伊斯蘭教到達印度尼西亞以及伊斯蘭教在印度尼西亞的傳播的歷史，並不是清晰明確的。一種理論聲稱，伊斯蘭教是在9世紀之前，直接從阿拉伯到達印度尼西亞的，而另一種理論卻將伊斯蘭教的到達歸功於蘇非派商人及宣教者們：在12或13世紀，這些人要麼是從印度的古吉拉特，要麼是直接從中東，將伊斯蘭教帶到了印度尼西亞群島。而在伊斯蘭教到來之前，印度尼西亞的主流宗教是印度教（尤其是其濕婆信仰傳統）和佛教。
起初，伊斯蘭教的傳播是緩慢而逐步的。儘管相關的史學檔案並不完善，然而有限的證據暗示了在15世紀，伊斯蘭教的傳播加快了步伐。與此同時，位於今天的馬來西亞的馬來半島上的馬六甲蘇丹國的軍事實力也正在快速提升，而其他的伊斯蘭教蘇丹國們在諸多因素的幫助下，也支配了這一地區。這些因素包括一幕幕的穆斯林政變事件——比如1446年的政變，包括穆斯林的戰爭，還包括穆斯林對海上貿易及終極市場的較大控制。在1511年期間，托梅·皮雷斯在北爪哇海岸發現了萬物有靈論者和穆斯林。一些統治者是伊斯蘭化的穆斯林，其餘的則遵循舊的印度教和佛教傳統。在馬打蘭的阿貢蘇丹統治期間，印度尼西亞的大多數舊印度教-佛教王國都至少已經名義上地皈依了伊斯蘭教。在1605年，望加錫成爲了最後一個如此做的國家。在滿者伯夷帝國毀滅后，巴厘成爲了從爪哇逃難而來的印度教上層階級——婆羅門——以及他們的追隨者們的避難所。這些人因此將爪哇的印度教文化轉變到了巴厘。印度教與佛教仍然存在於東爪哇的一些地區，並且在這些地方，它們還與萬物有靈論相融合。它們的傳統也仍在東爪哇和中爪哇持續，而早先在中爪哇，它們還曾有過動搖。在印度尼西亞的其他島嶼中的一些遙遠的地區，萬物有靈論也被人們所遵從。
伊斯蘭教在印度尼西亞東部島嶼的傳播在1605年被記載了下來。當時，有三位來自望加錫的虔誠的伊斯蘭教男子，他們被合稱為「拿督塔盧」。他們是達托裡·班當（阿卜杜勒·馬克穆爾或哈蒂布·通加爾）、達托裡·帕蒂芒（蘇萊曼·阿里或哈蒂布·蘇隆）及達托裡·蒂羅（阿卜杜勒·查瓦德或哈蒂布·邦蘇）。根據克里斯蒂安·佩爾拉斯（Christian Pelras）（1985年）所述，「拿督塔盧」讓戈瓦和塔洛的國王皈依了伊斯蘭教並將他們的名字改爲了「穆罕默德蘇丹」。
伊斯蘭教的傳播起初是被不斷增長的貿易所驅使的。這些貿易聯繫著群島以外的世界。貿易者們和那些大型王國的王族成員們通常是第一批皈依伊斯蘭教的人。在這些國家中，處於優勢地位的王國們包括中爪哇的馬打蘭，以及東邊的馬魯古群島的特爾納特蘇丹國和蒂多雷蘇丹國。到13世紀末時，伊斯蘭教已經在蘇門答臘北部確立；到14世紀時，已經確立于馬來半島東北部、文萊、菲律賓南部及東爪哇的一些朝臣之中；到15世紀時，則已經確立于馬六甲和馬來半島的其他地區。儘管已被知曉的是，伊斯蘭教的傳播始於印度尼西亞群島的西部，然而零碎的證據卻暗示並沒有一股皈依的滾滾浪潮貫穿了各相鄰的區域；相反地，這些證據卻暗示了這一過程是複雜而緩慢的。
儘管伊斯蘭教的到來在印度尼西亞歷史中是最重要的發展階段之一，然而相關的史學證據卻是零碎的，並且普遍資訊量不足，以至於只能有限地弄清楚伊斯蘭教是如何到達印度尼西亞的。關於印度尼西亞人的信仰轉變，有哪些結論可以被推斷出來，這在學者們之中有著相當大的爭論。3至少在伊斯蘭教傳播過程的較早階段，關於它的傳播的主要的證據是一些墓碑和一些旅行者們的記述，但是這些證據只能顯示土生土長的穆斯林們在某一時期位於某一個地點。這些證據並不能解釋那些更復雜的事件，例如人們的生活方式是如何被這一新宗教影響，或者這一宗教對社會各界的影響有多麼深。伊斯蘭教傳入印度尼西亞的過程不可能是教隨君定：比如說，因為一位統治者被知道是一名穆斯林，這一地區就接受伊斯蘭教了。如果是這樣的話，這一地區的伊斯蘭化的過程就是完整的了。相反地，在印度尼西亞，伊斯蘭化的過程是連續不斷的，並且持續到今天也是如此。然而，在伊斯蘭教的傳播過程中，出現過一個明顯的轉折點，在當時，爪哇的印度教徒國家滿者伯夷陷落在了伊斯蘭化的淡目蘇丹國手中。在1527年，穆斯林統治者將新征服的巽他格拉巴重新命名爲了「查雅加達」（意為「珍貴的勝利」），而它的名字最終被縮爲了「雅加達」。隨著這場征服，同化也快速地增加了。
早期歷史
薩穆德拉帕賽蘇丹國地圖
3在古蹟的發掘與保護的資源分配方面，印度尼西亞的殖民地政府和共和國政府都已偏愛了爪哇的那些印度教和佛教遺址，卻更少地重視印度尼西亞的早期的伊斯蘭教歷史。公共的和私人的資金，都被花費于新清真寺的建造，而不是對舊清真寺的勘查。
在伊斯蘭教在印度尼西亞公眾中確立之前，穆斯林貿易者們已經出現了幾個世紀了。里克萊夫斯（Ricklefs）（1991年）確認了印度尼西亞的伊斯蘭化中發生了的兩個部份重疊的過程：（1）印度尼西亞人蔘與了與伊斯蘭教的接觸並皈依了伊斯蘭教，以及（2）外來的亞洲穆斯林們（印度人、中國人、阿拉伯人等）定居於印度尼西亞並與當地公眾混合。從伊斯蘭教時代的早期開始，伊斯蘭教就被認為已經出現在了東南亞。從伊斯蘭教的第三位哈里發奧斯曼（644-656）的在位時期起，穆斯林特使與商人們便開始抵達中國，而他們肯定從伊斯蘭世界途經了印度尼西亞的海上道路。從904年到12世紀中期，在這期間，阿拉伯的特使們被認為已涉入了蘇門答臘的貿易國家室利佛逝，而這一過程也應該貫穿了印度尼西亞人與伊斯蘭教的接觸的過程。
