AndreaBozzo/ceres-open-data-index huggingface dataset:
Points faits en février 2019 - catastrophe du Grande America

[Lien vers la fiche source] Il s'agit de points faits en février 2019, pour faire face à l'épisode pollution marine accidentelle du Grande America, sur le bassin hydrographique Loire-Bretagne. Toutefois, la pollution n'est pas arrivée à la côte, et l'utilisation de ces points n'a donc pas été nécessaire.
Points supplémentaires - catastrophe du Grande America

[Lien vers la fiche source] Il s'agit de points supplémentaires, pour faire face à l'épisode pollution marine accidentelle du Grande America, sur le bassin hydrographique Loire-Bretagne. Toutefois, la pollution n'est pas arrivée à la côte, et l'utilisation de ces points n'a donc pas été nécessaire.
Carte des incertitudes liées à la définition des habitats de niveau 6 des lagunes méditerranéennes françaises listées au titre des masses d’eau de transition de la Directive Cadre sur Eau

[Lien vers la fiche source] Les cartes représentent les incertitudes de cartographie des six critères structurants l'habitat lagunaire (Température-Salinité, Substrat, Zone biologique, Hydrodynamisme, Niveau trophique, Biologie) définis dans le cadre du projet CHAMILA (IFREMER, Agence de l'Eau Rhône Méditerranée). La carte d'incertitudes des habitats de niveau 6 sur la période 2016-2021* dans les 36 lagunes méditerranéennes françaises listées au titre des masses d’eau de transition de la Directive Cadre sur Eau est issue de la compilation des incertitudes calculées pour chacun des six critères * Données complémentaires ponctuelles acquises en 2022
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[Lien vers la fiche source] Moyenne mensuelle du coefficient d'atténuation diffus (Kd) à 490nm (2002-2012), d'après Vantrepotte (2015), pour la zone côtière à l'échelle globale, à partir du capteur MERIS et avec les corrections atmosphérique POLYMER. Ref: Jamet et al, Retrieval of the spectral diffuse attenuation coefficient Kd(l) in open and coastal ocean waters using a neural network inversion, J. Geophys. Res., 117, C10023, doi:10.1029/2012JC008076.
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[Lien vers la fiche source] Moyenne mensuelle du coefficient de rétrodiffusion des particules (bbp) à 490nm(2002-2012), pour la zone côtière à l'échelle globale, à partir du capteur MERIS et avec les corrections atmosphérique POLYMER. Ref: Loisel en préparation
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[Lien vers la fiche source] Moyenne mensuelle de la chlorophyll-a (2002-2012), d'après Gohin (2002), pour la zone côtière à l'échelle globale, à partir du capteur MERIS et avec les corrections atmosphérique POLYMER. Ref: F. Gohin , J. N. Druon & L. Lampert, A five channel chlorophyll concentration algorithm applied to SeaWiFS data processed by SeaDAS in coastal waters. IJRS Volume 23, 2002 - Issue 8 http://dx.doi.org/10.1080/01431160110071879 2002
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[Lien vers la fiche source] Moyenne mensuelle du Carbone Organic Dissous (COD) (2002-2012), d'après Vantrepotte (2015), pour la zone côtière à l'échelle globale, à partir du capteur MERIS et avec les corrections atmosphérique POLYMER. Ref: V Vantrepotte, F Danhiez, H Loisel, S Ouillon, X Mériaux, A Cauvin and D Dessailly. CDOM-DOC relationship in contrasted coastalwaters: implication for DOC retrieval from ocean color remote sensing observation. OPTICS EXPRESS 33 Vol. 23, No. 1 DOI:10.1364/OE.23.000033 2015
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[Lien vers la fiche source] Moyenne mensuelle de l'absorption moins l'absorption de l'eau pure (anw) à 412nm (2002-2012), d'après Vantrepotte (2015), pour la zone côtière à l'échelle globale, à partir du capteur MERIS et avec les corrections atmosphérique POLYMER. Ref: Loisel (en préparation)
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[Lien vers la fiche source] Moyenne mensuelle de l'absorption par les matières organiques colorées dissoutes (acdom) à 412nm (2002-2012)., d'après Vantrepotte (2015), pour la zone côtière à l'échelle globale, à partir du capteur MERIS et avec les corrections atmosphérique POLYMER. Ref: V Vantrepotte, F Danhiez, H Loisel, S Ouillon, X Mériaux, A Cauvin and D Dessailly. CDOM-DOC relationship in contrasted coastalwaters: implication for DOC retrieval from ocean color remote sensing observation. OPTICS EXPRESS 33 Vol. 23, No. 1 DOI:10.1364/OE.23.000033 2015
Carte des habitats coralliens de Martinique, OMMM, 2009

