Den har för närvarande ett utestående belopp på 7,7 miljoner pund att betala fram till 2045 - 30 år efter det att de första tågen gick mellan Tweedbank och Edinburgh.
Men nu har man gått med på att låna pengar för att betala av saldot i ett drag som uppskattas spara omkring 4,3 miljoner pund.
Rådsledare David Parker sa att det skulle minska bördan för lokala skattebetalare.
Han sade att den lokala myndigheten hade tillgång till mycket låga räntor på sin upplåning.
"När officerare har tittat mycket noga på de ekonomiska frågorna runt det, det är vettigt att göra det sparande," sade han.
"Det är precis vad vi kommer att göra nu.
"För framtida råd minskar vi inkomstbördan på dem och ser till att järnvägsbidraget betalas."
Det skotska gränsrådet har enats om en åtgärd för att minska den totala kostnaden för dess bidrag till gränsjärnvägen.