Tåg till London Victoria, Charing Cross och Cannon Street påverkas.
Passagerarna uppmanades att kontrollera webbplatsen för sydöstra tåg innan de reser, med mer än 50 tjänster som för närvarande är försenade eller inställda.
Sydöstra landet bad om ursäkt och sade att det hade orsakats av "en fullständig förlust av signalering".
Signalen fungerar nu igen, men förseningarna förväntas fortsätta.
Tågpassagerare informeras om att de kan använda sina biljetter på London Underground, Docklands Light Railway och London Overground, och på London Bussar mellan Lewisham och centrala London.
Kommunister som är försenade med mer än en halvtimme kan kräva ersättning.
RMT-fackets generalsekreterare skyllde problemet på en "giftig blandning av massiv överbefolkning och infrastrukturbrist".
En talesman för Network Rail sade: " Vi ber om ursäkt för de förseningar passagerarna upplevde i morse på linjen genom London Bridge till Charing Cross och Cannon Street.
– Signalproblemen har åtgärdats men det finns förseningar när tjänsten återhämtar sig. Vi råder passagerarna att kontrollera den senaste reseinformationen om nationella järnvägsförfrågningar eller med deras tågoperatör."
Ett stort signalfel vid London Bridge har orsakat allvarliga störningar för pendlare som försöker nå centrala London från Kent och South East.