CALM/arwiki huggingface dataset:
ينتمي فيروس الإيدز إلى جنس الفيروسات البطيئة، وهو جزء من عائلة الفيروسات الراجعة. للفيروسات البطيئة العديد من الأشكال البنيوية والخصائص البيولوجية المشتركة. تُصاب العديد من الأنواع بالفيروسات البطيئة التي تتميز بطول فترة حضانتها وبكونها مسؤولة عن أمراض طويلة الأمد. الفيروسات البطيئة هي فيروسات رنا مفرد السلسلة موجب الاتجاه مغلفة. عند دخولها إلى الخلية الهدف، يحوّل (ينسخ عكسيا) جينوم الرنا الفيروسي إلى سلسلة دنا مزدوجة بواسطة إنزيم مشفٍَّر في جينوم الفيروس وهو الناسخ العكسي الذي يكون موجودا في الفيروس إلى جانب الجينوم الفيروسي. بعد ذلك يُنقل الدنا الفيروسي الناتج إلى نواة الخلية ويُدمج مع الدنا الخلوي بواسطة إنزيم مشفّرٍ في جينوم الفيروس هو الدامج وعوامل مرافقة من الخلية المضيفة. حين يتم دمجه، يمكن أن يصبح الفيروس كامنا لمدة غير محددة من الزمن وذلك لتجنب اكتشافه هو والخلية المضيفة من قبل الجهاز المناعي. يمكن أن يبقى فيروس الإيدز في سبات في جسم الإنسان حتى 10 سنوات بعد الإصابة الأولية، وخلال هذه الفترة لا يُسبب الفيروس أعراضا. ويمكن أن يُنسخ الدنا الفيروسي المدمج وينتج منه جينومات رنا وبروتينات فيروسية جديدة -باستخدام موارد الخلية المضيفة وماكينة النسخ فيها- يتم تجميعها وتحريرها من الخلية كفيروسات جديدة ستبدأ بدورها دورة تضاعف من جديد.
حُددت خصائص نوعين من فيروس الإيدز: فيروس الإيدز-1 وفيروس الإيدز-2. فيروس الإيدز-1 هو الفيروس الذي اكتُشِف في البداية وسُمي بالاسمين: الفيروس المرتبط بتضخم العقد اللمفية () والفيروس الأليف للمفاويات التائية البشرية 3 (). فيروس الإيدز-1 أشد ضراوة وأكثر إعداءً من فيروس الإيدز-2، ويسبب معظم الإصابات بفيروس الإيدز عالميا. فيروس الإيدز-2 أقل إعداء مقارنة بفيروس الإيدز-1، ويعنى ذلك أن عددا أقل من المعرضين لفيروس الإيدز-2 ستتم إصابتهم في كل تعرض. بسبب قدرته الضعيفة نسبيا في الانتشار، فيروس الإيدز-2 محصور بشكل كبير في غرب إفريقيا.
البنية والجينوم.
فيروس الإيدز مختلف في البنية عن بقية الفيروسات الراجعة، فهو كروي الشكل تقريبا وقطره حوالي 120 نانومتر، أصغر بحوالي 60 مرة من خلية الدم الحمراء. يتكون الفيروس من نسختي سلسلة رنا مفردة موجبة الاتجاه تشفران جينات الفيروس التسعة وهما محاطتين بقفيصة مخروطية تتكون من ألفي نسخة من البروتين الفيروسي P24. سلسلة الرنا المفردة مرتبطة بإحكام مع بروتينات القفيصة المنواة P7، والإنزيمات المطلوبة لنسخ ودمج وتجميع الفيروسات الجديدة مثل الناسخ العكسي، البروتيازات، الريبونوكليازات والدامج. يحيط مطرس مكون من البروتين الفيروسي p17 بالقفيصة لضمان سلامة الفيروس.
المطرس بدوره محاط بغلاف فيروسي مكون من ليبيد ثنائي الطبقة مأخوذٍ من الغشاء البلازمي الخاص بالخلية المضيفة البشرية حين يتشكل جسيم الفيروس الجديد ويتبرعم منها. يحتوي الغلاف الفيروسي على بروتينات من الخلية المضيفة ونسخا قليلة نسبيا من بروتين غلاف فيروس الإيدز، الذي يتكون من قبعة مكونة من ثلاث جزيئات تعرف بالبروتين السكري 120 () وجذع يتكون من ثلاث جزيئات من البروتين السكري gp41 يعمل على إرساء هذه البنية في الغلاف الفيروسي. يسمح بروتين الغلاف الفيروسي المشفَّر بواسطة جين فيروس الإيدز إنف للفيروس بالارتباط بالخلية الهدف ودمج الغلاف الفيروسي مع الغشاء البلازمي للخلية وتحرير المحتوى الفيروسي داخل الخلية والشروع في دورة التكاثر والإعداء.
