Uganda Wildlife Association (UWA) har sagt att 832 stycken elfenben kan vara värt upp till $6.7m men andra uppskattningar sätter värdet lägre.
Experter säger att en del av elfenbenet tros ha kommit från elefanter som tjuvskytte utanför Uganda.
Det finns en enorm efterfrågan på afrikanskt elfenben i Asien för användning i prydnadsföremål.
Elfenbenet var tydligen på väg mot den kenyanska hamnen Mombasa.
En del av betarna hade brutits upp och täckts med plastflaskor i lådor märkta som material som skulle återvinnas.
UWA berättade för BBC: s Catherine Byaruhanga att Uganda alltmer används som transitland av tjuvskyttar som dödar elefanter i stater som Sydsudan eller Demokratiska republiken Kongo.
Uganda tros ha omkring 5.000 elefanter och detta drag skulle representera betarna från omkring 400 djur.
Förra veckan hittades omkring fyra ton elfenben i Mombasa efter att ha kommit från Uganda.
Enligt UWA är antalet tjuvjaktande elefanter relativt lågt i Uganda, och uppskattningsvis 20 elefanter dödades för sitt elfenben i hela landet 2010.
Efter en kraftig minskning av antalet elefanter i Afrika förbjöd konventionen om internationell handel med utrotningshotade arter (Cites) handeln med elfenben 1989
Men på senare år har tjuvjakten ökat i Afrika söder om Sahara med kriminella gäng som slaktar elefanter för elfenbensmarknader i Asien.
Ugandas tjänstemän har beslagtagit omkring två ton elfenben, en av landets största sådana laster under många år.