Den 75-årige ryktas vara favorit att utföra den plikt som tidigare har utförts av andra idrottsliga stormän som Muhammad Ali och Cathy Freeman.
Den trefaldiga VM-vinnaren har lidit av muskelsmärtor och genomgått höftkirurgi tidigare i år.
"Jag är inte i fysisk kondition för att delta i öppningsceremonin", sade han.
Omslag av fredagens öppningsceremoni på Rio Maracana Stadium börjar på 23:35 BST på BBC One.
Problemet är att om han sitter i en stol behöver du en vinsch för att få ut honom ur det.
Pele tillade: " Bara Gud är viktigare än min hälsa. I mitt liv har jag haft frakturer, operationer, smärta, sjukhusvistelser, segrar och nederlag. Och jag har alltid respekterat dem som beundrar mig."
Den tidigare Santos spelaren tillade att det var hans "egna beslut".
Peles talesman Pepito Fornos tillade: " Han går med käpp. Problemet är att om han sitter i en stol behöver du en vinsch för att få ut honom ur det.
"Hans läkare tyckte det var bäst att han fortsätter sjukgymnastiken, att han vilar och vi hoppas att han kommer att kunna närvara vid [Olympic] avslutningsceremonin."
Tidigare i veckan sade Pele att han ombads att tända kitteln av organisatörerna, men han hade "ett internationellt engagemang med ett engelskt företag". Den tidigare fotbollsspelaren tillade att om han kunde ändra sina resplaner skulle det vara en "heder" att utföra uppgiften.
I juni tilldelades Pele den olympiska ordningen av Internationella olympiska kommittén (IOC) - rörelsens högsta ära.
Han fick namnet "Athlete of the century" av IOC 1999 trots att han aldrig tävlade på ett spel eftersom professionella spelare hindrades från att göra det under sina speldagar.
Pele, som vann sin första VM-vinnares medalj vid 17 års ålder, betraktas av många som tidernas största fotbollsspelare.
Sedan han gick i pension 1977 har han tagit upp ambassadörsroller både inom och utanför fotbollen, och var med i politiken som idrottsminister i sitt hemland under en treårsperiod från 1995.
Och 2012 tilldelades Pele en hedersexamen från universitetet i Edinburgh för sitt "betydande bidrag till humanitära och miljömässiga orsaker", efter att ha arbetat som FN-ambassadör för ekologi och miljö.
Tidigare i fredags blockerade hundratals demonstranter vägarna i Copacabana - protesterar mot regeringen och kostnaden för att stå värd för evenemanget - vilket resulterade i en ändring av rutten för det olympiska fackelreläet.
Den olympiska facklan började sin sista resa till Maracana under den ikoniska Kristus återlösarstatyn som har utsikt över Rio.
Prenumerera på BBC Sport nyhetsbrev för att få vårt tips på nyheter, funktioner och video skickas till din inkorg.
Brasiliens fotbollslegenden Pele kommer inte att tända den olympiska kitteln vid fredagens invigningsceremoni i Rio.