Han sade att William McNeillys påståenden antingen var faktafel eller ett resultat av missförstånd eller partiell förståelse.
Den kungliga flottans ubåtar har hävdat att missilprogramsystemet på Clyde var en "katastrof som väntade på att hända".
Han skrev en rapport om "allvarliga säkerhets- och säkerhetsöverträdelser".
I ett uttalande som behandlade 25-åringens oro insisterade Frank Fallon på att varken flottans "operativa effektivitet" "eller säkerheten för våra ubåtar eller allmänheten har äventyrats".
Förenade kungarikets försvarsminister Michael Fallon har sagt att en visselblåsares oro över Trident atomubåtens säkerhet inte har bevisats.