Söndagens ledare Faraz Shauketaly, som innehar dubbelt brittiskt och srilankiskt medborgarskap, fördes till sjukhus efter att ha skjutits i nacken.
En läkare som behandlade Shauketaly sa att journalisten nu var utom fara.
Rättighetsgrupperna säger att mer än ett dussin medieanställda har dödats i Sri Lanka under det senaste årtiondet.
Inget av morden har lösts.
BBC: s Charles Haviland i Colombo säger Mr Shauketaly var i telefon till en kollega på söndagsledaren på fredag kväll i sitt hem i Mount Lavinia när samtalet avbröts.
Kort därefter svarade han på ett samtal och sade att han hade blivit skjuten i nacken av tre inkräktare, som då hade rymt.
En grupp utländska hyresgäster i hans hus sade att han var täckt av blod och ropade på hjälp.
Shauketaly, 52 år, togs till intensiv vård, där läkarna förklarade honom utom fara och har arbetat för att ta bort en kula.
Shauketaly innehar brittiska och srilankesiska pass och den brittiska regeringen har uppmanat myndigheterna att ställa angriparna inför rätta.
Vår korrespondent säger att Shauketaly hade uttryckt farhågor för att hans utredningsrapporter skulle kunna sätta honom i fara, särskilt efter det att främlingar nyligen hade besökt hans hus och bett om att få veta var han befann sig.
För fyra år sedan sköts söndagsledarens redaktör, Lasantha Wickrematunge, ihjäl av en grupp maskerade män på motorcyklar.
Fallet, som aldrig har lösts, belyste det dystra tillståndet i pressfriheten i landet, sade analytiker.
"Det har förekommit en rad attacker i Sri Lanka mot journalister, det civila samhällets organisationer och andra under de senaste åren. Hittills har alltför många incidenter haft lite utredning och ingen resolution," Storbritanniens utrikesminister Alastair Burt sade i ett uttalande.
Söndagsledaren hade länge haft rykte om sig att vara frimodig mot regeringen.
Dess profil förändrades förra året när den köptes av en välansluten affärsman och drog tillbaka några av dess artiklar, men det gör fortfarande en avsevärd mängd undersökande rapportering.
Förra månaden placerades Sri Lanka 162 av 179 i ett pressfrihetsregister som sammanställts av reportrar utan gränser.
En reporter från en tidning i Sri Lanka har skjutits av en grupp oidentifierade män i sitt hem nära huvudstaden Colombo.