北府軍，又名北府兵，是中國東晉時謝玄所創立的一支軍隊，一開始軍權幾乎只屬於陳郡謝氏家族，后數度易主，併成為東晉中後期及劉宋前期的軍隊主力。組建時本無名，後來因著這支軍隊百戰百勝的戰績名氣而稱作北府軍《晉書·劉牢之傳》：玄以牢之為參軍，領精銳為前鋒，百戰百勝，號為「北府兵」，敵人畏之。，而「北府」之名出於獲授都督徐兗二州諸軍事者之將軍號常以北為號，故其軍府所在為北府，晉徐兗二州軍府常鎮建康東北方之京口，故當時人亦稱京口為「北府」。
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京口發展
西晉末年時因為北方漸漸陷於胡族建立之政權之手，且戰事頻仍，原居北方的士族及人民都開始向當時相對安定的南方遷移，其中宗室司馬睿在士族支援下駐鎮建康，控制南方，並在西晉亡后建立東晉朝廷以延晉祚。而江淮之間則有大批人民流寓其間，由從北方來的地方鄉黨擔任之流民帥統領，更因長期與外族政權作戰而有相當戰鬥經驗。這些流民帥不少具有北返收復故土的心願，而東晉朝廷亦提防流民集團大舉涌到江南地區造成動盪。故司馬睿在西晉末年及東晉初年，以出身瑯邪王氏的王舒先後以東中郎將司馬紹之司馬、車騎將軍司馬裒之司馬及北中郎將、監青徐二州軍事身份駐鎮江北的廣陵，以對江淮流民作控制《晉書·王舒傳》：明帝之為東中郎將，妙選上佐，以舒為司馬。轉后將軍、宣城公褚裒咨議參軍，遷軍司，固辭不受。裒鎮廣陵，復以舒為車騎司馬。頻領望府，咸稱明練。裒薨，遂代裒鎮，除北中郎將、監青徐二州軍事。331-5。
高平郗氏的郗鑑於永嘉之亂后在家鄉救濟人民，獲推為主並領著千餘家到魯縣的嶧山上避難。郗鑒及后雖獲司馬睿承製任命為兗州刺史，移鎮鄒山，但其時兗州有不同行臺任命的刺史各自為政，並且屢遭外族政權侵攻，更有饑荒，所領流民處境惡劣，三年間所領人數卻反增至數萬人。然而郗鑒終在永昌元年（322年）逼于北方後趙政權的軍事壓力而率眾南退至合肥《晉書·元帝紀》：秋七月，王敦自加兗州刺史郗鑒為安北將軍。石勒將石季龍攻陷太山，執守將徐龕。兗州刺史郗鑒自鄒山退守合肥。郗鑒隨後一度在建康朝廷內任職，並協助晉明帝討平王敦之亂，以車騎將軍、假節都督徐兗青三州軍事、兗州刺史身份返回江北出鎮廣陵，並在隨後蘇峻之亂時自廣陵領兵渡江，在京口附近筑大業等三壘阻遏蘇峻叛軍挾晉成帝東走會稽，成功協助平定亂事。戰後郗鑒仍留京口，並因為應付後趙劉征等浮海侵略東晉的部隊而讓江淮流民大量遷入京口附近晉陵一帶，讓他們在那定居，從而將京口發展成拱衞京師建康的重鎮337-41。
郗鑒去世前上請由自己軍司蔡謨接手京口，隨後約二十年內徐兗二州皆由門閥士族人士所領，且高平郗氏力量仍影響京口。此外，徐兗京口兵力多度作為北伐主力與北方政權作戰：褚裒出鎮京口時以郗鑒長子郗愔為其長史《晉書·郗愔傳》：驃騎何充輔政，征北將軍褚裒鎮京口，皆以愔為長史。，並在永和五年（349年）趁後趙皇帝石虎去世發動北伐時自京口率軍府兵攻向彭城《晉書·褚裒傳》:　及石季龍死，裒上表請伐之，即日戒嚴，直指泗口。朝議以裒事任貴重，不宜深入，可先遣偏師。裒重陳前所遣前鋒督護王頤之等徑造彭城，示以威信，后遣督護麋嶷進軍下邳，賊即奔潰，嶷率所領據其城池，今宜速發，以成聲勢，於是除征討大都督青、揚、徐、兗、豫五州諸軍事。裒率眾三萬徑進彭城，河朔士庶歸降者日以千計，裒撫納之，甚得其歡心。。永和八年（352年）揚州刺史殷浩組織北伐，亦讓接替褚裒任徐兗二州刺史的荀羨與豫州刺史謝尚併爲督統，更讓荀羨自京口進屯淮陰，不久再進鎮下邳，圖以北府軍隊與謝尚的西府軍隊兩路進攻《晉書·荀羨傳》：除北中郎將、徐州刺史、監徐兗二州揚州之晉陵諸軍事、假節。殷浩以羨在事有能名，故居以重任。時年二十八，中興方伯，未有如羨之少者。羨至鎮，發二州兵，使參軍鄭襲戍準陰。羨尋北鎮準陰，屯田于東陽之石鱉。尋加監青州諸軍事，又領兗州刺史，鎮下邳。。殷浩北伐失敗后，荀羨仍駐下邳與前燕軍隊作戰，昇平三年（358年）荀羨因病而請郗鑒次子郗曇為軍司，同年郗曇即代之為徐兗二州刺史鎮下邳，並在翌年（359年）與豫州刺史謝萬北伐《晉書·郗曇傳》：時北中郎荀羨有疾，朝廷以曇為羨軍司，加散騎常侍。頃之，羨征還，仍除北中郎將、都督徐兗青幽揚州之晉陵諸軍事、領徐兗二州刺史、假節，鎮下邳，后與賊帥傅末波等戰失利，降號建威將軍。尋卒，年四十二。。
郗曇于昇平五年（361年）去世后，范汪及庾希先後出任徐兗二州刺史，但此時東晉朝權已漸見傾軋在權臣桓溫身上，因著桓溫怨恨范汪及忌憚穎川庾氏的勢力，范汪居職僅八月即遭桓溫以行軍失期而廢為庶人，庾希亦在太和二年（367年）因救援魯郡及高平等郡不力而遭免職。庾希遭免后，徐兗二州刺史一職迴歸到高平郗氏的郗愔，但時已為大司馬、都督中外諸軍事、揚州牧的桓溫其實一直都覬覦將京口兵強悍的戰力，常稱「京口酒可飲，兵可用」，作為桓溫幕僚的郗愔子郗超就在太和四年（369年）桓溫第三次北伐時偽作父親書信將徐兗二州軍府交予桓溫182-6。