關於印度尼西亞群島的最早的記述可以追溯到阿拔斯哈里發國時期。根據那些早期的記述，印度尼西亞群島在早期的穆斯林船員中十分有名，這主要是因為它有大量的珍貴的香料貿易商品，例如肉豆蔻、丁香、山奈和許多其他的香料。
不過，外國穆斯林在印度尼西亞的出現並沒有顯示出很大程度上的地方性的信仰轉變，或者地方性的伊斯蘭國家的建立。3伊斯蘭教在印度尼西亞的早期的傳播的最可信的證據來自於墓碑的碑文和數量有限的旅行者的記述。在那些有著字跡清晰的銘文的墓碑之中，最早的一塊來自回曆475年（公元1082年）。然而，因為它屬於一位不是印度尼西亞人的穆斯林，所以說關於它是不是在之後的某個時候被運送到爪哇來的，這是有疑問的。關於印度尼西亞人穆斯林的第一個證據來自蘇門答臘北部；馬可·波羅在1292年他在從中國回家的路上，至少報道過一座穆斯林城鎮；而關於穆斯林王朝的第一個證據則是一塊墓碑。它來自回曆696年（公元1297年），屬於Malikussaleh蘇丹。他是薩穆德拉帕賽蘇丹國的第一位穆斯林統治者。此外，進一步還有別的墓碑，它們表明了持續不斷的伊斯蘭教統治。沙斐儀派思想在後來支配了印度尼西亞。而關於沙斐儀派思想的出現，則曾在1346年被摩洛哥旅行者伊本·白圖泰所報道過。在其旅行日誌中，伊本·白圖泰寫道，薩穆德拉帕賽的統治者是一位穆斯林，並且他以最大的熱誠履行他的宗教職責。他使用的是沙斐儀的思想學派，跟伊本·白圖泰在印度所見過的那些學派有著相似的習俗。
鄭和下西洋的影響
鄭和的一項成就是讓華人穆斯林社群定居在了巨港，以及爪哇島、馬來半島和菲律賓的沿岸地區。這些穆斯林據稱遵循的是使用中文的哈乃斐派。這一華人穆斯林社群由顏英裕哈只所領導，他鼓勵他的追隨者們被同化以及取當地的名字。
鄭和（1371-1433或1435），本名馬和，是中國明朝早期的一名回族宮廷太監、水手、探險家、外交官，以及艦隊隊長。從1405年到1433年，鄭和指揮了到東南亞、南亞、西亞和東非的航海遠征。他的大船們長度達到了400英尺（121.92米）相比之下，哥倫布的聖瑪利亞號是85英尺（25.908米）。這些船有著四層甲板，共運載了數百名船員。鄭和曾幫助過永樂皇帝篡位。作為永樂皇帝的親信，他升到了帝國統治集團的頂端，並作為南方首都南京（首都之後被永樂皇帝遷到了北京）的指揮官而進行服務。鄭和的航海在中國官方的史書中被長久忽視，但是自從梁啓超的《祖國大航海家鄭和傳》在1904年出版之後，便變得中外聞名。在那之後不久，這位航海家留下的一根三種語言的石柱就在斯里蘭卡島被發現了。
按地區
最初被相信的是，伊斯蘭教滲透入印度尼西亞社會是主要以和平的方式，而從14世紀到19世紀末，這片群島幾乎沒見到過有組織的穆斯林傳教活動。之後，學者們的研究結果們說，爪哇的一些部分，即巽他人的西爪哇，以及東爪哇的滿者伯夷王國，是被爪哇穆斯林們征服的。印度教徒-佛教徒的巽他人王國帕查查蘭是在16世紀的穆斯林征服活動中被征服的，而東爪哇的穆斯林的海岸部分和印度教徒-佛教徒的內陸部分則經常打仗。8伊斯蘭教的有組織的傳播也是明顯的，那就是「九聖」（九位神聖的元老）的存在。他們的一項成就就是在這一時期讓印度尼西亞伊斯蘭化。
北蘇門答臘
證明了持續的文化過渡的更為堅實的證據來自兩個14世紀晚期的墓碑。它們來自北蘇門答臘的Minye Tujoh，都有著伊斯蘭教的銘刻，但是一個用的是印度式的字型，另一個則是阿拉伯式的。從14世紀開始，文萊、登嘉樓（馬來西亞東北部）和東爪哇的墓石們成爲了伊斯蘭教傳播的證據。在登嘉樓的墓石中，比起阿拉伯文字，梵文更處於一個優勢地位，這暗中表示了伊斯蘭教法的引入。根據鄭和的年代史編者兼翻譯馬歡寫的記述《瀛涯勝覽》（1433年）：「蘇門答臘北部的主要國家們都已經是伊斯蘭教蘇丹國。在1414年，他造訪了馬六甲蘇丹國。其統治者伊斯坎德爾·沙是位穆斯林並且他的子民們也是，並且他們是非常嚴格的信徒。」
佐漢·夏（Johan Syah）蘇丹的孫子菲爾曼·夏（Firman Syah）蘇丹的墓石位於坎蓬潘德（Kampong Pande）。墓石上面的銘文宣稱，班達亞齊是亞齊達魯薩蘭王國的首都，而這塊墓石是在佐漢·夏蘇丹擊敗了首都是班達爾拉穆里（Bandar Lamuri）的印度教徒和佛教徒的因德拉普爾巴（Indra Purba）王國之後，由這位蘇丹在回曆九月一日星期五（1205年4月22日）建造的。北蘇門答臘進一步有伊斯蘭教國家建立，可由15世紀晚期和16世紀的墓穴們來證明。它們包括珀迪爾（Pedir）的第一位和第二位蘇丹的墓穴：穆扎法爾·夏（Muzaffar Syah）（埋葬于1497年）的和馬魯夫·夏（Ma'ruf Syah）（埋葬于1511年）的。亞齊成立於16世紀早期，並且將在之後成為最強大的北蘇門答臘國家和整個馬來群島的最強大的國家之一。亞齊帝國的首位蘇丹是阿里·穆格哈亞特·夏，他的墓石被確定屬於1530年。
