Cagar Alam inggih punika satunggaling laladan ingkang alamipun taksih gadhah tuwuhan saha kéwan ingkang kas, lan gadhah ékosistem tartamtu ingkang kedah dipunjagi lan pangrembakanipun kanthi alami.

Cagar alam ing Indonésia
Ing Indonésia, kanthi saprangan ageng, cagar alam kapérang dados cagar alam dharatan, saking punika siti utawi perairan dharat, Cagar Alam Laut, lan Cagar Alam Biosfer. Déné ingkang kapanggih wonten ing Pulo Jawa namung Cagar Alam Dharat lan Cagar Alam Laut.
Ngantos taun 2008, ing Indonésia sampun dipuntemtokaken kirang lankgung 237 lokasi cagar alam, kanthi totalipun ambanipun wewengkon ngantos 4.730.704,04 hektar. Cagar alam kasebar wonten ing sadaya laladan ing Indonésia.

Sumatra 
 Cagar alam Rimbopanti
 Cagar alam Rafflesia
 Cagar alam Gunung Krakatau

Acèh 
Cagar Alam RAFFLESIA ACEH–SERBOJADI; Acèh Timur, NAD, 300,00 ha, ZB Tahun 1936 Nomor 159/AGR, 19 Dhésèmber 1936.
Cagar Alam HUTAN PINUS JANTHOI; Acèh Besar, NAD, 8.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 168/Kpts-II/1984, 10 Maret 1984.

Sumatra Lor 
Cagar Alam BATU GAJAH; Simalungun, Sumatera Utara, 0,80 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Dhésèmber 1982.
Cagar Alam BATU GINURIT; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 0,50 ha, ZB No. 390/1934, 17 September 1934.
Cagar Alam LIANG BALIK; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 0,31 ha, ZB No. 221/1936, 1 November 1936.
Cagar Alam LUBUK RAYA; Tapanuli Selatan, Sumatera Utara, 3.050,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Dhésèmber 1982.
Cagar Alam MARTELU PURBA; Langkat, Sumatera Utara, 195,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 471/Kpts-II/93, 9 Fèbruari 1993.
Cagar Alam DOLOK SAUT-SURUNGAN; Tapanuli Utara, Sumatera Utara, 39,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Dhésèmber 1982.
Cagar Alam SEI LEDONG; Labuhan Batu, Sumatera Utara, 1.100,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Dhésèmber 1982.
Cagar Alam SIBOLANGIT; Sibolangit, Sumatera Utara, 9,15 ha, ZB Tahun 1938 Nomor 37/PK, 10 Maret 1938.
Cagar Alam DOLOK SIBUAL-BUALI; Tapanuli Selatan, Sumatera Utara, 5.000,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 215/Kpts/Um/8/82, 4 Agustus 1982.
Cagar Alam DOLOK SIPIROK; Tapanuli Selatan, Sumut, 6.970,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 226/Kpts/Um/8/82, 4 Agustus 1982.
Cagar Alam DOLOK TINGGI RAJA; Simalungun, Sumatera Utara, 167,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 923/Kpts/Um/12/82, 27 Dhésèmber 1982.

