CATIE-AQ/frenchKEYWORDS huggingface dataset:
Le syndrome reproducteur et respiratoire (SRRP) est une maladie virale répandue en Amérique du Nord et est la source de grandes pertes économiques dans l’industrie porcine. Son agent étiologique, le virus du SRRP (VSRRP), est un virus ayant besoin de plusieurs récepteurs afin d’entrer dans une cellule. Un de ceux-ci est le récepteur CD163 qui est essentiel à l’internalisation complète du virus. En effet, l’ajout du récepteur à des cellules n’étant pas permissives au virus les rendent permissives. Puisque ce récepteur semble crucial à l’infection du VSRRP, des porcs ont été génétiquement modifiés afin de ne pas posséder le récepteur CD163. Ces porcs modifiés sont complètement résistants au virus et ne comportent pas de différences phénotypiques comparativement aux porcs non modifiés. Récemment, dans notre laboratoire, une lignée cellulaire porcine a été génétiquement modifiée afin d’étudier la pathogenèse du VSRRP lors de co-infection avec d’autres pathogènes porcins. Plus précisément, des cellules de trachée de porcelet naissant (NPTr) ont été modifiées afin d’exprimer le récepteur CD163 et permettre la réplication du VSRRP. Cependant, le VSRRP est habituellement connu pour causer la mort des cellules qu’il infecte par apoptose, comme c’est le cas dans les macrophages alvéolaires porcins (PAM) et les MARC-145. Intéressement, le VSRRP peut se répliquer dans les NPTr-CD163 à une vitesse similaire que dans les MARC-145, mais sans causer de mort cellulaire. De plus, le VSRRP est un virus ayant un haut taux de mutations et ceci pourrait favoriser éventuellement son adaptation pour infecter des cellules sans récepteur CD163. Nos hypothèses, sont que le VSRRP peut s’adapter à des cellules ne possédant pas de récepteur CD163 et que la réponse cellulaire des NPTr-CD163 contre le VSRRP est mieux adaptée ce qui permet la survie des cellules infectées. Afin de déterminer si le VSRRP peut s’adapter à des cellules sans récepteur CD163, la souche québécoise de référence du VSRRP de type 2 IAF-Klop a été répliquée sur des ratios grandissants de cellules NPTr ne possédant pas le récepteur CD163 nommées NPTr-N2. Aussi, afin de déterminer l’impact de l’infection du VSRRP dans les NPTr-CD163 et les MARC-145, la modulation de l’expression des ARNm de ces deux lignées cellulaires a été déterminée par séquençage à haut débit (SHD) en utilisant la technologie Illumina. Les résultats de la première expérience furent étonnants puisque contrairement à notre hypothèse, le virus ne s’est pas adapté aux cellules sans récepteurs CD163. Au niveau du deuxième objectif concernant la modulation de l’expression des ARNm des cellules MARC-145 et NPTr-CD163 infectées par le VSRRP, les résultats ont permis de démontrer qu’il y a une certaine activation des gènes impliqués dans la voie de signalisation de l’apoptose dans les NPTr-CD163, mais qu’il y a aussi une forte inhibition, ce qui pourrait expliquer la survie de ces cellules. Ces résultats permettent une meilleure compréhension de la réponse de ces deux lignées cellulaires à l'infection virale.

Mots-clés : SRRP , VSRRP , CD163 , NPTr , MARC-145 , SHD , ARNm
Le ceftiofur, un antimicrobien de la classe des céphalosporines, a été utilisé systématiquement dans les couvoirs canadiens pour prévenir les mortalités en début d’élevage, causant une prévalence élevée d’Escherichia coli résistants aux céphalosporines chez les poulets de chair. L’utilisation préventive du ceftiofur a cessé en 2014. Nous avons examiné l’effet de son administration, de l’arrêt de tout antimicrobien au couvoir et du remplacement par la lincomycine-spectinomycine sur la proportion d’échantillon d’E. coli positifs à des gènes de β-lactamases à spectre étendu (ESBL) et de β-lactamases AmpC, ainsi que sur les profils de multirésistance des E. coli ESBL/AmpC chez des poulets de chair et leurs reproducteurs, un an après l’arrêt. Pour les E. coli indicateurs provenant de milieux non-enrichis avec du ceftriaxone, une diminution significative de la proportion d’échantillons possédant les gènes blaCMY-2 et/ou blaCTX-M a été observée suivant l’arrêt. En revanche, suite à l’enrichissement au ceftriaxone, facilitant la détection d’E. coli producteurs d’ESBL/AmpC, 99% des échantillons avant et après l’arrêt de ceftiofur possédaient des E. coli positifs pour blaCMY-2 ou blaCTX-M. Les troupeaux recevant la lincomycine-spectinomycine après l’arrêt du ceftiofur ont démontré une non-susceptibilité significativement accrue pour les classes des aminoglycosides, inhibiteurs de folate, phénicols, tétracyclines et pour les isolats d’E. coli possiblement extensivement résistants comparativement aux troupeaux recevant le ceftiofur ou aucun antimicrobien au couvoir. Cette étude démontre clairement une diminution initiale des E. coli positifs pour des ESBL/AmpC suite à l’arrêt du ceftiofur mais également une augmentation de la multirésistance aux différentes classes d’antimicrobien testées chez les E. coli suivant le remplacement avec la lincomycine-spectinomycine.

