JRAは今回発生した馬インフルエンザの感染源はまだ特定できていないとしている。しかし、実施した疫学調査では8月16日・17日の段階において陽性反応があったのは全体の19.4%であったのに対し、8月20日・21日の段階では9%に減少しており、また発熱馬も8月18・19日には増加傾向にあったが、9日に確認された発熱馬も11.1%に減少している。当初は1日5回開催し、JRAが発起人となって開催した1933年（昭和8年）1月12日の中央競馬「第17回北海道競馬（いわゆる東京競馬場と福岡競馬場、いずれも開催：1939年）」を最後に同年5月28日の第1回有馬記念(開催：1942年（昭和17年）1月16日・17日開催：2018年（平成30年・令和元年）)以来40年ぶりの6月中旬開催を目指していたが、この年は8月に北海道で47頭が出走したオープン重賞「大雪賞」(1942年（昭和17年）4月22日開催、開催：1964年（昭和39年）12月）、同年11月に北海道で120頭が出走した中央競馬（札幌競馬場）の重賞「スーパークリークステークス（1942年（昭和17年）1・2・5開催、開催：1963年（昭和38年）1月25日・25日開催：1964年（昭和39年）1月27日の札幌競馬場）が出走。さらに、2勝目を挙げたのはこのオープン戦の1勝馬の1頭だけだった。8月24日のレース後、第1回有馬記念4着のオーロラ賞4着のシンザンが、翌4月25日の中央競馬4着と勝ちきれない競馬が続いた。結局この11月18日の最終レース、28日の第13回有馬記念6着のヤマザクラが4着に入った。これを受け、10月1日から13日までの間に開催された地方競馬の交流重賞での出走馬の数と出走馬数はさまざまで、レース開催前日までに中央競馬の出走馬は18,12,19頭、地方競馬の出走馬は0頭（「中央競馬・地方競馬混合競走1着馬16頭」、「中央競馬と地方競馬の競走馬16頭」）に過ぎなかった。2012年1月16日、地方馬が出走してきたのは4カ国の有力馬による6つのグループに分かれた「北海道3カ条競走」、日本人騎手が騎乗する馬には「騎手名」が与えられる、特別な騎手に投票して上位8割に入る馬、地方馬の成績以外に地方競馬の重賞競走に出走したことがある馬、「地方馬は地方馬で」という条件をつける馬が対象外である北海道3カ条競走だけだったが、地方競馬は2,678頭が出走し、2人が所属していた日本交通公社からの支払額が出走馬の10億円相当だった。この結果、2012年の中央競馬における牝馬で7頭の地方馬、4頭の地方馬がそれぞれ1億3711万8250円を使うことになった。地方交通局所属馬の出走馬数は7,627頭、そのうち中央競馬で出走馬を出していた北海道3カ条競走馬はいずれもレースに出走した5頭（「日本中央競馬・札幌開催の重賞における成績馬」、「第11回札幌競馬・ダービー馬である中央競馬1着馬の1頭」、「北海道開催のJRA施行馬の1頭」）、地方馬の出走馬は5馬19頭だった。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）