Tyskland har sagt att man ser över alla vapenavtal med Turkiet och säger att man måste ta hänsyn till de mänskliga rättigheterna när man fattar exportbeslut.
"Ni (Tyskland) har inte befogenhet att smutskasta Turkiet", sade Erdogan.
Den tyska regeringen hade varnat sina medborgare att de riskerade "arbiträra" arresteringar i Turkiet.
Finansminister Wolfgang SchÃ¤uble anklagade landet för att agera som Kommunistiska Östtyskland - arrestera människor och förneka dem konsulär hjälp.
"Människor som reser till Turkiet av privata eller affärsmässiga skäl uppmanas att vara mer försiktiga", sade det tyska utrikesdepartementet på torsdag.
Men Erdogan beskrev varningen som "grundlös och illvillig".
Frosty-relationerna mellan de två Nato-partnerna har under de senaste dagarna kylts ytterligare över de turkiska myndigheternas senaste våg av arresteringar.
En tysk medborgare, Peter Steudtner, och Amnesty Internationals Turkietchef, Idil Eser, var bland de fängslade.
Som svar på den tyska kritiken mot rättsläget i Turkiet hävdade Erdogan att turkiska domstolar var "mer oberoende" än tyska domstolar.
"Tyskland borde reda ut sig själv", tillade han.
Turkiet har upprepade gånger anklagat Tyskland för att hysa kurdiska militanter, liksom de misstänkta som efterlysts under förra årets misslyckade statskupp.
Turkiets vice premiärminister Mehmet Simsek förnekade samtidigt rapporter om att tyska företag utreddes över terrorism.
"Jag vill försäkra det tyska näringslivet att tyska företag inte är föremål för några utredningar för finansiering av terrorism av turkiska myndigheter," Mr Simsek sade.
Han sade att hans land var engagerat i att förbättra investeringsklimatet, stärka rättsstatsprincipen, förbättra demokratins normer och anpassa sig till EU:s normer.
Tysklands Die Zeit webbplats hade rapporterat att Turkiet gav Angela Merkels regering en lista över 68 tyska företag och individer som anklagas för att stödja den "terrorist" rörelsen av USA-baserade muslimska prästeriska Fetullah Gulen, som Turkiets president skyller på en misslyckad kupp mot honom.
Industrijättar BASF och Daimler uppges vara med på listan, liksom olika småföretag.
Die Zeit sa att tyska tjänstemän hade avfärdat listan som "absurd".
Turkiets president Erdogan har fördömts internationellt för en enorm utrensning av statliga institutioner efter att oseriösa militärer försökte störta honom för ett år sedan.
Mer än 50 000 personer har arresterats sedan den 15 juli 2016, däribland mer än 170 journalister och många oppositionspolitiker, akademiker och aktivister.
Turkiets fängslande av Deniz YÃ1⁄4cel, en tysk-turkisk journalist med Berlins dagliga Die Welt, är en annan öm punkt i de två ländernas förbindelser. Han greps i februari på grund av terroranklagelser, vilket han har förnekat.
Turkiets president Recep Tayyip Erdogan har sagt till Tyskland att det inte kan skrämma Ankara med hot, i en växande rad över gripandet av sex människorättsaktivister.