喺新hyrule王國嘅link去城堡參與火車控制員任命儀式，之後俾薩爾達公主暗中傳召，並由link帶佢去神之塔揾出全國火車網絡逐漸消失嘅原因。但途中大臣キマロキ現出妖怪真身，重搶走咗薩爾達公主嘅身體。