وبعد أن اجتاز خُمارويه بِنجاح مُشكلة رفض أخيه العبَّاس الاعتراف بِحُكمه، وحقَّق وحدة القيادة السياسيَّة والعسكريَّة، ووحَّد الأُسرة الطولونيَّة، انصرف إلى الاعتناء بِتنمية القُوَّة العسكريَّة، فأسس جيشًا قويًّا اعتنى بِتدريبه وتسليحه وزيادة عدد أفراده، ثُمَّ سارع إلى تنظيم أُمور الشَّام بِسبب أهميَّتها في دعم سُلطته في مصر، لا سيَّما وأنَّ المُوفَّق كان قد انتهى من أمر الزُنج بالبصرة واستقام لهُ الأمر، فتفرَّغ لِمصر لِيأخذ بِثأره القديم، مُستغلًّا وفاة أحمد بن طولون وحداثة خُمارويه في السن. أسند خُمارويه قيادة أهم المُدن والمناطق الشاميَّة لِأفضل قادته، وكتب بعدها إلى الخِلافة العبَّاسيَّة يطلب إقراره على ما بيده من المناطق مُقابل الدُعاء لِلخليفة والطَّاعة التَّامة له، غير أنَّ المُوفَّق رفض طلبه، ما أغضب خُمارويه، فأظهر استياءه، الأمر الذي عُدَّ نذيرًا باستمرار النزاع واستئناف العمليَّات العسكريَّة. جمع المُوفَّق بين القُوَّة والدهاء في الحرب مع خُمارويه، فاستغلَّ إسحٰق بن كنداج، أميرُ الموصل والجزيرة الفُراتيَّة، الذي كان يرى أنَّهُ أحق بِولاية الشَّام ومصر، وامتدَّت يداه إلى الداخل الطولوني لِبذر بُذور الشقاق والفرقة واستغلال ما ينتج من عداوات، فاستقطب أحمد بن مُحمَّد الواسطي الذي كان قد أقسم على أن يهدم كُلَّ ما بناه خُمارويه وأحمد بن طولون، بعد أن قام خُمارويه بتقديم محبوب بن جابر على الواسطي، الذي كان الأخير يعتبرهُ من أتباعه ودونه في المنزلة، بالإضافة لِتخوُّفه من غدر خُمارويه نظرًا لأنَّه هو (أي الواسطي) كان من أشار عليه بقتل أخيه العبَّاس، فخشي أن ينتقم منه. ولمَّا أرسلهُ خُمارويه على رأس جيشٍ إلى العراق لِحرب العبَّاسيين، اتصل به المُوفَّق وألَّبهُ على سيِّده. تصدَّى خُمارويه لِلمُحاولات العبَّاسيَّة القاضية بِإقصائه عن الشَّام وانتزاع مصر منه، فأسرع في تجهيز الحملات العسكريَّة البريَّة والبحريَّة لِإبعاد الحلف المُناهض للطُولونيين عن هذه البلاد، وانتزاع الاعتراف بِشرعيَّته من العبَّاسيين بِقُوَّة السلاح. تقدَّمت الجُيوش الطولونيَّة إلى الشَّام، وما أن وصلت إلى فلسطين حتَّى ظهرت المُؤامرة، فقد انضمَّ الواسطي إلى الجُيوش العبَّاسيَّة مُعلنًا صراحةً خيانة سيِّده. وأسرعت القُوَّات العبَّاسيَّة بِدحر الجيش الطولوني، وسيطرت على الرقَّة وقنسرين والعواصم، كما هزمت جيشًا ضخمًا يقوده خُمارويه نفسه عند الطواحين على نهر أبي فطرس في جنوبي فلسطين قُرب الرَّملة. وانهمك أفراد الجيش العبَّاسي في جمع الغنائم والأسلاب، ففاجأهم الطولونيون وهُم على هذه الحال، فقلبوا الهزيمة إلى نصر. وخشي العبَّاسيّون من عودة خُمارويه، فتوجَّهت قُوَّاتهم الباقية إلى دمشق للاحتماء بها، فأغلق سُكَّانها الأبواب في وُجوههم ومنعوهم من دُخولها، وكان لِموقفهم هذا، المُساند للطولونيين، تأثيرٌ واضح في مجرى الأحداث السياسيَّة من واقع إعادة توحيد البلدين تحت الحُكم الطولوني، وانسجامًا مع شُعورهم ضدَّ العبَّاسيين. وتمكَّن الطولونيّون بِقيادة سعد الأيسر من استعادة زمام المُبادرة واستعاددة مُعظم مُدن الشَّام، فدخل سعد الأيسر دمشق وخطب فيها لخُمارويه، وأرسل إليه يُبشِّره بالفتح، فسُرَّ هذا وخجُل للهزيمة التي أُلحقت به، فأكثر من الصدقات، وأطلق سراح الأسرى. ولَّى خُمارويه قائد جيشه سعد الأيسر على الشَّام، فعمل هذا على نشر الأمن وتحقيق الاستقرار، وتصدَّى لِهجمات الأعراب على قوافل الحُجَّاج، فأمَّن بِذلك طريق الحج. وظلَّ خُمارويه مُدَّة سنة تقريبًا لا يتدخَّل مُباشرةً في شُؤون الشَّام، ما أعطى الفُرصة لِسعد الأيسر كي يعمل لِمصلحته مُتجاوزًا المصلحة العامَّة العُليا، ويبدو أنَّهُ تطلَّع نحو الاستقلال عن مصر، فاستخفَّ بِسيِّده واتهمهُ بالتخاذل والجُبن والانهماك باللهو، وكانت أخباره تصل إلى مصر، فتخوَّف منهُ خُمارويه وقرَّر القضاء عليه، فدبَّر لهُ مكيدة في الرَّملة وقتله. غضب سُكَّانُ دمشق لِمقتل أميرهم، فثاروا ضدَّ خُمارويه ولعنوه في الجامع الأُموي، فما كان منه إلَّا أن توجَّه إلى المدينة ودخلها، ولم ينتقم من أهلها، بل استقطبهم عن طريق الإغراء بالمال والعطايا، فاستردَّ سُلتطهُ ليس على دمشق فحسب، بل على البلاد كافَّة.