Prof Rosie Woodroffe har berättat för BBC News att ministrarna skapade en "illusion" av framgång för att rättfärdiga politiken.
Hon talade inför ett vetenskapligt symposium om att kontrollera tuberkulos hos nötkreatur.
Ministrarna säger att deras strategi stöds av statsvetare och ledande veterinärer.
Prof Woodroffe, expert på vilda djur och växter vid Zoological Society of London (ZSL), som gjorde den vetenskapliga bedömningen att slakta grävlingar för att kontrollera nötkreatur TB som den nuvarande politiken bygger på, sade att regeringen riskerade att förlora förtroendet för hur den använde bevis - inte bara på sin politik för att kontrollera nötkreatur TB, utan också på andra viktiga vetenskapliga frågor.
"När bevis plockas och presenteras i bästa möjliga ljus, upphör det att vara bevis. Det är falsk vetenskap.
"När det gäller (andra politikområden) såsom klimatförändringar och bipollinering, frågor som har stor inverkan på människors liv och försörjning, är det viktigt att vi kan lita på att regeringen ger goda bevis som står upp till granskning."
En talesman för ministeriet för miljö, livsmedel och landsbygdsfrågor (Defra), som övervakar utslaktningen av grävlingen, svarade: "England har den högsta förekomsten av tuberkulos i Europa och det är därför vi vidtar kraftfulla åtgärder för att genomföra vår 25-åriga strategi för att utrota sjukdomen och skydda framtiden för våra mejeri- och nötköttsindustrier.
"Badgerkontroll i områden där tbc är vanligt förekommande är en del av vår långsiktiga plan, som också innefattar att stärka testning av nötkreatur och förflyttningskontroller, förbättra biosäkerheten på gården och vid handel och vaccination av grävlingar när det är möjligt."
Läs också: Grävlingsslakten utvidgades till Wales för att hejda spridningen av nötkreaturstbc
Defra har övervakat utfärdandet av licenser för slakt av grävlingar i 10 områden i sydvästra England för att minska förekomsten av tuberkulos hos nötkreatur. De första gallringarna började 2013 på två områden i Somerset och Gloucestershire mitt i kritiken från många forskare om att politiken i bästa fall bara skulle ha en marginell effekt på sjukdomens spridning och möjligen öka spridningen av tuberkulos.
Kritikerna har sitt ursprung i en åttaårig prövning som genomfördes av Prof Woodroffe på 1990-talet och som visade att endast ihållande och samordnad slakt av grävlingar kan bromsa ökningen av antalet nötkreatur som smittas med tuberkulos i det närmaste området.
Av avgörande betydelse visade studien också att om mindre än 70 procent av grävlingarna dödas, kommer förekomsten av tuberkulos inte att minska och kan till och med öka på grund av den större förflyttningen av grävlingar som orsakas av störningar i avlivningen.
Sedan dess har Defras egen övervakning dragit slutsatsen att den har dödat tillräckligt många grävlingar i sina pilotslaktningar och rullat ut galler i ytterligare åtta områden. Institutionen kommer också att tillkännage ytterligare 10 områden senare i år.
Men vissa forskare är oroade över att Defra har ändrat det sätt på vilket man bedömer grävlingssiffror i ett gallerområde och hur det sätter målet för det minsta antalet grävlingar som ska dödas för att se till att slakten ses som framgångsrik.
Det tidigare systemet omfattade fältarbete av experter för att inspektera antalet grävlingar och ett system för genetiskt testande grävlingshår. Många forskare betraktar detta tillvägagångssätt som ett mer exakt sätt att bedöma grävlingstal, men det är också dyrt.
Det nya systemet kräver inget fältarbete. I stället beräknar tjänstemän det genomsnittliga antalet grävlingar som tros befinna sig i olika kategorier av mark från statens register.
Den nya metoden förutspår ett högre och lägre antal för det totala antalet grävlingar i ett givet gallområde. Detta återspeglar den vetenskapliga osäkerheten. I sitt råd till Natural England, som utfärdar licenser för försöken, har Defra föreslagit att myndigheten kräver gallring företag att döda det lägre antalet. I dokumentet anges också att om det under själva slakten blir uppenbart att det finns mer eller mindre antal än vad som förutsetts bör målen revideras i enlighet med detta.
Men enligt Prof Woodroffe, om regeringen kan revidera sina mål då per definition kommer gallren alltid att vara framgångsrika
"Där få grävlingar dödades, sänkte de målen; där många dödades, höjde de dem. Detta innebär att det verkligen inte finns något sätt att avgöra vilken minskning av antalet grävlingar som uppnåddes genom dessa galler. Culling som var konsekvent ineffektiv skulle se ut som en låg grävling densitet och påskynda en minskad mål", sade hon.
Prof Tim Coulson, vid Oxford University, som var medlem i IEP (Independent Expert Panel) som utvärderade piloterna gallrar, instämmer.
"IEP utvecklade robusta metoder för att bedöma effektiviteten. Defra har valt att ignorera dessa. Min förhoppning ligger i slutet av detta, det finns en ordentlig oberoende översyn, och de som medvetet har valt att ignorera vetenskapen och driva en dyr och ineffektiv dagordning av politiska skäl hålls ansvariga.
"Det hjälper inte de fattiga bönderna. Det kostar skattebetalarna miljoner. Vetenskapen har redan varit tydlig, men vetenskapen spelar inte längre någon roll i beslutsprocessen."
Men en talesman för National Farmers Union (NFU), som är för gallringarna, sade att den nya metoden för att bedöma och justera målen var motiverad.
"Dagliga data som samlas in genom gallret kommer att göra det möjligt för Natural England att bedöma om den beräknade befolkningen var en rimlig återspegling av den verkliga befolkningen. Om det finns bevis på plats under gallring som tyder på att det lägsta och högsta antalet har satts antingen för lågt eller för högt, Natural England kan justera siffrorna därefter. "
Rockmusikern Brain May, som kämpar mot gallret, är en av organisatörerna av tisdagens vetenskapliga symposium. Han sade att han hoppades att det skulle vara möjligt för alla parter att nå ett vetenskapligt samförstånd.
"Alla är uppriktiga i sina åsikter, men de är diametralt motsatta baserat på samma data. Min uppfattning är att det beror på att det finns alla möjliga andra faktorer i det: det finns ett politiskt element, det finns ett känslomässigt element, liksom ett intellektuellt element; och tyvärr har det blivit mycket svårt att reda ut alla dessa.
"Konferensens syfte är att försöka rensa det ur vägen och se ärligt ut, och om möjligt utan fördomar om den information som vi har framför oss."
Följ Pallab på Twitter.
En äldre forskare har anklagat den brittiska regeringen för att använda "falska vetenskap" för att rättfärdiga sin politik att slakta grävlingar för att kontrollera bovin tuberkulos.