Marshall Leonard hålls fången av polisen efter att ha kastat en bomb i ett av varuhusen i Tupelo, Mississippi, tidigt på söndag.
Mr Leonard är känd i staden för den 4ft (1,2m) flagga han flyger över sin bil.
Ingen skadades eller skadades av den improviserade apparaten som bara orsakade en hög smäll men ingen skada.
"En anställd satt i vestibulen och tog en paus. Han sa till den anställde att springa - att han skulle spränga stället, "sade polischef Bart Aguirre.
Den misstänkte kastade sedan in paketet i butiken - ca 0130 lokal tid (0630 GMT).
Walmart, tillsammans med flera andra återförsäljare, drog stridsflaggan och andra minnesmärken från deras hyllor efter mordet på nio svarta tillbedjare i en kyrka i Charleston i South Carolina i juni.
Mannen som åtalades för morden var avbildad som höll flaggan.
Explosiva experter sade att förpackningen innehöll tillräckligt med explosiva material för att skada butiken, men dess dåliga montering gjorde den ineffektiv.
Han greps av polisen ungefär en halvtimme senare när hans silver Mazda pryddes med klistermärken av stridsflagga och Mississippis statsflagga - som själv har en infälld sydstatsflagga - sågs köra ett rött trafikljus.
"Han är en stark anhängare av att hålla flaggan flygande", sade polischefen. "Det här är hans sätt att uppmärksamma det."
Leonard, som bor ensam och är arbetslös, har för närvarande ingen advokat, men kommer att utses av en domare om han inte har råd.
Den konfedererade stridsflaggan blev en kraftfull symbol för de sydliga stater som utkämpade inbördeskriget när de försökte bryta sig loss från facket.
Det ses av vissa som en ikon för slaveri och rasism medan andra säger att bannern symboliserar deras arv och historia.
En man som tydligen är arg över Walmarts beslut att sluta sälja konfedererade stridsflaggor har anklagats för att ha bombat en av återförsäljarens butiker.