Oxfords direktör kommer att ersätta Greg Clarke efter årsstämman den 10 juni, då ligans klubbar kommer att uppmanas att ratificera utnämningen.
Clarke sa förra året att han skulle lämna den roll han har haft sedan 2010.
Lenagan, som är ordförande för rugbyligan sida Wigan, har suttit i fotbollsligans styrelse sedan 2013.
Har du lagt till de nya Top Story varningar i BBC Sport app? Gå bara till menyn i appen - och glöm inte att du också kan lägga till poängvarningar ditt fotbollslag och mer.
Ian Lenagan kommer att bli fotbollsförbundets nya ordförande efter att han enhälligt har rekommenderats av organisationens valberedning.