Men i en separat undersökning, den stad där tjänstemän planerar att genomföra en vetenskaplig prövning, röstade för att förkasta förslaget.
Den planerade utgåvan ses som ett viktigt test för teknikens acceptans i USA.
Florida har rapporterat mer än 1100 fall av Zika i år.
Brittiska bioteknikföretaget Oxitec planerar att utvärdera effektiviteten hos deras konstruerade myggor för att bekämpa viruset.
De vill släppa lös haninsekter över en 17-hektars region i Key Haven, en liten förort som ligger på en ö på Floridas södra spets.
Zika överförs av Aedes aegypti mygga. Tanken är att Oxitecs hanmyggor (som inte biter) parar sig med vilda honor, men genetisk modifiering säkerställer att alla avkomma inte överlever förrän vuxenlivet.
Successiva utsläpp över hela grannskapet bör orsaka Aedes aegypti populationer att krascha.
Den icke-bindande undersökningen i Monroe County, som omfattar Florida Keys och en stor del av Everglades National Park, frågade: "Är du för Florida Keys Mosquito Control District som genomför en effektivitetsprövning i Monroe County, Florida, med hjälp av genetiskt modifierade myggor för att undertrycka en invasiv mygga som bär myggburna sjukdomar?"
Väljarna i Key Haven tillfrågades specifikt om hur GM-myggor släpptes ut i deras stad.
Omkring 58% av väljarna i Monroe County föredrog rättegången. Men i Key Haven opponerade sig 65 % mot frigivningen.
Resultatet av undersökningen den 8 november kommer att läggas på styrelsemedlemmar som ansvarar för Florida Keys Mosquito Control District. De kommer att använda resultaten för att avgöra om de ska gå vidare med den vetenskapliga prövningen vid ett möte den 19 november.
Dr Derric Nimmo, som har lett Oxitecs föreslagna rättegång i Key Haven, berättade för BBC News: "Nyckel Haven valdes för cirka fyra år sedan, baserat på det faktum att det är omgiven av vatten och det är en nästan perfekt vetenskaplig plats där du har ett kontrollområde där du inte gör några utsläpp, ett område där du kan göra utsläpp, och en buffertzon däremellan.
"Du vill inte att vilda kvinnliga myggor kommer in i området, eftersom de kommer att påverka kvaliteten på resultaten."
Oxitec har tidigare genomfört fem försök i tre olika länder - Caymanöarna, Panama och Brasilien, där Dr Nimmo säger att företaget uppnår en minskning av myggpopulationer på 90 procent eller mer.
Aedes aegypti är en urban mygga som kan föröka sig i kroppar av stående vatten, så liten som en flasklock. Dess larver kan finna tillflykt inomhus, utom räckhåll för program för besprutning av insektsmedel.
Men en del av invånarna ville att rättegången skulle avbrytas; de har oroat sig för potentiella oförutsedda konsekvenser av att släppa ut labbinsekter i naturen.
Mila de Mier, en Florida mäklare som har grundat en oppositionsgrupp som heter Never Again, berättade för BBC News: "Denna teknik behandlas som en djurdrog, men vi anser att den bör behandlas som en mänsklig drog."
Hon tillade att "när man minskar populationen av Aedes aegypti kan en annan aggressiv myggart komma in och bli etablerad - som den asiatiska tigermyggan".
Men dr Nimmo betonade: "Vi har haft sex års utsläpp, med miljontals manliga myggor, och det har inte förekommit några rapporter om några negativa effekter."
"Det är viktigt att vi är så öppna som möjligt... vi har försökt att ge människor fakta och information så att de kan göra ett välgrundat val."
Följ Paul på Twitter.
Väljare över ett Florida County har signalerat sitt godkännande för att släppa ut genetiskt modifierade myggor i ett försök att bekämpa Zika virus.