Cristian Montano var ett ständigt hot, testa Magpies målvakt Scott Loach med ett tidigt skott, innan spricker in i lådan för att göra mål före halvtid.
Notts hade gått nära Wes Atkinson och Izale McLeod, men Lee Brown fick Rovers andra efter pausen när han sköt in från 18 yards.
McLeod missade med en rubrik som värdarna gjorde en sen kamp tillbaka.
Nederlaget kommer dagar efter verkställande direktör Julian Winter lämnade klubben för Huddersfield, medan arga hemma fans höjde en banner i Kop som togs bort av förvaltare.
Bristol Rovers höll upp sin League Two kampanj bud genom att skicka Notts County till en femte match utan seger.