Domstolen fattade beslutet efter att ett mål hade väckts av protestanten Samira Ibrahim.
Hon anklagade den egyptiska armén för att tvinga henne att genomgå ett oskuldstest efter att hon arresterades under en protest på Tahrirtorget i mars.
De mänskliga rättigheternas organisationer säger att den egyptiska militären har använt denna praxis i stor utsträckning som ett straff.
"Domstolen beordrar att verkställandet av förfarandet av oskuld tester på flickor inne i militära fängelser stoppas," domare Aly Fekry, chef för Kairo förvaltningsdomstol sade, enligt Reuters.
Domen hälsades av jubel från hundratals aktivister i rättssalen.
Aktivister hade krävt att myndigheterna skulle åtala alla som var ansvariga för att ha utsatt demonstranter för sådana prövningar.
Tidigare i år citerades en egyptisk general som erkände att militären hade utfört sådana tester och sade att de användes så att kvinnor inte senare skulle påstå att de hade blivit våldtagna av myndigheter.
Gruppen för mänskliga rättigheter säger att sådana tester är en förnedrande form av missbruk och att generalens motivering är en juridisk absurditet.
En domstol i Kairo har beordrat att tvångstest på kvinnliga fångar i militära fängelser ska stoppas.