Brottet inträffade i första omgången, andra-ben match mot Rwanda, som Uganda vann 2-1 för att säkra en 3-2 aggregerad seger.
Ugandas Aheebwa James hade emellertid olika födelsedatum på sitt pass och sitt inter-clubs-tillstånd.
Rwanda har återinsatts och kommer att ta över Egypten i den andra omgången.
Rwandas fotbollsförbund hade ifrågasatt att Tumwesigye Frank, Aheebwa James, Lwalirwa Halid och Kizza Martin var berättigade till stöd.
Endast James befanns ha olika födelsedatum: 19/5/1998 på passet, och 27/3/1997 på sin Confederation of African Football Inter-clubs licens.
Även om båda datumen sätter James inom åldersgränsen för tävlingen, reglerna anger att båda datumen måste matcha.
Uganda har diskvalificerats från att kvalificera sig för 2017 Under-20 Africa Cup of Nations för fältläggning av en icke berättigad spelare.