# Taksonomi (biyoloji)
 - YÖNLENDİRME 
Biyolojide taksonomi (Eski Yunanca τάξις (taksis) 'düzenleme' ve -νομία (-nomia) 'yöntem'), ortak özelliklere dayalı olarak biyolojik organizma gruplarını adlandırma, tanımlama (sınırlandırma) ve sınıflandırma yöntemlerinin bilimsel çalışmasıdır. Organizmalar taksonlar halinde gruplandırılır ve bu gruplara taksonomik bir seviye verilir; belirli bir seviyedeki gruplar daha yüksek rütbeli daha kapsayıcı bir grup oluşturmak için toplanabilir, böylece taksonomik bir hiyerarşi oluşturulur. Modern kullanımdaki başlıca sıralamalar üst âlem, âlem, şube, sınıf, takım, familya, cins ve türdür. İsveçli botanikçi Carl Linnaeus, organizmaları kategorize etmek için Linnaean taksonomisi olarak bilinen sıralı bir sistem ve organizmaları adlandırmak için ikili adlandırma geliştirdiği için mevcut taksonomi sisteminin kurucusu olarak kabul edilir.
Biyolojik sistematiğin teori, veri ve analitik teknolojisindeki ilerlemelerle Linnaean sistemi, hem yaşayan hem de soyu tükenmiş organizmalar arasındaki evrimsel ilişkileri yansıtmayı amaçlayan modern bir biyolojik sınıflandırma sistemine dönüşmüştür.


## Tanım.
Taksonominin tam tanımı kaynaktan kaynağa değişir, ancak disiplinin özü kalır: organizma gruplarının kavranması, adlandırılması ve sınıflandırılması. Referans noktası olarak, taksonominin güncel tanımları aşağıda sunulmuştur:
  - Bireyleri türler halinde gruplama, türleri daha büyük gruplar halinde düzenleme ve bu gruplara isim verme, böylece bir sınıflandırma üretme teorisi ve uygulaması.
  - Tanımlama, adlandırma ve sınıflandırmayı kapsayan bir bilim alanı (ve sistematiğin önemli bir bileşeni)
  - Sınıflandırma bilimi, biyolojide organizmaların bir sınıflandırma içinde düzenlenmesi
  - "Canlı organizmalara uygulanan sınıflandırma bilimi, türlerin oluşum yollarının incelenmesi vb. dahil"
  - "Sınıflandırma amacıyla bir organizmanın özelliklerinin analizi"
  - "Sistematik, daha kapsayıcı bir alan olan taksonominin sınıflandırma ve isimlerine dönüştürülebilecek bir model sağlamak için filogeniyi inceler" (arzu edilen ancak alışılmadık bir tanım olarak listelenmiştir)
Çeşitli tanımlar ya taksonomiyi sistematiğin bir alt alanı olarak konumlandırmakta (tanım 2), ya bu ilişkiyi tersine çevirmekte (tanım 6) ya da iki terimi eşanlamlı olarak değerlendirmektedir. Biyolojik isimlendirmenin taksonominin bir parçası mı (tanım 1 ve 2) yoksa taksonomi dışındaki sistematiğin bir parçası mı olduğu konusunda bazı anlaşmazlıklar vardır. Örneğin, tanım 6, isimlendirmeyi taksonominin dışına yerleştiren aşağıdaki sistematik tanımı ile eşleştirilmiştir:
  - "Sistematik": "Canlıların doğal ilişkilerine göre sınıflandırılması, varyasyon ve taksonların evriminin incelenmesi de dahil olmak üzere organizmaların tanımlanması, taksonomisi ve isimlendirilmesi çalışması".
1970 yılında Michener ve arkadaşları "sistematik biyoloji" ve "taksonomi"yi (sıklıkla karıştırılan ve birbirinin yerine kullanılan terimler) birbirleriyle ilişkili olarak aşağıdaki şekilde tanımlamıştır:Sistematik biyoloji (bundan sonra sadece sistematik olarak anılacaktır) (a) organizmalara bilimsel isimler veren, (b) onları tanımlayan, (c) koleksiyonlarını koruyan, (d) organizmalar için sınıflandırmalar, tanımlanmaları için anahtarlar ve dağılımları hakkında veriler sağlayan, (e) evrimsel geçmişlerini araştıran ve (f) çevresel adaptasyonlarını dikkate alan bir alandır. Bu, uzun bir geçmişi olan ve son yıllarda özellikle teorik içerik açısından kayda değer bir rönesans yaşayan bir alandır. Teorik materyalin bir kısmı evrimsel alanlarla ilgilidir (yukarıdaki e ve f konuları), geri kalanı ise özellikle sınıflandırma sorunuyla ilgilidir. Taksonomi, Sistematiğin yukarıdaki (a)'dan (d)'ye kadar olan konularla ilgili bölümüdür.Taksonomi, sistematik biyoloji, sistematik, bilimsel sınıflandırma, biyolojik sınıflandırma ve filogenetik gibi bir dizi terim zaman zaman örtüşen anlamlara sahip olmuştur - bazen aynı, bazen biraz farklı, ancak her zaman ilişkili ve kesişen. Burada "taksonomi"nin en geniş anlamı kullanılmaktadır. Terimin kendisi 1813 yılında de Candolle tarafından "Théorie Elémentaire de la Botanique" adlı eserinde tanıtılmıştır. John Lindley 1830 yılında sistematiğin erken bir tanımını yapmıştır, ancak "sistematik" terimini kullanmak yerine "sistematik botanik" terimini kullanmıştır. Avrupalılar biyoçeşitliliğin bir bütün olarak incelenmesi için "sistematik" ve "biyosistematik" terimlerini kullanma eğilimindeyken, Kuzey Amerikalılar "taksonomi" terimini daha sık kullanma eğilimindedir. Bununla birlikte, taksonomi ve özellikle alfa taksonomi, daha spesifik olarak organizmaların tanımlanması, tanımlanması ve adlandırılması (yani isimlendirme) iken, "sınıflandırma" organizmaları diğer organizmalarla ilişkilerini gösteren hiyerarşik gruplar içine yerleştirmeye odaklanır.


