Den 25-årige har en fotledsskada och missade det slutliga testet av den senaste serien mot Pakistan.
Det har föreslagits att bowlaren Steven Finn också skulle missa turnén med en fotskada men han har sagt att han fortfarande hoppas vara inblandad.
Chris Woakes, Liam Plunkett, Chris Jordan och Mark Footitt är alternativ för att ersätta Wood i 17-man truppen.
James Anderson och Stuart Broad kommer att vara Englands frontline pace bowlare i truppen, som kommer att tillkännages på torsdag morgon.
Turen kommer igång den 15 december med en uppvärmningsmatch mot en sydafrikansk inbjudan XI och går igenom till 21 februari 2016.
England kommer att spela fyra Tester, fem endagsinternationaler och två 20-20-tal.
Allrounder Ben Stokes anses ha återhämtat sig tillräckligt från en "kollär benledsskada" och bör vara lämplig för turnén.
Den 24-årige drabbades skada fält i det slutliga testet av 2-0 serien nederlag av Pakistan i Förenade Arabemiraten denna månad.
England pace bowlaren Mark Wood ser ut att missa vinterns turné i Sydafrika på grund av skada.