Macedonienska polisen håller kvar dem och säger att de kommer att föras tillbaka till Grekland.
Tidigare lämnade omkring 1.000 invandrare, däribland barn, sitt spretiga läger i den grekiska byn Idomeni och gick över en flod nära gränsen.
Omkring 14 000 människor, många från Syrien eller Irak, har blivit strandsatta i lägret, där förhållandena har försämrats efter dagar av regn.
Makedonien sade i förra veckan att landet inte längre skulle släppa in några migranter och blockera den så kallade Balkanrutten norrut.
I annan utveckling på måndagen:
Invandrarna - många som bar alla sina tillhörigheter - sågs gå i en lång snara längs en kuperad väg på måndagen. I gruppen ingick ett antal barn.
När de nådde floden passerade de ett rep över den och bildade en "mänsklig kedja" för att hjälpa varandra att komma åt andra sidan.
Invandrarna sa att de försökte hitta en lucka i taggtrådsstängslet vid gränsen.
"Vi hoppas att vi kan korsa eftersom vi är en hel del människor. Vårt nummer är stort nu," 24-åriga syriska invandrare Aziz berättade AP.
"Vi vill inte stanna här [Idomeni] i det lägret, eftersom vi är trötta på att vara där", tillade han.
Hundratals migranter fann senare en lucka nära den grekiska byn Hamilo och gick över till Makedonien.
Macedoniens polis och soldater fängslade sedan migranterna och satte dem i armélastbilar.
"Vi vidtar åtgärder för att återföra gruppen till Grekland," en makedonsk polis taleskvinna citerades som säger av Reuters.
Minst 20 journalister som följde efter migranterna fängslades också, sägs det i rapporter.
Under tiden berättade den grekiske polismannen Panos Tenos för BBC att migranterna under sin marsch hade informerats om att "att korsa illegalt är en återvändsgränd eftersom gränserna för att nå Centraleuropa är stängda".
"Polisens styrkor följde flyktingarna från Idomeni till Hamilo, och när de försökte blockera dem fredligt skingrade folkmassan och det var omöjligt att stoppa dem", tillade han.
Den lokala UNHCR-representanten Babur Baloch sade till BBC: "Det vi ser är en återgång till kaos närhelst det finns ett ensidigt beslut att stänga gränserna, när det inte finns någon samordning, när länder i Europa inte samordnar och inte delar ansvar, då ser vi mer elände för flyktingar."
"Och det är precis vad vi går igenom i Grekland idag. Vi ser fler och fler människor komma hit. Det finns ingen utväg, Grekland kämpar, det behöver stöd från EU, tillägger han.
Förra veckan lade EU och Turkiet fram en plan för att lindra Europas största flyktingkris sedan andra världskriget.
Enligt planen kommer alla migranter som anländer till Grekland från Turkiet att skickas tillbaka. För varje syrier som återvände skulle en syrier i Turkiet vidarebosättas i EU.
Hundratusentals migranter har rest genom Makedonien under det senaste året, på väg norrut.
EU:s ledare sade att det behövdes "avblåsta åtgärder" och lade fram följande förslag:
En anmärkning om terminologi: BBC använder termen migrant för att hänvisa till alla personer på resande fot som ännu inte har avslutat den rättsliga processen för att ansöka om asyl. Denna grupp omfattar människor som flyr krigshärjade länder som Syrien, som sannolikt kommer att beviljas flyktingstatus, liksom människor som söker jobb och bättre liv, som regeringar sannolikt kommer att härska över är ekonomiska invandrare.
Hundratals migranter har korsat från Grekland till Makedonien efter att ha hittat en väg genom gränsstängslet.