51-åringen, som vann 30 kapsyler för Skottland, var nyligen chef för Manchester Uniteds ungdomsakademi.
"Jag är säker på att mina erfarenheter kan vara till nytta för skotsk fotboll," sade den tidigare Moderwell och keltisk strejkare.
SFA verkställande direktör Stewart Regan sade McClair "har varit i framkant av coaching evolution, analys och prestanda management".
McClair, som tar över rollen efter holländaren Mark Wottes avgång, tillbringade nästan 30 år på Old Trafford som spelare, ungdomstränare och chef för ungdomsakademin.
SFA sade att han "enhälligt identifierades som föredragen kandidat under en rekryteringsprocess som omfattade den nuvarande skotska nationalcoachen Gordon Strachan, tidigare nationella tränare Walter Smith och Andy Roxburgh, samt den skotska FA:s verkställande direktör Stewart Regan".
McClair börjar i rollen den 1 juni och kommer att ansvara för genomförandet av SFA:s prestationsstrategi.
Han tillade: " Jag är oerhört stolt över att ha fått ansvaret att hjälpa skotsk fotboll att gå framåt som prestationschef för skotska FA.
"Efter att ha tillbringat majoriteten av de senaste 30 åren i England med Manchester United, ser jag fram emot att komma hem, arbeta med coaching laget på skotska FA och klubbarna, och dela den kunskap jag har byggt upp i den tiden för att ta sig an denna nya, spännande utmaning."
Efter att ha börjat sin spelkarriär på Morwell, flyttade McClair till Celtic 1983 och fortsatte att göra 126 mål i 204 matcher. Sedan gick han med i Manchester United, där han gjorde 471 framträdanden mellan 1987 och 1998. Han gjorde 126 mål för Old Trafford-sidan och vann fyra Premier League-titlar, en European Cup-vinnares Cup, en European Super Cup, tre FA Cups och en League Cup.
"Processen att identifiera en ny prestationschef var grundlig och enormt upplyftande när vi övervägde kvaliteten på kandidaterna," Regan tillade.
"Brian blev mycket snabbt en stand-out med sin blandning av erfarenheter, inte bara från sin trofé-laden karriär som spelare på Manchester United, och hans internationella bidrag, men djupet av hans coaching erfarenheter med ett av de största och mest framgångsrika lag i världen.
"Han har varit i framkant av coaching evolution, analys och prestationsledning på Manchester United och rekryteringspanelen var övertygad om att han var den idealiska personen att leda prestationsstrategin in i en spännande ny era, förbättra den nuvarande tillhandahållandet samtidigt visa fördelarna med investeringen hittills till framtiden för skotsk fotboll."
Brian McClair har utsetts till verksamhetsledare för Scottish Football Association.