Människor som loggar in på frågas vilket lag de vill följa för att få de senaste nyheterna under turneringen.
Alla länder som deltog i tävlingen noterades förutom Wales, Turkiet, Schweiz och Ukraina.
Fotboll kroppen UEFA, som kör appen, skyllde en "teknisk fråga" på vissa enheter som den nu har löst.
Wales fan Tim Hartley sa att han var "mycket besviken" att hans team inte var på appen efter att den lanserades.
"Det är förvånande att jag har fått biljetter för att följa mitt team ända fram till finalen, och ändå UEFA har lämnat Wales utanför app," sade han.
"Men efter att ha sagt det, kommer fansen att stå tillsammans i Frankrike nästa månad oavsett, app eller inte."
Efter att BBC Wales kontaktade UEFA sa det att det löste felet och de saknade länderna var nu tillgängliga för fans.
En talesman sade att inga lag utelämnades, men en teknisk fråga hade inneburit att den sista raden av deltagande lag inte kunde ses.
Wales fans hoppas på att följa sitt team på den officiella Euro 2016 app lämnades besviken - efter att landet inte ingick.