Leverantörer i England och Wales ställdes inför 106 693 klagomål under 2014-15, en minskning 13,4% jämfört med föregående år, Consumer Council for Water sade.
Omkring 60 % av de gripna handlade om fakturering och avgifter, visade siffrorna.
Vakthunden applåderade företagen för deras ansträngningar, men sade att det fortfarande fanns utrymme för förbättringar.
Det uppmanade leverantörerna att förbättra sin service genom att tillhandahålla "tydliga, korrekta och aktuella" räkningar. Det tillade att hastigheten vid fastställande av rapporterade läckor fortfarande var en källa till frustration för kunderna.
"Vi förväntar oss att vattenindustrin ständigt försöker förbättra sina tjänster till kunder och många vattenföretag förtjänar kredit för att stiga till den utmaningen år efter år", säger Tony Smith, chef för Consumer Council for Water.
"Men klyftan mellan de bästa och sämsta artisterna är fortfarande oacceptabel."
Southern var det sämsta företag för klagomål per 10.000 anslutningar, som det har varit sedan 2012-13, även om dess klagomål nivåer sjönk med nästan 13% jämfört med föregående år.
"Vi är besvikna över att inte ha gjort mer framsteg när det gäller att minska klagomål", säger direktör Simon Oates.
"Vi har spenderat 13 miljoner pund för att uppgradera sitt faktureringssystem, vilket kommer att hjälpa kunderna att hantera sina konton på nätet. När detta system väl har blivit inbäddat förväntar vi oss att vi kommer att få se klagomålsnummer börja falla."
Fyra företag – Anglian Water, Afffinity Water, Portsmouth Water och Hartlepool Water – noterade en ökning av antalet klagomål jämfört med föregående år.
Klagomål till vattenbolag har fallit för sjunde året i rad, men domineras fortfarande av oro för räkningar.