Elektronik jätte Sony, liksom biltillverkare Honda och Toyota citerade skador på sina växter.
Skalven dödade minst 41 personer och har orsakat allvarlig förstörelse av byggnader och infrastruktur.
Fjädringarna i Kumamoto, ett tillverkningsnav, kan orsaka störningar i försörjningskedjan.
Chipmaker Renesas Electronics sa också att det hade varit skador på viss utrustning på dess Kumamoto anläggning, som producerar mikro-controller chips för bilar.
Toyota sade att den skulle avbryta verksamheten vid de flesta monteringsanläggningar över hela Japan. Avstängningen mellan Toyotas anläggningar kommer att ske i etapper, och kommer att pågå i ungefär en vecka.
Världens största biltillverkare sade att den inte hade kunnat köpa delar från några av sina leverantörer. Detta inkluderar dess affiliate Aisin Seiki som är en nyckelleverantör för Toyota.
Japans tidning Nikkei har rapporterat att Aisin Seiki har tvingats sluta tillverka dörrar, motorer och andra delar vid sitt dotterbolag i Kumamoto prefekturen, eftersom området fortfarande upplever efterskalv. Företaget planerar att flytta produktionen till andra anläggningar hemma och utomlands.
Den vacklande suspensionen över Toyotas anläggningar förväntas leda till en minskning av produktionen, med omkring 50.000 fordon, sade Nikkei citerande branschanalytiker.
Sony sade i helgen det var att bedöma skador på sin fabrik som producerar bildsensorer för smartphones, och att anläggningen skulle förbli stängd.
Jordbävningen i Kumamoto har också påverkat restauranger och återförsäljare i området. Supermarket operatör Aeon höll alla 27 butiker i området stängda på söndag.
Ett antal japanska tillverkare har avbrutit verksamheten efter två kraftiga jordbävningar drabbade Kumamoto i sydvästra Japan.