Dr Antinori har satts i husarrest och förbjudits att praktisera i väntan på en polisutredning.
Klagomålet avslogs av läkarens advokater och gjordes av en 24-årig spansk kvinna.
Dr Antinori sköt till berömmelse på 1990-talet när han hjälpte en kvinna att föda vid 63 års ålder, en första på den tiden.
70-åringen greps på flygplatsen i Fiumicino i Rom och är nu i husarrest i den italienska huvudstaden.
Enligt italienska utredare lät den spanska kvinnan, som tillfälligt arbetade på Dr Antinoris Matrisklinik i Milano, ta sin mobiltelefon och blev tvångsomobiliserad och bedövad innan hennes ägg skördades.
Advokater för Dr Antinori, kallade "mormors förlossningsläkare", sade att läkaren var ett oskyldigt offer för utpressning.
Åklagarna tror att hans fall kanske inte är isolerat, enligt de italienska medierna.
Donata Lenzi, en italiensk parlamentsledamot, sade: "Arresteringen av Severino Antinori är extremt allvarlig eftersom det indikerar förekomsten av en marknad för ägg som inte kommer att sluta på något."
Dr Antinori blev känd över hela världen 1994 när han gav fertilitetsbehandling till Rossana Della Corte, en italienare som på den tiden blev den äldsta kvinnan att föda.
Han hjälpte också Patricia Rashbrook, som blev Storbritanniens äldsta mor 2006.
År 2003 sade den kontroversielle läkaren att de italienska myndigheterna förföljde honom för hans kloningsprojekt.
Detta följde på hans tillkännagivande att en av hans patienter skulle föda ett klonat barn.
Välkänd italiensk fertilitetsläkare Severino Antinori har arresterats efter att en kvinna sagt att han med våld hade avlägsnat ägg från henne på sin klinik.