[ca] PharmScreen és una eina de cribratge virtual desenvolupada per Pharmacelera, utilitzada per a la descoberta de fàrmacs mitjançant la predicció de l'afinitat i activitat de molècules candidates envers objectius farmacològics. Aquest treball de fi de grau té com a objectiu millorar la paral·lelització del software de PharmScreen per optimitzar l'ús dels recursos dedicats a les simulacions. Durant un període de cinc mesos, s'ha treballat en la implementació i millora de la paral·lelització emprant les llibreries OpenMP ( Open Multi-Processing ) i MPI ( Message Passing Interface ). Tot i que PharmScreen ja feia servir aquestes llibreries per a la paral·lelització, no s'aprofitaven totalment els recursos durant les simulacions. La primera part del projecte consisteix a identificar les àrees de millora durant la simulació amb múltiples processadors, i posteriorment implementar aquestes millores. PharmScreen consta de dos mètodes d'execució diferenciats, i s'ha treballat en cadascun d'ells per separat. En el cas del cribratge virtual, s'ha millorat la lectura dels fitxers d'entrada usant la llibreria HTSLib, que permet cerques remotes en fitxers comprimits, i s'han redissenyat les classes de lectura de fitxers del software. Aquestes millores han suposat un augment d'eficiència d'aproximadament el 30% fent servir els 7 nodes del clúster, i del 10% en utilitzar només 1 node. Pel que fa al segon mètode, la preparació dels lligands, s'ha millorat la distribució de la càrrega computacional dividint el fitxer inicial en petits trossos ( chunks ) i distribuint-los de manera desigual i segons la demanda entre els nodes. Això ha permès una millora d'aproximadament el 25% usant els 7 nodes del clúster.

[en] PharmScreen is a virtual screening tool developed by Pharmacelera, used for drug discovery through the prediction of affinity and activity of candidate molecules towards pharmacological targets. This thesis aims to improve the parallelization of PharmScreen software to optimize the utilization of resources dedicated to simulations. Over a period of five months, work has been done on the implementation and improvement of parallelization using the OpenMP (Open Multi-Processing) and MPI (Message Passing Interface) libraries. Although PharmScreen already used these libraries for parallelization, the resources were not fully utilized during simulations. The first part of the project consists of identifying areas for improvement during simulation with multiple processors and subsequently implementing these enhancements. PharmScreen consists of two distinct execution methods, and work has been done on each of them separately. In the case of virtual screening, the reading of input files has been improved using the HTSLib library, which allows remote searches in compressed files, and the file reading classes of the software have been redesigned. These improvements have resulted in an efficiency increase of approximately 30% using all 7 nodes of the cluster and 10% when using only 1 node. Regarding the second method, ligand preparation, the distribution of computational load has been improved by dividing the initial file into small chunks and distributing them unevenly and according to demand among the nodes. This has allowed for an improvement of approximately 25% using the 7 nodes of the cluster.