"Vi ber folk att flytta till säkrare områden", sade en talesman för det nationella hjälporganet.
Södern och centrum har placerats på röd beredskap på grund av översvämningarna, som har krävt flera liv.
År 2000 dog 700 människor och en halv miljon blev hemlösa i Moçambiques värsta översvämningar.
De värst drabbade områdena ligger i provinsen södra Gaza, där ett antal floder för närvarande ligger över krisnivåerna.
Nödteam är på stand-by och motorbåtar har skickats för att hjälpa till att transportera människor till säkerhet, AFP nyhetsbyrån rapporterar. Flyktingarna kommer att föras till tillfälliga skyddsrum. Några av dem har byggts upp i huvudstaden, Maputo.
"Vi uppskattar att det finns 55.000 människor drabbade," Rita Almeida från Moçambiques katastrofhjälp Management Institute berättade AFP.
Staden Chokwe, som är hem för en flata, är särskilt sårbar, tillade hon.
"Vi registrerar mycket höga vattennivåer i Limpopo och Inkomati floder som kan översvämma staden," Ms Almeida sade.
Från söndag till måndag föll nästan 185 mm regn över Limpopobassängen, rapporterar AFP.
Internationella observatörer har beskrivit situationen som kritisk. Det finns farhågor för att flatan i Chokwe kan brytas, vilket skulle leda till kaos i evakueringarna.
"Om flatan går sönder måste alla dessa människor röra sig snabbare", sade landschefen för Världslivsmedelsprogrammet, Lola Castro.
Grannarna Sydafrika, Zimbabwe och Botswana har också drabbats av svåra översvämningar.
I Sydafrika krävde översvämningsvatten flera liv och lämnade hundratals strandsatta efter att floden Limpoopo hade sprängt sina stränder på måndagen.
Moçambique har börjat evakuera omkring 55.000 människor efter kraftiga regn, vilket fick havsnivåerna att stiga till farliga nivåer i delar av landet, säger tjänstemän.