Medwaydrottningen tog mer än 7.000 fångar från stränder 1940.
Renoveringsarbetet inleddes förra året med hjälp av Heritage Lottery Fund och Europeiska regionala utvecklingsfonden.
Regeringen sade att administrativa fel hade lett till att EU:s finansiering dragits in och att man arbetade för att få utbetalningarna frigjorda.
Återuppbyggnadsarbetet på skeppets skrov inleddes i Bristol i april förra året med pengar från en?1,86 miljoner Heritage Lottery Grant.
Medway Council ansökte om bidrag från Europeiska regionala utvecklingsfonden för att slutföra återuppbyggnaden och ta med fartyget hem.
De sista faserna i projektet genomförs vid en workshop i Gillingham av 16 personer, varav nio unga lärlingar vars jobb nu hotas, eftersom det bara finns tillräckligt med pengar fram till slutet av april.
Peter Skinner, ledamot av Labourpartiet för sydöstra Europa, sade att EU:s finansiering till alla brittiska partner inom Interreg 2 Seas-programmet hade skjutits upp efter det att den brittiska regeringen misslyckats med att uppfylla de normer som revisorerna krävde.
Han sa att problemen inte hade något med Medway Queen-projektet att göra.
"Medway Queen har tagit sig an lokala ungdomar och ger dem praktiska arbetskunskaper genom lärlingsutbildningar.
"Genom inget fel på deras finansiering har avstängts. Det kan inte stämma, sa Skinner.
"Jag har pressat ministrar; de måste hitta en lösning. Jag har också krävt ett möte med den [europeiska] kommissionsledamoten. Jag vill ha honom på fallet.
"Projektet är en stor möjlighet för lärlingarna och de bör inte riskera att förlora på grund av någon byråkratisk krångel."
I ett uttalande sade ministeriet för kommuner och kommuner: "Detta finansieringsprogram drivs av en förvaltningsmyndighet i Nord-Pas de Calais, Frankrike.
"Departementet är dock mycket besviken över Europeiska kommissionens beslut att hålla inne betalningar till brittiska projektpartners och vi arbetar intensivt för att få dessa betalningar släppta."
Återställandet av en paddelångare som räddade de allierades trupper under evakueringen av Dunkerque är hotat efter att EU:s finansiering har dragits in.