另一方面，聯合國屬下嘅秘密組織seele為咗想令到人類進化，就開始實行「人類補完計劃」，即係將所有人嘅靈魂彙集埋一齊，通過中和每個人嘅at力場，令到每個人回歸返去lcl之海。2004年，eva初號機進行啟動試驗時發生咗事故，碇真嗣嘅媽媽碇唯失咗蹤，而碇源堂亦開始執行佢自己版本嘅「人類補完計劃」。