CALM/arwiki huggingface dataset:
يقوم مجال تقانة الدنا النانوية بإنتاج هياكلٍ مركبةٍ من الأحماض النووية من خلال الاستفادة من خصوصية الزوج القاعدي لجزيئات الحمض النووي. وتتكون بنية جزيء الحمض النووي من سلسلةٍ من النيكلوتيدات، المتميزة بالقواعد النووية التي تحتوي عليها. حيث تكون الأربع قواعدٍ النيتروجينيةٍ المستخدمة في حمض الدنا النووي الأدينين A، الغوانين G، الثيمين C والسيتوزين T. كما أن للحمض النووي خاصية أن كل جزيئين إثنين يرتبطان بكلٍ منهما الآخر لتشكيل حلزونٍ مزدوجٍ ، وذلك فقط في حالة كون هاتين السلسلتين متكاملتين ، مما يعني أنهما تشكلان سلاسلاً متطابقةً من الأزواج القاعدية، مع ارتباط قواعد الأدينين فقط إلى قواعد السيتوزين وقواعد الثيمين إلى قواعد الغوانين. وبسبب أن تكون أزواج قاعدية متطابقة تماماً مواتيةٌ بقوةٍ ، فمن المتوقع أن ترتبط ضفائر الحمض النووي ببعضها الآخر في التعديل الخاص بتضخيم عدد الأزواج القاعدية الصحيحة. كما تُستخدم تلك الخاصية، الخاصة بكون تلك السلسلة تحدد شكل الرابطة والبنية الكاملة، في تطبيقات تقانة الدنا النانوية بمثل تلك التسلسلات المصممة نسبياً ، مما يسفر عن القابلية لتشكيل بنيةٍ مرغوبةٍ.
تستخدم كل هياكل تقانة الدنا النانوية تقريباً هياكل الدنا المتفرعة المحتوية على تقاطعاتٍ، وذلك تعارضاً مع غالبية الدنا الحيوي المتواجد في صيغة حلزون الدنا المزدوج الخطية. وهنا نلاحظ أن واحداً من أبسط الهياكل المتفرعة، والتي صُنِعَت أولاً، هو تقاطع رباعي الأذرع والذي يمكن صناعته باستخدام ضفائر الحمض النووي (دنا) الفردية والتي تتسم بأنها متكاملة مع بعضها الآخر في النموذج الصحيح. هذا وعلى خلاف ما هو قائمٌ في حالة تقاطعات هوليداي ، فإن التسلسل القاعدي في كل ذراعٍ، في حالة التقاطع رباعي الأذرع الصناعي غير المتحرك والموضح بالأسفل، يكون مختلفاً عن الآخر، مما يعني أن نقطة هذا التقاطع ثابتةٌ في موقعٍ محددٍ.
هذا ويمكن استخدام التقاطعات في الجزيئات الأكثر تعقيداً. حيث أن واحداً من أكثر تلك الجزيئات واسعة الاستخدام يتمثل في "التقاطع المزدوج" أو حافز دي إكس (DX). فيمكن تخيل جزيء دي إكس (DX) على أنه مكون من حلزونين إثنين من الدنا، المتوازيين مع بعضهما الآخر، مع وجود نقطتين للتقاطع حيث تعبر الضفائر من حلزونٍ واحدٍ إصوب الآخر. ويلاحظ أن كل نقطة تقاطعٍ هي نفسها عبارة عن تقاطعٍ رباعي الأذرع طوبوغرافياً. ويتسم هذا الجزيء بميزة أن نقاط التقاطع يتم إعاقتها الآن صوب توجهٍ فرديٍ، حيث يتم معارضتها لتصبح مرنةً كما هو الحال في حالة التقاطع رباعي الأذرع. مما يجعل حافز دي إكس (جزيء دي إكس) ملائماً كحاجزٍ بنائيٍ تركيبيٍ لتركيبات الحمض النووي (دنا) الأضخم حجماً.
يجب أن يتم تصميم هياكل الدنا النانوية حتى يتسنى لها أن تتجمع في الهياكل المرغوبة. ويتضمن هذا كلاً من تصميم هياكل الحمض النووي الثانوية ، الخاص بتقرير وتحديد أي الأجزاء التي منها يجب أن يتم ربط جزيئات الحمض النووي ببعضها البعض، وكذلك هياكل الحمض النووي الأولية ، والخاص بتحديد هوية كل قاعدةٍ مفردةٍ.
التصميم التركيبي.
لعل أول خطوةٍ في تصميم هياكل الحمض النووي النانوية تتمثل في تحديد كيفية تمثيل هيكلٍ متاحٍ بواسطة ترتيبٍ محددٍ لضفائر الحمض النووي. ومن ثم فخطوة التصميم تلك تحدد التركيب الثانوي لمركب الحمض النووي الذي سيقوم لاحقاً بالتجمع ضمن الشكل المرغوب. وهنا نلاحظ وجود العديد من المداخل التي تم توضيحها والمتمثلة فيما يلي:
التصميم المتسلسل.
