CATIE-AQ/frenchKEYWORDS huggingface dataset:
Le remodelage vasculaire dû à l'hyperprolifération et à l'hypertrophie des cellules musculaires lisses vasculaires (VSMCs, par son abréviation en anglais) est central dans le développement de l'hypertension. Les VSMCs provenant de rats spontanément hypertendus (SHR, par son abréviation en anglais) présentent une hyperprolifération et une surexpression des protéines du cycle cellulaire. Le resvératrol est un composé polyphénolique naturel trouvé dans la peau des raisins et il est impliqué dans plusieurs effets vasoprotecteurs. Le resvératrol a également été signalé pour son effet atténuateur de la prolifération de VSMCs induite par l'angiotensine II. Cependant, il n'a pas été élucidé si le resvératrol pouvait également inhiber l'hyperprolifération des VSMCs chez les SHR. La présente étude a été entreprise pour déterminer si le resvératrol pouvait atténuer l'hyperprolifération des VSMCs et si oui, par quels mécanismes moléculaires. Méthodes: Pour cette étude, nous avons utilisé des VSMCs aortiques de rats SHR âgés de 14 semaines et de rats Wistar-Kyoto (WKY). La prolifération des VSMCs a été déterminée par la mesure de l’incorporation de la thymidine tritiée ([3H] thymidine) et l’expression des protéines a été mesurée par immunobuvardage de type Western. Résultats: Les VSMCs de SHR présentent une hyperprolifération atténuée par le resvératrol. La surexpression de la cycline D1, de la cycline E, de la kinase 4 dépendante de la cycline (CDK4), de la kinase 2 dépendante de la cycline (CDK2), de la protéine de rétinoblastome phosphorylée (pRb), de la Giα-3, de la Giα-2 et de la phosphorylation accrue de ERK1/2 (de l’anglais extracellular regulated kinase1/2) et AKT dans les VSMCs des SHR a été corrigée par le resvératrol. De plus, le resvératrol a également inhibé l'augmentation de l'anion superoxyde, l'activité de la NADPH (de l’anglais nicotinamide adenine dinucleotide phosphate) oxydase, la surexpression des protéines NADPH oxydase 2 (NOX2)/NADPH oxydase 4 (NOX4) et P47 phox, et la phosphorylation accrue de l'EGF-R (de l’anglais epidermal growth factor), IGF-1R (de l’anglais insulin-like growth factor 1) et c-Src aux niveaux témoins. Ces résultats suggèrent que le resvératrol, par l'inhibition des espèces réactives oxygénées (ROS) et des ROS qui induisent la transactivation des récepteurs des facteurs de croissance, c-Src et MAPK (de l’anglais mitogenactivated protein kinases)/PI3K (de l’anglais Phosphoinositide-3 kinase), réduit la surexpression de Giα et des protéines du cycle cellulaire et contribue à l'atténuation de l'hyperprolifération des VSMCs des SHR.

Mots-clés : Hypertension , MAPK , PI3K , SHR , c-Src , Prolifération VSMCs , Protéines du cycle cellulaire , Protéines Giα , Stress oxydatif
La demande pour l'énergie augmente de jour en jour, ce qui se traduit par une attention mondiale à l'égard d'autres carburants respectueux de l'environnement parce que les combustibles fossiles nuisent à l'environnement. La production biologique d'hydrogène est une méthode alternative pour la production d'hydrogène, grâce à laquelle elle est produite dans des conditions douces, respectueux de l'environnement. La production photo-biologique d'hydrogène par les bactéries photosynthétiques pourpres non sulfureuses est un processus prometteur dans lequel les bactéries peuvent capturer de l'énergie lumineuse pour conduire la production d'H2 avec leur système de nitrogénase. Cependant, certaines voies métaboliques, tel que la fixation du CO2 et la biosynthèse du PHB, rivalisent avec la nitrogénase pour les électrons. Récemment, l'génie la métabolique a été appliqué pour améliorer le taux et le rendement de production d'H2. Le but de la présente étude était d'améliorer le rendement de la production d'H2 pendant la Photosynthèse par Rhodobacter capsulatus JP91 en utilisant des approches d'ingénierie métabolique. Notre hypothèse était que l'inactivation de PHB synthase (phbC) arrêterait la biosynthèse de PHB et dirigerait plus de flux des électrons dérivés du substrat vers la nitrogénase pour catalyser la production d’H2. Dans des études antérieures, des mutants dans la PHB synthase ont été développés dans d'autres bactéries photosynthétiques, y compris R. sphearoides et Rhodopseudomonas palustris mais pas Rhodobacter capsulatus. Dans cette étude, nous avons développé une nouvelle souche R. capsulatus RS15 doublement mutée (hupˉ, phbCˉ) qui était dérivée de R. capsulatus JP91 (hupˉ). Nos résultats montrent que la nouvelle souche, R. capsulatus RS15 pourrait croître dans différentes sources de carbone et d'azote. Notre mutant a une longue phase de décalage. Cependant, une foi démarrée, lorsqu'elle atteignait la phase logarithmique, sa croissance était similaire à ce de la souche parentale. À partir des résultats de la production d’hydrogène, la souche RS15 nouvellement développée est capable de convertir l'acétate, le lactate et le glucose en hydrogène l’acétate semble d’être la meilleure source de carbone pour la production de H2 par RS15 mais pas pour sa croissance. Surtout, R. capsulatus RS15 (hup-, phbC-) semble d’être un candidat prometteur pour le système hybride à deux niveaux puisque les principaux effluents de fermentation sombre sont l'acétate et le butyrate. Donc, ce processus peut potentiellement rendre la technologie de production de bio hydrogène possible à l’échelle industrielle.

