南開大學日本研究院，為南開大學直屬學院，1964年，根據周恩來總理關於在高校中加強外國問題研究的指示，南開大學歷史系成立了由著名學者吳廷璆先生領導的日本歷史研究室。2003年5月，南開大學鑑於要讓日本研究中心成為新興交叉學科的建立和發展提供範例並整合多學科資源，積累寶貴的經驗，作出了日本研究中心脫離歷史學院、獨立組建日本研究院。
南開大學日本研究院是對日本歷史、政治、經濟、思想、文化、社會、語言、文學等進行綜合性研究的實體學術機構。其宗旨是採用專職和兼職相結合的形式，集中南開大學較有成就的日本研究人員和國內外知名學者，通過合作研究及獨立研究、學術研討會、日本學講座、日語培訓等形式，廣泛開展各種學術交流活動，同時培養從事日本研究的碩、博士研究生，旨在使日本研究院成為中國日本學研究的重鎮和培養日本研究高級人才的基地。
歷史沿革
1964年，根據周恩來總理關於在高校中加強外國問題研究的指示，南開大學歷史系成立了日本歷史研究室。1972年南開大學外文系成立了日本語言文學教研室，致力於日語和日本文學的研究。1975年南開大學經濟研究所又成立了日本經濟研究室。1980年南開大學經濟系和歷史系招收了第一批日本研究方向的碩士研究生。1985年南開大學歷史系招收了第一批日本研究方向的博生研究生。1988年爲了整合南開大學日本研究的學術資源，由南開大學俞辛淳教授等發起、成立南開大學日本研究中心，併成立了第一屆日本研究中心理事會。1994年日本研究中心接受國際友好組織及個人的捐贈，並建設了日本研究中心的研究樓（本館）。2000年日本研究中心實體化，行政管理掛靠南開大學文學院，中心負責人為主任，理事會為諮詢顧問機構。2001年日本研究中心建設了日本研究中心研究樓（分館）。2003年南開大學作出決定將南開大學日本研究中心獨立組建為南開大學日本研究院。
大事記
1988年4月，南開大學日本研究中心成立。1994年6月，南開大學日本研究中心研究樓落成。2000年3月，南開大學日本研究中心成為系所級實體單位。2003年4月24日，南開大學日本研究院正式宣告成立。
2004年4月16日，中華人民共和國教育部致函南開大學，指定日本研究院為教育部日本問題專家組組長單位。
2004年5月24日，「家永三郎文庫」贈書儀式在南開大學日本研究院國際會議廳舉行。2004年12月17日，楊棟樑院長代表南開大學日本研究院正式接受國際友人江口圭一贈書。
2007年4月14日，南開大學日本研究院與北京大學國際關係學院現代日本研究班聯合主辦首屆南開大學—北京大學博士生日本研究論壇在日本研究院舉行。
2008年4月5日至4月6日，由南開大學日本研究院與北京大學現代日本研究班聯合舉辦的第二屆北大——南開博士生日本研究論壇在北京大學舉行。2008年10月8日，南開大學日本研究院退休教師武安隆教授向日本研究院捐贈所藏中日文圖書。
2009年3月14日，北京大學現代日本研究中心、南開大學日本研究院與復旦大學日本研究中心聯合舉辦的 「北京大學•南開大學•復旦大學博士生日本研究論壇」在北京大學舉行。2009年5月19日，南開大學日本研究院「日本思想文化講座」開講。
2010年3月13日，第四屆「北京大學·南開大學·復旦大學博士生日本研究論壇」在復旦大學舉行。2010年5月，南開大學日本研究院組織編寫《中國的日本研究（1997-2009）》一書。2010年7月3日，南開大學日本研究院承辦吳廷璆先生誕辰100週年紀念會。2010年7月5日，南開大學日本研究院學術期刊《南開日本研究》2010年刊出版。
2011年3月19日，南開大學日本研究院主辦召開第五屆「南開大學•北京大學•復旦大學博士生日本研究論壇」。2011年4月17日，著名畫家范增先生為南開大學日本研究院書寫《南開日本研究》題名。2011年4月，南開大學日本研究院青年學者撰寫的《黑色3•11——日本大地震與危機應對》出版。2011年5月，由南開大學日本研究院楊棟樑教授主編的十卷本《日本現代化歷程研究》叢書由世界知識出版社出版。
