Kommissionen har föreslagit att en ny lagstadgad styrelse inrättas i Skottland för att samordna verksamheten inom Scottish Enterprise och Highlands and Islands Enterprise (HIE).
Regeringen sade att tjänster som redan tillhandahålls i högländerna och öarna skulle skyddas.
En ny tjänst har också föreslagits för södra Skottland.
Scottish Enterprises och HIE:s verksamhet omfattar driften av Scottish Development International, Skills Development Scotland och Scottish Funding Council.
Den skotska regeringen gjorde en översyn av företags- och kompetensstöd tidigare i år.
Den undersökte HIE:s och Scottish Enterprises roller, ansvar och relationer.
HIE stöder företag och främjar ekonomisk tillväxt på de norra öarna, västra öarna, högländerna, Moray och Argyll.
Det började som Highlands and Islands Development Board för 50 år sedan. HIE grundades 1990.
CairnGorm Mountain skidort och dess funikulära järnväg är bland de tillgångar som den förvaltar.
En rapport om den första fasen av översynen av företagstjänster och kompetenstjänster har publicerats.
Innehållet i betänkandet kommer att diskuteras i Holyrood på onsdag.
Highlands MSP David Stewart och John Finnie har redan uttryckt oro över HIE:s framtid.
Stewart sade att han skulle motsätta sig varje åtgärd för att slå samman HIE med Scottish Enterprise.
Tidigare denna månad, som svar på en fråga från Finnie, sade förste minister Nicola Sturgeon att den skotska regeringen skulle se till att HIE kunde fortsätta att tillhandahålla sina tjänster.
Efter offentliggörandet av den nya rapporten sade ekonomiminister Keith Brown: " Vi är stolta över våra företag och kompetensbyråer, och under de senaste åren har deras ansträngningar bidragit till verkliga förbättringar av vår ekonomiska prestationsförmåga.
– Men vi vet att det krävs ytterligare förbättringar - vår ambition är att Skottland ska rankas bland de högpresterande OECD-länderna för produktivitet, jämlikhet, hållbarhet och välbefinnande.
"Sedan översynen tillkännagavs har resultatet av EU:s folkomröstning gjort det ekonomiska sammanhanget mer utmanande. Det kräver att vi förnyar vårt fokus och prioriterar våra insatser.
– Denna översyn har fokuserat på hur vi kan bygga vidare på befintliga styrkor och framgångar för att ytterligare förbättra företags- och kompetensstödsystemet i Skottland.
"Detta kommer att säkerställa ett system där alla våra myndigheter arbetar både hand i handske med varandra och i samarbete med våra affärs-, akademisk- och samhällspartners för att optimera den ekonomiska effekten i hela Skottland."
Scottish Conservative Economy talesman Dean Lockhart sade: "Även om jag är glad över att SNP har följt vår ledning igen i att föreslå en södra Skottland företag byrå, mycket mer behöver göras.
– Våra företagsorgan gör redan ett bra jobb för att uppmuntra till tillväxt, men som Audit Scotland har sagt är det den skotska regeringen som håller dem tillbaka.
"De behöver mycket mer stöd i det arbete de gör, och en tydlig plan för exakt hur den skotska regeringen vill att de ska leverera sin ekonomiska strategi."
Den skotska regeringen har lagt fram planer på att reformera Skottlands företagar- och kompetensbyråer.