Jeu de données : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Titre : ça repart déjà à la hausse?
Date : 2020-12-15 08:43

Bonjour,

Depuis 3 jours les hospitalisations (hosp) remontent :
12/12 : +5
13/12 : +259
14/12 : +242

Plus inquiétant encore le nombre de réa augmente déjà à nouveau lui aussi :
13/12 : +10
14/12 : +35

Chiffres tirés de https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees (même si je fais les miens; les officiels ne sont pas discutables)

Alors que le confinement est encore en cours (plus au moment où je fais ce post)
Bonjour,
Oui dans certaines régions le plateau se transforme en faux plat montant : Grand Est - BFC  par exemple
Ce qui me gêne c'est qu'on dit (moi y compris) que si ça baisse c'est parce que le confinement fait effet (au moins en partie) alors pourquoi, alors que le confinement est encore actif -était- , repart-on à la hausse ? 
Et on remonte alors que nous sommes encore à 2900 rea. Après Noël ça va donner quoi?
Rencontre de 2 phénomènes inverses pendant les vacances , moins de transport en commun et d ecoles et plus de brassages entre régions  et plus d autocontamination familiale forcée par la cohabitation par temps froid : qui va gagner ?

Sur le confinement , regardez les dates du pic de la 2eme vague, et les dates de début des vacances : est ce que le pic est atteint parce que le couvre feu avait fait son effet ou est ce parce qu on confine et que les vacances commencent ??

Tant qu on n'aura pas d etude sérieuse sur les lieux de contamination , on reste dans l avis personnel et donc biaisé.
Je ne dis pas que l etude est facile, mais si on ne reconstitue pas l emploi du temps et les contacts des malades au moins les plus sérieux,  on n'avance pas.
Bonjour
 le faux-plat montant dans l'Est, tout à fait, et l'expression est bien trouvée
, vous qui semblez bien connaître les problématiques de saisonalité, est-ce qu'elle ne joue pas (non seulement plus de grippes et de pneumonies, mais un plus fort ratio pneumonies/grippes en hiver, donc des hospitalisations/réas qui pourraient remonter un peu à taux de positivité constant... ou remonter à la marge ensemble plutît que décalé) ?
qu'en pensez-vous ?
ps: je ne suis pas venu sur ce forum depuis longtemps, mais il devient complètement impossible d'accéder à quoi que ce soit, à commencer par le forum

je vais faire le post dont on avait parlé il y a quelque temps, demandant des possibilités de nettoyage...
j'ose espérer que non : les chiffres ne devraient inclure que les données covid-19. Pas les autres pathologies.
Il peut y avoir des erreurs, ce qui peut se comprendre, avec rattrapage un peu plus tard mais là ça voudrait dire que le données sont erronées avec un fort taux. Mais p
ps: peut-être aussi des possibilités d'organisation des contributions qui sont trop nombreuses...
je ne sais d'ailleurs pas quelles sont les vôtres, mais ça m'intéresserait... si vous pouviez partager vos liens

pour info, en voilà quelques uns de mon côté:

https://bit.ly/samjs_CovAge
https://bit.ly/samjs_comorbidite
http://variances.eu/?p=5467

et deux apps liées :
https://samjs.shinyapps.io/CoViT
https://samjs.shinyapps.io/CoViD


Re: "j’ose espérer que non : les chiffres ne devraient inclure que les données covid-19".

bien sûr ! j'ai écris un peu vite... ma question serait :
- ce phénomène existe-t-il bien sur les grippes plus classiques (sévérité saisonnière / liée aux températures,... ?)
- même si l'on a pas une année entière d'observation, ce phénomène est-il déjà connu sur le CoViD en France ?
merci
(j'ai écri"t" désolé ... bon appétit !)

argh l'interface encore ...
Je reprends : mais pas impossible. à mettre de côté
Pour autant : il n'y a jamais eu aussi peu de grippe que cette année
pour les infos elles sont ici https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/grippe/documents/bulletin-national/bulletin-epidemiologique-grippe-semaine-49.-saison-2020-2021
Oui ca remonte un peu depuis une semaine, peut être l'influence de causes externes est elle plus importante que les gesticulations humaines. 
Il en est de meme pour la baisse spectaculaire lors du second confinement partiel.
Baisse bien trop rapide au gout de mon ordinateur mais de courte duree.
Il faut etre attentif a une chose , ne pas donner l'explication qui arrange chacun. 
Nous sommes sur une chose multivariable. Il y a le virus , chaque humain peut etre plus sensible à certaines periodes, la saison et les interractions humaine. Le virus arrive sur une muqueuse, evidement qu'il ne traverse pas à coup  sur et evidement que la quantité statistique recue depend de certains facteurs qui evoluent au cours du temps.
 



Bonjour,

Je souhaiterai recadrer quelque peu la discussion sur ce vers quoi je voulais l'orienter au départ : alerter sur la remontée déjà observée.
Au printemps nous étions parti de 0 patient en réa pour cause de covid-19 (à cette date personne n'en avait jamais entendu parler de cette covid-19 sauf peut-être quelques chinois bien informés) pour arriver à 7019 le 8 avril
Puis on est redescendu 344 les 1e et 14 Août.
Puis on est remonté jusqu'à 4903 le 16 novembre. Vous remarquerez en passant que cela fait plus de 2000 lits de réa occupés en moins par rapport au printemps.
Puis on est redescendu à 2851 pour remonter. On est loin des 344 du printemps. Et déjà remonter n'augure rien de bon avec les fêtes. On ne part pas d'aussi bas que ce qui est arrivé à l'automne. La baisse est bien trop faible.

En passant, puisque je suis dans ce genre de calculs, on n'arrête pas de nous dire qu'il y a eu plus d'hospitalisés à l'automne qu'au printemps. Courbe affiché par Monsieur le Premier Ministre, Monsieur le Ministre de la Santé etc.
Ah bon? Au printemps on est parti de 0 pour atteindre 32131 lits d'hospitalisations (réa compris) occupés le 14 Avril.
On est redescendu à 4512 lits occupés le 29 Août. Puis remontée jusqu'à 33466 le 16 novembre (en passant : les épidémiologistes "sérieux" avaient annoncé la reprise de la 2e vague au mois d'avril pour fin Août ...)
Différence : 33466-4512=28954.
En ce qui me concerne 28954 est inférieur à 32131.
Il y a plusieurs façons de lire des chiffres ... Le nombre de  lits occupés est plus important mais le nombre d'hospitalisations lui ne l'est pas (encore que, il faudrait regarder dans les détails car les 4512 lits sont peut-être sortis entre temps, on l'espère pour eux d'ailleurs)

Pour revenir à mon inquiétude : on ne sait pas combien de lits sont occupés aujourd'hui en réa pour autre pathologies que la covid-19. Par contre ce que l'on sait depuis des années, c'est que les réa sont traditionnellement saturées en problèmes pulmonaires entre novembre et mars. La 1e vague est arrivée après l'afflux de l'hiver. Là on va être en plein dedans. En ne partant pas de 0, loin de là.
Bonjour.
A mon avis, on ne peut plus rien comparer d une année sur l'autre,  car tout fout le camp, ma bonne dame.
Les maladies habituelles de l'hiver , grippes, gastros, bronchio sont en forte régression,  moi-même, je n ai pas encore eu ma rhinite automnale,   les données habituelles ne sont plus  fiables avec les nouvelles pratiques sanitaires.

Je viens d entendre Martin Blachier dire que pour lui les infections au travail sont majeures dans l etude Fontanet et que les simulations sur l'effet des  repas de famille est mineure et que Thanksgiving avait eu peu d effet (pas si surtout moi  avec les nbrx voyages qui l ont encadré  ) pendant que d autres ont peur du Jour de l An.
Hier j ai entendu un épidémiologiste qui revenait de Londres et  avait constaté que tous les gens dans l Eurostar, mangeaient leur sandwich et donc avec ce grand restaurant sur rail, que le virus mutant anglais était en route pour venir chez nous depuis longtemps.

