Skolflickans kropp har aldrig hittats efter att hon försvann 1994.
Två år efter att hon försvann grävde polisen upp delar av hennes systers hus och trädgård som letade efter kroppen.
Utredningen fick veta att den information som ledde till sökandet var grundad på en hörd konversation.
Det kom från en okänd källa som Brian McVicker, den dåvarande utredaren, beskrev som uppriktig.
McVicker berättade för förhöret i Belfast att källan enligt hans åsikt var en "äkta person som försökte hjälpa polisen vid en tidpunkt då det inte hände i det området".
Arlene, från Castlederg, var 15 år när hon försvann efter en natt ute i länet Donegal i Republiken Irland.
Dömd barnamördare Robert Howard, som dog i fängelset förra året, var huvudmisstänkt i sitt försvinnande.
Ingenting hittades i sökandet efter Kathleen Arkinsons hem 1996.
Advokaten för familjen Arkinson sa till Mr McVicker: "Du kan vara ärlig som dagen är lång men recitera något du hörde andra säga går inte i god för trovärdighet."
McVicker sade att han efter hand fortfarande ansåg att "det var rätt väg att gå".
Frågade varför så var fallet, sade han: "För att ta reda på om informationen var korrekt, för att ta bort alla moln av misstankar från familjen Arkinson, och för att sätta strålkastarljuset tillbaka på Robert Howard som huvudmisstänkt."
Utredningen fick höra att McVicker träffade källan, som han inte kände till, och en kanal från vilken informationen vidarebefordrades till polisen.
Kanalen, som inte har namngetts, beskrevs av den pensionerade polismannen som en "person med hög aktning i det området".
Ett annat vittne som vittnade om förhöret på torsdag var den pensionerade polisen Arnold McAllister, som intervjuade Howard.
Han sade att han inte kunde komma ihåg resultatet av ett klagomål till polisombudsmannen i Nordirland om polisutredningen av Arlenes försvinnande, trots att han hade blivit intervjuad av ombudsmannen.
Den dåvarande ombudsmannen, Nuala O'Loan, biföll klagomålet och fann att polisen inte hade handlat korrekt eller snabbt för att gripa Howard.
Ombudsmannen fann att det fanns skäl att gripa Howard 48 timmar efter att Arlene försvann.
McVicker sade att han hade varit inblandad i en stor mängd terroristrelaterat arbete vid den tidpunkten och tillfrågades om undersökningen av Arlenes försvinnande var "lite besvärlig för dig".
"Definitivt inte", sa han.
Han sa att han inte kunde minnas varför det tog 46 dagar att gripa Howard.
Han accepterade förseningen i gripandet av Howard, eftersom polisen inte hade några bevis mot honom.
Ett beslut att i stor utsträckning söka igenom hemmet för systern till den saknade flickan Arlene Arkinson i länet Tyrone föranleddes av hörsägen, en utredning om tonåringens död har hört.