Detta är deras första stora operation i Centralafrikanska republiken sedan omkring 150 trupper under de senaste veckorna sändes till Bangui, mitt bland varningar om ett folkmord.
Omkring en fjärdedel av CAR:s 4,6 miljoner invånare har flytt från sina hem sedan konflikten bröt ut i mars 2013 mellan huvudsakligen muslimska och kristna miliser.
Afrikanska unionen och Frankrike har omkring 7.000 trupper i landet.
De har kämpat för att stävja konflikten, och EU har lovat att sända upp till 1 000 soldater och Förenta nationerna (FN) omkring 12 000 soldater.
Franska trupper överlämnade kontrollen över flygplatsen i huvudstaden Bangui till EU-styrkan på onsdag.
Bangui har sett några av de värsta striderna, och AU-trupper eskorterade mer än 1.200 muslimer ut ur staden på söndagen för att skydda dem från den främst kristna anti-balaka milisen.
EU-styrkan leds av en fransk officer, generalmajor Philippe Ponties, och består av franska och estniska trupper.
Källa: Index Mundi
Deras utplacering till flygplatsen är avsedd att tillåta franska trupper att flytta någon annanstans i landet.
FN:s tjänstemän och biståndsorgan har varnat för att hat mellan kristna och muslimer kan leda till folkmord och delning av landet.
Få muslimer stannar kvar i Bangui, och de flesta av dem flyr norrut eller till grannstaterna.
Kristna bildar majoriteten i CAR, och anti-balaka säger att de tog upp vapen efter att komma under attack från främst Muselman Seleka rebeller som grep makten i mars 2013.
Seleka-ledaren Michel Djotodia tvingades avgå i januari på grund av att han inte lyckades hejda våldet.
Han hade varit CAR: s första muslimska härskare. Hans anhängare anklagar trupper lojala mot presidenten han störtade, Francois Bozize, för att driva på konflikten.
Europeiska unionens (EU) trupper har tagit kontroll över säkerheten på Centralafrikanska republikens (CAR) huvudflygplats.