Nobelprisbelönad genetiker Sir Paul Nurse berättade för BBC Newsnight experter "förlöjligas och knuffas tillbaka".
Gove säger att han hade ekonomer främst i åtanke när han sade att "folk i detta land har fått nog av experter".
Men han medgav att vissa människor kan ha känt sig "licensierade" av hans kommentarer för att utmana alla former av expertis.
Gove gjorde de kontroversiella kommentarerna i en intervju med Skys Faisal Islam tre veckor före förra årets EU-omröstning.
Michael Gove var då justitieminister och en ledande person i kampanjen.
Kritiker hävdade Mr Gove piska upp en anti-intellektuell stämning med paralleller till Donald Trumps angrepp på media och andra informationskällor.
Gove sade att hans kommentarer togs ur sitt sammanhang eftersom Islam avbröt honom innan han kunde klargöra att han syftade på "organiseringar med akronymer som hade fått saker och ting fel i det förflutna".
Han berättade för Newsnight att han hade misslyckats med att uttrycka sig mer noggrant eftersom det var "en hög profil, hög intensitet, hög spänning, hög nervositet, möte".
Han insisterade på att han inte ångrade att han använde ordet "expert" utan tillade: "En av de saker som ibland är irriterande är att människor antar att det jag sade var ett fullständigt förkastande av fakta, bevis, stränghet - när det jag faktiskt försökte göra var att säga titta låt oss helt enkelt inte ta argument till nominellt värde, bara för att någon arbetar för en prestigefylld organisation."
Han medgav att somliga människor kan ha känt sig uppmuntrade av hans kommentarer att ifrågasätta alla former av sakkunskap. "Det kan vara så att det finns människor där ute som tror att jag ger dem tillstånd att arbeta på det sättet. Vem är att säga?"
Han tillade: "Jag hoppas att folk som tittar på min karriär skulle säga vad den frasen än kan ha uppmuntrat eller licensierat, faktiskt den man som yttrade det var någon som trodde på mer kunskap och mer kritiskt tänkande - inte mindre."
Men Sir Paul, en före detta president i Storbritanniens högsta vetenskapliga organ, Royal Society, sade även om Mr Gove hade tänkt att kasta tvivel främst på ekonomi, han hade varit "oansvarig" att inte klargöra sina kommentarer.
Han sade att kommentaren "spridde sig över till alla möjliga andra områden där experter har ett enormt bidrag att göra för att samhället skall fungera väl".
"Det faktum att experter har blivit besudlade på detta sätt har en effekt i att undergräva vetenskapliga och vetenskapliga bevis."
Sir Paul sade att den brittiska allmänheten fortfarande har en hög tillit till forskare, men vi lever i en period där "yttrandet är på framsidan".
"De som är experter, som har kunskap, som har den intellektuella förmågan att dissekera dessa svåra problem, förlöjligas och knuffas tillbaka", sade han.
"Min uppfattning om detta är att det inte kan vara så länge, eftersom åsikten inte bygger på fasta grunder och den snabbt faller sönder. Och jag tror att vi ser det redan med, till exempel, Mr Trump.
"Vetenskapen är byggd för att hålla. Åsikter byggs inte för att hålla."
Ian Katz anmälde sig till BBC Newsnight. Se hans fullständiga rapport om experter på programmet vid 22:30 på BBC Two - är ikapp efteråt på iPlayer.
En av Storbritanniens ledande forskare säger att Michael Goves angrepp på experter under EU-omröstningen riskerade att undergräva vetenskapliga och vetenskapliga bevis.