En intern undersökning fann 30 lag arbetade i mer än två år för att försöka säkerställa en konservativ kandidat vann.
Park Geun-hye slog liberal Moon Jae-in, men hon står nu inför rätta för korruption och maktmissbruk och Mr Moon har ersatt henne.
F.d. spionchef Won Sei-hoon är för närvarande åtalad för att ha försökt manipulera valet.
Han dömdes till tre års fängelse 2015. Domen upphävdes vid överklagandet och den nya rättegången beordrades.
De interna utredarna vid National Intelligence Service (NIS) sade att byrån hade anlitat internetexperter för att försöka påverka den allmänna opinionen genom sociala medier inlägg.
Syftet med operationen var att se till att den avgående presidenten Lee Myung-bak efterträddes av en annan konservativ.
Ms Park vann med knapp marginal.
"Arbeten var anklagad för att sprida regeringsvänliga åsikter och undertrycka anti-regeringens åsikter, brännmärka dem som försök av pro-Nordkoreanska styrkor' att störa statliga angelägenheter," utredningsgruppen sade.
Man fann också att de nya oberoende staterna hade försökt påverka parlamentsvalen 2011 och 2012, samt att vissa oppositionspolitiker hade övervakats.
Den nya presidenten har lovat att reformera de nya oberoende staterna, och den nya chefen för spionbyrån har lovat att göra slut på all inblandning i inrikespolitiken.
En talesman för Ágnes Parks parti sade dock att undersökningen i sig visade att de nya oberoende staterna fortsatte att ingripa.
Talaren, Kang Hyo-sang, sade: "NIS säger att den kommer att skilja sig från politiken, men den blandar sig i politiken igen genom att starta denna sond."
Ms Park anklagades i april för mutor, tvång, maktmissbruk och läckande statshemligheter.
Hon anklagas för att ha låtit en nära vän Choi Soonsil utpressa pengar från företag i utbyte mot politiska tjänster. Hon förnekar anklagelserna.
Sydkoreas spionbyrå har erkänt att den försökte manipulera resultatet av 2012 års presidentval.