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user: 3. 结果与分析 按照相似性大于99%作为同一个种的原则 [ 16 ]，从底播虾夷扇贝肠道中分离得到90株细菌鉴定为37个种(表1)。发育树(图1)显示37个具有代表性的分离株进化关系密切。所有可培养细菌属于4门：变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门；5纲：α-变形菌纲、γ-变形菌纲、芽孢杆菌纲、黄杆菌纲和放线菌纲；12目：弧菌目、交替单胞菌目、柄杆菌目、假单胞菌目、气单胞菌目、红杆菌目、海洋螺菌目、肠杆菌目、芽孢杆菌目、乳杆菌目、黄杆菌目、微球菌目；16科：弧菌科、希瓦氏菌科、科迪单胞菌科、假交替单胞菌科、假单胞菌科、交替单胞菌科、气单胞菌科、红杆菌科、噬琼胶菌科、莫拉氏菌科、海 Table 1 Representative 16S rDNA sequences of cultured microbiota isolated from the intestine of Yesso scallo Phylogenetic group Isolate code Closest strain Identity (%) No. of strains Jan. Apr. Jul. Proteobacteria Vibrionaceae T1 Vibrio toranzoniae Vb 10.8 (T) ; HE978310 98.5 1 T2 Vibrio atlanticus Vb 11.11 (T) ; EF599163 99.2 1 2 2 T3 Vibrio pomeroyi LMG 20537 (T) ; AJ491290 99.9 1 T4 Vibrio cyclitrophicus P-2P44 (T) ; X74710 99.2 1 T5 Vibrio mediterranei CIP 103203 (T) ; U57919 99.3 1 1 1 T6 Vibrio tasmaniensis LMG 21574 (T) ; AJ514912 99.6 1 T7 Vibrio scophthalmi LMG 19158 (T) ; AFWE01000105 99.1 2 2 T8 Vibrio crassostreae CAIM 1405 (T) ; EF094887 99.5 2 T9 Vibrio owensii DY05 (T) ; GU018180 99.4 1 2 T10 Vibrio artabrorum Vb 11.8 (T) ; EF599164 99.2 2 T11 Vibrio gigantis CAIM 25 (T) ; EF094888 99.1 1 T12 Vibrio tapetis CECT 4600 (T) ;Y08430 99.7 2 T13 Aliivibrio fischeri ATCC 7744 (T) ; X74702 98.2 1 Shewanellaceae T14 Shewanella aquimarina SW-120 (T) ; AY485225 98.6 3 T15 Shewanella japonica KMM 3299 (T) ; AF145921 99.7 2 1 Kordiimonadaceae T16 Kordiimonas aquimaris MEBiC06554 (T) ; GU289640 99.4 2 Pseudoalteromonadaceae T17 Pseudoalteromonas espejiana NCIMB 2127 (T) ; X82143 99.9 2 2 T18 Pseudoalteromonas shioyasakiensis SE3 (T) ; AB720724 99.0 1 1 Pseudomonadaceae T19 Pseudomonas marincola KMM 3042 (T) ; AB301071 99.5 2 2 Alteromonadaceae T20 Alteromonas simiduii BCRC 17572 (T) ; DQ836766 99.2 2 Aeromonadaceae T21 Aeromonas media ATCC 33907 (T) ; X74679 99.2 2 Rhodobacteraceae T22 Pelagicola litoralis CL-ES2 (T) ; EF192392 98.6 1 T23 Pelagicola litoralis CL-ES2 (T) ; EF192392 99.4 2 T24 Phaeobacter leonis 306 (T) ; HE661585 99.8 1 2 T25 Shimia isoporae SW6 (T) ; FJ976449 99.1 1 Agarivorans_f T26 Agarivorans gilvus WH0801 (T ); GQ200591 98.8 1 1 2 Moraxellaceae T27 Psychrobacter pulmonis CECT 5989 (T) ; AJ437696 99.9 1 1 Oceanospirillaceae T28 Marinomonas alcarazii IVIA-Po-14b (T) ; EU188442 99.4 2 2 Enterobacteriaceae T29 Kluyvera intermedia ATCC 33110 (T) ; AF310217 99.1 2 1 1 Firmicutes Bacillaceae T30 Bacillus methylotrophicus CBMB205 (T) ; EU194897 99.0 2 1 T31 Bacillus vietnamensis 15-1 (T) ; AB099708 99.7 1 1 T32 Bacillus firmus NCIMB 9366 (T) ; X60616 99.6 1 2 T33 Bacillus anthracis ATCC 14578 (T) ; AB190217 100 1 Enterococcaceae T34 Vagococcus fluvialis CCUG 32704 (T) ; Y18098 98.0 1 1 1 Bacteroidetes Flavobacteriaceae T35 T36 Myroides marinus JS-08 (T) ; GQ857652 Tenacibaculum gallaicum A37.1 (T) ; AM746477 99.0 99.2 1 2 2 1 Actinobacteria Micrococcaceae T37 Micrococcus aloeverae AE-6 (T) ; KF524364 99.0 2 表1. 肠道可培养细菌16S rDNA比对结果 图1. 底播虾夷扇贝肠道细菌系统发育树分析 洋螺菌科、肠杆菌科、芽孢杆菌科、黄杆菌科、肠球菌科、微球菌科；19属：弧菌属，Aliivibrio，希瓦氏菌属，科迪单胞菌，假交替单胞菌属，假单胞菌属，气单胞菌属，海洋居住菌属，黑杆菌属，沈氏菌属，噬琼胶菌属，噬冷杆菌属，海单胞菌属，克鲁维菌属，芽孢杆菌属，漫游球菌属，香味菌属，黄杆菌属和微球菌属。 从门水平看(图2)，变形菌门占比78.9%，占绝对优势，其中放线菌门只有在M7样品中出现。 图2. 虾夷扇贝肠道可培养细菌(门水平) 从属水平上看(图3)，弧菌属Vibrio (28/90)占31.1%，占绝对优势，其次为芽孢杆菌属 Bacillus (9/90)占比10%，希瓦氏菌属Shewanella和假交替单胞菌属Pseudoalteromonas (5/90)均占比5.56%，其余均属占比均低于5%。从底播后不同时间段看，1月份肠道微生物中弧菌占比(26.67%)低于4月份(36.67%)和7月份(30%)，而1月份肠道微生物中假交替单胞菌占比(10%)高于4月份(3.33%)和7月份(3.33%)。而Aliivibrio和气单胞菌Aeromonas仅在1月份虾夷扇贝肠道分离得到，沈氏菌属Shimia和微球菌属Micrococcus仅在7月份虾夷扇贝肠道分离得到。从多样性指数分析看，1月(4.24)和4月(4.28)的Shannon多样性指数高于7月(3.96)。1月、4月和7月的Pielou指数分别为0.97、0.97和0.95，说明三个采样日的物种分布较为均匀。Bray-Curtis和Sørensen相似性指数显示，7月份肠道微生物菌群与1月和4月份相似性较低(分别为0.27和0.23)。 图3. 不同时期虾夷扇贝底播虾夷扇贝肠道可培养细菌(属水平)