Southwark Crown Court hörde att hon blev våldtagen av Sgt Edwin Mee vid Mitcham Barracks Army Careers and Information Office i Croydon.
Hon sa när hon berättade om graviditeten att han sa: "Åh, jag trodde inte att du skulle bli gravid." Hon blev senare missfallen.
Mr Mee, 45, vid Tavistock Road i Croydon, förnekar en rad sexuella övergrepp.
Mee åtalas för 17 fall av sexuella övergrepp, tre våldtäkter och ett fall av misshandel genom penetrering mot 11 offer mellan 2010 och 2011.
Kvinnan, 27 år, bröt ihop när hon berättade för juryn hur hon blev våldtagen, senare missfall och kände att hon inte hade någon att vända sig till om sin prövning.
Hon talade bakom en gardin och sade att Mee fick henne att känna sig "okomplicerad" under rekryteringsprocessen, men hon kände att hon var tvungen att närvara vid hans utnämningar eftersom hon ville ha ett jobb i armén.
Först senare kunde hon berätta vad som hade hänt när en utredning inleddes och hon gifte sig senare, hörde juryn.
Hennes man fick reda på den påstådda våldtäkten genom en familjevän och "trev mig att inte vara rädd, han gav mig modet att komma hit idag", sade hon.
På kvällen för den påstådda våldtäkten var hon nervös efter att Mee hade ordnat ett kvällsbesök och berättade för henne att han "gillade henne".
Hon sade till juryn: " Han sade att det inte finns någon annan utväg. Ytterdörren är låst. Det finns ingen kamera här och dörren är stängd - så du måste välja. Du måste ge mig sex. Om du inte vill göra det så kan du inte gå. Du måste välja och då kan du inte säga något till någon."
Kvinnan sade att hon inte kände det som om hon kunde fly: " Överallt var stängt.... Jag försökte och försökte ta mig till ytterdörren men han sa att dörren redan är låst."
Efter det påstådda överfallet, sa hon, tog han henne ut genom bakdörren och släppte av henne i hans bil så att hon kunde ta bussen hem.
Rättegången fortsätter.
En kvinna har sagt till en domstol att hon blev gravid efter att en officer våldtog henne i ett låst rum.