高額な補償額による事業費の圧迫を嫌い、電源開発の補償対策に対して異議を持っていたのは、どのような機関か?
まず佐久間村、豊根村、富山村、天龍村の各町村にそれぞれ対策委員会を設置して団体交渉を行い、個人交渉による不透明な補償を排して透明性の高い交渉を基本とした。その上で家屋補償では建築技師に1軒ごとの測量と製図、家屋の材料を吟味させて補償価格を決定。農地と山林については作柄に応じて坪単価・用材別単価で価格を算定した。また流筏業者を始め、ダム建設によって転業や廃業を余儀なくされる住民には推進本部に所属する社員が木目細やかな対応を行い、就職先斡旋や生活設計相談に応じた。さらに公共補償については学校、道路、橋梁などの公共物の新築・移築・増築を全て電源開発が請負い、当時の額で17億円を投じてインフラストラクチャー整備を行った。この佐久間ダムにおける電源開発の補償姿勢は同時期の田子倉ダム補償事件と同様に高額な補償額での妥結を主としており、河川行政を担当し多目的ダム建設を各地で進めていた建設省(のちの国土交通省)は、補償額高騰による事業費の圧迫を嫌う立場から特に異議を唱えた。当時の建設省による水没補償に対する姿勢は、例えば1953年に建設された石淵ダム(胆沢川)における水没住民への態度が1963年(昭和38年)に科学技術庁(現在の文部科学省)発行の『石淵貯水池の水没補償における実態調査報告』において、「国益を強調し自らの立場を高める権威主義と強制収用をちらつかせる強圧的態度を貫き、水没住民を思い遣る態度は全く見られない」と厳しく批判されており、同時期施工中だった藤原ダム(利根川)や鎧畑ダム(玉川)などでも住民との軋轢が生じた。だが電源開発は建設省の異議に対し「補償交渉は一片のペーパープラン通りには進まない」として住民本位の補償交渉を進めた。電源開発の補償に対する姿勢は当時総裁であった高碕達之助の強い意志によるもので、御母衣ダムにおける「幸福の覚書」や荘川桜の移植などダム・発電所建設における基本方針となり、1968年(昭和43年)に施工された九頭竜ダム(九頭竜川)において「補償交渉が完了するまではダム工事には着手しない」という「九頭竜補償方式」が確立された。一方国による水没住民への明確な補償指針が示されるのは、蜂の巣城紛争を経た1973年(昭和48年)の水源地域対策特別措置法を待たなければならなかった。