Burton's Foods, som äger och bakar märken som Jammie Dodgers och Wagon Wheels, sade att det stänger sin webbplats i Moreton efter en affärsgranskning.
Företaget sade att det skulle investera 7 miljoner pund på sina tillverkningsanläggningar i Edinburgh och Llantarnam, södra Wales.
Den planerar också att konsolidera sin distributionsverksamhet på flera platser på en enda plats.
Burton's Foods avser att avveckla produktionen från och med mars innan nedläggningen slutförs senare under 2011.
Verkställande direktören Ben Clarke sade: " Dagens tillkännagivanden erkänner behovet av att förändra vår leveranskedja.
"De föreslagna jobbförlusterna är djupt beklagansvärda, men tillsammans med de nya 25 miljoner pund vi gör i vår brittiska tillverkningskapacitet, kommer att bidra till att leverera hållbar lönsam tillväxt för företaget på en mycket konkurrenskraftig och utmanande marknad."
Angela Eagle, arbetarledamot för Wallasey, sa att det var ett hårt slag mot samhället.
"Detta är den största privata arbetsgivaren i valkretsen och de har beslutat att stänga denna anläggning vid en tidpunkt då arbetsmarknaden är djupt deprimerad, lämnar 342 familjer kämpar efter jul.
"Jag lovar att arbeta under samrådet för att övertala dem att ändra detta beslut."
Hon tillade: "Under årens lopp har vi gett oupphörligt stöd till anläggningen, injicerat offentliga pengar för att hålla den igång och säkra dessa jobb, och det är ett förödande slag att de vänder sig om idag och gör detta mot Morton."
Wirrals rådsledare Jeff Green sade: "Jag är oerhört besviken på detta förslag och kommer att söka ett brådskande möte med Burtons för att undersöka och diskutera orsaken till deras beslut.
"Jag vill också undersöka vilka möjligheter det finns att fortsätta arbeta med företaget för att säkra jobb i Wirral och webbplatsens framtid."
Unite Union's nationella officer Jennie Formby sade: "Burton's har varit en del av Wirral i generationer, vilket ger stabila arbetstillfällen för familjer i hela samhället.
"Så vi kommer att kämpa med all vår kraft för att rädda denna anläggning eftersom nedläggning är inte ett alternativ. Det kommer att ödelägga denna gemenskap."
Edinburgh MSP David McLetchie har välkomnat tillkännagivandet om ytterligare investeringar vid Burton's Sighthill fabrik, som har mer än 600 fast anställda och 250 bemanningsföretag.
McLetchie sade: "Detta är goda nyheter för arbetarna i Sighthill och en enorm lättnad, för när Burton tillkännagav denna översyn av sina anläggningar över hela Förenade kungariket i oktober fanns det en tydlig möjlighet att Sighthill kunde stängas eller allvarligt köras ned."
Burton's Foods, som tillverkar kex och snacks med egen etikett, är den näst största leverantören av kex i Storbritannien.
Förutom Wagon Wheels och Jammie Dodgers gör den också Cadburys chokladkakor inklusive Crunchie, Turkish Delight och Caramel kexsortiment.
En biscuit tillverkare är att stänga sin Wirral fabrik, med förlust av 342 jobb.