CATIE-AQ/frenchKEYWORDS huggingface dataset:
L’évolution des protéines est un domaine important de la recherche en bioinformatique et catalyse l'intérêt de trouver des outils d'alignement qui peuvent être utilisés de manière fiable et modéliser avec précision l'évolution d'une famille de protéines. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) est considéré comme l'outil idéal pour une telle tâche, en termes de rapidité et de précision. Par conséquent, dans cette étude, TM-Align a été utilisé comme point de référence pour faciliter la détection des autres outils d'alignement qui sont en mesure de préciser l'évolution des protéines. En parallèle, nous avons élargi l'actuel outil d'exploration de structures secondaires de protéines, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), afin qu'il puisse également être utilisé comme un outil pour la modélisation de l'évolution des protéines.

Mots-clés : Évolution des protéines , Outils , Comparaison des outils , Alignements de la structure
Cette étude vise à comparer l’histoire évolutive des parasitoïdes du genre Horismenus (Hymenoptera: Eulophidae) à celle de leurs hôtes bruches (Coleoptera: Bruchidae) et plante hôte (Phaseolus vulgaris L.) cultivée dans le contexte d’agriculture traditionnelle, au sein de son centre de domestication Mésoaméricain. Nous avons analysé la structure génétique de 23 populations de quatre espèces de parasitoïdes au Mexique, en utilisant un fragment du gène mitochondrial COI afin de les comparer aux structures précédemment publiées des hôtes bruches et du haricot commun. Nous avons prédit que les structures génétiques des populations d’hôtes (bruches et plante) et de parasitoïdes seraient similaires puisque également influencées par la migration entremise par l’humain (HMM) étant donnée que les parasitoïdes se développent telles que les bruches à l’intérieur des haricots. Compte tenu des stratégies de manipulation reproductive utilisées par l’alpha-protéobactérie endosymbionte Wolbachia spp. pour assurer sa transmission, la structure génétique des populations de parasitoïdes inférée à partir du génome mitochondrial devrait être altérée conséquemment à la transmission conjointe des mitochondries et des bactéries lors de la propagation de l’infection dans les populations de parasitoïdes. Les populations du parasitoïde H. missouriensis sont infectées par Wolbachia spp. Tel que prédit, ces populations ne sont pas différenciées (FST = 0,06), ce qui nous empêche d’inférer sur une histoire évolutive parallèle. Contrairement aux bruches, Acanthoscelides obtectus et A. ovelatus, la HMM n'est pas un processus contemporain qui influence la structure génétique des populations du parasitoïde H. depressus, étant donné la forte différenciation (FST = 0,34) qui existe entre ses populations. La structure génétique observée chez H. depressus est similaire à celle de sa plante hôte (i.e. dispersion aléatoire historique à partir d'un pool génique ancestral très diversifié) et est probablement le résultat d’un flux génique important en provenance des populations de parasitoïdes associées aux haricots spontanées à proximité des champs cultivés. L’étude de l’histoire évolutive intégrant plusieurs niveaux trophiques s’est avérée fructueuse dans la détection des différentes réponses évolutives entre les membres du module trophique face aux interactions humaines et parasitaires, et montre la pertinence d’analyser les systèmes écologiques dans leur ensemble.

Mots-clés : processus de domestication , interactions multitrophiques , phylogéographie , génétique des populations de parasitoïdes
Dans ce travail,  nous posons d’abord la question de la légitimité de la contestation internationale. En partant de la conception libérale de la souveraineté étatique, nous montrons que la contestation internationale pourrait être critiquée pour l’interférence qu’elle crée entre des acteurs étrangers. Pour défendre la légitimité de la contestation, nous argumentons en faveur de la position républicaine de Philip Pettit selon laquelle la souveraineté étatique ne devrait pas être comprise comme une absence d’interférence, mais plutôt comme une absence de domination. En montrant que les problèmes environnementaux peuvent être compris en tant que domination écologique, nous tentons alors de démontrer que la contestation internationale ne pose pas nécessairement problème pour la souveraineté des États, mais qu’au contraire, celle-ci peut servir protection contre d’éventuels cas de domination. Dans la seconde partie du travail, nous explorons la question de la légitimité des moyens de contestation utilisés par les activistes. En conservant les idées de Pettit concernant la domination, nous prenons toutefois nos distances par rapport à cet auteur et sa conception délibérative de la contestation. Nous amorcerons finalement la réflexion dans le but de trouver des critères pouvant légitimer certains recours à des moyens de contestation plus radicaux. Nous défendons notamment une position originale, voulant que la contestation soit comprise en continuité avec la délibération plutôt qu’en rupture avec celle-ci.

