Upp till 25 personer hålls fångna, en topptjänsteman berättade BBC. Polisen lär också jaga flera studenter.
Spridning av separatism är olagligt i Sri Lanka.  Misstänkta kan hållas utan åtal i 18 månader.
Fängelserna kommer i en tid av ökande politiska spänningar i norr.
Förra veckan sammandrabbades säkerhetsstyrkor och studenter vid Jaffna University i de värsta politiska oroligheterna sedan inbördeskriget slutade 2009. Studenterna hade försökt markera "Martyrs' Day", som hedrar minnet av döda tamilska tigerkämpar.
Tjänstemännen redogjorde olika för antalet gripanden som gjorts av antiterroristpolisen i de senaste räderna.
Polisens talesman Prishantha Jayakody sade att tio män hade häktats på onsdag i Jaffna området, alla anklagade för "terroristverksamhet" med Tamil Tigers eller LTTE före 2009.
Mr Jayakody sade att ingen av dem som hölls hade avslutat en regeringsrehabiliteringskurs för de misstänkta i LTTE och ingen hade överlämnat sig till polisen eller armén i slutet av kriget.
"De arresterades på olika platser på Jaffna halvön och är nu i Vavuniya", sade han.  "Alla familjer har informerats."
Han sa att polisen leddes till de misstänkta av underrättelser.
Men chefen för polisens avdelning för terroristutredning, Chandra Wakista, berättade för BBC att så många som 20 till 25 hade hållits fängslade.
"Inga arresteringar har gjorts utan förfarande, alla av dem gjordes officiellt", sade han.
Polisen säger att familjer har fått officiella dokument om gripandena.
Men BBC:s Charles Haviland i Colombo säger att vissa släktingar tydligen har hållits i mörkret - en familj berättade för en tidning att de bara fick officiell information om sin sons gripande en lång tid efter att han försvann, och först efter att de informerat den officiella människorättsorganisationen.
Rättighetsarbetare är också medvetna om att för ett år sedan försvann två unga kampanjdeltagare i Jaffna, där spänningarna har fortsatt sedan krigsslutet i maj 2009.
Enligt källorna vid Jaffna University har polisen gett dem en lista på tio studenter som de vill gripa.
Tre studenter som redan hålls kvar sägs vara misstänkta i en bensinbombning och i att sätta upp pro-LTTE affischer.
Polisen i norra Sri Lanka har gjort en rad gripanden som de säger är kopplade till kampen mot terrorism, tre år efter det att separatisten Tamil Tigers besegrades.