تم بناء آخر كنيسة في البلاد بعد الاستقلال سنة 1957 وهي كنيسة مقرين لسكور (Mégrine-Lescure) وكان الشروع في أشغال بنائها قد بدأ قبل الاستقلال، إلا أنه تم الاستغناء عنها بعد ذلك نظرا لتعرض الكنيسة لسقوط حاد في عدد الكاثوليك نتيجة لمغادرة الكثيرين للبلاد ذلك أنه لم يبق سنة 1959 من الأكثر من 250000 كاثوليكي سوى حوالي 70000 فقط، أدى هذا إلى فتح مفاوضات ثنائية بين الكرسي الرسولي والدولة التونسية حول الكنائس المغلقة بالبلاد والتي لاتزال ملكا خاصا لرئاسة أسقفية قرطاج، تم الاقتناع بضرورة فتح هذه المفاوضات عند زيارة الرئيس التونسي الحبيب بورقيبة للفاتيكان ولقائه بالبابا يوحنا الثالث والعشرين يوم 19 جوان/يونيو 1959، تم اختيار المنجي سليم بصفته ديبوماسيا تونسيا مبرّزا لبدء المقابلات وذلك يوم 5 جويلية/يوليو 1959 بالفاتيكان بحضور ، انقطعت اثر ذلك الزيارات لدراسة الوضع بدقة من قبل الطرفين ولانشغال الدولة التونسية بأحداث بنزرت والتمهيد لها والتي وقعت في صيف 1961، اثر ذلك قام الرئيس الحبيب بورقيبة بزيارة ثانية للبابا يوحنا الثالث والعشرين في الفاتيكان في 24 سبتمبر 1962 والتي نتج عنها الافتتاح الرسمي للمفاوضات وذلك يوم 16 فيفري/فبراير 1963 مثل الطرف التونسي الطيب السحباني بصفته كاتبا للدولة للشؤون الخارجية وأما الطرف الرسولي فمثله الذي عينه البابا يوحنا بولس الثاني لاحقا كردينالا، ابتدأت المرحلة الأولى من المفاوضات من 13 إلى 15 أفريل/أبريل من نفس السنة، لتنقطع بعد ذلك اثر وفات البابا يوحنا الثالث والعشرين يوم 3 جوان/يونيو لتنطلق المرحلة الثانية اثر تعيين البابا الجديد القديس بولس السادس من 10 إلى 14 ومن 23 إلى 27 سبتمبر، أما المرحلة الثالثة والأخيرة فقد افتتحت يوم 19 ماي/مايو 1964 وفي يوم 27 جوان/يونيو من نفس السنة تم التوقيع في تونس وفي الفاتيكان على اتفاقية تسوية مؤقتة والمعروفة أكثر بتسميتها اللاتينية (Modus vivendi : طريقة عيش) ويوم 24 جويلية/يوليو نُشر نص الإتفاقية في الرائد الرسمي للجمهورية التونسية. يقول أحد المفاوضين من الطرف البابوي أن المفاوضات التي قام بها الكرسي الرسولي مع الحكومة التونسية من اجل اتفاقية التسوية المؤقتة كانت أصعب من المفاوضات مع بعض دول شرق أوروبا الشيوعية.قلّلت هذه الاتفاقية من عدد الكنائس لرئاسة أسقفية قرطاج من أكثر من 130 كنيسة إلى فقط 6 كنائس وهي كاتدرائية القديس فنسون دو بول والقديسة أوليفيا بتونس، كنيسة القديسة جان دارك بتونس، كنيسة القديس أوغسطينوس والقديس فيدال بحلق الوادي، كنيسة المرسى، كنيسة قرمبالية وكنيسة القديس فيليكس بسوسة، كما خسرت الكنيسة كل إكليرياتها المخصصة لتكوين الكهنة إذ كان لرئاسة أسقفية قرطاج أربعة إكليريكيات اثنان للآباء البيض الأولى بقرطاج وهي التي تم تحويلها إلى المتحف الوطني بقرطاج والثانية بتيبار والتي تم تحويلها إلى المدرسة القطاعية الفلاحية لتربية الماشية والبقية لتكوين الكهنة الأسقفيين وهما الإكليريكية الكبرى بميتيالفيل والثانية هي الإكليريكية الصغرى بسيدي الظريف والتي لازالت مبانيها ملكا للكنيسة إلى اليوم إلا أن مؤسستها قد تم حلها نظرا لارتباط الإكليريكيات الصغرى بالإكليريكيات الكبرى حسب القانون الكنسي للكنيسة الكاثوليكية، كما تم منع الكنيسة من حق بيع وشراء الأراضي والعقارات إلا بإذن من الدولة، أما بناء الكنائس فمسموح به إذا ما رخصت الدولة في ذلك وبشرط أن يكتسي المبنى في شكله الخارجي مظهر كنيسة، كما اعطت هذه الاتفاقية صلاحية للدولة في التدخل لاختار الأسقف الذي يرأس الكنيسة بتونس بالقبول أو الرفض، كما تم حل رئاسة أسقفية قرطاج وتعويضها بالحاكمية الإقليمية لتونس (أي شبه أسقفية) يرأسها الحاكم الإقليمي بتونس أو كما يعرف أيضا باللاتيني "بريلانوليوس" وهو الذي يمثل الكنيسة قانونيا أمام الدولة. رغم أن هذه الإتفاقية قد قلصت من صلاحيات الكنيسة في تونس إلا أنها منحتها صفة قانونيا واعتبرتها مؤسسة من مؤسسات الدولة التونسية.