En skylt avbildade en kvinna ovanför ordet "kök" och en annan visade en man vid sidan av ordet " stadion".
Lyons president sa på Twitter att klubben utreder händelsen.
Lille har sedan dess bekräftat sin hemmamatch mot Lorient på lördag kommer att vara gratis för alla kvinnor och säga: "Mina damer, ni är välkomna med oss."
Lyons kvinnolag har vunnit den franska titeln 14 gånger och deras kapten Wendie Renard belyste banners på Twitter och sade: "Lyon supportrar... kan du ge mig en förklaring till den bannern? Männen på stadion, kvinnorna i köket?"
Club president Jean Michel Aulas svarade: "Klubben kommer att bli tuff och kommer att lämna in ett klagomål mot skaparen av denna banner."
Lyon, som är fjärde i ligan, förlorade matchen 2-1 på Parc Olympique Lyonnais.
Detta innehåll fungerar inte på din enhet, kontrollera Javascript och cookies är aktiverade eller uppdatera din webbläsare
Lille har erbjudit gratis inträde till kvinnor efter sexistiska banners dök upp i hemmapubliken i lördags Ligue 1 match på Lyon.