Den afghanska regeringen välkomnade flytten, eftersom den ser honom som en av de få högre talibaner som är villiga att förhandla fram ett fredsavtal för att få slut på oroligheterna.
Mullah Baradar är en av de fyra män som grundade talibanrörelsen i Afghanistan 1994.
Han blev en hörnsten i upproret efter det att talibanerna störtades av den USA-ledda invasionen 2001.
Han tillfångatogs i den pakistanska staden Karachi 2010.
Av David LoynBBC News, Kabul
Mer än 30 talibanmedlemmar har släppts från pakistanska fängelser under de senaste månaderna, men det är mulla Baradar som den afghanska regeringen väntar på.
En politisk rådgivare till Kabuls regeringsgrupp som tar upp frågan om talibanernas fredsförhandlingar, Ismail Qasim Yar, sade att regeringen är redo att förhandla, men det finns inte mycket manöverutrymme. Han klargjorde att konstitutionen inte kan ändras, ett av talibanernas krav.
Men han sade att eftersom Mullah Baradar var "böjd för en politisk lösning", då hans frigivning skulle kunna göra en lösning möjlig.
Mullah Baradar innehade flera högre befattningar i talibanernas regering före dess fall 2001. Han flydde sedan till Pakistan och var under några år talibanernas militärbefälhavare när de omgrupperade för att utkämpa ett gerillakrig.
Han lär ha gripits i en hemlig razzia av CIA och pakistanska agenter.
Enligt BBC:s aleem Maqbool i Islamabad är det ett kontraproduktivt steg för Kabuls regering och den USA-ledda koalitionen att frige en av talibanernas grundare och ett geni till den afghanska upproret.
Men Mullah Baradar har setts som en av de få ledande talibanpersoner som har visat förhandlingsvillighet, säger vår korrespondent.
Regeringen i Kabul har yrkat på att han ska bli fri.
Afghanska diplomater hade föreslagit att Pakistan försökte hindra försoningsprocessen genom att stödja mer hårda inslag inom talibanerna.
Talibanerna öppnade ett politiskt kontor i Doha i juni, men det stängdes snabbt efter att president Karzai klagat över att de hade hissat en flagga och satt upp en plack som om de vore en exilregering.
Typ: Mullah Abdul Ghani BaradarVad händer härnäst med Mullah Baradar?
Sedan dess har USA, Storbritannien och Turkiet alla försökt att medla för att återuppta samtalen. President Karzai har vädjat till den talibanska ledningen att återvända hem och förhandla öppet, men har inte erbjudit några säkerhetsgarantier.
Även om man kommer överens om en politisk lösning, vilket kommer att bli svårt, kan det vara svårt att leverera den, säger BBC:s David Loyn.
Talibanerna är inte längre den monolitiska struktur de en gång var, och en ny yngre generation rebeller - särskilt de som kämpar i det allierade Haqqani-nätverket - kanske inte är villiga att stoppa kriget.
Några medlemmar av den tidigare ledningen, till exempel mulla Zaeef, som hade bott öppet i Kabul, har utsatts för trakasserier och razzior mot sina hem.
Det finns också farhågor bland kvinnorättsaktivister om att de bräckliga vinster som gjorts sedan 2001 skulle kunna äventyras för ett fredsavtal med talibanerna.
En framstående MP, Shukria Barakzai, berättade för BBC att regeringens prioritet är att göra ett avtal, "vad priset än är." Hon är bland dem som kämpar i parlamentet för att försvara lagar som skyddar kvinnor från våld, och anser att regeringen inte ser detta som en prioritering.
Ursula Barakzai sade att en uppgörelse med talibanerna skulle leda till offer för "det afghanska folket, och i synnerhet kvinnorna i Afghanistan".
Mullah Abdul Ghani Baradar, medgrundare av den afghanska talibanerna, har befriats från fängelse i Pakistan.