Mots-clés : Contestation , Activisme , Domination , Domination , Souveraineté étatique , Républicanisme , Environnement
La forme canadienne-française du syndrome de Leigh (LSFC) est une maladie métabolique associée à une déficience en cytochrome oxydase (COX) et caractérisée par des crises d’acidose lactique, menant à une mort prématurée. Les mécanismes qui sous-tendent l’induction des crises restent inconnus et il n’existe aucune thérapie efficace pour les prévenir. Cette étude vise à caractériser l'effet de facteurs métaboliques périphériques potentiellement altérés chez les patients LSFC sur la mort de lignées cellulaires issues de ces patients et de témoins puis, à identifier des agents thérapeutiques pouvant la prévenir. Nous postulons que (i) ces facteurs métaboliques induiront une mort prématurée des cellules de patients et que (ii) les interventions susceptibles de la prévenir pallieront les conséquences de la déficience en COX, soit la diminution des taux d’adénosine triphosphate (ATP) et l’augmentation du stress oxydant, du nicotinamide adénine dinucléotide (NADH) et des lipides toxiques. Un criblage de 8 facteurs sanguins et 10 agents thérapeutiques a été réalisé. Les paramètres mesurés incluent la nécrose, l’apoptose, l’ATP et l’activité de la COX. Les fibroblastes LSFC sont plus susceptibles à la mort par nécrose (39±6%) induite par du palmitate plus lactate, un effet associé à des niveaux d’ATP diminués (53±8%). La mort cellulaire est réduite de moitié par l’ajout combiné d’agents ciblant le NADH, l’ATP et les lipides toxiques, alors que l’ajout d’antioxydants l’augmente. Ainsi, un excès de nutriments pourrait induire la mort prématurée des cellules LSFC et, pour atténuer cette mort, il serait important de combiner plusieurs interventions ciblant différents mécanismes.

Mots-clés : LSFC , LSFC , Acidose lactique , Mitochondrie , Mitochondria , Fibroblaste , Fibroblast , Palmitate , Palmitate , Lactate , Lactate , Bleu de méthylène , Carnitine , Carnitine
Dans une société qui assiste à la confusion des territoires du privé et du public, le culte du corps et la valorisation de normes esthétiques féminines semblent littéralement envahir l’espace narratif et magnifier le dualisme entre l’être et le paraître. Il va sans dire que cette nouvelle façon de penser et de concevoir le corps, notamment le corps féminin, a une incidence sur l’écriture des femmes contemporaines. Intimement lié à la construction identitaire du sujet, le corps incarne dans les oeuvres littéraires une nouvelle « féminité » dont le présent mémoire vise à explorer les paramètres littéraires, psychanalytiques et sociologiques. C’est dans le contexte d’une corporalité reconfigurée que l’inscription de la triade corps/identité/féminité dans les textes littéraires de Nelly Arcan et de Marie-Sissi Labrèche sera étudiée par l’analyse d’oeuvres significatives publiées au début de ce troisième millénaire : Putain et À ciel ouvert, d’une part, Borderline et La Brèche, d’autre part. Le corps est au coeur de la quête identitaire des protagonistes présentées dans ces récits. Mais ce corps s’érigeant souvent en obstacle devient le lieu d’une difficile image de soi et contribue à renforcer l’agentivité négative, soit cette incapacité du sujet à tracer son avenir de manière positive, contre laquelle se battent les personnages féminins tout au long de la narration. C’est à ce propos que la position ambivalente des deux auteures est représentative des questions de filiation qui marquent la littérature contemporaine.

Mots-clés : Corps , Identité féminine , Relations mère-fille , Écriture des femmes , Intertextualité , Filiation , Filiation
La présente étude avait pour objectif de décrire comment est enseignée (si elle l’est effectivement) la distinction d’emploi entre le passé composé et l’imparfait, une distinction aspectuelle posant problème aux apprenants du français langue seconde, dans trois classes de 3e à 5e années en immersion française précoce aux Territoires du Nord-Ouest et de décrire l’utilisation que font les enseignantes de ces temps verbaux. À partir de dix-neuf heures d’observation en classe et d’entretiens menés avec deux enseignantes, nous avons élaboré une proposition didactique basée sur la réflexion guidée avec exemples positifs et négatifs de Nadeau et Fisher (2006) mettant en évidence le contraste d’emploi entre le passé composé et l’imparfait. Cette proposition didactique fournit aux enseignantes une façon de l’enseigner alors qu’elles ne le font pas à ces niveaux, et aux apprenants, un intrant où la fréquence des emplois atypiques est plus grande que dans le discours de leur enseignante.

