[en] Understanding the physical and temporal factors that structure populations is essential to their conservation and management. The main objective of this thesis is to identify ancient and contemporary processes shaping genetic variation of the forest dwelling European pine marten (Martes martes L. 1758), trough two distinct disciplines: phylogeography (i.e combination of phylogenetics and biogeography) and landscape genetics (i.e combination of population genetics and landscape ecology). Firstly, this thesis reviews the intraspecific phylogenetic, population genetic, and landscape genetic studies conducted on the 8 recognized Martes species populations; discusses commonalities found across the species in terms of habitats deemed important for connectivity; and identifies knowledge gaps for understanding movement and substructure. Secondly, we investigated the phylogeographic pattern of the European pine marten, providing new insights into the cryptic northern glacial refugia and postglacial recolonization of Europe as well as into genetic relationships between M. martes and M. zibellina. Thirdly, in order to understand how landscape and environmental features influence population genetic structure, non-invasive genetic sampling (i.e sampling genetic material without disturbing the target species) of faeces in combination with landscape genetics methods have been used for the study of this rare and elusive species. For the consecution of this objective we initially designed and applied a non-invasive species identification method to asses the distribution of sympatric martens from fecal DNA (M. martes and M. foina) and thereafter, by means of microsatellite analysis we investigated the spatial genetic structure of the pine marten inhabiting a fragmented landscape. Bayesian spatial and non-spatial models allowed us to detect several populations with genetic discontinuities being associated to human induced landscape transformations (i.e. urban areas, road networks and forest fragmentation processes). Finally, we evaluated the influence of several landscape features on pine marten gene flow within a regional ecological network (Basque country, Spain) through individual-based least-cost distance GIS analysis. Our results confirmed the validity of the designed corridors and the need to keep taking them into account in land use planning. Besides, we identified areas of intensive agriculture and the major road networks as landscape features which limit pine marten gene flow. To the best of our knowledge, this is the first time that a GIS modeled ecological network has been evaluated through a landscape genetics approach.

[eu] Espezieen kontserbazio eta kudeaketa egokirako, populazioen egituran eragiten duten eragile fisiko eta denborazkoak ikertzea ezinbestekoa da. Tesi honen helburu nagusia, basoko espeziea den lepahoriaren (Martes martes L. 1758) gaur egungo aniztasun genetikoaren banaketan eragin duten prozesu historiko eta garaikideak identifikatzea da bi diziplina ezberdinen bidez: filogeografia (i.e. filogenia eta biogeografiaren konbinazioa) eta paisaiaren genetika (i.e. populazioen genetika eta paisaiaren ekologiaren konbinazioa). Lehenik eta behin, tesi honek Martes generoko 8 espezieen filogenia intraespezifikoa, populazioen genetika eta paisaiaren genetika arloetan gauzatu diren ikerketak berrikusi; espezie ezberdinetan konektibitaterako garrantzia berezia duten habitatetan antzeman diren patroi orokorrak eztabaidatu eta sakabanatze patroi eta populazioen barne egiturei dagokien ulermen hutsune nagusiak identifikatzen ditu. Bestalde, lepahori europarraren patroi filogeografikoa ikertuz, mediterranear Penintsulakoez gain babesleku kriptikoen existentziaren ebidentziak, Europako glaziazio ondorengo birkolonizazio prozesuak zein M. martes eta M. zibellina arteko erlazio genetikoei buruzko ekarpenak egin ditugu. Teknika molekular ez inbaditzaileen (i.e. material genetikoa eskuratu espeziea harrapatu edo oztopatu gabe) eta paisaiaren genetika metodoen konbinazioaren erabilera, espezie arraro eta sahieskorren ikerketa egokiak burutzeko eraginkorra da. Teknika hauek, populazioen egituraketan eragiten duten ingurune eta lurralde eragileak ulertzea ahalbidetzen dute. Ondorioz, helburu hau lortzeko lehenik Martes generoko (M. martes eta M. foina) espezie sinpatrikoen banaketa zehazten duen metodo genetiko ez inbaditzailea garatu zen. Ondoren, mikrosatelite markatzaileen bidez, lepahoriak ingurune zatikatuan duen egitura genetiko espaziala ikertu zen. Modelo Bayesiano espazial eta ez espazialek, populazio desberdinetan etenaldi genetikoa izaera antropogenikoa duen paisaiaren eraldaketarekin (i.e. bide azpiegiturak eta basoko zatiketa prozesuak) loturik dagoela antzematea ahalbidetu dute. Azkenik, eskualde mailako sare ekologiko batean (Euskal Autonomia Erkidegoa, Espainia) eta distantzia kostu minimoak eta SIG azterketa erabiliz, lepahoriaren fluxu genikoan aldagai paisajistiko ezberdinek duten eragina aztertu genuen. Gure emaitzek, diseinatutako korridoreen balioa berretsi eta lurralde planifikazioetan tresna baliagarri moduan aintzakotzat hartzen jarraitzea beharrezkoa dela baieztatzen dute. Horretaz gain, nekazaritza intentsiboa, bide azpiegitura nagusiak eta gune urbanizatuak, lepahoriaren fluxu genikoa mugatzen duten elementu paisajistiko nagusiak direla identifikatu genuen. Lan hau, paisaiaren genetikan oinarritutako ikerketa baten bidez SIG bitartez modelizatutako sare ekologiko baten azterketan aitzindaria da.