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Projet ANR-12-PDOC-0032 – STRUFAT10 : Caractérisation structurale et fonctionnelle de la voie de conjugaison de FAT10
Programme : Retour Post-Doctorants (RPDOC) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur Prakash RUCKTOOA (Centre National de la Recherche Scientifique - Unité de glycobiologie structurale et fonctionnelle)
Partenaires : Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle
Montant : 385216.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : Les modifications post-traductionnelles modulent la fonction des protéines, contribuant au réglage fin de processus cellulaires critiques. Ce projet vise une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans la conjugaison de FAT10, analogue à l'ubiquitine (UBL), sur des protéines cibles. Alors que la conjugaison d'autres UBLs tels que SUMO ou NEDD8 est bien décrite, les mécanismes gouvernant la fatylation (conjugaison de FAT10) restent méconnues. La caractérisation récente de Uba6 et de Ube2z, une ubiquitin activating enzyme (E1) et une ubiquitin conjugating enzyme (E2) respectivement, a contribué à lever le voile sur la fatylation. Ces protéines activent et conjuguent à la fois l'ubiquitine et FAT10, démontrant un caractère bi-spécifique inhabituel. Ube2z ne peut par ailleurs être chargé en ubiquitine que par Uba6 et pas par Ube1, la E1 prototypique de l'ubiquitination, indiquant qu'Uba6 peut sélectivement charger certaines E2. Ces enzymes soulèvent de nouvelles questions sur la complexité du système de régulation des mécanismes impliqués dans la conjugaison des UBLs. Dans ce projet, nous utiliserons des approches structurales, biophysiques et biochimiques pour comprendre comment une double spécificité peut exister pour Uba6 envers les UBLs, et comment ces UBLs sont reconnus et transférés sur des E2 de façon spécifique. De même, nou chercherons à expliquer la sélectivité de Ube2z affichée pour Uba6. Un deuxième aspect de ce projet visera à identifier de nouvelles E3 ligases impliquées dans la fatylation de même que leurs cibles. Dans sa globalité, ce projet permettra de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans la conjugaison de l'ubiquitine et d'autres UBLs, et ainsi de mieux appréhender les conditions patho-physiologiques survenant lors d'un dérèglement de signaux cellulaires de type ubiquitine.
Projet ANR-10-NANO-0017 – NPLIN-4-Drug : Nucléation à l’échèle nanométrique induite par lumière polarisée.  Contrôle du polymorphisme cristallin : Application aux principes actifs pharmaceutiques
Programme : Nanotechnologies et Nanosystèmes (P2N) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Madame Anne SPASOJEVIC (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE ILE-DE-FRANCE SECTEUR OUEST ET NORD)
Partenaires : Laboratoire d'Énergétique Moléculaire et Macroscopique, Combustion; Structures, Propriétés et Modélisation des Solides; Centre Interuniversitaire de Recherche et d'Ingénierie des Matériaux; Physico-Chimie Industrielle du Médicament
Montant : 446813.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : L’étude du polymorphisme de substances pharmaceutiques est un domaine d’activité en pleine expansion. Ceci est dû, d’une part, à la pression économique de l’industrie pharmaceutique et d’autre part, à une prise de conscience plus importante des conséquences du polymorphisme (ou pseudo-polymorphisme) sur les propriétés du médicament (stabilité physique et chimique, solubilité, taux de dissolution, biodisponibilité, propriétés mécaniques, processus de fabrication, …).
L’étude expérimentale du polymorphisme nécessite dans l’idéal, la maîtrise de la cristallisation des formes polymorphiques désirées et l’obtention de nouvelles phases non encore caractérisées. Une méthode originale de nucléation “Non Photochemical Light Induced nanoscale Nucleation” (NPLIN), rends possible le contrôle de la nucléation à une nano-échelle en utilisant les propriétés de polarisation d’un laser pulsé d’une dizaine de nanosecondes.
