Den 133-åriga statyn avbildade general Robert E Lee, den främsta militärledaren i konfederationen, som korsade hans armar när han vände sig norrut mot sin gamla fiende.
Kritiker säger monument till konfederationen är rasistiskt kränkande, men anhängare säger att de är viktiga symboler för stadens södra arv.
De tre andra statyerna togs bort på natten för att begränsa sammandrabbningar.
Arbetarna på jobbet bar skottsäkra västar och masker.
I ett uttalande på torsdag sa New Orleans borgmästare Mitch Landrieu att de fördömda statyerna "uppfördes årtionden efter inbördeskriget för att fira "Kulten av den förlorade saken", en rörelse som erkändes över hela södern som firande och främjande av vit överhöghet."
Barricades gick upp över natten runt parken där den 16ft (4.8m) statyn stod på toppen av en 60ft pelare.
Kablarna för en närliggande spårvagn togs också tillfälligt ner för att tillåta byggnadsutrustning i parken.
Innan polisen röjde området på torsdag samlades närmare 200 demonstranter för att uttrycka stöd och motstånd mot monumentet.
Demonstrationer var mestadels fredliga, lokala medier rapport.
Den enda flampunkten var när en protestant ryckte en sydstatsflagga.
En man greps för att ha klättrat upp på monumentets piedestal och vägrat att komma ner.
Monumentet till Lee restes den 22 februari 1884 - nästan 20 år efter inbördeskrigets slut.
På dagen för avtäckningen kom en skara på närmare 15.000 människor för att se på, rapporterade tidningen Daily Picayune följande dag.
I samma ögonblick som statyn avtäcktes avfyrades en 100-gevärshälsning, och "ett mäktigt rop gick upp från konfederationens soldater", rapporterade Daily Picayune.
Stadstjänstemän säger att monumenten kommer att flyttas någonstans som ett museum där de kan "placeras i sitt rätta historiska sammanhang från en mörk period av amerikansk historia".
Men WWL-TV har hittat de borttagna monumenten till Jefferson Davis och PGT Beauregard på en stadsägd skrotgård.
De som stöder monumenten säger att de är ett kulturellt arv som främjar arvet snarare än rasismen.
Beslutet att ta bort statyerna kom i december 2015, sex månader efter en vit supremacist sköt döda nio svarta tillbedjare i en South Carolina kyrka.
Maskerade stadsarbetare i New Orleans har tagit bort de sista av fyra monumenten till det förslavade upproret besegrat i det amerikanska inbördeskriget.