同好多蝙蝠一樣，水鼠耳蝠夜晚時會利用動物回聲定位搵獵物。佢哋會用呢種方法劃出一幅「聲納圖」，所發出嘅頻率大約32至85khz，一般嘅叫聲以45到50khz為頂，有3.3ms咁耐。