Frågorna besvarades av 131 ledare, av 253 nya Clinical Commissioning Groups (CCGs).
En tredje sade att de kände sig pressade att bli större, och två tredjedelar uttryckte farhågor för att de skulle få ärva skulder.
Hälsodepartementet sa att det förväntade sig delar av NHS att arbeta tillsammans för att lösa eventuella underskott.
Undersökningen organiserades av NHS Alliance och National Association of Primary Care, som har gått samman för att representera CCG, som kommer att ta över inköp och organisera NHS-tjänster.
36% av GPs och andra ledare som svarade på undersökningen sade att de var under press från NHS chefer att bli större, så att de kunde klara ett viabilitetstest nästa månad.
Och 67 % misstänker att de kommer att behöva ta itu med några äldre skulder från tidigare primärvårdsfonder (PCT) när det nya systemet börjar i England i april 2013.
Doktor Michael Dixon, som leder NHS Alliance, sade: " Det kommer att bli dyrt att ha en styrelse med andra kliniska representanter och tillåta granskning.
"Så CCGs måste nå en kritisk massa i fråga om storlek. Men det finns en risk för att det gamla systemet med 150 primärvårdsfonder återskapas.
"Vi är mycket oroade över möjligheten till skulder. Mina GP ledare vill inte vara i position som avvecklingstjänster.
"Det är accepterat att CCG inte ska ärva underskott. Men i praktiken är trycket på NHS ekonomi större än vad människor inser.
"Spara kan göras för att minska remisser från GPs - men det kommer inte att uppnå alla de effektivitetsvinster som behövs.
"Så det finns oro inte bara om underskott utan också de pågående besparingar som behövs - och om CCG kommer att ha tillräckliga budgetar. Det kan vara en dubbel whammy."
Dr Dixon försvarade idén att GPs tar en mer aktiv roll i ransonering behandling under det nya systemet.
Han sade: " NHS är inte något slags soppkök där alla bara kan lägga sig i.
"GPs har alltid varit tvungna att vara ansvariga för användningen av NHS resurser, och att tänka på att balansera dem mot det större goda.
"Folk presenterar detta som en modig ny värld - men det är något vi gör ändå.
"Rationering är varje patients, polismästares och chefs plikt - annars har vi ingen hållbar NHS."
Dr Dixon sade dock att han höll med British Medical Association att GPs inte bör få bonusar för att spara pengar.
En talesman för hälsovårdsdepartementet förnekade tjänstemän var normativt ungefär storleken på CCGs.
Han sade: "Det finns stora variationer i storleken och befolkningstäckningen av PCT och det finns ingen enda 'rätt' storlek."
"CCG kommer inte att ansvara för PCT-skuld som uppstod före innevarande räkenskapsår.
"Under 2011/12 och 2012/13 förväntar vi oss att PCT-kluster, PCT och utveckla CCGs ska arbeta tillsammans för att lösa PCT-underskott."
En undersökning av de grupper som ska ta över driftsättning NHS vård belyser farhågor om deras storlek och budgetar.