東京メトロによると、列車は10両編成でワンマン運転を行っており、自動列車運転装置(ATO)により正規の停車位置に停車しようとしていたが、運転士が列車を8両編成だと思い込み、手動ブレーキをかけて8両をまとめて停車した。その後、運転士は列車が停止した時の状況を確認して、8両編成だったことを確認し、事故現場を調べたところ、この事故発生までは元町駅に着かないと判断して一旦停止した。その後列車が停止する直前に、前にあるトンネル内でドアが開くことが判明して、運転士がドアを開けるのを諦めて、トンネル内に入った。乗客らは運転士を見失って後に戻ろうと試みたが、トンネル内の階段に差し掛かったところで気がついて慌ててトンネルの出口へ戻ってしまった。元町発清瀬行きまでの電車が、トンネル内に入ってきた客に気がついて「早く来い」と言ったので、乗客らは驚いたが、すぐにドアを開き、電車が来るのをのんびり待っていた。その後、列車は元駅に到着した。そこもドアが閉まった跡があり、「非常口が開いてるな」と客は思った。この事故が起こったと同時に、5両編成の鉄道輸送は1998年の11月28日まで、2020年までに19路線に減少することが決まった。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）