Gatlin slog Jamaicas Asafa Powell - som körde 9.94seks - med andra amerikanska Tyson Gay tredje på 9.98seks.
Före detta olympiska mästare Gatlin, 34, som ledde från blocken, leder Diamond League 100m ställningar efter att också ha vunnit i Shanghai tidigare denna månad.
Femi Ogunode, världens snabbaste man i år, var femte i 10.02seks.
Storbritanniens Laura Weightman kom sexa på 1500-talet.
Weightman, 24, klockade en tid av fyra minuter 03.04 sekunder i ett lopp som vanns av Kenyas Faith Kipyegon i 3:56.41.
Storbritanniens Tiffany Porter, 28 år, slutade på sjunde plats i kvinnornas 100 meter långa hinder bakom vinnaren Kendra Harrison.
American Harrison slutade i 12.24seks, ett nytt amerikanskt rekord och den näst snabbaste tiden i händelsens historia.
I kvinnornas höga hopp vid evenemanget i Eugene, Storbritanniens Isobel Pooley, 23, slutade åttonde efter röjning 1,88 meter.
Justin Gatlin körde sin snabbaste tid på året för att vinna 100m på Prefontaine Classic Diamond League möte i Oregon på 9,88 sekunder.