Cardiff Civic Society har bett Planning Minster Carl Sargeant att "kalla in" en planeringsansökan för en del av Cardiff Central Square utveckling.
Cardiffs fullmäktige kommer att rösta om planerna på onsdag.
Den walesiska regeringen sade att den ännu inte hade fattat något beslut.
Cardiff-planerarna har rekommenderat att planerna skall genomföras och att man har tagit itu med oron.
BBC Wales planerar att ta hyran av den planerade nya mediecenterbyggnaden på Central Square - där den nuvarande busstationen ligger - från utvecklarna Rightacres Property Ltd.
Rightacres ansöker också om att riva den närliggande åldrande Marland House kontor och butiksbyggnad, bygga källare parkeringsplatser och landskap torget.
En rapport från rådet till utskottet säger att ansökan syftar till att "visa att utvecklingen inte äventyrar leveransen av en ny busstation på parkeringsplatsen Marland House/NCP, och att miljökonsekvenserna av omlokaliseringen av busstationen är acceptabla".
Ansökan innehåller dock inga planer på att permanent ersätta busstationen.
I sitt brev till ministrarna sade det civila samhället att ansökan inte tog upp behovet av ett transportnav nära järnvägsstationen och bad att beslutet skulle fattas av fullmäktigeledamöter.
Den hävdar att utvecklingen kommer att "förstöra den centrala busstationen utan någon ersättning på minst två och ett halvt år".
Paul McCarthy, chef för Rightacres Property, sade även om den nuvarande ansökan inte inkluderar transportplanen, detaljer om ett nytt nav skulle avslöjas inom en snar framtid.
En talesman för Cardiffrådet sade: "Varje omnämnande av busstationen i den nuvarande planeringsdokumentationen för rivningen av Marland House och BBC högkvarteret är tillfällig och saknar betydande detaljer, eftersom det inte är en del av denna ansökan."
Network Rail har också uttryckt oro över förlusten av nuvarande taxiparkering och passagerarhämtnings- och avlämningsplatser, eftersom en medborgarplats skulle kunna byggas mellan den planerade utvecklingen och Cardiffs centralstation.
I ett uttalande till planerare, sade den: "Denna föreslagna utveckling kommer att ta bort en viktig järnvägskund anläggning på norra sidan av järnvägsstationen och kommer att kräva sin förflyttning bort från stationens huvudingång."
Tillstånd för ett nytt BBC Wales huvudkontor i Cardiffs centrum bör inte beviljas förrän planerna för en ny busstation är på plats, säger en bevarandegrupp.