Arrangörer sa att regn och markförhållanden hade orsakat förseningar och festivalens grundare Michael Eavis har bett om ursäkt.
Festivalens Twitter-konto sa att det var "öppet för affärer" men rådde festivalbesökare att förvänta sig att köa.
Mer än 100.000 människor kommer att stiga ner på Worty Farm för evenemanget.
Glastonbury gridlock: Senaste uppdateringarna
På bild: Glastonbury välkomnar leriga ankomster
Portarna öppnades officiellt kl 08:00 BST men folk rapporterade långa köer för att komma vidare till webbplatsen.
En biljettinnehavare berättade för BBC att han hade stått i kö i "ca fyra och en halv timme" och bara flyttat en halv mile.
"Vi försöker komma in i husbil fält men vi är glada att vi har kommit idag eftersom vi tror att det kommer att bli ännu värre i morgon," sade han.
Glastonbury livealbum att tillägnas Jo Cox MP
Glastonbury 2016: Elva akter att titta på
Glastonbury väder - senaste BBC prognos
Andra tog sig till sociala medier för att ge utlopp åt sin frustration, och Angela Gibbon tweetade: " Sju timmar i kön nu... så nära ännu så långt borta!".
Steve Saunders satte upp en bild av vägkanten och sade: " Detta är en utsikt över en häck som vi har haft i en timme. Det är en skönhet!" Medan Patrick Dear tweetade: "Talar om nödvändiga överlevnadsplaner nu - vem av oss att äta först."
Mike Ross sa att han aldrig hade varit på en rondell tillräckligt länge för att ta en tupplur innan och Moira twittrade att hon hade "varit i denna trafik i 12 timmar, det är längre än någon av mina relationer".
Eavis sade att han var "sorg om förseningen" men problemet var att "människorna kom innan portarna var öppna".
"Vi bad folk att skjuta upp sin resa med ungefär sex eller sju timmar, men istället för det - kul nog - fler människor har kommit tidigt denna gång," sade han.
"Jag har inget emot att de kommer tidigt, men de får vänta för vi har varken personal eller parkeringsplatser förrän klockan åtta på morgonen."
Festivalarrangörer tidigare rådde människor "inte att starta" ännu eller "gripa några väsentliga" för resan.
En tillfällig husvagns- och husvagnsplats sattes upp vid Bath and West show mark nära Shepton Mallet och festivalbesökare uppmanades att åka dit.
Avon och Somerset Polisen sa att trafiken köade på A37, norr och söder om A361 korsningar, med ytterligare trängsel runt A303.
Kraften rådde människor att undvika området "om inte absolut nödvändigt".
Somerset County Council sa att trafiken på väg till festivalen hade orsakat omfattande störningar.
Det sades att ett antal skolbussar hade fastnat i trafiken och körde sent eller inte alls.
Invånarna beskrev de gridlockade vägarna som en "trafikkatastrof".
Lorry förare Jason Barnes kallade situationen "absolut slakt" och sade: "På sex timmar har jag bara kört 11 miles. Jag ska ju jobba."
Nigel White sa att A39 genom Ashcott var "virtuellt vid ett stillestånd" medan Judith Templeman sade "ingen annan händelse skulle tillåtas orsaka denna nivå av förödelse".
"Om de inte kan hantera tillströmningen av människor på ett effektivt sätt för att inte orsaka denna nivå av störningar på alla tillfartsvägar runt Shepton Mallet... då bör det stoppas eller begränsas till det antal som kan bearbetas effektivt", tillade hon.
Frome MP David Warburton twittrade det hade "inte varit så illa i år" och han skulle skriva till Mr Eavis som detta var "inte bra för Somerset".
Met Office postade en väderuppdatering på sitt Twitter-konto, säger ytterligare utbrott av regn över Glastonbury i morse hade lagt till "redan mycket våta markförhållanden."
Bilder dök upp på måndagen som visar översvämningar vid Somerset platsen, med stigar under vatten och campingområden redan förvandlats till lerbad.
Muse, Adele och Coldplay är alla huvudscenen i pyramiden under helgen.
Andra rättsakter inkluderar Jeff Lynnes ELO, Earth Wind & Fire, Ronnie Spector, Art Garfunkel, Madness, Squeeze och New Order.
Ska du på Glastonbury-festivalen? Har du drabbats av förseningar i resan? Eller är du på plats? Låt oss veta om dina erfarenheter. E-posta dinsay@bbc.co.uk med dina berättelser.
Ange ett kontaktnummer om du är villig att tala med en BBC-journalist. Du kan också kontakta oss på följande sätt:
Glastonbury festivalbesökare har fastnat i köer på upp till 12 timmar när trafikkaos drabbade alla större vägar till platsen.