Jeu de données : Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville
Titre : Total du nombre de tests ?? 
Date : 2020-06-01 09:03

Bonjour et bravo pour ces statistiques détaillées. Mais, où trouve-t-on les totaux journaliers, par régions et pour l'ensemble du territoire? Ces totaux permettraient de compléter les données fournies par l'excellent site eficiens (JHU), limitées aux catégories : cas déclarés, décès, guéris. 
Avec cette donnée "tests" nous pourrions décider si la remontée du nombre de cas déclarés, commencée il y a quatre jours, correspond à une reprise de l'épidémie, ou n'est que le reflet de l'accroissement du nombre de tests. 
Bonjour,

Si vous avez par département, vous pouvez faire une somme par vous-même pour avoir par région .Et en sommant les régions (ou tous les départements) vous aurez pour l'ensemble du territoire.
Si vous ne voulez pas vous donner cette peine, vous avez des centaines de sites qui ont cela, dont celui du gouvernement : https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees
Vous cliquez ensuite sur le bouton "Suivi des tests" sur la barre bleu qui traverse l'écran de gauche à droite (la moins bleu foncé des 2) et vous aurez une carte de la France. Donc les chiffres au niveau de l'ensemble du territoire. Si vous cliquez sur un chiffre (sur la carte), vous verrez les chiffres de la région en question. Idem pour les départements.
Si vous souhaitez avoir un autre jour, vous allez sur la gauche et vous verrez au même niveau que le bouton "Suivi des tests" la date avec des flèches. Vous pouvez la changer pour voir hier, avant-hier etc.

Pour JHU : attention aux chiffres : sur la journée d'hier, aux USAs, JHU annonce 21512 décès dus au covid-19. La ville de New-York : 16771.
Sur leur propre territoire ils ne sont pas d'accord entre eux. Quand aux médias on parle de NEW-York, les chiffres annoncés sont ceux de la vile de New-York (16771). Quand on parle des Etats-Unis dans leur ensemble on prend 21512 ... allez comprendre!
Un grand merci de votre réponse rapide, efficace et détaillée. je vais me constituer le tableau en allant piocher les résultats jour après jour. Concernant ce que vous dites sur JHU, je vais souvent consulter Oxford (world in data) et les données sont en général comparables. 
Savez-vous pourquoi les données de cas confirmés, dans les régions, s'arrêtent au 25 mars? 
Et si vous désirez savoir ce que nous faisons de ces données, consultez les lettres que nous postons régulièrement sur le réseau LinkedIn avec l'intitulé Corona Circule.
Bien cordialement

F. Varret , physicien, professeur émérite à l'université de Versailles Saint Quentin. varret_francois@yahoo.fr
Aïe, en me relisant ; 'quant aux médias' je suis passé de 'quand les médias' à 'quant aux' mais sans changer le 'd' en 't'
et 'ville' et non pas 'vile ' (les correcteurs orthographiques ne font pas encore l'analyse de contexte / étude de texte :) )
Ce dont je suis sûr pour votre question sur la date : le réseau sentinelle (celui qui surveille, entre autres, l'épidémie de grippe chaque année) n'a été activé sur le territoire que le 17 Mars. Les 1e retours ont donc eu lieu le 18 (1e fichiers sursaud et 'données hospitalières' mis à dispo sur https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/ et https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-des-urgences-hospitalieres-et-de-sos-medecins-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/)
Mon opinion maintenant pour la date du 25 Mars : il a fallu le temps que tout cela se mette en place. Avec la 'panique' que cela a du être, remonter les fichiers n'a pas du être la priorité. D'autant qu'ils ne servent pas à grand chose à ce moment-là : l'inquiétude était à l'époque ; 'aurons-nous assez de lits de réa?' 'aurons-nous assez de personnel?', 'aurons-nous assez de respirateurs?' ...
ça c'est la réponse que je voulais vous faire sans avoir ouvert les fichiers et juste en vous lisant.
par contre en les ouvrant, je vois que les données remontent jusqu'au 10 mars. Pourquoi parlez-vous du 25 Mars?
Juste une info complémentaire : souvenez-vous aussi qu'à cette époque on ne savait pas trop si on allait être capable de faire les tests ou non (pas d'écouvillon, pas de réactif). C'est ce qui 'transpirait' dans les médias. Etait-ce une réalité?
Et avant le 25 Mars on a, territoire entier toute classe d'age confondues :

Date nb_test
10-mars	79
11-mars	108
12-mars	157
13-mars	350
14-mars	167
15-mars	174
16-mars	819
17-mars	1011
18-mars	1571
19-mars	2098
20-mars	2454
21-mars	783
22-mars	555
23-mars	4369
24-mars	4960
25-mars	5161
26-mars	5716
27-mars	6533
28-mars	1894
29-mars	604
30-mars	8169
31-mars	8051

