Han lämnade nästan all kontakt med omvärlden till sin utrikesminister Wakil Ahmad Mutawakkil och den sista kända ljudinspelningen av honom var 2006 - även detta läcktes och var inte avsett för offentlig konsumtion.
Ändå förblev han en mäktig person i Afghanistan, talibanernas obestridda ledare och dubbade "befälhavare för de trogna", en titel med stor resonans i islams historia.
Den 29 juli 2015 meddelade den afghanska regeringen att han hade dött på ett sjukhus i Karachi, Pakistan i april 2013. Inga fler uppgifter lämnades.
Han ersattes till talibanledare av Mullah Akhtar Mansour följande dag.
Enligt en biografi som talibanerna publicerade i april 2015 föddes mulla Mohamad Omar 1960 i byn Chah-i-Himmat, i Khakrezdistriktet i Kandaharprovinsen, i södra delen av landet.
Man tror att han senare deltog i Darul Ulom Haqqania, en madrassa i Pakistan.
Detta islamiska seminarium har kallats "universitetet i Jihad" och skrytte med ett antal framtida radikala ledare bland sina studenter.
Mullah Omar övergav sina studier för att förena sig med de styrkor som motstod den sovjetiska ockupationen under 1980-talet, men steg bara till nivån av småskalig befälhavare.
Han gjorde aldrig något praktiskt fältbefäl under talibanernas kampanj 1994–1996 som kulminerade i deras tillfångatagande av Kabul.
Men det lokala uppror som han ledde mot före detta Mujahideen-krigsherrar i Kandahar-området 1994 fick honom stor respekt och betraktas av vissa som en katalysator för den talibanrörelse som följde.
Han skadades flera gånger under denna period, bland annat en ögonskada orsakad av splitter.
Det var efter tillfångatagandet av Kabul som han valdes till rörelsens högste ledare.
Under denna period började Omar sitt långa samarbete med al-Qaidas ledare Osama bin Ladin.
Mullah Omar försvarade kraftfullt sin vän mot anklagelser om att han behärskade de förödande attackerna mot World Trade Center och Pentagon och anklagade USA för att försöka dölja sina egna underrättelsefel.
Bin Ladin tros åtminstone delvis ha finansierat talibanernas övertagande av Afghanistan.
Bandet kan gå längre. Man trodde att mulla Omar hade tagit bin Ladins äldsta dotter till hustru och att bin Ladin till och med hade tagit en av mulla Omars döttrar som fjärde hustru.
De två rapporterades ha talat dagligen via satellittelefon, och vissa rapporter föreslog att de också skulle träffas för fiskeresor.
Under mulla Omars styre ålades Afghanistan en strikt tolkning av islamsk lag under talibanernas kontroll.
Kvinnor avskräcktes kraftigt från att lämna sina hem, nekas skolgång och arbete och tvingas att helt och fullt skydda sig själva.
Kvinnor som befunnits skyldiga till äktenskapsbrott stenades till döds, homosexuella krossades under tegelväggar, tjuvar amputerade och mördare avrättades offentligt av offrens familjer.
Påbud från mulla Omar inkluderade dödsdomen för alla som konverterar till en annan religion, liksom de ökända orderna att förstöra landets gamla Buddhastatyer i Bamiyan.
Det var mulla Omars stöd till Usama bin Ladin som fick den USA-ledda kampanjen att störta talibanerna.
Omar och de flesta andra högre talibanledare, tillsammans med bin Ladin och några av hans al-Qaida-medarbetare, överlevde det amerikanska angreppet.
I ett e-postmeddelande till journalister 2009 uppmanade mulla Omar talibanernas medlemmar att fortsätta kampen mot utländska militära styrkor i Afghanistan.
Trots en av de största människojakterna i världen lyckades han undvika tillfångatagandet. Vissa trodde att han faktiskt tog sin tillflykt till Pakistan även om detta starkt förnekas av tjänstemän i Islamabad som hävdade att han fortfarande var i Afghanistan.
Gripandet av talibanernas underbefälhavare, mulla Abdul Ghani Baradar, nära Karachi i januari 2010 gav dock anledning till att tro att andra ledande afghanska talibanledare gömde sig i Pakistan.
Denna misstanke förstärktes i maj 2011 när amerikanska specialstyrkor dödade Usama Bin Ladin i hans säkra anläggning i den pakistanska garnison staden Abbottabad.
Senare samma månad spreds ett rykte om att Omar hade dödats av Pakistans underrättelsetjänst trots att talibanerna insisterade på att han fortfarande levde och bodde i Afghanistan.
Biografin från april 2015 hävdade att Omar fortfarande levde och sade att han ivrigt följde "de jihadi aktiviteterna mot de brutala otrogna utländska inkräktarna", och tillade: "Han förblir i kontakt med de dagliga händelserna i sitt land såväl som med omvärlden."
Biografin beskrev honom också som "affabel", tillade att han hade "ett speciellt sinne för humor och aldrig anser sig vara överlägsen sina kollegor".
Ett uttalande som påstås vara från honom i juli 2015 backade fredssamtal med den afghanska regeringen, säger Islam inte bar "fredlig interaktion" med fiender.
Mullah Omar var en tillbakadragen person redan innan hans talibanregering föll från makten i slutet av 2001 och han tvingades gömma sig.