Han är den högst rankade amerikanske tjänstemannen att offentligt involvera Peking sedan nyheten om dataintrång dök upp.
Kina avfärdade alltid förslag på att det låg bakom hackningen.
Uttalandet kommer efter tre dagars samtal på hög nivå där Kina och USA enades om en "uppförandekod".
"Kina förblir den ledande misstänkta", sade Mr Clapper vid en konferens i Washington DC, men "den amerikanska regeringen fortsätter att utreda", tillade han, enligt sitt kontor.
Bakgrund till en "massiv" hacka i fem poäng
USA drabbats av "massiv dataintrång"
Den kinesiska militära enheten "bakom produktiv hackning"
Vid Washington samtal där cybersäkerhet var en högsta prioritet, sade USA: s utrikesminister John Kerry att det fanns ett behov av att arbeta med Kina för att utveckla en "uppförandekod" om statligt beteende i cyberrymden - kinesiska representanter hade enats om dessa slutsatser.
"Det är något som vi kommit överens om måste tas upp och förhoppningsvis kan det behandlas snart," Utrikesdepartementet talesman John Kirby sade på torsdag.
Kina har sagt alla förslag att det var bakom hackandet är "oansvarig och ovetenskaplig".
Kina är den "ledande misstänkte" i den massiva hacka av en amerikansk myndighet som innehar personal register över miljontals amerikaner, har USA: s underrättelsechef James Clapper sagt.