DSS-agenturen säger att räderna har genomförts under de senaste dagarna och att flera domare har gripits.
Den nigerianska advokatföreningen (NBA) anklagade myndigheterna för att genomföra en "Gestapo-liknande" operation och krävde att de arresterade skulle friges.
President Muhammedu Buhari har lovat att ta itu med den utbredda korruptionen.
Buharis första år: Fem sätt Nigeria har förändrats
I ett uttalande sade DSS: " Sökningarna har avslöjat enorma råa pengar av olika valörer, lokala och utländska valutor, med fastigheter värda flera miljoner naira och dokument som bekräftar oheliga handlingar av dessa domare.
"Vi har övervakat den dyra och lyxiga livsstilen hos vissa domare samt klagomål från den berörda allmänheten om fällande dom som erhållits bedrägligt och på grundval av (av) belopp som betalats ut."
Domarna kom från högsta domstolen, appellationsdomstolen och högsta domstolen.
Namnen på de misstänkta har inte släppts.
Till följd av räderna uppmanade NBA president Buhari att omedelbart varna alla statliga säkerhetsbyråer och respektera rättsstatsprincipen.
NBA chef Abubakar Mahmoud sade till reportrar: "Vi är inte under militärt styre och vi kan inte acceptera denna oheliga händelse och Gestapo-stil operation."
Sedan Buhari tillträdde sitt ämbete förra året har han lovat att ta itu med den våldsamma officiella korruptionen, som har hämmat den ekonomiska tillväxten i hela landet, säger BBC:s Martin Patience i Nigeria.
Som en del av denna kampanj har ett antal tidigare högre tjänstemän åtalats. Men deras fall har till stor del stannat upp i domstolarna.
Den utbredda korruptionen inom rättssystemet gör det extremt svårt att döma mäktiga individer, tillägger vår korrespondent.
Nigerias säkerhetsbyrå säger att det har beslagtagit $ 800.000 (Â £ 645.200) i kontanter i räder riktade mot högre domare misstänkta för korruption.