AndreaBozzo/ceres-open-data-index huggingface dataset:
HOMER Campaign : Mooring time series

[Lien vers la fiche source] Located in Northwestern France, the Bay of Brest constitutes a coastal macrotidal and semi-enclosed ecosystem marked with fast mixing exchanges with the Atlantic Ocean through a narrow and deep channel to its west-side. To study the intensity of current in small coves, two moorings were deployed with ADCP on the seabed and temperature sensors at different levels. They were first put in the « Anse de l’Auberlac’h » (A) and the « Anse du Fret » (B) for one month and then move to « Lomergat » (C) and the « Anse du Roz » (D) for another month. More detailed informations is given in the deployment sum-up table. ADCP data were processed with WinADCP software and filtered in order to get 10 minutes average data. More technical informations on MASTODON sensor used for temperature measurments can be found in « Mastodon Mooring System To Measure Seabed Temperature, 2015: Lazure P, Le Berre D., Gautier L, 56,10, pp19-22 Sea Technology ».
Microscopy of larval stages of the honeycomb worm Sabellaria alveolata from five European populations, under different temperature treatments

[Lien vers la fiche source] Phenotypic plasticity, the ability of a single genotype to produce multiple phenotypes, is important for survival when species are faced with novel conditions. Theory predicts that range-edge populations will have greater phenotypic plasticity than core populations, but empirical examples from the wild are rare. The honeycomb worm, Sabellaria alveolata (L.), constructs the largest biogenic reefs in Europe, which support high biodiversity and numerous ecological functions. In order to assess the presence, causes and consequences of intraspecific variation in developmental plasticity and thermal adaptation in the honeycomb worm, we carried out common-garden experiments using the larvae of individuals sampled from along a latitudinal gradient covering the entire range of the species. We exposed larvae to three temperature treatments and measured phenotypic traits throughout development. We found phenotypic plasticity in larval growth rate but local adaptation in terms of larval period. The northern and southern range-edge populations of S. alveolata showed phenotypic plasticity for growth rate: growth rate increased as temperature treatment increased. In contrast, the core range populations showed no evidence of phenotypic plasticity. We present a rare case of range-edge plasticity at both the northern and southern range limit of species, likely caused by evolution of phenotypic plasticity during range expansion and its maintenance in highly heterogeneous environments. This dataset presents the raw image data collected for larval stages of Sabellaria alveolata from 5 populations across Europe and Northern Africa, exposed to 15, 20 and 25 C. Included are also opercular crown measurements used to estimate de size classes of individuals present in each population. All measurements made with the images collected are presented in an Excel spreadsheet, also available here.
Comptes consolidés à La Réunion 2012-2021

### Présentation du jeu de données : Ce jeu de données présente les principaux agrégats des comptes consolidés (budgets principaux et budgets annexes) de La Réunion pour la période 2012-2021. Le calcul des agrégats a été réalisé par l'OFGL à partir des données des balances comptables des régions publiées par la DGFiP. La consolidation correspond à l'agrégation des budgets principaux et des budgets annexes de chaque collectivité, après neutralisation des flux croisés existant entre ces budgets.
Seed Microbiota Database

[Lien vers la fiche source] This dataset compiles all the data of the Seed Microbiota Database associated to the publication Simonin et al. 2021 (BioRxiv) Seed microbiota revealed by a large-scale meta-analysis including 50 plant species. This database includes metabarcoding data from 63 seed microbiota studies on 50 plant species ( total of 3190 seed samples) based on 5 different molecular markers (16S rRNA gene - V4 region, 16S rRNA gene - V5-V6 region, gyrB gene, ITS1 region, ITS2 region). All the studies were re-processed from the fastq files (raw data) using DADA2 and Qiime2 and merged in 5 different datasets depending on the molecular marker targeted. The README file presents the structure of the database (Subsets) and files available. This database can be queried online without downloading it on the Askomics instance : https://askomics-192-168-100-151.vm.openstack.genouest.org/ For a full access to the results, you can log to the Askomics instance with the following credentials: Username: consult Password: OcOU83D5
MFRI 2000-2019 Bathymetric Dataset

[Lien vers la fiche source] Seabed mapping is one of the Marine and Freshwater Research Institute´s projects which started with the launching of the research vessel, Arni Fridriksson RE 200, in the year 2000. The vessel is equipped with a multibeam echo sounder which enables a detailed mapping of the seabed. Until spring 2017 the multibeam echo sounder was of the type Kongsberg EM 300 (30 kHz, 135 beams, 2°x2°) but was then updated to Kongsberg EM 302 (30 kHz, 432 beams, 1°x2°, water column data). From the year 2017 the seabed mapping project is one of MFRI´s major initiatives for the next 12 years. The main emphasis is to gain information within the economic zone which is useful for multifaceted purpose and is a prerequisite for scientific approach for sustainable utilization, protection and research of resources in the ocean.
RPG complété 2020 Région Pays de la Loire

