Det kunde dock inte bekräfta om de var "hjältar med halshuggning" som president Robert Mugabe hänvisade till tidigare i veckan.
Zimbabwes ledare hade krävt att de som dödades av britterna i slutet av 1890-talet skulle återvända under det första upproret mot kolonialstyret.
Han yttrade sig i helgedomen för att minnas landets döda krig.
"Vi får veta att skallar av vårt folk, våra ledare, visas i ett brittiskt museum och de inbjuder oss att repatriera dem", berättade han för publiken.
"Vi kommer att återföra dem, men med bitterhet, ifrågasätta logiken bakom halshuggning dem."
Känd som hjältarna i "First Chimurenga", besegrades de av britterna efter en utdragen strid och de ledande blev prövade och hängda.
Det som hände med deras kroppar har alltid varit ett mysterium.
Zimbabwes befrielsekamp:
Förenade kungarikets utrikesministerium har nu bekräftat att samtal har pågått sedan december 2014 om "potentiell repatriering av zimbabwiska mänskliga kvarlevor".
Det sades att tekniska experter från Zimbabwe har inbjudits att träffa sina musei motsvarigheter i London.
"Vi väntar på utnämningen av de nödvändiga zimbabwiska experter för att föra detta framåt", sade uttalandet.
Men BBC:s Afrikakorrespondent Alastair Leithead säger att det inte är klart om resterna är av rebellledarna.
Naturhistoriska museet, som har en samling av 20.000 mänskliga kvarlevor, sade att det "aktivt engagerar sig i diskussioner med regeringar och samhällen" över förfrågningar om återlämnande av mänskliga kvarlevor.
Mer från BBC: s Alastair Leithead om Zimbabwe:
Triumvirat behåller ett fast grepp om kraften
Den brittiska Natural History Museum har sagt att det kan hålla Zimbabwe mänskliga kvarlevor i sin samling.