Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Hemsidan var 0-3 i slutet av Ryan Sidebottoms öppning och tog honom över 700 första klassens offer.
Den vänstra armen senare skålade sista mannen Tim Murtagh för siffror på 5-18, med Tim Bresnan bidrar 4-30.
Yorkshire kämpade också med fladdermusen i svar, men skepparen Andrew Gale gjorde 98 när de nådde slutet på 238-9.
Deras titel bekräftades när Notts bowlades ut för 204 i deras hemmamatch med Durham.
Efter Middlesex kollaps, var de den enda sidan med en matematisk möjlighet att förneka Yorkshire, men behövde maximalt fem batting bonuspoäng för att stanna i loppet, och bara lyckades en.
Yorkshire anlände till Lord's med en 43-punkts ledning över Middlesex, och valde att sätta dem på en grönaktig yta efter att ha vunnit kastet.
Sidebottoms tredje boll fångade Paul Stirling Lbw och han fick Nick Compton fångad bakom och bowlade Dawid Malan med på varandra följande leveranser senare i over.
Debutant Stevie Eskinazi kantade till Adam Lyth i slipsen och när Bresnan tog över från Sidebottoms nya bollpartner Jack Brooks, fick han snabbt Neil Dexter fångad.
Sam Robson (26) följde på liknande sätt och off-spinner James Middlebrook tog bort John Simpson (28) med den sista bollen före lunch.
Från 92-7 i intervallet, förlorade Middlesex sina sista tre wickets för 14 körningar som Sidebottom avslutade innings med den sista bollen i den 33: e över.
Om man inte fick några bonuspoäng kunde hemmasidan inte längre fånga Yorkshire i Division One-bordet, även om de på något sätt lyckades vinna matchen.
Besökarna gick vidare till 129-3 på te i svar, med Gale - som inte var på fältet när de vann titeln 2014 på grund av suspension - obesegrade på 54.
Vänsterhandaren såg ut för ett tredje sekel av sommaren, men fångades på andra glid av Neil Dexter (3-24) som han såg för att spela bollen in i ben-sidan och mästarna sjönk från 187-4 till 221-9.
Det såg ut som de kunde avfärdas innan stubbar, men dåligt ljus gav ett något för tidigt slut med Jack Brooks 12 inte ute och Sidebottom på nio.
Yorkshire cricket regissör Martyn Moxon:
"Den första vinsten är verkligen speciell, men med tanke på omständigheterna är detta förmodligen en större prestation än att vinna förra året.
"Att först över epitomized vad Ryan var allt om, och för att få sin 700th Wicket också, han har varit en fantastisk bowlare genom åren och det finns fortfarande en hel del liv kvar i honom.
"Att kombinera utvecklande England spelare med inhemska framgångar är en fantastisk insats från alla inblandade.
"Att ha gett så många England spelare i sommar och fortfarande vann Championship, med två och en halv matcher kvar, Jag tycker att det är en anmärkningsvärd prestation."
Yorkshire knöt ihop en andra mästerskapstitel i rad som en fantastisk bowlingvisning som avfärdades Middlesex för 106 den första morgonen på Lord's.