Talmannen meddelade att expediterna, som ger honom råd om uppförande och konstitutionella frågor, inte heller längre skulle bära vinghalsband och vit slips.
Konservativ Sir Gerald Howarth sade traditionen att bära peruker gick tillbaka "flera århundraden".
Men Bercow sade att det fanns en ännu äldre tradition av att inte bära peruker.
Han tillkännagav förändringarna på måndagen, men tillade att kontorister skulle behålla en del av sina kläder - svarta klänningar, för att visa att de är experter på procedurfrågor och konstitutionella frågor.
Bercow sade att byten av kläder och huvudbonader utgjorde en "överväldigande syn" på tjänstemännen själva.
De skulle "till allmänheten förmedla en marginellt mindre täppt och förbjuda bilden av denna kammare på arbetet".
Men Sir Gerald, parlamentsledamot för Aldershot, tog upp en ordningsfråga och sade till undermännen: "Jag blev förvånad över [det] uttalandet, som hade ett slags utseende av en verkställande ordning."
Han tillade att traditionella kontoristers klänning var "nyckel till värdigheten i huset" och hade varit så "i flera århundraden", tillägger att parlamentsledamöter "bör diskutera detta".
Bercow svarade att det var "en fråga som kan avgöras på rätt sätt av talmannen", och tillade att underhuset hade godkänt de ändringar som tjänstemän själva hade föreslagit.
Han sade att om man gick tillbaka mer än ett "par på hundra år", var situationen annorlunda än den som Sir Gerald presenterade, och att "för flera hundra år sedan", kontorister "inte bar peruker".
Mr Bercow har avstått från att bära peruk själv i Commons sedan han blev talman 2009, liksom hans föregångare Michael Martin och Betty Boothroyd.
John Bercow har försvarat beslutet att Commons kontorister inte längre kommer att behöva bära peruker, efter en MP liknade flytten till en "verkställande ordning".