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Projet ANR-10-BLAN-1102 – Cardiosoc : Dynamique de l’interaction STIM/Orai/TRPC dans le myocyte cardiaque normal ,hypertrophié et insuffisant
Programme : Sciences de la vie, de la santé et des écosystèmes :  Physiologie, métabolisme, physiopathologie, santé publique (Blanc SVSE 1) 2010
Année de financement : 2010
Coordinateur du projet : Madame Anne Marie LOMPRE (INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE - DELEGATION PARIS VI)
Partenaires : Physiopathologie Cardiovasculaire; Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition
Montant : 349300.0 euros
Durée : 36 mois
Résumé : L’homéostasie calcique est clairement dérégulée dans l’hypertrophie et l’insuffisance cardiaque et de nouvelles approches thérapeutiques de l’insuffisance cardiaque basées sur le recyclage du Ca2+ du réticulum sarcoplasmique sont en développement.  C’est le cas en particulier du transfert du gène codant l’ATPase du réticulum sarcoplasmique de type 2a (SERCA 2a) à l’aide de vecteurs viraux. Récemment deux nouveaux partenaires du recyclage du Ca2+ ont été décrits, STIM1, un senseur du Ca2+ intraréticulaire et les protéines Orai, décrites comme des modulateurs des courants cationiques non-spécifiques soutenus par les canaux TRPC (Transient receptor potential cation). La dynamique du complexe STIM1/Orai/TRPC a été étudiée de façon élégante dans des systèmes non-musculaires mais la dynamique des protéines endogènes n’a jamais été étudiée dans les cellules cardiaques. Notre objectif est de mieux comprendre comment STIM et Orai activent l’influx calcique et les mécanismes sensibles au Ca2+ et à l’AMPc qui en découlent dans le myocyte cardiaque normal, en hypertrophie compensée dans l'insuffisance cardiaque. L'originalité du projet repose sur l'analyse des protéines endogènes du myocarde adulte. Le projet est basé sur une collaboration entre équipes qui ont un intérêt commun pour la signalisation calcique dans l'insuffisance cardiaque mais qui ont des approches complémentaires. Le partenaire 1 aborde la question du rôle du Ca2+ dans le remodelage cellulaire par des approches de biologie cellulaire et moléculaire et l'impact de la modulation des gènes sur la fonction du myocarde in vivo. De plus il a développé une stratégie basée sur l'utilisation de vecteurs viraux qui permettent d'inhiber l'expression des gènes in vivo et in vitro par ARN interférence. Le partenaire 2 est un spécialiste du couplage excitation-contraction et utilise des sondes fluorescentes et des outils d'électrophysiologie pour analyser les mouvements du Ca2+ au niveau cellulaire. Les résultats de cette étude apporteront des éléments nouveaux sur le mécanisme de recyclage du Ca2+ dans le myocyte cardiaque normal et dans son implication en pathologie. De plus, ces études pourraient ouvrir de nouvelles voies thérapeutiques pour le traitement de l’insuffisance cardiaque, une maladie qui touche 1% de la population de plus de 65 ans pour laquelle il n’y a que des traitements symptomatiques.
Projet ANR-06-BLAN-0006 – MEG : Multiscale modeling: from Electromagnetism to the GRID
Programme : Programme blanc (BLANC) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE MIDI-PYRENEES (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE MIDI-PYRENEES)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique; Grenoble INP
Montant : 245700.0 euros
Date de début : 2006
Durée : 36 mois
Résumé : 1-	contexte scientifique et objectifs du projet  In the field of Sciences and Technologies for Information and Communication, there are key scientific challenges to develop miniaturized systems embarking more and more intelligence both at the physical and the software layer, with architectures increasingly complex. At the same time, it is strongly required to have robust design methodologies in order to accelerate the design cycle and minimize the prototyping phases. In this context, one issue gaining more and more importance is dealing with the design and optimization of the physical layer of the communication medium. Today, the complexity turns out to make very difficult the modeling and design of such systems and impossible their optimization due to a dramatic increase of the number of unknown parameters.  2-	description du projet, méthodologie  In this project the use of electromagnetic methods of computational electromagnetic (CEM) in grid computing (GC) environments is at stake. The scope of the present work is to define an environment and tools for the electromagnetic (EM) simulation of future radio frequency (RF) systems. This objective will be pursued by formulating a multi-scale and adaptive use of increasingly available distributed resources (computing nodes  network architecture  memory storage) and the specific EM methodologies at disposal.   3-	résultats attendus  The challenge in the present project will be, in a first phase, to optimize the grid use with respect to each method, and later, with the combination (hybridization) of the two in a second phase. A two-fold approach can be envisioned for the enhanced use of GC by exploiting the intrinsic characteristics of the TLM and SCT methods.  In the case of the TLM arbitrary scalability of the grid resources is allowed by the possibility to have arbitrary decomposition of the simulation domain While for the SCT adaptive scalability of the grid resources is enabled by the intrinsic scalability of the method. The computation of each domain can be mapped to an equivalently large set of computing nodes.  The hybridization of the two TLM and SCT techniques could be later on exploited in order to address their use on different portions of the same EM problem. This operation represents an important objective as it would significantly increase the efficiency of the modeling in terms of both speed and memory requirements.
