[ca] En el primer estudi de la present tesi, es van estudiar brots de malaltia respiratòria compatible amb virus de la influença de tipus A (IAV) així com granges que no mostraven simptomatologia clínica. Per a l'estudi dels brots, es van recollir mostres de hisops nasals d'animals amb signes respiratoris i febre (≥40 ° C), mentre que a les granges sense simptomatologia clínica, es van recollir hisops nasals de garrins de maternitat, transició i porcs d'engreix (20 per grup). Es va estudiar un total de 211 brots i 19 granges aparentment subclíniques. La presència i llinatge es van determinar per RT-qPCR, i es va fer l'aïllament de mostres seleccionades usant cèl·lules MDCK. Els aïllats van ser seqüenciats (genoma complet) mitjançant la tecnologia Illumina Miseq. Es va confirmar la presència de IAV en 145 casos de brots (68.7%), i en 15 granges aparentment subclíniques (78.9%). Els llinatges majorment detectats van ser H1avN2hu (33.6%), H1avN1av (24.3%) i H1huN2hu (18.7%). Es va obtenir un total de 60 aïllats, i els seus genomes van ser completament seqüenciats. Els genotips majoritàriament detectats van ser el tipus D i l'A, que es corresponen als llinatges H1avN2hu i H1avN1av, respectivament. Es van detectar un total de 14 genotips diferents, dels quals, 7 d'ells no havien estat prèviament reportados.En el segon estudi de la present tesi, es va estudiar la dinàmica de transmissió de IAV en les transicions d'una granja endèmica abans i després de l'aplicació de diferents esquemes de vacunació a les truges. Es van realitzar un total de tres estudis longitudinals: abans de la vacunació, després de la vacunació amb una vacuna comercial polivalent inactivada H1N1-H1N2-H3N2 i després de la vacunació amb una vacuna comercial monovalent pandèmica H1N1. Es van recollir mostres setmanals de hisops nasals dels garrins des de les 3-9 setmanes de vida, i mostres de sang a les 3, 6 i 9 setmanes de vida. En el primer longitudinal abans de la vacunació, es va avaluar la circulació vírica basal en 50 garrins de 4 lots consecutius. En el segon longitudinal, es va realitzar vacunació en llençol de truges usant la vacuna comercial polivalent (grup control) i la meitat d'aquestes van ser revacunades 3 setmanes abans de el part (grup tractament). Es va seleccionar un grup aleatori de 10 truges de cada grup i es va fer el seguiment setmanal de 5 garrins per truja. L'estudi va ser repetit en 4 lots consecutius. En el tercer estudi longitudinal, el procediment va ser el mateix que en l'anterior, però fent servir la vacuna inactivada pandèmica H1N1. Hisops nasals van ser examinats per RT-qPCR i els sèrums van ser analitzats utilitzant un ELISA comercial (CIVTEST ©-Suis Influenza). En el segon longitudinal després de l'aplicació de la primera vacuna, l'inici de la infecció es va retardar en dues setmanes, però no es van observar diferències significatives entre els dos grups; i en el tercer, l'inici de la infecció es va moure cap a l'esquerra en tots els grups, sense diferències significatives entre ells. En els tres estudis, es van detectar animals que excretaron virus en dos o fins a en tres mostrejos consecutius, així com alguns casos de re-infeccions. El llinatge present a la granja durant els dos primers estudis longitudinals es correspon a un H1avN1av. No obstant això, durant el tercer estudi, es va detectar circulant en tots els grups d'animals 1 H3huN2hu que portava un nou llinatge H3 humà derivat d'un virus de la grip estacional humana.

[es] En el primer estudio de la presente tesis, se estudiaron brotes de enfermedad respiratoria compatible con virus de la influenza de tipo A (IAV) así como granjas que no mostraban sintomatología clínica. Para el estudio de los brotes, se recogieron muestras de hisopos nasales de animales con signos respiratorios y fiebre (≥40°C), mientras que en las granjas sin sintomatología clínica, se recogieron hisopos nasales de lechones de maternidad, transición y cerdos de engorde (20 por grupo). Se estudió un total de 211 brotes y 19 granjas aparentemente subclínicas. La presencia y linaje se determinaron por RT-qPCR, y se hizo el aislamiento de muestras seleccionadas usando células MDCK. Los aislados fueron secuenciados (genoma completo) mediante la tecnología Illumina Miseq. Se confirmó la presencia de IAV en 145 casos de brotes (68.7%), y en 15 granjas aparentemente subclínicas (78.9%). Los linajes mayormente detectados fueron H1avN2hu (33.6%), H1avN1av (24.3%) y H1huN2hu (18.7%). Se obtuvo un total de 60 aislados, y sus genomas fueron completamente secuenciados. Los genotipos mayoritariamente detectados fueron el tipo D y el A, que se corresponden a los linajes H1avN2hu y H1avN1av, respectivamente. Se detectaron un total de 14 genotipos diferentes, de los cuales, 7 de ellos no habían sido previamente reportados.En el segundo estudio de la presente tesis, se estudió la dinámica de transmisión de IAV en las transiciones de una granja endémica antes y después de la aplicación de diferentes esquemas de vacunación en las cerdas. Se realizaron un total de tres estudios longitudinales: antes de la vacunación, después de la vacunación con una vacuna comercial polivalente inactivada H1N1-H1N2-H3N2 y después de la vacunación con una vacuna comercial monovalente pandémica H1N1. Se recogieron muestras semanales de hisopos nasales de los lechones desde las 3-9 semanas de vida, y muestras de sangre a las 3, 6 y 9 semanas de vida. En el primer longitudinal antes de la vacunación, se evaluó la circulación vírica basal en 50 lechones de 4 lotes consecutivos. En el segundo longitudinal, se realizó vacunación en sábana de cerdas usando la vacuna comercial polivalente (grupo control) y la mitad de estas fueron revacunadas 3 semanas antes del parto (grupo tratamiento). Se seleccionó un grupo aleatorio de 10 cerdas de cada grupo y se hizo el seguimiento semanal de 5 lechones por cerda. El estudio fue repetido en 4 lotes consecutivos. En el tercer estudio longitudinal, el procedimiento fue el mismo que en el anterior, pero usando la vacuna inactivada pandémica H1N1. Hisopos nasales fueron examinados por RT-qPCR y los sueros fueron analizados usando un ELISA comercial (Civtest-Suis Influenza). En el segundo longitudinal después de la aplicación de la primera vacuna, el inicio de la infección se retrasó en dos semanas, pero no se observaron diferencias significativas entre ambos grupos; y en el tercero, el inicio de la infección se movió hacia la izquierda en todos los grupos, sin diferencias significativas entre ellos. En los tres estudios, se detectaron animales que excretaron virus en dos o hasta en tres muestreos consecutivos, así como algunos casos de re-infecciones. El linaje presente en la granja durante los dos primeros estudios longitudinales se corresponde a un H1avN1av. Sin embargo, durante el tercer estudio, se detectó circulando en todos los grupos de animales un H3huN2hu que llevaba un nuevo linaje de H3 humano derivado de un virus de la gripe estacional humana.