最近分岐したウメノキゴケ科の無性生殖の複合種における種の定義付けにおいてリファレンスベース制限部位関連DNAシーケンシングデータが有用であることが明らかになった
Reference-Based Restriction-Site-Associated DNA Sequencing Data Are Useful for Species Delineation in a Recently Diverged Asexually Reproducing Species Complex (Parmeliaceae, Ascomycota)
Journal of Fungi
2023年の論文/published in 2023, Journal of Fungi, RAD-seq解析, SNP解析/SNP genotyping, アオイ科/Malvaceae, アトラノリン類/atranorins, アルメニア/Armenia, アンダルシア州/Andalusia, イギリス/United kingdom, イタリア/Italy, イラン/Iran, ウェールズ/Wales, エスキシェヒル県/Eskişehir, エストレマドゥーラ州/Extremadura, オーストリア/Austria, カエデ属/Acer, カナリア諸島/Canary Islands, カバノキ属/Betula, カバノキ科/Betulaceae, コナラ属/Quercus, サクラ属/Prunus, サリチル酸類/salicylic acids, シチリア州/Sicily, シナノキ属/Tilia, ジェンドゥーバ県/Jendouba, スイス/Switzerland, スウェーデン/Sweden, スペイン/Spain, スロベニア/Slovenia, チュニジア/Tunisia, トスカーナ州/Tuscany, トルコ/Turkey, ドイツ/Germany, ナナカマド属/Sorbus, ノルウェー/Norway, ノルテ地方/Norte, バイエルン州/Bayern, バラ科/Rosaceae, バレアレス諸島自治州/Balearic Islands, ヒドロキシ安息香酸類/hydroxybenzoic acids, ヒートマップ/heatmap, フェズ＝メクネス地方/Fès-Meknès, フランス/France, フリウリ＝ヴェネツィア・ジュリア州/Friuli-Venezia Giulia, ブナ属/Fagus, ブナ科/Fagaceae, ポルトガル/Portugal, マカロネシア/Macaronesia, マツ属/Pinus, マツ科/Pinaceae, ムクロジ科/Sapindaceae, モロッコ/Morocco, レカノール酸/lecanoric acid, 主成分分析/principal component analysis, 主成分判別分析, 二次代謝産物/secondary metabolite, 分子系統解析/molecular phylogenetic analysis, 分類学的再検討/taxonomic re-examination, 判別分析/discrimination analysis, 呈色反応/chemical reaction, 地理的分布/geographical distribution, 地衣成分/lichen compound, 地衣類/lichen, 山地/mountains, 散布図/scatter plot, 新種記載/new species, 樹上生地衣/lignicolous or corticolous lichen, 生物多様性調査/biodiversity survey, 種の境界/species delimitation, 種分化/speciation, 統計解析/statistical analysis, 葉状地衣/foliose lichen, 複合種/species complex, 誤同定/misidentification, 隠蔽種/cryptic species
主に無性生殖を行うParmelina属地衣の種の境界を検討し、広義のP. tiliaceaにおいて比較的高度な遺伝的多様性を明らかにした。
RAD-seqを用いた全ゲノムに対するSNP解析により4つのクレードを特定し、その間での遺伝子流動の欠如を示して別個の種と認識した。
本結果からP. clandestinaおよびP. mediterraneaの2新種を記載した。
Parmelina clandestina★ / Parmelina mediterranea★
Parmelina clandestina / Parmelina mediterranea / Parmelina tiliacea
ウメノキゴケ科/Parmeliaceae, チャシブゴケ目/Lecanorales, チャシブゴケ菌亜綱/Lecanoromycetidae, チャシブゴケ菌綱/Lecanoromycetes, チャワンタケ亜門/Pezizomycotina, 子嚢菌門/Ascomycota, 菌界/Fungi