Gruppens rapport State of Nature 2016 säger att 18 % av fjärilarna, 15 % av trollsländorna och 13 % av växterna dör ut.
I hela Storbritannien riskerar 13 % av de arter som bedöms att försvinna.
I betänkandet efterlyses "betydande investeringar i miljön för att säkerställa en förbättring från år till år".
Det sägs att förändringar i jordbruksmetoderna - inklusive användningen av bekämpningsmedel och förlusten av häckar - är bland de största faktorerna bakom den "breda nedgången" i naturen.
Den brittiska rapporten State of Nature 2016 kommer att lanseras av Sir David Attenborough i London på onsdag.
Den kommer senare att följas av separata lanseringar i Edinburgh, Belfast och Cardiff.
Sir David sade: " Naturen befinner sig i allvarliga svårigheter, och den behöver vår hjälp som aldrig förr.
"Rallyutlysningen som utlysts efter rapporten State of Nature 2013 har främjat spännande och innovativa bevarandeprojekt. Landskapen restaureras, speciella platser försvaras, kämpande arter räddas och förs tillbaka.
– Men vi måste bygga på denna utveckling avsevärt om vi ska kunna skapa en ljus framtid för naturen och för människor. Naturens framtid är hotad och vi måste arbeta tillsammans; regeringar, naturvårdare, företag och individer, för att hjälpa den."
Evenemanget i Edinburgh kommer att hållas på Holyrood Hotel och kommer att närvara av miljöminister Roseanna Cunningham, samt ledande bevarande- och forskningsorganisationer.
Cunningham sade: "I denna rapport betonas de utmaningar som väntar när det gäller att bevara Skottlands underbara natur.
"Den skotska regeringen är fast besluten att driva på Skottlands strategi för biologisk mångfald, 2020-utmaningen för Skottlands biologiska mångfald och dess åtföljande färdplan till 2020.
"Vi kommer att publicera en lägesrapport i slutet av denna månad och tidiga indikationer visar att de flesta åtgärder som ingår i färdplanen är på väg att nå sina mål.
"Vi har så mycket att vara stolta över i Skottland och så mycket att skydda och förbättra. Det innebär att vi alla har mycket arbete att göra och jag ser fram emot att arbeta med våra partner för att förbättra tillståndet i naturen i Skottland."
Mark Eaton, en av huvudförfattarna till betänkandet, sade att "ambitiös handling" behövdes för att bevara Skottlands naturliga värld.
Han sade: " Aldrig tidigare har vi känt till så mycket om naturens tillstånd i Skottland och de hot den står inför.
"Partnerskapet och många markägare använder den kunskap vi samlar för att stödja ett fantastiskt vetenskapligt och bevarande arbete. Men det behövs mer för att återställa naturen där den hör hemma - vi måste fortsätta att arbeta för att återställa vår mark och vårt hav för vilda djur.
"Det finns en verklig möjlighet för de skotska och brittiska regeringarna att bygga vidare på dessa ansträngningar och leverera de betydande investeringar och ambitiösa åtgärder som krävs för att få tillbaka naturen från randen."
En av elva inhemska djur- och växtarter i Skottland riskerar att utrotas, en rapport från 50 vilt- och forskningsorganisationer har föreslagit.