Whiffin gick med i klubben 2005 som analytiker, går vidare till rollerna som chef för analys och assisterande tränare.
Exiles har ännu inte bekräftat sin coaching uppsättning för nästa säsong har förvisats till Championship.
En rugby avdelning översyn började förra månaden, som inkluderade huvudtränare Tom Coventry och assisterande tränare Clark Laidlaw och Grant Doney.
London Irish har separerat sällskap med assisterande tränare Richard Whiffin efter Premiership relegation.