23-åringen var en fri agent efter att ha lämnat Shrimpers i december.
Den tjeckiska började sin professionella karriär med Liverpool innan han gick Yeovil i juni 2014, vilket gör 45 liga framträdanden för Glovers.
Han kommer inte att kunna spela för Pilgrims, som inte har avslöjat längden på sin affär, mot de röda i FA Cup tredje omgången, har redan spelat för Southend i tävlingen.
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
Plymouth Argyle har undertecknat tidigare Southend United försvarare Jakub Sokolik.