葡萄牙藥劑師托梅·皮雷斯從1512年到1515年造訪了爪哇和蘇門答臘。他的書為他對這兩個地方的觀察提供了檔案。這本書被視為關於伊斯蘭教在印度尼西亞的傳播的最重要的原始資料之一。在1520年，阿里·穆格哈亞特·夏開始了意圖控制蘇門答臘北部的軍事活動。他征服了達亞（Daya）並讓當地人民屈服於伊斯蘭教。進一步的征服向下延伸到了東部海岸，比如皮迪耶和帕賽吞併了一些產胡椒和產黃金的地區。這些地區的新增部分最終在這個蘇丹國內部導致了國內緊張局勢，因為亞齊的強大在於它是一個交易港口，它的經濟利益隨生產港口的利益的變化而變化。
在這一時期，根據皮雷斯的記述，大多數蘇門答臘王國都是穆斯林；從亞齊，向南沿著東海岸到巨港，統治者們都是穆斯林，而巨港的南部，以及蘇門答臘南端周圍，還有向上到西海岸，這些地方的統治者們大多都不是穆斯林。在其他的蘇門答臘王國，比如帕賽和米南卡保，其統治者是穆斯林，而在那一階段，他們的臣民和鄰近地區的人民則不是穆斯林。不過，據報道，這一宗教當時正在不斷地獲得新的擁護者們。
在葡萄牙殖民地居民們到達之後，對香料貿易的控制也變得局勢緊張。在那之後，亞齊人的蘇丹Alauddin al-Kahar（1539-1571）在1564年派出了使者去找奧斯曼蘇丹蘇萊曼大帝，請求奧斯曼支援對抗葡萄牙帝國。奧斯曼人之後派遣出了他們的海軍將官Kurtoğlu Hızır Reis。他帶著一支22艘戰艦的部隊揚帆起航。這些船隻運載了士兵、軍事裝備和其他的補給。根據葡萄牙海軍將官費爾南·門德斯·平托所寫的記述，第一支抵達了亞齊的奧斯曼艦隊是由一些土耳其人組成的，並且他們大部分是來自那些印度洋港口的穆斯林。
東蘇門答臘與馬來半島
馬六甲蘇丹國大約是在15世紀初由拜里迷蘇剌蘇丹建立的。這個重要的馬來人的貿易國家是東南亞群島的最重要的貿易中心，它也是外國穆斯林的一個中心，而且它由此成爲了伊斯蘭教傳播的一個支持者。拜里迷蘇剌本人也聞名於他皈依了伊斯蘭教，並且在中國回族艦隊隊長鄭和到來之後，他改名爲了伊斯坎德爾·沙。從馬六甲到別的地方，都有墓碑倖存下來。這些墓碑不僅顯示了伊斯蘭教在馬來群島的傳播，還顯示了與這一宗教相關的一些文化以及在15世紀晚期的他們的統治者們。
中爪哇與東爪哇
在東爪哇，回溯到1369年，有一系列的大量的墓碑，它們是以古爪哇文銘刻的，而不是以阿拉伯文。這表示了這些墓碑幾乎無疑是爪哇人的，而不是外國穆斯林的。這些墓穴有著精巧的裝飾物，並且它們接近於之前的那個印度教徒-佛教徒的國家滿者伯夷的首都的舊址，因此達邁（Damais）推斷出，這些墓穴屬於一些非常卓越的爪哇人，也許他們甚至是王室成員。這暗示了當印度教徒-佛教徒的滿者伯夷處於它的鼎盛之時，一些爪哇精英在這一時期接受了伊斯蘭教。
里克萊夫斯（1991年）主張稱，這些東爪哇的墓碑，坐落於非沿海的滿者伯夷，時間上也屬於非沿海的滿者伯夷，所以爪哇的伊斯蘭教發源于海岸這一長期被持有的觀點受到了他的懷疑，而伊斯蘭教表現爲這個王國的政治上和宗教上的對立者，這一觀點也受到了他的懷疑。滿者伯夷在政治上和貿易上都接觸到了很遠的地方，這樣的一個王國應該幾乎無疑地同穆斯林貿易者們有著接觸。不過，這個王國的老於世故的朝臣們被商人們的一種宗教所吸引，這種可能性是存在著相關推測的。確是如此，信奉神秘主義的蘇非派穆斯林導師們，被認為是改變爪哇宮廷精英的宗教信仰的更可能的代理人。蘇非派的導師們可能會宣稱有超自然的能力（「聖蹟」），而對於印度教和佛教的神秘主義觀點，爪哇宮廷精英們長期都有著友好的態度。5
中爪哇與東爪哇，是爪哇族人生活的地方，而居於東爪哇內地的達哈的印度教徒-佛教徒國王仍然宣稱這些地方歸他所有。不過，像泗水這樣的海岸地區，已經伊斯蘭化並且經常和除了Tuban之外的內地地區交戰，而廚閩仍然對印度教徒-佛教徒國王保持著忠心。海岸地區的一些穆斯林領主們，都是皈依了的爪哇人，或者華人、印度人、阿拉伯人和馬來人穆斯林，這些人已經在海岸地區定居並且建立了他們的貿易國家。穆斯林海岸和印度教徒-佛教徒內地的這場戰爭在淡目蘇丹國攻陷了滿者伯夷之後，仍然持續了很久，而且在兩個地方都接受了伊斯蘭教之後，雙方的仇恨也仍然持續了很久。8
爪哇北海岸的人們何時接受了伊斯蘭教，這是不清楚的。中國的永樂皇帝的外交使節，華人穆斯林馬歡，在1416年造訪了爪哇海岸並在他的書《瀛涯勝覽》（1433年）中報道說，爪哇只有三種類型的人：來自西部的穆斯林、華人（一些是穆斯林）以及異教徒爪哇人。由於東爪哇的那些墓碑是五十年前的那些爪哇穆斯林們的，所以馬歡的報道表明了，在海岸爪哇人接受伊斯蘭教之前，伊斯蘭教也許確實已被爪哇的朝臣們接受了。
