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user: 3. 结果 3.1. 马齿苋活性成分的收集 依托TCMSP数据库共获得54个马齿苋的化学成分，根据OB ≥ 30%、DL ≥ 0.18的条件筛选出10个结果，分别为花生四烯酸、环烯醇、β-胡萝卜素、β-谷固醇、山柰酚、5，7-二羟基-2-(3-羟基-4-甲氧基苯基)苯并四氢吡喃-4-酮、木犀草素、异甜菜素、异甜菜甙和槲皮素，见表1，作为马齿苋的主要活性成分。 Table 1 Information of the main active ingredients of Portulacae Herb 序号 MOL ID Components 成分 OB (%) DL MCX-01 MOL001439 arachidonic acid 花生四烯酸 45.57 0.20 MCX-02 MOL003578 cycloartenol 环烯醇 38.69 0.78 MCX-03 MOL002773 beta-carotene β-胡萝卜素 37.18 0.58 MCX-04 MOL000358 beta-sitosterol β-谷固醇 36.91 0.75 MCX-05 MOL000422 beta-sitosterol 山柰酚 41.88 0.24 MCX-06 MOL005100 C1 47.74 0.27 MCX-07 MOL000006 luteolin 木犀草素 36.16 0.25 MCX-08 MOL006657 isobetanidin 异甜菜素 59.73 0.52 MCX-09 MOL006662 isobetanin_qt 异甜菜甙 30.16 0.52 MCX-10 MOL000098 quercetin 槲皮素 46.43 0.28 表1. 马齿苋的主要活性成分信息 注：C1为5，7-dihydroxy-2-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl) chroman-4-one，5，7-二羟基-2-(3-羟基-4-甲氧基苯基)苯并四氢吡喃-4-酮。 3.2. 主要活性成分对应靶点的收集 基于TCMSP数据库筛选马齿苋10个主要活性成分对应的394个相关靶点，将靶点通过Uniprot数据库进行标准化并获得基因简称，删除重复的靶点名称后共获得212个靶点。将马齿苋主要活性成分和对应的靶点关系导入Cytoscape 3.7.2，获取马齿苋主要活性成分–靶标网络图，见图1。Cytoscape网络分析表明，槲皮素连接度(Degree)为144，介度(Betweenness Centrality)为0.6842紧密度(Closeness Centrality)为0.6022，基于此预测槲皮素为马齿苋治疗动脉粥样硬化的最主要成分，其次为山柰酚、木犀草素、花生四烯酸，见表2。 Table 2 Main parameters of network nodes of Portulacae Herba’s active componen MOL ID 名称 连接度 介度 紧密度 MOL000098 槲皮素 144 0.6842 0.6022 MOL000422 山柰酚 60 0.1572 0.4128 MOL000006 木犀草素 56 0.1536 0.4082 MOL001439 花生四烯酸 37 0.1929 0.3811 MOL000358 β-谷固醇 35 0.1270 0.3784 MOL002773 β-胡萝卜素 22 0.0457 0.3621 MOL005100 C1 9 0.0116 0.3471 MOL006657 异甜菜素 6 0.0162 0.3438 MOL006662 异甜菜甙 3 0.0028 0.3395 MOL003578 环烯醇 1 0 1 表2. 马齿苋活性成分网络节点主要参数 注：C1为5，7-二羟基-2-(3-羟基-4-甲氧基苯基)苯并四氢吡喃-4-酮。 图1. 马齿苋主要活性成分–靶点的PPI网络 3.3. 动脉粥样硬化相关靶点的获取 在Disgenet数据库以GDA分数(Score gda) > 0.01为标准，获得动脉粥样硬化有关靶点1016个，在OMIM数据库中获得动脉粥样硬化有关靶点142个，Drugbank数据库获得动脉粥样硬化有关靶点45个，去除重复项后共获得1081个动脉粥样硬化有关的靶点。 3.4. 马齿苋成分–动脉粥样硬化靶点PPI网络构建 马齿苋活性成分靶点与动脉粥样硬化疾病靶点的韦恩图，见图2，得到马齿苋成分–动脉粥样硬化共同靶点108个，将这108个靶点导入String平台下载马齿苋–动脉粥样硬化作用靶点的TSV版本，导入Cytoscape3.7.2构建马齿苋–动脉粥样硬化靶点的PPI网络，见图3。结果显示ALB在网络中的连接度为87，介度为0.0662，紧密度为0.8480，预测ALB为马齿苋调治动脉粥样硬化的最重要靶点。IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、CCL2、CXCL8、TP53、PTSG2同样是其相对重要的靶点，见表3。 