Systemet på 100 miljoner pund innehåller en ny grund för icke-league Boston United, tillsammans med butiker och 500 bostäder i Wyberton-området i staden.
Wyberton Parish-rådet höll omröstningen efter att invånarna hade begärt den.
Av de röstberättigade deltog endast 18,76 % - 550 personer - varav 86 % röstade emot programmet.
Parishs ordförande Richard Austin sa: "Jag förväntade mig inte ett stort valdeltagande, men jag är säker på att VM-matchen hade en effekt."
Han sade att datum och tid hade "satts i sten" och att rådet inte kunde ändra dem.
Men han tillade: " Jag kan bara spekulera, men kanske var de flesta glada över att ha samma uppfattning som de som röstade.
"Vi lever i ett demokratiskt samhälle och det är vad som händer ibland."
Jean-Pierre Austin sade att man före omröstningen hade uttryckt oro över systemets potentiella effekter, inklusive den trafik som det skulle leda till.
Han sade att församlingsrådet nu skulle överväga resultaten innan det lade fram sin syn på ansökan till Boston Borough Council.
Utvecklaren, Chestnut Homes, vars ägare David Newton är Boston United ordförande, sade projektet skulle vara bra för staden och skapa jobb.
Projektet, kallat The Quadrant, innehåller planer på att flytta klubben Conference North från dess stadion i York Road, där det har varit sedan slutet av 1800-talet, till en ny 4.000-säte marken från A16 på Tytton Lane.
Chestnut Homes lämnade in sin planeringsansökan i maj. Om det godkänns kan arbetet inledas 2015.
Englands match mot Uruguay har delvis fått skulden för ett lågt valdeltagande i en folkomröstning om planer på att bygga en fotbollsarena och nya hem i Lincolnshire.