Steve Huffman sade att han inte hade skapat nyhetskommentaren "att vara en bastion av yttrandefriheten, utan snarare som en plats där öppna och ärliga diskussioner kan äga rum".
Han lovade att ge ytterligare detaljer på torsdag.
En expert sade att planen förmodligen skulle rasa många av webbplatsens användare.
Förra veckan avgick Reddits tidigare chef, Ellen Pao, efter en online-ansökan där hon begärde avsked, och fick mer än 213 000 underskrifter.
Petitionen hade anklagat Pao för att leda platsen in i en "ny tidsålder av censur" efter att fem "subreddit communities" som drivs av volontärer hade förbjudits för att ha misslyckats med att ta itu med "trakasseringen av individer".
Men en av Reddits tidigare chefer - som inte längre arbetar för företaget - har sedan dess föreslagit att Pao var mindre intresserad av att begränsa användarnas verksamhet än många av hennes kritiker hade antagit.
"Vid minst två olika tillfällen, pressade styrelsen [Ms Pao] att helt förbjuda alla hat subreddits i en svepande utrensning. Hon gjorde motstånd", skrev Yishan Wong.
"Hon skulle förmodligen ha tolererat din existens så länge du inte orsakade några problem. Jag vet att hennes långsiktiga strategier var att hitta sätt att nå ytan och ge publicitet åt Reddits goda delar - att låta de dåliga delarna existera men hålla dem borta från rampljuset."
Reddit lockade mer än 163 miljoner besökare förra månaden, enligt sina egna siffror, vilket gör det till en av nätets mest populära destinationer.
Huffman var med och grundade Reddit 2005 och tillkännagavs som ny chef för webbplatsen förra veckan efter Paos avgång.
I ett meddelande som lades ut på webbplatsen på tisdagen, sade han sin högsta prioritet var att utveckla en "omfattande innehållspolitik" och verktyg för att genomdriva den.
"Den överväldigande majoriteten av innehållet på Reddit kommer från underbara, kreativa, roliga, smarta och fåniga samhällen. Det är det som gör Reddit fantastiskt", skrev han.
"Det finns också en mörk sida, samhällen vars syfte är klandervärt, och vi har ingen skyldighet att stödja dem. Och vi anser också att vissa samhällen som för närvarande befinner sig på plattformen inte alls bör vara här.
– Vi som gemenskap måste tillsammans bestämma vilka våra värderingar är. Därför kommer jag att vara värd för en AMA [Fråga mig Vad som helst] på torsdag."
Mer än 14,000 kommentarer har publicerats under tillkännagivandet av webbplatsens användare. Vissa stöder hans agerande, andra föreslår att det kommer att förstöra samhället.
Flera medlemmar sade att de nu avsåg att byta till Voat - en rivaliserande webbplats som lovar att "inte lägga sig i och inte censurera innehåll" om det inte är olagligt.
En analytiker sade att det var oundvikligt att Huffmans planer skulle reta upp många av Reddits användare, men tillade att det inte nödvändigtvis var en dålig sak.
"När du försöker formalisera saker som har dykt upp som en organisk röra, det finns absolut en risk att du kommer att förlora en hel del av kärnan i vad du var och alienera ett stort gäng användare," sade Mark Mulligan, från Midia Research.
"Men Reddit har haft ett par år av otroligt stark tillväxt när det gäller profil och inflytande, och på många sätt är det ett bra tillfälle att ta detta spel, eftersom det har fart.
"Om du har fart, du har råd att förlora en del av en generation av användare eftersom du kan vara säker på att locka en ny generation och så kan forma företaget för att bättre passa ägarnas och ledningsgruppens moraliska kompasser."
Reddits nya chef har bekräftat att han planerar att vidta nya åtgärder mot delar av webbplatsen som innehåller offensivt och obscent innehåll.