[Lien vers la fiche source] Commandé par la DIREN et coordonné par l’OMMM entre 2006 et 2008, l'outil original se nomme « Base de données cartographique des fonds marins côtiers de Martinique : biocénoses benthiques». Modifiée dans le cadre du TIT Carto par PARETO en 2015, la couche présente les habitats de la frange côtière de Martinique entre 0 et 7 mètres de profondeur, à la résolution 1/25 000e et couvre 159 km2 de fonds marins.
Estimations de captures accidentelles de petits cétacés à partir des échouages

[Lien vers la fiche source] Les estimations obtenues permettent d’inférer à partir du nombre d’animaux échoués et signalés, le nombre total d’animaux morts en mer par capture accidentelle. Il est calculé pour les dauphins communs et les marsouins communs. Cette estimation est obtenue en tenant compte de la probabilité de flotter d’un animal mort en mer, des conditions de dérive en mer des animaux qui vont déterminer la probabilité de s’échouer sur une côte, et de la probabilité qu’un échouage soit signalé au Réseau National d’Echouage.
Exploring biotic and abiotic factors influencing cucurbit-fruit fly damage and diversity in cucurbit crop production systems

[Lien vers la fiche source] Qualitative and quantitative results of samplings and surveys of cucurbit fields in Côte d'Ivoire (2023) in order to characterize the damages and diversity of fruit flies and explore which biotic and abiotic factors influence the most these variables. Global and local, environmental and agricultural variables, as well as counting of infested fruit to estimate the damages, have been surveyed in each plot and gathered in the plot dataset to analyse which variables are involved in the field damages of fruit flies. A dozen of fruits (cucumber and/or zucchini) have been collected in each plot, individually characterized (weight, length, number of fly punctures, ...) and monitored in the lab until fruit fly emergences. Flies have been counted and identified (sex, species). Fruit charcteristics and number of emerged flies have been gathered in the fruit dataset to analyse what kind of fruit are preferred for female oviposition and larval development. Finally, the total number of flies and fly species in collected fruits per plot have been reported in the plot dataset in order to analyse which surveyed variables are involved in the infestation level and diversity of fruit flies.
Mollusques (ROCCH) - extraction de "Surval données par paramètre (point)" - bassin hydrographique Rhône-Méditerranée

[Lien vers la fiche source] Il s'agit ici d'une extraction des données relatives aux points ROCCHMV dans la couche "Surval données par paramètre (point)". Les points ROCCHMV correspondent aux mollusques qui sont utilisés pour connaitre plus précisément divers paramètres (état chimique, biologique de l'eau...), et en apprendre davantage sur la pollution chimique au niveau du bassin hydrographique Rhône-Méditerranée.
Mollusques (ROCCH) - extraction de "Surval données par paramètre (point)" - bassin hydrographique Seine-Normandie

[Lien vers la fiche source] Il s'agit ici d'une extraction des données relatives aux points ROCCHMV dans la couche "Surval données par paramètre (point)". Les points ROCCHMV correspondent aux mollusques qui sont utilisés pour connaitre plus précisément divers paramètres (état chimique, biologique de l'eau...), et en apprendre davantage sur la pollution chimique au niveau du bassin hydrographique Seine-Normandie.
Observation de la Contamination chimique des réseaux trophiques au niveau du plateau continental (COREPH Plateau) - extraction de "Surval données par paramètre (polygone)

