45-åringen, som steg upp från assistenten i december efter Mark Burchill avskedades, har undertecknat ett ettårigt avtal.
"Kontinuitet är en av de viktigaste målen för styrelsen," sade en klubb uttalande.
"Klubben är också glad att den kommer att behålla sin heltidsstatus."
Livingston hade antytt på deras intentioner genom att tillkännage tre nya signeringar omedelbart efter deras play-off semi-final nederlag av Stranraer.
Midfielder Jordan Sinclair, 19, anlände från Hibernian och centrala försvarare Sean Crighton och Alan Lithgow anslöt sig från Airdrieonians.
Samtidigt kom Ryan Currie överens om ett nytt kontrakt, men Bulgariska midfielder Spas Georgiev, som lånades ut till Albion Rovers i februari, släpptes.
Livingston har beslutat att förbli en heltidsklubb trots att de förvisas till Scottish League One och har gett huvudtränare David Hopkin ett nytt kontrakt.