Den 30-årige, ridning för Team Dimension Data, vann steg ett till Al Khor Corniche i en sprint finish från Sacha Modolo (Lampre) och Andrea Guardini (Astana).
Cavendish, som vann tävlingen 2013, i genomsnitt nära 52 km/h på denna etapp.
Han planerar att under loppet avgöra om han ska tävla vid nästa månads VM i London.
En vinnare av 26 Tour de France stadier, Cavendish står inför ett fullspäckat schema 2016 med augustis olympiska spel i Rio också ett mål.
Femstegsloppet avslutas på fredag.
Britanniens Mark Cavendish hävdade sin första seger 2016 på en snabb öppning scen av Tour of Qatar.