Domare Claire Sharp sa att John Atkinson inte förlorade jobbet på grund av sitt handikapp.
Atkinson och Gills personal avskedades i april förra året.
Några av de anställda åter anställdes och Atkinson hade hävdat att han inte fick något arbete eftersom han behövde en höftoperation.
Men anspråket vid en domstol i Cardiff förkastades.
Sharp sade: "Anledningen till att den sökande förlorade sitt arbete hade inget att göra med hans funktionshinder."
"Det hade att göra med den politiska situationen och Gills åsikt att det vore bättre att vara den enda parlamentsledamoten utan någon personal", berättade hon för utfrågningen.
Tribunalen hade tidigare hört att Gill var bekymrad över möjligheten att Olaf - ett EU-bedrägeriorgan - skulle utreda honom och hans personal inför valet till plenarförsamlingen 2016.
Parlamentsledamöterna ville undvika att "korsa över" mellan politisk kampanj och EU-finansiering.
Gill, som valdes in i församlingen och nu sitter som en oberoende AM, hade velat avgå som parlamentsledamot men sade att det fanns en "hög katalog" med skäl till att han ändrade sig.
Atkinson - en 67-årig före detta Royal Marine från Llanpumsaint, Carmarthenshire - var kampanjchef för Gill, innan han blev valkretschef efter att han valdes 2014.
Som svar på domen sade Gill: "Sysselsättningsdomstolarna har en mycket viktig funktion när det gäller att skydda arbetstagare från dåliga arbetsgivare. Jag var aldrig, och har aldrig varit, en dålig arbetsgivare."
En före detta anställd vid Nathan Gill har förlorat ett krav på diskriminering på grund av funktionsnedsättning mot parlamentsledamoten från UKIP Wales vid en arbetsdomstol.