Genetiskt modifierade (GM) myggor, utgångna vacciner och på senare tid, användning av larvicide för att stoppa myggor från avel, har alla fått skulden.
Inlägg på sociala medier som uttrycker dessa teorier har delats i stor utsträckning - men sällan av respekterade forskare.
Och Brasiliens hälsovårdsmyndigheter har blivit överrumplade och beskrivit frenesi som ett "verkligt informationskrig" med ett "komplext scenario med aktörer, intressen och världsbilder".
Vad du behöver veta
Reseråd
Skulle det vara fel att utrota myggor?
Nu trycker de tillbaka, vilket experter säger är en "nyckeldel" av att hantera alla utbrott.
"Detta händer överallt varje gång det finns en epidemi av något slag", säger professor Jimmy Whitworth från London School of Hygiene and Tropical Medicine.
"För närvarande finns det ingenting i något av ryktena om insekticider, larvicides, vacciner och genetiskt modifierade myggor som verkar över huvud taget övertygande. Den rumsliga och tidsmässiga passformen är dålig mellan fall av mikrocefali och användningen av någon av dessa tekniker."
Men de brasilianska myndigheterna kunde inte förhindra ett rykte som pekade finger åt lirvicide pyriproxyfen från att få dragkraft på nätet.
Teorin växte i popularitet efter läkare från den argentinska gruppen Läkare i Crop-Sprayed Villages, som kampanjer mot GM-grödor och användning av bekämpningsmedel, publicerade en rapport som kopplar ihop larvicide med mikrocefali.
Enligt rapporten introducerades produkten första gången i Brasiliens nordöstra del 2014, ett år före ökningen av mikrocefalin, och hävdade också att den brasilianska Folkhälsoföreningen (Abrasco) var medveten om denna koppling.
Den argentinska gruppen hävdade att Zika inte har orsakat fosterskador i andra länder och säger att det inte finns några uppgifter om mikrocefali i den nuvarande zikaepidemin i Colombia.
Detta bortser från en ökning av mikrocefalin i Franska Polynesien efter en zika-våg mellan 2013 och 2014 och förbiser också det faktum att epidemin i Colombia fortfarande är ny. Även om mer än 3.000 gravida kvinnor där har smittats av Zika, har bara ett fåtal av dem fött barn.
Men den brasilianska regeringen var på bakbenet.
Abrasco tvingades förneka att det hade kopplat bekämpningsmedel, larvicides eller andra kemiska produkter till ökningen av mikrocefali.
Under tiden försökte Brasiliens hälsovårdsministerium lugna människor genom att säga att pyriproxyfen hade godkänts av Världshälsoorganisationen (WHO) och Brasiliens hälsoövervakningsorgan Anvisa.
Trots detta förbjöd två brasilianska stater - Rio Grande do Sul i söder och Para i norr - tillfälligt dess användning i dricksvatten, säger att de ville undvika några risker medan ytterligare studier genomfördes.
Men i det värst drabbade tillståndet, Pernambuco, stöder fakta inte larvicideteorin.
Vissa områden där pyriproxyfen används har inga fall av mikrocefali medan staden Recife, som har de flesta fall, inte använder det, tjänstemän på statens centrum för sjukdomsbekämpning sade.
Och läkarna säger att förändringarna i bebisens datortomografi tyder på att skadorna orsakades av en medfödd infektion, och inte av bekämpningsmedel, läkemedel eller vacciner.
Men forskare letar efter en "tredje faktor" som är involverad i att orsaka mikrocefali utöver zikaviruset.
Carlos Brito, forskare vid Oswaldo Cruz Foundation i Pernambuco, säger att de flesta gravida kvinnor som har Zika har normala barn.
"Vi behöver veta: beror det på i vilket skede av graviditeten mamman är infekterad? Har det att göra med deras immunsystem? Kan det finnas socioekonomiska faktorer också, kanske näringstillståndet hos mödrarna?" sade han.
Men när väntan på svar fortsätter, förökar sig ryktena.
"De höjer ett uppror. Mina patienter skickar mig WhatsApp meddelanden frågar vad som händer, "sade Dr Brito.
När forskare söker svar om zikaviruset och dess kopplingar till neurologiska störningar, fylls vakuumet av rykten.