Footage av träningspassen visar att de djur som släpas runt på en gård i New South Wales av toppspelare från King's School i april.
Djurrättsaktivister och vissa jordbrukare har fördömt verksamheten.
King's School, känd för att ha producerat nationella rugbystjärnor, försvarade till en början övningen.
Rektor Tim Hawkes hade sagt att uppgiften var "inte olik den som utförs av klippare" och att inga djur skadades.
"De två rugby tränare försäkrades av jordbrukaren i förväg att verksamheten var säker och ännu mer så eftersom han skulle övervaka den noggrant," Dr Hawkes sade i ett uttalande utfärdat till Australian Broadcasting Corp, som avslöjade videon.
Men i ett senare uttalande sade han att han var "förvisad vid beslutet".
"Oavsett om det övervakades eller att inga djur eller pojkar skadades var det helt olämpligt."
Filmen rapporterades ha publicerats på en privat Facebook-sida av en lärare, men hade sedan dess tagits bort.
Chefen för RSPCA i New South Wales, Steve Coleman, kallade övningen "oroligt".
"Det jag just såg var beteende som kan leda till liknande beteenden gentemot människor. Det finns mycket att säga om våld i allmänhet," Mr Coleman berättade ABC.
En elit Sydney pojkar skola undersöks för djur grymhet efter en video dök upp av elever krascha bekämpa får under rugby övningar.