読売新聞によると、2006年度のドラフト会議・高校生の部が9月25日に東京都内で行われた。ドラフト会議は2005年から高校生の部と、大学生・社会人の部の2部構成に分割され、2006年は2年目に当たる。8月に開かれた夏の甲子園大会を沸かせた選手たちが多数指名され、駒澤大学付属苫小牧高等学校の田中将大投手は4チームが競合し、抽選の結果東北楽天イーグルスが交渉権を得た。北海道新聞によると、田中投手は「どこのチームに入ろうとも自分のやる野球のスタイルは変わらない。東北楽天イーグルスで頑張りたい」と抱負をコメントした。また愛知工業大学付属名電高等学校の堂上直倫選手も3チーム競合の抽選により、実父（照さん。元投手）と実兄（剛裕さん。現役内野手）が所属している中日ドラゴンズが交渉権を獲得した。なお夏の甲子園優勝投手の斎藤佑樹（早稲田実業学校高等部）はプロ野球志望届出を提出しなかったので今回は指名されなかった。社会人・大学生の部は11月21日開催。
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