Minst 20 vägar i länet är stängda, eftersom översvämningar fortsätter att påverka delar av Nordirland efter Storm Desmond i helgen.
Rivers Agency sade att långvarig nederbörd innebar mättad mark och höga vattennivåer i sjöar och floder.
Dess verkställande direktör, David Porter, sa att de övervakade situationen.
"Rivers Agency och Elförsörjningsstyrelsen (ESB) i söder är ansvariga för att kontrollera Lough nivåer och vi arbetar nära för att se till att allt kan göras för att minska nivåerna och därmed effekterna av eventuella översvämningar," sade han.
"En kombination av generering och spill vid vattenkraftverken vid Cliff och Ballyshannon i Donegal pågår för att se till att vatten kan lämna Erne-systemet så snabbt som det kan strömma ner till dammarna.
"Man bör dock vara medveten om att kraftigt regn kan leda till ett större inflöde än vad man någonsin kan hantera, även när utsläpp pågår."
Han sade att floden Blackwater, som flyter genom länen Armagh och Tyrone, var på sin högsta registrerade nivå på 45 år men har nu nått sin topp.
I County Armagh räddade brandmän en man från en skåpbil som var instängd i översvämningsvatten.
Det hände i Armagh Road området Charlemont vid cirka 08:00 GMT på onsdag. Mannen blev inte skadad.
Vissa företag har också drabbats av översvämningarna.
Tom Leonard, som är ägare till en marina i Carrybridge, County Fermanagh, sade vattennivåer var inom " 7 till 8 inches" av vad de var 2009.
"Det har lämnat oss nu idag att vi försöker rädda kundernas båtar och skydda dem", sade han.
"För tillfället, efter den här veckan, måste vi lägga av alla killar tills efter jul vilket irriterar mig mer än något annat.
"De har varit med oss hela sommaren och nu måste vi lägga av dem i julmunnen eftersom vi helt enkelt inte har en verkstad att arbeta i och vi har förlorat alla våra aktier."
Ytterligare översvämningar i länet Fermanagh är möjligt eftersom kraftigt regn fortsätter att höja vattennivåerna vid Övre Lough Erne, Rivers Agency har varnat.