J ai aussi entendu hier qu une étude faite à Toulouse ce me semble, corréle la remontée de l epidemie avec une météo froide et humide. Donc en gros il était dit qu il faut surveiller la météo comme on surveille la pollution, mais au lieu de la vignette critair, on aurait la vignette  jeune et sans comorbidite pour avoir le droit de sortir. 
Bienvenue en 2021, le pire reste à  venir.
Correctif :
(pas si sûr pour moi avec les nbrx voyages qui l ont encadré )
Bonjour
J'ai regardé très vite il y a quelques jours et en images cela donnait ceci:
https://www.linkedin.com/posts/samuel-sender-phd_covid19-covid-datascience-activity-6745725478050516992-pxQW
(et par rapport aux dynamiques régionales et saisonnières, on dira ce soir qu'une image vaut 900 mots, je vous laisse le soin de rajouter les 100 qui manquent)

la vignette, ça n'est pas pour sortir et avoir le droit de porter un masque dans les grands espaces vides, mais pour faire des bisous aux petits enfants à l'intérieur
 oui je vais essayer de faire un post


Je vais vous donner les chiffres d'arrivées à l'hopital de ces 3 dernieres semaine (calculés avec le fichier standard ), incluant les dom qui sont quasi stables
Au dimanche 20/12 voici les entrées hospitalieres
S-2 = 8209
S-1 = 8333 
S0  = 8365 
Donc , c'est plutot stable , y'a des regions a la hausse , d'autres a la baisse. 
Bref les arrivées sont élevées mais on est à la moitié de S-7 avec 19158 hospitalisations.
Ce qui va se passer dans les semaines qui suivent , personne ne le sait car il n'y a pas de réelle tendance.
Si ca monte , on dira irresponsabilité des francais , si ca baisse on dira .. ce qui arrangera celui qui dit.


Sur vos graphes :
Pour la dépression, 2 remarques:
- la mesure du Covid n est pas simple, d autant plus qu on ne sait pas vraiment ce qu on mesure , une présence de virus ou un virus contaminant,  mais pour la dépression,  cela me paraît encore plus difficile, quel est l outil ?
- comme pour le virus , il serait intéressant de comparer les mêmes courbes sur des années précédentes.

Pour les courbes d age par region, il est difficile de les comparer entre elles à mon avis si on ne les ramène pas à  la proportion de ces tranches d age de la population des régions, je crois que cela s appelle la normalisation pour permettre des comparaisons un peu plus élaborées.

Pour la vignette, le masque dans les espaces vides me paraît aussi aberrant qu a vous, mais je parlais bien de confinement en fonction de la météo, pendant lequel le confinement strict  ne s appliquerait qu aux personnes fragiles ( par exemple vos plus de 60 ans ainsi qu aux autres personnes plus jeunes mais citées dans l etude Fontanet).
On se plaint de notre confinement, mais en Italie c est une personne par foyer et par jour.
 Après il faut être capable de mesurer, faut il arriver à un bon de sortie infalsifiable par foyer, le concours Lepine des  idees est lancé, mais dans le pays qui invente sans arrêt de nouvelles taxes, je ne me fais pas de soucis...)


Enfin une dernière remarque,  il faut mieux crier au pire , comme cela vous aurez toujours raison:
- si cela arrive, on dira je vous l avais bien dit
- si cela n arrive pas,  c est grace à  l alerte.
C est le principe Bison Futé.

- oui les données que je présente sont bien en proportion du nombre d'habitants par âge et par région (par exemple les hospitalisations des plus de 60 ans dans toutes les régions de Ouest, rapportées à la population de plus de 60 ans de toutes les régions de l'Ouest)
- la dépression il s'agit de l'enquête CoViPreV
- je ne suis pas rémunéré pour protégér tel ou tel intérêt ou corporation, je ne cherche donc ni à crier au pire ni à regarder ailleurs, je trouve intéressant de contribuer à faire prendre conscience que nous sommes tous différents devant l'économie comme la maladie, que l'état ne peut pas non plus contrôler ce qui se passe dans la sphère privée... en espérant que cela contribue à la marge à faire avancer la réflexion

https://bit.ly/samjs_CovAge
https://bit.ly/samjs_comorbidite
http://variances.eu/?p=5467

très bonne journée !
PS: la mesure... sujet important... je vous réponds ou fais un post dessus demain!
 , le **vous** que j'utilisais dans ma phrase **vous aurez toujours raison** , etait un **vous** general , il n'était pas adressé à Samuel Sender  , c'était une reflexion que j'ai entendue ce matin et que je partage. 
Je ne me serais pas permis d'émettre un jugement de valeur sur les intentions  de X
(pas facile de ne pas utiliser le vous :-)
je suis allé sur votre premier lien , je n'ai rien lu qui me surprenne dans les arguments que je partage et qui me paraissent frappés au coin du bon sens , qui n'est pas toujours le mieux partagé comme disent ceux qui pensent en avoir ( du bon sens)
J'ai aussi vu que l'étude CoViPrev , met ses données à dispositions dans data.gouv .
https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-denquete-relatives-a-levolution-des-comportements-et-de-la-sante-mentale-pendant-lepidemie-de-covid-19-coviprev/
Je ne vous apprends rien à vous,  car je vois que vous êtes utilisateur du forum , je ne sais pas si vous êtes le seul à utiliser ces données , mais je vois en tous cas que vous avez autant de réponses officielles à vos questions que nous en avons sur ce forum 

On demande aux gens si j'ai bien compris de s'exprimer sur une echelle donnée ,mais je n'ai pas compris dans l'exposé de la méthodologie si on mesurait  les variations dans la durée pour des cohotes identiques d' individus ou  des moyennes de valeur brutes sur des echantillons independants, ce qui semble etre cependant indiqué . 
On pourrait aussi discuter pour savoir si une prise de poids ou une perte de poids correspond à de la déprime, et si le surpoids n'est pas associé plus à la sedentarité , auquel cas il faut plus autoriser les sorties que les freiner .
Par contre pour la prise d'alcool, choisir entre le verre solitaire ( sic) associé au confinement  et l'alcolisation de groupe associé au deconfinement , c'est un peu comme choisir entre la peste et le cholera. Je ne suis pas persuadé que les comportements changent drastiquement pour une personne donnée. Mais les supermarchés doivent forcement profiter de la fermeture des bars.


Bonjour

- merci pour la clarification... (j'ai une bonne idée de à qui le vous pourrait s'appliquer ;-) )

- données CoViPreV -- pas grand monde n'a du montrer ces graphes.. les données sur data.gouv ne sont pas mises à jour (il manque deux enquêtes sur le lien), il faut faire un petit effort. En revanche il y a d'autres études plus fouillées sur les impacts psychologiques (et sans doute des tas d'interview de spécialistes)

- Sur mes questions -- en particulier sur la notion de sévérité saisonnière -- j'espérais un regard d'un épidémiologiste assez pointu sur le sujet. Comme il n'existe aucune mesure indiscutable de la prévalence (I), je ne peux pas calculer la sévérité de manière impartiale (ratio Hosp/I, ou un gamma_H). Le retour de quelqu'un qui serait de terrain et qui comprendrait à la fois les modèles épidémiologiques et la statistique serait bienvenu

(sinon si jamais je regarde ça j'aurai une vision un plus plus abstraite avec l'utilisation de variables instrumentales)

bonne journée

ps: - pour l'obésité sans répondre directement
https://bit.ly/samjs_comorbidite
et
https://samjs.shinyapps.io/CoViT/

