Företagets beslut förra veckan att bevilja motsvarande 50 % löneökning till sex ledande chefer väckte upprördhet.
Quebecs regering gick med på en CA$1.34bn ($1bn; £800m) räddningsaktion under 2016, ett år efter det trevde på kanten av konkurs.
Premiärminister Justin Trudeau sa att han var "inte nöjd" med lönevandringen.
Men han välkomnade förändringen i hjärtat.
Protester samlades utanför byråns huvudkontor i Montreal på söndagen, timmar innan Bombardier revented och sade att höjningarna skulle skjutas upp till 2020.
De kommer att betalas endast om företaget uppnått prestationsmål, sade det.
"Under de senaste 75 åren har våra medborgare alltid varit vid vår sida", säger Bombardier verkställande direktör Alain Bellemare på söndag kväll.
"Det är på grund av denna djupa relation som vi är lyhörda för allmänhetens reaktion på vår verkställande ersättningspraxis."
Han var en av de sex chefer som var inställd på att få betalningar på CA$43,7m (32,6m $; 26,1 £) 2016.
Det var upp från CA$30m året innan, enligt reglerande handlingar.
Bombardier motiverade ursprungligen löneökningarna som en nödvändig åtgärd för att behålla högsta talang.
Men två ministrar i Quebec pressade företaget förra veckan att lyssna på motreaktionen.
Quebecs premiärminister Philippe Couillard twittrade om att han var "nöjd" med söndagens klättring av firman.
Den Quebec regeringen förra året investerade CA$1.34 miljarder i Bombardiers C-Series flygplansprogram i utbyte mot en nästan 50% andel.
I februari, den federala regeringen gick med på att ge företaget CA $ 372,5 miljoner i räntefria lån.
Under 2016 meddelade Bombardier också uppsägningar för 14 500 personer, inklusive cirka 20% av dess personal i Belfast.
Uppsägningarna kom när företaget säkrade order med Delta Air Lines och Air Canada och gjorde sin jungfru kommersiella resa med schweiziska Air Lines.
Kanadensisk flygplans- och tågtillverkare Bombardier har sagt att det kommer att skjuta upp några rejäla löneökningar efter ett offentligt skrik.