Themis skulptur - rättvisans gudinna - som bar en sari var mindre än sex månader gammal, men islamistiska grupper krävde att den skulle avlägsnas på fredag.
De hävdade att det sårade muslimernas religiösa känslor och det föranledde massprotester i huvudstaden, Dhaka.
PM Sheikh Hasina samtyckte till dess avlägsnande, men sekulära grupper motsatte sig det.
Arbetare kom med utrustning och en kran vid midnatt för att rycka upp den kontroversiella statyn, rapporterade BBC: s Bangla tjänsten.
Statyn tas bort för att upprätthålla freden, sade dess skapare Mrinal Haque.
Analytiker säger att detta är ett tecken på den ökande spänningen mellan islamisk konservatism och liberala värderingar i Bangladesh.
Protestatörer har länge hävdat att figuren, som höll rättvisans välbekanta svärd och vågskålar i sina händer, utgjorde avgudadyrkan.
I februari ledde den konservativa islamistiska gruppen Hefazat-e-Islam protester och hotade att sprida demonstrationerna över landet om statyn inte togs bort.
Många av dem som protesterade kommer att ha varit anhängare till Hefazat-e-Islam, men observatörer har också pekat på ökad konservatism bland allmänheten.
Spänningen mellan sådana krafter och sekulära röster har varit ett av de avgörande temana i Bangladesh under de senaste åren.
Arbetare har börjat demontera statyn av en grekisk gudinna från Bangladeshs högsta domstol komplex, efter ett skrik från islamister.