Projet ANR-08-EBIO-0024 – CYTHCHIP : Validation multicentrique d'une selection de gènes candidats à la classification des nodules folliculaires thyroïdiens sur cytoponction
Programme : Emergence et maturation de projets de biotechnologie et de Technologie pour la santé à fort potentiel de valorisation (EMERGENCE-BIO) 2008
Année de financement : 2008
Coordinateur du projet : INSERM - ADMINISTRATION DR DE NANTES (INSERM - ADMINISTRATION DR DE NANTES)
Partenaires : FAURE JEAN PIERRE; Institut national de la santé et de la recherche médicale; Institut national de la santé et de la recherche médicale
Montant : 274000.0 euros
Date de début : 2009
Durée : 24 mois
Résumé : Le nodule thyroïdien constitue un motif très fréquent de consultation en endocrinologie. Il s'agit dans 95% des cas d'une lésion bénigne. Les lésions malignes sont le plus souvent bien différenciées de forme plus volontiers papillaire que folliculaire. La cytoponction à l'aiguille fine est l'examen diagnostIque préopératoire de choix, permettant la selection des patients candidat à une intervention chirurgicale. L'identification  cytopathologique d'un carcinome papillaire est généralement aisée car les critères de diagnostic sont essentiellement nucléaires. le diagnostic cytologique d'un carcinome folliculaire est en revanche difficile car la distinction entre lésion benigne et maligne repose en grande partie sur des critères architecturaux, uniquement visibles à l'examen histopathologique de la pièce opératoire. Ainsi, 15 à 20% des cytoponctions conduisent le clinicien à faire opérer son patient alors que dans 8 cas sur 10 la lésion se révèle benigne.
 Les méthodes d'analyse à haut débit sur puces à ADN nous ont permis d'identifier des signatures moléculaires correspondant à 12 classes de pathologies thyroïdiennes folliculaires (166 échantillons), représentant plus de 90% des pathologies thyroïdiennes différenciées. Nous avons montré que cette classification moléculaire, en affinant la classification histologique, permettait de reclasser des lésions considérées jusqu'alors comme atypiques. Nous avons selectionné 258 gènes consuisant à une classification pertinente de ces pathologies et avons validé la faisabilité d'une telle puce dédiée sur quelques cytoponctions. Notre projet consiste en la validation à grande échelle de ces gènes candidats  pour la classification moléculaire de la majorité des pathologies thyroïdiennes différenciées. A partir de 1000 cytoponctions issues de 5 centres, nous en selectionnerons 500 afin d'enrichir le nombre de tumeurs malignes. Nous estimerons la performance prédictive du modèle.
La validation à grande échelle des puces dédiées nous permettra de verifier la pertinence des gènes précedemment selectionnés pour la classification moléculaire des pathologies folliculaires thyroïdiennes sur cytoponction. A terme l'analyse des profils transcriptionnels obtenus devrait conduire à limiter le nombre d'intervention chirurgicale pour nodule bénin et à proposer une selection restreinte de gènes (20 gènes)  utilisables en pratique diagnostique courante.
Les objectifs de ce projet sont : 1) de valider une puce à ADN dédiée pour la classification des tumeurs folliculaires thyroïdiennes.                   2) d'appliquer cette approche puce dédiée à des prelèvements de cytoponction afin d'en apprécier la valeur en tant qu'outil de diagnostic préopératoire.                                                                                                                                                                                 L'originalité de ce projet repose sur la façon dont ont été selection A terme nous souhaitons proposer une selection restreinte de gènes (20 environ) parmi les plus pertinents de ces 258, à utiliser en pratique courante pour le diagnostic des cytoponctions douteuses.                                                                                                                                                                                                                                                                  Verrous :  Homogeneisation des critères diagnostiques pris en compte par les cytologistes, représentativité de certains groupes rares.                                                                                                  
WP1 : selection des 500 echantillons de cytoponction et extraction des ARN. Collecte sur 12 mois. Au bout de 6 mois, verification de la qualité des ARN sur 10 puces pour chaque centre.  Ceci permettra aussi de verifier l'absence de biais de selection et/ou de pratique pour chacun des centres.