Dess ungdomsflygel var ansvarig för att angripa och döda oppositionssupportrar, sade rättighetsgruppen.
CNDD-FDD-parten har ännu inte kommenterat påståendet.
Burundi återhämtar sig från ett brutalt inbördeskrig som slutade med president Pierre Nkurunzizas val 2005.
Spekulationen är utbredd att han avser att ställa upp för en tredje mandatperiod i valet i juni 2015, trots oppositionen hävdar att detta skulle vara i strid med konstitutionen som inför en två-term gräns.
CNDD-FDD ungdomsflygeln, Imbonerakure, har "starka kopplingar till säkerhetstjänsten och är ansvariga för att ostraffat begå brott mot de mänskliga rättigheterna", sade Amnesty i en rapport.
Åtminstone en oppositionsmedlem sköts och dödades av två soldater på order av en lokal tjänsteman och en medlem av Imbonerakure, sade Amnesty.
"En annan oppositionsmedlem fick sina tänder utslagna under ett slag", sade rapporten.
Burundis styrande parti för en "oavbruten skrämselkampanj" mot sina kritiker inför presidentvalet nästa år, säger Amnesty International.