[en] Septicaemia is an inflammatory response mounted against invasion of the vascular space by pathogenic organisms, which frequently leads to organ failure. Incidence of Septicaemia has increased over the last two decades, probably due to an ageing population and the increased use of complex and invasive techniques for both diagnosis and treatment of disease. Mortality in septicaemia continues to be high despite improvements in healthcare, surpassing that of other diseases with high social impacts such as neoplasias or acute myocardial infarction. Accurate diagnosis of septicaemia is essential if it is to be treated correctly and patient survival improved. Key components of this diagnostic arsenal are laboratory tools and methods that allow rapid detection and isolation of causative pathogens and the characterisation of their antibiotic resistance profiles because rapid administration of empirical antimicrobial therapy and its timely adjustment to susceptibility testing can reduce mortality by up to 10% in patients with severe sepsis or septic shock. The current gold standard in the diagnosis of septicaemia is blood culture, using conventional methods of isolation, identification and susceptibility testing. This process may take up to 48-65 hours, delaying the rapid initiation of effective and appropriate antibiotic therapy. There is, therefore, considerable scope for shortening the time it takes to issue a full report on the organism causing the septicaemia. This thesis has evaluated two new protocols to carry out identification and susceptibility testing of Gram positive and Gram negative organisms. Inoculates are obtained from positive blood culture bottles that contain activated charcoal and these are used to directly inoculate panels of the Vitek-2 compact system. Using these techniques in the study of antimicrobial susceptibility, global concordance with conventional methods exceeded 95%. In addition, the mean time take to obtain precise identification and susceptibility results was six hours for Gram-positive and nine hours for Gram-negative organisms. Total time taken, therefore, to provide definitive results was under 24 hours from the time blood cultures were taken. This same protocol has been evaluated for paediatric blood cultures, obtaining concordance with conventional methods in excess of 99% and with no serious errors. An additional objective was to study the impact on adult and paediatric clinical practice of this rapid, specific information obtained using the direct inoculation of the Vitek-2 system from positive blood cultures. The availability of this information resulted in changed clinical decisions in over 50% of adult bacteraemias and 65% of paediatric bacteraemias, whether in the choice of initial therapy or change of antibiotic on the basis of susceptibility testing. During the study period, there was a decrease in the proportion of sepsis episodes in which empirical antimicrobial therapy was well-matched to susceptibilities on testing, most likely due to increased antimicrobial resistance. At the same time, we observed an increase in the proportion of episodes in which the rapid availability of microbiology reports allowed the modification of antimicrobial regimens when the causative organism was resistant to empirical therapy. We infer that the Vitek-2 system contributed to quicker clinical choices of appropriate antimicrobial therapy, regimen modification and infection control measures to be implemented. In conclusion, clinicians who have access to rapid, specific microbiology reports on blood cultures, including Gram stain, identification and susceptibility testing, are able to rapidly tailor antimicrobial therapy to the precise needs of their patients, avoiding the consequences of incorrect or delayed treatment of septicaemia.

[es] La sepsis es la respuesta inflamatoria del organismo frente a la invasión del torrente circulatorio de un patógeno, que desemboca en una disfunción orgánica. En las dos últimas décadas, se ha observado un incremento en la incidencia, probablemente atribuido al envejecimiento de la población, así como, a la aplicación de maniobras diagnósticas y terapéuticas cada vez más complejas y agresivas. Sigue presentando una elevada mortalidad, a pesar de las continuas mejoras que se han producido en la asistencia sanitaria, superando otras enfermedades de gran impacto social, como las neoplasias o el infarto agudo de miocardio. El diagnóstico clínico de la sepsis es de vital importancia para el correcto manejo y evolución del paciente. Pero también es imprescindible disponer de métodos de laboratorio que nos permitan detectar y aislar, lo más rápidamente posible, el microorganismo responsable del proceso infeccioso y estudiar su sensibilidad a los antibióticos, ya que la administración y adecuación precoz de la cobertura antibiótica empírica reduce la mortalidad en un 10%, en pacientes con sepsis grave o shock séptico. Actualmente, la técnica de referencia para el diagnóstico microbiológico de la sepsis es el hemocultivo, seguido de los métodos convencionales de identificación y antibiograma. Todo este proceso puede tardar hasta 48-65 horas, lo que implica un retraso en el inicio de una terapia antibiótica precoz y efectiva. Esto conlleva la necesidad de mejorar los preocedimientos de tal manera que se acorten significativamente los tiempos requeridos para la emisión de los informes sobre el agente causal de la sepsis. En esta tesis se han evaluado dos nuevos protocolos que permiten la inoculación directa de los paneles del sistema Vitek-2 compact para identificación y antibiograma de bacilos gramnegativos y cocos grampositivos, a partir de inóculos bacterianos obtenidos directamente de frascos de hemocultivo positivo, que contienen carbón activado. Con estos métodos, la concordancia global en el estudio de la sensibilidad antibiótica ha sido superior al 95% con respecto al método convencional. Además, proporciona resultados precisos de identificación y antibiograma en un tiempo medio de unas 6 horas para bacilos gramnegativos y 9 horas para cocos grampositivos. Con esta información podemos dar resultados definitivos en sólo 24 horas desde la extracción del hemocultivo. El mismo protocolo se ha evaluado aplicado a los hemocultivos pediátricos, obteniendo una concordancia, respecto al método de referencia, superior al 99% sin obtenerse ningún error muy grave. Otro objectivo ha sido es estudiar el impacto clínico que supone la información rápida y personalizada de los resultados obtenidos por el sistema Vitek-2 directamente de hemocultivo positivo, tanto en la población adulta como pediátrica. Este hecho, comportó un cambio en las decisiones terapéuticas por parte del clínico, en más del 50% de los episodios de bacteriemia en adultos, y en el 65'6% de los pacientes pediátricos, ya fuese por el inicio de un tratamiento antibiótico o por el cambio a un tratamiento adecuado. Probablemente, debido al aumento progresivo de la resistencia microbiana a los antibióticos, durante el período de estudio se ha observado un descenso en el porcentaje de episodios de sepsis en que el tratamiento empírico podía considerarse el de elección, y paralelamente se ha producido un incremento en el porcentaje en que la información rápida y personalizada ha permitido cambiar un tratamiento que no cubría al microorganismo implicado, por uno efectivo. Por lo que el sistema Vitek-2 compact ha permitido adelantar la toma de decisiones y modificar conductas terapéuticas o las relacionadas con la aplicación de medidas de control de infección. Por lo tanto, la transmisión inmediata y personalizada al médico responsable del paciente, de la información obtenida del hemocultivo positivo, tanto de la tinción de Gram como de los resultados de identificación y antibiograma, permite orientar de forma rápida y adecuada el tratamiento antibiótico, evitando las consecuencias de una terapia incorrecta y/o tardía.