Vinsterna i detaljhandelsbolaget, som också äger Waitroses stormarknader, hämmades av större investeringar och av att konkurrenternas priser stämde överens.
Vinsten före skatt och bonus var 353,8 miljoner pund för året till 28 januari, en minskning med 3,8% från föregående år.
Bonuspoolen för byråns anställda var 165,2 miljoner pund eller 14 % av lönen, en minskning från 18 % förra året.
Partnerskapet ägs av dess 77 217 anställda, som får en andel av eventuella vinster vid utgången av bolagets räkenskapsår.
Trots vad firman kallade "svåra ekonomiska förhållanden" ökade den totala försäljningen på sina varuhus i John Lewis med 3% medan försäljningen på Waitroses stormarknader ökade med 8,6%.
Liknande försäljningar, exklusive moms och effekten av nya butiksöppningar, ökade med 3 % i Waitrose, men sjönk i sina varuhus med 0,6 %.
Partnerskapet sade att det hade skapat 4 400 nya nettoarbetstillfällen under året, med ytterligare 1 900 förväntade i år.
"Framgångsrika förändringar sker inom detaljhandeln och viktigt är att detta var ett år då vi ökade takten i innovation och investeringar," sade ordförande Charlie Mayfield.
"Det kom till priset av någon kortsiktig vinst, men lämnar oss på en bra plats i början av detta år."
Det förtroendeägda partnerskapet sa att det öppnade 29 nya Waitrose butiker förra året, samt en ny John Lewis varuhus i Stratford, East London.
Byrån har rullat ut nya butiksformat, inklusive Waitrose närbutiker på bensinstationer, och John Lewis "hemma" butiker, som specialiserat sig på hemkläder.
Waitrose fortsatte att utöka sin online-verksamhet med ett nytt lager i Acton i västra London, medan försäljningen på nätet hos John Lewis ökade med 26,3%.
Men företaget tvingades spendera 23,8 miljoner pund på sitt "Aldrig medvetet undersålda" löfte på grund av priskonkurrens på High Street.
John Lewis har rapporterat en nedgång i årliga vinster och minskat sin personal bonus för första gången på tre år.