FN säger att vapnen var en del av en legitim sändning för sitt uppdrag i Demokratiska republiken Kongo.
Narkotikatester som utfördes på ett ämne som hittades runt några av FN:s fordon var negativa, sade polisen.
Fordonen tilläts lastas om ombord innan fartyget gick, men polisen har behållit vapnen.
De gevär och raketdrivna granater, som fanns bland de vapen som fanns inuti FN:s fordon, skulle levereras under kenyansk eskort till indiska fredsbevarare i DR Kongo, Mombasa County polischef Francis Wanjohi sade.
Han sade att det skulle vara för farligt för MV Hoegh Transporter att fortsätta sin resa om det var allmänt känt att det fanns vapen ombord, på grund av hotet om piratkopiering.
Skeppet hade seglat från Mumbai i Indien, men dess slutdestination är okänd.
BBC: s Ferdinand Omondi i Mombasa säger den dramatiska midnattsräden på fartyget efter det hade dockat på torsdag kväll involverade flera elit Kenya polisen enheter, inklusive narkotika truppen och brottsutredningen avdelningen.
Hela hamnen stängdes och folk bad att få gå när den genomsökte skeppet, säger han.
FN:s kontor i Nairobi sade att missförståndet om vapnen, som ofta förvarats i fordon för att undvika skador vid transitering, var ett skrivfel.
Det sades att även om vapnen inte hade deklarerats i manifestet, bifogades en separat förklaring som åtföljde de militära fordonen.
En talesman för FN förklarade vidare att nya fordon ofta hade antifuktighetspulver runt däck för långa transporter.
Hoegh Autoliners, fartygets ägare, övervägde att stämma staten för skador och förtal, en advokat som företräder dem i Kenya, sade.
"Scrabaloo var så mycket att göra om ingenting", Cliff Ombeta berättade Kenyas Star tidning.
FN:s uppdrag i Demokratiska republiken Kongo är en av organisationens största fredsbevarande operationer med närmare 20.000 anställda.
Ett norskt fartyg som hållits i Kenyas Mombasahamn i mer än en vecka, misstänkt för att ha fört med sig narkotika och olagliga vapen, har släppts.