Martin Hamilton sa att vatten som användes för att tvätta grödor på hans mark hade läckt ut i Enlerfloden, nära Comber.
Han uppskattade att omkring 25 ton, eller 25.000 liter av det smutsiga vattnet, som dödar syret i floden, lämnade gården.
Lokalbefolkningen uppskattar att tusentals fiskar hade dött. Department of the Environment (DoE) sade att det var en vatten förorening incident av "hög svårighetsgrad".
Två myndigheter undersöker saken.
Martin Hamilton berättade för BBC: "Vi har en massiv avrinning på ett av fälten och vi har hamnat i en riktig röra. En total ursäkt från oss själva till alla inblandade."
Han sa att inte allt smutsigt vatten hade gått ner i floden.
"Det är en situation som vi är djupt generade över. Vi planerar att kasta varje resurs på det för att återställa det, "sade han.
"Vi garanterar gjutjärnet att vi kommer att ersätta alla lager som går förlorade."
Domedagen sa att en "definitiv undersökningslinje" följdes. Det sades att bevis samlades in från lokalerna för att kunna åtalas.
En gemensam utredning genomförs av Nordirlands miljöbyrå, en del av DoE, och avdelningen för inre vattenvägar och fiske vid ministeriet för kultur, konst och fritid.
I ett uttalande sade DoE att ett anonymt samtal hade gjorts till vatten förorening hotline på torsdag, vilket tyder på att ett stort antal döda fiskar hade hittats i floden.
En inspektion genomfördes därefter av Nordirlands miljöbyrå.
Enlerfloden är en biflod till Strangford Lough.
Ledamot Robert Gibson sade att kommunen hade varit medveten om föroreningar på floden, och en lukt i staden, under en tid.
"Så många år arbete har gått in på detta och nu är allt borta", sade han.
"Idag har vi förlorat tusentals (av fisk). Vi har förmodligen förlorat dem alla, upp till en fem meter lång spännvidd av floden."
Eddie Donnelly från Enlers nya klubb sa att det var det värsta fiskmordet han någonsin sett.
"Jag blev förkrossad av mängden död fisk. Hela livet har tagits ur floden, sa han.
En bonde har sagt att han är djupt ledsen för att hans verksamhet var ansvarig för en stor fiskdöd i en County Down River.