Användare var arga över att klicka på korset för att avfärda rutan innebar att de hade gått med på uppgraderingen.
Baserat på "kund feedback", Microsoft sade att det hade lagt till en annan anmälan som gav kunderna "en ytterligare möjlighet att avbryta uppgraderingen".
Popup-designen hade beskrivits som ett "nasty trick".
Microsoft berättade för BBC att det hade modifierat pop-up för två veckor sedan som ett resultat av kritik: "Vi har lagt till en annan anmälan som bekräftar tiden för den planerade uppgraderingen och ger kunden en ytterligare möjlighet att avbryta eller omläggning uppgraderingen.
"Om kunden vill fortsätta med sin uppgradering vid den angivna tidpunkten, kan de klicka på "OK" eller stänga anmälningar utan ytterligare åtgärder behövs."
Senior redaktör på PC World tidningen Brad Chacos, som beskriver sig själv som ett fan av Windows-10 operativsystem, hade tidigare beskrivit användningen av korset för att betyda människor hade gått med på uppgraderingen som "ett otäckt trick".
Han sade: "Jag tror inte att det förbättrar situationen att lägga till mer plågsamma popup-fönster. De borde åtminstone lägga till en stor, uppenbar "Nej, jag vill inte ha den här" knappen."
Mr Chacos har varit en högljudd kritiker av vad han beskrev som "tunghänt taktik som Microsoft har använt för att tvinga människor in i uppgraderingen".
Tidigare var användarna tvungna att trycka på korset för att avbryta den föreslagna uppgraderingen, påpekade han, så den senaste flytten är kontraintuitiv - "akin för att byta ut bromsen och acceleratorn i din bil".
Användare har delat med BBC sin egen erfarenhet av oönskade uppgraderingar, vilket tyder på att processen är svår att avbryta när den har börjat.
Havard Hughes erfarenhet var typisk för många.
"Windows 10 uppdateringen kördes på min dator trots alla mina ansträngningar att stoppa det, inklusive att avfärda uppdateringen flera gånger och frenetiskt försöka avbryta installationen som det började när jag var halvvägs genom att skriva en viktig e-post.
"Mitt försök att rulla tillbaka till Windows 7 resulterade i den blå skärmen av död och en död PC.  Nu måste jag installera om min hemdator från grunden på grund av denna så kallade "fria" uppgradering.
"Som någon som betalade för min programvara och var helt nöjd med min fullt fungerande Windows 7 maskin, har detta varit en absolut katastrof."
Microsoft har u-vänd över förändringar det gjorde till en popup-upp uppmuntra användare att uppgradera till Windows-10.