Gladstones bibliotek i Hawarden sa att det inte hade begärts tillstånd.
Direktör Peter Francis sade att det gav intryck av att biblioteket var "stödjande av UKIP och dess politik".
UKIP har inte bett om ursäkt och hävdade att partiet var "närmare ideologiskt" än det liberala partiet Gladstone gick med.
Tidigare känt som St Deiniols bibliotek, grundades det av den tidigare premiärministern vars hem och egendom var i närheten, som döptes om till hans ära 2010.
I UKIP:s manifest för maj månads mötesval, som lanserades i Newport på fredag, finns ett foto på sidan som beskriver den lokala regeringens politik.
"Den politik och de principer som UKIP bygger på är långt ifrån William Gladstones ideal", sade Francis.
"Gladstone var en internationalist och trodde djupt att livets helgd i bergsbyarna i Afghanistan bland vintersnöarna är lika okränkbar i den Allsmäktige Gudens ögon som kan vara din egen."
"Det vill säga att han ansåg att människornas enhet över hela världen var mycket viktig och 'inte begränsad av öns stränder'."
Francis tillade biblioteket "vill upprepa att det inte stöder något politiskt parti utan upprätthåller "liberala värderingar" var man än ser dem.
"Att antyda Gladstones stöd för deras sak, vilket detta UKIP-foto tydligt gör, är att devalvera minnet och arvet av William Gladstone."
UKIP kandidat Mark Reckless sade att bilden hade tagits från den allmänna motorvägen av en fotograf som hade gett partiet tillstånd att använda den.
En talesman tillade: "UKIP är ett parti grundat på principerna om frihet och i synnerhet självstyre och skydd av personliga friheter och ligger närmast det gamla liberala partiet som Gladstone anslöt sig till som peelit.
"Gladstone var en stor talare och trodde starkt på att hålla offentliga möten, något som UKIP också håller fast vid, och var en stor förespråkare för att bevara Storbritanniens herravälde.
"I själva verket skulle du vara hårt pressad att hitta en modern dag parti närmare relaterade till principerna för Gladstonian liberalism än UKIP.
"Det är synd att de människor som övervakar detta stora offentliga bibliotek inte verkar förstå någonting om politiken hos den store man som grundade den."
Ett bibliotek i Flintshire tillägnat 1800-talets liberala premiärminister William Gladstone har klagat till UKIP efter att partiet använt ett foto av det i sitt walesiska manifest.