Vägen mellan Harwich, Essex och Essbjerg i Danmark, som drivs av DFDS Seaways, har varit i drift i nästan 140 år.
Företaget sade att rutten "har kämpat länge" och inte skulle kunna ta på sig kostnader i samband med en ny miljölag.
Den sista färjan är att segla på söndag.
Verkställande direktör för DFDS Seaways, Niel Smedegaard, sade: "Vägen är av särskild historisk betydelse för DFDS så det är en mycket sorglig dag för oss alla.
"Vårt beklagande går till våra många passagerare som nu måste se den sista passagerarfärjan mellan Storbritannien och Skandinavien nära."
Hur populära är färjor?
•Förra året använde 20,5 miljoner människor färjor för att resa utomlands från Storbritannien - det första året på året ökar sedan 2010
•En av de mest populära rutterna, mellan Dover och Calais, har haft bilfärjor på gång sedan 1930-talet
•För tredje året i rad minskade antalet passagerare som reste från hamnar på östkusten till 2,2 miljoner
•Ett antal passagerarlinjer som förbinder Norge och Newcastle upphörde att trafikera 2008
•Färjor mellan Harwich och Hamburg i Tyskland stoppades 2002
•Stena Line driver en färja från Harwich till Hook of Holland. Linjen har ökat antalet passagerare under de senaste åren
Från och med den 1 januari 2015 kommer ett EU-direktiv som syftar till att minska svaveldioxidutsläppen från fartyg att träda i kraft.
DFDS sade att detta skulle ha resulterat i en 2 miljoner pund per år ökning av kostnaden för Harwich till Esbjerg färjelinje.
Smedegaard sade att företaget inte hade kunnat sänka kostnaderna tillräckligt för att trafiken skulle kunna bära de extra avgifterna.
I juni förra året, Sirena Seaways fartyg som kör Harwich-Esbjerg rutten träffade kajen medan dockning och började släppa in vatten.
Det fanns 489 passagerare ombord, men ingen var fångad eller skadad.
Kraschen orsakade allvarliga skador på kajen och gömde färjan på flera ställen, en del under vattenlinjen.
En utredning visade att ett av skeppets reservsystem höll en motor igång vid 63 % effekt när den närmade sig kajen.
Detta hindrade bogserbåtar från att flytta fartyget så att passagerarna kunde stiga av säkert.
På den tiden, DFDS sade ändringar gjordes för att stoppa en sådan olycka händer igen.
Storbritanniens enda färjeförbindelse till Skandinavien är att stänga för gott, vilket markerar "slutet på en era", säger operatören.