Mötet hålls för att markera 25-årsdagen av skapandet av den islamistiska militanta rörelsen Hamas.
Det fanns också rapporter om sammandrabbningar mellan demonstranter och israeliska soldater på andra håll på Västbanken.
På torsdag sköts en palestinsk tonåring ihjäl av en israelisk gränsvakt vid en vägspärr i Hebron.
Den israeliska polisen sa att han hade attackerat en vakt och hotat honom med vad som visade sig vara en metallleksakspistol.
Spänningar har sprungit högt i Hebron under den senaste veckan efter upprepade sammandrabbningar mellan soldater och stenkastande ungdomar.
Hebron är hem för omkring 180.000 palestinier och omkring 500 judiska nybyggare som bor i centrum av staden, bevakade av israeliska trupper.
På torsdag tillät den palestinska myndigheten Hamas att anordna ett möte på Västbanken för första gången sedan 2007. Omkring 5 000 människor gick ut på gatorna i Nablus för att fira gruppens jubileum.
Hamas och den rivaliserande Fatah-fraktionen, som dominerar den palestinska myndigheten, har gjort försonliga gester mot varandra sedan slutet av förra månadens israeliska offensiv mot Gaza, som Israel sade att de satte igång för att stoppa raketelden.
"Hamas ståndaktighet och seger i Gaza var en stor seger för allt palestinskt folk," Amin Makboul, en Fatah ledare, sade i ett tal vid torsdagens rally i Nablus.
En spricka utvecklades mellan de två grupperna efter att Hamas vann parlamentsval 2006 och kom till makten i Gaza ett år senare. Upprepade försök till försoning har hittills misslyckats.
Omkring 3.000 palestinier marscherar mot en israelisk vägspärr i Hebron, inte långt från judiska bosättningar i centrum av Västbanken.