Under helgen samlades hundratals demonstranter utanför det kinesiska konsulatet i Istanbul.
Turister har uppmanats att undvika att filma protester eller att gå ut ensam.
Kina sade att det alltid har fäst stor vikt vid och fullt respekterat friheten för muslimska religiösa övertygelser.
Ett uttalande från regeringen sade anklagelser i västliga medier att religiösa riter hade förbjudits i västra Kinas Xinjiang provinsen denna Ramadan var "helt i strid med fakta".
Turkiska muslimer och kinesiska uigurer delar etnicitet och har nära kulturella och religiösa band.
Ankara kallade den kinesiske ambassadören förra veckan över rapporter om att Peking hade förbjudit uigurer från fasta och tillbedjan under den heliga månaden.
Hundratals har dött i våldsamma attacker i Xinjiang under de senaste åren. Kina skyller våldet på islamistiska terroristgrupper, men uigurgrupper säger att oroligheterna drivs av Pekings repressiva politik.
På söndagen avbildades demonstranterna på det kinesiska konsulatet när de brände den kinesiska flaggan och höll i banderoller, varav en sade: "Turkiet räddar din bror – Kina lämnar Östturkestan".
Kina krossade den kortlivade staten Östturkestan 1949. Det etablerade den autonoma regionen Xinjiang Uyghur 1955.
Det kinesiska utrikesdepartementet sade att det nyligen hade varit "flera" demonstrationer i Turkiet riktade den kinesiska regeringen och "flera" kinesiska turister hade attackerats.
Turkiska medier rapporterade en grupp koreanska turister som tros vara kineser attackerades och tårgas användes av polisen för att skingra demonstranter.
Under det senaste året har man i Xinjiang slagit till mot vad Kina beskriver som "terrorism driven av religiös extremism".
På vissa platser har regeringen förbjudit uigurer att köpa knivar och kvinnor att bära slöjor.
Säkerhetskontrollstationer har inrättats på vägar och nära marknader och köpcentra.
Under tidigare år har studenter berättat för BBC att de har förbjudits att delta i Ramadan fastar, och myndigheter har begränsat tjänstemän.
På mikrobloggen Weibo sade en kinesisk användare, Dan Duo 35: " Vår politik mot etniska minoriteter är fortfarande inte tillräckligt bra? De har mindre strikta krav på universitetsprov, särskilda bönesalar på flygplatser och mat märkt med Halal.
"Hanfolket är de missgynnade."
Kina har gett reseråd till sina medborgare som reser till Turkiet efter att det sade att flera turister attackerades i protester om den kinesiska regeringens behandling av etniska uigurmuslimer.