Projet ANR-06-GANI-0013 – GenAviFlu : Génétique de la susceptibilité à l’Influenza aviaire chez les oiseaux domestiques
Programme : Réseau de génomique animale "GENANIMAL" (GANI) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : Bertrand BED’HOM (INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE - CENTRE DE RECHERCHE DE JOUY-EN-JOSAS)
Partenaires : Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement; Centre national de la recherche scientifique; Institut national de la recherche agronomique; Institut national de la recherche agronomique; Institut national de la recherche agronomique; Institut national de la recherche agronomique
Montant : 485145.0 euros
Date de début : 2007
Durée : 24 mois
Résumé : La grippe aviaire est devenue récemment un problème majeur en santé animale et un risque pour la santé publique à cause du variant H5N1. Le virus responsable présente de nombreux variants et peut évoluer rapidement. La variabilité génétique de la sensibilité des oiseaux domestiques à ce type de virus est inconnue. L’objectif du projet est de mieux connaître les facteurs génétiques intervenant sur la réponse immunitaire du poulet et du canard en réponse à 2 variants H5N1, hautement ou faiblement pathogène, et en réponse à deux constructions vaccinales (herpesvirus recombinant ou vaccin inerte). L’étude portera sur 16 races ou lignées de poulet et 8 races ou lignées de canard choisies en France et au Vietnam en fonction des données pré-existantes sur leur résistance à des pathologies infectieuses, leur CMH, leur importance en aviculture. Le polymorphisme intra-race sera étudié sur 720 animaux par séquençage de 4 gènes choisis a priori pour leur rôle dans la résistance aux maladies (BF2 et TAP2 du CMH, Mx, Nramp1). Tous les animaux génotypés seront aussi éprouvés par inoculation de l’un ou l’autre variant H5N1. Les infections expérimentales seront réalisées en milieu confiné pour 10 individus par lignée, une première série comparera la sensibilité de tous les génotypes aux 2 variants H5N1. Ensuite, les mécanismes de la réponse immunitaire seront analysés par une approche transcriptomique et par RT-PCR quantitative, après infection par le variant peu pathogène, sur un sous-ensemble de lignées expérimentales choisies pour leurs réponses divergentes lors de la première série. Les résultats attendus sont la mise en évidence de différences de sensibilité à la grippe aviaire entre génotypes et l’identification des gènes dont l’expression est modifiée par l’infection et par la vaccination. 
Avian flu has recently emerged as a major problem for animal health and a major risk for public health, because of the H5N1 variant. The AI viruses exhibit many variants and can evolve quickly. The genetic variability of the susceptibility to AI viruses is not known for domestic birds. The objective of this project is to improve the knowledge of the genetic factors controlling the immune response of chicken and common duck to two H5N1 variants, highly or moderately pathogenic, as well as the response to different vaccine constructions (recombinant herpesvirus or inert vaccine). The study will include 16 breeds or selected lines of chickens, and 8 breeds or selected lines of ducks, chosen in France and in Vietnam, according to previous data on their disease resistance, MHC genotype and importance for poultry production. The within-breed polymorphism will be studied on 720 individuals by sequencing 4 genes chosen for their role in disease resistance (BF2 and TAP2 of MHC, Mx, Nramp1). The same 720 individuals will be challenged for infection by one or the other of the H5N1 variants. Challenges will be performed in confined facilities for 10 birds per breed or line. A first set of experiments will compare the susceptibility of all genotypes to the two H5N1 variants. Then, the mechanisms of immune response will be studied on a subset of the lines  previously tested, by a transcriptome approach and by quantitative RT-PCR, following infection by the variant with a low virulence. The expected results are the finding of significant differences between genotypes for susceptibility to avian flu, and the identification of genes and genes’pathways differentially expressed following infection or vaccination.