CATIE-AQ/frenchKEYWORDS huggingface dataset:
La présente thèse porte sur l’étude du traitement non chirurgical du cancer du rein localisé. Spécifiquement, l’ablation de tumeur et l’observation sont étudiées sous quatre chapitres et six articles. Le premier chapitre porte sur la sécurité de l’ablation de tumeur et se décompose en deux études. La première étude évalue les complications intra- hospitalières de l’ablation de tumeur à l’aide d’une base de données américaine. Un patient sur six a subi une complication et l’âge, les comorbidités ainsi qu’un petit volume hospitalier étaient des prédicteurs indépendants de complications. Dans la deuxième étude, nous avons comparé les complications à 30 jours (intra- et extra- hospitalières) entre l’ablation de tumeur percutanée et laparoscopique. Le taux de complications était de 21 et de 25% après l’ablation de tumeur percutanée et laparoscopique, respectivement (pas de différence significative pour les complications dans l’analyse multivariée). Le deuxième chapitre porte sur les profils de pratique de l’ablation de tumeur en Amérique du Nord et se décline aussi en deux études. Dans la première étude, un sondage a été envoyé aux urologues canadiens afin de décrire les types d’ablation de tumeur qui sont les plus souvent utilisés et dans quels contextes. Une proportion importante des urologues n’avaient pas accès à l’ablation de tumeur et n’étaient pas très impliqués dans l’utilisation de cette technique. Dans la deuxième étude, une analyse les facteurs sociodémographiques qui peuvent être associés au traitement par l’ablation de tumeur au lieu de l’observation a été faite. De façon intéressante, plusieurs caractéristiques suggestives (être afro-américain, de sexe masculin, avoir un statut socio-économique bas et ne pas être marié) étaient associées à un moins grand accès à l’ablation de tumeur. Le troisième chapitre (une étude) porte sur l’efficacité oncologique de l’ablation de tumeur. Dans un registre de cancer américain, la mortalité spécifique au cancer après l’ablation de tumeur ou après l’observation a été étudiée. En analyse multivariée de type «competing-risks», l’ablation de tumeur était associée à une diminution de 53% de la mortalité spécifique au cancer comparée à l’observation. Le quatrième chapitre (une étude) porte sur la décision pré-opératoire entre la chirurgie ou l’observation pour le traitement du cancer du rein localisé. Un outil se basant sur des caractéristiques pré-opératoires a été développé afin de prédire la mortalité spécifique au cancer ou à d’autres causes selon le traitement choisi. Ces informations sont utiles lors de la prise de décision avec le patient.

Mots-clés : Ablation de tumeur , Observation , Prise en charge non chirurgicale , Issues oncologiques , Cancer du rein , Profils de pratique , Complications , Risques concurrents de mortalité
Pour certaines espèces, les nouvelles technologies de séquençage à haut débit et les pipelines automatiques d'annotation permettent actuellement de passer du tube Eppendorf au fichier genbank en un clic de souris, ou presque. D'autres organismes, en revanche, résistent farouchement au bio-informaticien le plus acharné en leur opposant une complexité génomique confondante. Les diplonémides en font partie. Ma thèse est centrée sur la découverte de nouvelles stratégies d'encryptage de l'information génétique chez ces eucaryotes, et l'identification des processus moléculaires de décodage.  Les diplonémides sont des protistes marins qui prospèrent à travers tous les océans de la planète. Ils se distinguent par une diversité d'espèces riche et inattendue. Mais la caractéristique la plus fascinante de ce groupe est leur génome mitochondrial en morceaux dont les gènes sont encryptés. Ils sont décodés au niveau ARN par trois processus: (i) l'épissage en trans, (ii) l'édition par polyuridylation à la jonction des fragments de gènes, et (iii) l'édition par substitution de A-vers-I et C-vers-T; une diversité de processus posttranscriptionnels exceptionnelle dans les mitochondries.  