Stephen Kavanagh sade också flygbolaget gick bara in i ett prisarrangemang för att flyga ut från flygplatsen.
BIA stämmer Aer Lingus för £20m i skador över övergången till George Best Belfast City Airport 2012.
En tvist om villkoren för ett avtal som sägs ha nåtts i juni 2007.
Det följde månader av förhandlingar eftersom flygbolaget försökte upprätta en bas utanför Irland.
De frågor som diskuterades sades innefatta avgiftssatser och 900 000 pund i startstöd för de tre Airbus A320-länderna under de första tre åren.
Enligt BIA flyttade flygbolaget sedan sin Belfast-verksamhet i strid med ett bindande tioårigt avtal.
Men Kavanagh avvisade denna bedömning vid utfrågningen på torsdag.
Frågade om påståenden hans företag var skyldig att stanna på Belfast International i 10 år, svarade han: "Aer Lingus såg ett prisförslag, baserat på en inledande tre flygplan bas.
"Det var det som informerade vår affärsutveckling och analys, och det är den grund som vi arbetade på från december 2007 tills vi lämnade Aldergrove.
"Prissättningen följdes och betalades fullt ut."
En advokat för Aer Lingus förhörde honom vidare i en tvist om huruvida flygbolaget lidit ekonomiskt från sin tid vid BIA.
"Jag kan vara absolut och kategoriskt att Aer Lingus förlorade en betydande summa pengar i sin verksamhet i Belfast Aldergrove", svarade han.
"När det gäller vår vinst var det negativa 44 miljoner [euro]. När det gäller de kostnader som direkt gällde för driften av basen var den 21 miljoner [euro]."
Skillnaden mellan de två siffrorna baserades delvis på företagens omkostnader, sade han.
"Utan tvekan var operationen förlustbringande", sade han.
"Målet var inte bara att undvika förluster, utan målet var att generera en positiv avkastning på investerat kapital.
"Så, inte bara var vi långt ifrån att bryta jämnt, men vi var mycket misslyckas i vårt investeringsförslag."
Domaren fick veta att situationen var i "stark kontrast" till andra Aer Lingus baser effektivt subventionerar förluster i Belfast.
Flygchefen sa att BIA var medveten om vad som hände.
Av de nio rutter som lanserades på flygplatsen ställdes fem slutligen in på grund av förlusterna, som domstolen hörde.
Kavanagh beskrev Aer Lingus förhållande till BIA under de första åren som ett partnerskap som båda sidor försökte få till stånd.
Han hänvisade till samtalen 2007 och sade: " Diskussionerna baserades på prisförslag [för] en inledande tre flygplansbas."
Fallet fortsätter.
Aer Lingus förlorade upp till 44 miljoner euro (32 miljoner pund) från att ha en bas på Belfast International Airport (BIA), dess verkställande direktör har meddelat en domstol.