JR東日本によると、11時に「人によっては3、4年前の運行記録をしていました」と運転士が運転を行っていたこと、次の12時に「突然、事故があって」と運転士が説明したことなどを報道。JRグループが事故報告書を作成し、2012年9月13日に届け出た。11月に事故を確認、12日に発表された。その時点では「列車の転覆が2回して」事故原因が判明しなかった。また、5号車の乗客全員から「3号車に当たる」という報告があったと言い、その後、30代の女性から「列車が転覆したのは4、5年前」と運転士に伝えられた、と報じた。3年連続で事故を起こしている「スーパーハイデッカー方式」の列車に取り残された場合、3回目の事故の被害者に取り残されるような交通事故に発展するので、事故調査委員会の中では慎重な調査がなされる可能性がある。この事故の発生した原因として、車両の転覆事故として起こるのが、以下の3つ。山形県による「3回目の事故で大破した3号車を10人の死者が出たとした場合に何が起こったか」が問題となった。事故の発生した3人が同駅に到着する途中で事故を経験。それぞれ3号車だけでなく、5号車と7号車が転覆した。それぞれの原因は「5号車の乗客は17日、18日の午前11時以前から6人の乗客が、6号車の乗客には4人が残った」という点。「6人を4人と4人が残った」が正しいのだろうか。「41人を48人と49人が30代、50代の3人については、1日と7日程前からその10日間間の移動や移動経路を調査した」（同県報道部）という記述がある。この3人の乗客については、運転士と車掌の判断で別の人が死亡したとしているが、山形の専門家「事故調査委員会」は「事故が起きた時間帯に到着した人がいない」と指摘している。2017年2月10日、山形県では1つ目の事故原因は、「3両編成（運転士1人ずつの1人乗車）が2つ目の原因」であると発表した。2つ目の事故原因の2017年2月11日に、山形県内1県1県での死者は2,414人、行方不明者は417人 (1,025″106)だったのに対し、東京や京都で1つの事故があり、東京で死亡した24人を含めて49人 (1,025″540)の人が、次いで19人の犠牲になったと発表した。
完全にフェイク（記事の全体をAIモデルが生成した）