Bilden, en parodi av den holländska målaren Johannes Vermeer's Girl med ett pärlörhänge, hittades på Hannover Place nära stadens hamn.
Flickan med Pierced Eardrum har en alarmlåda som modellens örhänge.
På tisdagen hittades verket med mörk färg kastad över botten av kvinnans ansikte.
Banksys sista verk i staden var Mobile Lovers, som dök upp i en dörröppning på Clement Street i april.
En rad bröt ut över vem som ägde den, med Bristol City Council argumenterade arbetet var på dess mark.
Men Banksy skrev till Broad Plain Boys' Club och sa att det var deras och klubben sålde det till en privat samlare för 403 000 pund.
Men den anonyma graffitikonstnärens nya väggmålning är inte den första som vandaliserats i sin hemstad.
2009 kastades röd färg över Mild Mild West på Stokes Croft och man uppmanade till att biten - en av Banksys mest kända - skulle skyddas med ett tydligt plastöverdrag.
Och månader senare skadades hängmannen, längst ner på Park Street, med blå färg. Båda delarna återställdes framgångsrikt.
Men ett verk som inte kunde räddas målades nära Bristols kungliga sjukstuga.
Bilden med en krypskytt som skulle bli överraskad av att en pojke sprängde en papperspåse, målades över efter att svart färg förstört bilden.
En ny väggmålning av gatukonstnären Banksy i Bristol har vandaliserats mindre än 24 timmar efter att verket dök upp.