20-åringen har hanterat skadan i omkring 18 månader, men har nu tvingats ordna en operation.
"Jag ser inte fram emot detta, men det måste göras om jag vill fortsätta min karriär på bästa möjliga sätt," Clayton berättade BBC Radio Jersey.
"Jag missade nog fem händelser med det, så det kommer att hjälpa i det långa loppet."
Clayton - som tillsammans med James Connelly - först drabbades av skadan under 18 brittiska mästerskapen 2012, en händelse han fortsatte att vinna.
Han hade smärtstillande injektioner i axeln, men problemet blossade upp igen under försäsongen och efter sin första turnering året, har han beslutat att följa medicinska råd och har operationen.
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
"Min specialist sa att rehab-programmet var riktigt bra och jag har gjort rätt saker.  Jag byggde upp musklerna väl och det är ner till att jag fortsatte spela så länge.
"Men min server påverkades verkligen av det i turneringen jag bara spelade och jag kämpade för att generera tempo. Serveringen är en av, om inte, största delen av spelet så jag måste verkligen reda ut det, "sade han.
"Jag är fortfarande ung och jag har inte poäng att försvara förrän i slutet av året verkligen, så det är den bästa tiden att göra det, även om det aldrig finns en bra tid att få det hända.
"Jag är på en bättre plats än jag var den här gången förra året mentalt, fysiskt och när det gäller min spelförmåga, så jag går in i det med rätt sinnesstämning och jag behöver bara få det sorterat.".
Jersey tennisspelare Scott Clayton står inför upp till sex månader av sporten när han förbereder sig för att genomgå operation på en långvarig axelskada.