Avant le 25 Mars on voit que le nombre de tests était ridiculement faible. Il a fallu que le système se mettre en état de fonctionnement. Donc peut-être que là où vous voyez cette limite du 25 Mars, que je ne vois pas, c'est parce qu'avant il est peu représentatif.
Merci, encore
J'apprécie votre rapidité est suis prêt à vous pardonner toutes les fuates de frappe qui pourraient vous échapper !
Ma question autour du 25 Mars ne concernait pas les tests, mais les données de cas déclarés, dont l'absence m'avait empêché jusqu'à la semaine dernière de me lancer dans l'analyse comparée de la dynamique de l'épidémie dans les régions (ce qui est chose faite maintenant) 
Cependnat, depuis longtemps j'ai la certitude que les données de cas déclarés sont très incomplètes. Il leur manque les porteurs asymptomatiques et les cas légers (plus de 90 % du total). Par contre le décompte des décès attribuées au virus correspond très bien à l'excès de mortalité déduit des statistiques de l'INSEE. On peut donc utiliser le décompte des décès comme un bon indicateur de suivi de l'épidémie. D'autre part, les indications données par le décompte des cas déclarés vont être de plus en plus biaisées par l'effet de la campagne de dépistages massifs, qui va inclure une proportion croissante de porteurs asymptomatiques et malades légers. On s'attend donc à voir apparaître une divergence croissante entre les analyses basées sur le nombre de décès et celles basées sur le nombre de cas déclarés. Dès que j'en aurai obtenu la preuve, je vous en aviserai  
Bien cordialement 


