严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株

本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变。
引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2冠状病毒）容易发生突变而产生变异株，关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现，目前已有多个变异株在世界各地形成并传播。由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移，而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答，并影响疫苗的效力，这种现象称为免疫逃避。
已有五种被世界卫生组织认定为值得关注的变异株，它们分别为Alpha变异株、Beta变异株、Gamma变异株、Delta变异株以及Omicron变异株。

**变异株对照表**
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正在调查
US
Mar
Epsilon
B.1.427，B.1.429
—
21C
L452R
多国
恢复期和疫苗接种后血清中和效力降低
Brazil
Apr
Zeta
P.2
VUI-21JAN-01
20B/S.484K
E484K，D614G，V1176F
多国
单克隆抗体中和效力可能降低，疫苗接种后血清中和效力降低
英国Nigeria
Dec
Eta
B.1.525
VUI-21FEB-03
21D
E484K, F888L
加拿大、美国、德国等69国
单克隆抗体、恢复期和疫苗接种后血清中和效力可能降低
Philippines
Jan
Theta
P.3
VUI-21MAR-02
21E
E484K，N501Y，P681H，141–143del
菲律宾、美国等17国
India
Oct
Kappa
B.1.617.1
VUI-21APR-01
21B
E484Q, L452R, P681R
多国
抗体中和效力降低
Peru
August
Lambda
C.37
VUI-21JUN-01
21G
G75V，T76I，247-253del，L452Q，F490S，D614G，T859N
智利、美国、秘鲁等44国
COL
2021年1月
Mu
B.1.621
VUI-21JUL-1
21H
T95I、Y144S、Y145N、R346K、E484KN501Y、D614G、P681H、D950N
哥伦比亚、美国等60国
BWA
2021年11月
Omicronname=voc
B.1.1.529
VUI-21NOV-1
21K
A67V、Δ69-70、T95I、G142D、Δ143-145、Δ211L212I、ins214EPE、G339D、S371L、S373P、S375FK417N、N440K、G446S、S477N、T478K、E484AQ493K、G496S、Q498R、N501Y、Y505H、T547KD614G、H655Y、N679K、P681H、N764K
博茨瓦纳、南非等数国

**命名法**
目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之变异株有三个常用的命名系统，分别由GISAID、Nextstrain和PANGO建立。
2021年5月31日，世界卫生组织宣布为重要变种病毒提供希腊字母标签，为免首先发现变种病毒的国家遭受歧视及污名化。
其中，命名规则在Mu变异株后跳过了希腊字母「Nu」和「Xi」这两个字母。据俄罗斯官方电视台《RT》报导，有不具名的WHO官员透露跳过「Nu」是为避免与发音相同的「New」混淆，至于跳过「Xi」则是由于这个字母的姓氏很普遍，为了避免「对区域的污名化」。

**支序演化树**
PANGO命名系统的SARS-CoV-2谱系图
Variants of SARS-CoV-2#D614G（属B.1演化支）逐渐成为目前全球主要传播的严重急性呼吸综合征冠状病毒2类型。
以下为严重急性呼吸综合征冠状病毒2主要变种的支序演化树简化示意图。

**关注度之基准**
世界卫生组织将变异株分为三个等级台湾疾管署按美国CDC定义分三类，称为：需留意变异株(Variants of Interest, VOI)、高关注变异株(Variants of Concern, VOC)、高冲击变异株(Variant of High Consequence)。。
#Variant of concern（variant of concern，VOC）
#Variant of interest（variant of interest，VOI）
#Variant under monitoring（variant under monitoring，VUM）

**现阶段的主流变异株**

**需要关注的变异株（VOC）**
病毒变异是一个自然随机过程，并引发关切的程度取决于其导致的传染性、发病率、死亡率，及逃避检测、免疫与治疗的风险。目前在世界的主要变异株为最早发现于非洲南部由希腊字母「Omicron」标记。

**Omicron（B.1.1.529谱系）**
B.1.1.529变异株（WHO命名为Omicron）是目前变异最多的严重特殊传染性肺炎病毒。据媒体简报会上发布：这个变异株有超过50个突变bbc20211125，而单单在刺突蛋白的突变也有32种mirrorbbc20211125。
*于2021年11月，在非洲南部的波札那和南非发现oncc20211126。
*2021年11月24日，升级为「VUM」等级。
*2021年11月26日，再升级为「VOC」等级。
*目前变种分支亚型：BA.1（标准亚型）、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5，总共超过千种以上的「次分支」、「子代」及「重组」变异株。

**= 目前「VOC-VOI」等级（需要留意）变异株 =**
JN.1

**= 目前「VOC-VUM」等级（监视）变异株 =**
KP.3
*KP.3.1.1
*LB.1
*XEC
*LP.8.1

**过去的主流变异株**

**需要关注的变异株（Previous VOC）**

**Alpha（B.1.1.7谱系）**
B.1.1.7谱系，WHO命名为“Alpha”，又称VOC 202012/01，并称501Y.V1变种。部分与「N501Y」突变有关。有23个病毒基因变异点。
*在2020年9月，首次从英国东南方的肯特郡（Kent）所发现采集的样本中发现。
*2020年12月18日，升级为「VOC」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOC」等级。

