Coach Michel Dussuyer har också utelämnat Newcastle's Cheick Tiote, plus Siaka Tiene och Lacina Traore för matchen den 6 september.
Dussuyer säger att Toure fortfarande tänker på sin internationella framtid.
"För tillfället är han i en period av eftertanke om sin internationella framtid," Dussuyer sade.
"Jag träffade honom i London och sa att jag räknade med honom.
"Han är en stor spelare och lagkapten. Jag hoppas att han fortsätter sitt äventyr med oss."
Toure sa i mars att han funderade på om han skulle fortsätta spela för 2015 Nations Cup vinnare.
Dussuyer förklarade också frånvaron av flera andra erfarna spelare.
"När det gäller Cheick Tiote försökte vi komma i kontakt med honom på olika sätt men det fanns inga tecken på liv.
"Jag önskar bara att han hade klargjort sin ståndpunkt. Siaka Tiene har fortfarande ingen klubb.
"När det gäller Lacina Traore och Tallo Gadji, måste jag göra ett val men det betyder inte att jag inte kommer att besöka dem i framtiden.
"De måste bara spela bra för sina klubbar."
Matchen kommer att spelas i den nigerianska staden Lagos eftersom Sierra Leone är förbjudet att vara värd för matcher hemma på grund av Ebola-krisen.
Sierra Leone förlorade sin öppning Nations Cup kval 1-0 till grupp I motståndare Sudan i juni.
Gruppen inkluderar även 2017 Nations Cup värd Gabon men deras matcher kommer inte att räknas mot kvalificering. Endast gruppvinnarna går vidare till finalen.
Elfenbenskusten och Gabon ritade 1-1 i juni.
Ivory Coast-truppen:
Målvakter: Sylvain Gbohou (TP Mazembe, DR Kongo), Ali Sangare Badra (Asec Mimosas) Made Sayouba (Stabaek, Norge)
Försvarare: Serge Aurier (PSG, Frankrike), Mamadou Bagayoko (KV St Trond, Belgien), Eric Bailly (Villarial, Spanien), Simon Deli (Slavia Prag, Tjeckien), Sheriff Jymoh (Athletic Adjame), Franck Kessie (Cesena, Italien), Adama Traore (Basel, Schweiz), Ousmane Viera (Rizespor, Turkiet)
Mellanfältare: Jean Daniel Akpa Akpro (Toulouse FC, Frankrike), Ismael Diomande (St Etienne, Frankrike), Yao Serge N'Guessan (AFAD), Geoffrey Serey Die (VFB Stuttgart, Tyskland), Jean Michael Seri (OGC Nice, Frankrike)
Framåt: Wilfried Bony (Manchester City, England), Seydou Doumbia (CSKA Moskva, Ryssland), Gervinho (AS Roma, Italien), Max Gramel (Bournemouth, England), Salomon Kalou (Hertha Berlin, Tyskland), Giovanni Sio (Rennes, Frankrike), Thomas Toure (Bordeaux, Frankrike)
Manchester City's Yaya Toure har bett att inte tas med i Elfenbenskustens trupp för deras Afrika Cup of Nations kval mot Sierra Leone.