Topal, en 29-årig Turkiet mittfältare med Fenerbahce, körde hem med en lagkamrat efter träningen när bilen attackerades.
Klubben fördömde händelsen som en "beväpnad terroristhandling".
Orsaken till attacken är oklar, men Fenerbahces teambuss sköts tidigare i år och föraren skadades i staden Trabzon.
Bussen hade kört över en viadukt och en klubbtjänsteman var tvungen att ingripa för att få fordonet att stanna.
Klubben sade då att attacken representerade "topppunkten för fientlighet" mot den.
Turkiets topp-flight Super League avbröts i en vecka och president Recep Tayyip Erdogan, ses som en Fenerbahce supporter, kallade ett möte av ligans 18 klubb kaptener.
Inget motiv har fastställts för tisdagens attack.
BBC Turkisk reporter Emre Bal sade att även om det fanns en intensiv rivalitet mellan fans av Fenerbahce och en annan Istanbul klubb, Galatasaray, Mehmet Topal var en populär spelare.
Före detta Fenerbahce fotbollsspelare Kennet Andersson berättade för BBC att motsatta fans regelbundet kastade föremål inklusive fyrverkerier på lagbussar, men det senaste våldet var annorlunda. "Det låter mycket värre nu och det borde inte vara så", sade han.
Omedelbart efter skottlossningen drog Topal sin bil av vägen i Istanbuls östra Sancaktepedistrikt och bad om polishjälp.
Topals lagkamrat Uygar Mert Zeybek var också oskadd.
Bilder som släpptes av klubben visade skottskador på passagerarsidan av bredbildsskärmen, även om kulan inte verkade ha genomborrat glaset.
Klubben hade tidigare publicerat bilder på sin hemsida med signering av Robin Van Persie som deltog i utbildningen.
Fenerbahce slogs ut från Uefas Champions League av Shakhtar Donetsk förra veckan.
Turkisk fotbollsspelare Mehmet Topal har rymt oskadd efter skottlossning på sin skottsäkra bil i Istanbul.