[en] The availability of rapid, highly sensitive and specific molecular and serologic diagnostic assays, such as competitive enzyme-linked immunosorbent assay (cELISA), has expedited the diagnosis of emerging transboundary animal diseases, including bluetongue (BT) and African horse sickness (AHS), and facilitated more thorough characterisation of their epidemiology. The development of assays based on real-time, reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) to detect and identify the numerous serotypes of BT virus (BTV) and AHS virus (AHSV) has aided in-depth studies of the epidemiology of BTV infection in California and AHSV infection in South Africa. The subsequent evaluation of pan-serotype, real-time, RT-PCR-positive samples through the use of serotype-specific RT-PCR assays allows the rapid identification of virus serotypes, reducing the need for expensive and time-consuming conventional methods, such as virus isolation and serotype-specific virus neutralisation assays. These molecular assays and cELISA platforms provide tools that have enhanced epidemiologic surveillance strategies and improved our understanding of potentially altered Culicoides midge behaviour when infected with BTV. They have also supported the detection of subclinical AHSV infection of vaccinated horses in South Africa. Moreover, in conjunction with whole genome sequence analysis, these tests have clarified that the mechanism behind recent outbreaks of AHS in the AHS-controlled area of South Africa was the result of the reversion to virulence and/or genome reassortment of live attenuated vaccine viruses. This review focuses on the use of contemporary molecular diagnostic assays in the context of recent epidemiologic studies and explores their advantages over historic virus isolation and serologic techniques.

[fr] La disponibilité d'essais diagnostiques moléculaires et sérologiques rapides, hautement sensibles et spécifiques tels que l'épreuve immuno-enzymatique de compétition (ELISAc), a accéléré le diagnostic des maladies animales transfrontalières émergentes, dont la fièvre catarrhale ovine (FCO) et la peste équine, et contribué à dresser un tableau épidémiologique plus complet de ces maladies. Grâce à la mise au point d'essais basés sur l'amplification en chaîne par polymérase en temps réel couplée à une transcription inverse (RT–PCR) qui permettent de détecter et d'identifier les nombreux sérotypes du virus de la fièvre catarrhale du mouton et du virus de la peste équine, des études approfondies ont pu être conduites sur l'épidémiologie de l'infection par le virus de la fièvre catarrhale du mouton en Californie et de l'infection par le virus de la peste équine en Afrique du Sud. L'évaluation postérieure des échantillons positifs à une RT–PCR en temps réel de groupe (détectant le virus quel que soit le sérotype) au moyen de RT–PCR spécifiques de chaque sérotype permet d'identifier rapidement le sérotype causal et de limiter le recours à des méthodes classiques onéreuses et chronophages comme l'isolement viral ou les essais de neutralisation virale spécifiques de chaque sérotype. Les outils fournis par ces essais moléculaires et par les plateformes ELISAc ont renforcé les stratégies de surveillance épidémiologique et permis de mieux connaître les altérations potentielles de comportement chez les tiques Culicoides infectées par le virus de la fièvre catarrhale du mouton. Ils ont également contribué à détecter les cas d'infection asymptomatique par le virus de la peste équine chez des chevaux vaccinés en Afrique du Sud. En outre, associés avec l'analyse de séquences du génome entier, ces tests ont révélé que le mécanisme sous-jacent aux récents foyers de peste équine dans la zone de contrôle en Afrique du Sud correspondait à une réversion vers la virulence et/ou à un réassortiment du génome des souches de vaccin à virus vivant atténué. Les auteurs passent en revue l'utilisation des essais de diagnostic moléculaire de nouvelle génération dans le contexte de récentes études épidémiologiques et cherchent à établir leurs avantages par rapport aux techniques classiques d'isolement viral et de recherche sérologique.