Vännerna till Muhammad Wisam Sankari berättade för en turkisk gayrättsgrupp, kaosgl.org, att de hade hotats av våldsamma manliga gäng.
"Jag är så rädd", sa en av dem.
En flykting, Sankari, anlände till Istanbul för ett år sedan. Hans kropp hittades i Yenikapi, ett centralt distrikt, den 25 juli. Inga gripanden har gjorts.
Kaosgl.org rapporterade att Sankari hade försökt ta sig till ett annat land som flykting eftersom hans liv var i fara.
En av hans huskamrater, som hette Rayan, sade att en manlig grupp hade kidnappat Mr Sankari för ungefär fem månader sedan, misshandlat honom och våldtagit honom.
"Vi klagade till polishögkvarteret men ingenting hände", sade han.
En annan av Sankaris vänner, Diya, sade att Förenta nationerna också misslyckades med att skydda homosexuella samhället i Turkiet.
"Jag får hot över telefon... Det spelar ingen roll om du är syrier eller turkisk, om du är bög är du allas mål. De vill ha sex av dig och när du inte bara hänger med... vem står på tur?" Diya sa.
I juni sköt turkiska polisen gummikulor och tårgas för att skingra homosexuella aktivister som försökte hålla ett HBTQ-möte i Istanbul, trots ett förbud mot Gay Pride-paraden.
Till skillnad från i många arabländer är homosexualitet inte olagligt i Turkiet, men analytiker säger homofobi fortfarande utbredd.
Cagil Kasapoglu från BBC Turkish Service säger att hatbrott mot HBTQ-personer i Turkiet oftast inte rapporteras.
Enligt Kaosgl har kränkningarna av de mänskliga rättigheterna på grund av sexuell läggning ökat under de senaste åren.
Under rubriken "hatbrott" registrerade organisationen fem mord, 32 attacker och tre självmord i Turkiet förra året.
Man tror att antalet sådana mord under de senaste sex åren är över 50.
Syriska homosexuella flyktingar i Turkiet lider ännu mer, eftersom deras rättsliga status är osäker - de är vanligtvis papperslösa och de flesta är ovilliga att anmäla övergrepp till polisen, säger vår reporter.
De turkiska myndigheterna angav att "skydda säkerheten och den allmänna ordningen" var anledningen till att Gay Pride förbjöds i Istanbul i år. Paraden förbjöds också förra året.
Övergrepp på hbtq-personer i Turkiet har till största delen skyllts på ultrakonservativa muslimer och en ultranationalistisk ungdomsgrupp, Alperen Hearths.
Trakasserierna är också relaterade till en ökning av homofobisk retorik i konservativa medier och sociala medier, säger Cagil Kasapoglu.
Sådan retorik användes av turkiska ultrakonservativa medier när hon rapporterade mordet på 49 personer i juni av en revolverman på en gayklubb i Orlando i Florida, säger hon.
Gunman Omar Mateen, amerikansk medborgare, verkade intressera sig för islamistisk extremism.
Den huvudlösa, stympade kroppen av en homosexuell syrisk man har identifierats av homosexuella hemmakamrater i Istanbul som säger att han hade blivit gängvåldtagen tidigare.