I mars sade Gulfstaterna att de utan papper inte skulle arresteras om de gick inom 90 dagar.
Tidsfristen förlängdes med ytterligare en månad, men hittills är det bara 60.000 av de uppskattningsvis 400.000 etiopier som har lämnat landet, säger den etiopiska regeringen.
Etiopier utgör en stor del av rikets papperslösa arbetare.
Alla som saknar papper ställs nu inför fängelse eller tvångsdeportation.
Afrika Live: Uppdateringar av detta och andra berättelser
Etiopiens kommunikationsminister Negeri Lencho berättade för BBC att han fruktade vad som nu kunde hända med sina landsmän som fortfarande var i Saudiarabien, och tillade att de måste återvända "med en känsla av brådska".
"De kommer att fängslas och vi vill inte att våra medborgare ska ställas inför onödiga fängelsestraff, eller lida någon fysisk skada eller förödmjukelse," Mr Lencho sade.
En av dem som återvände är 28-årig hushållsarbetare Nura Ahmed. "Livet var riktigt tufft", berättade hon för BBC: s Emmanuel Igunza precis efter att hon kom till den etiopiska huvudstaden, Addis Abeba.
"Ibland var jag arbetslös eftersom jag inte hade rätt dokumentation, så jag hade ingen frihet att röra mig.
"Man kan aldrig vara i fred där", tillade hon.
År 2013 dog ett antal etiopier i sammandrabbningar med saudisk polis när de samlades in för utvisning.
Saudiarabien lockar migrerande arbetare från hela världen, särskilt Afrika, och södra och sydöstra Asien.
De saudiska myndigheterna uppskattar att upp till en miljon människor arbetar olagligt i landet.
Hittills har tiotusentals människor av olika nationaliteter utnyttjat nådsperioden och antingen lämnat eller skaffat sig korrekta papper.
Etiopien säger att endast en bråkdel av dess medborgare som arbetar olagligt i Saudiarabien har återvänt hem före dagens amnestitid.