CALM/arwiki huggingface dataset:
الدهنيات هي مجموعة متنوعة ومتواجدة في كل مكان للمركبات التي لها العديد من الوظائف الإحيائية الأساسية، مثل العمل بوصفها مكونات هيكلية لأغشية الخلايا، بمثابة مصادر تخزين للطاقة والمشاركة في تأشير المسارات. قد تعرف الدهنيات عموما بأنها هيدروفوبي أو جزيئات صغيرة متقابلة الزمر التي تنشأ كليا أو جزئيا من نوعين مختلفين من الوحدات الفرعية الكيميائية الحيوية أو "لبنات البناء: " مجموعات الكيتو اسيل وأيسوبرين. إن التنوع الهيكلي الهائل الموجود في الدهنيات ينشأ من التركيب الحيوي لمجموعات عدة من لبنات البناء. على سبيل المثال، الغلايسيرفسفوليبيدس يتكون من الجلسرين بشكل أساسي ويرتبط إلى واحدة من المجموعات العشرة الرئيسية الممكنة، وأيضا إلى سلاسل أسيل الدهنية 2 / سلاسل ألكان، والتي بدورها يمكن ان تملك 30 أو أكثر من البنى الجزيئية المختلفة. في الممارسة العملية، لا يتم الكشف عن كافة التبديلات الممكنة تجريبيا، وذلك بسبب سلسلة التفضيلات بالاعتماد على نوع الخلايا وكذلك لحدود الاكتشاف—ومع ذلك تم اكتشاف عدة مئات من أنواع الغلايسيرفسفوليبيدس الجزيئية المتميزة في خلايا الكائنات الثديية.
التقنيات التجريبية.
استخلاص الدهنيات.
معظم طرق استخراج الدهنيات وعزلها من العينات البيولوجية باستغلال قابلية الذوبان العالية للسلاسل الهيدروكربونية في المحاليل العضوية. نظرا للتنوع في الفئات الدهنية، فمن غير الممكن احتواء كافة الفئات بطريقة استخلاص مشتركة. الإجراء التقليدي بليغ/ داير يستخدم كلوروفورم / بروتوكولات الميثانول الأساسية والتي تشمل فترة التجزئة في داخل الطبقة العضوية. هذه البروتوكولات تعمل بشكل جيد نسبيا لمجموعة متنوعة من الدهنيات المتصلة من الناحية الفيزيولوجية كذلك يتعين ملائمتها لكيمياء الدهنيات المعقدة ومنخفضة الوفرة والمستقلبات الدهنية اللامستقرة عندما كان يتم استخدام التربة العضوية فان السيترات العازلة من استخلاص المزيج أعطت كميات أكبر من الدهنيات الفوسفاتية أكثر الاستات العازلة، تريس أو H2O أو الفوسفات العازلة
فصل الدهنيات.
أبسط طريقة للفصل الدهنيات هو استخدام طبقة استشراب رقيقة (تي ال سي) وإن لم تكن حساسة مثل غيرها من أساليب اكتشاف الدهنيات، فإنها توفر وسيلة فحص سريعة وشاملة لتقنيات سابقة أكثر حساسية وتعقيدا. استخلاص خلاصة المرحلة الصلبة ((اس بي اي)) مفيد للانفصال التحضيري السريع للمخاليط الدهنية الخام إلى طبقات دهنية مختلفة. وهذا ينطوي على استخدام الأعمدة المجمدة التي تحتوي على السيليكا أو مراحل ثابتة أخرى لفصل الغليسيروفوسفوليبيدز والأحماض الدهنية واستيرات الكوليسترول، والغليسيروليبيدز، والستيرولات من مخاليط الدهن الخام، ويستخدم الاستشراب السائل ذو الأداء العالي على نطاق واسع (الاستشراب السائل عالي الأداء أو LC) في تحليل اللبيديات لفصل الدهون قبل التحليل الشامل. ويمكن انجاز الفصل إما عن طريق مرحلة طبيعية منHPLC)الاستشراب السائل عالي الأداء(أو عكس مرحلة HPLC). على سبيل المثال، المرحلة الطبيعية HPLC تفصل على نحو فعال الغليسيروفوسفوليبيدز على أساس رأس مجموعة الاستقطاب، في حين عكس المرحلة HPLC فعالة بفصل الأحماض الدهنية مثل ايكوسانويدز على أساس طول السلسلة، ودرجة التشبع والاستبدال. HPLC من الدهون إما أن يتم تنفيذها حاليا أو عبر الإنترنت حيث يتم إدماج شطافة مع مصدر التأين لمطيافية الكتلة.
اكتشاف الدهون.
