لقد وُجِدَ أن جيناتٍ مؤثِّرةً على الكيراتين keratin متاهجنة تضمينيًا من النيندرتاليين إلى البشر الحديثين (يظهر ذلك في سكان آسيا الشرقية والأورُبيين)، مما يوحي بأن هذه الجينات أعطت تكيفاتٍ تشريحيةً [تركيبيةً] في الجلد والشعر للبشر الحديثين لمواجهة البيئات غير الأفريقية. هذا ينطبق بالمِثلِ على جيناتٍ عديدةٍ متضمنةٍ في ظواهرَ ذوات علاقةٍ بالطب والأمراض الوراثية، مثل تلك التي تتسبب في داء الذئبة الحمراء الشامل [الذئبة الحُمامِيَّة المجموعية] systemic lupus erythematosus والتشمع الصفراوي الأوَلِيِّ primary biliary cirrhosis وداء كرون Crohn's disease وحجم القُرْص البصري [optic disk الموضع الذي يدخل منه العصب البصري إلى الشبكية وهو غير حساس للضوء] وسلوك التدخين، ومستويات interleukin 18 إنترلوكين 18 [نوع من حرائك اللمف lymphokines التي تحث بلاعم الميكروبات macrophages والخلايا القاتلة تي وبي killer T cells and B cells ومكوناتٍ أخرى خاصة بالنظام المناعي]، ومرض السكر من النوع الثاني.وجدَ الباحثونَ تهاجنًا تضمينيًا نيندرتاليًا في 18 جينًا، الكثير منها ذو صلةٍ بالتكيفِ مع الأشعة فوق البنفسجية، داخلَ المنطقة الكروموسومية 3p21.31 (منطقة HYAL) الخاصة بسكان آسيا الشرقية. لقد انتُخِبَتْ الأنماطُ الفردانية الوراثية المتهاجنة تضمينيًا انتخابًا إيجابيًا في المجموعات السكانية الخاصة بسكان آسيا الشرقية فقط، مرتفعةً على نحوٍ ثابتٍ منذُ 45000 سنةٍ حتى حدوثِ زيادةٍ مفاجئةٍ لمعدل تزايد تلك الأنماط منذ حوالي 5000 إلى 3500 سنة ماضية. إنها توجد بتكراراتٍ مرتفعةٍ جدًا في المجموعات السكانية الخاصة بسكان شرق آسيا على النقيضِ من المجموعات السكانية الأوروآسيوية الأخرى (مثل المجموعات السكانية الأورُبية والجنوبيِّ شرقِ آسيوية). تقترحُ هذه الاكتشافاتُ كذلكَ أنَّ ذلكَ التهاجنَ التضمينيَّ النيندرتاليَّ حدَثَ في المجموعة السكانية السلفية المشتركة من جانبِ سكان آسيا الشرقية والأمِرِكِيِّينَ الأصليِّين.لقد اقترح Evans وفريقُه سابقًا (عام 2006) أن مجموعةً من الجينات تُعرَف بمجمَلِها بالمجموعة الفردانية دي الخاصة بالميكروسيفالين microcephalinhaplogroup D of _وهي منطقة جينية تنظيمية هامة خاصة بحجم المخ_ نشأَتْ من مجموعة سكانية بشريوية عتيقة. تبرهن هذه النتائجُ أنَّ النمط الفرداني دي متاهجن تضمينيًا منذ 37000 سنة ماضية (بناء على عمر الاندماج في الماضي الخاص بأليلات D المشتقة) في البشر الحديثين عن طريق مجموعة سكانية بشريوية عتيقة انفصلت عنا منذ 1, 1 مليون سنة ماضية (بناءً على زمن الانفصال بين أليلات D والأليلات الغير D)، وهو ما يتوافق مع الزمن الذي تواجد فيه النيندرتاليون والبشر الحديثون فيه معًا والزمن الذي تباعدا فيه تطوريًا عن بعضهم البعض على الترتيب. يقترح التكرار الكبير للنمط الفرداني الوراثي D (بنسبة 70%) أنه انتُخِبَ انتخابًا طبيعيًا إيجابيًا في البشر الحديثين. إن انتشار الأليل D الخاص بالميكروسيفالين مرتفعٌ خارجَ أفريقيا لكنه منخفضٌ في أفريقيا ما تحتَ الصحراء الكبرى، مما يقترح هو أيضًا أن الاختلاط الجيني حَدَثَ في مجموعاتٍ سكانيةٍ أوروآسيويةٍ قديمةٍ. وفقًا لـ Lari وفريقِه (2010) فإنَّ هذا الاختلافَ في الانتشارِ بين أفريقيا وأوراسيا يقترحُ أنَّ الأليل D نشأَ من النيندرتاليين، لكنهم وجدوا أن فردًا نيندرتاليًا من ملجإ ميزينا الصخري Mezzena Rockshelter (Monti Lessini، إيطاليا) كانَ متماثل نسختي الأليلات [الموروثة من الأب والأم، متماثل الزيجوت homozygous] الخاصة بالميكروسيفالين العتيق الخاص به، وبالتالي لا يقدم دعمًا على القول بأن النيندرتاليين ساهموا بالأليل D الخاص بالميكروسيفالين للبشر الحديثين لكنه لا يستبعد أيضًا أصلًا نيندرتاليًا للأليل D. أيضًا بعد تحليل Green وفريقه (عام 2010) لتسلسلات جينوم نيندرتاليين من ڤينديجا Vindija لم يستطيعوا إثباتَ أصلٍ نيندرتاليٍّ للنمط الفرداني D الخاص بجين الميكروسيفالين.