Detta kommer efter det att landets högsta domstol tidigare i år beslutade att Zuma ska betala tillbaka en del av de 23 miljoner dollar av de offentliga medel som spenderades på hans hus 2009.
I uppgraderingarna ingick en amfiteater, pool, kycklingkörning och boskapskabinett.
Zuma måste nu betala tillbaka pengarna - cirka 3 procent av det totala beloppet - inom 45 dagar.
Ett korruptionsbekämpande organ, känt som den offentliga beskyddaren, slog 2014 fast att Zuma "helt och hållet hade dragit nytta av" de säkerhetslösa renoveringarna till sitt landsbygdshem i Nkandla i KwaZulu-Natalprovinsen i Sydafrika.
I mars beslutade författningsdomstolen sedan att han hade brutit mot författningen när han inte betalade tillbaka en del av pengarna.
Det gav statskassan två månader att komma med en siffra som Zuma skulle betala tillbaka.
Skattkammaren säger att den anlitade två oberoende kvantitetsmätare för att genomföra separata undersökningar för att få fram siffran.
Huvudoppositionen Democratic Alliance (DA), ett av de partier som tog upp fallet, välkomnade statskassans rapport men sade att den hade hoppats att siffran skulle bli högre.
"Detta sänder ut ett tydligt budskap till de inblandade i korruption, särskilt de i ANC, att du kommer att hållas ansvarig för dina handlingar, även om du är president," AFP nyhetsbyrån citerar DA talesman Mabine Seabe som säger.
Vad som har varit en lång och utdragen kamp mellan president Zuma och oppositionspartierna verkar vara på väg mot ett slut, rapporterar BBC:s Pumza Fihlani i Johannesburg.
Nkandlaskandalen har varit ett hett debattämne i parlamentet i nästan tre år och har skadat presidentens rykte, säger hon.
I april bad president Zuma om ursäkt för kontroversen och sade att han skulle följa författningsdomstolens utslag.
Några dagar senare överlevde han en riksrättsomröstning i parlamentet och visade sina motståndare att han är en sann politisk överlevare, säger vår korrespondent.
Vad Zumas pengar kommer att gå till
Hur Zumas Nkandla hem har vuxit
Typ: Jacob Zuma
Sydafrikas statskassa har rekommenderat president Jacob Zuma att betala tillbaka $509,000 (385,000 pund) till regeringen för uppgraderingar som gjorts till hans privata hem.