2000年，一個科學探險隊喺南極洲針對被稱為第一使徒亞當嘅光之巨人進行探險，喺進行接觸實驗嘅時候，光之巨人自毀，跟住就發生咗第二次衝擊，仲導致到世界大戰。最後，人類嘅人口減半，地軸偏轉、氣候改變。根據對發生喺南極第二次衝擊嘅調查，聯合國喺日本箱根成立咗人工進化研究所嚟從事eva嘅發展研究，之後gehirn利用喺人工進化研究所地底發現嘅巨大空洞嚟建造咗總部。