Lagförslaget, som kommer att ge de skickade nya befogenheter, har reviderats från sitt ursprungliga utkast mitt i oron att det kan minska sammansättningsbefogenheter.
Men Jones har uttryckt "betydande oro" över att ett antal frågor inte har lösts fyra månader efter det att lagen offentliggjordes.
Waleskontoret sade att diskussionerna skulle fortsätta med den walesiska regeringen.
Wales Bill har redan debatterats i underhuset och betraktas nu av överhuset som en del av den lagprocess som förs in i lagboken.
Det kommer att skapa ett nytt system för hur församlingen stiftar lagar, och definiera vad som hålls tillbaka till Westminster i en lista över reservationer.
Ministrarna hade reviderat lagförslaget från ett tidigare utkast efter kritiken att det skulle minska församlingens befogenheter, men efteråt har de varnat för att även den reviderade versionen hotar en återgång till kapacitet.
Kommittéfasen i den föreslagna lagens passage genom överhuset kommer att inledas den 31 oktober.
Inför debatten föreslog Lords Constitution Committee Wales Bill att skapa ett "recept för förvirring" och kunde leda till fler walesiska räkningar hamnar i domstolarna.
De kan vägra att tillåta Wales Bill att bli lag genom att rösta emot ett lagstiftningsförslag (LCM). Konventionen är inte rättsligt bindande.
I ett brev till den walesiske ministern Alun Cairns skrev Jones att "den brittiska regeringen offentligt har erkänt" lagförslaget endast kan gå vidare med kungligt samtycke om församlingen har beslutat att ge sitt lagstiftningsgodkännande till det brittiska parlamentet.
Han sade: " Jag kommer att se till att ni använder ert inflytande inom den brittiska regeringen för att säkra de nödvändiga ändringsförslagen så att den walesiska regeringen kan rekommendera lagförslaget till församlingen.
"Vi är verkligen inte i den positionen ännu, men jag är redo att diskutera ytterligare med dig om det behövs."
Jones sade att man bland annat tog upp frågor som rör en walesiska jurisdiktion och antalet och bredden på reservationerna.
Jones yrkade särskilt på att reservationer mot lärarnas lön tillsammans med alkohollicensiering, försäljning och leverans skulle tas bort från räkningen.
"Domstolen om huruvida man ska rekommendera att församlingen ska ge sitt lagstiftande samtycke kommer oundvikligen att påverkas starkt av hur den brittiska regeringen hanterar dessa frågor i utskott och rapport stadier i Lords", sade han.
Lords Constitution Committee sa att förändringar behövs för att se till att församlingens befogenheter inte "oavvänt minskas".
Utskottets ordförande Lord Lang sade: " Listan över reservationer är så omfattande, och de rättsliga prov som styr församlingens befogenheter är så komplicerade och vaga, att det kan vara ett recept på förvirring och rättslig osäkerhet.
"Resultatet kommer sannolikt att bli ökad rättstvist eftersom domstolarna uppmanas att avgöra exakt var gränserna för församlingens auktoritet ligger."
En talesman för Wales Office sade: " Wales Bill ger en historisk möjlighet för den walesiska församlingen att skaffa sig fler befogenheter och skapa en starkare, tydligare och rättvisare devolutionsuppgörelse för Wales.
"Diskussioner kommer att fortsätta med den walesiska regeringen när lagförslaget går igenom parlamentet och det kommer att finnas gott om möjlighet att diskutera ytterligare ändringsförslag under de kommande veckorna."
Den walesiska regeringen är ännu inte redo att berömma Wales Bill till AMs, har förste minister Carwyn Jones sagt.