I ett öppet brev till Apple, Swift sade att hon höll inne rekordet eftersom hon var missnöjd med tre månaders gratis rättegång erbjuds till abonnenter.
"Jag är inte säker på att du vet att Apple Music inte kommer att betala författare, producenter, eller artister för dessa tre månader," skrev hon.
Hon sa att planen var "orättvist", argumentera Apple hade pengar för att täcka kostnaden.
"Jag tycker att det är chockerande, nedslående, och helt olikt detta historiskt progressiva och generösa företag," den 25-årige sade, beskriver Apple som en av hennes "bästa partners i att sälja musik".
"Det här är inte klagomål från ett bortskämt barn. Dessa är ekon känslor av varje konstnär, författare och producent i mina sociala kretsar som är rädda för att tala offentligt eftersom vi beundrar och respekterar Apple så mycket," fortsatte hon.
"Vi vet hur astronomiskt framgångsrika Apple har varit och vi vet att detta otroliga företag har pengar att betala artister, författare och producenter för 3 månaders provperiod - även om det är gratis för fansen att prova det.
"Tre månader är en lång tid att gå obetald, och det är orättvist att be någon att arbeta för ingenting."
Hon avslutade sitt brev med att uppmana Apple att ändra sin policy, vilket tyder på att hon skulle återinföra sitt album på tjänsten om företaget ändrade sig.
"Vi ber dig inte om gratis iPhones. Be oss inte att förse er med vår musik för ingen kompensation."
Apple har ännu inte kommenterat frågan.
Resten av Swifts backkatalog kommer att finnas tillgänglig på Apple Music när den lanseras den 30 juni. Det kommer att kosta $9,99 (Â £6.30) per månad i USA för en person eller $14,99 för familjer.
Musikindustrin har i allmänhet stött företaget att ta sin stora musikbibliotek för att betala streaming, och företaget sade att det kommer att betala 70% av musik abonnemangsintäkter till musikägare.
Det är inte första gången Swift har talat ut mot strömmande musik - hon drog hela sin katalog från Spotify i november förra året och hade vägrat att erbjuda 1989 om streamingtjänster, säger företaget hade "krympt antalet betalda albumförsäljningar drastiskt".
1989 blev en av de mest sålda albumen 2014 och har sålt mer än 4,9 miljoner exemplar enbart i USA.
Förra veckan, Storbritannien-baserade oberoende skivbolag Beggars ekade Swift kommentarer, säger det kämpade "för att se varför rättighetsägare och artister bör bära denna aspekt av Apples kostnader kundförvärv".
Det sade att det inte hade ett avtal med Apple som skulle tillåta det att delta i den nya tjänsten men hoppades att "obstacles to agreement kan tas bort" under de kommande dagarna.
Taylor Swift har dragit sitt hitalbum 1989 från Apples nya streamingmusiktjänst och kritiserat företaget.