Etablerad för att hedra dramatikern Harold Pinter ges den till en författare som kastar en "oböjlig, orubblig" blick på världen.
Organisatörer Engelska Pen berömde Fenton som "en av hans generations finaste poeter".
Han kommer att få sin utmärkelse vid en ceremoni den 6 oktober på British Library.
Priset delas ut gemensamt till en internationell författare som har utsatts för förföljelse.
Den andra vinnaren - som väljs gemensamt av Fenton och English Pen - kommer att tillkännages vid oktoberceremonin.
"Stal sanning till makten"
Fenton, som var ordförande för Oxford Professor i Poetry 1994-1999, har skrivit flera samlingar av poesi och opera librettos.
Som en före detta krigskorrespondent behandlar många av hans dikter erfarenheterna av krig och dess inverkan.
Ett av Fentons mest hyllade verk, The Memory of War (1982), är en samling dikter som drog nytta av hans tid som reporter i Vietnam och Kambodja på 1970-talet.
Antonia Fraser, Harold Pinters änka, sa att Fenton var "en värdig vinnare" av priset.
"James Fenton är en författare som Harold Pinter beundrade mycket för allt hans arbete, men särskilt för hans förmåga att skriva lysande politisk poesi, sade hon.
"Detta är en konst som var mycket viktig för Harold inte bara för poesin utan också som en del av den väsentliga processen att tala upp oförskräckt: Vilket är grunden för Pen Pinterprisets grund."
Maureen Freely, President of English Pen, tillade: "Under hela sin långa och framstående karriär har James Fenton talat sanning till makten - kraftfullt, oförskräckt och vackert."
Fenton sade att han kände sig mycket hedrad över att få priset: "I synnerhet är jag glad över att vara ansluten på detta sätt med Harold Pinter, vars skrifter jag länge har beundrat."
Tidigare vinnare av Pinterpriset är Tom Stoppard, Carol Ann Duffy, Hanif Kureishi och förra årets vinnare Salman Rushdie.
Den brittiske poeten och journalisten James Fenton har vunnit Pen Pinter-priset, som hyllar förkämpar för yttrandefriheten.