De 13 Premier League klubbarna i den fjärde omgången gjorde 98 ändringar i sina line-ups, i genomsnitt 7,5 per lag.
Championship sidor inför lägre-league motstånd roterade också spelare, med Leeds gör 10 förändringar, medan Brighton och Newcastle gjorde nio.
"Klubbarna bryr sig om pengar medan fans bryr sig om troféer. Det är mycket olyckligt, "Shearer berättade BBC Sport.
"Det är helt galet, jag förstår det inte. Jag är bara för att ta in barn i laget, men inte sju eller åtta av dem. Sex ronder från den tredje omgången till finalen, det är inte fråga mycket är det?"
Rotationen av spelarna i cuptävlingen visade sig vara en talande punkt då Liverpool gjorde nio ändringar och slogs på Anfield av Wolverhampton Wanderers.
På söndagen, Premier League sidor Hull och Watford båda roterade sina trupper och slogs ut av Championship Fulham respektive League One Millwall, medan en obekant utseende Leeds eliminerades av icke-league Sutton.
Men sju topp-flight sidor som gjorde fem eller fler ändringar i deras start line-ups gjorde det igenom till de senaste 16.
På Twitter, Match of the Day presenter Gary Lineker sade Liverpool boss Jurgen Klopp visade en "brist på kunskap om djupet i engelska fotboll och respekt".
Match of the Day pundit Phil Neville tror att förändringarna "gör FA Cup bättre", tillägger: "Det har varit fantastiskt att se upprörda hittills. Jurgen Klopp måste ta reda på om barnen. Han har en enorm akademi. Om du inte spelar dem, vet du inte."
Premier League sidor har gjort en genomsnittlig 2.06 ändringar på sin sida från en liga fixtur till nästa denna säsong, en mycket lägre siffra än genomsnittet av 7.5 gjorde under FA Cup fjärde-rundan helgen.
Men 14 klubbar från den översta nivån är planerade att spela igen i ligan på tisdag, med de återstående sex i aktion 24 timmar senare.
Southampton chefen Claude Puel - som gjorde 10 förändringar i nederlag i Arsenal - sade att han skulle "göra samma sak igen".
Watfords Walter Mazarri - som gjorde sju förändringar för förlusten på Millwall - sade att han var "sorg" och refererade ett fokus på tisdagens Premier League resa till Arsenal, lägga till: "Jag vill ha ett lag som i de kommande 16 matcher strider för varje boll."
Men före detta Arsenal strejkaren Ian Wright sade att han inte kunde förstå Mazarris drag, med Watford 14th i ligan. "Jag vet inte vad mer de spelar för", sa Wright.
Efter nederlag på non-league Sutton United, Leeds United boss Garry Monk medgav sin rotation "bakåtbränd" som han höll ett öga på att få "balansen rätt" för onsdagens Championship fixtur på Blackburn.
Det finns nu bara sju Premier League-lag garanterade en femte runda plats, medan Leicester kommer att tävla en repris med Derby. I detta skede 2015-16 och 2014-15 lämnades 10 kvar i tävlingen.
Chefer gillar ofta att använda raden som "vi tar varje spel som det kommer".
Men när säsongen går in i februari, med viktiga fixturer, en hektisk påskperiod och ligor run-ins på horisonten, verkar det många av dem ser fram emot framtida skyldigheter.
Är FA Cup framgång anses tillräckligt av en belöning? Vinnarna kommer att plocka upp £ 3,4m om alla prispengar för vinster från omgång tre till framgång i en Wembley final läggs ihop.
Som jämförelse, skillnaden i att avsluta en enda Premier League plats högre denna säsong förväntas vara £ 2m. Att nå Champions League platser är värt nästan £11m och det är innan man tar hänsyn till TV-intäkter och prispengar för grupp scenpunkter.
Det skulle vara orättvist att nämna finansiering som en ren motivation för grupp rotation, även om det i slutändan utgör en del av den belöning chefer siktar på.
Ökad återhämtningstid för spelare är ofta central för resonemang chefer ger för att ringa förändringarna men före detta England kapten Shearer hävdar att han aldrig tröttnat.
När Shearer tillfrågades på Twitter om spelet var snabbare och därmed mer tröttande för spelare, svarade hon: "De har nu bättre dieter, träning och förberedelser. Så borde de inte kunna spela mer?"
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Klubbar som gör partihandel förändringar är "fustiga fans" av en FA Cup kör, enligt BBC pundit Alan Shearer.