Ben, från Sheffield i South Yorkshire, var 21 månader gammal när han försvann på den grekiska ön den 24 juli 1991.
På ITV:s God morgon Storbritannien sa Kerry Needham att hon hade blivit varnad att "förbereda sig på det värsta".
Polisen har gått in i en tredje vecka efter att det visade sig att han kan ha dödats av en grävlingsförare.
Needham sade: " Jag tror verkligen att det nu handlar om att finna honom inte vid liv.
"Vi kan inte leva 25 år till som det här, mina föräldrar kan inte och jag kan inte.
"Det är inte den bästa lösningen men det kommer så småningom att lägga det att vila för oss, vi är alla extremt trötta och upprörda."
Hon tillade: " Tjugofem år bor och vet inte var ditt barn är plåga.
"Jag vill inte säga det, men då skulle vi åtminstone veta och det skulle vara avslut och han kan läggas till vila och vi kan minnas honom som han var."
Fru Needham sa att det var en "ångerlig väntan varje dag" på nyheter från polisen.
Hon sa: "Tyvärr ser det ut som det kommer att bli ett dåligt resultat men vi ska bara försöka komma vidare med allt."
Omkring 60 objekt som finns i sökningen skickas tillbaka till Storbritannien för analys, med polisen utökar sin vistelse för att söka en andra webbplats 750m från där han senast sågs.
Mamman till det saknade barnet Ben Needham har sagt att hon nu tror att hennes son troligen kommer att hittas död efter att ha försvunnit på Kos 25 år sedan.