Den £12m Januari signering från West Bromwich Albion har ännu att göra mål för Potters i nio framträdanden.
Men Hughes sa till BBC Radio Stoke att han stöder 23-åringen för att rättfärdiga den överföringsavgift Stoke betalade för honom.
"Nästa säsong är när vi känner Saido kommer att ha maximal effekt," sade Hughes.
"Det är alltid svårt att komma i halvtid, så att säga, under januari överföringsfönstret, men han är integrerad väl inom gruppen - det finns inga problem i termer av det."
Efter att ha missat så mycket fotboll under de 16 månaderna mellan Albion tackade ner sin flytt till Tottenham i augusti 2015 och hans slutliga flytta till Stoke, gjorde Berahino bara sin femte Stoke start i lördagens 2-1 hem nederlag av Liverpool.
"Han har inte spelat mycket fotboll och håller fortfarande på att få fart, det är rättvist att säga," sade Hughes. "Men dessa spel mellan nu och slutet av säsongen kommer att vara ovärderliga när det gäller att han förstår vad vi handlar om och vad han behöver göra.
"Vi vill få honom att göra mål och få honom av och springa - det kommer att vara bra för honom. Då kommer vi att se en tydlig skillnad nästa säsong när det gäller hans påverkan."
Det är nu över ett år sedan Burundi-född före detta England Under-21 internationella Berahino gjorde sitt sista mål - i Albions 3-2 hem seger över Crystal Palace i februari 2016.
Stoke City manager Mark Hughes säger att fans bör ge januari signering Saido Berahino tid att göra en effekt i Potteries, och att han verkligen bör bedömas från nästa säsong.