Grimsby Town sa att det "fullständigt stöder brevet" utfärdat av fangruppen Mariners Trust till Stevenage FC.
Mariners Trust gjorde anklagelserna om behandlingen av vissa fans efter att de två sidorna möttes på lördag.
Stevenage FC sade att det genomfört "en fullständig, 100% överensstämmande, sökregim" efter rädsla för "potentialen för antisocialt och icke-kooperativt beteende".
Mer om detta och andra Grimsby berättelser
Som svar, Grimsby Town sade att efter att ha kontaktats av Hertfordshire klubb det försäkrade dem "att riskfrågor skulle vara minimala".
Klubben tillade: "Det föreslogs till Stevenage att positivt engagemang skulle resultera i en rolig och problemfri dag och att den enda lilla risk de stod inför var en risk för rökbomber från en liten del av yngre supportrar i åldern 15-25 år, eftersom detta hände på Chesterfield."
"GTFC tolererar inte sökande av minderåriga (under 13 år) eller förhör av kvinnor om innehållet i deras underkläder."
Brevet från supportergruppen påstod att förvaltare frågade några kvinnliga fans "om de kunde känna sina behåar" om de berättade för dem att de var undertrådade.
Den hävdade att sökningarna var "i full syn på manliga förvaltare, fans och polis" och beskrev dem som "en grov kränkning av privatlivet".
Fans gruppen sade också barn så unga som fem utsattes för full kroppsvisitering och supportrar hade föremål konfiskerade som inte var listade som förbjudna, såsom "kontaktlins lösning, hosta godis och medicin".
Stevenage FC sade att sökningarna genomfördes eftersom "efter att ha samarbetat med Grimsby Towns säkerhetsofficer, polisen och andra, var det indikerat att förbjudna föremål sannolikt skulle försöka föras in i området och kunde överföras till dem som ansågs mindre benägna att bli visiterade, såsom kvinnor och yngre anhängare".
Grimsby Town sa att det skulle väcka frågan med Stevenage.
En fotbollsklubb har kritiserat sökandet efter kvinnliga supportrar som ombads visa sina behåar för säkerhetspersonalen.