De som fick betygen A* till C på engelska steg från 68,8% till 73%, Maths steg 1,6% till 66,2% och Science från 61,5% till 64,8%.
Totalt sett ökade antalet elever som fick betygen A* till C med 1,5 % till 78 %.
Medan fler pojkar uppnådde betygen A* till C än förra året, fortsatte flickorna att överträffa dem med 7,6 %.
Av Maggie TaggartBBC News NI Utbildning Korrespondent
Nordirlands styrelser testar elever i sektioner eller moduler.
Gamla stil O nivåer och, från 1986, GCSEs erbjöds som linjära tentor, med ett enda test i slutet av två års studier.
Under 2009 introducerades modulära examensprov i GCSE i hela läroplanen.
De delar upp studieförloppet i sektioner eller "moduler" och var och en testas under de två åren.
En tidigare utbildningssekreterare för England, Michael Gove, bestämde sig för att ändra på det.
Han använde två argument: han ville minska antalet prov eleverna måste klara av och han trodde också att den linjära examen skulle vara mer "robust".
Inte alla håller med och vissa hävdar att elever faktiskt kan få bättre resultat från linjära tester.
I Nordirland beslutade utbildningsminister John O'Dowd att inte följa efter och de prov som CCEA, rådet för kursplaner, examinationer och bedömning, erbjudit har behållit möjligheten till modulära prov.
Studenternas prestationer i Nordirland inom enskilda vetenskaper var särskilt höga, sade det gemensamma rådet för kvalifikationer.
Andelen bidrag som tilldelas A* till C i biologi ligger på 93,3 % (91,2 % 2013), i kemi 93,6 % (93,4 % 2013) och i fysik 95,0 % (94,7 % 2013).
Den övergripande förbättringen kommer trots oro över ändringar i teststilen som görs av engelska examinationsnämnder.
På engelska blev Nordirland bättre, medan resultaten i Storbritannien har försämrats. De engelskbaserade styrelserna tappade "talande och lyssnande" delen av provet, men det behölls av Nordirland.
Det gemensamma rådet för kvalifikationer sade att det fanns anmärkningsvärda föreställningar i musik och moderna språk:
CCEA chef för kvalifikationer Anne Marie Duffy sade resultaten återspeglade hårt arbete av studenter och lärare.
"Utförandet i centrala ämnen i engelska och matematik kommer att ge starka grunder för inlärare när de går vidare till vidareutbildning, utbildning och sysselsättning," sade hon.
"I år har det skett en minskning på 2,8 % i Nordirland år 12 skola befolkningen, och vi har sett GCSE poster minska med 3,609.
"Tillbaka till denna bakgrund har poster i Business Studies och ICT ökat medan vetenskap och moderna språk har bevarat sin popularitet."
Karriärinformation hittar du på www.nidirect.gov.uk/resultat eller, du kan ringa 0300 200 7820.
För dig som har frågor om eventuella frågor som rör deras examensresultat, till exempel överklaganden, anmärkningar eller omplaceringar, kontakta ditt provcenter eller CCEA helpline på 028 9026 1260 eller e-post helpline@ccea.org.uk.
GCSE-elever i Nordirland har visat förbättringar inom engelska, matematik och naturvetenskap.