Flygbolaget bedrev inte 331 flygningar efter att ha avbokat 248 på onsdag.
En del passagerare har varit strandsatta i europeiska städer efter påskloven och uppmanat Easyjet att flyga fem "räddningsflygningar" på fredag.
Flygningarna kommer att föra tre skolbarnspartier tillbaka till Storbritannien.
De extra flygen kommer att gå från Luton till Paris, Paris till Barcelona, Barcelona till Luton, Gatwick till Madrid och Marrakech till Gatwick.
Easyjet säger att det kommer att sätta större flygplan på rutter som har drabbats mest för att tillåta fler passagerare att komma hem.
En talesman sade att den "onödiga" strejken hade orsakat "väsentliga och oproportionerliga störningar för passagerare och flygbolag i hela Europa".
Rival lågprisflygbolag Ryanair sade att det hade tvingats ställa in mer än 500 flygningar under de senaste två dagarna.
"Vi uppmanar återigen EU [Europeiska unionen] och franska myndigheter att agera nu och förhindra att tusentals resenärer hålls som gisslan av dessa franska [flygkontroll] arbetare", sade det irländska flygbolaget.
Johanna Booth, från Liverpool, har fastnat i Barcelona efter att två Ryanair-flygningar ställts in på grund av den industriella verksamheten.
"Vi har en fyra månader gammal baby och hans formel mjölk har tagit slut och han dricker inte mycket av den andra sorten, så jag är orolig," berättade hon BBC.
"Det stöd vi har fått från Ryanair har varit minimalt."
Air France sade att det var drift av en-i-fyra flygningar till och från Orly flygplats i Paris, cirka 40% till och från städer i resten av Frankrike, och 50% av medelstora flygningar till och från Paris-Charles de Gaulle flygplats.
Inga långdistansflyg från Air France påverkades på torsdag.
Flygledarna planerar ytterligare industriella åtgärder från den 16 till den 18 april och från den 29 april till den 2 maj - båda viktiga semesterperioder.
Roger Rousseau, chef för SNCTA-facket som företräder franska flygledare, sade: "Vi kan försäkra våra passagerare att vi gör allt som står i vår makt för att begränsa olägenheterna med denna strejk på dem."
Bland de frågor som gör ledamöterna upprörda är att pensionsåldern kommer att höjas från 57 till 59 år.
Easyjet har ställt in hundratals flygningar då de franska flygledarnas andra strejkdag tog ut sin tribut.