Premier League laget, som är på en två-spel efter säsongen turné i USA och Kanada, är planerade att spela Houston på fredag.
Flera människor har dött och dussintals har skadats efter rekordregn under helgen.
På måndagen fastnade hundratals basketfans i en arena efter en NBA basketmatch.
Supportrar uppmanades att stanna på sina platser över natten efter Houston Rockets seger mot Golden State Warriors i NBA Western Conference Finals.
Många tillbringade nästan 11 timmar på Toyota Center, tills de tidiga timmarna på tisdag morgon.
Manchester City är för närvarande i Kanada, före sin match mot Toronto FC på torsdag.
Manchester Citys vänliga resa för att möta Major League Soccer sidan Houston Dynamo är tveksam efter översvämningar i staden.