CATIE-AQ/frenchKEYWORDS huggingface dataset:
L’hexokinase (HK) est la première enzyme du métabolisme des hexoses et catalyse la réaction qui permet aux hexoses d’entrer dans le pool des hexoses phosphates et donc par le fait même la glycolyse. Bien que le glucose soit son principal substrat, cette enzyme peut aussi phosphoryler le mannose et le fructose. Malgré son importance dans le métabolisme primaire, l’HK n’a jamais été purifiée à homogénéité sous forme native. Le but de ce travail était donc de purifier une isoforme d’HK à partir de tubercule de Solanum tuberosum et par la suite de caractériser ses propriétés cinétiques. Bien avant que je commence mon travail, un groupe de recherche avait déjà séparé et partiellement purifié trois isoformes d’HK de S. tuberosum. Un protocole d’extraction était donc disponible, mais l’HK ainsi extraite était peu stable d’où le besoin d’y apporter certaines modifications. En y ajoutant certains inhibiteurs de protéases ainsi qu’en modifiant les concentrations de certains éléments, le tampon d’extraction ainsi modifié a permis d’obtenir un extrait dont l’activité HK était stable pendant au moins 72h après l’extraction, en empêchant la dégradation. À l’aide du tampon d’extraction optimisé et d’une chromatographie sur colonne de butyl sépharose, il a été possible de séparer 4 isoformes d’HKs. Par la suite, une isoforme d’HK (HK1) a été purifiée à l’homogénéité à l’aide de 5 étapes de chromatographie supplémentaires. En plus de caractériser les propriétés cinétiques de cette enzyme, l’analyse de séquençage par MS/MS a permis de l’associer au produit du gène StHK1 de Solanum tuberosum. Avec une activité spécifique de 10.2 U/mg de protéine, il s’agit de l’HK purifiée avec l’activité spécifique la plus élevée jamais rapportée d’un tissu végétal.L’ensemble des informations recueillies lors de la purification de HK1 a ensuite été utilisée pour commencer la purification d’une deuxième isoforme (HK3). Ce travail a permis de donner des lignes directrices pour la purification de cette isoforme et certains résultats préliminaires sur sa caractérisation enzymatique.

Mots-clés : Hexokinase , Tubercule de pomme de terre , Purification de protéine , Caractérisation enzymatique , Hexokinase
Le rôle important joué par la mitochondrie dans la cellule eucaryote est admis depuis longtemps. Cependant, la composition exacte des mitochondries, ainsi que les processus biologiques qui sy déroulent restent encore largement inconnus. Deux facteurs principaux permettent dexpliquer pourquoi létude des mitochondries progresse si lentement : le manque defficacité des méthodes didentification des protéines mitochondriales et le manque de précision dans lannotation de ces protéines. En conséquence, nous avons développé un nouvel outil informatique, YimLoc, qui permet de prédire avec succès les protéines mitochondriales à partir des séquences génomiques. Cet outil intègre plusieurs indicateurs existants, et sa performance est supérieure à celle des indicateurs considérés individuellement. Nous avons analysé environ 60 génomes fongiques avec YimLoc afin de lever la controverse concernant la localisation de la bêta-oxydation dans ces organismes. Contrairement à ce qui était généralement admis, nos résultats montrent que la plupart des groupes de Fungi possèdent une bêta-oxydation mitochondriale. Ce travail met également en évidence la diversité des processus de bêta-oxydation chez les champignons, en corrélation avec leur utilisation des acides gras comme source dénergie et de carbone. De plus, nous avons étudié le composant clef de la voie de bêta-oxydation mitochondriale, lacyl-CoA déshydrogénase (ACAD), dans 250 espèces, couvrant les 3 domaines de la vie, en combinant la prédiction de la localisation subcellulaire avec la classification en sous-familles et linférence phylogénétique. Notre étude suggère que les gènes ACAD font partie dune ancienne famille qui a adopté des stratégies évolutionnaires innovatrices afin de générer un large ensemble denzymes susceptibles dutiliser la plupart des acides gras et des acides aminés. Finalement, afin de permettre la prédiction de protéines mitochondriales à partir de données autres que les séquences génomiques, nous avons développé le logiciel TESTLoc qui utilise comme données des Expressed Sequence Tags (ESTs). La performance de TESTLoc est significativement supérieure à celle de tout autre outil de prédiction connu. En plus de fournir deux nouveaux outils de prédiction de la localisation subcellulaire utilisant différents types de données, nos travaux démontrent comment lassociation de la prédiction de la localisation subcellulaire à dautres méthodes danalyse in silico permet daméliorer la connaissance des protéines mitochondriales. De plus, ces travaux proposent des hypothèses claires et faciles à vérifier par des expériences, ce qui présente un grand potentiel pour faire progresser nos connaissances des métabolismes mitochondriaux.

