Murphy, som träffades av ägg på torsdag, hävdade att kampanjen Yes Scotland organiserade "mobs" för att skrämma honom och obeslutsamma väljare.
Kampanjen för oberoende fördömde "alla former" av kränkande beteende.
Den skotske förste ministern Alex Salmond och premiärminister David Cameron uttalade sig också mot äggattacken.
Herr Murphy, den skugginternationella utvecklingssekreteraren, har varit på sin 100 städer i 100 dagar turné, på uppdrag av Better Together kampanj för att hålla unionen.
Efter att ha blivit äggad medan han talade i Kirkcaldy, Fife, den skotska riksdagsledamoten sade att han avbröt turnén i 72 timmar för att ta polisråd om säkerheten att fortsätta.
Under tiden uppmanade han också "Ja" förkämpar att "avblåsa deras attackmobbar".
Murphy sade att hans påståenden hade backats upp av bilder från Better Together, som kampanjen beskrev som en sammanställning av flera 100 städer på 100 dagar evenemang, inklusive datum i Ayr, Motherwell och Glasgow.
I filmen, parlamentsledamoten ses bli högljutt hånad av medlemmar av allmänheten, av vilka några anklagar honom för att vara en "förrädare", "parasit", "terrorist" och "quisling".
Murphy berättade för BBC att de första 70 datumen för hans turné hade varit "bra kul" och "passionate", men nyligen hade tagit en "sinister tur till det sämre".
"Under de senaste 10 dagarna eller så, Ja Skottland kampanjen har organiserat pöbelhopar att dyka upp vid varje möte som jag deltar i för att försöka tysta obeslutsamma väljare och för att försöka skrämma mig," sade den skotska MP, som pekade på bevis på sociala medier webbplatser för att stödja hans påståenden.
"Det handlar inte om att folk kastar ägg, det handlar om en pöbelmentalitet som försöker tysta en tyst patriotisk majoritet.
"Det kommer inte att fungera. Det stänger av obeslutsamma väljare och det generar den stora majoriteten av goda, anständiga "Ja" kampanjledare.
Äggincidenten bevittnades av Allan Crow, redaktör för tidningen Fife Free Press, som twittrade att "Ja" supportrar hade ramsat över Mr Murphy när han försökte tala.
Premiärministern, som har kampanjat i Skottland, sade att människor som kastade saker på politiker inte hade någon plats i den demokratiska processen.
"Jag tror att ansvaret för de människor som gör dessa saker ligger hos de människor som gör dessa saker", sade Cameron, som besökte en Royal Navy leverantör i Midlothian.
"Jag har alltid tyckt att det inte är rätt att kasta ägg på folk - jag hade en själv i Cornwall en gång, det är en intressant upplevelse - och jag är säker på att andra partiledare skulle ha samma uppfattning."
Premiärministern tillade: "Det är en kraftfull debatt med massor av argument, det är inget fel med lite häcklande men kasta saker är inte nödvändigtvis en del av den demokratiska processen."
Salmond sade att människor hade "all rätt till fredliga protester", men tillade: "Människor ska inte kasta ägg på någon helt stopp, det är något som händer i val.
"Jag minns att John Prescott fick lite energi om det i ett brittiskt val. Det borde inte hända - jag tror inte att det är på allvar - men det borde inte hända."
Den skotske förste ministern erinrade också om en "vägra vrede" incident, där han sade att han var skuggad av en annan bilist som viftade med ett "nej" tecken på honom, som ett "mycket dåligt exempel" på vad som kunde hända i politiska kampanjer.
Salmond sade också att ingen ansvarig politiker borde försöka utnyttja sådana protester, eftersom han insisterade på att den överväldigande majoriteten av skottarna "upplivade den mest upplivande, scintillerande och spännande debatten i vår politiska historia".
Han tillade: "Jag gör inte dödshot från några få dumma människor jag har haft ett problem, eftersom jag vet att 99,9% av människor i Skottland njuter och blir energiska av en underbar politisk debatt."
En talesman för Yes Scotland sade: "Vi fördömer alla former av skymfande, farligt och kränkande beteende, vare sig det är Jim Murphy som låter kasta ägg på honom, eller Alex Salmond som trakasseras av en bilist som kör bil.
– För det mesta har självständighetsdebatten förts på ett ansvarsfullt, fredligt och entusiastiskt sätt med endast en mycket liten minoritet på båda sidor som uppför sig dåligt.
"Världens ögon är riktade mot Skottland och det är viktigt att alla - oavsett vilken sida av debatten de är på - hjälper till att visa upp Skottland när det är som bäst."
Tidningen Courier rapporterade i onsdags att Murphy hade utsatts för verbala övergrepp under sin kampanj på gatorna i Dundee och Montrose.
Även på onsdag hade f.d. premiärminister Gordon Brown ett tal i Dundee som avbröts av en pro-oberoende protestant.
Labour MP Jim Murphy har avbrutit sin Skottland-omfattande turné inför självständighet folkomröstningen, med hänvisning till "samordnade övergrepp" från "Ja" väljare.