BTP sade att det hade "oavsiktligt orsakat oro" genom att föreslå en ny operativ modell, vilket innebar att alla officerare skulle utreda sexuella brott.
Den sade att den nu skulle genomföra en "brådskande översyn" av sina planer.
Antalet sexualbrott som rapporterades om Londontransporter ökade med över en tredjedel förra året.
Enheten för sexualbrott inrättades ursprungligen för att ta itu med brott i Londons transportnät.
Som svar på nyheterna sade gruppen End Violence Against Women (EVAW): "Bra mot British Transport Police för att ha lyssnat och tänkt om".
EVAW hade tidigare sagt att förlora enheten skulle "sudda den expertis" som krävs för att ta itu med sexualbrott.
De siffror som nyligen offentliggjordes visade att polisen under perioden april–december 2015 fick 1 603 rapporter, jämfört med 1 171 klagomål under samma period året innan.
En intern riskbedömning från Transport for London (TfL) har också föreslagit att införandet av Night Tube kommer att leda till en ökning av sexuella brott på Underground.
I Japan, Ryssland, Brasilien, Indien och Tyskland är säten och vagnar reserverade för kvinnor med kollektivtrafik för att skydda dem mot sexuella trakasserier.
I augusti förra året inledde arbetsledaren Jeremy Corbyn en debatt när han sade att han skulle överväga att införa segregerade vagnar i Storbritannien för att hejda ökningen av angreppen på kollektivtrafiken.
En specialiserad polisenhet som utreder sexuella brott på Tube kommer inte att upplösas den brittiska transportpolisen (BTP) har bekräftat.