2006年度社会人・大学生ドラフト会議が11月21日、東京都内で行われた。読売新聞によると今回の社会人・大学生ドラフトでは希望入団枠の10名を含め57人が指名を受けた。朝日新聞によれば既に10チームが希望入団枠での入団選手が内定しており、また千葉ロッテマリーンズは希望枠を使わなかったものの9月に開かれた高校生の部で2巡目指名を行っているため、1巡目の指名は残る東北楽天イーグルスのみが行い、東洋大学・永井怜投手を指名した。なお2巡目指名は高校生ドラフトの1巡目指名をしなかったチームに対して行うが、今回は当該チームはなかった。また、読売によると今回、育成ドラフト以外では初めて四国アイランドリーグ（セミプロ独立リーグ）からの指名があった。すでに希望入団枠を活用して入団を決めていた選手は以下に示すとおりである。
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