Kapten John Rankin fick Doonhamers av till den perfekta starten med en sjunde minuts öppnare från kanten av området.
Derek Lyle vände sig sedan in från nära håll efter ett hörn.
Jean-Yves Mvoto gav Rovers hopp med en 61-minuters rubrik men John Hughes sida kunde inte hitta en väg tillbaka.
Hem målvakt Lee Robinson gjorde ett par bra räddningar för att förneka Rovers midfielder Chris Johnston, innan Ryan Hardie snuddade chansen att nivå när hans header rensat crossbaren.
Matchen slutar, drottning av södra 2, Raith Rovers 1.
Andra halvlek, drottning av södra 2, Raith Rovers 1.
Försök missade. John Rankin (Sydlig drottning) vänster fotade skott från utsidan lådan är hög och bred till vänster från en direkt frispark.
Jim Atkinson (Söderns drottning) vinner en frispark i defensiven.
Foul av Iain Davidson (Raith Rovers).
Substitution, drottning av Södern. Ross Fergusson ersätter Stephen Dobbie.
Iain Davidson (Raith Rovers) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Iain Davidson (Raith Rovers).
Kyle Jacobs (Söderns drottning) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Jason Thomson (Raith Rovers).
Lyndon Dykes (Söderns drottning) vinner en frispark på höger flygel.
Försök missade. Declan McManus (Raith Rovers) höger fotade skott utanför lådan är bara lite för hög.
Försöket räddades. Darren Brownlie (Söderns drottning) header från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Hörnet, söderns drottning. Förföljd av Declan McManus.
Substitution, drottning av Södern. Daniel Carmichael ersätter Dom Thomas.
Försök missade. Ryan Hardie (Raith Rovers) header från mitten av lådan är bara lite för hög.
Försöket räddades. Chris Johnston (Raith Rovers) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Försöket räddades. Declan McManus (Raith Rovers) höger fotade skott från utsidan boxen sparas i toppen av målet.
Hörnet, söderns drottning. Förföljd av Declan McManus.
Försök blockerat. Dom Thomas (Söderns drottning) vänster fotade skott utanför lådan är blockerad.
Foul av Ross Callachan (Raith Rovers).
Kyle Jacobs (Söderns drottning) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Craig Barr (Raith Rovers).
Lyndon Dykes (Söderns drottning) vinner en frispark i anfallshalvan.
Iain Davidson (Raith Rovers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Stephen Dobbie (Söderns drottning).
Substitution, Raith Rovers. Chris Johnston ersätter Ryan Stevenson.
Foul av John Rankin (Söderns drottning).
Mark Stewart (Raith Rovers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Försöket räddades. Dom Thomas (Söderns drottning) vänster fotade skott från vänster sida av lådan sparas i mitten av målet.
Hörnet, söderns drottning. Förföljd av Jean-Yves Mvoto.
Substitution, drottning av Södern. Lyndon Dykes ersätter Derek Lyle.
Hörnet, Raith Rovers. Förföljd av Darren Brownlie.
Foul av Dom Thomas (Söderns drottning).
Declan McManus (Raith Rovers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Stephen Dobbie (Söderns drottning).
Kyle Benedictus (Raith Rovers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Substitution, Raith Rovers. Declan McManus ersätter Jordan Thompson.
Substitution, Raith Rovers. Ryan Hardie ersätter Bobby Barr.
Hörnet, söderns drottning. Förföljd av Craig Barr.
Drottningen av Södern höll sina smala play-off förhoppningar levande med en seger mot Raith Rovers, som förblir utan vinst i 16 matcher i alla tävlingar.