Det följde en enorm ökning av ansökningarna för den icke-inhemska delen av stimulanssystemet för förnybar värme.
Undersökningen kommer att omfatta en kontroll av vart tionde system som godkänts.
Systemet inrättades för flera år sedan för att uppmuntra hushålls- och företagsanvändare att byta till uppvärmningssystem för biomassa, främst träpellets.
Industriminister Jonathan Bell meddelade på fredag sin avsikt att stänga den för nya ansökningar.
I tisdags sade tjänstemän till företagskommittén att 30 miljoner pund måste komma ut ur blockbidraget 2016/7 för att betala för det.
Systemet med incitament för förnybar värme gäller både för hem- och företagsanvändare.
Företag får cirka £ 24000 per år under en 20-årsperiod för att installera en av de förnybara värmesystem.
Fördelarna för inhemska sökande är mindre lukrativa, med en förskottsutbetalning på cirka 3 500 pund och 1200 pund per år under sju år.
Bell berättade för plenarförsamlingen att kanslern hade begränsat det belopp som betalades ut till Nordirland från Förenade kungarikets pott för förnybar värme, och det hade lett till problemet.
Han sade att systemet hade blivit övertecknat och att det hade skapat ett "stort budgettryck" inte bara för hans avdelning, utan för hela Nordirland.
Dr Andrew McCormick, företagsdepartementets ständige sekreterare, sade att det hade funnits ett behov av att "stänga av kranen" så snabbt som möjligt för att begränsa överutnyttjandet.
Han sade att det gav upphov till en "mycket allvarlig ekonomisk fråga" och det var ministerns "bedömning att det var nödvändigt att omedelbart upphäva systemet för att förhindra att överutnyttjandet blir ännu värre".
Kommittén fick veta att "vissla-blower anklagelser" hade mottagits genom kontoret för den första och vice premiärministern.
Dessa har uppmärksammats av tillsynsmyndigheten Ofgem, som administrerar systemet i hela Förenade kungariket.
Statskassorna täckte systemet upp till en viss nivå, men på grund av ökningen i ansökningarna i slutet av förra året fanns det ett stort finansieringsgap som skulle behöva täckas av Stormonts budget.
Niohundra ansökningar hade inkommit under tre år. Under en sexveckorsperiod förra hösten strömmade ytterligare 900 ansökningar in.
Dr McCormick sade med systemet stängt för nya aktörer, skulle finansieringsgapet minska under kommande år, men skulle fortfarande vara £11 miljoner till 2021.
Kommittéordförande Patsy McGlone sade att den plötsliga nedläggningen av systemet skulle hota arbetstillfällen och företag.
Han sa att ett installationsföretag trodde att det kunde kosta upp till 1 miljon pund och sätta 25 arbetstillfällen i riskzonen.
Ulster Farmers Union berättade för kommittén att 50 fjäderfäprojekt skulle kunna riskeras till följd av systemets nedläggning.
En undersökning pågår efter anklagelser från visselblåsare om driften av ett system för förnybar energi som ledde till ett överutnyttjande på 30 miljoner pund.