包括桓溫第三次北伐大敗予前燕，歷次有京口軍參與之北伐皆以失敗告終，京口軍力在接連戰事中因戰死或潰敗逃散而損耗甚大，需時恢復，故在桓溫北伐後接著的一段時間都缺乏事蹟。但桓溫控制京口亦令其得以進執朝權，甚至廢黜晉廢帝改立晉簡文帝，圖謀篡奪皇位。桓溫的野心在謝安、王坦之、王彪之等門閥士族勢力趁其患病故作阻撓下，于晉孝武帝繼位后的寧康元年（373年）隨其去世而化為泡影，但後續由陳郡謝氏主導之權力分佈重整正造就北府軍的誕生346186-98。
豫州經營
陳郡謝氏家族自謝尚在永和二年（346年）以西中郎將、豫州刺史出鎮蕪湖始曾一度統轄並發展豫州軍府勢力。謝尚出鎮蕪湖后在永和四年（348年）進號安西將軍，並配合荊州刺史桓溫而移鎮壽春《晉書·穆帝紀》：秋八月，進安西將軍桓溫為征西大將軍、開府儀同三司，封臨賀郡公；西中郎將謝尚為安西將軍。《晉書·謝尚傳》：大司馬桓溫欲有事中原，使尚率眾向壽春，進號安西將軍。；永和九年（353年）因北伐時安撫降將張遇失敗，為張遇所敗而被征還，改任尚書僕射后旋即又以本官都督豫州、揚州五郡及江西淮南諸軍事身份領豫州刺史，出鎮歷陽《晉書·穆帝紀》：（永和九年）十二月，加尚書僕射謝尚為都督豫、揚、江西諸軍事，領豫州刺史，鎮歷陽。《晉書·謝尚傳》：永和中，拜尚書僕射，出為都督江西淮南諸軍事、前將軍、豫州刺史，給事中、僕射如故，鎮歷陽，加都督豫州揚州之五郡軍事，在任有政績。；永和十一年（355年）再加督並冀幽三州軍事，進號鎮西將軍，移鎮馬頭《晉書·穆帝紀》：（永和十一年）冬十月，進豫州刺史謝尚督幷冀幽三州諸軍事、鎮西將軍，鎮馬頭。。昇平元年（356年）謝尚去世后朝廷即以其堂弟謝奕以都督豫司冀並四州軍事、安西將軍、豫州刺史接任，改戍譙《宋書·州郡志二·南豫州》 ：（永和）二年，刺史謝尚鎮蕪湖；四年，進壽春；九年，尚又鎮歷陽；十一年，進馬頭。昇平元年，刺史謝奕戍譙。。謝奕于昇平二年（357年）去世后其弟謝萬又繼為豫州刺史《晉書·穆帝紀》：（昇平二年）秋八月，安西將軍謝奕卒。壬申，以吳興太守謝萬為西中郎將、持節、監司豫冀幷四州諸軍事、豫州刺史。，至昇平四年（359年）與郗曇北伐失敗被廢為庶人止。豫州軍府兵員亦與京口一樣來自江淮流民，但因未如京口一帶具空荒地帶作開發而實力不及之，謝安具高名而不出仕，但仍多次隨謝萬出鎮作匡輔，甚至代其撫慰將士《晉書·謝萬傳》：萬既受任北征，矜豪傲物，嘗以嘯詠自高，未嘗撫眾。兄安深憂之，自隊主將帥已下，安無不慰勉。謂萬曰：「汝為元帥，諸將宜數接對，以悅其心，豈有傲誕若斯而能濟事也！」萬乃召集諸將，都無所說，直以如意指四坐云：「諸將皆勁卒。」諸將益恨之。, 惟謝萬北伐潰敗遭廢亦令陳郡謝氏勢力在豫州的軍事經營完全破滅，亦令謝氏在朝中無人，逼令謝安自己要挺身而出，但謝氏在豫州軍府的歷史因素亦有助其後謝玄組建北府軍《晉書·謝安傳》：時安弟萬為西中郎將，總籓任之重。安雖處衡門，其名猶出萬之右，自然有公輔之望，處家常以儀範訓子弟。安妻，劉惔妹也，既見家門富貴，而安獨靜退，乃謂曰：「丈夫不如此也？」安掩鼻曰：「恐不免耳。」及萬黜廢，安始有仕進志，時年已四十餘矣。342-46206-13。
歷史
軍隊肇建
桓溫死後，揚豫江三州都督、揚州刺史一職由桓溫幼弟桓沖接手，徐兗二州在經過刁彝及王坦之短暫任職后在寧康三年（375年）由解揚州刺史予謝安的桓沖以都督徐兗豫青揚五州軍事兼徐州刺史繼接《晉書·桓沖傳》：謝安以時望輔政，為群情所歸，沖懼逼，寧康三年，乃解揚州，自求外出。桓氏黨與以為非計，莫不扼腕苦諫，郗超亦深止之。沖皆不納，處之澹然，不以為恨，忠言嘉謀，每盡心力。於是改授都督徐兗豫青揚五州之六郡軍事、車騎將軍、徐州刺史，以北中郎府並中軍，鎮京口，假節。。再至太元二年（377年），因應當時前秦剛在上一年滅前涼，統一了北方，並且頻頻侵邊，朝廷正討論有何良將能抵抗北方巨大的軍事威脅，謝安欲以侄兒謝玄為之，就再重新調整徐兗二州勢力，先解桓沖徐州刺史及徐兗揚青四州都督，改授都督豫江二州之六郡軍事，以車騎將軍轉鎮姑熟，以準備隨後由外戚王蘊以徐州刺史出鎮京口《晉書·桓沖傳》：時丹陽尹王蘊以後父之重昵于安，安意欲出蘊為方伯，乃復解沖徐州，直以車騎將軍都督豫江二州之六郡軍事，自京口遷鎮姑熟。；原兗州刺史朱序亦調任梁州刺史鎮襄陽《晉書·孝武帝紀》：三月，以兗州刺史朱序為南中郎將、梁州刺史、監沔中諸軍，鎮襄陽。，準備讓時任荊州刺史桓豁司馬之謝玄接任。至八月桓豁去世，謝安就直接讓桓沖還鎮譙國桓氏崛起的荊州，於十月出任都督荊江梁益寧交廣七州揚州之義成雍州之京兆司州之河東諸軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史，同時正式讓謝玄出任監江北諸軍事、兗州刺史、廣陵相，鎮廣陵；王蘊出任徐州刺史；謝安亦以司徒加都督揚豫徐兗青五州及幽州之燕國諸軍事。