En talesman sade att stängningen var en del av en bredare plan för att "förenkla verksamheten", som redan har sett nedläggningen av cirka 40 filialer i Storbritannien.
Han sade att avdelningskontoret hanterade 400 meter från 16.000 kunder, med 6.000 i Guernsey och 2.000 till 3.000 i Jersey.
Talaren sade att en faktor i beslutet var den höga kostnaden för att bedriva verksamhet i ett offshore-bankcentrum.
Avdelningskontoret är det enda på Kanalöarna.
Han sade att kontoinnehavare skulle kontaktas direkt under de närmaste dagarna för att beskriva vad han beskrev som "nästa steg", men kunderna bör inte vara berörda och bolån skulle fortsätta att hedras.
Företaget skulle leta efter plats för sina anställda någon annanstans i sin verksamhet, tillade talesmannen.
Guernsey-kontoret i Co-operative Bank kommer att stänga i början av nästa år med 11 förlorade arbetstillfällen.