Låten, som från hindi översätts med "Mitt land är stort", är nästan sju minuter lång.
Kritiker är upprörda över linjer som verkar jämföra Modi med Mahatma Gandhi, en anklagelse som Nihalani förnekar.
Sociala media användare påpekade också bilder av "indisk utveckling" i videon var verkligen från andra länder.
"Jag har sagt [i filmen] att drömmen Gandhi hade sett... Det är filmspråk.  Gandhi hade drömmen om att göra Indien rent och Modi uppfyller den drömmen," Mr Nihalani berättade BBC Hindi's Vineet Khare.
Drömmen måste uppfyllas med samarbete från alla. Människor som tror att jag har gjort jämförelser vill inte se landets framsteg", tillade han.
Mr Nihalanis ansträngningar kallades "så dåligt att det är bra" av DNA-tidningen, medan Hindustan Times kallade det en "krisfest".
Videon visar bland annat glada skolbarn som ser Modi sitta på ett snötäckt berg i lotuspose.
Men en jämförelse med Mahatma Gandhi är inte den enda fråga som kritikerna har med låten.
Filmen visar också bilder av skyskrapor, moderna motorvägar och rymdfärjor till "showcase Indiens utveckling".
Användarna av sociala medier var emellertid snabba att påpeka att många av dem inte ens var indiska.
Nihalani, som utnämndes till chef för Indiens Central Board of Film Certification i januari i år, sade att användningen av dessa bilder var avsiktlig.
"Det finns 160 bilder i filmen. Bara fem skott visar hur Indiens framtid skulle se ut. Varje filmare har visuell fantasi... vad är det för stor sak i det?" frågade han.
"Jag har visat ett Indien om framtiden", tillade han.
Indisk filmcensor styrelsechef Pahlaj Nihalani har försvarat en musikvideo som han har gjort förhärligande premiärminister Narendra Modi.