Lorraine Warden förfalskade underskriften av en läkare på Ninewells sjukhus för att ta pengarna, som var avsedd att betala för medicinsk personal, utrustning och utbildning.
En undersökning visade att 44-åringen hade skrivit 61 checkar till sig själv.
Hon berättade för polisen att hon hade tagit pengarna på grund av att skulderna från lönelånen ökade.
Dundee Sheriff Court hörde att Warden hade arbetat som sekreterare för NHS Tayside och University of Dundee när hon tog pengarna, som hade donerats till Tayside Otolaryngology Fund.
Dr Stephen Jones, den enda undertecknaren på fondens bankkonto, lade märke till skillnader mellan ett kalkylblad som används för att hantera fondens pengar, checkhäfte och bankkonto.
En undersökning visade att sammanlagt 62 checkar, inklusive en i direktörens dotters namn, hade inkasserats för totalt 55.000 pund mellan 2007 och 2012.
Fängelsedirektören i Muirhead erkände sig skyldig till förskingring.
Sheriff Elizabeth Munro förlängde straffet för att förbereda rapporter, och tillät fängelsedirektören borgen under tiden.
Tayside Otolaryngology Fund, som var på plats för att "tillhandahålla personal, instrument, utrustning eller material för att främja och främja forskning och utveckla specialistteknik", upphörde att fungera i november 2013.
En NHS sekreterare har erkänt förskingring £ 55,000 från en Dundee sjukhus välgörenhetsfond.