有一塊屬於回曆822年（公元1419年）的早期穆斯林墓碑在東爪哇的港口錦石被發現。這塊墓碑記錄了Malik Ibrahim的埋葬。241雖然它出現了，但是馬利克·易卜拉欣是一位非爪哇人的外來人，所以這塊墓碑並不能為海岸爪哇人的信仰轉變提供證明。不過，根據爪哇人的傳說，馬利克·易卜拉欣是爪哇伊斯蘭教中的最早的九位傳道先驅（「九聖」）之一。然而關於這一傳說，並沒有文獻證據存在。在15世紀晚期，爪哇的強大的滿者伯夷帝國正處於它的衰落期。在已經輸了若干次戰役之後，爪哇的這個最後的印度教徒王國在1520年陷落在了正在崛起的伊斯蘭化的淡目王國手中。
九聖的宣教
問題在於：為什麼伊斯蘭教只在40到50年的時期內，能夠在爪哇被如此普遍地接受，相反在此之前，伊斯蘭教的發展卻十分艱難？九聖的宣教的成功的一個重要的關鍵因素是，九聖如何將一個被遺棄了的滿者伯夷文明發展爲一個根源在滿者伯夷但卻有著伊斯蘭教的特色的新文明。例如，直到淡目時代早期為止，社會都被分為兩大群體。比如在滿者伯夷時代就是這樣。第一個是領主群體，也就是生活在宮殿里的人們。第二個是臣民群體，也就是生活在宮殿外的人們。
領主（Gusti）意為主人，臣民（Kawula）意為奴隸或僕人，他們只有租賃權，沒有所有權，因為所有權只屬於那些有著「領主」這一社會地位的人們。在滿者伯夷時代，所有的財產都歸宮殿（政府或國家或王國）所有。並且，如果王國想給一名臣民獎賞，那麼按照國王的命令，這個人會被給予封地（Sima或Perdikan）。這也意味著，如果他當過一名臣民，那麼他的社會地位將會提升，並且他將成為一名領主，而且他也會有所有權，因為他被給予了封地。
九聖群體，尤其是西蒂哲納爾教長與Sunan Kalijaga，在文化與社會結構中創造了一個新的觀點。從「領主與臣民」的文化與社會結構開始，他們引入了新的社群結構，這就是「公眾」（Masyarakat）。它衍生自阿拉伯語術語「聯營」（Musharakah），這個術語的意思是平等且共同合作的社群。Kawi language的詞彙中缺少「公眾」（Masyarakat）、「民眾」（rakyat）等術語，便證明了這一點。「公眾」是一個新的術語，是九聖在他們宣教的時期帶來的。
九聖所使用的方法之一是改變社會的心態。有著「領主」這一社會身份的人們自稱為：intahulun、kulun或ingsun。而有著「臣民」這一社會身份的人們自稱為：kula或kawula（爪哇語），abdi（巽他語），saya或sahaya（蘇門答臘語），hamba或ambo（米南卡保語）。九聖改變了所有的那些暗示了「奴才」含義的自我稱呼或稱號，並將之替換為ingsun、aku、kulun或awak等詞語以及其他的稱呼。這些詞語不會表示出奴隸或者較低等的社會地位的人們的身份。這就是九聖的社會概念，平等且共同合作的社會或社群，這樣的群體沒有任何的歧視，也不區別對待國民階級之間的自稱詞語，比如說「領主與臣民」。這樣的社會概念便是「公眾」（Masyarakat）。在今日，爲了顯示對別人的尊重，kula、ambo、abdi、hamba、sahaya或saya等詞仍然被使用，例如：對年長者、父母、陌生人等說話時。
在滿者伯夷時期，除了領主階級之外，人們並沒有財產權，比如房屋、牛等的權利，這是因為它們全都屬於宮庭。如果宮庭有意圖，比如想要建造一座橋、一座廟或者要獻祭，那麼臣民階級的孩子們就會被帶走或者被犧牲掉。通過改變社會結構，臣民階級最終能夠拒絕這些，這是就是因為新社會系統的平等。
滿者伯夷時代的爪哇人以極其傲慢自大而知名。他們的生活原則是「力量至上，權力至上，知識至上」（Adigang Adigung Adiguna）。他們以能夠讓別人順從或蒙羞而十分得意。根據安東尼奧·皮加費塔的證明，在那個時期，沒有人比爪哇人更加傲慢。如果他們在走路，而正好有來自別的民族的人也在更高的地方行走，那麼此人就會被命令「下來」，而如果他拒絕，他就會被殺。這便是爪哇人的品性。所以在古爪哇語中，沒有「輸」（kalah）這個詞。如果有人和別人有爭鬥，那麼結果只有「贏」或「死」。如同馬歡記錄的，在爪哇，如果一個人用他的手碰了別人的頭，或者在一樁買賣中有了關於金錢的爭執，或者他們在撒酒瘋時有了言語衝突，他們就會立即拔刀並相互捅刺。更強大的人便是贏家。當一個人被捅死了，如果殺人者逃跑了或者在暴露自己之前隱藏了三天，那麼他便不用以命抵命；但是如果在捅人的時候他就被抓住了，他也會被立即捅死。這個國家沒有鞭打之類的懲罰，無論犯的罪是大是小，人們都會用纖細的藤從背後綁住違法者的雙手，並將他推開幾步，之後他們拿出「不剌頭刀」（belati）並向違法者的腰部或浮肋捅上一兩刀，讓他即刻死掉。根據這個國家的當地的習俗，沒有一天沒人被殺死。真是可怕。
