Jeu de données : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Titre : CHIFFRES PORTAIL SPF TOUJOURS DIFFICILES A COMPRENDRE
Date : 2020-04-14 12:07

Les données d'hospitalisation sur le site SPF ne sont toujours pas pas faciles à comprendre :
Le total des hospitalisés depuis le debut n'est pas égal à la somme des hospitalisés actuels
+ gueris + décès , mais en outre les variations journalières des hospitalisés totaux sont etranges

Date     Hosp total     Delta annoncé    Delta Calculé              Ecart 
13/4     70097                  1257               70097-68925=1172   1257-1172=85 
12/4     68925                  1688               68925-67312=1613    1688-1613=75 
11/4     67312                  2044               67312-65420=1892    2044-1892=152 
10/4     65420                  3161               65420-62641=2779    3161-2779=382 
  9/4     62641

Je me suis encore fait pieger par les signes spéciaux : il faut lire 
Le total des hospitalisés depuis le debut n’est pas égal à la somme des hospitalisés actuels+ gueris + décès
depuis que vous m'avez convaincu j'ai aussi ça qui me trotte dans la tête ...
est-ce que vous avez essayé de retirer les rea de hosp (puisqu'on sait que hosp = hosp non réa + réa)
et de faire :
dc = des personnes qui étaient en réa (on peut aussi passer de hosp à dc sans passer par réa mais j'ose espérer que c'est un faible pourcentage par rapport à réa deviennent dc)
rad = personnes en hosp (hors réa). Il est peu probable, vous l'aviez souligné je crois, que des personnes passent directement de réa à rad
Vous avez bien compris que je souligne un autre probleme , mais la mise en forme du site ne m'aide pas à le clarifier.
Je ne fais que reprendre les deltas annoncés tous les jours par SPF sur son site qui ne correspondent pas à la difference avec le chiffre du total des hospitalisés depuis le début , entre la veille et le jour meme.
C'est donc la cohérence des évolutions des hospitalisés depuis le début que je ne comprends pas cette fois. 

Peut etre que les doubles hospitalisations avec les transferts sont une piste ?  
Il faudrait un fichier des transferts 
Nouvel essai ?

Date  Hosp total Delta annoncé         Delta Calculé                   Ecart
13/4     70097     1257                 70097-68925=1172          1257-1172=85
12/4     68925    1688                  68925-67312=1613          1688-1613=75
11/4     67312     2044                  67312-65420=1892          2044-1892=152
10/4     65420     3161                 65420-62641=2779            3161-2779=382
 9/4      62641
Ce site est nul pour la mise en forme , on peut ajouter autant d'espaces qu'on peut , il les supprime ..........
quand vous m'aviez parlé des soucis de calcul nb lit = nb lit veille + delta, j'étais aussi venu voir de ce côté-ci ce que ça donnait. Pour moi il s'agissait donc de la même problématique. D'où ma remarque précédente. Mais effectivement cela peut faire l'objet d'un nouveau fil de discussion
382 transferts pour le 10 avril ça fait beaucoup.
j'ai vu quelque part que les ARS devraient gérer cela. alors je suis allé voir. hormis le fait que les sites des ARS ne sont pas identiques (pas facile de trouver la même info d'une ARS à l'autre) les chiffres ne correspondent pas.
pour la journée du 28 (ou 29 mars) sur ARS Grand-Est : "2 trains vont partir vers Nouvelle Aquitaine. 1e train : 12 patients. 2e : 24 patients". Total : 36 patients
ARS Nouvelle Aquitaine pour la même journée (28 ou 29 mars) : "décision d'accueillir 54 patients"
Je viens de comprendre d'ou vient le chiffre publié sur le site SPF pour les nouveaux hospitalisés , tout simplement du fichier incid ......  donc les chiffres qu'on ne comprenait pas sont reproduits mais sans relations avec le chiffres des hospitalisés qu'ils faut peut etre comprendre comme hospitalisations
voir le tableau de synthese :
https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde
bonjour
je mets ça là car c'était perdu au fond du forum et sans réponse
ce forum est intitulé “Discussion entre l’organisation et la communauté à propos de ce jeu de données.”
j’ai compris que l’organisation est spf mais quels participants au forum font partie de cette organisation et quels sont les rôles de chacun ?
Bonjour,

