"Jag hyllar kvinnorna i Paraguay, som kunde återuppbygga ett land som förstördes av ett ojämlikt krig", sade han.
De flesta av Paraguays manliga befolkning dog i ett förödande krig mot Brasilien, Argentina och Uruguay mellan 1865 och 1870.
"Gud beskydda Paraguayan kvinnor, den mest ärorika av Amerika", sade han.
Hundratusentals människor gick till mässan vid helgedomen i Caakupe, omkring 50 kilometer från huvudstaden Asuncion.
Många av dem kom från grannlandet Argentina och viftade blåvita flaggor av påven Francis hemland.
"Argentina är hans hemland. Han är inte kommer hem ännu, så vi tog det till honom, "Carmen Mesa, 56, berättade Associated Press (AP) nyhetsbyrån.
Påven Francis sade att besöket i Caacupe skulle vara ett känslomässigt tillfälle för honom.
Innan han blev påve reste han många gånger till staden, känd som Paraguays andliga huvudstad.
"Jag känner mig som hemma, här. Jag kom hit många gånger för att förnya mina önskningar om att leva enligt evangeliet", sade han under mässan.
Påvens religiösa ordning, jesuiterna, evangeliserade området på 1600-talet.
Påven Francis sade bönen Fader vår i Guarani, det inhemska språk som talas av de flesta av befolkningen.
Guarani är ett officiellt språk tillsammans med spanska i Paraguay.
"Jag vill påminna er om att vi alla är bröder och systrar", sade påven Francis.
Paraguay är sista stoppet på påvens åtta dagars turné i Sydamerika, som också tog honom till Ecuador och Bolivia.
Vatikanen sade att påven hade valt några av de fattigare länderna i regionen för sitt besök för att återspegla sitt intresse för "periferierna".
Påven Francis är den förste ledaren för den romersk - katolska kyrkan som kommer från Sydamerika.
"Progress och utveckling måste säkerställa en bättre framtid för alla," Påven Francis sade i ett tal på Quito flygplatsbanan på måndagen efter att han välkomnades av Ecuadors president Rafael Correa.
Påven Francis har hyllat Paraguays kvinnor och mödrar under mässan som firas på landets viktigaste pilgrimsfärdsplats, Caacupe,