Priset på 25 000 pund gick till London-baserad arkitektur och designkollektiv Assembly, som har renoverat 10 hus i området.
Domare Alistair Hudson sa att de var "en del av en lång tradition av konst som arbetar i samhället".
Men några ifrågasatte om de borde ha varit berättigade till priset.
Efter tillkännagivandet om kanal 4 sade författaren och programföretaget Muriel Gray: "Jag tror att det har förändrat Turnerprisets karaktär eftersom jag inte tror att det är modern konst.
"Jag tycker att det är socialt ansvarsfull, vacker arkitektur. Men det är ett väldigt märkligt år."
Sammankomsten består av mellan 14-18 medlemmar och följdes av Liverpools invånare vid ceremonin i Glasgow. De fick priset av Kim Gordon från det amerikanska bandet Sonic Youth.
Inför kollektivets samlade led på scenen skämtade hon: "Jag är inte säker på vem jag ska ge checken till."
Assembe var överraskande inslag på årets shortlist och nu gå med i liknande Damien Hirst, Grayson Perry och Steve McQueen bland vinnarna Turner Prize.
Kommer Gompertz, konstredaktör
Assemble vinna Turnerpriset igår kväll pekar på en trend som händer i konstvärlden, som ansluter till Theaster Gates vinna Artes Mundi priset tidigare under året. Båda handlar i "konstens" namn för att uppfylla ett samhällsbaserat socialt företagande.
De utnyttjar det värde vi sätter på ordet "konst" och konstnärer producerar, för att göra det möjligt för dem att samla in medel för att göra det förnyelsearbete som motiverar deras verksamhet.
Gates försöker återskapa Chicago och Assemble försöker göra nåt liknande i Toxteth.
Är det konst? Spelar det nån roll? Om någon som tänder och tänder kan vinna Turnerpriset, varför inte försöka blåsa upp en försummad del av en innerstad?
Assemble är alla i mitten av 20-talet och alla utom tre medlemmar studerade arkitektur tillsammans.
Gruppmedlemmen Lewis Jones har beskrivit kollektivet som "den verkliga antitesen av den konventionella modellen av en Turner Prize nominerad är en enda geniartist".
De har imponerat på Turner Prize domare och Liverpool invånare genom att samarbeta nära med lokalbefolkningen för att utveckla fantasifulla design för inredningen av radhus i Granby Four Streets område i Toxteth.
De har skapat mantelstycken med tegel och grus byggavfall från gatorna; keramiska dörrhandtag eldas i grillar drivs av sågspån kvar från byggnadsarbete; samt handdekorerade plattor och handpressade terracotta lampor.
I samarbete med Granby Four Streets Community Land Trust har dessa armaturer och tillbehör använts för att renovera 10 övergivna hus på Cairns Street.
Jones sade: "För bara några år sedan skulle du gå runt och fast på framsidan av varje hus skulle vara en skylt som säger, "Alla objekt av värde har tagits bort från denna egendom." Så jag antar att detta har varit en del av att sätta tillbaka dessa saker."
De har till och med föreslagit att ett förstört hus ska förvandlas till en vinterträdgård med glastak.
Assemble kom efter "20 eller 30 år av cyniska, top-down regenerering försök", sade han.
De har också använt Turnerprisets profil för att inrätta en workshop för socialt företagande för att göra och sälja sina objekt för förbättring av hemmet till allmänheten.
I acceptanstalet sade Joseph Halligan: "Jag tror att det är säkert att säga att denna nominering var en överraskning för oss alla och de senaste sex månaderna har varit en supersurrealistisk upplevelse.
"Men det har gett oss denna fantastiska möjlighet att starta något - Granby Workshop - som vi hoppas kommer att leva vidare under en mycket, mycket, mycket lång tid. Vi är verkligen tacksamma. Tack."
Turnerpriset, som bildades 1984, delas ut till en brittisk konstnär under 50 år för "en enastående utställning eller annan presentation av deras verk" under de senaste 12 månaderna.
Ceremonin ägde rum i Glasgow, som valdes till värd för ceremonin efter att fyra av de sex föregående vinnarna antingen kom från eller studerade i staden.
Men ingen av årets nominerade konstnärer hade sådana kopplingar. De övriga nominerade var:
En förnyelseplan för övergivna hus i Toxteth i Liverpool har vunnit Storbritanniens ledande samtida konstpris, Turnerpriset.