Det nationella genomsnittet för användning av humant papillomvirus (HPV) för 12 och 13-åringar är 86 %, men i Cornwall är det 57 %.
Cancerorganisationer krävde att vaccinet skulle introduceras i lokala skolor.
Vissa allmänläkare hävdade att siffrorna inte återspeglar den sanna bilden. NHS England sa att uppgifterna håller på att ses över.
Man sade också att man höll på att se över leveranssystemet i Sydväst men att länets lantliga natur gjorde ett skolbaserat program "mer utmanande".
Vaccinet erbjuds i skolor i större delen av England, men i Cornwall 12 till 13-åringar måste se GPs för jabs.
Robert Music, chef för Jo's Cervical Cancer Trust, sade att vaccinet skulle "ha en stor inverkan på att minska förekomsten av livmoderhalscancer" i Storbritannien.
"Vi har efterlyst ett par år nu för att ändra hur programmet fungerar i Cornwall", sade han.
"Ett skolbaserat program innebär att du kan erbjuda det till barn medan de är i skolan istället för att behöva ta ut dem för att få vaccinet två gånger."
HPV-vaccinationen ges i två separata injektioner under en ettårsperiod, men fram till förra året var den tre jabbar. Det skyddar mot två stammar av den sexuellt överförbara infektionen som antas orsaka 70% av fallen av livmoderhalscancer.
Upptaget i Cornwall har legat långt under det nationella genomsnittet under de senaste fem åren.
Doktor Sarah Gray, specialist på kvinnors hälsa, sade emellertid att det sätt på vilket siffrorna registrerades var vilseledande: " Vad NHS England har räknat är antalet jabbar under ett läsår.
"Om de inte riktigt får alla tre inom ett år det ser ut som vi har misslyckats", sade hon.
Hon sa också att Cornwall gjorde bra ifrån sig när det gällde att immunisera äldre tonårsflickor.
Louise Blenkinsop från Falmouth, 32, återhämtade sig från livmoderhalscancer 2013 efter "bueling behandling" och lämnades oförmögen att få barn.
"Det är löjligt att Cornwall förbises. Åtgärder bör göras lika över hela landet, sade hon.
NHS England ansvarar för idrifttagningen av vaccinet på uppdrag av Public Health England.
En talesman sade: "Cornwall är ett mycket lantligt län med ett antal faktorer som gör en skolbaserad modell logistiskt mer utmanande att leverera än den skulle vara i många andra delar av landet."
Han sade att systemet granskades "för att bedöma både klinisk effektivitet och valuta för pengarna" och att kontroller gjordes på förra årets data för att se till att det var korrekt.
Flickor i Cornwall som inte vaccineras mot livmoderhalscancer saknar en "livsfrälsande möjlighet", har en välgörenhet sagt.