لمَّا تمَّت الحملة العسكريَّة لِإسكندر باشا، واكتملت التجهيزات العُثمانيَّة، واطمئنَّ السُلطان بايزيد أنَّ أحدًا من جهة الشرق، سواء المماليك أو الآق قويونلويين، لا ينوي مُهاجمة دولته، خرج من دار مُلكه إسلامبول في 20 شوَّال 904هـ المُوافق فيه 31 أيَّار (مايو) 1499م، وسار إلى أدرنة ثُمَّ إلى سيروز ثُمَّ إلى يكيجة وآردار، فأرسل بكلربك الروملِّي مُصطفى باشا في مُقدِّمته وأمرهُ بِحصار ليپانت إلى أن يصل السُلطان إليه، وأرسل قسمًا من الأُسطُول الذي أعدَّه إلى قبرص، أهم مُستعمرة لِلبنادقة في المشرق الإسلامي، فاضطرَّت البُندُقيَّة إلى أن تُرسل قُوَّاتٌ كبيرة إلى الجزيرة المذكورة، خوفًا من عمليَّة إنزالٍ عُثمانيَّة. أمَّا بقيَّة السُفُن الإسلاميَّة فتوجَّهت إلى ليپانت لِتكتشف أنَّ البنادقة قد سدُّوا حلق ميناء المدينة المذكورة في نحو مائةٍ وخمسين سفينة بِقيادة أمير البحار أنطونيو گريماني (أصبح دوق البُندُقيَّة فيما بعد)، على مسافةٍ من مياه جزيرة «ساپينتزة» الصغيرة في الناحية الغربيَّة من مياه رأس ميسينية، الواقع في رأس المورة الجنوبي الغربي. وجعل البنادقة أيضًا مدافع كبيرة في طرفيّ الحلق المذكور ومُقاتلين كُثُر لِلحيولة دون دُخُول العُثمانيين إلى ميناء ليپانت، فأوقعت السُفُن الإسلاميَّة بِسُفُن البنادقة، وباشر رُكَّابُها القتال بِالمدافع والبنادق والنشَّاب. ودخل البنادقة إلى عُمق الجناح الأيمن لِلأُسطُول العُثماني الذي كان يتولَّى إمارته بُراق ريِّس، وحاولوا إنزال رايته، فالتصقت السُفُن ببعضها، وكان بعضُها قد رُبط بِالبعض الآخر وأخذ البحَّارة يقفزون إلى سُفن بعضهم ويتقاتلون يدًا بِيد، فأمر بُراق ريِّس بِإطلاق المدافع الكبار والسُّفن على هذه الحالة، فأُصيبت البارجة الرئيسيَّة لِلبنادقة وغرقت، ولمَّا رأى أنَّ لا مناص لِسُفُن الإسلام بِالخُرُوج من تلك المعمعة، فضَّل الاستشهاد، فألقى النفط والبارود على السُفُن المُجاورة ثُمَّ أشعل مخزن البارود في سفينته، فانفجرت مُدمِّرةً معها قسمٌ كبير من الأُسطُول البُندُقي، ومات في هذا الانفجار نحو 500 جُندي مُسلم والكثير من الجدَّافة، وقُبطانان عُثمانيَّان هُما كمال بك أمير يني شهر وقره‌حسن ريِّس، إضافةً إلى قُبطانين بُندُقيين، ونجا نحو سبعُمائة رجل أنقذتهم الزوارق العُثمانيَّة. ولمَّا رأى كمال ريِّس فداحة الانفجار، أخذ يقصف السُفُن البُندُقيَّة الأُخرى من بعيد، إذ كان قد وضع في سُفُنه - لِأوَّل مرَّة في تاريخ البحريَّة - مدافع ذات مدى بعيد، بحيثُ تتمكَّن من إصابة سُفُن العدوّ من مسافةٍ مُعيَّنةٍ، بينما تسقط طلقات العدوّ خارج مرمى السُفُن العُثمانيَّة ولا تُصيبُها. أمام هذه الخسارة الجسيمة، أدار الأُسطُول البُندُقي دفَّته نحو الشمال وهو في حالةٍ يُرثى لها، وانسحب من الميدان، فكان النصرُ لِلعُثمانيين، الذين سارعوا بِدُخُول ميناء ليپانت، فأرسل حاكمها مفتاح القلعة إلى مُصطفى باشا المُحاصر من البر مُستأمنًا إليه، فإنَّهُ كان قد وعدهُ بِتسليم المفتاح إذا دخلت السُفُن العُثمانيَّة الميناء، ظنًّا منهُ أنَّ ذلك محال، فلمَّا حصل النصر نفَّذ ما وعد به، وتسلَّم مُصطفى باشا القلعة بِالأمان يوم 24 مُحرَّم 905هـ المُوافق فيه 30 آب (أغسطس) 1499م، وأرسل مُبشِّرًا إلى عتبة السُلطان يُخبره بِذلك، فأظهر الفرح والسُرُور وعيَّن لِلمدينة أميرًا وقاضيًا، وأمر بِبناء قلعتين على طرفيّ ثغر الخليج لئلَّا تقدر السُفُن المسيحيَّة على الدُخُول إليه بعد ذلك. وأمر أيضًا بِأن تشتي السُفُن العُثمانيَّة في ميناء «غازي أمور بك» بِقُرب كرمه حصار بِالمورة، على أن تُعاود الحملة في الربيع لِإتمام طرد البنادقة. جديرُ بِالذِكر أيضًا أنَّ العُثمانيُّون بدَّلوا اسم جزيرة «ساپينتزة» بعد تمام هذا الفتح، فجعلوها «جزيرة بُراق ريِّس»، كما أصبحت ليپانت تُعرف بِـ«إينه بختي».