左宗棠收復新疆發生在清光緒二年（1876年）至三年（1877年），清軍消滅了盤踞新疆的浩罕汗國將領阿古柏，收復新疆大部份地區，結束了同治新疆回亂。劉錦棠在前線負責實際指揮並擁有前線決策權，不過歷史學家一般都歸功於左宗棠，因為左宗棠在軍機處力抗李鴻章的海防論並擔上最高政治責任。另外左宗棠在清廷財政緊絀時籌餉、籌糧，而且制定出應付阿古柏和沙俄的總戰略。
歷史背景
第二次鴉片戰爭之前，沙皇俄國就已侵佔了滿清帝國西北部的齋桑湖地區，並派軍又征服了浩罕、布哈拉等中亞諸汗國的大片地區。趁第二次鴉片戰爭滿清帝國處於劣勢的境況，沙俄出兵佔領了滿清帝國的巴爾喀什湖東南的塔拉塔勒河、伊犁河等七河地區，迫使清政府簽訂了《中俄伊犁塔爾巴哈臺通商章程》。自此沙俄得到了在伊犁、塔城地區的通商、貿易免稅、自由居住、傳教等特權。1864年，沙俄再與滿清政府簽訂《中俄勘分西北界約記》，沙俄成功取得伊塞克湖和巴爾喀什湖以東以南地區（現在劃入吉爾吉斯斯坦和哈薩克斯坦等國的四十四萬多平方公里，曾為滿清帝國領土）。
此時正值太平天國運動和同治陜甘回變波及新疆，新疆各地豪強趁機而起，出現了割據紛爭，各自為王的混亂局面。喀什噶爾由伊斯蘭教白山派首領馬木提艾來木佔據稱王。不久，柯爾克孜族部落欽察頭目司迪克聯絡回族封建主金相印，在混亂中奪取了喀什噶爾稱王，趕跑了馬木提艾來木。馬木提艾來木致書中亞的浩罕汗國，欲藉助外部勢力驅逐司迪克。司迪克也派出金相印親自到浩罕進行聯繫，想把流亡浩罕的黑山派和卓後裔布素魯克請回喀什噶爾，對抗馬木提艾來木。1865年春，浩罕汗國派軍事頭目阿古柏護送布素魯克去見司迪克。阿古柏和布素魯克一到喀什噶爾立刻組織兵變趕走了司迪克，于1865年底以喀什噶爾為中心，成立了「哲德沙爾汗國」政權。1867年，阿古柏拋開布素魯克自行建立「洪福汗國」並控制了整個南疆。1870年，阿古柏發兵攻佔了吐魯番，切斷了北疆和河西走廊之間的聯繫，並收降了以白彥虎為首的陜甘回軍殘部，實力進一步增強。到1871年底，迪化、瑪納斯、鄯善先後被阿古柏發兵攻克。同年沙俄乘機出兵佔領伊犁。這樣，清軍除塔城、烏蘇等少數據點外，已經被迫全部從新疆撤出。
戰爭過程
戰前清軍的準備
同治十一年（1872年）七月，清廷尚在爭論征伐阿古柏之事，左宗棠認為「既事關君國，兼涉中外，不能將就了局，且索性干去而已」，率所部湘軍進駐蘭州，準備收復新疆。左宗棠的準備工作做得非常專業和充足。他採用「緩進急戰」的策略。「緩進」，就是用一年半的時間籌措軍餉，積草屯糧，整頓軍隊，減少冗員，增強了軍隊的戰鬥力。即使是左宗棠自己的主力湘軍，也剔除空額，汰弱留強。他還規定，凡是不願出關西征的，一律給資，遣送回籍，不加勉強。留下來自願出關的部隊，是一支士氣高漲的精兵。「急戰」，就是考慮國庫空虛，爲了緊縮軍費開支，大軍一旦出發，必須速戰速決，力爭在一年半左右獲取全勝儘早收兵。左宗棠在深入調查及詳細計算后，估算出全部軍費開支共需白銀八百萬兩。為防止意外，做到留有餘地，他向朝廷申報一千萬兩，當時主管財政的大臣沈葆禎一見西征軍費的預算報告，就想攤派給各省，從地方財政收入里抽調，可是這樣一來就很難一時湊齊，會貽誤戰機。軍機大臣文祥過問了這件事，親自去找清穆宗和攝政的西太后慈禧陳述利害關係。清穆宗御批道：「宗棠乃社稷大臣，此次西征以國事而自任，只要邊地安寧，朝廷何惜千萬金，可從國庫撥款五百萬，並敕令允其自借外國債五百萬。」
