亞伯拉罕·林肯的性取向已成為外界探討的一個話題。根據已知資料，亞伯拉罕·林肯的政敵從未表示亞伯拉罕·林肯是一位同性戀。林肯的第一部傳記中記錄了一首他寫的關於兩男子結婚的滑稽詩，但在該書後來的版本中，該詩因不雅而被刪除。認為林肯是同性戀的人指出，林肯曾與約書亞·弗萊·斯皮德同寢，當時二人都尚未結婚。主流史學家們則指出，林肯曾在公開場合間接提及那件事，他當時的目的是說明男人與男人同牀共寢並不罕見，在當時並無其他含義。而實際上林肯後來結婚，而且與妻子瑪麗·托德共有四個孩子。
歷史研究與討論
與瑪麗·托德的婚姻
林肯與瑪麗·托德于1839年在伊利諾伊州斯普林菲爾德相識，並於1840年訂婚。後來他卻取消了與瑪麗·托德的婚約。史學家艾倫·格爾佐將此事稱作「林肯一生中最不可告人的事情之一」。與此事同期發生的則是林肯所支援的立法失敗，他的摯友約書亞·弗萊·斯皮德離開斯普林菲爾德從此一去不返，以及他的律所合夥人約翰·斯圖爾特提出了要結束律所運營。據信林肯在這一階段患上了近似於重性抑鬱疾患的心理疾病。美國作家、政客保羅·馬丁·西蒙的著作《林肯的偉大道路：在伊利諾伊的立法年月》（Lincoln's Preparation for Greatness: The Illinois Legislative Years）里有一章寫的就是這段時期，「林肯向瑪麗·托德請求結束婚約那天的日期」後來被林肯本人稱作是「致命的元旦」（The Fatal First），或「1841年1月1日」。保羅·馬丁·西蒙解釋說，終止婚約的原因眾說紛紜，但都互相矛盾。不過林肯的確變得經常鬱鬱寡歡，連外貌都受到了心情的影響。保羅·馬丁·西蒙寫道，原因「就是與瑪麗·托德有關」。在此期間，他拒絕見瑪麗，此時瑪麗·托德也提到林肯「認為我配不上他」。
瑪麗·托德的傳記作者、美國史學家讓·H·貝克稱林肯夫妻關係中的三大支柱分別是「性、養育孩子以及政治」。很多史學家對瑪麗·托德的偏見都源自威廉·赫恩登（林肯的律所合夥人、早期林肯傳記作者）對林肯夫人的私怨，讓·H·貝克對質疑林肯婚姻關係的觀點保持懷疑。她表示現代史學家們曲解了19世紀中葉的婚姻、求愛的不斷變化的本質，而是用現代標準來評價林肯的婚姻。據書籍《不為人知的林肯》所寫，林肯一年中幾個月的時間都在在巡迴審判區工作，因此才與妻子分居。
讓·H·貝克稱，「大多數了解林肯婚姻的人都對夫婦二人的性關係印象深刻」，有人認為林肯的性生活可能在1853年他的兒子塔德艱難出生后，或是在1856年一家人搬進大一些的住宅后就停止了，但並無證據支援他們的推測。讓·H·貝克寫道，「基本婦科疾病並不會由分娩引發」，除了子宮脫垂（若林肯夫人患此病，則肯定會受到其他明顯影響）會影響性交，而且在1850年代，「很多中產階級夫婦都在各自的臥室裡睡覺」，該習俗來自英格蘭人。
讓·H·貝克指出，1800年的家庭平均生育子女人數為七人，隨著出生率下滑，到了1850年，這一數字已將至四人。由於美國人認為性生活和生兒育女是獨立的兩件事，所以便出現了體外排精、長期母乳餵養，以及使用避孕套與子宮隔膜等辦法來避孕。從林肯家的孩子們的出生間隔（羅伯特生於1843年，埃迪生於1846年，威利生於1850年，塔德則生於1853年）中可以看出，林肯夫婦似乎是有規律的生育，那這樣的話兩人至少在性關係上要十分親密。
林肯的傳記作者兼律所合夥人赫恩登表示林肯曾經喜歡安·拉特利奇。一首未署名的關於自殺的詩在安·拉特利奇死後三年發表，很多人都認定作者就是林肯。而林肯向瑪麗·托德·林肯求愛時則很是羞怯。1837年，林肯寫信給她，林肯甚至提到了分手。林肯曾於1838年對一友人寫道：「我知道她體型過胖，而且她看上去跟法斯塔夫很般配」。
同性戀或雙性戀
自20世紀早期起，就有人開始談論林肯總統的性取向。20世紀末的同性戀權利運動開始后，各界對公眾人物的性取向的關注度增強。美國史學家、詩人、小說家、民謠歌手、民俗學研究者卡爾·桑德堡在他所寫的林肯傳記（1926年）中暗示說林肯早年與友人約書亞·弗萊·斯皮德有著如五月的紫羅蘭一般的柔情，暗指兩人的同性戀情。