至此完成了諸鎮的勢力重整《晉書·謝玄傳》：轉征西將軍桓豁司馬、領南郡相、監北征諸軍事。於時苻堅強盛，邊境數被侵寇，朝廷求文武良將可以鎮御北方者，安乃以玄應舉。中書郎郗超雖素與玄不善，聞而嘆之，曰：「安違眾舉親，明也。玄必不負舉，才也。」時咸以為不然。超曰：「吾嘗與玄共在桓公府，見其使才，雖履屐間亦得其任，所以知之。」於是征還，拜建武將軍、兗州刺史、領廣陵相、監江北諸軍事。《晉書·孝武帝紀》：八月壬辰，四騎將軍桓衝來朝。丁未，以尚書僕射謝安為司徒。丙辰，使持節、都督荊梁寧益交廣六州諸軍事、荊州刺史、征西大將軍桓豁卒。冬十月辛丑，以車騎將軍桓沖都督荊江梁益寧交廣七州諸軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史，尚書王蘊為徐州刺史、督江南晉陵諸軍，征西司馬謝玄為兗州刺史、廣陵相、監江北諸軍。《晉書·謝安傳》：頃之，加司徒，后軍文武盡配大府，又讓不拜。復加侍中、都督揚豫徐兗青五州幽州之燕國諸軍事、假節。。
東晉朝廷于太元元年（376年）冬季已下令遷淮北流民到淮南《晉書·孝武帝紀》：冬十月，移準北流人于淮南。，謝玄到廣陵上任后便著手選拔驍猛人士組建北府軍，彭城郡人劉牢之、東海郡人何謙、瑯邪郡人諸葛侃、樂安郡人高衡、東平郡人劉軌、西河郡人田洛及晉陵郡孫無終等人都獲挑選為將《晉書·劉牢之傳》：太元初，謝玄北鎮廣陵，時苻堅方盛，玄多募勁勇，牢之與東海何謙、瑯邪諸葛侃、樂安高衡、東平劉軌、西河田洛及晉陵孫無終等以驍猛應選。玄以牢之為參軍，領精銳為前鋒，百戰百勝，號為「北府兵」，敵人畏之。。其中何謙其實昔日在庾希任徐兗二州刺史時就已為其部將《晉書·哀帝紀》：庾希部將何謙及慕容𬀩將劉則戰于檀丘，破之。，后因故離開軍府，至此再應募入仕；劉牢之父親劉建更曾仕晉為征虜將軍《晉書·劉牢之傳》：父建，有武干，為征虜將軍。世以壯勇稱。，曾參與昇平四年（359年）謝萬潰敗的那次北伐行動《晉書·謝萬傳》：既而先遣征虜將軍劉建修治馬頭城池，自率眾入渦潁，以援洛陽。。
君川之役
謝玄于廣陵募整合北府軍后翌年即遇到前秦的軍事考驗，太元三年（378年）前秦長樂公苻丕率兵進攻襄陽，秦兗州刺史彭超就奏請前秦天王苻堅進攻彭城以配合苻丕行動，遂與俱難、毛盛、邵保等攻淮南一帶，並圍攻彭城。謝玄在前秦攻襄陽時就已大發三州兵眾，命何謙領遊軍在淮泗一帶干擾前秦，彭城則由龍驤將軍、沛郡太守戴逯堅守。太元四年（379年）二月，謝玄率領東莞太守高衡及何謙的救援彭城部隊到達泗口，他看準彭超軍輜重停在留城，假稱要派何謙攻留城，成功逼令彭超撤圍赴救。此時謝玄就派何謙領軍迎戴逯領彭城兵眾棄城南歸，彭超等隨後佔領彭城、下邳二戍，並繼續南攻《資治通鑑·卷104》：兗州刺史謝玄帥眾萬餘救彭城，軍于泗口，欲遣間使報戴𨔵而不可得；部曲將田泓請沒水潛行趣彭城，玄遣之。泓為秦人所獲，厚賂之，使雲南軍已敗；泓偽許之，既而告城中曰：「南軍垂至，我單行來報，為賊所得，勉之！」秦人殺之。彭超置輜重於留城，謝玄揚聲遣后軍將軍何謙向留城。超聞之，釋彭城圍，引兵還保輜重。戴𨔵帥彭城之眾，隨謙奔玄，超遂據彭城，留兗州治中徐褒守之，南攻盱眙。俱難克淮陰，留邵保戍之。。
同時襄陽亦在苻丕率眾猛攻之下失陷，秦將毛當及王顯領兵二萬赴淮南與俱難及彭超軍一同進攻，並在五月攻下盱眙，俘守將毛璪之，更進而在離廣陵一百里外的三阿圍困幽州刺史田洛。前秦軍兵臨長江引起朝廷內部震動，謝玄則自廣陵領兵救援田洛，先擊斬俱難派來迎擊的都顏，再在三阿擊敗彭超等軍，令其退守盱眙。六月，謝玄和田洛以五萬兵進攻盱眙，再次獲勝，將他們逼退到淮陰。隨後謝玄命何謙、劉牢之、諸葛侃等軍以水軍進攻前秦所搭用來便利渡過淮河的浮橋，並在夜襲中焚燬浮橋，毀壞其運輸裝置。謝玄同時進攻淮陰，殺掉留戍淮陰的邵保，彭超及俱難等軍只好退回淮北，謝玄則率領何謙、田洛及戴逯等軍追擊，更在君川大敗對方，彭超及俱難敗得只能隻身北返《資治通鑑·卷104》：右衞將軍毛安之等帥眾四萬屯堂邑。秦毛當、毛盛帥騎二萬襲堂邑，安之等驚潰。兗州刺史謝玄自廣陵救三阿。丙子，難、超戰敗，退保盱眙。六月，戊子，玄與田洛帥眾五萬進攻盱眙，難、超又敗，退屯淮陰。玄遣何謙等帥舟師乘潮而上，夜，焚淮橋。邵保戰死，難、超退屯淮北。玄與何謙、戴𨔵、田洛共追之，戰于君川，復大破之，難、超北走，僅以身免。。
此戰東晉雖丟失了彭城及下邳兩個淮北據點，但藉北府軍接連擊敗試圖乘勢進犯長江的前秦軍，逼其退回淮北。謝玄亦以君川之捷進號冠軍將軍，並加領徐州刺史《晉書·謝玄傳》：於是罷彭城、下邳二戍。詔遣殿中將軍慰勞，進號冠軍，加領徐州刺史，還於廣陵，以功封東興縣侯。。
淝水之戰
