"Den utlösande mannen kommer att få skulden, medan de som faktiskt beordrade mordet kommer att gå fri", sade Ilja Yashin, medgrundare av Nemtsovs parti, på söndagen.
Hans kommentarer kom efter att två män av tjetjenskt ursprung åtalats för hans mord och tre andra arresterades.
Yashin avvisade förslag om radikala islamister som låg bakom mordet.
"Utredarnas meningslösa teori om islamistiska motiv i dödandet passar Kreml och tar [president] Putin ur skottlinjen", sa Yashin på Twitter (på ryska).
De som låg bakom mordet var i Ryssland och även i regeringen, sade han separat i en BBC intervju.
På söndagen anklagade en domstol i Moskva Zaur Dadayev och Anzor Gubashev för att ha skjutit Nemtsov på en bro nära Kreml den 27 januari. Dadayev hade erkänt sin inblandning, sade domstolen.
Tre andra misstänkta häktades. En sjätte man uppges ha dödat sig själv i ett dödläge med polisen i den tjetjenska huvudstaden Grozny.
Chechen ledare Ramzan Kadyrov, en allierad av president Vladimir Putin, beskrev Mr Dadayev som en hängiven Muselman som var chockad av tecknade av profeten Muhammed publicerade i franska satiriska tidningen Charlie Hebdo.
"Alla som känner Zaur [Dadayev] bekräftar att han är en djup troende och också att han, liksom alla muslimer, chockades av aktiviteterna av Charlie och kommentarer till stöd för att trycka tecknade filmer."
Tillsammans med andra ryska politiker och aktivister hade Nemtsov fördömt mordet på 12 journalister i den franska satiriska tidskriften av islamistiska extremister.
Men han kritiserade också hoten från den tjetjenska ledaren mot dem som inte fördömde tecknade serier som publicerats av tidningen.
Kadyrov hade förklarat den före detta oljetykoonen Michail Chodorkovskij till sin "personliga fiende" för att ha uppmanat andra tidningar att återge tecknade serier från Charlie Hebdo.
Han hade också sagt Ekho Mosvky redaktör-in-hövding Alexei Venediktov "skulle kallas till konto" efter hans station webbplats körde en undersökning om huruvida media bör publicera liknande karikatyrer.
Detta fick Nemtsov att anklaga Kadyrov för att bryta mot Rysslands strafflag genom att göra intrång i journalisters verksamhet.
"Alla är redan sjuka och trötta på Ramzans hot, men han är säker på att [president] Putin inte kommer att låta någon röra honom, så han växer allt fräckare varje dag," Mr Nemtsov skrev på sin Facebook-sida i januari.
Kadyrov fick en hedersmedalj av president Putin på måndagen. Priset var för "hans enastående prestationer, sociala aktiviteter och många års hederligt arbete", sade en presidentdekret.
Yashin berättade för BBC att Nemtsov inte hade varit en framstående kritiker av radikal islam och hade koncentrerat sina attacker på president Putin och hans regering.
Han sade att han inte trodde att Nemtsovs mördare var från länder utanför Ryssland och kallade mordet "en terrorhandling för att skrämma samhället".
Om de ryska myndigheterna hade bevis för att de två åtalade männen var mördarna, skulle bevisen offentliggöras, sa han.
"Jag tror att organisatörerna av mordet finns i Ryssland och jag tror att de är i den ryska regeringen", tillade han.
Platsen för mordet, precis bredvid Kreml, fick honom att tro att mördarna inte kunde ha agerat utan stöd från myndigheterna, sade han.
Han sade att personer som kritiserats av Nemtsov under de senaste åren bör utredas.
Nemtsovs dotter, Zhanna, sade också att hon var övertygad om att hennes fars kritiska åsikter om Kreml var orsaken till hans död.
I ett talkshow i tysk TV på söndagskvällen sa hon att Kreml skulle ha haft motiv att döda honom.
"Min far ville övertyga väst om att de som stod högst upp på den ryska televisionen ljög för allmänheten", sade hon och tillade att om de som nu arresterades effektivt arbetade för den tjetjenska inrikesministern, "så låg det politiska ansvaret verkligen hos regeringen i Moskva".
De tre häktade männen är mr Gubasjevs yngre bror Shagid och två män som heter Ramzan Bakhayev och Tamerlan Eskerkhanov. Enligt rapporter har alla tre nekat till inblandning i mordet.
Den ryska utredningskommittén behandlar fallet som ett "kontraktsmord", rapporterade Interfax nyhetsbyrå.
President Putin har fördömt mordet på Nemtsov och krävt ett slut på "skamlösa" politiska mord i Ryssland.
Nemtsov dödades flera dagar före en marsch som han hade organiserat mot konflikten i Ukraina.
Han hade också utarbetat en rapport som förväntas avslöja ett hemligt ryskt militärt engagemang i konflikten.
En nära bundsförvant till den mördade ryska oppositionspolitikern Boris Nemtsov säger att han är "helt skeptisk" till att de två åtalade männen organiserade hans mord.