第二階段嘅主要特徵係效應細胞嘅活化。捐贈者啲t細胞嘅激活進一步增強咗主要組織相容性複合體分子同粘附分子、趨化因子、仲有cd8+、cd4+t細胞同埋啲來賓b細胞嘅擴增。喺最後階段，呢啲效應細胞移行到去目標器官度，造成組織損傷，甚至導致多個臟器衰竭。