Arvind Kejriwal beskyllde premiärminister Narendra Modi för "raid", kallar honom en "coward och en psykopat".
"När Modi inte kunde hantera mig politiskt, han tillgriper denna feghet," tillade han.
Tjänstemän från Central Bureau of Investigation (CBI) har förnekat anklagelserna.
"Det är inte en razzia på Arvind Kejriwal kontor, det var en razzia på Rajender Kumar, huvudsekreterare till CM [huvudminister]," CBI talesman Devpreet Singh berättade BBC Hindi.
Kejriwal har dock anklagat CBI för att ha ljugit.
Indiens finansminister Arun Jaitley berättade för parlamentets övre hus att "raid inte har något att göra med Kejriwal".
Ministern för parlamentsfrågor Venkaiah Naidu tillade att det hade blivit en "fashion" för Kejriwal att skylla premiärministern.
Kejriwals lokala regering har varit instängd i en kamp för makt med den federala regeringen sedan han valdes till makten i februari.
Till skillnad från i stora delar av Indien, Delhi's Aam Aadmi Party (AAP)-drivna lokala regeringen har inte absoluta administrativa befogenheter över staten. Kontrollen av statens polisstyrka, mark och lag och ordning vilar på den BJP-kontrollerade federala regeringen.
AAP har konsekvent kämpat för större autonomi för staten, och dess varaktighet har genomsyrats av konfrontationer.
Partimedlemmarna har twittrat och kallat det "den mörkaste dagen i demokratin".
Chefsministern i Indiens huvudstad, Delhi, har hävdat att hans kontor har plundrats av landets federala utredningsbyrå.