Avdelningen för internationell utveckling (DfID) sade förra månaden sekretariatet i London var "under utförande" och behövde "brådskande reformer".
Högre diplomatiska och politiska källor - som talar till BBC inofficiellt - har anklagat generalsekreteraren, Lady Scotland, för "dåligt ledarskap".
Men hennes talesman sade att hon hade stöd från alla 52 samväldesländer som hade valt henne.
Han tillade att arbetskamraten också hade lanserat ett program för att modernisera samväldets sekretariat.
Tim Hitchens, en högre tjänsteman vid utrikesdepartementet och före detta ambassadör i Japan, har fått i uppdrag att leda ett team som förbereder toppmötet i London nästa år.
Herr Hitchens, en före detta biträdande privatsekreterare till drottningen, kommer att vara baserad i kabinettet och kommer att rapportera direkt till premiärministern.
Sir Simon Gass, en mycket högt uppsatt tjänsteman som gick i pension från utrikesdepartementet förra året, har blivit tillförordnad chefsofficer vid samväldessekretariatet.
Han utsågs på förslag av utrikesdepartementet som finansierar hans lön. Han arbetar direkt med Lady Scotland vid sekretariatets huvudkontor i Marlborough House i London.
Utnämningarna ses i Whitehall som ett försök av regeringen att stärka en orolig organisation vid en avgörande tidpunkt.
Ministrarna är angelägna om att se till att ett möte med samväldeshandelsministrarna i London i mars blir en framgång och visar hur Storbritannien efter Brexit kan göra mer handel med länder utanför Europeiska unionen.
De vill också garantera att sekretariatet är i stånd att organisera regeringscheferna nästa år som kommer att vara värd för drottningen, som är chef för samväldet.
Högre ministrar kommer att träffas nästa vecka för att diskutera dagordningen för toppmötet för första gången.
Förra veckan talade Theresa May om de "unika och stolta globala relationer" som Storbritannien har genom samväldet.
Sekretariatet hjälper till att driva gruppen 52 mestadels före detta brittiska kolonier som utgör samväldet och som är hem för omkring 2,3 miljarder människor, mer än en fjärdedel av världens befolkning.
I en mycket kritisk rapport i december hotade DfID att dra tillbaka sin finansiering från organisationen om den inte förbättrade sitt resultat.
"Samväldets sekretariat fortsätter att fungera", avslutade den multilaterala biståndsöversynen.
"Förbättring är nödvändig om DfID ska fortsätta att finansiera organisationens Samväldesfond för tekniskt samarbete."
Detta är värt ungefär 20 miljoner pund per år.
I rapporten tillades att sekretariatet särskilt behövde fokusera på att förbättra "öppenhet, resultatmätning, personalförvaltning, riskhantering, ekonomisk förvaltning och budgetdisciplin".
Sekretariatet konstaterade att översynen gällde perioden innan Lady Scotland tillträdde tjänsten som generalsekreterare i april förra året.
Sedan dess har kamraten - som var justitieminister i Gordon Browns regering - utsatts för mycket kritik.
Hon har anklagats för ekonomisk extravagans över renoveringen av sitt officiella residens och angripits för att ha utsett politiska allierade till nyckelposter i sekretariatet. Hon har alltid förnekat anklagelserna om slöseri med pengar och insisterat på att inga upphandlingsregler skulle brytas.
Hennes allierade har också hävdat att attackerna orsakades av missnöjda samväldespersonal missnöjda med de reformer hon införde.
En talesman för sekretariatet sade: "Generalsekreterare Patricia Scotland har stöd av de 52 samväldesmedlemsstater som valde henne.
"Sedan han tillträdde den 1 april 2016 har generalsekreteraren fokuserat på att hjälpa samväldesländerna att uppnå FN:s mål för hållbar utveckling, arbeta för att uppnå de internationella klimatförändringsmål som fastställts efter Cop 21 i Paris och Cop 22 i Marrakech, och att upprätthålla Samväldesstadgan."
"Hon har identifierat följande prioriteringar: att ta itu med det existentiella hotet om klimatförändringar, att främja handel, goda styrelseformer och mänskliga rättigheter, att upphöra med våld mot kvinnor och flickor och att främja jämställdhet mellan könen samt att skapa nya möjligheter för samväldesungdomar och göra det möjligt för nästa generation att uppnå sin fulla potential.
"Generalsekreterare Skottland har också inlett ett program för att modernisera samväldets sekretariat.
"När det gäller personalfrågor följer vi bästa internationella praxis och kommenterar aldrig enskilda medarbetare. Men det är bara förnuftigt att sekretariatet anställer människor av högsta kaliber och de som har en meritlista av framgång inom sina respektive områden."
Men sådana är oron för Lady Scotland att vissa högre diplomater till och med har tolkat det faktum att drottningen inte kommer att närvara vid en större samväldesfunktion i mars som en signal om kunglig misshag, något som starkt förnekas.
Drottningen kommer att närvara vid olika evenemang på samväldesdagen, bland annat en gudstjänst på Westminster Abbey, men hon kommer inte att närvara vid den ordinarie mottagningen i Marlborough House, ett evenemang som hon sällan missar.
En talesman för ett Buckinghampalats sade till BBC: " Jag kan bekräfta att drottningen kommer att delta i evenemang under samväldesdagen, även om hon vid detta tillfälle inte kommer att närvara vid kvällsmottagningen. Hennes Majestät kommer att representeras vid mottagningen av prinsen av Wales."
Välplacerade kungliga källor sade att detta var ett sunt förnuft och praktiskt beslut att se till att drottningens program var lämpligt tempo på en hektisk dag.
De insisterade också på att det var helt felaktigt att koppla beslutet till någon debatt om samväldessekretariatet.
De noterade att drottningen hade regelbunden kontakt med Lady Scotland och att prinsen av Wales hade mycket företräde att representera drottningen i samväldestjänst.
Men det är inte så som vissa i samväldet drar slutsatsen.
En av de främsta källorna sade: " Drottningen har bara kommit ner för vägen från Buckingham Palace till Marlborough House i en Bentley. Det är inte så svårt. Och ändå har hon bestämt sig för att inte komma.
– Palatset tror att det finns så mycket mer att göra med samväldet och ändå är de fulla av så dåligt ledarskap. Samväldet är uppstoppat.
"De höga kommissionsledamöterna har alla gett upp (Lady Scotland). De har andra fiskar att steka. Jag undrar om hon kan överleva. Hon behandlar bara människor förfärligt. Och hon har ett politiskt tennörhänge."
En parlamentarisk källa sade: "Baroness Skottland har fått detta fel från början. Det är en inbyggd arrogans. Hon utser kompisar, personer som inte har den relevanta erfarenheten.
"Det sätt på vilket hon skötte huset var helt fel. Det finns en hel del oro. Jag är inte förvånad över att palatset börjar bli lite spänt."
En annan diplomatisk källa sade: " Det som händer är mycket sorgligt. Moralen på sekretariatet är mycket låg. [Samväldet] är det närmaste till Hennes Majestäts hjärta. Om hon inte kommer, tolkas det på det här sättet.
"Vi i Samväldet predikar öppenhet och ansvar. Vi borde öva på det."
Regeringen har utarbetat i högre tjänstemän för att stödja Samväldet mitt i oro över hur det drivs, har BBC lärt sig.