Fry fick stark kritik på nätet för att hon jämförde kostymdesignern Jenny Beavan med en "bag lady" när hon hämtade sin Bafta för Mad Max.
Twitteranvändare bad Fry be om ursäkt för sina kommentarer om sina kläder.
Men Fry, en produktiv Twitter-användare, sade på nätet efteråt Beavan var "en kär vän" som hade "fick" skämtet.
Komikern och programföretaget underströk poängen genom att lägga upp ett foto av paret på Bafta efterfesten.
Han skrev: "Jenny Baglady Beavan och Stephen Ursinnig Misogynist Swine Fry på efterfesten."
Men på måndag morgon verkade Fry ha avlägsnat sig från platsen.
Fry har presenterat showen i 11 år och publiken har vant sig vid hans skärning i sin roll, ofta med risque quips om många av de inblandade stjärnorna.
Beavan, som vann Bafta för bästa kostym design för Mad Max: Fury Road, kom upp på scenen på Londons Royal Opera House med en svart läderjacka, vit t-shirt och mörka byxor.
Efter sitt accepttal och hon hade lämnat scenen sa Fry: "Bara en av de stora filmiska kostymdesignerna skulle komma till utmärkelserna klädda som en påsedam."
Skämtet var dock inte väl mottagna och Twitter var snart lätt med arg reaktion och kräver att Fry ber om ursäkt.
Twitteranvändaren Wendy Evans var en av många andra som kände att Fry gick för långt när hon skrev: "Stephen Fry's 'bag lady' kommentar var avskyvärd. Än en gång har en kvinnas prestation överskuggats av kommentarer om hennes utseende."
Men Fry slog tillbaka genom att först publicera bilden av sig själv och Beavan på partiet och sedan genom att ilsket berätta för sina kritiker att de var "tragiska människor".
Trots detta fick Fry också stöd av andra, däribland flera kändisar.
Radio 1 Scott Mills DJ skrev: "Jag tyckte Stephen Fry var en utmärkt värd ikväll. Att ta itu med världens största stjärnor är skrämmande. Jag hittar det här. Han är en naturbegåvning."
Komikern Matt Lucas skämtade: "Stephen Fry Fick du inte PM:et? Ingen får skämta längre."
Brittiska sångerskan Adele - som har 25m anhängare - meddelade att hon lämnade Twitter 2012 på grund av kommentarer om sin nyfödde son. Hon har sedan återvänt, men avslöjade förra året att hon inte längre skickar sina egna meddelanden på grund av "drunk tweeting".
Flickor skaparen Lena Dunham sade att hon lämnar Twitter förra året för att skapa ett "säkert utrymme", efter att ha fått online missbruk för att publicera en bild på Instagram i en sportbehå. Även om hennes konto fortfarande är aktivt, tros det drivas av en medlem av hennes kreativa team.
Skådespelare och författare Matt Lucas lämnade Twitter för fyra år sedan efter att ett skämt twittrades om hans tidigare civilpartner Kevin McGees död. Sedan dess har han återkommit till platsen.
Den amerikanska sångaren Chris Brown raderade sitt konto 2012 efter att ha fått en spärreld av tweets efter ett hett utbyte med komikern Jenny Johnson. Han var tillbaka på platsen mindre än en vecka senare.
2012 slutade Kanye West på sajten genom att ta bort alla hans tweets utom en som tillkännagav utgivningsdatumet för hans Yeezus album och orden: "Var tillbaka snart." Som han lovade var han tillbaka efter en kort paus.
På måndag morgon, efter den plötsliga stängningen av Frys Twitter-konto, ringdes samtal till hans agent inte.
Orsakerna till att Fry lämnar Twitter är inte så tydliga som de först kan visas eftersom komikern har stängt sin profil innan - eller hotat att göra det.
2015 lämnade han webbplatsen sociala medier i februari till maj utan att ange skäl.
Han vädjade också för fans att sluta skicka honom direkta meddelanden som säger "det var omöjligt" för honom att titta på dem om han ville ha "något nära ett liv."
2014 slutade Fry på sajten och sa att det var "osäkert" för honom att twittra och tillade att han filmade "på ett ställe varifrån jag har fått rådet att det är säkrast att inte twittra".
Och 2009 sa han att han skulle lämna efter en annan användare kallade sina inlägg "boring".
Bafta show värd Stephen Fry verkar ha raderat sin Twitter-profil i kölvattnet av hans kontroversiella kommentarer under söndagskvällens show.