Internationella olympiska kommitténs (IOC) styrelse godkände flytta banan cykling och mountainbike evenemang till en befintlig plats i Izu.
Båda skulle vara i tillfälliga arenor - spår cykling i Ariake distriktet och mountainbike vid Sea Forest.
Ändringarna av programmet kommer att medföra besparingar på 66 miljoner pund i spelbudgeten.
Tidigare i år skrotade den japanska regeringen planer för en OS-arena på 1,3 miljarder pund designad av brittiska Iraqi arkitekten Zaha Hadid - designern av London 2012 akvatiska centrum.
En ny plan som kostar cirka 60 % av originalet förväntas komma överens.
Havsskogen kommer fortfarande att vara värd för kanotsprint- och roddevenemangen, plus ridprogrammets längd- och evenemangsmoment.
Ett IOC - uttalande sade: " Idrottsmännens erfarenhet kommer att garanteras, eftersom alla idrottsmän och lagtjänstemän vars evenemang kommer att vara på Izu kommer att ha möjlighet att stanna i huvudidrottarnas by före och efter deras tävling.
"Under tävlingarna kommer de att bo på en satellitby som ligger nära evenemangsarenorna."
Internationella cykelunionens ordförande Brian Cookson sade att hans organisation hade anammat IOC:s kostnadsnedskärningsprogram och UCI skulle samarbeta med lokala myndigheter för att bygga vidare på idrottens arv i Japan.
Alla sporter har nu tilldelats arenor för Tokyo 2020 utom fotboll, med ett beslut om att förväntas efter nästa års Rio OS.
Cykelevenemangen vid OS i Tokyo 2020 kommer att hållas 75 mil från staden som en del av ett nedskärningsprogram på 1,2 miljarder pund.