Affärspriserna, som tas ut på fastigheter i England, kommer att förändras i april för första gången på sju år.
Beräkningar av konsulter Gerald Eve föreslår förändringar av det taxerbara värdet av skolor innebär att vissa kommer att få 40 procent räkningshöjningar.
Regeringen sade att dess egna siffror tyder på att statliga skolor i allmänhet skulle se en minskning på 2 procent.
Andrew Altman, en specialist skolpartner på Gerald Eve, sade firman uppskattar att den totala avgiften för skolor i England är omkring £ 791m.
Men den uppskattar att detta kan öka med £131m till omkring £922m 2021-22 som omvärderingen ändrar arbeta igenom.
Siffrorna uppgår till en ökning med cirka 17 % fram till 2021, sade Altman, men detta " döljer det faktum att omkring en fjärdedel av skolorna kunde se faktiska prisökningar på cirka 40 % under det första året".
Altman sade att han befarade att skolor som drivs av rådet skulle drabbas särskilt hårt eftersom akademierna har sina kostnader, inklusive avgifter, som helt och hållet kommer från Whitehall.
Han sade att han förväntade sig att många skolor skulle överklaga sina nya affärsräntor och ifrågasatte varför fastigheter inom den offentliga sektorn över huvud taget utsattes för affärsräntor.
"Det är cirkulärt. Det är bara offentliga pengar. Det är en mycket dyr skatt att samla in och överklaga, "tillade han.
National Association of Head Teachers' generalsekreterare Russell Hobby sade att en kraftig ökning av affärssiffrorna skulle " lägga till de perfekta storm skolledare upplever.
"Det kan inte vara rätt att mer och mer av pengarna till skolorna förs tillbaka till central och lokal förvaltning."
Hobby sade att skolorna redan var tvungna att hitta pengar, som annars skulle gå till elever, för att finansiera Lärlingslånet, som också träder i kraft från april, samt personalavgifter och pensionskostnader.
"Skolbördan blir för stor", tillade han, och uppmanade kanslern att agera i nästa månads budget för att se till att skolorna har de resurser de behöver".
I ett uttalande sade departementet för kommuner och lokala myndigheter att det inte erkände Gerald Eve siffror och statliga skolor skulle få se en 2% minskning av sina räkningar - motsvarande £ 16 miljoner per år.
"Omvärderingen av affärsräntor innebär nästan tre fjärdedelar av fastigheter kommer att se ingen förändring eller en nedgång i sina räkningar," sade en talesman.
National Day plantskolor Association sade sina medlemmar, som fungerar som små företag, fruktade att deras affärskurser skulle kunna fördubblas.
Forskning i slutet av förra året av Lambert Smith Hampton kommersiella fastighetskonsultverksamhet uppskattas öka med 45%, eller högre i mer välbärgade områden.
NDNA verkställande Purnima Tanuku sade att dessa ökningar skulle vara "en enorm börda" när plantskolor redan stod inför "svåra ekonomiska påtryckningar" på grund av den nationella levnadslön och osäkerhet om den ekonomiska bärkraften i regeringens plan att fördubbla antalet gratis barnomsorg timmar för arbetande familjer.
En kraftig ökning av skolornas affärsverksamhetsgrad skulle kunna driva på vissa budgetar bortom bristningsgränsen, säger rektorernas ledare.