South West Trains sade att linjen mellan Eastleigh och Fareham via Botley hade stängts på grund av översvämningar.
B3354 Winchester Road i Botley stängdes också efter två träd kom ner, en på en van - föraren fördes till sjukhus med en bruten bröstben.
Invånarna i biskoparna Waltham och Botley har uppmanats att förbereda sig för översvämningar, med fler regnprognoser.
En översvämningsvarning har utfärdats av Miljöbyrån (EA) för övre floden Hamble-området, inklusive Durley Mill och Botley Mills.
Den (EA) sade mer än 50mm regn hade registrerats i Bishops Waltham över en natt.
Polisen har uppmanat förare att inte riskera att köra genom översvämningsvatten.
Tunga störtregn har drabbat tågtrafiken och lämnat vägar i delar av Hampshire ogenomträngliga.