Transportföretaget rapporterade en förlust före skatt på 19,9 miljoner pund under året fram till den 31 mars, trots att intäkterna ökade med 13,4 % till 707,4 miljoner pund.
Flybe sade att det skulle börja minska storleken på sin flotta efter att ha sett en långsammare ökning av konsumenternas efterfrågan.
Den insisterade dock på att det innevarande året skulle gå bra och ansträngningarna att göra en vinst igen var på god väg.
Flybe har under det senaste året kämpat med en rad kostsamma misstag, bland annat att köra för många förlustbringande rutter och misslyckade joint ventures.
En aggressiv expansionsplan ökade kapaciteten på flygbolaget med 12,3 % till 12,7 miljoner platser, men antalet passagerare ökade bara 7,6 % till 8,8 miljoner.
Sex bombardier Q400 flygplan kommer att skäras från flottan nästa år.
Men staden verkade nöjd med företagets framtida planer på att återgå till vinst, med aktier upp 6% till 35 p i tidig handel.
Företaget sade i ett uttalande: "Trots de betydande framstegen när det gäller att minska storleken på de äldre flottbeställningarna under 2015/16, har Flybe fortfarande sett en betydande kapacitetsökning på en marknad där vi bevittnat en långsammare ökning av konsumenternas efterfrågan.
"Nya linjer och ökade frekvenser var avsedda att täcka marginalkostnader under de första driftsåren, men bidrar inte i någon större utsträckning till den totala lönsamheten.
" Kapacitetsökningen hade därför en negativ inverkan på lönsamheten."
Det tillade: "Vi kommer att göra Flybe till ett hållbart företag som driver de bästa rutterna och vid bästa tidpunkter för att passa våra kunders behov."
Fokus kommer att ligga på att förbättra framför allt de brittiska rutterna och utvidga förbindelserna med regionala flygplatser.
Förutom problemen med överkapacitet, en stor IT-uppgradering slog vinster med 4,8 miljoner pund förra året och företaget varnade för att en extra £ 6m skulle behöva spenderas på att annullera dyra kontrakt.
Det regionala flygbolaget Flybe har drabbats av turbulens, vilket innebär en förlust på nära 20 miljoner pund efter att tidigare expansionsplaner visat sig alltför ambitiösa.