Steve Williams, den brittiske ambassadören i Bulgarien, utnämndes på tisdag och tillträder tjänsten i april.
Båda öarna enades om att inrätta ett kontor i Bryssel förra året för att se till att deras intressen var företrädda i Europeiska unionen.
Williams sa att han har mycket att lära sig innan han tar sitt nya jobb.
Han sade: " Jag kommer att vara mycket angelägen om att tillbringa lite kvalitetstid på öarna för att lära känna människor, lära känna problemen.
"När kontoret är igång ordentligt och jag är etablerad kommer det att vara väldigt viktigt att komma tillbaka regelbundet."
Guernseys chefsminister Lyndon Trott beskrev kontorets roll som "vital" i hur Kanalöarna "engagerar sig med Bryssel och Europeiska unionen under de kommande åren".
Utnämningen av en biträdande direktör för att bistå Williams i hans nya roll förväntas tillkännages inom kort.
Den man som valts att leda Kanalöarnas nya kontor i Bryssel har medgett att han inte har så stor kännedom om öarna.