Michaelis–Menten-kinetiikka

Michaelis–Menten-kinetiikka kuvaa entsymaattisesti katalysoitujen reaktioiden kinetiikkaa, kun reaktiossa on läsnä yksi substraatti. Reaktiossa substraatin konsentraatiota suurennettaessa reaktionopeus kasvaa, kunnes substraatti kompleksoi kaiken entsyymin, minkä seurauksena reaktionopeus vakioituu. Michaelis–Menten-kinetiikkaa kuvaava matemaattinen malli nojautuu ranskalaisen fysikaalisen kemian tutkijan Victor Henrin ensimmäisiin entsyymikineettisiin analyyseihin. Malli on nimetty saksalaisen biokemistin Leonor Michaelisin ja kanadalaisen fyysikon Maud Mentenin mukaan.L. Michaelis ja M. L. Menten, BioChem. Z., vol 49, s. 333, 1913 ==Kineettinen malli== [[File:mic- men.svg|upright=1.2|right|thumb|Michaelis-Menten -mekanismin ainesosien konsentraatiot reaktioajan funktiona. Kuvaajassa konsentraatioiden aikariippuvuuksia on simuloitu. Alkuarvoina on otettu: [S]=500, [E]=400, k2=200k1=1333k-1]]Entsyymireaktioiden kokeellisista tutkimuksista on päätelty reaktion kertaluvun riippuvan substraatin konsentraatiosta ja olevan 1. kertalukua entsyymin suhteen. Reaktiomekanismi sisältää kaksi reaktiovaihetta, joista ensimmäinen on reversiibeli (palautuva) ja toinen palautumaton vaihe. ::(1)\qquad\text{E + S}\;\overset{\textstyle k_1}{\underset{\textstyle k_{-1}}{\rightleftharpoons}}\;\text{ES} ::(2)\qquad\text{ES} \;\overset{\textstyle k_2}{\underset{} {\longrightarrow}}\;\text{E + P} Tässä \text{E} on entsyymi, \text{S} on substraatti, \text{P} on lopputuote ja \text{ES} on reaktiossa muodostuva \text{ES}-kompleksi. Oheisessa kuvassa on todettavissa reaktion lähtöaineiden ja välituotteen väheneminen sekä tuotteen ja entsyymin lisääntyminen reaktioajan kuluessa. Reversiibelissä reaktiovaiheessa (1) k_1 on etenevän reaktion nopeusvakio ja k_{-1} on palautuvan reaktion nopeusvakio. Toisessa reaktiovaiheessa k_2 on entsyymikatalysoidun reaktion nopeusvakio.A Reaktiomekanismissä muodostuvaan kompleksiin (so. entsyymi-substraattikompleksi) voidaan soveltaa vakiotilaoletusta, jolloin kompleksin muodostumisnopeudelle voidaan kirjoittaa yhtälö:G.E. Briggs ja J.B.S. Haldane, Biochem. J., vol 19, s. 338, 1925 ::(3)\qquad \frac{d[ES]}{dt}\,=\,k_1[E][S]\,-\,k_{-1}[ES]-k_2[ES]\,=\,0 Yhtälössä (3) \text{ES}-kompleksin muodostumisnopeus oletetaan vakioksi, jos substraatin määrä on entsyymiin verrattuna suuri. Entsyymin kokonaiskonsentraatio, [E]_0, koostuu vapaasta entsyymistä ja reaktiossa muodostuvasta \text{ES}-kompleksista: [E]_0=[E]+[ES]. Kun tämä sijoitetaan yhtälöön (3), saadaan \text{ES}-kompleksin konsentraatiolle: ::(4)\qquad [ES]\,=\,\frac{k_1[E]_0[S]}{k_{-1}+k_2+k_1[S]} Reaktiotuotteen muodostumisnopeudelle voidaan kirjoittaa yhtälö: ::(5)\qquad