Tjänstemännen beskrev resultaten som ett "brandlarm".
Men de varnade för att det finns stora problem med hur uppgifterna samlas in.
Statistiken är en del av en satsning för att göra NHS mer transparent i kölvattnet av Stafford Hospital skandal.
Försummelse och övergrepp på Stafford Hospital ledde till hundratals onödiga dödsfall mellan 2005 och 2008 och föranledde en offentlig utredning.
Medan tjänstemän kallade Riskjusterad Mortality Index (Rami) ett "brandlarm", varnade de för att problem med att samla in data gjorde det svårt att tolka siffrorna.
Data samlas in i Storbritannien och ett poäng på 100 anses normalt. När en NHS-organisation får mer än 100 poäng kan det vara en indikator på att antalet patienter som dör är högre än vad som förväntas.
En riksdagsledamot från Labour som ger premiärministern råd om hur NHS hanterar klagomål sade att hon var chockad över dödligheten på Wales största sjukhus.
I den senaste uppsättningen uppgifter har University Hospital of Wales (UHW) i Cardiff den högsta poängen för varje walesiska sjukhus på 128.
David Cameron utnämnde Ann Clwyd till rådgivare efter att Cynon Valleys riksdagsledamot klagat över standardvården som hennes man Owen Roberts fick innan han dog på UHW.
Patienterna och deras familjer hade skrivit till henne om sina erfarenheter på UHW och andra sjukhus, sade hon.
Hon tillade: " Jag hoppas att detta kommer att fungera som en varningssignal till den walesiska regeringen för att kontrollera kvaliteten på den vård som erbjuds patienter på dessa sjukhus.
"Jag är fast besluten att ta reda på orsaken till den höga dödligheten i UHW, särskilt som min man nu är en av dessa statistik."
Doktor Graham Shortland, medicinsk chef för Cardiff och Vale University Health Board, sade: " Vi har förtroende för vår personal och den vård och behandling de ger och vi är lugnade av vad vi får höra av andra accepterade system och metoder för att se över kvalitet och säkerhet.
"Vi är dock inte på något sätt nöjda med detta och arbetet pågår redan för att ytterligare granska dessa uppgifter och eventuella kopplingar till de kodningsproblem som vi för närvarande tar itu med."
Ett program med detaljerade patientanmärkningar kommer att utvidgas, sade han.
Betsan Powys: RAMI: Ropey och gyttjad information?
Under den senaste perioden hade fem av sex lokala hälsonämnder i Wales mer än 100 poäng.
Men tjänstemännen varnade för att högre poäng kan bero på problem med att samla in uppgifter, snarare än på brister i kvaliteten på patientvården.
Rami tar hänsyn till andra faktorer om patienter, inklusive deras underliggande hälsa, sociala faktorer och deras livsstil.
Det sätt på vilket uppgifterna samlas in kallas kodning.
Walesiska regeringstjänstemän säger att kodning på walesiska sjukhus inte har varit så bra som i engelska NHS.
Andra årliga justeringar av indexet gör det svårt att jämföra dödligheten från år till år.
Den walesiska regeringen använder Rami score som ett sätt att mäta prestanda i NHS.
Det står dock att Rami inte kan ses isolerat och att en granskning av fallanteckningar efter en patients död är ett bättre sätt att ta reda på om det behövs förbättringar i vården.
Ministrarna åtog sig att göra mer information tillgänglig som en del av sitt svar på den offentliga undersökningen av Stafford Hospital.
Grant Robinson, medicinsk chef för Aneurin Bevan Local Health Board, sade att inkonsekvenserna i kodningen gjorde det svårt att omvandla indexet till ett ligabord.
Men han tillade: "Den som säger att detta bara är kodning skulle sakna en viktig möjlighet att förbättra vården."
Han sade: " Det är viktigt att titta under siffrorna och se vad som verkligen händer
"Vi har jämfört detta med ett brandlarm. Så vad du måste göra är att gå och se om det finns en brand och det bästa sättet att göra det är att titta in i ditt sjukhus, gå ner på marken, se vad som händer med patienter, och även se vad som hände med patienter som har dött för att se om det kunde ha gjorts bättre.
"Den statistik vi har fungerar som brandlarm, så ja det är ljudet av ett larm ringer.
"Vad vi behöver veta är var bränderna är och vi måste vara mycket uppmärksamma och komma på det när det händer snabbt."
Hälso- och sjukvårdsminister Mark Drakeford, som utnämndes i ett kabinett förra veckan, sade: " Den walesiska regeringen har åtagit sig att se till att resultaten blir tydliga och att tillgången till NHS-information förbättras.
"Från och med idag kan alla i Wales se ett mått på sjukhusdödligheten på lokala hälsonämnder och walesiska myndigheters webbplatser."
De senaste tillgängliga uppgifterna gäller perioden september 2011–oktober 2012.
Cardiff och Vale University Health Board, som hade en Rami poäng 116, sade att det hade en eftersläpning på 40 000 patientepisoder som ännu inte har kodats.
University Hospital of Wales i Cardiff - Wales största sjukhus - hade den högsta Rami poäng på 128.
De lägsta var Universitetssjukhuset Llandough, i utkanten av Cardiff, och Nevill Hall Hospital, i Abergavenny, vid 86.
Den walesiska regeringens biträdande chefsläkare Chris Jones sade: " Behovet av att förbättra aktualiteten och noggrannheten i datainsamlingen är väl förstått av cheferna och deras styrelser. Hälsonämnderna har planer på att uppfylla de krav som ställs."
Konservativ hälso talesman Darren Millar sade att dödligheten var högre på större sjukhus som ifrågasatte den walesiska regeringens omkonfigurering av sjukhus.
"Den nya hälsoministern måste vidta omedelbara åtgärder för att undersöka de sjukhus med de högsta dödstalen för att se till att snabba förbättringar görs", sade han.
Han påpekade också att de senaste siffrorna för allmänheten är sex månader gamla.
Den walesiska liberaldemokratiska ledaren Kirsty Williams sade: "Jag jämför det inte på något sätt med vad som hände i Mid-Staffordshire, med tanke på att det finns enorma problem i datainsamlingen och med LHBs och den walesiska labourregeringen som inte har något grepp om vad som händer, är jag oroad över att vi inte lätt skulle kunna identifiera områden med allvarlig svaghet på våra sjukhus om de uppstod."
Elva av 17 allmänna sjukhus i Wales har högre dödstal än väntat, enligt statistik som publicerats av den walesiska regeringen.