Argentina midfielder skickades iväg i 84: e minuten efter att han reagerade argt på en James McClean utmaning.
Watford sade att hans straff var överdrivet och att han felaktigt hade avskedats, men det senare förkastades av fotbollsförbundet.
Pereyra missar nu bara lördagens match mot Everton.
Watfords Roberto Pereyra har fått sin avstängning reducerad från tre matcher till en efter att ha skickat iväg i lördagens 3-1 nederlag av West Brom.