Det styrande organet sade att det hade blivit "deliberately vilseledd" av klubben om en affär att sälja spelare överföringsavgift rättigheter till en utomstående investerare.
FC Twente säger att det inte kommer att överklaga.
Fifa har förbjudit tredje parts ägarskap som ett hot mot spelets integritet eftersom investerare kan blåsa upp överföringsavgifter för att göra en vinst.
Den nederländska FA säger straffet, inklusive en 45,250 euro (34.000 pund) böter, följer Twentes underlåtenhet att avslöja fullständiga uppgifter om en tredje part ägande kontrakt med Malta-baserade Doyen Sports Investments.
Den Enschede-baserade klubben vann sin enda holländska ligan titel under Steve McClaren, nu Newcastle boss, under 2009-10 men är för närvarande tredje från botten i holländska Eredivisie.
FC Twente sade att sanktionerna skulle "hit hårt i hjärtat av vår klubb".
Twentes yrkeslicens kommer att återkallas om de inte samarbetar fullt ut med en oberoende undersökning av klubbens struktur, tillade den nederländska FA.
FC Twente har varit förbjudna från europeisk tävling i tre år av Royal Netherlands Football Association.