古菌分類表

本表以 LPSN網站的分類為基礎（當前版本2007年3月29日），本分類代表原核生物分類的權威雜誌 IJSEMdate=20111019160924 的分類系統，同時參考 NCBI Taxonomydate=20060206165407 ，但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。
中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考 《細菌名稱》第二版，拉丁文意譯參考 原核生物名稱(英文)網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。
本表列到屬級。
後面帶*者為尚未被IJSEM雜誌確認的分類。
參見古細菌。

**初古菌門(Korarchaeota)***
#初古菌屬(Korarchaeum)==納古菌門(Nanoarchaeota)***
#納古菌屬(Nanoarchaeum)

**Thaumarchaeota**
#餐古菌目(Cenarchaeales)
##餐古菌科(Cenarchaeaceae)###餐古菌屬(Cenarchaeum)#亞硝化暖菌目(Nitrosocaldales)##亞硝化暖菌科(Nitrosocaldaceae)###亞硝化暖菌屬(Nitrosocaldus)#亞硝化侏儒菌目(Nitrosopumilales)##亞硝化侏儒菌科(Nitrosopumilaceae)###亞硝化侏儒菌屬(Nitrosopumilus)

**泉古菌門(Crenarchaeota)**

**熱變形菌綱(Thermoprotei)**
#暖球形菌目(Caldisphaerales)
##暖球形菌科(Caldisphaeraceae)
###暖球形菌屬(Caldisphaera)
#除硫球菌目(Desulfurococcales)
##除硫球菌科(Desulfurococcaceae)
###酸葉菌屬(Acidilobus)
###氣火菌屬(Aeropyrum)
###除硫球菌屬(Desulfurococcus)
###燃球菌屬(Ignicoccus)
###燃球形菌屬(Ignisphaera)
###葡萄熱菌屬(Staphylothermus)
###施鐵特菌屬(Stetteria)
###厭硫球菌屬(Sulfophobococcus)
###熱盤菌屬(Thermodiscus)
###熱球形菌屬(Thermosphaera)
##熱網菌科(Pyrodictiaceae)
###超熱菌屬(Hyperthermus)
###熱網菌屬(Pyrodictium)
###火葉菌屬(Pyrolobus)
#硫化葉菌目(Sulfolobales)
##硫化葉菌科(Sulfolobaceae)
###喜酸菌屬(Acidianus)
###除硫葉菌屬(Desulfurolobus)
###生金球形菌屬(Metallosphaera)
###憎葉菌屬(Stygiolobus)
###硫化葉菌屬(Sulfolobus)
###硫磺球形菌屬(Sulfurisphaera)
###硫磺球菌屬(Sulfurococcus)
#熱變形菌目(Thermoproteales)
##熱絲菌科(Thermofilaceae)
###熱絲菌屬(Thermofilum)
##熱變形菌科(Thermoproteaceae)
###暖枝菌屬(Caldivirga)
###火棒菌屬(Pyrobaculum)
###熱分支菌屬(Thermocladium)
###熱變形菌屬(Thermoproteus)
###火山鬃菌屬(Vulcanisaeta)

**廣古菌門(Euryarchaeota)**

**古丸菌綱(Archaeoglobi)**
#古丸菌目(Archaeoglobales)
##古丸菌科(Archaeoglobaceae)
###古丸菌屬(Archaeoglobus)
###鐵丸菌屬(Ferroglobus)
###地丸菌屬(Geoglobus)

