賢者之石（lapis philosophorum、philosopher's stone）是一種存在於傳說或神話中的物質，其形態可能為石頭（固體）、粉末或液體。它被認為能將卑金屬變成黃金，或製造能讓人長生不老的萬能藥，又或者醫治百病。其他的稱號還有哲人石、天上的石頭、紅藥液、第五元素等等。由於鍊金術師們對這種物質的不懈追求，它也被賦予了大奇蹟、偉大的創造等稱號。有時候，這些稱號也同時用來稱呼那些賢者之石的製造者，以此來形象地表現他們居於鍊金術的至上頂點。
法國煉金術士尼古拉·弗拉梅爾對賢者之石的研究使他聞名於世。
鍊金術上的魔法石
賢者之石的概念明顯來自8世紀的一位阿拉伯裔葉門人（生於波斯）鍊金術師賈比爾（Geber）。他分析了恩培多克勒的四根說即物質由四種元素構成，分別是「火」，「土」，「水」，「氣」。火是熱與干，土是冷與干，水是冷與濕，空氣是熱與濕。他進一步建立了「所有金屬都是這四種原理的結合」的理論：兩個為內部、另外二個為外部。
在這個情況下，一種金屬變質成另一種金屬的過程，被推論為這四種基本特質的重組。在假設中，促成這項轉變的媒介是一種在阿拉伯語中稱為al-iksir（此字衍生出西方萬能藥的單字elixir）的物質。該物質被想像是用神秘的石頭──賢者之石製成的乾粉。當時人們相信賢者之石由一種稱作carmot的物質構成。
煉金術士的發現
中世紀煉金術士建立在拜占庭帝國和阿拉伯帝國的研究。由於拜占庭和阿拉伯煉金術士能將金屬變化的概念著迷，並試圖進行這一過程。多數國王寄望鍊金術能將一些卑金屬轉變為黃金，製造萬靈藥及長生不老藥，因此願意提供研究資金招攬煉金術士在宮廷服務。自12世紀起，基督教盛行的西方開始翻譯阿拉伯的鍊金術文獻，根據傳說，13世紀的神學家和哲學家艾爾伯圖斯·麥格努斯發現了賢者之石的下落。雖然馬格努斯沒有在他的作品中證實他發現了這塊石頭，但他確實記錄了別人通過賢者之石「變化」其他物質，並目睹了創造出來的黃金。
14世紀的練金術士弗拉梅爾在一次偶然的旅行中認識一名秘士，得到了賢者之石的重要知識，他和他的妻子解讀了大量的古書，爲了成功複製出賢者之石，他們使用賢者之石在1382年轉化了第一個銀，然後是金。據傳說最終他曾實驗長生不死之術，但最終對天主教虔誠的信仰而放棄。也有傳聞說他害怕獲得長生不死被教會追殺所以詐死。此研究使他聞名於世，且成為相關領域的傳奇人物。在17世紀中期在鍊金術界得到了傳奇地位，並在相關期刊中引用。
中世紀的鍊金術文字都提及賢者之石頭，特別是為它紅色石頭的外觀留下線索。它經常被稱為橙紅色（藏紅花色）或紅色粉末。或者是固體形式，紅色和紅紫色之間的中間層，近似透明和玻璃狀 ，賢者之石重量比黃金重，它可溶於任何液體，成為液態的狀態 ，但在火中不可燃。
在煉金術士的諸多著作里，賢者之石最常提到的屬性是將卑金屬轉化為金或銀的能力，以及消耗石頭來治癒所有形式疾病和延長一小部分人的生命的能力。其他提到的屬性包括：產生火焰，將普通晶體轉化為寶石和鑽石，復活死亡植物，產生柔性或可塑性玻璃狀物體，或創造一個複製、或合成某些的東西。在16世紀的鍊金術著作上，賢者之石與何蒙庫魯茲有關聯性。
需求與騙局
