BFI lovordade 46-åringens "mesmerising screen närvaro" som "har fängslat publiken sedan hennes tidigaste roller".
Skådespelerskan vann Oscar för sina roller i Woody Allens Blue Jasmine 2014 och 2005 för The Aviator.
Hon kommer att belönas med äran vid London Film Festivals årliga prisutdelning den 17 oktober.
BFI beskrev Blanchett som "en orädd och subtil skådespelerska".
"Hon har den sällsynta gåvan att verka helt bebo karaktärerna hon spelar och har en fantastisk förmåga att förmedla komplexa lager av känslor till fantastisk effekt," det tillade.
Blanchett blev världskänd när hon spelade Queen Elizabeth I 1998 film Elizabeth, följt av roller i The Talented Mr Ripley, The Lord of the Rings trilogi och The Curious Case of Benjamin Button.
Skådespelerskan har två filmer som får sin brittiska premiär på London Film Festival - Carol and Truth.
Sanning, som också stjärnor Robert Redford och Mad Men's Elisabeth Moss, berättar den sanna historien om CBS journalist och 60 Minutes producent Mary Mapes, som riskerade sin karriär för att hitta "sanningen" och avslöja en berättelse om den dåvarande USA: s president George W Bush.
Den kommer att visas som Fellowships speciella presentationsfilm.
På 1950-talet såg Carol Blanchett spela en kvinna fångad i ett kärlekslöst äktenskap som faller för en yngre kvinna, spelad av Rooney Mara.
Tidigare mottagare av Fellowship inkluderar Tim Burton, Helena Bonham Carter, Ralph Fiennes och Stephen Frears.
Al Pacino och Mel Brooks har också tilldelats äran det senaste året.
Suffragette, med Meryl Streep och Carey Mulligan i huvudrollen, kommer att öppna London Film Festival den 7 oktober, medan Danny Boyles Steve Jobs Biopic kommer att avsluta den 18 oktober.
Oscarsvinnande skådespelerskan Cate Blachett ska ta emot BFI Fellowship för sitt bidrag till filmen.