Rapparen och låtskrivaren sa att hon aldrig skulle tolerera nazismen i sin konst.
Hon tillade att både producenten och den person som ansvarar för videon "händer till att vara jude".
Videon innehåller också rappare Drake, som är hälften jude.
Minaj sa att videon inte hade påverkats av Adolf Hitlers parti utan av en serie som hette Metalocalypse och även av Sin City, den serietidning som gjordes till en film.
Direktören Jeff Osborne har retweet både positiva och negativa recensioner av videon.
Hennes ursäkt kom efter Anti-Defamation League, en av de bästa medborgarrättsbyrån i USA sade videon använde "Tredje Reich bilder".
De hävdade att videon var "en trivialisering av den tidens historia".
I videon porträtteras Nicki Minaj klädd i en svart kostym med stiliserade svarta bokstäver på bröstet. Några fans sa att detta liknade en hakkors.
Långa röda banderoller med logotypen hänger ovanför henne när hon sitter i slutet av en korridor av tankar.
Vapen bleknar över skärmen som en teckning av Chris Brown i en auktoritär uniform blinkar upp, logotypen emblazone på hans mössa.
Trupper i futuristiska kläder är också dras in i videon, liksom grymma skördare, futuristiska blinkande gasmasker och storm trupp-typ tecken som verkar fan Minaj.  ADL välkomnade hennes ursäkt och tillade: "Vi hoppas att hon kommer att vidta ytterligare åtgärder för att utbilda sig själv och sina fans om vilka nazisterna var och varför vi aldrig bör ta folkmord eller förintelsen lätt."
Hennes fullständiga Twitter kommentarer kan ses nedan.
Nicki Minaj har bett om ursäkt efter att textvideon för hennes "Only" spår anklagades för att innehålla nazistiska bilder.