Man tittade på antalet olyckor som registrerats vid varje korsning och vägde sedan resultaten efter hur allvarliga skadorna var och hur många cyklister som var aktiva i området.
Korsningen Arkleston Road/A761 i Paisley ledde listan.
Välgörenhet, som främjar promenader och cykling, sade resultaten belyser vikten av bättre infrastruktur.
Resultaten kommer att presenteras vid Scottish Transport Applications and Research-konferensen denna vecka.
Platser med farliga korsningar ingår Wallyford, Dundee, Tranent, Inverness och Stirling.
I åtta av de farliga korsningarna fanns rondeller, och sju andra var t-korsningar eller stagnerade korsningar.
Sustrans Scotland regissör John Lauder sade: " Säkerhet nämns ofta som den främsta orsaken till att människor inte cyklar för fler av de resor de gör varje dag.
– Denna forskning belyser vikten av att ha högkvalitativ cykelinfrastruktur på plats vid korsningar, så att kollisioner kan förhindras.
"Vi vet att bättre cykelinfrastruktur ökar känslan av säkerhet och i slutändan antalet personer på cyklar."
Han tillade: "Sätt helt enkelt: ju fler människor på en plats som cyklar, desto säkrare blir det för alla."
Sustrans Skottland har samarbetat med lokala myndigheter för att ta itu med några av de särskilda problemen.
Det bidrog till ett samråd om att förbättra en av Edinburghs mest trafikerade korsningar, i Sheriffhall rondell.
En talesman för Transport Scotland sade: " Den skotska regeringen är fortfarande fast besluten att göra förbättringar i Sheriffhall rondellen efter att ha meddelat den föredragna rutten alternativet tidigare i år.
"Som en del av programmet kommer gradskillnad på Sheriffhall att förbättra tillgängligheten för fotgängare och cyklister jämfört med det befintliga arrangemanget.
"Genom att tillåta trafik genom Edinburgh City Bypass att passera det kommer att avsevärt minska trängseln och förbättra tillgängligheten för alla transportsätt, inklusive fotgängare och cyklister."
En lista över landets 20 bästa cykelkollisionshotspots har sammanställts av välgörenhetsorganisationen Sustrans Scotland.