Jeu de données : Taux d'incidence de l'épidémie de COVID-19
Titre : Pourquoi utiliser un taux d'incidence si peu pertinent ?
Date : 2020-10-06 11:03

Selon la définition indiquée plus haut :
Le taux d'incidence correspond au nombre de tests positifs pour 100.000 habitants. Il est calculé de la manière suivante :
(100000 * nombre de cas positif) / Population
Donc si on double les tests, le taux d'incidence double (la population ne change pas).
Pourquoi choisir un indicateur si sensible au nombre de tests ?
Il eu été plus pertinent d'utiliser la formule : (100000 * nombre de cas positif / nombre de personnes testées)
Je suis d'accord avec vous. Je ne comprends pas quel enseignement on peut tirer de la formule présentée, ça me dépasse totalement
Bonjour, apparement il n'y a pas eu de réponse à ces questions pertinentes sur l'évolution du nombre de tests effectués. Cette information est nécessaire pour corriger les données et créer une métrique utile observable dans le temps.
Question au producteur des données: Est-il possible de rajouter dans les fichiers sp-pe-tb-quot-dep-2020-XX-YY-19h15.csv généré quotidiennement, une nouvelle colonne avec le nombre de tests effectués correspondant au nombre de cas positifs de la colonne P? Merci.
Bonjour,
On dit tous la même chose, le taux d’incidence n’a quasiment aucune signification. Personnellement je préfère de loin le taux de positivité. Je le calcule moi-même à partir des fichiers sp-pos-quot-dep-2020-11-07-19h15.csv et sp-pos-heb-reg-2020-11-07-19h15.csv. Après les avoir téléchargés je crée une colonne P/T*100 (en pourcent c’est plus pratique). C’est une affaire de quelques secondes. Ensuite je crée autant de graphiques qui m’intéressent. J’estime que je suis mieux renseigné (à part le Week-end où le nombre de tests est insuffisant) qu’avec le taux d’incidence. J’ose même extrapoler à la population française avec quelque incertitude cependant. Par exemple, actuellement le taux de positivité global est d’environ 20 %. Comme les tests s’adressent à toute la population française sans ciblage particulier, je me dis que 20% de la population française est positive selon le test PCR. Donc il y a environ 13 000 000 de Français qui sont positifs. On pourrait affiner en tenant compte de la pyramide des âges et de la population de chaque département, mais les calculs que j’ai fait quelques fois ne bouleversent pas le résultat. En conclusion il m’étonnerait qu’il y ait moins de 10 000 000 de Français positifs si on testait l’ensemble des Français le même jour.
  Ça me fait vraiment de la peine d’entendre des autorités de la santé ou politiques utiliser encore le taux d’incidence tel qu’il est défini par le nombre de cas positifs divisé par la population et multiplié par 100 000. Pourtant, des milliers de commentaires dans les médias l’ont signalé, mais rien n’y fait. 

Bonjour Jean-Pierre, merci pour les pointeurs sur ces fichiers de sp-pos......., ils contiennent effectivement exactement l'information que je cherchais (colonne T), cohérente avec les fichiers st-pe..... Il suffit de les merger.
Le taux d'incidence aujourd'hui est-il vraiment si peu propre à l'interprétation  ?  actuellement, il n'y a plus de pb de disponibilités de tests PCR ou antigénique, ni de délai d'interprétation des tests PCR. Tous ceux qui veulent se faire tester peuvent le faire, et ont le résultat rapidement. Et ceux qui veulent se faire tester, ce sont soit des personnes ayant des symptômes susceptibles de correspondre au COVID, soit des personnes qui ont peur d'être asymptomatique et de le refiler à des personnes de leur entourage.  Le nombre de personnes se faisant tester deux fois dans la même semaine doit être négligeable. Du coup, si on prend des chiffres hebdomadaires, pourquoi la qualité du taux d'incidence serait moins bonne que celle du taux de positivité ? ce serait intéressant  d'avoir des commentaires sur le sujet :-)  Par ailleurs, l'avantage du taux d'incidence c'est que l'on parle en nombre de personnes.
Bonjour Serge,
Merci pour votre réponse,
Je suis d’accord avec vos remarques sur la meilleure qualité des résultats des tests actuellement.
Néanmoins, je maintiens qu’utiliser le taux d’incidence est un attentat à la raison. Plus vous testez plus vous trouvez de cas positifs. Fixer une barre d’un nombre de cas positifs n’a aucun sens. Seul le pourcentage, malgré ses imprécisions est un indicateur. Je vais plus loin, je pars de l’hypothèse que ceux qui se font tester sont représentatifs de l’ensemble des Français, et donc si par exemple on trouve 10% de cas positifs dans toute la France, on peut dire qu’il y a à peu près 6 700 000 de français porteurs du virus. Si on testait tous les Français le même jour, je pense qu’on serait proche de ce chiffre, avec de fortes disparités régionales bien sûr. La plupart ne le sauront pas, certains en souffriront, d’autres malheureusement en mourront. On pourrait alors se fixer une barre nationale de un ou deux millions de positifs pour confiner plus ou moins sévèrement, et une barre par région compte tenu des énormes écarts entre elles sachant qu’on n’est pas près de tomber à zéro avant longtemps. En plus de cet indicateur il faut bien sûr prendre en compte les hospitalisations, les réas et les décès.
Ceci dit, le taux d’incidence, malgré son aberration, ne va pas heureusement en sens contraire des autres indicateurs, donc il n’est pas nuisible. Le résultat, c’est que non seulement les tests PCR n’ont servi à rien en termes de lutte contre le virus, mais en plus on utilise mal les résultats. 

