Personalen på Brickkiln Waste Limited på Heather Road fick i fredags veta att företaget var på väg in i administrationen.
Brickkiln har varit inblandad i en tvist med Derry City och Strabane District Council om betalning för kontrakt.
Brickkiln fick nyligen sitt tillstånd tillfälligt upphävt av Nordirlands miljöbyrå.
Detta berodde på överträdelser vid dess avfallsanläggning i Maydown.
I ett uttalande sade Derry City och Strabane District Council att man efter Nordirlands miljöbyrås (NIEA) upphävande av företagets tjänster för mottagning av avfall den 10 juli hade haft ett nära samarbete med Brickkiln, NIEA och andra råd för att "hjälpa till med att lösa de pågående frågorna om avfallshantering".
"Innan tjänsten upphörde var rådet tvunget att avbryta betalningen till företaget eftersom Brickkiln hade underlåtit att fullgöra de avtalsförpliktelser som anges i avtalsspecifikationen", tillade uttalandet.
"Om fakturor har mottagits av rådet som visar att företaget har uppfyllt sina överenskomna villkor, har dessa fakturor betalats i sin helhet.
"Rådet är rättsligt skyldigt att följa all lagstiftning om lämplig avfallshantering och har åtagit sig att samarbeta med företaget, NIEA och andra råd för att lösa frågan."
Tidigare denna månad var tio apparater och nästan 50 brandmän inblandade i att ta itu med en brand vid Heather Road.
Femtio arbetare på ett avfallsföretag i London har förlorat sina jobb.