I en rapport från Federation of Small Business (FSB) konstaterades att 47 % av medlemmarna skulle rösta ja och stanna kvar, och omkring 41 % skulle rösta för att lämna landet.
Det fanns geografiska skillnader - ca 60 % i Skottland skulle rösta ja.
Men en klar majoritet av företagen ansåg att de inte hade tillgång till objektiv information.
En liten majoritet av företagen - 50,5 procent av FSB-medlemmarna - sade att Storbritanniens nuvarande EU-medlemskap var bra för ekonomin som helhet.
Endast 34,9 % tyckte dock att det var bra för deras enskilda företag.
Affärsägaren Herbert Eppel, som driver en teknisk översättningsverksamhet, var fast för att Storbritannien skulle stanna kvar i EU.
"Levande skulle ha en betydande inverkan [på företag]," sade han BBC. "Det skulle leda till ytterligare byråkrati, tid, kostnad, ansträngning och krångel. Allt fungerar ganska smidigt just nu."
Han tillade att tillbakadragandet skulle påverka företag som direkt importerar och exporterar varor till EU och även perifera brittiska företag som är beroende av dessa företag.
Men Kelly Morris av Balgonie Castle Enterprises, en evenemangsfirma, sade att affärer skulle vara lättare om Storbritannien röstade för att lämna.
"Vi ser hindren för EU:s regelverk, byråkratin och byråkratin", sade hon. "Nu pratar de om att behöva ha lågeffektiva dammsugare. Det är löjligt."
Hon tillade att Storbritannien inte verkar få "värde för pengarna" från sitt bidrag till EU:s budget.
Mindre än hälften av företagen sade att de kände att de hade ett fullt grepp om de möjliga effekterna på företag och den brittiska ekonomin av en Brexit, och sade att det fanns "ett behov av tydlig objektiv information" från media.
Det fanns ganska stora geografiska variationer i yttrandet som skulle vara det bästa sättet att rösta. Nästan 60 % av företagen i Skottland skulle rösta ja, och företagen i Wales och Nordirland var också mer benägna att hålla med om att det finns en fördel med EU-medlemskapet än de i England.
Det fanns också betydande regionala variationer i England. Företag i London och Mellanöstern skulle till exempel ha större chans att rösta ja än företag i East Midlands.
I allmänhet var företag som förlitade sig på EU:s import och export mycket mer positiva till en "ja"-röst, medan företag som inte förlitade sig på handel var mindre benägna att se EU som fördelaktigt.
Den möjliga effekten av en "Brexit" på handeln har också varit ett bekymmer för vissa analytiker.
I juni sade kreditvärderingsinstitutet Moody's att ett tillbakadragande från EU "skulle förvärra Storbritanniens handelsposition och därmed tillväxten på medellång sikt".
Investeringarna skulle påverkas negativt, och det skulle bli "en urholkning av sysselsättningen och kapitalet inom exportsektorn" på kort sikt, sade man.
Men vissa analytiker säger att hotet mot handeln är överdrivet.
Vicky Redwood, chefsekonom för Capital Economics i Storbritannien, sade till BBC: "Det finns en mycket god chans att ett frihandelsavtal bildas för att upprätthålla ett bra flöde av handel."
Om Storbritannien var utanför EU skulle det kunna gå vidare med frihandelsavtal med andra länder utan att behöva vänta på handelsförhandlingar på EU-nivå, sade hon.
Det kan finnas vissa hinder utanför en inre marknad, men inga betydande sådana, tillade hon. Hon sade att handel med länder utanför EU som USA klarar av att exportera och importera.
Dessutom, om EU införde handelstullar, skulle det "inte vara så illa", sade hon - den nuvarande tariffen är 4 procent och sjunker. Exportörerna står redan inför stora växelkursrörelser på mer än ett år.
Lucy Thomas, kampanjchef för Business for New Europe, en "ja"-kampanjgrupp, sade:
"Än en gång har brittiska företag klargjort att de stöder Storbritannien som förblir medlem i Europeiska unionen.
"Rapporten från Federation of Small Business belyser den djupa oro som många av dess medlemmar har om en möjlig brittisk exit."
Men Robert Oxley of Business for Britannien, en "nej"-kampanjgrupp, sade: "Att vara en del av ett oreformerat EU innebär att vi förlorar kontrollen över viktiga delar av vår ekonomi, kostar företag och i slutändan arbetstillfällen."
Små brittiska företag delas upp om de vill stanna kvar i Europeiska unionen eller inte, enligt en undersökning av tusentals företag.