Räddningstjänst kallades till linjen nära Stanford-le-Hope, Essex, vid cirka 21:30 GMT på måndag.
En bärgningsbil var tvungen att kallas för att ta bort bilen, som var fast på banan. Ingen blev fångad eller svårt skadad.
Den 18-årige föraren greps på platsen misstänkt för stöld av ett motorfordon, körning utan försäkring och vårdslös körning.
Tågoperatör c2c bad om ursäkt för förseningar för passagerare.
Det sade tjänster stördes i cirka tre timmar medan bilen togs bort och Network Rail ingenjörer undersökte spåret och reparerade stängslet.
En bilist kraschade genom ett staket och på ett tågspår, vilket orsakade flera timmars förseningar för passagerarna.