Avgifterna stiger till maximalt 9000 pund i Storbritannien, men i Skottland behöver elever som har bott där i minst tre år inte betala några avgifter.
Detta är också fallet för EU-studenter, eftersom EU-lagstiftningen inte tillåter diskriminering av personer från andra medlemsstater.
Irländska passinnehavare i Nordirland räknas som EU-studenter.
Hittills har man förstått att studenter från England, Wales och Nordirland måste betala de högre avgifterna i Skottland.
Men BBC har fått veta att de som har irländska pass är undantagna. En undersökning utförd av BBC Northern Ireland har visat att vissa elever i Belfast ansöker om irländska pass för att få gratis undervisning i Skottland.
En skotsk regerings talesman bekräftade att medborgarskap som inte är hemvist var nyckeln när det gällde att definiera en EU-student, och att alla som har ett irländskt pass som bor i Storbritannien kunde ansöka om gratis undervisning.
Studenter i Nordirland har dubbelt medborgarskap och kan välja irländska pass.
Cathy Moore, ordförande för Careers Teachers' Association, sade: "Det skotska parlamentet har sagt om du har ett irländskt pass och bor i Nordirland och förutsatt att (irländskt pass) du är berättigad att få avgifterna betalda."
Det råder en viss förvirring om hur omfattande denna åtgärd är.
Det är underförstått att vissa skotska universitet har sagt till eleverna att de kommer att klassas som brittiska medborgare och måste betala avgifter.
Nordirland född, Richard Beggs utexaminerades från Dundee University 2004. Han försökte och underlät att utnyttja det påstådda undantaget: " Jag visste att jag kunde få ett irländskt pass och jag trodde att jag skulle kunna studera gratis, men så var inte fallet.
"De berättade för mig eftersom jag inte hade en adress i Republiken Irland under de senaste tre åren att jag inte var berättigad."
Scottish Education Secretary Michael Russell sade universitet skulle ha sista ordet men uppmanade Nordirland studenter att vara försiktig.
"Syftet med reglerna är att garantera skotska studenter fri tillgång. Det är inte att hitta vägar runt för andra människor. På grund av EU-lagstiftningen får människor från andra jurisdiktioner samma behandling som skotska studenter, men de i resten av Storbritannien inte, sade han.
Russell instämde i att situationen var "fluid".
DUP East Londonderry MP Gregory Campbell sade att han hade tagit upp frågan med Angus Robertson, SNP ledare i Westminster.
"Norra Irlands medborgarskapsfråga är unik för resten av Storbritannien genom att någon som bor i Belfast kan inneha både ett brittiskt pass och ett irländskt pass. De kan officiellt vara en irländsk medborgare och en brittisk medborgare, sade han.
"Med en sådan unik situation bör den skotska verkställande direktören inta en lika unik hållning gentemot Nordirlands studenter.
"I stället för att bara de som är glada över att ha ett irländskt pass som vinner fria universitetsplatser bör den skotska verkställande direktören ta bort alla avgifter för studenter från Nordirland.
"Detta skulle återställa rättvisan genom att de som inte skulle vara bekväma att vara en irländsk medborgare fortfarande kan utnyttja fria platser vid skotska universitet.
"De som inte accepterar att bli märkta som irländare bör inte missgynnas upp till 27 000 pund under en treårsperiod."
Samtidigt är en bonus för Nordirlands studenter att även om de klassas som EU-studenter och undviker att betala studieavgifter, kan de fortfarande få ett studielån som brittisk medborgare.
En talesperson från universiteten i Skottland sade att den tog emot råd i frågan, men på grundval av den senaste tillgängliga statistiken hade det inte skett någon ökning av sökande med irländskt pass.
"Reglerna för övriga Storbritannien avgifter bygger på sökandes ordinarie residens snarare än nationalitet och detta är grunden för universiteten kommer att behandla ansökningar," sade talespersonen.
"Universitet fortsätter att nära samarbeta med den skotska regeringen och Student Awards Agency Scotland om dessa bestämmelser för att säkerställa att lämplig avgift tillämpas."
En skotsk regerings talesman har bekräftat att sjätte formen av elever i Storbritannien som innehar irländska pass kvalificerar sig för gratis universitetsutbildning i Skottland.