Bonjour, 

"Ce qui va se passer dans les semaines qui suivent , personne ne le sait car il n’y a pas de réelle tendance."
On en a quand même une bonne idée (tout dépend ensuite de ce que l'on appelle "bonne") à observer ce qu'il se passe autour de nous : Italie, Grande Bretagne ...
Quand une courbe cesse de descendre comme elle l'avait fait fin de printemps, c'est qu'elle va remonter.
Au delà de "je regarde d'où vient le vent" il y a d'autres données que les données hospitalières. Sur ETALAB il y a aussi les données du taux de reproduction du virus, de positivité, d'incidence. 
Ce qu'il se passe aujourd'hui sur ces 3 ou 4 valeurs (les fameux 5000 cas par jour qui n'ont pour moi aucune signification sauf à regarder la tendance car ce chiffre a été 'pondu' durant l'été alors que les tests AG n'existaient pas encore, au niveau statistiques j'entends, et sans compter le changement de calcul de SPF ces 10 à 15 derniers jours. Pour la faire courte : une personne qui passait 3 fois un test PCR n'était comptée qu'une fois, soit négative soit positive. Sauf que les écouvillons, réactifs etc. étaient bien consommés eux, donc révision de la méthode de comptage début décembre mais en gardant 5000) donne la valeur pour demain.
Incidence aujourd'hui = hospitalisation de demain
Hospitalisation de demain = réa d'après demain (en fait c'est entre 3 et 7 jours plus tard)
Réa d'après demain = décès des jours à suivre (entre 10 et 15)
Quand on regarde tous ces chiffres, cela ne peut que remonter à très court terme.
Il n'y a qu'à voir hier : remontée des réa. Un dimanche.
Bien sur il ne s'agit que d'1 journée et il va falloir attendre un peu avant de voir. Mais tous les chiffres présentés n'indiquent rien de bon pour le réveillon de Noël. Ne parlons même pas du jour de l'an
Au sujet de l'étude disant que thanksgiving n'a pas été si impactant que cela : le Canada qui fête thanksgiving en octobre, avait eu un rebond en novembre.
Idem pour les USAs, que j'analyse quotidiennement, contrairement au Canada, pour lequel je fais confiance aux analystes, qui sont passés peu après thanksgiving de 1000 décès jour en moyenne sur 1 semaine à 3500 ces derniers jours. Cela semble se calmer un peu depuis 2 ou 3 jours. À confirmer ...
Thanksgiving j ai dit ce que j en pensais, mais il y a eu aussi les rassemblements autour des élections, avez vous analysé ?

Par contre votre affirmation m a fait sourire par rapport à mes impressions de debut octobre où je ne voyais, comme Anne, rien venir :
**Quand une courbe cesse de descendre comme elle l’avait fait fin de printemps, c’est qu’elle va remonter.**
Le Corona nous apprend la modestie, mais ce n est pas non plus parce que la courbe arrête de monter qu elle va redescendre...
Donc en fait le Covid est une valeur qu il faut  jouer surtout à la hausse.
Je me demande si les bookmakers anglais parient sur son évolution ?
Mais on a autant de chances de gagner qu'au loto.
Vous avez raison : pour cela il faut analyser la dérivée première puis seconde. Et quand la dérivée seconde s'annule et change de signe, on a un point d'inflexion.

Je n'ai pas analysé non plus 'post vote USA'. D'après ce que j'avais (cru) compris (comprendre) pour avoir cluster il faut rester longuement dans une pice close etc. Mais je vais quand même jeter un œil. Mais pas tout de suite.
Je regarde aussi les derivées secondes mais le virus ne semble pas avoir suivi les memes cours de maths que moi .
Si dans votre region , on a des belles courbes en cloche dans d'autres (GE BFC ) c'est plus complexe 

Pour les US , on a vu des rassemblements sans masque dans les rues et collé/serré , donc autant je suis contre le masque dans la foret autant une foule compacte et enervée (cris, chansons, boissons) et sans masque me parait plus problematique.
Deja , on ne travaille pas au jour , les incidences hebdomadaires sont fortes (samedi dimanche) et le hasard veut que la periode de contagion soit a peu pres la semaine, alors on est prudent.
Calculer une derivée seconde , sur un phenomene discontinu , c'est un truc d'ecolier.
Pourquoi une stabilité depuis 3 semaines ?  Je ne sais pas.  
Ce phenomene est deja arrivé en juin-juillet ou le niveau bas pouvait etre noyé par les "imports" .
Je repete , ne faites pas d'extrapolations sans contraintes  , ca n'existe pas.
Un phenomene quelconque (meme explosif) tend vers zero (une bombe explose et c'est fini), la stabilité cache autre chose.
Au risque de deplaire , l'immunité collective existe au moins sur une durée de quelques mois.
Je ne sais pas pourquoi une epidemie a des pics de quelques semaines et des redscentes brutales qui semblent independantes des mesures contaignantes données aux gens.
J"ai cru a une remontée brutale , une semaine apres , aucune explosion. Pourquoi ? Personne ne sait, on la constate et y met des mots.
Par contre , j'ai une certitude , plus la maladie contraint , plus elle a du mal.
Evidement , je calcule vis a vis de l'immunité collective , je neglige des parametre locaux et pose des axiomes semi faux 
J'ose pretendre qu'on en est au 2 tiers. Les notions locales en temporalité ne m'interessent pas car personne ne les comprend (ou bien faut m'explquer) et nous avons des chiffres qui sont ce qu'ils sont.
Je m'exptrime car je ne veux pas que le vaccin passe pour le sauveur d'un phenomene qui commence a tirer ses dernieres cartouches (mes calculs le disent). Le vaccin va aider mais tout comme les diverses mesures il n'est qu'un facteur d'un phenomene sous contraintes. Ne regardez pas les courbes au dela de quelques semaines la maladie elle meme a son mot a dire mais elle a des contraintes que nous ignorons. Elle a aussi des contraintes a moyen, voir long terme qui la punissent.
L'interpolation est valide si les phenomes ne sont pas tres cahotiques (on y arrive ici) , l'extrapolation ne peut se faire que sous des contraintes liees au phenomene. Vous ne fixez pas de contraintes , vous avez zero, soyez prudents.
Certains (suivez mon regard vers le 13)  attribuent les crises et évolutions successives à des variantes du virus qui ont leur cycle de vie et se succèdent , indépendamment des mesures de restriction à la circulation des gens qui sont prises.
Ce qui ne veut pas dire qu'on ne peut rien faire , le souci permanent de l'hygiène reste le mot d'ordre.

La fin de la crise grâce au vaccin demandera sans doute du temps pour être confirmée, le calendrier de vaccination nous emmène jusqu'à l'été, surtout si l'efficacité des vaccins d'une part sur la contagiosité des  vaccinés et d'autre part sur les variantes du virus n'est pas au rendez vous. (pourquoi a t on entendu Pfizer dire qu'il ne lui faudrait que 6 semaines pour prendre en compte le nouveau variant qui a accéléré le Brexit , est ce  pour dire que le vaccin actuel ne le prend pas en compte ou est ce pour rassurer sur leur réactivité si le besoin se faisait sentir ? )
Si ces variantes de virus retardaient en outre la mise en place de la fameuse immunité collective ( on a semble t il eu des personnes contaminées 2 fois à plusieurs mois d'intervalles), cette nouvelle maladie continuerait à faire parler d'elle encore un certain temps.

A plus court terme, indépendamment de ce qui va se passer dans les prochains 10jours avec les rassemblements familiaux et autres, le maintien ces derniers jours à un haut niveau des nouvelles entrées à l'hôpital ne me parait pas compatible avec l'espoir d'une sortie rapide de crise. 
Et sinon comme on en apprend tous les jours , du moins en ce qui me concerne, j'ai appris aujourdhui que les symptomes temperature et essouflement n'étaient pas adaptés à la detection de ce virus.
Qd l'essouflement est perceptible , la maladie est deja bien installée et l'étape suivante est la respiration assistée 
La perte du gout, de l'odorat, (60% des cas?)  la saturation en oxygene en dessous de 95% et l'évolution à la hausse de la coagulation dans les prises de sang seraient des indices avancés plus pertinents. 
Bonjour,
2 questions :
- quelqu'un saurait il comprendre pourquoi la courbe du 06 du nombre d'hospitalisés au fil des jours est si atypique par rapport à celles des autres départements de PACA ? Dans le 06, il n'y a pas encore eu de pic et de baisse brutale, ça continue à monter. Je me suis demandé s'il pouvait y avoir un lien avec l'âge des patients mais je n'ai trouvé que le fichier des classes d'âge par région et non par département. 
- comment explique t on la 2e vague en Afrique du Sud alors que c'est le plein été ?
Bien cordialement.

