Det följer på offentliggörandet av en rapport i katastrofen som resulterade i att 96 fans dog.
Kelvin MacKenzie skrev rubriken Sanningen på förstasidan som pågick fyra dagar senare.
Trevor Hicks, från Hillsborough Families Support Group, sa att det var "för lite, för sent".
I ett uttalande sade MacKenzie: "I dag ber jag Liverpools folk om ursäkt för denna rubrik.
"Jag blev också helt vilseledd. För 23 år sedan fick jag en kopia från en ansedd nyhetsbyrå i Sheffield där en polis och en högre lokal riksdagsledamot gjorde allvarliga anklagelser mot fans på stadion.
"Jag hade absolut ingen anledning att tro att dessa auktoritetsgestalter skulle ljuga och bedra över en sådan katastrof.
"Som premiärministern har klargjort var dessa anklagelser helt osanna och var en del av en gemensam komplott av poliser att misskreditera supportrarna och därmed flytta skulden för tragedin från sig själva.
"Det har tagit mer än två decennier, 400 000 dokument och en tvåårig undersökning att upptäcka till min fasa att det skulle ha varit mycket mer korrekt om jag skrivit rubriken Lögner snarare än Sanningen.
"Jag publicerade i god tro och jag är ledsen att det var så fel."
Den tidigare redaktören för Sun har erbjudit "profuse ursäkter till folket i Liverpool" för att skylla fans för Hillsborough tragedi.