Argentina kapten hade sagt att rykten om honom flytta klubbar på helgen var "lies".
Men 27-åringen sa: "Ingen vet vad framtiden bär på" vid måndagens Ballon d'Or-ceremoni i Zürich.
Han förlorade till Real Madrids Cristiano Ronaldo som årets världsfotbollare för andra året i rad.
Messi tillfrågades om han trodde att han skulle avsluta sin karriär i Barcelona.
"Jag är inte säker på vad som kommer att hända", sade han.
"Jag vet inte var jag kommer att vara nästa år även om jag alltid har sagt att jag vill avsluta min karriär i Barcelona."
Det hade föreslagits La Liga rekord goalscorer kan lämna klubben efter rapporter om en träningsplats rad med chef Luis Enrique, som tog över förra sommaren.
Han har tillbringat hela sin karriär på Nou Camp, vunnit tre Champions Leagues och sex La Liga titlar samt fyra världsfotbollare av året utmärkelser, sedan han gjorde sin debut 2004. Han är kontrakterad fram till 2019.
Efter att ha vunnit söndagens seger på 3-1 över Atlantico Madrid sade Messi: " Jag har inga avsikter att lämna något lag, inte Chelsea eller Manchester City.
"Jag är trött på allt folk har sagt."
Barcelona framåt Lionel Messi säger "Jag vet inte var jag kommer att vara nästa år", men han säger att han vill bo på La Liga klubben.