Teamet kommer att få tillgång till alla vittnen till attacken, men Press Trust of India nyhetsbyrån sade att de inte skulle kunna intervjua säkerhetspersonal.
Indien anklagade Pakistan-baserade gruppen Jaish-e-Mohammad för att utföra angreppet i januari.
Sju indiska soldater och sex militanta dödades i attacken.
Detta är första gången som pakistanska underrättelse- och polistjänstemän har rest till Indien för att undersöka en militant attack.
Pakistan lagets besök kom efter indiska utrikesminister Sushma Swaraj träffade Pakistans utrikesminister Sartaj Aziz på sidan av ett regionalt möte i Nepal.
I februari registrerade polisen i Pakistan ett klagomål mot "okända personer" över attacken mot Papagot.
En tjänsteman från inrikesdepartementet i Pakistan hade lämnat in klagomålet, som nämnde några pakistanska mobilnummer som tillhandahålls av indiska myndigheter.
Förenade Jihadrådet (UJC) - en koalition av mer än ett dussin militanta grupper som kämpade mot det indiska styret i Kashmir - sade att de genomförde attacken.
Påståendet möttes av skepsis - UJC:s kärnmedlemmar är inte kända för att ha utfört attacker utanför den indiska-administrerade Kashmir.
Indisk säkerhetspersonal skyllde istället på Jaish-e-Mohammed.
Den islamistiska militanta gruppen, som startades av Masood Azhar, har tidigare anklagats för attacker på indisk mark, däribland en attack mot det indiska parlamentet 2001 som tog de kärnvapenbeväpnade rivalerna till krigets rand.
Ett femmannateam från Pakistan är i Indien för att undersöka en dödlig militant attack på en flygbas.