Canon Jeremy Pemberton nekades tillstånd att arbeta som sjukhuspräst av den dåvarande biskopen i Southwell och Nottingham.
Peter Pemberton väckte talan om diskriminering som inleddes i juni.
Nottingham Employment Tribunal tog del av de slutliga inlagorna från båda parter tidigare på tisdagen.
Även om Pemberton var anställd av NHS, fick Rt Revd Richard Inwood avslag på ansökan om tillstånd från stiftet att arbeta på King's Mill Hospital i Mansfield.
Han hävdade att äktenskapet var emot den engelska kyrkans läror.
Thomas Linden QC, som representerade kyrkan, sade: " Staten bör inte säga till en religiös organisation att du kan eller inte kan välja denna person som din präst.
"Domstolen borde säga att det står klart vad kyrkan tycker om samkönade äktenskap."
Han argumenterade Mr Pemberton gick emot läran om kyrkan när han gick in i sitt samkönade äktenskap i "en flamma av publicitet".
Sean Jones, som företrädde Pemberton, föreslog att kyrkan inte skulle ha haft något problem med Pemberton om han hade ingått ett civilt partnerskap, trots att han påstod att de var nästan likadana.
Han tillade att ingenting hindrade prästerskapet från att ingå partnerskap och ifrågasatte varför det skulle vara annorlunda nu har en annan typ av "civil förening som staten kallar äktenskap" införts.
En slutlig slutsats förväntas inte förrän nästa år.
En präst kan behöva vänta till nästa år för att ta reda på om ett beslut att ta bort sin rätt att förrätta tjänst efter att han gift sig med en annan man var diskriminerande.