Han planerar att sätta alla lokala polisenheter under federal kontroll.
Eleverna, alla traineelärare, försvann i september efter att ha deltagit i en protest i staten Iguala, Guerrero.
Deras försvinnande utlöste massprotester, och många var fortfarande inte övertygade om den officiella förklaringen att eleverna mördades av ett narkotikagäng.
I ett tv-tal sade president Pena Nieto att "Mexiko måste förändras".
Han aviserade förslag till en rad konstitutionella reformer som skulle göra det möjligt för landets 1.800 kommunala styrkor att upplösas och övertas av statliga myndigheter.
Reformerna skulle också göra det möjligt för kongressen att upplösa lokala regeringar infiltrerade av narkotikakarteller.
Översynen skulle inledas i Mexikos fyra mest våldsamma delstater, sade han - Tamaulipas, Jalisco, Michoacan och Guerrero.
Guerrero var där de 43 eleverna försvann den 26 september.
De hade attackerats av lokalpolisen i Iguala efter att ha deltagit i en arbetsrättsdemonstration.
Enligt president Pena Nietos planer skulle de tusentals lokala polisstyrkorna komma under kontroll av de 31 federala statsregeringarna och huvudstaden.
Korruption inom polisen, särskilt den kommunala polisen, är vanligt förekommande. Officerare erbjuds ofta pengar eller hotas av landets mäktiga narkotikagäng.
Viktiga föreslagna reformer:
Förslagen syftar också till att förenkla det sätt på vilket brott för närvarande hanteras på federal, statlig eller lokal nivå.
Vissa lokala polisstyrkor vägrar att ta itu med federala brott som narkotikahandel.
Reformerna kommer att läggas fram inför kongressen nästa vecka.
President Pena Nieto hade utsatts för omfattande kritik mot elevernas försvinnande, trots att han lovade att spåra de ansvariga.
Släktingar till de saknade har lett till massprotester över hela landet för att uttrycka sin ilska mot regeringen.
Den officiella förklaringen från de mexikanska myndigheterna är att eleverna mördades av ett narkotikagäng.
Gänget sägs vara i maskopi med borgmästaren i Iguala, Jose Luis Abarca, som har gripits inför anklagelser om att han beordrade polisen att konfrontera eleverna samma dag som de försvann.
Utredare sade att kommunala poliser erkände att de hade gripit eleverna och senare överlämnat dem till gänget.
Men elevernas familjer och deras anhängare säger att de inte är övertygade av den officiella versionen av händelserna.
De säger att de inte kommer att tro att eleverna är döda förrän det officiellt har bekräftats av argentinska rättsmedicinska forskare som arbetar med fallet.
Rättsmedicinska tester utförs på kroppar som finns i massgravar i Guerrero.
Under de senaste åren har tusentals människor försvunnit eller dödats efter att ha fångats upp av narkotikarelaterat våld.
Flera mord eller misstänkta kidnappningar har rapporterats under den senaste veckan:
Mexikos president Enrique Pena Nieto har meddelat planer på att se över landets kommunala polisstyrkor efter 43 studenters försvinnande.