Efter en domstolsprövning sa Lord Jones att ministrarna kom fram till sitt beslut om SSE:s Stronelairg-projekt "i strid med miljökraven".
Landskap välgörenhet John Muir Trust sökte översynen efter vindparken fick planeringsgodkännande förra året.
Tilliten sa att turbinerna skulle "förstöra karaktären" på vild mark.
Stuart Brooks, John Muir Trusts verkställande direktör, sa att välgörenheten var "glad" med resultatet. Bergsrådet i Skottland och National Trust for Scotland har också välkomnat domstolsprövningen.
SSE sa att det var "uppsagt".
Domstolen hörde att Scottish Natural Heritage i princip hade invänt mot vindparkens föreslagna plats.
Lord Jones sade: "Om ministrarna tog hänsyn till SNH:s principiella invändning mot någon vindkraftsparks utveckling i Stronelairg, har de inte gett någon anledning att avvisa den, och beslutet är defekt på den punkten."
Allmänheten nekades också möjlighet att kommentera en reviderad planeringsansökan för den föreslagna vindkraftparken, sade domaren.
Han sa att regeringens beslut att ge samtycke borde upphävas.
Energiminister Fergus Ewing beviljade tillstånd för SSE Renewables projekt i juli förra året.
Det sades då att vindkraftparken kunde generera tillräckligt med el för att driva 114 000 bostäder.
Operatörerna sade också att det skulle ge 30 miljoner pund i nytta för regionen.
Men John Muir Trust sade att utvecklingen skulle "förstöra karaktären" av ett område av vild mark i Monadhliath bergen.
Den lämnade in en framställning till sessionsdomstolen med begäran om en rättslig prövning av hans beslut.
SSE hade sökt tillstånd för upp till 83 turbiner vid Stronelairg nära sin Glendoe hydro electric system ovanför Fort Augustus.
I april 2013 röstade dock Highland-fullmäktiges ledamöter 11 till tre för att inte göra några invändningar mot att projektet reducerades till 67 turbiner.
Efter den rättsliga granskningen sade Brooks: " Detta är goda nyheter för alla dem som älskar Skottlands vilda land och vill se det skyddat.
"En finansiell appell förde med sig en enorm stödnivå från över tusen välönskare, vilket gjorde det möjligt för förtroendet att gå vidare.
"Herre Jones har nu beslutat att trustens talan var välgrundad."
En talesman för SSE sade: " Vi är besvikna över resultatet av domstolsprövningen av samtyckesbeslutet för Stronelairg vindpark.
"Vi kommer nu att granska domen i detalj och överväga våra alternativ i enlighet med detta."
En domare vid sessionsdomstolen har sagt att den skotska regeringens beslut att godkänna en 67-turbin vindpark nära Fort Augustus var "defekt".