[en] During the last two decades, thanks to the development of new sequencing techniques, the study of the genome has become very popular in order to discover the genetic variation present in both humans and other organisms. The predominant mode of genome analysis is through the assembly of reads in one or multiple chains for as long as possible. The most traditional way of assembly is the one that involves reads from a single genome. In this field, in the last decade, third-generation readings have emerged with new challenges for which there are no efficient solutions. The first contribution that has been made in this thesis is Compact-Flye, a tool for the efficient assembly of third-generation reads on the Flye algorithm. This tool is based on the ingenious use of compact data structures to improve typical assembly steps such as counting and indexing k-mers. Apart from the assembly of a genome, there are techniques that seek to assemble all the genomes contained in a given sample. This assembly is known as multiple sequence assembly or haplotype reconstruction, a subject also treated in this thesis. Our first approach to solving this has been viaDBG, which is the first solution based on de Bruijn graphs that offers results comparable to current techniques in viral genome assembly while maintaining the efficiency of these graphs. Our second contribution is ViQUF, which is a natural improvement on its predecessor. ViQUF completely changes the algorithm of viaDBG but continues to be based on the same structures, although with some variations that allow it not only to improve results in terms of time and quality, but also to provide additionalinformation such as an estimate of the relative presence of each species in the sample.

[es] Durante las últimas dos décadas, gracias al desarrollo de nuevas técnias secuenciación, el estudio del genoma ha ganado mucha popularidad de cara a conocer la variación genética presente tanto seres humanos como otros organismos. El modo predominante de análisis del genoma es a través del ensamblaje de lecturas en una o múltiples cadenas lo más largas posibles. La manera más tradicional de ensamblaje es el que implica lecturas provenientes de un solo genoma. En este campo, en la última década han surgido las lecturas de tercera generación con nuevos retos para los que no existen soluciones eficientes. La primera aportación que se ha realizado en esta tesis es Compact-Flye una herramienta para el ensamblaje eficiente de lecturas de tercera generación sobre el algoritmo Flye. Esta herramienta está basada en el uso igenioso de estructuras compactas de datos para mejorar etapas típicas del ensamblaje como el conteo e indexación de k-mers. Al margen del ensamblaje de un genoma existen técnicas que buscan ensamblar todos los genomas contenidos en una muestra determinada. Este ensamblaje es conocido como ensamblaje múltiple de secuencias o reconstrucción de haplotipos, tema también tratado en esta tesis. Nuestra primera aproximación para la resolución de este ha sido viaDBG, que es la primera solución basada en grafos de de Bruijn que ofrece resultados comparables a las técnicas vigentes en ensamblaje de genomas víricos, mientras que mantiene la eficiencia de estos grafos. Nuestra segunda aportación es ViQUF, que es una mejora natural de su predecesor. ViQUF cambia totalmente la algoritmia de viaDBG, pero sigue cimentándose en las mismas estructuras aunque con alguna variación que le permite no solo mejorar resultados en tiempo y calidad. Sino que además le permite aportar más información como estimaciones relativa de cada especie en la muestra.