AndreaBozzo/ceres-open-data-index huggingface dataset:
Biogeographical patterns of the soil fungal:bacterial ratio across France

[Lien vers la fiche source] Data to perform the analyzes presented in the publication. See abstract below: Soils are one of the major reservoirs of biological diversity on our planet because they host a huge richness of microorganisms. The fungal:bacterial (F:B) ratio targets two major functional groups of organisms in soils and can improve our understanding of their importance and efficiency for soil functioning. To better decipher the variability of this ratio and rank the environmental parameters involved, we used the French Soil Quality Monitoring Network – one of the most extensive and a priori-free soil sampling surveys, based on a systematic 16 km x 16 km grid and including more than 2,100 samples. F:B ratios, measured by quantitative PCR targeting the 18S and 16S rDNA genes, turned out to be heterogenously distributed, and spatially structured in geographical patterns across France. These distribution patterns differed from bacterial or fungal densities taken separately, supporting the hypothesis that the F:B ratio is not the mere addition of each density, but rather results from the complex interactions of the two functional groups. The F:B ratios were mainly influenced by soil characteristics and land management. Among soil characteristics, the pH and to a lesser extent the organic carbon content and the C:N ratio were the main drivers. These results improved our understanding of soil microbial communities, and from an operational point of view, they suggested that the F:B ratio should be a useful new bioindicator of soil status. The resulting dataset can be considered as a first step toward building up a robust repository essential to any bioindicator and aimed at guiding and helping decision-making.
RMQS1 16S microbial habitat

[Lien vers la fiche source] RMQS: The French Soil Quality Monitoring Network (RMQS) is a national program for the assessment and long-term monitoring of the quality of French soils. This network is based on the monitoring of 2,240 sites representative of French soils and their land use. These sites are spread over the whole French territory (metropolitan and overseas) along a systematic square grid of 16 km x 16 km cells. The network covers a broad spectrum of climatic, soil and land-use conditions (croplands, permanent grasslands, woodlands, orchards and vineyards, natural or scarcely anthropogenic land and urban parkland). The first sampling campaign in metropolitan France took place from 2000 to 2009. Dataset: This dataset contains 16S (Archaea and Bacteria) microbial habitats of 1,798 sites of the RMQS. Soil 16S rDNA gene was sequenced using pyrosequecing (GS FLX Titanium - Roche 454) at Genosocope. Bioinformatics analysis was performed using [BIOCOM-PIPE] metabarcoding pipeline. OTUs were clustered at 95% using a post-clustering strategy [Terrat et.al. (2019)] across the whole dataset, producing 188,030 robust OTUs. Habitats were identified by fitting a multivariate regression tree (MRT) with the OTU matrix ([10.57745/ZZWKGQ]) as response matrix and the set of environmental descriptors ([10.15454/QSXKGA]) as explanatory variables (land-use type, climatic factors, soil texture, pH, soil chemistry, elevation). Sixteen habitats were identified. See associated articles for details. Figure 2 from Karimi et.al. 2020 File structure: * rmqs1_16S_habitats.tsv: two columns file with id_site linked to its habitat * rmqs1_16S_habitats.metadata.tsv: three columns file with habitat code, habitat name and habitat pH-based complex Details: * Some sites sample could not be collected, they do not appear in dataset. * Some sites did not pass laboratory or bioinformatics steps to attain 10,000 sequences before post-clustering, so they did not appear in the dataset. * Supplementary filtering was applied (removing OTU with a total abundance of one, also called single-singleton) and some samples were removed from the initial 1,842 available. * One can link this dataset with [10.15454/QSXKGA] to get each sample physico-chemical property, landuse, coordinates, or filtering sites using its site_officiel column. * Sites with ID longer than 4 number are supplementary sites that are not in the center of the cells (e.g. 10797 and 20797 that came from cell 797).
RMQS1 16S taxonomy

