《南京大屠殺史料集》是一套匯集有關南京大屠殺事件的原始資料的多卷本叢書。該叢書由南京大學張憲文教授領銜主編，江蘇人民出版社和鳳凰出版社負責出版。從2005年開始，《南京大屠殺史料集》已陸續出版了55冊，總字數在2800萬字以上。至此，有關南京大屠殺的主體資料已大都整理公開出版，它涵蓋了加害方（日本）、受害方（中國）、第三方（西方國家）三方面的豐富史料，詳盡地、全面地記錄了日本在南京地區犯下的戰爭罪行與反人類罪行。該叢書的資料來源於多國檔案館、圖書館和其他有關史料機構，絕大多數資料均為原始文獻和第一手資料，編者根據不同內容，分編成不同專題，集冊出版。
概述
從史料來源的角度來看，大致可分為四大部分：
第一部分為加害方日本方面的史料，包括日軍官兵和隨軍記者的日記、書信、回憶，日本軍方檔案，日本國內新聞媒體的報道，日本駐寧領館、特務機關以及日本軍國主義教育方面的史料。
第二部分為受害方中國方面的史料。從1945年底到1947年初，南京計有首都警察廳、南京敵人罪行調查委員會、南京市抗戰損失調查委員會、南京大屠殺案敵人罪行調查委員會和國防部審判戰犯軍事法庭先後分別從不同的角度對南京大屠殺案進行過較為深入的社會調查。這部分資料共編成19冊。中華人民共和國成立后，特別是20世紀80年代以來 ，南京地區相關部門、專家學者和部分高校師生對南京大屠殺倖存者進行了廣泛的社會調查，這些珍貴訪談資料共6冊。除訪談資料外，部分南京大屠殺的親歷者的日記或回憶錄被編為第3冊《倖存者的日記與回憶》。史料集還收錄了以戰前南京政治經濟情況、日機轟炸和南京保衛戰、自治委員會等為主題的資料。另外，史料集還針對屍體掩埋和遇難同胞名錄兩個特殊專題進行了資料整理，第5冊為《遇難者的屍體掩埋》，第48-55冊為《遇難同胞名錄》。這8冊遇難同胞名錄採取卡片形式，以檔案文獻、口述資料及群眾來函等為基礎，收錄了大屠殺遇難者較為詳盡的個人資訊，共收錄卡片14961張、實際遇難者13000餘人。編者收錄的每一張卡片不僅標明了遇難者姓名、遇難者概況（性別、年齡、籍貫、住所、職業等）、遇難情形（被害時間、地點、方式），而且根據不同資料的性質 ，設計了九種表格，羅列了調查者、陳述人、具呈人、填報者、口述者、證人等的姓名、職業、住址、與遇難者的關係等，資訊較為豐富與詳盡。所有資訊均註明資料出處，以供專家學者考證、研究。
第三部分為第三方西方國家等方面的史料，大致由二類資料組成。第一類為南京大屠殺期間留在南京的西方目擊者的日記、書信和回憶。第二類為德國、英國和美國等國使領館的文書和西方媒體的有關報道。
第四部分為戰後遠東國際軍事法庭和南京國防部軍事法庭等方面的史料。遠東國際軍事法庭的資料包括法庭法律檔案、起訴方和辯護方的證據、檢察官的開庭詞、國際檢察局南京取證報告、判決書等。南京國防部軍事法庭的資料主要有法庭法律檔案，法庭成立概況，戰犯谷壽夫罪行總表，審判戰犯谷壽夫、向井敏明、野田巖、田中軍吉起訴和辯護材料及法庭判決書等。
另外，有關南京大屠殺的歷史影象則編為第28冊《歷史影象》。該專題以時間為序，以日軍攻佔南京、血腥暴行、屍體掩埋、國際大救援、歷史的審判和南京大屠殺真相的早期揭露為主題分為6個部分，有許多照片均為首次公佈。
分卷內容
* 南京大屠殺史料集1：戰前的南京與日機的空襲
* 南京大屠殺史料集2：南京保衛戰
* 南京大屠殺史料集3：倖存者的日記與回憶
* 南京大屠殺史料集4：美國傳教士的日記與書信
