小分子核糖核酸

title: 命名规则.
content: miR-前缀后面所跟着的数字,代表命名的顺序,比如,miR-124比miR-456发现得早。  “miR-”代表成熟的miRNA、“mir-”代表pre-miRNA和pri-miRNA、“MIR”代表编码miRNA的基因。  miRNA几乎全是独一的编码顺序,但对于拥有一两个碱基不同的则会被标上字母以示,例如,miR-124a与miR-124b。 若成熟的miRNA相同,但pre-miRNA和pri-miRNA和编码他们的基因来自于不同的基因组,则使用数字来表示,例如,mir-194-1和mir-194-2表示两个pre-, pri-miRNA剪切后的成熟miRNA是完全相同的,但却是两个不同的来源。  前缀的三个字母代表了不同的种族来源,例如,hsa-miR-194代表miRNA来源于人类,oar-miR-124来源于绵羊。  对于形成pre-,pri-miRNA茎环的两端miRNA, 通常一端在数量上远远超过另一端。数量优势的一端往往称为guide strand,而另一端被称为passenger strand,通常被大量降解,用*号来表示,例如miR-124和miR-124*。
title: 生物合成机制.
content: 有多达40%的miRNA位于其他基因的内含子或甚至外显子中。他们通常(但不限于)在有义方向被发现,因此它们通常与他们宿主基因一起调节。 位于DNA模板上的序列,并非成熟miRNA的最终编码:有6%的人类miRNA有RNA编辑的现象,RNA上特定位置的修饰,会产生和他们DNA不同的产物。这增加了miRNA作用的多样性和范围,远超过了基因组单独引起的作用。
title: 转录.
content: miRNA基因通常由RNA聚合酶II转录,聚合酶常常会结合到DNA序列附近的启动子,并将其编码成前miRNA的发夹环。 所得到的转录产物,上有5'端帽及多聚腺苷酸尾并已被剪接。动物的miRNA最初转录为约80个核苷酸的RNA茎环,其会交互形成几百个核苷酸长的miRNA前体,称作pri-miRNA。当在3'UTR(3'非编码区)中发现茎-环前体时,该转录物可以作为pri-miRNA和mRNA。 此外,RNA聚合酶III也会转录一些miRNA,特别是具有上游Alu元件的、tRNA或哺乳动物宽分散重复(mammalian-wide interspersed repeats)启动子单元。
title: 核加工.
content: 单个pri-miRNA可以含有1至6个miRNA precursor,这些发夹环结构各自由约70个核苷酸组成,而每个发夹的侧翼包含了RNA加工的必要序列。 在pri-miRNA中发夹的双链RNA(dsRNA)结构,会被称为DiGeorge综合症关键区8(DGCR8或无脊椎动物中的“Pasha”)的核蛋白所识别。随后DGCR8与Drosha酵素结合形成微加工复合体(Microprocessor complex)。  在该复合物中,DGCR8使Drosha的RNase III催化结构区域定向,借此从发夹碱基中切割约11个核苷酸,从而释放pri-miRNA的发夹弯。所得产物在其3'端具有两个核苷酸的突出端,其也具有3'羟基和5'磷酸基团。它通常被称为前miRNA(pre-miRNA)。有许多对于有效加工重要的pre-miRNA下游的序列基序(Sequence motif),已被识别鉴定了。  而对于那些绕过微加工复合体,直接剪接出内含子的前miRNA,被称为“Mirtrons”。其最初被认为只存在于果蝇和秀丽隐杆线虫中,然而现在已经在哺乳动物中发现其存在。 有多达16%的pre-miRNA可以透过核RNA编辑改变,其中最常见地,如腺苷脱氨酶作用于RNA(ADAR)上的腺苷至肌苷(A至I)转换。另外,RNA编辑也能停止核加工(例如pri-miR-142,其会导致核糖核酸酶Tudor-SN的降解),并改变下游流程包括细胞质miRNA的加工与目标专一性(像是改变中枢神经系统中miR-376的种子区域)。
title: 核输出.
content: 核细胞穿梭蛋白Exportin-5涉及前miRNA发夹从细胞核输出的过程。这种蛋白质是karyopherin家族的一个成员,它会识别前miRNA发夹的3'末端,由RNase III酶与Drosha遗留的两个核苷酸的突出端。 Exportin-5-mediated介导运输到细胞质是能量依赖的(主动运输),其使用GTP来绑定Ran蛋白。
title: 细胞质加工.
content: 在细胞质中,前miRNA发夹会被由RNaseIII酶Dicer所切割,该内切核糖核酸酶与miRNA发夹的5'和3'端相互作用并切除连接3'和5'臂的环,产生长度为22个核苷酸的不完全的miRNA:miRNA*双链体 。整个发夹长度和环尺寸都会影响Dicer的加工效率。由于RNA的不完全配对性质,miRNA:miRNA*双链体的配对程度也会影响切割 。  此外,一些富含G的pre-miRNA可以潜在地利用G-四联体,来替代典型的茎-环结构。 例如,人的pre-miRNA 92B就使用G-四联体,来抵抗Dicer在细胞质中的介导切割。 虽然双链体的任一链,皆可作为潜在作用的功能miRNA,但通常只有一条链会掺入RNA诱导沉默复合体(RISC)中,在其中该miRNA会与其目标mRNA相互作用。
title: 植物中的生物合成.
content: 在植物中miRNA的生物合成与动物的最大差异,主要是在于核加工和输出的过程中:其不像动物使用两种不同的切割酶(一种位于核内部、一种位于核外部)。植物的两种切割,都是利用称为Dicer-like1(DL1)(Dicer同源物)进行,由于DL1仅在植物的细胞核中表达,这表明这两种切割都在核内发生。在植物miRNA:miRNA *双链体被转运出细胞核之前,其3'突出端会被称为Hua-Enhancer1(HEN1)的RNA甲基转移蛋白甲基化,然后透过称为Hast(HST)的蛋白质(Exportin 5蛋白的同源物)将双链体从细胞核运出到细胞质中,在那里它们会分解并且生成成熟的miRNA,来结合到RISC中。

Summary: 小分子核糖核酸(英语:microRNA,缩写为miRNA)又译微核糖核酸,是真核生物中广泛存在的一种长约21到23个核苷酸的核糖核酸(RNA)分子,可调节其他基因的表达。miRNA来自一些从DNA转录而来,但无法进一步转译成蛋白质的RNA(属于非编码RNA)。miRNA通过与目标信使核糖核酸(mRNA)结合,进而抑制转录后的基因表达,在调控基因表达、细胞周期、生物体发育时序等方面起重要作用。在动物中,一个微RNA通常可以调控数十个基因。

MiRNA: miRNA neboli microRNA jsou jednovláknové řetězce nekódující RNA o délce 21-23 nukleotidů, které se podílejí na regulaci genové exprese. miRNA vznikají transkripcí z genů v DNA, ale následně nedochází k jejich translaci v protein. Namísto toho se každý primární transkript miRNA (tzv. "pri-miRNA") páruje s některými vlastními komplementárními bázemi a nakonec se mění na plně funkční miRNA. Tyto molekuly jsou částečně komplementární k určitým molekulám mRNA vyskytujícím se v buňce a jsou schopné regulovat (konkrétně snižovat) tímto výrobu proteinů, které tyto mRNA kódují. K objevu miRNA došlo v roce 1993 v týmu Leeho a jeho spolupracovníků v laboratoři Victora Ambrose, ale termín microRNA je mnohem mladší - pochází z roku 2001 z článků v Science.