[en] This thesis was born with the intention of contributing to the modernization and improvement of the competitiveness of the production system of the cooperative OVISO S.C.L., working on the genetic basis of their animals. In general, sheep meat that represents the cooperative grouping OVISO is characterized by a production based on the indigenous Merino breed as maternal substrate and a great paternal genetic diversity, also distributed over a broad base territory. This dispersion over the territory together with a broad animal based genetic diversity translates into large flocks' heterogeneity both in terms of the genetic basis and the production system that they determine, in a great heterogeneity of the products which is shown in the bait process, in which we find lambs with different conversion rates, levels of fat, growth capability, formats etc., something that hinders the commercialization of a homogeneous product, with the consequent added-value loss. For this reason, OVISO began to implement a plan of crossbred breeding in 2013 which standardised the entrance of genetics in purity on farms, and regulated the crosses intended for the production of meat according to the criteria of productivity linked directly to the profitability of the system. The program did bet by the Merino breed as maternal base because of its high rusticity characteristics, good capacity of adaptation to different environments, long period of sexual activity and good fertility; and exploiting their complementarity and combining ability with a paternal basis selected for meat traits, from some prococe breeds (Ile de France, Merino Precoce, Berrichon du Cher, Fleischschaf... among others). Therefore, the neat goal of obtaining an improved Lamb (F1) through crossbreeding as a commercial product derived from parents bred in purity, both for its additive component and for its ability to crossbreeding. The program establishes a classification of flocks of the cooperative in three layers, the first of which is the selective one, where local elite flocks of Merino and precoce breeds are subjected to functional and parentage controls and their farms are genetically connected through artificial insemination. A second layer of multiplication, is formed by farms dedicated to produce replacement animals in purity and at a large scale, both for the Merina maternal base, and precoce sires. Finally, a great productive stratum of farms dedicated to obtaining homogeneous commercial and improved F1 lambs, from crossbreeding Merino females and precoce sires. The works included in this doctoral thesis are presented in research and development objectives with the aim to provide the breeding program and genetic improvement of OVISO with scientific basis. To this end, we have developed the study in five phases corresponding to five chapters; In the first phase we have analyzed the genetic diversity, genetic structure and genetic relationships existing among a group of merino farms and these with other breeds of the same ovine species using microsatellite genetic markers. In a second phase, the non-genetic effects affecting the growth of lambs were assessed; in a third phase, the curves of growth from the birth to the entrance to feedlot of the three populations of majoritary lambs in the cooperative Group (Merinos, Fleischschaf and crosbred). A fourth phase based on the fundamentals of quantitative genetics that focused on the realization of the first genetic evaluation and the calculation of genetic trends of the population, as well as in obtaining genetic parameters. We finished with a fifth phase focused on genomic tools, where the implementation of the techniques of selection assisted by markers was initiated, carrying out a study of association between phenotypic data (weights-ages of merino lambs) with the SNPs' paternal genotypes related to the genes linked to growth and meat quality traits.

[es] La presente tesis nace con la intención de contribuir a la modernización y mejora de la competitividad del sistema de producción de la cooperativa OVISO S.C.L, trabajando sobre la base genética de sus animales. En general, el ovino de carne que representa la agrupación cooperativa OVISO se caracteriza por una producción basada en el Merino Autóctono como sustrato materno y una gran diversidad genética en la base paterna, distribuyéndose además sobre una amplia base territorial. Esta dispersión sobre el territorio unida a la amplia diversidad genética de la base animal se traduce en una gran heterogeneidad de las ganaderías tanto en cuanto a la base genética como al sistema de producción que determinan, así mismo, en gran heterogeneidad de los productos lo que se visualiza en el proceso de cebo, encontrando corderos de muy diferentes índices de conversión, niveles de engrasamiento, capacidad de crecimiento, formatos, etc, cosa que dificulta la comercialización de un producto homogéneo, con la consecuente pérdida de valor añadido. Para ello, OVISO comenzó a implantar en 2013 un plan de mejora genética Interracial que normalizase la entrada de genética en pureza en las explotaciones, y regulara los cruzamientos destinados a la producción de carne según criterios de productividad ligados directamente a la rentabilidad del sistema. Dicho programa apuesta por la raza Merina como base materna por sus características raciales de elevada rusticidad, buena capacidad de adaptación a diferentes medios, largo periodo de actividad sexual y buena fertilidad; y explotando su complementariedad y aptitud combinatoria con una base paterna mejorada para los caracteres cárnicos, que se obtiene desde algunas razas precoces (Ile de France, Merino precoz, Berrichon du Cher, Fleischschaf...ect). Por tanto, el objetivo claro de obtener mediante cruzamiento un cordero mejorado (F1) como producto comercial procedente de progenitores mejorados en pureza, tanto por su componente aditivo, como por su habilidad para el cruzamiento. En el programa se establece una clasificación de las ganaderías de la cooperativa en tres estratos, el primero de los cuales es el selectivo, donde ganaderías de élite de Merinos Autóctonos y razas precoces son sometidos a control funcional y genealógico y sus ganaderías son conectadas genéticamente con inseminación artificial. Un segundo estrato de multiplicación, está formado por ganaderías dedicadas a producir animales de reemplazo en pureza y a gran escala, tanto para la base materna Merina, como para los padres precoces. Finalmente, un gran estrato productivo de ganaderías dedicadas a la obtención de corderos F1 comerciales homogéneos y mejorados, desde el cruce de hembras Merinas y sementales precoces. Los trabajos incluidos en la presente tesis doctoral se plantean en objetivos de investigación y desarrollo conducentes a dotar de base científica el programa de cría y mejora genética de OVISO. Para ello, hemos desarrollado el estudio en cinco fases correspondientes a cinco capítulos; en una primera fase se ha analizado mediante marcadores genéticos microsatélites la diversidad genética, la estructura genética y las relaciones genéticas existentes en un grupo de ganaderías Merinas entre ellas y de éstas con otras razas de la misma especie ovina. En na segunda fase, se evaluaron los efectos no genéticos que afectan el crecimiento de los corderos; caracterizándose en una tercera fase, las curvas de crecimiento desde el nacimiento hasta la entrada a los centros de cebo de las tres poblaciones de corderos mayoritarios en el grupo cooperativo (Merinos, Fleischschaf y cruzados). Sigue una cuarta fase basada en fundamentos de genética cuantitativa que se centró en la realización de la primera evaluación genética y el cálculo de tendencias genéticas de la población, así como en la obtención de parámetros genéticos. Finalizando con una quinta fase focalizada en herramientas genómicas, donde se inicia la implementación de las técnicas de selección asistida por marcadores, planteando un estudio de asociación entre datos fenotípicos (Pesos-Edades de corderos Merinos) con los genotipos paternos de SNPs relacionados con genes vinculados a características de crecimientos y calidad de la carne.