Justitieminister Michael Gove avvisade en dom förra månaden av Parole Board att den ökända gangstern var lämplig för en övergång till öppna villkor.
Noye, 68, sattes i fängelse för mord på 21-årige Stephen Cameron 1996 under ett slagsmål på en M25-väg vid Swanley i Kent.
Han sprang efter mordet, men tillfångatogs i Spanien 1998.
Han fängslades 2000 med en minimitid på 16 år 2002 av den dåvarande inrikesministern David Blunkett.
Styrelsen ansåg att Noye ville bli frisläppt från Wayland-fängelset i Norfolk.
Att flyttas till ett öppet fängelse är det första steget i processen som vanligtvis leder till frigivning.
Ett sådant ingripande från statssekreterarens sida är sällsynt, och mindre än 1 % av Parole Boards rekommendationer har avslagits under de senaste fem åren.
Omkring 40 rekommendationer av upp till 6 000 från 2010 till i år har förkastats av justitiesekreteraren.
Noye har rätt till en ny villkorlig frigivning inom två år.
Efter att Parole Board gav sin rekommendation Mr Cameron far Ken sade han och hans fru Toni trodde att han skulle abscond från ett öppet fängelse.
"Äntligen har vi fått rättvisa igen för Stephen", sade han.
"Han kommer att vara där i ytterligare två och ett halvt år med lite tur."
Noye blev en av Storbritanniens mest ökända brottslingar genom sin inblandning i Brinks-Mats räd 1983 - ett av Storbritanniens största rån.
Sex beväpnade män poserade som säkerhetsvakter och stal 6.800 guldtackor från ett lager på Heathrows flygplats.
Under polisutredningen knivhöggs underofficer Det Con John Fordham till döds i Noyes hus i West Kingsdown, Kent 1985.
Noye frikändes för mord på grund av självförsvar, men satt i fängelse i 14 år för att ha hanterat stulna översittare.
Vägra rasande mördare Kenneth Noye har vägrats flytta till ett öppet fängelse för rädsla för allmän säkerhet.