Gen Martin Dempsey sa att den "stora majoriteten" av dokument som togs av den tidigare NSA entreprenören var militära-relaterade.
Sedan förra året har nyhetsorganisationer publicerat dussintals berättelser baserade på de läckta underrättelsedokumenten.
Snowden står inför spioneri i USA men har fått asyl i Ryssland.
General Dempsey, ordförande för de gemensamma stabscheferna, berättade för kammarens kommitté för väpnade styrkor på torsdag att en arbetsgrupp för att mildra situationen hade inrättats för att undersöka omfattningen av Snowdens stöld och för att fastställa hur man skulle kunna övervinna den.
"Vi arbetar oss igenom det som vi tror att han har exfiltrerat", sade Gen Dempsey. "Och vi har, tror jag, en ganska stor mängd kunskap i det avseendet.
"De allra flesta av [de smorda dokumenten] var relaterade till vår militära kapacitet, operationer, taktik, tekniker och förfaranden."
Gen Dempsey sade "magnituden av denna utmaning" föreslog att arbetsgruppen skulle behöva köras i ungefär två år.
"Jag misstänker att det kan kosta miljarder dollar att övervinna den förlust av säkerhet som har påtvingats oss", sade han.
Mr Snowden, en före detta teknisk entreprenör för National Security Agency som flydde från USA i juni, står inför spionageavgifter i USA.
Det kommer att ta USA två år och kanske miljarder dollar att övervinna den skada som Edward Snowdens underrättelsel läcker, har den högste amerikanske militärofficer sagt.