Flyttningen tillkännagavs efter ett brådskande möte i Ukrainas nationella säkerhets- och försvarsråd i Kiev.
Det följer veckor av inofficiella aktioner av krigsveteraner och aktivister, som har blockerat vägar och järnvägslinjer.
Blockaden är mycket skadlig för industrin i den rebelliska öst - men också för den bredare ukrainska ekonomin.
På onsdag sade rådet att det beslutade att agera på grund av en "skaplig upptrappning av Rysslands aggression mot Ukraina och beslagtagandet av ukrainska företag" av rebellerna i Donetsk- och Luhanskregionerna.
Det sade att beslutet skulle fortsätta att gälla tills separatisterna lämnade tillbaka kontrollen över företagen och även följde 2015 års fredsavtal som undertecknades i Minsk.
Krigsveteraner, aktivister och vissa lagstiftare hade i veckor krävt att alla transportförbindelser med rebellerna skulle skäras ned och beskriva all affärsverksamhet med öst som "handel med blod".
veteranerna hade också upprepade gånger råkat i konflikt med polisen, som sändes ut för att avveckla provisoriska blockadpunkter.
Den inofficiella blockaden har avbrutit viktiga förbindelser mellan industrianläggningar på båda sidor av konfliktens frontlinje.
Till följd av detta har verksamheten vid flera stål- och kolkraftverk på separatistsidan avbrutits.
Blockaden äventyrar också Ukrainas energiförsörjning.
Ukraina är beroende av antracit från de rebelliska områdena, medan Donetsk och Luhansk behöver koks som produceras i Ukrainas regeringskontrollerade regioner.
Tidigare i veckan meddelade rebellledarna att de började frakta kol till Ryssland.
Mer än 10 000 människor har dött sedan de rysk-stödda rebellerna grep delar av Donetsk- och Luhanskregionen i april 2014, vilket utlöste sammandrabbningar med ukrainska styrkor.
I mars 2014 annekterade Ryssland Ukrainas södra Krimhalvö.
Ukraina har stoppat förflyttningen av alla varor till och från områden som beslagtagits av proryska separatister i östra delen av landet.