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Projet ANR-10-GENM-0002 – Chloro-types : Adaptation du chloroplaste aux stress abiotiques : utilisation de la protéomique pour révéler les phénotypes moléculaires
Programme : Génomique, Biotechnologies végétales (GENOM-BTV) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Monsieur Norbert ROLLAND (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE RHONE-ALPES SECTEUR ALPES)
Partenaires : Laboratoire de Physiologie Cellulaire Végétale; Biologie à Grande Échelle
Montant : 371082.0 euros
Date de début : 2011
Durée : 48 mois
Résumé : L’objectif du projet Chloro-type est d’étendre notre connaissance sur le lien qui existe entre la régulation du métabolisme du chloroplaste, son adaptation aux conditions environnementales et la dynamique de la biogénèse de cet organite. Ainsi nous proposons de déchiffrer les mécanismes qui soutendent la régulation de la dynamique du protéome chloroplastique and d’étendre la compréhension des processus qui permettent l’adaptation du chloroplaste à différentes conditions de stress.
Dans le cadre d'un projet collaboratif (ANR Génoplante 2007-2010; projet “GlycoChloroplast”) réalisé entre nos deux laboratoires (laboratoires LPCV and EDyP, associés dans le projet Chloro-type), nous avons produit des outils importants pour analyser la dynamique du protéome du chloroplaste à l'échelle d'un organite entier. L'un de ces outils, encore unique, est la première base de données AMT consacrée au chloroplaste, la base de données AT-CHLORO. Cette base de données protéomiques a été générée de telle façon qu'elle peut être utilisée pour des analyses quantitatives (par exemple la comparaison de mutants ou l'impact de conditions variables de culture) en reposant sur la stratégie AMT (accurate mass and time tags).
Une autre avancée récente, issue du travail collaboratif des laboratoires PCV et EDyP (autres programmes Génoplante), est l'identification d'un mécanisme de régulation original pour l'import des protéines dans les chloroplastes. Dans ce processus, les protéines adressées au chloroplaste sont dans un premier temps séquestrées dans le cytosol au travers d'une interaction avec un partenaire protéique, puis, libérées dans le cytosol par un signal spécifique avant d'être importées dans le chloroplaste. Des données préliminaires indiquent que ce mécanisme de régulation pourrait contrôler différentes voies métaboliques essentielles du chloroplaste et pourraient être sous contrôle de conditions environnementales particulières.
L'objectif de ce projet est  1) d’identifier les conditions de stress abiotique qui ont un impact sur ces protéines du chloroplastes qui sont adressées de manière spécifique au chloroplaste, 2) de déchiffre la régulation des mécanismes induits par le stress et qui controllent l’adressage des protéines au chloroplaste et 3) de comprendre la signification physiologique de ces mécanismes.
Projet ANR-10-BLAN-0921 – EcHyDNA : Étude à l'échelle atomique de l'interaction de l'hydrogène avec 
des défauts dans le nickel et interprétation classique de la dynamique 
associée
Programme : Sciences de l'information, de la matière et de l'ingénierie :  Sciences de l'ingénierie, matériaux, procédés, énergie (Blanc SIMI 9) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Monsieur damien CONNÉTABLE (INSTITUT NATIONAL POLYTECHNIQUE DE TOULOUSE)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Centre Interuniversitaire de Recherche et d'Ingénierie des Matériaux
Montant : 200000.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : Le contexte du projet est l'endommagement des matériaux métalliques par leur environnement. Il s'agit de prévoir, à terme, la tenue mécanique des alliages de structure (bases nickel, aluminiums, aciers...) subissant une fissuration de type Corrosion Sous Contrainte (CSC) et de fragilisation par l'hydrogène. Cela s'avère nécessaire pour assurer une meilleure sécurité des applications (avions, composants de centrales-tubes de générateur de vapeur, pipelines...) tout en diminuant les arrêts pour maintenance.
	Le projet porte sur le développement d'une approche multi-échelle (couplage calculs à l'échelle atomique -DFT- et modélisation classique des mécanismes de diffusion) de certains processus clefs identifiés comme intervenant dans la fragilisation par l'hydrogène dans le nickel. Nous nous intéresserons en particulier aux interactions entre l'hydrogène et les défauts cristallins dans le nickel (clusters de lacunes et auto-interstitiels) et l'influence de l'hydrogène sur la mobilité des lacunes. Ce projet théorique s'insère dans le cadre d'une collaboration plus large avec un groupe expérimental (J. Chêne CEA) qui porte sur la formation de clusters lacune-H dans un monocristal et la ségrégation intergranulaire dans le nickel ultra pur polycristallin. Les cinétiques d'oxydation seront étudiées, par ailleurs, sur un alliage modèle plus proche des alliages industriels.