有物質可將賤金屬轉變成珍貴的黃金的想法自然而然地吸引了各種企業家──內行人和外行人、多疑的人與易受騙的人、誠實的人與不誠實的人。這個時代的一個典型例子是神聖羅馬帝國的魯道夫二世。波希米亞王魯道夫二世當時遭遇財政問題，決定大筆投資在尋找賢者之石上。結果，他吸引了一大班煉金術士來到當時波希米亞的首都布拉格。在那裡，術士們都得到研究所需的物質及金錢上的援助。而且，魯道夫二世更承諾，若他們成功解決問題，所得到的報酬當然會更多。這股「虛擬尋金熱」結果把丹麥的著名天文學家第谷亦引來魯道夫二世的宮廷，並以他在觀察上的基礎，幫魯道夫二世建立了一家鍊金實驗室。
可惜的是，魯道夫二世不單未能完夢，還使他變得失去理智，結果被家人遺棄。他失去理智是自然的原因還是因為經常接觸有毒的重金屬，我們今日不得而知。不過，鍊金術通常都會用到鉛、水銀、砷、銻等有毒的金屬和半金屬，而那個年代的人卻不知道這些金屬會使人慢性中毒。
中國的煉丹術
煉丹術又稱外丹術，外丹術包括了黃白朮，黃指得是黃金，白指得是白銀，黃白朮認為透過所謂「添金縮錫」的方法，可以製造出黃金白銀。煉丹術最早是透過煉製鉛、汞等藥物來製作長生不老的藥物。煉丹術認為，丹砂可以反覆變化，黃金可以永久，因此用它們製成的藥物，吃了可以長生不老，這種藥物被稱作「金丹」。煉丹術的目的就是製造金丹以達成長生不老，其中金丹的觀念就相似於賢者之石。
賢者之石的組成成分
人類自古以來就相信某些特別物質會對物質的變換造成相當大的影響，古代埃及鍊金術師認為鉛是種變化多端的特別金屬，因為當時已經知道如何利用鉛，從質雜不純的貴金屬中提煉純金與純銀。中世紀的阿拉伯則較重視水銀與硫磺，他們相信融合水銀與硫磺就能製作出靈藥（萬靈藥），非但能治百病還可以點石成金。
中世紀的歐洲根據給中世紀歐洲鍊金術帶來巨大影響的賈比爾·伊本·哈伊揚的學說，水銀和硫黃是賢者之石構成的兩大要素。根據這兩種要素的不同比率，從而產生卑金屬和貴金屬的區別。儘管在這之後又出現了加入鹽的三要素說，但鍊金術師們的注意力還是常常放在水銀上。他們以水銀為原料，不斷重複著各種各樣製造賢者之石的嘗試。
這其中，水銀和硫黃的化合物硫化汞會呈現出具有代表性的紅色，這種化合物的天然產物被稱為辰砂（參考照片）。在中國傳說中，它被看作是製造長生不老藥、仙丹、金丹的原材料（煉丹術）。漢字中的「丹」字也因為辰砂的緣故而具有了紅色的含義（大徐本、段注本《說文》：「巴越之赤石也，像采丹井，」、「像丹形，凡丹之屬皆從丹。」辰砂為硃砂，即水銀、硫磺的天然混合物之又名，產于廣西、雲南、四川硃砂。
「紅藥液」中的藥液一詞，拉丁語原文為tinctura。其原意雖然是染料，但這裡表示的是把草藥浸泡在酒精中製成的藥劑。中文也稱作藥酒。紅藥水（汞溴紅溶液）作為水銀製品，因為具有殺菌作用，現在也已經成爲了家庭常備藥。
雖然不能製造出黃金，但鍊金術卻可以用來進行鍍金。把黃金溶在水銀中會產生金汞齊。在打磨后的銅的表面塗上金汞齊後進行加熱，水銀蒸發后就會在銅的表面留下黃金的鍍層。
賈比爾發現了能夠溶解黃金的王水。把黃金溶解在王水裡，乾燥后就會留下一種黃色的粉末，叫做氯金酸。氯金酸的水溶液也可以用來進行鍍金。把它塗在銅的表面的話，由於置換反應就會產生氯化銅，同時金就會析出並留在表面。
賈比爾（Geber）一直被認為是「王水」的研究者，用鹽酸和硝酸，少數物質能溶解黃金（和仍然經常使用金的回收和凈化）的混合物的發明者。
在有些觀點裡，賢者之石也被認為是黃血鹽（亞鐵氰化鉀）。在黃血鹽和硫酸的混合液中加入黃金後加熱，黃金就會溶解在這種液體中。因為這種材料帶有劇毒，近些年裡的使用量已經急劇減少。但是作為電鍍和非電解鍍層的原材料，氰化金的化合物直到現在仍在使用。
