一旦糖酵解嘅產物丙酮酸進入線粒體基質，丙酮酸就被轉變為乙酸酯並結合到輔酶a上以生成乙醯輔酶a並進入三羧酸循環。然而三羧酸循環係需氧呼吸，底物水平磷酸化嘅另一個例子就發生喺琥珀醯輔酶a轉換為琥珀酸時，鳥苷二磷酸通過被轉上一個磷酸基團而生成咗鳥苷三磷酸。