Händelsen inträffade i den andra halvan, som Barnsley vann 3-1 för att försegla befordran tillbaka till mästerskapet.
"En förändring mellan ett litet antal fans inträffade", sade New Scotland Yard. "Inga gripanden har gjorts i detta skede och undersökningarna fortsätter."
Fotbollsföreningen och Millwall har båda fördömt de inblandade.
Londonklubben sade i ett uttalande på sin hemsida: "Millwall Football Club beklagar handlingar av en liten minoritet av sina fans under den andra halvan av söndagens League One play-off final.
"Sånt beteende är oacceptabelt och alla som har gjort sig skyldiga till oordning kommer att ställas inför livstidsförbud från fotbollsklubben."
I ett FA - uttalande hette det: " FA fördömer den oordning som orsakas av ett litet antal fans. Vi kommer att ha ett nära samarbete med klubbarna, fotbollsförbundet och Met-polisen för att identifiera de inblandade och vidta lämpliga åtgärder.
"Vi vill ta tillfället i akt att berömma våra förvaltares och polisens agerande, som reagerade ansvarsfullt under provokation."
Polisens uttalande tillade: "The Metropolitan Police Service kommer att genomföra en översyn och kommer att samarbeta med fotbollsförbundet och de två berörda klubbarna för att identifiera de ansvariga och vid behov vidta lämpliga åtgärder."
Polisen ska göra en recension efter att Millwalls fans var inblandade i publikproblem under League One play-off finalen med Barnsley på Wembley.