Jeu de données : Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19
Titre : Que recouvrent les corrections sur des dates anciennes ?
Date : 2020-08-23 12:02

Dans ma tentative de comprendre le fonctionnement de SI-DEP, je me pose encore quelques questions.
Si on télécharge un jeu de données deux jours de suite, par exemple le jeu "sp-pos-quot-dep-2020-08-21-19h15.csv" et le jeu "sp-pos-quot-dep-2020-08-22-19h15.csv", on constate que plusieurs chiffres ont changé d'un jour sur l'autre. (Pour simplifier, je nommerai ces deux jeux sp21 et sp22 dans la suite.)
Pour les dates récentes, c'est facile à comprendre : des données de laboratoires arrivent avec du retard et sont intégrées.
Mais c'est aussi le cas pour les dates plus anciennes. 

Lorsque le nombe de *tests* (T) sur un jour de mai ou juin a baissé d'une unité entre sp21 et sp22, je suppose qu'il s'agit d'un patient qui avait déjà été testé (en mai ou juin) et dont un nouveau test effectué ces derniers jours a fourni hier à SI-DEP un résultat qui justifie que la "date de test" prise en compte pour ce patient soit modifiée et fixée à la date du dernier test. Sp21 affectait ce patient à la date de son premier test et sp22 à la date du denier test.
Et, si j'ai bien compris la note méthodologique, ce changement de date se produit lorsqu'un patient déjà testé négatif dans le passé est nouvellement testé positif. (Mais pas si c'est dans l'autres sens, ni si le nouveau test a le même résultat que la fois précédente ; est-ce que je me trompe ?)

Par contre, je ne comprends pas ce qui conduit à une *augmentation* du chiffre "nombre de tests" sur une ligne ancienne. Par exemple, pour le 14 mai dans le département 13, dans la tranche 30-39 ans, sp21 indiquait 407 tests, et sp22 en indique 409.
J'ai quelques hypothèses, mais elles sont fragiles :
- Je me suis demandé si deux personnes testées le 14 mai avaient fêté leurs 30 ans le 22 août et que leur affectation à une tranche d'âge dans SI-DEP avait été automatiquement modifiée, mais comme on ne trouve pas 2 tests en moins dans la classe d'âge 20-29, ça ne tient pas.
- SI-DEP a-t-il reçu hier, très en retard, des résultats de tests du 14 mai ? 
- Un laboratoire vient-il de rejoindre le dispositif et d'apporter tous ses résultats à SI-DEP ? (Ca semble incohérent : si on regarde les lignes antérieures au 1er août, la plupart des augmentations de T entre sp21 et sp22 concernent la Guadeloupe sur les 20, 22 et 23 juin (75 cas), et 10 cas dans le département 13 pour le 14 mai. Si un labo avait rejoint, il y aurait de nombreuses autres dates concernées.)

Enfin, je m'interroge sur les variations du nombre de *positifs* entre sp21 et sp22.
Pour le départemment 73, tranche d'âge 50-59, le P du 18/5 a augmenté de 1 à 2 (le T a aussi augmenté, de 25 à 26). Or, on observe la diminution d'une unité enregistrée le 19/5, pour T et P, dans la même tranche dâge sur le même département. S'agit-il simplement d'une correction de date ?  
Mais dans le département 59, tranche s'âge 50-59, le P du 21/7 est passé de 14 sur sp21 à 12 sur sp22 (et le T est passé de 449 à 447.) Peut-il s'agir d'un événement ayant conduit à modifier la date prise en compte par SI-DEP pour 2 patients ? (Mais si j'ai bien compris la note méthodo, s'il y a une 1ère date de positivité, c'est toujours elle qui sera prise en compte pour le calcul de P et du taux de positivité même en cas de nouveaux tests — et quels que soient leurs résultats) 
Ou bien y a-t-il des occasions de nettoyer les données et de rectifier des erreurs ou des doublons plusieurs semaines après ?
S'il y a une autre explication, je suis très intéressé :-)

Quand il y a une ou deux lignes qui bougent, on est dans l'épaisseur du trait. Pour faire de la BI sur les logiciels de laboratoires de biologie, quand je me connecte la première fois, je trouve toujours quelques dossiers dans le futur, parfois 10 ans plus tard... L'erreur de saisie de la secrétaire en est clairement le plus souvent la source, et rarement, il y a une erreur liée à la transmission par une interface informatique qui soit dysfonctionne occasionnellement (sinon c'est vu et corrigé), soit une erreur de saisie dans un logiciel pas très bien fait à l'autre bout. Il est possible que parfois, il y ait une erreur de saisie quelque part qui fasse bouger à la  marge les chiffres. C'est juste un autre hypothèse.

Annotation : Incapacité à traiter les données (Accessibilité )