Förra veckan visade det sig att nästan en miljon rattfylleritester som registrerats av polisen faktiskt inte ägde rum.
En Garda Síochána (Irländsk polis) erkände också ett fel som orsakade nästan 15 000 felaktiga trafikdomar.
O'Sullivan deltog i ett irländskt parlamentsutskott för rättsliga frågor.
Hon sa att Gardaí fortfarande inte har fastställt orsakerna till att nästan en miljon tester med lös andedräkt registrerades.
O'Sullivan sade att hon bad om ursäkt för "de allvarliga misstag och förseelser under det senaste årtiondet som har lett till de två kontroverser som vi är här i dag för att diskutera".
"Dessa misstag och förseelser är oacceptabla i polisiära termer, oacceptabla i etiska termer, oacceptabla i termer av allmänhetens förtroende, och, mest kritiskt, oacceptabla för de påverkans- och stödgrupper som är inblandade i trafiksäkerhet och för dem som felaktigt ställdes inför rätta", tillade hon.
"De har tagit upp allvarliga frågor om hur vi hanterade tjänsten, hur vissa Gardaí fungerade på marken och deras övervakning.
"Med tanke på omfattningen av dessa frågor, de kan inte bara skyllas på en individ eller ett område. Det är ett kollektivt misslyckande. Från toppen ner till botten upp."
Vissa ledamöter i utskottet ville veta om bonusar och prestationsmål var en faktor i överdriften av siffrorna.
Susanna O'Sullivan sade att vissa av chefernas prestationsmål, som ledde till bonusar, var kopplade till minskning av antalet dödsoffer i trafiken.
Hon sade att en hypotes kan vara att registreringen av uppgifter om obligatoriska alkoholkontroller, som hon sade var förebyggande åtgärder, inte ansågs vara viktig för att upptäcka brott.
O'Sullivan sade att alla högre chefer har åtagit sig att genomföra ett reformprogram.
Under tiden betonade den polisman som ansvarade för vägpolisen, biträdande kommissionsledamot Michael Finn, att det inte fanns någon konkurrens mellan Gardaregionerna för att se vem som hade de högsta siffrorna.
Han sade att han var nöjd med riktigheten i uppgifterna om kontrollpunkterna. Han sade också att det var ett misstag från hans sida att den irländska justitieministern inte informerades.
På torsdagskvällen klargjorde Gardaí att det sista kravet på bonusutbetalning för högre tjänstemän gjordes för aktiviteter under 2007. De sa att stödordningen avslutades av finansministeriet 2009.
Gardaí säger att de inte tror att högre officerare fick betalt för utandningsprov och klargör situationen när det gäller kontrollpunkter. Gardaí sade att ingen bonusbetalning gjordes till nuvarande medlemmar av Gardas verkställande organ.
I helgen sa O'Sullivan att avslöjanden om straffpoäng och andningsprovsskillnader är "oacceptabla".
Hon sade på lördagen att polisen var på en resa av radikal reform och "det är oundvikligt att vi kommer att identifiera fler exempel på dålig praxis".
På tisdagen meddelade regeringen att den planerade två separata utredningar.
Taoiseach (irländsk premiärminister) Enda Kenny meddelade en oberoende översyn av den övergripande driften av styrkan.
En andra undersökning kommer att undersöka den felaktiga övertygelsen hos nästan 15 000 bilister, och uppenbara falska data på andningsprov.
Kenny sade också i tisdags att regeringen fortsätter att ha förtroende för kommissionsledamot O'Sullivan.
Hon ställdes redan inför frågor om sitt ledarskap på grund av anklagelser om en smutskastningskampanj mot en visselblåsare, Sgt Maurice McCabe.
Sergeant McCabe var en av två officerare som för flera år sedan uttryckte oro över den påstådda strykningen av straffpoäng från körkorten för gärningsmän med goda förbindelser.
Exakta uppgifter om den oberoende översynen ska beskrivas nästa vecka.
Under tiden håller man på att genomföra en extern undersökning av den felaktiga Garda-statistiken och åtalen.
Separat har An Garda Síochána publicerat en rapport om ekonomiska oegentligheter vid sin utbildningsskola.
Polisens internrevisionsavdelning undersökte finansiella transaktioner under ett antal år på universitetet i Templemore, County Tipperary.
Rapporten visade att pengar användes till gåvor och underhållning och identifierade ett icke-transparent redovisningssystem.
Kommissionsledamot O'Sullivan sade att även om redovisningsmetoderna inte skulle vara godtagbara enligt dagens normer, förekom ingen förskingring av pengar eller missbruk av offentliga medel.
Tánaiste (ställföreträdande premiärminister) Frances Fitzgerald berättade för Dáil på tisdagen att rapporten tar upp allvarliga frågor om styrelseformer och kommer att hänvisas till Comptroller och Auditor General och Kommittén för offentliga räkenskaper.
Den irländske poliskommissarien Nóirín O'Sullivan har erkänt att Gardaí (polis) kan ha handlat oärligt genom att mata in falska utandningsprov i polisens datorsystem.