Den Namibianska backen har varit i utkanten av Premiership sidans trupp denna säsong, gör bara två framträdanden mellan dem.
Botha, 27, har haft sin tid i Devon störd av ett brutet ben och ur led vristen i november 2014.
McGuigan, 26 år, skrevs under på grund av Bothas skada och har gjort fyra försök för klubben.
Exeter Chiefs par Byron McGuigan och Chrysander Botha kommer att lämna Sandy Park i sommar, klubben har bekräftat.