Borgmästaren i London som är i landet på ett handelsbesök var inbjuden att gå med barn på en mini torv planen i Tokyo för non-kontakt spelet.
Toki Sekiguchi slogs ner och sa att han kände lite smärta.
Borgmästaren, en ivrig rugbyfan, skakade pojkens hand och bad om ursäkt.
I spelet touch rugby personen med bollen stoppas genom att bli rörd, inte tacklas, som i fack rugby.
Slo-mo BoJo Ordförande
Han har form. Han förde ett barn till marken förra året i en fotbollssparkout.
Och 2006 spelade han i en välgörenhetsmatch mellan England och Tyskland. Även om bara på 10 minuter han bedövade den 20 000-starka publiken genom att golv pensionerade tyska midfielder Maurizio Gaudino i en rugby stil tackling.
Om denna händelse sade han: " När han var omkring två meter bort, lade jag bara ner mitt huvud. Jag var ute efter bollen med huvudet, vilket jag förstår är ett legitimt drag i fotboll. "
I Tokyo poserade paret senare för fotografier och Mr Johnson överlämnade en rugbyboll 2015 till ungen.
Boris Johnson har knockat ett 10-årigt barn när han lekte touch rugby i Japan.