Caractérisation des communautés microbiennes des sols de la deuxième campagne du RMQS.
Acronyme : ECOMIC-RMQS2
Programme : Projets de Recherche et Développement
Mots-clés : Sols / Agriculture / Forêt
Contexte : Le projet ECOMIC-RMQS 2 consiste à caractériser les communautés microbiennes (bactéries et champignons) sur les sols de la deuxième campagne du RMQS (2015-2027) par des outils basés sur l’extraction et la caractérisation de l’ADN du sol (quantification ADN, séquençage). Les communautés microbiennes ont déjà été caractérisées sur les sols de la première campagne du RMQS (20002-2010). Cela a permis de nouvelles connaissances scientifiques sur l’écologie microbienne des sols en termes de déterminisme environnemental de l’abondance et de la diversité microbienne tellurique et en termes de biogéographie. Ces travaux ont été valorisés par 23 articles scientifiques de haut niveau (Nature comm, Sciences advances…) et deux atlas français sur la microbiologie des sols. Ils ont aussi permis à la France d’être leader à l’échelle européenne sur la connaissance de la microbiologie de ces sols. D’un point de vue plus finalisé, les outils moléculaires utilisés ont été standardisés et les connaissances accumulées ont permis le développement de référentiels d’interprétation nationaux. Ces outils sont donc devenus des indicateurs robustes et opérationnels de la qualité microbiologique du sol pour tous les usagers des sols (agriculteurs, aménageurs urbains, gestionnaire de sites pollués, gestionnaire d’espaces verts…) à même d’évaluer l’impact de leurs pratiques de gestion. Ils ont été appliqués dans différents projets ciblant les sols agricoles, viticoles et urbains (EcoVitsol (OFB), Prodij (CDC), Bises (ANR)). De plus, ce type de diagnostic alimentera les politiques publiques pour développer des stratégies de gestion/réhabilitation de la santé des sols dans un contexte de directive européenne et de règlementation nationale.
Description : La caractérisation des communautés microbiennes sur la deuxième campagne du RMQS permettra d’actualiser l’inventaire de l’abondance et de la diversité des communautés microbiennes des sols français presque 15 ans après la première campagne. Ceci permettra notamment de pouvoir intégrer une composante dynamique avec la notion de changement d’usage des terres et aussi de changement climatique pour expliquer les évolutions des communautés microbiennes pendant cette période. La France sera le seul pays à avoir un inventaire dynamique de la microbiologie de ses sols et de pouvoir juger de l’impact du changement climatique. Ceci permettra aussi de réactualiser les référentiels d’interprétation des indicateurs de qualité microbiologique développés pendant la première campagne du RMQS et donc de pouvoir alimenter les politiques publiques avec des outils encore plus robustes.
Objectifs et résultats attendus : La première moitié des sols du RMQS 2 (environ 1100 sols) ont déjà été caractérisés grâce à des financements obtenus par un projet PPR (Microflu4AMR, ANR 2020-2024). La présente demande consiste à financer la deuxième moitié des sols du RMQS (environ 1000 sols) afin de finaliser l’inventaire microbiologique des sols français de cette deuxième campagne. L’équipe Biocom de l’UMR agroécologie porte ce projet avec le soutien technique de la plateforme Genosol de l’UMR Agroécologie pour stocker les sols et caractériser la microbiologie des sols du RMQS. La prestation de séquençage avec les dernières technologies développées dans ce domaine se fera au Genoscope comme pour la première campagne du RMQS. Les données acquises alimenteront la base de données Microsol database créée pour la première campagne et aussi la base de données Donnesol de l’unité Info&sol de l’INRAE d’Orléans qui gère le projet RMQS depuis son commencement. Les résultats attendus sont : Inventaire nationale cartographique de la biomasse microbienne et de la diversité microbienne hiérarchie des paramètres environnementaux sur les communautés microbiennes Mise à jour des indicateurs microbiologiques sols de l’ONB Comparaison dynamique des deux cartes nationales des communautés microbiennes des sols Valorisation par des publications scientifiques internationales des résultats obtenus sur la dynamique de la microbiologie des sols français Mise en place d’un projet d’élaboration d’un atlas dynamique de la microbiologie des sols français
Bénéficiaire : INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE POUR L'AGRICULTURE L'ALIMENTATION ET L'ENVIRONNEMENT
Localisation : Dijon, Bourgogne-Franche-Comté, FRANCE
Début : 31/12/2025 — Durée : 48 mois
Budget total : 1610740 € — Aide ADEME : 150194 €
Statut : Suivi du projet