Aguero har till 18:00 BST på torsdag 1 September att svara på avgiften.
Om man finner sig skyldig står Argentinas internationella stat inför ett förbud mot trematcher.
Han skulle missa Premier League matcher med Manchester United den 10 september och Bournemouth den 17 september.
28-åringen skulle också missa EFL Cup tredje omgången match mot Swansea.
Domare Andre Marriner såg inte den 76: e minut incidenten under stadens 3-1 seger på söndagen och FA har beslutat att vidta retrospektiva åtgärder efter att ha granskat TV-filmer.
Aguero är för närvarande ute ur Argentinas två VM 2018 kval nästa månad med en kalvskada.
Manchester City strejkaren Sergio Aguero har fått ett extra 24 timmar för att argumentera hans fall efter att ha åtalats för våldsamt beteende av fotbollsföreningen för armbåge West Ham's Winston Reid.