بعد تخلُّصه من المُطالبين بِالعرش، انهمك مُراد الثاني في تعزيز دولته وتصفية مراكز القوى في الأناضول. وكان أمير قسطموني عز الدين إسفنديار بك الجندرلي قد استردَّ چانقري وطوسيه وقلعة جك، التي أُلحقت بِالدولة العُثمانيَّة في عهد السُلطان مُحمَّد الأوَّل، وذلك بالاستفادة من انشغال السُلطان مُراد بِمُشكلة مُصطفى الأصغر. واستولى، بعد ذلك، على بولي وطاراقلي والمنطقة المُجاورة لهما. فلمَّا أدرك السُلطان تعدِّي إسفنديار بك على أطراف الممالك، توجَّه إلى قتاله على الفور وقابل جيشه بِقُرب بلدة بورلي حيثُ دارت بينهما معركة عُرفت بِمعركة «طاراقلي بورلي»، هُزم فيها أمير قسطموني، ففرَّ مُلتجئًا إلى سينوپ حيثُ طلب الصُلح، فوافق السُلطان وأمَّنه. وبِمُوجب الاتفاق الذي عقده الطرفان، في أواخر سنة 826هـ المُوافقة لِسنة 1423م، اعترف إسفنديار بك بِسيادة العُثمانيين على إمارة قسطموني، وتعهَّد بِتزويد السُلطان بِقُوَّةٍ عسكريَّةٍ عند الحاجة، وبِدفع جُزءٍ من إيرادات المناجم، وتعبيرًا عن إخلاصه وولائه زوَّجه ابنته خديجة حليمة خاتون. ويُروى أنَّ قاسم بك بن إسفنديار، المُؤيِّد لِلعُثمانيين، والذي عُيِّن حاكمًا على چانقري في عهد مُحمَّد الأوَّل، قدَّم العون إلى مُراد الثاني ضدَّ والده، عندما حمل عليه العُثمانيُّون. التفت مُراد الثاني بعد ذلك إلى الإمارة القرمانيَّة مُستغلًا التنازع الأُسري فيها بعد مقتل الأمير ناصر الدين مُحمَّد. وتفصيل ذلك أنَّ الأمير القرماني سالف الذِكر قاد حملةً على أنطالية، الداخلة ضمن نطاق الدولة العُثمانيَّة، سنة 826هـ المُوافقة لِسنة 1423م بِحُجَّة الانتقام من حاكمها حمزة بك بن فيروز الذي قتل أمير تكة عُثمان بك التابع لِلقرمانيين، والواقع أنَّهُ كان يُملي نفسه السيطرة على تلك المدينة لأهميَّتها التجاريَّة البحريَّة. تمكَّن حمزة بك من صد هُجُوم القرمانيين، وقُتل ناصرُ الدين مُحمَّد أثناء الحصار حيثُ أُصيب بِقذيفة مدفع. وبناءً على ذلك، انتقلت الإمارة إلى شقيقه علاءُ الدين عليّ، فالتجأ ابنا ناصر الدين مُحمَّد: إبراهيم وعيسى، إلى السُلطان مُراد الثاني ضدَّ عمِّهما، وتزوَّجا من أُختيه إلعالدة وإنجي. ساند السُلطان الأمير إبراهيم بن مُحمَّد لِتولِّي عرش الإمارة القرمانيَّة مُقابل حُصُول الدولة العُثمانيَّة على إمارة الحميد، التي كان القرمانيُّون قد استولوا عليها في سنة 824هـ المُوافقة لِسنة 1421م، ومُنح عيسى بن مُحمَّد إمارة إحدى سناجق الروملِّي، أمَّا علاءُ الدين عليّ، الذي أُسقط عن عرشه، فقد مُنح سنجق صوفيا؛ وبِهذا أصبحت الإمارة القرمانيَّة تحت النُفُوذ العُثماني، إلَّا أنَّ هذا التدبير والمُصاهرة التي قامت بين البيتين لم تضمن إخلاص آل قرمان لِآل عُثمان ووفاق البيتين الحاكمين. وفي سنة 828هـ المُوافقة لِسنة 