例如，对髓母细胞瘤患儿，一些专家估计IMRT(调强放射疗法)引起放射性肿瘤的风险至少是质子治疗的8倍! 质子治疗可以减少对正常组织的照射，并避免出现后期发育异常。例如，治疗脑瘤时，质子治疗可以减少对下丘脑(如受影响儿童将来可能长不高)、海马体(与记忆和学习有关)、颞叶(与记忆和情感有关)和耳蜗的照射。
质子治疗儿童肿瘤的适应症包括：颅咽管瘤、尤文氏肉瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、神经母细胞瘤、横纹肌肉瘤、视网膜母细胞瘤、霍奇金氏病、骨肉瘤、颅底瘤、脊索瘤、软骨肉瘤、视神经脑膜瘤、胶质瘤、星形细胞瘤、松果体瘤、胶质瘤、生殖细胞瘤、平滑肌肉瘤、脂肪肉瘤、纤维肉瘤、滑膜肉瘤、肾母细胞瘤、肝母细胞瘤、淋巴瘤。
医学专家表示，一般来说质子治疗一周治疗五天，总疗程约持续四至七周。在单次治疗中，质子束照射时长仅为约60秒，儿童患者不会感到疼痛。必要时可对患儿实施麻醉，不会产生任何不适感觉。