Lagets förare - världsmästare Nico Rosberg och Lewis Hamilton - vann 19 av de 21 tävlingarna under 2016 och förseglade titeln med fyra tävlingar i reserv.
Men Red Bull gav Mercedes mycket att tänka på med sina förare Max Verstappen och Daniel Ricciardo får ofta ut det allra bästa ur bilen.
Men vilket lag valde de flesta BBC Sport webbplats läsare som den bästa för säsongen? Här är resultaten...
De dominerade säsongen och dominerade plocken i BBC Sport-väljaren.
Statistiskt sopade Mercedes undan allt före dem. Förutom att vinna 90% av tävlingarna, tog en silverpil också polposition i alla utom ett lopp - Monaco, där Ricciardo började på framsidan av pack.
Med Rosberg pensionerad och Hamiltons nya lag-kamrat ännu bekräftas, deras rivaler kan bara hoppas att Mercedes kan ha svårt att matcha en sådan all-övervinnande kampanj som den nya killen slår sig in, och nya regler träder i kraft.
Efter att ha avslutat fjärde i konstruktörernas mästerskap förra säsongen, reste sig Red Bull från den besvikelsen att cementera sig som den bästa av resten.
De kanske inte hade paketet för att verkligen utmana Mercedes men de vann säkert massor av fans, tack vare sina förares skicklighet på banan och karaktär utanför den.
Den orädda Verstappen genomförde 78 omgångar 2016 - ett nytt F1-rekord - medan Ricciardo var genomgående imponerande under säsongens andra hälft och slutade på podiet i sju av de sista 11 tävlingarna.
En att titta på 2017, särskilt som aerodynamik blir en viktigare faktor med de nya reglerna. Glöm inte vem som ska leda deras designpaket - en Adrian Newey.
De kan ha en mindre budget än de ledande lagen i Formel 1, men Force India visste säkert hur man får ut det mesta av vad de hade när de avslutade en enormt imponerande fjärde i konstruktörernas mästerskap.
Både Sergio Perez och Nico Hulkenberg slutade konsekvent inne i de åtta översta, med Perez också lyckas klättra podiet två gånger - avslutande tredje i Monaco och Baku.
Jennie Gow: 1) Mercedes, 2) Red Bull, 3) Herrgård
Mercedes: " De har varit på toppen av sitt spel igen. Det har varit tillförlitlighet problem för Hamilton men laget har en enastående bil och vinna sin tredje titel ger dem skryta rättigheter denna säsong. Låt oss se vad de kan göra nästa år."
Manor: " Det faktum att de till och med befinner sig på nätet är imponerande efter alla de utmaningar de har ställts inför. Den enda punkt som de vann i Österrike är en stor prestation och gav dem nästan 10: e plats i mästerskapet. Med en så liten budget att arbeta från och ett litet team jämfört med andra, måste du ta av hatten till dem och hoppas att trots att förlora 10: e plats till Sauber i Brasilien, fortsätter laget att blomstra under 2017."
Tom Clarkson: 1) Mercedes, 2) Red Bull, 3) Force India
Red Bull: "Även med den misslyckade depot-stopp på Monaco, som kostade Daniel Ricciardo segern, Red Bull Racing förblir racer racing laget. De är alltid aggressiva strategiskt - bara titta på deras övergång till mellandäck i Brasilien - och deras utvecklingshastighet är oöverträffad."
Force India: "Med tanke på att laget arbetar på en fjärdedel av budgeten för F1: s föregångare, vad Force India uppnått i år var extraordinärt. Teamet behöll prestandagapet till Mercedes och det maximerade alla möjligheter. Ett exempel på hur F1-team skulle kunna arbeta i en posttillverkares era."
Nästan hälften av er kände Ferrari var de största underpresterarna av säsongen och det är svårt att argumentera med det. För ett lag av sin längd, ett år utan en enda seger är enormt besviken, ännu mer så med tanke på att många hade förväntat sig att de skulle ge Mercedes en verklig utmaning för titeln.
Sebastian Vettels frustration över lagets tillkortakommanden var tydlig när säsongen fortsatte, med sina strops över lagradio som sändes till världen.
Ferrari kommer att hoppas att deras förmögenheter, och Vettels temperament, kommer att förbättras avsevärt under 2017.
- Jag vet inte vad du ska göra.
"Trots att säsongen startar i stil med poäng slutar i tre av de fyra första loppen, har den formen inte fortsatt och de har förlorat sin väg. Frågan efter problem har fått laget att vackla och med en begränsad budget och arbetskraft kommer det att krävas ganska mycket för att vända laget."
- Det är jag som är här.
"Alla dessa pengar; alla dessa faciliteter; alla dessa drivande talanger... och ändå Ferrari gick bakåt i 2016. Inte bara när det gäller resultat, utan även arbetsmoral - både på fabriken och på kapplöpningsbanan. Med ingen uppenbar lösning i sikte, måste du känna för de goda killarna i laget."
Det var en annan dominant säsong på banan för Mercedes som de vann konstruktörernas mästerskap för den tredje säsongen i rad.