وقد تسارع التقدم في علم الدهنيات الحديث بشكل كبير من خلال تطوير أساليب التحليل الطيفي عموما وتقنيات التأيين اللين لقياس الطيف الكتلي مثل التأين بالرش الكهربائي (اي اس آي) ) والنسيج الغشائي الذي يتلقى مساعدة بنضح الليزر (MALDI) على وجه الخصوص. التأين " اللين" لا يسبب تجزئة واسعة النطاق، حتى يتسنى لها اكتشاف شامل لمجموعة بأكملها من الدهون داخل خليط معقد ويمكن ان تعزى للظروف التجريبية أو حالة المرض. وبالإضافة إلى اي اس آي و MALDI فان تقنية تأين الضغط الجوي الكيميائية (APCI) أصبحت تحظى بشعبية متزايدة لتحليل الدهون غير القطبية
اي اس آي-مطيافية الكتلة.
اي اس آي- مطيافية الكتلة تطورت مبدئيا بواسطة فين وزملاؤه لتحليل الجزيئات الحيوية. وتعتمد على تشكيل الأيونات الغازية من القطبية وقابليتها للتغيير حراريا ومعظم هذه الجزيئات من الجزيئات غير المتطايرة، وبالتالي فهي مناسبة كليا لمجموعة متنوعة من الدهون. وهذه هي طريقة التأين اللينة التي نادرا ما تعرقل الطبيعة الكيميائية للعينة المراد تحليلها قبل تحليل الكتلة. وقد تم تطوير العديد من أساليب اي اس آي- مطيافية الكتلة لتحليل مختلف الطبقات والفئات الفرعية وأنواع الدهون الفردية من مستخلصات بيولوجية. وقد تم في الآونة الأخيرة نشر مراجعة شاملة لهذه الأساليب وتطبيقاتها. وتشمل المزايا الرئيسية ل اي اس آي-مطيافية الكتلة من مثل الدقة العالية والحساسية وإعادة الإنتاج وتطبيق تقنية لإيجاد حلول معقدة دون الرجوع للاشتقاق المسبق. هان وزملاء ه طوروا طريقة تعرف باسم " بندقية علم الدهنيات " والتي تنطوي على حقن مباشر من الدهون الخام المستخرجة إلى مصدر اي اس آي الأمثل لفصل الدهون داخل المصدر استنادا إلى خصائصها الكهربائية الجوهرية.
MALDI-مطيافية الكتلة.
مطياف الكتلة MALDI هو طريقة التأين اللينة المعتمدة على الليزر وكثيرا ما تستخدم لتحليل البروتينات الكبيرة، ولكنها كانت قد استخدمت بنجاح للدهون. ان الدهون مختلطة مع النسيج الغشائي، مثل 2،5 - حامض ديهيدروكسيلبينزوديك (حمض جيني) وتطبيقها على عينة حاملة بوصفها بقعة صغيرة. ويتم بهذه الطريقة أطلاق الليزر على بقعة ويقوم النسيج الغشائي بامتصاص الطاقة، والتي يتم نقلها بعد ذلك إلى المحلل، مما يؤدي لتأيين الجزيء MALDI فترة الهروب(حركة سريعة) (MALDI - TOF) أصبحت مطيافية الكتلة نهجا واعدا جدا لدراسات علم الجينات، لا سيما بالنسبة لتصوير الدهون من شرائح الأنسجة.
APCI-مطيافية الكتلة.
ان مصدر APCI هو مماثل ل اي اس آي إلا أن الايونات تتشكل من تفاعل المذيبات الساخنة المراد تحليلها مع إبرة تفريغ الكورونا التي وضعت في جهد كهربائي عالي. يتم تشكيل الأيونات الأولية فورا في المناطق المحيطة بالإبرة، وهذا التفاعل مع المذيبات لتشكيل أيونات ثانوية يقوم يتأيين العينة في نهاية المطاف. APCI مفيد لا سيما لتحليل الدهون غير القطبية مثل ترياسيغليسيرولز والستيرول واسترات الأحماض الدهنية.
تقنيات التصوير.
لقد مكنت التطورات الأخيرة في طرق MALDI الاكتشاف المباشر للدهون في الوضع الطبيعي. ويتم إنتاج الكثير من ايونات الدهون المتصلة من خلال التحليل المباشر لشرائح الأنسجة الرقيقة عندما يتم الحصول على أطياف متسلسلة عبر سطح الأنسجة المغلفة بالنسيج الغشائي MALDI. ويمكن استخدام تفعيل الاصطدام في الأيونات الجزيئية لتحديد عائلة الدهون وفي كثير من الأحيان تحديد الناحية الهيكلية للأنواع الجزيئية. هذه التقنية تتيح اكتشاف سفينغوليبيدز والدهون الفوسفاتية ودهنيات الجليسرول في الأنسجة مثل الكلى والقلب والدماغ. وعلاوة على ذلك تم اكتشاف توزيع الكثير من الأنواع المختلفة من الدهون الجزيئية والتي غالبا ما تحدد المناطق التشريحية ضمن تلك الأنسجة.
ملفات تعريف علم الدهنيات.
