Den nigerianska National Petroleum Corporation (NNPC) gav ingen förklaring till de saknade medlen, sade revisorsgeneralen till parlamentsledamöterna.
Oljeintäkterna utgör två tredjedelar av statens finansiering.
President Muhammedu Buhari har lovat att ta itu med korruptionen sedan han kom till posten i maj förra året.
NNPC har inte kommenterat revisorns slutsatser.
Detta konstaterande av generalrevisorn är, även om det är chockerande, ingen överraskning.
Tjänstemän från den tidigare regeringen påstås hänge sig åt korruption i grossistledet, där miljarder dollar oljefonder helt enkelt försvann.
När den dåvarande centralbankschefen Lamido Sanusi påpekade att det saknades miljarder dollar i statskassan, blev han avskedad från sitt arbete.
Nigerias oljereserver borde ha varit till välsignelse för Nigeria att användas för att bygga infrastruktur och investera i sociala tjänster.
I stället har det varit en förbannelse, ett smörjmedel som har skapat omfattande korruption och dysfunktionella regeringar.
President Buhari valdes på en plattform för att rensa upp landets ökända korrupta politik.
Men vissa tjänstemän från den förra regeringen anklagar honom för att använda korruption för att jaga en politisk vendetta.
Den statliga oljejätten har varit fast i korruptionsanklagelser och förlorat pengar i många år.
Förra månaden meddelade regeringen att NNPC skulle delas upp i sju olika företag.
En separat revision som beställts under tidigare president Goodluck Jonathan och genomförts av den globala redovisningsfirman PwC, fann att NNPC hade underlåtit att betala regeringen $1,48 miljarder mellan januari 2012 och juli 2013.
Det gav inte en total siffra för hur mycket intäkter som NNPC skulle ha lämnat över till statskassan.
Företaget sade dock att det inte kunde gå i god för integriteten i den information det gavs när det genomförde revisionen.
Nigeria är Afrikas största oljeproducent, men ekonomin har lidit på grund av den senaste tidens sjunkande oljepris.
Nigerias statligt ägda oljebolag har misslyckats med att betala regeringen 16 miljarder dollar (11 miljarder pund) i ett misstänkt bedrägeri, enligt en officiell revision.