لكونه البروتين الفيروسي الوحيد على سطح الفيروس، بروتين الغلاف هدف رئيسي لمجهودات تطوير لقاح لفيروس الإيدز. أزيد من نصف كتلة حسكة الغلاف الثلاثية هي غليكانات مرتبطة بالنيتروجين. كثافة الغليكانات عالية لأنها تقي البروتين الموجود أسفلها من تحييده بواسطة الأجسام المضادة، وهو أحد أكثر الجزيئات المعروفة غلكزةً والكثافة عالية لدرجة تمنع عملية النضوج العادية للغليكانات أثناء التخلق في الشبكة الإندوبلازمية وجهاز غولجي. معظم الغليكانات نتيجة لذلك هي غليكانات متوقفة غير ناضجة غنية بالمانوز لا تتواجد عادة في البروتينات السكرية البشرية التي تُفرز أو الموجودة على سطح الخلية. المعالجة غير الاعتيادية والكثافة العالية تعني أن تقريبا جميع الأجسام المضادة التي تم تحديدها (من مجموعة جزئية من المرضى المصابيين بالفيروس منذ شهور أو سنوات) ترتبط بغليكان الغلاف هذه أو تتأقلم لتتكيف معها.
تم تحديد البنية الجزيئية للحسكة الفيروسية بواسطة علم البلورات السيني والمجهرية فائقة البرودة. هذه التقدمات في البيولوجيا البنيوية كانت ممكنة بفضل تطوير نسخ مستقرة مأشوبة من الحسكة الفيروسية عبر إضافة رابطة ثنائي كبريتيد بين الوحدات وطفرة من إيزوليوسين إلى برولين (تبديل جذري لحمض أميني) في البروتين السكري gp41. نسخ الحسكة المطورة هذه المسماة الـSOSIP ثلاثي القسمات لا تحاكي الخصائص المستضدية للحسكة الفيروسية الطبيعية وحسب، بل تحتوي تقريبا على نفس كمية الغليكانات كما هو الحال في الفيروس الطبيعي. الحسكات الفيروسية المأشوبة ثلاثية القسمات هي مرشحات لقاحات واعدة لأنها تُظهر حاتمات غير مسببة للتحييد أقل من البروتين السكري المأشوب أحادي القسمات gp120، الذي يعمل على كبت استهداف الجهاز المناعي للحاتمات.
يتكون جينوم الرنا على الأقل من سبع معالم بنيوية هي (LTR وTAR وRRE وPE وSLIP وCRS وINS) وتسع جينات ("gag" و"pol" و"env" و"tat" و"rev" و"nef" و"vif" و"vpr" و"vpu" وأحيانا جين عاشر "tev" وهو اندماج للجينات "tat" و"env" و"rev") تشفر 19 بروتينا. تحتوي ثلاثة من هذه الجينات -"gag" و"pol" و"env"- على المعلومات المطلوبة لتخليق البروتينات البنيوية لبناء فيروسات جديدة. على سبيل المثال يشفِّر الجين "env" بروتينا يسمى gp160 يُقص بواسطة بروتياز خلوي لإنتاج بروتيني gp120 وgp41. الجينات الستة الباقية: "tat" و"rev" و"nef" و"vif" و"vpr" و"vpu" (أو "vpx" في حالة فيروس الإيدز-2) هي جينات تنظيمية تنتج بروتينات تتحكم في قدرة فيروس الإيدز على إصابة الخلايا وإنشاء نسخ جديدة من الفيروس (التضاعف) أو إحداث المرض.
بروتينَيْ "tat" (p16 وp14) هما منشطان-مفروق نسخيان لمحفز ويعملان عبر الارتباط بعنصر الرنا . يمكن أن يُعالَج TAR إلى جزيئات رنا ميكروي تقوم بتنظيم جينَيْ الاستماتة "ERCC1" و"IER3". بروتين "Rev" (p19) له دور كذلك في تمكيك (نقل وحماية) جزيئات الرنا من النواة والسيتوبلازم عبر الارتباط بعنصر الرنا
. يمنع بروتين "vif" (p23) عمل APOBEC3G (وهو بروتين خلوي يقوم بنزع أمين السيتيدين وتحويله إلى يوريدين في سلسلة الدنا المفردة الفيروسية و/أو التدخل في عمل الناسخ العكسي). يوقف بروتين "Vpr" (p14) انقسام الخلية في نقطة التحقق M-G2. بروتين "nef" (p27) ينظم بالإنقاص بروتين CD4 (المستقبل الرئيسي للفيروس)، وكذلك القسم 1 والقسم 2 من معقد التوافق النسيجي الكبير.
يتآثر بروتين "Nef" كذلك مع نطاق SH3. بروتين "vpu" (p16) يؤثر على على تحرير الفيروسات الجديدة من الخلايا المصابة. تسمى نهايتا كل سلسلة من رنا فيروس الإيدز بالتكرار الطرفي الطويل ()، وتعمل مناطقٌ في التكرار الطرفي الطويل كمفاتيح تحويل للتحكم في إنتاج الفيروسات الجديدة ويمكن أن تُثارَ بواسطة بروتينات من الفيروس أو من الخلية المضيفة. عنصر Psi له دور في تجميع الجينوم الفيروسي ويتم تنظيمه بواسطة بروتينات "gag" و"rev". عنصر SLIP (codice_1) له دور في انزياح الإطار في إطار القراءة "gag-pol" المطلوب لإنتاج بروتين "pol" وظيفي.
