Lagen om järnvägspolitik (Skottland) är det första steget mot att den nationella styrkan tar på sig ansvaret för den brittiska transportpolisen i Skottland.
Ledamöterna i utskottet för rättsliga frågor har ställt sig bakom förslaget, även om de delades upp på den slutliga rekommendationen.
Både de konservativa och Labour argumenterade mot sammanslagningen och uttryckte farhågor från BTP:s och fackföreningarnas sida.
MSP gick med på de allmänna principerna i lagstiftningen med 66 röster mot 44, med De gröna och Lib Dems som stöd för SNP - även om Lib Dems inciderade skulle de försöka göra ändringar i utskottsskedet.
Den skotska regeringen har länge velat integrera järnvägspolisen i den enda nationella styrkan och lade fram ett lagförslag för detta ändamål i december 2016.
Järnvägspolislagen (Skottland) skulle ge den skotska polismyndigheten och den skotska polismyndigheten ytterligare befogenheter, men det skulle behövas ytterligare lagstiftning i Holyrood och Westminster för att överföra personal, fastigheter och gränsöverskridande polisfunktioner.
En rapport från rättsutskottet stödde de allmänna principerna i lagförslaget, men medlemmarna delades efter att ha hört majoriteten av de svarande i deras undersökningar motsätter sig planerna.
Vittnen inklusive BTP chefskonstapel Paul Crowther har varnat för att en sammanslagning kan visa sig vara en "verklig utmaning", säger att det kan orsaka ett "betydande utflöde av expertis", men Polisen Skottland har sagt att en fusion skulle vara "komplicerad men inte oöverstiglig".
Transportminister Humza Yousaf sade att han var "mycket nöjd" med utvecklingen av lagförslaget, tillade att regeringen hade "lyssnat nära" till oro.
Han sade: " Att integrera BTP i Skottland i Polis Skottland kommer att ytterligare öka säkerheten för passagerare och järnvägspersonal, och våra planer kommer att tillhandahålla järnvägspoliser som är mer ansvariga inför det skotska folket.
"Propositionen kommer också att ge mer gemensam service över vår nyckelinfrastruktur och med lokal samhällspolis."
De konservativa och det skotska labourpartiet har motsatt sig sammanslagningen och röstat emot att stödja den i rättsutskottet och i kammaren. Lib Dem och Green MSP i utskottet stödde dock lagförslaget och i kammaren, trots vissa orosmoment.
Scottish Conservative Justice talesman Douglas Ross uttalade sig mot sammanslagningen och beskrev den som en "helt onödig rörelse, inspirerad av nationalism snarare än nationell säkerhet".
Och hans Tory kollega Oliver Mundell tillade: "Detta är bara ännu en illa genomtänkt makt grepp, drivs inte av logik utan av en ideologisk och konstitutionell besatthet av kontroll. Det är förändring för förändrings skull."
Labours rättstaleskvinna Claire Baker sade att regeringen verkade "fast besluten att driva igenom sin lag genom parlamentet", och uppmanade dem att stoppa planerna.
Hon sade: "Vi har hört många farhågor från BTP, personal, fackföreningar och järnvägsleverantörer som inte har behandlats fullt ut av SNP. Det finns tydliga operativa och allvarliga finansiella frågor som fortfarande inte besvaras av regeringen.
"Vi har redan i Skottland ett transportpolissystem som fungerar och tjänar oss väl, men detta lagförslag riskerar det. Med oro över det finansiella memorandum som bifogas detta lagförslag, kan detta visa sig vara ett kostsamt sätt att åtgärda ett problem som inte bryts. "
Scottish Green MSP John Finnie, som stödde planerna i rättsutskottet, erkände oron men sade att det skulle finnas ett helt samordnat system om förslagen gick vidare.
Lib Dem medlem Liam McArthur sade fusionen var den "största risken" bland de alternativ som lagts fram, men sade lagförslaget bör tillåtas att gå vidare till nästa steg för att ministrarna ska kunna ta itu med problem.
Tidigare, Mike Hogg av RMT facket sade fusionen gjorde "ingen logisk eller ekonomisk mening". Han berättade för BBC:s program Good Morning Scotland: "Vi tror att det finns en verklig risk att förlora denna expertis. Vi fruktar att den brittiska transportpolisen kommer att bli uppslukad."
Under första etappen av debatten sade Yousaf att det hade förts "konstruktiva" samtal med fackföreningarna om planerna.
MSP ska för första gången diskutera lagstiftning som syftar till att integrera järnvägspolisen i polisen i Skottland.