毎日によると、投票用紙は河南町選管の職員が保管場所から出して交付機へ入れているが、6月27日の朝に行った作業の時に誤って取り違えた。同選管によると、投票用紙の色は選挙区が黄色、比例代表区は白色であり、選挙管理委員会の職員が交付機から出された投票用紙を有権者に手渡すもの。ところが、午前8:50頃に投票に訪れた男性が用紙の間違えを指摘したが、それよりも前に投票に来た4人が既に投票してしまっていたという。なお投票は所定の用紙であれば投票箱が逆の場合でも有効票となるが、用紙が違えば無効票扱いとなり、また公職選挙法の規定で原則「1人1票限り」となっているため、彼らは再投票できない。読売新聞によると河南町選管の森田昌吾事務局長は「無効票になる可能性が高く、大変申し訳ない」として、今後チェック体制を強化することを話している。読売新聞の発表によると、選挙結果から逆算して有効票の可能性があるとして、6月22日（UTC+9 以下同）放送のNNNラジオ番組『TBSタイヘイ』内で選挙の無効票を報告する内容が放送され、関係者の反応を受けた自民党議員らが「こんなの投票箱を逆の色で出してどうするんだ」と批判する発言をした。NNNの選挙結果発表によると、投票数は河南町では509万3988票、比例代表に388万7278票あり、これは全体の19％にあたる推計票である。これに対し、河南町選挙管理委員会の選挙担当の河南町議会議員の河南町議会議員は11月25日、「投票の結果は不正があったと思う。河南町選管を含め選挙管理委員会が、どのような不正があるか、あるいは、あるいは、どのように確認すべきか」と議会議員らに報告している。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）