Det övervakade injektionsstället öppnades i Vancouver 2003 med ett federalt undantag som tillåter olagligt narkotikamissbruk.
Dess anhängare säger att det har bidragit till att förebygga överdoser, minska infektioner, och stävja brottslighet och öppen användning av narkotika.
Men den federala regeringen sade 2008 att anläggningen bör stänga, argumenterar för att främja beroende.
Den högsta domstolen utfärdade sitt enhälliga 9-0 beslut på fredag.
Smittämnen måste föra sina egna läkemedel till anläggningen på plats, där de förses med rena nålar och steriliserat vatten. De injicerar på 12 rostfria alkover med speglar på väggarna så att sjuksköterskor på en upphöjd plattform kan se dem.
Domstolen sade i sitt utslag att i klinikens åttaåriga historia, "Insite har visat sig rädda liv utan några märkbara negativa effekter på den allmänna säkerheten och hälsomålen i Kanada".
"Risken för dödsfall och sjukdom för injektionsmissbrukare är grovt oproportionerlig till någon nytta som Kanada kan få av att lägga fram en enhetlig ståndpunkt om innehav av narkotika."
Korrespondenterna säger att domen antyder en provinss rätt att tillhandahålla sjukvård ersätter den federala regeringens rätt att genomdriva narkotikalagar.
Man tror att Högsta domstolens beslut skulle kunna bana väg för liknande anläggningar att öppnas i andra delar av Kanada.
Domen välkomnades av både användare av anläggningen och vårdpersonal. En publik firades på gatan utanför Insite.
"Addiction-relaterad droganvändning är en hälsofråga och inte en brottmålsfråga," Debra Lynkowski, verkställande direktör för den kanadensiska Folkhälsoföreningen, berättade reportrar.
"Samtidigt har vi ansvaret för att skydda alla kanadensares hälsa, oavsett deras situation."
Men hälsominister Leona Aglukkaq blev besviken på beslutet.
Hon berättade för det kanadensiska parlamentet: "Vår regering anser att spendera mer pengar på behandling och att hjälpa människor att få bort droger är den bästa investering vi kan göra."
Hon tillade att regeringen skulle se över domstolens beslut.
Anläggningen har varit verksam enligt det konstitutionella undantaget från Kanadas lag om kontrollerade droger och ämnen.
Men den federala regeringen vägrade att förnya undantaget 2008, med argumentet att "skademinskningsprogram" avledde finansiering från program för missbruksbehandling.
Högsta domstolens dom stöder ett beslut som fattades 2008 av högsta domstolen i British Columbia.
År 2009 fanns det 65 injektionsanläggningar i 27 städer i Kanada, Australien och Västeuropa, enligt Canadian Medical Association Journal.
Nordamerikas enda lagliga narkotikainjiceringsplats kan förbli öppen, Kanadas högsta domstolsregler, i ett nederlag för landets konservativa regering.