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user: 3. 结果 3.1. 龙血竭化学成分收集 通过文献查阅，并根据化学成分的结构分类和药理活性得到龙血竭中的主要特征性化学成分31个，具体化合物信息见表1。 3.2. 分子对接结果 以31个龙血竭活性成分作为配体，以RAGE蛋白为受体，将龙血竭活性成分空间结构分别与RAGE蛋白空间结构进行分子对接，根据其空间结构匹配程度对活性成分进行打分，选取结合能及构象较好的结果作为分子对接结果。最终，筛选出结合能小于−5.00 kcal/mol的化合物有7个，包括(25R)-diosgenin、dracaenogenins B、10-hydroxy-11-methoxydracaenone、7，4'-dihydroxyflavone、2'-methoxysocotrin-5'-ol、 Table 1 Chemical composition information table of Draconis Resin 序号 英文名 中文名 分子式 结构式 文献 1 loureirin A 龙血素A C 17 H 18 O 4 [ 10 ] [ 11 ] 2 loureirin B 龙血素B C 18 H 20 O 5 [ 10 ] [ 11 ] 3 loureirin C 龙血素C C 16 H 16 O 4 [ 10 ] [ 12 ] 4 loureirin D 龙血素D C 16 H 16 O 5 [ 10 ] [ 11 ] 5 2，4'-dihydroxy-4， 6-dimethoxydihydrochalcone 2，4'-二羟基-4， 6-二甲氧基二氢查耳酮 C 17 H 18 O 5 [ 4 ] 6 4，4'-dihydroxy-2， 6-dimethoxydihydrochalcone 4，4'-二羟基-2， 6-二甲氧基二氢查耳酮 C 17 H 18 O 5 [ 10 ] [ 12 ] 7 cambodianol C 18 H 18 O 6 [ 13 ] 8 cambodianin A C 26 H 26 O 6 [ 13 ] 9 cambodianin B C 27 H 28 O 7 [ 13 ] 10 resveratrol 白藜芦醇 C 14 H 12 O 3 [ 10 ] [ 12 ] 11 pterostilbene 紫檀茋 C 16 H 16 O 3 [ 4 ] [ 10 ] 12 3，4'-dihydroxy-5- methoxystilbene 3，4'-二羟基-5- 甲氧基二苯乙烯 C 15 H 14 O 3 [ 10 ] [ 12 ] 13 10-hydroxy-11- methoxydracaenone 10-羟基-11- 甲氧基龙血树酮 C 17 H 16 O 4 [ 4 ] [ 14 ] 14 7，4'-dihydroxy-5- methoxyhomoisoflavanone 7，4'-二羟基-5- 甲氧基高异黄烷酮 C 17 H 16 O 5 [ 10 ] [ 12 ] 15 5，7，4'- trihydroxylhomoisoflavanone 5，7，4'- 三羟基高异黄烷酮 C 16 H 14 O 5 [ 4 ] 16 7，4'-dihydroxy-8- methoxyhomoisoflavanone 7，4'-二羟基-8- 甲氧基高异黄烷酮 C 17 H 16 O 5 [ 4 ] 17 7，4'-dihydroxy-8- methoxyhomoisoflavane 7，4’-二羟基-8- 甲氧基高异黄烷 C 17 H 18 O 4 [ 4 ] 18 7，4'-dihydroxyhomoisoflavane 7，4'-二羟基高异黄烷 C 16 H 16 O 3 [ 4 ] [ 10 ] 19 7，4'-dihydroxy-5- methoxyhomoisoflavane 7，4'-二羟基-5- 甲氧基高异黄烷 C 17 H 18 O 4 [ 4 ] 20 7，4'-dihydroxyflavone 7，4'-二羟基黄酮 C 15 H 1 0O 4 [ 10 ] [ 12 ] 21 liquiritigenin 甘草素 C 15 H 12 O 4 [ 12 ] [ 15 ] 22 broussin 构树素 C 16 H 16 O 3 [ 11 ] [ 16 ] 23 cochinchinenin A 剑叶龙血素A C 17 H 18 O 4 [ 10 ] 24 cochinchinenin B 剑叶龙血素B C 33 H 34 O 7 [ 4 ] 25 cochinchinenin C 剑叶龙血素 C C 33 H 34 O 7 [ 16 ] 26 cinnabarone C 32 H 32 O 7 [ 4 ] 27 2'-methoxysocotrin-5'-ol C 32 H 32 O 7 [ 17 ] 28 (2R)-8-methylsocotrin-4'-ol C 32 H 32 O 6 [ 13 ] 29 homoisosocotrin-4ʹ-ol C 32 H 32 O 6 [ 13 ] 30 dracaenogenins B 龙血竭红素B C 27 H 42 O 6 [ 11 ] [ 12 ] [ 18 ] 31 (25R)-diosgenin (25R)-薯蓣皂苷元 C 27 H 42 O 3 [ 9 ] [ 12 ] 表1. 龙血竭化学成分信息表 broussin和7，4'-dihydroxy-8-methoxyhomoisoflavane。