Tårgas användes i närheten av korsningen Idomeni, där mer än 11.000 flyktingar och andra migranter slår läger ute på den grekiska sidan av gränsen.
Hjälporganisation Medecins Sans Frontieres (MSF) sade att den hade behandlat omkring 300 skadade personer.
Balkanstaterna stängde av migrantrutten till norra Europa i år.
"Den urskillningslösa användningen av kemikalier, gummikulor och bedövningsgranater mot sårbara populationer... är en farlig och beklaglig handling," grekiska regeringens talesman George Kyritsis sade.
MSF sade att myndigheterna hade avfyrat tårgas, gummikulor och bedövande granater mot dem som försökte tvinga sig in i Makedonien.
"Tvåhundra personer behandlades för andningsproblem orsakade av tårgas, främst män men inklusive kvinnor och några barn under fem år," MSF talesman Jonas Hagensen berättade för BBC.
Mer än 30 personer behandlades för gummi skottskador, tillade han, och ytterligare 10 personer sade att de hade blivit slagna av makedonska polisen.
Omkring 30 personer hade behandlats för chock och andra skador; sju hade skickats till sjukhus med allvarligare sår.
Söndagens oroligheter började enligt uppgift efter det att en grupp invandrare närmade sig stängslet för att be makedonska gränsvakter att öppna det och låta dem passera.
När deras krav avvisades, fick de sällskap av andra, av vilka några bar packade väskor.
Migranter kunde ses springa från moln av tårgas precis innanför den grekiska gränsen, liksom kasta stenar över stängslet.
152,461 — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — — —
2016 till och med den 7 april
37% av 2016 års ankomster är barn
53% anländer till Lesbos
366 dog på rutten Turkiet–Grekland
853 650 anlända 2015
En ogift makedonsk polistjänsteman sade till AFP: " Den grekiska polisen använder tårgas nära gränsen till Makedonien. Det är lugnt än så länge på makedoniska sidan av gränsen."
Men Reuters nyhetsbyrå, som också citerade en namnlös makedonsk polistjänsteman, sade att invandrare hade kastat stenar på den makedonska polisen.
"Polisen sköt tårgas som svar", sade tjänstemannen.
"Invandrarna knuffade mot stängslet men stod på den grekiska sidan av gränsen. Staketet är fortfarande där, de har inte brutit igenom."
Denna vecka började Grekland deportera migranter som inte är berättigade till asyl enligt ett EU-avtal med Turkiet.
Mer än 300 personer, många av dem pakistanier, sändes till Turkiet med färja från de grekiska öarna.
Dessutom deporterades nästan 100 personer via Greklands landgräns till Turkiet, rapporterar AFP.
Internationella organisationen för migration sade att ankomstfrekvensen hade sjunkit under den första veckan i april, med den 5 april den första dagen sedan förra året att inga ankomster registrerades.
Mer än en miljon papperslösa flyktingar och andra migranter har tagit sig in i EU med båt från Turkiet till Grekland sedan början av förra året, vilket har lett till en kris utan motstycke för EU:s 28 medlemsstater.
En anmärkning om terminologi: BBC använder termen migrant för att hänvisa till alla personer på resande fot som ännu inte har avslutat den rättsliga processen för att ansöka om asyl. Denna grupp omfattar människor som flyr krigshärjade länder som Syrien, som sannolikt kommer att beviljas flyktingstatus, liksom människor som söker jobb och bättre liv, som regeringar sannolikt kommer att härska över är ekonomiska invandrare.
Grekland har fördömt den makedonska polisens agerande för att sprida hundratals migranter vid gränsen mellan de två länderna.