カニングはいつ外務政務次官に就任したか。
カニングは自領がほとんどなかったため、収入を得るべく小ピットに官職を求めた。できればアイルランド担当大臣をという要望だったが、折衝の末、1796年1月に外務政務次官に就任、同年の総選挙でウェンドヴァー選挙区に鞍替えして再選した。同年には年収700ポンドの閑職に任命され、以降死去まで務めた。小ピット首相の意を汲んでフランスとの講和交渉を目指したが、1797年9月に対英強硬派のジャコバン派がクーデターによりフランスの政権を掌握したことで交渉はとん挫した。外務政務次官として外務大臣の初代グレンヴィル男爵ウィリアム・グレンヴィルとともに働くことが多かったが、グレンヴィル男爵がホイッグ党員だったためカニングに嫌われ、カニングは1799年からはインド問題担当のコミッショナーの1人に転じる。1800年から1801年にかけては陸軍支払長官を務めた。1800年に10万ポンドの財産を有するジョーン・スコットと結婚したことで経済的にゆとりができた。

小ピットは、アイルランドとの国家統合にあたってカトリック解放を支持していたが、それが原因で1801年1月に閣内分裂を起こし、また国王ジョージ3世とも対立を深め、2月に総辞職を余儀なくされた。カニングも小ピットに従って下野した。その後、カニングはカトリック解放と戦争継続を支持し、庶民院において小ピットの後任の首相ヘンリー・アディントン内閣に対して激しい批判を行うようになった。小ピットははじめカニングを抑えようとしたが、結局失敗に終わり、カニングは以降死去するまでアディントン派に憎悪を向けられるようになった。