Nio bärbara datorer togs under ett inbrott till Pitcoudie Primary School söndagen den 20 november.
Polisen sa att två män i åldern 24 och 22 år kvarhölls och åtalades i samband med stölden efter undersökningar av lokala officerare.
De ska infinna sig vid Kirkcaldys sheriffdomstol senare.
Två män har åtalats efter en räd på 8 000 pund mot Glenrothes grundskola.