[en] Transposable elements (TEs) are repetitive DNA sequences found in all prokaryotic and eukaryotic organisms. They are able to move from one genome location to another and replicate in the genome, producing mutations and rearrangements. Due to their capacity to generate genetic variability, TE polymorphisms are starting to be studied in crop plants as they can lead to phenotypic variations of agronomic importance. TE detection is performed by computational analysis of genomic data, and the increasing availability of high-quality genome assemblies allows to study their dynamics using pangenome approaches. The Prunus genus is one of the most economically important genera which includes many cultivated trees, such as almonds or peaches, and several Prunus genome assemblies have been released recently. We have used this public genomic data to identify TEs de novo in 7 trees of this genus belonging to 6 different species: P. armeniaca, P. avium, P. dulcis, P. mira, P. persica and P. salicina. We have identified thousands of intact transposons, which encode all the structural hallmarks and enzymatic domains necessary for its transposition. By using a pangenome approach we have built a database of Prunus TE families and analyzed their differential presence in the six Prunus species. We discovered a recent burst of TE amplification in P. salicina, mainly driven by LTR-retrotransposon activity occurred during the last million years. We used our developed Prunus database to search for TE polymorphisms between two peach varieties (Lovell and Earlygold), identifying 801 potential TE insertions specific to Lovell variety. Many of these TE insertions potentially affect gene activity, and we validated two of them by molecular approaches. The present work will enable the study of Prunus TE families using a common, structured classification and will contribute to the understanding of the potential of TE polymorphisms in the generation of intraspecific variability linked to agricultural traits of interest, such as the resistance to drought, pests, as well as fruit quality or yield.

[es] Los elementos transponibles (TE) son secuencias de ADN repetitivas que se encuentran en todos los organismos procariotas y eucariotas. Son capaces de desplazarse de una localización genómica a otra y replicarse en el genoma, produciendo mutaciones y reordenamientos. Debido a su capacidad de generar variabilidad genética, los polimorfismos de los TE están empezando a estudiarse en las plantas de cultivo, ya que pueden dar lugar a variaciones fenotípicas de importancia agronómica. La detección de los TE se realiza mediante el análisis computacional de los datos genómicos, y la creciente disponibilidad de ensamblajes genómicos de alta calidad permite estudiar su dinámica mediante enfoques pangenómicos. El género Prunus es uno de los géneros más importantes desde el punto de vista económico que incluye muchos árboles cultivables, como el almendro o el melocotonero, y recientemente se han publicado varios ensamblajes de genomas de múltiples especies de este género. Hemos utilizado estos datos genómicos públicos para identificar TEs de novo en 7 árboles de este género pertenecientes a 6 especies diferentes: P. armeniaca, P. avium, P. dulcis, P. mira, P. persica y P. salicina. Hemos identificado miles de transposones intactos, que codifican todas las características estructurales y los dominios enzimáticos necesarios para su transposición. Utilizando un enfoque pangenómico hemos construido una base de datos de familias de TE de Prunus y hemos analizado su presencia diferencial en las seis especies de Prunus. Descubrimos un reciente estallido de amplificación de TE en P. salicina, principalmente impulsado por la actividad de LTR-retrotransposones ocurrido durante el último millón de años. Utilizamos nuestra base de datos de Prunus para buscar polimorfismos creados por TE entre dos variedades de melocotón (Lovell y Earlygold), identificando 801 potenciales inserciones de TE específicos de la variedad Lovell. Muchas de estas inserciones de TE afectan potencialmente a la actividad del gen donde se encuentra insertados, y validamos dos de ellas mediante enfoques moleculares. El presente trabajo permitirá el estudio de las familias de TE de Prunus utilizando una clasificación común y estructurada y contribuirá a la comprensión del potencial de los polimorfismos de TE en la generación de variabilidad intraespecífica ligada a rasgos agrícolas de interés, como la resistencia a la sequía, a las plagas, así como a la calidad o el rendimiento de la fruta.