Den varnar för vad den kallar "medellångsiktiga" faror i både framväxande och utvecklade ekonomier, i sin rapport två gånger om året.
Det uttrycker särskild oro över Europa, Japan och Kina.
Mer positivt är att fonden säger att kortsiktiga risker har minskat sedan dess tidigare bedömning av den globala finansiella stabiliteten i april.
Trycket på tillväxtmarknaderna har minskat, sägs det i betänkandet. Stigande råvarupriser (även om de fortfarande är relativt låga) har hjälpt och det har också den minskade osäkerheten om Kinas framtidsutsikter på kort sikt.
Enligt betänkandet överraskades investerarna av resultatet av den brittiska folkomröstningen om Europeiska unionen, men den politiska chocken absorberades av marknaderna. De klarade det som kallas "det svåra stresstestet".
Men om man ser längre fram ser IMF växande risker.  En nyckelfaktor är bankernas vinster.
Den goda nyheten är att bankerna i vissa avseenden är starkare än före finanskrisen. De har mer kapital, en sorts finansiell buffert som gör det möjligt för dem att överleva förluster. Deras likviditet har förbättrats, vilket innebär att de har större chans att klara sig om de plötsligt måste hitta medel snabbt.
Men de kämpar för att tjäna pengar.
Svag lönsamhet gör det svårare för dem att bygga upp sitt kapital (vilket de kan göra genom att hålla fast vid viss vinst snarare än att ge allt till aktieägarna som utdelning). Det gör det också svårare för dem att utöka utlåningen till företag och konsumenter, vilket behövs för att stödja den ekonomiska återhämtningen.
Problemen återspeglar delvis den mycket låga räntemiljö som utvecklade länders banker måste verka i. Kampen att göra vinster återspeglar också den ihållande ekonomiska svagheten i den utvecklade världen, vilket innebär en svagare efterfrågan på krediter.
Vissa banker i euroområdet har en börda av problemlån, som inte återbetalas och som de fortfarande inte har hanterat.
I rapporten identifieras italienska och portugisiska banker som står inför allvarliga utmaningar när det gäller lönsamhet och kapitalnivåer.
Det finns också en varning om japanska banker och deras expansion utomlands, vilket enligt betänkandet beror på ekonomisk svaghet och mycket låga räntor på deras hemmamarknad. Det gör dem utsatta för en viss risk när det gäller tillgång till de valutafonder de behöver för att upprätthålla denna verksamhet.
Betänkandet varnar för pensionsfonder och försäkringsbolag, vars ställning också undergrävs av ihållande låga räntor.
Utanför de rika länderna ses Kina som ett potentiellt problemområde. I rapporten sägs att snabb kredittillväxt och expansion av "skuggbanksystemet" (utlåning från företag som inte är banker) "utsätter ökande risker för stabilitet".
Det snabbt växande finansiella systemet i Kina blir allt mer "sammankopplat", säger rapporten. I vilken utsträckning företagen i sektorn är sammankopplade - det vill säga har transaktioner med varandra - identifierades som en nyckelfaktor i den finansiella smitta som var ett inslag i den internationella finanskrisen.
IMF:s rekommenderade medicin för dessa ökande risker handlar delvis om att skapa en starkare ekonomisk återhämtning, inklusive reformer för att stödja tillväxten. Det krävs också mer specifika finansiella åtgärder, som att göra det lättare för bankerna att hantera problemlån och bankerna själva ta itu med höga kostnader.
Det finns ingen mening i denna rapport att en annan finansiell kris är märkbar vid horisonten. Men det finns sannerligen en oro för att den skada som den förra har vållat är långt ifrån helt reparerad.
Internationella valutafonden (IMF) har varnat för att riskerna för den finansiella stabiliteten ökar.