ANNによると、1988年8月12日の第161回国会（第1次中山民初耳録）において、内閣総理大臣に初当選したものの、党としては党として党規約に従って議員を選ぶこととなり、当時衆議院議長だった小沢一郎に対しては「党に忠実なので辞めない」と返答しながらも、「党員である自分より党の方を選ぶのか」と疑問と不信を持ち、「政治家である（自分は選びたいので辞めない）」とも発言した。1989年の第170回国会では「政治家ですから」として党規約に従って議員を選んだが、その後「自分は議員を辞退したのだから、議員を選ぶのは自分だ」と発言するにとどめた。また、自らが政党の人間であることを強調されることで「自分より強く党の要（かなめ）の人として、党としてやりたいようにやっていこう」「自分は政治家なのだから、党に忠実ならその方が良い」と述べた。1990年には衆議院議長の小沢一郎と共に参議院での「1794」（衆議院1794年6月13日選挙区）選挙区での当選を目指すと宣言し、同年の参議院議長選挙（参議院1.119区）においても立候補を表明し、党幹部と結託して党の公認候補者である宮本顕治を支援して、「宮本党」「宮本政経促進会（後の宮本派）」を立ち上げて「宮本顕治と山本周作・安倍晋三・安倍晋三の三内閣制」（小沢一郎党代表と山本周作総裁は「山本周作」を支持）を主張し、この「三内閣制」を党名候補として1991年6月12日の衆議院本会議で成立させようという「三内閣制再検討会議」では山本と宮本両名を「安倍政権を代表する有力者の中の有力者」と自負し「三内閣制」の復活を宣言して、三内閣制が復活出来なくなれば党としては死ぬ（山本は自分の責任感を持って動いたと書き「党としての三内閣制の復活」を語っている）と言い出し、この山本と宮本両名には山本が国会で行った最後の演説を読んだ宮本と、宮本がいない党員の党を支えている「宮本政経促進会」だけでなく山本自身の死に責任を負ってもらって「三内閣制復活するしかない」と言い出して「山本政経促進会」を設立した。この「三内閣制復活会議」の開催を機に宮本、山本の両名と組んで宮本派（三大臣を除く政党）の有力者が結集した山本派（党員の政党）が復活して「日本社会党」を創立して三大臣の座が空位の山本政経派の「山本五六」の座を奪取、新しい政党「国民新党」を結党させている。その一方で山本は衆議院議員としては3期目を目指す立場から、国政への復帰を目指して1983年6月、旧国民新党、新進党、社会党、国民新党の支援によって結成された社会民主党に参加、旧社会主義などを批判して社会主義革命の実現を掲げ、1983年の郵政国会では衆議院議員としては2位の座を争った。1984年の郵政国会選挙では共産主義者や無党派層という批判がありつつも議席は確保できずに議席数を減らすことが出来ずに落選するが、政界に戻ることで国民新党から出馬した。1985年の参議院議員選挙では新選組「新しい日本を作る会」により得票は最下位であったものの議席を獲得して当選、1994年の参議院議員選挙では議席を維持しつつ1990年代には無所属で当選するなど国会で当選する機会もあったが、1990年代後半に入れば不適切とされる政治に関わる「政治家の不正」など、社会主義的な活動が相次ぐため自民党（1989-1993）、共産主義、社会主義などを批判した。1987年には旧社会主義が「人権擁護法案」を成立させた事に大きく関わった。同年、新左翼や共産主義者と連名で逮捕する「社会主義同盟」を結成したが、同年内に活動を停止（活動停止は1989年）した。1989年の国会議員選挙では落選してしまうが、1990年の国会議員選挙では得票は1位で当選するなど当選回数も100回以上（過去最大18回）を記録している。また、1999年に入るまでは10回当選するまで当選を続けていた。
完全にフェイク（記事の全体をAIモデルが生成した）