British Divers Marine Life Rescue sa att 18 av djuren flöt tillbaka ut i havet omkring klockan 04:00 på tisdag. Två till flöt senare.
Men flera av de valar som sedan strandsattes på stranden av närliggande Staffin Island.
Man förstod att åtta av valarna har dött och att nio kvar är strandsatta på den lilla ön.
Kustbevakningen sa att det kunde vara högvatten klockan 19:00 innan dessa djur kunde skjutas tillbaka i öppet vatten.
Man trodde att strandningen orsakades av att en valhona kom i svårigheter när han kalvade. Kalven dog.
Hebridean Whale och Dolphin Trust väckte larmet efter att ha sett valar i nöd på måndag eftermiddag.
Miljöminister Richard Lochhead sade att den skotska regeringen erbjöd hjälp till ansträngningarna att rädda valarna.
Han sade: " Jag är mycket oroad över att höra talas om denna strandning av pilotvalar på Skye.
"Marine Skottland och British Divers Marine Life Rescue arbetar för närvarande hårt för att lindra situationen.
"Vi har ett patrullfartyg och annan personal på plats och jag hålls informerad om situationen.
"Det verkar som om några av valarna redan har dött och situationen blir allt svårare när den utgående tidvattnet lämnar de strandsatta djuren ur vattnet."
Räddare har gått till hjälp av 21 långfenade pilotvalar som strandsatt på stranden vid Staffin på Skye.