Den serbiska klubben hade förbjudits under tre säsonger på grund av frågan.
Den europeiska fotbollens styrande organ Uefa sade att Partizan hade brutit mot reglerna om obetalda skulder tre gånger under de senaste fem åren.
Men en skiljedomsdomstol för idrott uttalande sade Partizan hade lämnat "nya bevis" för att visa att den hade betalat sina skatte räkningar.
I uttalandet tillades: "På grundval av detta har parterna enats om den uteslutning som införts av (Uefa) ska anses ha gjorts villkorad av klubbens betalning i tid av de andra försenade skulder som fastställts till den 30 september 2016.
"Med tanke på att FK Partizan har uppfyllt detta villkor, kommer klubben att vara berättigad att konkurrera i framtida Uefa klubbtävlingar."
Partizan Belgrad har fått sitt europeiska förbud upphävt efter att ha lämnat bevis för att de hade clearat obetalda skulder.