En viktig korsningspunkt är Öresundssundsbron mellan Malmö i Sverige och den danska huvudstaden Köpenhamn, känd av TV-serien The Bridge.
Kontrollerna har irriterat pendlare som dagligen reser mellan de två städerna.
Mer än 163 000 asylsökande anlände till Sverige 2015 men det antalet sjönk till 29 000 i fjol.
Det minskande antalet ankomster innebär att kontroller av bussar, tåg och färjor inte längre är nödvändiga, säger regeringen.
Men samtidigt som id-kontrollerna vid gränserna mot Danmark skrotas, kommer gränskontrollerna på andra håll att fortsätta att skärpas, säger man.
Inrikesminister Anders Ygeman sa också att fler övervakningskameror skulle användas på Oresundsbron, förutom fordonsröntgen.
Under tiden rekommenderade Europeiska kommissionen att tillfälliga gränskontroller som infördes i Tyskland, Österrike, Danmark, Sverige och Norge under migrationskrisen fasas ut under de kommande sex månaderna.
"Det är dags att vidta de sista konkreta åtgärderna för att gradvis återgå till en normal funktion i Schengenområdet", sade EU:s migrationskommissionär Dimitris Avramopoulos till journalisterna och hänvisade till den passfria zonen.
I november 2015 började Sverige tillåta polisen att kontrollera personer som reser in i Sverige från andra stater i Schengen.
"Regeringens slutsats är att gränskontroller fortfarande behövs och behöver stärkas", citerades Ygeman som sagt på The Local news website, timmar före EU-kommissionens tillkännagivande.
Den verkliga historien om "Bryggan"
Den åtgärd som avser identitetskontroller av passagerare som reser mellan Danmark och Sverige med buss, tåg och färja förlängdes senast i februari och löper ut den 4 maj, med regeringen för att låta det upphöra, rapporterar svensk media.
Uppskattningsvis 20.000 pendlare passerar dagligen Oresundsbron.
Sverige avslutar identitetskontrollerna vid gränsövergångar till Danmark som infördes i början av förra året då tusentals migranter anlände för att söka asyl.