Fru Morgan sade att Labour befinner sig i en allvarlig situation om det inte kan återförenas med arbetarklasssamhällena.
Hon sade att "sannolikt var ett inslag" i Labours kampanj som inleddes för sent.
"Många av oss var utmattade", berättade hon för BBC Radio Wales.
Högre walesiska labourkällor har privat sagt att de var försiktiga med att tala om Brexit före valet till församlingen om det skulle driva EU-skeptiska anhängare till UKIP.
Plädad ledare utesluter inte längre koalition med Labour
AMs att ha att säga om Brexit deal, säger Walesisk Tory ledare
Corbyn arbetar för stora förluster, säger Stephen Kinnock
Hon frågade om kampanjen Labour's Remain startade för sent och sade till programmet Eye on Wales: " Jag tror att det förmodligen fanns en del av det.
"Och glöm inte att vi i Wales hade val till församlingen där folk inte talade om Europeiska unionen. Vi var helt inriktade på dessa val."
Hon tillade: "Jag anser att det var ett misstag att inte tala om den europeiska folkomröstningen i dessa val."
Wales röstade 52,5 % till 47,5 % för Brexit. Endast fem räkna områden röstade för att förbli.
De starkaste leaverösterna fanns i Torfaen (60 %) och Blaenau Gwent (62 %) - två traditionella labourfästen i södra Wales dalar.
Den walesiska regeringen har ett program för att "återutrusta" samhällen som röstade för att lämna landet, varav en stor del skulle ha finansierats med EU-medel, sade Morgan.
"Frågan för oss nu är hur vi på jorden omorganiserar ekonomin utan den europeiska finansieringen?" frågade hon.
"Om vi inte hittar ett sätt att återknyta kontakten med det arbetarklasselementet inom våra samhällen så tror jag att arbetarpartiet befinner sig i en allvarlig situation i framtiden".
Labour vann 29 platser vid maj månads val - ett bättre resultat än många förväntade - men förlorade 7,6 procent av sin andel av röstetalet.
Tidigare, på BBC Sunday Politics Wales, sa baronessan Morgan Carwyn Jones var "absolut, utan tvekan" rätt man att leda walesiskt Labour.
Det var ett misstag för Labour att undvika att tala om EU-omröstningen under valkampanjen, har en av partiets efterlysningar sagt.