Sumatra Kulon 
Cagar Alam AIR PUTIH; Lima Puluh Koto, Sumatera Barat. 23.467,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI dan Perkebunan Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam AIR TERUSAN; Pesisir Selatan, Solok, Sumatera Barat, 25.177,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI dan Perkebunan No: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam LEMBAH ANAI; Tanah Datar, Sumatera Barat, 221,00 ha, GB 25 ZB 765, 12 Agustus 1922, dan tambahan wewengkon mencakup Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, seluas 100.000,00 ha sesuai dengan Dudutan Mantri Kehutanan RI dan Perkebunan Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999 – jadi total 100.221,00 ha.
Cagar Alam ARAU HILIR; Pasaman, Sumatera Barat, 5.377,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam BARISAN I; Padang Pariaman, Tanah Datar, Solok, Kota Padang, Sumatera Barat, 74.821,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam BATANG PALUPUH; Agam, Sumatera Barat, 3,40 ha, GB No.3/1930, 14 November 1930.
Cagar Alam BERINGIN SATI; Tanah Datar, Sumatera Barat, 0,03 ha, GB No. 60 & ZB No. 683/1922, 12 Agustus 1922.
Cagar Alam LEMBAH HARAU, Lima Puluh Koto, Sumatera Barat, 270,50 ha, GB No. 13/1933, 1 Oktober 1933.
Cagar Alam MALAMPAH ALAHAN PANJANG; Lima Puluh Koto, Pasaman, Sumatera Barat, 36.919,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam MANINJAU UTARA-SELATAN; Agam, Pariaman, Sumatera Barat, 22.106,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam PANGEAN I; Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, Sumatera Barat, 12.200,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam PANGEAN II; Sawah Lunto, Sijunjung, Solok, Sumatera Barat, 33.580,10 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 222/Kpts-II/2000, 2 Agustus 2000.
Cagar Alam RIMBO PANTI; Pasaman, Sumatera Barat, 2.550,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 348/Kpts/Um/1/79, 7 Januari 1979.
Cagar Alam GUNUNG SAGO; Tanah Datar, Lima Puluh Koto, Sumatera Barat, 5.486,00 ha, Kepu-tusan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam GUNUNG SINGGALANG TANDIKAT; Agam, Tanah Datar, Sumbar, 9.658,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 422/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.

Riau 
Cagar Alam PULAU BERKEY; Bengkalis, Riau, 500,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.
Cagar Alam BUKIT BUNGKUK; Kampar, Riau, 20.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 173/Kpts-II/1986, 6 Juni 1986.

Jambi 
Cagar Alam HUTAN BAKAU PANTAI TIMUR; Tanjung Jabung, Jambi, 4.126,60 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 14/Kpts-II/2003, 7 Januari 2003.
Cagar Alam SUNGAI BATARA; Tanjung Jabung Barat, Jambi, 1.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam BULUH HITAM; Bungo Tebo, Jambi, 700,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam CEMPAKA; Bungo Tebo, Jambi, 1.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 421/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam DURIAN LUNCUK I; Sarolangun Bangko, Jambi, 73,74 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 820/Kpts-II/1997, 30 Dhésèmber 1997.
Cagar Alam DURIAN LUNCUK II; Batanghari, Jambi, 41,37 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 821/Kpts-II/ 1997, 30 Dhésèmber 1997.
Cagar Alam GUA ULU TINGKO; Sarolangun Bangko, Jambi, 1,00 ha, GB 6 Staatsblad 1919, 21 Fèbruari 1919.

Sumatra Kidul 
Cagar Alam BUNGAN MASKIKIM; Lahat, Sumatera Selatan, 1,00 ha, GB No. 83/1919 Staatsblad 392, 19 Juli 1919.

