Notts, som nu har förlorat sju av sina senaste åtta matcher och är bara 12 poäng från League Two relegation zonen, såg bekväm ut tills Bennett sköt hem strax innan pausen.
Bennett gjorde den 2-0 när han kom in strax efter omstarten.
En Christian Burgess header och Marc McNulty s lob förseglade en seger som håller Pompey fem poäng från de tre översta.
Kyle Bennett gjorde mål två gånger som Portsmouth slog Notts County i Mark Coopers första match med ansvar för Magpies.