Projet ANR-15-CE17-0019 – SEPTICOLI : Facteurs pronostiques des septicémies à Escherichia coli face à l’émergence de clones multirésistants, score de gravité et implications thérapeutiques.
Programme : Recherche translationnelle en santé (DS0411) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Madame Agnès Lefort (UMR-S 1137 Inserm)
Montant : 222248.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 24 mois
Résumé : Escherichia coli est le premier agent causal de bactériémies communautaires et le 5ème parmi les bactériémies nosocomiales. Les bactériémies à E. coli (BEC) sont responsables d’une mortalité significative allant de 5% à près de 30%. Les déterminants associés au décès et/ou à un mauvais pronostic demeurent mal compris. L'épidémiologie des BEC a été récemment bouleversée par l'émergence globale de souches productrices de ß-lactamases à spectre étendu (BLSE) porteuses de CTX-M. Or, les BEC à E. coli BLSE sont grevés d'un pronostic péjoratif, ce qui pourrait être lié à la virulence intrinsèque de ces souches ou à une antibiothérapie empirique inadéquate. Dans une étude précédente menée par notre groupe il y a 10 ans, nous avons constaté que les facteurs liés à l’hôte et la porte d’entrée étaient associés à la mortalité, mais pas les facteurs liés à la bactérie (facteur de virulence, groupe phylogénétique, résistance etc.).
Nous ne savons pas si cette situation a été modifiée depuis l'explosion épidémiologique des souches productrices de BLSE. En outre, les 10 dernières années ont également vu un progrès majeur dans les techniques de génomique avec la possibilité maintenant de séquencer le génome bactérien entier à relativement bas coût. Le développement de bases de données pour l'analyse des séquences permet une analyse beaucoup plus fine des facteurs bactériens éventuellement en cause dans la gravité des infections. Enfin, prédire la gravité d'une infection dès l'évaluation clinique initiale est d'une importance majeure pour fournir les meilleurs soins tout en limitant les hospitalisations et les coûts inutiles. Pourtant, aucun score clinique simple n’existe pour prédire la gravité des BEC. 
Dans une approche translationnelle, nous allons inclure sur une durée maximale de un an 500 adultes souffrant de BEC hospitalisés dans l'un des sept hôpitaux participant à cette étude. Des données cliniques précises seront recueillies à l'inclusion (visite 1) et 28 jours après l'inclusion ou sur lors de la sortie d’hospitalisation (si celle-ci à lieu avant le jour 28) (visite 2). Le critère d'évaluation principal de l'étude sera le décès à la visite 2.
Le premier objectif de ce travail est de déterminer les facteurs de risque de décès par BEC à la visite 2. Les données cliniques et bactériologiques (antibiogramme, séquençage des souches) seront intégrées dans un modèle statistique utilisant d’abord une analyse univariée suivie par un modèle de régression logistique multivariée. Le deuxième objectif est de déterminer les caractéristiques de virulence des souches BLSE tant au niveau du génome et que sur le plan phénotypique grâce à un modèle murin de septicémie, et de les comparer aux données cliniques. Le troisième objectif, sur la base des facteurs de risque cliniques identifiés dans la première partie du travail, aura pour objectif d’établir et d'évaluer un score de sévérité clinique simple dénommé COLISCORE, dont le but est d'aider les cliniciens à évaluer la gravité de patients dès l'évaluation clinique initiale et en particulier de détecter les patients à haut risque de décès. 
L'étude sera organisé en quatre modules de travail («work packages») sous la responsabilité scientifique du Pr Agnès Lefort. Le WP1 aura pour but de coordonner et d'organiser la diffusion scientifique de l’étude, le WP2 «patients» organisera l’inclusion des patients et la collecte des données cliniques, le WP3 "LAB" effectuera les analyses microbiologiques (phénotypiques, séquençage du génome, modèle murin) et le WP4 "stats" effectuera l'analyse statistique, la modélisation et l'évaluation de la COLISCORE.
Le but ultime de ce travail est d'avoir un impact sur la gestion clinique des patients, par la compréhension des déterminants de la gravité des BEC dans le contexte des grands changements épidémiologiques actuels.