الانتحاء.
يشير مصطلح انتحاء فيروسي إلى أنواع الخلايا التي يمكن أن يصيبها الفيروس. يمكن لفيروس الإيدز أن يصيب مجموعة متنوعة من الخلايا المناعية مثل الخلايا التائية المساعدة ، البلعميات، والخلايا الدبقية الصغيرة. يتوسَّط دخولَ فيروس الإيدز إلى البلعميات والخلايا التائية المساعدة تآثرُ البروتين السكري الخاص بغلاف الفيروس (gp120) مع جزيء كتلة التمايز 4 الموجود على غشاء الخلية المستهدفة وكذلك مع مستقبلات الكيموكين المساعدة.
تستخدم سلالات فيروس الإيدز-1 المنتحية للبلعميات، أو غير المحدِثة للملتحم الخلوي (، تسمى الآن فيروسات R5) مستقبل الكيموكين-بيتا -CCR5- للدخول وبذلك تكون قادرة على التضاعف في كل من البلعميات والخلايا التائية المساعدة. يُستخدم المستقبل المساعد CCR5 تقريبا بواسطة جميع فيروسات الإيدز-1 المعزولة بغض النظر عن النوع الجيني الفرعي للفيروس. بالفعل، تلعب البلعميات دورا مفتاحيا في جوانب حاسمة عديدة من الإصابة بفيروس الإيدز. حيث يظهر بأنها أول الخلايا المصابة بالفيروس وربما مصدر إنتاج فيروسات الإيدز حين تصبح الخلايا التائية المساعدة مستنفذة لدى المريض. البلعميات والخلايا الدبقية الصغيرة هي الخلايا التي يصيبها فيروس الإيدز في الجهاز العصبي المركزي. في الزوائد الأنفية ولوزات المرضى المصابين بالفيروس، تندمج البلعميات إلى خلايا عملاقة متعددة النوى تقوم بإنتاج كميات كبيرة من الفيروس.
تتضاعف سلالات فيروس الإيدز-1 المنتحية للخلايا التائية، أو السلالات المحدِثة للالتحام الخلوي ( تسمى الآن فيروسات X4) في الخلايا التائية المساعدة الأساسية وكذلك في البلعميات، وتستخدم مستقبل الكيموكين-ألفا -CXCR4- للدخول.
يُعتقد أن سلالات فيروس الإيدز-1 ثنائية الانتحاء هي سلالات انتقالية من فيروس الإيدز-1 وبالتالي تكون قادرة على استخدام كل من CCR5 وCXCR4 كمستقبلات مساعدة للدخول إلى الخلية.
يثبط الكيموكين-ألفا SDF-1 -وهو ربيطة للمستقبل CXCR4- تضاعف فيروسات الإيدز-1 المعزولة المنتحية للخلايا التائية، ويقوم بذلك عبر تخفيض التعبير عن CXCR4 في سطح الخلايا التي يستهدفها الفيروس. فيروسات الإيدز-1 المعزولة المنتحية للبلعميات التي تستخدم المستقبل CCR5 فقط تسمى R5، أما التي تستخدم المستقبل CXCR4 فقط فتسمى X4، والتي تستخدم كلا المستقبلين تسمى X4R5. استخدام المستقبلات المساعدة وحدها لا يفسر الانتحاء الفيروسي، فما كل فيروسات R5 قادرة على استخدام CCR5 الموجود على البلعميات لإحداث إصابة فعالة ويمكن كذلك لفيروس الإيدز إصابة أنواع فرعية من الخلايا المتغصنة النخاعية، التي ربما تكون خزانا يحافظ على الإصابة حين تنخفض أرقام الخلايا التائية المساعدة إلى مستويات دنيا قياسية.
بعض الأشخاص مقاومون لبعض سلالات فيروس الإيدز. على سبيل المثال: الأفراد الذين لديهم طفرة CCR5 مقاومون للإصابة بفيروس R5 لأن الطفرة تجعل فيروس الإيدز غير قادر على الارتباط بهذا المستقبل المساعد، وهو ما يخفض قدرته على إصابة الخلايا المستهدفة.
