Förste minister Peter Robinson föreslog att decentraliserade befogenheter för social välfärd skulle kunna lämnas tillbaka om Stormonts parter inte lyckades nå en överenskommelse.
Sinn Féin och SDLP vägrar för närvarande att stödja förändringarna.
Villiers beskrev idén som mycket kontroversiell.
"Det är den nuvarande regeringens strategi att alla förändringar i decentraliseringsöverenskommelsen måste få brett stöd över de politiska partierna, över hela samhället, så jag är rädd för välfärdsreformer, jag skulle gärna se framsteg i detta, men jag tror att framstegen i att få igenom det måste komma igenom en överenskommelse mellan de politiska partierna och anta det i Stormont," sade hon.
Om förslaget till reform av välfärden genomförs kommer det i stor utsträckning att införas åtgärder som redan införts på andra håll i Förenade kungariket.
Robinson berättade för BBC: s The View på torsdag att ett paket hade diskuterats av honom själv och Martin McGuinness i maj förra året, men vice premiärministern kunde inte sälja det till sitt parti.
Den förste ministern sade att paketet innehöll sätt att lindra effekterna av reformen.
Av Gareth GordonBBC News NI Politisk Korrespondent
Fredscentret Maze; Haass talar om förslag; om Runs; lojalistiskt paramilitärt våld och nu välfärdsreform.
Ämnet förändras, men det är allt. Relationerna mellan Sinn Féin och DUP - mellan Martin McGuinness och Peter Robinson - varierar från en rad till en annan.
Hur allvarligt är det här? Lika allvarligt som det förra, förutom oenighet om välfärdsreformen kostar pengar och måste sorteras - förr eller senare.
Senare förmodligen med tanke på att det är val som ska utkämpas i maj. Om de bara hade en gemensam resa till USA som kommer upp där flinande och bär det skulle vara det enda alternativet.
Han sade att det hade misslyckats eftersom Michael McGuinness inte hade kunnat sälja det till högre ledamöter av det irländska parlamentet Sinn Féin.
Robinson sade att Sinn Féin-ledaren Gerry Adams hade ett mycket negativt inflytande på partiets grupp i Nordirlands exekutivstyrelse.
Som svar sade Michael McGuinness att Robinson hade "tvärs över linjen" genom att säga att de hade nått en överenskommelse om välfärdsreformer.
Den biträdande förste ministern sade att Robinsons version av händelserna inte var sann.
Han sade att några av den förste ministerns kommentarer om de diskussioner som ägde rum mellan dem och andra Sinn Féin- och DUP-förhandlare om frågan om välfärdsnedskärningar var "ingen verklighet av vad som hände vid den tidpunkten".
Robinson, DUP-ledaren, sade som svar på Michael McGuinness kommentarer: "Jag gjorde det mycket tydligt i intervjun att ingen överenskommelse görs förrän vi får stöd av våra partier, att vi alla var bekväma nog att gå med paketet till våra partier.
"Det är den position jag skisserade, det är den position jag står över. I själva verket när det gäller dem att inte kunna få sitt parti över linjen, varför i hela friden skulle han ha fört mig in på en lördag eftermiddag om det inte hade funnits några exceptionella omständigheter."
Statsministern har sagt att utsikterna för Westminster att ta makten att lagstifta om välfärdsförändringar i NI inte är realistiska.