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Projet ANR-12-JS02-0006 – CoQuaS : Calculer avec la Sémantique Quantitative
Programme : JCJC - SIMI 2 - Science informatique et applications (JCJC SIMI 2) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur Michele PAGANI (UNIVERSITE PARIS 7)
Partenaires : Laboratoire d'Informatique de Paris-Nord; Laboratoire public
Montant : 253864.0 euros
Date de début : 2013
Durée : 36 mois
Résumé : Le projet porte sur les fondations théoriques des méthodes formelles, 
notamment celles  basées sur l'analyse  statique (sémantique, systèmes
des types), garantissant  la validation et la vérification de logiciels. 
La  sémantique quantitative  est l’objet  d’une activité  de recherche
féconde :
sémantiques vectorielles, extensions différentielles de la logique linéaire,
lambda-calculs algébriques et sensibles aux ressources. S'ensuivent de 
nouvelles interactions entre l’algèbre linéaire et les méthodes formelles en
informatique et un renouveau du cadre théorique de la sémantique
dénotationnelle.
Il est grand temps d'appliquer cette approche à l’une des questions
fondamentales de l’informatique : décrire ce que calculent les programmes, et
comment ils le calculent, en faisant abstraction des détails de la syntaxe.
Notre  but  est  de  produire  des  exemples  concrets  illustrant  le
renouveau apporté par les sémantiques quantitatives dans l’étude du calcul.
Nous proposons un projet « Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs », dont les
objectifs finaux sont précis et clairement formulés. Nous prévoyons d’obtenir
deux résultats importants, témoignant de la pertinence de la sémantique
quantitative pour l’étude du calcul :
 — une description sémantique de l’information intentionnelle attachée au coût
   calculatoire (par exemple la complexité en espace et en temps, cf. la
   « Milestone 3.1 » du projet scientifique) ;
 — une approche dénotationnelle de la programmation fonctionnelle quantique
   d’ordre supérieur (cf. la « Milestone 3.2 ») ;
Ces deux buts sont ambitieux, et les atteindre permettrait de combler des
lacunes importantes de la littérature actuelle (cf. la tâche 3, pour plus de
détails). Leur résolution nécessite d’associer une signification mathématique à
la notion informatique de ressource non duplicable. La sémantique quantitative
établit cette notion à partir de la linéarité algébrique.
Le projet sera développé au sein de l’équipe « Logique, Calcul et Raisonnement »
(LCR) du LIPN, dont sont issus trois des cinq participants de la proposition.
Parmi les principaux thèmes de recherche de LCR se retrouvent la théorie de la
démonstration en logique linéaire, la programmation fonctionnelle et la
complexité implicite. Nous sommes convaincus que la sémantique quantitative s’y
insérera parfaitement en tant que nouvel axe de recherche, enrichissant ainsi
son activité de recherche tout en bénéficiant de l’expertise déjà présente. De
plus, cela permettra peut-être de renforcer les interactions de LCR avec le
domaine de la combinatoire algébrique qui est un autre thème majeur du LIPN.
Projet ANR-08-TECS-0003 – CHONDROGRAFT : Ingénierie tissulaire du cartilage : cellules souches et biomatériaux injectables pour la régénération du cartilage articulaire et des disques intervertébraux
Programme : Technologies pour la santé et l’autonomie (y.c. Emergence) (TecSan) 2008
Année de financement : 2008
Coordinateur du projet : INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE - DELEGATION DE NANTES (INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE - DELEGATION DE NANTES)
Partenaires : Centre Hospitalier Universitaire de Nantes; École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation, Nantes-Atlantique; PME; Institut national de la santé et de la recherche médicale
Montant : 399509.0 euros
Date de début : 2009
Durée : 48 mois
Résumé : Le tissu cartilagineux (articulaire (AC) et disque intervertébral (IVD)) est un tissu conjonctif non-innervé, non vascularisé et faiblement cellularisé. Il peut être le siège de nombreuses altérations d'origine traumatologique ou liée au vieillissement. L' AC et l' IVD possèdent de faibles capacités de cicatrisation spontanée et l'établissement de ces altérations conduit à une dégradation irréversible de la matrice extracellulaire. Cette dégradation se manifeste aux stades terminaux par la perte du rôle fonctionnel des articulations et des disques intervertébraux. La dernière décennie a permis le développement de nouvelles technologies permettant de stimuler les capacités intrinsèques de réparation du cartilage. Malheureusement, l'ensemble de ces technologies n'a pas démontré de succès cliniques satisfaisants.
