Regeringscheferna för Samväldet (Chogm), som hålls vartannat år, kommer att fokusera på klimatförändringar, med samtal om säkerhetsfrågor som också förväntas.
Storbritanniens premiärminister David Cameron har lovat att inrätta en samväldesenhet för att rikta in sig på extremismen.
Han sade att gruppen av nationer har en viktig roll att spela när det gäller att bekämpa terrorism och lovade 5 miljoner pund att hjälpa till att finansiera enheten.
Säkerheten var hög runt drottningen när hon anlände med hertigen av Edinburgh, prinsen av Wales och hertiginnan av Cornwall.
Drottningen öppnade konferensen och sade att hon var enormt stolt över vad samväldet hade åstadkommit och "allt detta under min livstid".
Hon sade att samväldesnationer skulle fortsätta att uppmanas att visa ledarskap i globala frågor.
Kampen mot terrorismen står högst upp på Camerons dagordning för mötet i Maltas huvudstad Valletta.
Det kommer efter att han vände sig till parlamentsledamöter i Storbritannien för att framföra sitt fall för militära flyganfall i Syrien för att ta itu med så kallade Islamiska staten.
Cameron sade om samväldets enhet: " Samväldet har en viktig roll att spela när det gäller att bredda de internationella ansträngningarna för att bekämpa extremism.
"Det civila samhället och utbildningsnätverken gör det särskilt väl lämpat att komplettera internationella insatser för att bygga upp motberättelser till denna giftiga extremistideologi.
"Detta är vår generations kamp, men genom att arbeta tillsammans kommer vi att besegra detta extremistiska gissel som är ett hot mot oss alla."
Cameron har varje år lovat 1 miljon pund i finansiering under fem år för att hjälpa till att inrätta enheten, och ytterligare 200 000 pund går vidare med att utvidga ett europeiskt program för att motverka radikalisering av ungdomar till att omfatta samväldet.
Frankrikes president Francois Hollande kommer att anlända till Malta på fredag och kommer att delta i möten om klimatförändringar inför ett toppmöte om frågan i Paris på måndag.
Från Nicholas Witchell, kunglig korrespondent, BBC News
Det är en sammanslutning av 53 oberoende nationer, ibland förnedrad som lite mer än en talande butik, men mellan dem representerar länderna i samväldet nästan en tredjedel av världens befolkning.
När stats- och regeringscheferna samlas på Malta finns det brådskande frågor att ta hänsyn till.
Att bekämpa våldsam extremism är en prioritering, och det är också klimatförändringen, vars effekter utgör ett särskilt hot mot låglänta områden i Stilla havet.
Och några dagar innan Pariskonferensen om den globala uppvärmningen, bryter Frankrikes president Francois Hollande med sina inhemska säkerhetsutmaningar för att ta itu med samväldesledarna om behovet av beslutsamma åtgärder mot den globala uppvärmningen.
Konferensen kommer formellt att öppnas av Drottningen i hennes egenskap av chef för Samväldet: ingen har varit på mer av dessa sammankomster än hon har men, eftersom vid tiden för nästa möte hon kommer att vara 91, är det tänkt att detta kan vara den sista samväldeskonferensen hon kommer att delta i.
Drottningen kommer senare att vara värd för en mottagning för nya samväldesledare.
Evenemanget kommer att innehålla mer än 360 artister och artister, inklusive Maltesiska Filharmonikerna och tenor Joseph Calleja.
Kungligheterna är på en tre dagar lång resa till Malta, där Drottningen och hertigen av Edinburgh bodde i början av sitt äktenskap 1949, samma år som samväldet grundades.
I sitt inledningsanförande hyllade Drottningen sin man för hans "orörliga energi och engagemang".
"Under mer än sex decennier av att vara chef för Samväldet, ett ansvar som jag har vårdat, Jag har haft lyckan av fortbestånd hertigen av Edinburgh", sade hon.
Hon har också tackat sin son, prinsen av Wales, för hans stöd och "stora distinktion".
Drottningen har öppnat ett tvådagarstoppmöte med ledare för de 53 samväldesländerna på Malta.