1469年同1723年曾經做過重修。民國12年廣州市政廳為咗籌備軍餉，將佢攞嚟拍賣，重遣散觀入面嘅道士。中華人民共和國成立之後佢就畀人收歸文物部門管，80年代修葺之後對外開放。五仙觀喺大明同大清兩代分別以「穗石洞天」、「五仙霞洞」列入羊城八景之一。