[en] Background: a new SARS-CoV-2 variant, known as omicron, has been classified as "of concern" by the World Health Organization, due to the high number of mutations and its increased ability to disseminate worldwide.Objective: to evaluate in silico the protection that the Cuban anti-covid-19 vaccines may offer against omicron variant, through the identification of shared epitopes.Methods: with the use of bioinfomatic tools, T y B epitopes from the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 S protein, were compared in primary sequences from Abdala and Soberana vaccines, as well as in variants alpha, beta, gamma, delta and omicron, all obtained from GenBank and aligned in the region between residues 319-541. The percent of identical epitopes, those with some change in the sequence and different were all calculated.Results: conserved T epitopes were found between the vaccines and delta and omicron variants: FTNVYADSFVIRGDE (392-406), SFVIRGDEVRQIAPG (399-413), NLKPFERDI (460-468), ELLHAPATV (516-524) and STNLVKNKCVNFNFN (530-544). The region spanning from residues 522 and 540 included B epitopes identified by three algorithms, both in the vaccines and all the variants. Among several isolations of the omicron variant, a number of sequence changes occurs, leading to heterogeneous lines and potential modifications in their immunogenicity.Conclusions: epitopes shared between Cuban vaccines and ómicron variant justify the usefulness of vaccination with the immunogens used in Cuba, as well as boosters that will lead to some partial protection.

[es] Fundamento: una nueva variante del SARS-CoV-2, denominada ómicron, ha sido calificada "de preocupación" por la Organización Mundial de la Salud, por el alto número de mutaciones y su rápida diseminación a nivel internacional.Objetivo: evaluar in silico la protección que pueden ofrecer las vacunas cubanas anti-covid-19 frente a la variante ómicron, mediante la identificación de epítopes compartidos.Métodos: con el uso de herramientas bioinformáticas, se obtuvieron y compararon epítopes T y B del dominio de unión al receptor de la proteína S de SARS-CoV-2, a partir de las secuencias incluidas en las vacunas Abdala y Soberana, así como en las variantes alfa, beta, gamma, delta y ómicron, todas obtenidas del GenBank y alineadas en la región comprendida entre los residuos 319-541. Se calcularon los porcientos de epítopes idénticos, de aquellos con algún cambio en la secuencia y los epítopes diferentes.Resultados: se encontraron epítopes T conservados entre las vacunas y las cepas delta y ómicron: FTNVYADSFVIRGDE (392-406), SFVIRGDEVRQIAPG (399-413), NLKPFERDI (460-468), ELLHAPATV (516-524) y STNLVKNKCVNFNFN (530-544). La región comprendida entre los residuos 522 y 540 incluyó epítopes B identificados por todos los algoritmos, tanto en las vacunas como en las variantes del virus. Entre aislamientos seleccionados de la variante ómicron se producen cambios que dan lugar a líneas heterogéneas y potenciales modificaciones en su inmunogenicidad.Conclusiones: los epítopes compartidos entre las vacunas cubanas y la variante ómicron justifican la utilidad de la vacunación con los inmunógenos en uso en Cuba, y las dosis de refuerzo, cuya protección se conservará, al menos parcialmente.