Flight AF953 reste från Malabo, huvudstaden i Ekvatorialguinea, till Douala, Kameruns största stad och kommersiella huvudstad, när det drabbade dåligt väder den 2 maj.
Samtidigt som man undvek stormmoln, var planet nära att träffa det 4040 meter höga berget Kamerun.
Franska olycksutredare BEA har nu inlett en utredning.
Flygplanet Boeing 777 hade 37 personer ombord, eftersom det gjorde den korta resan till Douala, som ligger omkring 100 kilometer från Malabo.
Den skulle anlända till Kamerun för att hämta fler passagerare innan den fortsatte till Paris.
Efter att ha omdirigerat norrut för att undvika stormmoln strax efter 21:00 lokal tid, tog planets nya rutt till Douala den direkt mot berget.
En första incidentrapport publicerad av BEA sa att en automatisk varning, som säger "Pull up", aktiverades. Planet steg sedan snabbt från 9000 fot (2.743 m) till 13.000 fot (3.962 m) för att undvika en kollision.
BEA sa inte hur nära planet kom berget Kamerun.
Flyget landade 44 minuter efter att ha lämnat Malabo, och ingen skadades.
Air France sa att de utförde en intern utredning av händelsen.
Ett flygplan från Air France missade i början av maj Afrikas högsta berg, säger franska utredare.