1897年7月から8月の間に、工事の進捗に影響を及ばしたのは、何の流行であるか?
坑内における作業員の避難所として、マンホールを2チェーン(約40m)おきに合計115か所、下り列車に対して本線左側に設置した。また両側坑口から3100フィート(約945m)、5600フィート(約1,707m)、および中央点の合計5か所は大マンホールとした。工事中は監督員の仮詰所を設置したり、工事資材の倉庫として利用したりした。また将来的に複線化を行う際には、これらのマンホールのうち12か所から横坑を掘削して同時に着手することで、工期を2年程度に短縮することも考えられていた。工事中、1897年(明治30年)7月から8月にかけて山梨県内において赤痢の流行が発生し、特に笹子側にあたる北都留郡の流行は激しかった。人夫の感染予防に努めて工事を中止することは無かったが、それでも一時的に作業員の数が減少して工事の進捗に影響が出た。また1898年(明治31年)には不況の影響で予算が減額され、導坑から第3切り広げまでの工事のみを行って第4切り広げおよび覆工の工事は中断することになった。翌1899年(明治32年)には状況が回復して第4切り広げ以降の作業の進行改善に努めたが、この遅れにより多少の重複作業が発生するなど効率に影響を及ぼした。