Vissa tyska tidningar kritiserade den tecknade filmen, medan den tyska vice ordföranden i Europaparlamentet kallade den "smaklös".
Serietecknaren, Edel Rodriguez, sade att bilden representerade "demokratins halshuggning".
Förbindelserna mellan USA och Tyskland har försämrats under president Trump, som har kritiserat den tyska förbundskansler Angela Merkels politik.
Han sade förra månaden att hennes politik att välkomna massor av invandrare som kom till Tyskland hade varit ett "katastrofalt misstag". Hans handelsrådgivare anföll också nyligen Tyskland för att få orättvisa handelsfördelar från en "bruttovärdesatt" euro.
Den främre omslaget bilden liknar en som dök upp på första sidan av New York Daily News i december 2015, visar också Mr Trump beheading Frihetsgudinnan men på ett mindre blodigt sätt.
Rodriguez, som anlände till USA som politisk flykting från Kuba 1980 berättade Washington Post att han ville göra en jämförelse mellan den islamiska staten och Donald Trump, säger "båda sidor är extremister".
Der Spiegel redaktör Klaus Brinkbaumer skrev i en ledare att Mr Trump "försökte en kupp från toppen" och ville "etablera en illiberal demokrati".
Vita huset: Mediabevakningen "demoraliserar"
Hur media hjälpte Trump
Vita huset har anklagat liberala mediegrupper för falsk och oansvarig rapportering som syftar till att smutskasta president Trump och den nya administrationen.
Alexander Graf Lambsdorff, medlem av Tysklands fria demokrater och vice talman i Europaparlamentet, sade omslaget sade mer om Der Spiegel journalister än Mr Trump.
"Omslaget spelar om terroroffrens liv på ett mycket otäckt sätt", berättade han för Bild.
Flera andra tidskrifter använder framsidan av sina nästa utgåvor för att kommentera USA:s president och hans politik.
Bloomberg Businessweek visar Mr Trump håller en exekutiv order, som säger: "(Insert hastigt formulerad, juridiskt tvivelaktig, ekonomiskt destabiliserande verkställande ordning här)."
Brittiska veckotidningen The Economist, som har stött både republikanska och demokratiska presidenter, bilder president Trump kastar en molotov cocktail.
New Yorker, en liberal tidskrift som stödde Hillary Clinton, visar att Frihetsgudinnans låga släcktes.
Den konservativa nationella översiktens omslagshistoria försvarar nationalismen, som den säger att kritiker av Trumps invigningstal felaktigt ser som farligt.
Tysklands inflytelserika veckotidning Der Spiegel har blivit beskjuten för en omslagsbild som visar USA:s president Donald Trump halshugger Frihetsgudinnan.