تقطف الثمار التامة النضج بعناية وتجمع في أكوام، ثم تفتح وتستخرج منها البذور مع اللب المحيط بها، تجفف البذور في أحيان نادرة في الشمس بدون تخمير مسبق ( أنواع الأريا والماشالا من أمريكا الجنوبية ). يخمر بحمل المحصول قبل خطوة التجفيف وتنقل البذور في هذه الخطوة، مع اللب الملتصق بها، إلى أكوام أو خنادق أو قاعات تخمير أو سلل أو صناديق أو براميل مثقبة، وتترك لتتخمر، مدة 2-8 أيام، على حسب النوع . ونمزج الحبوب من حين لآخر للسماح لأكسجين الهواء بالدخول. ترتفع في هذه الأثناء درجة الحرارة بسرعة لتصل 45-250م وتفقد بذلك مقدرتها على الإنتاش. يحدث التخمر الكحولي في البدء، الذي ما يلبث أن ينتهي بإنتاج حمض الخل، كذلك يحدث تشكل مواد الرائحة والنكهة والتحول الجزئي للمواد الفيتولية اللاذعة، ويتفكك اللب الملتصق إنزيمية ويتحول إلى سائل، ما يلبث أن يتصفى على شكل عصارة تخمر. كذلك تحدث تفاعلات بين مكونات البذور واللب. وبعد انتهاء التخمر يمكن غسل البذور ( جافا، وسيريلانكا ) ، وتجفيفها حتی يهبط محتواها من الرطوبة إلى 6-8%. تكون البذور الجيدة التخمر في هذه المرحلة، على شكل حبات متجانسة اللون تميل إلى البني الغامق، تنفصل إلى فلقات بسهولة، أما الحبوب غير الناضجة وغير جيدة التخمر فتكون ناعمة في مظهرها ( بنفسجي ) لكنها ليست ذات جودة عالية تخضع الكاكاو المستوردة من قبل البلدان التي تستهلكها، إلى مزيد من المعالجة، فتنظف حبوب الكاكاو في سلسلة من العمليات وتفصل على حسب الحجم لتسهيل التحميص المتجانس في الخطوة التي تلي. ويزداد الميل لإجراء عملية التحميص على شكل عملية من خطوتين. ويؤدي التحميص إلى خفض محتوى الحبات من الرطوبة إلى 3% ، ويسهم في مزيد من أكسدة المركبات الفينولية ونزع حمض الخل والاسترات الطيارة والمركبات الأخرى ذات الرائحة غير المرغوب بها وإن بيوض الحشرات ويرقاتها تتلف في هذه العملية وتتعزز رائحة الحبات وغمق لونها وتتقسى البذور وتصبح أكثر قصافة كما تتخلخل القشور وتصبح إزالتها أكثر سهولة بسبب التفاعلات الإنزيمية والحرارية. وتتحدد معاملات تحميص الحبات ومداها بدرجة النضج ومحتوى الحبات من الرطوبة وأنواع الحبات وحجومها وخطوات المعالجة المبدئية التي أخضعت لها في البلد المنشأ. تجري عملية التحميص في خطوتين: الأول في مرحلة تجفيف، يليها مرحلة تتكون فيها مواد الرائحة الهامة. تسخن الكاكاو الإفريقية المنشأ إلى درجة حرارة 120-130م، والكاكاو من النوع العالي الجودة إلى درجة حرارة أقل من 130 ° م مدة 30 دقيقة. يبلغ الفقد الذي يسببه التحميص نحو 5-8% . وكما كانت الحال مع القهوة، تبرد حبات الكاكاو المحمصة نورة لتحاشي التحميص الجائر. وتكون أدوات التحميص إما بالدفعة أو مستمرة. ويحصل نقل الحرارة إما مباشرة عبر سطح مسخنة أو بتيار من الهواء الساخن، دون أن يتسبب ذلك باحتراق القشرة . يستمر التحميص نحو 10-35 دقيقة، وذلك على حسب المدى المطلوب. تنقل الحبيبات المحمصة، بعد التبريد، إلى آلات تذرية للتخلص من القشور والجذيرات ( هذه مذاق غير مستحب وتكسب شراب الكاكاو خواص غير مستحبة أخرى ). تتكسر الحبات أثناء التذرية بعض الشيء، لتبقى القشور والكسارة بأحجام كبيرة ويتحاشی تشكل الغبار. تعطي عملية التأرية نحو 78-80% من الكسارة و10-12% من القشور مع قدر ضئيل من الجذيرات، ونحو 4% من قسيمات الكاكاو الناعمة والسقط. يحسب المردود على أساس وزن الحبات الخام . ما تزال دائمة كسارة الحبيبات الكاملة، سواء أكانت بحففة أم محمصة، مقشورة أم منزوعة البذور أو مكسرة، ما تزال مشوبة بنحو 1.5-2% من القشور وأغلفة البذور. يتكون السقط الناتج عن تنقية مخلفات الكاكاو، من قسيمات كسارة الحبيبات الناعمة، ويحتوي نحو 10% من القشور وأغلفة البذور والبذور، ومع أن قشرة الكاكاو تعد مادة تفاية ذات فائدة لا تذكر، إلا أنه بالإمكان استخدامها في استرجاع الثيوبرومين، وإنتاج الكربون الفعال أو كمادة علف للماشية، أو بديل للفلين، أو بديل لل ( شاي قشرة الكاكاو )، ويمكن استعمالها بعد استخلاص الدهن منها، سمادا، أو وقودا. يعد تحري قشور الكاكاو في الكشف عن الغش في الكاكاو عملية واعدة إذا كان مرتكزة إلى الكاشف من حمض الليغنوسيريك تربت امید ( LAT ) وحمض البهنك تربت امید ( BAT ) اللذين يوجدان بنسبة 2:1 في قشور الكاكاو. يفصل هذان المركبان من التربتامید با HPLC ويكشفان بكاشف تفلور، ويمكن بالتالي تعيينهما كمية بدقة عالية. تحتوي قشور الكاكاو -395 330 ميكروغرام / غ من LAT مع BAT، أما الفلقة فلا يتجاوز 7-10 ميكروغرام\غ.