Perry berättade för parlamentsledamöterna att hon var "mystery shopping" de 10 mest trafikerade järnvägstjänsterna i landet för att själv ta reda på omfattningen av överbefolkning.
Det var "oacceptabelt" att människor inte kunde gå ombord på tåg på pendelvägar eftersom de redan var fulla.
Fellow Tory MP Dominic Raab sa att hans väljare förväntade sig svar om varför de behandlades som "sardiner".
Raab, ledamot av Europaparlamentet för Esher, höjde villkoren på 07:32 Woking till London Waterloo tjänst under en Westminster Hall debatt om valuta för pengarna på tjänster som drivs av South West Trains.
Han sa att tåget, dubbade "Sardine Express" i media, regelbundet fraktade 500 passagerare mer än sin kapacitet och var "packad till kanonerna" långt innan det nådde sin slutdestination.
Raab sade att passagerarna fick se sina biljettpriser stiga varje år, samtidigt som de måste stå ut med "cattle-class" reseförhållanden.
"EU:s regler föreskriver att kalvar, vuxna getter och får utan horn måste transporteras med tåg inom ett område med en yta på minst 0,3 meter i kvadrat per djurenhet", sade han.
"Men den nya normen för idrifttagning av pendeltjänster för människor är nu 0,25 meter i kvadrat, betydligt mindre."
Även om efterfrågan på järnvägstjänster var särskilt akut i södra England, sade Raab att sådan överbefolkning inte var begränsad till området utan "systemisk" över hela nätet.
Gosport MP Caroline Dinnaage sa att överbeläggning inte var det enda problemet i södra England och att restiderna på trafikerade rutter var otillfredsställande.
Hon sade att det tog lika lång tid att resa från Portsmouth till London som från Doncaster till London, vilket är mer dubbelt så långt från huvudstaden.
Perry sade att järnvägen är ett offer för sin egen popularitet, eftersom antalet passagerare fördubblas sedan privatiseringen och efterfrågan ökar med 10 % varje år i vissa delar av landet.
Även om järnvägarna var de säkraste och mest punktliga i Europa och regeringen investerade miljarder i nya linjer och kapacitet, erkände hon att förhållandena inte förbättrades för vissa användare.
"Passagerare i många fall inte känner att de får valuta för pengarna", sade hon.
"De färdas på trånga, långsamma tåg och kan inte förstå varför tidtabeller blir förstörda och hela nätets motståndskraft kan gå ner om vi har en dödlig."
Ett tågs kapacitet definieras som alla säten, plus ett stående utrymme om passagerarna står mindre än 20 minuter.
Siffror som publicerades förra månaden visade att under den höga toppen mellan 08:00 och 09:00 var 38 % av Londons tjänster över kapacitet och 81 % hade passagerare stående.
Perry sade att järnvägstrafiken inte var som Londons tunnelbana, där tågen går varannan minut, och att människor var "försenade i arbetet om de inte kunde gå ombord på sina tåg".
"Det finns en mycket stark förväntan på att ingen som reser i mer än 20 minuter ska stå utanför den punkten", tillade hon.
"(Det är) Inte alltid uppnått men de är de typer av standarder vi letar efter."
Järnvägspassagerare bör inte behöva stå i mer än 20 minuter under en resa, har minister Clare Perry sagt