1942年，柏立基畀日軍捉到，畀日軍拉返去英屬馬來亞嘅戰俘營。到1945年8月，日本宣佈無條件投降，柏立基先至獲釋。之後，佢重新入返政府做嘢，響1946年出任北婆羅州副布政司，期間佢仲獲得obe勳銜。