De kommer också att möta Montpellier, nu coachas av tidigare Skottland lag chef Vern Cotter, och Leinster, som var tvåa i Pro12 tabellen förra säsongen.
Montpellier slutade trea i franska topp 14.
Den första poolmatchen kommer att vara på antingen 12/13/14/15 oktober, med finalen på lördag 12 Maj i Bilbao.
Glasgow nådde kvartsfinalen för första gången förra säsongen efter hem och bort segrar över både två gånger europeiska mästare Leicester och franska jättar Racing 92 i poolen stadier.
Warriors avslutade löpare upp till grupp vinnare Munster, och blev slagna av slutliga mästare Saracens i de senaste åtta.
Glasgow slog Montpellier hem (21-10) och bort (15-13) när de möttes i pool stadierna av 2014-15 Champions Cup, och också övervann Exeter två gånger i sin grupp föregående säsong, vinna 20-14 hemma och 15-10 på Sandy Park.
Leinster är bekanta fiender i Pro12, med Warriors slå den irländska provinsen 33-25 hemma förra säsongen, innan förlora 31-30 på RDS i Dublin i slutet av april.
Sista gången de träffades i Europa 2011-12, Leinster segrade hem och bort för att avsluta toppen av gruppen på väg till sin tredje europeiska titel i fyra säsonger.
Glasgow var fjärran löpare, efter att också ha slagit Montpellier hemma och dras bort i samma kampanj.
Glasgows nya framåttränare Jonathan Humphreys, som arbetade tillsammans med Cotter med Skottland innan han flyttade till Warriors i sommar, sade att han hade en känsla av oundviklig om dragningen.
"Vi pratade med Vern om detta en hel del under Six Nations - vi var övertygade om att det skulle hända!" Han berättade för Warriors hemsida.
"Vi har arbetat tillsammans länge, så vi vet vilka styrkor och spelstil Montpellier kommer att vara, även om vi sa att vi skulle dubbelbluffa varandra.
"Det är en riktigt spännande grupp och vi ser fram emot det. Leinster, Exeter och Montpellier vill alla spela ett bra märke av rugby."
Glasgow Warriors har dragits mot engelska Premiership mästare Exeter Chiefs i deras fyra starka europeiska Champions Cup pool.