rDNAオペロンリピートの内部多様性により明らかになったブドウの生態系に存在する新種、Ogataea uvarumにおける初期の進行中の種分化
Early Ongoing Speciation of Ogataea uvarum Sp. Nov. Within the Grape Ecosystem Revealed by the Internal Variability Among the rDNA Operon Repeats
Frontiers in Microbiology
2018年の論文/published in 2018, Dalmau平板培養法/Dalmau plate culture method, Frontiers in Microbiology, SNP解析/SNP genotyping, アナモルフ菌/anamorphic fungi, アナモルフ酵母/anamorphic yeast, イタリア/Italy, ウレアーゼ試験/urease test, キシラナーゼ/xylanase, クローニング/cloning, グルコシダーゼ/glucosidase, デンプン/starch, ブドウ属/Vitis, ブドウ科/Vitaceae, プッリャ州/Puglia, プロテイナーゼ/proteinase, メタゲノム/metagenomics, リパーゼ/lipase, 分子系統解析/molecular phylogenetic analysis, 協調進化/concerted evolution, 呈色反応/chemical reaction, 培養性状/colony characteristics, 塩分耐性試験/salinity tolerance test, 希釈平板法/dilution plate method, 抗生物質耐性試験/antibiotic resistance test, 新種記載/new species, 果実生息菌/fruit inhabiting fungus, 果樹園/orchard, 植林地/plantation, 次世代シーケンシング/next generation sequencing, 浸透圧耐性試験/osmotic tolerance test, 発酵試験/fermentation test, 種内変異/intraspecific variation, 種分化/speciation, 誤同定/misidentification, 資化試験/assimilation test, 酵母/yeast, 酵素/enzyme, 酵素活性/enzyme activity, 酸産生/acid production
イタリア、プッリャ州のブドウ園において分離された酵母の一種を検討し、Ogataea uvarumとして新種記載した。
本種の塩基配列にサンガーシーケンシングによりダブルピークが複数認められたことから、クローニングにより単一コピーの解析を行い、種内変異の頻度を明らかにした。
変異の存在によって次世代シーケンシングによるα多様性の推定が過大になるおそれを指摘するとともに、rDNAシストロンのコピー数の多様性を酵母の種分化過程の指標として利用できる可能性を示した。
Ogataea uvarum★
Ogataea philodendri
サッカロマイセス亜綱/Saccharomycetidae, サッカロマイセス亜門/Saccharomycotina, サッカロマイセス目/Saccharomycetales, サッカロマイセス科/Saccharomycetaceae, サッカロマイセス綱/Saccharomycetes, 子嚢菌門/Ascomycota, 菌界/Fungi