Phillip Chiyangwa, ordförande för Cosafa - rådet för södra Afrikas fotbollsförbund - har begärt ett möte med andra afrikanska FA-ordförande i Harare i Zimbabwe den 24 februari.
I ett brev från Caf på president Issa Hayatous vägnar säger den styrande kretsen till Cosafa: "Du har ingen befogenhet att sammankalla ett sådant möte, utan Cafs vetskap eller utan dess godkännande".
Den tillägger: " Att sammankalla ett möte med företrädare för många medlemsföreningar utanför Cosafa-området anses vara ett försök att destabilisera Caf.
"Vi riktar er uppmärksamhet på alla zonförbunds skyldighet att respektera Cafs auktoritet och inte bedriva någon verksamhet som undergräver Cafs gemensamma mål, till förmån för Afrikas fotbollsutveckling.
"Cafs verkställande kommitté förbehåller sig rätten att sanktionera alla överträdelser av Cafs stadgar."
Cafs varning kommer kort efter Cosafa meddelade att den enhälligt hade godkänt Ahmad Ahmad som presidentkandidat i kommande Caf val.
Ahmad, för närvarande chef för Madagaskars FA, hade redan skisserat sin avsikt att utmana långvariga Caf ledare Hayatou i mars val i Etiopien.
Hayatou söker en åtta mandatperiod.
Chiyangwa har redan skickat ett svar på Cafs varning och skrivit: "Jag blev minst sagt förvånad över tonen i ert brev och den tydliga insinuationen att ett sådant möte mellan ordförandena för medlemsföreningarna på den afrikanska kontinenten skulle betraktas som ett försök att destabilisera Caf."
Han tillägger att Cafs stadgar "främja vänskapliga relationer mellan nationella föreningar, zonförbund, klubbar, tjänstemän och spelare" och insisterar på att mötet är för "det målet".
Chiyangwas brev hänvisar också till Fifas statyer om skydd av de mänskliga rättigheterna som han säger omfattar "frihet för medlemsföreningarnas förening och zonförbund för utvecklingen och tillväxten av spelet på vår kontinent".
Afrikanska fotbollsförbundet har varnat Cosafa för ett planerat möte med andra medlemsföreningar som det säger är "ett försök att destabilisera" det styrande organet.