مهما كان تقدم المسيحية فقد كانت مدتها قصيرة لأنه في العام 635 وصل إلى المدينة اللواء أبو عبيدة ابن الجراح، وبحلول ذلك الوقت كان الأكروبول يستخدم بحرية كمقلع للكتل الحجرية الجاهزة الصنع. ولحسن الحظ فإن معظم البناء كان ضخماً جداً بحيث صمد بوجه السلب والنهب. ويقال أن بعض الأعمدة القيمة المصنوعة من الغرانيت الأحمر الأسواني والتي كانت تحيط بالباحات نقلها جوستنيان لاستخدامها في بناء كنيسة آيا صوفيا. لقد كان مؤشراً جيداً بقاء بعد التقاليد التي كانت ما قبل الرومان بحيث أنه ومع إقامة حكم عربي والذي يعني العودة إلى المفاهيم السامية عاد اسم بعلبك الأصلي إلى الظهور في الحوليات وأحدث الغرب آخر تغيير جذري في الأكروبول إلى حين بدأ علماء آثار عصرنا بإعادة تأسيس الحالة الأصلية حيثما أمكن ذلك. فقدت بعلبك أهميتها الدينية مع انضمام العرب فقد نظروا إلى المدينة كنقطة استراتيجية محضة وعلى الفور أدركوا الأهمية العسكرية للمكان. العرب الذين شكلوا طبقة أرستقراطية دينية عسكرية عززوا حكمهم بالمشاركة في بناء حصون لإيواء مواقعها العسكرية. وما هو المكان الأفضل الذي يستطيع أن يفرض نفسه مكان أكروبول بعلبك؟! فهو يقع في المكان الأعلى من الأراضي المحيطة به، إما على منصات مستحيل تسلقها أو مغلقة من الخارج بأسوار سميكة وملساء. وتطلب الأمر القليل القليل من الجهد بصنع حصن مهيب منها. ولم يكتف العرب باستخدام معبد جوبيتر وساحاته بل استخدموا معبد باخوس المحفوظ بشكل جيد وذلك بتوسيع سور كبير من الزاوية الجنوبية الغربية للساحة الكبرى عبر زاوية المعبد الجنوبية الشرقية وعززوا هذا الموقع المكشوف ببرج محصن. ثم أضيفت تحصينات جديدة إلى غرب معبد باخوس بإحداث ساحة كبيرة في جنوب معبد جوبيتر، وتضمن البناء مسجد، حمامات، وحدات للمعيشة وصهاريج. وزودت الأقبية الضخمة تحت الأكروبول بمنشآت تخزين مثالية وتم إنشاء مدخل جديد معقد بأحدث تقنيات الدفاع في المركز الجنوبي الغربي من المجمع، بينما تغيرت بروبيليا الأكروبول بشكل كامل فقد أزيل الدرج الذي كان يبلغ عرضه 50 متراً والمواد التي تستخدم لملئ الفراغات بين أعمدة الرواق. قطعت الزخارف الخارجية لتقديم الجدران وأخيراً حفروا حول الحصن خندقاً عميقاً ليملأ بالمياه. وعلى غرار البروبيليا أغلقت جميع الشرفات المعمدة المواجهة للمعبد الخارجي، وهو إجراء ساهم فعلاً في الحفاظ عليها. في المحيط شيدت غرف المدافع باستخدام أقبية مسنونة يعلوها قرميد طيني واستخدمت قمم هذه الأقبية كمنصات للمدافعين الذين عملوا خلف سلسلة من الأسوار. بطبيعة الحال تمت جميع هذه التغييرات من دون أدنى اعتبار للمباني القديمة. عندما تم تفكيك البناء القديم خلال العصور الوسطى فبالتأكيد أن العمال كانوا فرحين بالعثور على مشابك معدنية قوية، مسامير ورصاص في كل مفصل. وبالتالي أصبح تحت المفاصل هواية لاستعادة المعادن الثمينة. وبهذه الطريقة انخفضت بشكل غير متعمد الهياكل الممتازة المتصورة للبناء المتشابك إلى مجموعة ضخمة من أحجار الدومينو معرضة للانزلاق وفاقدة للإتزان في أقل هزة أرضية. لسوء الحظ إن بعلبك تعرضت لسلسلة من الزلازل العنيفة خصوصاً في القرن الثاني عشر والثامن عشر، وكانت النتيجة مدمرة لا سيما فيما يتعلق بمعبد جوبيتر. ففي بداية القرن الثامن عشر لم يبق إلا تسع أعمدة من الإثنين وستين عاموداً واقفة مع السطح المعمد في الأعلى. وفي العام 1759 دمرت هزة أخرى ثلاثة أعمدة أخرى. إنها مجرد مسألة حظ فإن الأعمدة الستة الضخمة الشهيرة التي نعرفها نجت بسلامة حتى استخدم علماء الآثار الفرنسيون الصلب والإسمنت لضمان استقرارها في المستقبل. وخلال قرون من الحكم العثماني الكبير بلا منازع فقدت بعلبك الكثير من أهميتها، فهجر الحصن وفي بعض الأنحاء انتقل القرويون للعيش فيها وبنوا منازلهم البسيطة بحماية الجدران القوية. تراكمت الرمال والأتربة تدريجياً وانخفضت الجدران والأعمدة وبدأت النباتات بالنمو. فقط مع بداية التنقيب العلمي في مطلع القرن من قبل فريق أثري ألماني (لمزيد من التفاصيل أنظر إلى الصفحات 12-16 من برنامج مهرجانات بعلبك 1969) تغير وجه الأكروبول مجدداً. فتحت البروبيليا وأعيد إعمار جزء من الدرج للسماح بالوصول إلى المنطقة المقدسة بشكلها الأصلي وأزيل آلاف الأطنان من الأنقاض من أجل الكشف عن الملامح الأساسية للمخطط الأصلي. وغالباً لم يكن من السهل تقرير إلى أي مدى ينبغي لأحد يمضي لإعادة تأسيس الحالات الأصلية، وهكذا لم تكن الحفارات الألمانية على علم بوجود برج كبير في وسط الباحة الكبرى لأنهم أوقفوا أعمال التنقيب عند اكتشاف المذبح في وسط البازيليك البيزنطي. وتحت رعاية بعثة الآثار الفرنسية تأكد من وجوده عالم الآثار السويسري كولارت والمهندس الفرنسي كوبل وبمساعدة المهندس المعماري أنوس والبروفيسور كايلان من قسم الآثار اللبناني. وفي عمل مضني صنفت 571 قطعة حجرية استخدمت في بناء البازيليك واستخدمت كأدلة من أجل إعادة تصميم المذبح. ومنذ ذلك الحين تواصلت أعمال التنقيب وإعادة الإعمار دون انقطاع، ومعرفة اليوم عن إعمار ما قبل الرومان تزداد ببطء عن الصورة.