Shunsuke Mutai, vice minister för återuppbyggnad, besökte staden Iwaizumi för att bedöma de dödliga skador som orsakas av tyfon Lionrock.
Stormen dödade mer än 20 människor i regionen.
Men han sågs på TV skrattandes bli uppriven av en mindre högt uppsatt tjänsteman, så att han kunde hålla fötterna torra.
Mutai, som tydligen glömde att ta gummistövlar med sig, bad senare om ursäkt och sade att det han gjorde var "olämpligt" och att han "djupt beklagade det".
Bilden blev viral på sociala medier med Netizens lambasting vice-minister och anklaga honom för att inte ta sitt jobb på allvar.
Chefsminister Yoshihide Suga kritiserade senare Mutai för bristande känslighet.
"Han åkte dit som chef för regeringens utredningsteam, så naturligtvis borde han ha tagit med sina gummistövlar till att börja med.
"Jag måste säga att han saknade känslighet för invånarna och regionen", sade han.
En japansk regeringstjänsteman har kritiserats för att ha liftat på en kollegas rygg för att gå över en pöl.