索馬里內戰（阿拉伯語：الحرب الأهلية الصومالية；英語：Somali Civil War）是指索馬里從1991年持續至今的武裝衝突。
總統垮臺 雙方混戰（1986–1992年）
內戰第一階段，源於反對索馬里穆罕默德·西亞德·巴雷總統高壓政權的叛亂。1991年巴雷總統被推翻后，發生了一場反革命，企圖令他能夠重新領導國家。
然而越來越多的暴力事件，令混亂的局面演變成為一場人道主義危機，而全國則陷於無政府狀態。1991年，索馬里蘭共和國宣佈獨立，以設法與產生更多激戰的南部地區有所隔絕。索馬里蘭共和國並未獲得國際社會的正式承認。其疆域主要在索馬利亞的西北部地區，介於吉布提共和國和索馬里東北部邦特蘭地區之間。
聯合國介入 減輕饑荒（1992-1995年）
聯合國安理會根據第733號決議案和聯合國安理會第746號決議案，組織第一期聯合國索馬里行動，首要任務是向索馬里人民提供人道主義救濟行動，並幫助已經解散中央政府的索馬里恢復社會秩序。
安理會於1992年12月3日，一致通過第794號決議案，批準成立以美國為首的聯合國索馬里維和部隊。其任務是確保人道主義援助物品能夠實際分發到當地居民的手裡，並且在索馬里重建和平的社會。聯合國索馬里維和部隊于1993年抵達索馬里，並開始一項為期兩年的工作，以減輕饑荒問題。
對美國的批評則指出：「在親美總統穆罕默德·西亞德·巴雷于1991年被推翻之前，索馬里全國幾乎三分之二土地的石油開採權都落在剛果石油公司、阿莫可石油公司、雪佛龍油氣公司及雪佛龍飛利浦聯合化學公司等美國大石油公司的手裡。」
剛果石油公司在美國海軍陸戰隊登陸之前，出借它在摩加迪沙公司的樓房給Embassy of the United States, Mogadishu當臨時行館也有一些日子。而且最初美國布希總統政府團隊的特使團也用這座樓房作為臨時總部。然而，美方並不是為人道理由來幫助索馬里，而是爲了獲得石油開採權才介入索馬里。並未證實索馬里有油藏，不過在脫離中央的邦特蘭地區被認為可能有些油藏量，然而至今石油的探查結果仍然存有爭議。索馬里過渡聯邦政府（TFG）已經警告過投資者，除非國家情況回覆到像以前一樣的穩定，否則不要進行投資。
1993年6月及10月之間，摩加迪休地方軍閥部隊與聯合國索馬里維和部隊之間爆發多場槍戰，結果造成24名巴基斯坦軍士兵與19名美軍士兵死亡（全部美國士兵陣亡31名）。大多數陣亡的維和部隊及美國部隊士兵均陣亡于摩加迪休之戰，也有超過1,000名索馬里地方軍閥士兵死於這場戰役。這場戰役隨後改寫成小說《黑鷹墜落》及拍成電影黑鷹墜落。聯合國索馬里維和部隊隨後于1995年3月3日撤出索馬里，不過也已經造成相當人員的傷亡。
四分五裂 爭取自治（1998-2006年）
1998年至2006年間，索馬里境內有不少地區發表獨立宣言。不過這些地區不像索馬里蘭宣告脫離索馬里，而只是想要自治。
1998年，邦特蘭宣佈「臨時」獨立，並表示它將會參加任何索馬里的和解調停，組成新的中央政府。同年，南方的朱巴蘭也宣告獨立。
第三個宣告獨立的組織是1999年成立的拉漢文抵抗軍（RRA），此組織活動地區是邦特蘭的邊界沿線一帶。這次RRA「短暫」的分離行動于2002年重申。接著就有索馬里西南國的獨立出現。1999年，RRA早就已經對索馬里中央及南部地區拜州及巴科勒州進行行政上的獨立自治。而朱巴蘭地區顯示出被索馬里西南國所圍繞，也因此她的政治地位到目前為止還不明朗。
第四支宣告獨立的組織是2006年由加勒穆杜格地區針對聯合伊斯蘭法庭的武裝力量的增強而宣佈。儘管索馬里蘭脫離索馬里走向宣佈完全獨立的道路，但被許多索馬里人視為一個自治政府實體。
