ベンガルヤマネコの他亜種と分化した時期はいつだと推定されていますか?
遺伝子解析による分子系統学の研究からは、独立種ではなくベンガルヤマネコの亜種とされている。
核型や核内のリボソームRNAの制限酵素断片長、ミトコンドリアDNA内の12SリボソームRNAおよびチトクロムbの分子系統学的解析はベンガルヤマネコと一致あるいはほぼ一致し、非常に近縁(ネコ科他種における種内変異あるいは個体変異の範疇)と推定されている。
チトクロムbの塩基置換速度および多様度からベンガルヤマネコの他亜種とは18-20万年前に分化したと推定され、海洋地質学でも2万-24万年前には琉球諸島および大陸間に断続的な陸橋があったと推定されていることからこの時期に侵入したと推定されている。
本亜種内の遺伝的多様性は乏しいと推定されている。
さらにベンガルヤマネコ全体の遺伝的多様性を評価し12亜種を4亜種に整理するべきとする提案が2017年になされ、そこではイリオモテヤマネコはツシマヤマネコと同じP.bengalensiseuptilurusにまとめられている。
これに基づき、レッドリストの作成にあたる国際自然保護連合種保存委員会(IUCNSSC)の専門家委員会は、イリオモテヤマネコを暫定的にP.b.euptilurusのシノニムとしている。