Utrikesdepartementet sa att det erkände ett "fel" med Irak om utplaceringen av dess styrkor.
Det kommer en dag efter USA:s president Barack Obama uppmanade den turkiske presidenten Recep Tayyip Erdogan att " trappa ned spänningarna" med Bagdad.
Turkiet skickade minst 150 soldater till norra Irak tidigare denna månad och sade att de skulle skydda militära tränare.
Turkiet har utplacerat trupper vid Bashiqa-lägret nära Mosul - en stad som kontrolleras av Islamiska staten (IS) - sedan 2014 för att utbilda irakiska kurdiska styrkor.
Men den irakiska regeringen sade att den senaste åtgärden hade genomförts utan samråd och kränkt nationell suveränitet och internationell rätt.
"Turkiet... erkänner misskommunikationen med Iraks regering om de turkiska skyddsstyrkornas utplaceringar", sade det turkiska utrikesdepartementet i uttalandet.
"Turkiet fortsätter som ett erkännande av den irakiska oron och i enlighet med kraven i kampen mot Daesh [IS] att flytta militära styrkor från Nineveprovinsen som var källan till felaktig kommunikation."
Uttalandet sade inte hur många trupper som skulle flyttas eller vart de skulle gå.
På måndagen citerade Turkiets statliga nyhetsbyrå militära tjänstemän som sade en 10 eller 12 fordon konvoj hade lämnat Bashiqa lägret och var på väg norrut.
Det kom dagar efter den turkiske premiärministern Ahmed Davutoglus kontor sade att den hade beslutat att omorganisera sin militära personal i Bashiqa efter samtal med irakiska tjänstemän.
Den turkiska regeringen har nära förbindelser med den halvautonoma Kurdistan-regionen i Irak.
Men den anser att det syriska kurdiska demokratiska fackföreningspartiet (PYD) - vars folkskyddsenheter (YPG) milis är en viktig allierad till den USA-ledda koalitionen mot IS - är en fiende eftersom det är ett avhopp från det förbjudna Kurdistans arbetarparti (PKK).
Turkiet säger att det kommer att dra ut fler av sina trupper ur norra Irak efter ett partiellt tillbakadragande tidigare i veckan.