Itoje, 22, hjälpte England slutföra Six Nations Grand Slam och var en del av truppen som säkrade en 3-0 serie vitkalkning av Australien ner under.
England kapten Hunter, 31, var ständigt närvarande under 2016.
Nya Zeeland flyger halva Beauden Barrett vann årets herrspelare.
Barrett, 25, är den femte på varandra följande spelaren från världsmästaren All Blacks att ta emot priset, efter Dan Carter (2012 och 2015), Kieran Read (2013) och Brodie Retallick (2014).
Itoje, hans Saracens och England lagkamrater Owen Farrell och Billy Vunipola, Nya Zeelands danska Coles och Irlands Jamie Heaslip var också nominerade.
Itoje är för närvarande skadad och missade Englands 37-21 seger över Sydafrika på lördag.
Steve Hansen utsågs till årets tränare, och hans All Blacks var årets lag efter att ha satt en ny rekord för att vinna 18 på varandra följande tester.
Sydafrikas Seabelo Senatla och Australiens Charlotte Caslick var årets mäns och kvinnors sju spelare.
Prenumerera på BBC Sport nyhetsbrev för att få vårt tips på nyheter, funktioner och video skickas till din inkorg.
England framåt Maro Itoje utsågs till årets genombrottsspelare och landsman Sarah Hunter vann årets kvinnliga spelare på World Rugby Awards.