Projet ANR-06-GPLA-0014 – PUCE CAFE : PUCE CAFE : DEVELOPMENT OF DNA CHIPS FOR ANALYSING GENE EXPRESSION IN COFFEE AND INITIAL VALIDATION WITH DEVELOPING COFFEE CHERRIES
Programme : Réseau de Génomique végétale - GENOPLANTE 2010 (GPLA) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : Benoit BERTRAND (CENTRE DE COOPERATION INTERNATIONALE EN RECHERCHE AGRONOMIQUE POUR LE DEVELOPPEMENT - CIRAD -)
Partenaires : Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement; Entreprise autre que TPE ou PME; Institut de recherche pour le développement
Montant : 495172.0 euros
Date de début : 2007
Durée : 24 mois
Résumé : Le café est un produit de grande consommation puisque l’on estime sa consommation mondiale à 2,2 milliards de tasses par jour . Le chiffre d’affaires annuel généré est d’environ 25 milliards d’euros. Le café représente en valeur la troisième source d’échanges commerciaux internationaux après le pétrole et les céréales. En contraste avec son importance économique , le caféier n’a pas généré une industrie de semences significative. De façon surprenante on peut cependant souligner que l’ensemble des outils de la biotechnologie utilisés en amélioration des plantes ont pu être adaptés au caféier et sont disponibles pour guider ou valoriser (la multiplication in vitro par exemple) l’amélioration du caféier. Les plus récents parmi ces outils (génomique) commencent à voir le jour pour le caféier. La première carte génétique haute densité a été publiée pour le Robusta mais aussi les constructions des premières banques de séquences EST (Brésil et Cornell/Nestlé) ce qui ouvre la voie à des études de génomique fonctionnelle pour la découverte des gènes et voies de biosynthèse impliquées dans des caractères d’intérêt agronomique, industriel ou qualitatif. Nestlé a généré récemment une base d’EST importante (plus de 47000 EST, qui correspondent à plus de 13000 séquences uniques). A partir de cette ressource, les partenaires proposent que pour la première fois, une puce ADN, spécifique au café, soit construite et testée. Le projet proposé est organisé avec les étapes suivantes : 1/ Utiliser la base de données des séquences d’EST pour le « design » et la génération d’oligonucléotides de 60 mers spécifiques, synthèse et spoting sur lame de verre. 2/ Isoler l’ARN des tissus du caféier et confirmer qu’il peut être utilisé pour générer des hybridations de haute qualité. 3/ Validation des puces en testant différents contrôles et différentes conditions expérimentales. 4/ Essai à grande échelle pour étudier l’expression des gènes durant le développement du fruit (drupe) chez différentes variétés. Trois thèmes seront abordés à l’occasion de la première utilisation des puces. Premièrement, l’expression des gènes impliqués à différents stades du développement du fruit du caféier sera étudiée chez deux espèces de caféier (Arabica et Robusta). Deuxièmement, les effets de différentes conditions environnementales sur l’expression génétique au cours du développement de la drupe seront étudiés chez deux lignées d’Arabica dans le deuxième essai. Troisièmement, l’expression des gènes sera étudiée chez 4 variétés de Robusta dont les niveaux de caféine et de protéine du grain varient. Cet essai testera la possibilité que les variations des niveaux d’expression des gènes impliqués dans le métabolisme de la caféine, et/ou des protéines de réserve du grain sont corrélés avec des différences de niveaux de caféine et de protéine totales trouvés dans les variétés étudiées.