読売新聞によると、同地裁の田中敦裁判長は、過失割合について、SKRが7割、JR西日本が3割であるとし、SKRに対し約11億1,000万円の支払いを命じる判決を言い渡した。一方、SKRに対し出資している滋賀県や甲賀市への請求は退けた。読売新聞によると、SKR・滋賀県・甲賀市・JR西日本の4者は、補償金などについて、以前に、SKRとJR西日本が一旦折半した上で、過失割合が明確になった場合は精算する内容の協定を締結した。朝日新聞によれば、遺族側への補償金のうちの5割強に相当する約31億円を負担した原告のJR西日本は、「赤信号の下で列車を発車させたSKRの責任が9割であり、当社の責任は1割分に当たる約5億円である」と主張した。一方、SKR側は、2013年1月27日の名古屋地裁での判決を踏まえ、「（契約締結を見送った）原因はSKRも同じ」と主張した。一方、JR西日本側の言い分としては、「（契約締結を見送った）原因がJR西日本にあることを認識していなかったことが一因だ」というもので、訴訟で明らかとなったことにより、「JR社に責任があるなら契約書を作成すべきだ」「裁判所に責任があるならSKRが損害賠償責任を負うべきだ」といった批判があった。JR西日本や京都地方裁判所では、裁判を受けた当事者であるJR西日本とSKR側の主張についての判決文（「JR西日本 訴訟の審判理由」）が用意されており、SKR側の主張が正当であるとは認められなかったが、訴訟内容についての争点でSKR側が完全に不利益を受けないという主張を展開した。2004年（平成16年）3月19日、JR西日本代表の松村邦彦社長が、SKRとの契約は22年残して結ばないことを表明した。これに対してSKRは、「新会社は新会社で行わず、新会社自身が自分の行ないを尊重して欲しい。JRが何の考えであれ、新会社との契約を結ばなかった自分を責める必要はない」と表明した。これに対して、JR西日本取締役副社長の福留孝介、元取締役の吉田康昭、前副社長の小椋政弘は、「JRとの契約に関しては、新会社は何も言えない」とSKRに反発した。2005年（平成17年）1月29日付けの読売新聞「読売新聞・朝日新聞事件。関西新幹線に衝突、JR西日本が約36億円も支払う」によると、SKR側側は、SKRとSKR関係者24人が「JR西日本の訴訟を受け、訴訟内容を受け入れる」よう契約書にサインさせたため、新会社側に不利益な訴訟を起こさなかった。このことに対して、新会社の関係者はJR西日本に対し「元職員は契約も交わしていないのに、JRが請求するのが筋、このままでは契約通りだと思うと、憤りを感じた」と不満を持ったものの、「JR西日本からの正式報告は受けていない」という立場を取った。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）