Vid en nyhetskonferens med Turkiets utrikesminister Ahmet Davutoglu sade Kerry att de två Nato-allierade hade ett gemensamt mål - att få ett slut på oskyldiga civilas lidande i Syrien.
Både Turkiet och USA motsätter sig Syriens president Bashar al-Assad, men skiljer sig åt när det gäller hur oppositionen bäst kan stödjas.
Besöket har överskuggats av den turkiska statsministerns kommentarer om sionismen.
Recep Tayyip Erdogan tidigare i veckan kallade sionismen för "brott mot mänskligheten" - kommentarer som har fördömts i stor utsträckning, och som Kerry på fredag kallade "invändningsbara".
När det gäller Syrien sade FN:s generalsekreterare Ban Ki Moon på fredagen att han var "personligt plågad och förtvivlad" av det pågående våldet och lidandet för civila.
Han sade att det fanns en "mycket liten möjlighet" för den syriska regeringen och oppositionen att hålla samtal, och medgav att det för FN fanns "inte mycket politiskt utrymme".
Ban fortsatte med att säga att han ansåg att det enda för tillfället var att öka det humanitära biståndet, men att det var "nästan omöjligt" för biståndsorganen att ge tillräcklig hjälp, eftersom de ständigt "översteg" behovet.
Krisen i Syrien har varit en central fråga i John Kerrys första utlandsresa som utrikesminister, som tar honom till 11 länder i Europa och Mellanöstern.
Han sade i Ankara att USA och Turkiet " båda anser att den första prioriteringen är att försöka få en politisk lösning. Vi skulle vilja rädda liv, inte se dem fastna i ett fortsatt krig".
Jean-Paul Davutoglu sade att deras främsta mål var att "skydda de oskyldiga civila i Syrien".
I Rom på torsdag lovade Kerry direkt hjälp till syriska rebeller i form av livsmedel och medicinska förnödenheter, men inte de vapen de säger att de behöver för att vinna.
Turkiet har tagit in mer än 200 000 syriska flyktingar och har drabbats av dödlig granatkastning över sin 90 mil långa gräns till Syrien.
Turkiet vill att de syriska rebellerna ska vinna kriget så snart som möjligt och vill gärna framföra sin frustration till Kerry, säger BBC:s James Reynolds i Istanbul.
USA och andra Nato-allierade har utplacerat missiler från Patriot för att avvärja eventuella attacker av missiler eller flygplan från Syrien.
Erdogan har varit frispråkig i sitt stöd för syriska rebeller och har förespråkat inrättandet av en buffertzon i norra Syrien för att skydda människor som flyr från striderna.
Turkiet började massera trupper längs gränsen i juni förra året efter Syrien sköt ner ett turkiskt spaningsjet utanför dess kust.
I oktober sköt den turkiska armén mot militära mål i Syrien som vedergällning för gränsöverskridande granateld.
Rebellernas fria syriska armé tros ta emot vapen och andra förnödenheter från Turkiet.
USA har avstått från att beväpna rebellerna, delvis på grund av oro kan vapnen så småningom hamna i händerna på islamistiska militanter som kan attackera dess intressen.
På torsdag i Rom lovade Kerry ytterligare 60 miljoner dollar (=40 miljoner pund) i stöd till oppositionen Syrian National Coalition för att hjälpa den att leverera grundläggande styrning och andra tjänster i rebellkontrollerade områden.
Han lovade också direkt stöd i form av livsmedel och medicinska förnödenheter till rebellstyrkor, i vad korrespondenter säger var en förändring i USA: s politik om Syrien.
Ryssland - en nära allierad till president Assad - har sagt att löftena om stöd till oppositionen från USA och andra länder i gruppen "Syriens vänner" kommer att uppmuntra ytterligare våld snarare än en förhandlingslösning.
"De beslut som fattas i Rom... uppmuntrar direkt extremister till just ett våldsamt maktövertagande, trots vanliga syriers lidande", sade den ryske utrikesministern Aleksandr Lukasjevich.
Den nye amerikanske utrikesministern John Kerry har fört samtal med sin turkiska motsvarighet om konflikten i Syrien.