En sökning fortsätter för fyra andra personer som saknas på platsen.
Rapporter säger att en första kollaps fick en kran att falla, vilket fick ner mer av flervåningsbyggnaden.
Minst 20 personer behandlades för skador efter incidenten i Ramat Hahayil, ett kommersiellt område i norra delen av staden.
Bilder från scenen visar moln av damm som stiger från en stor krater, med stora mängder skräp i botten.
Dussintals brandmän, räddnings- och säkerhetstjänster sändes till platsen för att hjälpa de skadade och söka efter de fruktade saknade.
Israels tidning Haaretz citerade en talesman för brandkåren som sade att det fanns "folk begravda under sanden".
Polisen flyttade folk från området och fruktade att andra delar av byggnaden också skulle kollapsa.
Dödssiffran efter en parkeringsplats kollapsade under uppförandet i den israeliska staden Tel Aviv har ökat till tre, säger räddningsarbetare.