Den 30-årige Manxman först återmonteras efter att krascha ca 20 km in i sjätte etappen av loppet från Stoke till Nottingham innan du drar ut.
Hans Etixx-Quick-Step laget tror att han träffade en parkerad bil, skadar samma vänstra axel han ur led under 2014 Tour de France.
Cavendish ihållande blåmärken men ingen fraktur eller förskjutning av leden.
Men han kommer att behöva vila flera dagar innan han kan återuppta träningen.
Kraschen kom samma dag som han blev uppkallad i Storbritanniens lag för månadens UCI Road World Championships, som börjar nästa helg.
Men männens road race är över 14 dagar bort söndagen den 27 september, och Cavendish team tror att det fortfarande är möjligt att han kommer att kunna tävla i evenemanget i Virginia, USA.
Fredagens sjätte etapp - en 192,7 km rutt över Peak District National Park - vanns av Cavendishs Etixx-Quick-Step lagkamrat Matteo Trentin.
Den italienska ryttaren slog Edvald Boasson Hagen (MTN-Qhubeka) som duon kämpade för scenen seger.
Norwegian Boasson Hagen, vinnaren 2009 Tour of Britannien, tjänade tillräckligt med bonus sekunder för att förbättra sin totala ledning till 13 sekunder före de sista två stegen i helgen.
Lördagens 227.1km sjunde etapp från Fakenham till Ipswich är sannolikt den sista chansen för Boasson Hagens rivaler - främst Team Skys Wout Poels - att avsätta honom som söndagens mål i centrala London förväntas sluta i en sprint.
"Stoke och Nottingham är bara 50 flattish miles från varandra om du går via A50; gör det via Buxton, Hathersage och Bakewell och det kan bara bryta dig.
"Dagens segrare Matteo Trentin, som också har vunnit två Tour de France-stadier, sade att det var den svåraste färden i hans karriär.
"Det kan finnas en antydan av hyberbole till det - förlåtbar med tanke på hur han motsatte sig en mycket elit jagar grupp och rusade förbi Edvald Boasson Hagen vid döden - men jag minns inte en dag på turnén i Storbritannien när huvud gänget kom 45 minuter senare.
"Det var en tredje seger denna vecka för Etixx-Quick-Step laget och det kom på dagen de förlorade sin tredje ryttare, Storbritanniens Mark Cavendish. Det verkar som om hans skador inte är så allvarliga som man först fruktade.
"Och för Boasson Hagen finns trösten att trots Team Skys bästa insatser har han nästan säkert slagit in den totala vinsten."
Steg 6 resultat
1. Vad är det för fel på dig? Matteo Trentin (Ita/Etixx-Quick-Step) 4 timmar 45mins 27seks
2 ) och 2......................................................................................................... Edvald Boasson Hagen (Nor/MTN-Qhubeka) samtidigt
3. Vad är det som händer? Owain Doull (GB/Team Wiggins) +4seks
Fyra. Zdenek Stybar (Cze/Etixx-Quick-Step) samtidigt
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Jens Debusschere (Bel/Lotto Soudal) samtidigt
6. Vad är det som händer? Alberto Battiol (Ita/Cannondale - Garmin) samtidigt
7. Vad är det som händer? Alex Peters (GB/Storbritannien) - samtidigt
8. Vad är det som händer? Dylan Teuns (Bel/BMC Racing Team) samtidigt
9. Utövande av delegeringen av befogenhet Xandro Meurisse (Bel/An Post-Chainreaction) samtidigt
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Wouter Poels (Ned/Team Sky) samtidigt
Allmän klassificering
1. Vad är det för fel på dig? Edvald Boasson Hagen (Nor/MTN-Qhubeka) 27hrs 47mins 54seks,
2 ) och 2......................................................................................................... Wouter Poels (Ned/Team Sky) vid 13 sekunder,
3. Vad är det som händer? Rasmus Guldhammer (Den/Cult Energy Pro Cykling) +43seks
Fyra. Owain Doull (GB/Team Wiggins) +44seks,
För att uppnå detta mål har kommissionen beslutat att inleda ett förfarande enligt artikel 108.2 i fördraget om Europeiska unionens funktionssätt (nedan kallat EUF-fördraget). Dylan Teuns (Bel/BMC Racing Team) +51seks
6. Vad är det som händer? Zdenek Stybar (Cze/Etixx-Quick-Step) samtidigt
7. Vad är det som händer? Ruben Fernandez (Spa/Movistar) samtidigt
8. Vad är det som händer? Steven Kruijswijk (Ned/Team LottoNL-Jumbo) samtidigt
9. Utövande av delegeringen av befogenhet Xandro Meurisse (Bel) En Post - Kedjereaktion samtidigt
- Tio. - Vad är det för fel på dig? Chris Anker Sorensen (Den/Tinkoff-Saxo) samtidigt
Andra markerade:
- Jag är 17 år. Peter Kennaugh (GB/Team Sky) +1:45
92. Förstainstansrätten har beslutat följande dom: Bradley Wiggins (GB/Team WIGGINS) klockan 1:26:56
Mark Cavendish fördes till sjukhus med en axelskada efter att ha kraschat ut ur Storbritanniens turné.