**鹽桿菌綱(Halobacteria)**
#鹽桿菌目(Halobacteriales)
##鹽桿菌科(Halobacteriaceae)
###適鹽菌屬(Haladaptatus)
###鹽鹼球菌屬(Halalkalicoccus)
###鹽盒菌屬(Haloarcula)
###鹽桿菌屬(Halobacterium)
###鹽棒菌屬(Halobaculum)
###鹽二型菌屬(Halobiforma)
###鹽球菌屬(Halococcus)
###富鹽菌屬(Haloferax)
###鹽幾何菌屬(Halogeometricum)
###鹽微菌屬(Halomicrobium)
###鹽惰菌屬(Halopiger)
###鹽盤菌屬(Haloplanus)
###鹽方菌屬(Haloquadratum)
###鹽棍菌屬(Halorhabdus)
###鹽紅菌屬(Halorubrum)
###鹽簡菌屬(Halosimplex)
###鹽池棲菌屬(Halostagnicola)
###鹽陸生菌屬(Haloterrigena)
###鹽長命菌屬(Halovivax)
###鈉白菌屬(Natrialba)
###鈉線菌屬(Natrinema)
###鹽鹼桿菌屬(Natronobacterium)
###鹽鹼球菌屬(Natronococcus)
###鹽鹼湖菌屬(Natronolimnobius)
###鹽鹼單胞菌屬(Natronomonas)
###鹽鹼紅菌屬(Natronorubrum)

**甲烷桿菌綱(Methanobacteria)**
#甲烷桿菌目(Methanobacteriales)
##甲烷桿菌科(Methanobacteriaceae)
###甲烷桿菌屬(Methanobacterium)
###甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)
###甲烷球形菌屬(Methanosphaera)
###甲烷熱桿菌屬(Methanothermobacter)
##甲烷熱菌科(Methanothermaceae)
###甲烷熱菌屬(Methanothermus)

**甲烷球菌綱(Methanococci)**
#甲烷球菌目(Methanococcales)
##甲烷暖球菌科(Methanocaldococcaceae)
###甲烷暖球菌屬(Methanocaldococcus)
###甲烷炎菌屬(Methanotorris)
##甲烷球菌科(Methanococcaceae)
###甲烷球菌屬(Methanococcus)
###甲烷熱球菌屬(Methanothermococcus)

**甲烷微菌綱(Methanomicrobia)**
#甲烷微菌目(Methanomicrobiales)
##甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)
###甲烷粒菌屬(Methanocorpusculum)
##甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)
###甲烷囊菌屬(Methanoculleus)
###甲烷泡菌屬(Methanofollis)
###產甲烷菌屬(Methanogenium)
###甲烷裂葉菌屬(Methanolacinia)
###甲烷微菌屬(Methanomicrobium)
###甲烷盤菌屬(Methanoplanus)
##甲烷螺菌科(Methanospirillaceae)
###甲烷螺菌屬(Methanospirillum)
##科未定
###甲烷礫菌屬(Methanocalculus)
###甲烷繩菌屬(Methanolinea)
#甲烷八疊球菌目(Methanosarcinales)
##甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)
###甲烷鬃菌屬(Methanosaeta)
###甲烷髮菌屬(Methanothrix)
##甲烷八疊球菌科(Methanosarcinaceae)
###鹽甲烷球菌(Halomethanococcus)
###甲烷微球菌屬(Methanimicrococcus)
###甲烷類球菌屬(Methanococcoides)
###甲烷鹽菌屬(Methanohalobium)
###甲烷嗜鹽菌屬(Methanohalophilus)
###甲烷葉菌屬(Methanolobus)
###甲烷食甲基菌屬(Methanomethylovorans)
###甲烷鹹菌屬(Methanosalsum)
###甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina)
##甲熱球菌科(Methermicoccaceae)
###甲熱球菌屬(Methermicoccus)

**甲烷火菌綱(Methanopyri)**
#甲烷火菌目(Methanopyrales)
##甲烷火菌科(Methanopyraceae)
###甲烷火菌屬(Methanopyrus)

**熱球菌綱(Thermococci)**
#熱球菌目(Thermococcales)
##熱球菌科(Thermococcaceae)
###古老球菌屬(Palaeococcus)
###火球菌屬(Pyrococcus)
###熱球菌屬(Thermococcus)

**熱原體綱(Thermoplasmata)**
#熱原體目(Thermoplasmatales)
##鐵原體科(Ferroplasmaceae)（注：正確形式應為Ferroplasmataceae）
###鐵原體屬(Ferroplasma)
##嗜苦菌科(Picrophilaceae)
###嗜苦菌屬(Picrophilus)
##熱原體科(Thermoplasmataceae) 
###熱原體屬(Thermoplasma)
##科未定
###熱裸單胞菌屬(Thermogymnomonas)