而在1998到2006年期間，也出現不同的軍事調停行動會議，目的是為針對各方武力消長所推出來的方案。這些調停行動會議有泛部族間的過渡國家政府（TNG）、索馬里和解與重建委員會（SRRC）等，這些調停組織最終也打下了2004年11月建立的索馬里過渡聯邦政府（TFG）的基礎。然而，這段期間軍閥及部族間的暴亂衝突仍然持續著，而這時所謂國家軍事力量的控制能力也僅僅稍微及於索馬里各地區。
伊斯蘭法庭興衰 衣索比亞介入 組過渡政府（2006–2009年）
2004年，索馬里過渡聯邦政府（TFG）于肯尼亞內羅畢建立。索馬里的局勢仍然過於混亂，以致各武裝派系還是不能意見一致地在摩加迪沙開會商討統一大計。之後在2006年初，TFG進一步在拜多亞建立臨時政府。
同時在2006年初，出現一個名為恢復和平與反恐聯盟（ARPCT）的組織，是由非宗教性、以摩加迪沙為基地的軍閥組成的武裝團體。ARPCT組織反對以伊斯蘭教法為導向的聯合伊斯蘭法庭（ICU）的崛起，其時ICU已經在迅速加強武力。ARPCT還得到來自美國中央情報局的金援。也因此，整個地區情勢更加嚴峻，進一步地導致首都地區的衝突不斷提升。
聯合伊斯蘭法庭的勢力膨脹
至2006年6月，ICU于摩加迪休戰役后成功奪取首都摩加迪休，並將ARPCT逐出摩加迪休，之後成功說服或以武力強迫其他軍閥加入他們這一派。在他們打到邦特蘭邊界地區以及接收朱巴蘭南區及中區之後，ICU的勢力逐漸擴大。
伊斯蘭基本教義派不斷增強力量，伊斯蘭好戰份子不斷擴大伊斯蘭基本教義派與索馬里其它派系間的軍事衝突。其它派系包括索馬里過渡聯邦政府（TFG），邦特蘭以及加勒穆杜格，後者這些派系組成自治政府，其目的著重於抵抗伊斯蘭基本教義派組織的武裝攻擊。如此嚴峻的情勢，也導致埃塞俄比亞的介入。衣國的立場是支援非宗教性的索馬里武裝組織。ICU也聲稱獲得埃塞俄比亞的對手厄立特里亞及外國聖戰者的支援，還針對埃塞俄比亞佔領了索馬里的蓋多州以及在拜多亞周圍地區部署軍隊的行動而發起聖戰。
聯合伊斯蘭法庭對埃塞俄比亞介入的戰鬥及潰敗
2006年12月，ICU與TFG開戰，此役名為拜多亞戰役。戰鬥涉及索馬里穆杜格州地區的城鎮班迪拉德里與希蘭州地區的城鎮貝蘭德文等地。ICU主要作戰目的是用武力將埃塞俄比亞武裝部隊逐出索馬里領土。然而，ICU在所有的主要戰役均被擊敗，接著被迫撤出摩加迪休。12月27日喬哈爾戰役中經過最後的短暫戰鬥之後，ICU的領導下臺。
緊接著吉利布戰役在2006年12月31日開始，基斯馬尤因此在2007年1月1日落到TFG及埃塞俄比亞武裝部隊的手裡。總理阿里·穆罕默德·蓋地呼籲全國進行索馬里非武裝化。
美國的介入
2007年1月，自聯合國在1990年代開始在索馬里軍事部署以來，美國官方第一次軍事介入調停行動。此次軍事調停行動是由美國空軍AC-130空中砲艇對伊斯蘭基本教義派所盤據的拉斯坎坡里地區進行空襲行動，其中部分的計劃是要擒捉或是擊殺這些基地組織的活動分子。這些活動分子大都潛伏在ICU武裝組織當中。不確定的報告也指出，美軍顧問自戰爭開打以來、就出現在埃塞俄比亞以及索馬里過渡聯合政府（TFG）的武裝部隊里。美國海軍也部署在近海地區，以防止伊斯蘭叛亂分子從海路逃竄，而且與肯尼亞交界地區亦被封鎖，非經許可不得進出。
伊斯蘭基本教義派的叛亂與部族間的戰鬥再起
ICU武裝組織的部隊一從戰場上潰敗下來，這些殘兵敗將就轉而開始進行遊擊戰，持續對抗埃塞俄比亞以及索馬里過渡聯合政府（TFG）的武裝部隊。同時，隨著對ICU戰事的結束，原有的部族間衝突也繼續進行。
