Antrim minskade ett åtta-punkt underskott till tre i ett steg men ett sent mål av Sean Quigley säkerställde Pete McGrath's Erne män skulle utvecklas.
Hemma framåt Tomas Corrigan landade nio poäng men chefen Pete McGrath kommer att oroa sig för andra halvan wolbel.
Fermanagh hade lett 0-9 till 0-2 på halvtid innan Antrim slog tillbaka med fem poäng utan svar.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
De Erne män gör nu framsteg att spela Donegal i de sista åtta av provinsmästerskapet.
Antrim lämnade sin utmaning alldeles för sent och betalade slutligen för en chockerande slapp start.
De Saffrons, som vann befordran till Division 3 tidigare under året, var sex poäng ner när de registrerade sin första poäng genom en Brian Neeson gratis.
Klyftan var åtta sent i första halvlek och det såg ut som Fermanagh skulle promenera in i kvartsfinalen.
Men från 0-11 till 0-3 ner, Antrim samlade med fem obesvarade poäng av Mark Sweeney, John Carron, Tomas McCann, Ryan Murray och Sean Burke.
Under den förtrollningen hade Neeson en chans men sköt in i sidonätet från en snäv vinkel.
Drivkraften var med Antrim men de medgav en billig fri att ge Corrigan chansen att ge värdarna en fyra-punkts ledning innan Quigley nettade det enda målet.
Toppskytt Tomas Corrigan: "Den första halvan var det mest tilltalande. Vi siktade på en stor första 10 minuter och ville fortsätta efter det.
"Det är vad vi gjorde men vi är besvikna på vår andra halv performance. Vi har mycket att jobba på."
Fermanagh manager Pete McGrath: "Under långa perioder under andra halvan gick vi i sömnen.
"Det var en nervös tid för oss. Vi släpper in Antrim igen och det är ett bekymmer.
"Resultatet var tillfredsställande, men resultatet totalt sett måste man säga att vi gjorde bra ifrån oss men att vi kan göra bättre ifrån oss."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Antrim gemensam chef Gearoid Adams: "Vi dök inte upp i första halvan. Det fanns 14 poäng chanser varje som är svårt att tro.
"I andra halvan fick vi tillbaka det till tre men Fermanagh sparkade på i slutet och målet sätta en glans på det för dem.
"Vi kom hit för att vinna och vi är besvikna över att vi inte gjorde det."
Segerrik Fermanagh möter Donegal i de sista åtta av Ulster Championship medan Antrim går in i All-Ireland kval.
Fermanagh: C Snow; M Jones, C Cullen, M O'Brien; D McCusker (under D Kelly 66), J McMahon, B Mullone; E Donnelly, A Breen; P McCusker (under P Cadden), R Jones, R Lyons; R Corrigan (under D Teague 56), S Quigley, T Corrigan.
Antrim: C Kerr; K O'Boyle, R Johnston, N Delargy; P McBride, M Johnston, J Laverty (sub McAleese 47); M Sweeney, C Murray (sub S McVeigh HT); M Fitzpatrick (sub R Murray 56), K Niblock, J Carron; B Neeson (sub S Burke 59), T McCann, M McCann.
Närvaro: 9124
Fermanagh såg av en mini-revival från Antrim för att boka ett Ulster Championship kvartsfinal möte med Donegal.