Miljontals iranier röstade på fredag för medlemmar av församlingen, som utser Irans högste ledare, och även i parlamentsval.
Reformister och moderater har vunnit alla platser i huvudstaden Teheran.
Men Sadeq Larijani sade att reformister hade arbetat med "amerikanska och engelska medier" under undersökningen.
"Är denna typ av samordning med utlänningar för att driva ut dessa siffror från expertförsamlingen i regimens intresse?" sa han i ett uttalande.
Tidiga resultat gav före detta president Ali Akbar Hashemi Rafsanjani, en moderat konservativ, och Irans reformistiska president Hassan Rouhani mest röster för församlingen.
Rösten för församlingen har fått ytterligare betydelse med tanke på att Irans högste ledare, Ayatollah Khamenei, är 76 år och har lidit av ohälsa.
Det är första gången iranier har gått till undersökningen sedan de senaste årens milstolpe i kärnkraftsaffären och upphävandet av internationella sanktioner.
Det parlamentariska resultatet i Teheran är betydelsefullt eftersom lagstiftare från huvudstaden vanligtvis bestämmer den politiska riktningen i huset, säger analytiker.
Men med en blandad omröstning utanför huvudstaden kommer varken de reformistiska eller de hårdföra att ha total kontroll över parlamentet.
Detta fantastiska valresultat kommer att göra skillnad i Irans engagemang i omvärlden.
President Rouhanis hand har stärkts i parlamentet för att hjälpa till att öppna sitt land för större handel och investeringar. Det kommer att hjälpa honom, och andra i hans reformistiska läger, att fördjupa dialogen med väst, som började med förhandlingar om ett viktigt kärnvapenavtal.
Men en stor del av denna öppning kommer att fortsätta att vara med Europa, snarare än USA. Irans förhållande till Amerika är fortfarande komplext och kontroversiellt.
Irans ambitioner i regionen är också djupt rotade - landet har strategiska intressen i länder som Syrien, Irak och Libanon samt Afghanistan, och en stark känsla av sin rätt att fortsätta att vara engagerat. Detta är områden där Irans mäktiga Revolutionära Vakter och dess konservativa Högsta Ledare har inflytande.
Men Iran vill betraktas som en jämlik partner, som kan sitta vid världens toppbord för att arbeta med gemensamma hot som den så kallade islamiska staten. President Rouhanis team kan nu känna sig bemyndigat att engagera sig lite mer, oftare.
Vad är expertförsamlingen?
Martin Rouhani sade i lördags att valet var ett stöd för hans ansträngningar för att få slut på Irans internationella isolering.
"Tävlingen är över. Det är dags att öppna ett nytt kapitel i Irans ekonomiska utveckling baserat på inhemska förmågor och internationella möjligheter," den officiella Irna nyhetsbyrån citerade honom som säger.
Trots att han har säkrat kärnkraftsaffären har han mött motstånd i hemmet mot inhemska reformer.
Ayatollah Khamenei sade att valdeltagandet, vid 60%, visade "det lysande ansiktet av religiös demokrati till världen", Irans konservativa Tasnim nyhetsbyrå rapporterade.
Men han uppmanade också till "våld" mot vad byrån kallade "utländsk inblandning".
BBC Persiska Ali Hamedani säger att ekonomin var en nyckelfråga i processen.
När sanktionerna hävs och västerländska investerare börjar återvända till Iran finns det stora förhoppningar om en förbättring i det dagliga livet, säger han.
En ledande iransk präst har anklagat reformister för att samarbeta med väst för att blockera hårda utnämningar till landets expertförsamling.