Inga misstänkta paket hittades och passagerare tilläts tillbaka i terminalbyggnaderna.
Tidigare var flygningarna på is när flygplatsen fick ett "mycket specifikt hot" per telefon kl 14:00 (19:00 GMT).
Den lokala nyhetskanalen KENS 5 rapporterade att en flygning avled, tre inställda och 28 försenade.
När flygplatsen öppnades igen varnade tjänstemännen för att trafiken var tung i omgivningen.
Medan flygplatsen var stängd lokala nyhetskällor rapporterade att hundar tränade för att upptäcka bomber väckte misstankar över tre bilar i en flygplats parkeringsplats, vilket tyder på att det kan finnas sprängämnen inuti.
Flygplatstjänstemännen bekräftade att alla tre bilarna till slut blev godkända.
Under tiden fördes passagerare till start- och landningsbanorna, bort från flygplatsbyggnaderna, innan de fördes till en närliggande gymnasieskola medan sökandet pågick.
Omkring 2.000 passagerare blev utrymda från flygplatsen under evakueringen, sade brandkårens taleskvinna Deborah Foster till Associated Press.
Händelsen kom till tjänstemännens kännedom omkring 14:00, och flygplatsen twittrade bekräftelse på att den evakuerade terminalbyggnaderna kl 14:35.
San Antonio International Airport hanterar omkring 260 flygningar, som varje dag medför mellan 14.000 och 15.000 passagerare, sade talesmannen för flygplatsen Rich Johnson.
Talaren sa att inkommande plan landade de var riktade bort från flygplatsbyggnaderna.
Andra plan ombads också att vänta på landningsbanorna, sade talesmannen.
Den internationella flygplatsen i San Antonio i Texas har återupptagits flera timmar efter att den evakuerat passagerare och sökt efter ett påstått bombhot.