Daycare Trust säger att daghem i mindre gynnade områden, där lägre avgifter tas ut, är mer benägna att öka andelen barnomsorg.
Välgörenheten föreslog också att man skulle öka barnomsorgen.
Regeringen säger att förändringarna inte är obligatoriska och vill förbättra kvaliteten och överkomligheten på barnomsorgen.
Det kommer snart att göra ytterligare ett tillkännagivande om överkomlighet.
Kommissionen hade dock hävdat att en lättnad i förhållandet mellan personal och barn för vissa åldersgrupper skulle kunna göra det möjligt för plantskolorna att minska sina kostnader och därmed vara mer överkomliga, och har föreslagit att förhållandet mellan personal och barn mellan två och tre år skulle kunna höjas från ett till fyra år, till ett till sex år.
Men välgörenheten, som nyligen gått samman med Family and Parenting Institute, säger att planer på att ändra nyckeltal sannolikt kommer att "utöka kvalitetsskillnader som påverkar låginkomstgrupper".
Detta beror på att leverantörer i de flesta missgynnade områden sannolikt inte kommer att kunna ta hand om den typ av höga daghemsavgifter som tas ut i mer välbärgade områden, sägs det.
Som ett resultat av detta hävdar kommissionen att det är mer sannolikt att barn från låginkomstfamiljer får vård av tjänsteleverantörer som tar hand om fler barn per anställd.
Verkställande direktör Anand Shukla sade: "De föreslagna förändringarna i förhållandet kommer att främja ett två-gradigt kvalitetssystem eftersom föräldrar bara kan välja den bästa barnomsorg de har råd med.
"Vi vet från våra fokusgrupper att föräldrar vill ha generösa proportioner. Föräldrar med högre inkomster kommer att kräva att leverantörerna håller sig till generösa kvoter, men föräldrar med låga inkomster kommer inte att ha det valet.
– Resultatet blir att barn från låginkomstfamiljer löper större risk att få barnomsorg från vårdgivare med de högsta andelarna och få mindre uppmärksamhet och stöd från personalen.
Han tillade att det fanns en ond cirkel där föräldrar, särskilt de med låga inkomster, fann att det inte var ekonomiskt meningsfullt att arbeta på grund av de höga kostnaderna för barnomsorg.
Välgörenhetsanalysen av barnomsorgskostnaderna tyder på att de fortsätter att öka över hela linjen. Nästa vecka är det tänkt att ge ytterligare detaljer om hur priserna har stigit över hela linjen.
Varningen kommer efter att Förskolan Lärande Alliance fördömde de planerade förändringarna vid en konferens om barnomsorg.
Dess verkställande direktör Neil Leitch sade: " Aldrig under de senaste 12 åren har jag sett så mycket fientlighet mot ett enda initiativ som detta. Varför? Eftersom vi tror att det helt och hållet strider mot målet att sätta barnet först."
Han sade att en färsk undersökning för hans organisation hade visat att 94 % av dem som tillhandahåller gruppdagvård trodde att kvaliteten på deras barnomsorg skulle minska om nyckeltalen ändrades.
"Ändå skulle man kunna tro att med tanke på cirka 70 % av kostnaderna hänför sig till personallöner, skulle leverantörer rusa ut ur sina plantskola dörrar hoppa av glädje på utsikten att öka intäkterna - men det är tvärtom."
Utbildningsdepartementet betonade att de mer flexibla nyckeltalen endast skulle vara möjliga om det fanns högkvalificerad personal.
En talesman sade: " Vi håller på att reformera barnomsorgssystemet så att de som tillhandahåller barnomsorg får mer flexibilitet när de har högkvalificerad personal och barnskötare får bättre stöd.
"Ratioförändringar, som inte är obligatoriska, kommer att göra det möjligt för leverantörer att få flexibilitet att öka lönen för bättre kvalificerade arbetstagare.
"Högkvalitativa vårdgivare kommer att kunna expandera och fler barnskötare kommer att komma in på marknaden – detta kommer att innebära att föräldrar har mer överkomlig barnomsorg.
"Oväntat kommer att vara den enda skiljedomaren av kvalitet, ta bort alla råd dubblering. Till följd av detta kommer fler skattebetalares pengar att gå till frontlinjen.
"Vi vill hjälpa arbetande familjer med kostnader och tillgänglighet, och kommer snart att göra ett tillkännagivande."
Planer i England för att öka förhållandet mellan barn och barnmorskor kan leda till ett tvåstegssystem, med en nedgång i kvaliteten i fattiga områden, en välgörenhet varnar.