Den tidigare ministern hade kritiserats för att ha främjat initiativet.
Men avdelningen har sagt att hon och hennes kollegor blev medvetna om budgettrycket först i februari 2016.
De fick informationen i ett brev från den dåvarande näringsministern Jonathan Bell.
En annan skrivelse från Bell mottogs i november 2015 som innehöll detaljer om föreslagna ändringar av tariffer, men nämnde inte finanskrisen.
Maureen O'Neill, som nu är Sinn FÃ©ins Stormont-ledare, försvarade tidigare sin roll när det gällde att främja projektet med att säga Sinn FÃ©in "lugna ner det genast" när frågorna uppstod.
RHI-systemet inrättades 2012 i syfte att öka produktionen av värme från förnybara källor.
Företagen har dock fått mer stöd än de betalar för förnybart bränsle och systemet blev mycket övertecknat.
En talesman för jordbruksministeriet sade: "Även om DETI-tjänstemännen kan ha nämnt de nya tarifferna under presentationerna på RHI vid vissa informationsevenemang i samband med utbildningsprogrammet för förnybar energi hösten 2015, fick avdelningen själv inga indikationer på budgettrycket.
"Den 5 februari 2016 skrev Mr Bell till förste och vice premiärminister, kopierad till alla sina ministerkolleger, för att försöka komma överens om att fatta ett brådskande beslut om stängningen av RHI-systemet. Det var först i denna senare korrespondens som Bell nämnde överkomlighet och budgettryck."
Michelle O'Neill fick bara veta om det enorma hålet i budgeten för förnybar värme (RHI) vid den tidpunkt då programmet lades ner, har jordbruksdepartementet bekräftat.