ونتيجة لقيام التحالف بين الإمام محمد بن سعود والشيخ محمد بن عبد الوهاب، وتوافر القوة العسكرية للدولة الناشئة، والرخاء المادي الذي توفر لها لاحقًا، زاد الحرص على العلم، وتوافد طلبة العلم على الدرعية للدراسة على علمائها، والاستفادة منهم، وقاموا بنسخ الكتب، وتدوين شروح شيوخهم وتعليقاتهم على حواشيها، وعند مغادرتهم للدرعية ينقل هؤلاء الطلبة كتبهم وما نسخوه إلى بلدانهم. وقد استمرت حركة النهضة العلمية في نجد، ونسخ الكتب واقتناؤها، حتى سقوط الدرعية في سنة 1233هـ/1818 على يد إبراهيم باشا؛ فقد كان من نتيجة ذلك الحدث توقف النشاط العلمي ولو لفترة قصيرة، والقضاء على كثيرٍ من الحركة العلمية التي حفلت بها الفترة السابقة. ونتج عن سقوط الدرعية، تدمير ما كان موجودًا من خزانات الكتب، وانتقال نسخ كثيرة من المخطوطات إلى خارج حدود نجد، أو فقدانها، أو تلفها؛ فقد قام إبراهيم باشا قبل رحيله من نجد بجمع مجموعة من الكتب، وأمر بنقلها معه إلى المدينة المنورة، وبعد ذلك طلب والده محمد علي باشا توجيهًا حول وضع هذه الكتب، فأرسل والده رسالة إلى نجيب أفندي، وكيله لدى الباب العالي، في 13 جمادى الثانية، 1236هـ/17 مارس 1821؛ ذكر فيها قيام ابنه بجمع واحد وستين مصحفًا، وخمسمائة وثلاثين كتابًا من الدرعية، وأنه سلّمها إلى إسماعيل آغا ناظر الأبنية في المدينة المنورة، من أجل حفظها، ثم استفسر عن كيفية التعامل معها، وفي 18 شوال 1327هـ/7 يوليو 1822 وجه محمد علي باشا إلى شيخ الحرم المدني ومحافظ المدينة المنورة أن توضع هذه المجموعة في مكتبة الحرم المدني (كتبخانة الحرم)، وتوزع المصاحف على الأهالي بمعرفة قاضي المدينة المنورة، وذلك بناءً على الأمر السلطاني. وبعد سنوات من سقوط الدرعية نُقلت مجموعة أخرى من الكتب عن طريق القائد حسين بك الذي قاد حملةً جديدةً في نجد، وفي أثناء إقامته في نجد، جمع حسين بك ثلاثمئة وأربعين كتابًا سلّمها عند قدومه إلى المدينة المنورة إلى أحمد طاهر، وأغلب هذه المجموعة من مكتبة الشيخ عبد العزيز بن حمد بن مشرف. ومن الكتب التي أخذها قاضي الحملة محمد أمين زيلة زاده من مكتبة الشيخ عبد العزيز بن سليمان بن عبد الوهاب؛ حيث صادر معظمها، وأشعل النار فيما تبقى منها، وقد وصف ابن بشر هذه المكتبة بأنها مكتبةٌ عظيمةٌ. وكان مجموع هذه الكتب التي نُقلت منذ دخول القوات العثمانية إلى نجد، دون المصاحف، ثمانيمائة واثنين وسبعين مجلدًا. أما مجموعها بالمصاحف وأجزاء المصاحف فتسعُمائة واثنان وتسعون مصحفًا وجزءًا وكتابًا. ولكيفية التصرف بهذا العدد من المخطوطات كتب محمد علي باشا خطاباً إلى الصدر الأعظم في 9 جمادى الأولى 1238هـ/21 يناير 1823 يذكر له ما تم بشأن هذه الكتب التي سلمت إلى المكتبة المحمودية في المدينة المنورة، ووجه فحوى خطابه أيضًا إلى وكيله في إسطنبول، محمد نجيب أفندي، لمتابعة هذا الخطاب. وجاء رد محمد نجيب أفندي على رسالة محمد علي باشا في 11 رجب 1238هـ/23 مارس 1823؛ فذكر له أنه قدم رسالة إلى الباب العالي، فصدرت