特設護衛船團司令部，為舊日本海軍在太平洋戰爭期間實行的一種護航運輸體制。特設護衛船團司令部的職責是為大規模的船隊提供護衛，在制度實行初期僅有對應的司令，並未有專門的參謀團隊和作戰兵力，僅于船隊出發前臨時抽調人力物力組建參謀部和護航部隊，其後日軍逐漸發展出專門的護航部隊編制。
概述
1944年（昭和19年），日本面對太平洋戰場上急劇惡化的形勢，爲了強化絕對國防圈的防務能力，而組建了一系列松輸送，向馬里亞納羣島等地實行大規模的護航運輸行動。而同一時間，盟軍採用了狼群戰術對日本進行了一連串的海上交通破襲作戰，取得了如ヒ40船団幾乎全滅等重大戰果，使日本蒙受了沉重損失。日軍故此開始考慮增大護航船隊規模、對運輸船隻進行集中護航的做法。但是，日本海軍此時負責海上交通航線護衛的海上護衛總司令部（以下簡稱海護總隊）並不具有大規模護航運輸隊所需要的高級軍官及司令部組織；取而代之的是召集海軍預備役大佐而來的航運指揮官，率領各種護航運輸隊。這些預備役中級軍官通常年事較高，知識陳舊，缺乏近現代作戰技能以及指揮大規模船隊的能力。
針對以上問題，1944年4月1日，日本海軍發佈「特設艦船部隊令」，新設立以海軍少將為指揮官的特設護衛船團司令部。至4月中旬，共實際編成8個護衛船團司令部。這種所謂的「司令部」並沒有設定固定的參謀部，所需要的人員均為船隊組成前從海護總隊、或者海軍省、軍令部等地護航相關的佐級軍官中抽調，臨時任命為參謀。司令部下也並未擁有自己的艦艇及飛機，同樣是臨時抽調而來。新的護衛船團司令部與原有的航運指揮官制度並存，ヒ72船団就有雙方共同登艦的例子。日軍首先在松號運輸船隊內設立護衛船團司令部，其後擴大到往西新幾內亞運輸的竹號運輸，以及負責石油運輸的ヒ船団等場合。
採用了新護航體制的竹一船隊在4月17日從上海出發，4月下旬至5月初在運輸途中遭到盟軍潛艇伏擊，傷亡慘重。諸如此類的遇襲事件，使得護衛船團司令部沒有自身部隊的缺點暴露無疑，迫使日軍決定成立成建制的船隊護衛部隊。這種專門用於護航的部隊（所謂「護衛戰隊」）爲了和其他作戰部隊相區別，番號從101開始。戰隊司令部以海軍少將為指揮官，主力為6艘海防艦，大多擁有一艘輕巡洋艦或驅逐艦作為旗艦（第104戰隊除外）。1944年11月起至1945年（昭和20年）1月為止，日軍先後編成第101、102、103戰隊，1945年4、5月間又組建了用於日本海作戰的第104、105戰隊。原第一海上護衛隊（以下簡稱一海護）隨著新組建的護衛戰隊以及第901海軍航空隊的加入，而升格爲第一護衛艦隊。
部隊一覽
特設船團護衛司令部一覽
 第一護衛船團司令部
1944年4月8日編成，劃入橫須賀鎮守府海上護衛部隊。正式編成前就已經在指揮東松3號船隊了。5月2日編入一海護，並參加比號船隊的護衛，僅時隔三週旗艦即被擊沉，司令戰死。10月11日，從一海護除名，編入海護總隊附屬部隊。
* 伊集院松治 海軍少將（1944年4月8日-同年5月24日戰死） - 最終時指揮比63船隊，座艦為壹岐
 第二護衛船團司令部
1944年4月8日編成，劃入橫須賀鎮守府海上護衛部隊，指揮東松4號船隊。接著指揮了第3503船団。3503船隊到達塞班島后和東松7號船隊合流，組成第4517號船隊返回日本，途中朝凪被擊沉，司令等由第24號海防艦救起。更換司令后，同年7月23至24日，因小笠原群島方面需要緊急運輸而再度編入橫須賀鎮守府部隊，8月船團護航期間受到攻擊，旗艦沉沒，司令部全滅。
* 清田孝彥 海軍少將（1944年4月8日-同年7月8日）
* 高橋一鬆 海軍少將（1944年7月8日-同年8月4日戰死） - 最終時指揮第4804號船隊，座艦為松
 第三護衛船團司令部
1944年4月8日編成，劃入橫須賀鎮守府海上護衛部隊，先後成功指揮東松5號、8號船隊，其中前者途中損失兩艘運輸船。之後更換司令，在馬里亞納羣島進行護航，第3606船団護航期間旗艦被擊沉，新上任的司令戰死。
* 鶴岡通道 海軍少將（1944年4月8日-同年6月1日）
