Tony Smiths sida följde upp en 28-16 seger på Wigan den 1 april med en övertygande hem seger, även om de föll efter Josh Charnley försök.
Daryl Clark, Ben Westwood och Kevin Penny gick alla över för värdarna innan halvtid för att skapa en 18-4 ledning.
Ryan Atkins tandställning, Benjamin Jullien och Westwoods andra förseglade Wire's största Super League seger över Wigan.
Krigarna, för vilka kapten John Bateman gjorde en sen tröst, skulle ha gått toppen själva med en seger men nederlag lämnade dem tredje.
Katalanska drakar kommer att gå Warrington på toppmötet på 20 poäng om de vinner i Hull på fredag.
De två tightaste försvar i divisionen i början av spelet hölls fast tills Charnley gled in i hörnet efter 17 minuter, men Shaun Wane 150: e spelet som Wigan huvudtränare snabbt vände sur som Clark och Westwood, som rusade över med sin första touch av spelet, omvälvde underskottet.
Warrington, som förlorade yttern Tom Lineham till en huvudskada tidigt i den första halvan, såg av en explosion av Wigan tryck innan Atkins nära avstånd försök sträckt ledningen till 20 poäng och hans andra effektivt dödade tävlingen.
Wolves halvback parning av Stefan Ratchford och Kurt Gidley, som förlängde sitt kontrakt på onsdag, spelade inflytelserika roller genom hela, med Gidley också landa fem av sina sex försök på mål.
Tidigare Storbritannien internationella Iestyn Harris, BBC Radio 5 live sporter extra
"Under de första 20 minuterna, kom Warrington inte in i deras steg. Så fort Ben Westwood kom ut på fältet och gav dem lite fart, såg de inte tillbaka.
"I 60 minuter dominerade de helt Wigan - fysiskt, i förmåga och för mig den lilla biten av hunger. De ville verkligen det här.
"De har lagt ett avsiktsförklaring där - de har satt 40 poäng på Wigan Warriors.
"Wigan kommer att få några spelare tillbaka och de kommer att komma tillbaka stark."
Warrington huvudtränare Tony Smith: " Spelarna var fantastiska ikväll, särskilt defensivt.
"Vi var enastående utan bollen och verkligen spelat en fysisk spel, som du måste göra när du spelar Wigan. Om du inte gör det, dominerar de dig.
"Jag älskar att se Ben Westwood - han är tuff, hård, effektiv och fortsätter. Han gör ett bra jobb för oss."
Wigan huvudtränare Shaun Wane: "Det är inte svårt att ta - de var bättre laget. Warrington var enastående.
"I 25 minuter hanterade vi dem fysiskt, men vi gjorde förändringar och förlorade lite fart.
"Deras hastighet dödade oss, vi befann oss under tryck och vi kunde inte komma in i spelet igen."
Russell; Penny, R. Evans, Atkins, Lineham; Gidley, Ratchford; Hill, Clark, Sims, Hughes, Currie, Westerman.
Ersättningar: G. King, Cox, Jullien, Westwood.
Wigan: Sarginson; Charnley, Gelling, Gildart, Tierney; Gregson, Smith; Clubb, Powell, Mossop, Bateman, Isa, Sutton.
Ersättningar: Williams, Tautai, Burke, Wells.
Domare: Phil Bentham
Warrington Wolves avslutade en Super League dubbel över Wigan för att flytta två punkter klart på toppen av bordet.