Paul Flynn sa att vakthunden satt upp efter att utgiftsskandalen hade misslyckats med att återställa allmänhetens förtroende.
Men Newport West MP sade att hans åsikter användes som en "stunt" i den pågående raden inom Labour.
Independent Parliamental Standards Authority (Ipsa) sade att man för närvarande samråder om reglerna.
Labour tog avstånd från Flynns kommentarer och betonade att de inte var arbetsmarknadspolitik.
I ett blogginlägg beskrev den walesiske skuggsekreteraren Ipsa som en "byråkratisk prydnad" som han sade hade tagit "minuten kontroll över anspråk stora och små".
Han sade att det hade misslyckats med att återställa tron på utgiftssystemet, som var tidskrävande och rånade parlamentsledamöter och deras personal av deras "mest värdefulla innehav - tid".
Han skrev: " Vårt rykte har sjunkit från botten till underjorden. Ekonomiska skandaler har fortsatt i båda husen med regelbundenhet.
"Publiken är fortfarande övertygad om att MPs använder systemet för egna syften."
Flynn föreslog ett nytt system som skulle kunna baseras på ett bidrag som beräknas på genomsnittliga utgifter, baserat på parlamentsledamöternas avstånd från Westminster, och som skulle kunna betalas ut automatiskt.
Han hävdade att parlamentsledamöter skulle acceptera en sådan förändring, även om det innebar att de hade det sämre, eftersom de skulle befrias från "tentakel av tråkig byråkrati".
På tal om BBC Radio's Good Morning Wales program föreslog Flynn att han ursprungligen skisserade sina åsikter i ett dokument som skrevs för nio månader sedan "som en backbencher".
Han sade till programmet: "Jeremy Corbyn vet ingenting alls om det och detta används nu som ett stunt av människor i denna galna strid som vi har i vårt eget parti där vi sliter oss i stycken.
"Detta har inget att göra med utgifter, förutom att Ipsa granskas just nu och vi har blivit tillfrågade om idéer. Jag har lagt fram idéer som jag publicerade för nio månader sedan."
Delyn Labour parlamentsledamot David Hanson sade att Flynns förslag var "fel".
"Publiken förväntar sig att vi har ansvarsskyldighet och insyn i de pengar som vi spenderar för deras räkning för att tillhandahålla valkretspersonal, valkretskontor och de tjänster som vi tillhandahåller", sade han.
"Jag har inga som helst problem som parlamentsledamot med min personal när det gäller att fylla i Ipsas krav och fylla i blanketter för att redovisa dessa pengar."
En talesman för Labourpartiet sade: " Allmänheten kräver därför med rätta att deras politiker och Labour ska lita på den oberoende parlamentariska standardiseringsmyndighet som Labour inrättat för att se till att parlamentsledamöterna inte fastställer sina egna löner och villkor."
En talesman för Ipsa sade: "Ipsa samråder för närvarande om regler för parlamentsledamöter sex år efter att de infördes och söker synpunkter från parlamentsledamöter och allmänheten."
Parlamentsledamöter bör få ersättning i stället för att behöva kräva utlägg, har Labours skugggeneralledare sagt.