Valkommissionen sade den formulering som föreslagits av ministrarna - "bör Förenade kungariket förbli medlem i Europeiska unionen?" - kan uppfattas som partisk till status quo.
Kommissionen har föreslagit att man skall lägga till orden "eller lämna Europeiska unionen"?
Regeringen har sagt att den kommer att godta ändringarna, även om det slutliga beslutet kommer att fattas av parlamentet.
Utvecklingen har dock välkomnats av dem som kämpar för att lämna EU.
Omröstningen om Storbritanniens medlemskap i Europeiska unionen kommer att äga rum före utgången av 2017.
Om ändringarna gjordes skulle valen för väljarna i folkomröstningen vara "Remain en medlem av Europeiska unionen" eller "Lämna Europeiska unionen" snarare än "Ja/Inga alternativ" i den befintliga formuleringen.
Vakthunden sa att det var att rekommendera en nytänkande efter att ha rådfrågat allmänheten, kampanjledare och akademiker.
Medan i sin nuvarande form, frågan var "lätt för människor att förstå och svara", väktaren sade att genom att bara ange "rest" alternativet och "ja" svaret, det kunde "uppmuntra väljarna att överväga ett svar mer positivt än den andra" - att alternativet är status quo.
Rådet varnade för att detta skulle kunna ge upphov till frågor om legitimiteten för det slutliga resultatet, särskilt i de länder som kämpar för att lämna EU.
I den ändrade frågan hävdades det att "inte skulle orsaka någon jämförbar oro för neutralitet, utan också vara lätt att förstå".
– Varje folkomröstningsfråga måste vara så tydlig som möjligt så att väljarna förstår det viktiga val de uppmanas att göra, säger Jenny Watson.
"Vi har testat den föreslagna frågan med väljarna och fått synpunkter från potentiella kampanjdeltagare, akademiker och experter på klarspråk."
"Största väljarna förstod frågan i lagförslaget några kampanjdeltagare och medlemmar av allmänheten anser att formuleringen inte är balanserad och det fanns en uppfattning om partiskhet.
"Den alternativa frågan vi har rekommenderat tar upp detta. Det är nu upp till parlamentet att diskutera våra råd och besluta vilken frågetext som ska användas."
Graham Watson sade att det var praxis för vakthunden att rekommendera ändringar i folkomröstningsfrågor, och det visade att processen fungerade normalt.
Parlamentsledamöterna kommer att överväga frågan när de återvänder från sin sommaruppehåll nästa vecka som en del av lagstiftning som banar väg för omröstningen. Men ministrarna sade att de skulle lägga fram ändringar i EU:s folkomröstningslag för att anta den nya formuleringen.
"Premiärministerns mål har alltid varit tydligt - att ge människor ett mycket tydligt och enkelt val," en No 10 taleskvinna sade.
"Vi tror att detta fortfarande kommer att uppnås med rekommendationen från valkommissionen i dag."
UKIP ledare Nigel Farage sade förändringen var välkommen, tweeting: "Jag är i ingen tvekan om att Ja / Nej erbjudande ledde till stor förvirring och att Rest eller Lämna är mycket tydligare. Det, i kombination med en mer explicit fråga, är den rätta riktningen för resan."
Om ordalydelsen ändras kommer den att kasta tvivel på embryots inställning Ja och Nej kampanjer.
Även om kampanjerna ännu inte formellt har inletts, hade man antagit att de skulle föra en kampanj under fanan ja eller nej, som i folkomröstningar nyligen om skotskt oberoende och det brittiska röstningssystemets framtid.
UK Independence Party sade i tisdags att man skulle starta sin egen "Out"-kampanj och att man förväntade sig att två liknande icke-partigrupper som bildats av lobbyister och affärspersoner så småningom skulle slås samman.
Klockhunden har också rekommenderat en ändring av ordalydelsen i den walesiska språkversionen av frågan.
Samtidigt har ärkebiskopen av Canterbury varnat för onödig oro i debatten om Europa och sagt att det kommer att finnas "tankefulla och engagerade människor, inklusive kristna på båda sidor" av argumentet.
"Det kommer att talas om nationell suveränitet, om nationellt förtroende, om repatriering av lagar, eller om att vara bunden av europeiska lagar som vi inte har någon kontroll över," Justin Welby sade, som han markerade lanseringen av kyrkans nya re-imagining Europa webbplats.
"Den enda säkerheten är att det kommer att bli mycket värme, förmodligen något mindre ljus, men att det är ett enormt viktigt beslut."
Valvakten har rekommenderat en ändring av den fråga som ska ställas till väljarna i en framtida EU-omröstning.