استمرت "المرحلة الأولى" مدة عشرين عامًا، أي حتى عام 982هـ الموافق لعام 1574م، فبدأ حكمه راسخ العقيدة الإسلامية كأحسن ما يكون عليه المسلم المخلص، يحافظ على أصول الدين، ويؤدي الصلوات في المسجد وفي أوقاتها، ويقوم أحيانًا مقام المؤذن فيدعو الناس إلى الصلاة. واتصف سلوكه في هذه المرحلة بالتقشف في الحياة والمغالاة في العقائد، وكان متأثرًا بالبيئة المحيطة به وبتقاليد عصره، ومتأثرًا بالمتصوفة في عصره فكان يغلو في تعظيم المشايخ، واعتقاد مكانهم من الله، وشفاعتهم للناس، وكان يزور الأضرحة والمشاهد، ويشد الرحال لزيارة قبور الصالحين من المشايخ المعروفين، وكان يعاقب الناس على مخالفة عقائد الجمهور، وقلة التدين، وضعف الاعتقاد، وكان يقدم النذور إلى ضرائح الأولياء والصالحين، ويشتغل بالأذكار والأوراد في شغف واستغراق، ويصاحب العلماء والصالحين، ويحضر مجالس السماع الصوفية. وقد نقل عبد القادر البَدَايُوني في كتابه «منتخب التواريخ» عدة تصريحات عن تدين أكبر في هذه المرحلة ومغالاته في العقيدة والدين، منها: أنه تجشم عناء السفر مشيًا على الأقدام إلى آچمير شكرًا لله على ولادة سليم، وعرج على دلهي أثناء عودته، وزار قبور الأولياء والصالحين، وكان يتبرك بالشيخ «» وازداد محبة له بعدما بشره بثلاثة أولاد، فتحققت بشارته بعد أن كان محرومًا، ولذلك سمى ابنه سليم باسمه على غير عادة المغول في تسمية أبنائهم، وبنى مدينة في المكان الذي كان يقيم فيه هذا الشيخ، بالقرب من أغرة، وجعلها عاصمة له مبالغة في تكريمه وسماها فتحپور سكري. وكان قبل ذلك قد بعث عقيلته جودا باي قبل الولادة حتى تكون موضع عناية الشيخ واهتمامه، وتسعد بدعائه. ووُلد ابنه مراد كذلك في بيت الشيخ سليم. وكان يرحل في كل سنة راجلًا إلى آچمير لزيارة قبر معين الدين الجشتي ويطوف به عدة مرات، ثم يجلس في حضرته وقتًا طويلًا. وكان يشتغل باستغراق في ذكر «ياهو» «ويا هادي» في مصلاه، ولا يبدأ عملًا أو قولًا إلا بدأه بقوله: «يا هادي، يا معين» ويذكر أن لهاتين الكلمتين أثر السحر في نفسه، كما كانتا تثيران حماس أتباعه، فكان جنود جيشه مسلمين وهندوس إذا سمعوه يدعو بهذا الدعاء يرددونه وراءه في صوت جهوري، ثم ينقضون على العدو دون خوف. وكان يطلب في كل ليلة جمعة وهو في مصلاه، الأشراف والمشايخ والعلماء، ويُحضر حلقة من العلماء، ويُباحثهم في المسائل والأحكام. كان قبل خروجه للحرب يتوجه إلى قبور الأولياء والصالحين للدعاء عندها. وتعرض مرة لمحاولة اغتيال في دلهي إلا أنه نجى منها فكان يعد نجاته من كرامة أولياء دلهي. ولما أصبح ولي عهده سليم في سن يبدأ فيها القراءة وأول ما يقرأ الطفل يكون «بسم الله الرحمن الرحيم» وهي عادة تسمى باحتفال التسمية في الهند، طلب من المحدث الشهير «ميركلان الهروي» أن يُشرف بهذه المناسبة فحضر وأقرأ سليم التسمية بحضور أكبر مع جمع من أعضاء الدولة. وحينما بدأ ولي العهد يشدو في القراءة والكتابة، أمره أن يذهب إلى بيت الشيخ «عبد النبي أحمد الكنكوهي» ويدرس عليه الحديث، وكان هو أيضًا يقصد بيته ويحضر درسه، وكان يبالغ في إجلاله، فقام مرتين بوضع نعليه عند احتذاء الشيخ لهما. وكان كذلك مهتمًا بأمر المساجد، فعين سبعة أئمة لأيام الأسبوع السبعة فيتناوبون على الإمامة في الأيام المعينة لهم، ويذكر عنه أيضًا أنه كان يكنس المسجد. وكان يبعث في كل عام عددًا كبيرًا من الحجاج إلى الحرمين في مكة والمدينة على نفقة الدولة، ويبعث مع أمير الحجاج الهدايا والتحف إلى والي مكة المكرمة، ويبعض النقود والغلال لأهل الحرمين، وكان يُشيع الحجاج عند توديع قوافلهم محرمًا كإحرام الحج، مقصرًا للشعر، ملبيًا، حاسر الرأس، حافي القدمين. ولما قدم «شاه أبو تراب» إلى الهند بحجر قيل أن عليه أثر لقدم الرسول ووصل قرب مدينة أغرة خرج أكبر مع حشد عظيم من العلماء والمشايخ لاستقبال الشيخ أبي تراب، وإجلال لمقام الرسول. ومن الشواهد على تدينه وتعبده ما جاء في كتاب «مآثر العلماء» لمؤرخ الدولة المغولية «مير عبد الرزاق خافي خان» المعروف بصمصام الدولة شاه نوازخان (1111هـ - 1171هـ) يقول فيه: