[en] Pork is one of the most consumed meats around the world and plays a dominant role in the meat market. Therefore, the demand for pork leads to the rapid development of intensive farming. However, the rise of intensive farming increases the risk of animal pathogens spreading, which in turn leads to the persistent use of antibiotics and results in significant antibiotic resistance. Meanwhile, the European Commission demands to reduce the antibiotic utilization. The goal of current breeding is not only to improve production performance and product quality but also to integrate health-related traits to address these challenges. We investigated the molecular mechanisms determining the fatty acid (FA) profile and metabolism in different pig tissues. In detail, we identified a total of 30 regions on 15 chromosomes of the porcine genome that were associated with FA composition traits across blood, liver, adipose tissue, and muscle. Forty-nine candidate genes were annotated in these genomic regions and are related to lipid metabolism, energy production, and membrane structure maintenance, as well as participate in signaling pathways and regulate inflammation by promoting lipogenesis. These findings can be useful in selection programs aiming at improving health without compromising productivity. Moreover, a data integration approach was used to explore the FA crosstalk among tissues and to identify potential early blood biomarkers for predicting carcass traits and muscle FA profiles. Plasma C16:0 and C16:1n-7 and their ratios, together with C18:1n-9 and C18:2n-6 in Duroc pigs at early growth stage, were proposed for predicting FA composition in liver, backfat, and muscle after pig slaughter. Furthermore, these blood FAs are positively correlated with carcass weight and fat thickness, while negatively correlated with lean meat percentage. Finally, we validated by cell transfection and luciferase assays the effect of the ELOVL6:c.-394G&gt;A polymorphism on the ELOVL6 gene expression. The results obtained support the hypothesis that the binding of transcription factor ERα at ELOVL6 promoter induces its methylation and results in a decrease of ELOVL6 gene expression in animals with ELOVL6:c.-394G allele. Furthermore, our study demonstrated through site-directed mutagenesis of the ELOVL6:c.-480C&gt;T polymorphism, located within an SP1 transcription factor binding site, that the protective role of SP1 against DNA methylation is not the primary factor contributing to the differential expression of the ELOVL6 gene. In addition, we identified the polymorphism rs339777757 in the APOA2 promoter and showed that this SNP was the most significantly associated with liver APOA2 expression in an eGWAS analysis. Additionally, the in-silico transcription factor prediction identified that the rs339777757 is located at the binding site of RORα, a widely reported transcription factor for human APOA1 and APOA5 genes. A luciferase assay was conducted with two constructs, one carrying the C allele and the other the T allele, to validate the regulatory effect of rs339777757. We observed that the construct with the C allele exhibited a suggestive higher APOA2 gene expression in comparison with the T allele construct, which may be attributed to the RORα binding.

[es] La carne de cerdo es una de las carnes más consumidas en el mundo y desempeña un papel dominante en el mercado cárnico. La demanda de carne de cerdo ha conducido a la intensificación y globalización de la producción porcina, incrementado el riesgo de propagación de patógenos animales, lo que conlleva un uso elevado de antibióticos y la aparición de resistencia a los mismos. En este contexto, la Comisión Europea exige reducir la utilización de antibióticos. El objetivo actual de la mejora genética no es sólo mejorar el rendimiento de la producción y la calidad del producto, sino también integrar caracteres relacionados con la salud para abordar estos desafíos. En esta tesis, investigamos los mecanismos moleculares que determinan el perfil y el metabolismo de ácidos grasos (AG) en diferentes tejidos del cerdo. Identificamos un total de 30 regiones del genoma porcino, localizadas en 15 cromosomas, que están asociadas con la composición de AG en sangre, hígado, tejido adiposo y músculo. En estas regiones genómicas se anotaron un total de 49 genes candidatos relacionados con el metabolismo lipídico, la producción de energía y el mantenimiento de la estructura de las membranas. Además, estos genes participan en vías de señalización y regulan la inflamación al promover la lipogénesis. Estos resultados pueden ser útiles en los programas de selección que buscan mejorar la salud sin comprometer la productividad. Asimismo, se utilizó un enfoque de integración de datos para explorar la interacción de los AG entre tejidos e identificar posibles biomarcadores tempranos en sangre para predecir las características de la canal y los perfiles de AG en el músculo. Se propuso que, en cerdos Duroc en una etapa temprana de crecimiento, la composición plasmática de los AG C16:0 y C16:1n-7, su ratio, y los AG C18:1n-9 y C18:2n-6 eran predictores de la composición de AG en hígado, grasa dorsal y músculo después del sacrificio del cerdo. Además, estos AG en sangre estaban correlacionados positivamente con el peso de la canal y el grosor de la grasa, y negativamente con el porcentaje de carne magra. Mediante transfección celular y ensayos de luciferasa hemos validado el efecto del polimorfismo ELOVL6:c.-394G&gt;A sobre la expresión del gen ELOVL6. Los resultados obtenidos apoyan la hipótesis de que la unión del factor de transcripción ERα en el promotor de ELOVL6 induce su metilación y resulta en una disminución de la expresión del gen en animales con el alelo ELOVL6.-394G. Además, nuestro estudio demostró mediante la mutagénesis dirigida del polimorfismo ELOVL6:c.-480C&gt;T, ubicado en el lugar de unión del factor de transcripción SP1, que el papel protector de SP1 contra la metilación del ADN no es el factor principal que explica las diferencias de expresión del gen ELOVL6. Finalmente, identificamos el polimorfismo rs339777757 en el promotor del gen APOA2 y observamos en un análisis de eGWAS que este SNP está significativamente asociado con la expresión de APOA2 en hígado. Además, la predicción in silico de unión de factores de transcripción identificó que el rs339777757 está ubicado en el sitio de unión de RORα, un factor de transcripción ampliamente descrito como regulador de los genes APOA1 y APOA5 humanos. Se realizó un ensayo de luciferasa con dos construcciones, una con el alelo C y otra con el alelo T, para validar el efecto regulador de rs339777757. Observamos que la construcción con el alelo C presentaba una mayor expresión del gen APOA2 en comparación con la construcción que contenía el alelo T, lo que puede atribuirse a la unión de RORα.