毎日新聞によると2006年8月6日、小室は日本音楽著作権協会に自分名義で登録している全楽曲806曲の著作権を10億円で譲渡する仮契約を投資家の男性と結び、前妻が著作権使用料を差し押さえているとして、その解除費用として5億円の先払いを要求し、8月29日までに5億円を受け取った。しかし、実際には仮契約段階で既に著作権の一部は音楽出版社に譲渡済みで小室には著作権がなく、民事訴訟では和解が成立したが返金されなかった。この為、男性は大阪地検に刑事告訴を行った。この件を巡り、同局は日本音楽著作権協会会長の小室は「音楽著作権協会が著作権侵害することを断固として訴えます」とツイッターで表明。男性は、小室は裁判により著作権侵害を訴えるだけで、音楽著作権協会が著作権侵害を主張するような訴えが一切出されない事に疑問を感じているという。これに対し、小室は「訴訟は無理」とツイッターで謝罪している。男性の弁護士は「音楽著作権協会に楽曲の著作権が全く無いと主張している。楽曲の著作権侵害を訴える権利など全く無い」と話している。日本音楽著作権協会の小室昭彦会長はツイッターに「音楽著作権の侵害を受けていると訴えましたが、著作権についてはまったく問題ありません。それに合わせるとしたら、どんな演奏をするのか、どんな演奏をすれば良いか考えております」とのコメントを掲載し、「音楽を作った後も音楽の著作権を守っていただきたいと思います。」と訴えている。2019年9月21日、音楽評論家の田中雅史が、東京地検特捜部に「著作権侵害の認認に値していない」との理由で逮捕された時、小室は「このように言われると反論できません」と反論したが、田中がそれを認めず「不当な主張」していると批判した。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）