CRCC var chef för ett konsortium som hade vunnit projektet förra året, som abrupt återkallades kort efter att ha tilldelats.
Affären avblåstes över kontroverser i budgivningsprocessen.
Den mexikanska regeringen förnyade budet tidigare i år, men det ställdes in för en andra gång.
Det andra upphävandet av järnvägsförbindelsen på 130 sjömil skylldes på budgetnedskärningar.
Det kinesiska järnvägsföretaget gav Mexikos kommunikations- och transportministerium (SCT) en förteckning över kostnader som företaget hade ådragit sig under anbudsförfarandet och begärt ersättning.
Ministeriet tillkännagav det belopp som skulle betalas till firman på torsdag.
Om affären hade gått framåt, skulle det ha resulterat i att Mexiko blev den första latinamerikanska nationen som hade ett skotttåg efter att Brasilien och Argentina hade skjutit upp sina egna järnvägsprojekt.
Mexiko kommer att kompensera China Railway Construction Corporation (CRCC) $1,31 miljoner pund (835,953) för att ha annullerat ett kontrakt om höghastighetståg på 3,75 miljarder dollar.