Peter Atilla, 46 år, från Northampton, sade att han hade ett sömntillstånd som kallas sexsomni.
Mr Atilla anklagades för att ha sex med en kvinna medan hon sov efter att ha bjudit in honom i sängen "för en kram".
Methyr Tydfil Crown Court hörde att han hade återvänt från en turné i Afghanistan dagen innan, och kan ha varit i "handlingsläge" när han somnade.
Två psykiatriker sade till domstolen att det var "möjligt" att svaranden led av parasomni - definierat som oönskat beteende under sömnen.
Dr Chris Idzikowski sa att en undergrupp av parasomni var sexsomni - en typ av "konfusionell upphetsning" - som kan leda till sexuellt beteende från en person i djup sömn.
Doktor Idzikowski sade: " Om han kom tillbaka i aktionsläge är det potentiellt något som skulle komma igenom i sömnen.
Han sade att Atilla, en före detta officer inom den kungliga logistikkåren som tjänstgjorde "med åtskillnad" under det första Gulfkriget, Kosovo, Irak och Afghanistan, kan ha utlösts av något så enkelt som ett ljud.
Han erkände bevisen för att Atilla hade sex med kvinnan medan han sov var "svag" men sade att han inte kunde utesluta det från att vara möjligt.
En annan psykiater, dr Chandan Seghal, sade att han också "inte kunde utesluta" attacken i samband med en sömnstörning, men höll med om att bevisen var "svag".
Mr Atilla berättade för domstolen att han inte hade något "minne" av den påstådda händelsen.
En före detta soldat som anklagats för våldtäkt har frigjorts efter att en domstol hört att han led av en sömnstörning.