AndreaBozzo/ceres-open-data-index huggingface dataset:
Orthofinder results: raw and annotated orthogroups and list of unassigned proteins

[Lien vers la fiche source] Raw and annotated Orthofinder results on 61 nematode and 2 tardigrade (used as outgroup) species. The annotated list of species with description of the abbreviated names is available at [ https://doi.org/10.15454/IIAQOW] Four files are provided and described below: 1- Orthogroups.GeneCount.tab Raw Orthofinder result in tab-separated values format: number of proteins per orthogroup per species. 2- Orthogroups-Gene-Counts.xlsx Number of genes per orthogroup per species. Annotated Orthofinder results in xlsx format.The Excel file is made of 3 different sheets described below: - sheet 1 'Orthogroups.GeneCount': The full results with species sorted by taxonomy and the last column 'Total' indicating the total number of proteins in this orthogroup - sheet 2 'PPN-spec': Orthogroups specific to plant-parasitic nematodes (PPNs). Species sorted by taxonomy. The last three columns are as follows: 'Total'= total number of proteins in the orthogroup; 'Nb.species'= number of species in the orthogroup; 'Nb.tylenchida'= number of tylenchida speces in the orthogroup. The two last rows are as follows: 'Total in OG'= total number of proteins from this species in PPN-specific orthogroups; 'Total singleton'= total number of single-copy species-specific proteins. - sheet 3 'Minc-PPN-spec': PPN-specific orthogroups that contain at least one M. incognita protein . The last three columns and two rows are as explained in sheet 2. 3- Orthogroups.tab Raw Orthofinder result in tab-separated format, orthogroup composition with accession numbers of all the proteins and species prefix. 4- Orthogroups_UnassignedGenes.tab Proteins that could not be assigned to any orthogroup and thus correspond to species-specific singletons.
A dataset on agronomic traits of 12 Cavendish cultivars in Guadeloupe: morphology, biomass, growth, bunch characteristics and root system

[Lien vers la fiche source] This dataset describes 12 Cavendish cultivars for their phenology, their morphology, their biomass and their bunch characteristics and their root system architecture. Except for the root traits, all measurements were performed on two crop cycles and 10 repetitions per cultivar and per cycle, in Guadeloupe (French West Indies). The root systems were observed at the flowering stage of the second crop cycle, on 3 repetitions per cultivar.
Bioindication diatomées en Guyane française : comparaison microscopie et métabarcoding ADN

[Lien vers la fiche source] Description des 3 fichiers csv : - list_morph.csv : Fichier csv donnant les listes floristiques diatomées obtenues en microscopie optique. - list_biomol.csv : Fichier csv donnant les listes floristiques diatomées obtenues en métabarcoding (méthode des séquences) - taxonomy.csv : Fichier csv donnant la taxonomie correspondant au code d’espèce ou ASV
Impact of oxidative stress (H2O2) on Pseudomonas Graminis - LCMS dataset

[Lien vers la fiche source] Impact of atmospheric stresses on clouds microorganisms metabolism: the case of H2O2 Dataset: The dataset contains 32 files created from 500MHz NMR spectrometer and cdf files created from LC-MS system:62 samples and 9 CQP (pools) injected in positive ionization mode and 64 samples and 10 CQP injected in negative ionization mode. All samples were injeted in 3 batchs. Design: 2 classes (traited, controls) from bacteria extracted at 50 minutes and 24 hours.
Bornes géodésiques - Observatoire Sélune

[Lien vers la fiche source] Des bornes géodésiques ont été installées le long du cours principal de la Sélune. Matérialisées physiquement sur le terrain, ces bornes ont été localisées avec un GPS de haute précision (les précisions planimétriques et z sont données dans la table). Attention, ces bornes peuvent légèrement bouger avec les cycles d'humection/dessèchement des sols principalement argileux et leurs coordonnées pourront être réactualisées le cas échéant. Les bornes géodésiques peuvent servir de repères pour définir un dispositif ou un nouveau secteur d'étude.
Long term monitoring of evolutionary changes in oak stands

