Tågförare union Aslef sade passagerare var tvungna att lämna tåget på grund av en rad över att köra längre, 12-bilståg utan vakt.
Facket röstar nu för industriåtgärder.
Gatwick Express sade att det hade pratat med Aslef i ett år och var "pusslad" av situationen.
Tåg har införts gradvis sedan februari, med 12-bilståg på grund av officiellt ersätta 10-bilstrafik från måndag.
Gatwick passagerarservice direktör Angie Doll sade en förare var inte beredd att transportera passagerare på lördagens första 12-bilstrafik.
Hon sade: " Tyvärr ställdes tåget in och omkring 30 passagerare flyttades till ett tåg på den intilliggande plattformen som gick sju minuter senare.
"Föraren tog tåget till Gatwick och tillbaka men inte med några passagerare ombord."
Företaget sa att det var den bästa lösningen att släppa ut tåget från Victoria utan någon ombord.
Det sade att tåget annars skulle ha blockerat den upptagna plattformen och orsakat betydande störningar, utan någon tid att dela den eller ta den någon annanstans.
Doris Doll sade att facket var medvetet om att tågen skulle införas och att förarna redan hade trafikerat tågen och fått utbildning.
Hon sa att företaget var öppet för ytterligare samtal.
Simon Weller, från Aslef, sade att facket hade sagt till Gatwick Express att medlemmarna inte var beredda att arbeta med tåg med tolv bilar.
Han sade: "Problemet är att köra förartåg med passagerare.
"Det problem vi har är att passagerare går ombord och går av med endast en person på tåget.
Han sade att facket ville att Gatwick Express skulle sätta vakter på tågen och sade: "Den förare-endast drift är ett arv av skosträng ekonomi brittiska Rail."
Ett tåg gjorde en returresa från London Victoria till Gatwick flygplats utan passagerare i en tvist om en ny tjänst.