Premiärminister Malcolm Turnbulls konservativa koalition har en majoritet av en plats i parlamentet.
Oppositionen Labour Party kom inom en enda röst att kräva en kunglig kommission i australiska banker.
I slutet av det nya parlamentets första vecka är resultatet en förlägenhet för Turnbull.
Det ses som att det undergräver regeringens påstående om att ha en "stark arbetande majoritet".
Tre högre ministrar - Peter Dutton, Christian Porter och Michael Keenan - var bland koalitionen parlamentsledamöter inte i nedre huset när Labor bestämde sig för att göra en överraskning test av regeringens makt.
Deras frånvaro innebar att oppositionen vann tre på varandra följande förslag: först överraskande parlament mot ajournering vid den vanliga tiden 16:30.
Andra och tredje röster förde i själva verket fram en fjärde omröstning om en kunglig kommission till australiska banker.
Oppositionen har drivit på för detta efter en rad anklagelser om tjänstefel inom banksektorn.
Som svar på detta återkallades parlamentsledamöter från flygplatser och vände tillbaka på returenheter till Sydney.
Regeringen återfick sedan kontrollen över parlamentet för att upphäva förslaget.
Turnbull sade att flytten avslöjade en viss självbelåtenhet bland hans kolleger och att han hade "läst upploppsakten" för ministrarna.
"Ett antal av våra medlemmar borde inte ha lämnat byggnaden," sa han 3AW radio.
"De gjorde fel, de vet att de gjorde fel.
"De har fångats ut. De har blivit generade. De har blivit förödmjukade. De har blivit utpressade och det kommer inte att hända igen."
Labour frontbencher Anthony Albanese sa till Nine Network: "Om du inte kan styra parlamentet, kan du inte styra landet."
"Det var en fars igår, det visar sig som ett exempel på hur orörd denna regering är, den har ingen agenda, den har inga idéer och nu har den inte kontroll över representanthuset."
Skattmästare Scott Morrison avfärdade taktiken som en "stunt" medan Labor MP Michael Dandby sade flytten var en "legitim politisk taktik".
Före detta premiärminister Tony Abbott, nu en backbench MP, sade att det skulle vara en lärande upplevelse för många människor.
"Alla vi lär oss lektioner hela tiden, oavsett om du är en journalist, en ledamot av parlamentet, en piska eller ens en premiärminister", sade han.
Australiens premiärminister har sagt att han "läser upploppsakten" till tre ministrar efter att de gick hem tidigt, vilket innebär att hans regering förlorade en rad röster.