Somliga är tvungna att hyra bilar och taxi för att uppfylla sport fixturer eller ta utflykter som ett resultat.
Rektorer har blivit varnade av Utbildningsmyndigheten (EA) att vissa lärare som för närvarande kör minibussar kan göra det olagligt.
EA sade att ändringen berodde på att Förar- och fordonsbyrån klargjorde reglerna för minibussar.
En rektor berättade dock för BBC att förändringen skulle få "höga konsekvenser" för skolorna.
Tidigare hade personal som hade ett körkort som kvalificerade dem att köra bil också kunnat köra en skol minibuss.
I den reviderade vägledningen från Förar- och fordonsbyrån (DVA) anges dock att lärare nu måste ha ett D1-tillstånd och ett förarbevis för att kunna göra det.
I EA:s brev till huvudmännen, utfärdat i juni, anges att om så inte är fallet kommer det att få allvarliga konsekvenser.
"Om dessa kriterier inte kan uppfyllas, kommer en resa som utförs av personal inte att betraktas som laglig och kan lämna föraren och den arbetsgivare som står inför åtal och påföljder", sägs det.
"Det är absolut nödvändigt att skolan hela tiden och du övertygar dig själv om att de relevanta kriterierna har uppfyllts innan du tillåter anställda att köra en minibuss."
Rektorn för Lisneal College i Londonderry, Michael Allen, sade att de nya restriktionerna hade en allvarlig inverkan.
"Ingen på min skola uppfyller för närvarande de nya kriterierna", sade han.
"Jag är nu tvungen att betala taxi för att ta elever på geografi utflykter före terminens slut.
"Ett skollag skulle också spela en cricketmatch som vi skulle ställa in tills en annan skola, som hade en kvalificerad förare, hjälpte oss.
"Denna förändring kan sluta kosta min skola upp till 1000 pund före slutet av terminen ensam."
I ett uttalande sade EA att det hade skrivit till alla skolor för att göra dem medvetna om att DVA hade klargjort licenskraven för minibussar."
"Dessa krav gäller för dem som är anställda i skolor som kör minibussar."
DVA har ännu inte besvarat en begäran om ytterligare detaljer.
Skolorna står inför nya begränsningar som lärarna kan köra skolminibussar på.