لم يُدوّن تاريخ ابتكار هذا المشروب، هناك عدد من النَّظريّات حول اكتشافه. إحدى النّظريّات تذهب إلى أنّ تخمير الأرز لاستخدامه في صنع المشروبات الكحوليَّة قد بدأ في الصِّين على ضفاف نهر يانغتسي عام 4800 ق.م. تقريباً ومن هناك وصل إلى اليابان. بينما تذهب نظريَّة أخرى إلى أنّ اكتشاف هذا المشروب كان في القرن الثالث للميلاد في اليابان مع تطوُّر زراعة الريّ هناك. كان السّاكي في بداية عهده يُدعى كوتشيكامي نو ساكي (ومعناه الحرفي باليابانيَّة: «شراب كحولي ممضوغ بالفم») لأنّ القرية التي كانت تصنع هذا الشّراب اعتاد أهلها على مضغ الأرزّ والحبوب والكستناء بأفواههم ثمّ لفظها في أجاجين من أجل تخمير الأرزّ. وبفضل إنزيم اللعاب كان النشا يتحوَّل إلى سُكَّر وبعد ذلك كانوا يقومون بمزج الخليط بالحبوب المطبوخة على النار وجعلوها تتخمَّر.كانت نسبة الكحول في هذا النّوع القديم من السّاكي ضئيلة واستخدم بالأساس كعصيدة. استخدم الصينيون أيضاً هذه الطَّريقة والهنود الحُمر في القارة الأمريكيَّة لتحضير مشروبات كحوليَّة أخرى.بعد مضيّ مئات السِّنين على استخدام هذه الطَّريقة أصبح مضغ الحبوب لتحضير السّاكي أسلوباً قديماً وذلك بعد اكتشاف فطر اسمه كوجي كين الذي يحتوي على إنزيمات تعمل على تحويل النشا إلى سُكَّر (ويستخدم هذا الفطر أيضاً لتخمير فول الصّويا وتحضير حساء ميسو التقليدي وصلصة الصّويا المشهورة في المطبخ الياباني) إنَّ إضافة الثّفل إلى الخليط تجعل السُكَّر يتحوَّل إلى إيثانول وتزيد من نسبة الكحول في شراب السّاكي إلى 18%-25%. على ما يبدو تمّ اكتشاف هذه الطَّريقة للتخمير بمحض الصّدفة عندما حملت الرِّيح أبواغ الفطر والثّفل وجعلت خليط الأرزّ والماء يتخمَّر. كان السّاكي حينها ما يزال بمثابة عصيدة وصار من السَّهل تحضيره. في القرن السّابع للميلاد استخدمت في تحضير مشروب السّاكي عالي الجودة طرق أخرى وصلت إلى اليابان من الصّين، وأصبح السّاكي مشروباً شعبيّاً بل وتأسَّست رابطة لمنتجي السّاكي في بلاط القيصر في كيوتو.لقد مهَّدت هذه الخطوة الطَّريق أمام تطوّرات كثيرة طرأت على مشروب السّاكي، وحصل أنّه بين الأعوام 794 و 1185 تمَّ تطوير عمليَّة تتألّف من ثلاث مراحل زادت من نسبة الكحول في السّاكي وتضاءلت نسبة تحميضه. خلال الخمسمئة عام التّالية طرأ تحسُّن تدريجيّ وملموس على جودة مشروب السّاكي وطرق تحضيره، فاستحدثت طريقة تحضيره من هريس الأرزّ المخمَّر سلفاً من أجل تسريع عمليَّة التّخمُّر الأوَّلي، كما ظهرت هناك محاولات أولى لبسترة مشروب السّاكي على الرّغم من أنَّ هذه المحاولات كانت بدائيَّة ولم يتمّ فهمها بعمق إلاّ بعدما كشف لويس باستور عن أسس البسترة في القرن التاسع عشر.