Samväldesspelens silvermedaljör bjöd på sin andra Grand Prix-krona inom sex veckor.
"Jag tror inte att jag spelade särskilt dåligt, men bara att extra lite spänning, bara inte slå övertygande nog," sade Gilmour.
"Jag gjorde allt jag kunde för att få tillbaka den känslan men hon (Kjaersfeldt) var i form idag."
Trots Gilmour vinna en nära första match 21-16, svarade dansken starkt genom att ta den andra med samma poänglinje.
När Gilmour ledde 13-10 i beslutsherren var Skottlands förhoppningar höga men fjärde fröet Kjaersfeldt vände borden för att leda 16-15, sedan gå snabbt till 20-15 innan clinching seger på sin tredje match punkt.
Hon hade slagit de två bästa fröna i Gilmour och Beatriz Corrales under de senaste 24 timmarna och hon slog båda spelarna på väg till sin första skotska Open-final 2011.
Topp frö Gilmour, som förra månaden vann Holländska Open Grand Prix samt Prag Open, hade velat ge den perfekta finishen till mästerskapet.
"Det är inte förlorat på mig att jag är 22 och kan fortfarande ha åtta av dessa att göra", sade hon. "Jag måste titta på silverkanter.
"Jag har en lång tid i detta spel; detta är inte slutet för mig. Det här är inte slutet på den skotska öppna rättegången. Allt just nu är erfarenhet och en inlärningskurva tills jag slutar spela. Jag måste ta den här på min haka.
"Jag landade lite lustigt igår och tog tillbaka en gammal skada, men adrenalin rinner genom mig just nu så jag känner ingenting!"
Kjaersfeldt sade: " Jag var egentligen inte så nervös. Jag visste att det var press på Kirsty att komma in i matchen, så jag var bara avslappnad och spelade mitt spel.
"Jag är jätteglad. Det var min första Grand Prix-vinst. Det var en riktigt bra atmosfär. Publiken här är mycket kunnig om badminton och jag tycker alltid om att komma hit."
Danska toppfrön Hans-Kristian Vittinghus besegrade Englands Rajiv Ouseph med en seger 21-19, 11-21, 21-16 för att vinna herrtiteln för Danmark för första gången sedan Peter Gade vann 1996.
Finaler dagen fick en olycklig start när holländska spelare Iris Tabeling var tvungen att gå i pension i den andra matchen av kvinnors dubbletter med en misstänkt riven kalv.
Hon och Samantha Barning släpade 21-14, 14-11 när skadan inträffade, ger seger till Japans Yuki Fukushima och Sayaka Hirota.
Tysklands Michael Fuchs och Johannes Schoettler besegrade Englands Andrew Ellis och Peter Mills i att vinna 21-15, 21-18 i männens dubbelgångare.
De blandade dubbleringarna gick till Rysslands sjätte frön Vitaly Durkin och Nina Vislova, som besegrade Frankrikes tredje frön Ronan Labar och Emilie Lefel.
Kirsty Gilmour blev slagen i skotska Open-finalen av Line Kjaersfeldt på Glasgows Emirates Arena.