Projektet för omsignering av £300m påverkade Cardiffs och Valleys linjetjänster och huvudsakliga resor mellan Newport och Bridgend från julafton till den 2 januari.
Passagerare upplevde "allvarliga förseningar" och inställda från torsdag efter ingenjörsarbete över körs.
Network Rail sade att linjerna nu har lämnats tillbaka till järnvägsoperatörerna.
Projektet såg också en ny plattform åtta öppna vid Cardiffs centralstation på måndag - vilket kommer att göra det möjligt för fler tåg att anlända till stationen samtidigt.
Det har utformats för att underlätta trängsel och kommer att användas av passagerare som reser på linjer till Penarth, Barry Island och destinationer i Vale i Glamorgan.
De positiva effekterna märktes redan av pendlare på tisdagen.
Peter Clarke, som bor nära Reading men stannar i södra Wales under veckan medan han arbetar i Cardiff, missade till och med arbetet under den festliga perioden då han var orolig för effekterna av järnvägsförändringar.
Förseningarna på veckotågen innebar att han "inte kunde möta det" och förlorade lönen.
Han beskrev den situation som frustrerade passagerare ställdes inför innan plattform åtta öppnades - sittande på ett statiskt tåg som väntade på att en plattform skulle bli fri.
Mr Clarke sade: " Om jag bor på ett hotell i dalarna, är det inte så farligt för Queen Street. Men sedan till centralen, en tre eller fyra minuters resa kan ta 15 till 20 minuter, bara satt mellan stationerna.
"Det är så frustrerande, det är snabbare att kliva av på Queen Street och gå."
Han sade att situationen förvärras om ett tåg är sent, med tåg sedan köa för att komma på en av de få tillgängliga plattformar.
Men med plattform åtta öppen, tillåter fler att komma fram till centrala samtidigt, sade han att han hade en "god upplevelse" på tisdag.
Jacob Hewlett, 24 år, har blivit frustrerad av sena tåg, men tror att situationen nu kommer att förbättras.
Han sade: " Jag reser på Ebbw Valley linjen och det finns alltid gott om förseningar - 20 eller 30 minuter till Cardiff.
"Det är bara riktigt irriterande när du har ytterligare 10 eller 15 minuter på dig efter en hård dags arbete. En extra linje borde göra min resa till jobbet mycket lättare."
Ryan Smith är också säker på att arbetet kommer att förbättra tåghastigheten, men vill se mer arbete göras närmare hans hem.
Linjen till Treherbert vänder sig till en enda spår norr om Porth, vilket innebär att endast ett tåg kan resa på den i taget.
Han vill se en annan sätta in för att påskynda tjänsten nära slutet av linjen.
För Louis Curtis från Penarth, säkra investeringar för att förbättra framsidan av stationen är lika viktigt som förbättringar inuti.
Han beskrev ingången som "lite grottig", tillade: "Innan du hade busstationen utanför, vilket inte var så trevligt.
"Nu har det slagits ner och arbetet pågår, det ger inte ett bra intryck av staden.
"Förhoppningsvis kommer det att bli bättre när allt är gjort, men det borde finnas fler grönområden."
Natasha Higgitt, 20, använder linjen till Cross Keys mitt på morgonen på vardagar och sade att det är bra på den tiden, men tror att den nya plattformen kommer att förbättra situationen vid rusningstid.
Under tiden. På tisdagen hölls protester på stationer över hela Storbritannien över en ökning av tågpriserna, inklusive Cardiff Central, Aberdare, Abergavenny och Merthyr Tydfil.
En genomsnittlig prisökning på 2,3 % infördes på måndagen och omfattade reglerade biljettpriser, inklusive säsongsbiljetter, och oreglerade, till exempel lågprisbiljetter.
Den brittiska regeringen sade att den höll på att genomföra det största programmet för järnvägsmodernisering i mer än ett århundrade.
På tal om BBC Radio Wales utanför Cardiff Central station, Owen Herbert från RMT facket sade ökningen av biljettpriser var en "absolut skam" och återspeglades inte i tjänsterna.
"Tjänsterna har tömts medan biljettpriserna har gått genom taket", sade han.
Han krävde att järnvägssystemet skulle nationaliseras så att pengar som tas i biljettpriser "återinvesteras fullt ut i de tjänster som är tillgängliga för passageraren".
Arbetet med att uppgradera järnvägslinjerna i södra Wales har slutförts under den festliga perioden, har Network Rail sagt.