Han är den förste tjänstgörande statschefen som kommer inför domstolen i Haag.
Han kallades till ICC:s "statuskonferens" när åklagaren sa att bevis som behövdes för att gå vidare med en rättegång hölls inne.
Anklagelserna - som Kenyatta förnekar - gäller hans påstådda roll i våldet efter 2007 års val.
Mer än 1 000 människor dog i efterdyningarna av undersökningen.
Kenyatta säger att anklagelserna mot honom är politiskt motiverade och insisterar på att fallet ska förkastas.
Åklagarsidan anklagar Kenyas regering för att hindra utredningen.
Presidenten avstod tillfälligt från makten att komma till Haag. Men hans konvoj välkomnades av presidenten. Flagsvagande folk strömmade när hans poliseskorterade bil körde upp. De internationella TV-teamen försökte få in honom i sin ram.
Men rättegången har nått ett dödläge. Åklagarsidan anklagar Kenyas regering för att undanhålla viktiga bevis, försvaret säger att utan bevis bör det inte bli någon rättegång. Omkring 100 politiker flög till Haag. En av dem berättade att de alla hade betalat sina egna flygpriser, en offentlig demonstration av stöd för sin president.
Omkring 1.200 kenyaner dödades i våldet - fallet skickades till ICC efter att Kenya misslyckats med att ställa förövarna inför rätta. Domarna måste nu besluta om de ska överge rättegången eller ge åklagaren mer tid att söka efter de saknade bevisen.
ICC vill att Kenyatta ska förklara anklagelserna om att den kenyanska regeringen hade undanhållit bevis mot honom - ett påstående som avvisades av den kenyanska justitieministern Githu Muigai, som framträdde inför domstolen på tisdagen.
Många av Kenyattas anhängare packade upp åhörarläktaren när utfrågningen inleddes.
Försvarsadvokat Steven Kay sa att Mr Kenyatta inte skulle göra ett uttalande. Han sade att regeringen hade samarbetat med åtalsförfrågningarna där det var möjligt.
Förhandlingen avbröts senare.
När han lämnade domstolen sade Kenyatta till sina anhängare i Swahili: " Vi vet varifrån vi kommer, vi vet var vi är nu, vi vet vart vi är på väg. Ingen kommer att tala om för oss vart vi är på väg och ja, vi kommer att bestämma själva."
ICC chefsåklagare Fatou Bensouda, som är från Gambia, sade att det fortfarande fanns en betydande "beviskropp" mot Mr Kenyatta.
Åklagarsidan, som vill ha ett avbrott på obestämd tid, sade till domstolen att den hade telefondata och nio vittnen som var villiga att vittna om hur Mr Kenyatta hade finansieringsförbindelser med Mungiki-sekten som deltog i våldet.
Fergal Gaynor, en advokat för offren, sade att de hade rätt att veta varför vittnen för åklagaren hade dragit sig ur fallet.
I september sköt domstolen upp rättegången efter det att åklagarna sade att Kenyas regering hade misslyckats med att leverera nyckeldokument.
Vicepresident William Ruto är tillförordnad president medan Kenyatta är i Haag.
I måndags betonade presidenten återigen sin oskuld och sade att hans samvete var rent.
I ett tal till Kenyas parlament sade Kenyatta att han personligen skulle resa till Haag - inte som landets president - för att inte äventyra kenyanernas suveränitet.
Inga särskilda arrangemang har gjorts vid Internationella brottmålsdomstolen. Domstolens viktigaste talesman sade att Kenyatta inte skulle behandlas annorlunda än någon annan anklagad person.
Jan Kenyatta valdes 2013 trots åtal. Analytiker sade att han vände åtalet till sin fördel och beskrev det som utländskt ingripande i Kenyas inrikes angelägenheter.
Kenyatta har anklagat domstolen för att vara partisk mot afrikanska ledare.
Under 2009 utfärdade ICC också en häktningsorder för Sudans president Omar al-Bashir över påstådda krigsförbrytelser i Darfur, men han har ännu inte arresterats.
Kenyatta står inför fem anklagelser om de etniska massakrerna - det värsta våldet i Kenya sedan självständigheten 1963. Tiotusentals människor blev fördrivna och Kenyas rykte om sig att vara stabilt blev skamfilat.
Kenyatta var nära allierad med president Mwai Kibaki, som utsågs till vinnare av 2007 års val. Kibakis rival, Raila Odinga, hävdade att undersökningen var fördärvad av bedrägeri.
Tvisten fick en etnisk dimension och ställde medlemmar av den etniska gruppen Kikuyu i Kenyatta och Kibaki mot andra folkgrupper som Luo och Kalenjin. Kenyatta anklagas för att ha organiserat ett etniskt Kikuyu-gäng, Mungiki-sekten, för att angripa rivaliserande grupper.
Vicepresident Ruto åtalas också i Haag, men han var på Odingas sida under våldet. Han förnekar också anklagelserna.
Kenyas president Uhuru Kenyatta har inträtt i Internationella brottmålsdomstolen (ICC), där han anklagas för brott mot mänskligheten.