Händelsen inträffade på onsdag efter matchen på Kingsholm mellan Skottland och Japan.
En avgång försenades med omkring 20 minuter medan en ny tågchef togs in för att ersätta den som skadades, sade en talesman för Great Western Railway (GWR).
Många supportrar klagade över att de var överfulla på tåg och dålig kommunikation.
GWR talesman Dan Panes sade att det var en incident "mellan en medlem av allmänheten och en medlem av personalen".
"Som ett resultat kunde den personalen inte arbeta på tåget och vi var tvungna att få en ersättare, som tog cirka 20 till 25 minuter."
Panes sade att GWR satte på sig ytterligare fyra tåg och "stärkte" befintliga tåg på grund av det stora antalet passagerare som reser.
"Det är mycket, mycket svårt att få in mer än 2.500 personer på tåg nästan omedelbart", sade han.
"Vi hade gott om kapacitet men vi kunde tillhandahålla alla tåg som vi har i flottan bara för Gloucester och det skulle fortfarande ta lite tid att lasta så många människor ombord på dessa tåg."
BBC: s chef för sport för engelska regioner, Charles Runcie, som var på Gloucester station efter matchen, sade att det fanns "en allsmäktig scrum" att få på ett två-transporttåg strax före 18:00 BST.
"Word filtreras genom att föraren vägrade att ta tåget ut", sade han.
"GWR har haft tre tre år att förbereda sig för detta och de satte fortfarande på samma lilla vagn. Det fanns ingen kommunikation. Det var bara rang hemskt."
Det förekom också klagomål om överbeläggning i Cardiff efter Australiens match mot Fiji på onsdag och i helgen.
En tågchef skadades i ett angrepp på en plattform vid Gloucester-stationen efter en rugby-VM-match.