Canon Jeremy Pemberton är en präst på Lincoln Hospital och har tillstånd att officiate och leder enstaka tjänster i Nottinghamshire.
Gayäktenskap blev lagligt i England och Wales förra månaden, men flytten stöddes inte av engelska kyrkan.
Biskopen av Lincoln sade att Pemberton hade blivit påmind om denna politik.
Pemberton, som beskriver sig själv som aktivist för hbtq-jämställdhet i kyrka och arbetsplats, gifte sig på lördag med sin långsiktiga partner.
De som stödde sociala medier förutspådde att han skulle bli den förste av många homosexuella präster som gifte sig.
Biskopen av Lincoln, den högra pastorn Christopher Lowson, sade: " Jag är medveten om att en medlem av prästerskapet som arbetar i Lincolns stift har gift sig med en partner av samma kön.
"Prästen i fråga skrev till mig i förväg för att förklara sin avsikt och vi hade ett senare möte där jag förklarade riktlinjerna för huset Bishops."
I en kommentar på Twitter i går kväll tackade Pemberton välönskningar men sa "Nay-sayers vi kan prata en annan gång" kanske?
En anglikansk sjukhuspräst har blivit vad man tror är den första medlem av prästerskapet i Storbritannien som har ett homoäktenskap.