Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Sterling spelade centralt och nettade en hatt-trick, medan strejker Bony gjorde två mål, i en 5-1 seger över Bournemouth.
"Vi var tvungna att göra något annorlunda", sade Pellegrini. "Med hans rörelse trodde vi att Raheem kunde vara farligt.
"Han missade också tre eller fyra mål men han gjorde mycket bra."
Aguero, 27, är inställd på att vara ute för en månad med en hamstring problem medan Silva, 29, är också sannolikt att missa Champions League besök i Sevilla på onsdag och den första Manchester derby för säsongen mot United på Old Trafford nästa söndag (kick-off 14:05 GMT).
Sterlings första halvan hatt-trick var den första av sin karriär, medan Bony, som medgav att han fick malaria i försäsongen, fördubblade hans City mål stämmer sedan hans £28m flytta från Swansea i januari.
Men Pellegrini sa att han var nöjd med Englands internationella Sterlings avslutning.
"Jag är glad eftersom vi ändrade Sterlings position och spelade honom i mitten, med Bony framför honom," tillade Pellegrini.
"Vi tyckte det var bättre för honom att vara nära Bony och även nära lådan.
"När vi köpte Raheem på sommaren sa jag att vi köper en 20-åring som är mycket ung och behöver förbättras. Han är ingen strejkare, men han kan förbättra sin avslutning och idag gjorde han det."
Sterling, vars bästa poäng rekord var 11 mål med Liverpool förra säsongen, sade att han hade gjort extra arbete på sin efterbehandling.
Den £44m signering, som nu har gjort fem mål i 11 City framträdanden, sade: "I utbildning har jag arbetat på en-mot-en situationer i några sessioner.
"Det är något jag kommer att fortsätta arbeta på och förhoppningsvis kommer jag att bli bättre på det."
Bony också berömde Sterlings prestation efter Elfenbenskusten strejkern gjorde sina första mål för säsongen.
"Vi pratade mycket om träningen den här veckan", sa 26-åringen. "Jag vet att han är mycket snabb och jag sa till honom om jag hoppar du måste springa, det finns ingen anledning att tänka på om jag vinner bollen eller inte.
"När vi har bollen ser jag ut att visa mig själv, det fungerade idag. Jag är glad över resultatet och glad att han gjorde tre mål."
City skeppare Vincent Kompany förblev på bänken mot Bournemouth, med Pellegrini säger försvararen var ännu inte redo att återvända trots att spela för Belgien på tisdag.
Belgiens chef Marc Wilmots beslut att spela Kompany arg Pellegrini efter 29-åringen plockade upp en kalvskada mot Juventus den 15 september.
Men Pellegrini sa att hans utelämnande på lördagen bara var av lämplighetsskäl.
"Vi slutade spela med Nicolas Otamendi och Eliaquim Mangala i det senaste spelet och de gjorde mycket bra," City manager tillade.
"Han var på bänken eftersom han spelade för Belgien på tisdag och kunde inte arbeta på onsdag och torsdag. Jag tycker inte att det räcker med att jobba bara en dag efter en månad för att spela igen."
Manchester City boss Manuel Pellegrini berömde Raheem Sterlings kombination med Wilfried Bony som paret visade sig kunna vicesheriffer för skadade duo Sergio Aguero och David Silva.