I ett svar till Green Party MP Caroline Lucas, utbildningsminister Anne Milton sade den totala 2016-17 budgeten för 16- till 19-åringar i England var £5,9 miljarder.
Men Sjätte Form College Association sade att dess analys av detaljerna visade att endast omkring 5,7 miljarder pund hade spenderats.
Regeringen säger att den har tagit itu med orättvis finansiering av utbildning efter 16 år.
Men Sjätte Form College Association säger fristående sjätte former fortfarande förlorar ut jämfört med sjätte former som är en del av skolor.
Och ledare för både skolor och högskolor säger att de har varit tvungna att skära kurser och minska studentstöd som svar på växande finansieringstryck.
Forskarna säger att underskottet uppgår till en förlust på £164 per student under årets lopp.
Föreningen säger en undersökning av sina medlemmar i fristående sjätte-form högskolor i oktober föreslog två tredjedelar hade tappat ämneskurser som ett resultat av finansieringsnedskärningar och ökade kostnader.
Medan föreningen för skol- och collegeledare, som företräder gymnasielärare, rapporterar liknande svårigheter i skolan sjätte former.
Sjätte Form Colleges Association verkställande direktör Bill Watkin sade kvaliteten på utbildningen var lidande.
"Vi uppmanar institutionen för utbildning att se till att denna £ 200m under spendera hittar sin väg till högskolor och skolor i tid för början av läsåret i september", sade han.
"Vår är den sista budgeten på avdelningen för utbildning som ska vara underutnyttjad."
Och Geoff Barton, generalsekreterare i Association of Schools and Colleges, sade att skolor drabbades över hela linjen av stigande kostnader "men situationen i efter 16 utbildning är ännu allvarligare eftersom dessa påtryckningar kommer över finansiering nedskärningar i det förra parlamentet".
Lucas, vice ordförande för All Partys parlamentariska grupp för Sixth Form Colleges, sade att hon ansåg att det var "svårt att förstå varför 200 miljoner pund av den sjätte formens utbildningsbudget inte har nått fram till utbildningsfronten".
"Regeringen måste klargöra var dessa pengar har gått och se till att det omdirigeras till skolan sjätte former och högskolor så snart som möjligt", sade hon.
Regeringen har underutnyttjat sin sjätte form utbildningsbudget med 200 miljoner pund i år, analys av siffror från ett skriftligt ministersvar tyder på.