Grammys prisbelönta konstnär sa i ett uttalande att han valde att "göra en politisk ståndpunkt".
Han sade att rapporter om summariska avrättningar i Filippinerna var "oacceptabla för alla som älskar rättsstatsprincipen".
President Rodrigo Duterte har lovat att utrota droger och uppmanat medborgare att döda langare som motsätter sig gripande.
Han valdes i maj. I sin tidigare roll som borgmästare i Davao stad, Mr Duterte byggt ett rykte för rakt tal och stödja utomrättsliga mord av misstänkta brottslingar.
James Taylor, 68 år, skulle ha spelat i huvudstaden Manila i februari.
"Jag tänker inte på min musik som särskilt politisk men ibland uppmanas man att göra en politisk ståndpunkt", sade han i ett Facebook-inlägg.
"För en suverän nation att åtala och straffa, enligt lagen, är de som är ansvariga för den olagliga narkotikahandeln naturligtvis förståeligt, till och med berömvärt; men nyligen rapporterade rapporter från Filippinerna... är djupt oroande och oacceptabla för alla som älskar rättsstatsprincipen."
Fans reagerade med besvikelse, men många berömde sångaren för hans "integritet i att anta en principiell ståndpunkt".
"Tack för din ståndpunkt. Jag kommer att sakna att se dig uppträda men det är ett litet pris att betala för att stå upp för sina principer, "sade Allan Victorino.
En annan Facebook-användare Patricia Lyons sade: "Vi måste alla ta ställning, tala ut och agera på vår sanning."
Men president Dutertes anhängare kritiserade Taylors "boycott" i sitt land.
"Det är inte vår förlust om han bestämde sig för att ställa in Manila benet av sin turné, det är hans. James Taylor har missat möjligheten att uppträda inför tusentals filippinare, med tanke på att han nu befinner sig i skymningen av sin karriär, säger Wendell Sotto.
"Endast fans kommer att dra nytta av James Taylors konsert men god styrning kommer att gynna hela vår nation", säger Rendell Bata.
Den amerikanske sångaren James Taylor har ställt in en kommande konsert i Filippinerna över rapporter om utomrättsliga mord i landets krig mot droger.