疫情蔓延迅速，全国药品供应紧张，作为中医药抗疫“三药三方”代表的连花清瘟更是广受关注！但与此同时，质疑之声也随之而来。该药疗效与安全性究竟如何？让科研证据说话。
以“连花清瘟”、“LianhuaQingwen”作为主题词检索发现，中国知网、万方、PubMed数据库，已发表该药相关研究论文950余篇，其中SCI论文近100篇，中文论文850余篇，涉及中医理论、药学研究、药效研究、临床研究以及Meta分析、临床用药分析等不同角度，其中2020-2022年新冠肺炎疫情期间发表的该药在新冠肺炎治疗方面相关论文已达120余篇，显示出该药在新冠肺炎疫情治疗中发挥的积极作用。
其中由广州医科大学附属第一医院呼吸系统疾病国家重点实验室研究，通过治疗给药和预防给药证实，该药可多环节抑制甲型流感病毒H3N2，具有综合抑制、预防病毒吸附、抑制病毒吸附后复制增殖以及直接杀伤病毒作用。研究成果刊发于2007年第18期《中药新药与临床药理》杂志，题为《连花清瘟胶囊体外抗甲型流感病毒的实验研究》。多个科研机构实验还证实，该药对甲型流感病毒(H1N1、H6N7、H7N9)、乙型流感病毒、副流感病毒等都有很好的抑制拮抗作用。
2020年由20余家医院共同参与，完成的该药治疗新冠肺炎前瞻性、随机、对照、多中心临床研究证实：治疗组可改善患者发热、乏力、咳嗽等临床症状，缩短症状持续时间3天，改善肺部炎症，提高临床治愈率19%，降低转重症率50%，应用于新冠肺炎患者安全有效。研究结果发表在Phytomedicine(影响因子5.656)，被Ann Rheum Dis、SignalTransduct Target Ther、Matter等知名期刊他引200余次。
2022年，一篇题为《连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎无症状感染者的有效性：一项随机、对照多中心试验在JIntegr Complement Med(影响因子2.579)发表，结果显示：治疗组14天核酸转阴率高于对照组(48.33%vs .26.67%，P=0.014)。治疗组患者核酸转阴时间较对照组缩短7天(7.5天vs.14.5天，缩短近50%，P=0.018)；与对照组相比，治疗组在隔离观察期间出现症状转为确诊轻症和普通病例的比例也较低(35.00%vs .66.67%，p<0.001)，无记录严重不良事件。
此外，Meta分析表明应用该药具有良好的安全性，一项该药自上市至2021年2月的217项临床研究不良反应的Meta分析，涉及该品种治疗流感、呼吸道感染、肺炎、新冠肺炎等多类疾病，结果显示该药或联合常规药物，较常规药物组总的不良反应发生率降低(P<0.001)，未见与该药有关的肝肾功能损伤。该Meta分析中发现的该药主要不良反应与国家药品不良反应监测中心监测到的恶心、腹泻、呕吐、皮疹、瘙痒等不良反应一致。
该药先后30次列入国家卫健委、国家中医药管理局发布的甲流、乙流、禽流感、新冠肺炎等传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识，纳入国家医保目录、基药目录，已成为应对公共卫生事件的代表性中成药，在临床广泛应用中使越来越多的患者获益。