Omar Gonzalez, 42 år, bar en kniv när han stoppades av Secret Service-officerare i byggnaden.
På måndagen sade tjänstemän att han också arresterades i juli med två gevär och en karta som markerar Vita huset.
Secret Service säger att det har ökat säkerheten och lanserat en omfattande översyn av förfaranden.
Mr Gonzalez, en amerikansk militärveteran som var dekorerad för sin tjänst i Irakkriget, anklagas för att olagligen ha kommit in i en begränsad byggnad med ett "dödligt eller farligt vapen".
Under sin domstolsförhandling på måndagen sade federala åklagare också att Gonzalez stoppades men inte arresterades i augusti efter att han gick förbi Vita huset med en yxa.
Biträdande åklagare David Mudd sa att den anklagade inkräktaren var en fara för presidenten, och en domare gick med på att hålla honom fängslad tills en utfrågning i oktober.
Videofilmen visade att mr Gonzalez sprang över Vita husets gräsmatta efter att ha skalat ett staket på fredag.
Gonzalez stoppades först efter att ha gått in i norra Portico-dörrarna, sade Secret Service. Han befanns senare bära en 9cm (3.5in) fällkniv.
Presidenten och hans döttrar hade just lämnat Vita huset med helikopter innan Gonzalez kom in, men Vita husets pressekreterare Josh Earnest sade Mr Obama var "uppenbarligen bekymrad" över vad som hände.
Omedelbart efter fredag kväll incident Secret Service ökade fotpatruller längs omkretsen stängsel, utplacerade ytterligare övervakningsresurser, och ändrade förfarandena för att säkerställa ingången till byggnaden är säker, Mr Earnest sade.
"Presidenten är säker på att förändringarna kommer att genomföras korrekt", sade han.
Översynen av säkerheten initierades av Secret Service direktör Julia Pierson, som också beordrade "den omedelbara förbättringen av officerspatruller och övervakningskapacitet" runt Vita huset.
I juli hittade polisen två kraftfulla gevär, fyra pistoler och andra skjutvapen och ammunition i Mr Gonzalez fordon tillsammans med en White House karta när han stoppades i sydvästra Virginia, en lokal åklagare berättade Associated Press nyhetsbyrå.
Han tjänstgjorde i militären från 1997 till hans ansvarsfrihet 2003, och återigen från 2005 till december 2012, när han gick i pension på grund av funktionshinder, AP rapporterade.
Familjen och vännerna berättade Washington Post Mr Gonzalez lider av posttraumatiskt stressyndrom efter att ha tjänstgjort som krypskytt i Irak.
En till synes orelaterad händelse på lördagen såg en man köra upp till en bilport i komplexet och vägra att lämna.
Secret Service agenter stängde av närliggande gator och sökte igenom fordonet efter sprängämnen.
Tjänstemännen sa att lördagens händelse var en "varje dag".
Mannen som bröt sig in i Vita huset på fredagskvällen hade 800 skott ammunition, en machete och två stridsyxor i sin bil, har myndigheterna sagt.