LOI n° 2013-660 du 22 juillet 2013 relative à l'enseignement supérieur et à la recherche
Ce Conseil stratégique de la recherche s'appuiera sur les compétences des Alliances thématiques, sur une mission transversale confiée au Centre national de la recherche scientifique (CNRS), organisme de recherche présent dans toutes les Alliances et sur l'expertise de l'Office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et techniques.
La réussite de cet agenda de la recherche dépend largement de la simplification globale des structures et de leurs modalités de financement et d'évaluation.
D'une part, la loi fixe, à terme, l'objectif de couvrir l'ensemble du territoire national par une trentaine de fédérations d'universités et d'écoles. Les fondations pour la recherche sont encouragées à se rassembler et seront abritées dans la fondation de chaque regroupement territorial. Les établissements publics de coopération scientifique (EPCS) seront transformés en communautés scientifiques d'universités et établissements, nouvelle catégorie d'EPSCP.
Le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche (CNESER) est doté de compétences beaucoup plus effectives vis-à-vis de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Du fait de ces regroupements, les PRES, les RTRA et RTCS peuvent être supprimés, et le CNESER et le Conseil supérieur de la recherche et de la technologie fusionnés. 
D'autre part, afin d'alléger les charges administratives qui encombrent l'agenda des chercheurs et d'assurer à la recherche fondamentale la sérénité et la confiance nécessaires à son travail de moyen et long terme, le rééquilibrage des financements de la recherche a été engagé. Il sera poursuivi au bénéfice du financement récurrent des laboratoires tandis que la durée des contrats opérés par l'Agence nationale de la recherche a été allongée. 
Afin de résorber la précarité qui s'est développée dans l'enseignement supérieur et la recherche, dans les quatre ans à venir 2 100 emplois de fonctionnaires seront proposés chaque année aux personnels de l'enseignement supérieur déjà présents dans les établissements et un dispositif réglementaire, déjà approuvé par l'Agence nationale de la recherche (ANR), limitera le recrutement sous contrats à durée déterminée dans les laboratoires.
Une attention particulière sera portée à l'insertion professionnelle des docteurs aujourd'hui insatisfaisante. Si le nombre de nos docteurs est insuffisant, la reconnaissance de leur qualification, le plus haut grade de l'enseignement supérieur, l'est tout autant. Un travail de reconnaissance du doctorat a été engagé par le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche tant pour l'accès à la haute fonction publique que dans les entreprises qui ne l'intègrent que trop lentement dans leurs conventions collectives, contrairement à d'autres pays comparables au nôtre. Les études doctorales sont un moment de spécialisation, elles sont aussi une formation dont les compétences contribuent utilement au développement des établissements publics comme privés. Le crédit impôt recherche incite déjà les entreprises à embaucher des docteurs, mais il faut accélérer cette reconnaissance.
L'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES) est remplacée par un Haut conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur, indépendant, qui fonctionnera suivant des principes d'expertise scientifique et de déontologie reconnus au niveau international et acceptés par tous les acteurs, permettant une évaluation des établissements cohérente avec celle des formations et des laboratoires. Ce Haut conseil clarifiera les objectifs, allègera et délèguera chaque fois que possible les procédures et garantira, par validation et contrôle, la qualité du système d'évaluation dans son ensemble. Il favorisera le développement d'une auto-évaluation rigoureuse et incontestable, et pourra assurer lui-même les évaluations à la demande des établissements.
Pour transformer les avancées de l'agenda de la recherche en innovations créatrices d'emplois et de nouvelles filières de développement, l'accent sera mis sur le transfert et la valorisation. La mission de transfert est explicitement mentionnée pour la première fois dans la loi, qui prévoit des dispositions pour accroître son efficacité.
Le développement de la recherche technologique fait partie intégrante de l'agenda stratégique et fait déjà l'objet, en complément de la loi, d'initiatives nouvelles déjà engagées, comme le renforcement des actions menées par les Instituts Carnot ou l'expérimentation de plateformes régionales « CEA-Tech ». L'ANR est dotée pour mettre en œuvre des projets de recherche partenariale avec des PMI et PME à fort potentiel de croissance. Enfin, la gestion de la propriété intellectuelle dans les partenariats public-public sera simplifiée et anticipée. 
Elle sera également facilitée pour les entreprises, en particulier les PME et les entreprises de taille intermédiaire, qui s'engagent à produire sur le territoire de l'Union européenne, pour tout transfert réalisé grâce à des subventions publiques. Un livre des transferts, complémentaire à la loi, contiendra les dispositions nécessaires.
Le troisième objectif vise à favoriser la coopération de site et à garantir la collégialité et l'efficacité dans la gouvernance des universités 
La loi répond aussi à la forte attente en faveur d'un renforcement durable de la coopération entre tous les types d'établissements d'enseignement supérieur, les organismes de recherche, les acteurs socio-économiques et les collectivités territoriales, en particulier les régions et les métropoles. Les regroupements sous statut d'établissement public de l'Etat assureront la coordination nécessaire des politiques des établissements d'enseignement supérieur, sur un territoire qui peut être académique ou inter-académique. 
Les contrats de site prévus dans la loi permettront aux établissements publics d'enseignement supérieur relevant du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche et aux organismes de recherche partenaires de ces établissements d'organiser de façon coordonnée leur offre de formation et leur stratégie de recherche et de transfert. Les établissements d'enseignement supérieur relevant d'autres autorités de tutelle peuvent s'y associer. Les contrats de site comporteront des dispositions spécifiques à chacun des établissements regroupés ou en voie de regroupement, qui devront être adoptées par leurs conseils d'administration, et ne pourront être remises en cause par les instances du regroupement. Elles seront complétés par des contrats d'objectifs avec les collectivités territoriales concernées, au premier rang desquelles les régions. Ainsi, tout en réaffirmant l'exercice de la tutelle des établissements au niveau national, avec une responsabilité renforcée de l'Etat garant de l'égalité des ressources, la loi les met en mesure d'établir au niveau régional les collaborations les plus efficaces.
La loi permet d'effectuer ces rapprochements, sous un statut simplifié de communautés scientifiques, qui pourront s'appeler communautés d'universités et/ou d'établissements selon les cas, en s'adaptant au plus près à la réalité de chaque territoire. Fusion, fédération sous forme de communauté d'universités et d'établissements ,établissements, rattachement par convention à un établissement en préservant la personnalité morale de chaque établissement rattaché, ou combinaison des dispositifs : chaque site académique ou inter-académique choisira la formule ou la combinaison la mieux adaptée. 
Une trentaine de contrats de site devraient à l'avenir être signés avec le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Il s'engage à jouer ainsi pleinement et avec une efficacité renforcée son rôle régulateur, garant de l'émergence d'universités complètes, cohérentes et adaptées à chaque territoire.