I vissa hotell som presenteras av Fifa-utsedda byrån Match, kommer rum priser att vara upp till fem gånger högre under turneringen, en nyligen genomförd studie föreslår.
Styrelsen fruktar att "stratosfäriska" kostnader kan skada landets image.
Världscupens öppningsmatch kommer att hållas den 12 juni 2014 i Sao Paulo.
Styrelsen, känd som Embratur, sade att Match bör ändra sin politik för att blockera hotellrum och uppmanade också byrån att minska sina påslag priser.
"Vi föreslår att de berörda företagen genomför nya förhandlingsrundor för att leda till en omstrukturering av priserna," styrelsen citerades som sagt i ett dokument av Associated Press nyhetsbyrå.
Styrelsen hävdade: "Fifa/Match avgifter på påslagssatser på mer än 40% på det belopp som kontrakterats med hotellet, något som på ett avgörande sätt bidrar till ökningen av de redan höga priserna."
Match sade dock att det inte reglerar rumspriser och att priserna fastställs "av hotellägare och andra berörda parter turism".
"Än så länge är det helt oklart att matcha tjänster på vilka kriterier Embratur har jämfört priser eftersom vi inte har rådfrågats i denna fråga," AP citerade myndigheten som säger.
Den tillade att om hotellen sänkte sina priser om de skulle "redan förpassa nyttan av en sådan sänkning till sina kunder".
World Cup är en av de mest populära sportevenemang och förväntas locka ett stort antal turister till värdlandet.
Enligt Fifa deltog över 3,3 miljoner fans i 2006 års VM i Tyskland, och många av dem flög in från hela världen.
Fifa förväntar sig en liknande efterfrågan på VM 2014.
Brasiliens turism styrelse sade att det var oroligt att om fans som kommer från utanför landet måste betala överdrivna priser, det kan skada landet i det långa loppet.
"Vi vill garantera ekonomisk framgång och ett arv för landet som går bortom 2014 års VM," sade det.
I juni förekom det omfattande protester i Brasilien, där de höga kostnaderna för förberedelserna inför VM var bland de frågor som togs upp.
Brasiliens turism styrelse har bett världsfotboll styrande organ Fifa och hotelloperatörer att försöka sänka hotellpriser â €. som har enligt uppgift skjutit i höjden för VM-perioden.