Mer än 1 500 brandmän anföll brandmän som hade sprungit upp i skrubblandet norr om staden och skadade tre personer.
Hemmen förstördes i den närbelägna staden Vitrolles och hundratals invånare evakuerades.
Branden har också rasat i Portugals fastland och på Madeira.
Tre människor dödades på semesterön och mer än 1.000 tvingades lämna sina hem.
De franska bränderna höll i sig på onsdagseftermiddagen och spred sig över mer än 3.300 hektar skrubbmark och skogsområden.
Enligt nyhetsbyrån AFP skadades tre invånare och fyra brandmän, en del allvarligt, i bränder i hela regionen.
Brandmännen skadades när de slogs mot en eldsvåda längre västerut i Herault, när deras fordon omgavs av lågor.
Vitroles, omkring 25 kilometer norr om Marseille, var den stad som drabbades hårdast.
"Allt brann, huset, bilen... Det finns inget kvar", sa en invånare i Vitroles till BFM-TV.
Andra drabbade städer var Pennes-Mirabeau, Saint-Victoret, Fos-sur-Mer och Rognac, där huvudbranden började.
Pallar av tjock rök som steg från Vitrolles och Pennes-Mirabeau drev över Marseille på onsdag.
Marseilles flygplats, som omdirigerade inkommande flygningar för att bana väg för brandbekämpningsflygplan, sade att situationen gradvis höll på att återgå till det normala vid middagstid på torsdag.
Men den varnade för att vissa vägar till flygplatsen förblev stängda och rådde resenärerna att använda tåg.
Marseilles vice borgmästare Julien Ruas sade att eldgator hade skapats för att skydda norra bostadsområden.
På sommaren brinner det ofta i sydöstra Frankrike, men det är ovanligt att de hotar stadsområdena.
På Madeira inkräktade flammorna på huvudstaden Funchal och får skulden för tre äldre människors död, vars hem blev ljust.
Ett fjärde dödsfall rapporterades på det portugisiska fastlandet när skogsbränder rasade i centrala områden.
Brandmän har inneslutit skogsbränder i södra Frankrike som hotade staden Marseille men som fortfarande är på alerten eftersom mer blåsiga förhållanden förväntas.