Naturresurs Wales (NRW) - som invänder mot projektet på 1,1 miljarder pund - sade att man hade tagit hänsyn till klimatförändringarnas sannolika effekter.
NRW lade fram bevis vid en offentlig undersökning av planerna i Newport.
Advokater för den walesiska regeringen sade att det var "oförståeligt" sjöförsvar skulle inte upprätthållas.
Den föreslagna vägen för hjälpvägen skulle korsa områden med flodslätt i Severn Estuary på en höjd vall.
Gary Purnell, teknisk specialist på NRW:s grupp för översvämningsrisker, berättade för utredningen att förslag till hantering av tidvattenrisker inte hade garanterats under projektets livstid.
Han sade att ett antagande om att försvaret skulle upprätthållas inte var tillfredsställande.
Det föreslagna M4-systemet skulle öka risken för tidvattenöversvämningar för fastigheter söder om den nya motorvägen, samtidigt som det skulle gynna fastigheter i norr, hävdade han.
Skulle havsskydden inte förbättras under hela systemets livstid fanns det en "allvarlig risk för översvämningar i området" mot bakgrund av klimatförändringarna.
Han tillade att åtaganden om översvämningsskydd hade gjorts när det gäller HS2-projektet och Themse Tideway-tunneln.
Men Morag Ellis QC, som företräder den walesiska regeringen, sade att NRW skulle fråga om finansiering skulle vara tillgänglig var att "underskatta den allvarliga risk" som klimatförändringarna utgör i framtiden.
Det var regeringens ståndpunkt att det var "oförståeligt" att åtgärder inte skulle införas, annars skulle stora områden i Newport och Cardiff samt viktig väginfrastruktur, kraftledningar och industri hotas, sade hon.
Hon tillade att det inte var upp till NRW att ifrågasätta regeringens politik eller fördelningen av medel och att båda dessa frågor låg utanför utredningens räckvidd.
NRW:s bevis kommer att fortsätta med invändningar som kommer att diskuteras kring vägens inverkan på platser av särskilt vetenskapligt intresse och skyddade arter som sovsal.
Undersökningen fick höra att ett antal andra invändningar hade tagits bort efter veckor av dialog och arbete för att ta itu med frågor mellan tjänstemän från den walesiska regeringen och NRW.
Ett långsiktigt åtagande att finansiera översvämningsskydd längs vägen för M4-hjälpen behövs innan systemet går vidare, har det hävdats.