菌類のバーコーディングにおける注意点：ベトナム産広義Trametes属のケーススタディにより、誤ってラベル付けされた参照配列にまつわる複数の問題と第三者団体によるアノテーションの必要性が明らかになった
Caveats of fungal barcoding: a case study in Trametes s.lat. (Basidiomycota: Polyporales) in Vietnam reveals multiple issues with mislabelled reference sequences and calls for third-party annotations
Willdenowia
2020年の論文/published in 2020, DNAバーコーディング/DNA barcoding, UNITE, Willdenowia, アーティファクト/artifact, コンタミ/contamination, ニンビン省/Ninh Bình, バイオキュレーション/biocuration, ベトナム/Vietnam, 分子同定/molecular identification, 分子系統解析/molecular phylogenetic analysis, 命名法/nomenclature, 属概念/genus concept, 新組み合わせ提唱/new combination, 木材腐朽菌/wood decaying fungi, 材生息菌/lignicolous fungus, 森林/forest, 生物多様性調査/biodiversity survey, 石灰岩/limestone, 種の境界/species delimitation, 種内変異/intraspecific variation, 種概念/species concept, 腐生菌/saprobe, 誤同定/misidentification
ベトナム産広義Trametes属菌を用いてITS配列に基づくDNAバーコーディングを実施した結果、配列に対するラベル付けの誤りが菌類のバーコーディングにおける最重要の問題であることが明らかになった。
現状、菌類の正確な同定を自動化されたパイプラインで実現することはできず、参照配列のレポジトリに対する、第三者団体によるアノテーションの必要性が結論付けられた。
また、命名法上の問題も明らかになり、Cubamyces属を復活させて3種をこの属に移した。
Cubamyces flavidus▲ / Cubamyces lactineus▲ / Cubamyces menziesii▲
タマチョレイタケ目/Polyporales, タマチョレイタケ科/Polyporaceae, ハラタケ亜門/Agaricomycotina, ハラタケ綱/Agaricomycetes, 担子菌門/Basidiomycota, 菌界/Fungi