Henrietta Yakubu, talesman för luftfartsmyndigheten, sade reparationsarbeten var avslutade 24 timmar före tidtabellen.
En Etiopisk Flygplan flygning var den första att landa på tisdag morgon.
Flygen hade omdirigerats till Kaduna, 160 kilometer från huvudstaden, och en del internationella flygbolag vägrade att trafikera den nya rutten.
Dessa flygbolag tar nu emot bokningar för flyg senare i veckan.
Banan vid Nnamdi Azikiwe flygplats skulle uppgraderas 2002 - den byggdes 1982 och var endast tänkt att ha en 20-årig livslängd.
Det har firats att reparationsprojektet slutfördes i förväg, men det faktum att huvudstaden var utan en fungerande flygplats för mer än en månad belyser tillståndet i Nigerias sönderslagna infrastruktur, BBC: s Martin Patience säger.
Nigerias flygplats i huvudstaden, Abuja, har återupptagits sex veckor efter det att den stängdes för brådskande reparationer.