På Edgbaston på lördag, England kommer att försöka göra det tre segrar av tre i Grupp B, värd Australien, som behöver vinna efter att ha haft två matcher tvättas ut.
Roy har gjort bara 27 körningar i sina senaste fem innings för England men Morgan sade till BBC Sport: "Vi tror på honom.
"Han har varit en stor del av vårt team och vi är en mycket stark sida när Jason Roy skjuter."
Sydafrika-född Surrey fladderman Roy, 26, gjorde sin endags internationella debut i maj 2015 och har spelat i 45 matcher, poäng 1.458 körs i genomsnitt 34.
Han gjorde två hundra i tre matcher mot Sri Lanka förra året - hans högsta ODI poäng 162 tar bara 118 bollar - men efter att ha gjort tre på varandra följande halvcenturier i Indien i januari, har han nått 50 bara en gång i sina senaste 10 innings.
Morgan, en av fyra England fladdermöss att passera 50 i turneringen hittills, sade att han inte skulle säga Roy att bromsa hans naturligt attackerande instinkter vid Edgbaston.
"Jag tror inte att någon använder frasen 'knäpp ner' i vit boll cricket längre, Jag kommer definitivt inte att säga Jason Roy att knocka ner," sade han till BBC cricket korrespondent Jonathan Agnew.
"Alla är i lite nick och det faktum att en kille inte är och vi fortfarande vinna spel säger en hel del om detta lag."
England, två gånger slagna finalister i tävlingen, senast mot Indien i en regnreducerad match på Edgbaston för fyra år sedan, har vunnit 10 av sina senaste 11 endagsinternationaler, deras enda nederlag kommer i ett dött gummi med Sydafrika på Herrens sista månad.
"Alla verkar skjuta, det är den typ av föreställningar du behöver för killar att gnugga på varandra eftersom även om du är i form ibland du inte kommer att släppa men du vet att någon annan har din rygg i gruppen," Morgan sade.
Efter att redan ha säkrat kvalificering för semifinalen, talade skepparen om en potential 100% rekord i grupp stadier: "Det skulle vara en enorm förtroende-booster. Om vi försöker vinna globala turneringar måste vi slå sidor som Australien. Det är en stor utmaning och en som vi verkligen ser fram emot."
Ta reda på hur du kommer in i cricket med vår inkluderande guide.
Australien har vunnit turneringen två gånger förutom fyra av de senaste fem VM och skeppare Steve Smith säger lördagens match är ett måste-vinn möte för sin sida.
"Det brukar ta fram det bästa av det australiensiska laget i stora turneringar, men England har förbättrats och vi kommer verkligen att behöva vara på vårt bästa för att slå dem," sade han.
Australiens fladdermöss har bara mött 25 overs i de två första matcherna, båda beskurna av regn, och Smith sade: "Det är inte idealiskt vi har inte fått igenom en full fixtur ännu men vi kan inte styra vädret. För oss handlar det bara om att behandla det som en kvartsfinal och spela på det sätt vi vet att vi är kapabla till."
Smith frågade om lönetvisten med Cricket Australia som fortsätter hemma tillade: " Spelarna har verkligen varit enade, det har inte talats mycket om det som ett lag.
"Jag sa i början att en ICC turnering bara kommer runt vart fjärde år. Det är den näst största turneringen efter VM så du måste vara påslagen för varje match."
England kapten Eoin Morgan säger "runs är bara runt hörnet" för öppnaren Jason Roy i Champions Trophy.