アンボイナ事件とは、誰がイギリスを個人的に毛嫌っており、オランダ政府からの命令に逆らうまでして起こした事件であるか?
とはいえ、1623年のアンボイナ事件をはさんだ時期において、平戸の商館を閉鎖するなど、アンボイナ事件以前より、イギリスは東アジア・東南アジアにおける活動を縮小しており、イギリス東インド会社の主な活動拠点は、インド亜大陸とイラン(サファヴィー朝)へ移っていった。今日、アンボイナ事件の歴史的意義を見直す動きもあり、アンボイナ事件を契機に東南アジアにおける活動の撤退をしたとされる学説を否定する主張もある。それによると、あくまで、アンボイナ事件の意義とは、イギリス、オランダ両国において、封印されるべき記憶として刻印されたものの、事件の原因は当時のオランダ東インド会社総督ヤン・ピーテルスゾーン・クーン(en:JanPieterszoonCoen)が個人的にイングランド人を毛嫌いにしており、本国政府の意向を無視したからに他ならないとの事である。