De upptäcktes nära gränsen och har evakuerats av helikopter för att få medicinsk behandling.
Strider mellan rivaliserande styrkor i juli gjorde att hundratals människor dog mindre än ett år efter det att ett fredsavtal ingicks.
Makar, som hade anslutit sig till en enhetsregering, flydde - och fick också stöd av FN i Demokratiska republiken Kongo för några veckor sedan.
Sydsudan har lidit mer än två års inbördeskrig sedan landet blev självständigt från Sudan 2011.
De politiska meningsskiljaktigheterna mellan Makar och president Salva Kiir utlöste ett inbördeskrig i december 2013 - och de enades först om att lösa sina meningsskiljaktigheter under intensiva internationella påtryckningar och undertecknade ett fredsavtal i augusti 2015.
Makar återvände till Juba i april, men striderna bröt sedan ut mellan hans livvakter och presidentvakter i Sydsudans huvudstad, Juba, i juli.
Makar flydde från Juba efter sammandrabbningarna i juli och avskedades senare som vice ordförande.
Efter att ha fått medicinsk behandling i Demokratiska republiken Kongo i augusti flögs han till Sudans huvudstad, Khartoum, där han är kvar efter att ha blivit utskriven från sjukhuset.
Hans soldater, som hade korsat DR Kongo, hittades i ett område runt Garamba National Park av FN: s fredsbevarare, sade FN: s talesman Stephane Dujarric.
Han sade att de mest hade lidit av att gå i svår terräng och att de inte hade tillgång till mat.
Många var i kritiskt tillstånd och fick hjälp "av rent humanitära skäl så att de kan få akut medicinsk hjälp", sade Dujarric.
En intern kongolesisk armérapport, sedd av nyhetsbyrån Reuters på onsdag, sade att 500 soldater evakuerades till Goma i mitten av augusti - ett uppdrag som omfattade tre flygningar per dag över tre dagar.
Mer om Sydsudans kris:
Efter FN:s påtryckningar förra veckan har president Kiir nu gått med på att utplacera en 4 000 stark regional skyddsstyrka för Juba som skulle ha ett starkare mandat än de 12.000 FN-soldater som redan finns i landet, men mandatet och styrkans storlek måste fortfarande överenskommas.
Detta var en viktig begäran från Makar, som sade att han ville ha en neutral kraft för att garantera sin säkerhet.
Men amerikanska tjänstemän säger nu att de inte anser att Makar bör återvända till sin post.
"Med tanke på allt som har hänt, vi tror inte att det skulle vara klokt för Makar att återvända till sin tidigare position i Juba," USA: s särskilda sändebud Donald Booth berättade en kongressunderkommitté på onsdag.
"Men detta kan inte bli ett rättfärdigande för president Kiir att monopolisera makten och kväva oliktänkande politiska röster," Reuters citerade honom som säger.
Under tiden kommer Storbritannien att skicka ytterligare 100 trupper till Sydsudan och ansluta sig till de 300 som redan tjänstgör i FN:s fredsbevarande styrka där.
Mer än 100 soldater som är lojala mot Sydsudans avskedade vicepresident har hittats "i extremt dålig form" av FN i Demokratiska republiken Kongo.