ワルターがシャーリィを追うのはなぜか?
「爪術」と呼ばれる不思議な術の使い手セネル・クーリッジは、金色の髪を持つ少女シャーリィと霧が立ち込める海を漂流中、何かに導かれるように不思議な大地に辿り着く。規模こそ普通の島か大陸のようだが、当たり前のように植物が繁茂し、川が流れる足下は、人工の大地。2人が命からがら漂着したのは、「遺跡船」と呼ばれる巨大な船の上だった。

遺跡船へ漂着した直後、シャーリィは山賊の首領にして魔獣使いのモーゼス・シャンドルに捕まる。シャーリィはセネルや、灯台の街ウェルテスの保安官ウィル・レイナード、騎士の名門ヴァレンス家の娘クロエ・ヴァレンスらにより連れ出されるが、その後も空飛ぶ男ワルターに連れ戻され、彼女をつけ狙うクルザンド王統国の王子ヴァーツラフが率いる軍隊に投降を余儀なくされるなど彼女を巡る追走劇は加速していく。セネルたち一行はトレジャーハンターの少女ノーマ・ビアッティや、紆余曲折の末に協力することとなったモーゼスを仲間に加えつつ、シャーリィを追っていく。ヴァーツラフ軍の捕虜となったシャーリィは、同じく捕まっていた少女フェニモールと親友となる。シャーリィを追う中でセネルは、死んだと思っていたシャーリィの姉にして自身の想い人であるステラが生きていたことを知る。

ワルターは「水の民」の指導者メルネスの力を受け継ぐシャーリィを守るため、ヴァーツラフはシャーリィのメルネスとしての力で遺跡船の兵器をコントロールしようとするため、彼女を追っていた。ヴァーツラフの野望を阻止するためにセネルたちは水の民の長マウリッツの協力を得て、新たに情報屋の少年ジェイも仲間に加える。セネルたちはヴァーツラフを倒し、遺跡船の動力源として使用されていたステラを救い出すが、ヴァーツラフは最期に遺跡船に搭載された主砲「滄我砲」を発射させ、彼の祖国クルザンドと交戦状態にある聖ガドリア王国を攻撃しようとする。ステラは最後の力を使い滄我砲を食い止め、セネルとシャーリィに見守られながら息を引き取る。