Ms Coyle sa att det skulle vara "daft" för showen att vara en "perfekt kopia" av den verkliga världen.
Men hon tillade att det var "viktigt att fråga om BBC kan göra mer i sin populära produktion för att ge en autentisk skildring av livet i det moderna Storbritannien".
Folkmängden i EastEnders var också yngre än i verkligheten, sade hon.
Ms Coyle är i färd med att bli chef för BBC Trust efter Lord Patten avgick på grund av dålig hälsa.
BBC:s publikråd i England jämförde befolkningen i Walthamstow i östra London med Walford, EastEnders fiktiva hem.
Siffrorna tyder på att det finns nästan dubbelt så många vita människor som bor i Walford - E20 - som i verkliga livet E17, medan befolkningen i EastEnders tenderar att vara yngre än deras verkliga motsvarigheter och mer sannolikt att ha fötts i Storbritannien.
Det är inte första gången som den etniska representationen av svarta, asiatiska och minoriteter (BAME) i EastEnders har ifrågasatts.
Tvålens före detta chef, John Yorke, sade EastEnders "kan vara betydligt vit jämfört med den verkliga East End" i maj 2011.
På den tiden tillade han att det var "betydligt mer mångkulturellt än det var för fem år sedan och är lätt den mest mångkulturella showen på TV nu".
BBC svarade på fru Coyles kommentarer genom att säga: "Vi håller med om att EastEnders har en av de mest skiftande rollerna i brittisk TV och att det skulle vara dumt att föreslå att programmet måste vara en perfekt kopia av ett visst postnummer.
"Som tillkännagivits av [direktor general] Tony Hall förra veckan, har BBC planer på att leda industrin på mångfald, både på och utanför skärmen."
Ms Coyle bad också om förbättringar i BBC Ones resultat över hela linjen.
På London School of Economics sa hon att enligt BBC research, BBC One, hem för EastEnders, "spelar det för säkert i delar av sin topptidsschema".
"BBC One är mycket uppskattad.  Men ibland kan det kännas för förutsägbart.  Dess tittare förväntar sig ännu mer av det, tillade hon.
BBC sade att kanalen når 76% av befolkningen, eller 44 miljoner människor varje vecka.
"Dessa publik är tydligt hitta en enorm mängd som informerar, utbildar och underhåller dem", sade det.
"Vi strävar ständigt efter att leverera nya och originella program och det har varit vår konsekventa förmåga att göra detta genom åren som har gjort BBC One Britannien mest bevakade och älskade kanal."
BBC Trust kommer att ange mer i detalj vad det vill att företaget ska göra nästa månad.
Fru Coyle sade också att det var en prioritet för BBC att öka antalet kvinnor i luften.
Hennes kommentarer följer BBC: s tillkännagivande förra veckan att ha större BAME representation på och utanför luften.
BBC kommer att placera 2,1 miljoner pund i en fond avsedd att hjälpa BAME-talanger, på och utanför skärmen, att utveckla nya program.
BBC-målen kräver att cirka en av sex personer (15 %) i luften kommer från BAME-bakgrund inom tre år - en ökning med nästan 5 %.
Att leverera en föreläsning till Bafta i mars, komiker och skådespelare Lenny Henry sa att medel bör avsättas för att öka närvaron av BAME människor i radio- och TV-branschen.
Han satte närvaron av BAME-bakgrunder i den kreativa industrin på 5,4 %.
Han beskrev detta som "en skrämmande procentandel eftersom majoriteten av vår industri är baserad runt London där den svarta och asiatiska befolkningen är 40%".
Han tillade att situationen bakom kameran också var "patchy".
På tisdagen vittnar Henry om sina förslag i en kultur-, media- och idrottskommitté.
BBC tvål EastEnders är "nästan två gånger" så vitt som den verkliga östra London, Diane Coyle, den tillförordnade chefen för BBC Trust, sade i ett tal i måndags.