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- other
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- ja
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- cc-by-4.0
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- monolingual
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- original
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- multi-class-classification
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- 100K<n<1M
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fungi_diagnostic_chars_comparison_japanese  
大菌輪「識別形質まとめ」データセット  
最終更新日 / Last updated: 2024/9/28（R3-12108まで / up to R3-12108）
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### Languages

Japanese  
  
This dataset is available in Japanese only.  
  
## 概要 / Overview

Atsushi Nakajima（中島淳志）が個人で運営しているWebサイト[大菌輪](http://mycoscouter.coolblog.jp/daikinrin/)では、数千件以上の菌類分類学論文を「論文3行まとめ」という形で要約および索引付け（インデキシング）した情報を提供しています。その一環として、ある菌と別の菌の「共通する」あるいは「異なる」識別形質 (diagnostic characters) に関する記述を人手で抽出しています。

[Daikinrin](http://mycoscouter.coolblog.jp/daikinrin/), a website personally operated by Atsushi Nakajima, provides summaries and indexing information for thousands of mycological taxonomy papers in the form of "Three-line Paper Summaries." As part of this process, descriptions of "common" or "different" diagnostic characters between fungi are manually extracted.

本データセットは、抽出された識別形質の一覧に、「色/color」、「形状/shape」などのカテゴリを半自動的に付与して集積したものです。

This dataset is a compilation of the extracted diagnostic characters, semi-automatically categorized with labels such as "color" and "shape."

「論文3行まとめ」は毎日更新していますが、本データセットの更新はおおむね1ヶ月に一度とする予定です。

While the "Three-line Paper Summaries" are updated daily, this dataset is planned to be updated approximately once a month.

## 関連データセット / Related Datasets

1. 「論文3行まとめ」 / "Three-line Paper Summary"  
   [Atsushi/fungi_indexed_mycological_papers_japanese](https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_indexed_mycological_papers_japanese)

2. 「Trait Circusデータセット」（統制形質） / "Trait Circus Dataset" (Controlled Traits)  
   [Atsushi/fungi_trait_circus_database](https://huggingface.co/datasets/Atsushi/fungi_trait_circus_database)

## 各カラムの説明 / Column Descriptions

| カラム名<br>Column Name | 説明<br>Description |
|------------------------|---------------------|
| R3ID | 大菌輪「論文3行まとめ」のID<br>ID for Daikinrin "Three-line Paper Summary" |
| No | 各識別文を一意のIDで区別するために、各R3IDにおいてナンバリングしたもの<br>Numbering within each R3ID to uniquely identify each diagnostic sentence |
| comparison_source | 比較元の分類群（学名）<br>Source taxon (scientific name) for comparison |
| comparison_target | 比較先の分類群（学名）<br>Target taxon (scientific name) for comparison |
| sentence | 識別文（全て日本語）<br>Diagnostic sentence (all in Japanese) |
| label | 半自動的に付与されたカテゴリ（人手で修正していますが、ダブルチェックは行っていないので誤分類もあると思います）<br>Semi-automatically assigned category (manually corrected, but not double-checked, so there may be misclassifications) |
| common_or_different | 共通する形質は「1」、異なる形質は「0」<br>"1" for common traits, "0" for different traits |
| data_source | 各情報の出典（文献）のURL<br>URL of the source (literature) for each piece of information |

### ラベルのカテゴリ / Label Categories
  * サイズ/size
  * 分子系統解析/molecular_phylogenetic_analysis
  * 形状/shape
  * 色/color
  * 地理的分布/geographical_distribution
  * 生息環境/habitat
  * 表面性状/surface_characteristics
  * 構造/structure
  * 有無/presence
  * 形態全般/general_morphology
  * 位置/position
  * 二次代謝産物/secondary_metabolite
  * 呈色反応/chemical_reaction
  * 数量/amount
  * 発達/development
  * 生理学的形質/physiological_characters
  * 分類/classification
  * 資化・発酵能/assimilation_and_fermentation
  * 質感/texture
  * 味・臭い/taste_and_smell
  * 病害・病原性関連/disease_and_pathogenecity
  * 全般/general_characters
  * 耐性・感受性/resistance_and_susceptibility
  * 栄養摂取様式/nutrition_style
  * 未分類/unclassified