Unwanted av Tottenham Hotspur, den 31-årige misslyckades med att svara på en upprop efter en rad över kaptency före Togos seger över Liberia i juni.
Ny kapten Serge Akakpo slösade lite tid på att göra en stöt, poäng efter tre minuter, innan Jonathan Ayite fördubblade ledningen innan halvtid.
Togo leda grupp A med sex poäng.
Tunisien kommer dock att gå vidare på lördag om de spelar in sin andra seger i lika många matcher när de reser till Liberia.
Spelet i Monrovia kommer att vara den första fullständiga internationella Liberia har värd sedan upphävandet av ett förbud som införts på grund av Ebola krisen.
Liberia, som senast var värd för en internationell organisation i maj 2014, förklarades fritt från ebola på torsdag.
Tunisien slog Djibouti 8-1 under öppningsrundan 2017 Nations Cup kval i juni.
Togo vann sin andra raka 2017 Africa Cup of Nations kval när triumfera 2-0 i Djibouti men gjorde det utan stjärnstrejk Emmanuel Adebayor.