Southampton City Council ledare Royston Smith och verkställande Alistair Neill tackla Able Seaman Ryan Donovan ombord HMS Astute i april 2011.
Han hade just skjutit ihjäl Lt Cdr Ian Molyneux, 36, från Standish, Wigan.
Donovan fängslades i minst 25 år i september förra året för mord och tre mordförsök.
Mr Smith och Mr Neill, som meddelade sin avgång från rådet på fredag, hade turnerat fartyget när Donovan sköt sex skott från ett SA80 gevär i kontrollrummet.
Fader-av-fyra Mr Molyneux försökte avväpna Donovan efter att ha hört skott ombord ubåten men sköts i huvudet.
Herr Smith och herr Neill satte senare Donovan på golvet tills polisen anlände.
Mr Smith, som tidigare tjänstgjorde vid Royal Air Force, sade: "Det var en surrealistisk situation att ha varit i."
Även om han sa att medaljen var det "bästa" han hade tilldelats, tillade han: "Jag önskar att det var för några andra omständigheter."
Maurice Neill sade: "Något av denna betydelse lämnar dig aldrig och det är rätt att du aldrig glömmer saker så extraordinära som vad vi upplevde."
Citatet för deras medaljer, som delades ut till dem av drottningen på Buckingham Palace, sade att de utsatte sig själva för stor risk genom att välja att tackla Donovan.
"Genom sina handlingar förhindrade de ytterligare skottlossningar och möjlig död eller skada på andra ombord på ubåten", står det.
Båda männen sade att deras tankar var med familjen Lt Cdr Molyneux, vars änka Gillian samlade sin postumt tilldelade George Medal på fredag för hans roll att förhindra en massaker ombord HMS Astute den 8 april förra året.
Donovan, av Dartford, Kent, erkände mordet på Lt Cdr Molyneux och erkände även mordförsöken på Lt Cdr Hodge, 45, sergeant Christopher Brown, 36, och överfurir David McCoy, 37.
Maurice Neill lämnar Southamptons kommunfullmäktige i mars 2013 för att ta på sig samma roll i Herefordshire Council.
Två män som brottades med en revolverman till golvet på en atomubåt från Royal Navy har tagit emot George Medal för mod från drottningen.