia, har aldrig gått tillbaka någonstans så snabbt som det", sade han.
"De återvänder till platser men normalt är det sex, sju, åtta, nio eller tio år... så tre år skulle vara alldeles för snabbt."
Välkommen till Yorkshire sa att det var tillbaka på rätt spår för att leverera ett "moget överskott" efter rapporten från bokföringsbyrån i november förra året avslöjade förlusterna.
Verity sade: "Vi hade en förlust som vi gjorde på det som vi betraktar som en investering till större nytta för Yorkshires ekonomi, det är vårt jobb."
Han tillade: "Det var en multimiljon-pound investering och vi tror att hämnden från det för den vidare nyttan över Yorkshire kommer att fortsätta, inte bara från förra sommaren till denna sommar, men under många år framöver."
Turistchefen som hjälpte till att föra Tour de France till Yorkshire har försvarat den förlust på 1 miljon pund som hans organisation ådragit sig av att vara värd för evenemanget.