Mots-clés : Production de bio hydrogène , Génie métabolique , Bactérie violette sans soufre , R. capsulatus JP91 , R. capsulatus RS15 , PHB synthase
Introduction : Une infection persistante aux VPH à haut risque peut causer des lésions précancéreuses de haut grade du col de l’utérus (HSIL). Les femmes diagnostiquées à la colposcopie avec HSIL sont orientées au traitement par conisation (LEEP). L’analyse du spécimen de LEEP peut confirmer le HSIL, ou démontrer une discordance en présence d’une lésion de bas grade (LSIL) ou d’une histologie normale. Ces femmes ont donc été traitées inutilement. La discordance pourrait être due à une régression des HSIL ou à une erreur de lecture.  Objectif : Déterminer les caractéristiques cliniques et virales associées à l’obtention d’un résultat normal ou de bas-grade au traitement (discordance).  Méthodes : CoHIPP est un essai contrôlé randomisé effectué dans 13 centres de colposcopie à travers le Canada, comparant les stratégies de suivi après traitement pour HSIL. Des femmes enrôlées dans CoHIPP, nous avons sélectionné et apparié 355 cas de discordance et 355 témoins concordants. Une régression logistique univariée conditionnelle et des analyses univariées ont permis de déterminer l’association entre la discordance et les caractéristiques cliniques et virales (génotype, charge virale, polymorphisme). Le génotype a été obtenu par le test Hybrid Capture 2 ainsi que le Linear Array, la charge virale par PCR en temps réel et le polymorphisme par séquençage. Résultats : L’âge et le délai entre le diagnostic et le traitement étaient similaires pour les cas et les témoins. L’absence de VPH à haut risque au traitement est associée à une augmentation du risque de discordance (OR : 23,60 95% CI: 9,83-74,03). Les types 16, 31, 33 ou 52 étaient significativement associés à une diminution du risque de discordance. L’association entre le VPH16 (comparé à l’absence de VPH ou la présence de VPH à bas risque) et la discordance était la plus forte. La charge virale ainsi que les analyses de polymorphisme ne sont pas de bons prédicteurs de la discordance.  Discussion/Conclusion : Des recherches futures devraient investiguer l’usage d’un test générique pour VPH à haut risque pour identifier les femmes avec une biopsie diagnostique HSIL qui pourrait être suivies au lieu d’être traitées.