Attention lorsqu'on dit qu'en doublant les tests, le taux d'incidence double... Aucune correlation n'est vérifiée.
@jean-pierre... les personnes  qui vont se faire tester ne sont a mon avis pas representatives de l'ensemble des francais... justement!
@Thomas AMET oui c'est vrai que doubler le nbre de population testée ne garantie pas un doublement du nbre de cas positifs puisque l'homogénéité est loin d'être parfaite. Mais vous serez d'accord pour dire que plus on teste et plus on en trouve, surtout quand on tient compte du fait que le taux de faux positifs est important.
Merci Thomas de me donner votre avis. Concernant le doublement du taux d’incidence en doublant les tests, vous parlez de corrélation, j’aimerais avoir votre démonstration qu’il n’y en a pas. Moi, je pense le contraire sans faire de calculs. Si bien sûr ce n’est pas un doublement rigoureux, je pense qu’on n’en est pas loin.
Concernant la représentativité de l’ensemble des Français par les tests ; là-encore excusez-moi, je pense que si, elle s’en approche là-encore, en prenant les chiffres avec prudence, comme tous autres paramètres de la maladie. C’est une question d’intime conviction, comme vous le suggérez.
Je ne sais pas s’il y a corrélation, mais avec les chiffres dont je disposais, dont les résultats des tests, j’étais arrivé à la même conclusion que le Président de la République, il était absurde de confiner. Ce qui ne veut pas dire que dans quelques jours, il ne faudra pas changer d’avis. En guerre, pendant la bataille, c’est toujours le chaos et les ordres et contre-ordres pleuvent an fonction du déroulement de la bataille. C’est le général qui réagit le mieux et le plus vite qui gagne. Avec le covid, c’est pareil, on doit réagir en fonction des évènements. 
Encore merci de m’avoir donné votre avis, c’était stimulant. 

@emmanuel, nous sommes tous les deux d'accord et je trouve que communiquer sur le taux de positivité reflete plus la réalité de la situation que le taux d'incidence. Je ne suis cependant pas medecin et encore moins epidemiologiste et il existe peut etre un argument en faveur d'une telle statistique.

@jean-pierre, je vous remercie pour votre réponse. Je ne fais pas de politique lorsque je commente les données, seulement des statistiques basées sur les phénomènes reels sous-jacents.
Je pars de l'hypothèse que la majorité des gens qui se font tester, présentent des symptomes ou bien estiment avoir été en contact avec le virus, ce qui n'est pas representatif de l'ensemble des francais.
Ce que je veux dire par la, c'est qu'on ne peut pas (du moins je ne pense pas pouvoir) considerer les personnes testéescomme representative de l'ensemble des francais car le test n'est pas un acte aléatoire. On ne decide pas un matin en se levant d'aller faire un test, de meme on n'est pas tiré par la lotterie pour se faire tester.
Derrière l'acter de se faire tester il y a une notion d'un risque subit par l'individu (cas contact / symptome/ etc). Aussi, la population testée a, selon moi, une probabilité plus élevé d'etre positive qu'une personne qui n'a aucune raison apparente d'aller faire un test.

Annotation : Incohérence des données  (Fiabilité )