Mots-clés : Mitochondrie , Mitochondria , Prédiction de la localisation subcellulaire , Apprentissage par la machine , Bêta-oxydation , Dégradation des acides gras , Dégradation des acides aminés , Acyl-CoA déshydrogénase , Marqueurs de séquence exprimés , Expressed sequence tags
L’encéphalopathie hépatique (EH) se développe chez les patients atteints d’une maladie du foie et se caractérise par de nombreuses anomalies neuropsychiatriques. L’insuffisance hépatique aiguë (IHA) se caractérise par une perte progressive de l’état de conscience, par une augmentation rapide de l’œdème cérébral et une augmentation de la pression intracrânienne entraînant une herniation cérébrale et la mort. Plusieurs facteurs sont responsables du développement de l’EH mais depuis une centaine d’années, l’hyperammonémie qui peut atteindre des concentrations de l’ordre de plusieurs millimolaires chez les patients atteints d’IHA aux stades de coma est considérée comme un facteur crucial dans la pathogenèse de l’EH.    La présente thèse comprend 4 articles suggérant l’implication de nouveaux mécanismes pathogéniques dans le développement de l’EH et de l’œdème cérébral associés à l’IHA et tente d’expliquer l’effet thérapeutique de l’hypothermie et de la minocycline dans la prévention de l’EH et de l’œdème cérébral:         1. L’IHA induite par dévascularisation hépatique chez le rat se caractérise par une augmentation de la production de cytokines pro-inflammatoires cérébrales (IL-6, IL-1, TNF-). Cette observation constitue la première évidence directe que des mécanismes neuro-inflammatoires jouent une rôle dans la pathogenèse de l’EH et de l’œdème cérébral associés à l’IHA (Chapitre 2.1, articles 1 et 2).  2. L’activation de la microglie telle que mesurée par l’expression de marqueurs spécifiques (OX42, OX-6) coïncide avec le développement de l’encéphalopathie (stade coma) et de l’œdème cérébral et s’accompagne d’une production accrue de cytokines pro-inflammatoires cérébrales (Chapitre 2.1, article 1 et 2). 3. Un stress oxydatif/nitrosatif causé par une augmentation de l’expression de l’oxyde nitrique synthétase et une augmentation de la synthèse d’oxyde nitrique cérébral participe à la pathogénèse des complications neurologiques de l’IHA (Chapitre 2.3, articles 3 et 4).  4. Des traitements anti-inflammatoires tels que l’hypothermie et la minocycline peuvent constituer de nouvelles approches thérapeutiques chez les patients atteints d’IHA (Chapitre 2.1, article 1; Chapitre 2.2, article 2). 5. Les effets bénéfiques de l’hypothermie et de la minocycline sur les complications neurologiques de l’IHA expérimentale s’expliquent, en partie, par une diminution du stress oxydatif/nitrosatif (Chapitre 2.3, article 3; Chapitre 2.4, article 4).

Mots-clés : Insuffisance hépatique aiguë , encéphalopathie hépatique
À partir des ovocytes de la palourde Spisula solidissima, un ADNc codant un récepteur nommé Spi-OAR a été cloné et séquencé. Une analyse de la séquence en acides aminés a indiqué que ce nouveau récepteur possède une forte similarité avec les récepteurs β-adrénergiques et les récepteurs à octopamine. En effet, il est étroitement lié à la classe des récepteurs à octopamine « β-adrénergique-like » couplés à une protéine Gs. L’ADNc de Spi-OAR a été introduit dans un vecteur d'expression (pCEP4) et un épitope reconnaissable par un anticorps commercial a été ajouté au segment N-terminal. Cette construction a été transfectée dans des cellules hôtes (HEK 293) et des études d’immunofluorescence ont montré une expression efficace du récepteur au niveau membranaire. Également, des mesures d'AMPc pour les cellules exprimant Spi-OAR ont révélé une augmentation de ce messager secondaire lors de l'ajout de l'octopamine, et dans une moindre mesure, la tyramine, tandis que la dopamine, la sérotonine et l'histamine n’ont engendré aucun effet. Une légère activité constitutive de ce récepteur dans les cellules hôtes a été observée. De plus, une analyse RT-PCR avec des oligonucléotides spécifiques a révélé l'ARNm de Spi-OAR non seulement dans les ovocytes, mais aussi dans les gonades, le cœur, les muscles adducteurs, les branchies et les ganglions suggérant que ce récepteur soit exprimé de façon ubiquitaire dans divers tissus et dans différents stades embryonnaires chez la palourde. En outre, des études avec des ovocytes isolés n'ont montré aucun effet de l’octopamine sur la réactivation méiotique. Des études éventuelles pourront finalement confirmer le rôle fonctionnel de Spi-OAR.

