Gunners har en 2-1 ledning över Potsdam från första benet och är favoriter för att nå kvartsfinalen.
Kapten Katie Chapman sade: "Vi dominerade torsdagens match och kunde ha lagt slipsen i sängen om vi hade avslutat några fler chanser.
"Vi åker till Tyskland och tror att vi kan få det resultat vi behöver gå igenom."
Arsenal, som vann tävlingen 2007, är i sin elfte säsong i europeisk fotboll elit tävling och har aldrig misslyckats med att nå de sista åtta.
Men två-vinnare Potsdam, som senast lyfte trofén 2010, har också alltid klarat sig igenom till åtminstone kvartsfinalen.
Chapman, en av de första leg målgörarna, tillade: "Potsdam är ett av de allra bästa lagen i Europa och det kommer att bli riktigt tufft där borta.
"Men vi har slagit dem en gång, och om vi kanske kan få ett tidigt mål det kommer att göra det mycket svårt för dem."
Arsenal Ladies kommer att sikta på att bli den första brittiska sidan att slå ut tysk opposition i Women's Champions League på onsdag.