En bilbomb exploderade när hans konvoj passerade och dödade minst en livvakt. Den så kallade islamiska statsgruppen (IS) säger att den genomförde attacken.
Stadens sista guvernör, Jaafar Mohammed Saad, dödades i ett liknande angrepp i början av december.
IS intensifierade sin verksamhet i Jemen när inbördeskriget bröt ut i mars 2015.
Yemen sönderriven i två
Jemens humanitära katastrof
Varför IS försöker expandera i Jemen
Inuti Jemens "glömda krig"
Vittnen till attacken beskrivs höra "en hög explosion". En man på platsen, Attef Hassan, sade till Reuters: " Jag trodde att det var en sprängladdning. Jag vände mig om och såg guvernören och hans följeslagare kliva ur guvernörens bil, och tack och lov blev de inte skadade."
Jemen har skakats av strider, främst mellan styrkor som är lojala mot FN-erkända president Abdrabbuh Mansour Hadi - som flydde i exil i Saudiarabien - och de allierade till Zaidi Shia-rebeller som kallas Houthis. IS motsätter sig båda grupperna.
En saudisk koalition bestående av nio nationer började flyga i mars i hopp om att besegra Houthi-rebellerna.
På tisdagen genomförde stridsflygplan nya strejker i huvudstaden Sanaa, som står under Houthi-rebellernas kontroll. Invånarna säger att ett vårdcenter för blinda människor och en handelskammare träffades.
FN säger att nästan 2 800 civila har dödats sedan striderna började.
"Den pågående väpnade konflikten i Jemen fortsätter att ta en fruktansvärd tribut på civila, med minst 81 civila uppges ha dödats och 109 skadades i december", sade FN: s talesperson Rupert Colville i ett uttalande på tisdag.
"Detta ökar antalet civila dödsoffer mellan den 26 mars och den 31 december till 8119 personer, inklusive 2795 döda och 5 324 skadade."
Guvernören i Jemens hamnstad Aden, Aidarus al-Zubaidi, har överlevt ett mordförsök, säger säkerhetskällor.