الجماع هو النمط الرئيسي لانتقال فيروس الإيدز، وكلا السلالات X4 و R5 تتواجد في السائل المنوي، وهو ما يسمح للفيروس بالانتقال من الذكر إلى شريكه الجنسي. يمكن لفيروسات الإيدز إصابة العديد من الأهداف الخلوية والانتشار في كافة أنحاء الكائن. مع ذلك، تؤدي عملية انتقاءٍ إلى الانتقال الرئيسي لفيروس R5 عبر هذا النمط والمسار الجنسي. في المرضى المصابين بالنوع الفرعي فيروس الإيدز-1 B، عادة ما يكون هنالك استبدالٌ للمستقبل المساعد في المرحلة المتقدمة من المرض وعادة ما تنتج مغايِرات منتحية للخلايا التائية يمكنها إصابة صنوفٍ من الخلايا التائية عبر CXCR4. بعدها تتضاعف هذه المغايرات بمعدل أكبر وتشتد ضراوتها مسببة نفاذ الخلايا التائية السريع، وانهيار الجهاز المناعي وحدوث الإصابات الانتهازية التي تكون علامة لمرحلة متقدمة من مرض الإيدز. يصاب المرضى المصابون بفيروس الإيدز بطيف واسع من العداوى الانتهازية والتي كانت سابقا تسبب إشكالات قبل بداية العلاج عالي الفاعلية بمضادات الفيروسات الراجعة ()، مع ذلك، نفس الإصابات تم التبليغ عنها بين المرضى المصابين بفيروس الإيدز المفحوصين بعد الوفاة عقب بداية العلاجات بمضادات الفيروسات الراجعة. لهذا أثناء فترة الإصابة، التأقلم الفيروسي لاستخدام مستقبل CXCR4 بدل CCR5 يمكن أن يكون خطوة رئيسية في استفحال وتطور مرض الإيدز. حددت عدة دراسات لمرضى مصابين بالفيروس الفرعي B أن بين 40-50% من مرضى الإيدز يمكنهم احتواء فيروسات من النمط الظاهري SI والنمط NSI.
فيروس الإيدز-2 أقل إمراضا من فيروس الإيدز-1 وهو محصورٌ في انتشاره العالمي في غرب إفريقيا. تبني فيروس الإيدز-2 "للجينات الملحقة" ونمطه الأكثر اختلاطا في استخدام المستقبل المساعد (بما في ذلك عدم الاعتماد على CD4) يمكن أن يساعد الفيروس في تأقلمه لتجنب عوامل التقييد الخاصة بالمناعة الفطرية الموجودة في الخلايا المضيفة. التأقلم لاستخدام الماكينة الخلوية الطبيعية لتمكين انتقال العدوى وفاعليتها ساعد أيضا فيروس الإيدز على التضاعف لدى البشر. استراتيجية البقاء على قيد الوجود الخاصة بأي عامل إعداء هي أن لا يقتل المضيف، وإنما أن يصبح في النهاية كائنا معايشا. مع تحقيقها لإمراضية وضراوة منخفضة -بمرور الزمن- المغايرات الأكثر نجاحا في الانتقال سيتم اصطفاؤها.
دورة التضاعف.
الدخول إلى الخلية.
يدخل فيروس الإيدز إلى البلعميات والخلايا التائية المساعدة عبر امتزاز (ارتباط) البروتينات السكرية على سطحه بالمستقبلات الموجودة على الخلية الهدف، يتبع ذلك اندماجٌ للغلاف الفيروسي مع الغشاء الخلوي للخلية المستهدفة وتحرير قفيصة فيروس الإيدز داخل الخلية.
يبدأ الدخول إلى الخلية عبر تآثر مركب البروتين السكري ثلاثي القسمات (الحكسة gp160) الموجود على غلاف الفيروس مع كل من كتلة التمايز 4 (CD4) ومستقبل كيموكين مساعد (عادة إما CCR5 أو CXCR4، لكن يمكن أن تتآثر مستقبلات أخرى) الموجودان على سطح الخلية المستهدفة. يرتبط Gp120 مع الإنتغرين α4β7 ويُنشِّط LFA-1 -وهو الأنتغرين المركزي الذي له دور في إنشاء مشابك فيروسية- الذي يسهل الانتشار الفعال لفيروس الإيدز-1 من خلية لأخرى. تحتوي الحسكة gp160 على نطاقات ارتباط مع كل من كتلة التمايز 4 ومستقبلات الكيموكين.
الخطوة الأولى لدمج الغشائين تتم عبر الارتباط عالي الألفة بين نطاق الارتباط ببروتين كتلة التمايز 4 الخاص بـgp120 وبروتين كتلة التمايز نفسه، عندما يرتبط هذان الأخيران، يخضغ gp120 لتغير هيئوي كاشفا نطاقات الارتباط بمستقبل الكيموكين الخاصة به وهذا يسمح لها بالتآثر مع مستقبل الكيموكين المستهدف. يوفر هذا الارتباط المزدوج استقرارا أكبر ويسمح للنهاية الأمينية الخاصة بببتيد الدمج gp41 باختراق الغشاء الخلوي. بعد ذلك تتآثر التسلسلات المتكررة في gp41 وHR1 وHR2 مسببة تغير بنية الجزء خارج الخلوي من gp41 إلى حلقة جذعية. تُقرِّب هذه البنية الحلقية غشائي الفيروس والخلية من بعضهما وتسمح باندماجهما ثم يلي ذلك دخول القفيصة الفيروسية إلى الخلية.
