Den 21 månader gamla från Sheffield, South Yorkshire, försvann under en familjesemester i juli 1991.
En ny utgrävning av jordbruksmark började på måndagen, efter nya bevis för att han kan ha dödats och begravts där.
Polisen sa att de hittade "ett stort antal" djurben och små tygstycken som var "av ringa intresse".
En 19-stark team av South Yorkshire-poliser, rättsmedicinska specialister och en arkeolog har letat i den torra sträckan av olivodling, som har använts för jordbruk i generationer.
Mer om denna berättelse och mer om BBC Local Live: Sheffield och South Yorkshire
Ben sågs senast spela på marken och det är nära dit han försvann medan hans farfar renoverade en fastighet för 25 år sedan.
Hans familj tror att han blev bortförd, men polisen utreder nu om han råkade bli överkörd och dödad av en bulldozer.
Det Insp Jon Cousins, från South Yorkshire Police, sade att teamet - tillsammans med lokala sök - och räddningsvolontärer - hade gjort goda framsteg när det gäller att återvinna potentiella bevis.
Han sade: " Vi fann, som väntat, ett stort antal ben i går. Var och en undersöktes omedelbart, och var och en av dem diskonterades där och sedan som ett djurben.
"Det finns några andra objekt som är av lite intresse - den udda tygbiten. Detta analyseras och granskas, men det finns ett litet intresse.
"Allt undersöks noggrant."
Han tillade: "Vi vill vara säkra på: har de eller har de inte samband med något av de saker Ben hade på sig den dagen?"
Dagen då Ben försvann hade han en vit och grön skjorta och ett par sandaler i läder.
De återvunna föremålen har insamlats rättstekniskt och fotografierna har skickats tillbaka till kollegerna i Storbritannien innan ett beslut fattas om huruvida de behöver undersökas ytterligare och testas.
Sökningen förväntas pågå ungefär en vecka.
Polisen söker efter saknade småbarn Ben Needham på den grekiska ön Kos har hittat tygstycken på land nära där han senast sågs.