Perry, 19, gjorde sin första lagdebut i Football League Trophy i augusti innan han spelade i 1-0 seger över Grimsby i FA Cup i november.
Liverpool-födde midfielder kom genom Wanderers' akademi och var en stamgäst i klubbens Under-23 sida.
Bolton, som befordrades från League One förra säsongen, har släppt full-back Callum Spooner.
Unge midfielder Alex Perry har tecknat ett första professionellt kontrakt med mästerskapssidan Bolton Wanderers.