PS : la situation dans le grand-est est très hétérogène :  
- certains départements voient leur nombre d'hospitalisés monter, d'autres restent stables
- certains départements sont moins impactés que lors de la 1ère vague, d'autres plus
- ramené au nombre d'habitants, le nombre actuel d'hospitalisés est élevé dans certains départements (08, 52, 55, 88) et pas dans d'autres 
Sylvain , pour ce qui concerne le 06.
Je pense qu'ils degustent la poussée est constante mais pas hyper violente depuis un certain temps.
Le pourquoi ? Je souhaite bonne chance au mec qui te le dira.
Par contre , pourquoi voudrais tu un pic? Il est peut etre noyé a travers autre chose.
Cela dit , la population y est assez agée (de reputation) et peut etre assez prudente.
Pour l'afrique du sud , on est pas du tout dans le meme ecosysteme, on ne connait pas les mesure ni leur impact , une explication unique vue de la france serait pretentieuse.
Pour les dep de l'est que tu cites , pourquoi c'est dur 2 fois ?  Je reconnais que c'est surpenant. Peut etre une certaine resignation , le climat ? Je te rappelle que ce sont des zone assez denses , que le chauffage y est fort , ca peut jouer.
Disons , 3% pendant 6 semaines sur ce genre de calculs , ca chiffre.
Il n'y a pas d'explication monoaxiale sur un phenomene multiaxiale. Si la communication tente de rédure un phenomene a un chiffre ca la regarde, mais sur des systemes compliqués ca ne marche pas.
Prends une montagne (2D) , jamais tu n'y trouveras le sommet si tu parts dans une seule direction.
Si tu tournes autour de toi sur une certaine distance , tu ne verras qu'un sommet local.
En math , il existe un theoreme appelé theoreme du point fixe , il te permet de trouver le sommet a condition que tu sois sur une forme convexe. Bref , si tu n'as pas , des contraintes sur ton environnement , il peut avoir n'importe quelle forme et ce que tu vois a un point ne represente rien sur la globalité.
Par contre , l'observation generalisée peut te permettre de fixer des contraintes  et dire il semble que ...
La tu peux debuter des calculs., Des donnees on en a , on peut juste faire des majorations , du style la pente n'excede jamais 30 degres. Je suis a un certain niveau  a 10 km l'altitude ne peut pas etre a plus de 5000 metres au dessus.
Le mont blanc est a 4800 m, si tu es a brest jamais tu le sauras , tu diras juste il est a moins de 300 km d'altitude (ordre d'idee).
Bref , regarder des courbes , ca vaut peau de balle , il faut trouver des regles (des fois arbitraires un moment).
Des regles , on peut en fixer , mais il faut etre tres prudent , par exemple dire les mesures ca fait tel effet , c'est sans compter avec la météo car on ne l'a pas integree dans nos tests statistiques.
Apres , a la tele , tu peux raconter ce qui t'interesse, tu as juste l'air fort car tu es un specialiste (d'un axe).
Par contre , si tu dis , j'ai trouvé une regle générale a peu pres correte, je crois pas que les media vont t'inviter. Pourtant , tu as fait avancer le truc.


 
Bonjour,

 : un début de réponse ici https://www.nicematin.com/faits-de-societe/comment-expliquer-la-hausse-des-indicateurs-de-la-covid-19-dans-les-alpes-maritimes-621632
Pour l'Afrique du Sud : il s'agi(rai)t d'une mutation du virus qui rend(rait) sa transmission plus efficace (de son point de vue à lui, le virus)
Il y a pléthore d'articles là-dessus. 1 pris au hasard : https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/covid-19-ce-que-l-on-sait-du-variant-du-coronavirus-decouvert-en-afrique-du-sud_4228635.html

a priori, données encore trop récentes pour en avoir aujourd'hui la certitude mais ça va arriver vite, la souche Sud Af n'est pas la même que celle découverte en Grande Bretagne
Bonjour et bonne année à tous

Beaucoup de discussions depuis mon dernier passage

Pour répondre sur les thèmes, pour ce qui me concerne :
1) en terme de prévisions court terme, on a(vait) des indicateurs assez bon !
j'ai fait un petit post sur l'utilisation d'un indicateur (tx positivité vs incidence) et montre comment il peut servir
https://www.linkedin.com/posts/samuel-sender-phd_taux-de-positivit%C3%A9-ou-taux-dincidence-activity-6750387845493473280-EWnI
https://lnkd.in/dN6Kueh

2) sur la discussion sur la continuité: Les trends/tendances sont par définition continus, on peut les identifiés sur des données brutes, non corrigées de variations saisonnières (je ferai un petit post sur ce point pour vous rappeler la décomposition tendance-cycle / saison / erreur pour ceux qui ont oublié ça ou n'ont pas fait d'économétrie des séries temporelles)

- on a beaucoup de données mais (faute de méthode et reflexion sur leur collecte) il en manque certaines cruciales pour bien comprendre très vite certains phénomènes, par exemple le type de saisonnalité hivernale que l'on peut avoir: plus forte propagation du virus vs plus forte sévérité (même si je pense qu'on en sait un peu plus que quand j'ai posé la question le mois dernier, je suis toujours preneur d'avis éclairés).

Bonne journée



Bonjour et bonne année à tous,

pouvez-vous nous dire où vous avez trouvé les données que vous utiliser pour calculer les occurrence d'hospitalisations et d'entrées en réa par tranche d'âge et par présence ou non de comorbidités ? (https://samjs.shinyapps.io/CoViT/#section-statistiques-2020)

Cordialement,

Bonjour


Pour la réa, ce ne sont malheureusement pas les entrées, uniquement le nombre de personnes, par âge, c.f;
metadonnees-donnees-hospitalieres-covid19-classes-age.csv  (on peut donc calculer le nombre de jour probabilite en réa compte-tenu d'une entrée en hosp, mais pas la proba d'une entrée en réa compte tenu d'une hospitalisation...)

Pour les comorbidités, selon ce que l'on veut faire, il faut aggréger diverses sources de données, on trouve les infos dans bulletins épidémio, impossible d'avoir une mise à jour des bases par SpF

Sur ces deux points comme d'autres SpF n'est pas très à l'écoute des individus, je ferai un post ou une pétition à l'occasion ;-)

bonne journée





Pour le premier point (réa), je connais le problème...

Pour le deuxième (hospitalisations / comorbidité + âge) effectivement j'avais vu les infos figurant dans les bulletins épidémiologiques hebdomadaires, mais ça ne donne pas le détail par tranche d'âge, sauf (seulement depuis octobre ?) pour les cas critiques admis en réa, pour lesquels les pourcentages de cas avec comorbidité (quelle qu'elle soit) sont indiqués d'une part pour l'ensemble des patients, d'autre part pour les <65 ans. 
Je pourrais évidemment réutiliser les données figurant dans votre tableau "occurrence 2020 par comorbidité", qui correspondent bien à ce que je recherche, mais j'aurais préféré en connaître les sources...

Bonne journée.

re-bonour 
pour la structure par âge,
j'ai croisé ces informations parcelaires (buylletin, < et > 65 ans), avec la structure par comorbidité dans la population (données plus variées),
avec forcément un peu de bricolage (il faudrait dire "hypothèses" et "extrapolation" pour noyer le poisson dans une publication ;-) )
bonne journée

la structure par comorbidité - les occurences des comorbidités par âge
ps: oui les infos (de mémoire si je n'inverse pas réa/mortalité):
- en réa c'est effectivement depuis octobre (donc je le montre dans les tableau "photo" en supposant que l'image ne soit pas trop déformée depuis - et pas sur toute la période)
- en mortalité c'est sur toute la période

Rebonjour 

Je comprends... ;-)
C'est toujours mieux que rien (le "rien" étant ce qu'on trouve dans les données SIVIC).

