Royal College of Nursing (RCN) har funnit att avslagen har drabbat uppmärksammade sjukhus i Cambridge, Newcastle och Manchester.
En begäran om informationsfrihet till den rådgivande kommittén för migration (MAC) fann mer än 2 341 avslag.
Regeringen sa att MAC höll på att se över sin vägran politik.
RCN begärde att antalet ansökningar om att låta sjuksköterskor från utlandet (utanför Europeiska unionen) arbeta i England mellan april och november 2015 och antalet avvisades.
Den fann att East Lancashire Hospitals NHS hade det högsta antalet avslag med 300 av 300 ansökningar.
Forskningen visade att Brighton och Sussex universitetssjukhus och North Cumbria universitetssjukhus båda hade omkring 240 avslag.
Sjuksköterskor sattes tillfälligt upp på MAC:s bristlista (tillåt fler utländska sjuksköterskor) i december.
Janet Davies, chef för RCN, sade: "Dessa siffror visar att när omvårdnad inte finns på listan, många truster inte kan rekrytera tillräckligt många sjuksköterskor, vilket kan ha en inverkan på patientvård."
Catherine Morgan, sjuksköterskechef på Queen Elizabeth Hospital i King's Lynn, berättade för BBC att hon hade hindrats från att rekrytera ett antal utländska sjuksköterskor.
"Det är frustrerande eftersom vi driver ett sjukhus och vill att det ska vara säkert, och vi hade möjlighet att rekrytera från Indien och Filippinerna och vi hade sjuksköterskor angelägna om att komma över men har inte kunnat ta med dem", sade hon.
En talesman för hälsovårdsdepartementet sade: " MAC håller för närvarande på att se över listan över bristyrken. Bemanning är en prioritet och det finns redan mer än 8 500 fler sjuksköterskor på våra avdelningar sedan 2010 och 50.000 fler sjuksköterskor i utbildning.
"Vi vill ha mer hemväxande personal i NHS och våra senaste förändringar av studentfinansiering kommer att skapa upp till 10 000 fler sjuksköterske-, barnmorske- och allieradsjukvårdsutbildningar senast 2020."
Tusentals sjuksköterskor nekades tillstånd att arbeta i England förra året, trots att sjukhusen stod inför personalbrist, visar nya siffror.