كانت الغالبيَّة العُظمى من الناس في الدولة الزنكيَّة مُسلمين سُنيين، وكانت هُناك أقليَّة شيعيَّة اثنا عشريَّة في كُلٍ من الموصل وحلب تعود بِجُذورها إلى زمن الحمدانيين، وإسماعيليَّة تعود بِجُذورها إلى العصر الفاطمي. أمَّا الزنكيين أنفسهم فكانوا سُنيين مُلتزمين بِمذهب أبي حنيفة، على أنهم لم يُظهروا تعصُبًا له، فشاعت المذاهب الإسلاميَّة السُنيَّة الباقية: الشافعي والمالكي والحنبلي، في مُختلف أرجاء الدولة. فقد أنشأ نور الدين محمود الكثير من المدارس والرُّبط والمكاتب ودور الحديث، وأنفق المبالغ الطائلة في هذا السبيل، وأوقف عليها الأوقاف السخيَّة لِضمان استمرار أعمالها. وشهدت المُدن والحواضر، وبِخاصَّةً حلب ودمشق، جُهدًا مُستمرًا في بناء المدارس أو توسيع وإصلاح ما كان مبنيًّا منها. ففي حلب كانت المدرسة الحلَّاويَّة، والنفريَّة النوريَّة الشافعيَّة. وجدَّد نور الدين مسجد الغضائري وجعله مدرسةً على المذهب الشافعي، وأوقف في جامع حلب الكبير زاويتين لِتدريس مذهبيّ مالك وأحمد، وزاوية ثالثة لِتدريس الحديث. وأقام في دمشق عددًا من المدارس، أشهرها النوريَّة، خصَّضها لِتدريس المذهب الشافعي، ومدرسة جامع القلعة، والمدرسة العماديَّة التي اشتهرت باسم مُدرِّسها العماد الأصفهاني، والمدرسة الصلاحيَّة بِالقُرب من البيمارستان النوري، وقد نُسبت خطأ إلى صلاح الدين الأيُّوبي، كما بنى دارًا لِلحديث في دمشق هي الأولى من نوعها، وأوقف عليها أوقافًا كثيرة. واقتدى بِنُور الدين قادة جيشه، فأنشأ أسد الدين شيركوه مدرسةً باسمه خُصِّصت لِتدريس المذهب الشافعي، وأقام مجد الدين ابن الداية دارًا لِلحديث ومدرستين، حملتا اسم «المجديَّة» تيمنًا به، وأنشأ جمال الدين ريحان والي القلعة وخادم نور الدين المدرسة الريحانيَّة المُجاورة لِلمدرسة النوريَّة، وأنشأ الأمير جمال الدين بوزان مدرستين، وأنشأت زوجة نور الدين، عصمة خاتون، مدرسة لِأصحاب أبي حنيفة، عُرفت بِالمدرسة الخاتونيَّة. وشهدت باقي القُرى والمُدن، مثل حِمص وحماة وبعلبك ومنبج والرحبة والرُّها ونصيبين، بناء المدارس لِلمذاهب المُختلفة. وكان الأذان بِحلب يُزاد فيه «حيَّ على خير العمل، مُحمَّد وعليّ خيرُ البشر»، مُنذُ أن سيطر الفاطميُّون على المدينة، فلمَّا فتح نور الدين المدرسة الحلَّاويَّة استدعى أبا الحسن عليّ بن الحسن بن محمّد البلخي الحنفي إليها، فجاء ومعه جماعة من الفُقهاء، وألقى بها الدُرُوس، فلمَّا سمع الأذان أمر الفُقهاء بإعادته إلى ما كان عليه قبل أن تدخله المُؤثرات الشيعيَّة، واستمرَّ الأمر على ذلك. وأمّا مصر، فأبطل فيها صلاح الدين الأذان بِـ« حيَّ على خير العمل» وصار يُؤذَّن في سائر بلاد مصر والشَّام بأذان أهل مكَّة، وفيه تربيع التكبير وترجيع الشهادتين. ولم يُعرف عن الزنكيين، وبِالأخص نور الدين محمود، تعصُبًا تجاه النصارى الوطنيين، على الرُغم من الحُروب الدائمة بين الدولة والصليبيين، فقد عامل الزنكيُّون المسيحيين العرب والسُريان والأرمن المُقيمين مع المُسلمين مُعاملةً سمحةً، وكانت حربهم مع الصليبيين على أنهم أجانب ومُغتصبين، لا على أنهم نصارى. ومن هُنا لم يُمس النصارى الوطنيين في العهد الزنكي بِسُوءٍ، وكان لهم عند أُمراء حلب والموصل حق الرعاية الكاملة، ولم تتعرض كنائسهم وأديرتهم وكهنتهم وبطاركتهم لِأذىً. يُستثنى من ذلك حادثتنين: الأولى وقعت بُعيد استرجاع عماد الدين الزنكي لِلرُّها، إذ حاول الأرمن في المدينة الفتك بِالمُسلمين والتخلُّص من الحامية الصغيرة التي تركها عماد الدين، وإعادة الحُكم إلى السيطرة الصليبيَّة، واستدعوا جوسلين الثاني من أجل هذه الغاية. إلَّا أنَّ عماد الدين سُرعان ما أحبط هذه المُؤامرة، وألقى القبض على المُتآمرين وأعدمهم، ونفى عددًا من السُكَّان الأرمن كي لا يُتاح لهم مرَّة أُخرى أن يسعوا إلى طعن المُسلمين من الخلف. أمَّا الحادثة الثانية فكانت بعد وفاة عماد الدين، عندما عاود الأرمن في الرُّها الاستعانة بِالصليبيين ودبَّروا مُؤامرة لِلتخلُّص من الحُكم الإسلامي وطرد المُسلمين من المدينة، ففشلت الخطَّة بعد أن تنبَّه لها نور الدين محمود، فقاتل الصليبيين الذين حاصروا المدينة وأرغمهم على التراجع، ثُمَّ أنزل العقاب بمن بقي من المسيحيين الوطنيين الذين عاونوا الصليبيين وغدروا بِالمُسلمين، فقتل رجالهم وساق النساء والأطفال أسرى.