Projet ANR-14-CE09-0007 – ANIBAL : Un nouveau metallophore dérivé de la nicotianamine chez des bactéries pathogènes
Programme : Une nouvelle représentation du vivant (DS0401) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Pascal ARNOUX (Laboratoire de Bioénergétique Cellulaire)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Laboratoire public; Laboratoire public; Laboratoire public
Montant : 449907.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : Assurer la disponibilité d'un métal afin de croitre est un processus microbien vital, particulièrement critique lorsque la source devient rare comme à l'intérieur d'un hôte. Nous présentons ici un projet dédié à l'étude d'un opéron prédit pour coder les différentes fonctions permettant la synthèse, l'export et la récupération d'un nouveau métallophore bactérien analogue à nicotianamine des plantes. Des études préliminaires indiquent que ce système est fonctionnel, qu’il permet l’import de nickel et de cobalt et que les transporteurs prédits sont importants pour la virulence de S. aureus. En combinant des approches de biochimie, de génétique et de métabolomique nous déterminerons la structure de ce métallophore chez S. aureus et P. aeruginosa, étudierons les mécanismes et la régulation de ce système, définirons les bases biochimiques et structurales de la machinerie de biosynthèse et enfin déterminerons l'importance de la synthèse de ce métallophore dans la virulence de ces bactéries.
Projet ANR-14-CE09-0016 – TrMTases : Trm112, un activateur de methyltransférases à l'interface entre la biogenèse du ribosome et sa fonction
Programme : Une nouvelle représentation du vivant (DS0401) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Madame Valérie Heurgué-Hamard (Expression Génétique Microbienne)
Partenaires : Laboratoire public; Laboratoire public
Montant : 444000.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : La synthèse d’une protéine à partir d’une matrice d’ARN messager, plus connue sous le nom de traduction, est un processus complexe qui nécessite le ribosome, un complexe macromoléculaire constitué de protéines et d’ARN ribosomiques (ARNr), mais aussi des ARNs de transfert (ARNt) et des facteurs de traduction. Tous ces facteurs sont sujets de nombreuses modifications post-transcriptionnelles et post-traductionnelles qui modulent l’efficacité et l’exactitude des mécanismes de synthèse du ribosome ainsi que de la traduction, avec des conséquences connues sur le cycle cellulaire.
La méthylation est une des modifications les plus fréquentes des ARN et des protéines. Les effets de la méthylation sur la traduction sont parfaitement illustrés par la protéine Trm112. Cette protéine est unique de part sa nécessité pour l’activité de 4 methyltransferases (MTases) modifiant l’ARNr 18S (Bud23), les ARNt (Trm9 et Trm11), et le facteur de terminaison de la traduction eRF1 (Mtq2). Trm112 intervient donc à la fois dans la biogenèse et dans la fonction du ribosome.
Dans ce projet, nous proposons de définir le rôle central de ces complexes Trm112-MTases dans la régulation de la traduction et la biologie de la cellule en général. Nous avons pour cela défini un plan de travail coordonné, basé sur nos expertises complémentaires (génétique de la levure, biochimie, biophysique et biologie structurale). Nous proposons donc: 
i)	De résoudre les structures tridimensionnelles de ces quatre holoenzymes Trm112-MTase en complexe avec leurs substrats (protéine ou fragment d’ARN) afin de déterminer leurs mécanismes de catalyse et leur mode de reconnaissance du substrat
ii)	D’étudier les fonctions de Trm112-Bud23 et Trm112-Mtq2 dans la biogénèse du ribosome et leurs fonctions biologiques au cours du cycle cellulaire 
iii)	D’étudier la régulation et la dynamique du réseau d’interaction de Trm112 au cours du cycle cellulaire et en réponse à différentes conditions de stress.
La faisabilité de ce projet s’appuie sur l’accumulation de résultats préliminaires présentés en détail dans cette demande de financement. 
Ce projet apportera de nouvelles données concernant le rôle physiologique de ces complexes Trm112-MTases qui sont conservés chez les métazoaires et qui sont liés à diverses pathologies humaines.
