system: [SYSTEM]

user: 3. 结果 GSE62805和GSE38141两个微阵列数据库实验背景除饮食条件不同，其他条件均一致，均是在饲料中添加0.05%的槲皮素干预20周后检测肝脏组织的基因表达谱，模式动物均为C57BL/6J雄性小鼠，两个数据库中空白对照组和槲皮素给药组的样本数均为6 (见表5)。GSE62805是在基础饲料的基础上给以槲皮素而GSE38141在高脂饲料基础上给以槲皮素，整理所得的基因表达差异倍数都是槲皮素给药组与相应空白对照组的比值(GSE62805是槲皮素给药组与基础饲料组的比值，GSE62805是槲皮素给药组与高脂饲料组的比值)。为表述方便，以下结果以正常饮食代表GSE62805微阵列数据，以高脂饮食代表GSE38141数据库。 图3. 在正常饮食和高脂饮食条件下槲皮素干预后小鼠肝脏上调基因和下调基因差异比较 Table 3 The expression of downregulated genes in Normal Diet (ND) and upregulated genes in High Fat Diet (HFD) GEO Dataset Gene Fold change P-value Fold change P-value (ND) (ND) (HFD) (HFD) 1700084K02Rik 0.37 0.0156 2.11 0.0105 2610311E24Rik 0.33 0.0017 2.15 0.0052 3110009F21Rik 0.31 0.0390 6.38 0.0023 7630403G23Rik 0.27 0.0131 10.08 0.0006 9130011L11Rik 0.36 0.0053 3.07 0.0044 Adamts20 0.29 0.0473 3.60 0.0080 Agr2 0.33 0.0429 2.86 0.0186 Arl4d 0.48 0.0322 2.78 0.0280 Bpifa2 0.14 0.0002 6.65 0.0036 Cd28 0.36 0.0138 2.23 0.0325 Chrna3 0.46 0.0377 2.90 0.0013 Col20a1 0.38 0.0221 3.43 0.0099 Csn2 0.25 0.0141 2.42 0.0460 Ctxn3 0.23 0.0059 2.31 0.0100 Dclk1 0.31 0.0417 2.34 0.0214 Dio2 0.50 0.0069 2.80 0.0042 Dnajb7 0.38 0.0061 2.34 0.0085 Dtna 0.24 0.0210 4.20 0.0081 Gabra2 0.35 0.0416 3.00 0.0342 Gm9999 0.30 0.0214 2.37 0.0093 Gnao1 0.41 0.0233 2.27 0.0157 LOC102635948 0.39 0.0395 3.86 0.0017 Mgat5b 0.31 0.0229 4.42 0.0006 Myom2 0.40 0.0382 5.64 0.0020 Pclo 0.41 0.0157 3.35 0.0478 Rfx2 0.29 0.0076 4.14 0.0180 Slc6a19 0.20 0.0159 2.59 0.0432 Slc8a1 0.40 0.0033 2.92 0.0130 Sln 0.40 0.0389 4.24 0.0055 Svopl 0.25 0.0059 5.73 0.0040 Taf9b 0.28 0.0486 4.48 0.0459 Tmed7 0.25 0.0049 3.34 0.0455 Tmem229a 0.29 0.0066 3.42 0.0185 Tnik 0.36 0.0362 3.36 0.0447 Ttc5 0.37 0.0434 2.64 0.0252 Tyrp1 0.46 0.0110 2.91 0.0033 Zmynd12 0.35 0.0453 2.18 表3. 槲皮素干预后正常饮食条件下下调而在高脂饮食条件上调的基因的表达谱 红色标记为上调(Fold change > 2)基因，绿色标记的为下调(Fold change < 0.5)基因。 