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user: 3. 流行病学 3.1. δ冠状病毒的起源与进化 2006年，Dong等人 [ 24 ] 在对中国南方的严重急性呼吸道综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus， SARS-CoV)进行血清学监测时，从活动物市场的野生亚洲豹猫和中国白鼬獾粪便中检出两种新型冠状病毒，基因组测序和进化树分析结果表明这两个病毒在遗传学上相近但与其他冠状病毒氨基酸同源性较低，且独立于其他冠状病毒属的系统发生。后来这两株病毒被列为δ冠状病毒属成员。2009年Woo等 [ 17 ] 从鸟群中检出三种禽源新型冠状病毒，包括夜莺冠状病毒(BuCoV HKU11)、画眉冠状病毒(ThCoV HKU12)以及文鸟冠状病毒(MunCoV HKU13)，最初是将这三种病毒列为γ冠状病毒属下的一个新型冠状病毒亚组，随后这三种禽源冠状病毒被改列为δ冠状病毒属成员。2012年，Woo等 [ 13 ] 又从死亡鸟类、鸡、哺乳动物采集的7140个样本中检测到50多个冠状病毒阳性样本，其中七种为新型δ冠状病毒，包括1种猪δ冠状病毒(PDCoV，HKU15)和6种禽源δ冠状病毒(HKU16， HKU17， HKU18， HKU19， HKU20， HKU21)。该研究首次证明了PDCoV存在于2007~2011年采集自中国大陆和香港的猪粪便中，检测率为10.1%，并且首次发表了PDCoV毒株HKU15-44和HKU15-155的全基因组序列，它们的Hel基因、S基因和N基因与亚洲豹猫、中国白鼬獾来源的冠状病毒核苷酸同源性高达99.8%，提示存在δ冠状病毒在这些小型哺乳动物和猪之间传播的可能性。 冠状病毒广泛的宿主性以及自身基因组的结构特征使其在进化过程中极易发生基因重组或缺失突变，从而引起病毒的组织嗜性、传播途径、宿主特异性等的改变，呈现遗传多样性 [ 4 ] 。最初发现的亚洲豹猫、中国白鼬獾δ冠状病毒RdRp结构域和S基因核苷酸同源性为100%，当时的检测样本是同时采集自同一个市场，说明这两种动物是短时间内从其他未知感染源感染了δ冠状病毒 [ 24 ] 。同时，PDCoV HKU15与麻雀冠状病毒(SpCoV HKU17)的核苷酸同源性较高，这也意味着δ冠状病毒从禽类到猪的种间传递发生时间可能较近 [ 13 ] 。HKU17 3'端的非结构蛋白基因NS7a和NS7b缺失可能发生在病毒从禽类到猪的跨种传播过程中，这与SARS-CoV从麝猫传播到人类的过程中ORF8缺失了29 nt的过程非常类似 [ 13 ] ，因此不排除该病毒后期继续向其他物种传播的可能性。Woo等人 [ 13 ] 提出的冠状病毒进化模型主张蝙蝠为α、β冠状病毒的最初基因源，而鸟类为γ、δ冠状病毒的最初基因源，因此δ冠状病毒有可能是由野生鸟类传给小型哺乳动物和/或家猪。 3.2. PDCoV的在各国的流行情况 目前报道PCDoV检出的国家有中国、美国、加拿大、韩国和泰国。2012年Woo等人 [ 13 ] 以全基因组测序的方法首次报道了PDCoV的存在，但没有分离到病毒，也没进行大规模的流行病学调查。2014年2月，美国俄亥俄州5个农场的猪同时出现腹泻，在排除其它猪腹泻病病原后，42份来自腹泻猪的粪便和小肠样本的RT-PCR检测结果显示39份(92.9%)为PDCoV阳性，此次流行相关的PDCoV HKU15-OH1987毒株和HKU15株核苷酸同源性为99% [ 5 ] 。同期，美国明尼芬达州立大学兽医诊断实验室和爱荷华州立大学兽医诊断实验室检测到PDCoV，测序结果显示美国株PDCoV与香港检测到的两株PDCoV (HUK15-44和HUK15-155)同源性高达99% [ 10 ] 。随后，PDCoV在美国快速散布开来，成为猪群中普遍存在的一个重要病原体。