Läkarna hade sagt att Ontlametse Phalatse inte skulle klara sig efter 14 års ålder.
President Jacob Zuma var en av dem som framförde sina kondoleanser till familjen "Sydafrikas speciella barn". Hon var känd som "Första damen" av sina vänner och sin familj.
Det lokala programföretaget Enca kallade henne landets "kamp för positivitet".
Afrika Live: Fler uppdateringar om detta och andra berättelser
I en hyllning skrev hennes familj: " Vi kommer att sakna dig innerligt, Tsontso, vår första dam. Må ni finna evig frid bland änglarna. Vila i frid".
Hon kallade sig den första damen eftersom hon var den första svarta kvinnan i Sydafrika som fick diagnosen progeria.
Ontlametse älskade livet, levde det till fullo och önskade aldrig att hon skulle födas på något annat sätt.
Det här är vad sydafrikanerna kommer att minnas henne för.
Hon blev framträdande för några år sedan när en dokumentär gjordes om hennes liv.
Phalatse använde sin nyfunna berömmelse för att motivera människor att gå vidare med sina liv. Under processens gång rörde hon vid många sydafrikaners hjärtan.
Landet fick dela i några av sina speciella ögonblick och milstolpar - hennes 16-årsdag, en skola examensbal och mer nyligen hennes 18-årskalas tillbringade med president Jacob Zuma.
Ontlametse dog omgiven av sin familj, som beskrev henne som en "frälsande ande". Hennes arv när hon är 18 tar inte livets dyrbara ögonblick för givet.
President Zuma ledde en tyst minut för Phalatse på sin 75-årsdag och sade att han hade planerat att ge henne en bil.
"En modig ung kämpe har fallit. Må hennes ande inspirera alla andra som lever med funktionsnedsättningar eller ställs inför några svårigheter, att fortsätta som hon gjorde och leva livet till fullo. Vi är verkligen stolta över henne", sade han i ett uttalande.
Källor: Medicinska nyheter idag, US National Library of Medicine, Mayo Clinic
En kvinna som fångade många sydafrikaners hjärtan för sin modiga kamp mot för tidigt åldrande har dött 18 år.