I onsdags slog Högsta domstolen fast att PSNI hade fel när det gällde att låta protesterna äga rum i staden.
Domstolen fann till förmån för en invånare som hävdade att polisen misslyckats med sin rättsliga skyldighet att stoppa paraderna.
Loyalisterna protesterade i veckor efter att Belfasts kommunfullmäktige valde att inte hissa fackets flagga varje dag på året.
På torsdag sade Hamilton att Högsta domstolens utslag mot polisen gör det "okomplicerat att läsa", men att han accepterade det.
"Jag ber om ursäkt till invånarna i Short Strand och till alla andra som besvärades av denna parad", sade han.
"De boende hade sina rättigheter begränsade som ett resultat av att vi tillät denna parad att gå framåt, så jag erkänner att vi har ett jobb att göra på vissa håll när det gäller att återfå förtroende och tillit."
Hamilton sade att flagg protesterna hade lagt fram en utmanande period för polisen: "Det fanns många gånger när vi hade 80 till 120 protestplatser över hela Nordirland."
Han tillade att han godtog och respekterade Högsta domstolens dom.
"Det är bra, faktiskt, efter fyra års rättslig debatt och en hel del granskning runt detta att ha en viss rättslig klarhet", sade han.
"Det är obekväm läsning i delar för oss, men det ger viss klarhet för oss och vi kommer att granska hur vi hanterar oanmälda parader i framtiden i ljuset av detta."
I domen identifierades också vikten av polisens "operativa diskretion", sade han.
"Denna bedömning säger inte att varje gång det finns en oanmäld parad bör polisen stoppa den. Vad det betyder är att polisen har makten att stoppa det.
"Så på sätt och vis är det en annan taktik för oss att hantera denna mycket svåra och olösta fråga i Nordirland."
PSNI Chief Constable George Hamilton har bett invånarna i det korta strandområdet i Belfast om ursäkt för hanteringen av protesterna mot fackets flagg.