Chesterfield's Dan Gardner var olycklig att se en böjning 27-minuters bilresa från insidan av lådan träffade posten.
Det var Addicks tur att nekas av träarbete sju minuter senare när Nicky Ajose sprack igenom på mål och slå Ryan Fulton, bara för att se hans ansträngningar komma av posten.
Ryan Fulton hindrade Josh Magennis från att leda Charlton strax före rasten.
Nordirland internationella Magennis gick igen nära med huvudet 12 minuter in i den andra halvan, placera sitt försök inches off mål efter att ha plockats ut av Ricky Holmes leverans.
Ajose borde ha brutit dödläget med en kvarts timme kvar men i stället på väg bred när det såg lättare att göra mål.
Men öppnaren kom så småningom fyra minuter från tiden när substitut Novak på väg hem från ett Holmes kors.
Jay O'Shea tog nästan tag i en tidsutjämning för Spireiterna med ett skott som avböjdes plågsamt bakom för ett hörn som Charlton höll på att försegla tillbaka-till-baka hem segrar.
Matchrapport från Pressföreningen.
Matchen slutar, Charlton Athletic 1, Chesterfield 0.
Andra halvlek, Charlton Athletic 1, Chesterfield 0.
Chris Solly (Charlton Athletic) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Ricky German (Chesterfield).
Hörnet, Chesterfield. Förföljd av Patrick Bauer.
Försök blockerat. Jay O'Shea (Chesterfield) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Försök missade. Lee Novak (Charlton Athletic) höger fotade skott från mitten av lådan är nära, men missar till vänster.
Ersättning, Chesterfield. Ricky German ersätter Ched Evans.
Ersättning, Chesterfield. Kristian Dennis ersätter Liam Graham.
Foul av Lee Novak (Charlton Athletic).
Connor Dimaio (Chesterfield) vinner en frispark i anfallshalvan.
Mål!  Charlton Athletic 1, Chesterfield 0. Lee Novak (Charlton Athletic) huvud från mitten av rutan till nedre högra hörnet. Hjälpt av Ricky Holmes.
Försöket räddades. Gboly Ariyibi (Chesterfield) vänster fotade skott från utsidan rutan sparas i nedre högra hörnet.
Försöket räddades. Patrick Bauer (Charlton Athletic) huvud från mitten av rutan sparas i nedre högra hörnet.
Hörnet, Charlton Athletic. Förföljd av Ian Evatt.
Ersättning, Charlton Athletic. Lee Novak ersätter Nicky Ajose.
Hörnet, Chesterfield. Förföljd av Morgan Fox.
Försening i match Josh Magennis (Charlton Athletic) på grund av en skada.
Jason Pearce (Charlton Athletic) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Gboly Ariyibi (Chesterfield).
Försök missade. Nicky Ajose (Charlton Athletic) huvudet från mitten av lådan är nära, men missar till vänster.
Foul av Josh Magennis (Charlton Athletic).
(Chesterfield) vinner en frispark i anfallshalvan.
Nicky Ajose (Charlton Athletic) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Ian Evatt (Chesterfield).
Ersättning, Charlton Athletic. Jordan Botaka ersätter Ademola Lookman.
Josh Magennis (Charlton Athletic) visas det gula kortet.
Josh Magennis (Charlton Athletic) har gått ner, men det är ett dyk.
Försök missade. Jay O'Shea (Chesterfield) vänster fotade skott utanför lådan är nära, men missar till vänster.
Ersättning, Chesterfield. Jay O'Shea ersätter Dan Gardner.
Hörnet, Chesterfield. Förföljd av Andrew Crofts.
Försök blockerat. Ademola Lookman (Charlton Athletic) höger fotade skott från höger sida av lådan är blockerad.
Morgan Fox (Charlton Athletic) vinner en frispark på högerkanten.
Foul av Ched Evans (Chesterfield).
Försöket räddades. Josh Magennis (Charlton Athletic) huvud från mitten av lådan sparas i toppen av målet.
Patrick Bauer (Charlton Athletic) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Dion Donohue (Chesterfield).
Försök missade. Josh Magennis (Charlton Athletic) huvud från mitten av lådan är nära, men missar till vänster.
Chris Solly (Charlton Athletic) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Dion Donohue (Chesterfield).
En sen vinnare från ersättaren Lee Novak säkrade Charlton en scrapy triumf över Chesterfield.