Kitty-in-Boots-berättelsen återupptäcktes av förlaget Jo Hanks efter att hon hittat en hänvisning till den i en utanför-print Potter-biografi.
Quentin Blake, mest känd för sitt arbete med Roald Dahl, har illustrerat historien, som ska publiceras i september.
Potter hade bara fullbordat en enda teckning för att följa med manuskriptet.
Hon skickade berättelsen till sin förläggare 1914 och sa att den handlade om "en väluppfostrad prime black Kitty-katt, som leder ett ganska dubbelliv".
The Tale of Kitty-in-Boots har också ett utseende från en "äldre, långsammare" version av Peter Rabbit.
Ms Hanks, förläggare på Penguin Random House Children's, fann en hänvisning till Potters brev till hennes förläggare och det oredigerade manuskriptet i 1970-talets litterära historia om författaren.
Tre manuskript hittades sedan i Victoria och Albert Museum arkiv, handskrivna i skolan anteckningsböcker - en grov färg skiss av Kitty-in-Boots, en penna skiss av skurk Mr Tod och en dum bok, med en del av manuskriptet utlagt.
Potter sa i brev, som också fanns i arkivet, att hon hade velat avsluta historien men "avbrott började", inklusive första världskriget, hennes äktenskap och sjukdom.
Ms Hanks sade: " Sagan är verkligen den bästa av Beatrix Potter.
"Den har dubbla identiteter, färgstarka skurkar och ett antal favoritkaraktärer från andra berättelser [inklusive Mr Tod, Mrs Tiggy-Winkle, Ribby och Tabitha Twitchit].
"Och, mest spännande, vår dyrbara, busiga Peter Rabbit gör ett framträdande - om än äldre, långsammare och listigare!"
Det var en gång en allvarlig, väluppfostrad ung svart katt.
Den tillhörde en snäll gammal dam som försäkrade mig att ingen annan katt kunde jämföras med Kitty.
Hon levde i ständig rädsla för att Kitty skulle bli stulen - "Jag har hört att det finns ett chockerande mode för svarta kattskinnsmuffar; vart är Kitty borta? -Kitty, vad gör du här? Kitty!"
Hon kallade det "Kitty", men Kitty kallade sig själv "Miss Catherine St Quintin".
Cheesebox kallade henne "Q", och Winkiepeeps kallade henne "Squintums". De var väldigt vanliga katter. Den gamla damen skulle ha blivit chockad om hon hade känt till bekantskapet.
Och hon skulle ha blivit smärtsamt överraskad om hon någonsin sett miss Kitty i en gentlemans Norfolk-jacka, och små pälsklädda stövlar.
Nu de flesta katter älskar månskenet och vistas ute på nätterna; det var nyfiken hur villigt Miss Kitty gick till sängs.
Och även om tvättstugan där hon sov - inlåst - alltid var mycket ren, på några morgnar Kitty släpptes ut med en svart haka. Och på andra morgnar verkade svansen tjockare, och hon skrapade.
Det förbryllade mig. Det var en lång tid innan jag gissade att det faktiskt fanns två svarta katter!
Ms Hanks sa att Blake måste vara den som illustrerar den nyupptäckta historien.
– Det är en utmanande uppgift att illustrera ett manuskript som skrevs för över 100 år sedan av en av världens mest älskade författare, men vi visste att Quentins energi, upproriskhet och humor var i linje med Beatrix egna konstnärliga sensibiliteter, och därför precis vad denna fantastiska bok krävde, tillade hon.
Blake sade: " Det verkade nästan otroligt när jag i början av 2015 fick ett manuskript av Beatrix Potter; ett som hade legat opublicerat i 100 år och som hon, med undantag för en enda teckning, aldrig hade illustrerat.
"Jag gillade berättelsen omedelbart - den är full av incidenter och ofog och karaktär - och jag blev fascinerad av att tro att jag blev ombedd att rita bilder för den.
"Jag har en konstig känsla av att det kan ha väntat på mig."
I år är det 150 år sedan Potter föddes.  Kitty-in-Boots Tale publiceras av Frederick Warne & Co, Potters ursprungliga förlag.
En ny berättelse skriven av Beatrix Potter för mer än 100 år sedan, med Peter Rabbit, kommer att publiceras för första gången.