Munger sade att högfrekvent handel var "den funktionella motsvarigheten till att släppa in många råttor i ett sädesmagasin".
Den centrala avhandlingen av Flash Boys, som publiceras, med ett uppdaterat sista kapitel, i paperback denna vecka, är att elektronisk handel har riggat marknaden mot vanliga investerare, särskilt i Amerika.
Datoralgoritmer gör det möjligt för högfrekvent handel (HFT) företag att "gå vidare" av institutioner som investerar för våra pensionsfonder och sparprogram.
Eftersom HFT företag utför affärer i små bråkdelar av sekunder de kan "front kör" mänskliga handlare som köper aktier och göra en liten "skim" på affären genom att driva priserna upp eller ner.
Även om varje "skim" är liten, är den övergripande effekten, enligt Lewis, att miljarder dollar går förlorade av investerare till HFT-företag som har fört in sig på marknaden.
Detta, säger Lewis, är liktydigt med att rigga marknaden. När hans ursprungliga bok kom ut förra året Entertainment Weekly sa: "Om du äger aktier måste du läsa Flash Boys - och sedan ringa din mäklare."
Jag träffade Mr Lewis igår under hans korta besök i Storbritannien från hans hem i Kalifornien. Han berättade för mig att det som hände i Amerika var ett hot mot marknaderna i Europa och Asien.
"Det sätter sig själv överallt", sade han.
"Högfrekvenshandlare betalar för en avancerad titt på [marknads]information så att de befinner sig i en orättvis situation. De känner till priserna innan de vanliga investerarna de handlar mot.
"Om du kan handla med lätt hastighet, kan du göra tusentals avslut på en sekund.
"Det är kränkande för mig att du har i huvudsak rika handlare skimrande av medelklass sparare. Att väva in denna orättvisa på finansmarknaderna, särskilt i en tid då ojämlikhet är ett problem, tycker jag verkar galet.
Lewis säger att den stora frågan är hur marknaderna för aktier och aktier samt obligationer och valutor ska struktureras så att datorer långsamt och obevekligt tar över från människohandlare.
Martin Wheatley, marknadschef för Financial Conduct Authority, har sagt att högfrekvenshandel nu står för 30 procent av verksamheten på den brittiska aktiemarknaden. I Amerika är det högre.
Lewis säger att det är oklart - åtminstone i USA - om tillsynsmyndigheterna kommer att göra något åt vad han säger är ett så stort problem.
En anledning, menar han, är den "rörande dörren" mellan Wall Street-bankerna och företag som ägnar sig åt högfrekvenshandel och tillsynsmyndigheterna själva. En "cosy club" har växt upp, säger han.
Men, även om så kan vara fallet, Mr Lewis hävdar faktiskt att historien om Flash Boys är en av hopp.
Och det beror på att huvudvittnet i sin bok, Brad Katsuyama, en handlare på Royal Bank of Canada, har inrättat ett utbyte som heter IEX som syftar till att eliminera "predatoriska möjligheter som skapas genom snabbhet".
Goldman Sachs har till exempel förbundit sig till IEX och är börsens största orderkälla.
"Det finns en väg genom marknaden [till en lösning]," Mr Lewis berättade för mig. "De viktigaste karaktärerna i Flash Boys satte inte bara ut för att avslöja problemet utan för att fixa det.
"De byggde en marknadsplats som de tycker är en rättvis marknadsplats där investerare möts på lika villkor."
Det finns naturligtvis många människor som inte håller med om Lewis tes.
De hävdar att datorbaserad handel har medfört effektivitet på marknaden och skapandet av många fler möjligheter att utföra affärer, vilket ökar "likviditeten" eller marknadens förmåga att flytta investerarnas kontanter till de företag som behöver det för att expandera.
Rebecca Healey, marknadsexperten Tabb Group, sade i en blogg i december förra året: "Lewis lyfte fram frågan om underprissättning HFT aktivitet [men] många deltagare har redan tagit itu med denna fråga och har anpassat handelsstrategier och deras användning av teknik för att engagera sig med HFT konstruktivt.
"Automation ger valmöjligheter och främjar lägre provisioner - vilket gynnar slutinvesteraren.
– Påståendena att buy-sidan har slitits av i flera år kan ha haft inflytande för tio år sedan, men jag har suttit på otaliga möten med buy-side-företag och säljare - alla arbetar tillsammans för att förbättra marknadsplatsen.
"Här i Europa, om du inte försöker lösa problemet, är du en del av problemet."
Lewis är inte övertygad om att perversa incitament för att göra ännu större vinster innebär att kulturförändringar i finansiella tjänster är glaciala, om de alls sker.
"När incitamenten är skruvas upp beteendet är skruvas upp", sade han. "Och det skapar en kultur där skruvat beteende är normalt, det är till och med berömt eftersom det ökar vinsten.
"Om du inte ändrar incitamenten, kommer du inte att ändra något annat."
Michael Lewis citerar Charlie Munger, Warren Buffetts högra hand.