Morpeth slog Hereford FC 4-1 för att bli den sjunde Northern League-sidan för att vinna FA Vasen på åtta år.
Härford gick vidare efter 75 sekunder genom Rob Purdies 25-yards skott, men Morpeth samlades för att vinna.
I FA Trophy final, Scott McManus gjorde det enda målet i spelet som Halifax beat främjas Grimsby 1-0 i sitt första besök på arenan.
Grimsby Town var på Wembley för andra gången på åtta dagar, efter att ha vunnit befordran tillbaka till fotbollsligan efter en sex års frånvaro med förra helgens seger över Forest Green i National League befordran final.
Men det var Halifax Town, nyligen förflyttad till National League North och på sin första resa till Wembley, som började ljusare med McManus skicka en curling fri-kick över baren.
Efter en första halv där ingen av väktarna verkligen testades, gjorde McManus spelets enda mål i 48: e minuten.
Den 26-årige skickade 10 000 Halifax Town fans vilda när han lobbed Town Keeper James McKeown från 25 meter.
Marinsoldaterna ökade sin intensitet och tog nästan tag i en utjämnare på mer tid, men Halifax rensade av linjen för att hålla fast vid en berömd seger.
Under sin första säsong i sin nya existens, efter nedläggningen Hereford United i december 2014, hade Peter Beadles reformerade Bulls redan vunnit tre troféer denna säsong - särskilt vinna Midland League vid deras första försök.
Hereford hade tre spelare på show - Purdie, Ryan Green och skeppare Joel Edwards - som också brukade spela för Bulls i deras Hereford United dagar.
Efter Purdies explosiva tidiga öppnare, vrålande av mer än 20.000 resande fans, Bulls dominerade den första halvan, slå i baren och slösa en rad andra första hälften chanser.
Men spelet vände på 45-årige Chris Swailes'leveler när han kistade in efter en målvakt fel att bli den äldsta målskytt i en Wembley final och det utlöste Highwaymen i handling.
Luke Carr gjorde från nära håll direkt efter pausen, följt av ytterligare mål från Sean Taylor och Shaun Bell för att tjäna Morpeth deras första FA Vase triumf.
Som förtjänat veteran tidigare Ipswich, Bury och Rotherham försvarare Swailes sin tredje vinnares medalj, efter att ha vunnit tävlingen 1993 med Bridlington Town och 2012, med en annan nordöstra sidan, Dunston.
Till slut behöll de Northern Leagues strypgrepp på den här tävlingen. som började med Whitley Bays triumf 2008-09.
Grimsby stadsdirektör Paul Hurst berättade för BBC Radio Humberside:
"Vi fick inte glasyren på tårtan, det är allt jag skulle säga. Grattis till Halifax, de spelade mycket bra."
"Vi hade vår dag förra veckan. Det är en inlärningskurva för oss alla. Jag tror att i början av säsongen om vi hade sagt att vi skulle vinna befordran och få till en trofé final, alla skulle ha knäppt våra händer."
"Vad vi kan se fram emot är ligafotboll och det är vad vi ska fira ikväll tillsammans."
Morpeth Town och Halifax Town orsakade en dubbel upprörd i den första icke-League Finals Day på Wembley.