Projet ANR-13-PRTS-0002 – BioGvHD : Biomarqueurs de la maladie du greffon contre l'hôte et de la tolérance immunitaire chez l'homme
Programme : Programme de Recherche Translationnelle en Santé (PRTS)
Année de financement : 2013
Coordinateur du projet : Monsieur Gérard SOCIE (Equipe « Génome et Cancer »- Hôpital Saint-Louis)
Partenaires : Assistance Publique Hôpitaux de Paris; Assistance Publique Hôpitaux de Paris; Pathologie et Virologie Moléculaire; Activation, Relaxation et Homéostase du Système Immunitaire
Montant : 142433.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : Maladie du greffon contre l'hôte et tolérance immunitaire; BiomarqueursLa maladie du greffon contre l’hôte est la complication la plus fréquente de l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH). L’objectif principal de ce projet est de mettre en place un panel de biomarqueurs de la GvHD et de la tolérance après greffe de CSH chez l’homme.
Définition de biomarqueurs dans 2 cohortes; une d'exploration une de validation.Les objectifs du projet soumis sont d’étudier:1. Le suivi séquentiel de l’immunophénotype des patients à l’aide d’une plateforme automatisée ainsi que les profils d’expression génique de sous populations de lymphocytes T lors de la survenue de la GvHD2. La reconstitution thymique et le répertoire T après séquençage à haut débit3. La tolérance immunitaire à l’aide d’une plateforme automatisée ainsi que l’expression génique de sous populations de lymphocytes T en comparant à long terme donneur et receveur Cette étude longitudinale et prospective après greffe de CSH devrait permettre l’identification des biomarqueurs associés à la mortalité de la GvHD ou à l’obtention de la tolérance.Cette étude s’appuiera sur deux cohortes successives : la première identifiera un panel d’intérêt (phase d’identification), la seconde, de validation, sera issue de la biobanque «Investissement d’Avenir» CryoStem «.
Approche méthodologiquePhase de découverteQuatre-vingt patients consécutifs, greffés , seront inclus. L’analyse se fera durant les 3 périodes critiques de la greffe :1. Période 1. Analyse des patients au diagnostic de la GvHD , ainsi qu’à J90; le profil du donneur sera également testé. 2. Période 2. Analyse 6 à 12 mois post greffe de la reconstitution thymique par la quantification des TREC, l’immunophénotype ainsi que le répertoire des sous populations de lymphocytes T après séquençage à haut débit.3. Période 3. Chez les patients tolérants (au sens immunologique) à 2 ans les mêmes outils qu’en période 2 seront utilisés chez le patient et son donneur.Phase de validationLes biomarqueurs phénotypiques, moléculaires ou fonctionnels définis dans la phase de découverte seront testés sur les échantillons collectés dans le cadre du projet CryoStem. Le nombre de patients à inclure dépendra des résultats obtenus dans la cohorte de découverte et des hypothèses statistiques.
Résumé de la soumission : La maladie du greffon contre l’hôte (GvHD ; graft-versus-host disease) est la complication la plus fréquente de l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH). Nos connaissances de sa physiopathologie proviennent presque exclusivement de modèles expérimentaux. L’évolution des connaissances et des outils de la biologie ouvrent la porte à l’identification de biomarqueurs de gravité et de pronostic de la GvHD, évaluables dans des essais cliniques. L’objectif principal de ce projet est de mettre en place un panel de biomarqueurs de la GvHD et de la tolérance après greffe de CSH chez l’homme. Cette étude s’appuiera sur deux cohortes successives : la première proposera un panel d’intérêt, la seconde, issue de la biobanque du projet «investissement d’avenir» CryoStem (cryopréservation d’échantillons biologiques prospective chez les patients atteints de GvHD).Les objectifs du projet soumis sont d’étudier:1.	Le suivi séquentiel de l’immunophénotype des patients à l’aide d’une plateforme automatisée ainsi que les profils d’expression génique de sous populations de lymphocytes T lors de la survenue de la GvHD2.	La reconstitution thymique et le répertoire T après séquençage à haut débit3.	La tolérance immunitaire à l’aide d’une plateforme automatisée ainsi que l’expression génique de sous populations de lymphocytes T en comparant à long terme donneur et receveur Cette étude longitudinale et prospective après greffe de CSH devrait permettre l’identification des biomarqueurs associés à la mortalité de la GvHD ou à l’obtention de la tolérance.Phase de découverteQuatre-vingt patients consécutifs, greffés à partir d’un donneur identique familial, seront inclus. L’analyse se fera durant les 3 périodes critiques de la greffe :1.	Période 1. Analyse des patients au diagnostic de la GvHD (ou à J 30 de la greffe en l’absence de GvHD), ainsi qu’à J90. Enfin le profil du donneur sera également testé avant mobilisation par le G-CSF. 2.	Période 2. Analyse 6 à 12 mois post greffe de la reconstitution thymique par la quantification des TREC, l’immunophénotype ainsi que le répertoire des sous populations de lymphocytes T après séquençage à haut débit.3.	Période 3. Chez les patients tolérants (au sens immunologique) à 2 ans les mêmes outils qu’en période 2 seront utilisés chez le patient et son donneur.Phase de validationLes biomarqueurs phénotypiques, moléculaires ou fonctionnels définis dans la phase de découverte seront testés sur les échantillons collectés dans le cadre du projet CryoStem. Le nombre de patients à inclure dépendra des résultats obtenus dans la cohorte de découverte et des hypothèses statistiques. Toutes les analyses prendront en compte les facteurs cliniques confondants qui influencent la survenue de décès liés à la GvHD ou la tolérance. La préparation d’un essai clinique nécessitera de passer des outils de bioinformatiques immunologiques et moléculaires aux analyses statistiques cliniques qui tiennent en compte les paramètres compétitifs cliniques comme l’âge, le conditionnement, ou le décès lié à la GvHD et l’analyse temps-dépendante des résultats biologiques. Les points principaux pris en compte seront les suivants :1.	La mortalité liée à la transplantation (estimée à 20% à 2 ans)2.	Le fait que cette mortalité liée à la greffe est avant tout liée à la GvHD3.	Que l’incidence de GvHD (aigue et chronique) est de l’ordre de 40%4.	80 patients seront étudiés prospectivement (+ 30 de manière longitudinale pour l’étude de la tolérance)5.	Puisque mortalité liée à la GVHD et tolérance sont mutuellement exclusives, le calcul optimal d’effectif pour la cohorte de validation peut être raisonnablement défini. Ce dernier calcul servira de base à la construction d’un protocole clinique
Résultats : Les points principaux pris en compte seront les suivants :
1. La mortalité liée à la transplantation (estimée à 20% à 2 ans)
2. Le fait que cette mortalité liée à la greffe est avant tout liée à la GvHD
3. Que l’incidence de GvHD (aigue et chronique) est de l’ordre de 40%
4. Que les patients seront étudiés prospectivement 
5. L'adossement du projet à une cohorte biologique prospective subventionnée par un Investissment d'avanir; Cryostem.
Perspectives : Toutes les analyses prendront en compte les facteurs cliniques confondants qui influencent la survenue de décès liés à la GvHD ou la tolérance. La préparation d’un essai clinique nécessitera de passer des outils de bio-informatiques immunologiques et moléculaires aux analyses statistiques cliniques qui tiennent en compte les paramètres compétitifs cliniques comme l’âge, le conditionnement, ou le décès lié à la GvHD et l’analyse temps-dépendante des résultats biologiques.
Publications et brevets : -