بعد استخدام وتطبيق أيٍ من الأساليب آنفة الذكر لتصميم الهياكل الثانوية للجزيء المستهدف، يجب تقسيم تسلسلٍ فعليٍ من النوكليوتيدات والتي ستتشكل في الهيكل المرغوب. وهنا يمثل تصميم الحمض النووي عملية إنتاج مجموعةٍ من سلاسل الأحماض النووية القاعدية والتي سترتبط ضمن تعديلٍ مرغوبٍ (انظر، على سبيل المثال، تركيب الحمض النووي ). مما يجعل من تصميم الحمض النووي مركزياً في مجال تاقنة الدنا النانوية.
لتصميم الحمض النووي أهدافاً مثيلةً بتصميم البروتين : ففي كليهما، يتم تصميم تسلسل المونومرات لصالح الهيكل المترابط أو المطوي الملفوف ولغير صالح الهياكل البديلة. وهنا نلاحظ أن لتصميم الحمض النووي ميزة كونه يمثل مشكلةً أبسط حسابياً، وذلك بسبب أن بساطة قواعد زوج واتسون كريك القاعدي تؤدي إلى سبلٍ حدسيةٍ بسيطةٍ والتي تسفر عن تصاميمٍ قويةٍ تجريبياً. على الرغم من ذلك، فإن هياكل الحمض النووي أقل تنوعاً من البروتينات في وظيفيتها.
أنماط الهياكل.
تم تصنيع وتمييز العديد من الهياكل المصنعة من الدنا.
الشبكات المتكررة (Periodic lattices).
لعل إحدى الطرق الأولى لإنتاج هياكل الدنا النانوية تمثلت في تصنيعها من الوحدات المنفصلة الأصغر حجماً. ولتلك الطريقة ميزة كونها قادرةً على فصل التفاعلات الأقوى إدراكياً والتي تشكل كل بنيةٍ من تجمع الهيكل الكامل الأكبر حجماً. حيث أنها غالباً ما تُستخدم لإنتاج الشبكات الدورية، إلا أنه يمكن استخدامها كذلك لتحقيق التجمع الذاتي الحسابي ، مما يجعلها رصيفاً واحداً لحوسبة الدنا.
هذا بالإضافة إلى أنه يمكن تزويد وتجهيز جزيئات دي إكس أو ثنائية التقاطع بالنهايات اللزجة بهدف دمجها ضمن الشبكة الدورية ثنائية الأبعاد. وهنا يكون لكل جزيء دي إكس أربعة أطرافٍ، واحد في كل نهايةٍ من النطاقين الحلزونيين المزدوجين الإثنين، وأن هذه يمكن تزويدها بنهاياتٍ لزجةٍ والتي تبرمجها ليتم دمجها ضمن نموذجٍ معينٍ. وهنا نلاحظ وجود أكثر من نمطٍ واحدٍ للجزيئات ثنائية التقاطع (دي إكس) يمكن استخدامها والتي يمكن إنتاجها ليتم ترتيبها في صفوفٍ أو أي نموذج فسيفساءٍ آخرٍ. ومن ثم فهي تشكل صفائحاً مسطحةً ممتدةً والتي هي عبارةٌ عن بلوراتٍ دنويةٍ ثنائية الأبعاد بصورةٍ أساسيةٍ.
كما تم تشكيل المصفوفات ثنائية الأبعاد من المحفزات الأخرى كذلك، والتي منها مصفوفة تقاطع هوليداي معينة الأضلاع ، وكذلك باقي المصفوفات ثنائية التقاطع (دي إكس) الأخرى العديدة والمتنوعة في أشكال المثلثات ومسدسات الأضلاع.
ونلاحظ أن إنتاج الشبكات ثلاثية الأبعاد المصنعة من (الدنا) كان أولى الأهداف الخاصة بتقانة الدنا الحيوية، إلا أنه أثبت أنه واحداً من أصعب الأهداف ليتم تحقيقه. إلا أنه أفادت التقارير عام 2009 أنه تم النجاح في محاولات إنتاج شبكات الدنا ثلاثية الأبعاد، من خلال استخدام محفز قائم على فكرة الانشدادية ، المتمثلة في التوازن القائم بين قوى التوتر والضغط.
الأنابيب النانوية.
بالإضافة إلى الصفائح المسطحة، تم إنتاج الشبكات ثنائية التقاطع (دي إكس) لتشكيل أنابيبٍ نانويةٍ جوفاء يتراوح قطرها من 4 إلى 20 نانومتراً. وهنا نلاحظ أن أنابيب الدنا النانوية تلك شبيهةٌ إلى حدٍ ما في أحجامها بالأنابيب النانوية الكربونية، إلا أن الأنابيب النانوية الكربونية عبارةٌ عن موصلاتٍ أقوى وأفضل للحرارة، في حين أنابيب الدنا النانوية هي أكثر قابليةٍ للتعديل بسهولةٍ وارتباطاً بالهياكل الأخرى.
متعددة الأوجه.