### Monograf ve taksonomik revizyon.
Taksonomik revizyon veya taksonomik inceleme, belirli bir taksonun varyasyon modellerinin yeni bir analizidir. Bu analiz, morfolojik, anatomik, palinolojik, biyokimyasal ve genetik gibi mevcut çeşitli karakter türlerinin herhangi bir kombinasyonu temelinde gerçekleştirilebilir. Bir monograf veya tam revizyon, belirli bir zamanda verilen bilgiler için bir takson için ve tüm dünya için kapsamlı bir revizyondur. Diğer (kısmi) revizyonlar, mevcut karakter setlerinden yalnızca bazılarını kullanmaları veya sınırlı bir uzamsal kapsama sahip olmaları anlamında kısıtlı olabilir. Bir revizyon, incelenmekte olan takson içindeki alttakslar arasındaki ilişkilerde bir uyum veya yeni anlayışlarla sonuçlanır; bu da bu alttaksların sınıflandırılmasında bir değişikliğe, yeni alttaksların tanımlanmasına veya önceki alttaksların birleştirilmesine yol açabilir.


### Taksonomik karakterler.
Taksonomik karakterler, taksonlar arasındaki ilişkilerin (filogeni) çıkarıldığı kanıtları sağlamak için kullanılabilen taksonomik özelliklerdir. Taksonomik karakter türleri şunları içerir:
  - Morfolojik karakterler
   - Genel dış morfoloji
   - Özel yapılar (örneğin, genitalya)
   - İç morfoloji (anatomi)
   - Embriyoloji
   - Karyoloji ve diğer sitolojik faktörler
  - Fizyolojik karakterler
   - Metabolik faktörler
   - Vücut salgıları
   - Genik kısırlık faktörleri
  - Moleküler karakterler
   - İmmünolojik mesafe
   - Elektroforetik farklılıklar
   - Proteinlerin amino asit dizilimleri
   - DNA hibridizasyonu
   - DNA ve RNA dizileri
   - Restriksiyon endonükleaz analizleri
   - Diğer moleküler farklılıklar
  - Davranışsal karakterler
   - Kur yapma ve diğer etolojik izolasyon mekanizmaları
   - Diğer davranış kalıpları
  - Ekolojik karakterler
   - Habitat ve yaşam alanları
   - Yemek
   - Mevsimsel değişimler
   - Parazitler ve konakçılar
  - Coğrafi karakterler
   - Genel biyocoğrafik dağılım modelleri
   - Simpatrik-allopatrik popülasyon ilişkisi


