1543年5月24號，哥白尼喺弗隆堡過咗身。佢本人終身未婚，亦都無任何後代。佢嘅遺骸喺弗隆堡主教坐堂安葬，但係具體位置一直唔確定。2005年，考古學家喺主教坐堂嘅地板下面發現咗一具男性遺骸，經過面容重構同mtdna比對，指出好可能係哥白尼嘅遺骸。