Clinic26 kommer att ge sexuella tjänster och känslomässigt stöd till män i alla åldrar vid Ambrose Centre på Royal London Hospital.
I genomsnitt våldtas 12.000 män, och 72.000 blir sexuellt utnyttjade varje år, visar statistiken från inrikesministeriet.
Kliniken har inrättats i samarbete med Survivors UK.
Ett offer för sexuella övergrepp sade att han var hänförd när han hörde att kliniken höll på att öppna.
Jay - inte hans riktiga namn - sade att han utsattes för sexuella övergrepp av en sjuksköterska när han hade en rutinmässig hälsoundersökning 2013.
"Jag var oerhört bekymrad över det (övergreppet). Det tog mig nio månader att gå tillbaka till en ny visning, sa han.
Till en början vidtog hälsoförtroendet inte åtgärder mot sjuksköterskan, men det återundersöktes så småningom innan ett annat offer trädde fram. Sköterskan befanns skyldig och sattes i fängelse i två år.
Jay sa att han ville åka till ett ställe där folk visste att han blivit sexuellt överfallen och han behövde inte avslöja det för att se reaktionen.
Andy Williams, konsultläkare på Royal London Hospital, sa: "Vi måste bryta tabu som tillåter män att lida i tystnad och denna klinik är början på vad vi hoppas kommer att vara en uppskattad stödresurs för män i östra London."
Alan Robertson, Independent Sexual Violence Advisor at Survivors UK, sade: "Att gå till en sexuell klinik kan vara en skrämmande framtidsutsikt för vem som helst, men särskilt för någon som har upplevt trauma eller ett maktmissbruk."
Kliniken kommer att löpa på eftermiddagen den sista måndagen i varje månad.
Stödgrupper har inrättat vad de säger är den första brittiska kliniken som erbjuder stöd till manliga offer för sexuella övergrepp.