Men restaurangens chef, Halal KFC, sa att det inte hade något med det amerikanska företaget att göra.
Polisen rättfärdigade beslutet att den opererade med falskt tillstånd.
Stängningen kommer mitt i oron bland de hårt arbetande för det växande västliga inflytandet i Iran allteftersom förbindelserna med ett antal länder förbättras.
"Stängningen av Halal KFC berodde på ett missförstånd," Abbas Pazuki, chef för Halal KFC, berättade Tasnim News Agency.
Han sa att polisen trodde att restaurangen var en gren av den amerikanska KFC.
"Vi är en del av ett varumärke som kallas Halal KFC, som kommer från Turkiet. Det tillhör muslimer och dess målmarknad är muslimska nationer, "sade Pazuki.
Han sa att det turkiska varumärket var en "erivering av den amerikanska KFC".
Tidigare rapporter visade att myndigheterna lade ned den första filialen i Teheran av den mer kända KFC.
Ali Fazeli, chef för den iranska handelskammaren, bekräftade att den iranska KFC inte har någon koppling till KFC i USA, enligt ILNA:s pressbyrå.
"I enlighet med order från den Högsta Ledaren, vi ger inte något tillstånd till västerländska varumärken" i snabbmatssektorn, sade Fazeli.
De statliga medierna rapporterade öppnandet av restaurangen som ett första tecken på smygande amerikansk påverkan, säger BBC: s Kasra Naji.
Hardliners tror att den nyligen ingångna överenskommelsen om att stävja Irans kärnvapenprogram, som nåtts mellan Iran och västmakterna, kan bli ett verktyg för att mjuka upp Irans antiamerikanism och öppna dammluckorna av utländsk påverkan, tillägger vår korrespondent.
Flera västländer söker närmare affärsförbindelser med Teheran efter avtalet.
Bara en dag efter det att den öppnats, Iran har stängt ner vad tjänstemän enligt uppgift trodde var en gren av den amerikanska snabbmat jätte Kentucky Fried Chicken.