Fyra räddningsteam kallades för att skilja på incidenter vid Corn Dus och Cribyns toppar.
En person behandlas på Svanseas Morriston-sjukhus för brännskador. Den andra är på Prince Charles sjukhus i Merthyr Tydfil.
En del räddningsarbetare tränade i området när händelserna inträffade.
En RAF Sea King från Chivenor skickades för att hjälpa till med två dödsoffer på Cribyn och väg ambulanser och polis sändes också till platsen.
Brecon Mountain Rescue Team avslutade sin övning på grund av den elektriska stormen när de fick en call-out.
Dess team läkare nådde den första manliga offret på Corn Ddu inom 35 minuter.
Talare Mark Jones sade passerande kadetter som hade varit på toppen vid tidpunkten för strejken hade redan börjat återupplivning när räddningsläkaren tog över.
"Jag har varit i Brecon Mountain Rescue i 30 år och jag har aldrig känt något liknande", sade han.
"Det är ovanligt, och för flera personer att träffas i flera strejker på olika toppar - det är mycket, mycket sällsynt."
Tre andra bergsräddningsteam - Centrala Beacons, Longtown och Western Beacons - kallades också ut.
En talesman för Dyfed-Powys-polisen sade: " Som ett resultat av dessa händelser har två män sorgligt nog dött, en man är i ett allvarligt tillstånd på sjukhus och en annan man är på sjukhus men har inte lidit allvarliga skador.
"Officers har informerat närmaste anhörig till de avlidna männen."
Två män behandlas på sjukhus efter blixtnedslag i Brecon Beacons som dödade två andra män på söndag.