En 70-årig man som smittats av myggviruset dog i februari, sade Puerto Ricos hälsovårdssekreterare.
Det amerikanska territoriet har noterat mer än 600 zikafall, varav 73 av dem som inbegriper gravida kvinnor.
Zika har kopplats till allvarliga fosterskador, särskilt i Latinamerika, såsom barn som föds med underutvecklade hjärnor.
Hälsosekreterare Ana Rius sade att alla 14 gravida kvinnor infekterade med Zika som har fött barn har friska barn.
Sjutton människor på ön har varit på sjukhus, US Centers for Disease Control (CDC) sade.
Fem tros ha utvecklat en tillfällig förlamning tillstånd som kallas Guillain-Barre på grund av Zika, även om den länken är obevisad.
Zika utbrott: Vad du behöver veta
Skulle det vara fel att utrota myggor?
"Patienten dog av komplikationer relaterade till svår trombocytopeni," CDC sade.
"Även om Zika virusrelaterade dödsfall är sällsynta, den första identifierade dödsfall i Puerto Rico belyser risken för allvarliga fall, liksom behovet av fortsatt uppsökande för att öka vårdpersonalens medvetenhet om komplikationer som kan leda till allvarlig sjukdom eller död."
Det första kända dödsfallet i USA för zikaviruset har registrerats i Puerto Rico, säger hälsovårdstjänstemän.