BSC-LT/ACAData huggingface dataset:
[ca] L'allau de dades que ha seguit la seqüenciació del genoma humà està revelant una increïble complexitat biològica. No existeix una explicació simple per a la majoria de les malalties i, en conseqüència, les teràpies simples tenen baixes probabilitats d'èxit. L'emergent camp de la farmacologia de sistemes busca medicaments d'ampli impacte en les xarxes moleculars. Per a aconseguir-ho, és necessària la integració de dades heterogènies, a diferents nivells de complexitat, i la capacitat de trobar correlacions entre elles. Aquest exercici translacional és, probablement, la major preocupació de la recerca biomèdica d'avui. En aquesta Tesi assumim part d'aquest repte a través de casos que orbiten el descobriment de fàrmacs. Mitjançant mètodes computacionals en àrees diverses de la bioinformàtica i la quimioinformàtica, connectem dades químiques, biomoleculars i fenotípiques per a facilitar una visió més holística de la farmacologia.

[en] The avalanche of data that followed the sequencing of the human genome has revealed an overwhelming biological complexity. No simple molecular explanation exists for most of the diseases and, in consequence, simple therapies have low probability of success. The emerging field of systems pharmacology seeks drugs of broad impact on molecular networks. To achieve so, it is necessary to integrate heterogeneous data, at different levels of complexity, and find correlations between them. This translational exercise is, perhaps, the major concern of current biomedical research. In this Thesis we undertake part of this challenge through cases that orbit the drug discovery endeavor. Using computational methods in various areas of bioinformatics and chemoinformatics, we link chemical, biomolecular and phenotypic data to provide a more holistic view of pharmacology.
[ca] Les espècies comercials de peixos marins amb preferència per a aigües fredes, que viuen a l'hemisferi nord properes al límit sud de la seva àrea de distribució, es troben en una situació vulnerable degut al canvi climàtic i a la sobrepesca. Aquesta tesi es centra en tres "espècies d'aigua freda": el moixó (Argentina sphyraena), la maire (Micromesistius poutassou) i el lluç (Merluccius merluccius). Per tal de completar el coneixement sobre les seves característiques reproductives i avaluar el seu estat de salut, es van escollir tres especies d'aigua freda (el moixó, Argentina sphyraena; la maire, Micromesistius poutassou; i el lluç, Merluccius merluccius) i es van examinar diferents trets biològics que comprenen des dels factors que regulen les etapes més inicials de la ovogènesi fins a diverses característiques reproductives, així com l'estat de condició, el parasitisme i els balanços en la distribució de l'energia interna

[en] Exploited marine fish species with an affinity for cold waters inhabiting close to the warmer edge of their distribution area are exposed to stress caused by fishing and climate change. Three case studies of "cold water species" were selected (Argentina sphyraena, Micromesistius poutassou and Merluccius merluccius) and, in each case, various biological traits – including the factors regulating early oogenesis, reproductive tactics, physical condition, parasitism and energy allocation trade-offs – were examined. Overall, the main findings support the idea that species-specific biological traits and plasticity influence population's sensitivity and response to external stressors. This thesis contributes to the improvement of egg production estimation methods and to the understanding of fundamental biological mechanisms and their variability
[ca] Les malalties infeccioses, en particular les infeccions associades a l'atenció sanitària (IAAS), plantegen importants reptes per a la salut, ja que augmenten la mortalitat, la morbiditat i els costos sanitaris. Les IAAS afecten milions de pacients anualment, cosa que emfatitza la necessitat d'implementar mesures efectives de control i prevenció. Aquesta tesi aborda la necessitat crítica d'un diagnòstic precoç d'infeccions mitjançant el desenvolupament de tecnologies avançades de biosensors per a la detecció ràpida i precisa d'analits d'interès clínic. Aquesta investigació es va basar principalment en el desenvolupament d'una plataforma de nanocanals bioinspirada que utilitza silici porós (pSi) per a aplicacions de biosensat electroquímic. Es va triar el pSi per la seva àmplia superfície, mida de porus ajustable, biocompatibilitat i facilitat de funcionalització, el que el converteix en un excel·lent candidat per a plataformes de biosensat. La fabricació del pSi mitjançant anodització electroquímica va permetre un control precís de les característiques dels porus. L'estabilització i funcionalització de la superfície del pSi van ser essencials per millorar les seves propietats i prevenir l'oxidació.

