UD-taleskvinnan Marie Harf bekräftade att Fowle var på väg hem på tisdagen efter förhandlingar.
Hon sade att USA arbetar för att säkra frigivningen av två andra amerikanska medborgare, Matthew Miller och Kenneth Bae, som fortfarande hålls fängslade i Nordkorea.
USA har anklagat Nordkorea för att använda de fängslade amerikanerna som brickor i ett diplomatiskt spel.
Fowle, 56 år, reste in i Nordkorea den 29 april och fängslades i början av juni när han lämnade landet. Han åtalades för brott mot staten.
Han uppges ha lämnat en bibel på toaletten på en restaurang i den norra hamnstaden Chongjin, men hans familj har insisterat på att han inte var på uppdrag för sin kyrka.
Missionärsverksamhet betraktas som ett brott i Nordkorea.
I augusti vädjade han och den andre fångvaktaren Matthew Miller till USA:s regering för att se till att de frigavs.
Som svar på överklagandet lovade de amerikanska myndigheterna att se till att frigivningen av fångarna fick högsta prioritet.
Miller dömdes senare till sex års hårt arbete för att ha begått "fientliga handlingar".
Statsdepartementets Marie Harf sade att Washington välkomnade Fowles frigivning och tillade att amerikanska tjänstemän "fortsätter att fokusera på det fortsatta frihetsberövandet av Kenneth Bae och Matthew Miller och uppmanar återigen Nordkorea [Nordkorean] att omedelbart frige dem".
Hon sa att Nordkorea hade bett den amerikanska regeringen att transportera Jeffrey Fowle ut ur landet som ett villkor för hans frigivning.
Hon tackade också Sverige, som fungerar som USA:s försvarsmakt i Nordkorea, för de "trötta ansträngningarna" som dess ambassad i Pyongyang gjorde.
Det gavs ingen anledning till att Fowle frigavs.
Washington har försökt skicka representanter på hög nivå för att förhandla om frigivningen av fångarna, men dessa besök har ställts in av Nordkorea under de senaste månaderna.
Pyongyang har förnekat anklagelser om att den använder de arresterade amerikanerna som diplomatiska förhandlingsmarker.
Jeffrey Fowle, en av tre amerikanska medborgare fängslade i Nordkorea, har släppts, säger amerikanska tjänstemän.