Historien - som ursprungligen publicerades i Huffington Post - säger att borgmästarna kommer att utelämnas från talarlistan vid evenemanget i september.
Det står att Labourledaren och fyra skuggföredragande kommer att ges prime talande slots i Brighton.
Corbyn sade att konferensens dagordning ännu inte har utarbetats.
Arbetarledaren frågade om historien under ett kampanjbesök i Morecambe och sade att han inte hade någon aning om varför Solen rapporterade det.
Han sade: "Solen tycks försöka styra labourpartiet. Jag har nyheter för The Sun - det gör de inte."
På onsdag, labours skugglika minister Sarah Champion slutade sin roll över en artikel hon skrev för solen om grooming gäng.
Den Rotherham MP berättade för tidningen för en vecka sedan att "Britain har ett problem med brittiska pakistanska män våldta och utnyttja vita flickor".
Hon bad om ursäkt för sitt "extremt dåliga ordval", efter att tidigare ha antytt att solen hade förändrat det hon hade skrivit, något som tidningen förnekade.
Enligt Huffington Posts politiska redaktör Paul Waugh, herr Corbyn och fyra skuggföredragande - John McDonnell, Emily Thornberry, Diane Abbott och Keir Starmer - kommer att drivas som partiets ansikte och ges utmärkta tider på konferensen.
Detta innebär att det kommer att finnas mindre tid för andra ledande personer, föreslår Waugh, och tillägger att vissa i partiet fruktar att ledningen vill ha "hämnd" på Burnham och Khan för att vara kritisk mot Mr Corbyn i det förflutna.
Jeremy Corbyn har slagit tillbaka på en rapport i tidningen Sun som hävdar att arbetarborgmästarna Andy Burnham och Sadiq Khan kommer att "frysas ut" från Labourkonferensen.