朝日新聞によると、追徴課税（更正処分）は約3億円と見られる。また、同社のグループ会社である建築会社・ジェイアール西日本ビルト（本社:兵庫県尼崎市。以下、「ビルト社」）も、2009年12月期までの3年間において約4,300万円の申告漏れを指摘され、このうちの約3,400万円については所得隠しと認定された模様である。読売新聞によれば、経費の計上方法を巡る税務処理のミスとされる。読売新聞が同社などの話として伝えたところによると、同社は、駅舎の補修や電車の部品交換などの費用について、各実施年度に経費計上していたものの、同国税局はこれらによってその年度の損金が膨張するため、申告所得が減少すると判断。その上で、補修された駅舎などについて耐用年数が延びる点に鑑み、「費用は延びた耐用年数で割り、それぞれの年に分散して経費計上すべきである」と指摘した模様である。朝日新聞によると、「JR西の担当者」は、「個別の税務調査の詳しい内容については答えられない」と、コメントを拒否。ただ、「関係者」によると、設問の時点では「経費報告上でも『税務調査済』であるとの情報は得ていたが、その時点では既に、『経費申告時に申告漏れを指摘された』ことが分かりました」。朝日新聞社では「（今回のような）申告漏れが発生するなど、税法に規定された義務ではないので、そこまでは責任を負わない」とは言わず、「これはいくら、申告漏れが出ても『申告漏れ』ではないだけで（その事実は）事実であり、申告漏れ認定に対する責任は負う」と述べている。また、同社では「実際の問題はなおも続いているので、ここには言い訳をする気はない」と述べている。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）