I september fick han ett två-spel förbud för påstås svära på Pakistan-född Sussex fladderman Ashar Zaidi och säga till honom att "gå tillbaka till ditt eget land".
Men, Yorkshire Andrew Gale missade fyra matcher efter ett liknande utbyte med sydafrikanska Ashwell Prince.
Coach Jason Gillespie säger Yorkshire kommer förmodligen "sök förtydligande".
Nya detaljer om Overton-fallet dök upp i en rapport i Guardian.
Alla ECB-ärenden handläggs av ett oberoende organ, Cricket Discipline Commission.
Yorkshire kapten Gale förbjöds inledningsvis för två matcher för incidenten med Prince 2014, men CDC beslutade att förlänga avstängningen med ytterligare två matcher.
Overton, 21, som har varit en del av Englands endagstrupp och kom nära valet för vintertestturnén till Sydafrika, befanns skyldig till en nivå ett brott för kränkande språk.
Enligt uppgift förnekade han påståendena om händelsen, som inträffade under Somersets Championship match med Sussex i september.
ECB förnekade också att Overton fick gynnsam behandling efter att ha valts ut för England Performance Programme (EPP), som kommer att resa utomlands i vinter.
"Efter att ha granskat umpires rapport, gav ordföranden för CDC tydlig vägledning om att detta bör rapporteras som en nivå ett brott och att inga ytterligare åtgärder skulle vidtas av CDC," ECB sade i ett uttalande.
"Det automatiska straffet för ett brott på nivå ett tillämpades senare och detta tog Craig Overton till nio poäng, tröskeln för ett automatiskt avstängning.
"Craig Overtons val till PPE-gruppen skulle inte ha spelat någon som helst roll i CDC:s utslag i denna fråga. ECB motsätter sig varje antydan om inblandning eller partiskhet i den korrekta disciplinära processen."
Innan Englands lag gav sig av på sin vinterturné i Sydafrika, sade provkapten Alastair Cook att han inte kände till fallet, utan tillade: " Alla vet vilket ansvar vi har när du drar på dig Englandskjortan.
"Självklart vill man att alla ska engagera sig och ge allt för saken, men det finns alltid en linje man inte ska gå förbi."
Somersets ordförande Andy Nash tillade: " Frågan är avslutad vad oss anbelangar. Jag anser att ECB hanterade den på ett tillfredsställande sätt, och vi kommer alltid att följa och respektera ECB:s disciplinära kommitté."
Englands och Wales Cricket Board har försvarat sin disciplinprocess efter ett fall med Somerset Bowler Craig Overton.