Résume les motivations suivantes invoquées par la Cour pour statuer

Examen du moyen 
 
 Sur le moyen relevé d'office
 
 11. Après avis donné aux parties, conformément à l'article 1015 du code de procédure civile, il est fait application de l'article 620, alinéa 2, du même code.
 
 Vu les articles 1134, alinéa 1er, du code civil dans sa rédaction antérieure à celle issue de l'ordonnance n° 2016-131 du 10 février 2016, L. 145-33 à L. 145-36 et R. 145-23 du code de commerce, 71 et 122 du code de procédure civile : 
 
 12. Aux termes du premier de ces textes, les conventions légalement formées tiennent lieu de loi à ceux qui les ont faites.
 
 13. Il résulte des articles L. 145-33 à L. 145-36 du code de commerce qu'à défaut d'accord des parties sur le montant du loyer du bail renouvelé, celui-ci est fixé judiciairement à la valeur locative.
 
 14. Selon l'article R. 145-23 du code de commerce, les contestations relatives à la fixation du prix du bail révisé ou renouvelé sont portées, quel que soit le montant du loyer, devant le président du tribunal judiciaire ou le juge qui le remplace. Les autres contestations sont portées devant le tribunal judiciaire qui peut, accessoirement, se prononcer sur ces demandes.
 
 15. Aux termes de l'article 71 du code de procédure civile, constitue une défense au fond tout moyen qui tend à faire rejeter comme non justifiée, après examen au fond du droit, la prétention de l'adversaire.
 
 16. Aux termes de l'article 122 du même code, constitue une fin de non-recevoir tout moyen qui tend à faire déclarer l'adversaire irrecevable en sa demande, sans examen au fond, pour défaut de droit d'agir, tel le défaut de qualité, le défaut d'intérêt, la prescription, le délai préfix et la chose jugée.
 
 17. Le pourvoi pose la question préalable de la qualification du moyen soulevé par l'une des parties à un bail commercial pour s'opposer à une demande en fixation du prix du bail renouvelé à la valeur locative, au motif que les parties sont convenues d'un loyer comprenant une part variable sans prévoir de recours au juge des loyers commerciaux pour fixer la part fixe ou le minimum garanti à la valeur locative. 
 
 18. L'article R. 145-23 du code de commerce étant applicable à toute demande en fixation du prix d'un bail renouvelé sans exclusion pour les baux stipulant un loyer comprenant une part variable, un tel moyen s'analyse en une défense au fond et non en une fin de non-recevoir.
 
 19. En conséquence, le juge des loyers commerciaux ne peut déclarer irrecevable une telle demande, mais doit l'examiner au fond. 
 
 20. Il en découle une autre question relative à l'office du juge des loyers commerciaux saisi d'une contestation portant sur le prix du bail renouvelé d'un loyer comprenant une part variable.
 
 21. Sur ce point, la jurisprudence a évolué. 
 
 22. La Cour de cassation a, dans un premier temps, jugé que lorsque les parties avaient stipulé un loyer comprenant une part variable, la fixation du prix du loyer renouvelé n'était régie que par leur convention et ne pouvait résulter que de leur accord (3e Civ., 10 mars 1993, pourvoi n° 91-13.418, Bull. 1993, III, n° 30 ; 3e Civ., 27 janvier 1999, pourvoi n° 97-13.366, Bull. 1999, III, n° 22) et que l'office du juge des loyers commerciaux ne pouvait être alors que de constater cet accord sur un nouveau prix, s'il existait, et en absence d'un tel accord, de rejeter les demandes en fixation du prix du bail renouvelé, le bail étant alors renouvelé à l'ancien prix (3e Civ., 7 mai 2002, pourvoi n° 00-18.153, Bull. 2002, III, n° 94), sauf la faculté pour le bailleur de refuser le renouvellement dans les conditions de l'article L. 145-57 du code de commerce (3e Civ., 12 juin 2003, pourvoi n° 02-11.493, Bull. 2003, III, n° 126).
 
 23. Puis, la Cour de cassation a jugé que lorsque les parties sont convenues d'un loyer comprenant un minimum garanti et une part variable, elles peuvent prévoir, par une clause du contrat, de recourir au juge des loyers commerciaux pour évaluer, lors du renouvellement, ce minimum garanti à la valeur locative (3e Civ., 3 novembre 2016, pourvoi n° 15-16.826, Bull. 2016, III, n° 145 ; 3e Civ., 29 novembre 2018, pourvoi n° 17-27.798, publié).
 
