Mediauppspelning stöds inte på den här enheten
Houghton, 27, har spelat en nyckelroll i Hulls framgång under 2016 då Lee Radfords sida jagar en inhemsk diskant.
Han har gjort 1 130 tacklingar 2016, mer än någon annan spelare i Super League.
"Jag har smakat framgång vinna Challenge Cup och jag vill göra det om och om igen," Houghton berättade klubbens webbplats.
Hull FC hora och vice kapten Danny Houghton har tecknat ett nytt avtal med Challenge Cup vinnare och kommer att stanna med klubben fram till 2020.