	Nous utiliserons des calculs de structure électronique basés sur la Théorie de la Fonctionnelle de la Densité (DFT) pour étudier les différentes interactions entre l'hydrogène et les lacunes. Parallèlement, une étude par Dynamique Moléculaire classique et Monte Carlo sera menée pour déterminer les mécanismes de piégeage qui permettront par la suite d’évaluer la diffusion apparente des lacunes.
	Nous espérons, grâce à cette approche originale, être capable d'analyser et prévoir les processus microscopiques à l'origine de la CSC.
Projet ANR-08-BLAN-0115 – CORMORED : Contrôle Optimal et Robuste par Modèles d'Ordre Réduit d'Ecoulements Décollés
Programme : Blanc (BLANC) 2008
Année de financement : 2008
Coordinateur du projet : CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE CENTRE POITOU-CHARENTES (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE CENTRE POITOU-CHARENTES)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Centre national de la recherche scientifique; École nationale supérieure d'arts et métiers; Institut national polytechnique de Toulouse
Montant : 460000.0 euros
Date de début : 2009
Durée : 48 mois
Résumé : L'objectif de ce projet est de contribuer au développement de méthodes numériques d'optimisation adaptées aux problèmes de grande taille rencontrés en contrôle d'écoulements. Une part importante sera consacrée à la détermination de modèles réduits d'écoulement qui soient à la fois précis et robuste. Différentes approches théoriques et méthodologiques seront développées par les partenaires : modèle linéaire basé sur modes globaux ou modes équilibrés, modèle non linéaire développé sur des modes POD ou des extensions. Afin de permettre une comparaison non biaisée des performances relatives des différentes approches, des configurations d'écoulement simples ont été retenus à dessein : d'une part, l'écoulement 2-D autour d'un cylindre circulaire et d'autre part, l'écoulement 2-D et 3-D au dessus d'une cavité ouverte. Les modèles réduits ainsi développés seront ensuite intégrés dans des stratégies de contrôle en boucle ouverte (contrôle optimal) et en boucle fermée (contrôle robuste). Une autre part du projet s'intéressera plus spécifiquement au contrôle d'écoulement en boucle fermée. Une attention particulière sera alors mise sur le développement de méthodes numériques permettant de résoudre des équations de Riccati de grande taille, ainsi que sur la construction d'estimateur d'état, physiquement réaliste et mathématiquement pertinent. Finalement, la meilleure stratégie de réduction de modèle et de contrôle sera testée, après adaptation, en « grandeur nature » sur l'expérience d'écoulement de cavité située au LIMSI.
Projet ANR-10-JCJC-0811 – MatDNP : Caractérisation des matériaux micro- et nano-structurés par RMN : augmentation de la sensibilité par transferts de cohérences électron-noyau
Programme : JCJC : Sciences de l'information, de la matière et de l'ingénierie :  Chimie du solide, colloïdes, physicochimie (JCJC SIMI 8) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Monsieur Olivier LAFON (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE NORD-PAS-DE-CALAIS ET PICARDIE)
Partenaires : Unité de Catalyse et de Chimie du Solide
Montant : 150000.0 euros
Durée : 48 mois
Résumé : La spectroscopie RMN fournit des informations structurales et dynamiques précieuses sur les solides non-cristallins, tels que les catalyseurs ou les verres. Cependant, elle souffre d’un manque de sensibilité. Cette limitation empêche l’étude de questions de chimie importantes, telles que la détermination de la structure et de la dynamique des surfaces (cruciale en catalyse, électrochimie ou dans le domaine nanomatériaux) ou l’observation d’espèces peu abondantes (intermédiaires réactionnels, défauts).
Pour résoudre ces questions, nous nous proposons, dans ce projet, d’augmenter significativement la sensibilité de la RMN des matériaux en utilisant le phénomène de polarisation dynamique nucléaire (DNP). La DNP conduit, en principe, à des gains de sensibilité de deux ou trois ordres de grandeur. Récemment, l’équipe de R. G. Griffin au MIT a montré que le phénomène DNP pouvait être employé à haut champ et dans la condition de rotation à l’angle magique. Cependant, la DNP/RMN à haut champ a été appliquée jusqu'ici essentiellement pour les noyaux 13C et 15N de molécules organiques ou biologiques au sein de solutions gelées.
