Andra plats Chelsea stängde gapet tillbaka till 10 poäng med en 4-0 thrashing av Birmingham City Ladies.
Staden dominerade en poänglös första halvlek mot Läsning men fick vänta tills Beattie andra hälftens rubrik för att leda.
Houghtons eleganta sena frikick hittade nedre hörnet för att göra det 2-0.
Segern var välförtjänt men besökarna begränsade stadens möjligheter i den första perioden, med Jane Ross går närmast när hennes skott träffade baren.
Men Beattie lindrade alla farhågor för att släppa poäng när hon konverterade Toni Duggans frikick strax efter omstart, och andra center-back Houghton avslutade segern med två minuter kvar.
Staden har tre matcher kvar, inklusive en mot Chelsea. Även om de förlorar till London sidan, City behöver bara två segrar för att vara säker på att hålla ligan titeln.
Manchester City försvarare Jennifer Beattie:
"Jag vet känslan av att ha vunnit ligan och jag vill att det ska hända med denna klubb. Det är en lysande klubb och vi vill ha titlar, och vi vill ha silvervaror. Förhoppningsvis hjälper erfarenheten.
"Det bästa är att vi fortfarande inte är lyckliga; vi tror fortfarande att vi kan bli bättre.
"Vi har gjort mål två gånger från set bitar men vi vill ha poäng från öppet spel också. Vi har kvaliteten där men det handlar bara om att få det att hända i den sista tredje."
Läser försvararen Molly Bartrip:
"Det är svårt att sitta tillbaka i din egen hälft, men du kommer bort till lag som Manchester City och du förväntar dig det.
"Vi visste vad vi var tvungna att göra för att hindra dem från att ta sig igenom oss. Vi utförde det riktigt bra, det var bara två fåniga uppsättningar.
"Jag tror att om du tittar på båda spelen mellan de två lagen, har vi matchat dem båda gångerna. Det är små misstag som kostar oss spelet. "
Matchen slutar, Manchester City Women 2, läs damer 0.
Andra halvlek, Manchester City Women 2, läs damerna 0.
Foul av Georgia Stanway (Manchester City Women).
Remi Allen (Läsande Damer) vinner en frispark i defensiva halvan.
Substitution, Manchester City Women. Georgia Stanway ersätter Jill Scott.
Mål!  Manchester City Women 2, läs damer 0. Stephanie Houghton (Manchester City Women) från en frispark med ett högerfotat skott till nedre vänstra hörnet.
Jane Ross (Manchester City Women) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Kirsty McGee (Läsande Damer).
Hörnet, Manchester City Women. Förföljd av Rebecca Jane.
Foul av Keira Walsh (Manchester City Women).
Emma Follis (Reading Ladies) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök blockerat. Toni Duggan (Manchester City Women) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Foul av Keira Walsh (Manchester City Women).
Lauren Bruton (Läsande Damer) vinner en frispark i defensiva halvan.
Försök missade. Nikita Parris (Manchester City Women) höger fotade skott från mitten av lådan är bara lite för hög efter en snabb paus.
Foul av Demi Stokes (Manchester City Women).
Remi Allen (Läsande Damer) vinner en frispark på höger vinge.
Foul av Demi Stokes (Manchester City Women).
Rachel Rowe (Läsande Damer) vinner en frispark på vänsterkanten.
Försök missade. Nikita Parris (Manchester City Women) huvudet från vänster sida av sex yard boxen är nära, men missar den övre vänstra hörnet.
Foul av Keira Walsh (Manchester City Women).
Lauren Bruton (Reading Ladies) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Jennifer Beattie (Manchester City Women).
Molly Bartrip (Reading Ladies) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försöket räddades. Stephanie Houghton (Manchester City Women) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet.
Substitution, läs damer. Melissa Fletcher ersätter Jade.
Jane Ross (Manchester City Women) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Kylie Davies (Läsande Damer).
Försök blockerat. Nikita Parris (Manchester City Women) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Keira Walsh (Manchester City Women) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Rachel Rowe (Läsande damer).
Hörnet, Manchester City Women. Förföljd av Harriet Scott.
Nikita Parris (Manchester City Women) vinner en frispark på vänsterkanten.
Foul av Kirsty McGee (Läsande Damer).
Foul av Jill Scott (Manchester City Women).
Remi Allen (Läsande Damer) vinner en frispark i defensiva halvan.
Substitution, Manchester City Women. Nikita Parris ersätter Daphne Corboz.
Foul av Jill Scott (Manchester City Women).
Molly Bartrip (Reading Ladies) vinner en frispark i anfallshalvan.
Hörnet, Manchester City Women. Förföljd av Mary Earps.
Jennnifer Beattie och Steph Houghton gjorde som Manchester City kort sträckt sin ledning på toppen av Women's Super League till 13 poäng med en patient seger över winless Reading.