Number Seven Boat Trips och Bristol Ferry Boats båda driver tjänster i stadens hamn. Nummer sju båtresor sa att förändringarna var "orättvisa".
Bristol Ferry Boats var oense och sade att den nya tidtabellen var "rättvisare än den förra".
Stadsfullmäktige sade att det infördes "efter feedback från kunder".
Båda företagen trafikerar samma rutt mellan Temple Meads och Hotwells, vid olika tidpunkter.
Tidigare samlade de två båtarna in människor var tionde minut i en 20 minuters kortplats - och sedan plockade en båt upp passagerare under de närmaste 40 minuterna.
Förändringar innebär nu att färjorna samlas med regelbundna 20-minuters intervall och passagerarna kan nu stanna på samma båt för hela resan, i stället för att byta i stadens centrum.
Richard Rankin, av nummer sju båtresor, sade: "Vi uppmanas att flytta från vår tidtabell på Hotwells rutt - som vi har sprungit i 15 år - 10 minuter tidigare.
"Vad den gör då är, genom att köra två båtar nära tillsammans maximerar den potentialen för vad passagerare finns att få på den andra sidans båtar.
"Det tycker jag är mycket orättvist."
Men Philippa Bungard, från Bristol Ferry Boats, sade återkoppling indikerade tjänsten var "bättre för alla".
"[Det] är mycket rättvisare än den tidigare tidtabellen och alla hittills verkar mycket glada", tillade hon.
I ett uttalande sade rådet att förändringarna gjordes för att hantera resorna på "det mest effektiva sättet".
"Ändringarna har gjorts efter feedback från kunder som använder tjänsterna, för att se till att tidpunkter mellan de två inte överlappar och leverera den bästa upplevelsen för besökare", förklarade de.
En färja båtfirma i Bristol hävdar en ny tidtabell "påsatt" av rådet gynnar sin rival.