中国新聞によると、日本プロ野球組織根来泰周コミッショナー代行は、3月28日、アマチュア選手に対する裏金事件の温床とされてきたドラフト会議の希望入団制度の廃止を当初の2008年ではなく2007年から繰り上げることを発表した。当初3月21日に行われた12球団代表会議で、2008年開催のドラフトから希望入団制度を廃止することを一旦決めていたが、アマチュア野球の各団体から反発を受けたために急遽2007年からに前倒して廃止することになった。根来コミッショナー代行は日本プロ野球参加12球団から「希望枠を使わない」という意向を示したことを明らかにした上で、2007年のドラフトに限り大学・社会人選手についても高校生と同じように1巡目指名に関しては重複があった場合抽選を行うなどの仲裁案を提案し、受け入れられた。日刊スポーツによると、2巡目からはウェーバーで行うとしている。正式には4月2日の実行委員会で決定される。また2007年のドラフトも特例として高校生の部と社会人・学生の部の2分割で行うとしている。時事通信によると、この決定を受けて選手会の会長である宮本慎也・ヤクルトスワローズ選手は「まず希望枠の廃止という第1の目標は達成できた」と評価をしつつ、「フリーエージェントの期間短縮などの問題を話しあいたい。しかし、ドラフトの分離開催はアマチュアが一本化を望んでいるにもかかわらずなされていないのは中途半端」と不快を示している。
日本プロ野球ドラフト希望枠廃止を2007年からに繰り上げ