Tariq Hameed Karra beskrev regeringens politik som "brutal" och fördömde sitt folkdemokratiska parti för dess statliga allians med BJP.
Han lämnade sitt parti och avgick från parlamentet.
Mer än 80 personer har dödats sedan storskaliga upplopp bröt ut i början av juli.
Massnedläggningen av moskéer i Kashmir hindrade festivalen Eid al-Adha denna vecka.
"För första gången i historien tilläts inte folket i Kashmir att frambära Eid-böner. Vissa helgedomar och till och med den stora moskén var låsta, sade Karra till journalisterna på torsdag.
"Kashmiri blod spills på väggarna, gränder och avlopp i dalen", tillade han.
Demonstrationerna utlöstes av mordet på en folklig militant ledare, Burhan Wani, 22, i en eldstrid med armén.
Tvistade Kashmir påstås i sin helhet av både Indien och Pakistan och har varit en flampunkt i mer än 60 år, orsakar två krig mellan grannarna.
Inom den omtvistade Muslim-majoritet territorium, har vissa militanta grupper tagit upp vapen för att kämpa för självständighet från indiska styre eller en sammanslagning med Pakistan.
En parlamentsledamot från det styrande partiet i det indiska administrerade Kashmir har avgått för att protestera mot myndigheternas sätt att hantera veckor av politisk oro.