Projet ANR-13-BS07-0007 – Ln23 : Complexes de lanthanide comme nouveaux chevaux de Troie pour la détermination structurale de protéines
Programme : Blanc - SIMI 7 - Chimie moléculaire, organique, de coordination, catalyse et chimie biologique (Blanc SIMI 7)
Année de financement : 2013
Coordinateur du projet : Monsieur Olivier MAURY (Laboratoire de chimie de l'ENS Lyon)
Partenaires : Institut de Biologie Structurale; Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux d'Orsay; Laboratoire de Chimie
Montant : 445827.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : Ln23 ou Complexes de lanthanide comme chevaux de Troie pour la détermination structurale de protéines.Le projet Ln23 propose d’utiliser les [Ln] ainsi que leur propriétés physiques intrinsèques comme cheval de Troie pour la détermination structurale de protéines en développant une méthodologie intégrative, efficace et utilisable pour trois techniques structurales complémentaires : la cristallographie, la diffusion aux petits angles et la RMN. L’objectif est de faire connaitre cet outil dans la communauté de la biologie structurale et de remplacer les méthodes anciennes basées sur le Sélénium.
Objectifs généraux Ln23L’objectif du projet est de concevoir des complexes de coordination à base de lanthanide pour la détermination de structures de protéine en utilisant trois techniques complémentaires: la diffraction des rayons X, le SAXS (Small Angle X-rays Scattering) et la RMN. Pour cela il convient de trouver une famille de complexes de lanthanide (i) stables, (ii) solubles, (iii) capables d’interagir avec des protéines et (iii) luminescents afin de tirer profit de leurs propriétés de diffusion anomale pour la diffraction et de paramagnétisme pour la RMN. Le projet était initialement divisé en trois tâches :La Tâche A est le cœur du projet : elle consiste à découvrir une famille de complexes remplissant le cahier des charges mentionné ci-dessus, à obtenir une quantité suffisante de structures de protéines modèles afin d’identifier les interactions complexe-protéine et à quantifier ces interactions en utilisant de petites molécules modèles de complexité croissante.La Tâche B est méthodologique. Elle consiste à utiliser le système complexes-protéine pour plusieurs méthodes analytiques : la diffraction des rayons X bien-sûr mais aussi, les techniques de diffusion (SANS et SAXS), de RMN et à tenter de comprendre voire favoriser les mécanismes de cristallisation. La Tâche C concerne les applications de cette méthodologie originale pour la détermination de structure de protéines inconnues de complexité croissante : (i) protéines inconnues d’intérêt biologique, (ii) protéines membranaires et (iii) grands assemblages protéiques.
Principe de l'étude.Ce projet propose une approche pluridisciplinaire très novatrice d’un problème jusqu’alors cantonnée au domaine de la biologie structurale ; le consortium réunit dans le projet est formé de chimistes de coordination spécialistes de la synthèse de complexes de lanthanide et de l'étude de leurs propriétés (P1), d'un groupe de bio-cristallographes (P2) et d'un groupe de spécialistes de RMN (P3). La synergie entre ces disciplines permet d'ouvrir de nouvelles perspectives pour la conception de la famille de complexes de lanthanide et l'étude de leurs interactions avec les protéines.
Résumé de la soumission : Le succès retentissant de la détermination complète du génome humain en 2000 a ouvert la voie à un domaine de recherche plus vaste encore : la génomique structurale qui consiste à déterminer la structure des protéines pour comprendre les relations entre leur structure et leurs fonctions. De par le nombre et la variété de protéines existantes, il s’agit d’un chantier énorme dont nous ne soupçonnons pas la portée en termes de retombées scientifiques et médicales.Aujourd’hui, les deux outils pour cette résolution structurale sont la cristallographie et résonance magnétique nucléaire (RMN). Il s’agit de deux techniques complémentaires qui présentent des avantages et des limites : (i) la RMN permet l’analyse en solution de protéines mais requiert un enrichissement isotopique; (ii) la cristallographie permet une détermination plus rapide de structures mais reste tributaire de la préparation de cristaux de bonne qualité. Actuellement l’effort de recherche est focalisé sur le développement de très grands instruments au détriment de la recherche de nouvelles méthodologies. Dans ce contexte, ce projet propose une méthodologie originale fondée sur les complexes de lanthanides, notés [Ln], utilisés pour leur propriétés de diffuseurs anomal permettant la résolution du problème des phases en cristallographie des protéines et pour leur propriétés d’anisotropie magnétique permettant l’émergence de la cristallographie par RMN du solide paramagnétique.Le projet Ln23 propose d’utiliser les [Ln] ainsi que leur propriétés physiques intrinsèques comme cheval de Troie pour la détermination structurale de protéines en développant une méthodologie intégrative, efficace et utilisable pour trois techniques structurales complémentaire : la cristallographie, la diffusion aux petits angles et la RMN. L’objectif est de faire connaitre cet outil dans la communauté de la biologie structurale et de remplacer les méthodes anciennes basées sur le Sélénium. Cela permettrait un gain de temps important, une amélioration significative de la précision pour la détermination de structures de protéines et par conséquence conduirait à une utilisation optimale des grands instruments disponibles.Le cœur du projet Ln23 a pour objectif de comprendre et quantifier les interactions supramoléculaires entre [Ln] et protéines, un domaine de recherche quasi vierge à ce jour. Pour nous envisageons de concevoir des [Ln] présentant des charges, formes, fonctionnalités variées et susceptibles de former des interactions avec des protéines, issues de la famille des malates deshydrogénase qui sont connues pour présenter une structure homogène mais des charges de surfaces très diverses. Les co-cristallisation seront réalisées en utilisant des techniques robotisées à haut débits et la formation d’adduits cristallins [Ln]–protéine sera révélée grâce aux propriétés de luminescence des éléments f. Finalement, les constantes d’affinités thermodynamiques seront déterminées sur des modèles moléculaires de complexité croissante.En s’appuyant sur la compréhension de ces interactions il sera possible rationaliser la cristallisation entre [Ln] et protéines permettant de nouveaux développements cristallographie et en RMN du solide paramagnétiques. Il sera également possible d’éviter au contraire de telles interactions et de confiner les complexes de lanthanide dans les canaux de solvants permettant ainsi de développer des méthodes structurales à basse résolution basée sur le contraste de solvant (MASC). Les meilleurs complexes seront proposés pour collaboration à la communauté de biologie structurale et commercialisés par la société NatX-ray avec qui nous travaillons déjà.Finalement le contrôle des interactions [Ln]-protéine et le développement de ces outils analytique permettra de s’attaquer rapidement à des problémes réels de biologie structurale comme la résolution de structures de protéines solubles inconnues, de protéines membranaires voire de grands assemblages macromoléculaires.
Résultats : Au cours des 18 premiers mois, plusieurs résultats majeurs ont été obtenus mais ne peuvent actuellement être présentés.
Perspectives : Confidentiel
Publications et brevets : Brevet en cours de dépot