2001年，配合馬鞍山鐵路動工，大圍站週邊開始進行擴建工程。2003年12月24號，大圍站擴建部份局部啟用，當中只有非馬鐵主體建築部份啟用，而家嘅a、b、c出入口亦啟用。原有大堂同日封閉進行改建工程，並將車站主題顏色由黃色變成深藍色。