樹木についての調査と濠や池の生物についての調査は、どちらが先に実施されましたか?
皇居内の生物相については、大正10年(1921年)に皇居内の植物について行われた調査をまとめた「宮城風致考」が最初の調査と考えられる。
その後昭和54年(1979年)から昭和56年(1981年)にかけては皇居内各地の樹木についての調査が行われ、昭和62年(1987年)から昭和63年(1988年)にかけて皇居内の濠や池の生物についての調査が実施された。
いずれの調査も宮内庁(大正時代の調査は宮内省)の内部調査であった。
平成元年(1989年)8月には、これまでの皇居内の植物調査についてまとめた、昭和天皇も執筆に参加した生物学御研究所編の「皇居の植物」が刊行された。
そして国立科学博物館によって昭和42年(1967年)より始められた、日本全体の自然史学的総合研究が終盤に差し掛かった平成6年(1990年)に、明仁天皇が東京の都心部にありながら、動植物が多く棲息する皇居内の生物についての科学的な総合調査を行うことが望ましいとの意向を示したことがきっかけとなって、平成8年度(1996年度)から平成11年度(1999年度)にかけて皇居内の生物相についての本格的な調査、そして平成12年度(2000年度)には補足調査が行われた。
平成12年(2000年)12月には調査結果がまとめられ、その後も更に皇居内の動植物のモニタリング調査が継続され、平成18年(2006年)には継続調査の結果が公表された。
なお平成21年(2009年)から平成24年度(2012年度)までの予定で、第二期の皇居の生物相調査が実施されている。