Stadsfullmäktige gav tillstånd till planering av affärer, restauranger, kaféer, fritidscenter och en ny busstation.
Det fanns 250 invändningar, främst om effekterna på trafiken i stadens centrum.
Tjugofem fullmäktigeledamöter var för, 13 var emot och det fanns en nedlagd röst.
Utvecklarna TIAA Henderson Real Estate och The Crown Estate säger att den förnyade webbplatsen, som ska öppnas 2019, kommer att skapa 750 jobb.
Läs mer på andra Devon berättelser som de händer på våra Local Live sidor.
En del människor vändes bort från stadsfullmäktiges extraordinära planeringsmöte eftersom det inte fanns tillräckligt med utrymme för alla som dök upp.
Invånarna oroade sig för luftföroreningar och trafikstockningar på grund av att vägarna stängdes som en del av planerna, vilket avledde trafiken på andra håll.
Det har också funnits farhågor för att busstationen inte kommer att vara tillräckligt stor.
Ledamot Andrew Leadbetter, ledare för den konservativa gruppen i rådet, sade: "Jag är besviken eftersom vi anser att utvecklingen saknar ambition och också är mycket dyr. Det kommer att kosta staden nära £ 30m vilket innebär att andra saker inte kan gå vidare. "
Rådsledaren Pete Edwards, från Labourgruppen, sade: " Jag är verkligen glad, inte bara för oss själva utan för medborgarna i Exeter.
"Det är sorgligt att se en del av oppositionen så våldsamt mot den när det är en stor möjlighet att gå framåt."
John Grinnell, biträdande utvecklingschef på The Crown Estate sa att han var "glad".
"Detta system skulle innebära en betydande investering i Exeter som kommer att stödja stadens position som regionens mest populära destination för shopping, fritid och företag, samtidigt öka arbetstillfällen, handel och den lokala ekonomin", sade han.
Planer för en 70 miljoner pund ombyggnad av Exeter busstation har fått klartecken.