Saints avslutade fjärde och Warrington seger i Hull innebär att de kommer att möta League Leaders Shield vinnare hemifrån i deras play-off semi-final.
Tries från Louie McCarthy-Scarsbrook och Jack Owens satte upp Saints 12-6 på rasten, och Craig Hall svarade.
McDonnells treble efter pausen hjälpte till att försegla segern.
Theo Fages tillade värdarnas sjätte försök att slutföra segern, medan Wakefield - som drabbades av en nionde på varandra följande nederlag och avslutade botten av bordet i slutet av Super 8s - lyckades bara en Tom Johnstone poäng i svar efter pausen.
Victory utökar St Helens vinnande körning till fyra matcher som leder fram till play-offs, med deras enda nederlag i deras senaste 12 matcher kommer på Warrington i augusti.
De reser nu för att möta vargarna på Halliwell Jones Stadium på torsdag, 29 September, funderar på att återvända till Super League Grand Final för åttonde gången på 11 säsonger.
St Helens assisterande tränare Sean Long: "Shannon hade en bra match och gick riktigt bra mot Widnes förra veckan. Han har gett oss huvudvärk nästa vecka.
"Hela äran för Wakefield som hade en riktig utgrävning på oss. Vi var lite borta och det var inte ett bra spektakel, men vi skulle ha tagit 32-12 innan matchen.
"Det viktigaste är att vi klarade oss i nästa vecka."
Wakefield huvudtränare Chris Chester: "Vi spelade några riktigt bra fotboll ibland. Vi ville kasta bollen runt och roa oss och det var en hel del ande och stolthet.
"Vi försökte nog för hårt under andra halvlek men den slutliga poängen återspeglade inte vår insats.
"Vi har kommit in i topp åtta genom hårt arbete och vi måste nu fortsätta med vår utveckling."
St Helens: Lomax; McDonnell, Percival, Peyroux, Owens; Turner, Walsh; Vea, Knowles, Amor, McCarthy-Scarsbrook, Greenwood, Thompson.
Ersättningar: Walmsley, Wilkin, Fages, Davies.
Wakefield: Jowitt; Johnstone, Lyne, Arundel, B Tupou; Hall, Finn; Simon, Sio, Fifita, Molloy, Ashurst, Harrison.
Ersättningar: A Tupou, Arona, Crowther, Yates.
Domare: Joe Cobb
Shannon McDonnells hat-trick hjälpte St Helens avrunda den vanliga Super League säsongen med en rutin hem seger över Wakefield på Langtree Park.