Han sade också att män som gick kursen tenderade att "finna ut om sprit" under första året, vilket ledde till avhopp.
Men han rapporterades senare säga den information han gav "var inte fakta".
Hans kommentarer hetsade upp åsikter i landet och en del människor uppmanade honom att avgå.
I en intervju sade Chris Kelly att veterinärområdet, som en gång var en manlig majoritetskarriär, nu "dominerades av kvinnor".
Han fortsatte: " Det är bra, men problemet är att en kvinna som tar examen är lika med två femtedelar av en heltidsvetare genom hela sitt liv eftersom hon gifter sig och har en familj, vilket är normalt.
"Så, även om vi tar examen en hel del veterinärer, vi får en hög nedfallsfrekvens senare."
Kritiker har påpekat att män också har familjer och vårdansvar.
Intervjun var i samband med förändringar i universitetets veterinärvetenskapliga kurs, för att göra den mer praktisk.
Universitetets webbplats säger att det erbjuder den enda veterinärexamen i Nya Zeeland.
Kelly sa att fler män än kvinnor hoppade av första året "eftersom kvinnor mognar tidigare än män, arbetar hårt och passerar. Medan män får reda på sprit och alla möjliga galna saker under sitt första år."
Tweets och ett Facebook-inlägg skickat av universitetet, som påstås innehålla en ursäkt av Kelly, verkar ha tagits bort sedan dess. The New Zealand Herald rapporterade att han skrev: "Jag försökte förklara förändringar Massey University har gjort under ett antal år i veterinärvetenskapliga programmet som svar på industrins behov, och jag medger också att informationen inte var fakta."
Som svar på kommentarerna lade ett viltsjukhus vid universitetet ut en bild av sju kvinnliga veterinärer och veterinärtekniker, som kallade dem "gammal 100% av tiden".
Förutom att ta på sig ceremoniella uppgifter, kanslers i Nya Zeeland har en roll i styrningen av universitet. Vice rektorer tenderar att ta på sig en mer aktiv roll.
Från 2017 kommer rektorn för Massey University att vara professor Jan Thomas, en kvinna som är veterinär och biokemist genom utbildning.
Kanslern vid ett universitet i Nya Zeeland verkar ha bett om ursäkt för att säga att en kvinnlig veterinär var "motsvarande två femtedelar" av en man eftersom hon skulle ta sig tid ut för att ha en familj.