Jeu de données : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Titre : Effet du confinement (et nombre de lits en service de réanimation)
Date : 2020-04-06 12:24

Bonjour,

Si je me suis inscrit au départ sur ce site (data gouv) c'était pour voir les effets du confinement.
Mes calculs (grossiers je l'admets volontiers) m'amène à penser que le confinement aurait sauvé environ 1800 personnes à ce jour.
En cherchant à les vérifier, je suis tombé sur une publication anglaise qui parle de 2500 vies sauvées en France. La source n'est pas citée mais confirmée par une autre publication (mais plus vaste) de L'imperial College London.

En faisant une toute simple règle de 3 (grossière elle aussi mais ce qui m'intéresse ce sont les ordres de grandeur, pas le détail) ça ferait au final 6500 vies sauvées sur le territoire français. ça vaut le coup de rester chez soi! Sachant de plus que les chiffres annoncés sont plutôt dans la tranche basse.

Pour affiner j'aurai besoin de connaitre le nombre de lits en service de réanimation disponibles.
Est-ce que quelqu'un les a?
J'ai eu le chiffre, comme tout le monde, de 5000 au début de l'épidémie (c'était un petit peu moins même) mais ce chiffre à été quasiment triplé. Mais je n'ai pas les détails : ni le chiffre exact ni les dates de mises à disposition.

Merci à vous
au 16/3 il y avait environ 150 cas on etait dans la partie plate de la courbe des décès.
Tout en ne niant pas les effets du confinement et en sachant que les deces jusqu'à fin mars étaient probalement dus à des personnes affectées avant le confinement , pourriez vous SVP nous expliquer la demarche (j'ai vu d'autres études générales theoriques sur les effets du confinement , mais j'aimerais comprendre le raisonnement )

Si cela vous interesse , ci joint un lien qui m'a été conseillé mais que je n'aique survolé:
https://github.com/TomNicholas/coronavirus
Bonsoir,

Déjà je tiens à dire que ce que j'ai fait ne tient pas compte des décès en EHPAD, uniquement ceux qui ont eu lieu en services hospitaliers et qui nous sont remontés depuis plus d'1 mois maintenant.
En fait c'est exactement ce qui est expliqué dans le lien que vous avez joint : on connait le nombre de décès avec le confinement tel que nous le connaissons aujourd'hui. La courbe que je génère montre l'évolution de nombre de décès en fonction du nombre de jours. On en déduit une équation.
On peut diminuer le nombre de jours artificiellement (comme indiqué sur le lien que vous fournissez) et faire une nouvelle courbe avec nouvelle équation.
Et comme on a le nombre de lits disponibles, on sait (estime serait plus juste) combien de vies on a gagné.
C'est pour cela que j'ai besoin du nombre de lits en réanimation car si le nombre de lits avait triplé (comme il semblerait qu'il l'ait fait depuis le début du passage "état d'urgence" si j'ai bonne mémoire) en 1 journée seulement (ridicule mais c'est pour expliquer) mon calcul serait totalement faux puisqu'on aurait eu assez de places pour accueillir tout le monde. Mais fort heureusement le nombre de cas est monté moins vite que de lits de réa. En partie grâce au confinement.

Comme je ne suis pas sûr du terme "démarche", ça c'est plus la méthodologie, ma démarche c'est de présenter aux gens l'utilité du confinement. Ce n'est pas évident de faire comprendre à tout le monde que le fait de rester chez soi limite la propagation du virus et permet aux services hospitaliers de pourvoir accueillir tout le monde.
Et non pas d'arrêter le virus comme on l'entend parfois.
Indiquer : "en respectant le confinement on épargne 6500 vies" -ce qui est le nombre de décès officiel aujourd'hui- c'est plus parlant.
Pour ceux qui vont dire "c'est très empirique" : mon but n'est pas d'avoir un chiffre "exact". C'est d'avoir un chiffre tout de même un peu meilleur que celui qu'on a vu au USA : "entre 100000 et 2.2millions". Là ce que je voulais savoir c'était si ça nous faisait gagner 10 décès ou 100000.
Toujours est-il merci pour le lien.

