Derek Mackay träffar andra finansministrar för ett "quadrilateralt" toppmöte i Edinburgh.
Han sade att han skulle höja "onödiga" skattebördor med översekreteraren till statskassan under mötet.
Finansdepartementet sade att skotska ministrar hade informerats om skattesituationen innan de inrättade nationella tjänster.
De flesta andra polis- och brandkårer i Förenade kungariket är regionala organ och behöver inte betala moms.
Frågan uppstod eftersom Skottlands polis- och brandkår tidigare kontrollerades av lokala myndigheter, som kan kräva tillbaka skatten - men de nya nationella styrkor som inrättades 2013 kontrolleras av den skotska regeringen, som inte kan det.
Mackay sade att polisen och brandkåren kämpar med den "onödiga" skattebördan som de "enkelt inte bör behöva betala".
Han sade: " Detta är en betydande summa som andra räddningstjänster inte behöver möta.
"Det finns en betydande skillnad i hur moms påverkar räddningstjänster i hela Storbritannien, med skotska polis- och brandkårer som betalar moms när andra territoriella tjänster i Storbritannien inte behöver.
"Det måste finnas lika villkor för sådana viktiga tjänster.
"När vi fortsätter att investera i våra räddningstjänster kommer vi att fortsätta att trycka på den brittiska regeringen för att skotska räddningstjänster ska ha samma förmåga att återvinna moms som alla andra brittiska och nordirländska styrkor."
Scottish Lib Dem MSP Liam McArthur sade att det var rätt att momspositionen "övervägdes", men sade att den skotska regeringen inte borde använda det som en "rökskärm" för sina egna misslyckanden.
Han sade: " Den ekonomiska röra som polisen i Skottland befinner sig i är ner till SNP: s misslyckade centralisering. "Minister kan inte undkomma det."
En taleskvinna sade: " År 2012 valde den skotska regeringen att göra Skottlands polis- och brandkår till nationella snarare än regionala organ. Den skotska regeringen underrättades i förväg om att den skotska polisen och brandkåren genom denna förändring inte skulle vara berättigade till återbetalning av mervärdesskatt."
Förste minister Nicola Sturgeon tog upp frågan under en sammandrabbning om polisbudgetarna med Torys ledare Ruth Davidson vid Holyrood i december.
Sturgeon hävdade att den brittiska regeringen hade ändrat reglerna för att undanta akademiskolor från mervärdesskatt när de inrättades och finansierades av den centrala regeringen.
Hon sade att det fanns "25 miljoner pund per år som borde gå till vår polistjänst men går till statskassan".
Anna Davidson svarade: "Den skotska regeringen varnades för mervärdesskatt - den visste vad som skulle hända och lyssnade inte på parlamentet. Ni vet att den förste ministern har problem när hon inte kan stå till svars för sig själv utan går till 'Westminster bad'."
Det har förekommit en rad varningar från revisorer om ekonomisk förvaltning inom Skottlands poliskår, som står inför en finansieringsklyfta på upp till 200 miljoner pund under de kommande åren.
Skottlands finansminister kommer att uppmana den brittiska regeringen att skrota en årlig skatteproposition på 35 miljoner pund för landets polis- och brandkår.