I en intervju med BBC, Facebook grundare sade att falska nyheter, polariserade vyer och "filterbubblor" var skadligt "gemensam förståelse".
Han sade att människor hade lämnats bakom sig av den globala tillväxten, vilket gav upphov till krav på att "dra sig tillbaka" från den "anslutna världen".
I en uppmaning till handling sade han att människor inte får "sitta och vara upprörda", utan agera för att bygga "social infrastruktur".
"När jag började Facebook, uppdraget att ansluta världen var inte kontroversiell," sade han till mig.
"Det var som om det var ett standard antagande som människor hade; varje år blev världen mer ansluten och det verkar som riktningen saker var på väg in.
"Nu börjar visionen bli mer kontroversiell."
Han berättade för BBC: "Det finns människor runt om i världen som känner sig efter av globaliseringen och de snabba förändringar som har hänt, och det finns rörelser som ett resultat av att dra sig ur en del av denna globala förbindelse."
Zuckerbergs intervju kommer vid sidan av publiceringen av ett 5 500-ordsbrev som han har skrivit om framtiden för Facebook och den globala ekonomin.
I den citerar Zuckerberg Abraham Lincoln som talade om att agera "i konsert", och talar om "andliga behov", samhällsengagemang och säger att många människor har "förlorat hoppet för framtiden".
"Under ett par decennier, kan vara längre, människor har verkligen sålt denna idé att när världen kommer tillsammans allt kommer att bli bättre," sade han.
Ahmed: Zuckerberg lägger fram sin vision
Zuckerbergs manifest på Facebook och framtiden
Läs höjdpunkter från intervjun med Facebooks grundare
Facebook AI "kommer att identifiera terrorister"
"Jag tror att verkligheten är att det på lång sikt kommer att vara sant, och det finns delar av infrastruktur som vi kan bygga för att se till att ett globalt samhälle fungerar för alla.
"Men jag tror att det finns vissa sätt på vilka denna globaliseringsidé inte tog hänsyn till några av de utmaningar som den skulle skapa för människor, och nu tror jag att en del av det du ser är en reaktion på det.
"Om människor ställer frågan, är riktningen för mänskligheten att komma tillsammans mer eller inte? Jag tror att det svaret är klart ja.
"Men vi måste se till att det globala samhället fungerar för alla. Det kommer inte bara att ske automatiskt.
"Alla dessa olika typer av institutioner, vare sig de är regeringar, ideella organisationer eller företag, måste göra sin del i att bygga denna infrastruktur för att ge människor makt så att det skapar möjligheter för alla, inte bara vissa människor.
"Om du är upprörd över riktningen saker går i, Jag hoppas att du inte bara sitta runt och vara upprörd, men du känner brådskande om att bygga den långsiktiga infrastruktur som behöver byggas," Mr Zuckerberg sade.
Jag frågade honom om han kände att president Trump höll med om sin åsikt att "föra människor tillsammans" och "ansluta världen" skulle leda till större framsteg.
José María Zuckerberg deltog inte i rundabordssamtalen med teknikledare under ledning av den nye presidenten.
"Jag tror inte att jag kommer att tala direkt till det", svarade han noggrant. "Du kan prata med honom, du kan titta på vad han har sagt för att få en känsla av det.
"Det jag kommer att säga är att många människor kommer att titta på detta genom linsen av en eller två händelser, och jag tror verkligen att detta är en bredare trend.
"Jag har talat om detta länge, sedan före de senaste valen både i Europa och Asien och i USA.
"Många av dagens största möjligheter kommer från att föra människor samman – oavsett om det handlar om att sprida välstånd eller frihet, att accelerera vetenskapen eller att främja fred och förståelse."
José María Zuckerberg sade: " Många utmaningar som vi står inför i dag är också helt globala - att bekämpa klimatförändringarna eller få slut på terrorismen, eller att få slut på pandemier, eller när ett inbördeskrig i ett land leder till en flyktingkris över olika kontinenter.
"Dessa är till sin natur globala saker och kräver en annan nivå av infrastruktur än vi har haft historiskt."
Vill du träffa president Trump? frågade jag.
"Jag skulle vilja att det inte stod i fokus för detta. Jag har inte så mycket att säga om det. Det minskar något i fokus för det vi försöker göra här."
Det har spekulerats om att Zuckerberg skulle kunna tänka sig en politisk karriär, och till och med förslag som han kommer att ställa upp i för USA:s president 2020 - rykten som han helt och hållet har förnekat.
