För många pundits flytten kommer som en överraskning, eftersom M-Pesa har varit en stor framgång i andra afrikanska stater - särskilt i Kenya där den lanserades 2007.
Tjänsten gör det möjligt för människor utan bankkonton att överföra pengar snabbt, enkelt och säkert med hjälp av sina mobiltelefoner.
Enligt en rapport från Världsbanken använder endast 12 procent av afrikaner med bankkonton mobila penningtjänster.
Men så är inte fallet i Sydafrika.
Mobiltelefonanvändning är hög - nio av 10 sydafrikaner äger en mobiltelefon - och en tredjedel av dessa är smartphones, enligt siffror från Pew Research Center.
Ändå har Sydafrika det mest tekniskt avancerade, ekonomiskt likvida och tillgängliga banksystemet på kontinenten.
Cirka 75% av de vuxna i landet har bankkonton, visar en undersökning som gjorts av det tekniska forskningsorganet FinMark.
I ett uttalande, Vodacom Chief Executive Shameel Joosub sade framgången för M-Pesa i Sydafrika berodde på "att uppnå en kritisk massa av användare".
Men Vodacom har kämpat för att hitta kunderna. Det är det som är problemet.
M-Pesa lanserades i Sydafrika 2010, kanske i hopp om att fånga energin och spänningen i en nation värd för fotbolls-VM.
Vodacom, som är den ledande mobiloperatören i landet, trodde att företaget kunde bygga en kundbas på 10 miljoner M-Pesa på tre år.
Sex år på tjänsten har dock bara 76.000 aktiva användare i Sydafrika, även om många fler har registrerats.
M-Pesa: Den mobila plånboken
Källa: Vodacom
- Jambo Pesa! - Vad är det? (Hallå, pengar! På swahili)
Några skäl har anförts för dess misslyckande.
Vodacom var tvungen att samarbeta med en bank för att tillhandahålla den finansiella tjänsten på sin plattform.
Nedbank var sitt val - och även om det är en av de största bankerna i Sydafrika, är uppfattningen att det tillgodoser medelklass- och höginkomsttagare.
Dessa kunder har redan en rad banktjänster och plattformar för att bedriva sin verksamhet.
Sydafrika är också ett land där bankerna faktiskt har gjort betydande framsteg både i städerna och på landsbygden.
Även om det inte är testat, sägs det att det finns en bank, en filial eller en bankomat inom en radie av 20 km i alla tätorter eller på landsbygden.
Så utmaningen i Sydafrika handlar inte om tillgång.
Snarare är det förmågan att använda olika tekniker för att stödja hur människor sparar, spenderar och investerar sina pengar.
I detta avseende är bankerna i landet inriktade på att utveckla nya finansiella produkter som kommer att förbättra sparsystem och pensionsfonder.
Mobiloperatörerna arbetar å andra sidan för att öppna säkrare plattformar – till exempel för att koppla samman banker, sjukhus, återförsäljare, försäkringsbolag, kommuner och intäktstjänster.
Det finns definitivt fortfarande ett argument för att få den obankade befolkningen att öppna konton.
Och statistik visar att detta är trenden.
En KPMG-rapport från 2015 visade att de sydafrikanska bankerna växer med en årlig takt på 7 % och att branschen hittills har tillgångar till ett värde av 361 miljarder dollar (250 miljarder pund).
Utsikterna för finansiella tjänster är goda.
Vodacom är fortfarande optimistisk om marknaden i Sydafrika trots misslyckandet med M-Pesa.
"Vi är fortfarande av den åsikten att det finns möjligheter i den finansiella tjänstemiljön och vi kommer att fortsätta att utforska dessa," Joosub sade
Men den enda verkliga oron är den fortsatta tillväxten och stabiliteten i den sydafrikanska ekonomin.
Landet har drabbats av svåra ekonomiska stormar orsakade av långsam tillväxt, en försvagad valuta, desinvesteringar i gruvdrift, fabriker som lägger ned och arbetslösheten ökar.
Dessa problem måste angripas direkt om kommunikationerna, bankerna och tjänsterna ska kunna fortsätta att blomstra och skapa en ny riktning för denna ekonomi.
Africa Business Report sänds på BBC World News fredagar kl 16:40 GMT och 1840 GMT, lördagar kl 1010 GMT och 1830 GMT och söndagar kl 0010 GMT.
Sydafrikas största mobiltelefonoperatör Vodacom har meddelat att den kommer att skrota sitt mobila penningöverföringssystem M-Pesa i Afrikas näst största ekonomi.