Mots-clés : Conisation cervicale , LEEP , VPH , Lésions intraépithéliale de haut grade , LSIL , HSIL
Introduction: Le cycle de la marche a été étudié par plusieurs disciplines. Malgré plusieurs études, notre compréhension actuelle du cycle de la marche ne nous permet pas de modeler la cinématique fémoro-tibiale d'une manière qui est utile en clinique. L'objectif primaire de notre étude est de caractériser la cinématique fémoro-tibiale lors de la marche chez des sujets sains en utilisant l'appareil KneeKGMD.  Matériels et méthodes: Quatre-vingt-quinze patients, cinquante-deux femmes et quarante-trois hommes, sans pathologie connue de l'appareil locomoteur ni des membres inférfieurs, ont été recrutés pour participer à cette étude. Chaque patient a eu un examen à la marche de sa cinématique fémoro-tibiale avec l'appareil KneeKGMD. Tous ont complété les questionnaires knee injury and osteoarthritis outcome score (KOOS) et 12-item Short Form Health Survey (SF-12) et ont eu une radiographie des membres inférieurs sur long films. Les résultats du cycle de marche ont été analysés dans le plan sagital, transverse et frontal. Des comparaisons entres les genoux droit et gauches des patients ainsi qu'entre les deux sexes ont été faites. Les résultats obtenus ont été corrélés avec les différentes variations anatomiques estimées par des angles mesurés sur les examens radiologiques.   Résultats: En comparant les hommes et les femmes, des différences significatives ont été trouvées dans les plans sagital, transverse et frontal. Dans le plan sagital, les femmes ont une plus grande amplitude de flexion que les hommes durant l'oscillation intermédiare et finale (0.002 ≤ p ≤ 0.05).  Dans le plan transverse, plus de rotation interne du genou à été observée chez les femmes que chez les hommes durant la totalité de la phase d'oscillation (0.005 ≤ p ≤ 0.05).  Dans le plan frontal, les femmes sont plus en abduction que les hommes durant tout le cycle de la marche (0.001 ≤ p ≤ 0.002). En comparant les genoux droit et gauche, des différences significatives ont été trouvé seulement dans le plan frontal dans lequel les genoux sont plus en adduction que les genoux droits durant toute la phase d'oscillation du cycle de la marche (0.005 ≤ p ≤ 0.04). Aucune corrélation significative n'a pu être établie entre les hip-knee-ankle (HKA) angles et les angles d'abduction et d'adduction durant la marche (-0.40 ≤ r ≤ -0.42, p<0.001).   Discussion-conclusion: Les résultats de notre étude contribuent à avancer notre compréhension du cycle de la marche et introduisent le concept que les hommes et les femmes peuvent présenter des différences dans la cinématique lors du cycle de la marche notamment dans le plan frontal. De plus, l'alignement statique ne semble pas corréler avec l'alignement dynamique.

Mots-clés : knee , KneeKG , genou , mouvement , marche , cinématique
Le diagnostic assisté par ordinateur est un domaine de recherche en émergence et se situe à l’intersection de l’imagerie médicale et de l’apprentissage machine. Les données médi- cales sont de nature très hétérogène et nécessitent une attention particulière lorsque l’on veut entraîner des modèles de prédiction. Dans cette thèse, j’ai exploré deux sources d’hétérogénéité, soit l’agrégation multisites et l’hétérogénéité des étiquettes cliniques dans le contexte de l’imagerie par résonance magnétique (IRM) pour le diagnostic de la maladie d’Alzheimer (MA). La première partie de ce travail consiste en une introduction générale sur la MA, l’IRM et les défis de l’apprentissage machine en imagerie médicale. Dans la deuxième partie de ce travail, je présente les trois articles composant la thèse. Enfin, la troisième partie porte sur une discussion des contributions et perspectives fu- tures de ce travail de recherche. Le premier article de cette thèse montre que l’agrégation des données sur plusieurs sites d’acquisition entraîne une certaine perte, comparative- ment à l’analyse sur un seul site, qui tend à diminuer plus la taille de l’échantillon aug- mente. Le deuxième article de cette thèse examine la généralisabilité des modèles de prédiction à l’aide de divers schémas de validation croisée. Les résultats montrent que la formation et les essais sur le même ensemble de sites surestiment la précision du modèle, comparativement aux essais sur des nouveaux sites. J’ai également montré que l’entraînement sur un grand nombre de sites améliore la précision sur des nouveaux sites. Le troisième et dernier article porte sur l’hétérogénéité des étiquettes cliniques et pro- pose un nouveau cadre dans lequel il est possible d’identifier un sous-groupe d’individus qui partagent une signature homogène hautement prédictive de la démence liée à la MA. Cette signature se retrouve également chez les patients présentant des symptômes mod- érés. Les résultats montrent que 90% des sujets portant la signature ont progressé vers la démence en trois ans. Les travaux de cette thèse apportent ainsi de nouvelles con- tributions à la manière dont nous approchons l’hétérogénéité en diagnostic médical et proposent des pistes de solution pour tirer profit de cette hétérogénéité.

