Snowdonia Pumped Hydro (SPH) väntar på ett planeringsbeslut för projektet vid Glyn Rhonwy i Llanberis.
Naturresurs Wales (NRW) har gett tillstånd att tömma stående regnvatten från två nedlagda stenbrott på platsen i Nant y Betws och Llyn Padarn.
Det sades att tillstånden har utfärdats med "strikta villkor".
Planer för 99,9MWe vattenkraftverket övervägs av den brittiska planeringsinspektionen, med ett beslut som förväntas i början av mars.
NRW sade att det var nöjd att företaget kommer att "arbeta säkert utan att skada miljön eller lokala samhällen."
SPH sade dräneringen av regnvatten var nödvändigt innan arbetet kan börja skulptera stenbrotten som kommer att bilda de övre och nedre reservoarerna.
Deras ansökan att fylla reservoarerna när de är färdiga med gradvis uttag av vatten från Llyn Padarn sjön har redan godkänts.
Motståndarna till stödordningen hävdar att stående vatten i det lägre stenbrottet där jordransen demonterades av RAF på 1970-talet kan vara förorenat.
Men SPH sade oberoende provtagning och testning av både yt- och grundvatten på platsen "visar inga tecken på förorening."
Utvecklare som hoppas kunna bygga ett vattenkraftverk på 100 miljoner pund i ett nedlagt Gwyned-brott har beviljats miljötillstånd.