Gary Haggarty, 44, ska inte längre åtalas för tre påstådda brott.
Hans advokater sa att det handlar om att ha sprängämnen och skjutvapen.
Hans juridiska team är också inställda på att utmana det "goda" att åtala en man de säger arbetade som en statlig agent för några av de återstående 209 räknas mot honom.
På onsdagen fick Belfast Magistrates' Court veta att en förhandling för att avgöra om den misstänkta UVF-befälhavaren har ett ärende att besvara är planerad till november.
Haggarty har väntat på att få veta om han kommer att ställas inför rätta sedan han undertecknade ett avtal om att bli en biträdande brottsling enligt villkoren i lagen om grov organiserad brottslighet och polis (SOCPA) redan 2010.
Den nordlige Belfast-mannen åtalades för 212 avgifter för en 16-årsperiod mellan 1991 och 2007.
Åklagarmålet mot honom uppgår till 12.000 sidor, med hans påstådda brott inklusive:
Mr Haggarty, vars adress är listad som c/o polisen i Nordirland, tros bo på en hemlig plats i England.
Han var inte närvarande för det senaste skedet i en pågående domstolsprövning av fallet.
Utanför domstol sa Haggartys advokat att en utmaning skulle riktas mot några av de återstående anklagelserna.
"Försvaret vidarebefordrade skriftliga inlagor till PPS den 4 maj behandlar först och främst anklagelser där vi säger att handlingarna inte avslöjar ett prima facie-fall, men också åtal där det finns frågor i samband med anständigheten av anklagelserna vid en tidpunkt då svaranden var en statlig agent från 1993-2004," sade han.
Denna förordning träder i kraft den tjugonde dagen efter det att den har offentliggjorts i Europeiska unionens officiella tidning.
Vissa anklagelser mot en så kallad lojalist supergräs anklagad för en katalog över mord och paramilitära brott kommer att läggas ner.