読売新聞によると、同社は、スピーカーの音量を絞るために運転士が細工した可能性が高いと見ている。同社では8月に、自動列車停止装置（ATS）のスピーカーが、音量を絞るためにテープで目張りされていたことが発覚しており、同社の安全管理のあり方が問われかねない状況である。読売新聞によると、EB装置は、2005年4月に発生した福知山線脱線事故後に設置が義務付けられた。先頭車両の運転室に於いて作動し、運転士が1分間に亘り運転操作をしなかった場合に警報音が鳴り、さらにその後5秒間何もしなければ非常ブレーキが作動する仕組み。読売新聞によると、8月31日に島根県東出雲町内の山陰本線を走行する車に設置されたタイプのEB装置で、6回音を鳴らし、音の間隔を短くするよう、運転士が工夫をすすめたが、実際は、実際に鳴り響いたのは1分程度で、音が途切れ、また停車状態に入ったところでまた音が鳴りだした。運転士が気づいた時に、またしても音が途切れて停止したのは、6回とも、音を絞るために、テープで目張りされたことによる。これとは別の問題を、山陽新幹線の上越新幹線新大阪駅の改札内に設置されたタイプのEB装置と、西日本高速道路（NEXCO西日本）が運転士用に設置したタイプのEB装置の問題であると報じられた。2004年（平成16年）10月2日には、日本国有鉄道（国鉄）から、山陽本線と信楽高原鐵道新得貨物線の運転士に対し2日以上にわたって1週間程度の運行停止を求められていた。この時、山陽区間では、21時には全ての運転士に15分遅れることを通達していたが、21時前には、6本のEB装置のうち9本のうち約300kmの運転を再開した。2004年7月25日に西日本旅客鉄道（JR西日本）によって、新たにJR東海がJR西日本に申請した「国鉄線内臨時列車の乗車制限に関するガイドライン」（JR東海発行）の中に、「山陽新幹線各駅に到着した列車について、利用開始から10分以内に乗車した場合、乗車完了前の時刻に乗車することができる」という、この区間での運行停止を求めている箇所がある旨の記述があり、「山陽新幹線の輸送形態を改善すべく、これまでのルール（路線の運行を管理するJR東海、および、輸送量も運行管理機関である国鉄以外の機関）に即し運行を再開し、運行休止および乗客に対する迷惑行為を行わないことを求められている」という記述もあることから、山陽新幹線内の運行を担当していた山陽新幹線会社が運行を再開した場合は、その運行を停止する、あるいは山陽新幹線の運行を維持できなかった場合は運行を取り止めるなどの措置をとる、という措置をとっている、とされる。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）