En del människor har väntat i upp till tre timmar på att klara passkontroller, och godstrafiken byggs upp på vägar som närmar sig Kent-hamnen.
En talesman för Dovers hamn rådde kunderna att ge dem gott om tid för sin resa.
Frankrike har varit i ett undantagstillstånd sedan november förra året.
Landets nationalförsamling röstade för att förlänga åtgärden med sex månader som svar på förra veckans attack i Nice, där 84 personer dödades och skadades när en lastbil kördes in i folkmassorna.
Undantagstillståndet fördes in efter terrorattacker i Paris den 13 november, vilket gjorde att 130 människor dog.
Senaste uppdateringar om hamnen i Dover och andra Kent berättelser
En talesman för P&O Ferries sade: "Vi gör allt vi kan för att passagerarna ska kunna påbörja sin resa så snabbt som möjligt.
"Om passagerarna missar sin tilldelade färja kommer de att kunna gå ombord på nästa tillgängliga färja utan extra kostnad."
Olyckliga resenärer har tagit sig till Twitter för att uttrycka sin bestörtning.
John Hippisley sa: "Värre PR för de franska myndigheterna Jag uppskattar behovet av att skydda gränsen men uppenbarligen alla turister inte terrorister".
De extra säkerhetskontrollerna har orsakat förseningar sedan de tidiga timmarna.
DFDS Seaways rådde kunderna på Twitter klockan 13:00 BST att de skulle "tillåta 180 minuter för att slutföra incheckningsprocessen... hamnen är mycket upptagen".
Tusentals färjepassagerare över Engelska kanalen står inför långa förseningar vid hamnen i Dover mitt bland de skärpta franska säkerhetskontrollerna.