New Yorks nya borgmästare Bill de Blasio vägrade gå med i stadens årliga parad, och Guinness har dragit tillbaka sin sponsring.
Parade arrangörer sade gay grupper är inte förbjudna men får inte bära identifierande banderoller.
Boston borgmästare Martin Walsh hoppade också över sin stads parad på söndag.
De Blasio har sagt att han inte vill delta i paraden i protest mot dess långvariga politik att utesluta homosexuella irländska grupper från att marschera öppet.
New Yorks borgmästare var värd för Irish Premiärminister Enda Kenny för en St Patricks Day frukost före paraden.
Kenny gick med i processionen nere på Fifth Avenue i New Yorks Manhattanborough på måndag, efter att ha sagt att semestern handlade om irländare, inte sexualitet.
På söndagen sa det irländska ölvarumärket Guinness att det skulle släppa sitt deltagande i paraden i New York.
"Guinness har en stark historia av att stödja mångfald och vara en förespråkare för jämställdhet för alla," varumärket sade i ett uttalande utfärdat av moderbolaget, Diageo.
"Vi hoppades att uteslutningspolitiken skulle vändas inför årets parad."
Företaget drog alla reklammaterial som inte redan var tryckta, även om öltillverkaren redan hade gjort en betalning till parader arrangörer, talesman Alix Dunn sade.
Några homosexuella och lesbiska grupper protesterade längs paradvägen på måndagen, medan en plan för att dumpa Guinness öl från hyllorna i Stonewall Inn, födelseplatsen för gayrättsrörelsen i New York, ställdes in efter att företaget drog sig ur paraden.
New Yorks parad lockar mer än en miljon åskådare och omkring 200 000 deltagare under St Patricks Day-helgen.
På fredag släppte två andra stora ölmärken, Boston-baserade Sam Adams och Heineken, också paradsponsring.
I Boston sade Walsh, den förste irländsk-amerikanske borgmästaren i Boston på 20 år: "Så mycket av vår irländska historia har formats av kampen mot förtryck.
"Som borgmästare i Boston, måste jag göra mitt bästa för att se till att alla Bostonians är fria att delta fullt ut i det medborgerliga livet i vår stad."
Världens största St Patrick's Day-parad har startat under ett moln av protester mot organisatörernas vägran att tillåta homosexuella grupper att marschera öppet.