[en] Appropriate management of plants of conservation concern requires reliable estimates of the magnitude and spatial distribution of genetic diversity as these species often combine features that make them potentially susceptible to genetic erosion. In this regard, the present thesis focuses on applying genetic markers to the conservation of rare and threatened plants. In the first two chapters, genetic diversity and population structure of the clonal endemism Centaurea borjae is assessed using AFLPs and cpDNA sequences. C. borjae displayed intermediate-low genetic diversity compared to other plants with similar life-history traits. Gene flow seem to be restricted as populations separated by few hundred meters showed significant differentiation. Clonal frequency was lower than anticipated and might be related to soil type. Five Management Units were designated for conservation purposes and sampling for ex situ preservation should focus on individuals separated >80 m. In the third chapter, the neutral and quantitative diversity of the endangered therophyte Omphalodes littoralis spp. gallaecica is investigated. The five extant populations displayed minimal to none neutral genetic diversity and a lack of gene flow between them. Reciprocal transplant experiments showed among-population differentiation in several quantitative traits but the pattern of differences did not fit the expectations of local adaptation. Instead, it seemed to be caused by genetic drift. Based on the genetic and phenotypic results, each population should be designated as an independent Evolutionary Significant Unit for conservation purposes. The last chapter focuses on developing SSRs markers for threatened plants using EST sequences available in public databases. 257 genera were analyzed and 86% of them were successfully mined. As most of these genera lack an annotated genome, Arabidopsis and Oryza were used as controls for genome distribution analyses. Dimers and trimmers were prevalent types of repeat. Control genomes revealed that trimmers were mostly located in coding regions while dimers were largely associated to untranslated regions. Finally, empirical trials showed that EST-SSRs had high amplification success and were 100% transferable between species in two tested genera.

[gl] Unha adecuada xestión en plantas con especial interese para a conservación require coñecer a magnitude e a distribución espacial da diversidade xenética, xa que estas especies a miúdo posúen características que as fan máis susceptibles á erosión xenética. Neste contexto, a presente tese centrase na aplicación de marcadores moleculares para a conservación de plantas raras e ameazadas. Ó longo dos dous primeiros capítulos investigase a diversidade xenética e a estrutura poboacional do endemismo clonal Centaurea borjae empregando AFLPs e secuencias do xenoma do cloroplasto. C. borjae amosou una diversidade intermediabaixa en comparación con outras plantas con rasgos vitáis similares. O fluxo xenético parece estar restrinxido, xa que poboacións distanciadas uns centos de metros presentaron diferencias significativas. A presencia de clons foi inferior á esperada e parece estar relacionada co tipo de solo. Finalmente, recoméndase establecer cinco Unidades de Xestión e manter unha distancia >80 m entre individuos recollidos para conservación ex situ. Ó longo do terceiro capítulo, investigase a diversidad neutral e cuantitativa do terófito ameazado Omphalodes littoralis spp. gallaecica. As cinco poboacións existentes revelaron unha diversidade xenética neutral mínima ou cero e ausencia de fluxo xenético entre elas. Os transplantes recíprocos amosaron diferencias entre poboacións para varios caracteres cuantitativos, non obstante dita diferenciación nos se axustou a un patrón de adaptación local. Pola contra, a variación fenotípica pareceu ser consecuencia da deriva xenética. En base ós resultados xenéticos e fenotípicos, cada poboación debe considerarse como unha Unidade Evolutivamente Significativa independente para fins da súa conservación. O último capítulo centrase no desenvolvemento de marcadores SSR para plantas ameazadas empregando secuencias EST dispoñibles en bases de datos públicas. Estudiáronse 257 xéneros e o 86% dos mesmos foron analizados con éxito. Como a maioría de estes xéneros carecen de xenomas anotados, Arabidopsis e Oryza empregáronse como controles para determinar a distribución dos EST-SSRs ó longo do xenoma. Dímeros e trímeros foron os tipos de repeticións máis abundantes e os xenomas de control revelaron que os trímeros distribúense principalmente en rexións codificantes, mentres que os dímeros están maioritariamente asociados con rexións non codificantes. O éxito de amplificación dos EST-SSRs foi bo e ademais, foron transferibles entre especies do mesmo xénero.