Det stod att steget var "upphetsande och olämpligt".
Järnvägsminister Ghulam Ahmad Bilour gjorde erbjudandet efter en våg av protester mot filmen över Pakistan och den bredare muslimska världen.
Dussintals har dött i sammandrabbningar mellan polis och demonstranter i Pakistan och länder som Tunisien och Sudan.
Söndagen såg en ny omgång protester över filmen i Pakistan, Nigeria, Grekland och Turkiet.
De flesta försvann fredligt, men i den grekiska huvudstaden Aten sammandrabbades upploppspoliser och demonstranter. Sex personer greps.
En statstjänsteman sade till BBC: "Presidenten och utrikesministern har båda sagt att videon i centrum av detta är kränkande, motbjudande och klandervärt - men det är inget berättigande för våld, och det är viktigt för ansvariga ledare att stå upp och tala ut mot våld.
Därför anser vi att herr Bilours tillkännagivande är inflammatoriskt och olämpligt.  Vi noterar att premiärministerns kansli har tagit avstånd från hans kommentarer."
De exakta ursprungen till Inocence av Muslims, den lågbudgetfilmen som har framkallat oron, är oklara.
Den påstådda tillverkaren av filmens trailer, Nakoula Basseley Nakoula, gömmer sig.
Anti-US känslor växte efter en trailer för filmen dubbade till arabiska släpptes på YouTube tidigare denna månad.
Amerikanska medborgare har uppmanats att inte resa till Pakistan, och den amerikanska ambassaden har betalat för annonser på pakistansk TV som visar president Barack Obama och utrikesminister Hillary Clinton fördömer filmen.
Även om amerikanska mål har burit den brunt av protester mot filmen, anti-västra känslor har varit stucken vidare av karikatyrer av profeten Muhammed publicerade denna vecka i satiriska franska tidningen, Charlie Hebdo.
Frankrike stängde ambassader och andra uppdrag i cirka 20 länder över hela den muslimska världen på fredag.
En 18-årig man som hotade tidningens redaktörer på Facebook har anklagats för terroristrelaterad verksamhet efter gripandet i den södra franska staden Toulon, en rättslig källa berättade AFP nyhetsbyrå på söndag.
Den amerikanska departementet har fördömt en pakistansk ministers erbjudande om 100.000 dollar (61.600 pund) för att ha dödat den amerikanske tillverkaren av en anti-islamfilm.