Extern sa att det hade sagts till intensiven Family Support Service (IFSS) måste stänga.
Charlie Mack vid Extern sade att personalen hade arbetat "tröttsamt" för att hjälpa utsatta barn.
Hälsodepartementet sade att familjer skulle fortsätta att få stöd.
"Tyvärr är vi offer för att inte ha en regering i Nordirland för närvarande," Mr Mack berättade BBC Radio Ulster kväll extra.
"Alla ledare för alla politiska partier (i Nordirland) har sagt att det skulle vara moraliskt fel om denna tjänst stoppades.
"Så sent som i eftermiddags vädjade vi till de ständiga sekreterarna att ompröva."
I ett uttalande, institutionen för hälsa sade piloten hade "nu kommit till ett slut och arbetet har redan börjat överväga hur vi framgångsrikt tillämpa det identifierade lärandet".
"Familjerna kommer att fortsätta att stödjas av lagstadgade tjänster," uttalandet tillagd.
"Inga nedskärningar har gjorts på några tjänster.
"Belfast Intensive Family Support Service grundades 2014 på pilotbasis i tre år. Sedan starten har det alltså alltid varit planerat att upphöra den 31 mars 2017."
.......................................
Fyrtiosju anställda vid en välgörenhetsorganisation i Nordirland som arbetar med missgynnade familjer har förlorat sina arbeten efter att ett treårigt pilotprojekt avslutats.