Omkring 250 klagomål mottogs av Reklam Standards Authority på bara 24 timmar, efter annonsens debut på måndag kväll.
De som invände fann annonsen "offensiv" och "i dålig smak", sade en talesman för ASA.
Tittare klagade "det trivialiserar arbetet av djurskydd välgörenhetsorganisationer".
Talaren bekräftade att klagomålen övervakades, men betonade att vakthunden för närvarande inte vidtar några ytterligare åtgärder.
Trots att man fick en "hög mängd klagomål på kort tid", sade man att antalet klagomål senare har avbrutits.
ASA sade åtgärder skulle vidtas om det konstaterades att det fanns problem med annonsen under reklamkoden.
En taleskvinna för Marmite, som ägs av Unilever, sade att det var "aldrig [deras] avsikt att orsaka brott".
"Vi har gjort allt för att se till att denna reklam underhåller alla som tittar på den," fortsatte hon.
"Vi tror att vi har skapat en omisskännligt Marmite annons - människor kommer antingen att älska det eller hata det och de kommer verkligen inte att glömma det.
"Vi hoppas att alla kommer att titta på och njuta av denna reklam på det lättsinniga sätt den var avsedd."
Annonsen, som innehåller rösten av BBC journalisten Michael Buerk, parodier ett team av välfärdsofficerare när de avslöjar försummade Marmite burkar "stuck rätt på baksidan" av köksskåp.
"Vem vet hur länge det har varit här?" säger en skådespelare när han bär iväg Marmiten för att "städa upp honom".
"Det är en bebis ett", bleknar en annan skådespelare. "[Det] har inte använts på en månad... lock är fast."
Den 90-sekundersreklamen avslutas med att en familj njuter av sin återhemma Marmite och sloganen: "Älska det. Jag hatar det. Glöm inte det."
Marmite följde annonsens debut, under måndagens Coronation Street på ITV, på sin Facebook-sida. Tittare skickade in blandade svar efter sin sändning.
"Denna annons visar ingen respekt för alla som är inblandade i djur welfair [sic] och jag personlig [sic] kommer inte längre att äta Marmite tills denna annons dras," skrev en.
"Hur kan du jämföra djur grymhet med marmite försumlighet..." skrev en till. "Kom igen, ha lite humor."
"Det är en lysande annons", tillade Dave Norris. "Mycket roligt och belyser djur välgörenhet arbete."
RSPCA (Royal Society for the Prevention of Cruelty to Animals) sade att man förstod att "djurälskare är oroliga för vår räkning".
"Vi planerar att prata med Marmites skapare om hur vi kan arbeta tillsammans för djurens välbefinnande."
En TV-annons där en spoof räddningsteam sparar "stricken" burkar av Marmite från hem där de har försummats har väckt 278 klagomål.