Jeu de données : Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19
Titre : Mesure du nombre de nouveaux cas positifs (calcul du taux d'incidence)
Date : 2020-12-03 16:31

Bonjour, 
On peut constater que le nombre de tests PCR réalisés par semaine durant le second pic de l'épidémie a fortement varié. Au début du pic (vers le 28 septembre) il était d'environ 900 000 tests ; il est passé à 1 600 000 au sommet du pic (01 novembre +77%) et il est maintenant à 600 000 (-63%). Cette fluctuation impacte obligatoirement sur le nombre de cas incidents trouvés. Nous avons eu sur cette période — indépendamment de la fluctuation du taux de positivité —  une surestimation du taux d'incidence dans la montée du pic et au contraire une sous-évaluation lorsque ce taux a commencé à diminuer. L'évaluation objective de la circulation réelle du virus est faussée. 
N'y a-t-il pas là un biais qui donne à un signal trop alarmiste (à la montée du pic) ou au contraire trop rassurant (à la décrue) et surtout, qui impacte sur la gestion de l'épidémie (au niveau de l'anticipation, de l'ajustement des  mesures à prendre : gestes barrières, zones d'activité fermées, confinement... ) ? Ne faudrait-il pas, parallèlement, avoir en place un système de surveillance reposant sur un nombre de tests constant, et qui serait plus représentatif de la situation réelle ? 
Bonjour, je pensais la même chose aussi. Il y a un mois, je voulais évaluer l'impact du confinement sur les taux d'incidence sans ce biasi.  Ma solution : calculer le taux (et le sens) du *changement* de taux d'incidence et de dépistage puis faire la différence. Voici les heatmaps https://limegimlet.github.io/covid_dataviz/confined.html

En revanche, ça aurait peut être plus simple et plus lisible de comparer la courbe de tx de cas positif (nb des cas/nb des tests) et celle de tx de dépistage. Si on teste plus, mais le tx de cas pos. continue de monter, il faut tester encore car normalement, plus de testes doit diminuer le tx de cas positif si le nombre de cas reste stable.

Mais en tous cas, ce qu'il manque, c'est les données concernant les tests antigéniques !

Bonjour M. ou Mme Gimlet,
Avez-vous accès au "nombre de tests réalisés" de façon agrégée ? Il est disponible sur Géodes, mais département par département ou région par région, et fastidieux à récupérer.
Il me semble de plus important d'y avoir accès, parce qu'il permet de calculer une autre estimation du taux de positivité des tests : en effet, le taux calculé actuellement s'obtient en divisant le nombre P (nombre de personnes détectées positives pour la première fois) par le nombre T (nombre de personnes testées pour la première fois). 
Comme actuellement presquee une personne sur deux qui se fait tester a déjà été testée, et que ces personnes "disparaissent" du décompte inclus dans T, le taux de positivité calculé et affiché est à peu près double de ce qu'il devrait être.
Si on divisait P par le "nombre de tests réalisés" le même jour ou la même semaine, on obtiendrait une estimation peut-être plus proche du taux de positivité réel.
Cela pourrait être utile de pouvoir le faire automatiquement sur chaque département, et d'en illustrer l'évolution, comme vous le faites pour le taux d'incidence ou le taux d'occupation des réa...

bonjour a tous
mon problem a moi est que je ne comprend pas cette amplitude en si peut de temps.
quand en debut de la banalisation des tests ils on eu un mal fou a en faire 700 000 J 
pour en faire 1 600 000 les laborantins on arreté de dormir et de manger ? 
ou la les machines mise en place tourne a 40% ? 
il y a une aberrations materiel et/ou humaine quelque part ...

M.Guy LECQ 
depuis ce soir les chiffres sont corrigés... 
j'ai lu:
Depuis le 8 décembre, en plus des résultats des tests virologiques, ceux des tests antigéniques entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage). 
mais ces test ne sont utilisé par les pharmacie et a grande échelle que depuis le  le 26 octobre, (un arrêté autorise en effet les pharmaciens, infirmiers et médecins à réaliser ces tests)
pourquoi de tel changement du nombre de test avant le 26/10 ? 
exemple semaine 43 après mise a jour il y a 485 000 test de plus ? 
quelqu'un a une reponse ? 
Merci 

M. Bousquet,
Voici l'explication :
Avant le 8 décembre, quand on comptait les personnes testées, on ne comptait pas celle qui avaient déjà été testées une autre fois.
Comme de plus en plus de personnes qui se font testées ont déjà été testées, ça faisait de plus en plus de gens qu'on ne comptait pas, et ça faussait pas mal de calculs.
Depuis le 8 décembre Santé Publique France a modifié sa façon de compter, pour corriger ce problème : désormais, toutes les personnes qui passent un test un jour son comptées, même si elles ont déjà été testées. Ca fait rentrer plus de monde dans le décompte.
Et comme SPF a appliqué cette nouvelle méthode pour recalculer le nombre de personnes testées sur toutes les dates depuis le 13 mai, ça modifie le résultat sur toutes les dates. 
Bonjour,
Je rejoins M. Bousquet quant à l'augmentation considérable du nombre de personnes testées.
La nouvelle méthode de calcul a pour conséquence d'augmenter le nombre de personnes testées du simple au double sur les dernières semaines regardées (sem 46, 47,48). 
Par exemple pour la semaine 48, dans le fichier hebdo, les données diffusées la semaine dernière indiquaient un volume de personnes testées de 598 000 en France (cl_age90 =0) et celles diffusées hier indiquent pour la même semaine, 
un volume de personnes testées de 1 185 000. Le rapport est le même dans les régions et départements.

La prise en compte des résultats des tests viro, ATG et des personnes déjà testées explique-t-elle à elles seules cette évolution ?
Merci
Mme Boularan,
Je reformule l'explication :
Tous les tests que vous avez vu apparaître existaient déjà, mais ils n'étaient pas comptabilisés, parce qu'ils concernaient des personnes qui avaient déjà été testées une première fois dans le passé. Et la base de données SI_DEP était construite de façon à attribuer une seule date de test à chaque patient. 
La rectification intervenue le 8 décembre fait soudain apparaître tous ces tests invisibles jusque là.


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