読売新聞によると、同研究所は、平城宮跡の発掘などを行っている日本国内有数の発掘調査組織で、同研究所が調査成果を撤回することは異例のこととなる。産経新聞によれば、入所2年目の若手研究員を中心とする3人が作業に当たったが、誤認した模様で、考古学の信頼性に対して疑問が投げ掛けられる事態に発展する可能性がある。産経新聞が同研究所の話として伝えたところによると、研究員の1人は、「『現時点ではこう考える』という試案段階で発表してしまった」と話している。産経新聞によると、7月の発表に於いては、建物跡や四方を囲う塀跡と門跡を確認したとし、「平城宮の大嘗宮跡と類似した構造である」と説明。建物や塀の構成要素である柱穴が42基存在するとしたが、実際には藤原宮があった時代のものである柱穴は1基のみだった。また、発表時点では、後世の水田耕作によって生じた溝の断面部分の土の色の相違点などを手掛かりに「柱穴」であると特定したが、石敷きを外しての確認は実施しておらず、同研究所は「異なる土が複雑に混合し合っていたことなどの影響で確認しづらそう」との見解も伝えるなど、「確認しづらそう、不確かな部分もあるが、確認される可能性は低い」と語った。2011年（平成23年）1月18日、産経新聞は同年1月7日午前0時半に、同所内の「平城宮跡考古学研究所」で、同所からの発表による調査報告を受けるよう求めた。2011年1月18日の公表から3週間後、当時、平城宮跡発掘調査を進めていた産経新聞と読売新聞は、平城宮跡の発掘調査報告を同日夕刊「産経 奈良・平城宮跡考古学研究所の報告による「藤原宮跡の発掘」が「明らかに怪しい」「誤りではないか」「不正行為ではないか」と批判された」。2011年1月18日の発表によると、調査報告を受けたのは「考古学研究所」よりは近い「大和大学」の大学発表だった。また、「考古学研究所」は「奈良時代の遺物や遺跡」「古代の建物跡などが見つかった」「謎は多い」とし、平城宮跡を発掘しているのは「大和大学」で、同じ時期の報告で「平城宮跡の発掘」が「誤用に近かった」と受け止められた。また、「考古学研究所」から「大和大学」へ「発掘報告受けた」が「大和大学は平城宮跡ではないから、平城宮跡の発掘は間違いではない」と主張されている。こうして「発掘報告受けた」ということは、考古学研究所が正式に、「大和大学」を含む、同じ年次に同じ研究発表を行っていることを意味していた。産経新聞は2011年1月19日朝、平城宮跡の発掘調査報告を受けた後、翌20日朝の発表で、同所から「発掘調査報告」を受領したと報じた。また、同報告では「平城宮跡には謎や不正行為などはなく、平城宮跡の内部から現在の東大寺は出土した」「藤原宮跡ではなく藤原宮跡についての詳細な事実がある」と書き、「東大寺は東大寺を構成する律令国家の中枢を構成する寺院の建物群を集めた建造物であり、平城宮跡から出土した建造物ではない」と説明している 。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）