توفي بطليموس السادس في حملة في سوريا عام 145 قبل الميلاد. يبدو أن بطليموس السادس كان ينوي أن يخلفه ابنه البالغ من العمر سبع سنوات ، ويسمى أيضًا بطليموس ، ولكن بعد ثلاثة أسابيع ، دعا الإسكندرانيون بطليموس الثامن إلى العودة من سيرينا ، وتولي العرش والزواج من أخته الكبرى كليوباترا الثانية . تم دمج الزوجين الملكيين في عبادة (الأسرة الحاكمة ) - كليوباترا بعد أن كانت في السابق واحدة مع بطليموس السادس. أُعلن بطليموس فرعونًا في ممفيس عام 144 أو 143 قبل الميلاد ، حيث ولد طفل الزوجين الأول والوحيد ، بطليموس ممفيسعند عودته إلى الإسكندرية عام 145 قبل الميلاد ، ورد أن بطليموس الثامن أطلق عملية تطهير لأولئك الذين عارضوه ودعموا بطليموس السادس. تم وصف هذا التطهير بشكل واضح في المصادر الأدبية ، على الرغم من أنه من الصعب في بعض الأحيان تحديد ما إذا كانت الحكايات المحددة تنتمي إلى هذا الحدث أو استعادته لاحقًا للإسكندرية في 126 قبل الميلاد. أفاد جاستن أن بطليموس سمح لجنوده بالهجوم في شوارع الإسكندرية ، وقتلوا بشكل عشوائي ، حتى "ترك بمفرده مع جنوده في مدينة كبيرة ، ووجد نفسه ملكًا ، ليس من الرجال ، ولكن من المنازل الفارغة". يقول فاليريوس ماكسيموس أنه عندما لجأ شباب الإسكندرية إلى ملاعب الألعاب الرياضية ، أضرم بطليموس النار في المبنى. من المحتمل أنه في هذه الفترة اكتسب بطليموس عددًا من الألقاب كان انضمام بطليموس علامة على نهاية الوجود البطلمى في بحر ايجه. في غضون أشهر من انضمامه ، قام بسحب جميع القوات من إيتانوس ، ثيرا ، وميثانا مدن اغريقيه ، آخر القواعد البطلمية المتبقية في بحر إيجة. كانت الإمبراطورية البطلمية مقتصرة الآن على مصر وقبرص وبرقة. ربما كان بطليموس الثامن قد قتل أيضا الابن الصغير لبطليموس السادس وكليوباترا الثانية ، الذي كان يسمى أيضا بطليموس ، قتل. وفقا لجوستين ، قام بطليموس الثامن بالعمل الشخصي ، في ليلة زفافه إلى كليوباترا في 145 قبل الميلاد ، وتوفي الصبي بين ذراعي والدته. أدلة وثائقية من البرديات يشير إلى أنه في الواقع ، تم الحفاظ على الصبي في البداية وريثًا ولم تتم إزالته إلا بعد ولادة بطليموس ممفيس. بحلول أواخر عام 140 قبل الميلاد ، تم ترقية بطليموس ممفيس إلى الوصي المشارك. وفي حوالي عام 140 قبل الميلاد ، تزوج بطليموس الثامن ابنة أخته كليوباترا الثالثة (ابنة بطليموس السادس وكليوباترا الثانية) وجعلها حاكمة مشاركة ، دون طلاق أخته الكبرى كليوباترا الثانية. وفقا لليفى ، فقد بدأ بطليموس الثامن علاقة معها بعد فترة وجيزة من انضمامه الذي أصبح الآن رسميًا. جادل دانييل أوجدن بأن الزواج ربما لم يكن مخططًا له منذ البداية ، ولكن تم اتخاذ إجراء لمنعها من الزواج من شخص آخر قد يستخدم هذا الزواج من أجل المطالبة بالعرش. ومع ذلك ، أدى الترتيب الجديد إلى صراع مع كليوباترا الثانية.على ما يبدو ردا على هذا الزواج الجديد وبدعم من كليوباترا الثانية ، شرع ضابط بطليموس سابق يدعى غالايستس بالثورة. كان غالايستس مسؤولًا موثوقًا به في عهد بطليموس السادس لكنه أُجبر على النفي عام 145 قبل الميلاد. في اليونان ، جمع جيشًا من المنفيين البطالمة الآخرين ، ثم أعلن أن لديه ابنًا صغيرًا لبطليموس السادس في رعايته وتوج هذا الصبي كملك. ثم غزا غالايستس مصر ، بقصد وضع هذا الطفل على العرش. كاد مرتزقة بطليموس الثامن ، الذين تأخروا عن دفع أجرهم ، أنشقوا عن التمرد ، لكن قائدهم ، هيراكس ، منع هذا من خلال دفع أجورهم من أمواله الخاصة. وبحلول عام 139 قبل الميلاد ، هُزم غالايستس وأصدر بطليموس مرسوما يؤكد حقوق وامتيازات الكهنوت المصري ، حيث مثل نفسه كليوباترا الثانية وكليوباترا الثالثة كحكم متناغم معًا. وفي نفس العام ، استقبل بطليموس الثامن سفارة رومانية ، والتي كانت تهدف إلى تحقيق تسوية سلمية لجميع الشؤون في شرق البحر الأبيض المتوسط. تؤكد المصادر القديمة على التحية الفخمة التي تلقاها الرومان ، في الغالب من أجل مقارنتها مع السلوك الصارم للرومان. .