御藥房，是中國明朝、清朝設立的管理宮廷藥品的專門機構。
歷史
明朝的聖濟殿
明朝太祖元年（1364年），曾經依元制設立尚藥局，其奉御是正六品，負責管理御用藥物。洪武六年（1373年）置御藥局（即自尚藥局演變而來）于內府，御藥局的奉御等官員均由內官、內侍充任。明朝嘉靖十五年（1536年）之前，稱「御藥局」或「御藥房」，此後將御藥房改稱「聖濟殿」，並且附設御藥庫（亦即生藥庫）。明朝以御藥局（聖濟殿）直接管理宮廷中的藥物，和太醫院相互配合。御藥局（聖濟殿）掌管御用藥餌，其官員不少是由太醫院的御醫兼任，御藥局（聖濟殿）的醫官和太醫院的醫官互為表裡，從而加強了對醫藥工作的統一領導。
御藥局（聖濟殿）設有尚藥奉御（後來還設有提督太監）、直長、御醫、藥同等吏目，主要任務有：
* 收貯、加工藥材：收貯藥材，辨別藥材的品種及產地之優劣，進行炮炙加工。明朝，天下歲辦藥材均在產地派納，解納來之藥材均貯于太醫院生藥庫，以御醫二員、大使一員辨驗收放，再由禮部委派官員一員監收。年終造冊兩本，一本由太醫院備照，一本送禮部查考。明朝萬曆三年（1575年）又規定：凡是各監局討取藥材，必須用印信，並且造聖濟殿關防一顆，交由聖濟殿的提督太監收管，以憑傳取。
* 製作、供奉御用藥餌：皇帝染病時，御藥局（聖濟殿）要專派醫官會同內臣在御藥局（聖濟殿）選藥，連名封記藥劑，並且具本開寫藥性及證候治法。煎煮藥劑時，要由太醫官與內臣監視；藥熬得后，要由御醫及內臣先嚐，然後進御。每次進要，均要詳細記錄日期及病因，以憑查考。
御藥局（聖濟殿）的醫官由於是直接為皇帝服務，所以常常選拔醫術最高者充任。明朝正德十六年春正月（1521年），明武宗身體違和，詔命博訪精通醫藥之人，大學士楊遷和稱：「臣等竊惟天下名醫皆聚于太醫院，又選其優者入御藥房，但當專任而信用之，各自收萬全之效，又何待諸草澤未試之人哉？」由此可見，御藥房的醫官是從太醫院中選優而來。明朝弘治元年八月癸巳（1433年），「禮部會考太醫院醫士，請留吳綬等二十人御藥房供事，李宗周等十五人退回本院應役。上命于退回數內再留朱佐等五人。」可見御藥房醫官選拔之嚴格。
清朝的御藥房
清朝，以御藥房管理宮廷藥物，和太醫院相互配合。清朝仍設有「御藥房」，負責採辦、儲存、配製藥物，分成東、西兩所。西藥房由院使、院判、御醫、吏目分班輪值；東藥房由御醫、醫士等輪值。御藥房的輪值醫官主要為皇帝熬藥。御藥房設有生藥庫，各地進貢的生藥基本均存放在生藥庫。
御藥房定製設有御藥房管理大臣，不定員，由王公大臣特簡；主事一人、七品銜庫掌二人、委署主事一人、催長一人、內管領一人、副內管領二人。
