Mr Macintosh och partis vice ledare Kezia Dugdale har bekräftat att de står för ledarskap i partiet när Jim Murphy slutar nästa månad.
Eastwood MSP sa att hans anhängare blev "hämnade och skrämda" till att dra tillbaka sitt stöd.
Scottish Labour sa att ledarskapstävlingen skulle genomföras "rättvist".
En talesman sade att Macintosh sedan dess dragit tillbaka sina påståenden om partiet. Macintosh insisterade dock på att hans kommentarer fortfarande fanns kvar men hade inte riktats till partipersonalen.
Han har inte namngett dem han tror är ansvariga.
Scottish Labours generalsekreterare Brian Roy sade: " Jag har talat med Ken Macintosh och han har dragit tillbaka sina anklagelser om partiet. Ledartävlingen i Skottland kommer att genomföras rättvist och öppet."
Som svar sade Macintosh: " Jag drar inte tillbaka någonting. Jag klargjorde med Brian [Roy] att anklagelserna inte är mot partipersonalen, utan mot maskinpolitiken som har för stort inflytande i Labourpartiet."
Mr Macintosh, partiets talesman för social rättvisa, ställde upp i partiledningen mot Johann Lamont för nästan fyra år sedan och kommer sannolikt att behöva nomineringar från sex eller sju MSP för att bli kandidat i denna ledarskapstävling.
Ms Dugdale, som allmänt betraktas som den "uppenbara personen" att ta på sig jobbet, bekräftade sitt ledarskap bud på fredag.
Men han hävdar att hans medhjälpare kommer under "otrolig press att dra tillbaka sitt stöd".
"Jag vill ha en tävling men jag har hittat hela vikten av partymaskinen ännu en gång vänder mot mig försöker stänga en tävling," berättade han BBC Radio's Good Morning Scotland program.
"Alla de människor som har försökt stödja mig, partimaskinen har vänt på dem, och de utsätts för otrolig press för att dra tillbaka sitt stöd. De blir mobbade, skrämda och pressade att inte stödja mig så vi har ingen tävling.
"Jag skulle inte ens ha lagt huvudet ovanför parapeten om jag inte visste att jag hade det stödet."
Macintosh, som vann en majoritet av medlemmarnas röster i den senaste ledarskapstävlingen, sade att Labourpartiets trekollegerssystem för att välja ledare var "löjeväckande".
"Jag vill att medlemmarna att ta kontroll över partiet", sade han. "Vi måste flytta till en medlem, en röst."
Han efterlyste en snabb tävling, före sommaren om möjligt, som är "rättvis och demokratisk".
Från BBC Scotland politisk korrespondent Glenn Campbell
Kezia Dugdale har redan stöd av tjugo Labour MSP för sitt försök att bli skotsk partiledare. Det är mer än hälften av labourlaget på Holyrood.
Många av dem vill att hon väljs utan motstånd.
Men när hon tillkännagav sin avsikt att ställa upp, sa hon att hon skulle "absolut" välkomna en tävling.
Ken MacIntosh erbjuder den utmaningen.
Han kommer sannolikt att kräva stöd från sex eller sju fysisk planeringsorganisationer för att bli kandidat. Men han hävdar att hans anhängare blir "hämnade och skrämda" av vad han kallar "festmaskinen" i ett försök att undvika en tävling.
Han har inte varit mer specifik.
Det finns säkert de som tror att en kröning skulle spara tid och politisk energi och låta Labour koncentrera sig på 2016 års valkampanj Holyrood.
Andra hävdar att en tävling skulle möjliggöra en mer omfattande debatt om Labours problem och möjliga lösningar och ge den nya ledaren mer auktoritet att driva reformer.
Macintosh sade att han skulle arbeta för rättvisa och social rättvisa i hela Skottland med tonvikt på livslångt lärande, bostäder och förnybar energi.
– Anledningen till att jag tycker att det är viktigt att jag lägger fram mina åsikter är att jag tycker att det handlar om att återställa förtroendet för Labourpartiet, sade han.
"Vid det senaste valet kunde folk inte sätta sin tillit till Labour. Jag kan inte tro det efter alla dessa år och vad vi står för."
Macintosh sade att återupprättandet av det skotska Labourpartiet krävde integritet, principer och ärlighet och "att gå bort från maskinpolitik och list och idén att det handlar om makt och position".
"Jag är i politik för att göra andra människors liv bättre, vare sig jag är ledare eller inte ledare, vare sig jag är MSP eller inte. Jag är en övertygelse politiker, sa han.
Han sade att problemen med "partimaskinen" handlade om "människor som vill ha makt och ställning och inflytande", vilket var en "fråga för alla politiker".
"Vi måste komma ihåg våra principer och om vi inte kan göra det kan vi inte återställa förtroendet för Labourpartiet", tillade Macintosh.
F.d. parlamentsledamot i East Renfrewshire meddelade Murphy att han skulle avgå nästa månad efter Labours förkrossande allmänna valnederlag i händerna på SNP.
Ms Dugdale, den lotiska regionen MSP, sade att hon välkomnade en ledarskapstävling.
Hon har vunnit stöd av mer än hälften av Scottish Labour's MSP och MP Ian Murray sedan hon tillkännagav sin avsikt att stå på fredag.
"Jag är stolt över att redan ha fått stöd av så många labourkolleger i det skotska parlamentet", sade Dugdale.
"Den geografiska spridningen av stöd jag har - med MSPs från norr och söder, öst och väst - samt stöd av MSPs från olika delar av vår rörelse visar jag kan föra vårt parti samman."
Scottish Labour MSP Ken Macintosh har berättat för BBC Skottland att "festmaskinen" mobbar sina anhängare i ett försök att undvika en ledarskapstävling.