Den 14-faldiga Grand Slam titelvinnaren kommer därför att missa Novembers ATP World Tour Finals i London.
Nadal, 28, gjorde sitt tillkännagivande efter att ha förlorat 6-2 7-6 (7-4) till kroatiska tonåringen Borna Coric i kvartsfinalen i schweiziska inomhus på fredag.
"Jag ska inte till Paris och London - jag är inte konkurrenskraftig nog," den nio gånger franska Open mästare sade.
"Jag ska opereras den 3 november."
Nadal hade redan kvalificerat sig för ATP World Tour Finals händelse, så spanjorens uttag innebär att spelaren rankas nionde i finalen ATP Race till London ranking kommer att klara sig till säsongen-slut händelsen på O2 i Greenwich.
Storbritanniens Andy Murray kommer att tävla i nästa veckas Paris Masters, vilket är den slutliga rankingen händelse för säsongen.
Scot, 27, ligger för närvarande i åttonde position i Race to London ställningar.
Den schweiziska Indoors i Basel var bara den tredje turneringen Nadal hade spelat sedan Wimbledon efter en handledsskada, och han avslöjade tidigare denna månad att han var på en kurs av antibiotika för sin blindtarm.
Coric, 17, visade ingen rädsla när han tävlade in i en 5-0 bly mot en egensinnig Nadal och höll sin nerv för att säkra en fantastisk seger.
Coric lärde sig sin tennis resa mellan Zagreb och norra London under ledning av brittiska tränare Ryan Jones, även om paret har gått skilda vägar under de senaste dagarna.
Den kroat fortsätter att möta belgiska David Goffin i semi-finalen, med Ivo Karlovic upp mot Roger Federer, som slog Grigor Dimitrov 7-6 (7-4) 6-2.
Rafael Nadal har bekräftat att han inte kommer att spela igen denna säsong och säger att han kommer att genomgå blindtarm kirurgi nästa månad.