En internationell expertpanel hade sagt att utredningen var bristfällig.
Studenternas släktingar har ifrågasatt regeringens redogörelse för vad som hände i september 2014.
Regeringen säger att polisen i staden Iguala överlämnade eleverna till en narkotikakartell som dödade dem och förbrände kropparna.
Expertpanelen, som arbetar för Interamerikanska kommissionen för mänskliga rättigheter, kritiserade regeringens version av händelserna.
De 43 var alla studenter på en allmanlig lärarskola i staden Aytozinapa, i sydvästra Guerrero-staten. Högskolan har en historia av vänsteraktivism och studenterna deltog regelbundet i protester.
De försvann från den närbelägna staden Iguala på kvällen den 26 september 2014 mitt i en konfrontation mellan kommunalpolisen och studenterna under vilken sex personer dödades.
Oberoende rättsmedicinska experter har matchat förkolnade benfragment som påträffats vid en soptipp nära Iguala till Alexander Mora, en av de 43 saknade studenterna. De säger också att det finns en stor sannolikhet att en annan uppsättning kvarlevor kan tillhöra Jhosivani Guerrero de la Cruz, en annan av eleverna. Experter från Interamerikanska kommissionen för mänskliga rättigheter säger dock att beviskedjan var bruten och de kunde inte vara säkra på att benfragmenten hade hittats vid soptippen.
Enligt den officiella rapporten greps eleverna av korrupta kommunala poliser som överlämnade dem till medlemmar av ett lokalt narkotikagäng. Narkotikagänget misstog eleverna för medlemmar av ett rivaliserande gäng, dödade dem och brände deras kroppar vid soptippen innan de kastade sin aska i en bäck i närheten.
De tror att tjänstemän har misslyckats med att undersöka den roll soldater från en närliggande barack kan ha spelat i elevernas försvinnande. Regeringen har vägrat att låta soldaterna, som var i området vid tidpunkten för försvinnandet, förhöras av någon annan än statliga åklagare. Familjerna pekar också på rapporten från Interamerikanska kommissionen för mänskliga rättigheter, där det sades att det inte fanns några bevis för att de 43 kropparna brändes vid soptippen.
Expertpanelen drog slutsatsen att regeringens redogörelse för att eleverna brändes bortom identifiering vid en soptipp var fysiskt omöjlig.
Det sades att officiella rapporter verkade förringa närvaron av federala poliser och trupper i närheten av de områden där eleverna greps.
Experterna sa att armén hade vägrat att låta dem intervjua soldater.
De kom fram till en lista över tio rekommendationer som den mexikanska regeringen har gått med på att följa.
I linje med en av rekommendationerna kommer sökandet efter studenterna att återupptas, i enlighet med de riktlinjer som utarbetats av experterna och genomförts i samordning med offrens familjer.
Experterna vill också att den statliga utredningen ska följa upp andra rekommendationer och ta upp andra frågor i rapporten.
De mexikanska myndigheterna återupptar utredningen om förra årets försvinnande av 43 studenter i delstaten Guerrero.