Iftikhar Ahmed, 52, bröt samman vid Chester Crown Court när han vägrade döda sin dotter, eller hade något att göra med hennes mord.
Hans fru Farzana Ahmed, 49, förnekar också mordet på 17-åringen 2003.
I måndags fick juryn veta att Mrs Ahmed hade ändrat sitt konto och påstod att hon såg sin man slå Shafilea på natten för det påstådda mordet.
Hon påstod också att han hade hotat att göra samma sak med henne och deras andra barn om hon någonsin frågade honom vad som hände Shafilea efter att hon försvann från deras Warrington hem.
Frågad av Tom Bayliss QC, försvarare, hur han kände för sin fru, sa Ahmed: "Jag älskar henne att bitas."
Han sa att det inte hade förändrats, inte ens efter att hon ändrat sin historia.
Av Nick RavenscroftBBC North of England reporter
I flera veckor har Iftikhar Ahmed suttit i hamnen medan juryn har hört anklagelserna mot honom - bland annat av ett av hans egna barn - plockas över.
Idag var hans chans att ställa sig upp och framföra sitt fall. Att säga mer än det två ordet "icke skyldig" vädjan som han erbjöd domstolen i början av rättegången.
Han talade med en tyst röst. Främst stadig men ibland ansträngd av känslor - mest särskilt när hans advokat frågade honom om effekten på hans familj av hans dotter Shafilea försvinnande.
"Familjen var förkrossad", sa han.
Att sitta tio meter bort och lyssna är hans fru med 25 år. Fram till denna vecka har de talat som en - att de båda inte visste något om Shafileas död.
Den här veckan slutade det när Farzana Ahmed ändrade sina bevis.
Som svar på en fråga om han någonsin skulle skada sin dotter sade Ahmed nej.
Han tillfrågades sedan om han var ansvarig för Shafileas död. Återigen svarade Ahmed "nej".
Han tillade sedan: "Vi var förkrossade över att få reda på att hon hade lämnat hemmet från början."
När han tillfrågades om hur han kände när hans dotters kropp hittades, kämpade Ahmed för att svara, innan han tillade i en ansträngd röst: "Vi kunde inte tro det när vi hörde."
Upptakten till rättegången, sade Ahmed, hade fått dem att "komma närmare" som en familj.
"Vi har kämpat för att uppnå rättvisa för vår dotter Shafilea", tillade han.
Bayliss frågade Ahmed om han trodde att han någonsin skulle få veta vad som hände med Shafilea.
Ahmed svarade: "Vi hoppades det, men jag tror inte att vi någonsin kommer att göra det."
Ahmed beskrev sedan Shafilea för juryn och kallade henne "talent och atletisk".
Han tillade: "Utbildningsmässigt var hon helt lysande - hennes bästa ämne var konst, hon gillade att göra mosaik.
"Hon var en karaktär i sig själv. Mycket bubblande, mycket pratsam, allt ett barn ska vara."
Ahmed berättade för domstolen att han "helt och hållet höll med" om sin dotters ambition att bli advokat.
Han sade att det var på grund av hennes studier som han hade vägrat att diskutera ett äktenskapsförslag för Shafilea gjort av en "avstående farbror" för sin sons räkning.
Han tillade att han inte visste var 17-åringen hade fått intrycket att hon skulle gifta bort sig från.
Bayliss frågade honom också om hans åsikt om Shafilea's sociala liv och i synnerhet om hennes vänskap med pojkar.
Ahmed sade att om han hade vetat att hon hade en vänskap med en pojke, "det skulle inte vara något problem".
"Om vi vet vem hon går med och sedan vi får veta om vem han är och om hon gillar personen, då är det bra. Det är hennes liv, sa han.
När Mr Bayliss frågade hur dödsfallet och anklagelserna hade påverkat familjen och hans förhållande till sin fru svarade Ahmed: "Som ett par är det förödande, inte något vi förväntade oss."
Shafilea försvann i september 2003 och hennes kropp hittades på stranden av floden Kent i Cumbria följande februari.
Åklagaren hävdar att hon dödades av sina föräldrar därför att hon drog skam över familjen genom sin önskan att leda en västerländsk livsstil.
Fallet fortsätter.
Pappan till Shafilea Ahmed har sagt till en domstol att han inte var ansvarig för hennes död.