Den irländska regeringen föreslog att gruppen skulle bildas förra veckan.
Men på måndag, DUP ledare Arlene Foster sade att hon inte hade rådfrågats om det och det verkade som om det inte skulle gå vidare.
Men McGuinness har sagt att han inte tycker att "någon borde ha ett veto mot en bra idé".
Den irländska regeringen sade att den föreslog ett forum för att göra det möjligt för grupper att arbeta på områden av ömsesidigt intresse, såsom handel, investeringar och hälsa.
Förenade kungarikets beslut att lämna EU dominerade ett möte i ministerrådet för nord-syd i måndags där Arlene Foster och Martin McGuinness deltog.
Foster sade att forumet inte stod på föredragningslistan.
I stället sade hon att befintliga gränsöverskridande organ skulle användas för att ta reda på konsekvenserna för ön Irland av ett brittiskt tillbakadragande från EU.
I tisdags sade McGuinness att "mycket högt uppsatta tjänstemän inom [Irländska] regeringen" var att Taoiseach (Irländsk premiärminister) Enda Kenny skulle gå vidare med planen.
"Jag talade med taoiseachen före mötet i North South Minister Council - han inte sätta det som en punkt på dagordningen, men han sade mycket tydligt för mig att han fortfarande trodde att det skulle vara en mycket användbar sak att göra," sade han.
"Jag skulle inte bli alltför motionerad över det faktum att det kommer att finnas politiska element som inte skulle vara intresserade av att delta.
"DUP kommer utan tvekan genom olika metoder att ha sin röst i förhållande till allt detta."
Han ansåg att idén med ett forum skulle "få brett stöd från de flesta inom den politiska processen".
Regeringsministrarna från Nordirland och Republiken upprättade på måndagen en förteckning över prioriterade områden som de avser att arbeta med för att begränsa eventuella skador på Brexit.
Bland annat kom man överens om att genomföra en "fullständig granskning" för att "identifiera de möjliga konsekvenser, risker, möjligheter och oförutsedda händelser" som ön kan ställas inför.
Och de två finansministrarna kommer att "överväga frågan om att säkra" ytterligare finansiering för regional utveckling från EU.
Ett föreslaget gränsöverskridande forum om frågor som rör hela Irland efter Storbritanniens beslut att lämna EU skulle kunna gå vidare trots att det inte finns något stöd för DUP, säger Martin McGuinness.