Miljödepartementet (DoE) sade att det hade gått fem år sedan det första registrerade dödsfallet på grund av viruset i Nordirland.
Nordirlands miljöbyrå (NIEA) sade att det verkade finnas "liten naturlig resistens mot viruset inom lokalbefolkningen".
Det sägs att sjuka ekorrar dör inom tio dagar till två veckor.
NIEA Wildlife Inspector Declan Looney sa att röda ekorrar i Tollymore Forest hade "återfunnit sig väl" efter utbrottet av viruset för fem år sedan, men detta var ett "ytterligare slag".
"Små röda ekorrar kommer att verka lata, tillgängliga, med smärtsamma sår på deras ansikten och tassar," sade han.
"Tyvärr verkar det inte finnas något naturligt motstånd mot viruset inom lokalbefolkningen och sjuka djur tenderar att dö inom 10 dagar till två veckor.
"Om du har ekorrar som kommer in i din trädgård för att mata fågelmatare, ta antingen bort dessa eller rengör dem dagligen för att minska spridningen av viruset."
Den DoE sade sjukdomen "inte påverkar människor eller deras husdjur".
En talesperson från skogsförvaltningen sa att det var "inte ovanligt" för viruset "att återuppstå några år efter det första utbrottet".
"Det faktum att den röda ekorre befolkningen återhämtat sig under de mellanliggande åren ger oss stor uppmuntran att arbeta i samarbete med NIEA och Tollymore Red Squirrel Group om genomförandet av kontrollåtgärder kommer återigen att ge ett framgångsrikt resultat", tillade de.
Det har förekommit ett utbrott av ekorrekopporvirus bland röda ekorrar i Tollymore Forest Park i County Down.