Mots-clés : passé composé , imparfait , aspect , immersion française , réflexion guidée avec exemples positifs et négatifs , démarche active de découverte
Cette thèse comprend trois essais en économie de l’environnement et des ressources naturelles sous incertitude. Le premier essai propose un modèle de jeu différentiel qui analyse la pollution globale à travers la quête  à l’hégémonie politique entre pays.  Le second essai utilise des données boursières pour estimer une version stochastique de la règle de Hotelling et ainsi inférer sur le rôle des ressources naturelles non renouvelables dans la diversification du risque. Le troisième essai montre comment la prise en compte des perspectives futures modifie la règle de Hotelling dans un contexte de diversification du risque.

Mots-clés : Hégémonie , Pollution , Risque , Capitalisation boursière , Réserves prouvées , Perspectives futures , Utilité différentielle stochastique , Pollution
Il y a des indications que les nanocristaux de silicium (nc-Si) présentent un gain optique qui est potentiellement assez grand pour permettre l'amplification optique dans la gamme de longueurs d'ondes où une photoluminescence (PL) intense est mesurée (600- 1000 nm). Afin de fabriquer des cavités optiques, nous avons implantés des morceaux de silice fondue avec des ions de Si pour former une couche de nc-Si d'une épaisseur d'environ 1 μm. Le Si a été implanté à quatre énergies comprises entre 1 MeV et 1,9 MeV de manière à obtenir une concentration atomique de Si en excès variant entre 25% et 30%. Les pièces ont été flanquées de miroirs diélectriques composés de filtres interférentiels multicouches. Sur une plage de longueurs d'ondes d'environ 200 nm de large, un filtre réfléchit près de 100%, alors que l'autre a une réflexion moyenne d'environ 90%. Nous avons mesuré et comparé les spectres de PL de trois échantillons: le premier sans miroir, le second avec des filtres réfléchissant autour de 765 nm (entre 700 nm et 830 nm), et la troisième avec des filtres agissant autour de 875 nm (entre 810 nm et 940 nm). Lorsque les échantillons sont excités avec un laser pulsé à 390 nm, des mesures de photoluminescence résolue dans le temps (PLT) révèlent des taux de décroissance plus rapides en présence de miroirs dans le domaine de longueurs d'onde où ceux-ci agissent comparé aux échantillons sans miroirs. Aussi, l'intensité PL en fonction de la fluence d'excitation montre une augmentation plus rapide de la présence de miroirs, même si celle-ci reste sous-linéaire. Nous concluons que de l'émission stimulée pourrait être présente dans la cavité optique, mais sans dominer les autres mécanismes d'émission et de pertes.

Mots-clés : nanocristaux , silicium , photoluminescence , photoluminescence , émission stimulée
Cette thèse porte sur le phénomène de la mobilisation de personnes en situation de pauvreté et d’exclusion dans un acteur collectif existant et à travers les espaces collectifs privilégiés que constituent les organismes communautaires. Elle est composée de trois chapitres. La problématique et l’objet d’étude forment le premier, la méthodologie est présentée dans le deuxième alors que les résultats de recherche, combinés à leur analyse et à leur interprétation, constituent le troisième chapitre. La discussion générale des résultats est incluse dans la conclusion. La particularité de cette thèse réside dans l’appréhension globale du phénomène de la mobilisation, l’examinant dans le contexte spécifique de la pauvreté et de l’exclusion en tant qu’oppressions structurelles, et dans la perspective du développement du pouvoir d’agir (empowerment). Considérant que la mobilisation est le fruit de l’amalgame entre un acteur collectif et une action collective, cette recherche apporte d’abord une nouvelle compréhension de l’espace dans lequel se développe le processus de mobilisation. Elle propose en effet une distinction novatrice entre d’une part l’acteur collectif, entité relativement floue et diffuse, et d’autre part l’organisme communautaire en tant que tel, entité aux frontières bien définies, lequel fournit un espace collectif privilégié pour le développement de la mobilisation. Cette différenciation contribue notamment à mieux appréhender les processus qui s’y déroulent et à mieux cerner le rôle que peuvent jouer les organismes communautaires à cet égard. En examinant finement et avec un grand souci du détail le processus de mobilisation vécu par les individus, de leur premier contact avec un organisme communautaire à leur engagement avec un acteur collectif existant, cette recherche propose une nouvelle construction théorique à propos d’une réalité courante, mais peu explorée jusqu’à aujourd’hui, et fournit des pistes pour accompagner le plus adéquatement possible de tels processus. En se centrant sur les aspects individuels de la mobilisation sans pour autant occulter son caractère intrinsèquement collectif, cette thèse contribue à rendre encore plus explicite la nécessaire intégration entre le personnel et le collectif dans l’appréhension des problèmes sociaux, et permet d’en saisir les nombreux effets sur le plan individuel, spécialement en ce qui a trait à la restauration du statut d’acteur. En plus de démontrer clairement les liens existants entre les processus de mobilisation et de développement du pouvoir d’agir individuel et collectif, cette thèse met en évidence les principales pratiques communautaires qui y contribuent et soulève les principaux défis et les contradictions qui y sont associées. Ce faisant, elle nous semble apporter une contribution au renouvellement des pratiques sociales et communautaires.

