رفض فييرا وقف عمل رئيس الأركان الذي أمر به أنسوماني ماني و عين الجنرال أومبرتو جوميز مكانه في 6 يونيو 1998. في 7 يونيو، انطلق تمرد القوات المسلحة بقيادة أنسوماني ماني وسيطرت على ثكنة عسكرية في العاصمة بيساو فضلا عن غيرها من المواقع الاستراتيجية في المدينة، بما في ذلك المطار الدولي واندلعت الحرب الأهلية رسميا. ماني بعد ذلك طالب باستقالة فييرا وحكومته وعقد انتخابات ديمقراطية حرة في شهر يوليو. بدعم من 1300 جندي سنغالي و 400 غيني، القوات الموالية للحكومة حاولت دون جدوى استعادة السيطرة على البلاد وهزم المتمردين. في الأيام التالية أكثر من 3000 من الرعايا الأجانب تم اجلاءهم من العاصمة من قبل سفينة سنغالية. ما يقدر بنحو 200000 من سكان بيساو فروا من المدينة، مما دفع بخروج مخاوف من كارثة إنسانية بالبلاد، الأعمال العدائية منعت منظمات الإغاثة من توزيع المساعدات الغذائية الطارئة والإمدادات الطبية لللاجئين. استمر القتال في يوليو و العديد من أعضاء القوات المسلحة لغينيا بيساو تم كشف انشقاقهم وذهابهم إلى جانب المتمردين. وفي 26 يوليو، بعد وساطة من قبل وفد من مجموعة البلدان الناطقة باللغة البرتغالية (CPLP), الحكومة والمتمردين وافقوا على تنفيذ هدنة. وفي 25 أغسطس، ممثلي الحكومة والمتمردين التقوا تحت رعاية مجموعة البلدان الناطقة باللغة البرتغالية و المجموعة الاقتصادية لدول غرب أفريقيا في جزيرة سال، الرأس الأخضر، حيث تم التوصل إلى اتفاق لتحويل الهدنة القائمة لوقف لإطلاق النار. الاتفاق نص على إعادة فتح المطار الدولي في العاصمة ونشر قوات دولية للحفاظ على وقف إطلاق النار. في سبتمبر 1998, المحادثات بين الحكومة والمتمردين استأنفت في أبيدجان، كوت ديفوار. المتمردون طالبوا أن جميع القوات السنغالية والغينية يجب أن تنسحب من البلاد كشرط مسبق لاتفاق السلام النهائي لكن هذا رفض من قبل الحكومة. المتمردون، بدورهم، رفضوا اقتراح قيام السنغال بإنشاء منطقة عازلة داخل أراضي غينيا بيساو على طول الحدود مع كازامانس لمنع الانفصاليين من دخول البلاد. في أكتوبر، المتمردين وافقوا على اقتراح الحكومة بإنشاء منطقة منزوعة السلاح للفصل بين القوى المعارضة في العاصمة. وقف إطلاق النار انهار باندلاع القتال في العاصمة وعدة بلدات أخرى وفي 20 أكتوبر، الحكومة فرضت على الصعيد الوطني حظر التجول ثم في اليوم التالي الرئيس جواو برناردو فييرا أعلن من جانب واحد وقف قواته القتال. في ذلك الوقت، بعض من القوات الحكومية انشقت وذهبت إلى جانب قوات المتمردين، التي يعتقد أنها سيطرت على ما يقرب من %99 من البلاد. وفي 23 أكتوبر، العميد أنسوماني ماني وافق على 48 ساعة من الهدنة ووقف القتال للسماح بإعطاء وقت لجواو برناردو فييرا لتوضيح مقترحاته عن طريق التفاوض لتنفيذ تسوية سلمية والاتفاق بعد ذلك لعقد محادثات مباشرة في بانجول، غامبيا. في المحادثات التي عقدت في 29 أكتوبر، المتمردين أكدوا أنهم لا يسعون لاستقالة فييرا. مزيد من المحادثات عقدت تحت رعاية الجماعة الاقتصادية لدول غرب أفريقيا في أبوجا، نيجيريا وأدى ذلك لتوقيع اتفاق السلام في 1 نوفمبر تشرين الثاني. و نص الاتفاق على وقف إطلاق النار من الجانبين مجددا ابتداء 25 أغسطس و انسحاب القوات السنغالية والغينية من غينيا بيساو وفي نفس الوقت نشر فريق من المراقبين العسكريين هو فريق رصد وقف إطلاق النار التابع للجماعة الاقتصادية لدول غرب أفريقيا (ECOMOG) و في نفس الوقت كانت له مهمة مراقبة الحدود مع السنغال. كما تم الاتفاق على تشكيل حكومة وحدة وطنية من شأنها أن تشمل المتمردين وتجرى الانتخابات الرئاسية والتشريعية في موعد لا يتجاوز مارس 1999. و في 3 ديسمبر, فرانسيسكو فادول تم تعيينه رئيسا للوزراء. بعد شهر، جواو برناندو فييرا وأنسوماني ماني نفذا اتفاقا لتخصيص الحقائب الوزارية بالتساوي بين الجانبين.