Ansökan avslogs i september 2014 av Fifa:s verkställande kommitté, som sade att dess krav inte hade uppfyllts.
Men skiljedomstolen för idrott har uppmanat Fifa att lämna in Gibraltars ansökan till sin kongress, som har befogenhet att bevilja medlemskap.
Den europeiska fotbollens styrande organ Uefa accepterade Gibraltar 2013.
Fifa kommer nu att diskutera situationen vid sitt nästa rådsmöte, som planeras äga rum den 9–10 maj.
Det kommer att besluta om man ska ändra dagordningen vid nästa kongress för att lämna in Gibraltars ansökan om medlemskap.
En 6-0 nederlag av Skottland i oktober såg deltidsarbetarna avsluta botten av grupp D i Euro 2016 kval utan att samla in en poäng.
Men utan att bli accepterad av Fifa kommer de inte att kunna delta i VM-kvalificeringsprocessen.
Cas sade i måndags att Fifa kongress "skall vidta alla nödvändiga åtgärder för att erkänna Gibraltar FA som en fullvärdig medlem av Fifa utan dröjsmål".
Världsfotbollens styrande organ Fifa har fått i uppdrag att ompröva Gibraltars ansökan om medlemskap.