Modern hade tänkt att hennes son skulle se ut som hans idol, AFL-spelare Nic Naitanu, för skolans bokvecka.
Men hennes Facebook-inlägg orsakade ett stort skrik från dem som såg det som rasistiskt.
I ett uttalande, spelaren sade pojkens försök att efterlikna sin hjälte "skadar mitt hjärta".
Den Australian Football League spelare, som spelar för West Coast Eagles, sade barn var "omedveten om den smärtsamma betydelsen" av svart ansikte.
Mr Naitanu, som är av fijiskt arv, sade på Twitter att han inte trodde att modern hade "någon avsikt att skada".
Men han sa att hon skulle "reflektera och välja en alternativ metod nästa gång".
"Det är synd att rasism samexisterar i en miljö där våra barn bör vårdas inte torteras eftersom de är omedvetna om den smärtsamma historiska betydelse svart ansikte har tidigare."
Den västerländska australiensiska modern hade ursprungligen gjort sitt inlägg på Facebook sidan av populära bloggaren Constance Hall.
Kvinnan, som inte namnges av media för att skydda sitt barn, sade att hennes son betraktade Naitanu som hans idol och han ville klä ut sig till honom för bokveckan.
Hon sa att hon var orolig för "politiskt korrekta extremister" men bestämde sig för att klä upp honom som han ville ändå, i en AFL strip, dreadlock peruk och med kroppsfärg.
"Han är kletig vit och om jag bara skickade honom i peruk och foty utrustning, ingen skulle berätta vem han var.
"Så jag odlade en uppsättning bollar och målade min pojke brun. Efter att ha blivit tillsagd av alla att inte göra det, min son vann paraden!"
Inlägget, som sedan dess har raderats, gick viralt mitt i en omfattande debatt på nätet.
Modern skrev senare på sin Facebook-sida att hon hade kallats "varje namn under solen, hade mina ord vridna till andra människors negativa tolkningar".
Men hon sade också att hon hade fått meddelanden om stöd från "amazing kvinnor över hela världen".
Fru Hall sade senare att hon också hade fått ett bakslag, inklusive dödshot, för att hon var värd för fotot på sin sida.
I ett känslomässigt inlägg sade hon att hon "aldrig hade utsatts för så mycket övergrepp" i sitt liv, och att några var från kvinnans familj.
"Jag trodde inte att jag skämde ut henne alls, jag sa tydligt att jag inte tror att hon är rasist alls, hon har en vacker son med en stor hjälte. Jag tycker helt enkelt inte att vi skall måla våra barn med svart ansikte, om det sårar och skadar människor. "
I ett tidigare inlägg som rättfärdigade hennes beslut att ta bort mammans post hade hon sagt att svart ansikte var "dåligt mot våra inhemska bröder och systrar".
Händelsen har också väckt en rasande debatt om sociala medier, mellan människor som såg det som rasistiskt och människor som tyckte att det var ett barns oskyldiga hyllning.
"Hur går det med blackface fortfarande 2016?" sa en Twitter-användare.
"Kära vita människor. Snälla sluta försöka försvara #Blackface du gör oss alla ser dåligt, "sade en annan.
Briggs, en framstående indisk australiensisk rappare, sa på Twitter: "Colour är ingen kostym."
"Alla vita killar säger att jag gör det till ett problem", hoppas jag. Det är ditt privilegium att ignorera detta - det är min börda kalla ut det. "
Briggs lade också till på sin officiella Facebook-sida: "Det är inte barnens fel att hans mamma inte kunde föra vidare bättre omdöme."
"Drassing upp som Nic Naitanui är inte svart ansikte," sade en person. "Killen försökte inte håna Naitanu."
Andra frågade också hur dressing som AFL spelare var relevant för Book Week, där barn ska klä sig som sina favorit fiktiva karaktärer.
"Kan den 'inte' rasistiska mamman berätta för oss vilken bok Nic Nat kom ifrån?", en till hackad in.
Senare på fredagen twittrade Naitanu: " I slutet av dagen beundrar jag verkligen ungen för att han såg upp till mig. Skulle älska att träffa den lilla mästare läsaren."
Tidigare i år tog en annan AFL-spelare, Adam Goodes, en urbefolkning i Australien, ledigt efter att han plågats av att bua medan han var ute på fältet.
På den tiden, då senator Nova Peris - den första ursprungsbefolkning australiensisk kvinna som valts till parlamentet - sade fientligheten riktade mot Goodes var uppenbar.
"Racism... är levande och väl och händer varje dag och jag vet att eftersom jag lever varje dag som en Aboriginal person", sade hon.
En australisk fotbollsspelare har krävt bättre utbildning om ras, efter att en mor målat sin sons hud brun som en hyllning till honom och dragit utbredd kritik.