تم إنتاج عدداً من جزيئات الدنا ثلاثية الأبعاد والتي تتسم بالقدرة على الارتباط بمتعدد الأسطح والتي منها على سبيل المثال ثماني السطوح أو المكعب. وبصيغةٍ أخرى، فإن ثنائيات الدنا تتبع حواف متعددات الأسطح ذات تقاطع الدنا في كل رأسٍ له.
فقد تضمنت التوضيحات الأولى لمتعدد أسطح الدنا كلاً من روابط الدنا المتعددة وخطوات تصنيع المرحلة الصلبة بهدف إنتاج متعدد السطوح. إلا أن الأعمال الحديثة أسفرت عن إنتاج متعدداً للأسطح والذي يتسم تصنيعه بالسهولة. وهذا يتضمن ثماني سطوح الدنا المصنوع من ضفيرةٍ فرديةٍ طويلةٍ مصممة لتنطوي داخل التعديل الصحيح، بالإضافة إلى رباعي السطوح الذي يمكن إنتاجه من أربعة ضفائرٍ للدنا في خطوةٍ واحدةٍ.
أشكال تعسفية.
بالإضافة إلى ما سبق ذكره، تم تصنيع كذلك هياكل دنا ذات أوجهٍ صلدةٍ، بواسطة استخدام طريقة أوريغامي الدنا . حيث يمكن برمجة مثل تلك الهياكل لتفتح وتُطْلِقُ حمولتها استجابةً لمثيرٍ أو تحفيزٍ معينٍ، مما يجعلها مفيدةً كأقفاصٍ جزيئيةٍ مبَرْمَجةٍ.
هياكل الحمض النووي النانوية الوظيفية.
تركز تقانة الدنا النانوية على إنتاج جزيئاتٍ ذات وظيفيةٍ مصممةٍ وهياكلٍ كذلك. حيث تم استعراض وتوضيح العديد من تصنيفات الأنظمة الوظيفية.
عمارة نانوية.
كان أول من اقترح فكرة استخدام مصفوفات الدنا لقولبة تجمع الجزيئات الوظيفية الأخرى هو نادرين سيمان في عام 1987، إلا أنه تم تحقيق التقدم مؤخراً فقط في تقليل أنواع تلك المشاريع للمارسة. ففي عام 2006، قام الباحثون بربط جسيمات الذهب النانوية تساهمياً بالبلاطة ثنائة التقاطع للدنا وأظهروا أن التجمع الذاتي لهياكل الدنا قامت كذلك بتجميع الجزيئات النانوية التي تم إضافتها لهم. كما ظهر مشروع استضافة غير تساهمية في عام 2007، بواسطة استخدام متعددات أميد بيتر ديرفان على مصفوفة ثنائية التقاطع لترتيب بروتينات الاستريبتافيدين على أنواعٍ خاصةٍ من البلاطات على مصفوفة الدنا.
هذا في عام 2006، قام كلٌ من دوير ولابين باستعراض الأحرف "D" "N" و"A" المنتجة على مصفوفة 4x4 ثنائية التقاطع (دي إكس) بواسطة استخدام بروتين الاستريبتافيدين. بينما تم استعراض في عام 2007 تجمعٍ هرميٍ قائمٍ على هذا المُدْخَل والذي يوضح المقاييس للمصفوفات الأكبر حجماً (8x8 و8.96 MD).
كما ظهر اهتمام في استخدام تقانة الدنا النانوية لتجميع الأجهزة الإلكترونيات الجزيئية. ووصلاً لتلك الغاية، تم استخدام حمض الدنا النووي لتجميع الأنابيب النانوية الكربونينة أحادية الجدار ضمن مقاحل التأثير الحقلي.
التجمع الذاتي الحسابي.
انظر أيضاً: حوسبة الدنا
تم تطبيق تقانة الدنا الجزيئية في المجال المرتبط بها الخاص بحوسبة الدنا. حيث أنه قد يكون للبلاطات الدنوية ثنائية التقاطع (دي إكس) تسلسلات نهاياتها اللزجة المختارة ومن ثم فهي تسلك على أنها بلاطات وانج ، مما يسمح لهم بأداء الحسابات. كما تم استعراض المصفوفة ثنائية التقاطع (دي إكس) والتي يرمز لتجمعها بعملية الفصل الحصري أو (XOR)؛ مما يسمح لمصفوفة الدنا بتنفيذ الخلايا ذاتية السلوك والتي تولِّد كسيريات يُطلق عليها اسم مثلث سيربنسكي. وهذا يوضح أن الحساب يمكن دمجه ضمن تجمعٍ من مصفوفات الدنا، مما يزيد مجال فيما وراء المصفوفات المتكررة البسيطة.
ولنلاحظ أن حوسبة الدنا تتداخل مع، ولكن ليست منفصلة عن، تقانة الدنا النانوية. حيث تستخدم الثانية خصوصية زوج واتسون- كريك القاعدي لإنتاج هياكلٍ جديدةٍ من الدنا. ويمكن استخدام هذه الهياكل المنتجة في مجال حوسبة الدنا، إلاأنها ليست ملزمة ليتم استخدامها لهذا الغرض. هذا بالإضافة إلى أن حوسبة الدنا يمكن إجراؤها بدون استخدام أنماط الجزيئات المنتجة بواسطة استخدام تقانة الدنا النانوية.