Mots-clés : Octopamine , Palourde Spisula solidissima , Ovocyte , AMPc
La somme romanesque que représente À la recherche du temps perdu se constitue au prix d’une « recherche » qui est à prendre au pied de la lettre, et qui instaure le sujet connaissant en savant-chercheur face à son objet de savoir. Proust fait en effet du « savoir » la condition même du talent, et fait entreprendre à son héros une exploration qui se présente en priorité comme étant une quête de savoirs.   Ce travail se situe dans le sillage de l’épistémocritique qui étudie l’inscription dans le texte littéraire des savoirs en général, tout en insistant sur les savoirs qui relèvent de la science. Notre but est de dégager la posture épistémique qui caractérise le narrateur de la Recherche face aux divers savoirs qu’il récolte au cours de ses observations.   Le parcours cognitif du narrateur est examiné suivant les quatre grandes étapes de sa recherche, que nous redéfinissons en termes de paradigmes : le paradigme de l’Exploration, qui définit une « épistémologie de l’observateur » ; le paradigme de la Communication, qui définit une « épistémologie de l’homme social » et une « épistémologie de l’homme moderne » ; le paradigme de l’Introspection, qui prépare à l’élaboration d’une « épistémologie du personnage intérieur » ; et enfin, le paradigme de la Vocation, qui rassemble les réponses trouvées par le narrateur à la plupart des questionnements qui auront jalonné son parcours cognitif. Ce dernier paradigme se présente sous la forme d’une « épistémologie de la création », d’une « épistémologie du réel » et d’une « épistémologie du hasard ». Car en dépit d’une démarche qui apparaît soumise aux médiations culturelles, la recherche du héros proustien se présente comme une « pensée de l’imprévisible » : fortement déterminée par la recherche cognitive du protagoniste, elle demeure pourtant irréductible à cette seule recherche.   Nous dégageons, pour terminer, le statut réservé à la science et aux savoirs positifs en regard de la découverte de la vocation, mais aussi par rapport à l’élaboration d’une théorie de la création littéraire : ces deux grands domaines du savoir sont-ils considérés par Proust comme inconciliables avec une priorité évidente de l’un sur l’autre ou, au contraire, participent-ils tous deux d’une manière égale à la connaissance et à la création artistique ?

Mots-clés : Épistémocritique , Littérature et science , Psychologie expérimentale , Inconscient , Conventionnalisme , Crise de la physique , Théodule Ribot , Théodule Ribot , Henri Poincaré , Henri Poincaré
Les cadriciels et les bibliothèques sont indispensables aux systèmes logiciels d'aujourd'hui. Quand ils évoluent, il est souvent fastidieux et coûteux pour les développeurs de faire la mise à jour de leur code.  Par conséquent, des approches ont été proposées pour aider les développeurs à migrer leur code. Généralement, ces approches ne peuvent identifier automatiquement les règles de modification une-remplacée-par-plusieurs méthodes et plusieurs-remplacées-par-une méthode. De plus, elles font souvent un compromis entre rappel et précision dans leur résultats en utilisant un ou plusieurs seuils expérimentaux.  Nous présentons AURA (AUtomatic change Rule Assistant), une nouvelle approche hybride qui combine call dependency analysis et text similarity analysis pour surmonter ces limitations. Nous avons implanté AURA en Java et comparé ses résultats sur cinq cadriciels avec trois approches précédentes par Dagenais et Robillard, M. Kim et al., et Schäfer et al. Les résultats de cette comparaison montrent que, en moyenne, le rappel de AURA est 53,07% plus que celui des autre approches avec une précision similaire (0,10% en moins).

