Rothamsted sade att grödor hade vandaliserats och orsakat "betydande" skador.
Händelsen ägde rum på söndag morgon på centrumets testplats i Harpenden i Hertfordshire.
Projektet syftar till att se om de modifierade grödorna kan avskräcka bladlöss - en stor vetepest.
Rothamsted har tidigare vädjat till anti-GM-kampanjer att inte förstöra sina experiment komplotter, som de säger kan bidra till att minska användningen av bekämpningsmedel.
Men motståndare till GM-tekniken hävdar att planteringen av grödorna i det fria skulle göra det möjligt för modifierat pollen att komma ut i den omgivande miljön.
Efter inbrottet på platsen, Rothamsted forskare Toby Bruce  
          skrev på Twitter
 att vetefrön tycktes ha blivit strödda på tomter, och topparna av växter hade skurits av.
Men laboratoriet sade att skildringen var anekdotisk och kanske inte var korrekt. I ett uttalande kommenterade Rothamsted: "Inkräktaren orsakade betydande, slumpmässiga egendomsskador, men misslyckades med att störa experimentet i denna attack."
Labbets direktör Maurice Moloney sa att akten var ett försök att "förneka oss alla möjligheten att samla kunskap och bevis" om en möjlig ny strategi för att minska användningen av bekämpningsmedel.
En 50-årig man från Devon ska infinna sig vid tingsrätten i St Albans den 13 juli.
Grödan som prövas på Rothamsted innehåller gener som syntetiserats i laboratoriet. Det kommer att producera en feromon som kallas E-beta-farnesen och som normalt avges av bladlöss när de hotas av något.
När bladlöss känner lukten, flyger de iväg.
Anti-GM grupp Ta Flour tillbaka har lovat att "dekontaminera" webbplatsen om inte forskningen stoppas.
Evenemanget följdes upp på organisationens hemsida som "en trevlig dag ute i landet, med picknick, musik... och en sanering".
Det finns inget som tyder på att mannen som har blivit åtalad är kopplad till Take the Flour Back.
Eleanor Baylis, från anti-GM-gruppen, sade i ett uttalande: "Vi har ingen information om denna händelse, men är lättade om mängden genetiskt modifierat pollen som frigjorts från försöket har minskat.
"Det brittiska folket är tydligt att de inte sväljer den här tekniken."
Protestanterna har tidigare avböjt en inbjudan från Rothamsted att träffa forskare bakom projektet och efter en hetsig debatt om BBC:s Newsnight-program kommer en planerad aktionsdag den 27 maj att fortsätta.
Men en talesman för Take the Flour Back berättade för BBC News att gruppen skulle vara intresserad av att delta i en offentlig debatt med brett deltagande. Hon sade att beslutet att inte delta i den debatt som Rothamsted föreslog berodde på de särskilda villkoren för evenemanget.
Paul.Rincon-INTERNET@bbc.co.uk
En man har anklagats för brottslig skada efter ett inbrott på Rothamsted Research Center där en rättegång av GM-vete hålls.