Clifton, 18, spenderade 2016-17 säsongen på lån med Grantham Town i Evo-Stik League Northern Premier division.
Han blev professionell i juli 2015 efter att ha kommit genom akademin, men är ännu inte att spela ett spel för Mariners, som avslutade 14: e denna säsong.
Men Clifton har förtjänat en ny affär efter att ha imponerat på chefen Russell Slade, som ersatte Marcus Bignot i april.
Midfielder Harry Clifton har tecknat ett ettårigt kontrakt med League Two side Grimsby Town.