Brandmän kallades till fastigheten i Ynysfach strax före 04:00 GMT.
Elden hade börjat i skräp utanför huset och spred sig till köket
Welsh Ambulance Service sa att två manliga offer fördes till Prince Charles sjukhus.
Två personer har förts till sjukhus som lider av effekterna av rökinandning efter en husbrand i Mertyr Tydfil.