Polisen hade letat efter Arnada, som ignorerade order att kapitulera efter att ha dömts till två års fängelse för oanständighet i augusti.
Han hade först blivit prövad 2007 och friad från alla anklagelser.
Islamistiska grupper tvingade indonesisk Playboy att stänga efter bara några få frågor 2006.
Islamist Defenders Front (FPI), en hårdnackad muslimsk grupp i Indonesien, hade sagt att Arnada var en "moralisk terrorist", och gruppen kritiserade myndigheterna för att de inte lyckades spåra upp honom.
Södra Jakarta chefsåklagare Mohammed Yusuf sade Mr Arnada hade ignorerat tre order att överlämna sig själv.
"Vi hämtade honom från Bali idag för att flyga honom till Jakarta", sa Yusuf på lördag.
Arnadas frikännande 2007 sågs som en seger för pressfriheten i Indonesien, världens folkrikaste muslimska nation där islamistiska extremister inledde våldsamma protester när tidskriften publicerades 2006.
Men FPI och andra islamistiska grupper lämnade in en vädjan till Högsta domstolen, som fann honom skyldig till offentlig oanständighet efter att ha publicerat en handfull frågor om Indonesisk Playboy, som inte innehöll nakenhet.
"Vi tvingas agera av FPI som kärande i det här fallet", sade Yusuf på lördagen.
Det indonesiska parlamentet antog 2008 en kontroversiell antipornografilag som stöddes av islamistiska grupper.
Men lagen framkallade också protester över hela Indonesien, särskilt på den övervägande hinduiska ön Bali - en favoritdestination för turister.
Den tidigare redaktören för Indonesisk Playboy, Erwin Arnada, har arresterats på ön Bali.