Jeu de données : Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19
Titre : Différences spectaculaires entre jeux de données
Date : 2020-08-18 11:44

Concernant les tests et leur résultats, les jeux téléchargeables ici commencent le 13/05/2020, et ceux précemment publiés (https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-tests-de-depistage-de-covid-19-realises-en-laboratoire-de-ville/#_) s'arrêtent le 26/05/2020.

Sur les deux semaines où les deux jeux de données se chevauchent, les résultats ne coïncident jamais, et les différences sont spectaculaires (ex : le 13 mai dans l'Ain, on lit "46 tests dont 0 positif" d'un côté et "334 tests dont 9 positifs" de l'autre)

Même genre de différences sur les données hebdomadaires :
En semaine 21, sur l'Ain, on lit "246 tests dont 3 positifs" d'un côté et "2254 tests dont 41 positifs" de l'autre.

Comment comprendre cela ? 
Je viens de trouver la réponse : les données du premier jeu de données étaient recueillies sur 3 labos seulement.
Quelqu'un peut-il expliquer les codes de class d'age? 0: toutes classes confondues? Pourquoi alors le total des autres classes n'est pas egal a la valeur disponible dans le champs 0?
Est-ce que ça ne résulte pas des quelques cas où l'âge n'est pas correctement renseigné dans la base de donnée SI-DEP ? Puisqu'on ne sait pas dans quelle tranche d'âge les insérer, plutôt que de les exclure, on les inclurait en classe d'âge "0" ?
(C'est mon hypothèse.)
ah oui d'accord. Ça a du sens. Merci !
Concernant la question du décompte en test Vs décompte en personnes testées qui figure ci-dessous dans les commentaires, je normalise le nombre de cas positifs par le nombre de tests (par semaine par exemple) et j'obtiens un taux de réponse positives aux tests. En effectuant cela sur les MA(7) des observations journalières P_MA(7) / T_MA(7), le résultat semble robuste. Cependant @Lo Lo vous sembliez douter de l'approche d'échantillonage ci-dessous, y a-t-il un élément qui m'échappe ?

Autre question a-t-on des données valides sur la spécificité des tests ? Si on teste 500,000 personnes par semaine et que 3% sont positifs, le nombre de cas officiels est de 15,000. Cependant si la spécificité (pratique) des tests est de 99% on peut s'attendre à environ 5,000 faux-positifs, donc en réalité seulement 10,000 cas. Si cette spécificité est de 98% seulement 12,000 cas. Je précise spécificité "pratique" car les tests ne sont pas aléatoires, ils se concentrent a priori sur des individus présentant quelques symptômes donc la probabilité d'être un vrai négatif est plus grande que pour un test aléatoire (donc un peu meilleure qu'indiqué dans les études théoriques). Mais bon en gros ce que je veux dire c'est qu'on doit s'attendre à beaucoup de faux positifs avec un taux de positivité de 3%. Cela dit ça n'explique pas à lui seul la remonté récente du taux de positivité.
Je viens de mettre en ligne un exposé de mes réflexions sur les indicateurs et leurs faiblesses : https://blogs.mediapart.fr/enzo-lolo/blog/210820/covid-19-comment-savoir-si-la-situation-sanitaire-se-degrade-ou-s-ameliore
(sous réserve d'erreurs ou de mauvaises interprétation de ma part de certains paramètres.)
Un gros paragraphe concerne le taux de positivité.
Pour ce qui est de la spécificité des tests, je n'ai pas trouvé de sources fiables. Les PCR ont réputation d'être très spécifiques (proche de 100%) mais on trouve des critiques, notamment Didier Raoult ici : https://youtu.be/jkLtPq5-e_k?t=722
Ce qu'il dit est fragile (quelle vérification que les "faux-positifs" venant d'autres laboratoires et contredits par l'IHU n'étaient pas des "faux-négatifs" de l'IHU ?) mais son explication sur les variations d'interprétation des tests d'un labo à l'autre ne semblent pas irrecevables, et sont aussi suggérées ici : http://www.francesoir.fr/societe-sante/covid-19-quest-ce-quun-test-pcr-comment-interpreter-un-test-pcr
Je vous remercie, j'ai lu votre paragraphe 3 sur https://blogs.mediapart.fr/enzo-lolo/blog/210820/covid-19-comment-savoir-si-la-situation-sanitaire-se-degrade-ou-s-ameliore
Ça me semble juste. En effet, personnellement et intuitivement je ne pensais pas que ce phénomène serait très prononcé à l'heure actuelle mais vous avez raison de le surveiller à plus long terme.
Cordialement
Merci à vous :-)
Pour être rigoureux, je dois admettre que ce n'est pas parce que l'écart observé entre les deux courbes de taux va dans le sens du travers que j'entrevois, que cet écart y est effectivement lié : d'autres causes, loin de ce que j'imagine, sont peut-être en jeu...

Annotation : Incertitude des données  (Fiabilité )