Daniel Duterte klargjorde att han inte hade något "mot homosexuella" och sade att flera av hans släktingar var homosexuella.
Den kontroversiella politikern hade tidigare framträtt som stöd för hbtq-rättigheter och sade 2015 att samkönade äktenskap var "bra".
Men han är i övrigt känd för sina konservativa åsikter, särskilt när det gäller brottslighet.
Han har fört ett mycket kritiserat krig mot narkotikamissbrukare och langare som lett till tusentals utomrättsliga mord.
Hans senaste kommentarer gjordes på söndag kväll till filippinska utvandrade i den burmesiska huvudstaden Nay Pyi Taw medan på en officiell resa till Myanmar. En utskrift av talet gavs bara till journalister på måndag.
I ett slingrande tal som riktade kritik mot hans nu avbrutna krig mot narkotika anklagade Duterte västvärlden för att påtvinga Filippinerna dess värderingar, och hänvisade sedan till en nyligen publicerad tidningsartikel i Time om transpersonerna i USA.
"Det finns inget kön eftersom du kan vara en han eller hon... Det är deras kultur. Det gäller inte oss. Vi är katoliker och civillagen säger att man bara kan gifta sig med en kvinna åt mig. En kvinna som gifter sig med en man.
"Det är vår lag, så varför skulle du acceptera det könet?" sade han.
"Där Gud placerade dig, stanna där. Blanda inte upp det € € du radera den stora klyftan mellan en kvinna och en man, "tillade han.
Innan Duterte blev ordförande i juni 2016 var han borgmästare i Davao, som införde antidiskrimineringslagar för kön, kön och sexuell läggning under sin förvaltning.
2015 dök Mr Duterte upp på en nationell pratshow där han sa att samkönade äktenskap var "bra... alla förtjänar att vara lyckliga".
Följande år, medan han förde en kampanj för ordförandeskapet, sade han att han skulle "överväga" legalisering av samkönade äktenskap om det fanns ett sådant förslag.
Filippinerna har 80 miljoner katoliker och är fortfarande ett djupt religiöst samhälle.
Mr Duterte har tagit strid med kyrkan tidigare, en gång kallade påven en "son till en hora".
Trots sina många kontroversiella kommentarer är han fortfarande mycket populär i Filippinerna.
Philippines president Rodrigo Duterte har sagt att han motsätter sig homoäktenskap, efter att tidigare ha förklarat att han skulle överväga att legalisera det.