[Lien vers la fiche source] RMQS: The French Soil Quality Monitoring Network (RMQS) is a national program for the assessment and long-term monitoring of the quality of French soils. This network is based on the monitoring of 2,240 sites representative of French soils and their land use. These sites are spread over the whole French territory (metropolitan and overseas) along a systematic square grid of 16 km x 16 km cells. The network covers a broad spectrum of climatic, soil and land-use conditions (croplands, permanent grasslands, woodlands, orchards and vineyards, natural or scarcely anthropogenic land and urban parkland). The first sampling campaign in metropolitan France took place from 2000 to 2009. Dataset: This dataset contains taxonomic affiliation (genus;family;order;class;phylum) for 16S rDNA (Archaea + Bacteria) dataset of 1,842 sites of the RMQS. Soil 16S rDNA gene was sequenced using pyrosequecing (GS FLX Titanium - Roche 454) at Genosocope. Bioinformatics analysis was performed using [BIOCOM-PIPE] (previously named GNS-PIPE) metabarcoding pipeline. Sequences taxonomic affiliation is based on Silva r132 database (see [this zenodo repository] for details). Taxonomic affiliation was performed on a rarefied dataset (10,000 reads). See associated articles for details, as well as [Terrat et.al. (2014)]. Raw sequencing data are available at [EBI]. File structure: * Taxonomy was splitted across five files with one line per site and one column per taxa (rmqs1_taxonomy_<level>). * Each line sums to 10,000 (rarefaction defined threshold). * Three supplementary columns are present: * Unknown: not matching any reference. * Unclassified: missing taxa between genus and phylum. * Environmental: matched to sample from environmental study, generally with only a phylum name. * Five metadata files describe upper taxonomic level for each taxa (rmqs1_taxonomy_<level>.metadata.tsv). Details: * Some sites sample could not be collected, they do not appear in dataset. * Some sites did not pass laboratory or bioinformatics step to attain 10k sequences before taxonomic assignation, they dot not appear in the dataset. * One can link this dataset with [10.15454/QSXKGA] to get each sample physico-chemical property, landuse, coordinates, or filtering sites using its site_officiel column. * Sites with ID longer than 4 number are supplementary sites that are not in the center of the cells (e.g. 10797 and 20797 that came from cell 797).
RMQS1 molecular microbial biomass

[Lien vers la fiche source] RMQS: The French Soil Quality Monitoring Network (RMQS) is a national program for the assessment and long-term monitoring of the quality of French soils. This network is based on the monitoring of 2,240 sites representative of French soils and their land use. These sites are spread over the whole French territory (metropolitan and overseas) along a systematic square grid of 16 km x 16 km cells. The network covers a broad spectrum of climatic, soil and land-use conditions (croplands, permanent grasslands, woodlands, orchards and vineyards, natural or scarcely anthropogenic land and urban parkland). The first sampling campaign in metropolitan France took place from 2000 to 2009. Dataset: Soil DNA was extracted and quantified from soils sampled from the center of RMQS grid cells (between 0 and 20cm). A specific and standardized DNA extraction procedure was used so that all samples could be compiled and interpreted in terms of molecular microbial biomass (MMB). See [Horrigue et.al. 2016] for details. Values were re-extracted from [GenoSol platform] database, each value corresponding to the last MMB measure performed between 2012 and 2018. File structure: Two columns tabulated file with a MMB value per sample. * id_site: sample/site unique identifier across RMQS. Stripped down from a longer identifier containing campaign number and site type. * biomass: molecular microbial biomass measured in microgram of DNA per gram of soil. Details: * Some sites sample could not be collected, they do not appear in dataset. * Sites with ID longer than 4 number are supplementary sites that are not in the center of the cells (e.g. 10797 and 20797 that came from cell 797). Some of them can replace missing official site (e.g. 12258 is in the dataset, but not 2258. See dataset [doi:10.15454/QSXKGA] for filtering sites using its site_officiel column.
Les activités Sport pass 2023-2024