[Lien vers la fiche source] Au niveau du plateau continental, COREPH a pour objectif de répondre à une demande conjointe des descripteurs 4 (réseaux trophiques), 8 (contaminants) et 9 (questions sanitaires), afin d’acquérir des données qui répondent aux besoins de la DCSMM sur le niveau trophique et les concentrations en contaminants (organiques et métalliques) chez différentes espèces de poissons et céphalopodes. Le déploiement de ce dispositif repose sur le protocole d’optimisation des campagnes halieutiques Data Collection Framework (DCF) opérées par l’Ifremer dans les différentes sous-régions marines. Du fait de la dimension « mutualisée » du dispositif COREPH, les espèces suivies présentent un intérêt pour les trois descripteurs et permettent dans la mesure du possible des analyses sur les mêmes individus. Cette approche permet également de limiter le travail supplémentaire à effectuer à bord et augmente la pertinence scientifique des résultats. L’IFREMER, l’ANSES et l’observatoire PELAGIS (UMS 3462 La Rochelle Université-CNRS) sont impliqués dans ce dispositif.
Tuberculose : Issues de traitement (Région)

La surveillance de la tuberculose repose sur le dispositif de la déclaration obligatoire (DO) qui couvre cette pathologie. Les données portant sur les cas de tuberculose maladie et des issues de traitement sont recueillies dans le cadre de la DO, par un réseau d’acteurs incluant les médecins et biologistes déclarants, ainsi que les Centres de Lutte Antituberculeuse (CLAT), et validées par les Agences régionales de santé et Santé publique France via l'outil "e-DO tuberculose". Les indicateurs sont disponibles pour chaque année, à partir de l'année 2009. Les cas de tuberculose maladie comprennent les cas probables (présentant un tableau clinique et/ou radiologique compatible et qui ont été considérés et traités comme des tuberculoses par le médecin) et les cas confirmés biologiquement. Les issues de traitement sont estimées à 12 mois après le début du traitement et concernent les tuberculoses non-multirésistantes (non-MDR). Pour cet indicateur, un département sans données correspond à un département soit qui n’a notifié aucun cas de tuberculose, soit qu’il en a notifié mais dont l’issue de traitement n’est connue pour aucun d’entre eux. Précisions : - Le département correspond au département de déclaration de la tuberculose jusqu'en 2018 et au département de domicile du patient à partir de 2019. Mayotte, devenu département français d'outre-mer en 2011, est intégré aux données depuis cette année. - La DO de la tuberculose maladie date de 1964, celle des issues de traitement de 2007. Les indicateurs sont présentés à partir de 2009. - L'indicateur 'Proportion de cas avec une information sur l'issue de traitement parmi les cas déclarés' est produit à l'échelle départementale et nationale, mais pas à l'échelle régionale. Dénominateurs : Pour les calculs des taux de déclaration, le dénominateur correspond aux données d’estimations localisées de population (Insee) actualisées au 1er janvier de chaque année. A Mayotte, pour les années 2011-2013, les dénominateurs proviennent du recensement 2012. Pour en savoir plus : Les tendances épidémiologiques détaillées (classe d’âge, territoire, tuberculoses multi-résistantes, etc.) sont accessibles sur le site de Santé publique France : [https://www.santepubliquefrance.fr/tuberculose]
Formations superficielles du domaine marin côtier du Nord - Pas-de-Calais (C. Augris, 1995), données vectorielles

