Alternaria属Alternaria節：種、分化型、それとも病原型？
Alternaria section Alternaria: Species, formae speciales or pathotypes?
Studies in Mycology
2015年の論文/published in 2015, SNP解析/SNP genotyping, Stanleya属, Studies in Mycology, Tinospora属, TreeBASE, アオイ科/Malvaceae, アカザ科/Chenopodiaceae, アカバナ科/Onagraceae, アナモルフ菌/anamorphic fungi, アブラナ属/Brassica, アブラナ科/Cruciferae, アマ属/Linum, アマ科/Linaceae, アヤメ属/Iris, アヤメ科/Iridaceae, イネ科/Poaceae, イロマツヨイ属/Godetia, ウリ科/Cucurbitaceae, カラスムギ属/Avena, キオン属/Senecio, キキョウ属/Platycodon, キキョウ科/Campanulaceae, キク科/Asteraceae, キュウリ属/Cucumis, クミン属/Cuminum, クワ科/Moraceae, ゲノムサイズ/genome size, ゲンゲ属/Astragalus, コウゾ属/Broussonetia, コナラ属/Quercus, シノニム/synonym, スノキ属/Vaccinium, セリ科/Apiaceae, センニチコウ属/Gomphrena, タイプスタディ/type study, タバコ属/Nicotiana, ツツジ科/Ericaceae, ツヅラフジ科/Menispermaceae, トウダイグサ属/Euphorbia, トウダイグサ科/Euphorbiaceae, トランスクリプトームシーケンシング/transcriptome sequencing, ナシ属/Pyrus, ナス属/Solanum, ナス科/Solanaceae, ナデシコ属/Dianthus, ナデシコ科/Caryophyllaceae, ニンジン属/Daucus, ネギ属/Allium, ネナシカズラ属/Cuscuta, バラ科/Rosaceae, ヒガンバナ科/Amaryllidaceae, ヒユ科/Amaranthaceae, ヒルガオ科/Convolvulaceae, ヒルギ科/Rhizophoraceae, フダンソウ属/Beta, ブナ科/Fagaceae, ホテイアオイ属/Eichhornia, マメ科/Fabaceae, ミカン属/Citrus, ミカン科/Rutaceae, ミズアオイ科/Pontederiaceae, モロコシ属/Sorghum, ヤエヤマヒルギ属/Rhizophora, ユリズイセン属/Alstroemeria, ユリズイセン科/Alstroemeriaceae, ラッカセイ属/Arachis, リター菌/litter fungi, リンゴ属/Malus, ワタ属/Gossypium, ワレモコウ属/Sanguisorba, 二次代謝産物/secondary metabolite, 保留名/conserved name, 全ゲノム解析/whole genome analysis, 分子系統解析/molecular phylogenetic analysis, 命名法/nomenclature, 唾液検体/saliva specimen, 土壌菌/soil fungi, 多犯性菌/plurivorous fungus, 宿主特異性/host specificity, 宿主特異的毒素/host-specific toxin, 宿主範囲/host range, 寄生菌/parasite, 斑点病/spot disease, 新規プライマー設計/novel primer designation, 果実生息菌/fruit inhabiting fungus, 根圏/rhizosphere, 植物病原菌/plant pathogenic fungi, 次世代シーケンシング/next generation sequencing, 水試料/water sample, 種の境界/species delimitation, 種概念/species concept, 腐生菌/saprobe, 臨床検体/clinical specimens, 複合種/species complex, 非合法名/illegitimate name
Alternaria属Alternaria節の9種の形態種を対象に全ゲノム配列決定を行った。
さらに12種の形態種についてトランスクリプトームシーケンシングを、168分離株について複数遺伝子の配列決定を行い、SSU、LSU、ITSなど9遺伝子領域の識別能力を検証した。
これらの結果から本節に11種の系統学的種および1つの種複合体のみを認め、35形態種をA. alternataのシノニムとした。
Alternaria alstroemeriae / Alternaria alternata / Alternaria arborescens / Alternaria betae-kenyensis / Alternaria burnsii / Alternaria cerealis / Alternaria eichhorniae / Alternaria gaisen / Alternaria geophila / Alternaria gossypina / Alternaria iridiaustralis / Alternaria jacinthicola / Alternaria longipes / Alternaria senecionicola / Alternaria tomato
Alternaria alstroemeriae / Alternaria betae-kenyensis / Alternaria burnsii / Alternaria eichhorniae / Alternaria gaisen / Alternaria gossypina / Alternaria longipes / Alternaria tomato
クロイボタケ綱/Dothideomycetes, チャワンタケ亜門/Pezizomycotina, プレオスポラ亜綱/Pleosporomycetidae, プレオスポラ目/Pleosporales, プレオスポラ科/Pleosporaceae, 子嚢菌門/Ascomycota, 菌界/Fungi