Nigeria vill att mobiltelefonföretag ska verifiera sina kunders identitet.
Regeringen säger att oregistrerade Sim-kort används av kriminella gäng.
Det sydafrikanska företaget har fört samtal med myndigheterna sedan oktober när de ursprungliga böterna ålades.
Det sades på torsdag att man hade lyckats sänka böterna med en tredjedel.
De ursprungliga böterna uppgick till dubbla MTN:s årsvinster förra året.
Sedan det infördes av den nigerianska kommunikationskommissionen (NCC), har MTN gjort ett antal högre chefsbyten, vilket inkluderade avgång av den verkställande direktören för dess nigerianska enhet, Sifiso Dabengwa.
"Efter ytterligare engagemang med de nigerianska myndigheterna, NCC har minskat de ålagda böterna," MTN sade i ett uttalande. Det tillade att böterna nu var 3,4 miljarder dollar.
MTN har 231 miljoner abonnenter i 22 länder i Afrika, Asien och Mellanöstern. Nigeria är dock dess största marknad.
I september fick företaget namnet som mest beundrade varumärke i Afrika i Brand Africa 100 utmärkelser, slå Samsung, medan det också tilldelades kontinentens mest värdefulla varumärke, värt $ 4,6 miljarder (Â £ 3 miljarder).
MTN var Sydafrikas andra mobiloperatör när den bildades 1994 efter apartheids slut.
Den började sin expansion i Afrika fyra år senare med operationer i Rwanda, Uganda och Swaziland.
Afrikas största mobiloperatör, MTN, har lyckats sänka böterna på 5,2 miljarder pund som påförts av nigerianska myndigheter för att de inte lyckats stänga av oregistrerade användare.