[ca] El rellotge circadiari és un mecanisme cel·lular endogen que sincronitza processos biològics en coordinació amb els cicles de 24 hores del dia i la nit. La funció circadiària és essencial per a la regulació rítmica de processos fonamentals en plantes, incloent-hi, entre altres, el creixement, el desenvolupament i les respostes a l'estrès. El sistema circadiari requereix la regulació precisa de la transcripció rítmica dels gens oscil·lants centrals. Durant la transcripció, a diversos organismes s'ha observat la generació d'estructures genòmiques denominades R-loops, compostes per híbrids DNA-RNA i DNA monocatenari no-motlle.Basant-nos en la correlació que existeix entre la transcripció amb el sistema circadiari i els R-loops, plantegem en aquesta Tesi Doctoral descobrir la possible regulació diürna dels R-loops i identificar els components moleculars i mecanismes subjacents que controlen la seva homeòstasi en Arabidopsis thaliana. Utilitzant assajos tipus dot-blot, hem observat que els R-loops presentaven una regulació diària, amb un enriquiment significatiu durant la nit en comparació amb el dia. Els fotoreceptors (PHYTOCHROME B i CRYPTOCHROME 1 i 2), així com diversos components del rellotge, d'expressió tant diürna com nocturna, contribueixen diferencialment a l'acumulació diària dels R-loops. Aquests resultats ressalten la intricada interacció entre la senyalització lumínica i el rellotge circadiari pel control de l'homeòstasi dels R-loops. A més, hem correlacionat positivament la presència de R-loops amb la transcripció activa, fet que s'ha avaluat mitjançant assajos d'acumulació de l'RNA polimerasa II, d'inhibició farmacològica de la transcripció, de compactació de la cromatina i d'anàlisi de plantes mutants de gens relacionats amb la transcripció. Addicionalment, hem trobat que SSRP1 (structure-specific recognition protein 1), un component del complex FACT (FAcilitates Chromatin Transcription), és necessari per a la correcta acumulació de l'RNA polimerasa II, la compactació de la cromatina, l'abundància de marques d'histones i les respostes al dany del DNA. SSRP1 és també responsable de la regulació diària dels R-loops, reduint la seva acumulació principalment durant el dia. En conjunt, els nostres estudis estableixen una connexió directa de la funció de SSRP1 amb la transcripció i l'acumulació diària de R-loops. Aquests resultats obren noves vies per a la manipulació de la transcripció i la regulació circadiària.

[en] The circadian clock is an endogenous timing mechanism that synchronizes biological processes with the 24-hour day and night cycles. Proper circadian function is essential for the rhythmic regulation of fundamental processes in plants, including among others, growth, development, and responses to stress. At its bases, the circadian function relies on the precise regulation of the rhythmic transcription of core oscillator genes. Active transcription also generates in many organisms the so-called R-loops, three-stranded nucleic acid structures composed of the DNA-RNA hybrid and the non-template single-stranded DNA. Based on the correlation of transcription with both the circadian system and R-loops, in this Doctoral Thesis, we aimed to uncover the potential diurnal regulation of R-loops and identify the molecular components and mechanisms underlying R-loop homeostasis in Arabidopsis thaliana. By using dot-blot assays, we found that indeed R-loops accumulated in a diurnal fashion with a significant enrichment during the night compared to the day. The photoreceptors (PHYTOCHROME B and CRYPTOCHROME 1 and 2), as well as morning- and evening-expressed clock components differentially contributed to the diurnal accumulation of R-loops, highlighting the intricate interplay between light signaling and the circadian clock in the control of R-loop homeostasis. R-loops also positively correlated with active transcription as assayed by RNA Polymerase II accumulation, pharmacological inhibition of transcription, chromatin compaction, and analyses of transcription-related mutant plants. We found that the component of the FACT (FAcilitates Chromatin Transcription) complex, SSRP1 (structure-specific recognition protein 1) also contributed to proper RNA Polymerase II accumulation, chromatin compaction, abundance of histone marks, and responses to DNA damage. SSRP1 was also responsible for the diurnal regulation of R-loops by reducing their accumulation predominantly during the day. Altogether, our studies establish a direct connection of SSRP1 function with transcription and the diurnal accumulation of R-loops. Our results open up possible new avenues for the manipulation of transcription and circadian regulation.