BSC-LT/ACAData huggingface dataset:
[en] NMR is an analytical platform used to quantify the metabolites present in metabolomics samples. 1H-NMR spectra show multiple metabolite signals, each one with three parameters (chemical shift, half bandwidth, intensity) which can show reactivity to the sample conditions. This reactivity is a challenge for the optimization of the lineshape fitting of spectra necessary to perform the automatic metabolite profiling of samples. The aim of this PhD thesis was the exploration of the use of trending machine learning (ML)-based techniques and of robust ML-based workflows to model and then exploit the information present in the different parameters collected for each signal during the metabolite profiling of 1H-NMR datasets. In particular, the applications considered were the enhanced classification of samples in metabolomics studies and the enhancement of the quality of automatic profiling in 1H-NMR datasets. in addition to the achievement of these goals, additional achievements (e.g., the generation of a new open-source tool able to solve challenges in the profiling of complex matrices) was also fulfilled.

[es] RMN es una plataforma analítica utilizada para cuantificar los metabolitos presentes en las muestras de metabolómica. Los espectros de 1H-RMN muestran múltiples señales de metabolitos con tres parámetros específicos (desplazamiento químico, ancho medio de banda, intensidad) que pueden mostrar reactividad a las condiciones de la muestra. Esta reactividad perjudica a la optimización del fitado de los espectros necesario para realizar el perfilado automático de metabolitos de las muestras. El objetivo de esta tesis fue la exploración del uso de técnicas de tendencia basadas en Machine Learning (ML) con el uso de flujos de trabajo robustos para modelar y explotar la información presente en los diferentes parámetros de señal durante el perfilado de metabolitos de los conjuntos de datos 1H-NMR. En particular, las aplicaciones consideradas fueron la mejora de la clasificación de las muestras en los estudios de metabolómica y la mejora de la calidad del perfilado automático. Además de lograr estos objetivos, también se obtuvieron logros adicionales (por ejemplo, la generación de una nueva herramienta de código abierto capaz de resolver los retos en la elaboración de perfiles de matrices complejas).
[en] The disruption of the Earth system's ecological cycles and climate change, mainly caused by a global social metabolism based on fossil fuels, call for the international community to look for changes within global governance strategies towards a sustainable development model not based on fossil fuels. The challenge posed by this new economic development model and by this new social organization relies on how to operate within planetary boundaries from a justice perspective. In this global context, the Mexican energy transition policy is the response to the international commitments undertaken by the government regarding climate change. This doctoral thesis intends to analyze all the steps taken in the national energy policy context, from planning to implementation, all from a justice perspective. In this sense, some analytical tools, like environmental justice, climate justice and energy justice, are used to critically evaluate this policy. The main research question is whether relies on the elements that the Mexican government should consider for the implementation of the energy police, in terms of justice.

[es] Los desequilibrios de los ciclos ecológicos del Sistema Tierra y el cambio climático, causados en mayor medida por un metabolismo social global dependiente de los combustibles fósiles, apremian para la búsqueda de estrategias de gobernanza global que supongan la transición hacia una sociedad cuya reproducción se asiente en un modelo económico descarbonificado y sostenible. El desafío de un nuevo modelo de producción económica y el cambio de funcionamiento social es operar dentro de los límites planetarios desde una perspectiva de justicia. En este contexto global, la política de transición energética en México surge como respuesta a los compromisos asumidos a nivel internacional en materia de cambio climático. La presente tesis doctoral tiene por objeto el análisis de esta política energética nacional, desde su formulación hasta su implementación, a efectos de determinar si la misma es congruente en términos de justicia. De esta manera, considerando algunas aproximaciones teóricas como las de justicia ambiental, justicia climática y justicia energética, entre otras, el estudio pretende, desde una perspectiva crítica, formular argumentos para evaluar si es posible, en las condiciones actuales, afirmar que la transición energética en México se está llevando a cabo de manera justa y, en todo caso, señalar cuáles son los factores que el Estado debería tomar en cuenta en su transición hacia la sostenibilidad.
[en] The objective of the PhD thesis is the analysis of the institute of the exhibition of documents (of an evidentiary nature and technical support) in the Spanish civil procedure. It deals with addressing a momentous problem of the practice of documentary evidence: the access to the document on behalf of whom intends to introduce it in the procedure, when this is found in the power of the opposite litigant or of a third party beyond the procedure. The issue until now, hasn't been worthy of a monographic approach in Spanish Law, in open contrast to what occurs with more advanced legal systems of our environment. In this work, what has been examined is the existing scientific bibliography, which deals with the different general aspects of the exhibition of documents, as well as abundant jurisprudence; it has dealt with providing the institution from a solid doctrinal base, as well as the resolution of numerous practical and theoretical problems that arise, analyzing the different mechanisms that the legal system offers in order to allow the litigant access to the documents that are required so as to advance the claims which I have attached in the procedure. Particularly, the subject of the exhibition of technical support has been tackled, a matter entailing new, special problems, which until this point, have hardly been studied.

