Armén, flottan och flygvapnet anklagade männen för att begå uppviglings- och upprorshandlingar och angripa de väpnade styrkornas heder.
Soldaterna säger att de väpnade styrkorna diskriminerar infödda bolivianer, ett påstående militären förnekar.
Protesterna kräver ett möte med president Evo Morales.
Protesten inleddes på tisdagen med 500 soldater, men växte till omkring 1.000 på torsdag.
Icke-besatta officerare och sergeanter klädda i kamouflageuniformer - några med sina fruar - marscherade genom Bolivias huvudstad, La Paz, tillsammans med Aymaras inhemska ledare som stöder deras krav.
"Idag är vi offer för förföljelse, hotelser och hot som riktar sig mot våra familjer," en protestledare, Johnny Gil, berättade Reuters nyhetsbyrå.
Demonstranterna kräver reformer så att icke-besatta officerare kan befordras utanför sergeantklassen och få tillgång till lika utbildningsmöjligheter för att bli yrkesofficerare.
De vill också få slut på vad de ser som diskriminering inom löne-, bostads- och hälsovårdsområdet.
President Morales, själv en Aymara, krävde "disciplin" inom styrkorna.
"Vi talar om väpnade styrkor som är redo att försvara vårt hemland. Om det inte finns någon disciplin finns det inga väpnade styrkor i Bolivia", berättade han för en nyhetskonferens i La Paz.
Men en annan protestledare, Marcela Shiriqui, anklagade honom för att "bara lyssna på militära ledare".
"Allt vi har gjort är att be om lika behandling inom krafterna och ett slut på diskrimineringen. Vi fortsätter med vår protest", berättade hon för Bolivias radiostation Erbol.
Militären förkastade vad den kallade "ursäkta".
"Diskriminering är ingen ursäkt för uppvigling och för att iscensätta en statskupp", berättade överbefälhavaren Victor Baldivieso för Bolivias statligt ägda nyhetsbyrå Abi.
På onsdagen sa försvarsminister Ruben Saavedra att landets väpnade styrkor höll på att förändras och att 2015 skulle värvade soldater och sergeanter kunna få stipendier för att studera för att bli officerare.
Bolivias 38 000 starka väpnade styrkor har cirka 10 000 icke-kommissionerade officerare, enligt AFP:s nyhetsbyrå.
Bolivias militärchefer har beordrat att 702 militärer som har protesterat ska avskedas för att kräva bättre arbetsvillkor.