Cirka 47.000 böter på totalt 1,3 miljoner pund utfärdades under en rättegång för att begränsa trafiken under dagen.
Rättegången ägde rum mellan augusti 2013 och april 2014.
Återbetalning kan erhållas genom att ringa stadsfullmäktige eller genom att besöka webbplatsen.
Återbetalning erbjöds förare efter en trafikdomare sade att rådet hade "ingen makt" att utfärda böter eftersom skyltning och CCTV var otillräckliga.
Förra året spenderade rådet ungefär 150 000 pund att skriva till 27 000 förare som inte hade begärt återbetalning. Tidsfristen har förlängts två gånger.
Myndigheten sade att den skulle publicera den totala kostnaden för Lendalbrons "lösning" efter den 31 mars när ansökningsprocessen avslutas.
Det bestrider resultaten av Traffic Straff Tribunal "när det gäller den lagliga förmågan att reglera trafiken på detta sätt" och sade att rättegången syftade till att minska trängseln i stadens centrum, inte tjäna pengar.
Förarna bötfälldes för att ha korsat Lendalbron i York medan trafikbegränsningarna var på plats har bara dagar att ansöka om pengarna tillbaka, har tjänstemän sagt.