Kvinnorättsaktivister hade länge krävt att artikel 522 i strafflagen skulle upphävas.
Deras kampanj stöddes av ministern för kvinnofrågor, Jean Oghassabian, som sade att lagen var något "från stenåldern".
Liknande lagstiftning har nyligen sopats bort i både Tunisien och Jordanien.
De stater som har ett jämförbart kryphål är Algeriet, Bahrain, Irak, Kuwait, Libyen och Syrien.
Ledamöterna i det libanesiska parlamentsutskottet för förvaltning och rättvisa enades i december förra året om att lägga fram ett förslag om att upphäva artikel 522.
Premiärminister Saad Hariri uttryckte sitt stöd för åtgärden vid den tidpunkten, men det tog fram till onsdag för en omröstning.
Enligt artikel 522 kunde åtalet stoppas eller domen upphävas för en person som begått våldtäkt, kidnappning eller lagöverträdelse om han gifte sig med offret.
En aktivist sade att lagen tillät "ett andra angrepp på en våldtäktsöverlevares rättigheter i namn av "heder" genom att fånga henne i ett äktenskap med hennes våldtäktsman".
Kvinnorättsgruppen Abaad kallade upphävandet av artikel 522 en "triumf för kvinnors värdighet" och tackade parlamentsledamöterna för att de "stärkt skyddet av kvinnor mot alla former av våld".
Slut på Twitter inlägg av @AbaadMENA
Slut på Twitter inlägg av @monaeltahawy
Men Kafa, en annan lokal rättighetsgrupp, sade att det bara var en "partiell seger".
En Facebook-post varnade för att artikel 522 "fortsätter att gälla enligt artikel 505, som omfattar sex med en minderårig som är 15 år gammal, som det gör genom artikel 518, som gäller förförelsen av en minderårig med löfte om äktenskap".
Oghassabian uttryckte liknande oro och skrev på Twitter: "Vi välkomnar att artikel 552 i strafflagen upphävs, men vi har reservationer när det gäller att behålla artiklarna 505 och 518. Det finns inga undantag för att undkomma straff för våldtäkt."
Upphävningen kom efter år av kampanjer av kvinnors rättighetsgrupper, inklusive virusvideor, en affischtavla som visar en kvinna i en blodig och sönderriven klänning med rubriken "En vit klänning döljer inte våldtäkt", och en petition online.
Slut på Twitter inlägg av @lulualkhattaf
I april såg Abaad 30 bröllopsklänningar hängas upp från snaror mellan palmerna på Beiruts berömda strandpromenad.
Aktivister vill också att Libanons parlament ska ta upp frågan om våldtäkt i äktenskapet.
I artikel 503 i strafflagen definieras våldtäktsbrott som "tvingat sexuellt umgänge [mot någon] som inte är hans hustru genom våld eller hot". 2014 års lag om våld i hemmet innebär under tiden hot eller våld från en makes sida för att göra anspråk på en "äktenskaplig rätt till samlag" ett brott, men kriminaliserar inte den icke-samtyckeliga kränkningen av den fysiska integriteten, enligt Human Rights Watch.
Libanons parlament har skrotat en lag enligt vilken en våldtäktsman skulle kunna befrias från straff om han gifte sig med sitt offer, rapport från statliga medier.