ملفات تعريف الدهون هي قاعدة علوم الاستقلاب الموجهة والتي تقدم تحليلا شاملا لأنواع من الدهون داخل الخلايا أو الأنسجة. فمثلا ملفات التعريف القائمة على التأين بالرش الكهربائي بالتزامن مع مطياف الكتلة (ESI-MS/MS) قادرة على توفير البيانات الكمية وغير القابلة للتكيف مع تحليلات القدرة الإنتاجية المرتفعة. هذه الطرق القوية لنقل المورثات، هما الحذف و/ أو فوق التعبير لمنتج المورثات مقرونا مع علم الدهنيات يمكنها إعطاء نظرة ثاقبة وقيمة لدور المسارات البيوكيميائية. Lipid profiling techniques have also been applied to plants كما تم أيضا تطبيق تقنيات ملفات تعريف الدهون على النباتات [29] والكائنات الحية الدقيقة مثل الخميرة. ان مزيج بيانات علم الدهنيات الكمية بالتعاون مع البيانات المناظرة النسخية (باستخدام اساليب مصفوفة المورثات(وبيانات البروتين (بالاستخدام المتزامن لمطيافية الكتلة(كل هذا يتييح اتباع نهج للأنظمة البيولوجية للمزيد من الفهم المتعمق للاسقلاب أو مسارات إشارات الفائدة.
المعلوماتية.
أحد التحديات الرئيسية لعلم الدهنيات، لا سيما بالنسبة للمناهج المستندة إلى مطيافية الكتلة، تكمن في المتطلبات الحسابية والمعلوماتية الإحيائية لتناول كميات كبيرة من البيانات التي تظهر في مراحل عدة على طول تسلسل اقتناء المعلومات وتجهيزها. تجميع البيانات الاستشرابي ومطيافية الكتلة يتطلبان جهودا كبيرة في المحاذاة الطيفية والتقييم الإحصائي للتذبذبات في شدة الإشارة. ومثل هذه الاختلافات لها العديد من الأصول، بما في ذلك الاختلافات الإحيائية، والتعامل مع العينات ودقة التحليل.نتيجة لذلك يطلب عادة عدة نسخ متماثلة للتقارير الموثقة لمستويات الدهون في المخاليط المعقدة. خلال السنوات القليلة الأخيرة تم وضع عدد من حزم البرامج من قبل مختلف الشركات والمجموعات البحثية لتحليل البيانات الناتجة عن ملفات تعريف مطيافية الكتلة للاسقلاب، ويشمل ذلك الدهون. عادة فان معالجة البيانات لملفات التعريف التفريقية تمضي قدما خلال مراحل متعددة، بما في ذلك التلاعب بملف الإدخال وترشيح الطيف واكتشاف الذروة والمحاذاة الاستشرابية والتطبيع والتصور التخيلي وتصدير البيانات. مثال على برامج ملفات تعريف الاستقلاب هو التطبيق المجاني المتاح لجافا القائمة إلى Mzmine. بعض حزم البرامج من قبيل مشاهدة علامة تتضمن التحليل الإحصائي متعدد المتغيرات (على سبيل المثال، تحليل العنصر الرئيسي) وهذا سيكون مفيدا لتحديد الارتباطات في استقلاب الدهون المرتبطة مع النمط التكويني الفيزيولوجي، وخاصة لتطوير المؤشرات الحيوية المستندة إلى الدهون.وثمة هدف آخر جانبي لتقنية المعلومات لعلم الدهنيات ينطوي على إنشاء خرائط استقلابية من بيانات بنية الدهون والبروتينات المرتبطة بالدهون والمورثات. البعض من مسارات الدهون هذه معقدة للغاية، على سبيل المثال مسار غليسوسفينغوليبيدز في الثدييات. إن إنشاء قواعد بيانات قابلة للبحث والتفاعل للدهون والدهون المرتبطة بالمورثات / البروتينات هي أيضا مصدر هام للغاية بوصفه مرجعا لمجتمع علم الدهنيات. إن إدماج قواعد البيانات هذه مع مطيافية الكتلة وغيرها من البيانات التجريبية وكذلك مع شبكات الاستقلاب يتيح فرصة لابتكار استراتيجيات علاجية لمنع أو عكس هذه الحالات المرضية والتي تنطوي على اختلال وظيفي لعمليات الدهون المرتبطة.
اعتلال الشبكية هو ضرر حاد أو مزمن في شبكية العين. قد يحدث ويتطور اعتلال الشبكية بسبب التهابات مستمرة في العين أو تغيرات في الأوعية الدموية المغذية لها دون أن يشعر بها المريض. اعتلال الشبكية قد يكون عرض مصاحب لأمراض أخرى في الجسم كالضغط أو السكري في كثير من الأحيان. اعتلال الشبكية السكري هو أحد أهم أسباب العمى عند كبار السن.
فسيولوجية المرض.
