Rwanda Utilities Regulatory Agency (Rura) sade att det hade fått klagomål från allmänheten om anstiftan, hat, revisionism och folkmord förnekande.
Minst 800.000 etniska tutsier och måttliga hutuser dog i folkmordet.
BBC har förnekat att någon del av programmet utgör ett "förnekande av folkmordet mot tutsierna".
I onsdags antog rwandiska parlamentsledamöter en resolution där regeringen uppmanades att förbjuda BBC och att åtala dokumentärmakarna för folkmordsförnekelse, vilket är ett brott i landet.
De som dödades i folkmordet tros i allmänhet vara medlemmar av den etniska minoritetsgruppen Tutsi, och Hutus motsatte sig masslakten.
BBC-programmet Rwanda, The Untold Story, innehåller intervjuer med USA-baserade forskare som säger att de flesta av dem som dödats kan ha varit Hutus, dödats av medlemmar av dåvarande Rwandan Patriotic Front (RPF), som har suttit vid makten sedan 1994.
Programmet inkluderade också intervjuer med tidigare medhjälpare till RPF-ledare president Paul Kagame, anklagar honom för att konspirera för att skjuta ner presidentplanet - handlingen ses som utlösande slakt.
Han har konsekvent förnekat tidigare sådana anklagelser.
Rura sade att man hade inrättat en undersökningskommission för att undersöka de påståenden den hade fått om programmet, varefter ytterligare åtgärder kan vidtas.
Kabinettet sammanträder nästa vecka för att diskutera parlamentets rekommendationer.
BBC-sändningarna som påverkas av avstängningen produceras av BBC:s tjänst Great Lakes, som ursprungligen inrättades efter folkmordet som en livlina.
Dess första sändning - BBC Gahuzamirjango, som betyder "förenaren av familjer" - var en 15-minuters sändning som syftade till att föra samman familjer som hade separerats.
Rwanda har avbrutit BBC-sändningar på Kinyarwanda-språket med omedelbar verkan på grund av en film som ifrågasätter officiella redogörelser för folkmordet 1994.