Southgate använde effektivt ett tremannaförsvar i den 1-0 vänliga förlusten i Tyskland på onsdag.
Det är samma system som används till god effekt av Premier League ledare Chelsea och italienska mästare Juventus.
"Om han [Southgate] tycker att det är rätt väg att gå, tycker jag att det är ett riktigt bra sätt att spela," tidigare England spelare Scholes berättade BBC: s Sportsweek.
"Under de senaste åren verkar vi kopiera den som gör bra ifrån sig, oavsett om det är Spanien eller Tyskland. Det fanns en trollformel när akademierna kopierade vad till och med Belgien försökte göra.
"Jag tycker det är på tiden att Gareth och hans personal tog med sig en identitet till den engelska fotbollen och det landslag som vi kan vara stolta över.
"Det kommer att bli svårt och det kommer att ta lite tid, men om han spelar på det här sättet och England blir framgångsrikt så är det vad det handlar om."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Englands nederlag i Tyskland var deras första i fyra matcher under Southgate, som gjordes permanent chef i november efter att ha tagit över på tillfällig basis efter avgång Sam Allardyce.
Southgate, som representerade England som spelare, var tidigare chef för den under-21 sidan, efter att ha lett Middlesbrough från 2006 till 2009.
"Jag gillade verkligen Gareth när jag lekte med honom", sa Scholes. "Han var bra med de unga grabbarna... han har varit framgångsrik med England som inte många spelare har varit, komma till semifinalen av Euro 96."
Scholes sade att Southgate kanske inte helt hade "tjänat sina ränder" på hemmaklubb eller europeisk nivå, men tillade: "Vi har varit på vägen av så kallade supertränare som inte har arbetat.
"Nu har vi en passionerad man som bestämmer, han gillar att spela unga spelare som är bra," tillade ex-Manchester United midfielder. "Förhoppningsvis är framtiden ljus under honom."
I Tyskland var England utan kapten Wayne Rooney, som också kommer att saknas för 2018 VM kval mot Litauen på söndagen när han återhämtar sig från en benskada.
Den 31-årige har kämpat för att göra anspråk på en startplats för Manchester United den här säsongen men före detta lagkamrat Scholes känner fortfarande att han har "en roll att spela" för både klubb och land.
"Han har stor erfarenhet och han kan förmedla kunskap till unga spelare," sade Scholes.
Rooney har kopplats samman med en återgång till sin första klubb Everton i somras, men Scholes tror att om han stannar och återtar sin plats i USA skulle det hjälpa hans chanser i England.
"Jag vill inte att han ska gå till en annan engelsk klubb, jag hoppas att han kommer tillbaka i United laget," tillade han. "Om han kommer tillbaka i United laget då är han tillbaka i England sidan."
Englands chef Gareth Southgate måste etablera en identitet för den nationella sidan, säger Paul Scholes.