Han har inlett ett samråd för att försöka nå en överenskommelse om hur universiteten ska betalas.
Samrådet har kallats "den stora konversationen".
I plenarförsamlingen sade Farry att Nordirland var den enda delen av Förenade kungariket som aktivt "avstod" från att investera i högre utbildning.
Samrådsprocessen kommer att omfatta ett antal evenemang och onlinepresentationer för att söka yttrande från studenter, universitetsanställda, fackföreningar och allmänheten.
Knappt 40 % av finansieringen till Queen's University, Belfast (QUB) och Ulster University kommer direkt från Stormonts avdelning för sysselsättning och lärande (DEL).
Universiteten drabbades dock av nedskärningar på mer än 16 miljoner pund i finansiering från DEL 2015/16, vilket följde på nedskärningar i finansieringen under tidigare år.
Ulster University ger cirka 200 jobb under 2015/16 och 1 200 studentplatser under de kommande tre åren, medan Drottningens universitet i april meddelade att det minskade 236 jobb under 2015/16 och 1 010 studentplatser under de kommande tre åren.
Ulster University stängde också ett antal kurser och institutioner inklusive deras School of Modern Languages i Coleraine, County Londonderry.
Universiteten får också cirka 30 % av sin årliga finansiering från studieavgifter för studenter, som för närvarande är 3,805 pund per år för studenter från Nordirland.
Vissa studenter studerar också för examina vid vidareutbildningshögskolor, och denna budget sänktes också i år med cirka 12 miljoner pund.
DEL:s budget minskades med 62 miljoner pund tidigare i år, och dess budget för högskolor sjönk från 203 miljoner pund till 186 miljoner pund, en minskning med 8,2 procent.
Farry sade att status quo inte längre var ett alternativ med tanke på dess betydelse för den lokala ekonomin och det faktum att knappt hälften av ungdomarna i Nordirland gick in i högre utbildning.
Under senare frågor uttryckte ett antal MLA, däribland Phil Flanagan från Sinn Féin, Jim Allister från traditionsunionens röst (TUV) och Basil McCrea från NI21, oro över en eventuell höjning av studieavgifterna.
Som svar sade Farry att han hade ett "öppet sinne" och att "detta är inte ett samtal om huruvida vi har avgifter eller inte".
"Alla alternativ måste vara på bordet och avgifter är bara en av många alternativ som vi står inför. Detta är inte en genomförd deal process."
Samrådet avslutas den 23 oktober, och Farry sade att han ville lägga fram alternativ för Nordirlands verkställande direktör i höst.
Det sätt på vilket den högre utbildningen finansieras i Nordirland är "inte längre hållbart", har sysselsättnings- och inlärningsminister Stephen Farry sagt.