Kampanjer säger att dess tester för personer med invaliditetsersättning är "skadliga och beklämmande" och har lett till självmord.
Atos, en sponsor av Paralympic Games, sade att det ser till att dess tjänst är "professionell" och "passionate".
Protester riktade sig också till arbets- och pensionsministeriet i Westminster, där en person greps.
Den lilla break-away gruppen, inklusive två rullstolsanvändare, blockerade dörrarna till kontoret i en "överraskning hemlig handling", UK Uncut sade.
Protester som kom in i DWP-byggnaden har sedan dess tagits bort. Metropolitanpolisen sa att en person greps för brott mot freden.
Demonstrationer har hållits under hela veckan, kulminerar i ett försök att få den franska byråns huvudkontor på Triton Square, Marylebone, till ett slut.
Tidigare Paralympics chef Lord Coe försvarade Atos och sade att företaget hade hjälpt till med London 2012 ackrediteringsprocessen, rekrytering av volontärer, och resultat leveranstjänst.
"De är partners och de hjälper oss att leverera detta... Deras arbete går långt bortom något av den synligheten."
Regeringen - som fattar beslut baserade på Atos Work Capability Assessments - har sagt att den försöker kontrollera kostnaderna för invaliditetsersättningar.
Det står mer än 600 miljoner pund per år spenderas på överbetalningar till människor som inte längre kvalificerar sig för den nivå av förmåner de får.
Det har sagts att kontroller är viktiga för att se till att bidragssystemet stöder människor och inte fångar dem.
Claire Glasman, Winvisible Campaigner, har cerebral pares och får invalidersättning.
Hon sade att hennes grupp har kämpat för en mor med en ryggmärgsskada som skadats på arbetet och befunnits otjänlig att arbeta men fick noll poäng på sin bedömning vilket innebär att hon måste ansöka om Job Seekers ersättning, hitta lönearbete eller förlita sig på släktingar.
Ms Glasman sade: " Vi vet inte hur människor klarar sig.
"Kvinnor är särskilt drabbade eftersom det är vi som är mest benägna att göra obetalt vårdarbete samt hantera allvarliga hälsoproblem."
John Williams som har Crohns sjukdom, epilepsi och ett antal andra tillstånd anslöt sig till omkring 200 kampanjdeltagare.
Han sa att han måste leva på förmåner på 500 pund i månaden och förlita sig på flytande matdrycker.
Han sade: " Jag vill ha ett rättvist system. Det är helt förfärligt. Det känns som om Atos arbetar med regeringen för att få ner siffrorna."
Roger Lewis från Disabled People Against Cuts berättade BBC Five Live bedömningar orsakade "ömma skador och lidande för funktionshindrade".
Han sade: " Vi har nu en situation där vi vet att människor har gått igenom Atos bedömningar som tyvärr har dött som ett resultat av detta. Vissa har begått självmord. En del har fått hjärtattacker."
Han sade att en parlamentarisk grupp parlamentsledamöter har tittat på rättsläkares rapporter där arbetsförmåga bedömningar har nämnts som en bidragande faktor.
DWP sade att det inte hade forskningsdata om effekterna av bedömningar på människors psykiska hälsa och att inga kopplingar kunde göras till självmord.
En talesman sade att 15 % av besluten om "arbetsförmåga" upphävdes vid överklaganden och att systemet var föremål för en årlig översyn.
Han sa: "Sedan 2010 har vi avsevärt förbättrat processen för bedömning av arbetsförmåga.
"Som ett resultat ser vi en ökning av antalet svårt funktionshindrade personer som får långsiktigt villkorslöst stöd."
En talesman för det franska multinationella Atos sade: " Vi respekterar fullt ut människors rätt till fredliga protester, och vi förstår att detta är en mycket känsloladdad fråga.
"Vi fattar inte beslut om människors rätt till förmåner eller om välfärdspolitiken, men vi kommer att fortsätta att se till att den service vi tillhandahåller är så professionell och medkännande som det kan vara.
"Vi gör detta genom ett ständigt utbildningsprogram för vår personal, en rigorös rekryteringsprocess för vårdpersonal och dem som går igenom processen på plats."
Upp till 150 personer med funktionsnedsättningar har protesterat utanför IT-företaget Atos, som utför "lämpliga för arbete" bedömningar för regeringen.