Par des méthodes bio-informatiques, j'ai reconstitué complètement le transcriptome mitochondrial à partir de données de séquences ARN à haut débit. Nous avons ainsi découvert six nouveaux gènes dont l'un présente des isoformes par épissage alternatif en trans, 216 positions éditées par polyuridylation sur 14 gènes (jusqu'à 29 uridines par position) et 114 positions éditées par déamination de A-vers-I et C-vers-T sur sept gènes (nad4, nad7, rns, y1, y2, y3, y5).  Afin d'identifier les composants de la machinerie réalisant la maturation des ARNs mitochondriaux, le génome nucléaire a été séquencé, puis je l'ai assemblé et annoté. Cette machinerie est probablement singulière et complexe car aucun signal en cis ni acteur en trans caractéristiques des machineries d'épissage connues n'a été trouvé. J'ai identifié plusieurs candidats prometteurs qui devront être validés expérimentalement: des ARN ligases, un nombre important de protéines de la famille des PPR impliquées dans l'édition des ARNs dans les organites de plantes, ainsi que plusieurs déaminases.  Durant ma thèse, nous avons mis en évidence de nouveaux types de maturation posttranscriptionnelle des ARNs dans la mitochondrie des diplonémides et identifié des candidats prometteurs de la machinerie. Ces composants, capables de lier précisément des fragments d'ARN et de les éditer pourraient trouver des applications biotechnologique. Au niveau évolutif, la caractérisation de nouvelles excentricités moléculaires de ce type nous donne une idée des processus de recrutement de gènes, de leur adaptation à de nouvelles fonctions, et de la mise en place de machineries moléculaires complexes.

Mots-clés : Bio-informatique , Génomique , Édition d'ARN , Épissage en trans , Assemblage de génome , Annotation
Le protéasome (CP) contrôle la majorité des fonctions cellulaires par la dégradation des protéines intracellulaires. En plus d’exprimer le CP, les vertébrés expriment également l’immunoprotéasome (IP), caractérisé par des préférences de dégradation distinctes. Le rôle le mieux caractérisé pour l’IP est la génération d’antigènes adaptés pour la liaison au complexe majeur d’histocomptabilité de classe I (CMH-I). Cependant, les nombreux phénotypes observés au niveau de cellules déficientes en IP ou avec une mutation révèlent que l’IP influence des fonctions immunitaires indépendamment de la génération d’antigènes et peut atténuer le stress présent au niveau de cellules non-immunitaires. L’objectif de cette thèse était de caractériser les rôles de l’IP qui ne sont pas reliés à la génération d’antigènes associés au CMH-I. L’analyse du transcriptome de cellules dendritiques IP-déficientes en cours de maturation révèle que l’IP affecte l’expression de plus de 8 000 transcrits. L’IP affecte l’expression génique principalement au niveau transcriptionnel en contrôlant l’abondance de régulateurs de transcriptions tels que NF-κB et les membres des familles IRF et STAT. Les cellules dendritiques IP-déficientes sont également moins efficaces pour activer des lymphocytes T CD8+, même chargées artificiellement avec des quantités optimales d’antigènes associés au CMH-I. En outre, nos études montrent que l’IP est fortement exprimé au niveau de cellules de patients atteints de leucémie myéloïde aigue. L’expression de l’IP est intrinsèque aux leucémies, puisque qu’elle n’est pas corrélée à la présence de lymphocytes sécréteurs d’IFN-γ. De plus, l’expression d’IP est particulièrement élevée au niveau de leucémies monocytaires et/ou possédant un réarrangement MLL. Notamment, des analyses de corrélation montrent que l’IP est connecté à des gènes impliqués dans le métabolisme, l’activité mitochondriale et la réponse au stress. En effet l’inhibition de la sous-unité PSMB8 de l’IP mène à l’accumulation de protéines ubiquitinées et la mort de cellules leucémiques monocytaires. Globalement, nos travaux montrent que le rôle de l’IP n’est pas limité à la génération d’antigènes, mais qu’il peut contrôler l’expression génique et la survie des leucémies.

