CATIE-AQ/frenchKEYWORDS huggingface dataset:
Les sels contenant des cations organiques sont une classe importante de composés cliniquement utilisés. Ils possèdent de nombreuses propriétés qui sont utilisées pour des applications biologiques, dont, entre autres, la possibilité de perturber les membranes cellulaires. Dans cette thèse, nous nous intéressons particulièrement au débalancement de l’homéostasie induit par l’insertion de certains sels d’imidazolium dans la membrane phospholipidique. La perturbation membranaire qui en résulte ouvre la porte au développement de certaines applications potentielles, telles que le traitement de maladies provenant des dysfonctions du transport ionique transmembranaire, ou bien comme stratégie émergente pour attaquer efficacement des microorganismes indésirables, comme les bactéries multirésistantes, fléau des temps modernes. Pour ce faire, nous avons démontré le transport transmembranaire d’anions effectué par une nouvelle classe de transporteurs mobiles organiques : des sels d’imidazolium fonctionnalisés par des groupements adamantyles. Le contrôle du processus de transport peut être réalisé par l’ajout de cyclodextrines, qui conduit à la formation d’une entité supramoléculaire incapable de perturber la membrane phospholipidique. L’ajout d’un composé invité compétitif permet de disloquer le transporteur du complexe supramoléculaire et de restaurer l’activité de transport transmembranaire. Ce système a ensuite été étudié pour une application potentielle comme stratégie d’administration de médicament contrôlable. La toxicité des sels d’imidazolium contre des bactéries Bacillus thuringiensis a été démontrée comme étant réversible, selon le même modèle que le transport transmembranaire. Nous présentons également un essai spectroscopique simple qui nous permet de quantifier la perméabilisation des membranes des bactéries Escherichia coli. Cette nouvelle approche permet le suivi de la perméabilisation de la membrane bactérienne, induite par le chlorure de benzalkonium ou par d’autres composés cationiques.

Mots-clés : Sels d’imidazolium , Cyclodextrines , Chimie supramoléculaire , Auto-assemblage , Transport ionique transmembranaire , Membranes cellulaires , Cell membranes
Ce manuscrit résume les travaux qui ont été réalisés dans le cadre de deux thématiques phares du laboratoire du Pr. Charette qui sont la synthèse et la fonctionnalisation de dérivés cyclopropaniques ainsi que la synthèse de composés diazoïques et leur utilisation dans des réactions subséquentes. Il est à noter que l’utilisation de motifs cyclopropaniques est de plus en plus accrue tant dans les composés d’intérêt pharmaceutique que dans les composés destinés à l’agrochimie. De ce fait, le développement de nouvelles méthodologies de synthèse de cyclopropanes diversement substitués et de leur fonctionnalisation sont pertinents. Afin d’accéder efficacement à des cyclopropanes diversement substitués, il a été choisi de s’orienter vers le développement d’une réaction de borocyclopropantion de type Simmons-Smith via l’utilisation d’un carbénoïde de zinc portant une fonction ester boronique de pinacol. Les borocyclopropanes ainsi synthétisés peuvent être engagés dans des réactions subséquentes permettant de créer de nouvelles liaisons C-C et C-O. Par cette approche divergente, il est possible d’obtenir de nouveaux composés cyclopropaniques substitués à partir d’un intermédiaire commun créant ainsi de la diversité structurale. Différentes séries de borocyclopropanes dérivés d’éther allyliques et de styrènes ont pu être synthétisées. Néanmoins, les borocyclopropanes dérivés de styrènes ont été obtenus avec des rendements moyens et des diastéréosélectivités faibles. Ces derniers résultats ont conduit à l’élaboration d’une seconde génération de borocyclopropanation employant cette fois-ci un procédé photochimique induit par un rayonnement UVA en utilisant la technologie de synthèse en débit continu. La mise au point de ce procédé a permis une amélioration significative des rendements pour ce type de transformation. Pour finir, la dernière partie de ce manuscrit est consacrée au développement d’un procédé sécuritaire et efficace de synthèse de diazoalcanes non-stabilisés utilisant également la technologie de synthèse en débit continu. Ce procédé est basé sur l’oxydation d’hydrazones non-protégées par un oxydant métallique immobilisé dans une colonne de verre. Les diazoalcanes ainsi générés sont directement consommés à la sortie du réacteur dans des réactions subséquentes. L’utilisation de la technologie en débit continu prend tout son sens en limitant l’exposition de l’opérateur à des substances très réactives et toxiques que sont les composés diazoïques.