Projet ANR-15-CE13-0003 – ORICEN : Comprendre la polarisation planaire des centrioles dans les épithéliums multiciliés
Programme : Décryptage des fonctions biologiques élémentaires et de leur intégration (DS0402) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Madame Juliette Azimzadeh (Institut Jacques Monod)
Montant : 412673.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 36 mois
Résumé : Des cils motiles battant de façon coordonnée à la surface d’épithéliums multiciliés permettent la circulation du liquide cérébro-spinal dans les ventricules cérébraux, la clairance du mucus dans les voies aériennes et le transport des ovocytes dans les oviductes. La perturbation de la fonction de ces cils est à l’origine de pathologies graves, telles que des infections respiratoires chroniques, la bronchectasie, l’hydrocéphalie ou l’infertilité féminine. La direction du battement ciliaire dépend de la polarisation à la surface apicale des épithéliums des centrioles, à partir desquels sont formés les cils. Les mécanismes sous-jacents demeurent toutefois très mal compris. Chez les planaires, un organisme modèle émergent pour lequel beaucoup d’outils sont à présent disponibles, un épiderme multicilié ventral permet la locomotion. En recherchant par un crible par ARN interférence des gènes affectant la locomotion chez les planaires, nous avons identifié des composants des centrioles nécessaires au contrôle de la polarité rotationnelle des centrioles dans les épithéliums multiciliés. Cela a mis en évidence un mécanisme tout à fait original reliant la structure des centrioles à la polarité globale de l’organisme. Dans le présent projet, nous proposons d’élucider les mécanismes moléculaires par lesquels les protéines que nous avons identifiées contrôlent la polarité rotationnelle des centrioles. Nous utiliserons pour cela une combinaison unique d’approches sur deux systèmes expérimentaux complémentaires : les planaires et le xénope. Ces travaux permettront de mieux comprendre un aspect fondamental pour le développement et l’homéostasie des animaux : l’intégration de la polarité des structures cellulaires dans la polarité globale d’un organisme multicellulaire. Ce projet permettra par ailleurs de mettre en évidence des gènes dont le fonctionnement anormal est potentiellement associé à des maladies génétiques comme les ciliopathies, qui pourraient constituer de nouveaux marqueurs diagnostiques.
Projet ANR-16-CroCo – CroCo : Commande de foules : de la théorie du contrôle aux applications au trafic routier
Programme : JCJC - Jeunes chercheuses et jeunes chercheurs
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Francesco ROSSI
Partenaires : Laboratoire des Sciences de l'Information et des Systèmes
Projet ANR-06-PDIT-0010 – CEMRAIL : CEMRAIL
Programme : Programme de Recherche et d'Innovation dans les Transports terrestres (PREDIT) : Programme « transports intelligents et utilisation des technologies de l’information et de la communication pour les transports » (PREDIT- transports intelligents…) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : ALSTOM TRANSPORT SA (ALSTOM TRANSPORT SA)
Partenaires : Entreprise autre que TPE ou PME; Institut français des sciences et technologies des transports, de l'aménagement et des réseaux; Entreprise autre que TPE ou PME; Université Lille 1 - Sciences technologies
Montant : 450858.0 euros
Date de début : 2007
Durée : 36 mois
Résumé : Les phénomènes électromagnétiques apparaissent comme les nuisances croissantes de notre époque à cause de l’utilisation importante d’équipements électroniques et de communications fonctionnant en grande proximité et émettant ou subissant des fréquences de plus en plus élevées.Le monde ferroviaire dans son ensemble est soumis à ces phénomènes qui peuvent être internes et/ou externe au système ferroviaire.Ce projet de recherche a pour but :- D’assurer la Compatibilité ElectroMagnétique (CEM) entre l’infrastructure d’alimentation du système ferroviaire et les systèmes de communications sol-bord sécuritaires agissant notamment en milieu urbain ; Il s’agit là de la sécurité intrinsèque au système ferroviaire.- D’assurer la maîtrise financière et technique de l’interface entre le système ferroviaire et son environnement extérieur en terme de compatibilité électromagnétique ; Il s’agit là de la sécurité extrinsèque.