太元八年（383年），前秦天王苻堅親率大軍欲以武力滅亡東晉，並以苻融率領二十五萬前鋒進攻淮南。作為反應，晉以謝石以征虜將軍假節為征討大都督，總統謝玄、謝琰及桓伊等共八萬兵力抵禦，其中謝玄為前鋒，都督徐兗青三州揚州之晉陵及幽州之燕國諸軍事。苻融前鋒於十月攻陷壽陽，令前往救援壽陽的晉將胡彬退守硤石，苻融進而攻打胡彬，另以梁成等以五萬兵在洛澗建柵防守，防堵東面來的謝玄援軍。謝玄等軍在洛澗外二十五里畏敵不敢前進，苻融因而認為這是覆滅晉軍主力的機會，遂令苻堅急領八千輕騎到達壽陽前線以圖一舉制勝，並特意派早前襄陽之役的降將朱序勸降。惟朱序卻向謝石私下明言前秦軍尚未完成集結，提出先破其前鋒，瓦解其士氣之取勝方法。謝石在謝琰勸說下相信朱序，謝玄遂在十一月派劉牢之以五千精兵進攻洛澗，梁成在劉牢之離洛澗仍有十里遠時就據澗結陣等待，劉牢之到后便立即渡澗進擊，大敗秦軍並陣斬梁成及弋陽太守王詠。劉牢之更派軍截斷秦軍歸路，遂令前秦敗軍崩潰，爭相渡過淮河逃走，牢之遂縱軍追擊，俘秦揚州刺史王顯等眾人及大量軍需品。洛澗之戰後謝石乘勝率領大軍水陸並進逼近壽陽，前秦軍就依淝水列陣，兩軍遂對峙。謝玄則派人向苻堅要求前秦軍退後以讓晉軍渡過淝水作決戰，苻堅認為可以趁晉軍半渡時突襲取勝，遂同意請求，但秦軍才一後退，朱序就在前秦軍后大叫：「秦軍敗矣！」經歷過洛澗大敗的前秦軍遂潰退，謝玄等軍此時則帶著大軍渡過淝水直接衝擊潰退中的秦軍，苻融嘗試阻遏軍隊崩潰但失敗，更墮馬遭晉軍殺死。謝玄遂收復壽陽，並一直追擊到青岡才停下，秦軍死傷枕籍，甚至苻堅專用的雲母車都被晉軍奪取了，朱序及壽陽失陷時被俘的徐元喜都成功南返《晉書·謝石傳》：淮肥之役，詔石解僕射，以將軍假節征討大都督，與兄子玄、琰破苻堅。《晉書·謝玄傳》：及苻堅自率兵次於項城，眾號百萬，而涼州之師始達咸陽，蜀漢順流，幽並系至。先遣苻融、慕容𬀩、張蠔、苻方等至潁口，梁成、王顯等屯洛澗。詔以玄為前鋒、都督徐兗青三州揚州之晉陵幽州之燕國諸軍事，與叔父征虜將軍石、從弟輔國將軍琰、西中郎將桓伊、龍驤將軍檀玄、建威將軍戴熙、揚武將軍陶隱等距之，眾凡八萬。玄先遣廣陵相劉牢之五千人直指洛澗，即斬梁成及成弟云，步騎崩潰，爭赴淮水。牢之縱兵追之，生擒堅偽將梁他、王顯、梁悌、慕容屈氏等，收其軍實。堅進屯壽陽，列陣臨肥水，玄軍不得渡。玄使謂苻融曰：「君遠涉吾境，而臨水為陣，是不欲速戰。諸君稍卻，令將士得周旋，仆與諸君緩轡而觀之，不亦樂乎！」堅眾皆曰：「宜阻肥水，莫令得上。我眾彼寡，勢必萬全。」堅曰：「但卻軍，令得過，而我以鐵騎數十萬向水，逼而殺之。」融亦以為然，遂麾使卻陣，眾因亂不能止。於是玄與琰、伊等以精銳八千涉渡肥水。石軍距張蠔，小退。玄、琰仍進，決戰肥水南。堅中流矢，臨陣斬融。堅眾奔潰，自相蹈藉投水死者不可勝計，肥水為之不流。餘眾棄甲宵遁，聞風聲鶴唳，皆以為王師已至，草行露宿，重以饑凍，死者十七八。獲堅乘輿雲母車，儀服、器械、軍資、珍寶山積，牛馬驢騾駱駝十萬余。《資治通鑑·卷105》：詔以尚書僕射謝石為征虜將軍、征討大都督，以徐、兗二州刺史謝玄為前鋒都督，與輔國將軍謝琰、西中郎將桓伊等眾共八萬拒之；使龍驤將軍胡彬以水軍五千援壽陽。琰，安之子也。……冬，十月，秦陽平公融等攻壽陽；癸酉，克之，執平虜將軍徐元喜等。融以其參軍河南郭褒為淮南太守。胡彬聞壽陽陷，退保硤石，融進攻之。秦衞將軍梁成等帥眾五萬屯于洛澗，柵淮以遏東兵。謝石、謝玄等去洛澗二十五里而軍，憚成不敢進。胡彬糧盡，潛遣使告石等曰：「今賊盛糧盡，恐不復見大軍！」秦人獲之，送于陽平公融。融馳使白秦王堅曰：「賊少易擒，但恐逃去，宜速赴之！」堅乃留大軍于項城，引輕騎八千，兼道就融于壽陽。遣尚書朱序來說謝石等，以為：「強弱異勢，不如速降。」序私謂石等曰：「若秦百萬之衆盡至，誠難與為敵。今乘諸軍未集，宜速擊之；若敗其前鋒，則彼已奪氣，可遂破也。」石聞堅在壽陽，甚懼，欲不戰以老秦師。謝琰勸石從序言。十一月，謝玄遣廣陵相劉牢之帥精兵五千趣洛澗，未至十里，梁成阻澗為陳以待之。牢之直前渡水，擊成，大破之，斬成及弋陽太守王詠；又分兵斷其歸津，秦步騎崩潰，爭赴淮水，士卒死者萬五千人，執秦揚州刺史王顯等，盡收其器械軍實。於是謝石等諸軍，水陸繼進。秦王堅與陽平公融登壽陽城望之，見晉兵部陣嚴整，又望八公山上草木皆以為晉兵，顧謂融曰：「此亦勍敵，何謂弱也！」憮然始有懼色。秦兵逼肥水而陳，晉兵不得渡。謝玄遣使謂陽平公融曰：「君懸軍深入，而置陳逼水，此乃持久之計，非欲速戰者也。若移陳少卻，使晉兵得渡，以決勝負，不亦善乎！」秦諸將皆曰：「我眾彼寡，不如遏之，使不得上，可以萬全。」堅曰：「但引兵少卻，使之半渡，我以鐵騎蹙而殺之，蔑不勝矣！」融亦以為然，遂麾兵使卻。秦兵遂退，不可復止。謝玄、謝琰、桓伊等引兵渡水擊之。融馳騎略陳，欲以帥退者，馬倒，為晉兵所殺，秦兵遂潰。玄等乘勝追擊，至於青岡；秦兵大敗，自相蹈藉而死者，蔽野塞川。其走者聞風聲鶴唳，皆以為晉兵且至，晝夜不敢息，草行露宿，重以饑凍，死者什七、八。初，秦兵少卻，朱序在陳后呼曰：「秦兵敗矣！」眾遂大奔。序因與張天錫、徐元喜皆來奔。獲秦王堅所乘雲母車。復取壽陽，執其淮南太守郭褒。《晉書·劉牢之傳》：淮肥之役，苻堅遣其弟融及驍將張蠔攻陷壽陽，謝玄使彬與牢之距之。師次硤石，不敢進。堅將梁成又以二萬人屯洛澗，玄遣牢之以精卒五千距之。去賊十里，成阻澗列陣。牢之率參軍劉襲、諸葛求等直進渡水，臨陣斬成及其弟云，又分兵斷其歸津。賊步騎崩潰，爭赴淮水，殺獲萬餘人，盡收其器械。堅尋亦大敗，歸長安，餘黨所在屯結。。