[Lien vers la fiche source] This dataset is composed of 4 files : * The file EcologyG1&G2 provides ecological data assessed on the level of each tree (G1 and G2) and derived from a floristic survey. Details about the assessments of the ecological data are provided in Truffaut et al (2017, Article p. 127 and Supplemental material Methods S2) * The file GenotypesSNP_G1_G2 comprises the SNP data of G1 and G2 trees, their geographical coordinates and species assignation. This data set was used to estimate fitness, and for performing parentage analysis. * The file Phenotypes_G1 comprises all the phenotypic data of the trees of the G1 generation. * The file Phenotypes_G2 comprises all the phenotypic data of the trees of the G2 generation.
Données GPR expérimentales pour caractériser les structures de chaussées multicouches - Evaluation de la couche d'accrochage à l'aide de méthode hybride ML/FWI

[Lien vers la fiche source] Cette base de données est créée à l'aide d'un dispositif GPR (Ground Penetrating Radar) impulsionnel SIR4000 avec deux différentes fréquences centrales (350 MHz et 2.6 GHz) sur une structure de chaussées contrôlées multicouches (Manège de fatigue de l'université Gustave Eiffel - Campus de Nantes) conformément aux normes françaises en vigueur. Des variations de matériaux, de géométrie sont appliquée aux couches de roulement et de liaison ainsi que le dosage de la couche d'accrochage à l'interface. L'objectif est d'avoir une base représentative permettant la caractérisation expérimentale de la couche d'accrochage. Une analyse paramétrique complète sur des données synthétiques ont permis de valider la méthodologie de l'approche hybride ML/FWI, améliorant à la fois les performances et réduire les temps de calcul.
Lac de retenue - Observatoire Sélune

[Lien vers la fiche source] Les barrages sont à l’origine de modifications significatives du régime hydrologique, de la température de l’eau et des flux biologiques et biogéochimiques. C’est le cas des barrages de Vezins et de la Roche qui Boit, présents sur le cours principal de la Sélune qui ont eu pour conséquence, l'existence de deux lacs de retenue entre 1919 et 2022 pour La Roche qui Boit et entre 1932 et 2019 pour Vezins. A compter de la fin de la dernière vidange du barrage de La Roche qui Boit, fin 2022, ces deux lacs n'ont donc plus d'existence dans le paysage de la vallée. Cette couche représente les deux lacs de retenues, tel qu'ils étaient référencés en 2017, soit avant le début des travaux de démantèlement des deux barrages hydroélectriques de la Sélune. Parmi les données attibutaires associées à ces deux entités, la longueur est issue d'un calcul réalisé par l'équipe du projet Sélune sur la base du référentiel de points établis sur la totalité du bassin versant (et donc sur la totalité du cours de la Sélune) et leur connaissance des zones d'influences lacs / cours naturel.
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[Lien vers la fiche source] Un obstacle à l’écoulement est un ouvrage lié à l’eau qui est à l’origine d’une modification de l’écoulement des eaux de surface (dans les talwegs, lits mineurs et majeurs de cours d'eau et zones de submersion marine). Seuls les obstacles artificiels (provenant de l’activité humaine) sont pris en compte. Les données présentées sont issues de la couche de données ObstEcoul_FXX publiée par le SANDRE restreintes spatialement à l'emprise du bassin versant de la Sélune. Les données récupérées ont été mises à jour le 30/07/2024 à partir du flux mentionné ci-dessus et retraités pour compléter le type de l'obstacle avec un champs "nature" de l'obstacle représentant une aggrégation des types identifiés sur les valeurs suivantes : "Barrage", "Buse", "Digue", "Pont", "Seuil" et "Non renseigné". L'aggrégation mise en place pour renseigner le champ "nature" est la suivante : 1/ récupération des types d'obstacles présents sur le bassin versant (champ de la donnée source "CdTypeOuvr"). 2/ récupération des libellés associés dans la référence SANDRE : https://api.sandre.eaufrance.fr/referentiels/v1/nsa/284.csv?outputSchema=SANDREv3.1 3/ Filtre sur ces libellés pour renseigner le nouveau champ "nature" : - si le libellé contient "barrage" alors "nature" est initialisé à "Barrage" - si le libellé contient "buse" alors "nature" est initialisé à "Buse" - si le libellé contient "digue" alors "nature" est initialisé à "Digue" - si le libellé contient "pont" alors "nature" est initialisé à "Pont" - si le libellé contient "seuil" alors "nature" est initialisé à "Seuil" - si le libellé contient "non renseigné" (initialement code vide) alors "nature" est initialisé à "Non renseigné" Les autres champs proposés le jeu de données sont issus du flux SANDRE original mais renommés. La correspondance est fournie dans le dictionnaire de données associé.
History of electricity generation and consumption data in Québec - Proxy

