Matip, 25 år, var uppkallad i Kameruns preliminära trupp för månadens Afrika Cup of Nations, men försvararen sade att han inte ville spela.
Han skulle ha varit med i gruppen, kanske på planen så jag tycker inte att det är rättvist.
Han var inte i den sista 23-man truppen, men de röda söker "klarhet" från Fifa om hans tillgänglighet.
Tyskland-född Matip har inte varit med i Kamerun sedan september 2015.
Liverpools chef Jurgen Klopp sade: " Enligt vår uppfattning är Joel officiellt pensionerad från den internationella fotbollen.
"Klubben gjorde allt vi var tvungna att göra för att klargöra detta, men fram tills nu kunde vi inte få det svar vi behöver för att vara 100% säker på att han kan spela.
"Det är ganska svårt och riktigt frustrerande. Han har tränat i fyra eller fem dagar. Han skulle ha varit med i gruppen, kanske på planen [mot United] så jag tycker inte att det är rättvist."
Matip var en av sju av deras spelare som sade att de inte ville spela på turneringen i Gabon, som började på lördag och körs fram till 5 februari.
En annan, West Brom full-back Allan Nyom, misslyckades också med att få internationell klarering och deltog inte i hans sidas 4-0 nederlag i Tottenham på lördag.
Kameruns fotbollsförening (Fecafoot) kan be det styrande organet Fifa att stänga av dessa spelare på klubbnivå under hela evenemanget.
Liverpool sade Fecafoot har misslyckats med att bekräfta om center-back Matip - som har gjort 12 Premier League framträdanden sedan flytten till Anfield från tyska sidan Schalke i sommar - kan fortsätta att spela klubbfotboll.
Liverpool drog tillbaka Joel Matip från sin trupp för att möta Manchester United på söndag eftersom de är osäkra på hans internationella klarering.