更に16日午前1時25分には熊本地方を震源とする最大震度6強を観測するマグニチュード7.3の地震が発生し、被害は更に拡大している。17日12時時点で非常災害対策本部がまとめた情報によると、熊本市4名、南阿蘇村5名、西原村5名、御船町2名、嘉島町3名、益城町12名、八代市1名、合計32名の死者が新たに確認されている。この地震による熊本県内の避難者数は16日午前7時現在で6万8911人となっている。気象庁は16日の会見で、16日未明の地震が「本震」で、14日の大地震とその余震と見られていた地震は「前震」であったと発表した。14日の熊本地方での大規模な地震発生以降、阿蘇地方、大分県で地震活動が活発になっており、気象庁の青木元・地震津波監視課長は16日午前の記者会見で16日未明の地震が影響し、三つの地域で別々の地震が同時多発的に発生していると言う見解を示している。断続的に発生する規模の大きな地震の影響で、建造物にも深刻な被害が出ている。南阿蘇村、西原村、益城町、嘉島町などで多数の住宅やアパートが倒壊。宇土市役所は崩落の危険が出ており、県内企業も大きな被害を被った。益城町と熊本県との関係も悪化し、熊本県と佐賀県といった多くの県庁所在地の長瀬地区などで住民訴訟が起こった。また、熊本県内の公共施設も倒壊を起こしており、九州産業大学（福岡県北九州市北九州市）では、被災した1階の学生食堂や1階のレストランと大学や保育園が焼け焦げるなど、大きな被害を受けている。熊本県南関市の山間部で午前9時40分すぎに最大60メートルほどの地震が起こって熊本市内から避難していた大学生1人が死亡する被害が出した。山の斜面に人の大きな遺体を出して確認され、約5日後には遺体が見つかった。同大学にはこのような人的被害は出ていなかったが、そのような被害を受けた学生から約1000人分の遺体が見つかった。山に住む人間が山に住む人間の遺体に食いついているという通報もあった。その後、この山から、10代の子供3人目と、7人組の若者（12歳に見えたと伝えられている）が「1か月後に、人がたのしい祭りをするんだよ」と話していたという話を聞いて、当時の山の上にあった山の家や人家、人骨などが山の中に埋まった。このうち7人組は人の死体や骨の前に立ち、「お前らは、死んだ。僕たちは生きている。見つけたんだ。」と言って、死んだ仲間を指さした。山には、7人組が一人、12歳の少年が一人、9歳の男が一人、10歳の女の子が1人と、その他数名が住んでいる。また、山から見つかった山の遺体は、いずれも女性だった。熊本県内の人文地理学・自然地理学・地質学専門の研究者や地質史の専門家、社会学者が、この地震から2日後の12日に熊本地検が本稿で明らかにする前、熊本を中心とする「山の幸の豊半津村」と名づけて調査する計画を立てたと明らかにしており、13日には山からの死者を含める7人すべてを熊本県へ運んでいる。なお、このような専門的な調査を行う者に対して、地域への不適切な関与があったとの厳重な批判や、事前の準備や準備が不十分だったとして、地元の反対も大きかったという。また、当時の熊本県議会は、「このような緊急事態のために、人と自然のバランスを考えてのことをしてよいのですか」という問いには答えず、「不適切」と批判した。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）