[en] Infectious diseases, particularly healthcare-associated infections (HAIs), posed significant health challenges, increasing mortality, morbidity, and healthcare costs. HAIs affected millions of patients annually, emphasizing the need for effective control and prevention measures. This thesis addressed the critical need for early diagnosis and treatment guidance of infections by developing advanced biosensing technologies for rapid and precise detection of key analytes (e.g., miRNA, bacteria, viral biomarker…). The core focus of this research was the development of a bio-inspired nanochannel platform utilizing porous silicon (pSi) for electrochemical biosensing applications. PSi was chosen for its high surface area, tunable pore size, biocompatibility, and ease of functionalization, making it an excellent candidate for biosensing platforms. The primary focus was on electrochemical etching, which allowed precise control over pore characteristics. Stabilizing and functionalizing the pSi surface was essential for enhancing its properties and preventing oxidation.
[ca] En les darreres dècades, els avenços en els estudis de galàxies han millorat significativament la nostra capacitat per estudiar la composició i evolució de l'univers, en particular l'elusiva energia fosca. Mentre que els estudis de galàxies han estat tradicionalment la forma habitual d'estudiar la distribució de la matèria, en aquesta tesi he fet contribucions importants al desenvolupament d'un sondeig alternatiu: el Lyman-alpha forest. El Lyman-alpha forest és un patró de característiques d'absorció en els espectres de quàsars distants causat per l'hidrogen neutre entre el quàsar i la nostra galàxia. El sondeig del Dark Energy Spectroscopic Instrument (DESI) mesurarà els espectres de fins a 3 milions de quàsars, proporcionant la millor mesura de l'expansió de l'univers fins avui utilitzant el Lyman-alpha forest. Les meves contribucions a aquest sondeig inclouen la creació del primer catàleg Lyman-alpha utilitzant la Early Data Release del sondeig i la validació de l'anàlisi utilitzant dades de la Data Release 1. Per ajudar en el desenvolupament de sondeigs cosmològics, s'utilitzen conjunts de dades sintètiques per ajudar a construir processos d'anàlisi, estimar matrius de covariància i fer pronòstics. En aquesta tesi presento CoLoRe, un codi per a la generació de dades sintètiques per a múltiples traçadors, inclòs el Lyman-alpha forest. Aquest codi permet la generació de dades aleatòries de múltiples sondeigs moderns en la mateixa realització, cosa que permet estudiar la interacció entre ells.

[en] In recent decades, advances in galaxy surveys have significantly enhanced our ability to study the universe's composition and evolution, particularly the elusive dark energy. While galaxy surveys have traditionally been the usual way of studying the distribution of matter, in this thesis I have made important contributions to the development of an alternative probe: the Lyman-alpha forest. The Lyman-alpha forest is a pattern of absorption features in the spectra of distant quasars caused by intervening neutral hydrogen. The Dark Energy Spectroscopic Instrument (DESI) survey will measure the spectra of up to 3 million quasars, providing the best measurement of the universe's expansion to date using the Lyman-alpha forest. My contributions to this survey include the creation of the first Lyman-alpha catalog using the Early Data Release from the survey. And the analysis validation using data from Data Release 1. To aid in the development of cosmological surveys, synthetic datasets are used to help build analysis pipelines, estimate covariance matrices, and perform forecasting. In this thesis I present CoLoRe, a code for synthetic data generation for multiple tracers, including the Lyman-alpha forest. This code allows for the generation of random data from multiple state-of-the-art surveys in the same realisation, enabling the study of the interplay between them.
[ca] La variació clonal en l'expressió gènica (CVGE) és una estratègia de supervivència comú utilitzada per molts patògens, incloent el paràsit de la malària Plasmodium falciparum. Entre els gens que mostren CVGE hi ha diversos membres de les famílies clag i eba. L'estat actiu o inactiu de clag3.1, clag3.2 i eba‐140 es transmet epigenèticament i és controlat per l'estat eucromatínic o heterocromatínic de dominis de cromatina biestables, caracteritzats respectivament per H3K9ac i H3K9me. Ambdues modificacions es mantenen durant tot el cicle asexual per transmetre la informació epigenètica. També hem caracteritzat la CVGE a nivell de tot el genoma, i hem vist que afecta un gran nombre de gens. Experiments preliminars amb clag3.2 ens demostren que la CVGE de gens diferents que var es pot reproduir en un sistema episomal I proporcionen evidència preliminar de què la CVGE està regulada per la formació espontània d'heterocromatina facultativa. També s'ha estudiat l'expressió mútuament exclusiva de clag3.1 i clag3.2, incloent la caracterització d'un ARN no‐codificant veí.

