Världen nummer ett föreslog på söndagen att manliga spelare bör tjäna mer eftersom de genererar mer inkomst.
Men serben säger att han har varit i kontakt med andra spelare, inklusive Murray, som kritiserade hans ursprungliga hållning.
"Jag hade aldrig någon avsikt att förolämpa dem eller komma med några negativa konnotationer", sade han.
28-åringen från Belgrad tillade: "Jag gör inga skillnader mellan könen. Jag är för jämlikhet inom idrotten."
Djokovic sade att han hade fått ett meddelande från Murray på tisdagen och att de hade talat "mycket öppet och ärligt" om frågan.
11-tidens Grand Slam mästare sade att han också hade skickat meddelanden till Serena Williams, Caroline Wozniacki och Ana Ivanovic.
"Jag känner mig mycket ledsen om, på något sätt, jag skadade min kvinnliga kollega tennisspelare," sade han. "Jag har en väldigt bra relation till dem alla. Jag har en enorm respekt för dem alla."
Djokovic hade redan bett om ursäkt i ett Facebook-inlägg på tisdagen till de människor som kan ha blivit upprörda av hans kommentarer men gick längre när han stod inför media i Miami på onsdag.
Det följde 30 minuter av diskussioner med Billie Jean King, en tidigare värld nummer ett och grundare av Women's Tennis Association.
Chris Evert talade också med Djokovic i Miami.
Evert, en 18-årig storslamsmästare, pekade på Djokovics kulturella uppfostran som en möjlig orsak till några av hans åsikter.
"Européerna stod bakom amerikanerna när det gällde att acceptera jämlikhet", sade Evert.
"Jag tvivlar på att du skulle höra det lika mycket från amerikanska män spelare och jag liksom applåderar Amerika för det."
Evert säger att männens spel har gynnats mycket av rivalitet Djokovic, Roger Federer och Rafael Nadal.
Men amerikanen tror att populariteten av mäns och kvinnors spel är "cyklisk".
"Jag vet att kvinnorna var större drag i vissa epoker, särskilt när vi hade amerikanska kvinnor på toppen och europeiska män på toppen", sade hon.
"De senaste åren har varit en gyllene era för herrarnas spel eftersom du har tre av de största spelarna genom tiderna."
Novak Djokovic har bett om ursäkt till ett antal ledande kvinnliga spelare - och talat med Andy Murray - efter hans kommentarer om lika lön i tennis.