Saints chef för rugby Jim Mallinder bekräftade nyheten efter hans sidas 25-23 nederlag vid London Irish.
England internationella Brookes, 25, opererades på torsdag efter att ha lidit en skada mot Racing 92 i European Champions Cup.
"Det är ett stort slag för oss eftersom han har spelat bra hela säsongen och kommer att vara ute ganska länge," Mallinder sade.
Brookes, 15 gånger per land, går med i Alex Corbisiero på Northamptons skadelista.
Hooker Dylan Hartley återvände för Saints på Madejski Stadium på Boxing Day, varar 60 minuter i sitt första framträdande sedan 7 November efter att ha återhämtat sig från hjärnskakning.
Northampton prop Kieran Brookes är inställd på en förlängd förtrollning på sidlinjen efter en operation på hans knä.