La résistance aux antibiotiques a pris une ampleur considérable du fait de l’utilisation des antibiotiques dans de nombreux domaines. Pour respecter l’approche « OneHealth », il est essentiel d’avoir une image spécifique de chaque situation, afin d’orienter les recommandations et de limiter la dissémination des gènes, des plasmides et des clones. Nos objectifs étaient adaptés à nos populations d’étude (chevaux et porcs) afin d’ajuster les résultats aux besoins des filières.  Dans la filière équine, nous avons quantifié les résistances phénotypiques et identifié les gènes de β-lactamases à spectre étendu (BLSE/AmpC) présents dans le microbiome des chevaux sains, et nous avons identifié les facteurs de risque associés à leur portage en France et au Québec. En France, nous avons également caractérisé les mécanismes de dissémination des gènes de BLSE/AmpC. Nous avons mis en évidence qu’en France et au Québec, les E. coli commensaux provenant de fèces de chevaux sains étaient majoritairement non susceptibles à l’ampicilline, l’amoxicilline/acide clavulanique et la streptomycine et que des E. coli multirésistants et porteurs de gènes codant pour des BLSE/AmpC étaient détectés dans respectivement environ 45% et 8% des chevaux. Le blaCTX-M-1 était majoritairement détecté bien qu’en France d’autres BLSE aient été identifiés (blaCTX-M-2 et blaCTX-M-14) ainsi que le gène AmpC blaCMY-2. L’administration d’un traitement médical, le nombre de personnes s’occupant des chevaux, le type d’activité et le fait de participer à un évènement équestre dans les trois derniers mois ont été identifiés comme des facteurs de risque du portage des E. coli multirésistants ou producteurs de gènes BLSE/AmpC, soit en France soit au Québec. En France, le plasmide IncHI1-ST9 était majoritairement associé aux gènes blaCTX-M-1/2 et à l’opéron fos. Pour la filière porcine, nos objectifs étaient de colliger les données de la base de données du laboratoire EcL entre 2008 et 2016, d’évaluer la présence d’un agrégat spatio-temporel pour les isolats ETEC:F4 non susceptibles à l’enrofloxacine et de caractériser ces isolats et les éléments génétiques mobiles qu’ils transportent. En effet, l’enrofloxacine est un antibiotique de haute importance en santé humaine, et doit donc faire l’objet d’une surveillance accrue. Nous avons trouvé que plus de 90% des isolats d’E. coli entérotoxinogènes détectés chez des cas de porcs malades soumis au laboratoire EcL de 2008 à 2016 au Québec, étaient multirésistants. Le virotype LT:STb:F4 prédominait jusqu’en 2014, puis a été dépassé par le virotype LT:STb:STa:F4. Un agrégat spatio-temporel d’isolats LT:STb:STa:F4 non susceptibles à l’enrofloxacine a été détecté entre 04/2015 et 09/2016 au centre de la Montérégie. Nous avons démontré la présence d’un clone ETEC:F4 non susceptible à l’enrofloxacine, à haut risque, qui se dissémine en Amérique du Nord depuis 2013. Les isolats appartenant à ce clone sont ST100, O149:H10. Ils sont multirésistants, et associés à une pathogénicité et une virulence augmentée par rapport aux isolats détectés avant 2000. Ils portent le réplicon IncFII. Les résistances et leur mécanisme de dissémination sont différents selon l’espèce animale. Ces divergences sont fonction de l’usage des antibiotiques, et des échanges possibles avec les différents protagonistes en contact avec les animaux.

Mots-clés : Résistance aux antibiotiques , BLSE , Non-susceptibilité aux fluoroquinolones , Porc , Fructo-oligosaccharides à courte chaine , ETEC , Clone à haut risque , ETEC