Han sade att Nord Stream-ledningen skulle minska Rysslands beroende av ukrainska rörledningar, som stängdes under gastvister mellan Moskva och Kiev.
"Teknisk gas", som behövs för att bygga upp trycket, släpptes på tisdag.
Det förväntas att tyska konsumenter kommer att börja ta emot rysk gas genom den nya rörledningen om några veckor.
Den officiella lanseringen av Nord Stream kommer att markeras med ett besök av Rysslands president Dmitry Medvedev i Tyskland i november.
Nord Stream, en dubbel rörledning, byggdes till en kostnad av $12,5 miljarder kronor (7,7 miljarder pund; 8,8 miljarder euro) och är 1,224 km lång, som löper från Viborg i nordvästra Ryssland till Sassnitz i nordöstra Tyskland.
Den bör kunna flytta 55 miljarder cu gas per år till 2013, efter slutförandet av den andra rörledningen.
Vladimir Putin, som besökte Vyborg, sade att Ukraina hade utnyttjat fördelarna och att förbindelserna mellan de två länderna nu skulle bli "mer civiliserade".
För närvarande strömmar 80 % av Rysslands gasexport till EU genom rörledningar över ukrainsk mark.
Förutom Nord Stream har Ryssland planerat en ny pipeline, South Stream, som kommer att löpa från södra Ryssland till Bulgarien under Svarta havet.
Projektet förväntas årligen leda 63 miljarder euro i gas till Central- och Sydeuropa.
I ett annat projekt för ledning av före detta Sovjetisk gas västerut har Turkiet, Rumänien, Bulgarien, Ungern och Österrike gått med på att bygga en rörledning på 3 900 km som kallas Nabucco.
Den förväntas pumpa upp till 31 miljarder kubikmeter gas årligen från Kaspiska havet och Mellanöstern över Turkiet och in i Europa.
Rysslands premiärminister Vladimir Putin har tryckt på startknappen för att öppna en gasledning som transporterar naturgas direkt till Tyskland under Östersjön.