Öarna, som ligger utanför Cornwalls kust, inledde projektet för två år sedan för att skydda ägg och fågelungar från att bli uppätna av bruna råttor.
Antalet manxsaxvatten och stormpetter hade minskat med 25% på St Agnes och Gugh på 25 år.
Men kolonierna håller på att återhämta sig tack vare åtgärderna för att utrota råttor.
Gift som placerats i ett jordbruksrör placerades på 1000 platser på öarna för att döda skadedjuret.
Enligt internationella protokoll kunde öarna inte förklaras officiellt råttfria på två år efter det att det sista tecknet på råtta upptäcktes - vilket gjorde dem officiellt fria från gnagaren den 13 februari.
Jaclyn Pearson, från RSPB Isles of Scilly Seabird recovery-projektet, sade att sjöfågelpopulationen redan börjat återhämta sig.
"Rakt bort såg vi resultat", sade hon.
– Betningen gjordes vintern 2013, och i september 2014 hade vi 10 Manx Shearwater-kycklingar. Det är första gången i levande minne som kycklingar har överlevt och det är tydligt på grund av avlägsnandet av råttorna.
"Vi trodde inte att vi skulle ha en upptag av storm Petrels så snabbt som de inte hade bo på ön på länge, men vi spelade in fem i 2015.
"Så redan resultaten är tydliga och de börjar studsa tillbaka."
Ett frågeformulär bland invånarna visar att de är nöjda med resultaten, sade RSPB.
Projektet kostade 700 000 pund och finansierades av Lotterifonden och Europeiska unionen.
Wildlife Management International Limited (WMIL) från Nya Zeeland kontrakterades för att genomföra borttagningsfasen av råttor från november till mars på "det mest humana sättet".
Två av öarna i Scilly har förklarats "råttfria" efter en plan för att skydda sjöfåglar såg mer än 3.000 gnagare avlivas.