### Alfa ve beta taksonomi.
"Alfa taksonomi" terimi öncelikle taksonları, özellikle de türleri bulma, tanımlama ve adlandırma disiplinine atıfta bulunmak için kullanılır. Daha önceki literatürde bu terim, morfolojik taksonomiye ve 19. yüzyılın sonuna kadar yapılan araştırmaların ürünlerine atıfta bulunan farklı bir anlama sahipti.
William Bertram Turrill, "alfa taksonomi" terimini 1935 ve 1937 yıllarında yayınlanan ve taksonomi disiplininin felsefesini ve gelecekteki olası yönelimlerini tartıştığı bir dizi makalede tanıttı.#YÖNLENDİRME ... taksonomistler arasında, sorunlarını daha geniş bir bakış açısıyla ele alma, sitolojik, ekolojik ve genetik meslektaşlarıyla daha yakın işbirliği olanaklarını araştırma ve amaç ve yöntemlerinde belki de köklü bir revizyon ya da genişlemenin arzu edilebilir olduğunu kabul etme isteği giderek artmaktadır ... Turrill (1935), yapıya dayanan ve uygun bir şekilde "alfa" olarak adlandırılan eski paha biçilmez taksonomiyi kabul ederken, mümkün olduğunca geniş bir morfolojik ve fizyolojik gerçekler temeli üzerine inşa edilen ve "dolaylı da olsa türlerin ve diğer taksonomik grupların yapısı, alt bölümleri, kökeni ve davranışlarıyla ilgili tüm gözlemsel ve deneysel veriler için bir yer bulunan" daha uzak bir taksonomiye göz atmanın mümkün olduğunu öne sürmüştür. İdeallerin hiçbir zaman tamamen gerçekleştirilemeyeceği söylenebilir. Bununla birlikte, kalıcı uyarıcılar olarak hareket etme gibi büyük bir değere sahiptirler ve eğer belirsiz de olsa bir "omega" taksonomi idealimiz varsa, Yunan alfabesinde biraz ilerleyebiliriz. Bazılarımız şu anda bir "beta" taksonomisinde el yordamıyla ilerlediğimizi düşünerek kendimizi memnun ediyoruz.#YÖNLENDİRME Turrill böylece ekoloji, fizyoloji, genetik ve sitoloji gibi bir bütün olarak taksonomiye dahil ettiği çeşitli çalışma alanlarını açıkça alfa taksonominin dışında bırakmaktadır. Ayrıca filogenetik yeniden yapılandırmayı da alfa taksonominin dışında tutmaktadır.#YÖNLENDİRME 
Daha sonraki yazarlar bu terimi farklı bir anlamda, türlerin (alt türlerin ya da diğer derecelerdeki taksonların değil), eldeki her türlü araştırma tekniği kullanılarak ve sofistike hesaplama ya da laboratuvar teknikleri de dahil olmak üzere sınırlandırılması anlamında kullanmışlardır. Böylece, Ernst Mayr 1968'de "beta taksonomi"yi türden daha yüksek derecelerin sınıflandırılması olarak tanımlamıştır.Varyasyonun biyolojik anlamının ve akraba tür gruplarının evrimsel kökeninin anlaşılması, taksonomik faaliyetin ikinci aşaması olan türlerin akraba gruplarına ("taksonlar") ayrılması ve bunların daha yüksek kategorilerden oluşan bir hiyerarşi içinde düzenlenmesi için daha da önemlidir. Bu faaliyet, sınıflandırma teriminin ifade ettiği şeydir; "beta taksonomi" olarak da adlandırılır.


### Mikrotaksonomi ve makrotaksonomi.
Belirli bir organizma grubunda türlerin nasıl tanımlanması gerektiği, tür sorunu olarak adlandırılan pratik ve teorik sorunlara yol açmaktadır. Türlerin nasıl tanımlanacağına karar veren bilimsel çalışma mikrotaksonomi olarak adlandırılmıştır. Buna bağlı olarak makrotaksonomi, alt cins ve üstü daha yüksek taksonomik seviyelerdeki grupların veya basitçe, filogenetik isimlendirme açısından ifade edilen, tür olarak kabul edilen birden fazla takson içeren kladların incelenmesidir.


