Valpen skulle flyga från Nova Scotia på onsdag för att bo med familjen i Newfoundland, men landade i Ontario.
Vid ankomsten tog flygpersonalen Cooper ut för att avlösa sig själv, men han halkade av sig ledningen och flydde.
Hans ägare, som skulle resa till Jamaica för ett bröllop, sade på fredag hon var "tacksam" för hans återkomst.
Den gyllene labradoodle var tänkt att gå ombord på en WestJet flygning från Halifax på onsdag på väg till Deer Lake, men placerades på ett plan avsett för Hamilton, en stad mer än 2.000 km bort.
"Jag fick ett samtal om att de hade satt min hund på fel flyg till en helt annan provins," Coopers ägare, Terri Pittman, sade.
När hon fick höra nyheten flög Pittman till Hamilton, där hon fick sällskap av "tusentals" av allmänheten i sökandet efter Cooper.
Han hittades våt och hungrig på fredag av en grupp av lokalbefolkningen, CBC nyhetsrapporter.
"Att folk såg honom springa i samma område gav mig mer hopp", berättade Pittman CBC.
"Samhället Mount Hope och Hamilton har varit fantastiska", sade hon tidigare, tillade att "random människor meddelade mig att de vill hjälpa".
När Pittman informerades av flygpersonalen om att Cooper hade tagit fel flyg och flytt sa hon att det var "en av de värsta dagarna i mitt liv".
I ett inlägg på Facebook sa Pittman: "Den här hunden är allt för mig, och tanken på att förlora honom för gott var vidrig. Till staden Hamilton, jag är överväldigad."
Coincidentally Deer Lake, där Cooper var tänkt att touchdown, är en stad belägen i den kanadensiska provinsen Newfoundland och Labrador.
En saknad labradoodle vid namn Cooper, som utlöste en stor jakt efter att ha gått ombord på fel flyg i Kanada, har återförenats med sin ägare.