Omkring 30 personer fastnade på turen när den stoppades vid ca 12.00 BST.
En taleskvinna sa att en gummibit kom bort från en av vagnarna. "Ingen gång var några gäster i riskzonen", tillade hon.
Resan öppnades i mars, nio månader efter skräckolyckan.
Senaste uppdateringar om denna berättelse
I ett uttalande, temaparken sa att alla besökare evakuerades från resan i 30 minuter.
"Körningen förblev stängd under en kort period för att undersöka frågan, som är en del av vår standardprocess för att bedöma mindre incidenter," tillade den.
"Det tekniska teamet har förklarat färden säker och Smiler åter öppnas vid 16.22. "
Liam Dennett, 33, från Cheltenham, stod i kö för åkturen när ett tillkännagivande gjordes om ett "tekniskt fel".
Han sade: " Resan är fortfarande stängd. Vi kan se det på avstånd att det fortfarande är stängt. Jag skulle säga mellan 30 och förmodligen 35-40 minuter att de satt fast i."
Han sa att han inte skulle åka med efter att ha sett vad som hände.
"Min son vill fortfarande gå på det, men jag skulle inte gå på det personligen nu", sade han.
Två kvinnor behövde amputationer efter två vagnar kraschade på banan i juni 2015.
Merlin Attractions Operations Ltd erkände brott mot hälso- och säkerhetslagen efter en utredning som visade att kraschen orsakades av mänskliga fel.
Smilerrollercoaster i Alton Towers måste stängas efter att skräp föll från en vagn - 14 månader efter det kraschade lämnar fem människor allvarligt skadade.