Vicki Russell berättade för CBC att Air Canada stötte henne från 1 April Toronto-till-Miami flygning som hon hade bokat två månader i förväg.
Till följd av detta missade hon sitt anslutningsflyg för att möta kryssningsfartyget.
Ms Russell har sedan dess fått ersättning för C$800 (US$592; Â£463) från flygbolaget.
Hon säger att allt gick enligt planen tills en agent berättade för henne ungefär två timmar efter att hon checkat in och fått sitt boardingkort att flygningen var överbokad och hon inte hade en giltig biljett.
Trots att hon visade sina resedokument och fick researrangören att mejla sitt resekvitto för att bevisa att biljetten var giltig, lämnade flyget utan henne.
"Det var oerhört upprörande," Ms Russell berättade CBC. "Kvinnan kunde inte ha varit mer oförskämd, fientlig. Under alla mina resor har jag aldrig haft en resenär som behandlar mig så illa."
Hon skickades till Air Canada kundservice på flygplatsen för att hitta ett nytt flyg till Miami. När hon sågs av en agent, fanns det inga flyg som gjorde det möjligt för henne att göra anslutningen. Hon fick också vänta på att få tillbaka sitt incheckade bagage.
Hon lämnade in ett klagomål för att ha missat sin "drömsemester" med Air Canada nästa dag.
Den $ 10.000 National Geographic kryssning, organiserad av Lindblad Expeditions, turer den berömda Stilla havets skärgårds varierande öar och livsmiljöer.
En talesman för Lindblad Expeditions sade på fredag att de har varit i kontakt med Ms Russell under hela situationen och har bokat om sin expedition utan kostnad, inklusive flygresor från Miami till Galapagos.
Air Canada bekräftade att flygningen var översåld.
Men flygbolaget sa att deras agenter spenderade "en hel del tid" på att titta på alternativ för Ms Russell, inklusive utforska "utanför lådan" lösningar för att få henne direkt till Galapagosöarna trots hennes flygbiljett utfärdas endast till Miami. De noterade att de återbetalade hennes ursprungliga pris och betalade ersättning.
"Detta är en mycket beklaglig situation och vi beklagar att detta inträffade", sade en Air Canada talesman i ett uttalande.
Flygbolagens praxis att stöta passagerare från flygningar har varit under granskning sedan filmerna av United Airlines passagerare David Dao med våld tas bort från ett flyg som gjorts rubriker över hela världen.
Efter denna händelse upprepade Kanadas federala regering sitt löfte att lägga fram en lag om passagerares rättigheter i vår.
Det förväntas inkludera ersättningsregler för dem som nekas ombordstigning på grund av faktorer som ligger inom transportörens kontroll.
Den kanadensiska transportbyrån får i genomsnitt omkring 50 klagomål om året från passagerare som säger att de nekats ombordstigning.
En kanadensisk kvinna missade en "livstidsresa" Galapagos kryssning efter att ha blivit knuffad från ett flyg.