[en] CRISPR/Cas systems are adaptive immune systems widespread in bacteria and archaea that confer protection against invading nucleic acids. However, beyond its role in prokaryotes, many applications have derived from these systems, especially in the genome engineering field. Such has been the impact of CRISPR/Cas systems on this field, that they are considered a game-changing technology. This impact has triggered the interest in identifying and characterizing such systems in prokaryotes. Even so, the CRISPR/Cas systems of many prokaryotes, particularly in archaea, remain yet-to-be-explored. In this study, the CRISPR/Cas systems of Thermococcus are characterized through a comparative genomic analysis. Thermococcus is an archaeal genus that comprises thermophilic microorganisms. Thermococcus are of interest for the industry, mainly owing to their thermostable enzymes. The characterization of the systems identified in Thermococcus revealed their occurrence, diversity, organization and structural features. For said characterization, the use of online tools, specially created for CRISPR/Cas systems analyses, and software aimed at phylogenetic analyses have been required. Overall, a high occurrence and diversity of CRISPR/Cas systems have been detected in Thermococcus. The CRISPR loci, cas loci and structural features analyses also suggested likely horizontal gene transfer events among Thermococcus species. Furthermore, a pipeline to detect and characterize CRISPR/Cas systems in prokaryotic genomes has been generated, which can be employed for other species or genera.

[es] Los sistemas CRISPR/Cas son sistemas inmunes adaptativos extendidos en bacterias y arqueas que confieren protección contra ácidos nucleicos invasores. Sin embargo, más allá de su papel en procariotas, muchas aplicaciones se han derivado de estos sistemas, especialmente en el campo de la ingeniería del genoma. Tal ha sido el impacto de los sistemas CRISPR/Cas en este campo, que se consideran una tecnología revolucionaria. Este impacto ha impulsado el interés por identificar y caracterizar tales sistemas en procariotas. Aun así, los sistemas CRISPR/Cas de muchas procariotas, en particular en arqueas, siguen sin ser explorados. En el presente estudio, los sistemas CRISPR/Cas de Thermococcus se caracterizan mediante un análisis genómico comparativo. Thermococcus es un género de aqueas que comprende microorganismos termófilos. Este género presenta interés industrial, principalmente debido a sus enzimas termoestables. La caracterización de los sistemas identificados en Thermococcus reveló su presencia, diversidad, organización y elementos estructurales. Para dicha caracterización se ha requerido el uso de herramientas en línea, creadas especialmente para el análisis de los sistemas CRISPR/Cas, y de programas informáticos destinados a los análisis filogenéticos. En líneas generales, se ha detectado una elevada presencia y diversidad de sistemas CRISPR/Cas en Thermococcus. Los análisis de los CRISPR loci, cas loci y sus elementos estructurales también sugirieron probables eventos de transferencia horizontal de genes entre las especies de Thermococcus. Además, se ha generado un marco de trabajo para detectar y caracterizar los sistemas CRISPR/Cas en los genomas de procariotas, que puede emplearse para otras especies o géneros.