30-åringen var tvungen att få hjälp från fältet efter en olycka under ett träningspass för det andra testet mot Indien i Bangalore.
Scans avslöjade en ligament tår i hans vänstra fotled, med Philander på grund av att vara ute i "minst sex till åtta veckor".
Englands testserie mot Sydafrika börjar i Durban på boxningsdagen.
"Vernon trampade på Dean Elgars fot av misstag i vår uppvärmning", säger Proteas fladdermöss AB de Villiers. "Det var en mycket konstig olycka, för att vara ärlig. Han har mycket otur."
Sydafrika har kallat upp paceman Kyle Abbott att ersätta Philander, som har tagit 126 wickets i 32 Tester, för resten av fyrmatch serien, med besökarna för närvarande släpar 1-0.
Philanders skada kan innebära att han missar de två första testen av Englands fyra-spel serie i Sydafrika - det andra testet i Kapstaden den 2 januari snabbt efter den första.
"Den första Test match mot England är sex veckor bort så det kommer att vara ett snävt schema för att få honom redo och rehabiliterad att göra det Test match," sade Sydafrika team manager Dr Mohammed Moosajee.
"När han väl har utvärderats hemma i Kapstaden och ett ordentligt program för sjukgymnastik och rehabilitering har införts kommer vi att ha en tydligare förståelse."
Sydafrika bowler Vernon Philander kunde missa början av nästa månads testserie med England efter att ha skadat hans fotled i en uppvärmning fotbollsmatch.