Utdragen, som släpptes på måndagen, uteslöt namnen på vapenmannen Omar Mateen samt Abu Bakr al-Baghdadi, ledaren för den så kallade islamiska staten (IS).
Mateen, som dödade 49 personer på en gay nattklubb i Orlando, beskrev sig själv som en "islamisk soldat" och svor trohet till al-Baghdadi under sina telefonsamtal till myndigheterna.
Men i den första versionen av utskriften togs alla hänvisningar till IS eller deras ledare bort.
Till exempel:
- Vad heter du?
Mitt namn är jag svär trohet till [misstag].
Beslutet att utelämna namnen utlöste upprördhet bland Twitter-användare inklusive US House Talare Paul Ryan.
Wisconsin Republikan fördömde beslutet att redigera som "förkastlig" och uppmanade Obama-administrationen att släppa hela utskriften "så allmänheten är klarögd om vem som gjorde detta, och varför".
"Vi vet att skytten var en radikal islamistisk extremist inspirerad av Isis. Vi vet också att han avsiktligt riktade in sig på HBTQ-samhället," sa Ryan i ett uttalande, hänvisar till IS.
Andra användare uttryckte sin upprördhet över beslutet att ta bort IS från texten.
Justitiedepartementet släppte ett uttalande senare i måndags som försvarade reaktionen.
Tjänstemän sade att de ville förbli lyhörda för offren, deras familjer och den pågående utredningen, samtidigt som de inte heller gav "dödar- eller terroristorganisationerna en publicitetsplattform för hatfull propaganda".
"Tyvärr, de outgivna delarna av utskriften som namngav terroristorganisationer och ledare har orsakat en onödig distraktion från det hårda arbete som FBI och våra brottsbekämpande partner har gjort för att undersöka detta avskyvärda brott," uttalandet sade, innan hela utskriften av Mateens första 50 sekunder telefonsamtal.
De andra samtalen han gjorde släpptes inte.
Mateen ringde först en larmcentral ungefär 30 minuter efter att han började skjuta. Under kallelsen talade Mateen arabiska och prisade "Gud den Barmhärtige".
I ett senare telefonsamtal, sa han till en förhandlare att säga till Amerika att sluta bomba Syrien och Irak och det var därför han var "här ute just nu", enligt FBI-utskriften.
Mateen berättade också för förhandlarna att han hade en sprängväst liknande den som användes av terrorister "i Frankrike", med en hänvisning till terrorattacken i Paris i november. Men inga västar hittades.
"[Maten] representerar inte religionen av Islam, men en pervers syn," sade Ron Hopper, FBI biträdande specialagent som ansvarar.
"En del av reacting är tänkt att inte ge förtroende till individer som har gjort terroristattacker i det förflutna", sade han. "Vi ska inte sprida deras våldsamma retorik."
Justitiedepartementet har återutgett en mer fullständig utskrift av ett av Orlando pistolmannens 911 samtal utan reaktioner, efter att ha mött en våg av online-backlash för att utelämna vissa ord.