Recep Tayyip Erdogan sa att Gezi Park var ett problem "där vi måste vara modiga".
Planer planerade att bygga om en gammal barack och uppföra andra strukturer på det sällsynta centrala grönområdet.
Flera människor dödades och tusentals skadades i protesterna som inleddes i maj 2013.
Det som började som demonstrationer mot stadsförnyelse förvandlades till ett bredare uttryck för ilska mot regeringens politik under Erdogan, den dåvarande premiärministern.
Upploppspolisens överdrivna användning av våld trappade upp spänningarna.
"Om vi vill bevara vår historia måste vi återuppbygga denna historiska struktur, vi kommer att bygga upp den", sade han i ett tal i Istanbul, citerat av AFP nyhetsbyrå.
Han syftade på de Ottoman-era baracker som brukade stå i Gezi Park.
För vissa turkar har den föreslagna återuppbyggnaden av barackerna symbolisk betydelse. Vissa redogörelser säger att det var i barackerna som ett misslyckat myteri av islamiska-sinnade soldater initierades 1909.
Barackerna revs 1940, och försöken att återuppbygga dem ses av motståndarna att ha islamismens ring.
Efter oroligheterna 2013 blockerade Turkiets högsta förvaltningsdomstol ombyggnaden, men förra året vände den sitt beslut, efter ett överklagande från Istanbuls kommun, rapporterar AFP.
Turkiets president har signalerat att han avser att återuppliva planerna på att återuppbygga en central Istanbulpark som utlöste stora protester mot regeringen 2013.