[Lien vers la fiche source] Jeu de données vectorielles correspondant à la carte "Le domaine marin côtier du Nord-Pas-de-Calais - Carte des formations superficielles" Edition 1995. Echelle 1/40 000. Campagnes océanographiques à l'origine de cette carte : - AUGRIS Claude (1983) GRANOR 83 cruise, RV Thalia, https://doi.org/10.17600/83002411 - AUGRIS Claude (1984) GRANOR 84 cruise, RV La Pelagia, https://doi.org/10.17600/84004311 - AUGRIS Claude, BERNE Serge (1985) GRANOR 85 cruise, RV Cryos, https://doi.org/10.17600/85005211 - AUGRIS Claude, CLABAUT Philipe (1986 ) PASCAL cruise, https://campagnes.flotteoceanographique.fr/campagnes/86006211/ - AUGRIS Claude (1988) FOCAL 88 LEG1 cruise, RV Thalia, https://doi.org/10.17600/88011511 - AUGRIS Claude (1988) FOCAL 88 LEG2 cruise, RV Cryos, https://doi.org/10.17600/88006511 Référence bibliographique : AUGRIS C., CLABAUT P., TESSIER B. (1995) - Le domaine marin du Nord-Pas de Calais, carte des formations superficielles. Echelle 1/100 000. Ed. Ifremer - Région Nord-Pas de Calais - Université des Sciences et Technologies de Lille.
Observation de la Contamination chimique des réseaux trophiques au niveau du plateau continental et en milieu pélagique profond (COREPH Plateau et Profond) - extraction de "Surval données par paramètre (polygone)"

[Lien vers la fiche source] En complément du dispositif COREPH plateau, le COREPH plateau et profond vient davantage décrire le milieu pélagique profond (méso- et bathypélagique). En effet, il s’intéresse au micronecton océanique (i.e. crustacés, poissons et céphalopodes de taille relativement petite, comprise généralement entre deux et une vingtaine de centimètres) prélevé au niveau des canyons du talus continental. Ce micronecton joue en effet un rôle central à la fois dans le fonctionnement du réseau trophique en assurant le transfert d'énergie du plancton vers les prédateurs supérieurs, mais aussi dans certains cycles biogéochimiques de ces écosystèmes pélagiques profonds en tant que composante de la « pompe biologique ». Cependant, le micronecton océanique et plus généralement les écosystèmes profonds ont fait l'objet de très peu d’études en France jusqu’à présent. Un effort notable devait donc être réalisé pour suivre et évaluer l’état écologique de ce réservoir essentiel pour la biodiversité marine. En 2017 et 2018, un suivi mutualisé D1, D4, D8 sur ces communautés a été mené à travers une série de chalutages conduite sur les campagnes halieutiques EVHOE dans le golfe de Gascogne. Les premiers résultats de cette étude ont ainsi confirmé la riche biodiversité et la complexité du réseau trophique en zone méso à bathypélagique. Mais, les conclusions les plus marquantes ont été liées à la mise en évidence d’une contamination chimique des écosystèmes pélagiques profonds du golfe de Gascogne, notamment par des POP historiques et émergents, mais aussi par certains métaux potentiellement toxiques mesurées chez quinze espèces représentatives de la communauté étudiée. Les données obtenues ont permis de définir un état de référence de la contamination actuelle de ces populations dans le golfe de Gascogne et ont confirmé le potentiel de suivi à long terme de ces communautés pour renseigner des indicateurs du Bon Etat Ecologique. La pérennisation de ce suivi permettra d’assurer une cohérence scientifique et opérationnelle au dispositif COREPH déployé sur le plateau continental, en constituant un continuum unique pour le suivi de la biodiversité et de sa contamination des eaux côtières aux couches profondes de l’Océan.
Liste des commerçants acceptant les chèques cadeaux

