Genom att nå en uppgörelse, Google kommer att undvika åtal i USA för att dra nytta av annonserna.
De 500 miljonerna representerar företagets intäkter från annonserna och intäkterna från försäljningen av drogerna, sade federala utredare.
Google sa att det inte skulle ha tillåtit annonserna.
"Vi förbjöd reklam för receptbelagda läkemedel i USA av kanadensiska apotek för en tid sedan," sade företaget i ett kort uttalande.
"Men det är uppenbart med efterklokhet att vi inte borde ha tillåtit dessa annonser på Google i första hand."
Det amerikanska justitiedepartementet sa att kontrollen över försäljningen av drogerna var otillräcklig.
"Även Kanada har sina egna regler för receptbelagda läkemedel, kanadensiska apotek som skickar receptbelagda läkemedel till amerikanska invånare är inte föremål för kanadensisk tillsynsmyndighet, och många säljer läkemedel som erhållits från andra länder än Kanada som saknar tillräckliga apoteksregler," avdelningen sade.
Den tillade att det högre priset på läkemedlen återspeglade det faktum att några kunde köpas utan en läkares recept.
Internet jätte Google har gått med på att förverka $ 500m (Â £ 306m) för att publicera online-annonser från kanadensiska apotek som säljer olagliga droger till amerikanska kunder.