Irish News redaktör Noel Doran sa att de hade "missförstått" över flagg protester.
Loyalist protester följde Belfast stadsfullmäktiges omröstning i december förra året för att begränsa flygningen av fackets flagga från stadshuset.
Några av demonstrationerna resulterade i våld.
På lördagen berättade Doran för konferensen i Lurgan, County Armagh, vad som hade varit emot hade varit ett "demokratiskt beslut" av Belfast stadsfullmäktige.
Doran berättade om 140 delegater att nationalister och fackföreningsmedlemmar ofta betraktade varandra med "ömsesidig ouppfattning" trots att de hade mycket gemensamt.
Han sade att lojalister kunde lära sig av organisationer som Gaelic Athletic Association, när det gällde frågor som samhällsstolthet och nå ut.
Progressiva Unionist partiråd John Kyle sade lojalister måste göra "mer än" protest; han sade att de också måste komma på vägar ut ur problem som uppstod.
Han sa att partiet inte skulle ge "täcke eller ursäkt" till brottslighet.
Partiledaren Billy Hutchinson blev tillfrågad om en nyligen nedskjuten attack i östra Belfast där en 24-årig kvinna fick skador på nedre delen av buken, höfterna och knäna.
Polisen har sagt att de behandlar attacken på Lord Street Mews som mordförsök.
Det har spekulerats om att UVF låg bakom skottlossningen.
Hutchinson sade att han fördömde det.
"Jag är inte ledare för UVF, jag är ledare för PUP, men jag kommer att svara på det, det var föraktlig," sade han.
"Jag sa att på den tiden, oavsett vem som var ansvarig, finns det ingen plats för dessa människor i samhället och de bör tas bort."
Under konferensen antog delegaterna också ett förslag till stöd för lika äktenskap i Nordirland.
Förslaget var: "Detta parti förenar sig med resten av Storbritannien i att inskränka sig i lagjämlikhet för alla i äktenskapet."
Under tiden sade partiordförande Brian Lacey att han inte kände igen partiet eftersom det ibland porträtterades av media och tillade att om det var så skulle han inte vara medlem.
Han sade att han var stolt över att vara partimedlem och tillade att medlemskapet hade tredubblats under det senaste året.
En företrädare för det nationalistiska samfundet i Nordirland har för första gången tagit upp Progressive Unionist Party:s årliga konferens.