si vous parlez des cas confirmés, les chiffres publiés sur le site du gouvernement (https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees) et qui sont repris ailleurs (et viennent eux-mêmes de SPF) sur des github entre autres, sont des 'estimations'. C'est ce qu'avait indiqué M. le Pr Jérôme SALOMON au cours d'une des allocutions qu'il faisait durant le mois d'Avril tous les jours. La question lui avait été posé par le ou la journaliste 'd'astreinte' (1 seul(e) autorisé qui collectait les questions de ses 'camarades') 'comment trouver le chiffre x de tant de cas confirmés alors que les données indiquent y?'. Réponse : '... estimation ...'
Au niveau des tests labo : il faut bien faire attention au fait que les labos 'sélectionnés' sont les labo de ville 'affiliés' à 3labo. Qui ne représentent qu'une part des labo en France (métropolitaine et DOM/TOM)
Une personne (en dessous de cette discussion) 's'inquiétait' du peu de test faits dans les Alpes-Maritimes
Les tests remontés par les fichiers sursaud sont des tests faits uniquement sur des personnes qui ont été envoyées à l'hôpital soit par SOS médecins soit par le médecin 'de famille'. Donc effectivement, vous et moi (si vous n'avez pas été directement touché) ne sommes pas dans les statistiques.
Il en était de même jusqu'au 7 Mai (environ, c'est la date d'allocution de M. le 1e Ministre) pour les labo de ville.
Par contre depuis le 7 Mai, les labo de ville sont censés faire des tests à plus large échelle (les fameux 700000 tests par semaine). Pour ceux qui ont les symptômes et les 'proches' (famille, collègues, voisins ...)
Il est donc clair que les chiffres fournis au départ du nombre de cas positifs par rapport au cas testés est très élevé et qu'il va baisser. Pour remonter petit à petit si jamais l'immunité sociale se met enfin en place.
Donc oui : les données sont très incomplètes encore à ce jour.
Pour ce qui concerne les décès et l'INSEE : ils ont les mêmes sources : SPF.
Il manque tout de même une info : les décès pour cause de covid hors établissements de santé (hôpital ou ESMS). Dans les fichiers fournis sur ce même site par l'INSEE, la cause du décès n'est pas indiquée.
Donc aujourd'hui les chiffres correspondent tout à fait.
Mais avec le recul de la canicule de 2003, on verra si dans 5 ans les chiffres correspondent encore.
Merci, encore. Vous avez raison de prendre du recul, et de relativiser tous les chiffres, et même les points de vue. Avec votre permission, je transmettrai notre correspondance à ma co-équipière de simulation, qui est chercheur à l'INSERM, Hôpital Bichat, et cesserai d'accaparer votre temps.  
Juste 2 choses  (1) un mot pour confirmer votre travail conviction que le taux de testés+ / total testés doit baisser au cours du temps. Nous l'avons constaté depuis plusieurs semaines, en Belgique plus qu'ailleurs. Vous en trouverez tous les détails dans notre  notre lettre d'information postée le 10 mai. (2) nous tentons en vain depuis 2 semaines d'attirer l'attention de la cellule d'investigation de Radio-France sur ce genre de considérations plus sérieuses que les propos nuisibles et scientifiquement mal fondés du flamboyant professeur Raoult qui nous demande de croire à (ou de voter pour !) la fin quasi-certaine de la pandémie. 
comme il s'agit d'un site public, je pensais déjà que tout ce qui était dit pouvait être repris.
Si jamais il vous faut un accord plus 'formel' : je vous le donne. Toutefois je suis juste un quidam qui n'a aucune autorité en la matière. Je suis juste les flux de discussions gouvernementaux depuis le 20 mars environ. Ni virologue ni infectiologue ...
Juste une info : comme vous mentionnez Radio-France : sur le site, ni etalab ni SPF n'ont jamais pris le temps de nous répondre quand nous avions des questions (enfin si mais tellement peu souvent). Par contre ils lisent ce que nous échangeons : on a constaté plusieurs fois que des remarques avaient été prises en compte (la dernière que j'ai constaté est que les données du 14 Mai n'avaient pas été fournies. Cela arrive parfois. Mais normalement le 15 Mai on aurait du les retrouver, avec celles, nouvelles, du 15. Mais non. On a remonté la chose et la semaine dernière j'ai dit que les données du 14 Mai étaient définitivement perdues (et je le mettais à disposition d'ailleurs pour ceux qui en ont besoin, on peut les trouver sur GEODES) et fin de semaine dernière; jeudi je crois, elles sont apparues ...)
Donc on est 'suivi'
Mais jamais (ou presque) de retour direct sur les fils de discussion
Bonjour Denis
je prends goût à cette conversation où l'on utilise les prénoms, à l'américaine... 
Je suis allé par curiosité sur le site ARS de Cayenne  et, surprise, ils ont continué à tenir les données des cas confirmés!  Le graphique auquel j'ai pu accéder montre une accélération rapide sur presque tout le mois de mai. J'aimerais bien traiter ces données de la même manière que pour les autres régions françaises, il me semble que c'est urgent et important vu la proximité de l'incontrôlable Brésil. 
J'ai besoin des données numériques, qui sont à la source du diagramme en bâtons. J'ai cherché à les contacter par téléphone, sans succès jusqu'à présent. (en tenant compte du décalage horaire, naturellement). Peut-être avez-vous une meilleure piste? Je renâcle à travailler au pied à coulisse sur le diagramme en bâton. 
D'autre part, j'ai vu sur le site eficiens un commentaire sur le décompte des cas confirmés en France. Le sursaut observé ces derniers jours est dû à un changement de procédure et n'a donc aucun caractère inquiétant. Par contre, on doit s'inquiéter pour la Guyane !!! 
Et puisque nous sommes "suivis" je vais donc persévérer à alimenter le site de Radio-France. Auriez-vous d'autres suggestions ? 
J'imagine que nos lettres peuvent vous intéresser. Si oui, faites-le moi savoir sur mon adresse ***, je vous les enverrai par we transfer.   Bien cordialement. 

Bonsoir,

Vous pouvez toujours essayer d'aller sur le site de SPF directement : https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/articles/infection-au-nouveau-coronavirus-sars-cov-2-covid-19-france-et-monde
Tout à fait en bas de la page (là je vous ai donné le lien pour atterrir directement sur la partie 'covid-19') il y a un 'contactez nous'
C'est ce dont je me suis servi quand j'ai vu que les chiffres des tests étaient le double de ce qu'ils auraient dû être. 3 jours (ouvrés) plus tard c'était corrigé et entre temps j'avais eu un courriel 'on transmet au service compétent'
Pour les données brutes; elles sont ici je pense (si j'ai bien compris ce que vous cherchez) : https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19/blob/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_covid19_confirmed_global.csv
406 cas remontés par JHU (c'est leur site) au lieu de 405 à la même date. Par contre vous n'aurez pas, sur ce site, par 'région' guyanaise. La publication de l'ARS Guyane est très inquiétante : les 2 régions frontalières sont en zone critique ...
Merci 
j'ai envoyé - croisons les doigts - un courriel à l'ARS Guyane. Et si cela vous intéresse j'ai posté sur wetransfer nos six premières lettres . Le lien (ouvert jusqu'au  5 juin) du téléchargement
https://we.tl/t-ESPRBP3vCF 
Bonne soirée
 
