[en] Barley is an important crop in the Mediterranean region, characterized by scarce and irregular rainfalls. In the Iberian Peninsula, it has been cultivated for thousands of years, leading to specific adaptations to prevalent biotic and abiotic stresses. These features, present in Spanish barley landraces, remain to be exploited in breeding. High-throughput sequencing (HTS) has revolutionized plant research. It has made it possible to sequence the genomes of multiple organisms. The sequence-enriched physical map of barley was published in late 2012. A first step to exploit barley genomics, for practical purposes, was facilitating geneticists and breeders access to the barley physical map. This was the aim which led us to the development of Barleymap, a software tool which allows locating genetic markers in the barley physical-genetic map. This application effectively integrates and maps markers from different widely used barley genotyping platforms, and, in general, any marker with sequence information. Another advantage of HTS is that diverse experimental setups can be used with different research objectives. Here, we used exome sequencing to fine-map a powdery mildew resistance QTL from a Spanish barley landrace. Exploiting a large mapping population, we were able to narrow down the position of the QTL to a single physical contig. Moreover, we could identify, and partially assemble, an expressed candidate gene. To achieve this, an array of bioinformatics approaches was applied to differentiate presence-absence variation, within a cluster of closely related genes of the NBS-LRR family. Another powerful application of HTS is RNAseq, which allows sequencing whole transcriptomes, and gene expression assays can be performed with unprecedented power. We de novo assembled the transcriptomes of a drought susceptible elite barley cultivar and a drought resistant Spanish barley landrace. Then, we compared the expression changes, in leaves and developing inflorescences from both genotypes, under drought treatments. This revealed large differences in their responses to stress. A comparison with other drought gene expression studies on barley, and an analysis of transcription factors and cis¬-regulatory elements involved, provided new insights into the complex barley gene expression network under stress. In summary, HTS has brought many new possibilities to plant research. To take full advantage of it, crosstalk between bioinformatics and genetics must be fostered to adapt the new genomic resources to specific needs.

[es] La cebada es un cultivo importante en la región mediterránea, caracterizada por escasas e irregulares precipitaciones. En la Península Ibérica, ha sido cultivada durante miles de años, surgiendo adaptaciones específicas a estrés. Estas características, presentes en las variedades locales españolas, permanecen sin ser explotadas en mejora. La secuenciación de alto rendimiento (HTS, por sus siglas en inglés) ha revolucionado la investigación. Ha hecho posible secuenciar los genomas de múltiples organismos. El mapa físico de cebada, con secuencias asociadas, fue publicado a finales de 2012. Para sacar partido de estos recursos, había que facilitar el acceso a dicho recurso a genetistas y mejoradores. Este fue el objetivo que nos llevó a desarrollar Barleymap, una herramienta informática que permite localizar marcadores genéticos en el genoma de cebada. La aplicación integra y localiza marcadores de distintas plataformas de genotipado de cebada ampliamente utilizadas. Otra ventaja de la HTS es que se pueden llevar a cabo distintos tipos de experimentos con distintos objetivos de investigación. Nosotros utilizamos la secuenciación del exoma para mapeo fino de un QTL de resistencia a oidio de una variedad local española. A partir de una gran población de mapeo, fuimos capaces de acotar la posición del QTL a un solo contig físico. Además, pudimos identificar, y ensamblar parcialmente, un gene candidato que se expresa. Para conseguir esto, una serie de enfoques bioinformáticos fueron aplicados para diferenciar variación de presencia-ausencia, en un grupo de genes relacionados de la familia NBS-LRR. Otra aplicación poderosa de la HTS es RNAseq, que permite secuenciar transcriptomas completos, y llevar a cabo ensayos de expresión con una resolución sin precedente. Ensamblamos de novo los transcriptomas de un cultivar de cebada susceptible a sequía y de una variedad local española resistente. Comparamos los cambios de expresión, en hojas e inflorescencias en desarrollo de ambos genotipos, bajo tratamientos de sequía. Se revelaron grandes diferencias en sus respuestas a estrés. La comparación con otros trabajos de sequía en cebada, y el análisis de los factores de transcripción y elementos reguladores implicados proporcionó nuevos datos sobre la compleja red de expresión génica de cebada bajo estrés. En resumen, la HTS trae muchas nuevas posibilidades. Para aprovecharla totalmente, se debe fomentar colaboración de bioinformáticos y genetistas, para adaptar los nuevos recursos genómicos a necesidades específicas.