عندما سيطرت قبيلة نهد ومن والاها من القبائل على حضرموت على إثر إسقاطهم لدولة ابن مهدي في عام 621هـ الموافق 1224م، دبّت في حضرموت الفوضى والاضطراب، لآن قبيلة نهد وحلفاءها جماعة بدوية لا تعرف من أمور السياسة ولا الإدارة ولا الانضباط شيئاً، فحصل بين هؤلاء البدو والحضر الذين استولوا عليهم في مدن حضرموت العديد من المتناقضات، فنشأ من ذلك التناقض والاضطراب أن أختلط الحابل بالنابل، وفي هذه الظروف فكّر العديد من رجال الإصلاح والرأي السديد في انتشال بلدهم من هذه الفوضى، ومن هؤلاء: مسعود بن يماني بن لبيد بن يماني، وكان رجلاً عادلاً صالحاً يتمتّع بسمعة حسنة في قبيلته، وهي قبيلة بني ظنّة بن حرام التي تمت بصلة النسب مع قبائل نهد ولكونها وافدة إلى حضرموت مثلها، فلما أعلن مسعود بن يماني دعوته وعاضدته قبائل بني ظنّة بن حرام، تخلّت نهد لهم عن حكم مدينة تريم، فتولّى مسعود بن يماني السلطة في هذه المدينة سنة 621ه الموافق 1224م، وبعد أن تمّ له الأمر في تريم سيطر على مدينة شبام بعد أن قتل المتولّي عليها جميل بن فاضل في شقه بالقرب من مدينة شبام، ثم زحف بقومه غرب جنوب مدينتي الهجرين و هينن في سنة 625هـ الموافق 1227م فسلّمت له الهجرين، أما هينن فامتنعت فحاصرها ورماها بالمنجنيق إلى أن أخضعها لسلطته، ولم يتم الأمر لقبائل بني ظنّة بن حرام، إذ تألّبت عليهم قبائل خيثمة، فثارت واستولت على جميع حاصلات التمر والحبوب نهباً، فأصيبت حضرموت في هذه الفترة بقحط شديد، وبالرغم من هذا القحط فأن السلطان مسعود بن يماني لم يستكن لهذه الضربات، بل أعدّ نفسه لغزو الساحل، فغزا الشحر سنة 626هـ الموافق 1228م، ووضع الشحر ضمن نفوذ سلطته، وفي عصر السلطان مسعود بن يماني تمّ توحيد حضرموت تحت رايته، وأمتدّ نظره صوب اليمن، ففي سنة 630هـ الموافق 1230م، قام السلطان مسعود بن يماني بغزو منطقتي الجوف ومأرب من بلاد اليمن، ولكن هذا الغزو لم ينجح تماماً، وبدأت رقعة دولة آل يماني تتقلّص، وخذلته القبائل الأخرى، فشنّت قبيلة آل إقبال هجوماً على دولته، فأحتلت جميع مناطق حضرموت ما عدا بلدتي مشطة وعينات، فحاصروهما إلى أن أستولوا عليهما سنة 634هـ الموافق 1236م، وانقضّت عليه أيضاً قبيلة آل راشد القحطانية، ووالتهم قبيلة أل إقبال ومقر سلطتهم بتريم، فانتفضت قبائل نهد وبني ظنّة، وتجمّعت بزعامة عامر بن شماخ، وسيطرت مرةً أخرى على حضرموت سنة 636هـ الموافق 1238م، وأعادت السلطان مسعود بن يماني إلى مقر سلطنته بتريم، فسافر فهد بن عبد الله بن راشد إلى اليمن مستنصراً ببني رسول ، فأرسلوا جيشاً معه من الغزاة بقيادة الأمير علاء الدين سنة 636هـ الموافق 1238م، فقاتلتهم قبائل بني ظنّة بن حرام شر قتال، غير أن الغلبة كانت لجيش الأمير علاء الدين، فدخل بقية بلاد حضرموت من غير قتال، فأثقل الأمير علاء الدين كاهل الرعيّة بالضرائب، وعيّن في كل مدينة نائباً عنه من بني رسول، ونتيجةً لتلك المظالم ثار الزعيم بن شماخ ومعه قبائل نهد وبني ظنّة بن حرام على حكم الأمير علاء الدين الرسولي في حضرموت، وهاجموه واستولوا على مناطق من حضرموت ومنها الكسر، فأرسل بنو رسول في بلاد اليمن جيشاً أخر بقيادة ابن زكري، فقاتلتهم قبائل نهد وبني ظنّة بن حرام في منطقة لأحروم، فانهزم جيش الغزاة الرسوليين وقتل الأمير ابن زكري، وعادت قبائل نهد وبني ظنّة بن حرام إلى السيطرة على حضرموت، وانتزعت سائر المدن من يد نواب بني رسول، وفي هذه الفترة اعتزل السلطان مسعود بن يماني عرش السلطنة وانقطع إلى العبادة، إلى أن وافاه الأجل المحتوم سنة 648هـ الموافق 1250م، فعندما اعتزل السلطان مسعود السلطة، تولّى ابنه عمر بن مسعود بن يماني عرش السلطنة، وعند تولّيه مقاليد الحكم، وقع صراع داخلي في عصبة بني ظنّة بن حرام، فأضعف حكم عمر بن مسعود، فأصيبت حضرموت في عهده بقحط شديد، فأتجه أهل حضرموت إلى سالم بن إدريس الحبوظي صاحب ظفار ، وباعوه حصون حضرموت مقابل إمدادهم بالعون الغذائي، فسيطر سالم الحبوظي بذلك على حضرموت سنة 673هـ الموافق 1274م، واستمر حكمه نحو خمس سنوات، وفي أثناء حكمه تعطّلت صلاة الجمعة في تريم لمدة تسعة أشهر إلى أن غزاها الملك