أجهزة الدنا النانوميكانيكية.
تم إنتاج مركبات الدنا التي تغير واجهتها بناءً على بعض المثيرات. حيث يتمثل الغرض من تصنيعها في أن يكون لها تطبيقاتٍ في مجال روبوات النانو. حيث أُطلق على واحداً من أوائل تلك الأجهزة: "ملاقيط جزيئية"، والذي يقوم بالتغير من الوضع المفتوح إلى الوضع المغلق بناءً على وجود ضفائر التحكم.
كما تم تصنيع آلات الدنا لتظهر حركةً لفافةً ملتويةً. كما أن أحد تلك الأجهزة يستفيد كذلك من الانتقال بين أشكال B-DNA ودنا ز بهدف الاستجابة للتغير في شروط الصد. في حين تعتمد إحداها الأخرى على وجود ضفائر ضبطٍ للتحول من تشكيل تقاطع محاذاةٍ (PX) إلى تشكيل تقاطعٍ مزدوجٍ (JX2).
المواد والطرق المستخدمة.
تتوفر بالفعل سلاسل الدنا التقليدية عبر عملية تصنيع قليل النوكليوتيد . حيث غالباً ما تدار تلك العملية بواسطة استخدام آلة تصنيع الدنا، كما أن الدنا التقليدي أصبح متاحاً للتبادل التجاري لدى العديد من البائعين.
كما أن سلاسل ضفائر الدنا الفردية والتي تنتج الهياكل المستهدفة يتم تصميمها حوسبياً. هذا وتُستَخْدَم النموجة الجزيئية (Molecular modeling) والنمذجة الحرارية الديناميكية في بعض الأحيان كذلك لتحسين سلاسل الحمض النووي إلأى أحسن الأوضاع المرغوبة.
وتتسم جزيئات الدنا التي تم إنتاجها بواسطة استخدام تقانة الدنا الجزيئية غلباً بسمة الفصل الكهربائي للهلام، والتي توفر معلوماتٍ حول حجم وشكل جزيئات الدنا، مما يشير إلى ما إذا كان قد تم إنتاجها بصورةٍ ملائمةٍ كما هو مرغوبٍ أم لا. وكذلك يمكن استخدام كلٍ من الوسم الفلوري (Fluorescent labeling) ونقل طاقة رنين فوستر (Förster resonance energy transfer) بهدف تشخيص بنية الجزيئات.
هذا ويمكن تصوير هياكل الدنا مباشرةً بواسطة استخدام مجهر الطاقة الذرية، والذي يقوم بتصوير الهياكل المتواجدة على سطحٍ مسطحٍ مستوٍ. ونلاحظ أن تلك الطريقة تناسب الهياكل ثنائية الأبعاد بصورةٍ جيدةٍ، إلا أنها أقل فائدةٍ في حالة الهياكل ثلاثية الأبعاد المتفردة. حيث يصبح المجهر الإلكتروني النافذ (Transmission electron microscopy) والمجهر الإلكتروني شديد التبريد (cryo-electron microscopy) سبلاً ضروريةً هنا. ويتم تحليل المشابك ثلاثية الأبعاد الممتدة بواسطة استخدام دراسة البلورات بالأشعة السينية. في حين يمكن دراسة حركية تجمع الدنا الذاتي بواسطة تقنيات وأساليب الوقت الحقيقي والتي منها مثلاً التداخل ثنائي الاستقطاب وQCMD.
كان أول من ابتكر فكرة تقانة الدنا الحيوية هو نادرين سيمان في أوائل الثمانينات من القرن العشرين. حيث اهتم سيمان مبدئياً باستخدام ملقاط الدنا ثلاثي الأبعاد لتوجيه الجزيئات المستهدفة، والتي ستتحدد دراستها البلورية من خلال التخلص من العملية الصعبة الخاصة بالحصول على بلوراتٍ نقيةٍ. وأفادت التقارير أن تلك الفكرة كانت قد واتته في خريف 1980، بعد إدراكه التشابه فيما بين لوحة القطع الخشبي (ديبث) أو العمق لإيشر ومصفوفة تقاطعات الدنا سداسية الأذرع. ولتحقيق تلك الغاية، نشر معمل سيمان في عام 1991 عملية تصنيع مكعبٍ مصنوعٍ من الدنا، والذي يعتبر أول كائنٍ نانوي المقياس ثلاثي الأبعاد، والذي على أثره حصل سيمان على جائزة فينمان في مجال القتانة النانوية (Foresight Nanotech Institute Feynman Prize)، والذي كان قد تبعه تصنيع مجسم الدنا الثماني المبتور (truncated octahedron). على الرغم من ذلك، فقد أصبح من الواضح لاحقاً أن هذه الجزيئات، الأشكال متعددة الأضلاع ذات التقاطعات المرنة كنقاطها الهندسية، لم تكن صلبةً بصورةٍ كافيةٍ لتشكيل الملاقيط ثلاثية الأبعاد الممتدة.
