Yassar Yaqub, 28, från Huddersfield, sköts av en officer i en operation nära korsningen 24 den 2 januari.
Moshin Amin, 30, Broomer Street, Dewsbury, nekades att inneha ett vapen, en ljuddämpare och ammunition i avsikt att riskera livet vid Leeds Crown Court.
Ett preliminärt rättegångsdatum fastställdes till den 4 december och Amin frigavs till och med den 27 juni.
En man som körde en bil där hans passagerare sköts ihjäl av polisen på M62 har dykt upp i rätten.