Projet ANR-06-BLAN-0189 – MathGR : Méthodes mathématiques pour la relativité générale
Programme : Programme blanc (BLANC) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : UNIVERSITE PARIS VI [PIERRE ET MARIE CURIE] (UNIVERSITE PARIS VI [PIERRE ET MARIE CURIE])
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Université Pierre et Marie Curie
Montant : 210000.0 euros
Date de début : 2006
Durée : 48 mois
Résumé : L'objet principal de ce projet est le développement d'outils mathématiques d'analyse et de calcul  scientifique, permettant de formuler et de résoudre certains problèmes de la relativité générale. Nous nous  efforcerons, en particulier, d'élucider certaines propriétés des champs de gravitation forts, lesquels génèrent  des phénomènes très complexes : trous noirs, ondes de chocs, etc. La relativité mathématique et numérique  représente un domaine de recherche en pleine expansion. Ce projet est soutenu par un groupe de  mathématiciens et de physiciens de l'Université de Paris VI et de l'Observatoire de Meudon. Des  collaborateurs internationaux sont aussi associés directement à ce projet.
Projet ANR-10-JCJC-0112 – IDEE : Dynamique d'interfaces dans les équations d'évolution
Programme : JCJC : Sciences de l'information, de la matière et de l'ingénierie :  Mathématiques et interactions (JCJC SIMI 1) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Monsieur Matthieu ALFARO (UNIVERSITE DE MONTPELLIER II [SCIENCES   TECHNIQUES DU LANGUEDOC])
Partenaires : Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck
Montant : 45000.0 euros
Date de début : 2011
Durée : 48 mois
Résumé : Les solutions de certaines équations de réaction-diffusion peuvent développer des zones de transition très abruptes, ou interfaces, en particulier lorsque le terme de réaction est grand devant celui de diffusion. Ce projet s'articule autour de limites singulières d'équations de réaction-diffusion lorsqu'un paramètre relié à l'épaisseur d'une interface diffuse tend vers zéro. Les termes de réaction considérés seront du type Fisher-KPP (monostables) ou Allen-Cahn (bistables).
1. Fisher-KPP:
Les équations de réction-diffusion avec réaction logistique ont été introduits dans les travaux pionniers de Fisher et Kolmogorov, Petrovsky, Piskunov. Elles sont très utilisées pour modéliser des phénomènes d'invasions biologiques. Une des propriétés essentielles de ces équations est d'admettre des solutions ondes progressives avec des vitesses décrivant une demi-droite de R (d'où leur bonne capture des phénomènes d'invasions).
Sous certaines hypothèses sur les conditions initiales, on sait que la limite singulière de l'équation de Fisher-KPP redimensionnée est une interface évoluant par vitesse constante égale à la vitesse minimale des ondes progressives monotones associées.
Dans cette partie du projet, les directions sont les suivantes.
 a. Quelles conséquences a l'introduction d'un retard dans l'EDP?
 b. Quelles conséquences a l'introduction d'un effet non-local dans l'EDP?
 c. Quel est le lien entre la convergence de l'EDP et la stabilité des ondes progressives associées?
2. Allen-Cahn:
Allen et Cahn ont introduit une théorie de diffusion microscopique pour le déplacement d'une frontière entre différentes phases  (dans un alliage Fe--Al). La vitesse de l'interface est proportionnelle à la courbure moyenne en chaque point de l'interface. 
Pour des conditions initiales non préparées, des études précises de la génération et de la propagation d'interface ont prouvé que l'équation d'Allen-Cahn redimensionnée converge vers le mouvement par courbure moyenne (MCM en abrégé). Tant que le MCM est classique (cad pour des temps petits)  une estimation optimale de l'épaisseur des zones de transition est connue. Dans un contexte "viscosité", la convergence pour tout temps vers le MCM généralisé défini par Evans-Spruck et Chen-Giga-Goto est connue. 
Dans cette partie du projet, les questions sont les suivantes.
 a. Peut on estimer l'épaisseur des zones de transition après l'apparition de singularités pour le MCM classique? 
 b. Quel est l'effet d'une diffusion "density-dependent"?
 c. Que se passe t-il si le Laplacien classique est remplacé par le Laplacien fractionnaire?
 d. Qu'advient-il lorsque l'équation n'admet pas de principe de comparaison?
