細菌分類表

本表以原核生物標準命名列表（LPSN）的分類為基礎（當前版本2024年1月13日），此分類代表原核生物分類的權威雜誌International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology的分類系統，同時參考美國國家生物技術信息中心分類（NCBI Taxonomy）。但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。
中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版以及中國典型培養物保藏中心（CCTCC），拉丁文意譯參考 原核生物名稱(英文)網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。一些分類單元已經更名，但是中文名稱卻沒有更新，本表將沿用其舊名稱直至有新名稱發佈。
本表僅列至科級。

**遙遠桿狀菌門（Abditibacteriota）**

**遙遠桿狀菌綱（Abditibacteriia）**
#遙遠桿狀菌目（Abditibacteriales）
##遙遠桿狀菌科（Abditibacteriaceae）

**酸桿菌門（Acidobacteriota）**

**出芽小鏈菌綱（Blastocatellia）**
#出芽小鏈菌目（Blastocatellales）
##沙質土微菌科（Arenimicrobiaceae）
##出芽小鏈菌科（Blastocatellaceae）
##棲火山單胞菌科（Pyrinomonadaceae）
#目未定
##科未定

**全噬菌綱（Holophagae）**
# 石鱉桿菌目（Acanthopleuribacterales）
## 石鱉桿菌科（Acanthopleuribacteraceae）
# 全噬菌目（Holophagales）
## 全噬菌科（Holophagaceae）
# 嗜熱香腸狀菌目（Thermotomaculales）
## 嗜熱香腸狀菌科（Thermotomaculaceae）
# 目未定
## 科未定

**酸桿菌綱（Terriglobia）**
#蘚桿菌目（Bryobacterales）
##蘚桿菌科（Bryobacteraceae）
#酸桿菌目（Terriglobales）
##酸桿菌科（Acidobacteriaceae）
##科未定

**嗜熱厭氧桿狀菌綱（Thermoanaerobaculia）**
# 嗜熱厭氧桿狀菌目（Thermoanaerobaculales）
## 嗜熱厭氧桿狀菌科（Thermoanaerobaculaceae）
# 目未定

**嗜鄰聚桿菌綱（Vicinamibacteria）**
#嗜鄰聚桿菌目（Vicinamibacterales）
##嗜鄰聚桿菌科（Vicinamibacteraceae）

**放線菌門（Actinobacteria）**

**酸微菌綱（Acidimicrobiia）**
#酸微菌目（Acidimicrobiales）
##酸微菌科（Acidimicrobiaceae）
##東大應微所菌科（Iamiaceae）
##螢光桿菌科（Ilumatobacteraceae）
#目未定

**放線菌綱（Actinomycetes）（高G+C革蘭氏陽性菌）**
#熱酸菌目（Acidothermales）
##熱酸菌科（Acidothermaceae）
#放線菌目（Actinomycetales）
##放線菌科（Actinomycetaceae）
##科未定
#雙歧桿菌目（Bifidobacteriales）
##雙歧桿菌科（Bifidobacteriaceae）
#細鏈孢菌目（Catenulisporales）
##叢生放線菌科（Actinospicaceae）
##細鏈孢菌科（Catenulisporaceae）
#隱孢囊菌目（Cryptosporangiales）
##隱孢囊菌科（Cryptosporangiaceae）
#弗蘭克氏菌目（Frankiales）
##弗蘭克氏菌科（Frankiaceae）
##Vallicoccaceae
#地嗜皮菌目（Geodermatophilales）
##天然洞穴球菌科（Antricoccaceae）
##地嗜皮菌科（Geodermatophilaceae）
#糖黴菌目（Glycomycetales）
##糖黴菌科（Glycomycetaceae）
#居麻瘋樹菌目（Jatrophihabitantales）
##居麻瘋樹菌科（Jatrophihabitantaceae）
#姜氏菌目（Jiangellales）
##姜氏菌科（Jiangellaceae）
#動孢菌目（Kineosporiales）
##動孢菌科（Kineosporiaceae）
#北里孢菌目（Kitasatosporales）
##鏈黴菌科（Streptomycetaceae）
#微球菌目（Micrococcales）
##獲山氏菌科（Beutenbergiaceae）
##博戈裡亞湖菌科（Bogoriellaceae）
##短桿菌科（Brevibacteriaceae）
##纖維單胞菌科（Cellulomonadaceae）
##去甲基醌菌科（Demequinaceae）
##皮桿菌科（Dermabacteraceae）
##皮生球菌科（Dermacoccaceae）
##嗜皮菌科（Dermatophilaceae）
##間孢囊菌科（Intrasporangiaceae）
##瓊斯氏菌科（Jonesiaceae）
##皮球菌科（Kytococcaceae）
##微桿菌科（Microbacteriaceae）
##微球菌科（Micrococcaceae）
##鳥氨酸微菌科（Ornithinimicrobiaceae）
##原小單孢菌科（Promicromonosporaceae）
##稀有桿菌科（Rarobacteraceae）
##阮氏菌科（Ruaniaceae）
##科未定
#小單孢菌目（Micromonosporales）
##小單孢菌科（Micromonosporaceae）
#運動桿菌目（Motilibacterales）
##運動桿菌科（Motilibacteraceae）
#分枝桿菌目（Mycobacteriales）
##棒狀桿菌科（Corynebacteriaceae）
##迪茨氏菌科（Dietziaceae）
##戈登氏菌科（Gordoniaceae）
##保羅勞森菌科（Lawsonellaceae）
##分枝桿菌科（Mycobacteriaceae）
##諾卡氏菌科（Nocardiaceae）
##慢反應脂肪酸菌科（Segniliparaceae）
##冢村氏菌科（Tsukamurellaceae）
#中村氏菌目（Nakamurellales）
##中村氏菌科（Nakamurellaceae）
#丙酸桿菌目（Propionibacteriales）
##放線多形菌科（Actinopolymorphaceae）
##克里布所菌科（Kribbellaceae）
##類諾卡氏菌科（Nocardioidaceae）
##丙酸桿菌科（Propionibacteriaceae）
#偽諾卡氏菌目（Pseudonocardiales）
##偽諾卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）
#孢魚菌目（Sporichthyales）
##孢魚菌科（Sporichthyaceae）
#孢囊菌目（Streptosporangiales）
##擬諾卡氏菌科（Nocardiopsidaceae）
##孢囊菌科（Streptosporangiaceae）
##高溫單孢菌科（Thermomonosporaceae）
##特熱邦菌科（Treboniaceae）
##科未定

