Transportsäkerhetsnämnden bekräftade att vid 07:30 EST (12:30 GMT), en Porter Airlines flygning från Ottawa till Toronto nästan kolliderade med vad de tror var en drönare.
Två besättningsmedlemmar fick mindre skador under manövern.
Undersökare på Billy Bishop Airport undersöker händelsen.
Flyget var på en höjd av cirka 9000 fot (2 740 m) över Ontariosjön och gjorde sin första inflygning för landning på Torontos flygplats på måndagen när piloterna märkte ett objekt i fjärran.
När de kom närmare insåg piloterna att föremålet, som de först trodde var en ballong, var mycket nära flygbanan. De bestämde sig för att vidta undanmanöver.
Porter samarbetar med utredarna för transportsäkerhet, enligt ett uttalande.
De skadade flygvärdinnorna fördes till sjukhus och har sedan dess släppts. De 54 passagerarna på planet var oskadda.
Transport Kanada och Federal Aviation Authority i USA båda har "No Drone Zone" säkerhetskampanjer som syftar till att belysa farorna med flygande drönare nära flygplatser och andra områden som kan äventyra flygsäkerheten.
Kanadas transportsäkerhetsmyndighet undersöker efter det att ett flygplan var tvunget att vidta undvikande åtgärder för att undvika en nära kollision mitt i luften.