à propos de l'autre sujet qui nous concerne X : merci pour votre explication. J'ai passé la journée d'hier à tenter de vous aider mais je n'arrive pas à trouver non plus. Désolé de ne pouvoir vous donner un coup de main.
OK Merci pour le retour 
Je suis d'accord avec vous que le confinement est fait pour lisser les arrivées à l'hopital (mais avec le risque de la durée allongée de la crise et des rebonds successifs comme il est dit je crois dans le texte) 
Mais quand on entend que l'age est un facteur de tri , une personne trop agée ne pouvant supporter une longue réa à terme , je pense que les modèles doivent avoir du mal à en tenir compte sauf à les considerer  comme non sauvables à terme. 
Un  risque en situation de confinement et de pénurie de lits qd ll'épidemie est très avancée, est aussi de retarder l'envoi des personnes à l'hopital et de finalement  recevoir beaucoup de gens très affaiblis qui  sont à réanimer en grand nombre.
Les ratios de gens decedes/(gueris+ decedes) sont de l'ordre de 30% au niveau national pour le moment , c'est haut , moins qu'en Italie , mais quand meme inquiétant.

Par contre je suis surpris que le ministre soit obligé de référencer la fameuse étude UK , n'a t on aucun spécialiste en France sur le sujet ?
Donc je vais faire l'effort de mieux comprendre le texte et les calculs en lien 

Par contre les EPHAD et les paquebots de croisiere ont été l'exemple de ce qu'il ne fallait surtout pas faire ; confiner des biens portants et des malades ensemble 

Sur le dernier sujet que vous évoquez , nous nous croisons sur tellement de discussions que je vois pas de quoi vous parlez : peut etre les entrées / sorties de réa qui ne sont communiquées qu'oralement en ce moment  ?
J'ai tendance à penser, mais je confesse que ça reste complètement intuitif, que le nombre de vies sauvées par le confinement est bien supérieur à 2000 personnes. On a évité l'écroulement des services de réanimations et la propagation de la vague aux régions plutôt épargnées.
Il me semble intéressant de regarder l'écart que nous avons par rapport au confinement "idéal". A ce stade, après 21 jours, dans un confinement parfait il ne devrait pratiquement plus y avoir d'hospitalisations. Or pour la seule journée d'hier 2500 personnes ont été hospitalisées, qui génèreront d'ici 7 à 10 jours près de 700 décès supplémentaires. (Le ratio DC(DC+RAD) est d'une désespérante stabilité.) Notre modèle de confinement est donc loin d'être parfait et la moindre des choses serait de le respecter.
Bonjour,

J'aurai pensé 28 jours. Si on commence le confinement à jour J, une personne se confine et est porteuse du virus. Elle est contagieuse pendant 14 jours (si le chiffre est toujours exact, d'où la "quatorzaine", mais peu importe, si le chiffre à changé je reste sur mon explication et on avisera avec le chiffre correct). Cette personne contamine son conjoint au bout des 14 jours. Cette autre personne reste contagieuse pendant les 14 jours. On en arrive à 28 jours de confinement.
Evidemment c'est le cas le moins probable. Mais les autorités ne peuvent pas prendre le risque.
Effectivement avec ce raisonnement le confinement amene à un ralentissement de la contamination , mais pas son arrêt , c'était la demonstration imagée de la medecin dans la présentation avec E Philippe il y a quelques temps 
, d' ou le retropedalage du préfet de police qui n'avait pas compris les demonstrations du gouvernement 
mais du coup aussi ce qu'on voit dans les courbes de nouveaux entrants dans tous les pays des rebonds successifs , effet tole ondulée 
C'est dommage que ce chat ne permette pas la publication d'images car c'est parlant en Italie et en France avec le raisonnement sur les nouveaux hospitalisés

si on peut : il faut aller sur "ajouter une ressource communautaire". Les jpg passent. c'est en haut, juste en dessous des fichiers csv fournis par spf (dans "contributions communautaires")
oui mais c'est un peu compliqué dans une discussion de devoir naviguer sans arret ..... mais un jour peut etre j'essayerais , le pb est que ce ne seront que des photos , et pas une mise à jour regulière 
Vous avez raison en théorie c'est 28 jours mais la courbe de la durée d'incubation est tout de même en cloche et plutôt centrée sur 6 jours, et la courbe de contagiosité probablement vers 9/10(?). C'est pour celà que je disais "pratiquement plus"
Il est quand meme curieux de voir dans le courbes italiennes et francaises sur les nouveaux cas hospitalisés une succession de cloches comme si l'épidemie reprenait périodiquement : on a une courbe en cloche globale dans laquelle on trouve des cloches de periodes plus courtes  : est un effet local ou national ?  est ce du au non respect total du confinement ou à la suite des contaminations à l'interieur des cellules familiales ? il y aura du boulot pour les chercheurs dans les semaines ou mois à venir , parce qu'on a intéret à comprendre avant la prochaine crise.
Bonjour,

