McInnes tyckte att Dons var "push om" alltför lätt i Perth som deras titel dröm allt men slutade med deras defensiva svagheter avslöjas.
"Vi blev dominerade i båda ändarna av planen och den mer beslutsamma laget vann," McInnes berättade BBC Skottland.
"Jag vet vad jag behöver komma in men det kommer inte att ske några förändringar i grossistledet."
Med Ash Taylor skadad, McInnes gav en debut till 20-årig försvarare Michael Rose, men han gick iväg skadade på halvtid med Aberdeen 2-0 ner efter en David Wotherspoon fri-kick och Steven MacLean lägga en sekund.
Fler försvarsfel följde när Liam Craig utnyttjade Mark Reynolds misstag för att göra det till tre.
"Vi saknade fysiskhet, vi var sårbara vid varje uppsättning spel," sade McInnes, vars sida förblir åtta poäng bakom Premiership ledare Celtic.
"Vi vann inte tillräckligt med headers. När vi inte har Ash Taylor i laget - han ger oss riktig storlek och aggression på center-back - hade vi aldrig den dominansen där.
"Det har varit några spel den här säsongen där vi har saknat att fysiskhet, styrka och storlek. Vi måste se till att vi får fler spelare i byggnaden på sommaren som kan hantera det och stå upp mot det.
"Introduktionen av [Barry] Robson, en kille vid 37 och en ung pojke vid 16, Connor McLennan, gör sin debut - de spelade spelet med entusiasm och beslutsamhet att alla borde ha behandlat spelet.
"När spelet är ett tekniskt spel vi kan ta på vem som helst. Men ikväll behövde vi mer karaktärsstyrka, vi behövde fler första headers, vi behövde kroppslighet eftersom vi blev knuffade om ikväll och det bästa laget vann. "
St Johnstone manager Tommy Wright såg sin sida flytta in i fjärde i Premiership och var nöjd med deras dominerande prestanda.
"Ikväll gjorde vi det så svårt för dem från första visselpipan i termer av trycket vi satte dem under och hur hårt vi arbetade", sade Wright.
"Det gav oss en plattform att gå och spela bra; massor av god ägodel, massor av bra bollar i lådan. Det var en riktigt bra föreställning och när vi är som att vi är en match för någon.
"Jag tyckte att Cummins var bra ikväll, det är han tillbaka till sitt bästa. MacLean ger oss vad han ger oss hela tiden och unge Joe Shaughnessy på baksidan som jag trodde var stark.
"Överlag tyckte jag att alla spelade väldigt bra."
Aberdeen manager Derek McInnes kommer att försöka underteckna fler fysiska spelare i sommar efter att de sveptes åt sidan 3-0 av St Johnstone på McDiarmid Park.