Men utredningen om attacken mot Pulse gay nattklubb, där 49 personer dödades, behandlas som en terroristutredning, tillade han.
FBI: s chef sa att revolvermannen radikaliserades via internet.
Samtidigt Donald Trump sade att han skulle avbryta invandringen från vissa delar av världen till USA.
Den presumtiva republikanska presidentkandidaten förnyade också sitt krav på ett tillfälligt förbud mot att muslimer kommer in i landet.
De amerikanska myndigheterna säger att vapenmannen Omar Mateen lovade trohet till IS strax före attacken i Florida.
Omfattningen av eventuella kopplingar till invaderande arter är dock fortfarande oklar.
I Washington sade Barack Obama: " Det verkar som om han i sista minuten [gunman Omar Mateen] tillkännagav trohet mot Isil [IS].
"Men det finns inga bevis än så länge för att han faktiskt var regisserad.
– Detta är verkligen ett exempel på den hemmaodlade extremism som vi alla har oroat oss för under en mycket lång tid.
Hur attackerna utspelade sig
Vem var Omar Mateen?
Polisen förnekar falska påståenden om "flera skyttar"
Orlando skjutning: Särskild rapport
Den dödligaste massskjutningen i USA:s senaste historia slutade när polisen sköt ihjäl Mateen. Angreppet gjorde också 53 personer skadade.
Orlando Regional Medical Centre sade i måndags att ett antal av de offer som behandlades där förblev kritiskt sjuka, och fem patienter var i ett allvarligt tillstånd.
Som svar på Orlando-skjutningarna upprepade Trump sitt förslag att förbjuda utländska muslimer att komma in i USA.
"Vi kan inte fortsätta att tillåta tusentals människor att strömma in i vårt land, av vilka många har samma tankeprocess som denna vilde mördare."
Trump sa: "När jag är vald kommer jag att avbryta invandringen från områden i världen där det finns en bevisad historia av terrorism mot USA, Europa eller våra allierade."
Han uttalade sig också emot varje åtgärd för att öka vapenkontrollen och sade att han skulle "alltid försvara" det andra ändringsförslaget som skyddar "folkets rätt att behålla och bära vapen".
3,3 miljoner
AR-15 i USA 2012 (uppskattad)
45 skott per minut
26 personer dödade av AR-15 i Sandy Hook 2012
0 dagars väntan behövs för att få en i Florida
Samtidigt presumtiv demokratisk kandidat Hillary Clinton lovade att göra stoppa "lone varg" attacker en högsta prioritet.
Clinton krävde åtgärder för att hindra militanter från att få tag på vapen och sade att krigsvapen inte hade någon plats på USA:s gator.
FBI:s direktör James Comey berättade för journalister i Washington att det fanns "starka tecken på radikalisering och på potentiell inspiration från utländska terroristorganisationer".
"Vi är mycket övertygade om att denna mördare radikaliserades åtminstone i någon del genom internet", sade han.
I telefonsamtal till myndigheterna från nattklubben, Mateen sade att han utförde attacken för IS men han lovade också lojalitet till en självmordsbombare för al-Nusra Front gruppen i Syrien, och till förövarna av Boston Marathon bombning, av vilka ingen är kopplad till IS.
"Vi ser inga tecken på att detta var en komplott riktad från utanför USA, och vi ser inga tecken på att han var en del av någon form av nätverk," Mr Comey sade.
Utredare går igenom mördarens liv, och särskilt hans elektroniska apparater, för att försöka förstå hans motivation, sade Mr Comey.
FBI-chefen avböjde att använda revolvermannens namn, som "en del av vad som motiverar sjuka människor att göra denna typ av saker" var en önskan om berömmelse, sade han.
"Vi arbetar också för att förstå vilken roll anti-gay bigottry spelade i denna attack," Mr Comey sade.
Mr Comey redogjorde för sin organisations tidigare kontakt med Mateen, och försvarade FBI: s utredningar om honom.
"Jag ser ingenting i att granska vårt arbete som våra agenter borde ha gjort annorlunda", sade Mr Comey, samtidigt lovande öppenhet i frågan.
Ägaren till en vapenaffär där Mateen nyligen köpte två vapen sa att han hade klarat en fullständig bakgrundskontroll när han köpte vapnen.
"Om han inte hade köpt dem från oss jag är säker på att han skulle ha fått dem från en annan lokal vapenaffär," Edward Henson från St Lucie Shooting Center berättade reportrar.
Mateen började skjuta inne i klubben runt 02:00 (06:00 GMT) på söndagen, när klubben höll en latinsk kväll och var fullpackad med revellers.
En polis som jobbade på klubben slogs mot Mateen i en vapenstrid innan polisens förstärkningar anlände.
När Mateen tvingades retirera på toaletten, tog han gisslan, sade polischefen John Mina i Orlando.
Ytterligare 15 personer befann sig i en annan toalett, tvärs över korridoren, sade Orlando Mayor Buddy Dyer.
Att tro på Mateen skulle döda igen omedelbart, polisen använde sprängämnen och ett bepansrat fordon för att bryta igenom en vägg i byggnaden och överlevande började strömma genom hålet de hade skapat.
Mateen själv följde dem ut skjuta och dödades, säger polisen.
Städer runt om i världen har varit att flyga regnbåge gay stolt flaggor och upplysa byggnader i solidaritet med offren för skottlossningen i Florida.
Vigils för Orlando hålls över hela Storbritannien
Namnen på 48 av de 49 offren har nu släppts: 41 män och sju kvinnor. De omfattar följande:
Puls nattklubb höll sin latino natt när attacken ägde rum och många av offren har latino eller latinska namn.
Läs mer om offren här
HBTQ-grupper under belägring
Det finns inga tydliga bevis för att Orlando-kanonen leddes av den så kallade islamiska statsgruppen (IS), USA:s president Barack Obama har sagt.