Bed Bahadur Sunuwar var en av mer än 150 lokala och utländska löpare i loppet, som började i Nepals basläger.
Den årliga körningen markerar årsdagen av den första toppen av Tenzing Norgay och Edmund Hillary 1953.
Vinnaren fullföljde loppet, som slutade ca 2000 meter längre ned i backen, på fyra timmar och 10 sekunder.
– Rutten är väldigt utmanande men också fantastisk. Jag känner mig stolt över att vara vinnaren, sa den 29-årige mannen.
Cirka 30 lokala löpare fick sällskap av omkring 130 från hela världen, däribland Storbritannien, USA, Kina och Australien. En nepalisk man vann också 2015.
Detta är den första klättersäsongen på Everest efter två säsonger drabbats av katastrofer - en lavin som dödade 16 bergsguider 2014, och en dödlig jordbävning 2015.
2016 års säsong har dock inte varit utan tragedi, med flera dödsfall på grund av höjdsjuka under en särskilt hektisk period på toppen. På fredagen meddelade tjänstemän att de hade hittat kroppen av en indisk klättrare på de övre sluttningarna, vilket tog säsongens dödssiffra till fyra.
En nepalisisk soldat har vunnit världens högsta maraton på Mount Everest.