Projet ANR-14-CE05-0029 – ANVES : Méthodes d'ordre élevée pour la simulation aux grandes échelles des écoulements dans les systèmes énergétiques
Programme : Efficacité énergétique des procédés et des systèmes (DS0205) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Guido Lodato (Complexe de Recherche Interprofessionnel en Aerothermochimie)
Partenaires : Laboratoire public
Montant : 129428.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : L'objectif de ce projet est le développement de méthodes numériques d'ordre élevées pour la simulation des écoulements turbulents dans des géométries complexes. Le contexte est celui des méthodes éléments finis discontinus appliqués a la simulation aux grandes échelles. Ces méthodes permettent d'envisager la simulation numériques d'écoulements turbulents confinés en préservant un ordre donne de précision de la méthode quelque soit le maillage et la géométrie. Des efforts particuliers seront fait pour developer des opérateurs de dissipation sélective dédiés à l’utilisation d’un modèle de similarité mixte et au couplage d’une description affinée des écoulements en région de proche paroi avec la simulation des grandes échelles non stationnaires. Des opérateurs de filtrage spécifiques seront développés pour ces méthodes d'ordre élevé, couplées aux modélisation de sous-maille a filtrage explicite.
Projet ANR-14-CE10-0013 – CELLECTCHIP : ANALYSE DE LA DYNAMIQUE DE MARQUES EPIGENETIQUES PAR CHIP-SEQ SUR CELLULES INDIVIDUELLES AU COURS DE LA PHASE S ET DE L’EMBRYOGENESE CHEZ DES MAMMIFERES
Programme : Une nouvelle représentation du vivant (DS0401) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Jean-Pierre Quivy (Institut Curie CNRS UMR 3664)
Partenaires : HIFIBIO; Fondation de recherche; Fondation de recherche; Laboratoire public
Montant : 669891.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : Dans les cellules eucaryotes, la mise en place, le changement et/ou la transmission d’informations ou marques épigénétiques portées par la chromatine représente un enjeu majeur pour les fonctions cellulaires et le destin cellulaire. Appréhender la dynamique de ces marques est donc critique pour comprendre les mécanismes qui régissent le maintien des fonctions cellulaires et le statut de différentiation, notamment lors de l’apparition d’un état pathologique. L’objectif du projet CELLECTCHIP est de caractériser à l’échelle du génome la dynamique de la distribution génomique de variants d’histones et de modifications post-traductionnelles d’histones dans trois cas différents : la mise en place de ces marques, leur maintien et leur suppression (effacement).
Nous exploiterons deux contextes biologiques pendant lesquels l’organisation en chromatine et les marques d’histones sont remodelés par des mécanismes dynamiques qui ont des effets différents : la phase-S du cycle cellulaire pour le maintien de ces marques et l’inactivation puis la réactivation du chromosome X paternel au cours du développement embryonnaire de la souris pour le changement de ces marques. Nous développerons de nouvelles technologies de ChIP-seq utilisant des systèmes de micro fluidique et de code barre de l’ADN qui nous permettront de pouvoir utiliser un très petit nombre de cellules (centaines), mais surtout de pouvoir identifier des séquences provenant de cellules individuelles. Nous combinerons ces technologies avec des modèles biologiques nous permettant de discriminer (1) les histones provenant des nucléosomes parentaux des histones constituants les nouveaux nucléosomes assemblés au cours de la progression de la phase-S et (2) dans un embryon pré-implantatoire de souris les cellules ayant un chromosome X actif d’un chromosome X inactif.
Ce projet permettra de faire des avancées  majeures dans le domaine de l’épigénétique grâce à une approche originale. En effet, nous aurons accès à (1) un niveau d’information provenant de cellules individuelles et (2) qui va au delà d’une description statique du paysage épigénétique, car nous caractériserons la dynamique de variants d’histones et de modifications post-traductionnelles au cours de la phase-S et pendant le développement embryonnaire pour le chromosome X. Cette vision dynamique devrait contribuer à une meilleure compréhension de mécanismes épigénétiques à un niveau de résolution encore jamais atteint à ce jour et à développer de nouvelles technologies axées sur des cibles épigénétiques pour le développement de traitements médicaux et une médecine personnalisée.
