Räddningstjänsten sa att Minor Vidal, 35, hittades med huvudskador från platsen för tisdagens krasch.
Mr Vidal berättade för sina räddare att han rymde efter att ha varit instängd i vraket och överlevt genom att dricka sin egen urin och vatten från en lagun.
Åtta personer dödades i kraschen nära Trinidad i nordöstra Bolivia.
Flygplanet Aerocon Airlines reste från Santa Cruz till Trinidad när flygledarna tappade bort det. Alla nio passagerare och besättningar rapporterades ursprungligen ha dödats i kraschen.
Chefen för räddningsuppdraget, kapten David Bustos, sa att de började leta längre bort från vraket när de hittade bara åtta kroppar vid olycksplatsen.
"Från flera kilometers avstånd såg vi en man på flodbanken som signalerade till oss. När vi kom närmare knäböjde han och tackade Gud, sade kapten Bustos.
"Han sade att han hade varit instängd i planet i mer än 15 timmar och att när han slutligen flydde han började gå och överlevde genom att dricka sin egen urin och vatten från en lagun," Reuters citerade Capt Bustos som säger.
En boliviansk man som överlevde en flygolycka har hittats levande i Amazonas djungel tre dagar efter att planet störtade.