Lagförslaget mot praktiken, som syftar till att "bota" en icke-heterosexuell person av deras sexualitet, röstades igenom enhälligt.
Enligt den nya lagen ska alla som försöker "ändra, undertrycka eller eliminera en persons sexuella läggning, könsidentitet och/eller könsuttryck" bötfällas eller till och med fängslas.
Professionella kommer att drabbas av hårdare böter på upp till 10 000 euro (8 450 pund/$10,700).
De skulle också kunna fängslas i upp till ett år, enligt Malta Today.
Lagförslaget slår också fast att "ingen sexuell läggning, könsidentitet eller könsuttryck utgör en störning, sjukdom eller brist av något slag".
Malta utsågs 2015 till det bästa europeiska landet för hbtq-rättigheter av påverkansgruppen ILGA-Europe.
Gay conversion terapi har i allt högre grad kommit i fokus under de senaste åren, men är fortfarande mer populärt i USA än i Europa.
Dess anhängare hävdar att det använder vanliga psykoterapeutiska och rådgivningstekniker så att människor kan ändra eller minska sina "homosexuella tendenser" av egen fri vilja.
Men Världs Psykiatriförbundet har kritiserat denna sedvänja som oetisk, ovetenskaplig och skadlig för dem som genomgår den.
För två år sedan undertecknade NHS England och Royal College of Psychiatrists - tillsammans med 12 andra organisationer i Storbritannien - ett avtal som kallade det "potentiellt skadligt och oetiskt".
Det har också förbjudits minderåriga på flera ställen i USA, däribland Kalifornien och Illinois.
Malta har blivit det första europeiska landet som förbjuder gaykonverteringsbehandling.