Arbetet - som inleddes i augusti 2014 - har nu avslutats.
Fler specialiserade entreprenörer togs in allteftersom arbetet fortskred och budgeten började öka.
En talesman för rådet berättade för BBC Scotland den senast överenskomna budgeten var strax under £ 4,3m men att den slutliga propositionen för projektet fortfarande beräknades.
Hon sade: " Vi kan bekräfta att restaureringen av taket på stadshuset, en av Aberdeens historiska samhällsbyggnader, nu är fullbordad.
"Den byggnadsställningar uppfördes på Union Street kom ner över helgen när reparationerna kom till ett slut.
"Under de senaste två åren har projektet avslöjat många utsmyckade och historiska drag som är unika för Storbritannien.
"I takt med att arbetet fortskred utvidgades tillämpningsområdet för att ta hänsyn till ytterligare strukturella frågor som tidigare inte var tydliga i de inledande bedömningarna och som ledde till att tidsplanen och budgeten utvidgades.
"Detta inkluderade exponering av ruttet trä i byggnadens fyra torn som hittades under skiffer och bly förra sommaren som måste ersättas."
Taleskvinnan tillade: " Vi har åtagit oss att återföra denna viktiga samhällsbyggnad till livet och är glada över att projektet nu har avslutats.
"Den slutliga kostnaden för projektet är ännu inte konfirmerad."
Den slutliga räkningen för reparationer av klocktornet i Aberdeen's Town House kan hamna på mer än £ 4,3m, det har avslöjats.