Raden började när tävlande Fleur East, 26, spelade Uptown Funk från Mark Ronsons ännu outgivna album på lördag.
Lily Allen anklagade snabbt Cowell för korruption och för att få gratis publicitet för låten.
Cowell skämtade om att sångaren skulle le mer och förlora paranoian.
Han talade på The Sun Military Awards i London på onsdag, han sade också att Lily Allens chanser att framträda på X Factor som en domare "har minskat något."
Sony Music, som släpper Uptown Funk är hem till Mark Ronsons skivbolag Columbia Records och Cowells Syco Records.
Fleurs prestation i semifinalen av ITV-tävlingen gick direkt till nummer ett i iTunes-grafen.
Den ursprungliga låten av Mark Ronson och Bruno Mars hade släppts digitalt men var planerad till full release för 11 Januari, men efter iTune framgång releasedatum har nu förts fram fem veckor.
Men Cowell hävdade att anledningen till att de valde låten för Fleur på X Factor inte var något att göra med befordran.
Han sade: " Jag visste inte ens vilket märke det var på, för att vara ärlig. Jag visste bara att vi älskade sången.
"Då hörde vi att Mark Ronson och Bruno skulle göra det på finalen så vi slutade göra det med Fleur, sedan fick jag reda på att de inte skulle komma, så jag tänkte "bra" vi kommer att göra det med henne.
"Jag menar att jag var kreativ."
En serie tweets upplagd av Lily Allen, som verkar ha tagits bort, efter showen på lördag sade: "Är detta ens ute än? #XFactor... Bra gjort till @sony för att lyckas få en ännu inte släppt låt deras sjöng på prime time helgen TV. Uppe i stan, hasch, luftspel.
"Det är en fantastisk låt och Fleur gjorde det rättvisa men det är fortfarande ett bra exempel på korruption inom musikindustrin. #uptown funk"
Fleur East har sedan dess bett Mark Ronson om ursäkt efter hennes X Factor-omslag av låten som fick musikproducenten att släppa den tidigt.
Med Bruno Mars i huvudrollen är Uptown Funk den första singeln från den brittiska producenten Mark Ronsons fjärde album Uptown Special.
Följ @BBCNewsbeat på Twitter och Radio1Newsbeat på YouTube
Simon Cowell har berättat för Newsbeat att Lily Allen borde "smila mer" efter att hon anklagat X-faktorn för "industrikorruption".