Crolla, 28, som också bröt sin fotled på två ställen, har fått sin WBA världs lättviktstitel inställd.
"Han var i bitar på sjukhuset," Gallagher berättade BBC Radio 5 live. "Hans dröm om världstiteln är i spillror.
"Ju mer jag tänker på det, han har tur som lever. Otroligt."
Arrangör Eddie Hearn berättade BBC Sport Manchester-baserade boxare var i ett "stabilt tillstånd" och att han var i samtal för att försöka boka om världstiteln kampen.
Polisen bekräftade att en 28-årig man lämnades med en skallfraktur efter att ha blivit slagen "med ett tungt föremål" när han jagade inbrottstjuvar han hade sett lämna sina grannars hem.
Inspektör Richard Arthern från Manchesterpolisen sa: "Tack och lov återhämtar han sig bra på sjukhuset."
Tränaren Gallagher tillade: " Grannarna i grannhuset blev rånade, och inbrottstjuvarna kom in i hans trädgård. Han jagade och grep en av dem.
"Den andre lyfte en betongplatta och slog honom med den, och han föll och bröt sin fotled.
"Han är i bitar och förkrossad."
Crolla, som har vunnit 29 av sina 35 professionella matcher, kommer att behöva opereras på sin fotled, sade Gallagher.
Crolla var inställd på den största bout av sin åtta-åriga yrkeskarriär i Manchester den 23 januari mot WBA mästare Richar Abril, 32, från Kuba.
Hearn tillade: " Tyvärr är kampen den 23 januari slut, men vår oro är just nu med Ant och hans familj.
"Jag är förkrossad för hans skull. Han har tränat i sex veckor för detta och har en chans till världstiteln i sin hemstad.
"Jag har pratat med Richar Abrils team och vi försöker boka om matchen."
Anthony Crolla är "lyckligt att vara vid liv" efter att ha lidit av en skallfraktur när han blev träffad av vad hans tränare Joe Gallagher sa var en betongplatta som boxaren konfronterade inbrottstjuvar.