Pour la prévalence des pathologies chroniques en France, il y les données de l'assurance maladie sur les affections longue durée prises en charge (https://www.ameli.fr/l-assurance-maladie/statistiques-et-publications/donnees-statistiques/affection-de-longue-duree-ald/prevalence/prevalence-des-ald-en-2018.php). Ce n'est pas exhaustif : 
ça n'est basé que sur les 59 millions d'assurés au régime général (dont 11 millions de bénéficiaires du dispositif des ALD, à peu près 18%). Et il y a probablement des malades qui s'ignorent ou qui ne se traitent pas. D'autre part, comparé avec la liste des comorbidités aggravant le Covid, il manque l'obésité (mais je suppose que celle-ci est généralement cause d'autres pathologies chroniques, même si elle n'est pas prise en charge en tant que telle).

Je vais voir ce que je peux faire de ça... En fait je cherche à évaluer l'impact qu'aurait une nouvelle vague de l'épidémie après chaque étape de la campagne de vaccination (par exemple quand x% des plus de 65 ans, puis y% des plus jeunes présentant une comorbidité auront été vaccinés), histoire de voir quand on pourra envisager d'alléger les mesures sans risquer à nouveau de saturer les hôpitaux. Ceci dit, pour l'exemple ci-dessus les chiffres figurant dans le point épidémiologique doivent suffire.

Cordialement.
Bonjour 

oui il faut sans doute discuter un peu stratégie vaccination...

si ça n'est pas indiscrêt, vous faites ça dans quel cadre ?

ps à tous: puisque nous échangeons, j'ai googlé vos noms dans linkedin et ne suis pas sûr de vous avoir trouvé...
(oui, on peut googler dans linkedin, on ne peut pas encore linkediner d'après la Larousse ;-) )

Bonjour 
Je fais ça à titre personnel, même s'il m'arrive d'en discuter sur un forum - ce sont les discussions au sujet de l'épidémie depuis le printemps dernier et le besoin d'y voir clair entre les avis contradictoires des spécialistes (les vrais et les faux...) qui m'ont motivé à m'intéresser aux données et (un peu) aux modèles épidémiologiques pour faire mon propre suivi.

Si vous m'avez trouvé sur linkedin, c'est parce que je n'ai pas fait le nécessaire supprimer mon compte, inactif depuis longtemps (je suis à la retraite depuis plusieurs années). J'avais essayé, mais j'ai dû rater quelque-chose... Mais mon activité professionnelle n'avait rien à voir avec mon intérêt nouveau pour l'épidémiologie ;-)

Cordialement,

Bonjour,

Sur le Larousse le terme est googliser. J'avais appris googleliser mais c'est trop 'anglicisme'. Le terme français accepté (toléré plutôt) est googliser.
Si on recherche googliser sur le Larousse, on y dit 'on peut aussi dire googler'. Mais googler n'est pas (encore?) dans le Larousse
;-)

Pour revenir à la covid-19 elle-même : j'attends avec impatience le jeu de données concernant les vaccinations : on nous a promis les chiffres quotidiennement. ETALAB devrait pouvoir nous les communiquer. Je les ai cherché (hier et avant, pas encore aujourd'hui, 6 Janvier 2021) mais je ne les ai pas trouvé : ni sur SPF, ni sur GEODES, ni sur ETALAB, ni sur le site du gouvernement ou du ministère de la santé.
Les chiffres dans les journaux ne m'intéressent pas (enfin si, mais je préfère les données 'officielles', on doit bien pouvoir nous les fournir ... ETALAB/SPF si vous m'/nous entendez :) )

Et si votre discussion devait continuer, je vous suggère d'ouvrir un nouveau fil de discussion. Pas que cela me dérange (bien au contraire) mais si plus tard vous voulez la retrouver vous allez avoir du mal (il faudra vous souvenir que c'était dans la discussion "ça repart déjà à la hausse" ce qui ne sera pas évident)


 et vous, qui êtes-vous  ?(je ne vous ai pas trouvé du tout je crois)
Quand aux X, il y en a beaucoup...
Cordialement

: c'est bien moi. 
Enfin, mon ancien moi (j'aurais dû supprimer ce compte linkedin que je n'utilise plus depuis plusieurs années). 

Cordialement
Bon , je recois des mail pretendant qu'on s'adresse a moi.
Par contre une illusion commence a me les casser et j'aimerais dissiper des illusions.
La notion de vaccin  ressemble beaucoup a celle d'immunité collective.
Cette strategie a été niée et on y revient sans connaitre la puissance du vaccin, ni sa durée , son acceptation par les gens. 
Alors vaccinez si vous voulez mais pitié ne faites pas de strategie vaccinale car vous ne conaissez rien.
Un truc est sur , la maladie n'a pas tous les pouvoirs et on peut les mesurer , de plus la contagion ressemble a la vaccination. Ne niez pas des phenomenes liés , ne partez pas sur un dogme , le probleme est compliqué  , essayez de comprendre la contagion , l'attrition eventuelle de la protection statistique, la saisonalité , les mesures ...
Bref , il est impossible de vacciner aussi vite que vous l'imaginez et son effet (si il y en a un ) sera noyé dans des tas d'autres choses.
De toute facon , que vous le vouliez ou non, vous parlez d'immunité collective.

"Bon"... jour ??

J'ai l'impression que votre message "vaccinez qui vous voulez, vous n'y comprenez rien" s'adresse au gouvernement
(s'il s'adresse à quelques utilisateurs, faites un petit effort sur la forme ;-) )

Sur le fond, je suis d'accord, il y a eu de grandes incompréhensions, et malheureusement les épidémiologiques qui comprenaient n'ont fait aucun effort de pédagogie (courbes exponentielle irréalistes, modèle à un facteur, et maintenant j'imagine que vous voyez des discours disant que tout le monde peut être vacciné d'un coup)

Sur le reste, je ne comprends pas si vous êtes dans le flou compte tenu de la complexité ou si vous avez des élements d'analyse et de réponse - si c'est le cas, mettez des liens vers vos contributions ou posez les choses clairement, 

sinon ce forum perd sont intérêt...
Bonsoir,

La question n'est pas celle d'une éventuelle immunité collective. Le premier objectif de la campagne de vaccination est de protéger les personnes les plus vulnérables (âgées et/ou atteintes de pathologies chroniques facteurs d'aggravation du Covid), soit une quinzaine de millions de personnes en France (30% de la population adulte), qui représentent environ 90% des admissions en réanimation et une proportion encore plus grande des décès.

Mais même pour vacciner 15 millions de personnes (ou du moins celles d'entre elles qui accepteront le vaccin), il faudra du temps et ça va se faire en plusieurs étapes, en priorisant d'abord tous les 75+ puis les 65+ à risque élevé compte-tenu de leurs pathologies chroniques, etc.
Raison pour laquelle je souhaitais évaluer l'impact sur le nombre d'admissions à l'hôpital et en réa en cas de nouvelle vague, après chaque étape (et en fonction du pourcentage de personnes vaccinées dans chaque catégorie), puisque c'est essentiellement cela qui pourrait permettre un assouplissement des mesures dans un avenir pas trop lointain - ce qui en soi est un argument en faveur de la vaccination au moins des plus vulnérables, puisque c'est l'ensemble de la société qui en bénéficiera. Et cela sans faire de plans sur la comète à propos d'une éventuelle immunité collective.

