England vann kastet och valde att fladdra men gick från 110-2 till 184 alla ut som de avfärdades i 40.2 overs.
Daniel Bell-Drummond toppklassade med 51 men det var förgäves när England gick 3-0 ner i fem-match serien.
Sri Lanka A nådde sitt mål i 37 overs som Shehan Jayasuriya följde upp hans 5-35 med en knackning av 83.
England Lions har förlorat sin endagsserie mot Sri Lanka A efter att ha blivit slagen av fyra wickets i den tredje ODI i Kurunegala.