AndreaBozzo/ceres-open-data-index huggingface dataset:
Tracking Explosive Contaminants from dumped munition in the Western Baltic Sea via Urine and Bile Analysis of three Flatfish Species

Background Dumped munitions in German coastal waters, particularly the explosive 2,4,6-trinitrotoluene (TNT), may pose significant environmental risks. TNT and its metabolites, such as 2-amino-4,6-dinitrotoluene (2-ADNT) and 4-amino-2,6-dinitrotoluene (4-ADNT), contaminate marine organisms, particularly fish. These TNT metabolites bioaccumulate in fish tissues, serving as markers for environmental monitoring. Traditionally, fish bile has been a primary matrix to investigate TNT exposure; however, the present study is the first to explore the use of fish urine to detect TNT metabolites. Three flatfish species, common dab (Limanda limanda), European plaice (Pleuronectes platessa), and European flounder (Platichthys flesus) from three regions with munition dumping sites in the Western Baltic Sea were investigated. Results Differences in the levels of contamination at the dumping sites are reflected in the concentrations of explosives found in the bile and urine. Fish from the Kolberger Heide dumping site in Kiel Bight exhibited the highest concentrations of explosive contaminants. In individual dab, contamination with 2-ADNT (4-ADNT) was recorded up to 26.356 ng/ml (95.908 ng/ml) in bile and 36.120 ng/ml (26.877 ng/ml) in urine. The patterns of TNT metabolites in urine and bile vary, and the concentrations of these metabolites in urine and bile do not always correspond in individual fish. However, the different mean contamination levels in the three regions are reflected in both: urine and bile. Contamination levels of explosives in the three regions decrease in the order Kiel > Schlei > Lübeck. Conclusions TNT metabolites have been detected in fish urine for the first time. Urine and bile serve as useful matrices for assessing environmental exposure of fish to TNT. Additionally, dab and plaice can be utilized together in studies focusing on the analysis of explosives in bile or urine. The study supports the development of reliable and effective monitoring strategies for explosives, particularly for remediation efforts.

Tags: baltic-sea, dab, dumped-munition, explosives, fish, flounder, metabolites, plaice, tnt
Organization: OpenAgrar
Berechnung von gas- und partikelförmigen Emissionen aus der deutschen Landwirtschaft 1990 – 2023: Inputdaten und Emissionsergebnisse

Deutschland hat sich auf internationaler Ebene zur Minderung von Emissionen von Treibhausgasen und luftverschmutzenden Stoffen verpflichtet. Hierbei handelt es sich um die Klimarahmenkonvention (UN Framework Convention on Climate Change, UNFCCC), die Konvention zur Verminderung und Vermeidung grenzüberschreitender Luftverunreinigungen (UNECE Convention on Long-Range Transboundary Air Pollution, CLRTAP) sowie in der Europäischen Union um die Festlegung von Emissionsobergrenzen für einige Stoffe, u. a. Ammoniak (NEC-Richtlinie). Im Rahmen dieser Abkommen müssen die nationalen Emissionen der entsprechenden Gase und Luftschadstoffe jährlich berechnet und in Form des Emissionsinventars an die zuständigen Organisationen übermittelt werden. Die Datendatei beinhaltet Inputdaten und Ergebnisse der Berechnung von gas- und partikelförmigen Emissionen aus der deutschen Landwirtschaft für Deutschland und die Bundesländer in den Jahren 1990 – 2023. Der Bereich Landwirtschaft umfasst dabei die Emissionen aus der Tierhaltung und der Nutzung landwirtschaftlicher Böden sowie aus der Vergärung von Energiepflanzen. Emissionen aus dem Vorleistungsbereich, aus der Nutzung von Energie sowie Landnutzungsänderungen werden den Regelwerken entsprechend an anderer Stelle in den nationalen Inventaren berichtet.

