Flynn, som utsågs efter Newport avskedade chefen Graham Westley, har vunnit båda sina spel som ansvarig.
Och morgonen efter tisdagens seger i Morecambe fick walesaren ett gratulationsmeddelande från f.d. Arsenalstrejkaren Henry, med vilken han har kvalificerat sig som tränare.
"Det var surrealistiskt", sa Flynn.
"Han är en av mina hjältar i spelet. Han är bara ren klass och han är så från vettet också.
"Jag bad honom ta på sig stövlarna igen, men han var inte så tillmötesgående!
"För en fotbollsfan, som jag är, det var otroligt, och något som fick mig att le på onsdag morgon när jag fick min lilla pojke väcka mig vid 6.30 på morgonen, efter att ha kommit tillbaka från matchen vid 4am."
Newport flyttade från foten av League Two bordet och är nu sju poäng från säkerheten efter att ha slagit Morecambe.
County var botten och 11 poäng på drift när de sparkade Westley men har vunnit sina två matcher under Flynn.
Den 36-årige före detta Newport midfielder har studerat för sin coaching brickor med Football Association of Wales, under ledning av Wales biträdande chef Osian Roberts.
Tidigare Barcelona och Frankrike framåt Henry har varit på samma kurs, och sett Wales rugby team tåg tidigare denna månad.
Henry har sagt till Flynn att han kan ringa efter råd närhelst han behöver det.
"Det är bara trevligt att se att stöd," tillade Flynn, vars Newport sida värd Blackpool på lördag.
"Att lära sig av sådana människor - Patrick Vieira, David Ginola, Sol Campbell - det är en stor blandning av människor.
"Allt är sammanställt av Osian och Lennie Lawrence, och det lockar rätt kaliber av manager. Att plocka deras hjärnor och se hur de fungerar är ovärderligt."
Newport County vaktmästare Mike Flynn har avslöjat hur Thierry Henry har lånat sitt stöd till Exiles bud för League Two överlevnad.