Banken, som ägs av den schweiziska federala regeringen, sade att förlusten kan påverka dess förmåga att betala en utdelning i år.
Dessa utdelningar används traditionellt för att betala för offentliga tjänster.
Schweiz chockade marknaderna i januari när landet övergav sin fyraåriga valuta i euro.
Flytten såg den schweiziska francen skjuta i höjden i värde som investerare staplade in i valutan över rädsla för en förnyad skuldkris i euroområdet trots att Europeiska centralbanken (ECB) snart började minska kvantitativt.
Den fortsatta styrkan i den schweiziska francen skadar exporten från landet som är nere 2,6 % i år. Turistnäringen har också rapporterat färre besökare och återförsäljare kämpar också.
Den första hälftens förlust var nästan helt - 47,2 miljarder franc - resultatet av förluster på valutapositioner, som inträffade under de veckor som omedelbart följde på bankens beslut att ta bort valutatecknet mot euron.
Sedan slutet på 1,20 franc per eurotak har den schweiziska centralbanken (SNB) ingripit på valutamarknaden genom att köpa euro för att försvaga francen, som för närvarande svävar på omkring 1,06 franc per euro.
Banken, som också har flera privata aktieägare, varnade för att dess helårsresultat skulle vara starkt beroende av utvecklingen på guld-, valuta- och bredare finansmarknader.
"Starka fluktuationer är därför att vänta, och endast preliminära slutsatser är möjliga när det gäller det årliga resultatet," centralbanken sade i ett uttalande.
SNB sade att eurodenominerade tillgångar utgjorde 42% av dess investeringsportfölj i slutet av juni, oförändrat från slutet av mars, och 32% hölls i US-dollar, också oförändrat.
Peter Hegglin, chef för Schweiz 26 kantonfinansdirektörer, sade att han "inte kommer att anta" att den första halvförlusten skulle innebära att SNB inte skulle betala en helårsutdelning, vilket tyder på att banken fortfarande kan vända sina förmögenheter.
Det stigande värdet på den schweiziska francen mot euron har lett till att Schweiz centralbank har rapporterat en första halv förlust på 50 miljarder franc (33 miljarder pund).