当研究林内に生息している哺乳類の中で、最も大きい動物は何になるかな?
植生同様当研究林内には多くの生物が生息しており、哺乳類ではツキノワグマやニホンカモシカ、ニホンザル、ニホンジカ、イノシシ、タヌキ、アカギツネ、ニホンアナグマ、ニホンノウサギなどといった中大型の哺乳類をはじめ、ヤマネ、ムササビといった小型の哺乳類も生息しており、その中にはクロホオヒゲコウモリやミズラモグラなどの貴重な種も生存している。
鳥類ではコノハズクやヤマセミ、オシドリなどをはじめオオタカやハイタカなどの猛禽類も見られ、まれにイヌワシも見られる。
爬虫類ではニホンマムシやヤマカガシ、アオダイショウ、シマヘビ、ニホンカナヘビ、ニホンイシガメ、ジムグリ、シロマダラを見ることができる。
両生類では特別天然記念物であるオオサンショウウオをはじめ、ハコネサンショウウオやヒダサンショウウオ、モリアオガエルやカジカガエルなどを見ることができる。
昆虫もカブトムシやクワガタ、ミヤマカラスアゲハをはじめとした大型の個体から小型の個体まで、多く見られる種から貴重な種まで多種多様な昆虫が生息しており、中には芦生で新たに記録された種もいくつか見られる。