Den vice chefen för blockets verkställande kommission, Frans Timmermans, sade sig vara fast besluten att upprätthålla EU:s värderingar.
Tusentals ungrare har protesterat mot lagar som skulle kunna leda till stängning av ett prestigefyllt universitet.
Ungern inhyser också tvångsmässigt asylsökande i säkrade containrar.
Det fanns en allvarlig fråga om detta var förenligt med EU:s lagstiftning, sade Timmermans vid en nyhetskonferens.
Han sade att kommissionen kommer att överväga sina nästa steg under de kommande veckorna och att den kommer att agera om det inte sker någon positiv utveckling.
"Tillsammans är den övergripande situationen i Ungern en källa till oro för kommissionen", sade Timmermans.
Ungerns allt mer radikala premiärminister Viktor Orban har förklarat krig mot liberalismen, rapporterar BBC:s Nick Thorpe i Budapest.
Ungern att kvarhålla alla asylsökande i gränsläger
Stora protester till stöd för Ungerns Soros-stödda universitet
Hans regering har blivit alltmer kritiserad för sin behandling av asylsökande - även i måndags, när FN:s flyktingkommissarie Filippo Grandi sade att containerlägren skulle omges av taggtråd "skulle ha en fruktansvärd fysisk och psykisk inverkan på kvinnor, barn och män som redan har lidit mycket".
Grandi sade också att han var "mycket oroad över mycket oroande rapporter om allvarliga incidenter med misshandel och våld mot personer som passerar gränsen till Ungern, bland annat av statliga agenter".
Ungerns lag om högre utbildning, som undertecknades tidigare i veckan, skulle kunna tvinga ned stängningen av Centraleuropeiska universitetet (CEU), som grundades av filantropen George Soros och rankas bland de 200 främsta universiteten i världen i åtta discipliner.
I söndags fick Budapest också se den största protesten mot flytten, som också har inspirerat till en internationell solidaritetskampanj.
I slutet av tisdagen uppmanade USA:s talesman Mark Toner den ungerska regeringen att avbryta genomförandet av lagen.
En annan protest planeras i Budapest på onsdag kväll.
Men den ungerska regeringen säger att den inte kommer att svara på kampanjen och säger att CEU har ett år på sig att följa de nya reglerna.
Ungern godkänner lagförslag som riktar sig till Central European University
Ungerska angrepp på George Soros framkallar ilska hos icke-statliga organisationer
Universitetet byggt för att försvara demokratin
EU har varnat för att vidta rättsliga åtgärder mot att ungersk lagstiftning bryter samman när det gäller högre utbildning, icke-statliga organisationer och asylsökande.