Svensken sade värdefulla personliga saker och alla hans kläder togs, men tillade att Claret Jug, som tilldelats vinnaren av The Open, redan hade återlämnats till R&A på måndag.
"Jag är oerhört tacksam att min familj inte var i huset", säger Stenson, 41.
"Jag ska försöka att inte förstöra veckan på något sätt."
Merseyside-polisen utreder ett inbrott i Formby, mindre än åtta kilometer från Royal Birkdale.
Polisen tror att händelsen inträffade mellan middagstid och 14:25 BST och kontanter, kort, elektriska föremål, kläder och klockor stals.
En R&A-talesman sade: "Vi var mycket ledsna över att höra om inbrottet och har erbjudit all hjälp vi kan ge Henrik och hans familj."
Stenson teed off kl 09:47 BST på torsdag och slutade på en under par.
Han var sen när fredagens andra omgång kom igång.
Försvaret av Open-mästaren Henrik Stensons hyresbostad blev burgrad när han spelade sin första omgång på Royal Birkdale på torsdag.