بعض أسباب اعتلال الشبكية تشمل:
الكثير من أنواع اعتلال الشبكية هي من النوع التكاثري الناتج عن تكون أوعية دموية جديدة في الشبكية. تكاثر هذه الأوعية الدموية هو المسبب الرئيسي للعمى أو لاتطراب شديد في البصر خصوصا إن كانت بقعة الشبكية أو مركز الإبصار متأثر بهذا التكاثر.
في بعض الحالات النادرة قد يحدث اعتلال الشبكية نتيجة أمراض جينية مثل متلازمة آلستروم ومتلازمة باردت بيدل.
يتم تشخيص اعتلال الشبكية من قبل طبيب عيون من خلال فحص العين. طريقة العلاج تعتمد على المرض المسبب لاعتلال الشبكية.
كشف المرض عن بعد.
هناك برامج تطبيب عن بعد (Telemedicine) تسمح بأخذ صور للشبكية بواسطة كاميرات وأجهزة مختصة في العيادات الأولية ومن ثم إرسال الصور إلكترونيا إلى مختصين في أماكن أخرى لمراجعتها. في 2009، أقام مركز صحة المجتمع برنامج تطبيب عن بعد يهتم بالكشف عن اعتلال الشبكية السكري لمرضى السكري ذوي الدخل المحدود كجزء من زيارتهم السنوية لمركز الصحة المعتمد.
العلاج يعتمد على سبب اعتلال الشبكية وقد يتضمن العلاج بالليزر للشبكية. أظهرت العلاجات الحديثة التي تستهدف تكاثر الأوعية الدموية وتحد منها نتائج واعدة. يلعب عامل نمو بطانة الأوعية الدموية (Vascular endothelial growth factor) دورا هاما في تحفيز تكاثر الأوعية الدموية. وجدت الأبحاث أن استخدام مثبطات عامل النمو البطاني الوعائي يؤدي إلى انخفاض ملحوظ في مدى تكاثر الأوعية الدموية. وهناك عدة علاجات بمثبطات عامل النمو البطاني الوعائي تحت الدراسات الاكلينيكية والمخبرية.
اتطلع أيضا على.
أمراض العين
نظرية فلوجيستون هي النظريات العلمية المستبدلة، تفترض أن عنصرا مثل النار يسمى فلوجيستون، الموجودة ضمن الهيئات القابلة للاحتراق، التي يتم تحريرها خلال الاحتراق. اسم يأتي من اليونانية القديمة φλογιστόν الفلوجستون ('حرق')، من φλόξ phlóx ("لهب"). وردت لأول مرة في 1667 من قبل يوهان يواكيم بيشر. حاولت النظرية شرح عمليات الاحتراق مثل الاحتراق والصدأ، التي أصبحت الآن تعرف باسم الأكسدة.
"المواد" نظرية فلوجستون تنص على أن المواد التي تحتوي على فلوجستون ودى فلوجستون عند احتراقه.
قال بشكل عام، فإن المواد التي تحرق في الهواء لابد أن تكون غنية بمادة فلوجيستون. وحول حقيقة أن الاحتراق يتوقف تقريبا في مكان مغلق فإن هذا دليل على أن الهواء لديه القدرة فقط على استيعاب كمية محدودة من فلوجيستون. عندما يكون الهواء قد أصبح مشبعا تماما بالفلوجستون فإنه لن يعمل على دعم احتراق أي مادة، ولن يسفر أى معدن ساخن عن أن يصدر أية calx. ولا يمكن لآى هواء مشبع بالفلوجستون أن يدعم أية حياة. وكان يعتقد أن التنفس يسهم في إخراج الفلوجيستون خارج الجسم.
وهكذا، فإن وصف بيشر لعملية فلوجيستون أنه أوضح من خلال عملية الاحتراق التي كانت عكس ذلك من نظرية الأكسجين.
على هذا الاعتبار نجد أن نظرية الفلوجستون قريبة الشبه من النظرية القديمة والتي آمن بها اليونانيون وهي أن المادة تتكون من الهواء والنار والماء والتراب، ثم تحولت الحقيقة الأولى إلى اسم الفلوجستون ومن خلال تلك النظرية رأوا الفلزات كأنها مصنوعة من فضلات إتحدت مع الفلوجستون كما عرف الهواء على أنه "الوعاء" الذي يحوي الفلوجستون.
من هنا فحسب هذه النظرية تكون كل المواد القابلة للاشتعال مركبات وليس عناصر وهي مركبات تحوي الفلوجستون. لقد بقيت النظرية منتشرة طوال القرنين السابع عشر والثامن عشر رغم تعرضها المتطرد للنقد من قبل علماء آخرين حتى جوزيف بريستلي مكتشف الأكسجين (كما يدعي الغرب) ظل معتنقا تلك النظرية رغم تناقض اكتشافه مع تلك النظرية إلى أن جاء لفوازييه وفسر أمر الاحتراق بتفاعل الأكسجين مع العناصر المختلفة وبذلك اخذت الأكسدة مكان نظرية الفلوجستون.
