NHS styrelser sade 42 metoder var nu under deras kontroll - en åtgärd som används under särskilda omständigheter och nödsituationer.
Scottish Labour kallade det en "kris" och hävdade att antalet patienter registrerade på en "underbemannad" GP praxis var minst två miljoner.
Den skotska regeringen sade att det inte var någon kris inom hälso- och sjukvården.
Folkhälsominister Maureen Watt sade att ytterligare 50 miljoner pund skulle spenderas på primärvård för att se till att patienterna får den service de förtjänar.
De flesta av Skottlands 987 allmänna praxis ägs och drivs av GP partners.
Men, vissa operationer har tidigare drivits av hälsonämnder snarare än GP partners, ofta eftersom de var belägna i landsbygdsområden som Highlands, där de annars skulle ha kämpat för att locka en oberoende praxis som drivs av GPs.
Men under de senaste åren har hälsonämnder också varit tvungna att träda in i tätorter som en nödåtgärd för att säkerställa patienternas fortsatta tillgång till en allmänläkare, efter att praxis förlorat ett antal läkare inom en kort tid.
Detta har skett vid Bannockburn och Kersiebanks medicinska praktik i NHS Forth Valley, Brimmonds medicinska praktik i NHS Grampian samt Bangholms och Kirklistons operationer inom NHS Lothian. Leith Links i Edinburgh kommer också att tas över nästa månad.
Doktor Carey Lunan, från Royal College of General Practitioners, sade: " I Edinburgh, där jag arbetar, har ett antal operationer varit tvungna att avsluta sina listor.
– När det händer innebär det att bördan faller på de återstående rutinerna inom det området, att registrera patienter.
"Knack-on effekt för patienter är att de kan ha svårt att registrera sig med den praxis som är närmast dem.
"De kanske måste vänta längre för att få träffa en läkare. Det är inte ovanligt att jag får höra att patienter måste vänta två eller tre veckor på ett rutinmässigt möte.
"Patienter kanske inte heller kan se samma GP, så det är inte bra för kontinuitet av vård."
Dr Lunan tillade: "Det finns problem som uppmuntrar GPs in i yrket, problem med att behålla GPs i yrket, och det har en dominoeffekt på arbetsbelastningen och kvaliteten på vård som vi kan ge och vår förmåga att utveckla tjänster.
"Resourcing gör det mycket svårt för det att vara ett attraktivt karriäralternativ för människor som kommer in.
"En av åtta utbildningsplatser, från 2014 års siffror, var ouppfyllda. Det är mycket annorlunda jämfört med hur det var för några år sedan när det var mycket svårt att komma in i allmän träning. Det var mycket konkurrenskraftigt."
Medborgarrådgivning Skottland (CAS) sade att det har kontaktats av människor som hade haft problem med att få tillgång till GP-tjänster på grund av hög efterfrågan.
Christine Lang, nationell samordnare för CAS patientrådgivning och kundtjänst, sade: "Vi hade ett fall där det fanns en klient som anmälde sig till en ny GP-kirurgi och feltolkade tidpunkten för utnämningen.
"Hon fick veta att eftersom hon missade mötet skulle hon inte kunna använda tjänsten alls.
"Vi hjälpte henne att väcka ett klagomål, och GP praxis förklarade att de hade en politik, på grund av den höga efterfrågan, att om du missade din utnämning, det var en strejk och du är ute.
"Så hon var tvungen att gå till sjukhuset och sedan registrera sig med en annan GP kirurgi."
Fru Lang tillade: "Alla har rätt att få tillgång till en allmänläkare och vi är här för att hjälpa dem att stå upp för dessa rättigheter."
"Det finns ett antal praktiker runt om i Skottland, särskilt i mitt område - Forth Valley - där lediga platser för allmänläkare är ofyllda.
"Det verkar som om det mest beror på att unga läkare röstar med fötterna och inte vill arbeta i allmän praktik. De ser en ganska intensiv dag, långa timmar, och de har sett möjligheter på sjukhus där det kan finnas mindre risk för dem att hantera och de skulle ha kollegor i närheten.
"Det är en kritisk situation just nu.