[en] Clonally variant gene expression (CVGE) is a common survival strategy used by many pathogens, including the malaria parasite Plasmodium falciparum. Among the genes that show CVGE are several members of the clag and eba families. The active or repressed state of clag3.1, clag3.2 and eba‐140 is transmitted epigenetically and is controlled by the euchromatic or heterochromatic state of bistable chromatin domains, characterised by H3K9ac and H3K9me respectively. Both of these modifications are maintained throughout the asexual cycle to transmit epigenetic memory. We have characterised CVGE on a genome‐wide level and found that it is widespread. Using clag3.2 in proof‐of‐principle experiments, we demonstrate that CVGE for genes other than var can be reproduced in an episomal system and provide preliminary evidence that CVGE is regulated by the spontaneous formation of facultative heterochromatin. The mutually exclusive expression of clag3.1 and clag3.2 is also addressed, including the characterisation of a neighbouring noncoding RNA.
[ca] La patogènesi, el diagnòstic i el tractament de la malaltia de Parkinson són de creixent interès a causa de l'augment de la morbiditat i la irreversibilitat de la malaltia. Alteracions en el sistema immune exerceixen un paper primordial en el desenvolupament de l'EP, i s'ha suggerit que algunes formes de la malaltia es podrien classificar com a autoimmunes. La miastènia gravis (MG) és una malaltia neuromuscular autoimmune clínicament heterogènia i multifactorial. Tot i que la MG és una malaltia rara, s'han reportat casos a la literatura de pacients amb un doble diagnòstic de Parkinson i MG, on les causes de la seva potencial associació no han estat estudiades en detall. En aquesta tesi, s'han utilitzat tècniques de seqüenciació d'exoma complet (WES) i tipificació dels gens del complex HLA per estudiar el component genètic de 19 nous casos diagnosticats amb MG+Parkinson. Es van identificar al·lels i haplotips rars de l'HLA que podrien actuar com a factors de risc per a totes dues malalties. Mitjançant l'anàlisi WES es van identificar variants genètiques rares i comunes en gens no-HLA que actuen com a possibles factors de risc i modificadors de fenotip en pacients amb MG+Parkinson, cosa que indica una predisposició genètica per a MG+Parkinson, així com la susceptibilitat/ influència per modificar ledat dinici de la MG o malaltia de Parkinson. Les troballes donen suport a la hipòtesi que la MG i la malaltia de Parkinson podrien tenir un rerefons genètic comú i suggereixen que els factors autoimmunes podrien contribuir al desenvolupament de casos de malaltia de Parkinson idiopàtica.

[en] The pathogenesis, diagnosis, and treatment of Parkinson's disease (PD) are of increasing interest due to the rise in morbidity and the irreversibility of the disease. Abnormalities in the immune system play a primary role in the development of PD, and it has been suggested that some forms of PD could be classified as an autoimmune disease. Myasthenia gravis (MG) is a heterogenous and multifactorial autoimmune neuromuscular disease. Even though MG is a rare disease, and a neuromuscular disease of aetiology related to autoimmunity processes, case reports have been reported in the literature of patients with a dual diagnosis of PD and MG, where the causes of their potential association have not been extensively studied. In the present thesis, whole exome sequencing (WES) and HLA-typing approaches have been undertaken to study the genetic component of 19 new cases diagnosed with MG+PD. Rare HLA alleles and haplotypes were found to potentially act as risk factors for both diseases. WES analysis identified rare and common genetic variants in non-HLA genes which act as potential risk factors and phenotype modifiers in MG+PD patients, indicating a genetic predisposition for MG+PD and modifying the age at onset of MG or PD. The findings support the hypothesis that MG and PD may have a common genetic background and suggest that autoimmune factors could contribute to the development of idiopathic PD cases.
[ca] El desenvolupament de les noves tecnologies (TIC), i en concret la invenció dels telèfonsintel·ligents, ha ofert enormes beneficis als usuaris. Tot i això, l'ús d'aquesta tecnologia vaimplicar no només beneficis, sinó també alguns problemes, com la nomofòbia i l'addicció al mòbil.La nomofòbia representa la por irracional de no poder utilitzar el telèfon intel·ligent, mésconcretament de no poder comunicar-se, perdre la connectivitat, no poder accedir a la informació i renunciar a la comoditat!; mentre que l'addicció al mòbil s'entén com a obsessions cròniques o periòdiques per l'ús del mòbil. Es tracta d'un tipus d'addicció a la tecnologia caracteritzada per símptomes com ara: conflicte, abstinència, recaiguda i prominència conductual. Tot i que són fenòmens diferents, s'han usat indistintament en la investigació i la seva possible relació no ha estat explorada.L'objectiu principal d'aquesta tesi doctoral va ser investigar i demostrar la relació entre lanomofòbia i l'addicció al telèfon mòbil, així com el paper dels antecedents i les conseqüències en aquests constructes, en l'àmbit laboral. A més, aportar evidència addicional sobre les variables intervinents i explorar les creences obsessives disfuncionals com a altre possible antecedent.

