City of Glasgow College student Majid Ali hölls nyligen i Dungavels fängelse i Lanarkshire.
Supporter tror att han deporterades på tisdag kväll. Inrikesministeriet sade att den inte kommenterade enskilda fall.
Mr Ali hade anklagat de pakistanska myndigheterna för att ha dödat hans farbror och kusin och kidnappat hans bror.
Han ansökte först om asyl i Storbritannien 2011 efter att ha sagt att hans bror var offer för en påtvingad "försvinnande" av pakistanska myndigheter.
På senare tid hävdade Ali att hans familjehem i Balochistan-provinsen plundrades av regeringsstyrkor, och hans farbror och kusin sköts och dödades.
Den instabila provinsen, i sydvästra Pakistan, har sett konflikt mellan regeringsstyrkor och grupper från regionen som vill ha mer politisk självständighet eller självständighet och en större andel av intäkterna från naturresurser.
National Union of Students (NUS) hade drivit en kampanj för att hålla Ali kvar i Storbritannien.
Tidigare i veckan sade NUS Scotland President Gordon Maloney: " Vi är djupt oroade för Majids säkerhet om han tvingas hem.
"Vi inser alla att ingen förtjänar den typ av behandling han har fått i detta land, eller den allvarliga fara som kan vänta honom vid hans påtvingade hemkomst."
Kampanjen hade fått stöd av SNP MP för Glasgow South West, Chris Stephens, som skrev till invandringsministern och skotsk sekreterare och försökte ta upp fallet i underhuset.
Stephens hade sagt att det var "mycket uppenbart för alla som tittar på detta fall att Majid skulle få stanna, eftersom det skulle finnas en verklig rädsla för hans liv om han utvisades".
En skotsk student tros ha deporterats till Pakistan trots påståenden han står inför politisk förföljelse och möjlig död i sitt hemland.