Mots-clés : Mobilisation , Pauvreté , Empowerment , Empowerment , Exclusion , Exclusion , Communautaire , Oppression , Oppression
On dénombre divers modèles de simulation de la mouche du chou (Delia radicum L.), mais plusieurs comportent d’importantes lacunes au niveau des différences génotypiques de l’insecte et des paramètres utilisés. L’objectif principal de ce projet est de rassembler les informations manquantes afin de créer dans le futur un modèle bioclimatique permettant de simuler efficacement la dynamique des populations de ce ravageur.   L’effet de la température et de l’humidité du sol a été mesuré sur les œufs et les larves de la mouche du chou. L’humidité n’influence la survie des œufs qu’en dessous de 25% [m/m]. L’exposition graduelle des œufs à des températures élevées au dessus de 33°C affecte également la survie. La survie des larves augmente avec la hausse des températures et de l’humidité. Nous croyons que la mouche du chou est bien adaptée aux conditions des sols organiques au Québec, et nous recommandons l’intégration de la température du sol pour les stades au sol plutôt que de l’air dans l’élaboration d’un nouveau modèle.   La ponte a également été étudiée à partir de différents critères préétablis pour chacun des génotypes hâtifs et tardifs, à différentes températures. Excepté pour la pré-oviposition qui est plus longue chez les hâtifs, aucune différence n’a été observée entre les génotypes. La majorité des critères, excepté la durée d’un épisode de ponte et la mortalité des œufs, a réagit à la température.  Les nouvelles informations serviront à l’élaboration ou le perfectionnement d’un modèle de simulation de la dynamique de la ponte de la mouche du chou.

Mots-clés : Mouche du chou , Delia radicum , Température du sol , Température de l’air , Humidité du sol , Dynamique de ponte , Oviposition , Génotype hâtif , Génotype tardif , Modèle bioclimatique
Placer une charge au niveau du membre inférieur est une approche sans fondement scientifique, utilisée par les cliniciens, pour renforcer certains muscles clés de la marche. Cette étude a déterminé les modifications du patron de marche lors de l’ajout d’une charge à la cheville parétique ou non parétique chez des personnes ayant une hémiparésie suite à un accident vasculaire cérébral et a comparé les résultats à ceux d’un groupe témoin. Il est supposé qu’une charge placée à la jambe parétique/non dominante (charge ipsilatérale) augmenterait les efforts (moments et puissance) à la hanche parétique/non dominante lors de l’oscillation et qu’une charge placée controlatéralement augmenterait les efforts lors de la phase d’appui principalement pour les abducteurs de hanche stabilisant le bassin dans le plan frontal. La marche avec et sans charge de cinq individus hémiparétiques chroniques et 5 personnes en santé a été analysée en laboratoire par l’enregistrement des forces de réaction du sol et des mouvements des membres inférieurs. Ces informations ont permis de calculer les paramètres temps-distance, les angles à la hanche parétique/non dominante et au tronc, les moments nets, les puissances et le travail mécanique à la hanche parétique/non dominante. Des tests statistiques non-paramétriques ont servi à déterminer l’effet de la condition, avec charge (ipsi- et controlatérale) ou sans charge et à comparer les résultats entre les deux groupes. L’ajout d’une charge n’a pas modifié la vitesse de marche des sujets. Les phases d’appui et d’oscillation étaient rendus plus symétriques par la charge, même si peu de différences apparaissaient dans le plan sagittal avec ou sans la charge. Dans le plan frontal, le moment abducteur de hanche des sujets hémiparétiques a diminué avec la charge controlatérale, tandis qu'il a augmenté chez les sujets en santé. L’utilisation d’une stratégie posturale ou dynamique au tronc pourrait expliquer la différence de l’effet de la charge sur le moment abducteur à la hanche. Au vu de ces résultats, il est nécessaire de poursuivre l’évaluation de cette approche de renforcement musculaire spécifique à la tâche avant d’en recommander son utilisation.