目前为止，美国至少在20个州的猪群中检出PDCoV [ 25 ] 。2014年3月加拿大安大略州6个农场出现PDCoV引起的传染性腹泻病 [ 26 ] 。2014年4月，韩国首次在腹泻小猪的粪便中检出PDCoV，相比香港毒株，韩国PDCoV毒株核苷酸同源性与美国毒株更接近 [ 27 ] 。Lee等人 [ 28 ] 采用RT-PCR检测方法对韩国2014年1月至2015年3月59个猪场的691份腹泻粪便样本进行检测，结果显示仅来自其中一个猪场的2份样本为PDCoV阳性。近年，国内的一些流行病学调查结果表明PDCoV在中国大陆的流行较为普遍，检测率高达30% [ 11 ] [ 29 ] [ 30 ] 。2015年7月，泰国一个养猪场的小猪和母猪出现急性腹泻，RT-PCR检测30份样品结果显示其中26份为PDCoV阳性 [ 31 ] 。 在对PDCoV流行病学调查时发现，该病毒与其它猪肠道病原共同感染的现象较为普遍。Marthaler等 [ 26 ] 检测了293份粪便、肠道、饲料及环境样本，发现PDCoV的检出率为30% (89/293)，其中与轮状病毒的共同感染率高达58% (52/89)。吴美洲等人 [ 32 ] 对我国三个省10个猪场的64份样品进行了检测，PDCoV的检测率为23.4%，比PEDV的检测率17.2%要高，同时PDCoV单独感染率为17.2%，与PEDV混合感染率为6.4%。Song等人 [ 11 ] 对我国江西省的调查，PDCoV检测率为33.1%，同PEDV共同感染率为19.66%。 3.3. PDCoV的存在早于首次检出时间 在自然条件下，因PDCoV与其它猪肠道病病原共同感染的情况较为普遍，且病症较为相似，使人们忽视了PDCoV的存在，关于PDCoV确切的起源时间无从考证。自从PDCoV被认为是猪群中的一种重要的肠道病病原以来，许多学者进行了回顾性研究。Sinha等 [ 33 ] 采用qRT-PCR对来自18个州的1734份样本的检测结果证明至少在2013年8月就已经存在PDCoV。Thachil等 [ 34 ] 采用PDCoV特异性IgG间接ELISA方法，从2010年的血清样品中检出阳性样本。国内Dong等 [ 12 ] 在2004年存档的安徽样本中检出PDCoV CHN-AH-2004。上述结果说明PDCoV早于首次发现时就已存在猪群中。 3.4. 影响PDCoV感染病症严重程度的因素 临床上，PDCoV可感染各个年龄段的猪，但主要引起新生猪的腹泻。在实验室条件下，人工感染5-19日龄的无菌猪或普通猪，感染后1~2天出现明显的临床症状，主要表现为粥样腹泻，和/或呕吐，症状持续7~12日后恢复 [ 35 ] 。Dong等人 [ 36 ] 比较了PDCoV细胞适应株CHN-HN-2014对5日龄和21日龄猪的致病性，临床观察结果显示5日龄猪更易感。实验室条件下，母猪临床发病情况较哺乳仔猪轻，且恢复更快。在 [ 37 ] 实验中，2日龄仔猪感染PDCoV后的存活率低于3日龄仔猪，提示PDCoV感染后，病症的严重程度、死亡率与猪龄负相关。该现象的机制可能与不同猪龄肠细胞更新周期不同有关，1日龄小猪肠绒毛上皮细胞更新周期约7~10天，感染PDCoV引起猪腹泻的时间大约是一个细胞周期，而肠细胞更新周期随着猪龄增大而缩短，因此PDCoV引起疾病的严重程度与猪龄相关。但2015年在泰国猪场暴发的PDCoV，主要感染母猪，说明该病毒致病性不局限于小猪 [ 31 ] 。相同感染剂量条件下 [ 4 ] ，PDCoV Ohio MI株引起普通小猪腹泻比无菌猪更严重，在普通猪组，感染病毒1天开始出现严重急性腹泻，而无菌猪组与感染2天后出现临床症状。普通猪组与无菌猪组比较，粪便病毒RNA检出并不因腹泻更为严重而明显增加，说明普通猪肠道菌群或其他生理因素可能与PDCoV发生协同作用，从而影响病程。