## Tarihçe.
Taksonomik tarihin bazı açıklamaları taksonomiyi eski uygarlıklara kadar götürmeye çalışsa da eserleri bir taksonomiye işaret eden Aristoteles'in olası istisnası dışında, organizmaları sınıflandırmaya yönelik gerçek anlamda bilimsel bir girişim 18. yüzyıla kadar gerçekleşmemiştir. Daha önceki çalışmalar öncelikle tanımlayıcı nitelikteydi ve tarımda ya da tıpta yararlı olan bitkilere odaklanıyordu.
Bu bilimsel düşüncede bir dizi aşama vardır. İlk taksonomi, Linnaeus'un bitkiler için cinsel sınıflandırma sistemi de dahil olmak üzere "yapay sistemler" olarak adlandırılan keyfi kriterlere dayanıyordu (Linnaeus'un 1735 tarihli hayvan sınıflandırması "Systema Naturae" ("Doğa Sistemi") başlığını taşıyordu, bu da onun en azından "yapay bir sistemden" daha fazlası olduğuna inandığını ima ediyordu).
Daha sonra, de Jussieu (1789), de Candolle (1813) ve Bentham ve Hooker (1862-1863) gibi "doğal sistemler" olarak adlandırılan, taksonların özelliklerinin daha eksiksiz bir şekilde değerlendirilmesine dayanan sistemler geldi. Bu sınıflandırmalar ampirik kalıpları tanımlamaktaydı ve evrim öncesi düşünce tarzına sahipti.
Charles Darwin'in "Türlerin Kökeni" (1859) adlı kitabının yayınlanması, evrimsel ilişkilere dayanan sınıflandırmalar için yeni bir açıklamaya yol açtı. Bu, 1883'ten itibaren filetik sistemler kavramıydı. Bu yaklaşım, Eichler (1883) ve Engler (1886-1892) tarafından ortaya konmuştur.
1970'lerde kladistik metodolojinin ortaya çıkışı, sinapomorfilerin varlığıyla desteklenen tek monofili kriterine dayalı sınıflandırmalara yol açmıştır. O zamandan bu yana, moleküler genetikten gelen ve çoğunlukla geleneksel morfolojiyi tamamlayan verilerle kanıt temeli genişletilmiştir.#YÖNLENDİRME 


### Linnaean öncesi.
#### İlk taksonomistler.
İnsan çevresini isimlendirme ve sınıflandırma muhtemelen dilin başlangıcıyla birlikte başlamıştır. Zehirli bitkileri yenilebilir bitkilerden ayırt etmek, insan topluluklarının hayatta kalmasının ayrılmaz bir parçasıdır. #YÖNLENDİRME 'lerden kalma Mısır duvar resimlerinde görülen şifalı bitki illüstrasyonları, farklı türlerin kullanım alanlarının anlaşıldığını ve temel bir taksonominin mevcut olduğunu göstermektedir.


#### Antik dönemler.
Organizmalar ilk olarak Aristoteles (Yunanistan, MÖ 384-322) tarafından Midilli Adası'nda kaldığı süre boyunca sınıflandırılmıştır. Varlıkları, canlı doğmak, dört ayaklı olmak, yumurtlamak, kanlı olmak ya da sıcak vücutlu olmak gibi parçalarına ya da modern terimlerle niteliklerine göre sınıflandırmıştır. Tüm canlıları iki gruba ayırmıştır: bitkiler ve hayvanlar.
"Anhaima" (kansız hayvanlar, omurgasızlar olarak tercüme edilir) ve "Enhaima" (kanlı hayvanlar, kabaca omurgalılar) gibi bazı hayvan gruplarının yanı sıra köpekbalıkları ve deniz memelileri gibi gruplar da yaygın olarak kullanılmaktadır.
Öğrencisi Theofrastos (Yunanistan, MÖ 370-285) bu geleneği devam ettirerek "Historia Plantarum" adlı eserinde 500 kadar bitkiden ve bunların kullanım alanlarından bahsetmiştir. Cornus, Crocus ve Narcissus gibi birçok bitki grubunun izi Theofrastos'a kadar sürülebilir.


#### Orta Çağ.
Orta Çağ'da taksonomi büyük ölçüde Aristotelesçi sisteme dayanmakla birlikte, yaratıkların felsefi ve varoluşsal düzenine ilişkin eklemeler de yapılmıştır. Bu, Batı skolastik geleneğindeki büyük varlık zinciri gibi kavramları içeriyordu ve yine nihai olarak Aristoteles'ten türetilmişti.
Aristoteles'in sistemi, o dönemde mikroskopların olmaması nedeniyle bitkileri ya da mantarları sınıflandırmıyordu, çünkü onun fikirleri "scala naturae" (Doğal Merdiven) uyarınca tüm dünyayı tek bir süreklilik içinde düzenlemeye dayanıyordu. Bu da büyük varlık zincirinde dikkate alınmıştır.
Prokopius, Gazzeli Timoteus, Demetrios Pepagomenos ve Thomas Aquinas gibi bilginler tarafından ilerlemeler kaydedilmiştir. Orta Çağ düşünürleri, pragmatik taksonomiden ziyade soyut felsefeye daha uygun olan soyut felsefi ve mantıksal kategorizasyonlar kullanmışlardır.