All of Hydro-Québec data on electricity generation and consumption in Québec. Updated annually, the audited data is sent to the Régie de l’énergie du Québec. The data covers every hour of every day in a one-year period and attests to the high volume of electricity that is transmitted on the province’s power lines. ## Meaning of terms and abbreviations Bâtonnet (bar): Quantity of heritage pool electricity in megawatthours Distributeur (distributor): Hydro-Québec in its electricity distribution activities Interruptible energy: Option offered to customers that enables the Distributor to better manage power demand Heritage pool electricity: A volume of up to 165 TWh of electricity a year excluding losses (equivalent to 16.5 million kilowatthours) that Hydro-Québec reserves for its Québec customers. This volume is stipulated by the Act to amend the Act respecting the Régie de l'énergie adopted in 2000. HQD: Hydro‑Québec Distribution. Name of administrative unit that was replaced by Groupe – Distribution, approvisionnement et services partagés in 2021. HQP: Hydro‑Québec Production. Name of administrative unit that was replaced by Groupe – Innovation, production, santé, sécurité et environnement in 2021. MWh: Megawatthour Generator: Hydro‑Québec in its electricity generation activities Interruptible power: Option offered to customers that enables the Generator to better manage power demand Integrated system: All of Hydro‑Québec’s power systems that are interconnected either directly or via neighboring systems Third party: Electricity supplier
History of electricity generation and consumption data in Québec - Framework agreement method

All of Hydro-Québec data on electricity generation and consumption in Québec. Updated annually, the audited data is sent to the Régie de l’énergie du Québec. The data covers every hour of every day in a one-year period and attests to the high volume of electricity that is transmitted on the province’s power lines. ## Meaning of terms and abbreviations Bâtonnet (bar): Quantity of heritage pool electricity in megawatthours Distributeur (distributor): Hydro-Québec in its electricity distribution activities Interruptible energy: Option offered to customers that enables the Distributor to better manage power demand Heritage pool electricity: A volume of up to 165 TWh of electricity a year excluding losses (equivalent to 16.5 million kilowatthours) that Hydro-Québec reserves for its Québec customers. This volume is stipulated by the Act to amend the Act respecting the Régie de l'énergie adopted in 2000. HQD: Hydro‑Québec Distribution. Name of administrative unit that was replaced by Groupe – Distribution, approvisionnement et services partagés in 2021. HQP: Hydro‑Québec Production. Name of administrative unit that was replaced by Groupe – Innovation, production, santé, sécurité et environnement in 2021. MWh: Megawatthour Generator: Hydro‑Québec in its electricity generation activities Interruptible power: Option offered to customers that enables the Generator to better manage power demand Integrated system: All of Hydro‑Québec’s power systems that are interconnected either directly or via neighboring systems Third party: Electricity supplier
Limite de la zone d'étude - Observatoire Sélune

[Lien vers la fiche source] L’effacement des barrages de la Sélune fait l’objet d’un programme scientifique initié en 2012 dans lequel des paramètres environnementaux sont suivis afin de fournir un réel retour d’expérience sur cette opération de restauration. En 2019 s’est mis en place un observatoire de données, chargé d’assurer la collecte et le traitement de ces paramètres (biotiques et abiotiques). Les données acquises à partir de 2012 et au moins jusqu’en 2027, seront centralisées grâce à un système d’information (SI), appelé SISelune. SISelune vise à aider les scientifiques associés au programme Sélune et à rendre les données accessibles à tous. Cette couche présente la zone d'étude, basée sur les sous-bassins versants hydrographiques pour la partie continentale, et la masse d'eau de transition pour la baie du Mont St-Michel.
Bathymétrie LIDAR à la Roche qui Boit (Points de sonde) - Programe scientifique Sélune

