[en] Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is the etiological agent of a respiratory disease able to cause high mortality in humans. Severe cases associated to MERS-CoV infection are the consequence of the diffuse alveolar damage triggered by the pro-inflammatory cytokine storm and impaired interferon (IFN) responses. By contrast, camelids, the main virus reservoir, are asymptomatic MERS-CoV carriers, suggesting a crucial role for innate immune responses in controlling the infection. In study I of this dissertation, we aim to demonstrate this hypothesis by monitoring the transcription of immune response genes in the respiratory tract of MERS-CoV Qatar15/2015 (clade B strain) infected alpacas. Concomitant to the peak of infection, occurring at 2 days post inoculation (dpi), type I and III IFNs were maximally transcribed only in the nasal mucosa of alpacas, provoking the induction of interferon stimulated genes (ISGs) along the whole respiratory tract. Simultaneous to mild focal infiltration of leukocytes in nasal mucosa and submucosa, upregulation of the anti-inflammatory cytokine IL10 and dampened transcription of pro-inflammatory genes under NF-&#954;B control were observed. In the lung, early (1 dpi) transcription of chemokines (CCL2 and CCL3) correlated with a transient accumulation of mainly mononuclear leukocytes. A tight regulation of IFNs in lungs with expression of ISGs and controlled inflammatory responses, might contribute to virus clearance without causing tissue damage. Thus, the nasal mucosa, the main target of MERS-CoV in camelids, is central in driving an efficient innate immune response based on triggering ISGs as well as the dual anti-inflammatory effects of type III IFNs and IL10. While MERS-CoV strains from the Middle East region are subdivided into two clades (A and B), all the contemporary epidemic viruses belong to clade B. Thus, clade B MERS-CoV strains must display adaptive advantages over clade A in humans/reservoir hosts. Therefore, in study II of this dissertation, we compared an early epidemic clade A strain (EMC/2012) with a clade B strain (Jordan-1/2015) in an alpaca model monitoring virological and immunological parameters. Further, the Jordan-1/2015 strain has a partial amino acid (aa) deletion in the double stranded (ds) RNA binding motif of the open reading frame ORF 4a protein. Animals inoculated with the Jordan-1/2015 strain had higher MERS-CoV replicative capacities in the respiratory tract and larger nasal viral shedding, indicating a better fitness and transmission capability than its clade A strain counterpart. In the nasal mucosa, the Jordan-1/2015 strain provoked an early IFN response on 1-day post inoculation (dpi), confirming the role of ORF4a as an IFN antagonist in vivo. However, both strains provoked at the peak of infection (on 2 dpi) maximal transcription of ISGs correlating with decreased tissular viral loads observed on 3 dpi. Genome alignment analysis revealed several clade B specific aa substitutions occurring in the replicase and the S protein which could explain a better adaptation of clade B strains in camelid hosts. Overall, the results exposed in the present thesis highlight the complex interactions between MERS-CoV and host factors through which camelids control the infection in a short period of time. In addition, MERS-CoV strains are still evolving acquiring enhanced replicative fitness as shown in alpacas in the present study. This is reflected in the field by the dominance of MERS-CoV clade B strains over early epidemic clade A strains in humans and camelids.

[es] El coronavirus del síndrome respiratorio de Oriente Medio (del inglés, MERS-CoV) causa una alta letalidad en los seres humanos. Se cree que éste patógeno ha evolucionado a partir de un coronavirus de murciélago, pero el dromedario es la única fuente confirmada de infección zoonótica. A pesar de la reducción global de casos de MERS desde 2015, el virus sigue siendo enzoótico en dromedarios en la Península Arábiga y África. En los seres humanos, los casos graves asociados a la infección por MERS-CoV son la consecuencia de un daño alveolar difuso. Por el contrario, los camélidos, el principal reservorio del virus, son portadores asintomáticos del MERS-CoV, lo que sugiere un papel crucial de la respuesta inmunitaria innata en el control de la infección en estos animales. El objetivo del estudio I de esta tesis doctoral fue evaluar la transcripción de genes involucrados en la respuesta inmune en el tracto respiratorio de alpacas infectadas con MERS-CoV Qatar15/2015 (clado B). Los IFN tipo I y III se transcribieron a su máximo nivel sólo en la mucosa nasal de las alpacas y en concomitancia con el pico de infección (momento de mayor carga vírica en el tracto respiratorio), que ocurrió 2 días después de la inoculación (dpi). Esta transcripción se asoció a la inducción de genes estimulados por interferón (ISG) a lo largo de todo el tracto respiratorio. Simultáneamente a la infiltración focal leve de leucocitos en la mucosa nasal y submucosa, también se observó una regulación positiva de la citocina antiinflamatoria IL10 y una transcripción amortiguada de genes proinflamatorios bajo control de NF-κB. En el pulmón, la transcripción temprana (1 dpi) de quimiocinas (CCL2 y CCL3) se correlacionó con una acumulación leve y transitoria de leucocitos principalmente mononucleares. Una regulación estricta de los IFNs en los pulmones con expresión de ISG y una respuesta inflamatoria controladas podría contribuir a la eliminación del virus sin causar daño tisular. Por tanto, la mucosa nasal, la principal diana del MERS-CoV en los camélidos, es fundamental para impulsar una respuesta inmune innata eficaz basada en la activación de ISG, así como en los efectos antiinflamatorios duales de los IFNs de tipo III y la IL10. Todos los virus epidémicos contemporáneos pertenecen al clado B. Por lo tanto, las cepas de MERS-CoV del clado B parecen mostrar ventajas adaptativas sobre el clado A en humanos / huéspedes reservorios. En el estudio II de esta tesis doctoral se comparó una cepa de clado A epidémico temprano (EMC / 2012) con una cepa de clado B (Jordan-1/2015) en un modelo de alpaca que evaluó parámetros virológicos e inmunológicos. Además, la cepa Jordan-1/2015 tiene una deleción parcial de aminoácidos (aa) en el motivo de unión del ARN bicatenario (ds) de la proteína del marco de lectura abierto 4a (ORF4a). Los animales inoculados con la cepa Jordan-1/2015 tuvieron una mayor replicación de MERS-CoV en el tracto respiratorio y una mayor diseminación viral nasal, lo que indica una aparente mejor aptitud y capacidad de transmisión que su contraparte de la cepa del clado A. En la mucosa nasal, la cepa Jordan-1/2015 provocó una respuesta de IFNs temprana a 1 dpi, lo que confirma el papel de ORF4a como antagonista de IFNs in vivo. Sin embargo, ambas cepas provocaron la máxima transcripción de ISGs en el pico de la infección (a 2 dpi), correlacionándose con una disminución de las cargas virales tisulares (evidente a 3 dpi). La alineación del genoma reveló varias sustituciones de aa específicas del clado B que se producen en la replicasa y la proteína S; ello podría explicar una mejor adaptación de las cepas del clado B en los camélidos.