En undersökning som Europaparlamentet gjorde i måndags hävdade att medel till den grupp av parlamentsledamöter som UKIP tillhör hade använts felaktigt "till förmån för UKIP".
Det sades att gruppen skulle betala tillbaka 146 696 pund av de medel som var avsedda för Europaparlamentets verksamhet.
Valkommissionen undersöker nu "om det har förekommit något brott mot Storbritanniens vallag".
Som svar på nyheterna sade en talesman för UKIP: "Vi är övertygade om att vi kommer att befinnas vara tydliga."
Europaparlamentets undersökning hävdar att den UKIP-dominerade gruppen Alliansen för direkt demokrati i Europa bröt mot regler som förbjuder användningen av medlen för "finansiering av nationella politiska partier, finansiering av nationella valkampanjer och kandidater eller folkomröstningskampanjer".
I ett uttalande sade Europaparlamentets presidium: "De aktiviteter i ADDE som befanns bryta mot reglerna för finansiering av europeiska partier, var nio opinionsundersökningar som hölls i Storbritannien inför 2015 års allmänna val samt inför EU-omröstningen 2016, och en rapport om dessa val.
"Utgifterna i samband med tre konsulters tjänster ansågs inte vara stödberättigande av en extern revisor och av parlamentets administration."
När Europaparlamentets anklagelser först kom förra veckan anklagade en talesman för ADDE-gruppen parlamentet för "trakasseri", och UKIP-parlamentarikern Roger Helmer tillade: "Kalla det hämnd för Brexit om du vill."
BBC:s biträdande politiske redaktör Norman Smith sade att man förstod valkommissionens undersökning om huruvida UKIP spenderade en del av de europeiska pengarna på folkomröstningen i Brexit.
UKIP skulle kunna få böter upp till 20000 pund om det bedömdes ha accepterat "otillåtna donationer".
Valkommissionen har inlett en undersökning av UKIP:s finanser efter anklagelser om att den har använt EU-medel.