Jeu de données : Indicateurs de suivi de l’épidémie de COVID-19
Titre : Biais important sur le calcul du taux de positivité
Date : 2020-09-02 12:40

Le taux de positivité indique le nombre de tests positifs sur le total des tests effectués. Il induit en erreur de façon importante. En effet, le nombre de tests positifs n'est pas équivalent au nombre de nouvelles personnes diagnostiquées positives puisqu'une personne testée covid + en semaine A ira se faire retester en semaine B et son test aura des chances d'être encore positif. Certaines personnes peuvent rester positives des semaines. Il ne s'agirait pas en semaine B d'un nouveau cas mais d'un cas ancien. Il faut bien comprender que le % de personnes positives se faisant retester influe fortement sur le ratio obtenu. Et que par conséquent mécaniquement, ces retests augmentent artificiellement le taux de positivité du test. Il faut exiger d'avoir un indicateur qui donne le nombre de nouveaux cas réels sur le nombre de tests total. On aurait alors un taux de positivité inférieur à ce qu'on nous présente. Tant que les chiffres ne concernent que les tests et pas les individus, il ne faut pas en tenir compte de façon aussi forte que ce qui est fait.
Bonjour,

Désolé, je n'avais pas vu votre commentaire ...
Ce que vous dites a été pris en compte depuis le début :

Commentaire sur la méthodologie :

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-	Sélection de la première date avec pcr positive si plusieurs prélèvements positifs pour un même patient
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Puis :

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-	Si plusieurs prélèvements sont rapportés pour un même patient:
-	Sélection de la première date pour les pcr ayant le même résultat (par exemple première date si plusieurs pcr négatives)
-	Si pcr discordantes chez un même patient (N et P), la première pcr positive est conservée.
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La première remarque est pour la pression épidémique, la seconde pour le taux de positivité
Merci pour vos précisions. Cependant, je voudrais bien comprendre ce que vous faites si un même patient fait une PCR N puis qq temps plus tard une PCR P. Vous ne conservez que la PCR P et vous supprimez la PCR N?
Bonjour,

Alors en ce qui me concerne, je suis comme vous. Comme dit un nombre incalculable de fois sur les 9 jeux de données mis à disposition par ETALAB, vous devez poser ce genre de questions à SPF (Santé Publique France https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde) ou les ARS concernées ou même les hôpitaux et/ou les labo. Mais ETALAB, et moi encore moins, ne peut répondre à ces questions ici. ETALAB peut à la rigueur remonter l'info à SPF/ARS mais cela redescend très peu jusqu'ici.
Donc en résumé : si vous voulez une réponse à votre question, posez-la à SPF, vous aurez plus de chances d'avoir une réponse qu'ici.
Re bonjour,

Lisez la note méthodologique dans sa totalité, je ne vous ai envoyé qu'une partie, tout y est clairement expliqué.
Inutile de contacter SPF ou ARS etc. tout est déjà expliqué.

Annotation : Incertitude des données  (Fiabilité )