Tags: agricultural-soils, agriculture, air-pollutants, ammonia, ammoniak, anaerobe-vergärung, anaerobic-digestion, animal-husbandry, emission-inventory, emissionsinventar, energiepflanzen, energy-crops, greenhouse-gases, lachgas, landwirtschaft, landwirtschaftliche-böden, laughing-gas, luftgetragene-partikel, luftschadstoffe, methan, methane, nachwachsende-rohstoffe, particulate-matter, renewable-primary-products, staub, tierhaltung, treibhausgase
Organization: OpenAgrar
Training data set for PAL filter

Trainingsdatensatz für ein binäres Klassifikationsmodell zur Unterscheidung zwischen echten Echoortungssignalen von Schweinswalen im schmalbandig-hochfrequenten (NBHF) Bereich und synthetischen NBHF-Signalen, die vom PAL (Porpoise Alert, Alternative zum Pinger) ausgesendet werden, in passiv-akustischen Monitoringdaten, die mit F-PODs (Chelonia Ltd., UK) im Rahmen des PAL-CE-Projekts (thuenen.de/pal-ce, 2021-2025, BfN FKZ 3521820700) erhoben wurden. Der Trainingsdatensatz besteht aus der Tabelle der Klicksequenz-Details (.xlsx), die aus der FPOD-App (F-POD Software v1.06) unter Verwendung des automatisierten Analysealgorithmus KERNO-F exportiert wurde. Die Klassifikation erfolgte auf Basis von NBHF-Signalen, wobei nur die Kategorien „hoch“ und „moderat“ bei den Klicksequenzen berücksichtigt wurden. Zwei erfahrene Annotator:innen trennten manuell Klicksequenzen realer Schweinswale von jenen der künstlichen PAL-Signale, basierend auf der visuellen Darstellung der Signale. Es wurde eine kombinierte xlsx-Datei erstellt, in der nur solche Klicksequenzen enthalten sind, bei denen beide Annotator:innen dieselbe Klassifikation vornahmen. Daraus resultierte ein konsensbasierter Trainingsdatensatz bestehend aus 154.772 Klicksequenzen (912 echte Schweinswal-Klicks und 153.860 PAL-Signale). Dieser Datensatz wurde verwendet, um ein binäres Klassifikationsmodell mit eXtreme Gradient Boosting (XGBoost, xgboost v1.7.8.1, R) zu trainieren, um eine effiziente und automatisierte Filterung von PAL-Signalen aus dem Gesamtdatensatz zu ermöglichen.

Tags: beifang, fischerei, fpod, management, pal, pinger-alternative, schweinswal, stellnetz, verhalten
Organization: OpenAgrar
Win-N-DB Thünen

Die Win-N-DB-Thünen ist eine relationale Datenbank in der die Daten des Verbundvorhabens „Minderung der Stickstoffemissionen durch die Verbesserung der Nährstoffeffizienz“ (kurz: Win-N-Projekt) gespeichert sind. Das Win-N-Projekt untersuchte an ausgewählten Standorten die Wirkung von urease- und nitrifikationsinhibierten Ammoniumsulfat-Harnstoff im Vergleich zum nicht-inhibierten Ammoniumsulfat-Harnstoff (AS-HS) auf die N-Nutzungseffizienz beim Rohstoffpflanzenanbau. Gleichzeitig wird eine mögliche Wechselwirkung der Inhibitoren beim Einsatz von doppelinhibiertem AS-HS erfasst. Gefördert wurden das Projekt Win-N und die zugehörige Datenbank durch das Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) unter dem FKZ 2220NR082A. Die Win-N-DB-Thünen wurde in Microsoft Access entwickelt. Die Messkampagien umfassen sowohl Stickstoff-Emissionen als auch agronomische Parameter und wurden an drei verschiedenen Feldversuchsstandorten, einem Praxis- sowie einem Lysimeterstandort in der Zeit von 03/2021 bis 10/2023 durchgeführt.

Tags: ammoniak, feldexperimentdaten, silomais, treibgasemissionen, wintergerste, winterweizen
Organization: OpenAgrar
sorcering: Soil ORganic Carbon & CN Ratio drIven Nitrogen modellinG framework

SORCERING can be used to model the fate of soil organic carbon and soil organic nitrogen and to calculate N mineralisation rates. Provides a framework that numerically solves differential equations of soil organic carbon models based on first-order kinetics and extends these models to include the nitrogen component. The name 'sorcering' is an acronym for 'Soil ORganic Carbon & CN Ratio drIven Nitrogen modellinG framework'.

