Regissören fick utmärkelsen Against the Current vid filmfestivalen Off Camera på fredag.
Den 81-årige, som växte upp i staden under andra världskriget, sade att han var "extremt rörd" av äran.
Han ska tillbaka till domstolen i Krakow för ytterligare en förhandling den 22 maj.
Polanski har varit efterlyst av amerikansk polis sedan 1977, när han flydde landet fruktar ett långt fängelsestraff efter att ha anklagats för att ha haft sex med en 13-årig flicka.
Rosemarys Babyregissör hölls i Schweiz 2009 efter att ha rest till Zürich för att hämta ett pris på en annan filmfestival, men utlämningsbudet misslyckades och han fick så småningom återvända till sitt hem i Frankrike.
1977: Polanski åtalas i USA för våldtäkt av en 13-årig flicka. Han anklagas också för sodomi, barnmisshandel och att ge narkotika till en minderårig.
1978: Polanski är rädd att han kan ställas inför en lång fängelseperiod och flyr till Storbritannien och sedan till Frankrike. En fransk medborgare skyddas av landets begränsade utlämning till USA.
2009: USA avvisar Polanskis begäran om att ärendet mot honom ska avvisas. Vid ett besök i Schweiz senare samma år fängslas han till en början och sätts sedan i husarrest, eftersom myndigheterna betraktar en begäran om utlämning från USA.
2010: Schweiziska myndigheter beslutar att inte utlämna Polanski, befria honom från husarrest.
2014: Polanski förhörs av åklagare i Polen på begäran av USA. Han går med på att följa det polska rättssystemet när det undersöker frågan.
2015: Direktören deltar i en utfrågning bakom stängda dörrar i februari. Han ska tillbaka i rätten den 22 maj. Om USA:s begäran om utlämning godkänns kommer ärendet att överlämnas till Polens justitieminister.
Under fredagens ceremoni på festivalen pressade Polanski också sina handflator till gips för hallen av oberoende filmstjärnor.
"Det här är min stad. År i Krakow formade utan tvekan min konstnärliga själ, säger regissören, enligt Hollywood Reporter.
Festivalarrangörer sade Rosemarys Baby regissör "defies märkning" och har aldrig följt mode, enligt Radio Polen.
"Till amerikansk film gav han europeiska tvivel och bristande efterlevnad. Till europeisk film - amerikansk respekt för publiken, disciplin och professionalism."
Polanski har varit i Polen flera gånger under de senaste åren och deltog i en utlämningsförhandling där i februari, som hölls bakom stängda dörrar.
BBC:s Adam Easton i Warszawa sade då att många tror att myndigheterna kommer att vara ovilliga att gå med på den amerikanska utlämningsbegäran, eftersom Polanski betraktas som en av Polens största levande konstnärer.
Han planerar att göra sin nästa film i landet - en anpassning av Robert Harris thriller En Officer och en spion.
Roman Polanski har fått ett av Polens bästa filmpris i Krakow, där han också står inför en begäran om utlämning från USA över 1977 om att ha sex med en 13-årig flicka.