I förra veckan utfärdade Internationella civila luftfartsorganisationen (ICAO) en varningsflaggning "avser certifieringsförfaranden för luftfartygsoperatörer".
Till följd av detta har thailändska flygbolag varit tvungna att avboka flygningar och återbetala eller ändra tusentals flygbiljetter.
Thailändska tjänstemän har sedan dess lagt fram planer för att ta itu med ICAO:s farhågor.
Vid en granskning i januari av ICAO, en avdelning inom Förenta nationerna, konstaterades det att Thailands luftfartsmyndighet hade brist på teknisk personal och problem med certifieringen av transport av farligt gods.
Förra veckan utfärdade ICAO en varning som utlöste ökade fysiska inspektioner av luftfartyg som drivs av thailändska flygbolag som trafikerar befintliga rutter till länder som Australien och Singapore, ett regionalt flygnav, samt ett förbud för flygbolag att utöka sina tjänster.
Detta ledde till att Thailands flygbolag hindrades från att lägga till nya flygningar eller ändra sina tidtabeller.
ICAO hade senast utvärderat Thailands luftfartssektor för tio år sedan.
Dess talesman Anthony Philbin berättade för BBC att de "fortsätter att arbeta med Thailands civila luftfart myndighet för att lösa frågorna i fråga."
"En ICAO revision inte granska nivån på operativ flygsäkerhet i en stat, eller i flygbolagen eller flygplatser," sade han.
"Samtidigt övervakar våra revisioner kontinuerligt de statliga civila luftfartsmyndigheternas förmåga att på ett adekvat sätt förvalta och förvalta ansvaret för tillsynen av luftfartssäkerheten inom sina jurisdiktioner."
Thailändska tjänstemän samtalar nu med Japan för att tillfälligt häva förbudet mot nya flygningar. Omkring 100 charterflyg till Japan har ställts in.
Förbudet kommer vid en särskilt svår tidpunkt för den thailändska luftfartssektorn, som redan har kämpat med lägre turistsiffror, efter politiska protester i landet förra året.
Och flygstörningarna äger rum strax före Thailands toppresesäsong och traditionella nyårsfirandet av Songkran.
Landets flaggfartyg Thai Airways genomgår redan en omfattande omstrukturering efter en årlig förlust under de senaste två åren.
Men det är budgetflygbolagen som har drabbats hårdast av både den lägre passagerartrafiken och förbudet mot nya linjer. Lågprisbolag Thai AirAsiaX, Orient Thai Airlines och charterbolag Asia Atlantic Airlines och Sky View har alla påverkats.
"Även om det kan tyckas att Thai Airways kan vara värst hit, det kan faktiskt inte vara sant, eftersom det nationella flygbolaget är i konsolideringsläge," Shashank Nigam, chef på konsult SimpliFlying sade.
"Snabbt växande thailändska budgetbolag som Nok Air, AirAsia och Nok-Scoot kommer att känna den största effekten, eftersom deras planer på att växa kan drabbas hårt när de innehar thailändska licenser också."
Thailändsk transportminister Air Chief Marshal Prajin Juntong berättade för reportrar denna vecka att Thailand hade kämpat i tio år för att uppfylla ICAO:s normer.
Jean-Pierre Prajin berättade för Reuters att han hoppades att frågan skulle lösas inom åtta månader.
Thailands luftfartssektor granskas efter en internationell säkerhetsgranskning som ledde till ett förbud mot nya flygningar till Kina, Japan och Sydkorea.