[es] El objetivo de la tesis doctoral es el análisis del instituto de la exhibición de documentos (de índole probatoria y soportes informáticos) en el proceso civil español. Se trata de afrontar un problema trascendental de la práctica de la prueba documental: el acceso al documento por parte de quien pretende introducirlo en el proceso, cuando éste se halle en poder del litigante contrario o de un tercero ajeno al proceso. La cuestión no ha merecido hasta la actualidad un tratamiento monográfico en Derecho español, en abierto contraste con lo que sucede con los ordenamientos jurídicos más avanzados de nuestro entorno. En la obra se ha examinado la bibliografía científica existente que trata sobre los diferentes aspectos generales de la exhibición documental, así como abundante jurisprudencia y se ha tratado de dotar a la institución de una base doctrinal sólida, así como de resolver numerosos problemas prácticos y teóricos que se plantean, analizando los diferentes mecanismos que ofrece el ordenamiento jurídico para permitir el acceso a los documentos al litigante que los precisa para hacer prosperar las pretensiones que adujo en el proceso. En especial, se ha abordado el tema de la exhibición de soportes informáticos, materia que entraña muy especiales y novedosos problemas, hasta el momento escasamente estudiado.
[en] This study investigates the interpretations and uses that the ruling families of Europe gave to American artifacts incorporated into their possessions between 1493 and 1565. Through the analysis of documents, images, and objects, the thesis explores three dynamics: a) the processes of decontextualization and recontextualization of the artifacts, b) the material, affective, and intellectual relationships between objects and their owners; and c) the European speculations about human groups of America based on their aesthetic productions. The thesis shows that American objects acted as symbolic-epistemic devices that monarchs and popes used based on their own geopolitical, religious, cultural, and gender peculiarities. It also presents a rich and complex panorama of the practices of exchange, gift, treasuring, display, and collecting of Americana in Europe before the proliferation of the Cabinets of curiosities at the end of the 16th century.

[es] El presente estudio indaga en las interpretaciones y usos que las familias reinantes de Europa dieron a los artefactos americanos incorporados a sus posesiones entre 1493 y 1565. A través del análisis de documentos, imágenes y objetos, la tesis explora tres dinámicas: a) los procesos de descontextualización y recontextualización de los artefactos; b) las relaciones materiales, afectivas e intelectuales entre los objetos y sus poseedores; y c) las especulaciones europeas sobre los grupos humanos de América a partir de sus producciones estéticas. La tesis demuestra que los objetos americanos fungieron como dispositivos simbólico-epistémicos que monarcas y pontífices utilizaron a partir de sus propias peculiaridades geopolíticas, religiosas, culturales y de género. Asimismo, se presenta un rico y complejo panorama sobre las prácticas de intercambio, obsequio, atesoramiento, ostentación, exhibición y coleccionismo de americana en Europa antes de la proliferación de las cámaras de maravillas a finales del siglo XVI.
[en] The disease becomes the predominant aesthetic value in the Fin de siècle, singular moment in the shaping European modernity, whose referent is the city of Paris. This new aesthetic is generalized through a speech, which will become dominant and where medical science is interwoven with the theory of Morel's degeneration, released thanks to the works of Cesare Lombroso and Max Nordau; and Decadent literature emerged from Baudelaire, Verlaine and Huysmans in others. The literature in Spanish from Spain and Latin America, periphery of that modernity, is marked by the same disease concept as European literature. The reception of the pathological modern aesthetics in Spanish literature is made from three types of works: the ones about history and literary criticism, in which the disease as aesthetic appreciation is used; the ones about sociological analysis of the literature, in which disease is used as a topic or reason to subvert the social order; and the ones about reconstruction of literary theory, in which the sick genius idea is developed. In this last kind, works are usually novels from artists or Künstlerroman often in the form of a diary. We have two clear examples of this kind of novels in De sobremesa by José Asunción Silva and Diario de un enfermo by José Martínez Ruiz, texts where the pathological thing is developed as the most modern aesthetic.

