Ingen politiker från DUP eller UUP var på hans begravning i St Eugenes katedral på torsdag.
Dr Daly blev synonym med händelserna på den blodiga söndagen 1972.
En talesman för Hilary McClintock, borgmästare i Derry City och Strabane District Council, sade vice borgmästare deltog i hennes frånvaro.
Dr Daly dog på måndagen vid 82 års ålder.
En bild av den dåvarande Fr Daly viftande en blodig vit näsduk i Derry 1972 blev en bestående bild av problemen.
Rev David Latimer sade att han bara kunde spekulera om varför Mrs McClintock inte var närvarande på sin begravning.
"Jag skulle tycka att alla ansträngningar borde ha gjorts för att den första medborgaren skulle vara där", sade han.
"Med tanke på biskop Dalys ställning i denna stad och det arbete han ägnade sig åt, inte bara som biskop utan i det otroliga bidrag han gjorde som präst vid Foyle Hospice, anser jag uppriktigt sagt att alla ansträngningar borde ha gjorts.
"Den person som behöver tillfrågas är den första medborgaren själv.
"Jag skulle bli besviken om hon var närvarande något och inte tillåta någon att ersätta henne", sade han.
En talesman för rådet sa att hon inte kunde närvara vid begravningen och vice borgmästaren var där i hennes frånvaro.
Talespersonen tillade att ett antal högre tjänstemän, däribland verkställande direktören, John Kelpie, också var där för att representera rådet.
DUP-ledamoten Gregory Campbell försvarade också McClintock.
Han blev tillfrågad av BBC om han trodde att hennes beslut att inte närvara vid Dr Dalys begravning berodde på biskopens nu berömda roll på Bloody Sunday.
"Nej, det tror jag inte alls", sa han till BBC Radio Foyle.
"Om det hade varit fallet skulle DUP:s borgmästare inte ha öppnat en kondoleansbok, jag skulle inte ha gjort ett uttalande och den lokala MLA Gary Middleton gjorde också ett uttalande - så jag tror inte att så är fallet."
En presbyteriansk minister har sagt att DUP-borgmästaren i Derry borde ha gjort "varje ansträngning" för att närvara vid begravningen av den tidigare biskopen av Derry Edward Daly.