Det ger dem samma rättigheter som gifta par när det gäller arv, pensioner och skattetillägg.
Lagen träder i kraft den 6 april. Civila partnerskap fick rättsligt erkännande i Storbritannien 2006.
Allan Bell, MHK, minister för ekonomisk utveckling, som lade fram lagförslaget säger att homosexuella rättigheter har bringats i linje med Storbritannien efter en 20-årig strid.
"Det har varit en extremt svår tid för homosexuella människor som vill ha öppna, kärleksfulla relationer," sade han.
"Men homosexuellas rättigheter har förändrats bortom erkännande under de senaste 20 åren på ön. Det är en helt annan plats nu, det är mer tolerant, förståelse och inkluderande."
Isle of Man har sitt eget parlament och egna lagar, av vilka några skiljer sig mycket från dem i Storbritannien.
Abortslagarna är mycket strängare, dödsstraffet avskaffades först 1993 och homosexualiteten var olaglig fram till 1992.
Par av samma kön på ön har välkomnat lagförslaget att de har blivit diskriminerade i åratal.
En man berättade för BBC att han och hans partner var tvungna att ta HIV tester för att få en bolån och livförsäkring på ön.
"Jag sa till vår mäklare i tydliga ordalag att jag inte ville ta ut en politik med någon som diskriminerade homosexuella människor men de flesta på dem på ön var inte beredda att ge en politik om inte HIV-testet togs," sade han.
Bell sade att ön brukade ha "en mycket negativ bild av Storbritannien och Europa".
"Ön var föremål för en bojkott av de brittiska fackföreningar som brukade använda ön för en hel del av sina konferenser", sade han.
"Vi försöker konkurrera internationellt om affärer och det finns fortfarande misstankar om att vi tenderar att vara ett efterblivet samhälle."
"Så är det inte längre. Denna lagstiftning är ett viktigt uttalande till omvärlden om att vi har förändrats. "
Lagförslaget har nu passerat igenom båda husen i parlamentet men inte utan motstånd. Det har gett upphov till en häftig debatt bland vissa grupper på ön.
Peter Murcott, metodistpredikant, sade: "Det kommer att få en grundläggande förändring i sinom tid om hur nästa generation uppfostras till att föreställa sig familjeliv och slutligen kommer det att införa en antikristen attityd och det kommer att strida mot många andra religioners tro."
Allan Bell sade: "Inte alla kommer att känna sig bekväma med denna lagstiftning, men det har varit en mycket lättare debatt än det våldsamma motstånd vi hade för 20 år sedan när vi började denna process.
"Det homosexuella samhället på Isle of Man har varit ett undertryckt samhälle på ön i många år.
"Idag är en röd bokstavsdag för ön och för dessa grupper."
Gay par på Isle of Man kommer att få rätt till ett civilt partnerskap efter att en ny lag har undertecknats i Tynwald.