Den tidigare Manchester United reserv lag chef har kommit överens om en tre och ett halvt år affär, men såg två mål medgav inom de första fem minuterna.
Först fladdrade McCleary i en boll efter 57 sekunder och körde sedan hem ett högerfotat skott på avstånd.
Yann Kermorgants straff förseglade Royals tredje på varandra följande ligavinst.
Wigans fans var uppenbarligen inte imponerade efter att ha kommit för att se gryningen av en ny era, snart buar efter deras fruktansvärda öppning.
Jaap Stams sida fortsatte att ha de bättre öppningarna och Kermorgant kunde ha haft en tandställning själv om Jake Buxton inte gjort två avgörande block.
Joyce vände sig till sin bänk på halvtid och Yanic Wildschut gav en gnista, med Adam Le Fondre nästan vända i sitt kors från vänster, medan en annan ansträngning från Latics framåt måste hjälpas bakom av tidigare Wigan målvakt Ali Al Habsi.
Men Kermorgants mål, efter Max Power snubblade John Swift i lådan, dödade spelet som en tävling och ytterligare ett mål kunde ha följt hade Danny Williams höll sin insats nere när de sattes upp av den imponerande Swift.
En paus-tidsstrejk från Readings Yakou Meite uteslöts också för offside som Wigan kvar i mästerskapets botten tre, medan besökarna flyttade upp till fjärde.
Wigan manager Warren Joyce: "Det första målet särskilt, det är inte som det är bra spel, det är bara en rak lång boll ner i mitten.
"Det är den värsta möjliga start du kan få. Det andra målet var lika fattigt och sedan har man ett berg att klättra mot en bra sida.
"Du är under inga illusioner innan spelet börjar att det kommer att bli ett tufft spel, men vi har gett dem en två-måls ledning.
"Det är grunderna även om du är i under-14 fotboll - en rak boll går ner i mitten efter 90 sekunder och de tar inte itu med det, två erfarna spelare, du är 1-0 ner och du har ett berg att klättra."
Läser chef Jaap Stam: "Vi talade om vad vi kan förvänta oss, med en ny chef i, hur de vill spela, förmodligen trycka oss högt upp och inte ge oss tid att spela ut från baksidan.
"Den takt vi har på framsidan vi visste att vi kunde vara ett hot i bakom om vi gör det bra, om körningarna är i rätt tid och vi började göra det omedelbart och gjorde två tidiga mål.
"Du vill göra det lätt för dig själv. Efter det blev vi ibland lite slarviga i hur vi ville spela. Du vill inte ge bort mål eftersom det ger dem förtroende.
"Hur vi spelade, hur vi försvarade, hur vi skapade chanser, vi gjorde det mycket bra och vi förtjänade att vinna."
Matchen slutar, Wigan Athletic 0, Läsning 3.
Andra halvlek, Wigan Athletic 0, läsning 3.
Offside, läsning. Chris Gunter försöker en genom boll, men Yakou Meite fångas offside.
Foul av Joey van den Berg (Läsande).
Stephen Warnock (Wigan Athletic) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök blockerat. William Grigg (Wigan Athletic) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad. Hjälpt av Yanic Wildschut.
Joey van den Berg (Läsning) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Dan Burn (Wigan Athletic).
Försök missade. Yanic Wildschut (Wigan Athletic) höger fotade skott från utsidan lådan är nära, men missar till höger. Hjälpt av Stephen Warnock.
Försök blockerat. Dominic Samuel (Läsa) höger fotade skott från utsidan lådan är blockerad. Hjälpt av Yann Kermorgant.
Försöket räddades. Yakou Meite (Läsa) vänster fotade skott från höger sida av rutan sparas i nedre högra hörnet.
Substitution, läsning. Yakou Meite ersätter Garath McCleary.
Hörnet, läsning. Förföljd av Adam Bogdan.
Försök missade. Michael Jacobs (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan missar till vänster. Hjälpt av Stephen Warnock.
Max Power (Wigan Athletic) vinner en frispark på höger vinge.
Foul av George Evans (Läsande).
Substitution, läsning. Dominic Samuel ersätter Callum Harriott.
Substitution, läsning. Joey van den Berg ersätter John Swift.
Försök blockerat. Shaun MacDonald (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Yanic Wildschut.
Försök blockerat. Yanic Wildschut (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Nathan Byrne med ett kors.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av John Swift.
Försök blockerat. Max Power (Wigan Athletic) höger fotade skott från höger sida av lådan är blockerad.
Tyler Blackett (Läsning) visas det gula kortet.
Shaun MacDonald (Wigan Athletic) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Tyler Blackett (Läsning).
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Liam Moore.
Försök missade. Shaun MacDonald (Wigan Athletic) vänster fotade skott från utsidan lådan är nära, men missar till vänster.
Försök blockerat. Max Power (Wigan Athletic) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad. Hjälpt av William Grigg.
Substitution, Wigan Athletic. William Grigg ersätter Adam Le Fondre.
David Perkins (Wigan Athletic) visas det gula kortet för en dålig foul.
Callum Harriott (Läsa) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av David Perkins (Wigan Athletic).
Hörnet, Wigan Athletic. Sammankallad av George Evans.
Foul av Callum Harriott (Läsande).
Nathan Byrne (Wigan Athletic) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Yann Kermorgant (Läsande).
Reece Burke (Wigan Athletic) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Försök missade. Danny Williams (Läsa) höger fotade skott från mitten av lådan är hög och bred till vänster. Hjälpt av John Swift.
Mål!  Wigan Athletic 0, läsning 3. Yann Kermorgant (Läsa) konverterar straffet med en höger fotad skott till nedre vänstra hörnet.
Max Power (Wigan Athletic) visas det gula kortet.
Garath McCleary slog en tidig dubbel som Läsning dumpade Wigan att ge Warren Joyce en mardröm börjar som den nya Latics chef.