Fackföreningen kämpar med planer av södra ägaren Govia Thameslink (GTR) att förvandla ledare till "on-board övervakare", med förare som tar över ansvaret för att öppna och stänga vagnsdörrar.
Tjänsterna har störts i månader på grund av industriella åtgärder.
Södern sade att åtgärden var "onödig, omotiverad och meningslös".
Passagerartjänstchef Alex Foulds sade: "Passagerare och personal kommer återigen att bli bestörta över RMT: s beslut att hålla ännu en strejk.
"Vi går vidare med våra planer till förmån för kunderna efter nio månaders fruktlösa försök att nå en överenskommelse."
Företaget införde ändringar av vakternas roll från och med söndagen.
John Foulds tillade: "Vi har garanterat all vår personal ombord ett arbete fram till slutet av franchiseperioden, som värderade medlemmar av vår framtida verksamhet, utan någon minskning av lönen."
RMT har hållit en serie endagsstrejker sedan april efter att ha röstat 393 medlemmar.
Tidigare denna månad drabbades tusentals passagerare i söder av störningar under en femdagarsstrejk, som sedan avbröts efter tre dagar för att möjliggöra nya samtal.
Nästan 1.000 tjänster i hela nätverket, som opererar från Sussex och Surrey till London, Kent, Hampshire och Buckinghamshire, ställdes in varje strejkdagar.
Brist på personal, som företaget skyller på höga sjukfrånvaronivåer, har också lett till förseningar och inställda tåg.
Kommunister och andra passagerare har iscensatt demonstrationer för att protestera på servicenivå, och en del har sagt att de har tvingats ändra sitt arbetssätt för att anpassa sig till störningarna.
RMT facket sade att tillkännagivandet av nya strejkdatum var "efter att företaget gick bort från samtal och valde istället att bulldoze genom införandet av de nya operativa arrangemangen från förra söndagen utan några allvarliga försök att säkra överenskommelse".
Unionen beskrev det som en "flammerande brist på respekt för passagerarnas och personalens säkerhet" och sade att de industriella åtgärderna skulle inledas onsdagen den 7 september kl. 00:01 BST och fortsätta torsdagen den 8 september till kl. 23:59 BST.
RMT:s generalsekreterare Mick Cash sade: "Denna åtgärd har tvingats på oss av den arrogans och passivitet som Govia Thameslink och regeringen har gjort klart att de inte har något intresse av att lösa denna tvist eller att ta itu med det dagliga kaoset i söder.
"I stället har de påbörjat processen att bulldozing genom att driva mot grossist Driver Only Operation utan överenskommelse och utan någon oro för påverkan på säkerhet, säkerhet och funktionshinder."
Han tillade: " Vår kamp är med företaget och regeringen som har dragit in denna franchise i total härdsmälta.
"Vi delar ilskan och frustrationen hos passagerarna och vi kan inte luta oss tillbaka medan jobb och säkerhet äventyras på dessa farligt överfulla tåg."
Foulds sade att säkerheten var hotad och att det inte var sant.
"Den oberoende järnvägssäkerhetsorganisationen har sagt det, och nästan hälften av våra tåg går redan utan ledare."
Michael Cash har begärt att nya samtal skall hållas som "en brådskande prioritering".
Arbetare på södra tågen kommer att genomföra 48 timmars strejk den 7 och 8 september i den fortsatta tvisten om vakternas roll, har RMT facket meddelat.