Vous avez quelques info ici : https://www.data.gouv.fr/fr/organizations/sante-publique-france/
Bonjour,

J'ai peut-être enfin une explication.
J'ai essayé de prendre un cas simple à étudier : les Alpes de Hautes Provence. Peu d'entrées ("nouveaux"), peu de sorties etc.
J'ai analysé les journées du 12 13 et 14 avril

Fichier "nouveaux" :
Date            incid_hosp	incid_rea	incid_rad	incid_dc
12/04/2020	0	0	0	1
13/04/2020	0	0	0	0
14/04/2020	9	0	8	0

Fichier "données hospitalières":

dep	sexe	jour	hosp	rea	rad	dc
4	0	12/04/2020	34	5	63	5
4	0	13/04/2020	33	4	63	5
4	0	14/04/2020	34	4	71	5

Si on fait la différence J-(J-1) avec le fichier données hospitalières :

Date hosp quot	rea quot	rad quot	dc quot
13/04/2020	-1	-1	0	0
14/04/2020	1	0	8	0

cela donne l'impression qu'il y a une erreur car on ne peut pas avoir un "cumul" qui diminue.
Sauf si ce que j'ai relevé hier est juste (et surtout que je le comprends bien) : si 1 personne a été entrée dans le système  disons, le 11 Avril, comme étant covid-19 mais qu'après analyse elle n'a pas le covid, alors elle est sortie du décompte.
Comme il n'y a pas eu d'entrée (fichier "nouveaux" à 0) cela nous donne un nombre de lits occupés qui diminue. Ce qui est faux : c'est "le nombre de lits occupés par une personne étant atteinte du covid-19 a diminué car nous nous sommes rendu compte qu'une personne n'était pas atteinte du covid-19"
Le lendemain 9 personnes rentrent, 8 sortent (fichiers "nouveaux"), cela fait bien 1 personne de plus à occuper 1 lit.
On ne peut pas se "tromper" 2 jours de suite (avec de si petits chiffres).

J'ai calculé le nombre de chiffres que nous pensions "incohérents" car inférieurs à la veille : cela nous donne 93 pour hosp, 80 pour réa.
Il est facile de voir les chiffres "négatifs" par rapport à la veille. Par contre si on a 130 entrées comme ce fût le cas hier dans le 93 et que seulement 8 ont été retirés des tablettes car finalement non infectées par le covid-19, c'est invisible. Pour moi et en l'état actuel de mes recherches.

J'espère juste que le raisonnement est correct : à force de chercher le pourquoi, on finit par trouver ce qui nous arrange :)
Ca me rappelle l'histoire du gars qui cherche de nuit ses cles sous un lampadaire .....
cette affaire tourne au jeu des 7 erreurs voire à .... de mouches
il y a indéniablement des incohérences mais ont-elle une réelle influence sur les tendances macroscopiques ?
à moins de prouver que c'est le cas, ne serait-il pas plus intéressant justement de dépenser cette énergie en discutant de tendances et de prospective ?
en tout cas c'est ce qui m'intéresse et j'imagine beaucoup de monde
si la compréhension d' ecarts de plusieurs centaines de personnes entre differents fichiers ne vous interesse pas, parce qu'en fait c'était le fonds de commerce de ces discussions,  sentez vous libre de proposer des analyses prospectives en ouvrant une autre discussion.
ça m'intéressera quand on m'aura prouvé, pourquoi pas vous jean-pierre, que ça a une influence significative sur les tendances
si j'avais été sur le titanic en train de couler je ne me serais pas amusé à compter les gilets de sauvetage, j'aurais dirigé les gens vers les canots
il y a déjà eu des propositions d'analyses maintenant perdues au fond du forum "ça commence à baisser"  3 au 7 avril page 3, "date de sortie du confinement" du 9 au 12 avril page 2 mais depuis ...
le problème est que les sujets prolifèrent plus vite que le virus on retrouve les mêmes à plusieurs jours d'intervalle donc on est paumés 
comment et par qui sont initiés ou classés les sujets ?  
suite à X 15 avril 2020 "Vous avez quelques info ici : https://www.data.gouv.fr/fr/organizations/sante-publique-france/" 
je n'y ai pas trouvé quels participants au forum font partie de "l'organisation"
en êtes vous X? 
Bonjour,

