荷屬馬六甲（1641年－1824年），是馬來西亞馬六甲州被外國勢力控制最長的時期。荷蘭人統治前後達183年，包括拿破崙戰爭（1795年－1818年）期間英國人的佔領。這段期間除了發生幾次小型的嚴重衝突外，相對上算是和平。由於荷蘭人刻意建設巴達維亞（今雅加達）成為區域性經濟與政治中心，使得馬六甲的重要性在此階段逐漸衰退。
馬來西亞歷史學家陶德甫對於荷蘭王國佔領馬六甲的總結：「馬六甲在荷人統治之下，是比以前任何時期都為貧困，但極為太平。以前的主要敵國柔佛蘇丹國和亞齊蘇丹國式微之後，荷人得以控制海面，防止外來的襲擊。荷人時代，偶然有米南加保人的侵擾，但除了1784年武吉斯人的一次城下戰役外，沒有發生嚴重的圍攻。大體而論，在荷人統治下，馬六甲城內是安定的。如果不是荷蘭東印度公司破產和歐洲方面情勢的變化，荷人是可以繼續統治的。」
建立背景
1580年，西班牙帝國的腓力二世接管葡萄牙王國后，爲了全面禁止新教徒國家之間的來住，頒佈封閉港口的貿易政策。1581年，原為西班牙屬地的荷蘭王國脫離西班牙獨立，自葡萄牙里期本港口被封港后，荷蘭人被禁止到里期本購買香科，此舉迫使荷蘭王國另覓出路，加入大航海時代。
自十七世紀初期，荷蘭人爲了獲得香料的進口，依照前往東方冒險家的航海指南和遊記，向東南亞開拓新航道，在1595年到達蘇門答臘島上的亞齊、萬丹港和爪哇等地。1599年，荷蘭人正式佔領萬丹成為香料貿易根據地。自荷蘭人到達爪哇以後，即成為葡萄牙強力的競爭對手，葡屬印度總督被嚴令全力圍剿荷蘭人，在1601至1602年，葡荷雙方為爭取香料貿易權，在爪哇和摩鹿加群島發生兩次海戰，結果以葡軍均戰敗收場。荷蘭在東印度群島的地位穩固后，于1602成立荷蘭東印度公司，以國家勢力為後盾，處理海外貿易、簽訂盟約、建立殖民地、決定戰爭等問題。
爲了爭奪馬六甲海峽的控制權，荷蘭人也積極將勢力伸入馬來亞半島，與葡萄牙競逐東南亞的殖民地。1602年，荷蘭人與吉打和柔佛蘇丹國通商，建立商業關係。1606年，荷蘭王國與柔佛蘇丹國結成同盟，共同圍攻葡屬馬六甲，但被葡萄牙自果阿的援軍趕到而失敗。荷蘭人改變戰略，在海上多次痛擊葡萄牙艦隊，使葡軍逐漸失去在馬來半島上的長期優勢。1609年，荷蘭東印度公司在安汶設立大本營，統轄在東印度群島的一切事務。1619年，荷蘭人佔領爪哇的巴達維亞（今雅加達），在此建立堡壘，取代此前在安汶的大本營，並逐漸控制馬六甲海峽，達到封鎖馬六甲的目的，導致葡屬馬六甲市場慘淡，糧食短缺。
經長期的準備后，荷蘭人于1639年與柔佛蘇丹國重修舊好。1640年，荷蘭王國得悉葡屬印度的葡萄牙艦隊無力突破荷蘭艦隊的圍困后，委任安東尼遜（Antonissoon）為征甲司令，以12艘戰艦及6艘小船封鎖海道，聯同柔佛陸軍圍攻葡屬馬六甲，葡軍在相持百餘日的圍城戰役中傷亡慘重。1641年1月14日，荷軍在艦炮掩護下發動總攻勢，葡軍無力抵抗后，被迫接受荷蘭人提出的榮譽投降條件，葡萄牙在隔日正式宣佈投降，柔佛因為與荷蘭的協約關係，也認同荷蘭正式接管馬六甲。
發展歷史
