Taylor, 32, registrerade sin 17: e ODI-talet med en unbeaten 102 som Nya Zeeland postade 289-4.
Det tog honom förbi allroundern Nathan Astle, som gjorde 16 en dag århundraden från 1995-2007.
Seamers Trent Boult och Tim Southee begränsade sedan Sydafrika till 283-9 för att jämna ut femmatchsserien på 1-1.
Före detta testkapten Taylor blev också landets snabbaste fladdermöss till 6.000 körningar i 50-over format när han slog åtta gränser i sin 110-ball innings.
"Nath var en av mina idoler växa upp så jag var lyckligt lottad mot slutet av sin karriär och början av min att spela med honom," Taylor sade.
"Det är lite pinsamt ur den synvinkeln men skivor finns där för att brytas och förhoppningsvis kommer någon att slå min."
Ross Taylor blev Nya Zeelands ledande internationella centurion en dag när Black Caps slog Sydafrika med sex körningar i Christchurch.