بعد ارتباط فيروس الإيدز بالخلية المستهدفة، يدخل كل من الرنا الفيروسي ومختلف الإنزيمات بما في ذلك الناسخ العكسي، الدامج، الريبونوكلياز والبروتياز إلى الخلية. وأثناء النقل المعتمد على الأنيبيب إلى النواة تُنسخ سلسلة الرنا الفيروسية عكسيا إلى سلسلة دنا مزدوجة ثم تُدمج في أحد صبغيات الخلية المضيفة.
يمكن لفيروس الإيدز إصابة الخلايا المتغصنة بواسطة الطريق CD4-CCR5، لكن يمكن أن يُستخدم طريق آخر عبر استخدام مستقبلات لكتين نوع سي () الخاصة بالمانوز مثل DC-SIGN. الخلايا المتغصنة هي الخلايا الأولى التي يصادفها الفيروس خلال الانتقال الجنسي، ويُعتقد حاليا أنها تلعب دورا مهما عبر نقل الفيروس إلى الخلايا التائية حين يُلتقط الفيروس في الغشاء المخاطي بواسطتها. يُعتقد أن تواجد FEZ1 -الذي يظهر طبيعيا في العصبونات- يقي من إصابة الخلية بفيروس الإيدز.
كان يُعتقد لمدة طويلة أن دخول فيروس الإيدز-1 -وكذلك دخول العديد من الفيروسات الراجعة الأخرى- يحدث حصريا عند الغشاء الخلوي، لكن تم الإبلاغ حديثا كذلك عن إصابة فعالة لفيروس الإيدز-1 للخلايا بواسطة إدخال خلوي متوسَّط بالكلاثرين لا يعتمد على الأس الهيدروجيني واقتُرح مؤخرا أنه يشكل الطريق الوحيد للدخول الفعال.
بعد فترة قصيرة من دخول القفيصة الفيروسية إلى الخلية، يحرر الإنزيم المسمى الناسخ العكسي جينوم سلسلة الرنا المفردة موجبة الاتجاه من البروتينات المرتبطة بها وينسخها إلى جزيء دنا متمم (). عملية النسخ العكسي عرضة للأخطاء كثيرا ويمكن أن تسبب الطفرات الناتجة مقاومة الدواء أو تسمح للفيروس بتجنب الجهاز المناعي الخاص بالجسم. للناسخ العكسي نشاط ريبونوكلياز ويقوم بتفكيك الرنا الفيروسي أثناء تخليق الدنا المتمم، وكذلك نشاط بوليميراز الدنا المعتمد على الدنا ويقوم بتخليق سلسلة دنا موجبة الاتجاه من سلسلة الدنا المتممة المضادة للاتجاه. معا، تشكل سلسلة الدنا المتممة والسلسلة المتممة لها سلسلة دنا مزدوجة فيروسية وتُنقل بعدها إلى النواة. دمج الدنا الفيروسي في جينوم الخلية المضيفة يتم بواسطة إنزيم فيروسي آخر يسمى الدامج.
يمكن أن يبقى الدنا الفيروسي المدمج في سبات أثناء مرحلة من مراحل الإصابة بالفيروس تسمى كمون الفيروس. لتخليق الفيروس بفعالية، يجب أن تتوفر عوامل نسخ محددة، وأكثرها أهمية هو NF-κB (العامل النووي كابا B)، الذي يُنظَّم بالزيادة حين تصبح الخلايا التائية منشطة. هذا يعني على الأرجح أن الخلايا التي يستهدفها فيروس الإيدز ويدخل إليها ويقتلها في النهاية هي الخلايا التي تحارب الإصابة بنشاط.
أثناء تضاعف الفيروس تُنسخ طليعة فيروس الدنا إلى جزيئات رنا ويخضع بعضها لعمية وصل الرنا لإنتاج جزيئات رنا رسول بالغة، بعد ذلك تُصدّر جزيئات الرنا الرسول هذه من النواة إلى السيتوبلازم أين تتم ترجمتها إلى البروتينات المنظمة "tat" (الذي يشجع على عمليات تخليق جديدة للفيروس) و"Rev" الذي يرجع عند تخليقه إلى النواة ويرتبط بنسخ رنا فيروسية غير موصولة كاملة الطول ويسمح لها بمغادرة النواة. تعمل بعض جزيئات الرنا كاملة الطول هذه كنسخ جديدة من جينوم الفيروس، بينما تعمل أخرى كجزيئات رنا رسول تُترجَم لإنتاج البروتينات البنيوية "Gag" و"Env". ترتبط بروتينات "Gag" بجينوم الرنا الفيروسي لتجّمعه مع بروتينات أخرى لتشكيل فيروسات جديدة.
يبدو أن فيروس الإيدز-1 وفيروس الإيدز-2 يجمَّعان بطريقة مختلفة عند إنشاء فيروسات جديدة. يُجمَّع فيروس الإيدز-1 من أي جزيئة رنا مناسبة. بينما يجمع فيروس الإيدز-2 بشكل انتقائي من جزيئة الرنا الرسول التي استُخدمت لإنشاء بروتين "Gag" الذي يقوم بتجميعها.
التأشُّب.
