Hon har ersatts på biljetten av den nuvarande MLA, Phil Flanagan, som missade valet vid en tidigare urvalskonvention för sex veckor sedan.
I december valdes Gildernew ut för att leda MLA Sean Lynch och John Feely.
Sinn Feins styrande råd (Ard Comhairle) beordrade emellertid en omomröstning.
Parten angav inte varför, men det har rapporterats att det hade uttryckts farhågor om fel i förfarandet.
På söndagen ersatte det nya konventet, som ägde rum i Enniskillen, Gildernew med Flanagan, som nu kommer att stå bredvid Lynch och Feely.
I december meddelade den avgående MLA Bronwyn McGahan att hon inte skulle söka omval. Mairead McGahan lade dock fram sitt namn för den senaste konventet men lyckades inte.
Sinn Féin har kommit in för lite kritik mot sociala medier för att ha valt en all-manlig lista över kandidater.
Det har också förekommit rykten om att Gildernew, en före detta jordbruksminister i Stormont, skulle kunna flytta till grannorten Mid Ulster.
Förra månaden meddelade vice premiärminister Martin McGuinness att han lämnar Mid Ulster för att söka val i sin hem valkrets Foyle.
Som svar på spekulationen om hennes flytt twittrade Gildernew att "Mid Ulster har utmärkta kandidater att ersätta @M_McGuinness_SF och mitt hjärta är i #FST".
Hon sade också att hon inte trodde att hon skulle stå som en oberoende och hennes avval "kan vara en välsignelse i förklädnad!"
Under sin tid i Nordirlands församling har Flanagan ofta varit med i nyheterna.
Förra månaden blev han beordrad att betala skadestånd till Ulster Unionist MP Tom Elliott över ett ärekränkande meddelande på Twitter.
Flanagan har också förmanats av talmannen Mitchel McLaughlin över några av hans kommentarer i församlingen och för att han inte bär slips - ett brott mot Stormonts klädkod.
Den tidigare riksdagsledamoten Michelle Gildernew har tappats som Sinn Féin-kandidat till Fermanagh- och South Tyrone- valkretsen i Stormont-valet.