Tåg kommer inte att tjäna Moorfields, Lime Street och Liverpool centralstationer för sex månader under "väsentliga förnyelsen verk", Network Rail sade.
Tjänsterna kommer inte att bedrivas utanför Birkenhead Central och Birkenhead North vid vissa tidpunkter.
Alternativa researrangemang kommer att löpa under arbetet.
Merseyrail verkställande direktör Jan Chaudhry Van der Velde sade: "Det arbete som Network Rail kommer att utföra nästa år är avgörande för att upprätthålla en säker och tillförlitlig drift av den infrastruktur som byggdes på 1970-talet.
"Vi underskattar dock inte den olägenhet detta kommer att orsaka våra Wirral linjepassagerare på kort sikt."
Järnvägspassagerare som reser mellan Liverpool och Wirral varnas för längre restider när stora ingenjörsarbeten inleds i januari.