Tidigare sade minister Theresa Villiers att EU:s regler inte tillåter en del av ett land som är kvar inom Europeiska unionen.
I Nordirland röstade majoriteten av väljarna (56 %) för att Storbritannien skulle stanna kvar i EU i förra veckans folkomröstning.
Men på det hela taget röstade Storbritannien för att ge upp sitt EU-medlemskap med 52–48 %.
"Jag tror att det mandat som vi fick under folkomröstningen att stanna kvar gör att vi hamnar på en mycket speciell plats", sade McGuinness, den biträdande förste ministern, efter att ha träffat den irländske utrikesministern Charlie Flanagan.
"Det är helt klart att Skottland kommer att göra samma sak.
"Theresa (Villiers) måste förstå, vad gäller oss i Sinn FÃ©in, detta är inte ett gjort avtal, det finns fortfarande en hel del att spela för i framtiden och vi kommer att hävda rättigheterna för de människor som röstade för att stanna i Europa."
Tidigare, inför ett brittisk-irländskt möte för att diskutera den politiska vägen framåt efter folkomröstningsresultatet, sade Villiers: "EU:s regler är mycket tydliga - medlemskapet är på medlemsstatsnivå, det är en nationell fråga."
Hon tillade: "Detta beslut har fattats - det brittiska folket har röstat för att lämna EU.
Villiers var värd för Flanagan för att diskutera resultatet av EU:s folkomröstning.
Flanagan sade att mötet var ett välkommet tillfälle att diskutera resultatet av folkomröstningen.
"Jag upprepade regeringens engagemang för Nordirlands stabilitet och välstånd och hur vi kommer att försöka belysa behovet av att EU tar hänsyn till Nordirlands dimension i kommande förhandlingar för att minimera eventuella negativa effekter som kan uppstå som ett resultat", sade han.
Nordirlands exekutivministrar träffades också för att överväga konsekvenserna av Brexit och den potentiella inverkan på deras regeringsavdelningar.
Politikernas möte i Stormont är djupt splittrat i frågan.
Både Sinn FÃ©in och SDLP har sagt att de inte vill "drabbas ut ur EU" på grundval av engelska röster.
Men den förste ministern Arlene Foster och hennes demokratiska fackföreningsparti kämpade för en avskedsomröstning
Hon sade: " Kampanjen är över, beslutet har fattats, och nu är det vår uppgift att gå vidare och företräda folket i Nordirland när det gäller de förhandlingar som kommer att äga rum nu.
"Det är verkligen mitt fokus, för att få det bästa avtalet för Nordirland när det gäller Brexit från Europeiska unionen", sade hon.
Skottlands förste minister Nicola Sturgeon reste till Bryssel på onsdag för att försöka skydda sin regions förbindelser med EU.
Gibraltar, som liksom Skottland och Nordirland röstade för att stanna kvar i EU, har signalerat att det vill utforska sina alternativ.
Martin McGuinness har sagt att han inte accepterar Nordirland kan inte behålla någon form av särställning inom EU efter det att Storbritannien har dragit sig ur landet.