Wash Mussels Ltd kommer att skapa fem "begränsade" testområden på botten av floden Stour där 500 ton musslor skulle läggas varje år.
RSPB är oroat över mudderverkens och jordbrukets inverkan på sällsynta fåglar.
Ett offentligt samråd pågår fram till oktober.
År 2014 ansökte företaget om licens för en femårig prövning, men det framfördes invändningar mot att det saknades studier om effekterna på vilda djur och växter.
RSPB är oroat över en negativ effekt på tiotusentals fåglar, särskilt goldeneye och rödbröstad merganser, som använder flodmynningen, som har status som europeiskt särskilt skyddsområde.
Mark Nowers, RSPB:s bevarandeofficer, sade: "Varje utveckling måste visa att dessa viktiga arter inte påverkas."
Peter Scott, advokat för Wash Mussels, sade: " Det kommer att bli begränsade operationer och ingen utrustning på plats, eftersom det inte kommer att finnas några linor eller nät.
– Buller från mudderverk är ganska obetydligt när det gäller fågelstörningar.
"Om försöket lyckas kommer det att finnas en betydande sysselsättning inom muddring och beredning av produkten för marknaden."
Scott sade att det inte skulle sätta bojar på floden eller sjunka krukor för att fånga krabbor som livnär sig på musslor.
Essex och Suffolk Wildlife Trusts sa att de skulle granska företagets data som en del av det offentliga samrådet som pågår till den 7 oktober.
Ministeriet för miljö, livsmedel och landsbygdsfrågor (Defra) sade att man skulle överväga resultaten av samrådet innan man beslutade om tillstånd skulle beviljas.
Storskalig musselodling kan avskräcka sällsynta fåglar som livnär sig på en flodmynning med skyddad status, djurgrupper har varnat.