Den proeuropeiske ministern sade att UKIP inte hade någon positiv politik och bara var "mot" utlänningar.
UKIP-ledaren Nigel Farage slog tillbaka genom att anklaga Clarke för att ha hållit miljontals brittiska människor "i totalt förakt".
Han sade att Clarke var "uppenbarligen inte intresserad" av att vinna tillbaka missnöjda Tory väljare vid torsdagens lokala val i England och Wales.
Det kommer som UKIP anklagade Tories för att genomföra en "moraliskt förkastlig" smutskastningskampanj mot sina lokala valkandidater.
AntiEU-partiet har expanderat snabbt och rekryterat rekordhöga 1 732 kandidater för att bestrida torsdagens lokala val.  Den medger att den inte har haft tid eller pengar att granska dem alla ordentligt.
UKIP säger att man har bevis för att smutskastning av sina kandidater sprids av Conservative Central Office, som man hävdar har trålat blivande UKIP-fullmäktiges Twitter- och Facebook-sidor i månader.
"Vi är benägna att återgälda tjänsten, vi skulle hitta ännu fler exempel att använda mot dem.
"Vi anser att använda våra kandidater som kanonfoder för att undergräva en politisk kampanj (är) moraliskt förkastlig och rent smutsig", sade en talesman.
Partiet undersöker sex kandidater över länkar till BNP och andra högerextremistiska grupper eller påstådda rasistiska och homofobiska kommentarer, efter berättelser i nationella och lokala tidningar.
"Jag är glad att de har hittat några kandidater i BNP eftersom vi inte vill ha dem. Vi är mycket nöjda. Vi vill inte att dessa människor i partiet," sade en UKIP talesman.
Han sade att raden visade att det konservativa partiet var "rattled" av UKIP, som hoppas på att göra betydande vinster i Tory hjärtan på torsdag, men tillade: "Detta är inte granskning, det är smutskastning."
Frågade på BBC: s Andrew Marr show om UKIP: s påståenden, transportminister Patrick McLaughlin sade att alla kandidater måste granskas, men tillade: "Jag vet ingenting om en smutskastning kampanj."
Men hans kabinettskollega Ken Clarke, minister utan portfölj, lade bränsle till raden i en intervju med Sky News.
Han sade: " De har naturligtvis inte kunnat granska sina kandidater. Fringe right partys tenderar att samla ett antal waifs och herrelösa...
"En del av dem säger helt andra saker nu är de i politiken än deras faktiska åsikter."
Han frågade om han höll med David Camerons påstående från 2006 att UKIP bestod av "fruktkakor och garderobsrasister", och Clarke svarade: "Jag har träffat personer som uppfyller båda dessa beskrivningar i UKIP.
"Några av de personer som har försäkrat mig att de kommer att rösta UKIP skulle jag verkligen sätta i den kategorin. Jag misstänker snarare att de aldrig har röstat på mig."
Charles Clarke sade att han var säker på att "de flesta av UKIP-medborgarna är helt snälla när de dricker".
Men han tillade: " Problemet med UKIP är egentligen att det bara är ett protestparti.
"Det är emot den politiska klassen, det är mot utlänningar, det är mot invandrare. Men den har ingen särskilt positiv politik. De vet inte vad de är till för."
Han tillade: "Frestelsen för vanliga väljare till UKIP är att dessa tider är mycket svåra, de politiska klasserna anses ha ställt till det för oss.
"Det är mycket frestande att rösta för en samling clowner eller upprörda, arga människor, som lovar att på något sätt de kommer att tillåta oss att hämnas på människor som orsakade det."
Konservative backbencher Nadine Dorries kritiserade Clarkes inlägg och sa i ett Twitter-meddelande: "Jag antar att Ken Clarkes strategi att vara oförskämd mot och förolämpa Tories om att rösta UKIP betyder att vi inte vill ha dem tillbaka till allmänna val?"
UKIP-ledaren Nigel Farage upprepade Dorries kommentarer och sade: "Det är uppenbart att Charles Clarke hyser ett totalt förakt för miljontals människor i detta land.
"UKIP lockar supportrar från alla tre huvudpartierna och, betydligt de som antingen inte har röstat på över 10 år eller aldrig har röstat tidigare i sina liv.
"I stället för att stänga av dem kanske han borde försöka slå huvudet runt tanken att UKIP vädjar till människor på grund av misslyckandet med den uppsvällda självbelåtna politiska maskin som han är en så typisk medlem av.
"Han bryr sig uppenbarligen inte och är inte alls intresserad av att locka dessa miljoner att rösta på de konservativa, må så vara. Hur saker och ting går kommer de inte att göra så någon gång snart."
Lib Dem ledare Nick Clegg sade UKIP var en "mycket förförisk" alternativ för människor som ville säga "till helvete med mainstream politik" men han uppmanade väljarna att titta på partiets politik.
UKIP har också avfärdat påståenden i The Observer om att partiets beslutsprocess i kaos.
Tidningen publicerade läckt e-post mellan parti kassör Stuart Wheeler och ledamot av Europaparlamentet Godfrey Bloom, där Bloom råder UKIP att anta politik "från hyllan" från höger tankesmedjor, eftersom försöka nå en överenskommelse om var det stod i frågor var som "föda katter".
En talesman för UKIP sade: " Jag är glad att de diskuterar politik. Så det borde de vara."
Veteran Tory Ken Clarke har vadat in i sitt partis ordkrig med UKIP genom att brännmärka dem "en samling clowner".