Lions hävdade en tredje Premier League Cup skalper den här säsongen genom att slå Leicester City 1-0 på Den för att nå kvartsfinalen.
Millwall kommer att spela Tottenham på White Hart Lane i nästa omgång, men Harris fokus ligger fortfarande på ligan.
"Vi är hemma till Chesterfield på tisdag kväll - och om något som har blivit viktigare," sade han.
Millwall är på en 10-match oslagbar körning i League One och är sjunde i bordet, utanför play-off positioner på mål skillnaden endast, med ett spel i handen.
South London Club kommer att flytta in i topp sex om deras resultat mot Chesterfield bättre är Southend bort i Peterborough.
Harris sida slutade fjärde förra säsongen, innan förlora till Barnsley i play-off finalen på Wembley, och den tidigare Lions spelare hoppas på att gå en bättre denna säsong.
38-åringen berättade för BBC Radio London: "Min prestation i år är befordran - det är vad jag vill bli dömd på.
"Vi vill komma ut ur den här divisionen. Vi började säsongen för att befästa en spelposition.
"Vi övervann förra året med ande och beslutsamhet. Vi hade en långsam start i år, men vi har hamnat i en bra position."
Millwall boss Neil Harris tror att befordran från League One är "mer viktigt" än FA Cup framgång.