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Passage 1: これまでのアトリエシリーズでは、主人公が次作で成長した様子が描かれては居るものの、それに繋がる後日談は作られていなかった。しかし本作では、2016年9月16日、無料のDLCとして「後日談エピソード」が配信された。本編終了後は消息不明になるメクレット、アトミナとの再会や、旅立つ経緯などが描かれる。 
Passage 2: 錬金術によるアイテム作成を主題としたアトリエシリーズの17作目（外伝的作品を除く）。アトリエシリーズは数作ごとに舞台が変わるが、『ソフィーのアトリエ』は黄昏シリーズに替わる不思議シリーズの第1作となり、ゲームシステムも一新されている。本作では「プラフタ」の失われた記憶を錬金術で再生させることが目的となっており、ゲームジャンルは「錬金術再生RPG」とされている。 
Passage 3: 師匠アストリッドが考案した脚本は、 かつてアストリッドが子供の頃のロロナに何度も聞かせていた、聞くたびに結末が変化する不思議な物語『〈偉大な錬金術士〉のアトリエ』（マリーのアトリエ）を原作とした翻案作品。最終的には錬金術を極めて「賢者の石」を作り上げたとも、竜や魔王を退治して冒険者として活躍したとも、課題を達成できずに教師に激怒されるバッドエンドを迎えたとも言われる、落ちこぼれの錬金術士の少女の成長物語である。ロロナはその錬金術士の少女（マリー）役を、ステルクは意地悪な優等生（クライス）役、クーデリアは健気な親友（シア）役、イクセルは頼れる戦士（ルーウェン）役、リオネラは南国の女剣士（ミュー）役、タントリスは盗賊の首領（シュワルベ）役、ティファナは女教師（イングリド）役、エスティは販売員（アウラ）役、ハゲルは武器屋の親父役、その他ホム男、ホム女、コオル、ホロホロ、アラーニャらは妖精さん役、パメラはナレーション……といった配役が決まり、劇の準備と練習が始められる。