Table 4 The expression of upregulated genes in Normal Diet (ND) and downregulated genes in High Fat Diet (HFD) GEO Dataset Gene Fold change P-value Fold change P-value (ND) (ND) (HFD) (HFD) 4833420L08Rik 2.39 0.0419 0.36 0.0453 Atcay 2.8 0.0156 0.41 0.0500 Gng2 2.52 0.0461 0.45 0.0197 Hoxa10 2.59 0.0262 0.22 0.0065 Myo5c 3.09 0.0353 0.39 0.0396 Nav2 2.86 0.00383 0.38 0.0332 Npas3 2.69 0.0383 0.26 0.0392 Obox2 2.99 0.0278 0.36 0.0259 Scai 3.36 0.0185 0.47 0.0344 Ska1 2.29 0.0386 0.27 0.0077 Zfp28 3.03 0.0226 0.29 0.0198 表4. 槲皮素干预后正常饮食条件下表达上调而在高脂饮食条件下调的基因的表达谱 红色标记为表达上调(Fold change > 2)的基因，绿色标记的为表达下调(Fold change < 0.5)的基因。 Table 5 The information of GEO Datasets that were used for the analysis of gene expression in mice liver when treated with querceti GEO number Species Strain Gender Treatment Group Sample size Dose Feeding period GSE62805 mice C56BL/6J male Normal diet + quercetin 6 0.05% 20 weeks vs. vs. Normal diet 6 GSE38141 mice C56BL/6J male High fat diet + quercetin 6 0.05% 20 weeks vs. vs. High fat diet 6 表5. 分析槲皮素干预后小鼠肝组织基因表达谱的GEO微阵列数据库信息 由结果可以看出在两种饮食条件下管家基因Gapdh和Actb的表达与对照组相比没有显著性的差异(P > 0.05)，并且差异倍数接近1 (见表6)。 Table 6 The expression of Housekeeping genes in two GEO Dataset Housekeeping Gene Fold change P-value Fold change P-value (ND) (ND) (HFD) (HFD) Gapdh 0.9455 0.5903 N/A N/A Actb 1.0349 0.7012 1.072 0.3472 表6. 微阵列数据库管家基因表达 槲皮素在两种饮食条件下对小鼠肝脏基因表达谱的影响有40个基因调节趋势一致，其中有28个基因在两种饮食条件下都表现为上调(见图1(a))，分别为Gm14781，Ntrk2，Mbd4，Tcaf1，Nefh，Phka2，3110054G05Rik，Dtna，4933424H11Rik，Rgs7bp，4933431M02Rik，Clip4，Prdx6b，1700072H12Rik，Bmpr1b，Timp4，Syt6，Slc5a9，Sncaip，Gm16055，Sgip1，Zfp804a，Txlnb，Foxn4，Adgrl3，C78115，BB236558和Oas1h。另有12个基因在两种饮食条件下均表现为下调(见图1(b))，分别为Cend1，Gabrb2，Agbl4，Trim9，Plekhh2，Prph，Spag16，Zp3r，5033428C03Rik，Tm4sf20，Lrp8和Arpp21。这是槲皮素在两种饮食条件下对小鼠肝脏基因调节的共同之处。 表1和表2分别列出了这40个调节趋势一致的基因具体的差异倍数及P值，表1红色标记的均为表达上调(Fold change > 2)的基因，表2绿色标记的均为表达下调(Fold change < 0.5)的基因。并运用热图分别对上调的基因(见图2(a))和下调的基因(见图2(b))在两种饮食条件下调节幅度进行比较。尽管这些基因在两种饮食条件下调节趋势一致，大部分基因被调节的幅度并不相同。 槲皮素在两种饮食条件下对小鼠肝脏基因的调节作用，其中有48个基因调节趋势相反，其中有11个基因在正常饮食条件下都表现为上调，在高脂饮食条件下表现为下调(见图3(b))；另有37个基因在正常饮食条件下都表现为下调，而在高脂饮食条件下表现为上调(见图3(a))。 分别对40个调节趋势一致的基因和48个调节趋势相反的基因进行GO富集分析，发现表达趋势一致的基因参与细胞分泌、突触形成和细胞间信号传导(见图4(a))；表达趋势相反的基因与细胞质膜、突触和细胞连接相关(见图4(b))。