Leeds Uniteds Chris Wood gav All Whites en första hälften ledning men andra hälften mål av Benficas Raul Jimenez och Oribe Peralta förseglade seger.
Men spelet kokade över i de döende stadierna när Mexico skeppare Diego Reyes drog tillbaka Michael Boxall, som sedan lunged på Hector Herrera.
Nya Zeelands Ryan Thomas blev också inblandad och ett massbråk följde.
Domare Bakary Gassama konsulterade videoassistenten innan han utfärdade tre gula kort till Reyes, Herrera och Boxall.
Mexicos huvudtränare Juan Carlos Osorio bad om ursäkt för att han tappade humöret under matchen.
56-åringen hade ett hett gräl med en av Nya Zeelands assisterande tränare efter Mexikos Carlos Salcedo gick ner med en axelskada i första halvan.
Och den colombianska tränaren blev senare tvungen att hindras av sin egen bänk under bråket i skadetiden.
"Jag skulle vilja be våra fans om ursäkt, sättet jag talade med en av deras assisterande tränare var inte OK", sade han.
"Det finns ingen plats för respektlöshet i fotboll och jag är ledsen. Spelet var tufft, nästan våldsamt ibland, så jag tappade humöret."
Nya Zeelands huvudtränare Anthony Hudson spelade ner händelsen.
"Jag tyckte det var bisarrt verkligen, det var som om vi hade armbåge spelaren hur det var på gång," sade han.
Mexiko, som lämnade strejkaren Javier Hernandez på bänken, toppa gruppen framför Portugal på mål gjorde.
Portugal slog Ryssland 1-0 tidigare på dagen - och Mexiko behöver nu bara en dragning mot Ryssland i Kazan på lördag för att vara säker på att nå semifinalen.
Värdar Ryssland är tredje i gruppen medan Nya Zeeland förblir längst ner och är ute ur turneringen.
Matchen slutar, Mexiko 2, Nya Zeeland 1.
Andra halvlek, Mexiko 2, Nya Zeeland 1.
Foul av Raúl Jiménez (Mexiko).
Michael Boxall (Nya Zeeland) vinner en frispark i defensiva halvan.
Hörnet, Mexiko. Fångad av Stefan Marinovic.
Försöket räddades. Jürgen Damm (Mexiko) höger fotade skott från höger sida av lådan sparas i nedre högra hörnet. Hjälpt av Marco Fabián.
Michael Boxall (Nya Zeeland) visas det gula kortet.
Diego Reyes (Mexiko) visas det gula kortet för en dålig foul.
Héctor Herrera (Mexiko) visas det gula kortet.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match (Mexiko).
Foul av Diego Reyes (Mexiko).
Michael Boxall (Nya Zeeland) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök blockerat. Raúl Jiménez (Mexiko) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad. Hjälpt av Javier Aquino.
Alfredo Talavera (Mexiko) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Andrew Durante (Nya Zeeland).
Foul av Héctor Herrera (Mexiko).
Chris Wood (Nya Zeeland) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök missade. Héctor Herrera (Mexiko) vänster fotade skott från höger sida av lådan är för hög. Hjälpt av Raúl Jiménez.
Hörnet, Mexiko. Fångad av Stefan Marinovic.
Försöket räddades. Jürgen Damm (Mexiko) vänster fotade skott från vänster sida av lådan sparas i nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Raúl Jiménez.
Ryan Thomas (Nya Zeeland) träffar baren med en höger fotad skott från vänster sida av lådan. Hjälpt av Michael Boxall.
Rafael Márquez (Mexiko) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Chris Wood (Nya Zeeland).
Substitution, Nya Zeeland. Monty Patterson ersätter Dane Ingham.
Foul av Rafael Márquez (Mexiko).
Dane Ingham (Nya Zeeland) vinner en frispark i defensiva halvan.
Hörnet, Mexiko. Förföljd av Deklan Wynne.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match Marco Fabián (Mexiko) på grund av en skada.
Jürgen Damm (Mexiko) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Deklan Wynne (Nya Zeeland).
Försök missade. Jürgen Damm (Mexiko) vänster fotade skott från mitten av lådan är för hög. Hjälpt av Oribe Peralta efter en snabb paus.
Oribe Peralta (Mexiko) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Andrew Durante (Nya Zeeland).
Försöket räddades. Tommy Smith (Nya Zeeland) header från mycket nära räckvidd sparas i nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Bill Poni Tuiloma.
Substitution, Nya Zeeland. Kosta Barbarouses ersätter Marco Rojas.
Mål!  Mexiko 2, Nya Zeeland 1. Oribe Peralta (Mexiko) vänster fotade skott från mitten av lådan till övre vänstra hörnet. Hjälpt av Javier Aquino.
Hörnet, Mexiko. Förföljd av Michael Boxall.
Hörnet, Mexiko. Förföljd av Deklan Wynne.
Mexiko kom bakifrån för att slå Nya Zeeland och flyttade toppen av gruppen mitt i fula scener vid Confederations Cup.