Enligt en rapport som organisationen publicerade uppgick antalet dödsfall i världen 2014 till 116, varav 29 i Brasilien, 25 i Colombia och 15 i Filippinerna.
Aktivister ställdes också inför bortförande och andra hot om de störde företags- eller statliga intressen, tillade det.
Förra året såg en topp i mord relaterade till vattenkraft program.
Fjorton människor dog när de försvarade sin mark och sina floder mot dammprojekt.
Global Witness namngav Honduras som det farligaste landet för miljöaktivister, på grund av "regressiva lagar" och ett klimat av "nära total straffrihet".
Antalet döda per capita är störst, och 111 dödsfall har registrerats sedan 2002.
Medlemmar av ursprungsbefolkningar var i allt högre grad involverade i "mark- och naturtillgångarna" och stod för 40 % av alla dödsfall förra året, sade man.
I september mördades fyra peruanska stamledare på väg till ett möte för att diskutera sätt att stoppa olaglig avverkning.
Berta Caceres, en infödd kvinna från Lenca, berättade för författarna till rapporten att hon hade fått många dödshot på grund av sitt motstånd mot en damm som skulle tvinga bort samhället från deras förfäders mark.
Hon påstår att hon har tvingats leva en "fugitiv tillvaro".
Aktivister framställs ofta som fiender till staten, och vissa länder använder antiterrorlagstiftning för att rikta in sig på dem.
Kampanjgruppen uppmanade regeringarna och det internationella samfundet att övervaka, undersöka och straffa dem som ligger bakom vad den kallade en dold kris.
Dödandet av miljöaktivister har ökat med 20 procent under det senaste året, enligt kampanjgruppen Global Witness.