Flickan, 15 år gammal vid den tiden, var en "vanlig rymling" och hade träffat en man som hette David Ayrton på dagen för attacken för mer än 10 år sedan.
34-åringen, som nu kallas Davina, förnekar att han våldtog tonåringen i ett garage i Portsmouth hösten 2004.
Portsmouth Crown Court fick veta att den påstådda händelsen hände medan två andra sov i garaget.
Tonåringen, som inte kan identifieras, stannade där när hon gömde sig för sina föräldrar.
Hon berättade för domstolen även om hon hade ropat och svurit på svaranden att stoppa attacken, hennes vän och hennes pojkvän hade inte vaknat upp.
Hon tillade att hon hade "bara druckit en burk och en halv av Fosters" och hade ett tydligt minne av händelserna.
Vännen som var med henne i garaget då berättade för domstolen att det påstådda offret var en "sårbar" flicka på den tiden.
Hon sa att hon så småningom väcktes upp av tonåringen som "skrikade och grät och bad om hjälp".
Personen som påstods vara Ms Ayrton "kastades" från garaget av flickans pojkvän.
Domstolen hörde offret klaga till polisen i december 2004 men hade inte bistått officerare eftersom hon var "antipolis" vid den tidpunkten.
Chris Stopa, åklagare, sade Ms Ayrton har lärt sig svårigheter och berättade för en arbetstagare på vårdhemmet i Fordingbridge där hon bor om händelsen 2014.
Polisen kontaktade sedan det påstådda offret, vilket ledde till åtalet.
Ayrton avvisar ett åtal för våldtäkt mellan oktober och november 2004.
Rättegången fortsätter.
En tonårsflicka våldtogs i ett garage av en transsexuell kvinna när hon fortfarande levde som man, en domstol har hört.