Föräldrar Kori Doty - en icke-binär transperson som varken identifierar sig som man eller kvinna - syftar till att låta barnet upptäcka sitt eget kön.
Hälsokortet har utfärdats med ett "U" i utrymmet för "sex", som kan vara för "obestämda" eller "osignerade".
Kori Doty kämpar för att utelämna könet från födelseattesten.
Föräldrarna födde Searyl Atli i november hos en vän i British Columbia. Kori Doty, som föredrar att använda pronomenet de, hävdar att en visuell inspektion vid födseln inte kan avgöra vilket kön den personen kommer att ha eller identifiera sig med senare i livet.
De vill hålla Searyls sex utanför alla officiella register.
"Jag höjer Searyl på ett sådant sätt att tills de har känslan av själv och kommando av ordförråd för att berätta för mig vilka de är, jag känner igen dem som ett barn och försöker ge dem all kärlek och stöd att vara den mest hela personen att de kan vara utanför de restriktioner som kommer med pojklådan och flicklådan," föräldern citerades av CBC som säger.
Kori Doty, en samhällspedagog som är en del av Könsfri ID-koalitionen, sade att de som känner sig annorlunda än den könsbeteckning som tilldelats vid födseln ställs inför flera problem senare i livet försöker ändra sina dokument.
"När jag föddes, läkare tittade på mina könsorgan och gjorde antaganden om vem jag skulle vara, och dessa uppdrag följde mig och följde min identifiering genom hela mitt liv," Kori Doty sade.
"Dessa antaganden var felaktiga, och jag fick göra en hel del justeringar sedan dess."
När det gäller Searyl Atli sade föräldern att myndigheterna har vägrat att utfärda födelseattest utan könsbenämning och att föräldern därför har ansökt om en rättslig prövning av målet.
Familjens advokat, Barbara findlay, som väljer att stava sitt namn utan versaler, sade till Global News: " Sextilldelningen i denna kultur sker när en läkare lyfter upp benen och tittar på barnets könsorgan. Men vi vet att barnets egen könsidentitet inte kommer att utvecklas förrän efter några år."
Kanadensiska medier rapporterade att barnets hälsokort kan vara det första i världen att inte ha en könsbeteckning.
En åtta månader gammal kanadensisk baby har utfärdats ett sjukförsäkringskort utan könsmarkör, i vad som skulle kunna vara det första fallet i världen.