Projet ANR-06-NANO-0010 – QUANTADN : Transport quantique dans les molécules d'ADN
Programme : Programme National en Nanosciences et Nanotechnologies (PNANO) (PNANO) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE ILE-DE-FRANCE SECTEUR SUD (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE ILE-DE-FRANCE SECTEUR SUD)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Centre national de la recherche scientifique; Centre national de la recherche scientifique; Institut national de la santé et de la recherche médicale
Montant : 502649.0 euros
Durée : 48 mois
Résumé : Il s’agit, tout d’abord, d’établir les conditions expérimentales dans lesquelles l’ADN est un conducteur quantiquement cohérent présentant un caractère uni-dimensionnel. Les paramètres à contrôler sont l’environnement ionique, l’interaction molécule-surface, le choix des contacts, le dopage, la séquence de bases etc… Ensuite, les propriétés électroniques de l’ADN seront déterminées par des mesures portant soit sur un nombre macroscopique de molécules, soit sur des molécules uniques incorporées dans des circuits spécifiques. Ainsi à travers des mesures à basse température de magnétisme de supercourant, à travers la molécule sur des contacts supraconducteurs de réponse électromagnétique d’ADN alignés ou en forme d’anneaux nous visons à déterminer la force des interactions électroniques, la distance sur laquelle le transport est quantiquement cohérent et sonder le caractère uni-dimensionnel du transport.
Projet ANR-06-NANO-0035 – ECLAT : ECLAirage arrière à nano Tube de carbone d'écrans LCD à basse consommation
Programme : Programme National en Nanosciences et Nanotechnologies (PNANO) (PNANO) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : CEA (CEA)
Partenaires : Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives; Centre national de la recherche scientifique; École normale supérieure de Lyon; Entreprise autre que TPE ou PME
Montant : 611392.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : L’application visée est celle de l’éclairage arrière d’écrans plats LCD à basse consommation. Le verrou technologique porte sur la réduction de la température de fabrication d’une matrice d’éclairage intelligente à NTC. Une réduction significative du coût du composant (facteur 2 à 3) est attendue en le réalisant sur un verre à bas point de fusion au lieu d’un verre borosilicate. L’objectif du projet est de formuler à partir d’une compréhension approfondie de systèmes modèles un précurseur de croissance de NTC intégrable dans le procédé de fabrication des matrices d’éclairage à NTC dérivé de la filière d’écrans plats à NTC du consortium. L’innovation porte sur la mise au point d’un nanomatériau précurseur intégrable (couche mince nano structuration) équivalent à un alliage PdNi qui sous forme de nano agrégats présente les propriétés visées. Les enjeux scientifiques sont de comprendre et modéliser les mécanismes de croissance par CVD des nano émetteurs à NTC en relation avec la formulation et les caractéristiques physico-chimique des précurseurs. L’enjeu technique est de développer une technologie d’éclairage arrière à NTC bas coût dans la perspective économique d’adresser une partie du marché des 100 millions d’écrans TV LCD prévus en 2010.
Projet ANR-07-SECU-0007 – SMARTFENCE : Barrière intelligente à haute efficacité de détection et localisation précise d’intrusion par réflectométrie Brillouin à fibres optiques pour la surveillance périmétrique des sites sensibles
Programme : Concepts, systèmes et outils pour la sécurité globale (SECU) 2007
Année de financement : 2007
Coordinateur du projet : Monsieur Pierre FERDINAND NE PAS SOLLICITER (CEA)
Partenaires : Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives; Entreprise autre que TPE ou PME; Divers privé; PME
Montant : 577964.0 euros
Date de début : 2008
Durée : 36 mois
Résumé : Le projet SmartFence vise à améliorer la sécurité des sites sensibles par l’introduction d’une nouvelle technologie, issue du monde des télécommunications optiques, pour la surveillance périmétrique. L’approche innovante envisagée permettra une surveillance vraiment performante (faible taux de fausses alarmes, grande détectivité …) et permanente de zones et infrastructures critiques (centrales nucléaires, installations industrielles, complexes gaziers, pétrochimiques, aéroports …) et un enregistrement des événements et situations d’alerte, 24 h sur 24, quelles que soient les conditions climatiques, en s’insérant dans le système global géré par le poste commande de sécurité du site concerné. Le système intègre un instrument optoélectronique (réflectomètre Brillouin) connecté à l’une des extrémités d’un câble sensible innovant contenant plusieurs fibres optiques, lui-même déployé sur, ou au sein, de la clôture. Les fibres optiques étant insensibles aux perturbations électromagnétiques elles ne peuvent être détectées, protégeant dans le même temps l’électronique d’extrémité d’un choc électrique malveillant. Ce système de
surveillance, de type capteur ‘réparti’, associé à une base de données intelligente, permet de déterminer le profil des déformations et des courbures le long du câble sensible, provoquées lorsque l'on tente d'escalader la clôture, avec une localisation spatiale métrique du point où a lieu l’intrusion, et ce sur une portée multi kilométrique.