Den tillväxt som var bättre än väntat kom efter att de offentliga utgifterna hade ökat, vilket bidrog till att uppväga svagheten i företagens investeringar och export.
Kapitalutgifterna minskade med 1,4 % under kvartalet, vilket tyder på att företagen fortfarande är ovilliga att spendera.
Japans referensindex Nikkei 225-index sjönk något till 16644,69.
Det bredare Topix-indexet hamnade 0,2% på 1.338.38.
Trots att BNP-talet är bättre än väntat är analytikerna oroade över utsikterna för konsumenternas utgifter, som står för cirka 60 % av BNP.
Det kan ta en smäll om premiärminister Shinzo Abe går över till att höja landets omsättningsskatt till 10 procent från nuvarande 8 procent.
Japans tidning Nikkei rapporterade denna vecka att Abe planerar att skjuta upp flytten och kommer att tillkännage sitt beslut efter G7-mötet senare denna månad.
Andra börser i Asien var lägre före offentliggörandet av den amerikanska centralbanken möte minuter senare på onsdagen.
Investerare letar efter vägledning om vad och när Federal Reserve nästa steg kommer att bli.
Många investerare förutspår nu att Fed kan höja räntorna vid sitt junimöte efter en ny run av positiva ekonomiska uppgifter.
Hong Kongs Hang Seng-index sjönk med 1,5 % till slutet på 19 826,41 medan Shanghai Composite på fastlandet sjönk med 1,3 % till 2,807,51.
Australiens S&P/ASX 200-index minskade med 0,7 % till 5,356,20, medan Sydkoreas referensindex Kospi sjönk med 0,6 % till 1 956,73.
Japanska aktier stängde lite förändrats efter data visade ekonomin undvek en recession, växer i en årlig takt på 1,7% under det första kvartalet av året.