Platsen, på Newington Causeway nära Elephant och Castle, kommer att innehålla 38 lägenheter och tre våningar butiker.
Southwark-rådets planerare godkände ordningen med fyra röster mot tre.
Klubben sa att det var "extremt besviken" och tyckte att beslutet var "fel".
Det hade kämpat mot förslagen, eftersom människor som flyttar in i lägenheterna kunde lämna in klagomål om bullernivåer som skulle kunna leda till att platsen stängdes.
Rådet sade att det nya kvarteret var i "ett utmärkt läge" i centrala London och en del av förnyelseområdet runt Elephant och Castle.
"En förbättring av detta område skulle vara till stor nytta för lokalbefolkningen", sade rådsmedlem Fiona Colley, kommunens kabinett medlem för förnyelse.
"Vi uppskattar att Sound Ministry of Sound är en uppskattad klubb, företag och lokal arbetsgivare som vi inte har för avsikt att se nära.
"Jag tror att klubben kan och kommer att förbli öppen tillsammans med nya bostadsområden", tillade hon.
Men Lohan Presencer, platsens verkställande direktör, sade att hans firma tog juridisk rådgivning "och kommer att göra allt vi kan för att förhindra detta katastrofala hot mot framtiden för vår verksamhet".
"Vi tror att rådet har misskött denna ansökan, misslyckats med att förstå eller erkänna dess konsekvenser vid varje vändning och att de nu har missriktat sina fullmäktigeledamöter till fel beslut", sade han.
Klubben samlade 25.000 underskrifter när den motsatte sig den tidigare utvecklingen, som föreslog 315 bostäder på samma gata.
Musikern Exempel fanns bland dem som talade ut om förslaget, som rådet förkastade på grund av buller och eftersom det inte uppfyller kraven för prisvärda bostäder.
Ett 22-vånings torn block har godkänts nära platsen för ministeriet för Sound nattklubb i sydöstra London, tre veckor efter en annan utveckling i närheten förkastades.