Mannen sa att han sköt på deras bil när de vägrade stanna när han utmanade dem på lördag. De blev inte skadade.
Han sa att han hade hört paret säga "har du fått något"?
Polisen i Florida har använt händelsen som en möjlighet att utfärda riktlinjer för tonåringar och föräldrar om att säkert spela spelet.
Polisen säger att de fick ett samtal från föräldrarna till en av tonåringarna när det senare märktes att kulor hade orsakat ett platt däck, rapporterade News4jax.
Föräldrarna sade att tonåringarna inte insåg att de blev beskjutna och trodde att mannen bara försökte skrämma dem.
Riktlinjerna från Flagler County Sheriff Office innehåller bästa praxis tips för Pokemon Go spelare. De råder spelarna att:
Sheriffkontoret råder också föräldrar till Pokemon Go spelare att:
Enligt data från LiknandeWeb, människor spenderar nu mer tid att spela Pokemon Go än de är på Snapchat, Instagram och WhatsApp.
Spelet har också installerats på fler Android smartphones i USA än den dating app Tinder.
Två tonåringar som spelade Pokemon gick sent på kvällen i sin bil i Florida blev beskjutna av en husbonde som misstog dem för inbrottstjuvar, säger polisen.