通車初期，青衣站只有a、b及c出口。及後為方便乘客直接前往青衣城，前地鐵公司於u4層嘅東涌綫3號月台加設f出口連接青衣城。f出口啟用初期只設出閘機，及後至增設入閘機。其後，港鐵公司再於u2層東涌綫4號月台增設g出口連接青衣城，並將東涌綫出入閘設施由u1層大堂遷移至u2層嘅東涌綫4號月台旁。