Polisen försökte arrestera oppositionsledamot Albin Kurti, som har lett en rad protester i parlamentet mot avtal som ingåtts med Serbien.
Mr Kurti var enligt uppgift inte hemma när maskerade poliser gick in i hans lägenhet i huvudstaden Pristina på onsdag.
En annan oppositionsledamot, Donika Kadaj-Bujupi, greps för att ha släppt ut tårgas i parlamentet.
Massor av oppositionssupportrar samlades framför regeringens högkvarter i centrala Pristina för en andra dag, kasta stenar och måla på byggnaden.
Polisen arresterade minst 13 demonstranter. AFP:s nyhetsbyrå rapporterade.
En granat gick också av utanför författningsdomstolen i Pristina när räden mot Kurtis lägenhet ägde rum.
Men det fanns ingen bekräftelse på att explosionen, som av polisen beskrevs som "kontrollerad", var kopplad.
I flera veckor har Kurti, en före detta ledare för det självdeterminerande partiet, gått i spetsen för motstånd mot ett avtal med Serbien, som medlar av EU i augusti, som ger Kosovos etniska serbiska minoritet större självständighet.
Oppositionen motsätter sig också en gränsdragning mot Montenegro som det säger ger Kosovos territorium till grannlandet.
Polisens talesman Baki Kelani berättade i onsdags för reportrarna att de "genomgick fyra häktningsbeslut från åklagaren för fyra riksdagsledamöter".
Han sade att en - Kadaj-Bujupi - hade häktats " medan vi fortfarande letar efter tre andra".
Kosovo, som har en etnisk albansk majoritet, förklarade sig självständigt från Serbien 2008 men har aldrig erkänts av Belgrads regering.
Splittringen kom ett decennium efter en konflikt mellan serbiska styrkor och kosovanska albanska rebeller. En Nato-bombningskampanj mot Belgrad tvingade i själva verket Serbien att avstå från staten.
Den konstitutionella domstolen i Pristina förra veckan avbröts i två månader regeringens avtal ger större makt till serbiska kommuner i väntan på en översyn. Men oppositionen ser domstolen som för nära regeringen.
Sju personer, varav de flesta var poliser, skadades under protester utanför Kosovos parlament på tisdagen. Bensinbomber och stenar kastades utanför byggnaden när pepparsprej och tårgas sprutades in i kammaren.
Våldet bröt ut när kung Abdullah av Jordanien var på besök i Kosovo.
Kosovopolisen har använt tårgas för att skingra demonstranter som invänder mot arresteringsorder som utfärdats för oppositionella parlamentsledamöter.