Carla McGurn, 20 år, hade anklagats för att ha överfallit den två månader gamla pojken vid olika tillfällen mellan januari och februari 2015 i ett hus i Fife.
Hon nekade åtalet, vilket inte bevisades av en jury efter en rättegång.
Miss McGurn, från Burntisland, hade anklagats för att ha våldtagit pojken genom att gripa tag i honom och skaka honom upprepade gånger.
Det hade påståtts att hon tillfogat pojkens huvud och kropp "snällt våld" med "okända för åklagaren", och att överfallet hade varit till barnets "svåra skada" och till "faran med hans liv".
En kvinna har frikänts från att överfalla en pojke till fara för sitt liv.