Hans återkomst kommer efter en inbjudan av medgrundaren Jack Dorsey, som fördes tillbaka som verkställande direktör 2015.
Dorsey har försökt starta om Twitter, vilket kräver mer än 300 miljoner månadsanvändare, men har kämpat för att göra vinst.
Twitters aktier studsade nästan 2% på nyheterna.
Mr Stone sa att han kommer att fokusera på företagskulturen.
"Jag formar upplevelsen internt så att den också känns utanför företaget", skrev han. "Snarare."
Mr Stone lämnade Twitter 2011, efter utgången av medgrundare.
Han fortsatte med att starta publiceringsplattformen Medium och en sökapp, Jelly Industries, som Pinterest förvärvade i år.
Twitter medgrundare berättar om framtiden för sociala medier
Dorsey: Twitter kommer att ta tid att fixa
Efter ett besök på Twitter sa mr Stone att han inte kunde tacka nej till chansen att jobba där igen.
"När jag stod bredvid Jack tilltalar publiken av anställda, kände jag energin, och jag var överväldigad av känslor," skrev han i ett inlägg på Medium. "I det ögonblicket insåg jag att Twitter var mitt livs viktigaste verk."
Mr Dorsey delade också med sig av nyheterna på Twitter och skrev: "Upphetsat att få Biz energi och hjärta tillbaka på Twitter! #BizIstillbaka"
Twitter medgrundare Biz Stone har sagt att han planerar att gå tillbaka till webbplatsen sociala medier under de närmaste veckorna.