九聖之後發展了「額安拉」（ngalah）一詞。這個詞並不是來自印度尼西亞語之類的語言中的「輸」（kalah）這個詞。它來自爪哇語的字首「額」（ng），意思是「向著」（一個目的或一個目標），例如：ng-alas（向著森林）、ng-awang（向著雲朵）。而額安拉意思就是「向著安拉」順從（tawakkal）。「額安拉」這個詞之後被爪哇語使用來表示避免衝突。爪哇人的傲慢的另一個證據也在中國使者孟琪到來時被描繪了下來。孟琪來傳達他們的皇帝忽必烈汗的資訊給新柯沙里的國王Kertanegara（葛達那加剌）。這個資訊要求克爾塔納加拉屈服於他們的帝國。而作為迴應，中國使者孟琪被弄傷，被羞辱，並被克爾塔納加拉送回了中國。（據說他的耳朵立刻被克爾塔納加拉親自割掉了。）在馬都拉，「決鬥」（Carok）這一術語也來自古代爪哇傳統。在古爪哇語中，「決鬥」（Carok）意為「打鬥」，「英雄」（Warok）意為「鬥士」；「Ken Arok」（Ken Arok）意為「鬥士們的首領」。因此，九聖引入了一些新的詞語，例如：sabar（耐心的）、adil（公正的）、tawadhu（謙遜的），還包括「額安拉」（ngalah）（避免衝突）。
九聖見到了印度教與佛教實際上只是被宮殿內的領主社會所信奉。宮殿外的全體民眾普遍信奉的普通宗教是卡皮塔揚教，在這個宗教中，它的虔誠的信徒們崇拜的是桑赫揚塔亞（Sang Hyang Taya）。「塔亞」意為「空」（suwung）。卡皮塔揚教的神是抽像的，不可描述。桑赫揚塔亞被簡單定義為「不可見，不可思，不可想，超越萬物」（tan keno kinaya ngapa）。而桑赫揚塔亞的力量則被表現在許多地方，比如在石頭上、在紀念碑上、在樹上，以及在這世界的其他許多地方上。因此，他們在這些地方上面進行供奉，並不是因為他們崇拜石頭、樹、紀念碑或別的任何東西。他們將這樣的行為視為他們對桑赫揚塔亞的奉獻，而桑赫揚塔亞的力量被表現在所有的這些地方之上。
這個卡皮塔揚教，是古老的宗教，有考古學研究對它進行了調研。它的那些考古學方面的遺物、遺產在西方的術語中被叫作休眠的糙石巨柱、石棺，以及許多其他的東西。這些東西暗示了在這一地帶有這一個古老的宗教。而根據荷蘭歷史學家的研究，這一宗教被歸屬為萬物有靈論和物力論，這是因為它崇拜樹木、巖石和靈魂。與此同時，根據馬歡的記述，如此的實踐被叫作無信仰者。
之後，當九聖在向這些地區傳播伊斯蘭教時，這些卡皮塔揚教的宗教價值觀也被九聖吸收。這是因為卡皮塔揚教中的認主學概念在根本上與伊斯蘭教中的認主學概念相同：在卡皮塔揚教中，「不可見，不可思，不可想，超越萬物」（tan keno kinaya ngapa）這一術語與伊斯蘭教中的「任何物不似像他」（laisa kamitslihi syai'un；《古蘭經·第四二章 協商（舒拉）·11節》）有著同樣相等的含義。
在引入伊斯蘭教中的「禮拜」（Shalat）這一術語時，九聖也使用了「禮拜」（Sembahyang）（卡皮塔揚教中禮拜桑赫揚塔亞）一詞。至於禮拜或祈禱的場所的術語，九聖還使用了卡皮塔揚教中的「工作室」（Sanggar）一詞。這個詞本來描繪的是一個四方的建築物，它不像印度教或佛教的那樣有著一些印度尼西亞式的雕像（arca）或普通的雕像，它的墻上有一個空洞，這個洞在卡皮塔揚教中是桑赫揚塔亞的標誌。「祈禱室」（Langgar），這個卡皮塔揚教中的表示祈禱或禮拜的場所的詞語，也被九聖使用來表示伊斯蘭教中的清真寺一詞。
在卡皮塔揚教中，也有著從早到晚不吃東西這種形式的儀式，它叫Upawasa或者Puasa或Poso。九聖沒有使用伊斯蘭教中的「禁食」或「齋戒」這類術語，而是使用了卡皮塔揚教中的Puasa或Upawasa這兩個詞語來描述這一儀式。在卡皮塔揚教中，「Poso Dino Pitu」這一術語意為在第二天和第五天的白天禁食，它相當於七天的禁食期。這非常類似於伊斯蘭教中的在星期一和星期四禁食的形式。在伊斯蘭教的「賑濟」（Sedekah）觀點之下，卡皮塔揚教中的「切Tumpeng儀式」（Tumpengan）這一傳統也被九聖保留了下來。這就是「庫斯都」（"Gus Dur"，印度尼西亞第四任總統）提到的「伊斯蘭教本地化」（mempribumikan Islam）這一術語的含義。
在滿者伯夷時代，有一個叫作「信任」（Sraddha）的儀式，是一種在一個人死後要被舉行12年的儀式。在滿者伯夷的歷史中的一個時期，在滿者伯夷的一位國王布赫勒·帕莫坦·桑·西納加拉（Bhre Pamotan Sang Sinagara）的「信任儀式」期間，一個叫作姆普·塔納孔（Mpu Tanakung）的詩人寫下了《花舟之歌》（Kidung of Banawa Sekar）來描述這個儀式是如何被以滿滿的富麗堂皇執行的。之後，湖泊和海岸一帶的社會用Sadran或Nyadran這兩個詞來自「信任」（Sraddha）這個詞來稱呼這個傳統。九聖中來自佔婆的人也帶來了一些宗教傳統，比如在某人死後的3天、7天、10天、40天和1000天的儀式。這是一個來自佔婆的傳統，而非一個本土的爪哇人的傳統，也非印度教徒的傳統，因為這些傳統也存在與中亞的部分地區，比如烏茲別克斯坦和哈薩克斯坦。在占婆的傳統的書籍中，這樣的傳統已經在很久的時間之前就已經存在了。
