Jeu de données : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Titre : Chiffre sur les Hospitalisations et réanimations 
Date : 2020-11-27 19:55

Bonjour,

Je souhaiterais savoir si le chiffres des hospitalisations comprend les réanimations ou les deux sont séparer ?
Hosp + rea = Nombre patients covid ou
Hosp = Nombre de patients covid 

Cordialement,
Bonjour,

Comme déjà expliqué à de très nombreuses reprises (trop?) c'est votre 1e cas qui est bon
Autrement dit il faut lire le tableau comme suit : nombre d'hospitalisations dont réa
Donc si on a 100 dans hosp et 20 dans réa alors il faut lire 100 personnes hospitalisées dont 20 en réanimations et non pas 120 personnes hospitalisées.
Merci, j'ai vue après coup dans les dernières pages que c'était expliquer. Une option de recherche dans les commentaires, pourrait être intéressante. 
L'information peut-être aussi affichée clairement dans la présentation des données vu la récurrence de la question. Cordialement,  
Pour ETALAB/SPF : le plus simple et efficace serait de mettre un commentaire clair à ce sujet dans métadonnées
Vers début novembre (probablement entre le 5 et le 10) le fichier CSV  donnees-hospitalieres-nouveaux-covid19 était réduit à une seule journée, alors qu'il contient d'habitude tout l'historique. Plus grave, les colonnes incid_rea	incid_dc n'étaient pas à leur place habituelle (inversées, en fait). 
Depuis ces intitulés ont retrouvé leur place, mais les chiffres dans ces deux colonnes sont anormaux : le nombre de décès journaliers devient de plus en plus supérieur à celui des admissions en réa. Cela dure maintenant depuis trop longtemps pour qu'il s'agisse d'un effet retard.  Alors je me demande si l'erreur n'a pas été maintenue.
Bonjour,

Merci de lire les discussions à ce sujet ...
Et non le fichier nouveau n'était pas réduit à 1 seule journée ... vous avez probablement ouvert en mode visualisation (je dis ça parce que c'est déjà arrivé).
Et les données sont maintenant correctes. Moi aussi j'ai eu un souci mais c'était mon fichier : à force de faire des bascules entre réa et dc j'ai eu aussi un souci que j'ai corrigé. Maintenant tout va bien. Mais il m'a fallu refaire tout mon fichier.
Non, ce n'était pas en visualisation : je télécharge le fichier tous les jours et celui-ci était très petit, moins de 20 kB, de mémoire. Malheureusement je l'ai effacé depuis alors je ne sais plus le jour exact. J'ai bien lu les autres remarques, mais cela ne répond pas au problème : statistiquement parlant il est anormal que maintenant les incid_dc soient 78% plus élevés que les incid_rea. Ce n'était jamais arrivé avant, ni même pendant la première vague.
sauf si d'autres départements font comme la Vienne ...
taille du fichier nouveaux (qui contient les incid) le :
5   : 534.5 ko
6   : 537 ko
7   : 539.4 ko
8   : 541.8 ko
9   : 544.2 ko
10 : 546.6 ko
11 : 549 ko
12 : 553 ko

La date donnée est la date du jour et pas du fichier (donc quand il y a au dessus 5, c'est le fichier du horodaté 4)
Effectivement je viens de regarder votre remarque taux rea%dc en incid.
Et en le constatant je me suis aussi souvenu qu'il est remonté au cours de la seconde vague qu'il y avait moins de réa que pour la première : les médecins ont appris de la 1e vague.
Au cours de la première vague on n'était quand même pas si loin des 78% : au dessus des 50%.
Le fait qu'il y ait moins de réa fait que le taux augmente.
Depuis le 14 novembre il y a plus de décès parmi les hospitalisés que d'admissions en réa, et l'écart augmente (en %). Cela voudrait dire que, toujours en %, de plus en plus  d'hospitalisés Covid meurent à l'hôpital sans passer par la case réa ?
Bonjour,

La courbe des dc suit la courbe des réa à J+15. On le sait depuis la première vague. Cela est confirmé par la seconde.
Il y a une quinzaine de jours, il y a eu une forte chute du nombre d'admissions en réa. Ce qui a permis cette fin de confinement tel que nous l'avons connu au cours du mois qui vient de s'écouler (entre autres).
Il ne faut donc pas regarder le nombre de dc et de réa du même jour mais regarder le nombre de dc et de réa d'il y a 15 jours (dc du jour % réa J-15)
Si il y a 15 jours on a eu 30 entrées en réa (chiffre pris pour exemple et explications et non pas la réalité) et 30 la veille et 30 le lendemain, on est à 90 entrées sur 3 jours.
15 jours plus tard on a 40 décès (parmi ces 90 personnes)
Mais seulement 20 entrées en réa (ce qui représente un baisse de 33%)
On a bien une différence 40/20 soit 100%

