Avgifterna i England stiger igen, och det är det första fallet i Storbritanniens ansökningar sedan avgifterna senast höjdes 2012.
Royal College of Nursing skyllde 23% minskning i sjuksköterskeansökningar på avlägsnande av bursaries.
Universitet Minister Jo Johnson sade att trots den totala nedgången, fler 18-åringar sökte till universitet.
Dessa siffror från Ucas-antagningarna visar fram till deadline i januari för kurser som inleds under hösten en minskning med 5 procent bland brittiska studenter och 7 procent bland studenter från Europeiska unionen - totalt cirka 564 000.
Universiteten har varnat för Brexits inverkan på deras finanser om de europeiska ansökningarna faller och dessa siffror visar en betydande minskning av antalet kandidater från EU.
Det har också skett en minskning av antalet brittiska studenter som ansöker - och precis som de två tidigare tillfällena när ansökningarna har fallit - detta har skett när avgifterna höjs.
Nedgången i ansökningar i England med 6 procent har varit tre gånger större än i Skottland med 2 procent, vilket fortfarande är utan studieavgifter.
Ansökningarna från Wales minskade mest, med 7 %, och Nordirland med 5 %.
Omvårdnaden hade den största nedgången av varje enskilt ämne, och Janet Davies, generalsekreterare vid Royal College of Nursing, skyllde detta på övergången från bidrag till avgifter och lån.
"Vi varnade regeringen för att ta bort studentfinansiering skulle få se en kraftig minskning av sjuksköterskeansökningarna. Dessa siffror bekräftar våra värsta farhågor", sade Chris Davies.
Hon sade att den "närande arbetskraften är i kris".
Men det fanns fall över andra ämnen - särskilt bland äldre elever som inte ansöker direkt från skolan.
Bland 19-åringar sjönk antalet med 9 %. Bland 25-åringar sjönk ansökningarna med 23 %.
Men bland 18-åringar, såsom sjätteåringar som ansöker från skolan, har antalet fortsatt att stiga till rekordnivåer, upp till 37 procent av åldersgruppen.
Och det kan finnas en fördel för dem som söker platser - med universitet sannolikt att konkurrera för att locka studenter.
Ucas chef Mary Curnock Cook sade att denna "tuffa rekryteringsmiljö för universitet" skulle betyda "oförutsedd val och möjlighet för sökande".
Sorana Vieru, vice ordförande i National Union of Students, sade att nedgången i sökande var "deappointing, men inte en överraskning".
"Osäkerhet kring höjda studieavgifter, förlust av underhållsbidrag och de stigande levnads- och studiekostnaderna vid universitetet är för mycket av en risk för vissa potentiella studenter", sade hon.
Labours minister för skugguniversitet, Gordon Marsden, sade: "Vi varnade regeringen vid jul deras smygande studieavgifter ökar och de åtföljande ökade skulderna skulle ha skadliga effekter på studenter och deras antal."
Universitetens minister Jo Johnson sade: "Fler ungdomar än någonsin väljer att gå på universitet, med rekordhöga ansökningsnivåer för 18-åringar i år såväl som personer med sämre bakgrund."
Universitetsansökningarna har minskat med 5 procent, vilket beror på en minskning av antalet studenter i Europeiska unionen och en kraftig minskning av antalet sjuksköterskeansökningar.