I en intervju med mexikanska dagliga Excelsior, kallade han Mr Trumps retorik "trogna".
Han tillade att "det var så [italiensk fascistisk ledare] Mussolini kom in, det var så Hitler kom in".
Den mexikanska ledaren sade också att Trump hade skadat förbindelserna mellan USA och Mexiko.
Donald Trump har sagt att om han väljs kommer han att bygga en mur längs gränsen mellan USA och Mexiko för att hindra migranter från att korsa USA olagligt.
Den republikanska kandidaten har också insisterat på att Mexiko skulle betala för gränsmuren, som president Pena Nieto avfärdade utan vidare.
Han sa att det inte fanns något scenario där Mexiko någonsin skulle betala för en sådan mur.
Mr Trump, som har gjort kampen mot olaglig invandring till huvudplankan i sin kampanj, upprörda mexikaner i juni förra året när han kallade odokumenterade mexikanska migranter "brottslingar" och "våldtäktsmän".
President Pena Nieto sade Mr Trump erbjöd "mycket enkla, enkla lösningar på problem som uppenbarligen inte är så lätt att lösa".
"Och det har funnits episoder i människans historia, tyvärr, där dessa uttryck för denna starka retorik bara har lett till mycket olycksbådande situationer i mänsklighetens historia", sade han.
"Det var så Mussolini kom in, det var så Hitler kom in, de utnyttjade en situation, ett problem kanske, som mänskligheten gick igenom då, efter en ekonomisk kris", tillade han.
President Pena Nieto, som hittills hade undvikit att kommentera Trumps kandidatur, insisterade på att han skulle vara "absolut respektfull" mot den amerikanska politiska processen.
Men hans föregångare har varit mer frispråkiga.
Tidigare president Vicente Fox använde en expletive på live-tv när han sa att Mexiko inte skulle betala för gränsmuren som föreslagits av Mr Trump.
Felipe Calderon, som styrde mellan 2006 och 2012, avfärdade också idén att säga: "Mexikanska människor, vi kommer inte att betala någon enda cent för en sådan dum vägg!"
Mexikansk president Enrique Pena Nieto har jämfört den amerikanska republikanska presidentkandidaten Donald Trumps retorik med den tyska nazistledaren Adolf Hitlers.