Il y a plein de raisons pour lesquelles les détails sont importants. Je n'en citerai que 3 pour ne pas surcharger ce forum:

1) Avoir des chiffres cohérents évite les théories du complot. On a déjà eu sur ce site des adresses internet indiquant par exemple que les chiffres étaient très exagérés ("de mémoire : faut arrêter les conneries" dans lequel on nous dit que le taux de mortalité n'a pas changé (je n'ai lu que les 3 ou 4 1ères lignes). Pourtant hier le Pr Jérôme SALOMON a bien indiqué qu'en région Ile de France, Grand-Est et Bourgogne Franche-Comté le taux de mortalité des semaines 14 et début semaine 15 (analyse non terminée par SPF pour la semaine 15) était catastrophique et très nettement au-dessus de la "normale". Comment contrer ces arguments si les chiffres fournis par SPF ne sont pas les mêmes que ceux fournis ici (qui est pourtant aussi d'origine SPF) que ceux fournis par le gouvernement etc...?
2) Il y a quelques jours un journamiste du Grand-Est a fait rem
Ce forum n'ayant pas de moderateur très visible, ni de réponses d'ailleurs , on espere que quelques remarques sont qd meme prises en compte mais SGDG . 
Les personnes ici sont des quidam comme vous et moi qui essayent de comprendre les données qu'on nous propose.
Je pensais au début que le but était de proposer des analyses , mais en ayant été détrompé par un participant , je me contente de passer le temps du confinement à voir si les données permettent de voir la fin du tunnel ou si les analyses proposées par  la presse tiennent la route . 
Mais si vous pensez avoir de bonnes idées pour sauver le pays du naufrage à partir de ces données, n'hésitez pas à nous en faire part



(encore une erreur de touche)
2. Il y a quelques jours un journaliste de la région Grand-Est a fait remarquer que le nombre de décès était de 4 hommes et 3 femmes alors qu'en réalité c'était 5 homme et 1 femme. La famille du 5ème homme aura été très attentive à ce genre de "détail"

3. Il y a quelques temps j'avais fait une analyse de ce qu'il se passe aux Etat-Unis en appliquant un modèle "français" (qui par ailleurs s'avère encore juste après plus de 10 jours, j'ai eu un peu peur ce week-end mais les résultats de mardi font que c'est revenu comme attendu, pour moi). Ce modèle indiquait que si les Etats-Unis voyait leur courbe s'infléchir dès le lendemain, ils auraient 62000 décès (c'était juste New-York city pardon), si c'était dans 3 jours, 100000, dans 1 semaine 300000. Soit presque 5 fois plus.
Je base mon modèle sur une analyse de l'accélération de l'épédémie : en gros : le nombre de décès c'est la distance, le nombre entre J et J-1 c'est la vitesse et le nombre vitesse entre J et J-1 c'est l'accélération.
Si vous vous souvenez de vos cours de maths du lycée : l'inflexion est le moment où la dérivée seconde (accélération) s'annule et change de signe. L'inflexio se joue sur 8 patients en France. Je ne peux pas donner de chiffre encore pour NYC : ils ne l'ont pas atteint (D. TRUMP dit que le pic aux USAs a été atteint, je n'ai aps encore sorti les chiifres des USas ce matin)
Petits chiffres, grosses conséquences

Comme j'ai fait un retour chariot impromptu, j'ai vu votre question : non je ne fais pas partie de l'organisation.
Si vous souhaitez les contacter plus directement, vous avez un gros bouton tout en haut du forum "contactez nous"