把溶有黃金的溶液塗在普通金屬的表面，再透過銅導線傳送微弱的電流，從而把黃金固定在金屬表面的方法被稱為電鍍金。根據一些考古發現，在古代的中東美索不達米亞地區，曾經使用過被稱為巴格達電池的世界最古老的電池。
虛構故事中的賢者之石
賢者之石出現在許多虛構故事中，如：
* 保羅·科爾賀的小說《牧羊少年奇幻之旅》裡面分成哲人石與長生露，合起來叫元精，任何金屬混入哲人石就變成黃金，喝下長生露就得永生。
* 馬克思·麥考依的小說《印第安納·瓊斯與賢者之石》
* J·K·羅琳的小說《哈利波特─神秘的魔法石》（1997）及其電影版（2001）。其中的賢者之石（譯為魔法石）擁有將任何金屬變成黃金及製造長生不死藥的法力。
* 在網絡遊戲《魔獸世界》里，有個煉金術士用這石頭作為改變金屬和元素材料的媒介。
* 日本動漫作品《鋼之鍊金術師》（2003）、（2009）中，愛德華兄弟因進行人體煉成失去一部分身體，於是尋找賢者之石以恢復原來的身體。漫畫中賢者之石由人命煉成。
* 日本動漫作品《聖痕鍊金士》的物品。
* 日本特攝作品《假面騎士空我》中，是已死之人的心臟與成為騎士的力量之源。
* 日本特攝作品《假面騎士AGITO》中，為假面騎士亞極陀和超越基爾斯的力量之源
* 日本動畫作品《冒險少女娜汀亞》（1990）所持之藍寶石的真面目。（實為名為山銅/Oreichalkos的金屬，據傳產在亞特蘭提斯。又據說Oreichalkos與竹內文獻的日緋色金為同一種物質。至於Oreichalkos、日緋色金、賢者之石能否劃上等號，則無從得知。）
* 日本動畫作品《薔薇少女》（2002）之中的人偶的生命來源的薔薇聖母（Rosa Mystica）。
* 日本動畫作品《魔偶馬戲團》中眾人所爭奪之物。
* 日本輕小說作品《吉永家的石像怪》中，石像加古魯的製作和賢者之石有關。
* 在電玩《惡魔獵人（Devil May Cry）》中，賢者之石是進入冥界所需的第二把鑰匙。
* 在電玩《古墓奇兵-回憶錄（Tomb Raider - Chronicles）》中，蘿拉曾於羅馬找到一個賢者之石。
* 在電玩《煉金術士系列》中，賢者之石是遊戲中等級最高、製作過程也最繁雜漫長的物品。
* 在視訊遊戲《命運的陰影》中，賢者之石是關鍵道具何蒙庫魯茲的來源。
* 在GBA遊戲《牧場物語》中，賢者之石是打造賢者工具的必要物品。
* 在動畫《秀逗魔導士（Slayers）》中，雷佐把賢者之石吃掉，便令封印在自己雙眼的魔王復活。
* 在彈幕射擊遊戲《東方紅魔鄉》中，魔女帕秋莉·諾蕾姬有符卡「火水木金土符『賢者之石』」。
* 線上上游戲《楓之谷》中，賢者之石有兩種，第一種為星之劍及焰之劍的材料（未來東京相關內容已關閉），第二種用於專業技術製作裝備的材料。
* 在動漫、遊戲《遊戲王》中，賢者之石為一張魔法卡。
* 在輕小說、動漫《Gosick》中，賢者之石亦為不存在之物（利維坦的鍊金術為騙術）不過其深紅的色彩，令維多利加能找到鐘塔內的密室。
* 日本特攝作品《假面騎士Wizard》，可將賢者之石植入已死之人身上使其復活，但需要定期由魔法使輸入魔力來維持生命。本作的賢者之石據說也可以將魅影（本作的敵方怪人）變回人類。
* 遊戲《天地劫序傳：幽城幻劍錄》中，重要劇情道具「血靈神珠」即為一顆賢者之石
* 遊戲《軒轅劍叁外傳 天之痕》中，宇文拓以三十六萬人性命為代價祭煉出的「萬靈血珠」即為賢者之石
而今時今日，在英語的俚語中，「賢者之石」（Philosopher's Stone）已經變成了迷幻植物。