Åttiofem procent av alla födslar på brasilianska privata sjukhus är cesareaner och på offentliga sjukhus är siffran 45 procent.
De nya reglerna tvingar läkare att informera kvinnor om riskerna och ber dem att underteckna ett samtyckesformulär innan de utför ett kejsarsnitt.
Läkare måste också motivera varför en kejsare var nödvändig.
De måste fylla i en fullständig förteckning över hur arbetet och födelsen utvecklades och förklara sina handlingar.
Varje gravid kvinna kommer nu att tilldelas medicinska anteckningar som visar historien om hennes graviditet, som hon kan ta med sig om hon byter läkare.
De nya reglerna är utformade för att minska onödiga kirurgiska ingrepp och se till att gravida kvinnor är medvetna om riskerna med kejsarsnitt.
Experter säger dock att en brist på barnsängar och avdelningar som är utrustade för att hantera naturliga födslar innebär att för många kvinnor i Brasilien ses kejsarbarn som det bästa alternativet.
"Det bästa sättet att garantera dig en säng på ett bra sjukhus är att boka en caesarean," Pedro Octavio de Britto Pereira, en förlossningsläkare och professor vid det federala universitetet i Rio de Janeiro, sade i en intervju med BBC Brasil förra året.
Kvinnor som vill föda naturligt på ett privat sjukhus har rapporterat att alla sängar är reserverade för planerade leveranser.
Det har förekommit många rapporter om att kvinnor går in i arbete utan att en kejsare planerats och tvingats resa från sjukhus till sjukhus för att söka efter en säng.
Forskare säger att många kvinnor också ser kejsarsnitt som mer civiliserade och moderna, och naturlig födsel som primitiva, fula och obekväma.
I Brasiliens kroppsmedvetna kultur, där det finns lite information om förlossning, finns det också en enorm oro för att naturlig födsel kan göra kvinnor sexuellt oattraktiva.
Många läkare föredrar också kejsarsnitt, eftersom de kan planera tiden för en födsel och känna sig mer skyddade från tvister.
Gynekologen Renato Sa sade till BBC Brasil: " Läkare är ansvariga för vad som händer och i en risksituation valde de en kejsare, eftersom om det finns en död eller komplikation de kommer att bli tillfrågade varför de inte gjorde detta. Läkare är rädda för naturlig förlossning."
Nya regler har trätt i kraft i Brasilien i syfte att minska landets stora antal kejsarbarn.