Länken föreslås av en studie av 19.000 kvinnor i USA som tillfrågades om sin kost under året som ledde fram till graviditeten.
En hälsosam kost var en med gott om färsk fisk, frukt, nötter och grönsaker.
Gravida kvinnor och kvinnor som försöker bli gravida rekommenderas redan att ta vissa kosttillskott.
Experter rekommenderar folsyra för att minska risken för andra fosterskador som spina bifida och vitamin D för friska ben och tänder.
I England ger regeringens Healthy Start-program kuponger för gravida kvinnor som kan användas för att köpa mjölk och grönsaker.
I studien, publicerad i Archives of Diseases in Childhood Fetal & Neonatal Edition, fick hälften av kvinnorna barn med hjärtproblem medan den andra hälften inte fick det.
När forskarna jämförde kosten för dessa två grupper fann de en sundare maternell kost förknippades med en lägre risk för medfödda hjärtfel.
Gravida kvinnor i topp 25% (kvartil) av kostkvalitet, hade en lägre risk att få ett barn med vissa hjärtfel - förmaks- septal defekter och tetralogi av Fallot - än de i botten 25%, även efter att ha redovisat andra faktorer som om modern tog folsyra eller var rökare.
Medfödd hjärtsjukdom är en av de vanligaste typerna av födseldefekt, som drabbar upp till nio av 1.000 spädbarn födda i Storbritannien.
Milda defekter, till exempel hål i hjärtat, behöver ofta inte behandlas, eftersom de kan förbättras på egen hand och inte orsaka några ytterligare problem. Men andra kan vara allvarligare och vissa dödliga.
I de flesta fall har något gått fel i fostrets tidiga utveckling. Vissa hjärtåkommor beror på defekta gener eller kromosomer. Men ofta är det oklart varför barnets hjärta inte har utvecklats normalt, säger British Heart Foundation (BHF).
Victoria Taylor, förste dietist vid BHF, sade: " Detta är en intressant studie som belyser vikten av kost redan från livets början.
"En hälsosam kost före, under och efter graviditeten kan ha fördelar för både mor och barn och, som vi ser här, bör hela kosten beaktas, snarare än att enbart fokusera på enskilda näringsämnen.
"Att äta bra är inte ett garanterat sätt att undvika medfödda hjärtfel, men detta kommer att vara en annan faktor som kommer att motivera kvinnor att planera en graviditet för att göra hälsosamma val."
Kvinnor som äter hälsosamt före och under graviditeten kan minska risken för att deras barn utvecklar ett hjärtproblem, tror forskarna.