Kalifornien företaget, som är på väg att släppa en ny telefon senare i år, sade att det sålde 50,8 miljoner iPhones i perioden, ner 1% år-mot-år.
Apple rapporterade en ökning av intäkterna med 4,6 % över hela företaget, något under analytikernas förväntningar.
Aktierna i firman föll nästan 2% i efter-timmar handel efter tidigare slå en rekordhög.
Apple sade kvartalsvinster var $11 miljarder dollar (8.5 miljarder pund), upp 4,9 % från samma period 2016.
Trots fallande enhetsförsäljning, intäkter från iPhone fortfarande klättrade 1% till $ 33,2 miljarder eftersom det sålde mer av de större, dyrare iPhone 7 Plus.
Detta är alltid den minst imponerande tiden på året för Apples intäkter, kommer som det gör efter julperioden. Men värre än väntat iPhone försäljningen hade investerare något olycklig efter förväntan om starka resultat skickade aktier till rekordhögar tidigare på tisdag.
Som sagt, intäkterna ökar, delvis på grund av "robust" försäljning av iPhone 7 Plus, den större, pricier modell.
Tim Cook berättade för investerare att han också var nöjd med den fortsatta tillväxten av sin Services division - det är saker som Apple Music, Apple TV, iTunes och så vidare - men hälsa Apple är bara realistiskt mätt med framgång för den all-övervinnande smartphone.
Därför kommer resten av året att bli spännande att titta på.
Med iPhones 10-årsjubileum på oss, förväntningar är höga för nästa enhet.
Allt utom en stor förbättring skulle vara oroande för investerare som bankar på nästa iPhone är en blockbuster, inte en stegvis uppgradering.
Apple sålde färre iPhones än för ett år sedan under de första tre månaderna 2017, sade företaget i sina senaste resultat.