Chef Matt Beard berättade för BBC Sport att Williams och Nigeria strejker Asisat Oshoala skulle missa "ett par månader" med hamstring och knäproblem.
Defender Satara Murray (även hamstring) förväntas vara ur funktion i cirka sex veckor.
"Det är ett stort slag", sade Skägg.
"Det är ryggraden i ditt team - din centrala midfielder, din mittback och din mitt framåt - men det är en av dessa saker."
Spelarna var alla skadade under lördagens WSL 1 nederlag av Notts County och deltog inte i torsdagens 2-0 Continental Tyres Cup seger mot Everton.
Williams spelade i alla sju av Englands matcher vid den senaste VM, men Beard sade att hennes skada inte orsakades av att återvända till ligan åtgärder för tidigt efter turneringen i Kanada.
"Det var en skada", sade han. "Tyvärr, när hon försökt vinna bollen, är hennes ben helt hyperextended, vilket har orsakat skadan."
Liverpool är de regerande Kvinnors Super League One mästare men är för närvarande bara sjätte i bordet efter en nedslående start på säsongen.
Med ligan avslutas i oktober, Beard medgav att de nya skadorna skulle göra försvara sin titel ännu svårare.
"De är viktiga spelare för oss men det kommer att ge kanske en eller två av de yngre spelarna en möjlighet," fortsatte han.
"Vi ska göra så mycket vi kan, medan vi fortfarande är involverade i allt matematiskt, för att avsluta så högt vi kan."
Beard berättade också för BBC Sport att han inte trodde att han skulle kunna göra nödlån signeringar för att täcka för de skadade spelarna.
Tre Liverpool Damer spelare, inklusive England midfielder Fara Williams, är inställda på att missa majoriteten av klubbens återstående spel den här säsongen efter att plocka upp skador.