Bengkulu 
Cagar Alam AIR ALAS. Bengkulu Selatan, Bengkulu. 59,50 ha, Kep Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985
Cagar Alam AIR RAMI I REG 87; Bengkulu Utara, Bengkulu, 233,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam AIR RAMI I REG 87A; Bengkulu Utara, Bengkulu, 38,99 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam AIR SEBLAT; Bengkulu Utara, Bengkulu, 89,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI No: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam SUNGAI BAHELO; Bengkulu Utara, Bengkulu, 674,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam CAWANG I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,22 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam DESPATAH I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,26 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam DUSUN BESAR; Bengkulu Utara, Bengkulu, 1.777,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 383/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam KIOYO I dan II; Bengkulu Utara, Bengkulu, 305,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam KLOWE; Bengkulu Utara, Bengkulu, 7.271,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam KONAK; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,80 ha, GB No. 9/1932, 14 Mèi 1932.
Cagar Alam TANJUNG LAKSAHA; Bengkulu Utara, Bengkulu, 445,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam MANNA; Bengkulu Utara, Bengkulu, 1,50 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 435, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam DANAU MENGHIJAU; Rejang Lebong, Bengkulu, 139,80 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 482/Kpts-II/1999, 29 Juni 1999
Cagar Alam MUKO-MUKO I; 230,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
CA MUKO-MUKO II REG 100, Bengkulu Utara, Bengkulu, seluas 130,00 ha sesuai dengan Dudutan Mantri Kehutanan RI No-mor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
Cagar Alam PAGER GUNUNG I/II; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,21 ha, ZB No. 36/1932 Staatsblad 465, 27 Agustus 1932.
Cagar Alam PAGER GUNUNG III/IV/V; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,60 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 649/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999.
CA PASAR NGALAM REG 92; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 265,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985.
CA PASAR SELUMA REG 93; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 159,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985
CA PASAR TELO REG 94; Bengkulu Selatan, Bengkulu, 487,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985
CA TABA PANANJUNG; Bengkulu Utara, Bengkulu, 3,70 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 430/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA TALANG ULU; Rejang Lebong, Bengkulu, 0,57 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 648/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999.
CA DANAU TES; Rejang Lebong, Bengkulu, 3.230,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 385/Kpts-II/1985, 27 Dhésèmber 1985

Lampung 
Cagar Alam Laut PULAU ANAK KRAKATAU; Lampung Selatan, Lampung, 13.735,10 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 85/Kpts-II/1990, 7 November 1990.

Kapuloan Riau 
Cagar Alam PULAU BURUNG; Kapuloan Riau, 200,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.
Cagar Alam PULAU LAUT; Kapuloan Riau, 400,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 13/Kpts/Um/3/68, 13 Maret 1968.

Kalimantan 
 Cagar alam Mandor
 Cagar alam Gunung Palung
 Cagar alam Kota Waringin/Sampit (Tanjungputing)
 Cagar alam Padang Luwai
 Cagar alam Panua

Sulawesi 
 Cagar alam Tangkokok Batuangus

Papua 
 Cagar alam Gunung Lorentz

Jawa

Banten 
CA RAWA DANAU; Serang, 2.500,00 ha, GB No. 50/1921 Staatsblad 689, 16 November 1921.
CA PULAU DUA; Serang, 32,85 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 253/Kpts-II/1984, 26 Dhésèmber 1984.
Cagar Alam Laut PULAU SANGIANG; Serang, 700,35 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 112/Kpts-II/1985, 23 Mèi 1985.
CA TUKUNG GEDE; Serang, 1.700,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 396/Kpts/ Um/6/79, 23 Juni 1979.

