Den före detta England paceman har lidit av en "slower back-utgåva", men förväntas vara med i fem-match ODI-serien med början nästa vecka.
Irland spelar afghanerna i tre T20 i Indien, stirrar på onsdag.
"Vi är nöjda med de framsteg Boyd gör och känner sig säker på att han fortfarande kommer att göra en effekt på denna turné," sade irländska huvudtränare John Bracewell.
"Vi har tur att vi har täckning för närvarande."
Bracewell tillade att bowlaren Tim Murtagh skulle vara tillgänglig för ODI-serien efter födelsen av hans andra barn.
Matcherna i Greater Noida avslutas med en interkontinental Cup möte 28-31 mars.
Irland bowler Boyd Rankin har uteslutits ur T20-serien mot Afghanistan på grund av ett ryggproblem.