Hussain, som vann 2015 års Great British Bake Off, kommer att döma tillsammans kock och mat författare Allegra McEvedy.
CBBC:s Junior Bake Off ser 40 ungdomar i åldern 9-12 år tävla om titeln.
Hussain sa: "Den här gången förra året var jag i Bake Off tält och nu får jag gå tillbaka och hjälpa till att uppmuntra nästa generation att få sin bakning på."
De tävlande kommer var och en att slutföra två bakar över 10 värmer, inklusive en teknisk baka och showtoper utmaning, med fyra ungdomar i den stora finalen.
CBBC:s tidigare domare har inkluderat Mary Berry, Paul Hollywood, James Martin och Graham Hornigold.
Hussain, 31 år, har byggt upp en karriär sedan hon vann Bake Off som inkluderar hennes första kokbok, en kolumn för The Times och en begäran från Buckingham Palace om att få göra en tårta till drottningens 90-årsdag. Hon kommer också att presentera The Chronicles of Nadiya, ett TV - program som spårar hennes kulinariska rötter i Bangladesh.
Hon vann förra årets final på BBC One efter att ha bakat en "stor fet brittisk bröllopstårta" prydd med juveler från sin egen bröllopsdag som show topper.
Det blev årets mest uppmärksammade TV-program med en genomsnittlig publik på 15,1 miljoner människor, enligt konsoliderade siffror, som inkluderar upphämtning.
Följ oss på Twitter @BBCNewsEnts, på Instagram, eller e-post underhållning.news@bbc.co.uk.
Tidigare Bake Off vinnare Nadiya Hussain har sagt att hon är "upphetsad" att vara med i showens juniorversion som domare.