Kritiker har varnat för att avskaffandet av det skotska finansieringsrådet skulle kunna utgöra ett hot mot akademiskt oberoende.
Oron följer på ett beslut för två veckor sedan att ställa den skotska regeringens ekonomiska organ under en enda nationell styrelse.
Det har sedan dess blivit uppenbart att de fyra styrelser som driver byråerna står inför ett avskaffande.
Näringslivsminister Keith Brown beställde en översyn av Scottish Enterprise, Highlands and Islands Enterprise, Skills Development Scotland samt Scottish Funding Council.
Han drog slutsatsen att en nationell styrelse bör inrättas för att övervaka de olika byråerna och se till att deras arbete blir "anpassat".
En skotsk regerings talesman sade att det inte fanns någon tidsplan för förändringarna.
Han bekräftade också att man måste arbeta igenom detaljer, bland annat frågan om huruvida en minister kommer att vara ordförande i den nationella finansieringsnämnden.
Flytten är den andra reformfasen för de ekonomiska organen, som inleddes efter valet av Holyrood i maj.
Det som sedan dess har blivit tydligare för dem som arbetar för byråerna är att de styrelser som styr dem kommer att avskaffas någon gång efter det att den nationella styrelsen har inrättats.
Styrelsen har inte formellt underrättats om detta, men har fått veta det vid privata möten.
Det finns en oro inom det skotska finansieringsrådet för att konsekvenserna för den akademiska friheten inte har övervägts.
Finansieringsrådet inrättades 2005 för att ersätta separata styrelser för högre utbildning och vidareutbildning.  Den övervakar tilldelningen av statliga bidrag till universitet och högskolor.
Alastair Sim, chef för universiteten i Skottland, sade att han skulle leta efter detaljer om hur den nya nationalstyrelsen skulle fungera.
Han sade: "Ett särskilt intresse är att se till att det skotska finansieringsrådet behåller sin mycket uppskattade roll som ett expertorgan på armlängds avstånd från regeringen, samtidigt som det samarbetar för att bidra till att stärka Skottlands innovation och produktivitet."
Professor Iain Gray, vice ordförande för Royal Society of Edinburgh, det akademiska institutet, sade att universiteten var för åtgärder som skulle förbättra kopplingarna till näringslivet.
Men samtidigt som universitetsforskningen fortfarande är en av Skottlands största styrkor, sade han att det fanns ett behov av att förklara den skotska regeringens strategiska inställning till innovation i ekonomin.
Han sa: "Vi måste få en tydlig strategi, och undvika oavsiktliga konsekvenser av att sammanföra organisationer med olika ansvarsområden, utan att tänka igenom saker och ting."
Skottland spenderar mycket mer per capita på ekonomisk utveckling än resten av Storbritannien. Men är det att få valuta för pengarna? Hjälper det verkligen till att driva på tillväxten?
Bristen på uppgifter om detta verkar ha varit en av drivkrafterna bakom översynen av företagsorgan.
Men även några av dem som står varandra nära har varit förbryllade över vad ministern Keith Brown har försökt uppnå.
Hans slutsats, som publicerades i oktober, stödde till stor del det som byråerna har gjort.
Samtidigt identifierades möjligheter att förbättra samordningen och anpassningen, hantera dubbelarbete och förbättra de ekonomiska uppgifterna, särskilt om arbetsmarknadens behov.
Det största hotet som översynen verkade innebära var Highlands och Islands Enterprises autonomi.
I stället för att absorberas användes det som modell för en liknande byrå som täcker södra Skottland (de gränser som ännu inte har fastställts).
Men om det skall finnas en styrelse som omfattar alla dessa organ, och de befintliga styrelserna skall avskaffas, är det oklart hur byråerna kommer att eller kan förbli distinkta i sina regionala roller. Kritiker kommer sannolikt att framställa detta som centralisering.
Det märkliga i detta är det skotska finansieringsrådet, som har den politiskt känsliga rollen att fördela medel samtidigt som universiteten skyddas från otillbörlig politisk inblandning i sitt akademiska arbete.
Det är under instruktioner att få en bättre koppling mellan universitetssektorns många styrkor och ekonomin.
Men det har också en roll att skydda universiteten i studier och forskning som inte har någon direkt ekonomisk inverkan.
Denna rolls känslighet skulle vara svårare att skydda under en nationell styrelse som till stor del sysslar med ekonomin - och framför allt om det visar sig att kabinettssekreteraren är den som har den centrala rollen att fördela vilka universitet och institutioner som får den mest fördelaktiga finansieringen.
Som med mycket av det här reformprogrammet är det oklart.
Man har uttryckt oro över centraliseringen av finansieringen av skotska universitet, som BBC Skottland har lärt sig.