Sju personer anklagades för stöld och konspiration för att stjäla ett barn från Komfo Anokyes lärarsjukhus tidigare i februari.
Suwaiba Mumuni, vars barn är bland de fem saknade, berättade för BBC att hon tror att hennes barn fortfarande lever.
Sjukhuset, det näst största i Ghana, har förnekat anklagelserna.
BBC:s Sammy Darko i huvudstaden, Accra, säger att fallet med de försvunna barnen har orsakat upprördhet i Ghana.
Ungdomar stormade sjukhuset i Kumasi, 270 km nordväst om Accra, på torsdag, tillfälligt stänga förlossningsavdelningarna, säger han.
Ms Mumuni sade att hon efter förlossningen den 5 februari fick veta att hennes barn var dödfött och att det togs bort av tjänstefolk.
När hennes släktingar senare på dagen kom för att hämta kroppen för begravning, kunde den inte hittas, sade hon.
"Den enda nyheten jag förväntar mig att höra är att mitt barn har hittats," Fru Mumuni berättade för BBC.
"De sa att mitt barn är dött, men de har inte kunnat producera kroppen... Jag är säker på att mitt barn lever."
Kropparna på ytterligare fyra barn som påstås ha fött dödfödda den dagen saknas också.
"Ministeriet kommer inte att lämna någon sten ovänd förrän sanningen är etablerad," hälsominister Sherry Ayittey sade i ett uttalande.
Ms Ayittey sade att sjukhuset hade 14 arbetsdagar på sig att hitta kropparna av barnen "för begravning av familjerna".
Personalen på sjukhuset, som talade på villkor av anonymitet, sade att de ofta kände sig överväldigade och att det fanns otillräckliga resurser för att hantera efterfrågan.
Vår reporter säger att de sju personer som åtalades på torsdag för ms Mumunis försvunna barn fick borgen.
Ghanas hälsovårdsminister har gett ett sjukhus i staden Kumasi 14 dagar för att producera kroppar av fem spädbarn som påstås vara dödfödda.