Projet ANR-15-CE30-0011 – TurbOHEDP : Expériences d'Hydrodynamique turbulente dans des plasmas denses et chauds
Programme : Défi de tous les savoirs (DS10) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Monsieur Alexis CASNER (Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives)
Partenaires : Laboratoire public; Divers public; Laboratoire public
Montant : 516932.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 48 mois
Résumé : La physique des écoulements turbulents et compressibles dans des plasmas laser à Haute Densité d'Energie (HDE) est un domaine encore inexploré  experimentalement. En astrophysique, les simulations d'écoulements radiatifs et compressibles reposent qui plus est sur des paramètres sous-mailles. Dans le cadre de ce projet, nous proposons d'explorer l'hydrodynamique des plasmas turbulents d'un point de vue experimental et numérique dans le but d'améliorer notre comprehension de cette physique importante pour la communauté astrophysique et la communauté des plasmas denses créés par laser. Nous nous focaliserons sur la physique des restes de supernovae, qui sont des structures astrophysiques complexes sujettes aux instabilities hydrodynamiques de type  Rayleigh-Taylor ou Kelvin-Helmholtz. 
L'arrivée du Laser Mégajoule (LMJ) ouvre de nouvelles perspectives pour l'astrophysique de laboratoire  car cette installation constitue une plateforme unique d'étude des mélanges turbulents dans les plasmas denses et chauds. En effet, ces regimes d'écoulements nécessitent d'accélérer des cibles sur des grandes distances et pendant une longue durée, ce qu'aucune autre installation laser ne permet actuellement en Europe. Dans une  phase préparatoire, des expériences dimensionnées à des energies laser plus faibles seront réalisées pour guarantir les performances des expériences LMJ finales. Ces expériences à échelle réduite nous permettront de developer les outils et compétences nécessaires dans ce nouveau domaine et constitueront le point d'ancrage pour atteindre nos objectifs sur le LMJ. 
Notre programme de travail inclut plusieurs étapes importantes:
- premièrement le design d'une plateforme expérimentale à échelle réduite par rapport au LMJ
- le développement de nouvelles capacities de diagnostic comme l'imagerie X à haute resolution spatiale, la radiographie protonique ou la diffusion Thomson X
Simultanément, nous porterons un effort important sur l'analyse théorique et les outils de simulation associés qui ne sont pas encore disponibles pour interpreéer de telles experiences. En particulier, notre projet se basera sur la synergie entre les experiences d'astrophysique de laboratoire, leurs simulations post-processées et leur équivalent (défini par le biais de lois de similitude) à l'échelle astrophysique. Au final, le projet  TurbOHEDP éclairera la physique des plasmas denses turbulents en laboratoire et permettra des avancées significatives dans la simulation et la modélisation de ces écoulements complexes, et ce dans des conditions astrophysiques pertinentes.
Projet ANR-16-StaphEscape – StaphEscape : Résistance aux antimicrobiens par dormance transitoire et récupération: la voie de sortie peut-elle être bloquée  ?
Programme : PRC - Projets de recherche collaborative
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Alexandra GRUSS
Partenaires : Microbiologie de l'Alimentation au Service de la Santé Humaine
Projet ANR-16-hCX3CR1_ATDCs – hCX3CR1_ATDCs : CX3CR1, un marqueur clé pour définir les prochains essais cliniques de thérapie cellulaire à l’aide de cellules dendritiques tolérogènes
Programme : JCJC - Jeunes chercheuses et jeunes chercheurs
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Aurélie MOREAU
Partenaires : Centre pour la Recherche en Transplantation & Immunointervention
Projet ANR-16-WW2CRIMESONTRIAL1943-1991 – WW2CRIMESONTRIAL1943-1991 : LES CRIMES DE GUERRE NAZIS DANS LE PRÉTOIRE- EUROPE CENTRALE ET ORIENTALE 1943-1991. ENTRE CONDAMNATION DE LA VIOLENCE ET VOLONTE DE RECONCILIATION NATIONALE
Programme : JCJC - Jeunes chercheuses et jeunes chercheurs
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Vanessa VOISIN
Partenaires : Centre d'Études des Mondes Russe, Caucasien et Centre-Européen
Projet ANR-16-FOS-SEA – FOS-SEA : Evalution du risque environnemental lié à la maîtrise du biofouling en zone littorale méditerranéenne
Programme : PRC - Projets de recherche collaborative
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Jean-Luc BOUDENNE
Partenaires : Laboratoire de Chimie de l'Environnement
Projet ANR-16-AMEDYST – AMEDYST : Altération des réseaux moteurs dans la dystonie primaire
Programme : PRC - Projets de recherche collaborative
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Denis HERVE
