I betänkandet om affärstrender från redovisnings- och tjänstegruppen BDO sades det att den brittiska ekonomin redan visade tecken på att avta inför EU-omröstningen.
Tillverkningsindustrin hade de dystraste utsikterna, och skapandet av nya arbetstillfällen i ekonomin avtog till en tvåårig låg nivå.
BDO: s Peter Hemington sade osäkerhet som orsakats av Brexit hade också stört investeringar i den brittiska ekonomin.
Rapporten visar affärsproduktionen, som återspeglar företagets order för nästa kvartal, minskade till 99 förra månaden, jämfört med 99,7 i maj och 100,6 i april.
Samtidigt gled också affärsoptimismen ner till 98,9 i juni från 99,4 i maj.
Men Jim Hemington tillade: "Med all sannolikhet kommer de arrangemang som Förenade kungariket så småningom kommer att komma fram till med EU inte att se särskilt annorlunda ut än vad vi har för närvarande.
"Så företag har inte råd att fastna i hysteri. De måste hålla modet uppe och fortsätta investera i Storbritannien.
"Vi befinner oss i ett avgörande ögonblick där vi måste vara förnuftiga när det gäller att skydda den brittiska ekonomin. Vi behöver en handlingsplan nu som ger företagen större förtroende för framstegen med investeringsplanerna."
BDO:s forskning bygger på resultaten från Storbritanniens viktigaste företagsundersökningar
Osäkerhet kring Brexit har dragit den brittiska affärsproduktionen och optimismen till treåriga nedgångar, föreslår en rapport.