Obama utfärdade den verkställande ordern veckor efter mötet med Myanmars de facto-ledare, Aung San Suu Kyi.
Myanmars tillgång till handelsförmåner för fattigare nationer avbröts 1989 på grund av kränkningar av de mänskliga rättigheterna.
Men Vita huset sade att betydande framsteg för att främja demokrati innebar att det inte längre var ett hot mot USA:s nationella säkerhet.
Korrespondenterna säger att flytten är utformad för att locka det snabbt föränderliga sydöstasiatiska landet från årtionden av ekonomisk isolering som Suu Kyis regering hanterar den svåra övergången till demokrati i Myanmar, även känd som Burma.
"Medan Burma står inför betydande utmaningar, inklusive konsolideringen av sin demokrati, USA kan, och har för avsikt att, använda andra medel för att stödja regeringen och folket i Burma i deras ansträngningar att ta itu med dessa utmaningar," Mr Obama skrev i ett brev till den amerikanska kammaren och senaten talare.
Samtidigt som många företag nu kommer att åtnjuta lägre tariffer finns det dock vissa sanktioner kvar.
En "svart lista" över minst 100 företag och individer med kopplingar till den tidigare militärjuntan har skrotats, även om några få personer kommer att fortsätta att vara sanktionerade.
Myanmar drevs av en förtryckande militärjunta från 1962 till 2011.
Suu Kyi, som i egenskap av oppositionsledare hölls i husarrest i 15 år, ledde sitt National League for Democracy parti till seger i Myanmars första öppet ifrågasatta val i årtionden i november 2015.
President Barack Obama har formellt lättat på de långvariga sanktionerna mot Myanmar.