Den 27-årige affären knyter honom till Warriors fram till maj 2019, efter att ha anslutit sig 2010.
Pyrgos, tak 18 gånger av sitt land, berättade Glasgows hemsida han hade talat med Dave Rennie, som kommer att ersätta huvudtränare Gregor Townsend nästa år.
"Han berättade om sin vision för klubben och sin rugbyfilosofi och det är spännande", säger Pyrgos.
"Att ha någon av Daves kvalitet kommer in är lysande för klubben.
"Jag älskar allt om Glasgow Warriors och klubben betyder mycket för mig.
"Detta är mitt sjunde år på Warriors och vinna Pro12 för två år sedan har varit det enastående ögonblicket.
"Jag är glad för framtiden här och vi kommer att arbeta extremt hårt för att fortsätta att tävla om troféer varje säsong. Jag tror att vi har en grupp som kan göra det och det är den främsta anledningen till att jag ville stanna."
Townsend, som kommer att bli Scotland huvudtränare nästa sommar, tillade: " Det är lysande nyheter för klubben som Henry har undertecknat för ytterligare två år.
"Han är en av våra ledare och har utvecklat en enorm mängd i sin tid på klubben. Nu hjälper han klubben att fortsätta att förbättra och utvecklas på och utanför planen.
"Det finns mycket mer att komma från honom på spelsidan och vi är verkligen lyckligt lottade att ha en så hög kvalitet grupp av scrum-halvor just nu."
Scotland scrum-halv Henry Pyrgos har tecknat ett nytt tvåårigt kontrakt med Glasgow Warriors.