Sheffield stadsfullmäktige säger att ägaren till Cake 'R' Us, på Devonshire Street, inte hade godkänt arbetet.
Det står att butiken måste målas om i ett färgschema "mer i linje med sina 19th Century egenskaper".
Ägaren David Chan sade att han hade målat butiken i en "handling av nationell stolthet".
Live uppdateringar om denna historia och andra från Sheffield och South Yorkshire
Ett klagomål om butiken, som är en del av den tidigare Wharncliffe Fireclay Works som byggdes för John Armitage 1888, mottogs i januari 2015.
Rådet skrev till Chan för att säga att designen var "oacceptabel" men fick höra att han "inte hade för avsikt att måla om butiken" och istället skulle ansöka om samtycke. Det sades att ingen ansökan ännu har lämnats in.
Chan sade: "Det är Union Jack. Jag förstår inte varför den behöver ändras. Jag stöder drottning och land."
Frågade vad han skulle göra om rådet vidtog rättsliga åtgärder för att få honom att måla om butiken, sade han: " Jag skall skriva till drottningen. Jag ser inget fel med det. Det är en nationalstolthet."
I en rapport från rådet hette det: " Det fackliga flaggtema som har tillämpats på butiksfronten anses vara visuellt påträngande och respekterar inte den ursprungliga karaktären hos den egendom som den är fäst vid, på grund av sin samtida och utsmyckning.
"Den här verkstadsfronten har en djup fascia och projiceringsskylt för dessa ändamål, och det finns inget som rättfärdigar Garish och unsympathetic målning av butiken front för att tjäna detta ändamål."
I rapporten rekommenderas att rådets planeringskommitté, som ska sammanträda den 26 april, kommer överens om att vidta "lämpliga åtgärder, inbegripet, om nödvändigt, verkställighetsåtgärder och rättsliga förfaranden för att säkerställa ommålning av verkstadsfronten".
En man som målade framsidan av sin listade butik av klass II med en "garish and unsympathetic" fackflagga står inför eventuella rättsliga åtgärder för att bryta mot planeringsreglerna.