爲了建立地區安全，一項名為非洲聯盟駐索馬里特派團（AMISOM）的提案授權向索馬里派遣多達8,000人的維安部隊。這次行動任務擴大非洲國家間的軍事活動領域，也分擔早期由政府間發展管理局（IGAD）下非洲之角國家間組織所籌劃的軍事行動任務。
失去佔領區后，ICU內部發生分裂，強硬派堅持武裝鬥爭，進而成立了伊斯蘭黨（領導為哈山·達伊爾·阿維斯），而ICU也分裂出青年側翼派系伊斯蘭青年黨（為ICU的側翼「青年黨部」；領導為莫克塔·阿里·祖貝爾）等之組織。而這些與ICU有關聯的伊斯蘭基本教義派組織也不斷的籌劃進行各種叛亂、綁架等行動，誓言推翻謝赫·謝里夫·謝赫·艾哈邁德總統及歐馬·阿布迪拉夏得·阿里·夏爾馬克總理所帶領的TFG政府，也堅決反對外國軍隊駐紮在索馬里。
索馬里戰事（2009年）
埃塞俄比亞軍隊撤出后，以索馬里聯邦軍成為今後戰爭的主力，並在之後從極端武裝手中奪取了80%的土地。自從1989年西亞德政權被推翻后，統治索馬里的不是各種混亂的民兵組織，就是殘暴的極端分子，而聯邦政府給這個國家帶來了希望。他們曾經風雨飄搖，被認為很快就會滅亡，但經過9年的戰鬥，他們成功崛起。由於中央權威的重新確立，除了索馬里蘭之外的其他省邦都加入了聯邦。
2009年1月1日：在摩加迪沙以南18英里的Afgoi地區，一位索馬里記者記錄了一場發生在極端武裝和溫和派穆斯林之間的戰鬥，傷亡不明。一名聯邦政府議員在Baidoa被暗殺。1月2日：極端武裝襲擊了Bakara Market，殺死8名平民。3日：在摩加迪沙以北270英里的Guri'el，擁護聯邦的溫和派穆斯林民兵與極端武裝爆發了戰鬥，3名聯邦民兵與2名極端武裝死亡。4日：40名平民死於Galgaduud地區的戰爭。5日：埃塞俄比亞軍隊將極端武裝逐出Qansah Dheere，一名士兵陣亡。6日：聯軍與極端武裝在Guriel戰鬥，4名聯邦民兵與2名極端武裝死亡。25日：埃塞俄比亞軍隊完全撤出索馬里。
4月2日：一艘外國海軍戰艦在邦特蘭沿海向海盜開火，殺死一名海盜。5日：聯軍發現並殺死了一名極端武裝。在Lower Jubba鎮，一些青年黨士兵與他們的指揮官發生衝突，4人死亡，超過10人受傷,。12日：美國特種部隊從亞丁灣解救了一名被海盜綁架的海員，並打死3名海盜。22日：聯邦軍收復了中部的一座城鎮，一名士兵陣亡，3名極端分子被打死。
5月7日-14日：極端武裝在首都大舉進攻，經過7天的戰鬥，聯軍擊退了極端武裝，18名聯邦民兵和29名極端武裝死亡。13日-15日：極端武裝攻擊了中部的Mahas鎮，2名聯邦軍和2名極端武裝陣亡。隨後極端武裝奪取了該鎮周邊的一些村莊，4名聯邦軍和5名極端武裝陣亡。15日-17日：在貫穿整個中部的戰鬥中，極端武裝遭受大敗，47人被打死，聯邦軍僅損失2人。極端武裝奪取了首都北部的Jowhar鎮，3名聯邦民兵陣亡。22日-23日：聯邦軍在首都發起攻勢，Bakarra區的極端武裝投降，13名極端武裝被打死，4名聯邦軍陣亡。24日，一名極端分子駕駛SUV試圖自殺式襲擊聯邦軍營，但是他在接近軍營時被打死。26日，伊斯蘭法院聯盟與青年黨在Jowher火拚，各有5人死亡。27日，7名極端武裝在首都的戰鬥中死亡。28日，極端武裝襲擊了聯軍的一隻運輸隊，4名聯軍和4名極端武裝死亡。
6月1日-4日，聯邦軍在首都摩加迪沙北部發起攻勢，攻佔了一些街區，至此他們控制了首都18個區中的16個。13名聯邦軍和10名極端武裝死亡。5日，極端武裝攻佔了索馬里中部的Wabho鎮，20名聯邦民兵和10名極端武裝死亡。6日，Wabho鎮的鄉村激戰繼續，11名聯邦民兵和14名極端武裝死亡。17日摩加迪沙爆發戰鬥，2名聯邦軍和1名極端武裝死亡。
