Den interkontinentala Cup förlust sänker Irland från första till andra i bordet med två matcher att gå, Irland nästa spela Nederländerna i augusti.
Vinnaren av gruppen kommer att spela ut mot den lägsta rangordnade testsidan (för närvarande Zimbabwe) 2018 för full status.
Tredagarsförlusten är bara Irlands tredje i turneringens 13-åriga historia.
Återuppta deras första innings på 170-7 - fortfarande 367 körningar i förfall - John Anderson visade den nödvändiga ansökan som han gjorde en unbeaten 61 från 175 bollar.
Han har nu passerat 50 mark i alla fem matcher han har spelat i tävlingen.
Han fick beundransvärt stöd från svansen och delade ställningar på 43 med Andrew McBrine (18) för den åttonde korgen och 41 för den sista med Peter Chase (18) eftersom Irland lade 91 till deras totala övernattning.
Den beslutsamhet med vilken den irländska svansen hade motstått Afghanistan och den benspinnande Rashid Khan - som inte lyckades lägga till sin fem-skurk-taly - gav hopp om att irländarna skulle kunna sätta upp ett livligt motstånd med fladdermusen.
Men det skulle det inte vara, eftersom Mohammed Nabi tog sex wickets i Irlands andra innings, och tonåriga benspinner Rashid 3-4, lämnar båda med en match drag av åtta wickets styck.
Uppsägningarna av Anderson och Joyce i samma Nabi över verkade slå ut allt motstånd från irländarna, med Niall O'Brien och Gary Wilson den gemensamma bästa målskyttar med bara 15 styck.
Irlands nästa match i tävlingen är mot Nederländerna hemma i augusti innan de avslutar med en sammandrabbning mot Skottland i Förenade Arabemiraten.
De kommer nu att behöva förlita sig på resultat på annat håll - i hopp om att antingen Hongkong eller Förenade Arabemiraten kan göra dem en tjänst - om de ska ha något hopp om att behålla sin titel och gå vidare till testutmaningen.
Innan dess kommer de att möta England i två endagsinternationaler på Bristol och Lord's den 5 och 7 maj.
Irlands förhoppningar om att kvalificera sig för testutmaningen - och chansen att bli en fullvärdig medlem av ICC - fick ett hårt slag när de sjönk till en inningsomgång och 172-drivna nederlag av Afghanistan i större Noida.