Officerare undersöker om en av männen föll från en balkong på 12 våningen i Donside Court 19, i Tillydrone-området i staden.
Räddningstjänsten kallades till byggnaden omkring kl. 20.15 på tisdagskvällen.
Ett vittne har beskrivit att höra en kvinna skrika "hjälp mig, hjälp mig" innan polisen kom.
Polisen i Skottland sa att den trodde att incidenten var dold och att det inte fanns något hot mot samhället i stort.
Ett blått rättstekniskt tält hade uppförts inne i en polisspärr vid foten av byggnaden, nära huvudingången.
Ett ögonvittne sa att de såg en man falla från tolfte våningen i byggnaden, vilket polisen bekräftade att de var ute efter som en undersökningslinje.
Ett annat vittne, Toni Dey, 19 år, som bor en kort bit bort på Gordon's Mills Road, sade att hon hörde skrik från kvarteret.
Modern till två sade: "Jag hörde en flicka skrika 'Hjälp mig, hjälp mig', sedan ungefär 10 minuter efter att jag hörde massor av skrika och skrika.
"Jag ringde inte polisen eftersom jag trodde att det var barn som strulade runt, sen hörde jag massor av poliser.
"Det är väldigt skrämmande att tänka att något sådant hade hänt. Jag tänkte bara: "Varför hjälpte den stackars flickan mig?Och två minuters promenad ut genom bakdörren.
"Jag har precis flyttat in här i maj och det har varit så tyst. Jag blev chockad över att höra något som jag aldrig brukar göra."
En annan kvinna berättade för BBC Scotland att hon hade känt en av de män som var inblandade, och beskrev honom som en "trevlig pojke".
Det Supt Dave McLaren sa att ytterligare information om händelsen skulle släppas i sinom tid.
"Vid denna tid utredningen är i sitt mycket tidiga skede", sade han.
"Omständigheterna som de är närvarande vid denna tidpunkt skulle dock tyda på att detta är en innesluten händelse och vi letar inte efter någon annan person i förhållande till dödsfallen."
Polisen avfärdade rapporter på sociala medier om att en polis hade skadats och sade att det inte fanns något som tydde på att incidenten var terrorismrelaterad.
Grannen Susan Smith sa att polisen till en början gick upp till lägenheten och bar vad som såg ut som en murbräcka.
"Det fanns massor av polisbilar. Jag har aldrig sett så många polisbilar. Fyra ambulansbilar, sa hon.
"De tog en tjej ut och de försökte fortfarande ge killen hjärt-lungräddning. Sen satte de upp ett tält och nästa sak kom kriminalteknikerna.
"Polisen gick faktiskt in med en stor sak som en murbräcka vid ett tillfälle. Sedan gick de in med bårar och en stol sak - och kom ut med dem tom."
Ledamoten Martin Greig, ordförande i Aberdeen Community Safety Partnership, sade: " Det kommer att finnas familjer som sörjer djupt över dessa fruktansvärda nyheter.
"Våra sympatier är med dem som har förlorat nära och kära.
"Det lokala samhället och staden kommer att dela känslor av chock vid denna våldsamma händelse."
Polisen söker igenom området runt ett torn i Aberdeen där en kvinna och två män dog i en störning.