Rumänien möter åtgärder efter fläktar starta fyrverkerier och kastade föremål, med Albanien anklagas för samma brott förutom att tillåta en pitch invasion.
Avgifterna innebär att åtta av de 24 lag som tävlar i turneringen är föremål för disciplinära sonder.
Albanien vann Group A match 1-0 för att upprätthålla små förhoppningar om framsteg och samtidigt eliminera Rumänien.
Uefa har inlett förfaranden mot Albanien och Rumänien efter incidenter i söndagens Euro 2016 match i Lyon.