Sergeant Elor Azaria, 20, sköt Abdul Fatah al-Sharif, 21, i huvudet medan han låg orörlig på en väg.
Händelsen inträffade i Hebron på den ockuperade Västbanken i mars, efter att en annan soldat knivhöggs.
Sergeant Azaria sa att han trodde att Sharif hade en sprängväst, men åklagaren sa att hans motiv var hämnd.
Den uppmärksammade rättegången har visat sig vara extremt splittrande i Israel, säger BBC:s Yolande Knell i Tel Aviv.
Det har funnits möten för att stödja soldaten och några högre politiker stödde Sgt Azaria. De främsta militära personerna var dock snabba att säga att hans handlingar inte återspeglade Israels försvarsmakts (IDF) värderingar.
I incidenten den 24 mars knivhögg och sårade Sharif och en annan 21-årig palestinsk, Ramzi Aziz al-Qasrawi, en israelisk soldat innan trupper öppnade eld mot dem, sårade Sharif och dödade Qasrawi.
Filmen av scenen flera minuter senare, filmad av en palestinsk och släppt av den israeliska människorättsgruppen B'Tselem, visar Sharif levande.
En soldat, identifierad som Sgt Azaria, ses sedan kuka hans gevär och dödligt skjuta Sharif från flera meter bort.
I sin anklagelse sade åklagare Sgt Azaria "våld mot reglerna för engagemang utan operativ motivering eftersom terroristen låg på marken sårad och inte utgjorde något omedelbart hot för den anklagade eller andra som var närvarande".
Avkunnar domen på onsdag, panelen av tre militärdomare förkastade Sgt Azarias försvar att han sköt Sharif eftersom han fortsatte att utgöra ett hot.
Han hade berättat för domstolen att han trodde att det kunde finnas ett självmordsbälte under palestinsk jacka.
Domarna, som tog två och en halv timme att avge sin dom, noterade att Sgt Azarias kompani och bataljonschefer hade vittnat om att han inte nämnde samma oro när de förhörde honom omedelbart efter skottlossningen.
Domarna sade också att det inte fanns någon dispyt om sannfärdigheten i de uttalanden som gjordes av en annan soldat, som vittnade för militära utredare att Sgt Azaria hade sagt till honom under händelsen: "De knivhögg min vän och försökte döda honom - han förtjänar att dö."
Sergeant Azaria berättade för domstolen att han inte minns att han hade något sådant samtal, men chefen för juryn, överste Maya Heller, beskrev honom som ett "otillförlitligt vittne".
"Hans motiv för att skjuta var att han kände terroristen förtjänade att dö", sade hon.
Åklagare överstelöjtnant Nadav Weissman sade: " Detta är inte en lycklig dag för oss. Vi hade föredragit att det inte hände. Men gärningen skedde, och brottet var allvarligt."
En talesman för Sgt Azarias familj sa att bevis som bevisar hans oskuld hade ignorerats. "Det var som om domstolen var avskild från det faktum att detta var området för en attack", sade han.
Soldatens mor, Oshra, ropade till domarna: "Ni borde skämmas över er själva."
Försvaret har sagt att det kommer att överklaga domen. Domen väntas inom de närmaste veckorna. Manslakt i Israel har högst 20 år på sig.
Sharifs far Yusri uppges ha sagt att Sgt Azaria förtjänade ett livstidsstraff. Sharifs farbror Fathi berättade för Haaretz att beslutet att pröva honom för dråp snarare än mord var "en perversion av rättvisa och domstol".
Försvarsminister Avigdor Lieberman, som uttryckte sitt stöd för Sgt Azaria innan han tillträdde i maj, sade att domen var "svår" och att försvarsetableringen skulle "göra allt den kan för att hjälpa soldaten och hans familj".
Men han uppmanade också allmänheten att respektera domstolens beslut.
Sari Bashi, Israel opinionsbildare på Human Rights Watch, beskrev domen som "ett positivt steg mot reining i överdriven användning av våld av israeliska soldater mot palestinier".
Skottlossningen skedde under en våg av knivar, pistoler och fordon som rammade attacker av palestinier eller israeliska araber i Israel och Västbanken som har dödat minst 42 personer sedan september 2015, enligt de israeliska myndigheterna.
Human Rights Watch sade i måndags att videofilmer eller vittneskonton väckte allvarliga frågor om många av de mer än 150 fall där israeliska styrkor med dödlig utgång har skjutit palestinier under attacker eller försök till attacker mot israeler.
En israelisk soldat filmade att han skjutit ihjäl en sårad palestinsk angripare efter att ha avväpnat en kniv har dömts för dråp.