Mots-clés : Simmons-Smith , Borocyclopropane , Carbénoïde de zinc , Photochimie , Débit continu , Composé diazoïque , Simmons-Smith , Borocyclopropane
Une multitude de processus biologiques, dont l’établissement d’un système immunitaire compétant, sont dépendants des bactéries associées au corps humain qui constituent notre microbiote. L’équilibre des espèces bactériennes qui le composent est primordial puisqu’un débalancement est observé dans plusieurs maladies inflammatoires, dont le cancer. De telles perturbations dans l’intestin peuvent même moduler l’efficacité de certaines immunothérapies ou chimiothérapies. Des études récentes indiquent également que des bactéries peuvent être retrouvées à l’intérieur des tumeurs solides chez l’humain, notamment dans le cancer du sein.  Nous avons émis l’hypothèse que la présence bactérienne dans les tumeurs pouvait jouer un rôle dans la progression du cancer du sein, et ce, en présence ou non de traitements. Nos objectifs étaient d’optimiser une méthode de quantification bactérienne par qPCR, de vérifier la présence de bactéries dans les tumeurs d’une cohorte de patients atteints du cancer du sein et de déterminer si nos résultats pouvaient avoir une signification clinique.   Suite à la validation de la technique de quantification, nous avons montré que des équivalents bactériens sont détectables dans plusieurs fragments des tumeurs de notre cohorte et que ceux-ci sont retrouvés en quantité plus élevée dans le tissu normal adjacent à ces tumeurs. Nous avons aussi montré que la détection de bactéries dans les tumeurs est associée à une meilleure survie des patients. De plus, cette amélioration de la survie en présence de bactéries concerne préférentiellement les tumeurs de grade III ou Luminal HER2+.  Nous croyons que l’étude approfondie du microbiote des tumeurs et de la réponse immunitaire anti-tumorale qui y est associée permettra de définir de nouvelles cibles thérapeutiques et pourra mener à l’amélioration des traitements actuels du cancer du sein.

Mots-clés : Cancer du sein , Infiltration bactérienne , Réaction quantitative de polymérase en chaîne (qPCR) , Quantification bactérienne , Gène de l’ARN 16S , Caractéristiques cliniques , Analyse de survie
La lécithine : cholestérol acyltransférase, ou LCAT, est la seule enzyme plasmatique capable d’estérifier le cholestérol des lipoprotéines circulantes, une fonction importante dans la biogenèse des lipoprotéines de haute densité HDL et le transport inverse du cholestérol. Son activité est définie comme le taux d’estérification fractionnel du cholestérol libre (CL) des HDL (FERHDL). Le FERHDL est un biomarqueur candidat du risque cardiovasculaire. La réaction d’estérification implique l’hydrolyse d’un acide gras estérifié à la phosphatidylcholine (PC) et son transfert au CL, résultant en la formation d’un ester de cholestérol (CE) et d’une lysophosphatidylcholine (LPC). L’objectif de ce travail était de faire la preuve de concept d’une nouvelle méthode de mesure de l’activité LCAT par chromatographie liquide couplée à un spectromètre de masse (LC-MS), qui permet d’identifier et quantifier simultanément tous les substrats et produits de la LCAT. Avec la méthode LC-MS, il a été possible de mesurer le FERHDL comme avec la méthode enzymatique (méthode de référence pour le cholestérol libre), mais aussi des changements au niveau de lipides spécifiques. Les LPC étaient de bons marqueurs candidat de l’activité LCAT, leur abondance étant augmentée de plus de 40% suite à l’incubation. L’activité LCAT a aussi été mesurée dans des plasmas humains enrichis de plusieurs doses de LCAT humaine recombinante et les doses de 4 et 8 μg/mL suffisaient à produire des différences significatives, comparées au plasma natif, pour 5 espèces lipidiques outre le CL: les LPC(16:0) et LPC(18:0) et les PC(14:0|18:2), PC(16:0|16:1) et PC(16:0|18:0). Enfin, l’analyse de l’activité LCAT sur des échantillons de plasma humain de la Biobanque de l’Institut de Cardiologie de Montréal (50 témoins et 50 cas ayant une maladie coronarienne athérosclérotique) a permis d’étudier la modulation des espèces lipidiques dans des échantillons plus complexes qu’un groupe de plasma. De ces lipides, la PC(34 :3) était particulièrement intéressante. Son abondance était plus diminuée par l’incubation du plasma à 37°C chez les cas que chez les témoins, ce qui en fait un candidat comme biomarqueur de l’activité de la LCAT. L’application de la LC-MS à l’étude de la LCAT permet donc une meilleure compréhension des changements lipidiques lors de l’incubation du plasma, ce qui ouvre la voie à la découverte de biomarqueurs.

