Den 22-åriga skådespelerskan var i Prestbury huset med en kvinnlig vän när tjuvar bröt sig in på tisdag kväll.
De låste in paret i ett rum medan de stal smycken och en mobiltelefon innan de rymde, sade polisen.
Flanagans talesman sa att hon var "mycket skakad men oskadd". Polisen sa att de utredde det.
Tidigare på dagen hade skådespelerskan skrivit ett meddelande på sociala nätverk webbplats Twitter för att säga att hon såg fram emot sin pojkvän, Manchester City fotbollsspelare Scott Sinclair, återvänder hem.
Ms Flanagan spelade Coronation Street Rosie Webster och dök också upp på ITV's I'm A Celebrity... Få mig ur här! Efter att ha lämnat tvålen förra året.
Burglars konfronterade före detta Coronation Street stjärnan Helen Flanagan under ett inbrott i hennes Cheshire hem.