美國劇作家、行動主義者拉里·克雷默于1999年聲稱自己找到了一些在先前並不為學界所知的史料。據說這些資料原本藏在林肯和斯皮德共同所有的舊商店的木地板條下。據稱，這些資料對林肯-斯皮德的關係進行了細緻露骨的描述，目前由艾奧瓦州達文波特的某人收藏。但伽柏·博里特等史學家卻質疑了上述資料的真實性，伽柏·博里特寫道，「基本可以肯定這就是個騙局。」美國心理學家克拉倫斯·阿瑟·特里普也對拉里·克雷默的發現持懷疑態度。
林肯的繼母莎拉·布什·林肯曾表示繼子「對女孩們興趣不大」。但與林肯同時代的人曾說他對女人有著強烈卻克制的慾望。安·拉特利奇于1835年死後，林肯悲痛欲絕。部分史學家質疑兩人之間到底有沒有過浪漫關係，而美國內戰史學家約翰·Y·西蒙則在重新審視了關於林肯性取向的史料后得出結論，「現存史料一致表明林肯非常愛安·拉特利奇，她的死令他患上了重度抑鬱」。
美國史學家多麗絲·卡恩斯·古德溫在著作《對手組成的團隊：亞伯拉罕·林肯的政治才幹》中主張：
同性戀林肯假說的反對者強調林肯結了婚且有4個孩子。美國學者道格拉斯·威爾遜寫道，林肯在青年時期就是異性戀，比如他曾向朋友們講述自己與女人交往的故事。
林肯曾寫過一首描述兩男子過著婚姻般的生活的詩，包括如下詩句：
林肯的友人、同事威廉·赫恩登在於1889年出版的林肯傳記中收錄了這首詩。後續出版的版本均刪除了該詩，直到1942年，編輯保羅·安格爾 (Paul Angle)又再度將此詩收入書中。
與約書亞·斯皮德的關係
林肯和約書亞·弗萊·斯皮德于1837年相識于伊利諾伊州斯普林菲爾德，當時的林肯已是個小有成就的律師，還是伊利諾伊州下議院的議員。他們同居了四年，在此期間，他們晚上同睡一床（有些資料具體說他們睡的是一張大雙人床）並發展出了至死不渝的友誼。
戴維·赫伯特·唐納德等史學家指出，在那個年代，住宿條件不夠時兩男同牀共寢一兩晚並非罕見。林肯在遇見斯皮德時剛搬到新城鎮，至少在初來乍到時買不起獨屬於自己的床和寢具。歷史資料表明，從青年時期到成人之後，林肯曾與至少11名男孩以及男子共睡一床。目前沒有已知的記錄表明林肯曾試圖隱瞞與男人同睡一床的事情，有時他甚至還會主動提起這個話題。 
19世紀時，絕大多數男人應該都不會覺得共睡一床有任何情色意味，因為在兩男同睡一床時，周圍還有其他人在睡覺。其實剛一認識林肯，斯皮德就不拘禮節地提出共寢，再加上他後來自己也說起過此事，這表明當時的人們並不忌諱此事。不過根據當時的一些信件往來，比如托馬斯·杰斐遜·威瑟斯和詹姆斯·亨利·哈蒙德之間的信件，也許能向我們展現部分同性同牀中有關於性的一面。但林肯卻不會把自己與斯皮德同牀的事情當做秘密，部分史學家由此推斷出二人的關係與性無關。林肯的政敵中也無人暗示他可能是同性戀。
約書亞·斯皮德和林肯在通訊中提到了各自都將要結婚了，美國小說家、劇作家戈爾·維達爾認為，信件內容顯示出二人都對自己在即將到來的新婚之夜的性表現感到一定程度的緊張，這說明二人間曾存在同性戀關係。儘管兩人在奴隸制度問題上政見不合，但他們還是終生保持著聯繫，林肯還任命約書亞的哥哥詹姆斯·斯皮德在自己的內閣中擔任司法部長。
2016年，史學家、精神分析學家查爾斯·斯特羅齊爾出版了著作《你永遠的朋友，A. 林肯：亞伯拉罕·林肯與約書亞·斯皮德的長久友誼》（Your Friend Forever, A. Lincoln: The Enduring Friendship of Abraham Lincoln and Joshua Speed），在其中分析了他們的友情。斯特羅齊爾曾於1982年寫就了《林肯對聯邦的追尋》（Lincoln』s Quest for Union）一書，有人將書中的一個章節當成作者對同性戀林肯假說的支援。而斯特羅齊爾則總結說林肯是異性戀。他與斯皮德的關係也沒有同性戀傾向。