Scottish Simning sade att regeringen hade dragit finansiering från sin ÂÂ £1.72m program för att stödja skollektioner.
Det sades att det var oroat att det kunde leda till ett större antal vuxna som saknade förtroende för vattnet.
Den skotska regeringen sade att det kompletterande systemet hade upphört, men badandet var fortfarande välfinansierat.
Simning är inte en obligatorisk del av läroplanen i Skottland, till skillnad från i England.
Tillhandahållandet av simlektioner i grundskolan varierar kraftigt mellan de lokala myndigheterna, där barn som bor i de mest socialt missgynnade områdena har flest icke-simmare.
Scottish Simning hävdade att så många som 40 procent av barnen, omkring 15 000 per år, gick till gymnasiet som icke-simmare.
Programmet "Top Up" gav stöd till lokala myndigheter för att ge eleverna simlektioner.
Scottish Simning sa "Top Up" hjälpte upp till 30 000 barn att förbättra sina simkunskaper.
Idrottsminister Jamie Hepburn sade: " Top Up-programmet var utformat för att hjälpa till att utveckla en modell för att göra det möjligt för simklubbar och lokala myndigheter att lära barnen att simma genom att tillhandahålla några inledande ytterligare investeringar för att hjälpa lokal försörjning. Programmet fick 1,72 miljoner pund under fyra år.
"Även om toppprogrammet nu har avslutats, Scottish Simning fick mer än 5 miljoner pund (över fyra år) i den senaste finansieringsrundan från sportscotland. Detta är den största finansieringen av alla Commonwealth Games sporter."
Shelagh Dow, som var huvudlärare vid Granton Primary i Edinburgh, sade att ekonomiska påtryckningar hindrade många familjer från att bada.
Hon sade att förlusten av programmet skulle få konsekvenser.
"Det kommer att göra en enorm skillnad för dem", sade Ms Dow.
"Simming är i slutändan en livskunskap och eftersom många av dem inte lyckas plocka upp simning med de finansierade lektioner som de har i primär 4 de verkligen behöver den toppen.  Ganska ofta ekonomiska begränsningar hindrar dem från att simma vid andra tillfällen."
Sharon Macdonald, utvecklingsofficer för skotsk simning, sade: " Det är mycket oroande för oss. Programmet har funnits de senaste fyra åren.
"Vi har sett en enorm inverkan från programmet i regionen 25 000-30 000 barn som antingen har förbättrat sin simning eller blivit vad som är vår nya nationella standard för skolbad.
Slutet på ett program för att förbättra badstandarden bland grundskolebarnen har fört med sig en varning från idrottens styrande organ.