[en] Genetic polymorphism in the NAT2 gene is responsible for pronounced interindividual differences in the acetylation activity of the N-acetyltransferase 2 (NAT2) enzyme, which plays a crucial role in the metabolism of many clinically useful drugs and exogenous chemicals. Up to now, most association studies that have attempted to relate the acetylation phenotype in NAT2 to a variety of complex human disorders have led to contradictory results in different populations. Some of these inconsistencies may result from a poor knowledge of linkage patterns at NAT2 and their geographic variation. Using data from an extensive survey of the literature, we investigated the worldwide haplotype diversity and linkage disequilibrium structure of NAT2. For 28 population samples (including 3,994 individuals) from four continental regions (Africa, Europe, Asia, America), we evaluated haplotype tagging efficiency at NAT2 and defined population-specific sets of haplotype tagging SNPs (htSNPs) to be used for future association studies. Tagging common haplotypes yielded 2- to 3-fold savings in European and East Asian samples, while no gains from tagging were observed in samples of African ancestry, which displayed high haplotype diversity at NAT2. htSNPs sets appeared to be portable among populations from a same continent, provided that the continent-specific htSNPs sets were selected with a stringent criterion. A "cosmopolitan" htSNPs set suitable for all human populations could not be identified for the NAT2 gene, but a single four-htSNP set proved to perform successfully in all the non-African populations investigated.

[fr] Le polymorphisme génétique du gène NAT2 est responsable de fortes différences interindividuelles de l'activité d'acétylation de l'enzyme N-acetyltransférase 2 (NAT2). Cette enzyme joue un rôle fondamental dans le métabolisme de nombreux xénobiotiques et médicaments utilisés en clinique. Jusqu'à présent, la plupart des études d'association qui ont tenté de relier les phénotypes d'acétylation du gène NAT2 à plusieurs maladies complexes chez l'homme ont conduit à des résultats contradictoires, essentiellement en raison des faibles connaissances sur la variation géographique des profils de déséquilibre de liaison au locus NAT2. C'est pourquoi nous avons entrepris une étude exhaustive de la littérature relatant la diversité mondiale haplotypique du gène NAT2 et décrivant les déséquilibres de liaison entre différents SNP (Single Nucleotide Polymorphism) de ce gène. Notre échantillon comprend 28 populations (incluant 3994 individus) réparties sur quatre continents (Afrique, Europe, Asie, Amérique). Pour chacune d'elles, nous avons estimé l'efficacité du marquage haplotypique (tagging) et défini le sous-ensemble de SNP (htSNP) qui s'avère juste nécessaire pour réaliser efficacement des études d'association. Ce marquage haplotypique permet de réduire d'un facteur 2 à 3 fois le nombre de SNP à étudier, du moins pour les populations d'Europe et d'Asie de l'Est. En revanche, la diversité haplotypique en Afrique est telle qu'aucune réduction n'est possible pour ce continent. Les marqueurs htSNP sélectionnés dans une population restent performants pour le continent dans lequel elle se situe, à la condition que les htSNP aient été sélectionnés avec un critère suffisamment " stringent ". Pour ce gène NAT2, il n'est pas possible d'identifier un unique ensemble de htSNP qui serait " universel " et efficace pour toutes les populations ; mais un ensemble réduit à seulement quatre htSNP reste parfaitement efficace dans le cas des populations non africaines.