Vermont senatorn stod vid hans kommentarer och pekade på hennes Wall Street länkar och hennes röst för kriget i Irak.
Han sa att hon startade det senaste ordkriget genom att attackera honom först.
De två kandidaterna kommer att göra strid i en New York showdown om två veckor, en stat där båda har starka band.
Det är mycket som står på spel, eftersom den tidigare statssekreteraren försöker hejda drivkraften hos den självbeskrivna demokratiska socialisten, som har en rad segrar bakom sig.
Sanders slog Clinton i Wisconsins första tävling på tisdagen och kunde plocka upp fler delegater i Wyoming på lördagen innan New Yorks större pris är på gång.
Är det ett tecken på desperation från en förlorande kampanj eller ett proportionellt svar på en tidigare orättvis attack? Oavsett orsaken utgör Bernie Sanders senaste kritik av Hillary Clinton som "okvalificerad" för ordförandeskapet en markant upptrappning av ordkriget mellan de två kandidaterna.
Clintons anhängare besvärjer sig vid kommentarerna, som de anser vara både sexistiska och uppenbart osanna, med tanke på den tidigare statssekreterarens viktiga politiska biografi.
Men Vermont senatorns poäng är att Mrs Clintons långa erfarenhet inom etablissemanget inte är ett tecken till hennes fördel, det är en brist som får henne att ta hänsyn till de särskilda intressen han har ägnat sin kampanj åt att fördöma.
Med vad som kan vara en avgörande New York primär mindre än två veckor bort, stridslinjerna är tydligt bildas och retoriken börjar bara värma upp.
Demokraterna skryter ofta med innehållet i sin presidentvaltävling, särskilt jämfört med den pågående republikanska tröghetsfesten.
Denna relativt genteel atmosfär kanske inte håller i sig genom en hård kamp i Empire State, men med sin tabloid mediekultur som basunerar ut varje squawk och käbbel. I den politiska tryckkokaren, som är New Yorks politik, kan saker och ting vara på väg att ta en ful vändning.
Den senaste raden började på onsdag när Clinton tillfrågades om Sanders var kvalificerad att bli ordförande, efter att han höll en tidningsintervju där han verkade kämpa för att besvara några frågor.
"Jag tror att han inte hade gjort sin läxa och han hade pratat i mer än ett år om att göra saker som han uppenbarligen inte har studerat eller förstått, och det väcker en hel del frågor," berättade hon MSNBC: s Morning Joe.
På onsdagskvällen berättade Bernie Sanders för en skara anhängare vid Temple University att Mrs Clinton hade anklagat honom för att vara okvalificerad.
"Ja låt mig, låt mig bara säga som svar till sekreterare Clinton, jag tror inte att hon är kvalificerad om hon är, genom sin super PAC [insamlingskommitté], tar tiotals miljoner dollar i särskilda räntefonder," sade han.
"Jag tror inte att du är kvalificerad om du får 15 miljoner från Wall Street genom din super PAC."
Han fortsatte med att nämna sitt stöd för Irakkriget och sitt stöd för handelsavtal som andra diskvalificeringar. På torsdag upprepade han sina kommentarer.
Clinton kampanjen slog tillbaka, med talesman Brian Fallon tweeting: "Hillary Clinton sa inte Bernie Sanders var 'inte kvalificerad'. Men han har nu, absurt nog, sagt det om henne. Detta är en ny låg."
En av hennes överordnade, Christina Reynolds, sade att det var "ett löjligt och oansvarigt angrepp för någon att göra" mot en av de mest kvalificerade kandidaterna någonsin att springa.
På kampanjstigen berättade Clinton för Politico att hon förklarar saker och ting på ett sätt som är mer "öppna och sanningsenliga än min motståndare" och sade att hon förklarar vad hon skulle göra som president snarare än "mycket armvålande och het retorik".
I den republikanska loppet, de två front-runners Ted Cruz och Donald Trump också handlas förolämpningar på kampanjstigen i New York.
Mr Trump, en affärsman utan erfarenhet av valda ämbete, anklagade Texas senator för att "hata" staden när han anklagade Mr Trump för att ha "New York värderingar".
Hashtaggen utvecklades på Twitter och Facebook efter Sanders kommentarer, som startades av en Clinton-supporter. Det var tänkt att vara stödjande, men inte alla tweets visade Clinton i ett positivt ljus:
Hillary Clinton har avfärdat som "ridiculous" en anklagelse av Bernie Sanders att hon är "okvalificerad" att vara president, som spänningar ökar i den demokratiska rasen.