بدأت الحرب في 1 سبتمبر 1961 عندما قام حامد إدريس عواتي وأصحابه أطلقوا الطلقات الأولى ضد قوات الجيش والشرطة الإثيوبية في إريتريا. في عام 1962, الإمبراطور هيلا سيلاسي من جانب واحد حل الاتحاد مع إريتريا وبرلمانها الفرعي وضمها بصفة رسمية كمقاطعة عادية ليست كمقاطعة اتحادية ذات حكم ذاتي. في عام 1970 أعضاء جبهة التحرير الإريترية بدؤوا يسقطون واحدا تلو الآخر وعدة مجموعات انفصلت عن ELF. خلال هذا الوقت، هذه المجموعات اتحدت لتشكيل الجبهة الشعبية لتحرير إريتريا (EPLF) و خاضت هي و ELF حرب أهلية مريرة. المنظمتان أجبرتا بضغط الإرادة الشعبية على التوفيق بين عملياتهما في عام 1974 ضد إثيوبيا. في عام 1974, الإمبراطور هيلا سيلاسي أطيح به في انقلاب عسكري. الحكومة الإثيوبية الجديدة أو الدرج، كانت ماركسية، التي في نهاية المطاف أصبحت تحت قيادة منجيستو هايلي مريم. نظام المجلس العسكري الإثيوبي الجديد استغرق من ثلاث إلى أربع سنوات إضافية للحصول على السيطرة الكاملة على كل أراضي إثيوبيا، إريتريا, و أجزاء من الصومال. مع هذا التغيير في الحكومة في نهاية المطاف تم الاعتراف بها على نطاق واسع وإثيوبيا أصبحت مباشرة تحت تأثير الاتحاد السوفياتي. العديد من المجموعات التي انشقت من ELF انضمت معا في 1977 و شكلت الجبهة الشعبية لتحرير إريتريا. وفي وقت متأخر من 1970, EPLF أصبحت المنظمة المسلحة الإريترية المهيمنة التي تقاتل ضد الحكومة الإثيوبية وأصبح رمضان محمد نور أكبر شخص قيادي فيها فيما أصبح أسياس أفورقي الأمين العام لحركة EPLF لكن الكثير من المعدات المستخدمة من أجل مكافحة إثيوبيا تم الحجز عليها من طرف الجيش الإثيوبي. خلال هذا الوقت، لم يتمكن المجلس العسكري الإثيوبي أو Derg أو ECM من السيطرة على السكان إلا بالقوة فقط. حيث على سبيل المثال وقع هجوم على قرية باسيك ديرا في شمال إريتريا. و في 17 نوفمبر 1970, سكان القرية كلهم تم اعتقالهم والمساجد تم إغلاقها. المباني تم تدميرها. المشتبه بهم أنهم ضحايا هذه المجازر في المقام الأول هم مسلمو إريتريا، بما في ذلك سكان قرى شعيب، هيرجيغو, إلباريد، وبلدة أم هاجر والمجازر أيضا طالت بعض المناطق المسيحية أيضا. في 1977, الجبهة الشعبية بدأت استعداداتها لطرد الإثيوبيين من إريتريا، مستفدين من انشغال الإثيوبيين بالحرب الأهلية وحرب أوغادين التي ستندلع بالغزو الصومالي للمنطقة. لكن في تحول مثير، تمكن ECM من صد التوغل الصومالي، بفضل الجسر الجوي واسع النطاق من الاتحاد السوفيتي وأسلحته. بعد ذلك، باستخدام قوى عاملة كبيرة ومعدات عسكرية تم السيطرة عليها في الحملة الصومالية على أوغادين، الجيش الإثيوبي هاجم قوات EPLF مما أدى إلى تراجعها إلى الأدغال. هذا كان بارزا في معركة بارنتو ومعركة مصوع. بين 1978 و 1986, قوات Derg أطلقت ثماني هجمات رئيسية ضد حركات الاستقلال لكن كلها فشلت بسبب حرب العصابات. في عام 1988, مع معركة أفابيت, EPLF استطاعت السيطرة على أفابيت والمناطق المحيطة بها، ثم مقر الجيش الإثيوبي في شمال شرق إريتريا، مما دفعه إلى الانسحاب من حامياته في إريتريا بغرب الأراضي المنخفضة الإريترية. مقاتلي EPLF انتقلوا إلى كيرين، ثاني أكبر مدينة في إريتريا وفي الوقت نفسه المجموعات المنشقة الأخرى عن EPLF و ELF كانت تحرز تقدما في جميع أنحاء إثيوبيا أثناء الحرب الأهلية. في هذا الصراع، إثيوبيا استخدمت غاز النابالم والغازات الحارقة الأخرى. في نهاية من 1980, الاتحاد السوفيتي جدد دعمه لمنجيستو لكنه فجأة توقف والروح المعنوية للجيش الإثيوبي انخفضت، و EPLF جنبا إلى جنب مع غيرها من قوات المتمردين الإثيوبية، بدأت بالتنسيق فيما بينها للإطاحة بمنجيستو والنظام الماركسي في المقام الأول هاته القوات تكونت من جبهات التحرير القبلية مثل جبهة تحرير أورومو، الجبهة الشعبية لتحرير تيغراي التي قاتلت إلى جنب EPLF في الحروب الأهلية الإريترية، والجبهة الشعبية الثورية الديمقراطية الإثيوبية التي سيطرت مع المجموعات الأخرى على أجزاء من محافظات وولو وشيوا في إثيوبيا.