I stället kommer den att användas för att bedöma invandringens inverkan på skolorna.
Skolor i England ombads att börja samla in denna information i september, vilket ledde till farhågor om att den kan användas för att hitta olagliga invandrare.
Kampanjer har skrivit till utbildningsminister Justine Greening för att be henne yxa på datainsamlingsplanerna.
En taleskvinna vid utbildningsdepartementet sade: " Att samla in dessa uppgifter kommer att bidra till att våra barn får bästa möjliga utbildning.
"Det kommer att användas för att hjälpa oss att bättre förstå hur barn med till exempel engelska som ytterligare språk presterar i termer av deras bredare utbildning, och för att bedöma och övervaka omfattningen och inverkan invandring kan ha på skolsektorn.
"Uppgifter om elevers födelseland, nationalitet och kunskaper i engelska samlas in genom skolräkningen i enlighet med folkräkningen.
"Dessa data kommer inte att skickas till inrikesministeriet.
"De är endast avsedda för intern utbildningsavdelning för analys, statistik och forskning."
I ett tidigare brev till Greening från minst 20 organisationer sades det: "Utan försäkringar om motsatsen är vår stora oro att de nya uppgifter som samlas in kommer att delas med hemkontoret och därför potentiellt användas för att verkställa invandring.
– Vi har redan sett datadelningen mellan inrikesministeriet och andra avdelningar öka sedan regeringen tillkännagav sitt åtagande att skapa en "hostil miljö" för papperslösa invandrare.
"Sådana åtgärder avskräcker utsatta barn och familjer från att få tillgång till viktiga tjänster, utöva sina mänskliga rättigheter och delta på lika villkor i våra samhällen."
Under den nya utvidgade folkräkningen ber skolorna för första gången föräldrar att säga vilket land deras barn föddes i.
Avslöjandet är inte obligatoriskt, men i en rapport från Skolveckan fann man att många skolor krävde kopior av elevernas pass mitt i förvirringen om den nya bestämmelsen.
Gracie Mae Bradley, från Against Borders for Children, som leder kampanjen för att få politiken omkullkastad, uppmanade föräldrar att bojkotta datainsamlingen.
Hon sade: " Skolan bör vara en plats där alla barn behandlas lika.
"I samband med en "värdig miljö" där arbetsgivare, hyresvärdar och till och med hälso- och sjukvårdspersonal förvandlas till gränsvakter anser vi att detta nya krav skulle kunna användas för att lägga till skoladministratörer på listan.
– Vi är också djupt oroade över att dessa uppgifter kommer att göras tillgängliga, utan tidsbegränsning, mycket mer utanför skolsystemet, vilket inte kan accepteras.
"Under de kommande veckorna förväntar vi oss att de organisationer som motsätter sig detta splittrande tillvägagångssätt kommer att ansluta sig till många fler och att föräldrar och skolor ansluter sig till bojkotten och skyddar ungdomar från detta farliga hot mot deras privatliv."
Uppgifter om elevers nationalitet som nu samlas in av skolor kommer inte att skickas till immigrationstjänstemän eller inrikesministeriet, har regeringen sagt.