Före detta premiärministerförbundets verkställande direktör Richard Gilliland, 64, anklagades för att missbruka skolkreditkort för att köpa personliga saker och undertrycka resultaten av en Criminal Record Bureau (CRB) check på sin son.
Gruppens f.d. finansdirektör Stephen Davies, 58 år, fick tre anklagelser om bedrägeri.
Paret befanns inte skyldiga i en rättegång i Lincolnshire Crown Court.
Priory Federationen driver fyra skolor i Lincoln och Grantham.
Rättegången hörde tidigare Gilliland köpa artiklar på skolkort, inklusive videor och kondomer.
Han sade att han alltid var skyldig pengar av förbundet och använde sina kreditkort för att göra sina egna inköp som "en off-setting övning".
Gilliland anklagades också för att ha undertryckt resultaten av en CRB-kontroll så att hans son Kia Richardson - som hade avtjänat en fängelsetid för att ha utraderat den allmänna anständigheten - kunde arbeta vid ett ridcenter som drevs av Priory.
Han berättade för domstolskollegorna var fullt medvetna om sin sons "problemade förflutna".
Gilliland sade efter rättegången: "Det har varit mycket svårt att hantera, mycket känslomässigt, men jag är nöjd med resultatet."
Chris Davies beskrev rättegången som "intressant" och tillade att han var säker på resultatet eftersom han "inte hade gjort något fel".
Två före detta högre tjänstemän vid en skola i Lincolnshire har blivit friade från bedrägerianklagelser.