Staden hade effektivt byggt ett hem väntar på Guardiola att flytta in och mannen någon klubb i världen skulle vilja ha ansvarig var äntligen redo att ta upp bostad efter att ha lämnat Bayern München.
Vad som inte ingick i planen var en nedgång i form som höjer möjligheten att Guardiola tar ansvar med staden i Europa League - en möjlighet som nu måste betraktas som Manchester United stängd till inom en punkt av Pellegrini fjärde plats sida med en 1-0 seger på Etihad Stadium på söndag.
Vad har hänt med stadens säsong för att lämna dem i denna farliga position?
Detta är en lätt anklagelse att göra och kan stödjas av det faktum att staden har vunnit endast tre matcher av 11 sedan Guardiola ankomst bekräftades i ett tillkännagivande i februari - men är det verkligen sant?
Staden har vunnit en trofé - Capital One Cup på Wembley mot Liverpool - sedan dess och det skulle göra Pellegrini s trupp en vänlighet att föreslå att de bara har blivit likgiltiga och under-par sedan det blev känt Guardiola var på väg.
De har också gjort klubben historia genom att nå kvartsfinalen i Champions League för första gången med seger över två ben mot Dynamo Kiev - men tecken på nedgång var bevis långt före den 1 februari.
Manchester City har inte varit som bäst under någon period sedan de började säsongen med fem raka Premier League segrar. De hade redan förlorat fem ligamatcher innan Guardiola tillkännagivande gjordes.
City vann sina första tre borta matcher i Premier League men bara två av de nästa 11 och har inte vunnit back-to-back liga spel på fem månader. Röttet satte in långt innan de började göra sig redo att sätta Guardiolas namn på chefens kontorsdörr.
Det är svårt att tro att stadens spelare har bott på spanjorens ankomst under spel och i en okaraktäristiskt taggig eftermatch mediekonferens efter den United förlust, Pellegrini var på smärtor för att avleda förslag Guardiola var att ge en ovälkommen distraktion.
Han sade: " Jag tror inte att jag har förlorat någon kontroll. Teamets inställning var utmärkt. Jag upprepar - jag är nöjd med attityden hos spelarna."
Guardiolas annalkande ankomst kan ha fokuserat på stadens brister - men detta var ett team som visade tecken på kamp och nedgång långt innan han bekräftades som Pellegrinis efterträdare.
Manchester City ligger bara en punkt före Manchester United och West Ham trots att de fortfarande ligger fjärde, och 15 poäng bakom ledare Leicester City har spelat ett spel mindre.
Resten av säsongen handlar inte om att vinna titeln utan om att avsluta i topp fyra - en pinsam situation för en klubb med stadens ambitioner och ambitionsgrad.
Och kanske den mest talande statistiken av varför de är där de är kommer i sitt rekord mot de nuvarande topp åtta.
Staden har spelat 11 matcher mot dem, vinna bara en, dra tre och förlora sju för en magra avkastning på sex poäng. De förlorade också kraftigt hem och bort till nionde plats Liverpool.
Deras totala 51 poäng från 30 matcher är en dyster återspegling av deras strider under hela säsongen.
Under 2011-12 hade de 70 poäng i detta skede av säsongen, året därpå hade de 62 poäng och 67 när de tog tillbaka titeln till Etihad Stadium 2013-14. Förra säsongen hade de 61 poäng efter 30 matcher.
Guardiolas första prioritet kommer att vara att hålla allt korsat att snubbla Manchester City kan hålla ihop tillräckligt länge för att se till att de slutar i topp fyra - eller vinna turneringen naturligtvis - för att se till att de är i nästa säsong Champions League.
Han ärver en trupp som är skyldig till underprestation denna säsong, även om de har vunnit League Cup och förblir i Champions League.