في حين طور سيمان حافز التقاطع المزدوج الصلب، بالإضافة إلى أنه، وبالتعاون مع إيريك وينفري (Erik Winfree)، نشر عام 1998 إنتاج الملاقيط ثنائية الأبعاد من البلاطات مزدوجة التقاطع (DX). حيث تتسم تلك الهياكل القائمة على استخدام البلاطات بأنها توفر القدرة على تطبيق وتنفيذ استخدام حوسبة الدنا، والتي أوضحها وينفري وبول روزاموند في عام 2004، والتي بفضلها اقتسما معاً جائزة فينمان للتقانة النانوية في عام 2006.
ومع مرور الزمن، يستمر مجال تقانة الدنا النانوية في التشعب أكثر وأكثر. فأول آلةٍ دنا نانويةٍ - الحافز الذي يغير بنيته استجابةً لمدخلٍ ما - ظهرت عام 1999. كما كان سيمان أول من اقترح مجال العمارة النانوية في عام 1987، والتي بدأت في الظهور عام 2006. هذا وكان روزاموند أول من استعرض أسلوب أوريغامي الدنا في عام 2006 لتسهيل إنتاج جزيئات الدنا المطوية الملتفة لأي شكل. أما في عام 2009، نشر سيمان تصنيع ملقاطٍ ثلاثي الأبعاد، بعد مرور ما يقرب من 30 عاماً من استعداده للقيام بذلك.
قشرة نانوية
جسيم نانوي
التقانة النانوية الحيوية
تتبع قائمة المقالات والكتب التي تستطيع توفير مزيداً من المعلومات للقارئ في مجال تقانة الدنا النانوية:
سيرته الذاتية في وقت مبكر.
ولد في مدينة بولونيا، حيث درس القانون وتخرج في 1530. وبعد ذلك علم الفقه لبضع سنوات؛ وشمل طلابه عددا من الشخصيات البارزة مثل اليساندرو فارنيس، ريجنالد القطب وتشارلز بورروميو.
سيرته الوظيفية ما قبل البابوية.
في سن الست وثلاثين استدعي إلى روما من قبل البابا بولس الثالث (1534-1549)، في اطار سلسلة من تعيينات متتالية كلف خلالها بمنصب أول قاض من رأس المال، مختصر، ونائب المستشار للكامبانيا؛ من قبل البابا بولس الرابع (1555-1559)، وعين بمنصب "داتاريوس" في جناح الكاردينال كارافا؛ ومن قبل البابا بيوس الرابع (1559-1565) تم تعيينه الكاردينال كاهن وأرسل إلى مجلس ترينت.
واحتل أيضا منصب مندوب للملك الإسباني فيليب الثاني (1556-1598)، حيث أرسله البابا للتحقيق مع الكاردينال توليدو. ومن هنا شكل علاقة وثيقة ودائمة مع الملك الأسباني الأمر الذي كان مهما جدا خلال تفويضاته السياسية الخارجية.
عند وفاة البابا بيوس الخامس (1566-1572)، حصل الاجتماع السري اختير الكاردينال بونكومباني، المكنى باسم غريغوريوس الثالث عشر، مع تقديرهم الكبير لإصلاحات البابا غريغوري الأول (590-604)، الملقب بالكبير. وكان الاجتماع السري وجيزًا جدًا، حيث كانت مدته اقل من 24 ساعة، يفترض العديد من المؤرخين أن ذلك كان بسبب تأثير ودعم الملك الأسباني. كانت شخصيته في ذلك الوقت مثالية لتلبية احتياجات الكنيسة. وخلافا لبعض من سبقوه، قاد غريغوريوس الثالث عشر حياة شخصية لا عيب فيها، وأصبحت نموذجًا للبساطة في الحياة. وبالإضافة إلى ذلك، نباهته من الناحية القانونية وإدارة قدرات الذكاء يعني انه كان قادرًا على الاستجابة والتعامل مع المشاكل الرئيسية التي تواجهه بشكل سريع وحاسم، وان لم يكن دائمًا بنجاح.
إصلاح الكنيسة.
بعد وصوله إلى منصب الرئاسة في سان بطرس، لم يركّز غريغوريوس الثالث عشر على الاهتمامات العالمية، بل أصبحت هذه الاهتمامات ثانوية لديه وكرس نفسه لإصلاح الكنيسة الكاثوليكية. نذر نفسه لوضع التوصيات موضع التنفيذ في مجلس ترينت. وقال انه لا توجد استثناءات تسمح لالكاردينالات والمطارنة بخرة القاعدة التي يجب أن تطبق، وعين لجنة لاستكمال فهرس الكتب المقدسة. بالإضافة إلى ذلك أصدر طبعة جديدة ومنقحة لمجموعة كوربوس جوريس كانونيسي كان ذلك أيضا بسبب قبوله رعايه المعنية. في الوقت الذي كان له قدر كبير من تركيز السلطة، قام غريغوريوس الثالث عشر بإلغاء مجالس الكاردينالات، والاستعاضة عنها بالكليات، وتعيين المهام المحددة لهذه الكليات للعمل بها. وقيل انه مشهور بتحقيق الاستقلال؛ مع وجود بضعة المستشارون الذين يقومون بتدخلات ليست دائما مرحبة ولا يسعون لتقديم المشورة. وظلت حينها سلطة البابوية في ازدياد، في حين ان نفوذ وسلطة الكاردينالات انخفضت انخفاضا كبيرًا.
