Polisen i Nyala, huvudstaden i staten södra Darfur, avfyrade tårgas mot demonstranter som kastade stenar och brände däck på gatorna, sade vittnen.
Flera demonstranter sjöng paroller som krävde regeringens undergång.
Sedan juni har Sudan sett sporadiska protester mot regeringens åtstramningsåtgärder, däribland nedskärningar av bränslesubventionerna.
Landets myndigheter har försökt minska utgifterna sedan Sudan förlorade tre fjärdedelar av sina oljeintäkter när Sydsudan lämnade landet förra året.
Demonstratörer i Nyala sjöng "Nej till höga priser" och "Folk vill förändra regimen", enligt vittnen.
Bothina Mohmed Ahmed, talesman för delstaten södra Darfur, sade att det inte var känt hur de sex dödsfallen hade inträffat och att en utredning hade inletts.
Oppositionsaktivister och media anklagade polisen för att använda levande ammunition.
Protesterna började på måndagen när lokala studenter "avvisade det transportpris som regeringen meddelat", sa Ahmed, och tillade att "andra grupper" hade anslutit sig till protesterna och attackerade regeringsbyggnader.
– Detta har skett på huvudvägarna och i huvudmarknaden. Det har skett en del skador på byggnader," Afrikanska unionen-FN fredsbevarande uppdrag talesman Christopher Cycmanick berättade AFP.
Anti-austity protesterna i Sudan började i juni bland studenter i Khartoum, men har sedan dess spridit sig till andra sociala grupper och områden.
De hade nyligen krympt till följd av den muslimska heliga månaden Ramadan, som började den 20 juli.
Fram till i år hade Sudan undkommit den oro som kännetecknade de senaste upproren i arabiska länder som grannlandet Egypten, men korrespondenter säger att ekonomiska svårigheter orsakade av åtstramningar har lett till växande missnöje med president Omar al-Bashir.
Sex personer har dödats i våldsamma protester mot höga transportpriser i Darfurregionen i västra Sudan, säger lokala tjänstemän.