පසුව 16 වන සියවසේදී (1587) පෘතුගීසීන් විසින් මෙම විහාරය හා පැරණි දෙවුන්දර නගරය විනාශ කොට දමා තිබෙන අතර, මහනුවර රාජධානියේ දෙවන රාජසිංහ රජු (1635-1687) විසින් නැවතත් මෙම විහාරය පිළිසකර කිරීමට කටයුතු සිදු කොට තිබේ.