Zhang Dejiang, ledaren för Hongkongs angelägenheter, kom mitt i missnöjet med Pekings påstådda inblandning.
Zhang sade att han var i Hongkong "för att lyssna på alla samhällssektorer".
Mer än 6 000 poliser har utplacerats mitt i planerade protester från demokrativänliga grupper.
I ett anförande på fem minuter vid ankomsten framförde Zhang, 69, "president Xi Jinpings varma hälsningar och välönskningar för Hongkongs folk" och sade att han kom "med den centrala regeringens och allt kinesiskt folks omsorg".
Han noterade att hans resa hade "ingripit stor uppmärksamhet", sade han: "Jag kommer att lyssna till den verkställande direktören och den [särskilda administrativa regionen] regeringen när det gäller deras arbete, och till alla samhällssektorer om vilka rekommendationer och krav de har om att genomföra principerna för "ett land, två system".
Han leder Kinas Hong Kong- och Macao-kontor men är också ordförande för National People's Congress Standing Committee, vilket gör honom till Kinas tredje högsta ledare efter president Xi och premiärminister Li Keqiang.
Zhang kommer att tala vid en politisk konferens om president Xi One Belt, ett ekonomiskt projekt på en väg som syftar till att förbättra förbindelserna mellan Kina och Eurasien.
Han kommer att träffa en grupp av fyra demokrativänliga lagstiftare vid en mottagning, före en bankett.
Som chef för Hong Kongs ärenden var Zhang ansvarig för ett viktigt beslut 2014 om Hongkongs politiska framtid och är den högst rankade tjänstemannen på fastlandet att besöka sedan dess.
Den minikonstitution, eller grundlag, enligt vilken Hongkong styrs, säger att det yttersta målet är att ledaren ska väljas genom allmänna val.
Även om Kina hade lovat direkta val 2017, det sade i 2014 att ledaren, eller verkställande direktör, satt upp för val skulle komma från en lista över två eller tre kandidater som valts av en effektivt pro-Beijing valberedning, ilsknande pro-demokrati kampanjer.
Beslutet ledde till fullskaliga protester, dubbade Umbrellarörelsen. Tiotusentals demonstranter slog läger på gatorna i veckor, men lägren avvecklades gradvis utan eftergifter från regeringen.
Nuvarande verkställande direktör CY Leung är fortfarande impopulär. Kommentarer kommer att titta på och lyssna noga för att se om Zhang kommer att antyda att han kommer att stödja honom för en annan term.
Efter protesterna 2014 växte ett antal så kallade "lokalistiska" grupper upp och visade sig villiga att använda våld för att bekämpa vad de ser som en utspädning av stadens identitet, med rädsla för ett växande socialt och politiskt inflytande från Kina.
I februari grävde hundratals demonstranter upp och kastade tegelstenar under en våldsam sammandrabbning med polisen som försökte stänga en nattmatsmarknad. Marknaden betraktades av demonstranterna som en symbol för lokala traditioner.
Det har också funnits en växande oro över de friheter som Hongkong åtnjuter - osedda på fastlandet - som var en integrerad del av det avtal som gjorde det möjligt för Hongkong att återvända till Kina av britterna 1997.
De omfattar yttrandefrihet, press, församling, förening, resor och fackföreningsmedlemskap.
En händelse som väckte särskild oro var försvinnandet av fem bokhandlare i Hongkong som var kända för att ha gett ut kontroversiella böcker om kinesiska ledare.
Männen befanns senare ha fängslats av myndigheterna på fastlandet i ett drag som fördömts av Förenade kungariket.
Förutom de 6 000 poliser som är i tjänst har hundratals stora, vattenfyllda plastbarriärer satts in nära Zhangs hotell och det konventcenter där han kommer att tala.
Demonstratorer kommer att få utsedda områden och kommer sannolikt inte att vara synliga för Zhang.
Det rapporteras att stenblock har limmats ihop för att förhindra att de slits sönder och kastas av demonstranter.
Enligt South China Morning Post låg säkerheten på flygplatsen för Zhangs ankomst. Det sägs att vakter tog bort journalisters paraplyer, tillsammans med en liten gul handduk som en reporter använde för att täcka en kameralins.
Färgen gul, tillsammans med paraplyer, har blivit en symbol för demokratirörelsen.
Timmar innan Zhang landade gav aktivisterna upp en gul fana på Beacon Hill i Hong Kong och läste: "Jag vill ha en verklig allmän rösträtt". Banderollen togs senare bort.
På måndagen greps en man från Hongkong strax över gränsen i Shenzhen för att ha försökt köpa en drönare som påstods användas för att störa besöket.
Tät säkerhet finns i Hongkong för besök av den högste tjänstemannen från Peking sedan stora prodemokratiska protester 2014.