På onsdag sade den egyptiska konkurrensmyndigheten att den hade hänskjutit Cafs president Issa Hayatou till åklagare för utredning.
Det sades att han misstänktes för att inte öppna anbudsförfarandet för fri och rättvis konkurrens i enlighet med egyptisk lag.
Caf är baserad i Kairo så myndigheterna säger att det måste följa deras lagar.
Caf sade att rapporterna var falska och tillade att det i den skrivelse som den sändes av konkurrensmyndigheten inte nämndes något åtal mot Hayatou.
"Falsk information, publiceras i den egyptiska pressen sedan igår och allmänt rapporteras runt om i världen, indikerar en rekommendation för åtal av presidenten i Caf till justitieministern i Egypten om korruption åtal," sade uttalandet.
"Det bör noteras att i det brev som skickats till Caf av den egyptiska konkurrensmyndigheten nämns inget åtal mot Cafs president, vare sig det gäller korruption eller något annat."
"Caf vill påpeka att avtalet med Lagardère Sports inte strider mot nationell eller överstatlig lagstiftning, som fastställts genom kategoriska rättsliga yttranden i detta avseende."
I juni 2015 undertecknade Caf ett avtal med Lagardere som gav det franska medieföretaget sändningsrättigheter till en mängd afrikanska fotbollstävlingar, inklusive flaggskeppet Africa Cup of Nations, från 2017 till 2028.
Affären värderades till 1 miljard dollar av den afrikanska fotbollens styrande organ och följdes vidare från ett tidigare kontrakt med Lagardere, som hade pågått från 2008 till 2016.
Det franska företaget är inte föremål för hänskjutandet, men har vägrat att göra något fel.
"Alla påståenden om att avtalet bryter lokala egyptiska konkurrenslagar är helt ogrundade och vi har tydlig och kategorisk juridisk rådgivning i detta syfte," det sade i ett uttalande till BBC.
Den egyptiska konkurrensmyndighetens klagomål kommer dagar efter den nya affären trädde i kraft och en vecka innan Nations Cup kommer igång.
Kontinens största idrottsevenemang startar i Gabon den 14 januari, och finalen äger rum den 5 februari.
Confederation of African Football (Caf) har starkt förnekat att ett avtal med ett medieföretag för sändningsrättigheter till flera afrikanska fotbollsturneringar har brutit mot någon lag.