El Diario de Juarez har blivit känd för sin starka rapportering från de dödliga gatorna i Ciudad Juarez.
Men mordet på en 21-årig fotograf förra veckan fick tidningen att köra en ledare på förstasidan och fråga: "Vad vill du ha av oss?"
Rights groups säger att journalister regelbundet blir utsatta för narkotikagäng.
Kommittén för att skydda journalister, en USA-baserad intressebevakningsgrupp, säger att mer än 30 journalister har dödats i Mexiko sedan 2006.
Många av dem som dödades rapporterade om brottslighet eller korruption, säger gruppen, och tillägger att klimatet av rädsla har lett till en utbredd kultur av självcensur bland rädda mediearbetare.
El Diarios ledare, som publicerades på sin första sida på söndagen, var dess andra sedan Luis Carlos Santiago, 21, sköts i Ciudad Juarez den 17 september. Han dog senare av sina skador, även om en praktikant som också blev skjuten, Carlos Sanchez, överlevde attacken.
"Förlusten av två reportrar från detta förlag på mindre än två år innebär en irreparabel sorg för oss alla som arbetar här, och i synnerhet för deras familjer", sade tidningen.
Tidningen beskrev knarkherrarna som de "de facto myndigheterna" inom Ciudad Juarez och frågade kartellerna: "Vi ber er förklara vad ni vill ha av oss, vad vi bör försöka publicera eller inte publicera, så vi vet vad vi kan förvänta oss."
Det belyste bristen på framsteg i utredningen av 2008 års död av Armando Rodriguez, sköt död utanför hans hem med tanke på hans familj.
Men redaktionen insisterade på att det inte var "en kapitulation", utan sade i stället att det helt enkelt hade blivit "omöjligt att göra vårt jobb under dessa förhållanden".
En redaktör på El Diario, Gerardo Rodriguez, talade till BBC World Service och sade att det pågick ett krig i Mexiko som journalisterna inte bad om. Han uttryckte sin ilska över bristen på framsteg i den officiella utredningen av Rodriguez död och kritiserade såväl regeringen som kartellerna.
"Vi söker ett fredsavtal. Ingen historia är värd livet för någon längre."
Tidningen hade inte beslutat att sluta publicera historier om narkotikakriget, sade Rodriguez, utan skulle överväga att göra det om det svar som kom från kartellerna visade att det var deras önskan.
Han beskrev El Diario som en "mycket aggressiv" organisation som "söker efter sanningen", han medgav att tidningen kanske måste skala tillbaka sitt arbete om våldet inte slutade.
"Vi kan överväga att stanna i utbyte mot våra reportrars liv."
Carlos Lauria, från kommittén för att skydda journalister, sade att El Diarios beslut var en orsak till ånger.
"Även på en av de platser där våldet är värst... El Diario fortfarande gör en hel del bra rapportering om brott", berättade han Associated Press, beskriver tidningens drag som "ett tecken på att situationen är utom kontroll".
Ciudad Juarez är en av de dödligaste flampunkterna i Mexikos narkotikastrider, som har sett våldet öka kraftigt i landets norra del under de senaste veckorna.
Oppositionsgrupperna säger att en regering som slår till mot karteller, som började för tre och ett halvt år sedan, inte har gjort något för att stoppa flödet av droger till USA.
Mer än 28 000 personer har dött i narkotikarelaterat våld sedan president Felipe Calderon utplacerade armén mot kartellerna 2006. Våldet har spridit sig till Centralamerika.
Presidenten har dock försvarat sin politik och sagt att ökningen av våldet är ett tecken på att kartellerna håller på att bli mer desperata.
En mexikansk tidning i kärnlandet av landets narkotikakrig har bett karteller om vägledning om huruvida den borde publicera berättelser om konflikten.