Mots-clés : Évolution de logiciel , Call dependency analysis , Text similarity analysis , Étude empirique
Au cours du développement des végétaux, de l’établissement de l’identité cellulaire des premiers organes au guidage du tube pollinique, la communication cellule à cellule est d’une importance capitale. En réponse, les voies de signalisation moléculaires sont élaborées pour la perception d’un signal extérieur et la transduction en une réponse génique via une cascade intracellulaire. Les récepteurs kinases font partie des protéines perceptrices des stimuli et constituent chez les plantes une catégorie de protéines avec une occurrence considérable, mais dont très peu d’informations détaillées sont disponibles à ce jour. Une famille de récepteurs kinases chez Arabidopsis thaliana, AtORK11 (Arabidopsis thaliana Ovule Receptor Kinase 11), a été identifiée par orthologie à un récepteur spécifique aux ovaires chez une solanacéee sauvage, Solanum chacoense. La fonction présumée de cette famille de récepteurs kinases de type leucine-rich repeat, suggérée par son patron d’expression, implique les événements relatifs au développement des gamétophytes et à la reproduction. Afin de caractériser la fonction des quatre gènes de la famille (AtORK11a, AtORK11b, AtORK11c et AtORK11d) une stratégie d’analyse de mutants d’insertion de l’ADN-T et d’évaluation du mode d’action par complémentation bimoléculaire par fluorescence (BiFC) a été entreprise. Aucune fonction précise n’a pu être attribuée aux doubles mutants d’insertion, par contre la surexpression d’une construction dominante négative indique un rôle dans le développement gamétophytique. Il a aussi été démontré que les quatre récepteurs peuvent interagir par homodimérisation aussi bien que par hétérodimérisation. Une hypothèse de redondance fonctionnelle est ainsi mise à jour parmi la famille des gènes AtORK11.

Mots-clés : récepteur kinase "leucine-rich repeat" , mutant d'insertion ADN-T , complémentation bimoléculaire par fluorescence , transformation par biolistique (bombardement de microparticules)
Cette thèse propose une approche du mémoriel qui interroge la production de la mémoire dans son caractère processuel. Elle comporte trois caractéristiques principales. D’abord, elle met l’accent sur une pluralité des temps qui participe de la production de la mémoire (mais aussi de l’instauration de collectivités et de la production de leurs continuités). Elle place aussi les processus de représentation au cœur de ses questionnements – notamment, elle met l’accent sur les manières par lesquelles la mémoire est constituée par la représentation (au lieu d’examiner les manières par lesquelles la mémoire est représentée). Enfin, elle interroge les manières par lesquelles la production de la mémoire concourt à délimiter, entretenir et faire être des collectivités, et quelles formes de collectivisation sont à cet égard réalisées.  Le premier chapitre expose cette approche de la mémoire en constraste avec une présentation de trois grandes familles d’approches – les approches de la mémoire collective, celles de la mémoire culturelle et les approches présentistes – qui appréhendent la mémoire comme un construit. Il explique aussi comment je mets le mémoriel à profit dans une analyse de surface qui appréhende la constitution des représentations par lesquelles l’ex-hockeyeur Maurice Richard et l’ex-animatrice et auteure Janette Bertrand sont établis comme personnalités publiques, par le biais de technologies et de figures d’individualité publique qui les font être de manières singulières. Dans cette optique, je réalise, dans le deuxième chapitre, une analyse de la constitution de Maurice Richard comme héros, et dans le troisième, un examen de la constitution de Janette Bertrand comme pionnière. Dans le quatrième et dernier chapitre, je constate notamment les effectivités respectives des technologies et des procédés de représentation par lesquels des personnalités publiques sont instaurées. Je mets aussi en lumière que ces technologies et les éléments qu’elles produisent, traversent et mettent en relation, s’appréhendent à chaque fois dans la singularité de leurs rencontres. Je conclus ensuite en mettant en lumière les manières par lesquelles mon approche du mémoriel contribue aux études de la mémoire, lesquelles sont l’objet d’une disciplinarisation croissante.

