Domaren, som leder utredningen, sade i en artikel i Observatören att det måste hitta en balans mellan de anklagades och de anklagades rättigheter.
Men hon avfärdade också påståenden det skulle främst fokusera på kända människor.
Utredningen undersöker hur offentliga organ hanterade sin omsorgsplikt för att skydda barn från övergrepp.
I artikeln sade hon ett antal kommentatorer "har under de senaste veckorna felaktigt talat ut om den oberoende undersökning om sexuella övergrepp mot barn, som jag är ordförande för och det sätt på vilket undersökningen kommer att bedriva sitt arbete. Jag vill rätta till dessa felaktigheter."
Det kommer efter den före detta konservative parlamentsledamoten Harvey Proctor, som friades från att vara en del av en Westminster pedofil ring, kritiserade Justice Goddard för att föreslå utredningen skulle överväga polisens handlingar från offrens och överlevandes synvinkel.
Mr Proctor, 69, fick sitt hem razzia och förhördes som en del av Operation Midland, men det konstaterades att det inte fanns tillräckliga bevis ens för att motivera ett åtal som övervägs.
Han hävdade att det var "ojämförligt förstört mitt liv" och sade att det saknade rättslig balans att granska undersökningar från bara offrens ståndpunkt.
Men Justice Goddard lovade att utredningen kommer att få höra bevis från dem som drabbats av falska anklagelser om missbruk och erkänna den skada som kan orsakas.
"De som på senare tid har hävdat att utredningen bara kommer att överväga perspektiv offer och överlevande, och utesluta andra som drabbats av anklagelser om sexuella övergrepp mot barn, är fel," sade hon.
"Som jag tillkännagav i november förra året har utredningen för avsikt att undersöka den balans som måste uppnås mellan att uppmuntra rapportering av sexuella övergrepp mot barn och att skydda den anklagades rättigheter."
Justice Goddard tillade att undersökningen redan hade tillkännagett 13 undersökningar hittills, varav de flesta "inte relaterar till individer av offentlig betydelse".
Utredningen undersöker anklagelser om tidigare och pågående misslyckanden med att skydda barn i skolor, barnhem, trygga bostäder och lokalvård.
Den kommer också att titta på svar från institutioner, inklusive polisen, hälso- och sjukvården, kronåklagaren och religiösa organ på anklagelser om sexuella övergrepp mot barn samt undersöka bredare frågor, såsom internets roll när det gäller att underlätta övergrepp.
Under de senaste tre veckorna har preliminära utfrågningar om fyra undersökningar ägt rum, däribland de som undersöker Lambeth Council, Rochdale Council och den anglikanska kyrkan.
Den offentliga utredningen om sexuella övergrepp mot barn kommer inte att ignorera den skada som åsamkats framstående människor som blivit falskeligen anklagade, säger domare Lowell Goddard.