秋田朝日放送などによるとこれに対し、国鉄京都線、東海道本線、山陽本線、東海旅客鉄道（JR東海）では、1986年からの工事の完了を待たず、橋梁点検調査時にそれぞれ新たに設計図が書き上げられ、工事の完成状態に合わせて施工するため、1996年9月から工事を開始することが決定した。新しい橋梁点検調査は、各線の橋梁点検官（工事管理）が行い、最終作業は国鉄京都線で、橋梁点検点検を実施する工事班は全国（JR東日本、東海道線、関西本線・山陽本線、東海道本線）の橋梁点検官が行う制度が用意された。日本橋駅からの在来線旅客の乗り降りは各鉄道事業者からの許可を得た上で行う。2004年10月の国鉄分割民営化を視野に入れて国鉄とJR東日本の経営統合によるJR東海の発足に合わせて2005年度中に工事を開始することが決定され、これをもってJR東海が発足した。建設の概要は、以下の通り。JR西日本の国土交通省関東地方整備局と大阪市、神戸市が中心の資金協力を得て実施され、JR西日本と大阪市が実施することになった。橋脚は国鉄分割民営化直前に3つの工事請負人の意見の交換が行われ、1996年から30年毎に新しく建設されており、それぞれ500km以上を移動する鉄道車両を収容できるよう架設する計画とした。また、長さは国鉄京都線の長さ425メートル・地上からの高さ45メートルを下回り、地上からの高さは約21メートルとなっている。工事の進捗率は64％で、第4期工事に完成するまでの合計は50％を越える。建設費のうち、国鉄およびJR西日本が155億円を負担することになり、工事進捗率を50％から40％を超え98％に達したのは40校（工事費330億円、総工費35億円を含む）、うち60校（工事費40億円、総工費は6億円）が建設し、完成までに56億円を要した。
完全にフェイク（記事の全体をAIモデルが生成した）