Mots-clés : arrêt , ceftiofur , poulet , lincomycine-spectinomycine , multirésistance , blaCMY-2 , blaCTX-M
L’asthme équin est l’une des causes les plus fréquentes de consultation en pratique équine. Il est caractérisé par une inflammation non septique des voies respiratoires inférieures de chevaux de tous âges. Bien qu’il soit généralement autolimitant, l’asthme équin léger/modéré progressera jusqu’à la forme sévère chez environ 15% des chevaux ; un stade incurable associé à de la détresse respiratoire au repos. Le remodelage bronchique des voies respiratoires centrales de cette forme sévère est bien décrit dans la littérature. Il affecte toutes les structures et il est corrélé avec l’obstruction des voies respiratoires des chevaux affectés. Considérant l’altération de la fonction respiratoire dans les formes légère/modérée et sévère et les modifications structurales observées dans les voies respiratoires centrales dans cette dernière forme, l’hypothèse de la présente étude est qu’il existe un remodelage des voies respiratoires centrales chez certains chevaux asthmatiques légers/modérés et que celui-ci contribue à la progression de la maladie. Le remodelage des voies respiratoires centrales de 12 chevaux asthmatiques légers/modérés a été caractérisé à l’aide de méthodes histomorphométriques et comparé à celui de 10 chevaux contrôles. Nous avons également évalué la fiabilité d'un score semi-quantitatif rapide pour l’identification des altérations morphologiques des voies respiratoires centrales. La méthode d’histomorphométrie et l’application du score semi-quantitatif ont permis de mettre en évidence une hyperplasie épithéliale, une augmentation de l’épaisseur de la matrice extracellulaire et une infiltration de cellules inflammatoires augmentée dans la lamina propria chez les chevaux asthmatiques légers/modérés par rapport aux chevaux contrôles. Deux phénotypes de chevaux asthmatiques légers/modérés ont été mis en évidence : des chevaux présentant une hyperplasie épithéliale, dont l’inflammation pulmonaire est principalement neutrophilique, et dont la fraction de collagène dans le muscle lisse est augmentée, et des chevaux ne présentant pas d’hyperplasie épithéliale dont l’inflammation est mastocytaire, et où la fraction de collagène dans le muscle lisse est semblable à celle retrouvée chez les chevaux contrôles.

Mots-clés : Chevaux , Asthme équin léger/modéré , Voies respiratoires centrales , Remodelage , Histomorphométrie , Score semi-quantitatif
Pour les Chrétiens, une analyse complète de la pratique de l’étude biblique dans le contexte carcéral peut approfondir la compréhension de ce qui constitue un ministère efficace. Pour les non-Chrétiens, une telle étude peut augmenter la compréhension des relations complexes entre la foi, la prison et la croissance personnelle aux États-Unis. Beaucoup de Chrétiens américains croient que l’étude biblique est une pratique émancipatrice qui peut aider ceux qui cherchent à résoudre l’énorme problématique carcérale aux États-Unis. Les participants aux études bibliques en milieu carcéral (tant comme enseignants qu’élèves) cherchent des manières de montrer que la lumière de Dieu continue de briller même dans des endroits parmi les plus sombres de la Terre comme les prisons. La croyance en cette perspective théologique a conduit de nombreux Chrétiens (bénévoles ou aumôniers) à combattre la problématique de l’incarcération de masse en établissant des pratiques religieuses dans les prisons. Le système carcéral américain traite la religion non seulement comme un droit à préserver mais aussi comme l’un des programmes qui peuvent aider à réhabiliter les prisonniers avant leur retour dans la société. La Garden State Youth Correctional Facility (GSYCF) héberge près de 1200 jeunes hommes de 17 à 27 ans. Comme la plupart des prisons américaines, la GSYCF doit permettre les pratiques religieuses auprès des prisonniers. À travers la praxéologie pastorale, cette recherche observe la pratique et les effets de l’étude biblique sur les vies de plusieurs praticiens incarcérés. Cette recherche traite spécifiquement d’une étude biblique, la Logos Bible Study (LBS) qui se distingue des autres programmes par son emphase sur l’étude contemplative des Écritures Saintes et la promotion d’une autoréflexion critique. Après l’analyse d’entretiens et sondages effectués sur un groupe de participants incarcérés de la LBS, cette étude propose des méthodes pour créer un terreau de transformation positive dans un territoire d’incarcération. Ces méthodes mènent à l’anakainosis-desmios, un état de renouveau spirituel possible uniquement à l’intérieur de la prison qui promeut la création et l’expression d’attitudes émancipatoires et hospitalières au sein d’une culture carcérale oppressive et hostile.

