25-åringen hade varit med Silkmen sedan 2013 efter att ha börjat sin karriär på Stockport County.
Han var kapten på Macclesfield-sidan som förlorade i Wembley i FA Trophy-finalen den här säsongen till York City.
Hallar är Chester tredje nära säsongen signering, efter ankomsten av strejkande Harry White och Nyal Bell.
White var signerad av Solihull Moors, medan Nyal Bell har gått på en halvsäsong lån från Gateshead fram till 7 januari.
Jon McCarthys sida slutade 19: e i bordet, smalt undvika nedflyttning, efter att ha varit sjunde vid jul.
Hitta alla de senaste fotbollsöverföringarna på vår dedikerade sida.
Chester har skrivit på ett års avtal med Andy Halls efter att han tackat nej till ett nytt kontrakt med Macclesfield Town.