 24. En effet, d'une part, les dispositions du code de commerce relatives à la fixation du prix du bail renouvelé étant supplétives de la volonté des parties, celles-ci sont libres de déterminer des conditions de fixation du prix du bail renouvelé excluant une fixation judiciaire à la valeur locative, d'autre part, le juge des loyers commerciaux ne peut déterminer qu'une somme fixe et ne peut modifier la clause de loyer variable, reconduite dans le bail renouvelé.
 
 25. Si les parties qui stipulent une clause de loyer variable manifestent ainsi, en principe, une volonté d'exclure une fixation judiciaire du prix du bail renouvelé à la valeur locative, il en va autrement lorsqu'elles ont exprimé une volonté commune contraire.
 
 26. Dès lors, même en l'absence d'une clause expresse de recours au juge des loyers commerciaux, il appartient à celui-ci, lorsqu'il est saisi du moyen de défense au fond énoncé aux paragraphes 17 et 18, de rechercher cette volonté commune contraire, soit dans le contrat, soit dans des éléments extrinsèques.
 
 27. Ainsi, le fait que toute contestation sur le prix d'un bail renouvelé ne se résolve pas par une fixation judiciaire à la valeur locative et puisse aboutir au maintien du loyer antérieur, les parties pouvant toujours exercer leur droit d'option, ne méconnaît pas le droit d'accès au juge consacré par l'article 6 § 1 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales.
 
 28. Pour déclarer irrecevable la demande en fixation judiciaire du loyer renouvelé, l'arrêt, statuant en appel du juge des loyers commerciaux, retient que l'application de la règle jurisprudentielle selon laquelle la fixation du loyer binaire échappe aux dispositions du statut et n'est régie que par la convention des parties, sauf si elles ont prévu par une clause du bail de soumettre la fixation du loyer lors du renouvellement aux dispositions de l'article L. 145-33 du code de commerce, n'a pas porté une atteinte au droit d'accès de la bailleresse à un tribunal consacré par l'article 6 § 1 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales, dès lors qu'elle a pu saisir le juge des loyers commerciaux qui a examiné sa demande pour la déclarer irrecevable et qu'elle peut saisir le tribunal judiciaire qui reste compétent pour trancher le litige. 
 
 29. En statuant ainsi, alors que la locataire ne soulevait pas une fin de non-recevoir mais une défense au fond, la cour d'appel, qui devait restituer son exacte qualification à ce moyen et rechercher, comme le lui demandait la bailleresse, si les parties n'avaient pas exprimé une volonté commune, en cas de désaccord, de voir fixer judiciairement le prix du bail renouvelé à la valeur locative, la cour d'appel a violé les textes susvisés. 
 
 

1. L'article R. 145-23 du code de commerce étant applicable à toute demande en fixation du prix d'un bail renouvelé sans exclusion pour les baux stipulant un loyer comprenant une part variable, le moyen par lequel une partie à un bail commercial s'oppose à une demande en fixation du prix du bail renouvelé à la valeur locative au motif que les parties sont convenues d'un loyer comprenant une part variable, sans prévoir de recours au juge des loyers commerciaux pour fixer la part fixe ou le minimum garanti à la valeur locative, s'analyse en une défense au fond et non en une fin de non-recevoir. 
2. Il résulte de la combinaison des articles 1134, alinéa 1, du code civil dans sa rédaction antérieure à celle issue de l'ordonnance n° 2016-131 du 10 février 2016 et  L. 145-33 à L. 145-36  du code de commerce que si les parties à un bail commercial qui stipulent une clause de loyer variable manifestent, en principe, la volonté d'exclure une fixation judiciaire du prix du bail renouvelé à la valeur locative, il en va autrement lorsqu'elles ont exprimé une volonté commune contraire. Dès lors, même en l'absence d'une clause expresse de recours au juge des loyers commerciaux, il appartient à celui-ci, lorsqu'il est saisi d'un tel moyen de défense au fond, de rechercher cette volonté commune contraire, soit dans le contrat, soit dans des éléments extrinsèques. 
3. Le fait que toute contestation sur le prix d'un bail renouvelé ne se résolve pas par une fixation judiciaire à la valeur locative et puisse aboutir au maintien du loyer antérieur, ne méconnaît pas le droit d'accès au tribunal consacré par l'article 6, § 1, de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales mais procède de l'autonomie de la volonté des parties