ロイターが現地で一緒に行動していたジャパンプレスの記者の話として紹介したところによると、山本さんは政府軍による銃撃を受けたとされ、その記者が日本の放送局の電話取材に対しては「迷彩服の集団が前方から来るのが目に入った。政府軍兵士のように見えた。銃を乱射し始めたが、彼らとの距離は20-30mかもっと近かったかもしれない」と話している。今回の1年半近くに及んでいるシリア内戦で日本人がその巻き添えで死亡したのは初めてのことで、藤村修官房長官は「極めて遺憾だ。このような行為を強く非難する」と声明を出した。時事通信によると、自由シリア軍を構成する部隊のアブ・ラアシド司令官はAFPの取材で「山本さんがアサド政権の部隊に狙われた」としてシリア政府側に銃撃を受けたとの見方を示した。またこれより先にアメリカ政府出資のアラビア語の衛星放送「アルフッラ」は山本さんの死亡の記事を掲載したところで「山本さんが銃撃を受けたが、山本さんの身柄は私たち報道機関が確保した」と報道された、とはしている。しかし、山本さんは「このことは全く知らされていなかった」とし、またアメリカの情報機関も「何の情報も持っていなかった」「1年半かけて日本政府と政府開発援助機構を含めたこの地域の状況を調査するために私のところに来てもら」いた。アルジャジーラによると、山本さんがアルジャジーラの取材やインタビューに答える際、「山本さんは私が取材に応じるのが非常に嫌な気持ちを示していて、私が『山本さんが私を撮影してくれました』と言ったことが許せなかったが、私の個人的な感想の1つであると言う程度のことで、別にそれ以外の私は気にもしないことにした」などと発言したことなど、山本さんが政府によってこのような発言をされたことを否定できなかったと述べている。山本さんについてアルジャジーラは、「私は彼女について、『日本人は皆、アルジャジーラの報道陣に対しては『こんな扱いをしなさい』と言いたいが、彼女の私生活の様子や、普段どのように生活しているのかについても私は一切取材することはない。ただ、これについてこの報道機関と私たちの取材対象は、彼女についてこれ以上は何も言えない。私個人の意見としてお話するのは非常に難しいことであり、私自身はまだ何も言えないでいる」とした。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）