Elfenbenet, med ett svart marknadsvärde på 30 miljoner dollar (19.4 miljoner pund), är den största försändelsen som förstörs i Kenya.
"Många av dessa betar tillhörde elefanter som var hänsynslöst slaktade av brottslingar", sade han vid ceremonin i Nairobi National Park.
Elefant elfenben smugglas ofta till Asien för att användas i prydnadsföremål.
Rhinos är också tjuvskytte för deras horn för användning i traditionell medicin.
Naturvårdare har varnat för att elefanter skulle kunna utrotas i vissa delar av Afrika under de närmaste åren.
"Tjugofem år efter det historiska förbudet mot elfenbenshandeln, efterfrågan från tillväxtmarknaderna än en gång hotar Afrikas elefanter och noshörningar", sade president Kenyatta.
Bränningen av elfenbenet var att visa att vilda djurtroféer måste sättas "bortom ekonomiskt bruk", sade han.
"Vi vill att kommande generationer av kenyaner, afrikaner och hela världen ska uppleva dessa magnifika djurs majestät och skönhet.
"Poachers och deras möjliggörare kommer inte att ha sista ordet i Kenya."
Kenyatta lovade att hans regering skulle förstöra hela landets lager av elfenben - som tros vara ytterligare 115 ton - i slutet av året.
"Vi är fast beslutna att bekämpa hotet kraftfullt och ihärdigt tills vi avvecklar hela den avskyvärda ekonomin", sade presidenten och tillade att Interpols nya regionala kontor om miljöbrott i Kenya var ett betydande uppsving i kampen.
Förra månaden införde Kina ett ettårigt förbud mot import av elfenben, trots kritiken att efterfrågan från dess konsumenter drev på tjuvjakt i Afrika.
Kenyas president Uhuru Kenyatta har satt eld på 15 ton elfenben som en del av den östafrikanska nationens ansträngningar att hejda tjuvjakten.