Den Belgien-flaggade fartyget välte utanför Kent kusten vid cirka 23:00 GMT på tisdagen, BBC förstår.
En person som upptäcktes klänga sig fast vid båtens uppvända skrov räddades nästan nio timmar senare, klockan 07:30 GMT.
Kaimes Beasley från Dover Coastguard sade att det skulle vara möjligt att överleva i vattnet i omkring 15 timmar.
Två helikoptrar, varav en från den belgiska räddningstjänsten, plus tre livbåtar har varit inblandade i sökandet.
Operationen avbröts sent på onsdag eftermiddag på grund av bleknande ljus, sade Ramsgate livbåt.
Beasley sade: "Väderförhållandena över en natt var relativt godartade, vindarna var inte särskilt starka och havet hade varit lugnt.
"Å andra sidan är det fortfarande Nordsjön på vintern och skulle ha varit mycket kallt.
"I södra Nordsjön är vattentemperaturen cirka 9,5C och lufttemperaturen lägre än så.
"Det finns en betydande risk när det gäller hypotermi."
Räddningstjänsten larmades först i dagsljus när en förbipasserande båt såg det uppvända fartyget med en av besättningsmedlemmarna stående på det.
Han kunde tala om för dem att två av hans kolleger var oredovisade.
Tidigare sänktes två dykare och en läkare från Belgien till en livbåt från Ramsgate för att delta i sökandet efter de två saknade fiskarna.
Verksamheten fokuserar på ett område strax upp längs kusten härifrån i ett område som kallas North Foreland.
Det var där livbåtarna letade efter mycket av morgonen och fortsatte in på eftermiddagen.
En sökning efter två saknade fiskare som försvann när deras båt kapsejsade i Engelska kanalen har blivit avstängd för dagen.