R\,=\,k_2[ES]\,=\,\frac{k_2[E]_0[S]}{\frac{k_{-1}+k_2}{k_1}+[S]}\,=\,\frac{k_2[E]_0[S]}{K_{\text{m}}+[S]}\,=\,\frac{V_{\text{max}}[S]}{K_{\text{m}}+[S]} Tässä K_{\text{m}} on \text{ES}-kompleksin ns. Michaelis-vakio (yksikkö M = mol dm-3) ja yhtälö (5) on Michaelis–Menten-yhtälö. Jos [S]\ll K_{\text{m}}, niin yhtälössä (5) reaktionopeus noudattaa 1. kertaluvun kinetiikkaa substraatin konsentraatiossa. Jos [S]\gg K_{\text{m}}, niin yhtälö (5) voidaan sieventää muotoon: R=k_2 [E]_0 = V_{\text{max}} . Tällöin yhtälössä (5) reaktionopeus noudattaa 0. kertaluvun kinetiikkaa, koska entsyymin pinta on kyllästynyt substraatista kokonaan. Näissä olosuhteissa saavutetaan suurin mahdollinen reaktionopeus, V_{\text{max}}. Toisaalta jos [S]=K_{\text{m}}, niin R=\frac{V_{\text{max}}}{2}, kuten on todettavissa viereisestä kuvasta. Michaelis-vakio on erityisesti entsyymikohtainen ja siitä voidaan päätellä tarvittava substraattikonsentraatio adsorboimaan puolet entsyymin aktiivisesta pinta-alasta.B Kinetiikan muuttuminen reaktiovaiheissa (1) ja (2) on matemaattisesti toteen näytettävissä tarkastelemalla yhtälön (5) kinetiikkaa seuraavasti: ::(6)\qquad -\frac{d[S]}{dt}\,=\, \frac{k_2[E]_0[S]}{K_{\text{m}}+[S]} Kerrottaessa yhtälön (6) molemmat puolet tekijällä \frac{K_{\text{m}} + [S]}{[S]} ja sieventämällä saadaan yhtälö ::(7)\qquad -K_{\text{m}} \cdot \frac{d[S]}{[S]}-d[S]\,=\,k_2[E]_0 dt Tämä funktioiden lineaarikombinaatio voidaan integroida raja-arvoilla [S]_0, kun t=0 reaktion alussa, ja [S]_t, kun reaktion aikana t=t. Tulokseksi saadaan: ::(8)\qquad K_{\text{m}} \ln \Bigg(\frac{[S]_0}{[S]_t}\Bigg)+\Big([S]_0-[S]_t\Big)\,=\,k_2[E]_0\,t Yhtälön (8) vasemman puolen ensimmäinen termi noudattaa 1. kertaluvun kinetiikkaa. Yhtälön (8) toinen termi noudattaa 0. kertaluvun kinetiikkaa. Vastaavanlainen kinetiikan muuttuminen on todettavissa Langmuirin adsorptioisotermissä, jossa kaasumolekyylit adsorboituvat kiinteälle pinnalle. ==Michaelis–Menten-yhtälön analyysi== Käytettäessä hyperbolista yhtälöä (5) analyysissä, on siitä muodostettava ensin suoran yhtälö. Ottamalla yhtälöstä (5) käänteisarvot saadaan: ::(9)\qquad \frac{1}{R}\,=\,\frac{K_{\text{m}}}{V_{\text{max}}[S]}+ \frac{1}{V_{\text{max}}} Piirrettäessä xy-koordinaatistoon kuvaaja, jossa y-akselina on \frac{1}{R} ja x-akselina \frac{1}{S}, saadaan kaksoiskäänteiskuvaaja (so. Lineweaver–Burk-kuvaaja)H. Lineweaver ja D. Burk, J. Am. Chem. Soc., vol 56, s. 658, 1934 Kuvaajan kulmakertoimesta ja leikkauspisteistä voidaan analysoida K_{\text{m}} ja V_{\text{max}} (ks. oheinen kuva). Käytännössä Lineweaver–Burk-kuvaajan mittauspisteet on saatu suurilla substraatin konsentraatioilla, joten kuvaajan suoran kulmakertoimella on suuret virherajat. Toinen, edellistä tarkempi analyysitapa saadaan kertomalla yhtälö (9) puolittain [S]:lla: ::(10)\qquad \frac{[S]}{R}\,=\,\frac{K_{\text{m}}}{V_{\text{max}}}+ \frac{[S]}{V_{\text{max}}} Tästä suoran yhtälöstä f(\frac{[S]}{R},[S])-kuvaajassa (so. käänteiskuvaaja) saadaan kulmakertoimeksi \frac{1}{V_{\text{max}}} ja leikkauspisteiksi \frac{K_{\text{m}}}{V_{\text{max}}} ja -K_{\text{m}}. Tämä on Hannes-Woolf -kuvaaja.V. Leskovac, Comprehensive enzyme kinetics, 2003, Kluwer Academic, ISBN 978-0-306-46712-7 Kolmas analyysimenetelmä on laventaa yhtälö (5), jolloin saadaan R\,K_{\text{m}} + R[S]=V_{\text{max}}[S]. Jakamalla tämä puolittain [S]:llä saadaan yhtälö ::(11)\qquad \frac{R\,K_{\text{m}}}{[S]}+R\,=\,V_{\text{max}} Tästä suoran yhtälöstä saadaan f(R,\frac{R}{[S]})-kuvaajassa, ns. Eadie-kuvaajassa, suoran kulmakertoimeksi (kk) -K_{\text{m}}; leikkauspisteeksi (lp) y-akselilla V_{\text{max}} ja leikkauspisteeksi x-akselilla \frac{V_{\text{max}}}{K_{\text{m}}} (ks. oheinen kuvaaja).G.S. Eadie, J. Biol. Chem., vol 146, s. 85, 1942 Tämän kuvaajan etu Lineweaver–Burk-kuvaajaan verrattuna on sen taipumus pienentää kulmakertoimen virhettä levittämällä mittausalue suureksi. ==Komplisoitu kineettinen malli== Useat entsyymikatalysoidut reaktiot noudattavat Michaelis–Menten-yhtälöä, joskaan tällöin ei ole kyse yllä mainitusta yksinkertaisesta reaktiomekanismista. Esimerkki tämänlaisesta reaktiosta olisi: ::(12)\qquad\text{E + S}\;\overset{\textstyle k_1}{\underset{\textstyle k_{-1}}{\rightleftharpoons}}\;\text{ES }\overset{\textstyle k_2}\underset{\textstyle -\text{y}}\longrightarrow\;\text{ES}^*\overset{\textstyle k_3}\longrightarrow\;\text{E + Z} Tässä \text{ES}-kompleksista irtoaa jokin ryhmä (y), ja samalla muodostuu toinen lyhytikäinen kompleksi, joka edelleen hajoaa entsyymiksi ja toiseksi tuotteeksi \text{Z}. Jos tähän sovelletaan vakiotilaoletusta, on lopputuotteen muodostumisnopeus seuraava: ::(13)\qquad R\,=\,\frac{\frac{k_2 k_3}{k_2 + k_3}[E]_0[S]}{\Bigg(\frac{k_{-1}+k_2}{k_1}\Bigg)\Bigg(\frac{k_3}{k_2 + k_3}\Bigg)+[S]} Jos k_3 \gg k_2, niin yhtälö (13) supistuu yhtälöksi (5). Tällöin \text{ES}^*-kompleksi on läsnä vain hyvin pieninä konsentraatioina. Koska tämänkaltainen reaktio on mahdollinen, niin usein yhtälö (13) kirjoitetaan yleisesti seuraavasti: ::(14)\qquad R\,=\,\frac{k_{\text{cat}}[E]_0[S]}{K_{\text{m}}+[S]} Tässä k_{\text{cat}} on katalyyttivakio. ==Lisätieto== A IUPAC:n mukaan tässä on kyseessä nopeuskerroin, koska reaktiomekanismi edellyttää adsorptiota tapahtuakseen. B Heterogeenisessä katalyysireaktiossa katalyyttimolekyylin pinnassa on erilaisia aktiivisia kohtia, joihin substraattimolekyyli voi adsorboitua. Aktiivisten kohtien keskinäinen erilaisuus riippuu katalyyttimolekyylin kiderakenteesta. ==Katso myös== *Reaktiokinetiikka *Autokatalyysi *Stern–Volmer-kuvaaja *Alkeisreaktio ==Lähteet== Luokka:Entsyymikinetiikka