تهيئة رجال الدين والترويج للفنون والعلوم.
جزء أساسي من استراتيجية غريغوريوس الثالث عشر للإصلاح كان تطبيق توصيات ترينت. وكان راعي الليبرالية التي شكلت حديثا المجتمع المسيحي في كل أنحاء أوروبا، التي كان قد أسس لها الكثير من الكليات الجديدة. الكلية الرومانية لليسوعيين، نمت بصورة كبيرة تحت رعايته، وأصبحت أهم مركز للتعلم في أوروبا لفترة من الزمن، جامعة للامم الأوروبية. وتسمى حاليا الجامعة البابوية الغريغورية. أسّس البابا غريغوريوس الثالث عشر كذلك العديد من المدارس لتدريب الكهنة، بدءًا من الكلية الألمانية في روما، ووضع هذه المدارس في عهدة الكهنة.
في 1575 أسس مركز لتجميع المصلين، ومجتمع دون اعلان الولاء لجماعة من الكهنة، مكرسة للصلاة والوعظ (أسسها سان فيليبو نيري).
التقويم الغريغوري.
غريغوريوس الثالث عشر معروف في إصلاح التقويم واصدار التقويم الغريغوري بمعونة من الكاهن الفلكي كريستوفر كلافيوس. الأسباب الموجبة للإصلاح هو ان متوسط طول السنة في التقويم اليولياني الذي كان متبعًا لحينه، أطول نسبيًا من السنة الفلكية، بحيث كان تاريخ الاعتدال الربيعي، أي اليوم الذي يتساوي فيه الليل والنهار، يقع في 10 أذار بدلًا من 21 أذار.
وكان ذلك بعد تصحيحه من قبل ملاحظات كلافيوس ويوهانز كيبلر، وتم تغيير الجدول الزمني عندما قال البابا غريغوري الثالث عشر أن اليوم التالي لـ 4 تشرين الأول، 1582 سيكون 15 تشرين الأول 1582. واصدر البابويه بول "بين غافيسيماس" من أجل اصدار الجدول الزمني الجديد في 24 فبراير 1582. وفي 15 تشرين الأول1582، حل هذا الجدول الزمني محل تقويم جوليان، الذي يستخدم منذ عام 45 قبل الميلاد، وأصبح استخدامه عالمي اليوم. ولشهرة الجدول الزمني الذي وضعه البابا غريغوريوس الثالث عشر، فقد سمي هذا الجدول الزمني بالغريغوري.
هذا التغيير في الجداول الزمنية عارضه بشدة الكثير من الناس، وخُشي انه كان محاولة لخداع من جانب الملّاك لهم لسلب إيجار أسبوع ونصف. ومع ذلك، فإن البلدان الكاثوليكية من إسبانيا والبرتغال وبولندا وإيطاليا كانت قد التزمت. فرنسا وبعض الدول من جمهورية هولندة ومختلف الدول الكاثوليكية في ألمانيا وسويسرا(كان كلا البلدين منقسمان دينيًا)، وحذا حذوهم في غضون عام أو عامين المجر 1587.
ومع ذلك، فان بقية أوروبا البروتيستانتية لم تحذُ حذوها لأكثر من قرن من الزمان. والدانمرك، وبقية دول الهولندية الجمهورية، اخر الدول البروتستانتية من الامبراطورية الرومانية المقدسة واعتمد ذلك في 1700-1701 ميلادية. وبحلول ذلك الوقت، فان الجدول الزمني الغريغوري تخلف عن الجدول الزمني لجوليان 11 يومًا. بريطانيا العظمى (أمريكا والمستعمرات) أخيرا حذا حذوهم في 1752، والأربعاء 2 سبتمبر 1752 كان يليه مباشرة يوم الخميس 14 سبتمبر 1752؛ كانوا من جانب آخر انضمت الدول البروتستانتية، والسويد إلى الجدول البروتستانتي، في 1 اذار / مارس 1753.
التقويم الغريغوري غير مقبول في المسيحية الشرقية لعدة مئات من السنين، وذلك فقط لأن الجدول الزمني مدني. التقويم الغريغوري تأسس في روسيا من قبل الشيوعيين في عام 1917، وآخر بلد أرثوذكسي شرقي لقبول الجدول الزمني اليونان في عام 1923.
وفي حين ان بعض الكنائس الأرثوذكسية الشرقية قد قبلت التقويم الغريغوري مواعيد "ثابتة" كالاعياد (الاعياد التي تحدث في نفس التاريخ من كل عام)، وتواريخ الأعياد من جميع الأموال المنقولة مثل عيد الفصح لا تزال تحسب في الكنائس الأرثوذكسية الشرقية بالرجوع إلى الجدول الزمني لجوليان.
