Nästan hälften av de cirka fyra miljoner barn som fördrivits i regionen går inte i skolan, enligt en ny rapport från Malalafonden.
De riskerar att bli en "förlorad generation", varnade ms Yousafzai.
BBC:s Lyse Doucet fick exklusiv tillgång till rapporten innan den släpptes på fredag.
Yousafzai, som sköts i huvudet av talibanerna efter kampanj för utbildning av flickor i Pakistan, har ökat medvetenheten om bristen på utbildning för syriska flyktingar.
Ett växande antal syriska flickor är redan tonårsbrudar, eller arbetar på gårdar och fabriker, rapporterar vår främsta internationella korrespondent från den jordanska huvudstaden Amman.
Stora givare är pressade av Syriens grannländer att ge betydande långsiktigt stöd om de vill övertyga syriska familjer att stanna i regionen i stället för att bege sig till Europa.
"Det är dags för världen att matcha sitt engagemang för att få varje syriskt barn tillbaka i skolan," Malala Yousafzai berättade för mig i ett e-postmeddelande.
Den 18-årige kampanjledaren för barns rättigheter kommer att delta i Londonkonferensen med 17-åriga syriska utbildningsaktivisten Muzoon Almellehan, vars familj nyligen bosatte sig i Storbritannien.
"Min generation är inte förlorad", insisterar hon.
Men ju längre syriska barn slutar skolan, desto större är risken att de inte kommer tillbaka.
Brittiska tjänstemän säger att det inte är ett realistiskt mål att få tillbaka dem i klassen i slutet av nästa läsår. Men de pressar fortfarande hårt.
UK International Development Secretary Justine Greening sa till mig: "Vi måste se till att Syriens barn inte blir en förlorad generation."
Enligt rapporten från Yousafzais välgörenhetsfond har givarna endast tillhandahållit 37 % av de pengar som behövs för att tillhandahålla resurser som skolor och lärare.
Det står att 1,4 miljarder dollar om året behövs för att täppa till gapet.
Yousafzai har varnat för att barn berövas utbildning vid en tidpunkt då de börjar bilda blivande läkare, lärare och ingenjörer.
Rapporten läggs fram inför nästa veckas Syrienkonferens i London, där givarna kommer att uppmanas att lova att alla syriska flyktingbarn i regionen ska vara i skolan i slutet av nästa läsår.
Men även de nordiska länderna, som har tagit ledningen i finansieringen, visar att de kan behöva avleda pengar för att utbilda syrier som anländer till sina länder.
Enligt Yousafzai bär grannländerna redan för mycket av kostnaden för att utbilda syriska flyktingar.
Campaigner Malala Yousafzai har efterlyst mer att göra för att utbilda miljontals syriska flyktingbarn som fördrivits inom landet och dess grannar.