Jeu de données : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19
Titre : Source des données
Date : 2020-12-09 15:42

Bonjour,
pour ma thèse, j'ai quelques questions, que je n'ai pas pu clarifier avec ma recherche sur cette page: Comment Santé publique France obtient-elle les données communiquées sur le nombre de patients hospitalisés, nombre de personnes actuellement en réanimation ou soins intensifs, nombre cumulé de personnes retournées à domicile, nombre cumulé de personnes décédées? Les données sont-elles communiquées directement par les hôpitaux ou par l'intermédiaire des ARS et DGS ? Existe-t-il une base juridique? Merci beaucoup!
Bonjour,

Un tout début de réponse ici : https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19/covid-19-notre-action
Pour suivre la covid-19 depuis fin mars je dirai : les info sont remontées par les services hospitaliers (hôpitaux + cliniques, labos, sos médecins, ...) aux ARS puis à SPF mais comme il s'agit d'une thèse, il vaudrait mieux pour vous avoir quelque chose de plus officiel que mon simple avis de membre de la communauté. Si jamais ETALAB ne vous répond pas, je vous incite à aller sur le site de SPF (lien déjà communiqué) et à leur écrire directement (en bas de leur site il y a "nous contacter"
Pour la base "officielle" c'est GEODES (https://geodes.santepubliquefrance.fr/#c=home)
Merci beaucoup ! La référence au site GEODES m'a beaucoup aidé. J'y ai découvert que la source des données de l'hôpital est une base de données appelée SI-VIC, où les services médicaux d'urgence, les cellules médico-psychologiques d'urgence et le personnel des premiers services peuvent entrer les données. Les autorités régionales de santé, le ministère de la santé et les ministères de l'intérieur, de la justice et des affaires étrangères peuvent accéder aux données. La base juridique est fournie par l'article. L3131-9-1 CSP et art. R3131-10-1 et R3131-10-2 CSP.
Bonjour,

Attention : SI-VIC a été fait pour les victimes des attentats en France (Système d'Information des VICtimes)
Pour les besoins de la covid-19 comme il n'y avait rien de prévu ce système a été utilisé par "défaut" d'autre chose. Depuis le printemps un autre système d'information a été mis en place : SI-DEP (SI-DEPistage), puis COVIPREV et CEPIDC. Je pense que COVIPREV et CEPIDC existaient déjà avant et qu'ils sont utilisés en ayant procédé à quelques mises à jour.
Si vous voulez récupérer toutes les informations de ce site (ETALAB) concernant la covid, vous devez aller tout en haut et dans la zone de recherche 'organisation' vous recherchez "santé publique france" (inutile de tout taper, le site vous le proposera au bout de quelques lettres)
Bon : tous les jeux de données n'y sont pas : il y en a qui ont été et qui ne sont plus, parmi eux, certains ne remontent plus lors de la recherche. Et si on ne s'est pas fait de raccourci ou favori, ils sont perdus.
Tout dépend de votre besoin et de votre sujet de thèse (la maladie elle-même ou le traitement qui en est fait ...)
Quand vous aurez fait cette recherche et aurez vu les résultats, ensuite il faut creuser pour trouver les informations avec soit le site ETALAB lui-même, soit SPF (y compris GEODES) soit les ARS etc (les journaux servent aussi pas mal pour les cas particuliers de certaines régions ou certains départements). Mais en règle générale SPF donne les informations. Il faut juste creuser. Mais ça fait partie du "boulot" de thésarde non? :)
En me relisant : "un autre système a été mise en place" ne signifie pas "annule et remplace" mais plutôt "complète".  SI-VIC existe toujours (malheureusement)
Je viens de lire les articles législatifs et réglementaires que vous citez et cela confirme (plus ou moins et plutôt plus que moins) ce que je disais : ces articles datent d'avant la crise. Depuis de nouveaux décrets, lois etc ont été rédigés dans l'urgence. Pour permettre l'état d'urgence (sanitaire) les nouveaux SI etc. Il vous faudra donc rechercher ces articles également si nécessaire pour votre thèse. Il y en a eu en mars (confinement 1) en mai (sortie du confinement mais avec extension de l'état d'urgence jusqu'en juillet je crois me souvenir) puis fin août pour la rentrée scolaire, mi septembre pour préparer le couvre-feu puis encore mi octobre pour le confinement phase 2 et probablement d'autres dont nous n'avons jamais entendu parler. Mais on ne doit pas pouvoir bloquer des gens chez eux dans une démocratie sans une tonne de paperasse. Bon courage ...
Bonjour,

J'ai également vu les systèmes les plus récents. Cependant, je pense que SI-DEP ne concerne que les données de notification épidémiologique pour Covid-19, CEPIDC concerne les données de certification électronique des décès liés à COVID-19, et COVIPREV concerne les données expérimentales liées aux changements de comportement et de santé mentale au cours de l'épidémie de COVID-19. Mais je ne m'intéressais qu'aux données des cas hospitaliers. À mon avis, ils ne sont inclus que dans le SI-VIC. SI-VIC signifie aussi non seulement système d'information pour le suivi des victimes d'attentats, mais aussi situations sanitaires exceptionnelles : https://esante.gouv.fr/projets-nationaux/si-suivi-des-victimes-dattentats-et-de-situations-sanitaires.

Il est écrit ici (https://www.epiconcept.fr/en/produit/sivic/) que le SI-VIC est utilisé par les établissements de soins de santé dans le contexte de la pandémie COVID-19 pour fournir un recensement des patients hospitalisés, en particulier dans les unités de soins intensifs, afin de permettre une surveillance en temps réel de l'impact sur les soins (lits d'hôpitaux, soins intensifs, décès). Je pense donc que tous les systèmes mentionnés sont utilisés en parallèle, en fonction des données nécessaires.
Vous avez probablement raison (d'ailleurs je ne dis pas le contraire). Je faisais référence à des discussions qui ont eu lieu au tout début de l'épidémie début mars voire mi mars indiquant que SI-VIC n'était pas adapté pour recueillir les informations des patients covid. Donc la question est : est-ce que c'était prévu mais pas adapté (dit autrement : est-ce qu'il manque des tables? des colonnes ? ou autre dans la base de données)  parce qu'on n'en avait encore jamais eu besoin ou est-ce que ce n'était pas du tout prévu au départ? En ce qui me concerne cela ne changera rien à mon niveau. Par contre je me souviens qu'au cours de ces échanges il avait été indiqué qu'il avait fallu faire des mises à jour en catastrophe pour permettre l'intégration des patients covid dans SI-VIC. Ces discussions étaient entre hommes politiques,  pas entre nous.
Il faudrait savoir quand les pages ci-dessus mentionnées ont été mises à jour : si avant crise covid alors ok, c'était prévu, si après,  le doute perdure
Je vois ce que vous voulez dire. Merci pour les informations supplémentaires !
Bonjour,

Si on regarde le jeux de données des indicateurs ou des tests, en en-tête des jeux il y a cela :
"La création de ce système d'information est autorisée pour une durée de 6 mois à compter de la fin de l'état d'urgence sanitaire par application du décret n° 2020-551 du 12 mai 2020 relatif aux systèmes d’information mentionnés à l’article 11 de la loi n° 2020-546 du 11 mai 2020 prorogeant l’état d’urgence sanitaire et complétant ses dispositions."

Annotation : Source des données incorrecte ou imprécise (Fiabilité )