Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Chelsea ligger två poäng bakom Premier League ledare Arsenal och har spelat United två gånger den här säsongen.
Men United fortfarande måste spela Gunners och andra titelchasers Manchester City igen denna term.
"Kanske reglerna bör anpassas för mer rättvisa", sade Wenger.
"Det öppnar upp frågor om datumen för denna överföring fönster."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Mata kunde slutföra en £ 37m affär på fredag, gå med i en United sida som är 14 poäng på drift av Gunners men som fortfarande kunde ha sagt i ödet för titeln.
De reser till Arsenal den 12 februari och är ännu inte välkomna City till Old Trafford.
"Om du vill respektera rättvisa för alla, bör det inte hända", tillade Wenger.
Spaniard Matas potentiella affär med United kommer efter David Moyes sida förlorade 3-1 på Stamford Bridge på söndag, andra gången de har spelat Chelsea i ligan denna kampanj.
"Vissa lag har redan spelat två gånger mot en motståndare och vissa andra inte," Wenger.
"Jag kan helt förstå vad Chelsea gör. De kunde ha sålt honom förra veckan."
Förra året, Wenger krävde klubbar att begränsas till att underteckna endast två nya spelare i januari fönstret.
Trots att vara kopplad till Schalkes Tyskland internationella midfielder Julian Draxler, och förlora Theo Walcott till en säsong-ending skada, Wenger beskrev sina chanser att lägga till Arsenal s trupp under nuvarande överföringsfönstret som "mycket osannolikt".
Men han tillade: "Om något exceptionellt dyker upp kommer vi att göra det, men inte alla kommer att stärka - de köper, men det betyder inte alltid styrka."
Arsenal boss Arsene Wenger säger Juan Matas föreslagna flytt från Chelsea till Manchester United väcker frågor om rättvisa januari överföringsfönstret.