Europeiska kommissionens ordförande José Manuel Barroso har sagt att det skulle vara "extremt svårt, om inte omöjligt" för Skottland att ansluta sig.
Jim Currie, tidigare generaldirektör för Europeiska kommissionen, sade att Skottland hade rätt till medlemskap.
Currie vittnade för det skotska parlamentets Europautskott.
Han varnade också för att det skulle kunna bli tuffa förhandlingar om Skottlands andel av Storbritanniens EU-undantag, i händelse av en ja-omröstning i folkomröstningen den 18 september.
Currie sade: "Vi skulle tala om ett territorium som för närvarande är en del av en fullvärdig medlemsstat.
"Vi har att göra med människor som skulle ha vissa rättigheter som EU-medborgare och som skulle vara mycket svårt att ta bort, och ingen skulle vilja det.
"Slutsatsen för mig är att det skulle hanteras på ett pragmatiskt sätt, och det skulle innebära oundvikliga förhandlingar som skulle vara ganska tuffa."
Jacques Barosso har sagt att han tvivlade på att Skottland skulle kunna få alla EU:s 28 medlemsländers samtycke, vilket skulle vara ett krav för inresa.
Han berättade tidigare för BBC: s Andrew Marr show: "Vi har sett att Spanien har motsatt sig till och med erkännandet av Kosovo, till exempel, så det är i viss mån ett liknande fall eftersom det är ett nytt land och så jag tror att det kommer att bli extremt svårt, om inte omöjligt, en ny medlemsstat som kommer ut från ett av våra länder för att få en överenskommelse med det andra."
I en kommentar till Jacques Barossos ord sade Currie: "Det uttalande han gjorde var oerhört oförståndigt och jag anser också att det var felaktigt."
Han tillade att han ansåg att "Kosovo var ett olyckligt exempel" för Europeiska kommissionens ordförande att använda.
Spanien har sett en dramatisk ökning av stödet för katalanskt oberoende under de senaste åren, vilket har lett till spekulationer om att Madrid skulle kunna motsätta sig Skottlands EU-medlemskap eftersom landet inte vill uppmuntra rörelsen i Katalonien.
Den spanska regeringen har dock inte antytt att så skulle vara fallet.
Påståenden om att ett oberoende Skottland kanske inte skulle kunna ansluta sig till EU var "oförståndiga och felaktiga", har en före detta högt uppsatt europeisk tjänsteman sagt.