Säkerhetsorganisationer hade tidigare identifierat Iran som ett av minst åtta länder som omfattas av koden.
spyware tros ha utformats för att stjäla data för att hjälpa till att starta ytterligare cyberattacker.
Avsändaren har inte identifierats, men forskare har hittat en hänvisning till ett amerikanskt TV-program i Duqus kod.
Den iranska nyhetsbyrån IRNA rapporterade att landets cyberförsvarsenhet vidtog åtgärder för att bekämpa infektionen.
"Programvaran för att kontrollera viruset har utvecklats och gjorts tillgänglig för organisationer och företag," Brigadgeneral Gholamreza Jalali, chef för Irans civilförsvarsorgan, citeras som säger.
"Alla organisationer och centrum som kan vara mottagliga för att bli smittade håller på att kontrolleras."
Jalali sade att man fortfarande arbetar med en "slutrapport" i vilken organisationerna har blivit föremål för mål.
Förra året anklagade den iranska regeringen väst för att försöka störa sina kärntekniska anläggningar med hjälp av Stuxnet mask dator attack.
Sedan i april 2011 tjänstemän sade landets anläggningar hade blivit måltavla av en andra bit av malware dubbade "Stars".
Tjänstemän beskriver nu Duqu attacken som "tredje viruset" att slå Iran.
Datasäkerhetsspecialisten Kaspersky Lab sa att den trodde att "Stars" var ett keyloggningsprogram som kan ha varit en del av samma attack som installerade Duqu.
Keyloggning program kan samla in information om ett datorsystem, ta skärmdumpar, söka efter filer och fånga lösenord.
Företaget gav också mer detaljerad information om hur Duqu arbetade baserat på sin analys av andra mål.
Det sades att ett annat oidentifierat företag fick ett e-postmeddelande från en person som identifierade sig själv som Mr B Jason som begärde ett gemensamt företag.
Firman trodde att det var en hänvisning till Jason Bourne-böckerna och spionfilmerna.
Mottagaren ombads att öppna en Microsoft Word-bilaga som refererade till det riktade företagets namn i sin titel, och därmed inte verkade vara spam.
Det sades att för varje offer skapades en separat uppsättning attackfiler med hjälp av en annan kontrollserver. Firman sa att detta hände minst 12 gånger.
När mottagaren öppnade filen malware blev aktiv genom en Truetype typsnitt utnyttja, men gjorde ingenting förrän det upptäckte att det inte hade funnits något tangentbord eller musaktivitet i tio minuter.
Kaspersky Lab sa att teckensnittet hette Dexter Regular och dess skapare identifierades som Showtime Inc.
"Detta är ett annat spratt dras av Duqu författare, eftersom Showtime Inc är kabelsändningsföretag bakom TV-serien Dexter, om en CSI läkare som råkar också vara en seriemördare," rapporten sade.
Firman sa att bedriften sedan laddade en förare på systemet. Analys av föraren föreslog att den sammanställdes så länge sedan som augusti 2007.
"Om denna information är korrekt, då författarna till Duqu måste ha arbetat på detta projekt i över fyra år," rapporten sade.
Firman sade föraren sedan började en process som ledde till att Duqu trojan installeras så att angriparna att införa nya moduler, infektera andra nätverksdatorer, och samla in information.
Företaget sade ansträngningar för att identifiera angriparna har komplicerats av det faktum att de misstänkta verkar ha avaktiverat flera av de kontrollservrar som tros ha varit inblandade i attackerna.
Iran har bekräftat att vissa av dess datorsystem var infekterade med Duqu trojan, men sade att det har hittat ett sätt att kontrollera malware.