Kontrakten inom bygg- och produktionsindustrin uppvägdes av en ökning av tjänsterna.
Förenade kungarikets BNP ökade med 0,4 % under samma period.
Den skotska bruttonationalprodukten per person - som tar hänsyn till befolkningsförändringar - var också platt under första kvartalet 2016.
Under de tre första månaderna av året ökade tjänsterna i Skottland med 0,4 %, medan produktionen minskade med 1,2 % och byggverksamheten med 1,5 %.
På årsbasis ökade Skottlands ekonomi med 0,6 %, jämfört med Storbritanniens tillväxt på 2 %.
Siffrorna sammanställdes av Skottlands statistiker.
BNP-siffrorna publicerades samma dag som officiella uppgifter visade att arbetslösheten i Skottland minskade med 18000 mellan mars och maj.
En ledande ekonomisk prognostor beskrev de två uppsättningarna siffror som "en blandad väska" för den skotska ekonomin.
Graeme Roy, chef för Fraser of Allander Institute vid universitetet i Strathclyde, sade att tillväxten hade varit "stabil" under de tre första månaderna av året.
"Även om de viktigaste tjänstesektorerna växte, det var en kraftig nedgång i produktion och konstruktion," sade han.
"Av största oro var nedgången i tillverkning, som var 2,6% under de tre månaderna och 5,4% under året. Detta var den kraftigaste minskningen av den årliga tillverkningsproduktionen sedan finanskrisen 2008/09.
"På plussidan, revideringar av data måla en ljusare bild av tillväxt förra året. Den skotska ekonomin beräknas nu ha vuxit under vart och ett av kvartalen 2015, med en tillväxt på 1,4 % 2015 jämfört med den tidigare uppskattningen på bara +0,9 %.
"Trots detta fortsatte Skottland att släpa efter Storbritannien som helhet."
Som svar på BNP-siffrorna efterlyste de skotska handelskamrarna "en samordnad statlig reaktion på Skottlands tillväxtproblem och ett snabbt klargörande av situationen för EU-medborgare som arbetar i Förenade kungariket".
Verkställande direktör Liz Cameron sade: "Skottlands tillväxt har nu legat på en bråkdel av Storbritanniens tillväxt som helhet under ett helt år, och det finns få tecken på en betydande förbättring i sikte.
"Mot bakgrund av resultatet av EU:s folkomröstning måste de skotska och brittiska regeringarna vidta alla nödvändiga åtgärder för att stödja företagen vid denna tidpunkt och hjälpa dem att investera för framtiden och få tillbaka vår ekonomi på vägen mot tillväxt."
Federationen av småföretag sa att tillväxtsiffrorna utgjorde en utmaning.
Den skotske politikern Andy Willox sade: "Dessa siffror före folkomröstningen visar att den skotska ekonomin var underpresterande före omröstningen.
"Företagsundersökningar och feedback tyder på att vissa investeringsplaner och investeringsavtal har skjutits upp till följd av den senaste tidens ekonomiska och politiska turbulens.
"Eftersom nummer 10 och Bute House gör upp planer för att återställa företagens förtroende, måste de tänka på gemenskapsföretag såväl som börsen.
"De måste lägga fram förslag som skulle ge företagsägarna huvudvärk och tänka på lokal infrastruktur såväl som stora nationella projekt."
I en rapport som offentliggjordes förra veckan sänkte bokföringsföretaget PwC sina tillväxtprognoser för Skottlands ekonomi.
Man föreslog att bostadspriserna skulle falla norr om gränsen mitt under en ekonomisk avmattning - men en recession skulle undvikas.
Det fanns ingen tillväxt i den skotska ekonomin under årets tre första månader, enligt officiella siffror.