Men hans västvänliga parti kommer att vinna 41 procent av rösterna, vilket inte motsvarar den majoritet som han ville se till att Nato och EU blir medlemmar i.
Djukanovic hade lagt fram omröstningen som ett val mellan väst eller som en "rysk koloni".
Tidigare sade myndigheterna att 20 serbiska paramilitärer hade arresterats.
Åklagarna sa att gruppen planerade att kidnappa Djukanovic, som har varit ansvarig i ett kvarts sekel.
Utvecklingen, timmar innan omröstningen ägde rum, beskrevs av opposition Democratic Front ledare Andrija Mandic som "bruttopropaganda" och Serbiens premiärminister, Aleksandar Vucic, sade timingen var konstigt.
Serbiens tidigare befälhavare för specialstyrkorna, Bratislav Dikic, som fördes bort från posten 2013 på grund av påstådd brottslig verksamhet, rapporterades vara en av dem som arresterades.
Männen hade åtalats för terrorbrott och en serb var fortfarande på flykt, sade Montenegros polischef.
Montenegro: Natos nyaste och sista medlem?
Montenegros landsprofil
Djukanovic kommer nu att försöka bilda en majoritet med mindre partier och sade till sina anhängare när resultaten kom fram att "i kväll kan vi säga att Montenegro kommer att fortsätta sin väg mot en säker plats i Europa".
Han sade att Montenegro formellt skulle ansluta sig till Nato i månader och intensifiera samtalen om anslutning till EU.
Den demokratiska frontalliansen, som till stor del består av serbiska och proryska grupper, beräknas vinna drygt 20 procent av rösterna. EU hoppas också att bilda en koalition bland andra oppositionspartier. En annan, mer moderat oppositionsgrupp ligger på omkring 11 procent.
Många montenegriner är olyckliga över att Djukanovic tar landet till Nato.
De är fortfarande arga över att Nato bombade Serbien och Montenegro 1999 som en del av en strategi för att stoppa dödandet och utvisningen av etniska albaner i Serbiens dåvarande södra provins i Kosovo.
Oppositionen anklagar Djukanovic för korruption och cronyism, vilket han förnekar. Han anklagar dem för att få finansiering från Moskva, vilket de förnekar.
Montenegro, som har en befolkning på omkring 630 000 invånare, har under de senaste åren upplevt en tillströmning av ryska pengar, hemköpare och turister sedan de lämnade Serbien 2006.
Montenegros premiärminister Milo Djukanovic har förklarat segern i valet och lovat att verka för närmare band till Nato och EU.