AndreaBozzo/ceres-open-data-index huggingface dataset:
India Milk . Dairy farming, cooperatives and livelihoods:: survey in six Indian villages

[Lien vers la fiche source] India's dairy sector has emerged as the world's largest dairy producer and has enabled 70 million farmers to generate income through its rapid growth. This success is linked to broad national policy support through the Operation Flood program and the emergence of an inclusive model of cooperatives. However, the informal sector is still the marketing channel most used by dairy producers, and with the liberalization of the dairy sector, the cooperative model is also facing competition from the private sector. By surveying 244 dairy farmers in two major but heterogeneous states in India, this paper examines the inclusiveness of the sector and the impact of dairy cooperative membership on farmers’ income and livelihood. The originality of the paper concerns its systematic perspective on households’ assets and activities. The results indicate that cooperative membership is associated with caste membership and with proximity to cooperative collection centers. Better incomes are associated with membership, particularly among farmers with less land and among smallholders, who are more dependent on their dairy income to lift themselves out of poverty.
Impact of overflow vs. limitation of propionic acid on poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) biosynthesis

[Lien vers la fiche source] This dataset gathers the data published as figures in the scientific article "Impact of overflow vs. limitation of propionic acid on poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) biosynthesis", Process Biochemistry, 2023, i.e. (1) FIGURE 1 -Time course of a biomass production phase (Cupriavidus necator) with glucose as carbon and energy source until double carbon and phosphorus depletion, (2) FIGURE 2 - Time course of P(3HB-co-3HV) biosynthesis from Cupriavidus necator during exploratory experiment FB1 performed with stepwise increases in propionic acid feeding (45 h to 56 h) and sequential feeding (from 56 h), (3) FIGURE 3 - Time course of P(3HB-co-3HV) biosynthesis from Cupriavidus necator during experiments FB2 (A and B) and FB3 (C and D) performed with continuous limiting propionic acid feeding, (4) FIGURE 4 - DSC thermograms (first heating ramp) of P(3HB-co-3HV) copolymers recovered from C-overflow exploratory experiment FB1, and from C-limiting experiments FB2 and FB3, and additional informations linked with Table 2 i.e. (5) NMR Data Processing and (6) SEC-MALS Data
Indices de position sociale des collèges en Seine-Saint-Denis (2016-2021)

L’indice de position sociale (IPS) permet d'appréhender le statut social des élèves à partir des professions et catégories sociales (PCS) de leurs parents. Pour chaque PCS, la valeur numérique de l’IPS correspond à un résumé quantitatif d’un ensemble d’attributs socio-économiques et culturels liés à la réussite scolaire. Concrètement, pour déterminer les valeurs associées à chaque PCS, nous avons considéré la moyenne pondérée de caractéristiques telles que les diplômes, les pratiques culturelles, les conditions matérielles, le capital culturel et l’implication des parents dans la scolarité. Cette méthodologie statistique est décrite dans l’article de Rocher (2016) et s’appuie sur une méthode d’analyse de données (analyse des correspondances multiples) réalisée à partir du panel de la DEPP d’élèves entrés en sixième en 2007. Les valeurs de référence de l’IPS sont disponibles pour chaque PCS et pour chaque croisement de PCS (mère-père), cf. Rocher (2016) (table de passage disponible en pièce jointe ci-dessous). Ainsi, dès lors que les PCS des parents ont été recueillies, il suffit d'appliquer les valeurs de référence de l’IPS. Le niveau social d'un établissement scolaire est apprécié à travers le calcul de la moyenne des IPS des élèves qui y sont scolarisés. Il convient de rappeler que, comme tout indice synthétique, il s’agit d’un résumé simplifié de la réalité, qui ne peut rendre compte à lui seul de la complexité de la situation socio-économique et culturelle des élèves accueillis dans un établissement. Enfin, l’IPS étant basé sur les PCS déclarées par les familles et enregistrées par les établissements, il est soumis à une certaine marge d’erreur : ainsi, il est conseillé de ne pas sur-interpréter des différences de 3 points ou moins concernant les IPS moyens des établissements. L’indice d’hétérogénéité sociale d’un établissement correspond à l’écart-type de l’indice de position sociale (IPS) de ses élèves. Plus il est élevé, plus le profil social des élèves est diversifié. Cet indice est calculé depuis la rentrée 2019, uniquement pour les établissements du second degré. Champ: Le fichier fournit l’IPS moyen au sein d’un établissement ainsi que l’écart-type des IPS de ses élèves pour les collèges de France sous tutelle de l'Education Nationale, publics et privés sous contrat, calculés à partir des données de la rentrée N et pour l’ensemble des élèves de l’établissement. Dans le fichier mis à disposition, chaque ligne correspond à un collège pour une année scolaire donnée. Référence: Rocher, T. (2016). Construction d’un indice de position sociale des élèves. Éducation & formations, DEPP, 90, pp.5-27. Dauphant F., Evain F., Guillerm M., Simon C., Rocher T. (2023), L’indice de position sociale (IPS) : un outil statistique pour décrire les inégalités sociales entre établissements. Note d’information de la Depp.
Indice d'éloignement des collèges en Seine-Saint-Denis depuis 2022