Mots-clés : Biomécanique , Marche , Hémiparésie , Charge , Hanche , Tronc
La maladie de Parkinson (MP) est une affection neurodégénérative invalidante et incurable. Il est maintenant clairement établi que d’importants déterminants génétiques prédisposent à son apparition. La recherche génétique sur des formes familiales de la MP a mené à la découverte d’un minimum de six gènes causatifs (SNCA, LRRK2, Parkin, PINK1, DJ-1 and GBA) et certains, par exemple LRRK2, contiennent des variations génétiques qui prédisposent également aux formes sporadiques. La caractérisation des protéines codées par ces gènes a mené à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires sousjacents. Toutefois, en dépit de ces efforts, les causes menant à l’apparition de la MP restent inconnues pour la majorité des patients. L’objectif général des présents travaux était d’identifier des mutations prédisposant à la MP dans la population canadienne-française du Québec à partir d’une cohorte composée principalement de patients sporadiques. Le premier volet de ce projet consistait à déterminer la présence de mutations de LRRK2 dans notre cohorte en séquençant directement les exons contenant la majorité des mutations pathogéniques et en effectuant une étude d’association. Nous n’avons identifié aucune mutation et l’étude d’association s’est avérée négative, suggérant ainsi que LRRK2 n’est pas une cause significative de la MP dans la population canadienne-française. La deuxième partie du projet avait pour objectif d’identifier de nouveaux gènes causatifs en séquençant directement des gènes candidats choisis à cause de leurs implications dans différents mécanismes moléculaires sous-tendant la MP. Notre hypothèse de recherche était basée sur l’idée que la MP est principalement due à des mutations individuellement rares dans un grand nombre de gènes différents. Nous avons identifié des mutations rares dans les gènes PICK1 et MFN1. Le premier code pour une protéine impliquée dans la régulation de la transmission du glutamate tandis que le second est un des acteurs-clés du processus de fusion mitochondriale. Nos résultats, qui devront être répliqués, suggèrent que le séquençage à grande échelle pourrait être une méthode prometteuse d’élucidation des facteurs de prédisposition génétiques à la MP ; ils soulignent l’intérêt d’utiliser une population fondatrice comme les canadiens-français pour ce type d’étude et devraient permettre d’approfondir les connaissances sur la pathogénèse moléculaire de la MP.

Mots-clés : Maladie de Parkinson , Génétique , Canadiens-français , Séquençage de gènes , Candidats , Formes sporadiques , Mutations rares , LRRK2 , PICK1 , MFN1
Les Rétinal déshydrogénases (RALDHs) catalysent irréversiblement la déshydrogénation du Rétinal en Acide Rétinoïque (AR) qui est impliqué dans l’embryogenèse et la différenciation  tissulaire. Pour comprendre le rôle dans la biosynthèse de l’AR des RALDHs type 3 et 4 de souris, nous avons déterminé leurs propriétés cinétiques ainsi que leur comportement en présence de différents inhibiteurs.    Les tests enzymatiques sont effectués avec une préparation d’enzyme recombinante, tagguée avec 6 histidines, purifiée sur colonne Ni-NTA (Qiagen). L’activité enzymatique est évaluée en quantifiant la production d’AR par chromatographie liquide à haute performance (HPLC) en phase inversée. Les constantes cinétiques ont été déterminées pour les isomères du rétinal tout-trans, 9-cis et 13-cis.   La RALDH4 catalyse les isomères 9-cis et 13-cis de rétinal, elle présente un faible KM (3μM) pour les deux isomères et a une efficacité catalytique élevée pour le 9-cis rétinal 3.4 fois supérieure au 13-cis rétinal. La RALDH3 est spécifique au tout-trans rétinal avec un KM  de  4 μM et une efficacité élevée.      β-Ionone, inhibiteur possible pour la RALDH4, inhibe l’activité avec le rétinal 9-cis et 13-cis, mais n’influence pas l’activité de la RALDH3. Le para-hydroxymercuribenzoïque (p-HMB) inhibe l’activité de deux isoenzymes. Le cation MgCl2 augmente par 3 fois l’oxydation du rétinal 13-cis par la RALDH4, diminue l’oxydation du 9-cis rétinal et influence faiblement la RALDH3.    Ces données enrichissent les connaissances sur les caractéristiques cinétiques des RALDHs recombinantes de souris  de types 3 et 4 et fournissent des éclaircissements sur la biogenèse de l’acide rétinoïque in vivo.

Mots-clés : Acide rétinoïque , Aldéhyde déshydrogénase , Ni-NTA , Ni-NTA , HPLC , HPLC , Isomères de rétinal , Rétinal déshydrogénases , β-Ionone , β-Ionone