Hon vann ett silver med ett imponerande kast på 4,61m (15.12ft) i F-53 finalen på måndagen i Rio.
Hennes medalj har tagit Indiens stämmer till tre efter höga hoppare Mariyappan Thangavelu och Varun Bhati vann guld respektive brons på lördag.
Många i Indien har tagit sig till Twitter för att berömma sin historiska prestation.
Maliks seger innebär också att Indiens paralympier redan har överträffat Indiens olympiska kontingent med mer än 100 idrottare.
Indien vann två medaljer - silver och brons - vid OS i Rio.
Malik sa att hon kände sig "otrolig att uppfylla en livslång ambition".
"Detta är vår tredje medalj nu i Rio och jag hoppas verkligen att folk hemma vaknar upp och erkänner potentialen av para sport i Indien," tillade hon.
Och många indianer, däribland premiärminister Narendra Modi och Bollywoodstjärnan Amitabh Bachchan, vaknade till nyheterna och lovordade Maliks framträdande.
Malik paralyserades under midjan 1999 efter operation för att avlägsna en ryggradstumör.
Hon bestämde sig för att delta i para sport sex år senare och tog till simning och spjutkast, vinna medaljer vid nationella och internationella evenemang.
Men hon deltog också i skottet, vinna silver på VM 2011.
På måndagen tackade hon sina tränare och alla som stöttade henne.
"Det är en mycket tillfredsställande känsla och ett stort tack till alla som har stöttat mig genom åren", sade hon.
Shot-mutter Deepa Malik har skapat idrottshistoria efter att ha blivit den första indiska kvinnan att vinna en Paralympics medalj.