Den 80-åriga Tokyomarknaden är känd för sina tonfiskauktioner som levererar till många av huvudstadens bästa sushirestauranger.
Rök kunde ses välta från butiker i utkanten av marknaden på torsdag, som dussintals brandmotorer hanterade lågorna.
Branden var släckt på torsdag kväll och det fanns inga rapporter om skador.
Tsukijis inre industrimarknad - där de berömda tonfiskauktionerna äger rum - var oskadad och området var öppet för turister som vanligt.
Den flammade ut vid omkring 16:50 lokal tid (07:50 GMT), japanska programföretaget NHK sade, i den yttre delen av marknaden och nära det omgivande områdets smala gator.
Området är hem för många sushi restauranger och butiker, varav några har evakuerats, NHK rapporterar.
Orsaken till branden är ännu inte känd. Elden tycks ha påverkat flera gamla träbyggnader.
Marknaden byggdes 1935, efter den stora jordbävningen i Kanto 1923, och byggdes till stor del av korrugerade järnskjul.
I dag är det en spretig, livlig marknad, men många ser den som nedsliten och överbefolkad.
Trots detta innebär dess enorma volym och mångfald av produkter att den tar emot tiotusentals turistbesökare varje år.
Marknaden kommer att flyttas fram till slutet av 2017.
Ansträngningarna att flytta marknaden till en modernare plats har mötts av motstånd från många av arbetarna, av vilka en del har varit i familjeföretaget i generationer.
Tokyos guvernör, Juriko Koike, har tidigare sagt att marknaden behöver återuppbyggas på grund av sin ålder - och den tillhörande risken för att den är sårbar för jordbävningar, som inte är ovanliga i Japan.
Brandmän har släckt en flamma på Japans berömda Tsukiji fiskmarknad - den största i världen och en topp turistattraktion.