Den japanska biltillverkaren sade att den hade stängt av sina globala och japanska platser tidigt på onsdagen efter att de hade bombarderats med trafik.
Hacktivister kopplade till Anonyma kollektivet har tagit på sig ansvaret. De twittrade attacken var "straff" för Japans dödande av valar och delfiner.
Nissan har sagt att den inte har någon uppfattning om sådana jaktaktiviteter.
Under de senaste veckorna har Anonymy slagit mot den japanska presidentens och andra myndigheters webbplatser i protest mot djurens död.
Detta följer relaterade cyberattacker mot isländska institutioner i november som en del av samma OpWhales kampanj, vilket resulterade i att de flesta av landets statliga webbplatser gjordes otillgängliga i cirka 13 timmar.
En av hackers som hävdar ansvar för attackerna förklarade varför Nissan hade blivit måltavla.
"De är ett stort företag i Japan, och vi har riktat stora företag att sprida medvetenhet om dödandet [av delfiner] i viken i Taiji eftersom de japanska nyheterna censurerar det," sade han.
"Som en anteckning för Nissan, vi är inte ute efter att skada dina kunddata eller systemdata."
Anfallet sammanfaller med Detroit Auto Show, där Nissan presenterade en koncept pickup van på tisdag.
Företagets amerikanska och europeiska webbplatser är fortfarande online.
"På Nissan, kundintegritet och säkerhet är av yttersta vikt, och vi tar alla potentiella hot mot våra informationssystem på allvar," sade en talesman.
"På grund av en potentiell distribuerad överbelastning [DDoS] attack, vi tillfälligt avbryta tjänsten på våra webbplatser för att förhindra ytterligare risker.
"Nissan övervakar kontinuerligt och vidtar aggressiva åtgärder för att säkerställa skyddet av våra informationssystem och alla våra data."
Två av Nissans viktigaste webbplatser har drivits offline av en cyberattack.