Mots-clés : HDL , Lécithine : cholestérol acyltransférase , Spectrométrie de masse , LC-MS , Cholestérol , Lipidomique
Les crises de colère sont un comportement problématique fréquent chez les enfants autistes qui induit du stress chez les parents, cause de l’exclusion dans les milieux de garde et est souvent ciblé par les interventions comportementales intensives. Toutefois, peu d’études ont comparé d’un point de vue qualitatif et quantitatif les crises d’enfants autistes à celles d’enfants ayant d’autres conditions pédopsychiatriques. La fréquence, la durée, l’âge du début, les déclencheurs, les facilitateurs, les composantes comportementales, les réponses parentales et la perception des parents sur l’impact des crises à la maison ont été récoltés. Des corrélations entre diverses caractéristiques cliniques et sociodémographiques, et la fréquence des crises ont également été analysées. 48 enfants autistes et 47 enfants ayant diverses conditions pédopsychiatriques (la plupart un retard de langage), âgés de 2 à 5 ans, ont été recrutés. Les résultats montrent que le groupe autiste avait une fréquence plus élevée de crises sans déclencheur apparent et une plus grande proportion d’enfants ayant des crises semblant être déclenchées par des difficultés d’expression, faisant des demandes pendant les crises, recevant ce qu’ils demandent de leurs parents durant les crises. Aucune autre différence significative n’a été trouvée. La fréquence des crises était corrélée de manière significative et similaire dans les deux groupes à l’impact des crises à la maison. Ces résultats suggèrent que l’autisme ne favorise pas nécessairement les crises davantage que d’autres conditions pédopsychiatriques, que les crises ne sont pas un bon indicateur pour différencier les troubles pédopsychiatriques à l’âge préscolaire, mais que des difficultés de communication pourraient jouer un rôle dans les crises d’enfants autistes. Cette étude est également la première à inclure une description détaillée des crises dans un groupe d’enfants autistes.

Mots-clés : Autisme , trouble du spectre de l’autisme , crises , crises de colère , problèmes comportementaux et émotionnels , enfants préscolaires
Le syndrome de Leigh version canadienne-française (LSFC) est une maladie mitochondriale rare causée par la mutation du gène LRPPRC (leucine-rich pentatricopeptide repeat motif containing). Le LSFC est caractérisé principalement par une déficience tissu-spécifique (cerveau et foie) en cytochrome c oxydase (COX), ainsi que par des crises potentiellement fatales d'acidose lactique. Ces crises, qui entraînent la mort de 80% des enfants atteints avant l’âge de 4 ans, peuvent être déclenchées, entre autres, par une infection/inflammation et une surcharge nutritionnelle. À ce jour, aucun traitement existe pour prévenir ces crises. Cette étude vise à caractériser l’impact d'un stress de type inflammatoire et nutritionnel (SIN) sur la mort cellulaire et la fonction mitochondriale dans des fibroblastes de peau de patients atteints de LSFC, de même que l’aspect cérébral chez la souris déficiente en LRPPRC hépatique (HKO). Nous supposons que la mutation de LRPPRC : 1) Entraîne une susceptibilité accrue à un SIN, laquelle est associée à une dysfonction mitochondriale et une mort cellulaire augmentée; 2) Exerce un impact cérébral chez la souris HKO. In vitro, la fonction mitochondriale et la mort cellulaire ont été évaluées 24h après l’exposition à un SIN induit par le facteur de nécrose tumorale alpha (« tumor necrosis factor alpha »; TNF-α) et le palmitate. Le potentiel membranaire (∆Ψm), la production des espèces réactives oxygénées (ERO), la capacité de rétention calcique (CRC) et la respiration cellulaire ont été mesurées afin de caractériser la fonction mitochondriale. L’impact des acides gras oméga-3 (O3), un composé anti-inflammatoire, sur la mort cellulaire et la fonction mitochondriale a également été étudié.  Ex vivo, les populations globale, neuronale et astrocytaire ont été évaluées dans les cerveaux des souris HKO et sauvages (« wild type » ; HWT). Nos résultats démontrent que la dysfonction mitochondriale associée à la mutation du gène LRPPRC rend les fibroblastes moins capables de répondre au SIN. En conséquence, des taux plus élevés de mort cellulaire ont été observés chez les fibroblastes LSFC par rapport aux témoins. Aussi, les acides gras O3 exercent un effet bénéfique par rapport à la modulation de la mort cellulaire et au ∆Ψm. Finalement, l’ablation du gène LRPPRC hépatique cause une perte neuronale dans le tronc cérébral des souris HKO. Notre étude a permis d’identifier certains mécanismes cellulaires impliqués dans la physiopathologie du LSFC. Le rôle thérapeutique potentiel des acides gras O3 devra être considéré dans les recherches futures entourant la maladie.