Je viens d'essayer d'appliquer mon modèle (bien grand mot) sur le sol américain et plus particulièrement New-York et inversement.
Comme vous le disiez les chercheurs vont pouvoir modéliser. Entre les pays "bon élèves" (Corée du Sud, Japon ...) et les "mauvais" (USA) ils ont de quoi travailler pour des années.
Par contre, pour l'heure, en utilisant les données New-Yorkaises, je ne peux rien dire : à l'heure actuelle si New-York ne fait rien de mieux, cela va être une hécatombe : là je trouve une évolution qui ne s'arrête pas. Il me faut attendre encore un peu pour voir comment cela va évoluer sur leur territoire.
Et ainsi je pourrai mieux modéliser le nombre de vies sauvées en France
contrairement à ce que j'ai dit ce matin : bien sûr que je peux simuler ce qu'il se serait passé à Paris en ayant les chiffres de New-York.
Sans le confinement, Paris serait aujourd'hui à plus de 5000 décès contre 683 annoncés hier soir.
évidemment cela ne tient pas compte du système de santé qui n'est pas du tout le même, de la préparation de nos services de santé alors que le gouvernement américain a nié jusque très tard (probablement bien trop tard on le voit aujourd'hui) la gravité de la situation. Mais à densité de population similaire (je n'aurai pas cru), on aurait 5102 décès à déplorer rien que sur le département 75. Paris était à 14 cas le 18 mars, New-York 11.
Et si on reporte ça à l'échelle nationale et non plus de Paris, on serait à près de 69000 morts.
Là je n'ai pas pris la ville de New-York mais l'état dont la densité se rapproche de celle de la France.
SVP Quel est donc le pronostic de votre modèle pour New York dans les conditions actuelles  , puisque de toutes facons on ne saura jamais ce qui se serait passé si on n'avait pas confiné ?
Bonsoir,
Je ne peux/veux pas me prononcer : donner une valeur aujourd'hui serait beaucoup trop tôt : aujourd'hui encore (hier avec le décalage horaire) la ville de New-York était en forte hausse et n'avait pas encore entamé son inflexion.
Malgré tout je viens de faire un calcul et j'arrive à 33000 décès au 22 avril. J'avais vu cet après-midi que le pic est prévu aux etats-unis pour le 21 avril. Avec un maximum aux alentours de 48500 morts vers le 2 mai.
Pour mon modèle français et les 1800 vies sauvées : ce soir M. Jérôme SALOMON a indiqué que des modèles indiquaient qu'une vie était sauvée toutes les 8 minutes. J'ai calculé à quoi cela correspond est cela fait 180 vies par jour. Si on fait une régression jusqu'au début de l'épidémie, j'arrive à 1526 vies sauvées.
Bonjour,

Je viens de comprendre d'où vient l'écart : je pense que le calcul a été fait vendredi. à vendredi 3 j'ai la même estimation (1556 vies épargnées pour moi, 1526 pour l'Etat. Sachant qu'il dit "une vie toutes les 8 minutes" mais est-ce vraiment 8 minutes pile? Moi c'est 8'12")
Mais depuis vendredi, les choses ont changé et se sont amélioré. Ce qui indique que le confinement fait ses effets : chaque jour on gagne plus de vies et on s'écarte de plus en plus de la courbe théorique.
Je viens de recalculer pour New-York (juste la ville, pas l'état) avec les données fournies hier soir par les autorités américaines : j'arrive presque à 62000 décès. Il y a eu 562 décès en 24h juste pour cette ville. Leur plus mauvais chiffre annoncé jusqu'à maintenant (hormis la journée du 6 avril qui est le double d'une journée "normale" et qui n'a pas vraiment de sens). Et on n'en voit pas la fin. Raison pour laquelle j'hésitais à donner un chiffre hier.
le 62000 deces correspond bien au 22/4 ? ou est ce  à la fin de l'épidemie 
non pardon : fin d'épidémie. au 22/04 cela serait aux alentours des 45000
Vous devriez vous donner une chance de réussir votre prévision en donnant une fourchette.
le problème c'est que je n'ai pas d'info m'informant de quand la situation va commencer à s'améliorer.
Donc j'ai fait le calcul en disant "ça ira mieux demain". Mais demain ne va pas mieux, bien au contraire.
Si on prend pour hypothèse que demain va mieux : on arrive à 62000 décès à New-York
Si ce n'est que dans 3 jours (que la situation s'améliore) : 100000
Si dans 1 semaine : 300000
300000 ce serait le nombre de décès sur tout le territoire américain si la situation s'améliorait dès demain (1973 décès au cours des dernières 24h aux USA, c'était 1954 la journée d'avant)
et là évidemment ce ne sont que les chiffres remontés par les autorités : on ne parle pas des gens qui restent chez eux parce qu'ils ont perdu leur travail et n'ont plus de couverture sociale. Situation bien pire que chez nous.
Bonjour,

