Åklagare säger att chefer på Peanut Corporation of America skickade jordnötter och produkter de visste var förorenade.
Mer än 575 personer i mer än 40 delstater blev sjuka i utbrottet, däribland hundratals barn.
En advokat för tidigare ägare Stewart Parnell sa att inspektörer hade varit medvetna om företagets testmetoder.
Anklagelserna medför maximala straff på 20 år i fängelse, säger åklagarna.
Hans bror Parnell, tidigare vicepresident Michael Parnell, samt före detta cheferna Samuel Lightsey och Daniel Kilgore, har åtalats för bedrägeri och sålt "förfalskad och felmärkt mat" och konspiration.
Dessutom anklagades den tidigare fabriksarbetaren Mary Wilkerson för att ha hindrat rättvisan.
Kilgore har redan erkänt sig skyldig i fallet.
Åklagarna säger att Parnells, Lightsey och Kilgore konspirerade för att tillverka och sälja jordnötter och jordnötsprodukter som labbtester hade visat var förorenade med salmonella.
De skapade falska certifikat som sade att maten var säker, när de i själva verket antingen inte hade testats eller hade befunnits vara förorenad, sade åklagare. Stewart Parnell, Lightsey och Wilkerson ljög för besökande regeringsinspektörer, sade de.
"När de ansvariga för att producera eller leverera vår mat ljuger och skär hörn, som påstås i åtalet, de sätter oss alla i fara," sade Stuart Delery, chef för justitiedepartementets civila division.
"Department of Justice kommer inte tveka att jaga någon vars kriminella beteende riskerar säkerheten för amerikaner som inte har gjort något mer än att äta en jordnötssmör och gelé smörgås."
Efter att federala åklagare frikände åtalet på torsdag, lovade advokater som företräder Stewart Parnell "ett kraftfullt försvar".
"Som fakta i detta fall avslöjas, det kommer att bli uppenbart att FDA var i regelbunden kontakt med [Peanut Corporation of America] om sin livsmedelshantering politik och var väl medveten om sina salmonella testprotokoll," advokatbyrån sade i ett uttalande.
Efter utbrottet fann den amerikanska Food and Drug Administration en utbredd förorening vid företagets anläggning i Blakely, Georgien, efter att ha identifierat den som en möjlig källa till de förorenade jordnötterna och jordnötsprodukter.
Växten rostade råa jordnötter för att göra granulerade jordnötter, jordnötssmör och jordnötspasta. Produkterna såldes över hela USA.
Företaget gick i konkurs efter att ha återkallat sina produkter.
År 2010 godkände en domare 12 miljoner dollar (?7,7 miljoner euro) kompensation för mer än 100 salmonellaoffer.
Tidigare chefer på ett jordnötsföretag har åtalats i USA för ett salmonellautbrott som orsakade nio dödsfall 2008 och 2009.