Frysningen kommer att kosta 640 miljoner pund under fyra år, mindre än den kostnad på 1,9 miljarder pund under fem år som Transport förutspådde för London under valkampanjen.
Khan kommer att granska TfL:s lager av ledning, skära av byråns personal, granska projekt och frysa lönerna för toppchefer för att göra besparingar.
Resekort, månatliga Oyster-kort och dagsmössor är undantagna från frysningen.
Liberaldemokraterna har kritiserat borgmästaren för att ha brutit sitt prisstoppslöfte eftersom fördelarna inte kommer att märkas av passagerare som använder resekort.
"Inte vad han sa i sin kampanj", sade Lib Dem London Assembly Member Caroline Pidgeon.
Konservativ gruppledare Gareth Bacon sade: "Sadiq Khan tillfrågades om hans biljettpriser frysa tusentals gånger under borgmästarkampanjen.
"Inte en enda gång nämnde han att denna frysning inte skulle inkludera resekort."
Khan sade att han bara kunde frysa TfL-priserna, inte de som stod under transportministeriets kontroll.
"Londonborna för närvarande betalar några av de högsta kollektivtrafik priser någonstans i världen", sade borgmästaren.
"Mina priser fryser på TfL tjänster kommer att göra livet lättare för miljontals människor och kommer att se till att London blir en mer prisvärd stad för alla."
Londons transportkommissionär, Mike Brown, sade att de besparingar som behövdes för att leverera en biljett fryser i två år hade hittats, och resten av pengarna kunde hittas i höst.
"Under de första två åren är den inskriven. Pengarna finns där.
"Under sommaren kommer alla pengar att hittas. Vi kommer att uppnå detta."
Den nya borgmästaren kommer att göra följande:
De flesta passagerare kommer att betala samma priser 2020 som de gör nu, London Mayor Sadiq Khan har meddelat.