The Bulletin of the Atomic Scientists (BPA), gruppen bakom klockan, sade att stående fortfarande är "inte goda nyheter".
Minuthanden på Domedagsklockan är en metafor för hur sårbar världen är för katastrofer.
"Det är fortfarande det närmaste det har varit under de senaste 20 åren", säger Rachel Bronson, BPA: s verkställande direktör.
Förutom kärnvapen och klimatförändringar nämnde gruppen också växande cyberhot och en ökning av terroristattacker i sitt beslut att hålla klockan oförändrad.
Lawrence Krauss, ordförande i BPA: s styrelse för Sponsorer sade att Irans kärnkraftsavtal och Paris klimatavtal var goda nyheter, men sade att det förblev oklart om Parisavtalet faktiskt skulle minska utsläppen av växthusgaser.
Han noterade också ökade spänningar mellan USA och Ryssland som en öm punkt.
Förra året flyttade forskarna klockan från fem minuter till mitt i natten och noterade hotet om klimatförändringar, moderniseringen av kärnvapen och stora kärnvapenarsenaler.
Då sade de att hoten var "extraordinära och obestridliga hot mot mänsklighetens fortsatta existens".
The Bulletin of the Atomic Scientists grundades vid University of Chicago 1945 av en grupp vetenskapsmän som hjälpte till att utveckla de första atomvapen. Deras metaforiska klocka skapades två år senare.
I gruppen ingår idag fysiker och miljöforskare från hela världen som beslutar om de ska justera klockan i samråd med koncernens Sponsorstyrelse - som inkluderar 17 Nobelpristagare.
Det närmaste klockan har kommit till midnatt var 1953, då den flyttades till två minuter från apokalyptiska midnatt, efter vätebombtester av USA och Ryssland.
Den så kallade Domedagsklockan kommer att förbli inställd på tre minuter till mitt i natten mitt bland globala faror som klimatförändringar och kärnvapenspridning.