James Fairburn gav bevis till en Westminster-kommitté på tisdag.
I februari konstaterades att en sändning nötkött som lagras i Freeza Meats innehöll hästkött.
Det tillhörde inte Freeza Meats och ingen av deras produkter testade positivt för hästkött.
Fairburn, som nu är pensionerad, sade att nötköttet tillhörde ett annat företag, McAdam Foods, och att hans firma har lidit.
Han berättade för parlamentsledamöterna att skandalen hade lett till att hans firma hade gått miste om order på flera miljoner pund och att 31 arbetstillfällen hade gått förlorade i Newry.
Förhört av parlamentsledamöterna i utskottet för miljö, folkhälsa och konsumentfrågor om hästköttskandalen beskrev Fairburn det som ett "bedrägeri" och sade att det var "som begicks av en stor organisation".
Han sade också att han misstänkte att det hade pågått under en tid.
Han berättade för parlamentsledamöter att den olagliga kötthandeln hade sitt ursprung i andra delar av Europa och inte kom från Storbritannien eller Irland.
Han avvisade ett förslag från den konservativa parlamentsledamoten Anne McIntosh om att "alla vägar leder till Irland".
Frågade om skandalen hade sitt ursprung i Irland sa Fairburn "inte alls".
Fairburn ställdes inför utfrågningar från konservativa parlamentsledamöter och arbetarparlamentsledamöter och den södra SDLP-ledamoten Margaret Ritchie.
Parlamentsledamöterna hörde också bevis från Food Standards Agency.
Tester som utförts på kött som lagrats hos Freeza Meats visade att prover från sändningen innehöll ca 80 % hästkött.
Den följde upptäckten av häst-DNA på en anläggning i Irland.
Newry och Mourne-rådet bekräftade att tester på frizaköttsburgare var fria från hästkötts-DNA.
Martin McAdam, vars företag ägde det förorenade köttet, sade att det var "tydligt ett problem" med deras polska leverantör.
Den tidigare direktören för ett Newry matföretag som stod i centrum för hästköttskandalen har sagt att hans firma inte gjorde något fel.