Projet ANR-15-CE21-0003 – COMBICONTROL : Combinaison de strategies de biocontrôle ciblant les populations complexes des pathogènes bactériens Pectobacterium and Dickeya des cultures de pomme de terre.
Programme : Recherches et innovations pour la performance et la durabilité des écosystèmes productifs (DS0502) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Monsieur Denis Faure (Institut de biologie intégrative de la cellule)
Partenaires : Laboratoire public; Laboratoire public; Microbiologie, Adaptation et Pathogénie; PME
Montant : 463765.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 36 mois
Résumé : La culture de la pomme de terre, la 4e culture vivrière dans le monde, relève d’un enjeu majeur dans les pays industrialisés et en développement. Sa culture est recommandée par l’ONU. Un facteur limitant son expansion est sa sensibilité à de nombreux pathogènes qui impose donc l’utilisation de nombreux pesticides. Avec l’intérêt croissant des gouvernements européens et nationaux dans la limitation des intrants chimiques, le biocontrôle apparait comme une approche alternative ou complémentaire. Le plan national Ecophyto propose de réduire –si possible- de moitié les apports d’intrants chimiques, et ainsi encourage le développement et l’usage de pratiques alternatives, dont le biocontrôle. 
En plus des populations endémiques du genre Pectobacterium (P. atrosepticum, P. carotovorum, P. wasabiae), deux espèces de Dickeya (D. dianthicola et D. solani) ont emergé successivement dans les cultures de pomme de terre en Europe, alors que les populations de Dickeya étaient auparavant considérées comme restreintes aux cultures et zones tropicales. Les espèces P. atrosepticum, P. carotovorum, P. wasabiae, D. dianthicola et D. solani co-existent au sein d’une même parcelle ou d’un même symptôme. Donc, le développement de  tout traitement des maladies induites doit tenir compte de cette diversité et de sa dynamique. 
Le projet COMBICONTROL a pour objectif l’évaluation, la combinaison et l’adaptation d’approches complémentaires de biocontrôle ciblant les populations pathogènes de Dickeya et Pectobacterium qui causent les maladies de la jambe noire et de la pourriture molle sur plants et tubercules de pomme de terre. Ainsi, COMBICONTROL produira des connaissances (1) dans la dynamique et la fonction (efficacité de protection) des agents de biocontrôle lorsqu’ils colonisent la rhizosphère des plants de pomme de terre ; (2) dans la structure et la dynamique des populations de Dickeya et Pectobacterium qui seront annuellement collectées des champs et aux alentours ; (3) dans la caractérisation génétique et fonctionnelle des traits d’émergence des populations D. solani et D. dianthicola. COMBICONTROL renforcera aussi un dialogue entre chercheurs et agriculteurs au sujet des pathogènes Dickeya et Pectobacterium et de leur contrôle. 
Pour atteindre ces objectifs, COMBICONTROL associe 3 partenaires académiques et 2 partenaires privés. Les 3 équipes académiques appartiennent à l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC)-Labex Saclay Plant Sciences (Gif-sur-Yvette), à l’Institut d’Ecologie et des Sciences de l’Environnement de Paris (IEES) et au laboratoire Microbiologie, Adaptation & Pathogénie (MAP, Villeurbanne). Les partenaires privés sont SIPRE et RD3PT qui représentent les secteurs R&D du CNPPT et de la FN3PT. Ces derniers sont les principaux acteurs dans la production et la certification des tubercules semences en France. Le projet COMBICONTROL qui se concentre sur l’approche biocontrôle, sera conduit en coordination étroite avec d’autres projets SIPRE et RD3PT sur la détection des pathogènes et le développement d’autres stratégies de phytoprotection dans une approche de lutte intégrée. Les partenaires de COMBICONTROL utilisent couramment les approches omiques et combinent des expertises en pathologie végétale, biocontrôle, écologie, épidémiologie, taxinomie, génomique structurale et fonctionnelle, génétique et agronomie. 
COMBICONTROL est le premier projet ANR sur les pathogènes de la pomme de terre Pectobacterium et Dickeya qui associe des partenaires académiques et privés. Ce consortium accélèrera le transfert de connaissance des laboratoires vers la sphère appliquée (et réciproquement) et produira des données d’intérêts national et international. Etant donné que Pectobacterium et Dickeya sont des pathogènes présents en Europe et dans le monde entier, ce consortium sera un solide interlocuteur pour développer dans le futur des programmes de recherches en collaboration avec d’autres laboratoires internationaux.