**紅蝽菌綱（Coriobacteriia）**
#Anaerosomatales
##Anaerosomataceae
#紅蝽菌目（Coriobacteriales）
##奇異菌科（Atopobiaceae）
##紅蝽菌科（Coriobacteriaceae）
##科未定
#伊格爾茲氏菌目（Eggerthellales）
##伊格爾茲氏菌科（Eggerthellaceae）

**腈基降解菌綱（Nitriliruptoria）**
#生地所桿菌目（Egibacterales）
##生地所桿菌科（Egibacteraceae）
#生地所球菌目（Egicoccales）
##生地所球菌科（Egicoccaceae）
#尤澤比氏菌目（Euzebyales）
##尤澤比氏菌科（Euzebyaceae）
#腈基降解菌目（Nitriliruptorales）
##腈基降解菌科（Nitriliruptoraceae）
#Salsipaludibacterales
##Salsipaludibacteraceae

**紅色桿菌綱（Rubrobacteria）**
#紅色桿菌目（Rubrobacterales）
##紅色桿菌科（Rubrobacteraceae）

**嗜熱油菌綱（Thermoleophilia）**
#蓋亞女神菌目（Gaiellales）
##蓋亞女神菌科（Gaiellaceae）
#Miltoncostaeales
##Miltoncostaeaceae
#土壤紅桿菌目（Solirubrobacterales）
##長白山菌科（Baekduiaceae）
##Capillimicrobiaceae
##束縛菌科（Conexibacteraceae）
##副束縛菌科（Paraconexibacteraceae）
##小土壤桿菌科（Parviterribacteraceae）
##擴展桿菌科（Patulibacteraceae）
##土壤紅桿菌科（Solirubrobacteraceae）
#嗜熱油菌目（Thermoleophilales）
##嗜熱油菌科（Thermoleophilaceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**產水菌門（Aquificota）**

**產水菌綱（Aquificia）**
#產水菌目（Aquificales）
##產水菌科（Aquificaceae）
##熱產水菌科（Hydrogenothermaceae）
#硫還原小桿菌目（Desulfurobacteriales）
##硫還原小桿菌科（Desulfurobacteriaceae）

**裝甲菌門（Armatimonadota）**

**裝甲菌綱（Armatimonadia）**
#裝甲菌目（Armatimonadales）
##裝甲菌科（Armatimonadaceae）
#莢膜單胞菌目（Capsulimonadales）
##莢膜單胞菌科（Capsulimonadaceae）

**土地單胞菌綱（Chthonomonadia）**
#土地單胞菌目（Chthonomonadales）
##土地單胞菌科（Chthonomonadaceae）

**傘單胞菌綱（Fimbriimonadia）**
#傘單胞菌目（Fimbriimonadales）
##傘單胞菌科（Fimbriimonadaceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**暗黑菌門（Atribacterota）**

**暗黑菌綱（Atribacteria）**
#暗黑菌目（Atribacterales）
##暗黑菌科（Atribacteraceae）

**芽孢桿菌門（Bacillota）**

**芽孢桿菌綱（Bacilli）**
#核衣細菌目（Caryophanales）
##脂環酸芽孢桿菌科（Alicyclobacillaceae）
##芽孢桿菌科（Bacillaceae）
##核衣細菌科（Caryophanaceae）
##脫硫芽胞桿菌科（Desulfuribacillaceae）
##李斯特菌科（Listeriaceae）
##類芽孢桿菌科（Paenibacillaceae）
##巴斯德氏菌科（Pasteuriaceae）
##芽孢乳桿菌科（Sporolactobacillaceae）
##葡萄球菌科（Staphylococcaceae）
##熱放線菌科（Thermoactinomycetaceae）
##科未定
#乳桿菌目（Lactobacillales）
##氣球菌科（Aerococcaceae）
##肉桿菌科（Carnobacteriaceae）
##腸球菌科（Enterococcaceae）
##乳桿菌科（Lactobacillaceae）
##鏈球菌科（Streptococcaceae）
#目未定
##科未定

**梭菌綱（Clostridia）**
#真細菌目（Eubacteriales）
##Aristaeellaceae
##熱糞桿菌科（Caldicoprobacteraceae）
##克里斯滕森氏菌科（Christensenellaceae）
##梭菌科（Clostridiaceae）
##廢水桿菌科（Defluviitaleaceae）
##脫亞硫酸菌科（Desulfitobacteriaceae）
##真細菌科（Eubacteriaceae）
##纖細桿菌科（Gracilibacteraceae）
##太陽桿菌科（Heliobacteriaceae）
##毛螺菌科（Lachnospiraceae）
##顫螺菌科（Oscillospiraceae）
##消化球菌科（Peptococcaceae）
##嗜腖菌科（Peptoniphilaceae）
##消化鏈球菌科（Peptostreptococcaceae）
##噬蛋白質菌科（Proteinivoracaceae）
##共生小桿菌科（Symbiobacteriaceae）
##互營單胞菌科（Syntrophomonadaceae）
##溪谷桿菌科（Vallitaleaceae）
##解木聚糖桿狀菌科（Xylanivirgaceae）
##科未定
#鹽厭氧菌目（Halanaerobiales）
##鹽厭氧菌科（Halanaerobiaceae）
##鹽擬桿菌科（Halobacteroidaceae）
##科未定
#Koleobacterales
##Koleobacteraceae
#鹽鹼厭氧菌目（Natranaerobiales）
##鹽鹼厭氧菌科（Natranaerobiaceae）
##Natranaerofabaceae
#熱厭氧菌目（Thermoanaerobacterales）
##熱厭氧菌科（Thermoanaerobacteraceae）
##熱脫硫菌科（Thermodesulfobiaceae）
##趙一章菌科（Zhaonellaceae）
##科未定
#熱沉積物菌目（Thermosediminibacterales）
##溫暖厭氧桿菌科（Tepidanaerobacteraceae）
##熱沉積物菌科（Thermosediminibacteraceae）
#蒂西耶氏菌目（Tissierellales）
##Acidilutibacteraceae
##戈特沙爾克氏菌科（Gottschalkiaceae）
##蒂西耶氏菌科（Tissierellaceae）
#目未定
##科未定