Ensuite, je suis d'accord qu'on manque encore de certitudes sur la durée de l'immunité procurée par les vaccins et sur leur capacité à empêcher la transmission du virus par les personnes vaccinées puis infectées asymptomatiques (ce deuxième point étant d'ailleurs moins important si on ne se fixe pas l'immunité collective comme objectif). 
Mais même dans une hypothèse défavorable, on se trouverait dans la même situation qu'avec le vaccin contre la grippe : on ne vise pas l'immunité collective, il y a trop de souches du virus de la grippe en circulation, conduisant à trop de mutations échappant au vaccin; mais on vit avec des épidémies saisonnières d'une gravité bien moindre que les deux premières vagues du Covid, et surtout avec un impact bien moindre sur la vie économique et sociale. 
Si à ça qu'il faut s'attendre avec le Covid pour les prochaines années (voire mieux car aujourd'hui les vaccins semblent plus efficaces que celui contre la grippe), je suis prêt à signer et à me faire vacciner quand j'y aurai droit, et revacciner les années suivantes si nécessaire.

Cordialement.
Bonjour,

Moi? Je suis informaticien (DBA). Si je suis venu sur ce site c'est parce que fin Mars je cherchais le nombre de lits de réa disponibles pour savoir quand on allait exploser. Ici j'ai trouvé le nombre de lits occupés. J'ai mis 15 jours à trouver celui des places disponibles en réa : sur DREES. Et finalement en voyant les colonnes 'hosp', puis dc, puis rad, puis le fichier 'nouveaux' et 'sursaud' je me suis mis à me demander si avec ses chiffres on pouvait retrouver les chiffres annoncés aux info, aux points quotidiens du Pr Jérôme SALOMON (à l'époque) et j'en suis là.
Je n'ai aucune compétence en virologie ou épidémiologie etc et je n'essaye même pas de comprendre le 'pourquoi?', je sais que je n'ai pas les connaissances pour cela, ce que j'essaye de voir, c'est le 'comment?'. Comment ça a évolué? Comment ça peut évoluer? 

Au sujet des vaccinations : toujours pas de chiffres? (Pas ici, pas sur SPF, pas sur GEODES, pas sur le site du gouvernement ...)
Evidement que je suis sur un site gouvernemental, evidement que je suis géné pour parler.
Par contre, c'est un site de données hospitalieres , c'est le plus precis qu'on a (il contient les entrées journalieres donc les cas serieux).

Oui je calcule des choses , ces choses me disent que le vaccin va representer un tier pour tuer cette maladie qui commence a avoir du mal.
Non je ne sais pas ce qui va se passer de janvier a mars, c'est la maladie qui decide et les chiffres debut 2020 sont fantasques (la maladie etait la plusieurs mois avant mais passait pour autre chose).
En mai-juin , mon petit doigt me dit que vaccin ou pas , on pourra faire des raves parties ou autres joyeusetes (si un variant vilain se pointe pas).
Si le vaccin a un effet , on ne le verra que l'automne prochain, en gros il pourrait nous sauver d'une 3eme vague et de plus on peut esperer qu'il protege individuellement en attendant.
Par contre , d'ici au printemps , il est bien hasardeux d'y croire vu qu'on ne sait rien dessus.
Alors , vaccinons si ca protege les personnes fragiles, faisons. Legitimement, c'est ce qu'elle attendent.
Par contre s'imaginer que les gamins de 20 ans vont y aller, ca regarde celui qui y croit.
Cela dit , si on vaccine 20 % de la population , ca devrait avoir un effet global.
Cette maladie est loin d'etre aussi contagieuse qu'on se plait a le croire.
Si elle l'etait , le probleme serait deja reglé car on ne l'aurait pas arretée.
Lors du premier confinement , un malade en contaminait entre 0.85 et 0.90 (parmi une population non immunisée) ... Passé 1 tu pouvais plus rien faire car on etait au taquet a part faire joujou avec des militaires qui t'apportaient des nouilles.
Ca , ce sont les chiffres hospitaliers qui me l'ont dit. 
En ce moment hors immunité de groupe (je reprecise) , le virus est a environ 1.25 depuis 5 semaines ce qui donne 1 en net. Est ce que noel a ete une catastrophe ? Apparement non, peut etre meme le contraire mais il faut rester prudent dans l'interpretation.
En juin jusqu'a mi juillet ca tournait autour de 0.9 alors que les gens étaient plutot joyeux (commen pendant le confinement !).
C'est reparti fin juillet entre 1.30 et 1.35 ceci jusqu'a debut octobre , vacances reprise boulot , c'etait pareil (alors qu'on a sali les gens).
Seconde vague durant octobre 1.50. 

Vous n'etes pas obligés de me croire. Je calcule juste pour pas qu'on me raconte trop de salades a la télé.
- 2 axiomes : meme maladie (sa dangerosite n'evolue pas) et 90% des gens ne l'attrapent pas 2 fois la meme année (modifiable si on a le chiffre , ce qu'on devrait savoir depuis les tests).
- 1 constante un peu compliquee a comprendre fixee a 50 % que je ne detaillerai pas (50 % mis au pif mais qui m'a permi de tomber sur la meme chose que Pasteur fin novembre en terme de nombre de personnes ayant croisé le virus). Constante qu'on pourrait calculer sérieusement en croisant les entrees hospitaliere et les tests, mais ca faut y penser.
D'un coté on a une partie des positifs du moment , de l'autre tous les cas serieux,  
On peut peut etre trouver une estimation de la dangerosité de la maladie (ratio de personne entrant a l'hopital / nombre de personnes positives) et ainsi obtenir une estimation du nombre de personnes atteintes depuis les entrees hospitalieres.
A partir de la , on peut estimer une immunité collective a chaque jour (avec attrition de la protection)  , y ajouter des vaccins (quand on aura vacciné un minimum et estimé sa performance) , bref avoir une estmation pas trop bete de la situation.

 


Bonjour,
Pour ma part, je ne suis pas des métiers de la santé ni spécialiste des data, ni informaticien. Par contre, mes activités professionnelles font appel à l'attitude interrogative et ont porté sur l'analyse des accidents industriels. C'est pourquoi je me suis intéressé en mars :
- au désastre de Mulhouse ; mais pourquoi un confinement n'a t il pas été décidé alors que l'Oise l'avait fait plus tôt face à une situation pourtant moins dégradée ? Vous aurez des éléments de réponse dans l'interview de Jean Rottner sur France Info début avril, puisque cette question lui a été rapportée telle quelle (contrairement aux auditions par les commissions d'enquêtes parlementaires)
- aux effets du 1er confinement sur les données hospitalières
Je suis resté fidèle à l'indicateur des nouveaux hospitalisés, ramené ou pas au nombre d'habitants, avec l'appui de Denis. Le nombre cumulé me paraît lui aussi intéressant, notamment pour comparer les 2 vagues aux niveaux départemental et régional. Ainsi, la région Grand-Est mérite une belle analyse épidémiologique au vu de la comparaison des courbes départementales lors des 2 vagues (pourquoi une telle disparité ?)
J'ai été effaré par l'indicateur pondu lors du déconfinement et que j'ai reproduit sur Excel (% de passage aux urgences du au covid, qualifié de "robuste et fiable" lors de sa présentation en grandes pompes, et tombé dans les oubliettes depuis). Et j'ai constaté, via mes fichiers Excel, qu'il y avait des corrections manuelles sur cet indicateur dans certains départements avant sa présentation lors les points quotidiens de SPF/DGS. En particulier, il était difficile d'afficher un département en rouge d'après les valeurs brutes alors que le président de la région en question clame haut et fort que sa région est passée entièrement en vert grâce à ses efforts...
Je considère qu'il faut prendre avec de plus grandes pincettes le nombre de cas positifs, et donc aussi le taux d'incidence et le taux de positivité, vu que le nombre de tests fluctue pour différentes raisons (indépendamment de la fermeture des labos). A ce sujet, savez-vous qu'au moins dans le sud californien, les gens s'enfilent eux mêmes l'écouvillon jusqu'aux fosses nasales ? Ceux qui ont subi un test sont unanimes pour dire qu'ils ont découvert de nouvelles zones de leur corps à l'occasion du test ! Et dire qu'en France on a considéré qu'au début de l'épidémie la formation du personnel était perfectible...
Enfin, je me suis étonné sur ce forum, le 8 avril, que les nouveaux hospitalisés ne soient pas interrogés sur leur source de contamination potentielle. Puis inquiet que William Dab s'interroge le 20 avril sur France info quant à l'absence d'un tel questionnaire, et enfin rassuré de savoir que ce questionnaire a été déployé dans les hôpitaux parisiens le... 23 octobre. 

