Sir Norman Bettison svarade på krav på hans avgång över uttalandet han publicerade på torsdag.
Sir Norman sade att han inte hade för avsikt att föreslå Liverpool fans hade hindrat polisen under katastrofen i april 1989 där 96 människor dog.
Liverpool fans var "inte på något sätt att skylla" för katastrofen, sade han.
Sir Norman sa att han var ledsen om han hade "orsakat ytterligare upprörd".
Polisen i West Yorkshire hade tidigare remitterat Sir Normans agerande efter tragedin i Hillsborough till en särskild undersökningskommitté.
Polischefen utsattes för allt större påtryckningar att avgå efter att ha släppt uttalandet om att Liverpool-fansen gjorde polisjobbet svårare på tragedins dag.
Den 15 april 1989 var den tidigare officeren i South Yorkshire en icke-verksam inspektör på Sheffield's Hillsborough stadion, som var värd för en FA Cup semifinal mellan Liverpool och Nottingham Forest.
I sitt ursprungliga uttalande sade Sir Norman: "Fans beteende, i den mån det var relevant alls, gjorde jobbet av polisen, i förkrossningen utanför Leppings Lane turnstiles, svårare än det behövde vara."
John Mann, Labour MP för Bassetlaw i Nottinghamshire, sade att många av hans väljare var på matchen och hade uppmanat Sir Norman att avgå.
"Efter uttalandet han gjorde när han verkade ha en go igen på Liverpool fans, tycker jag att hans position är ohållbar. Han måste gå."
Vice premiärminister Nick Clegg sa att Sir Normans kommentarer var "okänsliga och dåligt bedömda".
I ett nytt uttalande sade Sir Norman: "Fanserna av Liverpool Football Club var inte på något sätt att skylla för katastrofen som utspelade sig i Hillsborough den 15 april 1989."
Denna uppfattning hade formats efter att ha hört alla bevis som lades fram vid Taylors undersökning av tragedin, sade Sir Norman.
Bevisen var överväldigande. Polisen lyckades inte kontrollera situationen, vilket i slutändan ledde till 96 helt oskyldiga människors tragiska död. Jag kan inte vara tydligare än så."
Sir Norman sade att han var "förlåt om mitt tidigare uttalande, avsett att förmedla samma budskap, har orsakat ytterligare upprörd".
Målet var inte att "beundra fansen", sade han, och han var "djupt ledsen för att intryck och lätt har dröjt i 23 år".
West Yorkshires polismästare har bett om ursäkt för all upprördhet som orsakats av ett uttalande om hans roll i Hillsborough-tragedin.