Den brittiska stjärnan hade förväntats vara redo för huvudrollsinnehavaren efter att ha vunnit en Golden Globe för sitt arbete.
Olivia Colman och Hugh Laurie blev också överkörda för sina roller i BBC-dramat, även om Tom Hollander var erkänd för bästa understödjande skådespelare.
Netflix kungliga serie Kronan visar vägen med fem nickar, inklusive bästa drama och huvudrollsinnehavare för Claire Foy.
Damilola, vår älskade pojke - om den mördade skolpojken Damilola Taylor - får tre nomineringar, liksom Fleabag och Happy Valley.
Se hela nomineringslistan
Kronan är huvudmottagaren av en regeländring som innebär att shower kan nomineras i huvudkategorierna om de huvudsakligen har brittiska talanger, men inte har gjorts för ett brittiskt programföretag.
Det betyder att fältet är ännu mer konkurrenskraftigt än tidigare, enligt Bafta stol Jane Lush - vilket är en faktor som förklarar varför The Night Manager har missat.
"Det finns så mycket investeringar i drama nu att konkurrensen är otroligt hård", sade hon.
Bafta juryer har mer stora shower att tänka på när man sätter sig på kortlistorna, sade hon. "För några år sedan valde folk fyra [nominéer] av sex utmanare för dramaserier, och nu tittar de förmodligen på tio eller ännu fler.
"Så det har just blivit allt mer konkurrenskraftigt när prissäsongen kommer."
Robbie Coltrane har nominerats till sitt femte Bafta TV-pris för sin roll som komiker anklagad för historiska sexbrott i Kanal 4 National Treasure.
Hans tävling inkluderar Benedict Cumberbatch, upp för sin roll som Richard III i The Hollow Crown: The Wars of the Roses.
Foys andra utmanare i den ledande skådespelerska kategorin inkluderar Happy Valleys Sarah Lancashire och Nikki Amuka-Bird, erkända för sitt arbete i BBC: s anpassning av Zadie Smiths NW.
Happy Valley är upp för bästa dramaserien tillsammans med kronan, liksom ITV: s The Durrells och BBC: s krig och fred.
Men det finns inget utrymme i den kategorin för The Night Manager - trots att det är nominerad till sex Bafta Craft Awards förra månaden.
Inte heller finns det plats för Coronation Street i tvål- och dramakategorin, där man har gett företräde åt Casualty, EastEnders, Emmerdale och Hollyoaks.
Colman kanske inte har blivit erkänd för The Night Manager, men hon är sugen på bästa kvinnliga komediföreställning för sin roll i BBC Threes Fleabag.
Phoebe Waller-Bridge, showens skapare, är nominerad tillsammans med henne i den kategorin, medan showen också är upp för bästa manus komedi.
Foy, som var upp för huvudrollsinnehavare förra året för Wolf Hall, får sin andra nominering i följd år, denna gång för att spela den unga drottning Elizabeth II.
Tre av hennes medstjärnor i The Crown - Jared Harris, John Lithgow och Vanessa Kirby - är också erkända, för att spela kung George VI, Winston Churchill respektive prinsessan Margaret.
Strikt Come Dancing är nominerad till bästa underhållningsprogram, med ytterligare en nominering till Claudia Winkleman för bästa underhållningsföreställning.
Vinnarna kommer att tillkännages i Londons Royal Festival Hall den 14 maj.
Följ oss på Facebook, på Twitter @BBCNewsEnts, eller på Instagram på bbcnewsents. Om du har en berättelse förslag e-post underhållning.news@bbc.co.uk.
Tom Hildleston har överraskande missat en nominering till Bafta TV Award för sin roll i The Night Manager.