Theresa Villiers gjorde kommentarerna i ett tal om äldre frågor vid Ulster University på torsdag.
Hon försvarade regeringens strategi för att ta itu med arvet från problemen i Nordirland.
Hon sade att det var en "förvrängning" att antyda att säkerhetsstyrkans medlemmar tidigare har gjort sig skyldiga till endemisk försummelse.
Familjer till människor som dödats av statliga styrkor fruktar att regeringen kommer att använda frågan om nationell säkerhet för att blockera offentliggörandet av information om morden.
När Nordirlands senaste politiska överenskommelse, känd som dokumentet Fresh Start, kom överens i november förblev en viktig faktor olöst - hur man skulle hantera arvet från problemen.
Statssekreteraren föreslog att när det gäller arvet från problemen, en del människor bedriver "en fördärvlig motberättelse om det förflutna".
Hon tillade: "Det är en version av problemen som försöker undandra sig ansvar från de människor som begick terrordåd och placera staten i hjärtat av nästan varje illdåd och mord som ägde rum."
Hon hyllade polisens och soldaternas arbete och sade: "Jag är övertygad om att de i de allra flesta fall utförde sina uppgifter med exemplarisk professionalism."
Hon medgav dock att vissa " föll under de höga krav som ställs på dem".
"Tyvärr vet vi att det finns några verkligt chockerande fall där de föll drastiskt under dessa normer", sade hon.
"Och precis som premiärministern kommer jag aldrig att försöka försvara säkerhetsstyrkorna genom att försvara de oförsvarliga.
"Där det finns bevis för ett orätt handlingssätt kommer det att förföljas. Alla är underkastade rättsstatsprincipen.
"Men vi måste vara medvetna om det sammanhang där säkerhetsstyrkorna var verksamma.
Villiers sade att allt kommer att avslöjas för den planerade nya enheten för historiska undersökningar.
Hon sade dock att regeringen har legitima farhågor om vad den enheten då skulle kunna offentliggöra - antingen för att det skulle kunna äventyra liv eller äventyra säkerhetstjänsternas kapacitet.
"Det finns tekniker och kapaciteter tillgängliga för våra säkerhetstjänster som, om de är kända, skulle vara av värde för terrorister.
"Det är inte bara våldsamma dissidenter i Nordirland, utan även islamistiska terrorister som vill attackera hela vår livsstil.
"Ingen ansvarsfull regering kan tillåta detta och vi måste behålla makten att förhindra det."
Förra månaden kritiserade en högre domare regeringens inställning till besvärsärenden och sade att de låg mycket lågt på försvarsministeriets prioriteringslista.
Men i sitt anförande förnekade Villiers att det saknades engagemang från regeringens eller polisens sida och insisterade på att det nuvarande systemet aldrig var utformat för att hantera ett så stort antal komplicerade känsliga fall.
Hon sade att hon fortfarande hoppades att en politisk överenskommelse om arvsfrågor skulle kunna nås, men sade att det var viktigt att det förflutna sågs i sitt sammanhang.
Nordirlands utrikesminister har varnat för att oliktänkande republikaner och islamistiska militanter inte bör visas hur brittiska säkerhetstjänster fungerar.