Partenaires : Institut du Fer à Moulin
Projet ANR-16-TBemerg – TBemerg : Naissance d'un tueur: facteurs génétiques et adaptations métaboliques impliquées dans l'émergence des bacilles tuberculeux épidémiques
Programme : PRC - Projets de recherche collaborative
Année de financement : 2016
Coordinateur du projet : Roland BROSCH
Partenaires : Unité Postulante de Pathogénomique Mycobactérienne Intégrée
Projet ANR-06-BLAN-0148 – GRAAL : Décompositions des graphes et algorithmes
Programme : Programme blanc (BLANC) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : CNRS DELEGATION REGIONALE LANGUEDOC ROUSSILLON CNRS DÉLÉGATION LANGUEDOC-ROUSILLON (CNRS DELEGATION REGIONALE LANGUEDOC ROUSSILLON CNRS Délégation Languedoc-Rousillon)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Université Paris Diderot; Université de Bordeaux
Montant : 389800.0 euros
Date de début : 2006
Durée : 36 mois
Résumé : Ce projet se situe aux fondements de l'informatique théorique, et est centré sur l'étude des décompositions de graphes tant d'un point de vue structurel qu'algorithmique.Nous proposons de combiner les approches issues de la théorie des graphes et de l'algorithmique avec elles issues des théories de langages formels et de la logique.	  En effet l'utilisation des relations logiques afin de représenter les graphes et de formaliser les propriétés de ces graphes devrait nous permettre d'établir de nouvelles relations entre la complexité paramétrée, les algorithms FPT et la logique. Quant aux applications algorithmiques nous proposons d'étudier les formalisations algébriques des propriétés utilisées dans les algorithmes de décomposition existants. Les compréhensions fines de ces méchanisms algorithmiques devraient nous permettre d'étendre nos algorithms à d'autres structures combinatoires tout en gardant leurs performances.  Nous avons la conviction que les aspects logiques, combinatoires et algorithmiques des décompositions sont fortement imbriqués. Ce projet rassemble des spécialistes internationalement reconnus des laboratoires LaBRI, LIAFA et LIRMM et nous sommes convaincus que cette association unique de compétences devrait permettre l'obtention de résultats importants tant d'un point de vue théorique qu'applicatif.
Projet ANR-06-BLAN-0182 – MUTIG : Hypermutation des gènes des immunoglobulines: étude du rôle des ADN polymérases translésionnelles par transfert de cellules souches hématopoiétiques modifiées
Programme : Programme blanc (BLANC) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE ADR PARIS V - SAINTE ANNE UNITES 109 161 324 (INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE ADR PARIS V - SAINTE ANNE UNITES 109 161 324)
Partenaires : Institut national de la santé et de la recherche médicale
Montant : 220000.0 euros
Date de début : 2006
Durée : 36 mois
Résumé : The process of Ig somatic hypermutation (SHM) is a phenomenon without equivalent in the living world by which mutations are introduced (at a rate of 10-3 per base pair and cell generation, i.e. a million-fold higher than the spontaneous mutation rate of the genome) in the genes coding for the Ig heavy and light chains during a specific immune response. The B lymphocytes undergoing this process, which lasts a few days in the germinal centers of secondary lymphoid organs, are then selected on the basis of the improvement of the affinity of their surface Ig receptor for the immunizing antigen. This process is triggered by a specific deaminase (activation-induced cytidine deaminase or AID) that deaminates cytidines into uracils at the Ig locus. It is agreed that hypermutation is the result of a complex process whereby DNA repair factors are diverted from their classical function of damage correction to generate more mutations around the initial lesion. Whereas the partners involved are known (uracil glycosylase, some of the mismatch repair proteins, translesion DNA polymerases, the number of which remains to be defined), the precise molecular process whereby repair is turned into mutagenesis remains ill-defined. These questions have been addressed so far by the study of knock-out or transgenic animals, a tedious and time-consuming approach. We propose here to study the process of hypermutation by assessing a series of DNA polymerase mutants and mutation substrates by retroviral transduction of bone marrow hematopoietic stem cells of normal or DNA repair deficient-mice, and restoration of immune-deficient animals (Rag-gc knock-outs). This gene transfer/correction approach may allow us to address in a rather rapid and reactive mode some of the basic molecular questions that remain to be solved in order to fully understand this unique process of adaptive somatic evolution.