在滿者伯夷的迷信觀念的歷史中，滿者伯夷的人民知道的只有夜叉、畢舍遮、維維爾（Wiwil）、羅剎、乾闥婆、富單那、緊那羅、Vidyadhara、伊盧伊盧（Ilu-Ilu）、Devayani、Vanaspati，以及祖先靈魂。滿者伯夷的人民曾經非常理性。他們都是水手並且有機會認識來自全球各地的人們，比如日本、印度、中國、非洲、阿拉伯、太平洋和許多其他地方的人。在伊斯蘭時代，當從占婆文化轉移時，許多新的迷信事物也出現了，比如「pocong」（裹屍布鬼）。這明顯地來自穆斯林信仰，因為在滿者伯夷，死者會被埋葬而且不會被蓋上床單。另外還有許多其他的迷信事物，比如產婦鬼、小鬼，包括之後來到的「南海女王」（Nyai Roro Kidul）的傳奇。
在九聖傳教期間，伊斯蘭教沒有以任何武力進行傳播，甚至沒有流一滴血，只有在荷蘭時代之後，尤其是在Diponegoro War之後，荷蘭人真地耗盡了資金，他們甚至因此欠下了數百萬盾（Gulden）。並且甚至在迪波內戈羅王子被捕后，他的殘黨也從未屈服。在《諫義里編年史》（Babad Kediri）中，荷蘭人最終解構了關於九聖的故事。在這部《諫義里編年史》之後，又出現了《達爾莫·甘杜爾與蘇盧克·加托洛佐》（Darmo Gandul and Suluk Gatholoco）這部編年史書籍。寫下了這部書的人叫作額阿卜杜勒（Ngabdullah），他來自東爪哇的巴蒂。他因為貧窮而丟失了這部書並脫離了伊斯蘭教。他之後被重新命名為基·通古爾·武隆（Ki Tunggul Wulung）並定居在了諫義里。
在那些隨筆故事中，有許多故事是與史實相反的，比如1478年淡目攻打滿者伯夷，以及虛構角色薩布多·帕隆·納亞·根貢（Sabdo Palon Naya Genggong）的出現。此人發誓說，在這場攻擊的500年後，滿者伯夷將會捲土重來。而根據更可信、更古老的手稿，在那一年攻打滿者伯夷的是吉林德拉瓦爾達納（Girindrawardhana）國王，諫義里的印度教徒國王。而由於那個傳說的非常強大的影響，蘇哈托總統，印度尼西亞的第二任總統，變得信心十足，以至於在1978年（1478年的500年之後），他通過了「信仰支流」（Aliran Kepercayaan），以作為薩布多·帕隆關於滿者伯夷復國的誓言的真實性的一個標誌。
最終人們發現，荷蘭人悄悄地寫了他們自己的歷史論說文來混淆穆斯林們的抗爭，尤其是迪波內戈羅王子的追隨者們的。荷蘭人甚至創造了他們自己版本的《Babad Tanah Jawi》，它與原版的《爪哇大地史》有所不同。比如，《Kidung Sunda》的正文，描寫的是Battle of Bubat的事件，據說加查·馬達殺死了巽他國王和他的整個家庭。這便使得巽他人民對爪哇人民心懷怨恨。從相關歷史記錄回溯，《巽他之歌》的文字本身僅僅在1860年出現在巴厘，並且是按照荷蘭人的命令書寫的。巽他是一個大王國，如果這樣的一個事件曾經真實地發生過，那麼它肯定被巽他王國書寫過。巽他王國在描寫它的歷史記錄時，寫得十分詳細。即使在手寫本《Sanghyang Siksa Kandang Karesian》（Sanghyang Siksa Kanda ng Karesyan）中，巽他的傳統也被寫得十分詳細。為什麼在《巽他編年史》（Babad Sunda）中甚至一次都沒有提到過如此一個大事件？這個事件本身在滿者伯夷的編年史中從未被提到過，在其他的任何歷史記錄中也從未被提到過。這是荷蘭人的又一個策略，目的是通過創造一個假歷史來分裂社會。這就是荷蘭人的「分裂與征服」政策的一部分。所有的這些扭曲的歷史，它們肯定都來自於由迪波內戈羅戰爭之後的荷蘭人所編寫的一部指令碼。
就冶金技術而言，在熔鍊鋼鐵方面，舉例而言，滿者伯夷的人民已經掌握了創造滿者伯夷的遺傳物的能力。比如馬來短劍、矛、箭，甚至「伐樓拿法寶」（barunastra），一種巨型的帶尖的鋼箭，其功能如同一枚水下魚雷，當它被髮射時，它能夠使命中的船底被穿洞。淡目王國作為滿者伯夷的後裔，有著創造一種大口徑大炮的能力。這種大炮還被輸出到馬六甲、帕賽，甚至日本。日本人從淡目購買大炮的事實，資料來源於葡萄牙人的記錄。在征服馬六甲港期間，葡萄牙人獲得了一個情報，它說馬六甲的堡壘被補充了從爪哇進口的大型的火炮。當葡萄牙人剛剛從歐洲到來之時，他們的船隻在接近馬六甲港時被炮火趕走了。這件事的證據能夠在萬丹的蘇羅索萬堡（Fort Surosowan）被見到。在堡壘的前面，有一門叫作「基·阿莫克」（Ki Amok）的巨型大炮。人們能夠進入到這門大炮的炮管裡面，這便是對這門炮到底有多大的形象說明。甚至淡目王國的國家印章，仍然清楚地被依附在這門炮上。它是在Jepara被製作的。哲帕拉是淡目王國的一個地區，以其工藝而聞名。「大（的）炮」（bedil besar）和「大（的）炮（的）驅動者」（jurumudi ning bedil besar）這兩個術語，指的就是「大炮」和「大炮操作手」。這便是在九聖時代期間的軍事技術。