[Lien vers la fiche source] La couche bathymétrie LIDAR-retenue de la Roche qui Boit, représente la bathymétrie de la retenue réalisée par EDF à l'aide d'un LIDAR bathymétrique en 2011.
Sites de l'observatoire photographique du paysage - Observatoire Sélune

[Lien vers la fiche source] En partenariat avec l’ANR Reppaval, le Syndicat Mixte du bassin de la Sélune a débuté la mise en œuvre d’un observatoire photographique des paysages du bassin de la Sélune. Il s’agit d’un itinéraire photographique composé de points de vue répartis sur l’ensemble du territoire où des clichés seront repris régulièrement. L’objectif est de suivre les transformations du paysage sur le territoire, en particulier en lien avec l’opération de restauration de la Sélune. La couche donne la localisation des sites de l’itinéraire photographique directement concernés par les travaux de restauration de la Sélune : les lacs, les barrages.
Projections of climate types (Köppen-Geiger classification)

[Lien vers la fiche source] The dataset is the result of a Köppen-Geiger classification of climate types on high-resolution climate projections across France. The Köppen–Geiger classification is based on mean annual or monthly air temperature and precipitation amounts for 30-year periods from 1970-1999 to 2070-2099. The classification was carried out on 84 bias-corrected climate projections at a resolution of 8 km, including 22, 22, and 40 projections for RCP 2.6, 4.5 and 8.5, respectively. A more complete description of the dataset as well as an analysis of the evolution of future climate types is presented in [Strohmenger et al. (2024)]. Please have a look at the README.txt file for information about the files format and about the data fields. Please note that the following climate projections were subsequently discarded from the Explore2-2022 dataset, for all RCPs (if relevant) and both downscaling methods: * IPSL-CM5A-MR_WRF381P * CNRM-CM5-LR_RACMO22E * EC-EARTH_HIRHAM5 It is therefore recommended to not consider them for any further analysis.
Benthic megafauna in active venting areas and peripheries of the Lucky Strike vent field

[Lien vers la fiche source] Benthic megafaunal communities have not yet been surveyed in the periphery of active venting areas of the Lucky Strike hydrothermal vent field. During the MoMARSAT expedition in 2018, parallel imagery transects were performed with the OTUS camera mounted in a downward-looking configuration on the ROV Victor6000. Imagery transects were performed in the south-east area (i.e., around the Eiffel Tower, Montsegur and Cimendef active vent edifices) and in the south-west central area (i.e., around the Sapin, White Castle, South Crystal, Crystal and Pico active vent edifices). This enabled to retrieve 1,626 non-overlapping images taken at constant altitude (4 m) and speed (0.2 m/s), and representing a surface of 23336 m2 of seabed. This dataset presents the megafauna (organism > 1 cm) that were annotated in these images, using the Biigle annotation software. Annotations were used to characterise the benthic communities found at the Lucky Strike hydrothermal vent field. Several environmental variables (i.e., area: south-east or south-west central, vent exposure: distance from closest venting area [max. 120 m], substratum lithology: sulphur, slab, basalt, volcanoclastic sediment) were used to inform on the environmental drivers structuring benthic communities (i.e., diversity, density) at the Lucky strike hydrothermal vent field. All images can be found on SEANOE under the DOI:10.17882/95015 Raw annotations can be shared on demand on Biigle IFREMER.
ASTAN cardinal buoy (western English Channel, France) data from 2015 to 2019

