McIlroy och US Open löpare Shane Lowry valde att inte tävla om Irland på grund av rädsla för zikaviruset, som har kopplingar till defekter hos nyfödda barn.
"Synd för Rory är jag verkligen tror att han skulle ha haft nytta av att vara runt andra idrottare," McGinley sade.
Med Graeme McDowell också frånvarande, Padraig Harrington och världsnummer 291 Seamus Power kommer att representera Irland.
Tre gånger större vinnare Harrington, 44, och fru Caroline, som har två barn, planerar att titta på så många andra sporter som möjligt i Rio efter golfturneringen är över.
"Det är verkligen bra för hjärtat och själen att vara involverad med så många andra idrottare där det är det viktigaste i deras spel," sade McGinley, som kapten Europa till Ryder Cup seger över USA på Gleneagles 2014.
"Jag tror att Padraig kommer att komma tillbaka en bättre person för det och det irländska laget kommer att dra stor nytta av att ha Padraig runt.
"The Olympics kommer verkligen att stå dem i bra ställe när de kommer bort och tillbaka in i golfmiljön igen, har upplevt andra sporter och se hur andra människor närmar sig det och även studsa idéer från tränare och alla typer av experter som kommer att vara där nere.
"Att vara en del av världens största sportevenemang är en möjlighet som jag verkligen ser fram emot."
Världens fjärde McIlroy 27 har talat om sin önskan att bilda familj inom en nära framtid och sagt: " Min hälsa och min familjs hälsa kommer före allt annat.
"Även om risken för infektion från zikaviruset anses låg, är det ändå en risk och en risk jag är ovillig att ta."
Golf är tillbaka till OS efter en 112-års frånvaro men tre av världens fyra bästa spelare - Jason Day, Dustin Johnson och McIlroy - plus stora vinnare inklusive Adam Scott och Louis Oosthuizen har valt att inte spela.
Olympiska spelen äger rum den 5-21 augusti.
Vi har lanserat ett nytt BBC Sport nyhetsbrev, med alla de bästa berättelserna, funktioner och video direkt till din inkorg. Du kan anmäla dig här.
Irlands olympiska golfkapten Paul McGinley säger Rory McIlroy kunde ha lärt sig av att spela i Rio Games.