يُحاط جينومي رنا اثنين بقفيصة عند إنتاج فيروس إيدز-1 جديد (انظر بنية وجينوم فيروس الإيدز).يمكن أن يحدث تأشيب (إعادة تركيب) بين الجينومين عند تحفيز النسخ والتضاعف بواسطة الناسخ العكسي. يحدث التأشيب حين تُنسخ جينومات الرنا مفردة السلسلة موجبة الاتجاه عكسيا لتشكيل دنا، حيث يمكن للناسخ العكسي إنتاج جزيئة دنا عبر التبديل بين جزيئتي الرنا اللتين ينسخ منهما عدة مرات، ويسمى هذا النوع من التأشيب بتأشيب اختيار النسخ. يمكن أن تظهر حوادث التأشيب في أي نقطة من الجينوم، ومعدل حدوثها يتراوح من 2 إلى 20 حادثة تأشيب خلال كل دورة تضاعف، ويمكن لهذه الأحداث بسرعة خلط وتغيير المعلومة الجينية التي تنتقل من الجينوم الأبوي إلى الذرية.
يُنتِج التأشيب الفيروسي تغيرا جينيا يساهم على الأرجح في تطور مقاومة الفيروس للعلاج بمضادات الفيروسات القهقرية. يمكن أن يساهم التأشيب كذلك -نظريا- في التغلب على الدفاعات المناعية للكائن المضيف. مع ذلك، لكي تحدث التأقلمات والميزات الإيجابية من هذه التغيرات الجينية، يجب أن يكون الجينومان المجمعان في فيروس جديد معدي قد نشآ من سلالات فيروسية سالفة مختلفةٍ في التركيب الجيني. ومن غير المعروف كم مرة يحدث تجميع خلط مثل ذلك تحت الظروف الطبيعية.
اقترح بونهوفر وزملاؤه أن تبديل القالب (السلسلة) بواسطة الناسخ العكسي يعمل كعملية ترميم للتعامل مع الشروخات والتضررات في جينوم الرنا مفرد السلسلة. واقترح هو وتيمان أن التأشيب هو تأقلمٌ لترميم التضرر الحاصل لجينومات الرنا. تبديل السلسلة القالب (تأشيب اختيار النسخ) بواسطة الناسخ العكسي يمكن أن يولِّد نسخا غير متضررة من الدنا الجينومي من نسختي جينوم رنا مفرد السلسلة متضررتين. يمكن أن تفسر وجهة النظر هذه التي تقول بوجود فائدة تأقلمية من التأشيب لدى فيروس الإيدز لماذا يحتوي كل فيروس على جينومين كاملين بدل واحد فقط. فضلا عن ذلك، وجهة النظر القائلة بأن التأشيب هو عملية ترميم تعني أن فائدة الترميم يمكن أن تحدث في كل دورة وأن هذه الفائدة يمكن تحقيقها سواء كان الجينومان مختلفين في التركيب الجيني أو لا. من وجهة نظر أن التأشيب في فيروس الإيدز هو عملية ترميم، توليد نسخا مؤشّبة سيكون نتيجة -وليس سببا- لتطور تبديل السلسلة القالب.
تسبب الإصابة بفيروس الإيدز-1 التهابا مزمنا وإنتاج أنواع الأكسجين التفاعلية. لهذا يمكن أن يكون جينوم فيروس الإيدز عرضة للإجهاد التأكسدي، بما في ذلك شروخات في سلسلة الرنا المفردة. بالنسبة لفيروس الإيدز والفيروسات بصفة عامة، تعتمد الإصابة والعدوى الناجحة على التغلب على استراتيجيات الدفاع التي تشمل في العادة إنتاج أنواع أكسجين تفاعلية ضارة ومتلفة للجينوم. وعليه اقترح ميتشود وزملاؤه أن التأشيب بواسطة الفيروسات هو تأقلمٌ لإصلاح أضرار الجينوم، وأن النسخ المتأشبة هي نواتج ثانوية يمكن أن توفر فائدة منفصلة.
الخطوة الأخيرة من دورة الفيروس هي تجميع فيروسات الإيدز-1 الجديدة ويحدث ذلك عند الغشاء الخلوي للخلية المضيفة. يذهب عديد البروتين "Env " (gp160) بعد تخليقه إلى داخل الشبكة الإندوبلازمية ثم ينقل إلى جهاز غولجي أين يتم قصه بواسطة بروتين الفيورين وينتج عنه البروتينان السكريان الخاصان بغلاف فيروس الإيدز gp41 وgp120. بعد ذلك يُنقل هذان الأخيران إلى الغشاء الخلوي الخاص بالخلية المضيفة ويقوم gp41 بإرساء وتثبيت gp120 على الغشاء. يرتبط عديدي البروتين "Gag" (p55) و"Gag-Pol" (p160) كذلك بالسطح الداخلي للغشاء الخلوي إلى جانب جينوم الرنا الفيروسي عندما يبدأ الفيروس الجديد في التبرعم من الخلية المضيفة. الفيروس المتبرعم يكون غير ناضج بعد لأن عديدات البروتين "gag" ماتزال يجب أن تقص لتشكيل البروتينات المكونة للمطرس والقفيصة والقفيصة المنواة. وهذا القص يتم بواسطة بروتياز فيروسي تم تجميعه مع الفيروس ويمكن تثبيطه بواسطة الأدوية المضادة للفيروسات الراجعة من قسم مثبط البروتياز. بعد ذلك تتجمع مختلف المكونات البنيوية لإنتاج فيروس إيدز جديد ناضج. ولا يمكن سوى للفيروسات الناضجة إصابة خلايا أخرى.
