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Passage 1: 蝦夷地に着いた旧幕府軍は、10月20日に箱館の北、内浦湾に面する鷲ノ木（現在の森町）に上陸した。二手に分かれて箱館へ進撃、各地で新政府軍を撃破し、10月26日に五稜郭を占領、榎本は11月1日に五稜郭に入城した。その後、松前藩を攻撃するが、開陽丸を江差攻略に投入した際、座礁により喪失する。12月15日、蝦夷地平定を宣言し、士官以上の選挙により総裁となった。 
Passage 2: 一方、旧幕府軍では伊勢方面から京都に向けて援軍として騎兵1個中隊と砲兵1個大隊が発進していたが、3日夜になって大津に潜入していた偵察から既に大津には新政府軍が入っているとの報告が入った。これは大村藩兵50名のことであったが、旧幕府軍の援軍は大津に新政府軍が結集していると誤認して大津から京都を目指す事を断念し、石部宿から伊賀街道を経由して大坂に向かうことになった。4日になると、朝廷から改めて命令を受けた佐土原藩・岡山藩・徳島藩の兵が大津に入り、彦根藩もこれに合流した。これによって5藩合わせて700名となり、6日は更に鳥取藩兵と参謀役の木梨精一郎（長州藩）を大津に派遣するも、新政府側が危惧したこの方面からの旧幕府軍の侵攻は発生しなかった。 
Passage 3: 榎本武揚ら旧幕府海軍を主体とする勢力は、奥羽越列藩同盟からの度重なる参戦要求を無視し、もはや列藩同盟の敗色が濃くなった8月19日になってから、ようやく江戸湾から脱出した。出航が遅れたのは、徳川慶喜への新政府の処置を見届ける必要を感じていたからと説明されている。8月26日、仙台藩内の浦戸諸島・寒風沢島ほか（松島湾内）に寄港し、奥羽越列藩同盟軍の残党勢力よび大鳥圭介・土方歳三等の旧幕府軍の残党勢力、約2,500人を収容、10月12日に蝦夷地（北海道）へと向かった。このとき、仙台藩の精鋭である洋式部隊・額兵隊も、榎本艦隊に収容された。松前藩（北海道）は奥羽越列藩同盟側に属していたが、7月28日に尊王を掲げた正議隊による政変が発生し、以後は新政府側に帰順していた。10月26日榎本は箱館五稜郭などの拠点を占領し、12月5日に北海道地域に事実上の権力を成立させた（通称、榎本政権または蝦夷共和国）。