Mots-clés : Acidose lactique , LRPPRC , cytochrome c oxydase , fibroblastes , palmitate , TNF-α , inflammation , nutrition , oméga-3 , mitochondria
Bien que l’allaitement exclusif durant les six premiers mois de vie du nouveau-né soit recommandé par les instances nationales et internationales, les mères québécoises n’atteignent pas encore cette cible. Les programmes de formation initiale en santé présentent des lacunes ne permettant pas aux futurs professionnels de santé d’acquérir les compétences en allaitement afin de promouvoir, protéger l’allaitement, et soutenir les mères allaitantes au-delà de la maternité. Un référentiel commun de compétences transversales en allaitement, qui pourrait être utilisé par divers programmes de formation initiale, est souvent recommandé. Cette étude visait l’atteinte d’un consensus d’experts québécois en allaitement et en enseignement de diverses disciplines de santé sur les objectifs transversaux minimaux en allaitement à maitriser dans la formation initiale des futurs professionnels de la santé. Une méthode Delphi a été utilisée pour guider et assembler les opinions du groupe d’experts, à travers trois rondes, vers un consensus final. Une liste préliminaire d’objectifs transversaux minimaux en allaitement à maitriser lors de la formation initiale des professionnels de la santé a été examinée par 33 participants. Suite à la ronde 1, 15 des 29 objectifs ont été validés et estimés pertinents pour les compétences précliniques et de gestion clinique de l’allaitement. Lors de la ronde 2, le consensus a été obtenu pour un objectif supplémentaire. Aucun consensus n’a été obtenu pour les 13 objectifs restants. Cette étude est une étape préliminaire à la création d’un référentiel multidisciplinaire de compétences en allaitement pour tous les professionnels de la santé appelés à soutenir la mère allaitante. Elle contribuera à rehausser la formation en allaitement et ultimement, à améliorer les pratiques et de changer les attitudes des professionnels de la santé au Québec afin de pouvoir soutenir adéquatement et durablement les mères allaitantes, pour le bien-être des nouveau-nés, des mères et de la société.

Mots-clés : Allaitement , Objectifs transversaux , Formation initiale , Delphi
Contexte Le concept de saine alimentation est, en 2015, empreint de confusion. La complexité de ce construit est un frein à l’adoption de saines habitudes alimentaires. Les perceptions associées à ce concept qu’ont les parents et le personnel des services de garde influencent le comportement alimentaire des enfants avec qui ils sont en relation. Les comportements alimentaires des enfants de moins de 5 ans sont d’intérêt car ils ont de fortes chances d’être maintenus tout au long de la vie. Des actions ont été mises en place au cours des dernières années auprès de ces cibles afin d’améliorer leurs pratiques alimentaires. Objectifs Explorer ce que signifie bien manger pour des parents d’enfants d’âge préscolaire, des éducatrices et des responsables de l’alimentation (RA) en milieu de garde au Québec en 2015. Méthode Dans le cadre d’un sondage électronique mené auprès de la population cible, une question ouverte est posée en lien avec les perceptions du « bien manger ». Les réponses qualitatives générées par ce sondage sont analysées selon une approche déductive et inductive avec une grille de codification ainsi que des tests statistiques. Résultats La variété est le sous-thème le plus fréquent parmi les 1753 parents alors que la santé prend la première place parmi les 1055 éducatrices et les 267 RA. Les qualités organoleptiques sont surtout abordées par les RA, alors que les références aux signaux de faim et de satiété se démarquent chez les éducatrices. En général, tous les intervenants font mention de concepts reliés au « bien manger » incluant la variété, la saine alimentation, l’équilibre, la modération ou le plaisir. Conclusion Ce portrait représente les perceptions du « bien manger » qu’ont des acteurs clés auprès d’enfants de 2 à 5 ans en 2015. Ces informations sont utiles pour développer des stratégies de communication rejoignant ces cibles afin de favoriser l’adoption de saines habitudes alimentaires. Les cadres de référence et guides gouvernementaux ont un rôle important dans les recommandations qu’ils intègrent, lesquelles sont reprises par les professionnels actifs en développement de saines habitudes de vie à la petite enfance.

