John Fleming, från Anstruther-baserade ICS Fisheries Ltd, stal nästan 500 000 pund under sexårsbedrägeriet.
Han återkrävde mervärdesskatt på utgifter som företaget aldrig hade ådragit sig.
Fleming, 59, från Balmullo, erkände sig skyldig till åtal mot en anklagelse enligt lagen om mervärdesskatt som begicks mellan maj 2007 och juli 2013.
Hans advokat sa att han hade lyckats betala tillbaka pengarna genom att sälja egendom han ägde, men en sheriff sa att bedrägeriet var för allvarligt för honom att undvika fängelse.
Fiscal depute Eilidh Robertson sade till Dundee Sheriff Court: "Det företag som ägs av den anklagade är involverat i försäljningen av fisk, som är noll-klassad för moms.
"Till följd av detta har den anklagade laglig rätt att kräva tillbaka eventuell mervärdesskatt som han ådragit sig i samband med kostnaderna för försäljningen av denna fisk.
"Alla fakturor visade orimliga nivåer av transportkostnader som han hävdade mot hans påstådda inköp av enorma mängder fisk.
"Den anklagades dator analyserades senare och det avslöjades att dessa falska fakturor faktiskt hade skapats av den anklagade på den innan han hade lämnat in dem till sina revisorer och fick dem att göra falska anspråk för hans räkning."
Försvarsadvokaten David Bell sade: " Det verkar som om transportföretaget inte tog ut mervärdesskatt, och han antog att den ingick och krävde tillbaka den.
"Han insåg då att de inte lade till moms och han upptäckte kryphålet och utnyttjade det sedan under en lång period.
"Han sysselsätter sex personer i branschen och fruktar att det kommer att vika sig utan honom som han är starkt involverad."
Sheriff Alastair Carmichael fängslade Fleming och sa: "Detta var ett bedrägeri som utfördes av dig med offentliga medel, så det var ett bedrägeri mot hela samhället."
En Fife fiske chef som fejkade fakturor för att lura "astronomiska" summor från skattemannen har fängslats i två år och åtta månader.