[Lien vers la fiche source] This database consists of several time series recorded at 30-minute intervals on the ASTAN cardinal buoy, located 3.1 km offshore from Roscoff in the western English Channel (France). It was originally developed by Gac et al. (2020, DOI:10.3389/fmars.2020.00712). The present version corresponds to the dataset used in Robache and Schmitt (2025, DOI:10.5194/egusphere-2025-972). Sea surface temperature (SST, °C) and salinity (SSS, psu) were recorded using a SeaBird Inc. SBE16+ sensor. Dissolved Oxygen (DO) and chlorophyll a (chl a, µg L-1) concentrations were respectively recorded with a SeaBird Inc. SBE43 sensor and a Cyclops7 sensor. Oxygen saturation (Osat, %) was estimated by Gac et al. (2020) following the method of Weiss (1970, DOI: 10.1016/0011-7471(70)90037-9). Atmospheric pressure (Patm, hPa) data were obtained from the weather station at the Roscoff Marine Station. The seawater surface partial pressure of CO2 (pCO2, µatm) data was collected on the buoy using a SAMI-CO2 sensor (SunBurst Sensors).
Raw data used for statistical analysis in SAS for: "Evaluating the effect of phenolic compounds as hydrogen acceptors when ruminal methanogenesis is inhibited in vitro: Part 2 - dairy goats" Romero et al. Animal 2023

[Lien vers la fiche source] Raw data used for statistical analysis in SAS for: "Evaluating the effect of phenolic compounds as hydrogen acceptors when ruminal methanogenesis is inhibited in vitro: Part 2 - dairy goats" Romero et al. Animal 2023 http://doi.org/https://doi.org/10.1016/j.animal.2023.100789
INSEE - Indices des prix à la consommation, correction des valeurs saisonnières, inflation sous-jacente

Indices des prix à la consommation (IPC), indices corrigés des variations saisonnières (CVS), et indices d’inflation sous-jacente, publiés mensuellement par l’INSEE depuis 1990 (pour les indices les plus anciens). Codes statistiques : - Q : secret statistique - E : estimation - P : provisoire - SD : valeur semi-définitive - R : révision - A : valeur normale - N : valeur non-significative - O : valeur manquante - U : valeur atypique
Amaizing Dent Panel Genotyping Dataset (354 Public Lines)

[Lien vers la fiche source] Genotyping matrix of a collection of 354 dent maize inbred lines corresponding to the "Public Amaizing Dent Panel". This panel includes: (i) 254 dent inbred lines from "Drops panel" assembled in the frame of F7P European projects DROPs (FP7-244374, PI: F. Tardieu) and (ii) 100 dent inbred lines assembled with Drops panel in the frame of ANR PIA Amaizing (ANT-10-BTBR-01, PI: A. Charcosset) in order to enlarge genetic diversity and flowering time variation. This genotyping dataset results from the assembling of four genotyping sub-matrices obtained using three different genotyping technologies: 50K SNP Illumina Infinium HD arrays (Ganal et al., 2011, PLoS ONE 6(12): e28334), 600K SNP Affymetrix Axiom arrays (Unterseer et al., 2014, BMC Genomics, 15,15) and Genotyping By Sequencing from Cornell Institute (Elshire et al, 2011, PLoS ONE 6(5): e19379; Glaubitz et al., 2014, PLoS ONE 9 (2): e90346), and some kaspar markers. Genotyping data were filtered and missing data were imputed using Beagle V3.3.2 (Browning and Browning, 2007, Am J Hum Genet 81:210-223) after assembling three sub-matrices and removing duplicate loci based on their physical position. 50K and 600K genotyping data for 254 lines of "Drops Panel" were funded by F7P European project DROPS. GBS data for 354 lines and remaining 50K and 600K data for 100 additionnal lines were funded by ANR PIA Amaizing. We obtained a genotyping dataset of 354 lines by 978,134 not duplicated and polymorphic loci. Whole or subset of this genotyping dataset were used to perform genome-wide association studies with various phenotypes measured (i) on F1 hybrids obtained by crossing inbred lines from "Drops Panel" with a testor line (UH007) as in Millet et al., (2017, Plant Physio, 172:749-764), Alvarez Prado et al. (2017, Plant Cell Environ. 42(2):1-13), Negro et al., (2019, BMC genomics, 19:318), Blein-Nicolas et al., (2020, Genome Research), (ii) on inbred lines (Castelleti, Coupel-Ledru et al., 2020, Plos Genetics). Note that the missing data in genotyping dataset were imputed slightly differently in Negro et al., (2019) and Millet et al., (2017). Raw datasets are maintained in the ThaliaDB maize database (https://thalia.moulon.inra.fr).
Termes "Controverses et épandage aérien en Guadeloupe"

