Han instämde inte i FTSE:s 100 chefers åsikter i ett brev som publicerades på tisdagen.
Chefer för företag som BT, Marks & Spencer och Vodafone sade att en EU-exit skulle avskräcka investeringar i Storbritannien.
Men Woodford hävdade att det var mycket svårt att bygga upp ett trovärdigt ekonomiskt argument för att Storbritannien antingen skulle stanna kvar i eller lämna unionen.
I stället var debatten ett politiskt argument i frågor som invandring och suveränitet, sade han.
De långsiktiga ekonomiska konsekvenserna kanske inte är så extrema som vissa har antytt, men oavsett resultatet av folkomröstningen den 23 juni skulle effekten bli djup, enligt fondförvaltaren med hög profil.
En omröstning om att ge sig av skulle också kunna utlösa en kris för EU-projektet, som Woodford sade stod inför en rad utmaningar på makroekonomisk och politisk nivå.
Det fanns grundläggande politiska skillnader mellan medlemsstaterna i en rad viktiga frågor, liksom en invandringskris och en stagnerande ekonomi i euroområdet.
" ECB:s chef Mario Draghi trycker pengar och försöker göra sin del, men makrovindarna är intensiva och arbetslösheten är fortfarande hög. Det är dessa problem som en brittisk utgång kan lysa ett ljusare ljus på," Mr Woodford berättade för BBC.
Han ansåg att investerare bör stödjas för en mer "extraordinär penningpolitik" av världens centralbanker, såsom negativa räntor och negativ avkastning på tioåriga statsobligationer.
Den globala ekonomin stod också inför en avmattning och hot om deflation, medan stora problem fanns kvar i Kina, som höll på att anpassa sig för att klara av mycket långsammare ekonomisk tillväxt.
Major FTSE 100 företag som Shell, BP och HSBC skulle alla tvingas att minska sin utdelning i år bland fortsatt låga oljepriser och dålig avkastning på investeringar, förutspådde Woodford.
På tisdagen, gruvjätten BHP Billiton sade att det skär sin utdelning, överge en långvarig politik för att upprätthålla eller öka betalningar till aktieägarna, minska utbetalningen från 62 US cent per aktie till bara 16 cent.
Woodford betraktas inom branschen som en av Storbritanniens bäst presterande fondförvaltare.
Han tog ställning under en 25-årig karriär på Invesco Perpetual för att ha en långsiktig syn på investeringar.
Ett av de mest kända exemplen på hans strategi var att vägra investera i dotcomboomen i slutet av 1990-talet och början av 2000-talet.
Förra året skapade han en egen fond, Woodford Investment Management.
Att lämna EU skulle inte nödvändigtvis skada den brittiska ekonomin, har fondförvaltare Neil Woodford upprepat.