Abdel Fattah hade dömts till 15 års fängelse för brott mot en strikt antiprotestlag. Han står för närvarande inför en ny rättegång i målet.
Abdel Fattah blev berömd under upproret 2011 mot den dåvarande presidenten, Hosni Mubarak.
Gripandet av honom hade ökat rädslan för ett ingripande mot oliktänkande i Egypten.
Korrespondenterna säger att 15-årsdomen var en av de hårdaste som någonsin tilldelats en icke-islamistisk aktivist i landet.
Mr Abdel Fattah hade anklagats för att ha överfallit en polis vid en olaglig protest. Han dömdes i juni, tillsammans med 24 andra, men tilläts inte vara i domstol för domen.
Samma domare ledde hans nya rättegång och uppmanade Abdel Fattah att klaga över att han inte hade något förtroende för dem.
En advokat för Abdel Fattah, Mohammed Abdel-Aziz, sade i måndags att domaren som leder den nya rättegången hade avgått på begäran av försvarsgruppen.
Han sade att domaren också hade beordrat en utredning av åklagarens användning av Abdul Fattahs personliga videor, "som kränkte den anklagades privatliv".
Vid en tidigare utfrågning hade åklagaren visat videor med familjefester som inte hade någon koppling till målet, berättade Abdel-Aziz för AFP:s nyhetsbyrå.
Rättegången återupptas när en ny domare tilldelas målet.
Mr Abdel Fattah förväntas lämna fängelset på tisdag. Tillsammans med två andra aktivister, vars frigivning också beordrades av domstolen, måste han betala 5.000 egyptiska pund som borgen.
Mr Abdel Fattah kommer från en framstående familj av egyptiska aktivister. Hans syster, Sanaa Seif, är också häktad för brott mot protestlagen.
Hans far, Ahmed Seif al-Islam, var en ledande människorättsadvokat och kampanjledare som dog sent förra månaden.
Hundratals människor har dödats i gatukrocker sedan militären kastade ut president Mohammed Morsi förra året.
Tusentals har också arresterats, de flesta islamister som stödde Morsi.
De repressiva åtgärderna har sedan dess utvidgats till att omfatta studentledare och sekulära aktivister som protesterat mot Mubarak.
Den före detta arméchefen Abdul Fattah al-Sisi tillträdde som president efter att ha vunnit 96,9 procent av rösterna i valet i maj - nästan ett år efter att han avskrev Morsi.
Valdeltagandet var dock lägre än 50 procent, eftersom Morsis muslimska brödraskap och några liberala och sekulära aktivister krävde en bojkott av undersökningen.
Även på måndagen dömde en egyptisk domstol Muslimska Brödraskapets ledare Mohammed Badie och 14 andra till livstids fängelse för mord och anstiftan till våld vid protester i närheten av Kairo förra året.
Morsis föregångare, Hosni Mubarak, avgick efter massiva protester mot regeringen 2011, efter nästan tre decennier vid makten.
En egyptisk domstol har beordrat frigivning mot borgen för en av landets mest framstående bloggare och demokratiaktivister, Alaa Abdel Fattah.