Jane Hutts kommentarer kom efter en lång rad om den skotska skatten och finansieringsarrangemangen löstes.
Hon efterlyste en oberoende översyn av Wales finansieringsarrangemang under löftet om makt att variera inkomstskatten.
De walesiska ministrarna fruktar att det brittiska finansministeriet skulle kunna minska blockbidraget innan de walesiska skatterna är tillräckliga för att täcka gapet.
Kontroll av två andra skatter - stämpelskatt markskatt och deponi skatt - passerar till Wales 2018.
Hutt sade: "Kulsamtal ligger framför oss när vi försöker upprätta en rättvis skatteram för Wales som tar hänsyn till våra skattebasers egenskaper, vårt decentraliserade ansvar och ger den walesiska regeringen den lämpliga risken."
Hon sade att vissa av de metoder som föreslagits av den brittiska regeringen för att justera blockbidraget i Skottland strider mot principen om "ingen skada", som beskrivs av Smithkommissionen för decentralisering i Skottland.
"Dessa metoder, om de tillämpas på de decentraliserade skatterna i Wales, skulle få betydande konsekvenser för våra framtida investeringar i offentliga tjänster i Wales", säger Hutt.
"Den walesiska regeringen skulle inte kunna acceptera dessa villkor, och detta var inte den grund på vilken församlingen enades om delegeringen av stämpelskatt på mark och deponiskatt till Wales."
Ett oberoende organ ska se över den finanspolitiska ramen i Skottland, och Hutt efterlyste ett liknande arrangemang för Wales.
I en rapport från Wales Governance Centre på onsdag uppmanades ministrarna att undvika en upprepning av den årliga raden över planer på att delegera inkomstskattebefogenheter till Skottland.
Viktiga samtal ligger framför oss för att väga upp hur den walesiska budgeten är ganska finansierad mellan Whitehall kontanter och decentraliserade skatter, har finansministern sagt.