真菌分类表

真菌界（学名：Fungi，单数为Fungus，复数可为Fungi或Funguses3）又称菌物界，是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌之类的微生物以及为人熟知的菇类。真菌自成一界，独立于植物、动物和其他真核生物。

**子囊菌门 （Ascomycota）**
Neolectomycetes
**Neolectales
*Pneumocystidomycetes
**Pneumocystidales
*Schizosaccharomycetes
**Schizosaccharomycetales
**环境样本
*Taphrinomycetes
**Taphrinales
*Archaeorhizomycetes
**Archaeorhizomycetales
**环境样本
*Arthoniomycetes
**Arthoniales
**Lichenostigmatales 
**目未定
*Dothideomycetes
**Capnodiales
**Dothideales
**Myriangiales
**Jahnulales
**Mytilinidiales
**Pleosporales
**Botryosphaeriales
**Microthyriales
**Patellariales
**Trypetheliales
**目未定及环境、菌根样本
*Eurotiomycetes
**Chaetothyriales
**Pyrenulales
**Verrucariales
**Coryneliales
**Arachnomycetales 
**Ascosphaerales 
**Eurotiales
**Onygenales
**Mycocaliciales
**目未定及环境样本
*Geoglossomycetes
**Geoglossales
**目未定
*Laboulbeniomycetes
**Laboulbeniales
**Pyxidiophorales
**目未定及环境样本
*Lecanoromycetes
**Acarosporales
**Lecanorales
**Lecideales
**Peltigerales
**Teloschistales
**Agyriales
**Baeomycetales
**Ostropales
**Rhizocarpales 
**Pertusariales
**Candelariales
**Umbilicariales
**目未定及环境样本
*Leotiomycetes
**Cyttariales
**Erysiphales
**Helotiales
**Leotiales
**Rhytismatales
**Thelebolales
**Medeolariales 
**目未定及环境、菌根样本
*Lichinomycetes
**Eremothallales 
**Lichinales
*Orbiliomycetes
**Orbiliales
*Pezizomycetes
**Pezizales
**目未定
*Pneumocystidomycetes
**Pneumocystidales
*Sordariomycetes
**Coronophorales 
**Hypocreales 
**Melanosporales 
**Microascales 
**Boliniales 
**Calosphaeriales 
**Chaetosphaeriales 
**Coniochaetales 
**Diaporthales 
**Ophiostomatales 
**Sordariales 
**Lulworthiales 
**Xylariales 
**Phyllachorales 
**Trichosphaeriales 
**目未定及环境、菌根样本
*Saccharomycetes
**Saccharomycetales
*纲未定及环境、菌根样本

**担子菌门 (Basidiomycota)**
Tremellomycetes
**Cystofilobasidiales
**Filobasidiales
**Tremellales
**Holtermanniales
**目未定
*Dacrymycetes
**Dacrymycetales
*Agaricomycetes
**Agaricales
**Atheliales
**Boletales
**†Prototaxales  
**Amylocorticiales
**Jaapiales
**Lepidostromatales 
**Geastrales
**Gomphales
**Hysterangiales
**Phallales
**Auriculariales
**Cantharellales
**Corticiales
**Gloeophyllales
**Hymenochaetales
**Polyporales
**Russulales
**Sebacinales
**Thelephorales
**Trechisporales
**目未定及环境样本
*Agaricostilbomycetes
**Agaricostilbales
**Spiculostilbales
**目未定及环境样本
*Atractiellomycetes
**Atractiellales
*Classiculomycetes
**Classiculales
*Cryptomycocolacomycetes
**Cryptomycocolacales
*Cystobasidiomycetes
**Cystobasidiales
**Erythrobasidiales
**Naohideales
**目未定
*Microbotryomycetes
**Heterogastridiales
**Kriegeriales
**Leucosporidiales
**Microbotryales
**Sporidiobolales
**目未定及环境样本
*Mixiomycetes
**Mixiales
*Pucciniomycetes
**Helicobasidiales
**Pachnocybales
**Platygloeales
**Pucciniales
**Septobasidiales
**目未定及环境样本
*Entorrhizomycetes 
**Entorrhizales
*Ustilaginomycetes
**Urocystales
**Ustilaginales
**目未定及环境样本
*Exobasidiomycetes
**Ceraceosorales
**Doassansiales
**Entylomatales
**Exobasidiales
**Georgefischeriales
**Microstromatales
**Tilletiales
**Malasseziales
**目未定及环境样本
*Wallemiomycetes
**Wallemiales
**Geminibasidiales 
**目未定
*纲未定及环境、菌根样本

**芽枝霉门(Blastocladiomycota)**
Blastocladiomycetes
**Blastocladiales
**目未定
*环境样本

**壶菌门(Chytridiomycota)**
Chytridiomycetes
**Chytridiales 
**Cladochytriales 
**Lobulomycetales 
**Polychytriales   
**Rhizophlyctidales 
**Rhizophydiales 
**Spizellomycetales 
**目未定
*Monoblepharidomycetes
**Monoblepharidales
*纲未定及环境样本

**球囊菌门 (Glomeromycota)**
Glomeromycetes
**Archaeosporales
**Diversisporales
**Glomerales
**Paraglomerales
**目未定及环境样本
*纲未定及环境样本

**微孢子虫门（Microsporidia）**
本门包括以下纲：
纲、目的地位未定的科：
纲、目和科的地位未定的属：

**新美鞭菌门（Neocallimastigomycota）**
Neocallimastigomycetes
**Neocallimastigales
*纲未定及环境样本

**接合菌门 (Zygomycota)**
Zygomycetes
**Endogonales
**Mucorales
**Mortierellales
**Asellariales
**Kickxellales
**Dimargaritales
**Harpellales
**Entomophthorales
**Zoopagales
**目未定

**门未定及环境、菌根样本**
其余的真菌种类（包括早期真菌种类及混合DNA片段）