Monitor har skrivit till 46 stiftelser truster med de största underskotten "utmanande" sina planer.
Rådet uppmanade till penningbesparande åtgärder, t.ex. att endast tillsätta viktiga lediga tjänster för personalen.
Hälsodepartementet stödde flytten, men Labour hävdade att det fanns en finansiell kris i NHS som "extraherade utom kontroll".
David Bennett, chef för Monitor, sade att NHS stod inför en nästan aldrig tidigare skådad ekonomisk utmaning i år.
"Vi ser redan över och utmanar planerna på de 46 stiftelserna med de största underskotten", skrev han i ett brev till truster.
"Det står dock klart att denna process inte kommer att minska finansieringsklyftan, och därför behöver vi alla leverantörer - även de som planerar ett överskott i år - för att se över sina planer igen för att se vad mer som kan göras."
Han uppmanade trusterna att lämna icke väsentliga lediga platser otillsatta och att följa riktlinjer för säker bemanning på ett "proportionellt och lämpligt sätt".
Rosters bör noggrant hanteras för att distribuera personal effektivt över alla nödvändiga skift, inklusive kvällar och helger, sade han.
I maj rapporterade NHS truster i England ett totalt underskott på £ 822m under 2014-15, jämfört med £115m föregående år.
En stor ökning av utgifterna för bemanningsföretag sjuksköterskor bidrog till underskotten.
Vid den tidpunkten, Monitor sade siffrorna för detta budgetår skulle sannolikt vara ännu värre.
Shadow Health sekreterare Andy Burnham sade varningen av Monitor "antyder att den finansiella krisen i NHS hotar att spiral ur kontroll och träffa standarder för patientvård".
Han tillade: "Förslaget att sjukhus kan ignorera säker personalresurser vägledning kommer att alarmera patienter och regeringen måste besluta om det kommer att upphäva detta råd."
Hälsodepartementet sade att det investerade £ 8 miljarder i NHS i England så att det kunde genomföra en femårsplan, och det var viktigt att "varje öre möjligt" spenderades på patientvård.
"Vi stöder detta steg av NHS tillsynsmyndigheter, ovanpå det paket av finansiella kontroller som tillkännagavs tidigare under året, att se till att tjänsten lever inom sina resurser utan att kompromissa standarder," sade en talesman.
Leverantörssektorn har beräknat ett totalt underskott på mer än £ 2 miljarder för 2015-16, enligt specialistresursen Health Service Journal.
Sjukhus och hälsotruster i England har blivit tillsagda av tillsynsmyndigheter att se på sina finansiella planer igen, eftersom de nuvarande är oöverkomliga.