Plymouth planerar officerare avslutade planerna för Drake's Island bör avvisas delvis eftersom de små egrets skulle störas och lämna.
Utvecklare Rotolok, som vill bygga ett 25-bäddshotell på den obebodda ön, sade att det var "inga problem" med dess effekt på fåglarna.
Ingen från rådet var tillgänglig för omedelbar kommentar.
Drake's Island, som köptes av den Tiverton-baserade affärsmannen och tidigare Plymouth Argyle ordförande Dan McCauley, täcker cirka sex tunnland och innehåller militära baracker och byggnader från Napoleontiden.
Mr McCauley försöker för tredje gången få tillstånd att bygga ett 10 meter stort boutiquehotell, bar och restaurang på ön.
Förra året avvisades planer från hans företag Rotolok Holdings för Drake's Island i Plymouth Sound av stadsfullmäktige som sade att det behövdes mer information om riskerna för vilda djur.
Natural England har nu sagt till officerare: " De små egretsen har valt ut en rastplats som är långt borta från mänsklig verksamhet.
"Om utvecklingen skulle resultera i störningar, som vi tror är sannolikt även med den föreslagna begränsningen på plats, kan detta leda till en fullständig förlust av avelskolonin från denna plats och gemensam tupp snarare än en minskning av antalet fåglar närvarande."
Små egretter
Det tros finnas omkring 700 avelspar nationellt och det rankas bärnsten på RSPB:s bevarandelista, som en sällsynt avelsart.
De kom först till Storbritannien 1989 och började bo först 1996.
Källa: RSPB
Befälen rekommenderade den 15 januari en vägran till planeringskommittén med hänvisning till effekterna på egrets och översvämningsrisken.
McCauleys son Aidan sade: " Jag är förvånad över att de efter år av nära samarbete med rådstjänstemän väljer att ignorera de bevis som ligger framför dem och avvisa vår föreslagna investering.
"Mitt professionella team har försett rådet med allt de behöver för att godkänna detta befintliga system och det är tydligt att det inte finns några problem med de små egrets, och inget behov av att vidta några åtgärder för att mildra utanför anläggningen."
En koloni med sällsynta fåglar skulle kunna omintetgöra ett mångmiljonprogram för att återuppbygga en ö i Plymouth Sound.