Han sa att DUP skulle tala med PSNI för att få svar om mordet.
Mr McGuigan sköts på Comber Court i östra Belfast på onsdag kväll.
Robinson frågade om han var bekymrad över IRA:s inblandning och sade: "Jag anser att alla bör vara oroade över att så skulle vara fallet."
"Låt oss låta polisen göra en fullständig utredning av saken", sade han.
"Vi kommer att tala med PSNI för att se vad deras resultat är när det gäller medverkan av någon organisation.
"Men låt oss vara mycket tydliga, det kommer att bli återverkningar om det visade sig vara fallet."
Han tillade: "Det skulle verkligen vara helt oacceptabelt att alla organisationer som är inblandade i våld ingår i Nordirlands styrelse."
Robinson hänvisade till de potentiella politiska konsekvenserna för Sinn FÃ©in, det största republikanska partiet i Nordirland och det näst största partiet i församlingen.
Robinson beskrev mordet som ett "savage-mord" och sade att det "bör vara en varning till alla politiker och andra om hur lätt det skulle vara att glida tillbaka in i den gamla dåliga tiden".
Han sade att det fanns människor som skulle kliva in i ett "undvika" att "exploatera politiska svårigheter".
"Församlingens kollaps kommer att ge näring åt den typ av verksamhet som vi har sett under de senaste veckorna från dissidenter i vårt samhälle", tillade DUP-ledaren.
Sinn FÃ©in MLA Alex Maskey sade att han inte trodde att PIRA var inblandad i mordet och uttryckte oro över "ohjälplig spekulation".
"Jag accepterar inte för en sekund att IRA har varit inblandad i detta, det bara inte registrera alls", sade han.
"Vi kommer att träffa PSNI inom kort för att se till att de gör sitt jobb, vilket är att ha en mycket grundlig och snabb, snabb och professionell utredning av vem som orsakade detta dödande och vem som orsakade detta dödande bör och förhoppningsvis kommer att ställas inför rätta så snart som möjligt.
"Vi kräver lugn, vi kräver respekt för just denna familj just nu mitt i deras sorg och vi varnar för ohjälpliga och ovälkomna spekulationer."
I en separat utveckling sade Robinson att det hade förts samtal under sommaren mellan parterna om dödläget för välfärden och att de skulle fortsätta.
Han sade: " Vi har gått igenom det undersökande skedet.
"Vi är nu i det förberedande skedet där vi tittar på vad som kan göras under omständigheterna. Men klart och tydligt kommer det att bli nödvändigt att ha nått en överenskommelse."
Han sade att han inte ville vara "för exakt" över det datum då det måste finnas en resolution, men att hösten var den kritiska tiden.
Robinson tillade att framsteg har gjorts när det gäller alla andra frågor i Stormont House-avtalet, inklusive nya mekanismer för att hantera det förflutna och systemet för frivillig utflyttning från den offentliga sektorn.
Men han sade att den viktigaste frågan som höll upp processen var välfärd.
Han varnade återigen för att de politiska institutionerna i Nordirland var i fara om situationen inte löstes.
"Om Stormont House inte genomförs befinner vi oss fortfarande i en situation där Stormont inte passar in och kan kollapsa", sade han.
Förste minister Peter Robinson har sagt att det kommer att bli återverkningar om det framkommer att den provisoriska IRA var inblandad i mordet på Kevin McGuigan Sr.