左宗棠同時在蘭州建立「蘭州製造局」（亦稱「甘肅製造局」），為西征軍制造槍炮以及相關彈藥。爲了對付阿古柏軍隊從英俄土等國進口的步槍和火炮，左宗棠從廣州、浙江調來軍械專家和熟練工人，在蘭州製造了大量先進武器，還仿造了德國研發的螺絲炮和後膛七響槍，並改造了清軍原有裝備的劈山炮和廣東無殼抬槍。新疆收復后，上海「泰來洋行」的德國工程師福克曾在哈密與左宗棠會面，觀看了清軍西征部隊的演練，見清軍紀律嚴明，操練得法，軍火槍炮也較為先進，於是感慨地說，「清軍若與俄軍交戰于伊犁，必獲全勝。」當然了這種說法只可一聽，畢竟甲午戰爭前大部分西方觀察者都認為清帝國將擊敗日本。左宗棠同時又成立「甘肅織呢總局」（亦稱「蘭州機器織呢局」），這是中國第一個機器紡織工廠。
光緒元年（1875年），清廷爭議是否出兵收復新疆，引起「海防」與「塞防」之爭。李鴻章等主張放棄塞防，將「停撤之餉，即勻作海防之餉」。左宗棠力表異議，指出西北「自撤藩籬，則我退寸而寇進尺」，尤其招致英、俄滲透。李鴻章等認為自從乾隆年間清軍征服新疆后100多年，每年都要花費數百萬兩餉銀，這是一個填不滿的無底洞，現在又要竭盡天下的財力去贍養大軍西征，還不如依從英國人提出的條件，承認阿古柏政權，只要其答應稱臣入貢就即可。左宗棠則全力反駁李鴻章，他認為如果丟失新疆，則這塊土地不是被西方的英國勢力所控制，就是被北方的沙皇俄國鯨吞，清帝國隨即失去西北邊防的關卡要塞和重鎮，使西北邊防無以屏障，到時清帝國邊防的兵力不但不能削減，反而會大大增加。從全域性來看，不戰而丟新疆的後果，對內必將嚴重有損國威，喪失民心；對外也必將助長列強的侵略氣焰，不利於海防。所以李鴻章的主張乃是誤國之計，絕不可行。當時的軍機大臣文祥被左宗棠所說服，全力支援之：「老臣以為宗棠之言深謀遠慮，上承先皇高宗之遺志，下惠子孫萬代，請陛下決策。」於是光緒皇帝和攝政的西太后慈禧下詔授左宗棠為欽差大臣，全權節制三軍，以將軍金順為副帥，擇機西征收復新疆。
左宗棠的收復新疆戰略是先攻北疆的烏魯木齊，「關內關外用兵雖有次第，然謀篇佈局須一氣為之。以大局論，關內肅清，總督應移駐肅州，排程軍食以規烏魯木齊。烏魯克復，總督應進駐巴里坤以規伊犁。」。他指出，要提防「俄人狡謀」，必先安定新疆回部，「欲收伊犁，必先克烏魯木齊」。如果烏魯木齊城克服，「我威維揚」，再大興屯田以保證長期後勤供應，安撫新疆各部族耕牧如常。如此，「即不遽索伊犁，而已穩然不可犯矣。烏城形勢既固，然後明示以伊犁我之疆索，尺寸不可讓人」。在戰術上，左宗棠也精心分析：「俄雖國大兵強，難與角力，然茍相安無事，固以度外接之。至理喻勢禁皆窮，自有不得已而用兵之日，如果整齊隊伍，嚴明紀律，精求槍炮，統以能將，豈必不能轉弱為強，至此勞師襲遠之寇乎？」因此，「不在先索伊犁，而在急取烏魯木齊。」左宗棠事先命西征軍前鋒部隊統帥張曜，駐軍哈密興修水利、屯田積穀。1876年一年，哈密清軍就收穫糧食5160餘石，基本上可以解決該部半年軍糧所需。為運輸軍糧，左宗棠又建立了三條路線：一是從甘肅河西採購軍糧，出嘉峪關，過玉門，運至新疆的哈密，二是由包頭、歸化經蒙古草原運至新疆巴里坤或古城（今新疆奇臺），三是從寧夏經蒙古草原運至巴里坤。
阿古柏的外援
