Ny statlig vägledning säger att man måste få skriftligt föräldratillstånd för att kunna använda studenternas biometriska data.
Eleverna får också själva vägra att delta.
Skolor kan använda fingeravtryck eller ansiktsskanning för att registrera närvaro, kolla in biblioteksböcker, betala för lunch eller få tillgång till skolbyggnader.
Förra året uppskattade Association of School and College Leaders (ASCL) att omkring 30 % av utstationerade i England använde biometriska uppgifter.
De nya råden, som nu är föremål för samråd, kommer att träda i kraft från och med september 2013.
Skolminister Nick Gibb sade att användningen av biometriska kännetecken i skolorna var en känslig fråga, och skolorna bör inte ha några tvivel om sitt ansvar.
"Jag har hört från många arga föräldrar efter att de fått veta att deras barns personuppgifter användes av skolor utan deras vetskap", säger Gibb.
"Den nya lagstiftningen ger tillbaka makten till föräldrarna, eftersom den kräver föräldrarnas samtycke innan informationen kan samlas in.
"I internets tidsålder är biometriska uppgifters identitet och integritet allt viktigare. Ungdomar måste från tidig ålder förstå hur känsliga sådana personuppgifter är."
ASCL sade skolor och högskolor hade goda skäl att investera i biometriska system för matsalar och bibliotek.
Föreningen sade att systemet förhindrade bedrägeri, stoppade att pengar gick förlorade och innebar att elever som var berättigade till gratis skolmåltider kunde ta upp dem utan att bli stigmatiserade.
Brian Lightman, generalsekreteraren för ASCL, sade: " Det är rätt att föräldrar ger sitt samtycke till att använda biometriska uppgifter, precis som de gör för att fotografera.
"När lagstiftningen först föreslogs tittade vi på ett enormt byråkratiskt och kostsamt förfarande för att få tillstånd, vilket skulle ha varit en mardröm för skolorna.
"Regeringen lyssnade på oro och har effektiviserat processen avsevärt så att det är lika enkelt som att söka samtycke till att ta bilder eller gå på skolresor.
"Detta är en förnuftig väg framåt som bör lugna föräldrar och tillgodose behoven i skolor och högskolor."
Skolor i England kommer att förbjudas att ta elevers fingeravtryck och använda ansiktsigenkänningsteknik om de inte får tillstånd från föräldrar.