Fishlock, 29, hade varit en spelare och assisterande tränare till Jo Montemurro, som har tagit upp en roll med klubbens män lag.
Hennes första match kommer att vara Round 11 fixturen på Sydney FC söndagen den 8 januari.
Sydney är högst upp på bordet med Fishlocks fjärde sida.
Wales midfielder Jess Fishlock har tagit över som Melbourne City tränare för de sista veckorna av Australiens W-League säsongen.