President Cecile Richards berättade för kongressledamöter på tisdagen att hon var "stolt" över att Planned Parenthood donerar fostervävnad för forskning.
Den antiabortgrupp som ligger bakom videofilmerna har hävdat att vårdgivaren tjänar på denna praxis.
Anklagelserna har satt igång ett försök att dra in gruppens federala finansiering.
Ms Richards sade att donation av fostervävnad är lagligt och noterade sin lilla roll i vad Planned Parenthood gör.
Planerat föräldraskap har sagt att det tar ut små avgifter - mellan $ 30 (Â £ 20) och $ 100 - för att täcka bearbetningskostnader, men inte gör en vinst på fosterdonationer.
"Dessa skandalösa anklagelser baserade på videor är kränkande och osanna", sade fru Richards. "Men fakta har aldrig kommit i vägen för kampanjer för att hindra kvinnor från att få vård."
Planerat föräldraskap är en ideell grupp som tillhandahåller reproduktiv hälsovård till mestadels låginkomstländer. Några av dess platser utför aborter.
Federala medel utgör cirka 40 % av dess årliga budget, men federal lag förbjuder finansiering av aborter utom i sällsynta fall.
Konservativa republikaner i kongressen har hotat att stänga regeringen i hopp om att få slut på federalt stöd för planerat föräldraskap.
Republikanska kongressledare har dock motsatt sig en nedläggning och president Obama har lovat att lägga in veto mot alla försök att defundera Planned Parenthood.
Under en utfrågning på tisdagen granskade republikanska lagstiftare organisationens finanser och kritiserade Richards för hennes lön, resebudgetar och organisationens hälsoundersökningar.
Representant Elijah Cummings, demokrat, sade att han var fullt stöd för att hålla organisationen finansierad.
"För många fattiga kvinnor, Planned Parenthood kan vara en av deras enda tjänster inom sjukvård i under- eller landsbygdssamhällen," sade han.
"En stor fråga till mina republikanska kolleger: Vill du verkligen göra det här? Anpassa dig själv med radikala extremister som manipulerar fakta?"
Vissa lagstiftare berättade för Richards att Planned Parenthoods finansiering bör omdirigeras till andra amerikanska sjukvårdskliniker som förmodligen skulle tillhandahålla fler tjänster.
"Räkenskapsägarna... har rätt att veta hur dessa pengar används", sade representant Cynthia Lummis, en republikan från Wyoming.
"De har rätt att veta om skattebetalarnas dollar används för att frigöra tjänster som är avskyvärda tjänster enligt många skattebetalare när det finns alternativ i detta land."
Republikanerna hävdade under utfrågningen att dessa andra vårdcentraler i USA skulle kunna hantera inflödet av patienter om Planned Parenthood förlorade sin finansiering.
Representant Brendan Boyle, demokrat från Pennsylvania, sade att han var oense och att antalet oavsiktliga graviditeter och aborter faktiskt skulle öka om Planned Parenthood upphörde att existera.
Med hänvisning till en undersökning av Congressional Budget Office, sade han att 390.000 kvinnor i USA skulle förlora tillgång till hälso- och sjukvård utan Planned Parenthood.
Både anti-abortaktivister och Planned Parenthood supportrar kunde ses på Capitol Hill på tisdag, med många klädda rosa T-shirts för att visa sitt stöd för Ms Richards organisation.
Chefen för Planned Parenthood har försvarat sin organisation inför kongressen och kallat en serie i hemlighet inspelade videor för en "smärskampanj".