Pensionerad Ch Supt Donald Denton berättade de nya förfrågningar han kunde se "ingen anledning" varför vissa konton ändrades.
Han förnekade dock att det fanns ett avsiktligt försök att undanhålla officerarnas räkenskaper från den ursprungliga offentliga utredningen 1989-90.
96 Liverpool fans dog på grund av en förälskelse vid matchen den 15 april 1989.
Mer än 600 polisuttalanden granskades internt av South Yorkshire Police (SYP), av vilka omkring 60 ändrades mellan maj 1989 och maj 1990, hörde domstolen.
Juryn visade hur uttalanden som innehöll kommentarer om polisledarskap, brist på arbetskraft och dålig kommunikation förändrades.
Denton, som hade det övergripande ansvaret för granskningen av uttalanden, sade till de tillfrågade att det var motiverat att ta bort kritiken mot högre officerare eftersom det var "mycket stor åsikt", medan kritiken mot fansen betraktades som "faktisk".
I ett uttalande påminde en sergeant i Hillsborough om att en grupp poliser under tidigare år var stationerade vid en tunnel in i de centrala pennorna på Sheffield onsdagens stadion.
Denna del av hans uttalande ströks över och fanns inte med i senare versioner.
Denton, som nu har gått i pension från SYP, sade: " Jag kan inte se någon anledning till varför detta skulle ha tagits bort alls. Det borde ha lämnats kvar."
Han höll med om att det var "inte tillfredsställande" att en hänvisning till polisradioproblem, ett år före katastrofen, också togs bort från en annan officers uttalande.
"På grund av de svårigheter som upplevdes med kommunikationssystemet där på dagen [ 1989] skulle jag ha trott att det skulle stanna kvar", tillade han.
Denton berättade för juryn att SYP:s juridiska rådgivare föreslog att kommentarer, åsikter och hörsägen från officerarnas uttalanden skulle tas bort, trots att det var tillåtet i den ursprungliga offentliga undersökningen av Taylor mellan 1989 och 1990.
Men han medgav att han hade fel när han berättade för en tidigare undersökning att alla ändringar i utlåtandet föreslogs av advokater och ingen av polisen.
Pete Weatherby QC, advokat för 22 sörjande familjer, uttryckte det för honom att viktiga bevis om en polistaktik för att stänga tunneln till Leppings Lane terrass, när de centrala pennorna var fulla, togs bort från officerarnas uttalanden.
Han sa att det fanns ett "bevis för denna kritiska fråga som inte lämnas till Taylor-utredningen av South Yorkshire-polisen".
Denton svarade: "Jag accepterar inte den konstruktion ni sätter på den, sir. Det kan uppenbarligen ha varit ett fel någonstans längs linjen, men det fanns definitivt inget avsiktligt i att undanhålla uttalanden."
Utredningarna i Warrington, Cheshire, fortsätter.
BBC News: Profiler för alla som dog
En före detta polischef som övervakade granskningen av officerarnas uttalanden efter Hillsborough-katastrofen har medgett att vissa fakta avlägsnats.