Paret bar gula halsdukar och garner vid det 200 år gamla hinduiska templet i Bahras huvudstad Manama.
Prins Charles höll tidigare samtal med landets långtidspremiärminister Sheikh Khalifa bin Salman al-Khalifa.
Det kungliga paret har också besökt Förenade Arabemiraten och Oman under den sju dagar långa resan.
Besöket i Bahrain markerar 200 år av formella förbindelser mellan de två länderna, från ett vänskapsavtal som undertecknades 1816.
Förenade kungariket upprätthåller starka militära band till Bahrain, där man har drivit sin permanenta flottbas HMS Juffair i mer än ett år.
Prins Charles besökte basen för att öppna ett välfärdskvarter och inspektera HMS Middleton.
Men resan kommer mitt i oron över fortsatta kränkningar av de mänskliga rättigheterna i Bahrain.
Prins Charles har ställts inför uppmaningar att väcka oro över hur Bahrains säkerhetsstyrkor har hanterat en rad massprotester i landet.
Han började dagen besöka Sheikh Khalifa, som har varit i tjänst sedan 1971, på Bahrains specialbyggda privata ö.
Mellersta Östern-turnén, som anordnades av den brittiska regeringen, syftar till att stärka partnerskapen i regionen inom en rad områden, däribland naturskydd och kvinnor i ledande ställning.
Under dagen besökte Camilla St Christopher's School, en brittisk skola med 2 200 elever, och talade med eleverna om deras läs- och skrivkunnighet och musiklektioner.
Hon träffade senare en grupp unga affärskvinnor som kallas Högsta kvinnorådet, som leds av Prinsessan Sabeeka bint Ibrahim Al Khalifa, den första hustrun till Bahrains kung Hamad.
Rådet, som inrättades 2001 för att ge råd till regeringen i kvinnofrågor, består av en grupp på 16 kvinnor med en "omfattande bakgrund och erfarenheter".
Det kungliga paret presenterade senare två nya frimärken, till minne av två århundraden av diplomatiska band mellan Storbritannien och Bahrain, på Post Office Museum.
Prins Charles besökte också Al-Fateh Grand Mosque, den största i landet, där han signerade besöksboken och fick en rundtur.
Prinsen av Wales har träffat Bahras premiärminister innan han besöker ett tempel tillsammans med Hertiginnan av Cornwall på deras sista dag för att turnera i Mellanöstern.