Under 2015/16 användes 55 % av de licensmedel som anskaffades i Skottland till lokalt och skotskt nätinnehåll.
Donalda MacKinnon sa att det var hennes ambition att se hur mycket som spenderas "bättre reflektera" vad som samlas in.
Den skotska regeringen har uppmanat BBC Skottland att ha mer makt över driftsättning och budgetar.
Ms MacKinnon tog nyligen över som direktör, den ledande redaktionen för BBC Skottlands produktion i TV, radio och online, efter Ken MacQuarrie flyttade till att bli chef för nationer och regioner.
I en intervju med Good Morning Scotland sade hon att en av hennes omedelbara ambitioner var att öka hur mycket av licensavgifterna som inkasserades i Skottland som spenderades lokalt.
BBC:s 2015/16-konton visade att 320 miljoner pund höjdes från licensavgiften i Skottland. Av detta spenderades 176,5 miljoner pund på lokalt innehåll och skotskt tillverkad BBC-nätproduktion, varav 55 % av den totala ökningen.
Detta var en kraftig minskning från de 203 miljoner pund som spenderades föregående år, vilket var 63 % av de 323 miljoner pund som samlats in. De medel som inte används lokalt går till BBC-program som utvecklats på annat håll och sänds över hela Förenade kungariket.
Som jämförelse användes 95 procent av de licensmedel som anskaffades i Wales under 2015/16 i Wales - inklusive på nätverksprogram som Doctor Who, Casualty och Crimewatch - med siffran för Nordirland på 74 procent.
Mairead MacKinnon sade: " Jag har gjort det mycket tydligt att det är min ambition att ändra detta nummer. Den procentandel av licensavgiften som tas ut i Skottland måste enligt min mening bättre återspegla det belopp som spenderas i Skottland.
"Jag vill inte binda mig till en siffra exakt just nu, men säkert en ökning av vad som är fallet det ögonblicket, vilket är 55 % av licensavgiften.
"Jag tror att vi har en ny möjlighet att exakt definiera vilken typ av BBC i Skottland publiken förväntar sig och vilken typ av resurs det med rätta bör kräva, i förhållande till mängden licensavgift som samlas in i Skottland."
Den nya direktören lovade också att avskaffa "lyft och skifte", där program som traditionellt producerats på annat håll flyttas till Skottland för att uppfylla kvoterna.
Holyroods kulturkommitté publicerade en rapport som beskriver denna praxis som "omvända kvotandan", med MSPs som säger att detta gav dem "allvarlig anledning till oro".
Mairead MacKinnon sade att detta hade skett på grund av ett mål 2008 att öka tv-sändningarna från Skottland från 3 % av det totala antalet till 8,6 %. Hon sa att hon hade gjort ett "allvarligt åtagande" för att se övningen ta slut.
Hon sa: "Jag förstår varför det hände tidiga dörrar, jag tror inte att det skulle hända längre och vi har haft ett mycket fast engagemang för effekten att det inte kommer att hända förutom i extremis."
Ms MacKinnon sade också att hon siktade på en "förbättring av uppskattningen" av BBC Skottlands nyhetsutdrag och sade att det var "verkligen viktigt" att stärka allmänhetens förtroende för företaget efter händelser som 2014 års självständighetsomröstning.
Hon sade: "Vi har mycket framgångsrika nyheter, men det råder ingen tvekan om att det fanns en känsla bland en betydande andel av befolkningen - inte den totala befolkningen - att förtroende kan behöva byggas upp igen.
"Jag tror att det var bevisat av forskning som gjorts av BBC Trust att vi inte hade brutit någon opartiskhet och inte kunde anklagas för att vara partisk.
"Fick vi fel ibland? Möjligen.
"Om vi får det fel - och det är ingen tvekan om att vi alla är människor, och vi kan göra - bör vi lägga upp händerna och säga ja, förlåt, vi kan ha fått det fel, men vi kan verkligen, vad mig anbelangar, inte anklagas för partiskhet."
MacKinnon tillfrågades om fallet med Nick Robinson, som i egenskap av politisk redaktör för BBC var föremål för kontroverser under självständighetskampanjen.
BBC Trust and Editorial Complaints Unit fann att Robinsons påstående att dåvarande premiärminister Alex Salmond inte hade besvarat en fråga som ställts till honom under en nyhetskonferens gav ett missvisande intryck.
Men den drog slutsatsen att hans rapport inte avsiktligt var partisk och avvisade klagomål.
Salmond hävdade därefter att BBC:s fördomar var en "betydande faktor" i resultatet av folkomröstningen om oberoende.
MacKinnon sade att BBC borde vara mer öppet om att erkänna när misstag görs, samtidigt förklara sin ståndpunkt och försvara sin journalistik mot påståenden om partiskhet.
Hon sade: " Jag tror verkligen att vi behöver få vår berättelse rätt, och vi måste vara där lite oftare bara för att förklara en del av det.
"Det är odiskutabelt att om vi hade gjort det, då skulle befolkningen ha förstått bättre vad det är vi är här för att göra.
"Att få ut den historien, vare sig det är från generaldirektören eller mig eller någon annan, det är något jag kommer att vilja ta itu med."
Den nya direktören sade att det var "regrettable" att detta inte hade hänt oftare under självständighetsomröstningen.
Hon sade: " Jag kan förstå orsakerna till den motvilja och återhållsamhet som finns där, med tanke på spänningen kring hela debatten. Men jag tror att det är väldigt viktigt för oss att visa ansvar och öppenhet, och att reflektera mycket hårt över några av utmaningarna."
BBC Scotland's nya chef har lovat att spendera mer licensmedel som samlats in norr om gränsen på programproduktion i Skottland.