En kombination av högvatten och starka vindar orsakade en stormvåg som överskuggade översvämningsskydd.
Hundratals fastigheter evakuerades och invånarna flyttades till skyddsrum.
Miljöverket sade att tidvattnet på torsdagen som orsakade skadorna hade varit det högsta sedan 1953.
Mer än 500 fastigheter evakuerades i byn Keadby, nära Scunthorpe, efter att ett hål öppnats i stranden av floden Trent.
Miljöbyrån sade att omkring 50 byggnader i byn översvämmades efter högvatten. Andra evakuerades i Burringham i närheten på torsdag.
En av Burringhams invånare sade att byns huvudgata var "som en flod" när vattnet översvämmade flodstranden.
"Det är lite förödande verkligen, den skada det orsakar", sade han.
"Jag har inte sett något liknande förut.
Bankerna var som papper, som bara flöt iväg när det gick.
Upp till 100 fastigheter har översvämmats i Reedness i East Riding, med några invånare förs till Goole fritidscenter.
Hus i Gunness, Amcotts och South Ferriby i North Lincolnshire har också evakuerats.
I Hull fördes också invånare som bodde på vissa gator i stadens centrum bort i säkerhet.
En del hotell och butiker nära stadens strandområde förlorade kraft och översvämmades.
Philip Woods, chef för Ibis Hotel i Hull, sa att hela bottenvåningen var under vatten.
"Hoppet av vattnet kom in i hotellet kom ner den långa korridoren och kom in i rummen," sade han
Väg- och järnvägsförbindelser till Hull påverkades också.
En del av A63 i västra delen av staden stängdes på fredag morgon efter att vatten från Humber täckte körbanan.
Järnvägstjänster i Hull och delar av North Lincolnshire avbröts.
Richard Hannigan, chefsofficer vid Humberside Fire and Rescue Service, sade att brandmän hade räddat 181 människor från översvämningsvatten.
"Vi har nu gått från räddningsfasen in i återhämtningsfasen", sade han.
"Vi sätter ut våra högvolymspumpar för att börja pumpa ut restvattnet som naturligtvis är instängt i havsförsvaret."
Brandmän har pumpat vatten från Hessle i land bredvid Humberbron.
James Jackson som bor bredvid bron sa att han trodde att det skulle ta minst sex månader tills hans översvämmade hem var tillbaka till det normala
"Det kommer inte att bli någon julfest eller något i år", sade han.
"Det kommer bara att försöka få en likhet av livet igen."
Människor över norra Lincolnshire och East Yorkshire städar upp efter omfattande översvämningar längs Humber Estuary.