Quick-Step Floors ryttare hade vunnit fem steg i årets lopp för att leda gröna poäng jersey klassificering.
Kittel skadade sin högra axel i kraschen på en plan vägsträcka, 20 km in i scenen.
Australiens Michael Matthews, som var nio poäng på drift, kommer att ta över ledningen och hålla en praktiskt taget oantastlig 160-punkts fördel över Andre Greipel.
Poängklassificeringen, som belönar genomgående höga finisher, hade gett en fantastisk sub-plot till loppet.
Världsmästare Peter Sagan hade vunnit de fem tidigare gröna tröjorna och försökte matcha Erik Zabels rekord med sex.
Men den slovakiska diskvalificerades från loppet för att få Storbritanniens Mark Cavendish att krascha ut på scen fyra.
Det lämnade Kittel, som är en ren sprinter, i tröjan och han byggde en fördel på mer än 100 poäng över Matthews.
Team Sunweb ryttare Matthews är en bättre klättrare och kan därför plocka upp punkter på mellanliggande sprints på mer bergiga stadier - som han gjorde på scen 17 - och han hade whittled ledningen ner.
Det verkar nu som om Matthews bara behöver stanna på sin cykel till Paris för att vinna tröjan.
Det finns 60 mellanliggande sprintpunkter tillgängliga plus 50 poäng för vinnaren av den 21: a och sista etappen, som sannolikt kommer att vara en sprinter, såsom Tysklands Greipel.
Greipel kommer dock inte att kunna plocka upp några poäng i berg-toppen finish på scen 18, och är osannolikt att vinna steg 20 individuella tid rättegång.
Tysklands Marcel Kittel har övergett Tour de France efter att ha kraschat på onsdagens scen 17 i Alperna.