**吸血蠓桿菌綱（Culicoidibacteria）**
#吸血蠓桿菌目（Culicoidibacterales）
##吸血蠓桿菌科（Culicoidibacteraceae）

**丹毒絲菌綱（Erysipelotrichia）**
#丹毒絲菌目（Erysipelotrichales）
##糞桿菌科（Coprobacillaceae）
##丹毒絲菌科（Erysipelotrichaceae）
##蘇黎世桿菌科（Turicibacteraceae）

**湖線菌綱（Limnochordia）**
#湖線菌目（Limnochordales）
##湖線菌科（Limnochordaceae）

**厚壁菌綱（Negativicutes）**
#氨基酸球菌目（Acidaminococcales）
##氨基酸球菌科（Acidaminococcaceae）
#月形單孢菌目（Selenomonadales）
##月形單孢菌科（Selenomonadaceae）
##香蕉孢菌科（Sporomusaceae）
#韋榮氏菌目（Veillonellales）
##韋榮氏菌科（Veillonellaceae）

**熱石桿菌綱（Thermolithobacteria）**
#熱石桿菌目（Thermolithobacterales）
##熱石桿菌科（Thermolithobacteraceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**擬桿菌門（Bacteroidota）**

**擬桿菌綱（Bacteroidia）**
#擬桿菌目（Bacteroidales）
##擬桿菌科（Bacteroidaceae）
##浴室胞菌科（Balneicellaceae）
##巴恩斯氏菌科（Barnesiellaceae）
##營發酵單胞菌科（Dysgonomonadaceae）
##慢生微菌科（Lentimicrobiaceae）
##海絲菌科（Marinifilaceae）
##海滑菌科（Marinilabiliaceae）
##鼠桿狀菌科（Muribaculaceae）
##臭氣桿菌科（Odoribacteraceae）
##棲泥沼桿菌科（Paludibacteraceae）
##紫單胞菌科（Porphyromonadaceae）
##普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）
##伸長桿菌科（Prolixibacteraceae）
##理研菌科（Rikenellaceae）
##鹽分枝菌科（Salinivirgaceae）
##坦納氏菌科（Tannerellaceae）
##Tenuifilaceae
##威廉惠特曼菌科（Williamwhitmaniaceae）
##科未定

**噬幾丁質菌綱（Chitinophagia）**
#噬幾丁質菌目（Chitinophagales）
##噬幾丁質菌科（Chitinophagaceae）

**噬纖維菌綱（Cytophagia）**
#噬纖維菌目（Cytophagales）
##貝爾納代氏菌科（Bernardetiaceae）
##卡特琳娜島單胞菌科（Catalinimonadaceae）
##印科工桿菌科（Cesiribacteraceae）
##圓桿菌科（Cyclobacteriaceae）
##噬纖維菌科（Cytophagaceae）
##火色桿菌科（Flammeovirgaceae）
##屈撓桿菌科（Flexibacteraceae）
##黃褐桿菌科（Fulvivirgaceae）
##薄層桿菌科（Hymenobacteraceae）
##Mangrovivirgaceae
##居海桿狀菌科（Marivirgaceae）
##微顫菌科（Microscillaceae）
##戈登摩爾基金菌科（Mooreiaceae）
##桃色桿菌科（Persicobacteraceae）
##雷尼氏菌科（Raineyaceae）
##賴興巴赫氏菌科（Reichenbachiellaceae）
##粉紅桿狀菌科（Roseivirgaceae）
##Shiellaceae
##螺狀菌科（Spirosomataceae）
##熱屈撓桿菌科（Thermoflexibacteraceae）
##棲熱線菌（Thermonemataceae）
##科未定

**黃桿菌綱（Flavobacteriia）**
#黃桿菌目（Flavobacteriales）
##蟑螂桿狀體科（Blattabacteriaceae）
##藏紅花黃色線菌科（Crocinitomicaceae）
##冷形菌科（Cryomorphaceae）
##黃桿菌科（Flavobacteriaceae）
##魚桿菌科（Ichthyobacteriaceae）
##Parvicellaceae
##施萊費爾氏菌科（Schleiferiaceae）
##威克斯氏菌科（Weeksellaceae）
##科未定
#目未定
##科未定

**腐敗螺旋菌綱（Saprospiria）**
#腐敗螺旋菌目（Saprospirales）
##賴文氏菌科（Lewinellaceae）
##腐敗螺旋菌科（Saprospiraceae）

**鞘氨醇桿菌綱（Sphingobacteriia）**
#鞘氨醇桿菌目（Sphingobacteriales）
##Aurantibacillaceae
##線桿狀菌科（Filobacteriaceae）
##鞘氨醇桿菌科（Sphingobacteriaceae）
##科未定

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**巴紐爾斯菌門（Balneolota）**

**巴紐爾斯菌綱（Balneolia）**
#巴紐爾斯菌目（Balneolales）
##巴紐爾斯菌科（Balneolaceae）
##Cyclonatronaceae
##蘇爾特菌科（Soortiaceae）

**暖絲菌門（Caldisericota）**

**暖絲菌綱（Caldisericia）**
#暖絲菌目（Caldisericales）
##暖絲菌科（Caldisericaceae）

**暖發菌門（Calditrichota）**

**暖發菌綱（Calditrichia）**
#暖發菌目（Calditrichales）
##暖發菌科（Calditrichaceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**衣原體門（Chlamydiota）**

**衣原體綱（Chlamydiia）**
#衣原體目（Chlamydiales）
##衣原體目（Chlamydiaceae）
##副衣原體科（Parachlamydiaceae）
##芯卡體科（Simkaniaceae）
##華診體科（Waddliaceae）
##科未定

