Nile Ranger var inblandad i den första meningsfulla chansen som hans snygga flick hittade Anthony Wordsworth på kanten av lådan, men mittfältarens låga skott räddades väl av James Shea.
Ranger fick sedan en lysande öppnare för Southend i 35: e minuten, blandar förbi tre spelare och prodding ett skott i högra hörnet medan off balans för att göra sitt tredje mål i så många spel.
The Dons hade varit slösaktig i besittning men Lyle Taylor nästan la sig på Tom Soares "genom-ball strax före halvtid.
Simon Cox fördubblade Southends ledning kort efter timtalet efter att ha dragit fördel av en lyckosam rebound i mittfältet och surrade förbi Shea från 20 meter.
Shrimpers ersätta Theo Robinson slog inlägget efter att ha låst på på en boll över toppen, men bortasidan var sällan orolig i andra änden som de upprätthöll sin play-off förhoppningar.
Matchrapport från Pressföreningen.
Matchändar, AFC Wimbledon 0, Southend United 2.
Andra halvlek, AFC Wimbledon 0, Southend United 2.
Foul av Darius Charles (AFC Wimbledon).
(Southend United) vinner en frispark i anfallshalvan.
Dean Parrett (AFC Wimbledon) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Theo Robinson (Southend United).
Will Nightingale (AFC Wimbledon) vinner en frispark på vänster vinge.
Foul av Nile Ranger (Southend United).
Försök blockerat. Darius Charles (AFC Wimbledon) höger fotade skott från vänster sida av sex yard box är blockerad.
Foul av Andy Barcham (AFC Wimbledon).
Will Atkinson (Southend United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Paul Robinson (AFC Wimbledon) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Nile Ranger (Southend United).
Ersättning, AFC Wimbledon. Dominic Poleon ersätter Lyle Taylor.
Ersättning, AFC Wimbledon. Tyrone Barnett ersätter Tom Elliott.
Hörnet, Southend United. Förföljd av Darius Charles.
Theo Robinson (Southend United) träffar rätt inlägg med en höger fotad skott från mitten av lådan.
Substitution, Southend United. Theo Robinson ersätter Simon Cox.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match Simon Cox (Southend United) på grund av en skada.
Lyle Taylor (AFC Wimbledon) visas det gula kortet.
Försök blockerat. Dean Parrett (AFC Wimbledon) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Försening i match Andy Barcham (AFC Wimbledon) på grund av en skada.
Hörnet, AFC Wimbledon. Sammankallad av Jason Demetriou.
Ersättning, AFC Wimbledon. Dean Parrett ersätter Tom Soares.
Försök missade. Lyle Taylor (AFC Wimbledon) vänster fotade skott utanför lådan är nära, men missar till vänster.
Mål!  AFC Wimbledon 0, Southend United 2. Simon Cox (Southend United) höger fotade skott från mitten av lådan till övre högra hörnet.
Hörnet, AFC Wimbledon. Förföljd av Anton Ferdinand.
Försök missade. Jake Reeves (AFC Wimbledon) höger fotade skott från utsidan av lådan missar till vänster.
Will Nightingale (AFC Wimbledon) vinner en frispark på vänster vinge.
Foul av Ben Coker (Southend United).
Hörnet, Southend United. Förföljd av James Shea.
Försöket räddades. Will Atkinson (Southend United) vänster fotade skott från höger sida av lådan sparas i nedre vänstra hörnet.
Foul av Tom Soares (AFC Wimbledon).
Anthony Wordsworth (Southend United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Försök missade. Tom Elliott (AFC Wimbledon) vänster fotade skott från vänster sida av lådan är nära, men missar till höger.
Andra halvan börjar AFC Wimbledon 0, Southend United 1.
Första halvlek, AFC Wimbledon 0, Southend United 1.
Foul av Tom Soares (AFC Wimbledon).
Anthony Wordsworth (Southend United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Phil Brown markerade sin fjärde årsdag som chef för Southend med en tredje på varandra följande seger som hans sida slog Wimbledon i League One.