Argentina sade att dialog och diplomati var det enda sättet att främja demokratin i Venezuela.
Venezuelas utrikesminister sa att Trumps ord hade varit fientliga och respektlösa och riskerade att destabilisera Latinamerika.
Våldsamma demonstrationer sedan april har lämnat över 120 människor döda.
President Nicolas Maduros nya konstituerande församling - som kan skriva om konstitutionen och som skulle kunna åsidosätta det oppositionskontrollerade parlamentet - har kritiserats i stor utsträckning som antidemokratisk.
Mercosur - som omfattar regionens största ekonomier Argentina och Brasilien samt Paraguay och Uruguay - på obestämd tid avbröt Venezuelas medlemskap förra veckan.
Andra latinamerikanska länder fördömde också Trumps kommentarer, däribland Mexiko, Colombia och Peru, som sade att Trumps hot var emot FN:s principer.
Peru har varit en våldsam kritiker av Maduros regering. I fredags relegerade Peru Venezuelas ambassadör efter att Caracas skickat ett "oacceptabelt" svar på det regionala fördömandet av dess nya konstituerande församling.
Perus president Pedro Pablo Kuczynski har uppmanat Maduro att avgå och kalla honom diktator.
På fredag kväll Mr Trump berättade reportrar USA hade "många alternativ för Venezuela, inklusive ett möjligt militärt alternativ om det behövs".
"Folket lider och de dör", tillade han.
USA införde nyligen sanktioner mot president Maduro och brännmärkte honom som diktator.
I Vita huset sades det senare att Maduro hade begärt ett telefonsamtal med den amerikanske presidenten.
Som svar sade Vita huset att Trump gärna skulle tala med sin venezuelanska motsvarighet, när demokratin hade återupprättats i landet.
Den venezuelanska oppositionen anklagar Maduro för att försöka hålla fast vid makten, men han säger att den nya församlingen kommer att skapa fred i landet.
Det sydamerikanska handelsblocket Mercosur har fördömt president Trump för att han sade att han övervägde militära åtgärder i Venezuelakrisen.