Taiwans Tingyi - som driver omedelbar nudel och dryck Master Kong varumärke i Kina - slog avtal med PepsiCo tidigare denna månad.
En arbetstagare som deltog i åtgärden sade att BBC:s personal "tog avsked tillsammans" för att försvara sina lagliga rättigheter.
En talesman från PepsiCo sade att deras kontrakt skulle uppfyllas.
I ett kort uttalande sade en talesman för Pepsi i Peking: " PepsiCo är en ansvarsfull arbetsgivare. Vi har ett stort engagemang för våra medarbetares rättigheter."
"Vi har en positiv kommunikation med våra medarbetare."
Tingyi gjorde ett avtal med Pepsi den 4 november för att köpa ut PepsiCo Kinas buteljeringsdivision.
Mediarapporter i Kina tyder på att affären har väckt allmänt missnöje, och arbetare från fem fabriker i Chongqing, Chengdu, Fuzhou, Lanzhou och Nanchang har bestämt sig för att gå ut.
Det finns totalt 24 buteljeringsfabriker i Kina som drivs av PepsiCo, som sysselsätter omkring 20.000 arbetare.
PepsiCo Kina sade inte hur många arbetare som vidtog industriella åtgärder, men en Sina Weibo sida sade att de skulle sättas upp av arbetare från den södra staden Fuzhou sade 1.100 människor där hade tagit ledigt för att ansluta sig till protesten.
En operatör för en annan sida på Sina Weibo - Kinas motsvarighet till Twitter - som påstår sig representera arbetare i centrala Chengdu fabriken berättade för BBC att cirka 500 anställda var "på permission", motsvarande hälften av fabrikens personal.
Den kinesiska tidningen The Economic Observer rapporterade att under de oavgjorda PepsiCo-arbetarnas kontrakt kommer att sägas upp och de måste förhandla fram nya villkor med det gemensamma företaget.
Många av demonstranterna anser att detta kommer att vara ofördelaktigt för dem, enligt betänkandet.
Men i PepsiCo Chinas uttalande sades det: " Vårt avtal med Mästerkong har ännu inte godkänts av regeringen.  När det väl har godkänts kommer de anställningsavtal som hör till buteljeringsklustret fortfarande att uppfyllas."
Fabriksarbetaren Chengdu PepsiCo berättade för BBC via Sina Weibo att demonstranterna försvarade sina lagliga rättigheter.
"För oss, Pepsi är inte bara ett jobb som vi behåller för att mata vår familj, det är en karriär som vi alla arbetar hårt för att fullfölja."
Arbetare från minst fem PepsiCo buteljeringsfabriker i Kina deltar i protester mot ett uppköpsavtal.