Andelen som uppnådde betygen A* till C i både matematik och matematik var 46,1 %.
Den första delutbetalningen på mer än 20.000 elever hölls i november förra året.
De nya kvalifikationerna började undervisas 2015 och infördes som en del av reformer för att förbättra räknestandarderna.
Den verkställande direktören för examensnämnden WJEC Gareth Pierce sade: "Studenter och lärare i Wales bör vara mycket nöjda med de framgångar som visas av resultaten i båda dessa nya kvalifikationer."
Pierce tillade: "Det finns naturligtvis gott om tid kvar inom år 11 för de kandidater som vill sträva efter att förbättra det betyg som uppnåtts vid detta tillfälle."
Skolorna började undervisa i de nya examina i september 2015 och majoriteten av eleverna kommer att sitta där som vanligt under sommaren.
I GCSE-kvalifikationen bedöms de matematiker som eleverna kommer att behöva i sin vardag, på jobbet och inom andra ämnesområden i skolan.
Mer än 12% av nästan 29.000 elever som tog examen uppnådde de allra högsta betygen A och A*.
GCSE matematik examen omfattar aspekter som behövs för vetenskapliga, tekniska eller ytterligare matematik studie.
Omkring 10 % av de 22 686 elever som tog examen fick högsta betyg i A och A*.
Utbildningssekreterare Kirsty Williams gratulerade också eleverna och sade att de "made in Wales" kvalifikationer syftar till att höja standarder genom att sätta ett skarpare fokus på läs- och skrivkunnighet och räknekunnighet.
"De nya kvalifikationerna är en del av omfattande reformer av vårt utbildningssystem för att ge våra ungdomar rätt kompetens och kunskap för att frodas i det moderna ordet", sade hon.
"Vårt nationella uppdrag är att höja standarden och se till att alla har en chans att lyckas."
De kallas "betydligt annorlunda" än de gamla GCSEs, med varningar om att vara försiktig när man jämför dem med tidigare resultat.
Under hela det senaste läsåret fick 65,5% av 16-åringarna betyg A* till C.
De första studenterna i Wales har fått sina resultat för GCSE:s nya matteprov.