* 南京大屠殺史料集5：遇難者的屍體掩埋
* 南京大屠殺史料集6：外國媒體報道與德國使館報告
* 南京大屠殺史料集7：東京審判
* 南京大屠殺史料集8：日軍官兵日記
* 南京大屠殺史料集9：日軍官兵日記與書信
* 南京大屠殺史料集10：日軍官兵與隨軍記者回憶
* 南京大屠殺史料集11：日本軍方檔案
* 南京大屠殺史料集12：英美文書·安全區文書·自治委員會文書
* 南京大屠殺史料集13：拉貝日記
* 南京大屠殺史料集14：魏特琳日記
* 南京大屠殺史料集15：前期人口傷亡和財產損失調查
* 南京大屠殺史料集16-18：抗戰損失調查委員會調查統計
* 南京大屠殺史料集19-21：日軍罪行調查委員會調查統計
* 南京大屠殺史料集22：賠償委員會調查統計
* 南京大屠殺史料集23：南京大屠殺案市民呈文
* 南京大屠殺史料集24：南京審判
* 南京大屠殺史料集25-27：倖存者調查口述
* 南京大屠殺史料集28：歷史影象
* 南京大屠殺史料集29：國際檢查局文書美國報刊報道
* 南京大屠殺史料集30：德國使領館文書
* 南京大屠殺史料集31：英國使領館文書
* 南京大屠殺史料集32：日本軍方檔案與官兵日記
* 南京大屠殺史料集33：日軍官兵回憶
* 南京大屠殺史料集34：日本軍國教育百人斬與駐寧領館史料
* 南京大屠殺史料集35-36：南京市臨時參議會調查
* 南京大屠殺史料集37-39：倖存者調查口述續編
* 南京大屠殺史料集40：財產損失統計
* 南京大屠殺史料集41：中央機構財產損失調查
* 南京大屠殺史料集42-47：市民財產損失調查
* 南京大屠殺史料集48-55：遇難同胞名錄
圖書資訊
* 張憲文主編，經盛鴻等編.南京大屠殺史料集1：戰前的南京與日機的空襲.南京：江蘇人民出版社，2005，共425頁.
* 張憲文主編，馬振犢等編.南京大屠殺史料集2：南京保衛戰.南京：江蘇人民出版社，2005，共483頁.
* 張憲文主編，張連紅編.南京大屠殺史料集3：倖存者的日記與回憶.南京：江蘇人民出版社，2005，共612頁.
* 張憲文主編，章開沅編譯.南京大屠殺史料集4：美國傳教士的日記與書信.南京：江蘇人民出版社，2005，共394頁.
* 張憲文主編，孫宅巍編.南京大屠殺史料集5：遇難者的屍體掩埋.南京：江蘇人民出版社，2005，共420頁.
* 張憲文主編，張生編.南京大屠殺史料集6：外國媒體報道與德國使館報告.南京：江蘇人民出版社，2005，共505頁.
* 張憲文主編，楊夏鳴編.南京大屠殺史料集7：東京審判.南京：江蘇人民出版社，2005，共662頁.
* 張憲文主編，王衛星編.南京大屠殺史料集8：日軍官兵日記.南京：江蘇人民出版社，2005，共734頁.
* 張憲文主編，王衛星編.南京大屠殺史料集9：日軍官兵日記與書信.南京：江蘇人民出版社，2006，共541頁.
* 張憲文主編，王衛星編.南京大屠殺史料集10：日軍官兵與隨軍記者回憶.南京：江蘇人民出版社，2006，共539頁.
* 張憲文主編，王衛星，雷國山編.南京大屠殺史料集11：日本軍方檔案.南京：江蘇人民出版社，2006，共374頁.
* 張憲文主編，張生等編.南京大屠殺史料集12：英美文書·安全區文書·自治委員會文書.南京：江蘇人民出版社，2006，共630頁.
* 張憲文主編，德約翰·拉貝著，劉海寧等譯.南京大屠殺史料集13：拉貝日記.南京：江蘇人民出版社，2006，共598頁.
