Victoria och södra Australien upplever ett högre antal möss än förväntat, sade CSIRO.
Myndigheten karakteriserar en muspest som mer än 1000 möss per hektar (2,471 per hektar).
Om förhållandena ger tillräckligt med mat, kan befolkningen träffa det antalet inom några månader, sade forskaren Steve Henry.
"Vi hade en fantastisk vår i år som leder till rekord grödor," Mr Henry berättade BBC.
"De förhållanden som leder till stora grödor är också riktigt gynnsamma för möss."
CSIRO kunde inte ge en aktuell siffra för möss per hektar, men nämnda data från fällor och anekdotala bevis pekade på en befolkningsökning. Omkring fem möss per hektar skulle betraktas som normalt, sade Henry.
Muspest förekommer regelbundet endast i Australiens spannmålsbälten och en provins i nordvästra Kina, CSIRO sade.
Victoria och södra Australien upptar en stor del av Murray-Darling Basin, en bördig region som står för nästan 40% av Australiens jordbruksinkomster, enligt regeringen.
Utbrott av möss skapar en betydande ekonomisk hit för jordbrukare som tvingas köpa kostsamt bete och ofta återså grödor.
Henry sade att utbrotten också ledde till stress i landsbygdssamhällena.
"Det är det faktum att de invaderar människors hus, de är i sina fordon, överallt de vänder sig om det finns en mus," sade han.
"Människor i städerna är upprörda när de har en mus i huset. Dessa människor i landet, de stör upp varje spricka i sitt hus med stålull för att hindra mössen från att komma in."
Möss introducerades till Australien av europeiska nybyggare. De har få naturliga rovdjur och möter liten konkurrens från inhemska vilda djur.
Australiens vetenskapsbyrå har varnat för att vårregn har skapat idealiska förhållanden för en muspest i landets brödkorg.