Stewart Hosie och Angus MacNeil uppges ha haft affärer med journalisten Serena Cowdy.
Carlaw sade att han hade skrivit till parlamentsledamoten med ansvar för standarder.
Förste minister Nicola Sturgeon berättade för BBC att hon inte hade sett några bevis på något brott mot parlamentariska utgiftsregler.
Men Sturgeon, som också är SNP-ledaren, sade att det var vakthundens sak att avgöra. Hon sade också att "även politiker har rätt till privatliv".
Arbetstagarledamot Graham Jones anses ha framfört ett separat klagomål om MacNeil och Hosie till en andra vakthund, Independent Parlaments Standards Authority (Ipsa).
MacNeil sägs ha bott hos Cowdy på Park Plaza-hotellet i London och sedan begärt rummet för utgifter.
Cowdy uppges senare ha varit inblandad i ett förhållande med SNP:s biträdande ledare Mr Hosie, som nyligen skilt sig från sin fru, SNP MSP Shona Robison.
Carlaw, den skotska konservativa ställföreträdande ledaren, skrev till kommissionsledamoten med ansvar för standarder, Kathryn Hudson, och sade "det har påståtts i flera medierapporter" att MacNeil och Hosie hade "fört sina respektive angelägenheter i antingen logi eller hotell som betalades av skattebetalarna".
Han sade att detta skulle bryta mot regler som säger att ledamöterna endast bör använda utgifter "till stöd för parlamentariska uppgifter", och ingenting som "kan orsaka betydande skada på underhusets rykte och integritet".
Som svar sade SNP: "Utgifterna godkändes av Commons myndigheter i enlighet med reglerna för MP's London boende, och ingen av dem innebar några extra kostnader för den offentliga plånboken utöver detta.
"Detta är höjden av hyckleri från Tories, med tanke på omfattningen av flagrant missbruk av utgifter av sina parlamentsledamöter som har exponerats under de senaste åren - de har helt enkelt inte ett ben att stå på när det kommer till denna fråga."
Premiärminister David Cameron gjorde också en dold hänvisning till anklagelserna i House of Commons, när han sade: "Jag vet att SNP har fått andra saker i tankarna - jag tror faktiskt att det är mest samma sak i deras sinnen."
Frågor om användningen av hotellboende har främst fokuserat på MacNeil.
MP för Na h-Eileanan en Iar (västra Isles) har hävdat om Â £ 90 000 i boendekostnader sedan 2010/11, inklusive Â £ 17,823,97 i 2014/15 - den period under vilken han sades ha haft en affär med Ms Cowdy.
De allra flesta anspråken har varit på hotell i Londonområdet.
Detta trots att MacNeil äger en lägenhet i Lambeth, som ligger ungefär 15 minuters promenad från underhuset.
MacNeil, som skilde sig från sin fru förra året, anses ha köpt lägenheten enligt tidigare Westminster-regler om utgifter, vilket gjorde det möjligt för honom att ta ut amorteringar på sina parlamentskostnader.
Men när reglerna ändrades efter parlamentsledamöternas utgiftsskandal, blev MacNeil en av flera parlamentsledamöter som valde att hyra ut sina fastigheter och istället kräva kostnader för vistelse på hotell eller hyrt boende när i London.
Det finns inget som tyder på att denna praxis strider mot Westminsters regler om utgifter, och parlamentsledamöterna behöver inte lämna ut uppgifter om några gäster till myndigheterna.
MacNeil hade tidigare sagt att parlamentsledamöter borde tillåtas att ansöka om lägenheter som de äger, som de gjorde tidigare.
Som svar på de senaste anklagelserna sade han: "Mitt boende i London är påkallat under normala utgifter, vilket är fallet för alla parlamentsledamöter, och kostnaden för detta är förenlig med reglerna för den oberoende parlamentariska standardiseringsmyndigheten (IPSA).
"Jag tycker inte om att kommentera mitt privatliv eller besläktade tabloidhistorier, men mitt äktenskap slutade tyvärr av mycket olika anledningar jämfört med vad som har föreslagits i löjliga tidningshistorier denna vecka.
"För protokollet, som om jag ens behöver säga, har jag aldrig haft så mycket som ett korsat ord med min kollega Stewart Hosie MP."
MacNeil kritiserade den "ohyggliga personliga invasionen där tabloider behandlar dig som en handelsvara som bortser från effekter på barn särskilt".
Parlamentsledamoten tillade att han var tacksam för det stöd han hade fått "i valkretsen, större Skottland och i Westminster inklusive parlamentsledamöter från hela det politiska spektrumet".
Han sa: "Det har varit en utmanande vecka då jag fortsätter att göra mitt jobb och hålla möten som planerat."
MacNeil var tidigare tvungen att betala tillbaka nästan 900 pund i hotellkostnader efter att ha överskridit nattpriset enligt Ipsa-reglerna.
Påståenden om Cowdys affärer med de två SNP-parlamentarikerna har dominerat frontsidorna i Skottlands tidningar under de senaste två dagarna.
SNP-ledaren Nicola Sturgeon - som omvaldes till Skottlands förste minister på tisdagen - sade att äktenskap och relationer stötte på problem "av alla möjliga skäl", och sade "även politiker har rätt till privatliv".
Hon sade: "Jag har inte sett några bevis på något brott mot parlamentets utgiftsregler, men i slutändan är det naturligtvis en fråga för de parlamentariska myndigheterna att avgöra.
"Bortsett från det, är detta frågor som är privata och personliga frågor. Nu accepterar jag att politiker alltid kommer att vara under noggrann granskning, men även politiker har rätt till ett privatliv."
Den första ministern fotograferades i Holyrood-kammaren med Robison - som tjänstgjorde som hälsovårdssekreterare fram till valet nyligen, och som har varit gift med Dundee East MP Mr Hosie i nästan 20 år.
Tory MSP Jackson Carlaw är att rapportera två SNP MPs till en Westminster vakthund över anklagelser de hävdade kostnader för boende medan utföra utomäktenskapliga affärer.