Det växande problemet behöver "en brådskande reaktion" samordnas av inrikesministeriet, NAO chef Sir Amyas Morse sade.
Nästan två miljoner it-relaterade bedrägerier uppskattades ha ägt rum förra året, tillade man.
Inrikesministeriet sade regeringen, polisen och industrin arbetade tillsammans för att ta itu med problemet.
Sir Amyas sade att inrikesministeriet, även om det inte var ensamt ansvarigt för att ta itu med frågan, var den enda organisation som kunde övervaka systemet och leda förändring.
Inrikesministeriets gemensamma bedrägeribekämpningsarbetsgrupp, som lanserades i februari 2016, var ett positivt steg "men det finns fortfarande mycket arbete att göra", sade han.
"I detta skede är det svårt att bedöma att svaret på onlinebedrägerier är proportionerligt, effektivt eller effektivt."
Analys: BBC inrikes frågor korrespondent Danny Shaw
Enligt Byrån för nationell statistik är bedrägeri nu det vanligaste brottet i England och Wales, där de flesta brott begås på nätet.
Men Riksrevisionen säger att bara en av 150 poliser specialiserar sig på bedrägeri - och det förekommer inte ens i en tredjedel av de polisplaner som utfärdas av lokala polis- och kriminalpoliser.
NAO kritiserar också en insatsstyrka på hemmakontoret som inrättades förra året för att ta itu med bedrägerier på nätet och säger att den är för fokuserad på banker, saknar ordentlig styrning och inte har infört åtgärder för sina resultat.
Inrikesdepartementet säger att arbetsgruppen gör en positiv skillnad men den erkänner att det finns mer att göra.
Under året fram till den 30 september 2016 uppskattade Office for National Statistics att det fanns 1,9 miljoner it-bedrägerier i England och Wales, eller 16 % av alla uppskattade brottstillbud.
I onlinebedrägerier ingår att brottslingar får tillgång till medborgarnas och företagens bankkonton, använder sina kreditkortsuppgifter eller lurar dem att överföra pengar.
I rapporten hette det: " Bedrägeri är nu den vanligaste brottsligheten i England och Wales, den växer snabbt och kräver ett brådskande svar.
"Ändå är bedrägerier inte en strategisk prioritering för de lokala polisstyrkorna och insatserna från näringslivet är ojämna."
Inrikesministeriet sade att bekämpningen av bedrägerier på nätet "kräver ett samarbete och innovativt svar för att hålla jämna steg med det framväxande hotet", vilket är anledningen till att den gemensamma arbetsgruppen för bedrägeribekämpning hade lanserats.
Bättre datadelning mellan banker och brottsbekämpande myndigheter hade stängt tusentals konton kopplade till bedrägerier, sade man, och tillade att det arbetade med Financial Bedrägeri Action UK på dess Take Five för att stoppa bedrägeri medvetenhet kampanj.
Tom Ironside från British Retail Consortium sade: "Detaljhandeln stöder starkt ett mycket närmare partnerskap mellan regeringen, brottsbekämpning och industrin för att ta itu med onlinebedrägerier."
Onlinebedrägerier har "överskådats" av regeringen, polisen och näringslivet, enligt offentliga utgifter vakthund den nationella revisionsbyrån.