時事通信によると、現在のクラブライセンス制度とは異なる独自の「J3ライセンス」を制定し、以上の各項目を満たすことを求めている。J3リーグ参加希望クラブはこれに則ってJリーグ準加盟を申請してそれが認められることが必要となる（準加盟の可否については9月までに決まる）。さらにJ3ライセンス基準を満たしているかについても10月までに審査を行い、11月の理事会でJ3リーグ参加の最終判断を下すとしている。また朝日によるとプロ選手は3人以上保有することや、3期連続赤字、または債務超過の状態であればJ3加盟資格を喪失するなどとしている他、NHKによると、スエヒロプロはJ3加入を2008年前半目にとどまり、現在はJ3昇格による「Jリーグ準加盟」申請を望んでいないという。プロリーグ参加資格を喪失している時点でJ3でのプレー経験がなかった（2002年シーズン時点）ために、プロリーグとしての活動を継続することを断念していると報じられる。なお、プロリーグ参加資格の喪失は、14年間のプロ野球界の歴史に致命的に影響を与え「プロ野球の歴史を変えた」として業界新聞・新聞記事に取り上げられた（詳細は#歴史に関する項目を参照）。2019年の参加の場合、1試合50万円までの費用がかかる。そのほか、リーグ戦のみならず「地域リーグ戦の参加」など、様々な特典を得ることが出来る「チャレンジ枠」を用意している。なお、プロ野球選手権は全試合50万円の支払いが必要となる。その他、Jリーグ準加盟への移行に必要な費用の一部を負担しているため、プロ野球参加が優先された運営体制をとっている。2019年の参加に当たっては、「プロ野球参加のための費用は全額負担するので、負担額は減らさないが、選手の登録登録と試合の観戦はできる限りしたい」とするなど、Jリーグ参加に必要な費用を全額負担する覚悟を示した。「チーム編成によって運営団体を分ける」「運営団体の方針に従うこと」「選手の登録・出場はできる限りできないこと」「チームの監督・コーチ・監督はプロのチームから選出される」など、日本野球機構加盟のJリーグクラブのようなチーム編成に関する規定は設けていないため、選手によるプレーが可能となる「選手の加入に際して規定される規定」は設けられていない。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）