**Beta（B.1.351谱系）**
B.1.351谱系，WHO命名为「Beta」，又称501Y.V2变种。与「N501Y」、「K417N」、「E484K」突变有关，与先前的新冠病毒变种相比，501Y.V2变种的传染率增加约50%。有证据表明，501Y.V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用。当前尚未有证据表明该变种影响严重特殊传染性肺炎的严重程度。。
*2020年5月，在南非东开普省的纳尔逊·曼德拉湾发现。
*2020年12月18日，被南非科学家和卫生官员报道。
*2020年12月18日，升级为「VOC」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOC」等级。

**Gamma（P.1谱系）**
P.1谱系，WHO命名为「Gamma」，又称501Y.V3变种。包括三个相关突变：「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
*2020年11月，在巴西发现。
*2021年1月2日，在东京国际机场从四名巴西飞抵日本的旅客发现，由日本国立感染症研究所报道。
*2021年1月11日，升级为「VOC」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOC」等级。

**Delta（B.1.617.2谱系）**
B.1.617谱系是2020年10月于印度发现的一种双突变变异株。直到2021年1月前，该变异株的感染人数都寥寥无几。4月时该变异株已经蔓延至超过20个国家，遍及南极洲和南美洲以外的所有大洲。
在该变异株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D（synonymous substitution）、G142D、P681R、E484Q、L452R，其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用。
于5月7日将B.1.617.2列为“Variant of concern”，命名为VOC-21APR-02。 
5月10日WHO称，因为B.1.617较高的传染性，该变异正被列为全球范围内受关切变种。6月1日WHO将受关切变种限定为B.1.617谱系当中的B.1.617.2（Delta）变种。 稍后WHO将B.1.617.2命名为「Delta」。
5月21日，越南宣布发现一种传播性更高，由Delta变异株加上Alpha变异株上突变的病毒株。6月3日，WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义，并将其列为带有突变的Delta变种。
据报道，Delta变异株基本传染数R0大约为6（有说法称其高达8或9），是严重急性呼吸道症候群冠状病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上。
*2021年4月4日，为升级为「VOI」等级。
*2021年5月11日，为升级为「VOC」等级。
*2022年6月7日，降级为「Previous VOC」等级。

**需要留意的变异株(Previous VOI)**

**Epsilon（B.1.427谱系、B.1.429谱系）**
B.1.427谱系、B.1.429谱系，WHO命名为「Epsilon」，于2020年3月在美国加州首次发现。
*2021年3月5日，升级为「VOI」等级。
*2021年7月6日，降级为「Previous VOI」等级。

**Zeta（P.2谱系）**
P.2谱系，WHO命名为「Zeta」，于2020年4月在巴西里约热内卢首次发现。
*2021年3月17日，升级为「VOI」等级。
*2021年7月6日，降级为「Previous VOI」等级。

**Eta（B.1.525谱系）**
B.1.525谱系，WHO命名为「Eta」，于2020年12月在奈及利亚首次发现。
*2021年3月17日，升级为「VOI」等级。
*2021年9月20日，降级为「Previous VOI」等级。

**Iota（B.1.526谱系）**
B.1.526谱系，WHO命名为「Iota」，于2020年11月在美国纽约首次发现。
*2021年3月20日，升级为「VOI」等级。
*2021年9月20日，降级为「Previous VOI」等级。

**Theta（P.3谱系）**
P.3谱系，WHO命名为「Theta」，于2021年1月在菲律宾首次发现。
*2021年3月24日，升级为「VOI」等级。
*2021年7月6日，降级为「Previous VOI」等级。

**Kappa（B.1.617.1）**
B.1.617谱系的三个子谱系之一当中的「B.1.617.1」，WHO命名为「Kappa」，于2020年10月在印度首次发现。
*2021年4月4日，升级为「VOI」等级。
*2021年9月20日，降级为「Previous VOI」等级。

**Lambda（C.37谱系）**
C.37谱系，WHO命名为「Lambda」，于2020年8月在秘鲁首次发现。
*2021年6月14日，升级为「VOI」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOI」等级。

**Mu（B.1.621谱系）**
B.1.621谱系，WHO命名为「Mu」，于2021年1月在哥伦比亚首次发现。
*2021年8月30日，升级为「VOI」等级。
*2022年3月9日，降级为「Previous VOI」等级。

**备注**

**参见**
严重急性呼吸综合征冠状病毒2
*变种
**突变#错义突变

**参考文献**

**外部链接**
  WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants date=20210606183718 -  Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants (CDC) date=20210610102326 -  SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC) date=20210616060332 -  Variants of concern or under investigation: data up to 5 May 2021 (PHE) date=20210607111658 -  SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 (ECDC) date=20210616103810 -  Living Evidence - SARS-CoV-2 variants date=20210416012757 -  Coronavirus Variants and Mutations date=20211130040553