Mots-clés : Alzheimer , Hétérogénéité , Maladie d'Alzeimer , Apprentissage machine , Multisite , Biomarqueur
Cette thèse est consacrée à l’étude de deux problèmes complémentaires, soit la fusion de segmentation d’images et l’interprétation sémantique d’images. En effet, dans un premier temps,  nous proposons un ensemble d’outils algorithmiques permettant d’améliorer le résultat final de l’opération de la fusion. La segmentation d’images est une étape de prétraitement fréquente visant à simplifier la représentation d’une image par un ensemble de régions significatives et spatialement cohérentes (également connu sous le nom de « segments » ou « superpixels ») possédant des attributs similaires (tels que des parties cohérentes des objets ou de l’arrière-plan). À cette fin, nous proposons une nouvelle  méthode de fusion de segmentation au sens du critère de l’Erreur de la Cohérence Globale (GCE), une métrique de perception intéressante qui considère la nature multi-échelle de toute segmentation de l’image en évaluant dans quelle mesure une carte de segmentation  peut constituer un raffinement d’une autre segmentation. Dans un deuxième temps, nous présentons deux nouvelles approches pour la fusion des segmentations au sens de plusieurs critères en nous basant sur un concept très important de l’optimisation combinatoire,  soit l’optimisation multi-objectif. En effet, cette méthode de résolution qui cherche à optimiser plusieurs objectifs concurremment a rencontré un vif succès dans divers domaines. Dans un troisième temps, afin de mieux comprendre automatiquement les différentes classes d’une image segmentée, nous proposons une approche nouvelle et robuste basée sur un modèle à base d’énergie qui permet d’inférer les classes les plus probables en utilisant un ensemble de segmentations proches (au sens d’un certain critère)  issues d’une base d’apprentissage (avec des classes pré-interprétées) et une série de termes (d’énergie) de vraisemblance sémantique.

Mots-clés : Ensemble de segmentation , Fusion , Erreur de la cohérence globale (GCE) , Modèle de vraisemblance pénalisée , Optimisation multi-objectif , Prise de décision , Segmentation sémantique d’image
Les modèles statistiques tentent de généraliser la connaissance à partir de la fréquence des événements probabilistes présents dans les données. Si plus de données sont disponibles, les événements sont plus souvent observés et les modèles sont plus performants. Les approches du Traitement Automatique de la Langue basées sur ces modèles sont donc dépendantes de la disponibilité et de la quantité des ressources à disposition. Cette dépendance aux données touche en particulier la Traduction Automatique Statistique qui, de surcroît, requiert des ressources de type multilingue. Cette thèse rapporte quatre articles sur deux tâches qui contribuent de près à cette dépendance : l’Alignement de Documents Bilingues (ADB) et l’Induction de Lexiques Bilingues (ILB). La première publication décrit le système soumis à la tâche partagée d’ADB de la conférence WMT16. Développé sur un moteur de recherche, notre système indexe des sites web bilingues et tente d’identifier les pages anglaises-françaises qui sont en relation de traduction. L’alignement est réalisé grâce à la représentation "sac de mots" et un lexique bilingue. L’outil développé nous a permis d’évaluer plus de 1000 configurations et d’en identifier une qui fournit des performances respectables sur la tâche. Les trois autres articles concernent la tâche d’ILB. Le premier revient sur l’approche dite "standard" et propose une exploration en largeur des paramètres dans le contexte du Web Sémantique. Le deuxième article compare l’approche standard avec les plus récentes techniques basées sur les représentations interlingues de mots (embeddings en anglais) issues de réseaux de neurones. La dernière contribution reporte des performances globales améliorées sur la tâche en combinant, par reclassement supervisée, les sorties des deux types d’approches précédemment étudiées.

Mots-clés : corpus parallèle , alignement , embedding , représentation de mots , reclassement supervisé , induction lexique bilingue
Les problèmes de tournées de techniciens (TRSPs pour Technician Routing and Scheduling Problems) consistent à planifier les routes d’un groupe de techniciens afin de servir des requêtes de clients à moindre coût. Ce sont des problème d’optimisation NP-difficiles rencontrés dans plusieurs domaines d’application, tels que les télécommunications, les services publics et les opérations de maintenance. Chaque application a ses propres attributs, contraintes et objectifs. Malgré la place qu’occupent les TRSPs dans l’industrie, ils n’ont pas été beaucoup étudié par les chercheurs. En effet, modéliser et résoudre de tels problèmes pour des entreprises posent d’importants défis. Cette thèse s’intéresse ainsi à la modélisation et à la résolution d’un TRSP multi-attributs (MATRSP) motivé par une application où différents types d’équipements permettant de réaliser des transactions électroniques doivent être servis par des techniciens. Il s’agit de répartir et ordonnancer les appels de service pour la maintenance de ces systèmes, en tenant compte de différents attributs, soit les compétences des techniciens, les priorités des tâches, les fenêtres de temps multiples pour le service, l’inventaire des pièces de rechange, ainsi que les pauses et les heures supplémentaires des techniciens. Nous présentons tout d’abord un modèle de programmation linéaire en nombres entiers mixtes pour ce problème, qui est ensuite résolu avec un solveur commercial. Puis, un algorithme exact de branch-and-price est proposé pour traiter des problèmes de plus grande taille. Enfin, une méta-heuristique est développée combinant des idées provenant de différentes sources et intégrant en particulier une recherche tabou, une mémoire adaptative et une évaluation des solutions basée sur leur coût et leur contribution à la diversité des solutions dans la mémoire.

