Regeringen vill erbjuda tågsäsongen biljettinnehavare en "fri vecka" i kölvattnet av kritik av tjänster.
ScotRail chefen Phil Verster berättade MSPs samtal pågår om hur planerna kommer att fungera och hur de kan finansieras.
Han sade att han hade blivit tillsagd att använda pengar från en fond för förbättring av järnvägen som redan öronmärkts för andra projekt, och "inte kunde gå i god" för det som pågår.
Den skotska regeringen sade att den "fortsätter att vara absolut engagerad" i initiativet.
Systemet på 3 miljoner pund tillkännagavs som en del av den skotska regeringens budgetförslag, i ett försök att kompensera passagerarna efter en rad förseningar och störningar på järnvägsnätet.
Hans-Gert Verster, som föregått fysisk planering i kust- och havsområden i landsbygdsekonomin och i konnektivitetskommittén, sade att han först hörde talas om projektet "två till tre veckor" innan transportminister Humza Yousaf tillkännagav det.
Han berättade för medlemmarna att det fanns planer på att använda 1,8m från Service Quality Incitament Regime (Squire) ban förbättring fond, som kontrolleras av Abellio ScotRail allians och byggdes upp genom böter och påföljder som utdömts för förseningar och andra överträdelser.
Pengarna hade redan öronmärkts för "andra initiativ".
SNP MSP Christine Grahame frågade Mr Verster om företaget, som ett privat företag, kunde säga till regeringen "du inte har det" över Squire kontanter.
Han sa till henne: "Vi är upptagna med att diskutera detta med Transport Scotland och jag föredrar att inte åta mig en position ännu."
Fru Grahame sa: "Så planen kanske inte går vidare eftersom du inte har beslutat "Ja, vi kommer att göra detta"?"
Verster svarade: "Jag kan inte gå i god för om planen går vidare eller inte. Jag kan bara kommentera om vi kommer att fatta det beslutet, och när vi kommer att fatta beslutet inom de närmaste veckorna när det gäller hur vi kommer att använda Squire-fonden."
Han sade att samtal pågår om hur systemet skulle finansieras, och sade att han inte hade tänkt på att använda Squire pengar förrän det föreslogs av regeringen.
Labour MSP Rhoda Grant sade: " Detta är ganska ovanligt. Jag tänkte säga att detta är policy som görs på baksidan av ett fag paket, men jag tror inte ens att det har nått det stadiet av utveckling."
Liberaldemokraten MSP Mike Rumbles sade att han hade antagit att den skotska regeringen skulle betala för gratisprissystemet.
Han sa: "Det är inte nya pengar som den skotska regeringen använder, det är pengar som du skulle investera i järnvägarna."
Han sade att det var "helt olämpligt" för transportministern att be om pengarna och det borde upp till Abellio ScotRail hur man spenderar dem, inte regeringen.
Verster svarade: "Vi har ett mycket konstruktivt förhållande till Transport Skottland och den skotska regeringen. Ett mycket öppet förhållande.
"Nu medan vi sätter kan prioriteringar av vad vi tror skulle vara bäst för kunderna, om Transport Skottland engagerar sig med oss och ger alternativa förslag, naturligtvis anser vi att.
"Jag tror inte att det är något olämpligt med det. Jag tycker att det som är viktigt är bara en sak och det är kunder i slutändan."
Yousaf var också ursprungligen planerad att lämna bevis till utskottet, men detta sköts upp eftersom han mådde dåligt.
En talesman för den skotska regeringen sade att den "fortsätter att vara absolut engagerad" i systemet.
Han sade: " En gratis veckas resor kommer att erbjudas i år och ytterligare rabatter för dagliga, veckovisa och fritidsresenärer.
"SkottRail-avtalet tillåter att Squire-finansiering riktas till initiativ som förbättrar kundserviceupplevelsen, och vi förhandlar för närvarande om villkoren för prisinitiativet med ScotRail genom Transport Scotland, med de uppgifter som förväntas slutföras och tillkännages under de kommande veckorna."
Ett statligt system för att kompensera tågpassagerare med gratisbiljetter får inte genomföras om det inte är fullt finansierat.