Metropolitanpolisen sa att Daniel Sheehan, utan fast adress, hade åtalats på lördag.
Han kommer att ställas i förvar på Westminster Magistrates' Court på måndag.
Inga medlemmar av Kungafamiljen tros ha varit på slottet vid tidpunkten för den påstådda händelsen på fredag.
Drottningen hade förrättat en tillsättningsceremoni på Windsor Castle tidigare på dagen.
En 21-årig man har åtalats för två intrång efter att ha klättrat i en grind vid Buckingham Palace, säger polisen.