Inamulhaq Anwar, 34, och Akeel Ahmed, 41, hade förnekat ökat religiöst inflytande i utbildningen vid Park View Academy i Alum Rock, Birmingham.
En professionell standardpanel gav männen interimistiska undervisningsförbud 2015.
Anwar och Ahmed kan ansöka om att få sina nya förbud avskaffade, men först efter det att minimivillkoren har löpt ut.
Männen hade förnekat en central anklagelse de hade gått med på att inkludera "en otillbörlig mängd religiös påverkan i elevernas utbildning".
National College for Teaching and Leadership (NCTL) sade att Anwar skulle tjäna ett obegränsat förbud under en minimiperiod på sex år.
Ahmed kommer att ha ett förbud med en minimitid på tre år.
Ingen människa får undervisa i någon skola, sjätte formens högskola, ungdomsboende eller barnhem i England. De har 28 dagar på sig att överklaga sina förbud till Högsta domstolen.
I november förra året rekommenderade en panel undervisningsförbud, efter avslutande elever hade varit "inskränkt i ortodox islamisk doktrin" genom åtgärder inklusive användningen av skolhögtalare systemet för att sända en daglig samtal-till-böner till Park View elever.
Panelen fann också att det inte fanns någon formell överenskommelse om att ändra de berörda skolornas karaktär, men att det hade gjorts ett samordnat försök i de statligt finansierade skolorna att inkludera "otillåtet religiöst inflytande".
Den fann vidare inga bevis för islamisk "extremism" på arbetet i klassrummen.
Tretton tidigare anställda, inklusive före detta chefslärare på Park View Educational Trust (PVET) och Oldnow Academy, har ställts inför oredlighet utfrågningar, som ett resultat av skandalens resultat.
Panelen sade att den hade hört "trovärdiga" bevis från en personalmedlem som beskrev de två männens roller som "generaler" i att bidra till att se till att eleverna var "utfodrade med islam".
Panelen fann också att deras uppförande tenderade att undergräva tolerans och respekt för andras tro och tro.
Separat visade sig Anwar också ha brutit mot lämpliga rekryteringsförfaranden på Park Views systerskola Nansen Primary.
Park View, en del av PVET, var i centrum av anonyma anklagelser som hävdade att det fanns en bredare komplott av muslimska hård-liners att ta kontroll över flera Birmingham skolor.
Anklagelserna utlöste undersökningar av flera byråer, bland annat avdelningen för utbildning och Ofsted.
Efter skandalen placerades Park View Academy i särskilda åtgärder av Ofsted. Den har sedan dess bytt namn till Rockwood Academy.
Två lärare som arbetade på skolan i mitten av "Trojan Horse" skandalen har förbjudits från klassrummet för livet.