落馬洲站設有4層，佔地約9公頃，地面係公共運輸交匯處。車站內升降機以t代表票務大堂、a代表抵港大堂、p代表月台、d代表離港大堂。車站外升降機則使用g、l1、l2及l3。另外，同層嘅月台同埋抵港大堂唔相通，必須利用扶手電梯經票務大堂先至去得到。