Paret kommer att missa VM efter att ha sträckts av mot Italien.
Farrell, som arbetade med Gatland på 2013 British & Irish Lions turné, säger att Wales inte ska tas lättvindigt.
"Warren kommer förmodligen att använda lite av en rygg-mot-vägg mentalitet som kommer att stärka dem och galvanisera dem ännu mer", sade han.
"De är inte nere. De har ett par killar som har kommit in som har fått sin möjlighet och de kommer att försöka ta det med båda händerna.
"En del skulle säga att det försvagar dem lite, men det ser vi inte. Styrkan i ett team - galvaniseringen av ett team som kommer tillsammans - är viktigare än alla individer."
England och Wales träffas på Twickenham den 26 september i vad som kommer att bli den andra matchen i turneringen för båda sidor.
Webb ersätts i Wales trupp av Lions scrum-halv Mike Phillips medan Ospreys vinge Eli Walker tar full-back Halfpenny s plats.
Farrell säger Halfpenny, spelaren i serien för Lions i 2013, är en sorglig förlust för turneringen, efter att han lidit cruciate ligament skada på lördag.
"Han är en otrolig professionell," tillade han. "Hans uppmärksamhet på detaljer är absolut oöverträffad.
"Han kommer att vara en stor förlust för någon sida, han är en stor spelare. Och han kommer tyvärr att missas av tävlingen eftersom vi vill se det bästa där ute."
Men Farrell känns flyga halva Dan Biggar kommer att vara mer än kapabel att sparka målen i Halfpenny frånvaro.
Han sade: "Halfpenny är lika duktig som i rugbyvärlden, det är ingen tvekan om det. Han är en fenomenal målskytt.
"Men Dan Biggar är en mycket bra målskytt. Han är en långväga målskytt och han är mycket säker på att ta skott från var som helst. Så de har en ganska bra ersättare där."
Farrell tror också att Phillips blir en handfull.
"Han är ingen dålig ersättare. En arg Mike Phillips - jag antar att han skulle ha blivit utvald till att börja med - han kommer förmodligen att ha en poäng att bevisa.
"När han är på beslutsamt humör kommer han förmodligen att vara som bäst."
England lås Geoff Parling beskrev nyheten om Halphpenny och Webbs skador som "hemska".
Han sa: "Du vill aldrig se någon rugbyspelare skadas, men särskilt inte i den sista matchen före VM."
Parling spelade med Halfpenny på 2013 Lions turné och sa att han var "kastad" för full-back.
"Han är en riktigt bra kille och jag önskar honom ett snabbt tillfrisknande", sade han. "Han kommer definitivt tillbaka, han är en kvalitet kille."
Samtidigt har Englands flyghalva George Ford lovordat effekten av centrum Sam Burgess, som kom på som en ersättare i lördagens 21-13 seger över Irland, som "fenomen".
"Han är en vinnare", sa Ford. "Han pratar hela tiden. Bryter han sig in, går han upp till grabbarna och ger dem energi.
"Hans attribut när det gäller att bära och tackla är där för att se, men det är de saker som människor kanske inte ser - hans attityd och den drivkraft som han ger till laget är ganska fenomenala."
Warren Gatland kommer att använda skadorna till Rhys Webb och Leigh Halphpenny för att galvanisera sin sida, säger Englands försvarstränare Andy Farrell.