Hamilton slutade tredje som Mercedes lagkamrat Nico Rosberg vann och är 33 poäng bakom den tyska med högst 100 fortfarande tillgängliga.
Världsmästaren sade: " Det är en hälsosam marginal för Nico. Han gjorde ett bra jobb så grattis till honom.
"Det går väldigt bra för honom. Jag måste bara försöka göra det bästa jag kan."
Rosbergs nionde seger för säsongen innebär att han nu har råd att avsluta andra bakom Hamilton i alla återstående tävlingar och fortfarande vinna mästerskapet.
Hamilton gjorde en dålig start från andra plats på nätet och föll till åttonde på första varvet men kämpade tillbaka för att avsluta bakom Red Bulls Max Verstappen.
Hamilton flyger tillbaka till Europa med Mercedes team chef Toto Wolff och icke verkställande ordförande Niki Lauda.
Men Wolff sade att flygningen var inte rätt tid att ta itu med Hamilton serien av media kontroverser där han fann sig inbroiled i Suzuka.
Wolff sade: " Strax efter ett sådant lopp är inte rätt tillfälle att verkligen sätta fingret där det gör ont. Vi måste lugna ner oss och omgruppera oss.
"Min lärdom från de senaste åren är att 24 timmar senare ser saker och ting lite annorlunda ut än de är här en timme efter loppet.
"Så vår huvudvikt kommer att vara att bygga upp honom och bara njuta av skjuts hem. Och vi har 10 dagar innan [nästa lopp i] Austin och han kommer tillbaka starkare där."
Wolff avvisade förslag på att titeln nu var så bra som vann för Rosberg, som har vunnit tre av de senaste fyra tävlingarna och dragit nytta av Hamiltons motorfel medan ledande i Malaysia en vecka före Japan.
Utan den pensionen skulle Hamilton ligga två punkter bakom Rosberg.
"Trettiotre poäng är mycket men du kan se hur snabbt det går," Wolff sade. "Det sätt Nico närmar sig mästerskapet i att ta varje lopp som en singular händelse är rätt strategi för honom.
"Equally, Lewis fungerar bäst när han är under press och har ett mål. Jag tvivlar inte på att det kommer att bli en intensiv kamp till slutet. Men det är långt ifrån över."
Rosberg sade: "Mina tankar är att min inställning går ganska bra just nu, att bara titta på loppet till hands.
"Jag kom hit för att vinna och jag lyckades vinna, så jag är verkligen nöjd med det.
"Självklart är jag väl medveten om de 33 punkterna men det är fortfarande en lång väg kvar.
Lewis är fortfarande Lewis och han kommer alltid att vara svår att besegra.
"Han kommer att ge det allt så det är ingen idé att börja tänka på det eftersom det fungerar ganska bra att stanna i ögonblicket."
Prenumerera på BBC Sport nyhetsbrev för att få vårt tips på nyheter, funktioner och video skickas till din inkorg.
Lewis Hamilton säger att han kommer att ge de återstående fyra loppen "allt jag har" efter ett stort slag mot hans titel chanser på japanska Grand Prix.