Clough's 11: e minute lob gav Wanderers en perfekt start och besökarna var då skyldig Lee Burge för att hålla dem i tävlingen.
Stadsvakten räddades från Gary Madine, Josh Vela och Clough på en kväll då tidigare Bolton spelare och tränare Gary Speed hedrades med en minuts applåder av fans.
Men om Burge utmärkte sig i öppningsperioden, motsatt nummer Ben Alnwick kom till Trotters räddning i den andra.
Efter att redan ha förnekat Kyel Reid innan pausen, Alnwick räddade utmärkt från Lewis Page plus substitut Jodi Jones och Ruben Lameiras.
Boltons bästa ögonblick under andra halvan var Cloughs 25-yards frikick, som tipsades om till posten och bort till säkerhet av den enastående Burge.
Coventry strömmade framåt i sökandet efter en sen utjämning för att försöka undvika en tredje raka ligan nederlag, men istället Phil Parkinson sida hölls på för sin första hemma seger över Sky Blues i åtta försök sedan 1965.
Rapport från Pressföreningen.
Matchen slutar, Bolton Wanderers 1, Coventry City 0.
Andra halvlek, Bolton Wanderers 1, Coventry City 0.
Försök missade. Gael Bigirimana (Coventry City) höger fotade skott från utsidan lådan är nära, men missar till vänster.
Foul av James Henry (Bolton Wanderers).
Ben Stevenson (Coventry City) vinner en frispark i anfallshalvan.
Josh Vela (Bolton Wanderers) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Jordan Turnbull (Coventry City).
Substitution, Bolton Wanderers. Jamie Proctor ersätter Gary Madine.
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Lawrie Wilson.
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Lawrie Wilson.
Försök blockerat. Jack McBean (Coventry City) höger fotad skott från mitten av lådan är blockerad.
Försök missade. Jamie Sterry (Coventry City) höger fotade skott från utsidan lådan är hög och bred till höger.
Foul av Gary Madine (Bolton Wanderers).
Jordan Willis (Coventry City) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök missade. Ruben Lameiras (Coventry City) vänster fotade skott från höger sida av lådan är nära, men missar till vänster.
Ersättning, Coventry City. Jack McBean ersätter Kyel Reid.
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Jay Spearing.
Försök missade. James Henry (Bolton Wanderers) vänster fotade skott från mitten av lådan är bara lite för hög.
Försök missade. Kyel Reid (Coventry City) vänster fotade skott utanför lådan är för hög.
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Andrew Taylor.
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Ben Alnwick.
Försöket räddades. Ben Stevenson (Coventry City) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i nedre vänstra hörnet.
Lawrie Wilson (Bolton Wanderers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Kyel Reid (Coventry City).
Försök blockerat. Jordan Turnbull (Coventry City) huvud från mitten av lådan är blockerad.
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Josh Vela.
Försök blockerat. Ruben Lameiras (Coventry City) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Foul av Jay Spearing (Bolton Wanderers).
Kyel Reid (Coventry City) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Substitution, Bolton Wanderers. Chris Taylor ersätter Sammy Ameobi.
Substitution, Bolton Wanderers. James Henry ersätter Zach Clough.
Handboll av Josh Vela (Bolton Wanderers).
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Ben Alnwick.
Försöket räddades. Ruben Lameiras (Coventry City) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i det övre högra hörnet.
Foul av Sammy Ameobi (Bolton Wanderers).
Kyel Reid (Coventry City) vinner en frispark i anfallshalvan.
Hörnet, Coventry City. Förföljd av Ben Alnwick.
Försöket räddades. Jodi Jones (Coventry City) vänster fotade skott från utsidan rutan sparas i nedre vänstra hörnet.
Marvin Sordell (Coventry City) visas det gula kortet för en dålig foul.
Jay Spearing (Bolton Wanderers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Zach Clough nettade sitt sjätte mål i åtta starter, men högt flygande Bolton gjordes för att arbeta hårt för deras League One seger över Coventry på Macron Stadium.