Liverpool gjorde 11 ändringar och Tottenham 10 på tisdag och de 10 topp-flight lag gjorde 71 ändringar, med ett antal unga eller frans spelare inblandade.
"Jag känner för fansen", sa 55-årige Waddle. "De borde veta vem som ska spela i tävlingen."
Tidigare Tottenham manager David Pleat sade också att han var "mycket besviken".
Pleat, som nådde semifinalen av tävlingen 1987 som chef för Tottenham, sade lag behandlar tävlingen som en "sekundär affär".
"Det är nästan som om Premier League klubbar har kommit tillsammans och sade att vi inte kommer att ge tävlingen vår fulla uppmärksamhet," sade han.
Ex-Spurs och Newcastle spelare Waddle sade klubbar bör meddela sin trupp för koppens fixturer i förväg i början av veckan.
"Det skulle innebära att om du reser en lång väg du skulle veta att det kommer att vara en svagare sida och du får inte köpa en biljett," sade han BBC Radio 5 live.
"För mig är det ett totalt rån."
Tottenham manager Mauricio Pochettino, vars sida är femte i Premier League och andra i deras Champions League grupp, försvarade sitt beslut att använda några av de yngre medlemmarna i hans trupp i tisdagens 2-1 nederlag vid Anfield.
"De unga spelarna är mycket viktiga för vår framtid, att vara en bättre trupp", sade han.
"Jag tycker att det var en fantastisk möjlighet att visa sin kvalitet och en stor upplevelse att dra nytta av, att ta positiva saker för framtiden."
EFL Cup är en "total rip-off" för fans eftersom Premier League chefer fält försvagade team, säger före detta England ytter Chris Waddle.