ニホンジカの個体が増加した原因は?
なお、1990年代後半から2000年代初頭の「みどりの日」には、毎日新聞で「芦生の森を世界遺産に」というキャンペーン記事が掲載されたこともあった。
ところが、入林者の増加は下草の踏み荒らしやごみの放置、あるいはトイレの問題や水質汚染などといったオーバーユースの問題を招くこととなった。
このような問題については、1998年に美山町自然文化村などとの間で研究林利用に関する覚書が交わされ、ガイド・車などの数に制限が設けられ、徐々に対策が取られている。
一方で、被害に拍車をかけるように近年の暖冬傾向によってニホンジカの個体が増加、春から夏にかけて木々の若芽や下草を食べつくすという食害がひどくなっていった。
オーバーユースや食害といった問題は、かつての大規模伐採とは異なった形で研究林(演習林)の荒廃を招くことから、大学側にとっても大きな問題である。
なお、2000年前後には長治谷作業所が老朽化によって解体されている。