Lagarna inrättar särskilda domstolar och ger ytterligare skydd mot rättsliga konsekvenser för militära och poliser som har använt våld.
De inför också dödsstraff för alla som befunnits skyldiga till att ha bildat eller lett en terroristgrupp.
Rättighetsgrupperna säger att Sisi kommer att använda lagstiftningen för att krossa meningsskiljaktigheter.
Jihadistiska grupper trappade upp sina attacker efter den militära störta president Mohammed Morsi för två år sedan och lanserade ett dödligt ingripande mot Muslimska brödraskapet.
President Sisi lovade att införa en tuff ny lagstiftning mot terrorism i juni, efter mordet på riksåklagare Hisham Barakat med bilbomb.
Enligt de nya lagar som infördes på måndagen:
Förra veckan varnade Amnesty International för att lagstiftningen kraftigt skulle utvidga de befogenheter som vanligtvis bara skulle åberopas under en nödsituation och att den i praktiken skulle förbjuda rätten till yttrandefrihet, fredliga sammankomster och föreningsfrihet.
Många egyptier reagerade negativt på sociala medier för den nya antiterroristlag som godkändes av president Abdul Fattah al-Sisi. Många användare ansåg att åtgärderna var för stränga eller överdrivna.
Human rights aktivist Jamal Eid twittrade: " Midnight lagar markerar republiken mörker. En lag som har antagits, och som tar hänsyn till all kritik eller avvikande röst eller handlingar som inte är till statens belåtenhet... Terrorism."
Hans känslor ekade av chefredaktören för den pro-islamistiska tidningen Al-Misriyun, Mahmoud Sultan, som skrev: "Den antiterroristlag som Sisi undertecknat säger tydligt till journalister och alla med en åsikt: Mycket mörka dagar ligger framför oss."
Men vissa regeringsvänliga personer hyllade den nya lagen.
Mustafa Bakri, en nationalistisk journalist och före detta parlamentsledamot som är en stark anhängare av Sisi, twittrade: "Lagen innehåller avskräckande förfaranden för att möta terrorism."
Muhammad Abu Hamid, en annan före detta parlamentsledamot, skrev att lagstiftningen "kommer att hjälpa till att torka ut källorna till terrorism och extremism".
Egypten lag inleder i'republik av mörker'
"Denna nya lag kommer att bli ännu ett verktyg för myndigheterna att krossa alla former av oliktänkande och ångvält över grundläggande mänskliga rättigheter", sade gruppens tillförordnade Mellanöstern och Nordafrika direktör, Said Boumedouha.
Hundratals medlemmar av Egyptens säkerhetsstyrkor har dödats av militanta attacker på Sinaihalvön.
Upproret har intensifierats sedan Sisi, då överbefälhavare för de väpnade styrkorna, drev ut Morsi efter massprotester mot hans styre.
Den mest aktiva rebellgruppen - känd nu som Sinaiprovinsen och tidigare som Ansar Bait al-Maqdis - har lovat trohet till den så kallade islamiska staten (IS).
Sisi har övervakat ett ingripande mot islamister där hundratals har dödats, tiotusentals fängslade och dödsdömda, däribland Morsi.
Regeringen hävdar att Muslimska brödraskapet är en terroristgrupp, medan den säger att den är engagerad i fredlig aktivism.
I februari undertecknade Sisi en lag mot terrorism som gav myndigheterna svepande befogenheter att förbjuda grupper för anklagelser som sträcker sig från att skada nationell enighet till att störa den allmänna ordningen.
Egyptens president Abdul Fattah al-Sisi har godkänt stränga nya lagar mot terrorism för att bekämpa en växande jihadistisk uppror.