Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
David Kenworthy, ordförande för UK Anti-Doping (Ukad), sade till BBC: "Vi har blivit tillsagda att förvänta oss nedskärningar på upp till 25 procent.
"Ukad skulle vara i fara om vi hade stora nedskärningar så där eftersom syftet som vi är här för, jag är inte säker på att vi skulle kunna uppfylla det ordentligt."
Varningen kommer om ett år när idrotten har drabbats av omfattande dopingpåståenden.
"Vi måste ha tid och medel för att försöka kompensera den inkomsten om vi ska överleva - om vi inte, integriteten i UK sport är i riskzonen," säger Kenworthy.
"Det skulle vara desperat. Med den summa pengar investeras i idrottens integritet genom åren, för att få det till där det är, skulle det vara ett enormt slag för Storbritannien plc. "
Förra året genomförde Ukad, som ansvarar för att skydda rena idrottare, 8 728 tester över 40 sporter.
Organisationen har en budget på 7 miljoner pund - som till stor del består av statliga medel - vilket är mindre än när den inrättades 2009, men har nu uppmanats att planera för en eventuell ytterligare nedskärning på upp till 25 procent.
En regeringstalesman sade: " Regeringen är tydlig med att Ukad outtröttligt arbetar för att säkerställa att idrottare och idrott är rena, och fortsätter att erkännas internationellt för sitt arbete.
"Beslut om framtida finansiering är med rätta för utgiftsöversynen den 25 november, men vi har också varit tydliga med att alla delar av den offentliga sektorn kommer att krävas för att hitta besparingar genom effektivitet och reform av hur saker och ting görs, så att vi kan leverera mer med mindre.
"Det är en del av vår plan att bygga en stark och stabil ekonomi för arbetstagarna och säkerställa hållbarheten i våra prioriterade offentliga tjänster."
Men Kenworthy beskrev den föreslagna snittet som "drastisk", och tillade: "Något måste ge, så testet skulle säkert gå."
"Test är mycket dyrt. Standard urinprov som ska testas kostar £ 371, idrottsmannens biologiska pass kostar £ 439 för varje test.
"Jag tror att vi skulle vara nästan döda i vattnet ärligt talat - du kan inte fungera på den grunden. Det skulle vara en skrämmande nedskärning och ett fruktansvärt slöseri med vår erfarenhet som vi har byggt upp. "
Förutom att testa idrottare har Ukad investerat allt mer tid och pengar i underrättelsebaserat arbete och gått samman med National Crime Agency som det ser ut att minska utbudet av importerade, olagliga tillskott vid källan.
Som en del av Operation Bloodthirsty har Ukad plundrat underjordiska narkotikalabb i Storbritannien när det försöker slå ner på olaglig handel med steroider.
"Jag skulle bli förfärad om vi var tvungna att minska vår intelligens och utredningar eftersom vi har att göra med inte bara idrottare utan leverantörer, tränare och människor som uppmuntrar idrottare att knark," sade Kenworthy.
"Testing är ett mycket trubbigt verktyg. Så vi gör ett test baserat på intelligens. Vi ser ett hälsoproblem. Människor på gym har ingen aning om vad de köper."
Kenworthy säger att om budgeten sänks kan Ukad tvingas be idrottsindustrin - som årligen genererar miljarder pund genom sponsring, sändning och biljettförsäljning - att bidra betydligt mer till skyddet av integriteten.
Landet kan inte leva över sina tillgångar. Vi måste överbrygga klyftan. Sport kan behöva kliva upp och betala för en del av det arbete som vi gör, "sade han.
"Tänk på hur mycket pengar som går till idrott i det här landet. Sextiosex medaljer förutspås för Rio - till en kostnad av 4,6 miljoner pund för varje medalj. Det är nästan vår budget - för en medalj. Om en av medaljerna visar sig vara falsk så är den skada som vårt rykte har lidit enorm. Jag vill inte se landets integritet offras.
"De pengar som går genom våra vändlar är enorma, liksom de som sänder rättigheter pengar. Allt som pengar investeras i idrott, och den enda som håller oss rena är Ukad."
Förra året analyserade Ukad 5 160 prover med 0,7 % negativa fynd.
Chefen för Storbritanniens nationella antidopningsbyrå säger att organet är "i fara" på grund av potentiella statliga nedskärningar.