Antalet utländska besökare i The Louvre minskade med 20 % till 5,3 miljoner.
Musee d'Orsays totala närvaro minskade med 13 till 3 miljoner.
Pompidou Centres totala siffror steg med 9 % till 3,3 miljoner 2016 - men det sade en ökning av franska besökare kompenserade för en minskning av utländska turister.
Den franska huvudstaden känner fortfarande effekterna efter 130 personer dödades i pistol- och bombattacker den 13 november 2015.
I juli dog 86 personer när en lastbil körde genom en folkmassa under Bastiljens dagfirande i den södra staden Nice.
Förutom att Louvren och Musee d'Orsay drabbades av följderna av attackerna stängdes de i fem dagar i juni på grund av översvämningar.
Louvre regissören Jean-Luc Martinez berättade Le Figaro tidningen att 2016 hade varit "ett svårt år", och att nedgången i besökare skulle kosta galleriet nästan 10 miljoner euro (8,6 miljoner pund), exklusive de lägre intäkterna i bokhandlar eller restauranger.
Louvren rankades som världens mest besökta museum 2015, och kostar 15 euro (12,80 pund) för vuxna.
M Martinez sade att antalet japanska besökare hade minskat med 61% under 2016, medan antalet från Ryssland minskade med 53%, Brasilien med 47%, Kina med 31% och USA med 18%.
På Pompidou Centre sade president Serge Lasvignes att platsen hade drabbats av en nedgång i antalet utländska turister efter "de tragiska händelserna" 2015.
Men han sade att 2016 var detta "mer än kompenseras" för av antalet franska besökare och lojaliteten hos den parisiska allmänheten.
Musee d'Orsay välkomnade tre miljoner besökare 2016, jämfört med 3,4 miljoner 2015. Det sade att antalet besökare hade börjat öka igen i november och december 2016.
Hotellbokningar i Paris från utlandet minskade med 10% under 2016, enligt Paris Convention and Visitors Bureau.
Följ oss på Facebook, på Twitter @BBCNewsEnts, eller på Instagram på bbcnewsents. Om du har en berättelse förslag e-post underhållning.news@bbc.co.uk.
Paris mest populära konstgallerier såg en nedgång i besök av utländska turister i 2016, efter islamistiska militanta attacker i staden 2015 och grymheter någon annanstans i Frankrike.