Förenade kungariket röstade för att lämna Europeiska unionen i en folkomröstning den 23 juni.
En talesman från CoDA bekräftade att Citywings föreslagna nya tjänst hade blivit "kommersiellt svår" sedan omröstningen.
Diskussioner kommer nu att äga rum mellan flygplatsen och andra potentiella flygbolag.
Flygningen tillkännagavs ursprungligen av Isle of Man-baserade regionala flygbolaget Citywing i mars 2015.
Det skulle börja sin nya tjänst i oktober men blev försenat vid flera tillfällen.
Den föreslagna nya rutten skulle medfinansieras av regeringarnas regionala luftanslutningsfond.
Citywing har ännu inte utfärdat BBC med ett uttalande, men en talesman från CoDA bekräftade förlusten på fredag.
"Konsekvensen av folkomröstningen till förmån för Brexit har lett till en betydande devalvering av pundet, med tanke på att flygindustrin är verksam i euro och dollar, försämrades ruttens ekonomi till en position som har gjort driften av denna rutt kommersiellt svår."
Talespersonen tillade att även om detta var "tydligt nedslående nyheter för flygplatsen och passagerarna", förblev det optimistiskt i framtida ansträngningar för att säkra rutten.
I augusti meddelade Ryanair att den skulle minska sin service till London Stansted.
Ett föreslaget nytt flyg från City of Derry Airport (CoDA) till Dublin har ställts in till följd av Brexit-omröstningen.