Dussintals soldater grep parlamentet i den administrativa huvudstaden Garowe och blockerade närliggande gator.
Men en av regionens mest respekterade klanäldste, Islan Isla Islan Mohamed, sade till dem att återvända till sina baracker.
Han sa till BBC att "dramat" nu är över.
Det hade rapporterats att soldaterna protesterade mot en försening i löneutbetalningarna såväl som dåliga arbetsvillkor.
I september förra året tog soldaterna kontroll över centralbanken i Garowe i protest mot bristen på betalningar, rapporterade Garowe Online.
Puntland-profil
Puntland, en torr region i nordöstra Somalia, förklarade sig vara en autonom stat i augusti 1998, delvis för att undvika att klankrigen uppslukar södra Somalia.
Till skillnad från grannlandet, utbrytande somaliland, säger Puntland att man inte söker erkännande som en självständig enhet, i stället vill vara en del av ett federalt Somalia.
Trupper i Somalias halvautonoma region Puntland har kort iscensatt ett myteri.