[ca] El trasplantament pulmonar (TP) representa la última opció terapèutica per aquells pacients que pateixen alguna malaltia respiratòria en fase terminal. Tot i que els últims anys s'han fet molts avenços, l'esperança de vida pel TP és la més baixa entre tots els trasplantaments d'òrgan sòlid. Això és degut a la incidència d'infeccions, que representen el 37% de les morts durant el primer any després del TP, i la disfunció crònica de l'empelt (DCE), que és la principal limitació per la supervivència a llarg termini, amb una mortalitat d'entre el 25-30% entre 3-5 anys després del TP. A més, ambdues complicacions estan relacionades, ja que les infeccions als receptors de TP són un factor de risc ben conegut pel desenvolupament de DCE. En els darrers anys, els mètodes metagenòmics han permès caracteritzar el microbioma bacterià dels receptors de TP, tot i que el seu paper en la patogènesi de la DCE no està clar. En el cas del component víric, la informació és encara menor, ja que no s'ha estudiat en profunditat tot el viroma, inclosos els virus d'ADN i ARN y, a més, no s'ha avaluat clarament ni la dinàmica a llarg termini del viroma després del TP ni la seva relació amb el pronòstic dels trasplantats. Per tant, l'objectiu principal de la present tesi va ser caracteritzar en detall el microbioma bacterià (part 1) i la composició completa del viroma (part 2) en receptors de TP utilitzant enfocs metagenòmics per avaluar la dinàmica temporal, la seva eventual restauració i l'impacte potencial en el pronòstic a llarg termini i el desenvolupament de DCE. Al primer estudi (part 1) es sosté que la diversitat alfa del microbioma nasofaringi va disminuir a les primeres fases post-TP i que, un any després, els receptors sense DCE presentaven una composició bacteriana més semblant a la dels pacients sans, una troballa que podria estar relacionada amb el millor pronòstic observat en aquest grup. A més es suggereix que el mostreig del tracte respiratori superior podria ser una alternativa eficaç i menys invasiva per estudiar el microbioma bacterià respiratori. Al segon estudi (part 2) s'afirma que la diversitat alfa es normalitza dos anys després del TP i que la composició del viroma difereix entre els receptors de TP i els pacients sans. No obstant, no es van observar diferències en la composició global del viroma entre els trasplantats amb i sense DCE. A més, es suggereix que la immunosupressió pot alterar la composició del viroma. En general, els estudis inclosos en aquesta tesi contribueixen a una millor comprensió de la dinàmica del microbioma bacterià respiratori i el viroma plasmàtic després del TP i la seva implicació en els resultats a llarg termini, i obren noves perspectives per futures investigacions.

[en] Lung transplantation (LT) represents the last therapeutic option for patients suffering from various end-stage respiratory diseases. Despite all the advances made in recent years, the life expectancy of LT remains the lowest of all solid organ transplants. This is conditioned by the occurrence of infections, which account for 37% of deaths in the first year after LT and chronic lung allograft dysfunction (CLAD), which is the main limitation for long-term survival, with a mortality of 25-30% between 3-5 years after LT. Besides, both complications are related, as infections in LT recipients are a well-known risk factor for CLAD development. In recent years, metagenomic methods have made it possible to characterise the bacterial microbiome of LT recipients, although its role in the pathogenesis of CLAD is unclear. In the case of the viral component, there is even less information, as the entire virome, including DNA and RNA viruses, has not been studied in depth and, moreover, neither the long-term dynamics of the virome after LT nor its relationship to the prognosis of LT recipients has been clearly assessed. Therefore, the main objective of the present thesis was to characterise in detail the bacterial microbiome (part 1) and the complete virome composition (part 2) in LT recipients using metagenomic approaches to assess the temporal dynamics, its eventual restoration and the potential impact on long-term prognosis and CLAD development. The first study (part 1) contends that the alpha diversity of the nasopharyngeal microbiome decreased in the early post-LT stages and that, one year after LT, CLAD-free recipients presented a bacterial composition more closely to that of healthy patients, a finding that could be related to the better outcome observed in this group. Further, it is suggested that upper respiratory tract sampling could be an effective and less invasive alternative to study the respiratory bacterial microbiome. The second study (part 2) states that alpha diversity normalises two years after LT and that virome composition differs between LT recipients and healthy patients. However, no differences in global virome composition between CLAD and CLAD-free recipients were observed. Further, it is suggested that immunosuppression may alter virome composition Overall, the studies included in this thesis contribute to a better understanding of the dynamics of respiratory bacterial microbiome and plasma virome after LT and their implication on long-term outcomes, and open up new perspectives for future research.