英國駐印度總督派印度康格拉茶園主英國人羅伯特·沙敖到喀什噶爾，援建了阿古柏一座兵工廠，並贈送了大量武器彈藥。同治十一年（1873年），英國使團到喀什噶爾，向阿古柏送交了維多利亞女王的親筆信與各種贈品，其中包括各種槍支和2門小炮，並於次年簽訂所謂《英阿條約》（《英國─喀什噶爾條約》）。沙俄則派出索莫夫與莫羅佐夫兄弟的2支商隊，自吐爾尕特山口運送大批軍火到喀什噶爾，交阿古柏軍隊使用。1875年，英國又從印度給阿古柏一次運去連發步槍2.2萬支（一說2200支），山炮8門，炮彈2000發。希望阿古柏作為自己對抗沙俄的棋子。
阿古柏派外甥阿吉托拉（亦名賽義德·阿古柏）、喀孜汗土烈去彼得堡面見俄國沙皇以示感謝，在1873年返回時又前往奧斯曼土耳其帝國，表示願意附屬，並贈送綢緞以及蒙古馬、哈薩克的好馬各9匹，還有由各處搶來的童男、童女各9名。土耳其蘇丹阿卜杜勒-阿齊茲一世是泛突厥主義者，他隆重地接待了阿古柏派去的代表團，並賞給阿古柏「米拉胡爾巴什」（即埃米爾，國王的意思）的職銜。土耳其給阿古柏派遣了上校司馬衣艾柯克、艾里卡孜木和木拉提伯克等20多個高級軍事人員和政治顧問，並帶來了許多武器和禮品。顧問中有7人留在阿古柏身邊常任參謀職務。1874年，阿卜杜勒-阿齊茲一世寫信命令阿古柏在新疆發行的貨幣上用自己的名字，並且使用奧斯曼土耳其帝國的國旗——紅旗白底紅星月作為國旗。阿古柏在對土耳其蘇丹所使用的國名就是「東土耳其斯坦國」。阿卜杜勒-阿齊茲一世答應阿古柏，在他之後，王位由自己的兒子世襲。特頒古蘭經一卷、奧斯曼土耳其帝國國旗一面及其他贈品多種。1875年阿古柏從土耳其一次購得新式步槍1.2萬支，火炮8門。
清軍收復北疆
到1876年4月出兵時，左宗棠指揮的西征軍有劉錦棠所部湘軍25個營，張曜所部14個營和徐占彪所部蜀軍5個營，包括原在新疆各個據點的清軍，共有馬、步、炮軍150餘個營，兵力總數近8萬人。但真正開往前線作戰的清軍只有50餘個營2萬多人。清軍行軍期間要經過著名的莫賀延磧大沙漠，流沙數百里，水源缺乏，因此唯有把部隊分批分期地行進。左宗棠坐鎮肅州（今甘肅酒泉），命劉錦棠、金順分兵兩路，先後率師出關。他把大軍分作1000人一隊，隔日進發一隊，劉錦棠走北路，金順走南路，到哈密匯合。劉錦棠率領西征清軍主力自肅州入新，至哈密行程約1700里，很順利地進入哈密。部隊各營到達哈密后，把從肅州等地陸續運往哈密的軍糧再輾轉搬運，翻過東天山九曲險道，分運至巴里坤和古城（今新疆奇臺）的金順部。很快，劉錦棠的前鋒部隊，已佔據了距離烏魯木齊只有不足三百里的濟木薩（今新疆吉木薩爾縣）。阿古柏獲曉清軍西進的訊息后，忙令馬人得、馬明、白彥虎等分守烏魯木齊等北疆要地，阻擊清軍；其主力2萬餘人部署在吐魯番和托克遜，阿古柏則坐陣托克遜督戰。
8月上旬，劉錦棠、金順兩部迫近烏魯木齊北面重地古牧地（今新疆米泉）。清軍清除阿古柏軍隊的外圍據點后，用開花大炮猛烈轟擊，成功炸塌了城墻。8月17日，清軍從城墻缺口攻入城內，經過數天激戰，佔領了古牧地。隨後清軍乘勝追剿，收復了烏魯木齊。阿古柏軍隊的二號首領白彥虎逃到托克遜。金順繼續率軍西進，昌吉、呼圖壁和瑪納斯北城的守敵聞風而逃，9月初，金順所部清軍攻打瑪納斯南城，久攻不克。後來劉錦棠、伊犁將軍榮全先後率兵增援，清軍最終於11月6日攻克該城。至此，清軍收復了天山以北的全部被阿古柏軍隊佔領之地。
清軍收復南疆
