Nettovinsten ökade med 1 % till 1,69 miljarder euro (1,51 miljarder pund).
I Storbritannien, dess största marknad, Santander sade Brexit-rösten hade resulterat i "ekonomisk osäkerhet och volatilitet på finansmarknaden".
Den sa att den hade lagt undan 30 miljoner pund extra för Betalningsskydd Försäkringskrav.
Bankens nettovinst för kvartalet sjönk till 477 miljoner pund i Storbritannien, från 496 miljoner pund för samma period förra året. Den var också nere på sin tredje största marknad, Spanien.
Men den näst största marknaden, Brasilien, såg en "stark utveckling", med en ökning av både vinst och räntenetto.
Koncernens nettoränteintäkter - de pengar den tjänade på utlåningen, mätt som skillnaden mellan den ränta den får från låntagare och vad den betalar sparare - minskade med 2,3 % till 7,79 miljarder euro.
"Även om lågräntemiljön inom utvecklade ekonomier fortfarande är en utmaning för delar av vår verksamhet, har motståndskraften i vår affärsmodell gjort det möjligt för oss att fortsätta leverera, med våra latinamerikanska och konsumentfinansiering franchisetagare växer särskilt väl under året.", säger koncernens verkställande ordförande Ana Botin.
Hon tillade dock: "Vi räknar med att avsluta 2016 som överstiger fjolårets resultat, vilket gör det möjligt för oss att öka vår utdelning per aktie och resultat per aktie."
I sin brittiska förvaltningsrapport sade banken att den förväntade sig landets beslut att lämna EU för att på kort sikt resultera i "lägre konsumentförtroende och, med tiden, lägre ekonomisk tillväxt".
"Dessutom, det lägre värdet av sterling, i kombination med en pågående ökning av oljepriserna, kommer sannolikt att leda till högre inflation," tillade den.
Nathan Bostock, Storbritanniens verkställande direktör, tillade: "Även om vi inte har sett någon väsentlig inverkan på vår verksamhet under den korta perioden sedan EU-omröstningen, förväntar vi oss en mer utmanande makroekonomisk miljö framöver."
De ytterligare 30 miljoner punden för felförsäljning av PPI under det tredje kvartalet innebär att Santander under årets första nio månader har avsatt 397 miljoner pund för ersättning och därmed sammanhängande kostnader.
Det sades att bestämmelsen "representerar vår bästa uppskattning av framtida PPI-relaterade skadekostnader, inklusive effekterna av den försenade tvåårsfristen".
Lloyds Banking Group meddelade på torsdag att det hade avsatt en extra £ 1 miljard i tredje kvartalet för att hantera PPI kostnader.
Challenger bank Metro Bank rapporterade också kvartalsvinster på onsdag.
Banken, som noterades på Londonbörsen i mars, såg underliggande vinster före skatt öka med 118 % till 600 000 pund jämfört med andra kvartalet, då den gjorde en förlust på 3,4 miljoner pund. Den redovisade inte en motsvarande siffra för tredje kvartalet 2015.
Dess nettoräntemarginal var 1,95 % - en ökning från 1,93 % jämfört med det andra kvartalet, där den återigen inte redovisade någon motsvarande siffra.
Metro, som erbjuder retail, business och private banking, sade kundkonton hade stigit från 780.000 under de tre månaderna till 30 September till 848.000.
Utlåningen ökade med 73 % till 5,19 miljarder pund. De totala insättningarna ökade med 66 % till 7,3 miljarder pund.
"Jag är glad att kunna meddela ytterligare ett starkt kvartal, med betydande tillväxt över utlåning, inlåning och kundkonton, samt banken rapporterar sin första kvartals underliggande vinst," säger verkställande Craig Donaldson.
Den spanska banken Santander har rapporterat en ökning av nettovinsten under tredje kvartalet jämfört med för ett år sedan, vilket underlättas av dess resultat på tillväxtmarknaderna i Latinamerika.