sur https://www.data.gouv.fr/fr/organizations/sante-publique-france/ regardez les "membres"
https://www.data.gouv.fr/fr/organizations/sante-publique-france/#members
Mme X a déjà réagi plusieurs fois sur ce thread.
merci 
donc finalement il n'y quasiment que des "non gouvernementaux" qui écrivent sur ce site
donc demander tout ce qu'on veut comme améliorations ou autres à on ne sait qui est comme pisser dans un violon
quant'à la recherche fine des incohérences et autres études de dérivées elle n'auraient de sens que par petites entités géographiques, hopital par hopital
comment différencier ce qui se passe à melun et provins dans on n'a que la somme des chiffres du 77 ?
affiner les chiffres quotidiens permet de tirer sur les annonces des politiques et des journalistes 
il est quand même indéniable qu'on voit bien des tendances significatives, en traçant les courbes  
"en appliquant un modèle" m'intéresse à quoi ressemble un modèle ?
Mme X réagit de temps à autre donc il y a bien quelqu'un qui lit ce que nous échangeons. Par contre je ne connais ses liens avec les autorités. Mais elle répond sur des sujets pointus du comment les données sont fournies.
Mais par exemple aujourd'hui il y a beaucoup de sujets sur "on n'a pas les données" et il est clair que pour l'avoir déjà eu plusieurs fois (par sur l'ensemble des jeux de données comme aujourd'hui mais sur 1 ou 2 grand max) on n'aura pas de mise à jour avant ce soir. Même en ayant plein de demandes.
Travaillant dans l'informatique et ce genre de sujets, je pense que ce qu'il se passe c'est qu'il y a un batch (programme informatique lancé automatiquement à heure fixe et qui n'a pas besoin d'opérateur) qui tourne tous les soirs vers 19h et remet les données à jour. Hier il y a eu un souci (le tableau de bord du gouvernement concernant le covid-19 était en partie indisponible hier soir, cela explique peut-être le "loupé") et on ne peut pas relancer le batch n'importe quand. Soit parce qu'on ne sait pas ce que ça donnerait, soit parce qu'il intégrerait les données du jour, soit parce que ça n'a pas été prévu etc.
Par contre il y a eu des demandes de mises à jour des "nouveaux" et cela a fini par arriver début Avril, il y a eu des demandes de mises à jour des metadonnées et cela a fini par être fait... Après il est vrai qu'on le découvre par nous-même (l'un d’entre nous le voit et le communique aux autres)
pour avoir hôpital par hôpital, il faudrait les contacter. Mais ils ont autre chose à faire en ce moment. Il y aurait aussi les ARS mais j'y suis allé hier pour les transferts de patients d'une région à l'autre et chaque ARS fait son propre site. Au bout de 2 j'ai laissé tomber. D'autant que ARS Grand-Est parle de 36 déplacements le 28 ou 29 Avril vers région Nouvelle Aquitaine. ARS Nouvelle Aquitaine parle de 54 arrivées de région Grand-Est.
Moi aussi au début je ne faisais que sur les chiffres nationaux. Mais maintenant ce n'est plus trop possible : savoir qu'il reste 200 lits (chiffre non officiel, c'est juste pour l'explication) de réa dispo dans toute la France, ça intéresse peu les hôpitaux de Mulhouse. Eux ils voient qu'il leur reste 15 lits et que ça monte en flèche. On a passé ce cap maintenant mais il faut s'interroger sur la sortie de confinement. Et manifestement elle va se faire par région. Peut-être même par département. Par tranche d'âge. 0-60? 20-60? Par santé (surpoids/Maladie chronique/hypertension/...) Et là il faut descendre au niveau du détail
Pour "modèle" : si vous vous souvenez un peu de vos cours de maths du lycée, on vous donnait une équation et vous deviez faire la courbe correspondante.
L'inverse peut être fait : on vous donne une courbe, et vous devez retrouver l'équation.
On peut même faire mieux que cela ; on vous donne un morceau de courbe, et vous retrouvez l'équation.
Quand vous avez l'équation, vous pouvez refaire la courbe complète et dire "dans 3 jours, il y aura tant de décès"
En plus on a les modèles faits par l'institut Pasteur, pour ne citer que lui, sur les épidémies de grippe au fil des années. On a donc un modèle qu'on peut appliquer et adapter au covid-19. C'est public.
N'ayant pas de violons et les mouches se faisant rares , j'ai un peu de mal à répondre à vos questions , mais il y a eu quelques améliorations comme la communication qui est devenue plus centrée sur les entrées en réa et en hospitalisations.