Mots-clés : Logistique , problème de tournées de techniciens , programmation linéaire en nombres entiers mixtes , branch-and-price , recherche tabou , branch-and-price
Objectif : Cette étude voulait examiner l'association entre l'accès à des services pour des problèmes de santé mentale et le partage réceptif de matériel d’injection dans une cohorte d'utilisateurs de drogue par injection (UDIs) à Montréal. De plus, elle étudiait le possible effet modificateur de la détresse psychologique (DP). Méthodologie : Les participants de la cohorte HEPCO vus entre 2011 et 2015 (n = 358) ont complété des questionnaires aux 3 mois. Le partage réceptif de matériel d’injection était défini comme étant s’être injecté avec une seringue ou tout autre matériel d’injection déjà utilisé par quelqu’un d’autre dans les 3 derniers mois. L’accès à des services pour des problèmes mentaux était défini comme ayant visité au moins un professionnel de la santé pour des problèmes mentaux dans les 3 derniers mois. La DP était mesurée par le Kessler Psychological Distress Scale. Résultats : En analyses multivariées, une association significative a été trouvée entre le partage réceptif de matériel d’injection et l’accès aux services pour des problèmes de santé mentale. L’âge et le sexe masculin sont associés à de plus faibles probabilités de partage, tandis que l’utilisation d’opioïdes et avoir partagé dans les 3 mois précédant l’entrevue d’entrée sont associés avec de plus grandes chances de partager. Aucune évidence que la DP ne vient modifier cette association n’a été trouvée. Conclusion : Dans cet échantillon, une association protectrice existe entre l’accès à des services pour des problèmes de santé mentale et le partage réceptif, peu importe le degré de détresse psychologique.

Mots-clés : Santé mentale , Comportement d'injection à risque , Virus de l'hépatite C (VHC) , Injection de drogue , Accès aux services , Détresse psychologique , Psychological distress
Les encéphalopathies épileptogènes (EE) sont des maladies du jeune enfant se présentant avec une épilepsie et un retard du développement et/ou des déficits cognitifs. Le syndrome de West (spasmes infantiles) est une forme d’EE se manifestant au cours des premiers mois de vie par des salves de spasmes en flexion du tronc et des membres et une régression du développement. La pathogenèse des EE est mal comprise, mais des données récentes suggèrent qu’elles peuvent, dans certains cas, refléter un déséquilibre entre l'excitation et l'inhibition des circuits neuronaux dû, par exemple, à un déficit du développement ou de la fonction des interneurones inhibiteurs GABAergiques (INs). Afin de mieux comprendre les causes génétiques des EE, le laboratoire du Dr Rossignol a effectué une étude de séquençage d’exome d'une large cohorte d'enfants avec spasmes infantiles. Cette étude a révélé l’hétérogénéité génétique de cette maladie et a également permis d’identifier des mutations du gène TRIO chez un enfant avec spasmes infantiles et déficience intellectuelle. Des mutations de ce gène ont déjà été associées à la déficience intellectuelle chez l'humain. Celui-ci code pour la protéine TRIO, décrite comme essentielle pour la régulation de divers processus impliqués dans la migration neuronale incluant la guidance axonale et la motilité cellulaire. Cependant, ses fonctions dans le développement des INs sont inconnues. Par cette étude, nous avons voulu explorer les rôles de Trio dans la migration des INs corticaux chez la souris. À l'aide d'une technique d'électroporation ex vivo et d’un shARN contrôlé par le promoteur Dlx5/6, nous avons réprimé l'expression de Trio spécifiquement dans les INs en période prénatale. Nos résultats montrent que la perte de fonction de Trio, chez les souris embryonnaires mène à une réduction de la migration des INs vers le cortex, et à des défauts dans leur morphologie les rendant possiblement inaptes à soutenir l'organisation normale du cerveau. Ces défauts seraient possiblement causés par une sous activation de la voie de signalisation de RhoA.

Mots-clés : Développement , Épilepsie , Facteur d'échange de nucléotide guanine , Interneurone , Migration , Morphologie , Souris , Trio , Interneuron , Migration , Trio