Australien media rapporterade att Stephen Bradys partner på 32 år var utestängd från en flygplatshälsningsfest.
Peter Stephens lär ha blivit tillsagd att "vänta i bilen" i stället för att gå med Brady på asfalten för att träffa Abbott.
Daniel Brady erbjöd sig att avgå efter att ha ignorerat instruktionerna, som Abbott sade inte kom från honom.
Händelsen inträffade i april, då Abbott flög till Paris från Turkiet där han hade markerat Anzac Day.
Han reste inte med sin hustru, så enligt ett normalt diplomatiskt protokoll skulle den mottagande ambassadören förväntas välkomna honom utan sin partner också.
Premiärministern sa att han hade varit "mycket glad att träffas av ambassadör Brady och hans partner när han kom till Paris förra månaden".
Abbott sade i onsdags att det fanns "någon fråga på nivån för yngre tjänstemän och jag bryr mig inte om dessa saker".
Han sade att mr Brady var "en utmärkt tjänare i Australien, en verkligt fin tjänare i Australien. Han är en vän till mig, har alltid varit och vad mig anbelangar kommer alltid att vara".
Oppositionsledaren Bill Shorten sade emellertid att om betänkandet var sant så förtjänar Brady och Stephens "en ursäkt".
Australien har till stor del progressiva attityder till homosexualitet även om det inte tillåter samkönade äktenskap.
Parlamentet röstade ned ett lagförslag för att legalisera det 2012, och Abbott har uttryckt personligt motstånd.
Tidigare i veckan samlades några av Australiens främsta företagsledare för att kräva jämställdhet i äktenskapet.
VD för nationella flygbolaget Qantas, Alan Joyce - som själv är gay - sade att det skulle visa unga homosexuella australiensare att "de inte på något sätt andra klassens medborgare".
Australiens premiärminister Tony Abbott har avfärdat som "trivia" en medierad över behandlingen av gay partner till sin ambassadör i Frankrike.