Projet ANR-15-CE15-0008 – REEMFOAMY : L'infection humaine par les virus foamy simiens zoonotiques : rôle des facteurs virologiques et immunologiques dans la restrcition de l'emergence virale
Programme : Émergence et transmission des agents pathogènes, résistances (DS0409) 2015
Année de financement : 2015
Coordinateur du projet : Monsieur Antoine Gessain (Institut Pasteur UMR CNRS 3569)
Partenaires : Fondation de recherche; Pathologie et Virologie Moléculaire
Montant : 409000.0 euros
Date de début : 2015
Durée : 36 mois
Résumé : Les infections virales humaines d’origine simienne sont un problème important de santé publique. Des similarités génétiques et physiologiques facilitent la transmission inter-espèce des virus infectant les primates non humains (PNH) à l’homme. Ces infections zoonotiques peuvent avoir des conséquences majeures, comme l’illustrent l’émergence du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 et la large diffusion du virus T-lymphotropique humain de type 1. 
Notre proposition se focalise sur l’infection par le troisième genre de rétrovirus complexes, les virus foamy (VF), qui infectent l’homme à la suite à d’une transmission par les singes, essentiellement à l’occasion de morsures. Cette infection zoonotique constitue un modèle unique et naturel pour l’étude de la transmission inter-espèces des rétrovirus. La prévalence élevée des VF simiens (VFS) chez les PNH, leur transmission efficace à l’homme, et leur capacité à établir une infection persistante permettent des études sur de larges séries de personnes infectées. De plus, l’infection humaine par un VFS peut être attribuée sans ambigüité à une transmission inter-espèce directe, une situation unique parmi les rétrovirus.
Notre unité de recherche a participé activement à la démonstration de la transmission des VFS du singe à l’homme en Afrique Centrale, en identifiant plus de la moitié des cas décrits à ce jour. Nous avons montré des taux de transmission de l’ordre de 20% après morsures par des grands singes, chimpanzés et gorilles. Nous avons montré que les lymphocytes T et B sont les principales cibles du virus dans le sang. Nos résultats préliminaires portant sur 24 sujets infectés et 15 sujets témoins vivant dans les mêmes villages, montrent que l’infection humaine par un VFS est associée à une réduction significative de l’hémoglobine, de l’hématocrite, du pourcentage de lymphocytes T CD4 et une élévation du niveau plasmatique de l’interleukine-6, cytokine pro-inflammatoire. Ces résultats sont nouveaux et remettent en cause l’innocuité supposée des VFS.
Le projet est réuni des experts de l’épidémiologie, de la virologie et de l’immunologie des rétrovirus humains et simiens. L’objectif de notre collaboration est d’apporter des informations nouvelles sur les souches zoonotiques, la physiologie, et la réponse immune lors de l’infection humaine par les VFS. Notre programme de recherche inclut six tâches.
Tâche 1 : Nous allons constituer une cohorte de personnes exposées aux fluides corporels (salive et/ou sang) de PNH vivant dans les zones rurales du sud du Cameroun.  
Tâche 2 : Nous réaliserons une étude cas-témoin (66/132), incluant un examen clinique, des analyses de biologie médicale, l’exploration détaillée des altérations hématologiques et immunologiques déjà observées. De plus, un suivi annuel des marqueurs sanguins et des niveaux de virus sera proposé à 20 personnes. Enfin, une étude du transcriptome des cellules sanguines sera réalisée pour 10 sujets infectés et 10 sujets non infectés.
Tâche 3 : Nous isolerons les souches VFS zoonotiques infectant 20 personnes de notre étude et établirons leur séquence génétique.
Tâche 4 : Nous caractériserons la réplication et l’infectivité des VFS zoonotiques primaires et réaliserons des tests fonctionnels de la région LTR du génome et des protéines Tas et Gag. 
Tâche 5 : Nous étudierons la réponse immune innée aux VFS, et en particulier la reconnaissance des souches virales primaires par les senseurs de l’immunité innée. 
Tâche 6 : Nous étudierons les réponses immunes adaptative humorale et cellulaire (neutralisation, lyse cellulaire dépendante des anticorps, lymphocytes T CD4 et CD8 spécifiques des VFS). Nous travaillerons avec les souches virales de notre population d’étude.
Notre projet multidisciplinaire constituera la première étude d’une large série de personnes infectées par des VFS zoonotiques et devrait apporter des informations nouvelles cette infection rétrovirale et plus largement sur l’émergence des rétrovirus.