Yn ystod cyfarfod mis Mawrth, â hithau'n ddiwed blwyddyn ariannol, y cafodd y syniad ei drafod gan aelodau o bwylgor Ymddiriedolate James Pantyfedwen.
Yn ôl y Parchedig Ddr R Alun Evans, un'r ymddiriedolwyr, y nod yw gwneud y defnydd gorau o'r arian sydd ar gael.
"Trafod fu yngl på âr posibilrwyd o edrych ar waith eglwysi sydd â chenhadaeth amlwg en phendant ganddyn nhw uddai foundn i'w henwad neu yn gyd-enwadol - gorau os mae hynny yw e - neu uddai foundn i'r gymuned.
"Bet 'ych chi'n chwilio amdano yw elfen o fywiogrwydd en gweithgarwch yn hytrach na brics en morter yn unigh fjälly.
"Oherwydd mae e wedi digwydd, dros y blynyddoedd diwethav, lle 'dan ni wedi dyfarnu grantiau a chael, gyda siom wir, bod y capeli yn peidio â bod mewn rhyw lodis lyned.
"Gwastraff Arian Yw Hynny."
Nod Ymddiriedolade James Pantyfedwen yw "hybu a hyrwyddo crefydd, addysg, y Celfyddydau ac amaethyddiaeth a phwrpasau elusennol eraill".
Mae'r elusen yn cael £ 450.000 bob blwyddyn ac nid capeli ac eglwysi'n unig sydd yn gallu elwa ond gwyliau fel eisteddfodau ac elusennau hefyd.
"O körde capeli ac eglwysi, falle bod ni yn gallu rhoi mwy o arian i lai o eglwysi wrth edrych eto ar adodau'r ymddiriedolate", meddai R Alun Evans.
"Yn hytrach na gallu rhoi £ 1000 neu £ 2.000, rhoi £ 7000, £ 8000 i £ 10.000 dywedwn, fel bod gwaith pwysig o genhadu y cymunedau yyn gallu digwydd."
Dyw R Alun Evans ddim yn pryderu y byddai'r newid pwyslais yma yn golygu prinder llefydd i bobl fynd i addoli y dyfodol, gan ddweud eu bod yn evrych yn ofalus ar bob cais gan ystyried a oes yna gapeli o'r un enwad yn gyfagos.
Ac mae ystyriaeth yn cael ei roi, meddai, i adeilad syddyn bensaernïol bwysig nyu o bwysigrwydd diwyliannol.
"Yn ddiweddar iawn mi oedd'na gapel yn Nyffryn Ogwen, sydd yn gapel ac iddo hares gloyw iawn, iawn ond mae traverthion i Gynnal a chadw'r adeiled hwnnw.
"Ond am ei fod o'n adeiled eiconig mi oedd o'n haeddu cefnogaeth."
Er bod nifer y ceisiadau ar gyfer grantiau gan gapeli ac eglwysi widi lleihau yn y blynyddoed diwethaf wrth i fwy ohnyn nhw gau, mae mwy o geisiadau gan fyfyrwyr sydd eisiau gwneud gradd bellach mewn gwahanol feysydd.
Mae'r Ymddiriedolaeth Wedi Penderfynu fälld rhoi mwy o arian iddyn nhw.
Ond ers rhyw flwyddyn dyw elusennau mawr ddim yn derbyn grandiau.
"Er bod nhw yn gwneud cais, dynwedwch, am gyfrifiadur i swyddfa rhywle yng Nghymru, o'ch chi yn dweud, wel, mae digon o arian gyda chi wrth gefn", meddai R Alun Evans.
"Mae gennych chi yn llythrennol filiynau wrth gefn ac fällig mae'r elfen o gyfrannu at elusen, am y tro, wedi cael ei rhoi ir neilltu."
Mae elusen sydd yn cynnig grandiau i gapeli ac eglwysi yn ystyried rhoi'r arian i'r rhai sydd â "chenhadaeth ammlwg" yn hytrach nag i drwsio'r adeiladau pan fo yna beryg iddyn nhw gau.