Läkarna på sjukhuset i Leipzig sade att mannen, 56 år, ursprungligen från Sudan, dog trots att han fick experimentella läkemedel för att behandla viruset.
Över 4 400 människor har dött av utbrottet, främst i Västafrika.
Antalet nya fall i några av de "epicenter" områdena har avtagit, säger Världshälsoorganisationen, men antalet fall i huvudstäderna i de värst drabbade länderna ökar.
I måndags berättade WHO:s tjänsteman Bruce Aylward för reportrar att utbrottet också fortsatte att spridas geografiskt till nya distrikt i Sierra Leones, Liberias och Guineas huvudstäder.
På annat håll:
* I samtliga fall utom två, först i Madrid och senare i Dallas, smittades patienten av Ebola medan han var i Västafrika.
Hur man inte fångar Ebola:
Varför Ebola är så farligt
Hur Ebola attackerar
Ebola: Kartläggning av utbrottet
Mannen som dog i Leipzig hade arbetat som FN-läkare i Liberia - ett av de värst drabbade länderna - när han fångade Ebola.
Han anlände till Tyskland förra torsdagen för behandling och sattes på en hermetiskt förseglad avdelning, nås genom luftslussen system.
"Trots intensiva medicinska åtgärder och maximala insatser av läkarteamet, den 56-åriga FN-anställd dukade under för den allvarliga infektionssjukdom," ett uttalande från St Georg sjukhus sade.
Han var den andra medlemmen i FN-teamet i Liberia som dog av viruset, säger BBC:s Jenny Hill i Berlin.
Han var också den tredje ebolapatienten som behandlades för viruset i Tyskland efter att ha smittats av sjukdomen i Västafrika.
En patient - en ugandisk läkare som smittats i Sierra Leone - får fortfarande behandling på ett sjukhus i Frankfurt, medan en senegalesisk biståndsarbetare frigavs från ett sjukhus i Hamburg efter fem veckors behandling.
Världshälsoorganisationen (WHO) säger att den är oroad över antalet hälsoarbetare som utsätts för sjukdomen.
WHO har varnat för epidemin som hotar samhällets "mycket överlevnad" och kan leda till misslyckade stater.
Källa: WHO
Anm.: Siffrorna har ibland reviderats ned eftersom misstänkta eller sannolika fall inte har något samband med Ebola. De omfattar inte ett dödsfall i USA som registrerades den 8 oktober.
En FN-läkare som smittats med ebola har avlidit på ett sjukhus i Tyskland.