Regeringen planerar att höja avgifterna över 9 000 pund för universitet i England med "hög kvalitet" undervisning.
Men Exeter har meddelat att ökningen också kommer att tillämpas på såväl nuvarande som nya studenter.
Liberaldemokraterna säger att de kommer att lägga fram ett ändringsförslag i parlamentet för att "stoppa denna skandalösa praxis".
Exeter studenter har använt sociala medier för att uttrycka sin irritation på ökningen.
Tim Quine, Exeters vice rektor, sade: "Beslut att ta betalt 9 250 pund har inte tagits lätt, men efter fyra år har terminsavgifter frysts, medan kostnaderna för att leverera en världsledande utbildning har fortsatt att stiga."
Men Labours utbildningstaleman Gordon Marsden sade att Exeters höjningsavgifter, innan ökningen hade godkänts av parlamentet, var en "berörande och störande utveckling".
Marsden sade att studenterna anmälde sig till examenskurser med antagandet att avgifterna inte skulle ändras - och att universitet som införde sådana ökningar skulle ställas inför "kritik för att ändra målstolparna på ett oetiskt sätt".
John Pugh, talesman för den liberala demokratiska utbildningen, sade att ökningen för nuvarande studenter var "helt oacceptabel".
Den sista dagen före riksdagens sommarlov publicerade regeringen detaljerade planer på att universiteten skulle kunna höja avgifterna till 9 250 pund från 2017-18, vilket innebär att den högsta övre gräns som infördes under den kontroversiella trefaldigandet av terminsavgifter 2012 skulle avskaffas.
Planen skulle göra det möjligt för universitet som bedöms ha "höga undervisningsstandarder" att höja avgifterna i linje med inflationen, beräknad till 2,8 % för nästa år.
Universiteten hade börjat annonsera dessa högre avgifter för studenter på väg att ansöka i höst, för nästa års kurser.
Men Exeter tillämpar också ökningen på studenter som redan är vid universitetet.
Åtgärden är tillåten enligt regeringens förslag, men många andra universitet har hittills inte fattat något beslut om att ta ut högre avgifter för studenter som kom in när det lagstadgade maximibeloppet fastställdes till 9 000 pund per år.
Universitetet i Nottingham har lovat nuvarande studenter, och de som är på väg att starta i höst, att det inte kommer att bli någon ökning över £ 9000 under hela deras kurser.
Exeters webbplats säger att ökningen för nya och nuvarande studenter är "under förutsättning av regeringens godkännande att vi uppfyller kriterierna i ramen för undervisningskompetens".
Den pedagogiska Excellence Framework är det system som skapas för att mäta kvaliteten på undervisningen vid universitet.
För det första året har inga universitet misslyckats med att uppnå den nödvändiga kvalitetströskeln.
Det rådde delade meningar om huruvida höjningen av universitetsavgifterna hade debatterats ordentligt i parlamentet.
Oppositionsparlamentarikerna var arga över att de högre avgifterna tillkännagavs innan lagförslaget om forskning på högre nivå, som för närvarande ligger framför parlamentet, hade godkänts.
Regeringen sade att avgiftstaket kunde hävas på ett legitimt sätt, via ett lagstadgat instrument, och att en omröstning fortfarande skulle krävas om det fanns en utmaning från parlamentsledamöter.
Både Labour och liberaldemokraterna har varnat regeringen för att de har för avsikt att blockera de planerade ökningarna och det fanns varningar om att ministrarna hade försökt "smyga ut" avgiftsändringarna.
Universiteten hade av parlamentsledamöter anklagats för "förrädisk arrogans" i reklamen högre avgifter innan parlamentet hade godkänt dem.
Universiteten har hävdat att en fast övre gräns på 9000 pund har inneburit att värdet på avgifterna stadigt urholkas av inflationen.
De har också uttryckt oro över det rättsliga kravet på att tillhandahålla konsumentinformation om kommande högre avgifter till studenter som ansöker i höst, även om ett rättsligt maximum på 9 000 pund kvarstår tills den föreslagna höjningen har godkänts.
Exeter University har berättat för sina nuvarande studenter att deras terminsavgifter kommer att höjas till 9 250 pund från och med hösten 2017.