Projet ANR-13-BSV8-0020 – Pentagate : Mécanismes d’activation et de désensibilisation d’un récepteur-canal pentamérique
Programme : Blanc - SVSE 8 - Biochimie, biologie moléculaire et structurale (Blanc SVSE 8) 2013
Année de financement : 2013
Coordinateur du projet : Monsieur Pierre-Jean CORRINGER (Institut Pasteur)
Partenaires : Institut Pasteur; Institut Pasteur; Institut de Biologie Physico-Chimique; Biomolécules : Conception, Isolement, Synthèse
Montant : 450000.0 euros
Date de début : 2014
Durée : 48 mois
Résumé : Les canaux ioniques activés par les ligands (LGICs) sont des acteurs majeurs de l’excitabilité cellulaire, de la communication neuronale et de la computation dans le cerveau. Cependant, ces protéines membranaires intégrales sont difficiles à produire et à manipuler au plan biochimique, et les mécanismes moléculaires sous-tendant leur fonction restent mal connus. Alors que la structure tridimensionnelle des classes majeures de LGICs a été résolue par cristallographie des rayons X, il reste à comprendre comment les LGICs effectuent la transduction du signal et notamment comment les neurotransmetteurs provoquent l’ouverture de leur canal. Notre projet porte sur les LGICs pentamériques (pLGICs) qui assurent la neurotransmission dans le cerveau par l’acétylcholine, la sérotonine, le GABA et la glycine. Ces récepteurs constituent des cibles thérapeutiques majeures, notamment pour les anxiolytiques, les sédatifs, les anesthésiques généraux, les facilitateurs cognitifs, le neuroprotectants (maladies d’Alzheimer et de parkinson) et les composés anti-tabac. Dans les dernières années, nous avons été à l’avant garde de la recherche sur ces protéines avec la découverte d’homologues bactériens des pLGICs, ouvrant la voie à la résolution structurale de leur conformation active ainsi qu’à l’identification des sites de liaison pour les anesthésiques généraux et pour l’éthanol. Nous cherchons maintenant à surmonter le défit suivant : comprendre les mécanismes moléculaires de l’activation et de la désensibilisation. En effet, les pLGICs sont des protéines allostériques en constante interconversion entre différentes conformations, un état de repos, un état actif caractérisé par un canal ouvert, et un ou plusieurs états désensibilisés.
Dans ce but, nous focaliserons notre étude sur un homologue bactérien issu de la cyanobactérie Gloeobacter violaceus nommé GLIC. Nous utiliserons GLIC comme un prototype de l’ensemble de la superfamille des pLGICs. Nous avons une connaissance approfondie de cette protéine, et nous avons notamment montré qu’elle fonctionnait comme un canal activé par les protons. Nous avons par ailleurs résolu sa structure dans deux conformations à des résolutions jamais égalées parmi les pLGICs. Nous proposons de développer une approche multidisciplinaire large. Nous effectuerons une recherche extensive de ligands et de mutations stabilisant les différentes conformations allostériques de GLIC, en combinant synthèse chimique, mutagénèse dirigée, résonance plasmonique de surface et électrophysiologie. Nous ferons également de l’ingénierie pour générer de novo des sites de modulations au zinc et aux acides aminés. Les mutants de GLIC et les complexes GLIC-ligands sélectionnés seront engagés dans des expériences cristallisation pour la résolution de nouvelles conformations. En retour, la contribution de ces nouvelles conformations au fonctionnement de la protéine sera explorée par le marquage de GLIC par des rapporteurs conformationnels fluorescents. Des expériences à l’équilibre et résolus en temps sur GLIC reconstitué en liposome permettront d’assigner des conformations cristallographiques à des état allostériques, qu’il soient de repos, actifs, désensibilisés, ou même intermédiaires. Enfin, les mécanismes moléculaires sous-tendant les réorganisations allostériques seront explorés par des simulations de dynamique moléculaire sur GLIC inséré dans une membrane lipidique explicite.
Notre approche vise donc à comprendre les mécanismes fondamentaux de la transduction du signal opéré par les pLGICs. Cette connaissance permettra l’identification de nouveaux sites de liaison potentiels, ainsi que leur réorganisation lors de l’activation et de la désensibilisation, ouvrant la voie à la conception de nouvelles classes de médicaments ciblant ces récepteurs du cerveau.