Djuren vändes tillbaka från färjorna vid Larne och Belfast till jul.
Flera undersökningar pågår nu.
Några av djuren överlämnades frivilligt till djurskyddstjänstemän. Andra återvände till de lokaler de hade kommit ifrån.
Totalt 760 fordon stoppades och genomsöktes vid de två hamnarna.
Den gemensamma insatsen omfattade tjänstemän från jordbruks- och miljöministeriet samt flera råd.
Det följde på oron över potentiella olagliga förflyttningar av kommersiella sändningar av hundar.
Det inriktades på djurens välbefinnande under transport, identifiering av djuren och tillståndsgivning och registrering av hundavelsföretag.
När det gäller hundar som förflyttar sig från Irland gjordes också kontroller av att de hade pass för sällskapsdjur och uppfyllde relevanta handelskrav.
Som en del av undersökningarna kommer information att delas med tillsynsorgan i Storbritannien och Irland.
Jordbruksminister Michelle McIlveen sade att operationen visade att den olagliga förflyttningen av hundar genom Nordirlands hamnar inte skulle tolereras.
Mer än 30 hundar har stoppats från att transporteras från Nordirlands hamnar i en operation för att förhindra valphandel.