Mer än 300 mansutrymningar har hållits för screening efter att ha lämnat Gamla stan under ett överenskommet eldupphör.
Talal Barazi, guvernör i Homs, säger att 111 män har blivit förhörda och frigivna, medan 190 andra fortfarande hålls fängslade.
Mer än 1.100 människor har flytt från staden sedan i fredags under vapenvila.
Hjälporganisationer i Syrien hade hoppats kunna evakuera fler civila på tisdagen efter att vapenvilan hade förlängts med tre dagar, men operationen försenades med en dag av logistiska skäl.
"Utrymningen av civila och leveransen av livsmedelsbistånd kommer att fortsätta i morgon bitti," regionguvernören berättade AFP nyhetsbyrån.
En vapenvila som avtalats fram till onsdag kväll kan förlängas om det behövs, tillade han.
FN:s kontor för mänskliga rättigheter säger att det är "djupt oroat" att pojkar och män greps när de lämnade det belägrade området.
"Det är viktigt att de inte kommer till någon skada", sade Rupert Colville, talesman för FN: s kommissionär för mänskliga rättigheter.
"Vi kommer att fortsätta att trycka på för att de ska behandlas på rätt sätt i enlighet med internationell humanitär rätt och människorättslagstiftning."
Melissa Fleming, talesman för FN:s flyktingkommissariat (UNHCR), sade att fångar hölls fångna på en övergiven skola.
"Vi övervakar situationen. Vi tar definitivt hänsyn till antalet där och vem som är där, sa hon.
Under tiden har förhandlingar mellan Syriens regering och oppositionsdelegationerna i Genève skjutits upp för dagen.
En andra omgång fredsförhandlingar hölls på måndagen med separata möten mellan FN:s sändebud Lakhdar Brahimi och de två sidorna.
"Den här veckans början är lika mödosam som den var första veckan. Vi gör inga större framsteg", berättade han för en nyhetskonferens på FN:s högkvarter.
Den första rundan avslutades förra månaden utan några fasta avtal och båda sidor handel förolämpningar.
Oppositionen vill att regeringen skriftligen förbinder sig till 2012 års kommuniké i Genève, som krävde att en övergångsförvaltning skulle inrättas med fullständig verkställande makt.
President Bashar al-Assads regering har uteslutit all maktöverföring.
Ansträngningarna att evakuera hundratals fler kvinnor, barn och äldre från Homs, som har varit under belägring i 18 månader, stoppades tillfälligt på tisdagen av logistiska skäl.
Mer än 450 civila lämnade måndagen, mitt i granatelden och skottlossningen.
BBC's Lyse Doucet, som är i Homs, sade att det inte förväntades att så många unga män skulle försöka lämna.
Så deras öde granskas mycket noga, tillägger vår korrespondent.
Hon var på en presskonferens i tisdags där Homs guvernör gav de senaste siffrorna om hur många fångar som frigivits.
Han sa att han förväntade sig att omkring 80% av de som hölls skulle släppas fria.
Matthew Hollingworth, Syriens chef för FN:s världslivsmedelsprogram, sa till BBC att "dammluckorna har öppnats" eftersom många fler försöker lämna landet.
"De nivåer av fattigdom i den gamla staden är som ingenting jag någonsin sett tidigare," sade han.
"Människor bor i tunnlar under jord, rör sig mellan skal av byggnader för att hitta rötter att äta - det har funnits lite mat i många, många månader nu."
FN:s biståndschef Valerie Amos välkomnade förlängningen av tre dagars vapenvila på måndagen.
Desperation av palestinska flyktingar
Men hon bekräftade också att 11 personer dödades efter hjälpinsatsen var "delibert måltavla". Det är oklart vem som var ansvarig för attacken.
Hon sade att många av dem som hade lämnat staden hittills verkade traumatiserade och svaga efter många månaders belägring.
I Storbritanniens oberoende tidning varnade den brittiske utrikesministern William Hague för att massakern i Srebrenica 1995 - då mer än 8 000 män och pojkar dödades i en bosnisk stad - kunde upprepas i den gamla staden Homs.
Han sade att det var dags att "kasta upp värmen" på den syriska regeringen.
Ryssland och Kina deltog dock inte i ett möte i New York för att diskutera en ny resolution från FN:s säkerhetsråd där man efterlyste större tillgång till humanitärt bistånd i måndags.
Rysslands utrikesminister Sergei Lavrov har avfärdat resolutionsförslaget som ensidigt och "avskilt från verkligheten", enligt Interfax nyhetsbyrå.
Syriens civila konflikt har krävt mer än 100 000 liv sedan 2011 och har drivit 9,5 miljoner människor från sina hem.
FN:s biståndsorgan har uttryckt oro över säkerheten för ett stort antal män och pojkar som frihetsberövats av de syriska myndigheterna efter att ha evakuerats från Homs.