BSC-LT/ACAData huggingface dataset:
[ca] L'estudi dels sistemes complexos ha desvelat els principis bàsics subjacents a l'emergència de comportaments col·lectius en xarxes d'unitats que interactuen. Seguint aquests fonaments, en aquesta tesi suggerim que l'equilibri excitatori-inhibitori és un d'aquests principis a les xarxes corticals. Comencem revelant com l'equilibri de interaccions excitatòries-inhibitòries dona forma a les dinàmiques i xarxes funcionals empíriques, especialment a escales de temps ultra lentes. A continuació, demostrem el potencial de l'homeòstasi excitatòria-inhibitòria com a mecanisme d'auto-organització a través de l'estudi del seu paper en la re-emergència de les xarxes funcionals després de lesions, conciliant el coneixement empíric sobre la connectivitat i l'excitabilitat del cervell post-ictus. Finalment, demostrem com múltiples modes d'homeòstasi cooperen per donar suport a l'emergència de dinàmiques col·lectives metaestables, maximitzant la complexitat funcional en xarxes corticals. Així, els nostres resultats demostren que els beneficis de mantenir l'equilibri entre excitació i inhibició extravasen el nivell neuronal, sent una pec¸a clau en l'emergència de dinàmiques col·lectives en xarxes corticals de llarga escala.

[en] The study of complex systems has unraveled the basic principles underlying the emergence of collective behaviors in networks of interacting units. Following this framework, we suggest that excitatory-inhibitory balance is one of such principles in cortical networks. We start by revealing how balanced excitatory-inhibitory interactions shape empirical functional networks and dynamics, especially at ultra-slow timescales. Then, we demonstrate the potential of excitatory-inhibitory homeostasis as a mechanism of self-organization by studying its role in the re-emergence of functional networks following lesions, reconciling empirical findings on the connectivity and excitability of the post-stroke brain. Finally, we demonstrate how multiple modes of homeostasis cooperate to support the emergence of collective metastable dynamics, maximizing functional complexity in large-scale cortical networks. Altogether, our results show that the benefits of maintaining a balance between excitation and inhibition extravasate the neuronal level, being a key piece in the emergence of collective dynamics in large-scale cortical networks.
[ca] Presentem una metodologia que combina tècniques de modelatge molecular i AI per agilitzar el descobriment de noves coles moleculars. Presentem ALScreening, un model subrogat basat en TGN que prediu de manera eficient l'acoblament molecular i el PELE d'un compost determinat, optimitzant l'HTVS d'extenses biblioteques de compostos. A més, per fer front a l'escassetat de coles moleculars reportades, moltes de les quals estan subjectes a patents, hem desenvolupat un LSTM VAE que genera nous compostos que s'assemblen a coles moleculars degradadores conegudes i alhora s'adhereixen a les seves propietats essencials.

[en] We present a comprehensive methodology combining molecular modeling techniques and AI models to streamline the discovery process of novel degrader molecular glues that outperform previous ones. We introduce ALScreening, a text-based surrogate model based on TGN that efficiently predicts a given compound's molecular docking and PELE scores, optimizing the HTVS of extensive compound libraries. Furthermore, to deal with the scarcity of reported degrader molecular glues, many of which are patent- bound, we have developed a LSTM VAE that generates novel compounds resembling known degrader molecular glues while adhering to essential properties.
[ca] La situació de confinament i parada de l'activitat econòmica del nostre país durant l'Estat d'Alarma ha portat a Govern a dictar amb caràcter d'urgència diverses prestacions extraordinàries en matèria de protecció de Seguretat Social, amb vigència limitada, i enfocada, no només a col·lectius que ja comptaven amb protecció específica, sinó també, com poden ser les empleades de la llar, a col·lectius mancats de qualsevol protecció per la pèrdua o suspensió temporal de la seva ocupació.

