Hans talesman säger att Chodorkovskij och hans fru reste med tåg till Basel från Tyskland för att följa med sina två söner som återvänder till sin schweiziska skola.
Chodorkovskij flög till Tyskland efter sin frigivning den 20 december.
Han satt tio år i fängelse för bedrägeri och skatteflykt, men insisterar på att hans övertygelse var politiskt motiverad.
När Chodorkovskij reste till Basel på söndagen, berättade han för schweizisk TV att han ville driva en kampanj för att frige fångar.
Q&A: Chodorkovskij och Ryssland
Chodorkovskij: I citat
Typ: Mikhail Chodorkovskij
"Man kan inte vara tyst när man vet att politiska fångar tynar bort i fängelset", sade han.
"Jag tror att det är varje vanlig medborgares uppgift att kämpa för att frige dem som har fängslats utan motivering. Vad mig anbelangar har det inget med politik att göra", tillade han.
Chodorkovskij har ännu inte bestämt sig för om han vill stanna permanent i Schweiz, sade hans talesman.
Affärsmannen tjänade sin förmögenhet på den kontroversiella privatiseringen av sovjetiska statstillgångar. 1995 förvärvade han oljejätten Yukos.
Efter att president Vladimir Putin kom till makten gjorde Chodorkovskij ingen hemlighet av sitt stöd för den liberala oppositionen,
År 2005 dömdes han till åtta års fängelse för skatteflykt, bedrägeri och förskingring. Två år innan han släpptes dömdes han återigen för ytterligare förskingring och penningtvätt.
Han skulle släppas nästa augusti, men bad om förlåtelse för att hans mor lider av cancer.
Benådningen kom efter att ryska parlamentsledamöter backat upp en omfattande amnesti för minst 20.000 fångar.
Två medlemmar i punkprotestbandet Pussy Riot - fängslad för att ha iscensatt en protest i en katedral - har också nyligen frigivits.
Analytiker säger att Vladimir Putin kanske försökte dämpa den internationella kritiken av Rysslands människorättsrekord inför vinter-OS i Sotji i februari.
Ex-oljetykoon Mikhail Chodorkovskij, som frigavs från ett ryskt fängelse förra månaden, har anlänt till Schweiz där han har beviljats tre månaders visum.