Cathay är ett av världens största fraktbolag och dess beslut förväntas få betydande konsekvenser.
Tidigare hade flygbolaget sagt att det bara skulle transportera hajfenor som var hållbart anskaffade.
Hajfenan anses vara en delikatess i det kinesiska köket och serveras ofta som soppa vid exklusiva banketter.
Mer än 70 miljoner hajar dödas varje år, enligt WWF:s siffror. Stora mängder exporteras till Hongkong, där de konsumeras eller exporteras vidare till Kina.
"På frågan om hajfenan, med omedelbar verkan vi är glada att gå med på att förbjuda vagnen," Cathay Pacific sade i ett uttalande på onsdag.
Man sade att man inte hade godkänt några sändningar av hajfenor under det senaste året och påpekade att man hade avslagit 15 ansökningar om leverans av hajrelaterade produkter.
Tidiga rapporter säger att förbudet utvidgas till alla hajprodukter på frakt- och passagerarflyg, men flygbolaget sa till BBC att det för närvarande endast gäller hajfenor,
Cathay sade att det skulle fortsätta att se över sin politik.
Marina naturvårdare hyllade Cathays beslut, med en proklamerande att det skulle göra Hong Kong "stolt".
"Fler Hong Kong företag måste följa ledningen," Hong Kong-baserade naturvårdaren Sharon Kwok berättade AFP.
Uppgifter från regeringen som citerats av South China Morning Post visar att importen av hajfenor till Hongkong minskade med 42 % mellan 2010 och 2015 till 5,717 ton.
Under denna period skedde också en betydande minskning av importen med flyg.
Cathay ansluter sig nu till flygbolag som British Airways, American Airlines, Qantas, Singapore Airlines och Emirates för att förbjuda hajfenor.
Hong Kong-baserat flygbolag Cathay Pacific har meddelat ett förbud mot transporter av hajfenor i ett drag som har välkomnats av naturvårdare.