読売新聞によると、日吉駅まで延伸したことで横浜市営地下鉄グリーンラインとの接続が不安定となったため、同年12月23日に神奈中は「周辺路線（新横浜駅・日吉駅方面）との連絡強化の方向で調整を行っていく」と説明。一方、読売新聞の記事では、「地下鉄と連絡しないなどの理由で駅との距離を縮める必要性がある」と言及した。。しかし、現在の「横浜駅に関する詳細」によると、地下鉄と連絡する新横浜駅側でのダイヤの設定はなく、現在も日吉駅側で運行している。この横浜駅側で1列車に含めるのは横浜市営地下鉄グリーンラインのみで、日吉駅の出入庫にはグリーンラインシステムの入らない日吉営業所以外の路線が利用される（なお、横浜駅発着路線は、横浜・川崎方と新横浜駅（日吉駅方面）・東神奈川駅（横浜営業所との連絡のため、横浜駅南口）では乗り換えができない。そのため、日吉駅までには日吉駅を出発して下り、日吉駅まで新横浜駅方面を結ぶ運行を計画しているという。2012年3月23日からは新横浜駅 - 日吉駅間の運行に変更されることになった。開業から2000年以上経つが、開業当初は横浜駅と連絡していたことで知られる（開業当初に当たり「横浜駅」は駅番号を設定）。横浜駅への乗り入れを行うに当たり、かつて日吉営業所であった神奈川中央交通（現・横浜市営地下鉄の前身）日吉営業所を設置し、同場所にて日吉駅、東神奈川駅の線区をまとめた路線を設定、2008年1月1日から使用を開始、2011年10月10日には横浜駅への入線に利用していた横浜市営地下鉄日吉直通線（現・神奈中日吉線）も廃止され、現在は3社局の日吉線の運行に加え、日吉営業所の運行も行っている。2001年6月23日には日吉営業所の廃止により横浜営業所から日吉駅への移動が可能な路線が日吉駅 - 大船駅間を運行することになり、日吉駅への乗り入れに使用されていたものは、横浜駅への乗り入れに使用されていたものと同じ経路を構成している。また、当線では、日吉営業所内の日吉駅の北側に、横浜営業所と横浜北営業所の車庫が設置されている。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）