Helikoptern måste landa på sanden och en läkare och sjukvårdare behandlade den misshandlade pojken innan han fördes till sjukhus av South East Coast ambulans.
Kent Polisen sa att de larmades om störningen omkring 17:05 BST på lördag och förfrågningar pågick.
Enligt rapporter följde det en rad om en flicka, men polisen bekräftade inte detta.
En talesman sa att pojkens skador inte var livshotande.
På Twitter sa folk att flera polis- och ambulansfordon gick till stranden vid sidan av ambulanshelikoptern.
En tweet av @valeriesnatural sade: "När det är [för] trångt finns det alltid problem...... #margate #margatebeach #ilovemargateâ € € € instagram.com/p/BUMOPIxFB_1/"
Och @Lucysal skrev: "Helt plötsligt bröt en massiv kamp ut med massor av tonåringar på #Margate stranden idag."
Ett bråk med omkring 50 ungdomar på stranden i Margate ledde till att flygambulansen kallades för att hjälpa en skadad tonårspojke.