Onsdagen fick en straffansökan avvisad när Richard Keogh verkade hantera Adam Reachs skott på linjen.
Christie träffade sedan ett Tom Ince hörn för att nicka Derby framåt från nära håll.
Liam Palmer gick närmast en höjdare, med en avböjd skott från stolpen, innan Alex Pearce stack hem Derbys andra från åtta meter.
Steve McClaren Rams flyttade upp tre platser till 18: e i Championship bordet med sin andra seger i fyra matcher sedan den tidigare England manager återvände som Derby chef.
Kieran Lee var först att testa Derby målvakt Scott Carson, och Fernando Forestieri hölls också ute innan straffet skrika på nio minuter.
Christie, bland Derbys mest flitiga spelare tillsammans med Ince och Jamie Hanson, nettade öppnaren och såg till att hemmasidan ledde på halvtid i en match för bara andra gången i alla tävlingar den här säsongen.
Palmer och Forestieri hotade för Owls innan Pearce kastade på en avböjd skott från Jacob Butterfield för att göra det 2-0, med onsdag - slagen för första gången i tre matcher - lider ytterligare eftersom Steven Fletcher tvingades bort efter en huvudknackning bara 16 minuter efter att ha kommit av bänken.
Derby chefen Steve McClaren talar med BBC Radio Derby
Derby manager Steve McClaren:
"Keogh gjorde en stor räddning utan sina handskar på och vi red vår tur i det.
"Spelet är vänt på det ena eller andra sättet och det vände vår väg och vad du måste göra i dessa fall är att dra fördel och det är vad vi gjorde.
"Det är en enorm seger, vi sa sätta en markör ner klockan fem och de har gjort det. Det fanns aspekter av prestandan som förbättrades enormt och vi skapade också chanser."
Sheffield onsdag huvudtränare Carlos Carvalhal på Adam Reach straff överklagande:
"Enligt min mening är det det värsta beslutet i mästerskapet hittills. Jag har inte sett något liknande den här säsongen.
"Jag har inget emot domaren, ingenting mot personen men beslutet var mycket, mycket dåligt och det hade en stor inverkan på spelet.
"Folk pratar mycket om hur vi behöver teknik men varför behöver vi en kamera eller video när vi har tre domare på planen, en av dem måste se det. De har kommunikation och kan säga att det är ett tydligt straff."
Matchen slutar, Derby County 2, Sheffield onsdag 0.
Andra halvlek, Derby County 2, Sheffield onsdag 0.
Offside, Derby County. Matej Vydra försöker en genom boll, men Jacob Butterfield fångas offside.
Foul av Tom Lees (Sheffield onsdag).
Matej Vydra (Derby County) vinner en frispark på högerkanten.
Substitution, Derby County. Max Lowe ersätter Johnny Russell.
Försök missade. Bradley Johnson (Derby County) vänster fotade skott utanför lådan är nära, men missar till vänster. Hjälpt av Ikechi Anya.
Sam Hutchinson (Sheffield onsdag) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Matej Vydra (Derby County).
Atthe Nuhiu (Sheffield onsdag) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Atdhe Nuhiu (Sheffield onsdag).
Johnny Russell (Derby County) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försöket räddades. Matej Vydra (Derby County) huvud från mitten av rutan sparas i nedre högra hörnet. Hjälpt av Johnny Russell med ett kors.
Hörnet, Derby County. Förföljd av Atdhe Nuhiu.
Hörnet, Derby County. Förföljd av Kieran Lee.
Försök blockerat. Jacob Butterfield (Derby County) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Matej Vydra.
Substitution, Derby County. Ikechi Anya ersätter Tom Ince.
Försök missade. Cyrus Christie (Derby County) huvudet från mitten av lådan är för hög. Hjälpt av Tom Ince med ett kors som följer ett hörn.
Hörnet, Derby County. Förföljd av Cameron Dawson.
Försöket räddades. Jacob Butterfield (Derby County) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i nedre högra hörnet.
Foul av Atdhe Nuhiu (Sheffield onsdag).
Bradley Johnson (Derby County) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Offside, Derby County. Cyrus Christie försöker en genom boll, men Tom Ince fångas offside.
Substitution, Derby County. Matej Vydra ersätter Darren Bent.
Försök missade. Atdhe Nuhiu (Sheffield onsdag) huvudet från mitten av rutan missar till höger. Hjälpt av Barry Bannan.
Tom Ince (Derby County) visas det gula kortet.
Adam Reach (Sheffield onsdag) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Stöld av Tom Ince (Derby County).
Hörnet, Sheffield onsdag. Förföljd av Scott Carson.
Försöket räddades. Fernando Forestieri (Sheffield onsdag) höger fotade skott från vänster sida av lådan sparas i mitten av målet. Hjälpt av Atdhe Nuhiu med ett nyckelkort.
Substitution, Sheffield onsdag. Atthe Nuhiu ersätter Steven Fletcher på grund av en skada.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match Steven Fletcher (Sheffield onsdag) på grund av en skada.
Försök missade. Bradley Johnson (Derby County) huvud från mitten av lådan är nära, men missar övre vänstra hörnet. Hjälpt av Markus Olsson med ett kors.
Substitution, Sheffield onsdag. Ross Wallace ersätter David Jones.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Försening i match Steven Fletcher (Sheffield onsdag) på grund av en skada.
Försök missade. Darren Bent (Derby County) huvudet från mitten av lådan missar till vänster. Hjälpt av Johnny Russell med ett kors som följer ett hörn.
Hörnet, Derby County. Förföljd av David Jones.
Mål!  Derby County 2, Sheffield onsdag 0. Alex Pearce (Derby County) vänster fotade skott från mitten av lådan till nedre vänstra hörnet efter en set bit situation.
Cyrus Christie gjorde sitt första mål för säsongen för att hjälpa Derby slå Sheffield onsdag och förlänga sin obesegrade körning mot Owls till 17 matcher.