Les données du réseau SAGIR
Organisation : Office Français de la Biodiversité
Licence : License Not Specified
Fréquence de mise à jour : severalTimesADay
Mots-clés : faune-sauvage-maladie-detection-precoce-surveillance-evenementielle,hvd,inspire,observation-de-la-terre-et-environnement,wildlife-disease-early-detection-event-based-surveillance

Le réseau Sagir « Surveiller pour agir », déployé au niveau national depuis 1986, est l’un des principaux réseaux de surveillance des maladies des mammifères (hors marins), oiseaux et herpétofaune sauvages libres en France. Sa finalité, opérationnelle, combine différents enjeux : gestion cynégétique, conservation, surveillance environnementale, santé des animaux domestiques et de rente, santé publique. La surveillance s’appuie sur la surveillance d’évènements de mortalité ou de morbidité, appelée surveillance évènementielle et leur diagnostic. Ses objectifs, sont la détection précoce de maladie émergente sur le territoire français ou pour une espèce donnée, de surveiller l’évolution spatio-temporelle des maladies de la faune et ce, sur l'ensemble du territoire français, hexagonal et ultra-marin. Il est le fruit d’une collaboration entre l’Office français de la biodiversité (OFB), les fédérations de chasseurs et les laboratoires vétérinaires départementaux et est administré par l’OFB.  

-------- Le processus d'observation --------
Pour la surveillance généraliste : 
La surveillance évènementielle est une surveillance généraliste et continue qui repose sur la détection de signaux de mortalité/morbidité, sans présumer de l'étiologie. La production des données repose majoritairement sur la collecte et l'analyse d'animaux retrouvés morts, mais dans 1/5ième des cas, les animaux ont préalablement été vus vivants, malades. Des viscères d’animaux tués à la chasse présentant des lésions insolites sont également intégrés ponctuellement à l'échantillon lorsqu'un diagnostic, complémentaire à l’examen initial de la venaison, est nécessaire (environ 2 % de l’échantillon). Les cadavres ne sont pas recherchés de façon active, ils sont découverts de façon fortuite. L'échantillonnage - qui peut être qualifié d’échantillonnage de commodité ou de convenance - est non probabiliste puisqu'il repose sur la facilité d’obtention de l'échantillon (accessibilité des cadavres d'animaux) et sur la participation d'observateurs, collecteurs, et financeurs, plutôt que sur la maitrise du processus d’échantillonnage.  Les processus d'échantillonnage et le diagnostic ne sont donc pas homogènes d'un département à l'autre, et sont également évolutifs au cours du temps pour un département donné. La sélection des individus analysés est soumise à une série de filtres non standardisés qui sont autant de sources de forces sélectives (et donc de biais) entrant en jeu dans la constitution de l'échantillon et qui devront être pris en compte pour l'analyse et l'interprétation des données. Les filtres principaux sont la pression d’observation, la détectabilité (dépendant de l’espèce et du milieu), la déclaration, l’analysabilité.

A l’échelle départementale, deux interlocuteurs techniques départementaux (ITD), l'un au sein du service départemental de l'OFB et l'autre au sein de la Fédération départementale des chasseurs animent le réseau et coordonnent les collectes. Ces collectes sont effectuées suite à des signalements d’observateurs de profils très variés (promeneurs, chasseurs, agent de mairie ou de voirie, etc…) par plus de 2500 collecteurs formés. Les critères d'anormalité impulsent souvent la collecte et diffèrent d’un contexte écologique à l'autre. Ils ne peuvent être normés à l’échelle départementale et sont laissés à l’appréciation des ITD (avec un appui national au cas par cas), détenteurs de la connaissance de terrain et formés à cette fin. La surveillance repose sur une démarche diagnostique pour déterminer les processus ayant abouti à la mort des animaux, basé sur un examen nécrosique systématique réalisé au sein des plus de 70 laboratoires vétérinaires départementaux partenaires du réseau. La démarche diagnostique a fait l'objet d'un travail d’harmonisation entre les laboratoires afin d’avoir un socle et des principes communs, mais ne peut être entièrement standardisée, car elle doit garder toute la souplesse nécessaire pour s'adapter entre autres aux hypothèses diagnostiques, aux spécificités d’espèce et à l'état d'intégrité et de décomposition du cadavre. La faible détectabilité des cadavres en milieu naturel associée à des états d'intégrité et de décomposition variables conduisent bien souvent le diagnosticien à conclure, lors d'une mortalité de groupe, sur la base d'un petit nombre de cadavres exploitables. 