Mots-clés : Système ubiquitine-protéasome , Immunoprotéasome , Séquençage d’ARNm , Régulation de l’expression génique , Stress protéotoxique , Leucémie , Inhibiteurs de protéasome
Cdc5 est une protéine clé pour la régulation du cycle cellulaire et le maintien de la stabilité du génome chez Saccharomyces cerevisiae. La perte de régulation des fonctions de son homologue mammifère Plk1 est associée au développement de cellules tumorales chez l’humain. Plk1 et Cdc5 font partie d’une famille de protéines kinases appelée Polo-like kinase (PLK) présentant une architecture générale conservée. Elles arborent un domaine kinase N- terminal suivi en C-terminus par un ou deux motifs polo-box qui forment un domaine polo- box (PBD). La manière dont le PBD et le domaine kinase des PLK agissent de concert pour promouvoir leurs fonctions critiques reste une question sans réponse. Cette étude vise à déterminer la contribution relative du PBD et du domaine kinase de la PLK Cdc5 dans ses fonctions mitotiques et durant la réponse au dommage à l’ADN. Afin de répondre à cet objectif, nous avons effectué un criblage génétique chez la levure dans le but d’identifier des mutations qui moduleraient de manière indépendante l’activité kinase et celle du PBD de la PLK de S. cerevisiae. En utilisant cette approche, nous avons montré que l’activité catalytique de Cdc5 promeut l’accomplissement de plusieurs étapes de la mitose indépendamment de l’activité du PBD. En revanche, les mutants spécifiques du PBD ayant perdu leur capacité à se lier à des phospho-peptides sont capables de finir la mitose mais sont incapables de maintenir l’intégrité de leurs pôles du fuseau mitotique. Ainsi, les cellules avec ce défaut du PBD doublent progressivement la taille de leur génome et perdent ultimement l’intégrité de leur génome. De plus, l’activité propre au PBD est essentielle pour que Cdc5 garde ses fonctions lors de dommages persistants à l’ADN. Une inactivation du PBD de Cdc5 mène à une réduction significative de la survie quand les cellules font face à un stress génotoxique. L’ensemble des résultats présentés mettent l’emphase sur la contribution spécifique des domaines fonctionnels de Cdc5 dans la division cellulaire et révèle comment cette protéine contribue au maintien de la stabilité du génome via sa régulation des pôles de fuseau mitotique.

Mots-clés : Cdc5 , Plk1 , domaine kinase , cycle cellulaire , PBD , intégrité du génome
Une activité professionnelle qui exige de manipuler des charges combinée à de grandes élévations des bras augmente les chances de développer un trouble musculo-squelettique aux épaules. L’analyse de ces mouvements articulaires est essentielle car elle contribue à quantifier les contraintes appliquées aux structures musculo-squelettiques. Cette thèse propose un modèle innovant qui permet l’estimation de la cinématique du complexe de l’épaule, et l’utilise ensuite afin d’analyser la cinématique de levers de charge. Elle s’organise en trois sous-objectifs. Le premier concerne le développement et la validation d’un modèle cinématique le plus représentatif possible de l’anatomie du complexe de l’épaule tout en corrigeant les artéfacts des tissus mous par une optimisation multi-segmentaire. Ce modèle avec une fermeture de boucle scapulo-thoracique, impose à un point de contact scapulaire d’être coïncident au plan de glissement thoracique modélisé par un ellipsoïde mis à l’échelle pour chaque sujet. Le modèle qui a été utilisé comme référence lors des comparaisons du processus de validation bénéficie du « gold standard » de mesures directes des mouvements osseux. Le modèle développé en boucle fermée génère à peine plus d’erreurs cinématiques lors de mouvements dynamiques que les erreurs obtenues par les modèles existants pour l’étude de mouvements standards. Le second identifie et quantifie les mouvements articulaires de l’épaule influencés par la combinaison des effets de deux facteurs de risques : les hauteurs importantes d’agencement de la tâche (hauteurs de saisie et de dépôt) et les masses de charges (6 kg, 12 kg et 18 kg). Les résultats indiquent qu’il existe de nombreux pics d’angles articulaires qui sont influencés par l’interaction des deux effets. Lorsque la masse augmente, les modifications cinématiques sont plus importantes, en nombre et en amplitude, selon les différentes hauteurs