På tisdagen klockan 14.50 på BST till en flod vid Aberglaslyn, nära Beddgelert.
Formell identifiering förväntas äga rum senare i dag. Specialistpolisen stöttar mannens familj.
Ch Insp Mark Armstrong sa: "Våra sympatier går ut till den berörda personens familj och vänner."
Han sa att operationen för att återställa kroppen hade varit komplex och involverade polisen, North Wales brand-och räddningstjänst, Aberglaslyn och Ogwen berg räddning team och den regionala polisen undervattenssökning team.
En kropp har hittats i sökandet efter en kanotist som hamnade i svårigheter i Snowdonia, har polisen sagt.