Mazembe - som vann hemmabenet av sin play-off 2-0 förra helgen - höll av Kabylie utmaning att fortsätta försvaret av sin krona.
Det var en stor chock i Abidjan som före detta vinnare av Afrikanska Champions League, Asec Mimosas, slogs ut av CF Mounana av Gabon.
Mimosas gick in i sitt hem ben behöver för att vända en 2-1 underskott från det första benet, men trots fielding en sida inklusive gillar Burkina Faso stjärna Aristide Bancé, slutade matchen 0-0 med Mounana går igenom 2-1 på aggregat.
Även på söndagen, Platinum Stars of South Africa pressade förbi en annan Ivorian sida AS Tanda till framsteg 5-4 på straff efter deras slips hade slutat 2-2 på aggregerat.
Sydafrikanerna gick in i sitt hemben i Rustenburg släpande 2-0 totalt, men kämpade tillbaka för att ta slipsen till spot-kicks och boka sin plats i gruppfasen.
Det var mycket enklare för en annan sydafrikansk sida, SuperSport United, som överväldigade Liberias Barack Young Controllers 5-0 i Pretoria.
En hatttrick från Jeremy Brockie hjälpte SuperSport United ta slipsen 6-1 på aggregat.
Sudans Al Hilal Obeid besegrade hamnmyndigheten Gambia 3-0 hemma för att göra framsteg 4-1 på aggregerad.
Confederation Cup fixturer:
Första benet:
Söndag:
Andra ben:
Fredag:
Lördag:
Söndag:
Även på söndag, nigerianska sidan Rivers United säkrade en 2-0 hem seger över Rwandas Rayon Sports i det enda återstående första benet av play-offs.
Matchen hade försenats på grund av minnet av folkmordet i Rwanda.
På lördagen bokade nio lag sin plats i den nyligen expanderade gruppfasen av Confederation Cup, inklusive Mbabane Swallows, vars 4-3 sammanlagda seger över kongolesiska sidan AC Leopards gjorde dem till den första klubben från Swaziland för att nå gruppstadiet.
CS Sfaxien av Tunisien blev den första sidan att nå årets Confederation Cup grupp fas med en seger över Rail Kadiogo på fredag.
Dragningen för gruppfasen kommer att äga rum den 26 april 2017 i Kairo.
Afrikanska konfederationen Cup innehavare, TP Mazembe i Demokratiska republiken Kongo, bokade sin plats i gruppfasen av årets turnering med en 0-0 dra bort till JS Kabylie i Algeriet på söndag.