Felet gjordes av RingGo betalningssystem, som förvaltas av City of Edinburgh Council entreprenör NSL.
Motorister som försökte använda RingGo på tisdag kommer att få sina biljetter inställda.
Rådet sade det tydligt på sin webbplats och parkeringsplatser att 27 December var en betald parkeringsdag.
Rådet sade att omkring 300 bilister hade drabbats av misstaget.
En talesman för rådet sade: " Detaljer om parkeringsrestriktioner under festperioden annonseras mycket tydligt via vår webbplats och sociala medier och tillhandahålls på biljettautomater i hela staden.
"Vi är dock medvetna om att det fanns ett fel under en tid med RingGo betaltjänsten som sköts av vår kontrakterade partner NSL.
"Vi samarbetar med NSL för att se till att RingGo-användare som fick en parkeringsbiljett, på grund av systemfelet på tisdagen, får sina biljetter inställda."
En talesman för NSL sade: "NSL har bekräftat att parkeringsbegränsningar och avgifter i staden Edinburgh verkligen gäller tisdagen den 27 december och måndagen den 2 januari som anges på alla Pay and Display maskiner och på City of Edinburgh Council webbplats.
"Fullständiga verkställighetsförfaranden gäller på båda datumen för att upprätthålla säker och rättvis tillgång för alla som besöker butiker och anläggningar i och runt stadens centrum.
"Företaget har bekräftat att det har gjorts medvetna om en felaktig instruktion på RingGo-appen och RingGo-webbplatsen och har begärt att instruktionerna ska ändras omgående."
Hundratals förare har fått parkeringsböter efter att en app felaktigt talat om för dem att de kunde parkera gratis i Edinburgh dagen efter boxningsdagen.