Landets centrala valkommission sade att valdeltagandet hade varit rekordhögt på 95,11 procent för undersökningen.
Resultatet, som gav 74-årige Nazarbayev en femte på varandra följande femårsperiod, hade aldrig ifrågasatts.
Presidenten har lovat ekonomisk och social stabilitet i den oljerika centralasiatiska staten.
Han sprang praktiskt taget oemotsagd som hans två motståndare sågs båda som pro-regering.
Gruppen för mänskliga rättigheter anklagar myndigheterna för att systematiskt undertrycka oppositionen.
Nazarbajev röstade för ett högt jubel i huvudstaden Astana och sade att han var säker på att folket i Kazakstan skulle stödja hans kampanj.
"Jag är säker på att Kazakstans folk i första hand kommer att rösta för en stabil utveckling av vår stat och en förbättring av människors liv, liksom statens stabilitet och till stöd för den politik som landet har genomfört under mitt ledarskap", berättade han för journalisterna.
"Jag är säker på detta."
Många väljare väntade i långa köer på vallokaler i Astana och i den största staden, Almaty - med många som åberopar en "civil plikt" att rösta.
Korrespondenterna säger att omröstningen har ägt rum mot en vacklande ekonomi under de senaste månaderna i Kazakstan, som är den rikaste av de fem tidigare sovjetiska centralasiatiska staterna.
De inhemska producenterna har avskedat arbetare eftersom de kämpar för att konkurrera med rysk import som har blivit billigare på grund av försvagningen av bölden med sanktioner.
Valen skulle hållas 2016, men president Nazarbayev meddelade att de skulle hållas ett år tidigt i vad vissa ser som ett drag som syftar till att stoppa spekulationer om en eventuell efterträdare.
En före detta kommunistisk politbyråmedlem, Nazarbajev, har varit Kazakstans president sedan dess att den blev oberoende 1991 efter upplösningen av det forna Sovjetunionen.
Omkring 9,5 miljoner människor var berättigade att rösta i det vidsträckta landet, som har omfattande gränser mot både Ryssland och Kina.
Kazakhs president Nursultan Nazarbajev har haft en allmänt förväntad krossande valseger, med tidiga resultat som visar att han vunnit 97,7% av rösterna.