Lokala medier sa att T-Team kapten, som var 30, kollapsade tre minuter i matchen i Kota Bharu och fördes till sjukhus.
Matchen övergavs efter 60 minuter när ett meddelande mottogs från sjukhuset om att Oniya hade dött.
Oniya hade just gått med i den malaysiska klubben den här säsongen.
Nigerianska försvararen David Faramola Oniya dog på lördagen efter kollaps på planen under en vänlig mellan hans malaysiska klubb T-Team och Kelantan.