خلال القرن الثامن عشر، وأصبح واضحًا أن المعادن تكتسب كتلة عندما تتأكسد، إعتبر فلوجيستون بشكل متزايد على أنه 'مبدأ' بدلاً من جوهرا ماديا . بحلول نهاية القرن الثامن عشر، فإن عددا قليلا من الكيميائيين الذين لا يزالون يستخدمون تعريف فلوجيستون، وارتبط هذا المفهوم بالهيدروجين. جوزيف بريستلي، على سبيل المثال، في إشارة إلى تفاعل بخار الحديد، في حين أنه اعترف تماما بأن الحديد يكتسب كتلة لأنه يتحد مع الأكسجين لتشكيل calx مكونا أكسيد الحديد، ويفقد الحديد أيضا "أساس من الهواء القابلية للاشتعال (الهيدروجين)، وهذا هو الجوهر أو المبدأ الذي على أساسه يعطي اسم فلوجيستون.” التالية افوازييه في وصف الأكسجين باسم 'مبدأ الأكسدة (ومن هنا اسم الأكسجين: أوكسوس = حاد، حامض، geneo = تولد، إنتاج)، وصف بريستلي فلوجيستون باسم 'مبدأ القلوية'.
بقي فلوجيستون النظرية السائدة حتى 1780 عندما أظهر أنطوان لافوازييه أن الأمر يتطلب احتراق الغاز الذي لديه كتلة (الأكسجين) ويمكن قياسها عن طريق وزن أوعية مغلقة. استخدام أوعية مغلقة أيضا ألغت فرضية الطفو التي أخفت كتلة غازات الاحتراق. تحل هذه الملاحظات المفارقة الجماعية وتعد الساحة العلمية لنظرية جديدة السعرات الحرارية حول الاحتراق.
هذه المقالة هي عن مجموعة برامج فاستا. لأجل صيغة الملف, أنظر صيغة فاستا.
فاستا هو مجموعة برامج الحمض النووي والتراصف التسلسلي للبروتين وصفت لأوّل مرّة (FASTP) من قبل دايفيد ج.ليبمان وويليام ر.بيرسون في عام 1985.
برنامج FASTP الأصلي تمّ تصميمه لبحوث التشابه التسلسلي للبروتين. أضاف فاستا القدرة لعمل الحمض النووي: بحوث الحمض النووي, البروتين المترجم: بحوث الحمض النووي, ويوفّر أيضاً برنامج تعديل أكثر تطوّراً لتقييم الاهمية الإحصائيّة. هناك العديد من البرامج في هذه المجموعة التّي تسمح باصطفاف سلاسل البروتين وسلاسل الحمض النووي.
فاستا تعني "سريع-دائماً", وتؤيّد "سريع بأكمله", لأنها تعمل بأيّ أبجديّة, امتداد ل"فاستا-ب" (بروتين) و"فاستا- ن" (نوكليوتيدات) صفّ.
مجموعة فاستا الحاليّة تتضمّن برامج للبروتين: البروتين, الحمض النووي: الحمض النووي, البروتين: الحمض النووي المترجم (مع تحوّلات الوظيفة), وعمليات بحث الببتيد المنظّمة وغير المنظّمة. الإصدارات الحديثة من مجموعة فاستا تتضمّن خوارزميّات بحث مترجمة خاصّة الّتي تعالج بشكل صحيح أخطاء تحولات الوظيفة (الّتي لا تعالجها عمليات بحث الوظائف الستّة المترجمة) عند مقارنة النكليوتيد إلى بيانات سلسلة البروتين.
بالإضافة إلى طرق البحث الإرشاديّة السّريعة, مجموعة فاستا SSEARCH، التطبيق الأمثل لخوارزمية سميث واترمان.
التركيز الأهمّ للمجموعة هو حساب إحصائيّات التشابه الدّقيقة, بحيث يستطيع علماء الأحياء أن يحكموا فيما إذا كان من المرجّح أنّ الصفّ حدث عن طريق الصدفة, أوفيما إذا يمكن استخدامها لاستنتاج التناظر.مجموعة فاستا متاحة من fasta.bioch.virginia.edu.
واجهة شبكة الانترنت لتقديم تسلسل لإدارة بحث لمعهد المعلوماتية الأوروبي قواعد البيانات على الإنترنت متوافرة أيضاً باستخدام برامج فاستا.
صيغة ملف فاستا المستخدمة كمدخل لهذه البرامج تستعمل الآن بشكل كبير من قبل أدوات بحث قاعدة بيانات بتسلسل آخر (مثل أداة بحث الاصطفاف المحلية الأساسية) وبرامج اصطفاف التسلسل (كلوستال، تي-كوفي ,الخ).
طريقة البحث.
فاستا يأخذ سلسلة النكليوتيد أو الحمض الأميني المعينة ويبحث قاعدة بيانات السلسلة المقابلة باستخدام التراصف التسلسلي المحلي لإيجاد نظائر لسلاسل قاعدة بيانات مماثلة.