順治十年（1653年）設立「御藥房」。《欽定總管內務府現行則例·御藥房》載：「順治十年立藥房，系總管首領太監管理。清字筆帖式（八員），內務府漢字書辦（四名），領催（四名），聽事碾藥蘇拉（三十名），太醫院合藥醫生（二十名）。」伊桑阿等人于康熙二十九年（1690年）所著《欽定大清會典》載：「順治十年置藥房，屬太醫院。十八年裁。」光緒二十五年（1899年）會典館所制《欽定大清會典事例·卷一千一百七十三》載：「順治十年，設內藥房，屬總管首領內監經理。設翻譯筆帖式八人，書吏四名。」上述「藥房」和「內藥房」均指御藥房。可見清朝御藥房最早設立於順治十年（1653年），隸屬太醫院，于順治十八年（1661年）撤銷。直到康熙六年（1667年），在太醫院下又重新設定御藥房，隨著御藥房的工作日益擴大，康熙十年（1671年）將御藥房從太醫院中獨立分出，直接隸屬內務府管理。
雍正朝尹泰著 《欽定大清會典· 卷二百三十二》載: 「藥房：順治十年，置藥房屬太醫院，十八年裁。康熙六年復設，仍屬太醫院。十年，定藥房不屬太醫院。設總管太監醫生二名，管庫首領二名，管庫首領太監一名，筆帖式十六員，領催四名，首領太監六名，太監醫生十名，太監十九名，伕役三十四名。 十四年，裁首領太監六名、 太監醫生十名、 領催四名。三十年定添設內管領、內副管領各一員，裁總管太監醫生二名、管庫首領二名、管庫首領太監一名。三十三年增夫二十六名。三十八年裁筆帖式一員。」
清朝初年，廢除了明朝的南北兩院制，由太醫院集權管理醫政。明朝宮廷為太子、宮妃專設的典藥局、安樂堂等等醫療機構，清朝均遭撤銷。清朝初年，御藥房隸屬太醫院，軍隊、監獄的醫官也統一歸太醫院差派、考覈、升降，這促進了清朝醫政管理的協調發展。但是由於清朝未能始終執行這種協調的管理制度，導致御藥房管理較為混亂。清朝順治十六年（1659年）規定，御藥房所有事務劃歸太醫院管理，不必申報禮部，但次年又將生藥庫撥歸禮部管理，所需的藥物都需要事先開列明細，經過禮部認可之後，通知生藥庫採買，這種規定削弱了太醫院統管醫藥的職能。康熙十年（1671年），又規定御藥房不屬太醫院管理，而設定總管太監、管庫首領等等，這導致太醫院與御藥房分立，削弱了二者的聯繫與配合。道光之後，各省例貢藥材直接交內務府，其他所產藥材均議為價款，由內務府隨時採買，這導致生藥庫近乎形同虛設。
《欽定大清會典》載，「太醫院凡侍直，自院使至醫士，以所業專科分班侍直。給事宮中者，曰宮直，給事外廷者，曰六直。宮直於各宮外班房侍直，六直於東藥房侍直，各以其次更代。」「宮直」主要是為帝后嬪妃們診病。「六直」又稱「外直」，即為寧壽宮、慈寧宮、乾清宮、鐘粹宮、壽康宮、壽安宮六處待命，給宮內太監、嬤嬤等雜差看病。六直便是在御藥房的東藥房侍直。
清朝宮廷醫藥機構名目繁多：御藥房、乾清宮藥房、東藥房和西藥房、內藥房和外藥房、武英殿露房、壽藥房、長春宮藥房、儲秀宮藥房、永和宮藥房、御藥庫、太醫院。御藥房下設外藥房、內藥房，外藥房為各宮太監及管事取藥之處，內藥房專為皇帝、后妃等取藥。同治時期，宮廷還設有「壽藥房」，由太監管理，另設大師傅1名，藥生數名，負責煎藥及製作藥品。另外中國第一歷史檔案館收藏的一份太醫院報送內務府的《太醫院入值官員名冊》顯示，值宿長春宮壽藥房的醫官是院使、院判、御醫，級別比干清宮御藥房高，和道光以前清朝歷代皇帝所設的「西御藥房」等同。
建築
