青衣站係個架空站，總共有6層，有4個側式月台，全部月台都裝上月台幕門。地面係私家車上客區、u1層係東涌綫票務大堂、u2層係去香港站方向月台、u3層係閣樓、u4層係去東涌同機場／博覽館方向月台、u6層係停車場。