Det kommer tre veckor efter NatWest stängde sina lokaler i staden.
Lokal konservativ MP Edward Leigh sade att han var besviken på nyheten, men varnade invånare de behövde för att stödja lokala banker och butiker, eller förlora dem.
En talesman för HSBC sade att det inte hade tagit beslutet lätt, och förstod att det var oroande för lokalsamhället.
Han sade: " Tyvärr har användningen av avdelningen Market Rasen minskat avsevärt, och vi har fattat det svåra beslutet att stänga den, med en ökning av användningen av nät- och telefonbank under de senaste åren.
"Vi arbetar med kunder som använder filialen för att hjälpa dem att förstå sina alternativ."
I juni tillkännagav HSBC planer på att minska kostnaderna med 8 000 arbetstillfällen i Storbritannien.
Under 2012 var Market Rasen en av 12 städer att dela 1,2 miljoner pund från regeringen som en del av Portas Pilot-projektet, som syftade till att föryngra UK High Streets.
Under året som följde såg staden en ökning av tomma butiker.
Pengar från systemet användes för att förnya marknaden och resa gratis parkeringsskyltar i utkanten av staden för att locka förbi handel.
Men Lincolnshire County Council beordrade att skyltarna skulle tas bort eftersom de inte uppfyllde nationella krav.
Leigh sade att även om pilotprogrammet var en "valiant insats" kämpade marknadsstäderna för att konkurrera om företag.
"Vid slutet av dagen, kan du inte hålla marknaden om människor inte kan göra en go av sina företag," sade han.
HSBC har meddelat att man kommer att stänga sin filial i Market Rasen i december på grund av att antalet personer som använder den minskar.