Mae cronfa a elwir yn Daliad Tai yn ôl Disgresiwn (DHP) yn cael ei roi i gynghorau sir bob blwyddyn gan Lywodraeth y DU.
Bwriad yr arian yw helpu pobl lle nad yw eu budd-dal yn ddigonol ar gyfer talu rhent.
Y cyngor sydd âr penderfyniad i ddosbarthu'r arian i bobl sydd ei angen. Os nad yw'r Arian yn cael ei wareio erbyn ddiwed mis Mawrth, mae'n myndyn ôl ir Llywodraeth ac mae Cymru yn derbyn lai y flwyddyn ganlynol.
Dywedodd llefarydd ar sprang Shelter Cymru: "Jag filoed o bobl yng Nghymru, Taliadau Tai yn ôl Disgresiwn yw'r unig beth sy'n sefyll rhyngddyn nhw â digartrefedd.
"Dangosodd ffigyrau yn 2015/16 bod cynghorau Cymru wedi anfon swm o £289000 yn ôl i San Steffan."
O ganlyniad, yn gynharach y y flwyddyn lansiodd Shelter Cymru ymgyrch "Gwariwch neu f Gollwch" er mwyn codi ymwybyddiaeth am y gronfa ac annog cynghorau i wneud defnydd lawn o'r adnodd.
Meddai Shelter: "Gwnaeth rhai cynghorau fynd gam ymhellach i hjälpu pobl yn eu hardal gan ychwanegu arian ychwanegol i'r gronfa DHP. Gwnaeth eroill recriwtio personal ychwanegol i brosesu ceisiadau i sicrhau bod mwy o bobl syn cael eu helpu.
"Fodd byndag, doedd y darlun ddim yr un peth ar drar Cymru gyda rhai cynghorau ddim hyd yn oed yn gwario'r swm yn lawn.
"Pam na wariwyd yr Arian Hwn? Rydym yn gwybod bod y galw yn uchel ar drar Cymru. Gyda mwy na 15,000 o bobl yn cael eu gwneud yn ddigartref bob blwyddyn, yn cynnwys dros 2.800 o blant, mae'r gronfa hon yn hollbwysig.
Yn ôl Shelter y pum cyngor a wdychwelodd y mwyaf o arian i Lywodraeth y Deyrnas Unedig oedd Sir Gaerfyrddin, Gwynedd, Blaenau Gwent, Ceredigion a Wrecsam.
"Roedd y cynghorau hyn yn gyfrifol am tua 75% o'r tan wariant o £100 000 a gafodd ei waddychwelyd i 'r Adran Gwaith a Phensiynau.
"Gallai'r arian hwn fod wedi helpus o gwmpas 300 o aelwydydd i aros yn eu cartrefi ac osgoi digartrefedd."
Wrth ymateb dywedodd llefarydd ar run Cyngor Gwynedd wrth Cymru Fyw: "Mae gan Gyngor Gwynedd bolisi Tai yn ôl Disgresiwn (DHP) i sicrhau fod y mod y mod ydym yn dyfarnu yn gyson a thryolyw ac widi'i seilio ar haeddiant.
"Rydym yn hyrwyddo taliadau DHP mewn sågel ffordd, gan gynnwys gweitio yn agos gyda'n partneriaid megis Cymdeithasau Tai, Shelter Cymru a Chyngor ar Bopeth, ac rydym yn gwneud pob ymdrech i ddosbarthu'r daraniad blynydol sy'n cael ei dderbyn gan y Llywodraeth.
"Yn 2016/17, roed ein daraniad DHP gan y Llywodraeth yn £ 659,887, ac fe wnaethom lwyddo i ddosbarthu £646,656 sy'n cynrychioli 98%.
"Roed ein daraniad DHP år ail uchaf trwy Gymru, gan fod y Llywodraeth (Adran Gwaith a Phensiynau) widi cydnabod fod Gwynedd yn un o'r ardaloedd gyda'r poblogaeth lleiaf dwys ym Mhrydain. "Mae hyn yn golygu fod yna lai o opsiynau ar gael i denantiaid lle mae eu Budd-dal Tai wedi ei effeitio gan doriadau diwygio lles."
Yn y cyfamser, mae Shelter Cymru yn galw ar y cyhoedd i adael i ffrindiau, teulu a chymdogion i wybod y gallant o bosibl fod yn gymwys i wneud cais i'r gronfa Taliad Tai yn ôl Disgresiwn.
Nid yw cynghorau yn gwneud y gorau o arian sy'n cael ei roi iddyn nhw i helpu pobl sy'n cael trafferth talu rhent, meddd elusen, Shelter Cymru.