De har fram till 20:00 lokal tid (19:00 GMT) på tisdagen för att lämna södra delen av det spretiga lägret.
Alla som blir kvar kommer att bli tvångsförflyttade för att göra det möjligt att rasera de provisoriska strukturerna där.
Området har blivit ett kulturellt nav för många av migranterna. Den har affärer, en skola och religiösa strukturer.
Myndigheterna sade att upp till 1.000 människor kunde påverkas, men frivilliga på fältet uppskattade att åtminstone två gånger så många bodde i området.
Tusentals migranter från Mellanöstern och Afrika har samlats runt Calais i hopp om att kunna ta sig över till Storbritannien.
Hundratals migranter som bor i en del av ett läger i den franska hamnen i Calais, känd som Djungeln, har beordrats att lämna eller vräkas.