Seagulls försvarare Shane Duffy gick i Oliver Norwoods hörn mot hans tidigare sida för att sätta besökarna framåt.
Dale Stephens volley efter pausen fördubblade ledningen innan Rovers Sam Gallagher sköt in från nära håll.
Brighton substitut Glenn Murray hackade in för att försegla vinsten efter Blackburns Gordon Greer skickades iväg, innan Gallagher tog en tröst.
Murrays 13: e liga mål för säsongen och först hemifrån denna kampanj, kom efter Rovers målvakt Jason Steele tappade Lewis Dunk skott på strejkande fötter.
Alla chanser till en comeback av värdarna hade redan gjorts svårare vid 2-1, när ex-Brighton kapten Greer visades en andra gul för en foul på Bournemouth låntagare Murray 16 minuter från heltid.
Gallagher krossade i sin nionde Championship mål denna säsong och andra av kvällen efter racing klart i stopptid, men det var för sent för Owen Coyle kämpa sida framför en säsong låg publik av 9,976 vid Ewood Park.
Rovers har nu förlorat 11 av sina 21 Championship fixturer och Cardiffs seger över Vargar såg till att de halkade in i nedflyttningszonen.
I kontrast, Brighton har besegrats i bara sju av sina senaste 68 liga matcher i en körning som sträcker sig tillbaka till maj 2015, men kommer att ersättas av Newcastle på toppmötet om Magpies vinna på Wigan på onsdag.
Duffy, som anlände på sydkusten i augusti, har nu gjort fyra mål mot Rovers den här säsongen - tre av dem egna mål.
24-åringen förvandlades till sitt eget nät i ett 3-0 nederlag vid Wigan den 13 augusti.
Fyra dagar senare gjorde Duffy två första hälften egna mål och skickades sedan iväg i stoppage tid i en 2-1 förlust i Cardiff - hans sista liga match för Lancashire klubben.
Blackburn manager Owen Coyle berättade för BBC Radio Lancashire:
"Jag tyckte att vi startade spelet riktigt bra på framsidan mot ett lag jag skulle säga tillsammans med Newcastle ser mycket, mycket stora favoriter säkert för automatisk befordran.
"Vi gjorde säkert en eller två chanser, men vi accepterade att de var mycket farliga på motattacken. Klockan två. Vi kände att vi var tillbaka i det med en chans att vända spelet på huvudet.
"Men, det är en enorm vändpunkt när Gordon plockar upp det andra gula kortet. Det var verkligen kontakt och det lämnar oss med 10 män mot en av de svåraste sidorna att möta.
"De kämpade sig undan och fortsatte att ge allt de kunde. Det finns gott om hjärta och ande, men vi har för många mål.
Brighton manager Chris Hughton berättade för BBC Sussex:
"Det var närmare än vad vi förtjänade och vad det borde ha varit. Det är min enda besvikelse över natten.
"Men, Jag tyckte att vi bröt riktigt bra ibland och i vissa skeden av spelet, vi kunde ha varit verkligen utom synhåll.
"Ultimat, det är ungefär tre poäng och varje bort seger är en uppskattad seger. Inga spel är lätt på vägen så jag är nöjd med de tre punkterna."
Matchändar, Blackburn Rovers 2, Brighton och Hove Albion 3.
Andra halvlek, Blackburn Rovers 2, Brighton och Hove Albion 3.
Foul av Craig Conway (Blackburn Rovers).
Glenn Murray (Brighton och Hove Albion) vinner en frispark i anfallshalvan.
Mål!  Blackburn Rovers 2, Brighton och Hove Albion 3. Sam Gallagher (Blackburn Rovers) höger fotade skott från höger sida av lådan till nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Liam Feeney.
Försöket räddades. Steve Sidwell (Brighton och Hove Albion) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet. Hjälpt av Solly Mars.
Substitution, Brighton och Hove Albion. Solly March ersätter Anthony Knockaert.
Försök blockerat. Danny Graham (Blackburn Rovers) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Liam Feeney.
Darragh Lenihan (Blackburn Rovers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Glenn Murray (Brighton och Hove Albion).
Jiri Skalak (Brighton och Hove Albion) träffar vänster stolpe med ett högerfött skott från vänster sida av sex yard box. Hjälpt av Anthony Knockaert med ett kors.
Offside, Brighton och Hove Albion. David Stockdale försöker en genom boll, men Glenn Murray fångas offside.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Sam Gallagher (Blackburn Rovers) visas det gula kortet för en dålig foul.
Försening i match Sébastien Pocognoli (Brighton och Hove Albion) på grund av en skada.
Foul av Sam Gallagher (Blackburn Rovers).
Sébastien Pocognoli (Brighton och Hove Albion) vinner en frispark i defensiva halvan.
Substitution, Brighton och Hove Albion. Steve Sidwell ersätter Sam Baldock.
Försök missade. Glenn Murray (Brighton och Hove Albion) huvudet från mitten av lådan är nära, men missar till vänster. Hjälpt av Sam Baldock med ett kors.
Försök missade. Darragh Lenihan (Blackburn Rovers) huvud från mitten av lådan missar till vänster. Hjälpt av Craig Conway med ett kors efter en viss bit situation.
Sam Gallagher (Blackburn Rovers) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Lewis Dunk (Brighton och Hove Albion).
Mål!  Blackburn Rovers 1, Brighton och Hove Albion 3. Glenn Murray (Brighton och Hove Albion) höger fotade skott från mitten av lådan till mitten av målet.
Försöket räddades. Lewis Dunk (Brighton och Hove Albion) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i mitten av målet.
Foul av Hope Akpan (Blackburn Rovers).
Jiri Skalak (Brighton och Hove Albion) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Andra gula kortet till Gordon Greer (Blackburn Rovers) för en dålig foul.
Foul av Gordon Greer (Blackburn Rovers).
Glenn Murray (Brighton och Hove Albion) vinner en frispark i defensiva halvan.
Försök missade. Jiri Skalak (Brighton och Hove Albion) höger fotade skott utanför lådan är nära, men missar till vänster. Hjälpt av Sam Baldock.
Substitution, Blackburn Rovers. Liam Feeney ersätter Marvin Emnes.
Substitution, Brighton och Hove Albion. Glenn Murray ersätter Tomer Hemed.
Darragh Lenihan (Blackburn Rovers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Shane Duffy (Brighton och Hove Albion).
Jason Lowe (Blackburn Rovers) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Jason Lowe (Blackburn Rovers).
Bruno (Brighton och Hove Albion) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försök blockerat. Oliver Norwood (Brighton och Hove Albion) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Foul av Gordon Greer (Blackburn Rovers).
Tomer Hemed (Brighton och Hove Albion) vinner en frispark i anfallshalvan.
Brighton gick toppen av mästerskapet och gjorde det 15 matcher unbeaten med en seger på 10-man Blackburn Rovers.