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Projet ANR-15-CE18-0011 – BUVAMASS : Utilisation du buvard pour les analyses biologiques en spectrométrie de masse
Programme : Innovation médicale, nanotechnologies, médecine régénérative, thérapies et vaccins innovants (DS0412) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Monsieur Sylvain Lehmann (CENTRE HOSPITALIER UNIVERSITAIRE MONTPELLIER)
Partenaires : Divers public; TPE
Montant : 292999.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 24 mois
Résumé : Les analyses sanguines sur buvard (ou Dried Blood Spot (DBS)) sont utilisées depuis les années 60, principalement pour le dépistage néo-natal (test de Guthrie). Depuis lors, de nombreux paramètre clinique comprenant des acides nucléiques, des lipides ou des petites molécules (acides aminés, médicaments) ont pu être détecté avec succès à partir des DBS. 
L’utilisation des DBS présente un certain nombre d’avantages comme son faible caractère invasif compatible avec les personnes à faible capital veineux, les personnes âgées ou les enfants. En plus d'un faible coût de réalisation, le prélèvement peut être réalisé par le patient lui-même. Les DBS ont également une grande stabilité dans le temps et peuvent être envoyé au laboratoire par simple courrier postal (conformément à la règlementation, le séchage inactivant les pathogènes). Leur usage en routine est cependant actuellement limité en raison du faible volume de sang analysable (5–10 µL) et compte tenu de la difficulté de détection protéique à partir des DBS.
Dans ce projet nous proposons de lever ces verrous en adaptant la spectrométrie de masse quantitative des protéines aux DBS. La faisabilité de cette approche sur des protéines d’intérêt clinique (albumine, apo-lipoprotéines...) étant déjà faite, nous étendrons notre étude à des paramètres supplémentaires pour développer des panels d’intérêt cliniques. En lien avec les cliniciens, nous nous concentrerons sur des panels pour le suivi nutritionnel et celui des personnes âgées (syndrome de fragilité). Nous développerons des protocoles innovants pour des détections plus rapides, plus efficaces et moins couteuses. Nous évaluerons également l’intérêt d’un nouveau type de DBS (Noviplex™) qui présente l’avantage de collecter du plasma plutôt que du sang total et qui devrait données des mesures plus comparables à celles réalisées en routine sur des prélèvements veineux classiques. Grâce à la disponibilité de prélèvements de patients, ces analyses seront validées cliniquement en accord avec la norme ISO 15189 et les éléments pour l’obtention du marquage CE IVD. Ceci permettra le développement commercial de ces analyses en partenariat avec la société Spot-To-Lab (http://www.spot-to-lab.com/), une start-up qui a déjà des analyses DBS sur le marché. La capacité de mesurer sur DBS des peptides/protéines en parallèle avec d’autres analyses développées par Spot-to-Lab (Vitamine D, HbA1c..) représente une innovation majeure qui ouvrira aux DBS un marché très important pour de nombreuses applications cliniques de dépistage et de suivi en particulier dans le cadre du développement de la télémédecine.
Projet ANR-15-JAMR-0002 – CO-ACTION : Developing combinations of CO-ACTIVE antimicrobials and non-antimicrobials
Programme : Innovation biomédicale (JPIAMR) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Johan Mouton (Erasmus University Medical Center / Dept. of Medical Microbiology and Infectious Diseases [EMC])
Montant : 431759.0 euros
Date de début : 2016
Durée : 36 mois
Résumé : The CO-ACTION project aims to develop and provide a framework for evaluating and validating the effectiveness of antibiotic- and non-antibiotic combinations (COMs) in the preclinical setting based on pharmacokinetic/pharmacodynamic (PK/PD) principles, with a specific emphasis on Neglected and Disused AntiBiotics (ND-AB) as well as COMs with non-antibiotics (NA) both for human and veterinary medicine. To fulfill this ambitious goal,  6 work-packages with 6 interacting partners were developed involving several steps in the development of useful COMs  and are executed partly sequential, partly in parallel: screening for CO-ACTION between ND-AB and NA in a collection of strains with well described resistance mechanisms, selecting potential synergistic COMs, subsequent validation using PK/PD experiments and modelling and finally testing COMs in animal models. A full PK/PD work-up and analyses form an important part of the process. The interaction between ND-AB from at least 6 different classes, including  Polymyxin B will be determined using checkerboard experiments in 10 well characterized Gram-negative (e.g. P. aeruginosa, K. pneumoniae) multidrug resistant strains and analysed by surface response modelling. In parallel, a high throughput system (the oCelloscope) will be applied to allow efficient screening for large numbers of COMs. The CO-ACTION of clearly synergistic COMs will be quantified using kill-curves both in medium as well as intracellulary and PK/PD modelling will be used to predict  effective dosing regimens vivo. Effectiveness of the most promising 3-6 COMs will be determined in up to 4 different available animal model systems : a neutropenic mouse thigh and lung model, a rat model and effectiveness in a pig model to evaluate emergence of resistance in the gut of different COMs. A full PK/PD evaluation , including in vivo checkerboards will be performed and assessment of concentrations in ELF and microdialysis.  The potential of the COMs in patients will be evaluated by Monte Carlo Simulations of the COMs both using plasma as well as ELF concentrations and derived PK/PD relationships and PD targets. The development of useful COMs requires a high level of interaction between specialized partners. This international collaboration of six partners in CO-ACTION will lead to synergistic antibiotic COMs useful in patient care by bringing together specialists that each have significant expertise in their own field.
