Upp till 170.000 fotbollsfans förväntas resa till huvudstaden för att titta på showdown mellan Juventus och Real Madrid den 3 juni.
Det blir den första Champions League-finalen som spelas under ett slutet tak.
Football Association of Wales (FAW) sade säkerhet var ett "primärt mål".
Taket stängning hade föreslagits på grund av rädsla för en drönar attack på vad som beskrivs som den största klubben fotbollsmatch i världen.
Efter diskussioner med berörda parter sade FAW att man hade fattat beslutet att stänga taket efter att ha tagit hänsyn till "rekommendationer från myndigheterna".
Taket kommer också att stängas för de två officiella träningspass som kommer att hållas på stadion fredagen den 2 juni.
Juventus och Real Madrid har informerats om beslutet.
I ett uttalande, FAW sade: "2017 UEFA Champions League final kommer att vara den första finalen som har spelats under ett stängt tak och kommer att ytterligare förstärka arenans atmosfär när Juventus FC ta på Real Madrid CF lördag 3 juni."
Taket på National Stadium of Wales kommer att stängas för 2017 Champions League final i Cardiff av säkerhetsskäl.