Madeley tog sig till Twitter när han såg apparaten ovanför huset som han delar i Cornwall med sin fru, 67-årige presentatör Judy Finnigan.
Stjärnan, 59, sa att han jagade drönaren och publicerade sitt registreringsnummer på sociala medier.
Madeley sa "minuter efter" sin tweet mannen anmälde sig till polisen.
Devon och Cornwall polisen bekräftade att de undersökte om en drönare hade använts lagligt.
Madeley sade mannen "inkallade sig själv till polisen med babbeld ursäkter och ursäkter" efter incidenten i Taland Bay, nära Looe, vid cirka 14:00 BST på tisdag.
En talesman sade: "Polisen undersöker användningen av drönaren och om den användes i enlighet med lagen."
Drönare som är utrustade med kameror får inte flygas inom 50 m (164 fot) av personer, fordon, byggnader eller konstruktioner enligt civil luftfartsmyndighetens regler.
TV: s Richard Madeley har hyllat "Twitterpower" efter att en "pipande Tom" drönare tydligen flugit över trädgården i hans idylliska hem vid havet.