Je pense que le partage des données est fait pour montrer le plus de transparence possible et après chacun se fait son opinion sur les chiffres. 
Pour ce qui est des tendances , à part prédire le nombre de noyés , je ne sais pas ce que peuvent donner les modeles .

Comme je suis les variations italiennes et francaises au niveau national et regional depuis quelques temps, les variations d'un jour sur l'autre sont tellement importantes et dans les 2 sens que, ce qui moi m'intéresse, la sortie de crise est bien incertaine. On croit voir une large descente s'amorcer et le lendemain on est detrompé par un rebond , nouvelle micro epidemie , gens qui ont tardé à etre envoyé à l'hopital ?
au sujet des tendances et prospectives : on a recherché avant l'annonce officielle à quelle date on pouvait lancer la sortie du confinement, on a estimé si le confinement était efficace, on a estimé combien de vies avaient étaient épargnées. Tout ça ne sont bien sûr que des estimations faites avec les moyens du bord (comme indiqué plus tôt, on n'est pas des spécialistes du sujet, peut-être y en a-t-il parmi nous)
que faire maintenant? En ce qui me concerne j'aimerai faire plus et prévoir comment on va sortir de ce confinement mais à part regarder ce qu'il se passe en Autriche, ou d'autres, et dire, a posteriori, c'est bien ou ce n'est pas bien, ne faisons pas pareil. On est un peu coincé.
Moi ce que j'aimerai avoir maintenant pour voir au delà de l'horizon visible, c'est connaitre le nombre de tests effectués, par rapport au nombre de personnes, le nombre de test positifs etc. Pour avoir une idée de l'étendue de l'épidémie à ce jour.
Aujourd'hui on sait qu'il y a 106206 cas confirmés. Mais sur combien de personnes testées? Si c'est sur 67 millions, ça fait pas beaucoup. Si c'est sur 200000 ça fait une sacré proportion. Mais si ce sotn juste les cas déjà envoyé à l'hôpital pour suspicion, c'est biaisé. Sur quelle étendue géographique? Si c'est sur tout le territoire, ça fait pas beaucoup. Si c'est juste Paris, Grand-Est, c'est déjà plus représentatif (j'indique Paris car quelqu'un ce matin ou hier a indiqué que 40% des admissions étaient sur Paris)
Après effectivement en analysant les données Italiennes, Espagnoles et Britanniques qui sont quasiment identiques aux nôtres (c'est assez stupéfiant d'ailleurs de voir ces courbes, seule l'Allemagne sort complètement du lot, et les USAs), on pourra peut-être anticiper un petit peu.
Mais si vous avez des idées, indiquez les, on verra ce qu'on peut faire
pour les tests et les confirmés , sur worldometers on trouve pour les differents pays les nombres de tests pratiqués en regard du nombre de confirmés et le pourcentage de la population que cela représente en testés :
meilleurs resultats , les petits pays comme les iles , le meilleur etant les feroes , environ 1/ 10 testés,  ensuite avec la suisse, l'allemagne  on tombe à 1/500, la France est à 1/ 2000 . Mais est ce un si bon indicateur car le Japon avec les résultats qu'on connait en cas et en décès a  peu testé environ 1/15000  

