Dons ledde två gånger i första halvlek, genom David Fitzpatricks 20-yardsstrejk och Tom Elliotts volley.
Men Compton jämnades ut vid båda tillfällena, kör igenom för att glida hem och curling i en fri-kick från ut bred.
Och yttern förseglade sin diskant från straffplatsen efter att Kevin Dawson blev nedsmutsad av Callum Kennedy.
Hemsidan faller till 10:e i bordet efter att ha sett deras fyra-spel vinnande körning kommer till ett slut, medan Glovers är tre poäng före Dagenham & Redbridge, vars match sköts upp.
AFC Wimbledon manager Neal Ardley berättade för BBC Radio London:
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Du erkänner tre mål hemma, det duger inte.
"Jag visste att detta skulle vara tufft och jag trummade in det i spelarna. Det var det jag förväntade mig.
"Vi kämpade ibland och vi hade för många spelare som förmodligen inte presterade till de nivåer de har utfört på. Vi ger bort riktigt dåliga mål.
"Vi har slut på idéer som försöker jaga spelet de senaste 20 minuterna."
Jack Compton slog en hatt-trick för att tjäna en chock comeback vinna på AFC Wimbledon och ta Yeovil Town tre poäng bort från League Two relegation zon.