Det fanns också guld för James Crisp, som vann sin femte europeiska titel i S9 100m backstroke, medan Ollie Hynd ledde hem en GB en-två i S8 400m freestyle med Josef Craig ta silver.
Hannah Russell (S12 50m freestyle) och Stephanie Millward (S9 100m backstroke) lagt silver till GB medalj drag.
Rodgers slog sin tidigare bästa av 36.01 sekunder, satt 2012, med en imponerande 35.90 att triumfera med 2.82seks och ta sin tredje raka titel.
Den 32-årige, som missade en medalj i evenemanget i London 2012, drar nytta av en ny fjäril teknik där hon använder bara en arm och även om de flesta av hennes främsta rivaler är från utanför Europa, hon var nöjd med sin tid.
"Jag har arbetat ganska hårt med den", sade hon. "Förra veckan var lite av en blandad väska för mig på prövningar så det är verkligen trevligt att komma ut och få en bra tid.
"Det är kul att se det hårda arbetet löna sig. Om PBs och skivor händer hela tiden så tar man det för givet men det är en så fantastisk känsla."
Sheffields Crisp, 33, som vann sin första europeiska titel 1999, använde all sin erfarenhet under andra 50m för att avsluta 0.8seks före Polens Patryk Biskup med lagkamrat Lewis White efter fjärde på hans första stora mästerskap.
"Jag ser typ de senaste 19 åren som lite av en uppvärmning till detta år", sade han. "Detta är året som räknas och det är bra att veta att jag är där eller däromkring och kämpar för medaljerna fortfarande.
"Jag måste ändra min träning lite nu är jag i trettioårsåldern men jag känner mig stark och vältränad."
S8 400m silvermedaljör Craig tävlade bara en dag efter att ha diskvalificerats från S8 100m freestyle finalen eftersom hans tatuering bröt mot reklamreglerna.
Han återvände till poolen på måndag med designen täckt upp.
Susie Rodgers förbättrade sin egen S7 50m fjäril European rekord för att vinna en av tre guld för Storbritannien på dag två av IPC Simning Open EM på Madeira.