ウィキペディア日本語版と四国新聞によると、ドラフト会議は前回まで毎年11月に開かれていたが、ドラフト制度改革の一環として2005年度から2年間は「高校生の部」と「大学生・社会人の部」の2部構成にしている。今回は38人の選手が指名を受けた。2005年度夏に開かれた全国高校野球（夏の甲子園）で注目を集めた大阪桐蔭高等学校の大城陽が第18位、2006年度の2007年春の甲子園開催時にドラフト上位順に選ばれた京都大の大城賢介、2010年度の第69回大会にてドラフト上位に指名された九州産業大学付属平安女嬢様高校の高瀬陽子が第43~44位、高校野球界で最も権威ある「第54回選抜高等学校野球大会」に出場した高知商業高校の大瀬智貴が第49~53位、前年に引き続き4度目の夏の甲子園出場の明石商の高倉真鈴、昨年11月にドラフト9位指名での福岡大学付属九州高等学校の森木貴大、2007年度甲子園に出場して注目を集めていた京都大学の小林智輝が第44~46位に指名された。このプロ野球界のドラフト制度の変遷は「#ドラフト」節を参照。指名を受けた選手の年齢や成績を基に、11月11日に第2回ドラフト会議が東京都港区の株式会社日建リース、京都大学と阪神甲子園球場との間で開催され、38人の指名を受けた選手が発表された。4チームが発表され、以下の通りのチームが決まった。第1回ドラフト会議で最終決定した2チームが、この日の2日前の1日前、2月3日から1カ月限定で合同会見される。合同会見には野球部関係者が多数出席する。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）