Det visade också djupet av truppens huvudtränare Alan Stubbs har samlats när de jagar utmärkelser i tre tävlingar.
Han gjorde sju ändringar i laget som startade förra tisdagens skotska Cup replay seger mot stadens rivaler Hearts.
Danny Carmichael gjorde mellan Boyles tandställning, och Stubbs män såg sällan ut som glider upp mot en modig men impotent botten sida Alloa.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Det var en lysande bit av vision från på-lån Celtic midfielder Liam Henderson som skapade öppnaren med en sublim diagonal pass.
Det skickade Boyle klar och han rundade Scott Gallacher för att markera sin första start sedan mitten av december med ett mål.
Steven Hetherington borde ha jämnat ut för besökarna knappt en minut efter omstarten, men han kunde bara avleda ett studsande kors rakt in i Mark Oxleys armar.
James Keatings underbara through-ball satte upp Carmichael för andra sex minuter från halvtid i sin första start sedan augusti - hans jungfru mål för Hibees.
Alloa skapade ett antal chanser under hela matchen men de saknade kvalitet för att utnyttja dessa möjligheter.
Det var tufft för dem när Boyle avslutade poängsättningen i 76 minuter med en back post tap-in när deltidrna fångades på motattacken.
Hibs nu göra upp sitt spel i hand över Rangers hemma till Morton på onsdag kväll medan Alloa möter en viktig hemmamatch mot andrabottom Livingston på lördag.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Hibernian huvudtränare Alan Stubbs: "Att göra mål så tidigt på bosatte alla spelare ner och jag tror att från och med då var det en fråga om att vara professionell. När våra chanser kom tog vi dem.
"Det är bra att se de förändringar som jag gjorde till laget få på matchprotokollet."
Alloa Athletic manager Jack Ross: "Jag har inga betänkligheter över resultatet, men jag tyckte att våra spelare gav en bra redogörelse över sig själva individuellt och som ett lag. Om vi hade tagit en av våra möjligheter tidigt i andra halvan, skulle det ha fått oss tillbaka till inom ett mål och spelet kunde ha varit annorlunda, men det finns mycket att vara nöjd med. "
Martin Boyles dubbelpilotade Hibernian förbi Alloa Athletic till inom fem poäng av mästerskapsledare Rangers.