– Hälsonämnderna måste tänka fantasifullt på hur deras patienter serveras. I många fall inbjuds sjuksköterskor och apotekare att gå med i team. Det fungerar ganska effektivt i två av de metoder jag arbetar i just nu där det finns svårigheter.
"Det är en dominoeffekt i praktiken. Kanske ett par allmänläkare går i pension, någon hittar ett jobb någon annanstans, flera har gått till Nya Zeeland och Australien - som är mer attraktiva för tillfället. Sju läkare har fått två och det funkar inte. Så i den situationen har de gått till styrelsen och sagt snälla hjälp oss.
– Vi arbetar mot regeringens vision från 2020 om att ge mer vård närmare patienternas eget hem men det är ingen tvekan om att vi kommer att behöva mer resurser - pengar och människor. Så det är möjligt att det blir värre innan det blir bättre."
Dr Richard Simpson, Scottish Labours talesman för folkhälsa, som också var GP i 30 år, genomförde forskning om GP-rekrytering, separat från BBC-undersökningen av skotska hälsonämnder.
Han sände ut ett frågeformulär till alla 987 GP praxis i Skottland och fick svar från 330 praxis inom alla 14 hälsonämnd områden.
Det avslöjade 92 ofyllda GP lediga platser och 68 sessionella GP lediga - som omfattar locums och andra läkare som täcker sjuk- och semesterledighet.
Doktor Simpson sade: " Bevisen från en mängd olika källor, däribland vår undersökning, är att allmän praxis för närvarande befinner sig i betydande svårigheter. Vi har inte haft en sådan kris på mer än en generation.
"Det finns nu runt 40 praktiker som inte har GP partners alls, och det ingår inte i vakanserna. Systemet knarrar verkligen.
"Det kommer att bli en verklig knock-on effekt på out-of-tims systemet, eftersom GPs som arbetar riktigt hårt - vissa av dem upp till 12 timmar om dagen - inte kommer att vilja då vill göra en kväll eller natt session. Jag vet att man tittar på det, men det är en dominoeffekt av trycket.
"Jag misstänker att ett ökande antal patienter kommer att gå till Accident and Emergency, och vi vet hur mycket belastning det är under.
"Vi kommer att få ett nytt GP-kontrakt 2017, vilket är underbart. Men jag tror att något måste göras nu."
Scottish Liberal Democrat ledare Willie Rennie MSP sade: "Dessa siffror avslöjar ett hälsosystem i kris. Royal College of GPs har redan varnat för att Skottland kommer att vara 900 GPs kort till 2020. Nu får vi veta att hälsonämnder redan tvingas ta kontroll över mer GP praxis på grund av brist.
"Detta är något som egentligen bara har hänt tidigare för att se till att tjänsterna upprätthålls i fler landsbygdsområden. Det faktum att vi nu ser hälsonämnder tvingas in i Edinburgh och andra stadsområden är chockerande. Detta bör vara en brådskande väckarklocka för skotska regeringsministrar."
Ministern för folkhälsa, Maureen Watt, sade till BBC: " Vi har nu nästan 5 000 allmänläkare i hela Skottland - det är det högsta antalet rekord - upp 7 procent under denna regering.
"GP operationer som drivs direkt av hälsonämnder utgör en liten andel av det totala antalet metoder i Skottland och det är viktigt att notera att detta antal har förändrats mycket lite under det senaste årtiondet. Ofta är det mer tilltalande för GPs att vara i en salaried post, och på landsbygden och eftersatta områden kan det finnas många fördelar för praxis att anta denna modell.
"I vissa delar av landet finns det problem med rekrytering, men det är inte något som bara händer i Skottland, det händer i resten av Storbritannien och faktiskt över Europa.
"Det finns ingen kris i hälso-och sjukvården, människor kan se sin GP och de kan se en del av ett team inom GP operationer.
"Vi inser att det finns svårigheter inom hälso- och sjukvården, vi arbetar med mycket snäva budgetar, men vi arbetar med hälso- och sjukvårdspersonal och allmänläkare för att se vägen framåt.
"Vi lägger 50 miljoner pund i primärvård under de kommande tre åren för att se till att patienterna får den service de förtjänar."
BBC Scotland forskning har visat att svårigheter med GP rekrytering har lett till fler läkares operationer tas över av hälsonämnder.