All I could find was this: 
 :"Record de Legalizações. Ao longo do ano 2001 legalizaram-se em Portugal, ao abrigo do novo Decreto Lei de Imigração (4/2001 de 10 de janeiro), com “Autorização de permanência”, perto de 130.000 imigrantes. A saber, citando apenas as comunidades com mais de 1.000 imigrantes regularizados: 42.252 ucranianos, 22.426 brasileiros, 8.404 moldavos, 6.926 romenos, 5.174 cabo-verdianos, 4.777 russos, 4.723 angolanos, 3.203 chineses, 3.082 guineenses (Bissau), 2.784 paquistaneses, 2.670 indianos, 1.506 são tomenses, 1.465 búlgaros, 1.178 guinenses (Conacri). Juntando este número aos 22.456 cidadãos estrangeiros legalizados em Portugal até 31.12.2000, pode-se dizer que a população legal residente no país poderá atingir o meio milhão, nos próximos dois anos." 

 It refers to people who were allowed to settle (imigrantes regularizados) in Brasil, but have remined citizens of other countries. The lead here is obviously citzenship, and there is no indication of what they decalre themselves. All other variants of the word Moldovan in Portuguese, coupled with "Brasil" and "censo", do not show any results.official site of the 2000 census does not seem to have any data on ethnicities - if there are, I could not find any.