Den Google-ägda videotjänsten hade varit i strid med Gema - ett tyskt rättighetsorgan som representerade musiker, kompositörer och förlag - sedan 2009.
Oenigheten hade påverkat klipp där artisterna dök upp såväl som de som använde sina låtar i bakgrunden.
Betalningar kommer nu att göras, men ingen sida har avslöjat villkoren.
Googles Content ID-system innebär att klipp flaggas som innehåller Gema-skyddade spår kan nu ha annonser automatiskt läggas till dem för att kompensera låtarnas skapare.
Och röda banderoller som hade förhindrat tusentals YouTube-klipp från att spela i Tyskland har nu tagits bort som en följd av detta.
"Detta är en seger för musikartister runt om i världen, som gör det möjligt för dem att nå nya och befintliga fans i Tyskland... och för YouTube-användare i Tyskland, som inte längre kommer att se ett blockerande budskap om musikinnehåll," bloggade YouTubes chef för internationella musikpartnerskap, Christophe Muller.
Gema sa att det fortfarande fanns oenighet om huruvida YouTube eller personen som laddade upp ett klipp var ytterst ansvarig för att licensiera den musik den innehöll men det nya avtalet markerade fortfarande en "milsten"
"Vi höll fast vid vår ståndpunkt att författarna också ska få en rättvis ersättning i den digitala tidsåldern, trots det motstånd vi mötte", sade dess verkställande direktör, Harald Heker.
En branschövervakare sade att det var en "betydande" sak som hade lösts.
"Gema hade varit en långsiktig holdout på och kritiker av YouTube, slå ut på videosajten även när många skivbolag stödde det," sade Chris Cooke, chef för Obegränsad Media.
"Det har betytt att YouTube inte är det musiknav i Tyskland som det är någon annanstans, vilket har hindrat nyare artister som vill använda det som en marknadsföringskanal.
"Även om det måste sägas under de senaste åren har de flesta etiketter också blivit kritiska mot YouTube, hur det fungerar och de royalties det betalar jämfört med t.ex. Spotify eller Apple Music, även om de fortsätter att arbeta med tjänsten.
"Det kommer att bli intressant att veta riktigt vilken affär Gema har säkrat och hur dess låtskrivare medlemmar känner för det."
YouTube har löst en långvarig tvist som förhindrat att många av dess klipp är tillgängliga i Tyskland.