De dödas kroppar återvände till Manila på torsdag. De hedrades i fredags i en ceremoni ledd av president Benigno Aquino.
Våldet ägde rum i den södra provinsen Maguindanao på söndagen.
Polisen söker två terrormisstänkta gick in i en by som hölls av Moro Islamic Liberation Front (MILF).
MILF undertecknade ett fredsavtal med regeringen förra året för att avsluta år av strider.
Men rebellerna säger att polisen inte hade kontakt med dem om den operation som krävdes enligt avtalet, vilket ledde till den oavsiktliga sammandrabbningen.
I fredags hissas flaggor vid statliga kontor och militära installationer på halvmast för att hedra dem som dog.
Vid minnesgudstjänsten i ett polisläger i Manilas förorter hyllade Aquino de fallna officerarna genom att frambära en bön vid var och en av deras kistor.
Han gav också var och en av deras familjer en tapperhetsmedalj, den högsta militära utmärkelsen som de väpnade styrkorna gav.
"Jag lovar att ställa rättvisa till förfogande för alla som dödades", sade Aquino, som mötte kritik för att inte vara närvarande när officerarnas kroppar kom till huvudstaden
Han lovade sörjande släktingar att regeringsstyrkor skulle göra det till högsta prioritet att fånga misstänkta bombexpert Abdul Basit Usman.
Usman, som är kopplad till en MILF-splittergrupp som avvisar fredsavtalet, är en av två misstänkta som kommandosoldaterna var ute efter under operationen.
Den andra var Zulkifli bin Hir, känd som Marwan, som är en ledande figur av islamist militant grupp Jemaah Islamiyah (JI)
Polisen säger att Marwan dödades, men det har inte bekräftats. Båda männen har rapporterats ha dödats flera gånger.
.......................................
På onsdag, i ett tv-tal till nationen, sade Aquino att fredsavtalet med MILF inte får kollapsa.
"Om fredsprocessen spårade ur, hur många fler gravar skulle vi behöva gräva", sade han.
Rebellerna har gått med på att avsluta sin kamp i utbyte mot upprättandet av en autonom muslimsk region.
Tusentals människor har dödats under fyra decennier av separatistiska strider i södra delen av landet.
Filippinerna håller en dag av sorg för 44 polis kommandosoldater dödade i en sammandrabbning med muslimska rebeller.