Dayow Mohamed Hassan, 44, begravdes halsdjupt och slets till döds med stenar av al-Shabab-kämpar.
Han dömdes för att ha haft ett äktenskapsbrytande förhållande med en kvinna och impregnerade henne, trots att han hade två hustrur, sade en tjänsteman.
Al-Shabab avkunnar ibland sådana domar för sexualbrott inom områden som den kontrollerar i Somalia.
År 2014 stenades en tonårspojke till döds efter att ha dömts för att ha våldtagit en kvinna.
År 2008 dödades en ung flicka på liknande sätt efter att ha dömts för äktenskapsbrott.
I det senaste fallet anmälde en kvinna våldtäkt mot Hassan, men domstolen prövade honom för äktenskapsbrott som det är lättare att bevisa, säger BBC:s somaliska Mohamed Mohamed.
Hundratals människor såg honom stenas död i Ramo Adey byn i södra centrala Bay regionen, sade Moalim Geedow, al-Shabab guvernör för området.
"Mannen hade en tredje kvinna som var frånskild... Han lurade henne och sade att han gick till en shejk [religiös ledare] och att han gifte sig med henne," Mr Geedow berättade Reuters nyhetsbyrå.
"Men när kvinnan blev gravid debatterade de två familjerna och det fanns inga spår av äkta makar. Rätten beslutade att han inte gifte sig med henne lagligt och han stenades till döds."
Al-Shabab kämpar för att störta den svaga FN-stödda regeringen i Somalia och införa en egen strikt tolkning av islamisk lag.
Den har förlorat kontrollen över många städer till en 22.000-stark Afrikanska unionens styrka som stöder regeringen.
Men gruppen, som är knuten till al-Qaida, har fortfarande en stark närvaro i många landsbygdsområden.
Somaliska militanter har stenat en man till döds efter att en islamisk domstol dömt honom för äktenskapsbrott.