Projet ANR-14-CE19-0023 – DECIPHER : Déchiffrage des maladies multifactorielles: cas des mortalités de l'huître
Programme : Enjeux de santé (DS0504) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Guillaume Mitta (Ecologie et évolution des interactions)
Partenaires : Écologie des Systèmes Marins Côtiers; Laboratoire public; Institut de Génétique et Microbiologie; Laboratoire public
Montant : 793892.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 60 mois
Résumé : Au cours de ces dernières années, des mortalités récurrentes, massives et d'étiologie complexe ont touché un nombre croissant d’espèces d’invertébrés d'intérêt écologique et/ou économique comme les abeilles domestiques, les coraux ou les huîtres.
Ainsi, l'ostréiculture, qui est aujourd’hui un secteur en pleine expansion à l’échelle mondiale, est aux prises avec des épizooties qui mettent cette activité économique en danger. La principale espèce d'huître exploitée en France et dans le monde, Crassostrea gigas, subit ainsi des mortalités estivales très importantes. La gravité du phénomène ne cesse d’augmenter depuis 2008. Il affecte particulièrement les stades juvéniles partout en France et décime jusqu’à 90% des cheptels selon les zones, ce qui entraîne des pertes économiques considérables. L'intensification de la production, les transferts d’espèces, l’anthropisation ou encore le réchauffement climatique en zone côtière sont autant de facteurs susceptibles d’affaiblir les animaux et/ou d’augmenter la fréquence des épizooties contribuant ainsi à l’émergence de ces mortalités récurrentes. Une série de projets de recherche dédiés à la question des « mortalités estivales » d’huître ont permis de montrer que ce phénomène était lié à la superposition d’une série de facteurs: (i) la maladie dépend de la température de l'eau de mer, qui modifie potentiellement à la fois la physiologie de l'hôte (reproduction, état de santé) et la composition/fonction de son microbiote associé (y compris la virulence des pathogènes) ; (ii) la sensibilité des huîtres à des micro-organismes pathogènes potentiels (virus herpès, bactéries Vibrio splendidus ,V. aestuarianus) dépend de la génétique des huîtres; (iii) une espèce/souche de micro-organisme unique n'est pas suffisante pour provoquer la maladie ce qui suggère que les micro-organismes coopèrent pour déclencher la pathogenèse; (iv) des dynamiques différentes de mortalités d'huîtres sont observées selon les sites de production. Ceci suggère que tous ces facteurs abiotiques, anthropiques, génétique des huîtres, leur histoire de vie, leur statut immunitaire et bien sûr les agents pathogènes interviennent et s’influencent mutuellement. Toutefois, le poids respectif de ces facteurs, leurs interactions, leur synergie et leur dynamique au cours de la pathogenèse sont largement méconnus, ce qui rend ces maladies difficile à comprendre, à prévoir et à contrôler. 
Pour identifier un moyen de sortir de cette crise sans précédent et trouver les solutions d’une aquaculture durable de l’huître, il est nécessaire de déchiffrer ce pathosystème complexe. C’est l’objectif du projet DECIPHER. Pour atteindre cet objectif ambitieux, DECIPHER propose de développer un programme de recherche multidisciplinaire intégré mettant en relation les différents niveaux de compréhension de la maladie. Il se concentrera sur l'étude dynamique de l’« holobionte huître » (hôte et microbiote associé, y compris les agents pathogènes) et intégrera le fond génétique de l'hôte, les variations de l'environnement et l'histoire des interactions entre les protagonistes de ce pathosystème et l'émergence de la pathologie. 
Cet objectif ambitieux est aujourd’hui réalisable grâce à des percées scientifiques et l’émergence de nouvelles méthodes que le consortium de scientifiques réunis dans ce projet se propose d’utiliser et/ou de mettre en œuvre. DECIPHER devrait apporter (i) des réponses claires à la question des mortalités estivales affectant l'ostréiculture et (ii) des solutions pour améliorer l’éco-efficacité de la culture de l'huître et contribuer à la durabilité de cette industrie.