Projet ANR-16-TIPTOP – TIPTOP : Pointes hautement sensibles pour la microscopie thermique à l'échelle nanométrique
Programme : PRCE - Projets de recherche collaborative - Entreprises/Public
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Séverine GOMES
Partenaires : Centre d'Energétique et de Thermique de Lyon
Projet ANR-10-BLAN-0126 – IRMGroup : Représentations invariantes par groupements  multiresolutions
Programme : Sciences de l'information, de la matière et de l'ingénierie :  Mathématiques et interactions (Blanc SIMI 1) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Monsieur Stéphane MALLAT (ECOLE POLYTECHNIQUE)
Partenaires : Centre de Mathématiques Appliquées; Modélisation de la Structure, du Fonctionnement et de la Variabilité du Cerveau à Partir d'IRM à Haut Champ
Montant : 219996.0 euros
Date de début : 2010
Durée : 36 mois
Résumé : De nombreux classificateurs doivent être optimisés avec un nombre limité d’exemples, ce qui nécessite de construire des représentations très structurées de l’information du signal. Ce projet considère dans un premier temps la construction de représentations non supervisées, sans information sur le problème de classification. Un premier objectif de cette recherche est de montrer que de telles représentations peuvent s’obtenir avec une représentation multirésolution jointe des signaux et d’opérateurs de déformations, qui permettent de construire des invariants locaux bien adaptés aux problèmes de classifications. En psychophysique, l’école de la Gestalt a montré que le groupement de structures élémentaires du signal joue un rôle fondamental en perception visuelle et auditive. Ces groupements seront revisités d’un point de vue d’analyse harmonique, en montrant que de tels groupements peuvent identifier des déformations et construire des représentations invariantes. Un second objectif est de développer dans un contexte supervisé des algorithmes de classification qui utilisent cette représentation par invariants multiéchelles et qui peuvent s’appliquer à des problèmes de grande taille. Un dernier objectif de cette recherche est de relier cette construction mathématique à l’étude de modèles des cellules complexes dans la région V1 du cortex visuel, en utilisant l’imagerie par IRM fonctionnelle comme outil de validation. 
Ce projet est organisé en quatre parties. La première partie a pour but de définir un cadre de multirésolution qui intègre la représentation de signaux et d’opérateurs de déformation. Le but est d’en déduire une représentation du signal à partir d’invariants locaux, relativement à des classes spécifiques d’opérateurs appartenant à des groupes de Lie. La seconde partie concerne d’abord l’estimation non supervisée des modèles normalisés de structures de l’image, permettant de construire ces multirésolutions invariantes. Ces outils seront ensuite couplés à des algorithmes de classification et testés sur des bases de données de classification. La troisième partie est centrée sur la modélisation statistique des déformations multiéchelles dans un cadre supervisé, pour améliorer les résultats de classification. La dernière partie est focalisée sur l’étude des cellules complexes dans la région V1 du cortex visuel, et la modélisation des aires visuelles ventrales à partir de nouvelles méthodologies développées en IRM fonctionnelle.
