Y-a-t-il un délai de carence en cas de maladie dans la fonction publique ?
Contractuel

Lors de chaque arrêt de travail, vous êtes rémunéré à partir du 2 e jour de congé de maladie. Votre traitement indiciaire, vos primes et indemnités ne vous sont pas versés le 1 er jour de congé de maladie. Si vous percevez une indemnité de résidence, cet élément de rémunération ne vous est pas versé non plus. En revanche, les éléments de rémunération suivants continuent de vous être versés, si vous y avez droit :
- Supplément familial de traitement (SFT)
- Remboursement de frais
- Primes et indemnités liées au changement de résidence, à la primo affectation, à la mobilité géographique et aux restructurations
- Primes et indemnités liées à l’organisation du travail
- Avantages en nature
- Indemnités d’enseignement ou de jury et autres indemnités non directement liées à l’emploi, dès lors que le service a été fait
- Part ou intégralité des primes et indemnités dont la modulation est fonction des résultats et de la manière de servir
- Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique
- Prise en charge partielle du prix des titres de transport domicile - lieu de travail.
Toutefois, le jour de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :
Cas En cas de prolongation de votre congé de maladie dans les 48 heures: Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2 e congé de maladie , lorsque la reprise du travail entre 2 congés de maladie pour la même affection n'a pas dépassé 48 heures. Il en est ainsi lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l'arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation. Il en est également ainsi : 
- Quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
- Ou lorsque vous n'avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.
 Dans ces 2 cas, le nouvel arrêt prescrit prolonge l’arrêt précédent et le médecin prescripteur a coché la case prolongation. Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial. Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires , commence à courir à partir du 1 er jour qui suit le dernier jour de l'arrêt de travail initial.
Cas En cas d'affection de longue durée (ALD): Le jour de carence ne s'applique pas en cas de congés de maladie accordés après un 1 er congé de maladie pour une même affection de longue durée (ALD) , pendant une période de 3 ans à partir du 1 er congé de maladie . Ainsi, en cas d'arrêts de travail successifs liés à une même ALD, le délai de carence ne s'applique qu'une seule fois au cours d'une même période de 3 ans à partir du 1 er arrêt de travail lié à cette ALD. La période de 3 ans est calculée de date à date. Si vous souffrez d'ALD différentes, le délai de carence s'applique, par période de 3 ans, pour le 1 er congé de maladie engendré par chacune des ALD. Le médecin prescripteur de l’arrêt de travail établit le lien entre l’arrêt et l’ALD et coche la case prévue pour cela dans le volet n°2 du certificat d’arrêt de travail.
Cas Lors de certains congés spécifiques: Le jour de carence ne s'applique pas lors des congés suivants : 
- Congé pour accident du travail ou maladie professionnelle
- Congé de grave maladie
- Congé de maladie accordé après une déclaration de grossesse et avant le début du congé de maternité
- Congé de maternité et congés supplémentaires accordés en cas de grossesse pathologique