Dr Kate Parkins sade att under de senaste 18 månaderna har ytterligare fem barn i Greater Manchester också drabbats av livsförändrande skador som ett resultat av detta.
Hon sa att de knappformade batterierna "ser ut som godis" till barn men kan orsaka allvarliga inre blödningar som läkare kämpar för att behandla.
Litium batterier finns i objekt som leksaker, nycklar och smartphones.
Dr Parkins, en ledande konsult för regionens Paediatric Intensive Care Transport Service, efterlyser en nationell kampanj för att belysa farorna.
"De ser oskyldiga nog och därför ingen tänker att sätta dem utom räckhåll för barn", sade hon.
Ett barn dog i maj förra året efter att ett batteri satt i övre delen av matningsröret, sade hon.
"Den hade tagits bort och sedan, ungefär en vecka senare, orsakat katastrofala blödningar som vi inte kunde kontrollera."
De allvarligaste fallen är förknippade med Litium knappbatterier större än 20 mm (storleken på en 10 pence bit) som kan orsaka allvarlig skada inom två timmar.
Och de behöver inte skadas, krossas eller tuggas för att orsaka allvarlig skada.
"Det är inte vad som finns i batteriet", förklarade hon. "Batteriet sätter upp en elektrisk ström som orsakar en ansamling av natriumhydroxid som är kaustiksoda.
"Det orsakar brännskador genom matstrupen, matningsröret, och det kan sedan brinna igenom i större blodkärl och det är därför blödningen är då i stort sett omöjlig att kontrollera och stoppa."
Konsulten vid Central Manchester University Hospital Trust vill också öka den medicinska medvetenheten "eftersom många läkare är omedvetna om att detta kan orsaka skada heller".
Dr Parkins sa i det andra dödsfallet att läkare inte visste om treåringen hade svalt ett knappbatteri.
"Hon fick katastrofala blödningar som igen med alla medicinska ingrepp vi inte kunde kontrollera.
"Hon dog på grund av svår blödning, allvarlig blodförlust."
Barn som överlevt har lämnats med "allvarliga livsförändrande skador", sade hon.
"Två dödsfall är för många för oss. Två eller tre patienter som har svåra skador är för många när det är något som kan förebyggas.
Central Manchester University Hospitals sade att de barn som behandlades efter att ha svalt batterierna var mellan 12 månader och sex år gamla.
En ledande barnläkare har varnat för farorna med litiumbatterier efter att två barn svalt dem och dött.