謝玄北伐
太元九年（384年），前秦內亂，謝安奏請北伐，朝廷遂以謝玄以本官擔任前鋒都督，讓其領北府軍經略北方。而其實在該年年初北府將領劉牢之就已攻下譙城《晉書·孝武帝紀》：九年春正月庚子，封武陵王孫寶為臨川王。戊午，立新寧王晞子遵為新寧王。辛亥，謁建平等四陵。龍驤將軍劉牢之克譙城。，及至現在謝玄北征至下邳時，前秦彭城守將徐州刺史趙遷棄城逃走，謝玄遂領軍進據彭城《資治通鑑·卷105》：太保安奏請乘苻氏傾敗，開拓中原，以徐、兗二州刺史謝玄為前鋒都督，帥豫州刺史桓石虔伐秦。玄至下邳，秦徐州刺史趙遷棄彭城走，玄進據彭城。。謝玄又即派彭城內史劉牢之及參軍劉襲進攻駐鄄城的前秦兗州刺史張崇，並在張崇敗走後命劉牢之進屯鄄城，由其討平附近的抵抗勢力，黃河以南諸堡遂望風降晉《晉書·劉牢之傳》：遷龍驤將軍、彭城內史，以功賜爵武岡縣男，食邑五百戶。牢之進屯鄄城，討諸未服，河南城堡承風歸順者甚眾。《資治通鑑·卷105》：九月，謝玄使彭城內史劉牢之攻秦兗州刺史張崇。辛卯，崇棄鄄城奔燕。牢之據鄄城，河南城堡皆來歸附。《晉書·謝玄傳》：玄復率眾次於彭城，遣參軍劉襲攻堅兗州刺史張崇于鄄城，走之，使劉牢之守鄄城。。隨後謝玄進攻青州，並派淮陰太守高素逼降駐于廣固的前秦青州刺史苻朗《晉書·謝玄傳》：兗州既平，玄患水道險澀，糧運艱難，用督護聞人奭謀，堰呂梁水，樹柵，立七埭為派，擁二岸之流，以利運漕，自此公私利便。又進伐青州，故謂之青州派。遣淮陵太守高素以三千人向廣固，降堅青州刺史苻朗。。
留守鄴城的秦長樂公苻丕雖以堅守令得後燕主慕容垂暫時放棄奪取鄴城，但仍面臨孤立無援的困境，而此時謝玄已命令麾下北府諸將進攻冀州，劉牢之、濟北太守丁匡以及濟陽太守郭滿分別鎮守河南重鎮碻磝及滑臺，而奮武將軍顏雄就北渡黃河建營。苻丕派了桑據到黎陽防備晉軍，謝玄遂派劉襲驅逐桑據，由滕恬之守黎陽，這令得苻丕不得不向晉請援，其下屬更假作書信代苻丕向晉請降。至此，這次謝玄統領北府軍北伐已成功收復了兗青豫司四州地區，朝廷遂加其都督為徐兗青司冀幽並七州《晉書·謝玄傳》：又進伐冀州，遣龍驤將軍劉牢之、濟北太守丁匡據碻磝，濟陽太守郭滿據滑臺，奮武將軍顏雄渡河立營。堅子丕遣將桑據屯黎陽。玄命劉襲夜襲據，走之。丕惶遽欲降，玄許之。丕告饑，玄饋丕米二千斛。又遣晉陵太守滕恬之渡河守黎陽，三魏皆降。以兗、青、司、豫平，加玄都督徐、兗、青、司、冀、幽、並七州軍事。。
不久，慕容垂再攻鄴，苻丕向晉請援並求糧，謝玄遂派劉牢之及滕恬之以二萬兵援鄴，並送二千斛米予苻丕解困。太元十年（385年），劉牢之在枋頭盤桓期間攻後燕黎陽太守劉撫，為慕容垂所阻，被逼暫退黎陽，至四月才進軍鄴城，並擊破圍城的慕容垂，逼其北退，解鄴城之困。接著劉牢之追擊慕容垂，卻為慕容垂以輜重引誘，晉軍在搶奪輜重時遭慕容垂截擊大敗，劉牢之隻身出奔，在苻丕趕上支援下才得返回鄴城重整軍力，但也因戰敗而被征還。謝玄此後再無大規模進攻，並計劃自己退屯彭城，而讓時鎮洛陽的豫州刺史朱序移屯梁國，令其進可支援黃河流域前線及洛陽方面的晉軍，退亦能保待淮河流域安全，守護江東。但在太元十一年（386年）丁零人翟遼叛變，俘虜了滕恬之並佔據了黎陽，不久泰山太守張愿也叛降翟遼了，謝玄遂以此歸罪自己求退，而其時朝廷亦想完結北伐行動，轉為防守，就命謝玄退鎮淮陰，朱序代謝玄為青兗二州都督兼刺史，移鎮彭城。謝玄隨後因病獲詔命回京口治療，又轉會稽太守，遂卸下對北府軍的指揮權。
主相爭奪
朱序代替謝玄于淮北統御北府軍，並以糧運不便為由退屯淮陰，但他未有兼督徐州，后徐州刺史職由在建康居相位的會稽王司馬道子所兼領。朱序上任一年後（388年）就轉位雍州刺史，青兗二州刺史由譙王司馬恬以都督兗青冀幽並、揚州之晉陵、徐州之南北郡軍事身份繼任，出鎮京口《晉書·卷37》：恬既宗室勛望，有才用，孝武帝時深杖之，以為都督兗青冀幽並揚州之晉陵、徐州之南北郡軍事，領鎮北將軍、兗青二州刺史、假節。……恬鎮京口，尚之為振威將軍、廣陵相，父憂去職。《晉書·孝武帝紀》：十三年夏四月戊午，以青兗二州刺史朱序為持節、都督雍梁沔中九郡諸軍事、雍州刺史，譙王恬之為鎮北將軍、青兗二州刺史。。司馬恬既受孝武帝倚仗而都督徐州南北軍事及出鎮京口要地，掌握北府軍權，但其時仍有北府將領在淮北一帶與北方政權作戰的記錄，如劉牢之在戰敗被征還后不久復職並出屯淮陰，后更回彭城任太守，在司馬恬上任后的太元十四年（389年）更討平在皇丘稱帝的張黎《晉書·孝武帝紀》：（十四年）彭城妖賊劉黎僭稱皇帝于皇丘，龍驤將軍劉牢之討平之。，遠在京口的司馬恬對淮北北府將領控制力有限，卻為孝武帝為控制徐兗北府根本之地而作的政治行為293-6355-7。
