Nigel Wilson, 42 år, från Bingham, nära Nottingham, framträdde vid Westminster Magistrates' Court anklagad för 17 överträdelser av flygnavigeringsordern.
Det är det första åtalet av sitt slag i England att följa en polisledd utredning.
Mr Wilson erkände två saker, men kommer att ställas inför rätta för de återstående 15.
Mr Wilson, från Rockingham Grove, medgav två saker om att inte upprätthålla visuell, obeväpnad kontakt med ett obemannade övervakningsflygplan för att övervaka dess flygbana.
De relaterar till händelser över norra stranden av floden Thames den 27 september och under Manchester City mot Tottenham Hotspur på Etihad Stadium, Manchester den 18 oktober.
Han nekade andra avgifter för att flyga ett "litet obemannade övervakningsflygplan" utan tillstånd under fotbollsmatcher på olika grunder.
De inkluderade Arsenal's Emirates Stadium, Liverpool's Anfield mark samt Nottingham Forest's City Ground, Derby Countys iPro stadion och King Power Stadium i Leicester.
Åtalet hävdar också att han bröt mot reglerna genom att inte upprätthålla direkt visuell kontakt med drönaren när han flög den nära landmärken, inklusive Buckingham Palace och Palace of Westminster.
Majoriteten av brotten sägs ha inträffat i september förra året.
Åklagare Edward Aydin sade: " Detta var oerhört hektiskt.
"Polisens och luftfartsmyndighetens rädsla är att den [drönaren] kommer att falla ner från himlen och träffa någon."
Den civila luftfartsmyndigheten förde framgångsrikt två liknande ärenden till domstol under 2013 och 2014.
Detta är dock första gången någon har åtalats av kronåklagaren efter en polisoperation.
Mr Wilson ska infinna sig vid samma domstol på fredag så att ett datum för hans rättegång kan fastställas.
En man som påstås ha flugit en kameradrönare över packade fotbollsarenor och Londons turistattraktioner har dykt upp i rätten.