Den krigsveteranen, 37, sprang vidare till en lång bana och styrde ett skott förbi väktaren Jason Steele på 88:e minuten.
Rovers Ben Marshall hade det enda målet i första halvlek, en frikick som gick rakt på hemmaväktaren Frank Fielding.
Chanserna fortsatte att vara på en premie efter pausen tills Wilbraham säkrade stadens femte hem seger för säsongen.
Hemmafansen stod i hyllning till den sena Gerry Gow i 64: e minuten, och var på sina fötter igen när deras straff överklaganden avvisades efter Scott Golbournes skott verkade träffa Darragh Lenihan arm.
Marvin Emnes såg ett skott blockeras när Rovers gled till en femte bort ligan nederlag för säsongen.
City, som nu har vunnit fyra av sina senaste sex matcher, flytta över Birmingham till play-off platser i sjätte, medan Blackburn faller tillbaka till de nedre tre.
Bristol City boss Lee Johnson:
"Det var ett tufft spel för oss. Jag anser att Blackburn är i en falsk position och de kommer att bli mycket besvikna över att inte ha tagit något.
"Jag var glad att nå halvtid inte ett eller två mål bakom. Men vi var mer som oss själva i andra halvan och förtjänade lite tur med målet.
"Blackburn hade blockerat en hel del av våra skott och enligt lagen i genomsnitt en deformation skulle gå vår väg."
Blackburn Rovers chef Owen Coyle:
"Jag är utsliten för spelarna och våra resesupportrar. En sån föreställning skulle normalt ge dig tre poäng, för att inte tala om en.
"Vi borde ha varit före vid halvtid och min enda oro är de små fel som kan göra all skillnad i ett nära spel.
"Målet kom från vårt hörn och en lång boll framåt efter att vi medger en frispark. Vi borde ha försvarat situationen bättre, men det var fortfarande en olycklig omläggning.
"Jag minns inte att Jason Steele var tvungen att göra en svår räddning. Prestandan var så hög och det är en enorm besvikelse att komma undan med ingenting."
Matchändar, Bristol City 1, Blackburn Rovers 0.
Andra halvlek, Bristol City 1, Blackburn Rovers 0.
Charlie Mulgrew (Blackburn Rovers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Aaron Wilbraham (Bristol City).
Joe Bryan (Bristol City) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Craig Conway (Blackburn Rovers).
Försöket räddades. Ben Marshall (Blackburn Rovers) höger fotade skott från utsidan av lådan sparas i nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Corry Evans.
Charlie Mulgrew (Blackburn Rovers) visas det gula kortet.
Mål!  Bristol City 1, Blackburn Rovers 0. Aaron Wilbraham (Bristol City) vänster fotade skott från mitten av lådan till nedre högra hörnet. Hjälpt av Lee Tomlin efter en viss situation.
Lee Tomlin (Bristol City) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Corry Evans (Blackburn Rovers).
Hörnet, Blackburn Rovers. Förföljd av Scott Golbourne.
Försök missade. Tammy Abraham (Bristol City) huvudet från mitten av lådan är nära, men missar till vänster efter ett hörn.
Hörnet, Bristol City. Förföljd av Darragh Lenihan.
Försök blockerat. Tammy Abraham (Bristol City) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad. Hjälpt av Gary O'Neil.
Hörnet, Blackburn Rovers. Förföljd av Scott Golbourne.
Försök missade. Ben Marshall (Blackburn Rovers) vänster fotade skott utanför lådan är bara lite för hög. Hjälpt av Jason Lowe.
Offside, Blackburn Rovers. Corry Evans försöker en genom boll, men Hope Akpan fångas offside.
Foul av Joe Bryan (Bristol City).
Craig Conway (Blackburn Rovers) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Korey Smith (Bristol City) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Marvin Emnes (Blackburn Rovers).
Försök blockerat. Joe Bryan (Bristol City) vänster fotade skott från höger sida av lådan är blockerad. Hjälpt av Tammy Abraham.
Försök missade. Charlie Mulgrew (Blackburn Rovers) vänster fotade skott utanför lådan missar till höger.
Foul av Aaron Wilbraham (Bristol City).
Darragh Lenihan (Blackburn Rovers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Substitution, Blackburn Rovers. Hoppas Akpan ersätter Danny Guthrie.
Substitution, Bristol City. Joe Bryan ersätter Luke Freeman.
Foul av Danny Guthrie (Blackburn Rovers).
Korey Smith (Bristol City) vinner en frispark i defensiva halvan.
Försök missade. Korey Smith (Bristol City) höger fotade skott från höger sida av lådan är nära, men missar till höger.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match Luke Freeman (Bristol City) på grund av en skada.
Försöket räddades. Tommie Hoban (Blackburn Rovers) huvud från mitten av rutan sparas i nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Craig Conway med ett kors.
Försök blockerat. Marvin Emnes (Blackburn Rovers) högerfotade skott från en svår vinkel till höger är blockerad. Hjälpt av Ben Marshall.
Hörnet, Blackburn Rovers. Sammankallad av Aden Flint.
Hörnet, Bristol City. Sammankallad av Sam Gallagher.
Substitution, Bristol City. Taylor Moore ersätter Adam Matthews.
Substitution, Bristol City. Aaron Wilbraham ersätter Jamie Paterson.
Hörnet, Bristol City. Förföljd av Darragh Lenihan.
Aaron Wilbraham slog till sent när Bristol City kantade förbi Blackburn Rovers vid Ashton Gate.