Bedömningen, som skall offentliggöras i mitten av oktober, kommer att användas för att informera parterna vid Nordirlands politiska samtal.
I ett uttalande på fredag sade Nordirlands sekreterare Theresa Villiers att hon också ska inrätta en fond för att ta itu med organiserad brottslighet kopplad till paramilitära grupper.
De två fackliga partierna säger nu att de kommer att delta i partiöverskridande samtal på måndag.
Unionister hade sagt att frågan om fortsatt paramilitär verksamhet var avgörande för deras deltagande.
Democratic Unionist Party ledare Peter Robinson sade att han var "innehåll" med tillkännagivandet.
"Polik och säkerhet i Nordirland är inte bara ansvaret för Nordirlands exekutiv, utrikesministern har också ett särskilt ansvar", sade Robinson.
Nationella brottsverket (NCA) togs i drift i Nordirland i maj.
Med tanke på dess omfattande uppdrag och resurser skulle det vara rimligt att anta att den känner till omfattningen av paramilitär inblandning i organiserad brottslighet i Nordirland.
Den bör kunna lämna en bedömning av paramilitär inblandning till Nordirlands sekreterare och politiska partier.
Det förefaller därför osannolikt att den granskning som ska offentliggöras av den oberoende panelen i oktober kommer att ge Theresa Villiers och politiska partier något de inte kunde få höra i dag av den nationella konkurrensmyndigheten och polisen i Nordirland.
Läs mer
Han sade att "permanenta och lagstadgade åtgärder" för att ta itu med paramilitär verksamhet och förbindelser bör fastställas i samtalsprocessen.
Ulster Unionist Partyledare Mike Nesbitt beskrev Villiers uttalande som ett "positivt steg framåt".
Villiers sade att bedömningen av paramilitärer kommer att utföras av brittiska säkerhetsmyndigheter och Nordirlands polistjänst, och att den kommer att ses över och kontrolleras av tre personer vars namn kommer att tillkännages i början av nästa vecka.
"Jag avser också att inrätta särskild finansiering som syftar till att öka kapaciteten hos organ som arbetar med att bekämpa brottslighet och organiserad brottslighet i samband med paramilitära grupper i Nordirland", sade hon.
"Den kommer att stödja byråer för att förbättra specialistkompetensen, såsom kriminalteknisk redovisning, för att stärka deras kapacitet att beslagta kriminella tillgångar.
"Slutligen planerar jag att diskutera med Nordirlands justitieminister och den irländska justitieministern hur vi kan arbeta bäst tillsammans i våra ansträngningar att ta itu med gränsöverskridande brottslighet."
Läs mer om hur krisen utvecklades
Som svar sade Sinn FÃ©ins Martin McGuinness: "Utan tvekan med dagens utveckling och de fackliga ledarnas svar, som vi hoppades att alla partisamtal kommer att återupptas på måndag.
"Vi går in i samtalen på måndag i en positiv och konstruktiv anda."
Men när det gäller bedömningen tillade förste vice ministern: "Jag tror inte att någon kommer att lära sig något under de kommande fyra veckorna som de inte visste under de senaste 20 åren."
Polisen vid Nordirlands polischef George Hamilton sade att han välkomnade den "tydliga fokusering" på organiserad brottslighet som utvärderingen skulle ge.
Den irländske utrikesministern Charlie Flanagan sade att det skulle bli en "engångsövning".
Han tillade att det var avsett att bistå de politiska partierna med att överväga "hur effekterna och arvet av paramilitär verksamhet bäst bör hanteras".
Alliansens partiledare David Ford sade att bedömningen var ett positivt steg men tillade: "Detta kan tjäna en rad syften, men vi förblir fast beslutna att utforska en stående mekanism."
Alasdair McDonnell, ledare för SDLP, sade vad som behövdes var mer än bara en genomgång "men en verklig känsla av att alla paramilitära strukturer, inklusive finansiella, intelligens och militära, är upplösta och att olagliga kassaflöden och tillgångar redovisas".
Traditional Unionist Voice Leader Jim Allister sade Villiers uttalande "har alla framträdande politiskt motiverade och tidsinställda fönster-dressing för att hålla den misslyckade processen igång".
Regeringen har beställt en oberoende utvärdering av paramilitära organisationer i Nordirland.