Jawa Barat 
CA ARCA DOMAS; Cianjur, 2,00 ha, GB Nomor 28, 16 April 1913.
CA TELAGA BODAS; Garut, 261,50 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 98/Kpts/ Um/2/78, 2 Fèbruari 1978.
CA BOJONGLARANG JAYANTI; Cianjur, 750,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 516/Kpts/Um/10/73, 16 Oktober 1973.
CA GUNUNG BURANGRANG; Bandung, 2.700,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 479/Kpts/Um/8/79, 2 Agustus 1979.
CA CADAS MALANG; Cianjur, 21,00 ha, GB No. 83/1919 Staatsblad 392, 11 Juli 1919.
CA CIBANTENG; Cianjur, 516,45 ha, GB No. 3/1925 Staatsblad 243, 28 Mèi 1925.
CA CIGENTENG-CIPANJI; Bandung, 10,00 ha, GB No. 6/1919 Staatsblad 90, 21 Fèbruari 1919.
CA DUNGUS IWUL; Sukabumi, 9,00 ha, GB No. 23/1931 Staatsblad 99, 2 Maret 1931.
CA NUSA GEDE PANJALU; Ciamis, 16,00 ha, GB No. 6/1919 Staatsblad 90, 21 Fèbruari 1919.
CA GUNUNG JAGAT; Sumedang, 126,70 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 132/ Kpts/Um/12/54, 12 Dhésèmber 1954.
CA KAWAH KAMOJANG; Garut, 7.650,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 274/ Kpts-II/1999, 7 Mèi 1999.
CA LEUWENG SANCANG; Garut, 2.157,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 370/ Kpts/Um/6/78, 9 Juni 1978.
CA Laut LEUWENG SANCANG; Garut, 1.150,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 92/Kpts-II/1990, 3 Juni 1990.
CA MALABAR; Bandung, 8,30 ha, GB No. 27/1927, 2 Juli 1927.
CA PANANJUNG PANGANDARAN; Ciamis, 419,30 ha, GB No. 19/1934 Staatsblad 669, 12 Juli 1934.
Cagar Alam Laut PANANJUNG PANGANDARAN, seluas 470,00 ha sesuai dengan Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 225/Kpts-II/1990, 12 Juni 1990
CA GUNUNG PAPANDAYAN; Garut, 6.620,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 68/Kpts/Um/1/79, 22 Januari 1979.
CA TELAGA PATENGGANG; Bandung, 21,18 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 660/Kpts/Um/10/81, 11 Oktober 1981.
CA GUNUNG SIMPANG; Cianjur, Bandung, 15.000,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 41/Kpts/Um/1/79, 11 Januari 1979.
CA SUKAWAYANA; Sukabumi, 30,50 ha, GB No. 83/1919 Staatsblad 392, 11 Juli 1919.
CA TAKOKAK; Cianjur, 50,00 ha, GB No. 6/1919 Staatsblad 90, 21 Fèbruari 1919.
CA TANGKUBAN PERAHU-BANDUNG; Bandung, 1.290,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 528/Kpts/Um/9/74, 3 September 1974.
CA TANGKUBAN PERAHU-PELABUHAN RATU; Sukabumi, 33,00 ha, GB 12 Staatsblad 407, 21 November 1930.
CA GUNUNG TILU; Bandung, 8.000,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 68/Kpts/Um/2/78, 7 Fèbruari 1978.
CA TELAGA WARNA; Cianjur, 368,25 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 481/Kpts/ Um/6/81, 9 Juni 1981.
CA YANLAPA; Bogor, 32,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 137/Kpts/Um/3/56, 28 Maret 1956.
CA YUNGHUN; Bandung, 2,50 ha, GB No. 6/1919 Staatsblad 90, 21 Fèbruari 1919

Jawa Tengah 

CA BANTAR BOLANG; Pemalang, 24,10 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA BEKUTUK; Blora, 25,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 595/Kpts/Um/9/79, 21 September 1979.
CA GUNUNG BUTAK; Rembang, 25,40 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 79/Mantri Kehutanan RI-II/2004, 11 Maret 2004.
CA CABAK I/; Blora, 30,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA GUNUNG CELERING; Jepara, 1.379,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 755/ Kpts-II/1989, 16 Dhésèmber 1989.
CA CURUG BENGKAWAH; Pemalang, 1,50 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA TELOGO DRINGO; Banjarnegara, 26,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA GUNUNG GEBUGAN-UNGARAN; Semarang, 1,80 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA GETAS; Semarang, 1,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA GUCI; Pemalang, 2,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA KARANG BOLONG; Cilacap, 0,50 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
KELING I/II/III; Jepara, 61,70 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
CA KEMBANG; Jepara, 1,80 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA MOGA; Pemalang, 1,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA NUSAKAMBANGAN; Pemalang dan Cilacap, 1.205,00 ha. Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA PAGER WUNUNG DARUPRONO; Kendhal, 33,20 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 115/Mantri Kehutanan RI-II/2004, 19 April 2004.
CA PANTODOMAS; Wonosobo, 4,10 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA PESON SUBAH I; Batang, 10,40 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 82/Mantri Kehutanan RI-II/2004, 10 Maret 2004.
CA PESON SUBAH II; Batang, 100,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA PRINGOMBO I/II; Banjarnegara, 58,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA TELOGO RANJENG; Pemalang, 18,50 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA SEPAKUNG; Semarang, 10,00 ha, Dudutan Menhu Nomor: 74/Mantri Kehutanan RI-II/2004, 10 Maret 2004.
CA SUBVAK 18C/19B; Tegal, 6,60 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA TELAGA SUMURUP; Banjarnegara, 20,10 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA ULO LANANG KECUBUNG; Batang, 69,70 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 106/Mantri Kehutanan RI-II/2004, 14 April 2004.
CA VAK 53 COMAL; Pemalang, 24,10 ha, GB No. 2980.

