Dhanuson Dharmasena, 32, anklagas för att ha utfört det olagliga förfarandet på Whittington Hospital i norra London.
Läkaren i Ilford i London förnekar anklagelsen för vad som är det första åtalet i sitt slag i Storbritannien.
En annan man, Hasan Mohamed, 41, förnekar att han var uppmuntrande och begick ett brott.
Kvinnlig könsstympning, ofta förkortad till kvinnlig könsstympning och även känd som kvinnlig omskärelse, innebär förfaranden som inkluderar partiell eller fullständig avlägsnande av yttre kvinnliga könsorgan av kulturella eller andra icke-medicinska skäl.
Den tillämpas i 29 länder i Afrika och vissa länder i Asien och Mellanöstern, men är olaglig i Storbritannien.
Att genomföra kvinnlig könsstympning innebär ett maximistraff på 14 års fängelse.
Tvåbarnsmamma, som inte kan identifieras, genomgick för första gången kvinnlig könsstympning vid sex års ålder i Somalia, som Londons sydkrigsdomstol hörde.
Hon var 24 år och bodde i Storbritannien när hon födde sitt första barn i november 2012.
Domstolen hörde att hennes FGM-stygn revs under arbetet och Dr Dharmasena, en juniorregistrator inom obstetrik och gynekologi, sydde ihop henne i ett förfarande som motsvarade FGM.
Åklagarsidan hävdar att läkaren gjorde det på Mohameds "insistens eller uppmuntran".
Kate Bex, åklagare, berättade för juryn att FGM var "mycket farligt för en kvinnas hälsa och psykiska välbefinnande".
– Det kan leda till allvarliga hälsoproblem och i vissa fall till döden. FGM orsakar gynekologiska, urologiska och obstetriska problem hos kvinnor, kronisk smärta och sexuell dysfunktion, säger hon.
"Det ökar risken för död vid förlossning till både mor och barn."
Jurister hörde att kvinnan skulle ha varit mest utsatt för dessa biverkningar när operationen först utfördes när hon var sex år.
Dr Dharmasenas stygn skulle inte ha medfört samma risker, men borde inte ha sys alls "om inte medicinskt nödvändigt", sa Bex.
Sjukhusets förtroende inledde en utredning av incidenten inom några veckor.
I ett uttalande sa dr Dharmasena att han hade utfört proceduren eftersom han trodde att kvinnan ville att han skulle göra det. Han sade också att Mohamed hade uppmanat honom att göra det.
Han sade: " Ingen gång i tiden ville jag avsiktligt eller avsiktligt skada patienten. Jag hade lytt patientens alla önskningar."
Men juryn fick veta att han hade ändrat sitt rättfärdigande när han intervjuades av polisen i augusti 2013.
Ms Bex sade: "Det verkar som om Dr Dharmasena hade bekantat sig med lagen och du kanske tycker att han ändrade sig som ett resultat."
Tio månader efter operationen tog han upp möjligheten att det hade varit "medicinskt motiverat", berättade hon för domstolen.
Dr Dharmasena förnekar ett antal kvinnlig könsstympning.
Mohamed nekar till en räkning av medhjälp eller medhjälp till förfarandet och en till att avsiktligt uppmuntra eller hjälpa till med att begå ett brott.
Rättegången fortsätter.
En brittisk läkare utförde kvinnlig könsstympning på en ung mor efter att hon fött barn på sjukhus, en domstol har hört.