Under det fjärde, femte och sjätte året har man prioriterat gymnasieelever som bara har tre veckor kvar till sina nyckelprov.
Alla primärelever kommer att återvända till nästa vecka, men osäkerheten kvarstår beträffande arrangemangen för S1-S3-elever.
Totalt 17 skolor i staden öppnade inte igen efter påsklovet.
Omkring 7 600 elever drabbades av nedläggningar med fem secondarys, tio primaries och två ytterligare stödbehov skolor stängt på grund av oro över strukturella frågor.
Alla skolor, som är omkring 10 år gamla, byggdes enligt samma offentlig-privata partnerskapsavtal.
Rådet sade på tisdagskvällen att det hoppades att alla elever skulle vara tillbaka på "utbildningsplatser" nästa tisdag - måndag 18 april är en banksemester i staden.
Högskoleelever från fyra av gymnasierna och barn från två primärskolor skulle återvända till lektionerna på onsdagsmorgonen.
En del kommer att återvända till sina egna klassrum, men andra kommer att flytta till alternativa skolor där de kommer att undervisas av sina egna lärare.
De arrangemang som har införts av Edinburghs stadsråd kommer att innehålla följande:
Omkring 2300 S1 till S3 elever vet fortfarande inte när de kommer tillbaka till klassen. Rådet har sagt att det kommer att ge ytterligare detaljer om detta senare i veckan.
Problemen upptäcktes först i januari när en vägg vid Oxgangs Primary kollapsade under höga vindar.
Ytterligare nedläggningar föranleddes i fredags efter att arbetare reparerat allvarliga strukturella problem vid den primära upptäckta "ytterligare allvarliga defekter" med byggnaden.
Stadsfullmäktige har sagt att brådskande arbete skulle behöva utföras på minst fyra av skolorna: två gymnasier Gracemount och Craigmount, och två primaries - Oxgangs och St Peters.
Det första problemet upptäcktes med väggband, som håller ihop de yttre och inre väggarna, vid Oxgangs Primary School.
Ett ytterligare nummer på fredagen hittades sedan med huvudband, som håller toppen av väggarna till ståltaket ramen, på alla fyra skolor.
Man hade uttryckt oro över behovet av att ta emot seniora elever som snart ska göra tentor och som har ett kursarbete och en bedömning att genomföra.
Med omkring 5 000 elever som stod utanför skolan en tredje dag på onsdag, fortsatte föräldrarna också att uttrycka ilska och frustration till priset av och krångel med att ordna extra barnomsorg.
Erbjudande av stöd till rådet för att ta emot elever som drabbats har kommit från organisationer som Hibernian Football Club, det skotska parlamentet, Edinburgh University och NHS Lothian.
Mer än 2.000 elever vars skolor i Edinburgh har stängts på grund av säkerhetsproblem kommer att återvända till klassrummen senare.