Problemen började tidigt på torsdag när NIR: s 06:15 BST service från Belfast till Newry bröt ner över en uppsättning punkter på centralstationen.
Tågets position innebar att NIR endast kunde driva en av sina fyra plattformar vid centralstationen.
Tåget har nu flyttats och servicen återgår till det normala.
Järnvägskorsningen hade varit blockerad i flera timmar på torsdag morgon.
En talesman för Translink sa att förseningarna hade påverkat tågtrafiken mellan Belfast och Newry, Bangor, Portadown, Larne och Londonderry.
Företaget bad sina passagerare om ursäkt och sade att det hade arbetat hårt för att "minska förseningarna".
Ett trasigt tåg som orsakade långa förseningar i rusningstid på alla Nordirlands järnvägar blockerar inte längre linjen vid en Belfast-station.