Mackay bekräftade att den skotska regeringen överväger en andra folkomröstning om oberoende för att behålla Skottland i EU.
Han sade också till BBC Scotland att ett budgetunderskott på 9,5 procent inte skulle utgöra något hinder.
Men de skotska konservativa sade SNP var "i förnekelse" om de ekonomiska utmaningar som Skottland står inför.
Och Scottish Labour sade att det blev allt tydligare att SNP:s löften inför 2014 års självständighetsomröstning var "helt vilseledande".
EU:s stabilitets- och tillväxtpakt uppmanar medlemsstaterna att hålla underskotten under 3 % av bruttonationalprodukten (BNP).
Statssiffrorna för 2015/16 visade att Skottland hade ett underskott på 14,8 miljarder pund när en geografisk andel av Nordsjöns intäkter inkluderades, en ökning från 11,4 miljarder pund 2014/15.
Detta kan jämföras med ett totalt underskott i Förenade kungariket på 75,3 miljarder pund eller 4 % av BNP.
Den brittiska regeringens skotska sekreterare, David Mundell, sade siffrorna visade att en del av Storbritannien skyddade skotsk levnadsstandard.
Men Mackay avvisade argumentet och sade att "oberoende är ett av de alternativ som vi överväger för att säkra Skottlands plats" i EU.
Han insisterade på att Skottlands underskott inte var ett hinder för EU-medlemskapet och hävdade att Storbritannien hade ett underskott på mer än 10 procent efter finanskrisen.
Finanssekreteraren berättade för BBC Radio's Good Morning Scotland program: "Ta räkenskapsåret 2009/10. Efter finanskrisen var Förenade kungarikets underskott i förhållande till BNP över 10 %.
"Ingen föreslog att Storbritannien skulle gå i konkurs då och skulle tvingas lämna EU."
De skotska konservativa sade ministerns kommentarer visade SNP var "i förnekelse" om de ekonomiska problem som skulle möta ett oberoende Skottland.
Finans talesman Murdo Fraser sade: " Vi fick veta att SNP skulle börja vara ärlig om den skada oberoende skulle orsaka Skottland.
"Istället visade Derek Mackay i morse att planen fortfarande är att blunda så hårt som möjligt i hopp om att alla andra också gör det.
"Om ett oberoende Skottland någonsin skulle söka medlemskap i EU, skulle det behöva övertyga andra EU-nationer om att landet hade en plan för att minska det enorma underskott som vi löper. Det sista EU skulle vilja är att ta risken för ytterligare en räddningsaktion.
"Så Nicola Sturgeon måste vara ärlig mot människor - om hon vill argumentera för självständighet inom EU, vad skulle priset för detta vara i högre skatter och minskade utgifter?"
Mackay insisterade på att Skottlands stora underskott visade att "den brittiska ekonomiska politiken inte fungerar för Skottland". och att ett oberoende Skottland "skulle kunna göra olika val och dra olika ekonomiska hävstänger för att påskynda tillväxten".
Han sade också att den skotska regeringen hade "infört en ekonomisk stimulans på 100 miljoner pund för att stödja ekonomin, och det var nya investeringar".
Men Scottish Labour Economy taleswoman Jackie Baillie sade: "Den £00m Nicola Sturgeon meddelade var från en tidigare SNP regeringen underpend, det är inte nya pengar - någon borde ha sagt till finansministern.
"Det är pinsamt att mannen som ansvarar för kontona inte vet var pengarna kommer ifrån.
Baillie sade att siffrorna från Gers visade de "verkliga fördelar som Skottland får genom att samla och dela resurser över hela Förenade kungariket".
Hon tillade: "Det blir allt tydligare att de löften som SNP gav 2014 var helt vilseledande, men istället för att erkänna det fortsätter SNP-ministrarna att föra med sig en total fantasi till det skotska folket."
Skottlands stora ekonomiska underskott skulle inte diskvalificera landet från EU-medlemskap, enligt finansminister Derek Mackay.