"Skämtet har slitits ut. Jag är trött på att dina åsikter tillskrivs mig. Pls tweet under ditt eget namn. Tack", hade författaren twittrat till kontot.
Handtaget med mer än 30 000 anhängare antog en "faux Rushdie persona" och engagerade sig i debatter med högerkonton.
Ägaren kapitulerade omedelbart och ändrade sitt handtag till @Indienförklarade.
"Det gav mig en chans att hylla Rushdie och andra författare samtidigt som jag kunde reflektera och kommentera saker som betyder något för mig", ägaren till kontot, Rohit Chopra berättade indiska nyheter webbplats Scroll.in.
Men många indianer på nätet har tagit avstånd från Sir Salmans hållning, anklagat honom för att både sakna humor och pressa ner yttrandefriheten.
Med sitt nya namn har kontot lovat att ge "satiriska och politiska kommentarer om Indien".
Det är bara en bland ett antal indiska parodi Twitter konton som har uppvaktat kontroverser med dem som försökt att skicka upp.
I ett fall, kontoret för före detta Indiens premiärminister Manmohan Singh bad Twitter att blockera kontot @PM0Indien (som använde en nolla i stället för ett 'O') på grund av "invändningsbart innehåll", som "skulle kunna misstas som den officiella redogörelsen för PMO och har allvarliga konsekvenser."
Salman Rushdie har plundrats av indiska tweeters efter att ha konfronterat ett parodikonto @RushdieExplans.