Klubben har bötfällt paret för incidenten, som hände före tisdagskvällens nederlag av Brentford.
"Jag vill be Bolton fansen om ursäkt för vad vi gjorde innan matchen," Trotter, 27, berättade BBC Radio Manchester.
"Vi insåg inte att det var live, det var inte riktat mot fansen eller klubben, det var en dum gest när vi kom in."
En klubb uttalande sade: "Bolton Wanderers tar uppförandet av sina spelare och personal extremt allvarligt och kommer inte att tolerera ett sådant beteende."
Nederlaget, Boltons 22:a i mästerskapet den här säsongen, betyder att de kan förvisas till League One på lördag när de möter Derby County.
Klubben har tillbringat mycket av säsongen med att kämpa en nedflyttning slag, liksom utanför fältet ekonomiska problem, och är 17 poäng på drift av säkerhet längst ner på bordet med sex matcher kvar att spela.
"Det är för svårt att peka ut en sak, det är en massa saker som gått fel. Om vi visste vad problemet var då skulle vi göra bättre ifrån oss, säger Trotter.
"Det finns en hel del faktorer, en hel del yttre inflytande med vad som har hänt på klubben, men det är inte bara det, spelarna har inte varit bra nog den här säsongen.
"Vi har inte gjort tillräckligt på planen. Vi är i den position vi befinner oss i för att vi förtjänar att vara det."
Bolton Wanderers midfielder Liam Trotter har bett om ursäkt för att ha gjort en offensiv gest med David Wheater i en direktsändning.