En barnavårdsbyrå och ett sjukhus i Pennsylvania har betalat Elizabeth Mort 143.500 dollar för misstaget.
Hennes tre dagar gamla dotter Isabella togs bort från henne i fem dagar i april 2010.
Rättegången hävdade att opiattestet i fråga hade en mycket lägre tröskel än federala riktlinjer.
Jameson Hospital underlät att informera Ms Mort om att hon hade misslyckats med testet och rapporterade det sedan till Lawrence Countys barn- och ungdomsmyndigheter utan ett sekundärprov.
"Elizabeth Mort aldrig föreställt sig att det sista hon åt innan hon födde sin dotter - en vallmofrö bagel - skulle leda till förlusten av hennes nyfödda, men det är exakt vad som hände efter Jameson Health System misslyckades med att redogöra för möjligheten att hennes positiva urin läkemedel skärmen var på grund av hennes intag av vallmo frön," stämningen sade.
Barnskyddsombuden anlände dagen efter att familjen återvände från sjukhuset med ett nödbehövandebeslut och tog Isabella.
Hon återvände senare efter det att byrån inte kunde hitta några bevis på att Ms Mort hade använt olagliga droger.
Rättegången, som inlämnades på hennes vägnar av American Civil Liberty Union (ACLU), avgjordes på tisdag.
ACLU tjänstemän sade Jameson hade ändrat sin politik för att se till att nyfödda inte togs från föräldrar enbart på grundval av maternella drogtest resultat.
"Vi hoppas att detta fall kommer att uppmuntra sjukhus som rutinmässigt testar gravida kvinnor för droganvändning att ompröva denna praxis på grund av den skada som kan bli följden av falska positiva," säger ACLU advokat Sara Rose.
En amerikansk kvinna vars nyfödda togs ifrån henne för att hon misslyckades med ett sjukhusmedicintest efter att ha ätit en vallmofröbagel har vunnit en uppgörelse, säger hennes advokat.