على الرغم من أنه أعرب عن مخاوفه التقليدية من خطر الأتراك، إلا أن غريغوريوس الثالث عشر توجه باستمرار إلى التركيز على مخاطر البروتستانت.
وشجع على خطط فيليب الثاني للانقلاب على ملكة إنكلترا اليزابيث الأولى (1558-1603) ومن ثم في تطوير جو من الفتنة والخطر الداهم بين البروتستانت، حيث كان أي كاثوليكي يعتبر خائنًا.
في 1578، إلى مزيد من خطط النفي الأيرلندية والإنكليزية والكاثوليك مثل نيكولاس ساندرز، الكاردينال وليام الن وفيتزموريس جيمس فيتزجيرالد، غريغوري أرسل المغامر توماس ستاكيلي ومع سفينة جيش من 800 رجل إلى أرض أيرلندا املًا في وصول اليزابيث لاطاحة حكم الزعيم الكاثوليكي من خلال الزعيم السابق لحركة التمرد الأولى في ديزموند، فيتزموريس. انضمت قواته إلى قوات ستاكيلي الديزموندية مع قوات سبستيان الأول ملك البرتغال ضد الإمبراطور عبد الملك من المغرب بدلا من ذلك.ابحرت بعثة بابوية أخرى لايرلندا في 1579 مع مجرد 50 جنديًا تحت قيادة فيتزموريس، مصحوبة بساندرز بوصفه المندوب البابوي. بالنتيجة حركة ديزموند التمردية الثانية كانت فاشلة. حقق غريغوري اعظم نجاح في رعايته الكليات والمدارس التي كان قد اسسها على القارة لالايرلندية والإنكليزية، ضمن أمور أخرى. لم يكن للبابا غريغوري الثالث عشر بهنري، دوق ستار، وشقيقه، تشارلز، دوق مايين، لاغتيال اليزابيث الأول في 1582، وعلى الأرجح انه لا يعلم اي شيء عن هذا الأمر مسبقًا.
مثلت مذبحة هاجينوت في فرنسا حرجًا للبابوية، رغم أنه من الشائع ان البابا كان يجهل طبيعة الأمر في ذلك الوقت، علما انه كان أبلغ المسيحيين الفرنسيين بمحاولة الاستيلاء على الحكومة التي فشلت. ومن الملفت أنه احتفل بذكرى يوم المجزرة في سانت بارثولومو في 1572 مع تيدويم، ثلاثة النماذج الجصية التي تصف الأحداث التي وقعت موجودة في صالة ريجيا في الفاتيكان، وقد أثني الرسام جورجيو فاساري ومنح ميدالية تذكارية، مع صورة له وعلى الواجهة إنجيل، والسيف في يده وذكرت أسطورة أوغونوتوروم سترايجز "ذبح هاجينوت".
البابوية الثقافية.
في روما بنى غريغوري الثالث عشر مصلى في كاتدرائية القديس بطرس، ووسع قصر كويرينال عام 1580. كما حولت حمامات ديوكليتيان إلى السايلو عام 1575.
وادعى أن ابنه جياكومو غير شرعي، من مواليد لعشيقته من بلدة بولونيا قبل البابوية، حيث كان ساكن أو مالك القلعة سانت انجلو و"جونفالونيا" الكنيسة؛ مدينة البندقية، حريصة على الرجاء، وسجلوه من بين النبلاء.الملك فيليب الثاني الإسباني عينه في جيشه. غريغوري كذلك ساعد ابنه على ان يصبح عاملا قويا من خلال اقتناء دوقية لسورا، على الحدود بين الدولة البابوية ومملكة نابولي.
من اجل جمع الاموال اللازمة لأمور مماثلة، صودرت نسبة كبيرة من المنازل والممتلكات في جميع أنحاء الولايات الكنسية، وهو اجراء زاد من ميزانية الخزانة، في الواقع، لفترة من الزمن، ولكن من جانب اخر أدى إلى التفريط الكبير لطبقة النبلاء وطبقة البرجوازية، وأحياء مبدأ الطبقات القديم، إلى تكوين انماط جديدة منها، وادت في نهاية المطاف إلى ضم الدول المجاورة ما أدى إلى الفوضى. هذا هو الموقف من المسائل والخطوات التي تم القيام بها في وقت وفاة غريغوري الثالث عشر، الذي حدث في 10 أبريل 1585.
