Mr Anderson sa att han var arg över att hans meritlista "inte var bra nog".
Unite Union aide Dan Carden, 30 år, har valts ut i det säkra sätet.
Ben Williams, sekreterare i valkretspartiet, twittrade att han kommer att avgå i protest mot en "förhatlig odemokratisk sömmning".
Steve Rotheram, valkretsens riksdagsledamot sedan 2010, sade att han avstod från Westminster efter att ha blivit vald till borgmästare i Liverpools stadsregion förra veckan.
Carden, som gick med i Labourpartiet i skolan, valdes ut av Labours nationella verkställande utskott.
Han är rådgivare åt Len McCluskey, generalsekreterare för Storbritanniens största fackförening, Unite.
Han föddes i Liverpool, men kritiker hävdar att han är oerfaren i stadens politik jämfört med de andra kandidaterna.
Anderson, som stod på den sista korta listan tillsammans med Richard Carden, sade: "Jag lade fram mig själv för valet i Liverpool Walton på mina meriter av att leda ett framgångsrikt Labourråd i en stor stad och min önskan att använda dessa färdigheter för Walton, för Liverpool och en ny Labourregering.
"Tydligen var det inte bra nog för panelen."
Anderson sade att han hade vänt Labours förmögenheter runt i staden, leda ett socialistiskt råd och skydda de mest behövande.
Nordvästra Euron MP Theresa Griffin hade också lagt fram sig själv.
Labour vann Liverpool Walton 2015 med en majoritet på mer än 27.000.
Liverpool borgmästare Joe Anderson har sagt Labour "är inte alltid en meritokrati" efter att ha förbisetts som partiets Liverpool Walton kandidat för det allmänna valet den 8 juni.