Projet ANR-15-CE02-0003 – MICROREGAL : Adaptations du microbiome intestinal humain aux changements passés et présents d'alimentation et de mode de vies
Programme : Comprendre et prévoir les évolutions de notre environnement (DS0101) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Madame Laure Segurel (Laboratoire Eco-anthropologie et Ethnobiologie)
Partenaires : Laboratoire public
Montant : 201237.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 36 mois
Résumé : Les populations humaines évoluent en étroite interaction avec leur environnement, qu’elles modifient elles-mêmes en retour. Cet équilibre a été perturbé plusieurs fois dans l’histoire évolutive humaine, par exemple il y a 10.000 ans lors de la transition d’un mode de vie de chasseur-cueilleur nomade vers l’agriculture et la sédentarisation, ou plus récemment du fait l’industrialisation de certaines sociétés humaines. Bien qu’il soit reconnu que les activités humaines ont souvent une influence néfaste sur la biodiversité de certains écosystèmes, nous ne savons encore que très peu de choses sur l’influence des changements anciens et récents de modes de vie (notamment en terme de régime alimentaire, de consommation de médicaments et d’exposition aux pathogènes) sur l’ensemble des microorganismes habitant notre système digestif, le microbiome intestinal. Notre propre écosystème digestif est cependant actuellement considéré comme un facteur essentiel en santé humaine, et semble impliqué dans de nombreuses maladies métaboliques et immunes. Il est également très variable entre individus et populations, et au moins partiellement héritable, en faisant une cible potentielle pour la sélection naturelle. Le microbiome intestinal humain représente donc un phénotype d’intérêt à la fois évolutif, écologique et médical.
Bien que le microbiome intestinal interagisse clairement avec son hôte (à travers par exemple l’alimentation, l’utilisation d’antibiotiques et la réponse immunitaire) ainsi qu’avec les autres communautés intestinales (parasites eucaryotes, virus), l’influence respective de différents facteurs environnementaux (à la fois écologiques et culturels) et génétiques sur sa composition n’est pas encore élucidée. Notamment, la perte de biodiversité microbienne observée dans les milieux urbains industrialisés (par rapport aux milieux ruraux en voie de développement) pourrait être due à la spécialisation alimentaire des populations, leurs pratiques sanitaires et/ou d’autres variables. Ce projet a pour objectif de déchiffrer les interactions qu’il existe entre ces différents facteurs pour comprendre (i) comment les écosystèmes microbiens ont coévolué sur le long-terme avec les changements alimentaires et pathogéniques des populations humaines depuis la révolution Néolithique il y a 10.000 ans, (ii) comment les changements rapides de modes de vie, notamment l’industrialisation et la consommation de médicaments, ont influencé la diversité microbienne intestinale et (iii) quelle est l’influence des facteurs génétiques sur la composition du microbiome. 
Pour répondre à ces questions, nous proposons d’échantillonner et de comparer le microbiome intestinal d’individus ayant des modes de subsistance contrastés (chasseurs-cueilleurs versus agriculteurs), et se situant le long d’un gradient d’urbanisation (de villages ruraux Africains à milieu urbain Africain à milieu urbain Européen) au Cameroun et en France. Nous collecterons à la fois des données anthropologiques (questionnaires nutritionnels, médicaux et ethnologiques, et des mesures anthropométriques) et biologiques (charge parasitaire intestinale, données génétiques microbienne et humaine) et nous analyserons conjointement l’influence respective de ces différents facteurs sur le microbiome intestinal, grâce à des approches statistiques et bioinformatiques.
En intégrant des approches classiques d’anthropologie biologique et des technologies de pointe en génomique, ce projet novateur a pour objectif de comprendre comment différents facteurs écologiques, culturels et génétiques ont influencé les communautés microbiennes intestinales dans le passé, et devraient continuer de le faire à l’avenir, dans le contexte d’une homogénéisation rapide des pratiques alimentaires et sanitaires à travers le monde. Ce projet aura de potentielles répercussions en anthropologie, écologie et évolution, ainsi que des implications de taille en santé publique.