Regina Lopez sade att hon var besviken över att "affärsintressen" hade "hanterat beslutet".
Hon hade varit i tjänst i tio månader men hade inte bekräftats.
Kongressbekräftelser i Filippinerna inträffar ofta månader efter det att ministrarna börjat arbeta.
Det beslut som fattats av landets kommission om utnämningar är slutgiltigt.
Med stöd av president Rodrigo Duterte hade Lopez beordrat att 22 av 41 minor skulle stängas och att öppna minor skulle förbjudas.
Hon annullerade också kontrakt för outvecklade gruvor och sade att miljöskador skadar landets fattiga.
Efter omröstningen sade hon: "Jag är besviken eftersom det uppenbarligen finns inflytanden från näringslivet som har styrt beslutet. Och ur min synvinkel bör regeringen i första hand fatta beslut om filtret av det allmännas bästa.
"Och när affärsintressen tar dominerande inflytande på ett sätt som även negativt påverkar vårt folk, det är inte alls bra."
The Chamber of Mines of The Philippines sade att det skulle försöka upphäva hennes åtgärder när en ny minister var i tjänst.
"De har ingen rättslig grund", sade kammar talesmannen Ronald Recidoro.
"Det hölls inga ordentliga samråd. Och ännu viktigare är att det verkligen är ute efter att döda gruvindustrin."
Yeb SaÃ±o av Greenpeace Sydostasien sade avskedandet "visar hur destruktiva industrier fortsätter att hålla filippinska lagstiftare i nacken."
En talesman för presidenten sa att ingen ersättare ännu hade ställts upp.
Ms Lopez anhängare, som kallar henne en jordkrigare, har organiserat ljusbelysta vakar för att markera slutet på sin anställning.
Lagstiftare i Filippinerna har tagit bort miljöministern, som retade gruvindustrin genom att beordra nedläggning av mer än hälften av landets befintliga gruvor.