Myndigheterna säger att mannen iscensatte sammandrabbningar med polisen under en stor protest i Seoul den 14 november.
Han Sang-gyun, chef för Korean Confederation of Trade Unions har varit i templet ända sedan protesten.
Monks varnade tidigare polisen för att tvinga sig in och sade att det skulle vara ett brott mot deras religiösa rättigheter.
I början av kvällen, kort efter det att en deadline gått för att ge upp, stängde polisen av Jogye-templet i centrala Seoul och inledde operationen för att arrestera Mr Han.
De som protesterade i november hade en rad olika klagomål, från president Park Geun-hyes affärsvänliga ekonomiska politik, till ett beslut att tvinga landets skolor att bara använda statsgodkända historieböcker.
Rallyt såg sammandrabbningar mellan polisen med hjälp av pepparsprej och vattenkanon, och demonstranter, av vilka några var beväpnade med metallrör och vässade bambupinnar.
Det oförsonliga polissvaret föranledde en mindre demonstration på lördagen - 14 000 människor, i stället för de 60.000 som beräknades vid novembermötet - att kräva en ursäkt från presidenten.
Park hade dragit åt sig fackföreningarnas och jordbrukarnas vrede för att ha planerat att göra det lättare att avskeda arbetstagare och att begränsa lönerna till högre tjänstemän. Många av hennes arbetsmarknadspolitik är dock mer populär bland allmänheten, enligt opinionsundersökningar.
BBC:s Stephen Evans i Seoul säger att det finns en alltmer bitter uppdelning mellan Sydkoreas centerregering och dess vänsterkritiker, som anklagar landet för att minska demokratin.
Hundratals poliser har inlett en operation för att arrestera en fackföreningsledare som har tagit sin tillflykt till ett buddhistiskt tempel i Seoul.