Vanligtvis finns det nio fall av mikrocefali, tillståndet kopplat till viruset, i Brasiliens Pernambuco tillstånd varje år. När Vanessa van der Linden undersökte fem fall på två veckor i slutet av augusti förra året väcktes hennes oro.
Brasilien står i centrum för zikautbrottet och har rapporterat omkring 4.000 misstänkta fall av mikrocefali sedan bara i oktober förra året.
Här är några av de frågor du har ställt till Dr van der Linden på BBC News Facebook-sidan.
– Det var konstigt att se ett så stort antal barn med små huvuden födas helt plötsligt, säger dr van der Linden.
Inom några veckor i augusti och september förra året fanns det 20 fall på två av statens sjukhus, säger hon.
Det är mer än dubbelt så många som brukar rapporteras under ett helt år.
"Vi försökte utforska vad som hände med barnen. Mönstren i våra tester pekade på en medfödd infektion, en som vi inte hade sett tidigare."
Doktor van der Linden säger att mikrocefali ofta missförstås som sjukdom.
"Mikrocefali är bara ett symptom, det är inte sjukdomen. Sjukdomen orsakar skador på spädbarns hjärnor och resulterar i små huvuden, säger hon.
Mikrocefali kan ha olika orsaker, bland annat genetiska störningar och infektioner som syfilis eller toxoplasmos, säger dr van der Linden.
"När vi undersöker ett barn med mikrocefali analyserar vi deras hjärnskanning. Vissa missbildningar, som ärr i hjärnan, pekar oss mot medfödda infektioner."
Sambandet mellan mikrocefalin och zikaviruset har inte bekräftats.
Läkare fann också att vissa barn som dog hade viruset i hjärnan och det har också upptäckts i moderkaka och fostervatten.
Enligt dr van der Linden finns det fortfarande fler frågor än svar om zikaviruset.
Men hon säger att framtida graviditeter förmodligen inte påverkas av att ha fått viruset tidigare.
För närvarande beräknar läkarna att viruset bara stannar kvar i kroppen i två veckor.
– Efter en zikainfektion är det troligt att kvinnor utvecklar immunitet mot viruset. Det skulle innebära att det inte finns någon risk för att Zika blir gravid under en framtida graviditet, säger dr van der Linden.
Flera regeringar i Latinamerika och Västindien har uppmanat kvinnor att skjuta upp havandeskap i upp till två år.
WHO har inte rekommenderat reseförbud med drabbade länder, men säger att det håller på att utarbeta råd för gravida kvinnor.
Symtomen på mikrocefali beror på hur allvarligt tillståndet är, förklarar dr van der Linden.
"Det finns några barn med en mild form av mikrocefali som utvecklas normalt."
De allvarligaste fallen gråter mycket, är väldigt upprörda och sover knappt, säger hon.
" Viruset orsakar skador under graviditeten. Barnet föds med konsekvenserna och vi kan inte vända på dem, säger dr van der Linden.
Det finns inget botemedel mot mikrocefali, förklarar hon, och vad som kan uppnås när det gäller behandling beror på hur allvarligt tillståndet är.
"För vissa barn kan rehabilitering bara förbättra livskvaliteten. Andra kan lära sig att gå och kommunicera via ögonkontakt och leende."
Bebishuvudena fortsätter att växa, men i långsammare takt än normalt, säger hon.
Sammanställd av Michael Ertl
En av de första läkarna som identifierade den troliga kopplingen mellan zikaviruset och tusentals barn som föds med underutvecklade hjärnor har besvarat dina frågor.