Det sades att omfattningen av stigerosion var "hotande Snowdonias ömtåliga natur".
Antalet vandrare som klättrar på Snowdon har fördubblats sedan 2007 och mer än fyra miljoner människor besökte Snowdonia förra året.
Men tilliten säger att gräsarter rör sig in när stigar eroderas, stryper vissa växter.
Rhys Thomas, National Trust Ranger for Snowdonia, sade: " Jag har byggt och byggt upp vägar i området i åtta år.
"Det är tröttsamt, tidskrävande och baklänges arbete - med hundratals timmars volontärtid som kräver att man flyttar tonvis med sten för hand, fordon och helikopter.
"Men det är viktigt om vi vill skydda de känsliga bergsmiljöer som gör Snowdonia till en speciell plats för vilda djur."
Växter som kan vara i riskzonen är lila saxifrage, mossa campion och rosenrot.
Det är också hem för den utrotningshotade Snowdon skalbaggen - som i Storbritannien endast finns i Snowdonia.
Tilliten försöker höja 250 000 pund för att reparera två och en halv miles väg.
Det kommer som oro växer över mängden skräp som finns kvar på Snowdon, och vissa kräver att en rullator avgift ska införas.
Appellen stöds av Hollywoods skådespelare Matthew Rhys, National Trust Wales Snowdonia Ambassadör.
Rhys, som är från Cardiff, men har starka familjeförbindelser till nationalparken, sade att han hade sett "förintelsens spår kvar av de eroderade stigarna" vid besök i området.
"Det finns en känslig balans mellan människan och naturen", tillade han.
National Trust Wales tar hand om nästan 58.000 tunnland bergs- och jordbruksmark över Snowdonia National Park.
Snowdonias vägar måste bevaras eller växter och vilda djur kommer att gå förlorade, har National Trust Wales sagt.