Nicholas Edwards skrev till henne 1985 för att klaga över planer på att skära ner budgeten för regionala utvecklingsbidrag.
Pengarna användes i stor utsträckning för att locka investeringar och arbetstillfällen till Wales.
Arkiven visar också den brittiska finansförvaltningens oro över överfinansieringen av Skottland och Nordirland enligt Barnett-formeln, en politisk fråga än i dag.
I mitten av 1980-talet säkrade Wales en femtedel av de utländska investeringarna i Storbritannien trots att de bara hade 5 % av befolkningen.
Men med den dåvarande konservativa regeringen som försökte minska de offentliga utgifterna försökte statskassan minska de regionala utgifterna i England.
Det kunde ha drabbat den walesiska kontorsbudgeten och utrikesministern Nicholas Edwards anslöt sig till sin skotska motpart George Younger för att protestera.
I ett brev till finansministern (och kollegan Welshman) klagade Peter Rees - kopierad till premiärministern - Edwards över konsekvenserna för hans budget.
Han skrev: " Jag instämmer helt och fullt i vad George Younger har sagt i sitt brev. De gäller lika i de tre territorierna. De politiska effekterna i Wales, liksom i Skottland, skulle vara mycket skadliga."
Edwards begärde att få närvara vid möten mellan finansministeriet och handels- och industridepartementet när frågan diskuterades.
Arkiven registrerar inget svar och Edwards - nu lord Crickhowell - minns inte händelsen.
Men i en annan parallell med dagens politik visar arkiven finansdepartementets oro över överfinansieringen av Skottland och Nordirland enligt den så kallade Barnett-formeln som också används för att beräkna förändringar i den walesiska budgeten.
Peter Rees, senare lord Rees av Goytre, skrev till Thatcher: " Inte ens våra föregångare såg det som något mer än en stop-gap-arrangemang på vägen mot politisk devolution, absolut inte som den permanens det nu har blivit.
"Hur som helst tolkas nu blocksystemet offentligt, i territorierna, som en politisk rättighet till offentliga utgifter. Ju längre vi låter den löpa desto svårare blir det att utmana denna uppfattning, och ju större risk för politisk upprepning är när vi gör det. "
MP David Willetts, sedan en Downing Street rådgivare, skrev: " Skottland och NI har sina nosar bra och verkligen i de offentliga utgifterna tråg. Utmaningen är att hitta ett politiskt godtagbart sätt att sätta dem på samma diet som engelsmännen."
Filerna visar att statskassan övervägde att upphäva formeln.
Daniel Rees skrev till Thatcher: "Den " bakslagssynen" när det gäller att säkra besparingar är att avbryta tillämpningen av jämförelseformlerna för blocken i Skottland och Nordirland - men inte för Wales, där man inte misstänker alltför stora avsättningar."
Trettio år senare har de brittiska politiska partierna lovat att behålla formeln som en del av ett avtal för att behålla Skottland i Förenade kungariket.
Fru Thatchers ministrar övervägde att lansera den kontroversiella undersökningsskatten i Wales före England, enligt andra dokument som just släppts.
De dokument som släpptes av National Archives visar också att konservativa regeringsrådgivare fruktade en upprepning av gruvstrejken 1984-85 följande vinter.
De avslöjade också att det fanns planer på att gömma konstskatter i underjordiska tunnlar i Rhydymwyndalens verk, nära Mold, om en civil eller nukleär nödsituation uppstod under 1980-talet.
Margaret Thatcher varnades av sin walesiske sekreterare för att nedskärningar i finansieringen skulle få "mest skadliga" politiska effekter, visar nyligen utgivna brittiska kabinettspapper.