Mr Trump bjöd in County Down golfare att spela på hans Trump International Golf Club på söndag.
Efter 18 hål på Floridabanan sade McIlroy om sin spelpartner: " Han sköt förmodligen omkring 80. Han är en anständig spelare för en kille i 70-årsåldern. "
Men efter en motreaktion på sociala medier, McIlroy tog till Twitter på fredag kväll för att försvara sina handlingar.
I inlägget sade han att han respekterar Mr Trumps kontor och slår ut på dem som beskrev honom som en fascist och en bigott i kölvattnet av mötet.
"Jag håller inte med om allt mina vänner eller familj säger eller gör, men jag spelar fortfarande golf med dem", twittrade han.
"Förra veckan blev jag inbjuden att spela golf med USA:s president. Oavsett om du respekterar den person som innehar tjänsten eller inte, respekterar du det ämbete som han innehar."
Han tillade att spelet var "inte ett stöd, inte heller ett politiskt uttalande av något slag".
"Det var helt enkelt en golfrunda", skrev han.
"Jag har rest över hela världen och har haft turen att bli vän med människor från många olika länder, övertygelser och kulturer.
"Att bli kallad fascist och en bigott av vissa människor eftersom jag tillbringade tid i någons sällskap är bara löjligt. Jag hoppas, i viss mån, att detta klargör mitt beslut att acceptera inbjudan."
Rory McIlroy har sagt att en golfrunda han spelade med Donald Trump var inte ett stöd av USA: s president.