Jose Salvador Alvarenga tackade Marshallöarnas president, där han hittades sent förra månaden, innan han gick ombord på ett flyg till Hawaii.
Han säger att han lämnade Mexiko för en resa i en glasfiber båt i december 2012 med en vän som dog ombord.
Han överlevde tydligen den 8 000 kilometer långa pärsen genom att fånga fisk, fåglar och sköldpaddor med sina bara händer.
För vätskor påstod han sig ha druckit urin, regnvatten och fågelblod.
Han räddades den 30 januari av människor som bodde på ön Ebon Atoll.
"Tack för allt folket på Marshallöarna har gjort för mig under min vistelse," Mr Alvarenga, 37, sade genom en tolk innan du reser till Hawaii. Han tar sig därifrån till El Salvador för att återförenas med sina släktingar.
President Christopher Loeak presenterade en vävd Garland, AFP nyhetsbyrån rapporterar.
Fiskaren skulle ha gått i fredags, men läkarna sa att han behövde mer vila.
Familjen till hans yngre vän säger att de vill tala med Mr Alvarenga för att ta reda på mer om hur deras son dog, och vad som hände med hans kropp.
Han är känd som Ezequiel och tros ha svalt sedan han inte kunnat äta råa fåglar och fiskar.
Tre mexikanska fiskare räddades från Marshallöarna i augusti 2006 efter vad de sade var omkring nio månader som drev över Stilla havet.
De överlevde på regnvatten, sjöfåglar och fisk.
Kavajer från Kiribati, söderut, finner ofta land på Marshallöarna efter flera veckor eller månader till sjöss i små båtar.
En skeppsbruten från El Salvador som påstår sig ha tillbringat mer än ett år i Stilla havet har påbörjat sin hemresa.