[en] ABSTRACT: The main objective of this Thesis work was the study and characterization of the visible microbial colonies that grow on the walls and ceilings of the Altamira cave, which constitute the main threat of biodeterioration for the paintings in this cave. With this objective, we have used massive sequencing techniques (amplicon and shotgun) that allowed us to identify a core of 36 OTUs that represent the components most frequently found within the different types of visible colonies in Altamira. In this core, some very predominant components stood out (one or two per colony) which we have called major components (CMs) and which were characteristic in each colony. These CMs, which by the amplicon technique turned out to be three, were classified within the phylum Actinobacteria with the family Euzebyaceae (OTU1) and the genus Crossiella (OTUs 2 and 4). Their uneven distribution in the colonies has been the basis for differentiating the Gray and White colonies into 2 subtypes, indicating that the classification by color is not enough to describe the diversity of the colonies. With the shotgun technique we have recovered 90 genome drafts (MAGs), being between 6 and 34 MAGs, the number of final components that were recovered per colony. The taxonomic assignment of the CMs suggested that these CMS represent unknown candidate taxa in the phylum Actinobacteria. From the comparative analysis carried out of between the different types of visible colonies, we have been able to propose a general pattern of colony composition applicable to the Altamira visible colonies and probably to any similar biofilm formed in caves. In addition, we have predicted the metabolic and physiological functions present in the metagenomes of the visible colonies, which suggests that in addition to a heterotrophic lifestyle based on preformed organic compounds, the colonies could grow in an autotrophic way under low availability of organic matter. Finally, the good quality drafts of the predominant components in the colonies allowed the development of specific primers against these components, and with them, of PCR assays that detect the presence of before-mentioned components. These detection tests represent a substantial improvement in the methods of microbiological monitoring of the biodeterioration of caves and other cultural assets. Likewise, the genomic information provided in this thesis can be the basis for designing effective control measures to combat eventual problems of biodeterioration caused by visible colonies.

[es] RESUMEN: Este trabajo de tesis tiene como principal objetivo el estudio y caracterización de las colonias microbianas visibles que crecen en las paredes y techos de la cueva de Altamira, que constituyen la principal amenaza de biodeterioro para las pinturas de esta cueva. Con este objetivo, hemos empleando nuevas técnicas de secuenciación masiva (técnica de amplicones y shotgun) que nos han permitido la selección de un core de 36 OTUs que representan los componentes más frecuentemente encontrados dentro de los distintos tipos de colonias de Altamira. En este core, destacaron unos componentes muy predominantes (uno o dos por colonia) a los que hemos denominado componentes mayoritarios (CMs) y que son característicos en cada colonia. Estos componentes mayoritarios por la técnica de amplicones resultaron ser tres, que clasificaron dentro del filo Actinobacteria concretamente en la familia Euzebyaceae (OTU1) y el género Crossiella (OTUs 2 y 4). Su distribución desigual en las colonias han sido la base para diferenciar en 2 subtipos a las colonias grises y blancas indicando que la clasificación por color no es suficiente para describir la diversidad de las colonias. Con la técnica de shotgun hemos recuperado 90 borradores de genomas (MAGs) siendo entre 6 y 34 MAGs, el número de componentes finales que se recuperó por colonia. La asignación taxonómica de los CMs reveló que se trataba de taxones candidatos, aun no descritos en la taxonomía de las Actinobacterias. De los análisis comparativos entre colonias, hemos podido deducir un modelo general de composición de colonia aplicable a las colonias de Altamira y probablemente a cualquier biofilm similar formado en cuevas. Además, hemos predicho las funciones metabólicas y fisiológicas presentes en los metagenomas de las colonias visibles, lo que sugiere que además de una forma de vida heterotrófica basada en compuestos orgánicos preformados, las colonias podrían crecer de forma autotrófica en condiciones de baja disponibilidad de materia orgánica. Finalmente, la obtención de borradores de buena calidad de los componentes predominantes en las colonias ha permitido el desarrollo de primers específicos, y con ellos, de ensayos de PCR que detectan de una manera directa rápida, sencilla y poco costosa la presencia de dichos componentes. Estos ensayos de detección suponen una mejora sustancial en los métodos de seguimiento microbiológico del biodeterioro de cuevas y otros bienes culturales. Igualmente, la información genómica aportada en esta tesis puede ser la base para diseñar medidas de control eficaces para combatir eventuales problemas de biodeterioro causado por colonias visibles.