Deras analys av avföringsprover i en undersökning av mer än 3.600 tvillingar fann bevis för att några av dessa bakterier ärvs.
Det som finns i fecesbakterier kan därför delvis förklara varför fetma passerar genom familjer.
Studien publiceras i Genome Biology.
Forskargruppen tog fram information från studiedeltagarna om den mänskliga fekala mikrobiomen - bakterierna som finns i faecesprover - och jämförde dessa med sex olika mått på fetma, inklusive BMI (BMI) och olika typer av kroppsfett.
Vad säger ditt bajs om dig?
Forskarna fann de starkaste kopplingarna till visceralt fett, där deltagare med stor mångfald av bakterier i avföringen hade lägre nivåer av visceralt fett.
Denna typ av kroppsfett är dåliga nyheter eftersom det lagras i magen runt viktiga organ som lever, bukspottkörtel och tarmar och är kopplat till högre risker för hjärt-kärlsjukdom och diabetes.
Doktor Michelle Beaumont, studieförfattare vid institutionen för tvillingforskning och genetisk epidemiologi vid King's College London, sade att även om studien visade en tydlig koppling, var det ännu inte möjligt att förklara varför den existerade.
En teori är att brist på variation i fekala bakterier kan leda till dominans av höga nivåer av tarmmikrober som är bra på att förvandla kolhydrater till fett.
Dr Beaumont sade: "Eftersom detta var en observationsstudie kan vi inte säga exakt hur samhällen av bakterier i tarmen kan påverka lagringen av fett i kroppen, eller om en annan mekanism är involverad i viktökning."
Och hon antydde att mer forskning behövdes för att undersöka hur mikrober i våra inälvor och i vår avföring kan påverka vår hälsa.
Men det finns en växande kropp av bevis som tyder på att tarmbakterier kan spela en roll i fetma.
Det är känt att minst 50 % av avföringen från människa består av bakterier som utgjutits ur tarmen.
Dr Beaumont sade att ätandet av en bred kost med en mängd olika typer av mat - ungefär som de tidiga jägare-samlare - skulle kunna öka mångfalden av mikrober i vår avföring.
Om teorin att mikrober förs vidare under generationerna är korrekt, sade hon att de kan spela en viktig roll i hur fett utvecklas runt kroppen och den hälsorisk det utgör.
Sammansättningen av bakterierna i mänsklig avföring kan påverka halterna av farligt fett i våra kroppar, säger forskare från King's College London.