Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Försvara mästare McIlroy postat en one-over-par 73 för att sluta på en över, fem skott kort av snittet.
Rank outsiders Im och Hebert båda sköt skott av 67 att ligga 13 under och behålla en-shot bly de höll över jakten pack efter den första omgången.
Spanjor Jon Rahm ligger en efter på 12 under efter att ha avfyrat en 67.
Fransmannen Hebert och American Im var bland de tidiga förrättarna på fredag och registrerade sju fåglar respektive sex fåglar i sina fem-under-par rundor i tester våta och blåsiga förhållanden.
Nya Zealandaren Ryan Fox och engelsk duo Matthew Southgate och Oliver Fisher är väl i strid på 11 under, med amerikanska Paul Peterson också utmana starkt på 10 under.
McIlroy började turneringen med en nedslående nivå-par runda i godartade förhållanden på torsdag och behövde en ljus start på fredagens andra omgång för att återuppliva sina förhoppningar om att göra de senaste två dagarna.
En bogey vid hans första hål på dagen, par-tre 10th, såg världen nummer fyra omedelbart släppa ett skott, innan carting tre birdies och en andra bogey på resten av hans öppning nio.
Den nordirländska mannen plockade upp ett skott vid det fjärde hålet men en bogey vid den sjätte och en dubbel bogey vid den åttonde förseglade hans öde som han var tvungen att titta på spelar partners Rahm och Hideki Matsuyama göra sitt märke nära toppen av leaderboarden.
"Jag kände att jag kämpade bra, två under till 13, och med ytterligare par fem kommer upp, men bogey på sjätte tog vinden ur mina segel," sade McIlroy, som visade sin frustration genom att slå sin förare till marken efter en dålig körning på 16: e.
"Mitt korta spel, i allmänhet, det är bara fåniga misstag," sade han. "Jag är bara inte särskilt effektiv med mina poäng och det är därför jag gör det svårt för mig själv. Bara behöver städa upp det korta spelet lite, jag känner att det långa spelet är där. "
Den fyra gånger större vinnaren kommer att tävla i nästa veckas Scottish Open innan de beger sig ner till Royal Birkdale för The Open Championship.
"Uppenbarligen, Jag kanske har några åtaganden här i helgen, men jag måste träna," sade han. "Jag måste göra mig klar för nästa vecka och slutligen för The Open om ett par veckor."
Världs nummer två Matsuyama är väl placerad på nio under, samma poäng som med japanska spelare Hideto Tanihara, som spelade in den lägsta poängen för dagen med en 65.
Paul Dunne är bäst placerad av den irländska kontingenten på åtta under, tillsammans med andra, inklusive Jamie Donaldson och Soren Kjeldsen, två av 11 tidigare Irish Open vinnare på fältet.
Större mästare Padraig Harrington och Justin Rose, plus förra veckans franska öppna vinnare Tommy Fleetwood, är bland en grupp fortfarande bra på beröring på sju under.
Bland dem som skulle missa snittet var den lokala hjälten Graeme McDowell, som sjönk till en sexa vid 18:e, en dubbel bogey som visade sig avgörande i honom missar snittet när han avslutade två under.
Turneringen utgör en del av den prestigefyllda nya Rolex Series av evenemang, med en prissumma på £5,4 miljoner, med £585.000 för vinnaren.
Rory McIlroy missade snittet vid Irish Open för fjärde gången på fem år som Daniel Im och Benjamin Hebert ledde efter dag två på Portstewart.