Ett majsamtal gjordes vid cirka 05:00 BST från Pegotty, en motorkryssare tar på vatten strax norr om Grimsby brygga, Humber kustbevakningen sade.
Ett pilotfartyg från Grimsby tog två personer av båten, som sjönk cirka 25 minuter efter nödsamtalet.
Även Humber och Cleethorpes RPLI-livbåtar sjösattes.
Pilotskeppet Venus och de två livbåtarna återvände till Grimsby efter räddningen.
"De skadade kontrollerades och befanns inte kräva någon medicinsk vård", sade RNLI.
Daniel Cooper, Cleethorpes RNLI Lifeboat Operations Manager, sade: "Vår frivilliga besättning lyckades svara mycket snabbt och sjösatte livbåten inom sex minuter efter begäran om deras hjälp."
Haveriutredningsavdelningen har informerats.
Två personer har räddats från en sjunkande båt i Humbermynningen efter en kollision med ett annat fartyg i dimman.