1425م، عصى الأمير جُنيد بك بن إبراهيم الآيديني الدولة العُثمانيَّة، واستولى على إمارة آيدين، التي أعاده إليها السُلطان مُراد بعدما عفا عنه مُجددًا، رُغم دوره الأساسي في فتنة الشاهزاده مُصطفى بن بايزيد، وتمرُّده وعصيانه سابقًا في عهد السُلطان مُحمَّد الأوَّل. ولم يكتفِ جُنيد بك هذه المرَّة بِخلع تبعيَّته لِلعُثمانيين، بل حرَّض بيزنطة والإمارات الأناضوليَّة والبُندُقيَّة ضدَّ السلطنة، لِذلك قرَّر السُلطان مُراد استئصال هذا الأمير، فأرسل إلى بكلربك الأناضول عرُّوج بك بن تيمورطاش أن يتولَّى هذه المُهمَّة، فسار وأغار على بلاده، لكنَّ الموت أدركه فلم يُكمل مُهمَّته، فكلَّف مُراد الثاني حاكم أنقرة حمزة بك، شقيق الصدر الأعظم بايزيد باشا الأماسيلِّي الذي قُتل أثناء فتنة الشاهزاده مُصطفى چلبي، بِمُحاربة جُنيد بك ووضع حدٍ لِخطره. وكلَّف السُلطان أيضًا نسيب بايزيد باشا، المدعو خليل يخشي بك الرومي، مُطاردة الأمير الآيديني والقضاء عليه. التقت الجُيُوش العُثمانيَّة بِجيش جُنيد بك، يقوده ولده «قورد حسن بك»، قُرب مدينة آق حصار حيثُ دارت بينهم معركة انهزم فيها الآيدينيين، ووقع قورد حسن وعمِّه في الأسر، فأُرسلا إلى گليپولي حيثُ زُجَّا في السجن، أمَّا جُنيد بك، فتمكَّن من الهرب من إزمير والتجأ إلى حصن أپسالا الواقع على بحر إيجة، مُقابل جزيرة شامُس، حيثُ حاول الاتصال بِالبنادقة لِإنقاذه، لكنَّ حمزة بك وصل سريعًا وضرب الحصار على أپسالا من البر والبحر، ولمَّا يئس جُنيد بك من وُصُول المدد، وفشل في استقطاب القرمانيين لِتخفيف الضغط عنه، اضطرَّ إلى الاستسلام بِشرط عدم المس بِحياته، فأُخذ أسيرًا مع من تبقَّى من بني آيدين. ويبدو، كما يتبيَّن من الأحداث، أنَّ جُنيد بك قاوم حتَّى سنة 829هـ المُوافقة لِسنة 1426م، وبجميع الأحوال فإنَّ كُلٍ من حمزة بك وخليل يخشي بك لا يبدو أنَّ كانت لهما نيَّة الإبقاء على حياة الأمير الأسير، فقتلاه خنقًا مع أتباعه وأقاربه انتقامًا لِبايزيد باشا، وبِمقتله، تخلَّصت الدولة العُثمانيَّة من أبرز الخونة الذين خانوا عهدها أكثر من مرَّة، ولمَّا علِم السُلطان مُراد بِمقتل جُنيد بك، أمر بِإعدام أخيه وابنه قورد حسن المسجونان في گليپولي، فنُفِّذ الأمر، وبِذلك لم يبقَ أحدٌ على قيد الحياة من بني آيدين، فانقطعت سُلالتهم وآلت بلادهم إلى الدولة العُثمانيَّة، ووزَّعها السُلطان على أُمرائه. وكان أمير مُنتشا أحمد بك بن إلياس قد استغلَّ انشغال الدولة العُثمانيَّة بِمُشكلة جُنيد بك، فهرب من منفاه في الدولة الآق قويونلويَّة ونجح في استرداد عرش آبائه إلى أن هُزم جُنيد بك، فاضطرَّ إلى الهرب مُجددًا والعودة من حيث أتى، فأخذ السُلطان مُراد أراضي تلك الإمارة وجعلها سُنجقًا عُثمانيًّا، وأقطعها لِأقدم أُمرائه «بلبان باشا».