[Lien vers la fiche source] RPG complété 2020. Complète le RPG campagne 2020 pour les départements de la région Pays de la Loire (44, 49, 53, 72, 85). (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2022.
RPG complété 2020 Région Auvergne

[Lien vers la fiche source] RPG complété 2020. Complète le RPG campagne 2020 pour les départements de la région Auvergne (03, 15, 43, 63). (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2022.
Projet ECOSFIX : Données extraites de la Base de données (NoSQL)

[Lien vers la fiche source] Le Projet ECOSFIX vise à structurer, homogénéiser, gérer et analyser des données permettant de déterminer comment un type de forêt affecte les traits physiques et fonctionnels des racines. http://data.plantnet-project.org/ecosfix/_design/datamanager/database.html#/db-manager
TRYPTIF Data

[Lien vers la fiche source] Relative expression of genes in ileum, colon and four brain sites (hypothalamus, pre-frontal cortex, striatum and hippocampus) of Human Milk- and Infant Formula-fed piglets Correlations matrix between ileal, colonic or brain tissue variables (genes and phenotypic data) and ileal and colonic microbiota (r and p-values)
Contour des cantons - Bayonne

Limites des cantons actuels, c'est à dire selon le décret n° 2014-248 du 25 février 2014 portant délimitation des cantons dans le département des Pyrénées-Atlantiques, faisant suite à la [loi du 17 mai 2013](https://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT000027414225&categorieLien=id).
Opérateurs bio

AGENCE BIO - Agence française pour le développement et la promotion de l’agriculture biologique Données Opérateur 2019, 2020, 2021 Nombre d'opérateurs par commune. Producteur: Producteurs (yc les producteurs ayant une autre activité : transformation à la ferme, magasin de producteurs...) Transformateurs: Transformateurs ou restaurants (yc les transformateurs ayant une autre activité : transformateurs-distributeurs ou transformateurs-importateurs) Distributeurs: Distributeurs (yc les distributeurs ayant une activité d'importation : distributeurs-importateurs...) Importateurs ATTENTION : Données pouvant être incomplètes, les surface et les cheptels sont en moyenne sous évaluées de 10% et certains organismes certificateurs ne transmettent pas leurs données. Néanmoins, les tendances restent représentatives du territoire. Source: Agence Bio, Données communales de certification au 24 juin 2022
Cultures bio

AGENCE BIO - Agence française pour le développement et la promotion de l’agriculture biologique Données Culture 2019, 2020, 2021 Les données sont agrégées à l'échelle communale : L'ensemble des surfaces est rattaché à la commune du siège d'exploitation. Communes identifiées selon l'INSEE au 1er janvier 2017. L'échelle géographique est identifiée par le code INSEE de la commune. Surfaces certifiées bio ou en conversion en fin d'année Nombre d’exploitations : Nombre d'exploitations engagées (ayant ou non des surfaces engagées (yc apiculteurs etc…) Surf_AB_ha : Surface en hectare étant arrivée au terme de leur conversion Surf_C1_ha : Surface en hectare en première année de conversion Surf_C2_ha : Surface en hectare en deuxième année de conversion Surf_C3_ha : Surface en hectare en troisième année de conversion Surf_C123_ha : Surface totale en hectare en conversion Surf_BIO_ha : Surface totale en hectare engagée (AB et en conversion)
Exploitations cheptel bio

AGENCE BIO - Agence française pour le développement et la promotion de l’agriculture biologique Données de cheptels 2019, 2020, 2021 Nombre d'animaux (ou ruches) engagées en fin d'année (Hors aquaculture) Nombre d'exploitations: Nombre d'exploitations engagée (ayant ou non des surfaces engagées (yc apiculteurs etc…)) Animaux convertis: Animaux étant arrivés au terme de leur conversion Animaux en conversions: Animaux en conversion (simultanée ou non)
Circonscriptions du département des Pyrénées-Atlantiques