**綠菌門（Chlorobiota）**

**綠菌綱（Chlorobiia）**
#綠菌目（Chlorobiales）
##綠菌科（Chlorobiaceae）

**懶桿菌綱（Ignavibacteria）**
#懶桿菌目（Ignavibacteriales）
##懶桿菌科（Ignavibacteriaceae）
##超桿菌科（Melioribacteraceae）

**綠彎菌門（Chloroflexota）**

**厭氧繩菌綱（Anaerolineae）**
#聚集線菌目（Aggregatilineales）
##聚集線菌科（Aggregatilineaceae）
#厭氧繩菌目（Anaerolineales）
##厭氧繩菌科（Anaerolineaceae）
##科未定
#目未定
##科未定

**熱鏈菌綱（Ardenticatenia）**
#熱鏈菌目（Ardenticatenales）
##熱鏈菌科（Ardenticatenaceae）

**暖繩菌綱（Caldilineae）**
#暖繩菌目（Caldilineales）
##暖繩菌科（Caldilineaceae）

**綠彎菌綱（Chloroflexia）**
#綠彎菌目（Chloroflexales）
##綠彎菌科（Chloroflexaceae）
##顫綠菌科（Oscillochloridaceae）
##紅彎曲菌科（Roseiflexaceae）
##科未定
#爬管菌目（Herpetosiphonales）
##爬管菌科（Herpetosiphonaceae）
#細美菌目（Kallotenuales）
##細美菌科（Kallotenuaceae）

**脫滷球菌綱（Dehalococcoidia）**
#脫滷球菌目（Dehalococcoidales）
##脫滷球菌科（Dehalococcoidaceae）
##科未定

**纖線桿菌綱（Ktedonobacteria）**
#纖線桿菌目（Ktedonobacterales）
##網狀桿菌科（Dictyobacteraceae）
##纖線桿菌科（Ktedonobacteraceae）
##細枝產孢菌科（Ktedonosporobacteraceae）
##Reticulibacteraceae
##熱孢絲菌科（Thermosporotrichaceae）
#嗜熱芽殖孢菌目（Thermogemmatisporales）
##嗜熱芽殖孢菌科（Thermogemmatisporaceae）

**溫美人菌綱（Tepidiformia）**
#溫美人菌目（Tepidiformales）
##溫美人菌科（Tepidiformaceae）

**熱彎菌綱（Thermoflexia）**
#熱彎菌目（Thermoflexales）
##熱彎菌科（Thermoflexaceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**產金菌門（Chrysiogenota）**

**產金菌綱（Chrysiogenia）**
#產金菌目（Chrysiogenales）
##產金菌科（Chrysiogenaceae）

**棲熱糞桿菌門（Coprothermobacterota）**

**棲熱糞桿菌綱（Coprothermobacteria）**
#棲熱糞桿菌目（Coprothermobacterales）
##棲熱糞桿菌科（Coprothermobacteraceae）

**藍菌門（Cyanobacteriota）**
漢語“藻”字可指多種水生光合產氧生物，包括多枝互不相關的原生生物甚至高等水生植物。但此處仍按照“藻”翻譯此門的細菌，也可依據個人理念將名稱定為“某菌”或“某藍菌”，但應注意避免與其餘細菌重名。

**藍菌綱（Cyanophyceae）**
#Acaryochloridales
##Acaryochloridaceae
##嗜熱聚球藻菌科（Thermosynechococcaceae）
#色球藻目（Chroococcales）
##隱杆藻科（Aphanothecaceae）
##色球藻科（Chroococcaceae）
##石囊藻科（Entophysalidaceae）
##雙囊藻科（Geminocystaceae）
##真囊球藻科（Gomphosphaeriaceae）
##微囊藻科（Microcystaceae）
##Skujapeltaceae
##科未定
#擬色球藻目（Chroococcidiopsidales）
##擬色球藻科（Chroococcidiopsidaceae）
##科未定
#束鞘藻目（Coleofasciculales）
##束鞘藻科（Coleofasciculaceae）
##威氏藻科（Wilmottiaceae）
#沙絲藻目（Desertifilales）
##沙絲藻科（Desertifilaceae）
#蓋絲藻目Geitlerinematales
##蓋絲藻科Geitlerinemataceae
#Gloeomargaritales
##Gloeomargaritaceae
#戈芒藻目（Gomontiellales）
##戈芒藻科（Gomontiellaceae）
##Konicacronemataceae
#細鞘絲藻目（Leptolyngbyales）
##細鞘絲藻科（Leptolyngbyaceae）
##新聚球藻菌科（Neosynechococcaceae）
##Trichocoleaceae
#節線藻目（Nodosilineales）
##Cymatolegaceae
##節線藻科（Nodosilineaceae）
#念珠藻目（Nostocales）
##雙線藻科（Borzinemataceae）
##眉藻科（Calotrichaceae）
##蒴鏈藻科（Capsosiraceae）
##綠膠藍菌科（Chlorogloeopsidaceae）
##Dapisostemonaceae
##Godleyaceae
##軟管藻科（Hapalosiphonaceae）
##Heteroscytonemataceae
##節球藻科（Nodulariaceae）
##念珠藻科（Nostocaceae）
##Rhizonemataceae
##膠須藻科（Rivulariaceae）
##偽枝藻科（Scytonemataceae）
##真枝藻科（Stigonemataceae）
##單歧藻科（Tolypotrichaceae）
##科未定
#Oculatellales
##Oculatellaceae
#顫藻目（Oscillatoriales）
##氣絲藻科（Aerosakkonemataceae）
##博氏藻科（Borziaceae）
##藍藻科（Cyanothecaceae）
##葛萬藻科（Girvanellaceae）
##須藻科（Homoeotrichaceae）
##Laspinemataceae
##微鞘藻科（Microcoleaceae）
##顫藻科（Oscillatoriaceae）
##席藻科（Phormidiaceae）
##Sirenicapillariaceae
##Vermifilaceae
##科未定
#泥線菌目（Pelonematales）
##泥線菌科（Pelonemataceae）
#寬球藻目（Pleurocapsales）
##水球藻科（Hydrococcaceae）
##藍枝藻科（Hyellaceae）
##Leuconemataceae
##寬球藻科（Pleurocapsaceae）
##異球藻科（Xenococcaceae）
##科未定
#螺旋藻目（Spirulinales）
##Lusitaniellaceae
##螺旋藻科（Spirulinaceae）
#Thermostichales
##Thermostichaceae
#目未定
##Alternantiaceae
##Camptotrichaceae
##附枝藻科（Epiphytaceae）
##科未定