Bien cordialement.
Bonjour,

 : "A partir de la , on peut estimer une immunité collective a chaque jour (avec attrition de la protection) , y ajouter des vaccins (quand on aura vacciné un minimum et estimé sa performance), bref avoir une estmation pas trop bete de la situation."

C'est ce que j'essaie de faire. J'utilise les pourcentage hospitalisés/infectés par classe d'âge qui avaient été estimés durant la première vague par les épidémiologistes (https://science.sciencemag.org/content/369/6500/208 ) et pas trop mal confirmés par les quelques études menées à l'aide de tests sérologiques. Et bien sûr le fichier de données des hôpitaux par classe d'âge.

Fin décembre cela donnait plus de 15% d'immunisés à l'échelle nationale (en prenant les valeurs les plus probables de pourcentages ci-dessus), avec de grosses différences entre les tranches d'âge (d'environ 25% parmi les moins de 20 ans à environ 10% parmi les plus de 60 ans). Mais ces chiffres sont plus élevés dans certaines régions (surtout l'IdF) et bien plus faibles dans d'autres, surtout celles qui ont été peu touchées durant la première vague.

Ce pourcentage d'immunisés a augmenté de 1,5% (1 million de personnes) sur le dernier mois durant lequel la moyenne glissante sur 7 jours du nombre d'admissions à l'hôpital est restée stable, ainsi que celle des entrées en réa, à des niveaux à peu près gérables par le système de santé (ou qui le serait si il n'y avait pas de disparités régionales). Cela donne une idée du nombre moyen d'infections qu'on pourrait se permettre en permanence sans saturer les hôpitaux.

Même sans vaccination il est donc probable qu'il dépasse les 20% en avril et les 30% en juillet/août, car aussi bien les mesures gouvernementales que les comportements individuels évoluent en fonction des indicateurs (d'ailleurs ces 15% d'immunisés correspondent à une moyenne de 1,5% par mois depuis le début de l'épidémie, alors que sa croissance mensuelle a varié entre 0,3% et près de 4% suivant les périodes).

Et même sans supposer que les vaccins empêchent la transmission du virus, l'effet de la campagne de vaccination devrait être avant tout de réduire la surmortalité, et d'autoriser un nombre d'infections plus élevé dans la partie la moins vulnérable de la population (<60 ans sans comorbidités). 
Par exemple, si 70% des 15 millions de personnes les plus vulnérables sont vaccinées avec un taux d'efficacité de 80%, cela permettra de diviser par 2 le nombre d'entrées en réa pour un même nombre d'infections. Ou alternativement (puisque mesures + comportements individuels s'ajustent en fonction de cet indicateur), de conserver un nombre moyen d'entrées en réa proche de sa valeur actuelle (160 à 170 par jour depuis plus d'un mois), mais qui correspondra à un nombre d'infections de plus en plus élevé, et à une mortalité plus faible (car la mortalité à l'hôpital est bien plus faible parmi les patients jeunes et sans pathologie chronique).
Autrement dit, à partir du printemps l'immunité collective acquise "naturellement" (= sans compter sur celle personnes vaccinées dont on ne sait pas dans quelle mesure elle empêche la progression de l'épidémie; de plus celles qui seront vaccinées en priorité sont celles qui contribuent sans-doute le moins à cette progression) pourra augmenter de 2% puis 3% par mois sans conséquences dramatiques.

Mais une immunité de 30% permet déjà de réduire significativement le taux de reproduction par rapport à ce qu'il serait à comportement équivalent dans une population naïve. Il devrait donc être de moins en moins difficile de maintenir R(t) proche de 1 sans trop d'à-coups (du genre confinement/déconfinement/reconfinement...), à l'aide de mesures moins contraignantes. Avec en plus un effet saisonnier non négligeable, cela devrait permettre de passer un été presque normal.

Je ne pense pas que ce soit une vision trop optimiste. En tout cas cela ne fait pas appel à des hypothèses trop optimistes sur l'effet du vaccin. Et c'est assez indépendant d'une éventuelle troisième vague puisque ça ne suppose qu'un nombre mensuel moyen d'infections sur les 6 prochains mois proche de celui constaté depuis 10 mois.

Ensuite, tout dépendra de la durée moyenne de l'immunité acquise suite à une infection. Vu le très faible de nombre de cas graves de réinfection constatés dans le monde après une année de pandémie, on peut au moins espérer bénéficier d'une immunité partielle (autorisant des réinfections, mais asymptomatiques ou ne donnant que des symptômes modérés).
Cela ne mettra pas fin à la pandémie et ne fera pas disparaître le virus. Pas plus que n'ont disparu les 4 autres coronavirus humains qui provoquent des rhumes communs, alors que pratiquement tout le monde a dû les rencontrer au moins une fois dans sa vie... Et on vit avec eux (comme avec un paquet d'autres virus respiratoires) depuis des siècles sans trop de soucis. Alors qu'il est assez probable que celui d'entre eux qui a émergé le plus récemment (OC43) soit le responsable d'une pandémie proportionnellement aussi grave que l'actuelle, la "grippe russe" de 1890 (cf. https://www.vidal.fr/actualites/26269-pandemie-de-grippe-russe-une-covid-du-xixe-siecle.html).

Cordialement,

Bonjour à tous

Pour la partie de la discussion 

non je pense que le gouvernement n'a pas d'objectif (pas de programme de maximisation), et donc même s'il y a forcément des gens brillants qui travaillent sur le sujet, ils n'aboutissent à rien de bon (c.f. premier confinement qui serait tout juste sorti d'un modèle à un facteur bon pour les rats et non les humains - ou alors il fallait le faire très tôt mais pour ça il fallait un objectf clair; c.f. aussi politiques du deuxième)

Donc pour la vaccination si vous avez les outils (la malette technique de l'épidémiologiste n'est pas si compliquée, le problème est d'y incorporer une approche stat et de savoir qu'on ne peut pas tout calibrer, mais y insuffler des ordres de grandeur), il faut foncer et ne pas hésiter à comuniquer (en janvier, pas en mars)

Même avec l'objectif de prévenir les formes graves, rien ne dit qu'il faille vacciner d'abord les Ehpads (s'il l'on prend un modèle un peu complet avec plusiurs populations hétérogènes de tout point de vue)

On hésite tous, pensant que soit gvt s'entoure d'une équipe compétente, puis pensant que les épidémio seront plus à même de calibrer certains infos (attrition, contagiosité après vaccin, certaines hétérogénéités) mais il ne faut pas trop hésiter, eux aussi ont du mal à proposer des lignes d'action (peut-petre que la stratégie n'est pas leur métier ?), et même d'ailleurs des calibrations...

pourtant il suffit d'ordres de grandeurs (consensuels) sur ces données

entre maintenant et la vaccination de tous les fragiles, il y a 5 ou 6 mois dans lesquels ce qui est fait a une certaine importance !!

bonne journée
s
Bonjour 

D'accord à propos du premier confinement, il aurait fallu qu'il commence au moins deux semaines plus tôt (et il aurait certainement duré moins longtemps). Mais cela n'aurait été possible que s'il y avait eu dès fin janvier une politique de dépistage systématique (par ex. tests PCR sur des petits échantillons de population) dont je ne sais pas si on avait les moyens. Mais qui aurait permis de s'apercevoir bien plus tôt du niveau de circulation du virus alors que durant tout le mois de février on s'est voilé la face en se glorifiant de n'avoir qu'une poignée de cas importés. La découverte du cluster de Crépy / Creil (après le premier décès attribué au Covid) a été un choc, mais c'était trop tard : Crépy et Creil, ce sont des dizaines de milliers de personnes qui font la navette avec la région parisienne tous les jours.

