Fallen öppnades igen efter att officerare hörde band beslagtagna från det amerikanska universitetet, förstår BBC.
De mord som undersöks på nytt är de som begicks av John Benedict Devine i juli 1989 och John Joseph O'Hara i april 1991.
Ingen har nånsin åtalats i samband med de två morden.
Det är första gången som lojalistiska mord har utretts som ett resultat av detaljer i Bostonbanden.
Polisen säger att de två männen dödades bara på grund av sin religion.
Mr Devine, en 37-årig far av tre, sköts framför sin 13-årige son i sitt hem i Fallswater Street i västra Belfast.
O'Hara, far till fem år, arbetade som taxichaufför när han sköts i Dunluce Avenue i södra Belfast i april 1991.
Polisen har sagt att de har ny information som kan hjälpa dem att fånga mördarna.
"Som ett resultat av den information vi nyligen fått anser vi att vi nu är i stånd att gå vidare med båda dessa undersökningar.
"Men vi behöver hjälp av allmänheten", sade Det Insp Neil McGuinness.
Polisen i Nordirland kommer inte att kommentera den nya informationens karaktär.
Men BBC tror att beslutet att öppna dessa fall igen togs efter detektiver lyssnade på band beslagtagna från Boston College under de senaste månaderna.
Dussintals tidigare paramilitärer, de flesta republikaner, gav intervjuer till universitetsforskare som sammanställde en muntlig historia om problemen.
De gjorde detta under förutsättning att banden inte skulle offentliggöras förrän efter deras död.
Men polisen vidtog rättsliga åtgärder och fick tillstånd att få tillgång till några av inspelningarna.
Polisen tror att information om några av de beslagtagna banden kan hjälpa dem att identifiera dem som är ansvariga för dessa två mord.
Detektiver försöker nu hitta andra bevis.
De har vädjat till alla med information om morden att träda fram.
Polisen undersöker morden på två katoliker på grund av information från intervjuer om problemen av tidigare lojala paramilitärer för ett historieprojekt av Boston College.