真菌分類表

真菌界（學名：Fungi，單數為Fungus，複數可為Fungi或Funguses3）又稱菌物界，是真核生物中的一大類群，包含酵母、黴菌之類的微生物以及為人熟知的菇類。真菌自成一界，獨立於植物、動物和其他真核生物。

**子囊菌門 （Ascomycota）**
Neolectomycetes
**Neolectales
*Pneumocystidomycetes
**Pneumocystidales
*Schizosaccharomycetes
**Schizosaccharomycetales
**環境樣本
*Taphrinomycetes
**Taphrinales
*Archaeorhizomycetes
**Archaeorhizomycetales
**環境樣本
*Arthoniomycetes
**Arthoniales
**Lichenostigmatales 
**目未定
*Dothideomycetes
**Capnodiales
**Dothideales
**Myriangiales
**Jahnulales
**Mytilinidiales
**Pleosporales
**Botryosphaeriales
**Microthyriales
**Patellariales
**Trypetheliales
**目未定及環境、菌根樣本
*Eurotiomycetes
**Chaetothyriales
**Pyrenulales
**Verrucariales
**Coryneliales
**Arachnomycetales 
**Ascosphaerales 
**Eurotiales
**Onygenales
**Mycocaliciales
**目未定及環境樣本
*Geoglossomycetes
**Geoglossales
**目未定
*Laboulbeniomycetes
**Laboulbeniales
**Pyxidiophorales
**目未定及環境樣本
*Lecanoromycetes
**Acarosporales
**Lecanorales
**Lecideales
**Peltigerales
**Teloschistales
**Agyriales
**Baeomycetales
**Ostropales
**Rhizocarpales 
**Pertusariales
**Candelariales
**Umbilicariales
**目未定及環境樣本
*Leotiomycetes
**Cyttariales
**Erysiphales
**Helotiales
**Leotiales
**Rhytismatales
**Thelebolales
**Medeolariales 
**目未定及環境、菌根樣本
*Lichinomycetes
**Eremothallales 
**Lichinales
*Orbiliomycetes
**Orbiliales
*Pezizomycetes
**Pezizales
**目未定
*Pneumocystidomycetes
**Pneumocystidales
*Sordariomycetes
**Coronophorales 
**Hypocreales 
**Melanosporales 
**Microascales 
**Boliniales 
**Calosphaeriales 
**Chaetosphaeriales 
**Coniochaetales 
**Diaporthales 
**Ophiostomatales 
**Sordariales 
**Lulworthiales 
**Xylariales 
**Phyllachorales 
**Trichosphaeriales 
**目未定及環境、菌根樣本
*Saccharomycetes
**Saccharomycetales
*綱未定及環境、菌根樣本

**擔子菌門 (Basidiomycota)**
Tremellomycetes
**Cystofilobasidiales
**Filobasidiales
**Tremellales
**Holtermanniales
**目未定
*Dacrymycetes
**Dacrymycetales
*Agaricomycetes
**Agaricales
**Atheliales
**Boletales
**†Prototaxales  
**Amylocorticiales
**Jaapiales
**Lepidostromatales 
**Geastrales
**Gomphales
**Hysterangiales
**Phallales
**Auriculariales
**Cantharellales
**Corticiales
**Gloeophyllales
**Hymenochaetales
**Polyporales
**Russulales
**Sebacinales
**Thelephorales
**Trechisporales
**目未定及環境樣本
*Agaricostilbomycetes
**Agaricostilbales
**Spiculostilbales
**目未定及環境樣本
*Atractiellomycetes
**Atractiellales
*Classiculomycetes
**Classiculales
*Cryptomycocolacomycetes
**Cryptomycocolacales
*Cystobasidiomycetes
**Cystobasidiales
**Erythrobasidiales
**Naohideales
**目未定
*Microbotryomycetes
**Heterogastridiales
**Kriegeriales
**Leucosporidiales
**Microbotryales
**Sporidiobolales
**目未定及環境樣本
*Mixiomycetes
**Mixiales
*Pucciniomycetes
**Helicobasidiales
**Pachnocybales
**Platygloeales
**Pucciniales
**Septobasidiales
**目未定及環境樣本
*Entorrhizomycetes 
**Entorrhizales
*Ustilaginomycetes
**Urocystales
**Ustilaginales
**目未定及環境樣本
*Exobasidiomycetes
**Ceraceosorales
**Doassansiales
**Entylomatales
**Exobasidiales
**Georgefischeriales
**Microstromatales
**Tilletiales
**Malasseziales
**目未定及環境樣本
*Wallemiomycetes
**Wallemiales
**Geminibasidiales 
**目未定
*綱未定及環境、菌根樣本

**芽枝黴門(Blastocladiomycota)**
Blastocladiomycetes
**Blastocladiales
**目未定
*環境樣本

**壺菌門(Chytridiomycota)**
Chytridiomycetes
**Chytridiales 
**Cladochytriales 
**Lobulomycetales 
**Polychytriales   
**Rhizophlyctidales 
**Rhizophydiales 
**Spizellomycetales 
**目未定
*Monoblepharidomycetes
**Monoblepharidales
*綱未定及環境樣本

**球囊菌門 (Glomeromycota)**
Glomeromycetes
**Archaeosporales
**Diversisporales
**Glomerales
**Paraglomerales
**目未定及環境樣本
*綱未定及環境樣本

**微孢子蟲門（Microsporidia）**
本門包括以下綱：
綱、目的地位未定的科：
綱、目和科的地位未定的屬：

**新美鞭菌門（Neocallimastigomycota）**
Neocallimastigomycetes
**Neocallimastigales
*綱未定及環境樣本

**接合菌門 (Zygomycota)**
Zygomycetes
**Endogonales
**Mucorales
**Mortierellales
**Asellariales
**Kickxellales
**Dimargaritales
**Harpellales
**Entomophthorales
**Zoopagales
**目未定

**門未定及環境、菌根樣本**
其餘的真菌種類（包括早期真菌種類及混合DNA片段）