Många har nu tagit sin tillflykt till den evangeliska kyrkan i Suezkanalen i Ismailiya.
Den koptiska kyrkan har fördömt attackerna och sagt att de var avsedda att "dividera" egyptierna.
På söndagen släppte Islamiska statens militanter en video som varnade för fler attacker mot Egyptens kristna minoritet.
Kupperna - som utgör cirka 10 procent av landets 90 miljoner invånare - har ofta varit föremål för islamister under de senaste åren.
De flesta av de islamistiska militanta attackerna under de senaste åren har varit fokuserade på Sinaihalvön, där en IS-bunden jihadistgrupp är aktiv, men huvudstaden Kairo har också drabbats av en rad attacker under de senaste två åren.
Omkring 250 kristna med sina tillhörigheter befann sig nu i Ismailiyas kyrka, sade deacon Nabil Shukralla på fredagen.
"De har kommit springande med sina barn. Det är en mycket svår situation. Vi förväntar oss 50 eller 60 fler," sa han till AFP nyhetsbyrån.
Samtidigt sade flyktingarna att de nu var "rädda av våra skuggor", och tillade att de "är utsatta på ett fult sätt".
Många av dem kom från staden El-Arish, där minst sju kristna har dödats.
Egypten har sett en våg av attacker av militanta sedan 2013 när militären störtade president Mohammed Morsi, en vald ledare som anropade från Muslimska brödraskapet, och inledde ett ingripande mot islamister.
Några av Morsis anhängare skyllde på de kristna för att de stödde störtandet.
I december dödade en bombexplosion i den koptiska kristna katedralen minst 25 personer.
Den koptiska ortodoxa kyrkan är den främsta kristna kyrkan i Egypten. Medan de flesta kopter bor i Egypten, har kyrkan omkring en miljon medlemmar utanför landet.
Copts tror att deras kyrka daterar sig tillbaka till omkring 50 e.Kr., då aposteln Markus sägs ha besökt Egypten. Mark betraktas som den första påven av Alexandria - chefen för deras kyrka.
Detta gör det till en av de tidigaste kristna grupperna utanför det heliga landet.
Kyrkan skild från andra kristna samfund vid Chalcedons råd (451 e.Kr.) i en tvist om Jesu Kristi mänskliga och gudomliga natur.
Den tidiga kyrkan fick utstå förföljelse under romarriket, och det förekom intermittenta förföljelser efter att Egypten blivit ett muslimskt land. Många tror att det fortsätter än i dag.
Dussintals koptiska kristna familjer i Egypten har flytt norra Sinaiprovinsen efter ett antal mord under de senaste veckorna av misstänkta islamistiska militanter.