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user: 3. 结果与分析 3.1. 不同地区奶牛乳房炎病原菌群落组成及分布情况 18个省市区共获得30个已知种属及其检出率的病原菌种群和1个无明确种属名称或未统计检出率的其他微生物类群(见1.1)。例如，北京报道的其他菌6.9% [ 1 ] 和广西南宁报道的其他杆菌6.2% [ 13 ] 均视为1个类群。上海报道的 ① 霉菌6.2%和 ② 杂菌5.1% [ 16 ] 、广东深圳报道的 ① 霉菌2%和 ② 其他革兰氏阴性杆菌2%等 [ 12 ] 、河南郑州报道的其他杂菌1.6% [ 10 ] 、贵州贵阳报道的 ① 革兰氏阴性杆菌4.2%和 ② 其他革兰氏阳性杆菌3.5% [ 18 ] 均视为其他微生物类群。辽宁沈阳报道的乳房链球菌、肺炎克雷伯菌、化脓链球菌、表皮葡萄球菌、其他革兰氏阳性杆菌、志贺菌属、木糖葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌、产酸克雷伯氏菌、腐生葡萄球菌、牛棒状杆菌、枯草芽孢杆菌、绿脓杆菌、粪链球菌、产气芽胞梭菌、变形杆菌属等16类病原菌 [ 8 ] 由于没有单独计算病原菌种属的检出率，故将其合并为其他微生物类群，累积检出率为52.7%。另外进行图形绘制时，将黑龙江哈尔滨特有的柠檬酸盐杆菌4.3% [ 9 ] 、新疆石河子特有的奇形变异菌2.9% [ 7 ] 、广东深圳特有的爱德华氏菌1%、肠杆菌1%、蜡状芽胞杆菌1%、星状奴卡氏菌1% [ 12 ] 归入其他微生物类群，见图1和1.1部分。 图1. 我国不同地区奶牛乳房炎乳样病原菌群落组成及分布特征 来自7个地理分区的18个省市区奶牛乳房炎病原菌的群落组成及检出率差异明显，表现为种群数量(表1)、优势及罕见种群差异(图1)。例如，辽宁沈阳包括15.4%的金黄色葡萄球菌、12.2%的无乳链球菌、最优势的大肠杆菌19.7%和1个累计检出率高达52.7%的其他微生物类群；甘肃兰州包括检出率高达61.5%的最优势金黄色葡萄球菌、15.4%的大肠杆菌和无乳链球菌种群、3.8%的乳房链球菌和停乳链球菌。 3.1.1. 优势细菌种群的地区分布特征 金黄色葡萄球菌、无乳链球菌、大肠杆菌、乳房链球菌、停乳链球菌、表皮葡萄球菌是奶牛乳房炎的优势病原菌。6种优势病原菌检出率的累积值为47.3%~100.0%。其中，重庆、甘肃兰州、陕西渭南和安徽等地区为100.0%，江苏徐州97.7%，内蒙古呼和浩特96.7%，河北衡水95.1%，湖北91.6%，河南郑州82.3%，黑龙江哈尔滨78.7%，北京78.2%，贵州贵阳78.1%，广东深圳72.9%，四川成都72.3%，广西南宁66.0%，新疆石河子65.2%，上海58.8%，辽宁沈阳47.3%。不同地区最优势种群不同，金黄色葡萄球菌是甘肃兰州61.5%、重庆42.8%、河北衡水35.8%、陕西渭南37.5%、安徽34.7%、黑龙江哈尔滨19.6%、四川成都22.2%、北京25.4%和贵州贵阳33.5%等9地区最优势的种群；无乳链球菌是广东深圳23.5%、内蒙古呼和浩特29.0%、河南郑州24.2%等3地区最优势的种群；大肠杆菌、停乳链球菌、乳房链球菌分别是辽宁沈阳19.7%和上海14.4%、江苏徐州27.1%和湖北33.3%、新疆石河子20.3%和广西南宁15.4%最优势的种群。 