喺nerv同使徒作戰嘅同時，碇源堂繼續秘密咁執行佢自己嘅計劃，隨著時間嘅推移，終於俾seele發現，令到nerv與seele產生咗矛盾，並且不斷咁惡化。哩一吓嘅矛盾同埋故事嘅結局，喺電視版裡面冇得到解決。