وُجِدَتْ نسبةُ جيناتٍ نيندرتاليةٍ أعلى في سكان شرق آسيا مما في الأورُبِيِّين، والتي تُقدَّرُ بتهاجنٍ تضمينيٍّ أكثرَ بنسبةِ 20% في سكان شرقي آسيا. هذا قد يمكن تفسيرُه بحدوثِ أحداثِ تهاجنٍ أخرى في الأسلاف المبكرين لسكان شرق آسيا بعد انفصالهم عن الأورُبِيِّين، حدَثَ تخفيفُ الأصلِ النِيَنْدِرْتالي في الأورُبيِّينَ عن طريقِ مجموعاتٍ سكانيةٍ ذواتِ أصلٍ وراثيٍّ نيندرتاليٍّ منخفضٍ جاءت في هجراتٍ لاحقةٍ، أو أن الانتخاب الطبيعي كان منخفضًا [يعني أقلَّ] نسبيًا في سكان شرق آسيا من الأورُبِيِّين. تدل الدراسات على أن الفاعلية المنخفضة للانتخاب المنقِّي [المطهِّر] ضد أليلات النيندرتاليين في سكان شرق آسيا لا يمكن أن يفسر النسبة الأكبر الخاصة بالأصل الوراثي النيندرتالي في سكان شرق آسيا، مما يؤيد نماذج أكثر تعقيدًا متضمنة لموجات إضافية من التهاجن التضميني مع النيندرتاليين مع سكان شرق آسيا. لقد لوحِظَ أيضًا أن هناك تباينًا صغيرًا لكنه مهمٌ في نسب التهاجن النيندرتالي ضمن المجموعات السكانية الأوربية، لكن لا يوجد تباين تهاجني هام ضمن المجموعات السكانية الخاصة بشرق آسيا.تقترح دراسات الجينومات أن هناك انقسامًا عالميًا من جهة التهاجن التضميني مع النيندرتاليين فيما بين المجموعات السكانية الأفريقية الخاصة بما تحت الصحراء الكبرى وباقي مجموعات البشر الحديثين (بما في ذلك سكان شمال أفريقيا)، وليس بين المجموعات السكانية البشرية الأفريقية وغير الأفريقية. تتشارك المجموعاتُ السكانيةُ الشماليُّ أفريقيةٍ زيادةً متشابهةً من الأليلات المستمدَّة من النيندرتاليين لما تحمله المجموعات السكانية غير الأفريقية، بينما المجموعات السكانية الخاصة بما تحت الصحراء الكبرى هي المجوعات السكانية الخاصة بالبشر الحديثين الوحيدة التي لم تمر في العموم بتهاجنٍ مع النيندرتاليين. وُجِدَ أنَّ كم الجيناتِ النيندرتالية الخاصة بالمجموعات السكانية الخاصة بشمال أفريقيا يتنوع تبعًا على الكم النسبي من الأصول البشرية الوراثية المتنوعة الشمالي أفريقية والأورُبية والخاصة بالشرق الأدنى وبما تحت الصحراء الأفريقية الكبرى. باستعمال الدراسة الإحصائية الخاصة بالأصول الوراثية بطريقة f4، تُوُصِّلَ إلى أنَّ نسبة التهاجن المُتَوصَّل إليها يُلاحَظ أنها الأعلى بين المجموعات السكانية الشمالي أفريقية ذوات الحد الأقصى من الأصل الوراثي الشمالي أفريقي مثل برابرة تونس، حيث هي بنفس المستوى أو حتى أعلى مما في المجموعات السكانية الأوروآسيوية (100- 138%)، وعالية في المجموعات السكانية الشمالي أفريقية التي تحمل مزيجًا وراثيًا به نسبة أصل أورُبي أو من الشرق الأدنى أكبر، كالمجموعات التي في شمالي المغرب وفي مصر (60- 70%)، وهي الأدنى في المجموعات السكانية الشمالي أفريقية ذوات الأصل الوراثي الأكبر العائد لما تحت الصحراء الكبرى، مثلما في جنوبي المغرب (20%). لذلك افترضَ Quinto وفريقُه أن وجود هذه العلامة الجينية الأفريقية في أفريقيا بسبب تدفق جيني حديث من المجموعات السكانية من الشرق الأدنى أو أورُبا بما أنها أعلى في المجموعات السكانية التي تحمل أصلًا وراثيًا خاصًا بالسكان الأصليين الشمالي أفريقيين من زمن ما قبل العصر الحجري الحديث. لقد وُجِدَ أيضًا النمطُ الفردانيُّ (haplotype) B006 ذو الصلة بالنيندرتاليين الخاص بجين الدِستروفين dystrophin في المجموعاتِ الرعوية البدوية في ساحل وقرن أفريقيا، والذين يرتبطون [لهم صلة] بالمجموعات السكانية الشمالية. بالتالي، فإن وجود النمط الفرداني الجيني B006 في الحدود الخارجية الشمالية والشمالية الشرقية الخاصة بأفريقيا ما تحت الصحراء الكبرى يُعْزَى إلى تدفقٍ جينيٍّ منْ أصلٍ غير أفريقيٍّ. لقد لوحظت أيضًا نسبٌ منخفضة لكنها هامة للتهاجن النيندرتالي في الماساي الخاصين بشرق أفريقيا. بعد تحديد الأصول الأفريقية والغير أفريقية في قبائل الماساي، يمكن الوصول إلى أن تدفقًا جينيًا بشريًا حديثًا غيرَ أفريقيٍّ (بعد عصر النيندرتاليين) كان مصدر تلك المساهمة الجينية بما أن حوالي نسبة تقدَّر بـ 30% من جينوم النيندرتاليين يمكن تعقبه ورد اصوله إلى تهاجن تضميني مع غير الأفريقيين منذ حوالي مئةِ جيلٍ ماضٍ.