Pour les surveillances renforcées :
La surveillance évènementielle renforcée, appelé "Sagir renforcé" concerne actuellement seulement des maladies qui présentent un enjeu de santé publique ou/et de santé animale ou des espèces à fort enjeu de conservation
Actuellement cinq maladies font l’objet d’une surveillance renforcée à la demande du MASE : l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), la tuberculose, les pestes porcines (classique et africaine), la maladie de de WestNile (WN) et la brucellose des ongulés de montagne autour du massif du Bargy. Des espèces ayant des enjeux de conservation (comme par exemple les grands prédateurs terrestres ou les espèces ayant des Plans Nationaux d’Action) font également l’objet d’une surveillance renforcée.
Le principe est de la mise en œuvre d’une surveillance basée sur le risque,  c’est-à-dire que le renfort de la surveillance est généralement réalisé de façon graduelle en fonction du niveau de risque, par la levée progressive de filtres : 1/ lever le filtre d’analyse par l’organisation de dépistages systématiques sur les cadavres d’espèces cibles, collecté dans le cadre de la surveillance généraliste, 2/ lever certains filtres de collecte (par exemple les animaux trouvés en bord de route qui sont souvent non investigués en routine) 3/ renforcer la détection de cadavres soit en mobilisant de nouveaux observateurs soit par des recherches actives de cadavres sur le terrain. 
La surveillance renforcée relative aux grands prédateurs consiste soit à lever les filtres de collecte (collecte et prise en charge systématique), soit à lever des filtres d’analyse par la recherche systématique de certains pathogènes à enjeu pour l’espèce. 


-------- Le processus de bancarisation --------
Le réseau Sagir est doté depuis 2014 d'une base de données dématérialisée, Epifaune, au sein de laquelle sont saisies les données relatives aux mortalités/morbidités investiguées. 
Ces données sont structurées par évènement. Un évènement correspond à la mortalité d'une espèce (une mortalité plurispécifique sera donc décomposée en autant d'évènements qu'il y a d'espèces) au même moment (+/- le même jour, la simultanéité de la mortalité est évaluée par l’observation relative des délais post-mortem) la et au même endroit (dans un rayon de 1km²). Ces évènements sont ensuite décomposés en échantillons qui correspondent aux cadavres analysés. Les résultats se rapportent à l’échantillon. Il s’agit de résultats des examens réalisés (nécropsie, virologie, bactériologie, radiologie, histologie, etc.…) et de leur interprétation médicale globale. A chaque niveau (évènement, échantillon ou résultat) sont rattachés des commémoratifs comme par exemple des informations spatiotemporelles, l'espèce concernée, le sexe et l'âge des échantillons, les méthodes d'analyses, etc.… les résultats sont structurés en matrice/analyte/méthode et harmonisés grâce à des référentiels partagés avec l’ensemble des laboratoires.

Complétude de la base :
Une application web permet aux ITD et aux agents de laboratoire de saisir (et consulter) les données qu'ils produisent. 
Tous les champs ne sont pas obligatoires lors d'une saisie donc certaines données (par exemple les coordonnées GPS de l'évènement) n'existent pas pour tous les évènements. 
De plus l’ensemble des données n’ont pas été saisie et la base de données n’est donc pas complète. 
Un renfort de complétude a été apporté ponctuellement sur certains taxons ou certaines analyses à la faveur de projets spécifiques, stages ou contrats temporaires mais la base est encore incomplète. 

Diffusion des données :
La stratégie choisie est de diffuser des jeux de données cohérents par pathologie ou espèce une fois qu’ils ont été complétés et vérifiés. 
Actuellement sont publiés :
-	Données de surveillance IAHP faune sauvage 2016-2022