Biometris kommissionär Alastair MacGregor sade att polisen "riskerar allmän säkerhet" genom att inte ansöka om förlängningar för att hålla DNA-profiler av misstänkta som inte har dömts.
Han sade också att vissa poster som fortfarande var lagrade borde ha tagits bort.
Inrikesdepartementet sade att systemet fungerade bra "i de allra flesta fall".
Ett nytt system som begränsar lagringen av DNA-uppgifter infördes i oktober 2013.
Tidigare kunde DNA-profiler och fingeravtryck lagras på obestämd tid, oavsett om någon hade åtalats eller dömts.
Olikheterna avslöjades i kommissionsledamotens andra årsrapport sedan de nya reglerna infördes.
Rapporten visade också att 7 800 personer hade DNA-profiler och fingeravtryck i en separat databas för bekämpning av terrorism från och med oktober förra året.
Databasen innehåller biometriska uppgifter om dem som dömts i samband med terroristutredningar och andra som inte har dömts men där kvarhållande anses nödvändigt av nationella säkerhetsskäl.
Det gör det också möjligt att förlänga kvarhållandet av material som tagits från en person som inte har dömts när en högre tjänsteman gör ett nationellt säkerhetsbeslut (NSD).
Av de 7800 personerna hade 4 350 - eller omkring 55 - aldrig dömts för ett rekordbrott.
Källa: Biometrics Commissioners årsrapport 2015, samt Inrikesdepartementets och den nationella DNA-databasens årsrapport
I kommissionsledamotens rapport föreslogs att det nya systemet hade lett till en rad problem som innebar att DNA-profiler inte lagrades när de skulle lagras, och att vissa register hade behållits när de borde ha tagits bort.
MacGregor sade att DNA-profilerna för 450 oskyldiga människor automatiskt togs bort från databasen innan polisen kunde besluta om de ville behålla informationen av nationella säkerhetsskäl.
Han skyllde på "förfarandefel och förseningar" - och sa att polisen skulle ha ansökt om att få behålla cirka 10 procent av uppgifterna.
"Dessa fel och förseningar har lett, eller kommer att leda, till förlust av ett betydande antal biometriska uppgifter som förmodligen kunde och borde ha behållits."
En talesman för den nationella polischefens råd sade: " Fingeravtryck och DNA-data för ett litet antal individer som potentiellt utgör ett hot mot den nationella säkerheten har tagits bort från biometriska databaser eftersom lagringsperioden löpte ut innan ett nationellt säkerhetsbeslut kunde lämnas in för godkännande.
– Dessa individers identitet är känd och de risker de eventuellt utgör hanteras i samarbete med partnerbyråer.
"Det har vidtagits omfattande åtgärder för att förhindra förlust av ytterligare biometriska uppgifter från personer som är berörda innan man ansöker om ett NSD."
Från BBC inrikes angelägenheter korrespondent Danny Shaw
Det tidigare systemet för att lagra DNA förklarades så småningom vara olagligt - men det hade fördelen att vara enkelt att utföra.
Det system koalitionsregeringen ersatt det med visar sig vara raka motsatsen: svårt att förstå, otympligt att fungera och benägna att fel.
Kanske är det inte förvånande då att inrikesministeriet har tagit tre månader att publicera denna rapport som anger de många brister.
Lösningar antyds, som att begränsa polisens diskretion över profiler från icke-dömda personer och ha en bestämd tid för att behålla dem.
Det botar inte alla problem, men det kan hjälpa.
Kommissionären kritiserade också polisen i England och Wales som han sade hade misslyckats med att söka förlängningar för att behålla DNA-profiler av personer som misstänks, men inte dömts, för sexuella eller våldsbrott.
Sådana profiler kan hållas i upp till fem år, med tillstånd.
Han sa att det kunde betyda att brotten gick "oupptäckta eller oförhindrade".
I rapporten sades det att det fanns fortsatta svårigheter med att lagra prover från personer som dömts för allvarliga brott utanför England och Wales, och att man hade lagt till "inga konkreta framsteg" i frågan.
Det sades att "bred ovisshet" om polisens borgensbefogenhet hade bidragit till att avlägsna biometriska uppgifter om misstänkta som har släppts efter förhör men som fortfarande är föremål för utredning.
Och det avslöjade upp till 50.000 register över under 18s på polisens nationella dator (PNC) kan vara felaktigt visar att deras DNA-profiler behöver raderas efter fem år, när de bör lagras på obestämd tid.
Det har dock dykt upp ett antal problem som tyder på att profiler felaktigt finns kvar i databasen, däribland 4 650 profiler av personer som klassas som "önskad/missad" på PNC.
MacGregor, som lämnar sin post efter tre år, sade också att han tog upp frågor med inrikesministeriet om "olagliga matchningar", där DNA-profiler som felaktigt behållits har kopplats till brottsplatsprover, men har ännu inte fått ett "väsentligt svar".
Inrikesministeriet välkomnade rapporten och sade att "i de allra flesta fall fungerar DNA-systemet och systemet för kvarhållande av fingeravtryck korrekt".
Hundratals DNA- och fingeravtrycksregister som kunde ha hållits av nationella säkerhetsskäl i England och Wales har raderats, visar en rapport.