Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Han gjorde sina kommentarer efter den man som undersökte påståenden om oegentligheter sade att rapporten var "onda".
"Det är lite av ett skämt, hela processen," Dyke berättade BBC Sport, tillägger att det såg "snyggt fult för Fifa".
Rapporten rentvådde Ryssland och Qatar från korruptionsanklagelser, men kritiserade FA för att ha nonchalerat budreglerna.
Senare på torsdagen, på BBC:s Newsnight, tillade Dyke att han inte kunde "ta rapporten på allvar".
Han sade: " Hela det sätt på vilket fotbollen fungerar på den nivån är misstänkt och har varit i många år. Jag tror inte att Fifa är en rak organisation och har inte varit det på många år."
Det 42-sidiga dokumentet, som publicerades kl 09:00 GMT på torsdag, sammanställdes av den tyske domaren Hans-Joachim Eckert. Han grundade sina resultat på den amerikanske advokaten Michael Garcias arbete.
Men mindre än fyra timmar senare utfärdade Garcia, som tillbringade två år med att undersöka påståenden om korruption för världens styrande organ Fifa, ett uttalande där han ifrågasatte rapporten.
Han sa att Eckerts resultat innehöll "många materiellt ofullständiga och felaktiga framställningar".
Garcia sa att han tänkte vädja till Fifa.
Fifa sa att det ännu inte hade meddelats av Garcia om hans avsikt att överklaga.
FA anklagades för att försöka "curry favor" med f.d. Fifa vicepresident Jack Warner, som slutade 2011 bland mutor anklagelser.
I rapporten sade Englands budteam försökte vinna stöd av Warner, som är från Trinidad och Tobago, av:
Dyke sa att FA inte hade nåt att dölja.
"Inom den rapporten, är den största delen av kritiken mot människor som samarbetade mest fullt ut", sade han.
"Om du faktiskt inte samarbetade, blir du inte kritiserad, vilket verkar väldigt konstigt för mig. FA har inget att dölja.
"Allt som gjordes godkändes med Fifa-chefen i förväg och fick höra Garcias rapport av den engelska FA."
Dyke krävde också att Garcias rapport, som löper till hundratals sidor, skulle publiceras i sin helhet.
Lord Triesman, ordförande i FA vid tidpunkten för omröstningen för 2018 och 2022 VM ägde rum, sade han också ville se hela dokumentet efter att ha kritiserats för att ha misslyckats med att samarbeta med utredningen.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Jag är aldrig nöjd med att se sammanfattningar av någon annan," Triesman berättade BBC Sport. "I vår tid har människor rätt att se originalet."
Brittisk MP Damien Collins beskrev Eckerts rapport som "en whitewash" innan Garcias uttalande utfärdades.
Fellow MP Clive Efford, Labour's Shadow Minister för idrott, tillade: "Fifa har inget annat val än att publicera Michael Garcias rapport i sin helhet om den förväntar sig att någon ska tro sina påståenden att det inte har funnits någon mörkläggning över anklagelser om korruption i VM budgivningsprocessen."
Fifa undersökning tittade på genomförandet av de nio lag bud för att vinna rätten att iscensätta 2018 eller 2022 VM.
Det inleddes efter att ett antal korruptionsanklagelser gjordes när omröstningen hade ägt rum 2010.
Ryssland vann rätten att vara värd 2018 turnering, slå England och gemensamma bud från Nederländerna/Belgien och Spanien/Portugal.
England samlade bara två röster efter att ha uttryckt stora förhoppningar om att vinna.
Till stor förvåning tilldelades Qatar 2022-evenemanget, vilket ledde till att Australien, Japan, Sydkorea och Förenta staterna drogs in.
Qatar anklagades därefter för att betala Fifa tjänstemän £ 3m för att säkra stöd för sitt bud.
I rapporten godkändes korruptionstillståndet i Gulfstaterna, även om man konstaterade att det fanns "vissa tecken på potentiellt problematiska beteenden hos vissa individer".
Hassan Al Thawadi, generalsekreterare i Qatar 2022 organisationskommitté, sade till BBC Sport: "Vi har varit öppna när det gäller processen för budgivning för 2022 VM.
"Vi har alltid varit säkra på integriteten i vårt bud. Dagens rapport var en bekräftelse på detta."
I rapporten noterades att det ryska budteamet endast gjorde "en begränsad mängd dokument tillgängliga för granskning".
Enligt rapporten hyrde det ryska teamet datorer som sedan förstördes och nekade utredningen tillgång till e-postkonton.
"Vi var alltid övertygade om att det inte kunde finnas något som skulle komma ut från denna undersökning," säger Alexey Sorokin, chef för Rysslands VM 2018 organisationskommitté.
Fifa's rapport om VM korruption är nu meningslöst och ett skämt, enligt den engelska fotbollsföreningen ordförande Greg Dyke.