De hittades på begravningsplatser i Al-Kamin al-Sahrawi-området i Minyaprovinsen, söder om Kairo.
Gravarna innehöll en samling av olika sarkofagier, stenkistor och lerfragment.
Egyptens antikviteter ministerium sade upptäckten "antyder att området var en stor kyrkogård under en lång tid".
En av gravarna, som nåddes genom ett schakt inristat i sten, innehöll fyra sarkofagier som hade skulpterats för att avbilda ett mänskligt ansikte.
I en annan hittade grävmaskiner sex gravhål, bland annat ett för begravning av ett litet barn.
Clay fragment hittades på platsen datum gravarna mellan den 27: e dynastin, grundades 525BC, och Greco-Roman eran, som varade mellan 332BC och 4th Century.
Ali al-Bakry, chef för uppdraget, sade att en av gravarna innehöll ben som tros vara resterna av "män, kvinnor och barn i olika åldrar".
"Dessa gravar var en del av en stor kyrkogård för en stor stad och inte en militär garnison som vissa föreslår", sade han.
I ett uttalande sade antikviteter ministeriet att "arbete pågår för att avslöja fler hemligheter".
Detta arbete följer på tidigare utgrävningar på platsen, som inleddes 2015.
Arkeologer har upptäckt tre gravar som daterar sig till omkring 2.000 år i södra Egypten.