Jawa Wétan 

CA GUNUNG ABANG; Pasuruan, 50,40 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 458/Kpts/ Um/7/78, 24 Juni 1978.
CA NUSA BARONG; Jember, 6.100,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA PULAU BAWEAN; Surabaya, 725,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 762/Kpts/Um/12/1979, 5 Dhésèmber 1979.
CA BESOWO GADUNGAN; Kediri, 7,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA CEDING; Bondowoso, 2,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/ 1999, 15 Juni 1999.
CA CORAH MANIS SEMPOLAN; Jember, 16,80 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA KAWAH IJEN MERAPI UNGGUP-UNGGUP; Banyuwangi, 2.468,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA JANGGANGAN REGOJAMPI I/II; Banyuwangi, 7,50 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA SUNGAI KOLBU IYANG PLATEU; Bondowoso, 18,80 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA MANGGIS GADUNGAN; Kediri, 12,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA GUA NGLIRIP; Bojonegoro, 3,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA PACUR INJEN I/II; Bondowoso, 3,95 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA GUNUNG PICIS; Ponorogo, 27,90 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA SAOBI–KANGEAN; Sumenep (Madura), 430,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA PULAU SEMPU; Malang, 877,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA GUNUNG SIGOGOR; Ponorogo, 190,50 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA WATANGAN PUGER I-VI; Jember, 2,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 417/ Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
CA WIJAYA KUSUMA; Cilacap, 1,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 435/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.

Yogyakarta 

CA TELUK BARON; Gunungkidul, 2,00 ha, GB 379/321/16, 24 Maret 1933.

Jakarta 

CA PULAU BOKOR; Jakarta Utara, 18,00 ha, GB No. 60/1921 Staatsblad 683, 16 November 1921.

Kapuloan Nusa Tenggara

Bali 
Cagar Alam BATUKAHU I/II/III; Tabanan, 1.762,80 ha, SK Mantri Pertanian RI Nomor: 716/Kpts/Um/9/74, 29 September 1974.

Nusa Tenggara Wétan
Cagar Alam MAUBESI; Belu, Nusa Tenggara Wétan,1.830,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 394/Kpts/Um/5/81, 7 Mèi 1981.
Cagar Alam GUNUNG MUTIS; Timor Tengah Selatan, Nusa Tenggara Wétan, 12.000,00 ha, SK Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 423/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam PERHALU; Kupang, Nusa Tenggara Wétan, 1.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 196/Kpts-II/1993, 27 Fèbruari 1993.
Cagar Alam TAMBORA; Ende, Nusa Tenggara Wétan, 1.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 423/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam WATU ATA; Ngada, Nusa Tenggara Wétan, 4.898,80 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 432/Kpts-II/1992, 5 Mèi 1992.
Cagar Alam WAY WUUL/MBURAK; Manggarai, Nusa Tenggara Wétan, 1.484,84 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 437/Kpts-II/1996, 9 Agustus 1996.
Cagar Alam WOLO TADO, NGEDE NALO MERAH, SIUNG; Ngada, Nusa Tenggara Wétan, 4.016,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 429/Kpts-II/1992, 5 Mèi 1992.

Nusa Tenggara Kulon
Cagar Alam PULAU PANJANG; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 1.641,25 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 399/Kpts-II/1986, 21 April 1986.
Cagar Alam SANGIANG; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 7.492,25 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam TAMBORA SELATAN; Dompu, Nusa Tenggara Barat, 23.840,81 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam TANAH PEDAUH; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 543,50 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 348/Kpts/Um/8/75, 20 Agustus 1975.
Cagar Alam TOFO KOTA LAMBU; Sumbawa, Nusa Tenggara Barat, 3.333,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 418/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.

