Regeringen i Havanna säger att de som ska friges inkluderar interner som ska friges villkorligt nästa år, liksom ett antal utländska fångar.
De som befunnits skyldiga till brott mot statens säkerhet kommer inte att vara berättigade, till synes utesluta flera uppmärksammade politiska fångar.
Påven kommer att göra ett tre dagar långt besök på ön nästa vecka.
Enligt den statliga tidningen Granma i Kuba valdes fångar ut för tidig frigivning beroende på hur allvarliga deras brott var, hur lång tid de avtjänade och hur de uppförde sig.
Bland dem som skall friges finns ett antal interner över 60 år, fångar under 20 år utan tidigare kriminalregister och interner med kroniska hälsotillstånd.
Inga fångar med straff för mord, andra våldsbrott eller narkotikahandel kommer att släppas, sade tidningen.
Påven Francis förväntas träffa Fidel Castro om den tidigare kubanska ledarens hälsa tillåter det.
Den 78-årige argentinska påven har fått beröm för att ha bidragit till den diplomatiska upptiningen i december förra året efter den decennier gamla fiendskapen mellan det kommunistiska Kuba och USA.
Han deltog direkt i anordnandet av en rad hemliga diplomatiska möten mellan de båda sidorna.
Den romersk-katolska kyrkan har upprätthållit relationer med Havanna sedan revolutionen och påven Francis själv är inte främmande för Kuba. Han var där under påven Benedict XVI:s besök 2012 och är författare till en bok om Kuba.
Kuba har sagt att det kommer att släppa mer än 3.500 fångar i en goodwill gest före ett besök av påven Francis.