Mis en place par la direction des Sports de la Ville, ce service permet à tous, à partir de 3 ans, de pratiquer un sport, à l’année, à moindre coût. Pratiquer un sport de détente Avec le Sport Pass, 100 créneaux de sport hebdomadaires pour toute la famille vous sont proposés par la direction des Sports de la Ville de Roubaix. Pour les plus petits : danse, escalade, parcours de motricité, baby-boxe, apprentissage vélo, BMX… Pour les adultes des sports collectifs (futsal, volley…)et des sports individuels (fitness, musculation…). Le Sport Pass, c’est aussi des sports santé et bien-être adaptés à tous : marche nordique, gymnastique douce, Yoga, Pilates… Des créneaux familiaux permettent aux parents de pratiquer un sport dans la même salle et le même horaire que leurs enfants. Ces séances sportives sont encadrées par 20 éducateurs et éducatrices diplômé-e-s (ETAPS / BPJEPS). Informations complémentaires sur le site de la ville: * · [https://www.ville-roubaix.fr/services-infos-pratiques/sports/pratiquer-un-sport-de-detente/] * · [https://www.ville-roubaix.fr/services-infos-pratiques/sports/annuaire-sport-pass/]
Total Number of Registered Motor Vehicles in India

This dataset contains the Total Number of Registered Motor Vehicles for 1951 - 2019. Data from The Ministry Road transport and Highways of India. Export API data for more datasets to advance energy economics research. Notes: - 'Two-wheelers' include auto-rickshaws for the years 1959 to 1969. For the remaining years, auto-rickshaws are included in 'others'. - 'Good vehicles' include Multiaxled / articulated vehicles, trucks & lorries and light motor vehicles (LMV Goods). - 'Others' include tractors, trailers, three wheelers (passenger vehicles)/LMV and other miscellaneous vehicles for which category-wise break up is not reported by State/UT. - "Buses' includes omni buses since 2001. Source Offices of State Transport Commissioners/UT Administrations.
25 ans de prêts des collections du musée des Augustins

Vingt-cinq ans de prêts des collections du musée des Augustins – 1998-2023 De Toulouse à Paris, de Paris à Tokyo, en France ou à l’étranger, les œuvres du musée des Augustins voyagent dans le monde entier. Ce jeu de données a été constitué à partir des fichiers de prêts gérés par la régisseure des œuvres et de la base de données de gestion des collections. Il a été spécialement établi pour l’Open Data et sera désormais régulièrement mis à jour. Il offre une vision nouvelle des collections à travers les prêts sollicités et obtenus par des musées du monde entier, illustres ou moins connus. Les œuvres du musée des Augustins ont parcouru bien des kilomètres, certaines plus que d’autres comme le révèle ce jeu de données. Un jeu d’images des œuvres (œuvres dans le Domaine Public) est associé.
Groupements intercommunaux en Haute-Garonne (intercommunalités)

Ce jeu de données propose la liste des groupements intercommunaux dans le département de la Haute-Garonne : * communauté d'agglomération * communauté de communes * métropole * pôle d'équilibre territorial et rural (PETR) * syndicat intercommunal à vocation multiple (SIVOM) * syndicat intercommunal à vocation unique (SIVU) * syndicat mixte fermé * syndicat mixte ouvert * établissement public de coopération intercommunale ([EPCI]). Pour en savoir plus sur les groupements intercommunaux : [https://www.collectivites-locales.gouv.fr/institutions/groupements-intercommunaux] Source des données : [https://www.banatic.interieur.gouv.fr/V5/accueil/index.php]
Référentiel des pressions exercées sur la biodiversité - PressRef