تل يقع على بعد ستة كيلومتر شمالي شرقى مدينة بئر السبع في جنوب فلسطين، عند ملتقى وادي الخليل ووادي بئر السبع، سكنة آل أبو محفوظ (و ما حوله من الاراضي) حتى النكبة
الفلسطينية، ولا تزال العديد من بيوتهم قائمة إلى الآن ولا يزال أبناء بئر السبع من الذين بقوا على أرض فلسطين في قضاء بئر السبع يطلقون علية اسم تل أبو محفوظ رغم كل المحاولات (الإسرائيلية) لتهويده واعطائة اسماً إسرائيلياً. كما أن سكان المنطقة المحيطة من أبناء بئر السبع من الجيل الكبير أو الجيل الشاب، لا يزالون على تأكيد وعلى معرفة بسكانة من آل أبو محفوظ ومعرفة بأماكن سكناهم ومنازلهم واراضيهم وحدودها. - يذكر الؤرخون وعلماء الاثار ان تل أبو محفوظ هو موقع مدينة بئر السبع القديمة، حيث تم اكتشاف مدينة تاريخية أثرية تواجدت على تل أبو محفوظ قبل ما يزيد عن الفي عام، بالإضافة إلى قناة المياه ومخازن المياه التي حفرها الأقدمون في باطن الأرض من أجل إيصال المياه من وادي الخليل إلى المدينة القديمة. وقد أعلنت منظمة اليونسكو التابعة للامم المتحدة- أطلال مدينة بئر السبع القديمة (تل أبو محفوظ)، التي عثر عليها في حفريات أثرية على تل أبو محفوظ، موقعا للتراث العالمي في 2005.
منظمة اليونسكو.
أعلنت منظمة اليونسكو التابعة للامم المتحدة- أطلال مدينة بئر السبع القديمة (تل أبو محفوظ)، التي عثر عليها في حفريات أثرية شمالي شرقي مدينة بئر السبع على تل أبو محفوظ، موقعا للتراث العالمي في 2005 كانت المدينة القديمة التي أُنشئت على التل، والتي يقال أنها هي بئر السبع القديمة، مدينةً للحكم المحلي وليست بلدة عادية. أي أنها كانت تعتبر مركزاً للحكم، يسكنها القادة والضباط والمسئولون. ويقدَّر عدد هؤلاء بنحو ثلاثمائة إلى خمسمائة شخص. وقد تعاقبت العديد من الممالك على حكم هذه المدينة، ويتبين هذا من الطبقات المتراكمة فيها. كان في المدينة القديمة بعض الهراب (أي الحفر التي تتجمع فيها المياه) بالإضافة إلى بعض الآبار الموجودة خارج سورها. لكن الحاجة للمياه جعلت السكان يفكرون في حل مثير، وهو جلب المياه من وادي الخليل إلى داخل المدينة من خلال قناة تحت الأرض، وتجميع هذه المياه في غرف جوفية. والناظر للتل يرى أنه يقع عند ملتقى وادي الخليل ووادي بئر السبع. وقد تم إنشاء درج من داخل المدينة ينزل في باطن الأرض حتى يصل إلى هذه الغرف، ومن هناك يتم التزود بالمياه.
كتاب قدر الطبيعة كيف تكشف قوانين البيولوجيا العلة الغائية في الكون، من تأليف مايكل ج دنتون، عالم بيولوجيا ولهُ أبحاث في علم الوراثة التطورية، وهو مؤلف كتاب الذي يعتبر كتابهُ الأول ثم صدر هذا الكتاب بعده.
مقدمة الغلاف :هل النوع البشري منتج مركزي في الكون أم أنه مجرد صدفة تناسبت مع الكون، قد تغير الاكتشافات المتفجرة في علم البيولوجيا «علم الحياة» في منتصف القرن الماضي بشكل جذري الجواب العلمي لهذا الجدل.
في كتابهِ قدر الطبيعة يطوف مايكل دنتون عبر مساحة مدهشة من الدلائل البيولوجية والكيماوية والفيزيائية ليجيب بشكل كلي على سؤال بسيط: هل يمكن للحياة في مكان آخر من هذا الكوكب أن تكون مختلفة، بشكل معتد به، عن الحياة على الأرض؟
هل يجب على هذه الحياة البعيدة أن تكون معتمدة على الكربون والماء والحمض النووي الريبي – الدنا، والحموض الأمينية والبروتينات وهل من الممكن أن يوجد بديل للدنا DNA أو هل يمكن تركيب الدنا من مكونات مختلفة وهل يمكن للخلايا أن تكون مصممة بشكل مختلف.
انطلاقاً من هذه اللبنات يطرح سؤال: هل من الممكن وجود أنواع من الحياة تختلف بشكل جذري عن أنواع الحياة التي نعرفها في سياق التطور على الأرض وهل المخلوقات التي تتخذ شكل الفرد العاقل Homo sapiens هو الشكل الوحيد الممكن للكائنات ذات الذكاء العالي، باعتبار قوانين البيولوجيا التي توجد عبر الكون.
إن الحياة محاطة بحدود صارمة من قوانين الطبيعة؛ فلو، على سبيل المثال، لم تكن النسبة الدقيقة لقوى الروابط الكيماوية الضعيفة والقوية على ما هي عليه، أو كانت الخصائص الحرارية للماء بغير دقتها الحالية، أو لم يمتلك الغلاف الجوي للأرض الخصائص الصحيحة لتتخلص من الأشعة الضارة، سيستحيل وجود كل الكتلة الحيوية المزدهرة التي تعيش فوق الأرض.
فلكي تتطور الحياة أبعد من مؤشر المستحاثة المريخية المشهورة ستحتاج إلى كوكب مثل الكوكب الأرضي وإلى غلاف جوي كالغلاف الأرضي وإلى محيطات كمحيطات الأرض.