I april 2014 avslutade Jack Sexty Greater Manchester Marathon på en pogo pinne på 16 timmar och 24 minuter.
Men tidigare denna månad befanns kursen vara 380m för kort och alla tidpunkter för 2013, 2014 och 2015 händelser förklarades ogiltiga.
Guinness World Records sa att skivan Mr Sexty satte inte längre kommer att stå.
"Vi skulle bjuda in Jack att gå för rekordet igen i framtiden och vi hoppas att detta inte kommer att avskräcka honom från att bryta rekord i framtiden", sade en talesman.
Mr Sexty från Bristol sa att han inte skulle förlora sömn över beslutet.
Han sade i verkligheten att han trodde att han hade gjort mer än ett maraton på grund av att han måste hoppa på och av trottoarer.
"Jag har video på evenemanget och om Guinness vill titta på alla 16 udda timmar är de mer än välkomna.
"Jag har fortfarande rekordet för de mest distans studsade på 24 timmar. Det var den ursprungliga skivan jag satsade på.
"Den enda anledningen till att jag hade det snabbaste maratonrekordet är för att jag är den enda som har gjort det."
Marathonbanor mäts med hjälp av en cykel utrustad med en räknare för att beräkna avståndet genom att vrida hjulen.
Association of UK Course Meassurers (AUKCM) sade en ackrediterad mätare hade kört kursen i 2013 men indikerade att det hade varit ett fel i kalibreringen av cykelhjulet.
Misstaget, som orsakades av ett mätfel, påverkade omkring 24 000 löpare som tävlade 2013, 2014 och 2015. Deras tidpunkter är inte längre erkända.
Ett riktigt maratonavstånd är 26 miles och 385 yards.
En elev som studsade sig in i rekordböckerna har blivit bortkastad från utmärkelsen efter att det kommit fram en maratonväg som var för kort.