Projet ANR-12-PDOC-0037 – GENO-MIX : Admixture fonctionnelle : étude génomique des adaptations métaboliques lors d'un mélange de population.
Programme : Retour Post-Doctorants (RPDOC) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur Denis PIERRON (Université Paul Sabatier - Laboratoire d'Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse)
Partenaires : Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse
Montant : 500895.0 euros
Durée : 24 mois
Résumé : il devient de plus en plus claire que les polymorphismes génétiques ayant été sélectionné dans le passé car permettant aux populations ancestrales de s'adapter face à de nouveaux environnements, sont devenus aujourd'hui des facteurs de prédisposition pour des maladies répandus dans les populations modernes (comme par exemple le diabètes). Cette compréhension a ouvert une nouvelle voie d'étude des pathologies appelé «médecine évolutive». Celle ci tente de comprendre les rôles adaptatifs passées des polymorphismes aujourd'hui pathologiques.
Néanmoins, il semble de plus en plus clair que seules quelques maladies rares sont causées par des mutations uniques. En effet a plupart des maladies sont multifactorielles et la plupart des polymorphismes sont plus souvent des facteurs de risque plutôt que l’unique source de pathologie. En conséquence, la question émergente est de comprendre comment interagissent les polymorphismes les uns avec les autres et conduisent dans certains environnements à des phénotypes adaptatifs ou pathologiques. Une des principaux défi actuel est que les populations sont de plus en plus mélangées. En effet des polymorphismes neutre ou avantageux dans un contexte génétique particulier pourrait, en interagissant avec d'autres polymorphismes, devenir délétères dans un nouveau fond génétique, et peuvent ainsi conduire à une prédisposition de la maladie. L"importance des interactions entre les polymorphismes est une question de plus en plus centrale dans l’étiologie des maladies.
Afin d'obtenir une meilleure compréhension de l'interaction entre les polymorphismes provenant de fonds génétiques différents, nous  proposons d'effectuer une analyse génomique de la population malgache. En effet il s'agit d'une population unique résultant d'un mélange à long terme entre les populations en provenance de l'Indonésie et Afrique de l'Est. Du fait de la distance génétique séparant les populations d'origines,  la compréhension du modèle d'admixture et l’identification des signaux sélectifs, devrait nous permettre de caractériser les interactions bénéfiques et nocives entre les polymorphismes en provenance de ces différents fonds génétiques.
Notre approche est basée sur l'étude d'une analyse de génome de 600 individus échantillonnés suivant les plus hautes normes éthiques et anthropologiques plus de 20 points géographiques. Sur la base de la connaissances de la diversité génétique, nous allons:
(i)	Révéler les scénarios de migration et d’admixture, qui ont conduit à présenter la population malgache. 
(ii)	Identifier les gènes qui ont été sélectionnés et révéler les contraintes sélectives rencontrées par les populations africaines et asiatiques au cours du peuplement de l’île. 
(iii)	 Comprendre les conséquences de l’admixture sur les gènes du métabolisme
(iv)	 identifier les compatibles et incompatibles entre les polymorphismes