Les taux de mortalité (nbre de décès ramené à la population) qu'on trouve sur ce site sont aussi un indicateur interessant de performance d'un pays, on voit d'ailleurs que la Belgique est presque à 2 fois plus de décès en proportion que ses voisins,  les Pays Bas ou la France sans parler de l'Allemagne et est en train de dépasser l'Espagne et l'Italie . Mais il est vrai que notre propre taux doit nous entrainer à une certaine modestie (regardez les résultats des ex pays de l'Est , soit ils cachent la copie , soit ils se comportent mieux , soit il y a autre chose et pourtant ces pays sont mal placés en maladie cardio vasculaires annoncées comme un facteur majeur de risque)
Je m'autosuggere de tenter de positionner sur un nuage de points les taux de test, les taux de déces  pour voir si les correlations sont significatives , mais je connais un peu la réponse car l'Italie a testé autant que l'Allemagne , mais peut etre pas au meme moment et peut etre principalement dans les hopitaux .
En tous cas en ratio nbre de confirmés/ nombre de tests , la France a un des plus fort taux....
Commentaires divers.
Oui, la Belgique est inquiétante.
Dans son bilan hebdo du 9/4, telechargeable ici, SPF écrit que le suivi du nombre de cas confirmés en France n’est pas satisfaisant. Et explique pourquoi. Autrement dit, ce suivi n’a pas de sens. Oublions le, laissons le à l’OMS.
Un sujet me semble t il tabou en France : le taux de survie des patients en réanimation (respiration artificielle). Un reportage Courant mars a Crémone en Italie : 0%. Londres : 50% début avril. Un hôpital de New York : 20%.
Pour ma part, je trouve que le meilleur indicateur pour mesurer la circulation du virus est le nombre quotidien de Nouvelles hospitalisations. Indispensable indicateur, avec d’autres, pour décider du déconfinement. Ceci est disponible depuis le 8 avril. SPF l’a utilisé dans son bilan hebdo du 9 avril. A suivre avec son bilan du 16.
Il est vrai que ce nombre quotidien de nouvelles hospitalisations fluctue de jour en jour, même au niveau national. Il a été dit hier que les déclarations des hôpitaux lors des week-ends n’étaient pas exhaustives. Cet effet week-end avait déjà été observé en mars, et le week-end de Pâques en a fait encore plus les frais.
Cordialement.
J'ai fait ce nuage de points en log tx test vs tx deces  sur la population
On retrouve des regroupements de pays comme 
+ les ex pays de l'est peu de tests et très peu de décés 
+ les pays germanique (+ Portugal) le plus de tests , peu de décés, 
+ ensuite des groupes de pays  France UK Netherlands Sweden , nombre de tests moyens , nombre de décés eleves  
+ enfin un dernier groupe beaucoup de tests , beaucoup  de décés Italie Espagne Belgique  
+ un pays comme la Suisse beaucoup de tests(comme l'Allemagne)  mais aussi un nombre de décès conséquent  (proximité géographique et culturelle Italie ?)

En résumé :
Ceux qui ont le plus testés (pays germaniques) ont aussi le moins grand nombre de décès 
Le petits pays de l' Est ont bien résisté avec de faibles moyens
Les pays libéraux sur l'épidemie , UK Netherlands Suede , ont relativement aux  pays germaniques beaucoup de décès et ils ont moins testés.
Italie Espagne France Belgique ont testé mais a priori trop tard ou densité urbaine importante dans les régions de démarrage??
Bref des chercheurs nous expliqueront plus tard l'intéret ou pas des tests en fonction de leur date et de leur intensité  
 , on n'a pas acces au taux de survie en réa , on peut juste voir le taux de deces/ gueris+ deces . 
C'est un indicateur qui existe aussi sur worldometers 
En Italie environ 0.36,  US = 0.375  en France 0.36  Espagne 0.2   Allemagne 0.05   UK nombre de gueris pas dispo  
La France est sans doute mal placée par son nombre de deces en EPHAD sans avoir en face de gueris , mais ce sont les chiffres  si on reste au niveau hospitalier seul cela fait 0.27.
L'écart avec l'Allemagne interroge



Une piste pour expliquer le faible ratio allemand décès/décès+guéris.
 Les allemands testent plus y compris ceux qui ne passent pas dans les radars français. Il faudrait connaître leur définition de guéris, il y a peut être ceux qui ont été testés positifs.  En France, les dits guéris ne sont ils pas uniquement ceux qui sont passés par l’hôpital ?
Oui je suis d'accord en France on ne compte que les sorties d'hopital, ce qui fait que jusqu'à la fin on risque d'avoir un écart incompréhensible 
Les Allemands annoncent 77000 gueris sur 135000 cas et nous 33 000  sur 109 000 .
Neanmoins dans le ratio ce qui compte aussi beaucoup c'est le nombre de décès : 18000  en France , 4000  en Allemagne
Encore un commentaire sur l'Allemagne , meme dans un pays qui gere bien l'épidemie , la courbe des nouveaux cas est assez impressionnante : on dirait des montagnes russes avec des differences de 2500 personnes entre le creux et la bosse , comme si l'épidemie repartait periodiquement...( chez nous les montagnes russes sont encore plus marquées)

Annotation : Incertitude des données  (Fiabilité )