De sa att det hade funnits 63 bekräftade fall av myggburna sjukdom hittills i år, från sju under hela 2016.
De flesta fallen har förekommit på landsbygden i Minas Gerais-staten, sägs det i ett uttalande från hälsovårdsministeriet.
Regeringen har skickat två miljoner doser gula febervacciner till staten.
Guvernören av Minas Gerais har förklarat en 180-dagars undantagstillstånd.
Källa: WHO
Av de 63 bekräftade fallen i Brasilien har 35 visat sig vara dödliga, visar siffror från Brasiliens hälsovårdsdepartement.
Det är det största antalet dödsfall sedan åtminstone 2008, det år som hälsovårdsministeriets register går tillbaka till.
Det har också förekommit tre bekräftade fall i Sao Paulo, Brasiliens folkrikaste stat, och var och en i Espiritu Santo och Bahia, som båda grannarna Minas.
Det är inte klart vad som har orsakat ökningen i fall.
Hälsovårdsmyndigheterna i Brasilien säger att det har skett en kraftig ökning av gula febern i landet.