Trots partiets politik att stödja förnyelsen av Trident-kärnvapensystemet förblir det oförändrat vid den senaste arbetskonferensen.
Corbyn kritiserades också av många av sina parlamentsledamöter för att ha sagt att han aldrig skulle använda kärnvapen om han blev statsminister.
CND sade dock att Corbyn avgick som vice ordförande på grund av sin "ökade arbetsbörda".
Mr Corbyn gick med i organisationen som tonåring 1966 och har länge kämpat mot att ersätta Trident.
Men många arbetarparlamentsledamöter, däribland partiets nya skuggförsvarssekreterare Maria Eagle, har öppet motsatt sig Corbyns syn på kärnvapen.
BBC:s politiska korrespondent Carole Walker sade att hans nya roll på CND sannolikt skulle öka spänningarna inom hans parti i frågan.
"En del är först och främst djupt oroade över osäkerheten kring Labours ståndpunkt i en så viktig fråga", tillade hon.
En guide till Trident och debatten om dess ersättare
Finns det något sådant som en kärnvapenknapp?
Hur viktig är Trident för Storbritanniens säkerhet och internationella ställning?
CND:s generalsekreterare Kate Hudson sade att Mr Corbyns nya roll var en "lämplig hyllning till en mycket principfast man med ett livslångt engagemang för CND och orsaken till kärnvapennedrustning".
– Genom att arbeta tillsammans, med ett enormt stöd från hela samhället, kommer vi att segra mot treudden och säkra ett avgörande steg mot global nedrustning, tillade hon.
Russell Whiting, från CND, sade Mr Corbyn " stod på en tydlig anti-trident plattform" när han valdes till Labour ledare "med ett massivt mandat".
"Han utmanar det samförstånd som har utvecklats på Westminster runt Trident", sade han.
"Och det är något vi ser fram emot att gå vidare med honom."
Corbyn skulle hålla en CND-konferens i London i helgen, men sägs nu ha andra åtaganden.
Samtidigt har en parlamentsledamot från Labour uttryckt oro över en grupp som kampanjade för att få Corbyn vald till partiledare och som nu har kallat sig Momentum.
Gruppen lovar att "organisera i varje stad, stad och by för att skapa en massrörelse", men Mike Gapes, Labour MP för Ilford South, har sagt till BBC att han fruktar att vissa medlemmar i kampanjen har en agenda.
Han sa: "Jag hoppas att de bara kommer att vara en diskussionsorganisation som Progress eller Fabian Society, men jag är rädd att vissa av de personer som ligger bakom det har en annan agenda som handlar om att avmarkera parlamentsledamöter."
Men en taleskvinna för Momentum sade att sådana farhågor var ett missförstånd, och hon sade att det var "en positiv, utåtriktad" organisation.
Arbetsledare Jeremy Corbyn ska bli vice ordförande i kampanjen för kärnvapennedrustning (CND).