Fotbollens styrande organ agerade efter "inre tvister som påverkar FGF som har stoppat alla fotbollstävlingar i Guinea".
Kommittén, vars ledamöter kommer att utses av Fifa och Afrikanska fotbollsförbundet, kommer att ha i uppdrag att anordna FGF-val senast den 28 februari.
Fram till dess kommer utskottet att leda FGF:s dagliga verksamhet.
Problemen har påverkat Guineas kampanj för att kvalificera sig för nästa års Afrika Cup of Nations turnering.
De är tredje i sin grupp bakom Zimbabwe och Swaziland, med endast vinnarna garanterade en plats i finalen i Gabon.
Guinea ska också vara värd för 2023 Africa Cup of Nations, ett beslut som togs av Caf 2014.
Fifa har utsett en normaliseringskommitté som ska ansvara för Guineas fotbollsförbund (FGF).