الانتشار داخل الجسد.
تسمى العملية الكلاسيكية عند إصابة فيروس لخلية ما " بالانتشار الحر إلى الخلايا" لتمييزها عن عملية إصابة جديدة معروفة حديثا تسمى "الانتشار من خلية إلى خلية". في عملية الانتشار الحر إلى الخلايا (انظر الصورة) تتبرعم فيروسات الإيدز من الخلايا التائية المصابة وتدخل إلى الدم أو السائل خارج الخلوي وبعدها تصيب خلية تائية أخرى بعد الالتقاء بها صدفة. يمكن لفيروس الإيدز كذلك أن ينتشر مباشرة من خلية لأخرى بواسطة عملية الانتشار من خلية إلى خلية التي وُصِف لها مساران. في الأول: يمكن لخلية تائية نقل الفيروس مباشرة لخلية تائية أخرى مستهدفة عبر مشبك فيروسي. والثاني: يمكن لخلية مقدمة للمستضد () مثل الخلية البلعمية أو المتغصنة أن تنقل الفيروس إلى الخلايا التائية إما عبر عملية إصابة فعالة كما هو الحال لدى البلعميات أو عبر التقاط ونقل الفيروسات بشكل مفروق كما هو الحال لدى الخلايا المتغصنة. أيا كان المسار المستعمل، فقد أُبلغ أن الانتشار من خلية إلى خلية أكثر فعالية من الانتشار الحر إلى الخلايا. تساهم عدة عوامل في هذه الفعالية منها: تبرعم الفيروس المستقطب نحو موقع اتصال الخلية بالخلية، التموضع القريب للخلايا من بعضها وهو ما يخفض من مرحلة انتشار الفيروس عبر السائل، وتكدس مستقبلات دخول فيروس الإيدز على الخلايا المستهدفة في منطقة الاتصال. يُعتقد أن الانتشار من خلية إلى خلية مهم بشكل خاص في الأنسجة اللمفاوية أين تكون الخلايا التائية المساعِدة محزَّمة بكثافة ويكون احتمال تآثرها المتكرر كبيرا. دعمت دراسات التصوير مفهوم المشبك الفيروسي لفيروس الإيدز حيويا. تساهم آليات الانتشار المتعددة المتوفرة لدى فيروس الإيدز في استمرار انتشاره وتضاعفه رغم العلاجات بمضادات الفيروسات الراجعة.
تباين جيني.
يختلف فيروس الإيدز عن العديد من الفيروسات في كونه يملك تباينا جينيا كبيرا، هذا التنوع هو نتيجة لدورة تضاعفه السريعة التي يتم فيها إنشاء 1010 فيروس كل يوم، بالإضافة إلى معدل طفرات كبير يقدر بحوالي لكل نوكليوتيد لكل دورة تضاعف وكذلك الخصائص التأشيبية للناسخ العكسي.
تؤدي هذه السمات المميزة إلى نشوء العديد من مغايرات فيروس الإيدز في مريض واحد في مدة يوم واحد فقط. يزداد هذا التنوع حين تصاب خلية واحدة في نفس الوقت بنوعين (مغايرتين) أو أكثر من فيروس الإيدز. عندما تحدث الإصابة المتزامنة، يمكن أن يتكون جينوم فيروسات الذرية من سلاسل رنا من سلالتين مختلفتين. بعدها يصيب هذا الفيروس الهجين خلية جديدة ويخضع لدورة تضاعف، وحين يتم ذلك يولِّد الناسخ العكسي عبر تبديل النسْخ بين السلسلتين جيئة وذهابا تسلسل دنا راجعٍ يكون مؤشبا (توليفة) بين جينومي الفيروسين الأبوين. يبدو هذا التأشيب جليا حين يحدث بين الأنواع الفرعية.
تطوَّرَ فيروس العوز المناعي السعالي () ذو الصلة القريبة من فيروس الإيدز البشري إلى العديد من السلالات، وصُنف حسب الأنواع الطبيعية المضيفة له. يُعتقد أن سلالات الفيروس السعالي الخاصة بالقرد الإفريقي الأخضر (SIVagm) والمنجبي الأسخم (SIVsmm) لها تاريخ تطوري كبير مع مضيفاتها. تأقلمت هذه المضيفات مع تواجد الفيروس فيها، وهذا التواجد يكون بمستويات كبيرة لكن لا يُحدث سوي استجابة مناعية خفيفة، لا تسبب تطور متلازمة نقص المناعة المكتسبة للسعالي، ولا يخضع لطفرات وتأشُّب كثيف كما هو الحال لدى فيروس الإيدز البشري (HIV).
