Premiärminister Malcolm Turnbull sa att han hade accepterat Ms Leys avgång på fredag.
Skandaler om rättigheter har uppslukat den australiska politiken under de senaste åren.
Turnbull har nu lovat att inrätta en oberoende vakthund, baserad på det brittiska systemet, för att övervaka parlamentets utgifter.
"Australierna har rätt att förvänta sig att politiker spenderar skattebetalarnas pengar försiktigt, se till att deras arbetsutgifter alltid utgör en effektiv, effektiv och etisk användning av offentliga resurser", sade han.
"Vi bör vara så försiktiga och ansvarsfulla som möjligt med skattebetalarnas pengar."
I sitt avskedsanförande hävdade Ley att hon inte hade brutit mot några regler, "inte bara när det gäller rättigheter utan framför allt ministeruppförandekoden".
Hon sade dock att sagan hade blivit en distraktion för regeringen.
"Jag har alltid försökt att vara noggrann med regler och normer, jag accepterar samhällets irritation, även ilska, med politikers rättigheter kräver ett svar," sade hon på fredag.
Ley utsattes för påtryckningar på separata resor till Gold Coast, där hon köpte A$795.000 (Â £473.300; $585.200) investeringsfastigheten under 2015 och deltog i nyårsafton fester under 2013 och 2014.
Hon beskrev bostadsköpet som en "felbedömning" som varken var "planerad eller förutsedd".
Jan Turnbull ansåg att Leys avgång var den "rätta domen" och tackade henne för hennes tjänst.
Han sade att den nya utgiftsvakten skulle se till att politikernas krav var öppna för allmänheten.
"Jag måste säga att jag hatar termen rättigheter. Detta är arbetskostnader, sade han.
"Omständigheterna kräver att vi ses för att sätta dessa frågor klart € så att människor kan vara säker på att det finns oberoende tillsyn."
Oppositionen Labour Party erbjöd principiellt stöd för Turnbulls reform.
"Vi är glada att arbeta med honom på arbetskostnader för politiker", säger tillförordnad arbetsledare Penny Wong.
"Jag tror att landet och folket förväntar sig det."
Förenade kungariket inrättade 2010 Independent Parlaments Standards Authority i kölvattnet av parlamentsledamotens utgiftsskandal.
Australiens hälsominister Sussan Ley har avgått efter att ha använt en skattefinansierad resa för att köpa en lägenhet på Queensland Gold Coast.