Chelsea Manning, vars dom omvandlades av den avgående presidenten, tackade honom "för att han gav mig en chans".
Den 29-årige transgendersoldaten, född Bradley Manning, gav pinsamma dokument till Wikileaks 2010.
Vid president Obamas sista presskonferens på onsdag förklarade han att "rättvisa har skipats".
Hon kommer att befrias från militärfängelset i Fort Leavenworth i maj - 29 år före sin planerade frigivning 2045.
Wikileaks grundare Julian Assange vägde in på torsdag och insisterade på att han skulle stå fast vid sitt erbjudande att utlämnas till USA så länge hans rättigheter skyddades.
Assange, som gick med på att utlämnas till USA om Barack Obama gav Manning nåd, har gömts på Ecuadors ambassad i London sedan 2012.
Den australiska medborgaren sökte skydd där för att undvika utlämning till Sverige, där han är efterlyst för förhör i samband med ett påstått sexualbrott.
"Jag står fast vid allt jag sagt inklusive erbjudandet att gå till USA om Chelsea Mannings mening pendlades," sade han i en live online ljud nyhetskonferens på torsdag.
"Det kommer inte att pendlas (tills) maj. Vi kan ha många diskussioner till den punkten, tillade han.
Vita huset sade att Mannings pendling inte på något sätt hade påverkats av Assanges erbjudande, och den amerikanska rättsavdelningen har inte åtalat Assange eller offentligt sökt hans utlämning.
Obama säger att rättvisa skipas
Utsikt: Obama fick det rätt
Barack Obamas sista minuten-pendling hämtade snabbt kritik från republikanska kretsar.
En talesman för Donald Trump sa att han är bekymrad över det här. Det är en besvikelse och det sänder ett mycket oroande budskap när det gäller hanteringen av hemligstämplad information."
Republikansk talman i huset Paul Ryan kallade beslutet "överraskande".
"Chelsea Manning förräderi satte amerikanska liv i fara och avslöjade några av vår nations känsligaste hemligheter," Mr Ryan sade.
Manning har inte tillgång till internet, som en del av villkoret för hennes fängelse.
Trots det har hon twittrat från @xychelsea sedan april 2015.
I ett handskrivet brev som hon släppte för att förklara sin användning av sociala medier berättade hon hur hon ringer en vän på telefonen som transkriberar vad hon säger "verbatim".
Hennes tack adresserades till @BarackObama, snarare än presidentens officiella @POTUS Twitter konto, som Obama kommer att lämna över till Mr Trump på fredag när han officiellt blir nationens 45: e president.
Den amerikanska armén avtjänar ett 35-årigt fängelsestraff för läckande hemliga dokument har tackat president Barack Obama för att förkorta hennes straff.