* 張憲文主編，張連紅等編譯.南京大屠殺史料集14：魏特琳日記.南京：江蘇人民出版社，鳳凰出版社，2006，共584頁.
* 張憲文主編，姜良芹，郭必強編.南京大屠殺史料集15：前期人口傷亡和財產損失調查.南京：江蘇人民出版社，2006，共432頁.
* 張憲文主編，徐康英等編.南京大屠殺史料集16：抗戰損失調查委員會調查統計（上）.南京：江蘇人民出版社，2006，共738頁.
* 張憲文主編，周紅等編.南京大屠殺史料集17：抗戰損失調查委員會調查統計（中）.南京：江蘇人民出版社，2006:739-1415頁.
* 張憲文主編，夏蓓等編.南京大屠殺史料集18：抗戰損失調查委員會調查統計（下）.南京：江蘇人民出版社，2006:1417-2039頁.
* 張憲文主編，郭必強等編.南京大屠殺史料集19：日軍罪行調查委員會調查統計（上）.南京：江蘇人民出版社，2006.
* 張憲文主編，郭必強等編.南京大屠殺史料集20：日軍罪行調查委員會調查統計（中）.南京：江蘇人民出版社，2006.
* 張憲文主編，郭必強等編.南京大屠殺史料集21：日軍罪行調查委員會調查統計（下）.南京：江蘇人民出版社，2006.
* 張憲文主編，姜良芹，郭必強編.南京大屠殺史料集22：賠償委員會調查統計.南京：江蘇人民出版社，2006，共688頁.
* 張憲文主編.南京大屠殺史料集23：南京大屠殺案市民呈文.南京：江蘇人民出版社，2006，共766頁.ISBN 7214042452，ISBN 9787214042453
* 張憲文主編，胡菊蓉編.南京大屠殺史料集24：南京審判.南京：江蘇人民出版社，2006，共14535頁.
* 張憲文主編，張連紅，張生編.南京大屠殺史料集25：倖存者調查口述（上）.南京：江蘇人民出版社，2006，共462頁.
* 張憲文主編，張連紅，戴袁支編.南京大屠殺史料集26：倖存者調查口述（中）.南京：江蘇人民出版社，2006：464-956頁.
* 張憲文主編，費仲興，張連紅編.南京大屠殺史料集27：倖存者調查口述（下）.南京：江蘇人民出版社，2006：958-1460頁.
* 張憲文主編，曹必宏等編.南京大屠殺史料集28：歷史影象.南京：江蘇人民出版社，2006，共487頁.
* 張憲文主編，楊夏鳴，張生編.南京大屠殺史料集29：國際檢察局文書·美國報刊報道.楊夏鳴，文俊雄，錢彩琴譯.南京：江蘇人民出版社，2007，共724頁.
* 張憲文主編，陳謙平，張連紅，戴袁支編.南京大屠殺史料集30：德國使領館文書.鄭壽康譯.南京：江蘇人民出版社，2007，共15454頁.
* 張憲文主編，張連紅，陳謙平編.南京大屠殺史料集31：英國使領館文書.仇蓓玲，秦文華等譯.南京：江蘇人民出版社，2007，共14564頁.
* 張憲文主編，王衛星編.南京大屠殺史料集32：日本軍方檔案與官兵日記.葉琳，吳立新等譯.南京：江蘇人民出版社，2007，共467頁.
* 張憲文主編，王衛星編.南京大屠殺史料集33：日軍官兵回憶.葉琳，劉軍，羅文文等譯.南京：江蘇人民出版社，2007，共464頁.
* 張憲文主編，張生，曹大臣，雷國山編.南京大屠殺史料集34：日本軍國教育·百人斬與駐寧領館史料.雷國山，李斌等譯.南京：江蘇人民出版社，2007，共17507頁.
* 張憲文主編，姜良芹，郭必強，呂晶編.南京大屠殺史料集40：財產損失統計.南京：江蘇人民出版社，2007，共596頁.
* 張憲文主編，姜良芹，郭必強，呂晶編.南京大屠殺史料集41：中央機構財產損失調查.南京：江蘇人民出版社，2007，共714頁.