Totalt 19 SNP-fullmäktige valdes, upp från 16 år 2012, då de konservativa ökade till 11 från tre och labours totala halverade till nio.
Labours finanssammankallare Willie Young var bland de skadade, men partigruppsledaren Jenny Laing behöll sin plats i rådet.
I Aberdeenshire övertog de konservativa SNP:n. I Moray var SNP den största festen.
Young sade efter Aberdeen-resultatet: "De konservativa har gjort mycket bra ifrån sig. Du måste acceptera att du kan förlora. Det är politik för dig."
Av BBC Scotland politisk redaktör Brian Taylor
Låt oss tala siffror - det har skett gränsförändringar som innebär att vissa jämförelser görs med "nominella" resultat under 2012, den sista gången dessa råd ifrågasattes.
När det gäller det räknar, SNP är i princip nere med en bråkdel sju platser. I absoluta tal har nationalisterna dock fått fler fullmäktigeledamöter än 2012.
Plus SNP är det största partiet i Skottlands fyra största städer - inklusive Glasgow, där jublande anhängare deltog i deras uttåg av Labour. De har väntat i årtionden på det.
Läs mer från Brian
I Aberdeenshire hade de konservativa 23 platser, upp från 14, medan SNP föll åtta till 21. Lib Dems fick två till 14, oberoende personer föll från 12 till 10, och arbetet sjönk från två till ett.
I Moray valdes nio SNP-fullmäktige (ned en) - tillsammans med åtta konservativa (upp fem), åtta oberoende (ned två) och en Labour (ned två).
Orkney valde sin första skotska ledamot någonsin, medan SNP fick sin första representant i Shetland.
Steve Sankey valdes i Östra Fastlandet, South Ronaldsay och Burray avdelningen i Orkney Islands Council.
Robbie McGregor vann det obestridda Shetland South-sätet för SNP.
Shetlands politiska ledare Gary Robinson förlorade sin plats i Shetland West.
SNP har blivit det största partiet i Aberdeen stadsfullmäktige.