Cheick Cisse, som vann taekwondoguld, fick 85.000 dollar.64 000 euro) och Ruth Gbagbi, som vann brons i kvinnoevenemanget, fick 51 000 dollar.
Cisses guldmedalj var den första i landets historia.
Förra året gjorde president Alassine Ouattara liknande utmärkelser till medlemmar i det nationella fotbollslaget efter att de vunnit Afrikanska Cup of Nations.
Han avslöjade inte några detaljer om husen som gavs till Cisse och Gbagbi, eller var de befann sig.
Mer om detta och andra afrikanska berättelser
Mr Ouattara och hans fru Dominique bar medaljerna när de poserade med idrottarna för foton på presidentpalatset i landets kommersiella huvudstad Abidjan.
Elfenbenskusten hade bara vunnit en olympisk medalj fram till i år.
Gabriel Tiacoh vann en silvermedalj i männens 400 meter i OS 1984 i Los Angeles.
Han dog 1992.
Elfenbenskusten var tidigare ett av Afrikas rikaste länder, men dess ekonomi har ödelagts av år av konflikter.
Elfenbenskustens två medaljörer från de olympiska spelen i Rio har fått pris och hus av presidenten.