穗深城際鐵路（舊稱「穗莞深城際軌道交通」），是珠江三角洲地區城際軌道交通的一條路線，走線大致沿珠江東岸，連線廣州、東莞和深圳機場，其中新塘南至深圳機場段全長73.996公里，新塘南至花都站段（二期北延段，又稱新白廣城際鐵路）全長77.6公里，最高時速140公里，改造既有廣深鐵路III、IV線30公里，另有琶洲支線17.6公里，使用CRH6A、CRH6F動車組營運。穗深城際鐵路已於2019年12月15日正式開通。
歷史
2005年3月16日，國務院審議並原則通過《環渤海京津冀地區、長江三角洲地區、珠江三角洲地區城際軌道交通網規劃》，此規劃中提到建設全長131公里的廣州—東莞—深圳城際軌道交通線。
2008年2月，廣東省政府原則同意批準穗莞深城際軌道交通專案建議書，初步設15個站，全長約97.608公里。
2008年12月21日，穗莞深城軌東莞—深圳機場段在深圳寶安區舉行開工儀式。按當時的規劃，穗莞深城軌起于廣州地鐵5號線魚珠站，經廣州廟頭、開發區，東莞麻涌、洪梅、沙田、厚街、虎門、長安，深圳松崗、沙井、福永、機場北，終點為深圳機場站，設16個站，全長約86.62公里，總投資196.9億元。東莞—深圳機場段先行開工，全長70.4公里，總投資156.78億元，原計劃總工期3年。另外深圳地鐵11號線在松崗站將預留向西北延伸與穗莞深城軌東莞段銜接的條件，若條件成熟，穗莞深城軌列車將利用11號線軌道直通福田中心區，線路全長118公里，設站22個，全程執行時間約83分鐘。此外穗莞深城軌東莞段原計劃經麻涌、望牛墩、道滘、汽車總站、會展中心、厚街、虎門、長安進入深圳，途經東莞市中心，但在2008年方案改為經東莞西部，經麻涌、洪梅、沙田、厚街、虎門、長安。
2009年5月，媒體報道穗莞深城軌廣州段將有重大調整，調整后的線路將不走魚珠、廟頭、開發區，改道從增城區新塘鎮始發，直入東莞洪梅鎮，並在新塘站接駁當時仍在規劃中的廣州地鐵13號線和16號線。
2009年11月，穗莞深城軌東莞長安段動工，當時計劃在長安設廈邊站、金沙站和錦廈站三站，東莞段其餘五個站點為洪梅、沙田、厚街、虎門白沙和虎門商貿城。
2012年6月5日，穗莞深城軌廣州至東莞段環境影響報告書公示，廣州至東莞段正線全長17.934公里，設新塘站、中堂站、望牛墩站、望洪站4座高架車站，原計劃的東莞麻涌站被撤銷，東莞起點站改為中堂站，望洪站（后改名為東莞西站）將連線莞惠城際軌道和東莞軌道交通1號線。另外公示資料顯示其餘車站為洪梅、沙田、厚街、虎門火車站、虎門商貿城、長安廈邊、長安金沙、海上田園（后改名為沙井西站）、和平（后改名為福海西站）、機場北、機場東，深圳段因沿線拆遷問題不再經沙井和松崗等地。報告書亦提到，線路建成后列車通過時會影響沿線用天線看電視的使用者，並建議對受影響的電視使用者預留有線電視接入條件補償費。同年9月，東莞至深圳段動工。
2012年10月16日，穗莞深城軌廣州段規劃再度改動，從新塘站通過改造廣深鐵路III線和IV線的方式延伸至廣州東站，廣州東站將增建北側站房，並對站臺進行調整，廣深鐵路沿線的吉山站和石牌站將改造為城際軌道站點，總工期暫定2年，投資估算總額7.8億元。
2012年，穗莞深城軌深圳境內線路方案已基本確定，在深圳預設兩個站點：機場東站和前海灣站。但在2013年4月的莞深段變更環評第二次公示中，深圳段路線調整，終點改設於深圳機場站，取消2個車站，不再進入深圳市中心區，莞深段由全長70.4公里縮短至58.027公里，而由於隧道路段增多，投資增加16.29億元。深圳機場站與深圳地鐵11號線的機場站平行，中間修建300米的地下通道相聯通。2014年底，穗莞深城軌深圳段開工建設。
2015年7月，穗莞深城軌廣深鐵路III、IV線新塘至廣州東站沿線車站規劃修改方案獲通過，新方案中新塘至廣州東站沿線將設石牌站、奧體中心站、吉山站和夏園站4個車站，相關路段全長30公里。
