Branden på Shorrocks Hill Country Club i Lifeboat Road, Formby, upptäcktes omkring 05:40 BST.
En gemensam utredning med Merseyside Fire and Rescue Service är på väg in i orsaken till branden, sade Merseyside Polisen.
Den döde tros vara Andrew Coogan, även om den formella identifieringen ännu inte har ägt rum.
Brandmän sa att han hittades med hästarna i ett stall som förstördes i branden.
En mans kropp har hittats av brandmän som bekämpar en brand som dödade ett antal hästar.