[es] La enfermedad se convierte en el valor estético predominante en el Fin de siècle, momento singular en la conformación de la modernidad europea, cuyo referente es la ciudad de París. Esa nueva estética se generaliza a través de un discurso, que se convertirá en dominante, en él se imbrican la ciencia médica, con la teoría de la degeneración de Morel, difundida gracias a las obras de Cesare Lombroso y de Max Nordau; y la literatura decadentista surgida de Baudelaire, Verlaine y Huysmans, en otros. La literatura en lengua castellana de España e Hispanoamérica, periferia de esa modernidad, está marcada por el mismo concepto patológico que la literatura europea. La recepción de esa estética patológica moderna en la literatura castellana se hace a partir de tres tipos de obras: las de historia y crítica literaria, en las que se utiliza la enfermedad como valoración estética; las de análisis sociológico de la literatura, en las que se usa como tema o motivo para subvertir el orden social; y las de reconstrucción de la teoría literaria, en las que se desarrolla la idea del genio enfermo. En esta última tipología las obras suelen ser novelas de artistas o Künstlerroman a menudo bajo la forma diarística. Tenemos dos claros ejemplos de esta clase de novelas en De sobremesa de José Asunción Silva y Diario de un enfermo de José Martínez Ruiz, textos que desarrollan lo patológico como la estética más moderna.
[en] Currently, rainfall reduction and uncertainty have put drought tolerance at the forefront of plant breeding targets for dryland agriculture in Spain, and in the entire Mediterranean region. Rhizoslides were used to study root system architecture (RSA) in a barley population. Extreme lines for root opening angle (RoA) were subsequently tested for root structure under field conditions, revealing a negative correlation between RoA at the seedling stage and thousand kernel weight (TKW). Studying and defining key RSA traits could serve as a potential proxy to predict agronomic performance. Landraces from the Spanish Barley Collection are interesting for plant breeding Spain due to their unexplored genetic diversity. Two lines were crossed to create a population, advanced through speed breeding methodology. The population was evaluated in five field experiments, with two experiencing drought during the season. Additionally, canopy cover traits were quantified, and these characters were predictive of grain yield. This population was also tested for biomass partitioning between roots and shoots in seedlings, revealing wide genotypic diversity for root dry weight, shoot dry weight, and root-to-shoot ratio.

[es] Actualmente, la reducción y la incertidumbre de las precipitaciones han situado la tolerancia a la sequía como uno de los principales objetivos de la mejora genética vegetal para la agricultura de secano en España y en toda la región mediterránea. Se utilizaron rhizoslides para estudiar la arquitectura del sistema radicular (RSA) en una población de cebada. Las líneas extremas para el ángulo de apertura de la raíz (RoA) se probaron posteriormente para la estructura de la raíz en condiciones de campo, encontrándose una correlación negativa entre el RoA en estadio de plántula y el peso de mil granos (TKW). Estudiar y definir los principales rasgos de la RSA podría ser un posible indicador para predecir el rendimiento agronómico. Las variedades locales de la Colección Española de Cebada son interesantes para la mejora vegetal en España debido a su diversidad genética inexplorada. Se cruzaron dos líneas para crear una población, avanzada mediante la metodología de speed breeding. La población se evaluó en cinco experimentos de campo. Dos de ellos experimentaron sequía durante la temporada. Además, se cuantificaron los rasgos de cobertura vegetal. Estos caracteres fueron predictivos para el rendimiento del grano. Esta población también se sometió a una prueba de partición de biomasa entre raíces y tallos, en plántulas. Se encontró amplia diversidad genotípica para el peso seco de la raíz, el peso seco del tallo y la relación raíz-tallo.
[en] This Doctoral Tesis studies incisional hernia prevention by using a prophylactic mesh for abdominal wall reinforcement in onlay position. This issue is not deeply investigated in literature neither mentioned in international guidelines. In this Thesis lateral laparotomy prophylactic mesh was used showing less fascial dehiscence and incisional hernia without increasing surgical site occurrence complications. Long-term outcomes are also investigated showing less incisional hernias in treatment group and loss of protective power once it is opened again in an iterative laparotomy. Finally prophylactic mesh use in high risk patients emergency midline laparotomy is analyzed. Mesh group had lower rate of incisional and fascial dehiscence without increasing complications.

