Han tog över på interimsbasis när Craig Harrison åkte till Hartlepool den 26 maj efter att ha guidat TNS till sex på varandra följande walesiska titlar.
Steve Evans, som har hjälpt Ruscoe, kommer också att behållas.
Båda steg upp från coaching roller och ledde TNS i Champions League kval mot Europa Gibraltar och kroatiska sidan Rijeka i juni och juli.
Saints kick-off deras walesiska Premier säsong bort till Bangor City den 11 augusti.
Ta reda på hur du kommer in i fotboll med vår speciella guide.
Scott Ruscoe har utsetts till chef för Welsh Premier mästare The New Saints på permanent basis.