I ett uttalande stod det att "flera huvudplatser för vraket" hade identifierats.
Ett djuphavssökfartyg hade också skickat tillbaka de första bilderna av vraket, tillade uttalandet.
Det fanns 66 personer ombord på flygning MS804 när den kraschade den 19 maj när den flög från Paris till Kairo.
Airbus A320-planet försvann från grekiska och egyptiska radarskärmar, tydligen utan att ha skickat ett nödanrop.
Den egyptiska undersökningskommittén sade att utredare ombord på John Lethbridge sökfartyg, som har kontrakterats av den egyptiska regeringen, nu skulle göra upp en karta över vrakdistributionen.
Vad vet vi hittills?
Vilka var offren?
Tidigare denna månad, sökteam sade signaler från en av de "svarta lådan" färdskrivare hade upptäckts.
Signaler som avges av färdskrivarna förväntas löpa ut den 24 juni, har experter varnat.
Orsaken till kraschen är fortfarande ett mysterium.
En terrorattack har inte uteslutits, men ingen extremistgrupp har hävdat att planet störtar.
Analytiker säger att mänskliga eller tekniska fel också är en möjlighet. Flygdata visade att rökdetektorer gick av i toaletten och flygplanets el, några minuter innan planets signal försvann.
Enligt grekiska utredare svängde planet 90 grader åt vänster och därefter 360 grader åt höger och sjönk från 11 300 meter (37 000 meter) till 4 600 meter (15.000 meter) och sedan 3000 meter (10 000 meter) innan det försvann från radarn.
Vrak av EgyptenAir flygning som försvann över Medelhavet förra månaden har hittats, egyptiska utredare säger.