En man som gick sin hund rapporterade se kroppen i vattnet vid omkring 09:00 BST, Humberside polisen sade.
Det återfanns i vattnet, eftersom ett område nära piren spärrades av av polisen.
Den manliga kroppen är ännu inte identifierad och kraften är tilltalande för alla med information att kontakta dem. Withernsea ligger ungefär 18 miles öster om Hull.
Piren ut i Nordsjön revs för mer än 100 år sedan, men grindarna stod kvar på strandpromenaden.
En kropp spolades upp på en strand vid Withernsea i East Yorkshire.