Forskare kunde lokalisera hotspotsen genom att matcha DNA-fingret av beslagtaget elfenben till DNA-profiler från dyngan av elefanter som lever över hela kontinenten.
Omkring 50.000 elefanter tros bli tjuvskytte varje år.
Det värsta området för tjuvjakt identifierades som Tanzania och närliggande delar av Moçambique.
Tridom, som omfattar delar av Gabon, Kongo och Kamerun, betonades också.
Forskarna säger att data, som publiceras i Science, kan öka det internationella trycket för att stoppa dödandet.
Den här veckan hoppas den amerikanska regeringen kunna sända ut ett budskap mot olaglig försäljning av elfenben från elefanter genom att förstöra ett ton elfenben från New Yorks Times Square.
Konventionen om internationell handel med utrotningshotade arter av vilda djur och växter (Cites) förbjöd den internationella handeln med elfenben 1989, men handeln på den svarta marknaden fortsätter att blomstra.
Ivory används för prydnadssaker, souvenirer och även i traditionella läkemedel.
Med en beräknad befolkning på mindre än en halv miljon människor driver det pågående problemet med afrikansk tjuvjakt snabbt djuret mot utrotning, enligt vissa naturvårdare.
Internationella ansträngningar för att försöka stoppa elfenbensledningen fokuserar på försäljningsställen och skärper kontrollerna på potentiella sjöfartsrutter.
Men dr Samuel Wasser, en naturvårdsbiolog från University of Washington och ledande forskare på Science Paper, tror att andra åtgärder kan vara mer effektiva.
"Källpopulationerna är där allt börjar, och att kunna fokusera på källpopulationerna, särskilt de stora källpopulationerna, är mycket effektivt för att försöka rikta dessa mord," Dr Wasser berättade BBC s Science in Action program.
I ett försök att identifiera var illegalt elfenben kom ifrån vände sig dr Wasser och hans team till genetisk analys.
Elefanter lever i sociala grupper eller hjordar. Djur som bor på en plats är mer genetiskt besläktade med varandra än de är med djur som bor någon annanstans.
Genom att analysera DNA-sekvensen - särskilt de sträckor som avslöjar släktskap - från djur som lever över hela Afrika, skulle forskarna kunna bygga en geografisk karta över elefantgenetisk mångfald.
Elefanter är stora, försiktiga och inte lätta att ta prover direkt, men deras dynga ger en riklig källa till den nödvändiga elefantritningen; detta talande DNA. En analys av dyngaprover från 1.500 individer, var och en från en separat familjegrupp och bodde på olika platser i Afrika, resulterade i en detaljerad geografisk DNA-karta.
Som dr Wasser förklarade gör detta det möjligt för dem att identifiera källan till olagligt elfenben: " Vi är mycket noggranna.
– Viktigast av allt är att områdena ligger längre ifrån varandra än 300 km, så att man i kombination med att känna till områdets naturhistoria - vilka parker som finns där och var elefanterna bor - kan ta den till den exakta parken.
De var redo att analysera elfenbenet för att identifiera dess källa, och det fanns ingen brist på material att analysera.
Teamet fokuserade på 28 anfall gjorda mellan 1996 och 2014.
"Vi analyserar stora djurbeslag som är över ett halvt ton i vikt, och det är viktigt eftersom dessa stora beslag utgör cirka 70% av all elfenben smugglas," Dr Wasser sade.
"De återspeglar inblandningen av stora gränsöverskridande brottssyndikat."
En jämförelse mellan DNA - fingeravtrycken i det beslagtagna elfenbenet och deras geografiska karta över elefant- DNA gjorde det möjligt för dem att identifiera platserna för denna masslakt av djur.
Resultatet var häpnadsväckande.
Nästan alla de stora anfallen från det senaste årtiondet som analyserades kom från bara två tjuvjaktande hotspots.
Afrikanska elefanter är uppdelade i två underarter: skogselefanten och Savannah-elefanten.
Majoriteten av dödsfallen bland skogselefanter hade inträffat i eller nära det skyddade området Tridom, däribland delar av Gabon, Kongo och Kamerun. Vissa dödsfall inträffade också i Dzanga Sangha-reservatet i Centralafrikanska republiken.
Savannah elefantslakt var fokuserad i Tanzania, med spill-over i Moçambique. Det här var den största tjuvskytten av alla.
Dr Wasser hoppas att bevisbördan kommer att tvinga det internationella samfundet att sätta press på dessa länder att "städa upp sin handling" och göras mer ansvarigt av statliga biståndsorgan och privata givare.
De flesta olagligt tjuvskytte afrikanska elefant elfenben kan spåras tillbaka till bara två områden i Afrika, visar forskning.