[en] The situation of confinement and stop of the economic activity of our country during the State of Alarm has led the Government to urgently issue various extraordinary benefits in the field of Social Security protection, with limited validity, and focused, not only on groups that they already had specific protection, but also, such as domestic workers, to groups lacking any protection for the loss or temporary suspension of their employment.
[ca] El procés d'anàlisi de la metilació de l'ADN requereix l'ús d'eines que impliquen habilitats de programació; per això, és necessari crear aplicacions que produeixin resultats d'una manera senzilla i interactiva que permeti a l'usuari visualitzar i comprendre les dades amb claredat. VisualMethyl és una aplicació web que proporciona l'anàlisi i visualitzacions interactives d'arrays de metilació d'ADN (450k i EPIC). Aquesta eina realitza control de qualitat, anàlisi exploratòria, metilació diferencial, enriquiment funcional, i anàlisi de supervivència. Els resultats es presenten de forma interactiva a través de gràfics i taules dinámics que es poden descarregar.

[en] The DNA methylation data analysis process requires the use of tools and pipelines that implicate programming skills; for this reason, it is necessary to create applications that provide results in a simple, interactive way that allows the user to visualize and understand the data clearly. VisualMethyl is a shiny web application that provides the analysis and interactive visualizations of DNA methylation arrays (450k and EPIC). This tool performs quality control, exploratory analysis, differential methylation, functional enrichment, and survival analysis. The results obtained are presented in an interactive way through the use of dynamic graphs and tables which can be downloaded.
[ca] La tesi consta de tres capítols sobre anàlisi macroeconomètrica amb heterogeneïtat. El capítol 1 presenta una metodologia eficient de clustering basada en dades per agrupar respostes heterogènies dins del marc de projecció local-IV. L'estimador de projecció local de grup (GLP) proposat recupera constantment l'estructura del grup latent i les respostes d'impuls específics del grup. El capítol 2 introdueix un marc quasi bayesià que combina classes generals de funcions de pèrdua i priors per a la inferència conjunta sobre les estructures de grup latents, incloent paràmetres a nivell de grup i assignacions de grup. Els resultats de la simulació demostren millores significatives en el biaix i la cobertura dels paràmetres a nivell de grup en comparació amb els mètodes existents, especialment quan les assignacions de grup no es poden estimar amb precisió. El capítol 3 modela la dinàmica conjunta dels macroagregats i les variables funcionals dins del marc VAR estructural. El VAR funcional proposat (FVAR) és fàcil d'implementar i totalment compatible amb les eines SVAR convencionals. L'evidència de simulació mostra que funciona satisfactòriament en mostres finites.

[en] The thesis consists of three chapters on macroeconometric analysis with heterogeneity. Chapter 1 introduces an efficient data-driven clustering methodology for grouping heterogeneous responses within the local projection-IV framework. The proposed group local projection (GLP) estimator consistently recovers the latent group structure and the group-specific impulse responses. Chapter 2 introduces a quasi-Bayesian framework that combines general classes of loss functions and priors for joint inference on the latent group structures, including group-level parameters and group assignments. Simulation results demonstrate significant improvements in bias and coverage for group-level parameters compared to existing methods, particularly when group assignments cannot be precisely estimated. Chapter 3 models the joint dynamics of macro aggregates and functional variables within the Structural VAR framework. The proposed functional VAR (FVAR) is easy to implement and fully compatible with conventional SVAR tools. Simulation evidence shows that it performs satisfactorily in finite samples.
[ca] La velocitat a la que les mutacions s'acumulen al llarg del genoma no és uniforme sinó que depèn de diversos factors. Alguns dels més coneguts són l'empaquetament de la cromatina, el moment de replicació o la transcripció. La majoria d'aquests factors creen variacions mutacionals que abarquen grans àrees del genoma, incloent varies megabases. En els últims anys, però, també s'ha identificat variabilitat en el ritme en que s'acumulen les mutacions a escala molt més petita, en regions de poques bases. Aquesta tesi es centra en l'estudi de dos d'aquestes variacions locals en el ritme en que les mutacions tenen lloc. Primer, hem descrit una reducció en el número de mutacions somàtiques en els exons causades per errors de la AND polimerasa, que hem atribuït a una major eficàcia del mecanisme encarregat aquest tipus d'errors en els exons. En segon lloc, hem estudiat com les lesions en el DNA causades per la llum ultraviolada es generen i són reparades als llocs d'unió dels factors de transcripció i hem determinat fins a quin punt cada un d'aquests processos permeten explicar l'inesperat número de mutacions en aquestes regions. La presència d'aquestes variacions locals la velocitat a la que les mutacions s'acumulen al llarg del genoma posen de manifest la dificultat de modelar correctament aquest procés, un procediment central en molts estudis evolutius i de genòmica del càncer.

