Han tar över efter Caroline Wyatt, som avgår efter att ha fått diagnosen multipel skleros.
Bashir, som senast arbetade för BBC 2004, är också känd för TV-intervjuer med misstänkta i mordet på Stephen Lawrence.
Han sa att han "kan inte vänta med att komma igång" i rollen.
Som korrespondent kommer han att ta upp händelser och analysera frågor som påverkar olika trosriktningar både i Storbritannien och runt om i världen.
BBC:s nyhetschef Jonathan Munro sade: "Martins meritlista inom företagsam journalistik är välkänd och respekterad i branschen och bland våra åhörare.
"Som teologie student kommer Martin att föra med sig enorm kunskap om sin nya roll och en entusiasm för att täcka den bredaste bredden av trosbaserade berättelser."
Bashir sade: " Det gläder mig att få komma tillbaka till BBC vid denna tid och inom detta ämnesområde. Möjligheten att täcka det breda spektrumet av religiösa angelägenheter är utmanande och övertygande och jag längtar efter att komma igång."
Han arbetade först som en BBC nyhetskorrespondent från 1987 till 1992, och sedan gick han med Panorama. Han var där fram till 1999 och presenterade även BBC Radio 4s söndagsprogram fram till 2004.
Han arbetade för Ikväll på ITV innan han flyttade till USA 2004 för att vara värd för ABC Nightline program. År 2010 gick han med i NBC News som ett MSNBC ankare och en korrespondent på NBC: s Dateline program.
Han avgick 2013 från MSNBC efter att ha gjort kontroversiella kommentarer om den tidigare vicepresidentkandidaten Sarah Palin i USA.
Det var under sin intervju med Bashir 1995 som Diana, prinsessan av Wales, erkände att hon hade en affär och även talade om Prins Charles förhållande till dåvarande Camilla Parker-Bowles.
"Det var tre av oss i detta äktenskap, så det var lite trångt", berättade hon Bashir på Panorama, i ett program som övervakas av miljontals globalt.
1999 intervjuade han fem män misstänkta för inblandning i mordet på Stephen Lawrence.
År 2003 intervjuade han också Michael Jackson för sin kontroversiella dokumentär, Living with Michael Jackson, som ledde till att popstjärnan åtalades för att ha förgripit sig på en av pojkarna i programmet.
Jackson frikändes senare efter att ha befunnits inte skyldig till alla anklagelser, i slutet av sin fyra månader långa barnmisshandelsprövning.
Följ oss på Twitter @BBCNewsEnts, på Instagram, eller om du har ett storyförslag e-postunderhållning.news@bbc.co.uk.
Journalisten Martin Bashir, känd för sina intervjuer med prinsessan Diana och Michael Jackson, återförenas med BBC som sin religionskorrespondent.