Jeu de données : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Titre : données identiques à celles du site de Santé Publique France?
Date : 2020-04-12 20:40

Bonjour,
Je suis chercheur INSERM, et travaille avec quelques collègues européens sur des modèles de prédiction de la pandémie COVID-19.
Dans ce contexte, j'ai téléchargé vos jeux de données, et en particulier le fichier rapportant le nombre de décès (le plus récent, c'est-à-dire celui du 12 avril). Le décompte total pour la France est de 18433.
Or ce nombre n'est pas celui donné par le site de Santé Publique France, à la même date/heure: 14393 (voir: https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde#block-242818).
En fait, après une vérification rapide des autres données, aucune ne correspond à celles présentées sur le site de Santé Publique France (décès, cas confirmés, personnes en soins intensifs, retours au domicile après hospitalisation...). Les différences sont importantes: de l'ordre de plusieurs milliers à chaque fois!
Comment est-ce possible (sachant que vos données proviennent de Santé Publique France)?
Cordialement
(Merci pour ces données ouvertes!)
Bonjour 
Pour bien comprendre, quel est précisément le jeux de données que vous avez téléchargé, et rapporte 18433 décès ?
Bonjour,
Il s'agit du fichier ***donnees-hospitalieres-covid19-2020-04-12-19h00.csv***.
J'ai simplement fait la somme de la 7e colonne...
Pardon, correction: la somme de la 7e colonne pour la date du 12/04/2020 ;)
Ok. Il faut discriminer sur la variable Sexe en 2eme colonne : 0 pour tous, 1 pour Homme, 2 pour femme. Cela explique votre double compte.
OK, je regarde
... et il ne s'agit que des décès en milieu hospitalier, donc 9253 sur le site de santé publique france, et non 14393.
OK, je trouve 9253 (cela correspond au chiffre de Santé Publique: merci).
Et merci pour le code de la variable Sexe (je viens de voir les metadonnées) :)
Serait-il possible, par ailleurs, d'avoir accès au décompte des décès hors hôpital?


(Euh par contre, il y reste quelques différences -plutôt de l'ordre de la centaine- pour les hospitalisations et les réa...)
Il y a quelques écarts et incohérences, notamment sur la répartition par sexe (somme des hommes [1] et des femmes [2] différente de la modalité [0].
Quelques écarts également, comme vous l'avez constaté, entre le tableau de bord santé publique france et cette base de données pour les réa et hosp.
Pour les décès hors milieu hospitalier, je laisse répondre les autres contributeurs car je n'utilise pas ces données. Les décès journaliers cumulés "en EHPAD et EMS" sont consultable ici : https://dashboard.covid19.data.gouv.fr/
OK, merci.
Dernière question: pourquoi les séries temporelles commencent-elles si tard (18 mars pour les données hospitalières, 10 mars pour les données de dépistage en labo)? Y a-t-il moyen de mettre la main sur les données précédentes (par exemple, les données agrégées de l'ECDC -voir https://ourworldindata.org/coronavirus- démarrent, pour la France, le 22 janvier...)?
C'est juste que cette diffusion de Santé Publique France sur data.gouv.fr a débuté au 18 mars. Les données plus anciennes de décès en milieu hospitalier pour la France (unique indicateur de décès diffusé début mars en France) sont disponibles dans d'autres bases. Pour plus de détails (géographique, hospitalisations, admissions en réanimations ...) sur la première quinzaine de mars, je n'ai pas d'information a vous communiquer. D'autres contributeurs peut-être ... mais pas sûr que les données existent en diffusion libre ?
Bonjour,

Sur ce site-ci : https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19 vous avez les cas confirmés et les décès.
Tout dépend de votre besoin et du niveau de détails.
ça commence au 22 janvier (2020)
Bonjour 
Oui, je connais déjà le site du Johns Hopkins University Center. Ils rassemblent les data de l'OMS et d'autres agences de santé (merci). Mais ces données sont moins riches que celles de Santé Publique France (seulement les décès, les cas positifs et les rémissions)...


