Cdr Sarah West, 42, tog hand om typ 23 fregatt HMS Portland i maj 2012, men lämnade sitt fartyg förra månaden.
En talesman för Royal Navy sa att Cdr West nu hade "borttagits från kommandot" men gav inga ytterligare detaljer som säger att det var en "intern fråga".
Hon skulle återutnämnas till en annan post, tillade talesmannen.
Cdr West hade varit ombord på Plymouth-baserade HMS Portland på en utplacering sedan januari.
Förra månaden bekräftade försvarsministeriet att det var "medvetet om ett påstående om ett brott mot den sociala uppförandekoden" ombord på fartyget, som det sade att det "behandlar allvarligt".
Koden styr personliga relationer, som inte är tillåtna om de äventyrar den operativa effektiviteten.
En talesman för Royal Navy bekräftade hennes bortförande och sade att fallet var en "intern fråga mellan individen och hennes högre officerare".
"Cdr West kommer att fortsätta att tjäna i den kungliga flottan och hon kommer att återutnämnas till en post där hennes färdigheter och erfarenhet kan användas på bästa sätt," talesman tillade.
Talaren sa att Cdr Wests andre befälhavare hade tagit över driften av HMS Portland.
När hon tillträdde sin tjänst i maj 2012 sa Cdr West att det var "definitivt höjdpunkten av mina 16 år i den kungliga flottan hittills".
Cdr West, som växte upp i Lincolnshire och anslöt sig till den kungliga flottan 1995, hade tidigare befälet över fyra minsvepare. Det finns ingen bekräftelse på att Cdr West hade ett förhållande med en kollega.
Den första kvinnliga befälhavaren för ett stort örlogsfartyg har avlägsnats från sin post efter anklagelser om en affär med en av hennes officerare.