嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2變異株

本文主要講述嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2變異株及其發生的錯義突變。
引發2019冠狀病毒病的嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒2（SARS-CoV-2冠狀病毒）容易發生突變而產生變異株，關鍵病毒蛋白的突變即可能意味著其出現，目前已有多個變異株在世界各地形成並傳播。由於病毒的核酸序列變異有可能導致抗原漂移，而使得病毒得以逃避宿主的免疫應答，並影響疫苗的效力，這種現象稱為免疫逃避。
已有五種被世界衛生組織認定為值得關注的變異株，它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。

**變異株對照表**
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正在調查
US
Mar
Epsilon
B.1.427，B.1.429
—
21C
L452R
多國
恢復期和疫苗接種後血清中和效力降低
Brazil
Apr
Zeta
P.2
VUI-21JAN-01
20B/S.484K
E484K，D614G，V1176F
多國
單克隆抗體中和效力可能降低，疫苗接種後血清中和效力降低
英國Nigeria
Dec
Eta
B.1.525
VUI-21FEB-03
21D
E484K, F888L
加拿大、美國、德國等69國
單克隆抗體、恢復期和疫苗接種後血清中和效力可能降低
Philippines
Jan
Theta
P.3
VUI-21MAR-02
21E
E484K，N501Y，P681H，141–143del
菲律賓、美國等17國
India
Oct
Kappa
B.1.617.1
VUI-21APR-01
21B
E484Q, L452R, P681R
多國
抗體中和效力降低
Peru
August
Lambda
C.37
VUI-21JUN-01
21G
G75V，T76I，247-253del，L452Q，F490S，D614G，T859N
智利、美國、秘魯等44國
COL
2021年1月
Mu
B.1.621
VUI-21JUL-1
21H
T95I、Y144S、Y145N、R346K、E484KN501Y、D614G、P681H、D950N
哥倫比亞、美國等60國
BWA
2021年11月
Omicronname=voc
B.1.1.529
VUI-21NOV-1
21K
A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375FK417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484AQ493K、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547KD614G、H655Y、N679K、P681H、N764K
博茨瓦納、南非等數國

**命名法**
目前嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒2之變異株有三個常用的命名系統，分別由GISAID、Nextstrain和PANGO建立。
2021年5月31日，世界衛生組織宣佈為重要變種病毒提供希臘字母標籤，為免首先發現變種病毒的國家遭受歧視及汙名化。
其中，命名規則在Mu變異株後跳過了希臘字母「Nu」和「Xi」這兩個字母。據俄羅斯官方電視臺《RT》報導，有不具名的WHO官員透露跳過「Nu」是為避免與發音相同的「New」混淆，至於跳過「Xi」則是由於這個字母的姓氏很普遍，為了避免「對區域的汙名化」。

**支序演化樹**
PANGO命名系統的SARS-CoV-2譜系圖
Variants of SARS-CoV-2#D614G（屬B.1演化支）逐漸成為目前全球主要傳播的嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒2類型。
以下為嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒2主要變種的支序演化樹簡化示意圖。

**關注度之基準**
世界衛生組織將變異株分為三個等級臺灣疾管署按美國CDC定義分三類，稱為：需留意變異株(Variants of Interest, VOI)、高關注變異株(Variants of Concern, VOC)、高衝擊變異株(Variant of High Consequence)。。
#Variant of concern（variant of concern，VOC）
#Variant of interest（variant of interest，VOI）
#Variant under monitoring（variant under monitoring，VUM）

**現階段的主流變異株**

**需要關注的變異株（VOC）**
病毒變異是一個自然隨機過程，並引發關切的程度取決於其導致的傳染性、發病率、死亡率，及逃避檢測、免疫與治療的風險。目前在世界的主要變異株為最早發現於非洲南部由希臘字母「Omicron」標記。

**Omicron（B.1.1.529譜系）**
B.1.1.529變異株（WHO命名為Omicron）是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒。據媒體簡報會上發佈：這個變異株有超過50個突變bbc20211125，而單單在刺突蛋白的突變也有32種mirrorbbc20211125。
*於2021年11月，在非洲南部的波札那和南非發現oncc20211126。
*2021年11月24日，升級為「VUM」等級。
*2021年11月26日，再升級為「VOC」等級。
*目前變種分支亞型：BA.1（標準亞型）、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5，總共超過千種以上的「次分支」、「子代」及「重組」變異株。

**= 目前「VOC-VOI」等級（需要留意）變異株 =**
JN.1

**= 目前「VOC-VUM」等級（監視）變異株 =**
KP.3
*KP.3.1.1
*LB.1
*XEC
*LP.8.1

**過去的主流變異株**

**需要關注的變異株（Previous VOC）**

**Alpha（B.1.1.7譜系）**
B.1.1.7譜系，WHO命名為“Alpha”，又稱VOC 202012/01，並稱501Y.V1變種。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。
*在2020年9月，首次從英國東南方的肯特郡（Kent）所發現採集的樣本中發現。
*2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
*2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

