Bernadette Marjoram tar över rollen som Pete Leonard, som var ansvarig för samhällen, bostäder och infrastruktur.
Hans uppgifter innefattade att övervaka Hazlehead Crematorium.
Baby och vuxen aska blandades ihop vid krematoriet och gavs tillbaka till släktingar till den vuxna.
Föräldrarna till spädbarnen fick veta att det inte fanns någon aska.
BBC Scotland avslöjade 2013 att ingen aska hade erbjudits spädbarnsfamiljerna kremerade i Aberdeen under en femårsperiod.
Den följde liknande uppenbarelser om Mortonhalls krematorium i Edinburgh, som i hemlighet hade begravt barnaska i årtionden.
I en rapport om skandalen med Dame Elish Angiolini beskrevs metoderna som "ohyggliga".
Det är uppfattat som en intern rapport, som visades för fullmäktigeledamöter i augusti men sedan togs tillbaka av tjänstemän, var starkt kritisk mot Leonards avdelning för att hantera skandalen.
Leonard deltog inte i det rådsmöte som diskuterade hans avdelnings uppförande.
Han har inte varit tillbaka på jobbet sedan dess och är sjukskriven.
Rådet bekräftade att Bernadette Marjoram nu hade utsetts till tillförordnad direktör för samhällen, bostäder och infrastruktur.
En interimdirektör har satts på plats på en Aberdeen stadsfullmäktige avdelning kritiseras för baby aska skandal tidigare i år.