Wildschut korsade för försvarare Reece Burke att sätta besökarna framåt från nära håll mot loppet av spel.
Aaron Mooy utjämnade direkt efter halvtid för Terriers.
Men Wildschut sprang från insidan av sin egen halva till runda målvakt Danny Ward och slot hem vinnaren.
De två lagen kom in i matchen i motsatta änden av bordet men båda i dålig form, med Huddersfields tidiga säsong dominans har fallit bort under de senaste veckorna.
Terriers dominerade dock den första halvan utan att hitta genombrottet, även om Elias Kachunga hade en ansträngning uteslutits för offside.
Wigan hade redan sett farlig ut på rasten när de motattack igen och Wildschut rusade ner till höger innan de levererade ett center för omärkt på-lån West Ham försvarare Burke att skjuta hem.
Vad stadsbossen David Wagner sa vid halvtid fungerade tydligt som fem minuter in i den andra halvan, Mooy utjämnade efter Nahki Wells vänster-flygel centrum hittade honom på den avlägsna posten.
Men Huddersfield hade inte lärt sig sin läxa när Latics bröt igen och Wildschut sprang obestridd från halva linjen till runt Ward och slot bollen hem.
Wigans första seger i tre matcher flyttar dem upp en plats och även om de fortfarande är i nedflyttningszonen, sätter det dem nivå med vargar på 18 poäng.
Terriers håller fast vid den slutliga play-off plats men har nu medgett 15 mål i sina senaste sex matcher, har bara släppa in 10 i sin öppning 12 matcher.
Huddersfields chef David Wagner sa till BBC Radio Leeds:
"Vi spelade några bra saker idag, vi tog vår identitet på gräset, skapade stunder och spelade med fart och var energiska. Det var ett bra spel från min sida, men tyvärr fick vi inte två straff i min mening, efter att ha talat med killarna från TV en var 100%.
"Vårt största problem i vårt spel var att vi inte kunde hantera deras motattacker bättre än vi gjorde.
"Den första vi måste rensa i mitten av planen, inte när deras ytter var på sidlinjen, och den andra vi stängde av efter att vi trodde att vi hade rensat situationen och bollen går över huvudet.
"Vi måste ge äran till vår motståndare. Det var en spelplan Wigan hade och det fungerade för dem. De gjorde precis samma sak mot Barnsley och vi kunde inte försvara det bättre idag."
Wigan boss Warren Joyce berättade för BBC Radio Manchester:
"Jag är naturligtvis glad att få de tre punkterna men det är bara ett spel och du måste följa upp det genom att föra lite konsekvens i gruppen, så vi ser att regelbundet inte bara på veckobasis utan på en daglig basis att vi gör rätt saker varje dag och sedan om du gör det, det finns en ganska bra chans att du kommer att göra det konsekvent på en lördag eller en måndag kväll.
"Yanic Wildschut är en mycket effektiv fotbollsspelare. Om han har bollen vid fötterna eller dribblar med den eller springer nerför sidorna är han nästan ostoppbar ibland. Jag tycker bara att han är en framåtspelare som kan spela brett och jag gillar honom i den positionen så i samma stund som det är där du vill spela honom.
"Marcus Rashford spelade på vingen hela vägen igenom och det var en avsiktlig plan. Jag ser liknande likheter med Yanics attribut, han är fortfarande en ung spelare och han har en otrolig mängd tempo och en otrolig talang och om han vill arbeta hårt och försöka förbättra varje dag du inte vet vad framtiden kan hålla för honom.
"En vinst förändrar egentligen ingenting om situationen vi befinner oss i. Vi har några riktigt tuffa spel som kommer upp - ikväll var ett tufft spel där vi har lyckats få de tre punkterna. "
Matchen slutar, Huddersfield Town 1, Wigan Athletic 2.
Andra halvlek, Huddersfield Town 1, Wigan Athletic 2.
Försök missade. Luke Garbutt (Wigan Athletic) höger fotade skott från mer än 35 meter missar till höger.
Luke Garbutt (Wigan Athletic) visas det gula kortet.
Hörnet, Huddersfield Town. Förföljd av Luke Garbutt.
Försök missade. Philip Billing (Huddersfield Town) huvudet från mitten av lådan är för högt. Hjälpt av Tommy Smith med ett kors.
Hörnet, Huddersfield Town. Förföljd av Luke Garbutt.
Försök blockerat. Kasey Palmer (Huddersfield Town) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad. Hjälpt av Jon Gorenc Stankovic.
Substitution, Wigan Athletic. Craig Davies ersätter Yanic Wildschut.
Hörnet, Huddersfield Town. Förföljd av Dan Burn.
Hörnet, Huddersfield Town. Förföljd av David Perkins.
Försöket räddades. Max Power (Wigan Athletic) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet. Hjälpt av Stephen Warnock.
Substitution, Wigan Athletic. Nick Powell ersätter Nathan Byrne.
Tommy Smith (Huddersfield Town) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Yanic Wildschut (Wigan Athletic).
Försök missade. Michael Jacobs (Wigan Athletic) höger fotade skott från vänster sida av lådan är hög och bred till höger. Hjälpt av Yanic Wildschut.
Elias Kachunga (Huddersfield Town) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Michael Jacobs (Wigan Athletic).
Substitution, Wigan Athletic. Dan Burn ersätter Reece Burke.
Tommy Smith (Huddersfield Town) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Tommy Smith (Huddersfield Town).
David Perkins (Wigan Athletic) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök blockerat. Christopher Schindler (Huddersfield Town) huvud från mitten av lådan är blockerad. Hjälpt av Chris Löwe med ett kors.
Hörnet, Huddersfield Town. Förföljd av Reece Burke.
Försök missade. Tommy Smith (Huddersfield Town) höger fotade skott från utsidan av lådan missar till vänster.
Försök blockerat. Philip Billing (Huddersfield Town) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Nahki Wells.
Substitution, Huddersfield Town. Philip Billing ersätter Jonathan Hogg.
Försök missade. Rajiv van La Parra (Huddersfield Town) höger fotade skott från vänster sida av lådan missar till höger efter ett hörn.
Hörnet, Huddersfield Town. Förföljd av Michael Jacobs.
Foul av Aaron Mooy (Huddersfield Town).
Shaun MacDonald (Wigan Athletic) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Chris Löwe (Huddersfield stad).
Yanic Wildschut (Wigan Athletic) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök missade. Nahki Wells (Huddersfield Town) höger fotade skott från höger sida av lådan är för högt. Hjälpt av Aaron Mooy.
Mål!  Huddersfield Town 1, Wigan Athletic 2. Yanic Wildschut (Wigan Athletic) höger fotade skott från mitten av lådan till mitten av målet. Assisterad av Max Power med en genomgångskula efter en snabb paus.
Elias Kachunga (Huddersfield Town) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Michael Jacobs (Wigan Athletic).
Försök missade. Aaron Mooy (Huddersfield Town) höger fotade skott från mer än 35 meter missar till höger från en direkt frispark.
Rajiv van La Parra (Huddersfield Town) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Michael Jacobs (Wigan Athletic).
Yanic Wildschut gjorde ett mål och gjorde ett annat som Wigan tjänade sin första seger under ny manager Warren Joyce och sträckte Huddersfields winless springa till fyra matcher.