Åtgärderna omfattar bland annat avlivning av djur i smittade områden och förbud mot försäljning av fjäderfäprodukter från dessa områden.
Den nederländska regeringen har rapporterat den "mycket smittsamma" H5N8-stammen på en fjäderfäanläggning där.
Förenade kungariket rapporterade ett fall på en ankgård i East Yorkshire, och kommissionen sade att det var "sannolikt identiskt".
H5N8 kan potentiellt påverka människor.
EU-tjänstemän säger att utbrotten kan vara kopplade till fågelinfluensan som nyligen upptäcktes i Tyskland.
De säger att den kunde ha spridits genom flyttfåglar som var på väg söderut under vintern, men att testerna fortsätter att bekräfta eventuella kopplingar mellan de tre fallen.
Europeiska kommissionen sade i ett uttalande att Förenade kungariket och Nederländerna redan tillämpar direktiv om slakt av drabbade fjäderfän, förbjuder försäljning av berörda fjäderfäprodukter och levande fåglar samt upprättar skyddszoner.
Det sades: "Syftet med åtgärderna är att snabbt få sjukdomen under kontroll och att förhindra spridning av högpatogen aviär influensa inom de drabbade medlemsstaterna, till andra medlemsstater och till tredjeländer."
På plats: BBC:s Anna Holligan i Hekendorp
Det var en spänd och traumatisk dag på gården.
Den idylliska holländska bilden förstördes av ett hum av en lastbil som bar på en gasbehållare av industriell storlek och utseendet på män i orange panndräkter. Hälso- och säkerhetsteamen kom till Hekendorp för att gasa 150 000 höns.
Deras främsta bekymmer är att begränsa utbrottet. Fjäderfäuppfödarna, även de som är verksamma utanför utrymningszonen på 10 km, har ytterligare ett bekymmer. Många är oroade över de potentiella skadorna på de nederländska fjäderfäprodukternas rykte.
Industrin har stoppats. Ett rikstäckande transportförbud kommer att finnas kvar till åtminstone tisdag. Nederländerna är den näst största exportören av jordbruksprodukter i världen. Den exporterar mer än sex miljarder ägg årligen.
Vi såg bakom brandskyddsbarriären när grävarna hällde hundratals döda kycklingar i lastbilar. Grannar som bor runt den förorenade gården ser utslaktningen som en obehaglig men nödvändig uppoffring.
De nederländska myndigheterna har redan börjat förstöra 150 000 höns på den smittade gården, i byn Hekendorp.
"Denna högpatogena variant av aviär influensa är mycket farlig för fågellivet", sade den nederländska regeringen i ett uttalande (på nederländska).
"Sjukdomen kan överföras från djur till människor."
Den nederländska ekonomiministeriet säger att människor bara kan smittas genom mycket nära kontakt med smittade fåglar.
Myndigheterna har infört ett tre dagar långt nationellt förbud mot transport av fjäderfä och ägg.
Tidigare denna månad upptäckte en gård i nordöstra Tyskland fall av H5N8, som tidigare inte hade rapporterats i Europa.
Man har aldrig upptäckt stammen hos människor, men ett utbrott i Sydkorea innebar att miljontals lantbruksfåglar måste slaktas för att den skulle kunna hållas kvar.
Också på måndagen sade egyptiska hälsovårdsmyndigheter att en kvinna hade dött av den dödligaste virusstammen, H5N1, efter att ha kommit i kontakt med smittade fåglar i södra delen av landet.
Samtidigt bekräftade tjänstemän i Storbritannien minst ett fall av fågelinfluensa i Yorkshire, men insisterade på att risken för folkhälsan var "mycket låg".
En slakt av fjäderfä håller på att utföras på platsen och det finns en uteslutningszon.
Kommissionen sade: "De tillgängliga uppgifterna tyder på att H5-viruset i Storbritannien troligen är identiskt med det H5N8-virus som finns i Nederländerna och Tyskland."
Chefen för Världshälsoorganisationen, Bernard Vallat, föreslog att fågelfoder på gårdarna kunde ha smittats av vilda flyttfåglar.
"Om foder inte är skyddat och en vild fågel kommer för att äta det, det är tillräckligt för att förorena fodret och sedan de som äter det foder," Mr Vallat sade.
De flesta former av fågelinfluensa smittar inte människor, men H5N1 och H7N9 har orsakat allvarliga infektioner hos människor, säger Världshälsoorganisationen (WHO).
Majoriteten av de smittade hade kommit i nära kontakt med levande eller döda fjäderfän.
Det finns inga bevis som tyder på att H5N1 och H7N9 kan överföras till människor genom korrekt förberedda fjäderfän eller ägg, säger WHO.
H5N1 har en dödlighet på cirka 60 % hos människor och ledde till 384 dödsfall mellan 2003 och december 2013, enligt WHO:s siffror.
Vanliga symtom inkluderar hög feber och hosta.
Europeiska kommissionen har vidtagit skyddsåtgärder för att försöka begränsa ett utbrott av fågelinfluensa efter det att nya fall rapporterats i Storbritannien och Nederländerna.