Matty Russell gav Vargar den perfekta starten men Joe Mellors konverterade poäng gav Widnes en smal ledning.
Peta Hiku satte Warrington framför innan de lättade igenom Kevin Browns poäng mot hans före detta klubb och en sekund från Russell.
Båda sidor kommer nu att spela i kvalificering eftersom de försöker behålla sin top-flight status för nästa säsong.
Huddersfields seger över Leigh Centurions förra veckan innebar Warrington, förra årets besegrade Grand Finalists, visste att de inte skulle göra Super 8s den här säsongen men de kommer att gå in i kval med förtroende efter tre på varandra följande segrar.
Widnes, som i kontrast har nu förlorat fyra matcher i rad, kan sluta avsluta botten av den ordinarie säsongen bordet om Centurions slog Salford på fredag.
De två sidorna kommer att möta varandra igen i Qualifiers, med vargarna har vunnit alla tre av säsongens möten i Super League och Challenge Cup.
Warrington tränare Tony Smith:
"Det var en bra träning och lägligt för oss. Jag tyckte vi var lite rostiga som vi spelade i första halvan och vi rusade saker och försökte kasta pass när vi inte behövde i stället för att ta kontroll över bollen och kanske ta tacklingen och sätta på en bättre pjäs.
"Men vi fick tag på saker i andra halvan och vårt försvar blev också bättre vilket gjorde det möjligt att göra mer med bollen och komma på några bra kombinationer."
Widnes tränare Denis Betts:
"Jag är besviken över att vi inte stannade i matchen. Du vill vinna dessa spel och vara framgångsrik framåt men du vill respektera den process som kommer att hålla oss i Super League som vi misslyckades med att göra i den andra halvan.
"Vi var ojämna igen. Det var en bra 40 minuter och vi kunde förmodligen ha ställt några fler frågor med några av våra kickar men vi var solida som vi inte har varit under de senaste veckorna.
"Vi misslyckades bara att tillämpa trycket när vi hade bollen i andra halvan, vi tappade bollen två gånger på deras linje och gav ett straff bort och egentligen inte komma tillbaka in i spelet.
"Vi har nu en två veckors paus och sedan har sju matcher i en mini-säsong och det ger oss chansen att rätta till ett par fel när vi känner att vi har svikit oss själva genom att förlora nära spel."
Warrington: Ratchford, Russell, Hiku, Atkins, Lineham, Patton, Brown, Cooper, Clark, Sims, Jullien, Hughes, Philbin.
Ersättningar: Currie, G. King, Savelio, Smith.
Widnes: Thompson, Armstrong, Chamberlain, Runciman, Marsh, Mellor, B. Walker, J. Chapelhow, Johnstone, Dudson, Whitley, Olbison, Cahill.
Ersättningar: Gerrard, Burke, D. Walker, T. Chapelhow.
Domare: Robert Hicks (RFL)
Warrington välte en halvtid underskott för att avsluta den ordinarie säsongen Super League kampanj med en seger över Widnes.