Arturo Vidal fick Bayerns första när han borrade hem efter att hans första skott hade blockerats.
Tysklands anfallare Thomas Muller vände sedan in från nära håll som försvarare Mats Hummels nickade ner från ett hörn.
Framåt Pierre-Emerick Aubameyang och nyligen undertecknade Ousmane Dembele gick nära Dortmund.
"Det var svårt och Dortmund spelade mycket, mycket bra", sade Ancelotti, som tog över från Manchester City-bundna Pep Guardiola på sommaren och har vunnit sin 18: e titel som tränare.
"Men saker och ting fungerade mycket bättre för oss efter pausen och detta ger oss lite självförtroende för Bundesliga.
"Det här laget är redan väldigt, väldigt starkt."
Bundesliga säsongen börjar fredagen den 26 augusti, när Bayern börjar sin titel försvar mot Werder Bremen.
Carlo Ancelotti fick sin första trofé som Bayern München coach tack vare sin 2-0 seger över Borussia Dortmund i den tyska Super Cup.