Tyfon Nida träffade Hongkong på tisdagen med höga vindar och skyfall, vilket tvingar skolor, företag och transporttjänster att stänga.
Men stormen rapporterades försvagas när den flyttade till fastlandet.
Guangzhou i Guangdongprovinsen utfärdade en röd varning, dess högsta vädervarning, och människor har fått rådet att lagra mat och förnödenheter.
De södra städerna Zhuhai och Shanwei är också på röd beredskap, med transport, industri och offentliga tjänster till stor del mal till ett stopp.
Nida, som tidigare passerade Filippinerna, kommer att bli den starkaste tyfonen i regionen sedan 1983, sade en tjänsteman till kinesiska statliga medier och varnade för att det skulle kunna medföra svåra översvämningar.
I Hongkong evakuerades tusentals arbetare från en oljeplattform till havs och från en rad tunnlar och broar som byggdes för att förbinda territoriet med två andra städer.
Hundratals människor tog sin tillflykt till statliga skyddsrum i staden, mitt i skyfall och vindbyar på över 150 km/h (93 mph).
Även om Hongkongs tjänstemän avslutade sitt regnstormslarm vid middagstid på tisdagen, varnade de invånarna att det fortfarande fanns en risk för översvämningar i låglänta områden.
Södra Kina drabbas av kraftiga regn varje monsunsäsong, men i år har varit särskilt dåligt.
I juli dödade tyfonen Nepartak dussintals människor i Fujianprovinsen och tvingade hundratusentals kineser att lämna sina hem. Det orsakade också dödsfall och skador i Taiwan.
Stora områden i södra Kina är i nödläge när en kraftfull tyfon slår mot regionen.