Tags: c-tool, coverage-of-statistical-uncertainties, includes-yasso, model-extension-to-include-soil-organic-nitrogen, modelling-framework, multiple-site-function-calls, numerical-solutions-for-differential-equations-of-soc-models, r-package, rothc, soil-organic-carbon-soc-modelling
Organization: OpenAgrar
Anwendung von digitalen Zwillingen zur Erweiterung der Emissionsdaten der beim Projekt „EmiDaT“ vermessenen frei belüfteten Milchviehställe

The dataset consists of simulation files (.sim), the geometries used in the simulations (.stl), and result summaries in Excel sheets (*.xlsx). Using measurement data from the EmiDaT project [1], digital twins of three naturally ventilated cattle barns (barn I, barn II, barn III) were developed and validated. Barn I featured a slatted floor with a manure pit underneath, barn II had a slatted floor with external manure storage, and barn III had a solid floor with manure also stored externally. The boundary conditions used for the simulations can be found on the first sheet of the respective Excel files, and the results of the validation simulations are on the second sheet. After successful validation, simulations were carried out for events that were not covered by the measurement periods of the EmiDaT data. For this purpose, weather data from nearby measurement stations operated by the German Weather Service were evaluated. The boundary conditions for these simulations are provided on the third sheet of the Excel file, and the corresponding results are on the fourth sheet. This approach demonstrated that simulations can extend the data basis beyond the available measurement data. This can lead to improved estimates of annual emission behavior and better extrapolation of emission factors. [1] KTBL. Ermittlung von Emissionsdaten für die Beurteilung von Umweltwirkungen der Nutztierhaltung (EmiDaT): Abschlussbericht, Darmstadt, 2024.

Tags: ammoniak, digitaler-zwilling, emission, milchviehhaltung, numerische-strömungssimulation
Organization: OpenAgrar
Annual fish abundance and biomass from stow net monitoring in the Wadden Sea of Schleswig-Holstein (1991-2019)

From 1991-2019, fish abundance and biomass were monitored in the Wadden Sea of Schleswig-Holstein, Germany. The monitoring was conducted with a stow net, a stationary fishing gear deployed from a vessel at anchor while the tidal currents transport water and fish through the net. The original full data set for the fishes caught was obtained from the National Park Administration in Schleswig-Holstein (12.03.2024; Dr. Gabriele Müller) and used to prepare the current data product, for which haul data were first standardized to the volume of water fished. Subsequently, for each of the standard monitoring stations, annual means of fish abundance and biomass were calculated and supplemented with the individual fishes’ taxonomy to provide the input data for subsequent analyses of temporal abundance and biomass trends.

Tags: fish, monitoring, pelagic, pelagic-fish, stow-net, wadden-sea
Organization: OpenAgrar
SimRa Konstanz