Pour l'autre aspect : dès fin Avril M.X avait calculé le taux de létalité et constaté que celui c'était fortement amélioré (dans le sens "baissé") entre fin mars (début de l'épidémie) et fin avril. En 1 mois. Nous sommes 8 mois plus tard. il faut espérer que les choses se soient encore améliorées : plus de temps, plus de contacts : on a appris aussi de nos voisins et de l'ensemble des autres services hospitaliers dans le monde. Donc beaucoup moins de réa. Mais pas nécessairement beaucoup moins de décès.
Merci pour ces explications détaillées. J'ai donc retracé les deux courbes en essayant divers décalages temporels pour les ajuster au mieux. La meilleure corrélation est obtenue, sur le dernier mois, pour un décalage de 10 jours. Ensuite, avec ce décalage, j'ai tracé les courbes de moyennes glissantes sur sept jours. Elles deviennent en effet très semblables, mais, surtout, très proches en valeur l'une de l'autre (dernières valeurs de l'ordre de 360 pour les deux). On arrive à la conclusion que ces derniers temps, tous les malades admis en réa y décèdent (entre 92% et 100%). Je veux bien croire que c'est précisément parce qu'ils sont mieux soignés avant et que, donc, on n'envoie plus en réa que les cas désespérés, mais c'est assez perturbant. Et si l'on rapporte au nombre d'hospitalisations cela veut dire qu'environ 30% y décèdent. Ou, point de vue optimiste, 70% s'en sortent. Je suppose que ce n'est pas le rôle de SpF de mettre ces statistiques en évidence, mais je n'ai pas non plus trouvé de sites qui le fassent.
Analyse de M. X en date du 24 avril :


    30tenaires 2%
    40tenaires 3,5%
    50tenaires est passé de 8 à 7%
    60tenaires environ 16% en légère baisse
    70tenaires est passé de 35 à 30%
    80tenaires est passé de 58 à 47%
    plus de 90 ans est passé de 70 à 57%

Bonjour,

Le fait que le nombre de décès soit proche du nombre d'admissions en réa N jours avant ne signifie pas du tout que presque tous les patients admis en réa meurent. Leur état général ne permet qu'à une petite partie des patients âgés hospitalisés de supporter les traitements pratiqués en réa (par ex. intubation). A la fin de la première vague, seulement 5,6% des patients âgés de plus de 80 ans avaient été admis en réa alors que la moyenne était proche de 20% tous âges confondus. 
Or c'est parmi eux que la mortalité est de loin la plus élevée (>30% des patients hospitalisés entre mars et juin selon https://science.sciencemag.org/content/369/6500/208). Et ce n'est pas la conséquence d'un tri des patients imposé par la saturation des services de réa (même si ce facteur a pu un peu jouer dans les régions où la situation était la plus tendue).
Un pourcentage important des patients décédés ne sont donc pas passés par la réa.

C'est en effet une explication plus plausible que 100% de décès en réa ! Pour autant on n'avait pas ce phénomène durant la première vague ni même au début de la seconde. Faut-il en conclure qu'alors on passait en réa, en saturant ce service au détriment d'autres malades, des patients qui, de toute façon, ne pouvaient pas être sauvés ? Et que, en fait, vu les chiffres, leur décès en a même été accéléré ? Peut-être, par exemple, comme vous le dites, du fait d'intubations inopportunes ?
Bonjour
Pour ma part je continue à  regarder le taux dc/(rad + dc)  et après une amélioration continue, il y a eu une remontée avec le deuxième épisode dans toutes les classes d age .
J utilise aussi ce ratio par classe d age  pour essayer de mesurer le nombre futur de deces en fonction de l age des hospitalises et surtout voir quand ce chiffre de projection atteint un plateau comme ce fût le cas en première vague.

Regardez aussi les données  de rea par age et vous verrez que les personnes de plus de 90 ans vont très très peu en rea  le chiffre reste stable et constant depuis le début environ 200. On avait eu l explication en 1ere vague avec la description des soins très impactants  et des suites difficiles en sortie de rea.
Pour ce qui concerne les rea en general , on voit aussi que le taux rea/ hosp évolue beaucoup en cours d episode, monte au début puis diminue,  avec sans doute la sortie des rea vers l hospitalisation classique. Je n ai pas regardé les ratios rea/hosp  par classe d age, à faire.

