Guardian hävdar en betalning på cirka £1m betalades in på kontot under loppet för att vara värd för spelen 2020.
I mars utvidgade franska åklagare som utreder korruption inom friidrott sina befogenheter till att omfatta budgivnings- och röstningsprocesser för värdskapet för OS 2016 och 2020.
Den brittiska tidningen säger att fransk polis tros studera anklagelsen.
I ett uttalande sade IOC att det hade varit "i kontakt med de franska domare som ansvarade för utredningen av fallet IAAF [athletics världsstyrande organ] och med Wada [World Anti-Doping Agency], sedan dess början".
Den tillade: " IOC:s chef för etik och efterlevnad kommer att fortsätta att stå i kontakt med alla berörda parter för att klargöra alla påstådda otillbörliga handlingar. IOC kommer i detta skede inte att lämna några ytterligare synpunkter på de olika delarna av undersökningarna."
Tokyobudet kom först under granskning i januari när den andra delen av en rapport från Wadakommissionen om korruption innehöll en fotnot med en redogörelse för ett samtal mellan en annan av Lamine Diacks söner, Khalil, och turkiska tjänstemän som var på väg mot Istanbuls budgrupp.
En utskrift av det samtal som nämns i rapporten föreslog en "sponsorship" betalning på mellan $4m och $5m (2,8m och £3,4m) hade gjorts av den japanska budteamet "antingen till Diamond League eller IAAF".
Fotnoten hävdar att Istanbuls bud "förlorade Lamine Diacks stöd eftersom de inte betalade".
Wadas oberoende kommission sa att den inte undersökte påståendena "för det låg inte inom vårt ansvarsområde".
En taleskvinna från Tokyo 2020 beskrev noten i Wadas rapport som "bortom vår förståelse", och tillade att "Tokyos bud handlade om Japans åtagande att ta itu med frågor kring idrottens integritet".
Lamine Diack, tidigare ordförande för IAAF, håller redan på att undersökas av franska myndigheter. Han greps förra året för korruption och penningtvätt, över anklagelser han tog betalningar för att skjuta upp sanktioner mot ryska droger fusk.
Hans son Papa Massata, som var anställd av sin far som marknadsföringskonsult för IAAF, är också under utredning, och en häktningsorder har utfärdats av Interpol.
Diack Jr har varit bannlyst för livet av IAAF men berättade BBC i december han och hans far var oskyldiga till påståendena mot dem.
IOC har sett över sina regler - och återfått förtroendet för budgivningsprocessens integritet - sedan korruptionsskandalen i Salt Lake City 1999 avslöjade systematisk korruption.
I februari sa Wadakommissionschef Dick Pound att han var "rätt säker" på att IOC var fritt från organiserad korruption, men bara en månad senare inledde de franska åklagarna sin utredning av anbudsförfarandena för 2016 och 2020.
Internationella olympiska kommittén har vägrat att kommentera påståenden om att det framgångsrika olympiska budteamet i Tokyo gjorde en "sjusiffrig betalning" till ett konto kopplat till sonen till den före detta atletiske ledaren för Lamine Diack.