El Hadary, som precis fyllt 44 år, kom från bänken på tisdagens 0-0-0-dragning med Mali när El Shenawy skadade sig själv.
På så sätt slog han åldersrekordet för 39-årige landsman Hossam Hassan.
BBC Sport har lärt sig El Shenawy är ute ur finalen med en hamstring tår och Ekramy behandlas för en hamstring stam, lämnar Egypten utan back-up.
Ekramy drabbades av sin skada under träningen den 14 januari och genomgår intensiv behandling i hopp om att han kan återhämta sig för att spela om det behövs.
Trots den kritiska situationen, har BBC Sport fått höra Egyptian Football Association inte kommer att försöka kalla upp en annan målvakt till truppen eftersom den anser att det inte är tillåtet enligt Confederation of African Football turneringsregler.
Cafs regler säger att en ersättningsspelare inte kan inkallas senare än 24 timmar före ett lags öppningsmatch i turneringen.
Den äldsta Africa Cup of Nations spelare Essam El Hadary är Egyptens enda passande målvakt i Gabon efter skador på Ahmed El Shenawy och Sherif Ekramy.