Shueb Salar påstås ha lagt ut kränkande språk om kvinnor och homosexuella på Twitter, 2012.
En utredning kommer att genomföras om de "allvarliga frågorna", sade en talesman för Labourkandidaten Khan, en f.d. minister.
José Ignacio Salar, som inte har kommenterat detta, började arbeta för Khan 2014.
Mot bakgrund av inläggen ifrågasatte minister Chris Grayling Khans bedömning att han skulle anställa Salar.
""Dessa kommentarer har absolut ingen plats i det moderna samhället", sade ledaren för underhuset.
"Borgmästaren i London fattar ett stort antal beslut om vem man ska anställa och hur man ska använda offentliga medel: hans rekord visar att Sadiq Khan inte kan fatta dessa beslut på ett sätt som står upp för Londonborna."
Mr Khan tipsas av bookmakers att bli Londons nästa borgmästare den 5 maj, slå sin Tory rival Zac Goldsmith.
En talesman sade: " Det är uppenbart att detta är allvarliga frågor. Shueb Salar har blivit avstängd från Sadiq Khans parlamentariska kontor i väntan på en utredning."
En av London Mayorals hoppfulla Sadiq Khans medhjälpare har avbrutits efter det att stötande sociala mediemeddelanden publicerats.