Henry, en ersättare för Zach Clough 10 minuter tidigare, slog från 18 yards i den tredje av sex minuter extra tid med ett skott som såg ut att avleda Iron försvarare Murray Wallace.
Boltons seger tog dem till automatiska kampanjplatser medan Scunthorpe, topp i början av dagen, halkade till tredje efter Sheffield Uniteds 1-0 seger över Northampton tidigare på eftermiddagen.
Tills Henry intervention Neal Bishop fjärde mål för säsongen verkade ha förtjänat Graham Alexanders sida en välförtjänt dragning.
Bolton, bevakad av Macron Stadiums näst största närvaro under säsongen - 17,062 - ledde 1-0 vid halvtid.
Josh Velas halva volley från kanten av området efter 17 minuter var hans åttonde mål för kampanjen.
Scunthorpe hade ett mål otillåtet för offside men Clough slösade bort ett bra tillfälle att dubbla Wanderers fördel och kände att han borde ha fått ett straff efter Jordan Clarkes utmaning.
Scunthorpe var mycket bättre sida efter pausen och de välförtjänt drog nivå när Bolton misslyckades med att rensa en 62: a minut hörn och Bishop svängde på den lösa bollen till gevär hem från 10 meter. Men deras ansträngningar gjorde att Henrys hammarslag var ogenomträngligt.
Rapport från Pressföreningen.
Matchändar, Bolton Wanderers 2, Scunthorpe United 1.
Andra halvlek, Bolton Wanderers 2, Scunthorpe United 1.
Kevin van Veen (Scunthorpe United) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Kevin van Veen (Scunthorpe United).
Zach Clough (Bolton Wanderers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Stephen Dawson (Scunthorpe United) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Gary Madine (Bolton Wanderers).
Försöket räddades. James Henry (Bolton Wanderers) höger fotade skott från mitten av lådan sparas i mitten av målet.
Mål!  Bolton Wanderers 2, Scunthorpe United 1. James Henry (Bolton Wanderers) höger fotade skott från utsidan av lådan till nedre vänstra hörnet.
Ersättning, Scunthorpe United. Tom Hopper ersätter Paddy Madden.
Försök missade. Sam Mantom (Scunthorpe United) höger fotade skott från utsidan lådan är nära, men missar den övre högra hörnet.
Försök missade. Jay Spearing (Bolton Wanderers) höger fotade skott från utsidan boxen är bara lite för hög från en direkt frispark.
Sam Mantom (Scunthorpe United) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Sam Mantom (Scunthorpe United).
Tom Thorpe (Bolton Wanderers) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Sam Mantom (Scunthorpe United).
Derik (Bolton Wanderers) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Försök missade. Tom Thorpe (Bolton Wanderers) huvudet från mitten av rutan är nära, men missar till höger efter ett hörn.
Hörnet, Bolton Wanderers. Fångad av Stephen Dawson.
Foul av Charlie Goode (Scunthorpe United).
Gary Madine (Bolton Wanderers) vinner en frispark i defensiva halvan.
Försök missade. Gary Madine (Bolton Wanderers) höger fotade skott från höger sida av lådan är bara lite för hög.
Försök blockerat. Tom Thorpe (Bolton Wanderers) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Stephen Dawson (Scunthorpe United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av Sammy Ameobi (Bolton Wanderers).
Substitution, Bolton Wanderers. James Henry ersätter Zach Clough.
Försök blockerat. Jay Spearing (Bolton Wanderers) höger fotade skott utanför lådan är blockerad.
Sam Mantom (Scunthorpe United) vinner en frispark i anfallshalvan.
Foul av Sammy Ameobi (Bolton Wanderers).
Jordan Clarke (Scunthorpe United) visas det gula kortet för en dålig foul.
Foul av Jordan Clarke (Scunthorpe United).
Jay Spearing (Bolton Wanderers) vinner en frispark i anfallshalvan.
Ersättning, Scunthorpe United. Kevin van Veen ersätter Hakeeb Adelakun.
Andrew Taylor (Bolton Wanderers) visas det gula kortet för en dålig foul.
Hakeeb Adelakun (Scunthorpe United) vinner en frispark på vänsterflygeln.
Foul av Andrew Taylor (Bolton Wanderers).
Stephen Dawson (Scunthorpe United) vinner en frispark i den defensiva halvan.
Foul av David Wheater (Bolton Wanderers).
Hörnet, Bolton Wanderers. Sammankallad av Luke Daniels.
Försöket räddades. Gary Madine (Bolton Wanderers) höger fotade skott från höger sida av sex yard box sparas i nedre högra hörnet.
Ersätt James Henrys skadetidsvinnare vann Bolton en dramatisk seger över före detta ledare Scunthorpe.