في حقبة الإصلاحات في عهد ميجي (1866-1869) سُنَّت قوانين أتاحت لكلّ من لديه المعرفة الكافية والمال اللازم لإنشاء وتشغيل معمل لإعداد السّاكي أن يفعل ذلك، ولكن من بين 30000 معمل لإنتاج السّاكي بقي فقط 8000 نتيجة لنظام الضَّرائب الذي استعمل في ذلك العهد، أضف إلى ذلك أنّ معظم الأراضي التي أقيمت عليها معامل السّاكي كانت ملكاً للإقطاعيين الأغنياء الذين كانت معامل السّاكي بالنسبة لهم بمثابة حلّ لفائض محاصيل الأرز فحسب. في مطلع القرن العشرين طرأ تحسّن إضافي على تقنيّات وطرق صناعة وتحضير شراب السّاكي. افتتحت الحكومة اليابانيَّة معهداً لإجراء الأبحاث حول تخمير الأرُزّ وتحضير السّاكي واستبدلت الحاويات الخشبيَّة التي كانت تستخدم في الماضي بحاويات تخمير من الفولاذ مطليَّة بالمينا. وكانت الدّوافع الأساسيَّة لهذه الخطوة هي الحفاظ على النّظافة والوقاية من الأمراض ولكن كانت لها أيضاً دوافع اقتصاديَّة، إذ أنَّ حاويات الخشب كانت تمتصّ 3% من السّاكي ولم يكن في نيَّة الحكومة أن تتخلّى عن أموال الضرائب التي تجبى عن هذه الكميات من الشّراب إذا ما امتصّتها الحاويات الخشبيَّة. ولهذا السَّبب فرضت الحكومة اليابانيَّة عام 1904 حظراً على الإعداد البيتي لمشروب السّاكي. في تلك الفترة كانت 30% من الضَّرائب تجبى من تحضير السّاكي أمّا اليوم فعلى الرّغم من أنّ القانون ما يزال ساري المفعول إلاّ أنَّ 2% فقط من الضَّرائب تأتي من معامل السّاكي. ألحقت الحرب العالميَّة الثّانية ضرراً جسيماً بصناعة السّاكي في اليابان. استخدم الجزء الأعظم من محصول الأرز في تلك الفترة للجهود الحربيَّة فانهارت معظم معامل السّاكي في اليابان.وقبل ذلك اكتشف اليابانيون أنَّ إضافة الكحول الخالص إلى السّاكي من شأنه أن يحسِّن تركيبة ونكهة المشروب، ولكن بأمر حكوميّ تمَّت إضافة كميّات ضئيلة من الكحول النَّقي والجلوكوز إلى هريس الأرزّ من أجل زيادة نسبة الكحول في المشروب (وهكذا التوفير في الأرزّ المستخدم لتحضير مشروب السّاكي)، بل وكانت هناك معامل تصنع السّاكي بدون استتعمال الأرزّ مطلقاً، فانخفضت جودة السّاكي وعزف النّاس عن شربه. إنّ 95% من السّاكي يتمّ إنتاجه اليوم بهذه الطريقة ولكن جودته أفضل من السّاكي الذي أنتج خلال الحرب العالمية الثّانية. بعد أن وضعت الحرب العالمية الثانية أوزارها انتعشت معامل السّاكي مرَّة ثانية ولكنّ كانت قد حلّت بدلاً منها مشروبات كحوليَّة أخرى اكتسبت شعبيَّة وشاعت بين اليابانيين وفي مُقدِّمتها الجعة (البيرة) التي تجاوزت مبيعاتها السّاكي في الستينات من القرن الماضي. وعلى الرّغم من أنَّ استهلاك السّاكي تراجع كثيراً إلاّ أنَّ جودته تحسَّنت بشكلٍ ملموس مقابل ذلك لا سيَّما وأنَّ شعبيّته ازدادت في أصقاع العالم الأخرى خارج اليابان.توجد اليوم معامل كثيرة لمشروب السّاكي في جنوب آسيا، وأمريكا اللاتينيَّة، وأمريكا الشَّماليَّة، الصين، وأستراليا، ولم يبق اليوم في اليابان بأسرها سوى 1500 معمل لإنتاج السّاكي.