Det följde ett "nätverk-omfattande misslyckande" som orsakade förseningar, sade en talesman för Metrolink.
Det hade skett ett kommunikationsfel mellan kontrollrummet i depån och spårvagnarna på nätet, tillade hon.
Metrolink chefen Danny Vaughan sa: "Jag vill be om ursäkt igen och tacka passagerarna för deras förståelse."
Det finns inget som tyder på att felet orsakades av hackning.
I maj stängdes spårvagnsnätet av eftersom personalen i kontrollrummet förlorade synbarheten av spårvagnar.
Alla spårvagnstjänster har återupptagits i Greater Manchester efter att hela nätet stängts på lördagen efter ett kommunikationsproblem.