Depuis 2018, la DEPP calcule chaque année un indice d’éloignement pour chaque collège. Cet indice continu est la synthèse d’un ensemble de variables complémentaires liées à l’éloignement. Il est obtenu au moyen d’une analyse en composantes principales (ACP). Les variables utilisées pour le calcul de l’indice captent différentes dimensions de l’éloignement géographique des collèges et correspondent, pour la plupart, à la distance entre le collège et un point d’intérêt (lieu d’habitation des élèves, certaines formations, équipements, …). Jusqu’en 2021, ces distances étaient calculées à vol d’oiseau. Elles sont désormais calculées en temps de trajet au moyen d’un nouveau distancier routier de référence mis à la disposition de la DEPP par l’Insee. Ce distancier s’appuie sur un serveur de routage OSRM (Open Source Routing Machine) permettant d’effectuer des calculs de trajets routiers optimaux à la volée, de point à point, avec une grande rapidité d’exécution, et ce sur l’ensemble du territoire français et frontalier. Cette nouvelle méthode de calcul permet une mesure de l’éloignement plus fidèle à la topographie des trajets entre établissements et points d’intérêts, notamment en zone de montagne. Pour faciliter la compréhension, à partir de la rentrée 2022, il a été décidé de fixer la médiane de l’indice à 100, ce qui signifie que la valeur de l’indice est inférieure à 100 pour la moitié des collèges les moins éloignés et supérieure à 100 pour la moitié les plus éloignés. L’interprétation de l’indice reste inchangée : plus la valeur est élevée et plus l’éloignement est important.
Aree ortive

A Bologna l'esperienza degli orti nasce negli anni ottanta con l'obiettivo di promuovere l'impiego del tempo libero in attività che favoriscano la socializzazione, con momenti di incontro, di discussione e di vita sociale che valorizzino le potenzialità di iniziativa e di auto-organizzazione delle persone, in particolare degli anziani. La realizzazione e gestione delle aree ortive nel corso degli anni ha costituito un'importante esperienza radicata nell'attività dei Quartieri, con una forte funzione sociale, che l'Amministrazione comunale ha sempre valorizzato.
Indice d'éloignement des collèges en Seine-Saint-Denis (2019-2021)

Depuis 2018, la DEPP calcule chaque année un indice d’éloignement pour chaque collège. Cet indice continu est la synthèse d’un ensemble de variables complémentaires liées à l’éloignement. Il est obtenu au moyen d’une analyse en composantes principales (ACP). Les variables utilisées pour le calcul de l’indice captent différentes dimensions de l’éloignement géographique des collèges et correspondent, pour la plupart, à la distance entre le collège et un point d’intérêt (lieu d’habitation des élèves, certaines formations, équipements, …). Jusqu’en 2021, ces distances étaient calculées à vol d’oiseau et l’indice d’éloignement des collèges vaut 0 en moyenne. Il est négatif pour les collèges les moins éloignés et positif pour les collèges les plus éloignés.
Recensement des Hirondelles et des Martinets

Ce jeu de données correspond au résultat du premier recensement participatif des populations d'Hirondelles de fenêtre, d'Hirondelles rustiques et de Martinets noirs sur le territoire montois. Un deuxième recensement est en cours. Les données sont encodées sur le portail Observations.be. Ce projet est réalisé en partenariat avec Natagora Centre-Ouest Hainaut et Entre Haine et Honnelles, section des Cercles des Naturalistes de Belgique.
MetabEAU-NIRS-monitoring-of-sugar-accumulation-in-single-berries