**Beta（B.1.351譜系）**
B.1.351譜系，WHO命名為「Beta」，又稱501Y.V2變種。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關，與先前的新冠病毒變種相比，501Y.V2變種的傳染率增加約50%。有證據表明，501Y.V2變種的刺突蛋白突變E484K可能會影響一些多克隆抗體和單克隆抗體的中和作用。當前尚未有證據表明該變種影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度。。
*2020年5月，在南非東開普省的納爾遜·曼德拉灣發現。
*2020年12月18日，被南非科學家和衛生官員報道。
*2020年12月18日，升級為「VOC」等級。
*2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

**Gamma（P.1譜系）**
P.1譜系，WHO命名為「Gamma」，又稱501Y.V3變種。包括三個相關突變：「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
*2020年11月，在巴西發現。
*2021年1月2日，在東京國際機場從四名巴西飛抵日本的旅客發現，由日本國立感染症研究所報道。
*2021年1月11日，升級為「VOC」等級。
*2022年3月9日，降級為「Previous VOC」等級。

**Delta（B.1.617.2譜系）**
B.1.617譜系是2020年10月於印度發現的一種雙突變變異株。直到2021年1月前，該變異株的感染人數都寥寥無幾。4月時該變異株已經蔓延至超過20個國家，遍及南極洲和南美洲以外的所有大洲。
在該變異株約15個譜系定義突變中包括刺突蛋白突變D111D（synonymous substitution）、G142D、P681R、E484Q、L452R，其中後兩個突變可能會影響恢復期血漿和單克隆抗體的中和作用。
於5月7日將B.1.617.2列為“Variant of concern”，命名為VOC-21APR-02。 
5月10日WHO稱，因為B.1.617較高的傳染性，該變異正被列為全球範圍內受關切變種。6月1日WHO將受關切變種限定為B.1.617譜系當中的B.1.617.2（Delta）變種。 稍後WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。
5月21日，越南宣佈發現一種傳播性更高，由Delta變異株加上Alpha變異株上突變的病毒株。6月3日，WHO澄清該病毒株不符合新混合變種的定義，並將其列為帶有突變的Delta變種。
據報道，Delta變異株基本傳染數R0大約為6（有說法稱其高達8或9），是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本傳染數的2倍以上。
*2021年4月4日，為升級為「VOI」等級。
*2021年5月11日，為升級為「VOC」等級。
*2022年6月7日，降級為「Previous VOC」等級。

**需要留意的變異株(Previous VOI)**

**Epsilon（B.1.427譜系、B.1.429譜系）**
B.1.427譜系、B.1.429譜系，WHO命名為「Epsilon」，於2020年3月在美國加州首次發現。
*2021年3月5日，升級為「VOI」等級。
*2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

**Zeta（P.2譜系）**
P.2譜系，WHO命名為「Zeta」，於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。
*2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
*2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

**Eta（B.1.525譜系）**
B.1.525譜系，WHO命名為「Eta」，於2020年12月在奈及利亞首次發現。
*2021年3月17日，升級為「VOI」等級。
*2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

**Iota（B.1.526譜系）**
B.1.526譜系，WHO命名為「Iota」，於2020年11月在美國紐約首次發現。
*2021年3月20日，升級為「VOI」等級。
*2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

**Theta（P.3譜系）**
P.3譜系，WHO命名為「Theta」，於2021年1月在菲律賓首次發現。
*2021年3月24日，升級為「VOI」等級。
*2021年7月6日，降級為「Previous VOI」等級。

**Kappa（B.1.617.1）**
B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」，WHO命名為「Kappa」，於2020年10月在印度首次發現。
*2021年4月4日，升級為「VOI」等級。
*2021年9月20日，降級為「Previous VOI」等級。

**Lambda（C.37譜系）**
C.37譜系，WHO命名為「Lambda」，於2020年8月在秘魯首次發現。
*2021年6月14日，升級為「VOI」等級。
*2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

**Mu（B.1.621譜系）**
B.1.621譜系，WHO命名為「Mu」，於2021年1月在哥倫比亞首次發現。
*2021年8月30日，升級為「VOI」等級。
*2022年3月9日，降級為「Previous VOI」等級。

**備註**

**參見**
嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒2
*變種
**突變#錯義突變

**參考文獻**

**外部鏈接**
  WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants date=20210606183718 -  Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants (CDC) date=20210610102326 -  SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC) date=20210616060332 -  Variants of concern or under investigation: data up to 5 May 2021 (PHE) date=20210607111658 -  SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 (ECDC) date=20210616103810 -  Living Evidence - SARS-CoV-2 variants date=20210416012757 -  Coronavirus Variants and Mutations date=20211130040553