De två sidorna kommer att försöka lösa kvarstående skillnader, som inkluderar lördagslön och osociala timmar.
Regeringen har i fem dagar skjutit upp sina planer på att införa avtalet.
British Medical Association (BMA) har avbrutit sitt hot om ytterligare industriella åtgärder medan samtalen varar.
Den senaste förhandlingsrundan kommer återigen att förmedlas av förlikningstjänsten Acas.
Ministrarna utarbetade planer på att ändra avtalet 2012, men samtalen bröts ned 2014.
Enligt villkoren i det nya kontraktet skall grundlönen höjas med i genomsnitt 13,5 %, men andra delar av lönepaketet skall begränsas, inklusive vad som utgör osociabla timmar.
Dagtimmar på en lördag kommer att betalas till en normal ränta, medan extra premier som erbjuds för resten av helgen är lägre än vad som för närvarande betalas.
Som ett resultat av tvisten mellan regeringen och BMA, det fanns fyra strejker av junior läkare i England påverkar rutin - men inte brådskande vård - mellan januari och början av april.
Förra veckan inträffade två endagsstrejker som påverkade alla former av vård, inklusive nödsituationer - den första åtgärden i NHS historia.
Samtidigt har forskare från Oxford University sagt tidigare resultat som stöder regeringens strävan efter en sju dagar lång NHS i England bygger på bristfälliga data.
Ett av regeringens huvudargument bakom kravet på en sjudagars NHS i England - och ett nytt kontrakt för yngre läkare - har varit patientsäkerhet.
I den nya Oxford University-tidningen dras slutsatsen att sjukhusdata som tyder på en "weekendeffekt", där dödligheten är högre för dem som antas under veckoslutsperioden, är djupt bristfälliga.
Det fokuserar på Oxford Vaskulära Studie som omfattar mer än 90 000 personer i Oxfordshire, tittar på sjukhusintagningar för stroke mellan 2002 och 2014.
Forskarna fann att mer än en tredjedel av dem som blev anmälda för stroke i själva verket var inblandade i andra saker - ofta lågriskförfaranden som utfördes måndag till fredag.
De säger att dessa kodfel förvrängde dödlighetssiffrorna, vilket gör att de verkar bättre för de patienter som antas på vardagar.
Utan misstagen, hävdar de, det fanns ingen "weekendeffekt".
De varnar dessa fel är vanliga i hela Storbritannien och inte bara för data om stroke.
Den ledande författaren, professor Peter Rothwell, sade att det var dags för en oberoende granskning för att bedöma "weekendeffekten".
"Det finns en mängd dålig kvalitet bevis baserat på sjukhus administrativ data," sade han.
"Om du tittar på de studier som faktiskt har gjort due diligence och tittat på verkliga data - guld standard data - det finns mycket lite bevis verkligen för en helg effekt.
"Det är verkligen ett utmärkt exempel på hur dålig kvalitet på data, dåligt tolkad, kan leda till fel svar."
Han sade att regeringsministrarna hade handlat i god tro men hade blivit "dåligt vilseledda" av sina rådgivare.
"När man tittar på var vi är nu, kan man bara beskriva det som en röra", sade han.
– Vi måste ta ett steg tillbaka och börja arbeta med att det finns ett problem här som behöver lösas. Högkvalitativa data tyder på att det inte finns några problem att lösa."
BMA-ledaren Dr Mark Porter sade att ministrarna borde ha varit mer försiktiga.
"Än en gång väcker detta frågor om regeringens upprepade användning av vilseledande siffror för att undergräva läkare och rättfärdiga sitt löfte att öka sju dagars tjänster i NHS", sade han.
Men professor Nicholas Freemantle, från University College London, som medförfattare till en inflytelserik studie i British Medical Journal förra året som belyste en helgeffekt, avvisade kritiken.
"Han [Prof Rothwell] tar upp frågor som vi är mycket medvetna om och har gjort vårt bästa för att ta hänsyn", sade han.
"Det har gjorts enorma ansträngningar för att förbättra uppgifterna i den period han omfattas, så saker och ting har gått vidare.
– Den statistiska modell vi använde skapades för att använda olika aspekter av datamängderna. Denna modell identifierar patienter som riskerar att dö med en extremt hög precision."
NHS England sade: "Denna rapport om datainsamling som omfattar ett villkor från nio GP praxis på intet sätt ändrar den bredare frågan att sjuka patienter med rätta bör förvänta sig att ses av en konsult inom några timmar, har snabb tillgång till tester och behandlingar och får gemensam vård, oavsett dagen i veckan de blir sjuka, som rekommenderas av Academy of Medical Royal Colleges."
Nya samtal som syftar till att få ett slut på tvisten om ett nytt kontrakt för yngre läkare i England kommer att inledas senare.