Tjänstemän lade kransar vid ett minnesmärke över offren för Ustasje marionettregimen, som fängslade judar, serber och andra under brutala förhållanden.
Men tjänsten i Jasenovac bojkottades av judiska och serbiska grupper.
De säger att den nya kroatregeringen inte har agerat mot en förnyad användning av Ustashe-hälsningar av nationalister.
I januari skrek ultranationalister pro-nazistiska slagord vid ett möte där tusentals människor deltog, däribland vice talman Ivan Tepes.
Liknande slagord framfördes också under en fotbollsmatch mellan Israel och Kroatien i mars, där premiärminister Tihomir Oreskovic deltog.
Kroatiens judiska samfund höll ett separat minnesmärke över Förintelsen för en vecka sedan.
Oleskovic och president Kolinda Grabar-Kitarovic beklagade bojkotten.
Tidigare denna månad fördömde de uttryckligen Ustasheregimens brott för första gången under ett besök av Nicholas Dean, det amerikanska utrikesdepartementets särskilda sändebud för Förintelsefrågor.
Tre fjärdedelar av cirka 40 000 kroatiska judar dödades av Ustashe och judar utgör nu mindre än 1 % av befolkningen.
Kroatien har hållit en minnesgudstjänst för tiotusentals människor som mördats av nazisternas allierade i Jasenovacs dödsläger.