Mediauppspelning stöds inte på din enhet
6 september 2015 Senast uppdaterad 11:33 BST
Stora skaror av tyskar samlades på stationen för att heja på dem när de anlände.
Många av dem hade skyltar som sade "välkomna" skrivna på tyska och arabiska, och erbjöd flaskor med vatten och sötsaker till dem.
Tyska polisen sade att omkring 7.000 flyktingar anlände till Münchens station på lördagen, de flesta av dem hade rest från Syrien.
De kommer nu att skickas vidare till särskilda mottagningscentraler över hela Tyskland där de kommer att få varm mat och kläder.
BBC reporter Jenny Hill är på tågstationen i München...
Hundratals invandrare fick ett varmt välkomnande när de anlände till Münchens tågstation i Tyskland.