Glenn Houston, som var den enda ursprungliga panelmedlemmen, angav personliga skäl för sin avresa.
Han stannade kvar i undersökningsgruppen förra året efter att ordföranden Susan O'Brien QC avgått, och panelmedlemmen Prof Michael Lamb.
En grupp överlevande sade att det var "vägledande för en kris" i utredningen som undersöker anklagelser om barnmisshandel i bostäder.
Andi Lavery, talesman för gruppen White Flowers Alba, sa att offren snabbt förlorade förtroendet för utredningens trovärdighet.
Och Alan Draper, från In Care Abuse Survivors, sade att de överlevande var "med förlust" för att förstå vad som hände.
Han sade till BBC Scotland: "Det finns farhågor för att utredningen domineras av juristyrket, utan någon balans från andra yrkesgrupper som har en detaljerad kunskap om övergrepp mot barn och dess inverkan och konsekvenser för överlevande och deras familjer.
"Survivors överväger att dra sig ur hela denna process tills de är övertygade om att överlevande placeras i centrum av utredningen.
"Frågan handlar om vad som hände med dem och om etablissemangets misslyckande att skydda dem från skada. Detta misslyckande fortsätter."
Sonden ska avlägga rapport i slutet av 2019.
Houston sade att en "förändring av prioriteringarna" i hans arbetsliv innebar att han hade ansökt om anställning vid Northern Health and Social Care Trust och Disclosure and Barring Service.
"Jag har nu varit framgångsrik i dessa ansökningar och utnämningarna har gjorts", sade han.
"Lady Smith och jag har diskuterat den potential som vid en framtida tidpunkt kan uppstå mellan dessa utnämningar och mitt arbete som panelmedlem i den skotska barnmisshandelsutredningen.
"Efter noggrant övervägande av både det tidsengagemang som krävs för att fullgöra dessa nya roller och den potential, hur liten den än är, för uppfattningar om intressekonflikter, har jag lämnat in min avgång till utredningen."
Houston tillade att han hade blivit "hedrad" att utnämnas till panelen.
Biträdande försteminister John Swinney sade att han hade accepterat Houstons avgång och tackade honom för hans positiva bidrag.
"Jag vet att detta inte var ett lätt beslut för honom att nå, men han kan vara mycket stolt över det bidrag han har gett till upprättandet av barnmisshandelsutredningen och för att säkerställa dess fortsatta framsteg", sade han.
I juli 2016 utnämndes den högre domaren Lady Smith till ny ordförande för utredningen till följd av att O'Brien avgått.
En efterträdare till Houston kommer inte att utses till undersökning, så Lady Smith kommer att fortsätta som ensam panelmedlem.
Den skotska regeringen sade att detta bringade det i linje med andra offentliga undersökningar som upprättats i Skottland enligt 2005 års utredningslag.
Missbruksutredningen har plågats av problem sedan den inrättades i oktober 2015. Mer än 3,5 miljoner pund har spenderats på det under denna period.
Prof Lamb avgick i juni 2016 och hävdade att utredningen var "dömd".
Ms O'Brien avstod flera dagar senare efter att ha fått höra att hon stod inför säcken över "oacceptabla" kommentarer om barnmisshandelsoffer.
QC klagade över regeringens inblandning i utredningen som hon sa hade "undergrävt" henne.
Men den skotska regeringen förnekade att den lade sig i utredningen och Lady Smith har också sedan dess insisterat på att utredningen kommer att vara helt oberoende.
Scottish Labour sade att Swinney behövde försäkra de överlevande om att utredningen inte skulle skjutas upp ytterligare och uppmanade honom att utse fler panelmedlemmar.
Partiets utbildningstaleman Iain Gray tillade: "Det viktiga är att utredningen fortlöper så att de överlevande kan känna en känsla av rättvisa."
En tredje högt uppsatt person i den skotska barnmisshandelsutredningen har avgått.