Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Den 42-årige, som passerade Cape Horns märke på juldagen efter 48 dagar till sjöss, ligger bakom endast rasledaren Armel Le Cleac'h.
Den walesare siktar på att bli den första Briton att vinna loppet.
Thomson hade lett för majoriteten av loppet men blev omkörd av Le Cleac'h när han fick en skadad folie.
Ledarna är nu på god väg upp i Sydatlanten och efter avrundningen av Kap Horn börjar skepparna sin resa norrut tillbaka över Atlanten mot målhamnen i Les Sables-d'Olonne.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Thomson återfick ledningen i världsloppet norr om Kerguelenöarna i Indiska oceanen den 30 november, men har sedan dess förlorat mark.
Han slog två rasrekord innan han blev överkörd, när han nådde Godahoppsudden på rekordtid.
Vendee Globe äger rum vart fjärde år. Sedan det första loppet 1989 har endast 71 av 138 förrätter avslutat resan, som är känd för att vara en av de mest krävande sportutmaningarna i världen.
Ta reda på hur du kommer in i segling med vår speciella guide.
Alex Thomson försöker störta ett underskott på cirka 140 miles i Vendee Globe Trophy, med ledarna nu förbi halvvägs av loppet.