後期三部作と呼ばれる作品は、『彼岸過迄』『こゝろ』ともう1つは何ですか?
1910年(明治43年)6月、『三四郎』『それから』に続く前期三部作の3作目にあたる『門』を執筆途中に胃潰瘍で長与胃腸病院(長與胃腸病院)に入院した。
同年8月、療養のため門下の松根東洋城の勧めで伊豆の修善寺に出かけ、菊屋旅館で転地療養する。
しかしそこで胃疾になり、800gにも及ぶ大吐血を起こし、生死の間を彷徨う危篤状態に陥る。
これが「修善寺の大患」と呼ばれる事件である。
この時の一時的な「死」を体験したことは、その後の作品に影響を与えることとなった。
漱石自身も『思い出すことなど』で、この時のことに触れている。
最晩年の漱石は「則天去私」を理想としていたが、この時の心境を表したものではないかと言われる。
『硝子戸の中』では、本音に近い真情の吐露が見られる。
同年10月、容態が落ち着き、長与病院に戻り再入院した。
その後も胃潰瘍などの病気に何度も苦しめられる。
1911年(明治44年)8月、関西での講演直後、胃潰瘍が再発し、大阪の大阪胃腸病院に入院した。
東京に戻った後は、痔にかかり通院した。
1912年(大正元年)9月、痔の再手術した。
同年12月には、『行人』も病気のため初めて執筆を中絶する。
1913年(大正2年)は、神経衰弱、胃潰瘍で6月頃まで悩まされる。
1914年(大正3年)9月、4度目の胃潰瘍で病臥した。
作品は人間のエゴイズムを追い求めていき、後期三部作と呼ばれる『彼岸過迄』『行人』『こゝろ』へと繋がっていく。
1915年(大正4年)3月、京都へ旅行し、そこで5度目の胃潰瘍で倒れる。
6月より『吾輩は猫である』執筆当時の環境に回顧し、『道草』の連載を開始した。
1916年(大正5年)には糖尿病にも悩まされる。
その年、辰野隆の結婚式に出席して後の12月9日、体内出血を起こし『明暗』執筆途中に自宅で死去した(49歳10か月)。
最期の言葉は、寝間着の胸をはだけながら叫んだ「ここに水をかけてくれ、死ぬと困るから」であったという。
だが、四女・愛子が泣き出してそれを妻である鏡子が注意したときに漱石がなだめて「いいよいいよ、もう泣いてもいいんだよ」と言ったことが、最後の言葉ともされる。
死の翌日、遺体は東京帝国大学医学部解剖室において長與又郎によって解剖される。
その際に摘出された脳と胃は寄贈された。
脳は、現在もエタノールに漬けられた状態で東京大学医学部に保管されている。
重さは1,425グラムであった。
戒名は文献院古道漱石居士である。墓所は東京都豊島区南池袋の雑司ヶ谷霊園(1種14号1側3番)にある。
1984年(昭和59年)から2004年(平成16年)まで発行された日本銀行券D千円券に肖像が採用された。