AutoDock
AutoDock moleküler modelleme simülasyon yazılımıdır. Protein-ligand yanaştırma için özellikle etkilidir. AutoDock 4, GNU Genel Kamu Lisansı altındadır. AutoDock, araştırma topluluğunda en çok alıntı yapılan yanaştırma yazılımı uygulamalarından biridir. Bu program aynı zamanda World Community Grid tarafından yürütülen FightAIDS@Home projesi için bir üstür. Şubat 2007'de, ISI Atıf Dizini'nde yapılan bir araştırma, birincil AutoDock yöntem kağıtları kullanılarak 1.100'den fazla yayınının Autodock'a atıfta bulunduğunu gösterdi. 2009 itibarıyla bu sayı 1.200'ü aştı.
AutoDock Vina, doğruluk ve performans açısından önemli ölçüde geliştirilmiş AutoDock halefidir. Vina Apache lisansı ile edinilebilir.
Hem AutoDock hem de Vina şu anda Scripps Araştırma Enstitüsü, özellikle de Moleküler Grafik Laboratuvarı (Dr. Arthur J. Olson), tarafından sürdürülmektedir.