År 2015 sade Department for Transport elektrifiering av hela länken - som går genom Manchester, Leeds och York - skulle vara komplett 2022.
Transportminister Chris Grayling har sedan dess sagt att elektrifiering istället kommer att användas "där det gör skillnad".
Shadow rail minister Rachael Maskell har kallat det "en örfil i ansiktet".
I en intervju med Daily Telegraph sade Grayling: " Vi överger inte elektrifiering, vad vi gör är att använda elektrifiering där det gör skillnad.
"Det vi har på järnvägarna är teknik vi inte hade för fem eller sex år sedan."
Han sade att användningen av bi-mode tåg, som kan resa på både elektrifierade och icke-elektrifierade delar av ett spår, innebar att det fanns "platser på nätverket du faktiskt inte behöver för att börja gräva upp allt och sätta på plats overhead kablar".
Projektet att elektrifiera rutten mellan Manchester och Leeds tillkännagavs 2011 som en del av dåvarande kansler George Osbornes ambition att skapa ett nordligt ekonomiskt "krafthus".
Regeringen sade att det skulle leverera mer passagerarkapacitet och förkorta restiderna.
Elektrifieringen avbröts dock kontroversiellt 2015 när en översyn av dess kostnader och planer genomfördes.
På tal om denna senaste utveckling sade Maskell: " Detta är ett slag i ansiktet för pendlare och företag i norr, däribland dem i min valkrets i York Central.
"För bara sex veckor sedan lovade Tories elektrifieringen av TransPennine rutten som en integrerad del av regeringens "Nordiska Powerhouse".
I ett öppet brev till Grayling sa borgmästaren i Manchester, Andy Burnham, att norr hade "hållt på med andra klassens transporter för länge".
Han sa att de möjliga förändringarna "skulle utgöra ett allvarligt löfte... och urspårningen av norra kraftstationen".
Mr Graylings tillkännagivande kommer flera dagar efter att regeringen skrotat den planerade elektrifieringen av tre järnvägslinjer.
De omfattade rutterna mellan Cardiff och Swansea; mellan Windermere och Oxenholme i Lake District; och mellan Kettering, Nottingham och Sheffield.
En talesman för transportministeriet sade: "Vi investerar omkring 40 miljarder pund i vårt nät som en del av det största programmet för modernisering av järnvägar i över ett århundrade för att ge snabbare resor och bekvämare tåg.
"Detta inkluderar att leverera förbättrade resor för passagerare tvärs över norr."
Järnvägsförbindelsen mellan Liverpool och Newcastle får inte vara helt elektrifierad trots ett löfte från den tidigare regeringen.