Projet ANR-15-CE17-0011 – MONALISA-GENBIO : Susceptibilité génétique et biomarqueurs dans la listériose
Programme : Recherche translationnelle en santé (DS0411) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Madame Caroline Charlier (Institut Pasteur / Unité de Biologie des Infections)
Montant : 756480.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 36 mois
Résumé : La listériose est une infection rare et sévère d’origine alimentaire, due à la bactérie Listeria monocytogenes. Trois formes principales sont décrites : infection du sang (septicémie), infection du système nerveux central, et infection du placenta et du fœtus chez la femme enceinte. Le diagnostic de l’infection repose sur la culture d’échantillons biologiques (sang, placenta, liquide céphalo-rachidien…), dont le résultat est obtenu plusieurs jours après leur réalisation. L’infection est mortelle dans 30% des cas, malgré un traitement adapté. Les modalités de prise en charge de l’infection n’ont pas évolué depuis plus de 20 ans, mais sa précocité est un facteur clé du pronostic. Améliorer la compréhension de l’infection, de sa présentation clinique et biologique par des tests sensibles et rapides est donc une voie cruciale pour améliorer le diagnostic et le pronostic de la listériose. Des facteurs de risque importants ont été identifiés, comme l’âge, la présence d’un cancer, d’un diabète, d’une grossesse ou la prise de corticostéroïdes. Cependant, dans un petit nombre de cas (5%), les patients sont jeunes et ne présentent pas ces facteurs de risque. Alors que la bactérie est largement présente dans l’environnement (notamment dans 5% des aliments), ce qui entraine une large exposition, l’infection reste rare, y compris parmi les patients présentant un terrain à risque : 350 cas / an en France, qui compte pourtant plus de 10 millions de sujets âgés et d’1 million de sujets diabétiques par exemple. Ceci suggère que des facteurs génétiques de l’hôte puissent favoriser l’infection. Ils n’ont jamais été étudiés jusqu’à ce jour, faute de données cliniques et biologiques disponibles. Nous avons mis en place il y a 5 ans l’étude MONALISA, une cohorte nationale prospective comptant de plus de 900 patients à ce jour, recueillant pour chacun un grand nombre de données cliniques, et des prélèvements biologiques systématiques incluant une analyse génétique. Cette étude permet pour la première fois d’étudier la prédisposition génétique pour cette infection. Elle permet également de chercher des marqueurs biologiques nouveaux, visant à un diagnostic plus précoce et à une meilleure caractérisation de la gravité des patients.
Le projet MONALISA-GENBIO a ainsi 2 objectifs : (i) identifier des facteurs génétiques associés à la listériose, seuls ou en association d’autres facteurs de risques et (ii) identifier des marqueurs biologiques associés à l’infection ayant une valeur diagnostique et/ou pronostique.
Pour ce faire, des analyses génétiques seront réalisées sur l’ADN des patients de la cohorte (génotypage  et séquençage de l’exome). Le sérum des malades sera également analysé par deux approches complémentaires (multi-analyte profiling Luminex et métabolomique) dont la combinaison reflétera l’infection (marqueurs diagnostiques alternatives à la culture) et la gravité de l’état du patient (score pronostique). 
Ce travail collaboratif s’appuie sur une cohorte unique. Il rassemble des équipes complémentaires expertes dans leurs domaines respectifs. Il va permettre d’identifier des facteurs de risque génétiques et des marqueurs biologiques qui amélioreront concrètement le diagnostic de l’infection, sa prise en charge et sa prévention (en identifiant des sujets à risque pour lesquels des recommandations spécifiques pourront être faites).