Företaget sade att det var att undersöka frågan, som kan orsakas av trådlös störning, och föreslog spelare satt närmare konsolen.
Det kommer efter vissa spelare klagade på sina skärmar som innehåller döda pixlar som skapade svarta rutor.
Konsolen har fått i stort sett positiva recensioner och säljer bra.
Rapporter om problem med styrenheterna, känd som Joy-Con, har funnits sedan före lanseringen av konsolen, bland dem som hade pre-release granskningsenheter.
Det verkar påverka spelet när konsolen är ansluten till TV:n och styrenheterna används trådlöst.
På dess supportsida, Nintendo rådde användare att se till att Switch-konsolen placerades "ute i det öppna" och inte bakom en TV, i eller under ett metallföremål eller nära ett akvarium.
Det rådde också användare att se till att konsolen hade den senaste programuppdateringen och att "försöka minska avståndet" mellan Joy-Con och konsolen.
Problemet verkar vara värre i vänster styrenhet och vissa, inklusive spel författare Jeff Gerstmann, rapporterar att det påverkas av hur nära användarna sitter till TV.
En video publicerad på YouTube föreslog att medan den högra Joy-Con hade en dedikerad antenn, den vänstra var svårare att hitta.
"Antennen är tryckt direkt på styrenhetens kretskort; det är inte en separat enhet inuti apparaten. För det andra, antennen ligger under styrenhetens axelknapp och bredvid höljet för styrenhetens joystick, "sade gaming webbplats Polygon.
"Allt detta kan blockera eller försvaga Bluetooth-signalen", tillade det.
En halmundersökning på plattformen för sociala medier Reddit visade att 20 % av de tillfrågade (av totalt 6 300) hade haft problem med sin switchkonsol.
Piers Harding-Rolls, en analytiker på forskningsföretaget IHS Markit sade: "Tydligen, om detta inträffar när spel kan det vara frustrerande, men generellt tror jag inte att detta påverkar människors njutning av plattformen för mycket."
"Det som kanske gör det värre är att rätt Joy-Con har bättre konnektivitet vilket belyser vänsterns relativa svaghet.
"Om detta är ett designproblem förväntar jag mig att Nintendo tittar noga på att justera utläggningen av antennen i vänster Joy-Con för att hjälpa till att lösa problemet, eftersom fixen skulle verka relativt enkel."
Nintendo står inför fler klagomål om sin nya konsol, Växla, den här gången om att styrenheter misslyckas med att ansluta.