Hennes före detta make, Chaudhry Muhammad Shakeel, anklagas för mord och rapporteras ha erkänt att strypa henne med sin scarf.
Chaudhry Muhammad Shahid, hennes far, hålls som en medbrottsling till hennes mord.
En advokat för Samias far sa att han tänkte överklaga omedelbart.
Vid ett förhör i Punjabstaden Jhelum beviljades Samias farbror och polismannen som ledde den ursprungliga utredningen borgen.
De hölls misstänkta för att ha förfalskat och undanhållit bevis i fallet.
Båda männen kommer att friges under förutsättning att obligationer betalas.
Ms Shahid, 28 år, från Bradford, dog i juli i norra Punjab.
Hon hade besökt familjen i byn Pandori när hon dog, och hennes släktingar sade till en början att hon hade drabbats av en hjärtattack.
Hennes andra man, Syed Mukhtar Kazim, tror att hon var offer för ett så kallat hedersmord eftersom hennes familj inte godkände deras äktenskap.
En obduktion bekräftade att hon dog på grund av strypningen.
En domare i Pakistan har avvisat en ansökan om borgen från fadern till Samia Shahid, som påstås ha dödats i ett så kallat "hedermord".