Oppositionens parlamentsledamöter försökte fysiskt stoppa omröstningen i ett lagstiftande utskott genom att snurra runt ordföranden och försöka stjäla hans pappersarbete och mikrofon.
Utskottets omröstning banar väg för lagförslaget att gå till parlamentets övre kammare för slutligt godkännande.
Oppositionen säger att den kommer att fortsätta att försöka fördröja omröstningen.
Lagförslaget skulle tillåta Japan att försvara sina allierade utomlands även när det inte är under attack.
Lagförslaget stöds inte i någon större utsträckning av landet i stort. Tusentals demonstranter samlades utanför parlamentet i Tokyo när utskottsdebatten pågick.
Oppositionslagarna försökte fysiskt hindra debatten från att äga rum.
I sällsynta upphettade scener omringade Jostling medlemmar av det övre huset ordföranden i säkerhetskommittén, Yoshitada Konoike, när han öppnade debatten på onsdag och igen på torsdag morgon när omröstningen ägde rum.
Oppositionen hade också lagt fram ett misstroendevotum mot Konoike.
Onsdag kväll session övergavs i början av torsdagen efter oppositionen lagstiftare blockerade inträde till ett rum där premiärminister Shinzo Abe och andra ministrar väntade på att diskutera lagförslaget.
Lagförslaget har redan godkänts av det statligt dominerade lägre huset.
Det förväntas bli godkänt i överhuset eftersom den styrande koalitionen har majoritet där - det var därför som motståndarna var angelägna om att hindra utskottet från att godkänna lagstiftningen.
Man tror att Abes regering vill godkänna räkningarna innan landet går in på en femdagars semester på lördag, vilket skulle kunna ge en möjlighet till ännu större protester.
Om överhuset inte klarar räkningarna inom 60 dagar måste de återlämnas till underhuset.
Det är ett steg som Abe anses vara villig att ta. Hans liberala demokratiska partiledda block har två tredjedelars majoritet i den lägre kammaren, representanthuset.
Trots sin majoritet i båda husen verkar de kontroversiella räkningarna och Abes beslutsamhet att driva igenom dem trots högljuddt motstånd ha skadat hans popularitet.
Undersökningar har genomgående visat att en majoritet av allmänheten är emot förändringarna, och relativt få stöder dem starkt.
Japans efter världskriget Två konstitution hindrar den från att använda våld för att lösa konflikter utom i fall av självförsvar.
Abe's regering har verkat för en säkerhetslagstiftning som skulle göra det möjligt för Japans militär att mobilisera sig utomlands när dessa tre villkor är uppfyllda:
Vad ligger bakom Japans militära skift?
Regeringen säger att Japan måste godkänna lagförslagen, som välkomnas av USA, för att säkerställa regional fred och säkerhet inför den ökande kinesiska självkänslan. Det står också att de kommer att göra det möjligt för landet att i större utsträckning delta i globala fredsbevarande uppdrag.
Men motståndarna säger att lagstiftningen bryter mot Japans pacifistiska konstitution efter kriget, och kan leda till att den dras in i USA-ledda konflikter.
Trots sannolikheten för ett slutligt nederlag har motståndet mot lagförslagen tillskrivits hjälp till att vända årtionden av ungdomsfriskrivning från politiken i Japan. Särskilt studenter har varit nära involverade i ledande protester som en gång dominerades av fackföreningsmedlemmar och grånande vänsteraktivister.
Ett kontroversiellt lagförslag för att utvidga Japans väpnade styrkors roll har undanröjt ytterligare ett hinder i parlamentet, men satte i gång bråk bland lagstiftarna.