Världsmästaren beskrev det som "troligen den värsta kvalsession jag någonsin haft".
Hans felsökta sena eftermiddagskörning på lördagen på den krävande nya gatubanan i Baku, Azerbajdzjan, lämnade honom 10:e på rutnätet.
Eftersom han var tillbaka där, hans Mercedes ingenjörer sade till honom att använda ett specifikt motorläge för loppet, vilket skulle ge honom mer kraft men istället gav honom mindre, eftersom det hade konfigurerats felaktigt.
Detta gjorde hans framsteg genom fältet långsammare än det skulle ha varit, så han brände upp sina däck snabbare än han skulle ha gjort och han kunde inte göra bättre än femte plats.
Hamiltons problem lämnade hans lagkamrat Nico Rosberg med så lätt en kryssning till flaggan som är möjligt runt ett spår som har fällor väntar på en förare på bokstavligen nästan varje tur.
Den kliché som ingen grand prix vinst är lätt är bara det för att det är sant. Men Mercedes hade en hastighetsfördel så stor i Baku att allt Rosberg behövde göra var att hålla den utanför murarna och segern var hans. Med det, som det visade sig, kom en 24-punkts ledning i mästerskapet.
Varför körde Hamilton lika illa som han gjorde i kvalet? Ingen visste. Han hade fått blåsor i fredagsträningen men kom på lördag, medan det fortfarande var snabbast där ute, han låste hjul överallt.
"Jag kunde inte trycka på bromsarna", sa han. "Jag gick bara rakt på hela tiden."
De motor-läge problem som drabbade båda Mercedes förare i loppet - Hamilton värre än Rosberg - var rotade i vad chefen Toto Wolff beskrev som en "messy fredag".
Dessutom förändrades spårgreppsnivåerna med extra värme på lördagen. Mercedes gjorde en uppställning förändring och plötsligt kände Hamilton mindre självsäker.
Hans individuella sektor gånger var så bra, pole såg ut som en given. Men han kunde inte knyta ihop ett knä. Det såg ut som, hade han backat av det med 0.2seks eller så, han hade fortfarande tillräckligt för att ta stång. Detta skulle helt visst ha varit det klokare tillvägagångssättet i efterhand. Men som Wolff uttryckte det: "Det är inte i hans smink."
Resultatet blev en rad lås-ups och fel och, så småningom, en krasch. Det var en ovanligt - nästan chockerande - dålig prestation från en man med en sådan sublim talang. Och från den stunden på loppet var Rosbergs att förlora.
Varken Hamilton eller Mercedes hade en förklaring till att han körde ostyrigt. Men en gruppfigur sa: "Det kanske är en del av hans geni. Ibland måste man bara acceptera den omvända sidan av det är att han kommer att ha en ledig dag."
För början av loppet, Hamilton uppmanades att sätta sin motor i en specifik miljö som borde ha garanterat honom mer kraft, för att göra det lättare att passera bilarna framför honom. Rosberg var inte - eftersom Mercedesen var så överlägsen att han inte behövde den.
Men från varv fyra, Hamilton märkte att motorn var "de-rating" - inte distribuerar sin fulla elektrisk energi. Det tog laget ett tag att räkna ut vad det var. När de hade - ett motorläge hade konfigurerats felaktigt och inte betedde sig som förväntat - kunde de inte tala om för honom hur han skulle fixa det på grund av restriktionerna för hur mycket hjälp en förare kan ges av ett team över radion.
Eftersom Hamilton inte hade gjort något för att få det att hända, eftersom han hade ändrat ingenting på bilen, visste han inte var man skulle börja leta efter en fix.
Som han uttryckte det: "I motoromkopplaren finns sex positioner och i dem finns det omkring 20 positioner så jag hade ingen aning om vad problemet var och hur jag skulle rätta till det. Jag provade några olika saker men det fungerade inte så jag gick bara tillbaka dit jag var."
Han lyckades fortfarande komma upp till en de facto femte, men han fann det snabba Kraft Indien av Sergio Perez ett steg för långt.
Hamilton var inte helt tydlig i sina förklaringar efter loppet, men så småningom gjorde han den avgörande förändringen - men då var han 14 sekunder efter Perez och det fanns bara 10 varv att gå, så det var för sent att göra något åt det.
Han vände ner motorn och kryssade till flaggan, i hopp om att spara den för att hjälpa sin sak senare under säsongen.
Hamilton sa att han trodde att motorproblemet kostade honom en sekund i varv.
