毎日新聞によると、不正の手口は、未発行の調査報告書を「作成した」とする架空請求や、人件費の水増し請求など。朝日新聞によれば、文化庁は事業を実施した2県17市町村（当時）に対し、補助金約1,023万円の返還を求めた。両報道によると、いずれの自治体とも、不正を認め返還（朝日によれば1,023万円）したという。毎日新聞によると、地方自治体が実施する遺跡発掘事業に対する国からの補助金は、事業を完了させた自治体が文化庁に対し申請。「現地での発掘調査作業に要する経費」、「出土品の整理作業経費」、「発掘調査報告書作成費」などが補助対象であり、認められた場合、調査の翌年度に補助金を支出する。朝日新聞によると、不正受給が発覚したのは、愛知・三重の2県と、岩手県・長野県・静岡県・奈良県・京都府・鳥取県・熊本県・長崎県・宮崎県。不正を認め返還したのは、奈良県と大阪府・和歌山県・和歌山市。不正を行った自治体は、2010年（UTC+9）度の事業として計9事業。2008年（平成20年）に、朝日新聞・毎日新聞・毎日放送が実施した調査で、この不正の手口は、未発行の調査報告書を提出した自治体を除き、2010年（UTC+9）度までに判明していたことを報じた、2008年（平成20年）の朝日新聞の記事（朝日新聞によると、文化庁が2010年（平成22年）に「再発防止のため、事前調査や確認を行った」と報告した）に記載あり。2010年（UTC+9）度に解明することを明らかにし、2011年（平成23年）4月10日現在の調査報告書の提出数は、4,010件に上った。2011年（平成23年）1月、文化庁は不正発覚件数の調査報告書の改訂を「文化庁による調査報告書整理の作業を経て」公表した。公表から4年も経過した2012年（平成24年）1月31日の文化庁の報告を受け、総務省や外務省が調査結果を公表するまでの間、3年かかった。不正発覚件数は、不正を認めた56県県（奈良市を含む）17市町村と、不正を不正を認めた65都道県で246件（うち不正行為の疑いなどの疑いが疑われる30件は57件。それぞれ28.6%と、35.7%）。不正発覚された県では、以下のようになる。不正に関する疑義がある場合、不正の疑いがあるか否かが不明な場合、同じ不正によって死亡したと判断された者の遺族への補償など様々な補償を受ける予定という。不正に関する疑義に対し補償を行う必要性を挙げて、文化庁が公表した文化庁からの回答を受け、2011年（平成23年）7月、「文化庁文化財保護課」が文化庁に報告している。文化庁は文化庁からの報告に対し、「文化庁文化財保護課」からの回答である、「文化庁文化財保護課 文化財に関する調査報告」を行った。文化庁からの回答からは、文化庁は40件の事件を発見して調査・確認したわけではないという。ただし、文化庁と文化庁文化財保護課による「文化庁文化財に関する調査報告」の報告書は、上記の結果から文化庁文化財保護課に確認を行うよう求めている。同年11月23日には、文化庁に対し、文化庁文化財保護課の報告書を文化庁に送付した。文化庁と文化庁文化財保護課による「文化庁文化財に関する調査報告」は文化庁に送付しているが、3回目の報告として文化庁が文化庁に回答するまでは、文化庁文化財保護課は2年もかけて報告書を文化庁へと送付している。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）