Den resulterande filmen är en del av ett projekt med hjälp av högteknologiska scanningsmetoder för att utforska djurens anatomi.
Det tog 132 timmar för ormen att smälta råttan, sade forskarna. Deras arbete har avslöjat andra märkliga insikter i python matsmältning.
De presenterade studien vid Sällskapet för experimentell biologis årsmöte i Prag i Tjeckien.
Forskarna utförde en datortomografi eller datortomografi av en sövd 5kg burmesisk python en timme efter att den hade slukat råttan hela.
De använde också en teknik som kallas magnetisk resonanstomografi (MRI) för att studera varelsens inre organ.
Genom att använda kontrastmedel kunde forskarna lyfta fram specifika organ och få dem att framträda i olika färger.
En serie MRI-bilder avslöjade det gradvisa försvinnandet av råttans kropp. Samtidigt expanderade ormens tarm, gallblåsan krympte och hjärtat ökade i volym med 25%.
Forskarna Henrik Lauridsen och Kasper Hansen, båda från Århus universitet i Danmark, förklarade att ökningen av ormens hjärta troligen var förknippad med den energi det behövde för att smälta sin måltid.
"Det är en sitta och vänta rovdjur", förklarade Mr Lauridsen. "Den fastar i månader och äter sedan en riktigt stor måltid.
"Den kan äta motsvarande upp till 50 % av sin egen kroppsvikt, och för att få ut energin ur måltiden måste den starta om tarmsystemet mycket snabbt."
Forskarna, som båda är baserade vid institutionen för zoofysiologi och MR Research Centre vid Århus, säger att deras förhållningssätt har flera fördelar jämfört med de "subjektiva och ibland vilseledande" tolkningarna av dissektioner.
Dissektion framkallar förändringar, förklarade dr Hansen. "Till exempel, efter att ha öppnat det täta benet i en sköldpaddsskal, lungorna kommer att kollapsa på grund av förändringen i trycket.
"Och för att använda dessa tekniker behöver du inte döda djuret", tillade han. "Vi kan göra detta med levande djur och se över resultaten om och om igen."
Bilderna, säger de, kommer att vara värdefulla verktyg i framtida studier av djur anatomi för både forskning och utbildning.
Som en del av projektet har de producerat liknande spektakulära bilder av flera andra arter, däribland grodor, alligatorer, sköldpaddor, träskålar och skäggiga drakar.
Forskare har använt de senaste avbildningsmetoderna för att titta inuti en pytonorm som just svalt en råtta hel.