Kommunernas sekreterare Carl Sargeant sa förra månaden att han inte var övertygad om att Communities First var "det mest effektiva sättet att leverera för Wales".
Han sade att det skulle finnas ett nytt tillvägagångssätt, men än så länge, samhällsgrupper som stöds av planen säger att de är i mörkret.
Den walesiska regeringen sade att inget slutgiltigt beslut hade fattats.
I Swansea sade Faith in Families, som driver tre familjecenter, att det skulle tvingas stänga utan stöd från den walesiska regeringen.
Den konverterar St Teilos kyrka i Swansea till en ÂÂ£1m gemenskap nav med hälften av de pengar som tillhandahålls av den walesiska regeringen.
Chef Cherrie Bija sa: "Vi kommer inte att ge upp dessa familjer."
Hon tillade att människor blev "verkligen besvikna" efter att ha hört om avvecklingen av gemenskaperna först skulle få en dominoeffekt på de tjänster som centrumet skulle kunna leverera.
Gemenskaperna spenderar först cirka 30 miljoner pund varje år, med mer än 300 miljoner pund sedan den lanserades 2001 och vid ett tillfälle stödde man cirka 200 projekt.
I Flintshire sade Dave Wisinger, länsfullmäktige för Queensferry, att gemenskapernas första kontor som täckte hans område gav ett avgörande stöd.
"Det måste finnas något annat att ta över", sade han.
"Och jag skulle ha trott att ministern, om han tar en allvarlig titt på detta, han kommer att uppskatta det goda arbete som har gjorts och han kommer att hålla dessa personal på, eller så många som de kan... kan vara under ett annat projekt."
Communities First stöder fyra demenscaféer i Flintshire, som hjälper dem med tillståndet och deras familjer, samt driver matbanker, lunchklubbar och familjeinlärning.
Den driver också jobbsökarklubbar och kurser i anställbarhet.
Moder-av-två Kelly Latham från Garden City, som deltog en gång i en sådan kurs i Mold, sade: "Jag har varit arbetslös i nästan fem år nu.... barnomsorg är en stor fråga för mig... och de har löst allt för mig."
En talesman för den walesiska regeringen sade: " Även om kommunsekreteraren har sagt att han har för avsikt att fasa ut gemenskaperna först, har inget slutgiltigt beslut fattats.
– Vi söker för närvarande synpunkter på detta och hur vi kan engagera, stödja och stärka samhällen och skulle uppmana alla med intresse att få säga sitt.
"Det är för tidigt att spekulera om hur ett nytt tillvägagångssätt kan påverka vissa områden."
Gemenskapsgrupper söker garantier efter tillkännagivandet att ett system som stöder eftersatta områden i Wales kommer att avskaffas.