Projet ANR-06-CIS6-0009 – SINE : Simulation Numérique pour la Recherche en Rayonnement, Gravitation et Hydrodynamique .
Programme : Calcul Intensif et Simulation (CIS) (CIS 2) 2006
Année de financement : 2006
Coordinateur du projet : AUDIT EDOUARD (CEA - CENTRE D'ETUDES NUCLEAIRES SACLAY)
Partenaires : Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives; Centre national de la recherche scientifique
Montant : 599976.0 euros
Date de début : 2007
Durée : 36 mois
Résumé : Ce projet vise à satisfaire les besoins communs, en matière de simulation numérique, des communautés scientifiques de l’Astrophysique et de la Fusion Inertielle par Laser. En effet, l’activité de recherche de ces communautés repose très largement sur la simulation numérique d’écoulements complexes, instationnaires, couplés au transport de particules hors équilibre thermodynamique et, ou, à une cinétique chimique. Les rapports d’échelle entre les temps fluides et les temps caractéristiques du transport font qu’il est le plus souvent nécessaire de recourir, dans les codes de calcul, à des méthodes implicites. C’est en particulier le cas pour le transport électronique et le transfert radiatif. L’ouverture à la recherche académique des grands instruments expérimentaux, comme le laser LIL, est récente. Elle renforce cette convergence thématique, ainsi que la nécessité de disposer d’outils numériques partagés. C’est dans ce sens que ce projet est rattaché aux groupes « Simulation » et « Fusion Inertielle » de l’ Institut Laser et Plasmas. Les codes de calcul développés dans les laboratoires coopérant à ce projet arrivent à présent à maturité, mais leur exploitation à grande échelle pose des problèmes dont la résolution dépasse les capacités, considérées isolément, de ces laboratoires, et appellent de ce fait une action concertée. Ces problèmes concernent : • l’analyse numérique, avec la mise au point de schémas tridimensionnels pour l’hydrodynamique des gaz réels et multimatériaux. • l’algorithmique massivement parallèle, et en particulier, celle mise en oeuvre pour la résolution implicite des équations de transport. • La gestion et la visualisation des très importantes masses de résultats produites par ces codes. • La réalisation d’une bibliothèque partagée pour les coefficients de transport, équations d’état, taux de réactions nucléaires et chimiques et l’accès performant à ces données à partir d’applications parallèles. • La gestion des codes, avec pour objectifs : la réalisation de bases partagées de cas de validation, la pérennité dans les temps de ces logiciels, l’interopérabilité : échange de données, chaînage des codes, partage de modules
Projet ANR-08-ALIA-0020 – TASTE-GPR120 : Generation d'un model animal pour l'étude de la detection orosensorielle du gras
Programme : Alimentation et industries alimentaires (ALIA) 2008
Année de financement : 2008
Coordinateur du projet : Jean-Pierre MONTMAYEUR (CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE - DELEGATION REGIONALE CENTRE-EST)
Partenaires : Centre national de la recherche scientifique
Montant : 119142.0 euros
Date de début : 2009
Durée : 36 mois
Résumé : Le poids d'un individu est la résultante d'une balance entre sa dépense énergétique et son apport calorique. Il a été observé qu'en situation de libre accès, le choix des aliments se porte spontanément vers ceux riche en carbohydrates ou en lipides. Certaines études constatent que ce choix est en partie guidé par la palatabilité des aliments et donc leur évaluation sensorielle par le système gustatif. Ces constatations supportent l'existence de structures spécialisées dans la détection du « gras »  au niveau de la sphère orale. Nos collègues et nous même avons montré que chez la souris l'ablation du gène codant pour le transporteur d'acide gras CD36 affecte la préférence pour l'acide linoléique. Toutefois, ce transporteur bien qu'exprimé dans les bourgeons du goût de la langue ne répond pas aux critères d'un récepteur gustatif. De plus, de récents travaux suggèrent qu'il existe plusieurs mécanismes de détection des acides gras alimentaires chez les rongeurs. Nos efforts visant à identifier de nouveaux récepteurs impliqués dans la détection orale des acides gras nous ont conduit à Gpr120. Gpr120 est un récepteur couplé aux protéines G activé par les acides gras insaturés à longue chaîne dont le rôle dans la sécrétion d'insuline postprandiale est bien établit. 
