Byggandet av Bontnewyddvägen på 65 miljoner pund skulle påbörjas i slutet av året.
Den walesiska regeringen sade att den avvisade förslag om "höga förseningar" i systemet.
Beställningar om projektet skulle publiceras under våren. De förväntas nu offentliggöras i augusti.
Arfon AM Sian Gwenllian har sagt att hon fruktar att byggnadsarbetet kan läggas tillbaka med upp till ett år.
"Orderna skulle ha publicerats i början av detta år, och det har de inte varit, och det är troligt att denna plan inte kommer att fortsätta på minst 12 månader," varnade hon församlingens medlemmar förra veckan.
"Jag förstår att problemet är en dispyt om vad man ska göra åt fladdermöss."
Den 10 km långa sträckan kommer att ta den nya vägen runt de nuvarande flaskhalsarna mellan Bontnewydd och Caernarfon, som förbinder den med Felinheli bypassen.
Den nya vägen korsar två floder och kräver sju broar.
En talesperson från den walesiska regeringen sade på tisdagen: "För att försäkra alla om att de lämpligaste miljöåtgärderna genomförs, måste några korta ytterligare undersökningar göras under de närmaste veckorna."
Tjänstemän sade att de förväntade sig att byggnadsarbetet skulle komma igång i augusti eller september 2017.
Den walesiska regeringens dokument hade föreslagit att arbetet skulle ha påbörjats i slutet av året.
Peter Evans, den skyddade arttjänstemannen för Natural Resources Wales, sade att rutten passerar nära ett särskilt bevarandeområde.
"Det finns oro eftersom detta är en migration väg för djur som uttern och mindre hästsko fladdermus, som är skyddade arter," sade han.
"Vi arbetar med utvecklarna för närvarande för att få mer information om hur fladdermöss använder marken längs rutten."
Arbetet med en större bypass i Gwynedd har försenats när samtalen fortsätter om att skydda vilda djur och växter.