de saisies et de dépôts de la charge. Les participants varient peu leur mode opératoire pour une saisie à hauteur des hanches en comparaison des épaules, et pour un dépôt à hauteur des yeux en comparaison aux épaules avec une charge plus lourde. Un troisième s’intéresse au pic maximal d’accélération verticale de la charge dans son intensité et sa temporalité. Basée sur une analyse en composante principale des valeurs d’angles articulaires à cet instant, elle permet de caractériser les mouvements articulaires significatifs. Cette étude met notamment en évidence que la flexion du coude et l’élévation thoraco-humérale sont deux mouvements articulaires corrélés invariants à toutes les tâches de lever en hauteur quelles que soient la hauteur de dépôt et la masse de la charge. Le souci de réalisme du modèle développé et les analyses cinématiques menées ouvrent des perspectives en biomécanique occupationnelle et participent à l’effort de prévention des risques en santé et sécurité.

Mots-clés : Complexe de l'épaule , Trouble musculo-squelettique , Modélisation et analyse cinématique , Fermeture de boucle scapulo-thoracique , Interaction , Hauteur , Charge , Tâche de lever , Analyse en composante principale
Cette recherche, de type qualitative, a examiné comment des parents Marocains qui s’identifient majoritairement comme musulmans pratiquants et résidant dans deux régions du Québec, préservent et transmettent leurs valeurs culturelles à leurs enfants. En particulier, cette étude a mis en évidence leurs choix de stratégies d'éducation dans un contexte de conflit culturel. Les perceptions des participants ont été explorées par le biais de deux méthodes de collectes de données : des groupes de discussion ainsi que des entrevues semi-structurées. Les données de cette recherche ont identifiés trois aspects : 1) l'identité et les valeurs culturelles qu’ils souhaitent transmettent ; 2) Les stratégies de transmission culturelle, et 3) les stratégies d'intégration culturelle de ce groupe de parents Marocains. D’abord ces parents se donnent comme objectif prioritaire d’assurer la transmission de l'identité religieuse comme processus de base de la transmission culturelle. Le renforcement de l’identité religieuse auprès des enfants passe par la connexion et l'association des parents avec la communauté marocaine. Ainsi l’identité musulmane est perçue plus importante que l’appartenance ethnique. En second lieu, cette étude a mis en évidence cinq stratégies de transmission culturelle afin de relever les défis de conflits avec la culture d'accueil. Ces stratégies comprenaient des modes de transmission au sein même de la famille ; la transmission des valeurs en tant que partie intégrante de la transmission culturelle ; la fréquentation d’écoles musulmanes ; le maintien de liens étroits avec le pays d'origine ; et enfin,des méthodes qui contrôlent la socialisation de leurs enfants avec l’environnement externe, étant donné que ces parents perçoivent certaines valeurs et pratiques de la société d'accueil comme potentiellement menaçante. La troisième constatation de cette étude porte sur le biculturalisme et la sécularisation comme stratégies d’adaptation culturelle. En effet, les parents participants ont tenté de faire face aux défis d’adaptation à la société d'accueil par le biais de certaines stratégies d'ouverture et d'intégration, quoique relativement limitées. Enfin en guise de conclusion, des implications pour les recherches futures, les stratégies d'intervention ainsi que pour la formation ou l'éducation des travailleurs sociaux ont été identifiées

Mots-clés : Éducation des enfants , Culture d'accueil , Intégration , Transmission culturelle , Identité , Culture d'origine , Parentalité des immigrants , Biculturalism
