Aisha berättade för Time att hennes näsa och öron hade skurits av - med godkännande av en talibanbefälhavare - av hennes misshandlande make som straff för att hon flydde.
Framsidan skapade debatt under rubriken "Vad händer om vi lämnar Afghanistan" och över användningen av själva fotot.
Hon opererades i Kalifornien.
Grossman Burn Foundation, som genomförde arbetet, kampanjer i frågan om våld mot kvinnor, samt att utföra gratis plastikkirurgi arbete.
Stiftelsekirurg Peter Grossman utförde rekonstruktionsoperationen.
Aisha fotograferades och filmades tidigare i veckan och fick priset Enduring Heart vid en välgörenhetsceremoni som arrangerades av stiftelsen.
Hon fick priset av Kaliforniens första dam Maria Shriver, hustru till Kaliforniens guvernör Arnold Schwarzenegger.
"Detta är den första Utmärkelsen Enduring Heart som ges till en kvinna vars hjärta uthärdar och som visar oss alla vad det innebär att ha kärlek och att vara det bestående hjärtat", sa Shriver.
Aisha - vars efternamn inte har avslöjats - svarade: "Tack så mycket."
Den 18-årige uppges ha getts bort av sin familj i barndomen som en "blodskuld" och var därefter gift med en talibansk kämpe.
Hans familj misshandlade henne, och hon rymde, men hon återtogs och lemlästades av sin man.
Aishas fall har använts i väst för att illustrera rädslan för vad som kommer att hända om amerikanska, brittiska och andra internationella styrkor lämnar landet i förtid.
Vissa kritiker ifrågasatte tonen i Time-omslaget och hävdade att man använde känslomässig utpressning och jämställdhetspolitik för att rättfärdiga fortsatt amerikansk inblandning i Afghanistan.
Den afghanska flickan på ett kontroversiellt tidningsomslag i USA har fått en ny protes.