Tävlingen kommer att utökas till 64 lag, med sidor från 16 av 21 kategori 1 akademier inbjudna att gå med i League One och League 2 klubbar.
I en förändring från det nuvarande knock-out-formatet kommer det att finnas 16 regionala grupper om fyra för öppningsrundan.
Förslagen godkändes vid engelska fotbollsförbundets årsstämma i Portugal denna vecka.
Sedan beslutet tillkännagavs har Portsmouth, Accrington Stanley, AFC Wimbledon, Hartlepool United och Luton Town släppt uttalanden för att bekräfta att de röstade emot rättegången.
EFL klubbar godkänner akademin "Rooney Rule"
I ett uttalande, EFL sade att det var piloting förändringarna som en del av deras "pågående engagemang för att skapa fler och bättre hemodlade spelare".
Förändringarna kommer att se de 16 akademi sidorna jämnt fördelade över grupperna vid sidan av League One och League Two klubbarna, med tävlingen fortsätter att löpa på en nord/sydlig basis fram till finalen.
Varje lag kommer att spela varandra en gång i grupp scenen, med akademin laget får bara en hemmamatch. De knockout stadierna kommer att vara enstaka band förutom semi-finalen, där det kommer att finnas två ben.
På stämman godkände klubbarna en "Rooney Rule"-liknande ansökningsprocess för att försöka förbättra antalet svarta och etniska minoritetstränare i spelet.
De diskuterade också EFL:s förslag att lägga till en ny division på 20 lag till den engelska pyramiden - vilket innebär att det skulle finnas 100 lag i en femdelad struktur, snarare än den nuvarande uppsättningen av 92 klubbar över fyra nivåer.
Det finns för närvarande 24 lag i Championship, League One och League Two, under 20-klubben Premier League.
Det slutliga beslutet om dessa förslag kommer att fattas i juni 2017.
Premier League-akademi lag kommer att tillåtas att spela i EFL Trophy i en ensäsong rättegång 2016-17.