Turneringen såg den ledande 24 efter lördagens tredje omgång spelar en serie av sex hål knockout stroke spel.
Santos höll ett anmärkningsvärt hål på 255 meter för sin albatross på 18 år för att slå Chiles Nico Geyger i det sista steget.
Men Santos drog sig snart ur och 23-årige Sciot-Siegrist slog Italiens Alessandro Tadini i finalen på Galgorm Castle.
Det unika formatet såg spelarna tävla över den 17: e, femte, sjätte, sjunde, åttonde och 18: e hål på Ballymena plats.
University of Louisville trainee Sciot-Siegrist spelade de sex shootout hål i tre under par när han birdade båda par tre och även stängningshål efter två sätta från 25 fot efter en nervlös inflygning skott.
Den infödda Paris, vars mor kommer från Dublin, tjänade sin första Challenge Tour triumf som han förnekade Tadini, 43, en femte framgång på Europas andra nivå krets.
Tadini ledde efter det första hålet i beslutspersonen efter att ha flisat in från av den gröna men före detta amerikanska kollegiatstjärnan Sciot-Siegrist körde de återstående fem hålen som han sköt till inom åtta fot på båda par tre.
"Det är fantastiskt", sade den 23-årige fransmannen.
"Det är min första helsäsong som proffs så jag är så glad eftersom jag har arbetat riktigt hårt i vinter och hålla denna trofé, jag vet inte hur man beskriver det, det är bara ren glädje."
Inte förvånande, Sciot-Siegrist prisade händelsen format som var en liten tweaking av den sista dagen match spelformat som används vid Perth World Sixes i Australien tidigare i år.
"Det är bra att ändra formatet från det vi brukar spela och jag tyckte verkligen om det."
Sciot-Siegrist, som var rankad som världens 22:a bästa amatör, hade tidigare sett ut att buga sig mot Englands Tom Murray i sista-16 skedet innan en örn tre sist gav honom seger.
Men några ögonblick senare var det häpnadsväckande drama vid stängningshålet när Santos, som släpade Geyger efter en, tog segern i den andra omgången match när han hål ut för sin albatross.
Men den portugisiske spelaren lämnade sedan kvartsfinalen mot Tysklands Christian Braeunig.
Som lämnade Braeuig inför Sciot-Siegrist i de senaste fyra och efter flisa in för örn från längden av den 18: e gröna för att föra mötet till en play-off, den tyska såg favorit som han möter en två fot vid den första slips hål med fransmannen åtta meter bort.
Men efter Sciot-Siegrist hål, Braeunigs borrade trasslare läppen ut för att skicka fransmannen till finalen.
Tadini, som har varit fram och tillbaka mellan European Tour och Challenge kretsen sedan första tjäna sitt huvudkort 2003, framskred till beslutsfattaren efter att ha slagit Skottlands Bradley Neil med fyra skott i den första semifinalen.
Tidigare hade en avslutande Tadiniörn i kvartsfinalen slutat hoppet om Österrikes Matthias Schwab, som hade lett de 24 kvalen efter de 54 hålen i slagspel.
Santos avslutade Cormac Sharvins förhoppningar tidigt på söndag morgon efter att ha spelat sin sex-håls match i tre under par som lämnade honom tre slag före Ardglass mannen, den enda irländare att gå vidare till shootout scenen.
Popstjärnan Niall Horan, vars golf management företag var centralt involverade i Galgorm Castle händelsen, gjorde trofépresentationen efter en vecka som drog 43.495 åskådare till Ballymena plats.
Frankrikes Robin Sciot-Siegrist vann Nordirland Open som Portugals Ricardo Santos kortade en albatross på en dramatisk shootout söndag.