Chris Sane lämnade South Gloucestershire Council dagar innan det dök upp kostnaden för att bygga North Fringe till Hengrove rutten hade stigit 4,6 miljoner pund sedan november.
Under månader av trafikförseningar är byggpropositionen nu 16 miljoner pund högre än vad som förutspåddes för två år sedan.
Sane avgick den 30 juni av "personliga skäl", sade rådet.
"Vi kan bekräfta att Chris Sane nu har lämnat South Gloucestershire Council, med verkan från den 30 juni", sade en taleskvinna.
"Alternativa arrangemang har införts för att täcka denna roll under mellantiden."
Tidigare i veckan, en rapport till rådets kabinett författare av den nu tidigare transportchefen avslöjade byggförseningar låg bakom de stigande kostnaderna för MetroBus rutten, som går från Cribbs Causeway till norr om Bristol, genom stadens centrum till Hengrove i södra Bristol.
South Gloucestershire kommer att behöva spendera ytterligare 9,8 miljoner pund över sitt ursprungliga bidrag på 30,5 miljoner pund för att täcka de ökade kostnaderna.
Rapporten rekommenderade att extra pengar tas från motorvägarnas underhåll budget under de kommande 10 åren.
Kommunister har stått för vägarbeten i anslutning till projektet i stadens centrum, på M32 och olika andra platser i södra Gloucestershire.
Mannen som ansvarar för att leverera en stor del av Bristols MetroBus nätverk har avgått från sin roll.