Polisen sa att de kallades till Peterhead Academy efter en incident med två pojkar på måndag eftermiddag.
Tonåringen åtalades i samband med både innehav av en kniv och överfallet.
Han har rapporterats till enheten för förvaltning av ungdomsrättsväsendet.
En 14-årig pojke har åtalats efter att ha hittats med en kniv på en Aberdeenshire skola efter ett överfall.