7月12日，極端武裝在攻打摩加迪沙北部的Villa區的戰鬥中遭受大敗，40人死亡，聯軍陣亡6人，其中3人是聯邦軍。22日，在首都摩加迪沙北部和南部相繼爆發戰鬥，聯邦軍陣亡3人，極端武裝死亡3人。22日-23日，Wahbo鎮戰火再起，6名聯邦民兵和10名極端武裝死亡。
索馬里戰事（2010年）
2010年3月12日索馬里政府軍（TFG）在非洲聯盟駐索馬里特派團部隊的火力支援下和反政府武裝組織在首都摩加迪沙持續地進行戰鬥，自10日以來已造成約60人死亡。200多名重武裝的伊斯蘭黨分子于2010年5月2日清晨未發一槍一彈就長驅直入索馬利亞海盜的主要根據地哈拉代雷鎮，並佔領警察局等戰略要地。
伊斯蘭黨領導哈山·達伊爾·阿維斯告訴英國廣播公司，伊斯蘭黨要在當地實施嚴格的伊斯蘭教法來結束海盜行為。索馬里青年黨于2010年8月23日下午攻擊首都摩加迪休市區木訥大飯店並開槍掃射造成大量傷亡。
索馬里通訊部公佈的死亡人數為31人。索馬里第二副總理易卜拉欣告訴記者，攻擊造成19名平民、6名過渡議會議員、5名安全部隊人員、2名酒店工人，和2名伊斯蘭青年黨攻擊者死亡。截至當天下午15點，死亡人數已經上升到33人，議員的死亡人數達到10人。據醫生統計，受傷人數超過了100人。英國廣播公司報導，伊斯蘭青年黨發言人Sheikh Ali Mohamoud Rage表示，攻擊行動為該黨「特戰部隊」所做。事後，索馬利亞副總理伊比斥責「伊斯蘭青年黨」在伊斯蘭賴買丹月遂行攻擊。
2010年的索馬里情勢已造成索馬里的地方政府及伊斯蘭黨、伊斯蘭青年黨各方勢力都盤算要和索馬里海盜集團聯合陣線，以強固擴張己方的地盤及利益。不過有的海盜集團強調建立自己的武力，據穆杜格州荷比歐港的海盜頭子默罕默德·噶凡吉說他們用擄船贖金建立一小型步兵師可以用來捍衛自己的利益，以抵禦伊斯蘭黨、伊斯蘭青年黨的進襲。
索馬里戰事（2011年）
摘要：聯邦軍在首都和南部取得一些進展，南部省邦朱巴蘭在在與極端武裝的戰鬥中崛起，後來與聯邦中央合併。
2月22-23日：首都地區爆發激戰，86名聯邦軍陣亡，68名極端武裝死亡。26日，聯邦軍奪取Wardhumadle鎮，打死25名極端武裝。
3月5日，聯軍奪取Bulo Hawo鎮，此時該鎮已被極端武裝佔據多年。聯軍和極端武裝各有50-60人死亡。10日，摩加迪沙激戰，聯邦軍和極端武裝共計20人死亡。13日，在Beledweyne的戰鬥中，幾名聯邦軍和十幾名極端武裝死亡。20日，極端武裝在Dhobley鎮損失慘重，死亡35人，聯邦軍陣亡3人。28日，摩加迪沙激戰，今年以來首都摩加迪沙已經多次發生激戰，極端武裝急於挽回他們在首都附近的頹勢。58名聯邦士兵和51名極端武裝死亡。
4月1日，有17名聯邦軍和21名極端武裝在首都的戰鬥中死亡。3日，聯邦軍攻佔Dhobley鎮和Liboi鎮，77名聯邦士兵和44名極端武裝死亡。8日，非洲聯盟援軍在首都的戰鬥中大敗極端武裝，以6人的代價殺死45名極端武裝。27日，Gedo地區，聯邦軍在抵抗極端武裝進攻的戰鬥中獲勝，81名聯邦軍陣亡，165名極端武裝被打死。
11月24日，索馬里南部的Wamaitho，Kisima和Hawina相繼爆發戰鬥，聯軍摧毀了兩個極端武裝的訓練營，10名極端武裝被打死，8名被打傷。
12月20日，聯軍攻克了Hosungow鎮打死了包括一名指揮官在內的18名極端武裝。
索馬里戰事（2012年）
聯邦政府在西部，南部地區逐漸壯大。首都聯邦軍不斷擴大地盤並打通了和西南部地區聯邦軍的交通線。
索馬里戰事（2013年）
首都聯邦軍打通了和中部地區聯邦軍的交通線，將極端武裝分為三塊。
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