Projet ANR-10-STRA-0001 – VirAphid : Comment utiliser les résistances des plantes pour gérer durablement l'évolution des virus et des pucerons ?
Programme : Ecosystèmes, territoires, ressources vivantes et agricultures (SYSTERRA) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Madame Nathalie BOISSOT (INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE- CENTRE DE RECHERCHE D'AVIGNON)
Partenaires : Centre de Biologie pour la Gestion des Populations; Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes; Biostatistique et Processus Spatiaux; Pathologie Végétale
Montant : 859986.0 euros
Date de début : 2011
Durée : 48 mois
Résumé : Les résistances génétiques des plantes aux bioagresseurs sont des composantes essentielles d’une production alimentaire durable. Les gènes de résistance s’avèrent un moyen efficace de contrôler les bioagresseurs des plantes et permettent de réduire significativement l’utilisation des pesticides, répondant aux exigences réglementaires et aux attentes des agriculteurs et consommateurs. Les limites majeures leur utilisation résident dans les possibilités d’adaptation des bioagresseurs (les contournements de résistance sont fréquents) et dans la rareté des gènes de résistance à effets forts (gènes majeurs) parmi les ressources génétiques. Pour faire face à ces difficultés, nous devons (i) développer de nouvelles méthodes de création variétale intégrant la durabilité des résistances, (ii) concevoir de nouvelles stratégies pour gérer durablement les résistances présentes chez les variétés actuellement disponibles et (iii) explorer les potentialités de gènes de résistance à effets partiels (QTLs) beaucoup plus largement répandus parmi les ressources génétiques. 
Nous explorerons ces approches innovantes pour les cultures maraîchères et deux types de bioagresseurs, les pucerons et les virus qu’ils transmettent, qui causent de lourdes pertes de quantité et de qualité des productions. Nos objectifs sont 1/ d’évaluer l’impact de combinaisons de résistances à Aphis gossypii sur la dynamique et la structure génétique des populations de cette espèce, 2/ d’évaluer l’impact de combinaisons de résistances à A. gossypii sur les populations de 5 virus transmis par pucerons (CMV, PVY, ZYMV, WMV, CABYV), 3/ d’évaluer l’impact de combinaisons de résistances à deux virus (CMV, PVY) sur les populations de ces virus et, 4/ de définir des stratégies de management durable des résistances aux pucerons et aux virus.
Des expérimentations conduites en plein champ et au laboratoire nous permettront de comprendre les processus impliqués dans l’adaptation de ces bioagresseurs à différentes combinaisons de résistance (gènes majeurs et QTLs) à différentes échelles (depuis les génomes individuels des pucerons et des virus jusqu’aux bassins de production agricole). Nos résultats seront intégrés dans des modèles mathématiques du contournement des résistances par les bioagresseurs ; ces modèles permettront d’explorer l’efficacité de différentes stratégies en termes de durabilité. 
Les avancées scientifiques attendues concernent: 
- la possibilité et le taux d’adaptation des pucerons et des virus face à des résistances mono- et polygéniques, 
- les mécanismes permettant ces adaptations, 
- l’évaluation du gain potentiel obtenu en combinant i/ des gènes de résistance aux virus, ii/ des gènes de résistance aux pucerons, iii/ des gènes de résistance aux virus et aux pucerons. 
Les résultats attendus devraient faire l’objet d’au moins 15 publications.
Par ailleurs des produits ‘prêts à l’utilisation’ seront rendus disponibles. Il s’agira, pour les sélectionneurs, de règles de décision pour la combinaison de gènes de résistance dans un cultivar donné. Il s’agira, pour les producteurs d’une zone de production, de stratégies de déploiement dans l’espace et dans le temps d’un jeu de cultivars pour assurer une protection durable des cultures. Ces deux produits seront innovants car prenant en compte l’évolution des bioagresseurs. Nous communiquerons sur ces démarches auprès du secteur privé, en particulier dans le cadre des congrès EUCARPIA. Des collaborations avec différentes entreprises de création variétale et des instituts techniques seront par la suite développées (via des réponses aux appels d’offres CTPS) pour assurer le transfert de ces produits. 
Le projet VirAphid regroupe 17 chercheurs travaillant dans 4 laboratoires (les UR INRA  Génétique de d’Amélioration des Fruits et Légumes, Pathologie végétale, Biostatistiques et processus Spatiaux et le Centre de Biologie et de Gestion des Populations).