Nuvarande verkställande direktör Don Mattrick, som anslöt sig till företaget 2013, kommer att lämna, med omedelbar verkan.
"Jag återvänder till företaget som jag älskar för att påskynda innovation", sade Pincus i ett uttalande.
Han får en lön på 1 dollar.
Mr Mattrick sade att han kommer att återvända till sitt hemland Kanada, tillägger: "Jag tror att tidpunkten är nu rätt för mig att lämna som VD [överordnad verkställande direktör] och låt Mark leda företaget in i sitt nästa kapitel med tanke på hans passion för grundande vision och hans förmåga att par våra mobila framsteg med Zynga unika styrkor."
Även om Zynga - känd främst för sina en gång populära Facebook-spel som Farmville och Words med Friends - har stabiliserats under Mr Mattrick, har företaget fortsatt att kämpa.
I sin senaste inkomst release, Zynga sade att det förlorade $225,9m (Â £152m) i 2014, jämfört med $37m ett år tidigare.
Man sade dock att dess mobila publik fortsatte att växa - vilket visar att den inte längre förlitade sig på Facebook för att generera en majoritet av sin trafik.
Aktierna i företaget ökade med mer än 3 % i handeln efter det att de amerikanska marknaderna hade stängts.
Bekymrad game maker Zynga har meddelat att grundaren Mark Pincus kommer att återvända för att leda företaget, eftersom det kämpar för att upprepa framgången av träffar som Farmville.