Projet ANR-06-BLAN-0264 – POOLCA : A Genome Wide Association Study of Coronary Heart Disease using a DNA Pool Design
Programme : Programme blanc (BLANC) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE PARIS 12 ADR 6 UNITES 245 339 354 417 482 515 ADR6 (INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE PARIS 12 ADR 6 UNITES 245 339 354 417 482 515 ADR6)
Partenaires : Institut national de la santé et de la recherche médicale
Montant : 300000.0 euros
Date de début : 2006
Durée : 36 mois
Résumé : La caractérisation de la composante génétique des traits complexes constitue un défi majeur qui a rencontré relativement peu de succès malgré 20 années de recherche intensive. La situation pourrait néanmoins changer du fait de l'achèvement du Projet Génome Humain, du développement de cartes génétiques denses comprenant plusieurs millions de marqueurs (Programme HAPMAP) et de la disponibilité de technologies de génotypage hautement parallèles permettant de tester des centaines de milliers de polymorphismes (SNPs) simultanément. Ces avancées permettent d'envisager des études d'association portant sur le génome entier (GWA) qui devraient conduire à l'identification de nouveaux gènes et de nouveaux mécanismes contribuant aux pathologies communes. Cependant, de telles approches requièrent de grandes études portant sur des patients bien caractérisés (idéalement rassemblés prospectivement pour éviter les biais liés à la mortalité précoce consécutive à la maladie) et des échantillons de témoins représentatifs, ce qui étant donné le prix des puces de génotypage et de leur mise en œuvre (>1000 euros) rend le coût des études de type GWA prohibitif. Des publications récentes ont néanmoins démontré que des « pools » d'ADN, comprenant l'ADN de centaines d'individus, pouvaient constituer une alternative efficace au génotypage individuel pour estimer les fréquences alléliques à l'aide de puces à haute densité.Le programme de recherche POOLCA propose d'effectuer une étude GWA sur des ADN « poolés » pour explorer de manière systématique les facteurs génétiques impliqués dans les cardiopathies ischémiques (CI), en utilisant les importantes collections d'ADN disponibles au sein de la Banque d'ADN pour la Recherche Cardiovasculaire de l'INSERM (gérée par l'Unité 525 de l'INSERM). Deux grandes études seront incluses dans le projet : ECTIM, une étude rétrospective cas-témoin conduite au Royaume Uni et en France et incluant 1124 patients atteints de CI et 1162 témoins ; MORGAM, qui rassemble plusieurs cohortes Européennes comprenant d'une part 1478 cas prévalents et d'autre part 1407 cas incidents de CI collectés prospectivement à partir de cohortes d'individus initialement non-malades (n=40,258) en Finlande, Suède, Royaume Uni, France et Italie. En outre, 2350 individus ont été sélectionnés à partir des cohortes MORGAM pour servir de témoins. Les échantillons d'ADN sont disponibles dans notre laboratoire et seront « poolés » en fonction de l'étude, de la population, de la pathologie, du sexe, et de la médiane de l'âge pour certaines populations. Chaque « pool » sera dupliqué de manière à réduire l'erreur expérimentale, ce qui génèrera environ 200 pools à génotyper (soit une réduction par environ 40 du coût par rapport au prix du génotypage individuel de ces cohortes) .La première phase du projet consistera en une étude GWA sur les « pools » d'ADN utilisant une puce commerciale comportant plus de 300,000 sondes spécifiques de SNPs sélectionnés à partir de HAPMAP. Pour chaque SNP, les fréquences alléliques seront inférées dans chaque « pool » à partir du signal quantitatif généré par le scanner, et ces fréquences seront comparées entre cas et témoins et entre les différents groupes définis par les critères de stratification. Les régions génomiques d'intérêt seront ordonnées en fonction de la force des associations, de la cohérence des associations entre populations et de l'annotation détaillée des séquences concernées. La deuxième phase du programme sera centrée sur les régions les plus intéressantes identifiées lors de la première phase, et intègrera plusieurs techniques de cartographie génétique fine dans le but d'identifier les gènes et variants responsables des associations observées.L'initiative proposée par POOLCA est nouvelle mais comporte des objectifs bien définis et réalisables. Elle arrive au moment opportun du fait du catalogage récent d'un nombre considérable de SNPs et d'une meilleure connaissance du déséquilibre de liaison entre les SNP