Amerikanen var bland många som spelade både sin första och andra rond på en lugnare fredag och han följde en tre-under 67 med en 69 för att nå fyra under.
Spaniens Sergio Garcia sköt en 70 i rond två för att stanna två under på halvvägs, tillsammans med American Scott Piercy (70).
Andrew Landry ledde på fyra under efter omgång ett men är planerad att starta sin andra omgång på 12:11 BST på lördag.
Men lördagens tee tider kan ändras eftersom ljuset bleknade med 27 spelare inte kan slutföra sina andra rundor.
Englands Lee Westwood, som postade en tre-under 67 när han avslutade sin första omgång tidigt på fredag, är, liksom Landry, bland hälften av fältet som är planerad att spela sin andra och tredje omgång på lördag.
Nordirlands Rory McIlroy, mästare Danny Willett, Skottlands Russell Knox och Irlands Shane Lowry kommer också att spela sina andra rundor på lördag.
Lowry hade en två-under 68 i runda ett medan Knox hade en nivå-par 70.
Willett hade en 75 och flirtar med snittet som han är bunden för 56th med McIlroy fel sida efter en sju-över 77 lämnade honom bunden för 94th med topp 60 plus slipsar gör snittet.
Världen nummer tre, som vann US Open 2011, berättade BBC Sport han skulle "behöva en 66" för att komma tillbaka i strid på lördag.
Johnson, som hade en putt att vinna förra årets US Open men tog tre för att ge titeln till Jordan Spieth, följde hans bogey-free öppningsrunda med ytterligare nio hål utan att släppa ett skott.
Från och med den 10:e, han birded par-tre 13th att gå till fyra under men gav tillbaka det med sin första och enda bogey av turneringen hittills på den första.
En fågel på den sjätte, efter flera missade tillfällen, belönades för en disciplinerad och tålmodig runda och han parade sig in för att avsluta strax före solnedgången.
"Jag är i ganska bra form, så den fysiska delen är inga problem", sade Johnson efter att ha fyllt 36 hål på en dag.
"Men mentalt måste du se till att du är skärpt hela dagen, eftersom du inte kan somna på något skott här ute.
"Jag slog så många bra putter idag att jag trodde att jag skulle gå in, och brände kanten eller läppen ut. Det är så det går till, dessa gröna är tuffa."
Johnson spelar partner Garcia började sin andra runda med en bogey-fem på par-fyra 10: e men en fågel på 17: e såg honom komma tillbaka till två under par.
Men bogeys den 18: e och först släppa honom tillbaka till nivå par men fåglar på den andra och sjätte höll honom i jakten på sin första major.
Spanjoren, som inte är känd för sin förmåga med puttern, gjorde en superb scrambing par med en 50-fot putta vid sitt sista hål, den nionde.
Westwood är den ledande engelsmannen men han är ännu inte att spela sin andra omgång och är planerad att tee off på 13:28 BST på lördag.
Andy Sullivan var bland dem att spela 36 hål på fredag och han följde sin första omgång 71 med en två-under 68 för att flytta till en under.
Han spelade sina första nio hål i tre under par och sade på Sky Sports: " Jag var aggressiv och det lönade sig. Jag körde på föraren riktigt bra, vilket öppnade upp greenerna och jag hade massor av fågel chanser."
Landsman Lee Slattery var en över för sin andra omgång och tre över för turneringen efter nio hål men två birdies och en örn på baksidan nio hjälpte honom att lägga en två under 68 för att komma till nivå par.
"Anpassning till förändringen i greenerna var viktigt eftersom de fick snabbare", sade han. "Det spelar ingen roll om det är uppför kullen, nedförsbacke, sidobacke. Varje putt är snabb.
"Jag är så trött att jag inte riktigt vet vad som händer. Det har varit en riktigt tuff dag runt en mycket tuff golfbana. Det har varit mentalt krävande."
Oakmont anses allmänt som en av de tuffaste golfbanor på US Open krets - Angel Cabreras vinnande poäng sista gången Pennsylvania kursen värd turneringen 2007 var fem över par.
Men Daniel Summerhays gjorde ett hån mot det med den lägsta omgången av öppningen två dagar, en fantastisk fem-under-par 65.
Amerikanen hade två fåglar och två bogeys på framsidan nio men kom hem i 30 för att flytta upp till en under.
"Jag är helt överlycklig", sa han. "Jag väntade i fyra dagar för att ta reda på om jag hade kvalificerat mig.
"Då fick jag reda på att jag var tvungen att spela 36 hål på en dag, men jag tar det."
Vi har lanserat ett nytt BBC Sport nyhetsbrev inför Euros och OS, med alla de bästa berättelserna, funktioner och video direkt till din inkorg. Du kan anmäla dig här.
Dustin Johnson håller klubbhusets ledning halvvägs genom den andra omgången av den stormfördröjda US Open vid Oakmont.