Wolff sa: "Vi vet inte hur mycket det är. Enligt data är det 0,2sek per varv men det måste ha känts som mycket mer eftersom motorerna var de-rating mellan Turns Two och Tre där du förväntar dig den största boost och som förmodligen undermedvetet påverkade honom. "
I teorin låter det som om Hamilton fortfarande skulle ha kunnat ta sig förbi Perez, men det gjorde han inte. Varför? Hans däck kanske var överkokta.
Kanske var behovet av att mixtra med motorinställningarna - och kanske till och med frustrationen av att veta hur mycket han förlorade mot Rosberg - distraherade honom. Det kanske vi aldrig får veta.
Rosberg påverkades också av samma lägesfråga i loppet som Hamilton - men nyanserna i det innebar att situationen var mycket annorlunda för båda förarna.
Rosberg hade inte varit i läge från starten av loppet, märkte problemet efter att han hade bytt till det. När motorn började sjunka, berättade han för laget.
De kunde bara ge honom samma information som de hade gett Hamilton - att "problemet verkar vara med det nuvarande läget som du är i" och att inställningen var "okorrekt".
Det logiska steget från det till att byta från det läge han hade lagt bilen i strax innan problemet inträffade är uppenbarligen mycket mindre än ett som hade inträffat fyra varv efter starten av en tävling.
Därför förklarade Wolff: " Vi hade en konfigurationsinställning - elektronikinställning med motorlägen - som inträffade på båda bilarna.
"Därför att vi inte får berätta för föraren - de behövde räkna ut det.
"Nico var i den mer lyckosamma situationen att han gjorde en omväxling precis innan den typen av ledde honom på rätt väg så inom ett halvt varv gick han tillbaka in i rätt läge. Eftersom Lewis inte hade den rätta vägen, tog det honom ett tag."
Detta var Rosbergs femte seger för säsongen.
Ja, han har fått hjälp av tekniska problem som biter Hamilton - två på varandra följande identiska hybridsystem misslyckanden i kvalificering i Kina och Ryssland, till exempel, som tog honom ur kampen för seger.
Men de andra tre vinsterna har kommit till på grund av fel Hamilton har gjort, hur små.
Han gjorde två relativt fattiga starter i Australien och Bahrain - den första inom scatter av en "normal" start men långsammare än hans lag-kamrat, den andra när han fördröjde sin reaktion på lamporna eftersom motorn revs inte slog sig ner. Nu har han gjort en fullständig hasch av en helg han borde ha dominerat.
Rosberg gör allt han behöver göra och hans beslutsamhet är beundransvärd.
Han har bestämt vägrat att dras in i någon form av spekulationer om någon form av ämne som har att göra med mästerskapet eller Hamilton.
Men han gör det med en bra humor som gör det omöjligt att inte respektera och värma honom.
Han höll till exempel en mycket underhållande nyhetskonferens efter kvalet där olika journalister försökte få honom att bita i olika ämnen, och han slog försiktigt bort deras frågor med kvickhet, charm och ett leende.
På fredag, tidigt för förarnas genomgång, dök han upp i mediecentret för en pratstund om banan med de engelska journalisterna.
På rätt spår gör Rosberg också affärerna. Hamilton fortsätter att demonstrera den swashbuckling och ibland vördnadsbjudande förmåga som har gjort honom vad han är - "en av de snabbaste förare någonsin att köra en F1-bil", som Jenson Button uttrycker det.
Rosberg vet hur bra Hamilton är, vet att oftare än inte hans lagkamrat kommer att vara snabbare. Så hans strategi är att bara koncentrera sig på sig själv, göra det som fungerar för honom, spela procenttalen och se vad som händer.
"Det bästa sättet för mig att vinna tävlingar är att fokusera på helgen", sa Rosberg. "Det är vad jag gjorde här.
"Jag mådde inte dåligt på grund av att förlora så många poäng fördel för Lewis. Om jag gör det kommer jag inte att kunna vinna här på ett sådant sätt. Jag gillar att ta det ras för ras och försöka få jobbet gjort, fokusera och det fungerade bra."
Hittills fungerar det bra.
Under ett år då motorrelaterade rutnätspåföljder nästan är säkra på grund av de problem han redan har haft, har Hamilton ett svar?
Om han gör det, kommer han inte att leverera det genom att köra som han gjorde i Baku.
Kommer Lewis Hamilton att ångra sin hemska prestation i kvalet till Europas Grand Prix?