Dapp, som driver utbildnings- och hälsoprojekt i det afrikanska landet, har fått miljontals pund under det senaste årtiondet från Storbritannien, EU och Unicef.
Det är kopplat till lärargruppen, vars ledare är efterlysta av Interpol för anklagelser om bedrägeri.
Brittiska tjänstemän har avbrutit finansieringen och inlett en utredning.
Flyttningen följer på en undersökning av BBC och dess amerikanska partner om Dapp Malawi, den malawiska grenen av välgörenhetsutvecklingsstöd från människor till människor.
Dapp är en av de största icke-statliga organisationer som är verksamma i Malawi och tillhandahåller en rad olika biståndsprojekt från jordbruk till hälso- och sjukvård och utbildning.
BBC fann att en del av den finansiering den fick fann sin väg till Lärargruppen, med en del Dapp personal lämnar över så mycket som 30% av sin månadslön till gruppen.
Läraregruppen grundades på 1970-talet och har i åratal drivit ett statligt finansierat alternativt skolsystem, men 2001 gjorde de danska myndigheterna en razzia mot sina kontor och anklagade grundaren Mogens Amdi Petersen för bedrägeri.
Han och några av hans medarbetare befanns inte skyldiga 2006 och lämnade omedelbart landet, men åklagarna överklagade och gruppen är nu efterlyst av Interpol.
Man tror att de kan ha tagit sin tillflykt till en enorm lyxblandning, värd uppskattningsvis 20 miljoner pund, vid Stillahavskusten i Mexiko.
I ett uttalande uppmanade avdelningen för internationell utveckling BBC att dela med sig av all information den fått under sin utredning av Dapp och Lärargruppen, som inkluderade intervjuer med Dapp-anställda och medlemmar i Lärargruppen.
"Betalningar till Dapp har stängts av och vi uppmuntrar BBC att dela sina bevis i sin helhet."
Den brittiska regeringen kommer att sluta ge pengar till en välgörenhetsorganisation i Malawi efter en BBC-undersökning som fann att den var under kontroll av en kultliknande grupp.