Circonscriptions législatives du département des Pyrénées-Atlantiques Les circonscriptions législatives sont le cadre territorial d'élection de chaque député à l'Assemblée nationale, députés élus au suffrage universel direct pour un mandat de 5 ans renouvelable (sauf si la législature est interrompue par une dissolution, article 24 de la Constitution). La circonscription législative est désignée par un numéro d'ordre à l'intérieur de chaque département. L'institution des circonscriptions électorales des députés, le mode d'élection de ces derniers et le premier découpage en circonscriptions législatives datent de l'avènement de la Vème République en 1958. Remarque D'après l'article 2 de la loi n°86-825 du 11 juillet 1986 : "Il est procédé à la révision des limites des circonscriptions, en fonction de l'évolution démographique, après le deuxième recensement général de la population suivant la dernière délimitation". Sources : * géographiques : IGN BD TOPO (contours communaux) et Département des Pyrénées Atlantiques sur la base [des adresses du Répertoire électoral unique (REU) de l'INSEE] pour les communes divisées en plusieurs circonscriptions. * députés : [Opendata - Assemblée nationale (assemblee-nationale.fr)]
Enquêtes sur les moulins de 1794 à 1809

Trois enquêtes statistiques sur les moulins à farine sont diligentées par l’État en l'an II (1794), l'an X (1801) et 1809. Il s'agit pour le gouvernement d'évaluer les moyens de production de farines, d'un point de vue quantitatif (volume produit), qualitatif (qualité des farines, réseaux routiers à proximité) mais aussi prospectif (état matériel des moulins, variation saisonnière). Les enquêtes de 1794 et 1809 sont d'envergure nationales ; celle de 1801 concerne les 8 départements qui approvisionnent Paris. * l'enquête de 1794 recense plus de 6800 moulins répartis sur 72 départements ; * celle de 1801, environ 4460 moulins pour 8 départements (approvisionnement de Paris) ; * celle de 1809, près de 9000 moulins pour 115 départements (dont les départements de l'Empire situés aujourd'hui en Belgique, Pays-Bas, Suisse et Italie). Ces données statistiques par département ne sont pas exhaustives : des sous-préfectures n'ont pas répondu aux enquêtes et certains arrondissements sont lacunaires, ou leurs données non exhaustives. Treize départements ne figurent dans aucune des trois enquêtes (Ardèche, Cher, Corse, Haute-Garonne, Loire, Haute-Loire, Marne, Mayenne, Rhône, Sarthe, Savoie, Haute-Savoie, Deux-Sèvres). Néanmoins ce jeu de données par commune, issu de l'inventaire détaillé élaboré par M. Illaire aux Archives nationales, constitue une masse d'informations conséquente sur le paysage économique et énergétique français à l'aube du 19e siècle. Les informations de l'inventaire ont été alignées autant que possible avec les communes actuelles afin de permettre une géolocalisation pour la majeure partie des communes. Le jeu de données mis à disposition est constitué des informations suivantes : * Pays ; * Commune actuelle (lorsque les données initiales le permettent) ; * Département actuel ; * Date de l'enquête ; * Type de moulin (principalement à eau ou à vent) ; * Nombre de moulins ; * Nom du moulin ; * Département ancien (19e siècle) ; * Commune ancienne (19e siècle) ; * Description initiale (dans l'inventaire de 1998, avant rétroconversion des données) ; * URL de la notice sur le portail des Archives nationales ; * Cote du dossier ; * Code INSEE (pour la France, d'après la commune actuelle). La géolocalisation proposée ici est faite à partir des communes françaises et leur code INSEE ; les 562 lieux situés aujourd'hui en dehors des frontières françaises ne contiennent donc pas de données de géolocalisation.
Répartition de l'emploi - DSN

La Base tous salariés (BTS), extraite de la Déclaration sociale nominative (DSN), se substitue à la Déclaration annuelle des données sociales (DADS). C'est une formalité déclarative que doit accomplir toute entreprise employant des salariés, en application du Code de la Sécurité Sociale et du Code Général des Impôts. La base DSN permet notamment une analyse beaucoup plus fine des catégories socio-professionnelles que la base FLORES qui elle est plutôt une macro-analyse de la répartition de l'emploi sur un territoire donné. Ce fichier a été fourni par l'INSEE sur demande de la CAPB (voir https://www.insee.fr/fr/statistiques/5542536 ), un reformatage à ensuite été effectué pour plus de lisibilité, aucune modification de données. Zone géographique : Périmètre 2022 de la CA du Pays Basque (158 communes) Champ : Ensemble des postes non annexes présents au cours de l’année Indicateur : Nombre de salariés Croisé par : Secteur d’activité de l’établissement en A 38 * PCS sur 4 positions * Pôle s : secret statistique
Absolute abundance data for the BCMicrobiome project.

