[ca] En el primer estudi, hem analitzat les interaccions virus-hoste mitjançant una anàlisi RNA-Seq dual d'hoste i patogen utilitzant mostres de pollastres inoculats experimentalment amb dos ceps diferents del virus de la grip aviària d'alta patogenicitat. En primer lloc, hem classificat els pollastres inoculats com a resistents o susceptibles. A continuació, hem fet una anàlisi RNA-Seq des del costat del virus i de l'hoste. Del costat del virus, es van detectar pocs canvis a nivell de quasi-espècie, entre l' inòcul original i els hisops orals al cap de tres dies post-inoculació en aus susceptibles. Aquests pocs canvis apuntaven a un cert grau d'adaptació viral per guanyar aptitud viral en aquests pollastres. Del costat de l'hoste, els pollastres susceptibles a la grip aviària altament patògena van mostrar enormes gens expressats diferencialment als 3 dpi, en canvi els pollastres resistents no ho van fer. Tot i això, es van identificar gens expressats diferencialment prometedors en pollastres resistents i susceptibles, que mostraven regulacions oposades entre ambdós resultats. Aquests gens expressats diferencialment estaven relacionats amb les cascades NF-ĸB i MAPK, mostrant un patró significatiu i distintiu. Van ser regulats a la baixa en els pollastres resistents en comparació dels pollastres de control, mentre que van ser regulats a l'alça en els pollastres susceptibles en comparació dels pollastres de control, cosa que suggereix un paper perjudicial d'aquestes vies si no es regulen de manera òptima. A més, ens centrem en un gen individual d'expressió diferencial: una serina proteasa anomenada PLAU, coneguda per convertir el plasminogen en plasmina. PLAU es va regular a la baixa als pollastres resistents i a l'alça als susceptibles, cosa que suggereix un paper de PLAU en el resultat dels pollastres contra els virus de la grip aviària altament patògena. La nostra hipòtesi és que aquest paper podria estar relacionat amb un augment de la síntesi de plasmina en pollastres susceptibles, augmentant, alhora, l'activació de l'hemaglutinina per infectar noves cèl·lules, i causant coagulopaties i trastorns inflamatoris relacionats amb la fibrinòlisi induïda per plasmina . Al segon estudi, analitzem la persistència d'un virus de la grip aviària de baixa patogenicitat a l'aigua, utilitzant corrents artificials que simulaven l'entorn on viuen i transmeten la malaltia els reservoris de la grip aviària, en climes mediterranis. La detecció de l'ARN viral mitjançant PCR quantitativa fou possible fins al final de l'experiment (15 dies). A més, els resultats de la PCR quantitativa van revelar que la combinació de sediments i aigua freda era la condició amb un efecte protector significativament més gran sobre l'ARN viral de la influença aviària de baixa patogenicitat. Tot i que la detecció d'ARN viral va ser alta, els resultats van mostrar temps de persistència infecciosa inferiors als altres procediments experimentals. Això suggeria que factors analitzats per primera vegada al nostre estudi, com l'efecte dels cicles dia/nit de la llum solar i el moviment de l'aigua, podrien estar relacionats amb aquestes diferències sorprenents. Tot i que es van detectar temps de persistència baixos, vam plantejar la hipòtesi que la transmissió en climes mediterranis encara pot ser possible, en aus silvestres que s'agrupen en aiguamolls específics durant períodes curts. A més, aquests resultats estaven relacionats amb les condicions ambientals reproduïdes als rierols artificials; si s'imitessin altres condicions, com les de latituds septentrionals, podrien haver-se obtingut resultats diferents, esperant-se temps de persistència més llargs a causa de les temperatures més baixes i la menor insolació durant l'estació hivernal. Aquesta dissertació va mostrar la importància d'utilitzar metodologies multidisciplinàries per desentranyar les interaccions complexes que els virus de la influença aviària tenen amb l'hoste i el medi ambient.

[en] In the first study, we analysed the viral-host interactions by means of a dual host and pathogen RNA-Seq analysis using samples from chickens experimentally inoculated with two different strains of high pathogenic avian influenza virus. First, we have classified the inoculated chickens as resistant or susceptible. Then, we performed an RNA-Seq analysis from the virus and the host side. From the virus side, few changes at the quasi-species level were detected, between the original inoculum and the oral swabs at three days post-inoculation in susceptible birds. These few changes pointed to some degree of viral adaptation to win viral fitness in these chickens. The results obtained from the viral-compartmentalization analysis suggest that stochastic founder events associated with multiple bottlenecks during avian influenza virus dissemination could impair viral diversity. While high pathogenic avian influenza susceptible chickens showed huge differential expressed genes at 3 dpi, compared to control chickens, resistant chickens did not. Nevertheless, promising differential expressed genes were identified in resistant and susceptible chickens, showing opposite regulations between the two outcomes. These differentials expressed genes were related to NF-ĸB and MAPK cascades, showing a significant and distinctive pattern. They were downregulated in resistant chickens compared to control chickens, while upregulated in susceptible chickens compared to control chickens, suggesting a detrimental role of these pathways if not optimally regulated. Furthermore, our focus was on an individual differential expressed gene; a serine protease named PLAU known to convert plasminogen into plasmin. PLAU was downregulated in resistant chickens and upregulated in susceptible ones, thus suggesting a role of PLAU in the chicken outcome against high pathogenic avian influenza viruses. We hypothesised that this role could be related to an increase in the synthesis of plasmin in susceptible chickens, increasing, in turn, the activation of the hemagglutinin to infect new cells, and causing coagulopathies and inflammatory disorders related to plasmin-induced fibrinolysis. In the second study, we analysed the persistence of a low pathogenic avian influenza virus in water, using artificial streams that simulated the environment where avian influenza reservoirs live and transmit the disease, in Mediterranean climates. Detection of viral RNA by quantitative PCR was possible until the end of the experiment (15 days). Moreover, quantitative PCR results revealed that the combination of sediments and cold water was the condition with a significantly higher protective effect on low pathogenic avian influenza viral RNA. Even though viral RNA detection was high, the results showed infectious persistence times lower than other experimental procedures. This suggested that factors analysed for the first time in our study, such as the effect of day/night cycles of sunlight and water movement, could be related to these striking differences. Although low persistence times were detected (maximum 2 days post spike), we hypothesise that transmission in Mediterranean climates can still be possible, in wild birds that aggregate at specific wetlands during short periods. Furthermore, these results were related to the environmental conditions reproduced in the artificial streams; if other conditions, such as those from northern latitudes, were mimicked, different results might have been obtained, with longer persistence times expected due to lower temperatures and lower insolation times during the winter season. The present dissertation showed the importance of using multidisciplinary methodologies to disentangle the complex interactions that avian influenza viruses have with the host and the environment.