Malik sade: " Mitt liv med One Direction har varit mer än jag någonsin kunnat föreställa mig. Men efter fem år känns det som om det nu är rätt tid för mig att lämna bandet.
"Jag vill be fansen om ursäkt om jag har svikit någon, men jag måste göra det som känns rätt."
One Direction fortsätter sin världsturné som ett fyraverk och spelar in ett femte album senare i år.
Förra veckan lämnade Malik bandets världsturné efter att ha blivit utskriven med stress.
Han återvände till Storbritannien kort efter att ha tvingats försvara sitt förhållande med sin fästmö, Little Mix sångaren Perrie Edwards.
Ett foto hade tidigare dykt upp på honom med en annan kvinna runt midjan.
Ett andra foto, taget bakifrån, visade Malik som stod nära kvinnan. Deras händer och armar såg ut som om de var sammankopplade.
I ett uttalande sade resten av gruppen: " Vi är verkligen ledsna över att se Zayn gå, men vi respekterar fullständigt hans beslut och sänder honom all vår kärlek till framtiden.
"De senaste fem åren har varit bortom fantastiska - vi har gått igenom så mycket tillsammans, så vi kommer alltid att vara vänner.
"Vi fyra kommer nu att fortsätta. Vi ser fram emot att spela in det nya albumet och se alla fans på nästa scen av världsturnén."
Simon Cowell, som upptäckte pojkbandet på talangshowen X Factor, sade: " Jag vill tacka Zayn för allt han har gjort för One Direction.
"Sedan jag träffade Zayn första gången 2010 har jag blivit väldigt, väldigt förtjust i honom och oerhört stolt över honom. Jag har sett honom växa i förtroende och jag är verkligen ledsen att se honom gå.
"När det gäller One Direction kan fansen vara säkra på att Niall, Liam, Harry och Louis är enormt glada över bandets framtid."
Niall Horan, Liam Payne, Harry Styles och Louis Tomlinson signerade med Simon Cowells skivbolag Syco Records 2010 efter att ha avslutat tredje gången på The X Factor.
Zayn har haft en tumultig tid med bandet och nästan slutat under bootcamp.
Följ @BBCNewsbeat på Twitter, BBCNewsbeat på Instagram och Radio1Newsbeat på YouTube
Zayn Malik har lämnat One Direction, bandet har bekräftat i ett uttalande.