Harrison spelade 1962 Rickenbacker 425 gitarr på brittiska TV-program som Ready Steady Go! 1963, före bandets invasion i USA 1964.
The Beatle, som dog 2001, använde också instrumentet under inspelningen av Jag vill hålla din hand och denna pojke.
Han köpte gitarren under ett besök i USA.
Dess pre-sale uppskattning var upp till $ 600.000 (356.000 pund) sade auktionshuset Julien.
Den toppade den tidigare försäljningen av en VOX-gitarr som spelades av både Harrison och Lennon i maj förra året och som hämtade 269.000 pund) men föll långt ifrån skivan $965.000 (591.000 pund) satt av en Bob Dylan-gitarr i december.
Auktionen innehöll också ett handskrivet plakat med dodlar signerade av John Lennon och Yoko Ono från sin antikrigsprotest från 1969 i Montreal, som hämtade 187 000 dollar (111000 pund).
En Hofner basgitarr hyrd av Sir Paul McCartney i mitten av 1960-talet såldes för 125.000 dollar (74.000 pund).
En vit overall som bars av Elvis Presley under en konsert 1971 hämtade 197.000 dollar (117.000 pund).
En elgitarr som spelas av The Beatles' George Harrison har sålts för 657 000 dollar (390 000 pund) på en auktion i New York.