Kapuloan Maluku lan Pulau Papua 
Wewengkon Kapuloan Maluku terletak padha posisi 2°30′−9° LS sampai. 124°−135° BT memiliki 18 lokasi cagar alam (13 kawasan berada dalam wewengkon provinsi Maluku dan 5 lokasi berada di kawasan provinsi Maluku Utara) dari 237 kawasan yang ditetapkan sebagai cagar alam di seluruh Indoneaia.

Papua memiliki 24 cagar alam alam yang 12 diantaranya terdapat di provinsi Papua Barat dan sisanya, 12 kawasan terdapat di provinsi Papua. Dari ke-24 cagar alam tersebut, hanya satu lokasi yang berupa cagar alam laut sedangkan 23 kawasan lainnya merupakan cagar alam darat atau yang biyasa karan sebagai cagar alam saja.

Maluku 
Cagar Alam PULAU ANGWARMASE; Maluku Tenggara, Maluku, 295,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 403/Kpts-II/1988, 1 Agustus 1988.
Cagar Alam GUNUNG API KISAR; Maluku Tengah, Maluku, 80,00 ha, GB 24 Staatsblad 157, 3 Desem-ber 1937.
Cagar Alam Laut KEPULAUAN ARU TENGGARA; Kapuloan Aru, Maluku, 114.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 72/Kpts-II/1991, 2 April 1991.
Cagar Alam Laut BANDA; Maluku Tenggara, Maluku, 2.500,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 221/ Kpts/Um/4/77, 25 April 1977.
Cagar Alam BEKAU HUHUN; Maluku Tenggara, Maluku, 128.886,48 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 415/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.
Cagar Alam DAAB; Maluku Tengara, Maluku, 14.218,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 836/Kpts-II/ 1993, 23 Dhésèmber 1993.
Cagar Alam PULAU LARAT; Maluku Tengara, Maluku, 4.505,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 169/Kpts-II/1995, 24 Maret 1995.
Cagar Alam MASBAIT; Buru, Maluku, 6.250,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 249/Kpts-II/1985, 1 November 1985.
Cagar Alam Pulau NUSTARAM; Maluku Tenggara, Maluku, 2.420,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 403/Kpts-II/1988, 1 Agustus 1988.
Cagar Alam PULAU NUSWOTAR; Maluku Tenggara, Maluku, 2.052,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 403/Kpts-II/1988, 1 Agustus 1988.
Cagar Alam PULAU POMBO; Maluku Tengah, Maluku, 4,68 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 392/Kpts-VI/1996, 30 Juli 1996.
Cagar Alam GUNUNG SAHUWAI; Seram Pérangan Barat, Maluku, 18,62 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 805/Kpts-II/1993, 30 Oktober 1993.
Cagar Alam TAFERMAAR; Maluku Tenggara Barat (Pulau Molu), Maluku, 3.039,30 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 415/Kpts-II/1999, 15 Juni 1999.

Maluku Utara 
Cagar Alam LIFAMATOLA; Halmahera Tengah, Maluku Utara, 16.690,53 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 285/Kpts-II/1995, 6 Juli 1995.
Cagar Alam PULAU OBI; Halmahera Selatan, Maluku Utara, 1.250,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 685/ Kpts-II/1995, 5 Oktober 1995.
Cagar Alam PULAU SEHO; Kapuloan Sula, Maluku Utara, 1.250,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 320/Kpts-II/1987, 12 Oktober 1987.
Cagar Alam GUNUNG SIBELA; Halmahera Selatan, Maluku Utara, 23.024,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 326/Kpts-II/1987, 15 Oktober 1987.
Cagar Alam TALIABU; Kapuloan Sula, Maluku Utara, 9.743,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 684/Kpts-II/1995, 5 Oktober 1995.

