Génomique et informatique

La presse généraliste,et bien entendu la presse spécialisée,se font régulièrement l'écho du séquençage complet d'un nouveau génome. Il est cependant impossible pour le grand public de se rendre compte à quel point les choses vont vite: sont disponibles actuellement les séquences complètes des génomes de 51 bactéries et de 4 organismes multicellulaires,cependant que sont en cours les séquençages de 210 (!) génomes bactériens et de nombreux organismes supérieurs (rat,souris,chimpanzé et plusieurs plantes en particulier). Pour le non spécialiste,il n'est pas non plus facile d'imaginer le rôle crucial de l'informatique dans le processus conduisant à la connaissance de la séquence complète d'un génome. En fait,l'ordinateur joue un rôle central à toutes les étapes,depuis la gestion des données brutes dans les centres de séquençage jusqu'à l'assemblage final de la séquence complète,la recherche des gènes et la mise à disposition des résultats dans des banques spécialisées. Si l'on définit la génomique comme étant le séquençage des génomes puis tout ce que l'on peut en tirer,alors à coup sûr il n'y aurait pas de génomique sans informatique. Certes,et l'on ne peut que s'en féliciter,le dernier mot revient toujours au biologiste. Mais il n'est pas faux d'affirmer que grâce -entre autre- à l'informatique,notre vision des génomes et de leur évolution a été bouleversée. Plus les séquences s'accumulent et plus la fameuse image de F. Jacob concernant le bricolage de l'évolution s'avère pertinente. Pour le biologiste que je suis,et sans doute pour la majorité des gens,l'apport principal de la génomique est de nous donner des pistes pour répondre aux questions classiques et lancinantes qui suis-je,d'où viens-je,où vais-je? grâce à la comparaison des séquences de différents génomes. Ces comparaisons ont le mérite de remettre les choses à leur place et de nous rappeler le devoir d'humilité: que notre génome ne comporte guère que deux fois plus de gènes que celui d'un ver microscopique ne flatte sans doute pas notre ego et nous montre bien l'étendue de notre ignorance. D'un point de vue plus pratique,c'est la connaissance de la batterie complète des gènes d'un organisme qui permet de réaliser des puces à ADN grâce auxquelles des kits de diagnostic simples et efficaces peuvent être mis au point -après toute une série d'analyses informatiques non triviales. C'est certainement une bonne nouvelle pour le thérapeuthe. A nous cependant de veiller à ce que leur usage ne soit pas indûment détourné à des fins de sélection inadmissibles. A nous également de faire le tri entre le possible et les promesses prématurées de thérapie génique triomphante. Il est clair que la génomique est source de progrès incontestables dans la connaissance pure et dans ses applications. Il n'en reste pas moins,et la chose est banale,qu'elle soulève de nombreuses questions morales ou éthiques: elles ne sont pas près d'être résolues tant l'ampleur des aspects financiers qui en découlent faussent le débat,qui n'est d'ailleurs pas simple ....

Disciplines : Traitement des données. Informatique,Biochimie
Mots-clés : puce à ADN,phénotype,biologie moléculaire,chromosome,génomique,bio-informatique,phylogénie moléculaire,séquençage d'un génome
Type de document : image en mouvement
Type de ressource : lecture
Niveau : higher education
Auteurs ou éditeurs : Jean Loup RISLER,UTLS - la suite,UTLS - la suite