<p>Jeder Radfahrende kennt diese Situationen: es wird eng auf der Straße, es kommt zu dichtem Auffahren, riskanten Überholmanövern, einem Beinahe-Abbiegeunfall oder dem abrupten Ausweichen von einem unvermuteten Hindernis. Oft spielen dabei die gegebenen Verkehrssituationen eine entscheidende Rolle. Um potenzielle Gefahrenstellen besser identifizieren und die Radverkehrssicherheit in Konstanz erhöhen zu können, sind Daten nötig. Diese können von allen Interessierten mit der App SimRa gesammelt werden. So trägt jede erfasste Fahrt zur besseren Radsicherheit in Konstanz bei!</p>
<p>Beim <a href="https://simra-project.github.io/">Projekt SimRa</a> (Sicherheit im Radverkehr) sammelt die <a href="http://tu.berlin/">Technische Universität Berlin</a> und das <a href="http://digital-future.berlin/">Einstein Center Digital Future</a> mithilfe einer datensparsamen Smartphone-App Daten, wo es in der Stadt für Radfahrende besonders gefährlich ist. Mit diesen Daten können die Forschenden dann gezielte Handlungsempfehlungen geben, um Städte fahrradfreundlicher und sicherer zu gestalten. </p>
<p><a href="https://youtu.be/SXpnTjMLdP4">YouTube-Video zum Projekt</a></p>
<p>Das <a href="https://simra-project.github.io/dashboard/">SimRa-Dashboard</a> bietet einen Überblick über die gesamten gesammelten Daten sowie der Veränderung zur Vorwoche. Zusätzlich können detaillierte Analysekarten einzelner Regionen aufgerufen werden.</p>
<p>Im Portal Offene Daten Konstanz stellt die Stadt einen maschinenlesbaren Datensatz über gemeldete Beinaheunfälle im Landkreis Konstanz bereit. Diese Ereignisse wurden von BürgerInnen mithilfe der App SimRa erfasst.</p>
<p>Hinweis: Die Stadt Konstanz hat die Daten nicht erhoben, Urheber ist das <a href="https://simra-project.github.io/">SimRa-Projekt</a>. Aufgrund der (noch) geringen Datenbasis sind die Befunde nicht repräsentativ und können nur als Anhaltspunkt für mögliche Gefahrenstellen dienen. Weitere Rohdaten können aus Datenschutzgründen zurzeit noch nicht bereitgestellt werden.</p>
<h3 id="datenquelle-">Datenquelle:</h3>
<p><a href="https://offenedaten-konstanz.de/dataset/simra-sicherheit-im-radverkehr-pilotprojekt">Offene Daten Konstanz</a> unter CC-BY 4.0</p>


Tags: erhebungen, konstanz, mobilithek_subcategory_accidents_and_incidents, radverkehr, verkehrssicherheit
Organization: Open Data Baden-Württemberg
Stadtradeln Konstanz

<p>Der Datensatz enthält die bundesweiten Radverkehrsmengen die während der Jahre 2018 bis 2020 im Rahmen der Kampagne Stadtradeln des Klima-Bündnis e.V. und im Zuge des Forschungsprojektes MOVEBIS durch Nutzer*innen per App aufgezeichnet wurden. </p>
<p>Die Daten werden als komprimierte CSV zum Download angeboten. Dabei stellt die GPS-Koordinate den Mittelpunkt einer Hexagonzelle (H12) nach dem System der Firma Uber dar. Diese Zellen haben einen Durchmesser von 18m. Als weiteres Attribut wird die Anzahl der GPS-Punkte innerhalb der jeweiligen Zelle angegeben, welche in der dreiwöchigen STADTRADELN Kampagne von allen Nutzern erhoben wurden. </p>
<p>Der Originaldatensatz (bundesweit!) kann <a href="http://www.mcloud.de/web/guest/suche/-/results/filter/latest/categories%3Aroads/0/detail/3096DB7A-9EE4-4C14-B2AA-79E33A7FFF01">hier</a> gefunden werden.</p>
<p>Die hier eingestellten Daten (aus Konstanz) wurden vom gesamten Bundesgebiet auf das in dieser Karte hervorgehobene Gebiet der Stadt Konstanz disgaggregiert (&quot;long &gt; = 9.22 / long &lt; = 9.037&quot; und &quot;lat &gt; = 47.75 / 47.63&quot;).</p>
<p>Nutzungshinweise:</p>
<ul>
<li> Ein Import der Daten und deren Visualisierung ist bspw in QGIS und ArcGIS möglich.</li>
<li> Quellenvermerk: Grubitzsch P., Lißner S., Huber S., Springer T., [2021] Technische Universität Dresden, Professur für Rechnernetze und Professur für Verkehrsökologie</li>
</ul>
<h3 id="datenquelle-">Datenquelle:</h3>
<p><a href="https://offenedaten-konstanz.de/dataset/radverkehr-kampagne-stadtradeln">Offene Daten Konstanz</a> unter CC BY-NC</p>


Tags: konstanz, mobilithek_subcategory_bike_traffic_counts, radverkehr
Organization: Open Data Baden-Württemberg
Survey-Daten BaltBox (Baltic Boxensurvey)

