Sjutton studentorganisationer har stött BDS-rörelsen - som kräver en internationell bojkott av Israel över det sätt på vilket den behandlar palestinier.
Vissa judiska studenter i Storbritannien säger att ökat stöd för BDS har drivit på en ökning av antisemitism på campus.
Kommissionen sade att den skulle bedöma oron och vidta åtgärder vid behov.
BDS - som står för Boycott, Avyttring och sanktioner - beskriver sig själv som en människorättsorganisation och kritiserar Israel för sina mänskliga rättigheter.
Den säger att den står för "frihet, rättvisa och jämlikhet", och säger att den "inkluderande och kategoriskt motsätter sig i princip alla former av rasism" - inklusive antisemitism.
Devora Khafi, en student vid Queen Mary University i London, är en av nästan 10.000 judiska studenter i Storbritannien.
Hon berättade för BBC:s Victoria Derbyshire-program att hon kände sig fysiskt hotad när andra studenter kapade ett tal vid Londons UCL som hölls av en före detta israelisk försvarsofficer.
Hon sa att hon knuffades mot några dörrar, knuffades och skreks åt av demonstranter.
Hon säger att hon fruktar att ha en koppling till Israel har gjort andra människor på hennes universitet fientliga mot henne.
"Om jag någonsin uttrycka en synpunkt i klassen eller på sociala medier, jag får kommentarer, i offentliga eller privata," sade hon.
"Det har varit svårt. Det har varit två år av ständig kamp för vår yttrandefrihet, våra rättigheter, vårt välbefinnande. Jag har missat deadlines, jag har haft rådgivning, jag har haft ångestepisoder, sa hon.
Devora tror att BDS-rörelsen bidrar till ett klimat av fientlighet mot Israel på campus, vilket hon säger har förvandlat hennes och andra judiska studenter till syndabockar.
"Om du tittar bakom BDS-linsen, det kräver dessa saker som inte är fredliga. De skadar judiska studenter och pro-Israel studenter och de stöder inte en fredlig, atmosfär på campus."
Stöd för BDS har vuxit snabbt på brittiska campus.
London's School of Oriental and African Studies (SOAS) studentförening i London var en av de första att stödja BDS, efter att eleverna röstade för en folkomröstning 2015.
Studentkåren genomförde en akademisk bojkott av Israel.
BBC fann att 17 studentförbund nu har antagit förslag för att stödja BDS-bojkotten av Israel.
De inkluderar Belfast, Birkbeck, Brunel, Essex, Exeter, Goldsmiths, Kings College London, Kingston, Lancashire, Liverpool, Manchester, SOAS, Strathclyde, Sussex, Swansea, University of Arts London och UCL.
Men det är möjligt att de bryter mot lagen genom att stödja rörelsen.
Sedan 2010 har studentkårer blivit registrerade välgörenhetsorganisationer, vilket innebär att de har en rättslig skyldighet att företräda sina medlemmars intressen.
Enligt vägledningen ska även offentliga kommentarer begränsas till frågor som påverkar föreningens medlemmars välfärd som studerande.
BBC förstår att dessa frågor har tagits upp med välgörenhetskommissionen, som bedömer dem för att avgöra om några regleringsåtgärder bör vidtas.
En talesperson från välgörenhetskommissionen sade att oron över kopplingarna till BDS-rörelsen skulle "bedömas konsekvent" och att den, när så är lämpligt, skulle "vidta lagstiftningsåtgärder".
David Holdsworth, från kommissionen, sade studenters fackföreningar får inte vara diskriminerande mot elever "av en viss tro eller ras".
Isaac Bentata, en elev vid UCL, sade att det fanns tillfällen då han inte kände sig bekväm med att uttrycka sina åsikter som en judisk elev.
"Under min första vecka på universitetet såg jag bara BDS klistermärken", förklarade han.
Han sa att han anklagades för att vara en "Mossad agent" efter att ha talat upp vid en BDS händelse.
"När vi lämnade händelsen såg vi att vi följdes av en kille och vi var tvungna att springa till stationen eftersom vi hade hört om honom vara särskilt fientlig," tillade han.
"Jag tänkte: "Det är inte så här jag ska känna mig eftersom jag ställde frågor under en debatt på ett universitet."
Både NUS och BDS National Committee avböjde att kommentera till BBC.
Av de studentkårer vi kontaktade var det bara SOAS som gav oss ett svar.
Dess medordförande, Ayesha Abbasi, sade att det var en "demokratisk organisation" och följde "demokratiska beslutsprocesser".
"Vi har inte haft några formella klagomål på antisemitism eller mobbning från några judiska studenter sedan BDS folkomröstning," tillade hon.
Sai Englert, en judisk PHD-student på SOAS och en medlem av universitetets Palestinska Samfund, sade: " Idén att på något sätt stödja BDS, stödja bojkott etc är en filt bojkott på individer jag tror är mycket farlig. Det är det inte.
"Det handlar om att säga "vi vill inte ha institutionella förbindelser, ekonomiska förbindelser, politiska förbindelser med institutioner, regeringar, företag som är delaktiga i angrepp på rättigheter".
Se Victoria Derbyshire-programmet på vardagar mellan 09:00 och 11:00 på BBC Two och BBC News-kanalen.
BBC har lärt sig att oron över vissa studenters fackföreningars stöd för en bojkott av Israel undersöks av välgörenhetskommissionen.