Officerare började också använda markgenomträngande radarutrustning, som letar efter tecken på störd jord.
Met Police sa att begäran att söka två andra platser hade beviljats, och har också bett att förlänga den nuvarande sökningen av scrubland med en extra sju dagar.
Madeleine var tre år när hon försvann i Portugal 2007.
Brittiska och portugisiska officerare har fortsatt sökandet efter 15 tunnland av avspärrad skrubbmark på Algarve resort. Alla sökinsatser på onsdag är nu avslutade.
Dagens huvudsakliga sökaktivitet ägde rum i två vita tält som restes på skrubbmarken, och rättsmedicinska poliser med blå overaller och ansiktsmasker sågs gå in och ut ur dem.
BBC förstår att tälten sattes upp över ett hål i marken - möjligen en kasserad brunn - och officerare sågs fylla hinkar med jord, som sedan placerades i en skottkärra. Ingen radarutrustning användes i närheten av dessa tält.
Tidigare på dagen kördes poliser i Metropolitan Police Uniforms till en separat del av det avspärrade området, där de fick sällskap av portugisiska poliser och lokala skogsarbetare med strimmers.
En man i enkla kläder rullade radarutrustningen på en del av marken som tidigare hade rensats.
Poliser från Met och South Wales Polisen arbetade också med sniffhundar och med spader för att hjälpa sålla genom undervegetationen.
De övervakades av Met's Det Ch Insp Andy Redwood, överbefälhavaren som utreder fallet.
Den mödosamma sökningen av en plats i resorten Praia da Luz har fortsatt, med en kriminaltekniker som går med i polisteamet på onsdag.
Arbetet tycks ha koncentrerats till ett visst område, där polisen går fram och tillbaka till en del av marken vid områdets omkrets. Två tält har uppförts här - det är oklart om det är för att hindra media från att se vad som görs eller för att ge skugga.
Även om polisen inte kan ses från stranden, som är full av semesterfirare njuter av Algarve solen, alla här verkar alltför medvetna om utredningen.
Christina, en 35-åring från Bournemouth på semester med familj och vänner, sade: "Vi gick ner hit igår kväll och det var ganska skrämmande att se så många poliser runt.
– Atmosfären här känns lite platt på grund av vad som händer. När man är på semester vill man inte se polisen i närheten, men det är helt förståeligt."
Hennes vän Suzi, 34, sade: "Det är lite av en skam eftersom det är en härlig plats och detta verkar ha haft en effekt på ekonomin och på människorna här.
"Men om det var ditt barn, skulle du vilja att allt möjligt görs."
Flera personer som BBC talade med hade inte vetat, innan ankomsten till resorten, att det var den plats där Madeleine McCann senast sågs.
Josie, 29, från Exeter, på semester med sin partner och ettårige son, sade: "Det för hem det till dig, att vara här - det gör det känns mer verkligt.
"Vi insåg inte när vi bokade att detta var platsen. Det var inte förrän jag såg min pappa jag visste eftersom han berättade för mig. Jag vet inte om vi hade kommit hit annars.
"Men polisen måste göra vad de måste göra. Vi vill alla det bästa för familjen."
Portugisiska poliskällor sa till BBC att sökningen kunde förlängas om det fanns ett betydande fynd. Man tror att officerarna har blivit förvånade över svårigheterna i terrängen, medan polisen också måste överväga störningarna för lokalbefolkningen.
På onsdagsmorgonen rapporterade den portugisiska tidningen Correio da Manha att man skulle söka igenom avloppsnätet runt Ocean Club, där familjen McCann bodde när Madeleine försvann.
Officerare förväntades använda kameror kopplade till fiberoptiska kablar, sade tidningen. Den rapporterade också att kornas och grisarnas ben hade grävts fram genom undersökningen på tisdagen.
En talesman för Metropolitanpolisen sa att det inte skulle finnas några kommentarer om operationen.
Två sniffarhundar har tillhandahållits av South Wales-polisen för sökandet.
Met inledde en ny utredning om Madeleines försvinnande i juli förra året, kodnamnet Operation Grange.
I mars sade de att de sökte en inkräktare som sexuellt utnyttjade fem flickor i Portugal mellan 2004 och 2006.
Detektiverna sa att attackerna hade inträffat i semestervillor som ockuperades av brittiska familjer i Algarve.
Och förra månaden sade Scotland Yard att en "väsentlig fas av operativ verksamhet" i Portugal skulle börja snart.
Polisen som utreder Madeleine McCanns försvinnande har fokuserat sina ansträngningar på ett landområde den tredje dagen av en ny sökning i Praia da Luz.