Jeu de données : Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19
Titre : Problème des "faux positif"
Date : 2020-08-31 11:30

Tout les chiffres pour les cas positifs sont par definition surestimés à cause des cas "faux positif”. Est-ce que quelqu'un connait des estimations pour la France? Dans les autre pays, ce taux varie entre 1% et 5%.  Il ya quelque cas de “faux positif” connus en France dans le milieux du sport. Si on avait une base de donnée de tous les sujets 2 fois testés indépendants, on pourrait facilement trouver une véritable estimation.
Je ne comprends pas votre notion de "faux positifs". Si la même personne se fait dépister deux fois, le même jour et arrive une fois positive et une fois négative, le plus probable, c'est que le négatif est lié à un mauvais prélèvement, mais pas un faux positif. Après, je ne vais pas rentrer dans les débats du nombre de cycles d'amplification et des personnes contagieuses ou non contagieuses.
Dans tous les tests (pas uniquement Covid-19), il est utile de connaître la *sensibilité* et la *spécificité* du test. 
La sensibilité indique le risque de trouver des faux négatifs. (Une sensibilité de 100% correspond à l'absence de faux négatifs.) Pour les PCR du Covid-19, on sait qu'elle est assez médiocre (j'ai lu "entre 30 et 70%") et un problème est qu'on ne la connait pas précisément : si on la connaissait précisément (ce qui est parfois possible dans certains domaines mais parfois non), certes on ne saurait pas si telle personne testée négative est vraiment négative, mais on pourrait au moins, à partir des nombres de tests effectués et de résultats négatifs, calculer une fourchette du taux réel de négatifs.
Quant à la spécificité, elle indique le risque de faux positifs. Dans le cas du PCR pour Covid-19, elle est réputée bonne (99%, d'après une étude https://bit.ly/3m4g1nQ mais c'est nécessairement une approximation.)
Si, pour une journée donnée, la spécificité est précisément de 99%, cela signifie qu'il y a 1% de faux positifs ce jour-là. Pour 150.000 tests effectués dans la journée, cela conduirait à 1500 faux-positifs. Mais, là encore, on ne connaît pas la valeur précise de la spécificité des PCR.

Le taux de faux-positifs, même faible, a un impact important sur la fiabilité d'un test quand le taux de réels positifs parmi la population est faible lui aussi : imaginons une maladie qui touche 1% de la population, et imaginons que le test qui permet de la dépister ait une sensibilité de 100% (jamais de faux-négatifs) et une spécificité de 99% (1% de faux-positifs) ; quelqu'un dont le résultat du test serait positif aurait alors autant de chances d'être un vrai positif qu'un faux positif : malgré une spécificité de 99% et une sensibilité de 100%, la fiabilité du test serait alors de 50%... (Voir le théorème de Bayes pour un calcul précis.) 

Dans le cas du Covid-19, il est absolument exact que si une personne a deux tests discordants effectués le même jour, il est infiniment plus probable que le négatif soit un faux-négatif. Mais peu de gens se font tester deux fois le même jour, et puisque le taux de positivité reste assez faible (de l'ordre de 5%), la question des faux-positifs a une importance potentielle, qui ne semble pas encore finement estimée, et rarement abordée. 
Pour la spécificité, il est dit 99% car c'est impossible de dire 100%. La probabilité que la séquence d'ADN d'autre chose soit la même que celle du COVID est extrêmement faible, on est pas à 1%. Il y a un débat qui consiste à dire qu'on retrouve parfois de l'ADN COVID "mort" (non contagieux) encore quelques jours après la réelle maladie et que ce serait des "faux positifs", ce n'est pas totalement faux et il faut, si le patient est symptomatique, partir de la date de début des symptomes et compter 8 jours. Je suis donc surpris des 1% à 5% de "faux positifs" sauf si il y a eu contamination au moment du prélèvement, ce qui devrait être assez rare, bien moins de 1%.
Pour la sensibilité, elle est en théorie de plus de 95%, le seul problème étant qu'elle dépend beaucoup de la qualité du prélèvement (Horizontal au palet - pas en biais dans la narine - insertion jusqu'à buter sur le pharynx, 10 secondes en tournant, petite larme à l'oeil) et au début, on voyait bien qu'il y avait des erreurs de prélèvement dans les reportages aux infos. J'ai été en contact avec un laboratoire dans le coin de Marseille qui a fait des prélèvements a toute une famille et a fait ses propres PCR et a aussi envoyé les prélèvements a un laboratoire de spécialité national. Tous les prélèvements étaient positifs que ce soit en interne ou au laboratoire de spécialité. Comme on est à Marseille, la famille est aussi allée se faire contrôler à l'IHU qui a rendu tout en négatif et n'a jamais répondu à la biologiste qui a signalé le problème. Donc effectivement, il est très probable que deux tests discordants, ce soit plutôt le négatif qui soit un faux négatif que l'inverse.
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Annotation : Incertitude des données  (Fiabilité )