Ce projet vise à explorer les potentialités de la DNP/RMN à haut champ pour les catalyseurs hétérogènes. Une première phase du projet consistera à valider l’utilisation de la DNP/RMN à haut champ pour des catalyseurs hétérogènes modèles, les zéolites. Nous déterminerons notamment les gains en sensibilité offert par la DNP pour les différents isotopes contenus dans les zéolites (1H, 29Si, 27Al, 23Na). La deuxième phase consistera à montrer que le gain de sensibilité offert par la DNP/RMN permet d’obtenir de nouvelles informations structurales et dynamiques sur les catalyseurs hétérogènes. Une première application est le suivi des intermédiaires réactionnels et des produits au sein des catalyseurs hétérogènes. Une deuxième application est l’étude structurale des sites actifs molybdène dans les catalyseurs à base d’oxyde de molybdène supporté. 
La DNP/RMN à haut champ devrait rapidement devenir une méthode de choix pour l’étude des matériaux. Outre les catalyseurs, ce projet devrait avoir des retombées importantes pour l’étude des surfaces dans les matériaux poreux, les nanomatériaux ou les matériaux de batteries. Des applications dans le domaine des verres, des matériaux irradiés et des semi-conducteurs peuvent aussi être envisagées.
Projet ANR-15-CE21-0005 – DIAGNOSIS : Analyse de la lumière diffuse et de la lumière de fluorescence avec une combinaison de capteurs optiques innovants pour un diagnostic précoce facilement accessible
Programme : Procédés sobres et efficients pour des aliments sains, salubres et présentant des qualités gustatives (DS0505) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Monsieur Dominique Ettori (Laboratoire de Physique des Lasers)
Montant : 551825.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 36 mois
Résumé : Grâce aux techniques telles que la spectroscopie de fluorescence ou la spectroscopie de lumière diffuse, l’analyse des
bio-matériaux par la lumière a des applications dans de nombreux domaines tels que le contrôle qualité de l’alimentation
et des cultures, qui est l’objet du présent projet. La mesure fiable de signaux très faibles constitue un défi majeur dans ce
domaine. Actuellement, la taille et le prix des appareillages empêchent leur large diffusion. Pour réduire ce coût et cette
taille tout en ayant de hautes performances de détection, le projet DIAGNOSIS propose de développer un système
générique reposant sur des matrices de photodétecteurs «intelligents » en technologie CMOS, avec une haute qualité des
mesures obtenues par le traitement in-situ des données. Stimulée par l’utilisateur final, ces capteurs sont matures en
termes de performances et de fonctionnalités. Ces solutions bas coût permettront une large diffusion de cette technologie
et l’ouverture de nouveaux marchés.
Le consortium réunit toutes les compétences pour ce projet pluridisciplinaire avec trois partenaires : le “Laboratoire de
Physique des Lasers” de l’Université Paris 13 (partenaire LPL), le laboratoire CEA-LETI situé à Grenoble (partenaire CEA)
et la PME FORCE-A, société créée en 2004 et située à Orsay. FORCE-A conçoit et commercialise des outils innovants
pour le diagnostic des plantes ainsi que des solutions pour la surveillance et la gestion en temps réel des cultures. Le
partenaire LPL a une grande expertise concernant la propagation de la lumière diffuse, les problèmes inverses et le
diagnostic non–invasif avec la lumière diffuse. Ce partenaire a également des compétences en opto-électronique et pour
le prototypage. Le partenaire LPL sera le lien entre le concepteur de circuits intégrés (partenaire CEA) et l’utilisateur final
(FORCE-A), avec la définition du cahier des charges, la mise-en-œuvre des circuits sur le prototype, ainsi que l’analyse et
l’interprétation des résultats.
