Mannen träffades av en Brighton till London expresståg resa vid 80mph den 24 juni 2014.
Han ledde ett team av 12 reparerande sprickor i spåret när han var fast på höger axel och kastade ner en vall nära Redhill, Surrey.
Network Rail erkände sig skyldig till två brott mot arbetsmiljölagstiftningen.
Järnvägsinspektör Tom Wake sade: "Network Rails planering av spårunderhållsarbetet föll under lagens normer, vilket försatte arbetstagare i onödig fara och fick en anställd att lida livsförändrande skador."
Network Rail sade att det hade sedan förbjudits att arbeta medan tåg kör på denna sträcka av järnvägen.
Dess sydöstliga verkställande direktör, John Halsall, sade: "Säkerhet är vår absoluta prioritet och det är tydligt att vi misslyckades i detta fall."
Network Rail har bötfällts £ 800.000 för en olycka som lämnade en spårarbetare med flera allvarliga skador.