Spelare utvecklar sina agenter över tid i online-spelet, så många fruktade att de hade förlorat veckor av framsteg.
Problemet verkar bara ha påverkat personer som använder Xbox One-versionen av titeln.
Förlaget, Ubisoft, sa att det snart skulle återställa de saknade uppgifterna.
"Problemet orsakades av en felserver som inte kunde synkronisera teckendata korrekt och skadade dem istället," Ubisoft berättade BBC.
"Spelklienten kunde inte läsa denna skadade data, och antog helt enkelt att karaktären inte fanns.
"När detta har identifierats, kunde vi återställa servern till sina normala funktioner, vilket säkerställer att problemet inte längre kommer att inträffa för andra spelare.
"För dem som upplevde frågan, din karaktär är inte borta.
"Vi arbetar för närvarande på en fix som bör göra den tillgänglig inom kort.
"Genomföra denna korrigering kommer att kräva en server stilleståndstid, och vi kommer att låta dig veta när vi är redo att utföra det."
Divisionen sålde fler exemplar under sin första dag än någon annan Ubisoft titel hittills - inklusive Assassins Creed och Watch Dogs.
Det fortsatte att tillbringa fyra veckor på nummer ett plats i GfK Entertainment All Formats videospel diagram, efter dess release den 8 mars.
Historien äger rum i New York efter att smittkoppsviruset har spridits via infekterade sedlar.
Spelaren påtar sig rollen som divisionsagent - en hemlig organisation som har i uppdrag att bringa ordning i det kaos som har uppslukat Manhattan
"Om du har spenderat 30 eller 50 eller 100 timmar att bygga upp dina framsteg, du kommer att bli ganska upprörd när det magiskt försvinner," sade Keza MacDonald, redaktör för spel nyhetssajt Kotaku Storbritannien.
"Sammanhängande saker har hänt innan - till exempel, när Grand Theft Auto Online släpptes, under de första veckorna, tecken skulle bara försvinna.
"Människor förstår i allmänhet att det finns lanseringsproblem med onlinespel och det kan finnas en del av förlåtelse, men divisionen har varit ute i över en månad nu och människor kommer att ha förväntat sig bättre."
Divisionen hade haft en relativt smidig start, efter att ha upplevt vissa serverproblem under sina tidiga timmar.
Den 1.1 uppdateringen släpptes på tisdag för att göra titeln "mer tillfredsställande".
Ändringar inkluderade att se till att spelarna skulle få en "high-end" belöning när de dödade en utmanande datorkontrollerad fiende.
Men det blev snart uppenbart att det fanns ett problem.
"Wow, Jag älskar verkligen detta spel, men detta är för mycket - Jag förlorade min karaktär, och jag kommer inte att göra en ny... hej då The Division," twittrade Pedro Morales.
En annan spelare, smeknamn Freak5how, skrev: "Om de inte får karaktärer återställda, Jag går tillbaka till Destiny" - en hänvisning till Activision rival online shooter.
En analytiker sade att felet belyste riskerna med en bredare övergång till att göra spel beroende av fjärrservrar.
"I det förflutna, om du förlorade din karaktär spara och din konsol var inte ansluten till nätet, då du inte riktigt har någon att skylla," sade Piers Harding-Rolls, från IHS konsult.
"Men i dagens sammanhang, du har din information lagras av ett företag, så det är utom din kontroll.
"Och när det påverkar många människor blir det ett stort problem för företaget."
MacDonald sade att mycket nu hänger på att Ubisoft löser frågan så snabbt som utlovat.
"Om det tar ett par dagar att reda ut, kanske du förlåter dem", sade hon.
"Men om det tar två veckor eller längre att få tillbaka karaktärerna - eller de aldrig kommer tillbaka - kommer du förmodligen inte att vara benägen att spela längre.
"Så, hastighet är verkligen viktigt när det gäller att fixa problem som detta."
Ubisoft har lovat att fixa ett fel med sin blockbuster videospel Tom Clancy's The Division som orsakade hundratals spelares karaktärer att försvinna.