[Lien vers la fiche source] Dans le cadre du Caret, un jeu de données de référence des pressions exercées sur la biodiversité a été construit. Ces pressions peuvent être d’origine anthropique ou naturelle et engendrer un effet négatif sur au moins une composante de la biodiversité (gène, espèce, écosystème). Le jeu de données est cohérent avec les besoins de croisement et les typologies internationales, quel que soit le milieu (terrestre, eau douce, marin). Le jeu de données ainsi élaboré fait partie du référentiel technique du Caret et s’applique sur le périmètre du SIB : tout le territoire français (métropole et ultra-marin). Son utilisation est libre et préconisée pour tout nouveau projet.
Dragues à roches - Mayotte (série de campagnes MAYOBS)

[Lien vers la fiche source] Positions des dragages de roches réalisés lors de la série de campagnes MAYOBS, à l'est de Mayotte. Chaque drague est représentée par un profil linéaire entre le début et la fin du dragage. Ce jeu de données contient les positions des dragues à roches des campagnes MAYOBS1, MAYOBS2, MAYOBS4, MAYOBS15, MAYOBS21, MAYOBS23, MAYOBS25 et MAYOBS30. Série de campagnes océanographiques : RINNERT Emmanuel, FEUILLET Nathalie, FOUQUET Yves, JORRY Stéphan, THINON Isabelle, LEBAS Elodie, PAQUET Fabien (2019) MAYOBS, https://doi.org/10.18142/291
Capteurs de pression absolue A-0-A, Mayotte (série de campagnes MAYOBS)

[Lien vers la fiche source] Capteurs de pression absolue A-0-A, à dérive contrôlée, de la série de campagnes MAYOBS, à l'est de Mayotte. Ce jeu de données contient les positions du capteurs de pression absolue A-0-A des campagnes MAYOBS15, MAYOBS18, MAYOBS21, MAYOBS23, MAYOBS25 et MAYOBS30. Série de campagnes océanographiques : RINNERT Emmanuel, FEUILLET Nathalie, FOUQUET Yves, JORRY Stéphan, THINON Isabelle, LEBAS Elodie (2019), PAQUET Fabien, MAYOBS, https://doi.org/10.18142/291
Measurement of arsenic levels in the leaves and seeds of a panel of 300 japonica varieties and GBS genotyping of 228 of them

[Lien vers la fiche source] A measurement of arsenic levels in the leaves and seeds of a panel of 300 japonica rice varieties was carried out in 2014 in Camargue, France. With the aim of testing genomic prediction, GBS genotyping (ApekI enzyme) of 228 of them was also done.
Atlas des paysages de la Haute-Garonne : les Terrasses moyennes de la Save

Ce jeu de données propose le contour géographique de l'unité paysagère des Terrasses moyennes de la Save. Situées à l’ouest du département, les Terrasses moyennes de la Garonne constituent l’unité paysagère de transition entre la Plaine de la Garonne à l’est, et les reliefs des Collines gasconnes du Savès et des Collines du Comminges à l’ouest. La proximité des Pyrénées s’y ressent, par les reliefs naissant en limite du territoire mais également par le panorama sur la chaîne de montagnes, qui apparait sur de multiples points de vue. Suivez ce [lien pour découvrir les photos de l'unité paysagère des Terrasses moyennes de la Save]. En savoir plus : outil de connaissance offert à tous, l’Atlas des paysages identifie et caractérise les paysages de la Haute-Garonne dans leur diversité, propose une vision d’avenir pour la qualité du territoire, oriente les actions et leur donne du sens. 24 Unités Paysagères ont été identifiées et font l’objet de fiches descriptives et prospectives à découvrir en intégralité sur [le site de l'Atlas des paysages de la Haute-Garonne]. L’Atlas départemental des paysages de la Haute-Garonne a été élaboré conjointement par le [Conseil départemental de la Haute-Garonne] et la [Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) Occitanie], avec l’appui du [Conseil d’Architecture, d’Urbanisme et de l’Environnement (CAUE) de la Haute-Garonne].
Atlas des paysages de la Haute-Garonne : les Collines du Comminges

