John Rosa, ordförande för Citadel College, sa att han fann bilderna "offensiva och störande".
Kadetterna bar huvor och helvita kläder som en del av en julskit.
Citadel Minority Alumni Association delade med sig av en av bilderna på sin Facebook-sida och kallade den för en "förvanskning".
I den syns sju kadetter som bär örngotten. En annan kadett ses också med dem.
KKK grundades i efterdyningarna av det amerikanska inbördeskriget och är ökänt för att rikta in sig på svarta människor med lynchningar och korsbränningar.
"Dessa bilder överensstämmer inte med våra grundläggande värderingar om heder, plikt och respekt", sade Rosa i ett uttalande. En utredning pågår.
Alumngruppen sade att den var nöjd med South Carolina colleges svar men tillade att mer behövde göras "för att ta itu med den kultur som fortsätter att hysa återkommande fördomar mot minoritetskadeter".
En tidigare händelse 1986 såg fem kadetter klädda i KKK-dräkter dra ett brinnande kors till ett svart kadettrum, rapporterade Washington Post.
En topp amerikansk militärskola säger att den har suspenderat åtta kadetter som setts i foton med örngott som liknar huvor som bärs av den vite supremacisten Ku Klux Klan.