Omkring 1 250 människor dog i trafikolyckor förra året, sade ministeriet.
Beslutet har kritiserats starkt av många kameruner, som säger att det kommer att påverka deras företag och nattliv.
Förbudet innebär att bussar och taxibilar måste vara av vägar från 2000 GMT till 0400 GMT.
Tjänsten sade att nattresor stod för 35 procent av olyckorna, trots att få människor pendlade på natten.
Olyckorna orsakades främst av att man drack mycket, sade man.
Omkring 12.000 människor dog förra året i trafikolyckor i Kamerun, och ytterligare 12.000 skadades, sade tjänsten.
BBC:s Randy Joe Sa'ah i huvudstaden, Yaounde, säger att även om många människor välkomnar åtgärder för att minska dödsfall, de tror att fattiga vägar är den främsta orsaken till olyckor.
Bara omkring 20 procent av Kameruns vägar är tjärade, säger han.
Många människor är inte säkra på hur de kommer att resa till och från arbetet eftersom vissa resor varar mer än sex timmar, säger vår reporter.
Polisen har beordrats att dra av bussar och taxibilar som reser efter 2000 GMT, vilket ökar möjligheten för pendlare att sova på vägkanten eller gå hem, säger han.
Förbudet har också fördömts av ägare till barer och nattklubbar, som tror att det kommer att förstöra deras företag och nattliv i storstäder.
Små handlare sade att deras inkomster skulle påverkas negativt eftersom deras produkter inte skulle nå marknader tidigt på morgonen.
"Jag är klar. Detta är dåligt för mig och mina barn, "en grönsakshaker, Grace Teboh, citerades av AFP nyhetsbyrån som säger.
Kamerun har förbjudit all kollektivtrafik nattetid på vägarna för att förhindra olyckor orsakade av alkoholmissbruk, säger transportministeriet.