Prof Dame Sally Davies sa att bakterier höll på att bli resistenta mot nuvarande läkemedel och att det fanns få antibiotika att ersätta dem.
Hon berättade för en kommitté av parlamentsledamöter att gå för en rutin operation kan bli dödlig på grund av hotet om infektion.
Experter sade att det var ett globalt problem och behövde mycket mer uppmärksamhet.
Antibiotika har varit en av de största framgångssagorna inom medicin. Men bakterier är en snabbt anpassande fiende som hittar nya sätt att undvika droger.
MRSA blev snabbt ett av de mest fruktade orden på sjukhusavdelningar och det finns växande rapporter om resistens i stammar av E. coli, tuberkulos och gonorré.
Prof Davies sa: "Det är tydligt att vi kanske aldrig någonsin ser global uppvärmning, det apokalyptiska scenariot är att när jag behöver en ny höft på 20 år kommer jag att dö av en rutinmässig infektion eftersom vi har slut på antibiotika."
Hon sa att det bara fanns ett användbart antibiotikum kvar för att behandla gonorré.
"Det är mycket allvarligt, och det är mycket allvarligt eftersom vi inte använder våra antibiotika effektivt i länder.
"Det finns en trasig marknad modell för att göra nya antibiotika, så det är en tom pipeline, så när de blir resistenta, dessa buggar, som de skulle naturligt men vi föder upp dem på grund av hur antibiotika används, kommer det inte att komma några nya antibiotika."
Möjliga lösningar kommer att ingå i hennes årsrapport som kommer att publiceras i mars.
Världshälsoorganisationen har varnat världen är på väg mot en "post-antibiotikum era" om inte åtgärder vidtas.
Det målar en framtid där "många vanliga infektioner inte längre kommer att ha ett botemedel och än en gång döda obehindrat".
Prof Hugh Pennington, en mikrobiolog från universitetet i Aberdeen, sade att läkemedelsresistens var "ett mycket, mycket allvarligt problem".
"Vi behöver ägna mycket mer uppmärksamhet åt det. Vi behöver resurser för övervakning, resurser för att hantera problemet och för att sprida information till allmänheten.
Men han sade att det inte var något problem helt och hållet för Förenade kungariket.
"Folk åker utomlands för verksamhet, åker utomlands för, låt oss säga, sexturism och tar hem gonorré som är ett stort problem när det gäller antibiotikaresistens - och sedan finns det tuberkulos i många delar av världen.
Prof Pennington sade att drogföretagen hade slut på alternativ också eftersom alla lätta droger hade gjorts.
"Vi måste vara medvetna om att vi inte kommer att ha nya under droger kommer med eftersom det bara inte finns några."
Ökningen av läkemedelsresistenta infektioner är jämförbar med hotet om global uppvärmning, enligt chefsläkaren för England.