Mer än 200 hus i enklaven brändes ner.
Invånarna uppges ha vägrat att lämna tillbaka en kropp från en by i Bangladesh som påstås ha dödats av indianerna.
Den indiska enklaven, Garati, ligger i Bangladesh, cirka 3,5 kilometer från gränsen som inte är ordentligt avgränsad.
Omkring 2.000 människor bor i enklaven, som omges av Bangladesh i Panchagarh.
Indianerna hävdar att inkräktaren från Bangladesh var en rånare, men byborna från grannområdet förnekar anklagelserna.
Enligt rapporter har bara hälften av enklavens befolkning återvänt till området hittills.
Hundratals människor har tillbringat de senaste nätterna ute i det fria när deras hem förstördes i våldet.
Invånarna i enklaven säger att de hade förlorat hushållsvaror och värdesaker i pöbelattacken.
"Normaliteten återvänder långsamt till området. Vi har satt in ytterligare styrkor för att förhindra ytterligare våld," Shahriar Rahman, en högre polistjänsteman i distriktet Panchagarh, berättade BBC Bengali tjänsten.
Det har ännu inte kommit någon kommentar från den indiska sidan om händelsen.
Lokala journalister säger att detta är den första stora attacken på en indisk enklav på många år. Incidenten har än en gång belyst de spända förbindelserna i gränsområdena.
Indien och Bangladesh har enklaver på varandras territorium och de två sidorna har hållit samtal i åratal för att lösa alla gränsrelaterade frågor.
De två länderna har en gräns på mer än 4 100 kilometer.
Det finns mer än 100 indiska enklaver inom Bangladeshs territorium och det finns omkring 50 Bangladeshi enklaver i Indien - tusentals människor bor i dem.
Invånarna i dessa enklaver klagar ofta över att det praktiskt taget inte finns någon infrastruktur och ingen regering. De säger att det råder brist på vatten, vägar, elektricitet, skolor och medicin.
Aktivister säger att varken regeringen är allvarligt intresserad av att ta itu med den svåra situationen för människor som lever i enklaver.
Polisen i Bangladesh säger att de har arresterat 11 personer för en mordbrandsattack mot en by i en indisk enklav inom Bangladeshs territorium.