Den 59-årige skådespelaren och presentatören har inlett en petition för att förhindra att byggnader rivs för att bana väg för en ny station.
En planerad Crossrail 2 anslutning på Tottenham Court Road kommer att se två nya åtkomstpunkter byggdes i Soho.
Fry, som är ordförande i Save Soho, varnade området "kan förändras dramatiskt".
Han sade att gruppen inte motsatte sig Crossrail 2.
Men han sade: " Soho är inte bara en storstads enklav... det är ett fokus, en magnet för unga, kreativa och öppensinnade runt om i landet.
"Det nya hotet mot Sohos autentiska själ från Crossrail 2 är ett verkligt och brådskande problem."
London Mayor Sadiq Khan har varnat för att Londons transportnät kommer att stanna på grund av överbeläggning om inte regeringen backar Crossrail 2.
Byggnationen skulle kunna inledas i början av 2020 och järnvägen skulle kunna vara öppen senast 2033.
En föredragen rutt för ett föreslaget Crossrail 2-program på 20 miljarder pund, som går nord-sydlig genom London, godkändes 2014.
Crossrail 2 chefer säger att förbättringar kommer att minska trängsel på den mest trafikerade delen av den norra linjen under toppperioder med cirka 30%.
Stephen Fry har sagt att Crossrail 2 utgör ett hot mot Sohos "autentiska själ".