Polisen säger att orsaken till mordet på Junaid Khan - där hans tre syskon också skadades av den knivvridande maffian - främst berodde på en rad över sätesutrymme på tåget.
Men en man som arresterades för att vara en del av pöbeln sade på TV att han var goaded in i det av andra eftersom muslimer åt nötkött.
Shaqir, en av de överlevande bröderna, berättade för journalisterna på sjukhuset att angriparna "klämde våra skallar, drog i min brors skägg, slog oss och hånade oss om att äta nötkött".
Under Narendra Modis hinduiska nationalist BJP har kossan blivit ett polariserande djur och religiösa uppdelningar vidgas. Restriktioner för försäljning och slakt av kor underblåser förvirring och vaksamhet.
För två år sedan dödade en pöbelhop lantarbetaren Mohammed Akhlaq över "rumours" som hans familj hade lagrat och ätit nötkött.
Vigilante koskyddsgrupper, som ostraffat opererar, har dödat människor för att transportera boskap. Muslimska män har lynchats av hinduiska pöbelhopar, mestadels i BJP-härskade stater, för att ha lagrat nötkött och, i ett fall, för att hjälpa en blandad tro par elope.
Många undrar om Indien är på väg mot en "mobokrati" under herr Modis uppsikt. De ifrågasätter också premiärministerns tystnad över morden.
Det finns en känsla av ett snabbt sammanbrott av lag och ordning när det gäller att skydda minoriteter.
Polisen på järnvägsstationen i BJP-styrd Haryana misslyckades med att rädda tonåringen på fredag. Den lokale polischefen sade till tidningen The Times of India att de inte kunde rädda pojken på grund av folkmassan.
"Såna saker händer. Närhelst det är ett upplopp eller slåss sådana saker händer och folk säger vissa gemensamma saker men vi kan inte göra något, "sade han.
Chefsministern i BJP-härskade Rajasthan, där 55-årige mjölkbönder Pehlu Khan lynchades i april, framförde kondoleanser över hans "demos" utan att nämna det faktum att han hade blivit mördad. En BJP lagstiftare sade att han hade "ingen ånger" över mordet eftersom Khan var en "ko-smugglare".
Maffiamorden har fått dåligt rykte både för hinduismen och mr Modis regering.
"Indien glider bortom det bleka." Det är ofattbart att den uråldriga hinduiska skräcken över att ta livet, vilket liv som helst - samma lära om ahimsa, eller icke-våld, som styrde tron hos män som Mahatma Gandhi och pastor Martin Luther King Jr - i vår tid bör användas som en motivering för mord, "betecknade författaren Aatish Taseer, skriver i The New York Times.
Tidskriften Economist har föreslagit att under Modi-debatten om de gemensamma förbindelserna har "atrofierat".
Men Indiens ledande byråkrat med ansvar för lag och ordning, Rajiv Mehrishi, har istället anklagat media för att "överrapportera" incidenterna.
"Jag tror inte att det [hatbrott] är nytt i Indien. Det är feodalt till sin natur. Idag skakar de samvetet. Man kan inte säga att lynchning eller hatbrott är något nytt. Jag tror att de är över hyped och över rapporteras, "sade han.
Förvisso är hatbrott inte något nytt för Indien. Våldskrisen är inte heller unik för landet - många pekar på USA, där det finns en hög grad av vapenbrott.
Och lynchning av pöbeln är inte heller något nytt för Indien. Hundratals människor - mer än 630 enbart mellan 1982 och 1984 - mördades av pöbelhopar under det tre decennier långa kommunistiska styret i Västbengalen. Den hänsynslösa vaksamheten skylldes delvis på politiskt förtryck och förfärlig lag och ordning. Det är intressant att lägga märke till att allmänheten inte var särskilt upprörd.
På dagen av Junaid Khans dödande, en Muselman polis var slagen till död av en Muselman pöbel utanför den huvudsakliga moskén i Srinagar, den sommar huvudstad av indisk-administrerad Kashmir.
Tidigare denna månad påstods en muslimsk aktivist ha mördats av övernitiska regeringstjänstemän efter att han protesterade mot att de tog bilder av kvinnor som avskydde öppet.
Indien har ett falskt rykte när det gäller religiöst våld. Den rankas som fjärde sämsta i världen för religiös intolerans, enligt en nyligen genomförd analys av Pew Research Centre.
Kvinnor stämplas rutinmässigt som häxor och lynchas till döds för egendom i stora delar av landet. Det finns också en hög andel våld i hemmet.
Men problemet med Modis regering, säger många, är att den betraktas som ineffektiv - eller ovillig - att tygla sig i de busiga hinduiska pöbelhoparna.
Det är, enligt sociologen Shiv Visvanathan, en "politik av otrygghet och ångest" som leder till anarki även när "staten ser lynchning som ett skådespel".
Många undrar om Indien stirrar in i en farlig avgrund när en regering med majoritet ledd av en mäktig ledare vägrar att fördöma hatbrott och ett stort antal medborgare håller tyst eller verkar stödja den privat.
En advokat twittrade om att han hade " familjeäldste som understödde [lynchningarna]. Tog mig stor självbehärskning för att undvika ilska".
Varför råder det brist på upprördhet utanför en handfull journalister, lärare och aktivister? Har de flesta indianer blivit försäkrade om våld och intolerans?
På onsdag planeras landsomfattande protester mot sådana "riktade" mord.
Vad många indier som väljer att tiga inte inser är att småskaligt och storskaligt våld är intimt sammankopplat. Att fortsätta med hatbrott kan lätt leda till mer omfattande våld.
"Varje våldshandling som du tolererar utan protest, tar det ett steg närmare din dörr. Det är därför att man tolererar litet våld som det blir möjligt med stort våld, skriver Sudipta Kaviraj från Columbia University.
Det är en varning Indien ignorerar om och om igen.
På torsdag en 15-årig muslimsk pojke, återvänder hem från Eid shopping med sina tre bröder, dödades i ett brutalt angrepp av en pöbelhop av cirka 20 män på ett tåg i den nordindiska staten Haryana.