للآباء الكرمليين في بغداد كنيستين وعرفتا بكنيستي اللاتين. حيث قدم إلى بغداد سنة 1608م الأب الراهب بولس سيمون وهو يعد أول مرسل كرملي دخل هذه المدينة. والحدث الأهم هو سنة 1826م حيث تم تنصيب الأب برناردي وال الكرملي أسقفا على بابل (بغداد) ونائبا رسوليا على أصفهان باسم جان. غير ان حاكم بغداد لم يأذن له وللآباء الكرمليين ان يدخلوها فاضطر هو وخلفاؤه ان يسكنوا اصفهان. ولما اقيم الأب عمانوئيل الكرملي أسقفا على بابل (بغداد) سنة 1642م سمح له ان يقطن بغداد. وفي سنة 1628م تبرعت امرأة مسيحية تقية تدعى ماري ريكوار بوقف نقدي قدره ستة آلاف روبل اسباني لنشر الكثلكة في بلاد الشرق.فخصص البابا اربانس الثامن ريع هذا المبلغ لأساقفة الأبرشية اللاتينية البابلية بشرط ان يكون مطرانها فرنسيا وأن يقيم في كرسيه. وكذلك فعل بعده البابا بيوس السابع سنة 1711م بنفقة ريع هذا المبلغ على شرقيي هذه الأبرشية نفسها. اما رسالة بغداد للآباء الكرمليين فقد اسست نحو سنة 1721م يوم دخلها يوسف مارية وارله الكرملي الفرنسي (المتوفى سنة 1742م) وهو أول نائب رسولي للرسالة الكرملية وكان مركز ادارته في بغداد. غير ان النصارى لم يجسروا على ايوائه في دورهم خوفا من الوشاة. فبقي متنقلا مدة ثماني سنوات بين ديار بكر و البصرة أو يسكن في مدينة السلام بعيدا عن الأنظار حتى هرب إلى حلب واستقر فيها. فارسل عوضه الأب عمانوئيل بايه الكرملي في اواخر عام 1728م نائبا رسوليا. فنزل دار أحد الكاثوليك في بغداد فوشى به إلى الحاكم فأمر بسجنه ولما صار خبره لدى سفير فرنسا سماه قنصلا لدولته في بغداد فأطلق سراحه يعظ ويعلم ثم سافر إلى بنديشيري من اعمال الهند وطلب من حاكم هذه المدينة ان يزوده برسالة إلى والي بغداد أحمد باشا (1736-1748م) ليأذن له بأقامة دار للأباء الكرمليين فنال أمنيته وكان قد أبتاع سنة (1731م) دارا في محله سوق الغزل فرممها واصلحها وأنشأ فيها معبدا صغيرا على اسم مار توما الرسول، ثم بإذن من روما جعله على اسم مار توما الرسول ومار يوسف خطيب العذراء، وكان هذا المعبد يقع في مدرسة القديس يوسف، وقد هدم الان واصبح قسم منه باب يؤدي إلى فناء الكنيسة والمدرسة المذكورة، وبعد حين وسع هذا المعبد الاب اغناطيوس المرسل الكرملي من ماردين الذي دبر رسالة بغداد بأسم نائب مؤقت كما وسعه الأب ولفانج. وبقيت هذه الكنيسة عامرة زهاء اربعين ومائة سنة. اما الاباء الكرمليون فكانوا يسكنون في الدار الواقعة ازاء هذه الكنيسة. وكان الوشاة يذيعون من وقت إلى أخر ان الاباء الكرمليين يغرون النصارى الشرقيين على تغيير جنسيتهم، ففي سنة (1737م) قام رجال الكهية سليمان باشا بختم الدير بختم الحكومة وساقوا الاب عمانوئيل باية ومن معه من الكاثوليك إلى السجن ولم يطلق سراحهم إلى بمساعي المستر داريل الأنكليزي وكيل شركة الهند الشرقية في بغداد بعدما دفعوا مبلغا باهضا من المال.وقد وشى كيورك نزارت سلاحدار احمد باشا ثانية بالأباء الكرمليين، مدعيا قد صيروا النصارى الشرقيين غربيين، وتعهد ان يقدم مائة كيس إلى الخزينة إذا رضي احمد باشا بنزع كنيسة الاباء المذكورين من ايديهم ويسلمها إلى الارمن. عندها زج سليمان باشا في السجن زهاء اربعة واربعين شخصا من وجوه الكاثوليك، ومن بينهم القس مقصود الموصلي الكلداني، ثم استدعى الأب ليانذر فزجره فخرج من عنده خائفا، ولم تمض مدة حتى حضر نائب القاضي مع أحد رجال الحكومة وبلغا امر احمد باشا بأخراج الاباء الكرمليين من مسكنهم والكنيسة وختماهما بختم، فبقي الآباء بدون مأوى فأسكنتهم في بيتها الصغير امرأة مسيحية اسمها بربارة، وبقوا فيه إلى مساء اليوم الثاني. بيد ان الاب ليانذر تمكن من احباط مساعي الوشاة وذلك على يد اخت الوزير احمد باشا التي امرت برفع الختم عن مأوى الاباء الكرمليين وكنيستهم واعادتهما إلى اصحابهما واطلاق سراح السجناء الكاثوليك. ثم امر احمد باشا كهيته سليمان باشا ان يجدد صداقته مع الاب لياندر فاستقبله واكرمه وهدد بضرب كل من يزعج الاباء الكرمليين.