Synteettinen biologia

Synteettinen biologia on uusi monitieteinen biologisen tutkimuksen ala, jossa suunnitellaan ja rakennetaan sellaisia biologisia funktioita ja järjestelmiä, joita ei tavata luonnossa. Synteettisen biologian juuret ovat viime vuosikymmenten geeniteknologiassa ja 1990-luvulla esille nousseessa systeemibiologiassa. Synteettinen biologia on kohdannut myös kritiikkiä esimerkiksi kansalaisjärjestöiltä. == Historia == Ranskalainen kemisti Stéphane Leduc käytti termiä “synteettinen biologia” ensimmäistä kertaa jo 1900-luvun alussa.Théorie physico-chimique de la vie et générations spontanées, S. Leduc,1910Leduc, Stéphane (1912). Poinat, A., ed. La biologie synthétique, étude de biophysique Puolalainen geneetikko Wacław Szybalski tuli lähemmäs termin nykymerkitystä 1970-luvulla, kun hän esitti, että teknologia tulee jossain vaiheessa mahdollistamaan uudenlaisten geneettisten systeemien ja jopa kokonaisten organismien synteettisen rakentamisen.Wacław Szybalski, In Vivo and in Vitro Initiation of Transcription, Page 405. In: A. Kohn and A. Shatkay (Eds.), Control of Gene Expression, pp. 23–4, and Discussion pp. 404–5 (Szybalski's concept of Synthetic Biology), 411–2, 415–7. New York: Plenum Press, 1974 Ensimmäiset varsinaiset synteettisen biologian sovellukset tehtiin 2000-luvun alussa. Vuonna 2000 samassa Nature-lehden numerossa kaksi tutkijaryhmää esitteli keinotekoisesti rakennetut geenipiirinsä, joissa keinotekoisesti yhdistellyt geenit jäljittelivät biologisen kytkimen ja kellon piirteitä.Elowitz, Michael B.; Leibler, Stanislas. "http://www.nature.com/doifinder/10.1038/35002125". Nature 403 (6767): 335–338. doi:10.1038/35002125Collins, James J.; Gardner, Timothy S.; Cantor, Charles R. "http://www.nature.com/doifinder/10.1038/35002131". Nature 403 (6767): 339–342. doi:10.1038/35002131 == Monitieteisyys == Kuten useat nykyaikaiset biotieteen tutkimushaarat, synteettisen biologian tutkimus on hyvin tieteidenvälistä. Synteettinen biologia yhdistää tutkimuksessaan useita tieteenaloja, kuten biotekniikka, molekyylibiologia, biokemia, systeemibiologia, tietojenkäsittelytiede, insinööritieteet, bioinformatiikka, nanoteknologia ja geenitekniikka. Useissa tutkimushankkeissa on tavanomaisen kokeellisen ”märkälaboratorion” (wet lab) lisäksi ”kuivalaboratorio” (dry lab), jossa mallinnetaan ja analysoidaan dataa.Ijäs, Tero ja Tarja Knuuttila (2014). Tarvitseeko biologia muitakin kuin biologeja? Synteettisen ja systeemibiologian näkökulmia tieteidenvälisyyteen. Tieteessä tapahtuu 32 (4), 37-41. http://ojs.tsv.fi/index.php/tt/article/view/46154 Useilla synteettisen biologian tutkijoilla on tausta biologian ulkopuolelta, insinööritieteistä tai tietojenkäsittelytieteestä. === Tekniikka === Synteettinen biologia tuo insinööritieteiden näkökulmaa biologiaan. Insinööritieteellinen näkökulma tarkoittaa, että biologin tulisi lähestyä ja muokata esimerkiksi soluja ja bakteereita samoilla periaatteilla kuin mitä insinööri käyttää suunnitellessaan ja rakentaessaan teknisiä laitteita.Raerinne, Jani (2012). Biologiaa insinööritieteiden menetelmin. Tieteessä tapahtuu 30 (2), 34–38. http://ojs.tsv.fi/index.php/tt/article/view/6090 Koska synteettinen biologia on usein määritelty bioteknologian laajentamiseksi, sen ensisijainen tavoite on tuottaa uusia biologisia sovelluksia ihmiselle hyödyllisiin tarkoitusperiin. Tällaisia sovelluksia ovat esimerkiksi uusien biomateriaalien tuotanto, ekologisten polttoaineiden valmistus ja lääkeaineiden tehokkaampi syntetisointi. Synteettinen biologia lainaa tutkimuksessaan tekniikan menetelmiä ja tapoja ymmärtää tutkimuskohteita. Esimerkiksi toisiaan säätelevien geenien toimintaa voi mallintaa samalla tavoin kuin sähköpiirin toimintaa muotoilemalla geeneille oman kytkentäkaavion. Tekninen lähestymistapa painottaa mallintamisen ja suunnittelun (design) merkitystä systeemin rakentamisesta erillisenä ja itsenäisenä vaiheena. Toinen tärkeä periaate on biologisten osien standardointi, eli luoda joukko