朝日新聞によると、日本プロ野球の実行委員会が4月2日、東京都内で行われ、ドラフト会議でアマチュア選手がプロの入団希望チームを選ぶ「希望入団枠」を2007年度から廃止することを決定した。3月28日に根来泰周コミッショナー代行から提示された仲裁案を正式に承認したことによる。また同実行委員会では、2007年度のドラフトは2006年度同様高校生の部と大学生・社会人の部の2部構成とし、1巡目はいずれの部とも抽選入札方式（重複入札があった場合抽選で交渉権獲得球団を決める。外れた球団は再度入札・抽選を繰り返す）を行い、高校生の部で1巡目指名をしない場合は大学生・社会人の部で、逆に大学・社会人の部で1巡目指名をしない球団は高校生の部でそれぞれ2巡目の指名を行うことができる。3巡目からは全球団参加のウェーバーとなる。高校生の部は10月3日開催を予定している。また読売新聞によると、2008年度以後の方式に関しては、根来コミッショナー代行を委員長とした委員会をつくり、プロ野球参加球団の中から6チームの代表と、第三者を交えて協議を重ねるとしている。第1回の協議は4月20日に行われる。
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