1196年に塔と金堂が焼失された原因は何でしたか?
11世紀ごろになると衰運に見舞われる。
『上宮太子拾遺記』には保元3年(1158年)の記として飢饉に窮して百済伝来の弥勒菩薩石像を多武峰山妙楽寺(現在の談山神社)に売り払ったと記録されている。
また、建久7年(1196年)には雷火で塔と金堂を焼失した。
以後寺勢は衰えて室町時代以降は廃寺同然となってしまった。
法隆寺僧・訓海の『太子伝玉林抄』によれば、文安4年(1447年)の時点で飛鳥寺の本尊は露坐であったことが分かっている。