Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pamekasan  utawa STAIN Pamekasan ya iku Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri ing Pamekasan provinsi Jawa Timur, Indonesia. STAIN Pamekasan diadegaké dhedhasar Surat Dudutan Présidhèn Nomor 11 Tanggal 21 Maret 1997 utawa tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H.

Sajarah 
STAIN Pamekasan, kang saikine mapan ing jalan Panglegur KM. 04 Pamekasan, minangka salah sijiné Fakultas  Cabang kang candhaké kanthi mandhiri nglola kagiyatan pendidikan. STAIN Pamekasan wiwitane minangka cabang saka IAIN Sunan Ampel Surabaya, minangka Fakultas Tarbiyah kang ana ing kabupatèn Pamekasan. Minangka Fakultas cabang, saiki pengelolaan pendidikan dhedhasar katemtuan lan kebijakan kang ditokake déning IAIN Sunan Ampel minangka induke. Pembukaan Fakultas Cabang ing Pamekasan iki banget dibutohake kanggo didik putra-putri laladan kang ora duwé kalodhangan nerusaké ing lembaga pendidikan tinggi Islam nagari ing Luar Madura.

Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Pamekasan diadegaké wiwit tanggal 20 Juli 1966 utawa 02 Rabi’ul Akhir 1386 H. Kampuse diresmikake déning Mantri Agama RI kang wektu iku dijabat déning Bapak KH. Syaifuddin Zuhri, dhedhasar Surat Dudutan Mantri Agama RI Nomor 39 Tahun 1966. Nalika dimadegake, Lokasi kampus IAIN isih numpang ing kompleks gedung PGAN Pamekasan kang mapan ing Jalan KH. Wahid Hasyim 28 Pamekasan (saikine MAN Pamekasan 2 Pamekasan) nganti pungkasan taun 1977. Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Pamekasan duwé gedhong kang madeg ing tanah kang ambané 5810 m2, ya iku ing jalan Brawijaya 05 Pamekasan.

Wiwit madege nganti udakara taun 1987, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Ampel Pamekasan mung duwé program pendidikan sarjana mudha (BA) kanthi siji-sijiné jurusan ya iku Pendidikan Agama Islam (PAI). Amarga program pendidikan sarjana mudha kudu purna, mula Fakultas Tarbiyah Pamekasan candhaké bukak program pendidikan sarjana (S1) kanthi jurusan kang padha, ya iku Pendidikan Agama Islam. Pembukaan Program lan Jurusan PAI mau ateges kanggo nyetak guru-guru Pendidikan Agama Islam kanthi kualifikasi sarjana (sarjana mudha lan sajana S-1) kang dipersiapke kanggo tenaga pengajar ing manéka sekolah mligine kang ana Madura lan alumni Pendidikan Guru Agama Islam Negeri (PGAN) kang saikine uga nyetak guru-guru agama Islam.

Sajeroning nindakaké tugas pokok lan fungsi, STAIN Pamekasan lelandhesan karo:
 Undang-Undang Nomor 20 Taun 2003 ngenani pendidikan Nasional;
 Undang-Undang Nomor 14 Taun 2005 ngenani guru lan Dosen;
 Peraturan Présidhèn Nomor 7 Taun ngenani Pembangunan Jangka Menengah;
 Peraturan Papréntahan Nomor 60 lan 61 taun 1999 ngenani Pendidikan Tinggi
 Peraturan Papréntahan Nomor 19 Taun 2005 ngenani Standar Pendidikan Nasional;
 Dudutan Présidhèn Republik Indonesia No. 44 Taun 1974, ngenani pokok pokok Organisai Departemen;
 Dudutan Présidhèn Republik Indonesia No. 45 Taun 1974, ngenani Susunan Organisasi Departemen;
 Dudutan Mantri agama RI Nomor No.37 Taun 2000 ngenani Petunjuk Organisasi Departemen;
 Dudutan Mantri agama RI No.03 Taun 2006 ngenani Organisasi lan tata kerja Departemen Agama;
 Dudutan Mantri agama Nomor 03 Taun 2006  ngenani organisasi lan tata kerja STAIN Pamekasan;
 Dudutan Mantri agama Nomor 102 Taun 2008 ngenani STATUTA STAIN Pamekasan.

Pimpinan 
Dekan/ Ketua wiwit taun 1966 nganti 2012
 Drs. H. Munir, SA, minangka dekan sepisanan (20 Juli 1966  nganti 01 Maret 1970;
 Drs. H. Djawahir Syamsuri minangka dekan kaping loro (01 Maret 1971 nganti 12 Oktober 1983);
 Drs. H. Bustami Said, dekan kaping telu (12 Oktober 1983 nganti 01 Novèmber 1991);
 Drs. H. Dimjati, dekan kaping papat (10 Novèmber 1991 nganti 21 Agustus 1998);
 Drs. H. Moh. Zaini, minangka pemimpin kaping lima kanthi sebutan ketua sawisé ganti status dadi STAIN (21 Agustus 1998 nganti 24 Juli 2000);
 Drs. H. Bustami Said, ketua kaping nem (24 Juli 2000 nganti 11 Agustus 2004)
 Dra. Hj. Mariatul Qibtiyah, AR., M.Ag, ketua kaping pitu (10 Agustus 2004 nganti 23 Oktober 2008);
 DR. Idri, M.Ag., ketua kaping wolu (23 Oktober 2008 nganti 24 Oktober 2012).

Uga delengen 
 Perguruan tinggi Islam nagari ing Indonesia
 Sekolah tinggi agama Islam nagari
 Pratélan pawiyatan luhur Islam nagari ing Indonesia

Pranala njaba 

Perguruan tinggi nagari ing Jawa Timur
Lembaga pendidikan Islam ing Jawa Timur
Pamekasan