Totalt uppgick antalet dödsoffer till 11002, med en 37 %-ig ökning av antalet drabbade kvinnor och 14 % för barn.
Den afghanska regeringen anklagade talibanerna för att angripa civila, särskilt kvinnor, för att sprida rädsla.
FN:s chef för mänskliga rättigheter sade att sådana "brutala och principlösa attacker" var förbjudna enligt internationell rätt.
"Detta händer med nästan fullständig straffrihet," Zeid Ra'ad al-Hussein sade i rapporten som utarbetats av FN: s biståndsuppdrag för Afghanistan (Unama). "Förövarna av kränkningarna måste ställas till svars."
Sedan tillbakadragandet av internationella trupper från Afghanistan inleddes efter 2011 och det officiella slutet av Natos stridsuppdrag i december 2014 har antalet civila offer ökat år efter år.
I betänkandet skyllde man på markstrider i och runt befolkade områden, tillsammans med självmordsbombningar och andra attacker i städerna för de 3 545 dödsfall och 7 457 skador som den registrerade.
Detta är en ökning med 4 procent jämfört med förra årets siffror.
Även om antalet civila dödsfall var 156 färre jämfört med 2014, ökade antalet skador, vilket ledde till att den totala antalet dödsoffer ökade till den högsta nivån sedan FN började föra register 2009.
"Oförutsedda antal barn dödades och skadades i onödan förra året," Unamas Danielle Bell sade i ett uttalande.
Den afghanska regeringen sade att FN:s rapport inte korrekt återspeglade hur många civila som dödades i självmordsattacker, eftersom den bara omfattade "högkonfliktområden", medan dess statistik omfattade hela landet.
En bror till en man som hade gått ut för att hämta vatten åt sin familj i Kunduz stad den 1 oktober sade till FN: "Han ringde min mobil och sade: 'Hej bror... Jag blev skjuten i magen... jag vet inte vem som sköt mig... mina skador är allvarliga... jag kan se bitar av mina egna tarmar på min motorcykel."
"Efter det, gick linjen död... ingen kunde nå platsen för händelsen för att ta honom tillbaka på grund av striderna. Hans kropp stannade kvar på gatorna i tre dagar, tills mina släktingar kunde få tillbaka den och begrava honom."
Talibanerna tog över den norra afghanska staden Kunduz i september och lämnade flera veckor senare efter en motattack.
Ta reda på mer om talibanernakonflikten
Antalet kausaliteter orsakade av militanter minskade, men utgjorde fortfarande 62 procent av det totala antalet, sade Unama.
Regeringen skyllde nedgången på det faktum att civila i områden med konsekvent beskjutning, attacker och trakasserier av talibanerna hade flytt sina hem.
I FN:s rapport sades att regeringsfientliga element i allt större utsträckning använde taktik för att avsiktligt orsaka civil skada och att det förekom en urskillningslös användning av tryckplatteaktiverade improviserade sprängladdningar (IED).
Antalet dödsoffer för regeringsvänliga styrkor, däribland Nato, som fortsätter att ge ett visst militärt stöd, ökade med 42 % jämfört med 2014.
Dessa var huvudsakligen hänförliga till de afghanska säkerhetsstyrkorna under markoperationer och flygoperationer.
Unama sade att det fortsatte att dokumentera brott mot de mänskliga rättigheterna utförda av regeringsvänliga väpnade grupper under 2015 som inkluderade "övergrepp, övergrepp, utpressning, hotelser och stöld".
Antalet människor som dödades och skadades i konflikter i Afghanistan ökade 2015 till den högsta nivå som ännu inte registrerats, säger FN-uppdraget i landet.