En statlig ordning innebär att fjäderfän måste hållas inomhus till slutet av februari eller hållas borta från vilda fåglar.
Fågelinfluensastammen H5N8 har påträffats hos fjäderfä i Lancashire, Lincolnshire, Carmarthenshire och North Yorkshire.
Enligt gällande EU-bestämmelser kan produkter från fjäderfä som hålls i mindre än tolv veckor fortfarande saluföras som frigående produkter.
Denna tolvveckorsersättning för fåglar som hålls på grund av fågelinfluensa kommer att upphöra den 28 februari.
Reglerna påverkar också produkter som innehåller ägg från frigående höns, t.ex. majonnäs.
Daniel Winter driver Trinity Farm i Nottinghamshire, där han har en liten flock på cirka 100 frigående höns.
Han behövde bygga ett nytt täckt hölje åt dem, vilket kostade 1.000 pund.
"Om det skulle fortsätta i månader, då kommer vi att hamna förlora fri-range etiketten," sade han.
Hans företag försöker undvika att sätta upp priset på sina ägg.
"Vi har svalt kostnaden, hoppas att det skulle sluta, men någon gång, vi kommer att behöva börja titta på att föra kostnaden vidare," sade han.
Ruth Mason, chefsrådgivare i näringskedjan vid NFU, sade: " Planer måste införas när det gäller hur ägg kan marknadsföras och hur de bör placeras.
"Det är mycket logistiskt svårt för industrin att över natten flytta från att kalla en produkt för "barn" eller vad det nu kan vara.
"Vi kan mycket väl komma till en plats där vi har en frigående förpackning som har ett klistermärke över sig som förklarar att fåglarna har inhyst, så det kan säga "frigående, men fåglar är för närvarande inhysta på grund av aviär influensa".
Barnägg är traditionellt billigare i affärerna än frigående ägg.
En talesman för ministeriet för miljö, livsmedel och landsbygdsfrågor (Defra) sade: " Vi har vidtagit snabba åtgärder för att begränsa spridningen av sjukdomen, med restriktioner runt drabbade lokaler och mer omfattande åtgärder på plats över hela landet, inklusive ett rättsligt krav på att alla fjäderfäuppfödare ska hålla sina fåglar inhysta eller på annat sätt åtskilda från vilda fåglar. Detta måste kombineras med god biosäkerhet.
"Alla åtgärder kommer att ses över på grundval av bästa tillgängliga bevis, och vi arbetar nära med branschen i nästa steg."
Liknande restriktioner har införts i Skottland, Wales och Nordirland.
Du kan höra mer om denna berättelse på BBC Radio 4's Du och din
Den nationella jordbruksunionen kräver klarhet om vad som kommer att hända med frigående märkning om restriktionerna på grund av fågelinfluensan fortsätter.