Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Han hjälpte återigen till att rädda Englands flagnande slag när han slog en obesegrad 107 vid en solkysst Herres.
Tillsammans med 85 från skeppare Alastair Cook, Bairstow s tredje ton i sex Tests drog värdarna ut ur ett hål i nära perfekt förhållanden för att slåss.
Rush strokeplay blandat med disciplinerad bowling från Sri Lanka hade minskat Cooks män till 84-4 strax efter lunch.
Men Bairstow tjänade på en fälld fångst och sedan den mest marginella av lbw beslut att fortsätta sin underbara tidiga sommar kör av form.
Inte sedan slå Indien 4-0 sommaren 2011 har England vitkalkat en Test motståndare i en serie av tre eller fler matcher.
Och även om väderprognosen för resten av matchen är osäker, Bairstows kamp tillbaka har gett dem ett grepp i en tävling som hade drivit Sri Lankas väg.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Medan England har förbättrats både i stil och substans under loppet av det senaste året, allvarliga brister kvarstår - och sårbarheten i toppordningen är den mest angelägna av alla.
På en sann pitch och under godartade skyar, de återigen förlorade nyckel wickets billigt - fyra denna gång för 28 körningar, efter att ha valt att fladdra och såg helt oberörd under den första timmen av spel.
Först förlorade Alex Hales tålamod, efter att ha hållits orörlig för 22 bollar, heaving onödigt på Rangana Herath att skicka en looping kant till Angelo Mathews på slip.
Nick Compton, fast i en hemsk trav av form och till synes berövad självförtroende, jagade en bred halvvolley och kantade Suranga Lakmal bakom för bara en.
Joe Root följde fyra körningar senare, fast Lbw av samma bowlare efter det första icke-out beslutet korrekt omkullkastades av den tredje umpiren, och när James Vince fick sin borgen borttagen av Nuwan Pradeep för 10 strax efter lunch, England hade sjunkit från 56-0 till 84-4.
Comptons avskedande var den mest kyskhet av alla: till en boll som rutinmässigt skulle ha drivits bort för fyra, hälsas av en fasansfull tystnad från den nära kapacitet publiken, följt av en långsam promenad tillbaka till den gamla paviljongen, Herrens plötsligt ensammaste plats i London.
Det kunde ha varit värre hade Shaminda Eranga höll på till en enkel chans i mitten av veken när Bairstow var på 11, bollen flyger rakt i händerna och ut igen.
Men Yorkshireman, en stark kontrast till Compton i sommar i form av söt touch och självsäker animation på vecket, fortsatte att spela sina skott med Cook i mer senate stil i andra änden.
Cook nådde sina femtio off 89 bollar - hans första halvsekel av serien - och den enda överraskningen var att hans oberörda framsteg slutade på 85, Pradeep fånga honom lbw med en fin inswinger från runt Wicket.
Bairstow hade sedan sitt andra liv, ges inte ut till en lbw rop från Eranga på 56 när översynen visade att bollen verkade slå tillräckligt med ben stubbe för att skicka det hjulet bort.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Hade det ursprungliga beslutet varit ute skulle han ha gått, men istället slog han sig ner med först Moeen Ali och sedan Chris Woakes som eftermiddag vände till kväll och bollen förlorade sin glans och form.
Enligt hans aggressiva normer var det en patientinnings, men när han erbjöds något överansträngt eller brett genom en hårt arbetande och parsimonisk attack, tog han full fördel.
Hans första testsekel på Herrens tid kom med ett kittlande kittlande från höften från hans 160: e boll, när kvällsskuggorna sträckte sig över planen, och han firade i passande stilhjälm bort, armar utsträckta till den tacksamma publiken.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Englands Jonny Bairstow på Test Match Special: " Det gläder mig. Det var lite kliigt men ibland måste man bara hitta ett sätt att komma dit. Ägglossningen i slutet var något speciellt."
Före detta Englands fladdermöss Geoffrey Boycott: "Bairstow ser det som repigt - vi ser det som snyggt slag. Och det är ett bra jobb att han fick sparken för att England skulle ha varit i riktigt trubbel. Den här mellanordningen har fått ut dem ur fängelset."
"England har inte haft en bra dag. Detta är inte en bra avkastning för att vinna kasta - solig dag, bra tonhöjd. Om det är tillräckligt beror på när vi ser Sri Lanka fladdermus."
Förre England kapten Michael Vaughan på Nick Compton: "Han har kämpat hela sommaren. Han behövde ett nummer på en riktig wicket mot en enkel attack.
"Det är en ensam värld - internationell sport - när saker och ting är emot dig. Han ger inte energi på nummer tre. Han har inte de grejerna."
Jonny Bairstows andra århundradet av serien hjälpte England återhämta sig från en annan topp-order kollaps för att nå 279-6 på dag ett av det tredje testet med Sri Lanka.