Abba Moro avfärdade attacken som "desperat" och "isolerat".
"Säkerhetsmyndigheterna i Nigeria har kunnat driva Boko Haram sekt från sina stora fästen", berättade han BBC: s fokus på Afrika-programmet.
Nigeria har förklarat en nödsituation i tre stater efter tusentals dödsfall i militanta attacker under de senaste åren.
Boko Haram kämpar för att etablera en islamisk stat i Nigerias främst muslimska norra.
Av Will RossBBC News, Lagos
Om det här var Boko Haram, kan det verka förbryllande. Många kyrkor har bombats, men varför skulle en grupp som vill införa islamisk lag över Nigeria öppna eld mot tillbedjare i en moské?
I själva verket skulle detta inte vara första gången Boko Haram har riktat in sig på en moské - muslimska präster har också dödats på grund av sina åsikter.
Väktarna kan ha vetat att bland dem som dyrkade var medlemmar av de hämnaregrupper som har sprungit upp för att hjälpa armén att försvara befolkningen.
För tre månader sedan inleddes den militära kampanjen. Men de islamistiska militanterna har inte besegrats - under den senaste månaden har mer än 160 människor dödats i attacker mot internatskolor, armé och polisbaser samt ett kristet dominerat område i Kano City. Andra attacker går orapporterade. Så vad är vägen framåt?
En statstjänsteman från Borno föreslår att den enda lösningen är att sätta in fler medborgargardister.
Moskéattacken inträffade under gryningsbönerna på söndagen, även om det bara dök upp nyheter på måndagen, eftersom kommunikationerna har störts av undantagstillståndet.
Den ägde rum i staden Konduga, 35 km från Borno-statens huvudstad, Maiduguri, där Boko Haram grundades 2002, och inledde sin första attack sju år senare.
Tolv civila dödades i byn Ngom, närmare Maiduguri, sägs det.
Boko Haram har inte kommenterat moskéattacken men nyheten om den kom när en video dök upp av gruppens ledare, Abubakar Shekau, säger att hans anhängare hade genomfört nyligen attacker inklusive några som riktade sig till polisen och militären.
Han sade att detta visade att arméns anspråk på att ha orsakat stora förluster på gruppen var "lies".
Det är inte klart varför moskén var riktad - en förklaring är att medlemmar av en lokal medborgargardistgrupp kan ha bett där.
Flera sådana grupper har bildats sedan nödsituationen förklarades i Borno och två grannstater i maj.
Boko Haram attackerar ofta kyrkor, men det har också ibland riktat sig mot moskéer och predikanter mot deras åsikter.
Angriparna bar militära uniformer, säger myndigheterna, som de kan ha tagit under de senaste attackerna på en barack.
Efter ett uppehåll omedelbart efter det att nödsituationen förklarats har det nyligen förekommit en serie attacker, som skyllts på Boko Haram, som har gjort att omkring 160 människor har dött.
Men Moro sade att detta var "desperata upptåg" från en grupp som försökte visa att det fortfarande var relevant.
Tusentals extra soldater har skickats till regionen sedan undantagstillståndet tillkännagavs.
Militären kapade mobiltelefonnäten när de införde undantagstillståndet och sade att de ville göra det svårare för militanterna att organisera attacker.
Men vissa lokala tjänstemän har sagt att detta hindrar civila från att få hjälp.
Nigerias inrikesminister har sagt att armén gör framsteg i kriget mot Boko Harams militanter, trots mordet på 44 personer i en moské.