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Passage 1: M6Pでタグ付けされたリソソーム酵素は小胞輸送によって後期エンドソームへと送り出される。いくつかのリソソーム蓄積症に対する酵素補充療法（ERT）は、人工酵素をそれらが特定の基質を代謝することができるリソソームへと効率的に向かわせるためにこの経路に依存している。後期エンドソーム内のpHは6.0にも達し、これによって受容体からのM6Pの解離が引き起こされる。一旦遊離すると、酵素はリソソームにおけるそれらの最終目的地へと運ばれる。マンノース-6-リン酸受容体は後期エンドソームから離れるベシクルへと詰め込まれ、トランス-ゴルジ網へ戻る。このようにして、マンノース-6-リン酸受容体は再利用することができる。 
Passage 2: 細胞に内在化してから細胞内に放出されるまでの動態を制御することができる。例えばエンドサイトーシスにより細胞内に取り込まれた後に、リサイクリング経路によって細胞外へ排出されたり、分解経路によって失効してしまうのを防ぐべく、エンドソーム内ではpHが低下して還元環境となる性質を利用して、封入した核酸医薬を放出したりエンドソームからの脱出を狙ったりするためのシステムを搭載できる。 
Passage 3: エンドソーム (endosome) はピノサイトーシスによって形成された一重の生体膜からなる小胞。ほぼ全ての真核細胞が持ち、細胞外の分子の取り込みや、細胞表面の分子のソーティングに関わる。その結果エンドソームに取り込まれた一部の分子は再利用され、小胞輸送によって細胞膜へと輸送される。また不要な分子はエンドソームがリソソームと融合することで分解される。エンドサイトーシスの一種であるファゴサイトーシスによって形成された（ヘテロ）ファゴソームはエンドソームに含めないと思われる。