Englands sista internationella turneringsmöte med Black Caps slutade i ett åtta-wicket nederlag vid VM i februari 2015.
Morgan säger att stor förlust var som "män mot pojkar", med Nya Zeeland går vidare för att nå finalen.
"Det är helt annorlunda nu, två år längre bort", sade Morgan.
England återhämtade sig senare samma år för att slå Brendon McCullum turister 3-2.
En annan seger i tisdagens match, som börjar kl 10:30 BST, skulle sätta dem i Champions Trophy sista fyra, efter Nya Zeelands match med Australien på fredag övergavs på grund av regn.
"Vi har ett helt nytt team, i stort sett", tillade Morgan.
"En hel del av det har att göra med självförtroende. Vi kommer in i denna turnering full av förtroende.
"Den dominerande faktorn i Nya Zeeland var att de hade det förtroendet, medan vi inte gjorde det."
Morgans sida ansikte Australien på Edgbaston på lördag i deras sista Grupp A spel.
Steve Finn har ersatt skadade allrounder Chris Woakes i truppen och Morgan säger att Middlesex Seamer var ett automatiskt val.
"Det var att backa upp konsekvens i urvalet och försöka få killar tillsammans som en grupp som vi har visat förtroende för under de senaste åren," sade han.
"Vi har försökt gå så ofta vi kan. Men när vi inte kan, vi går för en kille vi kan kasta bollen till i vilket skede som helst för att försöka göra en inverkan i spelet.
"Finny är en av dessa killar, och jag skulle inte tveka att spela honom om vi kände att det var rätt sak att göra."
England kapten Eoin Morgan säger att hans sida har förtroende för att slå Nya Zeeland i Cardiff på tisdag och nå Champions Trophy semi-finalen.