荷蘭東印度公司接管馬六甲后，即刻要面對的一個辣手問題是鄰近馬六甲北郊各米南加保人小邦，和一些特殊地區的管理，如南寧、林茂等。這些地區多以種植窶葉為生，在葡屬馬六甲時代，這地區小邦歸馬六甲管轄，經常和馬六甲通商，將土產和錫米售予馬六甲。1641年，荷蘭人在佔領馬六甲后，與各個酋長簽訂協約；承認荷蘭人的特權，不得荷蘭的允許不得與他國貿易，且保證每個月以總產額的十分之一進貢馬六甲，保證不再侵擾馬六甲及其市郊地區。荷蘭人爲了執行這些協約，隔年派遺士兵封鎖這些地區的河流，截奪米加南保人的船隻。
南寧和林茂的米南加保人不願受到荷蘭人如此過分的約束，經常聯合其他同樣受到壓迫的地區反抗荷蘭人，荷蘭人之後不斷派軍隊鎮壓，結果引發30多年的戰亂，消磨了荷蘭東印度公司不少財力和兵力。1643年，南寧和林茂的米南加保人展開反對荷蘭人的叛亂行動，經過多次剿滅后，終在1646年，南寧向荷蘭求和，但之後又發起多次叛亂。
1765年以後，荷蘭人意識到南寧和林茂難以掌控，同時這些地區太過貧窮，尤其在貧困的季節，所得還不能抵銷支出，要這些地區交出荷蘭規定的稅品，簡單天方夜譚。荷蘭只得改為接受名義上的進貢，獻出象徵式的貢品，如六擔白米即可。最後，荷蘭東印度公司也永久放棄這些地區的所有權和割讓權的要求。
霹靂與吉打
荷蘭佔領馬六甲的目的本為壟斷馬來西亞的錫產，爲了取得錫礦的專利權，常與霹靂與吉打等出產錫米的地區發生摩擦。1349年前，荷蘭與霹靂的宗主國亞齊蘇丹國簽訂契約，允許荷蘭向霹靂採購錫米。荷蘭佔領馬六甲后，曾與霹靂協議停止所有對外貿易和在當地建立工廠。霹靂蘇丹在迫於壓力下屈服，但對協議內容並非全面實行。荷蘭人之後變本加厲，在1644年和1648年兩度封鎖霹靂海岸，聯同宗主國亞齊一起下令，限制霹靂的貿易。1651年，極度不滿的馬來人在天猛公帶領下，破壞荷蘭的工廠和殺害駐紮霹靂的荷蘭人，一度將荷蘭人驅逐出境。1655年，荷蘭與亞齊再次重新與霹靂簽訂貿易協訂，承認荷蘭和亞齊平分錫米的購買權和賠償損失。1670年，荷人在邦咯島建築小型炮臺戍守，后在1690年放棄，之後在1745年又重新修築，1758年後移往霹靂河上游的丹絨布都市（Tanking Putun），最後在1795年移交大英帝國接管。
吉打在馬六甲蘇丹王朝滅亡后歸屬暹羅，后被亞齊佔領。1606年，荷蘭東印度公司與吉打建立關係。1641年，荷蘭佔領馬六甲后，吉打蘇丹與荷蘭簽訂協議，答應將一半錫產販賣給荷蘭人，但吉打不準在荷蘭沒有允許下與他國通商。吉打併不理會這些限制，繼續和印度、北大年、六坤和彭亨輸出大量商品。1654年，荷蘭在吉打建立交易所，專營錫米、布料和象牙等貨物。1658年，荷蘭商船有9名水手被馬來人殺害，荷蘭藉此封鎖吉打港口，但成效不大。1674年，暹羅派遣軍艦攻打吉打，荷蘭艦隊協助吉打擊退暹羅海軍。1702年，吉打王室發生內亂，米加南保人和武吉斯人的介入，令荷蘭對吉打的控制開始力不從心，加上與大英帝國競爭東南亞的殖民地發展，而逐漸放棄對吉打的貿易。
政治制度
行政政策
荷蘭人將馬六甲設為巴達維亞（今雅加達）屬下的一個郡，馬六甲最高首長由巴達維亞統督直轄，下設衛戍司令、商務官、律政司、財務官、工務局長和港務局長等職務，他們組成一個受巴達維亞節制的議會，處理一切軍政事物。爲了加強各不同種族的管理，荷蘭人繼續沿用甲必丹制度，專事處理各民族發生的小糾紛和向政府交涉的一切事宜。荷屬馬六甲時代，著名的華人甲必丹人物是鄭芳揚和李為經，兩人于1673年共同創立「青雲亭」，也是甲必丹的辦公處。李為經也購置三寶山作為華人公冢。