即使在服飾文明方面，kemben（kemben，沒有帶子的服裝）和Surjan（surjan）等服飾都是在九聖時代出現的。反之，在滿者伯夷時代，人們並沒有完整地著裝。這在整個努桑塔拉的每個古廟的浮雕作品中都能被見到。在這些浮雕中，男男女女都是袒胸露乳的。
滿者伯夷著名的傀儡表演是「Wayang Beber」（Wayang Beber），而在九聖時代的則是「皮影戲」（Wayang Kulit）。九聖還將《摩訶婆羅多》的故事改成了他們自己版本。這個版本和印度的原版有所不同。在印度的版本中，五個般度族人有一個妻子，黑公主。這意味著一妻多夫的概念。九聖修改了這一概念，他們說黑公主是長兄堅戰的妻子。老二怖軍（梵語：Bhīma，爪哇語稱：Werkudara）有一位叫作阿琳比（Arimbi）的妻子，之後他又再娶了提毗·娜加吉妮（Dewi Nagagini），有了孩子安塔勒查（Antareja）和安塔塞納（Antasena），等等。這說明了所有的般度族人都是一夫多妻的。而在原版中，黑公主卻與五個般度族人是一妻多夫的。類似的情況也在《羅摩衍那》的故事中。哈奴曼有兩個父親，分別是計舍里國王和伐由神。根據九聖的改編，哈奴曼被提到是伐由神的兒子。九聖甚至創造了一個族譜來表示諸神都是阿丹的後裔。這些在梭羅的「傀儡控制法」（Pakem Pewayangan）中的「古傀儡戲」（Ringgit Purwa）中的「古代列王書」（Pustaka Raja Purwa）中都能被見到。「傀儡控制法」是給爪哇的每個傀儡師的控制法。所以，爪哇的傀儡操作者們使用的這個控制法是來自九聖的控制法（Pakem），而非來自印度的。如此的傀儡表演場景，不僅是一種娛樂，而且在九聖宣傳伊斯蘭教時，它還有指導的作用。
在文學方面，滿者伯夷王國已經創造了長篇敘事詩（Kakawin）和Kidung（Kidung）。之後，九聖寫作了多種歌曲，從而使得他們的文學變得興盛。這些歌有「大歌」（Tembang Gedhe）、「中歌」（Tembang Tengahan）和「短歌」（Tembang Alit）。「Macapat」（Macapat）這種詩歌繁榮于海岸地區。長篇敘事詩（Kakawin）和爪哇韻律詩（Kidung）只有詩人才能明白。而那些「歌」（Tembang），即使是文盲也能理解。這便是九聖通過藝術與文化來傳教的方法。
九聖宣教的另一個例子就是「公共宴會」（Slametan）。它是由Sunan Bonang發展出的，並在之後被其他的「蘇南」們遵循。努桑塔拉群島的諸王們曾經信奉的宗教是密宗（怛特羅密教）。在這個怛特羅密教中有一個教派叫作拜拉瓦-怛特羅派（Bhairawa Tantra），它崇拜大地女神、突伽女神、迦梨女神，以及其他的神。他們有一個儀式。在儀式中，他們會創造出一個叫「區域」（Ksetra）的圈子。滿者伯夷最大的一個「區域」是克塞特拉拉亞（Ksetralaya），這個地方今天叫作特羅洛約（Troloyo）。
這個儀式典禮本身叫作「五種享樂」的侍奉（Upacara）。「五種享樂」又叫「5個M」（Lima M）儀式，即「肉」（Mamsya）、「魚」（摩蹉，Matsya）、「酒」（Madya）、「性交」（Maithuna，Maithuna），以及「冥想」（手印，Mudra）。男人們和女人們組成一個圈子並且全都赤身裸體。在中間，會提供有肉、魚和酒。在吃好喝好之後，他們進行性交（含蓄性交）。在滿足了各種渴求之後，他們再進行沉思。而爲了達到更高的境界，他們會使用人肉來替代普通的肉以完成「肉之享樂」，用鯊魚（sura）肉來完成「魚之享樂」，並用人血來替代酒以完成「酒之享樂」。
在雅加達的印度尼西亞國家博物館，有一個人物雕塑。這個人叫作Adityawarman。這個雕塑高達3米並豎立在一堆頭骨上面。他是拜拉瓦-怛特羅派的祭司，即執行「5個M」教義的人。他被舉行了就職儀式並隨後成爲了拜拉瓦祭司，得到了「世界統治者」（Wisesa Dharani）的頭銜。這個雕塑描繪的是他坐在數百人的屍體堆上，喝著血，並喧囂地笑著。
目睹了這樣的情景之後，蘇南·博南創造了一個類似的事件。他進入了諫義里的拜拉瓦-怛特羅派中心。作為拜拉瓦-怛特羅派（Bhairawa Tantra）曾經的中心，怪不得有個口號說，今天的諫義里市就是占達比拉瓦（Canda Bhirawa）。蘇南·博南在諫義里傳教期間，他待在了河流西邊，Nganjuk的辛卡爾村（Singkal）。在那裡，他舉行了一個類似的典禮。他創造了類似的圈子，但是所有的參與者都是男性。圈子中心有著食物，隨後他們一起祈禱。這就叫作「歡慶傳統」（Kenduri）或「公共宴會」（Slametan）。它一村又一村地發展，來和「5個M」（「五種享樂」）典禮相較量。因此，作為脈輪自在（Cakreswara）的領袖或伊瑪目，蘇南·博南也被叫作蘇南·瓦達特·扎克拉瓦蒂（Sunan Wadat Cakrawati）。
