Filmregissören hade ursprungligen tänkt skjuta solnedgången, men pekade ner drönaren för att återvända hem när batteriet gick lågt.
Det var inte förrän han gick igenom sina bilder senare som han såg skottet.
Li säger att han postat det på nätet i ett försök att ta reda på vilka paret är, men fotot är inte helt vad det verkar.
"Jag var med en vän som försökte få en bra bild av solnedgången men drönarbatteriet höll på att ta slut så vi pekade bara ner det när det återvände hem, och jag tänkte att vi bara skulle hålla kameran rullande," Mr Li berättade BBC.
"Jag märkte inget intressant förrän jag gick igenom filmen senare och såg det gräsiga taket."
Mr Li, som växte upp i USA men har familj i Hong Kong, lade sedan upp bilden på Facebook i hopp om att en av hans vänner skulle känna paret.
Från och med då stack den liksom, säger han.
Skottet, som han tror visar taket på J-bostadslägenheterna i Hong Kong, var definitivt inte iscensatt, säger Li.
– Så många tror att jag iscensatte fotot, säger han. "Jag är filmskapare, inte bröllopsfotograf så jag har egentligen inget incitament. Det är verkligen bara en tur hake."
Men han gjorde vissa justeringar av originalbilden, som togs den 28 september.
Fotot han tog visar två personer som står nära parets fötter, förmodligen fotografer, som Mr Li airbrushed ut för att få paret sticker ut mer.
Men en person som spretade ut på en del platser i hörnet skonades från såret.
Li säger att han också använde lite färgkorrigering på bilden.
För närvarande är identiteten hos paret - som kanske i verkligheten inte är ett par - fortfarande ett mysterium, även om Li har gjort förfrågningar med byggnadens ledning som ännu inte har svarat.
Men även om fotot inte kommer med i bröllopsböckerna, tycker han att det är en bra metafor för livet i Hong Kong.
"Du brukar se dessa riktigt kalla bilder av Hong Kong ser riktigt trångt och grått, och här är detta ögonblick där två människor gör något mycket bra och glädjefyllt.
"Det är som att göra en egen oas av glädje i staden."
En "lycklig fångst" är hur Brandon Li beskriver den oavsiktliga drönare skott han fångat av "nygifta" på ett tak i Hong Kong.