Den federala anti-monopoly service (Fas) sade att Apples lokala dotterbolag berättade 16 återförsäljare att upprätthålla de rekommenderade priserna på telefoner i iPhone 5 och iPhone 6 familjer.
Bristande efterlevnad av riktlinjerna för prissättning kan ha lett till uppsägning av avtal, konstaterade kommissionen.
Apple har ännu inte svarat på en begäran om kommentarer.
Vid tidpunkten för undersökningen förnekade Apple att det kontrollerade sina produkters prissättning och sade till Reuters att återförsäljare " satte sina egna priser för de Apple-produkter som de säljer i Ryssland och runt om i världen".
Tillsynsmyndigheten sade Apple hade nu avslutat sin prisfastställande praxis men har inte sagt om företaget står inför böter.
FAS hävdade att Apple Rus övervakade detaljhandelspriserna för iPhone 5c, 5s, 6, 6 Plus, 6s och 6s Plus.
"I fallet med upprättandet av "olämpliga" priser, det ryska dotterbolaget Apple skickade e-post till återförsäljare ber dem att ändra," klockan hunden sade.
Den biträdande chefen för FAS, Andrej Tsarkovskij, tillade att "Apple aktivt samarbetade" med utredningen och att företaget hade "antagit nödvändiga åtgärder för att undanröja lagöverträdelser".
Detta innefattade utbildning av anställda i "antimonopollagstiftningens normer" i Ryssland.
I maj, FAS fann att Google använde sin dominerande ställning för att tvinga sina egna appar och tjänster på användare och bötfällde det 5m ($6m).
Och i november inledde tillsynsmyndigheten en undersökning om huruvida Microsoft missbrukade sin position på säkerhetsmarknaden med Windows-10, efter ett klagomål från Moskva-baserade anti-virusföretaget Kaspersky.
Rysslands konkurrens watchdog har funnit att Apple fastställt priserna på vissa iPhone modeller som säljs i landet.