10月3日、日本野球機構は高校生を対象としたドラフト会議（高校生選択会議）を開催し、総勢39名に対する契約交渉権の確定を発表した。中日新聞によると、今回の高校生ドラフトで最大の注目だった中田翔（大阪桐蔭）は4チーム競合となる抽選の末に北海道日本ハムが、また佐藤由規（仙台育英）は現在の高校生の部で最多の5チームの抽選で東京ヤクルトがそれぞれ交渉権を得た。今回のドラフトは全体で39人となり、これは過去2回の最多だった2005年の38人を上回っている。また、11月19日に予定されている「大学生・社会人ほか選択会議」で1巡目指名を回避（行わない）する球団がないことから、今回の高校生ドラフトでは2巡目指名は行われなかった。
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