Försvarsministeriet sade den tidigare diktatorns komplex i Mosul, norra Irak, var en "stor" IS HQ och utbildningscentrum för utländska rekryter.
RAF Tornados använde styrda bomber i vad Försvarsminister Michael Fallon kallade "emphatiska" luftangrepp på måndagen.
Mosul, Iraks andra stad, har varit under IS kontroll sedan juni 2014.
Storbritannien är en del av en USA-ledd internationell koalition som genomför flygresor om IS-mål i Syrien och Irak.
Särskild rapport: Islamiska statskonflikter
Islamic State kris i sju diagram
Försvarsministeriet har släppt detaljer om en rad operationer under den senaste veckan - inklusive bombningen av ett "säkert hus" för utländska soldater i Irak, och IS "terrorist strongpoints" nära Syriens gräns mot Turkiet.
Två Tornado jetplan släppte de största styrda bomberna de använder, den förbättrade Paveway III, på Saddams palats, sades det.
"Extensiv övervakning" av komplexet, som ligger bredvid floden Tigris, fann att huvudpalatset byggnaden användes som boende och en mötesplats för utländska IS-rekryter, medan utbyggnader användes för utbildning, inre säkerhet och "repression", MoD sade.
Sju nationer deltog i attacken mot komplexet på måndag eftermiddag, med inledande indikationer tyder på att uppdraget var framgångsrik, tillade den.
Närmare uppgifter om de senaste flyganfallen mot IS, även känd som Daesh, gavs när försvarssekreteraren besökte de inblandade besättningarna, som är baserade på RAF Akrotiri på Cypern.
Fallon sade: "Daesh har förlorat anhängare och revir i månader, och eftertryckliga strejker som denna visar att vi och koalitionen inte kommer att vackla.
"Daesh-kämpar, både utländska och inhemska, kan se att de är mål inom denna sekt."
Brittiska parlamentsledamöter godkände brittiska flyganfall i Irak mot IS i september 2014.
Fallon sade då att parlamentsomröstningen följde på en begäran från den irakiska regeringen om hjälp från FN.
I december 2015 lanserade Storbritannien också flygstrejker för IS i Syrien efter att parlamentsledamöter röstade för åtgärder.
Ett palats byggt av Saddam Hussein som användes som utbildningscenter för den så kallade islamiska staten (IS) har bombats av brittiska styrkor och koalitionsstyrkor.