Heather Farmer berättade för juryn att under de fem år hon varit en registrerad childminder, Liam var det enda barn hon var orolig för.
Rachel Fee, 31, och hennes partner Nyomi Fee, 28, förnekar mordet på Liam i mars 2014 på ett hus i Glenrothes, Fife och illa behandlande två andra pojkar.
Farmer sade att hon hade tagit hand om Liam sedan sommaren 2012.
Juryn hörde fru Farmer föra dagbok under tiden hon såg efter honom, notera att han hade blåmärken vid ett antal tillfällen.
Hon sade till jul 2012 hon hade börjat ha tvivel och kontaktade Scottish Barnavård Association för råd eftersom hon trodde "någon skadade Liam."
Rachel Fee och Nyomi Fee, som ursprungligen kommer från Ryton, Tyne och Wear, anklagas för att ha mördat Liam i mars 2014 och försöker besegra rättvisan genom att skylla mordet på en ung pojke.
Paret anklagas också för en katalog över anklagelser om att de försummade Liam och misshandlade två andra barn, varav en är skulden för mordet på Liam, i deras vård under en tvåårsperiod.
De förnekar alla anklagelser mot dem.
Rättegången vid High Court i Livingston fortsätter.
En barnflicka har berättat för Liam Fee att hon var orolig för barnet.