Bonsoir 

J'ai récupéré vos fichiers.
Je n'ai lu, pour l'instant, que la dernière version (la 6e)
J'ai juste une remarque sur la question de la visibilité : une remarque qui m'est passé par ma tête mais que je n'ai pas (encore) approfondie : avez-vous remarqué que les régions à plus forte visibilité sont celles du sud?
La Corse, PACA, Occitanie, ...
Seules Bretagne et Normandie sortent du lot.
Cependant : on sait que les zones méditerranéennes 'empiètent' plus sur la ligne jaune quand on met une ligne à ne pas franchir. Dit autrement : si on dit 'ne sortez pas de chez vous' le nord va plus respecter que le sud. C'est comme ça. Il serait intéressant; mais encore faudrait-il avoir des données fiables, de savoir si dans le sud on s'est dit, par exemple, 'il ne faut pas sortir mais ... j'irai bien me faire tester quand même'. Chose que dans le nord on n'a pas peut-être pas songé ou on s'est dit 'on nous a dit de ne pas sortir, bien que j'ai envie d'aller me faire tester mais bon, on m'a dit non donc je ne le fais pas'
La Bretagne a toujours eu un statut à part depuis Anne de Bretagne ... reste la Normandie
Mais ce ne sont que des suppositions ... un peu tirés par les cheveux. Mais on a déjà vu pire ...
Sinon vos documents sont intéressants. Pas trop compliqués à lire. Sauf les derniers graphes ... ouch! Tout le monde ne saura pas lire ça (moi-même j'ai beaucoup de mal)
à qui est-ce destinés? Grand public? ...

Pour revenir à la visibilité : ça montre quand même qu'il y a un sérieux "trou dans la raquette" ! 11% max pour la Corse
Prendre des décisions aussi capitales pour la santé physique, mentale et la santé industrielle, commerciale sans avoir de visibilité, c'est 'chaud' comme disent (disaient?) les jeunes
J'attends avec impatience la commission d'enquête parlementaire (ou les enquêtes : députés + sénateurs)
J'ai renvoyé sur ce même site (celui des données hospitalières) une enquête sur les robots d'analyse des tests et c'était édifiant ...
Bonjour . 
merci et bravo pour avoir lu et analysé cette sixième lettre. Tâche difficile, parce que les explications sur la méthode sont données dans les premières lettres... L'ensemble est conçu comme une suite à prendre par le commencement. Le public touché est, pour l'instant, un groupe de famille et amis auquel nous envoyons une version provisoire de chaque lettre, avant de la poster sur le réseau LinkedIN. Le politologue Jérôme Fourquet fait partie des destinataires. Nous aimerions que ce travail ait une plus grande diffusion, cela a été évoqué dans les précédents commentaires. 
Je n'ai pas encore reçu de réponse à mon mèl adressé avant-hier à ARS Guyane. J'ai donc pris une règle graduée pour extraire des données numériques des cas déclarés... et j'attends la publication de leur mise au point hebdomadaire qui devrait apparaître aujourd'hui. Nous verrons comment évolue le second pic de l'épidémie dans cette région contigüe au Brésil. L'Iran aussi semble intéressant de ce point de vue. A suivre (ce sera l'objet de notre lettre n°7). 
Bonjour,

Avant le Brésil et l'Iran, il faudrait ajouter nos compatriotes des DOM-TOM et autres territoires français. Mayotte par exemple est en crise. On dit dans les médias que la situation est revenue à la (quasi) normale mais c'est loin d'être le cas pour Mayotte. Pourtant ils sont tout aussi français que nous.
OK : je vais regarder vos publications dans l'ordre (je m'en étais un peu douté en lisant le point 6 ...)
Vous savez que sur ce même site vous pouvez publier vos documents? Ce sont les zones "ressources communautaires" et "réutilisations"
Il y a actuellement 5 sites de data gouv qui parlent du covid-19:
https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/
https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-des-urgences-hospitalieres-et-de-sos-medecins-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/
https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-tests-de-depistage-de-covid-19-realises-en-laboratoire-de-ville/ (celui-là même)
https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-relatives-aux-transferts-de-patients-atteints-de-covid-19/#_
https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/indicateurs-dactivite-epidemique-covid-19-par-departement/
De temps à autre il faut regarder s'il n'y en a pas de nouveau(x)
Sur chacun de ces sites vous pouvez poster ("ressources communautaires" et "réutilisations"
Je poste moi-même tous les soirs sur celui des données hospitalières car certaines personnes me l'ont demandé. J'ai posté une fois, ça a été utile, on m'a dit 'merci de continuer svp'. Je ne sais pas si cela sert toujours.
Les 'ressources communautaires' doivent être au format xls, pdf ou csv. Je ne sais pas si d'autres fonctionnent. La liste devrait s'afficher quand on met quelque chose d'un mauvais format mais cette liste est vide. Les 3 formats cités sont ceux qui ont fonctionné pour moi.
Pour la catégorie "réutilisation" : je ne m'en suis jamais servi. Comme je fais ça à titre personnel, j'ai un adresse mail publique et le site le voit et me refuse la publication. Mais comme vous devez avoir une adresse mail pro (vous ou la personne à l'INSERM) vous devriez pouvoir diffuser.
Et comme je vous l'ai déjà dit : ETALAB et SPF suivent ce qui est fait sur ces (ses?) sites. Il y a même un classement des meilleures "réutilisations". Donc ils y regardent et remontent ce qui est intéressant

