En talesman för HM Coastguard sade ingenting hade hittats under omfattande sökningar och besättningar avstods vid 11:30 GMT.
Den saknade mannen har av polisen uppkallats till Len King, 74, från Alfarton, East Sussex.
En vän anmälde honom saknad när han inte kom hem på söndag kväll.
Mr King hade börjat segla ensam från Brighton till Newhaven.
Hans Sunseeker yacht tros ha varit på autopilot när det drev tillbaka till marinan och kraschade in i en vägg med ingen ombord.
Tre livbåtar och en kustbevakning helikopter var inblandade i sökandet, som började strax efter 22:00 på söndag.
Det hindrades av stormar över en natt men återupptogs vid första ljus i grova hav.
I ett uttalande från Sussexpolisen sa mr Kings fru Stephanie att hennes man hade seglat sedan han var minst 20.
Hon sa: "Normalt går vi tillsammans men under veckan, om det är lugnt väder, kan han gå iväg ensam."
Mrs King sa att han gick iväg strax före lunch på söndagen och hade väntats hem vid middagstid.
När hon ringde honom flera gånger kunde telefonen inte ansluta.
"Jag förstår inte vad som har hänt", sa hon.
"Han är en mycket erfaren yachtsman. Han har all sin utrustning fördubblad och är alltid försiktig. Det är så han sköter saker och ting."
HM Coastguard sade omfattande strandlinje sökningar hade utförts runt Brighton Marina, mellan Shoreham och Newhaven och så långt ut som 2,5 miles off shore.
Helikoptern hade gjort en sökning i mitten av Channel.
"Trots dessa omfattande sökningar har ingenting hittats. Om inte någon ny information kommer fram har sökningen avbrutits, sade en talesman.
Kustbevakningen sa till BBC reporter Jon Hunt dykare skulle undersöka fartyget för att se om det fanns någon mekanisk förklaring till vad som hände.
Insp Roy Apps sa att det var oklart vad som hade hänt Mr King.
Han sa: "Sökandet avbryts för närvarande och vi samarbetar med hans familj när vi undersöker omständigheterna kring hans försvinnande."
Sökandet efter skepparen av en yacht hittades övergiven nära Brighton Marina har blivit avstängd och en saknad person utredning pågår.