Dan Biggar hördes fråga om att sparka för hörnet när Wales vann ett straff medan släpa 16-13 men förnekade han överstyr Jones beslut.
Leigh Halfpenny erkände dock att han tackade nej till chansen att sparka på målet.
"Saker händer på fältet som utmanar alla i bästa av tider," Thorburn berättade BBC Radio Wales.
Han fortsatte: " Jag tror inte att det ifrågasätter hans förmåga som kapten alls.
"Alun är utan tvekan en av de mest inspirerande spelarna som har funnits i det walesiska lägret under en lång tid."
Thorburn säger att han inte skulle ha några reservationer över att välja Jones som kapten för brittiska och irländska lionmedlemmar mot bakgrund av Wales fattiga start i de sex nationerna.
"Han [Jones] leder från fronten", sade han.
"Tänker du basera det på argumentet om Dylan Hartley, England kapten, vars team inte visste hur man ska hantera några bisarra scenarier mot Italien på söndag?"
Wales kunde ha jämnat ut poängen vid 16-16 från straffet om de hade sparkat för mål istället för hörnet, men Thorburn säger att det är kicker's ansvar att bestämma vad som händer, inte bara kaptenens.
"Jag har varit på båda sidor om stängslet - en kapten och mål kicker - vad vi inte vet är hur villkoren var på fältet," Thorburn tillade.
– Vinden snurrar runt Murrayfield och jag misstänker att Leigh förmodligen trodde att det skulle bli en lång spark in i vad som skulle vara en mycket svåra förhållanden.
Frågan är om Alun, som kapten, skulle ha rådfrågat honom först. Vi kan gräla om det tills korna kommer hem men slutligen kicker är den som tar skottet och måste vara bekväm. "
Före detta Wales skeppare Paul Thorburn säger att det inte råder något tvivel om Alun Wyn Jones "kaptenskap trots påståenden han var överväldigad i förlusten till Skottland.