Flyttningen bekräftades efter att JTI Gallaher tackade nej till planen att rädda cirka 500 av dessa jobb.
Unite hade föreslagit att fabriken skulle omvandlas till ett kompetenscentrum för tobaks- och cigarrproduktion, vilket innebär cirka 370 uppsägningar.
JTI Gallaher har cirka 870 anställda, men kommer att stänga helt 2017.
Unionen hade sagt att uppsägningarna skulle vara frivilliga enligt dess förslag.
Unite röstade sina medlemmar förra året, och de röstade för planen.
På onsdag sa Unite regionalsekreterare Jimmy Kelly att han var arg på förkastandet av deras plan.
Han beskrev beslutet att stänga fabriken som "ett extremt fall av social dumpning där arbetsgivarna försöker minimera kostnaderna genom att jaga alternativ till lägre kostnader".
"Valet att stänga JTI:s anläggning i Ballymena men lämna produktionen i Trier, Tyskland, speglar det faktum att socialt skydd för arbetstagare i Nordirland, och Storbritannien som helhet, är betydligt svagare än i Tyskland", sade han.
"Det handlar om det faktum att det är mycket billigare för företaget att göra en brittisk arbetstagare överflödig än en tysk."
Seppo Kelly efterlyste omedelbara åtgärder från politiska ledare för att införa ett ökat skydd för brittiska arbetstagare och sade att Unite nu skulle inrikta sig på att få ersättning för sina medlemmar vid fabriken i Ballymena.
North Antrim MP Ian Paisley sade att det var en besvikelse att stängningen av fabriken hade bekräftats.
Han sade att han hade fortsatt att utöva påtryckningar på den brittiska regeringen för att ompröva införandet av rena förpackningar och fördröja EU:s tobaksdirektiv.
Han sade dock att "döden har kastats och den europeiska byråkratins tentakler har nått in och skövlat denna fabrik".
Han sade att det nu var de berörda regeringsdepartementens ansvar att omskola arbetarna.
I ett uttalande sade JTI Gallaher att det arbetade i en utmanande lagstiftnings- och verksamhetsmiljö och att det hade "flått mycket hårt" mot enkla förpackningsförslag i Storbritannien, EU:s tobaksdirektiv 2 (TPD2) samt handeln med smugglade cigaretter.
Det sade att dess verksamhet måste "förbereda sig på de negativa konsekvenserna av dessa".
Företaget tillade att omkring 80 % av cigaretttillverkningen vid sin fabrik i Ballymena var för Storbritannien och Irland och att cigaretttillverkningen där hade minskat med 27 % under perioden 2009–2014.
"Dessa minskningar kommer att förvärras av genomförandet av TPD2 som förbjuder små förpackningar - 81% av våra nuvarande förpackningsformat kommer att förbjudas, vilket innebär att 40% av den totala produktionen på Lisnafillan kommer att påverkas," sade det.
Fabriken har varit en stor arbetsgivare i Ballymena, men i oktober inledde företaget samråd om förslag om att stänga sina anläggningar i Nordirland och Belgien, med produktion möjligen flytta till Polen och Rumänien.
Företaget sade vid den tidpunkten att omstruktureringen skulle fasas in, med fabriksnedläggningar slutförda mellan 2016 och 2018.
När Unite först presenterade sin alternativa plan i november varnade han för att det skulle innebära "betydande eftergifter i fråga om villkor" och de storskaliga uppsägningarna.
Det sades dock att detta måste ses mot bakgrund av hotet om "total förlust av alla arbetstillfällen vid anläggningen".
Ett fackföreningsförslag som syftar till att rädda arbetstillfällen på en tobaksfabrik i Ballymena, County Antrim, har förkastats.