李洪志與中國氣功科研會嘅關係喺1996年持續惡化。1996年3月，法輪功因拒唔接受中國氣功協會新負責人喺氣功團體內部收取會員費創收同成立中國共產黨黨支部組織嘅要求，主動申請退出中國氣功協會同中國氣功科研會,以獨立非政府形式運行。