Den undernärda modern och hennes unge hittades traumatiserade och kramade varandra när de räddades av International Animal Rescue.
Skrämda lokalbefolkningar sägs ha slungat stenar mot dem och försökt binda dem.
Räddningspersonal säger att modern, som var extremt mager, hade bestående sår på huden.
Primater som undgår skogsbränder i Indonesien beger sig ofta till byar för att leta efter mat, men många lokalbefolkningar betraktar dem som skadedjur - vilket leder till en ökning av konflikten mellan människor och djur.
International Animal Rescue (IAR) team sade att de två primaterna räddades precis i tid. De säger att mamman hade tillräckligt med mjölk för att ge barnet näring.
Hon skadades också av ett rep som hade bundits runt handleden.
Räddningsteamet bedövade båda djuren i västra Kalimantanprovinsen förra månaden så att de säkert kunde släppas ut efter medicinska tester till ett skyddat skogsområde för övervakning.
Många apor har tvingats fly från sina hem för att undkomma tusentals skogsbränder som har uppslukat landet i år.
Många av bränderna startades olagligt för markröjningsändamål och har rasat utom kontroll under de torra väderförhållandena.
Den brittiska IAR säger att den har genomfört mer än 12 operationer under de senaste två månaderna för att rädda orangutanger som har avvikit från sina naturliga livsmiljöer.
Många indonesiska skogar har i månader svepts in i tät dimma orsakad av bränderna, som i sin tur har förorenat luften över grannländerna i Sydostasien.
En sällsynt Borneo orangutan och hennes barn har räddats från en attack av arga bybor i Indonesien när de undvek våldsamma skogsbränder.