Både Glasgow och Edinburgh sa att flygen var tillbaka till schemat klockan 19:00.
En teknisk fråga hade orsakat förseningar på flygningarna genom alla Skottlands viktigaste flygplatser.
Edinburgh, Glasgow, Aberdeen och Prestwicks flygplatser påverkades av incidenten vid Scottish Air Traffic Control Centre i Prestwick.
Flygledare Nats sade att det hade förekommit störningar i vissa radiofrekvenser som används för att tala med flygplan.
Organisationen har bett om ursäkt till passagerarna och sagt att den också gjorde allt den kunde för att skydda kvällens rusningstid.
Nats sade att den felaktiga utrustningen nu hade tagits bort från tjänsten.
Alla flygningar på Edinburghs flygplats försenades medan tre Glasgows flygplatsflygningar ställdes in - ett till Gatwick och två till Amsterdam - och förseningar förväntades under hela dagen.
Det förekom också ett litet antal förseningar på flygningarna söderut från Aberdeens flygplats.
Nats talesman Paul Haskins berättade för BBC Radio's Good Morning Scotland program: "Vi har haft ett tekniskt problem över en natt med störningar i några av våra radiofrekvenser som vi använder för att tala med flygplan.
"Det påverkar bara vissa delar av det skotska luftrummet och flygningar från och till vissa skotska flygplatser, men det kan bli förseningar till följd av detta i morse.
"Vi har identifierat orsaken och isolerat problemet och situationen håller nu på att förbättras."
Transportminister Derek Mackay sade: "Det fanns en teknisk fråga som har rättats till och tagits upp, men det finns knock-on konsekvenser för flygbolagen.
"Folk bör kontrollera med sina flygbolag och flygplatser för att se till att deras flygningar är igång."
Skottlands mest trafikerade flygplatser har återgått till det normala efter en dag av störningar som orsakats av ett flygledningsfel.