Polisen, brandkåren och ett sprängämnesförbränningsteam kallades till en adress i Ross Place-området omkring 20:20.
Ett litet antal invånare evakuerades från lokalerna men har nu återvänt till sina hem.
En 17-årig man har häktats i ett separat ärende.
Polisen sa att ingen skadades och att det aldrig fanns någon fara för allmänheten.
Bomb förfogande experter kallades till en incident vid ett kvarter av lägenheter i Fort William på fredag kväll efter att en "oidentifierad enhet" hittades.