[Lien vers la fiche source] This repository contains the datasets used to produce the results presented in our article entitled "Near infrared real time non destructive monitoring of sugar accumulation reveals that single berries ripen two fold faster than previously documented on standard asynchronous samples". See GitHub: https://github.com/floratavernier/NIRS-monitoring-of-sugar-accumulation-in-single-berries
Anthropogenic fibers (quantity, size, colour) observed in whole body, gills, digestive glands and remaining tissues of Asiatic Clam (Meretrix Lyrata) sampled in Can Gio mangrove, Ho Chi Minh City, Viet Nam in 2016

[Lien vers la fiche source] Anthropogenic fibers concentrations were measured in clams sampled in the beach sediment of Can Gio mangrove, Ho Chi Minh City, Viet Nam, from March 2016 to October 2016 (except September 2016). Details of the size and colour of anthropogenic fibers observed in each pooled clam and in specific dissected part of the clam are given. The clams were rinsed with filtrated tap water and carefully dissected to separate gill (G), digestive system (D) and remaining tissues (R). The shell length was measured individually. Wet weight of G, D and R of each clam were also recorded individually. For each sampling month, the G, D and R of clams were pooled by 3 individuals of similar size in order to get 5 replicates. The total number of tested (and dissected) individuals was 105 over the seven months of study, corresponding to a total of 35 replicates. The pooled samples of G, D and R were put separately in glass 250 mL Erlenmeyer flasks to carry out their digestion using a protocol adapted from (Dehaut et al., 2016). Approximately 150 mL KOH 10% was put in each Erlenmeyer flask and the samples were covered with aluminum foils, kept on a hot plate at 40oC for 24 hours and gently manually agitated. The samples were then filtrated through glassfiber filters (Whatman, GF/A, 1.6 µm pore size) using a glass filtration unit connected to a vacuum pump. The anthropogenic fibers on the filters were observed using the Leica stereoscope S6D with the measurement software LAS. The morphology of fibers including length and colours was recorded. The observation size range was chosen from 300 to 5,000 um.
Parkings en ouvrage (Indigo) - Suivi des places disponibles en temps réel

Disponibilité en temps réel des places de stationnement en ouvrage (Indigo) Ce jeu de données présente la disponibilité en temps réel des places de stationnement en ouvrage pour l'ensemble des parkings de la ville de Rueil-Malmaison. L'actualisation des données est faite toutes les 5 minutes.
ATLAS - Advanced ecosysTem monitoring in ecoLogicAl obServatory

[Lien vers la fiche source] This pilot project aimed at setting a baseline of eDNA integration with other techniques/end users communities, that can be applied on fixed monitoring points such as cabled observatories. It comprises several aspects: a - monitoring capability aspects on the integration of multiple independent datasets (images, sounds, environmental parameters with molecular genetics approaches), methodological for eDNA (time point sampling using Niskin bottles + filtration vs. autonomous sampler over 24 hours’ period), and use of time-series as a benchmark for comparison. b - methodological aspects to expand the use of eDNA to evaluate the biodiversity monitoring efficiency in a coastal technological hub. The use of different primer combinations would provide feedback on hidden biodiversity components never measured with present sensor assets. c - Validation aspects on the pathway or the creation of in-situ operating eco-genomic sensors: Automated eDNA sampler coupled with time point sampling could be redefined in terms of number (more sampling throughout the day) or filtering larger amounts of water. Comparisons in monitoring capabilities by manual sampling and remotely scheduled filtering to be used as a benchmark to set optimum volumes and frequency of filtering. d - Data processing and statistic elaboration aspects: extract (prior) information from the long time series of OBSEA images, abiotic measurements, and how eDNA can complement the monitoring process, to test hypotheses and cause/effect relationships associated with in situ manipulations.
Panneaux d'information gérés par la Direction des Jardins et de la Biodiversité (DJB) de Rennes

Positionnement de l'ensemble des panneaux propres aux espaces gérés par la Direction des Jardins et de la Biodiversité sur le territoire de Rennes. Mobilier dont la nature est décrite par typologie d'usages : signalétique, règlement, plans, communication, dénomination, etc.
Sites d'intervention gérés par la Direction des Jardins et de la Biodiversité (DJB) de Rennes

