Den 26-årige durham paceman bröt ett ben i hans fotled under en County Championship match mot Surrey förra månaden.
Wood hade redan tvingats ut ur den nuvarande Bangladesh-turnén.
Han är inställd på att missa de fem testerna mot Indien, varav den första börjar den 9 november, och den endagsserie som följer under det nya året.
Englands nationella fysioterapi leder Ben Langley sade att den nya skadan är orelaterat till de problem som krävde två operationer förra vintern.
"Det var först när vi fick in honom för en andra scan som vi upptäckte att han hade spelat på trots att ha brutit ett ben," sade han.
"Det finns ingen anledning att tro att när han har fått detta benfragment borttaget, kommer han inte att kunna komma tillbaka till bowling också han har för Durham, England Lions och England under andra halvan av 2016 sommaren."
England bowler Mark Wood är att ha en tredje fotled operation och är sannolikt att missa Test serien i Indien.