[es] Esta Tesis Doctoral estudia la prevención de la hernia incisional en la cirugía urgente abdominal mediante el uso de malla profiláctica de refuerzo en la pared abdominal en posición suprafascial. Este aspecto está poco estudiado y todavía no hay claras recomendaciones en las guías internacionales al respecto. En la tesis se ha investigado la aplicación de la malla profiláctica de manera preventiva en la laparotomía subcostal evidenciando que es eficaz sin incrementar complicaciones del sitio quirúrgico. Se comprueba su efecto a largo plazo y cuando volvemos a realizar una laparotomía sobre una pared reforzada previamente donde pierde su efecto protector. Finalmente comprobamos la implementación de un protocolo de uso de malla profiláctica en laparotomía media urgente en pacientes de riesgo evidenciando una utilidad para prevenir la evisceración y hernia incisional sin aumentar las complicaciones.
[en] This thesis presents new phase-based signal analysis techniques to study brain dynamics from patients with pharmacoresistant focalonset epilepsy. We analyze electroencephalographic (EEG) recordings from seizure and seizure-free periods to characterize the dynamics underlying signals measured in brain areas where seizures start (focal signals) and from other brain areas (nonfocal signals). To first evaluate our approach under controlled conditions, we use the Rössler model system. We introduce the univariate coefficient of phase velocity variation and the multivariate phase-locking contribution measure. As a bivariate approach, we use the wellestablished mean phase coherence. All measures are combined with surrogates to test null hypotheses about the dynamics underlying the signals. Beyond confirming that focal signals have a higher mean phase coherence compared to nonfocal signals, we find that they have less phase variability and contribute more to the overall network's phase-locking. Thus, our approach to analyze EEG signals across different spatial scales of neuronal organization holds promise to contribute to the diagnosis of epilepsy patients.

[es] Esta tesis presenta nuevas técnicas de análisis de señales basadas en fases para estudiar la dinámica cerebral de pacientes con epilepsia focal farmacorresistente. Analizamos registros electroencefalográficos (EEG) de periodos con y sin crisis para caracterizar la dinámica subyacente a las señales medidas en las áreas cerebrales donde comienzan las crisis (señales focales) y en otras áreas cerebrales (señales no focales). Para evaluar primero nuestro enfoque en condiciones controladas, utilizamos el modelo de Rössler. Introducimos el coeficiente univariado de variación de velocidad de fase y la medida multivariada de contribución de sincronización de fase. Como enfoque bivariado, utilizamos la bien establecida medida de coherencia media de fase. Todas las medidas se combinan con sustitutos para probar hipótesis nulas sobre la dinámica subyacente a las señales. Más allá de confirmar que las señales focales tienen una mayor coherencia media de fase en comparación con las señales no focales, encontramos que tienen menos variabilidad de fase y contribuyen más a la sincronización de fase de toda la red. Por lo tanto, nuestro enfoque para analizar señales EEG a través de diferentes escalas espaciales de organización neuronal tiene potencial para contribuir al diagnóstico de pacientes con epilepsia.
[en] This thesis presents a hybrid vertex/cell-centred approach to mechanically simulate planar cellular monolayers undergoing cell reorganisation. Cell centres are represented by a triangular nodal network, while the cell boundaries are formed by an associated vertex network. The two networks are coupled through a kinematic constraint which we allow to relax progressively. Cell-cell connectivity changes due to cell reorganisation or remodelling events, are accentuated. These situations are handled by using a variable resting length and applying an Equilibrium-Preserving Mapping (EPM) on the new connectivity, which computes a new set of resting lengths that preserve nodal and vertex equilibrium. As a by-product, the proposed technique enables to recover fully vertex or fully cell-centred models in a seamless manner by modifying a numerical parameter of the model. The properties of the model are illustrated by simulating monolayers subjected to imposed extension and during a wound healing process. The evolution of forces and the EPM are analysed during the remodelling events.