Projet ANR-10-PDOC-0004 – CoevolInterProt : Co-évolution et interactions dans et entre les protéines
Programme : Retour Post-Doctorants (RPDOC) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Monsieur Olivier RIVOIRE (UNIVERSITE GRENOBLE I [Joseph Fourier])
Partenaires : Laboratoire Interdisciplinaire de Physique
Montant : 324465.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : Comment représenter et comprendre les couplages entre acides aminés dans et entre les protéines? Nous avons précédemment analysé cette question dans le contexte de protéines isolées. Nous avons montré qu’une protéine pouvait comprendre différents groupes d’acides aminés qui co-évoluent de manière relativement indépendante, et sont associés à des propriétés fonctionnelles distinctes.  Ces groupes d’acides aminés, que nous appelons « secteurs », sont obtenus en analysant statistiquement des alignements de séquences, et leurs propriétés fonctionnelles ont été confirmées expérimentalement. Nous proposons ici d’étendre ce travail au cas des interactions entre protéines en étudiant deux systèmes: (1) un système de différentes enzymes impliquées dans un même réseau métabolique, et (2) les anticorps, et plus particulièrement leurs propriétés de liaison. Dans le premier cas, nous chercherons à obtenir une description des interactions fonctionnelles entre enzymes fondée sur notre concept de secteur. Dans le second cas, nous analyserons la nature et l’origine des couplages entre les acides aminés qui déterminent la spécificité des anticorps en tirant parti d’une méthode d’évolution dirigée qui permet de simuler expérimentalement un processus évolutif.
Projet ANR-14-CE17-0012 – EMERGE : Conception et développement d'une prothèse autonome en énergie et adaptative du genou
Programme : Innovation biomédicale (DS0404) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Madame Chafiaa Hamitouche  (Laboratoire de Traitement de l'Information Médicale)
Partenaires : PME; PME; Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier; Divers public; TPE
Montant : 494166.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 36 mois
Résumé : Le contexte
Le projet EMERGE s’intègre dans la problématique générale des complications postopératoires suivant la réalisation d’une arthroplastie totale du genou (la mise en place d’une prothèse totale du genou). Ces complications résultant de différents facteurs chirurgicaux et non-chirurgicaux peuvent diminuer la durée de vie de l’implant et donc conduire à une reprise chirurgicale. Si les implants actuels pallient la déficience du système ligamentaire central par leur forme, c’est par la technique chirurgicale que s’effectue le contrôle de la fonctionnalité stabilisatrice des ligaments latéraux. Or, en dépit de l’introduction de systèmes de guidage qui autorisent un alignement efficace des implants par rapport aux axes, aucun système informatisé ne permet un contrôle parfait de l’équilibrage ligamentaire comme en témoignent certaines études postopératoires. De plus, même si cette optimisation était obtenue, elle ne serait que transitoire, considérant qu’au cours des années qui suivent l’intervention chirurgicale, la morphologie du patient évolue : vieillesse, prise de poids, mode de vie différent. En conséquence, le fonctionnement prothétique devient non optimal, conduisant parfois à la nécessité d’une chirurgie de reprise (9% au bout de 10 ans, 16% à 15 ans et 22% à 20 ans). Ces proportions significatives vont conduire à un nombre très important de reprise si l’on considère d’une part le vieillissement de la population, et la demande croissante de ce type de chirurgie de la part de patients de plus en plus jeunes et actifs. 
La solution
Pour répondre à cette demande, une nouvelle génération d’implant, capable de compenser par sa forme les variations de fonctionnalités, sera proposée. Développer un tel dispositif implantable et autonome, impose de maîtriser son alimentation en énergie, et son contrôle à l’aide de capteurs d’informations embarqués. Projet innovant et multidisciplinaire par essence, il a pour objet de minimiser le nombre significatif des chirurgies de reprises par la mise en place de la première génération d’implants dynamiques.
Objectif du programme
L’objectif de ce programme de recherche est donc de développer une nouvelle génération d’implant du genou comprenant (1) un générateur intégré d’énergie électrique, (2) un système de conditionnement d’énergie (3) un système de télémétrie, et (4) un actionneur permettant de réaliser des réglages fins en postopératoire. Une étape de validation préclinique sera réalisée afin faire la preuve de ce concept innovant. La balance bénéfice/risque sera mesurée secondairement dans une étude clinique ne relevant pas de ce programme, afin d’estimer l’importance du service médical rendu.
