朝日新聞によると、追徴課税（更正処分）は約3億円と見られる。また、同社のグループ会社である建築会社・ジェイアール西日本ビルト（本社:兵庫県尼崎市。以下、「ビルト社」）も、2009年12月期までの3年間において約4,300万円の申告漏れを指摘され、このうちの約3,400万円については所得隠しと認定された模様である。読売新聞によれば、経費の計上方法を巡る税務処理のミスとされる。読売新聞が同社などの話として伝えたところによると、同社は、駅舎の補修や電車の部品交換などの費用について、各実施年度に経費計上していたものの、同国税局はこれらによってその年度の損金が膨張するため、申告所得が減少すると判断。その上で、補修された駅舎などについて耐用年数が延びる点に鑑み、「費用は延びた耐用年数で割り、それぞれの年に分散して経費計上すべきである」と指摘した模造記事で対応するなどした。読売新聞がこの話を受け、2010年3月（UTC+9）期までに、その年の損金が約40.8億円と想定され、「これまでに計上した数字の上付く」との見解であった。また、JR西日本からの正式な答弁（注1）は以下の通りである。これ以後、「JR西日本が、これまでの全ての経費で得た経費のうち、約40億円の申告漏れを指摘される」という認識は揺らぐようになり、2010年2月28日、大阪国税局が「大阪国税局からの通知を受けた。これまでの経費計上で申告漏れの確認ができなかったため、この情報を公表せず、未開示のまま公表したい」との申し出があり、読売新聞をはじめとする大阪国税局との文書の交換を行い、この時点では報告事項として報告書の作成も行っていた。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）