[es] Esta tesis presenta un modelo híbrido para la simulación mecánica de monocapas celulares. Este modelo combina métodos de vértices y centrados en la célula, y está orientado al análisis de deformaciones con reorganización celular. Los núcleos vienen representados por nodos que forman una malla triangular, mientras que las contornos (membranas y córtex) forman una malla poligonal de vértices. Las dos mallas se acoplan a través de una restricción cinemática que puede ser relajada de forma controlada. El estudio hace especial hincapié en los cambios de conectividad, tanto debidos a la reorganización celular como el remodelado del citoesqueleto. Estas situaciones se abordan a través de una longitud de referencia variable y aplicando un Mapeo con Conservación de Equilibrio (EPM) que minimiza el error en el equilibrio nodal y en los vértices. La técnica resultante puede ser adaptada progresivamente a través de un parámetro, dando lugar a un modelo exclusivamente de vértices o a uno de centros. Sus propiedades se ilustran en simulaciones de monocapas sujetas a una extensión impuesta y durante el proceso de cicatrizado de heridas. La evolución de las fuerzas y los efectos del EPM durante el remodelado se analizan en estos ejemplos.
[en] Most evolutionary analyses are based upon pre-estimated multiple sequence alignment models. From a computational point of view, it is too complex to estimate a correct alignment, as it is to derive a correct tree from that alignment. Several works have recently reported on the influence of alignment on downstream analysis, and on the uncertainty inherent to their estimation. Chapter 1 develops the notion of alignment uncertainty as either inherent to the data (internal) or resulting from methodological biases (external). Chapter 2 presents two contributions of mine for the improvement of MSA methods through the use of homology extension (TM-Coffee) and thanks to an improved word-matching algorithm (SymAlign). In Chapter 3, I show how alignment uncertainty can be used to improve the trustworthiness of phylogenetic analysis. Chapter 4 shows how a similar improvement can be obtained through a simple adaptation of the T-Coffee transitive score, thus allowing downstream analysis to take into account internal alignment uncertainty. The final chapter contained a discussion of our current results and possible future work.

[es] La mayoría de los análisis evolutivos están basados en modelos establecidos de alineamiento de secuencia múltiple. Desde un punto de vista computacional, es igual de complejo la estimación de un alineamiento correcto, como la obtención de un árbol correcto a partir del alineamiento. Recientemente varios trabajos han informado sobre la influencia del alineamiento en los análisis posteriores, y en la incertidumbre inherente a su estimación. El Capítulo 1 desarrolla el concepto de incertidumbre de alineación, tanto inherente a los datos (internos), como resultante de los sesgos metodológicos (externo). El Capítulo 2 presenta dos contribuciones mías para la mejora de los métodos de MSA a través del uso de la extensión de homología (TM‐Coffee) y gracias a un algoritmo de coincidencia de palabra mejorado (SymAlign). En el capítulo 3, se muestra cómo la incertidumbre de alineación puede ser utilizada para mejorar la confiabilidad del análisis filogenético. El capítulo 4 nos muestra como se puede obtener una mejora similar por medio de una simple adaptación de la puntuación transitiva del T-- Coffee, lo cual permite un análisis posterior para tener en cuenta la incertidumbre de alineación interna. El último capítulo contiene un análisis de los resultados actuales y los posibles futuros trabajos.