När kärnkraftverket på 10 miljarder pund är i drift förväntas det skapa 850 permanenta arbetstillfällen och bör börja generera kraft senast 2025.
Men i ett utkast till brev har rådet kritiserat Horizon för bristen på detaljer i det slutliga samrådet.
Horizon sade att det var "överraskad och besviken" av rådets svar.
I brevet uttryckte rådets verkställande direktör oro över en minskning av den föreslagna lokala sysselsättningen under byggnadsfasen.
Dr Gwynne Jones sade också att det fanns "en förkastlig brist på detaljer" på förslag till hus 4 000 byggnadsarbetare på plats.
I brevet efterlystes "omedelbara" investeringar i utbildning för att se till att lokala ungdomar kommer att anställas vid det föreslagna kraftverket.
Den föreslog att förfarandets laglighet skulle kunna ifrågasättas på grund av bristen på detaljer.
"Rådet fortsätter att arbeta med Horizon och andra viktiga intressenter men... inte till vilket pris som helst och inte heller med löften om "jam i morgon", tillade brevet.
Ett tredje och sista samråd om kraftverksplanerna har hållits och Horizon hoppas kunna lämna in en planeringsansökan, så kallad tillståndsorder, senare i år.
Som svar på rådets kommentar sade Horizon's Richard Foxhall: "De har blivit medvetna om vad vi tänkte samråda om före maj 2017. De instämde i innehållet i det vi gjorde i samrådet.
Naturligtvis, vad vi har rådfrågat om är vad vi ska ändra sedan förra året, inte nödvändigtvis på hela projektet.
"Men vi ser fram emot att arbeta med rådet. Detta är inte slutet av spelet så långt som input."
Han tillade att det inte var fråga om att företagets samrådsprocess skulle vara olaglig.
Företaget bakom Wylfa Newydd har fått veta att Anglesey Council inte kommer att stödja programmet "till varje pris".