AnÃ påbal Cavaco Silva sade budgeten inte behandla medborgarna rättvist, och slog några av dem värre än andra.
Justitieregeringen har hävdat att de aldrig tidigare skådade skattehöjningarna som budgeten innehåller var nödvändiga för att uppfylla villkoren i landets räddningsaktion mot euroområdet.
Det är bara andra gången som en portugisisk statschef har gjort ett sådant drag.
För de flesta portugisiska arbetstagare motsvarar de skattehöjningar som trädde i kraft den 1 januari mer än en månadslön.
President Cavaco Silva gjorde överraskningsmeddelandet i sitt nyårstal, dagen efter det att budgeten undertecknats.
"På mitt initiativ, författningsdomstolen kommer att uppmanas att besluta om överensstämmelsen av 2013 års statsbudget med konstitutionen i republiken", sade han.
I sitt tal sade han också att landet befann sig i en ond cirkel av åtstramningar och recession och erkände att Portugals utlandsskuld, som nu är dubbelt så hög som Portugals årliga produktion, var ohållbar.
Oppositionen Socialister hade redan ifrågasatt giltigheten av skattehöjningarna och hade hotat att ta dem till författningsdomstolen om presidenten inte gjorde det.
Förra året avgjorde domstolen mot en lönesänkning för statstjänstemän som tvingade regeringen att söka alternativa inkomstkällor.
Den portugisiske presidenten har sagt att han kommer att skicka årets kontroversiella budget till författningsdomstolen.