Tidigare US Open mästare McDowell, 37, har fallit till nummer 83 i världen och var inte en av Clarkes tre wildcard val för Hazeltine.
"G-Mac är en god vän och jag talade med honom ofta under kvalificeringsprocessen", säger Clarke, 48.
"Det var mycket svårt, men han skjuter inte på alla cylindrar just nu."
McDowell har spelat i de senaste fyra Ryder Cups - hulling den vinnande putten 2010 på Celtic Manor - och Clarke sade att det skulle vara konstigt att inte ha sin landsman runt Europas Ryder Cup laget senare denna månad.
Men han har blivit imponerad av reaktionen från Portrush-höjt spelare till sin besvikelse över att missa ut i laget för första gången på ett decennium.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"De meddelanden han har skickat visar klassen av mannen", sade Clarke.
"Han har önskat oss allt gott och frivilligt att hjälpa till på alla sätt han kan."
Den europeiska kaptenen säger också att han inte är orolig att sex av hans lag inte har spelat i Ryder Cup tidigare.
Danny Willett, Thomas Pieters, Rafael Cabrera-Bello, Andy Sullivan, Matt Fitzpatrick och Chris Wood kommer att göra sina debuter i Minnesota från 30 September till 2 Oktober.
"The Ryder Cup kommer att vara annorlunda mot allt de har spelat i tidigare, men de är inte nybörjare längre verkligen," tillade den tidigare Open mästare.
"De spelar över hela världen och jag har förtroende för att killarna kommer att gå dit och uppträda.
"Amerikanerna är desperata att vinna tillbaka bägaren men jag tror på vårt lag."
European Ryder Cup kapten Darren Clarke medger att det var svårt att lämna sin nära vän Graeme McDowell ur laget för att möta USA.