Minst 22 personer och patienter dödades i bombningen i Kunduz för en vecka sedan.
USA har sagt att strejken var ett misstag och att man försökte rikta in sig på talibanupprorsmän.
MSF har kallat attacken krigsförbrytelse och efterlyst en internationell kommitté att utreda.
De skadade i strejken och familjerna till de döda är berättigade till "kondolence betalningar" från USA.
"Department of Defence anser att det är viktigt att ta itu med konsekvenserna av den tragiska händelsen på MSF sjukhuset," en Pentagon talesman sade.
Medel kommer också att ställas till förfogande för att reparera sjukhuset, tillade Pentagon.
President Obama har bett om ursäkt till MSF:s president och den afghanska ledaren för incidenten.
MSF försöker fortfarande spåra mer än 30 anställda och patienter som förblir oredovisade.
Pentagon ska betala ersättning för dem som dödats och skadats i en amerikansk strejk mot ett sjukhus i Medecins Sans Frontieres (MSF) i norra Afghanistan.