برنامج فاستا يتبع طريقة إرشادية على نطاق واسع التّي يساهم في السّرعة العالية لتنفيذها. إنه يلاحظ أوليّاً نمط ضربات الكلمة, نظائر كلمة إلى كلمة بطول معيّن, وتعيين النظائر المحتملة قبل إنجاز البحث المحسّن الأكثر مضيعة للوقت باستخدام خوارزمية نمط سميث واترمان.
الحجم المأخوذ بعين الاعتبار, معطى من قبل ktup البارامتر, يتحكّم بحساسية وسرعة البرنامج. زيادة قيمة ktup ينقص عدد الضربات الخلفية الّتي يتمّ العثور عليها. من ضربات الكلمة الّتي تُرجع البرنامج يبحث عن القطاعات الّتي تحتوي على مجموعة من الضربات القريبة. ثمّ يتحقّق من هذه القطاعات لنظير محتمل.
هناك بعض الاختلافات بين fastn و fastp وفقاً لنوع التسلسلات المستخدمة لكن كلاهما يستخدمان أربع خطوات ويحسبان ثلاث درجات لوصف وصياغة نتائج التشابه التسلسلي.وهذه هي:
Ktup=2 يؤخذ كثيراً من قبل المستعملين لسلاسل البروتين و Ktup=4 أو 6 لسلاسل النكليوتيدات. الأليغو نكليوتيدات القصيرة غالباً يتمّ تشغيلها مع Ktup=1. ثمّ يجد البرنامج جميع المناطق المحلية المماثلة, ممثّلاً كأقطار بطول محدّد في الرسم البياني, بين التسلسلين الاثنين من خلال عدّ مطابقات Ktup وإعاقة عدم المطابقات المعترضة. بهذه الطريقة, المناطق المحلية ذات الكثافة الأعلى المكافئة بقطر معزولة عن الضربات الخلفية. لسلاسل البروتين قيم قوالب مصفوفة بدائل الحمض الأميني تستخدم لتسجيل نظائر ktup. هذا يضمن أنّ مجموعات من المتطابقات بأعداد عالية من التشابه تساهم أكثر للنتيجة القطرية المحلّية من المتطابقات بأعداد منخفضة من التشابه. سلاسل النكليوتيد تستخدم مصفوفة المتطابقة للغاية نفسها. أفضل 10 مناطق محليّة مختارة من جميع الأقطار مجتمعة يتمّ حفظها بعد ذلك.
إعادة تفحص المناطق العشرة المأخوذة. هذه المرة باستخدام مصفوفات التسجيل المرتبطة أثناء إعادة التسجيل للسماح بنقل متطابقات أقصر من قيمة ktup. أيضاً أثناء إعادة تسجيل الاستبدالات المقاومة التي تساهم في المحافظة على نقاط التشابه يتمّ اتخاذها. رغم أنّ سلاسل البروتين تستخدم مصفوفات قوالب مصفوفة بدائل الحمض الأميني، لتسجيل المصفوفات على أساس الحدّ الأدنى لعدد تغييرات القاعدة المطلوبة لاستبدال محدّد, على المتطابقات وحدها, أو على قياس بديل للتشابه مثل النقطة القابلة للتغير، يمكن استخدامها أيضاً مع البرنامج. لكل من هذه المناطق القطريّة المعاد تفحصها بهذه الطريقة, المنطقة الثانوية بالدرجة القصوى يتمّ تعيينها. المتطابقات الأوليّة التي وجدت في الخطوة الأولى يتمّ استخدامها لترتيب تسلسل المكتبة. الدرجة الأعلى يشار إليها بدرجة nit1.
هنا البرنامج يحسب التراصف المثالي للمناطق الأولية كمجموعة من المناطق المتوافقة بالدرجة القصوى. هذا التراصف المثالي للمناطق الأولية يمكن حسابه بسرعة باستخدام خوارزمية البرمجة الديناميكية. الدرجة الناتجة initn تستخدم لتصنيف السلاسل المكتبية. عملية الانضمام هذه تزيد الحساسيّة ولكن تنقص الانتقائيّة. قيمة الفرق المحسوبة بعناية هي بالتالي تستخدم للتحكم بمكان تنفيذ هذه الخطوة, القيمة الّتي تكون تقريباً ذات انحراف معياري واحد فوق معدّل الدرجة المتوقّع من سلاسل غير مرتبطة في المكتبة. تسلسل استفسار 200-بقايا مع ktup2 يستخدم قيمة 28.
