Projet ANR-10-JCJC-0209 – BIRDS : Réseaux biologiques, Radiothérapie et Structures
Programme : JCJC : Sciences de l'information, de la matière et de l'ingénierie : Sciences de l’information, simulation (JCJC SIMI 2) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Monsieur Guillaume BLIN (UNIVERSITE PARIS-EST MARNE LA VALLEE)
Partenaires : Université Paris-Est Marne-la-Vallée
Montant : 161790.0 euros
Date de début : 2011
Durée : 48 mois
Résumé : Ce projet concerne le groupe AlgoB
(thème de l'équipe Algorithme) de l'Institut
Gaspard Monge, Université Paris-Est Marne-la-Vallée.
Ce groupe est composé de:
Guillaume Blin (Maître de Conférences - porteur du projet, Université Paris-Est);
Maxime Crochemore (Professeur Émérite, Université Paris-Est and 
King's college),
Isabelle Fagnot (Maître de Conférences, Université Paris-Est and
Université Paris 7),
Sylvain Guillemot (Postdoc, Université Paris-Est),
Florian Sikora (Doctorant, Université Paris-Est), et
Stéphane Vialette (CR CNRS - responsable du groupe AlgoB, Université Paris-Est).
Les thèmes de recherches du groupe AlgoB sont l'élaboration d'algorithmes pour
l'interprétation et la classification de données biologiques (ARN et réseaux d'interactions biologiques) 
et la génomique comparative.
L'algorithmique appliquée à la biologie a une longue tradition au sein
de Marne-la-Vallée depuis les années 90 avec Marie-France Sagot et 
Maxime Crochemore.
Cependant, après le départ de Marie-France Sagot et l'éméritat
de Maxime Crochemore, le laboratoire souhaite monter et développer une nouvelle équipe sur 
cette thématique.
Guillaume Blin a été recruté en tant que maître de conférences en 2006 à ce titre,
et Stéphane Vialette est venu renforcer cet axe en 2007.
De plus, Florian Sikora a débuté une thèse sous la direction de Guillaume Blin
et de Stéphane Vialette en 2008 sur quelques aspects algorithmiques de la recherche
de motifs dans les grands réseaux biologiques.
Let but de ce projet est donc de continuer à développer cet axe de recherche:
attirer de jeunes chercheurs dynamiques au sein de Marne-la-Vallée
et
étendre nos collaborations avec de nouveaux partenaires.
Notre projet est constitué de 3 parties (tâches):
(i) développer de nouvelles directions de recherche issues de nos travaux,
(ii) implication dans de nouveaux thèmes de recherche.
La Tâche~1 présente nos perspectives de recherche sur les $d$-intervalles 
et les graphes d'intersection associés, sur les graphes linéaires,
la recherche de motifs dans les permutations et les cartes de contacts
de protéines (ce dernier point est la cadre d'une nouvelle collaboration entre
Minghui Jiang, Utah University, USA; notons que Minghui Jiang est également
un spécialiste de l'algorithmique des $2$-intervalles et c'est donc tout naturellement 
que nous souhaitions joindre nos efforts). 
La Tâche~2 concerne les réseaux d'interactions biologiques.
Nous présentons dans ce projet à la fois nos perspectives théoriques et notre souhait
de mener à terme le développement d'un outils logiciel pour la recherche de motifs
pertinents dans les grands réseaux biologiques.
(collaboration avec l'Université de Milano-Bicocca, Italie,
l'Université de Bergame, Italie, et l'Université de Barcelone, Espagne).
Enfin, la Tâche~3 présente un nouveau thème de recherche lié à l'algorithmique des 
obturateur multi-lames utilisés en radiothérapie
(nouvelle collaboration avec l'Université de Varsovie, Pologne).