ボレーツ・ザ・スヴォボードゥでの殺害はいつまで続いたが。
12月には、ボリシェヴィキがウクライナへ侵攻を開始した。本艦ボレーツ・ザ・スヴォボードゥは、12月16日に赤軍の管理下に入った。その間、1918年2月21日には「社会主義の祖国は危機にある」との人民委員会議布告が出され、非常事態宣言がなされた。この布告では、「敵の工作員、投機者、泥棒、ならず者、反革命扇動者、ドイツのスパイは現場で銃殺を命令」とされており、廃止されていた死刑が全面的に復活された。セヴァストーポリにあったボレーツ・ザ・スヴォボードゥでは、この宣言に従い乗員が「すべてのブルジョワジーを根絶する」と決議し、3昼夜のあいだに高級将校や知識人ら約600人を殺害するという事態に至った。殺害は赤軍がセヴァストーポリを放棄する3月末まで続いた。当時セヴァストーポリの軍事革命委員会(ru:Военно-революционныекомитеты)議長であったユーリイ・ガーヴェンが1920年12月14日に党中央委員会へ行った報告によれば、大量殺害は彼の命令によるものであった。2月には中央ラーダが1918年2月9日のブレスト=リトフスク単独講和により中央同盟国と同盟して反撃を開始し、3月から4月にかけてのクリミア作戦でクリミア半島を奪還した。ウクライナからの撤退の準備を始めた赤軍は、3月にボレーツ・ザ・スヴォボードゥを保管状態に置き、セヴァストーポリ軍港に放置させた。