En parlamentsledamot från UKIP klagade över de bildliga anvisningarna om hur man röstar, som visar en penna som svävar över resterande låda.
Valvakten sa att grafiken "inte borde ha använts".
Bristol City Council sade att det skulle ändra formen och insisterade på att det inte skulle försöka påverka omröstningen.
Följ den senaste utvecklingen på vår livesida
Mike Hoodem, ledamot av UKIP för Yorkshire och Humber, sade att en av hans väljare hade blivit varnad för poströstningspaketen i Bristolområdet.
"Alla röstsedlar som har gått ut med märken som visar antingen kvar eller lämna rutor som kryssas i exemplet måste återkallas och den ansvariga personen måste undersökas", sade Hoodem.
"Det kan vara en isolerad händelse runt Bristol men i demokratins intresse kan vi inte ta den risken."
Kampanjen Leave.EU twittrade bilder av poströstanvisningarna och uppmanade supportrarna att tala om för dem om de hade fått paketen.
Båda sidor i denna folkomröstningskampanj är mycket uppmärksamma på varje antydan om partiskhet, särskilt i officiella dokument.
Så det är kanske ingen överraskning att Bristols stadsfullmäktiges flygblad har orsakat en sådan rad.
Rådet insisterar på att grafiken är helt ofarlig - men UKIP säger att det är ett tydligt exempel på etableringsfördomar till förmån för Remain-kampanjen.
Det finns till och med ett förslag om att det skulle kunna lämna resultatet av folkomröstningen öppet för rättslig prövning.
Valkommissionen har sagt till Bristolrådet att inte använda den igen. Men det kan vara för sent att göra något åt det med rapporter om liknande flygblad som dyker upp på dörrmattor runt om i landet.
En talesman för valkommissionen sade: " Även om det är osannolikt att poströstarna i Bristol skulle kunna övertalas att rösta på ett annat sätt på grund av den grafiska bilden i dessa instruktioner, så borde det uppenbarligen inte ha använts.
"Vi följer upp med räknaren för Bristol City för att se till att det ändras innan ytterligare poströstning paket utfärdas till väljare i området."
En talesman för Bristols stadsfullmäktige sade: " Detta formulär är utformat för att förklara logistiken i att rösta per post och inte för att föreslå hur någon skall rösta.
– Placeringen av penngrafiken var helt tillfällig och vi tror inte att någon rimligen kunde påverkas av en sådan grafik.
"Med tanke på den aktuella känsligheten kommer dock blanketten och grafiken att ändras för alla framtida poströster."
Valkommissionen har uppmanat Bristols kommunfullmäktige att skrota en EU-omröstning om hur man röstar i förhållande till påståendena om att det gynnar Remain-kampanjen.