Joshua Wong, Nathan Law och Alex Chow anklagas för att klättra på ett stängsel för att bryta sig in i ett statligt område i början av demonstrationerna.
Wong, 18 år, har sagt att han inte har gjort något olagligt.
Protesterna mot föreslagna ändringar av Hong Kongs valsystem inleddes i slutet av september.
På höjden av rörelsen ockuperade tiotusentals människor stora gator som krävde helt fria val för områdets nästa ledare, efter Peking sade att det skulle granska potentiella kandidater.
De tre eleverna var bland en stor grupp människor som stormade det inhägnade Civic Square inne i en statlig anläggning den 26 september, som en protesthandling.
Bilder av eleverna som tvångsförflyttades från torget av polisen, och andra efterföljande anklagelser om våldsmissbruk av polisen, återupplivade proteströrelsen.
Chow har nu anklagats för att delta i en olaglig församling och herr Law för att uppmana andra att delta, medan Wong, ledare för Scholarismrörelsen, står inför båda anklagelserna.
Wong kunde fängslas i upp till fem år, men han sade att han inte skulle ångra sina handlingar och att det var ett "politiskt åtal".
Han sade att inbrottet var "det bästa beslut jag har fattat inom de fyra år jag har varit involverad i den sociala rörelsen och studentrörelsen".
Wongs advokat, Michael Vidler, sade att åtalet mot trion så länge efter händelsen var "helt fel" och "tydligt missbruk av processen", rapporterar AFP nyhetsbyrån.
Wong och Law åtalas redan för att ha hindrat poliser.
Tre framstående studentledare i Hongkong har anklagats för sina roller i den demokratiska "Umbrellarörelsen" 2014.