Mots-clés : Anakainosis , Étude biblique en prison , Aumônier , Praxéologie pastorale , Perspectives transformées , Religion en prison , Renouvellement spirituel , Ministère en prison
Ce travail de thèse s’appuie sur les données d’un suivi à long-terme mené à une échelle régionale pour mieux appréhender les facteurs gouvernant la diversité des fonds marins côtiers. En considérant de multiples échelles spatiales et temporelles ainsi que différentes facettes de la diversité de ces communautés, l’objectif principal a été de fournir des connaissances permettant de mieux prédire les potentielles réponses des communautés benthiques face aux changements environnementaux à venir. Cette thèse s’inscrit en particulier dans un contexte de la menace de l’homogénéisation des fonds marins et de la disparition à large échelle des habitats biogéniques, réservoirs de biodiversité formés par des espèces fondatrices. La comparaison de deux de ces habitats, les herbiers de Zostères intertidaux et les bancs de mäerl subtidaux, à des sédiments dépourvus d’espèces fondatrices a mis en évidence le rôle fondamental de ces habitats biogéniques dans le maintien de la diversité et du fonctionnement des fonds marins à long-terme. Ils contrôlent profondément les dynamiques temporelles des communautés et leurs capacités de réponse aux variations des conditions environnementales, assurent une plus grande stabilité des structures spatiales des communautés à une échelle régionale. Ils semblent par-là essentiels au maintien à long-terme des fonctions écologiques auxquelles contribuent les espèces benthiques. Cependant, ce travail montre que ces espèces fondatrices opèrent selon des mécanismes différents et que les implications en terme de vulnérabilité des communautés sont donc aussi différentes. Cette étude montre enfin qu’au sein d’un habitat donné, la richesse locale des communautés est relativement stable dans l’espace et le temps et met en évidence le besoin de caractériser les variations de compositions de communautés pour guider les actions de conservations à larges échelles. À ce titre, et à l’échelle régionale, les variations de composition contribuent à une richesse taxinomique et fonctionnelle dans les sédiments dépourvus d’espèces fondatrices aussi importante que dans les habitats biogéniques. Ce résultat impose de réévaluer la valeur de conservation qui pourrait leur être attribué de part leur richesse locale limitée. Les suivis à grandes échelles spatiales et temporelles sont dans ce contexte essentiels pour fournir un lien entre les connaissances empiriques et théoriques existantes à des échelles locales, et les échelles supérieures auxquelles s’intéressent les politiques de conservation

Mots-clés : Suivis biologiques , Écologie numérique , Habitats biogéniques , Diversité β , Traits biologiques , Homogénéisation biotique , Trajectoire des communautés , Conservation
L’amélioration de l’accès aux soins est un élément essentiel dans la performance de tout système de santé et une des préoccupations majeures des gestionnaires des services de santé et des décideurs. Cependant, l’accès aux soins des populations migrantes pose un certain nombre de défis et les limites des études à ce sujet, surtout pour les migrants sans assurance maladie, nous ont conduit à réaliser cette recherche. L’objectif de l’étude est de décrire la situation d’accès aux soins des migrants sans assurance maladie dans la ville de Montréal. Cette étude qualitative a utilisé des guides d’entretien semi-directifs auprès de seize personnes. La technique d’échantillonnage par contraste a été appliquée à notre population d’étude afin d’avoir un ou deux cas types par groupe de communautés migrantes. La situation d’accès aux soins a été décrite selon les cinq domaines du cadre conceptuel de Lévesque et al (2013) : l’accessibilité ; l’acceptabilité ; la disponibilité ; le caractère abordable et la pertinence. L’analyse thématique a permis l’émergence de nouvelles informations. L’accès aux soins de santé des migrants sans assurance maladie est jugé plus critique dans trois domaines : la disponibilité, « l’abordabilité » et la pertinence. En effet, même s’ils n’ont pas de difficultés à identifier les services de santé ni à y accéder physiquement, il subsiste des obstacles importants concernant la prise en charge : le manque d’assurance maladie, les coûts directs des soins, la pauvreté. D’autres obstacles, tels que les longs délais de prise en charge et de diagnostic, la non-continuité et l’observance des soins, réduisent considérablement la pertinence de soins. Ces obstacles d’accès aux soins provoquent des conséquences négatives sur la santé physique et mentale de ces personnes, mais aussi des dépenses énormes dans les services d’urgence des hôpitaux.