#### Rönesans ve erken modern dönem.
Rönesans ve Aydınlanma Çağı boyunca, organizmaları kategorize etmek daha yaygın hale geldi ve taksonomik çalışmalar eski metinlerin yerini alacak kadar iddialı hale geldi. Bu durum bazen organizmaların morfolojisinin çok daha detaylı bir şekilde incelenmesine olanak tanıyan sofistike optik lenslerin geliştirilmesine bağlanmaktadır.
Teknolojideki bu sıçramadan yararlanan ilk yazarlardan biri, "ilk taksonomist" olarak adlandırılan İtalyan doktor Andrea Cesalpino'dur (1519-1603). "Magnum opus"'u "De Plantis" 1583'te çıktı ve 1500'den fazla bitki türünü tanımladı. İlk olarak tanıdığı iki büyük bitki familyası kullanımdadır: Asteraceae ve Brassicaceae.
17. yüzyılda John Ray (İngiltere, 1627-1705) birçok önemli taksonomik eser kaleme almıştır. Muhtemelen en büyük başarısı, 18.000'den fazla bitki türünün ayrıntılarını yayınladığı "Methodus Plantarum Nova"'dır (1682). Taksonlarını birçok birleşik karaktere dayandırdığı için, sınıflandırmaları belki de o zamana kadar herhangi bir taksonomist tarafından üretilen en karmaşık sınıflandırmalardı.
Sonraki büyük taksonomik çalışmalar Joseph Pitton de Tournefort (Fransa, 1656-1708) tarafından üretilmiştir. Onun 1700 tarihli çalışması Institutiones Rei Herbariae, 698 cinste 9000'den fazla tür içeriyordu ve genç bir öğrenci olarak kullandığı metin olduğu için Linnaeus'u doğrudan etkiledi.


### Linnaean dönemi.
İsveçli botanikçi Carl Linnaeus (1707-1778) taksonomide yeni bir çağ başlattı. Başlıca eserleri olan 1735 tarihli "Systema Naturae" 1. Baskı, 1753 tarihli "Species Plantarum" ve "Systema Naturae" 10. Baskı ile modern taksonomide devrim yaratmıştır. Çalışmaları, hayvan ve bitki türleri için standartlaştırılmış bir binomial adlandırma sistemi uyguladı ve bu da kaotik ve dağınık bir taksonomik literatüre zarif bir çözüm olduğunu kanıtladı. Sadece sınıf, takım, cins ve tür standartlarını getirmekle kalmadı, aynı zamanda kitabından bitki ve hayvanları çiçeğin daha küçük kısımlarını kullanarak (Linnaean sistemi olarak bilinir) tanımlamayı mümkün kıldı.
Bitki ve hayvan taksonomistleri Linnaeus'un çalışmalarını geçerli isimler için "başlangıç noktası" olarak kabul etmektedirler (sırasıyla 1753 ve 1758). Bu tarihlerden önce yayınlanan isimler "Linnaean öncesi" olarak adlandırılır ve geçerli kabul edilmez ("Svenska Spindlar"'da yayınlanan örümcekler hariç). Linnaeus'un kendisi tarafından bu tarihlerden önce yayınlanan taksonomik isimler bile Linnaean öncesi olarak kabul edilir.


### Taksonominin dijital çağı.
Modern taksonomi, DNA dizilimi, biyoenformatik, veritabanları ve görüntüleme gibi teknolojilerden büyük ölçüde etkilenmektedir.


