Världen nummer tre höll nästan på att göra hål i de två sista hålen för att lämna kranar åt fågel och örn.
Norra irländaren karderade 70 och spårar Andy Sullivan av England.
En dimfördröjning på nästan tre timmar på fredag hade sett runda två spill på lördagen, när spelet återigen försenades på grund av dimma.
"Jag behövde det", sade 26-årige McIlroy, som är på åtta under par.
"Jag visste att 18 var en bra chans och 17 var medvind så jag skulle gå in med en kil, men jag hade inte riktigt förväntat mig att göra vad jag gjorde på 18. Det var trevligt.
"Det glänste över en ganska genomsnittlig runda för att vara rättvis. Men när du inte är som bäst, för att kunna komma undan med 70 och hålla kontakten med ledarna, är jag nöjd med det."
McIlroy, vars 268-yard fem-yard närmar sig den 18: e verkade beta kanten av hålet, tillade: "Jag har aldrig haft en albatross och min pappa har haft en eller två så det skulle ha varit trevligt."
Amerikansk amatör Bryson DeChambeau slutade tillsammans McIlroy efter att ha lagt till en 72 till sin öppning 64, med värld nummer fem Henrik Stenson del av en sju-stark grupp på sju under.
Rickie Fowlers mål var inte riktigt lika spektakulärt som att spela partner McIlroy, även om värld nummer sex klappade flaggan med sin inställning till den 16: e och även fågeln den 18: e att avsluta sex under.
Däremot, den sista medlemmen i gruppen, världs nummer ett Jordan Spieth klippa en frustrerad figur som han avslutade med fem raka pars för att kort en 73 och avsluta tre under.
Rory McIlroy är två skott utanför ledningen efter en spektakulär avslutning till sin andra omgång på Abu Dhabi HSBC Championship på lördag.