Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Sjuttioen personer, inklusive 19 spelare och personal, dödades när det brasilianska laget reste till Colombia för finalen av Copa Sudamericana.
Klubben har sedan dess tecknat 22 nya spelare och utsett en ny manager.
De slog Inter de Lages 2-1 i den statliga tävlingen de vann förra säsongen, med mål från Niltinho och Wellington Paulista på Arena Conda stadion.
Det var bara deras andra tävlingsmatch sedan kraschen.
Teamet drog 0-0 med Joinville i Primeira Liga - en annan tävling - på torsdag.
Chapecoense tilldelades Copa Sudamericana-trofén efter katastrofen, ett drag som stöddes av den colombianska klubben Atletico Nacional, som skulle möta dem i finalen.
Defenders Neto och Alan Ruschel och målvakt Jackson Follmann, som fick sitt ben amputerat, var bland de sex överlevande från kraschen.
De fick trofé och medaljer tillsammans med familjer till offren på Chapecoense första match sedan kraschen, en vänlig den 22 januari.
Chapecoense har vunnit sin första match sedan de flesta av deras lag dödades i en flygkrasch den 29 november.