Åklagarna, från Spaniens högsta brottmålsdomstol, hävdar Neymar och hans far dolde det verkliga värdet av spelarens multi-million-euro överföring från Santos till Barcelona.
En brasiliansk investeringsfond som ägde 40 % av Neymars idrottsrättigheter hävdar att den berövades sin fulla andel.
I tidigare intervjuer har Neymar, 24 år, förnekat något orätt handlingssätt.
Barcelona sa att det betalade €57m (£43m) för Neymar 2013, med spelarens föräldrar, Neymar da Silva Santos och Nadine Goncalves da Silva Santos, som fick €40m och hans tidigare klubb, Santos, €17m.
Men utredare säger att avgiften var närmare € 83m och Barcelona dold del av affären. Klubben förnekar också alla förseelser.
Den brasilianska investeringsfonden DIS hävdar att den skadades ekonomiskt av överföringen när den fick 6,8 miljoner euro av Santos 17 miljoner euro och hävdar att den berövades sin fulla andel.
Neymar och hans föräldrar, tillsammans med Barcelonas f.d. president Sandro Rosell och president Josep Maria Bartomeu, hade alla yttrat sig vid en tidigare domstolsförhandling i februari.
Neymar talade till O Globo TV i Brasilien i februari och sade: "Innan han sade nonsens - att vi gömde detta, eller dolde det - borde de bevisa det.
"Min far gör allt för att se till att jag bara kan fokusera på att spela fotboll. Han sköter bokföringen. Men när man ser någon man älskar lida, börjar det göra ont."
Neymar och hans far står också inför anklagelser i ett separat fall av bedrägeri det spanska skattekontoret, medan spelaren står inför en skattefusk undersökning i Brasilien. Han förnekar ett orätt handlingssätt.
Neymars flytt till Barcelona FC har varit en stor framgång på planen. Strejken blev en del av en mål-scoring trio med Lionel Messi och Luis Suarez.
Under 2015 hjälpte Neymar klubben vinna fem troféer och kom tredje i Fifa Ballon d'Or tävlingen. Han gjorde också i Uefa Champions League final mot Juventus.
Han vann spanska ligan och cup dubbel med Barcelona 2016.
Spanska åklagare har krävt att fotbollsstjärnan Neymar i Brasilien och Barcelona ska åtalas för bedrägeri.