Kulturarv, turism, klimatförändringar och innovationsprojekt kommer att stödjas.
Nord- och västra Wales och sydöstra Irland har störst nytta av detta.
Finansminister Jane Hutt sade Irland-Wales samarbetsprogrammet var "ett unikt partnerskap" och pengarna skulle bygga på "vår gemensamma strävan efter ekonomisk tillväxt och skapande av arbetstillfällen".
Europeiska kommissionen har godkänt en plan för att spendera 80 miljoner pund för att stärka de ekonomiska förbindelserna mellan Wales och Irland.