3.1.2. 其他细菌种群的地区分布特征 腐生葡萄球菌和克雷伯氏细菌在少数地区分布相对丰富，前者检出率为北京13.8% > 黑龙江哈尔滨7.8% > 贵州贵阳7.0% > 上海5.2% > 河北衡水3.7%，后者检出率为湖北8.3% > 上海8.2% > 黑龙江哈尔滨3.8% > 新疆石河子2.9% = 广东深圳2.9%。化脓链球菌、牛链球菌、粪链球菌、乳链球菌等4种链球菌只在少数地区被检测到。其中，化脓链球菌的检出率为广西南宁7.7% > 黑龙江哈尔滨5.4% > 四川成都3.7% > 河南郑州3.2% > 广东深圳2.0%；牛链球菌的检出率为广西南宁6.2% > 上海4.1% > 贵州贵阳2.7%；粪链球菌的检出率为广西南宁4.6% > 河南郑州3.2% > 贵州贵阳1.3% > 北京1.1%；乳链球菌的检出率为广西南宁9.2% > 河南郑州4.8%。绿脓杆菌的检出率为 > 四川成都7.4% > 广东深圳2.0% > 内蒙古呼和浩特 = 河南郑州1.6%；变形杆菌的检出率为四川成都5.6% > 上海4.0% > 广东深圳2.9% > 河南郑州1.6% > 河北衡水0.6%；微球菌的检出率为广东深圳3.9% > 贵州贵阳3.5%；芽孢杆菌的检出率为上海3.1% > 新疆石河子2.9%；沙门氏菌的检出率为江苏徐州2.2% > 广东深圳1.0%。枯草杆菌、沙雷菌、四联球菌只在新疆石河子被检测到，检出率分别为16.0%、2.9%、4.3%；巴氏杆菌和多杀性巴氏杆菌只在四川成都被检测到，检出率为5.6%；牛棒状杆菌只在上海被检测到，检出率为3.1%。 3.1.3. 酵母菌种群的地区分布特征 18个省市区中，酵母菌只在广东深圳、新疆石河子、上海、河南郑州等4个省市区中被检测出，检出率分别为3.9%、2.9%、2.1%、1.6%。 3.1.4. 其他微生物类群的地区分布特征 辽宁沈阳其他微生物类群累计检出率占52.7%，包含乳房链球菌等16类细菌(见1.1)，上海、广东深圳、贵州贵阳、河南郑州、北京和广西南宁其他微生物类群依次占11.3%、8%、7.6%、1.6%、6.9%和6.2%。黑龙江哈尔滨独有的柠檬酸盐杆菌和新疆石河子独有的奇形变异菌分别为4.3%和2.9%。 3.2. 我国不同地区奶牛乳房炎病原菌种群及群落间差异性或相似性分析 3.2.1. 病原菌不同种群间差异性或相似性分析 除了一些众所周知的英文缩写，如IP、CPU、FDA，所有的英文缩写在文中第一次出现时都应该给出其全称。文章标题中尽量避免使用生僻的英文缩写。由图2纵向种群聚类分析可知，金黄色葡萄球菌 图2. 我国不同地区奶牛乳房炎病原菌种群间及群落间差异性或相似性 位居6大优势种群之首独占一个分支，说明金黄色葡萄球菌是致病几率最高且最普遍的奶牛乳房炎病原菌。大肠杆菌、无乳链球菌、停乳链球菌、表皮葡萄球菌等4个种群聚为一簇，说明其是绝大部分地区诱发奶牛乳房炎极其重要的病原菌种群。除其他微生物类群外，乳房链球菌、腐生葡萄球菌、枯草杆菌、克雷伯氏菌逐级占据一个分支，说明这些病原菌种群在整个奶牛乳房炎研究区中占有较高的份额，致病几率逐级降低。