Michael Garcia, som genomförde en tvåårig undersökning, sade rapporten "innehåller många materiellt ofullständiga och felaktiga framställningar".
I rapporten godkändes VM värd Ryssland och Qatar av fel.
Den anklagade också den engelska fotbollsföreningen för att nonchalera budreglerna.
Men Garcias uttalande, utfärdat mindre än fyra timmar efter att rapporten offentliggjordes, har åter öppnat debatten om giltigheten av budgivningsprocessen för både 2018 och 2022 tävlingar.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Simon Johnson, som ledde Englands budteam 2018, beskrev twist i sagan som "farcical".
Han talade med BBC:s idrottsredaktör Dan Roan och tillade: "Innan detta uttalande av Garcia sade jag att det är mycket svårt att ha förtroende för slutsatserna i Eckerts betänkande och att det såg ut som en politiskt motiverad vitkalkning.
"Nu när jag har sett Garcias uttalande är jag helt övertygad om att betänkandet är en politiskt motiverad vitkalkning."
Garcias uttalande kommer att genera Fifa och väcka oro över Hans-Joachim Eckerts arbete.
Fifa:s oberoende etikdomare var ansvarig för att utarbeta den rapport som publicerades av Fifa kl 09.00 GMT på torsdag.
Eckert grundade sina slutsatser på Garcias arbete, som Fifa hade utsett för att genomföra en oberoende undersökning av påståenden om korruption.
Men Garcia, en före detta federal åklagare i USA, säger Eckert, en tysk domare, har felat och planerar att överklaga, ett drag som Fifa generalsekreterare Jerome Valcke beskrev som "sad".
Fifa hade hoppats att Eckerts betänkande skulle få ett slut på vad som har varit en skadlig episod, men det finns nu krav på att Garcias egen rapport, som går in på hundratals sidor, ska publiceras i sin helhet.
"Fifa har inget annat val än att publicera Michael Garcias rapport i sin helhet om den förväntar sig att någon ska tro sina påståenden att det inte har funnits någon mörkläggning över anklagelser om korruption i VM budgivningsprocessen," sade brittiska MP Clive Efford, Labour's Shadow Minister för idrott.
En annan brittisk parlamentsledamot, Damien Collins, hade redan märkt Eckerts rapport "en whitewash" innan Garcias uttalande utfärdades.
Collins har kämpat för Fifa-reformen och 2011 använde han parlamentariska privilegier för att hävda att mutor hjälpte till att säkra Qatar turneringen 2022.
Han sa att anklagelserna förblev obesvarade.
"Det är en vitkalk eftersom det är ett försök att lura människor att det har varit en fullständig och oberoende utredning när det inte har varit," sade han.
"Resultatet är att anklagelser om mutor och allvarliga förseelser förblir obesvarade och att de fortfarande undertrycker hela rapporten."
Efter publiceringen av Eckerts rapport sade Storbritanniens vice ordförande i Fifa Jim Boyce att det nu är dags att gå vidare.
Men hans inställning förändrades efter Garcias uttalande.
"Med tanke på att Michael Garcia nu har sagt att han inte är nöjd med resultaten och är att vädja, Jag väntar med intresse för att se vilka ytterligare avslöjanden kommer att göras," sade Boyce.
"Jag har alltid sagt så mycket av rapporten som det är juridiskt möjligt att publicera bör offentliggöras."
Qatars budteam har alltid förnekat anklagelser om korruption.
Beslutet att tilldela 2022 VM till Gulfstaterna var en stor överraskning, med tanke på att Fifa eget tekniska team varnade för att sommartemperaturerna var för höga för spelare.
När det gäller Ryssland, Alexey Sorokin, chef för dess 2018 World Cup organisationskommitté, sade landet hade inget att dölja.
"Vi var alltid övertygade om att det inte kunde finnas något som skulle komma ut från denna undersökning," Sorokin berättade Sky Sports News.
"Det är något Fifa ansåg viktigt att göra. Det var gjort, vi deltog, vi följde. Vad mer kan vi göra?"
Efter offentliggörandet av rapporten avvisade den engelska FA den kritik som riktats mot den och insisterade på att den hade " genomfört ett öppet bud".
Den anklagades för att försöka "curry favor" med f.d. Fifa vicepresident Jack Warner, som slutade sin roll under 2011 bland mutor anklagelser, och för att skada Fifas image.
Ett FA uttalande löd: "Vi accepterar inte någon kritik mot integriteten i Englands bud eller någon av de inblandade individerna."
Lord Triesman, f.d. FA-ordförande, kritiserades också av Eckerts rapport för att han inte samarbetade med utredningen.
Men Triesman hävdade att han avråddes från att av sitt eget juridiska team och även slog tillbaka på rapportens resultat, även om han sade att kritiken mot FA budet var både "legitim" och "inskränkning".
"Jag tycker att rapporten är extraordinär", sa han till BBC Sport. "Det återspeglar det faktum att det i Fifa finns en stor motvilja mot England.
"Men det avgörande här är att bevisen egentligen aldrig kommer att framställas på ett sätt som det skulle vara i en riktig domstol.
"Av dessa skäl, vem gjorde vad och hur illa de uppförde sig kommer aldrig att vara så tydligt."
FA:s nuvarande ordförande Greg Dyke registrerade också sin olycka med Fifas rapport och hävdade att den lämnade obesvarade frågor.
"Om du läser den rapporten, det står att alla bud bedömdes," sade Dyke. "Den som var den största risken var Qatar och de vann."
Dyke frågade om FA hade skadat bilden av fotbollsvärldens styrande organ och sade: "Jag tycker att det är ganska svårt att skada bilden av Fifa."
Fifa rapport om anklagelser om korruption under budgivningsprocessen för 2018 och 2022 VM har ifrågasatts - av den man som undersökte påståenden om oegentligheter.