墨西哥聖公會嘅教會體制係主教制，同其他聖公宗教會一樣。教會保持著一個組成教區嘅地理牧區系統。有5個教區，每個以主教為首。每個教區分為若干會吏長區，每個以資深牧師為首。會吏長區延伸細分為以牧區牧師為首嘅若干牧區。