* 門前鼎 海軍少將（1944年6月1日-同月9日戰死） - 最終時指揮第3606船隊，座艦為松風
 第四護衛船團司令部
1944年4月8日編成，編入一海護。10月11日，從一海護除名，編入海護總隊附屬部隊。
* 中邑元司 海軍少將（1944年4月8日-同年5月20日）
 第五護衛船團司令部
1944年4月8日編成，成功完成東松7號船隊的護航任務。此後從橫須賀鎮守府除名，一度成為海護總隊附屬部隊，6月29日編入一海護，從事門司到新加坡之間的護航任務。1945年1月20日從戰時編制內除名，同日改編為第103戰隊。
* 佐藤波藏 海軍少將（1944年4月8日-同月15日）
* 吉富說三 海軍少將（1944年4月15日-同年12月25日）
* 久宗米次郎 海軍少將（1944年12月25日-1945年1月20日）
 第六護衛船團司令部
1944年4月8日編成，旋即負責竹一船隊。7月15日編入一海護，負責ヒ71船団等重要船隊的護航，但是船團受到了嚴重的損失。9月12日旗艦被擊沉。10月11日，從一海護除名，編入海護總隊附屬部隊。
* 梶岡定道 海軍少將（1944年4月8日-1944年9月12日戰死） - 最終時指揮ヒ72船団，座艦為平戶
 第七護衛船團司令部
1944年4月8日編成，劃入橫須賀鎮守府海上護衛部隊，成功護衛東松6號船隊。其後一度作為海護總隊附屬，5月21日編入一海護，從事門司到新加坡之間的護航任務。10月至11月間在西南方面艦隊指揮下參加多號作戰。1945年2月25日從第一護衛艦隊的戰時編制內除名，原司令改任四海護司令。
* 松山光治 海軍少將（1944年4月8日-同年12月23日）
* 駒澤克己 海軍少將（1944年12月23日-1945年2月25日）
 第八護衛船團司令部
1944年4月15日編成，一開始隸屬一海護，后編入第一護衛艦隊編成，負責門司到新加坡之間的護航任務。1945年3月25日從戰時編制內除名。
* 佐藤勉 海軍少將（1944年4月15日-1945年1月9日）
護衛戰隊一覽
 第101戰隊
1944年11月15日組建。1945年1月12日ヒ86船団護衛途中遭到美軍執行突襲南海的航母特混艦隊的空襲而重創。同年3月25日從戰時編制內除名，殘存艦艇編入第一護衛艦隊。
* 新編時的編制：輕巡香椎，海防艦對馬、大東、鵜來、第23號、第27號、第51號
* 司令官：渋谷紫郎 海軍少將（1944年11月15日-1945年1月12日戰死）
 第102戰隊
1945年1月1日組建，隸屬於第一護衛艦隊旗下，從事反潛工作。其中第35號海防艦在空襲中沉沒；御藏和第33號海防艦在1945年3月28日擊沉美軍鱗鲀號后，在當天因空襲和潛艇襲擊而沉沒。
* 新編時的編制：輕巡鹿島，海防艦屋代、御藏、第2號、第33號、第34號、第35號
* 司令官：濱田凈 海軍少將（1945年1月1日-）
 第103戰隊
1945年1月20日組建，隸屬於第一護衛艦隊旗下，執行南號作戦，執行船隊護航工作。先後損失久米、昭南、第18號海防艦。南方航線斷絕以後，在朝鮮海峽進行反潛工作，期間損失第25號海防艦。
* 新編時的編制：驅逐艦春月，海防艦昭南、久米、第18號、第60號、第67號
* 司令官：久宗米次郎 海軍少將（1945年1月20日-）
 第104戰隊
1945年4月10日組建，配屬於大湊警備府部隊，在日本海北部及鄂霍次克海行動，守衛津輕海峽和宗谷海峽。爲了在寒冷地帶行動，全由占守級和択捉型海防艦組成。其中笠戶在美軍潛艇的バーニー作戦中受到重創。
* 新編時的編制：海防艦占守、國后、八丈、擇捉、福江、笠戶
* 司令官：渡邊清七 海軍少將（1945年4月10日-）
 第105戰隊
1945年5月5日組建，作為舞鶴鎮守府護衛部隊在日本海活動，爲了對抗美軍的巴爾尼行動而進行日號作。在北海道空襲期間損失第65號、第112號海防艦。
* 新編時的編制：驅逐艦響，海防艦第12號、第40號、第65號、第112號、第150號、第205號
* 司令官：松山光治 海軍少將（1945年5月5日-）