## Modern sınıflandırma sistemi.
Linnaeus'un bitki ve hayvan sınıflandırmalarında iç içe geçmiş gruplardan oluşan bir model belirlenmiş ve bu modeller Charles Darwin'in "Türlerin Kökeni" kitabının yayınlanmasından çok önce, 18. yüzyılın sonlarına doğru hayvan ve bitki âlemlerinin dendrogramları olarak temsil edilmeye başlanmıştır. "Doğal Sistem" modeli, evrim gibi bir oluşum sürecini gerektirmiyordu, ancak erken dönem transmutasyonist düşünürlere ilham vererek bunu ima etmiş olabilir. Erasmus Darwin'in (Charles Darwin'in büyükbabası) 1796 tarihli "Zoonomia"'sı ve Jean-Baptiste Lamarck'ın 1809 tarihli "Philosophie zoologique"'i türlerin transmutasyonu fikrini araştıran ilk eserler arasındadır. Bu fikir, 1844 yılında Robert Chambers tarafından anonim olarak yayınlanan spekülatif ama çok okunan "Vestiges of the Natural History of Creation" (Yaratılışın Doğal Tarihinin İzleri) adlı eserle Anglofon dünyada popüler hale gelmiştir.
Darwin'in teorisiyle birlikte, bir sınıflandırmanın Darwinci ortak türeyiş ilkesini yansıtması gerektiğine dair genel bir kabul hızla ortaya çıktı. Bilimsel çalışmalarda, bilinen fosil gruplarının da dahil edildiği yaşam ağacı gösterimleri popüler hale geldi. Fosil atalara bağlanan ilk modern gruplardan biri kuşlardı. Thomas Henry Huxley, o zamanlar yeni keşfedilen "Archaeopteryx" ve "Hesperornis" fosillerini kullanarak, bunların 1842'de Richard Owen tarafından resmi olarak adlandırılan bir grup olan dinozorlardan evrimleştiğini açıkladı. Bunun sonucunda ortaya çıkan, dinozorların kuşları "doğurduğu" ya da kuşların "atası" olduğu şeklindeki tanımlama, evrimsel taksonomik düşüncenin temel damgasıdır. Paleontologlar, 19. yüzyılın sonları ve 20. yüzyılın başlarında daha fazla fosil grubu bulunup tanındıkça, bilinen grupları birbirine bağlayarak çağlar boyunca hayvanların tarihini anlamaya çalıştılar. 1940'ların başındaki modern evrimsel sentezle birlikte, başlıca grupların evrimine ilişkin esasen modern bir anlayış ortaya çıkmıştır. Evrimsel taksonomi Linnaean taksonomik sıralamalarına dayandığından, iki terim modern kullanımda büyük ölçüde birbirinin yerine kullanılabilir.
Kladistik yöntem 1960'lardan bu yana ortaya çıkmıştır. 1958 yılında Julian Huxley "klad" terimini kullanmıştır. Daha sonra, 1960 yılında Cain ve Harrison "kladistik" terimini ortaya atmıştır. Belirgin özelliği, taksonları hiyerarşik bir evrim ağacında düzenlemek ve adlandırılan tüm taksonların monofiletik olmasını sağlamaktır. Bir takson, atasal bir formun tüm torunlarını içeriyorsa monofiletik olarak adlandırılır. Kendilerinden çıkarılan torun gruplara sahip olan gruplar parafiletik olarak adlandırılırken, yaşam ağacından birden fazla dalı temsil eden gruplar polifiletik olarak adlandırılır. Monofiletik gruplar, sinapomorfiler, ortak türetilmiş karakter durumları temelinde tanınır ve teşhis edilir.
Kladistik sınıflandırmalar, geleneksel Linnean taksonomisi ve Zoolojik ve Botanik Adlandırma Kodları ile bir dereceye kadar uyumludur. Kladların resmi olarak adlandırılmasını düzenleyen alternatif bir adlandırma sistemi olan "Uluslararası Filogenetik Adlandırma Kodu" veya "PhyloCode" önerilmiştir. Linnaean kademeleri isteğe bağlıdır ve mevcut kademe tabanlı kodlarla birlikte var olması amaçlanan "PhyloCode" altında resmi bir duruşa sahip değildir. Filogenetik isimlendirmenin popülaritesi son birkaç on yılda istikrarlı bir şekilde artmış olsa da sistematikçilerin çoğunluğunun sonunda PhyloCode'u benimseyip benimsemeyeceği veya 250 yılı aşkın süredir kullanılan (ve değiştirilen, ancak bazı sistematikçilerin istediği kadar değil) mevcut isimlendirme sistemlerini kullanmaya devam edip etmeyeceği görülecektir.