Projet ANR-07-POGM-0001 – NATORA : Flux de gènes du colza vers la ravenelle
Programme : OGM (OGM) 2007
Année de financement : 2007
Coordinateur du projet : Anne-Marie CHEVRE (INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Terres Inovia; Institut national de la recherche agronomique; Institut national de la recherche agronomique; Institut national de la recherche agronomique; Institut national de la recherche agronomique; Université Paris-Sud
Montant : 486545.0 euros
Date de début : 2008
Durée : 48 mois
Résumé : The expansion of transgenic cultivar cultures presents the question of gene flow from crop species to weeds. Concerning oilseed rape (Brassica napus, AACC, 2n=38), which is a natural hybrid between B. rapa (AA, 2n=20) and B. oleracea (CC, 2n=18), our studies on several weeds showed that hybridizations can occur at very low rate between oilseed rape and wild radish (Raphanus raphanistrum, 2n=18). These hybrids are low fertile but they are able to bear offspring experimentally in presence of wild radish. Is that enough to enable gene transfers from oilseed rape to wild radish ? To evaluate the frequency at which these transfers could occur, we propose to address the following questions: - What is the selective value of hybrids? Does the initial location of the transgene have an effect on the risk of oilseed rape gene transfer into wild radish genome? Is it possible to find traces of introgression of crop species genes into wild radish natural populations? Our study should enable to develop tools useful in a biovigilance approach.
Projet ANR-16-ICycle – ICycle : Interconnexion et contrôle de deux oscillateurs biologiques dans des cellules mammaliennes
Programme : PRC - Projets de recherche collaborative
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Madalena CHAVES
Partenaires : Inria Centre Sophia Antipolis - Méditerranée
Projet ANR-06-GPLA-0009 – SMART : SMART : Sequencing and molecular analysis of a 12 cM locus carrying multiple durable disease resistance genes on chromosome 3BS in hexaploid wheat
Programme : Réseau de Génomique végétale - GENOPLANTE 2010 (GPLA) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : Catherine FEUILLET (INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE)
Partenaires : Institut national de la recherche agronomique
Montant : 460000.0 euros
Date de début : 2007
Durée : 36 mois
Résumé : L’amélioration de la qualité et du rendement du blé dans un contexte d’agriculture durable est une préoccupation internationale majeure. Des progrès significatifs dans l'isolement de gènes d'intérêt agronomique ainsi que dans la gestion et l’exploitation des ressources génétiques sont désormais nécessaires pour atteindre ces objectifs. Malgré les améliorations importantes réalisées ces dernières années en génomique du blé (construction de banques BACs, augmentation de la densité des marququrs sur les cartes genetiques, clonage positionel des premiers gènes …), l'isolement de gènes reste long et laborieux et les connaissances sur la structure et le fonctionnement du génome de blé sont encore trop limitées. Le projet présenté ici vise à etablir le Minimal Tiling Path puis à séquencer et analyser une region de 20Mb contenant plusieurs gènes impliqués dans des résistances durables à des maladies fongiques majeures (fusariose, septoriose et rouilles) situé sur le bras court du chromosome 3B de blé tendre dans le cadre d'un effort international coordonné par le laboratoire demandeur. Il s’appuie sur la construction d’une carte physique du chromosome 3B qui représente la base d'un projet de grande envergure développé dans le laboratoire coordinateur et dont le but est d’utiliser le chromosome 3B comme modèle d'étude de la structure, du fonctionnement et de l'évolution du génome de blé tendre. Les données uniques, générées par ce projet permettront d'isoler tous les gènes présents dans la région, de développer des marqueurs pour la sélection assistée des gènes de résistance, et de réaliser des études de l’organisation et de l’évolution du génome à une échelle encore jamais atteinte chez le blé. Ainsi, ce projet devrait contribuer à l’isolement de gènes d’intérêt agronomique majeurs et à une meilleure connaissance du génome de blé tout en confortant les positions de leader du laboratoire et de Génoplante dans le réseau international de génomique du blé.
Projet ANR-14-CE19-0014 – REGtheREG : Etude des modifications post-traductionelles de facteurs du RNA silencing chez les plantes
Programme : Enjeux de santé (DS0504) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Patrice Dunoyer (CNRS-Institut de Biologie Moléculaire des Plantes)
Partenaires : Laboratoire public; KAUST King Abdullah University of Sciences & Technology; Laboratoire public
Montant : 350650.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : Les organismes vivants doivent constamment équilibrer l’utilisation qu’ils font de leurs ressources entre la croissance et le développement d’une part et la protection face à des stress biotiques ou abiotiques d’autre part. Chez les eucaryotes en général, et chez les plantes en particulier, le RNA silencing joue un rôle prépondérant dans cette balance en liant de manière dynamique les programmes développementaux et les réponses à l’environnement à des modifications de l’expression des gènes. Le terme RNA silencing englobe, de manière générale, l’ensemble des mécanismes conduisant à la suppression de l’expression de gènes, au niveau transcriptionnel ou post-transcriptionnel, via des interactions séquence-spécifiques assurées par de petites molécules d’ARN. Ces mécanismes jouent un rôle essentiel dans un grand nombre de processus biologiques tels que le maintien de la stabilité des génomes, le contrôle de l’expression de gènes au cours du développement ou la défense antivirale.