**脫鐵桿菌門（Deferribacterota）**

**脫鐵桿菌綱（Deferribacteres）**
#脫鐵桿菌目（Deferribacterales）
##脫鐵桿菌科（Deferribacteraceae）
##Deferrivibrionaceae
##地弧菌科（Geovibrionaceae）

**異常球菌門（Deinococcota）**

**異常球菌綱（Deinococci）**
#異常球菌目（Deinococcales）
##異常球菌科（Deinococcaceae）
#棲熱菌目（Thermales）
##棲熱菌科（Thermaceae）
#特呂珀菌目（Trueperales）
##特呂珀菌科（Trueperaceae）
#目未定
##科未定

**網團菌門（Dictyoglomerota）**

**網團菌綱（Dictyoglomeria）**
#網團菌目（Dictyoglomerales）
##網球菌科（Dictyoglomeraceae）

**迷蹤菌門（Elusimicrobiota）**

**迷蹤菌綱（Elusimicrobia）**
#迷蹤菌目（Elusimicrobiales）
##迷蹤菌科（Elusimicrobiaceae）
#目未定
##科未定

**內生微菌綱（Endomicrobiia）**
#內生微菌目（Endomicrobiales）
##內生微菌科（Endomicrobiaceae）
##科未定

**纖維桿菌門（Fibrobacterota）**

**幾丁質螺菌綱（Chitinispirillia）**
#幾丁質螺菌目（Chitinispirillales）
##幾丁質螺菌科（Chitinispirillaceae）

**幾丁質弧菌綱（Chitinivibrionia）**
#幾丁質弧菌目（Chitinivibrionales）
##幾丁質弧菌科（Chitinivibrionaceae）

**纖維桿菌綱（Fibrobacteria）**
#纖維桿菌目（Fibrobacterales）
##纖維桿菌科（Fibrobacteraceae）

**梭桿菌門（Fusobacteriota）**

**梭桿菌綱（Fusobacteriia）**
#梭桿菌目（Fusobacteriales）
##梭桿菌科（Fusobacteriaceae）
##Haliovirgaceae
##纖毛菌科（Leptotrichiaceae）

**芽單胞菌門（Gemmatimonadota）**

**芽單胞菌綱（Gemmatimonadia）**
#芽單胞菌目（Gemmatimonadales）
##芽單胞菌科（Gemmatimonadaceae）

**長微菌綱（Longimicrobiia）**
#長微菌目（Longimicrobiales）
##長微菌科（Longimicrobiaceae）

**聖誕島鹽菌門（Kiritimatiellota）**

**聖誕島鹽菌（Kiritimatiellia）**
#聖誕島鹽菌（Kiritimatiellales）
##聖誕島鹽菌（Kiritimatiellaceae）
##黑海菌科（Pontiellaceae）
#目未定
##科未定

**童第周菌綱（Tichowtungiia）**
#童第周菌目（Tichowtungiales）
##童第周菌科（Tichowtungiaceae）

**黏膠球形菌門（Lentisphaerota）**

**黏膠球形菌綱（Lentisphaeria）**
#黏膠球形菌目（Lentisphaerales）
##黏膠球形菌科（Lentisphaeraceae）
#食物谷菌目（Victivallales）
##食物谷菌科（Victivallaceae）
#目未定

**寡球形菌綱（Oligosphaeria）**
#寡球形菌目（Oligosphaerales）
##寡球形菌科（Oligosphaeraceae）

**支原體門（Mycoplasmatota）**

**柔膜菌綱（Mollicutes）**
#無膽甾原體目（Acholeplasmatales）
##無膽甾原體科（Acholeplasmataceae）
#厭氧原體目（Anaeroplasmatales）
##厭氧原體科（Anaeroplasmataceae）
#鹽漿體目（Haloplasmatales）
##鹽漿體科（Haloplasmataceae）
#支原體目（Mycoplasmatales）
##支原體科（Mycoplasmataceae）
##螺原體科（Spiroplasmataceae）
#擬支原體目（Mycoplasmoidales）
##類支原體科（Metamycoplasmataceae）
##擬支原體科（Mycoplasmoidaceae）
#目未定
##科未定

**硝化刺菌門（Nitrospinota）**

**硝化刺菌綱（Nitrospinia）**
#硝化刺菌目（Nitrospinales）
##硝化刺菌科（Nitrospinaceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**硝化螺旋菌門（Nitrospirota）**

**硝化螺旋菌綱Nitrospiria**
#硝化螺旋菌目Nitrospirales
##硝化螺旋菌科Nitrospiraceae
##科未定

**熱脫硫弧菌綱（Thermodesulfovibrionia）**
#熱脫硫弧菌目（Thermodesulfovibrionales）
##Dissulfurispiraceae
##熱脫硫弧菌科（Thermodesulfovibrionaceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**浮黴菌門（Planctomycetota）**

**海藻球形菌綱（Phycisphaerae）**
#海藻球形菌目（Phycisphaerales）
##海藻球形菌科（Phycisphaeraceae）
#沉積物球形菌目（Sedimentisphaerales）
##厭氧嗜鹽球菌科（Anaerohalosphaeraceae）
##沉積物球形菌科（Sedimentisphaeraceae）
#中高溫球形菌目（Tepidisphaerales）
##中高溫球形菌科（Tepidisphaeraceae）
##科未定

**浮黴菌綱（Planctomycetia）**
#出芽菌目（Gemmatales）
##出芽菌科（Gemmataceae）
##科未定
#等球菌目（Isosphaerales）
##等球菌科（Isosphaeraceae）
#小梨形菌目（Pirellulales）
##棲湖小梨形菌科（Lacipirellulaceae）
##小梨形菌科（Pirellulaceae）
##嗜熱液口滴狀菌科（Thermoguttaceae）
#浮黴菌目（Planctomycetales）
##浮黴菌科（Planctomycetaceae）
##科未定

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**變形菌門（Pseudomonadota）**

**酸硫桿狀菌綱（Acidithiobacillia）**
#酸硫桿狀菌目（Acidithiobacillales）
##酸硫桿狀菌科（Acidithiobacillaceae）
##熱硫桿狀菌科（Thermithiobacillaceae）