لقد وُجِدَ أنَّ HLA-A*02, A*26/*66, B*07, B*51, C*07:02, and C*16:02 الخاصات بالنظام المناعي سوهِمَ بها من جانب النيندرتاليين إلى البشر الحديثين. بعد الهجرة إلى خارج أفريقيا، تَقَابَلَ البشرُ الحديثون مع البشريين العتيقين وتزاوجوا معهم، وهو ما كان أفضليةً بالنسبة للبشر الحديثين في الاستعادة السريعة لتنوع جينات HLA [جينات مستضدات الخلايا الليمفاوية أ] واكتساب تباينات HLA جديدة مكتيفة على نحوٍ أفضل للمُمْرِضات [مسبِّبات الأمراض pathogens] المحلية.لقد وُجِدَ أن الجينات المتهاجنة تضمينيًا مع النيندرتاليين تُظْهِرُ تأثيراتٍ تنظيميةً من النوع المقرون (سي آي إس) cis-regulatory في البشر الحديثين، بحيثُ تُساهِمُ في التعقيدِ الجينوميِّ وتباينِ الأنماطِ الظاهريةِ الخاصةِ بالبشرِ الحديثينَ. وبالنظرِ إلى الأفرادِ الحاملين لنسختين مختلفتين من الأليلات [متغايري الزيجوت heterozygous] (الحاملين لنسخة نيندرتالية ونسخة بشرية حديثة من جينٍ ما)، فقد وُجِدَ أن التعبير [العمل، التجلي] الجيني المتخصص الخاص بالأليلات المتهاجنة تضمينيًا مع النيندرتاليين منخفضٌ بدرجةٍ كبيرةٍ في المخ والخصيتين مقارنةً بالأنسجةِ الأخرى. في المخ، فإن هذا أوضح في المخيخ cerebellum والعقد القاعدية basal ganglia. يقترح هذا التنظيم التخفيضي لتعبيرها أن البشر الحديثين والنيندرتالين قد مروا على الأرجح بمعدل مرتفع نسبيًا من التباعد التطوري بالنسبة لهذه الأنسجة المتخصصة.بدراسة التغطية العالية عدد مرات التكرارات لجينوم أنثى نيندرتال منْ ڤينديجا Vindija، حدَّدَ Prüfer et al (عام 2017) تبايناتٍ جينيةً عديدةً مشتقة مستمدة من النيندرتاليين، بما في ذلك تلك التي تؤثِّرُ على مستوياتِ كوليسترول البروتين الشحمي المنخفض الكثافة LDL cholesterol وڤيتامين D، وتلك التي لها تأثيرٌ على أمراضِ التمثيل الغذائي، وتراكم الدهون الحشوية [منسوبة للأحشاء] والتهاب المفاصل الروماتويدي، والتشيزوفرينيا [الفِصام]، وكذلك الاستجابة للأدوية المضادة للذهانِ والحالاتِ النفسيةِ antipsychotic.بفحص جينومات البشر الحديثين الأورُبيين مقارنةً مع جينوم نيندرتال ألتاي المغطى [مفكوك التسلسلات] بتغطية عالية التكرارات، أثبتت النتائجُ أن الاختلاط بجينات النيندرتاليين ترافق مع تغيراتٍ عديدةٍ في قحف الجمجمة cranium والتشريح الأساسي للمخ، مما يقترح حدوث تغيرات في الوظيفة العصبية من خلال التباينات الجينية المستمدة المشتقة من النيندرتاليين. يترافق الامتزاج بجينات النيندرتاليين مع اتساع للمنطقة الخلفية الوحشية posterolateral الخاصة بجماجم البشر الحديثين، التي تمتد منَ العظام القذالية والعظام الجدارية الدنيا occipital and inferior parietal bones حتى المواضع الصدغية الثنائية الجوانب bilateral temporal locales. وفيما يتعلق بالتشريح، يترافق الامتزاج بجينات النيندرتاليين بالتأكيد مع زيادة في العمق التلمي الخاص بالتلم الأيمن الواقع داخل الفص الجداري المخي الأيمن right intraparietal sulcus ومع زيادة في التعقيد القشري الخاص بالقشرة المخية البصرية visual cortex المبكرة الخاصة بنصف الدماغ الأيسر. يرتبط الامتزاج بحينات النيندرتاليين بالتأكيد أيضًا بزيادةٍ في حجم المادتين البيضاء والرمادية الواقعتين في المنطقة الجدارية اليمنى right parietal region المجاورة للتلم الأيمن الواقع داخل الفص الجداري المخي الأيمن right intraparietal sulcus. في المنطقة المتراكبة الخاصة بعملية تكوين تلافيف أو طيات القشرة المخية البصرية الأولية primary visual cortex gyrification في نصف الدماغ الأيسر، يترافق الامتزاج مع الجينات النيندرتالية بالتأكيد طرديًا مع حجم المادة الرمادية. تُظْهِرُ النتائج أيضًا أدلة على الارتباط السلبي [العكسي] بين الامتزاج بجينات النيندرتاليين وحجم المادة البيضاء في القشرة الجبهية الحجاجية orbitofrontal cortex.