Ce jeu de données recense l’ensemble des commerçants et entreprises acceptant les chèques cadeaux commercialisés par la Communauté de communes Cœur de France. Les chèques cadeaux constituent un dispositif de soutien à l’économie locale. Les commerçants référencés dans ce jeu de données ont formellement adhéré au dispositif en signant une convention avec la Communauté de communes, par laquelle ils s’engagent à accepter les chèques cadeaux comme moyen de paiement, selon les modalités définies par cette convention. Ce jeu de données a pour objectif de : * faciliter l’information du public et des bénéficiaires des chèques cadeaux ; * valoriser les commerces partenaires du territoire ; * favoriser la consommation locale. ### Contenu du jeu de données Pour chaque commerçant partenaire, le jeu de données fournit les informations suivantes : * Nom de l’entreprise * Type de commerce * Sous-catégorie d’activité * Adresse postale * Numéro de téléphone Ces informations permettent d’identifier, de localiser et de contacter facilement les commerçants participant au dispositif. ### Périmètre et conditions * Seuls les commerçants ayant signé une convention en vigueur avec la Communauté de communes Cœur de France sont inclus dans ce jeu de données. * Le jeu de données est susceptible d’évoluer en fonction des nouvelles adhésions, des cessations d’activité ou des résiliations de convention.
Identification des accès au DPM et des aires de stationnement (sites potentiels de stockage primaire d'hydrocarbures) - Île de La Réunion (DCE-POLMAR-RUN)

[Lien vers la fiche source] Recensement des accès au Domaine Public Maritime (type, praticabilité) et des sites potentiels de stockage d'hydrocarbures (parking, aire de stationnement...) : dans le cadre de la mise à jour de l'atlas de sensibilité du littoral à une pollution marine par hydrocarbure (révision du plan POLMAR-Terre de La Réunion), des levés cartographiques ont été réalisés par le Laboratoire GEOMER (UMR 6554 CNRS - LETG), du 29/05/2012 au 12/06/2012, visant à identifier l'ensemble des accès au DPM, la nature de l'artificialisation du littoral (type d'ouvrages côtiers), la présence d’exutoires et des sites potentiels de stockage temporaire d'hydrocarbures, ou encore à caractériser le trait de côte (nature de l'estran, exposition). Ces données ont ensuite contribué à l'élaboration de l'Indice de sensibilité morpho-sédimentaire (ESI) adapté aux littoraux réunionnais.
Le banc des hermelles (Sabellaria alveolata) de Sainte-Anne en baie du mont Saint-Michel (État 1980)

[Lien vers la fiche source] Carte du banc des hermelles (Sabellaria alveolata) et des bancs de sable associés à Sainte-Anne en baie du Mont Saint-Michel au 1/10 000 sous forme de polygones.
Exploitations agricoles selon le système d'exploitation, dès 1975

Ce jeu de données présente le nombre d'exploitations agricoles dans le canton de Fribourg depuis 1975, par commune, année et type d'exploitation. Trois types sont retenus : * Exploitations conventionnelles * Exploitations biologiques * Indéterminé Une exploitation est considérée biologique si une partie ou la totalité de sa surface agricole utile est certifiée BIO. Les données de Clavaleyres, commune anciennement bernoise fusionnée avec Morat au 1er janvier 2022, sont incluses à celles du canton de Fribourg et de la commune de Morat rétroactivement pour toute la période d'observation. Sources et informations complémentaires : * [Page thématique OFS] * [Fiche signalétique] * [Métadonnées I14Y]
GATC methylation level in bacteriophage lambda