2011年12月，南開大學日本研究院被批準為國家教育部區域和國別問題研培育究基地。2011年9月，南開大學日本研究院研究樓重新裝修。2012年9月，由南開大學日本研究院楊棟樑教授主編的六卷本《近代以來日本的中國觀》叢書由江蘇人民出版社出版。
歷任領導
* 第一屆理事會　(1988.4－1993.6)
理事長　　俞辛焞
主　任　　俞辛焞  
* 第二屆理事會　(1993.6－1996.7)
理事長　　俞辛焞(95.6－96.7王家驊代理)
主　任　　俞辛焞(95.6－96.7王家驊代理)  
* 第三屆理事會　(1996.7－1999.5)
理事長　　俞辛焞
主　任　　楊棟樑 
* 第四屆理事會　(1999.5－2003.4)
理事長　　俞辛焞
主　任　　楊棟樑  
* 日本研究院 (2003.4-2007.3)
院長　　　楊棟樑
副院長　　宋志勇 
* 日本研究院（2007.3－2012.11）院長李卓  副院長宋志勇
* 日本研究院（2012.11-）院長 宋志勇   副院長 劉岳兵
組織結構
教學研究部
* 日本歷史與文化研究部
* 日本經濟研究部
* 日本政治與對外關係研究部
教學輔助機構
* 院辦公室
* 資料室南開大學日本研究院資料室藏書資源豐富，訂有各種書刊雜誌。藏有國內外友人、校友捐贈的各種書庫，如家永三郎文庫、江口圭一文庫等，並定期購買日本最新出版書籍。
期刊雜誌
* 《南開日本研究》《南開日本研究》于2009年正式出刊，其前身《日本研究論集》是南開大學日本研究院主辦的連續出版學術刊物（年刊），1996年創刊。《南開日本研究》開設專題研究、比較分析、海外專稿、學者訪談等多種固定和非固定欄目，以期在日本歷史、文化、政治、經濟、社會、法律以及中日關係等廣泛的研究領域內，為中國的日本學研究者提供一個公共學術平臺。
* 《日研》季刊《日研》季刊，由日本研究院辦公室編輯，介紹日本研究院每季度的新聞概況。
專業設定
南開大學日本研究院是中國的日本問題教學科研機構之一，有三個國家級重點學科世界史、世界經濟、國際政治。現有博士研究生專業2個10個研究方向、碩士研究生專業3個17個研究方向。
碩士研究生專業
①世界史，研究方向包括：日本經濟史、日本外交史（中日關係史）、日本社會史、日本文化史、日本政治史、日本古代史、日本近現代史、日本戰後史、日本思想史、日本教育史等（碩士學位授予權）。
②世界經濟，研究方向包括：日本經濟、日本企業、日本金融（碩士學位授予權）。
③國際政治，研究方向包括：日本政治、日本外交、中日關係、東亞國際關係（碩士學位授予權）。 
博士研究生專業
①世界史，研究方向包括：日本經濟史、日本外交史（中日關係史）、日本社會史、日本文化史、日本政治史、日本古代史、日本近現代史、日本戰後史、日本思想史（博士學位授予權）。
②世界經濟，研究方向包括：日本經濟（博士學位授予權）。
師資隊伍
* 日本研究院現有專任教師14人，其中教授6人，副教授8人。退休教師4人，都為教授。客座教授6人。特聘顧問1人。顧問教授1人。兼職教授48人。
* 知名教授
 * 吳廷璆
 * 俞辛焞
 * 米慶餘
 * 王振鎖
 * 武安隆
 * 王家驊
 * 楊棟樑
 * 李卓
 * 趙德宇
 * 宋志勇
 * 莽景石
 * 劉岳兵
教學設施
* 研究樓 (本館)
1993年建，1260平方米，內有辦公室、研究生教室、會議室、學術交流室、會客室及37間個人研究室，研究室配有電腦和直撥電話，樓內可收看日本衛星電視。 
* 研究樓 (分館)
2001年建，757平方米，內有資料室(開架閱覽)、書庫(可藏書3萬冊)、高級客員研究室、貴賓接待室、"翔宇廳"同聲傳譯國際會議室(可容納80餘人，可同時翻譯三種不同語言)。