Der Boxensurvey (BaltBox) dient dem langfristigen Monitoring der Biodiversität der demersalen Fischartengemeinschaft und der Erfassung ihrer natürlichen Variabilität vor der deutschen Ostseeküste. Das Thünen-Institut für Ostseefischerei führt den rein nationalen Survey mit FFS Solea seit 2003 in festen Referenzgebieten (Boxen) durch. Die Boxen befinden sich in für die Ostsee charakteristischen Gebieten von der Kieler und über das Arkonabecken bis zur Oderbank. Die Beprobung erfolgt nach internationalem Standard (BITS), wobei die Boxen stets im Juni mit festen Stationen beprobt werden (~10 Tage Reisedauer). Es werden Daten zur Häufigkeit, Länge und Gewicht aller erfassten Arten erhoben. Auf jeder Station werden wichtige Hydrographiedaten zu Wassertemperatur, Salz- und Sauerstoffgehalt ermittelt. Der BaltBox Survey soll eine Basis für das Erkennen und Bewerten von Eingriffsfolgen liefern bzw. dazu beitragen eventuelle Summationswirkungen aus der Vielzahl von Eingriffen bzw. klimatischen Veränderungen zu erfassen. Die westliche Ostsee stellt ein Übergangsgebiet zwischen dem marin geprägten Kattegat und der eigentlichen Ostsee dar. Sie zeichnet sich durch eine thermohaline Schichtung, einen hohen Salzgehaltsgradienten von West nach Ost sowie eine hohe Dynamik der hydrographischen Parameter aus. Das Fischartenspektrum und die Verbreitung der einzelnen Arten werden stark durch diese natürlichen Phänomene bestimmt.

Tags: demersale-fische, grundschleppnetz, monitoring
Organization: OpenAgrar
Microsatellite/SSR dataset: pomological and molecular characterization of apple cultivars (Malus × domestica Borkh.) of the German Fruit Genebank, Version 1

The German Fruit Genebank (https://www.deutsche-genbank-obst.de/) is a decentralized network with focus on the coordination of the different germplasm collections in Germany to conserve and utilize genetic resources of native fruit species. Here, emphasis is put on the trueness-to-type of the genetic resources based on pomological and molecular characteristics. Over the years from 2009 to 2025, several projects were carried out to take an inventory of the germplasm collections in the apple (Malus ×domestica) network of the German Fruit Genebank. In a first step, at least two knowledgeable experts of the German Pomological Association characterized accessions pomologically. In a second step, a DNA fingerprint analysis was used for the molecular characterization. The DNA fingerprint analysis utilized a set of 17 simple sequence repeat (SSR) markers and 8 reference genotypes recommended by the European Cooperative Programme for Plant Genetic Resources (ECPGR; http://www.ecpgr.cgiar.org/) Malus/Pyrus working group and was performed by Microsynth ecogenics GmbH (Balgach, Switzerland). 9,162 samples (fruits/ leaves) of apple trees belonging to the German Fruit Genebank from eight network collections were investigated. 1,565 different (synthetic) genetic fingerprints in correspondence to cultivars could be estimated for apple. The updated version integrates the additional molecular characterization data of project 2824BE001.

Tags: genetic-resources, german-fruit-genebank, malus--domestica, microsatellite-marker, pomological-characterization
Organization: OpenAgrar
Microsatellite/SSR dataset: pomological and molecular characterization of pear cultivars (Pyrus communis) of the German Fruit Genebank, Version1