### Âlemler ve üst âlemler.
Carl Linnaeus'un keşfinden çok önce bitkiler ve hayvanlar ayrı âlemler olarak kabul ediliyordu. Linnaeus, fiziksel dünyayı bitkisel, hayvansal ve mineral âlemlere ayırarak bunu en üst sıra olarak kullandı. Mikroskopideki ilerlemeler mikroorganizmaların sınıflandırılmasını mümkün kıldıkça, âlemlerin sayısı arttı, beş ve altı âlem sistemleri en yaygın olanlarıydı.
Üst âlemler nispeten yeni bir gruplamadır. İlk olarak 1977 yılında önerilen Carl Woese'nin üç üst âlem sistemi daha sonrasına kadar genel kabul görmemiştir. Üç üst âlem yönteminin temel özelliklerinden biri, daha önce tek bir alem olan bakteriler (bazen monera olarak da adlandırılan bir alem) içinde gruplandırılan arke ve bakterilerin, hücreleri çekirdek içeren tüm organizmalar için ökaryotlar ile ayrılmasıdır. Az sayıda bilim insanı altıncı bir alem olan arkeleri dahil etmekte ancak üst âlem yöntemini kabul etmemektedirler.
Protistlerin sınıflandırılması üzerine kapsamlı yayınlar yapan Thomas Cavalier-Smith, 2002 yılında arkea ve ökaryotları bir araya getiren klad olan neomuranın bakterilerden, daha doğrusu aktinomisetotadan evrimleşmiş olabileceğini öne sürmüştür. 2004 yılında yaptığı sınıflandırmada arkeobakterileri bakteriler âleminin bir alt âleminin parçası olarak ele almış, yani üç üst âlemli sistemi tamamen reddetmiştir. Stefan Luketa 2012 yılında geleneksel üç üst âleme prionobiyota (aselüler ve nükleik asitsiz) ve virüsobiyotayı (aselüler ancak nükleik asitli) ekleyerek beş "üst âlem" sistemini önermiştir.#YÖNLENDİRME 


### Son kapsamlı sınıflandırmalar.
Birçok organizma grubu için kısmi sınıflandırmalar mevcuttur ve yeni bilgiler elde edildikçe revize edilmekte ve değiştirilmektedir; ancak, yaşamın çoğunun veya tamamının kapsamlı, yayınlanmış incelemeleri daha nadirdir; son örnekler, protistlere vurgu yaparak yalnızca ökaryotları kapsayan Adl ve diğerleri, 2012 ve 2019; hem ökaryotları hem de prokaryotları Sıralama derecesine kadar kapsayan Ruggiero ve diğerleri, 2015'tir. Ancak her ikisi de fosil temsilcilerini hariç tutmaktadır. Ayrı bir derleme (Ruggiero, 2014) ise günümüze ulaşan taksonları familya derecesine kadar kapsamaktadır. Veritabanı odaklı diğer uygulamalar arasında Encyclopedia of Life, Küresel Biyoçeşitlilik Danışma Tesisi, NCBI taksonomi veritabanı, Interim Register of Marine and Nonmarine Genera, Open Tree of Life ve Yaşam Kataloğu yer almaktadır. Paleobiology Database fosiller için bir kaynaktır.


## Uygulama.
Biyolojik taksonomi, biyolojinin bir alt disiplinidir ve genellikle "taksonomist" olarak bilinen biyologlar tarafından uygulanmaktadır, ancak hevesli doğa bilimciler de sıklıkla yeni taksonların yayınlanmasında yer almaktadırlar. Taksonomi, yaşamı tanımlamayı ve düzenlemeyi amaçladığından, taksonomistler tarafından yürütülen çalışmalar biyolojik çeşitliliğin incelenmesi ve bunun sonucunda ortaya çıkan koruma biyolojisi alanı için çok önemlidir.


### Organizmaları sınıflandırma.
Biyolojik sınıflandırma, taksonomik sürecin kritik bir bileşenidir. Sonuç olarak, kullanıcıya taksonun akrabalarının ne olduğunun varsayıldığı konusunda bilgi verir. Biyolojik sınıflandırma, diğerlerinin yanı sıra (en kapsayıcıdan en az kapsayıcıya doğru) taksonomik sıralamaları kullanır: üst âlem, âlem, şube, sınıf, takım, familya, cins, tür ve suş.


