Företaget misslyckades med att uppfylla en tidsfrist för att ge bränsletank säkerhetsinstruktioner till flygbolag, bland andra frågor, sade Federal Aviation Administration.
Boeing har gått med på att betala böterna och vidta åtgärder för att förbättra certifieringen.
Byrån sade att det "inte hävdar att dessa frågor skapade osäkra villkor".
"Det är absolut nödvändigt att alla uppfyller vårt luftfartssystems höga säkerhetsnormer", säger USA: s transportminister Anthony Foxx.
"Detta avtal är ett viktigt steg mot att Boeing fullt ut uppfyller alla tillämpliga efterlevnadsstandarder framöver."
De övriga överträdelserna innebär att Boeing dröjer med att ta itu med felformade fästdon som används på flygbolag samt problem med produktionskvalitetskontroll.
FAA-administratör Michael Huerta sa: "Boeing har gått med på att genomföra förbättringar i sin design, planering, produktion och underhåll planeringsprocesser, och har redan genomfört flera av dessa förbättringar."
Flygplanstillverkare Boeing är att betala en $12m ( £8m) böter för "flera pågående och potentiella verkställighet fall", har den amerikanska lufttillsynsmyndigheten sagt.