The German Fruit Genebank (https://www.deutsche-genbank-obst.de/) is a decentralized network dedicated to coordinating various germplasm collections across Germany. The aim is to conserve and utilize the genetic resources of native fruit species, i.e. pear. For effective conservation, the investigation of authenticity of the genetic resources is essential. Between 2019 and 2023, two projects were performed on the pear collections of the German Fruit Genebank to characterize the cultivars pomologically and molecularly. Eight partners of the pear network of the German Fruit Genebank participated in the projects. First, at least two experts of the Fruit Orchard Agency Schlaraffenburg (Schlaraffenburger gGmbH, https://schlaraffenburger.de/) identify the pear cultivars pomologically and define the authentic cultivar name per tree and accession. Second, 17 simple sequence repeat (SSR) markers and seven reference genotypes in recommendation of the European Cooperative Programme for Plant Genetic Resources (ECPGR; http://www.ecpgr.cgiar.org/) Malus/Pyrus working group were used for genetic fingerprinting. The molecular analysis, including experimental work and statistical analysis for grouping the genetic profiles based on similarity, was performed by Microsynth ecogenics GmbH (Balgach, Switzerland). The pomological and molecular data was compiled and resulted in 1,945 complete samples. The most important data features per sample are the cultivar name, the authenticity expressed by the trueness-to-type criterion, the molecular group and the genetic profile. Lastly, the individual samples were collated into unique, synthetic genetic profiles per distinguished pear cultivars with the help of a computer program and manual review. Mutations and sports of cultivars cannot be distinguished molecularly, but only pomologically and are grouped within the origin cultivar as they carry the same molecular group but different cultivar names. In total, 421 pear cultivars with corresponding genetic fingerprints were identified and evaluated for their authenticity as part of the German Fruit Genebank as presented in the published dataset. Additionally, the genetic fingerprints were aligned to international datasets to assign the Pyrus UNiQue genotype code (PUNQ). To evaluate the certainty of the synthetic genetic profiles, a quality ratio was calculated per genetic locus and on average where the consensus across samples is reflected.

Tags: genetic-resources, german-fruit-genebank, microsatellite-marker, pomological-characterization, pyrus-communis
Organization: OpenAgrar
Leitfaden zur Durchführung qualitativer Interviews hinsichtlich persönlicher Perspektiven auf Ernährung

Der Leitfaden zu persönlichen Perspektiven auf Ernährung wurde konzipiert, um im Rahmen semi-strukturierter qualitativer Interviews einen vertieften Einblick über bestimmte Themen zur Rolle der Ernährung im Alltag von Personen mit verschiedenen Ernährungsweisen zu erhalten. Die Themen umfassen zum Beispiel die persönliche Perspektive auf das Thema Ernährung im Allgemeinen, die Ausgestaltung der derzeitigen Ernährungsweise, den Austausch zu Ernährungsthemen im sozialen Umfeld und die Wissens- und Informationsbeschaffung rund um Ernährung. Die Interviews sind durch den Leitfaden mit leitenden Hauptfragestellungen thematisch gerahmt. Den Befragten wird aber Raum gelassen, um über Themen in Verbindung mit Ernährung zu sprechen, die Ihnen wichtig sind. Der Fragebogen ist in drei Spalten aufgeteilt. Die Hauptleitfragen in der ersten Spalte werden immer gestellt. In der zweiten Spalte befindet sich eine Checkliste mit Themen, die besprochen werden sollen und in der dritten Spalte befinden sich Fragen zur Hilfestellung, die zusätzlich und unterstützend gestellt werden können, um die gewünschten Informationen zu erhalten. Der Leitfaden ist auf eine ca. 90-minütige Interviewdauer ausgelegt, wobei den Teilnehmenden stets die erforderliche Zeit zum Nachdenken und für ausführlichere Schilderungen gewährt wird, sodass die Interviewdauer variieren kann.

Organization: OpenAgrar
Shortlisted Dataset Description: Assessing the Suitability of Available Global Forest Maps as Reference Tools for EUDR-Compliant Deforestation Monitoring

Detailed descriptive tables of selected global maps Forest/Non-Forest (FNF), Tree Cover/Non-Tree Cover (TC/NTC) and Land Use/Land Cover (LULC) that are considered suitable as reference layers under Regulation (EU) 2023/1115 on deforestation-free products (EUDR). The selection is based on a systematic evaluation of global forest and tree cover datasets, as documented in the manuscript "Assessing the Suitability of Available Global Forest Maps as Reference Tools for EUDR-Compliant Deforestation Monitoring" (Freitas Beyer et al., 2025).

Tags: deforestation-free-verification, eudr-compliance, european-union-deforestation-regulation, fitness-for-purpose, global-forest-maps
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