其中，(25R)-diosgenin、dracaenogenins B和10-hydroxy- 11-methoxydracaenone的结合能小于-6.00 kcal/mol，对接结果见表2。 3.3. 可视化分析 结合能反应受体与配体之间相互结合的可能性，结合能越低表示受体与配体之间亲和力越高，构象也就越稳定，说明两个分子在自然状态下相互结合而释放出来的能量越低，即更容易相互结合 [ 18 ]。本研究选择了亲和力较好的dracaenogenins B这一特征性潜在活性成分进行可视化分析。 Table 2 Molecular docking results between bioactive components of Draconis Resina and RAGE protei 序号 化合物 靶点名称 PDB ID 结合能(kcal/mol) 31 (25R)-diosgenin RAGE 4lp4 −7.90 30 dracaenogenins B RAGE 4lp4 −6.88 13 10-hydroxy-11-methoxydracaenone RAGE 4lp4 −6.12 20 7，4'-dihydroxyflavone RAGE 4lp4 −5.34 27 2'-methoxysocotrin-5'-ol RAGE 4lp4 −5.29 22 broussin RAGE 4lp4 −5.02 17 7，4'-dihydroxy-8-methoxyhomoisoflavane RAGE 4lp4 −5.01 18 7，4'-dihydroxyhomoisoflavane RAGE 4lp4 −4.87 19 7，4'-dihydroxy-5-methoxyhomoisoflavane RAGE 4lp4 −4.87 14 7，4'-dihydroxy-5-methoxyhomoisoflavanone RAGE 4lp4 −4.79 21 liquiritigenin RAGE 4lp4 −4.78 11 pterostilbene RAGE 4lp4 −4.60 29 homoisosocotrin-4ʹ-ol RAGE 4lp4 −4.59 15 5，7，4'-trihydroxylhomoisoflavanone RAGE 4lp4 −4.42 2 loureirin B RAGE 4lp4 −4.31 10 resveratrol RAGE 4lp4 −4.30 12 3，4'-dihydroxy-5-methoxystilbene RAGE 4lp4 −4.27 16 7，4'-dihydroxy-8-methoxyhomoisoflavanone RAGE 4lp4 −4.20 7 cambodianol RAGE 4lp4 −4.17 28 (2R)-8-methylsocotrin-4'-ol RAGE 4lp4 −4.07 1 loureirin A RAGE 4lp4 −3.97 23 cochinchinenin A RAGE 4lp4 −3.96 3 loureirin C RAGE 4lp4 −3.86 8 cambodianin A RAGE 4lp4 −3.75 6 4，4' -dihydroxy-2， 6-dimethoxydihydrochalcone RAGE 4lp4 −3.65 4 loureirin D RAGE 4lp4 −3.34 5 2，4'-dihydroxy-4，6-dimethoxydihydrochalcone RAGE 4lp4 −3.32 24 cochinchinenin B RAGE 4lp4 −3.10 9 cambodianin B RAGE 4lp4 −2.81 25 cochinchinenin C RAGE 4lp4 −2.20 26 cinnabarone RAGE 4lp4 −1.88 表2. 龙血竭活性成分与RAGE蛋白的分子对接结果 以dracaenogenins B与RAGE蛋白分子对接结果为例进行可视化分析，见图1：配体分子dracaenogenins B被受体中的氨基酸残基Thr27(A)、Ala28(A)、Arg29(A)、Glu32(A)、Glu32(B)、Pro33(A)、Pro33(B)、Leu34(B)、Val35(A)、Val35(B)包围。其中，受体中的疏水性残基Thr27(A)、Ala28(A)、Arg29(A)、Glu32(B)、Pro33(B)、Leu34(B)、Val35(A)、Val35(B)，可与配体疏水环形成较强的堆积作用，在dracaenogenins B与RAGE的相互作用中起着至关重要的作用；受体中的亲水性残基Glu32(A)、Pro33(A)与配体形成氢键相互作用，氢键的存在降低了RAGE的亲水性，增加了RAGE的疏水性，有利于提高复合物的的稳定性。图1(d)中虚线为氢键，数值为键长。氨基酸残基Pro33(A)与配体形成氢键的键长为2.63，氨基酸残基Glu32(A)与配体形成氢键的键长分别为2.92和2.80。 图1. 通过分子对接推测dracaenogenins B-RAGE的最佳构象示意图。(a) Dracaenogenins B-RAGE复合物的最小能量构象；(b) Dracaenogenins B周围RAGE的氨基酸残基；(c) Dracaenogenins B与RAGE的最佳结合位置；(d) Dracaenogenins B与RAGE特定氨基酸残基的相互作用(绿色虚线为氢键，辐射状弧形为疏水作用力。)