Glovers tog en tidig ledning men fann sig 5-1 ner vid pausen innan så småningom falla till en gemensam skiva liga nederlag.
Skipper James Bailey berättade för klubbens hemsida: "Vi vet att vi svek oss själva och fansen.
"Som grupp vill vi be om ursäkt och ge tillbaka fansen sina pengar."
Boss Darren Way tillade: " Lördagen skulle aldrig bli lätt, men nederlaget var fullständigt oacceptabelt och jag ber om ursäkt till supportrarna och tar fullt ansvar för det.
"Att betala tillbaka sina pengar är ett kollektivt beslut - vi är inte nöjda med att bara be om ursäkt, men samtidigt vet vår bästa ursäkt kommer att komma på planen under de kommande veckorna."
The League Two sida kommer att släppa detaljer om hur fans kan begära sin återbetalning på måndag.
Yeovils spelare är inte de första att ersätta resande fans efter en borta dag mardröm.
Sunderland spelare återbetalade 2.500 Black Cats supportrar som såg sin sida falla till en förödmjukande 8-0 nederlag vid Southampton i oktober 2015.
I januari 2016 Charltons spelare gjorde samma sak för 166 som gjorde resan för att se sin sida gå ner 5-0 på Huddersfield, i en föreställning som klubbkapten Johnnie Jackson kallade "förrädisk".
Tidigare i år återbetalade Bristol Citys spelare de 312 fansen som gjorde den 386-mile turen till Preston North End för att se Robins förlora 5-0.
Yeovil Towns spelare och personal har gått med på att återbetala 258 fans som reste till deras 8-2 öppningsdag nederlag på Luton Town.