Table 3 Characteristic parameters of Portulacae Herba - atherosclerosis target network node ID 靶点 连接度 介度 紧密度 95 ALB 87 0.0662 0.8480 119 IL6 87 0.0461 0.8480 121 TNF 84 0.0320 0.8281 117 AKT1 83 0.0476 0.8217 223 VEGFA 76 0.0196 0.7794 79 CCL2 70 0.0271 0.7464 99 CXCL8 70 0.0135 0.7464 202 TP53 70 0.0283 0.7464 217 PTGS2 70 0.0179 0.7412 表3. 马齿苋–动脉粥样硬化主要靶点网络节点特征参数 图2. 马齿苋成分–动脉粥样硬化靶点 图3. 马齿苋成分–动脉粥样硬化靶点PPI网络 3.5. 靶点功能与通路的富集分析 运用Metascape数据平台对马齿苋调治动脉粥样硬化相关靶点进行信号通路分析，将物种和基因背景设置为智人，进行KEGG代谢通路富集分析，见图4(D)，按照Q值进行排序，前20个信号通路的具体信息和相对应的靶标见表4，KEGG结果表明马齿苋参与的主要通路有流体剪切力与动脉粥样硬化途径(Fluid shear stress and atherosclerosis)、癌症的途径(Pathways in cancer)、TNF信号通路(TNF signaling pathway)等。GO-BP结果显示马齿苋主要参与的生物学过程包括生物对脂多糖的反应(response to lipopolysaccharide)、对受伤的反应(response to wounding)、对无机物的反应(response to inorganic substance)、活性氧代谢过程(reactive oxygen species metabolic process)、积极调控细胞迁移(positive regulation of cell migration)、对细胞外刺激的反应(response to extracellular stimulus)，见图4(A)。 GO-MF结果显示相关靶点调节动脉粥样硬化的功能主要富集于细胞因子受体结合(cytokine receptor binding)、转录因子结合(transcription factor binding)、核受体活性(nuclear receptor activity)、脂质结合(lipid binding)、蛋白质均二聚活性(protein homodimerization activity)，蛋白质结构域特异性结合(protein domain specific bind)等，见图4(C)。 Table 4 Enrichment results of Portulacae Herba target pathway in regulating atherosclerosi GO Description Count Log10 (q) Hits ko05418 Fluid shear stress and atherosclerosis 29 −38.94 AKT1， BCL2， CAV1， CTNNB1， FOS， GSTM1， HMOX1， ICAM1， IFNG， IKBKB， IL1A， IL1B， MMP2， MMP9， NFE2L2， NOS3， PECAM1， PLAT， MAPK8， RELA， CCL2， SELE， THBD， TNF， TNFRSF1A， TP53， VCAM1， VEGFA， NCF1 hsa05200 Pathways in cancer 39 −34.98 AKT1， AKR1B1， AR， BCL2， CASP3， CASP9， CDKN1A， CTNNB1， EGF， EGFR， ELK1， FOS， GSTM1， HIF1A， HMOX1， IFNG， IGF2， IKBKB， IL4， IL6， CXCL8， MMP1， MMP2， MMP9， MYC， NFE2L2， NOS2， PPARD， PPARG， MAPK1， MAPK8， PTEN， PTGS2， RELA， RXRA， STAT1， TGFB1， TP53， VEGFA hsa04668 TNF signaling pathway 22 −28.78 AKT1， CASP3， FOS， CXCL2， ICAM1， IKBKB， IL1B， IL6， CXCL10， IRF1， MMP3， MMP9， MAPK1， MAPK8， PTGS2， RELA， CCL2， SELE， TNF， TNFRSF1A， TNFRSF1B， VCAM1 ko05144 Malaria 14 −20.75 CD40LG， ICAM1， IFNG， IL1B， IL6， CXCL8， IL10， PECAM1， CCL2， SELE， SELP， TGFB1， TNF， VCAM1 