Några officerare fick order om att inte bära välgörenhetsbrickan efter det att PC Dave Phillips hade dött på måndagen, sade förbundets ordförande.
PC Phillips dog efter att ha blivit påkörd av en lastbil i Wallasey, Merseyside.
En talesman för Met sade att brickan inte fanns på den godkända listan, men tillsynsmyndigheter kunde tillåta det efter eget gottfinnande.
Den grå Union Jack brickan med en tunn blå linje som löper genom den produceras av Care of Police Survivors välgörenhet.
Metropolitan Polischef, Sir Bernard Hogan-Howe, sade att han personligen inte hade något problem med officerare bär det, Sunday Express rapporterade.
"The Metropolitan Police Service har en klädkod politik för att klargöra klänning standard förväntas från all personal, oavsett om de bär uniform eller vanliga kläder," en kraft talesman sade.
De godkända märken som Met officerare kan bära inkluderar Police Memorial Day-brickan, Royal British Legion's Remembrance Day vallmo och Hjälp för Heroes bricka eller armband.
Polisens talesman sade dock att det fanns en viss flexibilitet, eftersom tillsynsmyndigheterna också hade befogenhet att låta andra märken bäras efter eget gottfinnande, eftersom olika orsaker uppstod vid olika tidpunkter.
John Tully, ordförande i Metropolitan Police Federation som representerar rank och fil officerare, efterlyste en "gemensam-sens" strategi.
Han berättade för BBC han gjordes medveten på tisdagen om "en instruktion som var kaskad ner från högre officerare" upprepa Met polisens enhetliga regler, men han tyckte inte att det skulle verkställas vid detta tillfälle.
Han sade: " Jag tyckte att omständigheterna var sådana att sunt förnuft skulle tillåta att detta märke bars. Det var i samband med polisen som närvarade vid minnesgudstjänsten för PC Keith Blakelock och som hade förlorat en annan kollega som dog i tjänst tidigare i veckan.
"Morale är ganska låg just nu, och detta har det dubbla syftet att samla in pengar för välgörenhet och för att betala hyllning till fallna kollegor."
Tully sade att det var oklart vem som hade godkänt att instruktioner skulle skickas ut till officerare nyligen och sade att förbundet inte hade sett den exakta ordalydelsen, men att inlägg hade dykt upp på sociala medier från Met officerare med hjälp av pennnamn som klagade över att de hade fått instruktioner om att inte bära unionsbrickan.
Han sade att PC Phillips död var förödande och hade en djupgående inverkan på poliser över hela landet.
"Den här döden är mer ovanlig eftersom han dog medan han tjänade allmänheten direkt. Jag tror att det är därför som det har blivit en stark reaktion på detta. Välgörenhet har samlat in mer än £140 000 för sin familj och det ökar fortfarande, sade han.
Märket är utsålt på välgörenhetsbyråns hemsida tidigare.
Met Police har blivit ombedd "inte bära en Union bricka" som hyllning till fallna kollegor eftersom det bryter mot enhetlig politik, sade polisförbundet.