Tjänstemännen säger att den tillförordnade biträdande justitieministern Abdulkarim Fares stoppades i sin bil av ett antal beväpnade män klädda i svart.
Två säkerhetsvakter och en annan man - som antingen identifierades som en annan tjänsteman i ministeriet eller Fares chaufför - blev också bortförda, sade rapporter.
Kidnapparnas identitet är okänd.
Kidnappningar sker regelbundet i Bagdad - antingen motiverade av ekonomisk vinning eller för att uppnå politiska mål.
En irakisk regeringsminister har kidnappats i nordöstra Bagdad, sa säkerhetskällor.