Bland de 2,1 miljoner bilar som berörs över hela världen finns 1,42 miljoner i Västeuropa, 577 000 i Tyskland och nästan 13 000 i USA.
Tjeckisk-baserade Skoda sade 1,2 miljoner av sina bilar var inblandade, men har ännu inte ge ett land eller modell uppdelning.
De tyska åklagarna startade en sond mot VW:s tidigare chef.
Tidigare chef Martin Winterkorn kommer att undersökas över "allegeringar av bedrägerier i försäljningen av bilar med manipulerade utsläppsdata," tyska myndigheter sade på måndagen.
Bland de Audi-modeller som berörs finns modellerna A1, A3, A4, A5, A6, TT, Q3 och Q5, en talesman berättade för nyhetsbyrån Reuters.
VW sade förra veckan att 11 miljoner bilar inom gruppen kunde påverkas.
Skandalen avslöjades efter att US Environmental Protection Agency fann att vissa dieselbilar var utrustade med anordningar som kunde upptäcka när motorn testades och kunde ändra bilens prestanda för att förbättra resultaten.
Det tyska företaget bad om ursäkt för att ha brutit konsumenternas förtroende, och på fredag meddelade att Matthias Mueller skulle ersätta Martin Winterkorn som verkställande direktör. Mr Mueller lovade en "relless" utredning för att avslöja vad som gick fel.
Det fanns också obekräftade rapporter i måndags om att ledande forsknings- och utvecklingschefer som arbetade i hela bilgruppen hade avbrutits. Reuters sa att avstängningarna gällde personal från Audi, Porsche och VW-märkena.
Under tiden fortsatte Volkswagens aktier att sjunka och stängde 7,3 %. De är nu nere ungefär en tredjedel sedan skandalen bröt ut.
Skandalen har allvarligt förringat VW:s namn, gjort det utsatt för upp till 18 miljarder dollar i amerikanska böter och utplånat en tredjedel av dess börsvärde på en vecka.
De tyska myndigheterna har krävt att VW senast den 7 oktober skall fastställa en tidsplan för hur man skall se till att dieselbilarna uppfyller nationella utsläppsnormer utan att använda fuskteknik.
Det fanns omfattande tyska medierapporter under helgen att regeringen ignorerade varningar för två år sedan om att VW använde programvaran. Men i måndags förnekade en talesman för regeringen detta.
11 miljoner
Fordon som påverkas över hela världen
6,5 miljarder euro Avsatt av VW
18 miljarder dollar Potentiella böter
Nej, det gör jag inte. 1 Global biltillverkare inom försäljning
Jag är en VW ägare - vad ska jag göra?
Vad händer nu med VW?
Provningar av utsläpp från bilar: passar inte för ändamålet?
VW boss Winterkorns toppar och dalar
VW skandal förklaras
Audi och Skoda säger att de har totalt 3,3 miljoner bilar utrustade med mjukvaran som tillät moderbolaget Volkswagen att fuska amerikanska utsläppsprovningar.