儘使疫苗接種計劃大多數情況下可以順利運作，但係計劃仍然受到好多爭議同問題，即使馬來西亞政府已經購買超過馬來西亞人口所需嘅疫苗，但係疫苗供應仍然不足而導致疫苗推出速度緩慢。另外，打疫苗嘅安排同優先次序仍然處理不善、mysejahtera疫苗接種預約同證書系統問題、有關疫苗嘅假新聞、疫苗接種中心過度擁擠同群體爆發以及義工同當局對外勞粗暴對待等。