John och Lynette Rodgers, från Holywood i County Down, hittades på en strand vid Plettenberg Bay i Western Cape på fredag.
Man försökte återuppliva dem, men de förklarades döda på platsen.
Räddningsarbetare sa att sjöförhållandena var svåra då, med starka ripströmmar i vattnet.
Man tror att de hade tagit ett dopp strax efter ankomsten till den populära turistorten.
En lokal man väckte larmet vid omkring klockan 18:00 lokal tid efter att ha upptäckt kroppen av Mr Rodgers, 28, i grunt surfa på Robberg Beach, National Sea Rescue Institute sade.
Två kvinnor som gick längs stranden fann mrs Rodgers kropp, 26, omkring 200 meter bort.
Rev Stephen Lowry of First Holywood Presbyterian, kyrkan där paret var gifta, sade: "Lyckan och glädjen av deras bröllop förra lördagen har ersatts av sorg och förlust."
UK Foreign Office sade att det var att ge hjälp till båda familjerna "vid denna extremt svåra tid, och kommer att förbli i kontakt med lokala myndigheter".
Ett par i 20-årsåldern från Nordirland har drunknat på smekmånad i Sydafrika.