Enligt rapporter dödades minst 16 misstänkta militanter i strejkerna.
De kommer dagar efter en militant attack på Karachi flygplats - 39 människor dödades, inklusive de 10 angriparna.
Washington gick med på att avbryta sitt drönarprogram i december för att Islamabad skulle kunna fortsätta fredssamtalen med talibanerna i Pakistan (TTP).
Men trycket har ökat på de pakistanska myndigheterna att inleda en markoffensiv i norra Waziristan mitt i ett sammanbrott i fredssamtalen.
De två drönarattackerna ägde rum inom några timmar efter varandra och träffade en anläggning i en by nära Miranshah, huvudstaden i norra Waziristan.
Den första attacken, som genomfördes sent på onsdag kväll, sägs ha dödat fyra etniska uzbekiska militanter och två punjabi-talibaner.
Den andra attacken på torsdagsmorgonen riktade in sig på ytterligare tio misstänkta militanter.
På onsdag, uzbekiska militanter av den islamiska rörelsen i Uzbekistan (IMU) hävdade att ha genomfört attacken på flygplatsen, säger att det var i vedergällning för pakistanska militära flyganfall förra månaden.
Gruppen, som är välutbildad och har baser i norra Waziristan, har tidigare genomfört storskaliga samordnade attacker med al-Qaida och talibanska militanter i Pakistan.
Washington använder obemannade drönare för att genomföra strejker mot talibanernas och al-Qaidas mål i Pakistans gränsregion mot Afghanistan.
USA:s strejker har dock inte ägt rum sedan den 25 december 2013 som svar på Pakistans uppmaningar att stoppa strejker och möjliggöra fredsförhandlingar.
Pakistan genomförde flyganfall denna vecka också, säger dess styrkor hade dödat minst 15 militanta i nordvästra Khyber regionen på tisdag.
Vilka är de pakistanska talibanerna?
•Med sina rötter i de afghanska talibanerna kom den pakistanska rörelsen Tehreek-e-Taliban i förgrunden 2007 genom att släppa lös en våg av våld.
• Dess ledare har traditionellt varit baserade i Pakistans stamområden men det är verkligen en lös tillhörighet av militanta grupper, några baserade i områden som Punjab och även Karachi
•De olika talibangrupperna har olika inställning till samtal med regeringen - vissa analytiker säger att detta har lett till splittring inom rörelsen
•Samtidigt är de ansvariga för tusentals pakistanska dödsfall och har också samordnat angrepp mot många säkerhetsmål.
•Två tidigare TTP-ledare, Baitullah Mehsud och Hakimullah Mehsud, samt många högre befälhavare har dödats i amerikanska drönarattacker
•Det är oklart om nuvarande ledare Maulana Fazlullah, som kommer från utanför stambältet, är även i Pakistan, men han har rykte om sig att vara hänsynslös
Vilka är talibanerna?
Pakistans "fanatiska" uzbekiska militanter
USA har återupptagit sitt drönarprogram i Pakistan, med två strejker på militanta fästen i norra Waziristan stamregionen över en natt.