Turisternas 24-21 seger i Wellington på lördagen var deras första seger över All Blacks sedan 1993.
Henry, som styrde alla svarta för att vinna 2011 års VM, tror Wales tränare Gatland, 53, kunde följa i hans fotspår med sitt hemland.
"Warren har gjort ett bra jobb med att få dem alla tillsammans och han är möjligen en framtida All Blacks coach," Henry sade.
Nuvarande New Zealand tränare Steve Hansen guidade All Blacks till 2015 World Cup seger och är kontrakterad fram till slutet av 2019 turneringen.
Gatland utsågs till Wales tränare 2007 och har även tecknat ett avtal för att ta dem igenom till 2019 års VM.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Den Nya Zeelander tog också en paus för att coacha Lions 2013 när han ledde dem till en 2-1 serie seger över Australien.
Gatland har också coachat Irland och var ansvarig på Wasps när de vann EM 2004.
Henry var den första utländska tränare att ta hand om Wales och även coachade Lions på sin 2001 turné i Australien, när de förlorade Test serie 2-1.
"Han [Krigen] är en av de mest erfarna tränare i världen, han har haft en lång sikt med Wales och vann ett par sex Nations," Henry berättade BBC Radio 5 live Sportsweek program.
"Han har varit med Lions ett tag och gjort exceptionellt bra ifrån sig."
Gatland och Hansen förbereder nu för seriens beslutsfattare på Aucklands Eden Park på lördag.
Lions försöker vinna en testserie i Nya Zeeland för första gången sedan 1971.
"Alla svarta är för närvarande världsmästare och rankad nummer ett i världen," sade Henry.
"Så att slå alla svarta hemma med en sida som har haft väldigt lite rugby tillsammans skulle vara en astronomisk prestation."
Brittiska och irländska Lions huvudtränare Warren Gatland kan ta över Nya Zeeland en dag, säger Sir Graham Henry.