Papua 
Cagar Alam PEGUNUNGAN ARFAK; Jayapura, Papua, 68.325,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 514/Kpts-II/1995, 26 September 1995.
Cagar Alam BIAK UTARA; Biak, Papua, 6.138,04 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 731/Kpts-II/1996, 25 November 1996.
Cagar Alam DANAU BIAN; Merauke, Papua, 69.390,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 119/Kpts-II/1990, 19 Maret 1990.
Cagar Alam BUPUL; Merauke, Papua, 92.704,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
Cagar Alam PEGUNUNGAN CYCLOPS; Jayapura, Papua, 22.500,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 365/Kpts-II/1987, 18 November 1987.
Cagar Alam ENAROTALI; Nabire, Papua, 300.000,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 84/ Kpts/Um/2/80, 11 Fèbruari 1980.
Cagar Alam NABIRE; Nabire, Papua, 100,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 21/Kpts/Um/1980, 12 Januari 1980.
Cagar Alam PULAU POMBO; Merauke, Papua, 100,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 820/Kpts/Um/11/82, 10 November 1982.
Cagar Alam PULAU SUPIORI; Biak, Papua, 41.990,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 26/Kpts-II/1988, 11 Januari 1988.
Cagar Alam TAMRAU SELATAN; Nabire, Papua, 350.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
Cagar Alam PEGUNUNGAN WAYLAND; Nabire, Papua, 223.000,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999.
Cagar Alam YAPEN TENGAH; Kapuloan Yapen, Papua, 119.140,75 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 26/Kpts-II/1999, 12 Oktober 1999.

Papua Barat 
Cagar Alam BATANTA BARAT; Sorong, Papua Barat, 16.749,08 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 568/ Kpts-II/1991, 24 Agustus 1991.
Cagar Alam TELUK BINTUNI; Manokwari, Papua Barat, 124.850,90 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
Cagar Alam PEGUNUNGAN FAKFAK; Fakfak, Papua Barat, 34.391,10 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 650/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999
Cagar Alam PULAU KOFIAU; Sorong, Papua Barat, 7.747,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 819/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999.
Cagar Alam PEGUNUNGAN KUMAWA; Fakfak, Papua Barat, 97.089,38 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
Cagar Alam MISOOL SELATAN; Sorong, Papua Barat, 84.000,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 761/Kpts/Um/10/82, 10 Dhésèmber 1982.
Cagar Alam SALAWATI UTARA; Sorong, Papua Barat, 57.000,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 014/ Kpts/Um/1/82, 4 Januari 1982.
Teluk Cagar Alam Laut SANSAFOR; Manokwari, Papua Barat, 62.660,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999.
Cagar Alam TAMRAU UTARA; Sorong, Papua Barat, 368.365,00 ha, Dudutan Mantri Pertanian RI Nomor: 820/Kpts/Um/11/82, 10 November 1982.
Cagar Alam PULAU WAIGEO BARAT; Sorong, Papua Barat, 95.200,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 731/Kpts-II/1996, 25 November 1996.
Cagar Alam PULAU WAIGEO TIMUR; Sorong, Papua Barat, 119.500,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 251/Kpts-II/1996, 3 Juni 1996.
Cagar Alam WONDI BOY; Manokwari, Papua Barat, 73.022,00 ha, Dudutan Mantri Kehutanan RI Nomor: 595/Kpts-II/1992, 6 Juni 1992.

Cathetan suku 

 http://alamendah.wordpress.com/2010/09/17/daftar-cagar-alam-indonesia-di-nusa-tenggara-dan-bali/
 http://alamendah.wordpress.com/2010/09/21/daftar-cagar-alam-indonesia-di-maluku/
 http://alamendah.wordpress.com/2010/09/19/daftar-cagar-alam-indonesia-di-papua/
 http://archive.is/20121129154812/baysblogger94.blogspot.com/2011/09/bays-blog-daftar-cagar-alam-dan-suaka.html