[Lien vers la fiche source] The aim of the projet was to identify microbial antagonists of Plasmopara viticola, the causal agent of downy mildew in European cultivated grapevine (Vitis vinifera L.), by reconstucting microbial interaction networks from metabarcoding data and absolute abundance data of bacterial and fungal communities in symptomatic and asymptomatic leaf samples. The total fungal and bacterial abundances in grapevine leaf samples were estimated using digital droplet PCR (ddPCR). They are available in the present file, along with the molecular biology protocol. The number of copies of the target DNA sequences (16S for bacteria and ITS for fungi) per uL of DNA extract is indicated in the 'Conc. init' column. The 'Library_Name' column allows the absolute abundance data to be linked with the metabarcoding data that are available in the NCBI (PRJNA797948, PRJNA797225). Absolute quantification by ddPCR was performed for all leaf samples collected in the BCMicrobiome project and for the negative extraction controls (coded TN in the ‘Sample_ID2’ column). Negative PCR controls and positive PCR controls for ddPCR analysis are coded NTC and Tpos in ‘Sample_ID1’ column, respectively. Metabarcoding analysis also included controls (negative extraction controls, negative PCR controls and positive PCR controls) that were not deposited in the NCBI but are available from the present file.
RPG complété 2020 Région Rhône-Alpes

[Lien vers la fiche source] RPG complété 2020. Complète le RPG campagne 2020 pour les départements de la région Rhône-Alpes (01, 07, 26, 38, 42, 69, 73, 74). (contient les parcelles agricoles hors RPG) Données géographiques (vectorielles, shapefile), parcellaires. Sources : IGN, OSO/Cesbio. Traitements : INRAE US ODR, 2022.
Mesures exceptionnelles Covid-19 : indemnisation de l'activité partielle des salariés des particuliers employeurs

Données par département et système déclaratif de l’indemnisation exceptionnelle de l'activité partielle des salariés des particuliers employeurs. Dans le cadre de la crise sanitaire Covid-19, les pouvoirs publics ont mis en place, pour les mois de mars à août 2020 (septembre en Guyane et à Mayotte), une mesure d’indemnisation exceptionnelle pour soutenir les salariés des particuliers employeurs. Les salariés ont pu bénéficier pour les heures prévues et non réalisées d'une indemnisation correspondant à au moins 80% du salaire net des heures non effectuées, les employeurs étant remboursés par l'Urssaf à hauteur de 80% de ce salaire net. Le dispositif a été reconduit en novembre 2020 pour certains salariés à domicile, avec une indemnisation versée au salarié toujours supérieure ou égale à 80% du salaire net des heures non effectuées et un remboursement à l'employeur égal à 65% de ce salaire. Il a ensuite été réactivé en avril 2021 et a pris fin le 31 octobre 2021. Les données fournissent : - le nombre d'employeurs ayant versé une indemnisation, - le nombre de salariés indemnisés, - le nombre d'heures indemnisées, - le salaire net ("théorique") associé aux heures indemnisées, - le montant de l'indemnisation versée aux salariés estimé sur la base d'une indemnité égale à 80% du salaire net des heures indemnisées (hors éventuel complément de l'employeur), - le montant remboursé par l'Urssaf aux employeurs. Champ : Données sur les particuliers employeurs issues des dispositifs Cesu et Paje. Profondeur : Données portant sur la période mars 2020-octobre 2021. Situation arrêtée au 31/07/2022. Sources : Acoss-Urssaf, CnCesu et Centre Pajemploi.
Le recensement agricole 2020 à l'échelle de la commune en Pays de la Loire

Le recensement agricole (RA) de l’ensemble des exploitations agricoles en France est réalisé tous les 10 ans afin de collecter de multiples données (superficies, cheptels, nombre d’exploitations etc). Le dernier a eu lieu en 2021 sur les données de l’année 2020. La DRAAF Pays de la Loire travaille les données pour les rendre plus accessibles. Ce jeu de données concerne le recensement agricole en 2020 pour la région Pays de la Loire à l'échelle communale, mis en ligne par la DRAAF.
Phenotypic data for aggressiveness components of Puccinia triticina isolates on bread wheat varieties and scripts for statistical analysis with R

