En domare avgör om det finns tillräckligt med bevis för fallet mot Seamus Daly, 45, från Jonesborough, County Armagh, för att gå till en kronrättegång.
Mr Daly, ursprungligen från Republiken Irland, greps i april 2014.
Omagh bomben var den största enskilda illdåd i historien om problemen i Nordirland.
Det hände bara fyra månader efter att långfredagsavtalet undertecknades.
Dödssiffran omfattade nio barn och tre generationer av en familj, men ingen har dömts i en brottmålsdomstol för att ha utfört attacken.
Förhandlingen vid Omagh Magistrates' Court förväntas pågå i två dagar.
Tillsammans med mordanklagelserna åtalas Daly för att ha orsakat explosionen och besittit bomben, och två anklagelser rörande en annan dissidentisk republikansk bombplan i Lisburn, County Antrim, i april 1998.
Tidigare har alla domstolsförhandlingar med Dalys domare i Omagh gjorts via videolänk från fängelset.
Han fördes till domstol i en fängelse van på torsdag och leddes in handbojor till en säkerhetsofficer.
Några släktingar till dem som dödades i attacken var i domstolen.
Daly satt några meter från offrens släktingar som har följt varje steg i den långa rättsliga processen.
Efter gripandet gav mr Daly polisen ett uttalande om att han förnekade inblandning i bombningen av Omagh eller Lisburn.
Hans advokater har hävdat att fallet mot honom är svagt och att mycket av bevisen har misskrediterats.
En man som anklagades för att ha mördat 29 personer i den verkliga IRA-bombattacken i Omagh 1998 har dykt upp i rätten i länet Tyrone för första gången.