Hårdvaran var exakt densamma som den som användes i november förra året, "demonstrerande återanvändning", skrev Amazon.com grundare på sin blogg.
Flyget ägde rum på fredag från Mr Bezos test- och uppskjutningsanläggning i Texas.
Som har blivit hans praxis, han gav ingen allmän information om händelsen och släppte endast begränsade detaljer efteråt, tillsammans med en glansig video.
Novembers utflykter markerade första gången en raket hade avfyrat ett rymduppdrag vertikalt från marken och sedan fört alla element - booster och kapsel - mjukt och säkert tillbaka till jorden.
Även om alla flygningar som hittills utförts av Mr Bezos har varit obemannade planerar han så småningom att flyga passagerare.
"Samma nya Shepard booster som flög över Karman linjen och sedan landade vertikalt vid sin lanseringsplats i november har nu flugit och landat igen, demonstrerar återanvändning," affärsmannen sade.
"Den här gången nådde New Shepard en pogee på 333.582ft (101.7km) innan både kapsel och booster försiktigt återvände till jorden för återhämtning och återanvändning."
Hundra kilometer betraktas som rymdens officiella gräns.  New Shepard uppnår inte de hastigheter som skulle göra det möjligt för systemet att göra omloppsbana och stanna uppe, men Bezos säger att hans rymdföretag Blue Origin arbetar på en familj raketer som skulle göra detta möjligt.
Han lovar att avslöja ytterligare information om detta program senare under året.
Kommentarer hade tidigt i veckan insett att ett annat uppdrag var nära förestående när Federal Aviation Authority publicerade en tillfällig flygbegränsning för en region av himlen norr om Van Horn i Texas - platsen för Blue Origin test plats.
Av inlägg från sociala medier framgick det tydligt att en lansering hade ägt rum tidigt på fredag lokal tid, men det dröjde många timmar innan Bezos och Blue Origin var beredda att kommentera.
Rocketry går nu in i en ny era, med designers som försöker göra återanvändbara system som traditionellt har ansetts vara endast engångs.
I december lyckades en annan entreprenör, Elon Musk, landa boosterstadiet av sin Falcon raket efter att ha avfyrat ett parti satelliter.
Jonathan.Amos-INTERNET@bbc.co.uk och följ mig på Twitter.
Den amerikanske entreprenören Jeff Bezos har återflyttat sin nya Shepardraket och avfyrat återigen en kapsel kort ut i rymden.