Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Paret har varit vänner sedan tonåren men hade en meningsskiljaktighet under aprils RBC Heritage-event, där Willett till slut missade snittet.
Smart kände sig illa behandlad och lämnade sin roll, "effektivt avskedande" Willett, 29, mitten av turneringen, enligt BBC golf korrespondent Iain Carter.
"Saker är lite gamla och lite utslitna," Willett berättade BBC Sport.
"Det är synd. Men saker händer och förändras, allt händer av en anledning.
"Vi arbetar fortfarande hårt för att få spelet i form för att komma tillbaka spela golf vi vet att vi kan spela."
Willett uteslöt inte möjligheten av sin barndom vän en dag återvänder till sin väska men han var tvungen att använda en medlem av hans ledningsgrupp i den andra omgången på RBC Heritage.
Han kommer att använda Sam Haywood på veckans Players Championship i Florida. Haywood var best man på Willetts bröllop och har nyligen suttit på påse med den amerikanska spelaren David Lipsky.
"Sam vet mitt spel riktigt bra," Willett tillade. "Vi har spelat en hel del golf tillsammans under de senaste 10 eller 15 åren. Det är trevligt att ha någon som man kan tala öppet med. Han vet var mitt spel är och när det är bra. Jag tror att det kommer att bli bra."
Smart och Willett minnesfullt omfamnade i inspelningsrummet på förra årets Masters när det blev klart att engelsmannen hade vunnit en första major.
Men han har inte vunnit en turnering sedan, placera utanför topp-25 i de tre andra majors under 2016 innan han missar snittet på sin återkomst till Augusta i april.
Doppet i form har sett honom falla 10 platser till 21 i världen sedan årsskiftet.
BBC golfkorrespondent Iain Carter
Det har varit en kamp att anpassa sig till statusen som en stor mästare för Willett. Resultaten har inte varit bra på ett år.
Nyligen missade han tre av de senaste fyra nedskärningarna, så det här är prövande tider.
Det kom hem för mig idag som jag minns denna dag förra året närmade jag sig honom på sin första turnering sedan vinna Masters. Nu kan stämningsmusiken inte vara annorlunda.
Danny Willett har delat med Caddie Jonathan Smart i drygt ett år efter att ha vunnit mästarna i Augusta.