Sydafrikas jämställdhetsdomstol bötfällde Jon Qwelane $14.450 (8.920) och beordrade honom att be om ursäkt för att han främjade hat i kolumnen som publicerades 2008.
Rubriken "Ring mig namn men gay är inte OKAY", det orsakade ett uppror på den tiden.
Qwelane, som utsågs förra året till Uganda där homosexuella handlingar är olagliga, försvarade sig inte.
Korrespondenterna säger att resultatet av fallet är särskilt viktigt mot bakgrund av de senaste attackerna och våldtäkterna av lesbiska kvinnor i Sydafrika.
Till skillnad från i många afrikanska länder är homosexuella handlingar lagliga i Sydafrika och diskriminering på grund av sexuell läggning är förbjuden, men aktivister säger att homosexuella och lesbiska människor ofta attackeras i townships.
"Vi hoppas verkligen att detta fynd kommer att sända ett budskap till samhällsmedlemmar, ett budskap som säger att homosexuella och lesbiska människor har lika rätt till skydd av sin värdighet", sade Vincent Moaga, talesman för Sydafrikas kommission för mänskliga rättigheter, som inledde klagomålet mot Qwelane.
Sunday Sun bad officiellt om ursäkt för kolumnen efter klagomål efter dess publicering, men Mr Qwelane vägrade att göra en ursäkt.
Domstolen instämde i kommissionens argument att Qwelanes artikel, och den tecknad film som åtföljer den, hade främjat hat mot homosexuella och orsakat dem känslomässigt lidande.
Moaga sade att pengarna från böterna skulle doneras till organisationer för homosexuellas rättigheter.
BBC:s Pumza Fihlani i Johannesburg säger att Qwelane utsågs till ambassadör förra året, vilket väcker farhågor om att han skulle driva på spänningar i Uganda som har utsatts för intensiva internationella påtryckningar om planer på att skärpa lagarna mot homosexualitet.
Lagen om anti-homosexualitet, som infördes första gången 2009 och som ännu inte har röstats om i Ugandas parlament, syftar till att öka straffen för homosexuella handlingar från 14 års fängelse till livstid.
Man föreslår också dödsstraff för ett nytt brott mot "förvärrad homosexualitet" som definieras som när en av deltagarna är en underårig, hiv-positiv, funktionshindrad eller en "seriell gärningsman".
Sydafrikas ambassadör i Uganda, en före detta kolumnist för Sydafrikas Sunday Sun-tidning, har befunnits skyldig till hattal för en anti-gay-artikel.