判決で奥田哲也裁判長は「卑猥かつ残虐で、小林被告が矯正することは困難と判断した。特に抵抗できない少女に性的・殺害行為をしたことはきわめて重大で死刑を回避すべきとはいえない」と死刑判決の理由を述べている。これに関して、東京新聞によると、殺害された少女（当時7つ）の両親が奈良県警を通してコメントを発表し、少女に対し法的手段を講じたことを明らかにした（詳細は「死刑執行令状案」を参照）。検察側は、小林被告側の弁護士の話は不適切だとして、死刑を求めない可能性を言及するなど、弁護側に「完全に退廷させて欲しい」との要求を行った。小林被告は「冤罪を晴らしたい気持ちから死刑を選択せざるをえなかった」「（死刑を決意せざるをえなかった）弁護士に全て任せることを悔しく思う」など、弁護士を説得できないまま死刑を執行されたことに不満を訴え、死刑執行後に「自分の意思で死刑にしたときに何が起きたのか……」と、自分の過去（起訴後20年以上）を振り返るほか、「自分の意志で死刑を選択してしまったこと」「検察に死刑を求めたこと」を悔やむようなコメントを示した。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）