链球菌属中化脓链球菌、牛链球菌、粪链球菌、乳链球菌4个种群逐级聚为一簇，说明其致病几率亦呈现逐级降低趋势。变形杆菌、绿脓杆菌、多杀性巴氏杆菌和巴氏杆菌逐级占据1个小分支；其余7个种群中微球菌种群占据相对较大的份额和剩余6个种群聚为一类。剩余6个种群又划分为2个更小的分支，沙门氏菌与牛棒状杆菌和芽孢杆菌逐级聚在一起，酵母菌与四联球菌和沙雷菌逐级聚为一类。整体而言，检出率越高的种群所在的分支越大，致病几率越高，因此金黄色葡萄球种群致病几率最高，沙门氏菌、牛棒状杆菌、芽孢杆菌和酵母菌、四联球菌、沙雷菌等种群致病几率最低。具体不同种群的致病几率依次为：金黄色葡萄球菌分支 > 大肠杆菌、无乳链球菌、停乳链球菌、表皮葡萄球菌分支 > 乳房链球菌分支 > 腐生葡萄球菌分支 > 枯草杆菌分支 > 克雷伯氏菌分支。其他链球菌属小分支中化脓链球菌、牛链球菌、粪链球菌、乳链球菌的致病几率依次降低；微球菌分支的致病几率 > 剩余小分支。 3.2.2. 病原菌不同地区群落间差异性或相似性分析 由图2横向群落聚类分析可知，18个省市区中辽宁沈阳病原菌群落独占一个最大的分支，这是因为辽宁沈阳奶牛乳房炎病原菌种群结构非常简单(仅4种)，而且其他微生物类群占据最高的份额(检出率为52.7%)。另一大分支划分为重庆为首的亚分支和湖北等地区亚分支。就第二大分支不同地区群落间差异而言，重庆 > 甘肃兰州 > 河北衡水 > 陕西渭南 = 安徽；湖北 = 江苏徐州 > 新疆石河子 > 其他9个地区；其他9个地区细分为2簇3小分支。其中1簇1小分支广东深圳病原菌群落差异 > 内蒙古呼和浩特和河南郑州；另1簇2小分支为广西南宁病原菌群落差异 > 黑龙江哈尔滨和上海，四川成都 > 北京和贵州贵阳地区。 重庆、甘肃兰州、河北衡水、陕西渭南或安徽逐级聚为一簇是因为这些地区奶牛乳房炎病原微生物种群结构相对简单(5~9种)，而且1~2个种群占据极高的份额，例如重庆地区奶牛乳房炎病原菌群落包含5个种群，金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌种群检出率分别高达42.8%和28.6%，合计占71.4%，因此独享1个分支；甘肃兰州奶牛乳房炎病原菌群落包含5个种群，金黄色葡萄球菌种群就占据61.5%的份额，另外无乳链球菌和大肠杆菌种群分别占据15.4%的份额，三者合计92.3%，因此独占1分支；河北衡水奶牛乳房炎病原菌群落虽包含9个种群，物种数相对丰富，但金黄色葡萄球菌和大肠杆菌种群均占据35.8%的份额，二者合计71.6%，因此独占一分支；陕西渭南和安徽地区奶牛乳房炎病原菌群落分别包含5和6个种群，相似的优势菌种群占据的份额极其相似，所以共享1个分支。 湖北与江苏徐州奶牛乳房炎病原菌群落均包含7个种群，除了江苏徐州金黄色葡萄球菌和无乳链球菌种群、湖北地区克雷伯氏菌和大肠杆菌种群份额相对偏高外，优势菌种群占有大致相似的份额，所以共享1各分支；新疆石河子奶牛乳房炎病原菌群落在此分支中相对特殊，可能和突然升高的种群数量有关(从湖北与江苏徐州的7个种群跨越到12个种群)；其他9个地区奶牛乳房炎病原菌群落大同小异，除内蒙古呼和浩特、黑龙江哈尔滨和北京种群数量不足10个外，其他6各地区种群数量都在11~18之间，而且有大致相似的种群分布特征，因此9个地区共同占据一个较大的分支。