I folkomröstningen röstade 65,3 % emot planen med 34,7 % för.
Landet är hem för en rad gigantiska företag, inklusive läkemedelsföretagen Novartis och Roche, försäkringsgrupperna Zürich och Swiss Re och bankerna UBS och Credit Suisse.
Reglerna skulle ha gett Schweiz världens tuffaste löneregler och några av de lägsta chefslönerna.
Affärsledarna sade att det skulle begränsa utländska investeringar och regeringen var också emot förslaget.
De unga socialisterna, som föreslog åtgärden, erkände nederlag.
Av Imogen FoulkesSchweizkorrespondent, BBC News
Initiativet från ett till tolv var helt klart alldeles för radikalt för många schweiziska väljare. Zürichs och St Gallens kantoner har förkastat det.
Trots den utbredda allmänna ilskan att vissa schweiziska chefer tjänar hundratals gånger sina anställdas löner, hävdade regeringen att sådana stränga lönebegränsningar skulle undergräva den schweiziska ekonomin och avskräcka utländska investeringar tydligt bar tyngd med väljarna.
Det är andra gången i år som de schweiziska väljarna har röstat i frågan.
I mars gjorde de tillbaka strikta gränser för bonusar och gyllene handslag.
Det har förekommit utbredd offentlig ilska över avslöjanden som vissa av Schweiz ledande befattningshavare tjänar mer än 200 gånger mer än vad deras anställda tar med sig hem.
Vissa schweizare har blivit ytterligare irriterade över att dessa höga lönenivåer ges till chefer vars företag har minskat antalet arbetstillfällen.
Även om detta förslag har förkastats har frågan om höga löner och en växande löneklyfta inte försvunnit.
I början av nästa år kommer Schweiz att hålla ännu en folkomröstning om en garanterad minimilön.
Schweiz demokratiska system innebär att medborgarna kan kalla nationella röster i frågor som berör dem.
Schweiziska väljare har avvisat ett förslag som skulle ha begränsat verkställande lön till 12 gånger den av de lägsta betalda.