Manas Kongpan är bland mer än 60 personer dömda i Bangkok för trafficking av Bangladeshis och Rohingya Muslims, en minoritet som flyr Myanmar.
En annan högre tjänsteman dömdes till 75 års fängelse. Mer än 100 svarande ställdes inför rätta.
Muselman Rohingya har varit fly Myanmar för år, betalar folk smugglare för att hjälpa dem fly.
Arresteringen av generalen i juni 2015 sågs som en del av Thailands försök att stänga av en smugglingsrutt genom landet.
Domaren fann honom skyldig till människohandel och organiserad gränsöverskridande brottslighet.
En tidigare chef för administrationen i den södra provinsen Satun, Ko-Tong (även känd som Patjuban Aungkakotefan), dömdes till 75 års fängelse.
Flera andra svarande dömdes till fängelse av liknande längd. Domarna varierade mellan fyra och 94 år.
2009 berättade Manas för BBC att Thailand behandlade migranter humant efter att han anklagades för att ha beordrat mer än 1000 Rohingyas att drivas till sjöss på båtar utan motorer.
Korrespondenter säger att han är den första militärmedlemmen i det arméstyrda Thailand som är inblandad i smugglingen av migranter.
Premiärminister Prauth Chan-ocha, chef för landets styrande junta, uppmanade allmänheten att inte skylla trafficking på militära personer.
"Det finns många människor i detta nätverk för människohandel", berättade han för reportrar. Gruppera inte alla soldater i landet som en.
Under 2015 lämnades tusentals flyktingar strandsatta till havs när de försökte fly genom södra Thailand och vidare till Malaysia och andra destinationer.
Krisen trappades upp efter internationella påtryckningar som tvingade de thailändska myndigheterna att slå ner på smugglingsnätverken.
Detta ledde till att smugglarna övergav flyktingarna och lämnade dem på sina sjö- och landvägar utan att något grannland var villigt att ta in dem.
Den pågående rättegången utlöstes av upptäckten av massgravar av flyktingar i djungelläger nära gränsen mellan Thailand och Malaysia.
De flesta av de åtalade är från Thailand, men flera medborgare i Myanmar (även kallad Burma) och Bangladesh hålls också.
En polisman som ledde en utredning av människohandeln i Thailand, generalmajor Paween Pongsirin, flydde till Australien för att frukta att hans liv var i fara från inflytelserika personer som var inblandade i människohandel i hans land.
Rohingya - en distinkt muslimsk etnisk grupp som i praktiken är statslösa - har flytt Myanmar i årtionden med Thailand, Malaysia och Indonesien de mest önskade destinationerna.
Samtidigt som de säger att de är ättlingar till arabiska handlare som har varit i regionen i generationer insisterar Myanmars regering på att de inte är en genuin etnisk grupp utan snarare bengaliska invandrare.
Bland de flyktingar som var strandsatta under krisen 2015 fanns också många ekonomiska migranter från grannlandet Bangladesh.
En f.d. thailändsk general har dömts till 27 års fängelse för människohandel vid en avgörande rättegång.