Carl Bildt föreslog en ja-röst som skulle leda till "Balkaniseringen av de brittiska öarna" och sätta igång "oförutsedda kedjereaktioner".
Salmond sade att användningen av ordet "Balkanisering" var en förolämpning mot den demokratiska processen i Skottland.
Men en talesman för Bildt sade att politikern stod fast vid sina kommentarer.
Det skotska folket går till opinionsundersökningarna den 18 september när de kommer att få frågan "Ja/Nej": "Borde Skottland vara ett självständigt land?"
Salmond sade att svenskens kommentarer, som gjordes i tidningen Financial Times, inte bara var förolämpande mot Skottland utan även mot de Balkanländer som hade anslutit sig till EU.
Både Kroatien och Slovenien har blivit EU-medlemsstater sedan de blodiga krig som slet Jugoslavien isär på 1990-talet.
Bildt är en före detta premiärminister i Sverige som också tjänstgjorde som FN:s särskilda sändebud på Balkan mellan 1999 och 2001.
FT citerade honom och sade att skotskt oberoende skulle få "mer djupgående konsekvenser än vad folk tror".
Han tillade i artikeln: " Balkaniseringen av de brittiska öarna är något vi inte ser fram emot. Det öppnar upp en hel del, främst i Skottland men också i Storbritannien.
"Vilka konsekvenser får den irländska frågan?" frågade han. "Vad händer i Ulster?"
I en BBC-intervju avvisade Salmond dessa kommentarer.
Han sade: "Jag tycker att termen Balkanisering var mycket dåraktig.
"Förolämpa denna demokratiska process i Skottland men även förolämpa de nya EU-medlemsstater från Balkan som nu är en del av Europeiska unionens demokrati."
Slovenien har varit i EU i tio år och Kroatien blev den nyaste medlemsstaten förra året.
Montenegro, Serbien och f.d. jugoslaviska republiken Makedonien är alla kandidater till EU-medlemskap.
Storbritanniens premiärminister David Cameron var i Sverige för samtal om EU:s framtid med andra center-högerledare.
Vid en nyhetskonferens med Cameron valde Sveriges statsminister Fredric Reinfeldt att inte upprepa utrikesministerns kommentarer.
Han sade: "Vi har också många erfarenheter av folkomröstningar i hela Europa och vi har lärt oss att respektera resultaten och inte spekulera i förväg."
Sveriges skuggutrikesminister Urban Ahlin sade: "Tyvärr har vi en utrikesminister med specialitet i att förolämpa andra nationer.
"Jag tror att han förolämpar Skottlands folk genom att jämföra en demokratisk folkomröstning med "Balkanisering".
Bildt sägs dock hålla fast vid sina kommentarer.
Den skotska liberaldemokratiska ledaren, Willie Rennie, sade att kommentarerna återspeglade större internationell oro.
Han förklarade: "Balkanisering är inte en term som jag skulle använda, men det är helt klart att ledare över hela världen uttrycker oro över Storbritannien eftersom Storbritannien är en kraft för gott över hela världen."
SNP hämtar ofta inspiration från skandinaviska länder - däribland Sverige - för sin vision om vad ett självständigt Skottland skulle kunna uppnå.
Bildt är inte den enda internationella person som har kommenterat Skottlands framtid de senaste dagarna.
I torsdags sade USA:s president Barack Obama att Amerika hade ett "stort intresse" av att se till att Storbritannien förblev "enat".
Han betonade också att beslutet om oberoende är för skotska väljare.
I sin BBC intervju, den första ministern sade att kommentarerna var "låg nivå" på Richter skala presidentinterventioner.
Men han verkade antyda att de fortfarande kunde vara kontraproduktiva.
Salmond sade: "Jag är inte säker på om president Obama känner till det skotska ordet "drawn".
"Det betyder mer än envis. Det betyder att folk inte uppskattar att bli tillsagda vad de ska göra, tror jag."
Salmond sade att ordförandens kommentarer hade kommit som "en överraskning" eftersom USA hade förklarat sig "neutralt" i folkomröstningskampanjen.
Han noterade också att USA tidigare hade erkänt den skotska debattens demokratiska karaktär.
Omröstningen om Skottlands framtid den 18 september enades de brittiska och skotska regeringarna om detta.
Skottlands förste minister Alex Salmond sa att kommentarer från Sveriges utrikesminister om skotsk självständighet var "mycket dumt".