[ca] Els genomes de les plantes contenen un gran nombre de seqüències repetitives disperses. Els transposons i els Pararetrovirus Endògens (EPRVs) formen part d'aquest grup de seqüències repetitives. Els transposons són seqüències d'ADN amb la capacitat de moure's i canviar la seva posició en el genoma, o bé de generar còpies d'ells mateixos en altres posicions del genoma. Els Pararetrovirus Endògens són seqüències derivades de virus de la família Caulimoviridae, que s'han identificat en els genomes de monocotiledònies i dicotiledònies, tot i que el seu cicle replicatiu no inclou necessàriament la integració en el genoma de l'hoste. En aquesta tesi s'han estudiat els Transposons i els Pararetrovirus Endògens com a font de variabilitat genètica en els cultius. Els transposons s'han estudiat específicament en el gènere Prunus: en presseguer (Prunus persica 'Early Gold'), ametller (Prunus dulcis 'Texas') i un híbrid F1 (MB1.37) entre les dues espècies. Mentre que l'estudi dels Pararetrovirus Endògens incloïa diferents grups de plantes. El Capítol 1 es centra en la caracterització de la transcripció dels transposons i dels gens d'ametller, presseguer i de l'híbrid F1, per determinar si es produeix un xoc genòmic en l'híbrid, que resulti en una activació de la transcripció. Els nostres resultats han mostrat que no es produeix un xoc genòmic, ja que no hem observat grans canvis en la transcripció de l'híbrid respecte a la dels parentals. A més, l'estudi de gens amb transcripció diferencial entre les dues espècies ha permès identificar un gen amb una inserció polimòrfica, que per la seva localització en el genoma és un bon candidat a ser el gen de resistència a l'oïdi Vr3. Al Capítol 2 es va realitzar un estudi dels transposons a l'ametller, utilitzant una nova versió del seu genoma (Texas v.3.0). Aquesta nova seqüència del genoma es caracteritza per la seqüenciació de les dues fases o haplotips, la qual cosa és un avantatge per a l'estudi d'una espècie considerablement heterozigota com és l'ametller. Aquest estudi va incloure l'anotació de transposons, millorant l'anotació de la versió anterior del genoma. A més, es va realitzar un estudi de l'expressió al·lèlica específica en diversos òrgans d'ametller i es van identificar 4 agrupacions d'al·lels co-expressats. Finalment, es va dur a terme un estudi de l'impacte dels transposons homozigots i heterozigots propers a gens, que va permetre la detecció de diferències en la transcripció dels gens, i un estudi de la variabilitat genètica en 40 cultivars d'ametller. Per últim, el Capítol 3 es va basar en la identificació, classificació i caracterització del domini Transcriptasa Reversa (RT) dels Pararetrovirus Endògens recentment inserits a 278 genomes de plantes. Aquest anàlisi va permetre la identificació de 11,527 seqüències, que es van classificar en 13 gèneres de la família Caulimoviridae. Un d'aquests gèneres és el gènere Wendovirus, proposat durant aquesta tesi i que es caracteritza per la presència de quatre marcs de lectura oberts, amb dos que codifiquen per proteases aspàrtiques.

[en] Plant genomes contain a large number of dispersed repetitive sequences. Transposable Elements (TEs) and Endogenous Pararetroviruses (EPRVs) are part of this group of repetitive sequences. Transposable Elements are DNA sequences with the ability to move and change their position in the genome or generate copies of themselves in other genomic locations. Endogenous Pararetroviruses are sequences derived from viruses of the family Caulimoviridae and have been identified in monocotyledon and dicotyledon genomes, despite their replicative cycle does not necessarily include integration into the host genome. In this thesis, transposons and Endogenous Pararetroviruses have been studied as sources of genetic variability in crops. Transposons have been specifically studied in the genus Prunus: in peach (Prunus persica 'Early Gold'), almond (Prunus dulcis 'Texas'), and an F1 hybrid (MB1.37) between both species. Meanwhile, the study of Endogenous Pararetroviruses included different plant groups. Chapter 1 focuses on characterizing the transcription of Transposable Elements and genes in almond, peach, and the F1 hybrid, to determine if there is genomic shock resulting in transcriptional activation in the hybrid. Our results have shown that there is no genomic shock, as we did not observe significant changes in the hybrid's transcription compared to the parentals. Additionally, the study of genes with differential transcription between the two species has identified a gene with a polymorphic insertion that, due to its genomic location, is a strong candidate for the powdery mildew resistance gene Vr3. Chapter 2 presents a study of transposons in almond, using a new version of its genome (Texas v.3.0). This new genome sequence is characterized by sequencing both phases or haplotypes, which is advantageous for studying a considerably heterozygous species like almond. This study included transposon annotation, improving the previous genome annotation, and an analysis of allele-specific expression in various almond organs, which identified four clusters of co-expressed alleles. Additionally, we performed an analysis of the impact of homozygous and heterozygous transposons near genes, which allowed for the detection of gene transcriptional differences, and a study of genetic variability in 40 almond cultivars. Lastly, Chapter 3 was dedicated to the identification, classification, and characterization of the Reverse Transcriptase (RT) domain of recently inserted Endogenous Pararetroviruses in 278 plant genomes. This analysis identified 11,527 sequences, classified into 13 genera of the family Caulimoviridae. One of these genera is the newly proposed during this thesis genus Wendovirus, characterized by the presence of four open reading frames, two of which encode aspartic proteases.