I ett uttalande från Pentagon på söndagen identifierades männen som fyra syrier, en tunisisk och en palestinsk.
Alla sex hade häktats som misstänkta militanter med kopplingar till al-Qaida men åtalades aldrig.
Den Uruguayske presidenten Jose Mujica beslutade att ta fångarna på humanitära grunder i mars, men flytten sköts upp till efter valet förra månaden.
"Förenta staterna är tacksamma mot Uruguays regering för dess beredvillighet att stödja pågående amerikanska ansträngningar för att stänga Guantanamo Bay internering anläggning," Pentagon sade i ett uttalande.
President Barack Obama har lovat att stänga lägret på Kuba, som öppnades 2002 som en plats att kvarhålla fiendens soldater i Amerikas krig mot terrorismen.
Ungefär hälften av de 136 män som fortfarande befinner sig i Guantanamo har godkänts för förflyttning men har ingenstans att ta vägen eftersom deras länder är instabila eller osäkra.
Mer än 50 länder har tagit emot tidigare Guantanamofångar.
USA döpte fångarna till Uruguay som Ahmed Adnan Ahjam, Ali Hussain Shaabaan, Omar Mahmoud Faraj, Abdul Bin Mohammed Abis Ourgy, Mohammed Tahanmatan och Jihad Diyab.
De har varit godkända för release sedan åtminstone 2010 men de kunde inte skickas hem, enligt Associated Press.
I Latinamerika är El Salvador det enda andra landet som har gett Guantanamofångar fristad och tagit två år 2012.
I en opinionsundersökning i oktober visade det sig att 58 procent av Uruguays befolkning motsatte sig att föra in fångarna.
President Mujica hölls själv i över ett decennium i hårda fängelseförhållanden under Uruguays militärregim på 1970- och 80-talen.
Han upprepade sitt åtagande att ta de sex fångarna på fredag och sade att Uruguay erbjuder sin gästfrihet till "människor som har utsatts för en fruktansvärd kidnappning i Guantanamo Bay".
Den amerikanska regeringen säger att den har släppt sex Guantanamo Bay-fångar och skickat dem till Uruguay för vidarebosättning.