Jordanien anser att 84-åringen, som har haft ansvaret sedan 1978, borde låta "någon radikal" ta över.
F1 ägare CVC Capital Partners och RSE Ventures, som arbetar med investerare från Qatar, är i samtal om ett övertagande av sporten.
"Jag tycker att han har gjort ett anmärkningsvärt jobb men tiden har spelat sin roll och han bör gå," Jordan berättade BBC Radio 5 live.
"Vi måste lämna det till nästa generation i ett bättre tillstånd. Han måste fortsätta fråga sig själv det och var tidsramen är för honom att lämna. Jag tror att det är nu."
Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
RSE Ventures leds av Stephen Ross, ägare av NFL franchise Miami Dolphins. De planerar ett bud på CVC:s 35,5 % kontrollerande andel i det holdingbolag som äger F1.
Ecclestones ställning som chef för F1:s kommersiella gren har granskats under det senaste året - han kämpade mot mutor i Tyskland medan det har funnits farhågor för att sporten håller på att förlora sin dragningskraft.
Samtidigt som Jordan erkände hur Ecclestone hade vuxit F1, välkomnade han möjligheten att nya människor som driver en sport som "går igenom lite av ett dopp".
Han tillade: " Mannen är en legend. Han har tagit sporten från ingenstans men i slutändan är han inte odödlig. Han kanske tror det, men det är han inte.
"Det finns tillfällen då man måste säga 'titta, jag har gjort allt jag kan göra'.
"Det behövs någon radikal därinne som verkligen kommer att skaka om allt och gå tillbaka till grunderna."
Max Mosley, den tidigare ordföranden för motorsports styrande organ FIA, berättade 5 live på onsdag att Ecclestones roll "inte förändras" om ett övertagande av F1 är slutfört.
Bernie Ecclestone borde kliva av som Formel 1 supremo, säger BBC chef F1 pundit Eddie Jordan.