太元十五年（390年），司馬恬去世，孝武帝親信的外戚王恭獲任命為都督兗青冀幽並徐六州及揚州之晉陵諸軍事、前將軍、兗青二州刺史、假節，鎮京口《晉書·孝武帝紀》：十五年春正月乙亥，鎮北將軍、譙王恬之薨。龍驤將軍劉牢之及翟遼、張愿戰于太山，王師敗績。征虜將軍朱序破慕容永于太行。二月辛己，以中書令王恭為都督青兗幽幷冀五州諸軍事、前將軍、青兗二州刺史。。王恭直以都督徐州及晉陵上任，政治上對京口地區的控制比司馬恬更強，但王恭指揮北府軍將領的記載不詳，僅見太元十九年（394年）後燕進攻廩丘一帶，攻至東面海邊之事，一直在北方的劉牢之因不能救援郡縣而被免職，王恭亦因失土而被降號。
太元二十一年（396年），孝武帝去世，晉安帝即位，會稽王司馬道子以太傅身份主政，任用被認為是奸佞的寵臣王國寶為尚書僕射，權傾朝野，此舉令到王恭很不滿，最終決定起兵誅除王國寶。王恭除了聯結昔日也是孝武帝派往作外藩的荊州刺史殷仲堪外，也召劉牢之為司馬，藉以獲得北府軍的實際控制權以增加自身實力。隆安元年（397年），王恭上表討伐王國寶及王緒，並起兵向建康，最終司馬道子主動將王國寶及王緒收捕處死滿足王恭要求，王恭亦因而罷兵，反而還派劉牢之領軍討平原本約定在吳郡響應自己，但此時欲不肯聽命罷兵的王𫷷。
王恭成功逼司馬道子殺掉王國寶及王緒，但未能讓他與司馬道子間的矛盾得到解決，司馬道子還是想辦法樹立外藩作援防備王恭。而舉兵成功也令本身出身高門的王恭更認為自己威名已盛，對倚仗的北府主力之核心劉牢之只是以普通武將對待，待遇並不優厚，這令自負的劉牢之很怨恨。隆安二年（398年），王恭針對司馬道子親任的譙王司馬尚之而再度起兵，這回更有荊州刺史殷仲堪、留駐荊州之廣州刺史桓玄、南蠻校尉楊佺期及豫州刺史庾楷的實質軍事響應，聲勢甚大。但此時會稽世子司馬元顯卻派了另一北府將領高素去策反劉牢之，並許諾王恭敗后將以劉牢之代其位。劉牢之答應並在隨後以王恭前鋒進兵竹里時突然叛變，更派女婿高雅之及兒子劉敬宣突襲王恭，王恭失敗逃走，被捕處死。牢之隨後領北府軍到新亭以備西軍，但西軍后以內部矛盾而暫退，終受詔罷軍，劉牢之亦以輔國將軍本官受王恭都督兗青冀幽並徐及揚州之晉陵軍事。自孝武帝時代起的主相兩派之爭奪，以司馬道子父子成功策反劉牢之擊滅王恭而結束，但此亦顯示北府軍始具獨立性而非門閥麾下軍事力量，牢之的地位變得舉足輕重，亦深深影響日後北府軍發展363-4。
牢之總戎
北府都督在謝玄組建北府軍前後皆由門閥士族人士擔任，至此劉牢之以北府將領身份出任此職，引發當時人一些不滿，劉牢之遂任用心腹徐謙之等以壯大自己勢力。隆安三年 （399年），孫恩之亂在三吳地區爆發，朝廷詔命徐州刺史謝琰領兵討伐，劉牢之亦自行上表加入，謝琰派麾下北府將高素與牢之聯手下成功擊潰孫恩，逼其逃返海島上。隆安四年（400年），孫恩捲土重來，駐守會稽作備的謝琰戰死，劉牢之就受詔為鎮北將軍、都督會稽五郡軍事率領北府軍討伐，孫恩暫退後自屯上虞而分遣諸軍守戍各縣，其中參軍劉裕表現突出，不但于戍守的句章屢敗孫恩，緊隨追擊之下亦成功瓦解孫恩大軍，終平定亂事，亦加強了劉牢之的名聲威望。
孫恩實力遭受重創，最終於元興元年（402年）被殺，但仍有盧循、徐道覆等餘眾活躍。而此時桓玄早已消滅了殷仲堪、楊佺期等上游勢力，當上都督荊司雍秦梁益寧七州，荊州刺史，而時江州、廣州等鎮皆由桓玄一方人物所領，時朝廷能夠掌握的地區僅有建康附近及三吳地區而已。桓玄欲東下建康奪取朝權，司馬元顯雖知桓玄野心，在同年便宣佈討伐桓玄，並已集結軍力，但因恐懼而一直沒出發，時除朝廷自己之軍隊外，還有司馬尚之統領的豫州兵，以及劉牢之的北府軍，但他知道只有擔任討伐先鋒的劉牢之的北府軍才有擊敗桓玄的能力。迴應討伐而正領軍東下的桓玄派了何穆策反劉牢之，牢之雖也提防桓玄，但心中對司馬元顯亦早有疑忌，也認同何穆鳥盡弓藏、聲威震主之言，怕若果助司馬元顯消滅桓玄后反遭元顯所害。桓玄到姑孰後派軍直接進攻隔江北岸的豫州治所歷陽，擊敗了司馬尚之軍，進而兵臨新亭之際，劉牢之不顧劉敬宣、劉裕等人反對，率領屯駐洌洲的北府軍倒戈投降桓玄，司馬道子、司馬元顯父子遂被桓玄所廢，后殺害。
桓玄行戮