1877年4月14日，清軍休整了幾個月后，向南疆進軍。劉錦棠命董福祥率主力「董字三營」為先鋒，從烏魯木齊南下，急行軍1200多里，16日進至達坂城外圍並迅速包圍該城。4月18日，清軍在達坂城外增筑炮臺。4月19日清軍開炮，並擊中城中彈藥庫，阿古柏軍隊死傷慘重，企圖突圍未遂，只得向清軍投降，於是達坂城光復。同時，張曜部清軍和徐占彪部清軍于鹽池會師后，連克騰木、克辟展、勝金臺，直逼吐魯番。4月26日，劉錦棠、董福祥部清軍攻克托克遜城，俘獲2萬餘人。阿古柏逃往焉耆，留下他的小兒子駐守庫爾勒為其墊后。隨後，張曜部清軍和徐占彪部清軍在羅長祐所率的湘軍的協助下收復吐魯番。此時，通往南疆的門戶大開，南疆地區紛紛起來反對阿古柏的統治。阿古柏之後神秘地飲毒酒身亡。白彥虎率領餘眾逃竄到開都河一帶。阿古柏的長子胡里為爭權奪位殺死其弟，率領殘部逃到喀什噶爾稱王，繼續與清軍對峙。
這時李鴻章等又使朝廷發出敕令：「廷臣聚議，西征耗費巨款，今烏城、吐魯番既得，可以休兵。」左宗棠看罷大不以為然，於是又上疏抗旨，據理力爭。攝政的西太后慈禧看罷他的奏章，被說服，於是才繼續新疆收復戰。此時，沙皇俄國和奧斯曼土耳其帝國發生戰爭，金順建議乘虛襲取被沙俄霸佔的伊犁。左宗棠認為師出無名，反遭其謗，留下不打。9月，清軍繼續從正道向西挺進，阿古柏軍隊聞風後，放棄焉耆、喀喇沙爾和庫爾勒向西逃往庫車。10月18日，劉錦棠、董福祥率軍攻克庫車，白彥虎率餘部向西逃跑。10月19日，劉錦棠繼續西進。24日，清軍攻克阿克蘇城。26日清軍攻克烏什。至此南疆東四城收復。
清軍的進軍使西南疆四城葉爾羌（今莎車）、英吉沙爾（今英吉沙）、和闐（今和田）、喀什噶爾的守軍驚恐萬分，內部分崩離析，曾經投降阿古柏軍隊的清軍前喀什噶爾守備何步云亦乘機反正，率領數百滿漢兵民佔據喀什噶爾漢城。劉錦棠聞訊后，立即揮師分路前進，以董福祥為先鋒，越過人跡罕至的塔克拉瑪干沙漠，于12月中下旬先後收復喀什噶爾、葉爾羌、英吉沙爾、和闐。阿古柏的長子胡里與白彥虎逃往沙俄。至此，這場由英、俄、土三國支援的戰亂乃告平息。見此情景，住在山中的布魯特（今柯爾克孜族）14個部落，也爭相內附。除伊犁外，新疆全境被清軍收復。
清軍收回伊犁
1871年，沙皇俄國乘阿古柏侵佔新疆時派兵侵佔伊犁，宣佈「伊犁永遠歸俄國管轄」，但沙俄剛在俄土克里米亞戰爭中大敗，其駐華公使不得不在照會清朝總理各國事務衙門時說些外交辭令，稱佔領伊犁是爲了「安定邊疆秩序」，「只因回亂未靖，代為收復，權宜派兵駐守，俟關內外肅清，烏魯木齊、瑪納斯各城克服之後，當即交還」。這本來是掩人耳目的謊言，但不料左宗棠率領清軍果真收復了烏魯木齊、瑪納斯等城，被落了口實。
此時俄方表示，在獲得清帝國在通商、割地、賠款和再次調整天山以北邊界等方面做出讓步后，才能交還伊犁。左宗棠利用從前沙俄駐華公使的口實，強調俄方有歸還許諾在先，所以要先通過外交途徑和平解決伊犁問題。左宗棠于光緒四年（1878年）正月上書朝廷，力陳在新疆開設行省的主張。並建議朝廷派員與沙俄會談歸還伊犁以及引渡胡里、白彥虎等的事宜。清廷採納了他的意見，派遣崇厚為全權大臣出使沙俄進行談判。
沙俄一邊談判，一邊使白彥虎和胡里不斷武裝侵擾清帝國的邊境。並公然威脅說，如不滿足他們的要求，「就宣佈條約被撕毀，不交還伊犁」。俄國人提出的「通商、劃界、賠款」三項不合理要求，但崇厚竟然簽了。左宗棠怒向朝廷奏道：「此次與俄人談判，沙皇包藏禍心，我今索還失地，方要我賠償軍費，趁我多事之秋，欺我少爭戰之志，多求合之意，妄圖訛詐。伊犁乃我國之領土，俄軍乘虛入侵，蹂躪我邊民，掠取我財物。我今索還土地，俄方竟然要我賠償軍費，如此強盜行徑，乃國際公理所不容也，此其一。