Tx rea /hosp  dans les dernieres semaines : 
0>90  : env 1%
octo genaires  : env 5%
septua genaires :  20 - 25 %
sexa  genaires :   25 - 30 %
quinqua genaires :   22- 25 %
quadra genaires :   18 - 22 %
<40 ans  : entre 8% et 18%



Bonjour,
pour avoir relu les métas par 10 fois, je lis rad = Nombre cumulé de personnes retournées à domicile.
Par expérience, je n'ai jamais observé de séries cumulatives qui régressent en valeurs dans le temps.
Cependant je l'observe sur le dept 46 en date du 2020-04-30 et au delà.
De fait il est impossible de déterminer l'occupation réelle du nombre de lits occupés à date qui me semble être un des critères majeur dans la prise de décision afin d'éviter le débordement de capacité en milieu hospitalier.


 
Bonjour,

Sauf si comme expliqué au-dessus ou déjà dit de nombreuses fois sur ce site une personne est admise à J avec une forte présomption de covid et donc comptabilisée comme telle dans les dossiers mais qu'il s'avère qu'à terme quand le résultat du test tombe elle est négative. On a donc un -1 dans le cumulé. On observe donc bien une série cumulative qui régresse dans le temps. 
 je ne vois aucune corrélation entre des chiffres d'admission et la notion  de test, si la personne entre elle est admise, quand elle sort elle est rad.
Merci de lire la rubrique "à noter que" 2ème paragraphe. D'habitude je fais un copier-coller mais là je fais depuis mon téléphone. Moins pratique 
Pour vous donc toute personne hospitalisée est covid-19 ? Il faut bien la tester à un moment donné sinon tout cela n'a aucune valeur 
sinon dans ce cas considérons que les admissions (hosp) ne sont pas liées au covid.
Sauf qu'ici c'est un site pour analyser la covid-19.
Le titre du jeux de données : "Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19"
La raison d'être de ce jeux de données : "Les actions de Santé publique France

Santé publique France a pour mission d'améliorer et de protéger la santé des populations. Durant la crise sanitaire liée à l'épidémie du COVID-19, Santé publique France se charge de surveiller et comprendre la dynamique de l'épidémie, d'anticiper les différents scénarii et de mettre en place des actions pour prévenir et limiter la transmission de ce virus sur le territoire national."

S'intéresser aux admissions non liées à la covid-19 n'aurait aucun sens (ici, ça en a bien sûr plus largement)
Pour savoir si une admission est liée à la covid-19 il faut donc tester. Le résultat d'un test PCR prend en moyenne 3 jours (on a vu beaucoup plus), les tests anti géniques prennent beaucoup moins. Mais le taux de faux positifs n'est pas non plus le même. Donc on part sur une base, pour explication, de 3 jours.
Imaginons que quelqu'un arrive à l'hôpital avec de la toux, le nez pris, une perte d'odorat et de gout. Il y a de fortes chances que cette personne soit une personne covid-19.Comme elle a une saturation oxygène pas au mieux, on la garde en hospitalisation pour observation pendant une nuit. On la place sous oxygène (pas en réa avec intubation, juste les tubes qui sont placés à l'entrée de la cavité nasale et qui amènent de l'oxygène à fort taux) pour remonter la saturation.
Cette personne est notée dans les tablettes comme covid-19. Dans hosp.
On lui a fait passer le test PCR.
Le lendemain cette personne a une saturation qui est revenue à un taux plus normal et on la libère. Elle passe donc dans le rad. Avec covid-19.
3 jours plus tard le résultat revient négatif : elle est sortie des tablettes covid-19.
Toutes les personnes qui sont hospitalisées ne passent fort heureusement pas en réa.
Et le retour ne se fait parfois pas en 3 jours mais en 6 mois (Essonne, 240 dossiers voir 1e phrase)
Il est donc normal d'avoir des chiffres négatifs y compris sur des cumuls.
On peut critiquer mais c'est là-dessus que les autorités sanitaires sont parties. Et comme elles nous l'ont expliqué, à nous de faire avec.

Merci pour l'effort et le temps passé à me répondre, j'ai finalement changé de source de donnée (donnees-hospitalieres-nouveaux-xxx) qui me procure entière satisfaction, cette dernière proposant des indices à date et non des cumuls(bizarres).J'ai pu réaliser la requête d'occupation (Mysql), que je propose  ci-dessous à ceux qui seront intéressés :
set @sum_in := 0;
set @sum_out := 0;
set @busy := 0;
SELECT dept,dt,_in,_out,(@sum_in := @sum_in + _in) sumin,(@sum_out := @sum_out + _out) sumout,(@busy := @sum_in - (@sum_out+ death)) busy 
FROM covid.hospnew 
WHERE dept=93 
ORDER BY id ASC;
Avec le mapping suivant :
dep => dept
dt => jour
incid_hosp => _in
incid_rea => rea
incid_dc => death
incid_ra => _out
Bien cordialement.



Annotation : Absence de données (Accessibilité )