桓玄以太尉、揚州牧掌權后，立即就處理劉牢之，以其為征東將軍，會稽太守。不但調離京口等要更盡削劉牢之兵權，劉牢之意圖起兵對抗桓玄，然由於其一再背叛主君而早已喪失人心，在與僚屬會議起事之際參軍劉襲言：「事不可者莫大於反，而將軍往年反王兗州，近日反司馬郎君，今復欲反桓公。一人而三反，豈得立也。」言畢步出，其他僚屬大多亦隨之離去。劉牢之在眾叛親離下被逼出逃，但在恐懼妻兒己被誅殺下絕望自殺。桓玄又以桓修為右將軍、徐兗二州刺史，出鎮京口，接著亦開始消滅北府軍勢力，和劉牢之關係密切的北府將領吳興太守高素、輔國將軍竺謙之、謙之堂兄高平相竺朗之、輔國將軍劉襲和襲弟彭城內史劉季武。劉襲兄劉軌、高雅之及前去投靠二人的牢之子劉敬宣則在山陽附近嘗試對抗桓玄失敗后，往北逃難到南燕；元興二年二月，桓玄又殺冀州刺史孫無終。至於劉裕，其實桓玄亦知其具威脅，但其時除了在討伐孫恩餘眾外，桓玄亦指望劉裕助其北伐，故一直都未有加害，反倒相當禮待。
重建北府
劉裕世居京口，在劉牢之叛歸桓玄之際表明反對，后牢之慾叛桓玄時其亦不同意，至桓玄大權在握之際則更欲起事，不過在孔靖的建言下，他還是決定待桓玄篡位后才在京口徐圖舉事。元興二年（403年）年末，桓玄篡晉，自登帝位，劉裕遂在京口密謀起事。但由於舊有北府勢力已隨劉牢之敗死後大都遭桓玄消滅，劉裕僅能憑藉其在徐兗地區的人脈連結，包括一些在徐兗桓氏人物府中任僚屬的人，如青州刺史桓弘主簿孟昶、弟弟青州中兵參軍劉道規等。元興三年二月丙辰（404年3月25日），劉裕在京口襲殺桓修，正式舉兵，孟昶亦殺了桓弘，自廣陵領部眾與劉裕會合；雖然原計劃在建康及歷陽舉事的同謀失敗了，但劉裕還是帶著這支才一千七百人的部隊向建康進攻。桓玄派了頓丘太守吳甫之及右衞將軍皇甫敷鎮壓劉裕，但遭劉裕擊敗，二將戰死。劉裕逼近建康，征討都督桓謙統兵防禦，但他統領的守軍很多都是以前的北府士兵，見到劉裕都亳無鬥志，反倒劉裕與眾將奮力進攻，乘風縱火，守軍在驚懼之下遂潰敗。劉裕攻陷建康之際，桓玄率領其政權逃離建康，西上江州治所尋陽；劉裕就在建康與是桓楚司徒的昔日恩人——瑯邪王氏的王謐建立行臺，互相推舉，劉裕遂為都督揚徐兗豫青冀幽並八州諸軍事、領軍將軍、徐州刺史，不久更奉武陵王司馬遵為大將軍，承製行事，重建東晉朝廷。在諸將追擊下，桓玄在同年被殺，並在翌年（405年）在江陵迎回晉安帝，消滅國內桓楚殘餘勢力。劉裕于義熙四年（408年）王謐死後兼領其錄尚書事、揚州刺史職位，從此掌握朝權，后在包括義熙五年（409年）北伐南燕、義熙六年（410年）自滅南燕戰場迅速南返討滅盧循之亂、義熙八年（412年）消滅與昔日自己共討桓玄，卻成政敵的荊州刺史劉毅及義熙十一年（415年）驅逐晉宗室荊州刺史司馬休之，皆倚靠其指揮的北府軍達成，劉裕此期間亦始終兼領徐州刺史及都督職位。擊敗司馬休之後劉裕大致掃平國內政敵，並讓身為弟弟但無才能且粗鄙貪婪的劉道鄰出任荊州刺史，更將北府文武都隨其赴荊州作支援《宋書·劉道憐傳》：江陵平，以為都督荊湘益秦寧梁雍七州諸軍事、驃騎將軍、開府儀同三司、領護南蠻校尉、荊州刺史，持節、常侍如故。北府文武悉配之。道憐素無才能，言音甚楚，舉止施為，多諸鄙拙。371-3。
義熙十二年（416年），劉裕上表北伐後秦，北伐亦以北府將領檀道濟為前鋒《宋書·檀道濟傳》：義熙十二年，高祖北伐，以道濟為前鋒出淮、肥，所至諸城戍望風降服。進克許昌，獲偽寧朔將軍、潁川太守姚坦，7及大將楊業。至成臯，偽兗州刺史韋華降。逕進洛陽，偽平南將軍陳留公姚洸歸順。凡拔城破壘，俘四千餘人。，遂在次年成功滅秦，收復關中及黃河以南土地，南返后便派王韶之殺掉晉安帝，改立晉恭帝，最終在永初元年（420年 ）篡位建宋。劉裕主政東晉期間曾在義熙九年（413年）推動義熙土斷，大量裁撤僑置郡縣或讓僑置郡縣擁有實土，人口都按其居住地歸入其實土郡縣中，以清查戶籍，被土斷的北方人需要繳納租稅徭役。但這次土斷特別將青徐兗三州僑置於晉陵郡內的人口，即北府軍的根源地排除在外，保持晉陵的特殊地位，亦見北府之重要《宋書·武帝紀中》：於是依界土斷，唯徐、兗、青三州居晉陵者，不在斷例。諸流寓郡縣，多被並省。。劉裕稱帝后，亦曾下令京口要地只能讓宗室近支擔任，遂令南徐州刺史一職在宋大部分時間皆由諸王所領《宋書·劉延孫傳》：先是高祖遺詔，京口要地，去都邑密邇，自非宗室近戚，不得居之。。
衰落消亡
從東晉過渡到南朝宋，北府軍一直作為朝廷軍隊主力，但永初三年（422年）北魏乘劉裕去世而攻奪昔日劉裕北伐而取的河南土地，時以北府名將、兗州刺史檀道濟領軍援救北方，然其時檀道濟軍力不足以分途救司州及青州兩地，最終只能先援青州，最終青州獲全但司州失陷。至宋文帝誅除徐羨之等權臣親政后，檀道濟為宋文帝所忌，自兗州改置江州，至元嘉七年（430年）對北魏的北伐作戰中亦沒有以老有戰功的檀道濟為主帥，反是自己親任的另一出身北府將領到彥之，但到彥之領導的北伐隊伍卻于冬季遭北魏反攻，縱在晚期複用檀道濟也無法阻止滑臺失陷，原收復的河南土地得而復失，也造成大量傷亡及丟失大量物資，甚至令府庫空虛《南史·卷25·到彥之傳》：七年，遣彥之制督王仲德、竺靈秀、尹沖、段宏、趙伯符、竺靈真、庾俊之、朱修之等北侵，自淮入泗。泗水滲，日裁行十里。自四月至七月，始至東平須昌縣。魏滑臺、虎牢、洛陽守兵並走。