På rock'n'roll scenen sedan 15 års ålder spelade Keys med Buddy Holly, John Lennon och Eric Clapton.
70-åringen var mest känd för sitt arbete med Stones på den klassiska banan Brown Sugar och deras album Exile On Main Street.
Bandet utfärdade ett uttalande sorg "förlusten av deras mycket kära vän och legendariska saxofon spelare".
Uttalandet fortsatte: " Bobby gjorde ett unikt musikaliskt bidrag till bandet sedan 1960-talet. Han kommer att bli mycket saknad."
Gitarristen Keith Richards sa: "Jag har förlorat världens största kompis och jag kan inte uttrycka den sorg jag känner även om Bobby skulle säga åt mig att muntra upp mig."
Nycklarna presenterade i Richards självbiografi Livet 2010 och erinrade sig första gången han träffade Stenarna i mitten av 1960-talet.
Precis som Buddy Holly föddes Keys i staden Lubbock i Texas och hade turnerat med honom och hans band The Crickets på 1950-talet.
Men han var inte imponerad av att Stones hade spelat in en omslagsbild av Buddy Holly's Not Fade Away.
Nycklarna påminde om ögonblicket: "Jag sa: "Hej, det var Buddys låt. Vilka är dessa pasty-faced, lustiga, smalbenta killar att komma hit och tjäna pengar på Buddys låt?''''
Keys spelade under bandets Glastonbury header slot 2013, även om han i oktober tvingades dra sig ur datum i Nya Zeeland och Australien på grund av dålig hälsa.
Följ @BBCNewsbeat på Twitter och Radio1Newsbeat på YouTube
Rolling Stones säger att de är förkrossade över Bobby Keys död, som spelade saxofon för dem.