Ce jeu de données propose le contour géographique de l'unité paysagère des Collines du Comminges. Entre larges panoramas et flot collinaire au motif bocager. Quand le plateau de Lannemezan s’affaisse, les Collines du Comminges se dessinent jusqu’à rencontrer les premières terrasses de la Garonne et les Petites Pyrénées au nord-est. Les Collines du Comminges s’inscrivent au sud-est de l’éventail gascon. Vaste ensemble collinaire, il se positionne entre les collines du Gers et celles du Volvestre, que la Garonne sépare. Suivez [ce lien pour découvrir les photos de l'unité paysagère des Collines du Comminges]. En savoir plus : outil de connaissance offert à tous, l’Atlas des paysages identifie et caractérise les paysages de la Haute-Garonne dans leur diversité, propose une vision d’avenir pour la qualité du territoire, oriente les actions et leur donne du sens. 24 Unités Paysagères ont été identifiées et font l’objet de fiches descriptives et prospectives à découvrir en intégralité sur [le site de l'Atlas des paysages de la Haute-Garonne]. L’Atlas départemental des paysages de la Haute-Garonne a été élaboré conjointement par le [Conseil départemental de la Haute-Garonne] et la [Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) Occitanie], avec l’appui du [Conseil d’Architecture, d’Urbanisme et de l’Environnement (CAUE) de la Haute-Garonne].
Atlas des paysages de la Haute-Garonne : les Collines du Volvestre

Ce jeu de données propose le contour géographique de l'unité paysagère des Collines du Volvestre. L’unité paysagère des Collines du Volvestre se déploie entre la vallée de la Garonne, à l’Ouest, et la vallée de l’Ariège à l’Est. Elle s’adosse au Sud aux reliefs des Petites Pyrénées, prolongement de la chaîne du Plantaurel. Mitoyenne du département de l’Ariège, ses paysages s’y prolongent bien au-delà de la limite départementale. Si les vallées de la Garonne et de l’Ariège dessinent en partie ses limites, elle s’installe entre deux grands ensembles collinaires : le Gers à l’Ouest et le Lauragais à l’Est. Le Volvestre se décrit comme un territoire de collines agricoles. Suivez ce [lien pour découvrir les photos de l'unité paysagère des Collines du Volvestre]. En savoir plus : outil de connaissance offert à tous, l’Atlas des paysages identifie et caractérise les paysages de la Haute-Garonne dans leur diversité, propose une vision d’avenir pour la qualité du territoire, oriente les actions et leur donne du sens. 24 Unités Paysagères ont été identifiées et font l’objet de fiches descriptives et prospectives à découvrir en intégralité sur [le site de l'Atlas des paysages de la Haute-Garonne]. L’Atlas départemental des paysages de la Haute-Garonne a été élaboré conjointement par le [Conseil départemental de la Haute-Garonne] et la [Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) Occitanie], avec l’appui du [Conseil d’Architecture, d’Urbanisme et de l’Environnement (CAUE) de la Haute-Garonne].
Courantomètre - Mayotte (série de campagnes MAYOBS)

[Lien vers la fiche source] Localisation du Courantomètre, Mayotte, des campagnes MAYOBS23, MAYOBS25 et MAYOBS30. Série de campagnes océanographiques : RINNERT Emmanuel, FEUILLET Nathalie, FOUQUET Yves, JORRY Stéphan, THINON Isabelle, LEBAS Elodie, PAQUET Fabien (2019) MAYOBS, https://doi.org/10.18142/291
Atlas des paysages de la Haute-Garonne : les Coteaux de la Lomagne

