Owen och Karl Oyston, ägare och ordförande i klubben, var i tvist med affärsmannen Valeri Belokon.
The League Two klubbägare kan behöva betala ut nästan £ 3m ($ 3.75m) efter en domare vid Manchester Civil Justice Centre styrd till Mr Belokons fördel.
Han investerade £ 4,75 miljoner 2008 för att utveckla klubbens South Stand och tvisten var om hans andel av vinsten från det.
En rättsmedicinsk revisor kommer att räkna ut exakt den siffra som Oystons måste betala vid ett senare tillfälle, meddelades förhandlingen.
Den slutliga siffran tros vara mellan 1 och 2 miljoner pund plus 900000 pund.
Oystons och Belokon var oense om de inkomster och vinster som genererats till följd av utvecklingen av South Stand.
Raden inriktades också på avdrag för legitima utgifter, inklusive ett förlustbringande hotell i Blackpool, från vad Belokon ansåg att han var skyldig enligt affärsavtalet.
De tre inblandade männen var inte närvarande i rätten.
Eric Shannon, som företräder klubben, ansökte om tillstånd att föra ärendet till appellationsdomstolen, men detta avslogs av domare Jane Moulder.
Tusentals fans har bojkottat sina hemmamatcher i protest mot att Oyston-familjen äger och driver klubben.
I januari iscensatte fans en gemensam protest med Blackburn Rovers vid deras FA Cup-krock.
Laget har störtat ner Football League till den fjärde nivån bara sex år efter att ha varit i Premier League.
Mr Belokon köpte aktier i klubben 2006 och var starkt involverad i deras uppgång genom leden kulminerade i befordran till Premier League 2010.
Vid ett ovanligt offentligt framträdande i juli förra året sade Owen Oyston att klubben inte var till salu.
Ägarna till Blackpool FC har förlorat en fler miljoner pund domstol strid med en lettisk investerare.