俄方以劃定兩國邊界為名，行掠奪土地之實，雙方並未陳戰，一彈未發，我朝公然割地與人，此乃外交所不許也，此其二。俄方之所謂通商，其商人志在謀利，其政府意在廣設領事，深入我腹地，坐探虛實，此種通商，為我所不取也，此其三。臣以為如今之計，當先禮而後兵。我朝可更換使臣，與俄方重開談判。如沙皇一意孤行，應訴諸於武力。臣雖不才，愿當此任。」攝政的西太后慈禧被左宗棠說服，於是治崇厚罪，另派曾紀澤出使沙俄，重議條約。左宗棠稱：「壯士長歌，不復以出塞為苦也，老懷益壯。」自願請行率軍屯哈密，為曾紀澤做後盾。然後，兵分三路向伊犁方向挺進。命金順部出精河為東路；命張曜部駐特克斯河畔為中路：命劉錦棠部出布魯特遊牧地為西路；左宗棠坐鎮哈密親領後路聲援，號稱王師4萬。左宗棠雄踞新疆，對中俄談判的中方代表是一個巨大的精神力量。同時，左宗棠將其棺材從肅州運到哈密，藉以表示收復伊犁血戰到底的決心。這一舉動，令沙俄聞訊火速增兵堅守伊犁，並派出艦隊在清帝國北方海域遊弋。左宗棠在哈密生活了四個月時間，大力改善天山運道，修築盤曲山路；多方籌集糧秣，發動軍民屯田墾荒，興修水利，增糧積穀，減輕內地長途調運軍糧的困難。另外左宗棠也在清軍哈密大營加緊訓練，提高部隊的作戰能力。
由於克里米亞戰爭戰敗而大傷元氣，沙俄在談判桌上，不得不有所收斂。而且沙俄還認為戰爭即使獲勝也將得不償失以及擔心打敗清軍將導致清政府垮臺而引發不可預料的反應。1881年2月24日，曾紀澤與俄方代表訂立了《中俄伊犁條約》和《陸路通商章程》。沙俄歸還伊犁，但仍割去了伊犁霍爾果斯河以西的領土，清帝國賠償沙俄兵費九百萬盧布(摺合白銀五百餘萬兩)；俄商在新疆各城貿易，暫不納稅，對於伊犁居民，規定「愿仍居原處為中國民，或愿遷居俄國入俄籍者，均聽所便」。雖然這一條約被中國學者認為是不平等條約，但曾紀澤確實也盡了最大的努力，清帝國成功收回了伊犁九城及特克斯一帶地方。左宗棠對這一條約表示滿意，說「中俄和議，伊犁全還，界務無損。領事只設嘉峪關、吐魯番兩處，此外均作罷論，則商務亦尚相安。吉林俄船撤還，松花江不許俄船來往」，而對曾紀澤也讚揚道：「劼剛此行，於時局大有裨益，中外傾心，差強人意也」。
影響
清軍在戰爭中獲勝，使一部分反叛清廷自甘陜入疆投靠阿古柏的穆斯林離開新疆，往中亞地區遷移。這次民族的遷移促成了今日中亞的東干族的出現。另外，左宗棠建議以新疆建省，此建議促成光緒十年（1884年）十一月的新疆建省。
評價
正面
由於左宗棠在1870年代、1880年代力排李鴻章等海防派重臣之議，抬棺西行，收復新疆，曾國藩曾評價：「論兵戰，吾不如左宗棠；為國盡忠，亦以季高為冠。國幸有左宗棠也。」受此事影響，清廷認為左宗棠是國家棟梁，謚號「文襄」，取其襄贊國家之舉。
改革開放前，中國大陸史學界對左宗棠本人以及收復新疆一事爭議較多，沒有統一的意見，改革開放後學界經過討論形成了統一的意見，對於收復新疆的一部分持正面看法。王震曾將左宗棠的曾孫左景伊邀至自己家中徹夜長談，閱解放前出版的《左文襄公在西北》，詳細談了對左宗棠的評價，並稱：「要尊重歷史，實事求是，對歷史人物要恢復其歷史的本來面目。凡是對國家民族有功的人，都應該給予他以應有的歷史地位。」
負面
在收復新疆的戰爭中，由於左宗棠順路清剿了逃往新疆的回民叛軍，導致以白彥虎部為主的一部分人往中亞地區遷移，形成了東干族。有學者探訪東干族人，發現東干族普遍對左宗棠其人其事評價負面，外界亦有對左宗棠在平叛過程中對於穆斯林濫殺無辜的指責。