Anne Marie Morris, ledamot av Europaparlamentet för Newton Abbot, använde frasen vid ett evenemang i London för att beskriva utsikterna för Storbritannien att lämna EU utan avtal.
Hon sade till BBC: "Kommentaren var helt oavsiktlig. Jag ber oreserverat om ursäkt för alla brott som orsakats."
Det konservativa partiet bekräftade senare att hon hade fått piskan tillbakadragen.
När Theresa May tillkännagav avstängningen, sade hon att hon var "chockad" av det "helt oacceptabla" språket.
"Jag bad genast chefen piska att avbryta party piska", sade hon i ett uttalande.
"Såna här språk har absolut ingen plats i politiken eller i dagens samhälle."
BBC förstår premiärministern och konservative Chief Whip Gavin Williamson träffades för att diskutera frågan när fru May avslutade sitt uttalande om Commons vid förra helgens G20-toppmöte.
Enligt en inspelning som publicerades på Huffington Posts webbplats diskuterade Morris Brexits inverkan på den brittiska finansbranschen vid ett evenemang som anordnades av Poolia tankesmedjan, där andra parlamentsledamöter deltog.
Hon föreslog att bara 7 % av de finansiella tjänsterna skulle påverkas av Brexit och sade enligt uppgift: "Nu är jag säker på att det kommer att finnas många människor som kommer att utmana det, men mitt svar och min begäran är att titta på detaljerna - det är inte allt domedags och dystert."
Hon fortsatte: "Nu kommer vi till den riktiga niggern i trästolen, vilket är om två år vad som händer om det inte finns något avtal."
Frasen har sitt ursprung i den amerikanska Deep South i mitten av 1800-talet och tros ha hänvisat till slavar som måste gömma sig när de försökte fly norrut och säkra sin frihet.
Det användes senare i 1900-talet - inklusive av ett antal ledande författare - som en metafor för att beskriva ett dolt faktum eller problem.
Lib Dems hade uppmanat Theresa maj att dra tillbaka piskan från Morris, som först valdes till parlamentet 2010 och därefter omvaldes 2015 och tidigare i år.
Ledare Tim Farron sade att han var "chocked" och krävde att hon skulle avstängas från det parlamentariska partiet.
"Denna motbjudande kommentar hör hemma i tiden av Jim Crow lagar och har ingen plats i vårt parlament", sade han.
Labours Andrew Gwynne sa att Morris hade använt "oroligt och fullständigt oacceptabelt" språk.
Miljöpartiets ledare Caroline Lucas uppmanade Morris att avgå som parlamentsledamot och säga till Sky News: "Det finns ingen plats för henne i underhuset."
Hon hävdade också att andra konservativa parlamentsledamöter vid mötet " uppenbarligen inte slog ett ögonlock" på Morris språk.
"Det borde åtminstone finnas ett samtal mellan Theresa May och de andra i det rummet så att de är mycket tydliga framöver att om någonsin den typen av språk hörs i hörhållet, måste det fördömas omedelbart", sade Caroline Lucas.
Arbetstagarledamot Chuka Unna tweetade: "Speechless, inte bara på kommentaren som görs utan också på den rapporterade bristen på en reaktion från Tories där. Helt förfärligt."
Politia's hemsida sade MPs Sir William Cash, Kwasi Kwarteng och John Redwood deltog också, även om Mr Kwarteng berättade för BBC att han inte var där. BBC har kontaktat de andra parlamentsledamöterna för kommentarer.
Morris kritiserades av Tory-kolleger, av vilka en, Heidi Allen, twittrade: " Jag är rädd att en ursäkt inte är tillräckligt bra - vi måste visa nolltolerans mot rasism. Parlamentsledamöter måste föregå med gott exempel."
Medverkande konservativ ledamot Helen Grant twittrade: "Oförståeligt för en parlamentsledamot som använder detta uttryck att vara inkognisant av sin historia, påverkan och fullständig oacceptabilitet. Så skamsen!"
2008 bad den konservativa kamrat- och parti talesmannen lord Dixon-Smith om ursäkt för att han använde samma fras i överhuset och sade att det inte var lämpligt och att han hade "lämnat sin hjärna bakom sig".
Den andre blev inte avskedad.
En konservativ parlamentsledamot har blivit avstängd från partiet efter att det kommit fram att hon använde ett rasistiskt uttryck under en offentlig diskussion om Brexit.