かつて地球ではいくつの種族が対等に暮らしていたか。
かつて地球では「ニンゲン」と「モンスター」と呼ばれる二つの種族が対等に暮らしていた。やがて2つの種族の間で戦争が起こり、長い戦いの末に勝利を収めたニンゲン側が地上を支配する一方で、モンスターは地底へと追いやられた。そしてニンゲンは地上と地底を繋ぐ唯一の入口であるイビト山のゲートを魔法のバリアで封印し、モンスターたちを地底に閉じ込めた。『Undertale』の舞台となる「ちていのせかい」は、そのモンスターたちの領界である。ゲームは、201X年に1人のニンゲンの子供が地底に落ちるところからスタートする。

ニンゲンである主人公は、フラウィという言葉をしゃべる花に出会う。フラウィは、主人公の「タマシイ」は今は脆弱だが、「LV」または「LOVE」を上げれば強くなることができるのだという。さらにフラウィは、自分の攻撃を食らうと「LV」を得られると嘘をつき(このゲームでは、実際にはモンスターを倒して「EXP」を得ることで「LV」を上げられる)、主人公を殺しにかかる。主人公は危ういところをヤギのモンスター、トリエルに救出される。トリエルは母親のようにやさしくふるまい、パズルの解き方やモンスターを殺さずに戦闘を切り抜ける方法を教えてくれる。彼女は主人公を養子に迎えることで自分のもとへ置いておき、ニンゲンの「タマシイ」を狙う地底世界の王、アズゴア・ドリーマーの手から守ろうとしていた。しかし、やがて主人公は地上に戻るためトリエルのもとを去り、アズゴアの城を探しに向かう。地底世界を封印するバリアはアズゴアの城にあり、そこから地上へ戻ることができるのである。