"Att bedöma och rapportera stora risker innebär inte att engagera sig i politiken, utan det skulle vara politiskt att undertrycka viktiga domar", berättade han för ett hus of Lords kommitté.
Carney sade att omröstningen var den största inhemska risken för Storbritanniens finansiella stabilitet.
Han tillade att osäkerheten redan slog mot tillväxtutsikterna.
Folkomröstningen äger rum den 23 juni.
Guvernören sade att även om Bank of England inte hade gjort "och inte kommer att göra" någon övergripande bedömning av ekonomin i Storbritanniens EU-medlemskap, bedömdes konsekvenserna vara nödvändiga för att göra sitt jobb - att upprätthålla monetär och finansiell stabilitet.
"Som med den skotska folkomröstningen, kommer vi att kommunicera så mycket som är försiktig om dessa planer i förväg av någon risk materialiserande och så omfattande som möjligt när riskerna har försvunnit," tillade han.
Guvernören upprepade också att han såg "tecken på ökad osäkerhet om Förenade kungarikets makroekonomiska utsikter i samband med folkomröstningen".
Det finns en möjlighet att en röst för att lämna EU skulle "stärka befintliga sårbarheter" i den brittiska ekonomin, inklusive en risk kring Storbritanniens handelsunderskott, tillade han.
"Jag tror att det är säkert att säga att det [britannien bytesbalansunderskottet] löper i en takt runt 5%... och det är anmärkningsvärt hög för en stor avancerad ekonomi... Risken med utmaningen är att finansieringsvillkoren ändras på det kontot. Ökade kostnader för ekonomin - en konsekvens av detta är en kraftig avmattning av ekonomin."
Carney vägrade också att i detalj kommentera måndagens finansrapport som varnade för att den brittiska ekonomin skulle kunna vara 6 procent mindre till 2010 om den lämnade EU, men sade att betänkandets "breda strategi, för mig, är förnuftig".
Han sade att han skulle rösta för att lämna "kan leda till en längre period av osäkerhet om de ekonomiska utsikterna", vilket skulle kunna påverka efterfrågan på kort sikt och påverka utbudssidans ekonomi.
Carneys framträdande inför utskottet kommer bara några dagar efter det att Bank of England varnade för att EU:s folkomröstning skulle kunna skada tillväxten under första halvåret i år.
Banken varnade för att osäkerheten om EU:s folkomröstning skulle kunna leda till en viss uppmjukning av tillväxten under första halvåret 2016.
Det sades också att det brittiska pundet också hade påverkats av osäkerheten inför omröstningen.
Det är bankens plikt att tala om EU:s folkomröstningsrisker, säger guvernör Mark Carney i England och avfärdar anklagelser som banken är alltför politisk.