Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
I en rapport föreslås att Bournemouth, Chelsea och Watford kanske inte uppfyller ett löfte om att uppfylla normerna senast i augusti 2017.
Det betonade klubbar har "arbetat hårt på leverans" sedan en 2014 BBC rapport fann att 17 av 20 klubbar inte gav tillräckligt med rullstolsutrymmen.
Men kampanjdeltagarna har kritiserat misslyckandet med att uppfylla de normer som fastställts.
"Tiden för ursäkter är över", sade David Isaac, ordförande för jämställdhets- och människorättskommissionen.
"Premiärförbundet lovade att funktionshindrad tillgång skulle förbättras i början av nästa säsong, så det är en besvikelse att ett antal klubbar kommer att misslyckas med att uppfylla denna deadline.
"Klubbarna måste omgående visa oss vad de gör för att se till att de är förenliga med lagen och hur de gör det lättare för funktionshindrade fans att delta i matcher. Om de inte gör det kommer de att ställas inför rättsliga åtgärder."
Premier Leagues rapport kommer efter MPs hävdade förra månaden att top-flight klubbar prioriterade finansiering över att förbättra tillgången och uppfylla Accessible Stadia riktlinjer.
I rapporten från utskottet för kultur, media och idrott sades det att klubbarna bör ställas inför rättsliga åtgärder om de inte uppfyller de grundläggande behoven hos funktionshindrade fans.
Premier Leagues styrelse kan ålägga böter på upp till 25 000 pund, medan fall av allvarliga överträdelser skulle hänskjutas till en oberoende panel - som skulle kunna ålägga strängare böter eller till och med dra av poäng.
Bournemouth har 195 inaktiverade fläktutrymmen men inte den standard som krävs. Men de äger inte sitt Vitality Stadium hem och klubben säger att arenans lilla storlek gör det svårt att följa riktlinjerna. Den planerar att gå över till en större mark under de kommande åren.
Chelsea har 128 platser för funktionshindrade fans, mot en rekommenderad 214. Klubben siktar på att flytta till en ny 60 000-tals plats stadion och säger att under tiden det kommer att samråda med funktionshindrade fans.
Watford har plats för 61 funktionshindrade fans, men bör ge 153. Det kommer att ha fler rullstolsutrymmen i augusti men säger att det står inför arkitektoniska utmaningar och syftar till att göra andra förbättringar för att öka matchday erfarenhet av funktionshindrade fans.
Burnley, Middlesbrough och Hull fick förlängningar till 2018 för att uppfylla riktlinjestandarderna eftersom de bara marknadsfördes förra sommaren.
– Före detta förbundsklubbar har inlett ett omfattande arbetsprogram och snabba framsteg har gjorts. De förbättringar som gjorts saknar motstycke i fråga om omfattning, omfattning och tidpunkt för alla grupper av idrottsplatser eller andra nöjesställen i Förenade kungariket.
"Med tanke på de olika tidsåldrarna och arten av stadia, vissa klubbar har, och fortsätter att möta, betydande utmaningar. För dessa klubbar är kostnaden inte en avgörande faktor.
"De arbetar genom frågor som rör planering, hur man hanterar nya stadion utvecklingsplaner, hur man bäst hantera fläkt störningar eller, i fall där klubbar inte äger sina egna grunder, hantera tredje part.
"Klubbarna förtjänar äran för att ha engagerat sig i och levererat det omfattande arbete som beskrivs i denna delårsrapport. Vad som också står klart är att ännu större framsteg kommer att göras när det gäller att skapa lämpliga tillträdesnivåer för funktionshindrade fotbollsfans före vår egen deadline i augusti 2017.
"Bortom detta datum kommer klubbarna att fortsätta att engagera sig med sina funktionshindrade fans och förbättra sina proviant under de kommande månaderna, åren och därefter."
2014: En BBC undersökning visar att 17 av de 20 klubbarna i toppflygningen vid den tidpunkten hade misslyckats med att ge tillräckligt med rullstolsutrymmen.
September 2015: Premier League lovar att förbättra stadion anläggningar för funktionshindrade fans, säger att klubbar skulle följa officiell vägledning senast augusti 2017.
September 2016: Kampanjer säger att upp till en tredjedel av klubbarna kommer att missa tidsfristen för att uppfylla grundläggande tillträdesnormer.
Oktober 2016: Ledande funktionsnedsättningskämpe Lord Holmes talar om för parlamentsledamöter att rättsliga åtgärder mot klubbar och Premier League förblir ett alternativ om normerna inte uppfylls.
Januari 2017: En rapport från parlamentsledamöter säger att vissa klubbar kan drabbas av sanktioner eftersom de inte gör tillräckligt. Manchester United, Liverpool och Everton tillkännage planer på att utveckla sina grunder för att ta emot fler funktionshindrade supportrar.
1 februari 2017: En Premier League-rapport beskriver det detaljerade arbete som klubbarna gör för att se till att de uppfyller riktlinjerna men tillägger att tre klubbar kommer att missa målet från augusti 2017.
Minst tre klubbar riskerar att missa en självpåtagen deadline för att förbättra tillgängligheten för funktionshindrade fans, har Premier League sagt.