Utrikesminister Mohammad Javad Zarif avfärdade dem som "misslyckade lögner".
Han hävdade att de publicerades "i rätt tid" för den amerikanska konferensen i Israel om offentliga frågor (AIPAC), som ägde rum tidigare i veckan.
På onsdagen sade Israels militär att den hade hittat raketerna på ett fartyg som den beslagtog i Röda havet utanför Sudan.
Klos-C, ett Panama-flaggat fartyg, för närvarande eskorteras till södra israeliska hamnen i Eilat, och förväntas anlända på lördag. Dess besättning med 17 medlemmar var tydligen omedveten om sin last.
Klos-C transporterade dussintals M-302 raketer, som har en räckvidd på 150 km till 200 km (93-124 miles), israeliska militär talesman brigadgeneral Moti Almoz sade.
Skeppet kanske bär på andra vapen också, men vi kan bara veta det när det når Eilat.
"Det finns tydlig och otvetydig information om att detta kom från Iran."
På onsdagen sade den israeliska militären att den hade spårat vapnen i flera månader då de flögs från Damaskus till Teheran och sedan fördes till en hamn i södra Iran.
Därifrån, tillade det, lastades de vidare till KLOS-C, som seglade till Irak, där containrar av cement lades till. Skeppet avlyssnades så småningom när det var på väg till Sudan.
I torsdags avvisade Zarif anklagelserna och ifrågasatte varför de hade dykt upp strax efter konferensen en lobbygrupp för Israel i USA.
"Ett iranskt skepp som bär vapen till Gaza", skrev han på Twitter. "Infångad precis i tid för AIPAC:s årliga anti-Iran-kampanj. Förbluffande tillfällighet! Eller samma misslyckade lögner."
En talesman för Hamas, den militanta palestinska islamistiska rörelsen som styr Gaza, sade att de var ett "litet skämt".
Israel har länge anklagat Iran för att beväpna grupper som Hamas.
Mer än 60 raketer som avfyrats från Gazaremsan har träffat Israel sedan början av förra året, säger Israel.
Hamas förnekar att landet har avfyrat alla raketer sedan ett avtal om vapenvila med Israel 2012, med andra Gazabaserade grupper som tar på sig ansvaret. Israel säger dock att det håller Hamas ansvariga för alla attacker från Gaza och har upprepade gånger inlett dödliga flyganfall.
Under ett besök i Kalifornien på onsdag, Israels premiärminister Benjamin Netanyahu sade upptäckten av transporten hade avslöjat "det sanna ansiktet av Iran" till världsmakter försöker förhandla om en övergripande överenskommelse om sitt kontroversiella kärnkraftsprogram.
"Iran har exponerats för vad det är", sa han till reportrar. "Det ler i Genève talar om sina egna kärnvapenambitioner, ger lugnande ord, och när de gör det, skickar de dessa dödliga vapen till världens värsta terrorister."
I ett anförande vid AIPAC-konferensen i tisdags upprepade Netanyahu sin olycklighet med tanke på en långsiktig överenskommelse som skulle göra det möjligt för Iran att fortsätta att berika uran och delta i annan verksamhet som skulle kunna göra det möjligt för landet att utveckla kärnvapen.
Vid en nyhetskonferens i Jakarta i torsdags insisterade Zarif på att Irans kärnenergiprogram enbart var avsett för fredliga ändamål.
"Jag tror inte att nedmontering av detta program är till hjälp för att orsaka icke-spridning eftersom Iran har teknik, Iran har forskarna, Iran har förmågan," sade han.
"Så det bästa sättet att se till att dessa forskare, och tekniken, och kapaciteten, och workshopen är utformade endast för fredliga ändamål och används uteslutande för fredliga ändamål är att ha dem ute i det fria under internationell övervakning," Irans utrikesminister tillade.
Iran har avvisat israeliska påståenden om att det låg bakom en transport av syriska raketer avsedda för palestinska militanter i Gaza.