Mer än 600 av de 800 anställda på Porton Down riskerar att flytta sina jobb till Harlow i Essex.
HPA föreslog att man skulle flytta till en enda plats 2010 men nu vill hälsodepartementet ha minst 12 månader till "att göra en fullständig bedömning av alla detaljer".
Dorothy Fogg, från Unite, sade trots osäkerhetspersonalen kände sig mer positiv.
HPA har varit ansvarigt för att hantera folkhälsorisker som svininfluensa sedan 2003.
I ett brev som skickades till personalen, HPA sade regeringen hade begärt en "betydande mängd extra arbete göras" om affärsfallet för att flytta personal till Essex som kommer att "lägga till ytterligare ett år innan ärendet är redo för ny inlämning".
Dr Christine McCarthy, verkställande direktör för mikrobiologi vid HPA på Porton Down, sade anställda hade "förväntat ett beslut med en fem år vänta och nu ser det ut som det kommer att vara sex år".
"Detta är en mycket stor investering av offentliga medel - särskilt i det nuvarande klimatet - och de [regeringen] vill så mycket information som möjligt för att informera det slutliga beslutet och de vill göra rätt beslut," sade hon.
"Men det sätter personalen i en mycket svår position - de har haft två och ett halvt år av osäkerhet och denna osäkerhet kommer nu att förlängas med ytterligare ett år."
Men Dorothy Fogg, från Unite-facket, sade att personalen också kände sig optimistisk inför beslutet.
"Det finns osäkerhet - de fortsätter att få höra att det kommer att redas ut år efter år vilket orsakar frustration - men de känner sig också mer positiva," sade hon.
"Och människor är ganska hoppfulla om att när de granskar fallet att de förhoppningsvis kommer att inse att det är bättre att hålla arbetet och människorna på plats på Porton."
Och MP John Glen sa att det var "mycket goda uppmuntrande nyheter".
"Vad vi talar om här är att spendera möjligen 300 miljoner pund på en mycket, mycket känslig anläggning för att hantera de mest tragiska omständigheterna när det gäller folkhälsa så jag tycker att det är viktigt att de får det rätt," sade han.
"Men vad jag tycker är intressant, i brevet som skickades till personalen, är att Justin McCracken [huvudchef för HPA] säger att ett principbeslut inte har fattats.
"Jag tror att det är ett erkännande att fallet inte har gjorts och att de som arbetar på Porton bör vara mycket lugnade."
Hundratals anställda vid Health Protection Agency (HPA) i Wiltshire står inför ytterligare ett år av osäkerhet om framtiden för sina jobb.