Mots-clés : Mémoire , Mémoriel , Personnalités publiques , Maurice Richard , Janette Bertrand , Analyse de surface , Technologies , Figures d'individualité publique , Héros , Pionnière , Mémoriel , Maurice Richard , Janette Bertrand , Technologies
Internet change notre manière de traiter l’information. Il change aussi les discours de tous les jours. De plus, des gens ont commencé à écrire, sur le web, des textes qui se sont imposés par la suite au milieu éditorial.  Quel impact Internet a-t-il sur la littérature ? Je me sers de mon corpus (Les chroniques d’une mère indigne de Caroline Allard, Un taxi la nuit de Pierre-Léon Lalonde et Lucie le chien de Sophie Bienvenu) pour répondre à cette question : je cherche à démontrer que le blogue constitue un nouveau genre littéraire.  Internet, d’abord, marque matériellement ce nouveau genre. Ensuite, que le blogue soit présenté sur le web ou dans un livre, il fonctionne essentiellement à partir d’anecdotes qui tournent autour d’un thème central, défini par un blogueur qui se met en scène en tant que personnage.  Ces caractéristiques du blogue permettent de le comparer à deux genres qui lui ressemblent : le journal intime et l’essai.  Le blogue est différent du journal intime à plusieurs points de vue, les plus importants étant le thème développé dans le blogue et le personnage que le blogueur construit. Par ailleurs, il ne peut être considéré comme un type d’essai : son caractère fortement anecdotique lui confère une visée plus narrative et un blogueur ne réfléchit pas sur le monde de la même manière qu’un essayiste.  Bref, le blogue est un genre à part entière, tout jeune, qui se distingue suffisamment du journal intime et de l’essai pour être étudié avec des outils spécifiques.

Mots-clés : blogue , Internet , essai , journal intime , hypertexte , anecdote , études génériques , blog , essay , genre studies
Dans un monde devenu séculier et où la tradition chrétienne est en recul, on est en droit de se poser la question de la pertinence des textes bibliques. En lien avec cette situation, on peut aussi se demander quelle représentation de Dieu émerge de la façon dont on accueille ces textes. Ce type de questionnement sous-tend l’intérêt que peut représenter une approche processuelle des textes bibliques, approche encore peu connue dans le monde francophone. Celle-ci est-elle en mesure d’apporter une certaine nouveauté dans la vision de Dieu généralement proposée en milieu chrétien ? Pour répondre à cela, il a semblé pertinent de tenter l’exercice à partir d’un texte englobant et fondateur. Genèse 2, connu pour raconter la création d’Adam et Ève, est porteur d’images presque stéréotypées à force d’avoir été lu et remâché. À ce titre, il a paru particulièrement approprié. Mais, avant même d’explorer le texte sous un angle processuel, il s’est avéré indispensable de commencer cette démarche par une traduction personnelle du texte hébreu, à partir et avec l’aide d’une analyse syntaxique et textuelle, dont on verra qu’elles ont ouvert le texte à de nouvelles hypothèses de traduction, de nouvelles nuances, comme autant de pistes à confronter à une théologie processuelle. Enfin, cette analyse ne peut se faire sans être en dialogue avec différents commentaires, exégétiques ou non, afin de souligner les convergences comme les divergences rencontrées au fil de la recherche et de la réflexion.

Mots-clés : Genèse 2 , Exégèse , Herméneutique , Interprétation , Théologie processuelle , Procès , Analyse syntaxique , Process
Ce mémoire mélange théorie et fiction pour explorer la technique narrative du “nous” performatif. Le premier chapitre démontre le role du discours dans le processus de formation d’identité, pour éventuellement démontrer que la nature performative du langage est responsable de la creation des constructions sociales du soi et de l’autre. En étudiant les failles de ce système, cet essai tentera de créer une entité narrative libre de ces contraintes. Un second chapitre théorique, après des exemples de fiction, se penchera sur l’entité narrative du flâneur, qui à travers sa relation intime avec la cité, souligne une dichotomie présente dans la relation entre le soi et l’autre. Le flâneur emergera comme un site de traduction dans lequel le “nous” performatif peut prendre action. Toutefois, les limites du flâneur en tant qu’outil narratif l’empêchera d’être la representation ultime de cette dichotomie. Après d’autres exemples de fiction, un troisième chapitre combinera ce qui aura été apprit dans les chapitres précédents pour démontrer que le “nous” performatif et sa dissolution du “je” et du “tu” mène à une narration qui est responsable, consciente d’elle-même et représentative de la réalité urbaine moderne et ses effets sur la création de l’identité.

Mots-clés : performatif , performative , identité , discours , soi , autre , narration , narration , cité , flâneur , flâneur