Kate och Gerry McCann stämde f.d. polischef Goncalo Amaral, som ledde sökandet efter deras dotter, efter påståenden han gjorde om dem i sin bok.
Madeleine försvann på semester i maj 2007 och Amaral hade föreslagit att paret hade fejkat hennes bortförande.
McCanns sade att de var "glada" med domen men ville betona att fallet aldrig hade handlat om pengar.
I ett uttalande av deras talesman Clarence Mitchell sade de: "Det var helt fokuserat på effekten av libelerna på våra andra barn och den skada som gjordes i sökandet efter Madeleine."
Den tidigare polismannen kan överklaga domen.
I Sanningen om lögnen påstod Amaral att Madeleine hade dött i familjens semesterlägenhet i Praia de Luz i Algarve, och att hennes föräldrar hade simulerat hennes bortförande och gömt hennes kropp.
McCanns, från Rothley i Leicestershire, sade att påståendena förvärrade deras ångest och avskräckte människor från att komma fram med information efter Madeleine försvann.
Madeleine försvann i den portugisiska semesterorten Praia da Luz, tre år gammal.
Amaral, som ursprungligen ledde undersökningen av Madeleines försvinnande, togs bort från fallet i oktober 2007.
Hans bok, som publicerades 2008, har varit en bästsäljare i Portugal.
McCanns sökte ursprungligen 1,25 miljoner euro (nästan 900 000 pund) i skadestånd från Amaral, hans förlag och ett företag som producerade en dokumentär baserad på hans bok.
I en skriftlig dom beslutade en domstol i huvudstaden Portugeuse att Amaral skulle betala Mr och Mrs McCann 250.000 euro vardera i skadestånd, plus ränta på mer än 100 000 euro (71,500 pund).
Domstolen hindrade även Amaral och hans förlag från att sälja boken eller ge ut ytterligare utgåvor. Det hindrade också filmproducenten från att sälja rättigheterna att sända eller distribuera den.
Under rättegången berättade McCann för domstolen att när hon först hade fått reda på anklagelserna var hon "helt desperat på grund av den orättvisa jag kände mot min dotter och vår familj som helhet".
"Det var mycket smärtsamt att läsa och jag kände mig också orolig och rädd på grund av den skada jag kände att det gjorde här i Portugal", sade hon.
De portugisiska myndigheterna lade ned sin utredning av Madeleines försvinnande 2008, men Scotland Yard inledde en översyn i maj 2011, efter att premiärminister David Cameron svarat på en vädjan från McCanns.
Under 2013 inledde Met-polisen en formell undersökning, känd som Operation Grange, som fortfarande pågår.
I juni 2014 använde poliser hundar för att söka flera platser i Praia de Luz resort, samt "markgenomträngande radar" för att leta efter störd jord, men deras sökningar gav inga resultat.
I sitt uttalande sade McCanns: "En hel del har förändrats under de sex år som gått sedan vi inledde åtgärden och vi är glada över att det fortfarande pågår en aktiv undersökning i både Portugal och Storbritannien.
"Vi vill påminna folk om att det fortfarande finns en oskyldig liten flicka som saknas och att de som är ansvariga för hennes bortförande fortfarande är på fri fot."
En portugisisk domstol har tillerkänt föräldrarna till den saknade Madeleine McCann skadestånd på 358.000 pund efter ett ärekränkningsmål.