Flodbåten hade lämnat staden Iquitos på onsdag med omkring 30 turister ombord för att se städer längs floden, rapporterade lokala medier.
När båten ankrade i mitten av floden för ett stopp, beväpnade män bordade den och stal varor värda runt $ 20000 (Â £15,000).
Ingen av turisterna, de flesta amerikaner, skadades.
Rånet skedde tidigt på morgonen.
Vapnen anlände på en liten båt och gick ombord på flodbåten och hotade besättningen och turisterna med små kalibervapen.
Båtens kapten blev träffad med ett pistolhandtag men blev inte allvarligt skadad. Ingen av besättningen skadades.
Polisen kom strax efter incidenten och alla turister evakuerades till en säker plats.
Åtta maskerade revolvermän i Peru har rånat turister som njuter av en lyxbåtskryssning på Amazonas.