Den totala populationen beräknas nu vara mindre än 500 avelspar.
Situationen är ännu värre söder om gränsen, där den ikoniska rovfågeln sägs vara på väg mot utrotningsgränsen.
I den senaste undersökningen fann man 460 avelspar i Skottland 2016 jämfört med mer än 500 när den förra studien genomfördes sex år tidigare.
RSPB, Scottish Natural Heritage (SNH) och Scottish Raptor Study Group, tillsammans med en rad andra brittiska partner genomförde undersökningen.
Den fann att Skottland fortfarande var ett stort fäste för hönharrier, med 80 % av den brittiska befolkningen.
Att ha en avelspopulation på mindre än 1 000 fåglar gör emellertid arten sårbar för effekterna av nedbrytningen av livsmiljöerna och, i vissa områden, brott mot vilda djur och växter.
De västra högländerna fortsätter att tillhandahålla ett hem för majoriteten av Skottlands häckningsharrier, medan Orkney och Hebriderna var de enda områden i landet som visade en liten ökning av antalet fåglar.
Ett stort projekt för att bevara befolkningen har också genomförts på Langholm Moor i Dumfries och Galloway.
Duncan Orr-Ewing, chef för art- och markförvaltning vid RSPB Skottland, sade: "Hen Harrier är en indikator på hälsan i vår bergsmiljö, och det faktum att dess befolkning fortsätter att minska är av stor betydelse.
"Hennharrien är en hög prioritet för vårt bevarandearbete och brådskande åtgärder måste vidtas för att ta itu med olagligt dödande av denna art och för att förbättra deras häckningsmiljöer."
Eileen Stuart, SNH:s chef för politik och rådgivning, sade att nedgången var en "allvarlig oro".
Hon sade att de var fast beslutna att samarbeta med andra för att bekämpa olaglig handel med vilda djur och växter i hela landet.
"Det finns en mycket oroande trend av en långsiktig minskning av antalet avelshöns harrier i Skottland", tillade Wendy Mattingley i Scottish Raptor Study Group.
"För att befolkningen ska börja återhämta sig och expandera över alla lämpliga livsmiljöer, måste de intensivt förvaltade grouse hedar i östra och södra Skottland producera framgångsrika häckning hen harrier igen.
"Hen harrier är en underbar spektakulär raptor och fler åtgärder måste vidtas för att se till att dess framtid är säker."
Tim Baynes, chef för den skotska Moorlandgruppen, sade att nedgången var en besvikelse men sade att det skulle arbeta för att bättre förstå orsakerna till dålig avel och bidra till att återuppbygga den harrier befolkningen.
Simon Wotton, studiens huvudförfattare, beskrev undersökningen som en "monumental ansträngning".
"Vi hoppas att dessa resultat kommer att övertyga alla i en position att hjälpa hen harrier att vidta positiva åtgärder för att säkerställa deras skydd och återuppbygga landets befolkning för människor att njuta av i generationer framöver", sade han.
Hennes harriertal har minskat med 9 % i Skottland sedan 2010, enligt den senaste nationella undersökningen.