Fonderna, som hade skickats från utlandet, var frusna bland anklagelser om att kampanjgrupper skadade Indiens ekonomi.
Pengarna, totalt mer än $272,000 (179,000 pund), frystes i juni 2014.
Greenpeace har kallat det styrande en seger för demokrati och yttrandefrihet.
Greenpeace Indien sade att regeringen hade "arbitrerat" det från att ta emot utländska medel från Greenpeace International och Climate Works Foundation i juni 2014.
Den Delhi High Court riktade hemtjänsten för att frigöra medel i September 2014 men Greenpeace Indien sade att det inte fick pengarna.
Tisdagens beslut innebär att medlen kommer att frigöras med omedelbar verkan, sade gruppen.
"Detta är ett rättfärdigande av vårt arbete och den roll som trovärdiga icke-statliga organisationer (icke-statliga organisationer) spelar till stöd för Indiens utveckling", sa Samit Aich, Greenpeace Indiens verkställande direktör, i ett uttalande.
"Detta är en stark signal från rättsväsendet om att regeringen måste upphöra med sin kampanj för trakasserier mot det civila samhället", sade han.
Indiens regering kan överklaga beslutet i en högre domstol.
BBC:s korrespondent i Mumbai, Yogita Limaye, säger att tisdagens dom endast gäller de specifika fonder som frysts i juni och inte påverkar den ordning regeringen har på plats för att förhindra Greenpeace och några andra icke-statliga organisationer från att få andra medel från utlandet utan godkännande av ministeriet för inrikes frågor.
Ordern kom efter en indisk underrättelserapport förra året anklagade flera kampanjgrupper för att fördröja utvecklingsprojekt genom att genomföra protester mot deras miljöpåverkan.
En indisk domstol har beordrat regeringen att frigöra tusentals dollar i medel som tillhör miljöpåtryckningsgruppen Greenpeace.