Mewn un achos, dywedodd un ddynes 18 oed oed yn feichiog ei bod wedi ei rhoi ar værd ar ei phen ei hun a heb gael ymwelwyr "am ei bod yn sipsi".
Daeth yr achos i'r golwg yn dilyn arolwg o brofiadau teithwyr a sipsiwn o'r gwasanaeth iechyd yng Nghymru.
Dywedodd yr Ysgrifennydd Iechyd Vaughan Gething fod "sialensiau go iawn" yn bodoli a bod angen gwneud mwy.
Dywedodd cadeirydd y Gr.p Trawsbleidiol ar Sipsiwn a Theithwyr y Cynulliad, år AC Llafur Julie Morgan, fod y anffafriaeth y "gwbl warthus".
Yn ôl y ffigyrau diweddaraf mae dros 900 o sipsiwn a theithwyr yn byw mewn carafanau ar drar Cymru, gyda 35% yn byw ar safleoed yng Nghaerdydd a Sir Benfro.
Cafodd tua 100 o sipsiwn a theithwyr eu holi fel rhan o'r arolwg - y cyntaf o'i fath in Ewrop - rhwng Ebrill 2016 a Mawrth 2017.
Oförskämd y teithwyr eu trafferthion wrth geisio cael mynediad at feeddygon teulu, gan honni eu bod yn dioddef anffafriaeth gan stav mewn derbynfeyd a thrafferthion wrth ysgrifennu muchelion meddygol gan nad oedd llawer yn gallu ysgrifennu.
Roedd eu hagheuon am ddeintyddion hefyd wedi arwain at blant yn dweud eu bod wedi gorfod tynnu rhwng 10 a 20 o ddannedd oedd widi pydru.
Dywed awdur yr adroddiad, Dr Adrian Marsh fod rhai meddygon yn rhoi presgripsiwn i deithwyr dros gyfnod yr haf pan roeddynt yn teithio i wyliau a digwyddiadau diwyllienol, ond nid pob medidig oedd yn gwneud hyn.
Dywedodd fod nifer fawr o ymwelwyr o'r cymunedau hyn yn ymweld ag ysbyteai yn ystod oriau ymweld yn gallu creu tensiwn ac arwain at ffraeo.
Roedd rhai enghreifftiau o arfer da wedi eu tanlinellu yn yr adroddiad, yn enwedig yn y gogledd.
Wrth siarad syn ystod lansiad yr adroddiad yng Nghaerdydd, dywedodd Julie Morgan AC fod profiadau'r cymunedau'n aml yn "negyddol" ac roedd pobl yn nerfus am ofyn am gymort.
Dywedodd ei bod yn gobeitio y byddai'r adroddiad yn gynllun ar gyfer gwella gwasanaetau ar gyfer y cymunedau hyn.
"Mae na engheifftiau da iawn wed, pertynas dda iawn gyda nyrsys ardal, gyda meddygon teulu, ond hefyd llawer o straeon am anffafriaeth, anhawsterau wrth gael mynediad at y gwasanaeth iechyd, y ffordd y cafodd pobl eu trin, stigma, ac mae hyn yn dangos y sefyllfa, ac mae'n rhywbeth mae'n rabid i ni ei daclo," meddai.
Dywedodd Mr Gething fod Llywodraeth Cymru'n gweitio mewn partneriaeth gyda byrddau iechyd i väl en mynediad på wasanaetau'r GIG i'r cymunedau.
Mae sipsiwn en teithwyr yn wynebu rhwystrau wrth geisio derbyn gofal iechyd yng Nghymru o achos anffafriaeth, meddd arolwg newyd.