On-loan Sam Gallagher såg till att ha vunnit det på sin första start för Rovers, på väg i Craig Conway hörn.
Men Naylor mötte Matty Palmers vänstra hörn för att försegla en dramatisk punkt.
Conway hade satt Rovers framåt i första halvan med en 25-yards drive som flög in från baren, men Burton planade med Jackson Irvines huvud.
Ett första möte mellan de två sidorna såg Rovers tonårsakademi produkt Scott Wharton gav en debut och han gjorde ett viktigt tidigt ingripande för att avleda John Mousinhos huvud bred.
Men efter att Conway tog ett Danny Graham pass till gevär i 12: e målet för sin Rovers karriär, Burton, som inte inkluderade nya lån signering John Brayford i sin trupp, var nivå strax innan pausen som Mousinhos höger kors möttes av en omärkt Irvine.
Rovers startade den andra halvan ljust, bara för Hope Akpan att gå över en Conway frikick, innan Albion hade otur när Naylors långdistans enhet kraschade mot crossbaren.
Gallagher, på lån från Southampton, nickade i nära inlägget för att sätta Rovers tillbaka i fronten, men Naylor skulle inte nekas att öka trycket på Coyle, vars sida är botten av mästerskapet och den enda klubben i divisionen fortfarande utan en liga seger.
Blackburn manager Owen Coyle: "Efter att ha kommit framåt två gånger i spelet, kunde vi ha sett det ut och fick de tre punkter vi var värdiga.
"Vi vet alla att det kan vara ett grymt spel men, efter att ha sagt att, det fanns en hel del positiva vi kan ta från spelet - inte minst föreställningen av unge Scott Wharton på baksidan på hans debut."
Rovers strejkar Sam Gallagher: " Jag var på högsta höjd från att göra mål och sedan rensas när de fick utjämnaren.
"Jag tyckte att vi förtjänade mer, men vi visade åtminstone mer karaktär än i våra andra tre matcher och vi är ur sikte."
Burton manager Nigel Clough: "Så trevligt som det är att få en 88-minuters equalizer, vi är besvikna över att inte ha vunnit spelet.
"Vi såg ett verkligt hot från set-plays och vi förtjänade åtminstone en poäng."
Matchändar, Blackburn Rovers 2, Burton Albion 2.
Andra halvlek, Blackburn Rovers 2, Burton Albion 2.
Foul av Callum Butcher (Burton Albion).
Stephen Hendrie (Blackburn Rovers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Försök blockerat. Matthew Palmer (Burton Albion) höger fotade skott utanför lådan är blockerad. Hjälpt av Lucas Akins.
Foul av Lloyd Dyer (Burton Albion).
Craig Conway (Blackburn Rovers) vinner en frispark på högerkanten.
Hamza Choudhury (Burton Albion) vinner en frispark i defensiva halvan.
Foul av Darragh Lenihan (Blackburn Rovers).
Lee Williamson (Burton Albion) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Liam Feeney (Blackburn Rovers).
Mål!  Blackburn Rovers 2, Burton Albion 2. Tom Naylor (Burton Albion) huvudet från mitten av lådan till mitten av målet. Hjälpt av Matthew Palmer med ett kors som följer ett hörn.
Hörnet, Burton Albion. Sammankallad av Sam Gallagher.
Matthew Palmer (Burton Albion) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Stephen Hendrie (Blackburn Rovers).
Tom Naylor (Burton Albion) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Sam Gallagher (Blackburn Rovers).
Substitution, Burton Albion. Hamza Choudhury ersätter Chris O'Grady.
Offside, Blackburn Rovers. Anthony Stokes försöker en genom boll, men Liam Feeney fångas offside.
Substitution, Blackburn Rovers. Liam Feeney ersätter Ben Marshall.
Försöket räddades. Scott Wharton (Blackburn Rovers) huvud från mitten av rutan sparas i nedre högra hörnet. Hjälpt av Darragh Lenihan med ett huvudkort.
Hörnet, Blackburn Rovers. Förföljd av Lee Williamson.
Hörnet, Blackburn Rovers. Förföljd av Lee Williamson.
Försök blockerat. Ben Marshall (Blackburn Rovers) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Foul av Tom Naylor (Burton Albion).
Anthony Stokes (Blackburn Rovers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Callum Butcher (Burton Albion) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Gordon Greer (Blackburn Rovers).
Försök missade. Hoppas Akpan (Blackburn Rovers) vänster fotade skott från utsidan av lådan missar till höger. Hjälpt av Craig Conway.
Försening över. De är redo att fortsätta.
Substitution, Blackburn Rovers. Anthony Stokes ersätter Danny Graham.
Försening i match Kyle McFadzean (Burton Albion) på grund av en skada.
Hörnet, Burton Albion. Förföljd av Gordon Greer.
Matthew Palmer (Burton Albion) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Sam Gallagher (Blackburn Rovers).
Lucas Akins (Burton Albion) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Hope Akpan (Blackburn Rovers).
Offside, Blackburn Rovers. Jason Steele försöker en genom boll, men Danny Graham fångas offside.
Substitution, Burton Albion. Callum Butcher ersätter Stuart Beavon.
Mål!  Blackburn Rovers 2, Burton Albion 1. Sam Gallagher (Blackburn Rovers) huvud från mitten av rutan till nedre högra hörnet. Hjälpt av Craig Conway med ett kors som följer ett hörn.
Tom Naylor sent header säkrade Burton en första borta punkt i mästerskapet för att lämna Owen Coyle fortfarande söker efter en första liga seger som Blackburn boss.