Toutefois, sa localisation précise et son rôle dans les structures gustatives restent à établir.
Ce projet propose la génération de deux nouveaux modèles murins permettant la visualisation et l'ablation ciblée de ce récepteur. Ces modèles nous permettrons d'établir le rôle de Gpr120 dans la détection des acides gras et plus généralement sa fonction dans la physiologie gustative postprandiale est bien établit. Toutefois, sa localisation précise et son rôle dans les structures gustatives restent à établir. Ce projet propose la génération de deux nouveaux modèles murins permettant la visualisation et l'ablation ciblée de ce récepteur. Ces modèles nous permettrons d'établir le rôle de Gpr120 dans la détection des acides gras et plus généralement sa fonction dans la physiologie gustative.
Projet ANR-12-BS08-0018 – KBT : Cinétique de Translocation de Particules à travers de Bicouches Auto-Assemblées
Programme : Blanc - SIMI 8 - Chimie du solide, colloïdes, physicochimie (Blanc SIMI 8) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur Carlos Marques (Institut Charles Sadron)
Partenaires : Institut Charles Sadron; Laboratoire de Chimie des Polymères Organiques
Montant : 558000.0 euros
Date de début : 2013
Durée : 42 mois
Résumé : Le projet KBT réunit des physiciens de la matière molle et des physico-chimistes, afin d'élucider la question de la cinétique de la translocation de particules au travers d'une bicouche auto-assemblée biomimétique.  Nous proposons de résoudre les questions "comment" et "avec quelle cinétique" cette translocation s'effectue, en combinant pour la première fois des techniques couvrant six ordres de grandeurs en dimension spatiale, et neuf ordres de grandeurs en dimension temporelle.  Cette question fondamentale sera explorée par le biais d'un effort combiné en physique et en chimie, avec un but double : i) réaliser une famille de bicouches autoassemblées hybrides et de particules fonctionnelles, de façon à couvrir une large gamme de paramètres de contrôle de la translocation, et ii) combiner un ensemble de techniques afin d'étudier la cinétique de la translocation à des échelles allant de l'angström à la centaine de micromètres, sur une gamme de durée allant de la microseconde à quelques jours.  Le projet KBT tirera profit des technologies disponibles, mais ambitionne de nouveaux développements afin de repousser les limites actuelles de la Mesure de Forces de Surfaces (SFA), la cryogénie contrôlée en temps pour la microscopie électronique, et la détection simultanée d'imagerie en fluorescence et RICM.  Nous attendons un impact important de nos travaux sur la question actuelle de l'innocuité environnementale des nanoparticules.
Projet ANR-12-IS01-0003 – EANOI : Algorithmes efficaces pour l'optimisation non-lisse en traitement d'images.
