Emirates Arena skulle vara värd för evenemanget den 9–12 april, men EJU ändrade sig i en sponsringsrad.
Den motsatte sig partnerskapet British Judo hade med Ultimate Fighting Championships att främja evenemanget.
Mästerskapet kommer nu att hållas i Baku, Azerbajdzjan som en del av de invigda multisporteuropeiska spelen.
Den brittiske Judo-ordföranden Kerrith Brown sade: "British Judo anser att den under hela sitt samarbete med EJU konsekvent har agerat på ett professionellt och flitigt sätt, baserat på vad vi anser ligger i idrottens och de tävlande idrottarnas bästa intresse vid EM.
"Det är med stor motvilja och besvikelse som jag måste bekräfta avbokningen, efter det att det gemensamma företaget EJU beslutat att dra tillbaka värdrättigheterna."
Skottland hade enorma framgångar i judo under förra årets Samväldesspel, landade 11 medaljer, med lagflagga bärare Euan Burton och Renicks systrar, Kimberley och Louise, bland sex guldmedalj vinnare.
Tidigare denna månad talade systrarna Renicks med BBC Scotland om hur viktigt det skulle vara i april när de söker viktiga olympiska kvalificeringspoäng.
I ett uttalande som publicerades på dess webbplats sade det gemensamma företaget EJU: "Europeiska Judounionen har kommit till insikt om att det brittiska Judoförbundet inte uppfyller kriterierna för att vara värd för flaggskeppsevenemanget EJU.
"BJA hade ingått ett sponsoravtal som inte uppfyllde det gemensamma företagets värderingar. BJA höll fast vid detta, trots att man vid ett antal tillfällen hade varnat för att detta arrangemang var oacceptabelt för det gemensamma företaget, som enligt händelsekontraktet har rätt att godkänna eller ogilla all sponsring av det gemensamma företaget."
Brittiska Judo har accepterat "med stor motvilja" Europeiska Judounionens (EJU) beslut att riva Glasgow i EM.