Ce jeu de données propose le contour géographique de l'unité paysagère des Coteaux de la Lomagne. Situés à l’extrémité ouest du département, les Coteaux de la Lomagne débordent des limites départementales : au nord, avec l’unité paysagère tarn-et-garonnaise du même nom ; à l’ouest, avec l’unité paysagère gersoise du Pays de Cologne. Cette unité paysagère appartient plus largement à l’éventail gascon, et en particulier aux coteaux de Gascogne. Découpée à l’ouest par la vallée de la Gimone, hors du département, elle est délimitée à l’est par la crête Tolosane, dont l’ourlet formé par les dépôts alluvionnaires de la Garonne assure une démarcation nette avec la plaine garonnaise. La limite sud est formée par la vallée de la Save. En savoir plus : outil de connaissance offert à tous, l’Atlas des paysages identifie et caractérise les paysages de la Haute-Garonne dans leur diversité, propose une vision d’avenir pour la qualité du territoire, oriente les actions et leur donne du sens. 24 Unités Paysagères ont été identifiées et font l’objet de fiches descriptives et prospectives à découvrir en intégralité sur [le site de l'Atlas des paysages de la Haute-Garonne]. L’Atlas départemental des paysages de la Haute-Garonne a été élaboré conjointement par le [Conseil départemental de la Haute-Garonne] et la [Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) Occitanie], avec l’appui du [Conseil d’Architecture, d’Urbanisme et de l’Environnement (CAUE) de la Haute-Garonne].
Atlas des paysages de la Haute-Garonne : les Coteaux de Montclar

Ce jeu de données propose le contour géographique de l'unité paysagère des Coteaux de Montclar. Située à l’extrémité nord du département, l’unité paysagère des Coteaux de Montclar présente la particularité d’être extrêmement réduite en termes de superficie, étant donné qu’elle se poursuit largement dans les deux départements voisins du Tarn-et-Garonne et du Tarn. Suivez ce [lien pour découvrir les photos de l'unité paysagère des Coteaux de Montclar]. En savoir plus : outil de connaissance offert à tous, l’Atlas des paysages identifie et caractérise les paysages de la Haute-Garonne dans leur diversité, propose une vision d’avenir pour la qualité du territoire, oriente les actions et leur donne du sens. 24 Unités Paysagères ont été identifiées et font l’objet de fiches descriptives et prospectives à découvrir en intégralité sur [le site de l'Atlas des paysages de la Haute-Garonne]. L’Atlas départemental des paysages de la Haute-Garonne a été élaboré conjointement par le [Conseil départemental de la Haute-Garonne] et la [Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) Occitanie], avec l’appui du [Conseil d’Architecture, d’Urbanisme et de l’Environnement (CAUE) de la Haute-Garonne].
Atlas des paysages de la Haute-Garonne : les Petites Pyrénées

Ce jeu de données propose le contour géographique de l'unité paysagère des Petites Pyrénées. Il est dans le territoire de la Haute-Garonne un lieu à part, ni vraiment montagne et plus vraiment colline ; un lieu singulier par sa géologie, une intrusion des paysages de l’Ariège voisine dans les terres haut-garonnaises. Les Petites Pyrénées sont ce lieu, ceint des crêtes calcaires qui en dessinent les horizons. Suivez ce [lien pour découvrir les photos de l'unité paysagère des Petites Pyrénées]. En savoir plus : outil de connaissance offert à tous, l’Atlas des paysages identifie et caractérise les paysages de la Haute-Garonne dans leur diversité, propose une vision d’avenir pour la qualité du territoire, oriente les actions et leur donne du sens. 24 Unités Paysagères ont été identifiées et font l’objet de fiches descriptives et prospectives à découvrir en intégralité sur [le site de l'Atlas des paysages de la Haute-Garonne]. L’Atlas départemental des paysages de la Haute-Garonne a été élaboré conjointement par le [Conseil départemental de la Haute-Garonne] et la [Direction Régionale de l’Environnement, de l’Aménagement et du Logement (DREAL) Occitanie], avec l’appui du [Conseil d’Architecture, d’Urbanisme et de l’Environnement (CAUE) de la Haute-Garonne].