Mots-clés : Accès aux soins de santé , Migrants sans assurance maladie , Montréal , Services de santé
Cette thèse de doctorat en composition propose de cerner les étapes qui m’ont menée à la création d’un opéra à forme ouverte nommé La Piñata. La thèse est divisée en deux parties. La première explore le concept d’œuvre à forme ouverte et les différentes déclinaisons qu’il peut engendrer. Cette exploration m’amène à définir le modèle de forme ouverte auquel j’ai fait appel dans La Piñata. La deuxième partie met en lumière les rouages de mon travail de composition. J’y présente le livret de l’opéra et les stratégies compositionnelles pour le mettre en musique. J’y élabore le concept d’objet musical, pierre angulaire de la structure musicale de l’opéra. J’aborde aussi le traitement de l’écriture vocale, la composition de l’espace signifiant et la présentation de quelques clés supplémentaires pour bien saisir mon langage musical.   Cette thèse ouvre donc la voie au modèle de forme ouverte de La Piñata : une structure pouvant se développer librement, à l'image d’une toile, construite par l’ajout progressif de tableaux, qui donne lieu à une constellation d'évènements, des ruptures de ton, la représentation de différents lieux et la juxtaposition de plusieurs temporalités. Finalement, nous verrons que ce projet de recherche-création m’a permis d’entrer en contact intime avec cette forme d’art particulière qu’est l’opéra, de l’étudier, de la critiquer, d’élaborer un langage personnel grâce à l’exploration de nouvelles techniques expressives et d’affermir ma position en tant qu’artiste créatrice.

Mots-clés : opéra , forme ouverte , recherche-création , dramaturgie musicale , Composition
Au cours de la première année de vie, l’enfant passe progressivement d’une alimentation exclusivement lactée à une alimentation familiale grâce à une période de diversification alimentaire. C’est également au cours de cette période qu’apparaissent le babillage et la mastication tous deux associés à l’émergence d’oscillations rythmiques mandibulaires (MacNeilage, 1998). Ce geste moteur commun ainsi que la cooccurrence des troubles alimentaires et des troubles du langage/parole suggèrent l’existence d’un lien entre le développement des activités de parole et d’alimentation. À ce jour, non seulement peu d’études ont examiné les caractéristiques du développement précoce de ces deux activités, mais il en existe aussi très peu qui ont cherché à vérifier expérimentalement ce lien. Ce projet de thèse vise à répondre à ces deux objectifs. La première partie de notre travail vise ainsi à décrire les conduites alimentaires du jeune enfant français au cours de la diversification alimentaire et à les comparer aux recommandations des organismes de santé publique (OMS, Inpes). Un questionnaire parental intitulé « Inventaire des Conduites Alimentaires » a été créé et a permis d’examiner les modalités d’introduction des aliments complémentaires, et notamment de celles des textures, au sein d’un échantillon de 806 enfants français au développement typique. La deuxième partie de notre recherche a pour objectif d’examiner le lien existant entre le babillage et la mastication au sein de deux études. En nous appuyant sur des données acoustiques et vidéo, nous avons tout d’abord examiné de manière longitudinale les trajectoires développementales des patrons temporels syllabiques et masticatoires entre 8 et 14 mois chez 4 enfants québécois. Nous avons ensuite analysé les caractéristiques de ces patrons temporels chez 14 enfants français âgés de 10 mois en fonction du développement des gestes communicatifs et du type de textures consommées. Les résultats obtenus mettent en évidence un âge de transition alimentaire compris entre 4 et 5 mois ainsi qu’une introduction séquentielle des textures lors de la diversification alimentaire. Par ailleurs, les trajectoires des patrons syllabiques et masticatoires obtenues suggèrent d’une part une amélioration globale du contrôle oro-moteur entre 10 et 12 mois et d’autre part que les patrons temporels syllabiques subissent l’influence du type de textures auquel l’enfant est régulièrement exposé. Nos observations font ainsi émerger des arguments en faveur de l’existence d’une interdépendance unilatérale entre les activités de parole et d’alimentation à un stade précoce du développement.

