Theresa Villiers sa att det fanns en "torgfull hänsyn" till några viktiga delar av Stormont House-avtalet på onsdag.
Detta inbegrep en reform av den offentliga sektorn för att frigöra resurser för offentliga tjänster på frontlinjen.
Samtalen kommer att återupptas på torsdag.
"De nordirländska parterna gjorde en grundlig genomgång av vissa viktiga delar av Stormont House-avtalet som syftar till att få decentraliseringen att fungera bättre", sade Villiers.
"Vi fortsatte också vår detaljerade diskussion om finans- och välfärdsfrågor, bland annat reformen av den offentliga sektorn för att frigöra resurser för offentliga tjänster.
"Skillnaderna mellan parterna är fortfarande mycket stora i dessa frågor, men jag känner en vilja att göra framsteg.
"I morgon fokuserar vi på effekterna av paramilitär verksamhet och arvsfrågor som de nya Stormont House Agreement-institutionerna för att hjälpa till att ta itu med offrens och de överlevandes problem."
Samtidigt har den irländske utrikesministern Charlie Flanagan talat till det irländska parlamentet om den politiska situationen i Nordirland.
Han sade att "i motsats till vissa färska rapporter skulle institutionerna för att hantera det förflutna i Stormont House-avtalet inte förmedla amnesti" för dem som hade begått ett brott.
"Den nya enheten för historiska utredningar tillhandahåller polisutredningar och, där det finns en tydlig grund, utsikterna till rättvisa", tillade han.
"Den oberoende kommission för informationsinsamling, som ska inrättas av de två regeringarna, är avsedd att göra det möjligt för enskilda att söka information om problemrelaterade dödsfall där det inte finns några realistiska utsikter till åtal; information som lämnas till kommissionen för detta ändamål skulle inte vara tillåtlig i domstol.
"Men enligt Stormont House-avtalet står det klart att ingen person som lämnar information till detta organ kommer att vara immun mot åtal för brott som begåtts om det bevisprov som krävs uppfylls på annat sätt och detta kommer att återspeglas i avtalet om upprättandet av organet."
Rundabordssamtalen mellan Nordirlands politiska partier syftar till att finna en lösning på krisen i Stormont.
Den politiska raden utlöstes av en polisbedömning att IRA:s medlemmar var inblandade i mordet på Kevin McGuigan Sr förra månaden.
Polisen sa att IRA fortfarande fanns, men tillade att det inte var engagerat i terrorism.
Analys Mark Devenport BBC Nordirlands politiska redaktör
Det finns olika saker som kan leda till att samtalen avslutas.
Den ena är att den finansiella klockan fortsätter att ticka bort under Stormonts executive.
En annan är att Peter Robinson avstod under en sexveckorsperiod och, om det inte finns någon slags roterande mekanism som drömts upp av DUP, som borde ta slut, Jag tror att det är 22 Oktober.
Så det kan sätta lite av en back-stop till samtalen.
Visst skulle han inte, skulle jag ha trott, vilja komma tillbaka till jobbet utan att ha sett något från denna panel som ger honom anledning till tillfredsställelse.
Tre ministrar från Demokratiska Unionist Party (DUP) avgick därefter från Nordirlands styrande verkställande direktör, och Peter Robinson, partiets ledare, gick åt sidan som förste minister.
DUP och Ulster Unionists enades förra veckan om att delta i rundabordssamtalen när regeringen beordrade en översyn av paramilitära grupper i Nordirland.
På tisdagen meddelade regeringen namnen på panelmedlemmarna som kommer att övervaka den oberoende bedömningen.
Villiers sade att det efter två dagars förhandlingar över hela linjen fanns en acceptans för att frågorna om finans- och välfärdsreformer måste lösas.
Nordirlands sekreterare har sagt att hon känner en vilja bland de politiska partierna att göra framsteg trots betydande skillnader när det gäller frågor om finansiering och välfärdsreformer.