Passagerarna sa att det var "kaotiskt", med stora folkmassor som knakar runt i korridorer och brist på personal.
Flygplatsoperatör BAA sade UK Border Agency tjänst var "helt oacceptabelt" men köer var lätta.
Byrån skyllde påskhelgen på längden på köerna.
BAA sade köer började lätta efter 13:00 BST med passagerare i terminal 5 måste vänta längst - 31 minuter för EU-passagerare och 51 minuter för icke-EU-medborgare.
Den kortaste väntetiden var i terminal 4, där det tog fyra minuter för passagerare från EU att klara kontrollerna och två minuter för tredjelandsmedborgare.
BAA sade i fredags att de längsta väntande passagerarna hade varit 77 minuter vid terminal 3, 75 minuter vid terminal 4, och 54 minuter vid terminalerna 5 och 1, med passagerare utanför EU som står inför den längsta väntetiden på den tiden.
Matthew Donaldson, 38, från Lincolnshire, som anlände med ett flyg från Kapstaden i Sydafrika omkring 06:30, sade att han var tvungen att vänta i en timme och 45 minuter för att lämna passkontrollen på Terminal 5.
Han sade: " Det var fullständigt kaos. Halva rulltrappan var stängd för att sakta ner folkmassorna och när vi kom till passkontrollen fanns det knakande köer.
"De gav ingen anledning och det fanns ingen högre personal där.
"Det var minst sagt oberäkneligt."
George Galanopoulos, grundare av London Executive Aviation som driver privata jetplan, skrev på Twitter: " Har just landat på Heathrow T5... totalt kaos! "Skämmer ut sig för London."
Simon Baugh, chef för medierelationer vid BAA, sade att den tidigare situationen vid passkontroll, som förvaltas av den brittiska gränsstyrkan, den del av den brittiska gränsmyndigheten som ansvarar för inresa till Förenade kungariket, var "rätt typiskt" men "helt oacceptabelt".
Han sade: " Det är Storbritanniens rykte och BAA: s som lider. Det behövs inte.
"Det handlar helt och hållet om nivån på resourcing regeringen måste sätta på plats."
En taleskvinna från den brittiska gränsbyrån sade: "Vi kommer inte att äventyra gränssäkerheten, men vi strävar alltid efter att hålla störningarna till ett minimum genom att använda vår personal flexibelt för att möta efterfrågan."
Hon sa att det fanns extra arbetare vid gränsen under påskperioden.
Kultur Välj kommittéordförande John Whittingdale beskrev sin kommittés oro över flygplatsens service i ett brev till kultur-, media- och idrottsminister Jeremy Hunt som offentliggjordes denna vecka.
Brevet, daterat 21 mars, sade väntar i över en timme kan avskräcka turister från att återvända till Storbritannien.
Regeringen sätter BAA mål för behandling av avgående passagerare genom säkerhet, men inga avtal om servicenivå är på plats för ankommande passagerare, sade Günther Baugh.
Han sade att inrikesministeriet fastställer en "spiral" väntetid på högst 45 minuter för passagerare från länder utanför EU och 25 minuter för EU-passagerare.
Mr Baugh sa: "Det har inget samband med kundens erfarenhet."
Passagerarna har fått vänta mer än en timme vid passkontrollen på London Heathrow Airport två dagar efter det att det avslöjades parlamentsledamöter varnade för att det kan kämpa för att klara sig under OS.