Rebellerna, kända som Roman Ruiz, ledde den 18:e divisionen av Farc, som verkar i nordvästra Colombia.
Bombningen var den senaste i en serie attacker på Farc av colombianska säkerhetsstyrkor.
De båda sidorna för fredsförhandlingar men har inte enats om ett eldupphör.
Den colombianska flygvapnet sa att den bombade en rebellposition nära staden Riosucio i nordvästra Choco provinsen på måndag.
Källor i säkerhetsstyrkorna berättade senare för lokala medier att bland dem som dödades i razzian var Alfredo Alarcon Machado, mer känd av hans alias, Roman Ruiz.
Ruiz har emellertid rapporterats ha dödats en gång tidigare.
Förra året meddelade källor inom säkerhetsstyrkorna att han hade dödats, bara för att chefen för polisen skulle förneka det senare.
Ruiz tros vara pastor Alapes högra hand, som ingår i Farc-teamet som förhandlar med den colombianska regeringen i fredssamtal i den kubanska huvudstaden Havanna.
Omkring 40 Farc-rebeller har dödats sedan säkerhetsstyrkorna återupptog sina bombräder.
President Juan Manuel Santos gav order om återupptagandet efter att 11 soldater dödades den 15 april i ett bakhåll från Farc i sydvästra Caucaprovinsen.
Attacken mot soldaterna orsakade upprördhet i Colombia, och många ifrågasatte rebellernas engagemang i fredssamtalen.
Farc hade förklarat ett ensidigt eldupphör i december som ett tecken på sitt engagemang i samtalen.
Det hävdade att bakhållet i Cauca hade varit en "försvarsåtgärd" som dess rebeller hade vidtagit när de utsattes för påtryckningar från säkerhetsstyrkorna.
När fredssamtalen officiellt inleddes i november 2012 uteslöt president Juan Manuel Santos ett eldupphör och hävdade att gerillan hade använt dem under tidigare förhandlingar för att omgruppera och återbeväpna sig.
I mars i år beordrade han dock att bombräderna skulle upphöra.
Fredssamtalen har pågått i två och ett halvt år, under vilka de två sidorna hittills har nått en överenskommelse om tre frågor på deras fempunktsagenda.
Uppskattningsvis 220.000 människor har dött under ett halvt århundrade av väpnade konflikter i Colombia.
November 2012 - Formella fredssamtal börjar i den kubanska huvudstaden Havanna mellan den colombianska regeringen och Farc.
Maj 2013 - En överenskommelse nås om markreform, en av de mest omtvistade frågorna. Det kräver rättvis tillgång till mark och landsbygdsutveckling, två huvudorsaker till konflikten.
November 2013 - De två sidorna är eniga om Farcs politiska deltagande om ett fredsavtal skulle nås.
Maj 2014 - Båda parter lovar att eliminera all olaglig narkotikaproduktion i Colombia.
December 2014 - Farc förklarar ett ensidigt eldupphör.
Mars 2015 - Båda sidor går med på att arbeta tillsammans för att ta bort landminor. Colombia är ett av de mest minerade länderna i världen.
April 2015 Regeringen återupptar flyganfall efter Farc dödar 11 soldater i bakhåll.
Maj 2015 Farc avbryter sitt ensidiga eldupphör efter regeringens militära operation dödar 26 rebellstridande.
Vad står på spel i Colombias fredsprocess?
En befälhavare för Colombias största rebellgrupp, Colombias revolutionära väpnade styrkor (Farc), var bland fem rebeller som dödades i en bombräd på måndagen, säger den colombianska militären.