Henri van Breda, 21 år, anklagas också för mordförsök på sin syster som överlevde med svåra huvudskador.
Van Breda sade i ett uttalande att morden utfördes av en yxvridande inkräktare.
Inga arresteringar gjordes i detta fasansfulla fall på 18 månader tills den anklagade överlämnade sig i juni 2016.
Mr Van Bredas syster Marli förväntas vara ett nyckelvittne under rättegången i Kapstaden.
Men det finns farhågor om hur mycket hon minns om mordkvällen när hon lider av minnesförlust. Hon var 16 vid attacken.
Upptakten till rättegången har väckt internationellt intresse för berättelsen om en son född i privilegium påstås släppa lös en brutal attack på sin familj, vars förmögenhet uppskattades till $16m (Â £12.5m).
I ett uttalande som lästes upp av hans advokat sa Van Breda att han var i en toalett när han såg en man svinga en yxa hacka sin bror Rudi i sängen.
Hans far, som sedan rusade in, "försök att ta itu med angriparen" slogs också av den påstådda inkräktaren, sade han.
"Jag minns också angriparen skrattade", tillade han. Hans mor och syster blev då överfallna.
Van Breda anklagas också för att ha manipulerat en brottsplats.
En man som anklagats för att ha dödat sina föräldrar och äldre bror i en frenetisk yxaattack i Stellenbosh i Sydafrika har förklarat sig oskyldig till mord.