Bernardo Hernandez sade att fattigdom och narkotikarelaterat våld har lett till en kraftig ökning av antalet barn som försöker ta sig in i USA illegalt.
Han sade att regionen saknar resurser för att ta itu med problemet.
Omkring 57 000 ensamkommande barn har anlänt till den amerikanska gränsen till Mexiko sedan oktober 2013.
"Vi måste inse att våra länder inte kan göra det själva. Vi behöver USA:s och Mexikos stöd i ett gemensamt problem", sade Bernardo Hernandez.
Han talade vid en särskild konferens i Hondurans huvudstad, Tegucigalpa, för att ta itu med problemet.
Bernardo Hernandez sade att det finns ett tydligt samband mellan det våld som orsakas av de narkotikasmugglingskarteller som är verksamma i hans land och utvandringen av barn.
"Sju av nio barn som ger sig ut på den farliga resan mot USA kommer från de mest våldsamma områdena i Honduras.
"Det är också de regioner där drogkartellerna är mest aktiva", sade han.
Bernardo Hernandez sade att Förenta staterna borde inrätta strategier för att bekämpa narkotikan i Colombia och Mexiko.
I båda länderna sade dock kritikerna att Förenta staternas "krig mot narkotika" ledde till ökat våld.
Amerikanska staternas organisation (OAS) president José Miguel Insulza efterlyste omedelbara åtgärder.
"Det måste finnas en brådskande lösning på en regional kris som involverar flera länder", sade Insulza vid konferensen.
Förra månaden meddelade USA:s president Barack Obama att han skulle flytta gränspatrullpersonal till USA:s gräns mot Mexiko inför den "humanitära krisen".
Han ökade också stödet till Guatemala, El Salvador och Honduras, som alla kommer att få miljontals dollar för att bekämpa gängvåld.
Honduras president Juan Hernandez har uppmanat Förenta staterna att skapa en antidrogplan för Centralamerika.