Den nationella revisionsbyrån (NAO), som granskar statliga utgifter, sade planer för 16 vägar var på is.
De system som "övervägs" för att se till att de är "levererbara och överkomliga" är en del av en investering på 1,4 miljarder pund som tillkännagavs 2014.
Varken NAO eller transportministeriet har sagt vilka som är i riskzonen.
Motorvägar England, som ansvarar för större vägar, har identifierat de 16 system som skulle kunna ställas in, försenas eller omformas, sade NAO.
NAO drog slutsatsen att flera problem uppstod genom de planer som utarbetades på bara 17 månader för att offentliggöra dem före det allmänna valet i maj 2015.
Motsvarande järnvägsplanering tar cirka 30 månader.
Den utgifts vakthund också hävdade Department for Transport (DfT) valde projekt utan att veta tillräckligt om huruvida de representerade den bästa användningen av skattebetalarnas pengar.
I den femåriga strategin för väginvesteringar ingick 112 stora projekt som skulle inledas före 2020, t.ex.
Den övergripande planen omfattar följande:
Edmund King, ordförande för AA, sade att bilister skulle bli frustrerade över försenade uppgraderingar och att allmänheten borde få veta vilken av planerna som har stannat "så att de vet om de är fast på en väg till ingenstans".
Chefen för motoriska forsknings välgörenhet RAC Foundation, Steve Gooding sade: "Highways England har haft ett berg att klättra för att rusta upp för omfattningen av arbete inblandade, så det bör inte förvåna oss att i vissa avseenden är det fortfarande i foten."
Bland de viktigaste planerna finns följande:
Ytterligare 54 system är planerade att starta 2019-20, vilket skulle orsaka betydande störningar för bilister, höja priserna och sätta press på resurser på motorvägar England, sade NAO.
I rapporten uppgavs att det belopp med vilket de beräknade kostnaderna översteg de tillgängliga medlen i augusti förra året hade nått 841 miljoner pund.
Men Highways Englands verkställande direktör Jim O'Sullivan sade att han var säker på att organisationen skulle slutföra arbetet utan att försumma, och en "leveransplan" skulle publiceras i juni.
DfT sade att man skulle överväga slutsatserna i rapporten.
Uppgraderingar till några av Englands mest trafikerade vägar, inklusive en kontroversiell tunnel förbi Stonehenge, skulle kunna skrotas eftersom de inte är valuta för pengarna.