Männen, som är i mitten av 20-årsåldern, fångades i squaally förhållanden efter att de lämnade Raasay vid omkring 20:00 på söndagen för att paddla över ungefär en mil av havet.
Modern till en av männen väckte larmet innan hon senare fann dem på stranden av halvön Braes på Skye.
Kustbevakningen sa att männen var "mycket kalla" och behövde läkarvård.
Portree RNLI livbåt och kustbevakning Rescue Team hade letat efter de två männen.
Efter att kajakpaddlingarna hade hittats tog livbåtsbesättningen dem till Portree Hospital där de behandlades för hypotermi och skärsår och skrapsår.
Kustbevakningen eskorterade mamman och en annan kvinna hemåt.
Kustbevakningschef Martin Collins sade: "Dessa kajakpaddlare har haft stor tur.
"Vi har haft vinterlika squalls över hela området i kväll med vindar som rusar till över 40mph ibland och om de inte hade gjort någon medveten om sina planer kunde de ha exponerats för elementen mycket längre.
"Om du är på väg ut till havs i en kajak rekommenderar kustbevakningen att du kontrollerar väderprognosen och tidvattenförhållandena innan du går ut, bär en flythjälp och bär nödbloss är i datum och stuvat där du kan nå dem."
Han tillade: "För avlägsna platser med en personlig lokaliseringssignal rekommenderas starkt."
Två kajakpaddlare hamnade i svårigheter efter att deras farkoster kapsejsade i dåligt väder medan de gjorde en kvällskorsning mellan öarna Raasay och Skye.