Och gerillan från Colombias revolutionära väpnade styrkor (Farc) var väl lämpad att dra nytta av den illegala narkotikahandeln.
I dag finns det fortfarande små fält av ljusgrön koka som huggits ur den jungfruliga djungeln, men rebellerna har funnit en mer lukrativ och mycket säkrare inkomstkälla: guld.
Det var här USA: s militära biståndspaket, känt som Plan Colombia, som har uppgick till cirka $ 8 miljarder (5 miljarder pund) sedan 1999 var koncentrerat.
Sedan 2000 har flottor av sprayplan tappat glyfosatkemikalier över kokabuskarna och lyckats minska, men aldrig utrota, läkemedelsproduktionen.
Vad kemikalierna har gjort är att driva in lokala bönder i den nya informella guldgruvindustrin.
"Vi uppskattar att Farc här gör 800m pesos ($450.000) i veckan från olaglig guldbrytning", säger Jhimmy Calvache, tillförordnad borgmästare i Mocoa i Putumayo provinsen.
Colombia har stora guldfyndigheter, särskilt längs floderna som sköljer ner från Anderna.
Det var guldet som drog de spanska conquistadorerna hit på 1500 - talet, och nu, med höga priser på ädelmetall, har guldfebern återvänt.
Mekaniska grävare fungerar längs flodbäddar och banker i Putumayo, skyddas av tungt beväpnade rebeller som tillåter ingen tillgång till platserna och införa enorma "skatter" på produktionen.
I mars försökte polisen skicka in utredare för att ta reda på hur mycket guld som utvinnas.
De stötte på skjutglada gerillasoldater och det beslutades att utan massivt arméstöd fanns det ingen chans att göra några meningsfulla efterforskningar. Operationen övergavs.
Medan den olagliga exploateringen av guld i Putumayo fortfarande är i sin linda, är den väl utvecklad i andra delar av landet.
I det norra departementet Antioquia har Farc upprättat en rad utpressningsprogram mot guldgruvorna, lagliga och olagliga.
För varje mekanisk grävare som kommer in på deras territorium tar rebellerna ut en första "skatt" på upp till 3 000 dollar och ytterligare 2 000 dollar per tung maskin för varje månads drift.
I Anoris guldrika kommun i Antioquia tror myndigheterna att det finns upp till 120 grävare som arbetar och tjänar den lokala Farc-enheten en månadsinkomst på minst 240.000 dollar. Det finns 125 kommuner i Antioquia.
"Gold är nu mer lukrativ än coca", säger Antioquia Guvernör Sergio Fajardo.
Gerillan utpressar inte bara pengar, utan driver själva en del gruvdrift eller kräver en procentuell andel av all produktion.
Fördelen med guld är att det är helt lagligt att transportera och sälja, till skillnad från kokain.
Lagstadgade gruvor har faktiskt också blivit ett favoritförvärv för narkotikahandlare, eftersom de är perfekta verktyg för att tvätta pengar.
Gruvföretagen kan göra anspråk på vilken mängd guld som helst som utvinns och sedan lägger smugglarna alla sina pengar från kokainförsäljningen genom böckerna.
På villkor av anonymitet spelade en gruvarbetare i Anori inspelningen på sin telefon av ett samtal han sade var från Farc kräver betalning.
"Testa inte mitt tålamod den här månaden," morrade en låg röst, "inte tvinga mig leta efter dig, eller maskinerna kommer att brännas och du kan bli ett militärt mål [detta är gerilla tala för att bli ett mål för mord]."
Han betalade, och fortsätter att betala, även under regnperioden när de stigande vattennivåerna gör det nästan omöjligt att utvinna guld från flodbädden.
I Putumayo finns det tydliga bevis för att rebellerna stärker sig själva tack vare pengarna från guld.
I Puerto Guzmans avlägsna kommun kallades 400 personer i april av rebellerna till ett politiskt möte, där de sade att de var tvungna att lyssna till marxistisk lära.
Dessa möten blir allt vanligare.
I Piamonte, som endast kan nås med kanot, kör rebellerna fotbollsturneringar för ungdomar, för att koppla in dem och förbereda dem för rekrytering.
"Vi hade en rebellintrång förra månaden", sade Piamonte kommunalråd Carlos Martinez, som flyttade sina barn bort av rädsla för Farc rekrytering.
"Gerillan kom till staden, inom 30 meter från polisstationen. Polisen gjorde ingenting, de lämnade aldrig sin bas."
Polisstationen är en serie bunkrar som är sammankopplade med skyttegravar. Leveransen görs av USA-erkända Blackhawk helikoptrar.
Deras landning är täckt av en helikopter som svävar över staden, skyttens finger lämnar aldrig avtryckaren av hans maskingevär som är kapabel att avfyra 800 skott i minuten.
En ung polis erbjöd några ord från barriären till basen och vägrade att komma ut eller släppa in mig.
"Vi får inte mycket samarbete från lokalsamhället här. Vi lämnar aldrig staden", sade han, glänser nervöst på den höga marken inom krypskyttsavstånd.
Putumayo brukade producera upp till 100 ton kokain per år. Nu producerar den cirka 40 ton.
Men underskottet i Farc intäkter har varit mer än kompenserat med olaglig guldutvinning.
När Colombias konflikt går in i sitt 49:e år, förväntar sig de 9.000 starka rebellerna guld för att finansiera nya offensiver mot staten.
För tio år sedan var den colombianska regionen Putumayo det främsta produktionscentret för koka, råvaran för kokain.