Både Beggars Group och Merlin angav sitt godkännande av Apples nya erbjudande.
På måndagen vände Apple sitt beslut att inte betala artister för låtar strömmade under en gratis provperiod erbjuds användarna, efter kritik från sångaren Taylor Swift.
Beggars Group sa att det var "lyckligt att stödja" den nya affären med Apple.
Företaget förvaltar några av de mest kända indie-etiketterna, med artister som Adele, Radiohead och Basement Jaxx på XL Recordings-etiketten.
I ett uttalande sade ordförande Martin Mills: "Vi är glada att stödja affären med Apple Music som den nu står, och ser fram emot att vara en stor del av en mycket spännande framtid."
Digital rättighetsgrupp Merlin tar hand om mer än 20.000 oberoende skivbolag.
I ett brev publicerat av Billboard, Merlin verkställande Charles Caldas sade: "Apple har tagit ett beslut att betala för all användning av Apple Music under gratis prövningar på en per-play basis, samt att ändra ett antal andra villkor som medlemmarna hade kommunicerat direkt med Apple om.
"Med dessa förändringar, är vi glada att stödja affären."
Caldas betonade att det var de enskilda märkena i gruppen som skulle besluta om de ville ansluta sig till tjänsten.
Apple förbereder sig för att lansera Apple Music den 30 juni.
Det hade ursprungligen planerat att inte betala artister för låtar strömmade under en tre månader gratis testperiod erbjuds användarna, men ändrade sitt beslut efter att Taylor Swift skrev ett öppet brev kritisera företaget.
Google har svarat genom att erbjuda prenumerationsfri tillgång till sin musik-streaming-tjänst, Google Play Music, i USA.
Apple har nått en överenskommelse med två ledande indiemusikgrupper, vilket banar väg för tusentals bolag att ansluta sig till sin nya streamingtjänst.