Varningen innebär att Sydkorea anses utgöra ett betydande hot mot turismen, och Hongkongs invånare uppmanas att ställa in icke-väsentliga resor.
Sydkorea bekräftade en sjunde dödsfall från Mers infektion på tisdag, och 95 infektioner.
Utbrottet är det största sedan Mers först upptäcktes i Mellanöstern.
Det senaste offret var en 68-årig kvinna med en redan existerande hjärtåkomma. Hon var smittad på samma sjukhus som alla andra offer hittills.
Respiratoriskt syndrom i Mellanöstern (Mers)
Hur farlig är Mers?
I bilder: Hur Seoul hanterar utbrott
Hong Kongs röda varning är dess näst högsta nivå, och säger att människor ska "undvika icke-nödvändiga resor till Korea, inklusive fritidsresor".
Varningen sade att alla som fortfarande besöker Sydkorea bör "undvika onödigt besök på vårdinrättningar" och vidta försiktighetsåtgärder, inklusive bära en mask och tvätta händerna.
Ko Wing-man, sekreterare för Food and Health Bureau, sade att åtgärderna hade vidtagits delvis på grund av "den vanliga kommunikationen mellan Hongkongs medborgare och sydkoreaner".
Hong Kong drabbades svårt av utbrottet av svår akut respiratorisk sjukdom (Sars) 2003, som fördes till området från södra Kina av en läkare, så det är känsligt för nya sjukdomshot.
Åtta nya ärenden rörande Mers bekräftades i Sydkorea på tisdagen, en betydande minskning från de 23 nya ärendena som rapporterades på måndagen.
Den sydkoreanska regeringen anser att alla fall har kopplats till sjukhus som behandlade kända patienter innebär att viruset fortfarande kan hållas inne.  Alla dödsfall har varit människor som redan mådde dåligt.
Från och med måndagen var 2.500 personer som kan ha kommit i kontakt med viruset i karantän, sade nyhetsbyrån Yonhap, och nästan 1.900 skolor har stängts.
Det första Mers-fallet i Sydkorea var en man som blev smittad under en affärsresa till Saudiarabien, där sjukdomen först identifierades för tre år sedan.
Läkarmyndigheterna har kritiserats för hur de har hanterat utbrottet.
Seoul Mayor Park Won-soon anklagade centralregeringen för att inte ha lämnat tillräckligt med information till medborgarna om viruset. Men hälsominister Moon Hyung-pyo avvisade påståendet och sade att sådana kommentarer riskerade att öka allmänhetens oro.
Är du i Sydkorea?  Har dina resplaner till Sydkorea störts på grund av Mers utbrott? Du kan dela dina erfarenheter med e-post haveyoursay@bbc.co.uk
Lämna gärna ett kontaktnummer om du är villig att tala med en BBC-journalist.
Du kan kontakta oss på WhatsApp +44 (0)7525 900971
Hong Kong har utfärdat en röd varning för resor till Sydkorea, som kämpar mot ett utbrott av Mellanösterns respiratoriska syndrom (Mers).