Värdarna var ett hot från Jed Wallaces set-pieces, två gånger tvingar järnet att gå över sin egen crossbar.
Lee Gregory missade spelets största chans, hans låga skott räddades av Joe Anyons ben när de sattes i en-mot-en.
Skipper Tony Craig volleyed över för Millwall som de tryckte, medan besökarna hade bara ett skott på målet.
Det andra benet kommer att spelas på Glanford Park på söndag, med endast mästare Sheffield United skryter med en bättre hemmaskiva än Scunthorpe i divisionen.
Gregory sattes igenom av Wallace för den enda riktiga öppningen, men hans första beröring var oöverträffad och Anyon kunde stänga vinkeln och blockera.
Med fem bokningar testade Josh Morris så småningom Millwall Keeper Jordan Archer efter 80 minuter, men hans långdistansfrikick hölls lätt.
Det är bara femte gången som Scunthorpe har ritat 0-0 i Graham Alexanders 64 matcher som ansvarar för sidan.
Millwall manager Neil Harris berättade för BBC Radio London:
"Jag trodde vi hade allt. Vi skapade några chanser, men inte så många som vi skulle vilja - allt som saknades var ett mål.
"Jag är inte alls besviken på det - ett rent lakan jag verkligen är nöjd med och jag tycker att vi är i en riktigt bra position att gå in i det andra benet, där påsen kommer att vara på dem.
"Allt jag kommer att klaga är bara lite lugn och lite brist på kvalitet ibland inom vissa områden, men jag tror att det beror på Scunthorpes arbetsetiska också."
Scunthorpe chefen Graham Alexander berättade för BBC Radio Humberside:
"Det är ett bra resultat - vi har inte gjort något ännu, som i den totala slipsen, men det är fortfarande där att spela för.
"Vi kom hit och satte på en riktigt solid, professionell bort prestanda för att få den rena lakan - som var viktigt för oss.
"Vi visste att vi inte skulle vinna den totala slipsen ikväll, vi ville inte förlora den totala slipsen ikväll, så det är där vi är."
Matchändar, Millwall 0, Scunthorpe United 0.
Andra halvlek, Millwall 0, Scunthorpe United 0.
Hörnet, Millwall. Förföljd av Murray Wallace.
Foul av Ivan Toney (Scunthorpe United).
Mahlon Romeo (Millwall) vinner en frispark på högerkanten.
Ivan Toney (Scunthorpe United) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Byron Webster (Millwall).
Ersättning, Scunthorpe United. Sam Mantom ersätter Stephen Dawson på grund av en skada.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match (Scunthorpe United).
Tony Craig (Millwall) visas det gula kortet för en dålig foul.
Stephen Dawson (Scunthorpe United) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Tony Craig (Millwall).
Foul av Josh Morris (Scunthorpe United).
Mahlon Romeo (Millwall) vinner en frispark i defensiva halvan.
Försöket räddades. Josh Morris (Scunthorpe United) vänster fotade skott från utsidan rutan sparas i nedre vänstra hörnet.
Stephen Dawson (Scunthorpe United) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Shaun Williams (Millwall).
Försöket räddades. Steve Morison (Millwall) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet. Hjälpt av Lee Gregory med ett nyckelkort.
Substitution, Millwall. Aiden O'Brien ersätter Shane Ferguson.
Försök missade. Mahlon Romeo (Millwall) höger fotade skott från utsidan lådan är hög och bred till höger.
Josh Morris (Scunthorpe United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Jed Wallace (Millwall).
Shane Ferguson (Millwall) visas det gula kortet för en dålig foul.
Neal Bishop (Scunthorpe United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Shane Ferguson (Millwall).
Ivan Toney (Scunthorpe United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Mahlon Romeo (Millwall).
Foul av Ivan Toney (Scunthorpe United).
Shaun Williams (Millwall) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Ivan Toney (Scunthorpe United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Shaun Hutchinson (Millwall).
Murray Wallace (Scunthorpe United) visas det gula kortet.
Foul av Murray Wallace (Scunthorpe United).
Steve Morison (Millwall) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av David Mirfin (Scunthorpe Förenade).
Lee Gregory (Millwall) vinner en frispark i anfallshalvan.
Substitution, Millwall. Mahlon Romeo ersätter Shaun Cummings på grund av en skada.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match Shaun Cummings (Millwall) på grund av en skada.
Millwall hölls till en bristlös mållös dragning hemma i första benet av deras League One play-off semifinal av en bestämd Scunthorpe sida.