Pengar kommer att ges till andra projekt, och potentiellt county fotbollsföreningar, om förändringar inte görs, berättade hon BBC Radio 5 live Sportsweek.
Crouch sa: "Jag är inte blyg att säga till FA "om du inte reformerar dina styrelsestrukturer, kommer jag att ge dessa pengar till andra organ som levererar fotboll."
Hon sa att det styrande organet får 30 miljoner pund till 40 miljoner pund i offentliga medel.
Tidigare denna månad sade FA:s tidigare ordförande David Bernstein att organisationen var "utdaterad" och behövde reformeras.
"Vi har ett enormt problem i det här landet i mitten av den engelska fotbollen. Jag talar om en förlegad struktur som inte är tillräckligt modern och inte tillräckligt oberoende", sade han.
Crouch frågade om hans kommentarer och svarade: " Jag delar Davids besvikelse. Det är därför vi har klargjort att alla idrottsstyrande organ måste reformera sina styrkoder.
"FA är inte uteslutet från det, och om de inte gör det, kommer de inte att få offentliga medel. Så enkelt är det."
I en rapport från Commons Culture, Media and Sport Committee 2013 efterlystes reformer i engelsk fotboll - och beskrevs frågor inklusive ekonomisk förvaltning samt maktbalansen mellan Premier League och FA.
Crouch sade att det var ett bra arbete som utförs av föreningar chefer men problem kretsade kring FA-rådet, som har 124 valda medlemmar.
"Om det inte finns något som helst drag, och för närvarande ser vi ingenting från FA i termer av framsteg, de är sannolikt att förlora vissa offentliga pengar eller det kommer att gå någon annanstans i leveransen av fotboll," tillade hon.
FA avböjde att kommentera, även om en källa betonade att det är en icke-vinstdrivande organisation med statlig finansiering plöjd i gräsrotsfotboll.
FA kan förlora miljontals pounds av finansiering om det inte reformeras, säger idrottsminister Tracey Crouch.