Polens parlamentsledamot Janusz Korwin-Mikke gjorde gesten i juli när han talade mot inflödet av migranter till EU.
I oktober bar den italienska parlamentsledamoten Gianluca Buonanno en Hitlermustasch och hälsade under en debatt där den tyska kanslern var närvarande.
Paret har bötfällts $3,380 (2 200 pund) och är avstängda i 10 dagar, men kan fortfarande rösta.
Europaparlamentets presidium beslutade i måndags att bekräfta de sanktioner som införts av parlamentets talman Martin Schulz tidigare denna månad, sade en talesman.
Korwin-Mikke protesterade mot transport av migranter över hela EU. Han sade: "Den här gången är det 'ein Reich, ein Volk, ein Ticket'" och höll senare ett tal om invandrare som "mänskliga sopor".
Buonanno bar en T-shirt som kombinerade bilderna av Adolf Hitler och Angela Merkel under en debatt om Volkswagens utsläppsskandal, och en dag senare höll nazisthälsningen med Angela Merkel och Frankrikes president Francois Hollande närvarande.
Båda parlamentsledamöter hade varit inblandade i denna typ av incidenter tidigare, sade Europaparlamentet.
Buonanno twittrade på tisdagen ett fotografi av sig själv i Europaparlamentet och sade: "De förbjöd mig, men jag gick ändå in!"
Han blev indragen i mer kontroverser tidigare denna månad när han brandished en pistol under en TV-intervju under en rad över Italiens självförsvar lagar och meddelade att han skulle inrätta en fond för att hjälpa invånarna i hans stad köpa vapen.
Två högerparlamentsledamöter har blivit avstängda från Europaparlamentet för att ha gjort nazisthälsningar under sessionerna.