Mkhitaryan, 27, signerad för £ 26m från Borussia Dortmund men lämnades utanför sidan upprepade gånger till nyligen.
Men i sin tredje på varandra följande start slog han sitt första United mål i deras Europa League seger över Zorya Luhansk.
"Han arbetade riktigt hårt fysiskt, taktiskt och vi vet att talangen finns där", säger Mourinho, 53.
Mkhitaryan var en substitut i Uniteds öppningsdag seger på Bournemouth men drogs av vid halvtid i sin första ligan start i Manchester City i september och fanns inte igen i Premier League förrän i slutet av november.
Under armeniernas frånvaro, Mourinho sade mittfältaren behövde tid att anpassa sig till det engelska spelet och uppmanade 2015-16 Bundesliga spelarnas spelare av året att "göra mer".
"Han har en stark mentalitet", tillade Mourinho. "Han var mycket fast besluten att kämpa mot sin svåra anpassning, och han gör det på bästa sätt.
"Han kämpade för att förbättra taktiskt, han kämpade för att förbättra fysiskt, och nu spelar han bra i Premier League, bra i Europa League och EFL Cup, och nu utvecklas lite mer lycka för honom, så jag är mycket nöjd."
Mkhitaryans utmärkta körning och avsluta sätta United framåt i Ukraina och Zlatan Ibrahimovic sena strejk skickade dem till måndagens sista-32 dra som grupp A löpare-up bakom Fenerbahce.
Mourinho vilade flera spelare inklusive målvakt David De Gea och hans stand-in Sergio Romero blev synbart förvånad när en smällare landade i sin sex-yard box under första halvan.
"Kanske Uefa inte är glad och kanske Uefa nu tar lite pengar från Zorya, som jag tycker Zorya inte förtjänar", tillade Mourinho.
Manchester United boss Jose Mourinho har berömt Henrikh Mkhitaryans kampegenskaper för att anpassa sig till sin sommarresa till Old Trafford.