2017年9月6日，廣深鐵路III線新建站點奧體中心站線路改造完成。同年11月17日，石牌站員工天橋完成吊裝，站房施工進入收尾階段，線路改造工程則在2018年5月開工。
2018年10月16日，新塘至中堂站區間第一對500米長軌落槽，全線鋪軌施工正式啟動。預計穗莞深城軌新塘至深圳機場段將於2019年中正式通車。
穗莞深城際軌道交通原定於2019年9月30日通車，但因工程進展影響而延遲，于2019年12月15日通車。
二期北延段（新白廣城際鐵路）
穗深城際鐵路二期北延段起于廣深鐵路和穗深城際鐵路一期新塘南站，經廣州白雲機場，向北延伸至花都站，二期線路全長77.573公里，穗深城際鐵路廣州境內路段總長相應增加到約97.608公里（不含廣深鐵路改造段），新建車站13座，設計時速160km/h。
2011年，廣東省發改委《關於珠江三角洲地區城際軌道交通網規劃實施方案調整的函》（粵發改交通函［2011］1484號）中明確，穗莞深城際延長線新塘至白雲機場段提前到2015年實施。專案于2013年8月獲廣東省政府同意，並在2014年5月21日開始招標，2015年12月26日正式開工。
2020年5月20日，新白廣城際鐵路廣州北站至機場T2站段接觸網冷滑試驗順利完成。7月21日，新白廣城際花都至白雲機場北段聯調聯試工作進入關鍵階段。11月30日，廣州東環城際（花都站至白雲機場北站）開通運營，全長22.6公里，共設4個車站。
2022年3月25日，隨著新塘至白雲機場北段全線箱梁架設圓滿完成，新白廣城際專案主體工程基本完工。6月，竹料站配電所送電完成，亦為後續除錯奠定了基礎。9月，全線開始鋪軌工作，並於12月29日鋪軌完成。
琶洲支線
穗莞深城際軌道琶洲支線自廣佛環線東環琶洲站引出，向東南方向經大學城東站、化龍站后，在廣州蓮花山站併入佛莞城際，全長17.6公里，設計時速160km/h。廣州蓮花山站預留線路繼續南延的條件。
廣東省發改委于2017年對專案進行審批公示，專案環境影響報告書在2018年進行全文公示，于2018年12月26日開工建設。
2022年4月，琶洲支線（貝崗公園-大學城東）右線順利貫通，同時這也是該線首個貫通的區間同月27日，大學城東-新造豎井區間右線盾構機順利完成下穿瀝窖水道施工任務。
2023年6月30日，琶洲支線全線洞通。
南延線
2019年8月27日，多方媒體發佈新聞，穗莞深城際前海延長線起于深圳機場站，出深圳寶安國際機場後下穿西灣海域，經碧海高爾夫俱樂部至寶安大道，沿寶安大道地下敷設至前海綜合交通樞紐，線路全長15千米，全線地下敷設，設西鄉、前海2座車站。
2019年11月27日，《穗莞深城際軌道深圳機場至前海段工程專案社會穩定風險分析》公佈，確定恢復南延線的西鄉、寶安、前海3座地下車站的方案。2020年4月23日，本段線路的環境影響評價第二次資訊公告公佈。
2021年6月8日，本線前海——皇崗段可行性研究報告獲深圳市發展和改革委員會覈準批覆同意。
2022年3月23日，深圳市地鐵集團有限公司和中鐵建南方建設投資有限公司合資成立了廣東穗深城際鐵路有限公司負責南延段的建設運營管理。
車站及接駁路線
主要車站廣州東站、新塘南站、深圳機場北站、深圳機場站
運營
行車
2019年12月16日的首通段只從新塘南到深圳機場，所有前往廣州的列車都要通過位於新塘站和新塘南站附近、連線廣深鐵路的聯絡線直通廣深鐵路III、IV線。
本線的列車採取「公交化」的執行模式；開通初期，本線每日最多開行37趟列車，包括深圳機場往返廣州東站的33趟，和深圳機場往返新塘南站的4趟。目前從廣州東站到深圳機場站最快僅需1小時9分鐘，從新塘南站到深圳機場站最快僅需53分鐘。
車票
全線只售賣自由席車票，形式為電子車票或者鐵路e卡通直接進站。2020年，無須購票，實現刷支付寶掃碼乘車功能。
列車
本線目前採用中車廣東製造並配屬於中堂動車所的CRH6A型動車組及CRH6F型動車組；相比廣深動車組列車，穗深城際列車的座位更少，每排共4個座位，車廂的其中一端的窗邊還設定了6個摺疊座椅，另一邊則是行李架。