Officerare tvingade in i huset i Wood End Lane, Northolt, västra London, omkring 20:10 BST och grep en man i 40-årsåldern.
De säger att en husrannsakan är på väg för att se till att det är säkert så att de evakuerade grannarna kan återvända hem.
Polisen sa att förhandlingarna med mannen hade misslyckats.
En avspärrning på 200m hade varit på plats på Wood End Lane sedan 01:00 BST på fredag, som förlängdes till 300m på lördag.
Omkring 80 invånare har varit tvungna att tillbringa två nätter från sina hem som officerare förhandlade med mannen.
Scotland Yard sa att officerare från den territoriella stödgruppen fick stöd av London Fire Brigade när de flyttade in på adressen.
Ch Supt Paul Martin sade: " Det gläder mig verkligen att den här händelsen nu är över, och det är viktigt att den upphör utan att någon kommer till skada.
"Vår viktigaste prioritering under hela detta var att få ut mannen ur adressen säkert eftersom vi hade växande oro över hans välbefinnande och trodde att han var i kris.
"Efter försök att förhandla under ett antal dagar fungerade det inte att vi använde specialister för att räkna ut hur vi kunde få tillträde till adressen så säkert som vi kunde. Det gjorde de i kväll."
Ch Supt Martin sade att polisen också hade haft ett nära samarbete med ambulansen och den lokala myndigheten under operationen.
Sökningar av fastigheten kommer att genomföras "så fort vi kan för att se till att folk kommer hem", tillade han.
Polisen hade sagt att det inte fanns något som tydde på att incidenten var terrorrelaterad eller kopplad till någon pågående polisoperation eller utredning.
En tredagars stand-off mellan beväpnad polis och en man fruktade att ha lagrat bensin i sitt hem har slutat efter att officerare kommit in i fastigheten.