Engelsmannen började dagen som ledde med tre men såg sin fördel utplånas när han snavade på den åttonde och Nicolas Colsaerts sjönk sin tredje fågel.
Fitzpatrick, 21, återfick ledningen med en fågel den 10:e och slog ytterligare tre från den 13:e till slut på 15 under.
Försvarsmästare Alex Noren av Sverige är nivå med Colsaerts efter en 67.
Noren hade sju fåglar i sin fem-under runda, varav fyra på traven från den 12:e.
Han är fortfarande långt borta från Fitzpatrick, som parade sina sju första hål innan han släppte bara sitt andra skott i veckan på åttonde.
Engelsmannen, som slutade sjua på Masters, studsade tillbaka omedelbart med fyra fågelungar i sju hål för att flytta tillbaka till toppen av leaderboarden.
"Jag finner den främre nio svårare än den bakre nio, särskilt i vinden men jag förblev tålmodig och fick mina belöningar," sade han.
"Det är en av de saker jag har lärt mig sedan jag blev proffs."
Matt Fitzpatrick utökade sin ledning till fem skott på Nordea Masters i Stockholm genom att skjuta en fyra-under-par 68 i lördagens tredje omgång.