Allan Bryant, 23, försvann efter en natt ute på Styx nattklubb i sin hemstad Glenrothes den 3 november 2013.
Officerare började söka igenom huset i Barnton Place fredagen den 16 juni.
Polisen i Skottland sade att egendomen nu hade återlämnats till sina ägare och att inga ytterligare undersökningar skulle göras i huset.
Det Insp Stuart Wilson, från polisen i Skottland, sade: " Det pågår förfrågningar om omständigheterna kring Allans försvinnande, och vi är fast beslutna att hitta honom.
"Vi tror fortfarande att någon i Glenrothes området har information som kommer att hjälpa till med våra förfrågningar.
"Jag skulle vilja be den personen att träda fram och hjälpa oss att ge Bryant familjen de svar de desperat söker."
Mr Bryants föräldrar har upprepade gånger sagt att de tror att han har mördats och att hans mördare fortfarande är på fri fot.
Polisen som utreder försvinnandet av en Fife man har avslutat sökandet efter ett hus i Glenrothes utan att göra några nya upptäckter.