19-åringen drabbades av skadan under andra halvan av lördagens seger på Swansea.
"Vi är mycket besvikna, men det är fotboll och det kan hända," Koeman sade. "Det är otur, men okej.
"Pojken måste fortsätta och det är svårt eftersom han hade en bra start på säsongen, men det är en del av fotbollen och han kommer tillbaka."
Fram till skadan hade Ward-Prowse spelat för Southampton i varje fixtur den här säsongen.
Under tiden sade Koeman att en annan ung engelsk spelare, Nathaniel Clyne, borde kallas in av den nationella sidan.
Den 23-årige gjorde Southamptons andra i sin 2-1 seger på Arsenal i League Cup, med en lysande 35-yard strejk.
"Jag tror att han är redo [att spela för England]," Koeman sade om Clyne, som har spelat under 19 och under 21 nivå.
"Han har en hel del erfarenhet, han spelar mycket bra från början av säsongen.
"Han gjorde ett bra mål. Jag tycker att hans prestation var mycket bra och jag tycker att det är ett alternativ för nationaltränaren och jag är mycket glad att ha Clyney i vårt team eftersom han ger en hel del erfarenhet.
"Han ger en hel del ande och jag gillar att ha och leka med offensiva backs. Han visar den kvaliteten och det är väldigt viktigt för laget."
Southampton Midfielder James Ward-Prowse har varit ur led i 10 veckor med en bruten fot.