Blue Crosss välgörenhetscenter var tvunget att kasta ut alla 90 inlägg när de blev mättade av avloppsvatten efter skyfall tidigt på fredag.
Alla djuren var säkra, även om 15 kattungar måste evakueras från plantskolan som var täckt i slam.
Centrumet har vädjat om hjälp med att ersätta stolpar och leksaker.
Det finns för närvarande 46 katter och kattungar som letar efter nya hem på välgörenhetens Garlic Row center, djurskyddsassistent Claire Thomas sade.
Djuren verkade inte "för traumatiserade" av skyfall eller stående vatten i sina pennor, sade hon.
Personalen blev dock "kastad" när de såg förödelsen som orsakades av stormen över natten.
Räddningscentret var bland ett antal företag och organisationer i Cambridge som drabbades av stormen över natten.
Addenbrookes sjukhus i Cambridge tvingades förklara en "större incident" och ställa in all planerad operation fram till tisdagen efter att ett område där steriliseringsutrustning förvaras översvämmades.
Katträddningscentret har nu städats upp och de förstörda stolparna, leksakerna och filtarna har staplats på gräsmattan.
Det skulle inte vara hygieniskt att torka ut dem, tillade miss Thomas, så de kommer alla att behöva ersättas.
Cambridge gren av välgörenhet Blue Cross bryr sig om över 400 katter och kattungar varje år.
Dussintals övergivna katter som bor på ett räddningscenter i Cambridge har förlorat sina leksaker och repstolpar efter att de förstörts av översvämningar.