**α-變形菌綱（Alphaproteobacteria）**
#柄桿菌目（Caulobacterales）
##柄桿菌科（Caulobacteraceae）
##生絲單胞菌科（Hyphomonadaceae）
##海莖狀菌科（Maricaulaceae）
##科未定
#海洋菌保桿菌目（Emcibacterales）
##海洋菌保桿菌科（Emcibacteraceae）
#全孢螺菌目（Holosporales）
##全孢螺菌科（Holosporaceae）
#生絲微菌目（Hyphomicrobiales）
##河口短桿菌科（Aestuariivirgaceae）
##阿菲夫氏菌科（Afifellaceae）
##阿倫斯氏菌科（Ahrensiaceae）
##林桿菌科（Alsobacteraceae）
##無形桿菌科（Amorphaceae）
##臂微菌科（Ancalomicrobiaceae）
##橙單胞菌科（Aurantimonadaceae）
##巴通體科（Bartonellaceae）
##拜葉林克氏菌科（Beijerinckiaceae）
##芽生綠菌科（Blastochloridaceae）
##博斯氏菌科（Boseaceae）
##布羅漢菌科（Breoghaniaceae）
##布魯氏菌科（Brucellaceae）
##螯合球菌科（Chelatococcaceae）
##黏著桿菌科（Cohaesibacteraceae）
##德沃斯氏菌科（Devosiaceae）
##生絲微菌科（Hyphomicrobiaceae）
##凱斯特亞菌科（Kaistiaceae）
##地衣桿菌科（Lichenibacteriaceae）
##棲地衣菌科（Lichenihabitantaceae）
##甲基桿菌科（Methylobacteriaceae）
##甲基孢囊菌科（Methylocystaceae）
##硝化桿菌科（Nitrobacteraceae）
##背尖貝桿菌科（Notoacmeibacteraceae）
##細小棒菌科（Parvibaculaceae）
##水箱桿菌科（Phreatobacteraceae）
##葉桿菌科（Phyllobacteriaceae）
##多形單胞菌科（Pleomorphomonadaceae）
##假黃桿菌科（Pseudoxanthobacteraceae）
##好氣桿菌科（Rhabdaerophilaceae）
##根瘤菌科（Rhizobiaceae）
##紅菌科（Rhodobiaceae）
##粉色弓形菌科（Roseiarcaceae）
##鹽礦單胞科（Salinarimonadaceae）
##慢生蒼白桿菌科（Segnochrobactraceae）
##斯塔普氏菌科（Stappiaceae）
##溫暖無形桿菌科（Tepidamorphaceae）
##黃色桿菌科（Xanthobacteraceae）
##科未定
#碘化物單胞菌目（Iodidimonadales）
##碘化物單胞菌科（Iodidimonadaceae）
#柯迪單胞菌目（Kordiimonadales）
##柯迪單胞菌科（Temperatibacteraceae）
#磁球菌目（Magnetococcales）
##磁球菌科（Magnetococcaceae）
#深海彎曲桿菌目（Mariprofundales）
##深海彎曲桿菌科（Mariprofundaceae）
##科未定
#微消化菌目（Micropepsales）
##微消化菌科（Micropepsaceae）
#吳敏菌目（Minwuiales）
##吳敏菌科（Minwuiaceae）
#紅細菌目（Rhodobacterales）
##新巨大線菌科（Neomegalonemataceae）
##副球菌科（Paracoccaceae）
##玫瑰桿菌科（Roseobacteraceae）
#紅螺菌目（Rhodospirillales）
##醋桿菌科（Acetobacteraceae）
##固氮螺菌科（Azospirillaceae）
##雙生球菌科（Geminicoccaceae）
##基爾螺菌科（Kiloniellaceae）
##萊朗桿菌科（Reyranellaceae）
##紅螺菌科（Rhodospirillaceae）
##紅弧菌科（Rhodovibrionaceae）
##星狀菌科（Stellaceae）
##寺崎氏菌科（Terasakiellaceae）
##深海桿狀菌科（Thalassobaculaceae）
##海旋菌科（Thalassospiraceae）
##扎瓦爾津氏菌科（Zavarziniaceae）
##科未定
#紅海菌目（Rhodothalassiales）
##紅海菌科（Rhodothalassiaceae）
#立克次體目（Rickettsiales）
##埃裡希氏體科（Ehrlichiaceae）
##立克次體科（Rickettsiaceae）
##科未定
#斯尼斯氏菌目（Sneathiellales）
##斯尼斯氏菌科（Sneathiellaceae）
#鞘脂單胞菌目（Sphingomonadales）
##赤桿菌科（Erythrobacteraceae）
##鞘脂單胞菌科（Sphingomonadaceae）
##鞘氨醇胞菌科（Sphingosinicellaceae）
##發酵單胞菌科（Zymomonadaceae）
##科未定
#目未定
##科未定

**β-變形菌綱（Betaproteobacteria）**
#伯克氏菌目（Burkholderiales）
##產鹼菌科（Alcaligenaceae）
##伯克氏菌科（Burkholderiaceae）
##叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）
##草酸桿菌科（Oxalobacteraceae）
##薩特氏菌科（Sutterellaceae）
##科未定
#奈瑟菌目（Neisseriales）
##色桿菌科（Chromobacteriaceae）
##奈瑟菌科（Neisseriaceae）
#亞硝化單胞菌目（Nitrosomonadales）
##嘉利翁氏菌科（Gallionellaceae）
##嗜甲基菌科（Methylophilaceae）
##亞硝化單胞菌科（Nitrosomonadaceae）
##螺菌科（Spirillaceae）
##甾醇桿菌科（Sterolibacteriaceae）
##硫胞菌科（Sulfuricellaceae）
##硫桿菌科（Thiobacillaceae）
##Usitatibacteraceae
#紅環菌目（Rhodocyclales）
##固氮捲菌科（Azonexacea）
##河水桿菌科（Fluviibacteraceae）
##紅環菌科（Rhodocyclaceae）
##動膠菌科（Zoogloeaceae）
#目未定
##中科院微菌科（Casimicrobiaceae）
##科未定

