Det som började som ilska över förra månadens attack har snöbollat in i raseri över myndigheternas reaktion.
Protester nådde en topp på helgen när upp till 25.000 marscherade genom Calcuttas gator.
Eleverna säger att de inte återvänder till klassen förrän rektorn slutar.
Dussintals studenter skadades när rektor Abhijit Chakraborty ringde polisen i tisdags kväll för att dämpa en protest på campus.
Klassrummen vid universitetet i Jadavpur är tomma. Det finns elever som går omkring men de bojkottar alla sina lektioner. En del tatuerar ordet "skammen" på sina armar.
Väggarna är täckta med affischer och kallar rektorn att avgå. Det är det enda samtalsämnet.
En ung elev sade till mig "Jag kommer inte att sätta min fot i mina lektioner förrän han har kastats ut från denna institution". En kvinnlig elev sade: "Om vi inte ställer oss upp och protesterar vad kommer att hända om någon attackerar mig"?
Många här är arga och det finns en känsla av trots i luften.
Studentledarna träffas för att bestämma vad de ska göra härnäst. Vilket beslut de än fattar kommer det att dröja ett tag innan klassrummen här är fulla av elever igen.
Eleverna anklagade myndigheterna för brutalitet och sade att de attackerades medan de protesterade "fredligt".
Chakraborty har försvarat polisens agerande. Han sade att han ringde polisen och bad dem att rädda honom och några anställda efter att de hade omringats av de protesterande eleverna i 10 till 12 timmar.
På söndag kväll sade den västbengaliska regeringen att representanter för dess utbildningsavdelning skulle bilda en panel för att undersöka överfallet.
Studenten attackerades på campus den 28 augusti. Ett polisfall registrerades, men inga gripanden har ännu gjorts.
Studenterna har protesterat mot polisens passivitet sedan den 11 september och anklagat universitetsmyndigheterna för apati.
Studenter på Calcutta's Jadavpur University säger att de kommer att fortsätta en bojkott trots ett statligt löfte att inrätta en panel för att utreda ett sexuellt övergrepp på en kvinnlig student.