I ett inlägg på hans Facebook profil Mr Zuckerberg sade att han hoppades att tillkännage åtgärder för att ta itu med falska historier "snart".
Han sa att detta arbete "ofta tar längre tid än vi skulle vilja för att bekräfta förändringar vi gör kommer inte att införa oavsiktliga biverkningar eller partiskhet".
Och han sa att mer än 99% av innehållet på Facebook "är äkta".
"Bara en mycket liten mängd är falska nyheter och bluffar. De bluffar som existerar är inte begränsade till en partisan åsikt, eller ens till politik, "tillade han.
Han sade att det gjorde det extremt osannolikt bluffar "förändrade resultatet av valet i en eller annan riktning".
Zuckerberg fortsatte: "Med detta sagt vill vi inte ha några bluffar på Facebook. Vårt mål är att visa människor det innehåll de kommer att finna mest meningsfullt, och människor vill ha korrekta nyheter.
"Vi har redan lanserat arbete som gör det möjligt för vår gemenskap att flagga bluffar och falska nyheter, och det finns mer vi kan göra här. Vi har gjort framsteg, och vi kommer att fortsätta att arbeta med detta för att förbättra ytterligare."
Vissa data har visat att falska berättelser var mycket mer allmänt delas på plattformen än uppföljning berättelser debunking påståendena.
För ett ökande antal människor, särskilt amerikaner, Facebook blir den främsta källan till nyhetsbevakning.
Webbplatsens News Feed är speciellt utformad för att visa användare innehåll som den tror kommer att vara av mest intresse, skapa vad vissa beskriver som en "filterbubbla" som förstärker en persons syn utan att injicera skillnader i åsikter.
Tidigare i år anklagades Facebook för att vara anti-Trump efter att det påstods att dess mänskliga moderatorer var för liberala historier som framträdde i människors "tråkiga berättelser" box.
Samtidigt förneka detta påstående, platsen gjorde sparka sitt mänskliga team, i stället förlita sig enbart på en algoritm för att avgöra vilka historier visade sig vara mest populära.
José María Zuckerberg sade att man måste vara försiktig med alla nya förändringar av det sätt på vilket bluffar och falska nyheter flaggades.
"Detta är ett område där jag anser att vi måste gå mycket försiktigt framåt", sade han.
"Att identifiera "sanningen" är komplicerat. Medan vissa bluffar kan vara helt debunked, en större mängd innehåll, inklusive från vanliga källor, ofta får den grundläggande idén rätt men vissa detaljer fel eller utelämnas.
"En ännu större mängd berättelser uttrycker en åsikt som många inte kommer att hålla med om och flagga som felaktig även när fakta.
"Jag är säker på att vi kan hitta sätt för vår gemenskap att berätta för oss vilket innehåll som är mest meningsfullt, men jag tror att vi måste vara extremt försiktiga med att själva bli skiljedomare av sanningen."
Mark Zuckerberg har sagt att Facebook kommer att göra mer för att ta itu med falska nyheter, och återigen förnekade det hade på något sätt hjälpt Donald Trump presidentval seger.