Projet ANR-11-JSV7-0006 – ENEMI : Conséquences évolutives des ennemis naturels dans des invasions biologiques majeures : le rôle des parasites dans le succès de l’invasion de deux rongeurs commensaux
Programme : JCJC - SVSE 7 - Biodiversité, évolution, écologie et agronomie (JCJC SVSE 7) 2011
Année de financement : 2011
Coordinateur du projet : Madame Carine BROUAT (INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT - IRD)
Partenaires : Centre de Biologie pour la Gestion des Populations
Montant : 258853.0 euros
Date de début : 2011
Durée : 48 mois
Résumé : Le projet ENEMI vise à comprendre le rôle du parasitisme et des modifications immunologiques associées dans le succès de deux invasions majeures actuellement en cours au Sénégal. Ces invasions concernent deux réservoirs potentiels de maladies graves, le rat noir Rattus rattus et la souris domestique Mus musculus domesticus. Nous proposons d’intégrer les outils et les concepts de la génétique des populations, de l’écologie des communautés, de la parasitologie et de l’immunoécologie pour évaluer la contribution relative de trois hypothèses majeures centrées sur le rôle des parasites dans les invasions : la perte des ennemis naturels (« enemy release » [ER]), l’introduction de nouveaux parasites (« spill-over » [SO]) et l’acquisition / amplification de parasites natifs (« spill-back » [SB]). Ces trois hypothèses et leurs conséquences écologiques et évolutives n’ont jusqu’à présent jamais été considérées simultanément.
Ce projet repose sur l’étude initiale des routes d’invasions de R. rattus et M. m. domesticus au Sénégal depuis leur introduction. Il s’agira ensuite de développer des approches comparatives et expérimentales pour analyser les patrons d’infections et de profils immunitaires des rongeurs invasifs (2 espèces) et des natifs (4 espèces). Un large spectre de parasites sera étudié (entre autres, virus : virus de la vallée du Rift, Orthopox-, Hanta- et Arena-virus ; bacteries : Borrelia, Rickettsia, Leptospira, Anaplasma, Ehrlichia, Bartonella ;  protozoaires : Trypanosoma, Leishmania, Toxoplasma, Plasmodium ; macroparasites : helminthes gastro-intestinaux).
Nous identifierons d’abord les routes d’invasions à l’échelle du Sénégal en combinant des données de génétique des populations (marqueurs microsatellites), des données historiques et des observations de terrain via des inférences bayésiennes. Cette première étape nous permettra de choisir des localités anciennement envahies, récemment envahies et non encore envahies du Sénégal, pour chacune des deux espèces invasives. Nous caractériserons ensuite dans chacune des ces localités la structure des communautés de rongeurs et de leurs parasites associés, ainsi que les profils immunitaires (réponses inflammatoires, cellulaires et humorales). Ces patrons seront interprétés au regard d’attendus explicites des trois hypothèses testées et permettront d’identifier les espèces de parasites ayant pu jouer un rôle dans les succès d’invasion. Nous validerons enfin ces résultats par des approches d’infestations expérimentales. En animalerie, nous analyserons les effets des parasites précédemment identifiés sur la valeur sélective et l’évolution des défenses immunitaires des rongeurs invasifs et natifs en lien avec le processus d’invasion biologique. En conditions semi-contrôlées (enclos expérimentaux), nous évaluerons aussi la compétence en terme de transmission des hôtes par rapport aux parasites étudiés. 
Le projet ENEMI contribuera ainsi à améliorer de façon significative la compréhension du rôle du parasitisme, et en particulier des trois processus principalement évoqués dans la littérature (ER, SO, SB) dans les invasions biologiques. L’analyse conjointe de deux espèces invasives permettra d’éprouver la portée générale de nos résultats. Parallèlement, ce projet ENEMI aura des conséquences importantes en santé humaine. L'Afrique abritant probablement beaucoup de victimes de maladies zoonotiques mal diagnostiquées, ENEMI permettra d’établir pour la première fois une liste des maladies infectieuses présentes au Sénégal et liées aux rongeurs. Le projet pourra également être valorisé en termes de compréhension des modifications épidémiologiques liées aux invasions.