Enda Kenny höll ett tal om Brexits konsekvenser på onsdag.
Han sade att flytten utgjorde ett allvarligt hot mot republikens ekonomiska välstånd.
Han sade också att förhandlingarna skulle vara de viktigaste som Irland hade ställts inför som en självständig stat.
Kenny varnade också för att om ingen verkställande direktör bildades efter valet den 2 mars skulle Nordirland kämpa för att få sin oro hörd.
Medan Storbritannien som helhet röstade för att lämna EU, röstade Nordirland för att stanna kvar med en majoritet på 56 % till 44 %.
Gränsen mellan Nordirland och Irland har diskuterats mycket efter folkomröstningen, eftersom den kommer att bli Förenade kungarikets enda landgräns mot EU.
"Med upplösningen av församlingen finns det en mycket verklig risk för att frånvaron av politiskt ledarskap i Nordirland kommer att leda till en reträtt till partisan debatt och en ännu större marginalisering av Nordirlands oro", sade Kenny.
"Brexitprocessen kommer inte att vänta på ännu en runda långa samtal i Stormont.
"När artikel 50 utlöses, kommer världen att gå vidare, och den kommer att gå vidare snabbt.
"Självklart kommer jag att göra mitt bästa för att lägga fram nordens intressen i Brexit-förhandlingarna."
Kenny sade att han skulle försvara långfredagensavtalet, motsätta sig en hård gräns, argumentera för fri rörlighet på Irland, söka EU-finansiering för gränsöverskridande projekt och skydda EU-medborgarnas rättigheter i Nordirland och Irland under förhandlingarna.
Det är en fråga av avgörande nationellt intresse att det inte finns någon återvändo till en hård gräns på ön Irland när Förenade kungariket lämnar Europeiska unionen, har Taoiseach (Irländska premiärministern) sagt.