Zuckerberg gjorde tillkännagivandet i ett brev till Max på sin Facebook-sida.
Han sa att de donerade sin förmögenhet till Chan Zuckerberg-initiativet för att göra världen till en bättre plats för Max att växa upp i.
Donationen uppgår till $45bn (Â £30bn) på Facebooks nuvarande värde.
Aktierna kommer dock inte att doneras till välgörenhet omedelbart, utan under parets liv.
Om Zuckerberg omedelbart skulle ge bort 99 procent av sina aktier skulle han fortfarande äga hundratals miljoner dollar. Ms Chans värde är inte dokumenterat.
Max föddes förra veckan, men hennes födelse offentliggjordes bara på tisdag.
I sitt brev sade Zuckerberg att syftet med Chan Zuckerberg-initiativet är "att främja mänsklig potential och jämställdhet för alla barn i nästa generation".
Dess första fokusområden kommer att vara individanpassat lärande, bota sjukdomar, koppla samman människor och bygga upp starka samhällen.
"Din mor och jag har ännu inte orden för att beskriva det hopp du ger oss för framtiden", sade Mr Zuckerberg i början av sitt brev till Max.
"Du har redan gett oss en anledning att reflektera över den värld vi hoppas att du lever i," det tillade.
Var ska Zuckerberg lägga sina pengar?
Cellan-Jones: Hur Mark Zuckerberg (visst) ignorerade mina råd
Den stora Facebook giveaway
Dave Lee, BBC North America Technology Reporter, San Francisco
Miljardärinvesteraren Warren Buffet gratulerade Zuckerberg och Chan och förklarade att när det gäller att ge bort din förmögenhet, "30 är den nya 70".
Inte längre bör miljardärer vänta med att dö innan de lämnar över pengar till en annan generation, sade Buffet, i ett kraftigt godkännande av Silicon Valleys nyaste och mest inflytelserika makt par.
Allt Mark Zuckerberg gör är föremål för intensiv granskning, inte minst på grund av arten av Facebooks verksamhet att tjäna pengar på personuppgifter.
Men medan 31-åringens tidigare välgörenhetsinsatser har kritiserats för att vara alltför fokuserade på att bygga Facebooks användarbas, verkar detta senaste löfte att lämna Facebook-verksamheten åt ena sidan.
Det är en fortsättning på vad vi har sett utvecklas under de senaste sex månaderna, där Zuckerberg verkar lätt värd statschefer som han gör i företaget av sin egen utveckling team.
Mark Zuckerbergs dagar ses som en nördig, pinsam tech tönt är väl bakom oss.
Hans ambition är nu helt klart att vara en betydande person på den globala politiska scenen.
Läs mer: Silicon Valleys nya maktpar
I brevet betonades teknikens viktiga roll när det gäller att uppnå parets mål att främja mänsklig potential och jämlikhet.
"Många av de största möjligheterna för er generation kommer från att ge alla tillgång till internet", skrev Mr Zuckerberg till sin dotter.
Han sa att fler detaljer om donationen kommer att släppas när han och Chan återvänder från faderskaps- och mammaledigheten.
Zuckerberg sade att han kommer att förbli chef för Facebook för "många, många år framöver".
I en ansökan till US Securities and Exchange Commission, Facebook sade att Zuckerberg "planerar att sälja eller gåva högst $ 1 miljard av Facebook-aktier varje år för de kommande tre åren och att han avser att behålla sin majoritet röstposition... under överskådlig framtid."
Facebooks Mark Zuckerberg och hans fru Priscilla Chan säger att de kommer att ge bort 99% av sina aktier i företaget till goda ändamål när de tillkännager födelsen av sin dotter Max.