Alexander Baird, 55, av Kirkcudbright, Dumfries och Galloway, gick till Caernarfon Crown Court på måndag.
Han har fått i uppdrag att underlåta att vidta alla rimliga åtgärder för att säkerställa säker drift av ett fartyg.
I januari 2012 var en besättningsman på kammusslan mudderverk, Steven Robertson, 25, av Dalbeatie, Dumfries och Galloway, vilse när han var ombord på St Amant.
Mr Robertsons kropp hittades aldrig.
Baird kommer att ställas inför rätta igen i slutet av februari.
En fiskebåtsmästare har dykt upp i rätten nästan fyra år efter det att en besättningsman förlorats överbord utanför Anglesey.