Projet ANR-14-CERA-0001 – PARSEME-FR : Analyse syntaxique et expressions polylexicales pour le fran?ais
Programme : Interactions des mondes physiques, de l'humain et du monde numérique (DS0707) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Matthieu Constant (Laboratoire d'informatique Gaspard-Monge)
Partenaires : Laboratoire public; Laboratoire public; Laboratoire public; Laboratoire public; Laboratoire public
Montant : 732029.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 60 mois
Résumé : Le projet PARSEME-FR a pour but d'améliorer la précision linguistique et l'efficacité computationnelle d'applications du traitement automatique des langues (TAL), et en particulier l'analyse syntaxique et ses lens avec l'analyse sémantique. Le projet se concentre sur un des verrous principaux de ces applications: les expressions polylexicales (MWE), i.e. des groupes de mots avec un certain degré d'idiomaticité comme “hot dog”, “to kick the bucket”, “San Francisco 49ers” ou "to take a haircut". Malgré des avancées significatives ces dernières années, l'état-de-l'art concernant les MWE est largement insatisfaisant. Les travaux actuels sur ces expressions se concentrent essentiellement sur la création de lexiques ou sur leur reconnaissance automatique dans des textes. Seules quelques approches ont cherché à créer un lien entre expressions polylexicales et analyse profonde automatique de textes. Ces approches confirment qu'un traitement approprié des MWEs améliore à la fois la précision linguistique et la robustesse. Cependant, elles sont principalement limitées à quelques classes de MWEs et à l'analyse syntaxique. Cet état insatisfaisant est principalement du au manque de ressources linguistiques incluant des informations profondes sur les MWEs qui alimenteraient les analyseurs linguistiques. En Français, de telles ressources existent mais elles sont incomplètes en termes de représentation syntaxique et sémantique, de couverture et/ou d'adéquation avec les outils du TAL. 
Dans ce projet, nous proposons de combler ces lacunes en étudiant à la fois la représentation syntaxique et sémantique des expressions polylexicales dans les ressources linguistiques utilisables en TAL, ainsi que l'intégration de l'analyse des MWE dans des analyseurs syntaxiques et ses liens avec l'analyse sémantique et pragmatique. Les délivrables attendus incluent des ressources linguistiques améliorées  (lexiques, grammaires, corpus annotés), des analyseurs syntaxiques (profonds) et des outils liant les MWEs reconnus à des connaissances linguistiques ou  du monde. Cette proposition est une spin-off nationale de l'action européenne COST IC1207  PARSEME sur le même sujet.
Projet ANR-14-JPCD-0006 – Synspread : Role and mechanism of alpha-synuclein and ataxin-3 spreading in Parkinson and Machado-Joseph diseases
Programme : Défi de tous les savoirs (JPND-CD) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Luis Pereira de Almeida (Center for Neuroscience and Cell Biology of the University of Coimbra)
Partenaires : CNC Center for Neuroscience and Cell Biology of the University of Coimbra; Laboratoire public; University of Luxembourg; University of Luxembourg
Montant : 126880.0 euros
Durée : 48 mois
Projet ANR-14-RARE-0005 – EURO-CMC : Novel treatment strategies for autosomal dominant chronic mucocutaneous candidiasis
Programme : Appel à projets transnational pour la recherche sur les maladies rares dans le cadre de l’ERA-NET E-Rare-2 (E-Rare) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Frank van de Veerdonk (Internal Medicine)
Partenaires : University Medical Center Freiburg Center for Chronic Immunodeficiency; Radboud University Medical Center Internal Medicine; Laboratoire public
Montant : 242320.0 euros
Durée : 48 mois
Résumé : Autosomal dominant chronic mucocutaneous candidiasis (AD-CMC) is a rare and severe
primary immunodeficiency that is characterized by mucocutaneous fungal infection,
autoimmunity, cerebral aneurysms, and oropharyngeal and esophageal cancer. Recently, it
was discovered by members of this consortium that STAT1 mutations are responsible for
AD-CMC. These mutations lead to the inability of STAT1 to be dephosphorylated resulting in
hyperphosphorylation, increased binding to the DNA and gain of function (GOF) of STAT1
signaling. Furthermore, a characteristic feature of AD-CMC patients is a deficiency in the Thelper
17 response (Th17), which is the cause of the mucocutaneous fungal infection. No
targeted treatment other than lifelong antifungal prophylaxis exists for AD-CMC and the
discovery of the genetic defect and functional immunological defects make it now possible to
explore new treatment strategies, which is the aim of this project.
Four key objectives will be pursued:
A. Reduce STAT1 hyperphosphorylation in AD-CMC by epigenetic modification.
B. Inhibition of STAT1 hyperactivity with pharmacological inhibitors and inhibition of STAT1-
dependant specific cytokines (which are repressors of Th17 cells) to restore IL-17 immunity.
C. Explore treatment of AD-CMC patients with the biologicals G-CSF and M-CSF
D. Investigate the use of Gene Therapy/Gene Surgery in patients with AD-CMC and GOF
STAT1 mutations.
We anticipate that we will identify interventions that can restore the functional defects
associated with STAT1 GOF mutations that can be used to conduct clinical trials.