yleisesti käytettyjä ja ennustettavasti käyttäytyviä osia. Näiden tekniikan menetelmien tavoitteena on tehdä biologisten systeemien muokkaamisesta yksinkertaisempaa, ennustettavampaa ja luotettavampaa. == Avainteknologiat == On olemassa useita teknologioita, joita voidaan hyödyntää synteettisessä biologiassa. Avainasemassa ovat biologisten osien standardointi DNA-sekvensointia ja -fabrikointia apuna käyttäen. Mittaukset erilaisissa olosuhteissa ovat tarpeen toistettavaa mallinnusta ja tietokoneavusteista suunnittelua varten. === Standardoidut DNA-osat === Synteettisessä biologiassa eniten käytettyjä standardoituja DNA-osia ovat Tom Knight:n kehittämät BioBrick-osat [(http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/21168)]. Näitä Legojen kaltaisia rakennuspalikoita voidaan yhdistellä keskenään DNA-kasausmenetelmillä ja lopulta siirtää elävään organismiin, kuten Escherichia coli -bakteeriin. Saatavilla olevia BioBrick-paloja ovat esimerkiksi promoottorit, ribosomin sitoutumiskohdat, koodaavat sekvenssit ja terminaattorit. === DNA-synteesi === Useat yritykset tarjoavat geneettisten sekvenssien syntetisoimista edullisesti (noin 35 senttiä euroissa per emäspari) ja nopeasti. === DNA-sekvensointi === Nukleotidien tarkka järjestys DNA-molekyylissä määritetään DNA- sekvensoinnilla. Synteettiset biologit käyttävät DNA-sekvensointia työssään useisiin eri tarkoituksiin. Kokonaisen genomin kattavasta sekvenssistä saa paljon tietoa tutkittavasta organismista. Näillä tiedoilla tutkijat voivat rakentaa uusia biologisia osia ja laitteita. Sekvensoinnilla biologit voivat myös tarkistaa, että suunnitellut systeemit on rakennettu oikein. == Tutkimusalueita == Ala on jakaantunut useampaan eri tutkimusalueeseen, joissa standardoidaan biologisia osia sekä muokataan biomolekyylejä ja perimää. Standardoitujen biologisten elementtien, kuten hyvin tunnettujen DNA- komponenttien ja niistä koostuvien geneettisten piirien avulla, voidaan systemaattisesti suunnitella ja rakentaa biologisia laitteita aikaisempaa nopeammin Suvi Santala (2015) Developing Synthetic Biology Tools and Model Chassis: Production of Bioenergy and High-Value Molecules. Synteettisen biologian väitöskirja, Tampereen teknillinen yliopisto http://URN.fi/URN:ISBN:978-952-15-3496-6. Teolliseen tuotantoon ehtineet synteettisen biologian esimerkit ovatkin aineenvaihdunnanmuokkaamiseen alalta, mistä yksi esimerkki on mikro-organismin muokkaaminen tuottamaan malarialääkkeen aihioyhdistettä.Ro, D. K.; Paradise, E. M.; Ouellet, M.; Fisher, K. J.; Newman, K. L.; Ndungu, J. M.; Ho, K. A.; Eachus, R. A.; Ham, T. S.; Kirby, J.; Chang, M. C. Y.; Withers, S. T.; Shiba, Y.; Sarpong, R.; Keasling, J. D. (2006). "Production of the antimalarial drug precursor artemisinic acid in engineered yeast". Nature 440 (7086): 940–943doi:10.1038/nature04640 === Synteettisten geenipiirien ja metaboliareittien rakentaminen === Monet ensimmäisistä synteettisen biologian sovelluksista ovat olleet keinotekoisesti rakennettuja geenipiirejä. === Minimaaliset solut ja genomit === Synteettinen biologia pyrkii selvittämään myös elämän minimiehtoja, kuten esimerkiksi sitä, kuinka vähillä geeneillä bakteeri kykenee säilymään hengissä. Tällä on ainakin kolme tarkoitusta. Ensinnäkin se auttaa ymmärtämään elämän alkuperään liittyviä kysymyksiä. Toisaalta se auttaa tutkijoita ymmärtämään paremmin solunsisäistä monimutkaista toimintaa ja esimerkiksi geenisäätelyn periaatteita. Lisäksi synteettisen biologian isäntäsoluksi (engl. chassis) pyritään rakentamaan mahdollisimman vähän toimintoja sisältävä bakteeri. Ajatuksena on, että tällaista solua olisi helpompi ohjelmoida DNA-osilla ja geneettisillä piireillä kuin monimutkaisempia soluja. === Epäluonnolliset geneettiset systeemit === Synteettisen biologian piirissä on tutkittu myös luonnollisille DNA:n emäspareille vaihtoehtoisia geneettisiä aakkosia.Kwok, Roberta. 