Cette thèse porte sur l’évolution des pratiques d’intervention dans les maisons d’hébergement pour femmes victimes de violence au Québec, depuis leur développement au milieu des années 1970. Plus spécifiquement, elle trace un portrait de 40 ans de pratiques au sein de ces ressources, mettant en lumière les transformations qu’elles ont connues au fil des années. Guidée par une posture épistémologique critique et féministe et s’appuyant sur une méthodologie qualitative, l’étude guidant la présente thèse fut menée auprès d’un échantillon composé de 48 participantes, dont 8 pionnières, 7 vétérantes et 33 intervenantes. Elle est également alimentée par 53 documents produits par le Regroupement des maisons pour femmes victimes de violence conjugale et par la Fédération des maisons d’hébergement pour femmes. Un cadre conceptuel ayant émergé de manière inductive du corpus de données a orienté l’analyse des résultats, articulés autour de six valeurs : la sécurité, la dignité, l’autodétermination, l’égalité, la solidarité et la justice sociale.  Dans l’ensemble, cette recherche démontre qu’initialement, les maisons d’hébergement pour femmes victimes de violence conjugale au Québec qui s’appuient sur une lecture féministe du phénomène ont été mises sur pied dans l’objectif ultime de disparaître avec l’élimination de la violence faite aux femmes. Dans cette optique, ces ressources étaient conceptualisées comme des lieux de changement social; les pratiques, fortement axées sur le collectif, ciblaient l’ensemble de la société (Lacombe, 1990). D’une solution temporaire à une fin en soi (Murray, 1988), les maisons d’hébergement se sont progressivement structurées à l’interne dans la manière de travailler avec les femmes et avec les enfants, un phénomène mis en lien avec la professionnalisation.  Les résultats laissent également entrevoir que les six valeurs servant de cadre conceptuel à la présente étude ont traversé l’histoire des maisons d’hébergement et influencent encore profondément les pratiques d’intervention, telles que conceptualisées par les pionnières et les vétérantes au cours des années 1970. Or, certains éléments laissent entrevoir des glissements en lien avec l’analyse sous-jacente à ces valeurs. Plus précisément, le regard porté sur la situation des femmes vivant différentes problématiques outre la violence conjugale (santé mentale, toxicomanie, agressivité) varie davantage d’une participante à l’autre et le manque de repères théoriques semble complexifier leur travail avec les femmes considérées « difficiles ». Plus encore, le retour en force du discours médical, une préoccupation pour la place des hommes, ainsi que la conceptualisation des femmes dans leur rôle de mère dans une « vision déficitaire » (Peled & Dekel, 2010) font émerger d’importants questionnements sur l’équilibre et l’influence du féminisme en maison d’hébergement.

Mots-clés : violence conjugale , femmes , enfants , maison d'hébergement , pratiques d'intervention , intervention féministe , féminisme , recherche qualitative , recherche féministe
Le changement climatique est l’objet de multiples débats. Cette thèse s’intéresse à la construction du changement climatique en enjeu de sécurité dans les deux dernières décennies. Les gouvernements et les grandes instances internationales s’accordent pour considérer le changement climatique comme une menace à la sécurité et à la paix internationales. Cette recherche pose une question générale : comment cette vision sécuritaire a-t-elle été rendue possible ? Ce faisant, la thèse analyse la mise en récit de la « menace » environnementale en soulignant sa contingence bien plus que son évidence. En mettant l’accent sur le contexte de production des idées, leur circulation et le rôle des chercheurs - passeurs de sens -, nous apprenons que la « menace » environnementale émerge au carrefour des pratiques du champ scientifique, du champ politique et du champ des think tanks. L’ « enviro-sécurité », l’ensemble des idées relatives aux liens entre environnement et sécurité, est une conversation académico-politique articulée autour de luttes symboliques pour l’autorité, la légitimité et le pouvoir. C’est à travers la mobilisation des outils de la sociologie des connaissances et de la sociologie des RI, que nous faisons des intellectuels en pratique, de réels objets de connaissance. La recherche repose sur deux types de méthodes complémentaires, quantitatives (analyse bibliométrique) et qualitatives (entretiens semidirectifs). Néanmoins, les entretiens semi-directifs menés avec des chercheurs issus du milieu académique ou du monde des think tanks constituent le cœur original de cette recherche. L’étude qui suit contribue à la réflexion théorique sur l’interaction entre savoir et pouvoir, aux analyses constructivistes critiques sur la représentation des dangers, et plus largement, à la littérature francophone sur la sécurisation de l’environnement.