[en] The development of new technologies (ICT), and in particular the invention of smartphones, has offered enormous benefits to users. However, the use of this technology involved not only benefits, but also some problems, such as nomophobia and addiction to mobile.Nomophobia represents the irrational fear of not being able to use the smartphone, more specifically of not being able to communicate, lose connectivity, not being able to access information and renounce comfort; while mobile addiction is understood as chronic or periodic obsessions for the use of mobile. It is a type of technology addiction characterized by symptoms such as conflict, abstinence, relapse, and behavioral prominence. Although they are different phenomena, they have been used interchangeably in research and their possible relationship has not been explored.The main objective of this doctoral thesis was to investigate and demonstrate the relationship between nomophobia and mobile phone addiction, as well as the role of background and consequences in these constructs, in the workplace. In addition, provide additional evidence on the variables involved and explore dysfunctional obsessive beliefs as another possible antecedent.
[ca] La melatonina (N-acetil-5 metoxytryptamine) que es sintetitza a partir de triptòfan, es forma durant la fermentació alcohòlica, no obstant el seu paper en el llevat és desconegut. Aquest estudi va utilitzar espècies de Saccharomyces i no Saccharomyces per avaluar els possibles efectes antioxidants de melatonina. Es va avaluar la resistència al H2O2, la producció d'espècies reactives d'oxigen, la peroxidació lipídica, l'activitat catalasa i a la composició lipídica (àcids grassos, fosfolípids i esterols) tant en llevats de Saccharomyces com no-Saccharomyces. A més, a S. cerevisiae es va avaluar el contingut de glutatió reduït i oxidat, es va quantificar la melatonina endògena i es va realitzar un assaig transcriptòmic. Els resultats van mostrar que els llevats que contenen àcids grassos insaturats com els àcids linoleic o linolènic són més tolerants a l'estrès oxidatiu. Per altra banda, la suplementació amb melatonina va facilitar que les cèl·lules fessin front a possibles estressos futurs. Tanmateix, quan les cèl·lules van ser sotmeses a estrès oxidatiu induït per H2O2, la melatonina va poder mitigar parcialment el dany cel·lular reduint la producció de ROS, la peroxidació de lípids i el glutatió oxidat a la vegada que augmentava el glutatió reduït i la viabilitat cel·lular. L'anàlisi de transcriptòmica va demostrar que la melatonina és capaç de modular la resposta a l'estrès oxidatiu a nivell transcripcional. Els resultats demostren que la melatonina pot actuar com antioxidant tant en llevats Saccharomyces com en no-Saccharomyces.

