Stacey Burrows, 16 år, och Lucy Pygott, 17 år, dödades på en träningsrunda i Aldershot i Hampshire den 8 november.
Domare Phillip Gillibrand avslöjade att han hade förlorat sin egen bror i en bilolycka när han uttryckte sympati för flickornas släktingar.
Michael Casey, 24 år, anklagas för att ha orsakat död genom farlig körning.
Mr Casey, vid St Paul's Road i Tottenham i London, frigavs för att infinna sig vid Winchester Crown Court den 13 april.
Domare Gillibrand riktade sig till tonåringarnas släktingar och sade: " Jag känner inte till händelsen, men själv förlorade jag min bror i en trafikolycka.
"Jag vet traumat och ångesten du måste gå igenom."
Han avbröts av en medlem av allmänheten som knackade på fönstret på åhörarläktaren.
Domaren bad dem att lämna domstolen och att människor skulle "respektera rättsstatsprincipen" i ett fall där "känslorna flyger högt".
Under den korta utfrågningen talade Casey endast för att bekräfta hans namn, adress och födelsedatum.
Han anförde inga grunder, men domstolen fick veta att han sannolikt skulle göra det när målet därefter avgörs.
Flickorna, som var medlemmar i Aldershot, Farnham och District Athletic Club, värmde upp för en kvällskörning när de träffades av en svart Ford Focus på Queen's Avenue.
Lucy Pygott, som var från Hartley Wintney i Hampshire, hade vunnit en bronsmedalj på 3 000 meter vid EM i juli.
Stacey Burrows, från Farnborough, var Hampshire under 17 3000m mästare.
En domare har sagt till en domstol att han förstod "trauma och ångest" hos familjerna till två tonårsidrottare som dog efter att ha blivit påkörda av en bil.