Kenyas regering sa att Mohamed Kuno låg bakom attacken i april 2015 som dödade 148 personer.
Regionala styrkor i Somalia sa att han var en av 16 personer som dödades i en över natten räd mot deras konvoj i Kismayo, en hamnstad i södra Somalia.
Fyra av dem som dog var enligt uppgift högt uppsatta medlemmar av den islamistiska militanta gruppen al-Shabab.
BBC:s säkerhetskorrespondent för Afrika, Tomi Oladipo, sade att nyheterna kommer som ett enormt uppsving för Somalia och dess allierade i kampen mot al-Shabab.
Men minst 10 personer dödades på onsdag av en bilbomb utanför ett hotell i Mogadishu, som påstods av al-Shabab.
Nyheten om Kunos död bekräftades vid en presskonferens som hölls av Abdrashid Janan, säkerhetsminister i den somaliska regionen Jubaland.
Mohamed Kuno: Kenyas mest eftertraktade
Afrika Live: Senaste uppdateringarna
Efter attacken mot Garissa satte Kenyas regering upp en belöning på 149 000 dollar för Kunos tillfångatagande.
En kenyansk-somali, han var rektor på en madrassa, eller islamisk skola, i Garissa fram till 2007.
Men sedan gick han över gränsen till Somalia för att ansluta sig till Unionen för islamiska domstolar (UIC), som vid ett tillfälle kontrollerade en stor del av landet.
När UIC kollapsade gick han med i den militanta gruppen Hizbul Islam, som 2010 slogs samman med al-Shabab.
Han hade flera alias men var mest känd som Mohamed Dulyadin, vilket innebär ambidextrous på somaliska språket. Han troddes vara i 30-årsåldern.
Attack när det hände
Vilka var Garissa offer?
Varför riktar al-Shabab in sig på Kenya?
I universitetsattacken den 2 april förra året sköt fyra militanta al-Shabab studenter i sina sovsalar innan de avrundades och dödade dussintals fler.
De fyra skyttarna dödades under belägringen men det tog 16 timmar för antiterroriststyrkorna att få slut på attacken.
Det var den dödligaste attacken i Kenya sedan al-Qaida bombade USA:s ambassad i Nairobi 1998, som dödade 213 människor.
Det kom också ett och ett halvt år efter att al-Shabab-soldater riktade in sig på Westgate Mall i Nairobi och dödade 67 personer.
Kuno påstås ha legat bakom flera attacker mot kenyanska soldater som strider mot al-Shabab i Jubaland. Han anklagades också för attacker mot kenyanska civila i själva Kenya.
Al-Shabab säger att det är vedergällning för handlingar av Kenyas säkerhetsstyrkor, som är en del av Afrikanska unionens uppdrag i Somalia mot gruppen.
1. Vad är det för fel på dig? Militanter går in på universitetets område, två vakter är skjutna döda.
2 ) och 2......................................................................................................... Skottlossning börjar inom campus
3. Vad är det som händer? Eleverna attackerade i sina klassrum medan de förberedde sig för prov
Fyra. Vapnen trodde att de var isolerade i de kvinnliga sovsalarna.
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Några elever gör en flykt genom stängslet
Ledaren för attacken mot Garissa University i Kenya har dödats, säger tjänstemän i Somalia.