L’infection à VIH est un problème de santé publique majeur en Afrique Subsaharienne (ASS) qui supporte 75% du fardeau lié au VIH/sida pour 13% de la population mondiale. L’ASS a pu bénéficier des avancées importantes comme le traitement antirétroviral (TARV), ce qui a amélioré les indicateurs de performance dans la lutte contre le VIH bien que certaines zones comme l’Afrique de l’Ouest soient à la traîne. Les interventions y sont essentiellement guidées par les recommandations de l’Organisation mondiale de la Santé basées sur des données issues de contextes différents des contextes réels des pays à ressources limitées (PRL). Les données observationnelles y sont rares, spécialement pour les personnes vivant avec le VIH (PVVIH) avec des niveaux de CD4 élevés. Par exemple, les nouvelles recommandations en faveur de l’initiation du TARV pour toute PVVIH quel que soit son niveau de CD4 restent à être validées dans les PRL. La mortalité et l’activation immunitaire chronique (AIC) sont aussi deux sujets importants dans ces populations. L’AIC joue un rôle central dans la progression du VIH; ainsi que le sérotype viral. Par ailleurs, une AIC est rapportée chez les exposés séronégatifs (ESN) comme les partenaires séronégatifs dans les couples hétérosexuels sérodiscordants (CHSD). L’ampleur de cette AIC et sa relation avec l’exposition sexuelle au VIH (ESVIH) ont été très peu étudiées en Afrique. Il en est de même pour l’association entre l’AIC et la vaccination contre la variole (VCV) malgré plusieurs études qui ont rapporté une association positive entre cette vaccination et le système immunitaire des PVVIH.  Cette thèse avait trois objectifs : 1) décrire la mortalité chez les PVVIH naïves de TARV en Afrique de l’Ouest avec un niveau de CD4 initial (à l’entrée dans la cohorte) ≥350/µL et évaluer son association avec ce niveau de CD4, le sérotype viral et le niveau initial d’AIC; 2) comparer le niveau d’AIC des ESN à celui des PVVIH et des contrôles séronégatifs puis évaluer son association avec l’ESVIH; 3) évaluer l’association entre la VCV et l’AIC chez des PVVIH naïves de TARV. Pour l’objectif 1, une étude de cohorte a été menée avec des analyses prenant en compte un risque compétitif (régression de Fine-Gray) et des analyses de survie classique (courbe Kaplan-Meier et régression de Cox) qui ont permis d’estimer respectivement les Hazard ratios de sous-distribution (sHR) et les Hazard ratios traditionels (HR). Deux études transversales analytiques ont été effectuées (pour chacun des objectifs 2 et 3) avec des modèles de régression logistique et linéaire. Les modèles multivariés ont estimé les risques relatifs ajustés en utilisant la méthode du changement des estimés (>10%) en considérant certaines co-variables comme l’âge, le sexe, le niveau d’éducation et la période d’inclusion. La béta-2-microglobuline (β2m) a été utilisée comme marqueur soluble d’AIC. L’étude de cohorte (objectif 1) qui a porté sur 908 PVVIH gambiennes naives de TARV avec un niveau de CD4 initial ≥350/µL a montré un taux d’incidence de décès de 7,5/100 personnes-années (intervalle de confiance à 95% (IC 95%): 6,3-8,9). Le risque de décès était plus élevé pour un niveau de CD4 entre 350-499 par rapport à un niveau de CD4 ≥500 (HR ajusté=1,49; IC95%: 1,07-2,07). Par rapport au VIH-2, la mortalité était plus élevée pour le VIH-1 et pour la co-infection VIH-1+2 (HRa=1,66; IC95%: 1,26-2,81 et 2,15; IC95%: 1,24-3,73, respectivement). L’AIC était aussi associée à une mortalité plus élevée (HRa=3,23; IC95%: 2,01-5,19 pour ceux avec un β2m ≥2,85 mg/L comparativement à ceux avec un niveau <2,85mg/L). L’étude transversale (objectif 2) comparant 54 CHSD et 40 contrôles séronégatifs a montré que l’ESVIH était associée à un niveau d’AIC élevé (>2,2 mg/L) (odds ratio (OR) ajusté=5,36; IC95%: 1,20-23,88); mais pas avec un niveau modéré (>1,81mg/L) (ORa=2,08; IC95%: 0,64-6,75). Finalement, l’étude transversale sur la VCV (objectif 3) qui a porté sur 101 PVVIH naïves de TARV n’a montré aucune association entre la VCV et l’AIC (β ajusté=-0,08; IC95%: -0,80-0,63 pour les vaccinés comparativement aux non-vaccinés). Les résultats de cette thèse suggèrent que la mortalité chez les PVVIH serait réduite par une initiation plus précoce du TARV et par une plus faible AIC mais ne suggèrent pas qu’une infection par le VIH-2 ralentit la progression de l’infection par le VIH-1. Ces résultats permettent aussi de générer des hypothèses sur deux profils d’ESN : les « immunoquiescents » qui pourraient présenter des corrélats de protection contre l’infection à VIH et les « immunostimulables » dont le niveau d’AIC dépend de l’ESVIH. Finalement, la VCV chez les PVVIH ne serait pas associée à la progession du VIH à travers l’AIC. Nos résultats sont trouvés dans un contexte réel avec des mesures techniquement et financièrement accessibles dans les PRL. Ils devraient être facilement reproductibles dans les systémes de santé des PRL.

Mots-clés : VIH , mortalité , CD4 , activation immunitaire , sérotype viral , exposition sexuelle , couples sérodiscordants , vaccination contre la variole