RMT avslöjade att det hade fått en rättslig utmaning bara några timmar innan starten av en tredagars promenad.
Södra sade i ett uttalande det var "överväga alla möjliga alternativ för att stoppa strejken och det inkluderar en rättslig utmaning".
Samtal som syftade till att avvärja strejkerna över förändringar i rollen som dirigenter avslutades utan överenskommelse förra veckan.
RMT sade att det var tänkt att fortsätta med den planerade åtgärden, men höll på att undersöka pappersarbetet.
I ett meddelande till fackets medlemmar sade RMT:s generalsekreterare Mick Cash: " Tvisten är inte över och strejken... är definitivt på gång.
"Organisera picketlinjerna och protesterna och fortsätt att visa er beslutsamhet och solidaritet i er kamp för rättvisa."
Strejken kommer att börja från en minut efter midnatt på tisdag, vilket orsakar nya resor elände för passagerarna.
I samtal förra veckan, RMT sade tågoperatören hade avvisat en ny uppsättning förslag som kunde ha löst tvisten.
Men Govia Thameslink VD Charles Horton sade RMT motförslag "inte kommit i närheten av våra mål att modernisera vår tågtjänst till förmån för passagerarna".
RMT:s generalsekreterare Mick Cash sade: "RMT kan bekräfta mottagandet av en formell rättslig utmaning från Southern Rail i säkerhetstvisten.
"Det är förfärligt att företaget i stället för att sitta med oss i dag för att söka en resolution har valt att gå till domstol under täckmantel av antiunionslagarna."
På söndagen visade det sig att järnvägspersonalen hade fått råd av fackliga chefer att acceptera de nya kontrakten.
RMT sa att det inte fanns "någon klättra ner" men det var deras plikt att skydda personalen mot masssäckar.
En sydlig talesman sade: " I fredags sade de till sina ledarmedlemmar att de skulle acceptera ett avtal, och i morgon planerar de att slå till mot det.
"Det är en situation som kommer att lämna våra passagerare förbryllad och i det sammanhanget överväger vi för närvarande alla möjliga alternativ för att stoppa strejken.
"Vi har skrivit till RMT om tvistens giltighet mot bakgrund av den senaste utvecklingen.
"Vi väntar på deras svar och kommer att överväga alla möjliga alternativ för att stoppa strejken och det inkluderar en rättslig utmaning."
Södern vidtar rättsliga åtgärder för att försöka stoppa en rad strejker från tisdag, sade RMT transportfacket.