Besökarna hade lett i första halvan när David Davis reagerade snabbast för att stoppa i rebound efter Adam Bogdan räddade Clayton Donaldsons straff.
Tidigare, Donaldson hade slagit posten för Blues, och David Cotterill nästan gjorde det 2-0 efter halvtid men träffade baren.
Wigan gick genom Nick Powell innan Davies vände sig in från nära håll, men Blues förblir obesegrad.
Trots Wigan kontrollerande innehav, Birmingham skapade de bättre chanserna och kunde ha gått vidare när Jacques Maghomas skott var palmed ut av Bogdan i vägen för den on-rusande Donaldson, men jamaicanernas instinktiva ansträngning slog träarbetet.
Efter Wigankeeper tog Donaldson ner i området, han fick ner lågt för att rädda strejkarens resulterande spot-kick men Davis var för snabb till rebound och svalt avslutade.
Powell nekades sedan av Birmingham proppen Tomasz Kuszczak efter halvtid och Blues såg ut för sin andra bort seger i fyra dagar, innan Davies sena nivåier.
Resultatet lämnar Blues en punkt över Latics i bordet och utan ett nederlag i sju ligamatcher, efter att ha dragit sex av dem.
Wigan manager Gary Caldwell:
"Det fanns ett lag som försökte vinna det. De fick gåva ett mål från inte vårt gör och vi var tvungna att jaga en match mot ett lag som gillar att packa försvaret och motattack som aldrig är lätt. Jag tyckte att vi kontrollerade situationen riktigt bra och om något förtjänade att vinna spelet så är det lite av frustration."
"Reglmen är att du inte kan gå in i lådan förrän bollen är träffad, det är klart. Jag vill bara att de ska äga det ibland för att säga "jag har gjort ett misstag". Det skulle hjälpa.
"Det är ren trots att det inte är något fel när det verkligen är något fel. Ett mål kunde ha undvikits. Jag kände att han var marginellt offside också. Man kan inte få så många saker fel i en fotbollsmatch så viktigt som detta."
Birmingham City manager Gary Rowett:
"Jag kunde inte se det, jag önskar att han hade (encroached) eftersom jag är säker på att Clayton skulle ha gjort mål med den återtagna.
"För åtta veckor sedan skulle målvakten ha skickats iväg men nu är det reglerna för dubbel fara. En punkt som jag tycker var en rättvis återspegling av spelet. De är en bra sida Wigan, jag tror att de kommer att ha en bra säsong. Jag är säker.
"Jag är ganska entusiastisk i början. Det kommer att finnas en hel del lag som kommer att få panik lite efter tre matcher och undrar vad arbete de behöver göra under de sista veckorna av överföringsfönstret. Jag är ganska nöjd med hur vi har börjat säsongen."
Matchen slutar, Wigan Athletic 1, Birmingham City 1.
Andra halvlek, Wigan Athletic 1, Birmingham City 1.
Försök missade. Yanic Wildschut (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan missar till höger. Hjälpt av Dan Burn med ett nyckelkort.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Greg Stewart.
Shaun MacDonald (Wigan Athletic) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Clayton Donaldson (Birmingham City).
Försök missade. Dan Burn (Wigan Athletic) header från höger sida av sex yard box är hög och bred till höger. Hjälpt av Michael Jacobs med ett kors som följer ett hörn.
Jonathan Grounds (Birmingham City) visas det gula kortet.
Hörnet, Wigan Athletic. Sammankallad av Tomasz Kuszczak.
Försöket räddades. Michael Jacobs (Wigan Athletic) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i övre vänstra hörnet. Hjälpt av Craig Davies.
Shaun MacDonald (Wigan Athletic) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Jonathan Grounds (Birmingham City).
Foul av Alex Gilbey (Wigan Athletic).
Greg Stewart (Birmingham City) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Michael Jacobs (Wigan Athletic).
Greg Stewart (Birmingham City) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Mål!  Wigan Athletic 1, Birmingham City 1. Craig Davies (Wigan Athletic) höger fotade skott från mycket nära håll till den höga mitten av målet. Hjälpt av William Grigg.
Foul av William Grigg (Wigan Athletic).
Ryan Shotton (Birmingham City) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Stephen Warnock (Wigan Athletic).
Maikel Kieftenbeld (Birmingham City) vinner en frispark i defensiva halvan.
Utanför Birmingham City. Maikel Kieftenbeld försöker en genom boll, men Che Adams fångas offside.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Jonathan Spector.
Substitution, Wigan Athletic. Craig Davies ersätter Max Power.
Substitution, Birmingham City. Viv Solomon-Otabor ersätter Jacques Maghoma.
Substitution, Birmingham City. Greg Stewart ersätter David Davis.
Försök blockerat. Nick Powell (Wigan Athletic) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Shaun MacDonald.
Försök blockerat. Maikel Kieftenbeld (Birmingham City) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Försök blockerat. Nick Powell (Wigan Athletic) höger fotad skott från höger sida av lådan är blockerad.
Försök blockerat. Nick Powell (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Hörnet, Wigan Athletic. Förföljd av Stephen Gleeson.
Michael Jacobs (Wigan Athletic) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Jacques Maghoma (Birmingham City).
Utanför Birmingham City. Jacques Maghoma försöker en genom boll, men Che Adams fångas offside.
Clayton Donaldson (Birmingham City) visas det gula kortet för en dålig foul.
Stephen Warnock (Wigan Athletic) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Clayton Donaldson (Birmingham City).
Försök blockerat. Nick Powell (Wigan Athletic) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Hörnet, Birmingham City. Förföljd av Dan Burn.
Substitution, Birmingham City. Che Adams ersätter David Cotterill.
Wigan Athletic räddade en sen punkt genom Craig Davies för att neka Birmingham City en andra seger i följd.