Brexitförhandlingarna med EU skulle inledas den 19 juni, men Moody's sade att de konservativa hade förlorat sin majoritet skulle fördröja inledandet av samtalen.
Den kommer att "komplicera och sannolikt fördröja Brexit-förhandlingarna", varnade den.
Moody sa att valresultatet kunde sätta press på de offentliga finanserna.
Den "oavslutade" resultatet av det allmänna valet kan innebära regeringen satt mindre prioritet på att minska budgetunderskottet, byrån sade.
Detta skulle vara negativt för Förenade kungarikets kreditbetyg och göra det dyrare för landet att låna pengar.
Som ett resultat, Moody's sade att det förväntade finanspolitiska risker att öka eftersom enligt dess uppfattning budgetunderskottet kommer att öka både i år och nästa.
"Valresultatet, med betydande vinster för Labourpartiet, som hade kämpat för ökade offentliga utgifter, kommer sannolikt att ses som en "omröstning mot åtstramningar", tillade man.
"Den offentliga skuldkvoten kommer att öka ytterligare och under längre tid än vi hade förväntat oss, vilket placerar Storbritannien bland de få högt värderade europeiska statspapper vars statsskuld fortfarande ökar."
Moody sade dock valresultatet föreslog en "valförskjutning" bort från den "hårda Brexit" som premiärminister Theresa May till synes hade sökt.
Som ett resultat, Moody sade regeringen kan nu överväga "mjukare" Brexit alternativ, vilket skulle vara positivt för landets kreditbetyg.
Tidigare berättade Brexit-minister David Davis för Sky News att förhandlingarna om att lämna EU skulle inledas nästa vecka. Men inte nödvändigtvis den 19 juni.
"Min ständige sekreterare är faktiskt i Bryssel idag talar med dem om detaljerna", sade han.
"Det kanske inte är på måndagen eftersom vi också har fått drottningens tal den veckan och jag kommer att behöva tala i det, och så vidare."
Samtidigt släppte S&P Global Ratings en not som säger resultatet av snabbvalet och det hängda parlamentet bör inte ha någon omedelbar inverkan på Förenade kungarikets betyg.
"Våra betyg på Storbritannien tar redan hänsyn till en mindre förutsägbar politisk ram efter omröstningen om att lämna EU i juni 2016," sades det.
Parlamentet anser också att avsaknaden av en övergripande majoritet för varje del sannolikt kommer att försena förhandlingarna med Brexit. "Vi utesluter inte möjligheten till ännu ett snabbval."
S&P-ekonomen Jean-Michel Six sade separat: "När det gäller [Storbritanniens] utsikter till tillväxt är det tydligt att saker och ting inte går i rätt riktning."
"Denna senaste bit av instabilitet kan bara försvaga företagsklimatet och konsumenternas förtroende", sade han.
S&P sade att Förenade kungarikets utsikter förblev negativa.
Moody's priser Förenade kungariket som Aa1 negativ - ett steg över de andra två stora byråerna, S&P och Fitch.
Förenade kungarikets allmänna valresultat skulle kunna fördröja Brexitsamtalen och vara negativt för ekonomin, kreditvärderingsinstituten Moody's och S&P har varnat.