Vous n'avez pas trouvé les données du github que je vous ai envoyé correctes? Vous parlez de "règle graduée". Je pensais que les données de JHU étaient correctes.
Bonjour ,

J'ai lu et étudié vos 6 lettres. Pas mal du tout. Un peu complexe pour une diffusion grand public : faut quand même avoir une certaine connaissance à la fois du virus (moi ça fait 2 mois et demi que je m'y intéresse donc je cerne un peu le sujet mais comme déjà indiqué, je n'ai aucune compétence médicale dans quelque domaine que ce soit) et en mathématiques (ou physique ou biologie ...). Les R0, dérivées etc ... tout le monde ne comprendra pas. C'est pour public initié.
Dommage que vous ne vous fassiez connaitre sur le site que maintenant : aux alentours du 11 Mai quelqu'un sur le fil 'données hospitalières' avait demandé comment voir arriver la 2e vague. Personne ne lui avait répondu. Il avait relancé et je lui avais fait une réponse. Vos lettres les apportent, ces réponses.
Autre point : pourquoi avoir pris les données de la JHU et non pas celles disponibles sur ce même site ("données hosp" et "sursaud").
Pour les données étrangères, je suis d'accord mais pour les françaises, on a tout ce qu'il faut.
Est-ce que les chiffres ne correspondent pas entre eux? C'est tout à fait possible : je n'ai pas contrôlé que les données françaises et de la JHU sont les mêmes. Ce serait intéressant de regarder.
Toujours est-il : merci pour vos travaux
Merci pour vos appréciations qui m'encouragent à continuer. Je dois cependant avouer que je barbote un max dans le site de l'Agence Nationale de Santé. Je suis allé voir sur "données hospitalières" et "sursaud" et n'y ai pas trouvé clairement ce que JHU et world in data appellent "nombre de cas déclarés". Je n'y vois que le nombre des passages par les urgences et par SOS médecins...
Depuis la fin du confinement je dispose de moins de temps, je suis en Corrèze à Collonges la Rouge et bien occupé par des activités bénévoles dans l'association des Amis de Collonges dont je vous invite à visiter le site internet et la page facebook. 
Une question encore, je vois que l'on peut poster des contributions sur "réutilisation" ou  "ressource commentaire". Que me conseillez-vous ? Bien cordialement. 

Bonjour,

Pour vous c'est plutôt "réutilisations" que "ressources communautaires".
Les "ressources communautaires" sont de fichiers qu'on met à disposition de la communauté pour qu'elle puisse travailler avec. Par exemple moi sur 'données hosp' je fournis tous les soirs le même fichier que celui des données hosp en ajoutant le nombre de décès en ehpad (mais pas ventilé par département/age ... car il n'y a pas, sauf à aller sur chaque ARS et rechercher), la différence entre J et J-1 (utile quand on était en phase ascendante de l'épidémie fin mars et courant avril) ainsi que les chiffres annoncés officiellement tous les soirs de décès (hôpitaux & ehpad), lits occupés, lit de réa et retour à domicile. Des gens s'en servent par la suite pour faire ... ce qu'ils veulent.
Vous, c'est une publication. Vous réutilisez les données pour faire votre document. Par la suite personne ne va utiliser votre ressource pour faire des réutilisations. Pas en terme de données "brutes". Par contre on peut commenter ce que vous faites.
C'est comme cela que j'ai compris la différence entre 'réutilisations' et 'ressources communautaires'
Je regarderai ce point des 'confirmés' et des fichiers mis à disposition ("ressource" comme dit par le site, ce qui me conforte dans mon explication juste au dessus)
Bonjour 
merci pour le conseil "réutilisation". Nous allons le suivre.
Nous venons d'étudier le cas de la Guyane, lettre n°7 que je viens de poster sur LinkedIn et de charger sur wetransfer (Lien du téléchargement https://we.tl/t-xvpKNaPcu2 ) . Pour Mayotte c'est très intéressant, mais il  y a encore beaucoup de données à transcrire... Bien cordialement. François 
Bonjour ,

