Alert Line är utformad för att ge oberoende stöd till alla som vill väcka oro om praxis inom hälso- och sjukvården.
Den skotska regeringen kommer också att införa en ny Whistleblowing officer för att granska handläggningen av ärenden.
Hälsominister Shona Robison sa att hon ville att personalen skulle kunna "tala utan rädsla".
Robison tillade: "Jag har alltid varit tydlig med att hälso- och sjukvårdsnämnderna måste se till att det är säkert och godtagbart för personalen att tala om eventuella problem som de kan ha, särskilt när det gäller patientsäkerheten.
"Vi kommer att fortsätta att arbeta med NHS över hela Skottland för att säkerställa en öppen och transparent rapporteringskultur där all personal har förtroende för att tala ut."
Den nationella konfidentiella varningslinjen kommer att förlängas med ett år från och med den 1 augusti 2016 till och med den 31 juli 2017.
Telefonnumret, 0800 008 6112, kommer att vidarebefordra alla frågor som de anställda tar upp till arbetsgivaren eller den relevanta regleringsorganisationen för utredning.
En konfidentiell visselblåsarlinje för NHS-personal i Skottland har förlängts med ett år.