Den kirgiziska nationella säkerhetskommittén (GKNB) utsåg den huvudmisstänkte till Akbarzhon Jalilov, en 22-åring med ryskt medborgarskap, född i den kirgiziska staden Osh 1995.
Han tros vara bland de döda. Jakten är på för möjliga medbrottslingar.
Ryska tjänstemän misstänker att han hade kopplingar till den så kallade islamiska staten (IS).
Hittills har få detaljer framkommit om Jalilov. Det finns obekräftade rapporter om att han var en etnisk uzbekistan.
Rysslands undersökningskommitté sa att en sprängladdning kunde ha detonerats av en man vars kroppsdelar hittades i tågets tredje vagn.
"Mannen har identifierats men hans identitet kommer inte att avslöjas för tillfället i utredningens intresse", tillade uttalandet.
Bomben sprängdes i en tågvagn som just lämnat Sennaya Ploshchad station. Föraren lyckades fortsätta till Tekhnologichesky Institut station.
Senare fann man en liknande anordning som var uppstött mot en vägg vid en annan tunnelbanestation i staden Ploshchad Vosstaniya.
Den ryska nyhetssajten Gazeta.ru rapporterar att bomberna var dolda i bilbrandsläckare, med kullager tejpade på utsidan. Den som exploderade sägs ha burits i en ryggsäck.
Enligt rapporter hade Jalilov bott i S:t Petersburg i sex år och använt flera pass.
Han hade arbetat som kock på en sushirestaurang i S:t Petersburg, rapporterade Gazeta.
Kirgiziska utredare samarbetar med ryska myndigheter i fallet.
Reuters nyhetsbyrå talade med folk i Osh som sa att Jalilov var från en etnisk uzbekisk familj. De sa att de kände hans föräldrar men inte sett honom på åratal. De sa att hans far jobbade som panel-slagare i en bilverkstad.
IS har rekryterat många islamistiska militanter från Centralasien och Tjetjenien i norra Kaukasus.
Ryska flygplan och kryssningsrobotar har riktat in sig på IS och andra rebellgrupper i Syrien - ett viktigt ingripande för stridande syriska regeringsstyrkor.
Osh - Kirgizistans näst största stad - var scenen för interetniska sammandrabbningar mellan uzbeks och kirgizistan i juni 2010, där hundratals människor dog.
Hem till ett stort etniskt uzbekiskt samhälle, staden var maktbasen för tidigare president Kurmanbek Bakiyev, som störtades i april 2010.
Den hemgjorda bomben som dödade 14 personer ombord på ett tunnelbanetåg i St Petersburg tros ha avfyrats av en självmordsbombare född i Kirgizistan.