I en undersökning på uppdrag av armén, nästan 40% av servicekvinnor sade att de hade fått oönskade kommentarer av sexuell natur under det senaste året.
Rapporten, som bygger på en undersökning av 7 000 soldater, fann att 13 % av kvinnorna hade haft "en särskilt upprörande erfarenhet".
Omkring 3 procent av dem som var mycket upprörda gjorde ett formellt skriftligt klagomål.
Nästan hälften av dem klagade inte formellt, eftersom de var oroade över konsekvenserna, till exempel att de blev märkta som bråkmakare och den inverkan det skulle kunna få på deras karriär.
Sir Nick sa att han var "nedslagen" av siffrorna.
"Men de ger mig en baslinje från vilken jag kan gå vidare och förändra arméns kultur," sade han BBC.
Han sade att han ville att armén skulle vara en "modern, inkluderande" arbetsgivare och förändringen skulle komma uppifrån och ner, med lanseringen av en ny kod för ledarskap i september.
Han sade också att han skulle se till att klagomålsprocessen var "god och sund", så "alla människor känner att de kan klaga om det är nödvändigt att klaga".
Enligt statistik från regeringen har andelen kvinnor i de brittiska styrkorna under de senaste åren ökat inom alla tre avdelningarna; den kungliga flottan, armén och det kungliga flygvapnet.
I juli 2014 tjänstgjorde 15 780 kvinnor i de väpnade styrkorna - eller 10 % av det totala antalet anställda.
Det faktum att chefen för armén beställde denna undersökning tyder på att han vet att han har ett problem. En som han vill ta itu med för att förändra arméns kultur och göra den mer inkluderande.
General Sir Nick Carter har redan klargjort att han behöver locka fler kvinnor, liksom människor från de etniska minoriteterna. För att uppnå sina rekryteringsmål måste den brittiska armén ses som en attraktiv karriär, öppen för alla.
Senare i år kommer han att samla arméns ledarskap för att fastställa en ny uppförandekod och modernisera arméns värderingar för att bättre återspegla samhället.
Det blir inte lätt att förändra kulturen. Kvinnor utgör för närvarande cirka 10 procent av arméns led. Muslimer står för mindre än 1 % av arméns styrka.
Men barriärer bryts långsamt ner.  Förra veckan utnämnde armén sin första kvinnliga tvåstjärnige general.
Nästa år kommer det att avgöra om förbudet mot kvinnor som tjänar i infanteriet ska hävas.
I den armékommissionerade rapporten fann man att det var mer sannolikt att servicekvinnor upplevde en rad "oönskade, riktade sexualiserade beteenden" än servicemän, med undantag för sexuellt explicit material.
Juniorsoldater var i vissa fall fyra gånger mer benägna än högre officerare att uppleva beteendet, sade rapporten, och den mest riskfyllda gruppen var juniorrankade kvinnor.
Bland slutsatserna i rapporten finns följande:
Man fann också att 44 % av de tillfrågade ansåg att sexuella trakasserier var ett problem i vissa delar av armén, men majoriteten var positiva till hur väl armén försökte förhindra det och hantera det när det hände.
Servicepersonalen bad om ett effektivare klagomålssystem och starkare sanktioner mot dem som trakasserade andra sexuellt.
I betänkandet rekommenderades ökad öppenhet i klagomåls- och disciplinprocessen och bättre utbildning för högre tjänstemän.
"Armén kanske vill överväga att införa utbildning för att ge individer färdigheter, kunskap och förtroende för hanterade oönskade beteenden själva", tillade den.
Rapporten fann att "generaliserade sexualiserade beteenden", såsom användning av sexuella svordomar och sexuella skämt, var en "gemensam del av arbetsplatskulturen och armén är inget undantag", men majoriteten av personalen var osannolikt att bli förolämpade.
Forskare postade 24 000 anonyma enkäter till reguljära och reservanställda män och kvinnor, och mer än 7 000 skickades tillbaka - en svarsfrekvens på 30%.
Fokusgrupper genomfördes också med 48 slumpmässigt utvalda icke-kommissionerade officerare från olika enheter.
Generalmajor sir Nick Carter säger att nivån på sexuella trakasserier som kvinnliga soldater utsätts för är "helt oacceptabel".