Mots-clés : babillage , mastication , patrons temporels , diversification alimentaire , textures , textures
Lorsque des enquêtes sont effectuées, il est commun de faire face à de la non-réponse de la part des individus échantillonnés. Les estimateurs non-ajustés pouvant être biaisés en présence de données manquantes, on a habituellement recours à des méthodes d'imputation pour obtenir un fichier de données complété et réduire ainsi le biais de non-réponse. De plus, les estimateurs usuels de totaux ou moyennes de la population finie sont très sensibles à la présence de données influentes dans l'échantillon. Nous proposons une version efficace en présence de valeurs influentes des estimateurs multi-robustes, c'est-à-dire des estimateurs imputés par une méthode d'imputation multi-robuste. Pour ce faire, nous définissons le biais conditionnel d'une unité échantillonnée comme mesure de son influence. Nous présenterons les résultats d'une étude par simulation afin de montrer les gains de la méthode proposée en termes de biais et d'efficacité.

Mots-clés : Robustesse , Imputation multi-robuste , Biais conditionnel , Inférence basée sur le plan de sondage , Unités influentes , Non-réponse
Nous voulons développer des algorithmes d'apprentissage par renforcement qui permettent à l'agent apprenant d'obtenir une décomposition structurée de son comportement. L’apprentissage par renforcement hiérarchique fournit un mécanisme permettant de le faire en modularisant explicitement la politique en deux composants: un ensemble de sous-politiques de bas niveau (ou primitives) et une politique principale de haut niveau permettant de coordonner les primitives. Alors que les primitives ne doivent se spécialiser que dans une partie de l'espace d'états, la stratégie principale doit se spécialiser dans tout l'espace d'états, car elle décide du moment d'activer les primitives. Cela introduit un ``goulot d'étranglement'' dans lequel le succès de l'agent dépend du succès de la stratégie principale, ce qui en fait un point d'échec unique.  Nous proposons de supprimer cette limitation en utilisant un nouveau mécanisme selon lequel les sous-politiques peuvent décider elles-mêmes dans quelle partie de l'état elles souhaitent agir. Cette prise de décision décentralisée supprime la nécessité d’une politique principale paramétrée. Nous utilisons ce mécanisme pour former une politique composée d'un ensemble de primitives, mais ne nécessitant pas de stratégie principale pour choisir entre les primitives. Nous démontrons de manière expérimentale que cette architecture de politique améliore les politiques à la fois plates et hiérarchiques en termes de généralisation. Ce travail a été soumis à la conférence NeurIPS 2019 sous la forme d’un document intitulé Apprentissage d’un ensemble concurrentiel de primitives à contraintes d’informations.  Dans le premier chapitre, j'introduis des informations de base sur l’apprentissage par renforcement, l’apprentissage par renforcement hiérarchique, les goulots d’étranglement d’information, la compositionnalité et les réseaux de modules neuronaux, et explique en quoi le travail proposé au chapitre deux est lié à ces idées. Le chapitre deux décrit l’idée de former un ensemble de primitives. Je conclus ma thèse en discutant de quelques axes de recherche futurs pour les travaux décrits au chapitre deux.

Mots-clés : Apprentissage par renforcement , Apprentissage par renforcement hiérarchique , Goulot d'étranglement de l'information , Compositionnalité , Réseaux modulaires
L'extraction de personnalité sur les réseaux sociaux est un domaine qui n'a que récemment commencé à capturer l'attention des chercheurs. La tâche consiste à, en partant d'un corpus de profils d'utilisateurs de réseaux sociaux, être capable de classifier leur personnalité correctement, selon un modèle de personnalité tel que défini en psychologie. Ce mémoire apporte trois innovations au domaine. Premièrement, la collecte d'un corpus d'utilisateurs LinkedIn. Deuxièmement, l'extraction sur deux modèles de personnalités, MBTI et DiSC, l'extraction sur DiSC n'ayant pas encore été faite dans le domaine, et finalement, la possibilité de passer d'un modèle de personnalité à l'autre est explorée, dans l'idée qu'il serait ainsi possible d'obtenir les résultats de multiples modèles de personnalités en partant d'un seul test.

Mots-clés : Extraction de personalité , MBTI , DiSC , LinkedIn , Réseau sociaux , Profilage d'auteur