**δ-變形菌綱（Deltaproteobacteria）**
#慢生單胞菌目（Bradymonadales）
##慢生單胞菌科（Bradymonadaceae）
##Microvenatoraceae
#鐵還原體目（Deferrisomatales）
##鐵還原體科（Deferrisomataceae）
#脫硫盒菌目（Desulfarculales）
##脫硫盒菌科（Desulfarculaceae）
#脫硫桿菌目（Desulfobacterales）
##脫硫桿菌科（Desulfobacteraceae）
##脫硫蔥狀菌科（Desulfobulbaceae）
##Desulfosudaceae
##Thiovibrionaceae
##科未定
#脫硫弧菌目（Desulfovibrionales）
##脫硫鹽菌科（Desulfohalobiaceae）
##脫硫微菌科（Desulfomicrobiaceae）
##脫硫鹽鹼桿菌科（Desulfonatronaceae）
##脫硫弧菌科（Desulfovibrionaceae）
#硫還原菌目（Desulfurellales）
##硫還原菌科（Desulfurellaceae）
#除硫單胞菌目（Desulfuromonadales）
##除硫單胞菌科（Desulfuromonadaceae）
##地桿菌科（Geobacteraceae）
##Syntrophotaleaceae
#硫歧化桿菌目（Dissulfuribacterales）
##硫歧化桿菌科（Dissulfuribacteraceae）
#黏球菌目（Myxococcales）
##厭氧黏桿菌科（Anaeromyxobacteraceae）
##原囊黏菌科（Archangiaceae）
##剋夫勒氏菌科（Kofleriaceae）
##黏球菌科（Myxococcaceae）
##侏囊菌科（Nannocystaceae）
##多囊菌科（Polyangiaceae）
##橙色菌科（Sandaracinaceae）
##流行桿菌科（Vulgatibacteraceae）
##科未定
#互營桿菌目（Syntrophobacterales）
##互營菌科（Syntrophaceae）
##互營桿菌科（Syntrophobacteraceae）
#互養棍狀菌目（Syntrophorhabdales）
##互養棍狀菌科（Syntrophorhabdaceae）
#目未定
##科未定

**ε-變形菌（Epsilonproteobacteria）**
#彎曲菌目（Campylobacterales）
##弓形菌科（Arcobacteraceae）
##彎曲菌科（Campylobacteraceae）
##螺桿菌科（Helicobacteraceae）
##氫單胞菌科（Hydrogenimonadaceae）
#鸚鵡螺菌目（Nautiliales）
##鸚鵡螺菌科（Nautiliaceae）
#目未定
##反硝化菌科（Nitratiruptoraceae）
##科未定

**γ-變形菌綱（Gammaproteobacteria）**
#嗜酸鐵氧化桿菌目（Acidiferrobacterales）
##嗜酸鐵氧化桿菌科（Acidiferrobacteraceae）
#氣單胞菌目（Aeromonadales）
##氣單胞菌科（Aeromonadaceae）
##琥珀酸弧菌科（Succinivibrionaceae）
#交替單胞菌目（Alteromonadales）
##交替單胞菌科（Alteromonadaceae）
##快泳動單胞菌科（Celerinatantimonadaceae）
##科爾韋氏菌科（Colwelliaceae）
##鐵還原單胞菌科（Ferrimonadaceae）
##海源菌科（Idiomarinaceae）
##摩替亞氏菌科（Moritellaceae）
##假交替單胞菌科（Pseudoalteromonadaceae）
##冷單胞菌科（Psychromonadaceae）
##希瓦氏菌科（Shewanellaceae）
##科未定
#砂胞菌目（Arenicellales）
##砂胞菌科（Arenicellaceae）
##科未定
#貝日阿託氏菌目（Beggiatoales）
##無色菌科（Achromatiaceae）
##貝日阿託氏菌科（Beggiatoaceae）
##苛求桿菌科（Fastidiosibacteraceae）
##弗朗西斯菌科（Francisellaceae）
##亮發菌科（Leucotrichaceae）
##魚立克次氏體科（Piscirickettsiaceae）
#心桿菌目（Cardiobacteriales）
##心桿菌科（Cardiobacteriaceae）
##依格納季氏菌科（Ignatzschineriaceae）
##牡蠣桿菌科（Ostreibacteriaceae）
#纖維弧菌目（Cellvibrionales）
##纖維弧菌科（Cellvibrionaceae）
##海仙菌科（Halieaceae）
##微泡菌科（Microbulbiferaceae）
##港口球菌科（Porticoccaceae）
##海綿桿菌科（Spongiibacteraceae）
#著色菌目（Chromatiales）
##著色菌科（Chromatiaceae）
##外硫紅螺旋菌科（Ectothiorhodospiraceae）
##顆粒狀球菌科（Granulosicoccaceae）
##鹽紅螺旋菌科（Halorhodospiraceae）
##鹽硫桿狀菌科（Halothiobacillaceae）
##硫喜鹼桿菌科（Thioalkalibacteraceae）
##硫鹼螺旋菌科（Thioalkalispiraceae）
##深海硫氧化菌科（Thioprofundaceae）
##向文洲菌科（Wenzhouxiangellaceae）
##伍斯氏菌科（Woeseiaceae）
#腸桿菌目（Enterobacterales）
##布傑約維採菌科（Budviciaceae）
##腸桿菌科（Enterobacteriaceae）
##歐文氏菌科（Erwiniaceae）
##哈夫尼亞菌科（Hafniaceae）
##摩根氏菌科（Morganellaceae）
##溶果膠菌科（Pectobacteriaceae）
##耶爾森氏菌科（Yersiniaceae）
#不淨土桿菌目（Immundisolibacterales）
##不淨土桿菌科（Immundisolibacteraceae）
#軍團菌目（Legionellales）
##柯克斯體科（Coxiellaceae）
##軍團菌科（Legionellaceae）
##科未定
#溶桿菌目（Lysobacterales）
##溶桿菌科（Lysobacteraceae）
##羅丹諾桿菌科（Rhodanobacteraceae）
#甲基球菌目（Methylococcales）
##泉發菌科（Crenotrichaceae）
##甲基球菌科（Methylococcaceae）
##甲基熱菌科（Methylothermaceae）
##科未定
#涅瓦菌目（Nevskiales）
##嗜藻菌科（Algiphilaceae）
##涅瓦菌科（Nevskiaceae）
##鹹水球形菌科（Salinisphaeraceae）
##類固醇桿菌科（Steroidobacteraceae）
#海洋螺菌目（Oceanospirillales）
##泥沼桿菌科（Aestuariirhabdaceae）
##食烷菌科（Alcanivoracaceae）
##巴氏絲桿菌科（Balneatricaceae）
##動物內生單胞菌科（Endozoicomonadaceae）
##慶尚大學菌科（Gynuellaceae）
##霍氏菌科（Hahellaceae）
##鹽單胞菌科（Halomonadaceae）
##康氏菌科（Kangiellaceae）
##Litorivicinaceae
##嗜蘇打小螺菌科（Natronospirillaceae）
##海洋螺菌科（Oceanospirillaceae）
##嗜油菌科（Oleiphilaceae）
##糖螺菌科（Saccharospirillaceae）
##科未定
#孤菌目（Orbales）
##孤菌科（Orbaceae）
##科未定
#巴斯德氏菌目（Pasteurellales）
##巴斯德氏菌科（Pasteurellaceae）
##鸚鵡菌科（Psittacicellaceae）
#假單胞菌目（Pseudomonadales）
##莫拉氏菌科（Moraxellaceae）
##假單胞菌科（Pseudomonadaceae）
##多變單胞菌科（Ventosimonadaceae）
##科未定
#嗜鹽硫桿菌目（Thiohalobacterales）
##嗜鹽硫桿菌科（Thiohalobacteraceae）
#硫鹽桿菌目（Thiohalorhabdales）
##硫鹽桿菌科（Thiohalorhabdaceae）
#目未定
##託賽爾氏菌科（Thorselliaceae）
##科未定

