Men han hoppas att de inte kommer att skapa påtryckningar för att öka lönerna i Wales.
Det finns ett avtal som begränsar regionernas budgivning för varandras aktörer, men Scarlets ställdes inför konkurrens när omsignering centrum Scott Williams som var ur kontrakt i slutet av säsongen.
"Du måste vara realistisk eftersom det är en fri marknad," Short sagt.
"Ingen överenskommelse kan begränsa någons förmåga att leta efter arbete, och regioner kommer att vara ambitiösa och har sina egna spelarkrav.
"Hur det ekonomiska resultatet av det fungerar är en del av regionens avtal, och man hoppas att man inte skulle se påtryckningar inom Wales för att öka lönerna eftersom vi har tillräckligt att ta itu med utanför Wales."
Wales internationella Williams hade förväntats förnya sitt nationella dubbla kontrakt (NDC), finansierat 60% av Welsh Rugby Union (WRU).
Men WRU drog tillbaka sitt erbjudande med fackets ordförande Gareth Davies säger att det var för att regionerna hade "uppbackat insatsen".
Williams skrev på ett avtal med Scarlets.
NDC infördes som en mekanism för att stoppa högprofilerade spelare från Wales till England och Frankrike.
Kort var ordförande för regionens representativa organ - som nu kallas Pro Rugby Wales - när de förhandlade fram det avtal som finansierar och styr den inhemska rugbyn i Wales.
Han sade att han inte skulle ha förväntat sig att facket skulle engagera sig i ett budkrig och stödja de dubbla kontrakten.
"Unionen har varit utmärkt i att stödja regioner under det senaste året", tillade han.
"De NDC fungerar bra och alla bör inse att det är ett nytt koncept och kommer att ta lite tid att slå sig ner, men det är att slå sig ner väl.
"Och grattis till facket - det har varit en förändring i förhållandet under det senaste året eller så."
Scarlets ordförande Nigel Short medger att det kommer att bli svårt att stoppa regioner som tävlar mot varandra för walesiska spelare.