Avtalet, att lämna över Red Sea öarna Tiran och Sanafir, avtalades vid ett besök i Egypten av Saudi King Salman i april 2016.
Det utlöste sällsynta protester i Egypten, med presidenten anklagad för att "sälja" öarna i utbyte mot saudiarabiskt bistånd.
Affären har varit föremål för utmaningar i domstol under det senaste året.
Men parlamentet har insisterat på att frågan ligger i dess behörighet. President Abdul Fattah al-Sisi måste nu ge sitt slutliga godkännande.
Protester samlades utanför pressfacket i Kairo när nyheten om parlamentets godkännande blev känd. Flera personer, däribland några journalister, fängslades.
Sisi sade att öarna alltid hade tillhört Saudiarabien och att saudierna hade bett Egypten att stationera trupper där 1950 för att skydda dem.
En domstol fastslog i januari att regeringen hade misslyckats med att bevisa att öarna ursprungligen var saudiska, även om detta utslag upphävdes av en annan domstol några månader senare.
Motståndare anklagar Sisi för att bryta mot konstitutionen och lämna över öarna för att behaga Saudiarabien som har stött honom ekonomiskt sedan han ledde militärens störtande av hans valda islamistiska föregångare, Mohamed Morsi, 2013.
Egyptens parlament har godkänt en kontroversiell plan för att överföra suveräniteten över två till stor del obebodda öar till Saudiarabien.