Regeringen har nyligen godkänt ansökningar om prov som ska utföras i områden som delar av Horwich, Blackrod och Astley Bridge.
Men ledare Cliff Morris sa att myndigheten kommer att vara "absolut" emot planen.
Han sa: "Det täckta området är en av våra vackraste landskap."
Men han medgav att hans ståndpunkt kanske inte i slutändan hindrar regeringen från att godkänna frackingprojekt i Bolton - efter att ministrarna nyligen förklarade att de kunde kringgå lokala myndigheters motstånd.
Under ett fullständigt möte i rådet tillfrågades Morris av liberaldemokraten Andrew Martin om det var oundvikligt att den nya konservativa regeringen snabbt skulle få fram frackande ansökningar.
Han svarade: " Det är svårt eftersom det är upp till regeringen.
"Men de kommer nu att känna till de boendes och fullmäktigeledamöternas känslor vid denna tid.
"Det finns en ånga bland våra invånare eftersom detta är ett ärr på landskapet.
"Vi säger 'nej tack, vi vill inte ha några fracking i Bolton, särskilt inte de områden du har utsett."
Fracking är en teknik för att utvinna gas eller olja instängd mellan lager av sten genom att tvinga lagren öppna med hjälp av vatten under högt tryck.
Kampanjdeltagarna är oroade över effekterna av processen och det avloppsvatten som genereras.
Ansökningar om att genomföra fracking i delar av Lancashire utlöste omfattande protester tidigare i år, innan förslagen avslogs.
Boltonrådets ledare har lovat att motsätta sig varje försök att börja fracka i regionen och beskriva borrtekniken som "ett ärr på landskapet".