Tymal Mills gick för £ 1,4m till Royal Challengers Bangalore, medan kollega England bowler Chris Woakes köptes av Kolkata Knight Riders för £ 504.140.
England en dag kapten Eoin Morgan har gått till Kings XI Punjab för £ 240 066.
Internationella lagkamrater Jason Roy och Chris Jordan såldes till Gujarat Lions respektive Sunrisers Hyderabad.
Batsman Roy, 26, hämtade 120 000 pund, medan 28-årig snabb bowlare Jordan kostade 60 000 pund.
Stokes, 25, hade ett baspris på £ 240 000 (20 miljoner rupier) men var föremål för bud från Mumbai indianer, Royal Challengers Bangalore, Delhi Daredevils och Sunrisers Hyderabad innan Pune dök upp framgångsrika.
Hans arvode går om före detta Englandduon Kevin Pietersen och Andrew Flintoff, som såldes för 1,55 miljoner kronor vardera 2009.
Stokes, Roy, 24-åriga Mills och Woakes, 27, kommer att spela i åtta lag 2020 tävling - som äger rum mellan 5 april och 21 maj - för första gången.
"Det är en livsförändrande summa pengar", sade Stokes. "Sju gånger min basmängd - det är mentalt men ganska coolt att tänka på.
"Det var svårt att följa på Twitter. Jag var inte säker på hur mycket en Crore [indiska måttenhet] var - människor var repweeting saker, och det var komplett blodbad.
"Jag är jätteglad över att komma igång."
Jos Buttler behölls av Mumbai Indians och Sam Billings hölls på av Delhi Daredevils under den första omgången 2017 IPL auktion som hölls i Bangalore, men fladdermöss Alex Hales och Jonny Bairstow gick osåld.
"Bra dag för engelska cricket och några killar i synnerhet. Gratulerar pojkar, säger Buttler.
Vänster-arm pace bowler Mills kommer att vara tillgänglig för hela turneringen eftersom han är begränsad till att spela T20 cricket på grund av ryggvärk.
"När det var klart visste jag inte hur mycket det var värt", sade han. "När jag räknat ut det kunde jag inte tro det - det verkade inte verkligt.
"Det är en summa pengar som kan förändra ditt liv. Det gör det för mig."
Englands andra spelare kanske inte är tillgängliga för den 10: e upplagan av tävlingen på grund av internationella åtaganden som England värd Irland i en dag matcher den 5 och 7 maj.
De är sedan värd Sydafrika i en tre-match ODI-serien, med matcherna planerade att äga rum den 24, 27 och 29 maj, innan ICC Champions Trophy börjar i England den 1 juni.
Pune ägare Sanjiv Goenka sa att Stokes var en "fullständig spelare".
Vi har saknat denna en genre av spelare, "sade han. "Vi har många hjältar men detta är den enda hjälte vi saknade.
"Vi visste att han skulle bli dyr. Vi tror att han kommer att vara där för de första 14 matcherna. "
Stokes hjälpte England att nå finalen i World Twenty20 2016, men de slogs av Västindien efter allroundern drabbades för fyra på varandra följande sexor i finalen över av Carlos Brathwaite.
Durham-spelaren var också en del av Englands vinterturné i Indien och blev slagen 4-0 i Tests-serien, 2-1 i ODI och 2-1 i T20-serien.
Han har blivit en av Englands bästa artister och utsågs till vice kapten för Englands Test team efter att Joe Root tog över som skeppare från Alastair Cook tidigare denna månad.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Mills är Englands snabbaste bowlare men har bara spelat fyra T20-spel på internationell nivå.
"Vi behövde verkligen bowlare, särskilt med Mitchell Starc inte är tillgänglig för denna utgåva och därför, Tymal Mills var ett bra köp," sade RCB ordförande Amrit Thomas.
"Han passar spelvillkoren i Bangalore och vi skulle ha gjort vad som krävdes för att få honom."
I andra anmärkningsvärda höjdpunkter från auktionen, allrounder Mohammad Nabi blev den första Afghanistan spelare som köptes i IPL, med Sunrisers Hyderabad plocka upp honom för £ 36.000.
England allrounder Ben Stokes blev Indian Premier Leagues dyraste utländska spelare när Rising Pune Supergiants köpte honom för £1,7m.