Föräldrarna måste visa födelseattest för att bevisa att de är berättigade till det nya tvåveckorsschemat på Anglesey.
Det kommer på plats i oktober, när allmänna avfallssamlingar - som vanligtvis gör sig av med blöjor - byter till var tredje vecka.
En förälder sade att han kommer att kämpa och "inte mycket tanke har gått in i det".
En talesman för rådet sade att det fanns en separat tjänst för äldre funktionshindrade barn.
Den lokala myndigheten hänvisade till källor, inklusive NHS, som säger att 90 % av barnen är torra de flesta dagar vid tre års ålder.
Med det allmänna avfallet (svart soptunna) samlingar byta från två till tre veckor, målet med den nya tjänsten är att göra det möjligt för föräldrar att göra sig av med blöjor snabbare.
"Evidence collated av vår avfallshantering team föreslår att de flesta barn är potty utbildad mellan två och tre års ålder," talesman sade.
"Därför har man kommit överens om att erbjuda denna nya insamlingstjänst för blöjor fram till ett barns tredje födelsedag."
Han sade att begäran om födelseattest kommer att göra det möjligt för rådet att mäta hur många människor som använde programmet - som bara kommer att finnas tillgängligt från hem och inte plantskolor eller krukväxter.
Föräldrarna måste få en ansökningsblankett från rådskansliet och lämna in den tillsammans med en kopia av födelseattesten.
Rådet återvinner för närvarande 59 procent av sitt avfall och sade att det kommer att mäta effekterna av det nya systemet under de kommande månaderna.
Föräldrar till barn med medicinska tillstånd som är över tre år kan ansöka om att få använda en separat avfallshanteringstjänst.
Men Ian Cheney, vars femåriga dotter Olivia har Downs syndrom, sa att han nästan klarar sig med svarta påsar var fjortonde dag.
Han sade när det ändras till var tredje vecka kommer han att "inte lyckas" och sade att det rådde förvirring om huruvida han kunde använda en separat plan, som rådet föreslog.
"För folk där ute i min position, vad ska vi göra?" sade han.
"Det är inte bara handikappade barn över tre som fortfarande är i blöjor. Det finns en hel del barn där ute.
"Inte mycket tanke har gått in på det."
Ett råd kommer inte att erbjuda en begagnad insamlingstjänst för barn över tre, säger att de flesta bör vara potty utbildad vid den åldern.