Det kommer efter att en revisionskommitté begärt en undersökning av två av DSME:s tidigare verkställande direktörer över eventuell misshushållning.
Världens näst största skeppsbyggare har försökt samla in pengar för att minska sina skulder.
Företaget postade sin största nettoförlust på 3,19 tr vann ($2,8 miljarder; £1,9 miljarder) förra året.
DSME och Sydkoreas två andra största skeppsbyggare, Hyundai Heavy Industries och Samsung Heavy Industries, har alla drabbats hårt av nedgången i oljepriserna och den globala ekonomiska nedgången.
De har kämpat med minskad efterfrågan på tankfartyg och containerfartyg och har varit tvungna att fördröja projekt inom offshoreborrning och tillverkning.
De står också inför ökande konkurrens från kinesiska skeppsbyggare.
Enligt rapporter gick 150 tjänstemän till DSME:s huvudkontor i Seoul och ett av dess varv på ön Geoje.
Datorhårddiskar, bokföringsböcker och dokument beslagtogs av tjänstemän som undersöker om de manipulerade sina årsredovisningar för 2013 och 2014.
Sydkoreanska åklagare har plundrat Daewoo Shipbuilding och Marine Engineering som en del av en utredning av påstådda bokföringsfel.