Den före detta Friends stjärnan talade om primärskolan incidenten på en onsdag kväll TV-framträdande.
Perry föddes i delstaten Massachusetts i USA men växte upp i Ottawa i Kanada och gick i samma skola som Trudeau.
Han sa att en vän nyligen påminde honom om bråket.
Skådespelaren och komikern sa att han var ett par år före mr Trudeau i skolan.
"Jag har en historia om honom som jag inte är stolt över", berättade han på Jimmy Kimmel Live talkshow.
"Jag tror att han utmärkte sig i en sport som vi inte var. Så det var ren svartsjuka."
Den nuvarande premiärministern bodde i Ottawa och gick i skolan där som ung medan hans far, Pierre Elliott Trudeau, tjänade som premiärminister.
Perry, som kom till berömmelse spela den pinsamma, sarkastiska och roliga karaktären Chandler Bing på Vänner, bodde också i den kanadensiska huvudstaden med sin mor, som var journalist och tjänade som en före detta pressekreterare för den äldre Trudeau.
"Jag skryter inte om detta, det var hemskt, jag var en dum unge," sade han till Mr Kimmel.
Men han sa skämtsamt att händelsen kunde ha bidragit till att sporra Trudeaus framtida ambition.
"Jag tror att det var ganska viktigt för honom att bli, du vet, gå till så stora höjder och bli premiärminister. Jag tror att han sa "Jag kommer att höja mig över detta."
Han sa att han fortfarande mår dåligt över händelsen.
"Jag känner mig skamsen, jag vill inte tänka på det", berättade han för Mr Kimmel.
Skådespelare Matthew Perry hävdar att han en gång "slagit upp" kanadensisk premiärminister Justin Trudeau.