Projet ANR-14-CE06-0001 – MigraCat : Couplages Croisés Migratoires Catalytiques
Programme : Défi de tous les savoirs (DS10) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Olivier Baudoin (Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires)
Partenaires : Laboratoire public; Laboratoire public
Montant : 435760.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : La fonctionnalisation de liaisons C(sp3)-H non-activées, domaine à fort potentiel synthétique, est un défi majeur de la catalyse métallique moderne. L’objet de ce projet est le développement de couplages croisés migratoires Pd-catalysés comme nouvelle stratégie de fonctionnalisation C(sp3)-H sélective. Le principe consiste à contrôler le site de fonctionnalisation sur une chaîne alkyle en favorisant la migration du palladium sur cette chaîne avec des ligands adaptés. En particulier, nous nous intéresserons aux couplages migratoires d’organozinciques fonctionnalisés, générés de deux façons différentes : à partir de dérivés d’alcools secondaires aliphatiques par a-lithiation/transmétallation (tâche 1) et à partir de bromures d’alkyles secondaires par insertion de zinc. Afin de faciliter la mise au point des nouvelles méthodes de synthèse, les cinétiques réactionnelles seront étudiées en amont par spectroscopie infrarouge in situ, et la conception des ligands contrôlant la sélectivité de couplage sera guidée par calculs DFT, de manière collaborative entre les deux équipes partenaires. Le champ d’application des méthodes sera ensuite étudié, et des applications à la synthèse d’intermédiaires organiques énantiopurs seront proposées.
Projet ANR-14-CE08-0002 – EXPAND : Assemblages étendus à base de polyoxométallates, vers l’élaboration de matériaux nanostructurés
Programme : Apport des nanosciences et nanotechnologies aux matériaux fonctionnels et biotechnologies (DS0305) 2014
Année de financement : 2014
Coordinateur du projet : Monsieur Guillaume Izzet (Institut Parisien de Chimie Moléculaire)
Partenaires : Laboratoire public
Montant : 212160.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : L’élaboration de matériaux moléculaires auto-assemblés est un enjeu scientifique majeur pour répondre à de nombreuses demandes sociétales contemporaines. Dans ce contexte, la conception de matériaux utilisant des polyoxométallates (POMs) en tant que briques moléculaires est particulièrement attractive en raison de leurs multiples propriétés et champs d’applications. EXPAND vise à synthétiser des assemblages mésoscopiques finis et 2D étendus à base de POMs par auto-assemblage dirigé par coordination. Pour cela nous allons associer des hybrides organique/inorganique covalents à base de POMs présentant des groupements chélatants aux géométries prédéfinies (tâche 1) à des ions métalliques possédant des sites de coordination vacants complémentaires. Différent types d’assemblages sont ciblés : des oligomères cycliques de coordination à partir d’hybrides ditopiques (présentant deux fonctions chélatantes ; tâche 2) et des réseaux 2D à partir d’hybrides tritopiques (tâche 3). En raison du caractère ionique des POMs, les systèmes visés sont susceptibles de s’agréger par interactions électrostatiques intermoléculaires et de conduire ainsi à la formation d’assemblages multi-échelles. Le contrôle des processus d’agrégation fera l’objet d’une attention spécifique. En plus des techniques d’analyse classiques des hybrides à base de POMs, de nouvelles techniques de caractérisation seront mises en œuvre en fonction notamment de la nature du système (oligmères cycliques de coordination, nano-agrégats, monocouches, films moléculaires…). L’approche synthétique développée dans ce projet devrait permettre de contrôler la dimensionnalité des assemblages (0D à 2D) en fonction des paramètres géométriques de l’hybride (nombre de ligands et angle entre les ligands), du connecteur métallique et de l’ensemble des interactions intermoléculaires mises en jeu (électrostatique et hydrophobe notamment). Les propriétés des assemblages, variant selon la dimensionnalité de l’édifice, devraient trouver des applications dans des domaines variés. L’étude préliminaire de chaque système à une application spécifique sera entreprise en fin de projet (tâche 4) : nano-agrégats comme matériau hôte pour la conversion ascendante de photons, réseaux 2D poreux pour la nano-structuration de surfaces, films minces comme couches conductrices aux interfaces. Les objectifs du projet impliquent non seulement la conception, synthèse et caractérisation d’assemblages supramoléculaires finis et 2D à base de POMs mais également la compréhension et le contrôle de leur organisation multi-échelle ainsi que le développement de quelques applications spécifiques.