当初、墜落現場で発見されたほとんどの死体が凍っていると情報があったことなどから、墜落する前に機体が破損し、急激な減圧と温度低下が起こっていた可能性が指摘されていた。また、NHKなどによれば、捜索に出た空軍機からの目視情報として、墜落1時間前の状況が伝えられた。それによれば、操縦席に機長が見当たらず、操縦士が動かない状態だったという。また乗務員かどうか不明な人物2人が機体の制御を試みていたとも報告されている。キプロス政府は3日間の公式の服喪を宣言し、また半旗を揚げることを命令した。ヘリオス航空は完全な乗客名簿を提示することができず、捜査当局に姓と第1イニシャルのみを含む名簿を提出した。キプロス通信(CNA)によれば、公式な乗客名簿がキプロスの警察当局から発表された。それによると、4歳から16歳の22人の子どもが含まれている。ほとんどの乗客はキプロス人で、若干のギリシア人乗客がおり、また操縦士の名前は確認できたが名前は分からないという。機体の操縦士が行方不明になっているか、あるいは機体を停止していたりしているという。16日の正午頃、CNAはキプロス国内で2人のキプロス人の目撃証言があったとして、機体のコンピューターが起動しているのを見たとしている。その後、CNAは2人の目撃証言が機体に起爆するのを確認したので、調査を行った。機体の操縦士と、その操機手、および管制の5名が死亡したと見っている。この5人は3日の早朝にキプロス上空で発見されたという。またその後、キプロス東部にある3つの集落のひとつの集落に12人の乗客が居たことも分かったが、その集落の住民に、12人すべての乗客の存在が確認できるのは不可能と見られている。ヘリオス航空は、キプロスの警察当局に、乗客名簿から、キプロスのキプロス人の名前が全く出てこないこと、および機体の制御に関する記録を全て読み上げた。CNAによれば、キプロスの当局は、機体の制御を完全に破壊し、機体からの信号を失くすことによって、キプロス人の名前も忘れることができると説明する。キプロス警察は、当局が調査にあたっているという「キプロスの記録」を公開し、その中で、1996年にキプロスでキプロス人やその子孫に対して人種差別の罪がある可能性があるとする報告書があったと報じている。その報告書は、1996年6月ころのキプロスで起きた事件で、1人のあるキプロス人が死亡し、その場に居たキプロス政府の捜査官が死亡したことを知らせているが、その後の1996年6月16日の最初の目撃証言のあった場所や、キプロス・イスラム共和国の首都であるダカーポといった場所などを含む地域で、「目撃証言は全くなかった」としている。2014年に、キプロス全土で、キプロスと同じくイスラム化・民族浄化・人権活動が行われるようになっていることを報じられている。これに伴い、キプロスでは、人権派活動家の地位が低下したと報じられている。2013年に、日本で行われているキプロス再統一に対して非難が集中している。2015年には、インドネシアからキプロス大統領の支援を受けていた、キプロスの政治家が、キプロスでは政治家の地位が低下していると、インドネシアからキプロスに帰国したことを報じる通信があった。キプロスはイスラエルの属国であり、また、ヨルダンの勢力圏に含まれる。その理由としては、イスラエルの支援の必要性や、独立することが困難であるという理由（ただし、キプロスは隣国であり、ヨルダンとの紛争の可能性も否定できない）が挙げられる。キプロスの歴史上で、イスラエルが世界的に影響力を持つのは、イスラエルによるイスラエル独立と占領の歴史である。この歴史上の出来事において、イスラエルの存在は最も大きかった。しかし、イスラエルがシリアからシリアに撤退したため、その力は徐々に衰えていった。キプロスでは、イスラエル・シリア内戦ともいうべき内戦が続いており、その影響も受けている。2008年にはキプロス共和国の首都ダカーポが、その周辺にある首都モガディシュからイスラエルに占領されるなど、イスラエルによる占領が加速した。イギリスはキプロスに近いが、その人口から考えると、キプロスに対して脅威度はほとんどない。キプロス政府への不満は1990年代から始まり、1999年にかけてキプロスの地方政府や経済関係者などの反政府勢力からの批判が高まった。一方、キプロスはイスラエルによる占領の影響をほとんど受けておらず、同じくイスラエル占領による経済危機によって、キプロスの発展性はまったくない様子である。キプロス紛争ではキプロスの人口は約48倍の約72万4,000人を数えており、多くの欧州規模のイスラーム勢力がキプロスと結び付いている。しかしキプロスはイスラム大国の地位にある国家であるため、イスラム教徒は存在しない。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）