Den internationella välgörenheten säger att nio av tio skolor har förstörts i de värst drabbade distrikten.
Nästan 24.000 klassrum skadades eller förstördes i katastrofen som drabbade landet för 12 dagar sedan, tillägger det.
Unicef försöker skapa tillfälliga utbildningsutrymmen för barn.
För närvarande är alla skolor stängda i Nepal, även om många av dem som fortfarande står kvar används som skyddsrum.
De kommer att öppnas på nytt fredagen den 15 maj.
Allteftersom de humanitära och uppklarade insatserna fortsätter, säger välgörenheten att det finns ett desperat behov av att inrätta alternativa utbildningsutrymmen för barn, inte bara för utbildning utan också för deras säkerhet.
Unicef talesman i Katmandu Kent Page berättade för BBC: "Vi vet att barn behöver gå i skolan inte bara för att lära, men skolor är platser för skydd för barn som har gått igenom traumat av en jordbävning.
"Det skyddar dem från exploatering och missbruk eftersom alla vet vad de gör och var de är.
"Unicef har redan inrättat 30 barnvänliga utrymmen i tillfälliga läger och bosättningar i Katmandu.
"Det här är platser där barn kan leka och lära sig och sjunga och dansa i en skyddad miljö."
Mr Kent sade att han hade besökt barn i bosättningarna under de senaste dagarna, och alla de han hade frågat om de ville återvända till skolan hade sagt att de gjorde det.
"De vill vara i skolan, de vill lära sig, de vill komma tillbaka till det normala lika mycket som sina föräldrar", sade han.
Unicefs representant i Nepal, Tomoo Hozumi, sade att tillfälliga inlärningsplatser behövde tillhandahållas så snart som möjligt för att undvika en massiv skolavhopp.
Han sade: " Nästan en miljon barn som var inskrivna i skolan innan jordbävningen kunde nu finna att de inte hade någon skolbyggnad att återvända till.
"Det finns ett desperat behov av att inrätta alternativa inlärningsutrymmen, bedöma och reparera byggnader, och sätta igång en informationskampanj för att uppmuntra familjer att skicka sina barn tillbaka till skolan och förskolan.
"Det långvariga avbrottet i utbildningen kan vara förödande för barnens utveckling och framtidsutsikter", tillade han.
I Nepal får barn mellan fem och nio år gratis utbildning mellan 09:30 och 15:00 dagligen.
Antalet barn i skolan i Nepal har ökat kraftigt under de senaste tre decennierna.
År 1990 gick 64 procent av barnen i skolan. Detta hade ökat till 95 procent av barnen i år, sade Unicef.
Nästan en miljon barn i Nepal kommer inte att kunna återvända till skolan efter förra månadens jordbävning om inte brådskande åtgärder vidtas, säger Unicef.