カトリーヌはギーズ家による迫害に賛成していたか、反対していたか。
熱心なカトリックであるギーズ家兄弟はプロテスタントの迫害を始めた。カトリーヌは穏健な立場をとりギーズ家による迫害に反対したが、自身はユグノーに共感していたわけではなく、そもそも彼らの信条をよく理解してはいなかった。ユグノーは当初は第一血統親王(princedusang)であるブルボン家のナバラ王アントワーヌを盟主に戴き、その後、より信仰に熱心な弟コンデ公ルイ1世を盟主としており、彼はギーズ家を武力で打倒しようとする陰謀を支援していた。ギーズ家兄弟がこれを察知すると、宮廷をアンボワーズ城へ移させた。ギーズ公は城外の森に潜んでいた反乱軍に奇襲をかけ、指導者ラ・ルノディーを含む敵の多くをその場で殺害した。生き残りは川に投げ込まれるか、カトリーヌや廷臣たちの面前で絞首刑に処された。