Programme : Blanc International II - SIMI 1 - Mathématiques & Interactions (Blanc Inter II - SIMI 1) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur Antonin CHAMBOLLE (Centre de Mathématiques Appliquées / Ecole Polytechnique / CNRS)
Partenaires : Centre de Mathématiques Appliquées; ICG TU Graz T.U. Graz / Institute for Computer Graphics and Vision
Montant : 187158.0 euros
Date de début : 2013
Durée : 36 mois
Résumé : Ce projet Franco-Autrichien vise à développer des algorithmes efficaces pur les problèmes d'optimisation non-lisse qui sont fréquemment rencontrés en traitement d'images. La résolution de ces problèmes est difficile non seulement parce que l'objectif n'est pas différentiable, mais aussi parce que le nombre d'inconnues est en général très grand. Des méthodes standard de descente de gradient ou de type Newton ne marchent pas. Ces dernières années, les méthodes "proximales" ont connu un regain d'intérêt. Bien que développées dans les années 70, elles sont revenues sur le devant de la scène du fait de leur capacité de traiter de très gros problèmes, sans besoin de régularité. En principe, elles sont bien plus lentes que des méthodes plus sophistiquées telles que les méthodes de point intérieur. Mais leur simplicité permet de les implémenter sur des architectures parallèles très simples, telles que les GPUs. Ceci peut conduire à des gains de performance considérables (typiquement un facteur 30), ou plus. Des résultats récents montrent qu'une classe particulière d'algorithmes de type proximal (les algorithmes primaux-duaux d'ordre un) sont très prometteurs. D'un côté, ils peuvent traiter des problèmes convexes très généraux, d'un autre, ils sont particulièrement bien adaptés aux problèmes non-lisses de grande taille. Malgré leurs bonnes performances, il y a beaucoup de problèmes ouverts concernant leurs propriétés de convergence, et qu'il faut comprendre en vue de les améliorer. Par exemple, la question du préconditionnement, ou des  accélérations possibles lorsque l'on sait que l'objectif a une certaine régularité. Répondre à ces questions permettrait de résoudre des problèmes plus important, en un temps plus court, voire sur des machines plus simples (comme des téléphones). Ceci permettrait bien sûr de s'attaquer à des modèles plus complexes et plus réalistes.
Projet ANR-12-JS01-0006 – PIECE : Ergodicité, contrôle et statistique pour les PDMP
Programme : JCJC - SIMI 1 - Mathématiques et interactions (JCJC SIMI 1)
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur MALRIEU Florent (CNRS - LABORATOIRE DE MATHEMATIQUES ET PHYSIQUE THEORIQUE)
Partenaires : Laboratoire public; Institut de Recherche Mathématique de Rennes
Montant : 130030.0 euros
Date de début : 2013
Durée : 48 mois
Résumé : PDMP : Inférence, Evolution, Contrôle, ErgodicitéLes processus de Markov déterministes par morceaux sont des processus stochastiques qui apparaisent naturellement dans de nombreux champs applicatifs comme les réseaux de télécommunication, l'activité neuronale, la dynamique de polulations ou encore la fiabilité de systèmes complexes. Les axes forts du projet sont l''estimation, la simulation et les comportements asymptotiques (temps long, grandes populations, systèmes multi-échelles) de ces processus dans les différents contextes applicatifs.
Mieux comprendre les PDMP de la théorie à la pratiqueDans ce projet de quatre ans, plusieurs tâches sont menés en parallèle pour aboutir à une description aussi précise que possible des processus de Markov déterministes par morceaux. Le premier axe consiste à développer des outils efficaces pour étudier le comportement en temps long ou en grande population dans des modèles issus de la modélisation de l'activité neuronale ou des réseaux de télécommunication. Plus précisément, il s'agit de mettre en évidence et de décrire des comportements métastables ou des interactions de type champ moyen. 
ÉchangesLe projet regroupe de jeunes chercheurs d'horizons variés (probabilités, statistique, analyse, équations aux dérivées partielles, contrôle, modélisation). Des échanges réguliers grâce à un groupe de travail et des rencontres de deux jours permettront de débuter ou poursuivre les collaborations. Le projet est également ouvert à l'international via des travaux en cours avec des chercheurs au Chili, au Canada ou en Italie notamment.
Résumé de la soumission : Les processus de Markov déterministes par morceaux (PDMP) sont desprocessus stochastiques non-diffusifs qui apparaissent de manièretrès naturelle dans de très nombreuses modélisations : réseaux decommunication, fonctionnement des neurones, croissance depopulations bactériennes, fiabilité de systèmes complexes.Malgré une activité scientifique intense aux cours des vingt dernièresannées, de nombreuses questions mathématiques pertinentes restent sansréponse. Le but de ce projet est de fédérer un groupe d'expertsd'horizons différents (probabilités, statistique, analyse, équationsaux dérivées partielles, modélisation) afin de mutualiser lessavoir-faire de chacun et de faire émerger de nouveaux outils pourl'étude des PDMP. Les principaux axes du projet concernent les problèmesd'estimation, de simulation et de comportements asymptotiques (tempslong, grandes populations, problèmes multi-échelles) dans les différentscontextes applicatifs.