彥之留朱修之守滑臺，尹沖守虎牢，杜驥守金墉。十月，魏軍向金墉城，次至虎牢，杜驥奔走，尹沖眾潰而死。魏軍仍進滑臺。時河冰將合，糧食又罄，彥之先有目疾，至是大動，將士疾疫，乃回軍，焚舟步至彭城。初遣彥之，資實甚盛，及還，凡百蕩盡，府藏為空。。元嘉二十七年（450年），宋文帝再度北伐，這次更是東西並進，東面由王玄謨所領的前鋒為主力，西面則有柳元景統領的各軍自雍州治所襄陽出發。但北伐前朝廷曾在江淮諸郡縣大舉招集兵員，可見經過多年損耗后，來源於晉陵郡的北府軍軍力已遠不足宋征戰所需，需要再於其他州郡徵集《資治通鑑·卷125》：又以兵力不足，悉發青、冀、徐、豫、二兗六州三五民丁，倩使𫏐行，符到十日裝束；綠江五郡集廣陵，緣淮三郡集盱眙。又募中外有馬步眾藝武力之士應科者，皆加厚賞。。最終北伐結果為西線屢屢報捷並攻入關中，弘農、潼關及陜城為宋所佔；而東線面對魏太武帝主力遭突破，彭城壽春盱眙等城戍皆曾遭到圍困，魏軍更一度兵臨江北瓜步，聲言渡江，震撼建康，東線失利甚至令西線需要撤返《宋書·王玄謨傳》：及大舉北征，以玄謨為寧朔將軍，前鋒入河，受輔國將軍蕭斌節度。玄謨向碻磝，戍主奔走，遂圍滑臺，積旬不克。虜主托跋燾率大眾號百萬，鞞鼓之聲，震動天地。玄謨軍眾亦盛，器械甚精，而玄謨專依所見，多行殺戮。初圍城，城內多茅屋，眾求以火箭燒之，玄謨恐損亡軍實，不從。城中即撤壞之，空地以為窟室。及魏救將至，眾請發車為營，又不從，將士多離怨。又營貨利，一匹布責人八百梨，以此倍失人心。及托跋燾軍至，乃奔退，麾下散亡略盡。《宋書·卷79·劉誕傳》：及大舉北伐，命諸蕃並出師，莫不奔敗，唯誕中兵參軍柳元景先克弘農、關、陜三城，多獲首級，關、洛震動，事在元景傳。會諸方並敗退，故元景引還。《宋書·柳元景傳》：隨王誕鎮襄陽，為后軍中兵參軍。及朝廷大舉北討，使諸鎮各出軍。二十七年八月，誕遣振威將軍尹顯祖出貲谷，奮武將軍魯方平、建武將軍薛安都、略陽太守龐法起入盧氏，廣威將軍田義仁入魯陽，加元景建威將軍，總統群帥。……時北討諸軍王玄謨等敗退，虜遂深入。太祖以元景不宜獨進，且令班師。。戰後東部各州郡受到嚴重破壞，亦顯示到荊雍方面的軍隊實力已超越徐兗地區發源的北府軍。至孝建元年（454年），宋廷開始收取北府軍重地南徐州僑戶的租稅，開始動搖其義熙土斷以來特殊的地位。而文帝以後北府軍對軍事及政治的影響力亦愈來愈弱，南齊建立后，齊武帝在永明二年（484年）撤銷京口軍府《南齊書·卷14·蕭鑠傳》：永明二年，出為南徐州刺史，鎮京口。歷代鎮府，鑠出蕃，始省軍府。，宣告北府軍正式結束373-5。
研究
田餘慶在其著作《東晉門閥政治》中將北府兵的發展歷程分為四個階段300-2：
* 郗鑒首創並受郗鑒的心腹繼任者控制和影響的階段，從咸和三年到太和四年（328—369年）。這個階段的北府兵是一支門閥士族兵，從戰略上說來，它的主要作用是支援建康朝廷的門閥政治，維持幾家當權士族力量的平衡；
* 謝玄組建並由謝氏家族人物指揮，由謝氏豫州舊人劉牢之實際統領的階段，從太元二年至十二年（377—387年）。這個階段的北府兵仍然是一支門閥士族兵，領兵者有的是前一階段的北府舊將，有的是新應募而來的流民帥。它的主要作用是與北方異族作戰，並保持與荊州桓氏勢力的平衡；
* 劉牢之為統帥的階段，自隆安二年至元興元年（398—402年）。這個階段的北府兵，正經歷著由門閥士族軍隊向次等士族軍隊的轉變。它雖在軍事上取得了獨立性，但政治方向不明確，行動無準則，朝秦暮楚。它想在門閥政治的鬥爭中取得近利，但擺脫不了對門閥士族的政治依賴，終於在幾經挫折以後歸於失敗；
* 元興三年（404年）劉裕在京口重組的北府勢力，完全是次等士族的武裝。它摧毀了以桓玄篡晉形式出現的門閥士族統治，也就是門閥政治的迴光反照；它壓平了由另一些次等士族（盧循、徐道覆）領導的農民起事；它又取得了北伐南燕和後秦的勝利。然後，成為劉裕代晉自立、建立劉宋皇權的力量支柱，恢復了中國古代皇朝的權力結構形式和統治秩序。中國歷史上的門閥政治時期因此而基本上宣告結束。
田氏亦對北府兵的組成特點作出分析218-9348-50：
* 史籍中記載之北府軍組建皆只言所募將領，故其實謝玄組軍正是募將，與其他時代組軍募兵並不相同。
* 北府將領應選時皆該是麾下有軍力的流民帥或散於江淮的昔日京口、豫州將領，徵入北府時已帶有士兵；且因江淮流民南遷與南北局勢有關，故來源足且長期都有與北方敵人作戰經驗，南來時往往是半武裝性質。由於北府將領與這些流民同籍或根本有流民帥與流民關係，兵將間快速建立關係並不成問題，故在需要補充兵員時只要徵發流民予這些將領統率即能組成有效戰力。
* 除了特以青徐兗等僑州之流民人丁加入北府軍作兵員補充，北府亦有強逼不欲為兵之流民入伍，如毛璩任司馬恬司馬時縱兵討伐在海陵縣界隱匿的逃亡流民，更縱火燒燬其居住地逼其出降，計有萬戶悉用作補兵之事。