En "beväpnande" klyfta mellan rika och fattiga riskerar den yngsta generationens hälsa, varnar Royal College of Paediats and Child Health (RCPCH).
Det kräver djärva åtgärder när det gäller rökning, fetma och barnfattigdom.
Den skotska regeringen sade att den var fast besluten att se till att barn får den bästa starten i livet.
Den hyllade också framstegen när det gäller att förändra relationerna med tobak och alkohol, och rapporten visar att antalet ungdomar som röker och dricker har minskat.
Kritiker sade att rapporten visade att "dramatiska åtgärder" behövdes för att skydda barns hälsa i Skottland.
De viktigaste resultaten av studien är följande:
I betänkandet behandlas 25 hälsofrekvenser, inklusive astma, diabetes och epilepsi, samt fetma, amning och dödlighet, för att ge en ögonblicksbild av hälsa och välbefinnande.
Det säger Skottland visar vägen med hög vaccinationsfrekvens, få fall av karies och en minskning av självmordsfrekvensen bland ungdomar.
Men betänkandet tillägger: "Barnhälsan i Skottland är bland de fattigaste i Västeuropa."
Den fann att barn som lever i fattigdom i Skottland löper större risk att bli överviktiga eller feta, ha en mor som rökt under graviditeten och utsättas för alkohol eller narkotikamissbruk.
210.000
Barn lever i fattigdom i Skottland
400 Barn och spädbarn dör varje år - ett "betydande" antal kan potentiellt undvikas.
27 % av alla barn i Skottland är överviktiga eller feta.
29 % av de gravida kvinnorna i eftersatta områden är rökare.
15,4 % av mödrarna i eftersatta områden ammade uteslutande efter sex veckor.
Doktor Steve Turner, chef för RCPCH i Skottland, berättade för BBC Radio Scotland's Good Morning Scotland-programmet: " Vi gör framsteg. Barn är friskare nu än de var för 10, 20 år sedan men jämfört med andra länder i EU, gör vi inte så bra ifrån oss.
"Våra förbättringar är långsammare. Och fokus här måste ligga på ojämlikheterna. Vi lever i ett samhälle där barns hälsa i de mest välbärgade samhällena är anmärkningsvärt bra och jämförbar med de bästa hälsonivåerna någon annanstans i världen.
"Men om man tittar på barnens hälsotillstånd i våra fattigaste samhällen, är historien ganska skräp. Vi måste göra bättre ifrån oss för dessa barn."
Han framhöll Skottlands goda vaccinationsfrekvens och ett minskande antal självmord. Men han tillade: "Den övergripande bilden är ganska dyster och det finns en hel del regeringen behöver göra."
Dr Turner sade att regeringen bör överväga barn varje gång de sätter en ny politik på plats och han uppmanade ministrarna att genomföra fler mål barn hälsa.
"Jag skulle uppmuntra dem att överväga att sätta andra mål som kan mätas och ha en tidsfrist", sade han.
"Så till exempel, ett mål att minska fetman med en viss andel fram till 2020, ett mål att minska antalet dödsfall bland barn till 2020. Vi kan inte bara sitta och titta på när siffrorna går åt fel håll."
Han sade att regeringen, hälso- och sjukvård, sociala tjänster och individer behövde ta ansvar för att förbättra barns hälsa.
"Att göra ingenting är inte ett alternativ", sade han. "Vi måste vara passionerade för våra barn. Vi måste ta hand om dem, vi måste vårda dem, vi måste ge dem en miljö som kommer att vara bra för dem."
I RCPCH-betänkandet rekommenderas en utvidgning av rökförbudet till att omfatta skolområden, idrottsplatser och lekplatser, ökad medvetenhet om fördelarna med amning och en mer regelbunden mätning av barns hälsa.
Kommittén föreslår att man vidtar åtgärder för att införa 20 km/h-zoner i tätbebyggda områden för att skapa säkrare platser för barn att gå, cykla och leka och för att minska närheten av snabbmatsställen till skolor, högskolor och fritidsanläggningar.
John Dickie, chef för barnfattigdomsgruppen i Skottland, föreslog att barnbidragen skulle höjas med 5 pund i veckan.
Detta drag skulle lyfta 30 000 barn ur fattigdom och förbättra deras hälsa som en följd av detta, berättade han för BBC Radio Scotland.
"Det grundläggande problemet är fattigdom och den grundläggande lösningen är att se till att färre familjer i Skottland lever i fattigdom", tillade han.
Folkhälsominister Aileen Campbell sade att hon diskuterade rapporten med sina författare förra veckan.
Hon talade om god morgon i Skottland och försvarade regeringens meriter och pekade på framgång i kampen mot rökning och i de ökande tidiga årens barnomsorg.
Hon sade: " Vi vidtar redan åtgärder på alla områden, men vad vi behöver göra är att ta reda på var mer åtgärder krävs.
"Den första ministern har också beskrivit i sitt program för regeringen att vi kommer att ta fram ett lagförslag om barnfattigdom, det är i skarp kontrast till den brittiska regeringens strategi om att upphäva barnfattigdomsmålen."
Hon sade att hon "uppfriskar" regeringens strategi för fetma och det skulle inom kort läggas ut på samråd.
Hon frågade om regeringen skulle överväga att fylla på med barnbidrag och svarade: " Vi vill göra vad vi kan kring de nya krafter som vi får kring välfärdsreformen.
"Vi minskar redan effekterna av sovrumsskatten, vi gör redan ett antal saker för att mildra slaget av välfärdsreformer i Storbritannien.
"Vad vi behöver göra med de nya befogenheterna är att se till att dessa befogenheter kan maximera hushållens budgetar, kan maximera de möjligheter som våra ungdomar har i livet och se till att vi har ett ståligt fokus på att se till att unga människor får sin rättvisa chans att blomstra, och göra förbättringar i den statistik som vi ser idag."
Den skotska regeringen kom dock in för kritik från oppositionspartier.
Miles Briggs, av de skotska konservativa, sade att det var ett bevis på att SNP inte gjorde mycket för att ta itu med viktiga hälsofrågor i hela Skottland.
Han tillade: " Den kan slå tillbaka med all den snurr den vill ha, men sanningen är den att SNP har varit ansvarig i tio år nu och dessa oerhört oroande upptäckter ligger stadigt vid nationalisternas dörr.
"Det är uppenbart att SNP inte kan skapa trovärdiga planer för förbättringar, men den måste mycket allvarligt reflektera över de rekommendationer som ingår i RCPCH-rapporten."
Scotish Labours ojämlikheter talar kvinna Monica Lennon beskrev resultaten som "enkelt skrämmande".
"Denna rapport belyser bristerna i SNP: s årtionde vid makt att stoppa effekterna fattigdom har på en mängd hälso- och välfärdsfrågor från rökning till amning," sade hon.
"En annan 327 miljoner pund av nedskärningar till skolor och socialvårdsavdelningar i hela Skottland kommer bara att göra detta värre. Vi måste ta en annan väg."
Barnens hälsa i Skottland är en av de värsta i Europa, enligt en stor ny studie.