Det kommer efter ett beslut i sista minuten om att förklara tisdagen som en helgdag som inte lyckades övertala folk att rösta.
Ett lågt valdeltagande hotar att undergräva legitimiteten hos den f.d. militärchefen Abdul Fattah al-Sisi, som lätt förväntas slå vänstern Hamdeen Sabahi.
Den pensionerade fältmarskalken störtade president Mohammed Morsi i juli förra året.
Han har sedan dess varit inlåst i en strid med Morsi Muslim Brotherhood, som har uppmanat en bojkott av vad den kallar "val av blod".
Liberala och sekulära aktivister, däribland ungdomsrörelsen den 6 april som var framträdande i 2011 års revolution som drev bort Hosni Mubarak, har också undvikit valet i protest mot inskränkningen av medborgerliga rättigheter.
Sabahi sade att hans grupp hade noterat "våld" i omröstningsprocessen men avvisade uppmaningar från hans anhängare om att han skulle dra sig tillbaka.
"Vi kommer inte att dra oss tillbaka och samtidigt kommer vi inte att acceptera att val riggas", sade han i ett uttalande.
Valkommissionen sade att omröstningen hade utvidgats till att "tillåta medborgare som inte kunde rösta på grund av bosättningsrestriktioner" att delta, och påminde dem som inte gjorde det att de skulle bötfällas.
Men rapporter från Kairo på onsdagsmorgonen antydde att myndigheterna skulle kämpa för att öka valdeltagandet avsevärt.
Analys, av Kevin Connolly, BBC News, Kairo
Abdul Fattah al-Sisi, tillsammans med interimsregeringen, de officiella medierna och Egyptens mäktiga armé har agerat i månader som om detta val var en formalitet med seger för honom oundvikligt.
De kan ha överdrivit det i en omfattning som har fjärmat vissa egyptier - och lämnat även dem som gillar Sisi inte ser någon större mening med att rösta.
Vid många vallokaler har soldater med säkerhetstjänst varit fler än väljarna och andra har inte sett några väljare alls på flera timmar.
Att utöka omröstningen till en tredje dag kan se lite desperat ut - men det är som ett officiellt erkännande att valdeltagandet har varit oroväckande lågt för myndigheterna.
En vinst för Sisi på ett mycket lågt valdeltagande skulle skada hans auktoritet när han tillträder. Det skulle vara särskilt pinsamt för honom att få mindre än 13 miljoner röster. Det var det antal som spelades in av Mohammed Morsi, den valde islamistiske presidenten vars bortförande från ämbetet leddes av Sisi förra året när han fortfarande tjänstgjorde i armén.
Chefen för valkommissionen berättade MBC-Misr TV att uppskattningar från måndag och tisdag föreslog 35% av Egyptens 54 miljoner registrerade väljare hade lagt sina röster.
Detta skulle innebära en betydande minskning från presidentvalet 2012 som endast vanns av Morsi, som hade ett valdeltagande på strax under 52 procent.
Ett lågt valdeltagande skulle ifrågasätta Sisis påstående att han har stöd av en majoritet av egyptierna. Han har sagt att han vill ha 40 miljoner väljare, eller 74 procent, för att visa att "det finns samförstånd på nationell nivå".
I Jean-Claude Sabahis kampanj sades det att utvidgningen av omröstningen var omotiverad.
Rådet fördömde detta som ett försök att "förhindra egyptierna från att uttrycka sin åsikt genom att manipulera valdeltagandet och röstningsprocenterna".
Valet hålls under sträng säkerhet, med mer än 250.000 poliser och soldater i tjänst vid vallokaler över hela landet, enligt inrikesdepartementet.
Militanter har dödat hundratals säkerhetspersonal sedan armén störtade president Morsi efter mass opposition protester.
Militanterna säger att de har trappat upp attacker som svar på statens efterföljande tillslag mot Muslimska brödraskapet, där mer än 1.400 människor har dödats och 16.000 kvarhållits.
Morsi och andra högre ledare för Brödraskapet, som har utsetts till terroristorganisation, står för närvarande inför rätta på en rad anklagelser. De förnekar bestämt varje orätt handlingssätt.
Egyptens presidentval har inträtt en tredje dag efter det att de militärstödda interimsmyndigheterna förlängde röstningen i ett försök att öka valdeltagandet.