Mots-clés : changement climatique , sécurité , sociologie , sociologie des Relations Internationales
Dans cette thèse, je cherche à déterminer si les partis politiques influencent l'appui au nationalisme régional dans quatre régions espagnoles: le Pays basque, la Catalogne, la Communauté valencienne et la Galice. Je souligne d'abord l'importance de l'influence de l'information concernant les positions des partis sur les opinions des citoyens. Les partis influencent les opinions des citoyens même sans qu'ils présentent des arguments persuasifs ou d'autre informations. La littérature suggère actuellement que cette influence passe par le biais du raisonnement motivé partisan.   Cependant, il n'est pas clair si les partis influencent les opinions dans le contexte du nationalisme, parce que l'influence des partis semble impliquer l'ajustement des préférences aux identités partisanes, alors que le nationalisme implique une identité concurrente, avec une collectivité que les citoyens peuvent considérer une nation. Il y a aussi une ambiguïté substantielle par rapport au parti (ou aux partis) qui influence les citoyens. Il n'est pas clair si les partis que les citoyens aiment influencent leurs opinions, si ce sont les partis qu'ils n'aiment pas qui les influencent ou si ce sont les deux en même temps. Je propose que l'exposition aux positions des partis que les citoyens n'aiment pas est nécessaire pour que les partis influencent leurs opinions.   Ensuite, J'analyse des données observationnelles et expérimentales pour déterminer si des citoyens de quatre régions espagnoles où le nationalisme est présent adaptent leurs préférences nationalistes aux positions exprimées par les partis. Dans le chapitre 4, je me concentre sur la mesure des positions des partis à l'aide de l'analyse automatisée des discours législatifs. Dans le chapitre 5, je considère si, quand un parti change sa position, ses partisans changent leurs opinions dans le même sens et si les citoyens qui n'aiment pas ce parti changent leurs opinions dans le sens contraire. Nous verrons que les résultats suggèrent que les partis nationalistes influencent leurs partisans au Pays Basque et en Catalogne. En Galice et dans la Communauté valencienne, les partis nationaux semblent jouer un rôle plus important.   Dans le chapitre 6, à l'aide de données expérimentales, je démontre que, quand les citoyens sont exposés à la position du parti qu'ils aiment le plus et à celle d'un parti qu'ils n'aiment pas, ils adaptent leurs opinions pour les rendre cohérentes avec celle du parti qu'ils aiment le plus. Les partis que les citoyens aiment n'influencent pas elles seules les préférences des citoyens.   Je conclus que les partis influencent les opinions des citoyens au sujet du nationalisme. Cependant, cette influence dépend de la présence des positions des partis que les citoyens n'aiment pas. Les partis ne peuvent donc pas tout simplement influencer leurs propres partisans en exprimant les positions qu'ils veulent qu'ils adoptent.

Mots-clés : Nationalism , Partis politiques , Opinion publique , Influence des partis , Nationalisme , Espagne , Pays Basque , Catalogne , Communauté valencienne , Galice