Den första delen av Champions League kvalet på Windsor Park i Belfast förstördes av incidenter.
Leken hölls uppe när en flaska kastades på Griffiths och det var ett försök pitch invasion på heltid.
Linfield har åtalats av Uefa för "kastning av föremål" och en "fält invasion".
Skotska mästare Celtic har också anklagats för "orätt uppförande av laget" efter att de plockat upp mer än fem bokningar.
En av spelarna bokade var Griffiths, som visades ett gult kort av domaren Alejandro Hernandez när han plockade upp en flaska som hade kastats på honom medan han tog ett hörn.
Polisen med hundar var utplacerade på heltid för att stoppa en pitch invasion.
Europeiska fotbollsstyrelsen Uefa kommer att behandla ärendet den 20 juli, dagen efter återlämningsbenet i Glasgow.
Celtic hade beslutat att inte ta upp en tilldelning av biljetter till spelet på grund av säkerhetsproblem - men cirka 300 fans såg.
Celtic manager Brendan Rogers talade efter matchen och sade: " Spelare går ut på fältet och det bör vara en säker miljö för dem. Man vill att passionen från läktarna ska stanna där inne - men om man tar bort den ifrån den, så var det en god kväll."
Polisen Skottland släppte ett uttalande uppmanar fans att förbli "fokuserad på fotboll" under returbenet.
Överintendent Craig Smith sade att en "robust polisplan" hade införts efter samarbete med polisen i Nordirland.
Han tillade: "Den som har för avsikt att orsaka oordning eller hatbrott kan förvänta sig att bli arresterad av polisen."
Celtic striker Leigh Griffiths har anklagats för att "provokera åskådare" efter att han band en scarf till målet efter fredagens 2-0 seger på Linfield.