長編アニメーション映画『風立ちぬ』は誰の作品ですか?
2006年(平成18年)に、庵野秀明はアニメ制作会社「株式会社カラー」を設立し、それまで名を連ねていたガイナックスの取締役から退いている。新スタジオでの第一作目は、2007年(平成19年)9月1日に全国主要映画館にて封切りされた『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』四部作の1つ『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』であった。2009年(平成21年)6月27日には『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』、2012年(平成24年)11月17日に『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』を全国主要映画館にて封切りした。完結編として『シン・エヴァンゲリオン劇場版:||』が予定されている。

2011年(平成23年)に平野勝之監督の『監督失格』を実写初プロデュース作品として手掛けた。2013年(平成25年)には、宮崎駿の長編アニメーション映画『風立ちぬ』の主人公・堀越二郎役で声優デビューした。

2014年(平成26年)に第27回東京国際映画祭の企画で「庵野秀明の世界」が開催された。学生時代からの映像作品がTOHOシネマズ日本橋で上映、トークセッションも開催された。

2015年(平成27年)4月1日、2016年に公開予定の「ゴジラシリーズ」新作で、脚本と総監督を務めることが発表された。2015年秋から撮影開始し、2016年7月29日に『シン・ゴジラ』のタイトルで公開された。

2017年(平成29年)5月8日、NPO法人『アニメ特撮アーカイブ機構』を設立し、代表を務める。