因此，在鄉村地區，一個人如果已經陳述了伊斯蘭教的教條，行了割禮，並且參加了「公共宴會」，那麼他就能被認為是一個穆斯林。所以「5個M」原本並不是「偷竊」（Maling）、「賭博」（Maen）、「通姦」（Madon）、「抽鴉片」（Madat）和「酗酒」（Mendem），而是「五種享樂」中的那五個元素。伊斯蘭教之後甚至發展得更快了，因為人們不想要他們的孩子在拜拉瓦-怛特羅中被犧牲。於是，他們更願意加入「公共宴會」（Slametan），以求得「安全」（slamet）。這就是九聖不用暴力傳播伊斯蘭教的方式。
總之，從公元674年直到1470年的九聖時代，伊斯蘭教進入這片群島大約有800年了，但是還未被全社會所接受。之後，是在九聖時代之後，伊斯蘭教在這片群島才發展得如此廣泛。而直到現在，九聖的教義仍然被多數印度尼西亞穆斯林執行。
西爪哇
皮雷斯的《東方誌》報道稱，在他那個時代，說巽他語的西爪哇人不是穆斯林，而且他們甚至還對伊斯蘭教懷有敵意。之後在16世紀，發生了穆斯林對該地區的征服。在16世紀早期，中爪哇和東爪哇（爪哇人的故土）仍然被生活在東爪哇內部的達哈（諫義里）的印度教-佛教國王所宣稱所有。不過，北部海岸的人們是穆斯林們，甚至遠至泗水也是如此。並且這些人經常與內地交戰。在這些海岸穆斯林的領主當中，一些人是已經接受了伊斯蘭教的爪哇人，而其他人則起初並不是爪哇人，而是那些定居在沿岸地區，建立了貿易路線的穆斯林貿易者們，其中包括中國人、印度人、阿拉伯人和馬來人。根據皮雷斯所述，這些拓荒者們和他們的後代非常欣賞爪哇的印度教-佛教文化，以至於他們模仿了爪哇的方式，並且因此，他們自己也成爲了爪哇人。
馬丁·范·佈雷內森（Martin van Bruinessen）在他對萬丹蘇丹國的研究中，特別關注了神秘主義者和王室成員之間的聯繫，比較了萬丹的伊斯蘭化的過程和爪哇別的地方的伊斯蘭化的過程，並且萬丹的勝過了別處的：「在萬丹這個案例中，本土的來源與塔里卡相聯繫上，靠的不是貿易或貿易者，而是國王、魔力和政治合法化。」他提交了證據，證明了Sunan Gunungjati被接納到了蘇非派中的庫卜拉教團、沙塔爾教團和納克什班德教團。
其他地區
並沒有證據表示在16世紀之前，在爪哇、蘇門答臘、馬魯古的特爾納特蘇丹國和蒂多雷蘇丹國，以及文萊和馬來半島之外的地區，有印度尼西亞人接收了伊斯蘭教。
印度尼西亞人與馬來人的傳說故事
儘管伊斯蘭教在印度尼西亞各地區確立的時間結構能夠被明明白白地確定，但是史學的原始資料並不能回答許多特殊的問題，並且圍繞這個主題，還有著相當多的爭論。這些原始資料並不能解釋為什麼印度尼西亞人皈依伊斯蘭教這樣重大的事情直到外國穆斯林造訪印度尼西亞並這裡生活了幾個世紀之後才開始發生，它們也並沒有充分地解釋印度尼西亞的伊斯蘭教的有特性的氣質的來源和發展，或者伊斯蘭教如何成爲了印度尼西亞的占支配地位的宗教。8爲了填補這些空白，許多學者轉向了馬來人和印度尼西亞人的與印度尼西亞人皈依伊斯蘭教相關的傳說。里克萊夫斯主張說，儘管它們不是關於真實事件的可信的史學記述，但是在闡明這些事件中的一些時，它們是有價值的——通過它們分享的關於學習的本質與魔法力量，外來起源與早期導師的貿易聯繫，還有從菁英階層自上而下地信仰轉變的過程的看法。這些傳說還對之後的各代印度尼西亞人如何看待伊斯蘭化，提供了它們的看法。8–11這些原始資料包括：
* 《Hikayat Raja-raja Pasai》（Hikayat Raja-raja Pasai）——一部古馬來語文字，講述了伊斯蘭教是如何來到「蘇木都剌」（Samudra）（蘇門答臘北部的帕賽）的。第一個印度尼西亞人伊斯蘭教國家就是在此建立的。
* 《馬來紀年》（Sejarah Melayu）——一部古馬來語文，跟《帕賽列王故事》一樣，講述了蘇木都剌的信仰轉變的故事，但還講述了馬六甲國王的信仰轉變。
* 《Babad Tanah Jawi》（Babad Tanah Jawi）——大量手寫本的一個統稱，在它當中，爪哇人的第一次信仰轉變被歸因於「九聖」（九位聖人）。
* 《Sejarah Banten》（Sejarah Banten，萬丹的歷史）——一部爪哇語文字，包含了信仰轉變的故事。
在提到的這些文字裡面，其中的馬來語文字，通過正式的、明確的信仰轉變的標記，將信仰轉變的過程描寫爲了一個重大的分水嶺。這些標記包括割禮、信仰聲明，以及採用阿拉伯語名字等。另一方面，在爪哇人對伊斯蘭化的記述中，魔法事件仍然扮演著顯著的角色，然而在馬來人的文字中，在記述信仰轉變這樣的轉折點時，魔法事件的影響則並不明顯。這就暗示了爪哇人在接受伊斯蘭教時有一個更具吸附性的過程。9也就是說，在同時代的爪哇伊斯蘭教中，始終都有著顯著地巨大的統合元素，而相比之下，蘇門答臘和馬來西亞的伊斯蘭教則相對地正統。
東印度群島各蘇丹國的旗幟與徽章
另見
* 印度尼西亞伊斯蘭教
* 印度尼西亞歷史
* 印度尼西亞清真寺
* Spread of Islam in Southeast Asia
* 伊斯蘭教的傳播