Amerikanska medborgaren Joshua Samuel Aaron, 32, hölls på New Yorks JFK flygplats och kommer att infinna sig i domstol på torsdag.
Han är en av tre män som anklagas för att olagligen ha fått tillgång till information om 100 miljoner människor under 2012–15.
Tolv större institutioner blev offer för hackningen, däribland JPMorgan.
Mr Aaron hade varit en rymling bosatt i Moskva, men flög till USA frivilligt för att möta anklagelserna, sade hans advokat.
I ett uttalande på onsdag sade den amerikanska åklagaren Preet Bharara: "Joshua Samuel Aaron påstås arbeta för att hacka sig in i nätverk av dussintals amerikanska företag, i slutändan leder till den största stölden av personlig information från amerikanska finansinstitut någonsin."
De andra två misstänkta är israeliska män: Gery Shalon och Ziv Orenstein. De arresterades i Israel i juli 2015 och utlämnades till USA i juni 2016.
Alla tre männen åtalades i november 2015.
De påstod sig manipulera aktiepriserna genom att sälja aktier i företag till personer vars kontaktuppgifter de hade stulit.
Männen anklagades också för att driva en olaglig betalningshanteringsverksamhet som de använde för att samla in $18m ( £14,3m) i avgifter.
Åklagarna hävdar att männen hackat sig in i konkurrenternas system för att spionera på dem och sedan hackat sig in i ett kreditkortsföretag som utreder deras betalningshanteringsverksamhet för att undvika upptäckt.
Företaget som drabbades hårdast av intrånget var JPMorgan. Mer än 83 miljoner av bankens kunder hade uppgifter stulna i överträdelsen.
FBI och amerikanska säkerhetsagenter har arresterat en man anklagad för den största cyberattacken av finansföretag i USA:s historia.