Viviana Fein sa att husrannsakan hittades i en soptunna i Nismans lägenhetskomplex.
Mr Nisman hittades död i sin lägenhet i Buenos Aires förra månaden, med ett enda skottsår i huvudet.
Utredare har ännu inte fastställt om han begick självmord eller blev mördad.
Nisman hade undersökt bombningen 1994 av ett judiskt center i Buenos Aires som dödade 85 personer.
Han dog timmar innan han skulle vittna i kongressen mot president Fernandez, som han hade anklagat för att dölja påstådd iransk inblandning i 1994 års attack.
President Fernandez har förnekat anklagelsen. Iran har också förnekat inblandning i attacken.
Christa Fein berättade för en lokal radiostation i tisdags att utkastet till fullmakt var "officiellt", och att ett tidigare uttalande från hennes kontor om att inget sådant förslag hade hittats var "arronom".
Oppositionstidningen Clarin hade publicerat ett exemplar av utkastet på måndagen.
I dokumentet från juni 2014 begärdes gripande av president Fernandez och utrikesminister Hector Timerman.
Den ingick dock inte i en 300-sidig rapport som lagts fram av Nisman till en federal domstol dagar före hans död.
Enligt argentinsk lag kan presidenten och utrikesministern bara arresteras om kongressen först häver den immunitet som beviljats dem som medlemmar av den verkställande makten.
Horacio Verbitsky, en av Argentinas mest erfarna journalister och människorättsutredare, berättade i sin Buenos Aires lägenhet förra veckan: "Det är ingen idé att försöka spekulera vem som dödade Nisman, eftersom vi bara inte vet."
Mr Verbitsky har förstås rätt. Alberto Nisman alienerade förmodligen många människor, eftersom han med en mans nitiska inställning på ett uppdrag lade sista handen vid sin kontroversiella rapport om bombningarna 1994. Men det betyder inte att någon av de personer som han kritiserade i betänkandet var ansvarig för hans död.
Efter att inledningsvis dramatiskt ha förnekat att det fanns ett utkast till arresteringsorder genom att riva upp kopior av den tidning som först innehöll rapporterna, har en talesman för regeringen nu tvingats in i en pinsam klättring, och det ser illa ut för presidenten.
Det gör också den skenbara press som regeringen fortsätter att utöva på utredare och utomstående genom att obevekligt kommentera vad som bör vara en oberoende rättslig utredning.
Det som är särskilt oroande här, utöver den personliga tragedin med Alberto Nismans död, är inte att detta hände i Argentina - sådana skumma handlingar kan hända i vilken stad som helst i något land. Det är det faktum att de flesta argentinare uppenbarligen inte förväntar sig att deras regering eller dess institutioner skall nå fram till sanningen, precis som illdåden 1992 och 1994 förblir olösta.
När Clarin först publicerade utkastet till häktningsorder reagerade regeringen ilsket och avfärdade rapporten som "skräp".
President Fernandez hade också ursprungligen beskrivit Nismans död som självmord.
Men i ett TV - tal förra veckan föreslog presidenten att oseriösa element i Argentinas underrättelsetjänst hade gett mr Nisman falsk information och manipulerat honom.
Hon tillkännagav planer på att avveckla underrättelsesekretariatet (SI) och efterlyste ett särskilt möte i kongressen för att diskutera ett lagförslag i detta syfte.
Den argentinska åklagaren Alberto Nisman upprättade en arresteringsorder för president Cristina Fernandez de Kirchner, enligt kvinnan som utreder Mr Nismans mystiska död.