毎日新聞・朝日新聞によると、国の補助金を受けた地方自治体の遺跡発掘事業のうち、文化庁が2010年（UTC+9）度までの6年間で、うち29事業について「補助金の不正受給があった」と認定していたことが判明した。毎日新聞によると、不正の手口は、未発行の調査報告書を「作成した」とする架空請求や、人件費の水増し請求など。朝日新聞によれば、文化庁は事業を実施した2県17市町村（当時）に対し、補助金約1,023万円の返還を求めた。両報道によると、いずれの自治体とも、不正を認め返還（朝日によれば1,023万円）したという。毎日新聞によると、地方自治体が実施する遺跡発掘事業に対する国からの補助金は、事業を完了させた自治体が文化庁に対し申請。「現地での発掘調査作業に要する経費」、「出土品の整理作業経費」、「発掘調査報告書作成費」などが補助対象であり、認められた場合、調査の翌年度に補助金を支出する。朝日新聞によると、不正受給が発覚したのは、愛知・三重の2県と、岩手県・長野県・静岡県・奈良県・和歌山県、長崎県にある5か所で行われた。3か所の国は不正防止対策として、文書などを保管していたが、不正が発覚した自治体においては、文書の保管そのものを制限していた。朝日新聞によると不正への制裁を命じていたのは愛知県で、不正受給を隠す意図はないと言われている。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）