[en] The rate at which mutations accumulate along the genome is not uniform but influenced by factors such as chromatin compactness, replication time or transcription. Most of these factors create mutational biases that encompass large areas of the genomes, including several megabases. In recent years, though, local mutational asymmetries spanning just a few base pairs have also been identified. This thesis focuses on the study of two of these local mutational asymmetries. First, we describe a reduction in the number of exonic somatic mutations caused by DNA polymerase mismatches, which we attribute to a higher efficacy of the mismatch repair mechanism in these locations. Second we study the UV induced DNA damage formation and repair at transcription factor binding sites and assess the relative contribution of these two factors to the unexpected number of mutations of these areas across transcription factors families. The presence of these local mutation rate variations illustrates the difficulty of properly modeling the mutation rate, an important procedure in many cancer genomics and evolutionary studies.
[ca] L'objectiu d'aquest treball és l'avaluació de l'impacte de nous antivirals d'acció directa per a l'hepatitis C com a innovació sanitària disruptiva que va desafiar els sistemes sanitaris. Dues revisions sistemàtiques analitzen els estudis de cost-utilitat de les noves teràpies i els costos de productivitat de l'hepatitis C. A continuació s'avalua l'actualització de les recomanacions clíniques a nivell europeu entre el 2016 i el 2018 i el mètode inclou qüestions metodològiques que s'han identificat com a mancances en treballs anteriors. En concret, el model Markov incorpora els costos de productivitat i els costos reals d'adquisició dels medicaments. Els resultats confirmen que l'actualització europea sobre les recomanacions de tractament contra l'hepatitis C va ser eficaç, ja que va generar guanys en salut i estalvis en costos. L'avaluació econòmica pot ser útil no només per avaluar les innovacions sanitàries, sinó també com a test d'eficiència de les decisions clíniques.

[en] The objective of this work is the evaluation of the impact of new direct acting antivirals for Hepatitis C as a case of disruptive healthcare innovation that challenged healthcare systems. Two systematic reviews address cost-utility analyses of new therapies and productivity costs of Hepatitis C. Then we present an assessment of clinical guidelines update at a European level from 2016 to 2018 and the method addresses methodological issues identified as lacking in previous works. Specifically, the Markov model included productivity cost measurement and real drug acquisition costs. The results confirm that European update on Hepatitis C treatment recommendations was efficient as it yielded health gains and savings on the cost side. Economic evaluation can be useful not only to assess healthcare innovations, but also as an efficiency test of clinical decisions.
[ca] Aquesta tesi es centra en els fluxos logístics interns (ILF), que es defineixen com els fluxos de materials dins del mateix negoci o la mateixa planta. Precisament, aquest treball s'apropa a la ILF de SEAT, una empresa del grup Volkswagen. Es presenta, per tant, un conjunt de mètodes basats en la Recerca Operativa o en Business Analytics. Aquests mètodes contribueixen tant a enriquir la literatura com a proporcionar tècniques útils per a la indústria. Aquests, es refereixen a noves formulacions matemàtiques, metaheurística de cerca local iterada, aplicacions de models de simulació i un conjunt de dades. L'objectiu principal d'aquest treball és proporcionar mètodes adequats per afrontar els problemes de les rutes internes logístiques de les empreses fabricants de vehicles. A més a més, s'han desenvolupat i aplicat aquests mètodes tenint en compte el treball i les dades de SEAT. Els resultats presenten diverses oportunitats que poden millorar les operacions logístiques de l'empresa, així com reduir alguns costos operatius. L'estudi es va presentar als empleats de l'empresa que ho van trobar interessant i adequat.