هذه الخطوة تستخدم خوارزمية سميث واترمان الموحّدة لإحداث الدرجة المحسّنة (opt) لكل تراصف من تسلسل الاستفسار إلى تسلسل قاعدة البيانات (المكتبي). إنّه يأخذ مجموعة من 32 بقايا تركّزت على منطقة init1 من الخطوة 2 لحساب التراصف المثالي. بعد أن يتمّ فحص جميع السلاسل يقوم البرنامج بتعيين موقع الدرجات الأوليّة لكل تسلسل قاعدة بيانات في الرسم البياني، ويحسب الأهمية الإحصائيّة لدرجة "opt". لسلاسل البروتين, التراصف النهائي ينتج باستخدام تراصف سميث واترمان كامل.
لسلاسل الحمض النووي DNA، يتمّ تجهيز تراصف موحّد.
ماتيا ماتيفسكي (بالمقدونية Матеjа Матевски، ولد في إسطنبول يوم 13 مارس 1929)، شاعر مقدوني وناقد مسرحي ومترجم، عضو في أكاديمية العلوم والفنون المقدونية ورئيسها في 2001 – 2004. يعتبر من رواد الشعر المقدوني المعاصر.
تخرج من كلية الآداب في سكوبيه، ثم عمل محرراً في الراديو، ومنذ سنة 1967 كان مدير راديو وتلفزيون سكوبيه. عمل رئيس تحرير لعدد من المجلات كما درّس تاريخ الدراما في كلية الفنون المسرحية في سكوبيه. ترأس وكان فترة رئيس لجنة مهرجان أمسيات ستروغا الشعرية.
حصل على جائزة الإكليل الذهبي في سنة 2011.
نُشر له نحو ثلاثين كتاباً شعرياً، وتُرجمت قصائده إلى عشرين لغة. كما نشر نحو أربعين كتاباً من الترجمات الشعرية عن اللغات الإسبانية والفرنسية والروسية والصربية والسلوفينية والألبانية.
التهاب الشبكية (بـالأنجليزية Retinitis) يتلازم عادة مع التهابات الجسم الزجاجي والأوعية الشبكية وأوعية المشيمية. هذا الاعتلال يؤدي عادة إلى تكاثر الخلايا في الجسم الزجاجي، وإذا ازداد هذا بدرجة خطيرة فسوف تتأثر الرؤية، وإذا تأثرت منطقة البقعة بالالتهاب فسيؤدي هذا إلى فقدان الرؤية المركزية.
التهاب الأوعية الدموية للشبكية (بـالأنجليزية Retinal vasculitis) هو مصطلح عام لوصف التهاب شبكية العين. هذا قد يكون نتيجة مرض ابتدائي في العين مثل التهاب الشبكية الصباغي والرمد التعاطفي(بالأنجليزية Sympathetic ophthalmia), كما أنه يمكن أن يكون ثانوي مصاحب لبعض الالتهابات العامة في أجهزة الجسم.
أسباب التهاب الشبكية الثانوي.
العدوى الطفيلية.
1 - داء المقوسات : (بـالأنجليزية Toxoplasmosis) العدوى في هذا المرض تكون بنوع من الطفيليات يسمى التكسوبلازما، وهو النوع المسبب لالتهاب الشبكية الأكثر شيوعا في الأشخاص الذين يعانون خلل في المناعة مثل مرضى نقص المناعة المكتسبة المعروف بـ الإيدز. العدوى قد تكون نتيجة تنشيط في بؤرة قديمة مصابة بالطفيل الذي تم اكتسابه من الأم قبل الولادة (وتظهر نتيجة خلل المناعة), أو تكون العدوى بعد الولادة. يتسبب المرض في مجموعة من الإصابات في الشبكية تكون نهايتها جميعا تندب الشبكية (بـالأنجليزية ). تأثير المرض على حدة الإبصار يتوقف على مكان تندب الشبكية في قاع العين.
أعراض المرض غالبا تظهر في عمر ما بين 10 و35 سنة، مع وجود اختلافات في الأعراض في الأعمار المختلفة. في الأطفال تشمل الأعراض انخفاض حدة الإبصار، حول العين، وقاع العين الأبيض (بالأنجليزية Leucocoria). أما في الشباب والكبار فتشمل الأعراض انخفاض الرؤية, الذبابة الطائرة (أجسام عائمة في السائل الزجاجي), رهاب الضوء (بالأنجليزية Photophobia), والآلام. مرضى الإيدز عادة يعانون من آلام ملحوظة، مع امتداد الإصابة للجزء الأمامي من العين.
علاج الحالة يهدف إلى التقليل من مخاطر ضعف البصر الدائم عن طريق تقليل حجم ندبة الشبكية الناتجة من المرض، وكذلك منع تكرار الحالة الحادة للمرض والتي تؤدي إلى مضاعفات أخطر. أيضا لابد من متابعة الفئات المعرضة للمرض كهؤلاء الذين يعانون من نقص المناعة والحوامل. العلاج يشمل قطرات الاستيرويد (بالأنجليزية Corticosteroids) الموضعية (لا حقن), ومضادات التوكسوبلازما مثل سلفاديازين، كلينداميسين، وازيثروميسين . نتيجة العلاج تكون جيدة في الأشخاص ذوي المناعة الطبيعية، والمضاعفات تتوقف على مكان ندوب الشبكية.