Bonjour,

Oui mais comme indiqué sur SPF, le réseau sentinelle n'a été activé que le 17 Mars pour traiter spécifiquement le covid. Avant, tout ce qu'il y avait ce sont des communications journalistiques (et donc rien "d'officiel"). Ce qui se limitait au nombre de décès et de contaminés, et encore, "suspicion" seulement. Pour avoir les détails genre réa et rad, il fallait que le réseau sentinelle soit activé. Ces données sont probablement existantes, au moins dans les hôpitaux, mais non publiques tant que le réseau n'avait pas été activé.
Je vois (merci pour votre réponse).
Par ailleurs, savez-vous si des données de sondage sur le respect des mesures de confinement sont disponibles?

Bonjour,

C'est ici : https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-9-avril-2020
Dans le pdf en bas. Le gros bouton rose.
Ce sera dans le chapitre "prévention"
Merci (je vais regarder cela).
Pour les besoins de l'analyse, je me demandais si les délais entre l'événement et le rapport qui en est fait sont connus, au moins à peu près? Par exemple, se peut-il que ces délais soient différents pour les décès et les autres variables (icu, tests de labo, etc...)?

 
Je n'ai pas d'information spécifique sur la cohérence chronologique des rapportages, mais je crois comprendre :
- que les rapports sur les hospitalisations, admissions en réanimation, et décès en milieu hospitalier corresponde bien aux dates affichées (petit bémol sur des baisses suspectes le week-end, qui laissent supposer quelques légers décalages dans les saisies "administratives").
- que les rapports sur les décès en EPAD et EMS sont différés (de combien de jours ???), évidement au début de leur mise en place, mais également je le crains dans les décomptes quotidiens actuels. Je serais preneur d'information sur ce point.
- et enfin, il reste des zones d'ombre sur les décès à domicile, en l'absence de rapportage quotidien.
pour les test labo : si vous parlez du fichier csv mis à dispo : mon conseil (mais cela n'engage que moi) serait de laisser tomber ce fichier. Pour l'instant.
Il a été mis à jour hier soir. Pourtant dedans on ne va pas au delà du 8 avril (presque 1 semaine de retard)
Il a été mis en ligne pour la 1ere fois le 27 mars. Mis à jour 2 ou 3 jours de suite. Puis plus rien pendant 2 ou 3 jours, puis remis à jour, puis plus rien ...
Les données à l'intérieur sont peu concluantes : le 27 Mars près de 11000 tests, le 29 Mars 984, le 30 13500, ça se maintient pendant les 4 jours qui suivent, puis 550 tests le 5 avril.
Sans compter que les chiffres sont ridiculement faibles : 550 tests faits sur l'ensemble du territoire Français ... ça fait 5 tests faits par département. ça ne doit même pas être le nombre d'hôpitaux en France. Bon d'accord on parle ici des labos mais quand même.
La représentativité laisse à désirer.
ça ressemble plus à du : 'on a commandé des tests', le 27 mars on en a fait pas mal, 'on va mettre en ligne" alors qu'en fait il y en a trop peu pour tenir la distance.
Donc ils ont arrêté de mettre à jour.
Le fichier hebdo lui au moins ne laisse pas penser que ... il est daté du 8 Avril dernière mise à jour

Pour le reste : en phase avec M. X. Juste une remarque quand même : j'ose espérer que quand M. le Pr Jérôme SALOMON communique les chiffres tous les soirs vers 19h15 il a les chiffres du jour et pas d'il y a 3 jours pour certains ... ça ferait mauvais genre de ne pas être capable en France de remonter les données au jour le jour. Qu'il y ait eu du "retard à l'allumage" au départ, c'est compréhensible mais maintenant, hors problèmes informatiques, ça devrait être les dernières 24h. A priori les données sont figées à 14h (SPF indique bien données à 14h le ...) donc il peut y avoir cette différence (comparaison SPF/Gouv vs JHU par exemple)

Annotation : Incertitude des données  (Fiabilité )