Projet ANR-12-ISV7-0003 – CALILAGO : Evaluation de la virulence du RHDV et mécanismes de résistance de l'hôte
Programme : Blanc International II - SVSE 7 - Biodiversité, évolution, écologie et agronomie (Blanc Inter II - SVSE 7) 2012
Année de financement : 2012
Coordinateur du projet : Monsieur Jacques LE PENDU (INSERM, UMR892, CRCNA)
Partenaires : Centre de Recherche en Cancérologie Nantes - Angers; U.Porto
Montant : 145440.0 euros
Date de début : 2013
Durée : 36 mois
Résumé : Le virus de la maladie hémorragique du lapin (RHDV) est un pathogène exceptionnellement virulent de la famille des calicivirus qui a émergé dans les années 80 entrainant des mortalité considérables chez le lapin (Oryctolagus cuniculus) et menaçant localement la survie d’espèces dépendantes du lapin pour leur survie. Toutefois l’origine et l’évolution du RHDV restent encore mal comprises. Des analyses phylogénétiques ont montré que les souches de RHDV se regroupent chronologiquement, ce qui est commun pour un virus à ARN et résulte vraisemblablement de la forte pression de sélection exercée par le système immunitaire de l’hôte. La détection d’une sélection positive dans la capside autour des principaux épitopes antigéniques est en accord avec cette hypothèse. Il se trouve que les codons en cause correspondent à des sites potentiels de glycosylation, suggérant que la glycosylation pourrait jouer un rôle dans l’infection et la virulence du RHDV. Les recombinaisons dans le génome du RHDV son fréquentes, mais la plupart des études de phylogénie ont utilisé des séquences partielles de la capside ce qui ne permet pas d’avoir une vue complète de l’évolution du virus. Par ailleurs les ligands du RHDV ont été caractérisés. Les souches pathogènes se fixent sur les antigènes tissulaires de groupe sanguin (HBGA) H/A/B type 2/Ley présents à la surface des cellules épithéliales digestives et respiratoires. Leur synthèse nécessite plusieurs glycosyltransférases ; une a1,2-fucosyltransférase qui chez le lapin est codée par 3 gènes, Fut1, Fut2 et Sec1 qui ont subi de nombreux évènements de conversion génique, une a1,3-fucosyltransferase et une enzyme A ou B codée par le gène Abo. Des données préliminaires suggèrent qu’il existe 6 gènes Abo rangés en tandem dans le génome du lapin. Un lien entre un allèle Sec1 et la résistance au RHDV a été décrit. De plus l’expression des antigènes H/A/B type 2/Ley est très variable chez le lapin de garenne et une évolution du virus dans sa spécificité pour ces antigènes conduisant à une évolution vers la reconnaissance d’individus distincts a été montrée. Ceci suggère une adaptation progressive du virus au polymorphisme des HBGAs de l’hôte. Les calicivirus montrent un haut degré de passage inter-espèce, mais cela n’a pas encore été observé pour le RHDV. Toutefois, de l’ARN du RHDV a été isolé de micromammifères vivant en sympatrie avec des lapins infectés, suggérant un spectre d’hôte plus large qu’attendu. 
Au cours de ce projet nous proposons de séquencer  le génome complet de souches isolées en Péninsule Ibérique et en France depuis les premières épidémies. Ceci permettra de déterminer si les fonds génétiques différents de l’hôte ont influencé les taux d’évolutions du virus et si ceux ci sont constants tout au long du génome. Cela permettra également d’obtenir une vue complète du rôle des recombinaisons dans l’évolution du virus et la relation avec des souches non pathogènes récemment décrites. Au vu des observations antérieures le rôle de la glycosylation dans la virulence sera également examiné.
Les déterminismes génétiques responsables de la diversité des HBGAs seront définis par l’étude des polymorphismes des gènes de glycosyltransférases. Des études fonctionnelles indiqueront si ces polymorphismes affectent l’expression ou l’activité des glycosyltransférases et leur rôle potentiel dans la résistance au RHDV. La disponibilité d’échantillons historiques permettra d’étudier l’évolution de leurs fréquences parallèlement à l’évolution du virus dans sa capacité de reconnaissance des HBGAs de façon à documenter l’existence d’une co-évolution lapin/RHDV. 
La transmission inter-espèces du RHDV sera recherchée en screenant d’autres espèces qui pourraient être en contact avec des lapins infectés : rongeurs, lièvres, carnivores, artiodactyles, et humains. Nous espérons que ceci nous permettra de déterminer le rôle d’autres espèces dans l’épidémiologie du RHDV ainsi que son caractère zoonotique.