David Wotherspoon gav Saints ledningen på rebound från en Graham Cummins rubrik som hade slagit i posten.
Josh Magennis jämnades ut innan pausen när Killie återhämtade sig.
Rory McKenzies kors avvek Brian Easton och lurade Alan Mannus att sätta Killie framåt och de höll på för en jungfru hem seger för säsongen.
Den Rugby Park sida dra nivå på punkter med sjunde plats Saints, som måste plocka upp sig för en skotsk League Cup slips på Rangers på tisdag.
Killie och Saints jagade sina första hem och bort vinster av kampanjen, respektive.
Och efter förra veckans moralhöjande Tannadice triumf över Dundee United, skickade Gary Locke ut samma lag igen, mot frestelsen att kasta in nya signering Conrad Balatoni.
Förra veckans hat-trick hjälte Steven MacLean var tvungen att sitta ut matchen på den konstgjorda ytan med John Sutton täppa gapet framför för St Johnstone.
Kilmarnock har slitit ibland på sitt eget plåster och har två gånger bludgeoned hemma den här säsongen. Dundee och Ross County lämnade båda Killie och slickade sina sår med 4-0 slaktningar.
Matchen öppnades i tysthet och även mode med Saints strejker Cummins hävdar att han hade dragits ner precis i lådan men domaren Willie Collum var inte intresserad.
Besökarna behövde dock inte vänta länge för att komma fram.
Efter utmärkt spel av Liam Craig, Easton korsade för Cummins, vars rubrik slog Jamie MacDonald och återhämtade sig från inlägget så att on-hand Wotherspoon att slot hem.
Det var bara Wotherspoons andra mål på mer än två år.
Saints hade varit det bättre laget och såg farligare ut; trots att Killie såg mer av bollen kämpade de för att bryta ner sina besökares försvar.
När matchen drogs närmare intervallet, började värdarna ta tag i spelet vid halsen.
Killies bästa insats verkade vara i de stora områdena och det var därifrån de skulle leda till en process.
Greg Kiltie visade vad han kan göra med ett utmärkt kors för Magennis, som sträckte nacken för att loopa en rubrik förbi Mannus och utjämna.
Killie hade bara vunnit ett av de tidigare 15 mötena med Saints och det var Magennis som gjorde både den dagen.
Medan Killie förlorade Daryl Westlake till skada i den första halvan, Darnell Fisher drogs tillbaka i intervallet för Saints med Mark O'Hara och Steven Anderson respektive ersättare.
MacDonald har varit inspirerande för Kilmarnock den här säsongen och en av Lockes värsta mardrömmar blev verklighet när en tidig andra halv kollision såg honom duka under för skadan.
Ulsterman Conor Brennan ersatte honom i slutet av en vecka som såg honom återkallas från ett lån i Stranraer efter medbevarare Devlin McKay lämnade till Derby County.
Men det var hans motsatta nummer Mannus som lämnades titta i skräck när Killie vände spelet på huvudet.
McKenzies kors från peklinjen stals från Easton och loopades över nordirländaren.
St Johnstone supportrar skulle titta på aghast igen några ögonblick senare när Michael O'Halloran förnekades av en utmärkt sista-ditch utmaning av Lee Ashcroft.
Värdarna såg pånyttfödd från den arbetande sidan av tidig säsong och McKenzie nästan gjorde det tre - Mannus spara vid hans fötter när en-mot-en och Kallum Higginbodams ansträngning på rebound studsar från vänster-handen.
Saints pressade efter en leveler och Brennan höll fast vid en sen Wotherspoon avböjde ansträngning.
Matchen slutar, Kilmarnock 2, St Johnstone 1.
Andra halvlek, Kilmarnock 2, St Johnstone 1.
Hörnet, St Johnstone. Förföljd av Stuart Findlay.
Försöket räddades. Chris Millar (St Johnstone) höger fotade skott från höger sida av lådan sparas i mitten av målet.
Josh Magennis (Kilmarnock) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Josh Magennis (Kilmarnock).
David Wotherspoon (St Johnstone) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försöket räddades. David Wotherspoon (St Johnstone) höger fotad skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Craig Slater (Kilmarnock) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Christopher Kane (St. Johnstone).
Försök missade. Josh Magennis (Kilmarnock) höger fotade skott från höger sida av lådan är nära, men missar till vänster.
Försöket räddades. Christopher Kane (St Johnstone) header från vänster sida av rutan sparas i mitten av målet.
Foul av Kallum Higginbotam (Kilmarnock).
Christopher Kane (St Johnstone) vinner en frispark i defensiva halvan.
Hörnet, St Johnstone. Förföljd av Stuart Findlay.
Försök missade. Tope Obadeyi (Kilmarnock) vänster fotade skott från vänster sida av lådan är nära, men missar till höger.
Försök missade. Graham Cummins (St Johnstone) huvud från mitten av lådan är nära, men missar till höger.
Ersättning, Kilmarnock. Tope Obadeyi ersätter Greg Kiltie.
Ersättning, St. Johnstone. Christopher Kane ersätter John Sutton.
Försök missade. Michael O'Halloran (St Johnstone) vänster fotade skott utanför lådan är nära, men missar till vänster.
Kallum Higginbotam (Kilmarnock) träffar vänster stolpe med ett högerfotat skott från höger sida av lådan.
Försök blockerat. Rory McKenzie (Kilmarnock) höger fotade skott från mitten av lådan är blockerad.
Ersättning, St. Johnstone. Simon Lappin ersätter Liam Craig.
Försök missade. Michael O'Halloran (St Johnstone) huvudet från mitten av lådan är nära, men missar till höger.
Försöket räddades. Kallum Higginbotam (Kilmarnock) höger fotade skott från utsidan av lådan sparas i mitten av målet.
Josh Magennis (Kilmarnock) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av David Wotherspoon (St. Johnstone).
Försök missade. Greg Kiltie (Kilmarnock) höger fotade skott från utsidan lådan är nära, men missar till vänster.
Ett eget mål av Brian Easton, St Johnstone.  Kilmarnock 2, St. Johnstone 1.
Försöket räddades. Josh Magennis (Kilmarnock) höger fotade skott från utsidan rutan sparas i nedre vänstra hörnet.
Försök missade. Rory McKenzie (Kilmarnock) höger fotade skott från vänster sida av lådan är nära, men missar till höger.
Ersättning, Kilmarnock. Conor Brennan ersätter Jamie MacDonald på grund av en skada.
Försök blockerat. Kevin McHattie (Kilmarnock) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad.
Rory McKenzie (Kilmarnock) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Steven Anderson (St. Johnstone) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Steven Anderson (St. Johnstone).
Försök missade. Liam Craig (St. Johnstone) höger fotade skott från mitten av lådan missar till höger.
Andra halvan börjar Kilmarnock 1, St Johnstone 1.
Ersättning, St. Johnstone. Steven Anderson ersätter Darnell Fisher på grund av en skada.
Första halvlek, Kilmarnock 1, St Johnstone 1.
Kilmarnock gjorde det back-to-back segrar för första gången sedan januari när de kom bakifrån för att slå St Johnstone.