انتقلت المواجهة في مايو / أيار عام 1992 إلى مرحلة النزاع الحاد . وقام المعارضون على مدى أشهر بمظاهرات الاحتجاج في الساحة الرئيسية للجمهورية بطلب استقالة ممثلي الحكومة. وكان أنصار الرئيس يواجهونهم بتنظيم المظاهرات المؤيدة له. انتقلت المواجهة في مايو / أيار عام 1992 إلى مرحلة النزاع الحاد . وقام المعارضون على مدى أشهر بمظاهرات الاحتجاج في الساحة الرئيسية لجمهورية طاجيكستان بطلب استقالة ممثلي الحكومة. وكان أنصار رحمن نابييف يواجهونهم بتنظيم المظاهرات المؤيدة له. وقع أول حادث يوم 5 مايو / أيار في إحدى القرى الواقعة على مشارف مدينة دوشنبه حيث حاول أهاليها الحيلولة دون حضور أنصار الحكومة إلى المدينة . أسفرت الاضطرابات التي أعقبت هذا الحادث عن سقوط المباني الحكومية في العاصمة والمطار والطرق المؤدية إليها في أيدي المعارضة المتحدة . تم في 11 مايو / أيار تشكيل حكومة الوفاق الوطني التي شغل ممثلو المعارضة فيها 8 مناصب بما فيها بعض المناصب الرئيسية . لكن لم يؤد ذلك إلى إحلال السلام . فشهد جنوب البلاد في يونيو / حزيران عام 1992 اشتباكات مسلحة بين أنصار رئيس الجمهورية وتشكيلات المعارضة . وقد تم خرق وقف إطلاق النار الموقع بين الجانبين أكثر من مرة . أسفرت المواجهة عن تشريد ما يربو على مليون ونصف المليون شخص . وأوكلت إلى فرقة المشاة الروسية المرابطة بالجمهورية في ظل ذلك مهمة حراسة الأهداف الإستراتيجية الهامة . انتهى الأمر باستقالة الرئيس نابييف الذي هدد ضحايا الحرب الأهلية بالإعدام بالرصاص من قبل المعارضين . هكذا بدأت المواجهة التي أسفرت عن وقوع النزاع بين الطوائف والحرب الأهلية في البلاد من 1997 – 1992 وذلك بمشاركة الجبهة الشعبية من أنصار الدولة العلمانية الممثلين للطوائف الجنوبية في إقليم هاتلون وروسيا الاتحادية وأوزباكستان والولايات المتحدة من جهة والمعارضة الطاجيكية المتحدة التي مثلها ائتلاف الإسلاميين من أهالي إقليم غارما و" الديمقراطيين " من أهالي إقليم بدخشان الجبلي من جهة أخرى . في أواخر سبتمبر / أيلول دخلت قوات الجبهة الشعبية المدعومة من قبل أوزبكستان وروسيا في مدينة كورغان تيوبه الطاجيكية بهدف الحيلولة دون أسلمة البلاد وصعود العناصر الإسلامية إلى السلطة، الأمر الذي كان من شأنه أن يخل بالتوازن الجيوسياسي في المنطقة . شهدت العاصمة الطاجيكية في ديسمبر / كانون الأول عام 1992 دخول وحدات الجبهة الشعبية في دوشنبه واضطر المعارضين الذين تم دفعهم إلى أفغانستان المجاورة وشرق البلاد إلى الدخول في اشتباكات مسلحة دموية كبيرة ثم بعدها تولّى إمام علي رحمن منصب رئيس الحكومة الجديدة . كما لم تشهد الحدود الطاجيكية الأفغانية التي كان الجنود الروس يحمونها هدوءً . حاولت العناصر المسلحة في المعارضة الطاجيكية المتحدة في ربيع عام 1993 خرق الحدود، وذلك بدعم من المجاهدين الأفغان . وكذلك شهدت هذه السنة اشتباكات يومية لكنها لم تسقط عدد كبير من الضحايا. بدأت المعارضة في عام 1994 تنشيط عملها . لكنها أخفقت في ذلك . وفي أواخر هذا العام فشل هجوم المعارضة المنطلق من الأراضي الأفغانية مع بدأ لقاء بوريس يلتسن رئيس روسيا الأسبق بإمام علي رحمن وممثلي المعارضة الأفغانية الذين كانوا يساندون الدولة العلمانية. وشهدت فترة ما بين أبريل / نيسان عام 1994 ومايو / أيار عام 1995 ثمانية جولات من المفاوضات بين جانبي النزاع على مستوى عال من التفاوض .، حيث أسفرت عن توقيع اتفاق تمديد وقف إطلاق النار لمدة قصيرة . شهدت باقي أيام 1995 جولات من المفاوضات لوضع حد للنزاع المسلح لكن زعماء المعارضة لم يتخذوا فيها مواقف واضحة بسبب الخلافات التي وقعت خلالها. تم في 23 ديسمبر / كانون الأول عام 1996 في موسكو توقيع الاتفاقية من قبل رئيس الجمهورية من أنصار العلمانية إمام علي رحمن وزعيم المعارضة المتحدة سيد عبد الله نوري . وقضت الاتفاقية بضم ممثلي المعارضة إلى الحكومة وانخراط 4500 فردا من مسلحيها في أجهزة الأمن الطاجيكية ثم العفو عن 1540 عضو في المعارضة، مع استمرار للاشتباكات بشكل متقطع وشبه يومي خصوصا في الجنوب. وأخيرا وقعت اتفاقية الوفاق النهائي في الكرملين يوم 27 يونيو / حزيران عام 1997 ، وذلك في ختام الجولة التاسعة للمفاوضات بين الجانبين المتنازعين . وبقي بموجب الاتفاقية إمام علي رحمن الممثل للسلطة العلمانية يتولى منصب رئيس جمهورية طاجيكستان. مع منح قياديوا المعارضة مقابل ذلك الفرصة للانتخاب في البرلمان واحتلال مناصب المدراء في المرافق الإنتاجية الكبرى . أما جنود المعارضة الطاجيكية المتحدة فانخرطوا في صفوف القوات المسلحة الطاجيكية. ثم بدأت عملية عودة اللاجئين من أفغانستان والدول المجاورة .ظهر الوضع السياسي والعسكري في البلاد بعد توقيع اتفاقية الوفاق الوطني يستقر تدريجيا . لكن القائد الميداني محمود هودوي بيردي ممثل الجبهة الشعبية والمدعوم من قبل أوزبكستان لم يستسلم أو يتوقف عن الصراع المسلح باستيلائه على مدينة كورغان تيوبه التي فرضت القوات الحكومية السيطرة عليها عام 1998 فقط رغم أن هذه العملية لم تكن من مراحل الصراع العسكري في الحرب الأهلية. وتستمر بعض الفرق صغيرة العدد التي لم توقع الاتفاقية في المقاومة . ومنها تشكيلات القائد الميداني مولو عبد الله التي لا تزال تسيطر منذ عام 2009 على بعض المناطق الجبلية النائية لكن لا تقوم بهجمات أو اشتباكات مسلحة.