Den 28-milsväg som tidigare förutspåddes kosta 347 miljoner pund fick grönt ljus av skotska ministrar 2009, men fördröjdes av rättsliga åtgärder.
Protesterna förlorade sin överklagan till Högsta domstolen tidigare denna månad.
Transportminister Keith Brown sade att de "oönskade förseningarna" hade resulterat i en "väsentlig ökning" av den totala kostnaden för projektet.
William Walton från protestgruppen RoadSense, som gick i spetsen för den rättsliga utmaningen mot byggandet av bypassen, berättade för BBC Scotland att han trodde att den totala kostnaden kunde vara ännu högre.
Byggnationen beräknas komma igång 2014, med färdigställande våren 2018.
Som svar på en parlamentsfråga från Aberdeen Central SNP MSP Kevin Stewart sade Brown att systemet hade kostat 347 miljoner pund 2008 - en uppskattning baserad på 2003 års priser.
Han sade att siffran nu hade stigit till 653 miljoner pund som ett resultat av "scopeändringar, införandet av standardriskkostnader och en återgång till 2012 års priser".
Brown sade att inflationen hade orsakat en kostnadsökning på 230 miljoner pund.
Ett system för att göra A90 till en dubbeltrafikväg mellan Balmedie och Tipperty i Aberdeenshire förväntas också kosta 92 miljoner pund, vilket ger totalt 745 miljoner pund för det kombinerade projektet.
Stewart kritiserade de extra kostnader som orsakas av de rättsliga utmaningarna.
Han sade: " Inte bara har en viktig infrastruktur försenats i onödan, utan inflationen har drivit upp kostnaderna.
"Nu när de rättsliga utmaningarna har uttömts kan vi nu gå mot konstruktion så snabbt som möjligt."
Aberdeen stadsfullmäktige ledare Barney Crockett sade: "Vi insåg att kostnaden för AWPR (Aberdeen Western Periferal Route) skulle vara ungefär vad det nu är och vi har gjort tillräckliga avsättningar för detta.
"Den ekonomiska utvecklingen i området kommer att stödjas av AWPR."
Tom Smith, ordförande för Aberdeen City och Shire Economic Future (Acsef) affärsutvecklingsbyrå, sade: "De förseningar som orsakas av de rättsliga utmaningarna kommer alltid att påverka de kostnader som beskrivs 2003.
"Men de ekonomiska och andra fördelarna med vägen är så betydande att kostnaden fortfarande kommer att innebära en stor avkastning på investeringar för den offentliga budgeten och folket i nordöst.
"Den slutliga mekaniken för hur de kommer att betalas håller fortfarande på att utarbetas och det kommer att bli känsliga förhandlingar mellan den skotska regeringen och våra lokala myndigheter.
"Men med den skotska regeringen som betalar 80 % av rutten och den totala kostnaden för den snabba förbindelsen, får nordost en hel del i form av investeringar i vår bedrövligt underinvesterade väginfrastruktur."
Kostnaden för förbifartsleden Aberdeen har stigit till uppskattningsvis 653 miljoner pund, det har avslöjats.