incidenten med tjänsten 10:13 hände nära Inverurie.
ScotRail Alliance sa att ingen skadades i kollisionen, men att skadan inkluderade en krossad vindruta och motorfel.
Tjänster mellan Aberdeen, Inverurie och Inverness påverkades fram till tidig eftermiddag.
En talesman för ScotRail Alliance sade: " På grund av att ett tåg träffar ett träd mellan Aberdeen och Inverness längs rutten störs det.
"Vi har ersättningsbussar på plats för att få våra kunder dit de behöver vara.
"Vi ber om ursäkt till alla som försenats av den här incidenten."
Järnvägstrafiken har störts efter att en Aberdeen till Inverness tåg skadades när den träffade ett fallet träd i Aberdeenshire.