Han vägrar att stå för The Star-Spangled Banner i protest mot den svåra situationen för svarta människor i USA.
På söndag Kaepernick 28, kastade sin första touchdown pass på 364 dagar i 49ers "45-16 förlust till Bills.
"För att vara ärlig, jag var fokuserad på fotboll," Kaepernick sade.
"Jag lyssnade verkligen inte på vad som pågick i montern", tillade han.
Vissa fans sjöng också "U-S-A" inför nationalsången vid Buffalo's New Era Field, medan t-shirts med spelarens ansikte och ett gevärs mål rapporterades vara till salu nära marken.
Kaepernick tillade: "Jag hade några Bills fans komma upp innan spelet och säga att de stöder mig."
Kvartsbacken sa att han har fått dödshot när han fortsätter sin protest, som härrör från rasspänningar som ökade över hela landet i år mitt i en rad polismord och efterföljande hämndattacker.
Hans protest har dragit starka reaktioner både i opposition och stöd, med vissa fans som kallar det respektlöst mot den amerikanska flaggan.
Men några veteraner och militära medlemmar har twittrat sitt stöd för Kaepernick med hashtag #VeteransForKaepernick.
"Vid slutet av dagen, kommer jag att fortsätta att kämpa för vad jag kämpar för", sade han. "Jag tror att budskapet väger tungt eftersom människor inser vad som händer - det är något som måste åtgärdas."
Frågade om ett påstående om att någon i stånden kastade en flaska på honom svarade Kaepernick: "Om de gjorde det, hade de inte särskilt bra sikt."
San Francisco 49ers quarterback Colin Kaepernick, som polariserat åsikten genom att knäböja under nationalsången, buades när han återvände till startlinjen mot Buffalo Bills.