1940年，醫院被改為軍方醫院。1941年日本侵港期間，山頂被炸彈轟炸，火勢蔓延至明德醫院。其後醫護人員及病人被拘留喺赤柱集中營，當時醫院主席sirvandeleur為監獄病人提供藥物而被拷打至死。