Den regerande mästaren från Nordirland ledde från början av loppet två och vann med nio sekunder.
Reas huvudtitel utmanare och Kawasaki lagkamrat Tom Sykes halkade av men återhämtade sig för att avsluta 12th.
Alex de Angelis var andra och Xavi Fores tredje, med walesaren Chaz Davies, som vann lördagens öppnare, sjätte.
Kraftigt regn i Lausitzringkretsen ledde till att starten försenades två gånger på söndagen.
Yorkshireman Sykes, som minskade gapet på Rea till 26 poäng med lördagens seger, flyttade fram på första varvet.
Men han ersattes snabbt av Rea innan han hoppade av och gjorde slut på hoppet om seger.
Sykes kunde fortsätta men från baksidan av fältet och han gick igenom för att ta fyra poäng.
Rea var aldrig hotad eftersom han fick en välbehövlig 25 poäng efter att ha misslyckats med att avsluta de två senaste loppen.
Ryttarna har tre rundor kvar i Frankrike, Spanien och Qatar.
Storbritanniens Jonathan Rea övervann våta förhållanden i Tyskland för att säkra segern och flytta 47 poäng klart i World Superbike Championship ställningar.