Eskinder Nega tilldelades Pen Americas "Frihet att skriva" årliga pris för att publicera artiklar som är kritiska mot Etiopiens människorättsrekord.
Hans fru Serkalem Fasil, som är journalist och också satt i fängelse, fick priset för hans räkning.
Under det senaste årtiondet har fler journalister flytt från Etiopien än något annat land, säger pressfrihetsgrupperna.
"Jag tar emot denna utmärkelse på uppdrag av Eskinder Nega i en tid då yttrandefriheten och pressfriheten är som lägst i Etiopien", sa Serkalem på tisdag kväll i en ceremoni i New York.
"Om Eskinder stod här, han skulle acceptera denna utmärkelse, inte bara som en personlig ära, men på uppdrag av alla etiopiska journalister som sliter under förtvinande villkor i dag: De som gick i exil under årenâ € en de i fängelse med vilka han nu bor," sade hon.
Eskinder har suttit i fängelse i huvudstaden i Maekelawi, Addis Abeba, sedan han greps i september förra året.
Han prövas enligt Etiopiens antiterroristiska lagar - som kriminaliserar kommentarer som är kritiska mot regeringen - och kan ställas inför dödsstraff om han befinns skyldig.
Han hade publicerat en kolumn som ifrågasatte regeringens påstående att ett antal journalister den hade gripit var misstänkta terrorister och för att ha kritiserat gripandet av välkänd etiopisk skådespelare och regeringskritiker Debebe Esthetu.
Eskinder är "den modigaste och mest beundransvärda av författare, en som plockade upp sin penna för att skriva saker som han visste säkert skulle utsätta honom för stor risk", sade Peter Godwin, ordförande för Pen American Center.
"Ändå gjorde han det ändå. Och han föll faktiskt offer för exakt de åtgärder han belyste", tillade den zimbabwiskfödde författaren Mr Godwin.
Pennpriset ges till författare som blivit förföljda eller fängslade för att de utövat yttrandefriheten.
Eskinder öppnade sin första tidning 1993 och har kvarhållits minst sju gånger av premiärminister Meles Zenawis regering.
Han berövades sin licens att arbeta som journalist 2005, men fortsatte att skriva för det USA-baserade nyhetsforumet EthioMedia, som är förbjudet i Etiopien.
Han och hans fru Serkalem fängslades båda 2005 för att ha kritiserat regeringens våldsamma angrepp mot protesterna efter de omstridda valen.
Under sina 17 månader i fängelse födde fru Fasil sin son.
Rättning 27 juni 2012: Denna rapport har ändrats för att klargöra att Eskinder Nega inte befanns skyldig till åtal mot terrorism i januari.
En fängslad etiopisk journalist och bloggare har fått en prestigefylld utmärkelse för yttrandefrihet.