Folk har rapporterat döda fiskar i Aberaeron, Aberystwyth, Barmouth, Harlech och Chwilog.
Andra stränder kommer sannolikt också att påverkas.
NRW experter sade att det var ett "naturligt fenomen" orsakas av makrill och andra fiskar jagar mat i lugna hav.
Rowland Sharp, marin fiskeritjänsteman för NRW, sade: " De lugna haven innebär att makrill jagar småfisk hela vägen till stränderna.
"Fisken i dessa betesbollar kommer att mala sig på stränder i ett försök att fly."
Han tillade: "Det kan verka oroande, men det är bara naturen på jobbet verkligen."
Rapporter om tusentals små fiskar som spolas upp på stränder i Ceredigion och Gwynedd är ingen anledning till oro, sade Natural Resources Wales (NRW).