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その後も初の時代劇『お吟さま』、戦後日本映画で初の中国ロケを敢行した井上靖原作『天平の甍』などを経て、1986年には戦時中に九州で起きた米軍捕虜生体解剖事件をもとに医師の戦争責任を問うた遠藤周作原作の『海と毒薬』を発表し、再びベルリン国際映画祭銀熊賞・審査員特別賞、毎日映画コンクール大賞、3度目のキネマ旬報ベストワン及び監督賞を受けるなど国内外で評価された。