[Lien vers la fiche source] THEME : Controverses concernant des traitements aériens contre la cercosporiose des bananiers (car contestation citoyenne et succession d’interdiction/dérogation fruit d’un rapport de force entre société civile et producteurs de banane) en Guadeloupe. TERMES EXTRAITS : Termes automatiquement identifiés avec BioTex avec une extraction et un classement selon 4 stratégies sur 6 corpus (doi:10.18167/DVN1/LSGN42) : (1) all : termes simples et composés, (2) multi : termes composés, (3) C-value : classement qui peut privilégier les termes les plus longs, (4) F_TFIDF_C : classement qui prend en compte une notion de discriminance. Les 100 premiers termes selon ces stratégies sont extraits. == ANALYSE 1 : Analyse du monde lexical de chaque communauté == - Données Société Civile : Input : Corpus SC_epandage‧txt. Output : (a) Societe_Civile_all_Cvalue_Biotex‧txt ; (b) Societe_Civile_all_FTFIDFC_Biotex‧txt ; (c) Societe_Civile_multi_Cvalue_Biotex‧txt ; (d) Societe_Civile_multi_FTFIDFC_Biotex‧txt. - Données UGBAN: Input : Corpus UGBAN_epandage‧txt. Output : (e) UGBAN_all_Cvalue_Biotex‧txt ; (f) UGBAN_all_FTFIDFC_Biotex‧txt ; (g) UGBAN_multi_Cvalue_Biotex‧txt ; (h) UGBAN_multi_FTFIDFC_Biotex‧txt ; Types d’analyses/discussions : (1) Analyse générale selon les communautés : Focus sur (b) vs. (f) et (d) vs. (h) (2) Analyse des types de mots extraits entre termes simples et complexes : Focus sur (b) vs. (d) et (f) vs. (h) (3) Analyse des termes discriminants mis en avant dans certaines communautés : Focus sur (c) vs. (d) et (g) vs. (h) == ANALYSE 2 : Analyse diachronique du monde lexical ==- Données Société Civile : Input : Corpus SAV_epandage‧txt (avant 2014). Output : (a) SAV_all_FTFIDFC_Biotex‧txt ; (b) SAV_multi_FTFIDFC_Biotex‧txt ; Input : Corpus SAP_epandage‧txt (après 2014) ; Output : (c) SAP_all_FTFIDFC_Biotex‧txt ; (d) SAP_multi_FTFIDFC_Biotex‧txt - Données UGBAN : Input : Corpus UAV_epandage‧txt (avant 2014). Output : (e) UAV_all_FTFIDFC_Biotex‧txt ; (f) UAV_multi_FTFIDFC_Biotex‧txt Input : Corpus UAP_epandage‧txt (après 2014) . Output : (g) UAP_all_FTFIDFC_Biotex‧txt ; (h) UAP_multi_FTFIDFC_Biotex‧txt Types d’analyses/discussions : (1) Analyse des termes simples et complexes selon les périodes : Focus sur (a) vs. (c) et (e) vs. (g) ; (2) Analyse des termes complexes selon les périodes : Focus sur (b) vs. (d) et (f) vs. (h)
Mineral Ores Extracted

This open dataset contains annual minerals Ores data extracted by type in Saudi Arabia for 2004-2021. Data from Saudi Central Bank (SAMA). Follow[ datasource.kapsarc.org] and it’s APIs to stay in sync and advance energy economics research. Notes: *2020 Estimated. blank means data is not available Source: Ministry of Energy, Industry and Mineral Resources (Ministry Agency for Mineral Resources).