Bayley, 29, besegrade Ukrainas värld nummer ett Maksym Nikolenko 3-2 i klass 7 final.
Wilson, 21, övervann den tidigare världsmästaren Richard Csejtey, från Slovakien, 3-2 i klass 8 final.
En annan Briton, Martin Perry, förlorade till Frankrikes Bastien Grundeler i klass 6 semifinal, men tog brons.
Ta reda på hur du kommer in i handikappidrott med vår specialguide.
Brittiska Paralympic Bordtennismästare Will Bayley och Rio 2016 lagkamrat Ross Wilson båda vann singlar guld på PTT Bayreuth Open i Tyskland.