En medelstor art kunde släppa ut stora mängder näringsämnen i jorden, vilket förändrade det sätt på vilket inhemska arter hade levt och utvecklats, ett brittiskt team hittade.
De tillade att arten var väl lämpad att frodas under extrema förhållanden.
Närmare uppgifter om forskningen presenterades vid British Ecological Societys årsmöte i Birmingham.
Ett team från den brittiska Antarktis Survey sade att den invasiva arten, den icke-bitande dvärgen Eretmoptera murphyi, effektivt avlägsnade en av bromsarna på det sätt som det inhemska samhället hade utvecklats.
"När det gäller funktion är deras jobb skräpomsättning - de hjälper saker och ting att förfalla i jorden - och befolkningstätheten hos denna sak i det område där den har införts är ansvarig för mer skräp omsättning än det samhälle som redan fanns," förklarade co-presenter av forskningen Peter Convey, av British Antarktis Survey.
– Så i grund och botten är det att föra in en funktion i ett ekosystem som inte redan är särskilt aktivt. I princip kan det vara en grundläggande förändring i ekosystemets sätt att fungera."
Prof Convey, som talade till BBC News före presentationen, varnade: "Om man vidgar [denna fråga] bortom denna speciella art är förmodligen den största risken att vi kan köra lokalt eller generellt utdöda några av de unika arter som redan finns i en del av Antarktis."
Han sade att laget i ett annat projekt hade tittat på de små flugornas utveckling.
"Det inhemska hem är sub-Antarctica i Sydgeorgien, och det har varit på [ön] i flera tiotals miljoner år.
"Sydgeorgien är sin egen tektoniska platta som har flyttat från Sydamerika i 30 eller 40 miljoner år.
"Den antarktiska halvön är en annan tektonisk platta av liknande slag, och det finns saker där som har fått en liknande multi-million, om inte flera tiotals miljoner år historia."
Men Prof Convey förklarade att bara för att de två områdena var belägna i en liknande region, innebar det inte att överföringen av arter mellan dem inte fick bestående konsekvenser.
– Ni tittar på nästan skilda biogeografiska regioner, som har fått sin egen distinkta biologiska mångfald.
"Så om du överför saker mellan dem - du har saker som denna fluga som är föranpassad - du också ta med potentiellt nya funktioner i ekosystemet."
Hotet om att introducera ett växande antal invasiva arter i Antarktiss sedan länge isolerade ekosystem ökar; teamet betonade att omkring 5 000 forskare och 30.000 turister besökte kontinenten varje år.
Prof Convey sade: "När människor besöker Antarktis - vare sig det är turister eller människor som jag - stannar vi i sub-Antarctic först, sedan fortsätter vi. Så den största upplevda risken just nu är att människor får mycket lera på sina kängor, och sedan två dagar senare är du på södra Orkneyöarna, lera droppar av kängor - så att saker och ting kan kolonisera området.
"Och sedan en annan dag senare, fartyget når Elephant Island, som är på toppen av Antarktis halvön, och sedan en annan dag senare har det kommit halvvägs ner för halvön. Så du har fått denna potentiella steg-bäring av saker nerför halvön."
Eftersom arter som minden hade de fysiologiska egenskaperna för att överleva "hela vägen nerför halvön", hade den potential att ha en bred och varaktig påverkan, konstaterade han.
"Om vi inte är försiktiga med hur vi rör oss kan vi vara en mycket bra bärvektor."
En invasiv art har potential att drastiskt förändra Antarktis ekosystem som har isolerats i miljontals år, menar forskningen.