Projet ANR-06-TLOG-0005 – AMSI : Algorithmique du Mouvement et Simulation Interactive : Une approche duale des problèmes d'assemblage mécanique
Programme : Programme Technologies Logicielles (TLOG) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : HAPTION (HAPTION)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives; TPE; TPE
Montant : 351641.0 euros
Durée : 24 mois
Résumé : AMSI porte sur la conception et la réalisation d’une nouvelle approche des problèmes d’assemblage mécanique à partir de maquettes numériques. L'approche retenue est l'intégration d'interfaces de simulation interactive (haptique) avec des algorithmes de recherche automatique de trajectoires de montage démontage.  Le projet dure 2 ans et associe 2 PME, 2 Laboratoires avec la participation d'un industriel de l'industrie automobile Renault.
Projet ANR-10-FRAL-0001 – LOTWOR : Traditions locales et religions universelles
L'appropriation de la  "religion" en Asie du Sud-Est et au-delà
Programme : Appel Franco-allemand en sciences humaines et sociales (FRAL) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Bénédicte BRAC DE LA PERRIÈRE (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE ILE-DE-FRANCE SECTEUR PARIS A)
Partenaires : École des hautes études en sciences sociales; Centre national de la recherche scientifique; Institut für Ethnologie Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg
Montant : 199999.0 euros
Date de début : 2011
Durée : 36 mois
Résumé : A partir d'une collaboration scientifique déjà établie depuis trois ans, les participants français et allemands ont pour objectif d'analyser les différents processus de localisation et d'appropriation de la religion par les sociétés d'Asie du Sud-Est et au-delà.  De manière spécifique, il s'agit de contraster les modes de rationalisation et de sécularisation liés respectivement aux religions sémitiques (christianisme et islam) et aux traditions asiatiques (hindouisme et bouddhisme). Au nom de la modernité et du progrès,  les Etats-nation contemporains de cette région ont tendance, d'une manière générale, à imposer à leurs populations, y compris celles des marges, de se rattacher à une religion. C'est pourquoi nous considérons la religion comme un processus - le processus de "religionisation"- ce qui implique que les pratiques traditionnelles locales ne sont pas "religieuses" et sont susceptibles d'êtres "religionisées". Et nous faisons l'hypothèse que dans les différents cas que nous étudions, il existe une tension latente et évolutive entre les tenants des pratiques rituelles traditionnelles qui  considèrent ces dernières à la fois comme autonomes  et relevant du label religion, de plein droit, d'une part, et les tenants d'une religion translocale d'origine étrangère à prétention universaliste qui dénient généralement à ces traditions locales le qualificatif de religion, d'autre part. En conséquence, dans chacun des cas étudiés, nous cherchons à déterminer ce qui est identifié et légitimé comme "religion", par qui, dans quel but, dans quelles circonstances et sous quelles conditions politiques.
Projet ANR-06-CEXC-0011 – ANG MOMENTUM : La physique de la formation des galaxies : comment les galaxies acquièrent, conservent ou perdent leur moment cinétique
Programme : Programme "Chaires d'excellence" (CEXC) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : OBSERVATOIRE DE PARIS (OBSERVATOIRE DE PARIS)
Partenaires : Observatoire de Paris
Montant : 361840.0 euros
Date de début : 2007
Durée : 48 mois
Résumé : Le coordonateur et son équipe proposent un programme ambitieux pour étudier l’origine et l’évolution du moment cinétique des galaxies. Selon la théorie, le moment cinétique est produit par les torques au cours des interactions entre la matière baryonique et les structures de matière sombre. Par conséquent, le moment cinétique relie directement le collapse des baryons avec celui de la matière noire. Comprendre l’origine et l’évolution du moment cinétique est l’élément essentiel pour comprendre la formation et l’évolution des galaxies. Sur trois ans, le programme proposé comprend les 3 parties suivantes: (1) Quantifier le moment cinétique dans des galaxies proches, et estimer son évolution durant le prochain milliard d’années. Cette partie servira aussi comme étude pilote pour des programmes similaires, dans l’Univers lointain, avec un Extremely Large Telescope. (2) Mesurer les masses et le moment cinétique des galaxies aux redshifts z=0.3-3 avec des données de spectroscopie IFU dans l’infrarouge proche et l’optique pour contraindre l’évolution du moment cinétique pendant les derniers 2/3 de l’age de l’Univers (j?(1+z)-1.5 dans les modèles les plus simples). (3) Comparer ses résultats avec les prédictions théoriques et les simulations de la formation des structures afin de tester les paradigmes actuels.