Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Christian Benteke gjorde Liverpools vinnare i marsmötet efter att Marriner gav en paus-tid straff.
"Han ger straff förra året så vi har en negativ i vårt sinne ändå," sade Pardew.
"Jag tycker inte att Andre Marriner borde ha retat upp det här spelet."
Dagens match Danny Murphy sa: "Jag håller inte med om att inte döma. Du kan inte se tillbaka på varje spel och börja ta domare från spel. "
The Professional Game Match Officials Limited - ledd av general manager Mike Riley - tilldelar tjänstemän till matcher.
I april avstod Leicester-fan Kevin Friend från att göra en match med deras titel rivaler Tottenham.
Wilfried Zaha gick två gånger ner i lådan för Palace, medan lagkamrat Benteke, som lämnade Liverpool i somras, också hade överklagat ett straff avvisat.
"De är trånga men de är förmodligen inte värre än Christians förra år," Pardew sade.
"Varför gav Mike Riley honom matchen idag? Jag kan inte förstå det. Det är bara lite frustrerande."
Marriner tilldelade 15 fouls och ett gult kort mot Palace och fem fouls och två bokningar mot Liverpool.
Liverpool var två gånger tillbaka av headers från James McArthur innan Joel Matip klättrade högst för att återställa besökarnas ledning innan pausen.
Roberto Firmino gjorde spelet säkert för Liverpool med en chipped finish med 19 minuter kvar.
Palace, som har tagit en poäng från sina senaste fyra Premier League-matcher, är 12: e i tabellen.
Crystal Palace chefen Alan Pardew sade Andre Marriner borde inte ha refererat lördagens 4-2 Premier League nederlag av Liverpool - eftersom han gav de röda ett straff i förra säsongens fixtur.