I sin interimsrapport sade kommissionen också att det inte fanns tillräckligt med bevis för att stödja utbredda våldtäktsanklagelser.
Den nämnde inte påståenden om att säkerhetsstyrkor hade dödat människor.
Det har förekommit upprepade anklagelser om missbruk av Rohingya-folket sedan en militär kampanj mot uppror inleddes i Rakhine i oktober.
Vissa har till och med sagt att statens agerande är etnisk rensning, och Myanmars de facto-ledare Aung San Suu Kyi, en nobel fredspristagare, har utsatts för internationell kritik.
Vem kommer att hjälpa Myanmars Rohingya?
Nobelpristagare uppmanar till handling mot Rohingya
Kommissionen, som inrättats av Myanmars regering och leds av en före detta general, Myint Swe, kommer att dra sina slutliga slutsatser före slutet av januari.
Men i sina preliminära slutsatser avfärdade man anklagelser om folkmord på grundval av att det fortfarande finns Rohingya-muslimer som bor i Rakhine och att islamiska religiösa byggnader inte har förstörts.
Den sade att den hittills hade funnit "otillräckliga bevis" för att någon hade våldtagits av säkerhetsstyrkor, trots utbredda påståenden. Anklagelser om mordbrand, godtyckliga arresteringar och tortyr håller fortfarande på att undersökas.
Märkligt nog nämnde kommissionen inte det allvarligaste påståendet - att burmesiska säkerhetsstyrkor har dödat civila som kollektivt straff för angrepp av Rohingya militanta, rapporterar BBC:s Myanmarkorrespondent Jonah Fisher.
Tre månader sedan krisen började verkar det inte ha gjorts några större framsteg för att lösa den, konstaterar han. Enligt rapporten har hundratals Rohingya arresterats, men beväpnade militanter rör sig fortfarande lätt och de plundrade vapnen har ännu inte återfunnits.
Tidigare i veckan var flera poliser kvarhållna efter en video dök upp för att visa officerare slå Rohingya Muslims under en säkerhetsoperation i November.
Medgivandet att säkerhetsstyrkor kan ha utfört övergrepp är en ovanlig utveckling, som ledarna tidigare har insisterat på att de följer rättsstatsprincipen.
Rakhine-staten är stängd för journalister och utredare, vilket gör det svårt att självständigt kontrollera alla anklagelser.
Den uppskattningsvis en miljon muslimska Rohingya ses av många i främst buddhistiska Myanmar som olagliga invandrare från Bangladesh. De nekas medborgarskap av regeringen trots att de spårar sina förfäder tillbaka generationer.
Kommunalt våld i Rakhine-staten 2012 lämnade dödsoffer och fördrivna mer än 100.000 människor, med många Rohingya fortfarande kvar i skröpliga läger.
De utsätts för utbredd diskriminering och misshandel.
Hundratusentals odokumenterade Rohingya beräknas bo i Bangladesh efter att ha flytt Myanmar under årtionden.
Bangladesh säger att omkring 50.000 Rohingya har korsat gränsen under de senaste två månaderna.
Situationen har fått ett globalt fördömande. Över ett dussin nobelpristagare skrev till FN:s säkerhetsråd och krävde åtgärder för att stoppa den "mänskliga tragedi som innebär etnisk rensning och brott mot mänskligheten" i norra Rakhine.
En kommission inrättad av Myanmars regering säger att den hittills inte har funnit några bevis för folkmord mot Rohingya Muslims i Rakhine stat.