Comme indiqué précédemment, je viens de vérifier si nous avions les données que vous cherchez à disposition. Et oui : ce sont bien les données disponible dans les fichiers sursaud
Je vous ai mis à disposition le graphe que j'obtiens avec ces données-ci. C'est le fichier dans 'ressources communautaire' en jpg qui s'intitule 'Cas confirmés recensés en Guyane'
Par contre il y a encore une erreur grossière : une fois encore (SPF avait fait la même et fait la diffusion sur le site du gouvernement, j'avais du leur écrire pour corriger -je ne sais pas si c'est moi qui leur ai fait remarquer l'erreur ou si j'étais l'un de ceux qui, je ne veux pas m'attribuer la paternité d'une chose qui n'est peut-être pas de moi- ce qui avait été fait 3 jours plus tard) le chiffre remonté est double de ce qu'il devrait être : 282 au lieu de 556.
ARS Guyane cumule la classe d'âge 0 et les classes d'âge A B C D & E. Or 0 esst déjà le cumul de A B C D & E.
Donc on compte 2 fois les classes d'âge A B C D & E. Pas tout à fait puisque comme indiqué sur les fichiers sursaud parfois les classes d'âge ne sont pas renseignées. Ce qui fait que 0 > A+B+C+D+E
Je contrôle avec le fichier des tests labo ... Si je ne vois rien d'incohérent je ne rediffuse pas (pas la peine d'alourdir les échanges inutilement ...)
Pardon : une précision supplémentaire : je n'ai pas refait le graphe avec juste la classe d'âge 0 : le graphe aura exactement la même 'forme'. Le fait de diviser par 2 ne change pas la forme d'une courbe mais juste ses valeurs min et max (et toutes celles entre bien sûr).
Et dans le laps de temps j'ai eu le temps de regarder les fichiers 'test labo de villes' et on ne peut rien en déduire avec la Guyane : il y a trop peu de données à la fois en nombre de tests et en nombre de test positifs. La courbe n'est absolument pas celle remontée par l'ARS Guyane. Il doit donc bien s'agir des données de 'sursaud'. ça correspond tout à fait. En plus il est indiqué au dessus que les données 'test de ville' ne doivent être prises en compte que depuis le 29 Mai (pas tout à fait exact je pense car il faut faire un mix entre 'sursaud' et 'test labo' vers cette date : avant on n'utilise que 'sursaud' et petit à petit on bascule vers 'test labo' en ayant parfois des 2.
Merci pour ce graphique, les données que j'avais extraites du diagramme en bâtons de l'ARS étaient légèrement inférieures (par exemple 470 le 1er juin au lieu de 520 environ sur ce graphique. Mais la tendance est bien la même. Pour Mayotte, l'analyse donne quelques surprises. Je posterai les résultats avec le reste dans les réutilisations. A bientôt. François
Je viens de vous mettre les données triées à disposition dans un fichier csv (Cas confirmés Guyane.csv)
Pour la différence entre le graphe et le tableau : aujourd'hui on peut très bien nous afficher X nouveaux cas et dans 5 jours nous dire que c'était Y parce que certains établissements n'avaient pas encore envoyé leurs données. En plus si j'ai raison sur l'histoire de *2, l'écart entre 'vos' valeurs et les 'miennes' va se réduire de moitié ...
Bonjour . Merci de ce graphe, en ligne avec les données que j'avais prises directement sur le site ARS Guyane. D'autre part, ma coéquipière de l'INSERM s'est chargée de mettre nos lettres sur ce site, ils sont présentement dans la rubrique "ressources communautaires". Pensez-vous important de les déplacer vers la rubrique "réutilisations" comme vous me l'aviez recommandé ? Enfin, nous abordons maintenant le problème posé par la divergence possible entre les courbes "décès" et "cas confirmés". Avant de passer à d'éventuelles explications, nous allons faire un tour d'horizon de divers pays (USA, Iran, Russie) ou états (Californie, Texas...), pour voir l'éventuelle généralité du problème. Je vous tiendrai informé. 
Bonsoir,

Je ne vois pas vos publications. Est-ce déjà fait ou cela va-t-il se faire prochainement?
Sinon : non cela n'a pas grande importance. Je ne crois pas.

