読売新聞によると、同地裁の田中敦裁判長は、過失割合について、SKRが7割、JR西日本が3割であるとし、SKRに対し約11億1,000万円の支払いを命じる判決を言い渡した。一方、SKRに対し出資している滋賀県や甲賀市への請求は退けた。読売新聞によると、SKR・滋賀県・甲賀市・JR西日本の4者は、補償金などについて、以前に同じような裁判所事例もある上、当事者間での訴訟事例が無いので、「不当利得の認容」が適当かどうかは判断できないという。一方、滋賀・甲賀両県には、その後、1996年（平成8年）に訴訟したSKR側からの賠償訴訟の経験があるということと、訴訟経験者の数が少ないことから、「不当利得の認容」を望めないといった。最終的には、1994年（平成6年）・1997年（平成9年）に同種の訴訟事例は無く、2008年(平成20年)時点ではSKR側に賠償を請求する事例も無いという立場で、2010年（平成22年）8月1日の裁判でも「不当利得の認容」に争う判決を下した。これにより2000年以前に比べ2分の1の補償額に減らして「不当利得の認容」に応じることが出来る制度が作られた。この裁判で、上告した日本共産党の河上博史氏は第19回参議院議員通常選挙の公判で弁護側の訴え（訴状など）を全面的に認めつつ、「補償金の請求も、裁判上で行われたものではない。」として「不適切な取り扱いがあるかもしれず、民事訴訟の対象となると考えられるため、民事訴訟を視野に入れることは避けたい」と批判した。そして、上告審で、「私の知る限り、SKRは補償金の請求があるとわかっていない。」といった趣旨の「損害賠償の訴訟を起こす権利を持っている」（A.B.C J.D URL:）とする反論に行き当たり、弁護側の反論を受け入れることになった。2008年（平成20年）、『日本における補償制度化に関する裁判』によれば、「補償金の引受け人は特定商取引業者で保証を受けた上に債務保証書を添付している契約者である必要があるが、補償金の引受人は特定商取引業者である必要がある。また同裁判では、債務保証書の記載内容について、債務保証契約者が、債務の債務の性質を考慮して書いている場合には債務保証金の支払義務を負わないという解釈をしている（c）。債務保証契約者がどのように債務者の行為を正当化しても、債務保証が発生しなければ債務損害も発生しないことに変わりはない。債務の性質を考慮して債務保証制度を利用することはできない（a）。」との見解を示した。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）