Holden, 36 år, kommer att arbeta tillsammans med tränarna Neil Cutler och John Ward.
Han fick först en coachroll på Walsall av då chef Dean Smith innan han lämnade i november 2014 för att bli första lagtränare på Oldham.
Efter en trollformel som vaktmästare förra säsongen lämnade Holden klubben i januari när direktör David Dunn fick sparken.
"Det har varit en intressant tid sedan jag var här senast", sade Holden. "Jag åkte till Oldham som första lagtränare och blev snabbt interimschef och sedan var jag biträdande chef fram till när jag åkte.
"Det var en fantastisk upplevelse för en ung tränare som mig själv och jag kommer tillbaka mycket mer erfaren. Men att säga att jag är glad att vara tillbaka här skulle vara en underdrift. Det handlar helt enkelt om att komma in och försöka lägga till allt jag kan för att hjälpa oss att komma över linjen."
Whitney sade: " Så snart den här tjänsten blev tillgänglig, öronmärkte jag Dean som någon som möjligtvis kunde hjälpa mig. Det viktigaste för mig, oavsett om de är spelare eller personal, är att de passar in i gruppen - och detta är en bra tid för oss."
Efter tre raka segrar sedan Whitney tog över i kölvattnet av Sean O'Driscolls avsked, Walsall ligger för närvarande tredje i League One, nivå på punkter med andra plats Wigan Athletic, går in i påskhelgen, när Sadlers är inaktiva på grund av internationella samtal.
Lördagens schemalagda resa till fjärde plats Gillingham sköts upp (till tisdagen den 12 april) som ett resultat av att Romaine Sawyers (St Kitts & Nevis), Neil Etheridge (Philippines) och Jason Demetriou (Cyprus) alla kallas upp.
Demetriou skulle vara tillbaka för att låta hemmamatchen med Shrewsbury Town gå vidare på påsk måndag. Men den efterföljande uppropet för anfallaren Tom Bradshaw från Wales innebar att Shrewsbury-matchen också avblåstes.
Det är andra gången den här säsongen som Bradshaws möte med sin gamla klubb har skjutits upp till följd av att han fått ett internationellt samtal. Derbymatchen med Shrewsbury är nu inställd till tisdagen den 26 april.
League One promotion hoppfull Walsall har fört tillbaka sin tidigare försvarare Dean Holden att gå med i klubbens coaching team under interim boss Jon Whitney.