Säkerhetsstyrkor utplacerades på måndag morgon och tung skottlossning hördes på gatorna
Ninjas var en stor regeringsfientlig styrka under inbördeskriget 1997-1999.
Våldet kommer veckor efter att Denis Sassou Nguesso vann en tredje mandatperiod i en opinionsundersökning som oppositionen sade var fördärvad av "massiv bedrägeri".
Åtminstone en polisstation och en regeringsbyggnad anfölls i Makelekele-distriktet.
Ninjas var lojal mot f.d. premiärminister Bernard Kolelas, far till Guy-Brice Parfait Kolelas, som stod i presidentvalet i mars och fick 15 procent av rösterna.
Sassou Nguesso, vid makten i mer än 30 år, vann valet med 60 procent av rösterna.
Reuters nyhetsbyrå rapporterar att unga oppositionssupportrar på måndag morgon sjöng "Sassou, gå!" i Makelekele, som ligger i södra delen av huvudstaden.
Den kongolesiska regeringen har skyllt angrepp på regeringsbyggnader i huvudstaden, Brazzaville, på ninjamilisen.