Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Före detta kapten Aaron Hughes vann sin 100:e mössa som en 30-minuters ersättning för försvarare Craig Cathcart som smög iväg skadad efter att ha blivit nedsmutsad.
Cathcart var en av flera spelare på mottagande slutet av tuffa tacklingar.
Besöksvakt Michael McGovern gjorde några fina räddningar medan Kyle Lafferty hade en straffanspråk avvisade.
Lafferty kände att hans skott hade blockerats av Peter Pekariks arm, men domaren Marian Radu Petrescu såg det inte som en spot-kick.
Robert Mak kom närmast poäng för värdarna endast att förnekas av Hamilton proppen McGovern som var snabbt utanför sin linje, medan Martin Skrtel nästan gjorde ett sent eget mål efter en Paddy McNair kors.
Liverpools försvarare avledde McNairs drivna kors mot sitt eget mål, och målvakten Matus Kozacik tvingades in i en räddning.
Nordirland inleder sin eurokampanj den 12 juni mot Polen i Nice, dagen efter att Slovakien har träffat Wales i Bordeaux.
En av Nordirlands manager Michael O'Neill främsta oro var att se sina spelare komma igenom unscathed med öppningen Euro 2016 match mot Polen bara åtta dagar bort.
Det var oroande för honom att flera nyckelpersoner fick ta emot några svåra utmaningar.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Gareth McAuley och Jonny Evans plockade upp mindre knackningar innan den andra mannen i ryggen tre, Watford försvarare Cathcart, var tvungen att halta bort efter att ha blivit nedsmutsad.
Det ledde till att 36-årige Hughes kom för att vinna sin 100:e mössa som en 30-minuters ersättare.
Man hade väntat sig att den före detta mannen från Newcastle och Aston Villa skulle komma någon gång för sitt landmärkesframträdande, men O'Neill tvingades göra förändringen tidigare än planerat.
Förutom Cathcart, kommer O'Neill att invänta en fitness uppdatering på anfallaren Lafferty som kom av i den andra halvan med en benskada.
Manager O'Neill utplacerade sin gynnade 3-5-2 formation, sätta laget upp på det sätt han kommer att vilja att de ska spela mot Polen.
Paddy McNair fångade ögat igen i en bred roll till höger medan Millwalls Shane Ferguson kom in i laget för att satsa sitt anspråk på en startroll i Nice.
De verkar tävla med Conor McLaughlin och den frånvarande Stuart Dallas för urval.
Alla kvardröjande tvivel om vem som blir NI:s första valvakt kommer att ha avslutats av en annan solid uppvisning av McGovern.
Nordirlands trupp beger sig till sin Lyonbas på söndag i gott hjärta och med den rekordet oslagbara sekvensen.
Det var en annan enastående defensiv prestation mot en slovakisk sida som hade besegrat världsmästare Tyskland den 29 maj.
Matchen slutar, Slovakien 0, Nordirland 0.
Andra halvlek, Slovakien 0, Nordirland 0.
Hörnet, Nordirland. Sammankallad av Martin Skrtel.
Offside, Slovakien. Patrik Hrosovsky försöker ta sig igenom bollen, men Vladimir Weiss fångas offside.
Substitution, Nordirland. Conor McLaughlin ersätter Patrick McNair.
Hörnet, Slovakien. Förföljd av Gareth McAuley.
Försöket räddades. Vladimir Weiss (Slovakien) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i nedre vänstra hörnet.
Substitution, Nordirland. Lee Hodson ersätter Shane Ferguson.
Försök blockerat. Ondrej Duda (Slovakien) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Försök missade. Miroslav Stoch (Slovakien) vänster fotade skott från utsidan lådan är nära, men missar till höger. Hjälpt av Dusan Svento.
Substitution, Slovakien. Adam Nemec ersätter Juraj Kucka.
Substitution, Nordirland. Corry Evans ersätter Oliver Norwood.
Offside, Slovakien. Vladimir Weiss försöker en genom boll, men Peter Pekarík fångas offside.
Försök blockerat. Miroslav Stoch (Slovakien) höger fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Marek Hamsik.
Hörnet, Slovakien. Förföljd av Aaron Hughes.
Hörnet, Nordirland. Förföljd av Jan Durica.
Försök missade. Vladimir Weiss (Slovakien) höger fotade skott från utsidan av lådan är nära, men missar till vänster. Hjälpt av Dusan Svento.
Hörnet, Slovakien. Förföljd av Gareth McAuley.
Försök blockerat. Marek Hamsik (Slovakien) vänster fotade skott från höger sida av lådan är blockerad. Hjälpt av Miroslav Stoch.
Juraj Kucka (Slovakien) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Shane Ferguson (Nordirland).
Försök missade. Juraj Kucka (Slovakien) höger fotade skott utanför lådan missar till höger.
Ondrej Duda (Slovakien) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Oliver Norwood (Nordirland).
Försök missade. Ondrej Duda (Slovakien) höger fotade skott från höger sida av lådan är för hög. Hjälpt av Peter Pekarík med ett huvudkort.
Substitution, Slovakien. Ondrej Duda ersätter Michal Duris.
Substitution, Slovakien. Miroslav Stoch ersätter Robert Mak.
Martin Skrtel (Slovakien) vinner en frispark i defensiven.
Foul av Josh Magennis (Nordirland).
Offside, Slovakien. Jan Durica försöker en genom boll, men Juraj Kucka fångas offside.
Hörnet, Slovakien. Förföljd av Patrick McNair.
Offside, Nordirland. Michael McGovern försöker en genom boll, men Conor Washington fångas offside.
Foul av Juraj Kucka (Slovakien).
Oliver Norwood (Nordirland) vinner en frispark på vänsterkanten.
Hörnet, Nordirland. Sammankallad av Peter Pekarík.
Försöket räddades. Conor Washington (Nordirland) höger fotade skott från vänster sida av lådan sparas i nedre vänstra hörnet. Hjälpt av Aaron Hughes.
Hörnet, Nordirland. Sammankallad av Martin Skrtel.
Foul av Jan Durica (Slovakien).
Josh Magennis (Nordirland) vinner en frispark på högerkanten.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Nordirland kommer att gå in i Euro 2016 på baksidan av en rekord 12-match oslagbar körning efter att dra sig tillbaka till andra finalister Slovakien i Trnava.