Biträdande utrikesminister Daniel Russel sade att kommentarerna skapade "ett klimat av osäkerhet" om Filippinernas avsikter.
Duterte har tillkännagett en "separation från USA", dess mångåriga allierade.
Det följer USA:s kritik mot Filippinernas brutala krig mot narkotika.
Kampanjen har orsakat tusentals utomrättsliga mord.
Russel sade att USA var oroat över förlusten av liv i Dutertes ingripande mot narkotikahandeln.
"Jag påpekade för sekreterare [utrikesminister Perfecto] Yasay att successionen av kontroversiella uttalanden och kommentarer och ett verkligt klimat av osäkerhet om Filippinernas avsikter har skapat bestörtning i ett antal länder, inte bara i mitt," Mr Russel sade.
"Detta är ingen positiv trend. Och som jag uppriktigt delade med utrikesministern, är dina vänner också bekymrade över förlusten av liv i samband med kampen mot narkotika."
USA uppmanade till förtydligande efter att president Duterte talade inför ett ekonomiskt forum i Kina förra veckan och sade: " Jag tillkännager min separation från Förenta staterna. Både i militären, kanske inte socialt, men även i ekonomin. Amerika har förlorat."
Han tillade: " Jag har justerat mig i ert ideologiska flöde, och kanske kommer jag också att åka till Ryssland för att tala med [president Vladimir] Putin och tala om för honom att det finns tre av oss mot världen - Kina, Filippinerna och Ryssland. Det är enda sättet."
Amerikanska tjänstemän sade att kommentarerna var "motstridiga" med de "nära förbindelser" som delas av länderna.
Russel sade att även om USA välkomnade förbättrade förbindelser mellan Filippinerna och Kina bör det inte ske på bekostnad av USA eller andra nationer.
"Det är ett misstag att tro att förbättrade relationer mellan Manila och Peking på något sätt kommer på bekostnad av USA. Detta bör vara tillägg och inte subtraktion, sade han.
Duterte har blivit allt mer fientlig mot USA sedan han tillträdde i juni.
Han har sagt att han vill avsluta gemensamma militära övningar med USA och sade till president Barack Obama att han kunde "dra åt helvete" efter kritik över hans blodiga krig mot droger.
Filippinerna President Rodrigo Dutertes senaste uttalanden har orsakat "consternation" i USA och andra nationer, den mest seniora amerikanska diplomat för Asien sade under ett besök i Manila.