Jag sa att den politiska tonen i manifestet inte skulle göra mycket för att dämpa spekulationer om var han ser sig själv på längre sikt.
Kan han tänka sig att gå in i politiken? "Jag gör inte det nu, det är inte planen", sade han. "Det jag verkligen bryr mig om är att koppla samman världen."
Facebook har attackerats för att inte göra tillräckligt för att ta itu med "falska nyheter" - osanna historier som hävdade, till exempel, att påven stödde Mr Trump - som har framträtt framträdande på sina nyhetsflöden.
I Tyskland har det förekommit kontroverser efter att en grön parlamentsledamot citerades i ett Facebook-inlägg som försvarar en asylsökande från Afghanistan som hade våldtagit och mördat en tysk student.
Parlamentsledamoten Renate Kuenast hade aldrig sagt vad som tillskrevs henne av en högerextremistisk organisation.
Ursula Kuenast sade att hon hade svårt att acceptera att "Zuckerberg tjänar miljarder, visar upp sig med alla sina välgörenhetsdonationer och samtidigt låter Facebook bli ett verktyg för extremister".
Zuckerberg sade att han förstod vikten av att ta itu med falska nyheter.
"Det är mycket viktigt att informationen är korrekt", sade han i 5 500-ordsbrevet, som publicerades på torsdag. "Vi vet att det finns felaktig information och till och med direkt bluffinnehåll på Facebook.
"Vi har gjort framsteg när det gäller att bekämpa skräppost, men vi har mer att göra.
"Vi går försiktigt framåt eftersom det inte alltid finns en tydlig linje mellan bluffar, satirer och åsikter."
Men Zuckerberg tillade: "I ett fritt samhälle är det viktigt att människor har makten att dela med sig av sin åsikt, även om andra tycker att de har fel.
"Vår strategi kommer att fokusera mindre på att förbjuda felaktig information, och mer på att ta fram ytterligare perspektiv och information, inklusive att faktakontroller ifrågasätter ett objekts riktighet."
Han berättade för mig att "polarisering och sensationalism" också undergrävde "gemensam förståelse".
Och han medgav att sociala medier - som handlar med korta, ofta aggressiva budskap - hade varit en del av problemet.
"På vissa platser [det] skulle kunna över förenkla viktiga och komplexa ämnen och kan driva oss att ha över förenklade åsikter om dem", sade Zuckerberg.
"Och jag tror att det är vårt ansvar att förstärka de goda effekterna och mildra de negativa så att vi kan skapa en gemenskap som har en gemensam förståelse
– Det finns en hel del forskning som visar att vi har den bästa diskursen när vi kopplar samman människor som helhet snarare än bara åsikter.
"Om jag får lära känna er om de värderingar som vi har gemensamt eller till och med de intressen som vi delar är det mycket lättare att ha en debatt om något som vi inte håller med om produktivt än om vi bara träffas och går rakt på sak utan att förstå vår gemensamma mänsklighet."
Vissa kanske hävdar att det finns en fråga om legitimitet här, att ingen röstade på Mark Zuckerberg och ifrågasätter hans rätt att skissera - och försöka verkställa - en vision av världen.
Och hur förhåller det sig med dessa kontroverser om skatter som betalats, eller privatlivet, eller stora vinster i en tid när ojämlikhet är lika mycket en faktor bakom den nuvarande dunkla synen på många i det politiska och affärsmässiga etablissemanget som alla upplevda misslyckanden i globaliseringen.
"Det finns en hel del områden som jag vet att vi behöver förbättra och jag uppskattar kritiken och återkopplingen och hoppas att vi kan fortsätta att göra bättre på dem," Mr Zuckerberg sade, påpekar att han donerar 99% av sina Facebook-aktier - värt $ 36 miljarder till välgörenhetsstiftelsen han driver med sin fru, Priscilla Chan.
"Att vara en god företagsmedborgare är verkligen viktigt", sade han. "Vi är verksamma i många olika länder runt om i världen.
"Vi behöver hjälpa till att bygga dessa samhällen och det är vad jag försöker göra i min personliga filantropi - att vara ett exempel förhoppningsvis för andra entreprenörer som kommer att bygga saker i framtiden för hur du ska ge tillbaka till samhället och till världen.
"Jag bryr mig djupt om allt detta, och det är ett pågående arbete."
Mark Zuckerberg har avslöjat djup oro över att tidvattnet vänder sig mot globaliseringen.