Fermanaghs All-Star nominerade Sean Quigley har också fått ett engångsförbud efter en incident i Athletic Grounds-spelet.
Båda länen kan överklaga böterna medan det också kan finnas ett försök att upphäva Quigleys förbud.
Flera spelare från båda lagen blev involverade i jostling i tunneln.
En rad med upp till 20 spelare bröt ut i kölvattnet av Tony Kernans svarta kort för att snubbla Quigley.
Tempers flammade som domare Cormac Reilly blåste halvtid vissling och raden fortsatte som spelarna tog sig ner i tunneln.
Reilly bokade Aidan Forker och James McMahon innan andra halvan började medan spelet också hade många sena och cyniska hits.
Quigleys förbud kommer att utesluta honom från söndagens division 2 match mot Laois.
Både Castlebar Mitchels och Crossmaglen Rangers har också bötfällts av GAA: s Central Competitions Control Committee efter störningar på sidolinjen i de avslutande stadierna av deras senaste All-Ireland Club fotboll semifinal.
Castlebar har drabbats av en 1 500 Euro straff med Crossmaglen böter 1.000 Euro.
Än en gång är det mycket troligt att man överklagar.
Armagh och Fermanagh har fått 5000 euro böter efter halvtid störningar i förra helgens Football League Division 2 match.