Han var på Sunmi på Themsen vid Gravesend Reach i Kent vid 18:10 BST på onsdag när det hände, PLA sade.
Räddningstjänsten ringdes men kunde inte rädda honom, sade myndigheten.
PLA:s verkställande direktör Robin Mortimer sa: "Våra djupaste kondoleanser är med vår kollegas familj och vänner i denna mycket svåra tid."
Han tillade: ""Vi har varit i kontakt med familjen och erbjuder allt stöd vi kan."
Inga detaljer om olyckans art har avslöjats av PLA.
Myndigheten och Haveriutredningsavdelningen har inlett en utredning av olyckan och kommer att närvara vid PLA:s Gravesendbas på torsdag.
En flodpilot från London Authority (PLA) har omkommit i en olycka när man går ombord på ett fartyg.