التوجيهات بالموافقة على وضع الكتب التي أتى بها إبراهيم باشا في أثناء عودته من الدرعية في مكتبة المدرسة المحمودية (الكتبخانة السلطانية)، وإرسال كشفٍ بأسمائها. كما تضمنت رسالته أيضاً موافقة السلطات على منح محمد علي باشا قطعة أرضٍ في المدينة المنورة ليوقفها على مبرته الخيرية. ولتنفيذ ذلك تم حصر هذه المخطوطات وتدوينها، مرتبة حسب العلوم، ومدونة باللغة العربية؛ حيث بدأت بكتب التفسير وعددها سبعةٌ وستون (67) مجلدًا، يليها كتب الحديث وعددها مائة وسبعة وستون (167) مجلدًا، فالفرائض والحساب وعددها أحدَ عشرَ (11) مجلدًا، ثم كتب التوحيد وعددها واحدٌ وأربعون (41) مجلدًا، فكتب الفقه موزعةً على حسب المذاهب؛ فابتُدِئ بالمذهب الحنفي وعددها واحد وعشرون (21) مجلدًا، فالمالكي وعددها ستةَ عشرَ (16) مجلدًا، ثم الشافعي وعددها عشرون (20) مجلدًا، ثم الحنبلي وعددها خمسةٌ وثلاثون (35) مجلدًا، ثم كتب اللغة العربية وعددها اثنا عشرَ (12) مجلدًا، ثم كتب النحو والصرف والمنطق والمعاني والبيان والبديع، وعددها ثلاثون (30) مجلدًا، ثم كتب التاريخ والأدب وعددها خمسةَ عشرَ (15) مجلدًا، ثم كتب السير وعددها ثمانية (8) مجلدات، ثم كتب التصوف وعددها ستةَ عشرَ (16) مجلدًا، يليها الكتب المتفرقة وعددها واحد وسبعون (71) مجلدًا، وعلى الرغم من ذلك لم يتم التقيد بذلك الترتيب؛ حيث وضعت بعض المخطوطات في غير تصنيفها. بعد ذلك دُون محضر تسليمها باللغة العثمانية، وذكر فيه أن مجموع الكتب والمصاحف بلغ ستمئة وخمسين مصحفًا وكتابًا، وأن الكتب سلمت إلي مكتبة المدرسة السلطانية ودونت في سجلاتها، كما وضح فيه أن المصاحف وزعت على أهالي المدينة المنورة بعد تدوين أسمائهم في دفترٍ خُصّصَ لذلك، وفي نهاية تدوين هذا القيد وضعت أختام قاضي المدينة المنورة وشيخ الحرم المدني ووكلائه وحافظي الكتب في مكتبة المدرسة المحمودية. ويلي القائمة السابقة قائمة أخرى بالكتب التي جلبها حسين بك من نجد وسلمها إلى أحمد طاهر، وتم تدوين أسماء الكتب باللغة العربية كما هو الحال في القائمة الأولى، وهي تبدأ بكتب الحديث وعددها سبعة وستون ومائةُ (167) مجلدٍ، يليها كتب التفسير وعددها خمسة وخمسون (55) مجلداً، ثم كتب التصوف وعددها ثمانية وعشرون (28) مجلداً، ثم كتب السير وعددها خمسةَ عشرَ (15) مجلدًا، فكتب فقه الأئمة الأربعة وعددها ستةٌ وثلاثون (36) مجلدًا، ثم كتب النحو والمصطلح والتوحيد واللغة والعروض والأصول وعددها واحد وأربعون (41) مجلدًا. وقد بقي بعض تلك المخطوطات في مكتبة المدرسة المحمودية بالمدينة المنورة، ثم انتقلت فيما بعد إلى مكتبة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة، ومازال بعضها باقيًا فيها إلى اليوم. كما انتقلت مجموعة من تلك الكتب إلى إسطنبول؛ حيث أودعت في متحف طوبقبوسرادي خلال الحرب العالمية الأولى، عندما قام القائد العثماني فخري باشا بنقل ستةٍ وخمسين وخمسِمائةِ (556) كتابٍ من مكتبة عارف حكمت والمكتبة المحمودية ومكتبة بشير آغا إلى إسطنبول.