Det var en andra seger i kampanjen för Pete McGrath's Erne män som hade förlorat tre i rad och de flyttar från foten av bordet.
Fermanaghs bästa målskytt Tomas Corrigan haltade tidigt men Sean Quigley fick åtta poäng för värdarna med fem frees, två 45s och en från spel.
Derry är nu längst ner efter deras 5-15 till 2-15 nederlag bort till Galway.
Mål från Benny Heron och Emmett McGuckin hjälpte Derry till en 2-10 till 2-7 ledning vid pausen i Tuam Stadium, med Danny Cummins och Tom Flynn nät för värdarna.
Galway, med vinden till deras fördel, ökade klart i andra halvan med Johnny Heaney nät innan en Eamonn Brannigan straff och Shane Walsh mål.
Fermanaghs två senaste matcher är Meath bort nästa vecka och en hemmamatch mot Derry.
McGrath män var 0-8 till 0-7 upp på halvtid och utökad som leder med Aidan Breen poäng tre poäng från spel.
Keelan Sexton hade dock ett 46-minuters mål för Clare mot spel som visade sig vara en väckarklocka för värdarna.
Fermanagh skramlade fem poäng i rad för att försegla den värdefulla segern.
Fermanagh grävde djupt för en 0-18 till 1-10 seger över Clare för att öka sina chanser att överleva i Division 2.