Flytten avslutar en pinsam situation för ärkebiskopen av Canterbury, Justin Welby, som förra året lovade att försöka få Wonga att lägga ner sin verksamhet genom att hjälpa kreditföreningarna att konkurrera med den.
Det visade sig senare att kyrkan indirekt hade satsat omkring 75.000 pund i Wonga genom en investeringsfond.
Ärkebiskopen berättade för BBC att han var "absolut glad" att investeringen hade avslutats.
När detaljer om länken dök upp förra året, hade ärkebiskop Welby medgett att han var "inrad" och "irriterad".
Church Commissioners for England, som behandlar kyrkans investeringar, sade på torsdagen att det var "nöjt att tillkännage" den indirekta exponeringen för Wonga som en del av dess riskkapitalportfölj hade tagits bort.
"Någon gång har kommissionsledamöterna investerat direkt i Wonga eller i andra lönedags långivare", sade kommissionsledamöterna, tillade att den indirekta exponeringen var "betydligt mindre än 0,01% av värdet av Wonga".
Det sades att kommissionsledamöterna ansåg att riskkapital är "ett bra och användbart instrument med betydande potential att tjäna det allmännas bästa", men att ett antal "etiska investeringsförändringar" hade gjorts.
Bland dessa ingick skärpta investeringsrestriktioner för direktinvesteringar, med nya kontroller av indirekta investeringar som ska tillkännages senare under året.
Uttalandet tillade: "Vi har inte längre något ekonomiskt eller något annat intresse i Wonga."
I en intervju som skulle sändas på söndagens Andrew Marr-show sade ärkebiskop Welby: "Jag har varit helt tydlig med att jag inte tror att räntorna som tas ut av dessa företag är etiska och moraliska - de är lagliga men de är inte etiska eller moraliska."
Eftersom han inte sitter i kyrkans kommitté för tillgångar hade han ingen "rättslig rätt att ingripa", sade han och tillade: "Jag kan naturligtvis utöva påtryckningar, uppmuntran, och jag har försökt att göra det och jag är helt glad över att vi nu är ute ur Wonga och har inte tagit någon nytta av det."
Detaljer om investeringen dök upp i juli 2013 kort efter ärkebiskop Welby sade att han hade "snällt" berättade Wonga boss Errol Damelin "vi är inte i branschen att försöka lagstifta dig ur existensen; vi försöker att konkurrera dig ur existensen".
Utvidgningen av kreditföreningarna skulle utgöra ett alternativ, hade han föreslagit.
Wonga svarade med att säga att det var "allt för ett bättre konsumentval".
Engelska kyrkan har avslutat sin investering i den lönande långivaren Wonga.