Résultats : A venir
Perspectives : A venir
Publications et brevets : A venir
Projet ANR-12-JS05-0001 – EMMA : Simulation de la formation des galaxies durant la réionisation
Programme : JCJC - SIMI 5 - Physique subatomique et théories associées, astrophysique, astronomie et planétologie (JCJC SIMI 5) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur Dominique AUBERT (Observatoire Astronomique de Strasbourg)
Partenaires : Observatoire Astronomique de Strasbourg
Montant : 211844.0 euros
Date de début : 2012
Durée : 36 mois
Résumé : Le projet Emma vise à étudier la formation des galaxies et des grandes structures de l'Univers au cours de l'époque de réionisation. Ce projet ambitionne de participer à l'effort théorique qui doit accompagner l'augmentation toujours plus importante de l'état des connaissances observationnelles sur le sujet, croissance poussée les moyens existant ou à venir tels que le HST, JWST, LOFAR ou SKA. A cette fin, je me baserai sur le développement d'un code de simulation cosmologique (EMMA), capable de prendre en compte la gravitation, l'hydrodynamique et le transfert du rayonnement de façon auto-consistante et accéléré matériellement par cartes graphiques (GPUs). Grâce à ces dernières, j'ai pour objectif de minimiser le surcoût imposé par l'ajout de la physique du rayonnement et vise à être en mesure de produire des simulations à grand nombre d'éléments de résolutions en des temps modérés. Avec cet outil, le projet abordera dans un premier temps le lien entre les processus physiques en jeu durant la réionisation et les propriétés des galaxies à haut redshift (telles que la fonction de luminosité ou leur taux de formation d'étoiles) ainsi que celles du milieu intergalactique (tel que le niveau d'ionisation résiduel ou l'intensité du fond UV). Dans un second temps, le projet ambitionne aussi d'étudier l'empreinte de la réionisation locale sur le propriétés actuelles (fonction de luminosité, distribution spatiale) des satellites de "Voie Lactées". Au cours du projet, les produits de simulations seront distribués via des outils de requêtes et d'exploration à distance développés précédemment, utilisant des solutions pré-existantes et conformes aux exigences et aux standards de  l'Observatoire Virtuel.
Projet ANR-12-JS06-0009 – InterVol : Interprétation quantitative des interactions magma-roches sédimentaires par approche expérimentale: implications sur les émissions volcaniques de volatiles et la formation de gisements miniers.
Programme : JCJC - SIMI 6 - Système Terre, environnement, risques (JCJC SIMI 6) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Madame Giada IACONO MARZIANO (Centre National de la Recherche Scientifique - Institut des Sciences de la Terre d'Orléans)
Partenaires : Institut des Sciences de la Terre d'Orléans
Montant : 140000.0 euros
Date de début : 2013
Durée : 48 mois
Résumé : Les volatils magmatiques jouent un rôle fondamentale sur une variété de processus à différentes échelles temporelles, comme l’origine et l’évolution de l’atmosphère ou le transport et la déposition des éléments métallique dans la croute terrestre. Une accumulation d’observations de terrain indique que l’interaction entre le magma et les roches sédimentaires encaissantes peut affecter d’une façon importante son contenu en volatils et, par conséquent, la formation de gisement miniers autour ou à l’intérieur de corps magmatiques intrusifs. Ce processus, qui a été révélé principalement par des études de terrain, manque de contraintes quantitatives sur son mécanisme et son impact global sur les équilibres volatils-magma. Ce projet consiste à simuler expérimentalement l’interaction des magmas avec leurs roches encaissantes sédimentaires, lors de leur mise en place dans la croute supérieure, pour pouvoir calibrer les relations thermodynamique gaz-magma-minerai nécessaires pour la modélisation de ce processus. Les objectives principaux de ce projet, inter reliés, sont d’élucider comment ces interactions affectent/contrôlent (1) la composition des gaz magmatique et (2) la formation des gisements miniers associés au magmatisme.