Vittnen jämförde explosionen, som sände en rökplym hundratals meter upp i himlen, med en jordbävning.
Explosionen inträffade i Faj Attan-området i huvudstaden, nära presidentförläggningen.
En saudisk gruppbombningskampanj har riktat in sig på Shia Houthi-rebellerna i Jemen sedan slutet av mars.
Invånaren Adel Mansour sa till Reuters nyhetsbyrå att det var den största explosionen på mer än tre veckor av bombningar av koalitionen.
"Mina barn är skräckslagna och en av mina släktingar svimmar på grund av explosionens kraft."
Under tiden säger en BBC-korrespondent i den omtvistade hamnstaden Aden att dess sjukhus saknar förnödenheter för att behandla patienter.
Orla Guerin säger att sjukvårdsteam i staden klagar på att patienter dör på grund av brist på utrustning. De har vädjat om mer antibiotika och bandage.
Houthi-rebellerna och deras allierade har försökt fånga Aden i veckor men har hållits tillbaka av flyganfallen och av styrkor från president Abedrabbo Mansour Hadi, som har flytt Jemen för Saudiarabien.
I ett tv-tal på måndagen sa rebellledaren Abdul Malik al-Houthi att Jemenis aldrig skulle ge efter för saudiernas "savage aggression".
Explosionen i Sanaa följde ett flyganfall som drabbade en humanitär affär i Oxfam i Saada, ett Houthi fäste i norra delen av landet.
Välgörenhet fördömde strejken och sade att den hade försett saudierna med koordinaterna för sina lager.
FN säger att 150 000 människor har fördrivits av de senaste striderna, och omkring 12 miljoner människor saknar mat.
Minst 25 personer dödades och 300 skadades i Jemens huvudstad Sanaa efter ett flyganfall på en missilbas orsakade en enorm explosion som tillplattade byggnader.