Mr Comey måste förklara för ett parlamentsutskott varför han rekommenderade att den presumtiva demokratiska presidentkandidaten inte skulle åtalas.
Över 100 hemliga meddelanden hittades på hennes e-postservrar, sa FBI.
På onsdag bekräftade den amerikanske justitieministern Loretta Lynch att inga åtal skulle väckas.
Lynch anklagades av den republikanska Donald Trump, som troligen kommer att kämpa mot Clinton för Vita huset, för att bli mutad av den tidigare första damen.
Han sade att hon gick med på att låta Clinton slippa undan i gengäld för löftet att hon skulle behålla sitt jobb om demokraten vann valet och blev president.
Nyheten att justitieministern träffade före detta president Bill Clinton, fru Clintons make, förra veckan på en flygplats i Arizona ledde till anklagelser från republikanerna om en syttring.
På tisdagen sa FBI att Mrs Clinton och hennes personal var "extremt slarviga" när det gällde att hantera hemligstämplat material, men det fanns inga bevis på avsiktliga förseelser.
Jean-Claude Comeys uttalande motsade Clinton, som tidigare sade att hon inte medvetet hade skickat eller mottagit hemligstämplat material från sitt privata e-postkonto.
Han kommer att vittna på torsdag inför kammarens utskott för tillsyn och regeringsreform, under ledning av republikanen Jason Chaffetz.
"FBI: s rekommendation är överraskande och förvirrande," Mr Chaffetz sade.
"Det faktum mönster som presenteras av direktör Comey gör klart att sekreterare Clinton bröt mot lagen", sade han. "Individuella som avsiktligt kringgår lagen måste hållas ansvariga."
Ett uttalande från Clintons kampanjgrupp kallade det "ännu en skattefinansierad bluff om en utredning för att försöka skada Hillary Clinton politiskt".
Det har varit ett gemensamt tema i presidentkampanjerna av Mr Trump till höger och Bernie Sanders till vänster att etablissemanget insiders lever under sina egna regler.
Medan genomsnittsamerikaner lämnas åt sitt öde, får stora bankirer räddningsaktioner, storföretag får allmosor, och eliten isoleras från konsekvenserna av sina handlingar.
För dem som har detta synsätt är underlåtenheten att åtala Hillary Clinton - eller till och med hålla henne ansvarig på ett icke-kriminellt sätt - ytterligare ett exempel på de fördelar som kommer tillsammans med höga maktpositioner.
Även om Comey insisterade på att det inte fanns något prejudikat för ett åtal med tanke på att Clinton inte avsiktligt misskötte hemligstämplade uppgifter eller gjorde det på ett "grövligt försumligt" sätt, kan sådana förklaringar kanske inte flyga med raden av väljare som för närvarande är utestängda från den politiska processen.
-Sänkte FBI Clinton?
E-postskandalen har blivit en viktig politisk diskussionspunkt, där republikanerna säger att Clinton anser att hon står över lagen.
Republikanska president hoppfull Donald Trump kallade beslutet "mycket orättvist" och sade att det var bevis för att systemet var riggade.
Clinton sade att hon hade satt upp e-postadressen av bekvämlighetsskäl, eftersom det hade varit lättare att göra allt från en enhet än att ha flera telefoner eller surfplattor.
Hon bad senare om ursäkt för att hon använde det privata e-postsystemet och kallade det "ett misstag".
Parlamentets talman Paul Ryan sade att det verkar som om Clinton fick förmånsbehandling av FBI, och syftet med utfrågningen är att försöka besvara ett antal frågor om undersökningen.
Han ifrågasatte om Clinton kunde få hemligstämplade genomgångar som presidentkandidat efter det att FBI:s resultat hade släppts.
House Democratic Leader Nancy Pelosi berättade för USA idag att Mr Ryans kommentarer är "oansvarig" och "orange".
"Hon ska bli USA:s president och bli USA:s president."
House Republikans har kallat FBI-direktör James Comey för att vittna om Hillary Clintons användning av privat e-post som utrikesminister.