Den värst drabbade staten var Puebla i centrala Mexiko, där minst 28 personer dödades efter skyfall som utlöste jordskred.
Puebla guvernör Rafael Moreno Valle sa att hundar hade förts in för att leta efter de saknade.
Tjänstemännen sade att vissa avlägsna områden ännu inte hade nåtts.
Minst 40 personer har bekräftats döda efter att Tropical Storm Earl flyttade över Mexiko på lördag.
Earl hade tidigare slagit till mot Belize och Guatemala i Centralamerika.
Men det var i de mexikanska staterna Puebla, Veracruz och Hidalgo där de kraftiga regnen orsakade mest skada.
Bland dem som dödades i Puebla fanns 15 barn som dog när deras hem begravdes av lera som gled ner för de regndränkta kullarna.
En hel kulle kollapsade nära Huauchinango och svepte ner på en närliggande by.
"Det är en tragedi vad som har hänt med vårt folk i Huauchinango," borgmästare Gabriel Alvarado sade.
Omkring två hundra människor blev hemlösa enbart i delstaten Puebla.
I grannlandet Veracruz dödades 11 personer och i Hidalgo dog en 15-åring på sjukhus efter att ha tagits ur leran.
Mer än 10 000 människor drabbades, och 18 byar blev avskurna i den östra staten.
US National Hurricane Center (NHC) har varnat för en annan storm som närmar sig Mexiko.
Det sa att Tropical Storm Javier kunde stärkas till en orkan på måndag eftermiddag lokal tid.
"På prognosen spår, centrum av den tropiska cyklonen bör passera nära eller över den sydvästra kusten av Mexiko senare i dag, och närmar sig den södra delen av Baja California halvön på måndag," NHC sade.
Nödarbetare i Mexiko letar efter överlevande efter jordskred dödade dussintals efter Tropical Storm Earl.