Ett antal hus bröts in tidigt på måndagen, sade officerarna.
Varor som lämnades utanför drabbade hem i Calderdale i West Yorkshire stals också, det dök upp.
"Det är omöjligt att förstå varför någon skulle vilja föra ytterligare lidande till dem som redan i en mycket sårbar situation," sade agerar Supt Mark Grange, av North Yorkshire polisen.
Husen i Jaktdon Road i York blev måltavlor efter det att floden Foss hade brutit sina stränder, och en plundrades efter att bakdörren hade tvingats fram, såväl som verktyg togs från ett skjul vid en annan egendom.
West Yorkshire polisen sa att det hade fått rapporter om människor som använder vita skåpbilar för att ta "torrvaror kvar utanför översvämmade hem", i Calderdale området.
Inga gripanden har gjorts i samband med stölder och inbrott, som uppstod efter att Foss-nivåerna sjunkit med flera meter på tisdagen.
Sex allvarliga översvämningsvarningar, på plats sedan boxningsdagen, lyftes av miljöbyrån, som sade att nödreparationer till Foss Barrier hade gjort det möjligt för fyra av åtta pumpar att börja arbeta igen.
Områden över norra England är dock rustade för ytterligare störningar när Storm Frank, som drabbade Storbritannien sent på tisdagen, drar in mer höga vindar och kraftigt regn.
Looters som riktade in sig på översvämningsoffers hem i York har dömts av polisen.