Cette couche représente le découpage du territoire de la Ville de Rennes en sites d'intervention de la Direction des Jardins et de la Biodiversité de Rennes. Chaque polygone regroupe tout le patrimoine végétal et mobilier au sein d'une unité de gestion décrite par une typologie selon sa fonction et gérée par une équipe de jardiniers. Cette couche constitue la base de la structuration de l'ensemble des autres couches de gestion de la DJB (secteurs d'intervention notamment). Parmi les attributs descriptifs : => typologie : 'Accompagnement bâtiments publics' / 'Accompagnement d''habitation' / 'Accompagnement d''équipement rural' / 'Accompagnement d'équipement socio-éducatif' / 'Accompagnement d'équipement sportif' / 'Accompagnement d'équipement à caractère industriel' / 'Accompagnement de bâtiments religieux' / 'Accompagnement de bâtiments commerciaux' / 'Accompagnement de bâtiments culturels' / 'Accompagnement de voirie' / 'Campings' / 'Cimetières' / 'Espaces de détente et de loisirs' / 'Espaces naturels aménagés' / 'Jardins familiaux' / 'Parcs - Squares - Jardins quartiers' / 'Réserves foncières' => code_maintenance : Gradients d'intervention en gestion différenciée des espaces verts (de 1 parcs historiques à 5 niveaux de gestion extensive) => domanialite : Propriétaire du site => gestionnaire : Gestionnaire du site => intervenant : Intervenant sur le site => site : Identifiant du site => plan_gestion : Le site est-il concerné par un plan de gestion différentié (Vrai/Faux)
A higher load of deleterious mutations has a detrimental effect on tree growth in maritime pine - supplementary data

[Lien vers la fiche source] This dataset supports the article from Pineiro et al. 2025 "A higher load of deleterious mutations has a detrimental effect on tree growth in maritime pine". It consists in two genomic datasets for the Corsican maritime pine trees: 1) the CORSICA-capture dataset (vcf format), with 133,656 SNPs and 393 individual trees from 16 localities across the island. Including Provean and SnpEff annotations. 2) the CORSICA-array dataset (popgen format), with 10,185 SNPs and 334 individuals from 25 different localities and phenotype measurements of 334 individuals.
Avis et conseils CADA-Conseil régional Centre-Val de Loire

La Commission d'Accès aux Documents Administratifs (CADA) est une autorité administrative indépendante chargée de veiller au respect de la liberté d'accès aux documents administratifs et aux archives et de veiller à l'application des dispositions relatives à la réutilisation des informations publiques ainsi que celles relatives au régime général des archives. Parmi ses attributions, la CADA (Commission d'Accès aux Documents Administratifs) peut émettre des avis lorsqu'elle est saisie par une personne ayant été opposée à un refus de communication ou de publication des documents d'archives. Elle peut aussi émettre des conseils lorsque les administrations publiques sollicitent la commission sur toutes questions relatives à la communication des documents administratifs, à la réutilisation des informations publiques ainsi qu'au régime des archives. Ce jeu de données répertorie uniquement les avis et les conseils rendus par la CADA concernant la Région Centre-Val de Loire.
Data for Phaeoexplorer publication: Evolutionary genomics of the emergence of brown algae as key components of coastal ecosystems

[Lien vers la fiche source] The Phaeoexplorer project sequenced 60 genomes corresponding to 44 brown algal and sister species. This dataset corresponds to supplementary information relating to the initial annotation of the Phaeoexplorer genomes and multiple analyses of the genome data. The dataset includes additional results of the project, together with accompanying additional figures and tables, (Additional_results.tar.gz), presubmission (v0) versions of the Phaeoexplorer genome annotation (GFF) files (GFF_v0.tar.gz) and genome-wide predicted proteomes as fasta files (Proteomes_v0.tar.gz), de novo transcriptome assemblies for the Phaeoexplorer species (RNA-seq data assembled with Trinity or rnaSPAdes; de-novo-transcriptomes.tar.gz), RepeatMasker analyses of repeat sequences (RepeatMasker.tar.gz), alignment files used to generate a phylogenetic tree for the Phaeoexplorer species (PhylogeneticTree.tar.gz), alignments used to build a densitree specifically for Ectocarpus species (Microevolution_Ectocarpus.tar.gz), an Orthofinder-based analysis of shared orthologues (Orthogroups.tar.gz) together with a Dollo-logic-based analysis of orthogroup gain and loss during evolution (Dollo_analysis.tar.gz), a Phylostratigraphy analysis of brown algal genes (Phylostratigraphy.tar.gz), an analysis of protein functional domain fissions and fusions (CompositeGenes.tar.gz), Interproscan analyses of protein domains (InterProScan.tar.gz), Hectar predictions of protein subcellular localisations (Hectar.tar.gz), eggNOG output providing information about predicted protein functions (eggNOG.tar.gz), RNA-seq-based data on gene expression levels (mRNAexpression.tar.gz), results of a search for genes acquired via horizontal gene transfer (HGT.tar.gz), analyses of intron conservation across genomes (Introns_conservation.tar.gz), an analysis of tandem gene duplications (Tandemely_duplicated_genes.tar.gz), CAFE5 reconstruction of gene family amplifications (CAFE5.tar.gz), comparisons of CDS size with the Ectocarpus reference genome that were used to evaluate gene model completeness (CDS_size.tar.gz), a DESeq2 analysis of differential gene expression between the sporophyte and gametophyte generations of several brown algal species (DEG_LifeCycle.tar.gz), information about orthogroups selected to analyse the effects of morphological complexity and life cycle structure on gene evolution (Genes_selection.tar.gz). Each individual dataset contains a README file explaining its content. Detailed information about the methodology used for each analysis can be found in the Methods section of the manuscript preprint (https://doi.org/10.1101/2024.02.19.579948). The majority of these analyses and datasets can also be accessed via the Phaeoexplorer website (https://phaeoexplorer.sb-roscoff.fr/).
Effectifs SNCF par métiers

