Boken krävde 38% av en online-röst, slå rivaler inklusive Hur Tea Cosies förändrade världen och Guds Doodle: Livet och tider Penis.
Titeln, skriven av Reginald Bakeley, ger praktiska råd om hur man kan förvisa älvor hemifrån.
Mer än 1000 personer röstade i opinionsundersökningen för webbplatsen vi älskar dennabook.com.
Diagrampriset instiftades av Bruce Robinson 1978 för att förhindra tristess på den årliga bokmässan i Frankfurt, med Proceedings of the Second International Workshop on Nude Mice den invigande vinnaren.
Diagramprisadministratör Philip Stone, kartredaktör för Booksellern - welovethisbook.coms systerwebbplats - sade: "Folk kanske tycker att det bara är lite roligt, men det belyser en undervärderad konst som kan göra eller bryta ett litterärt verk.
"Böcker som A Short History of Tractors in Ukrainian, The Guernsey Literary and Potato Peel Pie Society och The Curious Incident of the Dog in the Night-Time alla är skyldiga en stor del av sina enorma framgångar till sina udda monikers."
Han tillade: "Den typ av nisch, off-beat publikationer som ofta visas på Diagram Prize shortlist kanske inte gör sina författare eller utgivare rika bortom sina vildaste drömmar, men det faktum att författare fortfarande passionerat skriver sådana verk och utgivare fortfarande är villiga att investera i dem är en fantastisk sak som förtjänar att firas."
Bookseller diarist Horace Bent sade: " I Goblinproofing One's Chicken Coop har allmänheten valt ett oerhört viktigt arbete när det gäller det bästa sättet att skydda sin fågel från älvans mest besvärande varelser.
"Alla känner väl till de faror som katter, hundar och rävar har för hönsägare, för att inte tala om röd kvalster, men allmänheten har insett behovet av att belysa denna hittills underrapporterade olägenhet."
Priset accepterades av bokens amerikanska redaktör Clint Marsh, som sade: " Diagrampriset hyllar den lekfullhet som står i centrum för en stor del av världens bästa bokutgivning.
"Reginald och jag tar detta som ett tydligt tecken på att folk har fått nog av troll i sina hönsburar. Vår kampanj mot älvriket fortsätter."
De andra titlarna som nominerades till Diagrampriset var hur man Sharpen Pencils, var Hitler Ill? Och Lofts of North America: Pigeon Lofts.
Tidigare vinnare är Greek Rural Postmen och deras avbokningsnummer, Höjdpunkter i historien om betong, Bombproof Din häst och förra årets mottagare Matlagning med Poo.
En publikation som heter Goblinproofing One's Chicken Coop har utsetts till vinnare av Diagrampriset för årets märkligaste boktitel.