本作のメインとなるミッションモードには「地球連合軍」「ザフト」「アークエンジェル」の3つのルートがあり、プレイヤーは好きな勢力の兵士としてコズミック・イラの戦乱を戦って行くことになる.
本作のメインとなるミッションモードには「地球連合軍」「ザフト」「