Sju separata misslyckanden drabbade sydöstra passagerare genom London Bridge, som sedan skapade överbefolkning vid Victoria och Kanada Water.
Network Rail and Transport for London bad kunderna om ursäkt när de sa att kabelskador och signalproblem hade orsakat förseningar.
De flesta felen reparerades av 08:00 BST.
Poäng problem ledde till avstängningar på distrikt, Circle och Hammersmith och stadslinjer.
Överskridande ingenjörsarbete och signalproblem resulterade i förseningar på upp till 90 minuter för passagerare som använder London Bridge.
Det är det senaste i en rad problem på stationen.
På Tube, ett signalfel, vid Edgware Road i nordvästra London, resulterade i en delpensionering av distriktslinjen samt allvarliga förseningar på andra.
Sasha Simic, som var fast i avbrottet, twittrade: "Nattmare måndag för pendlare efter tunnelbanan lider allvarliga förseningar."
En annan passagerare, Warren Geraghty, twittrade: " Fördröjer in och ut från Paddington. Tube har "allvarliga förseningar". Jag tror att mina pendlande dagar närmar sig sitt slut! "
Både Network Rail och Transport för London bad kunderna om ursäkt.
En talesman för Network Rail sade: " Orsakerna var en blandning av kabelskador, komponent- och tillgångsfel.
"Många av dessa fel reparerades före 8 på morgonen, men då skadades och tågen blev kraftigt försenade till följd av detta."
Rush hour resenärer har haft en "nattväkt måndag" pendla över London efter en rad orelaterade tåg och Tube tåg förseningar.