Jayne Hickey och hennes son Christian blev skjutna när två män knackade på deras ytterdörr i Gillingham Road i Eccles, Salford den 12 oktober.
Pistolen var ett av två vapen som beslagtogs när ett fordon stoppades i Faulkners Lane, Mobberley i Cheshire den 15 december vid cirka 21:20 GMT.
Två män är åtalade för innehav av vapen.
Ett vapen har också kopplats till en mans skottlossning i Ashton-in Makerfield, Wigan den 30 mars.
Ett vapen som tros ha använts för att skjuta en mor och hennes sjuårige son har gripits av polisen.