[en] First isolated in 1894, the bacteria Yersinia pestis has long been considered the probable cause of two major historical pandemics, which struck Europe between the 6th and 8th centuries and between the 14th and 18th centuries, respectively. However, other diagnostic hypotheses were put forward and no definitive conclusion could be drawn on the basis of historical sources alone. In this respect, data from archaeology recently shed new light on these mortality crises and, more generally, on the ancient history of the plague. The identification of burial sites related to these pandemics, based on archaeological and palaeobiological evidence, has provided a unique opportunity to search for pathogen aDNA in the skeletons from those sites. Palaeogenomic research, by repeatedly identifying the plague bacillus in these remains, has demonstrated that the same etiological agent caused all three historical pandemics. In addition, palaeogenomic research on older burial assemblages led to the recognition of Neolithic and Protohistoric cases of human plague, thus extending our knowledge of the history of the disease by several millennia. Genome analysis of the bacterial strains involved revealed that the oldest strains were probably unable to pass from one host to another via ectoparasitic vectors, and showed that two distinct lineages of the bacillus coexisted in Eurasia during the Bronze Age, only one of which could cause bubonic plague. These phylogenetic data, combined with palaeobiological data informative on the biological selectivity of the disease (according to the age, sex or pre-existing state of health of the individuals), progressively makes it possible to trace the evolutionary history of the pathogen and the changes in the epidemiology of the disease over the centuries.

[fr] Isolé en 1894, l'agent pathogène Yersinia pestis a de longue date été considéré comme la cause probable de deux grandes pandémies historiques, qui ont respectivement frappé l'Europe ente le vie et le viiie siècle puis entre le xive et le xviiie siècle. D'autres hypothèses diagnostiques ont toutefois été avancées, sans qu'il soit possible de trancher de manière définitive sur la base de l'étude des seules sources historiques. À cet égard, les données issues de l'archéologie sont, ces dernières années, venues éclairer d'un jour nouveau nos connaissances sur ces crises de mortalité et, plus généralement, sur l'histoire ancienne de la peste. L'identification de sites funéraires en lien avec ces pandémies, sur la base d'indices archéologiques et paléobiologiques, a notamment offert une opportunité unique de rechercher les traces moléculaires de l'agent pathogène causal au sein des squelettes qui en furent exhumés. Ces travaux paléogénomiques, en permettant l'identification répétée du bacille pesteux, ont ainsi démontré l'unicité étiologique des trois pandémies historiques. Élargies à l'étude d'ensembles funéraires plus anciens, ces analyses ont en outre conduit à la reconnaissance de cas de peste humaine néolithiques et protohistoriques, faisant ainsi remonter de plusieurs millénaires en arrière nos connaissances sur l'histoire de la maladie. L'étude du génome des souches bactériennes incriminées a par ailleurs mis en évidence que les plus anciennes étaient probablement incapables de se transmettre d'hôte en hôte par l'intermédiaire d'ectoparasites vecteurs, et elle a révélé la cohabitation de deux lignées distinctes du bacille en Eurasie durant l'âge du Bronze, dont une seule pouvait causer une peste bubonique. Les données phylogénétiques acquises, couplées au données paléobiologiques informatives sur la sélectivité biologique de la maladie (suivant l'âge, le sexe ou l'état de santé préexistant des individus), permettent ainsi peu à peu de retracer l'histoire évolutive de l'agent pathogène et les changements qu'a connus l'épidémiologie de la maladie au fil des siècles.