لم يمضِ على قيام برقوق في السلطنة عامٌ واحد حتَّى حُبكت مُؤامرة لِعزله وإحلال الخليفة العبَّاسي أبو عبد الله مُحمَّد المُتوكِّل على الله بدله. ولكنَّ برقوق اكتشف المُؤامرة بفضل ما بثَّهُ من العُيون والجواسيس، فكُشِف أمرُ المتآمرين وكان أغلبهم من المماليك البحريَّة التُرك، فتخلَّص من بعضهم بالنَّفي وطرد آخرين من وظائفهم، ثُمَّ عزل الخليفة المُتوكِّل وأحلَّ محله خليفة آخر هو أبو حفص عُمر بن إبراهيم الذي لُقِّب بِـ«الواثق بِالله». على أنَّ هذه الإجراءات التي قام بها برقوق لم تنفع في حمايته من المُؤامرات المُتصلة التي دبَّرها خُصومه ضدَّه، حتَّى انتهى الأمر سنة 791هـ المُوافقة لِسنة 1389م بِقيام ثورة في شمال الشَّام كان من نتيجتها زحف الثُوَّار على القاهرة والقبض على برقوق ونفيه إلى الكرك. ولكنَّ النزاع لم يلبث أن اشتدَّ بين قائدا الثورة، وهُما الأميران «منطاش» نائب ملطية و«يلبغا الناصري» نائب حلب، ممَّا أعطى برقوق فُرصة لاسترداد مكانته، فهرب من الكرك وجمع جيشًا بِالشَّام، وأنزل هزيمة بِأعدائه عند صرخد سنة 792هـ المُوافقة لِسنة 1390م، ثُمَّ دخل القاهرة ظافرًا حيثُ رحَّب به الأهالي واستقبلوه استقبالًا حافلًا، والتفَّ الناسُ حوله لما رأوا من سوء تدبير منطاش وتعسُّفه. وقد قضى برقوق العامين التاليين في إخضاع بقايا الثُوَّار في الشَّام، ولم يكد يفرغ من ذلك حتَّى داهم الدولة المملوكيَّة خطر المغول مُجددًا، هذه المرَّة بزعامة قائد جبَّار هو تيمورلنك. وكان تيمورلنك قد استولى على بغداد سنة 795هـ المُوافقة لِسنة 1393م، واستولت جُيُوشهُ على بعض المناطق الداخلة ضمن نطاق السلطنة المملوكيَّة - مثل ماردين - ممَّا جعل السُلطان برقوق يحس بِذلك الخطر ويعمل بِسُرعة على تلافيه. وكان أن استطاع برقوق أن يعمل حلفًا سريعًا بين القوى الإسلاميَّة التي أحسَّت بِخطر تيمورلنك في الشرق الأدنى، مثل الإمارة الآرتينيَّة والقبيلة الذهبيَّة والسلطنة العُثمانيَّة. ولم يلبث تيمورلنك أن أرسل رسالة إلى مصر يطلب فيها من برقوق تسليمه البلاد، وأرفقها بِخطابٍ من التهديد والوعيد، فامتنع برقوق عن الاستجابة لِمطالب تيمور، وردَّ عليه بنفس أُسلوبه وطرد رُسله من القاهرة، وأخذ يستعد لِحرب المغول، ولكنَّ المنية عاجلته فمات سنة 801هـ المُوافقة لِسنة 1399م قبل الشُروع في الحرب، فترك ذلك لابنه الناصر فرج. وقد خرج السُلطان فرج إلى الشَّام سنة 803هـ المُوافقة لِسنة 1400م؛ لِمُحاربة تيمورلنك الذي كان قد عاد وخرَّب حلب وزحف على دمشق، فوقع بين الجيشين بعض مُناوشات بِالقُرب من دمشق كان الغلب فيها للمماليك، فطلب تيمورلنك من السُلطان الصُلح فأجابه إليه. وبينما هُم يتفاوضون أثار مماليك السُلطان فتنة في المُعسكر، وتسللوا منهُ راجعين إلى مصر بِغرض عزل السُلطان وإقامة غيره كما قيل، فخشي السُلطان على منصبه وعلى حياته، واضطرَّ أن يعود مع بقيَّة مماليكه مُسرعًا إلى القاهرة، وترك دمشق يُدافع عنها أهلها، فدخلها تيمورلنك وفعل الفظائع بِالنَّاس كما فعل بِحلب من قبل. وبعد ذلك بِفترةٍ قصيرة هُزم السُلطان العُثماني بايزيد بن مُراد أمام جحافل المغول في أنقرة، وعندما سمع السُلطان فرج بِأخبار هذه الهزيمة رضخ لِلشُروط التي تقدَّم بها تيمورلنك، فأطلق سراح من كان لديه من أسرى، ورضي أن يسك العملة باسم تيمور، لكنَّ الأخير لم يلبث أن مات سنة 808هـ المُوافقة لِسنة 1405م دون أن يتحقق حلمه في ضم مصر إلى ممالكه. أمَّا السُلطان فرج فقد خسر مكانته في نُفُوس المُعاصرين نتيجة رُضوحه لِطلبات المغول وتقاعسه عن نجدة دمشق، فخلعه المماليك سنة 808هـ المُوافقة لِسنة 1405م، وولُّوا أخاه، ثُمَّ استطاع أن يعود إلى المُلك فخرج في عدَّة غزوات إلى الشَّام؛ لِتوطيد سُلطته، وإخضاع الثائرين من الأُمراء، لكنَّ سُوء خُلقه وقلِّة تديُّنه وتنكيله بِمماليك أبيه واستغلاله منصبه جعلت الخليفة والعُلماء يُفتون بِضرورة قتله، فاغتيل بِدمشق سنة 815هـ المُوافقة لِسنة 1412م.