毎日新聞によると、日本のプロ野球ドラフト会議が10月29日（UTC+9）に東京都のグランドプリンスホテル新高輪で開催され、今回のドラフトで最も注目された花巻東高校の菊池雄星（きくち・ゆうせい）投手には埼玉西武・阪神・東京ヤクルト・東北楽天・中日・北海道日本ハムの6チームから1位指名があり、抽選の結果埼玉西武に交渉権が渡った。ドラフトの1位（1巡目）指名で6チームが菊池を指名したのはドラフト史上3番目の多さになる。菊池はアメリカ大リーグへの参戦も視野に進路が注目されていたが、10月25日に日本のプロ野球に挑戦することを表明していた。菊池は「やっとスタートラインに立てた。埼玉西武にはすばらしい投手がたくさんいるので、学びたい。語り継がれる投手になりたい」と会見で抱負を話した。サンケイスポーツによると、今回のドラフトにおいて1位指名の競合・重複はこの菊池だけ。他は「はずれ1位」を含めた重複指名は全くなかった。北海道日本ハムの梨田昌孝監督は「菊池と他の選手との差がありすぎた」と振り返っているほど、有力選手が少ない不作の表れと伝えていた。朝日新聞によると、ホンダ（社会人チーム）の長野久義（ちょうの・ひさよし）外野手は巨人軍が1位指名した。長野は2006年、日本大学在学時に北海道日本ハム（4巡目）、ホンダに入社後の2008年に千葉ロッテ（2巡目）がそれぞれ指名したが、「巨人は子供の頃からの憧れだった」として入団を拒否していた。2009年2月の段階で早くも巨人が1位指名を確約。そしてこの年の社会人都市対抗大会で自らの首位打者でホンダの優勝に花を沿え、3度目の正直で念願の巨人からの交渉権獲得となった。指名後、巨人の原辰徳監督が長野の下を訪れ、用意した背番号7番のユニフォームを長野にプレゼントした。読売新聞によると、長野は会見で「憧れの巨人に指名を受けて本当に光栄です。走塁・守備でもPRして開幕から試合に出たい」と話した。また原監督も長野に「ともに戦おう」と激励。「ライバルがいるのでハードルは高いが、レギュラーを取るつもりで先頭に立ってチームを引っ張れる選手になってほしい」と期待を寄せている。毎日新聞によると、今回のドラフトは史上初めてファン1000人を無料招待する「公開ドラフト」で開催されたが、いきなり最初から4チームが菊池の指名を避けた際には「予想外」とするどよめきが起きたが、上述6チームの指名競合後に行われた抽選で埼玉西武・渡辺久信監督が菊池の交渉権獲得をした瞬間、会場から大拍手があった。サンケイスポーツによれば、各チームが第1位 (1巡目) に指名した選手は次の通り。
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