Reportrar sa att de verkade friska men lite oroliga efter sin långa resa.
En cirkus kapitulerade några av lejonen, medan andra intogs i razzior.
Den USA-baserade gruppen Animal Defenders International (ADI), som låg bakom aktionen, säger att nästan alla lejon har fått tänder eller klor borttagna.
De skulle inte överleva i det vilda.
Lejonen förflyttas landvägen till Emoya Big Cat Sanctuary, ett reservat på 5000 hektar i norra Sydafrika. Där kommer lejonen att ha bassänger, plattformar, leksaker och veterinärvård.
"Detta är ett enormt viktigt räddningsuppdrag eftersom det gör ett uttalande runt om i världen om hur människor behandlar djur," ADI taleskvinna Jan Creamer sade.
"Dessa lejon har lidit oerhört."
Den första gruppen av nio lejon samlades i Colombias huvudstad Bogota på ett lastplan, som sedan flög till Perus huvudstad Lima för att hämta ytterligare 24 djur.
"Det kommer att bli enormt tillfredsställande att se dessa lejon gå in i den afrikanska Bush," ADI vice ordförande Tom Phillips citerades som säger av Associated Press nyhetsbyrå.
Lejonen befriades efter att användningen av vilda djur förbjöds i Peru 2011 och Colombia 2013.
Den 5.000-hektar (12.355 tunnland) Emoya Big Cat Fristaden är på privat mark och redan hus sex andra räddade lejon och två tigrar.
Lejonlivsmiljöer där skulle stadigt utvidgas under de kommande månaderna när lejonen blev bekanta med sitt nya liv och introducerades till varandra, sade ADI.
Mer än 30 lejon som räddats från cirkusar i Colombia och Peru har flugits till Sydafrika för att börja ett nytt liv i en fristad.