Razwan Faraz, tidigare biträdande rektor vid Nansen Primary, hade också vid ett tillfälle flickor som satt längst bak och pojkar längst fram, påstods det.
Faraz och fyra andra högre tjänstemän förnekar ett oacceptabelt yrkesmässigt beteende.
Skolan utreddes bland påståenden av en Muselman hårdliners' komplott för att kontrollera flera skolor.
Den nationella högskolan för undervisning och ledarskap utfrågning, i Coventry, hörde från tidigare anställd Hilary Thompson, som avgick i maj 2013 på grund av "pågående uteslutning, isolering, lögner och mobbning."
Förhöret fick veta att hennes avgång följde perioder av sjukfrånvaro och kom efter en ledning omstruktureras på Park View Educational Trust.
Tilliten drev Park View Academy, Nansen Primary och Golden Hillock Primary.
I sitt vittnesuttalande sade Thompson att de islamiska församlingarna hölls utan samråd med den dåvarande huvudläraren eller föräldrarna.
Vid ett tillfälle var barnen segregerade och tycktes sjunga "islamisk bön".
En del av sammankomsterna, sade hon, leddes av Monzoor "Moz" Hussain, tidigare rektor vid Park View Academy.
En del vittnen har fått anonymitet när de vittnat vid förhandlingen.
En seniorlärare på Park View, känd som "Witness A", berättade för utfrågningen att hon var medveten om att flygblad distribueras säger saker som kvinnor bör lyda sina män i äktenskap.
Hon sa att prefekter agerade som övervakare och rapporterade tillbaka till vissa lärare när pojkar och flickor kom för nära varandra.
Där det var uppenbart att några barn var ihop med varandra, blev de segregerade och hölls tysta.
Tribunalen fick också veta att hon i sitt vittnesuttalande berättade att hon hörde både elever och personal använda antisemitiskt språk.
Hon sa att det fortsatte obestridda och "rasistiska och homofobiska kommentarer var ett pågående problem" på Park View Academy.
Personal vid domstolen anklagas för oprofessionellt beteende, genom att gå med på att inkludera en otillbörlig mängd religiöst inflytande i elevernas utbildning tillsammans med. De är:
I en separat utfrågning, i Birmingham, hade läraren Johirul Islam en anklagelse om att föra otillbörligt religiöst inflytande i lektioner avfärdas.
En annan utfrågning, i Solihull, mot Inamulhuq Anwar och Akeel Ahmed har avslutats. Panelen har ajournerat för att överväga sin slutsats, som kommer att läggas fram vid en senare tidpunkt.
Tio lärare i totalt ansikte utfrågningar.
Islamiska sammankomster hölls utan samråd på en Birmingham skola som är involverad i "Trojan Horse" affären, en felpanel har hört.