[en] Melatonin (N-acetyl-5 methoxytryptamine) which is synthesized from tryptophan, is formed during alcoholic fermentation, though its role in yeast is unknown. This study employed Saccharomyces and non-Saccharomyces species to evaluate the possible antioxidant effects of melatonin. Resistance to H2O2, reactive oxygen species, lipid peroxidation, catalase activity and lipid composition (fatty acids, phospholipids and sterols) were evaluated in both Saccharomyces and non-Saccharomyces yeasts. Furthermore, cell viability, reduced and oxidized glutathione levels, endogenous melatonin levels as well as transcriptomics study were assessed in S. cerevisiae. Results showed that non-Saccharomyces yeast containing unsaturated fatty acids such as linoleic or linolenic acids are more tolerant to oxidative stress. Melatonin supplementation enables cells to resist better further stresses. However, when cells were subjected to oxidative stress induced by H2O2, melatonin was able to partially mitigate cell damage by decreasing ROS production, lipid peroxidation and oxidized glutathione and increasing reduced glutathione and viability. Transcriptomics assays showed that melatonin is able to modulate the oxidative stress response at transcriptional level. The findings demonstrate that melatonin can act as antioxidant in both Saccharomyces and non-Saccharomyces yeasts.
[ca] L'obtenció de compostos enantiomèricament purs ha esdevingut una necessitat que ha conduit a un important progrés en la catàlisi asimètrica, principalment usant compostos organometàl•lics quirals. Entre les diferents estratègies en l'optimització dels catal•litzadors per aconseguir elevades selectivitats i activitats, el disseny i correcta selecció de lligands quirals, modificant-ne les seves propietats és fonamental i la més utilitzada. Que un lligand sigui fàcil de sintetitzar a partir de compostos de partida accessibles i que aquests lligands siguin estables i fàcils de manipular, tenen un elevat interès en la industria. En aquest context, el principal objectiu d'aquesta tesi és la síntesi de diferents famílies de lligands quirals, acomplint els requisits prèviament esmentats, i la seva posterior aplicació a diverses reaccions asimètriques d'elevat interès industrial: hidrogenació d'olefines funcionalitzades i no funcionalitzades catalitzada per Rh i Ir, hidrogenació de cetones catalitzada per Ir, reaccions de substitució al•lílica catalitzades per Pd i reaccions de substitució propargílica catalitzada per Cu. S'han sintetitzat diverses famílies fosfit/fosfinit-tioèter/selenoèter, carbè-tioèter, amino-fosfit/fosfinit/fosfina, i varies famílies de lligands tridentats.

[en] The obtaining of enantiomerically pure compounds has become a need that led to an important progress in asymmetric catalysis, mainly using organometallic chiral compounds. Among different strategies to optimize catalysts in order to obtain high selectivities and activities, the design and the correct selection of chiral ligands, modifying their properties, is fundamental and the most used strategy. Ligands easy to synthesize from readily accessible starting material and stable and easy to manipulate ligands, have a high interest in the industry. In this context, the main objective of this thesis is the synthesis of different chiral ligand families, according to the previously mentioned requirements, and their application in different asymmetric reactions with high industrial interest: Rh- and Ir-catalyzed hydrogenation of functionalized and minimally functionalized olefins; Ir-catalyzed hydrogenation of simple ketones; Pd-catalyzed asymmetric substitution of allylic acetates and Cu-catalyzed propargylic substitution. There have been synthesized different phosphite/phosphinite-thioether/selenoether, carbene-thioether, amino-phosphite/phosphinite/phosphine and various tridentated ligand families.
[ca] La formació dels docents en els centres educatius és una modalitat de formació permanent del professorat entesa com a "Formació en centres", "Formació centrada en l'escola", "Desenvolupament professional basat en el centre", etc. Aquest model de formació considera el centre educatiu com a eix generador de l'activitat formativa. El projecte de formació es desenvolupa segons les característiques del centre i del seu professorat, permet que els participants prenguin part en el disseny i fomenta l'autoformació. La seva aplicació afavoreix el desenvolupament professional i del centre a través del treball en equip, potenciant processos d'investigació aplicada i de contrast d'experiències, vinculant els coneixements teòrics a la pràctica, amb la finalitat de donar solució a les situacions problemàtiques i necessitats que es deriven de la pràctica docent. La seva consolidació i continu desenvolupament permetran que sorgeixin processos d'innovació i de canvi en el Sistema Educatiu.

[en] The training of the teaching staff in educational centers known as "In-Center Training", "In-School Training", "Center-based Professional Training", etc. This training model considers the educational center as the generating motor of the training activity. The training program is developed according to the characteristics of each center and its teaching staff and allows for the participants to take part in its design as well as promoting self-training. Its application favors the professional development of the staff and the center through teamwork, the promotion of procedures of applied research and contrast of experiencies, linking theoretical knowledge to practical experience with the objective of providing solutions to controversial situations and needs arising within the teaching environment. Its consolitation and ongoing development will allow for the emergence of innovative procedures and changes within the Educational System.