2 - داء السهميات : (بـالأنجليزية Toxocariasis) يصيب هذا المرض الإنسان نتيجة الابتلاع العرضي لنوع من الديدان يصيب الكلاب والقطط يسمى توكسوكارا. يمكن أن يؤثر هذا الداء على الكبد والرئتين والعضلات والعين والدماغ. يصيب المرض العين في سن الطفولة والشباب عندما تهاجر اليرقات إلى الجزء الخلفي من العين، وعندما تموت اليرقات تسبب تفاعل التهابي في أغشية العين فينتج عنه أعراض ومضاعفات المرض.
الصورة العامة للمرض تظهر في ثلاثة أنواع : التهاب داخل العين، مزمن ومنتشر (بـالأنجليزية Endophthalmitis) وهو عادة يظهر بين عمر سنتين و9 سنوات. التهاب حبيبي (بـالأنجليزية Granuloma) في القطب الخلفي للعين، وهو عادة يظهر بين عمر 6 سنوات و14 سنة. التهاب حبيبي في أطراف الشبكية، وهو عادة يظهر من سن المراهقة إلى البلوغ. تطور الحالة المرضية قد يؤدي إلى التهاب القزحية, تليف الشبكية، وانفصال الشبكية الذي يؤدي إلى تدهور الرؤية بشكل كبير.
فحص المريض يبدأ باستطلاع التاريخ المرضي حيث يتبين أن الأطفال المصابين سبق لهم التعامل مع حيوانات كالكلاب والقطط مع إهمال النظافة العامة، ونظافة اليدين بوجه خاص. تظهر الأعراض في عين واحدة وتكون في صورة احمرار العين وانخفاض الرؤية وقاع عين أبيض (بـالأنجليزية Leucocoria), وأحيانا مع حول العين. الأعراض العامة في الجسم خارج العين عادة تحدث في الأطفال تحت سن الرابعة وتشمل الحمى والالتهاب الرئوي مع تشنج قصبي، وتضخم الكبد والطحال, والتهاب في عضلة القلب, ونادرا قد تحدث الوفاة.
العلاج يشمل مضادات للطفيليات, استيرويدات (بـالأنجليزية Corticosteroids), والجراحة أحيانا لمسح الجسم الزجاجي من الحطام أو لإصلاح الانفصال الشبكي المصاحب للحالة. نتيجة العلاج عادة تكون جيدة، ولكن هناك خطر من فقدان البصر في الحالات الشديدة.
3 - التهاب شبكي عصبي في إحدى العينين، منتشر ومتوسط الحدة : (بـالأنجليزية unilateral subacute neuroretinitis) هو مرض يحدث بشكل تدريجي، حيث يؤدي إلى تفاعل التهابي في الشبكية لمنتجات يرقات غير معلومة المصدر. يبدأ المرض في عين واحدة، ولكنه ليس دائما كذلك. هذا المرض أكثر شيوعا في الرجال عن النساء. تظهر الأعراض في الفترة العمرية من 20 إلى 30 سنة، يكون المرض معتدل الشدة في البداية ثم يصبح شديدا، وقد يؤدي إلى فقدان البصر.
تشمل الأعراض احمرار غير مريح بالعين، أجزاء من العتمة في مجال الابصار (بـالأنجليزية عتمة)، والذبابة الطائرة (بـالأنجليزية Musca volitans). بالإضافة لهذا يحدث تورم في القرص البصري (بـالأنجليزية Optic disc swelling)، والتهاب في الأوعية الدموية والسائل الزجاجي.
العلاج يشمل مضادات للطفيليات, وعلاج الشبكية بالليزر الضوئي. نتيجة العلاج تكون جيدة إذا تم تشخيص الحالة مبكرا.
العدوى الفيروسية.
1 - نخر الشبكية الحاد : (بـالأنجليزية Acute retinal necrosis) هذه الحالة من التهاب الشبكية تنتج من الإصابة بفيروس الهربس البسيط 2 (بـالأنجليزية Herpes simplex) وذلك تحت عمر 15 سنة. أو الإصابة بفيروس هربس البسيط 1، أو الهربس زوستر (بـالأنجليزية Varicella zoster) في وقت لاحق من العمر.
بداية الأعراض قد تكون هادئة وتشمل تدهور غير مؤلم في حدة الإبصار، أو قد تكون هذه البداية حادة وتشمل انخفاض مؤلم وسريع في حدة الإبصار. هذا المرض ينتشر بنسبة أكبر بين الرجال، ونسبة الرجال إلى النساء = 1:2. المرض عادة يتطور من إصابة عين واحدة إلى إصابة العينين معا في حوالي ثلث الحالات، وذلك في غضون ثلاثة أشهر، ولكن قد يستغرق هذا التطور عدة سنوات.