Dekanen som driver Ashton på Mersey i Sale vill skicka eleverna till Broadoak School i Partington.
Föräldrar hävdar att detta skulle vara "olagligt" eftersom deras barns utbildningsplan för hälsa och omsorg (EHC) anger att de bör närvara vid Ashton på Mersey.
Trusten sa att det var "övertecknat".
Föräldrar har kontaktat en advokat som har skrivit ett formellt pre-action brev till skolan som beskriver deras rättsliga ställning.
Om skolan inte svarar på brevet från fredag föräldrar kommer att utfärda rättslig prövning, James Betts från Simpson Millar Solicitors sade.
Deborah Keays 11-årige son Samuel som har autism har fått veta att han kommer att vara en av eleverna med speciella behov som tas med buss till Broadoak, också körs av Dean Trust.
Hon sa att förändringen skulle vara mycket stressande och upprörande för hennes son.
"Jag ville att han skulle gå i en mainstream skola, men en mainstream skola som hade en hel del år av att hantera barn på autism spektrum.
"Jag vet och förstår att de är offer för sin egen framgång, men i slutändan är mitt barns skola som heter på hans EHC Ashton på Mersey. Det är inte Broadoak och det är inte Dean Trust."
Mr Betts, som företräder sju av familjerna, sade att skolan är juridiskt skyldig att erkänna dessa elever enligt avsnitt 43 i barn- och familjelagen 2014.
"Skolan är fortfarande en separat juridisk enhet och så, i EHC, skulle det säga Ashton på Mersey skolan... så det är helt klart skolan att de är under en laglig skyldighet att tillåta dem att gå."
Ledamot John Lamb, ordförande för guvernörerna i Ashton på Mersey School, sade att det redan gav knappt 8 % av sina skolplatser till elever med särskilda utbildningsbehov.
"Om man tänker på en jämförbar grannskola är samma siffra mindre än 1%."
Han försäkrade föräldrarna: "Vi skulle i Broadoak, som vi gör här, ge den specialiserade omsorg och uppmärksamhet som dessa barn förtjänar och behöver."
Trafford Council sade: "När föräldern till ett barn med ett utkast till en plan för pedagogisk sjukvård uttrycker en preferens för en akademi... kommer rådet att nämna den i den slutliga planen, om inte, efter samråd med skolans styrande organ, ett av de lagstadgade undantagen görs."
Den regionala skolkommissionären ansvarar för att alla akademier fortsätter att uppfylla sina lagstadgade krav, tillade den.
En grupp föräldrar vars barn har särskilda behov hotar rättsliga åtgärder mot en skola i Trafford efter att ha anklagat den för "diskriminering".