Pour la 1e fois New-York a des chiffres encourageants depuis hier.
Les USAs dans leur globalité pas encore.
Bonjour,
une chose m'échappe : 
nous sommes confinés depuis plus de 3 semaines. Or en faisant l'histogramme (non cumulé) jour par jour des contaminés, je vois que le chiffre monte encore jusqu'à hier (10/04/20). Comment se fait il que malgré le confinement cela augmente encore ?

Autre question : comment le nombre de contaminés est il déterminé svp ? S'agit des personnes testées positives à l'hopital seul ? à l'hopital et dans les ehpad ? ou autres méthodes ? 

Merci pour votre éclairage. 
Peut-être le nombre augmente parce qu on teste plus... et que le confinement total n est pas possible. Courses , garde d enfants, ...
Mais est il souhaitable pour tout le monde?

Pour les confirmes, c'était principalement l hopital, mais finalement comme maintenant on l etend et qu on ne connait pas le nombre de guéris hors hôpital  , je ne sais pas quoi en faire personnellement. 
Éventuellement suivre le ratio de positifs par rapport aux tests. 
Merci pour votre réponse.

Cà me donne l'impression que nous n'avons pas d'indicateur pour tenter de suivre la circulation du virus ...

Est il possible d'avoir les chiffres des entrées à l’hôpital qui permettraient peut être d'avoir une meilleure vision de la circulation du virus ? 
Les hospitalisations à y réfléchir ne veulent pas dire grand chose tant la durée peut changer d'une personne à une autre.

Merci.
suite :

j'ai fait des histogrammes avec les données disponibles :

en faisant la différence de chiffres quotidien des hospitalisation et des retours domicile, nous pouvons constater que les hospitalisations baissent de façon importante. Est ce à dire que nous avons passé le pic ?

mais d'un autre coté, sur les mêmes périodes le nombre de contaminés a plutôt eu tendance à monter sauf hier. Hors les contaminés sont détectés en grande partie à l'hopital ... 

C'est à n'y rien comprendre ... ou bien les personnes sont diagnostiquées à l'hopital puis rentrent tout de suite chez elles. Ce qui n'est pas cohérent car à priori celle qui se présentent à l'hopital ont de gros problèmes ...

Je peux vous envoyer mon fichier si vous le voulez.

A vous lire.
Bonjour,

Je reviens sur cette discussion car j'avais entendu hier matin que le Président américain avait eu des chiffres encourageants et comptait relancer l'économie. Je n'avais pas vu ça mais le président américain a probablement des chiffres plus fiables que moi. Mais les info (journaux tv) viennent de confirmer ce que j'ai vu :
Ce matin les chiffres sont catastrophiques : plus de 3000 décès rien qu'à New-York (3022) et plus de 4500 (4590) sur l'ensemble du territoire des USAs.
Pour New-York c'est 6 fois la valeur habituelle. Pour le territoire US c'est presque 2 fois la valeur "normale".
OK : je viens de comprendre. Je me base sur les chiffres communiqués par JHU. Elle tient compte des cas confirmés (de décès pour cause de covid-19). Mais aussi des cas probables.
7563 + 3914 (confirmés + probables) = 11477. C'est ce que je prends (JHU)
Mais si on prend les courbes communiquées par la ville de New-York ,ils ne tiennent compte que des 7563. et effectivement ce chiffre baisse.
Il faut juste espérer que ce ne soit pas un effet d'annonce et pas un manque de tests (ce qui ferait qu'on ne sait plus si un cas est un covid et en cas de doute, on le met dans probable et on ne le compte pas)
Bonjour,

Une étude indique que le nombre de vies sauvées serait aux alentours de 60000.
https://www.ea-reperes.com/wp-content/uploads/2020/04/ImpactConfinement-EHESP-20200322v1.pdf


Annotation : Demande de jeu de données (set) (Accessibilité )