Ferrari's Vettel, 29, svor på Whiting över sin radio medan han duellerade med Max Verstappen på banan.
Tyskan, som vann fyra världstitlar på Red Bull, bad senare om ursäkt.
Men Horner sa: "I någon sport, kan du inte ge missbruk till domaren."
Han föreslog sportens styrande organ FIA skulle titta på händelsen, och tillade: "Jag skulle bli förvånad om det gick obesvarad."
Vettel blev berövad sin podiumfinish i Mexiko efter att han hade blivit dömd att ha tävlat på ett farligt sätt.
Efter byte till Ferrari från Red Bull 2015 vann Vettel tre tävlingar och kom tredje totalt bakom Mercedes par Lewis Hamilton och Nico Rosberg. I år är han ännu att vinna ett lopp och ligger fjärde i den övergripande ställningar.
Både Horner och före detta Red Bull lagkamrat Daniel Ricciardo föreslog Vettels brist på framgång på Ferrari kunde ha spelat en roll i hans utbrott.
"Det är inte en egenskap han hade när han körde för oss. Uppenbarligen hans frustration han sjunger, och alla kan höra det," Horner sade.
"Jag känner definitivt att han har varit lite mer frustrerad i år," Ricciardo tillade.
Tillgängliga FIA sanktioner inkluderar böter, eller till och med suspendera Vettel från nästa lopp i Brasilien.
Prenumerera på BBC Sport nyhetsbrev för att få vårt tips på nyheter, funktioner och video skickas till din inkorg.
Red Bull-teamets rektor Christian Horner säger att han skulle bli "överraskad" om Sebastian Vettel undkom straff för ett expletive fyllt utbrott på tävlingsregissören Charlie Whiting under söndagens mexikanska Grand Prix.