Bite The Ballot och Hope inte Hate syftar till att registrera 500.000 ungdomar att rösta inom den 7 juni anmälningsfristen.
De säger att intresset för opinionsundersökningen den 23 juni är högt även om kampanjen uppfattas som dominerad av "gamla män som skriker åt varandra".
Det är dubbelt så troligt att ungdomar inte blir registrerade som allmänheten i stort.
Om fem veckor kommer Förenade kungariket att besluta om det ska förbli medlem i Europeiska unionen eller inte, med brittiska medborgare som är 18 år och äldre och angivna andra som har rätt att rösta. Det blir den första offentliga omröstningen om landets framtid i Europa i mer än 50 år.
Bland oron för ungdomsdeltagandet ökar ansträngningarna för att uppmuntra ungdomar att delta i omröstningen i tid. De som registrerade sig inför de lokala och nationella valen den 5 maj behöver inte omregistrera sig.
Kampanjen #TurnUp, som startar den 31 maj, fokuserar på att få unga väljare att uppmuntra sina vänner och kollegor att anmäla sig till evenemang på universitet, ungdomsklubbar, arbetsplatser och kaféer.
En undersökning av 1300 18-30-åringar som genomförts av YouGov tyder på att 51 % är nära att följa folkomröstningen, 39 % är inte det medan 10 % undviker täckning av den helt och hållet.
Medan majoriteten - 52 procent - av de tillfrågade sade att ekonomin var den viktigaste frågan när det gällde att bestämma hur man ska rösta, fann forskningen ett lågt förtroende hos dem som representerade båda sidor i folkomröstningsdebatten.
Endast 10 % av de betrodda politikerna ville argumentera för antingen kvarlevor eller avsked, medan siffrorna för media (13 %) och företagsledare (16 %) bara var något högre. Däremot fick lärare och akademiker ett mycket större förtroende (72 %) än andra ungdomar (50 %).
Ballotens regissör Mike Sani sade att det var viktigt att kampanjen inte bara var ett bevarande av politiker och affärsmän.
"Vi måste agera nu för att se till att de oregistrerade är bemyndigade och inspirerade att ta en roll i beslutsprocessen", sade han.
"Unga människor kommer att leva längst med resultatet och risken för att inte engagera sig i frågan är för stor för att ignorera."
Och Hope inte Hate sade att det skulle bli allvarliga konsekvenser om ungdomar stängdes ute från debatten.
"Det är viktigt att de blir registrerade men också viktigt för både kvarleva och lämna kampanjpersoner att ta itu med oron hos de unga mycket mer direkt," sade dess verkställande direktör Nick Lowles.
"Vi vet att om de inte gör det, och de ungas röster inte hörs, kan missnöje skapa alienation. Det kan i sin tur fungera som ett starkt lockbete för extremister och andra som skulle splittra samhället."
Grupperna säger att 30 procent av alla 18-24-åringar inte är registrerade att rösta för närvarande, och av dem som anmälde sig för att rösta i förra årets allmänna val blev det bara 54 procent som röstade - mycket lägre än andra åldersgrupper.
Ungdomar måste "inspireras utan att ignoreras" i EU:s folkomröstningsdebatt, sade kampanjdeltagarna när de inledde en kampanj för att öka valdeltagandet bland 18–24-åringar.