Den 29-årige Rangers kapten kallades upp på tisdag men kommer inte att resa för VM kvalificerande kampanjöppnare.
Chef Gordon Strachan kommer inte att göra några ytterligare tillägg.
Celtic's Leigh Griffiths och Kieran Tierney hoppade av från den ursprungliga gruppen med knackningar, tillsammans med Midfielders James McArthur och Kevin McDonald.
Hearts forward Tony Watt skrevs in samtidigt som Wallace, som vann den sista av sina åtta kapsyler 2013.
Hull's Andy Robertson är nu den enda erkända vänstern i truppen av 24 för söndagens match på Ta'Qali Stadium.
Striker Griffiths kom av skadade efter poäng i Celtics 4-1 nederlag av Aberdeen på lördag.
Den 26-årige nettade 40 gånger förra säsongen och har sju mål hittills denna term men har ännu att göra mål i sju framträdanden för Skottland.
Steven Fletcher, ännu att göra mål för nya klubben Sheffield onsdag, var Skottlands huvudstrejkare i deras misslyckade Euro 2016 kvalkampanj, medan Chris Martin och Steven Naismith också deltog i attack för Gordon Strachan sida.
Trion och Watt utgör den främre kontingenten i Strachans nya trupp.
Midfielder Robert Snodgrass är optimistisk om att vara passform, trots en smärtsam kollision med en målpost under Hull Citys nederlag av Manchester United i helgen.
Det blir Skottlands första match sedan midfielder och kapten Scott Brown drog sig tillbaka från den internationella fotbollen.
West Brom's Darren Fletcher - en före detta landslag skeppare - skulle kunna återuppta armbandet uppgifter.
Strachans pool innehåller också ytter Oliver Burke, som gick tyska sidan RB Leipzig från Nottingham Forest på söndag i en £13m affär - vilket gör honom till den dyraste skotska spelaren.
Fullback Lee Wallace har dragit sig tillbaka från Skottlands trupp för att möta Malta.