これに関してはパ・リーグ側がその制度の採用する方針、またセ・リーグ側はそれを採用しない方針で意見が分かれていたが、「新システムを行うに当たって両リーグ歩調をあわせるべきだ」（パ・リーグ理事長の北海道日本ハム・小島武士オーナー代行）という理由からリーグ優勝チームへのアドバンテージは取らないことになった。また、朝日新聞によると来年のクライマックスシリーズに先立ち2008年に実施した「チャンピオンカップ」（「クライマックスシリーズ」のサブプログラム）の上位2チームには同シリーズの出場資格を与え、その年の最有力チームの試合を観戦することを認めた。そのため、リーグ戦は21世紀のプロ野球チャンピオン・スポーツとしてプロ野球オールスター戦やリーグ対抗戦の試合も観戦することが出来る。しかし、パ・リーグは翌年以降も日本リーグの参加基準を満たすチームは認めていないとして、「過去にはこのルールを適用していなかったので、今後のルールを検討する必要がある」とコメントした。第18回シーズン（2007年）の優勝チームには、2010年のクライマックスシリーズの優勝チームに次いで第18位の扱いのために、日本テレビが2007年のプロ野球選手権優勝チームに次いで第1位であり、読売ジャイアンツの4000安打を達成した日本ハムの996打点も同じく同年のパ・リーグ優勝チームに及ばなかった。これはリーグ戦を「8割程度で終える」としての日本プロ野球の低迷に対する不満を示していた。また翌2008年には日本野球機構加盟の野球独立リーグチームとしては1951年に野球独立リーグ球団を設立するまでに大きくなったことも背景にあった。
部分的にフェイク（記事の後半をAIモデルが生成した）