Påbudet, fatwa, antogs på söndagen av en grupp präster.
Det sade att enligt Islam transgender människor med "synliga tecken" på att vara man eller kvinna kan gifta sig med någon av det motsatta könet.
Men de med "synliga tecken på båda könen" kanske inte gifter sig, sade det.
De 50 präster, en del av den föga kända Tanzeem Ittehad-i-Ummat kropp baserad i Lahore, sade också någon handling avsedd att "humiliate, förolämpning eller tease" transgender individer bör betraktas som ett brott under Islam.
Fatwa är inte rättsligt bindande på något sätt.
"Vi är glada att någon har talat om oss också," transsexuella rättighetsarbetare Almas Bobby berättade BBC Urdu. "Genom Sharia hade vi redan rätt [att gifta sig], men om inte åtgärder vidtas för att ta bort missuppfattningarna om oss i samhället, kommer tillståndet i vårt samhälle inte att förändras."
En annan socialarbetare för genusfrågor berättade för BBC Urdu att det var ett "bra steg", men att frågor skulle finnas kvar tills transsexuella äktenskap officiellt legitimerades.
Qamar Nasim sa att många poliser hade åtalat folk i transsexuella äktenskap eftersom "på grund av brist på kunskap... de anser att det är samkönade äktenskap".
"Denna praxis kan bara stoppas när regeringen sprider medvetenhet om en transpersons rättigheter."
Transpersoner diskrimineras i Pakistan och kämpar för att hitta arbete.
Mer än 45 transpersoner har dödats i provinsen Khyber Pakhtunkhwa under de senaste två åren, enligt den lokala rättighetsgruppen Trans Action.
Förra månaden dog en 23-årig transperson aktivist efter förseningar i behandlingen. Alisha, som sköts åtta gånger, var i kritiskt tillstånd när hon blev inlagd på sjukhus, men personalen kunde inte bestämma om hon skulle placeras på en manlig eller kvinnlig avdelning, enligt hennes vänner.
Trans Action, en intressegrupp, säger att det finns minst 45 000 transpersoner i provinsen och minst en halv miljon i hela landet.
Under 2012 förklarade Pakistans högsta domstol lika rättigheter för transpersoner, inklusive rätten att ärva egendom och tillgångar. De fick också rösträtt året innan.
Den har dock nekat homosexuella par rätten att gifta sig, och tidigare har manliga homosexuella åtalats enligt antisodomilagarna.
Ett religiöst dekret som förklarar att transsexuella äktenskap är lagligt har med försiktighet välkomnats i Pakistan, men aktivister säger att attityder fortfarande behöver förändras.