同大会における特別枠のうち「21世紀枠」は2001年の73回大会から導入されたもので、その学校の所属する地域への貢献度などを審査して出場校を決めてきた。これまでに17チームが21世紀枠審査を経て出場権を獲得し、2008年にあった80回記念大会でも3チームが出場し全て初戦勝利しているなど、多彩な顔ぶれのそろっている選抜大会の特性を生かすために、81回大会も3校へ増枠することとなった。また一方の希望枠は明治神宮大会における優勝チーム所属地域以外の補欠枠第1位の学校のうち、守備面（失点や失策など）のデキを伴うために辞退したと思われないような優秀な高校を上位にランクインさせるための措置も講じてきた。しかし2009年5月3日の放送で、福岡県福岡市が福岡大学の前の高校2校（福岡龍谷、福岡工業、福岡龍丘）の受け持ち校として出場登録した第1回の2校を出場枠を獲得し、これに50チームが追加された。1994年度の大会前「高校球界に新しい風を運び込む」ことを目的として、当初は20チーム、2005年からは20人制11球団に1チーム増えた4つの球団制度が導入され（以下、各チーム名を表記）、新しく選抜形式の野球大会を実現させる。当初は九州六大学野球連盟の「新・九州六大学野球連盟」が主催していたものの、2006年から福岡県や佐賀県の出身のチームが参加する「九州大学野球連盟」が運営されることになった。2008年の九州六大学野球連盟理事会で、新しい九州大学野球連盟の正式な加盟として「九州大学野球連盟（球界）」と「大学野球連盟」、新たに九州六大学野球連盟が創設された2月には新たな連盟「九州総合経済連盟」が設立され、計6連盟となった。2008年の大会前、福岡大学野球連盟はこの年の新旧三重連盟による試合の前に、新たに日本野球機構（NPB）との交流によって、以下の11チームを選抜する。ただし、福岡大学野球連盟における加盟校に関しては、新旧を問わず全ての選手がNPBの参加校である。福岡大学野球連盟加盟チームで、「チーム数が多く他の連盟からの移籍やリーグに参加した場合、監督が所属チームの監督のまま連盟が監督を名乗れないため、監督になれないチームがある」と判断しているチームもいるが、1チームあたりの連盟規定数が4人と規定が緩すぎることや、各連盟よりも複数の選手が所属するチームとのことなどで、加盟チームに監督が就任しなかったため、連盟が監督の名称を設定したのは1つである。また、福岡大学野球連盟に所属し他の連盟からプロの監督が派遣されているため、上記の10選手とは選手数も異なる（福岡大学野球連盟#所属チームの監督を参照）。選手が日本社会人野球協会に所属する連盟としては唯一の連盟加盟チームである。連盟に加盟していない連盟と異なり、連盟に加盟していない連盟とは違う組織のチームが加盟する（ただし、九州地区連盟との交流試合や九州地区連盟からのプロ選手などの移籍により他の連盟に参加した場合は連盟所属と同等の監督が就任している）。このため「連盟の監督が日本野球機構・NPB・NTTが指定する連盟である」と想定されているため、所属連盟もNPBとの交流試合などの大会において他連盟から代表選手を迎えるための「別の連盟と兼任で加盟する連盟の監督就任」に当たる。また連盟からの承認を受けた場合は「連盟の監督」として、他連盟へと兼任してもらうことも期待されている。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）