De påstods utsättas för sexuella övergrepp och tvingades tigga på gatorna.
Ägaren, Rosa del Carmen Verduzco, och åtta anställda i den stora familjens hus har arresterats.
Korrespondenterna säger att det är en av Mexikos värsta fall av påstått barnmisshandel på en barninstitution på många år.
Regeringen sade att byggnaden var hem för 278 pojkar, 174 flickor och sex spädbarn under tre år.
Dessutom räddades 138 vuxna som var upp till 40 år, sade regeringen.
Enligt rapporter tvingades invånarna leva under fruktansvärda förhållanden.
"Jag är i fullständig bestörtning eftersom vi inte förväntade oss de förhållanden vi hittade på grupphemmet," Michoacan guvernör Salvador Jara sade.
Den stora familjens hus har verkat i 40 år och var lokalt känt som Mama Rosas hem.
Myndigheterna började undersöka hemmet efter att föräldrarna klagat över att de nekats tillgång till sina barn.
En kvinna, som själv växte upp i hemmet, födde två barn som var registrerade i Ms Verduzcos namn.
När modern lämnade hemmet, 31 år, fick hon inte ta med sig sina barn, sade utredarna.
Herr Jara sade att razzian kom efter att ett officiellt klagomål hade lämnats in av föräldrarna till fem barn som sade att de hölls i hemmet mot sin vilja.
Han sade att klagomålet ingavs för mer än ett år sedan, men angav inte varför myndigheterna inte hade agerat tidigare.
Lokala medier hade rapporterat om anklagelser mot hemmet så långt tillbaka som 2010.
Av Will Grant, BBC Mundo, Mexico City
Mexikanerna vaknar upp till nyheterna med en känsla av chock och misstro - främst på grund av den påstådda misshandeln i Casa Mama Rosa.
Listan över anklagelser är lång och allvarlig: nästan 500 barn som hålls emot sin vilja och skickas ut på gatorna för att tigga, deras föräldrar förhindras från dem, sexuella och psykologiska övergrepp på ett välkänt och ofta berömt barnhem.
Som sådan sticker detta verkligen ut från andra historier om övergrepp i mexikanska institutioner och har gett upphov till en del obekväma frågor. Hur länge kände myndigheterna till anklagelserna innan de handlade? Var korrupta ämbetsmän inblandade i att hålla dessa anklagelser tysta?
Samtidigt Rosa Verduzco själv är arresterad och står inför en rad anklagelser inklusive sexuella övergrepp och misshandel av barn. Men under de 40 år hon har drivit hemmet, har hon fått några inflytelserika och uppmärksammade supportrar, bland dem den berömda mexikanska författaren Enrique Krauze, som tog till Twitter för att försvara sin skiva.
I en artikel i tidningen El Universal sades det att sex familjer hade gjort gällande att Ms Verduzco vägrade att överlämna sina barn till dem.
En mor berättade för Universal reportrar att hon hade fört sin son till hemmet efter att en socialarbetare hade rekommenderat det som en plats för sitt barn att få behandling för hyperaktivitet.
Mamman, Martha Ines Lopez Ramirez, sa att hon bara fick träffa sin son en gång var fjärde månad och bara någonsin i närvaro av en "vakt".
Ms Lopez sade att hennes son verkade ha blivit drogad och visade tecken på att ha blivit slagen.
Hon berättade för El Universal att alla föräldrar hade tvingats lämna över vårdnaden om barnen till Ms Verduzco och underteckna ett skriftligt avtal om att inte hämta barnen innan de fyllde 18 år.
El Universal citerade då Verduzco som sade att de flesta barn kom från "dysfunktionella familjer".
Hon berättade för reportrarna att hemmet verkligen var "avvisande" att släppa tillbaka barn till sina familjer "om inte föräldrarna kunde visa att det hade skett en förbättring av familjens tillstånd".
En barnavårdsspecialist som tillfrågades av tidningen 2010 sade att anklagelserna om misshandel gick tillbaka två decennier, men att Verduzco var "politiskt väl ansluten".
Mexikanska poliser har räddat mer än 450 barn som de tror blev misshandlade i ett barnhem i Zamora i den västra delstaten Michoacan.