Argentinska rättsmedicinska forskare sa att de inte hittade något DNA från eleverna på en soptipp utanför staden Cocula.
Regeringen säger att eleverna dödades där.
Det stod att deras kroppar brändes, efter att polisen överlämnat dem till ett gäng.
Men efter en årslång utredning drog Argentine Forensic Anthropology Team slutsatsen att det inte fanns några biologiska eller fysiska bevis för att de 43 elever som försvann 2014 brändes och dödades vid soptippen.
Laget sa att de hade bevis för att det hade varit ett antal bränder under åren vid soptippen i en kanjon utanför Cocula men ingen hade varit tillräckligt stor för att bränna 43 kroppar.
De sa att de hittade benfragment från 19 personer men ingen kom från eleverna.
Regeringen hade sagt att studenterna arresterades den 26 september 2014 i staden Iguala omkring 20 km (12 miles) bort av kommunal polis.
Åklagaren vid den tiden, Jesus Murillo Karam, sade att hans undersökningar hade avslöjat att polisen hade överlämnat eleverna till en knarklangare som hade dödat dem vid soptippen och sedan byggt en stor begravningsbål med kropparna för att bränna dem.
Gänget påstods ha samlat askan och blivit kvar efter branden i påsar och kastat dem i en bäck i närheten.
Regeringen har sagt att den har identifierat resterna av två av eleverna från väskorna, Alexander Mora och Jhosivani Guerrero, även om endast den första kunde genom fullt identifierade genom DNA-provtagning.
Den argentinska laget sade att det inte hade varit närvarande när väskorna hittades så kunde inte vara säker på kvarlevornas ursprung.
Det sades att de ben som hade analyserats av ett österrikiskt laboratorium för att identifiera Alexander Mora, var "ovanliga i storlek jämfört med de andra fragmenten i samma väska".
Det har också haft minimal exponering för brand, sade gruppen, och det fanns "inte några tecken på en nyligen brand i vegetationen" vid soptippen.
I september avslutade experter från Interamerikanska kommissionen för mänskliga rättigheter regeringens ursprungliga undersökning hade varit djupt bristfällig.
Som svar på den nya rapporten sade den mexikanska justitieministerns kontor att fallet med de 43 studenterna inte var avslutat och att myndigheterna höll på att slutföra ett team för att genomföra en ny analys av brandanspråk samt titta på nya utredningslinjer om vad som hade hänt med eleverna.
Elevernas föräldrar har kämpat för att få tillgång till militärbaracker i området som, säger de, kan innehålla ledtrådar om var deras barn befinner sig.
Regeringen har vägrat att låta de soldater som var i området vid tidpunkten för försvinnandet bli förhörda av någon annan än statliga åklagare.
En andra rapport om 43 elevers försvinnande i delstaten Guerrero i södra Mexiko säger att det inte finns några bevis för att stödja den officiella versionen av vad som hände dem.