2012. Chemical biology: DNA's new alphabet. Nature 491: 516-518. doi:10.1038/491516a == Bioturvallisuus ja eettiset kysymykset == Tieteellisten lupausten ja haasteiden lisäksi synteettinen biologia asettaa myös kysymyksiä koskien etiikkaa ja sovellusten turvallisuutta. Monet synteettisen biologian etiikkaan ja turvallisuuteen liittyvät kysymykset eivät ole täysin uusia, vaan ovat nousseet esille jo aikaisemmin geeniteknologian ja geenimanipuloitujen organismien (GMO) yhteydessä. === Bioturvallisuus === Synteettisen biologian riskien kohdalla voidaan tehdä erottelu turvallisuuden (security) ja varovaisuuden (safety) välillä. Turvallisuudella tarkoitetaan tässä strategista varautumista esimerkiksi bioterrorismiin ja vastaavanlaisiin tarkoituksellisiin biologisten komponenttien vaaraa aiheuttaviin käyttöihin. Varovaisuudella viitataan puolestaan niihin varotoimenpiteisiin ja kontrollitoimiin, joihin tieteentekijät ovat velvollisia mahdollisten vahinkojen minimoimiseksi.Church & Regis, 2012. Regenesis: How Synthetic Biology Will Reinvent Nature and Ourselves. Epigenetic Epilogue. New York: Basic Books. Synteettisen biologian varovaisuuden ytimessä on kysymys uusien synteettisten organismien suunnitelluista ja odottamattomista vaikutuksista. Yksi yleisimmistä uhkakuvista on synteettisesti muokatun organismin pääsy laboratoriosta ulos luontoon. Tällaisella tahaton leviäminen voi aiheuttaa ympäristö- ja terveysriskejä tai ekologista vahinkoa. Tämän vuoksi synteettisen biologian sovellutusten käytössä on pyritty noudattamaan varovaisuusperiaatetta, ja synteettisten organismien käyttöä ja tutkimusta on säädelty samoin periaattein kuin geenimuunneltujen organismien käyttöä. Toisaalta synteettinen biologia voi lisätä bioteknologian turvallisuutta kehittämällä organismeja, jotka vaativat lisääntyäkseen kemiallisia yhdisteitä (esimerkiksi keinotekoisia nukleotideja), joita ei ole saatavilla luonnosta. Tällaisten turvajärjestelmien tavoitteena on taata, etteivät synteettiset organismit kykene lisääntymään laboratorion ulkopuolella. Lisäksi uhkakuvana voivat olla myös tahalliset väärinkäytökset, eli synteettisen biologian hyödyntäminen rikollisessa toiminnassa, kuten biologisten aseiden kehittämisessä (bioterrorismi). Ne perustuvat kysymykseen kaksoiskäytöstä, eli että synteettisen biologian sovelluksia voi käyttää sekä rauhanomaisiin että vahingoittaviin tarkoituksiin. Tämän vuoksi geenitekniikassa on pyritty säätelemään mahdollisesti vaarallisten patogeenien saatavuutta, jotta estettäisiin niiden muokkaaminen ja leviäminen. === Synteettinen biologia ja bioetiikka === J. Craig Venterin tutkimusryhmä suunnitteli ja rakensi ensimmäisen synteettisellä genomilla toimivan bakteerisolun 2010.Gibson, Daniel G., John I. Glass, Carole Lartigue, Vladimir N. Noskov, Ray-Yuan Chuang, Mikkel A. Algire, Gwynedd A. Benders, et al. 2010. “Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome.” Science 329 (5987): 52–56. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20488990 doi: 10.1126/science.1190719 Noin reilun miljoonan emäsparin kokoinen synteettinen genomi perustui Mycoplasma mycoides -bakteerin pienikoiseen genomiin. Uusi bakteerilaji sai nimekseen Mycoplasma laboratorium, ja tutkimusryhmä julisti sen ensimmäiseksi synteettiseksi organismiksi. Tutkimus herätti näkyvyyttä ensimmäisenä esimerkkinä ”elämän luomisesta” ja Yhdysvalloissa perustettiin erillinen bioeettinen komissio arvioimaan synteettisen elämän seurauksia.Presidential Commission for the study of Bioethical Issues, December 2010 FAQ. http://bioethics.gov/node/353 Lisäksi komissio arvioi nousevan synteettisen biologian eettisiä seurauksia ja sen tarvittavaa sääntelyä. == Katso myös == *Biotekniikka *Geenitekniikka *Systeemibiologia *IGEM == Lähteet == == Aiheesta muualla == *Suomen Akatemia: Synteettinen biologia *European Academies Science Advisory Council (EASAC): Synteettinen biologia: tiivistelmä (suomenkielinen versio) (pdf) *Biotekniikan neuvottelukunta (BTNK): Synteettinen biologia, Helsinki 2013 (pdf) *Synteettisen biologian ERA-NET -verkosto ERASynBio Luokka:Biotekniikka