有机蔬菜种植中病虫害防治是非常难的，不能全靠生物制剂，因为有机生产提倡自然，需要采取农业、物理及生物方法综合防治。
首先应考虑农业防治，选择抗病品种，采取温烫浸种，培育健壮秧苗是基本；改变土壤PH值也可以防治如青枯病等病害；另外在栽培中，适当降低密度，增加通风透光，也可以降低发生概率；采取轮作换茬、间作套种同样是不可缺少的措施；清洁田园（包括杂草、病株）；通过滴灌进行肥水管理降低湿度也可以减少病害发生；
其次应该考虑物理方法防治，如防虫网阻断害虫来源，黄色粘板、性诱剂、杀虫灯诱杀等措施；糖醋液、大蒜水等都可以防治；
最后在病虫害实在严重的情况下再考虑生物制剂，现在市场上有机生物制剂有除虫菊素、苦楝素、苦参楝、BT、白僵菌、枯草芽孢杆菌等。