Stadens köppolicy har varit bristfällig i en sådan utsträckning under de senaste åren att de fortfarande är starkt beroende av ryggraden i den sida som vann klubbens första titel i 44 år under 2012 - nämligen väktare Joe Hart, kapten Vincent Kompany, mittfält par Yaya Toure och David Silva, samt strejker Sergio Aguero.
Runt denna nyckelgrupp har andra inte uppnått, medan det finns problem även med dessa spelare. Kompany är 29 och lider av akuta kalvproblem, Toure är 33 i maj och såldes av Guardiola i Barcelona, medan även den peerless Silva är nu 30 och har oroats i många månader av ett fotledsproblem.
Guardiola kommer att vara nöjd med Hart i mål och kommer att vilja bygga runt 24-åriga Kevin de Bruyne, som har varit en så stor miss genom skada under de senaste månaderna. Han kommer också att vilja att Raheem Sterling, en £ 49m sommar signering från Liverpool, att motivera denna avgift.
Han kan mycket väl rikta Evertons 21-åriga John Stones att ge ungdom och auktoritet till ett centralt försvar som fortfarande är inhägnat under vattenlinjen av Kompanys många frånvaro, med Martin Demichelis ser varje dag av sina 35 år och mer mot Manchester United och både Nicolas Otamendi och Eliaaquim Mangala inte visar en avkastning på en kombinerad investering på cirka £ 70m.
Wilfried Bony var signerad för £28m från Swansea City som lik av Edin Dzeko och Stevan Jovetic fick gå, men det är svårt att se en strejkare som saknar rörlighet överlevande under Guardiola.
Till försvar, Bacary Sagna är 33 och kommer mot slutet av sin Premier League karriär, medan Pablo Zabaleta är 31 och Aleksandar Kolarov är 30 - detta är ett City team som har tillåtits att växa för gammal, med dåliga signeringar förvärra problemet.
Jesus Navas har varit fattig och Samir Nasri har gett ögonblick av magi och medelmåttighet.
Så Guardiolas prioriteringar kommer att vara att fräscha upp och introducera ungt blod i en gammal trupp, samtidigt som de också ger auktoritet till alla delar av planen, särskilt i det centrala försvaret och i att ge attackerande stöd till Aguero.
För alla stadens förmåga att spänna sina ekonomiska muskler, kommer han att finna att mycket lättare att göra med dem i Champions League snarare än Europa League.
Den 62-åriga chilenska har en trofé i sitt skåp i sin sista säsong men det kommer inte att finnas någon Premier League titel - han förlitar sig på Champions League att ge kampanjen en blomstra eftersom en topp-fyra finish bör vara en given, inte en källa till firande.
Pellegrini har tagit Manchester City till de sista åtta av Champions League och dragningen har varit relativt snäll eftersom de undvek de tre stora i Barcelona, Real Madrid och Bayern München att paras ihop med Chelseas erövrare Paris St-Germain.
Det är en svår uppgift - en stadspatrull som skjuter på alla cylindrar kanske bara gillar - men just nu är de allvarligt underbemannade.
Pellegrini har fått stånd av dessa skador till Kompany, De Bruyne och Silva och saker och ting blev värre på en dålig dag mot Manchester United som Sterling och djurhållare Hart lidit skador som innebär att de kan missa PSG spel.
Harts kalvskada såg ut som ett allvarligt problem när han togs av på en bår efter att ha räddat Demichelis från ett hemskt bakpass.
Sympati kommer att vara i brist tillgång om staden åberopar skador med tanke på sina resurser - men de står inför verkliga problem.
Staden kommer att vara i drömlandet om de kan komma in i Champions Leagues fyra sista men det är svårt att se dem, i deras nuvarande tillstånd, bekymra trion av supermakter i denna tävling.
Det kan mycket väl vara så att League Cup och en plats i topp fyra måste räcka innan Pellegrini tar sin ledighet.
När Manchester City meddelade att Pep Guardiola - världens mest eftertraktade och hyllade manager - skulle efterträda Manuel Pellegrini på sommaren, fanns det inget moln på klubbens horisont.