[en] This thesis focus on internal logistics flows (ILF), which is defined as the flows of materials inside the same business or the same plant. Precisely, this work approaches the ILF of SEAT, a company in the Volkswagen group. So, a set of Operational Research or Business Analytics based methods is presented. These methods contribute both to enrich the literature and provide useful techniques to the industry. Those methods refer to new mathematical formulations, Iterated Local Search metaheuristics, simulation models applications as well as a data set. So, the main purpose of this work is providing suitable methods to face internal logistics routing problems in car-assembling companies. Moreover, these methods were developed and applied considering the SEAT's workshop and data. The results expose several opportunities that can improve the company's logistics operations as well as reducing some operational costs. The study was presented to the company's employees that found it interesting and appropriate.
[ca] La investigación que se presenta identifica la producción científica catalana visible internacionalmente en las bases de datos del Institute for Scientific Information (ISI), en distintos niveles de agregación. Para alcanzar dicho fin se ha realizado un análisis descriptivo que permite conocer la situación actual del sistema catalán de ciencia y tecnología, con el propósito de: facilitar un instrumento para el análisis de la estructura que forman los diferentes campos científicos; conocer el estado del sistema de ciencia y tecnología de Cataluña; elaborar una batería de indicadores que proporcionen información sobre el volumen de producción, la excelencia científica y patrones de colaboración; analizar la evolución de la producción catalana en términos cuantitativos, cualitativos y estructurales y; examinar los resultados para detectar posibles interacciones y explicar los cambios más significativos. La recerca que es presenta identifica la producció científica catalana visible internacionalment en les bases de dades del Institute for Scientific Information (ISI), en diferents nivells d'agregació. Per a arribar a aquesta fi s'ha realitzat una anàlisi descriptiva que permet conèixer la situació actual del sistema català de ciència i tecnologia, amb el propòsit de: facilitar un instrument per a l'anàlisi de l'estructura que formen els diferents camps científics; conèixer l'estat del sistema de ciència i tecnologia de Catalunya; elaborar una bateria d'indicadors que proporcionin informació sobre el volum de producció, l'excel·lència científica i patrons de col·laboració; analitzar l'evolució de la producció catalana en termes quantitatius, qualitatius i estructurals i; examinar els resultats per a detectar possibles interaccions i explicar els canvis més significatius.

[en] The research presented identifies the Catalan scientific work that can be accessed internationally via the Institute for Scientific Information (ISI) databases, on different aggregative levels. To this end, there has been descriptive analysis to find out the current state of affairs in the Catalan science and technology system in order to: provide a tool to analyse the structure of the different scientific fields; ascertain the current status of the science and technology system in Catalonia; produce a series of indicators providing information on the amount of work, scientific excellence and collaboration patterns; analyse the evolution of Catalan work in quantitative, qualitative and structural terms, and examine the results to detect possible interactions and explain the most important changes.
[ca] Aquest treball té com a objectiu principal mostrar la viabilitat i l'impacte de l'ús d'estructures de llenguatge no binari en un context narratiu darrere de la representació d'identitats dissidents. Si bé les identitats no binàries i queer són un camp sociolingüístic d'anàlisi emergent en castellà, amb una creixent quantitat de recerques centrades en les dissidències de gènere en diferents contextos i connectant-les amb diferents varietats d'ús lingüístic, es presenta un buit acadèmic quant al seu ús en narrativa. El fet de plantejar-les en forma d'organització narrativa ens permetrà observar no sols les possibles modificacions de les estructures gramaticals, sinó també el de les interaccions comunicatives amb les quals es troben diàriament les persones no binàries. Donada aquesta situació, mitjançant l'estudi de cas de la novel·la El demonio en el interior de Siriel que fa ús d'estructures de llenguatge no binari, aquest treball planteja un enfocament de caràcter sociològic, filosòfic i de semiòtica narrativa per a descriure la situació actual d'aquest ús lingüístic i desglossar les actituds, accions i usos lingüístics dels personatges al llarg de la seva història. Després d'aquest estudi de cas es mostra com l'ús de llenguatge no binari directe facilita el tracte i representació humanes de les identitats fora del binari de gènere i per tant la visibilització d'aquestes experiències.

