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user: 3. 结果与分析 首先，12个微卫星位点在6个群体中的遗传多样性结果如表3所示，结果显示BGR3012位点的期望杂合度(H E = 0.0128)、观测杂合度(H O = 0.0119)和多态信息含量(PIC = 0.0128)均是最低的，而TGLA73位点的期望杂合度(H E = 0.8650)、观测杂合度(H O = 0.8238)和多态信息含量(PIC = 0.7976)均是最高的。等位基因数从BGR3012位点的2个到SPS115位点的14个，12个位点在6个地方牦牛群体中的平均等位基因数为7.75。这个12个位点中有5个位点在这六个群体中均没有偏离哈代温伯格平衡，AGLA293位点的在5个群体中偏离哈代温伯格平衡(表3)。 就位点而言，在6个那曲地方牦牛群体的133个个体的12个微卫星中共发现了93个等位基因数，平均等位基因数为7.75，本研究选取的12个微卫星位点中，BGR3012和AGLA293两个位点为低度多态，BGR3020位点为中度多态，其余的9个位点为高度多态。说明各牦牛群体遗传多样性水平较高且存在着遗传差异，有足够的基因资源存在于牦牛群体内。与前人研究结果相似，如：罗辉等 [ 1 ] 发现15个微卫星位点在麦洼牦牛的平均等位基因数为9.2670；蔡欣等 [ 3 ] 研究表明麦洼牦牛中4个微卫星位点的平均等位基因数为7；钟金城等 [ 10 ] 研究表明4个牦牛品种中的9个微卫星的平均的等位基因数为6.8；曾玉峰 [ 4 ] 研究表明甘肃的6个地方牦牛群体的15个微卫星中的平均等位基因数为9.73；以上研究中的微卫星位点的PIC值都大于0.5，属于高度多态位点(表3)。 计算6个群体中的12个微卫星位点的遗传多样性数据结果如表4所示。在这六个群体中，期望杂合度的范围是0.5654 ± 0.0673 (J)到0.6256 ± 0.0669 (X)；观测杂合度在NO群体中最小为0.5189 ± 0.0323，在X群体中最大为0.6380 ± 0.0345；平均等位基因数的最小值为4.25 ± 2.01 (B)，最大值为5.17 ± 2.72 (NO)；六个群体的多态信息含量均大于0.5 (0.5004至0.5443)，均为中度多态；近交系数在J群体中最低为0.014，在NO群体中最高为0.127；B群体中只有1个位点偏离了哈代温伯格平衡，N和X群体中有2个位点偏离了哈代温伯格平衡，J、NO和S群体中有3个位点偏离了哈代温伯格平衡。 Table 3 Genetic diversity of 12 microsatellite loc Locus H E H O PIC N A HWE BGR3012 0.0128 0.0119 0.0128 2 2 BM2113 0.4537 0.3263 0.6885 3 2 SPS115 0.7702 0.7113 0.6655 14 0 ETH225 0.7017 0.6353 0.7289 8 0 TGLA73 0.8650 0.8238 0.7976 12 1 AGLA293 0.4741 0.4145 0.1984 10 5 BGR3020 0.4732 0.3676 0.4873 5 1 ILSTSO50 0.6852 0.6207 0.6836 9 0 TGLA53 0.7581 0.7037 0.7076 13 1 TGLA126 0.6988 0.6222 0.7202 5 0 BM1824 0.7071 0.6425 0.6624 8 0 ILSTS008 0.5599 0.4498 0.6252 7 2 表3. 12个微卫星位点的遗传多样性 Table 4 Expected heterozygosity (HE)， observed heterozygosity (HO)， mean allele number (NA)， polymorphic information content (PIC)， inbreeding coefficient (FIS)， and deviation from Hardy Weinberg equilibrium (HWE 群体 H E ± SD H O ± SD MN A PIC F IS HWE B 0.5828 ± 0.0782 0.6138 ± 0.0341 4.25 ± 2.01 0.5166 −0.055 1 J 0.5654 ± 0.0673 0.5574 ± 0.0297 4.75 ± 2.70 0.5004 0.014 3 N 0.6153 ± 0.0652 0.5783 ± 0.0321 4.33 ± 2.02 0.5408 0.061 2 NO 0.5924 ± 0.0747 0.5189 ± 0.0323 5.17 ± 2.72 0.5382 0.127 3 S 0.5984 ± 0.0644 0.5825 ± 0.0303 4.67 ± 2.71 0.5246 0.027 3 X 0.6256 ± 0.0669 0.6380 ± 0.0345 4.67 ± 2.15 0.5443 −0.042 2 表4. 期望杂合度(H E )、观察杂合度(H O )、平均等位基因数(N A )、多态信息含量(PIC)、近交系数(F IS )和偏离哈代温伯格平衡数(HWE) 就群体而言，只有B和X群体的期望杂合度小于观测杂合度，其他4个群体的期望杂合度均大于观测杂合度。这跟F IS 的结果相同，F IS 小于0表示杂合度过剩，因此期望杂合度小于观测杂合度。6个群体中那曲6个地区牦牛群体的期望杂合度范围以及观测杂合度范围都低于甘肃地区的6个牦牛群体的期望杂合度范围和观测杂合度范围。群体内的PIC值也要低于甘肃地区的牦牛群体 [ 4 ] 。 依据基因组SSR标记分别计算的那曲不同地区的牦牛群体间F ST 值(表5，图1(a))，群体系统进化树建树以及STRUCTURE群体结构。结果显示F ST 值的范围从0.00651到0.20663。群体间遗传分化指数共有5对表现为差异不显著(N和NO、N和S、N和X、NO和S、S和X)，B和J群体均与其他的群体表现出显著差异。六个牦牛群体的系统进化树结果如图所示，NO群体与其他5个群体的距离最远，B和J群体为一支，S、X和N三个群体为一支(图1(b))。STRUCTURE群体结构结果(图2)与系统进化树的结果相同，最佳K值为3，当K = 3时，B和J群体相似，S、X和N三个群体相似，NO群体最远。群体间遗传分化指数和系统进化树的结果表现出来些许不同的结果，这可能是由于两个软件的算法不同而导致的。 Table 5 Genetic differentiation index (FST) between group 品种 B J N NO S X B 0.00000 J 0.02612 * 0.00000 N 0.13496 * 0.06508 * 0.00000 NO 0.11828 * 0.0502 * 0.01994 0.00000 S 0.15106 * 0.08413 * −0.01016 0.01964 0.00000 X 0.20663 * 0.12188 * −0.00651 0.03735 * 0.00876 0.00000 表5. 群间遗传分化指数(F ST ) * 代表遗传分歧显著，即P < 0.05。 图1. 西藏六个牦牛系统发育及遗传分歧分析 图2. 西藏六个牦牛STRUCTURE群体遗传结构 S、X和N三个群体在三种算法的结果中都表现为同一类，建议这三个群体可以统一做育种计划。B和J两个群体在进化树和STRUCTER中都表现为同一类，但是这两个群体之间的F ST 值却表现为差异显著，建议将B、J和NO三个群体分别育种。