Utredningen inleddes efter att 43 fiskar hittades döda i en reservoar nära Carrickfergus, County Antrim.
Det hände dagar efter att 1000 öringar släpptes ut i sjön.
NI Water sade att det hade anmält den berörda externa byrån, DAERA: s marin- och fiskeriavdelning.
DAERA sade att den hade blivit medveten om fisk som dog i ett antal sjöar som var bestånd av tjänstemän på avdelningen.
"Det är att bedöma om utrustningen som tillför syre till den fisk som transporteras kan ha varit fel möjligen minska tillståndet för en del av den fisk som lagras", sade en talesman.
Talaren sade att öring också var mottagliga för varma vattenförhållanden efter en period av fast väder som minskade nivån av upplöst syre.
"Lakes kan stratifiera och det översta lagret av vatten blir deoxygenerat. Detta kan vara tillräckligt för att orsaka naturliga fiskar dödar."
Departmental tjänstemän har varit på plats under de senaste dagarna och hade sett fisk hoppa och fångas vid Stahl.
NI Water sa att det inte fanns några tecken på förorening i reservoaren.
"Det finns ingen inverkan från denna incident på den slutliga vattenkvaliteten lämnar behandlingen fungerar", sade det i ett uttalande.
"NI Waters reningsanläggningar vid Dorisland vattenreningsverk har många vattenparametermonitorer på plats som kontinuerligt kontrollerar kvaliteten på råvatten som kommer in i verken och kvaliteten på vatten som går in i den offentliga försörjningen.
"Om man hittar något som kan påverka vattenkvaliteten kommer platsen automatiskt att stängas och vatten tas från andra områden för att fortsätta tillförseln.
"Alla tester av vattenkvalitet på Dorisland har visat tillfredsställande resultat."
Burkens reservoarer ligger nära platsen för en kontroversiell borrning som kapades och övergavs förra året när ingen olja hittades.
DAERA: s talesman sade en rapport om döda träd som hade återplanterats på platsen hade också undersökts.
Han sade att de unga plantorna visade "typiska tecken på stress som nålsdropp på grund av den senaste långa torrperioden"
"I detta skede skulle vi förvänta oss en dödlighet på cirka 5 % och detta är förenligt med liknande områden som planterats över Nordirland under 2017."
Tjänstemän tittar på om bristfällig utrustning som används för att transportera fisk bidrog till dödandet av mängder av öring som hittats i offentliga sjöar.