[en] This paper has as its main objective determining the viability and impact of non-binary language structures in a narrative context in the pursuit of representing dissident identities. Even when non-binary and queer identities are a growing field of sociolinguistic analysis in Spanish, with an increasing amount of research focused on gender dissidences in multiple contexts, connecting those identities with distinct varieties of the Spanish language, there is a clear academic gap in the context of narrative studies. Presenting said dissidences in the form of a narrative organisation will allow us to observe not only the possible modifications of grammatical structures, but also that of the communicative interactions that non-binary people encounter on a daily basis. Given the gap in narrative studies this paper is a case study with the focus in a sociologic, philosophic, and narrative semiotic analysis for the Spanish novel El demonio en el interior de Siriel, that uses non-binary language to describe the current situation of this particular group of linguistic structures and break down the characters' behaviours and linguistic habits during the story. After the case study the conclusion is that the use of direct non-binary language structures facilitates the humane portrayal of identities outside of the gender binary and therefore, the visibility of those experiences.
[ca] En el marc de la literatura americana del segle XX, el gènere del Southern Gothic —concentrat al Sud dels Estats Units— va originar diversos escriptors importants. Un d'ells va ser Barry Hannah, conegut per les seves històries grotesques, humorístiques i pertorbadores. Com que només s'ha traduït una obra de Hannah a l'espanyol, en aquest treball es presenta la traducció de quatre contes de la col·lecció Airships (1978), amb els propòsits següents: conèixer l'autor, millorar la pràctica traductora, crear una traducció inèdita i apropar l'obra al lector espanyol. Per dur a terme la traducció, es comença amb una contextualització de l'autor i el gènere, basat en l'humor del caràcter nacional, i s'analitza tant el contingut dels relats escollits com les decisions de traducció més rellevants. S'han identificat trets estilístics i temàtics que acaben conformant l'humor, com els actes violents i irracionals dels homes per culpa de les seves inseguretats o malapteses, i una admiració cap a les dones impossible de separar de la cosificació sexual. Per mantenir el sentit i l'estil de l'original, en la traducció s'han preservat els referents culturals i les figures retòriques, i s'ha triat el lèxic més precís. Finalment, s'ha après a resoldre aquestes dificultats, tot aportant una proposta de traducció que reflecteix un estil tan particular.

[en] In the context of the 20th century American literature, the so-called Southern Gothic genre —concentrated in the states of the South of the United States— gave rise to several important writers. One of them was Barry Hannah, known for his grotesque, humorous and disturbing stories. Since only one of Hannah's works has been translated into Spanish, this paper presents the translation of four short stories from the Airships (1978) collection, as a way to get to know the author, improve translation practice, create an unpublished translation and introduce the work to the Spanish reader. To undertake the translation, we begin with a contextualization of the author and the genre based on the humor of the national character, and later we analyze both the content of the chosen stories and the most relevant translation decisions. Stylistic and thematic traits that shape humor have been identified, such as the violent and irrational acts of men due to their insecurities or clumsiness, and admiration for women enmeshed in sexual reification. To maintain the meaning and style of the original text, cultural references and rhetorical figures have been preserved, and the most precise vocabulary has been chosen in the translation. Finally, we have tried to solve all difficulties, providing a translation that reflects such a particular style.