Utrikesdepartementet sade att Mr Comey hade föreslagit i en artikel i Washington Post att vissa polacker var medbrottslingar.
Efter kallelsen USA: s sändebud Stephen Mull sade han gjorde det klart att USA trodde att "Nazi Tyskland ensam" var ansvarig.
Sex miljoner polska medborgare dödades av nazisterna under andra världskriget, av vilka hälften var judar.
I artikeln i Washington Post på torsdag, som syftade till att höja utbildningen om förintelsen, skrev Mr Comey: " I deras sinnen gjorde mördarna och medbrottslingarna i Tyskland, Polen och Ungern, och så många, många andra platser inte något ont.
"De övertygade sig själva om att det var det rätta att göra, det de var tvungna att göra."
Orden gav upphov till en storm av protester i Polen.
President Bronislaw Komorowski berättade för den polska televisionen att kommentarerna var "olyckliga för tusentals polacker som hjälpte judar".
Premiärminister Ewa Kopacz sade: " För dem som inte kan presentera den historiska sanningen på ett ärligt sätt vill jag säga att Polen inte var en förövare utan ett offer för andra världskriget. Jag skulle förvänta mig fullständig historisk kunskap från tjänstemän som talar i frågan."
Ambassadör Mull, som på söndagen närvarade vid ceremonier som markerade den 72:a årsdagen av Warsaw Ghetto-upproret mot nazisterna, sade att varje antydan om att "Polen, eller andra länder än Nazityskland, bär ansvaret för Förintelsen, är ett misstag, skadligt och kränkande".
Efter söndagens kallelse tillade han: " Jag klargjorde att uppfattningen att Polen på något sätt är ansvarigt för Förintelsen inte är Förenta staternas ståndpunkt.
"Det är bara Nazityskland som bär ansvaret. Nu har jag mycket arbete framför mig för att ställa saker och ting till rätta i den här situationen."
Men Mull sade också att han ansåg att det bredare budskapet i artikeln var att många människor antingen hade hjälpt nazisterna eller inte gjort tillräckligt för att bemöta grymheterna, även i USA.
Washington Post i söndags publicerade en kolumn som kritiserade Comeys kommentarer.
Nazisterna drev dödsläger i Polen under den brutala ockupationen 1939-45.
Rättning 20 April 2015: I en tidigare version av denna rapport, kommentarer från den polska ambassadören i Washington felaktigt tillskrivs Stephen Mull.
Polen har kallat USA:s ambassadör och begärt en ursäkt över kommentarerna om Förintelsen av FBI:s direktör James Comey.