المظفر يوسف بن الملك المنصور علي بن رسول الغساني وقتله سنة 678هـ الموافق 1279م، واحتل الشحر مرة أخرى وعلى الأخص ساحل الشحر، وعندما تولّى السلطان عبد الله بن يماني بن عمر بن مسعود بن يماني بن لبيد بن يماني مقاليد الحكم سنة 714هـ الموافق 1314م، أعدّ العدّة لتحرير كامل إقليم حضرموت من الغزاة المحتلّين، فبدأ بتحرير عدّة مناطق من حضرموت، فلما رأت القبائل الأخرى عمل السلطان عبد الله بن يماني تشجّعت وانتفضت، فانقض آل كثير لتحرير بور، وآل جميل استولوا على أنف خطم"المحترقة اليوم"، وقتلوا من بها من الغزاة، ووثب بنو حسن على شبام سنة 734هـ الموافق 1333م، وأزالوا من كان فيها من الغزاة، ثم انفرد آل جميل بولاية شبام سنة 735هـ الموافق 1334م، وفي هذه الفترة تعدّدت سيطرة العديد من القبائل على العديد من المناطق، وتوالت سيطرة القبائل المسلّحة على حضرموت، فكانت السلطة كالكرة في ميدان واسع تقذف مرةً لهذا ومرةً لآخر، وفي هذه الأثناء ظهر العنصر الكثيري، بعد أن سيطر على ظفار، فامتدت أنظاره إلى حضرموت ودخلوا حلبة الصراع، فاصطدموا في أول معركة لهم مع السلطان بن يماني وقبائله من عصبة بني ظنّة في موقع يقال له برمان سنة 817هـ الموافق 1414م، وكانت الغلبة هذه المرة لأل كثير، وتوالت هذه الصراعات في حضرموت إلى أن برز السلطان بدر بن عبد الله الكثيري"أبو طويرق" وأحتل معظم حضرموت، وغزا ساحل الشحر وكانت بيد الطاهريين فانتزعها منهم، ثم انتزعها من الكثيري آل إقبال في عهدهم الثالث وانتهى حال الشحر باحتلال الغزاة اليمنيين مرةً أخرى لها، فتجد في هذه الحقبة من الزمن، أن حضرموت مرّت بحروب أهلية طاحنة، سفكت فيها الدماء ونهبت الأموال، ولم يكن بها سلطة قوية تقوم على مصالح الناس، بل كانت تحت رحمة المغامرين من رجال السلاح الذين يعتمدون في مغامراتهم مرةً على أنفسهم ومرةً أخرى على الطامعين من خارج حدود حضرموت، ويرى المؤرّخ سقّاف بن علي الكاف، أن هذه الفترة هي من أسوأ الأزمان ، وإن كنّا نخالفه هذا الرأي على مطلقه، ولكن كانت هذه الحقبة الزمنية التي مرّت بها حضرموت لا تختلف كثيراً عن غيرها من الحقب الزمنية السابقة واللاحقة، من حيث عدم وجود الأمن والأمان وعدم الإستقرار السياسي بحضرموت. ثم مرّت فترة وجيزة تم توحيد حضرموت فيها تحت سلطة واحدة، هي سلطة السلطان بدر بن عبد الله بن علي الكثيري المعروف بأبي طويرق، وفي أثناء حكمه هاجم الغزاة البرتغال سواحل حضرموت، ودارت بينهم وبين قواته معركة حامية الوطيس ، إندّحر على أثرها الغزاة البرتغال بعد أن أعلن الجهاد ضدهم بتعبئة أبناء وطنه مابين سنة 929هـ/1523م وسنة 942هـ/1535م، وكان الغزاة البرتغال قد اجتاحوا مدينة الشحر وقتلوا عدداً من أعيانها وعلمائها، ووقع في يد السلطان بدر أبي طويرق عدد من الأسرى البرتغال، فأرسلهم إلى السلطنة العثمانية في إستانبول، التي كان السلطان الكثيري يعلن ولاءه الإسمي لها، ولكن الأمر لم يستتب لهذا السلطان طويلاً، إذ أعلن الشيخ عثمان بن أحمد العمودي زعيم أسرة آل العمودي التمرد وأستولى على عدة مناطق، وكانت عاصمة حكمه "بضة" بوادي دوعن، وأستند إلى حكم الأئمة الزيديين في اليمن، بعد أن صدر لبدر أبي طويرق فرمان "مرسوم" من السلطنة العثمانية بجعله والياً على حضرموت، كما أعلن علي بن عمر بن جعفر الكثيري تمرّده في مدينة شبام، وقد أستعان الجميع في هذه الفترة الزمنية بجنود من منطقة يافع لتنظيم جيوشهم المتحاربة، وبهذا عادت حضرموت مرةً أخرى إلى تمزّقها، واشتعلت نيران الفتنة بين أبنائها، فقويت شوكة آل يافع بحضرموت، والذين يعرفون عند الحضارم بالعسكر، فتأسّست منهم بعد ذلك دولة جديدة حينها عرفت بالسلطنة القعيطية، ولم تسلم حضرموت في هذه الحقبة الزمنية من الاعتداءات الخارجية، فقد تعرّضت لعدّة غزوات من أئمة اليمن الزيديين، وتعرّضت لغزوات عدّة من قبائل نجد الوهابية سنة 1224هـ الموافق 1809م، وهم الذين يطلق عليهم الحضارم آل بن قمله ، وبقي الحال على هذا المنوال حتى دخلت حضرموت تحت النفوذ المباشر للإستعمار البريطاني بمعاهدات الصداقة عام 1882م ثم معاهدات الحماية عام 1888م ثم معاهدات الاستشارة عام 1937م.