[Lien vers la fiche source] Determination of Adenine Methylation at GATC Sites in lambda DNA. Dam protein was overexpressed, in E. coli cells expressing TetR constitutively (MG1655 Z1X strain, overexpressing tetR, lacI and araC), by addition of the plasmid pLTetO1-dam and growing the cells on LB + 10 mM MgSO4 + 0.2% Maltose + a gradient of concentration of anhydrotetracycline (aTc). TetO/tetR system allows a strong repression of the locus controlled by TetO, allowed by TetR; aTc is a strong competitor for TetR binding, allowing expression of the locus. lambda phage was multiplied on liquid cultures of MD301 strain with varying levels of aTc concentration (0,5 or 50 µM), starting from a hundred phages (to be sure not to have a loss of function cII mutant in the inoculum) and 4 x105 bacteria. Phage and bacteria were initially mixed in 10 µL of LB supplemented with MgSO4 10 mM and maltose at 0.2% and incubated for one hour at 37°C. After one hour, 1 ml of LB at 37°C was added, and the phage/ bacteria mixture was incubated for another two hours at 37°C with agitation, after what it was diluted in 9 ml of LB and incubated with agitation until lysis occurred (monitored by a drop of optical density). Culture was centrifuged at 4500 g for 10 minutes and the supernatant filtered with a 0.2 µm size pore filter, and kept at 4°C until use. Phage DNA was extracted from 5 ml of lysate. The lysates were centrifugated 20 min at 4500g, filtered with a 0.2 μm filter, treated with Turbo DNase™ (Invitrogen™, US) and RNase I to remove the host contaminant DNA and RNA and precipitated with polyethylene glycol 10% and NaCl 0.5 M for 6 hours. The lysates were centrifuged and the pellets were resuspended in SM buffer, treated with proteinase K, and the phage DNA was purified using a standard phenol:chloroform procedure. DNA purity and concentration were checked with the NanoDrop™ 2000 spectrophotometer (Thermo Scientific™, US) and the Qubit4™ fluorometer (Invitrogen™, US), respectively. DNA integrity was checked by 1% agarose gel electrophoresis. DNA was sent for sequencing at the I2BC sequencing facility. DNA was sequenced with a GridION X5 (Oxford Nanopore Technologies, UK) and long-reads were analysed with modkit v0.3.1 ([https://github.com/nanoporetech/modkit]) using per default parameters. The results of the comparative mode were used, using DNA from a dam knockout condition (MVEC232) as reference (methylation level fixed at 0). An additional control was added, lambda phage grown on WT MG1655 were prepared by induction of lambda at 42°C for 10 min, followed by 1h incubation at 37°C. As a positive control, we used lysogenic cells for lambda, deleted for dam, harbouring pLTetO1-dam and Tn10-tetR-tetA (lambda plTet-dam). This genotype results in an overexpression of dam independently of the aTc concentration.
Les récifs d'Hermelles en Baie de Bourgneuf et devant l'Ile de Noirmoutier au 1/7000. Etat en 2004

[Lien vers la fiche source] Carte issue de l'étude sur les "Conditions de préservation des formations récifales à Sabellaria alveolata (L.) en baie de Bourgneuf. Année : 2004" réalisée par S. Dubois, L. Barillé, A-L. Barillé, Y. Gruet de la Faculté des Sciences et techniques de l'Université de Nantes. Cette étude a été réalisée pour la DIREN des Pays de la Loire. C'est une couche sous forme de polygones représentant les récifs d'Hermelles dans la Baie de Bourgneuf et autour de l'île de Noirmoutier. Seul les formations récifales sont représentées. Les placages ainsi que les blocs et empierrements partiellement colonisés par l'espèce n'ont pas été numérisées. La table attributaire contient 3 champs : - ZONE : il s'agit de la zone géographique du massif concerné. Il existe 3 valeurs différentes : "Bernerie", "Port Brochet" et "La Fosse". - TYPE : C'est le type de récif. Il existe 2 valeurs : "Récif Sabellaria alv" et "Cailloutis + Récif S a". - M2 : C'est la surface du polygone en m².
Supplementary files to "Genome wide association study of vaginal microbiota genetic diversity in French women"

[Lien vers la fiche source] This repository contains supplementary results, scripts, and raw data associated with the manuscript entitled *Genome wide association study of vaginal microbiota genetic diversity in French women* generated in the context of the EVOLPROOF ERC project. The data mainly consists in genome wide association study (GWAS) performed on genotyping data from 168 participants. The trait of interest is the genetic composition of the vaginal microbiota. Given ethical issues, the raw genotyping data cannot be made publicly accessible.
Le banc des hermelles (Sabellaria alveolata), les banquettes à Lanice (Lanice conchilega) de Sainte-Anne en baie du mont Saint-Michel (État 1964)

[Lien vers la fiche source] Carte semi-régulière du banc des hermelles (Sabellaria alveolata), des bancs de sable associés et des banquettes à lanice (Lanice conchilega) de Sainte-Anne en baie du Mont Saint-Michel au 1/25000.