Projet ANR-07-MIME-0012 – FUNVIRMIR : Utilisation de deux virus modèles pour l'étude du rôle des microRNAs d'origine virale in vitro et in vivo
Programme : Microbiologie, immunologie et maladies émergentes (MIME) 2007
Année de financement : 2007
Coordinateur du projet : CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE ALSACE (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE ALSACE)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Université François-Rabelais
Montant : 416000.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : L'implication des petits ARN dans la modulation de l'expression génique est l'une des découvertes majeures de ces dernières années. Parmi les différentes familles de petits ARN, les micro (mi)RNAs sont une classe de molécules d'ARN d'environ 22 nucléotides présentes chez de nombreux eucaryotes. Impliqués dans un grand nombre de processus développementaux, ils agissent en régulant l'expression des protéines par dégradation des ARNm ou inhibition traductionnelle. Récemment, des miRNAs ont été mis en évidence dans le génome de virus à ADN infectant les mammifères Cette découverte est en contradiction avec la théorie communément admise que le RNA silencing est un mécanisme de défense antivirale chez les plantes et les insectes. En effet, les miRNA viraux peuvent potentiellement réguler l'expression de gènes de l'hôte, conférant ainsi un avantage sélectif au virus. A l'heure actuelle, peu de cibles sont connues et le rôle des miRNA viraux au cours de l'infection n'est pas établi.//Afin d'étudier l'importance des miRNA cellulaires et viraux en contexte d'infection virale, nous proposons l'utilisation de deux herpèsvirus modèles : le cytomégalovirus murin (MCMV) et le virus aviaire de la maladie de Marek (MDV). Bien que ces deux virus soient respectivement un beta et un alpha-herpesvirus, ils présentent des similarités dans leur cycle d'infection, mais aussi des différences qui permettront d'élargir le champ d'investigation. Les miRNA de MDV ont été identifiés en phase d'infection lytique, tandis que rien n'est décrit concernant les miRNA de MCMV. Nous utiliserons le clonage de petits RNA pour caractériser les miRNA de MDV en phase de latence, et pour identifier les miRNA de MCMV dans divers contextes d'infection in vitro et in vivo. Cette approche nous fournira également des informations sur les profils des miRNA cellulaires en réponse à l'infection virale. Nous nous focaliserons ensuite sur la régulation de l'expression des miRNA viraux, au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel. Une étape importante du projet sera l'identification des cibles des miRNA de MCMV et MDV. Pour ce faire, nous établirons des lignées cellulaires inductibles exprimant des miRNA viraux individuellement ou en cluster, et nous analyserons le transcriptome et le protéome de ces lignées. Une fois des cibles potentielles identifiées, leur rôle biologique au cours de l'infection sera examiné. A cet effet, des virus délétés ou mutés dans les gènes de miRNA seront construits. Des oligonucléotides antisens chimiquement modifiés seront également utilisés pour bloquer spécifiquement des miRNA viraux. Le phénotype des virus recombinants, ou des virus en présence d'oligonucléotides antisens sera alors analysé en culture cellulaire ou in vivo. Enfin, nous étudierons la réponse cellulaire au piratage de la voie des miRNA par le virus afin d'avoir une vue d'ensemble des interactions entre les herpèsvirus et la machinerie du RNA silencing.//L'obtention des banques de petits ARN à partir d'échantillons infectés par MCMV ou MDV, essentielle à ce projet, devrait être finalisée rapidement. Une fois l'information obtenue sur la spécificité d'expression des miRNAs viraux, l'étape suivante sera l'étude de la régulation de leur expression. La comparaison des résultats de cartographie et de régulation des promoteurs pour les deux virus qui infectent deux groupes différents de vertébrés devrait être très informative. L'identification des cibles cellulaires des miRNA viraux se fera de manière non-biaisée et les candidats validés pourront permettre d'affiner les critères de reconnaissance miRNA/cible. Par ailleurs, la force de ce projet réside dans l'obtention de mutants viraux n'exprimant pas de miRNA, ce qui permet d'étudier leur importance lors de l'infection in vivo. Au final, cette étude devrait contribuer à une meilleure compréhension du rôle joué par les miRNAs dans les interactions hôte-virus.