[Lien vers la fiche source] Aggressiveness of a plant pathogen can be defined as the quantitative variation of pathogenicity on a compatible host and is measured by evaluating quantitative traits expressed during the host–pathogen interaction, i.e. the components of aggressiveness. The most widely assessed aggressiveness components for rust pathogens are infection efficiency (IE), latency period (LP) and sporulation capacity (SP). Puccinia triticina is a fungal pathogen responsible of the wheat leaf rust disease. We measured the three aforementioned aggressiveness components for 44 P. triticina isolates representative of the two pathotypes 106 314 0 and 166 317 0, and the two most common genotypes G1 and G2 within each pathotype. The evaluations were realized on seedlings of different bread wheat varieties, in five experimental series. In series 1 and 2, isolates of the four pathotype-genotype combinations were evaluated on varieties Apache and Michigan Amber. In series 3, 4 and 5, isolates of pathotype 106 314 0-G1 and -G2 were evaluated on varieties Aubusson, Premio, Michigan Amber, Sankara, Expert and Bermude. This dataset is composed of 9 .XLSX data files corresponding to the three aggressiveness components measured in series 1, 2 and 3+4+5, respectively, and of 2 .R text files containing the scripts used in the software R for statistical analysis of the data set.
Blois - Agglopolys - Prix des carburants - J-1 - avec historique

Ce jeu de données propose un suivi complet des prix des carburants (essence et diesel) pratiqués dans les stations-service de France. Issu du site officiel gouvernemental sur le prix des carburants, il regroupe les tarifs constatés la veille ainsi qu’un historique glissant sur 12 mois, permettant d'analyser l'évolution du coût de l'énergie à la pompe. Il couvre l'ensemble des types d'essence et de diesel disponibles sur le marché français : Gazole, SP95, SP98, E10, E85 (Bioéthanol) et GPLc. * Géolocalisation précise : Enrichissement des données avec la hiérarchie administrative (régions, départements, EPCI). * Disponibilité : Suivi des ruptures de stock par type de carburant. * Services : Liste des services associés (boutique, gonflage, lavage, etc.). * Localisation : Distinction entre les stations sur autoroute et sur route. Source : [https://www.prix-carburants.gouv.fr/rubrique/opendata/]
Analysis of soil samples collected around termite mounds over small catchments in India in 2014

[Lien vers la fiche source] The soil samples were taken in collaboration with the Indian Institute of Science (IISc) at different depth and under different vegetation cover around termite mounds at the observatory catchment Varnam, Payodu, Ghat and Mule Hole in India in 2014. This dataset holds general chemical and physical parameters of soil samples: grain size distribution, natural isotopes Carbon-13 (13C) and Nitrogen (15N), soil pH, exchangeable complex, specific extractions, macro-, micro-, rare earth and trace elements, For some samples the infrared spectrum has been measured. The collection of the data was supported by the French National Program "Réseau de Bassin Versant” (RBV).
Microbiology and soil characteristics in different situations, below different types of plants in Lamto savanna, Côte d'Ivoire, 2014

[Lien vers la fiche source] The goal of the sampling was to describe the impact of the vegetation and different plant species on soil microbiology with a focus on nitrogen cycling. This sampling was achieved in Lamto savanna, Côte d'Ivoire, in April 2014 during the long rainy season. Samples were collected from the top soil layer (0-15 cm). We sampled four types of situations: below the canopy of tree clumps, next to the trunks of isolated trees (four species, Bridelia ferruginea, Cussonia barteri, Crossopteryx febrifuga and Terminalia glaucescens), away from any tree or tree clumps, on termite mounds. In some of these situations (away from trees and tree clumps or below the canopy of tree clumps) samples were collected both under the grass tussocks and outside grass tussocks (i.e. in the bear soil area between tussocks). In the other situations they were only collected between grass tussocks. Away from trees and tree clumps, four grass species were sampled (Andropogon canaliculatus, Andropogon schirensis, Hyparrhenia diplandra and Loudetia simplex). Together with root density and some physicochemical characteristics (pH, carbon and nitrogen concentration, 13C and 15N signatures), the dataset gives the abundances of bacteria (16S rRNA), archaea (16S rRNA), fungi, amoA-AOA, amoA-AOB, nirK, nirS genes after DNA extraction from the soil. Finally, the dataset also contains the potential nitrification and denitrification fluxes. There are in most cases 5 replicates by combination of treatments. Detailed methods for measurements are given in the published article. There are two files. One for the soil microbiology data. The other for soil chemical properties. Each file contains a dictionnary of the variables together with their units. The sampling was achieved in 2014 by J.-C. Lata, S. Barot, M. Konan, and the data was used during Tharaniya Srikanthasamy's PhD. The soil and microbiological analyses have been achieved by the authors of Srikanthasamy, T., J. Leloup, A. B. N'Dri, S. Barot, J. Gervaix, A. W. Koné, K. F. Koffi, X. Le Roux, X. Raynaud, and J.-C. Lata. 2018. Contrasting effects of grasses and trees on microbial N-cycling in an African humid savanna. Soil Biology and Biochemistry 117:153-163.