Bien qu’au cours de la dernière décennie un grand nombre de facteurs du RNA silencing ait été identifié chez de nombreuses espèces eucaryotes, conduisant à notre compréhension actuelle de ce processus conservé, il existe très peu d’informations concernant leurs modifications post-traductionnelles. Cependant, il est bien établi que de telles modifications fonctionnent de manière similaire à des commutateurs moléculaires capables de réguler la stabilité ou l’activité des protéines ciblées. Développer ce genre de mécanismes de régulation, permettant le contrôle efficace et potentiellement réversible des différentes voies du RNA silencing, est probablement d’autant plus important chez les plantes, de par leur mode de vie sessile. Dans ce projet, nous nous proposons donc d’identifier les diverses modifications post-traductionnelles de facteurs clés du RNA silencing chez les plantes, de caractériser leur(s) fonction(s) biologiques et de déterminer leur effet ou leur impact en réponse à différents types de signaux environnementaux, en utilisant une combinaison d’approches biochimiques, génétiques et protéomiques de pointe. Les résultats obtenus devraient fournir d’importantes nouvelles avancées dans notre compréhension du RNA silencing, de sa régulation chez les plantes et de son rôle biologique en réponse à des stress biotiques ou abiotiques. De plus, ces résultats pourraient renfermer un intérêt biotechnologique en nous permettant d’entrevoir de nouveaux moyens de réguler les différentes voies du RNA silencing.
Projet ANR-08-JCJC-0045 – DYNTWIST : Understanding membrane fission through the study of dynamin's twisting activity
Programme : Jeunes chercheuses et jeunes chercheurs (JCJC) 2008
Année de financement : 2008
Coordinateur du projet : INSTITUT CURIE - SECTION DE RECHERCHE (INSTITUT CURIE - SECTION DE RECHERCHE)
Partenaires : Institut Curie
Montant : 226720.0 euros
Date de début : 2009
Durée : 36 mois
Résumé : Les cellules eucaryotes sont séparées de leur environnement par une membrane lipidique imperméable à la plupart des éléments nécessaires à leurs fonctions. Pour les incorporer, la formation de bourgeons de membranes chargés en éléments est réalisée par des protéines interagissant transitoirement avec la membrane. Pour que l'internalisation soit finalisée, le bourgeon doit être séparé de la membrane, c'est l'étape dite de fission. Les membranes lipidiques sont des objets auto cicatrisants, ce qui rend leur fission difficile. Bien que la physique décrive bien l'énergie élastique associée à la déformation des membranes, le coût énergétique de la fission est mal estimé théoriquement et expérimentalement. Cependant, dans les cellules, un nombre incessant d'évènements de fission a lieu pour soutenir l'activité du trafic membranaire. Une protéine aux propriétés mécaniques étonnantes est impliquée dans cette rupture de la membrane : la dynamine. Elle polymérise en hélices au cou des bourgeons de membrane et les étrangle en se tordant jusqu'à leur fission. Ayant participés à la découverte de l'activité de torsion de la dynamine, premier moteur moléculaire de ce type jamais décrit, nous nous proposons de comprendre la fission membranaire par l'étude fine du fonctionnement mécanique de la dynamine. Pour ce faire, nous nous proposons de mesurer les paramètres pertinents pour décrirent l'activité de torsion du polymère de dynamine :-la vitesse de torsion, le couple appliqué, le rendement énergétique et l'énergie totale consommée pour réaliser la fission. Ces mesures seront utilisées pour bâtir et optimiser un modèle théorique qui, en retour, nous donnera de précieuses informations sur le déroulement cinétique et le coût énergétique de la fission membranaire. Afin de réaliser ces mesures, nous répondons à l'appel à projets « Jeunes Chercheurs » de l'ANR, et demandons le financement de deux montages expérimentaux adaptés. Le premier, alliant pinces optiques et micropipettes permettra de mesurer les paramètres élastiques de l'assemblage dynamine/membrane, et d'en établir une description théorique réaliste. Il permettra également d'étudier le rôle de la tension membranaire dans la fission. Le deuxième montage sera une version des pinces magnétiques adaptée à la mesure du couple que la dynamine applique aux tubules de membranes. Il servira à estimer la consommation énergétique du moteur.