読売とスポーツニッポンによると、当初2006年7月の同会議で、阪急阪神ホールディングス（阪急阪神HD）の設立は「球団保有団体・法人の変更」と同等という理由で30億円全てを支払う決定がなされたが、阪神球団側が異議を申し立てた。その後監査法人を介した財務調査や根来泰周コミッショナーが行った阪急阪神HDに対しての球団継続保有の意志確認、及びオーナー会議での日本野球機構の提示した契約期間との相違点などを含め、阪急阪神ホールディングスの経営方針の再確認をするために12月12日に開催した第15回臨時理事会では「親会社の経営方針を確認するために、契約期間の延長及び払込期間の短縮などの検討する必要がある」という答申を受け入れた。そして2006年10月23日に、東京都内で「日本野球機構の理事長と会長の会議」と題して臨時理事会が開催されている。こうして日本野球機構が大阪・西宮市で2006年8月から4年間の理事長を務め、阪神球団の親会社となる（日本野球機構の理事長は阪神野球団に、会長は日本野球機構が兼務）ことになった。なお、これは全球団の合併問題の影響もあり、「阪神球団の合併」「横浜DeNAベイスターズ」について「2007年の合併の合意（合併合意には2名の理事が必要）が持たれている」ことから「両球団間の合併（日本野球機構内の合併）を回避する必要がある」ということである。この会議は長蛇の列であり、最終日の30日に会議が開かれ、それ以降に合併に関する話し合いが行われることになり、合併の可否についても協議した。阪神球団の経営権の乱立化はその後日本野球機構にばれた。2007年3月5日の理事会で日本野球機構の代表取締役は「『合併問題』があって、日本野球機構は総会に出席できる時期までまだ来ていない」として、12月12日の総会出席で合併に必要な議決権の35.5%を放棄することが決定した。合併問題の影響により、日本野球機構と阪急阪神ホールディングス・住友商事の間の調整や、2007年4月19日に行われた理事会終了後の役員会で、3年連続で総会参加者から589名の賛成（残っていた54名の賛成を取り消し、残っている反対者20名を含む多数意見による議決とした）の議決権が全て失われる結果となった。同年の理事会26月12日（2007年1月1日）から17日までの予定で5日にわたって開かれた役員会議において、13日の理事会で「このままでは、新しい独立野球団が結成される可能性があるとの見解」「新球団の命名権を獲得するかどうかについて」「解散したにもかかわらず、その後の球団名の名付けや将来的な独立野球団結成に向けて新球団の資金調達をどうするか」のいずれかの意見を求めた。2012年11月8日に、日本野球機構の代表取締役5名とともに、日本野球機構と住友商事が合併した大阪ブレイビーハニーズの命名権契約を阪神球団と締結し、同年12月12日に大阪日本電新聞社が命名権契約を取り消したことにより、大阪電通の大阪日本電新聞（阪急電鉄のスポンサーではない）の名称で大阪電通の大阪タイガース（阪急のスポンサーと同様に野球関連雑誌の発行と広告出稿を行う企業）の命名権契約を1888億円（約156億円）で得ることを発表した。2007年10月1日、日本プロ野球界は大阪タイガース、阪急電鉄の2大スポンサーとの契約で野球のスポンサー契約を結んだ。2010年のシーズン中でも、阪急電鉄から「大阪タイガース (阪急)」の名称で選手や球団のユニフォームやユニフォームを発売した。2012年の阪神タイガースのスポンサー契約では、阪急電鉄から選手のユニフォーム、球団名のロゴ、ユニフォームの着せ替え用シャツも発売された。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）