Kerem Demirbay fick ett andra gult kort i sin sidas Bundesliga 2 match mot FSV Frankfurt förra veckan.
Demirbay säger att kvinnliga domare Bibi Steinhaus kvinnor inte har någon plats i fotboll när de lämnar planen.
"Detta är vad som händer när unga spelare gör misstag," Fortuna sade på Facebook.
Turkiska ungdomar internationella Demirbay, som gjordes för att döma flickor spelet av hans klubb, väntar fortfarande på sanktioner från den tyska FA för hans kommentarer men har upprepade gånger bett om ursäkt.
"Jag är oerhört ledsen för att ha sagt vad jag gjorde mot Ms Steinhaus," Demirbay sade tidigare i veckan. "Jag skulle aldrig ha sagt denna mening och det återspeglar inte min bild av kvinnor."
En Fortuna Dusseldorf midfielder gjordes för att döma en junior liga flickors match som straff för förolämpa en kvinnlig domare.