Tre lagkamrater har gjort kortlistan - Stuart Armstrong, Moussa Dembele och Scott Sinclair - tillsammans med Aberdeen yttern Johnny Hayes.
Men Rodgers tycker att hans kapten inte borde ha förbisetts.
"Jag kan fortfarande inte komma ifrån hur Scott Brown inte är på det. Jag kan verkligen inte", sa han om Skottland midfielder.
"Jag vet inte hur han var under andra år, men för den här säsongen, under min första säsong här i Skottland, den nivå som den här mannen har spelat på, han är den mest inflytelserika spelaren i skotsk fotboll.
"Jag tittar på Chelseas N'Golo Kante söderut som en central mittfält spelare och jag tror att han fick spelaren av årets utmärkelse där nere - och jag tror att Scott är säkert åtminstone värdig att vara en nominerad."
Rodgers skulle dock inte avslöja om 31-årige Brown skulle ha varit hans val för årets spelare.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Han vägrade också att nominera vilken av de tre keltiska spelarna på listan förtjänade att vinna.
Han lovordade dock den konsekvens och det ledarskap som Brown visade prov på under hela kampanjen.
"Jag kan bara minnas att han hade en dålig match och det var Hearts när vi vann ligan - och jag tror att han själv sa att han var hopplös," tillade Rodgers.
"Varje annat spel har varit på en topp nivå och detta är Champions League, detta är stora spel.
"Spelarna här kommer att berätta katalysatorn han är för dem, vad han ger laget. Han har varit enastående.
"Jag kan inte fatta varför han inte är med, men naturligtvis är jag verkligen glad för de andra pojkarna och de unga spelarna som också är nominerade."
På Ibrox på söndagen, Sinclair utsattes för ras gester från en Rangers fan, som sedan har erkänt brottet i domstol, och Rodgers sade att den engelska yttern hade lagt händelsen bakom sig.
"Racism - vare sig det är fotboll eller om det är samhället - det finns ingen plats för det", tillade Rodgers.
"Han mår bra. Han har stöd av alla här, alla supportrar och han går vidare från det.
"Han har spelat spelet ganska länge, så det säger något att det är första gången han har stött på det i sitt liv.
"Det har varit så mycket bra arbete under de senaste 20 åren att utplåna denna typ av saker.
"I denna dag och ålder, när du hör om det, är det mycket, mycket överraskande, så tacksamt det har behandlats med direkt, vilket är bra att se, och vi hoppas att vi inte har några fler incidenter som det för spelare som Scotty och vem annan."
Keltisk chef Brendan Rodgers kan inte tro att Scott Brown är frånvarande från nomineringslistan för PFA Scotland spelare av årets utmärkelse.