A propos de la vaccination j'ai dit ci-dessus tout ce que j'avais à dire... Mes compétences ne me permettent pas d'aller beaucoup plus loin; et il y a encore trop d'incertitudes sur l'effet du vaccin pour lutter contre la transmission du virus. Mais les ordres dé grandeurs que j'ai indiqués me semblent crédibles (sans compter sur une réduction de la contagiosité des personnes vaccinées).

Je suis également d'accord avec votre remarque sur les EHPAD. Mais il me semble que la raison du choix de commencer la vaccination par ces établissement (plutôt par exemple que par les >80 ans dans la population générale) était avant tout le nombre de doses du vaccin Pfizer disponibles en janvier (2 millions), permettant tout juste de vacciner résidents et personnels des EHPAD alors qu'il en aurait fallu 4 fois plus pour les >80 ans en général.
Mais pour une projection à 6 mois, cela ne change pas la donne. Tout ce qui se passera entre temps ne sera que péripéties, si l'objectif de vacciner les 15 millions les plus vulnérables est atteint avant l'été. Bon, évidemment il vaudrait mieux éviter une troisième vague trop brutale, mais ce n'est pas de vacciner 1 million de personnes en plus avant février ou 2 avant mars qui va y changer grand'chose.

Bonne journée,

Mais non ce choix est dicté par (dans je ne sais quelle proportion), absence de réflexion stratégique, absence de compréhensiond es modèles de diffusion multifactoriels, ou démagogie !
Quand on a que 1000 personnes à vacciner, on vaccine 1000 parmi les plus contagieuses, à condition de miser sur une réduction de la contagiosité. ça ne change rien de cavviner 1000 seiors de plus ou de moins
Je m'arrête là pour cette discussion, j'essayerai de faire au minimum un post là-dessus



Je serais complètement d'accord si 
1) on avait des preuves solides que le vaccin réduit fortement la contagiosité (en fait il produit des asymptomatiques, et on sait que les asymptomatiques sont contagieux; moins longtemps, mais plus difficilement détectables);
2) le nombre de doses disponibles permettait de vacciner plus de quelques % de la population les deux premiers mois.
3) les vaccins avaient été testés sur les moins de 16 ou 18 ans, permettant d'envisager de vacciner collégiens et lycéens, qui font partie des catégories ayant le plus de contacts et sont aussi contagieux que les adultes (et si la grande majorité de leurs parents approuvaient la vaccination de leurs ados alors que leur risque d'être gravement malade est minime, ce qui rejoint le point suivant).
4) une grande majorité de la population était convaincue du rapport bénéfice/risque du vaccin (pas seulement pour les plus fragiles).
5) le fait de ne pas commencer par vacciner les personnes ayant le plus de risque de mourir du Covid était acceptable par l'opinion publique.

Les points 1) et le 2) ne permettent pas d'utiliser le vaccin dans une stratégie visant à atteindre l'immunité collective ou au moins à réduire fortement la circulation du virus dans les quelques prochains mois. Ce sera peut-être un objectif atteignable dans les mois suivants (disons au printemps), avec l'arrivée d'autres vaccins et l'augmentation du nombre de doses disponibles par mois, et qui deviendra plus crédible quand on aura plus de données sur l'effet des vaccins sur une réduction de la transmission du virus par les vaccinés infectés asymptomatiques.

Mais j'essayais juste de montrer ce à quoi conduit probablement la stratégie actuelle, pas d'argumenter pour ou contre...

Cordialement.

Bonjour Messieurs dames , je suis d'avis que les moderateurs ferment ce fil de discussion.
Il est intitulé , "Est ce que ca repart a la hausse." 
J'ai donné de chiffres il y a qq semaines , les entrees hospitalieres que chacun peut verifier, je vais completer.
Nous sommes le 8 janvier , avec les donnees du 7 et en m'appuyant sur les données hospitalieres (incluant outremer stable et negligeable, constante autour de 50 entree hospitalieres chaque semaine sur 2 millions de personnes, )
Nous avons les chiffres suivants en terme d'entrées hospitalieres :
- 4/12 au 10/12 = 8243
- 11 au 17/12 = 8671 
- 18 au 24/12 = 8464
- 25 au 31/12 = 7161 
- 1/01 au 7/01 = 7626 
Si vous voyez une hausse , moi pas (il n'y a pas un decallage d'1 mois entre tests et hospitalisations). 
On peut imaginer que les cas serieux de noel , sont hospitalises désormais.

Pour les cas , les tests , que les gens "adorent" exposer a la télé.
- 11 au 17 : 1.78 millions => 90 441 cas 
- 18 au 24 : 3.5 millions => 100 882 cas (Comment on a fait autant de tests cette semaine et donné une reponse rapide ? On est taillé pour 3 millions de tests hebdomadaires etonnant pour un truc qui a du mal a fournir une reponse rapide a moins de la moitié de tests ?  Mais bon , on dira que)
-  25 au 31 : 1.79 millions => 91 284 cas 
Apres données incompletes, car 3 jours de decallage sur les données...
Globalement NON , il n'y a pas de hausse des entrées hospitalieres 

Apres , est ce que des departement souffrent ? OUI, plus sur la durée ou les entrees sont superieures aux sorties (et deces)  et ou le ratio de lits semble elevé relativement a la population du departement. De plus , il peut y avoir des données cahotique sur les petits departement , voirs des correctifs. Ca veut pas dire que la Lozere s'amuse eux qui "savaient pas" que le covid existait en mars.

Le vaccin , je repete , vacciner en ephad est legitime car ce sont les plus vulnerables et confinés (sous reserve que pepere de 85 ans vous dise pas merde, c'est pas un animal).
Leur incidence sur l'exterieur par contre , sans chiffrer , j'ai des doutes (ca se saurait si ils avaient beaucoup de visites) de plus , on peut imaginer une certaine prudence des visiteurs et du personel desormais.
Maintenant , pour ceux qui imaginent que vacciner qq millions de personnes (hors ephad) n'aura pas d'incidences , chiffres a l'appui , je peux les surprendre quant au resultat.

A tout le monde , je conseille de regarder les cas en angleterre ainsi que les morts associés dans les semaines qui suivent. Je suis prudent à cette heure (je pourrais changer d'avis ds les 15 jours)  , mais cette augmentation fulgurante des cas anglais devra etre comparee a l'augmentation des deces dans ce pays  ... Si les deces n'augmentent pas de facon importante dans les semaines qui suivent , soit cette souche est moins dangereuse, ce qui serait une bonne nouvelle , soit autre y'a chose.
J'ai donné des impressions , mais aussi des chiffres que vous aurez du mal a contester vu que ce sont les chiffres officiels.
Bizarrement , je suis plutot optimiste quant au printemps et j'ai des raisons chiffrées. Je vais observer l'angleterre et son variant , faites le, beaucoup de choses dependent de lui dans les 3 mois.
Que ca vous plaise ou non , l'immunité collective n'est plus negligeable pour ce qui concerne ce virius, je peux chiffrer mais inexpliquable sur un forum .
Il est tres probable que la saisonalité existe dans nos contrées , en combinant les 2 , j'ose pretendre que le virus actuel a du plomb dans l'aile.  Maintenant , ne pas dire que le vaccin sera une aide cette année serait stupide pour eviter un evenement important a l'automne.
Pour la notion de diffusion geographique , je souhaite bonne chance a celui qui a cette pretention.
On constate que l'est est plus touché du nord au sud , il est probable que campagne et ville ce soit pas pareil et que les departement faiblement peuplés et peu touchés en mars puissent déguster depuis novembre.
Par contre le phenomene est tres complexe et nous envoie vers des calculs aussi complexes que la météo (EDP pour ceux qui connaitraient l'abreviation) sans données precises on a rien. On sait un truc , si ca dure longtemps , y'a diffusion, point, le reste c'est de la rigolade inchiffrable.

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