Rochdale kommunfullmäktige Shakil Ahmed sa att han hade trott att hans son Waheed, 22, var på en arbetsplats i Birmingham.
Gruppen - som också inkluderade barn - från Rochdale greps nära den syriska gränsen.
I ett uttalande sade Ahmed att han ville att hans son skulle komma hem "så att jag kan ta reda på vad som pågår".
"Min son är en bra muslim och hans lojalitet tillhör Storbritannien, så jag förstår inte vad han gör där", sade han.
"Om jag för en sekund trodde att han var i fara att bli radikaliserad, skulle jag ha anmält honom till myndigheterna.
"Han läser en examen i politik och sociologi vid Manchester University och har en bra framtid framför sig."
Större Manchesterpolisen och North West Counter Terrorism Force har inlett en utredning för att fastställa varför gruppen uppenbarligen försökte ta sig in i Syrien.
Alla nio förväntas skickas tillbaka till Storbritannien "i sinom tid", sade polisen.
Assistent Chief Constable Ian Wiggett sade: "Det som uppenbarligen gäller är varför en familj till synes försökte ta mycket unga och sårbara barn in i en krigszon; en sådan flyktig och farlig miljö är ingen plats för dem alls."
Han sade att den främsta oron var barnens "säkerhet och välfärd", och ansträngningar gjordes för att se till att en "fullständig skyddsstrategi" fanns på plats när de återvände.
Officerare hade avslöjat "inga som helst bevis" på något överhängande hot mot Storbritannien som var kopplat till gruppen, tillade polisen.
Gail Hopper, chef för barntjänster vid Rochdale Borough Council, sade att myndigheten var "medveten om situationen" och samarbeta med polisen.
Gruppen fängslades av turkiska myndigheter i Reyhanli i provinsen Hatay nära den syriska gränsen på onsdag.
De fördes till en polisstation i södra Turkiet över en natt och skickades sedan till en avdelning för utlänningar som väntade på utvisning till Storbritannien.
Förenade kungarikets utrikesministerium har sagt att det är i kontakt med de turkiska myndigheterna.
Mohammed Shafiq, verkställande direktör för Ramadhan Foundation, sade nyheten var "djupt oroande".
"Idén du kan ta små barn in i en krigszon är föraktlig och vi fördömer de vuxna som har gjort detta", sade han.
Usman Nawaz, 25, som ingick i den senaste labourregeringens rådgivande grupp för unga muslimer, gick i samma skola som Waheed Ahmed.
Han sade att han inte trodde att Ahmeds utbildning i Rochdale hade något att göra med den resa han hade tagit, men det var en fråga som det muslimska samfundet behövde ta itu med.
"Även om siffrorna är små vi ser en konstant dropp-matning av brittiska muslimer antingen komma in i den islamiska staten eller försöka komma in," sade han BBC Radio 4's Today progamme.
"Det finns unga muslimer som växer upp i detta land som inte känner en känsla av att tillhöra detta land.
"För vissa är det förmodligen ett äventyr men för andra tycker de att de gör något ädelt så det är berättelsen som presenteras för dem."
Uppenbarelserna om gruppen från Rochdale följer en rad fall där brittiska medborgare har försökt nå Syrien.
Förra månaden arresterades tre unga män från nordvästra London i Turkiet efter ett tips från den brittiska polisen och flögs tillbaka till Storbritannien.
I ett annat fall tror man att tre skolflickor från östra London har följt en fjärde flicka till regionen. Alla fyra tonåringar tros ha nått Raqqa, den syriska staden där Islamiska staten (IS) har sitt högkvarter.
Omkring 600 britter tros ha rest till Syrien eller Irak sedan IS-militanter tog kontroll över stora landområden där.
Och Förenta nationerna beräknar att antalet utländska soldater som går med i militanta grupper i regionen är mer än 25 000 – från 100 olika nationer.
En av nio britter som hålls fängslade i Turkiet för att de påstås ha försökt ta sig över illegalt till Syrien har utsetts till son till en labourrådsledamot.