喺得到數據之後，就要嘗試估計出量度模型，即係「隱藏變數」同「觀察到嗰啲變數」之間嘅方程式。喺結構方程式模型當中，分析者要指明個模型係乜嘢樣嘅－有幾多個隱藏變數、邊個指標變數反映邊個隱藏變數...等等。