Fartyget dockade i Catania, på Sicilien, där migranterna kommer att överlämnas till de italienska myndigheterna.
Bulwark, som har varit på ett räddningsuppdrag i området under den senaste månaden, räddade migranterna på söndag.
Kapten Nick Cooke-Priest sa att människohandlarna begick handlingar "Totalt mord".
BBC:s försvarskorrespondent Jonathan Beale, som var ombord på Bulwark under räddningen, sade att ett litet träkärl hade packats med omkring 400 personer.
Det hade också funnits två gummigubbar, som var och en hade omkring 100 personer, som försökte ta sig till Europa från Libyen.
"Det faktum att många inte ens hade flytvästar var en annan påminnelse om att gängen som smugglade dem hade liten respekt för sina liv", sade han.
Han tillade att fem av de räddade männen skulle förhöras av den italienska polisen om möjliga kopplingar till smugglingsgängen.
BBC: s Clive Myrie, som är i Catania, sade att det skulle ta flera timmar att lämna alla migranter från HMS Bulwark.
"De är utmattade, vissa är traumatiserade och flera är gravida, så det kommer att ta lång tid", sade han.
"En gång på torra land förs de till mottagningscentra över hela landet, men det kan dröja flera år innan de får papper som säger att de kan bo och arbeta fritt i Italien.
"När det gäller HMS Bulwark, i de tidiga timmarna kommer den att bege sig ut till sjöss på jakt efter fler invandrarbåtar."
Fartygets kapten sa att söndagen var en "komplex" dag av sju sök-och räddningsoperationer, och en "hög framgång".
"Normalt skulle vi sätta Royal Marines och sjömän på fientliga stränder," sade han BBC.
"Den enda skillnaden med vad vi gjorde igår var att vi inte utsatte mitt eget folk för fara. Vi tog faktiskt de överlevande ur deras skadeväg och återfick dem till HMS Bulwark."
Han tillade de människohandlare som skickade "kvinnor, barn, gamla, unga, gravida ut på en mycket farlig resa i osjövärdiga fartyg" var en "skurk".
Den brittiska regeringen skickade fartyget mitt i en ökning av antalet människor som dog medan de försökte nå Europa.
Den senaste räddningen ger det totala antalet personer som räddas av HMS Bulwark hittills till mer än 2.700. Förra veckan räddade Bulwark 747 personer från båtar utanför Libyens kust.
Det 19 000 ton tunga överfallsfartyget är ett av många europeiska fartyg på räddningspatrull i Medelhavet.
De patrullerar omkring 70.000 kvadratkilometer i centrala Medelhavet och letar efter människor som flyr från Afrika och försöker ta sig till Europa.
Det uppskattas att mer än 1.600 människor har drunknat hittills i år för att försöka göra den farliga korsningen.
Royal Navy warship HMS Bulwark har anlänt till en italiensk hamn med 1.200 migranter räddade från Medelhavet.