Ibrahim Halawa var 17 år när han arresterades under en belägring vid moskén Al-Fath i Kairo 2013.
Han har, tillsammans med mer än 400 andra, anklagats för att ha anstiftat våld, upplopp och sabotage.
Han skrev att hans fängslande hade lärt honom att finna mänskligheten hos alla och bortse från hämnd.
Halawa skrev till sin familj och sade att den 22 september skulle ha varit den dag hans föräldrar hade levt sina liv att se.
Han hade tänkt studera en ingenjörsexamen.
I stället sade han att han vägrades lämplig medicinsk behandling för svåra bröstsmärtor och att han med våld rakade huvudet.
"Idag medan varje utexaminerad kastar sin examen hatt i himlen för att komma ner med den långa väntande drömmen, jag ser inte himlen", skrev han. "För att jag är inskriven i ett annat college.
"Ett college jag inte visste att jag hade ansökt om när jag valde att kämpa för frihet. Ett college som kidnappade mig från livet för att lära mig principerna i det verkliga livet. Ett college fullt av lektioner. Mycket av det har jag lärt mig på mörka morgnar och nätter."
Brevet, med titeln Graduation Tale, avslöjade att han delar en sovsal cell med 30 andra och har en sovplats strax över en meter bred.
Mr Halawa berättade för sin familj att han hade lärt sig en djup känsla av medkänsla för andra under sin tid i fängelset och en uppskattning av de enkla sakerna i livet.
"I det här colleget är jag tvungen att leva med en bred mångfald av interner. Från presidentkonsulter och universitetsprofessorer till analfabeter brottslingar som lärde mig att söka den verkliga människan bakom varje social rang, sade han.
"Jag har lärt mig att absolutism är ett ogiltigt sätt att döma människor, mänskligheten handlar bara om relativism.
– Det är ett college där det svåraste ämnet är att "finna förlåtelsen", eftersom jag måste stanna kvar som frihetskämpe och aldrig blev en hämndjägare.
"Även om min förtryckare efter alla dessa år ännu inte är övertygad om att låta mig ta examen från hans fängelse och åka hem. Medan för andra är det examenskväll ute, för mig är det examensljus ute."
Familjen Halawa och deras advokater KRW Law har försökt säkra ett presidentdekret för Halawas frihet.
Hans fall kommer tillbaka i rätten den 2 oktober.
Ibrahims syster Somaia sade: " Ibrahims brev lämnar inget utrymme för mer att säga, men det har gått 35 dagar sedan presidentdekret 140 lades fram för Ibrahim, efter tre års kampanj för Ibrahims frihet är detta vårt största hopp.
"Det är dags för den irländska regeringen att öka trycket så att dekretet blir så effektivt som det borde vara."
En irländare fängslad i Egypten har skrivit ett brev till sin familj för att markera det datum han borde ha gått ut college i Dublin.