Min broders Väktare, hans nya initiativ syftar till att övervinna de socioekonomiska förhållanden som hindrar sådana ungdomar från att frodas.
Vita huset sade att företag hade lovat $ 150 miljoner (Â £ 89m) att främja det.
Presidenten sa att det var en "retage" att svarta och latinamerikaner i USA klarade sig så mycket värre än vita män.
"Jag tror att de fortsatta striderna för så många pojkar och unga män - det faktum att alltför många av dem faller för långt, hoppa av, arbetslösa, inblandade i negativt beteende, hamna i fängelse, profileras - detta är en moralisk fråga för vårt land," Mr Obama sade i Vita huset på torsdag, med mer än ett dussin svarta och latinamerikaner unga män och pojkar står bakom honom.
"Det är också en ekonomisk fråga för vårt land."
I ett memorandum som publicerades på torsdag, Vita huset sade arbetsgruppen skulle fokusera på frågor som möter pojkar och unga minoritets män under 25 år.
USA: s första svarta president har i allmänhet undvikit politik som definieras av ras, BBC: s Beth McLeod rapporter från Washington DC, men i ett känslomässigt tal Mr Obama sade att det var en skandal att unga latinamerikaner och afroamerikanska män har oddsen staplade mot dem i USA samhället.
President Obama sa att unga män från denna grupp var mer benägna att ha ingen far i huset, hamna bakom galler, eller bli offer för våldsbrott.
Vita huset har nämnt den relativt höga arbetslösheten för svarta och latinamerikaner över 20 år och en fattigdom som är högre än genomsnittet för minoritetshushåll.
"Vi har blivit bedövade till denna statistik, vi är inte förvånade över dem, vi tar dem som norm," Mr Obama sade.
"Vi antar bara att detta är en oundviklig del av det amerikanska livet, i stället för den upprördhet det är.
"Men denna statistik bör krossa våra hjärtan. Och de bör tvinga oss att handla."
Han talade om att besöka en skola nära sitt hem i Chicago och dela med pojkarna där sin egen erfarenhet av att växa upp utan en far, erkänna för dem att han hade varit arg på det och hade gjort "dåliga val" och "blivit hög utan att alltid tänka på den skada som det kunde göra".
"Jag kunde se mig själv i dessa unga män," Mr Obama berättade publiken i Vita huset. "Och den enda skillnaden är att jag växte upp i en miljö som var lite mer förlåtande, så när jag gjorde ett misstag blev konsekvenserna inte lika allvarliga."
I Barack Obamas nya initiativ uppmanas stiftelser och samhällsgrupper att samordna investeringarna i stödprogram för att hålla unga latinamerikaner och svarta män i skolan och borta från brottsligheten.
En offentlig onlineportal som heter What Works kommer att ge tillgång till data om sådana program.
För att starta programmet kommer en ny federal arbetsgrupp att undersöka flera frågor som rör unga män.
Det handlar bland annat om tillgång till barnbidrag, läs- och skrivkunnighet i skolan, vägar till universitet och karriärer samt samverkan med det straffrättsliga systemet och våldsbrott.
President Obama träffade tidigare stiftelser och företagsledare och högre regeringstjänstemän för att diskutera initiativet och tacka dem för deras stöd.
Enligt Vita huset har företagsledare redan investerat 150 miljoner dollar och planerar att investera ytterligare 200 miljoner dollar i projektet under de kommande fem åren.
Senior White House rådgivare Valerie Jarrett beskrev arbetet tidigare på torsdag som början på en livslång strävan för Mr Obama och hans fru Michelle.
Fru Jarrett berättade för amerikanska medier att det var ett "moraliskt, socialt ansvar som de känner kommer att överskrida tiden som han är president".
USA:s president Barack Obama har efterlyst en nationell kampanj för att förbättra möjligheterna för svarta och latinamerikaner och unga män.