Stephen Myler sparkade tre straff för att sätta värdarna 9-3 framåt på halvtid, trots att förlora kapten Tom Wood till synden bin för intrång på en maul.
Ytterligare två Myler straff efter pausen utökade sin ledning till 12 poäng.
Men Saints, som gav Sydafrika stora Victor Matfield hans debut utanför bänken, var kort av deras bästa som de förseglade en andra ligan vinna denna säsong.
Efter att ha förlorat på nyligen befordrade Worcester Warriors på öppningskvällen av kampanjen, Northampton har sedan fortsatt att stamma och lidit inhemska nederlag av Sale Sharks och försvara mästare Saracens.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Men medan de fortfarande förblir utan ett försök på Franklin's Gardens sedan maj, chef för rugby Jim Mallinder kommer att uppmuntras av den motståndskraft som visas av hans spelare i att övervinna Gloucester i svåra förhållanden för flödande rugby.
Han kommer också att förstärkas av återkomsten av Matfield från VM-tjänst, 127-cap Springboks lås kommer på för den sista 21 minuter för att göra sin Premiership debut.
Den 38-årige lägger ytterligare makt och erfarenhet till en pack dominant i hela mot Cherry och Whites, som sätter plattformen för Myler att sparka fem av sex försök på mål.
Victory flyttar Saints upp till femte i bordet, nivå på poäng med Leicester i den slutliga play-off plats, medan Gloucester förblir i 10: e.
Gloucester chef för rugby David Humphreys berättade BBC Radio Gloucestershire:
"Komma hit kommer det alltid att vara en set-bit spel, men dessa villkor innebar att det skulle vara ett fall av vilket lag som gjorde de minsta misstagen, kunde styra fältet position och inte ge bort straff."
"Jag tänkte under långa perioder av spelet vi gjorde kontroll fältet position, men vi gjorde för många misstag och uppenbarligen gav bort alltför många straff med en kicker av kvaliteten på Stephen Myler på planen."
"Skumming handlar inte bara om en spelare, det handlar om hela åtta - du måste ge äran till Northampton, det är vad de har byggt sin framgång runt under loppet av de senaste åren - en mycket stark uppsättning bit."
Northampton Saints: Foden, Tuala, G. Pisi, Burrell, North, Myler, Fotuali'i, A. Waller, Haywood, Brookes, Paterson, C. Day, Gibson, Wood, S. Dickinson.
Ersättningar: L. Dickson för Burrell (60), Hanrahan för Fotuali'i (51), E. Waller för A. Waller (71), Williams för Haywood (78), Matfield för Paterson (60), Harrison för Gibson (69). Ej använt: Hill, K. Pisi.
Sin Bin: Trä (31).
Gloucester: Cook, Sharples, Meakes, Hook, May, Tolv träd, Heinz, McAllister, Hibbard, Afoa, Savage, Thrush, Moriarty, Kvesic, B. Morgan.
Ersättningar: Purdy for Meakes (68), Dawidiuk for Hibbard (67), Doran-Jones for Afoa (63), Galarza for Savage (53), Rowan for Kvesic (67), Laidlaw for B. Morgan (53). Används inte: Y. Thomas, Kalamafoni.
Sin Bin: Y. Thomas (80).
Att: 14 893
Ref: Greg Garner (RFU).
Northampton Saints kämpade till en hårdnackad seger över Gloucester i vinden och regn i Franklin's Gardens.