Pour les USAs : comme cela fait un petit moment que je les suis : attention aux chiffres. JHU donne (je rouvre mon fichier Excel ...) presque 22000 (21993) décès à New York City alors que la ville de New-York n'en compte 'que' 17245.
La différence vient du fait que JHU compte les 'probables'. Pas la ville de New-York.
Il y a 4 cas possibles : les non infectés, les infectés de façon certaine parce qu'ils ont passé le test PCR et les cas 'on n'est pas sûr'
S'il y a 4 cas possibles  c'est parce que les personnes venant à l'hôpital (ou tout autre centre de santé) qui ont les symptômes sont déclarés 'suspectes'.
Mais si une personne décède et que sur l'acte de décès la cause indiquée est 'covid-19' ou 'coronavirus' alors qu'il n'y a pas eu de test pour confirmer, alors c'est un cas 'probable'
La nuance est subtile, est-elle vraiment nécessaire? je n'en sais rien; toujours est-il que la différence à New-York est là.
Donc bien faire attention aux chiffres choisis ; avec probables dans les 2 cas (décès/confirmés) ou sans ; sinon cela n'aura pas trop de sens (moins)
Il y a aussi un certain retard pour les données aux USAs. On pourrait croire qu'un système 'occidental' / 'moderne' / 'à la pointe de la technologie' ... ait des remontées rapide et un système de gestion centralisée mais il n'en est rien.
Quand le fichier JHU était encore lisible (il y a marqué qu'ils ne peuvent plus le présenter autrement tellement il y a maintenant de données) on voyait apparaitre d'un jour sur l'autre de nouvelles lignes : Ile de Guam, Iles Marshall etc. Je me souviens bien de ces cas. Puis l'armée américaine a ajouté ses données (Navy, Marines ...) puis retirées, puis remis au niveau des états eux-mêmes etc. ça faisait des courbes un peu 'bizarres' : obligé d'ajouter des états n'existant pas (Navy n'est pas un état mais il faut bien compter les décès et contaminés) ...
Bonjour 
Oui elles sont chargées mais c'est le parcours du combattant pour les trouver. Cela doit être plus simple avec réutilisations et nous allons essayer.
Je suis heureux que vous suiviez attentivement les USA. Je voudrais faire l'étude comparée de quelques états, dans le même esprit que ce que nous avons fait pour les régions françaises. Le premier problème est celui d'avoir des jeux de données comparables. Ayant commencé par le Texas j'ai trouvé sur wikipedia une grosse incohérence entre la somme des cas journaliers et le total des cas déclarés. Ce dernier a l'air plus crédible, il est voisin de celui publié par le New York Times et de celui donné par le site de la Kaiser Family Foundation. Sur le site de KFF on trouve les données de tous les états , mais savez-vous s'il est fiable? 
En quelques mots, je m'intéresse à la divergence qui apparait progressivement entre l'évolution du total des cas déclarés et celle du nombre de décès. Je l'ai observée, jusqu'à présent, pour l'Iran et les USA. Et il y en a certainement d'autres! Est-ce l'effet des campagnes massives de tests, ou autre chose ? 
Bonjour ,

Je n'ai malheureusement aucun moyen,de savoir si les données sont fiables. Je pourrai (devrai pouvoir) vous répondre dans quelques jours au sujet de JHU car je suis en relation avec SPF et ARS Guyane pour le souci de chiffre doublé.
SPF m'a répondu, 2 fois (la 1e pour dire 'on transmet à qui de droit') et je leur ai expliqué le souci.
Le truc c'est que JHU reprend les chiffres fournis par SPF (ou ARS Guyane) et donc le chiffre de 556 est mentionné au lieu de 282. Si j'ai raison bien sûr.
Pour le cas où j'aurai raison, cela signifie que JHU donne une mauvaise info. Parce qu'un organisme officiel leur fournit.
Je pense qu'il en est de même pour KFF.
Mais si vous voulez des données fiables, il faut prendre celles de l'OMS. Indiscutables. Mêmes si elles sont 'fausses', ce sont elles qui font quand même référence.:)
Bonjour
Nous avons trouvé un site très bien fait pour les USA et les états de l'union Covid tracking center. Il y a tout ! Et en particulier les historiques qui permettent de suivre la dynamique de la pandémie. Cela nous a permis de progresser sur le taux de visibilité, dont la croissance est liée à l'intensification de la campagne de dépistage. Vous trouverez nos dernières lettres, soit sur LinkedIn, soit grâce par wetransfer (lien du téléchargement : https://we.tl/t-uiFTHlYqx6). J'aurais aimé suivre les derniers développement dans le département de la Mayenne, mais c'est toujours le parcours du combattant sur le site SPF. J'ai renoncé à suivre la situation de Mayotte, après un échange de courriels qui m'a appris que la responsabilité de l'information n'est pas dans les mains de l'ARS Mayotte mais dans celle de SPF-Mayotte (qui a consenti à me demander ce que je voulais, mais n'a pas donné suite. Par moments je préfèrerais encore être un citoyen américain! 

