De konservativa, nu med majoritet i Westminster, har lovat att ersätta lagen med en brittisk rättighetslag.
De vill ge Förenade kungarikets domstolar och parlamentet sista ordet i människorättsfrågor snarare än i Strasbourg.
Jones frågade om konsekvenserna av en sådan förändring för Wales och sade till församlingens medlemmar: "Det skulle få oss att se ut som en bananrepublik, ärligt talat."
Lagen om de mänskliga rättigheterna trädde i kraft 2000 och införlivade rättigheterna i den europeiska konventionen om skydd för de mänskliga rättigheterna och de grundläggande friheterna i Förenade kungarikets lagstiftning.
Kritiker säger att lagen har lett till "perversa" domar, inklusive ett utslag som fann att Storbritanniens allmänna förbud mot att rösta på fångar var olagligt.
Men under tisdagens första ministerfrågor sade Jones: "De flesta länder i Europa, inklusive Ryssland, är signatärstater, är medlemmar av Europeiska konventet.
"Europeiska konventet utarbetades av brittiska advokater; det är en brittisk uppfinning, och det finns en fullständig brist på förståelse för historien i Whitehall för närvarande," Mr Jones tillade.
Enligt de konservativas plan skulle EU-domstolarna inte kunna kräva att Storbritannien ändrar brittisk lagstiftning, med sina domar behandlas som "rådgivande" snarare än bindande.
I stället skulle Förenade kungarikets högsta domstol vara "den yttersta skiljedomaren" i människorättsfrågor.
Den walesiska liberaldemokratiska ledaren Kirsty Williams anklagade konservativa ministrar för att vilja "sätta oss i samma kategori som Kazakstan när det gäller hur vi ser på mänskliga rättigheter".
"Liberal Democrats stoppade Tories skrotning av lagen om mänskliga rättigheter och vi är fast beslutna att fortsätta kämpa mot dessa planer", sade hon.
Europeiska konventionen skapade grundläggande mänskliga rättigheter och friheter för alla medborgare i Europa.
De omfattar rätten till liv, frihet och säkerhet, en rättvis rättegång, respekt för privatlivet och yttrandefrihet.
En talesman för justitieministeriet sade: " Regeringen valdes med ett manifest för att ersätta lagen om mänskliga rättigheter med en brittisk lag om rättigheter.
"Minister kommer att diskutera sina planer på detta och göra uttalanden i sinom tid."
Förste minister Carwyn Jones har varnat för att de mänskliga rättigheterna skulle "få oss att se ut som en bananrepublik".