Amerikanska, 28, slog åtta fåglar i en bogey-free 64 för att leda Sung Kang, med Stewart Cink, Jhonattan Vegas och Kyle Stanley ytterligare ett skott tillbaka på sex under.
Englands Justin Rose sköt en fem-under 67, med 2015 Masters mästare Jordan Spieth ytterligare två skott på drift.
Englands Luke Donald kortade en en-under 71, medan landsmän Chris Wood och Andrew Johnston är en över.
"De har gjort ett bra jobb här med förhållanden runt greener och göra det så liknande som möjligt till nästa vecka," sade Fowler, som kommer att sikta på att vinna sin första major i Augusta.
Full Houston Öppna leaderboard
Ta reda på hur du kommer in i golf med vår speciella guide.
Rickie Fowler värmde upp för nästa veckas Masters genom att ta en en-shot ledning efter den första omgången av Houston Open.