Det såg också 400 miljoner pund av omedelbar tillgång besparingar kontant tas ut under en period som såg det läggas upp till försäljning innan en räddningsaffär överenskoms.
Halvårsförlusterna minskade dock till 35,2 miljoner pund från 77 miljoner pund förra året.
I juni kom Co-operative Bank överens om ett räddningspaket på 700 miljoner pund för att stoppa sig själv från att avvecklas.
Banken sade att affären gick framåt för att planera och var "på väg" att slutföras i september.
Co-op Bank räddades från randen till kollaps av en grupp hedgefonder 2013, efter att dåliga fastighetslån bidrog till ett hål på 1,5 miljarder pund i dess finanser.
I februari i år sattes banken upp till försäljning efter att den inte kunde nå en tillräckligt stark finansiell grund för att uppfylla Bank of Englands regler.
Försäljningsplanen lades dock ned efter det att dess befintliga investerare gått med på en räddningsaffär, som kommer att se dem byta sin skuld mot en andel i banken. Co-op-koncernens andel i banken kommer att minska från 20 % till cirka 1 %.
Chef Liam Coleman sade att slutförandet av omstruktureringen skulle "säkra framtiden för Co-operative Bank som en livskraftig fristående enhet".
Han sade också att handeln under första halvåret hade varit "tålig", med tanke på samtalen om bankens framtid.
Även om banken hade förlorat checkkonton, var nedgången mindre än 2% av dess totala, och den hade fortfarande 1,4 miljoner kontokunder.
"De allra flesta kunder har förblivit mycket lojala när vi har gjort framsteg i processen för försäljning och kapitalanskaffning och jag är oerhört tacksam för deras fortsatta stöd", sade Coleman.
"Det finns naturligtvis mer hårt arbete framför oss, och i likhet med andra banker inser vi att det finns risker för den brittiska ekonomin, men detta är en stor bank och vi är positiva till framtiden."
Den kooperativa banken har sagt att den förlorade omkring 25 000 checkkonton under första halvåret mitt i osäkerheten om sin framtid.