### Taksonomik açıklamalar.
Taksonların tanımlanmasını düzenleyen belirli kurallar yoktur, ancak yeni taksonların adlandırılması ve yayınlanması bir dizi kurala tabidir. Zoolojide, daha yaygın olarak kullanılan sınıflar (üst familyadan alt türe kadar) için adlandırma, "Uluslararası Zoolojik Adlandırma Kodu" (ICZN Kodu) tarafından düzenlenir. Fizyoloji, mikoloji ve botanik alanlarında, taksonların adlandırılması "algler, mantarlar ve bitkiler için Uluslararası İsimlendirme Kodu" (ICN) tarafından yönetilir.
Bir taksonun ilk tanımı beş ana gereklilik içerir:
  - Taksona Latin alfabesinin 26 harfini temel alan bir isim verilmelidir (yeni türler için binomiyal veya diğer türler için uninomiyal).
  - İsim benzersiz olmalıdır (yani homonim olmamalıdır).
  - Tanım, isim taşıyan en az bir tip örneğine dayanmalıdır.
  - Taksonu tanımlamak veya diğer taksonlardan ayırmak için uygun nitelikler hakkında ifadeler içermelidir (teşhis, ICZN Kodu, Madde 13.1.1, ICN, Madde 38, morfolojiye dayalı olabilir veya olmayabilir). Her iki kod da bir taksonun içeriğinin tanımlanmasını (sınırlanmasının) isminin tanımlanmasından bilinçli olarak ayırmaktadır.
  - Bu ilk dört gereklilik, kalıcı bir bilimsel kayıt olarak, çok sayıda özdeş kopya halinde elde edilebilecek bir eserde yayınlanmalıdır.
Bununla birlikte, genellikle taksonun coğrafi aralığı, ekolojik notlar, kimya, davranış vb. gibi çok daha fazla bilgi dahil edilir. Araştırmacıların taksonlarına nasıl ulaştıkları değişir: mevcut verilere ve kaynaklara bağlı olarak, yöntemler çarpıcı özelliklerin basit nicel veya nitel karşılaştırmalarından, büyük miktarlarda DNA dizisi verilerinin ayrıntılı bilgisayar analizlerine kadar değişir.


### Yazar alıntısı.
Bilimsel bir isimden sonra bir "otorite" yerleştirilebilir. Otorite, adı ilk kez geçerli bir şekilde yayınlayan bilim insanının veya bilim insanlarının adıdır. Örneğin, Linnaeus 1758 yılında Asya filine "Elephas maximus" bilimsel ismini vermiştir, bu nedenle isim bazen ""Elephas maximus" Linnaeus, 1758" şeklinde yazılır. Yazarların isimleri genellikle kısaltılır: "Linnaeus" için "L." kısaltması yaygın olarak kullanılır. Botanikte, aslında, standart kısaltmaların düzenlenmiş bir listesi vardır (bkz. yazar kısaltmasına göre botanikçiler listesi). Otorite atama sistemi botanik ve zooloji arasında biraz farklılık gösterir. Bununla birlikte, bir türün cinsi orijinal tanımlamadan bu yana değiştirilmişse orijinal otoritenin adının parantez içinde yer alması standarttır.


## Fenetik.
Taksimetri veya sayısal taksonomi olarak da bilinen fenetikte organizmalar, filogenileri veya evrimsel ilişkileri ne olursa olsun genel benzerliklerine göre sınıflandırılır. Bu da taksonlar arasında hipergeometrik bir "mesafe" ölçüsü ile sonuçlanır. Fenetik yöntemler, paylaşılan atasal (veya plesiomorfik) özellikleri paylaşılan türetilmiş (veya apomorfik) özelliklerden ayırt etmediğinden, modern zamanlarda nispeten nadir hale gelmiş ve büyük ölçüde kladistik analizlerle yer değiştirmiştir. Bununla birlikte, komşu birleştirme gibi bazı fenetik yöntemler, daha gelişmiş yöntemlerin (Bayes çıkarımı gibi) hesaplama açısından çok pahalı olduğu durumlarda ilişkilerin hızlı tahmincileri olarak varlığını sürdürmüştür.


## Veritabanları.
Modern taksonomi, sınıflandırmaları ve bunların belgelerini aramak ve kataloglamak için veritabanı teknolojilerini kullanır. Yaygın olarak kullanılan bir veritabanı bulunmamakla birlikte, belgelenmiş her türü listelemeye çalışan "Catalogue of Life" gibi kapsamlı veritabanları bulunmaktadır. Katalog, Nisan 2016 itibarıyla tüm âlemler için 1,64 milyon tür listelemiştir ve modern bilim tarafından bilinen tahmini türlerin dörtte üçünden fazlasını kapsadığını iddia etmektedir.


## Konuyla ilgili yayınlar.
 -  
-