Bonjour 
aujourd'hui deux bonnes nouvelles. 
- Mathilde m'a donné le lien pour trouver l'ensemble de nos lettres, qui sont bien sur le site https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-de-la-carte-de-vigilance-covid-19. Pour les trouver il suffit d'entrer Corona Circule dans la fenêtre de recherche.
- l'impact du dépistage sur l'évolution du nombre de cas déclarés est facile à suivre. Il faut introduire un paramètre qui représente le degré de caractère aléatoire des tests. On voit ainsi croître le degré de visibilité de l'épidémie si ce caractère n'est pas nul...  Les données de la Suède (lettre 10) et de la Belgique (travail en cours) indiquent une campagne de tests qui évolue vers un caractère aléatoire affirmé. A quand la France ? 
Bonjour,

Vu. Comme nous discutions sur ce fil, je ne cherchais pas sur "Données de la carte de vigilance COVID-19"
Il faut dire qu'il y a une 10aine de sites officiels (et bien plus non officiels) alors ça commence à devenir difficile de tout suivre.
Bonjour 
Le chef de l'état a annoncé dans son discours du 14 juillet que le R0 de l'épidémie venait de repasser au-dessus de 1. J'essaie de comprendre ce propos qui contredit pour l'instant le résultat du travail d'analyse que nous faisons depuis le début de l'épidémie.... J'ai cherché l'origine de ce propos dans les bulletins de Santé Publique France, et j'y ai trouvé sur la page d'accueil un "point sur la circulation" du 9 juillet qui mentionne, "pour la France métropolitaine, un R  effectif significativement supérieur à 1 " tout en mentionnant l'impact possible de la campagne de tests sur l'augmentation du nombre de tests. Savez-vous où l'on trouve sur le site SPF les analyses qui permettent le suivi de ce R effectif ? 
En explorant le site SPF, je suis allé sur la base de données GEODES qui semble très complète. J'ai pu y trouver les données de tests qui sont nécessaires pour évaluer l'impact de la campagne de tests sur le nombre de cas. Petit problème : je n'y ai pas trouvé le suivi du nombre de cas dans les départements ou les régions. Comment ont-ils pu faire le bilan national ??? Je m'interroge... 
Bien cordialement 
Bonjour,

Sur ce même site, data gouv, vous avez plusieurs références. Tout dépend de votre besoin.
Le mieux est de faire une recherche  tout à fait en haut de la page et de rechercher "covid" (ou "coronavirus" mais "covid" semble plus 'fourni'). Vous aurez tout un tas de fils de discussions et surtout de jeux de données. Prenez celles de préférence avec un logo type 'gouv' ou 'SPF' ou 'ETALAB' ou 'Ministère de ceci'.
Vous devriez trouver ce que vous cherchez
SPF ne met pas à disposition les données brutes : il faut lire les tableaux et se le retaper sur fichier pour les avoir.
Ou alors il faut aller sur GEODES, mais il faut reconstruire jour après jour.
Ce site a au moins l'avantage de regrouper tous les jours en 1 seul fichier.
Bonjour
je reprends avec plaisir le fil de la discussion. je suis allé voir GEODES, c'est bien fait, mais les chiffres sur les tests ne sont pas ceux que l'on trouve ici à la page "cartes et données". Je vais donc oublier GEODES et courageusement retaper toutes les données.... décourageant !!!. 
L'impact des tests sur le nombre de cas déclarés est quantitativement confirmé. La remontée actuelle du nombre de cas en France est pour l'essentiel due à l'accélération de la campagne de tests, la remontée de R0 est faible et semble se stabiliser bien en-dessous de la valeur fatidique 1. Donc, démenti de la valeur donnée au doigt mouillé par le chef de l'état et reprise en chœur par tous les media.
Bonjour 
le suivi du taux de positivité semble permettre d'anticiper l'évolution de R0. L'analyse que nous faisons, basée sur la courbe des décès, confirme - avec retard - l'accélération constante de la circulation du virus. Je suis tombé au hasard des méandres du site GEODES sur une courbe d'évolution du Reffectif qui donne des valeurs plus élevées et sur laquelle le chef de l'état a pu baser son discours du 14 juillet. Savez-vous comment est faite cette analyse (= modélisation) de la dynamique de circulation ? 
D'autre part, sur GEODES, cartes et données je viens de remarquer que certaines données (je cherchais les décès Ile de France) apparaissent arrondies; pour trouver la valeur exacte il faut cliquer sur la carte... 

Annotation : Questions ou remarques d'usagers (Autre)