Costa, 28, fick höra genom sms att chefen Antonio Conte inte har honom i sina planer för nästa säsong.
Han sade: " Jag känner inte till min framtid. Jag har ett kontrakt med Chelsea och det är de som vet vad de ska göra med mig.
"Jag måste vänta tills jag får se vilket beslut min klubb fattar."
Spanien fortsätter att leda Grupp G efter segern i Skopje.
Manchester City midfielder David Silva öppnade poäng för fjärde Spanien spel i rad när han avslutade Jordi Albas nedskärning.
Costa dubblade ledningen när han knackade på Iscos kors.
Stefan Ristovski drog en tillbaka för Makedonien när han borrade förbi David de Gea men Spanien såg det.
Spanien toppa gruppen på målskillnad efter andra plats Italien slå Liechtenstein 5-0.
Endast gruppvinnarna garanteras en plats vid nästa års final i Ryssland, vilket innebär att en av de europeiska jättarna kommer att delta i spelen.
Matchen slutar, Makedonien 1, Spanien 2.
Andra halvlek, Makedonien 1, Spanien 2.
Kire Ristevski (Makedonia) visas det gula kortet för en dålig foul.
Isco (Spanien) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Kire Ristevski (Makedonien).
Substitution, Spanien. Saúl Ñíguez ersätter Andrés Iniesta.
Försök blockerat. Pedro (Spanien) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad. Hjälpt av Diego Costa.
Försök blockerat. Sergio Ramos (Spanien) huvud från mitten av rutan är blockerad. Hjälpt av Koke med ett kors.
Hörnet, Spanien. Förföljd av Vance Sikov.
Hörnet, Spanien. Förföljd av Stefan Ristovski.
Försök blockerat. Sergio Ramos (Spanien) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Vance Sikov (Makedonia) visas det gula kortet för en dålig foul.
Diego Costa (Spanien) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Vance Sikov (Makedonien).
Försöket räddades. Diego Costa (Spanien) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Substitution, Makedonien. Ivan Trickovski ersätter Daniel Mojsov.
Försök missade. Gerard Piqué (Spanien) huvudet från mitten av lådan är nära, men missar till vänster. Hjälpt av Koke med ett kors efter ett hörn.
Hörnet, Spanien. Förföljd av Vance Sikov.
Handboll av Ilija Nestorovski (Makedonien).
Eljif Elmas (Makedonien) visas det gula kortet för en dålig foul.
Koke (Spanien) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Eljif Elmas (Makedonien).
Försök blockerat. Ezgjan Alioski (Makedonien) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad.
Foul av Sergio Busquets (Spanien).
Stefan Spirovski (Makedonien) vinner en frispark i anfallshalvan.
Substitution, Makedonien. Aleksandar Trajkovski ersätter Kristijan Tosevski.
Substitution, Spanien. Koke ersätter Thiago Alcántara.
Hörnet, Spanien. Förföljd av Daniel Mojsov.
Jordi Alba (Spanien) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Jordi Alba (Spanien).
Kristijan Tosevski (Makedonien) vinner en frispark i defensiven.
Isco (Spanien) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Daniel Mojsov (Makedonien).
Substitution, Spanien. Pedro ersätter David Silva.
Foul av Andrés Iniesta (Spanien).
Eljif Elmas (Makedonien) vinner en frispark i defensiva halvan.
David Silva (Spanien) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av David Silva (Spanien).
Stefan Ristovski (Makedonien) vinner en frispark i defensiven.
Mål!  Makedonien 1, Spanien 2. Stefan Ristovski (Makedonien) höger fotade skott från höger sida av lådan till övre högra hörnet. Hjälpt av Goran Pandev.
Diego Costa sade att det är upp till Chelsea att fatta ett beslut om sin framtid efter att han gjorde i Spaniens 2-1 VM kvalvinst i Makedonien.