Fröna samlades förra året under en expedition till en avlägsen plats i bergen nära Tokyo.
Experter menar att den återstående vilda befolkningen i Betula chichibuensis är för liten för att klara sig själv utan hjälp.
De unga träden kommer att delas med andra arboretum i ett försök att hjälpa till att bevara den hotade arten.
Internationella naturvårdsunionen (IUCN) förutspår ett dystert perspektiv för de vilda trädslagen.
I den röda listan över hotade arter sägs det: " Den lilla befolkningen och den begränsade utbredningen... gör den mottaglig för naturkatastrofer eller sjukdomar.
"Arten är också självokompatibel, vilket kräver att två individer är tillräckligt nära för att korspollinera varandra, vilket gör utsädesproduktionen osäker i små delpopulationer."
Man tillägger att det också fanns tecken på avskogning och försämring av livsmiljöerna i det område där de återstående träden påträffas, "som utgör ett hot mot artens överlevnad".
Växande hopp
Under 2014 inledde ett team under ledning av forskare från Oxford Botanic Gardens University i samarbete med Tokyos universitet en expedition för att samla in fröprover från de hotade björkarna.
En del av teamet var Dan Luscombe, en dendrolog från Skogskommissionen, Bedgebury National Pinetum och Forest.
Han berättade för BBC News: "Jag antar att vi hade lite tur när det gäller att vara där vid rätt tidpunkt.
"Det finns i ett mycket, mycket avlägset läge och det är inte en lätt plats att komma till. Det har fått mycket, mycket låg livsduglighet så vi hade mycket tur att vi kunde samla en hel del frön... som björkfrön splittras och skövlas överallt, så när det väl har gjort att du aldrig kommer att hitta det."
Mr Luscombe uppskattade att teamet kunde samla in omkring 1.000 frön, från vilka teamet på Bedgebury Pinetum kunde producera omkring 100 plantor.
"I själva verket odlar vi alltid träd som har hämtats från det vilda så vi bevarar genen (resursen)," förklarade han.
– I slutändan har vi fått dessa riktigt sällsynta träd och deras livsmiljöer är mycket hotade. Om du vill lägga tillbaka dem eller lägga dem någon annanstans så behöver du veta hur du ska odla dem."
Det långsiktiga syftet med projektet är också att plantera japanska björkar i arboretum runt om i landet, samt att samarbeta nära med sin japanska kollega för att skydda de hotade arternas överlevnad i naturen.
"Vi kommer att dela kärleken så att andra arboretum kan försöka odla denna art i olika klimat och jordar etc," Mr Luscombe tillade.
Han förklarade också att plantering av trädprover i olika delar av Storbritannien skulle minska risken för att arten skulle förloras till följd av stormskador eller sjukdomar.
Det finns också planer på att plantera en lund av träden, känd som en fröodling, för att ge en kontinuerlig tillgång på frön.
Brittiska forskare har framgångsrikt grott frön från den kritiskt hotade japanska björken, en art som bara har 21 kända träd kvar.