Co-operative Energy mottog 136 klagomål per 100 000 kunder under det tredje kvartalet året, sade energiombudsmannen.
Detta var 50 % högre än någon annan leverantör, visar ombudsmannens siffror.
Kooperativ energi skyllde fortsatta problem med sitt nya datorsystem på resultaten.
Det uppgraderade sina IT-system i mars, med många kunder klagar på att vara utestängda från sitt online-konto eller inte ta emot sina räkningar efter bytet.
"Vi vill tacka kunderna för deras tålamod och fortsatt stöd under de senaste månaderna," sade en talesman för leverantören.
– Vi har gjort betydande framsteg för att lösa ett antal tekniska frågor som i slutändan har att göra med införandet av ett nytt IT-system. Vi kommer att fortsätta att göra ytterligare förbättringar för att säkerställa att våra kunder får den höga service de förväntar sig och förtjänar."
Energiombudsmannen sade att den fått sammanlagt 13 212 klagomål om energisektorn under årets tredje kvartal, något lägre än föregående kvartals totalt 13,490.  Tvistade avgifter, felaktiga fakturor och saknade räkningar var de vanligaste klagomålen.
En av Förenade kungarikets mindre energileverantörer har toppat en lista över den största andelen konsumentklagomål.