Den 15-årige Scot blev den yngsta någonsin Samväldesmedaljören när hon slutade trea i SB9 100m bröstsim i åldern 13 år 2014.
Men hon fick i april veta att hennes handikapp nu inte var tillräckligt allvarligt för att hon skulle kunna tävla i Para-simming.
En andra panel, vid Berlin Open-evenemanget, höll fast vid resultatet på onsdag.
Davies, från Delting Dolphins Club i Shetland, har Perthes sjukdom, ett tillstånd som påverkar hennes höftben och leder.
Innan hon förlorade sin klassificering var hon bara berättigad att tävla i bröstsim.
Commonwealth Games bronsmedaljör Erraid Davies har bedömts inte vara berättigad till handikapps simning efter medicinska tester.