Sandy Hamilton, 35, och Kevin James McKinley, 46, båda i Larkhall i södra Lanarkshire, drogs från vattnet utanför Gallowaykusten på söndag.
BBC Scotland förstår att båda männen misstänktes av myndigheterna för inblandning i den olagliga valphandeln.
Hamilton ställdes också inför rätta för två personers död i en trafikolycka.
Han anklagades för att ha orsakat död genom farlig körning efter att en head-on krasch dödade 85-årige Giovanni Coppolaro och hans fru Maria, 83, från St Ives, Cambridgeshire, i juli 2015.
Mr Hamilton och Mr McKinley rapporterades saknad på lördag kväll efter underlåtenhet att återvända från en båtresa från Port Logan, Wigtownshire.
Polisen bekräftade på söndagen att deras kroppar hade återfunnits från Irländska sjön.
Officerare försöker fortfarande avgöra omständigheterna kring deras död.
BBC Scotland har fått veta att båda männen var kända för myndigheterna i samband med illegal handel med valpar från Irland.
En viktig väg för handeln ser fordon som transporterar valpar över Irländska sjön med färja till Skottland.
En BBC Panorama undersökning av handeln - Storbritanniens valphandlare Exposed - sändes förra året.
Programmet fick bilder som visade att Sandy Hamilton stoppades i september 2015 på en färja från Nordirland.
En maskering av valpar hittades i kängan på hans bil och vid det tillfället tilläts han fortsätta på sin resa och behålla hundarna.
Stoppet genomfördes av den skotska SPCA som en del av Operation Delphin.
Detta flerbyråinitiativ, som omfattar Stena Line, Police Scotland, Trading Standards och HM Revenue and Customs, inrättades för att ta itu med valphandeln och skydda valpars välbefinnande och deras avel.
Man tror nu att Hamilton och McKinley kan ha varit på väg att samla in fler valpar i en motorbåt under helgen då olyckan inträffade.
BBC Scotland förstår att Hamiltons kropp återfanns, tillsammans med en betydande mängd kontanter.
Polisen Skottland skulle inte kommentera.
En skotsk SPCA undercover inspektör sade till BBC: "Puppy trafficking har under en tid övervakas under Operation Delphin och vi har identifierat en viss väg mellan Skottland och Irland.
"Operation Delphin har lyckats med att bekämpa den olagliga handeln med valphandel i ett försök att förbättra djurens välbefinnande.
"Vi har sett förövarna utveckla mer utvecklade sätt att få valpar oupptäckta."
Mr Hamilton skulle ställas inför rätta på grund av farliga trafikförseelser i juli 2017.
Mr och Mrs Coppolaro hade rest i en Jaguar bil på A73 i norra Lanarkshire när den blev påkörd av en Volkswagen Golf som kördes av Hamilton.
Han hade förnekat omkörning av en lastbil på en krök när det var osäkert att göra det.
Hamilton anklagades också för att ha kört bil utan försäkring.
Två män som dog i en fartbåtsolycka utanför Skottlands västkust under helgen var misstänkta valpsmugglare, det har dykt upp.