青衣站設有4個大堂，包括喺u1層嘅東涌綫票務大堂、u4層連接青衣城f出口嘅東涌綫大堂、u2層機場快綫抵港月台大堂、以及u4層機場快綫離港月台大堂。由於機場快綫同東涌綫設有兩套獨立收費系統，所以兩條路綫嘅月台同大堂唔可以互通，需要重新出入閘同埋經過車站大堂先可以往返兩個月台。