Lee Joon-seok, 68, anklagas för att lämna fartyget när det sjönk medan han säger till passagerarna att stanna kvar, rapporterar Yonhap nyhetsbyrå.
Han var bland de första som räddades av kustbevakningen på platsen.
Den 16 april dog 281 passagerare i Sewols färjekatastrof, varav de flesta var gymnasieelever. Ytterligare 23 saknas fortfarande.
Förutom Mr Lee åtalas även tre besättningsmedlemmar - överingenjören, överstyrman och andre styrman - för dråp. Om de döms, kan de ställas inför livstids fängelse.
"De [fyra åtalade] rymde före passagerarna, vilket ledde till allvarliga förluster", sa åklagaren Ahn Sang-don till journalisterna.
Åklagare har åtalat ytterligare 11 besättningsmedlemmar för vårdslöshet.
Endast 172 passagerare överlevde färjans förlisning, varav 22 av de 29 besättningsmedlemmarna.
Samtidigt har resultaten av en interimsundersökning funnit att en skarp sväng var den främsta orsaken till förlisningen, sade Yonhap.
Sypolen "gjorde en skarp sväng i 15 graders vinkel innan lutning och kapsejsning", Yonhap rapporterade, citera polisen och åklagar tjänstemän.
Överbelastningen av lasten och bristen på vatten i ballasttankar för att balansera lasten gjorde det svårt att återhämta sig från sin skarpa sväng, tillade tjänstemän.
Färjans kapten var inte på bryggan när färjan kapsejsade, med en tredje man vid rodret.
Myndigheterna har också arresterat flera personer som inte var på färjan vid tidpunkten för förlisningen.
Bland dessa finns fem tjänstemän från färjeägaren Chonghaejin Marine Company och en anställd vid ett privat inspektionsföretag för säkerhetsanordningar.
Den senare misstänks utföra bristfälliga inspektioner av färjans säkerhetsutrustning.
Sydkorea vill reformera sitt system för säkerhets- och räddningsinsatser efter färjans förlisning.
President Park Geun-hye sade på tisdagen att regeringen snart skulle släppa detaljer om detta drag, sade Yonhap.
Hon har tidigare bett om ursäkt för hur regeringen hanterade händelsen, mitt i frågor om den inledande räddningsinsatsen.
Efter den senaste tidens död av en civil räddningsdykare planerar Seoul också att ge psykologisk hjälp till räddningsarbetare som lider av fysisk och psykisk smärta, säger lokala medier.
Det kommer bland rapporter fartyget, under vatten i nästan en månad, har börjat försämras, vilket gör det ännu svårare för dykare att söka efter kroppar.
Tjänstemän sade att dykare hade upptäckt väggar "blir svagare och håller på att kollapsa". Räddningsarbetare planerar nu nya vägar genom skrovet.
I tidigare rapporter sades det att en del kroppar hade flutit bort från fartyget och uppmanat arbetare att sätta ut nät runt platsen.
Kaptenen på den sjunkna sydkoreanska färjan har åtalats för dråp, enligt rapporter.