Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (MAP) est l’agent étiologique de la paratuberculosis (PTB) une maladie entérique contagieuse, chronique et incurable des ruminants, qui est associée à des pertes significatives pour l’industrie laitière. Le MAP a été associé à la maladie de Crohn chez l’humain mais le lien de causalité n’a pas encore été démontré. Les programmes de contrôle de la PTB visent à diminuer la transmission via la mise en place de bonnes pratiques de régie. Au Québec, le programme de prévention et contrôle (PVQPCP) a été lancé en 2007. Dans le PVQPCP, un questionnaire d’analyse du risque d’introduction et transmission de MAP est administré lors de l’adhésion. Le statut des fermes est déterminé avec la culture de prélèvements de l’environnement (CPE), une stratégie qui a été évaluée dans les grands troupeaux en stabulation libre aux États-Unis. Les résultats non interprétables (NI), dus à la surcroissance microbienne des échantillons, sont un frein à la détermination du statut des troupeaux. Les objectifs de cette thèse sont : 1) déterminer l'impact de l’adhésion des fermes laitières en stabulation entravée dans le PVQPCP sur l'incidence de l’excrétion fécale de MAP et 2) améliorer la stratégie de détection des troupeaux laitiers infectés par MAP. Pour le premier objectif, un modèle à risque proportionnel de Cox a été utilisé pour comparer l’incidence d’excrétion fécale des vaches nées avant et après l’adhésion de la ferme au PVQPCP. Pour le deuxième objectif, 7 échantillons de l’environnement et 2 échantillons groupés (vaches malades et vaches maigres) ont été prélevés dans 24 troupeaux à statut connu (19 positifs et 5 négatifs) et comparés avec des prélèvements individuels (sanguins et fécaux) de toutes les vaches du troupeau. Dans un deuxième temps, la performance de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) avant et après l’incubation des échantillons dans le système automatisé a été évaluée sur 154 échantillons issus de l’environnement pour lesquels le statut à la culture bactérienne avait été déterminé au préalable (62 NI, 62 négatifs et 30 positifs). Les résultats de cette thèse ont démontré que l’incidence et le risque d’excrétion fécales de MAP étaient significativement moindres chez les vaches nées après l’adhésion de la ferme dans le PVQPCP que chez les vaches nées avant (IR=0,4; 95% IC: 0,2-0,8; HR=0,48; 95% IC: 0,23-0,98). L’hygiène inadéquate des vaches en préparation au vêlage (HR=3,4; 95% IC: 1,4-8,3) et le contact des veaux avec les vaches adultes ou leurs fèces (HR=2,7; 95% IC: 1,1-6,6) étaient significativement associés à un risque élevé d’excrétion fécale de MAP. De plus, la sensibilité de la CPE, si elle était répétée 2 fois, par rapport au statut du troupeau à MAP selon notre définition de cas était de 44% (IC 95%: 20%-70%). Elle est de 32% (IC 95%: 13%-57%) en utilisant aléatoirement le résultat d’un seul prélèvement. La meilleure stratégie d’échantillonnage était la combinaison des échantillons de la fosse, de l’écureur, du groupe de vaches malades et du groupe de vaches maigres. Finalement, la PCR a détecté l’ADN de MAP dans 1,6% des échantillons de l’environnement NI. La performance de la PCR était meilleure lorsqu’elle a été réalisée après vs avant l’incubation des échantillons en milieu liquide dans le système automatisé BACTEC (P = 0,004). Ainsi, les résultats de cette thèse démontrent une diminution de l’excrétion fécale individuelle chez les vaches nées après l’adhésion des fermes au le PVQPCP. Cette diminution est probablement une conséquence de la réduction du risque de transmission à l’intérieur du troupeau via la mise en place de pratiques de régie qui évitent le contact des veaux avec les vaches adultes ou leurs fèces. La CPE est la meilleure stratégie (peu coûteuse et non invasive) par rapport aux tests individuels (culture or ELISA), pour déterminer le statut des troupeaux. Elle détecte notamment les troupeaux à haute prévalence, mais aussi ceux à faible prévalence. L’utilisation de la PCR sur les échantillons NI contribue à améliorer le processus de culture de MAP en augmentant la sensibilité et la spécificité et en évitant des délais et des coûts supplémentaires liés à la prise des nouveaux échantillons et aux cultures additionnelles. Mots clés : Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis, troupeaux laitiers en stabulation entravée, incidence de l’excrétion fécale, programmes de prévention et contrôle, culture de prélèvements de l’environnement, statut des troupeaux, surcroissance microbienne.

Mots-clés : Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis , Troupeaux laitiers en stabulation entravée , Incidence de l’excrétion fécale , Programmes de prévention et contrôle , Culture de prélèvements de l’environnement , Statut des troupeaux , Surcroissance microbienne