Den 15-åriga Sydkorea-födde Nya Zeelander avslutade med en fem-under-par 67 för att vinna med tre skott.
Hon slog åldersrekordet på 16 år av Lexi Thompson i Navitar LPGA Classic i Alabama i september förra året.
Bara fyra andra amatörer har någonsin vunnit på Tour, och Ko blev den första sedan JoAnne Carner tog 1969 Burdines Invitational turnering.
I januari, Ko vann New South Wales Open i Australien på 14 för att bli den yngsta spelaren för att vinna en professionell turné händelse, ett märke bruten av 14-åriga Brooke Henderson i juni i en kanadensisk Women's Tour händelse i Quebec.
Ko vann också USA:s kvinnliga amatör för två veckor sedan i Cleveland, Ohio.
Starta den sista omgången på Vancouver Golf Club ett skott klart, hon rusade bort från fältet på den bakåt nio, skjuta fem birdies i sex hål för att avsluta vid 13 under.
Inbee Park sköt en 69 för att avsluta andra på 10 under, medan US Women's Open mästare Na Yeon Choi, Chella Choi och Jiyai Shin bundna för tredje vid åtta under.
Lydia Ko vann Canadian Women's Open för att bli den yngsta turneringsvinnaren i LPGA Tour historia.