Owen Lanes två försök satte Wales på väg med Reuben Morgan-Williams och Phil Jones också över för värdarna.
Robbie Smith, Blair Kinghorn och Ben Appleson var Skottlands målskyttar.
Wales börjar sin World Rugby Junior Championship kampanj i Georgien mot Australien den 31 maj,
De kommer också att möta England och Samoa i Pool A, medan Skottland är i Pool B med Irland, Nya Zeeland och Italien.
Wales Under-20 värmdes upp för 2017 World Rugby Junior Championship med en 29-22 seger över Skottland på Bridgends Brewery Field.