Vinnaren av priset, tidigare känd som Samuel Johnsons pris, kommer att få 30 000 pund.
Syftet är att erkänna verk av hög kvalitet som inte är tryckta på engelska.
Den är öppen för böcker inom aktuella frågor, historia, politik, vetenskap, idrott, resor, biografi och konst.
Flandern, som nu är marknadsstrateg på JP Morgan Asset Management, sade: " Samuel Johnsons pris har hjälpt till att förändra vårt sätt att tänka på icke-fiktionsskrivande i detta land, med en årlig påminnelse om att stora böcker verkligen kan komma ut från var som helst - och vad som helst.
Personligen är jag glad att få vara ordförande för priset i dess nya inkarnation.
Prisregissören Toby Mundy sade: "Detta är början på ett mycket viktigt nytt kapitel i historien om Storbritanniens mest prestigefyllda icke-fiktionspris."
Inlämningar kommer att accepteras från och med den 23 maj, där vinnaren tillkännagavs den 15 november.
Tidigare BBC Economics Editor Stephanie Flandern ska leda domarna för 2016 års Baillie Gifford-pris för icke-fiktion.