Det tros vara det första fallet sedan planet försvann mellan Kuala Lumpur och Peking i mars 2014.
Barnens mor sade att hon hade accepterat ersättning från Malaysia Airlines och regeringen så att pojkarna kunde gå vidare med sina liv. Beloppet har inte redovisats.
Sökandet efter planet, som bar 239 personer, fortsätter.
Familjen Jee Jing Hang, som var på planet, väckte talan mot Malaysia Airlines på uppdrag av sina två unga söner i oktober förra året för avtalsbrott, eftersom det hade misslyckats med att leverera passagerare till Peking.
Familjen gjorde också anspråk på den malaysiska regeringen, ministeriet för civil luftfart, immigrationsavdelningen och flygvapnet för vårdslöshet.
"Domstolen informerades om att alla parter i stämningen hade kommit till en uppgörelse i godo," Gary Edward Chong, en advokat för familjen, berättade AFP nyhetsbyrån på tisdag.
Familjerna till andra offer har följt fallet noga och experter tror att denna lösning kommer att utlösa andra liknande rättsliga åtgärder.
Inget vrak från flygningen har någonsin hittats och ett australiensiskt team söker fortfarande igenom södra Indiska oceanens havsbotten i hopp om att hitta flygplanet.
Fyra månader efter att MH370 försvann sköts ytterligare ett plan från Malaysia Airlines, MH17, ned av en misstänkt mark-till-luft-robot i Ukrainas luftrum, med 298 passagerare och besättning.
Flygbolaget förklarades "tekniskt bankrutt" av sin verkställande direktör på måndagen när han tillkännagav planer på att minska omkring 6.000 arbetstillfällen.
Två malaysiska barn som förlorade sin far på flyg MH370 har löst sin vårdslöshet ur domstol.