Polisen, som förlorade ett High Court-mål 2012, har redan betalat tillbaka 1,2 miljoner pund till fotbollsklubben.
Siffrorna kom fram efter det att domstolen granskat det senaste skedet av tvisten, för avgifter under tre säsonger mellan 2009 och 2012.
Kraften sa att det nu skulle fungera med klubben för att komma överens om vilka pengar, "om något", förblir enastående.
För två år sedan fällde Högsta domstolen överladdningar för "särskilda polistjänster" mellan 2009 och 2012.
Leeds United hade argumenterat polisgator och bilparkeringar nära Elland Road mark var styrkans ansvar och klubben borde inte behöva betala.
Högsta domstolen avgjorde till klubbens fördel och West Yorkshire polisen förlorade ett senare överklagande av beslutet.
Domaren, Sir David Eady, sade ett område av tvister som fortfarande är relaterade till hur avgifter bör göras för 2012-13 och 2013-14 säsonger.
I en skriftlig analys av ärendets utveckling, efter ytterligare ett förhör i juni, konstaterade domaren att båda parterna hade underlåtit att komma överens om en formel för att beräkna den lämpliga rabatten.
Sir David sade att polisen hade "återbetalat den rabatt den ansåg sig ha rätt till" och "anspråkar nu att ingen mer är skyldig".
Assistent Chief Constable Mark Milsom sade: "West Yorkshire Police har redan betalat tillbaka klubben £1.238.816 efter den ursprungliga domen.
– Domen i dag klargör att styrkan och klubben nu bör arbeta tillsammans för att komma överens om vad som, om något, förblir enastående.
"Vi välkomnar möjligheten att nu träffa klubben."
Leeds United hävdar att West Yorkshire-polisen fortfarande är skyldig klubben 800.000 pund för att ha överansträngt polisen på hemmamatcher.