Mots-clés : Saine alimentation , perceptions , parents , éducatrices , responsables de l'alimentation , enfants , Québec
Contexte : L’obésité est un problème de santé publique important au Canada ainsi que dans une majorité de pays occidentaux. Les environnements dans lesquels les jeunes se développent influencent grandement les comportements et habitudes de vie qu’ils adoptent et conserveront une fois adulte. Suite à la publication, en 2008, de la politique-cadre du gouvernement du Québec pour une saine alimentation et un mode de vie physiquement actif, la Commission scolaire de Montréal (CSDM) l’intègre dans ses établissements en 2011. Depuis son implantation, peu de données ont été recueillies par rapport à son application et à sa portée. Objectif : Mesurer les perceptions et la satisfaction des parents d’élèves du primaire et du secondaire à l’égard des produits et services offerts dans les services alimentaires de la CSDM. Méthodologie : En 2014, les parents ayant au moins un enfant fréquentant une école primaire ou secondaire de la CSDM ont été sollicités par voie électronique afin de participer à un sondage au sujet des services alimentaires. Les participants ont rempli un questionnaire comportant plusieurs questions fermées et se terminant par une question ouverte; «Avez-vous des commentaires additionnels à partager sur les services alimentaires?». Combinant une approche d’analyse inductive et déductive, les données qualitatives ont été analysées séparément via l’utilisation de deux grilles de codification inspirées du marketing des produits et des services.  Résultats : L’analyse a porté sur 1114 éléments de réponses rapportés par 696 parents d’élèves du primaire et 430 éléments de réponses rapportés par 285 parents d’élèves du secondaire. L’analyse fait ressortir une insatisfaction importante des parents tant du primaire que du secondaire par rapport aux produits offerts par les services alimentaires de la CSDM incluant la qualité nutritionnelle des aliments, leur goût, leur qualité et leur variété. Les thématiques associées à l’environnement physique des services alimentaires sont aussi très présentes dans les commentaires des parents. Conclusion : Les résultats démontrent une insatisfaction généralisée des parents par rapport aux produits et services offerts par les services alimentaires des écoles primaires et secondaires de la CSDM. Toutefois, un désir d’utilisation de ces services ressort parmi les réponses des parents si l’offre venait à être plus adaptée à leurs besoins et préoccupations.

Mots-clés : Services alimentaires , École , Parents , Élèves , Primaire , Secondaire , Perceptions , Satisfaction , Dîner , Québec
Le principal intérêt des expériences de séquençage d’ARN (RNA-Seq) est qu’elles consti- tuent une vue d’ensemble sur les procédés géniques intrinsèques de la cellule. L’état malade différe de l’état sain de par son usage génique et de nombreux efforts ont été canalisés dans les dernières années en bioinformatique, pour affiner ces signatures gé- niques, notamment dans la classification de leucémies et le typage de cancers du sein. Tous ces modèles voient, cependant, leur performance détériorée par un grand nombre de dimensions d’entrée et la plupart des auteurs choisissent d’imposer un seuil d’exclusion de gènes. J’ai voulu déterminer la nature d’une signature génique et sa taille optimale, en nombre de gènes. Pour déterminer la taille d’une signature génique j’ai appliqué des algorithmes de co-partitionnements à un sous-ensemble de données transcriptomiques afin d’en extraire la signature génique. Mes résultats indiquent que la signature génique ne peut être extraite en entier et l’utilisation de seuils d’exclusions de gènes est le prin- cipal problème. J’ai exploré une méthode d’extraction de la signature génique avec un réseau de neurones artificiels (ANN) en calculant le plus petit ajustement en expression génique nécessaire pour passer d’un phénotype à un autre. La signature génique extraite indique que presque la totalité des gènes sont affectés pour un phénotype donné. Consé- quemment, il est inapproprié de considérer des méthodes avec seuil d’exclusion de gènes et je propose que les signatures géniques sont des phénomènes omnigéniques. Afin de pallier à l’inconvénient dû à la nécessité d’inclure tous les gènes dans l’analyse, j’ai élaboré une méthode d’apprentissage machine par ANN qui gère simultanément deux espaces : l’espace des gènes et l’espace des échantillons. Les coordonnées des gènes et des échantillons dans leur espaces respectifs sont arrangés de manière à ce qu’ils pré- disent l’expression génique. Ma contribution est donc un modèle qui apprend de manière simultanée les interactions entre les gènes et les interactions entre les échantillons. Ma méthode permet également d’inclure dans l’analyse de jeux de données partiellement manquantes, faisant le lien vers l’intégration de données et l’analyses d’échantillons de séquençage de cellule unique (scRNA-Seq).

Mots-clés : Apprentissage machine , Réduction de dimensionnalité , RNA-Seq , Dimensionnality reduction