Forskare sa att de hittade tyska mynt präglade under andra världskriget i ruinerna i norra Argentina.
Forskarna sade att byggnaderna förmodligen aldrig användes av förrymda nazister, eftersom de fann att de kunde bo fritt i argentinska städer.
Bland nazisterna som flydde till Argentina fanns Adolf Eichmann och Erich Priebke.
Forskarna från universitetet i Buenos Aires sade att de bestämde sig för att undersöka byggnaderna på grund av en lokal legend som påstod att de hade använts som ett gömställe för Martin Bormann, en nära medhjälpare till Adolf Hitler.
De övervuxna ruinerna ligger i Teyu Cuare park, nära staden San Ignacio i norra Misiones provinsen.
Forskaren Daniel Schavelzon berättade för Argentinas Clarin tidning att arkitekturen i de tre byggnaderna skilde sig markant från arkitekturen hos andra i regionen och att deras syfte mitt i ett avlägset naturreservat var ett mysterium.
Han sade att ett antal objekt hade hittats som kopplade byggnaderna till krigstid Tyskland, såsom mynt präglade i slutet av 1930-talet och början av 1940-talet och ett fragment av Meissen porslin tillverkade i Tyskland.
Men inget av föremålen har hittills visat sig ha någon direkt koppling till några nazistiska officerare.
Schavelzon berättade för Clarin att hans team ansåg att tidigare teorier, såsom att byggnaden hade byggts av jesuitpräster, var "för förenklade".
Han avfärdade också den lokala legenden att Hitlers privatsekreterare Martin Bormann hade bott där.
Schavelzon pekade på DNA-tester som utfördes 1998 på ett skelett som hittades i Berlin och som bevisade att Bormann begick självmord 1945 och inte flydde till Sydamerika, vilket man länge har sagt.
Forskaren insisterade dock på att byggnaderna i Teyu Cuare park var mycket ovanliga.
Han sa att väggarna, av vilka några var 3m (9ft) tjocka, var "på en otrolig skala".
Han sade också att deras läge var "helt otillgängligt".
"Du skulle aldrig kunna hitta dem om du inte visste exakt var de var", sade han.
Han sa att teorin som teamet för närvarande arbetar på var att byggnaderna byggdes som ett gömställe av nazisterna ifall de skulle förlora andra världskriget.
Men han sade att han inte trodde att det någonsin användes, eftersom nazisterna fann att de kunde leva i relativ komfort i argentinska städer i stället för att behöva gömma sig i en avlägsen djungel fästning.
Hundratals nazister och fascister, några av dem ville ha krigsförbrytare, tilläts att komma in i Argentina av presidenten vid den tiden, Juan Peron.
Adolf Eichmann, SS-officeren som övervakade Förintelsens logistik, bodde känd i en förort till Buenos Aires i åratal innan han tillfångatogs av israeliska agenter.
År 2000 bad president Fernando de la Rua om ursäkt för Argentinas roll som tillflyktsort för nazistiska krigsförbrytare efter andra världskriget.
Arkeologer försöker avgöra om förstörda byggnader i ett avlägset naturreservat i Argentina byggdes som ett gömställe för tyska nazistiska officerare.