Isle of Man Met Office förutspår att vindhastigheten kan nå upp till 55mph (88km/h) senare och på torsdag.
Den 08:45 GMT segling mellan Douglas och Heysham och den 14:15 påverkas, Isle of Man Steam Packet Company sade.
En talesman sade att 19:45 och natt tjänst kan också möta störningar eller inställda.
Berörda passagerare har ombetts kontakta företaget.
Met Office har utfärdat en gul varning för kallt och blåsigt väder på onsdag, torsdag och fredag, med en "trolig hagel, snö och temperaturer nära noll".
Den har också utfärdat en översvämningsvarning för Peel strandpromenad vid högvatten 10:15.
Starka vindar har lett till att två färjeövergångar mellan Isle of Man och Lancashire har ställts in.