明朝聖濟殿位於文華殿後面，即文華殿以北。清朝在聖濟殿的舊址興建了文淵閣。
《內務府冊》載，「御藥庫，順治十年設藥庫東華門內南三所之左，東向，堂西有藥王殿，前後三重，共房三十有六楹。」
紫禁城外署所
清朝紫禁城外御藥房署所分為：圓明園藥房、頤和園聽差處、西苑壽藥房、避暑山莊聽差處。太醫院亦如給事于內廷，都派醫官侍直。皇帝巡幸，院官或奉旨特派，或按班輪委隨駕侍直。
圓明園藥房
嘉慶朝《欽定大清會典事例》載：「駐蹕圓明園，宮直於圓明園藥房侍直，六直於外直房侍直，按照次序更代。」可見，圓明園和紫禁城內一般，內外分明，圓明園藥房是內廷藥房。清朝人黃凱鈞在《圓明園記》中稱：「『大宮門』五楹，門前左右朝房各五楹。其後⋯⋯西為：戶部、刑部、工部、欽天監、內務府、光祿寺、通政司、大理寺、鴻臚寺、太常寺、太僕寺、御書處、上駟院、武備院、西四旗各衙門直房。西夾道之西南為造辦處，又南為藥房。」該藥房應為上述《欽定大清會典事例》中所稱的宮直的圓明園藥房。
頤和園聽差處
《欽定總管內務府現行則例· 御藥房》「奏銷藥味」項下記載：光緒二十一年（1892年）（此處原未記朝年，根據任錫庚《太醫院志》記載的太醫院醫官隨侍入直時間而加），「呈準現值駐蹕頤和園，本藥房在附近大有莊，置買民房兩所，設立聽差處，安設藥鬥，添派員役，值宿聽差，預備內廷隨時傳用藥味、來方湯劑。」《欽定總管內務府現行則例· 御藥房》「行取盤費馬匹車輛」項下添記：「每遇兩陵圍差以及駐蹕頤和園，往返抬運藥箱，雇覓抬夫工食腳價每名每日開放銀五錢，跟抬蘇拉每名每日開放飯食銀五錢，由廣儲司銀庫支領。」《頤和園》載：「東八所原是慈禧太后的壽膳房、壽茶房、壽藥房及各自的庫房所在地⋯⋯第五所為壽藥房；第七所為壽藥庫房。」
西苑壽藥房
位於中南海。光緒十一年（1885年），慈禧太后以「頤養兩宮」之名授意光緒帝下旨重修西苑三海。儀鑾殿和三海工程于光緒十四年四月（1888年）先後竣工。光緒十四年七月初一日（1888年8月8日），慈禧太后移駕儀鑾殿新宮。此後數年，慈禧太后大部分時間都住儀鑾殿。中南海從而成為政治活動中心。光緒朝《欽定大清會典事例·卷一千一百五》記載：「光緒十三年，議定西苑壽藥房本院（指太醫院）官每日二員直宿，藥庫庫掌、筆帖式、切造生等遇差傳喚。」可見西苑壽藥房專為御用。《中南海備忘錄》書中載：「在儀鑾殿東鄰另闢一大院落，修建膳房、茶房和藥房，供慈禧等人吃喝、看病。其中壽膳房3座，壽茶房兩座，前後院有東西廂房共8座。壽藥房相當於一所醫院，有前藥房兩座，后藥房一座，前後院共有東西廂房6座。」
避暑山莊聽差處
《太醫院志》載：「熱河，本古之木蘭地。有行宮，曰避暑山莊。早年皇上巡幸，醫官隨扈，由本院籌款，在行宮左近，置有民房以為公所。至今，太醫院署存有印契。」依照禁廷及離宮的設定規制，再考慮到清朝嘉慶帝和咸豐帝均在避暑山莊病逝，所以避暑山莊內應當設有相應的御藥房聽差處。但尚未查詢到有關避暑山莊御藥房署所的歷史資料。僅據避暑山莊管理人員王先生口述藥房位於現已修復的寢宮右側宮墻之外和庫房之間。