Sammanslagningen skulle skapa världens största flygbolag.
Som en del av avtalet, som fortfarande måste godkännas av en domare, kommer flygbolagen att avstå från ankomst- och avgångstider vid flera amerikanska flygplatser.
De två företagen hävdade att konsolideringen var nödvändig för deras överlevnad.
Det amerikanska justitiedepartementet hade stämt för att stoppa sammanslagningen på 1 miljard dollar (6,9 miljarder pund) i augusti, med argumentet att den skulle minska konkurrensen och resultera i högre priser för konsumenterna.
"Detta avtal har potential att förändra landskapet för flygbolag...[och] ser till att flygpassagerare kommer att se mer konkurrens på nonstop och anslutande linjer i hela landet," sade justitieminister Eric Holder i ett uttalande.
De två flygbolagen kommer vardera att ge upp 57 ankomst- och avgångstider till lågprisbolag på Ronald Reagan International Airport i Washington DC och 34 ankomst- och avgångstider på LaGuardia Airport (LGA) i New York City.
Företagen säger att detta kommer att resultera i 44 färre dagliga avgångar vid Reagan och 12 färre dagliga avgångar vid LGA - en bråkdel av de närmare 400 dagliga flygningar som flygbolagen trafikerar från dessa två flygplatser.
"De dominerade Reagan flygplats, det är därför de hade Department of Justice berörda," Ray Neidl, en flygbolag analytiker på Nexa Capital, berättade BBC, som sade att ge upp ankomst-och avgångstider på flygplatsen var en föga förvånande del av avtalet.
"Det var bättre än att ställa frågor", tillade han.
Ytterligare två slots vardera på Boston Logan International, Chicago O'Hare International, Dallas Love Field, Los Angeles International och Miami International flygplatser kommer att släppas.
Slotsen kommer att ges till lågprisbolag som JetBlue och Southwest.
"Detta avtal gör att vi kan ta de sista stegen för att skapa nya American Airlines", sade Tom Horton, chef för American Airlines moderbolag, AMR, i ett uttalande.
Företaget säger nu att man förväntar sig att fusionen slutförs i december 2013.
AMR Corp har varit med om en konkursomstrukturering i två år och man hoppas att företaget kommer att kunna slutföra sin omstrukturering när fusionen är slutförd.
Aktierna i US Airways handlade 3,5 % högre innan de stoppades på väntande nyheter. De var lägre när detaljerna i affären hade tillkännagetts.
Trusträttegången skulle inledas senare denna månad.
USA:s justitiedepartement hade anslutit sig till den allmänna åklagaren i Arizona, Florida, Pennsylvania, Michigan, Tennessee, Virginia och District of Columbia, men alla har gått med på den föreslagna uppgörelsen.
American Airlines och US Airways har tillsammans med de amerikanska tillsynsmyndigheterna beslutat om en antitruståtgärd som banar väg för slutförandet av den föreslagna fusionen.