Projet ANR-06-MRAR-0042 – MYAGENE : Cartogaphie à très haute résolution du complexe majeur d'histocompatibilité dans la myasthénie autoimmune
Programme : Programme Pluriannuel de Recherche sur les Maladies Rares (MRAR) (MRAR) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : INSERM - DÉLÉGATION RÉGIONALE PARIS V (INSERM - Délégation régionale Paris V)
Partenaires : Institut de Génomique; Institut national de la santé et de la recherche médicale
Montant : 160000.0 euros
Date de début : 2007
Durée : 24 mois
Résumé : La myasthénie autoimmune avec hyperplasie folliculaire du thymus (HFT) est une maladie rare de la jonction neuromusculaire, principalement due à des autoanticorps pathogènes dirigés contre le récepteur musculaire de l'acétylcholine. Son association au complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) avec l'haplotype étendu 8.1 (A1-B8-DR3) est connue depuis longtemps mais les progrès ont été empêchés par le déséquilibre de liaison très marqué observé dans cette région du génome humain. 
Récemment, nous avons pu, grâce à une carte de marqueurs microsatellites (densité 1 marqueur / 100 Kb), distinguer plusieurs locus au sein du CMH ayant des effets très significatifs sur l'HFT et les titres sériques des autoanticorps.
L'objectif proposé est de cartographier ces locus avec une précision 50 fois supérieure, grâce notamment à la carte dense de polymorphismes bialléliques récemment validée par le programme international HAPMAP et à la technologie des microarrays.
*******************Dans un premier temps, nous réduirons la taille des sous-régions du CMH associées à la myasthénie avec HFT ou influençant l'expression des anticorps anti-RACh. Nous combinerons une analyse d'association familiale et de population. Un groupe de 136 patients (73 faisant partie de familles simplex et 63 isolés) et 192 contrôles sera génotypé en utilisant une carte détaillée de polymorphismes bialléliques (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs) du CMH à une résolution de ~1 SNP/2 Kb, avec la plate-forme Illumina.
Nous analyserons les données en fonction de la fréquence des allèles potentiellement impliqués. Pour les variants communs (fréquence d'allèle mineur >5-10%), nous délimiterons les blocs haplotypiques, identifierons les SNPs-étiquettes et testerons leur association avec les phénotypes d'intérêt (HFT, titres sériques d'anticorps). En cas d'association de plusieurs blocs, nous tacherons de discriminer leurs effets par une analyse conditionnelle.
Pour les allèles rares, nous reconstruirons les haplotypes étendus, à l'aide des pedigrees et de l'information haplotypique disponible grâce aux microsatellites. Nous caractériserons avec une attention particulière les haplotypes 8.1 recombinants ainsi que les haplotypes non-8.1 (dérivés soit des 48 patients non-8.1, soit des 73 patients qui portent seulement une copie de l'haplotype 8.1). Nous évaluerons le déséquilibre de liaison sur ces haplotypes. Les haplotypes non-8.1 fourniront une aide précieuse pour situer le locus de la maladie grâce à la faiblesse du déséquilibre de liaison qui les caractérise. 
Au sein des blocs associés, ou au sein des régions associées définies par les haplotypes étendus, nous caractériserons de manière exhaustive le polymorphisme génomique des meilleurs gènes candidats par re-séquençage, à la recherche d'un variant rare possible, et testerons leur association. Nous évaluerons la signification potentielle des variants associés par une analyse in silico.
*******************Cette étude permettra de localiser le plus finement possible les différents locus du CMH et fournira ainsi une base indispensable pour entreprendre leur analyse fonctionnelle.
Une meilleure connaissance de ces locus devrait aider à mieux définir l'hétérogénéité clinique et biologique de la maladie, et pourrait aussi ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques.
Ce travail devrait également éclairer les mécanismes d'autres maladies autoimmunes fréquentes, telle que la polyarthrite rhumatoïde et les maladies autoimmunes thyroïdiennes, auxquelles l'haplotype 8.1 est associé et qui sont elles-mêmes souvent associées à la myasthénie. Il devrait enfin permettre de mieux comprendre les bases génétiques de la réponse humorale chez l'homme, notamment postvaccinale, puisque, par exemple, l'haplotype 8.1 a été impliqué dans le contrôle génétique de la réponse au vaccin contre l'hépatite B.