宗教政策
在宗教政策方面，荷蘭人不似葡萄牙人般具有強烈的傳教意識，荷蘭人並不太注意傳教工作，只是專注于商業利益，對其它宗教則採取寬容政策。荷蘭東印度公司初時只有兩名牧師專責傳教，直到1753年建立基督教堂在政府辦公室附近，規定凡是公司人員，必須朝夕祈禱和進行禮拜。基督教堂並不完全是宗教因素，而是慶祝荷蘭佔領馬六甲一百週年而建。而葡萄牙建立的聖保羅教堂則被改作墳場，教堂屋頂改工修築，以便架設大炮防禦。荷蘭人曾有一段時間，因為長期在歐洲與舊教國家西班牙的戰爭，而排斥天主教。故於1646年下令禁止馬六甲的天主教徒集中彌撒，並將各教堂拆毀或改為住宅，天主教徒直到1767年才獲得公開自由活動及建立教堂的自由。大體而論，荷蘭人統治下的馬六甲很少有強迫異教徒改教的企圖，對東方的宗教也沒有仇視的心理。
糧食管理
自馬六甲建國以來，糧食問題始終沒有一個妥善的解決方法，馬六甲無法自給自足，主要依賴爪哇和暹羅的米糧；一旦處於戰爭圍城狀態，米糧的來源一定會出現問題。荷蘭東印度公司接手馬六甲后，對糧食的管理非常嚴格，除了建立糧倉妥善儲存糧食，荷蘭人也積極鼓勵人民墾荒從事糧食生產，也在馬六甲河上游處開闢農場，但該地區常受到米南加保人襲擊，所以收成不穩定，效果也不理想。荷蘭人改為將糧食囤積在爪哇、暹羅和蘇門答臘島等地，糧食經海運入港后，由政府專員管理和統治，沒有當局批準，不許發給任何食物給予個人或船舶，只有政府官員可以按照官階每月獲得配給。
商業政策
馬六甲因為葡萄牙以海盜式的貿易政策，其作為東西交通貿易的港口地位已經一落千丈，荷蘭人統治時期，這種地位更加一去不復返。由於荷蘭人佔領的目的只是利用馬六甲壟斷馬來半島的錫米貿易，加上荷蘭人自1619年佔領巴達維亞后，便將其發展爲東方的貿易中心，很快就取代馬六甲成為重要港口，荷蘭人從來沒有想過讓馬六甲和巴達維亞相互爭衡之意。
馬六甲在荷蘭人的統治下，港口地位不曾有所恢復，主要是荷蘭人抽取比葡萄牙更為沉重的關稅，而且變動不定，甚至所徵收的稅會因國別而有所不同。同時，荷蘭人在馬六甲海峽巡邏，實行貿易壟斷政策，規定錫米、胡椒和松香等貨物不課稅，但必須廉價賣給荷蘭東印度公司，這些政策都足以令商人卻步。因此，進入馬六甲的商品極少，主要是荷蘭東印度公司需要的貨物和糧食，停泊的商船也只爲了食水補給，並不在此起卸貨物。結果導致馬六甲財政經常入不敷出，必須依賴巴達維亞的津貼；荷蘭東印度公司也不會為無法獲利的地方消耗大量金錢，港口面對泥沙淤積，也沒有進行疏浚，導致大船無法駛入，淪為只能停泊小船的小碼頭。
由於馬六甲港口地位沒落，直接影響到馬六甲海峽的重要性，而荷蘭人東來的航線是自好望角橫渡印度洋到萬丹港口，這比經馬六甲海峽需時更短，因此，巽他海峽也慢慢取代馬六甲海峽，成為歐亞交通的要道。
文化政策
荷蘭統治馬六甲的時間比葡萄牙久，但荷蘭人沒有在當地積極發展商業和傳教等事務，也不鼓勵官員士兵與當地民族通婚，因此荷蘭對馬來半島的文化沒有產生很大的作用。
歷任馬六甲首長
馬六甲是荷蘭東印度公司的一​​個殖民地。馬六甲的所有主要行政長官都是受荷蘭在巴達維亞（今雅加達）管轄，除了在拿破崙戰爭期間該城市由大英帝國統治的短暫時期。首長名單如下：