För mer än en vecka sedan ockuperade omkring 1.000 medlemmar av Guarani-Kaiowa rancherna i området.
Ledaren sköts när bönderna försökte återta en ockuperad gård på lördagen.
År 2005 förklarade Högsta domstolen att det område där våldet äger rum tillhörde Guarani.
Justitieminister Jose Eduardo Cardozo reste till regionen med en delegation på hög nivå, inklusive generaldirektören för den federala polisen och presidenten för regeringens indiska byrå, för att försöka dämpa den växande spänningen.
Federala trupper har också skickats dit för att återställa ordningen och bevaka området. De stannar i en månad.
Våldet började när Guarani-Kaiowa ockuperade fem rancher den 22 augusti och tog gisslan som senare släpptes.
Guarani-Kaiowa krävde att deras förfäders land skulle återlämnas, vilket de säger stals av ranchägare.
Brasiliens konstitution krävde att regeringen skulle kartlägga hela landets territorium och återlämna det för eget bruk år 1993, men majoriteten av Guaraniländerna ligger fortfarande i händerna på ranchägarna.
Många guaranier tvingas leva i överfulla reservat eller i provisoriska läger på vägarna där undernäring, sjukdom och självmord är höga.
Den brasilianska justitieministern har fördömt mordet på en inhemsk ledare som sköts under en landprotest i delstaten Mato Grosso do Sul.