Xylella Fastidiosa bakterier hotar också citrusfrukter och vingårdar.
Kommissionen säger att minst 10 procent av de 11 miljoner olivträden i Lecce är smittade. Man vill att Italien skall förstöra smittade träd och begränsa all handel med arter som är känsliga för sjukdomen.
Kommissionen kommer att föreslå nya nödåtgärder denna vecka.
Tusentals hektar oliver påverkas av utbrottet - en stor oro för Italien, som är EU:s näst största olivoljeproducent efter Spanien.
Kommissionen lade fram en rad åtgärder för att begränsa utbrottet i juli förra året, men säger att situationen har försämrats sedan dess och att det krävs fler åtgärder.
Europeiska myndigheten för livsmedelssäkerhet (EFSA) säger att sjukdomen, som dödar träd genom uttorkning, sprids av olika savsugande insekter.
En talesman för EFSA berättade för BBC att det fortfarande finns "mycket osäkerhet" om det italienska utbrottet, trots en omfattande EFSA-studie av det som offentliggjordes i januari.
"Även träd som inte visar symptom kan bära bakterierna, vilket gör det riktigt svårt. Bara skära ner träd med symptom kanske inte räcker, sade han.
Italienska tjänstemän i Lecce säger 15 km bred (nio mil) buffertremsor kommer att skapas runt plantager som har infekterat träd. Dessa remsor bör vara fria från arter som är känsliga för sjukdomen, så att fläcken är innesluten.
Lokala tjänstemän, som citerades av den italienska nyhetsbyrån AGI, misstänker att sjukdomen kom in i Italien genom prydnadsväxter som importerats från Costa Rica.
Xylella blight har tidigare härjat vingårdar i Kalifornien och citruslundar i Brasilien, säger EFSA.
En lokal kampanjgrupp som heter Peacelink ifrågasätter dock EU:s uppgifter om sjukdomen och hävdar att det är mest sannolikt att en svampinfektion bär skulden.
I ett brev till EU:s kommissionär för hälsa och livsmedelssäkerhet Vytenis Andriukaitis säger Peacelink att mer än 500 olivträd som behandlats för svamp har återhämtat sig sedan våren förra året.
Det sägs att forskning vid University of Foggia pekade på svampar, snarare än Xylella, som orsaken.
Fredslänken uppmanade EU att inte förstöra olivträd i stor skala i det drabbade området och sade att en sådan åtgärd skulle vara "helt onödig".
Italien måste öka ansträngningarna för att begränsa en bakteriesjukdom som fördärvar olivträden i den södra provinsen Lecce, har Europeiska kommissionen varnat.