Människor som höll ljus och facklor höll en tyst minut i början av huvudevenemanget i Köpenhamn.
Två personer dödades och fem poliser skadades i angrepp på en yttrandefrihetsdebatt och en synagoga.
Gärningsmannen sköts senare ihjäl av polisen. Han verkade inte vara en del av en bredare terrorcell, sade Danmarks statsminister.
Tidigare på måndagen anklagades två män för att ha tillhandahållit och gjort sig av med det vapen som användes vid attackerna och hjälpt skytten att gömma sig.
Gärningsmannen döptes av lokala medier till Omar El-Hussein.
Den nationella flaggan flög på halvmast på officiella byggnader över huvudstaden på måndag.
Floral hyllningar har placerats av sörjande på platsen för de två attackerna.
Vissa satte också blommor på platsen där polisen sköt ihjäl den misstänkte. En sa till danska TV2: "Jag gjorde det för att jag är muslim och för att jag kände honom."
När skymningen föll på måndagen samlades en stor folkmassa för Köpenhamnsevenemanget, som hölls på ett torg nära kulturcentret där ett av attackerna ägde rum.
En talesman för polisen sa att folkmassorna uppgick till omkring 30.000.
Premiärminister Helle Thorning-Schmidt berättade för publiken att ett angrepp på judarna i Danmark "är ett angrepp på Danmark, på oss alla".
Hon lovade också återigen att Danmark var fast beslutet att skydda dess värderingar.
Premiärministern berättade tidigare för en nyhetskonferens att angriparen var en danskfödd man som var 22 år.
"Han var känd av polisen för flera brott, inklusive allvarligt våld, och han var också känd för att vara kopplad till ett kriminellt gäng i Köpenhamn."
"Men jag vill också göra mycket klart att vi i detta skede inte har någon indikation på att han var en del av en cell."
Omar El-Hussein: hemväxt radikal
De två misstänkta som hölls fångna av polisen dök upp i en sluten vårdnadsförhandling på måndag.
Michael Juul Eriksen, en försvarsadvokat för en av dem, sa att de nekade åtalet.
Omar El-Hussein frigavs från fängelset två veckor före attackerna efter att ha avtjänat ett straff för grov kroppsskada.
Den danske underrättelsechefen Jens Madsen erkände att El-Hussein hade varit "på radarn" av sina tjänster.
Madsen sade att utredarna arbetade med teorin att han kunde ha inspirerats av skottlossningen i Paris förra månaden.
Angreppen på tidningen Charlie Hebdo, en kosheraffär och en poliskvinna krävde 17 liv.
I den första av de två skottlossningarna på lördagen, vid en fritalardebatt i östra delen av staden, dödades filmregissören Finn Norgaard, 55.
I en ljudinspelning av skottlossningen, kan skytten höras avbryta debatten och skjuta dussintals skott.
Timmar senare sköts Dan Uzan, en 37-årig medlem av Köpenhamns synagoga, ihjäl medan han arbetade utanför byggnaden. Åttio personer firade en flickas fladdermus mitzva, eller när de kom i ålder, i en sal bakom synagogan vid den tiden.
Gärningsmannen flydde med bil men spårades av polisen till stadens Norrebro distrikt. Han öppnade eld när han konfronterades och sköts med dödlig utgång av officerare.
I en annan utveckling säger den kontroversielle serietecknaren Lars Vilks - som tror att han förmodligen var måltavla för en av attackerna - att han har gömt sig. Han berättade för Channel 4 News att han nu var på ett "hemligt ställe".
Finn Noergaard, 55 år, blev slagen i bröstet av en kula i debatten om yttrandefriheten. Dokumentärfilmaren hade ett stort intresse för de problem som avkomman från invandrarsamhällena stod inför.
Hans vän Malene Trock berättade dagligen för Berlinske att han var "öppen" och "kosmopolitisk". Producenten Torben Larsen citeras av AP:s nyhetsbyrå som säger att Noergaard var "en mycket generös och varm person".
Dan Uzan, 37 år, sköts ihjäl medan han stod vakt i en synagoga i Köpenhamn.
Han hade studerat vid stadens universitet och var en ivrig basketspelare, aktiv i ett lokalt lag. Danmarks chefsrabbin, Jair Melchior, sade att Uzan var en "förbluffande kille - oersättlig".
Varför Danmark fick stål för anfall
Franska statsministern uppmanar judar att stanna kvar efter gravar vanhelgande
Tiotusentals människor har samlats i städer över hela Danmark för att hedra minnet av offren för veckoslutsvapenattacker i huvudstaden.