Poole, 19, flyttade till Old Trafford 2015 från Newport County, där han spelade under nuvarande Cobblers boss Justin Edinburgh.
Men hans enda United framträdande hittills var som en sen ersättare i Europa League i februari 2016.
Wales Under-21 internationella kommer in som tävling för centerbacks Ash Taylor och Leon Barnett.
Edinburgh sade: " Han är en central försvarare som är bekväm på bollen. Han är stark, han hoppar bra och han har alla attribut för att vara en toppspelare.
"Han är mobil och han kommer att komplettera de andra försvararna vi har på klubben väl."
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
League Ena sidan Northampton Town har undertecknat unga Manchester United försvarare Regan Poole på ett säsongslångt lån.