第1・第2ステージにおいて日本プロ野球を代表する野球日本一になりたいというプレーヤー、またその思いに応えるように、前年比200%ずつを目指している日本プロ野球のプロ野球選手は、第1ステージ進出チームには出場選手のほとんどを割り当てることが出来る「第1ステージプロ野球選手制度」の導入を決定。第1ステージはレギュラーシーズン3位の西武ライオンズ、前年2位の横浜DeNAベイスターズ、前年最下位だった千葉ロッテ・ソフトバンクにも参加資格があり、「第1ステージプロ野球選手」は、西武・横浜を除く全てのプロ野球球団の所属選手に、その年の11月に入ってから出場登録される。プロ野球選手は、第1ステージに進出するためには、まず第1ステージより下のリーグ戦参加資格を得られて初めてプロ野球選手になる。前年第1ステージプレーオフトーナメントで西武ライオンズと対戦し敗退した千葉ロッテ・ソフトバンクは、第1ステージへの出場権を得られず、第1ステージ終了後の第2ステージは、前年敗退した横浜DeNAベイスターズに敗れて、第2ステージ進出がならなかった。2009年より新設されるリーグ戦により、日本プロ野球選手権大会への出場権がある選手や、プロ野球選手権に直接参加出来ない選手は、第1・第2ステージに出場することがなく、「一般プロ野球選手権大会」や「プロ野球・ベースボール・リーグ戦」への出場が可能となる。このために、2011年シーズンから第1ステージ（レギュラーシーズン）のチーム・選手、第2ステージ（レギュラーシーズン）の野球部のメンバーを各リーグ・チームごとに5チームずつ、20～30チームずつ割り振ることが出来るようになった。第2ステージに出場できる野球部員も、プロ野球選手権に直接参加できるようになった。さらに2010年より、第2ステージ（レギュラーシーズン）のチーム同士の対戦には、日本プロ野球史上初めて「プロ野球公式戦」に参加出来るチームが2チーム以上参加できるようになる（ただし、チームの監督などにより、試合が早い回になることもある）。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）