[en] The word microbiome includes the set of microbes that inhabit a common microhabitat. It refers not only to the bacterial community but to fungi and viruses too. Next-generation sequencing methods allowed the characterization of the microbial communities living in different part of the body either human or animal, their diversity, the interactions with the host (cell or immunity), the environment and the microbes. The first objective is to characterize the skin bacterial and fungal communities in otitis externa in dogs by massive sequencing (Ion Torrent), with a longitudinal evaluation after antibiotic and non-antibiotic treatment. Results showed that a treatment of topical corticosteroid plus a natural antimicrobial agent, pomegranate, was suitable for the control of bacterial and fungal overgrowth. Next generation sequencing analyses permitted to better understand the dynamics of the canine otitis and showed that the pomegranate natural compound would be a good antimicrobial alternative for a mild infection. The second objective is to identify fungi at the species level by the development and optimization of a sequencing assay based on long-fragments, to capture the maximum variability and taxonomical information from the whole fungal ribosomal operon. We evaluated the third-generation sequencing by nanopores with the MinION device to be able to sequence the targeting ITS1 and ITS2 regions together (3.5 Kb length) with amplicons targeting the whole ribosomal operon (6 Kb length). We validated the strategy with six microbiological fungal cultures and four otitis samples. MinION sequencing detected most of the microbiological fungal cultures and confirmed the phenotypic characterization of the two otitis samples. The amplicons targeting the whole ribosomal operon (6 Kb) provided a better taxonomic assignment for fungi, although for some of them, both amplicons sizes were suitable. Finally, Nanopore Technologies was a good approach for the characterization of the fungal communities in complex samples, reaching the species level for the most abundant fungus found: Malassezia spp. The third objective is to evaluate nanopore sequencing for the assembly of fungal genomes. Malassezia is a skin commensal fungus in mammals, and Malassezia pachydermatis is the species of more significant veterinary concern. Its overgrowth is correlated with diseases like otitis or dermatitis. The DNA was extracted from a microbiological culture and nanopore sequenced with MinION. The bioinformatics analyses included the last high accuracy basecalling and consensus correction workflows. The genome assembly of 8.6 Mbp in 10 contigs improved the assembly and the scaffolding of the reference genome (64 contigs), with similar completeness (76.6%).

[es] La palabra microbioma incluye el conjunto de microbios que habitan un microhábitat común. Los métodos de secuenciación de nueva generación permitieron la caracterización de las comunidades microbianas que viven en las diferentes partes del cuerpo, tanto humano como animales, su diversidad, las interacciones con el huésped (célula o inmunidad), el ambiente y también entre microbios. El primer objetivo es caracterizar las comunidades bacterianas y fúngicas de la piel de los perros con otitis externa, mediante secuenciación masiva (Ion Torrent) con una evaluación longitudinal tras un tratamiento antibiótico y no-antibiótico. Los resultados demostraron que un tratamiento tópico con corticoides más un agente antimicrobiano natural, la granada, fue adecuado para el control del sobrecrecimiento bacteriano y fúngico. Los análisis con secuenciación de nueva generación permitieron comprender mejor la dinámica de la otitis canina y demostraron que el compuesto natural de la granada sería una buena alternativa antimicrobiana para una infección leve. El segundo objetivo es identificar los hongos a nivel de especie mediante el desarrollo y la optimización de un ensayo de secuenciación basado en fragmentos largos, para captar la máxima variabilidad e información taxonómica del operón ribosómico de hongos entero. Se evaluó la secuenciación de tercera generación para nanopors con el dispositivo MinION (Oxford Nanopore Technologies), para poder secuenciar las dos regiones ITS1 y ITS2 juntas (3.5 Kb de longitud) con los amplicones del operón entero (6 Kb de longitud). Los amplicones de 6 Kb proporcionaron una mejor labor taxonómica por los hongos, aunque para algunos de ellos fueron adecuados ambos tamaños de los amplicones. Esta tecnología fue un buen enfoque para la caracterización de las comunidades de hongos en muestras complejas, y llegando al nivel de especie para el hongo más abundante: Malassezia spp. El tercer objetivo es evaluar la secuenciación de nanopores para el ensamblaje de los genomas de hongos. Malassezia es un hongo comensal de la piel en mamíferos, y la Malassezia pachydermatis es la especie de mayor importancia veterinaria. Su sobrecrecimiento está correlacionado con algunas enfermedades como la otitis o la dermatitis. L&#8217;ADN se extrajo de un cultivo microbiológico y se secuenció con nanopores mediante el dispositivo MinION. Los análisis de bioinformática incluyeron la última versión de basecalling y corrección de secuencias consenso. El genoma completo (8.6 Mb) en 10 contigs, demostró un ensamblaje mejor respecto al genoma de referencia (64 contigs) y con una completeness similar (76.6%).