15-åringen försvann 1994 efter ett skoldisco i County Donegal.
Norman Baxter, en pensionerad PSNI-detektivchef, tog över utredningen några veckor 2002.
Han erbjöd en uppriktig och fördömande bedömning av hur familjen Arkinson inte hade fått hjälp.
När han tog över utredningen hade skolflickan varit försvunnen i åtta år och Baxter sa att utredningens status var "vague - varken stängd eller aktiv".
Han sade att han var fast besluten att göra framsteg, med hjälp av andra engagerade officerare som redan arbetar med fallet.
På tal om Arlene sade Baxter: " Jag skulle säga att hon var ett glömt offer.  Det är ganska hemskt."
Han tillade: "Jag tycker det är hemskt att en 15-åring försvinner och efter en period av lagstadgad skyldighet parkerar du den och går vidare."
Han berättade för förhöret hur han kunde åtala den huvudmisstänkte Robert Howard för hennes mord inom två månader efter att ha tagit över, trots att hans team inte hade hittat några större nya bevis.
Baxter förklarade att han hade arbetat med andra liknande fall och iakttagit andra undersökningar där mordanklagelser hade väckts, även utan ett organ.
"Mina föregångare ansåg att om det inte finns någon kropp, det finns ingen mordanklagelse", sade den pensionerade officeren.
Förändringar i hur polisen betraktade sådana fall innebar att han kunde åtala Howard för mordet på Arlene den 24 maj 2002.
Rätten hörde att Howard förlorade kontrollen efter att han åtalats och började föreslå att han skulle hjälpa officerare att hitta Arlenes kropp.
Inom några timmar sade Baxter att Howard hade antytt för honom att han kunde samarbeta med polisen och hade frågat var han kunde avtjäna sitt straff.
Den tidigare officeren beskrev Howard under detta möte som "extremt upprörd", "helt skamfilad" och "mycket orolig."och talade om för domstolen att han verkligen hade förlorat kontrollen."
Efter att ha fått veta att han troligen skulle hållas i Belmarshfängelset på remand hörde domstolen att Howard frågade om han kunde få avtjäna sitt straff i Maghaberryfängelset i Nordirland, vilket han trodde erbjöd bättre villkor.
Vid den här tiden hade han också åtalats för mordet på 14-åriga engelska skolflickan Hannah Williams 2001.
Hennes kropp hade hittats i Kent 2002, några veckor innan Howard fördes till Nordirland för att intervjuas av polisen i Nordirland.
Mr Baxter sade att han hade sett platsen där Hannahs kropp hade begravts, och hade samarbetat nära med Kent Constabulary.
I ett skede, tillade han, Kent Constabulary berättade för honom att de hade övervägt att släppa anklagelser kopplade till Hannah Williams om Howard hade samarbetat med PSNI för att hitta Arlenes kropp.
Baxter berättade för domstolen att han inte trodde att denna idé hade förmedlats till Howard.
Han sa att Kent Constabulary hade genomfört "ett förebyggande gripande och åtal" av Howard, i hopp om att hålla kvar honom tills PSNI kunde åtala honom för mordet på Arlene Arkinson.
Senare dök nya starkare bevis upp i Hannah Williams-fallet och Howard dömdes slutligen för hennes mord.
Howard ställdes inför rätta i Nordirland för mordet på Arlene 2005, men frikändes av en jury som av rättsliga skäl inte kände till hans tidigare domar.
Senare berättade Mr Baxter för domstolen mer om barnamördaren.
Han sade att han var förvånad över att några officerare som till en början undersökte Arlenes försvinnande inte hade fått veta att Howard redan var borgen för allvarliga sexuella brott.
"Var han än gick, var han ett hot", sade Mr Baxter.
Våldsamt sexuellt depraverat beteende och staten var ineffektiv för att ta itu med det.
Robert Howard dog i fängelse i England förra året.
En kriminalare som ledde utredningen om Arlene Arkinsons försvinnande har berättat att Robert Howard kunde ha åtalats flera år tidigare.