ko05140 Leishmaniasis 15 −20.01 ELK1， FOS， IFNG， IL1A， IL1B， IL4， IL10， NOS2， MAPK1， PTGS2， RELA， STAT1， TGFB1， TNF， NCF1 hsa04066 HIF-1 signaling pathway 17 −20.00 AKT1， BCL2， CDKN1A， EGF， EGFR， F3， HIF1A， HMOX1， IFNG， IL6， INSR， NOS2， NOS3， SERPINE1， MAPK1， RELA， VEGFA ko04064 NF-kappa B signaling pathway 14 −16.64 PARP1， BCL2， CD40LG， CXCL2， ICAM1， IKBKB， IL1B， CXCL8， PLAU， PTGS2， RELA， TNF， TNFRSF1A， VCAM1 hsa05169 Epstein-Barr virus infection 18 −14.82 AKT1， BCL2， CASP3， CASP9， CDKN1A， HSPB1， ICAM1， IFNG， IKBKB， IL6， IL10， CXCL10， MYC， MAPK8， RELA， STAT1， TNF， TP53 hsa04926 Relaxin signaling pathway 14 −14.61 AKT1， COL3A1， EGFR， FOS， MMP1， MMP2， MMP9， NOS2， NOS3， MAPK1， MAPK8， RELA， TGFB1， VEGFA ko04210 Apoptosis 14 −14.53 PARP1， AKT1， BCL2， CASP3， CASP9， CTSD， FOS， IKBKB， MAPK1， MAPK8， RELA， TNF， TNFRSF1A， TP53 ko05202 Transcriptional misregulation in cancer 14 −12.96 CDKN1A， IGFBP3， IL6， CXCL8， MMP3， MMP9， MPO， MYC， PLAT， PLAU， PPARG， RELA， RXRA， TP53 ko04370 VEGF signaling pathway 8 −9.30 AKT1， CASP9， HSPB1， NOS3， PLA2G4A， MAPK1， PTGS2， VEGFA hsa05216 Thyroid cancer 7 −8.99 CDKN1A， CTNNB1， MYC， PPARG， MAPK1， RXRA， TP53 ko05220 Chronic myeloid leukemia 8 −8.66 AKT1， CDKN1A， IKBKB， MYC， MAPK1， RELA， TGFB1， TP53 hsa04610 Complement and coagulation cascades 7 −6.49 F3， F7， CXCL10， SERPINE1， PLAT， PLAU， THBD ko04670 Leukocyte transendothelial migration 7 −5.84 F3， F7， CXCL10， SERPINE1， PLAT， PLAU， THBD ko05330 Allograft rejection 5 −5.79 CD40LG， IFNG， IL4， IL10， TNF hsa04726 Serotonergic synapse 7 −5.73 ALOX5， APP， CASP3， PLA2G4A， MAPK1， PTGS1， PTGS2 hsa04015 Rap1 signaling pathway 8 −4.92 AKT1， CTNNB1， EGF， EGFR， IL6， INSR， MAPK1， VEGFA hsa04923 Regulation of lipolysis in adipocytes 5 −4.92 ADRB2， AKT1， INSR， PTGS1， PTGS2 表4. 马齿苋调治动脉粥样硬化靶点通路富集结果 图4. 马齿苋主要成分靶点的基因分析和通路富集 3.6. 分子对接验证 靶点与活性成分的分子对接结果见表5，Morris GM等人的相关文章表明，若结合能低于−5.0 kcal/mol时，表示结合活性较为理想 [ 9 ]，从表中可以看出槲皮素、山柰酚、木犀草素分别与主要靶点(ALB， IL-6)的对接得分均< −5.0 kcal/mol，说明它们之间的分子对接能力均较好，分子对接模型如图5所示。 Table 5 Molecular docking result 活性成分 Score(kcal/mol) ALB IL-6 槲皮素 −7.8 −7.5 山柰酚 −8.7 −7.1 木犀草素 −8.7 −7.7 表5. 分子对接结果 图5. (a) 槲皮素-ALB；(b) 山柰酚-ALB；(c) 木犀草素-ALB；(d) 槲皮素-IL-6；(e) 山柰酚-IL-6；(f) 木犀草素-IL-6