96-tonskranen exploderade i en eldboll strax före 21:30 BST på onsdag mellan J2 för Beaconsfield och J1a för M25.
Ett antal bilar var instängda i flera timmar. Vägen öppnades delvis på torsdag morgon.
Motorvägarna England sa att en fil skulle förbli stängd av säkerhetsskäl.
Uppdateringar av detta och andra berättelser från Buckinghamshire
Det sades att den "intensiva branden" hände efter ett "betydande spill av hydraulvätska", vilket orsakar "allvarlig skada på vägytan", som kommer att återuppstå på torsdag kväll.
Ett specialistlyftteam tog bort kranen från körfält ett och den hårda axeln tidigare.
Förare nära Beaconsfield uppmanas att ge extra tid för sina resor.
Bilar fångades på södra M40 i Buckinghamshire över natten efter att en kran brast i lågor, stänga motorvägen,