当初、本事故がテロによることだとの意見もあったが、それは同時期にどの機種においても空中火災が連続発生したからであるか?
事故機の残骸は水深150mの海底に沈んでいたが、原因究明のため通称「エルバ島作戦」とよばれる大規模なサルベージがイギリス海軍によって行われ、機体の65%が回収された。捜索を指揮したルイス・マウントバッテン元帥は、現場周辺の漁民を総動員して謝礼をアメリカドルで支払ったため、軽度の国際問題に発展した(後述)。本件事故の発生を受けたBOACはコメット全機の運航を停止し、東京、シンガポール、ヨハネスブルグに駐機していた3機を、郵便物以外空席のまま低空飛行でロンドンに呼び戻した。当初テロも強く疑われたが、同時期にDC-6の空中火災が連続発生していたこともあり、デ・ハビランド社は燃料系統と電気系の防護策を中心に60箇所を補強改修し、煙感知器を増設した他、BOAC全保有機の精密検査を実施したものの、特に異常を発見できなかった。そのためBOACは操縦員の訓練飛行を再開し、3月12日からは改修済のMk.I7号機(G-ALYW)を用いたテストの結果、約2か月後の3月23日には航空安全委員会から耐空証明が再発行された。だが781便事故の真の原因は解明されぬままであった。耐空証明再発行によるコメット運航再開からわずか2週間ほどのち、同じ地中海のイタリア沖で再び同様の事故が発生した。