Offrens kroppar, mellan 15 och 19 år, hittades i plastpåsar vid floden Ulua i provinsen Yoro. Deras händer var bundna.
Pojkarna kidnappades av beväpnade män i en by 15 kilometer från den plats där deras kroppar hittades.
Det är oklart varför pojkarna - som arbetade som lantarbetare och taxiförare i motorcyklar - kidnappades.
Goda nyheter för Honduras mordhuvudstad?
Honduran migranter: "Vi lämnade eftersom vi var tvungna att"
De honduranska myndigheterna har inte sagt om kidnapparna krävde en lösensumma för sina offer, rapporterade EFE.
I genomsnitt mördas 11 personer varje dag i landet, enligt officiella siffror.
Grannen El Salvador är för närvarande det mest dödliga landet utanför en krigszon, med nästan 100 mord per 100.000 människor per år.
Latinamerika utgör bara 8 % av världens befolkning, men står för nästan en tredjedel av alla mord.
Brandmän i norra Honduras har hittat kvarlevorna av fyra tonårspojkar som kidnappades den 31 januari.