Projet ANR-06-SEST-0012 – ECOFLUS : Virus influenza aviaire dans l'environnement : identification des conditions d'émergence et de persistance pour l'amélioration desréseaux de surveillance
Programme : Programme Santé-Environnement et Santé-Travail (SEST) (SEST) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE  DELEGATION REGIONALE RHONE-AUVERGNE (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE  DELEGATION REGIONALE RHONE-AUVERGNE)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Centre national de la recherche scientifique; Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement; Institut de recherche pour le développement; Institut national de la recherche agronomique
Montant : 350000.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : Les mesures de prophylaxie sanitaire permettant de lutter contre l’agent infectieux responsable de l'épizootie d'influenza aviaire ont montré leurs limites pour empêcher la dissémination du virus dans les zones d'émergence en Asie, en Europe et en Afrique. Les travaux et données récentes sur l’épidémie d'influenza aviaire à virus H5N1 posent la question de son émergence et de sa réémergence. Les oiseaux sauvages porteurs de ce virus pourraient être un réservoir naturel. On peut envisager que les zones de résidence de ces animaux génèrent des réservoirs « secondaires » tant au niveau du sol que des sédiments ou des animaux aquatiques dont ils se nourrissent. La prise en compte des facteurs environnementaux de même qu'une meilleure connaissance de l'écologie du virus et de ses modes de diffusion est incontournable afin de mettre en place des plans de surveillance, d'alerte ou de contrôle. Notre projet a pour objectifs 1) d’améliorer les connaissances épidémiologiques en nous focalisant sur des aspects de l’écologie du virus influenza aviaire qui ont été négligés jusqu’à présent (rôle des facteurs biotiques et abiotiques), 2) de caractériser des habitats et des conditions favorables à son maintien dans l'environnement et chez ses hôtes naturels et, 3) d’intégrer ces connaissances fondamentales de l'écologie du virus dans une logique d’épidémiologie opérationnelle de gestion de crise et de surveillance. Le programme sera réalisé à partir de trois observatoires à grande échelle: la Dombes en France, ou le virus H5N1 est apparu récemment, une région de Thaïlande où la maladie apparaît de manière saisonnière, et une région indemne située en Ethiopie où le risque d'introduction est potentiellement très élevé à court terme. Les conditions de persistance du virus influenza seront analysées in vitro en prenant en compte les interactions virus-sol-matière organique ainsi que le rôle des microorganismes indigènes. Pour cela, nous utiliserons des virus modèles: IAFP A H5N2 et un dérivé non réplicatif IAHP A H5N1. Les principaux paramètres identifiés seront validés sur au moins un représentant du virus H5N1 « naturel » en laboratoire P4. L'ensemble des résultats sera intégré dans une démarche d’analyse du risque d’émergence, de diffusion et d’extinction des virus influenza qui utilisera et développera les outils SIG. On évaluera l’impact de la persistance du virus dans l’environnement pour la dynamique locale de l’infection en dehors d’épisodes de réintroduction. Nous développerons une approche originale d’évaluation quantitative des réseaux de surveillance animale de l’influenza aviaire en Thaïlande en utilisant les données connues ou acquises durant le temps du projet, et en intégrant l’ensemble des facteurs de risque connus et mis en évidence lors de notre étude. Elle sera ensuite adaptée à l’Ethiopie afin de proposer une démarche rationnelle de surveillance. Il s’agit d’un projet pluridisciplinaire qui associe virologues, microbiologistes, épidémiologistes, biologistes des populations, modélisateurs et informaticiens, dans lequel données, résultats et méthodes seront discutées, analysés et mis en commun.