Finansieringsrådet för högre utbildning i Wales (HEFCW) hade drabbats av nedskärningar på 42 miljoner pund, omkring en tredjedel av sin budget.
Men Jane Hutt berättade för AMs 31 miljoner pund av dem kommer att ställas in. HEFCW måste nu hitta besparingar till ett värde av 11 miljoner pund.
Hon lade också fram planer på att använda 2,5 miljoner pund från reserver för att lindra slagen av nedskärningar till tre landsbygdsråd.
Hutt sade att hon skulle tillåta HEFCW - som finansierar walesiska universitet - att behålla 21,1 miljoner pund som skulle avledas till studieavgifter, och ge det ytterligare 10 miljoner pund för att stödja deltidskurser och forskning.
I sitt uttalande svarade HEFCW: "En nedskärning på 32 procent av HEFCW:s budget skulle ha haft en verklig inverkan på universitetens förmåga att uppfylla den walesiska regeringens prioriteringar.
"Vi är mycket glada över att de walesiska universitetens bidrag till Wales ekonomi och samhälle har erkänts."
Universitet Wales ordförande Prof Colin Riordan berömde ministrarna för den "förståelse" han sade att de hade visat för universitetens oro efter att budgetförslaget offentliggjordes i december.
"Det är fortfarande svårt att få finansiering för 2016/17, vi är nu mer övertygade om att de walesiska universiteten kommer att klara sig på kort sikt tills framtida utmaningar kan mötas", sade han.
Plenarförsamlingen röstade på tisdagen för att godkänna budgeten för 2016/17, som innehåller ytterligare 278 miljoner pund för NHS.
Med Labour för och Tories och Plaid Cymru som röstade emot avstod liberaldemokraterna från att rösta och tillät budgeten att antas.
Oppositionspartierna protesterade när planerna på att skära ned rådets budgetar med i genomsnitt 2 procent tillkännagavs i december, där landsbygdsmyndigheterna stod inför de största nedskärningarna.
Liberaldemokraterna tog åt sig äran för att ha säkrat en viss ersättning för de tre största förlorarna.
Hutt sade till AMs: "När vi har ansett att bevisen är övertygande har vi gjort vissa justeringar av våra utgiftsplaner för att stödja våra prioriteringar.
"Vi är övertygade om att våra planer är de rätta planerna för att investera i Wales framtid - en tydlig väg framåt för att stödja tillväxten av arbetstillfällen och de tjänster som betyder mest för folket i Wales."
Budgeten är resultatet av ett tvåårigt avtal mellan Labour och liberaldemokraterna efter det att extra pengar anslogs till elever med sämre förutsättningar.
Konservativ skuggfinansminister Nick Ramsay anklagade ministrarna för att tillkännage "särskilda ökningar" till hälso- och utbildningsutgifter.
"Denna budget är mer ett försök att kompensera för tidigare underfinansiering än en verklig investering i våra vitala tjänster", sade han.
Plaid Cymru kritiserade ministrarna för att de var "förpliktigade att använda hela sin lånekapacitet" på en planerad M4-väg runt Newport.
Ekonomi talesman Alun Ffred Jones sade: "Vi kommer inte att stödja en budget, eller en regering, som vi anser inte uppfyller behoven i alla regioner i vårt land."
Liberaldemokraten Peter Black hävdade att budgeten hade "betydligt förbättrats" av hans parti.
Exempel var "extra pengar till fattigare elever, de pengar som vi har fört in i billigare transporter för 16-18-åringar, de extra lärlingsplatserna och den extra kapitalfinansiering vi har levererat runt Wales", sade han.
De flesta av de nedskärningar som planerades för högre utbildning har vänts, finansministern har meddelat, när den walesiska budgeten antogs.