Operationen har ägt rum i nordvästra Mexiko de senaste dagarna, men få detaljer har släppts.
Guzman, chef för Sinaloa-kartellen, rymde från ett högsäkerhetsfängelse i juli genom en specialgrävd tunnel.
Hans flykt var en förlägenhet för den mexikanske presidenten Enrique Pena Nieto.
Regeringen sade i ett uttalande att ansträngningarna att återta Guzman hade fokuserats i nordvästra delen av landet, inte långt från Guzmans inhemska Sinaloa-stat.
"Som ett resultat av dessa handlingar, och för att undvika hans tillfångatagande, under de senaste dagarna, den rymling som är engagerad i en hastig reträtt, som, enligt den information som mottagits, orsakade honom skador på ett ben och ansiktet," sades det.
"Det är viktigt att klargöra att dessa skador inte var en produkt av en direkt sammandrabbning", tillade den, utan att ge ytterligare detaljer.
Uttalandet tillade: "Säkerhetsskåpet fortsätter att utföra alla handlingar som kommer att göra det möjligt att återta denna brottsling."
Mexiko har arresterat flera fängelsetjänstemän sedan Guzmans flykt.
Utredare sa att han hade hjälp att fly genom en tunnel som sprang 1,5 km från en dusch i cellen till utanför fängelset.
Efter flykten tog Guzman till Twitter för att håna polisen och förolämpa president Pena Nieto.
Guzman greps för första gången i Guatemala 1993 och tillbringade nästan ett decennium i ett annat mexikanskt fängelse med maximal säkerhet innan han flydde, enligt uppgift i en tvättkorg.
Han var på rymmen i 13 år innan han hölls åter igen 2014 efter en rad uppmärksammade arresteringar av medarbetare och hemlig övervakning av de amerikanska myndigheterna.
Fugitive mexikanska droger lord Joaquin "El Chapo" Guzman drabbades ansikte och ben skador som han snävt undvek en polis operation för att återta honom, tjänstemän har bekräftat.