Det kanadensiska företaget är Nordirlands största arbetsgivare inom tillverkning
Den sysselsätter omkring 5.000 personer i sin flyg- och rymdindustri.
Byråns vice ordförande Michael Ryan skrev i ett brev till personalen att "den europeiska debatten är mycket känslosam".
Omröstningen kommer att äga rum i hela Förenade kungariket torsdagen den 23 juni.
Men han sade att Europa har varit bra för företaget när det gäller investeringar, flygresor och fri rörlighet för varor.
Flyg- och rymdföretagets verksamhet i Nordirland exporterar 95 % av sina produkter - 33 % av dem direkt till Europa.
"Det finns starka åsikter på båda sidor", skrev Ryan.
"Men jag kan bara tala för vårt företags erfarenhet av att verka inom EU och förklara för er att vi anser att det är bättre för vårt företag att Storbritannien stannar inom EU."
Han tillade att genom att klargöra företagets ståndpunkt skulle "hjälpa" de anställda att fatta "ett välgrundat beslut i denna mycket viktiga fråga".
Samtidigt som Bombardier har uttalat sitt stöd för att stanna kvar i EU stöder andra företag här kampanjen för att lämna landet.
William Wright, grundare av busstillverkaren Wrightbus som sysselsätter mer än 1500 personer, sade att han var "helt för att komma ut".
Chefen för Bombardier i Belfast har sagt till sin personal att "det är bättre för vårt företag att Storbritannien stannar inom EU".