Swinsons kampanjutgifter låg på 210 pund under den rättsliga gränsen, men enligt rapporter var detta först efter att nästan 7 000 pund av kostnaderna ignorerats.
SNP sade att det fanns "allvarliga frågor", med Lib Dems "att leva farligt nära utgiftsgränser".
Lib Dems sa att de hade följt alla valkommissionens regler.
Swinson återtog sin plats från John Nicolson med 5339, en majoritet på 10 %, som tidigare hade förlorat till SNP-politikern 2015. Hon blev därefter partis vice ledare.
Hennes officiella utgiftsdeklaration låg inom legala gränser, men först efter att £ 2.700 av flygblad och annat material som köpts av partiet gick olevererade - alltså inte räkna mot det totala.
Ytterligare 4 040 pund av kostnaderna registrerades som "nationella" utgifter och främjade partiet i allmänhet snarare än Swinsons lokala kampanj.
SNP sade att väljarna skulle "finna det svårt att tro att så mycket pengar kunde spenderas på flygblad som bara försvann", tillade att: "Det var ett val, inte en illusion show."
En talesman sade: " Dessa avslöjanden väcker allvarliga frågor om Lib Dems'kampanj i East Dunbartonshire. Folk har rätt att veta vad som har hänt här. De har levt farligt nära utgiftsgränserna - och verkar skriva av tusentals i kostnader för att hålla dem inom reglerna."
Men en talesman för den skotska Lib Dems sade att alla utgifter var över bord, och sade SNP var "smarting" efter att ha förlorat 21 platser i valet.
Han sade: "Alla liberala demokratiska kandidater följer den tydliga vägledning de ges om valutgifterna, och vårt partis efterlevnadsgrupp för en ständig dialog med valkommissionen för att se till att vi följer de senaste råden och fullt ut följer deras krav.
"Alla utgifter i detta val fördelades korrekt och tydligt i vårt valåterlämnande, vilket nu är en offentlig angelägenhet.
"Det är förståeligt att SNP är smarting av ett nedslående resultat, men de bör acceptera att de blev slagna i en rättvis kamp i säten över hela Skottland, och koncentrera sig istället på den viktiga verksamheten att styra landet."
Frågor har ställts om de allmänna valkostnaderna för den liberaldemokratiska vice ledaren Jo Swinson i East Dunbartonshire.