**嗜氫菌綱（Hydrogenophilia）**
#嗜氫菌目（Hydrogenophilales）
##嗜氫菌科（Hydrogenophilaceae）
#目未定
##科未定

**寡彎曲菌綱（Oligoflexia）**
#貪食桿菌目（Bacteriovoracales）
##貪食桿菌科（Bacteriovoracaceae）
##鹽貪食桿菌科（Halobacteriovoracaceae）
#蛭弧菌目（Bdellovibrionales）
##蛭弧菌科（Pseudobdellovibrionaceae）
#寡彎曲菌目（Oligoflexales）
##寡彎曲菌科（Oligoflexaceae）
##假貪食小桿菌科（Pseudobacteriovoracaceae）
#施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellales）
##施瓦茨瓦爾德菌目（Silvanigrellaceae）

**紅嗜熱鹽菌門（Rhodothermota）**

**紅嗜熱鹽菌綱（Rhodothermia）**
#紅嗜熱鹽菌目（Rhodothermales）
##紅嗜熱鹽菌科（Rhodothermaceae）
##淡紅色球菌科（Rubricoccaceae）
##鹽場桿菌科（Salinibacteraceae）
##鹽剛毛菌科（Salisaetaceae）

**螺旋體門（Spirochaetota）**

**螺旋體綱（Spirochaetia）**
#短螺旋體目（Brachyspirales）
##短螺旋體科（Brachyspiraceae）
#Brevinematales
##Brevinemataceae
##Thermospiraceae
#鉤端螺旋體目（Leptospirales）
##鉤端螺旋體科（Leptospiraceae）
#螺旋體目（Spirochaetales）
##疏螺旋體科（Borreliaceae）
##Breznakiellaceae
##球形髮絲菌科（Sphaerochaetaceae）
##螺旋體科（Spirochaetaceae）
##密螺旋體科（Treponemataceae）
#目未定
##科未定

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**互養菌門（Synergistota）**

**互養菌綱（Synergistia）**
#互養菌目（Synergistales）
##嗜胺菌科（Aminiphilaceae）
##Aminithiophilaceae
##脫硫代硫酸鹽弧菌科（Dethiosulfovibrionaceae）
##互養菌科（Synergistaceae）

**綱未定**
# 目未定
## Thermosynergistaceae

**熱脫硫桿菌門（Thermodesulfobacteriota）**

**熱脫硫桿菌綱（Thermodesulfobacteria）**
#熱脫硫桿菌目（Thermodesulfobacteriales）
##熱脫硫桿菌科（Thermodesulfobacteriaceae）

**綱未定**
# 目未定
## 科未定

**熱微菌門（Thermomicrobiota）**

**熱微菌綱（Thermomicrobia）**
#球形桿菌目（Sphaerobacterales）
##球形桿菌科（Sphaerobacteraceae）
#熱微菌目（Thermomicrobiales）
##熱微菌科（Thermomicrobiaceae）
#目未定
##科未定

**熱袍菌門（Thermotogota）**

**熱袍菌綱（Thermotogae）**
#廣宇袍菌目（Kosmotogales）
##廣宇袍菌科（Kosmotogaceae）
#中度嗜酸袍菌目（Mesoaciditogales）
##中度嗜酸袍菌科（Mesoaciditogaceae）
#石袍菌目（Petrotogales）
##石袍菌科（Petrotogaceae）
#熱袍菌目（Thermotogales）
##高溫桿菌科（Fervidobacteriaceae）
##熱袍菌科（Thermotogaceae）

**疣微菌門（Verrucomicrobiota）**

**豐祐菌綱（Opitutia）**
#豐祐菌目（Opitutales）
##豐祐菌科（Opitutaceae）
##科未定
#紫紅球菌目（Puniceicoccales）
##紫紅球菌科（Puniceicoccaceae）
#目未定
##科未定

**土生微菌綱（Terrimicrobiia）**
#土生微菌目（Terrimicrobiales）
##土生微菌科（Terrimicrobiaceae）

**疣微菌綱（Verrucomicrobiia）**
#疣微菌目（Verrucomicrobiales）
##阿克曼氏菌科（Akkermansiaceae）
##海生紅桿菌科（Rubritaleaceae）
##疣微菌科（Verrucomicrobiaceae）

**綱未定**
# 淤泥球菌目（Limisphaerales）
## Fontisphaeraceae
## 淤泥球菌科（Limisphaeraceae）
# 目未定
## 科未定

**註釋==