Den 25-årige före detta Ipswich Town ungen har gjort mer än 230 framträdanden för U, men hindrades av skada förra säsongen.
Kontraktsalternativ har också tagits upp för försvarare Lewis Kinsella, Kane Vincent-Ung och ytter Drey Wright.
Wright, 22 år, har varit med 101 gånger för U, medan Kinsella, 22 år, kom från Aston Villa förra sommaren.
Vincent-Young, 21, presenterade 23 gånger förra säsongen för U.
Colchester United försvarare Tom Eastman har undertecknat ett nytt tvåårigt kontrakt med League Two-sidan.