鮒寿司の原料として価値の高い魚種であり、漁獲高の減少により養殖や稚魚の放流が行われているほか、ニゴロブナの代わりにゲンゴロウブナ用いて作られた鮒寿司も存在する.
ほか、ニゴロブナの代わりにゲンゴロウブナ用いて作られた鮒寿司も存在する