Ett flervåningshus i kyrkan kollapsade i september förra året i Lagos som dödade 116 personer, många av dem sydafrikaner.
Myndigheterna sa att den hade fler golv än dess grund kunde hålla.
"Kyrkan var skyldig på grund av brottslig vårdslöshet resulterar i döden av offren," coroner Oyetade Komolafe sade vid förhöret i Lagos.
Komolafe sade att Joshuas synagoga, kyrkan av alla nationer (SCOAN), inte hade fått rätt godkännande innan sätta upp strukturen.
De som byggde vandrarhemmet bör också undersökas, sade han.
Nyheter från Afrika
TB Joshua, som hans anhängare kallade en "profet", hade skyllt förra årets incident på ett litet plan som han sade hade kretsat runt byggnaden, en fordran avfärdad av domstolen.
Direkt efter att byggnaden kollapsat klagade räddningsteamen på att kyrkliga tjänstemän hade blockerat tillträdet till platsen.
Rättsläkaren kritiserade också det förhållandet att predikanten inte hade framträtt som vittne under förhöret.
"Bland de individer och organisationer kallade, endast Profeten TB Joshua vägrade att vittna," AFP nyhetsbyrån citerar Mr Komolafe som säger.
BBC:s Will Ross i Lagos säger att predikanten gick till en annan domstol och hävdade att rättsläkaren inte hade rätt att kalla honom.
Herr Joshuas tjänster, vid en megakyrka i Lagos Ikotun distrikt, är kända för att locka tusentals människor.
Följare i Nigeria och utomlands tror att han har gåvorna helande och profetia.
Vår korrespondent säger att rättsläkarens dom verkligen är en rekommendation och nu kommer det nu att vara upp till Lagos statsåklagare att besluta vilka rättsliga åtgärder som ska vidtas.
Typ: Den nigerianska predikanten TB Joshua
På bild: TB Joshuas tjänst 2005
En kyrka som drivs av den populära nigerianska evangelisten TB Joshua bör åtalas efter kollapsen av en av dess byggnader, en rättsläkare har härskat.