في المقابل، حين تصيب هذه السلالات الأنواع التي تأقلمت مع فيروس عوز المناعة السعالي (SIV) مثل المكاك الريسوسي أو مكاك طويل الذيل، تطور هذه الحيوانات مرض الإيدز ويولِّد الفيروس تنوعا جينيا مماثلا لما يُشاهَد لدى إصابة البشر بالفيروس. الفيروس السعالي الخاص بالشامبانزي (SIVcpz) هو أقرب الأقارب الجينية لفيروس الإيدز-1 وهو مرتبط بزيادةٍ في الوفيات وأعراض مشابهة لأعراض الإيدز لدى مضيفه الطبيعي. يبدو أن الفيروس السعالي الشبمانزي انتقل حديثا نسبيا إلى جمهرتي الشامبانزي والبشر، لذلك لم يتأقلم هذان المضيفان مع الفيروس بعد. هذا الفيروس فقد كذلك وظيفة الجين "nef" المتواجدة لدى معظم فيروسات السعالي. في مغايرات فيروس السعالي غير المسببة للمرض، يثبط "nef" تنشيط الخلايا التائية عبر واسم عنقود التمايز 3 (CD3). وظيفة "nef" في سلالات فيروس السعالي غير الممرضة هي تخفيض التعبير السيتوكينات المعززة للاتهاب MHC-1 والإشارات التي تؤثر على تحرك وانتقال الخلايا التائية. في فيروس الإيدز-1 والفيروس السعالي الشمبانزي، لا يثبط "nef" تنشيط الخلايا التائية وفقد تلك الوظيفة. من دون هذه الوظيفة، على الأرجح قد يؤدي نفاذ الخلايا التائية إلى عوز المناعة.
تم تحديد ثلاث مجموعات من فيروس الإيدز-1 بناء على اختلافات في منطقة الغلاف (env) هي M وN وO. المجموعة M هي الأكثر انتشارا وتنقسم بدورها إلى ثمان مجموعات فرعية (أو كلادات) بناء على جينوماتها الكاملة التي تختلف جغرافيا. أكثر الأنواع الفرعية انتشارا هو B (المتواجد أساسا في شمال أمريكا وأوروبا)، A وD (المتواجدان أساسا في إفريقيا)، وC ( المتواجد أساسا في إفريقيا وآسيا). تتفرع هذه الأنواع الفرعية من شجرة تطورية تمثل الخط التطوري للمجموعة M من فيروس الإيدز-1. الإصابة المتزامنة بنوعين مختلفين من الأنواع الفرعية تنتج عنها "هيئات مؤشبة منتشرة" (). في عام 2000، وهو آخر عام من دراسة أنجِزت لمعرفة الانتشار العالمي للأنواع الفرعية، كانت نتائج الإصابات كالتالي: 47.2% من النوع الفرعي C، 26.7% من النوع الفرعي A/CRF02_AG، 12.3% من النوع الفرعي B، 5.3% من النوع الفرعي D، 3.2% من النوع الفرعي CRF_AE، والبقية 5.3% كانت مكونة من أنواع فرعية وهيئات مؤشبة منتشرة أخرى. تركز معظم البحوث حول فيروس الإيدز-1 على النوع الفرعي B، ومختبرات قليلة تركز على أنواع فرعية أخرى. افتُرض أن تواجد المجموعة الرابعة "P" مبني على فيروس عُزل سنة 2009. ويبدو أن هذه السلالة مشتقة من فيروس السعالي الخاص بالغوريلا (SIVgor) الذي عُزِل من غوريلا السهول الغربية سنة 2006.
أقرب الأقرباء لفيروس الإيدز-2 هو فيروس السعالي الخاص بالمنجبي الأسخم. بما أن فيروس الإيدز-1 مشتق من فيروس السعالي الشبمانزيّ وفيروس الإيدز-2 من فيروس السعالي الخاص بالمنجبي الأسخم، التركيب الجيني لفيروس الإيدز-2 متماثل جزئيا فقط مع فيروس الإيدز-1 ويماثل بشكل أكبر نظيره لدى فيروس السعالي الخاص بالمنجبي الأسخم.
العديد من الأفراد المصابين بفيروس الإيدز لا يعلمون بأنهم مصابون به. على سبيل المثال، أقل من 1% من سكان المدن في إفريقيا النشطين جنسيا تم اختبارهم، وهذه النسبة أقل في المناطق السكانية النائية. زيادة على ذلك، في 2001 حوالي 0.5% فقط من النساء الحوامل اللواتي يرتدن المرافق الصحية الحضرية تم نصحهن، اختبارهن أو حصلن على نتائج فحص. ومجددا هذه النسبة أقل في المرافق الصحية الريفية. بما أن المتبرعين قد لا يعلمون بإصابتهم، فإن الدم المتبرع به ونواتج الدم المستخدمة في الطب والبحوث الطبية تفحص دوريا للكشف عن فيروس الإيدز.