Effectifs réels moyen SNCF classés par métiers depuis 2012. Ce jeu de données intègre les salariés au statut (dit "statut du cadre permanent") et les salariés sous contrat (CDI). A partir de 2019, le type d’effectif prise en compte par le Bilan Social a été modifié : les effectifs présentés sont les effectifs totaux ( et non plus les effectifs « réels). ^{}
Genetic and metabolic resources for Sipha maydis multi-symbiotic system

[Lien vers la fiche source] The Sipha maydis genome project generated a highly contiguous genome assembly of the cereal aphid Sipha maydis, revealing 24,453 protein-coding genes, including enzymes involved in an integrated metabolic network with two bacterial endosymbionts. This resource offers essential genetic and metabolic insights into the evolution and functioning of multi-symbiotic systems in insects. This dataset contains genomic and functional annotation information of S. maydis genome and its di-symbiotic system, together with the inferred reactions and metabolic networks of the corresponding metabolic databases SipmaCyc (Sipha maydis), Bucap_SmCyc (Buchnera aphidicola str. Sm midelt) and Sersy_SmCyc (Serratia symbiotica str. Sm midelt). The metabolic databases are available in the [ArtSymbioCyc] collection.
Transcriptomic, Proteomic and Metabolic data of Gammarus fossarum

[Lien vers la fiche source] Metabolic pathways are targets of environmental contaminants throughout biodiversity. However, due to the lack of available genomic data in many environmental sentinel species, the systematic reconstruction of their metabolic pathways remains limited. It is thus essential to gain a better picture of the metabolism of sentinel species in order to improve our understanding of pollution impacts on the ecosystems. In this study, we used a multi-omics approach to reconstruct the metabolic network of Gammarus fossarum and map the main metabolic pathways expressed in the cephalon, gills, caeca, intestines and male and female gonads. We performed a de novo assembly of RNA-seq data from a previous study and acquired new shotgun proteomic data from male and female G. fossarum organs. The new transcriptome assembly reduced RNA contaminants and transcript redundancy allowing the adaptation of the genomic tool CycADS for metabolic pathway reconstruction to the transcriptomic data. Additionally, we integrated proteomic data and analyzed the expression profile in organs to identify organ-specific metabolic profiles. This dataset contains the de novo transcriptome assembly, proteomic and functional annotation data for Gammarus fossarum, together with the reconstructed metabolic networks of the GamfoCyc metabolic database (available in the [ArthropodaCyc] collection) and integrated mass spectrometry data.
Replication data for: "Gene Regulatory Network Inference Methodology for Genomic and Transcriptomic Data Acquired in Genetically Related Heterozygote Individuals", 100 simulated datasets of RNA gene expressions of sunflower hybrids

[Lien vers la fiche source] Replication data for: "Gene regulatory network inference methodology for genomic and transcriptomic data acquired in genetically related heterozygote individuals": 100 simulated datasets of RNA gene expressions of sunflower hybrids. This data set includes the 100 simulated datasets that have been used in the paper "Gene regulatory network inference methodology for genomic and transcriptomic data acquired in genetically related heterozygote individuals", Bioinformatics, 2022, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac445 They are artificial expression datasets created with the data simulator SysGenSIM (modified) from the same gene regulatory network: artificialDataSet_network.csv. The files that have been used to generate the 100 expression datasets are also included (activation/repression sign networkSign and heterosis effect zMatrix directories). The "networks" directory contains the learned networks. The network inference method can be found [here]. For the description of the files, and the dimensions, see README.txt.